[med-svn] r18471 - trunk/packages/aegean/trunk/debian/patches

[Sascha Steinbiss]

Author: sascha-guest
Date: 2014-11-11 23:27:25 +0000 (Tue, 11 Nov 2014)
New Revision: 18471

Modified:
   trunk/packages/aegean/trunk/debian/patches/add_version
Log:
address hardening lintian issue


Modified: trunk/packages/aegean/trunk/debian/patches/add_version
===================================================================
--- trunk/packages/aegean/trunk/debian/patches/add_version	2014-11-11 23:10:03 UTC (rev 18470)
+++ trunk/packages/aegean/trunk/debian/patches/add_version	2014-11-11 23:27:25 UTC (rev 18471)
@@ -3,3 +3,54 @@
 +++ b/VERSION
 @@ -0,0 +1 @@
 +0.10.2
+--- a/Makefile
++++ b/Makefile
+@@ -95,39 +95,39 @@
+ 
+ $(AGN_OBJS):	obj/%.o : src/core/%.c inc/core/%.h inc/core/AgnVersion.h
+ 		@- mkdir -p obj
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -c -o $@ $<
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -c -o $@ $<
+ 
+ $(VN_OBJS):	obj/%.o : src/VAnG/%.c inc/VAnG/%.h inc/core/AgnVersion.h
+ 		@- mkdir -p obj
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -c -o $@ $<
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -c -o $@ $<
+ 		
+ $(PE_EXE):	src/ParsEval/parseval.c src/ParsEval/pe_options.c src/ParsEval/pe_utils.c src/ParsEval/pe_options.h src/ParsEval/pe_utils.h $(AGN_OBJS)
+ 		@- mkdir -p bin
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -I src/ParsEval -o $@ $(AGN_OBJS) src/ParsEval/parseval.c src/ParsEval/pe_options.c src/ParsEval/pe_utils.c $(LDFLAGS)
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -I src/ParsEval -o $@ $(AGN_OBJS) src/ParsEval/parseval.c src/ParsEval/pe_options.c src/ParsEval/pe_utils.c $(LDFLAGS)
+ 
+ $(CN_EXE):	src/canon-gff3.c $(AGN_OBJS)
+ 		@- mkdir -p bin
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/canon-gff3.c $(LDFLAGS)
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/canon-gff3.c $(LDFLAGS)
+ 		
+ $(VN_EXE):	src/VAnG/vang.c $(VN_OBJS)
+ 		@- mkdir -p bin
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(VN_OBJS) src/VAnG/vang.c $(LDFLAGS)
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(VN_OBJS) src/VAnG/vang.c $(LDFLAGS)
+ 
+ $(LP_EXE):	src/locuspocus.c $(AGN_OBJS)
+ 		@- mkdir -p bin
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/locuspocus.c $(LDFLAGS)
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/locuspocus.c $(LDFLAGS)
+ 
+ $(XT_EXE):	src/xtractore.c $(AGN_OBJS)
+ 		@- mkdir -p bin
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/xtractore.c $(LDFLAGS)
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/xtractore.c $(LDFLAGS)
+ 
+ $(RP_EXE):	src/pmrna.c $(AGN_OBJS)
+ 		@- mkdir -p bin
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/pmrna.c $(LDFLAGS)
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/pmrna.c $(LDFLAGS)
+ 
+ $(UT_EXE):	test/unittests.c $(AGN_OBJS)
+ 		@- mkdir -p bin
+-		$(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) test/unittests.c $(LDFLAGS)
++		$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) test/unittests.c $(LDFLAGS)
+ 
+ libaegean.a:	$(AGN_OBJS)
+ 		ar ru libaegean.a $(AGN_OBJS)