[med-svn] [python-pysam] 01/03: Imported Upstream version 0.8.1
Jorge Soares
jssoares-guest at moszumanska.debian.org
Wed Nov 26 14:56:00 UTC 2014
This is an automated email from the git hooks/post-receive script.
jssoares-guest pushed a commit to branch master
in repository python-pysam.
commit b4fcfcb75609ef4756d04eff0d1e95571f65952a
Author: Jorge Soares <j.s.soares at gmail.com>
Date: Wed Nov 26 14:54:20 2014 +0000
Imported Upstream version 0.8.1
---
AUTHORS | 32 -
PKG-INFO | 16 +
benchmark/tabix_bench.py | 76 -
benchmark/windows_small.bed | 100000 ------------------
benchmark/windows_small.bed.gz | Bin 459587 -> 0 bytes
benchmark/windows_small.bed.gz.tbi | Bin 34590 -> 0 bytes
debian/changelog | 57 -
debian/compat | 1 -
debian/control | 77 -
debian/copyright | 109 -
debian/gbp.conf | 5 -
debian/patches/do_not_use_distribute_setup.patch | 17 -
debian/patches/fix_cleanup_tests.patch | 19 -
debian/patches/offline-tests.patch | 1824 -
debian/patches/series | 4 -
debian/patches/use_external_htslib.patch | 23 -
debian/python-pysam-tests.README.Debian | 12 -
debian/python-pysam-tests.docs | 1 -
debian/python-pysam-tests.install | 1 -
debian/rules | 49 -
debian/source/format | 1 -
debian/tests/control | 3 -
debian/tests/run-unit-test | 14 -
debian/watch | 3 -
doc/out | 30 +
htslib/INSTALL | 25 -
htslib/LICENSE | 69 -
htslib/Makefile | 337 -
htslib/README | 5 -
htslib/faidx.5 | 147 -
htslib/htslib.mk | 144 -
htslib/htslib.pc.in | 10 -
htslib/htslib_vars.mk | 38 -
htslib/sam.5 | 68 -
htslib/tabix.1 | 155 -
htslib/test/aux#aux.sam | 5 -
htslib/test/aux.fa | 2 -
htslib/test/aux.fa.fai | 1 -
htslib/test/c1#bounds.sam | 4 -
htslib/test/c1#clip.sam | 8 -
htslib/test/c1#pad1.sam | 10 -
htslib/test/c1#pad2.sam | 14 -
htslib/test/c1#pad3.sam | 14 -
htslib/test/c1.fa | 2 -
htslib/test/c1.fa.fai | 1 -
htslib/test/ce#1.sam | 2 -
htslib/test/ce#2.sam | 3 -
htslib/test/ce#5.sam | 11 -
htslib/test/ce#5b.sam | 12 -
htslib/test/ce#large_seq.sam | 3 -
htslib/test/ce#tag_depadded.sam | 11 -
htslib/test/ce#tag_padded.sam | 11 -
htslib/test/ce#unmap.sam | 6 -
htslib/test/ce#unmap1.sam | 20 -
htslib/test/ce#unmap2.sam | 29 -
htslib/test/ce.fa | 20803 ----
htslib/test/ce.fa.fai | 7 -
htslib/test/compare_sam.pl | 172 -
htslib/test/fieldarith.c | 72 -
htslib/test/fieldarith.sam | 15 -
htslib/test/hfile.c | 204 -
htslib/test/sam.c | 143 -
htslib/test/test-vcf-api.c | 235 -
htslib/test/test-vcf-api.out | 28 -
htslib/test/test-vcf-sweep.c | 112 -
htslib/test/test-vcf-sweep.out | 4 -
htslib/test/test.pl | 202 -
htslib/test/test_view.c | 151 -
htslib/test/test_view.pl | 71 -
htslib/test/xx#blank.sam | 0
htslib/test/xx#large_aux.sam | 4 -
htslib/test/xx#large_aux2.sam | 11 -
htslib/test/xx#minimal.sam | 10 -
htslib/test/xx#pair.sam | 7 -
htslib/test/xx#rg.sam | 13 -
htslib/test/xx#triplet.sam | 7 -
htslib/test/xx#unsorted.sam | 8 -
htslib/test/xx.fa | 5 -
htslib/test/xx.fa.fai | 2 -
htslib/vcf.5 | 120 -
install-CGAT-tools.sh | 281 -
pysam.egg-info/PKG-INFO | 16 +
pysam.egg-info/SOURCES.txt | 204 +
pysam.egg-info/dependency_links.txt | 1 +
pysam.egg-info/not-zip-safe | 1 +
pysam.egg-info/top_level.txt | 1 +
pysam/TabProxies.c | 14076 +++
pysam/VCF.py.obsolete | 1087 -
pysam/alternatives.py.obsolete | 82 -
pysam/calignmentfile.c | 48377 +++++++++
pysam/cfaidx.c | 8717 ++
pysam/chtslib.c | 3162 +
pysam/csamfile.c | 2876 +
pysam/csamtools.c | 6962 ++
pysam/ctabix.c | 15462 +++
pysam/cvcf.c | 30127 ++++++
requires.txt | 1 -
samtools/bam.c | 190 -
samtools/bam2bcf.c | 804 -
samtools/bam2bcf_indel.c | 533 -
samtools/bam2depth.c | 199 -
samtools/bam_aux.c | 71 -
samtools/bam_cat.c | 156 -
samtools/bam_color.c | 169 -
samtools/bam_flags.c | 68 -
samtools/bam_import.c | 63 -
samtools/bam_index.c | 110 -
samtools/bam_lpileup.c | 223 -
samtools/bam_mate.c | 347 -
samtools/bam_md.c | 413 -
samtools/bam_plbuf.c | 66 -
samtools/bam_plcmd.c | 881 -
samtools/bam_reheader.c | 81 -
samtools/bam_rmdup.c | 231 -
samtools/bam_rmdupse.c | 184 -
samtools/bam_sort.c | 1181 -
samtools/bam_split.c | 508 -
samtools/bam_stat.c | 111 -
samtools/bam_tview.c | 443 -
samtools/bam_tview_curses.c | 332 -
samtools/bam_tview_html.c | 373 -
samtools/bamshuf.c | 183 -
samtools/bedcov.c | 156 -
samtools/bedidx.c | 258 -
samtools/cut_target.c | 224 -
samtools/errmod.c | 193 -
samtools/faidx.c | 95 -
samtools/kaln.c | 486 -
samtools/misc/ace2sam.c | 249 -
samtools/misc/md5.c | 298 -
samtools/padding.c | 513 -
samtools/phase.c | 722 -
samtools/sam.c | 108 -
samtools/sam_header.c | 834 -
samtools/sam_view.c | 706 -
samtools/sample.c | 132 -
samtools/stats.c | 1538 -
samtools/stats_isize.c | 219 -
samtools/test/merge/test_bam_translate.c | 591 -
samtools/test/merge/test_bam_translate.c.pysam.c | 593 -
samtools/test/merge/test_pretty_header.c | 87 -
samtools/test/merge/test_pretty_header.c.pysam.c | 89 -
samtools/test/merge/test_rtrans_build.c | 118 -
samtools/test/merge/test_rtrans_build.c.pysam.c | 120 -
samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c | 471 -
samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c.pysam.c | 473 -
samtools/test/split/test_count_rg.c | 124 -
samtools/test/split/test_count_rg.c.pysam.c | 126 -
samtools/test/split/test_expand_format_string.c | 124 -
.../test/split/test_expand_format_string.c.pysam.c | 126 -
samtools/test/split/test_filter_header_rg.c | 191 -
.../test/split/test_filter_header_rg.c.pysam.c | 193 -
samtools/test/split/test_parse_args.c | 215 -
samtools/test/split/test_parse_args.c.pysam.c | 217 -
samtools/test/test.c | 53 -
samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c | 81 -
samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c.pysam.c | 83 -
save/example.py | 79 -
save/pysam_bench.py | 63 -
save/pysam_test2.6.py | 1607 -
save/pysam_test_stdin.py | 10 -
save/pysam_testpp.py | 13 -
save/segfault_tests.py | 37 -
save/vcf_test.py | 123 -
setup.cfg | 6 +
tests/AlignmentFile_test.py | 2057 -
tests/SamFile_test.py | 1927 -
tests/TestUtils.py | 52 -
tests/_compile_test.pyx | 29 -
tests/_compile_test.pyxbld | 8 -
tests/_cython_flagstat.pyx | 18 -
tests/_cython_flagstat.pyxbld | 8 -
tests/compile_test.py | 46 -
tests/cython_flagstat.py | 12 -
tests/faidx_test.py | 87 -
tests/pysam_data/Makefile | 63 -
tests/pysam_data/ex1.bed | 2 -
tests/pysam_data/ex1.fa | 56 -
tests/pysam_data/ex1.fq | 13080 ---
tests/pysam_data/ex1.sam.gz | Bin 113194 -> 0 bytes
tests/pysam_data/ex10.sam | 16 -
tests/pysam_data/ex3.sam | 13 -
tests/pysam_data/ex4.sam | 9 -
tests/pysam_data/ex5.sam | 5 -
tests/pysam_data/ex6.sam | 5 -
tests/pysam_data/ex7.sam.donottest | 2 -
tests/pysam_data/ex8.sam | 3 -
tests/pysam_data/ex9_fail.sam | 1022 -
tests/pysam_data/ex9_nofail.sam | 1021 -
tests/pysam_data/example_btag.sam | 6 -
tests/pysam_data/example_empty_header.sam | 321 -
tests/pysam_data/example_unmapped_reads_no_sq.sam | 3 -
tests/pysam_data/example_user_header.sam | 8 -
tests/pysam_data/issue100.sam | 27 -
tests/pysam_data/rg_with_tab.sam | 3273 -
tests/pysam_data/softclip.sam | 6 -
tests/pysam_data/tag_bug.sam | 16 -
tests/pysam_data/test.gtf | 10 -
tests/pysam_data/test.gtf.gz | Bin 311 -> 0 bytes
tests/pysam_data/test_unaligned.sam | 6 -
tests/python_flagstat.py | 13 -
tests/refactoring.pl | 60 -
tests/refactoring.txt | 198 -
tests/samtools_test.py | 383 -
tests/tabix_data/example.bed.gz | Bin 819 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.bed.gz.tbi | Bin 192 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.gtf.gz | Bin 3778 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.gtf.gz.tbi | Bin 196 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.sam.gz | Bin 398 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.sam.gz.tbi | Bin 128 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.vcf.gz | Bin 328 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.vcf.gz.tbi | Bin 182 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example.vcf40 | 23 -
tests/tabix_data/example_badcomments.bed.gz | Bin 879 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_badcomments.bed.gz.tbi | Bin 194 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_badcomments.gtf.gz | Bin 3825 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_badcomments.gtf.gz.tbi | Bin 198 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_badcomments.sam.gz | Bin 398 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_badcomments.sam.gz.tbi | Bin 128 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_badcomments.vcf.gz | Bin 753 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_badcomments.vcf.gz.tbi | Bin 186 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.bed.gz | Bin 849 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.bed.gz.tbi | Bin 194 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.gtf.gz | Bin 3792 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.gtf.gz.tbi | Bin 198 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.sam.gz | Bin 398 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.sam.gz.tbi | Bin 128 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.vcf.gz | Bin 753 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_comments.vcf.gz.tbi | Bin 186 -> 0 bytes
tests/tabix_data/example_unicode.vcf | 23 -
tests/tabix_data/gtf_toofew_fields.gtf.gz | Bin 400 -> 0 bytes
tests/tabix_data/gtf_toomany_fields.gtf.gz | Bin 400 -> 0 bytes
tests/tabix_data/gtf_wrong_fields.gtf.gz | Bin 400 -> 0 bytes
tests/tabix_data/vcf/10.vcf | 84 -
tests/tabix_data/vcf/11.vcf | 216 -
tests/tabix_data/vcf/12.vcf | 1000 -
tests/tabix_data/vcf/13.vcf | 220 -
tests/tabix_data/vcf/15.vcf | 317 -
tests/tabix_data/vcf/16.vcf | 369 -
tests/tabix_data/vcf/18.vcf | 1000 -
tests/tabix_data/vcf/2.vcf | 334 -
tests/tabix_data/vcf/20.vcf | 307 -
tests/tabix_data/vcf/21.vcf | 310 -
tests/tabix_data/vcf/22.vcf | 1000 -
tests/tabix_data/vcf/23.vcf | 419 -
tests/tabix_data/vcf/24.vcf | 724 -
tests/tabix_data/vcf/3.vcf | 1000 -
tests/tabix_data/vcf/4.vcf | 318 -
tests/tabix_data/vcf/5.vcf | 1000 -
tests/tabix_data/vcf/6.vcf | 278 -
tests/tabix_data/vcf/7.vcf | 317 -
tests/tabix_data/vcf/8.vcf | 84 -
tests/tabix_data/vcf/9.vcf | 1000 -
tests/tabix_data/vcf/README.txt | 11 -
tests/tabix_data/vcf/issue85.vcf | 26 -
tests/tabix_test.py | 1020 -
win32/getopt.c | 1261 -
win32/getopt.h | 187 -
win32/stdint.h | 799 -
win32/unistd.h | 26 -
260 files changed, 130034 insertions(+), 185554 deletions(-)
diff --git a/AUTHORS b/AUTHORS
deleted file mode 100644
index 308641e..0000000
--- a/AUTHORS
+++ /dev/null
@@ -1,32 +0,0 @@
-List of contributors:
-
-Andreas Heger, Tildon Grant Belgard, Kevin B. Jacobs, Florian
-Finkernagel, Leo Goodstadt, Martin Goodson all contributed code
-to pysam.
-
-Gerton Lunter provided a VCF parser.
-
-Marcel Martin implemented python 3 compatibility.
-Ben Schiller contributed a Windows compatible clone.
-
-The sources in the directory samtools are from the samtools project:
-http://samtools.sourceforge.net/. All of these are available under the
-MIT licence. The attributions for this code are as follows:
-
-Heng Li from the Sanger Institute wrote most of the initial source code
-of SAMtools and various converters.
-
-Bob Handsaker from the Broad Institute is a major contributor to the
-SAM/BAM specification. He designed and implemented the BGZF format, the
-underlying indexable compression format for the BAM format. BGZF does
-not support arithmetic between file offsets.
-
-Jue Ruan for the Beijing Genome Institute designed and implemented the
-RAZF format, an alternative indexable compression format. RAZF supports
-arithmetic between file offsets, at the cost of increased index file
-size and the full compatibility with gzip. RAZF is optional and only
-used in `faidx' for indexing RAZF compressed fasta files.
-
-Colin Hercus updated novo2sam.pl to support gapped alignment by
-novoalign.
-
diff --git a/PKG-INFO b/PKG-INFO
new file mode 100644
index 0000000..354479b
--- /dev/null
+++ b/PKG-INFO
@@ -0,0 +1,16 @@
+Metadata-Version: 1.1
+Name: pysam
+Version: 0.8.1
+Summary: pysam
+Home-page: https://github.com/pysam-developers/pysam
+Author: Andreas Heger
+Author-email: andreas.heger at gmail.com
+License: MIT
+Description:
+
+ pysam
+ *****
+
+
+Platform: ALL
+Requires: cython (>=0.20.1)
diff --git a/benchmark/tabix_bench.py b/benchmark/tabix_bench.py
deleted file mode 100644
index 431cd6f..0000000
--- a/benchmark/tabix_bench.py
+++ /dev/null
@@ -1,76 +0,0 @@
-import gzip
-import pysam
-import timeit
-
-iterations = 5
-repeats = 100
-print ("repeats=", repeats, "iterations=", iterations)
-
-fn_compressed = '/tmp/windows_small.bed.gz'
-fn_uncompressed = '/tmp/windows_small.bed'
-
-def test_python_compressed():
- '''iterate through with python.'''
- f = gzip.open( fn_compressed)
- l = len( [x.encode().split("\t") for x in f])
-
-def test_python_uncompressed():
- '''iterate through with python.'''
- f = open( "windows_small.bed")
- l = len( [x.split("\t") for x in f])
-
-def test_fetch_plain():
- """Stupid test function"""
- f = pysam.Tabixfile(fn_compressed)
- l = len( list(f.fetch()) )
-
-def test_fetch_parsed():
- """Stupid test function"""
- f = pysam.Tabixfile(fn_compressed)
- l = len( list(f.fetch( parser = pysam.asBed())) )
-
-def test_iterator_generic_compressed():
- f = gzip.open(fn_compressed)
- l = len( list( pysam.tabix_generic_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
-
-def test_iterator_generic_uncompressed():
- f = open("windows_small.bed")
- l = len( list( pysam.tabix_generic_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
-
-def test_iterator_parsed_compressed():
- f = gzip.open(fn_compressed)
- l = len( list( pysam.tabix_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
-
-def test_iterator_parsed_uncompressed():
- f = open("windows_small.bed")
- l = len( list( pysam.tabix_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
-
-def test_iterator_file_compressed():
- f = gzip.open("windows_small.bed")
- l = len( list( pysam.tabix_file_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
-
-def test_iterator_file_uncompressed():
- f = open("windows_small.bed")
- l = len( list( pysam.tabix_file_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
-
-tests = ( test_python_compressed,
- test_python_uncompressed,
- test_fetch_plain,
- test_fetch_parsed,
- test_iterator_generic_compressed,
- test_iterator_generic_uncompressed,
- test_iterator_parsed_compressed,
- test_iterator_parsed_uncompressed,
- test_iterator_file_compressed,
- test_iterator_file_uncompressed )
-
-for repeat in range( repeats ):
- print ("# repeat=", repeat)
- for test in tests:
- try:
- t = timeit.timeit( test, number = iterations )
- except AttributeError:
- continue
- print ("%5.2f\t%s" % (t,str(test)))
-
-
diff --git a/benchmark/windows_small.bed b/benchmark/windows_small.bed
deleted file mode 100644
index 867752d..0000000
--- a/benchmark/windows_small.bed
+++ /dev/null
@@ -1,100000 +0,0 @@
-chr20 0 1000
-chr20 500 1500
-chr20 1000 2000
-chr20 1500 2500
-chr20 2000 3000
-chr20 2500 3500
-chr20 3000 4000
-chr20 3500 4500
-chr20 4000 5000
-chr20 4500 5500
-chr20 5000 6000
-chr20 5500 6500
-chr20 6000 7000
-chr20 6500 7500
-chr20 7000 8000
-chr20 7500 8500
-chr20 8000 9000
-chr20 8500 9500
-chr20 9000 10000
-chr20 9500 10500
-chr20 10000 11000
-chr20 10500 11500
-chr20 11000 12000
-chr20 11500 12500
-chr20 12000 13000
-chr20 12500 13500
-chr20 13000 14000
-chr20 13500 14500
-chr20 14000 15000
-chr20 14500 15500
-chr20 15000 16000
-chr20 15500 16500
-chr20 16000 17000
-chr20 16500 17500
-chr20 17000 18000
-chr20 17500 18500
-chr20 18000 19000
-chr20 18500 19500
-chr20 19000 20000
-chr20 19500 20500
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-chr20 23500 24500
-chr20 24000 25000
-chr20 24500 25500
-chr20 25000 26000
-chr20 25500 26500
-chr20 26000 27000
-chr20 26500 27500
-chr20 27000 28000
-chr20 27500 28500
-chr20 28000 29000
-chr20 28500 29500
-chr20 29000 30000
-chr20 29500 30500
-chr20 30000 31000
-chr20 30500 31500
-chr20 31000 32000
-chr20 31500 32500
-chr20 32000 33000
-chr20 32500 33500
-chr20 33000 34000
-chr20 33500 34500
-chr20 34000 35000
-chr20 34500 35500
-chr20 35000 36000
-chr20 35500 36500
-chr20 36000 37000
-chr20 36500 37500
-chr20 37000 38000
-chr20 37500 38500
-chr20 38000 39000
-chr20 38500 39500
-chr20 39000 40000
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-chr20 49994000 49995000
-chr20 49994500 49995500
-chr20 49995000 49996000
-chr20 49995500 49996500
-chr20 49996000 49997000
-chr20 49996500 49997500
-chr20 49997000 49998000
-chr20 49997500 49998500
-chr20 49998000 49999000
-chr20 49998500 49999500
-chr20 49999000 50000000
-chr20 49999500 50000500
-chr20 50000000 50001000
-chr20 50000500 50001500
-chr20 50001000 50002000
-chr20 50001500 50002500
-chr20 50002000 50003000
-chr20 50002500 50003500
-chr20 50003000 50004000
-chr20 50003500 50004500
-chr20 50004000 50005000
-chr20 50004500 50005500
-chr20 50005000 50006000
-chr20 50005500 50006500
-chr20 50006000 50007000
-chr20 50006500 50007500
-chr20 50007000 50008000
-chr20 50007500 50008500
-chr20 50008000 50009000
-chr20 50008500 50009500
-chr20 50009000 50010000
-chr20 50009500 50010500
-chr20 50010000 50011000
-chr20 50010500 50011500
-chr20 50011000 50012000
-chr20 50011500 50012500
-chr20 50012000 50013000
-chr20 50012500 50013500
-chr20 50013000 50014000
-chr20 50013500 50014500
-chr20 50014000 50015000
-chr20 50014500 50015500
-chr20 50015000 50016000
-chr20 50015500 50016500
-chr20 50016000 50017000
-chr20 50016500 50017500
-chr20 50017000 50018000
-chr20 50017500 50018500
-chr20 50018000 50019000
-chr20 50018500 50019500
-chr20 50019000 50020000
-chr20 50019500 50020500
-chr20 50020000 50021000
-chr20 50020500 50021500
-chr20 50021000 50022000
-chr20 50021500 50022500
-chr20 50022000 50023000
-chr20 50022500 50023500
-chr20 50023000 50024000
-chr20 50023500 50024500
-chr20 50024000 50025000
-chr20 50024500 50025500
-chr20 50025000 50026000
-chr20 50025500 50026500
-chr20 50026000 50027000
-chr20 50026500 50027500
-chr20 50027000 50028000
-chr20 50027500 50028500
-chr20 50028000 50029000
-chr20 50028500 50029500
-chr20 50029000 50030000
-chr20 50029500 50030500
-chr20 50030000 50031000
-chr20 50030500 50031500
-chr20 50031000 50032000
-chr20 50031500 50032500
-chr20 50032000 50033000
-chr20 50032500 50033500
-chr20 50033000 50034000
-chr20 50033500 50034500
-chr20 50034000 50035000
-chr20 50034500 50035500
-chr20 50035000 50036000
-chr20 50035500 50036500
-chr20 50036000 50037000
-chr20 50036500 50037500
-chr20 50037000 50038000
-chr20 50037500 50038500
-chr20 50038000 50039000
-chr20 50038500 50039500
-chr20 50039000 50040000
-chr20 50039500 50040500
-chr20 50040000 50041000
-chr20 50040500 50041500
-chr20 50041000 50042000
-chr20 50041500 50042500
-chr20 50042000 50043000
-chr20 50042500 50043500
-chr20 50043000 50044000
-chr20 50043500 50044500
-chr20 50044000 50045000
-chr20 50044500 50045500
-chr20 50045000 50046000
-chr20 50045500 50046500
-chr20 50046000 50047000
-chr20 50046500 50047500
-chr20 50047000 50048000
-chr20 50047500 50048500
-chr20 50048000 50049000
-chr20 50048500 50049500
diff --git a/benchmark/windows_small.bed.gz b/benchmark/windows_small.bed.gz
deleted file mode 100644
index a640219..0000000
Binary files a/benchmark/windows_small.bed.gz and /dev/null differ
diff --git a/benchmark/windows_small.bed.gz.tbi b/benchmark/windows_small.bed.gz.tbi
deleted file mode 100644
index 500fbe7..0000000
Binary files a/benchmark/windows_small.bed.gz.tbi and /dev/null differ
diff --git a/debian/changelog b/debian/changelog
deleted file mode 100644
index 8f47519..0000000
--- a/debian/changelog
+++ /dev/null
@@ -1,57 +0,0 @@
-python-pysam (0.8.0-1) UNRELEASED; urgency=medium
-
- [ Charles Plessy ]
- * Requires Python 2.7 or higher.
-
- [ Andreas Tille ]
- * New upstream version
- * Link against htslib
-
- -- Andreas Tille <tille at debian.org> Tue, 19 Aug 2014 21:26:37 +0200
-
-python-pysam (0.7.7-1) unstable; urgency=medium
-
- * New upstream releases.
- * Upstream source code moved to GitHub.
- * Watch the Python Package Index since there are no relevant tags on GitHub.
- * Added a git-buildpackage configuration file to mark its usage.
- * Build-depend samtools (>= 0.1.19); this is needed for the regression tests
- in Wheezy.
- * debian/patches/offline-tests.patch: correction from a later release.
-
- -- Charles Plessy <plessy at debian.org> Sat, 19 Apr 2014 14:17:42 +0900
-
-python-pysam (0.7.5-5) unstable; urgency=medium
-
- * Add make to autopkgtest dependencies
- Closes: #741274
-
- -- Andreas Tille <tille at debian.org> Wed, 19 Mar 2014 13:30:15 +0100
-
-python-pysam (0.7.5-4) unstable; urgency=medium
-
- * Fix autotest
- Closes: #741274
-
- -- Andreas Tille <tille at debian.org> Tue, 11 Mar 2014 20:08:15 +0100
-
-python-pysam (0.7.5-3) unstable; urgency=medium
-
- * Do not install tests in world writable dir
- Closes: #739575
-
- -- Andreas Tille <tille at debian.org> Sat, 01 Mar 2014 23:40:21 +0100
-
-python-pysam (0.7.5-2) unstable; urgency=medium
-
- * debian/rules: Set PYTHONPATH correctly using dh_python
- (thanks to Piotr Ożarowski <piotr at debian.org> for the patch)
- Closes: #739631
-
- -- Andreas Tille <tille at debian.org> Thu, 20 Feb 2014 19:01:46 +0100
-
-python-pysam (0.7.5-1) unstable; urgency=low
-
- * Initial release (Closes: #738665)
-
- -- Andreas Tille <tille at debian.org> Fri, 07 Feb 2014 18:29:40 +0100
diff --git a/debian/compat b/debian/compat
deleted file mode 100644
index ec63514..0000000
--- a/debian/compat
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-9
diff --git a/debian/control b/debian/control
deleted file mode 100644
index 14f7647..0000000
--- a/debian/control
+++ /dev/null
@@ -1,77 +0,0 @@
-Source: python-pysam
-Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging at lists.alioth.debian.org>
-Uploaders: Charles Plessy <plessy at debian.org>,
- Andreas Tille <tille at debian.org>
-Section: python
-XS-Testsuite: autopkgtest
-Priority: optional
-Build-Depends: debhelper (>= 9),
- dh-python,
- python-all-dev,
- python-setuptools,
- cython,
- dh-python3,
- python3-all-dev,
- python3-setuptools,
- cython3,
- zlib1g-dev,
- samtools (>= 0.1.19),
- libhts-dev
-Standards-Version: 3.9.5
-Vcs-Browser: http://anonscm.debian.org/gitweb/?p=debian-med/python-pysam.git
-Vcs-Git: git://anonscm.debian.org/debian-med/python-pysam.git
-Homepage: https://github.com/pysam-developers/pysam
-X-Python-Version: >= 2.7
-
-Package: python-pysam
-Architecture: any
-Depends: ${shlibs:Depends},
- ${misc:Depends},
- ${python:Depends},
-Description: interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format
- Pysam is a Python module for reading and manipulating Samfiles. It's a
- lightweight wrapper of the samtools C-API.
-
-Package: python3-pysam
-Architecture: any
-Depends: ${shlibs:Depends},
- ${misc:Depends},
- ${python3:Depends},
-Description: interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format
- Pysam is a Python module for reading and manipulating Samfiles. It's a
- lightweight wrapper of the samtools C-API.
-
-
-Package: python-pysam-tests
-Architecture: all
-Priority: extra
-Enhances: python-pysam
-Depends: ${shlibs:Depends},
- ${misc:Depends},
- ${python:Depends},
- python,
- python-pysam,
- python-pyrex
-Description: interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (test data)
- Pysam is a Python module for reading and manipulating Samfiles. It's a
- lightweight wrapper of the samtools C-API.
- .
- This package contains the data provided by upstream to run the pysam
- test suite.
-
-Package: python3-pysam-tests
-Architecture: all
-Priority: extra
-Enhances: python3-pysam
-Depends: ${shlibs:Depends},
- ${misc:Depends},
- ${python3:Depends},
- python3,
- python3-pysam,
- cython3
-Description: interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (test data)
- Pysam is a Python module for reading and manipulating Samfiles. It's a
- lightweight wrapper of the samtools C-API.
- .
- This package contains the data provided by upstream to run the pysam
- test suite.
diff --git a/debian/copyright b/debian/copyright
deleted file mode 100644
index 95c3301..0000000
--- a/debian/copyright
+++ /dev/null
@@ -1,109 +0,0 @@
-Format: http://www.debian.org/doc/packaging-manuals/copyright-format/1.0/
-Upstream-Name: pysam
-Upstream-Contact: Andreas Heger <andreas.heger at gmail.com>
-Source: https://pypi.python.org/packages/source/p/pysam/pysam-0.7.7.tar.gz
-
-Files: *
-Copyright: 2008-2010 Genome Research Ltd.
-License: MIT
-
-Files: samtools/khash.h samtools/kseq.h
-Copyright: 2008-2011 by Attractive Chaos <attractor at live.co.uk>
-License: MIT
-
-Files: samtools/kprobaln.c.pysam.c samtools/kaln.c.pysam.c samtools/kaln.h samtools/kprobaln.h
-Copyright: 2003-2006, 2008-2010, by Heng Li <lh3lh3 at live.co.uk>
-License: MIT
-
-Files: tabix/tabix.h
-Copyright: 2009 Genome Research Ltd (GRL), 2010 Broad Institute
-License: MIT
-
-Files: samtools/bcftools/bcf.h
-Copyright: 2010 Broad Institute
-License: MIT
-
-Files: samtools/bgzf.c.pysam.c samtools/bgzf.h tabix/bgzf.c.pysam.c tabix/bgzf.h samtools/knetfile.c.pysam.c
-Copyright: 2008 Broad Institute / Massachusetts Institute of Technology
- 2010-2012 Attractive Chaos <attractor at live.co.uk>
-License: MIT
-
-Files: tabix/bgzip.c.pysam.c
-Copyright: 2008 Broad Institute / Massachusetts Institute of Technology
-License: MIT
-
-Files: samtools/razf.c.pysam.c samtools/razf.h
-Copyright: 2008 Jue Ruan <ruanjue at gmail.com>, Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-License: BSDlike1
- Redistribution and use in source and binary forms, with or without
- modification, are permitted provided that the following conditions
- are met:
- 1. Redistributions of source code must retain the above copyright
- notice, this list of conditions and the following disclaimer.
- 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
- notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
- documentation and/or other materials provided with the distribution.
- .
- THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE AUTHOR AND CONTRIBUTORS ``AS IS'' AND
- ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
- IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
- ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR OR CONTRIBUTORS BE LIABLE
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- DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS
- OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)
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- LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY
- OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
- SUCH DAMAGE.
-
-Files: samtools/win32/zconf.h samtools/win32/zlib.h
-Copyright: 1995-2005 Jean-loup Gailly <jloup at gzip.org> and Mark Adler <madler at alumni.caltech.edu>
-License: BSDlike2
- This software is provided 'as-is', without any express or implied
- warranty. In no event will the authors be held liable for any damages
- arising from the use of this software.
- .
- Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
- including commercial applications, and to alter it and redistribute it
- freely, subject to the following restrictions:
- .
- 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
- claim that you wrote the original software. If you use this software
- in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
- appreciated but is not required.
- 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
- misrepresented as being the original software.
- 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
-Comment: These files are not used and could be stripped from the source
-
-Files: samtools/win32/xcurses.h
-Copyright: 2008 wmcbrine
-License: PublicDomain
- This file is in public domain.
-Comment: These files are not used and could be stripped from the source
-
-Files: samtools/misc/md5.*
-Copyright: 1993 Colin Plumb
-License: PublicDomain
- No copyright is claimed.
- This code is in the public domain; do with it what you wish.
-
-License: MIT
- Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
- of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
- in the Software without restriction, including without limitation the rights
- to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
- copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
- furnished to do so, subject to the following conditions:
- .
- The above copyright notice and this permission notice shall be included in
- all copies or substantial portions of the Software.
- .
- THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
- IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
- FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
- AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
- LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
- OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
- THE SOFTWARE.
-
diff --git a/debian/gbp.conf b/debian/gbp.conf
deleted file mode 100644
index bf424bb..0000000
--- a/debian/gbp.conf
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
-# This source package is managed with git-buildpackage and pristine-tar.
-
-[DEFAULT]
-# use pristine-tar:
-pristine-tar = True
diff --git a/debian/patches/do_not_use_distribute_setup.patch b/debian/patches/do_not_use_distribute_setup.patch
deleted file mode 100644
index 7506fe2..0000000
--- a/debian/patches/do_not_use_distribute_setup.patch
+++ /dev/null
@@ -1,17 +0,0 @@
-Author: Olivier Sallou <olivier.sallou at irisa.fr>
-Last-Updated: Fri, 07 Feb 2014 18:29:40 +0100
-Description: Prevent downloading distribute_setup
-
---- a/setup.py
-+++ b/setup.py
-@@ -205,8 +205,8 @@ if len(sys.argv) == 2 and sys.argv[1] ==
- try:
- from setuptools import Extension, setup
- except ImportError:
-- from ez_setup import use_setuptools
-- use_setuptools()
-+ #from ez_setup import use_setuptools
-+ #use_setuptools()
- from setuptools import Extension, setup
-
- #######################################################
diff --git a/debian/patches/fix_cleanup_tests.patch b/debian/patches/fix_cleanup_tests.patch
deleted file mode 100644
index 852dd09..0000000
--- a/debian/patches/fix_cleanup_tests.patch
+++ /dev/null
@@ -1,19 +0,0 @@
-Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
-Last-Changed: Mon, 10 Feb 2014 11:29:40 +0100
-Description: Prevent tests makefile from deleting files which
- are contained inside the upstream source
-
---- a/tests/Makefile
-+++ b/tests/Makefile
-@@ -47,6 +47,11 @@
- samtools view -bS $< > $@
-
- clean:
-+ mkdir keep_bam_files
-+ mv ex9_fail.bam ex9_nofail.bam example_btag.bam example_empty_header.bam issue100.bam tag_bug.bam test_unaligned.bam keep_bam_files
- rm -fr *.bam *.bai *.fai *.pileup* \
- *~ calDepth *.dSYM pysam_*.sam \
- ex2.sam ex2.sam.gz ex1.sam
-+ mv keep_bam_files/* .
-+ rmdir keep_bam_files
-+ rm -rf pysam_test_work/
diff --git a/debian/patches/offline-tests.patch b/debian/patches/offline-tests.patch
deleted file mode 100644
index 022dd10..0000000
--- a/debian/patches/offline-tests.patch
+++ /dev/null
@@ -1,1824 +0,0 @@
-Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
-Last-Changed: Mon, 10 Feb 2014 11:29:40 +0100
-Description: Create a copy of the test suite script and remove those
- tests that try to fetch files from network
-
---- /dev/null
-+++ b/tests/pysam_test_offline.py
-@@ -0,0 +1,1816 @@
-+#!/usr/bin/env python
-+'''unit testing code for pysam.
-+
-+Execute in the :file:`tests` directory as it requires the Makefile
-+and data files located there.
-+'''
-+
-+import pysam
-+import unittest
-+import os, re, sys
-+import itertools
-+import collections
-+import subprocess
-+import shutil
-+import logging
-+
-+IS_PYTHON3 = sys.version_info[0] >= 3
-+
-+if IS_PYTHON3:
-+ from itertools import zip_longest
-+else:
-+ from itertools import izip as zip_longest
-+
-+
-+SAMTOOLS="samtools"
-+WORKDIR="pysam_test_work"
-+
-+def checkBinaryEqual( filename1, filename2 ):
-+ '''return true if the two files are binary equal.'''
-+ if os.path.getsize( filename1 ) != os.path.getsize( filename2 ):
-+ return False
-+
-+ infile1 = open(filename1, "rb")
-+ infile2 = open(filename2, "rb")
-+
-+ def chariter( infile ):
-+ while 1:
-+ c = infile.read(1)
-+ if c == b"": break
-+ yield c
-+
-+ found = False
-+ for c1,c2 in zip_longest( chariter( infile1), chariter( infile2) ):
-+ if c1 != c2: break
-+ else:
-+ found = True
-+
-+ infile1.close()
-+ infile2.close()
-+ return found
-+
-+def runSamtools( cmd ):
-+ '''run a samtools command'''
-+
-+ try:
-+ retcode = subprocess.call(cmd, shell=True,
-+ stderr = subprocess.PIPE)
-+ if retcode < 0:
-+ print("Child was terminated by signal", -retcode)
-+ except OSError as e:
-+ print("Execution failed:", e)
-+
-+def getSamtoolsVersion():
-+ '''return samtools version'''
-+
-+ with subprocess.Popen(SAMTOOLS, shell=True, stderr=subprocess.PIPE).stderr as pipe:
-+ lines = b"".join(pipe.readlines())
-+
-+ if IS_PYTHON3:
-+ lines = lines.decode('ascii')
-+ return re.search( "Version:\s+(\S+)", lines).groups()[0]
-+
-+class BinaryTest(unittest.TestCase):
-+ '''test samtools command line commands and compare
-+ against pysam commands.
-+
-+ Tests fail, if the output is not binary identical.
-+ '''
-+
-+ first_time = True
-+
-+ # a dictionary of commands to test
-+ # first entry: (samtools output file, samtools command)
-+ # second entry: (pysam output file, (pysam function, pysam options) )
-+ commands = \
-+ {
-+ "view" :
-+ (
-+ ("ex1.view", "view ex1.bam > ex1.view"),
-+ ("pysam_ex1.view", (pysam.view, "ex1.bam" ) ),
-+ ),
-+ "view2" :
-+ (
-+ ("ex1.view", "view -bT ex1.fa -o ex1.view2 ex1.sam"),
-+ # note that -o ex1.view2 throws exception.
-+ ("pysam_ex1.view", (pysam.view, "-bT ex1.fa -oex1.view2 ex1.sam" ) ),
-+ ),
-+ "sort" :
-+ (
-+ ( "ex1.sort.bam", "sort ex1.bam ex1.sort" ),
-+ ( "pysam_ex1.sort.bam", (pysam.sort, "ex1.bam pysam_ex1.sort" ) ),
-+ ),
-+ "mpileup" :
-+ (
-+ ("ex1.pileup", "mpileup ex1.bam > ex1.pileup" ),
-+ ("pysam_ex1.mpileup", (pysam.mpileup, "ex1.bam" ) ),
-+ ),
-+ "depth" :
-+ (
-+ ("ex1.depth", "depth ex1.bam > ex1.depth" ),
-+ ("pysam_ex1.depth", (pysam.depth, "ex1.bam" ) ),
-+ ),
-+ "faidx" :
-+ (
-+ ("ex1.fa.fai", "faidx ex1.fa"),
-+ ("pysam_ex1.fa.fai", (pysam.faidx, "ex1.fa") ),
-+ ),
-+ "index":
-+ (
-+ ("ex1.bam.bai", "index ex1.bam" ),
-+ ("pysam_ex1.bam.bai", (pysam.index, "pysam_ex1.bam" ) ),
-+ ),
-+ "idxstats" :
-+ (
-+ ("ex1.idxstats", "idxstats ex1.bam > ex1.idxstats" ),
-+ ("pysam_ex1.idxstats", (pysam.idxstats, "pysam_ex1.bam" ) ),
-+ ),
-+ "fixmate" :
-+ (
-+ ("ex1.fixmate", "fixmate ex1.bam ex1.fixmate" ),
-+ ("pysam_ex1.fixmate", (pysam.fixmate, "pysam_ex1.bam pysam_ex1.fixmate") ),
-+ ),
-+ "flagstat" :
-+ (
-+ ("ex1.flagstat", "flagstat ex1.bam > ex1.flagstat" ),
-+ ("pysam_ex1.flagstat", (pysam.flagstat, "pysam_ex1.bam") ),
-+ ),
-+ "calmd" :
-+ (
-+ ("ex1.calmd", "calmd ex1.bam ex1.fa > ex1.calmd" ),
-+ ("pysam_ex1.calmd", (pysam.calmd, "pysam_ex1.bam ex1.fa") ),
-+ ),
-+ "merge" :
-+ (
-+ ("ex1.merge", "merge -f ex1.merge ex1.bam ex1.bam" ),
-+ # -f option does not work - following command will cause the subsequent
-+ # command to fail
-+ ("pysam_ex1.merge", (pysam.merge, "pysam_ex1.merge pysam_ex1.bam pysam_ex1.bam") ),
-+ ),
-+ "rmdup" :
-+ (
-+ ("ex1.rmdup", "rmdup ex1.bam ex1.rmdup" ),
-+ ("pysam_ex1.rmdup", (pysam.rmdup, "pysam_ex1.bam pysam_ex1.rmdup" )),
-+ ),
-+ "reheader" :
-+ (
-+ ( "ex1.reheader", "reheader ex1.bam ex1.bam > ex1.reheader"),
-+ ( "pysam_ex1.reheader", (pysam.reheader, "ex1.bam ex1.bam" ) ),
-+ ),
-+ "cat":
-+ (
-+ ( "ex1.cat", "cat ex1.bam ex1.bam > ex1.cat"),
-+ ( "pysam_ex1.cat", (pysam.cat, "ex1.bam ex1.bam" ) ),
-+ ),
-+ "targetcut":
-+ (
-+ ("ex1.targetcut", "targetcut ex1.bam > ex1.targetcut" ),
-+ ("pysam_ex1.targetcut", (pysam.targetcut, "pysam_ex1.bam") ),
-+ ),
-+ "phase":
-+ (
-+ ("ex1.phase", "phase ex1.bam > ex1.phase" ),
-+ ("pysam_ex1.phase", (pysam.phase, "pysam_ex1.bam") ),
-+ ),
-+ "import" :
-+ (
-+ ("ex1.bam", "import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam" ),
-+ ("pysam_ex1.bam", (pysam.samimport, "ex1.fa.fai ex1.sam.gz pysam_ex1.bam") ),
-+ ),
-+ "bam2fq":
-+ (
-+ ("ex1.bam2fq", "bam2fq ex1.bam > ex1.bam2fq" ),
-+ ("pysam_ex1.bam2fq", (pysam.bam2fq, "pysam_ex1.bam") ),
-+ ),
-+ "pad2unpad":
-+ (
-+ ("ex2.unpad", "pad2unpad -T ex1.fa ex2.bam > ex2.unpad" ),
-+ ("pysam_ex2.unpad", (pysam.pad2unpad, "-T ex1.fa ex2.bam") ),
-+ ),
-+ "bamshuf":
-+ (
-+ ("ex1.bamshuf.bam", "bamshuf ex1.bam ex1.bamshuf" ),
-+ ("pysam_ex1.bamshuf.bam", (pysam.bamshuf, "ex1.bam pysam_ex1.bamshuf") ),
-+ ),
-+ "bedcov":
-+ (
-+ ("ex1.bedcov", "bedcov ex1.bed ex1.bam > ex1.bedcov" ),
-+ ("pysam_ex1.bedcov", (pysam.bedcov, "ex1.bed ex1.bam") ),
-+ ),
-+ }
-+
-+ # some tests depend on others. The order specifies in which order
-+ # the samtools commands are executed.
-+ # The first three (faidx, import, index) need to be in that order,
-+ # the rest is arbitrary.
-+ order = ('faidx', 'import', 'index',
-+ # 'pileup1', 'pileup2', deprecated
-+ # 'glfview', deprecated
-+ 'view', 'view2',
-+ 'sort',
-+ 'mpileup',
-+ 'depth',
-+ 'idxstats',
-+ 'fixmate',
-+ 'flagstat',
-+ ## 'calmd',
-+ 'merge',
-+ 'rmdup',
-+ 'reheader',
-+ 'cat',
-+ 'bedcov',
-+ 'targetcut',
-+ 'phase',
-+ 'bamshuf',
-+ 'bam2fq',
-+ 'pad2unpad',
-+ )
-+
-+ def setUp( self ):
-+ '''setup tests.
-+
-+ For setup, all commands will be run before the first test is
-+ executed. Individual tests will then just compare the output
-+ files.
-+ '''
-+ if BinaryTest.first_time:
-+
-+ # remove previous files
-+ if os.path.exists( WORKDIR ):
-+ shutil.rmtree( WORKDIR )
-+ pass
-+
-+ # copy the source files to WORKDIR
-+ os.makedirs( WORKDIR )
-+
-+ shutil.copy( "ex1.fa", os.path.join( WORKDIR, "pysam_ex1.fa" ) )
-+ shutil.copy( "ex1.fa", os.path.join( WORKDIR, "ex1.fa" ) )
-+ shutil.copy( "ex1.sam.gz", os.path.join( WORKDIR, "ex1.sam.gz" ) )
-+ shutil.copy( "ex1.sam", os.path.join( WORKDIR, "ex1.sam" ) )
-+ shutil.copy( "ex2.bam", os.path.join( WORKDIR, "ex2.bam" ) )
-+
-+ # cd to workdir
-+ savedir = os.getcwd()
-+ os.chdir( WORKDIR )
-+
-+ for label in self.order:
-+ # print ("command=", label)
-+ command = self.commands[label]
-+ # build samtools command and target and run
-+ samtools_target, samtools_command = command[0]
-+ runSamtools( " ".join( (SAMTOOLS, samtools_command )))
-+
-+ # get pysam command and run
-+ try:
-+ pysam_target, pysam_command = command[1]
-+ except ValueError as msg:
-+ raise ValueError( "error while setting up %s=%s: %s" %\
-+ (label, command, msg) )
-+
-+ pysam_method, pysam_options = pysam_command
-+ try:
-+ output = pysam_method( *pysam_options.split(" "), raw=True)
-+ except pysam.SamtoolsError as msg:
-+ raise pysam.SamtoolsError( "error while executing %s: options=%s: msg=%s" %\
-+ (label, pysam_options, msg) )
-+
-+
-+ if ">" in samtools_command:
-+ with open( pysam_target, "wb" ) as outfile:
-+ if type(output) == list:
-+ if IS_PYTHON3:
-+ for line in output:
-+ outfile.write( line.encode('ascii') )
-+ else:
-+ for line in output: outfile.write( line )
-+ else:
-+ outfile.write(output)
-+
-+ os.chdir( savedir )
-+ BinaryTest.first_time = False
-+
-+ samtools_version = getSamtoolsVersion()
-+
-+
-+ def _r( s ):
-+ # patch - remove any of the alpha/beta suffixes, i.e., 0.1.12a -> 0.1.12
-+ if s.count('-') > 0: s = s[0:s.find('-')]
-+ return re.sub( "[^0-9.]", "", s )
-+
-+ if _r(samtools_version) != _r( pysam.__samtools_version__):
-+ raise ValueError("versions of pysam/samtools and samtools differ: %s != %s" % \
-+ (pysam.__samtools_version__,
-+ samtools_version ))
-+
-+ def checkCommand( self, command ):
-+ if command:
-+ samtools_target, pysam_target = self.commands[command][0][0], self.commands[command][1][0]
-+ samtools_target = os.path.join( WORKDIR, samtools_target )
-+ pysam_target = os.path.join( WORKDIR, pysam_target )
-+ self.assertTrue( checkBinaryEqual( samtools_target, pysam_target ),
-+ "%s failed: files %s and %s are not the same" % (command, samtools_target, pysam_target) )
-+
-+ def testImport( self ):
-+ self.checkCommand( "import" )
-+
-+ def testIndex( self ):
-+ self.checkCommand( "index" )
-+
-+ def testSort( self ):
-+ self.checkCommand( "sort" )
-+
-+ def testMpileup( self ):
-+ self.checkCommand( "mpileup" )
-+
-+ def testDepth( self ):
-+ self.checkCommand( "depth" )
-+
-+ def testIdxstats( self ):
-+ self.checkCommand( "idxstats" )
-+
-+ def testFixmate( self ):
-+ self.checkCommand( "fixmate" )
-+
-+ def testFlagstat( self ):
-+ self.checkCommand( "flagstat" )
-+
-+ def testMerge( self ):
-+ self.checkCommand( "merge" )
-+
-+ def testRmdup( self ):
-+ self.checkCommand( "rmdup" )
-+
-+ def testReheader( self ):
-+ self.checkCommand( "reheader" )
-+
-+ def testCat( self ):
-+ self.checkCommand( "cat" )
-+
-+ def testTargetcut( self ):
-+ self.checkCommand( "targetcut" )
-+
-+ def testPhase( self ):
-+ self.checkCommand( "phase" )
-+
-+ def testBam2fq( self ):
-+ self.checkCommand( "bam2fq" )
-+
-+ def testBedcov( self ):
-+ self.checkCommand( "bedcov" )
-+
-+ def testBamshuf( self ):
-+ self.checkCommand( "bamshuf" )
-+
-+ def testPad2Unpad( self ):
-+ self.checkCommand( "pad2unpad" )
-+
-+ # def testPileup1( self ):
-+ # self.checkCommand( "pileup1" )
-+
-+ # def testPileup2( self ):
-+ # self.checkCommand( "pileup2" )
-+
-+ # deprecated
-+ # def testGLFView( self ):
-+ # self.checkCommand( "glfview" )
-+
-+ def testView( self ):
-+ self.checkCommand( "view" )
-+
-+ def testEmptyIndex( self ):
-+ self.assertRaises( IOError, pysam.index, "exdoesntexist.bam" )
-+
-+ def __del__(self):
-+ if os.path.exists( WORKDIR ):
-+ pass
-+ # shutil.rmtree( WORKDIR )
-+
-+class IOTest(unittest.TestCase):
-+ '''check if reading samfile and writing a samfile are consistent.'''
-+
-+ def checkEcho( self, input_filename,
-+ reference_filename,
-+ output_filename,
-+ input_mode, output_mode, use_template = True ):
-+ '''iterate through *input_filename* writing to *output_filename* and
-+ comparing the output to *reference_filename*.
-+
-+ The files are opened according to the *input_mode* and *output_mode*.
-+
-+ If *use_template* is set, the header is copied from infile using the
-+ template mechanism, otherwise target names and lengths are passed
-+ explicitely.
-+
-+ '''
-+
-+ infile = pysam.Samfile( input_filename, input_mode )
-+ if use_template:
-+ outfile = pysam.Samfile( output_filename, output_mode, template = infile )
-+ else:
-+ outfile = pysam.Samfile( output_filename, output_mode,
-+ referencenames = infile.references,
-+ referencelengths = infile.lengths,
-+ add_sq_text = False )
-+
-+ iter = infile.fetch()
-+
-+ for x in iter: outfile.write( x )
-+ infile.close()
-+ outfile.close()
-+
-+ self.assertTrue( checkBinaryEqual( reference_filename, output_filename),
-+ "files %s and %s are not the same" % (reference_filename, output_filename) )
-+
-+
-+ def testReadWriteBam( self ):
-+
-+ input_filename = "ex1.bam"
-+ output_filename = "pysam_ex1.bam"
-+ reference_filename = "ex1.bam"
-+
-+ self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
-+ "rb", "wb" )
-+
-+ def testReadWriteBamWithTargetNames( self ):
-+
-+ input_filename = "ex1.bam"
-+ output_filename = "pysam_ex1.bam"
-+ reference_filename = "ex1.bam"
-+
-+ self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
-+ "rb", "wb", use_template = False )
-+
-+ def testReadWriteSamWithHeader( self ):
-+
-+ input_filename = "ex2.sam"
-+ output_filename = "pysam_ex2.sam"
-+ reference_filename = "ex2.sam"
-+
-+ self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
-+ "r", "wh" )
-+
-+ def testReadWriteSamWithoutHeader( self ):
-+
-+ input_filename = "ex2.sam"
-+ output_filename = "pysam_ex2.sam"
-+ reference_filename = "ex1.sam"
-+
-+ self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
-+ "r", "w" )
-+
-+ def testReadSamWithoutTargetNames( self ):
-+ '''see issue 104.'''
-+ input_filename = "example_unmapped_reads_no_sq.sam"
-+
-+ # raise exception in default mode
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r" )
-+
-+ # raise exception if no SQ files
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r",
-+ check_header = True)
-+
-+ infile = pysam.Samfile( input_filename, check_header = False, check_sq = False )
-+ result = list(infile.fetch())
-+
-+ def testReadBamWithoutTargetNames( self ):
-+ '''see issue 104.'''
-+ input_filename = "example_unmapped_reads_no_sq.bam"
-+
-+ # raise exception in default mode
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r" )
-+
-+ # raise exception if no SQ files
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r",
-+ check_header = True)
-+
-+
-+ infile = pysam.Samfile( input_filename, check_header = False, check_sq = False )
-+ result = list(infile.fetch( until_eof = True))
-+
-+ def testReadSamWithoutHeader( self ):
-+ input_filename = "ex1.sam"
-+ output_filename = "pysam_ex1.sam"
-+ reference_filename = "ex1.sam"
-+
-+ # reading from a samfile without header is not implemented.
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r" )
-+
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r",
-+ check_header = False )
-+
-+ def testReadUnformattedFile( self ):
-+ '''test reading from a file that is not bam/sam formatted'''
-+ input_filename = "example.vcf40"
-+
-+ # bam - file raise error
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "rb" )
-+
-+ # sam - file error, but can't fetch
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r" )
-+
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r",
-+ check_header = False)
-+
-+ def testBAMWithoutAlignedReads( self ):
-+ '''see issue 117'''
-+ input_filename = "test_unaligned.bam"
-+ samfile = pysam.Samfile( input_filename, "rb", check_sq = False )
-+ samfile.fetch( until_eof = True )
-+
-+ def testBAMWithShortBAI( self ):
-+ '''see issue 116'''
-+ input_filename = "example_bai.bam"
-+ samfile = pysam.Samfile( input_filename, "rb", check_sq = False )
-+ samfile.fetch( 'chr2' )
-+
-+ def testFetchFromClosedFile( self ):
-+
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-+ samfile.close()
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
-+
-+ def testClosedFile( self ):
-+ '''test that access to a closed samfile raises ValueError.'''
-+
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-+ samfile.close()
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.pileup, 'chr1', 100, 120)
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.getrname, 0 )
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.tell )
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.seek, 0 )
-+ self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "nreferences" )
-+ self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "references" )
-+ self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "lengths" )
-+ self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "text" )
-+ self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "header" )
-+
-+ # write on closed file
-+ self.assertEqual( 0, samfile.write(None) )
-+
-+ def testAutoDetection( self ):
-+ '''test if autodetection works.'''
-+
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex3.sam" )
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch, 'chr1' )
-+ samfile.close()
-+
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex3.bam" )
-+ samfile.fetch('chr1')
-+ samfile.close()
-+
-+ def testReadingFromSamFileWithoutHeader( self ):
-+ '''read from samfile without header.
-+ '''
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex7.sam", check_header = False, check_sq = False )
-+ self.assertRaises( NotImplementedError, samfile.__iter__ )
-+
-+ def testReadingFromFileWithoutIndex( self ):
-+ '''read from bam file without index.'''
-+
-+ assert not os.path.exists( "ex2.bam.bai" )
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex2.bam", "rb" )
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch )
-+ self.assertEqual( len(list( samfile.fetch(until_eof = True) )), 3270 )
-+
-+ def testReadingUniversalFileMode( self ):
-+ '''read from samfile without header.
-+ '''
-+
-+ input_filename = "ex2.sam"
-+ output_filename = "pysam_ex2.sam"
-+ reference_filename = "ex1.sam"
-+
-+ self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
-+ "rU", "w" )
-+
-+class TestFloatTagBug( unittest.TestCase ):
-+ '''see issue 71'''
-+
-+ def testFloatTagBug( self ):
-+ '''a float tag before another exposed a parsing bug in bam_aux_get.
-+
-+ Fixed in 0.1.19
-+ '''
-+ samfile = pysam.Samfile("tag_bug.bam")
-+ read = next(samfile.fetch(until_eof=True))
-+ self.assertTrue( ('XC',1) in read.tags )
-+ self.assertEqual(read.opt('XC'), 1)
-+
-+class TestLargeFieldBug( unittest.TestCase ):
-+ '''see issue 100'''
-+
-+ def testLargeFileBug( self ):
-+ '''when creating a read with a large entry in the tag field
-+ causes an errror:
-+ NotImplementedError: tags field too large
-+ '''
-+ samfile = pysam.Samfile("issue100.bam")
-+ read = next(samfile.fetch(until_eof=True))
-+ new_read = pysam.AlignedRead()
-+ new_read.tags = read.tags
-+ self.assertEqual( new_read.tags, read.tags )
-+
-+class TestTagParsing( unittest.TestCase ):
-+ '''tests checking the accuracy of tag setting and retrieval.'''
-+
-+ def makeRead( self ):
-+ a = pysam.AlignedRead()
-+ a.qname = "read_12345"
-+ a.tid = 0
-+ a.seq="ACGT" * 3
-+ a.flag = 0
-+ a.rname = 0
-+ a.pos = 1
-+ a.mapq = 20
-+ a.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,25) )
-+ a.mrnm = 0
-+ a.mpos=200
-+ a.isize = 0
-+ a.qual ="1234" * 3
-+ # todo: create tags
-+ return a
-+
-+ def testNegativeIntegers( self ):
-+ x = -2
-+ aligned_read = self.makeRead()
-+ aligned_read.tags = [("XD", int(x) ) ]
-+ # print (aligned_read.tags)
-+
-+ def testNegativeIntegers2( self ):
-+ x = -2
-+ r = self.makeRead()
-+ r.tags = [("XD", int(x) ) ]
-+ outfile = pysam.Samfile( "test.bam",
-+ "wb",
-+ referencenames = ("chr1",),
-+ referencelengths = (1000,) )
-+ outfile.write (r )
-+ outfile.close()
-+
-+ def testCigarString( self ):
-+ r = self.makeRead()
-+ self.assertEqual( r.cigarstring, "10M1D25M" )
-+ r.cigarstring = "20M10D20M"
-+ self.assertEqual( r.cigar, [(0,20), (2,10), (0,20)])
-+
-+ def testLongTags( self ):
-+ '''see issue 115'''
-+
-+ r = self.makeRead()
-+ rg = 'HS2000-899_199.L3'
-+ tags = [('XC', 85), ('XT', 'M'), ('NM', 5), ('SM', 29), ('AM', 29), ('XM', 1), ('XO', 1), ('XG', 4), ('MD', '37^ACCC29T18'), ('XA','5,+11707,36M1I48M,2;21,-48119779,46M1I38M,2;hs37d5,-10060835,40M1D45M,3;5,+11508,36M1I48M,3;hs37d5,+6743812,36M1I48M,3;19,-59118894,46M1I38M,3;4,-191044002,6M1I78M,3;')]
-+
-+ r.tags = tags
-+ r.tags += [("RG",rg)] * 100
-+ tags += [("RG",rg)] * 100
-+
-+ self.assertEqual( tags, r.tags )
-+
-+class TestIteratorRow(unittest.TestCase):
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-+
-+ def checkRange( self, rnge ):
-+ '''compare results from iterator with those from samtools.'''
-+ ps = list(self.samfile.fetch(region=rnge))
-+ sa = list(pysam.view( "ex1.bam", rnge, raw = True) )
-+ self.assertEqual( len(ps), len(sa), "unequal number of results for range %s: %i != %i" % (rnge, len(ps), len(sa) ))
-+ # check if the same reads are returned and in the same order
-+ for line, (a, b) in enumerate( list(zip( ps, sa )) ):
-+ d = b.split("\t")
-+ self.assertEqual( a.qname, d[0], "line %i: read id mismatch: %s != %s" % (line, a.rname, d[0]) )
-+ self.assertEqual( a.pos, int(d[3])-1, "line %i: read position mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" % \
-+ (line, a.pos, int(d[3])-1,
-+ str(a), str(d) ) )
-+ if sys.version_info[0] < 3:
-+ qual = d[10]
-+ else:
-+ qual = d[10].encode('ascii')
-+ self.assertEqual( a.qual, qual, "line %i: quality mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" % \
-+ (line, a.qual, qual,
-+ str(a), str(d) ) )
-+
-+ def testIteratePerContig(self):
-+ '''check random access per contig'''
-+ for contig in self.samfile.references:
-+ self.checkRange( contig )
-+
-+ def testIterateRanges(self):
-+ '''check random access per range'''
-+ for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
-+ for start in range( 1, length, 90):
-+ self.checkRange( "%s:%i-%i" % (contig, start, start + 90) ) # this includes empty ranges
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.samfile.close()
-+
-+
-+class TestIteratorRowAll(unittest.TestCase):
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-+
-+ def testIterate(self):
-+ '''compare results from iterator with those from samtools.'''
-+ ps = list(self.samfile.fetch())
-+ sa = list(pysam.view( "ex1.bam", raw = True) )
-+ self.assertEqual( len(ps), len(sa), "unequal number of results: %i != %i" % (len(ps), len(sa) ))
-+ # check if the same reads are returned
-+ for line, pair in enumerate( list(zip( ps, sa )) ):
-+ data = pair[1].split("\t")
-+ self.assertEqual( pair[0].qname, data[0], "read id mismatch in line %i: %s != %s" % (line, pair[0].rname, data[0]) )
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.samfile.close()
-+
-+class TestIteratorColumn(unittest.TestCase):
-+ '''test iterator column against contents of ex4.bam.'''
-+
-+ # note that samfile contains 1-based coordinates
-+ # 1D means deletion with respect to reference sequence
-+ #
-+ mCoverages = { 'chr1' : [ 0 ] * 20 + [1] * 36 + [0] * (100 - 20 -35 ),
-+ 'chr2' : [ 0 ] * 20 + [1] * 35 + [0] * (100 - 20 -35 ),
-+ }
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex4.bam","rb" )
-+
-+ def checkRange( self, contig, start = None, end = None, truncate = False ):
-+ '''compare results from iterator with those from samtools.'''
-+ # check if the same reads are returned and in the same order
-+ for column in self.samfile.pileup(contig, start, end, truncate = truncate):
-+ if truncate:
-+ self.assertGreaterEqual( column.pos, start )
-+ self.assertLess( column.pos, end )
-+ thiscov = len(column.pileups)
-+ refcov = self.mCoverages[self.samfile.getrname(column.tid)][column.pos]
-+ self.assertEqual( thiscov, refcov, "wrong coverage at pos %s:%i %i should be %i" % (self.samfile.getrname(column.tid), column.pos, thiscov, refcov))
-+
-+ def testIterateAll(self):
-+ '''check random access per contig'''
-+ self.checkRange( None )
-+
-+ def testIteratePerContig(self):
-+ '''check random access per contig'''
-+ for contig in self.samfile.references:
-+ self.checkRange( contig )
-+
-+ def testIterateRanges(self):
-+ '''check random access per range'''
-+ for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
-+ for start in range( 1, length, 90):
-+ self.checkRange( contig, start, start + 90 ) # this includes empty ranges
-+
-+ def testInverse( self ):
-+ '''test the inverse, is point-wise pileup accurate.'''
-+ for contig, refseq in list(self.mCoverages.items()):
-+ refcolumns = sum(refseq)
-+ for pos, refcov in enumerate( refseq ):
-+ columns = list(self.samfile.pileup( contig, pos, pos+1) )
-+ if refcov == 0:
-+ # if no read, no coverage
-+ self.assertEqual( len(columns), refcov, "wrong number of pileup columns returned for position %s:%i, %i should be %i" %(contig,pos,len(columns), refcov) )
-+ elif refcov == 1:
-+ # one read, all columns of the read are returned
-+ self.assertEqual( len(columns), refcolumns, "pileup incomplete at position %i: got %i, expected %i " %\
-+ (pos, len(columns), refcolumns))
-+
-+ def testIterateTruncate( self ):
-+ '''check random access per range'''
-+ for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
-+ for start in range( 1, length, 90):
-+ self.checkRange( contig, start, start + 90, truncate = True ) # this includes empty ranges
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.samfile.close()
-+
-+class TestIteratorColumn2(unittest.TestCase):
-+ '''test iterator column against contents of ex1.bam.'''
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-+
-+ def testStart( self ):
-+ #print self.samfile.fetch().next().pos
-+ #print self.samfile.pileup().next().pos
-+ pass
-+
-+ def testTruncate( self ):
-+ '''see issue 107.'''
-+ # note that ranges in regions start from 1
-+ p = self.samfile.pileup(region='chr1:170:172', truncate=True)
-+ columns = [ x.pos for x in p ]
-+ self.assertEqual( len(columns), 3)
-+ self.assertEqual( columns, [169,170,171] )
-+
-+ p = self.samfile.pileup( 'chr1', 169, 172, truncate=True)
-+ columns = [ x.pos for x in p ]
-+
-+ self.assertEqual( len(columns), 3)
-+ self.assertEqual( columns, [169,170,171] )
-+
-+class TestAlignedReadFromBam(unittest.TestCase):
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.bam","rb" )
-+ self.reads=list(self.samfile.fetch())
-+
-+ def testARqname(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].qname, "read_28833_29006_6945", "read name mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].qname, "read_28833_29006_6945") )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].qname, "read_28701_28881_323b", "read name mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].qname, "read_28701_28881_323b") )
-+
-+ def testARflag(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].flag, 99, "flag mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].flag, 99) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].flag, 147, "flag mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].flag, 147) )
-+
-+ def testARrname(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].rname, 0, "chromosome/target id mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].rname, 0) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].rname, 1, "chromosome/target id mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].rname, 1) )
-+
-+ def testARpos(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].pos, 33-1, "mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].pos, 33-1) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].pos, 88-1, "mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].pos, 88-1) )
-+
-+ def testARmapq(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].mapq, 20, "mapping quality mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].mapq, 20) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].mapq, 30, "mapping quality mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].mapq, 30) )
-+
-+ def testARcigar(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].cigar, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)], "read name length mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].cigar, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)]) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].cigar, [(0, 35)], "read name length mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].cigar, [(0, 35)]) )
-+
-+ def testARcigarstring(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].cigarstring, '10M1D25M' )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].cigarstring, '35M' )
-+
-+ def testARmrnm(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].mrnm, 0, "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].mrnm, 0) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].mrnm, 1, "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].mrnm, 1) )
-+ self.assertEqual( self.reads[0].rnext, 0, "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].rnext, 0) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].rnext, 1, "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].rnext, 1) )
-+
-+ def testARmpos(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].mpos, 200-1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].mpos, 200-1) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].mpos, 500-1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].mpos, 500-1) )
-+ self.assertEqual( self.reads[0].pnext, 200-1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].pnext, 200-1) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].pnext, 500-1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].pnext, 500-1) )
-+
-+ def testARisize(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].isize, 167, "insert size mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].isize, 167) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].isize, 412, "insert size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].isize, 412) )
-+ self.assertEqual( self.reads[0].tlen, 167, "insert size mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].tlen, 167) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].tlen, 412, "insert size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].tlen, 412) )
-+
-+ def testARseq(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG") )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].seq, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "sequence size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].seq, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA") )
-+ self.assertEqual( self.reads[3].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 4: %s != %s" % (self.reads[3].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG") )
-+
-+ def testARqual(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<", "quality string mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<") )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].qual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<", "quality string mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].qual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<") )
-+ self.assertEqual( self.reads[3].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<", "quality string mismatch in read 3: %s != %s" % (self.reads[3].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<") )
-+
-+ def testARquery(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].query, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "query mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].query, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG") )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].query, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "query size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].query, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA") )
-+ self.assertEqual( self.reads[3].query, b"TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT", "query mismatch in read 4: %s != %s" % (self.reads[3].query, b"TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT") )
-+
-+ def testARqqual(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<", "qquality string mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<") )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].qqual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<", "qquality string mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].qqual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<") )
-+ self.assertEqual( self.reads[3].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22", "qquality string mismatch in read 3: %s != %s" % (self.reads[3].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22") )
-+
-+ def testPresentOptionalFields(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].opt('NM'), 1, "optional field mismatch in read 1, NM: %s != %s" % (self.reads[0].opt('NM'), 1) )
-+ self.assertEqual( self.reads[0].opt('RG'), 'L1', "optional field mismatch in read 1, RG: %s != %s" % (self.reads[0].opt('RG'), 'L1') )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].opt('RG'), 'L2', "optional field mismatch in read 2, RG: %s != %s" % (self.reads[1].opt('RG'), 'L2') )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].opt('MF'), 18, "optional field mismatch in read 2, MF: %s != %s" % (self.reads[1].opt('MF'), 18) )
-+
-+ def testPairedBools(self):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].is_paired, True, "is paired mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].is_paired, True) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].is_paired, True, "is paired mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].is_paired, True) )
-+ self.assertEqual( self.reads[0].is_proper_pair, True, "is proper pair mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].is_proper_pair, True) )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].is_proper_pair, True, "is proper pair mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].is_proper_pair, True) )
-+
-+ def testTags( self ):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].tags,
-+ [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
-+ ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')] )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].tags,
-+ [('MF', 18), ('RG', 'L2'),
-+ ('PG', 'P2'),('XT', 'R') ] )
-+
-+ def testOpt( self ):
-+ self.assertEqual( self.reads[0].opt("XT"), "U" )
-+ self.assertEqual( self.reads[1].opt("XT"), "R" )
-+
-+ def testMissingOpt( self ):
-+ self.assertRaises( KeyError, self.reads[0].opt, "XP" )
-+
-+ def testEmptyOpt( self ):
-+ self.assertRaises( KeyError, self.reads[2].opt, "XT" )
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.samfile.close()
-+
-+class TestAlignedReadFromSam(TestAlignedReadFromBam):
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.sam","r" )
-+ self.reads=list(self.samfile.fetch())
-+
-+# needs to be implemented
-+# class TestAlignedReadFromSamWithoutHeader(TestAlignedReadFromBam):
-+#
-+# def setUp(self):
-+# self.samfile=pysam.Samfile( "ex7.sam","r" )
-+# self.reads=list(self.samfile.fetch())
-+
-+class TestHeaderSam(unittest.TestCase):
-+
-+ header = {'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
-+ {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
-+ 'RG': [{'LB': 'SC_1', 'ID': 'L1', 'SM': 'NA12891', 'PU': 'SC_1_10', "CN":"name:with:colon"},
-+ {'LB': 'SC_2', 'ID': 'L2', 'SM': 'NA12891', 'PU': 'SC_2_12', "CN":"name:with:colon"}],
-+ 'PG': [{'ID': 'P1', 'VN': '1.0'}, {'ID': 'P2', 'VN': '1.1'}],
-+ 'HD': {'VN': '1.0'},
-+ 'CO' : [ 'this is a comment', 'this is another comment'],
-+ }
-+
-+ def compareHeaders( self, a, b ):
-+ '''compare two headers a and b.'''
-+ for ak,av in a.items():
-+ self.assertTrue( ak in b, "key '%s' not in '%s' " % (ak,b) )
-+ self.assertEqual( av, b[ak] )
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.sam","r" )
-+
-+ def testHeaders(self):
-+ self.compareHeaders( self.header, self.samfile.header )
-+ self.compareHeaders( self.samfile.header, self.header )
-+
-+ def testNameMapping( self ):
-+ for x, y in enumerate( ("chr1", "chr2")):
-+ tid = self.samfile.gettid( y )
-+ ref = self.samfile.getrname( x )
-+ self.assertEqual( tid, x )
-+ self.assertEqual( ref, y )
-+
-+ self.assertEqual( self.samfile.gettid("chr?"), -1 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.getrname, 2 )
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.samfile.close()
-+
-+class TestHeaderBam(TestHeaderSam):
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.bam","rb" )
-+
-+
-+class TestHeader1000Genomes( unittest.TestCase ):
-+
-+ # bamfile = "http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/phase2b_alignment/data/NA07048/exome_alignment/NA07048.unmapped.ILLUMINA.bwa.CEU.exome.20120522_p2b.bam"
-+ bamfile = "http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/phase3_EX_or_LC_only_alignment/data/HG00104/alignment/HG00104.chrom11.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20130415.bam"
-+
-+ def testRead( self ):
-+
-+ # Skip fetching files from web when building the package
-+ #f = pysam.Samfile( self.bamfile, "rb" )
-+ #data = f.header.copy()
-+ #self.assertTrue( data )
-+ self.assertTrue( True )
-+
-+class TestUnmappedReads(unittest.TestCase):
-+
-+ def testSAM(self):
-+ samfile=pysam.Samfile( "ex5.sam","r" )
-+ self.assertEqual( len(list(samfile.fetch( until_eof = True))), 2 )
-+ samfile.close()
-+
-+ def testBAM(self):
-+ samfile=pysam.Samfile( "ex5.bam","rb" )
-+ self.assertEqual( len(list(samfile.fetch( until_eof = True))), 2 )
-+ samfile.close()
-+
-+class TestPileupObjects(unittest.TestCase):
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-+
-+ def testPileupColumn(self):
-+ for pcolumn1 in self.samfile.pileup( region="chr1:105" ):
-+ if pcolumn1.pos == 104:
-+ self.assertEqual( pcolumn1.tid, 0, "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.tid, 0) )
-+ self.assertEqual( pcolumn1.pos, 105-1, "position mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.pos, 105-1) )
-+ self.assertEqual( pcolumn1.n, 2, "# reads mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.n, 2) )
-+ for pcolumn2 in self.samfile.pileup( region="chr2:1480" ):
-+ if pcolumn2.pos == 1479:
-+ self.assertEqual( pcolumn2.tid, 1, "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.tid, 1) )
-+ self.assertEqual( pcolumn2.pos, 1480-1, "position mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.pos, 1480-1) )
-+ self.assertEqual( pcolumn2.n, 12, "# reads mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.n, 12) )
-+
-+ def testPileupRead(self):
-+ for pcolumn1 in self.samfile.pileup( region="chr1:105" ):
-+ if pcolumn1.pos == 104:
-+ self.assertEqual( len(pcolumn1.pileups), 2, "# reads aligned to column mismatch in position 1: %s != %s" % (len(pcolumn1.pileups), 2) )
-+# self.assertEqual( pcolumn1.pileups[0] # need to test additional properties here
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.samfile.close()
-+
-+ def testIteratorOutOfScope( self ):
-+ '''test if exception is raised if pileup col is accessed after iterator is exhausted.'''
-+
-+ for pileupcol in self.samfile.pileup():
-+ pass
-+
-+ self.assertRaises( ValueError, getattr, pileupcol, "pileups" )
-+
-+class TestContextManager(unittest.TestCase):
-+
-+ def testManager( self ):
-+ with pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb') as samfile:
-+ samfile.fetch()
-+ self.assertEqual( samfile._isOpen(), False )
-+
-+class TestExceptions(unittest.TestCase):
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-+
-+ def testMissingFile(self):
-+
-+ self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.bam", "rb" )
-+ self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.sam", "r" )
-+ self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.bam", "r" )
-+ self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.sam", "rb" )
-+
-+ def testBadContig(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr88" )
-+
-+ def testMeaninglessCrap(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "skljf" )
-+
-+ def testBackwardsOrderNewFormat(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, 'chr1', 100, 10 )
-+
-+ def testBackwardsOrderOldFormat(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:100-10")
-+
-+ def testOutOfRangeNegativeNewFormat(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, -10 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, 0 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", -5, -10 )
-+
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, -10 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, 0 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", -5, -10 )
-+
-+ def testOutOfRangeNegativeOldFormat(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-10" )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-0" )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5--10" )
-+
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-10" )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-0" )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5--10" )
-+
-+ def testOutOfRangNewFormat(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 9999999999, 99999999999 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 9999999999, 99999999999 )
-+
-+ def testOutOfRangeLargeNewFormat(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999 )
-+
-+ def testOutOfRangeLargeOldFormat(self):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:99999999999999999-999999999999999999" )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1:99999999999999999-999999999999999999" )
-+
-+ def testZeroToZero(self):
-+ '''see issue 44'''
-+ self.assertEqual( len(list(self.samfile.fetch('chr1', 0, 0))), 0)
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.samfile.close()
-+
-+class TestWrongFormat(unittest.TestCase):
-+ '''test cases for opening files not in bam/sam format.'''
-+
-+ def testOpenSamAsBam( self ):
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.sam', 'rb' )
-+
-+ def testOpenBamAsSam( self ):
-+ # test fails, needs to be implemented.
-+ # sam.fetch() fails on reading, not on opening
-+ # self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.bam', 'r' )
-+ pass
-+
-+ def testOpenFastaAsSam( self ):
-+ # test fails, needs to be implemented.
-+ # sam.fetch() fails on reading, not on opening
-+ # self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.fa', 'r' )
-+ pass
-+
-+ def testOpenFastaAsBam( self ):
-+ self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.fa', 'rb' )
-+
-+class TestFastaFile(unittest.TestCase):
-+
-+ mSequences = { 'chr1' :
-+ b"CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAGTCCCATTTGGAGCCCCTCTAAGCCGTTCTATTTGTAATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAACAACCTTGAGAACCCCAGGGAATTTGTCAATGTCAGGGAAGGAGCATTTTGTCAGTTACCAAATGTGTTTATTACCAGAGGGATGGAGGGAAGAGGGACGCTGAAGAACTTTGATGCCCTCTTCTTCCAAAGATGAAACGCGTAACTGCGCTCTCATTCACTCCAG [...]
-+ 'chr2' :
-+ b"TTCAAATGAACTTCTGTAATTGAAAAATTCATTTAAGAAATTACAAAATATAGTTGAAAGCTCTAACAATAGACTAAACCAAGCAGAAGAAAGAGGTTCAGAACTTGAAGACAAGTCTCTTATGAATTAACCCAGTCAGACAAAAATAAAGAAAAAAATTTTAAAAATGAACAGAGCTTTCAAGAAGTATGAGATTATGTAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTTTGGAAAAACTATTTGAGGAAGTAATTGGGGAAAACCTCTTTAGTCTTGCTAGAGATTTAGACATCTAAATGAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGAAAAAAATTCTAAAATCAGCAAGAGAAAAGCATACAGTCATCTAT [...]
-+ }
-+
-+ def setUp(self):
-+ self.file=pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-+
-+ def testFetch(self):
-+ for id, seq in list(self.mSequences.items()):
-+ self.assertEqual( seq, self.file.fetch( id ) )
-+ for x in range( 0, len(seq), 10):
-+ self.assertEqual( seq[x:x+10], self.file.fetch( id, x, x+10) )
-+ # test x:end
-+ self.assertEqual( seq[x:], self.file.fetch( id, x) )
-+ # test 0:x
-+ self.assertEqual( seq[:x], self.file.fetch( id, None, x) )
-+
-+
-+ # unknown sequence returns ""
-+ self.assertEqual( b"", self.file.fetch("chr12") )
-+
-+ def testOutOfRangeAccess( self ):
-+ '''test out of range access.'''
-+ # out of range access returns an empty string
-+ for contig, s in self.mSequences.items():
-+ self.assertEqual( self.file.fetch( contig, len(s), len(s)+1), b"" )
-+
-+ self.assertEqual( self.file.fetch( "chr3", 0 , 100), b"" )
-+
-+ def testFetchErrors( self ):
-+ self.assertRaises( ValueError, self.file.fetch )
-+ self.assertRaises( IndexError, self.file.fetch, "chr1", -1, 10 )
-+ self.assertRaises( ValueError, self.file.fetch, "chr1", 20, 10 )
-+
-+ def testLength( self ):
-+ self.assertEqual( len(self.file), 2 )
-+
-+ def tearDown(self):
-+ self.file.close()
-+
-+class TestAlignedRead(unittest.TestCase):
-+ '''tests to check if aligned read can be constructed
-+ and manipulated.
-+ '''
-+
-+ def checkFieldEqual( self, read1, read2, exclude = []):
-+ '''check if two reads are equal by comparing each field.'''
-+
-+ for x in ("qname", "seq", "flag",
-+ "rname", "pos", "mapq", "cigar",
-+ "mrnm", "mpos", "isize", "qual",
-+ "is_paired", "is_proper_pair",
-+ "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
-+ "is_reverse", "mate_is_reverse",
-+ "is_read1", "is_read2",
-+ "is_secondary", "is_qcfail",
-+ "is_duplicate", "bin"):
-+ if x in exclude: continue
-+ self.assertEqual( getattr(read1, x), getattr(read2,x), "attribute mismatch for %s: %s != %s" %
-+ (x, getattr(read1, x), getattr(read2,x)))
-+
-+ def testEmpty( self ):
-+ a = pysam.AlignedRead()
-+ self.assertEqual( a.qname, None )
-+ self.assertEqual( a.seq, None )
-+ self.assertEqual( a.qual, None )
-+ self.assertEqual( a.flag, 0 )
-+ self.assertEqual( a.rname, 0 )
-+ self.assertEqual( a.mapq, 0 )
-+ self.assertEqual( a.cigar, None )
-+ self.assertEqual( a.tags, [] )
-+ self.assertEqual( a.mrnm, 0 )
-+ self.assertEqual( a.mpos, 0 )
-+ self.assertEqual( a.isize, 0 )
-+
-+ def buildRead( self ):
-+ '''build an example read.'''
-+
-+ a = pysam.AlignedRead()
-+ a.qname = "read_12345"
-+ a.seq="ACGT" * 10
-+ a.flag = 0
-+ a.rname = 0
-+ a.pos = 20
-+ a.mapq = 20
-+ a.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,9), (1,1), (0,20) )
-+ a.mrnm = 0
-+ a.mpos=200
-+ a.isize=167
-+ a.qual="1234" * 10
-+ # todo: create tags
-+ return a
-+
-+ def testUpdate( self ):
-+ '''check if updating fields affects other variable length data
-+ '''
-+ a = self.buildRead()
-+ b = self.buildRead()
-+
-+ # check qname
-+ b.qname = "read_123"
-+ self.checkFieldEqual( a, b, "qname" )
-+ b.qname = "read_12345678"
-+ self.checkFieldEqual( a, b, "qname" )
-+ b.qname = "read_12345"
-+ self.checkFieldEqual( a, b)
-+
-+ # check cigar
-+ b.cigar = ( (0,10), )
-+ self.checkFieldEqual( a, b, "cigar" )
-+ b.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,10) )
-+ self.checkFieldEqual( a, b, "cigar" )
-+ b.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,9), (1,1), (0,20) )
-+ self.checkFieldEqual( a, b)
-+
-+ # check seq
-+ b.seq = "ACGT"
-+ self.checkFieldEqual( a, b, ("seq", "qual") )
-+ b.seq = "ACGT" * 3
-+ self.checkFieldEqual( a, b, ("seq", "qual") )
-+ b.seq = "ACGT" * 10
-+ self.checkFieldEqual( a, b, ("qual",))
-+
-+ # reset qual
-+ b = self.buildRead()
-+
-+ # check flags:
-+ for x in (
-+ "is_paired", "is_proper_pair",
-+ "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
-+ "is_reverse", "mate_is_reverse",
-+ "is_read1", "is_read2",
-+ "is_secondary", "is_qcfail",
-+ "is_duplicate"):
-+ setattr( b, x, True )
-+ self.assertEqual( getattr(b, x), True )
-+ self.checkFieldEqual( a, b, ("flag", x,) )
-+ setattr( b, x, False )
-+ self.assertEqual( getattr(b, x), False )
-+ self.checkFieldEqual( a, b )
-+
-+ def testLargeRead( self ):
-+ '''build an example read.'''
-+
-+ a = pysam.AlignedRead()
-+ a.qname = "read_12345"
-+ a.seq="ACGT" * 200
-+ a.flag = 0
-+ a.rname = 0
-+ a.pos = 20
-+ a.mapq = 20
-+ a.cigar = ( (0, 4 * 200), )
-+ a.mrnm = 0
-+ a.mpos=200
-+ a.isize=167
-+ a.qual="1234" * 200
-+
-+ return a
-+
-+ def testTagParsing( self ):
-+ '''test for tag parsing
-+
-+ see http://groups.google.com/group/pysam-user-group/browse_thread/thread/67ca204059ea465a
-+ '''
-+ samfile=pysam.Samfile( "ex8.bam","rb" )
-+
-+ for entry in samfile:
-+ before = entry.tags
-+ entry.tags = entry.tags
-+ after = entry.tags
-+ self.assertEqual( after, before )
-+
-+ def testUpdateTlen( self ):
-+ '''check if updating tlen works'''
-+ a = self.buildRead()
-+ oldlen = a.tlen
-+ oldlen *= 2
-+ a.tlen = oldlen
-+ self.assertEqual( a.tlen, oldlen )
-+
-+ def testPositions( self ):
-+ a = self.buildRead()
-+ self.assertEqual( a.positions,
-+ [20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
-+ 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39,
-+ 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49,
-+ 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59] )
-+
-+ self.assertEqual( a.aligned_pairs,
-+ [(0, 20), (1, 21), (2, 22), (3, 23), (4, 24),
-+ (5, 25), (6, 26), (7, 27), (8, 28), (9, 29),
-+ (None, 30),
-+ (10, 31), (11, 32), (12, 33), (13, 34), (14, 35),
-+ (15, 36), (16, 37), (17, 38), (18, 39), (19, None),
-+ (20, 40), (21, 41), (22, 42), (23, 43), (24, 44),
-+ (25, 45), (26, 46), (27, 47), (28, 48), (29, 49),
-+ (30, 50), (31, 51), (32, 52), (33, 53), (34, 54),
-+ (35, 55), (36, 56), (37, 57), (38, 58), (39, 59)] )
-+
-+ self.assertEqual( a.positions, [x[1] for x in a.aligned_pairs if x[0] != None and x[1] != None] )
-+ # alen is the length of the aligned read in genome
-+ self.assertEqual( a.alen, a.aligned_pairs[-1][0] + 1 )
-+ # aend points to one beyond last aligned base in ref
-+ self.assertEqual( a.positions[-1], a.aend - 1 )
-+
-+class TestDeNovoConstruction(unittest.TestCase):
-+ '''check BAM/SAM file construction using ex6.sam
-+
-+ (note these are +1 coordinates):
-+
-+ read_28833_29006_6945 99 chr1 33 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1 RG:Z:L1
-+ read_28701_28881_323b 147 chr2 88 30 35M = 500 412 ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA <<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<< MF:i:18 RG:Z:L2
-+ '''
-+
-+ header = { 'HD': {'VN': '1.0'},
-+ 'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
-+ {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}], }
-+
-+ bamfile = "ex6.bam"
-+ samfile = "ex6.sam"
-+
-+ def checkFieldEqual( self, read1, read2, exclude = []):
-+ '''check if two reads are equal by comparing each field.'''
-+
-+ for x in ("qname", "seq", "flag",
-+ "rname", "pos", "mapq", "cigar",
-+ "mrnm", "mpos", "isize", "qual",
-+ "bin",
-+ "is_paired", "is_proper_pair",
-+ "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
-+ "is_reverse", "mate_is_reverse",
-+ "is_read1", "is_read2",
-+ "is_secondary", "is_qcfail",
-+ "is_duplicate"):
-+ if x in exclude: continue
-+ self.assertEqual( getattr(read1, x), getattr(read2,x), "attribute mismatch for %s: %s != %s" %
-+ (x, getattr(read1, x), getattr(read2,x)))
-+
-+ def setUp( self ):
-+
-+ a = pysam.AlignedRead()
-+ a.qname = "read_28833_29006_6945"
-+ a.seq="AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"
-+ a.flag = 99
-+ a.rname = 0
-+ a.pos = 32
-+ a.mapq = 20
-+ a.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,25) )
-+ a.mrnm = 0
-+ a.mpos=199
-+ a.isize=167
-+ a.qual="<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"
-+ a.tags = ( ("NM", 1),
-+ ("RG", "L1") )
-+
-+ b = pysam.AlignedRead()
-+ b.qname = "read_28701_28881_323b"
-+ b.seq="ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"
-+ b.flag = 147
-+ b.rname = 1
-+ b.pos = 87
-+ b.mapq = 30
-+ b.cigar = ( (0,35), )
-+ b.mrnm = 1
-+ b.mpos=499
-+ b.isize=412
-+ b.qual="<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<"
-+ b.tags = ( ("MF", 18),
-+ ("RG", "L2") )
-+
-+ self.reads = (a,b)
-+
-+ def testSAMWholeFile( self ):
-+
-+ tmpfilename = "tmp_%i.sam" % id(self)
-+
-+ outfile = pysam.Samfile( tmpfilename, "wh", header = self.header )
-+
-+ for x in self.reads: outfile.write( x )
-+ outfile.close()
-+ self.assertTrue( checkBinaryEqual( tmpfilename, self.samfile ),
-+ "mismatch when construction SAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.samfile))
-+
-+ os.unlink( tmpfilename )
-+
-+ def testBAMPerRead( self ):
-+ '''check if individual reads are binary equal.'''
-+ infile = pysam.Samfile( self.bamfile, "rb")
-+
-+ others = list(infile)
-+ for denovo, other in zip( others, self.reads):
-+ self.checkFieldEqual( other, denovo )
-+ self.assertEqual( other.compare( denovo ), 0 )
-+
-+ def testSAMPerRead( self ):
-+ '''check if individual reads are binary equal.'''
-+ infile = pysam.Samfile( self.samfile, "r")
-+
-+ others = list(infile)
-+ for denovo, other in zip( others, self.reads):
-+ self.checkFieldEqual( other, denovo )
-+ self.assertEqual( other.compare( denovo), 0 )
-+
-+ def testBAMWholeFile( self ):
-+
-+ tmpfilename = "tmp_%i.bam" % id(self)
-+
-+ outfile = pysam.Samfile( tmpfilename, "wb", header = self.header )
-+
-+ for x in self.reads: outfile.write( x )
-+ outfile.close()
-+
-+ self.assertTrue( checkBinaryEqual( tmpfilename, self.bamfile ),
-+ "mismatch when construction BAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.bamfile))
-+
-+ os.unlink( tmpfilename )
-+
-+class TestDeNovoConstructionUserTags(TestDeNovoConstruction):
-+ '''test de novo construction with a header that contains lower-case tags.'''
-+
-+ header = { 'HD': {'VN': '1.0'},
-+ 'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
-+ {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
-+ 'x1': {'A': 2, 'B': 5 },
-+ 'x3': {'A': 6, 'B': 5 },
-+ 'x2': {'A': 4, 'B': 5 } }
-+
-+ bamfile = "example_user_header.bam"
-+ samfile = "example_user_header.sam"
-+
-+class TestEmptyHeader( unittest.TestCase ):
-+ '''see issue 84.'''
-+
-+ def testEmptyHeader( self ):
-+
-+ s = pysam.Samfile('example_empty_header.bam')
-+ self.assertEqual( s.header, {'SQ': [{'LN': 1000, 'SN': 'chr1'}]} )
-+
-+class TestBTagSam( unittest.TestCase ):
-+ '''see issue 81.'''
-+
-+ compare = [ [100, 1, 91, 0, 7, 101, 0, 201, 96, 204, 0, 0, 87, 109, 0, 7, 97, 112, 1, 12, 78, 197, 0, 7, 100, 95, 101, 202, 0, 6, 0, 1, 186, 0, 84, 0, 244, 0, 0, 324, 0, 107, 195, 101, 113, 0, 102, 0, 104, 3, 0, 101, 1, 0, 212, 6, 0, 0, 1, 0, 74, 1, 11, 0, 196, 2, 197, 103, 0, 108, 98, 2, 7, 0, 1, 2, 194, 0, 180, 0, 108, 0, 203, 104, 16, 5, 205, 0, 0, 0, 1, 1, 100, 98, 0, 0, 204, 6, 0, 79, 0, 0, 101, 7, 109, 90, 265, 1, 27, 10, 109, 102, 9, 0, 292, 0, 110, 0, 0, 102, 112, 0, 0, 84, [...]
-+ [-100,200,-300,-400],
-+ [-100,12],
-+ [12,15],
-+ [-1.0,5.0,2.5] ]
-+
-+ filename = 'example_btag.sam'
-+
-+ def testRead( self ):
-+
-+ s = pysam.Samfile(self.filename)
-+ for x, read in enumerate(s):
-+ if x == 0:
-+ self.assertEqual( read.tags, [('RG', 'QW85I'), ('PG', 'tmap'), ('MD', '140'), ('NM', 0), ('AS', 140), ('FZ', [100, 1, 91, 0, 7, 101, 0, 201, 96, 204, 0, 0, 87, 109, 0, 7, 97, 112, 1, 12, 78, 197, 0, 7, 100, 95, 101, 202, 0, 6, 0, 1, 186, 0, 84, 0, 244, 0, 0, 324, 0, 107, 195, 101, 113, 0, 102, 0, 104, 3, 0, 101, 1, 0, 212, 6, 0, 0, 1, 0, 74, 1, 11, 0, 196, 2, 197, 103, 0, 108, 98, 2, 7, 0, 1, 2, 194, 0, 180, 0, 108, 0, 203, 104, 16, 5, 205, 0, 0, 0, 1, 1, 100, 98, 0, 0, [...]
-+ )
-+
-+ fz = dict(read.tags)["FZ"]
-+ self.assertEqual( fz, self.compare[x] )
-+ self.assertEqual( read.opt("FZ"), self.compare[x])
-+
-+ def testWrite( self ):
-+
-+ s = pysam.Samfile(self.filename)
-+ for read in s:
-+ before = read.tags
-+ read.tags = read.tags
-+ after = read.tags
-+ self.assertEqual( after, before )
-+
-+class TestBTagBam( TestBTagSam ):
-+ filename = 'example_btag.bam'
-+
-+class TestDoubleFetch(unittest.TestCase):
-+ '''check if two iterators on the same bamfile are independent.'''
-+
-+ def testDoubleFetch( self ):
-+
-+ samfile1 = pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb')
-+
-+ for a,b in zip(samfile1.fetch(), samfile1.fetch()):
-+ self.assertEqual( a.compare( b ), 0 )
-+
-+ def testDoubleFetchWithRegion( self ):
-+
-+ samfile1 = pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb')
-+ chr, start, stop = 'chr1', 200, 3000000
-+ self.assertTrue(len(list(samfile1.fetch ( chr, start, stop))) > 0) #just making sure the test has something to catch
-+
-+ for a,b in zip(samfile1.fetch( chr, start, stop), samfile1.fetch( chr, start, stop)):
-+ self.assertEqual( a.compare( b ), 0 )
-+
-+ def testDoubleFetchUntilEOF( self ):
-+
-+ samfile1 = pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb')
-+
-+ for a,b in zip(samfile1.fetch( until_eof = True),
-+ samfile1.fetch( until_eof = True )):
-+ self.assertEqual( a.compare( b), 0 )
-+
-+class TestRemoteFileFTP(unittest.TestCase):
-+ '''test remote access.
-+
-+ '''
-+
-+ # Need to find an ftp server without password on standard
-+ # port.
-+
-+ url = "ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/rd/humanSequences/CV.bam"
-+ region = "1:1-1000"
-+
-+ def testFTPView( self ):
-+ return
-+ result = pysam.view( self.url, self.region )
-+ self.assertEqual( len(result), 36 )
-+
-+ def testFTPFetch( self ):
-+ return
-+ samfile = pysam.Samfile(self.url, "rb")
-+ result = list(samfile.fetch( region = self.region ))
-+ self.assertEqual( len(result), 36 )
-+
-+class TestLargeOptValues( unittest.TestCase ):
-+
-+ ints = ( 65536, 214748, 2147484, 2147483647 )
-+ floats = ( 65536.0, 214748.0, 2147484.0 )
-+
-+ def check( self, samfile ):
-+
-+ i = samfile.fetch()
-+ for exp in self.ints:
-+ rr = next(i)
-+ obs = rr.opt("ZP")
-+ self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-+
-+ for exp in [ -x for x in self.ints ]:
-+ rr = next(i)
-+ obs = rr.opt("ZP")
-+ self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-+
-+ for exp in self.floats:
-+ rr = next(i)
-+ obs = rr.opt("ZP")
-+ self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-+
-+ for exp in [ -x for x in self.floats ]:
-+ rr = next(i)
-+ obs = rr.opt("ZP")
-+ self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-+
-+ def testSAM( self ):
-+ samfile = pysam.Samfile("ex10.sam", "r")
-+ self.check( samfile )
-+
-+ def testBAM( self ):
-+ samfile = pysam.Samfile("ex10.bam", "rb")
-+ self.check( samfile )
-+
-+# class TestSNPCalls( unittest.TestCase ):
-+# '''test pysam SNP calling ability.'''
-+
-+# def checkEqual( self, a, b ):
-+# for x in ("reference_base",
-+# "pos",
-+# "genotype",
-+# "consensus_quality",
-+# "snp_quality",
-+# "mapping_quality",
-+# "coverage" ):
-+# self.assertEqual( getattr(a, x), getattr(b,x), "%s mismatch: %s != %s\n%s\n%s" %
-+# (x, getattr(a, x), getattr(b,x), str(a), str(b)))
-+
-+# def testAllPositionsViaIterator( self ):
-+# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-+# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-+# try:
-+# refs = [ x for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ) if x.reference_base != "*"]
-+# except pysam.SamtoolsError:
-+# pass
-+
-+# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-+# calls = list(pysam.IteratorSNPCalls(i))
-+# for x,y in zip( refs, calls ):
-+# self.checkEqual( x, y )
-+
-+# def testPerPositionViaIterator( self ):
-+# # test pileup for each position. This is a slow operation
-+# # so this test is disabled
-+# return
-+# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-+# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-+# for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ):
-+# if x.reference_base == "*": continue
-+# i = samfile.pileup( x.chromosome, x.pos, x.pos+1,
-+# fastafile = fastafile,
-+# stepper = "samtools" )
-+# z = [ zz for zz in pysam.IteratorSamtools(i) if zz.pos == x.pos ]
-+# self.assertEqual( len(z), 1 )
-+# self.checkEqual( x, z[0] )
-+
-+# def testPerPositionViaCaller( self ):
-+# # test pileup for each position. This is a fast operation
-+# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-+# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-+# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-+# caller = pysam.SNPCaller( i )
-+
-+# for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ):
-+# if x.reference_base == "*": continue
-+# call = caller.call( x.chromosome, x.pos )
-+# self.checkEqual( x, call )
-+
-+# class TestIndelCalls( unittest.TestCase ):
-+# '''test pysam indel calling.'''
-+
-+# def checkEqual( self, a, b ):
-+
-+# for x in ("pos",
-+# "genotype",
-+# "consensus_quality",
-+# "snp_quality",
-+# "mapping_quality",
-+# "coverage",
-+# "first_allele",
-+# "second_allele",
-+# "reads_first",
-+# "reads_second",
-+# "reads_diff"):
-+# if b.genotype == "*/*" and x == "second_allele":
-+# # ignore test for second allele (positions chr2:439 and chr2:1512)
-+# continue
-+# self.assertEqual( getattr(a, x), getattr(b,x), "%s mismatch: %s != %s\n%s\n%s" %
-+# (x, getattr(a, x), getattr(b,x), str(a), str(b)))
-+
-+# def testAllPositionsViaIterator( self ):
-+
-+# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-+# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-+# try:
-+# refs = [ x for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ) if x.reference_base == "*"]
-+# except pysam.SamtoolsError:
-+# pass
-+
-+# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-+# calls = [ x for x in list(pysam.IteratorIndelCalls(i)) if x != None ]
-+# for x,y in zip( refs, calls ):
-+# self.checkEqual( x, y )
-+
-+# def testPerPositionViaCaller( self ):
-+# # test pileup for each position. This is a fast operation
-+# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-+# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-+# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-+# caller = pysam.IndelCaller( i )
-+
-+# for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ):
-+# if x.reference_base != "*": continue
-+# call = caller.call( x.chromosome, x.pos )
-+# self.checkEqual( x, call )
-+
-+class TestLogging( unittest.TestCase ):
-+ '''test around bug issue 42,
-+
-+ failed in versions < 0.4
-+ '''
-+
-+ def check( self, bamfile, log ):
-+
-+ if log:
-+ logger = logging.getLogger('franklin')
-+ logger.setLevel(logging.INFO)
-+ formatter = logging.Formatter('%(asctime)s %(levelname)s %(message)s')
-+ log_hand = logging.FileHandler('log.txt')
-+ log_hand.setFormatter(formatter)
-+ logger.addHandler(log_hand)
-+
-+ bam = pysam.Samfile(bamfile, 'rb')
-+ cols = bam.pileup()
-+ self.assertTrue( True )
-+
-+ def testFail1( self ):
-+ self.check( "ex9_fail.bam", False )
-+ self.check( "ex9_fail.bam", True )
-+
-+ def testNoFail1( self ):
-+ self.check( "ex9_nofail.bam", False )
-+ self.check( "ex9_nofail.bam", True )
-+
-+ def testNoFail2( self ):
-+ self.check( "ex9_nofail.bam", True )
-+ self.check( "ex9_nofail.bam", True )
-+
-+# TODOS
-+# 1. finish testing all properties within pileup objects
-+# 2. check exceptions and bad input problems (missing files, optional fields that aren't present, etc...)
-+# 3. check: presence of sequence
-+
-+class TestSamfileUtilityFunctions( unittest.TestCase ):
-+
-+ def testCount( self ):
-+
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-+
-+ for contig in ("chr1", "chr2" ):
-+ for start in range( 0, 2000, 100 ):
-+ end = start + 1
-+ self.assertEqual( len( list( samfile.fetch( contig, start, end ) ) ),
-+ samfile.count( contig, start, end ) )
-+
-+ # test empty intervals
-+ self.assertEqual( len( list( samfile.fetch( contig, start, start ) ) ),
-+ samfile.count( contig, start, start ) )
-+
-+ # test half empty intervals
-+ self.assertEqual( len( list( samfile.fetch( contig, start ) ) ),
-+ samfile.count( contig, start ) )
-+
-+ def testMate( self ):
-+ '''test mate access.'''
-+
-+ with open( "ex1.sam", "rb" ) as inf:
-+ readnames = [ x.split(b"\t")[0] for x in inf.readlines() ]
-+ if sys.version_info[0] >= 3:
-+ readnames = [ name.decode('ascii') for name in readnames ]
-+
-+ counts = collections.defaultdict( int )
-+ for x in readnames: counts[x] += 1
-+
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-+ for read in samfile.fetch():
-+ if not read.is_paired:
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.mate, read )
-+ elif read.mate_is_unmapped:
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.mate, read )
-+ else:
-+ if counts[read.qname] == 1:
-+ self.assertRaises( ValueError, samfile.mate, read )
-+ else:
-+ mate = samfile.mate( read )
-+ self.assertEqual( read.qname, mate.qname )
-+ self.assertEqual( read.is_read1, mate.is_read2 )
-+ self.assertEqual( read.is_read2, mate.is_read1 )
-+ self.assertEqual( read.pos, mate.mpos )
-+ self.assertEqual( read.mpos, mate.pos )
-+
-+ def testIndexStats( self ):
-+ '''test if total number of mapped/unmapped reads is correct.'''
-+
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-+ self.assertEqual( samfile.mapped, 3235 )
-+ self.assertEqual( samfile.unmapped, 35 )
-+
-+class TestSamtoolsProxy( unittest.TestCase ):
-+ '''tests for sanity checking access to samtools functions.'''
-+
-+ def testIndex( self ):
-+ self.assertRaises( IOError, pysam.index, "missing_file" )
-+
-+ def testView( self ):
-+ # note that view still echos "open: No such file or directory"
-+ self.assertRaises( pysam.SamtoolsError, pysam.view, "missing_file" )
-+
-+ def testSort( self ):
-+ self.assertRaises( pysam.SamtoolsError, pysam.sort, "missing_file" )
-+
-+class TestSamfileIndex( unittest.TestCase):
-+
-+ def testIndex( self ):
-+ samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-+ index = pysam.IndexedReads( samfile )
-+ index.build()
-+
-+ reads = collections.defaultdict( int )
-+
-+ for read in samfile: reads[read.qname] += 1
-+
-+ for qname, counts in reads.items():
-+ found = list(index.find( qname ))
-+ self.assertEqual( len(found), counts )
-+ for x in found: self.assertEqual( x.qname, qname )
-+
-+
-+if __name__ == "__main__":
-+ # build data files
-+ print ("building data files")
-+ subprocess.call( "make", shell=True)
-+ print ("starting tests")
-+ unittest.main()
-+ print ("completed tests")
diff --git a/debian/patches/series b/debian/patches/series
deleted file mode 100644
index 797745b..0000000
--- a/debian/patches/series
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
-# fix_cleanup_tests.patch
-do_not_use_distribute_setup.patch
-# offline-tests.patch
-use_external_htslib.patch
diff --git a/debian/patches/use_external_htslib.patch b/debian/patches/use_external_htslib.patch
deleted file mode 100644
index 31bd62f..0000000
--- a/debian/patches/use_external_htslib.patch
+++ /dev/null
@@ -1,23 +0,0 @@
-Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
-Date: Tue, 19 Aug 2014 21:26:37 +0200
-Description: setup.py allows to use external htslib which we do hereby
-
---- a/setup.py
-+++ b/setup.py
-@@ -32,7 +32,7 @@ IS_PYTHON3 = sys.version_info[0] >= 3
- # pysam.
- # external: use shared libhts.so compiled outside of
- # pysam
--HTSLIB = "separate"
-+HTSLIB = "external"
- HTSLIB_DIR = []
-
- # collect pysam version
-@@ -55,6 +55,7 @@ tabix_dest = os.path.abspath("tabix")
- if HTSLIB == 'external':
- htslib_sources = []
- chtslib_sources = []
-+ shared_htslib_sources = htslib_sources
- htslib_library_dirs = HTSLIB_DIR
- htslib_libraries = ['hts']
- elif HTSLIB == 'separate':
diff --git a/debian/python-pysam-tests.README.Debian b/debian/python-pysam-tests.README.Debian
deleted file mode 100644
index ed86b39..0000000
--- a/debian/python-pysam-tests.README.Debian
+++ /dev/null
@@ -1,12 +0,0 @@
-Pysam for Debian
-================
-
-To verify whether your python-pysam modules are working correctly
-you can run the test suite manually by running the script
-
- run-unit-test
-
-in this directory.
-
- -- Andreas Tille <tille at debian.org> Fri, 07 Feb 2014 18:29:40 +0100
-
diff --git a/debian/python-pysam-tests.docs b/debian/python-pysam-tests.docs
deleted file mode 100644
index 760739f..0000000
--- a/debian/python-pysam-tests.docs
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-debian/tests/run-unit-test
diff --git a/debian/python-pysam-tests.install b/debian/python-pysam-tests.install
deleted file mode 100644
index a99a578..0000000
--- a/debian/python-pysam-tests.install
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-tests usr/share/doc/python-pysam
diff --git a/debian/rules b/debian/rules
deleted file mode 100755
index 550e772..0000000
--- a/debian/rules
+++ /dev/null
@@ -1,49 +0,0 @@
-#!/usr/bin/make -f
-
-export PYBUILD_NAME=pysam
-
-DEBPKGNAME := $(shell dpkg-parsechangelog | awk '/^Source:/ {print $$2}')
-TESTPKG := $(DEBPKGNAME)-tests
-
-HTSLIBDIR := /usr/lib/$(shell dpkg-architecture -qDEB_HOST_GNU_TYPE)
-
-# DEB_BUILD_OPTIONS := nocheck
-
-%:
- dh $@ --with python2,python3 --buildsystem=pybuild
-
-# Make sure Cython is recreating some c-files. To enable building twice in a
-# row these will be saved in advance and restored afterwards
-debian/savefiles:
- if grep -q -l "Generated by Cython" pysam/*.c ; then \
- mkdir -p debian/savefiles ; \
- mv `grep -l "Generated by Cython" pysam/*.c` debian/savefiles ; \
- fi
-
-override_dh_clean:
- dh_clean
- # restore cython generated files
- if [ -d debian/savefiles ] ; then \
- mv debian/savefiles/* pysam ; \
- rm -rf debian/savefiles ; \
- fi
-
-override_dh_auto_build: debian/savefiles
- HTSLIB_LIBRARY_DIR=$(HTSLIBDIR) HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/include dh_auto_build
-
-override_dh_auto_test:
-ifeq (,$(filter nocheck,$(DEB_BUILD_OPTIONS)))
- LC_ALL=C.UTF-8 dh_auto_test -- --test --system=custom \
- --test-args='set -e; \
- cp -a $(CURDIR)/tests {build_dir}/tests ; \
- cd {build_dir}/tests && HTSLIB_LIBRARY_DIR=$(HTSLIBDIR) HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/include PYTHONPATH={build_dir} {interpreter} ./pysam_test.py \
- && HTSLIB_LIBRARY_DIR=$(HTSLIBDIR) HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/include PYTHONPATH={build_dir} {interpreter} ./tabix_test.py '
-endif
-
-override_dh_install-indep:
- dh_install -p $(TESTPKG)
- cd debian/$(TESTPKG)/usr/share/doc/python-pysam/tests; \
- make clean; \
- rm -f log.txt ; \
- chmod a+x tabix_test.py
-
diff --git a/debian/source/format b/debian/source/format
deleted file mode 100644
index 163aaf8..0000000
--- a/debian/source/format
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-3.0 (quilt)
diff --git a/debian/tests/control b/debian/tests/control
deleted file mode 100644
index f1a4bf7..0000000
--- a/debian/tests/control
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
-Tests: run-unit-test
-Depends: @, python-pysam-tests, samtools, make
-Restrictions: allow-stderr
diff --git a/debian/tests/run-unit-test b/debian/tests/run-unit-test
deleted file mode 100644
index 44e94b4..0000000
--- a/debian/tests/run-unit-test
+++ /dev/null
@@ -1,14 +0,0 @@
-#!/bin/sh -e
-
-if [ "$ADTTMP" = "" ] ; then
- ADTTMP=`mktemp -d /tmp/python-pysam-test.XXXXXX`
-fi
-cd $ADTTMP
-cp -a /usr/share/doc/python-pysam/tests/* $ADTTMP
-gunzip -r *.py.gz \
- ex9_fail.bam.gz \
- ex9_nofail.bam.gz \
- example_empty_header.bam.gz \
- issue100.bam.gz
-chmod u+x ./pysam_test_offline.py
-./pysam_test_offline.py
diff --git a/debian/watch b/debian/watch
deleted file mode 100644
index d964da4..0000000
--- a/debian/watch
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
-version=3
-
-https://pypi.python.org/packages/source/p/pysam/pysam-(\d+.*)\.tar\.gz
diff --git a/doc/out b/doc/out
new file mode 100644
index 0000000..8e2f6d1
--- /dev/null
+++ b/doc/out
@@ -0,0 +1,30 @@
+sphinx-build -b html -d _build/doctrees . _build/html
+Running Sphinx v1.1.3
+loading pickled environment... done
+building [html]: targets for 0 source files that are out of date
+updating environment: 0 added, 1 changed, 0 removed
+reading sources... [100%] index
+
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:23: WARNING: toctree contains reference to nonexisting document u'tabix'
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:73: WARNING: Duplicate explicit target name: "samtools".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:74: WARNING: Duplicate explicit target name: "htslib".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:75: WARNING: Duplicate explicit target name: "tabix".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:77: WARNING: Duplicate explicit target name: "cython".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:78: WARNING: Duplicate explicit target name: "python".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:12: ERROR: Duplicate target name, cannot be used as a unique reference: "htslib".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:12: ERROR: Duplicate target name, cannot be used as a unique reference: "cython".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:12: ERROR: Duplicate target name, cannot be used as a unique reference: "samtools".
+/home/andreas/devel/pysam/doc/index.rst:12: ERROR: Duplicate target name, cannot be used as a unique reference: "tabix".
+looking for now-outdated files... none found
+pickling environment... done
+checking consistency... done
+preparing documents... done
+writing output... [100%] index
+
+writing additional files... genindex py-modindex search
+copying static files... done
+dumping search index... done
+dumping object inventory... done
+build succeeded, 10 warnings.
+
+Build finished. The HTML pages are in _build/html.
diff --git a/htslib/INSTALL b/htslib/INSTALL
deleted file mode 100644
index 1e8df2f..0000000
--- a/htslib/INSTALL
+++ /dev/null
@@ -1,25 +0,0 @@
-System Requirements
-===================
-
-HTSlib depends on the zlib library <http://zlib.net>. Building HTSlib requires
-zlib development files to be installed on the build machine; you may need to
-ensure a package such as zlib1g-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or zlib-devel
-(on RPM/yum-based distributions) is installed.
-
-
-Compilation
-===========
-
-'cd' to the htslib-1.x directory containing the package's source and type
-'make' to compile HTSlib.
-
-
-Installation
-============
-
-Type 'make install' to install the bgzip and tabix utilities, library headers,
-library archives, several manual pages, and a pkgconfig file to /usr/local.
-
-Type 'make prefix=/path/to/dir install' to install everything under your
-choice of installation directory. The install target also understands
-DESTDIR and the other usual installation directory variables.
diff --git a/htslib/LICENSE b/htslib/LICENSE
deleted file mode 100644
index 03db010..0000000
--- a/htslib/LICENSE
+++ /dev/null
@@ -1,69 +0,0 @@
-[Files in this distribution outwith the cram/ subdirectory are distributed
-according to the terms of the following MIT/Expat license.]
-
-The MIT/Expat License
-
-Copyright (C) 2012-2014 Genome Research Ltd.
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-
-
-[Files within the cram/ subdirectory in this distribution are distributed
-according to the terms of the following Modified 3-Clause BSD license.]
-
-The Modified-BSD License
-
-Copyright (C) 2012-2014 Genome Research Ltd.
-
-Redistribution and use in source and binary forms, with or without
-modification, are permitted provided that the following conditions are met:
-
-1. Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
- this list of conditions and the following disclaimer.
-
-2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
- this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
- and/or other materials provided with the distribution.
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-3. Neither the names Genome Research Ltd and Wellcome Trust Sanger Institute
- nor the names of its contributors may be used to endorse or promote products
- derived from this software without specific prior written permission.
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-THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY GENOME RESEARCH LTD AND CONTRIBUTORS "AS IS"
-AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
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-FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
-DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
-SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
-CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY,
-OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
-OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
-
-
-[The use of a range of years within a copyright notice in this distribution
-should be interpreted as being equivalent to a list of years including the
-first and last year specified and all consecutive years between them.
-
-For example, a copyright notice that reads "Copyright (C) 2005, 2007-2009,
-2011-2012" should be interpreted as being identical to a notice that reads
-"Copyright (C) 2005, 2007, 2008, 2009, 2011, 2012" and a copyright notice
-that reads "Copyright (C) 2005-2012" should be interpreted as being identical
-to a notice that reads "Copyright (C) 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010,
-2011, 2012".]
diff --git a/htslib/Makefile b/htslib/Makefile
deleted file mode 100644
index 6919903..0000000
--- a/htslib/Makefile
+++ /dev/null
@@ -1,337 +0,0 @@
-# Makefile for htslib, a C library for high-throughput sequencing data formats.
-#
-# Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd.
-#
-# Author: John Marshall <jm18 at sanger.ac.uk>
-#
-# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-# in the Software without restriction, including without limitation the rights
-# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-# furnished to do so, subject to the following conditions:
-#
-# The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-# all copies or substantial portions of the Software.
-#
-# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-# DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-
-CC = gcc
-AR = ar
-RANLIB = ranlib
-
-# TODO: edit cram code to remove need for -DSAMTOOLS
-CPPFLAGS = -I. -DSAMTOOLS=1
-# TODO: probably update cram code to make it compile cleanly with -Wc++-compat
-CFLAGS = -g -Wall -O2
-EXTRA_CFLAGS_PIC = -fpic
-LDFLAGS =
-LDLIBS =
-
-prefix = /ifs/apps/bio/htslib-1.1
-exec_prefix = $(prefix)
-bindir = $(exec_prefix)/bin
-includedir = $(prefix)/include
-libdir = $(exec_prefix)/lib
-mandir = $(prefix)/share/man
-man1dir = $(mandir)/man1
-man5dir = $(mandir)/man5
-pkgconfigdir= $(libdir)/pkgconfig
-
-MKDIR_P = mkdir -p
-INSTALL = install -p
-INSTALL_PROGRAM = $(INSTALL)
-INSTALL_DATA = $(INSTALL) -m 644
-INSTALL_DIR = $(MKDIR_P) -m 755
-
-BUILT_PROGRAMS = \
- bgzip \
- tabix
-
-BUILT_TEST_PROGRAMS = \
- test/fieldarith \
- test/hfile \
- test/sam \
- test/test_view \
- test/test-vcf-api \
- test/test-vcf-sweep
-
-all: lib-static lib-shared $(BUILT_PROGRAMS) $(BUILT_TEST_PROGRAMS)
-
-HTSPREFIX =
-include htslib_vars.mk
-
-lib-static: libhts.a
-
-# $(shell), :=, and ifeq/.../endif are GNU Make-specific. If you don't have
-# GNU Make, comment out the parts of this conditional that don't apply.
-PLATFORM := $(shell uname -s)
-ifeq "$(PLATFORM)" "Darwin"
-SHLIB_FLAVOUR = dylib
-lib-shared: libhts.dylib
-else
-SHLIB_FLAVOUR = so
-lib-shared: libhts.so
-endif
-
-
-PACKAGE_VERSION = 1.1
-LIBHTS_SOVERSION = 1
-
-
-# $(NUMERIC_VERSION) is for items that must have a numeric X.Y.Z string
-# even if this is a dirty or untagged Git working tree.
-NUMERIC_VERSION = $(PACKAGE_VERSION)
-
-# If building from a Git repository, replace $(PACKAGE_VERSION) with the Git
-# description of the working tree: either a release tag with the same value
-# as $(PACKAGE_VERSION) above, or an exact description likely based on a tag.
-# Much of this is also GNU Make-specific. If you don't have GNU Make and/or
-# are not building from a Git repository, comment out this conditional.
-ifneq "$(wildcard .git)" ""
-original_version := $(PACKAGE_VERSION)
-PACKAGE_VERSION := $(shell git describe --always --dirty)
-
-# Unless the Git description matches /\d*\.\d*(\.\d*)?/, i.e., is exactly a tag
-# with a numeric name, revert $(NUMERIC_VERSION) to the original version number
-# written above, but with the patchlevel field bumped to 255.
-ifneq "$(subst ..,.,$(subst 0,,$(subst 1,,$(subst 2,,$(subst 3,,$(subst 4,,$(subst 5,,$(subst 6,,$(subst 7,,$(subst 8,,$(subst 9,,$(PACKAGE_VERSION))))))))))))" "."
-empty :=
-NUMERIC_VERSION := $(subst $(empty) ,.,$(wordlist 1,2,$(subst ., ,$(original_version))) 255)
-endif
-
-# Force version.h to be remade if $(PACKAGE_VERSION) has changed.
-version.h: $(if $(wildcard version.h),$(if $(findstring "$(PACKAGE_VERSION)",$(shell cat version.h)),,force))
-endif
-
-version.h:
- echo '#define HTS_VERSION "$(PACKAGE_VERSION)"' > $@
-
-
-.SUFFIXES: .c .o .pico
-
-.c.o:
- $(CC) $(CFLAGS) $(CPPFLAGS) -c -o $@ $<
-
-.c.pico:
- $(CC) $(CFLAGS) $(CPPFLAGS) $(EXTRA_CFLAGS_PIC) -c -o $@ $<
-
-
-LIBHTS_OBJS = \
- kfunc.o \
- knetfile.o \
- kstring.o \
- bgzf.o \
- faidx.o \
- hfile.o \
- hfile_net.o \
- hts.o \
- sam.o \
- synced_bcf_reader.o \
- vcf_sweep.o \
- tbx.o \
- vcf.o \
- vcfutils.o \
- cram/cram_codecs.o \
- cram/cram_decode.o \
- cram/cram_encode.o \
- cram/cram_index.o \
- cram/cram_io.o \
- cram/cram_samtools.o \
- cram/cram_stats.o \
- cram/files.o \
- cram/mFILE.o \
- cram/md5.o \
- cram/open_trace_file.o \
- cram/pooled_alloc.o \
- cram/sam_header.o \
- cram/string_alloc.o \
- cram/thread_pool.o \
- cram/vlen.o \
- cram/zfio.o
-
-
-libhts.a: $(LIBHTS_OBJS)
- @-rm -f $@
- $(AR) -rc $@ $(LIBHTS_OBJS)
- -$(RANLIB) $@
-
-
-# The target here is libhts.so, as that is the built file that other rules
-# depend upon and that is used when -lhts appears in other program's recipes.
-# As a byproduct invisible to make, libhts.so.NN is also created, as it is the
-# file used at runtime (when $LD_LIBRARY_PATH includes the build directory).
-
-libhts.so: $(LIBHTS_OBJS:.o=.pico)
- $(CC) -shared -Wl,-soname,libhts.so.$(LIBHTS_SOVERSION) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ $(LIBHTS_OBJS:.o=.pico) $(LDLIBS) -lz -lm
- ln -sf $@ libhts.so.$(LIBHTS_SOVERSION)
-
-# Similarly this also creates libhts.NN.dylib as a byproduct, so that programs
-# when run can find this uninstalled shared library (when $DYLD_LIBRARY_PATH
-# includes this project's build directory).
-
-libhts.dylib: $(LIBHTS_OBJS)
- $(CC) -dynamiclib -install_name $(libdir)/libhts.$(LIBHTS_SOVERSION).dylib -current_version $(NUMERIC_VERSION) -compatibility_version $(LIBHTS_SOVERSION) $(LDFLAGS) -o $@ $(LIBHTS_OBJS) $(LDLIBS) -lz
- ln -sf $@ libhts.$(LIBHTS_SOVERSION).dylib
-
-
-cram_h = cram/cram.h $(cram_samtools_h) $(cram_sam_header_h) $(cram_structs_h) $(cram_io_h) cram/cram_encode.h cram/cram_decode.h cram/cram_stats.h cram/cram_codecs.h cram/cram_index.h
-cram_io_h = cram/cram_io.h $(cram_misc_h)
-cram_misc_h = cram/misc.h cram/os.h
-cram_sam_header_h = cram/sam_header.h cram/string_alloc.h cram/pooled_alloc.h htslib/khash.h htslib/kstring.h
-cram_samtools_h = cram/cram_samtools.h $(htslib_sam_h) $(cram_sam_header_h)
-cram_structs_h = cram/cram_structs.h cram/thread_pool.h cram/string_alloc.h htslib/khash.h
-cram_open_trace_file_h = cram/open_trace_file.h cram/mFILE.h
-hfile_internal_h = hfile_internal.h $(htslib_hfile_h)
-
-bgzf.o bgzf.pico: bgzf.c config.h $(htslib_hts_h) $(htslib_bgzf_h) $(htslib_hfile_h) htslib/khash.h
-kstring.o kstring.pico: kstring.c htslib/kstring.h
-knetfile.o knetfile.pico: knetfile.c htslib/knetfile.h
-hfile.o hfile.pico: hfile.c $(htslib_hfile_h) $(hfile_internal_h)
-hfile_net.o hfile_net.pico: hfile_net.c $(hfile_internal_h) htslib/knetfile.h
-hts.o hts.pico: hts.c version.h $(htslib_hts_h) $(htslib_bgzf_h) $(cram_h) $(htslib_hfile_h) htslib/khash.h htslib/kseq.h htslib/ksort.h
-vcf.o vcf.pico: vcf.c $(htslib_vcf_h) $(htslib_bgzf_h) $(htslib_tbx_h) $(htslib_hfile_h) htslib/khash.h htslib/kseq.h htslib/kstring.h
-sam.o sam.pico: sam.c $(htslib_sam_h) $(htslib_bgzf_h) $(cram_h) $(htslib_hfile_h) htslib/khash.h htslib/kseq.h htslib/kstring.h
-tbx.o tbx.pico: tbx.c $(htslib_tbx_h) $(htslib_bgzf_h) htslib/khash.h
-faidx.o faidx.pico: faidx.c config.h $(htslib_bgzf_h) $(htslib_faidx_h) htslib/khash.h htslib/knetfile.h
-synced_bcf_reader.o synced_bcf_reader.pico: synced_bcf_reader.c $(htslib_synced_bcf_reader_h) htslib/kseq.h htslib/khash_str2int.h
-vcf_sweep.o vcf_sweep.pico: vcf_sweep.c $(htslib_vcf_sweep_h) $(htslib_bgzf_h)
-vcfutils.o vcfutils.pico: vcfutils.c $(htslib_vcfutils_h)
-kfunc.o kfunc.pico: kfunc.c htslib/kfunc.h
-
-cram/cram_codecs.o cram/cram_codecs.pico: cram/cram_codecs.c $(cram_h)
-cram/cram_decode.o cram/cram_decode.pico: cram/cram_decode.c $(cram_h) cram/os.h cram/md5.h
-cram/cram_encode.o cram/cram_encode.pico: cram/cram_encode.c $(cram_h) cram/os.h cram/md5.h
-cram/cram_index.o cram/cram_index.pico: cram/cram_index.c $(htslib_hfile_h) $(cram_h) cram/os.h cram/zfio.h
-cram/cram_io.o cram/cram_io.pico: cram/cram_io.c $(cram_h) cram/os.h cram/md5.h $(cram_open_trace_file_h) $(htslib_hfile_h)
-cram/cram_samtools.o cram/cram_samtools.pico: cram/cram_samtools.c $(cram_h) $(htslib_sam_h)
-cram/cram_stats.o cram/cram_stats.pico: cram/cram_stats.c $(cram_h) cram/os.h
-cram/files.o cram/files.pico: cram/files.c $(cram_misc_h)
-cram/mFILE.o cram/mFILE.pico: cram/mFILE.c cram/os.h cram/mFILE.h cram/vlen.h
-cram/md5.o cram/md5.pico: cram/md5.c cram/md5.h
-cram/open_trace_file.o cram/open_trace_file.pico: cram/open_trace_file.c $(cram_open_trace_file_h) $(cram_misc_h) $(htslib_hfile_h)
-cram/pooled_alloc.o cram/pooled_alloc.pico: cram/pooled_alloc.c cram/pooled_alloc.h
-cram/sam_header.o cram/sam_header.pico: cram/sam_header.c $(cram_sam_header_h) cram/string_alloc.h
-cram/string_alloc.o cram/string_alloc.pico: cram/string_alloc.c cram/string_alloc.h
-cram/thread_pool.o cram/thread_pool.pico: cram/thread_pool.c cram/thread_pool.h
-cram/vlen.o cram/vlen.pico: cram/vlen.c cram/vlen.h cram/os.h
-cram/zfio.o cram/zfio.pico: cram/zfio.c cram/os.h cram/zfio.h
-
-
-bgzip: bgzip.o libhts.a
- $(CC) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ bgzip.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-tabix: tabix.o libhts.a
- $(CC) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ tabix.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-bgzip.o: bgzip.c $(htslib_bgzf_h) $(htslib_hts_h)
-tabix.o: tabix.c $(htslib_tbx_h) $(htslib_sam_h) $(htslib_vcf_h) htslib/kseq.h $(htslib_bgzf_h) $(htslib_hts_h)
-
-
-# For tests that might use it, set $REF_PATH explicitly to use only reference
-# areas within the test suite (or set it to ':' to use no reference areas).
-check test: $(BUILT_TEST_PROGRAMS)
- test/fieldarith test/fieldarith.sam
- test/hfile
- test/sam
- cd test && REF_PATH=: ./test_view.pl
- cd test && ./test.pl
-
-test/fieldarith: test/fieldarith.o libhts.a
- $(CC) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ test/fieldarith.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-test/hfile: test/hfile.o libhts.a
- $(CC) $(LDFLAGS) -o $@ test/hfile.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-test/sam: test/sam.o libhts.a
- $(CC) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ test/sam.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-test/test_view: test/test_view.o libhts.a
- $(CC) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ test/test_view.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-test/test-vcf-api: test/test-vcf-api.o libhts.a
- $(CC) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ test/test-vcf-api.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-test/test-vcf-sweep: test/test-vcf-sweep.o libhts.a
- $(CC) -pthread $(LDFLAGS) -o $@ test/test-vcf-sweep.o libhts.a $(LDLIBS) -lz
-
-test/fieldarith.o: test/fieldarith.c $(htslib_sam_h)
-test/hfile.o: test/hfile.c $(htslib_hfile_h) $(htslib_hts_defs_h)
-test/sam.o: test/sam.c $(htslib_sam_h) htslib/kstring.h
-test/test_view.o: test/test_view.c $(cram_h) $(htslib_sam_h)
-test/test-vcf-api.o: test/test-vcf-api.c $(htslib_hts_h) $(htslib_vcf_h) htslib/kstring.h
-test/test-vcf-sweep.o: test/test-vcf-sweep.c $(htslib_vcf_sweep_h)
-
-
-install: libhts.a $(BUILT_PROGRAMS) installdirs install-$(SHLIB_FLAVOUR) install-pkgconfig
- $(INSTALL_PROGRAM) $(BUILT_PROGRAMS) $(DESTDIR)$(bindir)
- $(INSTALL_DATA) htslib/*.h $(DESTDIR)$(includedir)/htslib
- $(INSTALL_DATA) libhts.a $(DESTDIR)$(libdir)/libhts.a
- $(INSTALL_DATA) tabix.1 $(DESTDIR)$(man1dir)
- $(INSTALL_DATA) faidx.5 sam.5 vcf.5 $(DESTDIR)$(man5dir)
-
-installdirs:
- $(INSTALL_DIR) $(DESTDIR)$(bindir) $(DESTDIR)$(includedir) $(DESTDIR)$(includedir)/htslib $(DESTDIR)$(libdir) $(DESTDIR)$(man1dir) $(DESTDIR)$(man5dir) $(DESTDIR)$(pkgconfigdir)
-
-# After installation, the real file in $(libdir) will be libhts.so.X.Y.Z,
-# with symlinks libhts.so (used via -lhts during linking of client programs)
-# and libhts.so.NN (used by client executables at runtime).
-
-install-so: libhts.so installdirs
- $(INSTALL_DATA) libhts.so $(DESTDIR)$(libdir)/libhts.so.$(PACKAGE_VERSION)
- ln -sf libhts.so.$(PACKAGE_VERSION) $(DESTDIR)$(libdir)/libhts.so
- ln -sf libhts.so.$(PACKAGE_VERSION) $(DESTDIR)$(libdir)/libhts.so.$(LIBHTS_SOVERSION)
-
-install-dylib: libhts.dylib installdirs
- $(INSTALL_PROGRAM) libhts.dylib $(DESTDIR)$(libdir)/libhts.$(PACKAGE_VERSION).dylib
- ln -sf libhts.$(PACKAGE_VERSION).dylib $(DESTDIR)$(libdir)/libhts.dylib
- ln -sf libhts.$(PACKAGE_VERSION).dylib $(DESTDIR)$(libdir)/libhts.$(LIBHTS_SOVERSION).dylib
-
-# Substitute these pseudo-autoconf variables only at install time
-# so that "make install prefix=/prefix/path" etc continue to work.
-install-pkgconfig: installdirs
- sed -e 's#@includedir@#$(includedir)#g;s#@libdir@#$(libdir)#g;s#@PACKAGE_VERSION@#$(PACKAGE_VERSION)#g' htslib.pc.in > $(DESTDIR)$(pkgconfigdir)/htslib.pc
- chmod 644 $(DESTDIR)$(pkgconfigdir)/htslib.pc
-
-# A pkg-config file (suitable for copying to $PKG_CONFIG_PATH) that provides
-# flags for building against the uninstalled library in this build directory.
-htslib-uninstalled.pc: htslib.pc.in
- sed -e 's#@includedir@#'`pwd`'#g;s#@libdir@#'`pwd`'#g' htslib.pc.in > $@
-
-
-testclean:
- -rm -f test/*.tmp test/*.tmp.*
-
-mostlyclean: testclean
- -rm -f *.o *.pico cram/*.o cram/*.pico test/*.o test/*.dSYM version.h
-
-clean: mostlyclean clean-$(SHLIB_FLAVOUR)
- -rm -f libhts.a $(BUILT_PROGRAMS) $(BUILT_TEST_PROGRAMS)
-
-distclean: clean
- -rm -f TAGS *-uninstalled.pc
-
-clean-so:
- -rm -f libhts.so libhts.so.*
-
-clean-dylib:
- -rm -f libhts.dylib libhts.*.dylib
-
-
-tags:
- ctags -f TAGS *.[ch] cram/*.[ch] htslib/*.h
-
-
-force:
-
-
-.PHONY: all check clean distclean force install install-pkgconfig installdirs
-.PHONY: lib-shared lib-static mostlyclean tags test testclean
-.PHONY: clean-so install-so
-.PHONY: clean-dylib install-dylib
diff --git a/htslib/README b/htslib/README
deleted file mode 100644
index 4225bec..0000000
--- a/htslib/README
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
-HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file
-formats, such as SAM, CRAM, VCF, and BCF, used for high-throughput sequencing
-data. It is the core library used by samtools and bcftools.
-
-See INSTALL for building and installation instructions.
diff --git a/htslib/faidx.5 b/htslib/faidx.5
deleted file mode 100644
index cb779a6..0000000
--- a/htslib/faidx.5
+++ /dev/null
@@ -1,147 +0,0 @@
-'\" t
-.TH faidx 5 "August 2013" "htslib" "Bioinformatics formats"
-.SH NAME
-faidx \- an index enabling random access to FASTA files
-.\"
-.\" Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-.\"
-.\" Author: John Marshall <jm18 at sanger.ac.uk>
-.\"
-.\" Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
-.\" copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
-.\" to deal in the Software without restriction, including without limitation
-.\" the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
-.\" and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
-.\" Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
-.\"
-.\" The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-.\" all copies or substantial portions of the Software.
-.\"
-.\" THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-.\" IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-.\" FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-.\" THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-.\" LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-.\" FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-.\" DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-.\"
-.SH SYNOPSIS
-.IR file.fa .fai,
-.IR file.fasta .fai
-.SH DESCRIPTION
-Using an \fBfai index\fP file in conjunction with a FASTA file containing
-reference sequences enables efficient access to arbitrary regions within
-those reference sequences.
-The index file typically has the same filename as the corresponding FASTA
-file, with \fB.fai\fP appended.
-.P
-An \fBfai index\fP file is a text file consisting of lines each with
-five TAB-delimited columns:
-.TS
-lbl.
-NAME Name of this reference sequence
-LENGTH Total length of this reference sequence, in bases
-OFFSET Offset within the FASTA file of this sequence's first base
-LINEBASES The number of bases on each line
-LINEWIDTH The number of bytes in each line, including the newline
-.TE
-.P
-The \fBNAME\fP and \fBLENGTH\fP columns contain the same
-data as would appear in the \fBSN\fP and \fBLN\fP fields of a
-SAM \fB at SQ\fP header for the same reference sequence.
-.P
-The \fBOFFSET\fP column contains the offset within the FASTA file, in bytes
-starting from zero, of the first base of this reference sequence, i.e., of
-the character following the newline at the end of the "\fB>\fP" header line.
-Typically the lines of a \fBfai index\fP file appear in the order in which the
-reference sequences appear in the FASTA file, so \fB.fai\fP files are typically
-sorted according to this column.
-.P
-The \fBLINEBASES\fP column contains the number of bases in each of the sequence
-lines that form the body of this reference sequence, apart from the final line
-which may be shorter.
-The \fBLINEWIDTH\fP column contains the number of \fIbytes\fP in each of
-the sequence lines (except perhaps the final line), thus differing from
-\fBLINEBASES\fP in that it also counts the bytes forming the line terminator.
-.SS FASTA Files
-In order to be indexed with \fBsamtools faidx\fP, a FASTA file must be a text
-file of the form
-.LP
-.RS
-.RI > name
-.RI [ description ...]
-.br
-ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT
-.br
-GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
-.br
-ATGCAT
-.br
-.RI > name
-.RI [ description ...]
-.br
-ATGCATGCATGCAT
-.br
-GCATGCATGCATGC
-.br
-[...]
-.RE
-.LP
-In particular, each reference sequence must be "well-formatted", i.e., all
-of its sequence lines must be the same length, apart from the final sequence
-line which may be shorter.
-(While this sequence line length must be the same within each sequence,
-it may vary between different reference sequences in the same FASTA file.)
-.P
-This also means that although the FASTA file may have Unix- or Windows-style
-or other line termination, the newline characters present must be consistent,
-at least within each reference sequence.
-.P
-The \fBsamtools\fP implementation uses the first word of the "\fB>\fP" header
-line text (i.e., up to the first whitespace character) as the \fBNAME\fP column.
-At present, there may be no whitespace between the
-">" character and the \fIname\fP.
-.SH EXAMPLE
-For example, given this FASTA file
-.LP
-.RS
->one
-.br
-ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT
-.br
-GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
-.br
-ATGCAT
-.br
->two another chromosome
-.br
-ATGCATGCATGCAT
-.br
-GCATGCATGCATGC
-.br
-.RE
-.LP
-formatted with Unix-style (LF) line termination, the corresponding fai index
-would be
-.RS
-.TS
-lnnnn.
-one 66 5 30 31
-two 28 98 14 15
-.TE
-.RE
-.LP
-If the FASTA file were formatted with Windows-style (CR-LF) line termination,
-the fai index would be
-.RS
-.TS
-lnnnn.
-one 66 6 30 32
-two 28 103 14 16
-.TE
-.RE
-.SH SEE ALSO
-.IR samtools (1)
-.TP
-http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format
-Further description of the FASTA format
diff --git a/htslib/htslib.mk b/htslib/htslib.mk
deleted file mode 100644
index 6c203ca..0000000
--- a/htslib/htslib.mk
+++ /dev/null
@@ -1,144 +0,0 @@
-# Makefile rules useful for third-party code using htslib's public API.
-#
-# Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd.
-#
-# Author: John Marshall <jm18 at sanger.ac.uk>
-#
-# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-# in the Software without restriction, including without limitation the rights
-# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-# furnished to do so, subject to the following conditions:
-#
-# The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-# all copies or substantial portions of the Software.
-#
-# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-# DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-
-# The makefile fragment included below provides variables that can be used
-# to express dependencies on headers supplied by an in-development htslib.
-# If your source file foo.c #includes <htslib/hts.h> and <htslib/kstring.h>,
-# you can write the correct prerequisites for foo.o as:
-#
-# HTSDIR = <path to htslib top-level directory>
-# include $(HTSDIR)/htslib.mk
-#
-# foo.o: foo.c $(htslib_hts_h) $(HTSDIR)/htslib/kstring.h
-#
-# Variables are not provided for k*.h, as those never include other headers.
-
-HTSPREFIX = $(HTSDIR)/
-include $(HTSDIR)/htslib_vars.mk
-
-# Rules for rebuilding an in-development htslib's static and shared libraries.
-# If your program foo links with libhts, adding the appropriate prerequisite
-# will cause the library to be rebuilt as necessary:
-#
-# foo: foo.o $(HTSDIR)/libhts.a
-#
-# or similarly if your target requires any of the tools supplied:
-#
-# bar.bed.bgz.tbi: bar.bed.bgz $(HTSDIR)/tabix
-# $(HTSDIR)/tabix -p bed bar.bed.bgz
-
-HTSLIB_PUBLIC_HEADERS = \
- $(HTSDIR)/htslib/bgzf.h \
- $(HTSDIR)/htslib/faidx.h \
- $(HTSDIR)/htslib/hfile.h \
- $(HTSDIR)/htslib/hts.h \
- $(HTSDIR)/htslib/hts_defs.h \
- $(HTSDIR)/htslib/khash.h \
- $(HTSDIR)/htslib/klist.h \
- $(HTSDIR)/htslib/knetfile.h \
- $(HTSDIR)/htslib/kseq.h \
- $(HTSDIR)/htslib/ksort.h \
- $(HTSDIR)/htslib/kstring.h \
- $(HTSDIR)/htslib/sam.h \
- $(HTSDIR)/htslib/synced_bcf_reader.h \
- $(HTSDIR)/htslib/tbx.h \
- $(HTSDIR)/htslib/vcf.h \
- $(HTSDIR)/htslib/vcf_sweep.h \
- $(HTSDIR)/htslib/vcfutils.h
-
-HTSLIB_ALL = \
- $(HTSLIB_PUBLIC_HEADERS) \
- $(HTSDIR)/bgzf.c \
- $(HTSDIR)/faidx.c \
- $(HTSDIR)/hfile_internal.h \
- $(HTSDIR)/hfile.c \
- $(HTSDIR)/hfile_net.c \
- $(HTSDIR)/hts.c \
- $(HTSDIR)/knetfile.c \
- $(HTSDIR)/kstring.c \
- $(HTSDIR)/sam.c \
- $(HTSDIR)/synced_bcf_reader.c \
- $(HTSDIR)/tbx.c \
- $(HTSDIR)/vcf.c \
- $(HTSDIR)/vcf_sweep.c \
- $(HTSDIR)/vcfutils.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_codecs.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram_codecs.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_decode.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram_decode.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_encode.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram_encode.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_index.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram_index.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_io.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram_io.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_samtools.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram_samtools.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_stats.c \
- $(HTSDIR)/cram/cram_stats.h \
- $(HTSDIR)/cram/cram_structs.h \
- $(HTSDIR)/cram/files.c \
- $(HTSDIR)/cram/mFILE.c \
- $(HTSDIR)/cram/mFILE.h \
- $(HTSDIR)/cram/md5.c \
- $(HTSDIR)/cram/md5.h \
- $(HTSDIR)/cram/misc.h \
- $(HTSDIR)/cram/open_trace_file.c \
- $(HTSDIR)/cram/open_trace_file.h \
- $(HTSDIR)/cram/os.h \
- $(HTSDIR)/cram/pooled_alloc.c \
- $(HTSDIR)/cram/pooled_alloc.h \
- $(HTSDIR)/cram/sam_header.c \
- $(HTSDIR)/cram/sam_header.h \
- $(HTSDIR)/cram/string_alloc.c \
- $(HTSDIR)/cram/string_alloc.h \
- $(HTSDIR)/cram/thread_pool.c \
- $(HTSDIR)/cram/thread_pool.h \
- $(HTSDIR)/cram/vlen.c \
- $(HTSDIR)/cram/vlen.h \
- $(HTSDIR)/cram/zfio.c \
- $(HTSDIR)/cram/zfio.h
-
-$(HTSDIR)/libhts.a: $(HTSLIB_ALL)
- +cd $(HTSDIR) && $(MAKE) lib-static
-
-$(HTSDIR)/libhts.so $(HTSDIR)/libhts.dylib: $(HTSLIB_ALL)
- +cd $(HTSDIR) && $(MAKE) lib-shared
-
-$(HTSDIR)/bgzip: $(HTSDIR)/bgzip.c $(HTSLIB_PUBLIC_HEADERS)
- +cd $(HTSDIR) && $(MAKE) bgzip
-
-$(HTSDIR)/tabix: $(HTSDIR)/tabix.c $(HTSLIB_PUBLIC_HEADERS)
- +cd $(HTSDIR) && $(MAKE) tabix
-
-# Rules for phony targets. You may wish to have your corresponding phony
-# targets invoke these in addition to their own recipes:
-#
-# clean: clean-htslib
-
-clean-htslib install-htslib:
- +cd $(HTSDIR) && $(MAKE) $(@:-htslib=)
-
-.PHONY: clean-htslib install-htslib
diff --git a/htslib/htslib.pc.in b/htslib/htslib.pc.in
deleted file mode 100644
index 465de17..0000000
--- a/htslib/htslib.pc.in
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-includedir=@includedir@
-libdir=@libdir@
-
-Name: htslib
-Description: C library for high-throughput sequencing data formats
-Version: @PACKAGE_VERSION@
-Cflags: -I${includedir}
-Libs: -L${libdir} -lhts
-Libs.private: -L${libdir} -lhts -lm -lpthread
-Requires.private: zlib
diff --git a/htslib/htslib_vars.mk b/htslib/htslib_vars.mk
deleted file mode 100644
index 725e9ee..0000000
--- a/htslib/htslib_vars.mk
+++ /dev/null
@@ -1,38 +0,0 @@
-# Makefile variables useful for third-party code using htslib's public API.
-#
-# Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd.
-#
-# Author: John Marshall <jm18 at sanger.ac.uk>
-#
-# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-# in the Software without restriction, including without limitation the rights
-# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-# furnished to do so, subject to the following conditions:
-#
-# The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-# all copies or substantial portions of the Software.
-#
-# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-# DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-
-# These variables can be used to express dependencies on htslib headers.
-# See htslib.mk for details.
-
-htslib_bgzf_h = $(HTSPREFIX)htslib/bgzf.h
-htslib_faidx_h = $(HTSPREFIX)htslib/faidx.h
-htslib_hfile_h = $(HTSPREFIX)htslib/hfile.h $(htslib_hts_defs_h)
-htslib_hts_h = $(HTSPREFIX)htslib/hts.h
-htslib_hts_defs_h = $(HTSPREFIX)htslib/hts_defs.h
-htslib_sam_h = $(HTSPREFIX)htslib/sam.h $(htslib_hts_h)
-htslib_synced_bcf_reader_h = $(HTSPREFIX)htslib/synced_bcf_reader.h $(htslib_hts_h) $(htslib_vcf_h) $(htslib_tbx_h)
-htslib_tbx_h = $(HTSPREFIX)htslib/tbx.h $(htslib_hts_h)
-htslib_vcf_h = $(HTSPREFIX)htslib/vcf.h $(htslib_hts_h) $(HTSPREFIX)htslib/kstring.h
-htslib_vcf_sweep_h = $(HTSPREFIX)htslib/vcf_sweep.h $(htslib_hts_h) $(htslib_vcf_h)
-htslib_vcfutils_h = $(HTSPREFIX)htslib/vcfutils.h $(htslib_vcf_h)
diff --git a/htslib/sam.5 b/htslib/sam.5
deleted file mode 100644
index 66542bb..0000000
--- a/htslib/sam.5
+++ /dev/null
@@ -1,68 +0,0 @@
-'\" t
-.TH sam 5 "August 2013" "htslib" "Bioinformatics formats"
-.SH NAME
-sam \- Sequence Alignment/Map file format
-.\"
-.\" Copyright (C) 2009, 2013 Genome Research Ltd.
-.\"
-.\" Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-.\"
-.\" Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
-.\" copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
-.\" to deal in the Software without restriction, including without limitation
-.\" the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
-.\" and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
-.\" Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
-.\"
-.\" The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-.\" all copies or substantial portions of the Software.
-.\"
-.\" THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-.\" IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-.\" FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-.\" THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-.\" LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-.\" FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-.\" DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-.\"
-.SH DESCRIPTION
-Sequence Alignment/Map (SAM) format is TAB-delimited. Apart from the header lines, which are started
-with the `@' symbol, each alignment line consists of:
-.TS
-nlbl.
-1 QNAME Query template/pair NAME
-2 FLAG bitwise FLAG
-3 RNAME Reference sequence NAME
-4 POS 1-based leftmost POSition/coordinate of clipped sequence
-5 MAPQ MAPping Quality (Phred-scaled)
-6 CIGAR extended CIGAR string
-7 MRNM Mate Reference sequence NaMe (`=' if same as RNAME)
-8 MPOS 1-based Mate POSistion
-9 TLEN inferred Template LENgth (insert size)
-10 SEQ query SEQuence on the same strand as the reference
-11 QUAL query QUALity (ASCII-33 gives the Phred base quality)
-12+ OPT variable OPTional fields in the format TAG:VTYPE:VALUE
-.TE
-.PP
-Each bit in the FLAG field is defined as:
-.TS
-lcbl.
-0x0001 p the read is paired in sequencing
-0x0002 P the read is mapped in a proper pair
-0x0004 u the query sequence itself is unmapped
-0x0008 U the mate is unmapped
-0x0010 r strand of the query (1 for reverse)
-0x0020 R strand of the mate
-0x0040 1 the read is the first read in a pair
-0x0080 2 the read is the second read in a pair
-0x0100 s the alignment is not primary
-0x0200 f the read fails platform/vendor quality checks
-0x0400 d the read is either a PCR or an optical duplicate
-0x0800 S the alignment is supplementary
-.TE
-.P
-where the second column gives the string representation of the FLAG field.
-.SH SEE ALSO
-.TP
-https://github.com/samtools/hts-specs
-The full SAM/BAM file format specification
diff --git a/htslib/tabix.1 b/htslib/tabix.1
deleted file mode 100644
index 8fd1fe5..0000000
--- a/htslib/tabix.1
+++ /dev/null
@@ -1,155 +0,0 @@
-.TH tabix 1 "23 September 2014" "htslib-1.1" "Bioinformatics tools"
-.SH NAME
-.PP
-bgzip - Block compression/decompression utility
-.PP
-tabix - Generic indexer for TAB-delimited genome position files
-.\"
-.\" Copyright (C) 2009-2011 Broad Institute.
-.\"
-.\" Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-.\"
-.\" Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
-.\" copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
-.\" to deal in the Software without restriction, including without limitation
-.\" the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
-.\" and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
-.\" Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
-.\"
-.\" The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-.\" all copies or substantial portions of the Software.
-.\"
-.\" THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-.\" IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-.\" FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-.\" THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-.\" LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-.\" FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-.\" DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-.\"
-.SH SYNOPSIS
-.PP
-.B bgzip
-.RB [ \-cdhB ]
-.RB [ \-b
-.IR virtualOffset ]
-.RB [ \-s
-.IR size ]
-.RI [ file ]
-.PP
-.B tabix
-.RB [ \-0lf ]
-.RB [ \-p
-.R gff|bed|sam|vcf]
-.RB [ \-s
-.IR seqCol ]
-.RB [ \-b
-.IR begCol ]
-.RB [ \-e
-.IR endCol ]
-.RB [ \-S
-.IR lineSkip ]
-.RB [ \-c
-.IR metaChar ]
-.I in.tab.bgz
-.RI [ "region1 " [ "region2 " [ ... "]]]"
-
-.SH DESCRIPTION
-.PP
-Tabix indexes a TAB-delimited genome position file
-.I in.tab.bgz
-and creates an index file
-.I in.tab.bgz.tbi
-when
-.I region
-is absent from the command-line. The input data file must be position
-sorted and compressed by
-.B bgzip
-which has a
-.BR gzip (1)
-like interface. After indexing, tabix is able to quickly retrieve data
-lines overlapping
-.I regions
-specified in the format "chr:beginPos-endPos". Fast data retrieval also
-works over network if URI is given as a file name and in this case the
-index file will be downloaded if it is not present locally.
-
-.SH OPTIONS OF TABIX
-.TP 10
-.BI "-p " STR
-Input format for indexing. Valid values are: gff, bed, sam, vcf and
-psltab. This option should not be applied together with any of
-.BR \-s ", " \-b ", " \-e ", " \-c " and " \-0 ;
-it is not used for data retrieval because this setting is stored in
-the index file. [gff]
-.TP
-.BI "-s " INT
-Column of sequence name. Option
-.BR \-s ", " \-b ", " \-e ", " \-S ", " \-c " and " \-0
-are all stored in the index file and thus not used in data retrieval. [1]
-.TP
-.BI "-b " INT
-Column of start chromosomal position. [4]
-.TP
-.BI "-e " INT
-Column of end chromosomal position. The end column can be the same as the
-start column. [5]
-.TP
-.BI "-S " INT
-Skip first INT lines in the data file. [0]
-.TP
-.BI "-c " CHAR
-Skip lines started with character CHAR. [#]
-.TP
-.B -0
-Specify that the position in the data file is 0-based (e.g. UCSC files)
-rather than 1-based.
-.TP
-.B -h
-Print the header/meta lines.
-.TP
-.B -B
-The second argument is a BED file. When this option is in use, the input
-file may not be sorted or indexed. The entire input will be read sequentially. Nonetheless,
-with this option, the format of the input must be specificed correctly on the command line.
-.TP
-.B -f
-Force to overwrite the index file if it is present.
-.TP
-.B -l
-List the sequence names stored in the index file.
-.RE
-
-.SH EXAMPLE
-(grep ^"#" in.gff; grep -v ^"#" in.gff | sort -k1,1 -k4,4n) | bgzip > sorted.gff.gz;
-
-tabix -p gff sorted.gff.gz;
-
-tabix sorted.gff.gz chr1:10,000,000-20,000,000;
-
-.SH NOTES
-It is straightforward to achieve overlap queries using the standard
-B-tree index (with or without binning) implemented in all SQL databases,
-or the R-tree index in PostgreSQL and Oracle. But there are still many
-reasons to use tabix. Firstly, tabix directly works with a lot of widely
-used TAB-delimited formats such as GFF/GTF and BED. We do not need to
-design database schema or specialized binary formats. Data do not need
-to be duplicated in different formats, either. Secondly, tabix works on
-compressed data files while most SQL databases do not. The GenCode
-annotation GTF can be compressed down to 4%. Thirdly, tabix is
-fast. The same indexing algorithm is known to work efficiently for an
-alignment with a few billion short reads. SQL databases probably cannot
-easily handle data at this scale. Last but not the least, tabix supports
-remote data retrieval. One can put the data file and the index at an FTP
-or HTTP server, and other users or even web services will be able to get
-a slice without downloading the entire file.
-
-.SH AUTHOR
-.PP
-Tabix was written by Heng Li. The BGZF library was originally
-implemented by Bob Handsaker and modified by Heng Li for remote file
-access and in-memory caching.
-
-.SH SEE ALSO
-.PP
-.BR samtools (1)
diff --git a/htslib/test/aux#aux.sam b/htslib/test/aux#aux.sam
deleted file mode 100644
index 4e0902f..0000000
--- a/htslib/test/aux#aux.sam
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
- at HD VN:1.4 SO:unsorted
- at SQ SN:Sheila LN:20
- at RG ID:ID SM:foo
-Fred 16 Sheila 1 86 10M * 0 0 GCTAGCTCAG ********** RG:Z:ID A!:A:! Ac:A:c AC:A:C I0:i:0 I1:i:1 I2:i:127 I3:i:128 I4:i:255 I5:i:256 I6:i:32767 I7:i:32768 I8:i:65535 I9:i:65536 IA:i:2147483647 i1:i:-1 i2:i:-127 i3:i:-128 i4:i:-255 i5:i:-256 i6:i:-32767 i7:i:-32768 i8:i:-65535 i9:i:-65536 iA:i:-2147483647 iB:i:-2147483648 F0:f:-1 F1:f:0 F2:f:1 F3:f:9.9e-19 F4:f:-9.9e-19 F5:f:9.9e+19 F6:f:-9.9e+19 H0:H:AA H1:H:dead00beef Z0:Z:space space
-Jim 16 Sheila 11 11 10M * 0 0 AAAAAAAAAA * BC:B:C,0,127,128,255 Bc:B:c,-128,-127,0,127 BS:B:S,0,32767,32768,65535 Bs:B:s,-32768,-32767,0,32767 BI:B:I,0,2147483647,2147483648,4294967295 Bi:B:i,-2147483648,-2147483647,0,2147483647
diff --git a/htslib/test/aux.fa b/htslib/test/aux.fa
deleted file mode 100644
index 11d25dd..0000000
--- a/htslib/test/aux.fa
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->Sheila
-GCTAGCTCAGAAAAAAAAAA
diff --git a/htslib/test/aux.fa.fai b/htslib/test/aux.fa.fai
deleted file mode 100644
index f3cdedb..0000000
--- a/htslib/test/aux.fa.fai
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-Sheila 20 8 20 21
diff --git a/htslib/test/c1#bounds.sam b/htslib/test/c1#bounds.sam
deleted file mode 100644
index 181dbe0..0000000
--- a/htslib/test/c1#bounds.sam
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
- at SQ SN:c1 LN:10
-s0 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT **********
-s1 0 c1 2 0 10M * 0 0 ACCGCGGTTC **********
-s2 0 c1 3 0 10M * 0 0 CCGCGGTTCG **********
diff --git a/htslib/test/c1#clip.sam b/htslib/test/c1#clip.sam
deleted file mode 100644
index fd073f0..0000000
--- a/htslib/test/c1#clip.sam
+++ /dev/null
@@ -1,8 +0,0 @@
- at SQ SN:c1 LN:10
-s0a 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT **********
-s0A 0 c1 1 0 3M4N3M * 0 0 AACGTT ******
-s0b 0 c1 2 0 1S8M1S * 0 0 AACCGCGGTT **********
-s0B 0 c1 2 0 1H8M1H * 0 0 ACCGCGGT ********
-s0c 0 c1 3 0 2S6M2S * 0 0 AACCGCGGTT **********
-s0c 0 c1 3 0 2S3M2I3M2S * 0 0 AACCGNNCGGTT ************
-s0C 0 c1 3 0 2H6M2H * 0 0 CCGCGG ******
diff --git a/htslib/test/c1#pad1.sam b/htslib/test/c1#pad1.sam
deleted file mode 100644
index 54f7a11..0000000
--- a/htslib/test/c1#pad1.sam
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
- at SQ SN:c1 LN:10
-s0a 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT *
-s0b 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT *
-s0c 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT *
-s1 0 c1 1 0 5M6I5M * 0 0 AACCGGTTAACCGGTT *
-s2 0 c1 1 0 5M1P4I1P5M * 0 0 AACCGTTAACGGTT *
-s3 0 c1 1 0 5M3I3P5M * 0 0 AACCGGTTCGGTT *
-s4 0 c1 1 0 5M3P3I5M * 0 0 AACCGAACCGGTT *
-s5 0 c1 1 0 4M1D2P2I2P1D4M * 0 0 AACCTAGGTT *
-s6 0 c1 1 0 2M3D6I3D2M * 0 0 AAGTTAACTT *
diff --git a/htslib/test/c1#pad2.sam b/htslib/test/c1#pad2.sam
deleted file mode 100644
index 87c1977..0000000
--- a/htslib/test/c1#pad2.sam
+++ /dev/null
@@ -1,14 +0,0 @@
- at SQ SN:c1 LN:50
-s0a 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT *
-s0b 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT *
-s0c 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT *
-s0d 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT *
-s1 0 c1 1 0 5M6I5M * 0 0 AACCGGTTAACCGGTT *
-s2 0 c1 1 0 5M1P4I1P5M * 0 0 AACCGTTAACGGTT *
-s3 0 c1 1 0 5M3I3P5M * 0 0 AACCGGTTCGGTT *
-s4 0 c1 1 0 5M3P3I5M * 0 0 AACCGAACCGGTT *
-s5 0 c1 1 0 4M1D2P2I2P1D4M * 0 0 AACCTAGGTT *
-s6 0 c1 1 0 2M3D6I3D2M * 0 0 AAGTTAACTT *
-s7 0 c1 1 0 4M2D4M * 0 0 AACCGGTT *
-s8 0 c1 1 0 5D2P2I2P5D * 0 0 TA *
-s9 0 c1 5 0 1M2P2I2P * 0 0 GTA *
diff --git a/htslib/test/c1#pad3.sam b/htslib/test/c1#pad3.sam
deleted file mode 100644
index 757fb2d..0000000
--- a/htslib/test/c1#pad3.sam
+++ /dev/null
@@ -1,14 +0,0 @@
- at SQ SN:c1 LN:16
- at RG ID:p.sam SM:unknown LB:p.sam
-s0a 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam
-s0b 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam
-s0c 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam
-s0d 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam
-s1 0 c1 6 0 11I5M * 0 0 AACCGGTTAACCGGTT * RG:Z:p.sam
-s2 0 c1 6 0 5I1P4I1P5M * 0 0 AACCGTTAACGGTT * RG:Z:p.sam
-s3 0 c1 6 0 8I3P5M * 0 0 AACCGGTTCGGTT * RG:Z:p.sam
-s4 0 c1 6 0 5I3P3I5M * 0 0 AACCGAACCGGTT * RG:Z:p.sam
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-s8 0 c1 6 0 7P2I2P * 0 0 TA !! RG:Z:p.sam
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--- a/htslib/test/c1.fa
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->c1
-AACCGCGGTT
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deleted file mode 100644
index fc35bec..0000000
--- a/htslib/test/c1.fa.fai
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-c1 10 4 10 11
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- at SQ SN:CHROMOSOME_I LN:15072423
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-V 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC at CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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-* 768 CHROMOSOME_I 101 255 1M * 0 0 * * CT:Z:+;STOP
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deleted file mode 100644
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--- a/htslib/test/ce#tag_padded.sam
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- at RG ID:UNKNOWN SM:unknown LB:UNKNOWN
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deleted file mode 100644
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-AGAGTTTCATTTTTTGTAAAAATTTTCTCATTGAGGGAAATTTTTAAATA
-TGATAGATTCTTTACTCTATTTTTGCTTTTTACAATATTTTTATCTGTAT
-TGGCATTTAGATTTTGATTAATTAACTTGAGAATGAAAAATAATGAAGAA
-ACTTCAAATAATAATAAAATAAATTATTTTATTATTTTTCCGTTAATAGT
-TATTTCTATTATTTAATTACTTTTCTAGTAAAATATATTATATTATCTTG
-ATAAGGTAAAGTTCCAGTTGGGAGAAGTAAGATGTAAAATAGATATTACT
-ATGTTTGGTTACGGTCCAAAAAGATGCACATCTTTGCGATCTAGTTTAGA
-AAAAATATTTGTTTTTGGTGCAAAAGAGTTTGATTGCATTTAGTTTACTC
-TTTTAGTTTATAATTAAAATATGGCCCTGAAGAGGCTAAGAATATTAGGA
-GTATTGAAAATTAATAATAGATTATTAAATTTTGTTAATGGGATGTTGGT
-GACATTGCCATCTAGAAAAACTTTAACATTAAGATGAAATTTTGGTAGTA
-TATTGGGTATAGTTTTAATCTTTCAGATTTTAACAGGTACATTTTTAGCA
-TTTTATTATACGCCCGATAGGTTAATAGCATTTTCAACAGTGCAGTATAT
-TATGTATGAGGTAAATTTTGGATGAGTATTTCGAATTTTTCATTTTAATG
-GGGCCAGGTTATTTTTTATTTTTTTGTATTTACATATTTTTAAAGGGTTA
-TTTTTTATAAGATATCGTTTAAAAAAAGTATGAATGTCTGGTTTAACAAT
-TTATTTATTAGTAATAATAGAAGCTTTTATAGGTTATGTTTTAGTTTGAG
-CTCAAATAAGATTTTGAGCAGCAGTAGTTATTACTAGACTTTTAAGAGTT
-ATTCCAATTTGAGGGCCAACTATTGTTACTTGAATTTGAAGAGGTTTTGG
diff --git a/htslib/test/ce.fa.fai b/htslib/test/ce.fa.fai
deleted file mode 100644
index 2ad2e7f..0000000
--- a/htslib/test/ce.fa.fai
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-CHROMOSOME_I 1009800 14 50 51
-CHROMOSOME_II 5000 1030025 50 51
-CHROMOSOME_III 5000 1035141 50 51
-CHROMOSOME_IV 5000 1040256 50 51
-CHROMOSOME_V 5000 1045370 50 51
-CHROMOSOME_X 5000 1050484 50 51
-CHROMOSOME_MtDNA 5000 1055602 50 51
diff --git a/htslib/test/compare_sam.pl b/htslib/test/compare_sam.pl
deleted file mode 100755
index f98ca41..0000000
--- a/htslib/test/compare_sam.pl
+++ /dev/null
@@ -1,172 +0,0 @@
-#!/usr/bin/perl -w
-#
-# Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-#
-# Author: James Bonfield <jkb at sanger.ac.uk>
-#
-# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
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-# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-# DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-
-# Compares two SAM files to report differences.
-# Optionally can skip header or ignore specific types of diff.
-
-use strict;
-use Getopt::Long;
-
-my %opts;
-GetOptions(\%opts, 'noqual', 'noaux', 'notemplate', 'unknownrg', 'nomd', 'template-1', 'noflag');
-
-my ($fn1, $fn2) = @ARGV;
-open(my $fd1, "<", $fn1) || die $!;
-open(my $fd2, "<", $fn2) || die $!;
-
-# Headers
-my ($c1,$c2)=(1,1);
-my (@hd1, @hd2, $ln1, $ln2);
-while (<$fd1>) {
- if (/^@/) {
- push(@hd1, $_);
- } else {
- $ln1 = $_;
- last;
- }
- $c1++;
-}
-
-while (<$fd2>) {
- if (/^@/) {
- push(@hd2, $_);
- } else {
- $ln2 = $_;
- last;
- }
- $c2++;
-}
-
-# FIXME: to do
-#print "@hd1\n";
-#print "@hd2\n";
-
-# Compare lines
-while ($ln1 && $ln2) {
- chomp($ln1);
- chomp($ln2);
-
- # Java CRAM adds RG:Z:UNKNOWN when the read-group is absent
- if (exists $opts{unknownrg}) {
- $ln1 =~ s/\tRG:Z:UNKNOWN//;
- $ln2 =~ s/\tRG:Z:UNKNOWN//;
- }
-
- if (exists $opts{nomd}) {
- $ln1 =~ s/\tMD:Z:[A-Z0-9^]*//;
- $ln2 =~ s/\tMD:Z:[A-Z0-9^]*//;
- $ln1 =~ s/\tNM:i:\d+//;
- $ln2 =~ s/\tNM:i:\d+//;
- }
-
- my @ln1 = split("\t", $ln1);
- my @ln2 = split("\t", $ln2);
-
- # Fix BWA bug: unmapped data should have no alignments
- if ($ln1[1] & 4) { $ln1[4] = 0; $ln1[5] = "*"; }
- if ($ln2[1] & 4) { $ln2[4] = 0; $ln2[5] = "*"; }
-
- # Rationalise order of auxiliary fields
- if (exists $opts{noaux}) {
- @ln1 = @ln1[0..10];
- @ln2 = @ln2[0..10];
- } else {
- #my @a=@ln1[11..$#ln1];print "<<<@a>>>\n";
- @ln1[11..$#ln1] = sort @ln1[11..$#ln1];
- @ln2[11..$#ln2] = sort @ln2[11..$#ln2];
- }
-
- if (exists $opts{noqual}) {
- $ln1[10] = "*";
- $ln2[10] = "*";
- }
-
- if (exists $opts{notemplate}) {
- @ln1[6..8] = qw/* 0 0/;
- @ln2[6..8] = qw/* 0 0/;
- }
-
- if (exists $opts{noflag}) {
- $ln1[1] = 0; $ln2[1] = 0;
- }
-
- if (exists $opts{'template-1'}) {
- if (abs($ln1[8] - $ln2[8]) == 1) {
- $ln1[8] = $ln2[8];
- }
- }
-
- # Cram doesn't uppercase the reference
- $ln1[9] = uc($ln1[9]);
- $ln2[9] = uc($ln2[9]);
-
- # Cram will populate a sequence string that starts as "*"
- $ln2[9] = "*" if ($ln1[9] eq "*");
-
- # Fix 0<op> cigar fields
- $ln1[5] =~ s/(\D|^)0\D/$1/g;
- $ln1[5] =~ s/^$/*/g;
- $ln2[5] =~ s/(\D|^)0\D/$1/g;
- $ln2[5] =~ s/^$/*/g;
-
- # Fix 10M10M cigar to 20M
- $ln1[5] =~ s/(\d+)(\D)(\d+)(\2)/$1+$3.$2/e;
- $ln2[5] =~ s/(\d+)(\D)(\d+)(\2)/$1+$3.$2/e;
-
- if ("@ln1" ne "@ln2") {
- print "Diff at lines $fn1:$c1, $fn2:$c2\n";
- my @s1 = split("","@ln1");
- my @s2 = split("","@ln2");
- my $ptr = "";
- for (my $i=0; $i < $#s1; $i++) {
- if ($s1[$i] eq $s2[$i]) {
- $ptr .= "-";
- } else {
- last;
- }
- }
- print "1\t at ln1\n2\t at ln2\n\t$ptr^\n\n";
- exit(1);
- }
-
- $ln1 = <$fd1>;
- $ln2 = <$fd2>;
-
- $c1++; $c2++;
-}
-
-if (defined($ln1)) {
- print "EOF on $fn1\n";
- exit(1);
-}
-
-if (defined($ln2)) {
- print "EOF on $fn2\n";
- exit(1);
-}
-
-close($fd1);
-close($fd2);
-
-exit(0);
diff --git a/htslib/test/fieldarith.c b/htslib/test/fieldarith.c
deleted file mode 100644
index 6d871b7..0000000
--- a/htslib/test/fieldarith.c
+++ /dev/null
@@ -1,72 +0,0 @@
-/* test/fieldarith.c -- CIGAR field arithmetic test suite.
-
- Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: John Marshall <jm18 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-
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-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
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-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-
-#include "htslib/sam.h"
-
-int ntests = 0;
-int nfailures = 0;
-
-void check(const bam1_t *aln, const char *testname, const char *tag, int value)
-{
- int32_t refvalue;
- uint8_t *aux = bam_aux_get(aln, tag);
- if (!aux) return;
- ntests++;
- refvalue = bam_aux2i(aux);
- if (value != refvalue) {
- fprintf(stderr, "%s FAIL for %s: computed %d != %d expected\n",
- testname, bam_get_qname(aln), value, refvalue);
- nfailures++;
- }
-}
-
-int main(int argc, char **argv)
-{
- bam_hdr_t *header;
- bam1_t *aln = bam_init1();
- int i;
-
- for (i = 1; i < argc; i++) {
- samFile *in = sam_open(argv[i], "r");
- if (in == NULL) { perror(argv[1]); return 1; }
-
- header = sam_hdr_read(in);
- while (sam_read1(in, header, aln) >= 0) {
- check(aln, "cigar2qlen", "XQ",
- bam_cigar2qlen(aln->core.n_cigar, bam_get_cigar(aln)));
- check(aln, "cigar2rlen", "XR",
- bam_cigar2rlen(aln->core.n_cigar, bam_get_cigar(aln)));
- check(aln, "endpos", "XE", bam_endpos(aln));
- }
-
- bam_hdr_destroy(header);
- sam_close(in);
- }
-
- bam_destroy1(aln);
-
- return (nfailures > 0);
-}
diff --git a/htslib/test/fieldarith.sam b/htslib/test/fieldarith.sam
deleted file mode 100644
index 180d1e8..0000000
--- a/htslib/test/fieldarith.sam
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
- at SQ SN:one LN:1000
- at SQ SN:two LN:500
- at CO For each SAM record that has each listed aux field, performs these tests:
- at CO XQ is the expected result for bam_cigar2qlen()
- at CO XR is the expected result for bam_cigar2rlen()
- at CO XE is the expected result for bam_endpos()
- at CO (Note that these are all zero-based, while POS is one-based in SAM)
-r1 0 one 50 20 8M * 0 0 ATGCATGC qqqqqqqq XQ:i:8 XR:i:8 XE:i:57
-r2 0 one 100 20 50M * 0 0 ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq XQ:i:50 XR:i:50 XE:i:149
-unmapped 5 two 200 0 * two 200 0 ATGCATGC qqqqqqqq XQ:i:0 XR:i:0 XE:i:200
-hascigar 5 two 200 0 6M2S two 200 0 ATGCATGC qqqqqqqq XQ:i:8 XR:i:6 XE:i:200
-s1 0 one 300 20 2M * 0 0 AT qq XQ:i:2 XR:i:2 XE:i:301
-su1 4 * 0 0 * * 0 0 AT qq XQ:i:0 XR:i:0 XE:i:0
-su2 5 two 400 0 * two 400 0 AT qq XQ:i:0 XR:i:0 XE:i:400
-su3 4 one 500 0 2M * 0 0 AT qq XQ:i:2 XR:i:2 XE:i:500
diff --git a/htslib/test/hfile.c b/htslib/test/hfile.c
deleted file mode 100644
index 987c8e0..0000000
--- a/htslib/test/hfile.c
+++ /dev/null
@@ -1,204 +0,0 @@
-/* test/hfile.c -- Test cases for low-level input/output streams.
-
- Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: John Marshall <jm18 at sanger.ac.uk>
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-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdarg.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <errno.h>
-
-#include <sys/stat.h>
-
-#include "htslib/hfile.h"
-#include "htslib/hts_defs.h"
-
-void HTS_NORETURN fail(const char *format, ...)
-{
- int err = errno;
- va_list args;
- va_start(args, format);
- vfprintf(stderr, format, args);
- va_end(args);
- if (err != 0) fprintf(stderr, ": %s", strerror(err));
- fprintf(stderr, "\n");
- exit(EXIT_FAILURE);
-}
-
-void check_offset(hFILE *f, off_t off, const char *message)
-{
- off_t ret = htell(f);
- if (ret < 0) fail("htell(%s)", message);
- if (ret == off) return;
-
- fprintf(stderr, "%s offset incorrect: expected %ld but got %ld\n",
- message, (long)off, (long)ret);
- exit(EXIT_FAILURE);
-}
-
-char *slurp(const char *filename)
-{
- char *text;
- struct stat sbuf;
- size_t filesize;
- FILE *f = fopen(filename, "r");
- if (f == NULL) fail("fopen(\"%s\", \"r\")", filename);
- if (fstat(fileno(f), &sbuf) != 0) fail("fstat(\"%s\")", filename);
- filesize = sbuf.st_size;
-
- text = (char *) malloc(filesize + 1);
- if (text == NULL) fail("malloc(text)");
-
- if (fread(text, 1, filesize, f) != filesize) fail("fread");
- fclose(f);
-
- text[filesize] = '\0';
- return text;
-}
-
-hFILE *fin = NULL;
-hFILE *fout = NULL;
-
-void reopen(const char *infname, const char *outfname)
-{
- if (fin) { if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(input)"); }
- if (fout) { if (hclose(fout) != 0) fail("hclose(output)"); }
-
- fin = hopen(infname, "r");
- if (fin == NULL) fail("hopen(\"%s\")", infname);
-
- fout = hopen(outfname, "w");
- if (fout == NULL) fail("hopen(\"%s\")", outfname);
-}
-
-int main(void)
-{
- static const int size[] = { 1, 13, 403, 999, 30000 };
-
- char buffer[40000];
- char *original;
- int c, i;
- ssize_t n;
- off_t off;
-
- reopen("vcf.c", "test/hfile1.tmp");
- while ((c = hgetc(fin)) != EOF) {
- if (hputc(c, fout) == EOF) fail("hputc");
- }
- if (herrno(fin)) { errno = herrno(fin); fail("hgetc"); }
-
- reopen("test/hfile1.tmp", "test/hfile2.tmp");
- if (hpeek(fin, buffer, 50) < 0) fail("hpeek");
- while ((n = hread(fin, buffer, 17)) > 0) {
- if (hwrite(fout, buffer, n) != n) fail("hwrite");
- }
- if (n < 0) fail("hread");
-
- reopen("test/hfile2.tmp", "test/hfile3.tmp");
- while ((n = hread(fin, buffer, sizeof buffer)) > 0) {
- if (hwrite(fout, buffer, n) != n) fail("hwrite");
- if (hpeek(fin, buffer, 700) < 0) fail("hpeek");
- }
- if (n < 0) fail("hread");
-
- reopen("test/hfile3.tmp", "test/hfile4.tmp");
- i = 0;
- off = 0;
- while ((n = hread(fin, buffer, size[i++ % 5])) > 0) {
- off += n;
- buffer[n] = '\0';
- check_offset(fin, off, "pre-peek");
- if (hputs(buffer, fout) == EOF) fail("hputs");
- if ((n = hpeek(fin, buffer, size[(i+3) % 5])) < 0) fail("hpeek");
- check_offset(fin, off, "post-peek");
- }
- if (n < 0) fail("hread");
-
- reopen("test/hfile4.tmp", "test/hfile5.tmp");
- n = hread(fin, buffer, 200);
- if (n < 0) fail("hread");
- else if (n != 200) fail("hread only got %d", (int)n);
- if (hwrite(fout, buffer, 1000) != 1000) fail("hwrite");
- check_offset(fin, 200, "input/first200");
- check_offset(fout, 1000, "output/first200");
-
- if (hseek(fin, 1000, SEEK_SET) < 0) fail("hseek");
- check_offset(fin, 1000, "input/seek");
- for (off = 1000; (n = hread(fin, buffer, sizeof buffer)) > 0; off += n)
- if (hwrite(fout, buffer, n) != n) fail("hwrite");
- if (n < 0) fail("hread");
- check_offset(fin, off, "input/eof");
- check_offset(fout, off, "output/eof");
-
- if (hseek(fin, 200, SEEK_SET) < 0) fail("hseek");
- if (hseek(fout, 200, SEEK_SET) < 0) fail("hseek(output)");
- check_offset(fin, 200, "input/backto200");
- check_offset(fout, 200, "output/backto200");
- n = hread(fin, buffer, 800);
- if (n < 0) fail("hread");
- else if (n != 800) fail("hread only got %d", (int)n);
- if (hwrite(fout, buffer, 800) != 800) fail("hwrite");
- check_offset(fin, 1000, "input/wrote800");
- check_offset(fout, 1000, "output/wrote800");
-
- if (hflush(fout) == EOF) fail("hflush");
-
- original = slurp("vcf.c");
- for (i = 1; i <= 5; i++) {
- char *text;
- sprintf(buffer, "test/hfile%d.tmp", i);
- text = slurp(buffer);
- if (strcmp(original, text) != 0) {
- fprintf(stderr, "%s differs from vcf.c\n", buffer);
- return EXIT_FAILURE;
- }
- free(text);
- }
- free(original);
-
- if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(input)");
- if (hclose(fout) != 0) fail("hclose(output)");
-
- fout = hopen("test/hfile_chars.tmp", "w");
- if (fout == NULL) fail("hopen(\"test/hfile_chars.tmp\")");
- for (i = 0; i < 256; i++)
- if (hputc(i, fout) != i) fail("chars: hputc (%d)", i);
- if (hclose(fout) != 0) fail("hclose(test/hfile_chars.tmp)");
-
- fin = hopen("test/hfile_chars.tmp", "r");
- if (fin == NULL) fail("hopen(\"test/hfile_chars.tmp\") for reading");
- for (i = 0; i < 256; i++)
- if ((c = hgetc(fin)) != i)
- fail("chars: hgetc (%d = 0x%x) returned %d = 0x%x", i, i, c, c);
- if ((c = hgetc(fin)) != EOF) fail("chars: hgetc (EOF) returned %d", c);
- if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(test/hfile_chars.tmp) for reading");
-
- fin = hopen("data:hello, world!\n", "r");
- if (fin == NULL) fail("hopen(\"data:...\")");
- n = hread(fin, buffer, 300);
- if (n < 0) fail("hread");
- buffer[n] = '\0';
- if (strcmp(buffer, "hello, world!\n") != 0) fail("hread result");
- if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(\"data:...\")");
-
- return EXIT_SUCCESS;
-}
diff --git a/htslib/test/sam.c b/htslib/test/sam.c
deleted file mode 100644
index 22f06dc..0000000
--- a/htslib/test/sam.c
+++ /dev/null
@@ -1,143 +0,0 @@
-/* test/sam.c -- SAM/BAM/CRAM API test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: John Marshall <jm18 at sanger.ac.uk>
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
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-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdarg.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <math.h>
-
-#include "htslib/sam.h"
-#include "htslib/kstring.h"
-
-int status;
-
-static void fail(const char *fmt, ...)
-{
- va_list args;
-
- fprintf(stderr, "Failed: ");
- va_start(args, fmt);
- vfprintf(stderr, fmt, args);
- va_end(args);
- fprintf(stderr, "\n");
-
- status = EXIT_FAILURE;
-}
-
-uint8_t *check_bam_aux_get(const bam1_t *aln, const char *tag, char type)
-{
- uint8_t *p = bam_aux_get(aln, tag);
- if (p) {
- if (*p == type) return p;
- else fail("%s field of type '%c', expected '%c'\n", tag, *p, type);
- }
- else fail("can't find %s field\n", tag);
-
- return NULL;
-}
-
-#define PI 3.141592653589793
-#define E 2.718281828459045
-#define HELLO "Hello, world!"
-#define BEEF "DEADBEEF"
-
-#define str(x) #x
-#define xstr(x) str(x)
-
-static int aux_fields1(void)
-{
- static const char sam[] = "data:"
-"@SQ\tSN:one\tLN:1000\n"
-"@SQ\tSN:two\tLN:500\n"
-"r1\t0\tone\t500\t20\t8M\t*\t0\t0\tATGCATGC\tqqqqqqqq\tXA:A:k\tXi:i:37\tXf:f:" xstr(PI) "\tXd:d:" xstr(E) "\tXZ:Z:" HELLO "\tXH:H:" BEEF "\tXB:B:c,-2,0,+2\tZZ:i:1000000\n";
-
- // Canonical form of the alignment record above, as output by sam_format1()
- static const char r1[] = "r1\t0\tone\t500\t20\t8M\t*\t0\t0\tATGCATGC\tqqqqqqqq\tXA:A:k\tXi:i:37\tXf:f:3.14159\tXd:d:2.71828\tXZ:Z:" HELLO "\tXH:H:" BEEF "\tXB:B:c,-2,0,2\tZZ:i:1000000";
-
- samFile *in = sam_open(sam, "r");
- bam_hdr_t *header = sam_hdr_read(in);
- bam1_t *aln = bam_init1();
- uint8_t *p;
- uint32_t n;
- kstring_t ks = { 0, 0, NULL };
-
- if (sam_read1(in, header, aln) >= 0) {
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XA", 'A')) && bam_aux2A(p) != 'k')
- fail("XA field is '%c', expected 'k'", bam_aux2A(p));
-
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Xi", 'C')) && bam_aux2i(p) != 37)
- fail("Xi field is %d, expected 37", bam_aux2i(p));
-
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Xf", 'f')) && fabs(bam_aux2f(p) - PI) > 1E-6)
- fail("Xf field is %.12f, expected pi", bam_aux2f(p));
-
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Xd", 'd')) && fabs(bam_aux2f(p) - E) > 1E-6)
- fail("Xf field is %.12f, expected e", bam_aux2f(p));
-
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XZ", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), HELLO) != 0)
- fail("XZ field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), HELLO);
-
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XH", 'H')) && strcmp(bam_aux2Z(p), BEEF) != 0)
- fail("XH field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), BEEF);
-
- // TODO Invent and use bam_aux2B()
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XB", 'B')) && ! (memcmp(p, "Bc", 2) == 0 && (memcpy(&n, p+2, 4), n) == 3 && memcmp(p+6, "\xfe\x00\x02", 3) == 0))
- fail("XB field is %c,..., expected c,-2,0,+2", p[1]);
-
- if ((p = check_bam_aux_get(aln, "ZZ", 'I')) && bam_aux2i(p) != 1000000)
- fail("ZZ field is %d, expected 1000000", bam_aux2i(p));
-
- if (sam_format1(header, aln, &ks) < 0)
- fail("can't format record");
-
- if (strcmp(ks.s, r1) != 0)
- fail("record formatted incorrectly: \"%s\"", ks.s);
-
- free(ks.s);
- }
- else fail("can't read record");
-
- bam_destroy1(aln);
- bam_hdr_destroy(header);
- sam_close(in);
-
- return 1;
-}
-
-static void iterators1(void)
-{
- hts_itr_destroy(sam_itr_queryi(NULL, HTS_IDX_REST, 0, 0));
- hts_itr_destroy(sam_itr_queryi(NULL, HTS_IDX_NONE, 0, 0));
-}
-
-int main(void)
-{
- status = EXIT_SUCCESS;
-
- aux_fields1();
- iterators1();
-
- return status;
-}
diff --git a/htslib/test/test-vcf-api.c b/htslib/test/test-vcf-api.c
deleted file mode 100644
index 77a8fec..0000000
--- a/htslib/test/test-vcf-api.c
+++ /dev/null
@@ -1,235 +0,0 @@
-/* test/test-vcf-api.c -- VCF test harness.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Petr Danecek <pd3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include <htslib/hts.h>
-#include <htslib/vcf.h>
-#include <htslib/kstring.h>
-
-void write_bcf(char *fname)
-{
- // Init
- htsFile *fp = hts_open(fname,"wb");
- bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_init("w");
- bcf1_t *rec = bcf_init1();
-
- // Create VCF header
- kstring_t str = {0,0,0};
- bcf_hdr_append(hdr, "##fileDate=20090805");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=<ID=UF,Number=1,Type=Integer,Description=\"Unused FORMAT\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=<ID=UI,Number=1,Type=Integer,Description=\"Unused INFO\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FILTER=<ID=Flt,Description=\"Unused FILTER\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##unused=<XX=AA,Description=\"Unused generic\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##unused=unformatted text 1");
- bcf_hdr_append(hdr, "##unused=unformatted text 2");
- bcf_hdr_append(hdr, "##contig=<ID=Unused,length=62435964>");
- bcf_hdr_append(hdr, "##source=myImputationProgramV3.1");
- bcf_hdr_append(hdr, "##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta");
- bcf_hdr_append(hdr, "##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B36,md5=f126cdf8a6e0c7f379d618ff66beb2da,species=\"Homo sapiens\",taxonomy=x>");
- bcf_hdr_append(hdr, "##phasing=partial");
- bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description=\"Number of Samples With Data\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description=\"Total Depth\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description=\"Allele Frequency\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description=\"Ancestral Allele\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description=\"dbSNP membership, build 129\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=<ID=H2,Number=0,Type=Flag,Description=\"HapMap2 membership\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FILTER=<ID=q10,Description=\"Quality below 10\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FILTER=<ID=s50,Description=\"Less than 50% of samples have data\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description=\"Genotype\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description=\"Genotype Quality\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description=\"Read Depth\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description=\"Haplotype Quality\">");
- bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=<ID=TS,Number=1,Type=String,Description=\"Test String\">");
-
- bcf_hdr_add_sample(hdr, "NA00001");
- bcf_hdr_add_sample(hdr, "NA00002");
- bcf_hdr_add_sample(hdr, "NA00003");
- bcf_hdr_add_sample(hdr, NULL); // to update internal structures
- bcf_hdr_write(fp, hdr);
-
-
- // Add a record
- // 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51 1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,.
- // .. CHROM
- rec->rid = bcf_hdr_name2id(hdr, "20");
- // .. POS
- rec->pos = 14369;
- // .. ID
- bcf_update_id(hdr, rec, "rs6054257");
- // .. REF and ALT
- bcf_update_alleles_str(hdr, rec, "G,A");
- // .. QUAL
- rec->qual = 29;
- // .. FILTER
- int32_t tmpi = bcf_hdr_id2int(hdr, BCF_DT_ID, "PASS");
- bcf_update_filter(hdr, rec, &tmpi, 1);
- // .. INFO
- tmpi = 3;
- bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NS", &tmpi, 1);
- tmpi = 14;
- bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1);
- float tmpf = 0.5;
- bcf_update_info_float(hdr, rec, "AF", &tmpf, 1);
- bcf_update_info_flag(hdr, rec, "DB", NULL, 1);
- bcf_update_info_flag(hdr, rec, "H2", NULL, 1);
- // .. FORMAT
- int32_t *tmpia = (int*)malloc(bcf_hdr_nsamples(hdr)*2*sizeof(int));
- tmpia[0] = bcf_gt_phased(0);
- tmpia[1] = bcf_gt_phased(0);
- tmpia[2] = bcf_gt_phased(1);
- tmpia[3] = bcf_gt_phased(0);
- tmpia[4] = bcf_gt_unphased(1);
- tmpia[5] = bcf_gt_unphased(1);
- bcf_update_genotypes(hdr, rec, tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2);
- tmpia[0] = 48;
- tmpia[1] = 48;
- tmpia[2] = 43;
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "GQ", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr));
- tmpia[0] = 1;
- tmpia[1] = 8;
- tmpia[2] = 5;
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DP", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr));
- tmpia[0] = 51;
- tmpia[1] = 51;
- tmpia[2] = 51;
- tmpia[3] = 51;
- tmpia[4] = bcf_int32_missing;
- tmpia[5] = bcf_int32_missing;
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "HQ", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2);
- char *tmp_str[] = {"String1","SomeOtherString2","YetAnotherString3"};
- bcf_update_format_string(hdr, rec, "TS", (const char**)tmp_str, 3);
- bcf_write1(fp, hdr, rec);
-
- // 20 1110696 . A G,T 67 . NS=2;DP=10;AF=0.333,.;AA=T;DB GT 2 1 ./.
- bcf_clear1(rec);
- rec->rid = bcf_hdr_name2id(hdr, "20");
- rec->pos = 1110695;
- bcf_update_alleles_str(hdr, rec, "A,G,T");
- rec->qual = 67;
- tmpi = 2;
- bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NS", &tmpi, 1);
- tmpi = 10;
- bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1);
- float *tmpfa = (float*)malloc(2*sizeof(float));
- tmpfa[0] = 0.333;
- bcf_float_set_missing(tmpfa[1]);
- bcf_update_info_float(hdr, rec, "AF", tmpfa, 2);
- bcf_update_info_string(hdr, rec, "AA", "T");
- bcf_update_info_flag(hdr, rec, "DB", NULL, 1);
- tmpia[0] = bcf_gt_phased(2);
- tmpia[1] = bcf_int32_vector_end;
- tmpia[2] = bcf_gt_phased(1);
- tmpia[3] = bcf_int32_vector_end;
- tmpia[4] = bcf_gt_missing;
- tmpia[5] = bcf_gt_missing;
- bcf_update_genotypes(hdr, rec, tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2);
- bcf_write1(fp, hdr, rec);
-
- free(tmpia);
- free(tmpfa);
-
- // Clean
- free(str.s);
- bcf_destroy1(rec);
- bcf_hdr_destroy(hdr);
- hts_close(fp);
-}
-
-void bcf_to_vcf(char *fname)
-{
- htsFile *fp = hts_open(fname,"rb");
- bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_read(fp);
- bcf1_t *rec = bcf_init1();
- htsFile *out = hts_open("-","w");
-
- bcf_hdr_t *hdr_out = bcf_hdr_dup(hdr);
- bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_STR,"unused");
- bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_GEN,"unused");
- bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_FLT,"Flt");
- bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_INFO,"UI");
- bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_FMT,"UF");
- bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_CTG,"Unused");
- bcf_hdr_write(out, hdr_out);
-
- while ( bcf_read1(fp, hdr, rec)>=0 )
- {
- bcf_write1(out, hdr_out, rec);
-
- // Test problems caused by bcf1_sync: the data block
- // may be realloced, also the unpacked structures must
- // get updated.
- bcf_unpack(rec, BCF_UN_STR);
- bcf_update_id(hdr, rec, 0);
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "GQ", NULL, 0);
-
- bcf1_t *dup = bcf_dup(rec); // force bcf1_sync call
- bcf_write1(out, hdr_out, dup);
- bcf_destroy1(dup);
-
- bcf_update_alleles_str(hdr_out, rec, "G,A");
- int32_t tmpi = 99;
- bcf_update_info_int32(hdr_out, rec, "DP", &tmpi, 1);
- int32_t tmpia[] = {9,9,9};
- bcf_update_format_int32(hdr_out, rec, "DP", tmpia, 3);
-
- bcf_write1(out, hdr_out, rec);
- }
-
- bcf_destroy1(rec);
- bcf_hdr_destroy(hdr);
- bcf_hdr_destroy(hdr_out);
- hts_close(fp);
- hts_close(out);
-}
-
-void iterator(const char *fname)
-{
- htsFile *fp = hts_open(fname, "r");
- bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_read(fp);
- hts_idx_t *idx;
- hts_itr_t *iter;
-
- bcf_index_build(fname, 0);
- idx = bcf_index_load(fname);
-
- iter = bcf_itr_queryi(idx, bcf_hdr_name2id(hdr, "20"), 1110600, 1110800);
- bcf_itr_destroy(iter);
-
- iter = bcf_itr_querys(idx, hdr, "20:1110600-1110800");
- bcf_itr_destroy(iter);
-
- hts_idx_destroy(idx);
- bcf_hdr_destroy(hdr);
- hts_close(fp);
-}
-
-int main(int argc, char **argv)
-{
- char *fname = argc>1 ? argv[1] : "rmme.bcf";
- write_bcf(fname);
- bcf_to_vcf(fname);
- iterator(fname);
- return 0;
-}
-
diff --git a/htslib/test/test-vcf-api.out b/htslib/test/test-vcf-api.out
deleted file mode 100644
index d3bb73e..0000000
--- a/htslib/test/test-vcf-api.out
+++ /dev/null
@@ -1,28 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.2
-##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
-##fileDate=20090805
-##unused=<XX=AA,Description="Unused generic">
-##source=myImputationProgramV3.1
-##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta
-##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B36,md5=f126cdf8a6e0c7f379d618ff66beb2da,species="Homo sapiens",taxonomy=x>
-##phasing=partial
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
-##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
-##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership, build 129">
-##INFO=<ID=H2,Number=0,Type=Flag,Description="HapMap2 membership">
-##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10">
-##FILTER=<ID=s50,Description="Less than 50% of samples have data">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-##FORMAT=<ID=TS,Number=1,Type=String,Description="Test String">
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003
-20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ:TS 0|0:48:1:51,51:String1 1|0:48:8:51,51:SomeOtherString2 1/1:43:5:.,.:YetAnotherString3
-20 14370 . G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 GT:DP:HQ:TS 0|0:1:51,51:String1 1|0:8:51,51:SomeOtherString2 1/1:5:.,.:YetAnotherString3
-20 14370 . G A 29 PASS NS=3;DP=99;AF=0.5;DB;H2 GT:DP:HQ:TS 0|0:9:51,51:String1 1|0:9:51,51:SomeOtherString2 1/1:9:.,.:YetAnotherString3
-20 1110696 . A G,T 67 . NS=2;DP=10;AF=0.333,.;AA=T;DB GT 2 1 ./.
-20 1110696 . A G,T 67 . NS=2;DP=10;AF=0.333,.;AA=T;DB GT 2 1 ./.
-20 1110696 . G A 67 . NS=2;DP=99;AF=0.333,.;AA=T;DB GT:DP 2:9 1:9 ./.:9
diff --git a/htslib/test/test-vcf-sweep.c b/htslib/test/test-vcf-sweep.c
deleted file mode 100644
index 57c47bc..0000000
--- a/htslib/test/test-vcf-sweep.c
+++ /dev/null
@@ -1,112 +0,0 @@
-/* test/test-vcf-sweep.c -- VCF test harness.
-
- Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Petr Danecek <pd3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include <htslib/vcf_sweep.h>
-
-int main(int argc, char **argv)
-{
- if ( argc!=2 )
- {
- fprintf(stderr,"Usage: test-vcf-sweep <file.bcf|file.vcf>\n");
- return 1;
- }
-
- // Init variables. The checksum is just for this test program to output
- // something and verify that all sites are read in both passes - fwd and
- // bwd.
- bcf_sweep_t *sw = bcf_sweep_init(argv[1]);
- bcf_hdr_t *hdr = bcf_sweep_hdr(sw);
- int chksum = 0;
-
- // First we must sweep forward and read the whole file to build an index.
- // If this is undesirable, we can require the presence of a .gzi index
- // which can be created with `bgzip -r` from the samtools/htslib package
- bcf1_t *rec;
- while ( (rec = bcf_sweep_fwd(sw)) ) chksum += rec->pos+1;
- printf("fwd position chksum: %d\n", chksum);
-
- // Now sweep backward.
- chksum = 0;
- while ( (rec = bcf_sweep_bwd(sw)) ) chksum += rec->pos+1;
- printf("bwd position chksum: %d\n", chksum);
-
- // And forward and backward again, this time summing the PL vectors
- int i,j, mPLs = 0, nPLs;
- int32_t *PLs = NULL;
- chksum = 0;
- while ( (rec = bcf_sweep_fwd(sw)) )
- {
- // get copy of the PL vectors
- nPLs = bcf_get_format_int32(hdr, rec, "PL", &PLs, &mPLs);
- if ( !nPLs ) continue; // PL not present
-
- // how many values are there per sample
- int nvals = nPLs / bcf_hdr_nsamples(hdr);
-
- int32_t *ptr = PLs;
- for (i=0; i<bcf_hdr_nsamples(hdr); i++)
- {
- for (j=0; j<nvals; j++)
- {
- // check for shorter vectors (haploid genotypes amongst diploids)
- if ( ptr[j]==bcf_int32_vector_end ) break;
-
- // skip missing values
- if ( ptr[j]==bcf_int32_missing ) continue;
-
- chksum += ptr[j];
- }
- ptr += nvals;
- }
- }
- printf("fwd PL chksum: %d\n", chksum);
-
- // And the same backwards..
- chksum = 0;
- while ( (rec = bcf_sweep_bwd(sw)) )
- {
- nPLs = bcf_get_format_int32(hdr, rec, "PL", &PLs, &mPLs);
- if ( !nPLs ) continue;
- int nvals = nPLs / bcf_hdr_nsamples(hdr);
- int32_t *ptr = PLs;
- for (i=0; i<bcf_hdr_nsamples(hdr); i++)
- {
- for (j=0; j<nvals; j++)
- {
- if ( ptr[j]==bcf_int32_vector_end ) break;
- if ( ptr[j]==bcf_int32_missing ) continue;
- chksum += ptr[j];
- }
- ptr += nvals;
- }
- }
- printf("bwd PL chksum: %d\n", chksum);
-
- // Clean up
- bcf_sweep_destroy(sw);
- return 0;
-}
-
-
diff --git a/htslib/test/test-vcf-sweep.out b/htslib/test/test-vcf-sweep.out
deleted file mode 100644
index 3033f15..0000000
--- a/htslib/test/test-vcf-sweep.out
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
-fwd position chksum: 1125066
-bwd position chksum: 1125066
-fwd PL chksum: 0
-bwd PL chksum: 0
diff --git a/htslib/test/test.pl b/htslib/test/test.pl
deleted file mode 100755
index 356409a..0000000
--- a/htslib/test/test.pl
+++ /dev/null
@@ -1,202 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-#
-# Copyright (C) 2012-2013 Genome Research Ltd.
-#
-# Author: Petr Danecek <pd3 at sanger.ac.uk>
-#
-# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-# The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-# DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-
-use strict;
-use warnings;
-use Carp;
-use FindBin;
-use lib "$FindBin::Bin";
-use Getopt::Long;
-use File::Temp qw/ tempfile tempdir /;
-
-my $opts = parse_params();
-
-test_vcf_api($opts,out=>'test-vcf-api.out');
-test_vcf_sweep($opts,out=>'test-vcf-sweep.out');
-
-print "\nNumber of tests:\n";
-printf " total .. %d\n", $$opts{nok}+$$opts{nfailed};
-printf " passed .. %d\n", $$opts{nok};
-printf " failed .. %d\n", $$opts{nfailed};
-print "\n";
-
-exit ($$opts{nfailed} > 0);
-
-#--------------------
-
-sub error
-{
- my (@msg) = @_;
- if ( scalar @msg ) { confess @msg; }
- print
- "About: samtools/htslib consistency test script\n",
- "Usage: test.pl [OPTIONS]\n",
- "Options:\n",
- " -r, --redo-outputs Recreate expected output files.\n",
- " -t, --temp-dir <path> When given, temporary files will not be removed.\n",
- " -h, -?, --help This help message.\n",
- "\n";
- exit 1;
-}
-sub parse_params
-{
- my $opts = { keep_files=>0, nok=>0, nfailed=>0 };
- my $help;
- Getopt::Long::Configure('bundling');
- my $ret = GetOptions (
- 't|temp-dir:s' => \$$opts{keep_files},
- 'r|redo-outputs' => \$$opts{redo_outputs},
- 'h|?|help' => \$help
- );
- if ( !$ret or $help ) { error(); }
- $$opts{tmp} = $$opts{keep_files} ? $$opts{keep_files} : tempdir(CLEANUP=>1);
- if ( $$opts{keep_files} ) { cmd("mkdir -p $$opts{keep_files}"); }
- $$opts{path} = $FindBin::RealBin;
- $$opts{bin} = $FindBin::RealBin;
- $$opts{bin} =~ s{/test/?$}{};
- return $opts;
-}
-sub _cmd
-{
- my ($cmd) = @_;
- my $kid_io;
- my @out;
- my $pid = open($kid_io, "-|");
- if ( !defined $pid ) { error("Cannot fork: $!"); }
- if ($pid)
- {
- # parent
- @out = <$kid_io>;
- close($kid_io);
- }
- else
- {
- # child
- exec('/bin/bash', '-o','pipefail','-c', $cmd) or error("Cannot execute the command [/bin/sh -o pipefail -c $cmd]: $!");
- }
- return ($? >> 8, join('', at out));
-}
-sub cmd
-{
- my ($cmd) = @_;
- my ($ret,$out) = _cmd($cmd);
- if ( $ret ) { error("The command failed [$ret]: $cmd\n", $out); }
- return $out;
-}
-sub test_cmd
-{
- my ($opts,%args) = @_;
- if ( !exists($args{out}) )
- {
- if ( !exists($args{in}) ) { error("FIXME: expected out or in key\n"); }
- $args{out} = "$args{in}.out";
- }
- my ($package, $filename, $line, $test)=caller(1);
- $test =~ s/^.+:://;
-
- print "$test:\n";
- print "\t$args{cmd}\n";
-
- my ($ret,$out) = _cmd("$args{cmd} 2>&1");
- if ( $ret ) { failed($opts,$test); return; }
- if ( $$opts{redo_outputs} && -e "$$opts{path}/$args{out}" )
- {
- rename("$$opts{path}/$args{out}","$$opts{path}/$args{out}.old");
- open(my $fh,'>',"$$opts{path}/$args{out}") or error("$$opts{path}/$args{out}: $!");
- print $fh $out;
- close($fh);
- my ($ret,$out) = _cmd("diff -q $$opts{path}/$args{out} $$opts{path}/$args{out}.old");
- if ( !$ret && $out eq '' ) { unlink("$$opts{path}/$args{out}.old"); }
- else
- {
- print "\tthe expected output changed, saving:\n";
- print "\t old .. $$opts{path}/$args{out}.old\n";
- print "\t new .. $$opts{path}/$args{out}\n";
- }
- }
- my $exp = '';
- if ( open(my $fh,'<',"$$opts{path}/$args{out}") )
- {
- my @exp = <$fh>;
- $exp = join('', at exp);
- close($fh);
- }
- elsif ( !$$opts{redo_outputs} ) { failed($opts,$test,"$$opts{path}/$args{out}: $!"); return; }
-
- if ( $exp ne $out )
- {
- open(my $fh,'>',"$$opts{path}/$args{out}.new") or error("$$opts{path}/$args{out}.new");
- print $fh $out;
- close($fh);
- if ( !-e "$$opts{path}/$args{out}" )
- {
- rename("$$opts{path}/$args{out}.new","$$opts{path}/$args{out}") or error("rename $$opts{path}/$args{out}.new $$opts{path}/$args{out}: $!");
- print "\tthe file with expected output does not exist, creating new one:\n";
- print "\t\t$$opts{path}/$args{out}\n";
- }
- else
- {
- failed($opts,$test,"The outputs differ:\n\t\t$$opts{path}/$args{out}\n\t\t$$opts{path}/$args{out}.new");
- }
- return;
- }
- passed($opts,$test);
-}
-sub failed
-{
- my ($opts,$test,$reason) = @_;
- $$opts{nfailed}++;
- if ( defined $reason ) { print "\n\t$reason"; }
- print "\n.. failed ...\n\n";
-}
-sub passed
-{
- my ($opts,$test) = @_;
- $$opts{nok}++;
- print ".. ok\n\n";
-}
-sub is_file_newer
-{
- my ($afile,$bfile) = @_;
- my (@astat) = stat($afile) or return 0;
- my (@bstat) = stat($bfile) or return 0;
- if ( $astat[9]>$bstat[9] ) { return 1 }
- return 0;
-}
-
-
-# The tests --------------------------
-
-sub test_vcf_api
-{
- my ($opts,%args) = @_;
- test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{path}/test-vcf-api $$opts{tmp}/test-vcf-api.bcf");
-}
-
-sub test_vcf_sweep
-{
- my ($opts,%args) = @_;
- test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{path}/test-vcf-sweep $$opts{tmp}/test-vcf-api.bcf");
-}
-
diff --git a/htslib/test/test_view.c b/htslib/test/test_view.c
deleted file mode 100644
index 7f02708..0000000
--- a/htslib/test/test_view.c
+++ /dev/null
@@ -1,151 +0,0 @@
-/* test/test_view.c -- simple view tool, purely for use in a test harness.
-
- Copyright (C) 2012 Broad Institute.
- Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include <unistd.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-
-#include "cram/cram.h"
-
-#include "htslib/sam.h"
-
-int main(int argc, char *argv[])
-{
- samFile *in;
- char *fn_ref = 0;
- int flag = 0, c, clevel = -1, ignore_sam_err = 0;
- char moder[8];
- bam_hdr_t *h;
- bam1_t *b;
- htsFile *out;
- char modew[8];
- int r = 0, exit_code = 0;
-
- while ((c = getopt(argc, argv, "IbDCSl:t:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'S': flag |= 1; break;
- case 'b': flag |= 2; break;
- case 'D': flag |= 4; break;
- case 'C': flag |= 8; break;
- case 'l': clevel = atoi(optarg); flag |= 2; break;
- case 't': fn_ref = optarg; break;
- case 'I': ignore_sam_err = 1; break;
- }
- }
- if (argc == optind) {
- fprintf(stderr, "Usage: samview [-bSCSI] [-l level] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region]\n");
- return 1;
- }
- strcpy(moder, "r");
- if (flag&4) strcat(moder, "c");
- else if ((flag&1) == 0) strcat(moder, "b");
-
- in = sam_open(argv[optind], moder);
- if (in == NULL) {
- fprintf(stderr, "Error opening \"%s\"\n", argv[optind]);
- return EXIT_FAILURE;
- }
- h = sam_hdr_read(in);
- h->ignore_sam_err = ignore_sam_err;
- b = bam_init1();
-
- strcpy(modew, "w");
- if (clevel >= 0 && clevel <= 9) sprintf(modew + 1, "%d", clevel);
- if (flag&8) strcat(modew, "c");
- else if (flag&2) strcat(modew, "b");
- out = hts_open("-", modew);
- if (out == NULL) {
- fprintf(stderr, "Error opening standard output\n");
- return EXIT_FAILURE;
- }
-
- /* CRAM output */
- if (flag & 8) {
- // Parse input header and use for CRAM output
- out->fp.cram->header = sam_hdr_parse_(h->text, h->l_text);
-
- // Create CRAM references arrays
- if (fn_ref)
- cram_set_option(out->fp.cram, CRAM_OPT_REFERENCE, fn_ref);
- else
- // Attempt to fill out a cram->refs[] array from @SQ headers
- cram_set_option(out->fp.cram, CRAM_OPT_REFERENCE, NULL);
- }
-
- sam_hdr_write(out, h);
- if (optind + 1 < argc && !(flag&1)) { // BAM input and has a region
- int i;
- hts_idx_t *idx;
- if ((idx = bam_index_load(argv[optind])) == 0) {
- fprintf(stderr, "[E::%s] fail to load the BAM index\n", __func__);
- return 1;
- }
- for (i = optind + 1; i < argc; ++i) {
- hts_itr_t *iter;
- if ((iter = bam_itr_querys(idx, h, argv[i])) == 0) {
- fprintf(stderr, "[E::%s] fail to parse region '%s'\n", __func__, argv[i]);
- continue;
- }
- while ((r = bam_itr_next(in, iter, b)) >= 0) {
- if (sam_write1(out, h, b) < 0) {
- fprintf(stderr, "Error writing output.\n");
- exit_code = 1;
- break;
- }
- }
- hts_itr_destroy(iter);
- }
- hts_idx_destroy(idx);
- } else while ((r = sam_read1(in, h, b)) >= 0) {
- if (sam_write1(out, h, b) < 0) {
- fprintf(stderr, "Error writing output.\n");
- exit_code = 1;
- break;
- }
- }
-
- if (r < -1) {
- fprintf(stderr, "Error parsing input.\n");
- exit_code = 1;
- }
-
- r = sam_close(out);
- if (r < 0) {
- fprintf(stderr, "Error closing output.\n");
- exit_code = 1;
- }
-
- bam_destroy1(b);
- bam_hdr_destroy(h);
-
- r = sam_close(in);
- if (r < 0) {
- fprintf(stderr, "Error closing input.\n");
- exit_code = 1;
- }
-
- return exit_code;
-}
diff --git a/htslib/test/test_view.pl b/htslib/test/test_view.pl
deleted file mode 100755
index d721c63..0000000
--- a/htslib/test/test_view.pl
+++ /dev/null
@@ -1,71 +0,0 @@
-#! /usr/bin/env perl
-#
-# Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-#
-# Author: James Bonfield <jkb at sanger.ac.uk>
-#
-# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-# in the Software without restriction, including without limitation the rights
-# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-# furnished to do so, subject to the following conditions:
-#
-# The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-# all copies or substantial portions of the Software.
-#
-# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-# DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-use strict;
-use warnings;
-
-my $err_count = 0;
-my $suc_count = 0;
-
-sub test {
- my ($cmd) = @_;
- print " $cmd\n";
- if (system("$cmd || exit 1") != 0) {
- print "FAIL $!\n";
- $err_count++;
- } else {
- $suc_count++;
- }
-}
-
-foreach my $sam (glob("*#*.sam")) {
- my ($base, $ref) = ($sam =~ /((.*)#.*)\.sam/);
- $ref .= ".fa";
-
- my $bam = "$base.tmp.bam";
- my $cram = "$base.tmp.cram";
-
- print "\n=== Testing $sam, ref $ref ===\n";
-
- # SAM -> BAM -> SAM
- test "./test_view -S -b $sam > $bam";
- test "./test_view $bam > $bam.sam_";
- test "./compare_sam.pl $sam $bam.sam_";
-
- # SAM -> CRAM -> SAM
- test "./test_view -t $ref -S -C $sam > $cram";
- test "./test_view -D $cram > $cram.sam_";
- test "./compare_sam.pl -nomd $sam $cram.sam_";
-
- # BAM -> CRAM -> BAM -> SAM
- $cram = "$bam.cram";
- test "./test_view -t $ref -C $bam > $cram";
- test "./test_view -b -D $cram > $cram.bam";
- test "./test_view $cram.bam > $cram.bam.sam_";
- test "./compare_sam.pl -nomd $sam $cram.bam.sam_";
-}
-
-print "\nSuccesses $suc_count\n";
-print "\nFailures $err_count\n";
-
-exit ($err_count > 0);
diff --git a/htslib/test/xx#blank.sam b/htslib/test/xx#blank.sam
deleted file mode 100644
index e69de29..0000000
diff --git a/htslib/test/xx#large_aux.sam b/htslib/test/xx#large_aux.sam
deleted file mode 100644
index 93fb8cf..0000000
--- a/htslib/test/xx#large_aux.sam
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
- at SQ SN:xx LN:20
-a1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA * aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1 ag:i:1 ah:i:1 ai:i:1 aj:i:1 ak:i:1 al:i:1 am:i:1 an:i:1 ao:i:1 ap:i:1 aq:i:1 ar:i:1 as:i:1 at:i:1 au:i:1 av:i:1 aw:i:1 ax:i:1 ay:i:1 az:i:1 ba:i:1 bb:i:1 bc:i:1 bd:i:1 be:i:1 bf:i:1 bg:i:1 bh:i:1 bi:i:1 bj:i:1 bk:i:1 bl:i:1 bm:i:1 bn:i:1 bo:i:1 bp:i:1 bq:i:1 br:i:1 bs:i:1 bt:i:1 bu:i:1 bv:i:1 bw:i:1 bx:i:1 by:i:1 bz:i:1 ca:i:1 cb:i:1 cc:i:1 cd:i:1 ce:i:1 cf:i:1 cg:i:1 ch:i:1 ci:i:1 cj:i:1 ck:i:1 cl:i:1 cm:i:1 c [...]
-a2 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA * aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1 ag:i:1 ah:i:1 ai:i:1 aj:i:1 ak:i:1 al:i:1 am:i:1 an:i:1 ao:i:1 ap:i:1 aq:i:1 ar:i:1 as:i:1 at:i:1 au:i:1 av:i:1 aw:i:1 ax:i:1 ay:i:1 az:i:1 ba:i:1 bb:i:1 bc:i:1 bd:i:1 be:i:1 bf:i:1 bg:i:1 bh:i:1 bi:i:1 bj:i:1 bk:i:1 bl:i:1 bm:i:1 bn:i:1 bo:i:1 bp:i:1 bq:i:1 br:i:1 bs:i:1 bt:i:1 bu:i:1 bv:i:1 bw:i:1 bx:i:1 by:i:1 bz:i:1 ca:i:1 cb:i:1 cc:i:1 cd:i:1 ce:i:1 cf:i:1 cg:i:1 ch:i:1 ci:i:1 cj:i:1 ck:i:1 cl:i:1 cm:i:1 c [...]
-b1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA * ZZ:Z:!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""####################################################################################################$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% [...]
diff --git a/htslib/test/xx#large_aux2.sam b/htslib/test/xx#large_aux2.sam
deleted file mode 100644
index 9e338ed..0000000
--- a/htslib/test/xx#large_aux2.sam
+++ /dev/null
@@ -1,11 +0,0 @@
- at SQ SN:xx LN:20
-a1 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1
-a2 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1
-a3 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1
-a4 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1
-a5 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1
-a6 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1
-a7 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1 ag:i:1
-a8 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1 ag:i:1 ah:i:1
-a9 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1 ag:i:1 ah:i:1 ai:i:1
-aA 0 xx 1 1 1M * 0 0 A # aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1 ag:i:1 ah:i:1 ai:i:1 aj:i:1
diff --git a/htslib/test/xx#minimal.sam b/htslib/test/xx#minimal.sam
deleted file mode 100644
index eb72140..0000000
--- a/htslib/test/xx#minimal.sam
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
- at SQ SN:xx LN:20
- at SQ SN:yy LN:20
-a0 16 xx 4 1 10H * 0 0 * *
-a1 16 xx 4 1 5H0M5H * 0 0 * *
-a2 16 xx 4 1 5H0I10M0D5H * 0 0 * *
-A0 16 yy 4 1 0H * 0 0 * *
-A1 16 yy 4 1 0I * 0 0 * *
-A2 16 yy 4 1 0D * 0 0 * *
-A3 16 yy 4 1 0M * 0 0 * *
-A4 16 yy 4 1 0P * 0 0 * *
diff --git a/htslib/test/xx#pair.sam b/htslib/test/xx#pair.sam
deleted file mode 100644
index aa8c77b..0000000
--- a/htslib/test/xx#pair.sam
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
- at SQ SN:xx LN:20
-a1 99 xx 1 1 10M = 11 20 AAAAAAAAAA **********
-b1 99 xx 1 1 10M = 11 20 AAAAAAAAAA **********
-c1 99 xx 1 1 10M = 11 20 AAAAAAAAAA **********
-a1 147 xx 11 1 10M = 1 -20 TTTTTTTTTT **********
-b1 147 xx 11 1 10M = 1 -20 TTTTTTTTTT **********
-c1 147 xx 11 1 10M = 1 -20 TTTTTTTTTT **********
diff --git a/htslib/test/xx#rg.sam b/htslib/test/xx#rg.sam
deleted file mode 100644
index 2d7efbc..0000000
--- a/htslib/test/xx#rg.sam
+++ /dev/null
@@ -1,13 +0,0 @@
- at HD VN:1.4 SO:coordinate
- at SQ SN:xx LN:20 AS:? SP:? UR:? M5:bbf4de6d8497a119dda6e074521643dc
- at RG ID:x1 SM:x1
- at RG ID:x2 SM:x2 LB:x PG:foo:bar PI:1111
- at PG ID:emacs PN:emacs VN:23.1.1
- at CO also test
- at CO other headers
-a1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA ********** RG:Z:x1
-b1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA ********** RG:Z:x2
-c1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA **********
-a2 16 xx 11 1 10M * 0 0 TTTTTTTTTT ********** RG:Z:x1
-b2 16 xx 11 1 10M * 0 0 TTTTTTTTTT ********** RG:Z:x2
-c2 16 xx 11 1 10M * 0 0 TTTTTTTTTT **********
diff --git a/htslib/test/xx#triplet.sam b/htslib/test/xx#triplet.sam
deleted file mode 100644
index 1255725..0000000
--- a/htslib/test/xx#triplet.sam
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
- at SQ SN:xx LN:20
- at SQ SN:yy LN:20
-a1 67 xx 1 1 10M = 6 20 AAAAAAAAAA **********
-a1 35 xx 6 1 10M = 11 -20 AAAAATTTTT **********
-a1 147 xx 11 1 10M = 1 -20 TTTTTTTTTT **********
-a1 67 yy 1 1 10M = 6 15 AAAAAAAAAA **********
-a1 3 yy 6 1 10M = 1 -15 AAAAATTTTT **********
diff --git a/htslib/test/xx#unsorted.sam b/htslib/test/xx#unsorted.sam
deleted file mode 100644
index 05887a3..0000000
--- a/htslib/test/xx#unsorted.sam
+++ /dev/null
@@ -1,8 +0,0 @@
- at SQ SN:xx LN:20
- at SQ SN:yy LN:20
-b1 147 yy 11 1 10M = 1 -20 TTTTTTTTTT **********
-a1 147 xx 11 1 10M = 1 -20 TTTTTTTTTT **********
-a1 99 xx 1 1 10M = 11 20 AAAAAAAAAA **********
-b1 99 yy 1 1 10M = 11 20 AAAAAAAAAA **********
-c1 99 xx 1 1 10M = 11 20 AAAAAAAAAA **********
-c1 147 xx 11 1 10M = 1 -20 TTTTTTTTTT **********
diff --git a/htslib/test/xx.fa b/htslib/test/xx.fa
deleted file mode 100644
index a233f7d..0000000
--- a/htslib/test/xx.fa
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
->xx
-AAAAAAAAAATTTTTTTTTT
->yy
-AAAAAAAAAATTTTTTTTTT
-
diff --git a/htslib/test/xx.fa.fai b/htslib/test/xx.fa.fai
deleted file mode 100644
index 97b1a3b..0000000
--- a/htslib/test/xx.fa.fai
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
-xx 20 4 20 21
-yy 20 29 20 21
diff --git a/htslib/vcf.5 b/htslib/vcf.5
deleted file mode 100644
index 47e833a..0000000
--- a/htslib/vcf.5
+++ /dev/null
@@ -1,120 +0,0 @@
-'\" t
-.TH vcf 5 "August 2013" "htslib" "Bioinformatics formats"
-.SH NAME
-vcf \- Variant Call Format
-.\"
-.\" Copyright (C) 2011 Broad Institute.
-.\" Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-.\"
-.\" Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-.\"
-.\" Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
-.\" copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
-.\" to deal in the Software without restriction, including without limitation
-.\" the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
-.\" and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
-.\" Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
-.\"
-.\" The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-.\" all copies or substantial portions of the Software.
-.\"
-.\" THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-.\" IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-.\" FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-.\" THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-.\" LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-.\" FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-.\" DEALINGS IN THE SOFTWARE.
-.\"
-.SH DESCRIPTION
-The Variant Call Format (VCF) is a TAB-delimited format with each data line
-consisting of the following fields:
-.TS
-nlbl.
-1 CHROM CHROMosome name
-2 POS the left-most POSition of the variant
-3 ID unique variant IDentifier
-4 REF the REFerence allele
-5 ALT the ALTernate allele(s) (comma-separated)
-6 QUAL variant/reference QUALity
-7 FILTER FILTERs applied
-8 INFO INFOrmation related to the variant (semicolon-separated)
-9 FORMAT FORMAT of the genotype fields (optional; colon-separated)
-10+ SAMPLE SAMPLE genotypes and per-sample information (optional)
-.TE
-.P
-The following table gives the \fBINFO\fP tags used by samtools and bcftools.
-.TP
-.B AF1
-Max-likelihood estimate of the site allele frequency (AF) of the first ALT allele
-(double)
-.TP
-.B DP
-Raw read depth (without quality filtering)
-(int)
-.TP
-.B DP4
-# high-quality reference forward bases, ref reverse, alternate for and alt rev bases
-(int[4])
-.TP
-.B FQ
-Consensus quality. Positive: sample genotypes different; negative: otherwise
-(int)
-.TP
-.B MQ
-Root-Mean-Square mapping quality of covering reads
-(int)
-.TP
-.B PC2
-Phred probability of AF in group1 samples being larger (,smaller) than in group2
-(int[2])
-.TP
-.B PCHI2
-Posterior weighted chi^2 P-value between group1 and group2 samples
-(double)
-.TP
-.B PV4
-P-value for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias
-(double[4])
-.TP
-.B QCHI2
-Phred-scaled PCHI2
-(int)
-.TP
-.B RP
-# permutations yielding a smaller PCHI2
-(int)
-.TP
-.B CLR
-Phred log ratio of genotype likelihoods with and without the trio/pair constraint
-(int)
-.TP
-.B UGT
-Most probable genotype configuration without the trio constraint
-(string)
-.TP
-.B CGT
-Most probable configuration with the trio constraint
-(string)
-.TP
-.B VDB
-Tests variant positions within reads. Intended for filtering RNA-seq artifacts around splice sites
-(float)
-.TP
-.B RPB
-Mann-Whitney rank-sum test for tail distance bias
-(float)
-.TP
-.B HWE
-Hardy-Weinberg equilibrium test (Wigginton et al)
-(float)
-.P
-.SH SEE ALSO
-.TP
-https://github.com/samtools/hts-specs
-The full VCF/BCF file format specification
-.TP
-.I A note on exact tests of Hardy-Weinberg equilibrium
-Wigginton JE et al
-PMID:15789306
-.\" (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15789306)
diff --git a/install-CGAT-tools.sh b/install-CGAT-tools.sh
deleted file mode 100755
index ae9a6cb..0000000
--- a/install-CGAT-tools.sh
+++ /dev/null
@@ -1,281 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env bash
-
-# function to detect the Operating System
-detect_os(){
-
-if [ -f /etc/os-release ]; then
-
- OS=$(cat /etc/os-release | awk '/VERSION_ID/ {sub("="," "); print $2;}' | sed 's/\"//g' | awk '{sub("\\."," "); print $1;}')
- if [ "$OS" != "12" ] ; then
-
- echo
- echo " Ubuntu version not supported "
- echo
- echo " Only Ubuntu 12.x has been tested so far "
- echo
- exit 1;
-
- fi
-
- OS="ubuntu"
-
-elif [ -f /etc/system-release ]; then
-
- OS=$(cat /etc/system-release | awk ' {print $4;}' | awk '{sub("\\."," "); print $1;}')
- if [ "$OS" != "6" ] ; then
- echo
- echo " Scientific Linux version not supported "
- echo
- echo " Only 6.x Scientific Linux has been tested so far "
- echo
- exit 1;
- fi
-
- OS="sl"
-
-else
-
- echo
- echo " Operating system not supported "
- echo
- echo " Exiting installation "
- echo
- exit 1;
-
-fi
-} # detect_os
-
-# message to display when the OS is not correct
-sanity_check_os() {
- echo
- echo " Unsupported operating system: $OS "
- echo " Installation aborted "
- echo
- exit 1;
-} # sanity_check_os
-
-# function to install operating system dependencies
-install_os_packages() {
-
-if [ "$OS" == "ubuntu" -o "$OS" == "travis" ] ; then
-
- echo
- echo " Installing packages for Ubuntu "
- echo
-
- apt-get install -y gcc g++ zlib1g-dev libssl-dev libbz2-dev libfreetype6-dev libpng12-dev libblas-dev libatlas-dev liblapack-dev gfortran libpq-dev r-base-dev libreadline-dev libmysqlclient-dev libboost-dev libsqlite3-dev mercurial;
-
-elif [ "$OS" == "sl" ] ; then
-
- echo
- echo " Installing packages for Scientific Linux "
- echo
-
- yum -y install gcc zlib-devel gcc-c++ freetype-devel libpng-devel blas atlas lapack gcc-gfortran postgresql-devel R-core-devel readline-devel mysql-devel boost-devel sqlite-devel mercurial openssl-devel bzip2-devel
-
-else
-
- sanity_check_os
-
-fi # if-OS
-} # install_os_packages
-
-# funcion to install Python dependencies
-install_python_deps() {
-
-if [ "$OS" == "ubuntu" -o "$OS" == "sl" ] ; then
-
- echo
- echo " Installing Python dependencies for $1 "
- echo
-
- # Create virtual environment
- cd
- mkdir CGAT
- cd CGAT
- wget --no-check-certificate https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.10.1.tar.gz
- tar xvfz virtualenv-1.10.1.tar.gz
- rm virtualenv-1.10.1.tar.gz
- cd virtualenv-1.10.1
- python virtualenv.py cgat-venv
- source cgat-venv/bin/activate
-
- # Install Python prerequisites
- pip install cython
-
-elif [ "$OS" == "travis" ] ; then
- # Travis-CI provides a virtualenv with Python 2.7
- echo
- echo " Installing Python dependencies in travis "
- echo
-
- # Install Python prerequisites
- pip install cython
- pip install nose
-
-else
-
- sanity_check_os
-
-fi # if-OS
-} # install_python_deps
-
-install_nosetests_deps() {
-
-return
-
-if [ "$OS" == "ubuntu" -o "$OS" == "travis" ] ; then
-
- # GCProfile
- apt-get install -y libc6-i386 libstdc++5:i386
-
-elif [ "$OS" == "sl" ] ; then
-
- # GCProfile
- yum install -y glibc.i686 compat-libstdc++-33.i686
-
-else
-
- sanity_check_os
-
-fi # if-OS
-
-} # install_nosetests_deps
-
-# common set of tasks to prepare external dependencies
-nosetests_external_deps() {
-echo
-echo " Running nosetests for $1 "
-echo
-
-pushd .
-
-# create a new folder to store external tools
-mkdir -p $HOME/CGAT/external-tools
-cd $HOME/CGAT/external-tools
-
-# install samtools
-curl -L http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/1.1/samtools-1.1.tar.bz2 > samtools-1.1.tar.bz2
-tar xjvf samtools-1.1.tar.bz2
-cd samtools-1.1
-make
-PATH=$PATH:$HOME/CGAT/external-tools/samtools-1.1
-
-popd
-
-} # nosetests_external_deps
-
-
-# function to run nosetests
-run_nosetests() {
-
-echo
-echo " Running nosetests for $1 "
-echo
-
-# prepare external dependencies
-nosetests_external_deps $OS
-
-# install code
-python setup.py install
-
-# change into tests directory. Otherwise,
-# 'import pysam' will import the repository,
-# not the installed version. This causes
-# problems in the compilation test.
-cd tests
-
-# create auxilliary data
-echo
-echo 'building test data'
-echo
-make -C pysam_data
-
-# run nosetests
-# -s: do not capture stdout, conflicts with pysam.dispatch
-# -v: verbose output
-nosetests -s -v
-
-} # run_nosetests
-
-# function to display help message
-help_message() {
-echo
-echo " Use this script as follows: "
-echo
-echo " 1) Become root and install the operating system* packages: "
-echo " ./install-CGAT-tools.sh --install-os-packages"
-echo
-echo " 2) Now, as a normal user (non root), install the Python dependencies**: "
-echo " ./install-CGAT-tools.sh --install-python-deps"
-echo
-echo " At this stage the CGAT Code Collection is ready to go and you do not need further steps. Please type the following for more information:"
-echo " source $HOME/CGAT/virtualenv-1.10.1/cgat-venv/bin/activate"
-echo " cgat --help "
-echo
-echo " The CGAT Code Collection tests the software with nosetests. If you are interested in running those, please continue with the following steps:"
-echo
-echo " 3) Become root to install external tools and set up the environment: "
-echo " ./install-CGAT-tools.sh --install-nosetests-deps"
-echo
-echo " 4) Then, back as a normal user (non root), run nosetests as follows:"
-echo " ./install-CGAT-tools.sh --run-nosetests"
-echo
-echo " NOTES: "
-echo " * Supported operating systems: Ubuntu 12.x and Scientific Linux 6.x "
-echo " ** An isolated virtual environment will be created to install Python dependencies "
-echo
-exit 1;
-}
-
-
-# the main script starts here
-
-if [ $# -eq 0 -o $# -gt 1 ] ; then
-
- help_message
-
-else
-
- if [ "$1" == "--help" ] ; then
-
- help_message
-
- elif [ "$1" == "--travis" ] ; then
-
- OS="travis"
- install_os_packages
- install_python_deps
- install_nosetests_deps
- run_nosetests
-
- elif [ "$1" == "--install-os-packages" ] ; then
-
- detect_os
- install_os_packages
-
- elif [ "$1" == "--install-python-deps" ] ; then
-
- detect_os
- install_python_deps
-
- elif [ "$1" == "--install-nosetests-deps" ] ; then
-
- detect_os
- install_nosetests_deps
-
- elif [ "$1" == "--run-nosetests" ] ; then
-
- detect_os
- run_nosetests
-
- else
-
- echo
- echo " Incorrect input parameter: $1 "
- help_message
-
- fi # if argument 1
-
-fi # if number of input parameters
-
diff --git a/pysam.egg-info/PKG-INFO b/pysam.egg-info/PKG-INFO
new file mode 100644
index 0000000..354479b
--- /dev/null
+++ b/pysam.egg-info/PKG-INFO
@@ -0,0 +1,16 @@
+Metadata-Version: 1.1
+Name: pysam
+Version: 0.8.1
+Summary: pysam
+Home-page: https://github.com/pysam-developers/pysam
+Author: Andreas Heger
+Author-email: andreas.heger at gmail.com
+License: MIT
+Description:
+
+ pysam
+ *****
+
+
+Platform: ALL
+Requires: cython (>=0.20.1)
diff --git a/pysam.egg-info/SOURCES.txt b/pysam.egg-info/SOURCES.txt
new file mode 100644
index 0000000..ee169f1
--- /dev/null
+++ b/pysam.egg-info/SOURCES.txt
@@ -0,0 +1,204 @@
+COPYING
+INSTALL
+KNOWN_BUGS
+MANIFEST.in
+README.rst
+THANKS
+pysam.py
+setup.cfg
+setup.py
+doc/Makefile
+doc/api.rst
+doc/conf.py
+doc/developer.rst
+doc/faq.rst
+doc/glossary.rst
+doc/index.rst
+doc/make.bat
+doc/out
+doc/release.rst
+doc/usage.rst
+htslib/bgzf.c
+htslib/bgzip.c
+htslib/config.h
+htslib/faidx.c
+htslib/hfile.c
+htslib/hfile_internal.h
+htslib/hfile_net.c
+htslib/hts.c
+htslib/kfunc.c
+htslib/knetfile.c
+htslib/kstring.c
+htslib/sam.c
+htslib/synced_bcf_reader.c
+htslib/tabix.c
+htslib/tbx.c
+htslib/vcf.c
+htslib/vcf_sweep.c
+htslib/vcfutils.c
+htslib/version.h
+htslib/cram/cram.h
+htslib/cram/cram_codecs.c
+htslib/cram/cram_codecs.h
+htslib/cram/cram_decode.c
+htslib/cram/cram_decode.h
+htslib/cram/cram_encode.c
+htslib/cram/cram_encode.h
+htslib/cram/cram_index.c
+htslib/cram/cram_index.h
+htslib/cram/cram_io.c
+htslib/cram/cram_io.h
+htslib/cram/cram_samtools.c
+htslib/cram/cram_samtools.h
+htslib/cram/cram_stats.c
+htslib/cram/cram_stats.h
+htslib/cram/cram_structs.h
+htslib/cram/files.c
+htslib/cram/mFILE.c
+htslib/cram/mFILE.h
+htslib/cram/md5.c
+htslib/cram/md5.h
+htslib/cram/misc.h
+htslib/cram/open_trace_file.c
+htslib/cram/open_trace_file.h
+htslib/cram/os.h
+htslib/cram/pooled_alloc.c
+htslib/cram/pooled_alloc.h
+htslib/cram/sam_header.c
+htslib/cram/sam_header.h
+htslib/cram/string_alloc.c
+htslib/cram/string_alloc.h
+htslib/cram/thread_pool.c
+htslib/cram/thread_pool.h
+htslib/cram/vlen.c
+htslib/cram/vlen.h
+htslib/cram/zfio.c
+htslib/cram/zfio.h
+htslib/htslib/bgzf.h
+htslib/htslib/faidx.h
+htslib/htslib/hfile.h
+htslib/htslib/hts.h
+htslib/htslib/hts_defs.h
+htslib/htslib/kfunc.h
+htslib/htslib/khash.h
+htslib/htslib/khash_str2int.h
+htslib/htslib/klist.h
+htslib/htslib/knetfile.h
+htslib/htslib/kseq.h
+htslib/htslib/ksort.h
+htslib/htslib/kstring.h
+htslib/htslib/sam.h
+htslib/htslib/synced_bcf_reader.h
+htslib/htslib/tbx.h
+htslib/htslib/vcf.h
+htslib/htslib/vcf_sweep.h
+htslib/htslib/vcfutils.h
+pysam/Pileup.py
+pysam/TabProxies.c
+pysam/TabProxies.pxd
+pysam/TabProxies.pyx
+pysam/__init__.py
+pysam/calignmentfile.c
+pysam/calignmentfile.pxd
+pysam/calignmentfile.pyx
+pysam/cfaidx.c
+pysam/cfaidx.pxd
+pysam/cfaidx.pyx
+pysam/chtslib.c
+pysam/chtslib.pxd
+pysam/chtslib.pyx
+pysam/csamfile.c
+pysam/csamfile.pxd
+pysam/csamfile.pyx
+pysam/csamtools.c
+pysam/csamtools.pxd
+pysam/csamtools.pyx
+pysam/ctabix.c
+pysam/ctabix.pxd
+pysam/ctabix.pyx
+pysam/cvcf.c
+pysam/cvcf.pxd
+pysam/cvcf.pyx
+pysam/htslib_util.c
+pysam/htslib_util.h
+pysam/namedtuple.py
+pysam/pysam_stream.h
+pysam/pysam_util.c
+pysam/pysam_util.h
+pysam/samfile_util.c
+pysam/samfile_util.h
+pysam/tabix_util.c
+pysam/tabix_util.h
+pysam/version.py
+pysam.egg-info/PKG-INFO
+pysam.egg-info/SOURCES.txt
+pysam.egg-info/dependency_links.txt
+pysam.egg-info/not-zip-safe
+pysam.egg-info/top_level.txt
+pysam/include/__init__.py
+samtools/bam.c.pysam.c
+samtools/bam.h
+samtools/bam2bcf.c.pysam.c
+samtools/bam2bcf.h
+samtools/bam2bcf_indel.c.pysam.c
+samtools/bam2depth.c.pysam.c
+samtools/bam_aux.c.pysam.c
+samtools/bam_cat.c.pysam.c
+samtools/bam_color.c.pysam.c
+samtools/bam_endian.h
+samtools/bam_flags.c.pysam.c
+samtools/bam_import.c.pysam.c
+samtools/bam_index.c.pysam.c
+samtools/bam_lpileup.c.pysam.c
+samtools/bam_lpileup.h
+samtools/bam_mate.c.pysam.c
+samtools/bam_md.c.pysam.c
+samtools/bam_plbuf.c.pysam.c
+samtools/bam_plbuf.h
+samtools/bam_plcmd.c.pysam.c
+samtools/bam_reheader.c.pysam.c
+samtools/bam_rmdup.c.pysam.c
+samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c
+samtools/bam_sort.c.pysam.c
+samtools/bam_split.c.pysam.c
+samtools/bam_stat.c.pysam.c
+samtools/bam_tview.c.pysam.c
+samtools/bam_tview.h
+samtools/bam_tview_curses.c.pysam.c
+samtools/bam_tview_html.c.pysam.c
+samtools/bamshuf.c.pysam.c
+samtools/bedcov.c.pysam.c
+samtools/bedidx.c.pysam.c
+samtools/cut_target.c.pysam.c
+samtools/errmod.c.pysam.c
+samtools/errmod.h
+samtools/faidx.c.pysam.c
+samtools/kaln.c.pysam.c
+samtools/kaln.h
+samtools/kprobaln.c
+samtools/kprobaln.c.pysam.c
+samtools/kprobaln.h
+samtools/padding.c.pysam.c
+samtools/phase.c.pysam.c
+samtools/pysam.h
+samtools/sam.c.pysam.c
+samtools/sam.h
+samtools/sam_header.c.pysam.c
+samtools/sam_header.h
+samtools/sam_view.c.pysam.c
+samtools/sample.c.pysam.c
+samtools/sample.h
+samtools/samtools.h
+samtools/stats.c.pysam.c
+samtools/stats_isize.c.pysam.c
+samtools/stats_isize.h
+samtools/version.h
+samtools/misc/ace2sam.c.pysam.c
+samtools/misc/md5.c.pysam.c
+samtools/misc/md5.h
+samtools/test/test.c.pysam.c
+samtools/test/test.h
+samtools/win32/xcurses.h
+samtools/win32/zconf.h
+samtools/win32/zlib.h
+tests/00README.txt
\ No newline at end of file
diff --git a/pysam.egg-info/dependency_links.txt b/pysam.egg-info/dependency_links.txt
new file mode 100644
index 0000000..8b13789
--- /dev/null
+++ b/pysam.egg-info/dependency_links.txt
@@ -0,0 +1 @@
+
diff --git a/pysam.egg-info/not-zip-safe b/pysam.egg-info/not-zip-safe
new file mode 100644
index 0000000..8b13789
--- /dev/null
+++ b/pysam.egg-info/not-zip-safe
@@ -0,0 +1 @@
+
diff --git a/pysam.egg-info/top_level.txt b/pysam.egg-info/top_level.txt
new file mode 100644
index 0000000..23f03da
--- /dev/null
+++ b/pysam.egg-info/top_level.txt
@@ -0,0 +1 @@
+pysam
diff --git a/pysam/TabProxies.c b/pysam/TabProxies.c
new file mode 100644
index 0000000..06ef6b0
--- /dev/null
+++ b/pysam/TabProxies.c
@@ -0,0 +1,14076 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 19:49:04 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__TabProxies
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__TabProxies
+#include "stdlib.h"
+#include "string.h"
+#include "stdint.h"
+#include "stdio.h"
+#include "pythread.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "TabProxies.pyx",
+ "type.pxd",
+ "bool.pxd",
+ "complex.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_bytes;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__charptr_to_str;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str;
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":26
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ * cdef bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_bytes {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":43
+ * return _force_bytes(s)
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__charptr_to_str {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":49
+ * return s.decode(encoding)
+ *
+ * cdef inline _force_str(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python "
+ * "(bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+/* "pysam/TabProxies.pxd":41
+ * ctypedef int uint64_t
+ *
+ * cdef class TupleProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_vtab;
+ char *data;
+ char **fields;
+ int nfields;
+ int index;
+ int nbytes;
+ int offset;
+ int is_modified;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pxd":63
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class GTFProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+ char *_attributes;
+ int hasOwnAttributes;
+};
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pxd":73
+ * cdef char * getAttributes( self )
+ *
+ * cdef class NamedTupleProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pxd":76
+ * pass
+ *
+ * cdef class BedProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+ char *contig;
+ uint32_t start;
+ uint32_t end;
+ int bedfields;
+};
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pxd":88
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class VCFProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+ char *contig;
+ uint32_t pos;
+};
+
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":81
+ * return not (buffer <= p < buffer + nbytes)
+ *
+ * cdef class TupleProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''Proxy class for access to parsed row as a tuple.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy {
+ int (*getMaxFields)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *);
+ int (*getMinFields)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *);
+ PyObject *(*take)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*present)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*copy)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*update)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":368
+ *
+ *
+ * cdef class GTFProxy(TupleProxy): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''Proxy class for access to GTF fields.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+ char *(*getAttributes)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":630
+ *
+ *
+ * cdef class NamedTupleProxy(TupleProxy): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * map_key2field = {}
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":653
+ *
+ *
+ * cdef class BedProxy(NamedTupleProxy): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''Proxy class for access to Bed fields.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":724
+ * TupleProxy._setindex(self, idx, str(value) )
+ *
+ * cdef class VCFProxy(NamedTupleProxy): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''Proxy class for access to VCF fields.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#include <string.h>
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_decode_c_string(
+ const char* cstring, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop,
+ const char* encoding, const char* errors,
+ PyObject* (*decode_func)(const char *s, Py_ssize_t size, const char *errors));
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw); /*proto*/
+#else
+#define __Pyx_PyObject_Call(func, arg, kw) PyObject_Call(func, arg, kw)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause); /*proto*/
+
+static void __Pyx_WriteUnraisable(const char *name, int clineno,
+ int lineno, const char *filename,
+ int full_traceback); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(const char* func_name, PyObject* kw_name); /*proto*/
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(PyObject *kwds, PyObject **argnames[], \
+ PyObject *kwds2, PyObject *values[], Py_ssize_t num_pos_args, \
+ const char* function_name); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(const char* func_name, int exact,
+ Py_ssize_t num_min, Py_ssize_t num_max, Py_ssize_t num_found); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void); /*proto*/
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyList_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len) & likely(len > (L->allocated >> 1))) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyList_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static PyObject* __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(PyObject* obj, PyObject* method_name, PyObject* args) {
+ PyObject *method, *result = NULL;
+ if (unlikely(!args)) return NULL;
+ method = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, method_name);
+ if (unlikely(!method)) goto bad;
+ result = __Pyx_PyObject_Call(method, args, NULL);
+ Py_DECREF(method);
+bad:
+ Py_DECREF(args);
+ return result;
+}
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod3(obj, name, arg1, arg2, arg3) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(3, arg1, arg2, arg3))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod2(obj, name, arg1, arg2) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(2, arg1, arg2))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod1(obj, name, arg1) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(1, arg1))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod0(obj, name) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, (Py_INCREF(__pyx_empty_tuple), __pyx_empty_tuple))
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+#define __Pyx_PyString_Join __Pyx_PyBytes_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join(s, v) (PyUnicode_CheckExact(s) ? PyUnicode_Join(s, v) : __Pyx_PyBytes_Join(s, v))
+#else
+#define __Pyx_PyString_Join PyUnicode_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join PyUnicode_Join
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyString_Join
+ #else
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyBytes_Join
+ #endif
+#else
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values); /*proto*/
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PySequence_Contains(PyObject* item, PyObject* seq, int eq) {
+ int result = PySequence_Contains(seq, item);
+ return unlikely(result < 0) ? result : (result == (eq == Py_EQ));
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_CheckKeywordStrings(PyObject *kwdict, const char* function_name, int kw_allowed); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyUnicode_Equals
+#else
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyBytes_Equals
+#endif
+
+#define __Pyx_GetItemInt(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Fast(o, (Py_ssize_t)i, is_list, wraparound, boundscheck) : \
+ (is_list ? (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL) : \
+ __Pyx_GetItemInt_Generic(o, to_py_func(i))))
+#define __Pyx_GetItemInt_List(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_List_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+#define __Pyx_GetItemInt_Tuple(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "tuple index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck);
+
+static double __Pyx__PyObject_AsDouble(PyObject* obj); /* proto */
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define __Pyx_PyObject_AsDouble(obj) \
+(likely(PyFloat_CheckExact(obj)) ? PyFloat_AS_DOUBLE(obj) : \
+ likely(PyInt_CheckExact(obj)) ? \
+ PyFloat_AsDouble(obj) : __Pyx__PyObject_AsDouble(obj))
+#else
+#define __Pyx_PyObject_AsDouble(obj) \
+((likely(PyFloat_CheckExact(obj))) ? \
+ PyFloat_AS_DOUBLE(obj) : __Pyx__PyObject_AsDouble(obj))
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetSlice(
+ PyObject* obj, Py_ssize_t cstart, Py_ssize_t cstop,
+ PyObject** py_start, PyObject** py_stop, PyObject** py_slice,
+ int has_cstart, int has_cstop, int wraparound);
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ListComp_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len)) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_ListComp_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyList_GetSlice(PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyTuple_GetSlice(PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop);
+#else
+#define __Pyx_PyList_GetSlice(seq, start, stop) PySequence_GetSlice(seq, start, stop)
+#define __Pyx_PyTuple_GetSlice(seq, start, stop) PySequence_GetSlice(seq, start, stop)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,NULL)
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_SetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name, PyObject* value) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_setattro))
+ return tp->tp_setattro(obj, attr_name, value);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_setattr))
+ return tp->tp_setattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name), value);
+#endif
+ return PyObject_SetAttr(obj, attr_name, value);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) PyObject_DelAttr(o,n)
+#define __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,v) PyObject_SetAttr(o,n,v)
+#endif
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable); /*proto*/
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE uint32_t __Pyx_PyInt_As_uint32_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint32_t(uint32_t value);
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'cpython.version' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.ref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.exc' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.module' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mem' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.tuple' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.list' */
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.object' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.sequence' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mapping' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.iterator' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.type' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4type_type = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.number' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.int' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bool' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.long' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.float' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.complex' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.string' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.unicode' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.dict' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.instance' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.function' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.method' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.weakref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.getargs' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pythread' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pystate' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.cobject' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.oldbuffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.set' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.buffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bytes' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pycapsule' */
+
+/* Module declarations from 'cpython' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.TabProxies' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = 0;
+static PyObject *__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING = 0;
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_bytes(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_bytes *__pyx_optional_args); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_str(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str *__pyx_optional_args); /*proto*/
+static char *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_StrOrEmpty(char *); /*proto*/
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_isNew(char *, char *, size_t); /*proto*/
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.TabProxies"
+int __pyx_module_is_main_pysam__TabProxies = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.TabProxies' */
+static PyObject *__pyx_builtin_TypeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_ValueError;
+static PyObject *__pyx_builtin_IndexError;
+static PyObject *__pyx_builtin_range;
+static PyObject *__pyx_builtin_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_builtin_xrange;
+static PyObject *__pyx_builtin_AttributeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_KeyError;
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_4_getindex(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, int __pyx_v_index); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_6__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_8_setindex(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_12__len__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_14__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_toDot(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_2quote(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_4asDict(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6fromDict(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_d); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_8__str__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10invert(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, int __pyx_v_lcontig); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_12keys(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_14__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_item); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_18setAttribute(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_name, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_2__getattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8BedProxy___str__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value); /* proto */
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_GTFProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_BedProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_VCFProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static char __pyx_k_[] = "";
+static char __pyx_k_s[] = "\"%s\"";
+static char __pyx_k_v[] = "v";
+static char __pyx_k__8[] = "\t";
+static char __pyx_k_id[] = "id";
+static char __pyx_k__10[] = ".";
+static char __pyx_k__20[] = ";";
+static char __pyx_k__23[] = " ";
+static char __pyx_k__24[] = "\"";
+static char __pyx_k__26[] = "; ";
+static char __pyx_k__28[] = "-";
+static char __pyx_k_alt[] = "alt";
+static char __pyx_k_end[] = "end";
+static char __pyx_k_pos[] = "pos";
+static char __pyx_k_ref[] = "ref";
+static char __pyx_k_s_s[] = "%s \"%s\"";
+static char __pyx_k_str[] = "__str__";
+static char __pyx_k_sys[] = "sys";
+static char __pyx_k_info[] = "info";
+static char __pyx_k_join[] = "join";
+static char __pyx_k_main[] = "__main__";
+static char __pyx_k_name[] = "name";
+static char __pyx_k_qual[] = "qual";
+static char __pyx_k_test[] = "__test__";
+static char __pyx_k_ascii[] = "ascii";
+static char __pyx_k_frame[] = "frame";
+static char __pyx_k_index[] = "index";
+static char __pyx_k_items[] = "items";
+static char __pyx_k_quote[] = "quote";
+static char __pyx_k_range[] = "range";
+static char __pyx_k_s_s_2[] = "%s %s";
+static char __pyx_k_score[] = "score";
+static char __pyx_k_split[] = "split";
+static char __pyx_k_start[] = "start";
+static char __pyx_k_strip[] = "strip";
+static char __pyx_k_toDot[] = "toDot";
+static char __pyx_k_types[] = "types";
+static char __pyx_k_value[] = "value";
+static char __pyx_k_append[] = "append";
+static char __pyx_k_asDict[] = "asDict";
+static char __pyx_k_contig[] = "contig";
+static char __pyx_k_decode[] = "decode";
+static char __pyx_k_encode[] = "encode";
+static char __pyx_k_filter[] = "filter";
+static char __pyx_k_format[] = "format";
+static char __pyx_k_import[] = "__import__";
+static char __pyx_k_source[] = "source";
+static char __pyx_k_strand[] = "strand";
+static char __pyx_k_string[] = "string";
+static char __pyx_k_xrange[] = "xrange";
+static char __pyx_k_feature[] = "feature";
+static char __pyx_k_getattr[] = "__getattr__";
+static char __pyx_k_indices[] = "indices";
+static char __pyx_k_itemRGB[] = "itemRGB";
+static char __pyx_k_setitem[] = "__setitem__";
+static char __pyx_k_KeyError[] = "KeyError";
+static char __pyx_k_encoding[] = "encoding";
+static char __pyx_k_fromDict[] = "fromDict";
+static char __pyx_k_getindex[] = "_getindex";
+static char __pyx_k_maxsplit[] = "maxsplit";
+static char __pyx_k_setindex[] = "_setindex";
+static char __pyx_k_thickEnd[] = "thickEnd";
+static char __pyx_k_TypeError[] = "TypeError";
+static char __pyx_k_IndexError[] = "IndexError";
+static char __pyx_k_ValueError[] = "ValueError";
+static char __pyx_k_attributes[] = "attributes";
+static char __pyx_k_blockCount[] = "blockCount";
+static char __pyx_k_blockSizes[] = "blockSizes";
+static char __pyx_k_pyx_vtable[] = "__pyx_vtable__";
+static char __pyx_k_thickStart[] = "thickStart";
+static char __pyx_k_StringTypes[] = "StringTypes";
+static char __pyx_k_blockStarts[] = "blockStarts";
+static char __pyx_k_feature_name[] = "feature name.";
+static char __pyx_k_StopIteration[] = "StopIteration";
+static char __pyx_k_feature_frame[] = "feature frame.";
+static char __pyx_k_feature_score[] = "feature score.";
+static char __pyx_k_map_key2field[] = "map_key2field";
+static char __pyx_k_out_of_memory[] = "out of memory";
+static char __pyx_k_AttributeError[] = "AttributeError";
+static char __pyx_k_feature_source[] = "feature source.";
+static char __pyx_k_feature_strand[] = "feature strand.";
+static char __pyx_k_field_s_not_set[] = "field %s not set";
+static char __pyx_k_pysam_TabProxies[] = "pysam.TabProxies";
+static char __pyx_k_contig_of_feature[] = "contig of feature.";
+static char __pyx_k_getdefaultencoding[] = "getdefaultencoding";
+static char __pyx_k_incomplete_line_at_s[] = "incomplete line at %s";
+static char __pyx_k_getfilesystemencoding[] = "getfilesystemencoding";
+static char __pyx_k_list_index_out_of_range[] = "list index out of range";
+static char __pyx_k_malformatted_entry_at_s[] = "malformatted entry at %s";
+static char __pyx_k_GTFProxy_has_no_attribute_s[] = "'GTFProxy' has no attribute '%s'";
+static char __pyx_k_list_index_out_of_range_i_i[] = "list index out of range %i >= %i";
+static char __pyx_k_feature_attributes_as_a_string[] = "feature attributes (as a string).";
+static char __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam[] = "/home/andreas/devel/pysam/pysam/TabProxies.pyx";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or[] = "Argument must be string, bytes or unicode.";
+static char __pyx_k_bed_format_requires_at_least_thr[] = "bed format requires at least three columns";
+static char __pyx_k_feature_end_in_0_based_open_clos[] = "feature end (in 0-based open/closed coordinates).";
+static char __pyx_k_feature_start_in_0_based_open_cl[] = "feature start (in 0-based open/closed coordinates).";
+static char __pyx_k_length_of_buffer_i_number_of_byt[] = "length of buffer (%i) != number of bytes (%i)";
+static char __pyx_k_out_of_memory_in_TupleProxy_copy[] = "out of memory in TupleProxy.copy()";
+static char __pyx_k_out_of_memory_in_TupleProxy_upda[] = "out of memory in TupleProxy.update()";
+static char __pyx_k_parsing_error_fewer_that_i_field[] = "parsing error: fewer that %i fields in line: %s";
+static char __pyx_k_parsing_error_more_than_i_fields[] = "parsing error: more than %i fields in line: %s";
+static PyObject *__pyx_kp_s_;
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or;
+static PyObject *__pyx_n_s_AttributeError;
+static PyObject *__pyx_kp_s_GTFProxy_has_no_attribute_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_IndexError;
+static PyObject *__pyx_n_s_KeyError;
+static PyObject *__pyx_n_s_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_n_s_StringTypes;
+static PyObject *__pyx_n_s_TypeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_ValueError;
+static PyObject *__pyx_kp_s__10;
+static PyObject *__pyx_kp_s__20;
+static PyObject *__pyx_kp_s__23;
+static PyObject *__pyx_kp_s__24;
+static PyObject *__pyx_kp_s__26;
+static PyObject *__pyx_kp_s__28;
+static PyObject *__pyx_kp_s__8;
+static PyObject *__pyx_n_s_alt;
+static PyObject *__pyx_n_s_append;
+static PyObject *__pyx_n_s_asDict;
+static PyObject *__pyx_n_s_ascii;
+static PyObject *__pyx_n_s_attributes;
+static PyObject *__pyx_kp_s_bed_format_requires_at_least_thr;
+static PyObject *__pyx_n_s_blockCount;
+static PyObject *__pyx_n_s_blockSizes;
+static PyObject *__pyx_n_s_blockStarts;
+static PyObject *__pyx_n_s_contig;
+static PyObject *__pyx_n_s_decode;
+static PyObject *__pyx_n_s_encode;
+static PyObject *__pyx_n_s_encoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_end;
+static PyObject *__pyx_n_s_feature;
+static PyObject *__pyx_kp_s_field_s_not_set;
+static PyObject *__pyx_n_s_filter;
+static PyObject *__pyx_n_s_format;
+static PyObject *__pyx_n_s_frame;
+static PyObject *__pyx_n_s_fromDict;
+static PyObject *__pyx_n_s_getattr;
+static PyObject *__pyx_n_s_getdefaultencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_getfilesystemencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_getindex;
+static PyObject *__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam;
+static PyObject *__pyx_n_s_id;
+static PyObject *__pyx_n_s_import;
+static PyObject *__pyx_kp_s_incomplete_line_at_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_index;
+static PyObject *__pyx_n_s_indices;
+static PyObject *__pyx_n_s_info;
+static PyObject *__pyx_n_s_itemRGB;
+static PyObject *__pyx_n_s_items;
+static PyObject *__pyx_n_s_join;
+static PyObject *__pyx_kp_s_length_of_buffer_i_number_of_byt;
+static PyObject *__pyx_kp_s_list_index_out_of_range;
+static PyObject *__pyx_kp_s_list_index_out_of_range_i_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_main;
+static PyObject *__pyx_kp_s_malformatted_entry_at_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_map_key2field;
+static PyObject *__pyx_n_s_maxsplit;
+static PyObject *__pyx_n_s_name;
+static PyObject *__pyx_kp_s_out_of_memory;
+static PyObject *__pyx_kp_s_out_of_memory_in_TupleProxy_copy;
+static PyObject *__pyx_kp_s_out_of_memory_in_TupleProxy_upda;
+static PyObject *__pyx_kp_s_parsing_error_fewer_that_i_field;
+static PyObject *__pyx_kp_s_parsing_error_more_than_i_fields;
+static PyObject *__pyx_n_s_pos;
+static PyObject *__pyx_n_s_pysam_TabProxies;
+static PyObject *__pyx_n_s_pyx_vtable;
+static PyObject *__pyx_n_s_qual;
+static PyObject *__pyx_n_s_quote;
+static PyObject *__pyx_n_s_range;
+static PyObject *__pyx_n_s_ref;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_s_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_score;
+static PyObject *__pyx_n_s_setindex;
+static PyObject *__pyx_n_s_setitem;
+static PyObject *__pyx_n_s_source;
+static PyObject *__pyx_n_s_split;
+static PyObject *__pyx_n_s_start;
+static PyObject *__pyx_n_s_str;
+static PyObject *__pyx_n_s_strand;
+static PyObject *__pyx_n_s_string;
+static PyObject *__pyx_n_s_strip;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_n_s_thickEnd;
+static PyObject *__pyx_n_s_thickStart;
+static PyObject *__pyx_n_s_toDot;
+static PyObject *__pyx_n_s_types;
+static PyObject *__pyx_n_s_v;
+static PyObject *__pyx_n_s_value;
+static PyObject *__pyx_n_s_xrange;
+static PyObject *__pyx_int_0;
+static PyObject *__pyx_int_1;
+static PyObject *__pyx_int_2;
+static PyObject *__pyx_int_3;
+static PyObject *__pyx_int_4;
+static PyObject *__pyx_int_5;
+static PyObject *__pyx_int_6;
+static PyObject *__pyx_int_7;
+static PyObject *__pyx_int_8;
+static PyObject *__pyx_int_9;
+static PyObject *__pyx_int_10;
+static PyObject *__pyx_int_11;
+static PyObject *__pyx_int_neg_1;
+static PyObject *__pyx_tuple__2;
+static PyObject *__pyx_tuple__3;
+static PyObject *__pyx_tuple__4;
+static PyObject *__pyx_tuple__5;
+static PyObject *__pyx_tuple__6;
+static PyObject *__pyx_tuple__7;
+static PyObject *__pyx_tuple__9;
+static PyObject *__pyx_slice__22;
+static PyObject *__pyx_slice__25;
+static PyObject *__pyx_tuple__11;
+static PyObject *__pyx_tuple__12;
+static PyObject *__pyx_tuple__13;
+static PyObject *__pyx_tuple__14;
+static PyObject *__pyx_tuple__15;
+static PyObject *__pyx_tuple__16;
+static PyObject *__pyx_tuple__17;
+static PyObject *__pyx_tuple__18;
+static PyObject *__pyx_tuple__19;
+static PyObject *__pyx_tuple__21;
+static PyObject *__pyx_tuple__27;
+static PyObject *__pyx_tuple__29;
+static PyObject *__pyx_tuple__30;
+static PyObject *__pyx_tuple__31;
+static PyObject *__pyx_tuple__32;
+static PyObject *__pyx_tuple__34;
+static PyObject *__pyx_codeobj__33;
+static PyObject *__pyx_codeobj__35;
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":12
+ *
+ *
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length]
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_from_string_and_size(char *__pyx_v_s, size_t __pyx_v_length) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("from_string_and_size", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":13
+ *
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s[:length]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":14
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return s[:length].decode("ascii")
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize(__pyx_v_s + 0, __pyx_v_length - 0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":16
+ * return s[:length]
+ * else:
+ * return s[:length].decode("ascii") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_decode_c_string(__pyx_v_s, 0, __pyx_v_length, NULL, NULL, PyUnicode_DecodeASCII); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 16; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":12
+ *
+ *
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length]
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.from_string_and_size", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":26
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ * cdef bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_bytes(PyObject *__pyx_v_s, struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_bytes *__pyx_optional_args) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_force_bytes", 0);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_encoding = __pyx_optional_args->encoding;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":29
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif s is None:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":30
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif s is None:
+ * return None
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 30; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":31
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":32
+ * return s
+ * elif s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":33
+ * elif s is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":34
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode(encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 34; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":35
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.encode(encoding)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":36
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode(encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 36; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 36; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 36; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_5))||((__pyx_t_5) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 36; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":38
+ * return s.encode(encoding)
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline bytes _force_cmdline_bytes(object s):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 38; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":26
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ * cdef bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies._force_bytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":40
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _force_cmdline_bytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _force_bytes(s)
+ *
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_cmdline_bytes(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_force_cmdline_bytes", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":41
+ *
+ * cdef inline bytes _force_cmdline_bytes(object s):
+ * return _force_bytes(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_bytes(__pyx_v_s, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 41; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":40
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _force_cmdline_bytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _force_bytes(s)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies._force_cmdline_bytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":43
+ * return _force_bytes(s)
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies__charptr_to_str(char *__pyx_v_s, struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__charptr_to_str *__pyx_optional_args) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_charptr_to_str", 0);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_encoding = __pyx_optional_args->encoding;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":44
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":45
+ * cdef _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return s.decode(encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":47
+ * return s
+ * else:
+ * return s.decode(encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline _force_str(object s, encoding="ascii"):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":43
+ * return _force_bytes(s)
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies._charptr_to_str", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":49
+ * return s.decode(encoding)
+ *
+ * cdef inline _force_str(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python "
+ * "(bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_str(PyObject *__pyx_v_s, struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str *__pyx_optional_args) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_force_str", 0);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_encoding = __pyx_optional_args->encoding;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":52
+ * """Return s converted to str type of current Python "
+ * "(bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":53
+ * "(bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":54
+ * if s is None:
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":55
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode(encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":56
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.decode(encoding)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":57
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode(encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # assume unicode
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":60
+ * else:
+ * # assume unicode
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * nextItem(char * buffer):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":49
+ * return s.decode(encoding)
+ *
+ * cdef inline _force_str(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python "
+ * "(bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies._force_str", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":62
+ * return s
+ *
+ * cdef char * nextItem(char * buffer): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * pos
+ * pos = strchr(buffer, '\t')
+ */
+
+static char *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_nextItem(char *__pyx_v_buffer) {
+ char *__pyx_v_pos;
+ char *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("nextItem", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":64
+ * cdef char * nextItem(char * buffer):
+ * cdef char * pos
+ * pos = strchr(buffer, '\t') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pos == NULL:
+ * raise ValueError("malformatted entry at %s" % buffer)
+ */
+ __pyx_v_pos = strchr(__pyx_v_buffer, '\t');
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":65
+ * cdef char * pos
+ * pos = strchr(buffer, '\t')
+ * if pos == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("malformatted entry at %s" % buffer)
+ * pos[0] = '\0'
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_pos == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":66
+ * pos = strchr(buffer, '\t')
+ * if pos == NULL:
+ * raise ValueError("malformatted entry at %s" % buffer) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos[0] = '\0'
+ * pos += 1
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_buffer); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_malformatted_entry_at_s, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":67
+ * if pos == NULL:
+ * raise ValueError("malformatted entry at %s" % buffer)
+ * pos[0] = '\0' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += 1
+ * return pos
+ */
+ (__pyx_v_pos[0]) = '\x00';
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":68
+ * raise ValueError("malformatted entry at %s" % buffer)
+ * pos[0] = '\0'
+ * pos += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pos
+ *
+ */
+ __pyx_v_pos = (__pyx_v_pos + 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":69
+ * pos[0] = '\0'
+ * pos += 1
+ * return pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char *StrOrEmpty(char * buffer):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_pos;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":62
+ * return s
+ *
+ * cdef char * nextItem(char * buffer): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * pos
+ * pos = strchr(buffer, '\t')
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.TabProxies.nextItem", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":71
+ * return pos
+ *
+ * cdef char *StrOrEmpty(char * buffer): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if buffer == NULL:
+ * return ""
+ */
+
+static char *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_StrOrEmpty(char *__pyx_v_buffer) {
+ char *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("StrOrEmpty", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":72
+ *
+ * cdef char *StrOrEmpty(char * buffer):
+ * if buffer == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return ""
+ * else: return buffer
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_buffer == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":73
+ * cdef char *StrOrEmpty(char * buffer):
+ * if buffer == NULL:
+ * return "" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: return buffer
+ *
+ */
+ __pyx_r = __pyx_k_;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":74
+ * if buffer == NULL:
+ * return ""
+ * else: return buffer # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int isNew(char * p, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_buffer;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":71
+ * return pos
+ *
+ * cdef char *StrOrEmpty(char * buffer): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if buffer == NULL:
+ * return ""
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":76
+ * else: return buffer
+ *
+ * cdef int isNew(char * p, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if p == NULL:
+ * return 0
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_isNew(char *__pyx_v_p, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("isNew", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":77
+ *
+ * cdef int isNew(char * p, char * buffer, size_t nbytes):
+ * if p == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return 0
+ * return not (buffer <= p < buffer + nbytes)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_p == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":78
+ * cdef int isNew(char * p, char * buffer, size_t nbytes):
+ * if p == NULL:
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return not (buffer <= p < buffer + nbytes)
+ *
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":79
+ * if p == NULL:
+ * return 0
+ * return not (buffer <= p < buffer + nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class TupleProxy:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_buffer <= __pyx_v_p);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_p < (__pyx_v_buffer + __pyx_v_nbytes));
+ }
+ __pyx_r = (!(__pyx_t_1 != 0));
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":76
+ * else: return buffer
+ *
+ * cdef int isNew(char * p, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if p == NULL:
+ * return 0
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":92
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.data = NULL
+ * self.fields = NULL
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_encoding,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ values[0] = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_encoding);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__cinit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 92; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_encoding = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 0, 0, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 92; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), __pyx_v_encoding);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":93
+ *
+ * def __cinit__(self, encoding="ascii"):
+ * self.data = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fields = NULL
+ * self.index = 0
+ */
+ __pyx_v_self->data = NULL;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":94
+ * def __cinit__(self, encoding="ascii"):
+ * self.data = NULL
+ * self.fields = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index = 0
+ * self.nbytes = 0
+ */
+ __pyx_v_self->fields = NULL;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":95
+ * self.data = NULL
+ * self.fields = NULL
+ * self.index = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nbytes = 0
+ * self.is_modified = 0
+ */
+ __pyx_v_self->index = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":96
+ * self.fields = NULL
+ * self.index = 0
+ * self.nbytes = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.is_modified = 0
+ * self.nfields = 0
+ */
+ __pyx_v_self->nbytes = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":97
+ * self.index = 0
+ * self.nbytes = 0
+ * self.is_modified = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nfields = 0
+ * # start counting at field offset
+ */
+ __pyx_v_self->is_modified = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":98
+ * self.nbytes = 0
+ * self.is_modified = 0
+ * self.nfields = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # start counting at field offset
+ * self.offset = 0
+ */
+ __pyx_v_self->nfields = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":100
+ * self.nfields = 0
+ * # start counting at field offset
+ * self.offset = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->offset = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":101
+ * # start counting at field offset
+ * self.offset = 0
+ * self.encoding = encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_v_self->encoding = __pyx_v_encoding;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":92
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.data = NULL
+ * self.fields = NULL
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":103
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int x
+ * if self.is_modified:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_2__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_x;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":105
+ * def __dealloc__(self):
+ * cdef int x
+ * if self.is_modified: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < self.nfields:
+ * if isNew(self.fields[x], self.data, self.nbytes):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->is_modified != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":106
+ * cdef int x
+ * if self.is_modified:
+ * for x from 0 <= x < self.nfields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if isNew(self.fields[x], self.data, self.nbytes):
+ * free(self.fields[x])
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_self->nfields;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":107
+ * if self.is_modified:
+ * for x from 0 <= x < self.nfields:
+ * if isNew(self.fields[x], self.data, self.nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.fields[x])
+ * self.fields[x] = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_f_5pysam_10TabProxies_isNew((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_x]), __pyx_v_self->data, __pyx_v_self->nbytes) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":108
+ * for x from 0 <= x < self.nfields:
+ * if isNew(self.fields[x], self.data, self.nbytes):
+ * free(self.fields[x]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fields[x] = NULL
+ *
+ */
+ free((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_x]));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":109
+ * if isNew(self.fields[x], self.data, self.nbytes):
+ * free(self.fields[x])
+ * self.fields[x] = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.data != NULL:
+ */
+ (__pyx_v_self->fields[__pyx_v_x]) = NULL;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":111
+ * self.fields[x] = NULL
+ *
+ * if self.data != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.data)
+ * if self.fields != NULL:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->data != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":112
+ *
+ * if self.data != NULL:
+ * free(self.data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.fields != NULL:
+ * free(self.fields)
+ */
+ free(__pyx_v_self->data);
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":113
+ * if self.data != NULL:
+ * free(self.data)
+ * if self.fields != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.fields)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->fields != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":114
+ * free(self.data)
+ * if self.fields != NULL:
+ * free(self.fields) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef take(self, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ free(__pyx_v_self->fields);
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":103
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int x
+ * if self.is_modified:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":116
+ * free(self.fields)
+ *
+ * cdef take(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''start presenting buffer.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_take(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("take", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":121
+ * Take ownership of the pointer.
+ * '''
+ * self.data = buffer # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nbytes = nbytes
+ * self.update(buffer, nbytes)
+ */
+ __pyx_v_self->data = __pyx_v_buffer;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":122
+ * '''
+ * self.data = buffer
+ * self.nbytes = nbytes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.update(buffer, nbytes)
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->nbytes = __pyx_v_nbytes;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":123
+ * self.data = buffer
+ * self.nbytes = nbytes
+ * self.update(buffer, nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef present(self, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->update(__pyx_v_self, __pyx_v_buffer, __pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 123; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":116
+ * free(self.fields)
+ *
+ * cdef take(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''start presenting buffer.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.take", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":125
+ * self.update(buffer, nbytes)
+ *
+ * cdef present(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''start presenting buffer.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_present(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("present", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":130
+ * Do not take ownership of the pointer.
+ * '''
+ * self.update(buffer, nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef copy(self, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->update(__pyx_v_self, __pyx_v_buffer, __pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":125
+ * self.update(buffer, nbytes)
+ *
+ * cdef present(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''start presenting buffer.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.present", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":132
+ * self.update(buffer, nbytes)
+ *
+ * cdef copy(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''start presenting buffer of size *nbytes*.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_copy(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ int __pyx_v_s;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("copy", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":141
+ * cdef int s
+ * # +1 for '\0'
+ * s = sizeof(char) * (nbytes + 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.data = <char*>malloc(s)
+ * if self.data == NULL:
+ */
+ __pyx_v_s = ((sizeof(char)) * (__pyx_v_nbytes + 1));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":142
+ * # +1 for '\0'
+ * s = sizeof(char) * (nbytes + 1)
+ * self.data = <char*>malloc(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.data == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.copy()")
+ */
+ __pyx_v_self->data = ((char *)malloc(__pyx_v_s));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":143
+ * s = sizeof(char) * (nbytes + 1)
+ * self.data = <char*>malloc(s)
+ * if self.data == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.copy()")
+ * self.nbytes = nbytes
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->data == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":144
+ * self.data = <char*>malloc(s)
+ * if self.data == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.copy()") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nbytes = nbytes
+ * memcpy(<char*>self.data, buffer, s)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 144; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 144; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":145
+ * if self.data == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.copy()")
+ * self.nbytes = nbytes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy(<char*>self.data, buffer, s)
+ * self.update(self.data, nbytes)
+ */
+ __pyx_v_self->nbytes = __pyx_v_nbytes;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":146
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.copy()")
+ * self.nbytes = nbytes
+ * memcpy(<char*>self.data, buffer, s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.update(self.data, nbytes)
+ *
+ */
+ memcpy(((char *)__pyx_v_self->data), __pyx_v_buffer, __pyx_v_s);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":147
+ * self.nbytes = nbytes
+ * memcpy(<char*>self.data, buffer, s)
+ * self.update(self.data, nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int getMinFields(self):
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->update(__pyx_v_self, __pyx_v_self->data, __pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 147; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":132
+ * self.update(buffer, nbytes)
+ *
+ * cdef copy(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''start presenting buffer of size *nbytes*.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.copy", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":149
+ * self.update(self.data, nbytes)
+ *
+ * cdef int getMinFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * # 1 is not a valid tabix entry, but TupleProxy
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_getMinFields(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getMinFields", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":153
+ * # 1 is not a valid tabix entry, but TupleProxy
+ * # could be more generic.
+ * return 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self):
+ */
+ __pyx_r = 1;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":149
+ * self.update(self.data, nbytes)
+ *
+ * cdef int getMinFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * # 1 is not a valid tabix entry, but TupleProxy
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":155
+ * return 1
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return maximum number of fields. Return
+ * 0 for unknown length.'''
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_getMaxFields(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getMaxFields", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":158
+ * '''return maximum number of fields. Return
+ * 0 for unknown length.'''
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":155
+ * return 1
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return maximum number of fields. Return
+ * 0 for unknown length.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":160
+ * return 0
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_update(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ char *__pyx_v_pos;
+ char *__pyx_v_old_pos;
+ int __pyx_v_field;
+ int __pyx_v_max_fields;
+ int __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ size_t __pyx_t_9;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("update", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":181
+ * cdef int max_fields, min_fields, x
+ *
+ * assert strlen(buffer) == nbytes, \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "length of buffer (%i) != number of bytes (%i)" % (
+ * strlen(buffer), nbytes)
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ if (unlikely(!((strlen(__pyx_v_buffer) == __pyx_v_nbytes) != 0))) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":183
+ * assert strlen(buffer) == nbytes, \
+ * "length of buffer (%i) != number of bytes (%i)" % (
+ * strlen(buffer), nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if buffer[nbytes] != 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_FromSize_t(strlen(__pyx_v_buffer)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 183; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_FromSize_t(__pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 183; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 183; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":182
+ *
+ * assert strlen(buffer) == nbytes, \
+ * "length of buffer (%i) != number of bytes (%i)" % ( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strlen(buffer), nbytes)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_length_of_buffer_i_number_of_byt, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 182; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 181; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":185
+ * strlen(buffer), nbytes)
+ *
+ * if buffer[nbytes] != 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("incomplete line at %s" % buffer)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_buffer[__pyx_v_nbytes]) != 0) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":186
+ *
+ * if buffer[nbytes] != 0:
+ * raise ValueError("incomplete line at %s" % buffer) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #################################
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_buffer); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_incomplete_line_at_s, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":190
+ * #################################
+ * # remove line breaks and feeds and update number of bytes
+ * x = nbytes - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while x > 0 and (buffer[x] == '\n' or buffer[x] == '\r'):
+ * buffer[x] = '\0'
+ */
+ __pyx_v_x = (__pyx_v_nbytes - 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":191
+ * # remove line breaks and feeds and update number of bytes
+ * x = nbytes - 1
+ * while x > 0 and (buffer[x] == '\n' or buffer[x] == '\r'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * buffer[x] = '\0'
+ * x -= 1
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_x > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = (((__pyx_v_buffer[__pyx_v_x]) == '\n') != 0);
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_6 = (((__pyx_v_buffer[__pyx_v_x]) == '\r') != 0);
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_5;
+ }
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_7;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (!__pyx_t_5) break;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":192
+ * x = nbytes - 1
+ * while x > 0 and (buffer[x] == '\n' or buffer[x] == '\r'):
+ * buffer[x] = '\0' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * x -= 1
+ * self.nbytes = x + 1
+ */
+ (__pyx_v_buffer[__pyx_v_x]) = '\x00';
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":193
+ * while x > 0 and (buffer[x] == '\n' or buffer[x] == '\r'):
+ * buffer[x] = '\0'
+ * x -= 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nbytes = x + 1
+ *
+ */
+ __pyx_v_x = (__pyx_v_x - 1);
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":194
+ * buffer[x] = '\0'
+ * x -= 1
+ * self.nbytes = x + 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #################################
+ */
+ __pyx_v_self->nbytes = (__pyx_v_x + 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":198
+ * #################################
+ * # clear data
+ * if self.fields != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.fields)
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_self->fields != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":199
+ * # clear data
+ * if self.fields != NULL:
+ * free(self.fields) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for field from 0 <= field < self.nfields:
+ */
+ free(__pyx_v_self->fields);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":201
+ * free(self.fields)
+ *
+ * for field from 0 <= field < self.nfields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if isNew(self.fields[field], self.data, self.nbytes):
+ * free(self.fields[field])
+ */
+ __pyx_t_8 = __pyx_v_self->nfields;
+ for (__pyx_v_field = 0; __pyx_v_field < __pyx_t_8; __pyx_v_field++) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":202
+ *
+ * for field from 0 <= field < self.nfields:
+ * if isNew(self.fields[field], self.data, self.nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.fields[field])
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = (__pyx_f_5pysam_10TabProxies_isNew((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_field]), __pyx_v_self->data, __pyx_v_self->nbytes) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":203
+ * for field from 0 <= field < self.nfields:
+ * if isNew(self.fields[field], self.data, self.nbytes):
+ * free(self.fields[field]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.is_modified = self.nfields = 0
+ */
+ free((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_field]));
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":205
+ * free(self.fields[field])
+ *
+ * self.is_modified = self.nfields = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #################################
+ */
+ __pyx_v_self->is_modified = 0;
+ __pyx_v_self->nfields = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":209
+ * #################################
+ * # allocate new
+ * max_fields = self.getMaxFields() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # pre-count fields - better would be
+ * # to guess or dynamically grow
+ */
+ __pyx_v_max_fields = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->getMaxFields(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":212
+ * # pre-count fields - better would be
+ * # to guess or dynamically grow
+ * if max_fields == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nbytes:
+ * if buffer[x] == '\t':
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_max_fields == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":213
+ * # to guess or dynamically grow
+ * if max_fields == 0:
+ * for x from 0 <= x < nbytes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if buffer[x] == '\t':
+ * max_fields += 1
+ */
+ __pyx_t_9 = __pyx_v_nbytes;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_9; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":214
+ * if max_fields == 0:
+ * for x from 0 <= x < nbytes:
+ * if buffer[x] == '\t': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * max_fields += 1
+ * max_fields += 1
+ */
+ __pyx_t_5 = (((__pyx_v_buffer[__pyx_v_x]) == '\t') != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":215
+ * for x from 0 <= x < nbytes:
+ * if buffer[x] == '\t':
+ * max_fields += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * max_fields += 1
+ *
+ */
+ __pyx_v_max_fields = (__pyx_v_max_fields + 1);
+ goto __pyx_L13;
+ }
+ __pyx_L13:;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":216
+ * if buffer[x] == '\t':
+ * max_fields += 1
+ * max_fields += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.fields = <char **>calloc(max_fields, sizeof(char *))
+ */
+ __pyx_v_max_fields = (__pyx_v_max_fields + 1);
+ goto __pyx_L10;
+ }
+ __pyx_L10:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":218
+ * max_fields += 1
+ *
+ * self.fields = <char **>calloc(max_fields, sizeof(char *)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.fields == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.update()")
+ */
+ __pyx_v_self->fields = ((char **)calloc(__pyx_v_max_fields, (sizeof(char *))));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":219
+ *
+ * self.fields = <char **>calloc(max_fields, sizeof(char *))
+ * if self.fields == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.update()")
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_self->fields == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":220
+ * self.fields = <char **>calloc(max_fields, sizeof(char *))
+ * if self.fields == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.update()") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #################################
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":224
+ * #################################
+ * # start filling
+ * field = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fields[field] = pos = buffer
+ * field += 1
+ */
+ __pyx_v_field = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":225
+ * # start filling
+ * field = 0
+ * self.fields[field] = pos = buffer # <<<<<<<<<<<<<<
+ * field += 1
+ * old_pos = pos
+ */
+ (__pyx_v_self->fields[__pyx_v_field]) = __pyx_v_buffer;
+ __pyx_v_pos = __pyx_v_buffer;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":226
+ * field = 0
+ * self.fields[field] = pos = buffer
+ * field += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * old_pos = pos
+ * while 1:
+ */
+ __pyx_v_field = (__pyx_v_field + 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":227
+ * self.fields[field] = pos = buffer
+ * field += 1
+ * old_pos = pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while 1:
+ *
+ */
+ __pyx_v_old_pos = __pyx_v_pos;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":228
+ * field += 1
+ * old_pos = pos
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * pos = <char*>memchr(pos, '\t', nbytes)
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":230
+ * while 1:
+ *
+ * pos = <char*>memchr(pos, '\t', nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pos == NULL:
+ * break
+ */
+ __pyx_v_pos = ((char *)memchr(__pyx_v_pos, '\t', __pyx_v_nbytes));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":231
+ *
+ * pos = <char*>memchr(pos, '\t', nbytes)
+ * if pos == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ * if field >= max_fields:
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_pos == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":232
+ * pos = <char*>memchr(pos, '\t', nbytes)
+ * if pos == NULL:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if field >= max_fields:
+ * raise ValueError(
+ */
+ goto __pyx_L16_break;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":233
+ * if pos == NULL:
+ * break
+ * if field >= max_fields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "parsing error: more than %i fields in line: %s" %
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_field >= __pyx_v_max_fields) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":236
+ * raise ValueError(
+ * "parsing error: more than %i fields in line: %s" %
+ * (max_fields, buffer)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * pos[0] = '\0'
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_max_fields); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 236; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_buffer); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 236; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 236; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":235
+ * if field >= max_fields:
+ * raise ValueError(
+ * "parsing error: more than %i fields in line: %s" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (max_fields, buffer))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_parsing_error_more_than_i_fields, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 235; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":234
+ * break
+ * if field >= max_fields:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "parsing error: more than %i fields in line: %s" %
+ * (max_fields, buffer))
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":238
+ * (max_fields, buffer))
+ *
+ * pos[0] = '\0' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += 1
+ * self.fields[field] = pos
+ */
+ (__pyx_v_pos[0]) = '\x00';
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":239
+ *
+ * pos[0] = '\0'
+ * pos += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fields[field] = pos
+ * field += 1
+ */
+ __pyx_v_pos = (__pyx_v_pos + 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":240
+ * pos[0] = '\0'
+ * pos += 1
+ * self.fields[field] = pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * field += 1
+ * nbytes -= pos - old_pos
+ */
+ (__pyx_v_self->fields[__pyx_v_field]) = __pyx_v_pos;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":241
+ * pos += 1
+ * self.fields[field] = pos
+ * field += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * nbytes -= pos - old_pos
+ * if nbytes < 0:
+ */
+ __pyx_v_field = (__pyx_v_field + 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":242
+ * self.fields[field] = pos
+ * field += 1
+ * nbytes -= pos - old_pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if nbytes < 0:
+ * break
+ */
+ __pyx_v_nbytes = (__pyx_v_nbytes - (__pyx_v_pos - __pyx_v_old_pos));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":243
+ * field += 1
+ * nbytes -= pos - old_pos
+ * if nbytes < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ * old_pos = pos
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_nbytes < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":244
+ * nbytes -= pos - old_pos
+ * if nbytes < 0:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * old_pos = pos
+ * self.nfields = field
+ */
+ goto __pyx_L16_break;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":245
+ * if nbytes < 0:
+ * break
+ * old_pos = pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nfields = field
+ * if self.nfields < self.getMinFields():
+ */
+ __pyx_v_old_pos = __pyx_v_pos;
+ }
+ __pyx_L16_break:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":246
+ * break
+ * old_pos = pos
+ * self.nfields = field # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.nfields < self.getMinFields():
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_v_self->nfields = __pyx_v_field;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":247
+ * old_pos = pos
+ * self.nfields = field
+ * if self.nfields < self.getMinFields(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "parsing error: fewer that %i fields in line: %s" %
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_self->nfields < ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->getMinFields(__pyx_v_self)) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":250
+ * raise ValueError(
+ * "parsing error: fewer that %i fields in line: %s" %
+ * (self.getMinFields(), buffer)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _getindex(self, int index):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->getMinFields(__pyx_v_self)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 250; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_buffer); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 250; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 250; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":249
+ * if self.nfields < self.getMinFields():
+ * raise ValueError(
+ * "parsing error: fewer that %i fields in line: %s" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (self.getMinFields(), buffer))
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_parsing_error_fewer_that_i_field, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 249; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":248
+ * self.nfields = field
+ * if self.nfields < self.getMinFields():
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "parsing error: fewer that %i fields in line: %s" %
+ * (self.getMinFields(), buffer))
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 248; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 248; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 248; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":160
+ * return 0
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.update", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":252
+ * (self.getMinFields(), buffer))
+ *
+ * def _getindex(self, int index): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return item at idx index'''
+ * cdef int i = index
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_5_getindex(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_arg_index); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_4_getindex[] = "return item at idx index";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_5_getindex(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_arg_index) {
+ int __pyx_v_index;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getindex (wrapper)", 0);
+ assert(__pyx_arg_index); {
+ __pyx_v_index = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_arg_index); if (unlikely((__pyx_v_index == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy._getindex", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_4_getindex(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), ((int)__pyx_v_index));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_4_getindex(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, int __pyx_v_index) {
+ int __pyx_v_i;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getindex", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":254
+ * def _getindex(self, int index):
+ * '''return item at idx index'''
+ * cdef int i = index # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if i < 0:
+ * i += self.nfields
+ */
+ __pyx_v_i = __pyx_v_index;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":255
+ * '''return item at idx index'''
+ * cdef int i = index
+ * if i < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * i += self.nfields
+ * if i < 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_i < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":256
+ * cdef int i = index
+ * if i < 0:
+ * i += self.nfields # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if i < 0:
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ */
+ __pyx_v_i = (__pyx_v_i + __pyx_v_self->nfields);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":257
+ * if i < 0:
+ * i += self.nfields
+ * if i < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ * # apply offset - separating a fixed number
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_i < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":258
+ * i += self.nfields
+ * if i < 0:
+ * raise IndexError("list index out of range") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # apply offset - separating a fixed number
+ * # of fields from a variable number such as in VCF
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IndexError, __pyx_tuple__4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 258; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 258; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":261
+ * # apply offset - separating a fixed number
+ * # of fields from a variable number such as in VCF
+ * i += self.offset # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if i >= self.nfields:
+ * raise IndexError(
+ */
+ __pyx_v_i = (__pyx_v_i + __pyx_v_self->offset);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":262
+ * # of fields from a variable number such as in VCF
+ * i += self.offset
+ * if i >= self.nfields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IndexError(
+ * "list index out of range %i >= %i" %
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_i >= __pyx_v_self->nfields) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":265
+ * raise IndexError(
+ * "list index out of range %i >= %i" %
+ * (i, self.nfields)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _force_str(self.fields[i], self.encoding)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_i); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 265; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->nfields); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 265; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 265; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":264
+ * if i >= self.nfields:
+ * raise IndexError(
+ * "list index out of range %i >= %i" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (i, self.nfields))
+ * return _force_str(self.fields[i], self.encoding)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_list_index_out_of_range_i_i, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 264; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":263
+ * i += self.offset
+ * if i >= self.nfields:
+ * raise IndexError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "list index out of range %i >= %i" %
+ * (i, self.nfields))
+ */
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 263; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IndexError, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 263; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 263; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":266
+ * "list index out of range %i >= %i" %
+ * (i, self.nfields))
+ * return _force_str(self.fields[i], self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __getitem__(self, key):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_i])); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 266; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_self->encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_5.encoding = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_str(__pyx_t_3, &__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 266; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":252
+ * (self.getMinFields(), buffer))
+ *
+ * def _getindex(self, int index): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return item at idx index'''
+ * cdef int i = index
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy._getindex", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":268
+ * return _force_str(self.fields[i], self.encoding)
+ *
+ * def __getitem__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(key) == int:
+ * return self._getindex(key)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_7__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_7__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_6__getitem__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_key));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_6__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ PyObject *__pyx_v_start = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_end = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_step = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_index = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_7)(PyObject *);
+ Py_ssize_t __pyx_t_8;
+ PyObject *(*__pyx_t_9)(PyObject *);
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":269
+ *
+ * def __getitem__(self, key):
+ * if type(key) == int: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._getindex(key)
+ * # slice object
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_key)), ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))), Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 269; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 269; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":270
+ * def __getitem__(self, key):
+ * if type(key) == int:
+ * return self._getindex(key) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # slice object
+ * start, end, step = key.indices(self.nfields)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":272
+ * return self._getindex(key)
+ * # slice object
+ * start, end, step = key.indices(self.nfields) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = []
+ * for index in range(start, end, step):
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_key, __pyx_n_s_indices); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->nfields); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_3))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_3;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 3)) {
+ if (size > 3) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(3);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 2);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_4 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_5 = PyList_GET_ITEM(sequence, 2);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_5);
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(sequence, 2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetIter(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_1 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ index = 1; __pyx_t_4 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_4)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ index = 2; __pyx_t_5 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_7(__pyx_t_6), 3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L5_unpacking_done;
+ __pyx_L4_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 272; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L5_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_v_start = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_end = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_step = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":273
+ * # slice object
+ * start, end, step = key.indices(self.nfields)
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for index in range(start, end, step):
+ * result.append(self._getindex(index))
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 273; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":274
+ * start, end, step = key.indices(self.nfields)
+ * result = []
+ * for index in range(start, end, step): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append(self._getindex(index))
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_step);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_v_step);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_step);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_range, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_5) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_5; __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = -1; __pyx_t_3 = PyObject_GetIter(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = Py_TYPE(__pyx_t_3)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_9 && PyList_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_8 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_5 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_8); __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_8++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_8); __pyx_t_8++; if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_9 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_8 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_5 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_8); __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_8++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_8); __pyx_t_8++; if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_9(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(!__pyx_t_5)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_index, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":275
+ * result = []
+ * for index in range(start, end, step):
+ * result.append(self._getindex(index)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return result
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 275; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 275; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_index);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_index);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_index);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 275; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_10 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 275; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":276
+ * for index in range(start, end, step):
+ * result.append(self._getindex(index))
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _setindex(self, index, value):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":268
+ * return _force_str(self.fields[i], self.encoding)
+ *
+ * def __getitem__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(key) == int:
+ * return self._getindex(key)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.__getitem__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_step);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_index);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":278
+ * return result
+ *
+ * def _setindex(self, index, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set item at idx index.'''
+ * cdef int idx = index
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_9_setindex(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_8_setindex[] = "set item at idx index.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_9_setindex(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_index = 0;
+ PyObject *__pyx_v_value = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_setindex (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_index,&__pyx_n_s_value,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_index)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_value)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_setindex", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 278; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_setindex") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 278; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_index = values[0];
+ __pyx_v_value = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_setindex", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 278; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy._setindex", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_8_setindex(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), __pyx_v_index, __pyx_v_value);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_8_setindex(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_v_idx;
+ char *__pyx_v_tmp;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ char *__pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_setindex", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":280
+ * def _setindex(self, index, value):
+ * '''set item at idx index.'''
+ * cdef int idx = index # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if idx < 0:
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_v_index); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 280; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_idx = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":281
+ * '''set item at idx index.'''
+ * cdef int idx = index
+ * if idx < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ * if idx >= self.nfields:
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_idx < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":282
+ * cdef int idx = index
+ * if idx < 0:
+ * raise IndexError("list index out of range") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if idx >= self.nfields:
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IndexError, __pyx_tuple__5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":283
+ * if idx < 0:
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ * if idx >= self.nfields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_idx >= __pyx_v_self->nfields) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":284
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ * if idx >= self.nfields:
+ * raise IndexError("list index out of range") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if isNew(self.fields[idx], self.data, self.nbytes):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IndexError, __pyx_tuple__6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 284; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 284; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":286
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ *
+ * if isNew(self.fields[idx], self.data, self.nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.fields[idx] )
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_f_5pysam_10TabProxies_isNew((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_idx]), __pyx_v_self->data, __pyx_v_self->nbytes) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":287
+ *
+ * if isNew(self.fields[idx], self.data, self.nbytes):
+ * free(self.fields[idx] ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.is_modified = 1
+ */
+ free((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_idx]));
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":289
+ * free(self.fields[idx] )
+ *
+ * self.is_modified = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if value is None:
+ */
+ __pyx_v_self->is_modified = 1;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":291
+ * self.is_modified = 1
+ *
+ * if value is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fields[idx] = NULL
+ * return
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_value == Py_None);
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":292
+ *
+ * if value is None:
+ * self.fields[idx] = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ *
+ */
+ (__pyx_v_self->fields[__pyx_v_idx]) = NULL;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":293
+ * if value is None:
+ * self.fields[idx] = NULL
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # conversion with error checking
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":296
+ *
+ * # conversion with error checking
+ * value = _force_bytes(value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * tmp = <char*>value
+ * self.fields[idx] = <char*>malloc((strlen( tmp ) + 1) * sizeof(char))
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_bytes(__pyx_v_value, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":297
+ * # conversion with error checking
+ * value = _force_bytes(value)
+ * cdef char * tmp = <char*>value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fields[idx] = <char*>malloc((strlen( tmp ) + 1) * sizeof(char))
+ * if self.fields[idx] == NULL:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_value); if (unlikely((!__pyx_t_5) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_tmp = ((char *)__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":298
+ * value = _force_bytes(value)
+ * cdef char * tmp = <char*>value
+ * self.fields[idx] = <char*>malloc((strlen( tmp ) + 1) * sizeof(char)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.fields[idx] == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" )
+ */
+ (__pyx_v_self->fields[__pyx_v_idx]) = ((char *)malloc(((strlen(__pyx_v_tmp) + 1) * (sizeof(char)))));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":299
+ * cdef char * tmp = <char*>value
+ * self.fields[idx] = <char*>malloc((strlen( tmp ) + 1) * sizeof(char))
+ * if self.fields[idx] == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("out of memory" )
+ * strcpy(self.fields[idx], tmp)
+ */
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_idx]) == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":300
+ * self.fields[idx] = <char*>malloc((strlen( tmp ) + 1) * sizeof(char))
+ * if self.fields[idx] == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strcpy(self.fields[idx], tmp)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":301
+ * if self.fields[idx] == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" )
+ * strcpy(self.fields[idx], tmp) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __setitem__(self, index, value):
+ */
+ strcpy((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_idx]), __pyx_v_tmp);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":278
+ * return result
+ *
+ * def _setindex(self, index, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set item at idx index.'''
+ * cdef int idx = index
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy._setindex", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":303
+ * strcpy(self.fields[idx], tmp)
+ *
+ * def __setitem__(self, index, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set item at *index* to *value*'''
+ * cdef int i = index
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_11__setitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__[] = "set item at *index* to *value*";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__;
+#endif
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_11__setitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setitem__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_index), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_v_i;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setitem__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":305
+ * def __setitem__(self, index, value):
+ * '''set item at *index* to *value*'''
+ * cdef int i = index # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if i < 0:
+ * i += self.nfields
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_v_index); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 305; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_i = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":306
+ * '''set item at *index* to *value*'''
+ * cdef int i = index
+ * if i < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * i += self.nfields
+ * i += self.offset
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_i < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":307
+ * cdef int i = index
+ * if i < 0:
+ * i += self.nfields # <<<<<<<<<<<<<<
+ * i += self.offset
+ *
+ */
+ __pyx_v_i = (__pyx_v_i + __pyx_v_self->nfields);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":308
+ * if i < 0:
+ * i += self.nfields
+ * i += self.offset # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self._setindex(i, value)
+ */
+ __pyx_v_i = (__pyx_v_i + __pyx_v_self->offset);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":310
+ * i += self.offset
+ *
+ * self._setindex(i, value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __len__(self):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_i); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":303
+ * strcpy(self.fields[idx], tmp)
+ *
+ * def __setitem__(self, index, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set item at *index* to *value*'''
+ * cdef int i = index
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.__setitem__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":312
+ * self._setindex(i, value)
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.nfields
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_13__len__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_13__len__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_12__len__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_12__len__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":313
+ *
+ * def __len__(self):
+ * return self.nfields # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->nfields;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":312
+ * self._setindex(i, value)
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.nfields
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":315
+ * return self.nfields
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index = 0
+ * return self
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_15__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_15__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_14__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_14__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":316
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * self.index = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->index = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":317
+ * def __iter__(self):
+ * self.index = 0
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":315
+ * return self.nfields
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index = 0
+ * return self
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":319
+ * return self
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__[] = "python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self) {
+ char *__pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":322
+ * """python version of next().
+ * """
+ * if self.index >= self.nfields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ * cdef char * retval = self.fields[self.index]
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->index >= __pyx_v_self->nfields) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":323
+ * """
+ * if self.index >= self.nfields:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * retval = self.fields[self.index]
+ * self.index += 1
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":324
+ * if self.index >= self.nfields:
+ * raise StopIteration
+ * cdef char * retval = self.fields[self.index] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index += 1
+ * if retval == NULL:
+ */
+ __pyx_v_retval = (__pyx_v_self->fields[__pyx_v_self->index]);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":325
+ * raise StopIteration
+ * cdef char * retval = self.fields[self.index]
+ * self.index += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if retval == NULL:
+ * return None
+ */
+ __pyx_v_self->index = (__pyx_v_self->index + 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":326
+ * cdef char * retval = self.fields[self.index]
+ * self.index += 1
+ * if retval == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":327
+ * self.index += 1
+ * if retval == NULL:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return _force_str(retval, self.encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":329
+ * return None
+ * else:
+ * return _force_str(retval, self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_retval); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_5.encoding = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_str(__pyx_t_2, &__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":319
+ * return self
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":331
+ * return _force_str(retval, self.encoding)
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return original data'''
+ * # copy and replace \0 bytes with \t characters
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_19__str__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__[] = "return original data";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_19__str__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ long __pyx_v_x;
+ char *__pyx_v_cpy;
+ PyObject *__pyx_v_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ long __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":334
+ * '''return original data'''
+ * # copy and replace \0 bytes with \t characters
+ * if self.is_modified: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # todo: treat NULL values
+ * result = []
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->is_modified != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":336
+ * if self.is_modified:
+ * # todo: treat NULL values
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x in xrange(0, self.nfields):
+ * result.append(StrOrEmpty(self.fields[x]).decode(self.encoding))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_result = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":337
+ * # todo: treat NULL values
+ * result = []
+ * for x in xrange(0, self.nfields): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append(StrOrEmpty(self.fields[x]).decode(self.encoding))
+ * return "\t".join(result)
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->nfields;
+ for (__pyx_t_4 = 0; __pyx_t_4 < __pyx_t_3; __pyx_t_4+=1) {
+ __pyx_v_x = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":338
+ * result = []
+ * for x in xrange(0, self.nfields):
+ * result.append(StrOrEmpty(self.fields[x]).decode(self.encoding)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "\t".join(result)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_f_5pysam_10TabProxies_StrOrEmpty((__pyx_v_self->fields[__pyx_v_x]))); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":339
+ * for x in xrange(0, self.nfields):
+ * result.append(StrOrEmpty(self.fields[x]).decode(self.encoding))
+ * return "\t".join(result) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * cpy = <char*>calloc(sizeof(char), self.nbytes+1)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__8, __pyx_v_result); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 339; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_r = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":341
+ * return "\t".join(result)
+ * else:
+ * cpy = <char*>calloc(sizeof(char), self.nbytes+1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if cpy == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory")
+ */
+ __pyx_v_cpy = ((char *)calloc((sizeof(char)), (__pyx_v_self->nbytes + 1)));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":342
+ * else:
+ * cpy = <char*>calloc(sizeof(char), self.nbytes+1)
+ * if cpy == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("out of memory")
+ * memcpy(cpy, self.data, self.nbytes+1)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_cpy == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":343
+ * cpy = <char*>calloc(sizeof(char), self.nbytes+1)
+ * if cpy == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy(cpy, self.data, self.nbytes+1)
+ * for x from 0 <= x < self.nbytes:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_6, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":344
+ * if cpy == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory")
+ * memcpy(cpy, self.data, self.nbytes+1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < self.nbytes:
+ * if cpy[x] == '\0':
+ */
+ memcpy(__pyx_v_cpy, __pyx_v_self->data, (__pyx_v_self->nbytes + 1));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":345
+ * raise ValueError("out of memory")
+ * memcpy(cpy, self.data, self.nbytes+1)
+ * for x from 0 <= x < self.nbytes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if cpy[x] == '\0':
+ * cpy[x] = '\t'
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->nbytes;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_3; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":346
+ * memcpy(cpy, self.data, self.nbytes+1)
+ * for x from 0 <= x < self.nbytes:
+ * if cpy[x] == '\0': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cpy[x] = '\t'
+ * result = cpy[:self.nbytes]
+ */
+ __pyx_t_1 = (((__pyx_v_cpy[__pyx_v_x]) == '\x00') != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":347
+ * for x from 0 <= x < self.nbytes:
+ * if cpy[x] == '\0':
+ * cpy[x] = '\t' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = cpy[:self.nbytes]
+ * free(cpy)
+ */
+ (__pyx_v_cpy[__pyx_v_x]) = '\t';
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":348
+ * if cpy[x] == '\0':
+ * cpy[x] = '\t'
+ * result = cpy[:self.nbytes] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(cpy)
+ * r = result.decode(self.encoding)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize(__pyx_v_cpy + 0, __pyx_v_self->nbytes - 0); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 348; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_v_result = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":349
+ * cpy[x] = '\t'
+ * result = cpy[:self.nbytes]
+ * free(cpy) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r = result.decode(self.encoding)
+ * return r
+ */
+ free(__pyx_v_cpy);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":350
+ * result = cpy[:self.nbytes]
+ * free(cpy)
+ * r = result.decode(self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return r
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_result, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":351
+ * free(cpy)
+ * r = result.decode(self.encoding)
+ * return r # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def toDot(v):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_r);
+ __pyx_r = __pyx_v_r;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":331
+ * return _force_str(retval, self.encoding)
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return original data'''
+ * # copy and replace \0 bytes with \t characters
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.TupleProxy.__str__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":353
+ * return r
+ *
+ * def toDot(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert value to '.' if None'''
+ * if v is None:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_1toDot(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_toDot[] = "convert value to '.' if None";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_10TabProxies_1toDot = {__Pyx_NAMESTR("toDot"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_1toDot, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_toDot)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_1toDot(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("toDot (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_toDot(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_toDot(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("toDot", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":355
+ * def toDot(v):
+ * '''convert value to '.' if None'''
+ * if v is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "."
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_v == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":356
+ * '''convert value to '.' if None'''
+ * if v is None:
+ * return "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return str(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__10);
+ __pyx_r = __pyx_kp_s__10;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":358
+ * return "."
+ * else:
+ * return str(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def quote(v):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":353
+ * return r
+ *
+ * def toDot(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert value to '.' if None'''
+ * if v is None:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.toDot", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":360
+ * return str(v)
+ *
+ * def quote(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a quoted attribute.'''
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_3quote(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_2quote[] = "return a quoted attribute.";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_10TabProxies_3quote = {__Pyx_NAMESTR("quote"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_3quote, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_2quote)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_3quote(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("quote (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_2quote(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_2quote(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("quote", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":362
+ * def quote(v):
+ * '''return a quoted attribute.'''
+ * if type(v) in types.StringTypes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return '"%s"' % v
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_types); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 362; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_StringTypes); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 362; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PySequence_Contains(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_v)), __pyx_t_2, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 362; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":363
+ * '''return a quoted attribute.'''
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ * return '"%s"' % v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return str(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s, __pyx_v_v); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":365
+ * return '"%s"' % v
+ * else:
+ * return str(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":360
+ * return str(v)
+ *
+ * def quote(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a quoted attribute.'''
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.quote", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":381
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # automatically calls TupleProxy.__cinit__
+ * self.hasOwnAttributes = False
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) > 0)) {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 1, 0, 0, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); return -1;}
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(PyDict_Size(__pyx_kwds) > 0) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__cinit__", 0))) return -1;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":383
+ * def __cinit__(self):
+ * # automatically calls TupleProxy.__cinit__
+ * self.hasOwnAttributes = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._attributes = NULL
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->hasOwnAttributes = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":384
+ * # automatically calls TupleProxy.__cinit__
+ * self.hasOwnAttributes = False
+ * self._attributes = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->_attributes = NULL;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":381
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # automatically calls TupleProxy.__cinit__
+ * self.hasOwnAttributes = False
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":386
+ * self._attributes = NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # automatically calls TupleProxy.__dealloc__
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_2__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":388
+ * def __dealloc__(self):
+ * # automatically calls TupleProxy.__dealloc__
+ * if self.hasOwnAttributes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self._attributes)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->hasOwnAttributes != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":389
+ * # automatically calls TupleProxy.__dealloc__
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * free(self._attributes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int getMinFields(self):
+ */
+ free(__pyx_v_self->_attributes);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":386
+ * self._attributes = NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # automatically calls TupleProxy.__dealloc__
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":391
+ * free(self._attributes)
+ *
+ * cdef int getMinFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * return 3
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_getMinFields(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getMinFields", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":393
+ * cdef int getMinFields(self):
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * return 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self):
+ */
+ __pyx_r = 3;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":391
+ * free(self._attributes)
+ *
+ * cdef int getMinFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * return 3
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":395
+ * return 3
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return max number of fields.'''
+ * return 9
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_getMaxFields(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getMaxFields", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":397
+ * cdef int getMaxFields(self):
+ * '''return max number of fields.'''
+ * return 9 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property contig:
+ */
+ __pyx_r = 9;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":395
+ * return 3
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return max number of fields.'''
+ * return 9
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":401
+ * property contig:
+ * '''contig of feature.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._getindex(0)
+ * def __set__(self, value):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":402
+ * '''contig of feature.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(0) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, value):
+ * self._setindex(0, value)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 402; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 402; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":401
+ * property contig:
+ * '''contig of feature.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._getindex(0)
+ * def __set__(self, value):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.contig.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":403
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(0)
+ * def __set__(self, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._setindex(0, value)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":404
+ * return self._getindex(0)
+ * def __set__(self, value):
+ * self._setindex(0, value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property source:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 404; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 404; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 404; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":403
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(0)
+ * def __set__(self, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._setindex(0, value)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.contig.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":408
+ * property source:
+ * '''feature source.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._getindex(1)
+ * def __set__(self, value):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":409
+ * '''feature source.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, value):
+ * self._setindex(1, value)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 409; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 409; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":408
+ * property source:
+ * '''feature source.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._getindex(1)
+ * def __set__(self, value):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.source.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":410
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(1)
+ * def __set__(self, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._setindex(1, value)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":411
+ * return self._getindex(1)
+ * def __set__(self, value):
+ * self._setindex(1, value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property feature:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 411; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 411; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 411; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":410
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(1)
+ * def __set__(self, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._setindex(1, value)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.source.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":415
+ * property feature:
+ * '''feature name.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 2 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 2, value )
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__13, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.feature.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":416
+ * '''feature name.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 2 )
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 2, value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property start:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.feature.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":420
+ * property start:
+ * '''feature start (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__( self ): return int( self._getindex( 3 )) - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 3, str(value+1) )
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__14, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Int(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_1, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.start.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":421
+ * '''feature start (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__( self ): return int( self._getindex( 3 )) - 1
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 3, str(value+1) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property end:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_value, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.start.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":425
+ * property end:
+ * '''feature end (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__( self ): return int( self._getindex( 4 ) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 4, str(value) )
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__15, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Int(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.end.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":426
+ * '''feature end (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__( self ): return int( self._getindex( 4 ) )
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 4, str(value) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property score:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.end.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":430
+ * property score:
+ * '''feature score.'''
+ * def __get__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v = self._getindex(5)
+ * if v == "" or v[0] == '.':
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ double __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":431
+ * '''feature score.'''
+ * def __get__( self ):
+ * v = self._getindex(5) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v == "" or v[0] == '.':
+ * return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__16, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_v = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":432
+ * def __get__( self ):
+ * v = self._getindex(5)
+ * if v == "" or v[0] == '.': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_v, __pyx_kp_s_, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 432; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_v, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 432; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_2, __pyx_kp_s__10, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 432; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":433
+ * v = self._getindex(5)
+ * if v == "" or v[0] == '.':
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return float(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":435
+ * return None
+ * else:
+ * return float(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 5, value )
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsDouble(__pyx_v_v); if (unlikely(__pyx_t_6 == ((double)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 435; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = PyFloat_FromDouble(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 435; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":430
+ * property score:
+ * '''feature score.'''
+ * def __get__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v = self._getindex(5)
+ * if v == "" or v[0] == '.':
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.score.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":437
+ * return float(v)
+ *
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 5, value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property strand:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.score.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":441
+ * property strand:
+ * '''feature strand.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 6 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 6, value )
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__17, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.strand.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":442
+ * '''feature strand.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 6 )
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 6, value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property frame:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 442; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 442; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 442; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.strand.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":446
+ * property frame:
+ * '''feature frame.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 7 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 7, value )
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__18, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.frame.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":447
+ * '''feature frame.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 7 )
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 7, value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property attributes:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.frame.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":451
+ * property attributes:
+ * '''feature attributes (as a string).'''
+ * def __get__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * return self._attributes
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":452
+ * '''feature attributes (as a string).'''
+ * def __get__( self ):
+ * if self.hasOwnAttributes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._attributes
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->hasOwnAttributes != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":453
+ * def __get__( self ):
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * return self._attributes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return self._getindex(8)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->_attributes); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 453; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":455
+ * return self._attributes
+ * else:
+ * return self._getindex(8) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ):
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getindex); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__19, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":451
+ * property attributes:
+ * '''feature attributes (as a string).'''
+ * def __get__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * return self._attributes
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.attributes.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":456
+ * else:
+ * return self._getindex(8)
+ * def __set__( self, value ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * free(self._attributes)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":457
+ * return self._getindex(8)
+ * def __set__( self, value ):
+ * if self.hasOwnAttributes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self._attributes)
+ * self._attributes = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->hasOwnAttributes != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":458
+ * def __set__( self, value ):
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * free(self._attributes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._attributes = NULL
+ * self.hasOwnAttributes = False
+ */
+ free(__pyx_v_self->_attributes);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":459
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * free(self._attributes)
+ * self._attributes = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.hasOwnAttributes = False
+ * self._setindex(8, value )
+ */
+ __pyx_v_self->_attributes = NULL;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":460
+ * free(self._attributes)
+ * self._attributes = NULL
+ * self.hasOwnAttributes = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._setindex(8, value )
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->hasOwnAttributes = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":461
+ * self._attributes = NULL
+ * self.hasOwnAttributes = False
+ * self._setindex(8, value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * getAttributes(self):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":456
+ * else:
+ * return self._getindex(8)
+ * def __set__( self, value ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * free(self._attributes)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.attributes.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":463
+ * self._setindex(8, value )
+ *
+ * cdef char * getAttributes(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return pointer to attributes.'''
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ */
+
+static char *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_getAttributes(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ char *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getAttributes", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":465
+ * cdef char * getAttributes(self):
+ * '''return pointer to attributes.'''
+ * if self.hasOwnAttributes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._attributes
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->hasOwnAttributes != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":466
+ * '''return pointer to attributes.'''
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * return self._attributes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return self.fields[8]
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->_attributes;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":468
+ * return self._attributes
+ * else:
+ * return self.fields[8] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def asDict( self ):
+ */
+ __pyx_r = (__pyx_v_self->__pyx_base.fields[8]);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":463
+ * self._setindex(8, value )
+ *
+ * cdef char * getAttributes(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return pointer to attributes.'''
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":470
+ * return self.fields[8]
+ *
+ * def asDict( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """parse attributes - return as dict
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5asDict(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_4asDict[] = "parse attributes - return as dict\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5asDict(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("asDict (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_4asDict(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_4asDict(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_attributes = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_fields = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_d = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_n = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_9;
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ double __pyx_t_16;
+ int __pyx_t_17;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("asDict", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":475
+ *
+ * # remove comments
+ * attributes = self.attributes # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # separate into fields
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_attributes); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 475; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_attributes = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":478
+ *
+ * # separate into fields
+ * fields = [x.strip() for x in attributes.split(";")[:-1]] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = {}
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_attributes, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__21, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_t_3, 0, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__22, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_2) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_2; __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_3 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_3)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_5(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_x, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_1, (PyObject*)__pyx_t_6))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_fields = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":480
+ * fields = [x.strip() for x in attributes.split(";")[:-1]]
+ *
+ * result = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for f in fields:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":482
+ * result = {}
+ *
+ * for f in fields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # split at most once in order to avoid separating
+ * # multi-word values
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_fields; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_f, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":485
+ * # split at most once in order to avoid separating
+ * # multi-word values
+ * d = [x.strip() for x in string.split(f, " ", maxsplit=1)] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * n,v = d[0], d[1]
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_string); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_v_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__23);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_kp_s__23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__23);
+ __pyx_t_7 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_7, __pyx_n_s_maxsplit, __pyx_int_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_6, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_8) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_8)) {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_8; __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = -1; __pyx_t_7 = PyObject_GetIter(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_7)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ if (__pyx_t_9 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_7)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_9); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_9++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_9); __pyx_t_9++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ if (__pyx_t_9 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_7)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_9); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_9++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_9); __pyx_t_9++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_5(__pyx_t_7);
+ if (unlikely(!__pyx_t_8)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_x, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_3, (PyObject*)__pyx_t_6))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_d, ((PyObject*)__pyx_t_3));
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":487
+ * d = [x.strip() for x in string.split(f, " ", maxsplit=1)]
+ *
+ * n,v = d[0], d[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(d) > 2:
+ * v = d[1:]
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt_List(__pyx_v_d, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 1, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt_List(__pyx_v_d, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 1, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_n, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":488
+ *
+ * n,v = d[0], d[1]
+ * if len(d) > 2: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v = d[1:]
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_SIZE(__pyx_v_d); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_10 = ((__pyx_t_9 > 2) != 0);
+ if (__pyx_t_10) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":489
+ * n,v = d[0], d[1]
+ * if len(d) > 2:
+ * v = d[1:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if v[0] == '"' and v[-1] == '"':
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyList_GetSlice(__pyx_v_d, 1, PY_SSIZE_T_MAX); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":491
+ * v = d[1:]
+ *
+ * if v[0] == '"' and v[-1] == '"': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v = v[1:-1]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_v, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_10 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_7, __pyx_kp_s__24, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_10 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (__pyx_t_10) {
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_v, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_11 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_7, __pyx_kp_s__24, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_11;
+ } else {
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_10;
+ }
+ if (__pyx_t_12) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":492
+ *
+ * if v[0] == '"' and v[-1] == '"':
+ * v = v[1:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * ## try to convert to a value
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_v, 1, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__25, 1, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L10;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":495
+ * else:
+ * ## try to convert to a value
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v = float(v)
+ * v = int(v)
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_13, &__pyx_t_14, &__pyx_t_15);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_15);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":496
+ * ## try to convert to a value
+ * try:
+ * v = float(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v = int(v)
+ * except ValueError:
+ */
+ __pyx_t_16 = __Pyx_PyObject_AsDouble(__pyx_v_v); if (unlikely(__pyx_t_16 == ((double)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L11_error;}
+ __pyx_t_7 = PyFloat_FromDouble(__pyx_t_16); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L11_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":497
+ * try:
+ * v = float(v)
+ * v = int(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except ValueError:
+ * pass
+ */
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Int(__pyx_v_v); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L11_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ goto __pyx_L18_try_end;
+ __pyx_L11_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":498
+ * v = float(v)
+ * v = int(v)
+ * except ValueError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ * except TypeError:
+ */
+ __pyx_t_17 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_ValueError);
+ if (__pyx_t_17) {
+ PyErr_Restore(0,0,0);
+ goto __pyx_L12_exception_handled;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":500
+ * except ValueError:
+ * pass
+ * except TypeError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+ __pyx_t_17 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_TypeError);
+ if (__pyx_t_17) {
+ PyErr_Restore(0,0,0);
+ goto __pyx_L12_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L13_except_error;
+ __pyx_L13_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_13, __pyx_t_14, __pyx_t_15);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L12_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_13, __pyx_t_14, __pyx_t_15);
+ __pyx_L18_try_end:;
+ }
+ }
+ __pyx_L10:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":503
+ * pass
+ *
+ * result[n] = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_v_n, __pyx_v_v) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":505
+ * result[n] = v
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def fromDict(self, d):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":470
+ * return self.fields[8]
+ *
+ * def asDict( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """parse attributes - return as dict
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.asDict", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_attributes);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fields);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_d);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_n);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":507
+ * return result
+ *
+ * def fromDict(self, d): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attributes from a dictionary.'''
+ * cdef char * p
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7fromDict(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_d); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6fromDict[] = "set attributes from a dictionary.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7fromDict(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_d) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fromDict (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6fromDict(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_d));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6fromDict(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_d) {
+ char *__pyx_v_p;
+ int __pyx_v_l;
+ PyObject *__pyx_v_aa = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_k = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_a = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_9)(PyObject *);
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ char *__pyx_t_12;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fromDict", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":513
+ *
+ * # clean up if this field is set twice
+ * if self.hasOwnAttributes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self._attributes)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->hasOwnAttributes != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":514
+ * # clean up if this field is set twice
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ * free(self._attributes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * aa = []
+ */
+ free(__pyx_v_self->_attributes);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":516
+ * free(self._attributes)
+ *
+ * aa = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k,v in d.items():
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 516; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_aa = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":517
+ *
+ * aa = []
+ * for k,v in d.items(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ * aa.append( '%s "%s"' % (k,v) )
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_d, __pyx_n_s_items); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_3) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_3; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_5(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_3)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_3))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_3;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_6 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetIter(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_9 = Py_TYPE(__pyx_t_8)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_6 = __pyx_t_9(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_6)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ index = 1; __pyx_t_7 = __pyx_t_9(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_7)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_9(__pyx_t_8), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L7_unpacking_done;
+ __pyx_L6_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L7_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":518
+ * aa = []
+ * for k,v in d.items():
+ * if type(v) in types.StringTypes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * aa.append( '%s "%s"' % (k,v) )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_types); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_StringTypes); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PySequence_Contains(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_v)), __pyx_t_7, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_10 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_10) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":519
+ * for k,v in d.items():
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ * aa.append( '%s "%s"' % (k,v) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * aa.append( '%s %s' % (k,str(v)) )
+ */
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_k);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_k);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_aa, __pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":521
+ * aa.append( '%s "%s"' % (k,v) )
+ * else:
+ * aa.append( '%s %s' % (k,str(v)) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * a = "; ".join( aa ) + ";"
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_k);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_aa, __pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __pyx_L8:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":523
+ * aa.append( '%s %s' % (k,str(v)) )
+ *
+ * a = "; ".join( aa ) + ";" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p = a
+ * l = len(a)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__26, __pyx_v_aa); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 523; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_kp_s__20); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 523; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_a = ((PyObject*)__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":524
+ *
+ * a = "; ".join( aa ) + ";"
+ * p = a # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = len(a)
+ * self._attributes = <char *>calloc( l + 1, sizeof(char) )
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_a); if (unlikely((!__pyx_t_12) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 524; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_p = __pyx_t_12;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":525
+ * a = "; ".join( aa ) + ";"
+ * p = a
+ * l = len(a) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._attributes = <char *>calloc( l + 1, sizeof(char) )
+ * if self._attributes == NULL:
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_a); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_l = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":526
+ * p = a
+ * l = len(a)
+ * self._attributes = <char *>calloc( l + 1, sizeof(char) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._attributes == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" )
+ */
+ __pyx_v_self->_attributes = ((char *)calloc((__pyx_v_l + 1), (sizeof(char))));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":527
+ * l = len(a)
+ * self._attributes = <char *>calloc( l + 1, sizeof(char) )
+ * if self._attributes == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("out of memory" )
+ * memcpy( self._attributes, p, l )
+ */
+ __pyx_t_10 = ((__pyx_v_self->_attributes == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_10) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":528
+ * self._attributes = <char *>calloc( l + 1, sizeof(char) )
+ * if self._attributes == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy( self._attributes, p, l )
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__27, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":529
+ * if self._attributes == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" )
+ * memcpy( self._attributes, p, l ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.hasOwnAttributes = True
+ */
+ memcpy(__pyx_v_self->_attributes, __pyx_v_p, __pyx_v_l);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":531
+ * memcpy( self._attributes, p, l )
+ *
+ * self.hasOwnAttributes = True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.is_modified = True
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->hasOwnAttributes = 1;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":532
+ *
+ * self.hasOwnAttributes = True
+ * self.is_modified = True # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->__pyx_base.is_modified = 1;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":507
+ * return result
+ *
+ * def fromDict(self, d): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attributes from a dictionary.'''
+ * cdef char * p
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.fromDict", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_aa);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_k);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_a);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":534
+ * self.is_modified = True
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * cpy
+ * cdef int x
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_9__str__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_9__str__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_8__str__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_8__str__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":538
+ * cdef int x
+ *
+ * if self.is_modified: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "\t".join(
+ * (self.contig,
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->__pyx_base.is_modified != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":539
+ *
+ * if self.is_modified:
+ * return "\t".join( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (self.contig,
+ * self.source,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":540
+ * if self.is_modified:
+ * return "\t".join(
+ * (self.contig, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.source,
+ * self.feature,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_contig); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":541
+ * return "\t".join(
+ * (self.contig,
+ * self.source, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.feature,
+ * str(self.start+1),
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_source); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":542
+ * (self.contig,
+ * self.source,
+ * self.feature, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * str(self.start+1),
+ * str(self.end),
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_feature); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 542; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":543
+ * self.source,
+ * self.feature,
+ * str(self.start+1), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * str(self.end),
+ * toDot(self.score),
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_start); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Add(__pyx_t_5, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":544
+ * self.feature,
+ * str(self.start+1),
+ * str(self.end), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * toDot(self.score),
+ * self.strand,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_end); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":545
+ * str(self.start+1),
+ * str(self.end),
+ * toDot(self.score), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.strand,
+ * self.frame,
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_toDot); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_score); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":546
+ * str(self.end),
+ * toDot(self.score),
+ * self.strand, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.frame,
+ * self.attributes ) )
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_strand); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":547
+ * toDot(self.score),
+ * self.strand,
+ * self.frame, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.attributes ) )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_frame); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 547; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":548
+ * self.strand,
+ * self.frame,
+ * self.attributes ) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return TupleProxy.__str__(self)
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_attributes); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 548; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":540
+ * if self.is_modified:
+ * return "\t".join(
+ * (self.contig, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.source,
+ * self.feature,
+ */
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(9); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 2, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 3, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 4, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 5, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 6, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 7, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 8, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":539
+ *
+ * if self.is_modified:
+ * return "\t".join( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (self.contig,
+ * self.source,
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__8, __pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 539; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":550
+ * self.attributes ) )
+ * else:
+ * return TupleProxy.__str__(self) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def invert(self, int lcontig):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)), __pyx_n_s_str); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 550; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 550; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 550; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":534
+ * self.is_modified = True
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * cpy
+ * cdef int x
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.__str__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":552
+ * return TupleProxy.__str__(self)
+ *
+ * def invert(self, int lcontig): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''invert coordinates to negative strand coordinates
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_11invert(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_arg_lcontig); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10invert[] = "invert coordinates to negative strand coordinates\n \n This method will only act if the feature is on the\n negative strand.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_11invert(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_arg_lcontig) {
+ int __pyx_v_lcontig;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("invert (wrapper)", 0);
+ assert(__pyx_arg_lcontig); {
+ __pyx_v_lcontig = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_arg_lcontig); if (unlikely((__pyx_v_lcontig == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.invert", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10invert(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((int)__pyx_v_lcontig));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10invert(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, int __pyx_v_lcontig) {
+ PyObject *__pyx_v_start = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_end = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("invert", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":558
+ * negative strand.'''
+ *
+ * if self.strand[0] == '-': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start = min(self.start, self.end)
+ * end = max(self.start, self.end)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_strand); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_1, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_2, __pyx_kp_s__28, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":559
+ *
+ * if self.strand[0] == '-':
+ * start = min(self.start, self.end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end = max(self.start, self.end)
+ * self.start, self.end = lcontig - end, lcontig - start
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_end); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_start); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_1, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_1;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_4;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_start = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":560
+ * if self.strand[0] == '-':
+ * start = min(self.start, self.end)
+ * end = max(self.start, self.end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.start, self.end = lcontig - end, lcontig - start
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_end); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 560; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_start); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 560; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_4, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 560; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 560; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_4;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_end = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":561
+ * start = min(self.start, self.end)
+ * end = max(self.start, self.end)
+ * self.start, self.end = lcontig - end, lcontig - start # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def keys( self ):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_lcontig); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_2, __pyx_v_end); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_lcontig); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_2, __pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_start, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_end, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":552
+ * return TupleProxy.__str__(self)
+ *
+ * def invert(self, int lcontig): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''invert coordinates to negative strand coordinates
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.invert", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":563
+ * self.start, self.end = lcontig - end, lcontig - start
+ *
+ * def keys( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a list of attributes defined in this entry.'''
+ * r = self.attributes
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_13keys(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_12keys[] = "return a list of attributes defined in this entry.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_13keys(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("keys (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_12keys(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_12keys(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("keys", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":565
+ * def keys( self ):
+ * '''return a list of attributes defined in this entry.'''
+ * r = self.attributes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return [x.strip().split(" ")[0]
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != '']
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_attributes); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":566
+ * '''return a list of attributes defined in this entry.'''
+ * r = self.attributes
+ * return [x.strip().split(" ")[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != '']
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":567
+ * r = self.attributes
+ * return [x.strip().split(" ")[0]
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != ''] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __getitem__(self, key):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_r, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__29, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_3) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_3; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_5(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_3)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_x, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_kp_s_, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":566
+ * '''return a list of attributes defined in this entry.'''
+ * r = self.attributes
+ * return [x.strip().split(" ")[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != '']
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_x, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_tuple__30, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_3, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_1, (PyObject*)__pyx_t_6))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":563
+ * self.start, self.end = lcontig - end, lcontig - start
+ *
+ * def keys( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a list of attributes defined in this entry.'''
+ * r = self.attributes
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.keys", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_r);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":569
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != '']
+ *
+ * def __getitem__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__getattr__(key)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_15__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_15__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_14__getitem__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_key));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_14__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":570
+ *
+ * def __getitem__(self, key):
+ * return self.__getattr__(key) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __getattr__(self, item):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_getattr); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 570; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 570; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 570; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":569
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != '']
+ *
+ * def __getitem__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__getattr__(key)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.__getitem__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":572
+ * return self.__getattr__(key)
+ *
+ * def __getattr__(self, item): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Generic lookup of attribute from GFF/GTF attributes
+ * Only called if there *isn't* an attribute with this name
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_17__getattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_item); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__[] = "Generic lookup of attribute from GFF/GTF attributes \n Only called if there *isn't* an attribute with this name\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_17__getattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_item) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getattr__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_item));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_item) {
+ char *__pyx_v_start;
+ char *__pyx_v_query;
+ char *__pyx_v_end;
+ int __pyx_v_l;
+ char *__pyx_v_attributes;
+ PyObject *__pyx_v_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ char *__pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str __pyx_t_8;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getattr__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":595
+ * # disappeard after accessing the C data structures
+ * # directly and so did the bug.
+ * cdef char * attributes = self.getAttributes() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # add space in order to make sure
+ */
+ __pyx_v_attributes = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->getAttributes(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":599
+ * # add space in order to make sure
+ * # to not pick up a field that is a prefix of another field
+ * r = _force_bytes(item + " ") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * query = r
+ * start = strstr(attributes, query)
+ */
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_v_item, __pyx_kp_s__23); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_bytes(__pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_r = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":600
+ * # to not pick up a field that is a prefix of another field
+ * r = _force_bytes(item + " ")
+ * query = r # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start = strstr(attributes, query)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_r); if (unlikely((!__pyx_t_3) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_query = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":601
+ * r = _force_bytes(item + " ")
+ * query = r
+ * start = strstr(attributes, query) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if start == NULL:
+ */
+ __pyx_v_start = strstr(__pyx_v_attributes, __pyx_v_query);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":603
+ * start = strstr(attributes, query)
+ *
+ * if start == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise AttributeError("'GTFProxy' has no attribute '%s'" % item)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_start == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":604
+ *
+ * if start == NULL:
+ * raise AttributeError("'GTFProxy' has no attribute '%s'" % item) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * start += strlen(query)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_GTFProxy_has_no_attribute_s, __pyx_v_item); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_AttributeError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":606
+ * raise AttributeError("'GTFProxy' has no attribute '%s'" % item)
+ *
+ * start += strlen(query) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # skip gaps before
+ * while start[0] == ' ':
+ */
+ __pyx_v_start = (__pyx_v_start + strlen(__pyx_v_query));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":608
+ * start += strlen(query)
+ * # skip gaps before
+ * while start[0] == ' ': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start += 1
+ *
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_start[0]) == ' ') != 0);
+ if (!__pyx_t_4) break;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":609
+ * # skip gaps before
+ * while start[0] == ' ':
+ * start += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if start[0] == '"':
+ */
+ __pyx_v_start = (__pyx_v_start + 1);
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":611
+ * start += 1
+ *
+ * if start[0] == '"': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start += 1
+ * end = start
+ */
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_start[0]) == '"') != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":612
+ *
+ * if start[0] == '"':
+ * start += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end = start
+ * while end[0] != '\0' and end[0] != '"':
+ */
+ __pyx_v_start = (__pyx_v_start + 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":613
+ * if start[0] == '"':
+ * start += 1
+ * end = start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while end[0] != '\0' and end[0] != '"':
+ * end += 1
+ */
+ __pyx_v_end = __pyx_v_start;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":614
+ * start += 1
+ * end = start
+ * while end[0] != '\0' and end[0] != '"': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end += 1
+ * l = end - start
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_end[0]) != '\x00') != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = (((__pyx_v_end[0]) != '"') != 0);
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (!__pyx_t_6) break;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":615
+ * end = start
+ * while end[0] != '\0' and end[0] != '"':
+ * end += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = end - start
+ * result = _force_str(PyBytes_FromStringAndSize(start, l),
+ */
+ __pyx_v_end = (__pyx_v_end + 1);
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":616
+ * while end[0] != '\0' and end[0] != '"':
+ * end += 1
+ * l = end - start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = _force_str(PyBytes_FromStringAndSize(start, l),
+ * self.encoding)
+ */
+ __pyx_v_l = (__pyx_v_end - __pyx_v_start);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":617
+ * end += 1
+ * l = end - start
+ * result = _force_str(PyBytes_FromStringAndSize(start, l), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding)
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_2 = PyBytes_FromStringAndSize(__pyx_v_start, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 617; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":618
+ * l = end - start
+ * result = _force_str(PyBytes_FromStringAndSize(start, l),
+ * self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return result
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->__pyx_base.encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":617
+ * end += 1
+ * l = end - start
+ * result = _force_str(PyBytes_FromStringAndSize(start, l), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding)
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_8.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_8.encoding = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_7 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_str(__pyx_t_2, &__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 617; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_result = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":619
+ * result = _force_str(PyBytes_FromStringAndSize(start, l),
+ * self.encoding)
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return _force_str(start, self.encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":621
+ * return result
+ * else:
+ * return _force_str(start, self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setAttribute(self, name, value):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->__pyx_base.encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_8.encoding = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_str(__pyx_t_7, &__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":572
+ * return self.__getattr__(key)
+ *
+ * def __getattr__(self, item): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Generic lookup of attribute from GFF/GTF attributes
+ * Only called if there *isn't* an attribute with this name
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.__getattr__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_r);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":623
+ * return _force_str(start, self.encoding)
+ *
+ * def setAttribute(self, name, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convenience method to set an attribute.'''
+ * r = self.asDict()
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_19setAttribute(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_18setAttribute[] = "convenience method to set an attribute.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_19setAttribute(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_name = 0;
+ PyObject *__pyx_v_value = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setAttribute (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_name,&__pyx_n_s_value,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_name)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_value)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setAttribute", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setAttribute") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_name = values[0];
+ __pyx_v_value = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setAttribute", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.setAttribute", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_18setAttribute(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_self), __pyx_v_name, __pyx_v_value);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_18setAttribute(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_name, PyObject *__pyx_v_value) {
+ PyObject *__pyx_v_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setAttribute", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":625
+ * def setAttribute(self, name, value):
+ * '''convenience method to set an attribute.'''
+ * r = self.asDict() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r[name] = value
+ * self.fromDict(r)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_asDict); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":626
+ * '''convenience method to set an attribute.'''
+ * r = self.asDict()
+ * r[name] = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fromDict(r)
+ *
+ */
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_r, __pyx_v_name, __pyx_v_value) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":627
+ * r = self.asDict()
+ * r[name] = value
+ * self.fromDict(r) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_fromDict); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 627; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 627; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_r);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_r);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 627; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":623
+ * return _force_str(start, self.encoding)
+ *
+ * def setAttribute(self, name, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convenience method to set an attribute.'''
+ * r = self.asDict()
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.GTFProxy.setAttribute", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":634
+ * map_key2field = {}
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attribute.'''
+ * cdef int idx
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_1__setattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__[] = "set attribute.";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__;
+#endif
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_1__setattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setattr__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_key), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_v_idx;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setattr__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":637
+ * '''set attribute.'''
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.nfields < idx:
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_map_key2field); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_t_1, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_2))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_2;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_4 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_1 = __pyx_t_5(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L3_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ index = 1; __pyx_t_3 = __pyx_t_5(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L3_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_5(__pyx_t_4), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L4_unpacking_done;
+ __pyx_L3_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L4_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_6 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_idx = __pyx_t_6;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":638
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ * if self.nfields < idx: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ * TupleProxy.__setitem__(self, idx, str(value))
+ */
+ __pyx_t_7 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.nfields < __pyx_v_idx) != 0);
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":639
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ * if self.nfields < idx:
+ * raise KeyError("field %s not set" % key) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * TupleProxy.__setitem__(self, idx, str(value))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_field_s_not_set, __pyx_v_key); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 639; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 639; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_KeyError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 639; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 639; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":640
+ * if self.nfields < idx:
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ * TupleProxy.__setitem__(self, idx, str(value)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __getattr__(self, key):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)), __pyx_n_s_setitem); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_idx); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":634
+ * map_key2field = {}
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attribute.'''
+ * cdef int idx
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.NamedTupleProxy.__setattr__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":642
+ * TupleProxy.__setitem__(self, idx, str(value))
+ *
+ * def __getattr__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_3__getattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_3__getattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getattr__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_2__getattr__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_key));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_2__getattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ int __pyx_v_idx;
+ PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_10TabProxies__force_str __pyx_t_8;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getattr__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":644
+ * def __getattr__(self, key):
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.nfields < idx:
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_map_key2field); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_t_1, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_2))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_2;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_4 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_1 = __pyx_t_5(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L3_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ index = 1; __pyx_t_3 = __pyx_t_5(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L3_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_5(__pyx_t_4), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L4_unpacking_done;
+ __pyx_L3_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L4_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_6 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_idx = __pyx_t_6;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":645
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ * if self.nfields < idx: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ * if f == str:
+ */
+ __pyx_t_7 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.nfields < __pyx_v_idx) != 0);
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":646
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ * if self.nfields < idx:
+ * raise KeyError("field %s not set" % key) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f == str:
+ * return _force_str(self.fields[idx],
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_field_s_not_set, __pyx_v_key); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 646; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 646; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_KeyError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 646; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 646; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":647
+ * if self.nfields < idx:
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ * if f == str: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _force_str(self.fields[idx],
+ * self.encoding)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_f, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 647; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 647; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":648
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ * if f == str:
+ * return _force_str(self.fields[idx], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding)
+ * return f(self.fields[idx])
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[__pyx_v_idx])); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":649
+ * if f == str:
+ * return _force_str(self.fields[idx],
+ * self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return f(self.fields[idx])
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->__pyx_base.encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":648
+ * raise KeyError("field %s not set" % key)
+ * if f == str:
+ * return _force_str(self.fields[idx], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding)
+ * return f(self.fields[idx])
+ */
+ __pyx_t_8.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_8.encoding = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_10TabProxies__force_str(__pyx_t_2, &__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":650
+ * return _force_str(self.fields[idx],
+ * self.encoding)
+ * return f(self.fields[idx]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[__pyx_v_idx])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_v_f, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":642
+ * TupleProxy.__setitem__(self, idx, str(value))
+ *
+ * def __getattr__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.NamedTupleProxy.__getattr__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":672
+ * 'blockStarts': (11, str), }
+ *
+ * cdef int getMinFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * return 3
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_getMinFields(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getMinFields", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":674
+ * cdef int getMinFields(self):
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * return 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self):
+ */
+ __pyx_r = 3;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":672
+ * 'blockStarts': (11, str), }
+ *
+ * cdef int getMinFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return minimum number of fields.'''
+ * return 3
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":676
+ * return 3
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return max number of fields.'''
+ * return 12
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_getMaxFields(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getMaxFields", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":678
+ * cdef int getMaxFields(self):
+ * '''return max number of fields.'''
+ * return 12 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ __pyx_r = 12;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":676
+ * return 3
+ *
+ * cdef int getMaxFields(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return max number of fields.'''
+ * return 12
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":680
+ * return 12
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_update(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("update", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":685
+ * nbytes does not include the terminal '\0'.
+ * '''
+ * TupleProxy.update(self, buffer, nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.nfields < 3:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->update(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), __pyx_v_buffer, __pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":687
+ * TupleProxy.update(self, buffer, nbytes)
+ *
+ * if self.nfields < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "bed format requires at least three columns")
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.nfields < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":688
+ *
+ * if self.nfields < 3:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "bed format requires at least three columns")
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__31, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 688; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 688; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":692
+ *
+ * # determines bed format
+ * self.bedfields = self.nfields # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # do automatic conversion
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.nfields;
+ __pyx_v_self->bedfields = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":695
+ *
+ * # do automatic conversion
+ * self.contig = self.fields[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.start = atoi( self.fields[1] )
+ * self.end = atoi( self.fields[2] )
+ */
+ __pyx_v_self->contig = (__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.fields[0]);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":696
+ * # do automatic conversion
+ * self.contig = self.fields[0]
+ * self.start = atoi( self.fields[1] ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.end = atoi( self.fields[2] )
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->start = atoi((__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.fields[1]));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":697
+ * self.contig = self.fields[0]
+ * self.start = atoi( self.fields[1] )
+ * self.end = atoi( self.fields[2] ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # __setattr__ in base class seems to take precedence
+ */
+ __pyx_v_self->end = atoi((__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.fields[2]));
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":680
+ * return 12
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.BedProxy.update", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":706
+ * # def __get__( self ): return self.end
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int save_fields = self.nfields
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_1__str__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_1__str__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8BedProxy___str__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8BedProxy___str__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_save_fields;
+ PyObject *__pyx_v_retval = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":708
+ * def __str__(self):
+ *
+ * cdef int save_fields = self.nfields # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # ensure fields to use correct format
+ * self.nfields = self.bedfields
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.nfields;
+ __pyx_v_save_fields = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":710
+ * cdef int save_fields = self.nfields
+ * # ensure fields to use correct format
+ * self.nfields = self.bedfields # <<<<<<<<<<<<<<
+ * retval = TupleProxy.__str__( self )
+ * self.nfields = save_fields
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->bedfields;
+ __pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.nfields = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":711
+ * # ensure fields to use correct format
+ * self.nfields = self.bedfields
+ * retval = TupleProxy.__str__( self ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nfields = save_fields
+ * return retval
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)), __pyx_n_s_str); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_retval = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":712
+ * self.nfields = self.bedfields
+ * retval = TupleProxy.__str__( self )
+ * self.nfields = save_fields # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return retval
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.nfields = __pyx_v_save_fields;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":713
+ * retval = TupleProxy.__str__( self )
+ * self.nfields = save_fields
+ * return retval # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_retval);
+ __pyx_r = __pyx_v_retval;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":706
+ * # def __get__( self ): return self.end
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int save_fields = self.nfields
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.BedProxy.__str__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_retval);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":715
+ * return retval
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "start": self.start = value
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_3__setattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__[] = "set attribute.";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__;
+#endif
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_3__setattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setattr__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_key), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_v_idx;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ uint32_t __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_7)(PyObject *);
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setattr__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":717
+ * def __setattr__(self, key, value ):
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "start": self.start = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif key == "end": self.end = value
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_key, __pyx_n_s_start, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_v_value); if (unlikely((__pyx_t_2 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->start = __pyx_t_2;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":718
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "start": self.start = value
+ * elif key == "end": self.end = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int idx
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_key, __pyx_n_s_end, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 718; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_v_value); if (unlikely((__pyx_t_2 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 718; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->end = __pyx_t_2;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":721
+ *
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * TupleProxy._setindex(self, idx, str(value) )
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_map_key2field); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyObject_GetItem(__pyx_t_3, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_4 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_5 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_5);
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_7 = Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_3 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ index = 1; __pyx_t_5 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_7(__pyx_t_6), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L5_unpacking_done;
+ __pyx_L4_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L5_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_3); if (unlikely((__pyx_t_8 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_idx = __pyx_t_8;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":722
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ * TupleProxy._setindex(self, idx, str(value) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class VCFProxy(NamedTupleProxy):
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_idx); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":715
+ * return retval
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "start": self.start = value
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.BedProxy.__setattr__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":741
+ * 'format' : (8, str) }
+ *
+ * def __cinit__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # automatically calls TupleProxy.__cinit__
+ * # start indexed access at genotypes
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) > 0)) {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 1, 0, 0, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); return -1;}
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(PyDict_Size(__pyx_kwds) > 0) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__cinit__", 0))) return -1;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":744
+ * # automatically calls TupleProxy.__cinit__
+ * # start indexed access at genotypes
+ * self.offset = 9 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ __pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.offset = 9;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":741
+ * 'format' : (8, str) }
+ *
+ * def __cinit__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # automatically calls TupleProxy.__cinit__
+ * # start indexed access at genotypes
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":746
+ * self.offset = 9
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_update(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("update", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":751
+ * nbytes does not include the terminal '\0'.
+ * '''
+ * TupleProxy.update(self, buffer, nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.contig = self.fields[0]
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->update(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), __pyx_v_buffer, __pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 751; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":753
+ * TupleProxy.update(self, buffer, nbytes)
+ *
+ * self.contig = self.fields[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # vcf counts from 1 - correct here
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1
+ */
+ __pyx_v_self->contig = (__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.fields[0]);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":755
+ * self.contig = self.fields[0]
+ * # vcf counts from 1 - correct here
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __len__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->pos = (atoi((__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.fields[1])) - 1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":746
+ * self.offset = 9
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.VCFProxy.update", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":757
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return number of genotype fields.'''
+ * return max(0, self.nfields - 9)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3__len__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__[] = "return number of genotype fields.";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__;
+#endif
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3__len__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ long __pyx_t_1;
+ long __pyx_t_2;
+ long __pyx_t_3;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":759
+ * def __len__(self):
+ * '''return number of genotype fields.'''
+ * return max(0, self.nfields - 9) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property pos:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_base.nfields - 9);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ if (((__pyx_t_1 > __pyx_t_2) != 0)) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_2;
+ }
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":757
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return number of genotype fields.'''
+ * return max(0, self.nfields - 9)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":763
+ * property pos:
+ * '''feature end (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.pos
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3pos___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":764
+ * '''feature end (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__(self):
+ * return self.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_self->pos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 764; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":763
+ * property pos:
+ * '''feature end (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.pos
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.VCFProxy.pos.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/TabProxies.pyx":766
+ * return self.pos
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "pos":
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_5__setattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__[] = "set attribute.";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__;
+#endif
+static int __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_5__setattr__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setattr__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_key), ((PyObject *)__pyx_v_value));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value) {
+ int __pyx_v_idx;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ uint32_t __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_7)(PyObject *);
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__setattr__", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":768
+ * def __setattr__(self, key, value):
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "pos": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pos = value
+ * value += 1
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_key, __pyx_n_s_pos, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 768; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":769
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "pos":
+ * self.pos = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value += 1
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_v_value); if (unlikely((__pyx_t_2 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 769; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->pos = __pyx_t_2;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":770
+ * if key == "pos":
+ * self.pos = value
+ * value += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int idx
+ */
+ __pyx_t_3 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_value, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 770; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":773
+ *
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * TupleProxy._setindex(self, idx, str(value))
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_map_key2field); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyObject_GetItem(__pyx_t_3, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_4 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_5 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_5);
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_7 = Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_3 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ index = 1; __pyx_t_5 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_7(__pyx_t_6), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L5_unpacking_done;
+ __pyx_L4_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L5_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_3); if (unlikely((__pyx_t_8 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_idx = __pyx_t_8;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":774
+ * cdef int idx
+ * idx, f = self.map_key2field[key]
+ * TupleProxy._setindex(self, idx, str(value)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)), __pyx_n_s_setindex); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 774; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_idx); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 774; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 774; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 774; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 774; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 774; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":766
+ * return self.pos
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set attribute.'''
+ * if key == "pos":
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.TabProxies.VCFProxy.__setattr__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *p = (struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_3__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->encoding);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *p = (struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)o;
+ if (p->encoding) {
+ e = (*v)(p->encoding, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *p = (struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->encoding);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *__pyx_sq_item_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(PyObject *o, Py_ssize_t i) {
+ PyObject *r;
+ PyObject *x = PyInt_FromSsize_t(i); if(!x) return 0;
+ r = Py_TYPE(o)->tp_as_mapping->mp_subscript(o, x);
+ Py_DECREF(x);
+ return r;
+}
+
+static int __pyx_mp_ass_subscript_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(PyObject *o, PyObject *i, PyObject *v) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_11__setitem__(o, i, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_Format(PyExc_NotImplementedError,
+ "Subscript deletion not supported by %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name);
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_TupleProxy[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("_getindex"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_5_getindex, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_4_getindex)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_setindex"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_9_setindex, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_8_setindex)},
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PySequenceMethods __pyx_tp_as_sequence_TupleProxy = {
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_13__len__, /*sq_length*/
+ 0, /*sq_concat*/
+ 0, /*sq_repeat*/
+ __pyx_sq_item_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*sq_item*/
+ 0, /*sq_slice*/
+ 0, /*sq_ass_item*/
+ 0, /*sq_ass_slice*/
+ 0, /*sq_contains*/
+ 0, /*sq_inplace_concat*/
+ 0, /*sq_inplace_repeat*/
+};
+
+static PyMappingMethods __pyx_tp_as_mapping_TupleProxy = {
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_13__len__, /*mp_length*/
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_7__getitem__, /*mp_subscript*/
+ __pyx_mp_ass_subscript_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*mp_ass_subscript*/
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.TabProxies.TupleProxy"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ &__pyx_tp_as_sequence_TupleProxy, /*tp_as_sequence*/
+ &__pyx_tp_as_mapping_TupleProxy, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_19__str__, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("Proxy class for access to parsed row as a tuple.\n\n This class represents a table row for fast read-access.\n\n Access to individual fields is via the [] operator.\n \n Only read-only access is implemented.\n\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_15__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_GTFProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy*)__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_1__cinit__(o, __pyx_empty_tuple, NULL) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_GTFProxy(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ PyObject_GC_Track(o);
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(o);
+}
+static PyObject *__pyx_sq_item_5pysam_10TabProxies_GTFProxy(PyObject *o, Py_ssize_t i) {
+ PyObject *r;
+ PyObject *x = PyInt_FromSsize_t(i); if(!x) return 0;
+ r = Py_TYPE(o)->tp_as_mapping->mp_subscript(o, x);
+ Py_DECREF(x);
+ return r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_tp_getattro_5pysam_10TabProxies_GTFProxy(PyObject *o, PyObject *n) {
+ PyObject *v = PyObject_GenericGetAttr(o, n);
+ if (!v && PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ PyErr_Clear();
+ v = __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_17__getattr__(o, n);
+ }
+ return v;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_contig(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_contig(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6contig_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_source(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_source(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6source_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_feature(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_feature(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7feature_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_start(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_start(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5start_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_end(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_end(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_3end_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_score(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_score(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5score_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_strand(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_strand(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6strand_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_frame(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_frame(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5frame_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_attributes(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_attributes(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10attributes_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_GTFProxy[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("asDict"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_5asDict, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_4asDict)},
+ {__Pyx_NAMESTR("fromDict"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_7fromDict, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_6fromDict)},
+ {__Pyx_NAMESTR("invert"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_11invert, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_10invert)},
+ {__Pyx_NAMESTR("keys"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_13keys, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_12keys)},
+ {__Pyx_NAMESTR("__getattr__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_17__getattr__, METH_O|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__)},
+ {__Pyx_NAMESTR("setAttribute"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_19setAttribute, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_18setAttribute)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_10TabProxies_GTFProxy[] = {
+ {(char *)"contig", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_contig, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_contig, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_contig_of_feature), 0},
+ {(char *)"source", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_source, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_source, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_source), 0},
+ {(char *)"feature", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_feature, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_feature, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_name), 0},
+ {(char *)"start", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_start, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_start, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_start_in_0_based_open_cl), 0},
+ {(char *)"end", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_end, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_end, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_end_in_0_based_open_clos), 0},
+ {(char *)"score", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_score, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_score, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_score), 0},
+ {(char *)"strand", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_strand, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_strand, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_strand), 0},
+ {(char *)"frame", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_frame, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_frame, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_frame), 0},
+ {(char *)"attributes", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_attributes, __pyx_setprop_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_attributes, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_attributes_as_a_string), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PySequenceMethods __pyx_tp_as_sequence_GTFProxy = {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_13__len__, /*sq_length*/
+ #else
+ 0, /*sq_length*/
+ #endif
+ 0, /*sq_concat*/
+ 0, /*sq_repeat*/
+ __pyx_sq_item_5pysam_10TabProxies_GTFProxy, /*sq_item*/
+ 0, /*sq_slice*/
+ 0, /*sq_ass_item*/
+ 0, /*sq_ass_slice*/
+ 0, /*sq_contains*/
+ 0, /*sq_inplace_concat*/
+ 0, /*sq_inplace_repeat*/
+};
+
+static PyMappingMethods __pyx_tp_as_mapping_GTFProxy = {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_13__len__, /*mp_length*/
+ #else
+ 0, /*mp_length*/
+ #endif
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_15__getitem__, /*mp_subscript*/
+ 0, /*mp_ass_subscript*/
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.TabProxies.GTFProxy"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_GTFProxy, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ &__pyx_tp_as_sequence_GTFProxy, /*tp_as_sequence*/
+ &__pyx_tp_as_mapping_GTFProxy, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_9__str__, /*tp_str*/
+ __pyx_tp_getattro_5pysam_10TabProxies_GTFProxy, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("Proxy class for access to GTF fields.\n\n This class represents a GTF entry for fast read-access.\n Write-access has been added as well, though some care must\n be taken. If any of the string fields (contig, source, ...)\n are set, the new value is tied to the lifetime of the\n argument that was supplied.\n\n The only exception is the attributes field when set from\n a dictionary - this field will manage its own memory.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_15__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__, /*tp_iternext*/
+ #else
+ 0, /*tp_iternext*/
+ #endif
+ __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_GTFProxy, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_10TabProxies_GTFProxy, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_GTFProxy, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_TupleProxy(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy*)__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+ return o;
+}
+
+static PyObject *__pyx_tp_getattro_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy(PyObject *o, PyObject *n) {
+ PyObject *v = PyObject_GenericGetAttr(o, n);
+ if (!v && PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ PyErr_Clear();
+ v = __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_3__getattr__(o, n);
+ }
+ return v;
+}
+
+static int __pyx_tp_setattro_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy(PyObject *o, PyObject *n, PyObject *v) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_1__setattr__(o, n, v);
+ }
+ else {
+ if (__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_setattro)
+ return __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_setattro(o, n, v);
+ return PyObject_GenericSetAttr(o, n, 0);
+ }
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__getattr__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy_3__getattr__, METH_O|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(0)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.TabProxies.NamedTupleProxy"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_19__str__, /*tp_str*/
+ #else
+ 0, /*tp_str*/
+ #endif
+ __pyx_tp_getattro_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy, /*tp_getattro*/
+ __pyx_tp_setattro_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_15__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__, /*tp_iternext*/
+ #else
+ 0, /*tp_iternext*/
+ #endif
+ __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_BedProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy*)__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+ return o;
+}
+
+static int __pyx_tp_setattro_5pysam_10TabProxies_BedProxy(PyObject *o, PyObject *n, PyObject *v) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_3__setattr__(o, n, v);
+ }
+ else {
+ if (__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy->tp_setattro)
+ return __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy->tp_setattro(o, n, v);
+ return PyObject_GenericSetAttr(o, n, 0);
+ }
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_BedProxy[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.TabProxies.BedProxy"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_1__str__, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ __pyx_tp_setattro_5pysam_10TabProxies_BedProxy, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("Proxy class for access to Bed fields.\n\n This class represents a BED entry for fast read-access.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_15__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__, /*tp_iternext*/
+ #else
+ 0, /*tp_iternext*/
+ #endif
+ __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_BedProxy, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_BedProxy, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_VCFProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy*)__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_1__cinit__(o, __pyx_empty_tuple, NULL) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static int __pyx_tp_setattro_5pysam_10TabProxies_VCFProxy(PyObject *o, PyObject *n, PyObject *v) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_5__setattr__(o, n, v);
+ }
+ else {
+ if (__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy->tp_setattro)
+ return __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy->tp_setattro(o, n, v);
+ return PyObject_GenericSetAttr(o, n, 0);
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_pos(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3pos_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_VCFProxy[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_10TabProxies_VCFProxy[] = {
+ {(char *)"pos", __pyx_getprop_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_pos, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_feature_end_in_0_based_open_clos), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PySequenceMethods __pyx_tp_as_sequence_VCFProxy = {
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3__len__, /*sq_length*/
+ 0, /*sq_concat*/
+ 0, /*sq_repeat*/
+ 0, /*sq_item*/
+ 0, /*sq_slice*/
+ 0, /*sq_ass_item*/
+ 0, /*sq_ass_slice*/
+ 0, /*sq_contains*/
+ 0, /*sq_inplace_concat*/
+ 0, /*sq_inplace_repeat*/
+};
+
+static PyMappingMethods __pyx_tp_as_mapping_VCFProxy = {
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_3__len__, /*mp_length*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_7__getitem__, /*mp_subscript*/
+ #else
+ 0, /*mp_subscript*/
+ #endif
+ 0, /*mp_ass_subscript*/
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.TabProxies.VCFProxy"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ &__pyx_tp_as_sequence_VCFProxy, /*tp_as_sequence*/
+ &__pyx_tp_as_mapping_VCFProxy, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_19__str__, /*tp_str*/
+ #else
+ 0, /*tp_str*/
+ #endif
+ 0, /*tp_getattro*/
+ __pyx_tp_setattro_5pysam_10TabProxies_VCFProxy, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("Proxy class for access to VCF fields.\n\n The genotypes are accessed via a numeric index.\n Sample headers are not available.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_15__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_17__next__, /*tp_iternext*/
+ #else
+ 0, /*tp_iternext*/
+ #endif
+ __pyx_methods_5pysam_10TabProxies_VCFProxy, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_10TabProxies_VCFProxy, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_10TabProxies_VCFProxy, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("TabProxies"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_kp_s_, __pyx_k_, sizeof(__pyx_k_), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or, sizeof(__pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or), 0, 1, 0, 0},
+ {&__pyx_n_s_AttributeError, __pyx_k_AttributeError, sizeof(__pyx_k_AttributeError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_GTFProxy_has_no_attribute_s, __pyx_k_GTFProxy_has_no_attribute_s, sizeof(__pyx_k_GTFProxy_has_no_attribute_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_IndexError, __pyx_k_IndexError, sizeof(__pyx_k_IndexError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_KeyError, __pyx_k_KeyError, sizeof(__pyx_k_KeyError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_StopIteration, __pyx_k_StopIteration, sizeof(__pyx_k_StopIteration), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_StringTypes, __pyx_k_StringTypes, sizeof(__pyx_k_StringTypes), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_TypeError, __pyx_k_TypeError, sizeof(__pyx_k_TypeError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ValueError, __pyx_k_ValueError, sizeof(__pyx_k_ValueError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s__10, __pyx_k__10, sizeof(__pyx_k__10), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s__20, __pyx_k__20, sizeof(__pyx_k__20), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s__23, __pyx_k__23, sizeof(__pyx_k__23), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s__24, __pyx_k__24, sizeof(__pyx_k__24), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s__26, __pyx_k__26, sizeof(__pyx_k__26), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s__28, __pyx_k__28, sizeof(__pyx_k__28), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s__8, __pyx_k__8, sizeof(__pyx_k__8), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_alt, __pyx_k_alt, sizeof(__pyx_k_alt), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_append, __pyx_k_append, sizeof(__pyx_k_append), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_asDict, __pyx_k_asDict, sizeof(__pyx_k_asDict), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ascii, __pyx_k_ascii, sizeof(__pyx_k_ascii), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_attributes, __pyx_k_attributes, sizeof(__pyx_k_attributes), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_bed_format_requires_at_least_thr, __pyx_k_bed_format_requires_at_least_thr, sizeof(__pyx_k_bed_format_requires_at_least_thr), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_blockCount, __pyx_k_blockCount, sizeof(__pyx_k_blockCount), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_blockSizes, __pyx_k_blockSizes, sizeof(__pyx_k_blockSizes), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_blockStarts, __pyx_k_blockStarts, sizeof(__pyx_k_blockStarts), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_contig, __pyx_k_contig, sizeof(__pyx_k_contig), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_decode, __pyx_k_decode, sizeof(__pyx_k_decode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_encode, __pyx_k_encode, sizeof(__pyx_k_encode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_encoding, __pyx_k_encoding, sizeof(__pyx_k_encoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_end, __pyx_k_end, sizeof(__pyx_k_end), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_feature, __pyx_k_feature, sizeof(__pyx_k_feature), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_field_s_not_set, __pyx_k_field_s_not_set, sizeof(__pyx_k_field_s_not_set), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_filter, __pyx_k_filter, sizeof(__pyx_k_filter), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_format, __pyx_k_format, sizeof(__pyx_k_format), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_frame, __pyx_k_frame, sizeof(__pyx_k_frame), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_fromDict, __pyx_k_fromDict, sizeof(__pyx_k_fromDict), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getattr, __pyx_k_getattr, sizeof(__pyx_k_getattr), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getdefaultencoding, __pyx_k_getdefaultencoding, sizeof(__pyx_k_getdefaultencoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getfilesystemencoding, __pyx_k_getfilesystemencoding, sizeof(__pyx_k_getfilesystemencoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getindex, __pyx_k_getindex, sizeof(__pyx_k_getindex), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam, sizeof(__pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_id, __pyx_k_id, sizeof(__pyx_k_id), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_import, __pyx_k_import, sizeof(__pyx_k_import), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_incomplete_line_at_s, __pyx_k_incomplete_line_at_s, sizeof(__pyx_k_incomplete_line_at_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_index, __pyx_k_index, sizeof(__pyx_k_index), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_indices, __pyx_k_indices, sizeof(__pyx_k_indices), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_info, __pyx_k_info, sizeof(__pyx_k_info), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_itemRGB, __pyx_k_itemRGB, sizeof(__pyx_k_itemRGB), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_items, __pyx_k_items, sizeof(__pyx_k_items), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_join, __pyx_k_join, sizeof(__pyx_k_join), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_length_of_buffer_i_number_of_byt, __pyx_k_length_of_buffer_i_number_of_byt, sizeof(__pyx_k_length_of_buffer_i_number_of_byt), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_list_index_out_of_range, __pyx_k_list_index_out_of_range, sizeof(__pyx_k_list_index_out_of_range), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_list_index_out_of_range_i_i, __pyx_k_list_index_out_of_range_i_i, sizeof(__pyx_k_list_index_out_of_range_i_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_main, __pyx_k_main, sizeof(__pyx_k_main), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_malformatted_entry_at_s, __pyx_k_malformatted_entry_at_s, sizeof(__pyx_k_malformatted_entry_at_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_map_key2field, __pyx_k_map_key2field, sizeof(__pyx_k_map_key2field), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_maxsplit, __pyx_k_maxsplit, sizeof(__pyx_k_maxsplit), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_name, __pyx_k_name, sizeof(__pyx_k_name), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_out_of_memory, __pyx_k_out_of_memory, sizeof(__pyx_k_out_of_memory), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_out_of_memory_in_TupleProxy_copy, __pyx_k_out_of_memory_in_TupleProxy_copy, sizeof(__pyx_k_out_of_memory_in_TupleProxy_copy), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_out_of_memory_in_TupleProxy_upda, __pyx_k_out_of_memory_in_TupleProxy_upda, sizeof(__pyx_k_out_of_memory_in_TupleProxy_upda), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_parsing_error_fewer_that_i_field, __pyx_k_parsing_error_fewer_that_i_field, sizeof(__pyx_k_parsing_error_fewer_that_i_field), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_parsing_error_more_than_i_fields, __pyx_k_parsing_error_more_than_i_fields, sizeof(__pyx_k_parsing_error_more_than_i_fields), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_pos, __pyx_k_pos, sizeof(__pyx_k_pos), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pysam_TabProxies, __pyx_k_pysam_TabProxies, sizeof(__pyx_k_pysam_TabProxies), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pyx_vtable, __pyx_k_pyx_vtable, sizeof(__pyx_k_pyx_vtable), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_qual, __pyx_k_qual, sizeof(__pyx_k_qual), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_quote, __pyx_k_quote, sizeof(__pyx_k_quote), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_range, __pyx_k_range, sizeof(__pyx_k_range), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ref, __pyx_k_ref, sizeof(__pyx_k_ref), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_s, __pyx_k_s, sizeof(__pyx_k_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_s_s, __pyx_k_s_s, sizeof(__pyx_k_s_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_s_s_2, __pyx_k_s_s_2, sizeof(__pyx_k_s_s_2), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_score, __pyx_k_score, sizeof(__pyx_k_score), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setindex, __pyx_k_setindex, sizeof(__pyx_k_setindex), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setitem, __pyx_k_setitem, sizeof(__pyx_k_setitem), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_source, __pyx_k_source, sizeof(__pyx_k_source), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_split, __pyx_k_split, sizeof(__pyx_k_split), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_start, __pyx_k_start, sizeof(__pyx_k_start), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_str, __pyx_k_str, sizeof(__pyx_k_str), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_strand, __pyx_k_strand, sizeof(__pyx_k_strand), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_string, __pyx_k_string, sizeof(__pyx_k_string), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_strip, __pyx_k_strip, sizeof(__pyx_k_strip), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_sys, __pyx_k_sys, sizeof(__pyx_k_sys), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_test, __pyx_k_test, sizeof(__pyx_k_test), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_thickEnd, __pyx_k_thickEnd, sizeof(__pyx_k_thickEnd), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_thickStart, __pyx_k_thickStart, sizeof(__pyx_k_thickStart), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_toDot, __pyx_k_toDot, sizeof(__pyx_k_toDot), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_types, __pyx_k_types, sizeof(__pyx_k_types), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_v, __pyx_k_v, sizeof(__pyx_k_v), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_value, __pyx_k_value, sizeof(__pyx_k_value), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_xrange, __pyx_k_xrange, sizeof(__pyx_k_xrange), 0, 0, 1, 1},
+ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static int __Pyx_InitCachedBuiltins(void) {
+ __pyx_builtin_TypeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_TypeError); if (!__pyx_builtin_TypeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 38; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_ValueError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_ValueError); if (!__pyx_builtin_ValueError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_IndexError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_IndexError); if (!__pyx_builtin_IndexError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 258; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_range = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_range); if (!__pyx_builtin_range) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 274; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_StopIteration = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_StopIteration); if (!__pyx_builtin_StopIteration) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ __pyx_builtin_xrange = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_range); if (!__pyx_builtin_xrange) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 337; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_builtin_xrange = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_xrange); if (!__pyx_builtin_xrange) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 337; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __pyx_builtin_AttributeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_AttributeError); if (!__pyx_builtin_AttributeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_KeyError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_KeyError); if (!__pyx_builtin_KeyError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 639; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":144
+ * self.data = <char*>malloc(s)
+ * if self.data == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.copy()") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nbytes = nbytes
+ * memcpy(<char*>self.data, buffer, s)
+ */
+ __pyx_tuple__2 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_out_of_memory_in_TupleProxy_copy); if (unlikely(!__pyx_tuple__2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 144; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__2);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":220
+ * self.fields = <char **>calloc(max_fields, sizeof(char *))
+ * if self.fields == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory in TupleProxy.update()") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #################################
+ */
+ __pyx_tuple__3 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_out_of_memory_in_TupleProxy_upda); if (unlikely(!__pyx_tuple__3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__3);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":258
+ * i += self.nfields
+ * if i < 0:
+ * raise IndexError("list index out of range") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # apply offset - separating a fixed number
+ * # of fields from a variable number such as in VCF
+ */
+ __pyx_tuple__4 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_list_index_out_of_range); if (unlikely(!__pyx_tuple__4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 258; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__4);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":282
+ * cdef int idx = index
+ * if idx < 0:
+ * raise IndexError("list index out of range") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if idx >= self.nfields:
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ */
+ __pyx_tuple__5 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_list_index_out_of_range); if (unlikely(!__pyx_tuple__5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__5);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":284
+ * raise IndexError("list index out of range")
+ * if idx >= self.nfields:
+ * raise IndexError("list index out of range") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if isNew(self.fields[idx], self.data, self.nbytes):
+ */
+ __pyx_tuple__6 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_list_index_out_of_range); if (unlikely(!__pyx_tuple__6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 284; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__6);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":300
+ * self.fields[idx] = <char*>malloc((strlen( tmp ) + 1) * sizeof(char))
+ * if self.fields[idx] == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strcpy(self.fields[idx], tmp)
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__7 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_out_of_memory); if (unlikely(!__pyx_tuple__7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__7);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":343
+ * cpy = <char*>calloc(sizeof(char), self.nbytes+1)
+ * if cpy == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy(cpy, self.data, self.nbytes+1)
+ * for x from 0 <= x < self.nbytes:
+ */
+ __pyx_tuple__9 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_out_of_memory); if (unlikely(!__pyx_tuple__9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__9);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":402
+ * '''contig of feature.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(0) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, value):
+ * self._setindex(0, value)
+ */
+ __pyx_tuple__11 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_0); if (unlikely(!__pyx_tuple__11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 402; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__11);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":409
+ * '''feature source.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._getindex(1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, value):
+ * self._setindex(1, value)
+ */
+ __pyx_tuple__12 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_tuple__12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 409; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__12);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":415
+ * property feature:
+ * '''feature name.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 2 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 2, value )
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__13 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__13);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__13);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":420
+ * property start:
+ * '''feature start (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__( self ): return int( self._getindex( 3 )) - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 3, str(value+1) )
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__14 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_3); if (unlikely(!__pyx_tuple__14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__14);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":425
+ * property end:
+ * '''feature end (in 0-based open/closed coordinates).'''
+ * def __get__( self ): return int( self._getindex( 4 ) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 4, str(value) )
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__15 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_4); if (unlikely(!__pyx_tuple__15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__15);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__15);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":431
+ * '''feature score.'''
+ * def __get__( self ):
+ * v = self._getindex(5) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v == "" or v[0] == '.':
+ * return None
+ */
+ __pyx_tuple__16 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_5); if (unlikely(!__pyx_tuple__16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__16);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__16);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":441
+ * property strand:
+ * '''feature strand.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 6 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 6, value )
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__17 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_6); if (unlikely(!__pyx_tuple__17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__17);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__17);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":446
+ * property frame:
+ * '''feature frame.'''
+ * def __get__( self ): return self._getindex( 7 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ): self._setindex( 7, value )
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__18 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_7); if (unlikely(!__pyx_tuple__18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__18);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":455
+ * return self._attributes
+ * else:
+ * return self._getindex(8) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__( self, value ):
+ * if self.hasOwnAttributes:
+ */
+ __pyx_tuple__19 = PyTuple_Pack(1, __pyx_int_8); if (unlikely(!__pyx_tuple__19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__19);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__19);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":478
+ *
+ * # separate into fields
+ * fields = [x.strip() for x in attributes.split(";")[:-1]] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = {}
+ */
+ __pyx_tuple__21 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__20); if (unlikely(!__pyx_tuple__21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__21);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__21);
+ __pyx_slice__22 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__22)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 478; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__22);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__22);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":492
+ *
+ * if v[0] == '"' and v[-1] == '"':
+ * v = v[1:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * ## try to convert to a value
+ */
+ __pyx_slice__25 = PySlice_New(__pyx_int_1, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__25);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__25);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":528
+ * self._attributes = <char *>calloc( l + 1, sizeof(char) )
+ * if self._attributes == NULL:
+ * raise ValueError("out of memory" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy( self._attributes, p, l )
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__27 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_out_of_memory); if (unlikely(!__pyx_tuple__27)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__27);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__27);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":567
+ * r = self.attributes
+ * return [x.strip().split(" ")[0]
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != ''] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __getitem__(self, key):
+ */
+ __pyx_tuple__29 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__20); if (unlikely(!__pyx_tuple__29)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__29);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__29);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":566
+ * '''return a list of attributes defined in this entry.'''
+ * r = self.attributes
+ * return [x.strip().split(" ")[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x in r.split(";") if x.strip() != '']
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__30 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__23); if (unlikely(!__pyx_tuple__30)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 566; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__30);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__30);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":688
+ *
+ * if self.nfields < 3:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "bed format requires at least three columns")
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__31 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_bed_format_requires_at_least_thr); if (unlikely(!__pyx_tuple__31)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 688; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__31);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__31);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":353
+ * return r
+ *
+ * def toDot(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert value to '.' if None'''
+ * if v is None:
+ */
+ __pyx_tuple__32 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_v); if (unlikely(!__pyx_tuple__32)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__32);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__32);
+ __pyx_codeobj__33 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__32, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_toDot, 353, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__33)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":360
+ * return str(v)
+ *
+ * def quote(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a quoted attribute.'''
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ */
+ __pyx_tuple__34 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_v); if (unlikely(!__pyx_tuple__34)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__34);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__34);
+ __pyx_codeobj__35 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__34, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_quote, 360, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__35)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __pyx_int_0 = PyInt_FromLong(0); if (unlikely(!__pyx_int_0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_1 = PyInt_FromLong(1); if (unlikely(!__pyx_int_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_2 = PyInt_FromLong(2); if (unlikely(!__pyx_int_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_3 = PyInt_FromLong(3); if (unlikely(!__pyx_int_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_4 = PyInt_FromLong(4); if (unlikely(!__pyx_int_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_5 = PyInt_FromLong(5); if (unlikely(!__pyx_int_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_6 = PyInt_FromLong(6); if (unlikely(!__pyx_int_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_7 = PyInt_FromLong(7); if (unlikely(!__pyx_int_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_8 = PyInt_FromLong(8); if (unlikely(!__pyx_int_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_9 = PyInt_FromLong(9); if (unlikely(!__pyx_int_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_10 = PyInt_FromLong(10); if (unlikely(!__pyx_int_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_11 = PyInt_FromLong(11); if (unlikely(!__pyx_int_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_1 = PyInt_FromLong(-1); if (unlikely(!__pyx_int_neg_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initTabProxies(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initTabProxies(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_TabProxies(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_TabProxies(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_TabProxies(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("TabProxies"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__TabProxies) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.TabProxies")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.TabProxies", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ __pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING = ((PyObject*)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ /*--- Type init code ---*/
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = &__pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.getMaxFields = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_getMaxFields;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.getMinFields = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_getMinFields;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.take = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_take;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.present = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_present;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.copy = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_copy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.update = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_update;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, "__setitem__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_10__setitem__;
+ }
+ }
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_16__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy, "__str__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_10TupleProxy_18__str__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "TupleProxy", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = &__pyx_type_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = &__pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_GTFProxy.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_GTFProxy.__pyx_base.getMaxFields = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_getMaxFields;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_GTFProxy.__pyx_base.getMinFields = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_getMinFields;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_GTFProxy.getAttributes = (char *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_getAttributes;
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy, "__getattr__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8GTFProxy_16__getattr__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "GTFProxy", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = &__pyx_type_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = &__pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy, "__setattr__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_15NamedTupleProxy___setattr__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "NamedTupleProxy", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = &__pyx_type_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy = &__pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_BedProxy.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_BedProxy.__pyx_base.__pyx_base.getMaxFields = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_getMaxFields;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_BedProxy.__pyx_base.__pyx_base.getMinFields = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_getMinFields;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_BedProxy.__pyx_base.__pyx_base.update = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_update;
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy, "__setattr__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8BedProxy_2__setattr__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "BedProxy", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy = &__pyx_type_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = &__pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_VCFProxy.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_10TabProxies_VCFProxy.__pyx_base.__pyx_base.update = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t))__pyx_f_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_update;
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 724; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy, "__len__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 724; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_2__len__;
+ }
+ }
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy, "__setattr__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 724; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__.doc = __pyx_doc_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_10TabProxies_8VCFProxy_4__setattr__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 724; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "VCFProxy", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 724; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = &__pyx_type_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_7cpython_4type_type = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "type",
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ sizeof(PyTypeObject),
+ #else
+ sizeof(PyHeapTypeObject),
+ #endif
+ 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4type_type)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "bool", sizeof(PyBoolObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "complex", sizeof(PyComplexObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex)) {__pyx_filename = __pyx_f[3]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":1
+ * import types # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys
+ * import string
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_types, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_types, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":2
+ * import types
+ * import sys # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import string
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":3
+ * import types
+ * import sys
+ * import string # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * from cpython.version cimport PY_MAJOR_VERSION
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_string, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_string, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":20
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 20; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getfilesystemencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 20; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 20; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 20; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":21
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":22
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 22; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getdefaultencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 22; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 22; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 22; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L2;
+ }
+ __pyx_L2:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":23
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":24
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_10TabProxies__FILENAME_ENCODING, __pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ascii);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":353
+ * return r
+ *
+ * def toDot(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert value to '.' if None'''
+ * if v is None:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_10TabProxies_1toDot, NULL, __pyx_n_s_pysam_TabProxies); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_toDot, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":360
+ * return str(v)
+ *
+ * def quote(v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a quoted attribute.'''
+ * if type(v) in types.StringTypes:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_10TabProxies_3quote, NULL, __pyx_n_s_pysam_TabProxies); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_quote, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":632
+ * cdef class NamedTupleProxy(TupleProxy):
+ *
+ * map_key2field = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __setattr__(self, key, value):
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 632; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem((PyObject *)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy->tp_dict, __pyx_n_s_map_key2field, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 632; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ PyType_Modified(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":658
+ * This class represents a BED entry for fast read-access.
+ * '''
+ * map_key2field = { # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'contig' : (0, str),
+ * 'start' : (1, int),
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":659
+ * '''
+ * map_key2field = {
+ * 'contig' : (0, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'start' : (1, int),
+ * 'end' : (2, int),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 659; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_contig, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":660
+ * map_key2field = {
+ * 'contig' : (0, str),
+ * 'start' : (1, int), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'end' : (2, int),
+ * 'name' : (3, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 660; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_start, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":661
+ * 'contig' : (0, str),
+ * 'start' : (1, int),
+ * 'end' : (2, int), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'name' : (3, str),
+ * 'score' : (4, float),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 661; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_end, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":662
+ * 'start' : (1, int),
+ * 'end' : (2, int),
+ * 'name' : (3, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'score' : (4, float),
+ * 'strand' : (5, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 662; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_3);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_name, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":663
+ * 'end' : (2, int),
+ * 'name' : (3, str),
+ * 'score' : (4, float), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'strand' : (5, str),
+ * 'thickStart' : (6, int),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 663; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_4);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyFloat_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyFloat_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyFloat_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_score, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":664
+ * 'name' : (3, str),
+ * 'score' : (4, float),
+ * 'strand' : (5, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'thickStart' : (6, int),
+ * 'thickEnd' : (7, int),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 664; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_5);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_strand, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":665
+ * 'score' : (4, float),
+ * 'strand' : (5, str),
+ * 'thickStart' : (6, int), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'thickEnd' : (7, int),
+ * 'itemRGB' : (8, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 665; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_6);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_thickStart, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":666
+ * 'strand' : (5, str),
+ * 'thickStart' : (6, int),
+ * 'thickEnd' : (7, int), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'itemRGB' : (8, str),
+ * 'blockCount': (9, int),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_7);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_thickEnd, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":667
+ * 'thickStart' : (6, int),
+ * 'thickEnd' : (7, int),
+ * 'itemRGB' : (8, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'blockCount': (9, int),
+ * 'blockSizes': (10, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 667; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_8);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_itemRGB, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":668
+ * 'thickEnd' : (7, int),
+ * 'itemRGB' : (8, str),
+ * 'blockCount': (9, int), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'blockSizes': (10, str),
+ * 'blockStarts': (11, str), }
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 668; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_9);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_blockCount, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":669
+ * 'itemRGB' : (8, str),
+ * 'blockCount': (9, int),
+ * 'blockSizes': (10, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'blockStarts': (11, str), }
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 669; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_10);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_blockSizes, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":670
+ * 'blockCount': (9, int),
+ * 'blockSizes': (10, str),
+ * 'blockStarts': (11, str), } # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int getMinFields(self):
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 670; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_11);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_blockStarts, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyDict_SetItem((PyObject *)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy->tp_dict, __pyx_n_s_map_key2field, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ PyType_Modified(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":730
+ * Sample headers are not available.
+ * '''
+ * map_key2field = { # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'contig' : (0, str),
+ * 'pos' : (1, int),
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":731
+ * '''
+ * map_key2field = {
+ * 'contig' : (0, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'pos' : (1, int),
+ * 'id' : (2, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 731; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_contig, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":732
+ * map_key2field = {
+ * 'contig' : (0, str),
+ * 'pos' : (1, int), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'id' : (2, str),
+ * 'ref' : (3, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_pos, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":733
+ * 'contig' : (0, str),
+ * 'pos' : (1, int),
+ * 'id' : (2, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'ref' : (3, str),
+ * 'alt' : (4, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 733; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_id, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":734
+ * 'pos' : (1, int),
+ * 'id' : (2, str),
+ * 'ref' : (3, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'alt' : (4, str),
+ * 'qual' : (5, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_3);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_ref, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":735
+ * 'id' : (2, str),
+ * 'ref' : (3, str),
+ * 'alt' : (4, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'qual' : (5, str),
+ * 'filter' : (6, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 735; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_4);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_alt, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":736
+ * 'ref' : (3, str),
+ * 'alt' : (4, str),
+ * 'qual' : (5, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'filter' : (6, str),
+ * 'info' : (7, str),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_5);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_qual, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":737
+ * 'alt' : (4, str),
+ * 'qual' : (5, str),
+ * 'filter' : (6, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'info' : (7, str),
+ * 'format' : (8, str) }
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 737; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_6);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_filter, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":738
+ * 'qual' : (5, str),
+ * 'filter' : (6, str),
+ * 'info' : (7, str), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'format' : (8, str) }
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_7);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_info, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":739
+ * 'filter' : (6, str),
+ * 'info' : (7, str),
+ * 'format' : (8, str) } # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __cinit__(self):
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 739; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_8);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_format, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyDict_SetItem((PyObject *)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy->tp_dict, __pyx_n_s_map_key2field, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ PyType_Modified(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy);
+
+ /* "pysam/TabProxies.pyx":1
+ * import types # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys
+ * import string
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.TabProxies", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.TabProxies");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name) {
+ PyObject* result = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, name);
+ if (unlikely(!result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError,
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "name '%U' is not defined", name);
+#else
+ "name '%.200s' is not defined", PyString_AS_STRING(name));
+#endif
+ }
+ return result;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_decode_c_string(
+ const char* cstring, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop,
+ const char* encoding, const char* errors,
+ PyObject* (*decode_func)(const char *s, Py_ssize_t size, const char *errors)) {
+ Py_ssize_t length;
+ if (unlikely((start < 0) | (stop < 0))) {
+ length = strlen(cstring);
+ if (start < 0) {
+ start += length;
+ if (start < 0)
+ start = 0;
+ }
+ if (stop < 0)
+ stop += length;
+ }
+ length = stop - start;
+ if (unlikely(length <= 0))
+ return PyUnicode_FromUnicode(NULL, 0);
+ cstring += start;
+ if (decode_func) {
+ return decode_func(cstring, length, errors);
+ } else {
+ return PyUnicode_Decode(cstring, length, encoding, errors);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyObject *result;
+ ternaryfunc call = func->ob_type->tp_call;
+ if (unlikely(!call))
+ return PyObject_Call(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (unlikely(Py_EnterRecursiveCall((char*)" while calling a Python object")))
+ return NULL;
+#endif
+ result = (*call)(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ Py_LeaveRecursiveCall();
+#endif
+ if (unlikely(!result) && unlikely(!PyErr_Occurred())) {
+ PyErr_SetString(
+ PyExc_SystemError,
+ "NULL result without error in PyObject_Call");
+ }
+ return result;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->curexc_type;
+ tmp_value = tstate->curexc_value;
+ tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = type;
+ tstate->curexc_value = value;
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_Restore(type, value, tb);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->curexc_type;
+ *value = tstate->curexc_value;
+ *tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb,
+ CYTHON_UNUSED PyObject *cause) {
+ Py_XINCREF(type);
+ if (!value || value == Py_None)
+ value = NULL;
+ else
+ Py_INCREF(value);
+ if (!tb || tb == Py_None)
+ tb = NULL;
+ else {
+ Py_INCREF(tb);
+ if (!PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto raise_error;
+ }
+ }
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyClass_Check(type)) {
+ #else
+ if (PyType_Check(type)) {
+ #endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!value) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&type, &value, &tb);
+ } else {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto raise_error;
+ }
+ value = type;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyInstance_Check(type)) {
+ type = (PyObject*) ((PyInstanceObject*)type)->in_class;
+ Py_INCREF(type);
+ } else {
+ type = 0;
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception must be an old-style class or instance");
+ goto raise_error;
+ }
+ #else
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(type);
+ Py_INCREF(type);
+ if (!PyType_IsSubtype((PyTypeObject *)type, (PyTypeObject *)PyExc_BaseException)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto raise_error;
+ }
+ #endif
+ }
+ __Pyx_ErrRestore(type, value, tb);
+ return;
+raise_error:
+ Py_XDECREF(value);
+ Py_XDECREF(type);
+ Py_XDECREF(tb);
+ return;
+}
+#else /* Python 3+ */
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause) {
+ PyObject* owned_instance = NULL;
+ if (tb == Py_None) {
+ tb = 0;
+ } else if (tb && !PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto bad;
+ }
+ if (value == Py_None)
+ value = 0;
+ if (PyExceptionInstance_Check(type)) {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto bad;
+ }
+ value = type;
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ } else if (PyExceptionClass_Check(type)) {
+ PyObject *instance_class = NULL;
+ if (value && PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ instance_class = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ if (instance_class != type) {
+ if (PyObject_IsSubclass(instance_class, type)) {
+ type = instance_class;
+ } else {
+ instance_class = NULL;
+ }
+ }
+ }
+ if (!instance_class) {
+ PyObject *args;
+ if (!value)
+ args = PyTuple_New(0);
+ else if (PyTuple_Check(value)) {
+ Py_INCREF(value);
+ args = value;
+ } else
+ args = PyTuple_Pack(1, value);
+ if (!args)
+ goto bad;
+ owned_instance = PyObject_Call(type, args, NULL);
+ Py_DECREF(args);
+ if (!owned_instance)
+ goto bad;
+ value = owned_instance;
+ if (!PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "calling %R should have returned an instance of "
+ "BaseException, not %R",
+ type, Py_TYPE(value));
+ goto bad;
+ }
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03030000
+ if (cause) {
+#else
+ if (cause && cause != Py_None) {
+#endif
+ PyObject *fixed_cause;
+ if (cause == Py_None) {
+ fixed_cause = NULL;
+ } else if (PyExceptionClass_Check(cause)) {
+ fixed_cause = PyObject_CallObject(cause, NULL);
+ if (fixed_cause == NULL)
+ goto bad;
+ } else if (PyExceptionInstance_Check(cause)) {
+ fixed_cause = cause;
+ Py_INCREF(fixed_cause);
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "exception causes must derive from "
+ "BaseException");
+ goto bad;
+ }
+ PyException_SetCause(value, fixed_cause);
+ }
+ PyErr_SetObject(type, value);
+ if (tb) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ if (tb != tmp_tb) {
+ Py_INCREF(tb);
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+ }
+ }
+bad:
+ Py_XDECREF(owned_instance);
+ return;
+}
+#endif
+
+static void __Pyx_WriteUnraisable(const char *name, CYTHON_UNUSED int clineno,
+ CYTHON_UNUSED int lineno, CYTHON_UNUSED const char *filename,
+ int full_traceback) {
+ PyObject *old_exc, *old_val, *old_tb;
+ PyObject *ctx;
+ __Pyx_ErrFetch(&old_exc, &old_val, &old_tb);
+ if (full_traceback) {
+ Py_XINCREF(old_exc);
+ Py_XINCREF(old_val);
+ Py_XINCREF(old_tb);
+ __Pyx_ErrRestore(old_exc, old_val, old_tb);
+ PyErr_PrintEx(1);
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ ctx = PyString_FromString(name);
+ #else
+ ctx = PyUnicode_FromString(name);
+ #endif
+ __Pyx_ErrRestore(old_exc, old_val, old_tb);
+ if (!ctx) {
+ PyErr_WriteUnraisable(Py_None);
+ } else {
+ PyErr_WriteUnraisable(ctx);
+ Py_DECREF(ctx);
+ }
+}
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(
+ const char* func_name,
+ PyObject* kw_name)
+{
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%U'", func_name, kw_name);
+ #else
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%s'", func_name,
+ PyString_AsString(kw_name));
+ #endif
+}
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(
+ PyObject *kwds,
+ PyObject **argnames[],
+ PyObject *kwds2,
+ PyObject *values[],
+ Py_ssize_t num_pos_args,
+ const char* function_name)
+{
+ PyObject *key = 0, *value = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+ PyObject*** name;
+ PyObject*** first_kw_arg = argnames + num_pos_args;
+ while (PyDict_Next(kwds, &pos, &key, &value)) {
+ name = first_kw_arg;
+ while (*name && (**name != key)) name++;
+ if (*name) {
+ values[name-argnames] = value;
+ continue;
+ }
+ name = first_kw_arg;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyString_CheckExact(key)) || likely(PyString_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ if ((CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**name) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**name, key)) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ if ((**argname == key) || (
+ (CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**argname) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**argname, key))) {
+ goto arg_passed_twice;
+ }
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ #endif
+ if (likely(PyUnicode_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ int cmp = (**name == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**name) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**name, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ int cmp = (**argname == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**argname) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**argname, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) goto arg_passed_twice;
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ goto invalid_keyword_type;
+ if (kwds2) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(kwds2, key, value))) goto bad;
+ } else {
+ goto invalid_keyword;
+ }
+ }
+ return 0;
+arg_passed_twice:
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(function_name, key);
+ goto bad;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ goto bad;
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+bad:
+ return -1;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(
+ const char* func_name,
+ int exact,
+ Py_ssize_t num_min,
+ Py_ssize_t num_max,
+ Py_ssize_t num_found)
+{
+ Py_ssize_t num_expected;
+ const char *more_or_less;
+ if (num_found < num_min) {
+ num_expected = num_min;
+ more_or_less = "at least";
+ } else {
+ num_expected = num_max;
+ more_or_less = "at most";
+ }
+ if (exact) {
+ more_or_less = "exactly";
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes %.8s %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d positional argument%.1s (%" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d given)",
+ func_name, more_or_less, num_expected,
+ (num_expected == 1) ? "" : "s", num_found);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "too many values to unpack (expected %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d)", expected);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "need more than %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d value%.1s to unpack",
+ index, (index == 1) ? "" : "s");
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* exc_type = tstate->curexc_type;
+ if (unlikely(exc_type)) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration) || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration)) {
+ PyObject *exc_value, *exc_tb;
+ exc_value = tstate->curexc_value;
+ exc_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+ Py_DECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_tb);
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred())) {
+ if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_StopIteration))) {
+ PyErr_Clear();
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected) {
+ if (unlikely(retval)) {
+ Py_DECREF(retval);
+ __Pyx_RaiseTooManyValuesError(expected);
+ return -1;
+ } else {
+ return __Pyx_IterFinish();
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x) {
+ if (likely(PyList_CheckExact(L))) {
+ if (unlikely(__Pyx_PyList_Append(L, x) < 0)) return -1;
+ } else {
+ PyObject* retval = __Pyx_PyObject_CallMethod1(L, __pyx_n_s_append, x);
+ if (unlikely(!retval))
+ return -1;
+ Py_DECREF(retval);
+ }
+ return 0;
+}
+
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values) {
+ return PyObject_CallMethodObjArgs(sep, __pyx_n_s_join, values, NULL)
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name) {
+ PyObject *result;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = PyDict_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (result) {
+ Py_INCREF(result);
+ } else {
+#else
+ result = PyObject_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (!result) {
+ PyErr_Clear();
+#endif
+ result = __Pyx_GetBuiltinName(name);
+ }
+ return result;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_CheckKeywordStrings(
+ PyObject *kwdict,
+ const char* function_name,
+ int kw_allowed)
+{
+ PyObject* key = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+#if CPYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!kw_allowed && PyDict_Next(kwdict, &pos, &key, 0))
+ goto invalid_keyword;
+ return 1;
+#else
+ while (PyDict_Next(kwdict, &pos, &key, 0)) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (unlikely(!PyString_CheckExact(key)) && unlikely(!PyString_Check(key)))
+ #endif
+ if (unlikely(!PyUnicode_Check(key)))
+ goto invalid_keyword_type;
+ }
+ if ((!kw_allowed) && unlikely(key))
+ goto invalid_keyword;
+ return 1;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ return 0;
+#endif
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+ if (s1 == s2) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else if (PyBytes_CheckExact(s1) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ const char *ps1, *ps2;
+ Py_ssize_t length = PyBytes_GET_SIZE(s1);
+ if (length != PyBytes_GET_SIZE(s2))
+ return (equals == Py_NE);
+ ps1 = PyBytes_AS_STRING(s1);
+ ps2 = PyBytes_AS_STRING(s2);
+ if (ps1[0] != ps2[0]) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if (length == 1) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else {
+ int result = memcmp(ps1, ps2, (size_t)length);
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if ((s2 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s1)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PyObject* owned_ref = NULL;
+#endif
+ int s1_is_unicode, s2_is_unicode;
+ if (s1 == s2) {
+ goto return_eq;
+ }
+ s1_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s1);
+ s2_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s2);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if ((s1_is_unicode & (!s2_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s2)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s2);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s2 = owned_ref;
+ s2_is_unicode = 1;
+ } else if ((s2_is_unicode & (!s1_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s1)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s1);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s1 = owned_ref;
+ s1_is_unicode = 1;
+ } else if (((!s2_is_unicode) & (!s1_is_unicode))) {
+ return __Pyx_PyBytes_Equals(s1, s2, equals);
+ }
+#endif
+ if (s1_is_unicode & s2_is_unicode) {
+ Py_ssize_t length;
+ int kind;
+ void *data1, *data2;
+ #if CYTHON_PEP393_ENABLED
+ if (unlikely(PyUnicode_READY(s1) < 0) || unlikely(PyUnicode_READY(s2) < 0))
+ return -1;
+ #endif
+ length = __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s1);
+ if (length != __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ kind = __Pyx_PyUnicode_KIND(s1);
+ if (kind != __Pyx_PyUnicode_KIND(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ data1 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s1);
+ data2 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s2);
+ if (__Pyx_PyUnicode_READ(kind, data1, 0) != __Pyx_PyUnicode_READ(kind, data2, 0)) {
+ goto return_ne;
+ } else if (length == 1) {
+ goto return_eq;
+ } else {
+ int result = memcmp(data1, data2, length * kind);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & s2_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else if ((s2 == Py_None) & s1_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+return_eq:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ);
+return_ne:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_NE);
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j) {
+ PyObject *r;
+ if (!j) return NULL;
+ r = PyObject_GetItem(o, j);
+ Py_DECREF(j);
+ return r;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyList_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (is_list || PyList_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || (likely((n >= 0) & (n < PyList_GET_SIZE(o))))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ }
+ else if (PyTuple_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((n >= 0) & (n < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ } else {
+ PySequenceMethods *m = Py_TYPE(o)->tp_as_sequence;
+ if (likely(m && m->sq_item)) {
+ if (wraparound && unlikely(i < 0) && likely(m->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = m->sq_length(o);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ i += l;
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ return NULL;
+ }
+ }
+ return m->sq_item(o, i);
+ }
+ }
+#else
+ if (is_list || PySequence_Check(o)) {
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+ }
+#endif
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+}
+
+static double __Pyx__PyObject_AsDouble(PyObject* obj) {
+ PyObject* float_value;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ float_value = PyNumber_Float(obj);
+#else
+ PyNumberMethods *nb = Py_TYPE(obj)->tp_as_number;
+ if (likely(nb) && likely(nb->nb_float)) {
+ float_value = nb->nb_float(obj);
+ if (likely(float_value) && unlikely(!PyFloat_Check(float_value))) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__float__ returned non-float (type %.200s)",
+ Py_TYPE(float_value)->tp_name);
+ Py_DECREF(float_value);
+ goto bad;
+ }
+ } else if (PyUnicode_CheckExact(obj) || PyBytes_CheckExact(obj)) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ float_value = PyFloat_FromString(obj);
+#else
+ float_value = PyFloat_FromString(obj, 0);
+#endif
+ } else {
+ PyObject* args = PyTuple_New(1);
+ if (unlikely(!args)) goto bad;
+ PyTuple_SET_ITEM(args, 0, obj);
+ float_value = PyObject_Call((PyObject*)&PyFloat_Type, args, 0);
+ PyTuple_SET_ITEM(args, 0, 0);
+ Py_DECREF(args);
+ }
+#endif
+ if (likely(float_value)) {
+ double value = PyFloat_AS_DOUBLE(float_value);
+ Py_DECREF(float_value);
+ return value;
+ }
+bad:
+ return (double)-1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetSlice(
+ PyObject* obj, Py_ssize_t cstart, Py_ssize_t cstop,
+ PyObject** _py_start, PyObject** _py_stop, PyObject** _py_slice,
+ int has_cstart, int has_cstop, CYTHON_UNUSED int wraparound) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyMappingMethods* mp;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PySequenceMethods* ms = Py_TYPE(obj)->tp_as_sequence;
+ if (likely(ms && ms->sq_slice)) {
+ if (!has_cstart) {
+ if (_py_start && (*_py_start != Py_None)) {
+ cstart = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(*_py_start);
+ if ((cstart == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred()) goto bad;
+ } else
+ cstart = 0;
+ }
+ if (!has_cstop) {
+ if (_py_stop && (*_py_stop != Py_None)) {
+ cstop = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(*_py_stop);
+ if ((cstop == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred()) goto bad;
+ } else
+ cstop = PY_SSIZE_T_MAX;
+ }
+ if (wraparound && unlikely((cstart < 0) | (cstop < 0)) && likely(ms->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = ms->sq_length(obj);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ if (cstop < 0) {
+ cstop += l;
+ if (cstop < 0) cstop = 0;
+ }
+ if (cstart < 0) {
+ cstart += l;
+ if (cstart < 0) cstart = 0;
+ }
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ goto bad;
+ }
+ }
+ return ms->sq_slice(obj, cstart, cstop);
+ }
+#endif
+ mp = Py_TYPE(obj)->tp_as_mapping;
+ if (likely(mp && mp->mp_subscript))
+#endif
+ {
+ PyObject* result;
+ PyObject *py_slice, *py_start, *py_stop;
+ if (_py_slice) {
+ py_slice = *_py_slice;
+ } else {
+ PyObject* owned_start = NULL;
+ PyObject* owned_stop = NULL;
+ if (_py_start) {
+ py_start = *_py_start;
+ } else {
+ if (has_cstart) {
+ owned_start = py_start = PyInt_FromSsize_t(cstart);
+ if (unlikely(!py_start)) goto bad;
+ } else
+ py_start = Py_None;
+ }
+ if (_py_stop) {
+ py_stop = *_py_stop;
+ } else {
+ if (has_cstop) {
+ owned_stop = py_stop = PyInt_FromSsize_t(cstop);
+ if (unlikely(!py_stop)) {
+ Py_XDECREF(owned_start);
+ goto bad;
+ }
+ } else
+ py_stop = Py_None;
+ }
+ py_slice = PySlice_New(py_start, py_stop, Py_None);
+ Py_XDECREF(owned_start);
+ Py_XDECREF(owned_stop);
+ if (unlikely(!py_slice)) goto bad;
+ }
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = mp->mp_subscript(obj, py_slice);
+#else
+ result = PyObject_GetItem(obj, py_slice);
+#endif
+ if (!_py_slice) {
+ Py_DECREF(py_slice);
+ }
+ return result;
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "'%.200s' object is unsliceable", Py_TYPE(obj)->tp_name);
+bad:
+ return NULL;
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_crop_slice(Py_ssize_t* _start, Py_ssize_t* _stop, Py_ssize_t* _length) {
+ Py_ssize_t start = *_start, stop = *_stop, length = *_length;
+ if (start < 0) {
+ start += length;
+ if (start < 0)
+ start = 0;
+ }
+ if (stop < 0)
+ stop += length;
+ else if (stop > length)
+ stop = length;
+ *_length = stop - start;
+ *_start = start;
+ *_stop = stop;
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_copy_object_array(PyObject** CYTHON_RESTRICT src, PyObject** CYTHON_RESTRICT dest, Py_ssize_t length) {
+ PyObject *v;
+ Py_ssize_t i;
+ for (i = 0; i < length; i++) {
+ v = dest[i] = src[i];
+ Py_INCREF(v);
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyList_GetSlice(
+ PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop) {
+ PyObject* dest;
+ Py_ssize_t length = PyList_GET_SIZE(src);
+ __Pyx_crop_slice(&start, &stop, &length);
+ if (unlikely(length <= 0))
+ return PyList_New(0);
+ dest = PyList_New(length);
+ if (unlikely(!dest))
+ return NULL;
+ __Pyx_copy_object_array(
+ ((PyListObject*)src)->ob_item + start,
+ ((PyListObject*)dest)->ob_item,
+ length);
+ return dest;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyTuple_GetSlice(
+ PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop) {
+ PyObject* dest;
+ Py_ssize_t length = PyTuple_GET_SIZE(src);
+ __Pyx_crop_slice(&start, &stop, &length);
+ if (unlikely(length <= 0))
+ return PyTuple_New(0);
+ dest = PyTuple_New(length);
+ if (unlikely(!dest))
+ return NULL;
+ __Pyx_copy_object_array(
+ ((PyTupleObject*)src)->ob_item + start,
+ ((PyTupleObject*)dest)->ob_item,
+ length);
+ return dest;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->exc_type;
+ *value = tstate->exc_value;
+ *tb = tstate->exc_traceback;
+ Py_XINCREF(*type);
+ Py_XINCREF(*value);
+ Py_XINCREF(*tb);
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = type;
+ tstate->exc_value = value;
+ tstate->exc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable) {
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ PyObject *ob = PyCapsule_New(vtable, 0, 0);
+#else
+ PyObject *ob = PyCObject_FromVoidPtr(vtable, 0);
+#endif
+ if (!ob)
+ goto bad;
+ if (PyDict_SetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable, ob) < 0)
+ goto bad;
+ Py_DECREF(ob);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return -1;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE uint32_t __Pyx_PyInt_As_uint32_t(PyObject *x) {
+ const uint32_t neg_one = (uint32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(uint32_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint32_t");
+ return (uint32_t) -1;
+ }
+ return (uint32_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (uint32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint32_t");
+ return (uint32_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(uint32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(uint32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ uint32_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (uint32_t) -1;
+ }
+ } else {
+ uint32_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (uint32_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint32_t(uint32_t value) {
+ const uint32_t neg_one = (uint32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(uint32_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(uint32_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/pysam/VCF.py.obsolete b/pysam/VCF.py.obsolete
deleted file mode 100644
index 78e6220..0000000
--- a/pysam/VCF.py.obsolete
+++ /dev/null
@@ -1,1087 +0,0 @@
-#
-# Code to read, write and edit VCF files
-#
-# VCF lines are encoded as a dictionary with these keys (note: all lowercase):
-# 'chrom': string
-# 'pos': integer
-# 'id': string
-# 'ref': string
-# 'alt': list of strings
-# 'qual': integer
-# 'filter': None (missing value), or list of keys (strings); empty list parsed as ["PASS"]
-# 'info': dictionary of values (see below)
-# 'format': list of keys (strings)
-# sample keys: dictionary of values (see below)
-#
-# The sample keys are accessible through vcf.getsamples()
-#
-# A dictionary of values contains value keys (defined in ##INFO or ##FORMAT lines) which map
-# to a list, containign integers, floats, strings, or characters. Missing values are replaced
-# by a particular value, often -1 or .
-#
-# Genotypes are not stored as a string, but as a list of 1 or 3 elements (for haploid and diploid samples),
-# the first (and last) the integer representing an allele, and the second the separation character.
-# Note that there is just one genotype per sample, but for consistency the single element is stored in a list.
-#
-# Header lines other than ##INFO, ##FORMAT and ##FILTER are stored as (key, value) pairs and are accessible
-# through getheader()
-#
-# The VCF class can be instantiated with a 'regions' variable consisting of tuples (chrom,start,end) encoding
-# 0-based half-open segments. Only variants with a position inside the segment will be parsed. A regions
-# parser is available under parse_regions.
-#
-# When instantiated, a reference can be passed to the VCF class. This may be any class that supports a
-# fetch(chrom, start, end) method.
-#
-#
-#
-# NOTE: the position that is returned to Python is 0-based, NOT 1-based as in the VCF file.
-#
-#
-#
-# TODO:
-# only v4.0 writing is complete; alleles are not converted to v3.3 format
-#
-
-from collections import namedtuple, defaultdict
-from operator import itemgetter
-import sys, re, copy, bisect
-
-import pysam
-
-gtsRegEx = re.compile("[|/\\\\]")
-alleleRegEx = re.compile('^[ACGTN]+$')
-
-# Utility function. Uses 0-based coordinates
-def get_sequence(chrom, start, end, fa):
- # obtain sequence from .fa file, without truncation
- if end<=start: return ""
- if not fa: return "N"*(end-start)
- if start<0: return "N"*(-start) + get_sequence(chrom, 0, end, fa).upper()
- sequence = fa.fetch(chrom, start, end).upper()
- if len(sequence) < end-start: sequence += "N"*(end-start-len(sequence))
- return sequence
-
-# Utility function. Parses a region string
-def parse_regions( string ):
- result = []
- for r in string.split(','):
- elts = r.split(':')
- chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000
- if len(elts)==1: pass
- elif len(elts)==2:
- if len(elts[1])>0:
- ielts = elts[1].split('-')
- if len(ielts) != 2: ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
- try: start, end = int(ielts[0])-1, int(ielts[1])
- except: raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
- else:
- raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
- result.append( (chrom,start,end) )
- return result
-
-
-FORMAT = namedtuple('FORMAT','id numbertype number type description missingvalue')
-
-###########################################################################################################
-#
-# New class
-#
-###########################################################################################################
-
-class VCFRecord(object):
- '''vcf record.
-
- initialized from data and vcf meta
- '''
-
- data = None
- vcf = None
-
- def __init__(self, data, vcf):
- self.data, self.vcf = data, vcf
-
- if len(data) != len(self.vcf._samples):
- self.error(str(data),
- self.BAD_NUMBER_OF_COLUMNS,
- "expected %s for %s samples (%s), got %s" % \
- (len(self.vcf._samples),
- len(self.vcf._samples),
- self.vcf._samples,
- len(data)))
-
- property contig:
- def __get__( self ): return self.data[0]
-
- property pos:
- def __get__( self ):
- return self.data.pos
-
- property id:
- def __get__( self ): return self.data[2]
-
- property ref:
- def __get__(self ):
- # note: gerton substitutes reference if it can be fixed.
- return self.data[3].upper()
-
- property alt:
- def __get__(self):
- # convert v3.3 to v4.0 alleles below
- alt = self.data[4]
- if alt == ".": alt = []
- else: alt = alt.upper().split(',')
- return alt
-
- property qual:
- def __get__(self):
- qual = self.data[5]
- if qual == ".": qual = -1
- else:
- try: qual = float(qual)
- except: self.error(line,self.QUAL_NOT_NUMERICAL)
-
- property filter:
- def __get__(self):
- # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
- if cols[6] == "." or cols[6] == "PASS" or cols[6] == "0": filter = []
- else: filter = cols[6].split(';')
-
- return filter
-
- property info:
- def __get__(self):
- col = self.data[7]
- # dictionary of keys, and list of values
- info = {}
- if col != ".":
- for blurp in col.split(';'):
- elts = blurp.split('=')
- if len(elts) == 1: v = None
- elif len(elts) == 2: v = elts[1]
- else: self.error(str(self.data),self.ERROR_INFO_STRING)
- info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0], v, self.vcf._info, line)
- return info
-
- property format:
- def __get__(self):
- return self.data[8].split(':')
-
- def __getitem__(self, key):
-
- # parse sample columns
- values = self.data[self.vcf._sample2column[key]].split(':')
- alt = self.alt
- format = self.format
-
- if len(values) > len(format):
- self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format)))
-
- result = {}
- for idx in range(len(format)):
- expected = self.vcf.get_expected(format[idx], self.vcf._format, alt)
- if idx < len(values): value = values[idx]
- else:
- if expected == -1: value = "."
- else: value = ",".join(["."]*expected)
-
- result[format[idx]] = self.vcf.parse_formatdata(format[idx], value, self.vcf._format, line)
- if expected != -1 and len(result[format[idx]]) != expected:
- self.error(str(self.data),self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
- "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,result[format[idx]]))
- if len(result[format[idx]] ) < expected: result[format[idx]] += [result[format[idx]][-1]]*(expected-len(result[format[idx]]))
- result[format[idx]] = result[format[idx]][:expected]
-
- return result
-
- def __str__(self):
- return str(self.data)
-
-class VCF:
-
- # types
- NT_UNKNOWN = 0
- NT_NUMBER = 1
- NT_ALLELES = 2
- NT_NR_ALLELES = 3
- NT_GENOTYPES = 4
- NT_PHASED_GENOTYPES = 5
-
- _errors = { 0:"UNKNOWN_FORMAT_STRING:Unknown file format identifier",
- 1:"BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING:Formatting error in the format string",
- 2:"BADLY_FORMATTED_HEADING:Did not find 9 required headings (CHROM, POS, ..., FORMAT) %s",
- 3:"BAD_NUMBER_OF_COLUMNS:Wrong number of columns found (%s)",
- 4:"POS_NOT_NUMERICAL:Position column is not numerical",
- 5:"UNKNOWN_CHAR_IN_REF:Unknown character in reference field",
- 6:"V33_BAD_REF:Reference should be single-character in v3.3 VCF",
- 7:"V33_BAD_ALLELE:Cannot interpret allele for v3.3 VCF",
- 8:"POS_NOT_POSITIVE:Position field must be >0",
- 9:"QUAL_NOT_NUMERICAL:Quality field must be numerical, or '.'",
- 10:"ERROR_INFO_STRING:Error while parsing info field",
- 11:"ERROR_UNKNOWN_KEY:Unknown key (%s) found in formatted field (info; format; or filter)",
- 12:"ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL:Expected integer or float in formatted field; got %s",
- 13:"ERROR_FORMAT_NOT_CHAR:Eexpected character in formatted field; got string",
- 14:"FILTER_NOT_DEFINED:Identifier (%s) in filter found which was not defined in header",
- 15:"FORMAT_NOT_DEFINED:Identifier (%s) in format found which was not defined in header",
- 16:"BAD_NUMBER_OF_VALUES:Found too many of values in sample column (%s)",
- 17:"BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS:Found unexpected number of parameters (%s)",
- 18:"BAD_GENOTYPE:Cannot parse genotype (%s)",
- 19:"V40_BAD_ALLELE:Bad allele found for v4.0 VCF (%s)",
- 20:"MISSING_REF:Reference allele missing",
- 21:"V33_UNMATCHED_DELETION:Deleted sequence does not match reference (%s)",
- 22:"V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS:Format definition is not deliminted by angular brackets",
- 23:"FORMAT_MISSING_QUOTES:Description field in format definition is not surrounded by quotes",
- 24:"V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS:Fields in v4.0 VCF format definition must have named fields",
- 25:"HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS:Heading line appears separated by spaces, not tabs",
- 26:"WRONG_REF:Wrong reference %s",
- 27:"ERROR_TRAILING_DATA:Numerical field ('%s') has semicolon-separated trailing data",
- 28:"BAD_CHR_TAG:Error calculating chr tag for %s",
- 29:"ZERO_LENGTH_ALLELE:Found zero-length allele",
- 30:"MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE:Indel alleles must begin with single reference base"
- }
-
- # tag-value pairs; tags are not unique; does not include fileformat, INFO, FILTER or FORMAT fields
- _header = []
-
- # version number; 33=v3.3; 40=v4.0
- _version = 40
-
- # info, filter and format data
- _info = {}
- _filter = {}
- _format = {}
-
- # header; and required columns
- _required = ["CHROM","POS","ID","REF","ALT","QUAL","FILTER","INFO","FORMAT"]
- _samples = []
-
- # control behaviour
- _ignored_errors = set([11]) # ERROR_UNKNOWN_KEY
- _warn_errors = set([])
- _leftalign = False
-
- # reference sequence
- _reference = None
-
- # regions to include; None includes everything
- _regions = None
-
- # statefull stuff
- _lineno = -1
- _line = None
- _lines = None
-
- def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None, lines=None, leftalign=False):
- # make error identifiers accessible by name
- for id in self._errors.keys(): self.__dict__[self._errors[id].split(':')[0]] = id
- if _copy != None:
- self._leftalign = _copy._leftalign
- self._header = _copy._header[:]
- self._version = _copy._version
- self._info = copy.deepcopy(_copy._info)
- self._filter = copy.deepcopy(_copy._filter)
- self._format = copy.deepcopy(_copy._format)
- self._samples = _copy._samples[:]
- self._sample2column = copy.deepcopy(_copy._sample2column)
- self._ignored_errors = copy.deepcopy(_copy._ignored_errors)
- self._warn_errors = copy.deepcopy(_copy._warn_errors)
- self._reference = _copy._reference
- self._regions = _copy._regions
- if reference: self._reference = reference
- if regions: self._regions = regions
- if leftalign: self._leftalign = leftalign
- self._lines = lines
-
- def error(self,line,error,opt=None):
- if error in self._ignored_errors: return
- errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
- if opt: errorstring = errorstring % opt
- errwarn = ["Error","Warning"][error in self._warn_errors]
- sys.stderr.write("Line %s: '%s'\n%s %s: %s\n" % (self._lineno,line,errwarn,errorlabel,errorstring))
- if error in self._warn_errors: return
- raise ValueError(errorstring)
-
- def parse_format(self,line,format,filter=False):
- if self._version >= 40:
- if not format.startswith('<'):
- self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
- format = "<"+format
- if not format.endswith('>'):
- self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
- format += ">"
- format = format[1:-1]
- data = {'id':None,'number':None,'type':None,'descr':None}
- idx = 0
- while len(format.strip())>0:
- elts = format.strip().split(',')
- first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:])
- if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')):
- if self._version >= 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS)
- if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
- first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first
- if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1]
- elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
- elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
- elif first.startswith('Description='):
- elts = format.split('"')
- if len(elts)<3:
- self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES)
- elts = first.split('=') + [rest]
- data['descr'] = elts[1]
- rest = '"'.join(elts[2:])
- if rest.startswith(','): rest = rest[1:]
- else:
- self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
- format = rest
- idx += 1
- if filter and idx==1: idx=3 # skip number and type fields for FILTER format strings
- if not data['id']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
- if not data['descr']:
- self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
- data['descr'] = '<none>'
- if not data['type'] and not data['number']:
- # fine, ##filter format
- return FORMAT(data['id'],self.NT_NUMBER,0,"Flag",data['descr'],'.')
- if not data['type'] in ["Integer","Float","Character","String","Flag"]:
- self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
- # I would like a missing-value field, but it isn't there
- if data['type'] in ['Integer','Float']: data['missing'] = None # Do NOT use arbitrary int/float as missing value
- else: data['missing'] = '.'
- if not data['number']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
- try:
- n = int(data['number'])
- t = self.NT_NUMBER
- except ValueError:
- n = -1
- if data['number'] == '.': t = self.NT_UNKNOWN
- elif data['number'] == '#alleles': t = self.NT_ALLELES
- elif data['number'] == '#nonref_alleles': t = self.NT_NR_ALLELES
- elif data['number'] == '#genotypes': t = self.NT_GENOTYPES
- elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES
- else:
- self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
- return FORMAT(data['id'],t,n,data['type'],data['descr'],data['missing'])
-
-
- def format_format( self, fmt, filter=False ):
- values = [('ID',fmt.id)]
- if fmt.number != None and not filter:
- if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: nmb = "."
- elif fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: nmb = str(fmt.number)
- elif fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: nmb = "#alleles"
- elif fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: nmb = "#nonref_alleles"
- elif fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: nmb = "#genotypes"
- elif fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: nmb = "#phased_genotypes"
- else:
- raise ValueError("Unknown number type encountered: %s" % fmt.numbertype)
- values.append( ('Number',nmb) )
- values.append( ('Type', fmt.type) )
- values.append( ('Description', '"' + fmt.description + '"') )
- if self._version == 33:
- format = ",".join(v for k,v in values)
- else:
- format = "<" + (",".join( "%s=%s" % (k,v) for (k,v) in values )) + ">"
- return format
-
- def get_expected(self, format, formatdict, alt):
- fmt = formatdict[format]
- if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
- if fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: return fmt.number
- if fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: return len(alt)+1
- if fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: return len(alt)
- if fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: return ((len(alt)+1)*(len(alt)+2)) // 2
- if fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: return (len(alt)+1)*(len(alt)+1)
- return 0
-
-
- def _add_definition(self, formatdict, key, data, line ):
- if key in formatdict: return
- self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
- if data == None:
- formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_NUMBER,0,"Flag","(Undefined tag)",".")
- return
- if data == []: data = [""] # unsure what type -- say string
- if type(data[0]) == type(0.0):
- formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Float","(Undefined tag)",None)
- return
- if type(data[0]) == type(0):
- formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Integer","(Undefined tag)",None)
- return
- formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"String","(Undefined tag)",".")
-
-
- # todo: trim trailing missing values
- def format_formatdata( self, data, format, key=True, value=True, separator=":" ):
- output, sdata = [], []
- if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
- d = {}
- for k in data: d[k] = []
- data = d
- # convert missing values; and silently add definitions if required
- for k in data:
- self._add_definition( format, k, data[k], "(output)" )
- for idx,v in enumerate(data[k]):
- if v == format[k].missingvalue: data[k][idx] = "."
- # make sure GT comes first; and ensure fixed ordering; also convert GT data back to string
- for k in data:
- if k != 'GT': sdata.append( (k,data[k]) )
- sdata.sort()
- if 'GT' in data:
- sdata = [('GT',map(self.convertGTback,data['GT']))] + sdata
- for k,v in sdata:
- if v == []: v = None
- if key and value:
- if v != None: output.append( k+"="+','.join(map(str,v)) )
- else: output.append( k )
- elif key: output.append(k)
- elif value:
- if v != None: output.append( ','.join(map(str,v)) )
- else: output.append( "." ) # should not happen
- # snip off trailing missing data
- while len(output) > 1:
- last = output[-1].replace(',','').replace('.','')
- if len(last)>0: break
- output = output[:-1]
- return separator.join(output)
-
-
- def enter_default_format(self):
- for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'),
- FORMAT('GQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Genotype Quality',-1),
- FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
- FORMAT('HQ',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Haplotype Quality',-1), # unknown number, since may be haploid
- FORMAT('FT',self.NT_NUMBER,1,'String','Sample Genotype Filter','.')]:
- if f.id not in self._format:
- self._format[f.id] = f
-
- def parse_header( self, line ):
- assert line.startswith('##')
- elts = line[2:].split('=')
- key = elts[0].strip()
- value = '='.join(elts[1:]).strip()
- if key == "fileformat":
- if value == "VCFv3.3":
- self._version = 33
- elif value == "VCFv4.0":
- self._version = 40
- elif value == "VCFv4.1":
- self._version = 41
- else:
- self.error(line,self.UNKNOWN_FORMAT_STRING)
- elif key == "INFO":
- f = self.parse_format(line, value)
- self._info[ f.id ] = f
- elif key == "FILTER":
- f = self.parse_format(line, value, filter=True)
- self._filter[ f.id ] = f
- elif key == "FORMAT":
- f = self.parse_format(line, value)
- self._format[ f.id ] = f
- else:
- # keep other keys in the header field
- self._header.append( (key,value) )
-
-
- def write_header( self, stream ):
- stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10))
- for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
- for var,label in [(self._info,"INFO"),(self._filter,"FILTER"),(self._format,"FORMAT")]:
- for f in var.itervalues(): stream.write("##%s=%s\n" % (label,self.format_format(f,filter=(label=="FILTER"))))
-
-
- def parse_heading( self, line ):
- assert line.startswith('#')
- assert not line.startswith('##')
- headings = line[1:].split('\t')
- if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 9:
- self.error(line,self.HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS)
- headings = line[1:].split()
-
- for i,s in enumerate(self._required):
-
- if len(headings)<=i or headings[i] != s:
-
- if len(headings) <= i:
- err = "(%sth entry not found)" % (i+1)
- else:
- err = "(found %s, expected %s)" % (headings[i],s)
-
- #self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err)
-
- # allow FORMAT column to be absent
- if len(headings) == 8:
- headings.append("FORMAT")
- else:
- self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err)
-
- self._samples = headings[9:]
- self._sample2column = dict( [(y,x) for x,y in enumerate( self._samples ) ] )
-
- def write_heading( self, stream ):
- stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
-
- def convertGT(self, GTstring):
- if GTstring == ".": return ["."]
- try:
- gts = gtsRegEx.split(GTstring)
- if len(gts) == 1: return [int(gts[0])]
- if len(gts) != 2: raise ValueError()
- if gts[0] == "." and gts[1] == ".": return [gts[0],GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],gts[1]]
- return [int(gts[0]),GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],int(gts[1])]
- except ValueError:
- self.error(self._line,self.BAD_GENOTYPE,GTstring)
- return [".","|","."]
-
-
- def convertGTback(self, GTdata):
- return ''.join(map(str,GTdata))
-
- def parse_formatdata( self, key, value, formatdict, line ):
- # To do: check that the right number of values is present
- f = formatdict.get(key,None)
- if f == None:
- self._add_definition(formatdict, key, value, line )
- f = formatdict[key]
- if f.type == "Flag":
- if value is not None: self.error(line,self.ERROR_FLAG_HAS_VALUE)
- return []
- values = value.split(',')
- # deal with trailing data in some early VCF files
- if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1:
- self.error(line,self.ERROR_TRAILING_DATA,values[-1])
- values[-1] = values[-1].split(';')[0]
- if f.type == "Integer":
- for idx,v in enumerate(values):
- try:
- if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
- else: values[idx] = int(v)
- except:
- self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL,values)
- return [0] * len(values)
- return values
- elif f.type == "String":
- self._line = line
- if f.id == "GT": values = map( self.convertGT, values )
- return values
- elif f.type == "Character":
- for v in values:
- if len(v) != 1: self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_CHAR)
- return values
- elif f.type == "Float":
- for idx,v in enumerate(values):
- if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
- try: return map(float,values)
- except:
- self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL,values)
- return [0.0] * len(values)
- else:
- # can't happen
- self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
-
-
- def inregion(self, chrom, pos):
- if not self._regions: return True
- for r in self._regions:
- if r[0] == chrom and r[1] <= pos < r[2]: return True
- return False
-
-
- def parse_data( self, line, lineparse=False ):
- cols = line.split('\t')
- if len(cols) != len(self._samples)+9:
- # gracefully deal with absent FORMAT column
- if len(cols) == 8 and len(self._samples)==0:
- cols.append("")
- else:
- self.error(line,
- self.BAD_NUMBER_OF_COLUMNS,
- "expected %s for %s samples (%s), got %s" % (len(self._samples)+9, len(self._samples), self._samples, len(cols)))
-
- chrom = cols[0]
-
- # get 0-based position
- try: pos = int(cols[1])-1
- except: self.error(line,self.POS_NOT_NUMERICAL)
- if pos < 0: self.error(line,self.POS_NOT_POSITIVE)
-
- # implement filtering
- if not self.inregion(chrom,pos): return None
-
- # end of first-pass parse for sortedVCF
- if lineparse: return chrom, pos, line
-
- id = cols[2]
-
- ref = cols[3].upper()
- if ref == ".":
- self.error(line,self.MISSING_REF)
- if self._version == 33: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+1,self._reference)
- else: ref = ""
- else:
- for c in ref:
- if c not in "ACGTN": self.error(line,self.UNKNOWN_CHAR_IN_REF)
- if "N" in ref: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+len(ref),self._reference)
-
- # make sure reference is sane
- if self._reference:
- left = max(0,pos-100)
- faref_leftflank = get_sequence(chrom,left,pos+len(ref),self._reference)
- faref = faref_leftflank[pos-left:]
- if faref != ref: self.error(line,self.WRONG_REF,"(reference is %s, VCF says %s)" % (faref,ref))
- ref = faref
-
- # convert v3.3 to v4.0 alleles below
- if cols[4] == ".": alt = []
- else: alt = cols[4].upper().split(',')
-
- if cols[5] == ".": qual = -1
- else:
- try: qual = float(cols[5])
- except: self.error(line,self.QUAL_NOT_NUMERICAL)
-
- # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
- if cols[6] == "." or cols[6] == "PASS" or cols[6] == "0": filter = []
- else: filter = cols[6].split(';')
-
- # dictionary of keys, and list of values
- info = {}
- if cols[7] != ".":
- for blurp in cols[7].split(';'):
- elts = blurp.split('=')
- if len(elts) == 1: v = None
- elif len(elts) == 2: v = elts[1]
- else: self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
- info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0], v, self._info, line)
-
- # Gracefully deal with absent FORMAT column
- if cols[8] == "": format = []
- else: format = cols[8].split(':')
-
- # check: all filters are defined
- for f in filter:
- if f not in self._filter: self.error(line,self.FILTER_NOT_DEFINED, f)
-
- # check: format fields are defined
- for f in format:
- if f not in self._format: self.error(line,self.FORMAT_NOT_DEFINED, f)
-
- # convert v3.3 alleles
- if self._version == 33:
- if len(ref) != 1: self.error(line,self.V33_BAD_REF)
- newalts = []
- have_deletions = False
- for a in alt:
- if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
- elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
- elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
- have_deletions = True
- try:
- l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence
- if len(ref) < l: # add to reference if necessary
- addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference)
- ref += addns
- for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
- a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l
- except ValueError:
- s = a[1:]
- if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary
- addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
- if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns):
- self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION,
- "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference)))
- ref += addns
- for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
- a = ref[len(s):] # new deletion, deleting from pos
- else:
- self.error(line,self.V33_BAD_ALLELE)
- newalts.append(a)
- alt = newalts
- # deletion alleles exist, add dummy 1st reference allele, and account for leading base
- if have_deletions:
- if pos == 0:
- # Petr Danacek's: we can't have a leading nucleotide at (1-based) position 1
- addn = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(ref)+1,self._reference)
- ref += addn
- alt = [allele+addn for allele in alt]
- else:
- addn = get_sequence(chrom,pos-1,pos,self._reference)
- ref = addn + ref
- alt = [addn + allele for allele in alt]
- pos -= 1
- else:
- # format v4.0 -- just check for nucleotides
- for allele in alt:
- if not alleleRegEx.match(allele):
- self.error(line,self.V40_BAD_ALLELE,allele)
-
- # check for leading nucleotide in indel calls
- for allele in alt:
- if len(allele) != len(ref):
- if len(allele) == 0: self.error(line,self.ZERO_LENGTH_ALLELE)
- if ref[0].upper() != allele[0].upper() and "N" not in (ref[0]+allele[0]).upper():
- self.error(line,self.MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE)
-
- # trim trailing bases in alleles
- for i in range(1,min(len(ref),min(map(len,alt)))):
- if len(set(allele[-1].upper() for allele in alt)) > 1 or ref[-1].upper() != alt[0][-1].upper():
- break
- ref, alt = ref[:-1], [allele[:-1] for allele in alt]
-
- # left-align alleles, if a reference is available
- if self._leftalign and self._reference:
- while left < pos:
- movable = True
- for allele in alt:
- if len(allele) > len(ref):
- longest, shortest = allele, ref
- else:
- longest, shortest = ref, allele
- if len(longest) == len(shortest) or longest[:len(shortest)].upper() != shortest.upper():
- movable = False
- if longest[-1].upper() != longest[len(shortest)-1].upper():
- movable = False
- if not movable:
- break
- ref = ref[:-1]
- alt = [allele[:-1] for allele in alt]
- if min(len(allele) for allele in alt) == 0 or len(ref) == 0:
- ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref
- alt = [faref_leftflank[pos-left-1] + allele for allele in alt]
- pos -= 1
-
- # parse sample columns
- samples = []
- for sample in cols[9:]:
- dict = {}
- values = sample.split(':')
- if len(values) > len(format):
- self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format)))
- for idx in range(len(format)):
- expected = self.get_expected(format[idx], self._format, alt)
- if idx < len(values): value = values[idx]
- else:
- if expected == -1: value = "."
- else: value = ",".join(["."]*expected)
- dict[format[idx]] = self.parse_formatdata(format[idx], value, self._format, line)
- if expected != -1 and len(dict[format[idx]]) != expected:
- self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
- "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,dict[format[idx]]))
- if len(dict[format[idx]] ) < expected: dict[format[idx]] += [dict[format[idx]][-1]]*(expected-len(dict[format[idx]]))
- dict[format[idx]] = dict[format[idx]][:expected]
- samples.append( dict )
-
- # done
- d = {'chrom':chrom,
- 'pos':pos, # return 0-based position
- 'id':id,
- 'ref':ref,
- 'alt':alt,
- 'qual':qual,
- 'filter':filter,
- 'info':info,
- 'format':format}
- for key,value in zip(self._samples,samples):
- d[key] = value
-
- return d
-
-
- def write_data(self, stream, data):
- required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples
- for k in required:
- if k not in data: raise ValueError("Required key %s not found in data" % str(k))
- if data['alt'] == []: alt = "."
- else: alt = ",".join(data['alt'])
- if data['filter'] == None: filter = "."
- elif data['filter'] == []:
- if self._version == 33: filter = "0"
- else: filter = "PASS"
- else: filter = ';'.join(data['filter'])
- if data['qual'] == -1: qual = "."
- else: qual = str(data['qual'])
-
- output = [data['chrom'],
- str(data['pos']+1), # change to 1-based position
- data['id'],
- data['ref'],
- alt,
- qual,
- filter,
- self.format_formatdata( data['info'], self._info, separator=";" ),
- self.format_formatdata( data['format'], self._format, value=False ) ]
-
- for s in self._samples:
- output.append( self.format_formatdata( data[s], self._format, key=False ) )
-
- stream.write( "\t".join(output) + "\n" )
-
- def _parse_header(self, stream):
- self._lineno = 0
- for line in stream:
- self._lineno += 1
- if line.startswith('##'):
- self.parse_header( line.strip() )
- elif line.startswith('#'):
- self.parse_heading( line.strip() )
- self.enter_default_format()
- else:
- break
- return line
-
- def _parse(self, line, stream):
- if len(line.strip()) > 0:
- d = self.parse_data( line.strip() )
- if d: yield d
- for line in stream:
- self._lineno += 1
- if self._lines and self._lineno > self._lines: raise StopIteration
- d = self.parse_data( line.strip() )
- if d: yield d
-
- ######################################################################################################
- #
- # API follows
- #
- ######################################################################################################
-
- def getsamples(self):
- """ List of samples in VCF file """
- return self._samples
-
- def setsamples(self,samples):
- """ List of samples in VCF file """
- self._samples = samples
-
- def getheader(self):
- """ List of header key-value pairs (strings) """
- return self._header
-
- def setheader(self,header):
- """ List of header key-value pairs (strings) """
- self._header = header
-
- def getinfo(self):
- """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
- return self._info
-
- def setinfo(self,info):
- """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
- self._info = info
-
- def getformat(self):
- """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
- return self._format
-
- def setformat(self,format):
- """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
- self._format = format
-
- def getfilter(self):
- """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
- return self._filter
-
- def setfilter(self,filter):
- """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
- self._filter = filter
-
- def setversion(self, version):
- if version not in [33,40,41]: raise ValueError("Can only handle v3.3, v4.0 and v4.1 VCF files")
- self._version = version
-
- def setregions(self, regions):
- self._regions = regions
-
- def setreference(self, ref):
- """ Provide a reference sequence; a Python class supporting a fetch(chromosome, start, end) method, e.g. PySam.FastaFile """
- self._reference = ref
-
- def ignoreerror(self, errorstring):
- try: self._ignored_errors.add(self.__dict__[errorstring])
- except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
-
- def warnerror(self, errorstring):
- try: self._warn_errors.add(self.__dict__[errorstring])
- except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
-
- def parse(self, stream):
- """ Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator """
- last_line = self._parse_header(stream)
- # now return a generator that does the actual work. In this way the pre-processing is done
- # before the first piece of data is yielded
- return self._parse(last_line, stream)
-
- def write(self, stream, datagenerator):
- """ Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) """
- self.write_header(stream)
- self.write_heading(stream)
- for data in datagenerator: self.write_data(stream,data)
-
- def writeheader(self, stream):
- """ Writes a VCF header """
- self.write_header(stream)
- self.write_heading(stream)
-
- def compare_calls(self, pos1, ref1, alt1, pos2, ref2, alt2):
- """ Utility function: compares two calls for equality """
- # a variant should always be assigned to a unique position, one base before
- # the leftmost position of the alignment gap. If this rule is implemented
- # correctly, the two positions must be equal for the calls to be identical.
- if pos1 != pos2: return False
- # from both calls, trim rightmost bases when identical. Do this safely, i.e.
- # only when the reference bases are not Ns
- while len(ref1)>0 and len(alt1)>0 and ref1[-1] == alt1[-1]:
- ref1 = ref1[:-1]
- alt1 = alt1[:-1]
- while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
- ref2 = ref2[:-1]
- alt2 = alt2[:-1]
- # now, the alternative alleles must be identical
- return alt1 == alt2
-
-###########################################################################################################
-###########################################################################################################
-## API functions added by Andreas
-###########################################################################################################
-
- def connect( self, filename ):
- '''connect to tabix file.'''
- self.tabixfile = pysam.Tabixfile( filename )
- self._parse_header(self.tabixfile.header)
-
- def fetch(self,
- reference = None,
- start = None,
- end = None,
- region = None ):
- """ Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator """
-
- iter = self.tabixfile.fetch( reference, start, end, region, parser = pysam.asVCF() )
- for x in iter:
- yield VCFRecord( x, self )
-
- def validate( self, record ):
- '''validate vcf record.
-
- returns a validated record.
- '''
-
- chrom, pos = record.chrom, record.pos
-
- # check reference
- ref = record.ref
- if ref == ".":
- self.error(str(record),self.MISSING_REF)
- if self._version == 33: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+1,self._reference)
- else: ref = ""
- else:
- for c in ref:
- if c not in "ACGTN": self.error(str(record),self.UNKNOWN_CHAR_IN_REF)
- if "N" in ref: ref = get_sequence(chrom,
- pos,
- pos+len(ref),
- self._reference)
-
- # make sure reference is sane
- if self._reference:
- left = max(0,self.pos-100)
- faref_leftflank = get_sequence(chrom,left,self.pos+len(ref),self._reference)
- faref = faref_leftflank[pos-left:]
- if faref != ref: self.error(line,self.WRONG_REF,"(reference is %s, VCF says %s)" % (faref,ref))
- ref = faref
-
- # check: format fields are defined
- for f in record.format:
- if f not in self._format: self.error(str(record),self.FORMAT_NOT_DEFINED, f)
-
- # check: all filters are defined
- for f in record.filter:
- if f not in self._filter: self.error(str(record),self.FILTER_NOT_DEFINED, f)
-
- # convert v3.3 alleles
- if self._version == 33:
- if len(ref) != 1: self.error(line,self.V33_BAD_REF)
- newalts = []
- have_deletions = False
- for a in alt:
- if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
- elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
- elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
- have_deletions = True
- try:
- l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence
- if len(ref) < l: # add to reference if necessary
- addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference)
- ref += addns
- for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
- a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l
- except ValueError:
- s = a[1:]
- if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary
- addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
- if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns):
- self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION,
- "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference)))
- ref += addns
- for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
- a = ref[len(s):] # new deletion, deleting from pos
- else:
- self.error(line,self.V33_BAD_ALLELE)
- newalts.append(a)
- alt = newalts
- # deletion alleles exist, add dummy 1st reference allele, and account for leading base
- if have_deletions:
- if pos == 0:
- # Petr Danacek's: we can't have a leading nucleotide at (1-based) position 1
- addn = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(ref)+1,self._reference)
- ref += addn
- alt = [allele+addn for allele in alt]
- else:
- addn = get_sequence(chrom,pos-1,pos,self._reference)
- ref = addn + ref
- alt = [addn + allele for allele in alt]
- pos -= 1
- else:
- # format v4.0 -- just check for nucleotides
- for allele in alt:
- if not alleleRegEx.match(allele):
- self.error(line,self.V40_BAD_ALLELE,allele)
-
-
- # check for leading nucleotide in indel calls
- for allele in alt:
- if len(allele) != len(ref):
- if len(allele) == 0: self.error(line,self.ZERO_LENGTH_ALLELE)
- if ref[0].upper() != allele[0].upper() and "N" not in (ref[0]+allele[0]).upper():
- self.error(line,self.MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE)
-
- # trim trailing bases in alleles
- for i in range(1,min(len(ref),min(map(len,alt)))):
- if len(set(allele[-1].upper() for allele in alt)) > 1 or ref[-1].upper() != alt[0][-1].upper():
- break
- ref, alt = ref[:-1], [allele[:-1] for allele in alt]
-
- # left-align alleles, if a reference is available
- if self._leftalign and self._reference:
- while left < pos:
- movable = True
- for allele in alt:
- if len(allele) > len(ref):
- longest, shortest = allele, ref
- else:
- longest, shortest = ref, allele
- if len(longest) == len(shortest) or longest[:len(shortest)].upper() != shortest.upper():
- movable = False
- if longest[-1].upper() != longest[len(shortest)-1].upper():
- movable = False
- if not movable:
- break
- ref = ref[:-1]
- alt = [allele[:-1] for allele in alt]
- if min(len(allele) for allele in alt) == 0 or len(ref) == 0:
- ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref
- alt = [faref_leftflank[pos-left-1] + allele for allele in alt]
- pos -= 1
-
-
-
-
diff --git a/pysam/alternatives.py.obsolete b/pysam/alternatives.py.obsolete
deleted file mode 100644
index fd76802..0000000
--- a/pysam/alternatives.py.obsolete
+++ /dev/null
@@ -1,82 +0,0 @@
-# This file contains an alternative implementation
-# to call samtools functions. These are direct calls.
-# Plus: less overhead
-# Minus: more trouble in maintaining
-
-#in csamtools.pxd
- # samtools toolkit functions
- ctypedef int (*pysam_samtools_f)(int argc, char *argv[])
-
- int bam_taf2baf(int argc, char *argv[])
- int bam_pileup(int argc, char *argv[])
- int bam_merge(int argc, char *argv[])
- int bam_index(int argc, char *argv[])
- int bam_sort(int argc, char *argv[])
- int bam_tview_main(int argc, char *argv[])
- int bam_mating(int argc, char *argv[])
- int bam_rmdup(int argc, char *argv[])
- int bam_rmdupse(int argc, char *argv[])
- int bam_flagstat(int argc, char *argv[])
- int bam_fillmd(int argc, char *argv[])
- int main_samview(int argc, char *argv[])
- int main_import(int argc, char *argv[])
- int faidx_main(int argc, char *argv[])
- int glf3_view_main(int argc, char *argv[])
-
-
-## Alternative code in csamtools.pyx
-cdef class SamtoolsWrapper:
- '''generic wrapper around samtools functions'''
- cdef pysam_samtools_f f
-
- def __init__(self): self.f = NULL
-
- def call(self, *args ):
-
- if self.f == NULL: raise NotImplementedError("invalid call to base class" )
-
- cdef char ** cargs
- cdef int i, n, retval
- n = len(args)
- # allocate one more for first (dummy) argument (contains command)
- cargs = <char**>calloc( n+1, sizeof( char *) )
- cargs[0] = "method"
- for i from 0 <= i < n:
- cargs[i+1] = args[i]
- for i from 0 <= i < n+1:
- print cargs[i]
- retval = self.f(n+1, cargs)
- free( cargs )
- return retval
-
-cdef class SamtoolsWrapperImport( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = main_import
-cdef class SamtoolsWrapperPileup( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_pileup
-cdef class SamtoolsWrapperMerge( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_merge
-cdef class SamtoolsWrapperSort( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_sort
-cdef class SamtoolsWrapperIndex( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_index
-cdef class SamtoolsWrapperFaidx( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = faidx_main
-cdef class SamtoolsWrapperFixMate( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_mating
-cdef class SamtoolsWrapperRmDup( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_rmdup
-cdef class SamtoolsWrapperRmDupSe( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_rmdupse
-cdef class SamtoolsWrapperGlf3Viwen( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = glf3_view_main
-cdef class SamtoolsWrapperFlagStat( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_flagstat
-cdef class SamtoolsWrapperFillMd( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_fillmd
-cdef class SamtoolsWrapperCalMd( SamtoolsWrapper ):
- def __init__(self): self.f = bam_fillmd
-
-automatic creation of these functions does not work
-due to pyrex/cython
-
-def sort( *args, **kwargs ): return SamtoolsWrapperSort().call(*args, **kwargs)
diff --git a/pysam/calignmentfile.c b/pysam/calignmentfile.c
new file mode 100644
index 0000000..8924bf6
--- /dev/null
+++ b/pysam/calignmentfile.c
@@ -0,0 +1,48377 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 21:18:01 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__calignmentfile
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__calignmentfile
+#include "stdint.h"
+#include "string.h"
+#include "stdlib.h"
+#include "stdio.h"
+#include "zlib.h"
+#include "htslib/kstring.h"
+#include "htslib/hfile.h"
+#include "htslib/bgzf.h"
+#include "htslib/hts.h"
+#include "htslib/sam.h"
+#include "pysam_stream.h"
+#include "htslib/faidx.h"
+#include "htslib/tbx.h"
+#include "htslib_util.h"
+#include "samfile_util.h"
+#include "pythread.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "calignmentfile.pyx",
+ "array.pxd",
+ "cfaidx.pxd",
+ "type.pxd",
+ "bool.pxd",
+ "complex.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+#ifndef _ARRAYARRAY_H
+struct arrayobject;
+typedef struct arrayobject arrayobject;
+#endif
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr;
+struct __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata;
+typedef struct __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode;
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":53
+ * # Utility types
+ *
+ * ctypedef struct __iterdata: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * htsFile * htsfile
+ * bam_hdr_t * header
+ */
+struct __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata {
+ htsFile *htsfile;
+ bam_hdr_t *header;
+ hts_itr_t *iter;
+ faidx_t *fastafile;
+ int tid;
+ char *seq;
+ int seq_len;
+};
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":72
+ * # add an alignment tag with value to the AlignedSegment
+ * # an existing tag of the same name will be replaced.
+ * cpdef setTag( self, tag, value, value_type = ?, replace = ? ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class AlignmentFile:
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *value_type;
+ PyObject *replace;
+};
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":179
+ * cdef char * getSequence( self )
+ * cdef setMask(self, mask)
+ * cdef setupIteratorData(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid,
+ * int start,
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData {
+ int __pyx_n;
+ int multiple_iterators;
+};
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2069
+ *
+ *
+ * cdef inline uint8_t _getTypeCode(value, value_type = None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''guess type code for a *value*. If *value_type* is None,
+ * the type code will be inferred based on the Python type of
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *value_type;
+};
+
+/* "cfaidx.pxd":14
+ * char *s
+ *
+ * cdef class FastaFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename, _references, _lengths, reference2length
+ * cdef faidx_t* fastafile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ PyObject *_references;
+ PyObject *_lengths;
+ PyObject *reference2length;
+ faidx_t *fastafile;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":21
+ *
+ *
+ * cdef class FastqProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef kseq_t * _delegate
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy {
+ PyObject_HEAD
+ kseq_t *_delegate;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":25
+ *
+ *
+ * cdef class FastqFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile fastqfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ gzFile fastqfile;
+ kseq_t *entry;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":35
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Fastafile(FastaFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile __pyx_base;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":38
+ * pass
+ *
+ * cdef class Fastqfile(FastqFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":65
+ * #
+ * # Note: need to declare all C fields and methods here
+ * cdef class AlignedSegment: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # object that this AlignedSegment represents
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_vtab;
+ bam1_t *_delegate;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":74
+ * cpdef setTag( self, tag, value, value_type = ?, replace = ? )
+ *
+ * cdef class AlignmentFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef object _filename
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ htsFile *htsfile;
+ BGZF *fp;
+ hts_idx_t *index;
+ bam_hdr_t *header;
+ int isbam;
+ int isstream;
+ int isremote;
+ bam1_t *b;
+ char *mode;
+ int64_t start_offset;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":111
+ * cdef char * _getrname(self, int tid)
+ *
+ * cdef class PileupColumn: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam_pileup1_t ** plp
+ * cdef int tid
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn {
+ PyObject_HEAD
+ bam_pileup1_t **plp;
+ int tid;
+ int pos;
+ int n_pu;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":117
+ * cdef int n_pu
+ *
+ * cdef class PileupRead: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef AlignedSegment _alignment
+ * cdef int32_t _qpos
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *_alignment;
+ int32_t _qpos;
+ int _indel;
+ int _level;
+ uint32_t _is_del;
+ uint32_t _is_head;
+ uint32_t _is_tail;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":126
+ * cdef uint32_t _is_tail
+ *
+ * cdef class IteratorRow: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int retval
+ * cdef bam1_t * b
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow {
+ PyObject_HEAD
+ int retval;
+ bam1_t *b;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *samfile;
+ htsFile *htsfile;
+ bam_hdr_t *header;
+ int owns_samfile;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":134
+ * cdef int owns_samfile
+ *
+ * cdef class IteratorRowRegion(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef hts_itr_t * iter
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self )
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_vtab;
+ hts_itr_t *iter;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":139
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowHead(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int max_rows
+ * cdef int current_row
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_vtab;
+ int max_rows;
+ int current_row;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":145
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowAll(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self )
+ * cdef int cnext(self)
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_vtab;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":149
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowAllRefs(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int tid
+ * cdef IteratorRowRegion rowiter
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ int tid;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *rowiter;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":153
+ * cdef IteratorRowRegion rowiter
+ *
+ * cdef class IteratorRowSelection(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int current_pos
+ * cdef positions
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_vtab;
+ int current_pos;
+ PyObject *positions;
+ BGZF *fp;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":160
+ * cdef BGZF * fp
+ *
+ * cdef class IteratorColumn: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # result of the last plbuf_push
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_vtab;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *iter;
+ int tid;
+ int pos;
+ int n_plp;
+ int mask;
+ bam_pileup1_t *plp;
+ bam_plp_t pileup_iter;
+ __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata iterdata;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *samfile;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *fastafile;
+ PyObject *stepper;
+ int max_depth;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":188
+ * cdef _free_pileup_iter(self)
+ *
+ * cdef class IteratorColumnRegion(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int start
+ * cdef int end
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+ int start;
+ int end;
+ int truncate;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":193
+ * cdef int truncate
+ *
+ * cdef class IteratorColumnAllRefs(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pxd":196
+ * pass
+ *
+ * cdef class IndexedReads: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef AlignmentFile samfile
+ * cdef htsFile * htsfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *samfile;
+ htsFile *htsfile;
+ PyObject *index;
+ int owns_samfile;
+ BGZF *fp;
+ bam_hdr_t *header;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3530
+ *
+ *
+ * cdef class SNPCall: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''the results of a SNP call.'''
+ * cdef int _tid
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall {
+ PyObject_HEAD
+ int _tid;
+ int _pos;
+ char _reference_base;
+ char _genotype;
+ int _consensus_quality;
+ int _snp_quality;
+ int _rms_mapping_quality;
+ int _coverage;
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":110
+ * cdef char* CODE2CIGAR= "MIDNSHP=X"
+ * if IS_PYTHON3:
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr {
+ PyObject_HEAD
+ PyObject *__pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_v_y;
+ PyObject *__pyx_t_0;
+ PyObject *__pyx_t_1;
+ PyObject *(*__pyx_t_2)(PyObject *);
+};
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":112
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * CIGAR_REGEX = re.compile( "(\d+)([MIDNSHP=X])" )
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr {
+ PyObject_HEAD
+ PyObject *__pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_v_y;
+ PyObject *__pyx_t_0;
+ PyObject *__pyx_t_1;
+ PyObject *(*__pyx_t_2)(PyObject *);
+};
+
+
+
+/* "cfaidx.pxd":14
+ * char *s
+ *
+ * cdef class FastaFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename, _references, _lengths, reference2length
+ * cdef faidx_t* fastafile
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile {
+ char *(*_fetch)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *, char *, int, int, int *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+
+
+/* "cfaidx.pxd":25
+ *
+ *
+ * cdef class FastqFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile fastqfile
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile {
+ kseq_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+
+
+/* "cfaidx.pxd":35
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Fastafile(FastaFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+
+
+/* "cfaidx.pxd":38
+ * pass
+ *
+ * cdef class Fastqfile(FastqFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2176
+ * ###########################################################
+ * ###########################################################
+ * cdef class AlignedSegment: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''Class representing an aligned segment.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment {
+ PyObject *(*setTag)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *, PyObject *, PyObject *, int __pyx_skip_dispatch, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag *__pyx_optional_args);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":235
+ *
+ *
+ * cdef class AlignmentFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''*(filename, mode=None, template = None,
+ * referencenames=None, referencelengths = None,
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile {
+ bam_hdr_t *(*_buildHeader)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, PyObject *);
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *);
+ int (*write)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *, int __pyx_skip_dispatch);
+ char *(*_getrname)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, int);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1345
+ *
+ *
+ * cdef class IteratorRowRegion(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """*(AlignmentFile samfile, int tid, int beg, int end,
+ * int multiple_iterators=False)*
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1396
+ * hts_itr_destroy(self.iter)
+ *
+ * cdef class IteratorRowHead(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """*(AlignmentFile samfile, n, int multiple_iterators=False)*
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1445
+ *
+ *
+ * cdef class IteratorRowAll(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """*(AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False)*
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1552
+ *
+ *
+ * cdef class IteratorRowSelection(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """*(AlignmentFile samfile)*
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1694
+ * return ret
+ *
+ * cdef class IteratorColumn: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''abstract base class for iterators over columns.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn {
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *);
+ char *(*getSequence)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *);
+ PyObject *(*setMask)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, PyObject *);
+ PyObject *(*setupIteratorData)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, int, int, int, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData *__pyx_optional_args);
+ PyObject *(*reset)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, PyObject *, PyObject *, PyObject *);
+ PyObject *(*_free_pileup_iter)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1885
+ *
+ *
+ * cdef class IteratorColumnRegion(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterates over a region only.
+ * '''
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1923
+ *
+ *
+ * cdef class IteratorColumnAllRefs(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """iterates over all columns by chaining iterators over each reference
+ * """
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#ifndef CYTHON_PROFILE
+ #define CYTHON_PROFILE 1
+#endif
+#ifndef CYTHON_TRACE
+ #define CYTHON_TRACE 0
+#endif
+#if CYTHON_TRACE
+ #undef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+#endif
+#ifndef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME 0
+#endif
+#if CYTHON_PROFILE || CYTHON_TRACE
+ #include "compile.h"
+ #include "frameobject.h"
+ #include "traceback.h"
+ #if CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER static
+ #define CYTHON_FRAME_DEL
+ #else
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER
+ #define CYTHON_FRAME_DEL Py_CLEAR(__pyx_frame)
+ #endif
+ #define __Pyx_TraceDeclarations \
+ static PyCodeObject *__pyx_frame_code = NULL; \
+ CYTHON_FRAME_MODIFIER PyFrameObject *__pyx_frame = NULL; \
+ int __Pyx_use_tracing = 0;
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno) \
+ if (unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)))) { \
+ __Pyx_use_tracing = __Pyx_TraceSetupAndCall(&__pyx_frame_code, &__pyx_frame, funcname, srcfile, firstlineno); \
+ }
+ #define __Pyx_TraceException() \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc))) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ PyObject *exc_info = __Pyx_GetExceptionTuple(); \
+ if (exc_info) { \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ Py_DECREF(exc_info); \
+ } \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ #define __Pyx_TraceReturn(result) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ if (tstate->c_profilefunc) \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ CYTHON_FRAME_DEL; \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+ static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code, PyFrameObject** frame, const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+#else
+ #define __Pyx_TraceDeclarations
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno)
+ #define __Pyx_TraceException()
+ #define __Pyx_TraceReturn(result)
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+#if CYTHON_TRACE
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ __pyx_frame->f_lineno = lineno; \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_LINE, NULL); \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno)
+#endif
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw); /*proto*/
+#else
+#define __Pyx_PyObject_Call(func, arg, kw) PyObject_Call(func, arg, kw)
+#endif
+
+#include <string.h>
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_decode_c_string(
+ const char* cstring, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop,
+ const char* encoding, const char* errors,
+ PyObject* (*decode_func)(const char *s, Py_ssize_t size, const char *errors));
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_TypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyList_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len) & likely(len > (L->allocated >> 1))) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyList_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_CheckKeywordStrings(PyObject *kwdict, const char* function_name, int kw_allowed); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(const char* func_name, PyObject* kw_name); /*proto*/
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(PyObject *kwds, PyObject **argnames[], \
+ PyObject *kwds2, PyObject *values[], Py_ssize_t num_pos_args, \
+ const char* function_name); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(const char* func_name, int exact,
+ Py_ssize_t num_min, Py_ssize_t num_max, Py_ssize_t num_found); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ArgTypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type, int none_allowed,
+ const char *name, int exact); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyUnicode_Equals
+#else
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyBytes_Equals
+#endif
+
+#define __Pyx_GetItemInt(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Fast(o, (Py_ssize_t)i, is_list, wraparound, boundscheck) : \
+ (is_list ? (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL) : \
+ __Pyx_GetItemInt_Generic(o, to_py_func(i))))
+#define __Pyx_GetItemInt_List(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_List_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+#define __Pyx_GetItemInt_Tuple(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "tuple index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck);
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ListComp_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len)) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_ListComp_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static PyObject* __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(PyObject* obj, PyObject* method_name, PyObject* args) {
+ PyObject *method, *result = NULL;
+ if (unlikely(!args)) return NULL;
+ method = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, method_name);
+ if (unlikely(!method)) goto bad;
+ result = __Pyx_PyObject_Call(method, args, NULL);
+ Py_DECREF(method);
+bad:
+ Py_DECREF(args);
+ return result;
+}
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod3(obj, name, arg1, arg2, arg3) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(3, arg1, arg2, arg3))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod2(obj, name, arg1, arg2) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(2, arg1, arg2))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod1(obj, name, arg1) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(1, arg1))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod0(obj, name) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, (Py_INCREF(__pyx_empty_tuple), __pyx_empty_tuple))
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+#define __Pyx_PyString_Join __Pyx_PyBytes_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join(s, v) (PyUnicode_CheckExact(s) ? PyUnicode_Join(s, v) : __Pyx_PyBytes_Join(s, v))
+#else
+#define __Pyx_PyString_Join PyUnicode_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join PyUnicode_Join
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyString_Join
+ #else
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyBytes_Join
+ #endif
+#else
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values); /*proto*/
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PySequence_Contains(PyObject* item, PyObject* seq, int eq) {
+ int result = PySequence_Contains(seq, item);
+ return unlikely(result < 0) ? result : (result == (eq == Py_EQ));
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetSlice(
+ PyObject* obj, Py_ssize_t cstart, Py_ssize_t cstop,
+ PyObject** py_start, PyObject** py_stop, PyObject** py_slice,
+ int has_cstart, int has_cstop, int wraparound);
+
+static void __Pyx_WriteUnraisable(const char *name, int clineno,
+ int lineno, const char *filename,
+ int full_traceback); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void); /*proto*/
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyDict_Contains(PyObject* item, PyObject* dict, int eq) {
+ int result = PyDict_Contains(dict, item);
+ return unlikely(result < 0) ? result : (result == (eq == Py_EQ));
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static PyObject *__Pyx_PyDict_GetItem(PyObject *d, PyObject* key) {
+ PyObject *value;
+ value = PyDict_GetItemWithError(d, key);
+ if (unlikely(!value)) {
+ if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyObject* args = PyTuple_Pack(1, key);
+ if (likely(args))
+ PyErr_SetObject(PyExc_KeyError, args);
+ Py_XDECREF(args);
+ }
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ return value;
+}
+#else
+ #define __Pyx_PyDict_GetItem(d, key) PyObject_GetItem(d, key)
+#endif
+
+static PyObject* __Pyx_PyDict_GetItemDefault(PyObject* d, PyObject* key, PyObject* default_value); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_div_long(long, long); /* proto */
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_mod_long(long, long); /* proto */
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,NULL)
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_SetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name, PyObject* value) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_setattro))
+ return tp->tp_setattro(obj, attr_name, value);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_setattr))
+ return tp->tp_setattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name), value);
+#endif
+ return PyObject_SetAttr(obj, attr_name, value);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) PyObject_DelAttr(o,n)
+#define __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,v) PyObject_SetAttr(o,n,v)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseUnboundLocalError(const char *varname);
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable); /*proto*/
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict); /*proto*/
+
+#ifndef _ARRAYARRAY_H
+#define _ARRAYARRAY_H
+typedef struct arraydescr {
+ int typecode;
+ int itemsize;
+ PyObject * (*getitem)(struct arrayobject *, Py_ssize_t);
+ int (*setitem)(struct arrayobject *, Py_ssize_t, PyObject *);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
+ char *formats;
+#endif
+} arraydescr;
+struct arrayobject {
+ PyObject_HEAD
+ Py_ssize_t ob_size;
+ union {
+ char *ob_item;
+ float *as_floats;
+ double *as_doubles;
+ int *as_ints;
+ unsigned int *as_uints;
+ unsigned char *as_uchars;
+ signed char *as_schars;
+ char *as_chars;
+ unsigned long *as_ulongs;
+ long *as_longs;
+ short *as_shorts;
+ unsigned short *as_ushorts;
+ Py_UNICODE *as_pyunicodes;
+ void *as_voidptr;
+ } data;
+ Py_ssize_t allocated;
+ struct arraydescr *ob_descr;
+ PyObject *weakreflist; /* List of weak references */
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
+ int ob_exports; /* Number of exported buffers */
+#endif
+};
+#ifndef NO_NEWARRAY_INLINE
+static CYTHON_INLINE PyObject * newarrayobject(PyTypeObject *type, Py_ssize_t size,
+ struct arraydescr *descr) {
+ arrayobject *op;
+ size_t nbytes;
+ if (size < 0) {
+ PyErr_BadInternalCall();
+ return NULL;
+ }
+ nbytes = size * descr->itemsize;
+ if (nbytes / descr->itemsize != (size_t)size) {
+ return PyErr_NoMemory();
+ }
+ op = (arrayobject *) type->tp_alloc(type, 0);
+ if (op == NULL) {
+ return NULL;
+ }
+ op->ob_descr = descr;
+ op->allocated = size;
+ op->weakreflist = NULL;
+ op->ob_size = size;
+ if (size <= 0) {
+ op->data.ob_item = NULL;
+ }
+ else {
+ op->data.ob_item = PyMem_NEW(char, nbytes);
+ if (op->data.ob_item == NULL) {
+ Py_DECREF(op);
+ return PyErr_NoMemory();
+ }
+ }
+ return (PyObject *) op;
+}
+#else
+PyObject* newarrayobject(PyTypeObject *type, Py_ssize_t size,
+ struct arraydescr *descr);
+#endif /* ifndef NO_NEWARRAY_INLINE */
+static CYTHON_INLINE int resize(arrayobject *self, Py_ssize_t n) {
+ void *items = (void*) self->data.ob_item;
+ PyMem_Resize(items, char, (size_t)(n * self->ob_descr->itemsize));
+ if (items == NULL) {
+ PyErr_NoMemory();
+ return -1;
+ }
+ self->data.ob_item = (char*) items;
+ self->ob_size = n;
+ self->allocated = n;
+ return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE int resize_smart(arrayobject *self, Py_ssize_t n) {
+ void *items = (void*) self->data.ob_item;
+ Py_ssize_t newsize;
+ if (n < self->allocated) {
+ if (n*4 > self->allocated) {
+ self->ob_size = n;
+ return 0;
+ }
+ }
+ newsize = n * 3 / 2 + 1;
+ PyMem_Resize(items, char, (size_t)(newsize * self->ob_descr->itemsize));
+ if (items == NULL) {
+ PyErr_NoMemory();
+ return -1;
+ }
+ self->data.ob_item = (char*) items;
+ self->ob_size = n;
+ self->allocated = newsize;
+ return 0;
+}
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE uint64_t __Pyx_PyInt_As_uint64_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE uint32_t __Pyx_PyInt_As_uint32_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int8_t(int8_t value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint8_t(uint8_t value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int16_t(int16_t value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint16_t(uint16_t value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int32_t(int32_t value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint32_t(uint32_t value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_PyInt_As_size_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value);
+
+static CYTHON_INLINE PY_LONG_LONG __Pyx_PyInt_As_PY_LONG_LONG(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(PY_LONG_LONG value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int64_t(int64_t value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint64_t(uint64_t value);
+
+static CYTHON_INLINE int64_t __Pyx_PyInt_As_int64_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE uint16_t __Pyx_PyInt_As_uint16_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE int32_t __Pyx_PyInt_As_int32_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE uint8_t __Pyx_PyInt_As_uint8_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_char(char value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+#define __Pyx_Generator_USED
+#include <structmember.h>
+#include <frameobject.h>
+typedef PyObject *(*__pyx_generator_body_t)(PyObject *, PyObject *);
+typedef struct {
+ PyObject_HEAD
+ __pyx_generator_body_t body;
+ PyObject *closure;
+ PyObject *exc_type;
+ PyObject *exc_value;
+ PyObject *exc_traceback;
+ PyObject *gi_weakreflist;
+ PyObject *classobj;
+ PyObject *yieldfrom;
+ int resume_label;
+ char is_running;
+} __pyx_GeneratorObject;
+static __pyx_GeneratorObject *__Pyx_Generator_New(__pyx_generator_body_t body,
+ PyObject *closure);
+static int __pyx_Generator_init(void);
+static int __Pyx_Generator_clear(PyObject* self);
+#if 1 || PY_VERSION_HEX < 0x030300B0
+static int __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(PyObject **pvalue);
+#else
+#define __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(pvalue) PyGen_FetchStopIterationValue(pvalue)
+#endif
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'libc.stdint' */
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdlib' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.chtslib' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.cfaidx' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.version' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.ref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.exc' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.module' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mem' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.tuple' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.list' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.object' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.sequence' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mapping' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.iterator' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.type' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4type_type = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.number' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.int' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bool' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.long' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.float' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.complex' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.string' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.unicode' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.dict' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.instance' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.function' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.method' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.weakref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.getargs' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pythread' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pystate' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.cobject' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.oldbuffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.set' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.buffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bytes' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pycapsule' */
+
+/* Module declarations from 'cpython' */
+
+/* Module declarations from 'array' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.array' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_5array_array = 0;
+static CYTHON_INLINE int __pyx_f_7cpython_5array_extend_buffer(arrayobject *, char *, Py_ssize_t); /*proto*/
+
+/* Module declarations from 'pysam.calignmentfile' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupRead = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_SNPCall = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr = 0;
+static PyObject *__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING = 0;
+static char *__pyx_v_5pysam_14calignmentfile_CODE2CIGAR;
+static int __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos;
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_from_string_and_size(char *, size_t); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__encodeFilename(PyObject *); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(PyObject *); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(char *); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceStr(PyObject *); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(bam1_t *); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makePileupColumn(bam_pileup1_t **, int, int, int); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makePileupRead(bam_pileup1_t *); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_convertBinaryTagToList(uint8_t *); /*proto*/
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_nofilter(void *, bam1_t *); /*proto*/
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_all(void *, bam1_t *); /*proto*/
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_snpcalls(void *, bam1_t *); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE int32_t __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryStart(bam1_t *); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE int32_t __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryEnd(bam1_t *); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getSequenceRange(bam1_t *, uint32_t, uint32_t); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQualitiesRange(bam1_t *, uint32_t, uint32_t); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE uint8_t __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode *__pyx_optional_args); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_convert_python_tag(PyObject *, PyObject *, PyObject *, PyObject *); /*proto*/
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.calignmentfile"
+int __pyx_module_is_main_pysam__calignmentfile = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.calignmentfile' */
+static PyObject *__pyx_builtin_TypeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_enumerate;
+static PyObject *__pyx_builtin_ord;
+static PyObject *__pyx_builtin_ValueError;
+static PyObject *__pyx_builtin_IOError;
+static PyObject *__pyx_builtin_OverflowError;
+static PyObject *__pyx_builtin_NotImplementedError;
+static PyObject *__pyx_builtin_OSError;
+static PyObject *__pyx_builtin_AttributeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_zip;
+static PyObject *__pyx_builtin_sorted;
+static PyObject *__pyx_builtin_KeyError;
+static PyObject *__pyx_builtin_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_builtin_chr;
+static PyObject *__pyx_builtin_min;
+static PyObject *__pyx_builtin_max;
+static PyObject *__pyx_builtin_map;
+static PyObject *__pyx_builtin_MemoryError;
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_4genexpr(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7genexpr(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_2_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4_hasIndex(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6_open(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_mode, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_template, PyObject *__pyx_v_referencenames, PyObject *__pyx_v_referencelengths, PyObject *__pyx_v_text, PyObject *__pyx_v_header, PyObject *__pyx_v_port, PyObject *__pyx_v_add_sq_text, PyObject *__pyx_v_check_header, PyObject *__pyx_ [...]
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8gettid(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10getrname(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12_parseRegion(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_tid); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_14reset(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_16seek(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, uint64_t __pyx_v_offset, int __pyx_v_where); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_18tell(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_20fetch(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_tid, PyObject *__pyx_v_callback, PyObject *__pyx_v_until_eof, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_22head(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_n, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_24mate(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_read); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_26count(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_until_eof); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_28pileup(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_30close(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_32__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_34write(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_read); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_36__enter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_38__exit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_exc_type, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_exc_value, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_traceback); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11nreferences___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10references___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7lengths___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6mapped___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_40_checkIndex(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8unmapped___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12nocoordinate___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4text___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6header___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_42_buildLine(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fields, PyObject *__pyx_v_record); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_44__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_tid, int __pyx_v_beg, int __pyx_v_end, int __pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_6__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_n, int __pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_2nextiter(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_4__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, PyObject *__pyx_v_positions, int __pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7seq_len___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_4addReference(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *__pyx_v_fastafile); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_6hasReference(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_8__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_tid, int __pyx_v_start, int __pyx_v_end, int __pyx_v_truncate, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_toQualityString(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_qualities); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_2fromQualityString(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_quality_string); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6compare(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_other); /* proto */
+static Py_hash_t __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8__hash__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qname); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_flag); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_pos); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qual); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_cigar); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_mtid); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self); /* proto */
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+static char __pyx_k_true_if_the_mate_is_unmapped[] = "true if the mate is unmapped";
+static char __pyx_k_no_index_available_for_pileup[] = "no index available for pileup";
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+static char __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam[] = "/home/andreas/devel/pysam/pysam/calignmentfile.pyx";
+static char __pyx_k_at_least_one_signed_integer_out[] = "at least one signed integer out of range of BAM/SAM specification";
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+static char __pyx_k_file_does_not_have_valid_header[] = "file does not have valid header (mode='%s') - is it BAM format?";
+static char __pyx_k_header_line_with_invalid_type_s[] = "header line with invalid type '%s': '%s'";
+static char __pyx_k_incomplete_sequence_information[] = "incomplete sequence information in '%s'";
+static char __pyx_k_invalid_coordinates_start_i_end[] = "invalid coordinates: start (%i) > end (%i)";
+static char __pyx_k_malformatted_header_no_in_field[] = "malformatted header: no ':' in field";
+static char __pyx_k_number_of_reads_mapping_to_this[] = "number of reads mapping to this column.";
+static char __pyx_k_quality_and_sequence_mismatch_i[] = "quality and sequence mismatch: %i != %i";
+static char __pyx_k_term_reference_ID_note_This_fie[] = ":term:`reference` ID\n\n .. note::\n\n This field contains the index of the reference sequence in\n the sequence dictionary. To obtain the name of the\n reference sequence, use\n :meth:`pysam.AlignmentFile.getrname()`\n\n ";
+static char __pyx_k_the_chromosome_ID_as_is_defined[] = "the chromosome ID as is defined in the header";
+static char __pyx_k_the_query_template_name_None_if[] = "the query template name (None if not present)";
+static char __pyx_k_the_root_mean_square_rms_of_the[] = "the root mean square (rms) of the mapping quality of all reads\n involved in the call.";
+static char __pyx_k_true_if_read_itself_is_unmapped[] = "true if read itself is unmapped";
+static char __pyx_k_1_iff_the_base_on_the_padded_rea[] = "1 iff the base on the padded read is a deletion";
+static char __pyx_k_AlignmentFile_mapped_only_availa[] = "AlignmentFile.mapped only available in bam files";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or[] = "Argument must be string, bytes or unicode.";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico[] = "Argument must be string or unicode.";
+static char __pyx_k_Invalid_clipping_in_CIGAR_string[] = "Invalid clipping in CIGAR string";
+static char __pyx_k_PileupColumn_accessed_after_iter[] = "PileupColumn accessed after iterator finished";
+static char __pyx_k_Unsupported_value_type_in_set_op[] = "Unsupported value_type in set_option";
+static char __pyx_k_a_class_pysam_AlignedSegment_obj[] = "a :class:`pysam.AlignedSegment` object of the aligned read";
+static char __pyx_k_aligned_length_of_the_read_on_th[] = "aligned length of the read on the reference genome.\n\n This is equal to `aend - pos`. Returns None if not available.";
+static char __pyx_k_aligned_portion_of_the_read_This[] = "aligned portion of the read.\n\n This is a substring of :attr:`seq` that excludes flanking\n bases that were :term:`soft clipped` (None if not present). It\n is equal to ``seq[qstart:qend]``.\n\n SAM/BAM files may include extra flanking bases that are not\n part of the alignment. These bases may be the result of the\n Smith-Waterman or other algorithms, which may not require\n alig [...]
+static char __pyx_k_aligned_query_sequence_quality_v[] = "aligned query sequence quality values (None if not present). These\n are the quality values that correspond to :attr:`query`, that\n is, they exclude qualities of :term:`soft clipped` bases. This\n is equal to ``qual[qstart:qend]``.\n\n Quality scores are returned as a python array of unsigned\n chars. Note that this is not the ASCII-encoded value typically\n seen in FASTQ or SAM formatted [...]
+static char __pyx_k_aligned_reference_position_of_th[] = "aligned reference position of the read on the reference genome. \n \n aend points to one past the last aligned residue.\n Returns None if not available.";
+static char __pyx_k_at_least_one_integer_out_of_rang[] = "at least one integer out of range of BAM/SAM specification";
+static char __pyx_k_can_not_iterate_over_samfile_wit[] = "can not iterate over samfile without header";
+static char __pyx_k_can_only_IndexReads_on_bam_files[] = "can only IndexReads on bam files";
+static char __pyx_k_can_t_guess_type_or_invalid_type[] = "can't guess type or invalid type code specified";
+static char __pyx_k_could_not_open_file_mode_s_is_it[] = "could not open file (mode='%s') - is it SAM/BAM format?";
+static char __pyx_k_coverage_or_read_depth_the_numbe[] = "coverage or read depth - the number of reads involved in the call.";
+static char __pyx_k_either_supply_options_template_h[] = "either supply options `template`, `header` or both `referencenames` and `referencelengths` for writing";
+static char __pyx_k_end_index_of_the_aligned_query_p[] = "end index of the aligned query portion of the sequence (0-based,\n exclusive)";
+static char __pyx_k_fetch_called_for_htsfile_without[] = "fetch called for htsfile without header";
+static char __pyx_k_fetching_by_region_is_not_availa[] = "fetching by region is not available for sam files";
+static char __pyx_k_file_header_is_empty_mode_s_is_i[] = "file header is empty (mode='%s') - is it SAM/BAM format?";
+static char __pyx_k_full_contents_of_the_term_sam_fi[] = "full contents of the :term:`sam file` header as a string\n \n See :attr:`pysam.AlignmentFile.header` to get a parsed\n representation of the header.\n\n ";
+static char __pyx_k_header_information_within_the_te[] = "header information within the :term:`sam file`. The records and\n fields are returned as a two-level dictionary. \n\n The first level contains the record (``HD``, ``SQ``, etc) and\n the second level contains the fields (``VN``, ``LN``, etc).\n \n The parser is validating and will raise an AssertionError if\n if encounters any record or field tags that are not part of\n the SAM speci [...]
+static char __pyx_k_indel_length_0_for_no_indel_posi[] = "indel length; 0 for no indel, positive for ins and negative for del";
+static char __pyx_k_integer_i_out_of_range_of_BAM_SA[] = "integer %i out of range of BAM/SAM specification";
+static char __pyx_k_invalid_type_for_record_s_s_expe[] = "invalid type for record %s: %s, expected %s";
+static char __pyx_k_length_of_the_aligned_query_sequ[] = "length of the aligned query sequence.\n\n This is equal to :attr:`qend` - :attr:`qstart`";
+static char __pyx_k_length_of_the_query_template_Thi[] = "length of the query template. This includes soft-clipped bases\n and is equal to ``len(seq)``.\n\n This property is read-only.\n\n Returns 0 if not available.";
+static char __pyx_k_list_of_reads_class_pysam_Pileup[] = "list of reads (:class:`pysam.PileupRead`) aligned to this column";
+static char __pyx_k_mapping_information_not_recorded[] = "mapping information not recorded in index or index not available";
+static char __pyx_k_multiple_s_lines_are_not_permitt[] = "multiple '%s' lines are not permitted";
+static char __pyx_k_no_index_available_for_iteration[] = "no index available for iteration";
+static char __pyx_k_number_of_term_filename_associat[] = "number of :term:`filename` associated with this object.";
+static char __pyx_k_number_of_term_reference_sequenc[] = "number of :term:`reference` sequences in the file.";
+static char __pyx_k_pileup_of_samfiles_not_implement[] = "pileup of samfiles not implemented yet";
+static char __pyx_k_position_of_the_read_base_at_the[] = "position of the read base at the pileup site, 0-based";
+static char __pyx_k_read_sequence_base_qualities_inc[] = "read sequence base qualities, including :term:`soft\n clipped` bases (None if not present).\n\n Quality scores are returned as a python array of unsigned\n chars. Note that this is not the ASCII-encoded value typically\n seen in FASTQ or SAM formatted files. Thus, no offset of 33\n needs to be subtracted.\n\n Note that to set quality scores the sequence has to be set\n beforehand as [...]
+static char __pyx_k_read_sequence_bases_including_te[] = "read sequence bases, including :term:`soft clipped` bases \n (None if not present).\n\n Note that assigning to seq will invalidate any quality scores.\n Thus, to in-place edit the sequence and quality scores, copies of\n the quality scores need to be taken. Consider trimming for example::\n\n q = read.qual\n read.seq = read.seq[5:10]\n read.qual = q[5:10]\n\n The seq [...]
+static char __pyx_k_reference_base_at_pos_N_if_no_re[] = "reference base at pos. ``N`` if no reference sequence supplied.";
+static char __pyx_k_reference_id_i_out_of_range_0_ti[] = "reference_id %i out of range 0<=tid<%i";
+static char __pyx_k_reference_sequence_for_s_tid_i_n[] = "reference sequence for '%s' (tid=%i) not found";
+static char __pyx_k_seek_only_available_in_bam_files[] = "seek only available in bam files";
+static char __pyx_k_start_index_of_the_aligned_query[] = "start index of the aligned query portion of the sequence (0-based,\n inclusive).\n\n This the index of the first base in :attr:`seq` that is not\n soft-clipped.\n\n ";
+static char __pyx_k_the_genotype_quality_Phred_scale[] = "the genotype quality (Phred-scaled).";
+static char __pyx_k_the_length_of_the_query_read_Thi[] = "the length of the query/read.\n\n This value corresponds to the length of the sequence supplied\n in the BAM/SAM file. The length of a query is 0 if there is no\n sequence in the BAM/SAM file. In those cases, the read length\n can be inferred from the CIGAR alignment, see\n :meth:`pysam.AlignmentFile.infer_query_length.`.\n\n This property can be set by providing a sequence.\n ";
+static char __pyx_k_the_level_of_the_read_in_the_vie[] = "the level of the read in the \"viewer\" mode";
+static char __pyx_k_the_observed_query_template_leng[] = "the observed query template length";
+static char __pyx_k_the_position_in_the_reference_se[] = "the position in the reference sequence (0-based).";
+static char __pyx_k_the_position_of_the_mate_next_re[] = "the position of the mate/next read.";
+static char __pyx_k_the_reference_sequence_number_as[] = "the reference sequence number as defined in the header";
+static char __pyx_k_the_snp_quality_Phred_scaled_pro[] = "the snp quality (Phred scaled) - probability of consensus being\n identical to reference sequence.";
+static char __pyx_k_the_tags_in_the_AUX_field_This_p[] = "the tags in the AUX field.\n\n This property permits convenience access to\n the tags. Changes it the returned list will\n not update the tags automatically. Instead,\n the following is required for adding a\n new tag::\n\n read.tags = read.tags + [(\"RG\",0)]\n\n This method will happily write the same tag\n multiple times.\n ";
+static char __pyx_k_the_term_cigar_alignment_The_ali[] = "the :term:`cigar` alignment. The alignment\n is returned as a list of tuples of (operation, length). \n\n If the alignment is not present, None is returned.\n\n The operations are:\n\n +-----+--------------+-----+\n |M |BAM_CMATCH |0 |\n +-----+--------------+-----+\n |I |BAM_CINS |1 |\n +-----+--------------+-----+\n |D |BAM_CDEL |2 |\n [...]
+static char __pyx_k_the_term_cigar_alignment_as_a_st[] = "the :term:`cigar` alignment as a string.\n \n The cigar string is a string of alternating integers\n and characters denoting the length and the type of\n an operation.\n\n .. note::\n The order length,operation is specified in the\n SAM format. It is different from the order of\n the :attr:`cigar` property.\n\n Returns None if not present.\n\n To uns [...]
+static char __pyx_k_the_term_reference_id_of_the_mat[] = "the :term:`reference` id of the mate/next read.";
+static char __pyx_k_this_class_cannot_be_instantiate[] = "this class cannot be instantiated from Python";
+static char __pyx_k_total_number_of_mapped_alignment[] = "total number of mapped alignments in file.\n ";
+static char __pyx_k_total_number_of_reads_without_co[] = "total number of reads without coordinates\n ";
+static char __pyx_k_total_number_of_unmapped_reads_i[] = "total number of unmapped reads in file.\n ";
+static char __pyx_k_true_if_optical_or_PCR_duplicate[] = "true if optical or PCR duplicate";
+static char __pyx_k_true_if_read_is_mapped_in_a_prop[] = "true if read is mapped in a proper pair";
+static char __pyx_k_true_if_read_is_mapped_to_revers[] = "true if read is mapped to reverse strand";
+static char __pyx_k_true_if_read_is_paired_in_sequen[] = "true if read is paired in sequencing";
+static char __pyx_k_true_is_read_is_mapped_to_revers[] = "true is read is mapped to reverse strand";
+static char __pyx_k_tuple_of_the_lengths_of_the_term[] = "tuple of the lengths of the :term:`reference` sequences. The\n lengths are in the same order as\n :attr:`pysam.AlignmentFile.references`\n\n ";
+static char __pyx_k_tuple_with_the_names_of_term_ref[] = "tuple with the names of :term:`reference` sequences.";
+static char __pyx_k_unequal_names_and_lengths_of_ref[] = "unequal names and lengths of reference sequences";
+static char __pyx_k_unknown_field_code_s_in_record_s[] = "unknown field code '%s' in record '%s'";
+static char __pyx_k_unknown_stepper_option_s_in_Iter[] = "unknown stepper option `%s` in IteratorColumn";
+static char __pyx_k_file_does_not_have_valid_header_2[] = "file does not have valid header (mode='%s') - is it SAM format?";
+static PyObject *__pyx_kp_s_2scB;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2scH;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2scI;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2sc_is;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2scb;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2scc;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2sccI_i_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2scf;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2sch;
+static PyObject *__pyx_kp_s_2sci;
+static PyObject *__pyx_n_s_A;
+static PyObject *__pyx_n_s_AS;
+static PyObject *__pyx_n_s_AlignedSegment;
+static PyObject *__pyx_n_s_AlignmentFile;
+static PyObject *__pyx_kp_s_AlignmentFile_mapped_only_availa;
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or;
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico;
+static PyObject *__pyx_n_s_AttributeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_B;
+static PyObject *__pyx_n_s_C;
+static PyObject *__pyx_n_s_CIGAR2CODE;
+static PyObject *__pyx_n_s_CIGAR_REGEX;
+static PyObject *__pyx_n_s_CL;
+static PyObject *__pyx_n_s_CN;
+static PyObject *__pyx_n_s_CO;
+static PyObject *__pyx_n_s_D;
+static PyObject *__pyx_n_s_DS;
+static PyObject *__pyx_n_s_DT;
+static PyObject *__pyx_n_s_F;
+static PyObject *__pyx_n_s_FO;
+static PyObject *__pyx_n_s_GO;
+static PyObject *__pyx_n_s_H;
+static PyObject *__pyx_n_s_HD;
+static PyObject *__pyx_n_s_I;
+static PyObject *__pyx_n_s_ID;
+static PyObject *__pyx_n_s_IOError;
+static PyObject *__pyx_n_s_IS_PYTHON3;
+static PyObject *__pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file;
+static PyObject *__pyx_n_s_IndexedReads;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Invalid_tag_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_IteratorColumn;
+static PyObject *__pyx_n_s_IteratorRow;
+static PyObject *__pyx_n_s_KS;
+static PyObject *__pyx_n_s_KeyError;
+static PyObject *__pyx_n_s_LB;
+static PyObject *__pyx_n_s_LN;
+static PyObject *__pyx_n_s_M5;
+static PyObject *__pyx_n_s_MemoryError;
+static PyObject *__pyx_n_s_NotImplementedError;
+static PyObject *__pyx_n_s_OSError;
+static PyObject *__pyx_n_s_OverflowError;
+static PyObject *__pyx_n_s_PG;
+static PyObject *__pyx_n_s_PI;
+static PyObject *__pyx_n_s_PL;
+static PyObject *__pyx_n_s_PN;
+static PyObject *__pyx_n_s_PP;
+static PyObject *__pyx_n_s_PU;
+static PyObject *__pyx_n_s_PileupColumn;
+static PyObject *__pyx_kp_s_PileupColumn_accessed_after_iter;
+static PyObject *__pyx_n_s_PileupRead;
+static PyObject *__pyx_n_s_RG;
+static PyObject *__pyx_n_s_S;
+static PyObject *__pyx_n_s_SM;
+static PyObject *__pyx_n_s_SN;
+static PyObject *__pyx_n_s_SO;
+static PyObject *__pyx_n_s_SP;
+static PyObject *__pyx_n_s_SQ;
+static PyObject *__pyx_kp_s_SQ_SN_s_LN_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_n_s_TypeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_UR;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Unsupported_value_type_in_set_op;
+static PyObject *__pyx_n_s_VALID_HEADERS;
+static PyObject *__pyx_n_s_VALID_HEADER_FIELDS;
+static PyObject *__pyx_n_s_VALID_HEADER_ORDER;
+static PyObject *__pyx_n_s_VALID_HEADER_TYPES;
+static PyObject *__pyx_n_s_VN;
+static PyObject *__pyx_n_s_ValueError;
+static PyObject *__pyx_n_s_Z;
+static PyObject *__pyx_n_s_Zidf;
+static PyObject *__pyx_kp_s__12;
+static PyObject *__pyx_kp_s__38;
+static PyObject *__pyx_kp_b__4;
+static PyObject *__pyx_kp_s__40;
+static PyObject *__pyx_kp_s__43;
+static PyObject *__pyx_kp_s__47;
+static PyObject *__pyx_kp_s__7;
+static PyObject *__pyx_kp_s__74;
+static PyObject *__pyx_n_s_add_sq_text;
+static PyObject *__pyx_n_s_alignment;
+static PyObject *__pyx_n_s_all;
+static PyObject *__pyx_n_s_all_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_always;
+static PyObject *__pyx_n_s_append;
+static PyObject *__pyx_n_s_args;
+static PyObject *__pyx_n_s_array;
+static PyObject *__pyx_n_s_ascii;
+static PyObject *__pyx_kp_s_at_least_one_integer_out_of_rang;
+static PyObject *__pyx_kp_s_at_least_one_signed_integer_out;
+static PyObject *__pyx_n_s_b;
+static PyObject *__pyx_kp_b_bai;
+static PyObject *__pyx_n_s_beg;
+static PyObject *__pyx_n_s_buildLine;
+static PyObject *__pyx_n_s_c;
+static PyObject *__pyx_kp_s_c_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_calcsize;
+static PyObject *__pyx_n_s_callback;
+static PyObject *__pyx_kp_s_callback_not_implemented_yet;
+static PyObject *__pyx_kp_s_can_not_iterate_over_samfile_wit;
+static PyObject *__pyx_kp_s_can_only_IndexReads_on_bam_files;
+static PyObject *__pyx_kp_s_can_t_guess_type_or_invalid_type;
+static PyObject *__pyx_n_s_checkIndex;
+static PyObject *__pyx_n_s_check_header;
+static PyObject *__pyx_n_s_check_sq;
+static PyObject *__pyx_n_s_chr;
+static PyObject *__pyx_n_s_cigarstring;
+static PyObject *__pyx_n_s_cigartuples;
+static PyObject *__pyx_n_s_close;
+static PyObject *__pyx_n_s_collections;
+static PyObject *__pyx_n_s_compile;
+static PyObject *__pyx_n_s_consensus_quality;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_open_file_mode_s_is_it;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_open_file_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_coverage;
+static PyObject *__pyx_n_s_create_string_buffer;
+static PyObject *__pyx_n_s_ctypes;
+static PyObject *__pyx_n_s_d;
+static PyObject *__pyx_kp_s_d_MIDNSHP_X;
+static PyObject *__pyx_n_s_decode;
+static PyObject *__pyx_n_s_defaultdict;
+static PyObject *__pyx_kp_s_either_supply_options_template_h;
+static PyObject *__pyx_n_s_encode;
+static PyObject *__pyx_n_s_end;
+static PyObject *__pyx_kp_s_end_out_of_range_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_enumerate;
+static PyObject *__pyx_kp_s_error_during_iteration;
+static PyObject *__pyx_kp_s_error_while_opening_index_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_exc_type;
+static PyObject *__pyx_n_s_exc_value;
+static PyObject *__pyx_n_s_exists;
+static PyObject *__pyx_n_s_extend;
+static PyObject *__pyx_n_s_f;
+static PyObject *__pyx_n_s_fastafile;
+static PyObject *__pyx_n_s_fetch;
+static PyObject *__pyx_kp_s_fetch_called_for_htsfile_without;
+static PyObject *__pyx_kp_s_fetch_called_on_bamfile_without;
+static PyObject *__pyx_kp_s_fetching_by_region_is_not_availa;
+static PyObject *__pyx_n_s_fields;
+static PyObject *__pyx_kp_s_file_does_not_have_valid_header;
+static PyObject *__pyx_kp_s_file_does_not_have_valid_header_2;
+static PyObject *__pyx_kp_s_file_header_is_empty_mode_s_is_i;
+static PyObject *__pyx_kp_s_file_s_not_found;
+static PyObject *__pyx_n_s_filename;
+static PyObject *__pyx_n_s_findall;
+static PyObject *__pyx_n_s_flag;
+static PyObject *__pyx_n_s_fromQualityString;
+static PyObject *__pyx_kp_b_ftp;
+static PyObject *__pyx_n_s_full_length;
+static PyObject *__pyx_n_s_genotype;
+static PyObject *__pyx_n_s_get;
+static PyObject *__pyx_n_s_get_aligned_pairs;
+static PyObject *__pyx_n_s_get_blocks;
+static PyObject *__pyx_n_s_get_overlap;
+static PyObject *__pyx_n_s_get_reference_positions;
+static PyObject *__pyx_n_s_getdefaultencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_getfilesystemencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_gettid;
+static PyObject *__pyx_n_s_h;
+static PyObject *__pyx_n_s_hasIndex;
+static PyObject *__pyx_n_s_header;
+static PyObject *__pyx_kp_s_header_line_with_invalid_type_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_header_line_without_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam;
+static PyObject *__pyx_kp_b_http;
+static PyObject *__pyx_n_s_i;
+static PyObject *__pyx_kp_s_i_c;
+static PyObject *__pyx_n_s_import;
+static PyObject *__pyx_kp_s_incomplete_sequence_information;
+static PyObject *__pyx_n_s_indel;
+static PyObject *__pyx_n_s_infer_query_length;
+static PyObject *__pyx_n_s_init;
+static PyObject *__pyx_kp_s_integer_i_out_of_range_of_BAM_SA;
+static PyObject *__pyx_kp_s_invalid_coordinates_start_i_end;
+static PyObject *__pyx_kp_s_invalid_file_opening_mode_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_invalid_reference_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_invalid_type_for_record_s_s_expe;
+static PyObject *__pyx_n_s_isOpen;
+static PyObject *__pyx_n_s_is_del;
+static PyObject *__pyx_n_s_is_head;
+static PyObject *__pyx_n_s_is_refskip;
+static PyObject *__pyx_n_s_is_refskip_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_is_tail;
+static PyObject *__pyx_n_s_islower;
+static PyObject *__pyx_n_s_isupper;
+static PyObject *__pyx_n_s_items;
+static PyObject *__pyx_n_s_itertools;
+static PyObject *__pyx_n_s_join;
+static PyObject *__pyx_n_s_lengths;
+static PyObject *__pyx_n_s_level;
+static PyObject *__pyx_n_s_main;
+static PyObject *__pyx_kp_s_malformatted_header_no_in_field;
+static PyObject *__pyx_n_s_map;
+static PyObject *__pyx_kp_s_mapping_information_not_recorded;
+static PyObject *__pyx_n_s_mapping_quality;
+static PyObject *__pyx_kp_s_mate_not_found;
+static PyObject *__pyx_kp_s_mate_s_is_unmapped;
+static PyObject *__pyx_n_s_max;
+static PyObject *__pyx_n_s_max_depth;
+static PyObject *__pyx_n_s_min;
+static PyObject *__pyx_n_s_mode;
+static PyObject *__pyx_n_s_multiple_iterators;
+static PyObject *__pyx_kp_s_multiple_s_lines_are_not_permitt;
+static PyObject *__pyx_n_s_n;
+static PyObject *__pyx_n_s_next_reference_id;
+static PyObject *__pyx_n_s_next_reference_start;
+static PyObject *__pyx_n_s_nextiter;
+static PyObject *__pyx_kp_s_no_index_available_for_fetch;
+static PyObject *__pyx_kp_s_no_index_available_for_iteration;
+static PyObject *__pyx_kp_s_no_index_available_for_pileup;
+static PyObject *__pyx_n_s_nofilter;
+static PyObject *__pyx_n_s_nreferences;
+static PyObject *__pyx_n_s_nsegmentes;
+static PyObject *__pyx_n_s_nsegments;
+static PyObject *__pyx_n_s_offset;
+static PyObject *__pyx_n_s_open;
+static PyObject *__pyx_n_s_ord;
+static PyObject *__pyx_n_s_os;
+static PyObject *__pyx_n_s_pack_into;
+static PyObject *__pyx_n_s_parseRegion;
+static PyObject *__pyx_n_s_path;
+static PyObject *__pyx_kp_s_pileup_of_samfiles_not_implement;
+static PyObject *__pyx_n_s_pileups;
+static PyObject *__pyx_n_s_platform;
+static PyObject *__pyx_n_s_port;
+static PyObject *__pyx_n_s_pos;
+static PyObject *__pyx_n_s_positions;
+static PyObject *__pyx_n_s_pysam_calignmentfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_pyx_vtable;
+static PyObject *__pyx_n_s_qualities;
+static PyObject *__pyx_kp_s_quality_and_sequence_mismatch_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_quality_string;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_alignment_end;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_alignment_length;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_alignment_qualities;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_alignment_sequence;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_alignment_start;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_length;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_name;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_position;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_qualities;
+static PyObject *__pyx_n_s_query_sequence;
+static PyObject *__pyx_n_s_r;
+static PyObject *__pyx_n_s_rU;
+static PyObject *__pyx_n_s_raw;
+static PyObject *__pyx_n_s_rb;
+static PyObject *__pyx_n_s_re;
+static PyObject *__pyx_kp_s_read_s_is_unpaired;
+static PyObject *__pyx_kp_s_read_s_not_found;
+static PyObject *__pyx_n_s_record;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference_base;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference_end;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference_id;
+static PyObject *__pyx_kp_s_reference_id_i_out_of_range_0_ti;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference_length;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference_pos;
+static PyObject *__pyx_kp_s_reference_sequence_for_s_tid_i_n;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference_start;
+static PyObject *__pyx_n_s_referencelengths;
+static PyObject *__pyx_n_s_referencenames;
+static PyObject *__pyx_n_s_references;
+static PyObject *__pyx_n_s_region;
+static PyObject *__pyx_n_s_replace;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_s_2;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_samfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_samtools;
+static PyObject *__pyx_n_s_seek;
+static PyObject *__pyx_kp_s_seek_no_available_in_streams;
+static PyObject *__pyx_kp_s_seek_only_available_in_bam_files;
+static PyObject *__pyx_n_s_send;
+static PyObject *__pyx_n_s_setTag;
+static PyObject *__pyx_n_s_snp_quality;
+static PyObject *__pyx_n_s_sorted;
+static PyObject *__pyx_n_s_split;
+static PyObject *__pyx_n_s_start;
+static PyObject *__pyx_kp_s_start_out_of_range_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_startswith;
+static PyObject *__pyx_n_s_stepper;
+static PyObject *__pyx_n_s_strip;
+static PyObject *__pyx_n_s_struct;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_tag;
+static PyObject *__pyx_kp_s_tag_s_not_present;
+static PyObject *__pyx_n_s_tags;
+static PyObject *__pyx_n_s_tempfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_template;
+static PyObject *__pyx_n_s_template_length;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_n_s_text;
+static PyObject *__pyx_kp_s_this_class_cannot_be_instantiate;
+static PyObject *__pyx_n_s_throw;
+static PyObject *__pyx_n_s_tid;
+static PyObject *__pyx_kp_s_tid_i_out_of_range_0_tid_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_toQualityString;
+static PyObject *__pyx_n_s_traceback;
+static PyObject *__pyx_n_s_truncate;
+static PyObject *__pyx_kp_s_truncated_file;
+static PyObject *__pyx_n_s_types;
+static PyObject *__pyx_kp_s_unable_to_open_index_for_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_unequal_names_and_lengths_of_ref;
+static PyObject *__pyx_kp_s_unknown_auxilliary_type_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_unknown_field_code_s_in_record_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_unknown_stepper_option_s_in_Iter;
+static PyObject *__pyx_kp_s_unknown_type_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_until_eof;
+static PyObject *__pyx_n_s_value;
+static PyObject *__pyx_n_s_value_type;
+static PyObject *__pyx_n_s_w;
+static PyObject *__pyx_n_s_warn;
+static PyObject *__pyx_n_s_warnings;
+static PyObject *__pyx_n_s_wb;
+static PyObject *__pyx_n_s_wb0;
+static PyObject *__pyx_n_s_wbu;
+static PyObject *__pyx_n_s_wh;
+static PyObject *__pyx_n_s_where;
+static PyObject *__pyx_n_s_write;
+static PyObject *__pyx_n_s_x;
+static PyObject *__pyx_n_s_zip;
+static PyObject *__pyx_int_0;
+static PyObject *__pyx_int_1;
+static PyObject *__pyx_int_2;
+static PyObject *__pyx_int_33;
+static PyObject *__pyx_int_128;
+static PyObject *__pyx_int_255;
+static PyObject *__pyx_int_256;
+static PyObject *__pyx_int_8000;
+static PyObject *__pyx_int_32768;
+static PyObject *__pyx_int_65535;
+static PyObject *__pyx_int_65536;
+static PyObject *__pyx_int_536870912;
+static PyObject *__pyx_int_2147483648;
+static PyObject *__pyx_int_4294967295;
+static PyObject *__pyx_int_4294967296;
+static PyObject *__pyx_int_neg_4;
+static PyObject *__pyx_int_neg_127;
+static PyObject *__pyx_int_neg_128;
+static PyObject *__pyx_int_neg_32767;
+static PyObject *__pyx_int_neg_32768;
+static PyObject *__pyx_int_neg_2147483648;
+static int __pyx_k__62;
+static PyObject *__pyx_tuple_;
+static PyObject *__pyx_slice__8;
+static PyObject *__pyx_tuple__2;
+static PyObject *__pyx_tuple__3;
+static PyObject *__pyx_tuple__5;
+static PyObject *__pyx_tuple__6;
+static PyObject *__pyx_tuple__9;
+static PyObject *__pyx_slice__42;
+static PyObject *__pyx_slice__45;
+static PyObject *__pyx_slice__46;
+static PyObject *__pyx_slice__68;
+static PyObject *__pyx_slice__72;
+static PyObject *__pyx_tuple__10;
+static PyObject *__pyx_tuple__11;
+static PyObject *__pyx_tuple__13;
+static PyObject *__pyx_tuple__14;
+static PyObject *__pyx_tuple__15;
+static PyObject *__pyx_tuple__16;
+static PyObject *__pyx_tuple__17;
+static PyObject *__pyx_tuple__18;
+static PyObject *__pyx_tuple__19;
+static PyObject *__pyx_tuple__20;
+static PyObject *__pyx_tuple__21;
+static PyObject *__pyx_tuple__22;
+static PyObject *__pyx_tuple__23;
+static PyObject *__pyx_tuple__24;
+static PyObject *__pyx_tuple__25;
+static PyObject *__pyx_tuple__26;
+static PyObject *__pyx_tuple__27;
+static PyObject *__pyx_tuple__28;
+static PyObject *__pyx_tuple__29;
+static PyObject *__pyx_tuple__30;
+static PyObject *__pyx_tuple__31;
+static PyObject *__pyx_tuple__32;
+static PyObject *__pyx_tuple__33;
+static PyObject *__pyx_tuple__34;
+static PyObject *__pyx_tuple__35;
+static PyObject *__pyx_tuple__36;
+static PyObject *__pyx_tuple__37;
+static PyObject *__pyx_tuple__39;
+static PyObject *__pyx_tuple__41;
+static PyObject *__pyx_tuple__44;
+static PyObject *__pyx_tuple__48;
+static PyObject *__pyx_tuple__49;
+static PyObject *__pyx_tuple__50;
+static PyObject *__pyx_tuple__51;
+static PyObject *__pyx_tuple__52;
+static PyObject *__pyx_tuple__53;
+static PyObject *__pyx_tuple__54;
+static PyObject *__pyx_tuple__55;
+static PyObject *__pyx_tuple__56;
+static PyObject *__pyx_tuple__57;
+static PyObject *__pyx_tuple__58;
+static PyObject *__pyx_tuple__59;
+static PyObject *__pyx_tuple__60;
+static PyObject *__pyx_tuple__61;
+static PyObject *__pyx_tuple__63;
+static PyObject *__pyx_tuple__64;
+static PyObject *__pyx_tuple__65;
+static PyObject *__pyx_tuple__66;
+static PyObject *__pyx_tuple__67;
+static PyObject *__pyx_tuple__69;
+static PyObject *__pyx_tuple__70;
+static PyObject *__pyx_tuple__71;
+static PyObject *__pyx_tuple__73;
+static PyObject *__pyx_tuple__75;
+static PyObject *__pyx_tuple__76;
+static PyObject *__pyx_tuple__77;
+static PyObject *__pyx_tuple__78;
+static PyObject *__pyx_tuple__79;
+static PyObject *__pyx_tuple__80;
+static PyObject *__pyx_tuple__81;
+static PyObject *__pyx_tuple__82;
+static PyObject *__pyx_tuple__83;
+static PyObject *__pyx_tuple__84;
+static PyObject *__pyx_tuple__85;
+static PyObject *__pyx_tuple__86;
+static PyObject *__pyx_tuple__88;
+static PyObject *__pyx_codeobj__87;
+static PyObject *__pyx_codeobj__89;
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_14calignmentfile_6generator(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value); /* proto */
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":110
+ * cdef char* CODE2CIGAR= "MIDNSHP=X"
+ * if IS_PYTHON3:
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ */
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_4genexpr(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *__pyx_cur_scope;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("genexpr", 0);
+ __pyx_cur_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *)__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr, __pyx_empty_tuple, NULL);
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope)) {
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_TraceCall("genexpr", __pyx_f[0], 110);
+ {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = __Pyx_Generator_New((__pyx_generator_body_t) __pyx_gb_5pysam_14calignmentfile_6generator, (PyObject *) __pyx_cur_scope); if (unlikely(!gen)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return (PyObject *) gen;
+ }
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope));
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_14calignmentfile_6generator(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value) /* generator body */
+{
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *__pyx_cur_scope = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *)__pyx_generator->closure);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_4)(PyObject *);
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("None", 0);
+ switch (__pyx_generator->resume_label) {
+ case 0: goto __pyx_L3_first_run;
+ case 1: goto __pyx_L6_resume_from_yield;
+ default: /* CPython raises the right error here */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __pyx_L3_first_run:;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_1 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile_CODE2CIGAR); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = Py_TYPE(__pyx_t_3)->tp_iternext;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_4(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyList_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = __pyx_t_1;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = __pyx_t_3;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_2 = __pyx_t_4;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ /* return from generator, yielding value */
+ __pyx_generator->resume_label = 1;
+ return __pyx_r;
+ __pyx_L6_resume_from_yield:;
+ __pyx_t_1 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_0;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_1;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_2;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_generator->resume_label = -1;
+ __Pyx_Generator_clear((PyObject*)__pyx_generator);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_14calignmentfile_9generator1(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value); /* proto */
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":112
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * CIGAR_REGEX = re.compile( "(\d+)([MIDNSHP=X])" )
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7genexpr(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *__pyx_cur_scope;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("genexpr", 0);
+ __pyx_cur_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *)__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr, __pyx_empty_tuple, NULL);
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope)) {
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_TraceCall("genexpr", __pyx_f[0], 112);
+ {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = __Pyx_Generator_New((__pyx_generator_body_t) __pyx_gb_5pysam_14calignmentfile_9generator1, (PyObject *) __pyx_cur_scope); if (unlikely(!gen)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return (PyObject *) gen;
+ }
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope));
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_14calignmentfile_9generator1(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value) /* generator body */
+{
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *__pyx_cur_scope = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *)__pyx_generator->closure);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_4)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("None", 0);
+ switch (__pyx_generator->resume_label) {
+ case 0: goto __pyx_L3_first_run;
+ case 1: goto __pyx_L6_resume_from_yield;
+ default: /* CPython raises the right error here */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __pyx_L3_first_run:;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_1 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile_CODE2CIGAR); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = Py_TYPE(__pyx_t_3)->tp_iternext;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_4(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_y);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ord, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyList_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = __pyx_t_1;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = __pyx_t_3;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_2 = __pyx_t_4;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ /* return from generator, yielding value */
+ __pyx_generator->resume_label = 1;
+ return __pyx_r;
+ __pyx_L6_resume_from_yield:;
+ __pyx_t_1 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_0;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_1;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_2;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_generator->resume_label = -1;
+ __Pyx_Generator_clear((PyObject*)__pyx_generator);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":32
+ * ########################################################################
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length]
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_from_string_and_size(char *__pyx_v_s, size_t __pyx_v_length) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("from_string_and_size", 0);
+ __Pyx_TraceCall("from_string_and_size", __pyx_f[0], 32);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":33
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s[:length]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":34
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return s[:length].decode("ascii")
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize(__pyx_v_s + 0, __pyx_v_length - 0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 34; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":36
+ * return s[:length]
+ * else:
+ * return s[:length].decode("ascii") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_decode_c_string(__pyx_v_s, 0, __pyx_v_length, NULL, NULL, PyUnicode_DecodeASCII); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 36; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":32
+ * ########################################################################
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length]
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.from_string_and_size", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":49
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__encodeFilename(PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_encodeFilename", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_encodeFilename", __pyx_f[0], 49);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":51
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename):
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_filename == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":52
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":53
+ * if filename is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":54
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_filename))||((__pyx_v_filename) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_filename)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_filename);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":55
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":56
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_5))||((__pyx_t_5) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":58
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":49
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile._encodeFilename", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":60
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming
+ * ascii encoding.
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceBytes", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceBytes", __pyx_f[0], 60);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":64
+ * ascii encoding.
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif s is None:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":65
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif s is None:
+ * return None
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":66
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":67
+ * return s
+ * elif s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":68
+ * elif s is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":69
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":70
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.encode('ascii')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":71
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 71; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple_, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 71; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_4))||((__pyx_t_4) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 71; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":73
+ * return s.encode('ascii')
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":60
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming
+ * ascii encoding.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile._forceBytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":75
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceCmdlineBytes(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceCmdlineBytes", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceCmdlineBytes", __pyx_f[0], 75);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":76
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s):
+ * return _forceBytes(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 76; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":75
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile._forceCmdlineBytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":78
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(char *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_charptr_to_str", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_charptr_to_str", __pyx_f[0], 78);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":79
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":80
+ * cdef _charptr_to_str(char* s):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return s.decode("ascii")
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":82
+ * return s
+ * else:
+ * return s.decode("ascii") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef _forceStr(object s):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_decode_c_string(__pyx_v_s, 0, strlen(__pyx_v_s), NULL, NULL, PyUnicode_DecodeASCII); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 82; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":78
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile._charptr_to_str", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":84
+ * return s.decode("ascii")
+ *
+ * cdef _forceStr(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceStr(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceStr", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceStr", __pyx_f[0], 84);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":87
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":88
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":89
+ * if s is None:
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":90
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode('ascii')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":91
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.decode('ascii')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":92
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # assume unicode
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 92; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 92; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":95
+ * else:
+ * # assume unicode
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ########################################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":84
+ * return s.decode("ascii")
+ *
+ * cdef _forceStr(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile._forceStr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":125
+ * #####################################################################
+ * cdef class AlignedSegment
+ * cdef object makeAlignedSegment(bam1_t * src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''enter src into AlignedSegment.'''
+ * # note that the following does not call __init__
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(bam1_t *__pyx_v_src) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_dest = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("makeAlignedSegment", 0);
+ __Pyx_TraceCall("makeAlignedSegment", __pyx_f[0], 125);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":128
+ * '''enter src into AlignedSegment.'''
+ * # note that the following does not call __init__
+ * cdef AlignedSegment dest = AlignedSegment.__new__(AlignedSegment) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._delegate = bam_dup1(src)
+ * return dest
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment(((PyTypeObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment)), __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 128; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!(likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_1, __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment)))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 128; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_dest = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":129
+ * # note that the following does not call __init__
+ * cdef AlignedSegment dest = AlignedSegment.__new__(AlignedSegment)
+ * dest._delegate = bam_dup1(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return dest
+ *
+ */
+ __pyx_v_dest->_delegate = bam_dup1(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":130
+ * cdef AlignedSegment dest = AlignedSegment.__new__(AlignedSegment)
+ * dest._delegate = bam_dup1(src)
+ * return dest # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_dest));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":125
+ * #####################################################################
+ * cdef class AlignedSegment
+ * cdef object makeAlignedSegment(bam1_t * src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''enter src into AlignedSegment.'''
+ * # note that the following does not call __init__
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.makeAlignedSegment", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":134
+ *
+ * cdef class PileupColumn
+ * cdef makePileupColumn(bam_pileup1_t ** plp, int tid, int pos, int n_pu): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # note that the following does not call __init__
+ * cdef PileupColumn dest = PileupColumn.__new__(PileupColumn)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makePileupColumn(bam_pileup1_t **__pyx_v_plp, int __pyx_v_tid, int __pyx_v_pos, int __pyx_v_n_pu) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_dest = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("makePileupColumn", 0);
+ __Pyx_TraceCall("makePileupColumn", __pyx_f[0], 134);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":136
+ * cdef makePileupColumn(bam_pileup1_t ** plp, int tid, int pos, int n_pu):
+ * # note that the following does not call __init__
+ * cdef PileupColumn dest = PileupColumn.__new__(PileupColumn) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.plp = plp
+ * dest.tid = tid
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn(((PyTypeObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn)), __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!(likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_1, __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn)))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_dest = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":137
+ * # note that the following does not call __init__
+ * cdef PileupColumn dest = PileupColumn.__new__(PileupColumn)
+ * dest.plp = plp # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.tid = tid
+ * dest.pos = pos
+ */
+ __pyx_v_dest->plp = __pyx_v_plp;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":138
+ * cdef PileupColumn dest = PileupColumn.__new__(PileupColumn)
+ * dest.plp = plp
+ * dest.tid = tid # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.pos = pos
+ * dest.n_pu = n_pu
+ */
+ __pyx_v_dest->tid = __pyx_v_tid;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":139
+ * dest.plp = plp
+ * dest.tid = tid
+ * dest.pos = pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.n_pu = n_pu
+ * return dest
+ */
+ __pyx_v_dest->pos = __pyx_v_pos;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":140
+ * dest.tid = tid
+ * dest.pos = pos
+ * dest.n_pu = n_pu # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return dest
+ *
+ */
+ __pyx_v_dest->n_pu = __pyx_v_n_pu;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":141
+ * dest.pos = pos
+ * dest.n_pu = n_pu
+ * return dest # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class PileupRead
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_dest));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":134
+ *
+ * cdef class PileupColumn
+ * cdef makePileupColumn(bam_pileup1_t ** plp, int tid, int pos, int n_pu): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # note that the following does not call __init__
+ * cdef PileupColumn dest = PileupColumn.__new__(PileupColumn)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.makePileupColumn", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":144
+ *
+ * cdef class PileupRead
+ * cdef makePileupRead(bam_pileup1_t * src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''fill a PileupRead object from a bam_pileup1_t * object.'''
+ * cdef PileupRead dest = PileupRead.__new__(PileupRead)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makePileupRead(bam_pileup1_t *__pyx_v_src) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_dest = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ uint32_t __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("makePileupRead", 0);
+ __Pyx_TraceCall("makePileupRead", __pyx_f[0], 144);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":146
+ * cdef makePileupRead(bam_pileup1_t * src):
+ * '''fill a PileupRead object from a bam_pileup1_t * object.'''
+ * cdef PileupRead dest = PileupRead.__new__(PileupRead) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._alignment = makeAlignedSegment(src.b)
+ * dest._qpos = src.qpos
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_PileupRead(((PyTypeObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupRead)), __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!(likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_1, __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupRead)))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_dest = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":147
+ * '''fill a PileupRead object from a bam_pileup1_t * object.'''
+ * cdef PileupRead dest = PileupRead.__new__(PileupRead)
+ * dest._alignment = makeAlignedSegment(src.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._qpos = src.qpos
+ * dest._indel = src.indel
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(__pyx_v_src->b); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 147; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!(likely(((__pyx_t_1) == Py_None) || likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_1, __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment))))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 147; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_dest->_alignment);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_dest->_alignment));
+ __pyx_v_dest->_alignment = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":148
+ * cdef PileupRead dest = PileupRead.__new__(PileupRead)
+ * dest._alignment = makeAlignedSegment(src.b)
+ * dest._qpos = src.qpos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._indel = src.indel
+ * dest._level = src.level
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_src->qpos;
+ __pyx_v_dest->_qpos = __pyx_t_2;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":149
+ * dest._alignment = makeAlignedSegment(src.b)
+ * dest._qpos = src.qpos
+ * dest._indel = src.indel # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._level = src.level
+ * dest._is_del = src.is_del
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_src->indel;
+ __pyx_v_dest->_indel = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":150
+ * dest._qpos = src.qpos
+ * dest._indel = src.indel
+ * dest._level = src.level # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._is_del = src.is_del
+ * dest._is_head = src.is_head
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_src->level;
+ __pyx_v_dest->_level = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":151
+ * dest._indel = src.indel
+ * dest._level = src.level
+ * dest._is_del = src.is_del # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._is_head = src.is_head
+ * dest._is_tail = src.is_tail
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_src->is_del;
+ __pyx_v_dest->_is_del = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":152
+ * dest._level = src.level
+ * dest._is_del = src.is_del
+ * dest._is_head = src.is_head # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._is_tail = src.is_tail
+ * return dest
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_src->is_head;
+ __pyx_v_dest->_is_head = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":153
+ * dest._is_del = src.is_del
+ * dest._is_head = src.is_head
+ * dest._is_tail = src.is_tail # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return dest
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_src->is_tail;
+ __pyx_v_dest->_is_tail = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":154
+ * dest._is_head = src.is_head
+ * dest._is_tail = src.is_tail
+ * return dest # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef convertBinaryTagToList( uint8_t * s ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_dest));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":144
+ *
+ * cdef class PileupRead
+ * cdef makePileupRead(bam_pileup1_t * src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''fill a PileupRead object from a bam_pileup1_t * object.'''
+ * cdef PileupRead dest = PileupRead.__new__(PileupRead)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.makePileupRead", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":156
+ * return dest
+ *
+ * cdef convertBinaryTagToList( uint8_t * s ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return bytesize, number of values list of values in s."""
+ * cdef char auxtype
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_convertBinaryTagToList(uint8_t *__pyx_v_s) {
+ char __pyx_v_auxtype;
+ uint8_t __pyx_v_byte_size;
+ int32_t __pyx_v_nvalues;
+ PyObject *__pyx_v_values = NULL;
+ CYTHON_UNUSED long __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("convertBinaryTagToList", 0);
+ __Pyx_TraceCall("convertBinaryTagToList", __pyx_f[0], 156);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":163
+ *
+ * # get byte size
+ * auxtype = s[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * byte_size = aux_type2size( auxtype )
+ * s += 1
+ */
+ __pyx_v_auxtype = (__pyx_v_s[0]);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":164
+ * # get byte size
+ * auxtype = s[0]
+ * byte_size = aux_type2size( auxtype ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 1
+ * # get number of values in array
+ */
+ __pyx_v_byte_size = aux_type2size(__pyx_v_auxtype);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":165
+ * auxtype = s[0]
+ * byte_size = aux_type2size( auxtype )
+ * s += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # get number of values in array
+ * nvalues = (<int32_t*>s)[0]
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":167
+ * s += 1
+ * # get number of values in array
+ * nvalues = (<int32_t*>s)[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 4
+ * # get values
+ */
+ __pyx_v_nvalues = (((int32_t *)__pyx_v_s)[0]);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":168
+ * # get number of values in array
+ * nvalues = (<int32_t*>s)[0]
+ * s += 4 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # get values
+ * values = []
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":170
+ * s += 4
+ * # get values
+ * values = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if auxtype == 'c':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 170; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_values = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":195
+ * values.append((<uint32_t*>s)[0])
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'f': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<float*>s)[0])
+ */
+ switch (__pyx_v_auxtype) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":171
+ * # get values
+ * values = []
+ * if auxtype == 'c': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int8_t*>s)[0])
+ */
+ case 'c':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":172
+ * values = []
+ * if auxtype == 'c':
+ * for x from 0 <= x < nvalues: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append((<int8_t*>s)[0])
+ * s += 1
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nvalues;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":173
+ * if auxtype == 'c':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int8_t*>s)[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 1
+ * elif auxtype == 'C':
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int8_t((((int8_t *)__pyx_v_s)[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 173; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 173; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":174
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int8_t*>s)[0])
+ * s += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'C':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 1);
+ }
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":175
+ * values.append((<int8_t*>s)[0])
+ * s += 1
+ * elif auxtype == 'C': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint8_t*>s)[0])
+ */
+ case 'C':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":176
+ * s += 1
+ * elif auxtype == 'C':
+ * for x from 0 <= x < nvalues: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append((<uint8_t*>s)[0])
+ * s += 1
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nvalues;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":177
+ * elif auxtype == 'C':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint8_t*>s)[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 1
+ * elif auxtype == 's':
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint8_t((((uint8_t *)__pyx_v_s)[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 177; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 177; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":178
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint8_t*>s)[0])
+ * s += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 's':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 1);
+ }
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":179
+ * values.append((<uint8_t*>s)[0])
+ * s += 1
+ * elif auxtype == 's': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int16_t*>s)[0])
+ */
+ case 's':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":180
+ * s += 1
+ * elif auxtype == 's':
+ * for x from 0 <= x < nvalues: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append((<int16_t*>s)[0])
+ * s += 2
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nvalues;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":181
+ * elif auxtype == 's':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int16_t*>s)[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 2
+ * elif auxtype == 'S':
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int16_t((((int16_t *)__pyx_v_s)[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 181; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 181; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":182
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int16_t*>s)[0])
+ * s += 2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'S':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 2);
+ }
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":183
+ * values.append((<int16_t*>s)[0])
+ * s += 2
+ * elif auxtype == 'S': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint16_t*>s)[0])
+ */
+ case 'S':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":184
+ * s += 2
+ * elif auxtype == 'S':
+ * for x from 0 <= x < nvalues: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append((<uint16_t*>s)[0])
+ * s += 2
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nvalues;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":185
+ * elif auxtype == 'S':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint16_t*>s)[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 2
+ * elif auxtype == 'i':
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint16_t((((uint16_t *)__pyx_v_s)[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":186
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint16_t*>s)[0])
+ * s += 2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'i':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 2);
+ }
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":187
+ * values.append((<uint16_t*>s)[0])
+ * s += 2
+ * elif auxtype == 'i': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int32_t*>s)[0])
+ */
+ case 'i':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":188
+ * s += 2
+ * elif auxtype == 'i':
+ * for x from 0 <= x < nvalues: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append((<int32_t*>s)[0])
+ * s += 4
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nvalues;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":189
+ * elif auxtype == 'i':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int32_t*>s)[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'I':
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t((((int32_t *)__pyx_v_s)[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":190
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<int32_t*>s)[0])
+ * s += 4 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'I':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 4);
+ }
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":191
+ * values.append((<int32_t*>s)[0])
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'I': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint32_t*>s)[0])
+ */
+ case 'I':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":192
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'I':
+ * for x from 0 <= x < nvalues: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append((<uint32_t*>s)[0])
+ * s += 4
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nvalues;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":193
+ * elif auxtype == 'I':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint32_t*>s)[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'f':
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t((((uint32_t *)__pyx_v_s)[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 193; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 193; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":194
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<uint32_t*>s)[0])
+ * s += 4 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'f':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 4);
+ }
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":195
+ * values.append((<uint32_t*>s)[0])
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'f': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<float*>s)[0])
+ */
+ case 'f':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":196
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'f':
+ * for x from 0 <= x < nvalues: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append((<float*>s)[0])
+ * s += 4
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nvalues;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":197
+ * elif auxtype == 'f':
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<float*>s)[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 4
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyFloat_FromDouble((((float *)__pyx_v_s)[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 197; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 197; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":198
+ * for x from 0 <= x < nvalues:
+ * values.append((<float*>s)[0])
+ * s += 4 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return byte_size, nvalues, values
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 4);
+ }
+ break;
+ default: break;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":200
+ * s += 4
+ *
+ * return byte_size, nvalues, values # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint8_t(__pyx_v_byte_size); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_nvalues); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_v_values);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":156
+ * return dest
+ *
+ * cdef convertBinaryTagToList( uint8_t * s ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return bytesize, number of values list of values in s."""
+ * cdef char auxtype
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.convertBinaryTagToList", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_values);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":297
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.htsfile = NULL
+ * self._filename = None
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_args = 0;
+ PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__cinit__", 1))) return -1;
+ __pyx_v_kwargs = (__pyx_kwds) ? PyDict_Copy(__pyx_kwds) : PyDict_New();
+ if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return -1;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_args);
+ __pyx_v_args = __pyx_args;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_args, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_args);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__cinit__", __pyx_f[0], 297);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":298
+ *
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ):
+ * self.htsfile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename = None
+ * self.isbam = False
+ */
+ __pyx_v_self->htsfile = NULL;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":299
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ):
+ * self.htsfile = NULL
+ * self._filename = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.isbam = False
+ * self.isstream = False
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = Py_None;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":300
+ * self.htsfile = NULL
+ * self._filename = None
+ * self.isbam = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.isstream = False
+ * self._open(*args, **kwargs)
+ */
+ __pyx_v_self->isbam = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":301
+ * self._filename = None
+ * self.isbam = False
+ * self.isstream = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._open(*args, **kwargs)
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->isstream = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":302
+ * self.isbam = False
+ * self.isstream = False
+ * self._open(*args, **kwargs) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # allocate memory for iterator
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_open); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 302; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PySequence_Tuple(__pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 302; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_kwargs;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 302; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":305
+ *
+ * # allocate memory for iterator
+ * self.b = <bam1_t*>calloc(1, sizeof(bam1_t)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _isOpen( self ):
+ */
+ __pyx_v_self->b = ((bam1_t *)calloc(1, (sizeof(bam1_t))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":297
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.htsfile = NULL
+ * self._filename = None
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":307
+ * self.b = <bam1_t*>calloc(1, sizeof(bam1_t))
+ *
+ * def _isOpen( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if htsfile has been opened.'''
+ * return self.htsfile != NULL
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_3_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_2_isOpen[] = "AlignmentFile._isOpen(self)\nreturn true if htsfile has been opened.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_3_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_2_isOpen(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_2_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_isOpen", __pyx_f[0], 307);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":309
+ * def _isOpen( self ):
+ * '''return true if htsfile has been opened.'''
+ * return self.htsfile != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _hasIndex( self ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((__pyx_v_self->htsfile != NULL)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 309; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":307
+ * self.b = <bam1_t*>calloc(1, sizeof(bam1_t))
+ *
+ * def _isOpen( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if htsfile has been opened.'''
+ * return self.htsfile != NULL
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._isOpen", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":311
+ * return self.htsfile != NULL
+ *
+ * def _hasIndex( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if htsfile has an existing (and opened) index.'''
+ * return self.index != NULL
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_5_hasIndex(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4_hasIndex[] = "AlignmentFile._hasIndex(self)\nreturn true if htsfile has an existing (and opened) index.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_5_hasIndex(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_hasIndex (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4_hasIndex(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4_hasIndex(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_hasIndex", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_hasIndex", __pyx_f[0], 311);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":313
+ * def _hasIndex( self ):
+ * '''return true if htsfile has an existing (and opened) index.'''
+ * return self.index != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _open(self,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((__pyx_v_self->index != NULL)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 313; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":311
+ * return self.htsfile != NULL
+ *
+ * def _hasIndex( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if htsfile has an existing (and opened) index.'''
+ * return self.index != NULL
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._hasIndex", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":315
+ * return self.index != NULL
+ *
+ * def _open(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode=None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6_open[] = "AlignmentFile._open(self, filename, mode=None, AlignmentFile template=None, referencenames=None, referencelengths=None, text=None, header=None, port=None, add_sq_text=True, check_header=True, check_sq=True)\nopen a sam/bam file.\n\n If _open is called on an existing bamfile, the current file will be\n closed and a new file will be opened.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ PyObject *__pyx_v_mode = 0;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_template = 0;
+ PyObject *__pyx_v_referencenames = 0;
+ PyObject *__pyx_v_referencelengths = 0;
+ PyObject *__pyx_v_text = 0;
+ PyObject *__pyx_v_header = 0;
+ PyObject *__pyx_v_port = 0;
+ PyObject *__pyx_v_add_sq_text = 0;
+ PyObject *__pyx_v_check_header = 0;
+ PyObject *__pyx_v_check_sq = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_filename,&__pyx_n_s_mode,&__pyx_n_s_template,&__pyx_n_s_referencenames,&__pyx_n_s_referencelengths,&__pyx_n_s_text,&__pyx_n_s_header,&__pyx_n_s_port,&__pyx_n_s_add_sq_text,&__pyx_n_s_check_header,&__pyx_n_s_check_sq,0};
+ PyObject* values[11] = {0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":317
+ * def _open(self,
+ * filename,
+ * mode=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * AlignmentFile template=None,
+ * referencenames=None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":318
+ * filename,
+ * mode=None,
+ * AlignmentFile template=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencenames=None,
+ * referencelengths=None,
+ */
+ values[2] = (PyObject *)((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":319
+ * mode=None,
+ * AlignmentFile template=None,
+ * referencenames=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencelengths=None,
+ * text=None,
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":320
+ * AlignmentFile template=None,
+ * referencenames=None,
+ * referencelengths=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * text=None,
+ * header=None,
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":321
+ * referencenames=None,
+ * referencelengths=None,
+ * text=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * header=None,
+ * port=None,
+ */
+ values[5] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":322
+ * referencelengths=None,
+ * text=None,
+ * header=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * port=None,
+ * add_sq_text=True,
+ */
+ values[6] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":323
+ * text=None,
+ * header=None,
+ * port=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * add_sq_text=True,
+ * check_header=True,
+ */
+ values[7] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":324
+ * header=None,
+ * port=None,
+ * add_sq_text=True, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * check_header=True,
+ * check_sq=True):
+ */
+ values[8] = ((PyObject *)Py_True);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":325
+ * port=None,
+ * add_sq_text=True,
+ * check_header=True, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * check_sq=True):
+ * '''open a sam/bam file.
+ */
+ values[9] = ((PyObject *)Py_True);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":326
+ * add_sq_text=True,
+ * check_header=True,
+ * check_sq=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open a sam/bam file.
+ *
+ */
+ values[10] = ((PyObject *)Py_True);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 11: values[10] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 10);
+ case 10: values[9] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 9);
+ case 9: values[8] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 8);
+ case 8: values[7] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 7);
+ case 7: values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_mode);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_template);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_referencenames);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_referencelengths);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 5:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_text);
+ if (value) { values[5] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 6:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_header);
+ if (value) { values[6] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 7:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_port);
+ if (value) { values[7] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 8:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_add_sq_text);
+ if (value) { values[8] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 9:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_check_header);
+ if (value) { values[9] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 10:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_check_sq);
+ if (value) { values[10] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_open") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 315; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 11: values[10] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 10);
+ case 10: values[9] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 9);
+ case 9: values[8] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 8);
+ case 8: values[7] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 7);
+ case 7: values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_filename = values[0];
+ __pyx_v_mode = values[1];
+ __pyx_v_template = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[2]);
+ __pyx_v_referencenames = values[3];
+ __pyx_v_referencelengths = values[4];
+ __pyx_v_text = values[5];
+ __pyx_v_header = values[6];
+ __pyx_v_port = values[7];
+ __pyx_v_add_sq_text = values[8];
+ __pyx_v_check_header = values[9];
+ __pyx_v_check_sq = values[10];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_open", 0, 1, 11, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 315; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_template), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "template", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 318; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6_open(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_filename, __pyx_v_mode, __pyx_v_template, __pyx_v_referencenames, __pyx_v_referencelengths, __pyx_v_text, __pyx_v_header, __pyx_v_port, __pyx_v_add_sq_text, __pyx_v_check_header, __pyx_v_check_sq);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":315
+ * return self.index != NULL
+ *
+ * def _open(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6_open(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_mode, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_template, PyObject *__pyx_v_referencenames, PyObject *__pyx_v_referencelengths, PyObject *__pyx_v_text, PyObject *__pyx_v_header, PyObject *__pyx_v_port, PyObject *__pyx_v_add_sq_text, PyObject *__pyx_v_check_header, PyObject *__pyx_ [...]
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_msg = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_bmode = 0;
+ char *__pyx_v_ctext;
+ PyObject *__pyx_v_n = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_name = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_ref = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ Py_ssize_t __pyx_t_12;
+ Py_ssize_t __pyx_t_13;
+ PyObject *(*__pyx_t_14)(PyObject *);
+ size_t __pyx_t_15;
+ int32_t __pyx_t_16;
+ long __pyx_t_17;
+ uint32_t __pyx_t_18;
+ char const *__pyx_t_19;
+ int __pyx_t_20;
+ char *__pyx_t_21;
+ char const *__pyx_t_22;
+ char const *__pyx_t_23;
+ int __pyx_t_24;
+ BGZF *__pyx_t_25;
+ char const *__pyx_t_26;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_open", __pyx_f[0], 315);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_mode);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_referencenames);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_text);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":334
+ *
+ * # read mode autodetection
+ * if mode is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * self._open(filename, 'rb',
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_mode == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":335
+ * # read mode autodetection
+ * if mode is None:
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._open(filename, 'rb',
+ * template=template,
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_3, &__pyx_t_4, &__pyx_t_5);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":336
+ * if mode is None:
+ * try:
+ * self._open(filename, 'rb', # <<<<<<<<<<<<<<
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames,
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_open); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_rb);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_n_s_rb);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_rb);
+ __pyx_t_8 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":337
+ * try:
+ * self._open(filename, 'rb',
+ * template=template, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencenames=referencenames,
+ * referencelengths=referencelengths,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_template, ((PyObject *)__pyx_v_template)) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":338
+ * self._open(filename, 'rb',
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencelengths=referencelengths,
+ * text=text,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_referencenames, __pyx_v_referencenames) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":339
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames,
+ * referencelengths=referencelengths, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * text=text,
+ * header=header,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_referencelengths, __pyx_v_referencelengths) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":340
+ * referencenames=referencenames,
+ * referencelengths=referencelengths,
+ * text=text, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * header=header,
+ * port=port,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_text, __pyx_v_text) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":341
+ * referencelengths=referencelengths,
+ * text=text,
+ * header=header, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * port=port,
+ * check_header=check_header,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_header, __pyx_v_header) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":342
+ * text=text,
+ * header=header,
+ * port=port, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * check_header=check_header,
+ * check_sq=check_sq)
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_port, __pyx_v_port) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":343
+ * header=header,
+ * port=port,
+ * check_header=check_header, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * check_sq=check_sq)
+ * return
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_check_header, __pyx_v_check_header) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":344
+ * port=port,
+ * check_header=check_header,
+ * check_sq=check_sq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ * except ValueError, msg:
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_check_sq, __pyx_v_check_sq) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":336
+ * if mode is None:
+ * try:
+ * self._open(filename, 'rb', # <<<<<<<<<<<<<<
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames,
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_7, __pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":345
+ * check_header=check_header,
+ * check_sq=check_sq)
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except ValueError, msg:
+ * pass
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L8_try_return;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L11_try_end;
+ __pyx_L4_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":346
+ * check_sq=check_sq)
+ * return
+ * except ValueError, msg: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+ __pyx_t_10 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_ValueError);
+ if (__pyx_t_10) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_9, &__pyx_t_8, &__pyx_t_7) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 346; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_v_msg = __pyx_t_8;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L5_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L6_except_error;
+ __pyx_L6_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L8_try_return:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L5_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ __pyx_L11_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":349
+ * pass
+ *
+ * self._open(filename, 'r', # <<<<<<<<<<<<<<
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames,
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_open); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_r);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_n_s_r);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_r);
+ __pyx_t_9 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":350
+ *
+ * self._open(filename, 'r',
+ * template=template, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencenames=referencenames,
+ * referencelengths=referencelengths,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_template, ((PyObject *)__pyx_v_template)) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":351
+ * self._open(filename, 'r',
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencelengths=referencelengths,
+ * text=text,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_referencenames, __pyx_v_referencenames) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":352
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames,
+ * referencelengths=referencelengths, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * text=text,
+ * header=header,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_referencelengths, __pyx_v_referencelengths) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":353
+ * referencenames=referencenames,
+ * referencelengths=referencelengths,
+ * text=text, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * header=header,
+ * port=port,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_text, __pyx_v_text) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":354
+ * referencelengths=referencelengths,
+ * text=text,
+ * header=header, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * port=port,
+ * check_header=check_header,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_header, __pyx_v_header) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":355
+ * text=text,
+ * header=header,
+ * port=port, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * check_header=check_header,
+ * check_sq=check_sq)
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_port, __pyx_v_port) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":356
+ * header=header,
+ * port=port,
+ * check_header=check_header, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * check_sq=check_sq)
+ * return
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_check_header, __pyx_v_check_header) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":357
+ * port=port,
+ * check_header=check_header,
+ * check_sq=check_sq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ *
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_check_sq, __pyx_v_check_sq) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":349
+ * pass
+ *
+ * self._open(filename, 'r', # <<<<<<<<<<<<<<
+ * template=template,
+ * referencenames=referencenames,
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_8, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":358
+ * check_header=check_header,
+ * check_sq=check_sq)
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * assert mode in ("r","w","rb","wb", "wh", "wbu", "rU", "wb0"), \
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":360
+ * return
+ *
+ * assert mode in ("r","w","rb","wb", "wh", "wbu", "rU", "wb0"), \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "invalid file opening mode `%s`" % mode
+ *
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_mode);
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_mode;
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_r, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_w, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (!__pyx_t_11) {
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_rb, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_11;
+ }
+ if (!__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_11 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_wb, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_11;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_wh, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (!__pyx_t_11) {
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_wbu, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_11;
+ }
+ if (!__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_11 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_rU, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_11;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_6, __pyx_n_s_wb0, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_2;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (unlikely(!(__pyx_t_11 != 0))) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":361
+ *
+ * assert mode in ("r","w","rb","wb", "wh", "wbu", "rU", "wb0"), \
+ * "invalid file opening mode `%s`" % mode # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # close a previously opened file
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_invalid_file_opening_mode_s, __pyx_v_mode); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":364
+ *
+ * # close a previously opened file
+ * if self.htsfile != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = ((__pyx_v_self->htsfile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":365
+ * # close a previously opened file
+ * if self.htsfile != NULL:
+ * self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # for htslib, wbu seems to not work
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L14;
+ }
+ __pyx_L14:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":368
+ *
+ * # for htslib, wbu seems to not work
+ * if mode == "wbu": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * mode = "wb0"
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_mode, __pyx_n_s_wbu, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":369
+ * # for htslib, wbu seems to not work
+ * if mode == "wbu":
+ * mode = "wb0" # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bytes bmode = mode.encode('ascii')
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_wb0);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_mode, __pyx_n_s_wb0);
+ goto __pyx_L15;
+ }
+ __pyx_L15:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":371
+ * mode = "wb0"
+ *
+ * cdef bytes bmode = mode.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename = filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.isstream = filename == b"-"
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_mode, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_tuple__3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_6))||((__pyx_t_6) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_bmode = ((PyObject*)__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":372
+ *
+ * cdef bytes bmode = mode.encode('ascii')
+ * self._filename = filename = _encodeFilename(filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.isstream = filename == b"-"
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__encodeFilename(__pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = __pyx_t_6;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_filename, __pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":373
+ * cdef bytes bmode = mode.encode('ascii')
+ * self._filename = filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.isstream = filename == b"-" # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.isbam = len(mode) > 1 and mode[1] == 'b'
+ */
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_filename, __pyx_kp_b__4, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_6); if (unlikely((__pyx_t_10 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_v_self->isstream = __pyx_t_10;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":375
+ * self.isstream = filename == b"-"
+ *
+ * self.isbam = len(mode) > 1 and mode[1] == 'b' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.isremote = filename.startswith(b"http:") or \
+ */
+ __pyx_t_12 = PyObject_Length(__pyx_v_mode); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyBool_FromLong((__pyx_t_12 > 1)); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_11) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_mode, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_9, __pyx_n_s_b, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_8;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_9); if (unlikely((__pyx_t_10 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_self->isbam = __pyx_t_10;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":377
+ * self.isbam = len(mode) > 1 and mode[1] == 'b'
+ *
+ * self.isremote = filename.startswith(b"http:") or \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename.startswith(b"ftp:")
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_tuple__5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_11) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":378
+ *
+ * self.isremote = filename.startswith(b"http:") or \
+ * filename.startswith(b"ftp:") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * ctext
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_tuple__6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_8;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":377
+ * self.isbam = len(mode) > 1 and mode[1] == 'b'
+ *
+ * self.isremote = filename.startswith(b"http:") or \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename.startswith(b"ftp:")
+ *
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_9); if (unlikely((__pyx_t_10 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_self->isremote = __pyx_t_10;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":381
+ *
+ * cdef char * ctext
+ * ctext = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if mode[0] == 'w':
+ */
+ __pyx_v_ctext = NULL;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":383
+ * ctext = NULL
+ *
+ * if mode[0] == 'w': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # open file for writing
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_mode, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 383; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_11 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_w, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 383; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":387
+ *
+ * # header structure (used for writing)
+ * if template: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header = bam_hdr_dup(template.header)
+ * elif header:
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(((PyObject *)__pyx_v_template)); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":388
+ * # header structure (used for writing)
+ * if template:
+ * self.header = bam_hdr_dup(template.header) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif header:
+ * self.header = self._buildHeader(header)
+ */
+ __pyx_v_self->header = bam_hdr_dup(__pyx_v_template->header);
+ goto __pyx_L17;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":389
+ * if template:
+ * self.header = bam_hdr_dup(template.header)
+ * elif header: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header = self._buildHeader(header)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_header); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 389; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":390
+ * self.header = bam_hdr_dup(template.header)
+ * elif header:
+ * self.header = self._buildHeader(header) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # build header from a target names and lengths
+ */
+ __pyx_v_self->header = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->_buildHeader(__pyx_v_self, __pyx_v_header);
+ goto __pyx_L17;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":393
+ * else:
+ * # build header from a target names and lengths
+ * assert referencenames and referencelengths, \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ("either supply options `template`, `header` "
+ * "or both `referencenames` and `referencelengths` "
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_referencenames); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_11) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_referencelengths); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_11;
+ }
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_kp_s_either_supply_options_template_h);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":397
+ * "or both `referencenames` and `referencelengths` "
+ * "for writing")
+ * assert len(referencenames) == len(referencelengths), \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "unequal names and lengths of reference sequences"
+ *
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __pyx_t_12 = PyObject_Length(__pyx_v_referencenames); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_13 = PyObject_Length(__pyx_v_referencelengths); if (unlikely(__pyx_t_13 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (unlikely(!((__pyx_t_12 == __pyx_t_13) != 0))) {
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_kp_s_unequal_names_and_lengths_of_ref);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":401
+ *
+ * # allocate and fill header
+ * referencenames = [_forceBytes(ref) for ref in referencenames] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header = bam_hdr_init()
+ * self.header.n_targets = len(referencenames)
+ */
+ __pyx_t_9 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_referencenames) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_referencenames)) {
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_referencenames; __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_14 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_13 = -1; __pyx_t_6 = PyObject_GetIter(__pyx_v_referencenames); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_14 = Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_14 && PyList_CheckExact(__pyx_t_6)) {
+ if (__pyx_t_13 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_6)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_6, __pyx_t_13); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_13++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_6, __pyx_t_13); __pyx_t_13++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_14 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_6)) {
+ if (__pyx_t_13 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_6)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_6, __pyx_t_13); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_13++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_6, __pyx_t_13); __pyx_t_13++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_14(__pyx_t_6);
+ if (unlikely(!__pyx_t_8)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_ref); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_9, (PyObject*)__pyx_t_8))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_referencenames, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":402
+ * # allocate and fill header
+ * referencenames = [_forceBytes(ref) for ref in referencenames]
+ * self.header = bam_hdr_init() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.n_targets = len(referencenames)
+ * n = 0
+ */
+ __pyx_v_self->header = bam_hdr_init();
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":403
+ * referencenames = [_forceBytes(ref) for ref in referencenames]
+ * self.header = bam_hdr_init()
+ * self.header.n_targets = len(referencenames) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * n = 0
+ * for x in referencenames:
+ */
+ __pyx_t_13 = PyObject_Length(__pyx_v_referencenames); if (unlikely(__pyx_t_13 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 403; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->header->n_targets = __pyx_t_13;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":404
+ * self.header = bam_hdr_init()
+ * self.header.n_targets = len(referencenames)
+ * n = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x in referencenames:
+ * n += len(x) + 1
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_v_n = __pyx_int_0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":405
+ * self.header.n_targets = len(referencenames)
+ * n = 0
+ * for x in referencenames: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * n += len(x) + 1
+ * self.header.target_name = <char**>calloc(
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_referencenames) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_referencenames)) {
+ __pyx_t_9 = __pyx_v_referencenames; __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_14 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_13 = -1; __pyx_t_9 = PyObject_GetIter(__pyx_v_referencenames); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_14 = Py_TYPE(__pyx_t_9)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_14 && PyList_CheckExact(__pyx_t_9)) {
+ if (__pyx_t_13 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_9)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_13); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_13++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_13); __pyx_t_13++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_14 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_9)) {
+ if (__pyx_t_13 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_9)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_13); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_13++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_13); __pyx_t_13++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_14(__pyx_t_9);
+ if (unlikely(!__pyx_t_6)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":406
+ * n = 0
+ * for x in referencenames:
+ * n += len(x) + 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.target_name = <char**>calloc(
+ * n, sizeof(char*))
+ */
+ __pyx_t_12 = PyObject_Length(__pyx_v_x); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = PyInt_FromSsize_t((__pyx_t_12 + 1)); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_8 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_n, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_n, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":408
+ * n += len(x) + 1
+ * self.header.target_name = <char**>calloc(
+ * n, sizeof(char*)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.target_len = <uint32_t*>calloc(
+ * n, sizeof(uint32_t))
+ */
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyInt_As_size_t(__pyx_v_n); if (unlikely((__pyx_t_15 == (size_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":407
+ * for x in referencenames:
+ * n += len(x) + 1
+ * self.header.target_name = <char**>calloc( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * n, sizeof(char*))
+ * self.header.target_len = <uint32_t*>calloc(
+ */
+ __pyx_v_self->header->target_name = ((char **)calloc(__pyx_t_15, (sizeof(char *))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":410
+ * n, sizeof(char*))
+ * self.header.target_len = <uint32_t*>calloc(
+ * n, sizeof(uint32_t)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * self.header.target_len[x] = referencelengths[x]
+ */
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyInt_As_size_t(__pyx_v_n); if (unlikely((__pyx_t_15 == (size_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":409
+ * self.header.target_name = <char**>calloc(
+ * n, sizeof(char*))
+ * self.header.target_len = <uint32_t*>calloc( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * n, sizeof(uint32_t))
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_v_self->header->target_len = ((uint32_t *)calloc(__pyx_t_15, (sizeof(uint32_t))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":411
+ * self.header.target_len = <uint32_t*>calloc(
+ * n, sizeof(uint32_t))
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.target_len[x] = referencelengths[x]
+ * name = referencenames[x]
+ */
+ __pyx_t_16 = __pyx_v_self->header->n_targets;
+ for (__pyx_t_17 = 0; __pyx_t_17 < __pyx_t_16; __pyx_t_17++) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_long(__pyx_t_17); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 411; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":412
+ * n, sizeof(uint32_t))
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * self.header.target_len[x] = referencelengths[x] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * name = referencenames[x]
+ * self.header.target_name[x] = <char*>calloc(
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_GetItem(__pyx_v_referencelengths, __pyx_v_x); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 412; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_9); if (unlikely((__pyx_t_18 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 412; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_v_x); if (unlikely((__pyx_t_13 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 412; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ (__pyx_v_self->header->target_len[__pyx_t_13]) = __pyx_t_18;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":413
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * self.header.target_len[x] = referencelengths[x]
+ * name = referencenames[x] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.target_name[x] = <char*>calloc(
+ * len(name) + 1, sizeof(char))
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_GetItem(__pyx_v_referencenames, __pyx_v_x); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 413; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_name, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":415
+ * name = referencenames[x]
+ * self.header.target_name[x] = <char*>calloc(
+ * len(name) + 1, sizeof(char)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strncpy(self.header.target_name[x], name, len(name))
+ *
+ */
+ __pyx_t_13 = PyObject_Length(__pyx_v_name); if (unlikely(__pyx_t_13 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":414
+ * self.header.target_len[x] = referencelengths[x]
+ * name = referencenames[x]
+ * self.header.target_name[x] = <char*>calloc( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * len(name) + 1, sizeof(char))
+ * strncpy(self.header.target_name[x], name, len(name))
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_v_x); if (unlikely((__pyx_t_12 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 414; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ (__pyx_v_self->header->target_name[__pyx_t_12]) = ((char *)calloc((__pyx_t_13 + 1), (sizeof(char))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":416
+ * self.header.target_name[x] = <char*>calloc(
+ * len(name) + 1, sizeof(char))
+ * strncpy(self.header.target_name[x], name, len(name)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Optionally, if there is no text, add a SAM
+ */
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_v_x); if (unlikely((__pyx_t_13 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_19 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_name); if (unlikely((!__pyx_t_19) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = PyObject_Length(__pyx_v_name); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ strncpy((__pyx_v_self->header->target_name[__pyx_t_13]), __pyx_t_19, __pyx_t_12);
+ __pyx_t_17 = __Pyx_PyInt_As_long(__pyx_v_x); if (unlikely((__pyx_t_17 == (long)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 411; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":411
+ * self.header.target_len = <uint32_t*>calloc(
+ * n, sizeof(uint32_t))
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.target_len[x] = referencelengths[x]
+ * name = referencenames[x]
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_long(__pyx_t_17); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 411; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":420
+ * # Optionally, if there is no text, add a SAM
+ * # compatible header to output file.
+ * if text is None and add_sq_text: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * text = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_text == Py_None);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_add_sq_text); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_11;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":421
+ * # compatible header to output file.
+ * if text is None and add_sq_text:
+ * text = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * text.append("@SQ\tSN:%s\tLN:%s\n" % \
+ */
+ __pyx_t_9 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_text, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":422
+ * if text is None and add_sq_text:
+ * text = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * text.append("@SQ\tSN:%s\tLN:%s\n" % \
+ * (_forceStr(referencenames[x]),
+ */
+ __pyx_t_16 = __pyx_v_self->header->n_targets;
+ for (__pyx_t_17 = 0; __pyx_t_17 < __pyx_t_16; __pyx_t_17++) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_long(__pyx_t_17); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":424
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * text.append("@SQ\tSN:%s\tLN:%s\n" % \
+ * (_forceStr(referencenames[x]), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencelengths[x]))
+ * text = ''.join(text)
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_GetItem(__pyx_v_referencenames, __pyx_v_x); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceStr(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":425
+ * text.append("@SQ\tSN:%s\tLN:%s\n" % \
+ * (_forceStr(referencenames[x]),
+ * referencelengths[x])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * text = ''.join(text)
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_GetItem(__pyx_v_referencelengths, __pyx_v_x); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":424
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * text.append("@SQ\tSN:%s\tLN:%s\n" % \
+ * (_forceStr(referencenames[x]), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * referencelengths[x]))
+ * text = ''.join(text)
+ */
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":423
+ * text = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * text.append("@SQ\tSN:%s\tLN:%s\n" % \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (_forceStr(referencenames[x]),
+ * referencelengths[x]))
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_SQ_SN_s_LN_s, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 423; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_v_text, __pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_20 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 423; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_17 = __Pyx_PyInt_As_long(__pyx_v_x); if (unlikely((__pyx_t_17 == (long)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":422
+ * if text is None and add_sq_text:
+ * text = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * text.append("@SQ\tSN:%s\tLN:%s\n" % \
+ * (_forceStr(referencenames[x]),
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_long(__pyx_t_17); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":426
+ * (_forceStr(referencenames[x]),
+ * referencelengths[x]))
+ * text = ''.join(text) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if text is not None:
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__7, __pyx_v_text); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_text, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L24;
+ }
+ __pyx_L24:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":428
+ * text = ''.join(text)
+ *
+ * if text is not None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # copy without \0
+ * text = _forceBytes(text)
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_text != Py_None);
+ __pyx_t_1 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":430
+ * if text is not None:
+ * # copy without \0
+ * text = _forceBytes(text) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ctext = text
+ * self.header.l_text = strlen(ctext)
+ */
+ __pyx_t_9 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_text); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 430; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_text, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":431
+ * # copy without \0
+ * text = _forceBytes(text)
+ * ctext = text # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.l_text = strlen(ctext)
+ * self.header.text = <char*>calloc(
+ */
+ __pyx_t_21 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_text); if (unlikely((!__pyx_t_21) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_ctext = __pyx_t_21;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":432
+ * text = _forceBytes(text)
+ * ctext = text
+ * self.header.l_text = strlen(ctext) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header.text = <char*>calloc(
+ * strlen(ctext), sizeof(char))
+ */
+ __pyx_v_self->header->l_text = strlen(__pyx_v_ctext);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":433
+ * ctext = text
+ * self.header.l_text = strlen(ctext)
+ * self.header.text = <char*>calloc( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strlen(ctext), sizeof(char))
+ * memcpy(self.header.text, ctext, strlen(ctext))
+ */
+ __pyx_v_self->header->text = ((char *)calloc(strlen(__pyx_v_ctext), (sizeof(char))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":435
+ * self.header.text = <char*>calloc(
+ * strlen(ctext), sizeof(char))
+ * memcpy(self.header.text, ctext, strlen(ctext)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # open file. Header gets written to file at the same time for bam files
+ */
+ memcpy(__pyx_v_self->header->text, __pyx_v_ctext, strlen(__pyx_v_ctext));
+ goto __pyx_L27;
+ }
+ __pyx_L27:;
+ }
+ __pyx_L17:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":439
+ * # open file. Header gets written to file at the same time for bam files
+ * # and sam files (in the latter case, the mode needs to be wh)
+ * self.htsfile = hts_open(filename, bmode) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # for compatibility - "w" writes sam file without header
+ */
+ __pyx_t_22 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_filename); if (unlikely((!__pyx_t_22) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_bmode); if (unlikely((!__pyx_t_23) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->htsfile = hts_open(__pyx_t_22, __pyx_t_23);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":442
+ *
+ * # for compatibility - "w" writes sam file without header
+ * if self.isbam or "h" in mode: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # write header to htsfile
+ * sam_hdr_write(self.htsfile, self.header)
+ */
+ if (!(__pyx_v_self->isbam != 0)) {
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_n_s_h, __pyx_v_mode, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 442; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_self->isbam != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":444
+ * if self.isbam or "h" in mode:
+ * # write header to htsfile
+ * sam_hdr_write(self.htsfile, self.header) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * elif mode[0] == "r":
+ */
+ sam_hdr_write(__pyx_v_self->htsfile, __pyx_v_self->header);
+ goto __pyx_L28;
+ }
+ __pyx_L28:;
+ goto __pyx_L16;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":446
+ * sam_hdr_write(self.htsfile, self.header)
+ *
+ * elif mode[0] == "r": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # open file for reading
+ * if (filename != b"-"
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_mode, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_r, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":448
+ * elif mode[0] == "r":
+ * # open file for reading
+ * if (filename != b"-" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * and not self.isremote
+ * and not os.path.exists(filename)):
+ */
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyBytes_Equals(__pyx_v_filename, __pyx_kp_b__4, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 448; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":449
+ * # open file for reading
+ * if (filename != b"-"
+ * and not self.isremote # <<<<<<<<<<<<<<
+ * and not os.path.exists(filename)):
+ * raise IOError("file `%s` not found" % filename)
+ */
+ __pyx_t_1 = (!(__pyx_v_self->isremote != 0));
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":450
+ * if (filename != b"-"
+ * and not self.isremote
+ * and not os.path.exists(filename)): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("file `%s` not found" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_9, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_24 = (!__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_24;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_1;
+ }
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_11;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":451
+ * and not self.isremote
+ * and not os.path.exists(filename)):
+ * raise IOError("file `%s` not found" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # try to detect errors
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_file_s_not_found, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":454
+ *
+ * # try to detect errors
+ * self.htsfile = hts_open(filename, bmode) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.htsfile == NULL:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_22 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_filename); if (unlikely((!__pyx_t_22) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 454; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_bmode); if (unlikely((!__pyx_t_23) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 454; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->htsfile = hts_open(__pyx_t_22, __pyx_t_23);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":455
+ * # try to detect errors
+ * self.htsfile = hts_open(filename, bmode)
+ * if self.htsfile == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "could not open file (mode='%s') - "
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->htsfile == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":458
+ * raise ValueError(
+ * "could not open file (mode='%s') - "
+ * "is it SAM/BAM format?" % mode) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # get file pointer
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_could_not_open_file_mode_s_is_it, __pyx_v_mode); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 458; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":456
+ * self.htsfile = hts_open(filename, bmode)
+ * if self.htsfile == NULL:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "could not open file (mode='%s') - "
+ * "is it SAM/BAM format?" % mode)
+ */
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 456; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 456; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 456; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":463
+ * # TODO: this is specific to BAM files
+ * # refactor to make generalizable
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # bam files require a valid header
+ */
+ __pyx_t_25 = __pyx_v_self->htsfile->fp.bgzf;
+ __pyx_v_self->fp = __pyx_t_25;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":466
+ *
+ * # bam files require a valid header
+ * if self.isbam: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * if self.header == NULL:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->isbam != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":467
+ * # bam files require a valid header
+ * if self.isbam:
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.header == NULL:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_v_self->header = sam_hdr_read(__pyx_v_self->htsfile);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":468
+ * if self.isbam:
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * if self.header == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "file does not have valid header (mode='%s') "
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->header == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":471
+ * raise ValueError(
+ * "file does not have valid header (mode='%s') "
+ * "- is it BAM format?" % mode ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # in sam files it is optional (htsfile full of unmapped reads)
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_file_does_not_have_valid_header, __pyx_v_mode); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 471; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":469
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * if self.header == NULL:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "file does not have valid header (mode='%s') "
+ * "- is it BAM format?" % mode )
+ */
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 469; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 469; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 469; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L31;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":474
+ * else:
+ * # in sam files it is optional (htsfile full of unmapped reads)
+ * if check_header: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * if self.header == NULL:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_check_header); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 474; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":475
+ * # in sam files it is optional (htsfile full of unmapped reads)
+ * if check_header:
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.header == NULL:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_v_self->header = sam_hdr_read(__pyx_v_self->htsfile);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":476
+ * if check_header:
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * if self.header == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "file does not have valid header (mode='%s') "
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->header == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":479
+ * raise ValueError(
+ * "file does not have valid header (mode='%s') "
+ * "- is it SAM format?" % mode ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # self.header.ignore_sam_err = True
+ *
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_file_does_not_have_valid_header_2, __pyx_v_mode); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 479; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":477
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * if self.header == NULL:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "file does not have valid header (mode='%s') "
+ * "- is it SAM format?" % mode )
+ */
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 477; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 477; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 477; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L33;
+ }
+ __pyx_L33:;
+ }
+ __pyx_L31:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":484
+ * # disabled for autodetection to work needs to be disabled
+ * # so that reading from sam-files without headers works
+ * if check_sq and self.header.n_targets == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * ("file header is empty (mode='%s') - "
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_check_sq); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_self->header->n_targets == 0);
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":487
+ * raise ValueError(
+ * ("file header is empty (mode='%s') - "
+ * "is it SAM/BAM format?") % mode) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.htsfile == NULL:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_file_header_is_empty_mode_s_is_i, __pyx_v_mode); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":485
+ * # so that reading from sam-files without headers works
+ * if check_sq and self.header.n_targets == 0:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ("file header is empty (mode='%s') - "
+ * "is it SAM/BAM format?") % mode)
+ */
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L16;
+ }
+ __pyx_L16:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":489
+ * "is it SAM/BAM format?") % mode)
+ *
+ * if self.htsfile == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename )
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = ((__pyx_v_self->htsfile == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":490
+ *
+ * if self.htsfile == NULL:
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check for index and open if present
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_could_not_open_file_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":493
+ *
+ * # check for index and open if present
+ * if mode[0] == "r" and self.isbam: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not self.isremote:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_mode, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 493; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_11 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_8, __pyx_n_s_r, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 493; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ if (__pyx_t_11) {
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->isbam != 0);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_11;
+ }
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":495
+ * if mode[0] == "r" and self.isbam:
+ *
+ * if not self.isremote: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not os.path.exists(filename + b".bai") \
+ * and not os.path.exists( filename[:-4] + b".bai"):
+ */
+ __pyx_t_1 = ((!(__pyx_v_self->isremote != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":496
+ *
+ * if not self.isremote:
+ * if not os.path.exists(filename + b".bai") \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * and not os.path.exists( filename[:-4] + b".bai"):
+ * self.index = NULL
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_8, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Add(__pyx_v_filename, __pyx_kp_b_bai); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_11 = ((!__pyx_t_1) != 0);
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":497
+ * if not self.isremote:
+ * if not os.path.exists(filename + b".bai") \
+ * and not os.path.exists( filename[:-4] + b".bai"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index = NULL
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_9, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_filename, 0, -4, NULL, NULL, &__pyx_slice__8, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = PyNumber_Add(__pyx_t_9, __pyx_kp_b_bai); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_2 = ((!__pyx_t_1) != 0);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_11;
+ }
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":498
+ * if not os.path.exists(filename + b".bai") \
+ * and not os.path.exists( filename[:-4] + b".bai"):
+ * self.index = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # returns NULL if there is no index or index could not be opened
+ */
+ __pyx_v_self->index = NULL;
+ goto __pyx_L39;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":501
+ * else:
+ * # returns NULL if there is no index or index could not be opened
+ * self.index = hts_idx_load(filename, HTS_FMT_BAI) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.index == NULL:
+ * raise IOError("error while opening index `%s` " % filename )
+ */
+ __pyx_t_26 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_filename); if (unlikely((!__pyx_t_26) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 501; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->index = hts_idx_load(__pyx_t_26, HTS_FMT_BAI);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":502
+ * # returns NULL if there is no index or index could not be opened
+ * self.index = hts_idx_load(filename, HTS_FMT_BAI)
+ * if self.index == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("error while opening index `%s` " % filename )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->index == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":503
+ * self.index = hts_idx_load(filename, HTS_FMT_BAI)
+ * if self.index == NULL:
+ * raise IOError("error while opening index `%s` " % filename ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.index = hts_idx_load(filename, HTS_FMT_BAI)
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_error_while_opening_index_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ __pyx_L39:;
+ goto __pyx_L38;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":505
+ * raise IOError("error while opening index `%s` " % filename )
+ * else:
+ * self.index = hts_idx_load(filename, HTS_FMT_BAI) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.index == NULL:
+ * warnings.warn("unable to open index for `%s` " % filename)
+ */
+ __pyx_t_26 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_filename); if (unlikely((!__pyx_t_26) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 505; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->index = hts_idx_load(__pyx_t_26, HTS_FMT_BAI);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":506
+ * else:
+ * self.index = hts_idx_load(filename, HTS_FMT_BAI)
+ * if self.index == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * warnings.warn("unable to open index for `%s` " % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->index == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":507
+ * self.index = hts_idx_load(filename, HTS_FMT_BAI)
+ * if self.index == NULL:
+ * warnings.warn("unable to open index for `%s` " % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not self.isstream:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_warnings); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_8, __pyx_n_s_warn); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_unable_to_open_index_for_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L41;
+ }
+ __pyx_L41:;
+ }
+ __pyx_L38:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":509
+ * warnings.warn("unable to open index for `%s` " % filename)
+ *
+ * if not self.isstream: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.start_offset = bgzf_tell(self.fp)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((!(__pyx_v_self->isstream != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":510
+ *
+ * if not self.isstream:
+ * self.start_offset = bgzf_tell(self.fp) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def gettid(self, reference):
+ */
+ __pyx_v_self->start_offset = bgzf_tell(__pyx_v_self->fp);
+ goto __pyx_L42;
+ }
+ __pyx_L42:;
+ goto __pyx_L37;
+ }
+ __pyx_L37:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":315
+ * return self.index != NULL
+ *
+ * def _open(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_msg);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_bmode);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_n);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_name);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ref);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_mode);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_referencenames);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_text);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":512
+ * self.start_offset = bgzf_tell(self.fp)
+ *
+ * def gettid(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * convert :term:`reference` name into numerical :term:`tid`
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_9gettid(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8gettid[] = "AlignmentFile.gettid(self, reference)\n\n convert :term:`reference` name into numerical :term:`tid`\n\n returns -1 if reference is not known.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_9gettid(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("gettid (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8gettid(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_reference));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8gettid(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ char const *__pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("gettid", 0);
+ __Pyx_TraceCall("gettid", __pyx_f[0], 512);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":518
+ * returns -1 if reference is not known.
+ * '''
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * reference = _forceBytes(reference)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":519
+ * '''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference = _forceBytes(reference)
+ * return bam_name2id(self.header, reference)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":520
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * reference = _forceBytes(reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return bam_name2id(self.header, reference)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_reference); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 520; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_reference, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":521
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * reference = _forceBytes(reference)
+ * return bam_name2id(self.header, reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def getrname(self, tid):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_reference); if (unlikely((!__pyx_t_5) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(bam_name2id(__pyx_v_self->header, __pyx_t_5)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":512
+ * self.start_offset = bgzf_tell(self.fp)
+ *
+ * def gettid(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * convert :term:`reference` name into numerical :term:`tid`
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.gettid", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_reference);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":523
+ * return bam_name2id(self.header, reference)
+ *
+ * def getrname(self, tid): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11getrname(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10getrname[] = "AlignmentFile.getrname(self, tid)\n\n convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11getrname(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getrname (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10getrname(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_tid));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10getrname(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getrname", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getrname", __pyx_f[0], 523);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":526
+ * '''
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 526; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 526; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 526; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":527
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * raise ValueError("reference_id %i out of range 0<=tid<%i" %
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":528
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("reference_id %i out of range 0<=tid<%i" %
+ * (tid, self.header.n_targets))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_int_0, __pyx_v_tid, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2)) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->header->n_targets); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_tid, __pyx_t_1, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":530
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * raise ValueError("reference_id %i out of range 0<=tid<%i" %
+ * (tid, self.header.n_targets)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _charptr_to_str(self.header.target_name[tid])
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->header->n_targets); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_tid);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_tid);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_tid);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":529
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * raise ValueError("reference_id %i out of range 0<=tid<%i" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (tid, self.header.n_targets))
+ * return _charptr_to_str(self.header.target_name[tid])
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_reference_id_i_out_of_range_0_ti, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 529; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 529; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 529; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 529; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":531
+ * raise ValueError("reference_id %i out of range 0<=tid<%i" %
+ * (tid, self.header.n_targets))
+ * return _charptr_to_str(self.header.target_name[tid]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * _getrname(self, int tid): # TODO unused
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_v_tid); if (unlikely((__pyx_t_5 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 531; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str((__pyx_v_self->header->target_name[__pyx_t_5])); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 531; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":523
+ * return bam_name2id(self.header, reference)
+ *
+ * def getrname(self, tid): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.getrname", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":533
+ * return _charptr_to_str(self.header.target_name[tid])
+ *
+ * cdef char * _getrname(self, int tid): # TODO unused # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ */
+
+static char *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile__getrname(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, int __pyx_v_tid) {
+ char *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getrname", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_getrname", __pyx_f[0], 533);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":536
+ * '''
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 536; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 536; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 536; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":537
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 537; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 537; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":539
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ *
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("tid %i out of range 0<=tid<%i" %
+ * (tid, self.header.n_targets ))
+ */
+ __pyx_t_4 = (0 <= __pyx_v_tid);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_tid < __pyx_v_self->header->n_targets);
+ }
+ __pyx_t_3 = ((!(__pyx_t_4 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":541
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * raise ValueError("tid %i out of range 0<=tid<%i" %
+ * (tid, self.header.n_targets )) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.header.target_name[tid]
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_tid); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->header->n_targets); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":540
+ *
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * raise ValueError("tid %i out of range 0<=tid<%i" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (tid, self.header.n_targets ))
+ * return self.header.target_name[tid]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_tid_i_out_of_range_0_tid_i, __pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":542
+ * raise ValueError("tid %i out of range 0<=tid<%i" %
+ * (tid, self.header.n_targets ))
+ * return self.header.target_name[tid] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _parseRegion(self,
+ */
+ __pyx_r = (__pyx_v_self->header->target_name[__pyx_v_tid]);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":533
+ * return _charptr_to_str(self.header.target_name[tid])
+ *
+ * cdef char * _getrname(self, int tid): # TODO unused # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._getrname", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":544
+ * return self.header.target_name[tid]
+ *
+ * def _parseRegion(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_13_parseRegion(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12_parseRegion[] = "AlignmentFile._parseRegion(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, tid=None)\nparse region information.\n\n Raises ValueError for invalid regions.\n\n Returns a tuple of a flag, :term:`tid`, start and end. The\n flag indicates whether some coordinates were supplied.\n\n Note that region strings are 1-based, while *start* and *end* denote\n an interval in p [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_13_parseRegion(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_region = 0;
+ PyObject *__pyx_v_tid = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_parseRegion (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_region,&__pyx_n_s_tid,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":545
+ *
+ * def _parseRegion(self,
+ * reference=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=None,
+ * end=None,
+ */
+ values[0] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":546
+ * def _parseRegion(self,
+ * reference=None,
+ * start=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end=None,
+ * region=None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":547
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ * end=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region=None,
+ * tid=None):
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":548
+ * start=None,
+ * end=None,
+ * region=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tid=None):
+ * '''parse region information.
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":549
+ * end=None,
+ * region=None,
+ * tid=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''parse region information.
+ *
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_region);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_tid);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_parseRegion") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_reference = values[0];
+ __pyx_v_start = values[1];
+ __pyx_v_end = values[2];
+ __pyx_v_region = values[3];
+ __pyx_v_tid = values[4];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_parseRegion", 0, 0, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._parseRegion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12_parseRegion(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_reference, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_region, __pyx_v_tid);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":544
+ * return self.header.target_name[tid]
+ *
+ * def _parseRegion(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12_parseRegion(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_tid) {
+ int __pyx_v_rtid;
+ PY_LONG_LONG __pyx_v_rstart;
+ PY_LONG_LONG __pyx_v_rend;
+ PyObject *__pyx_v_parts = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PY_LONG_LONG __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_12;
+ int __pyx_t_13;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_parseRegion", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_parseRegion", __pyx_f[0], 544);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_region);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":565
+ * cdef long long rend
+ *
+ * rtid = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rstart = 0
+ * rend = max_pos
+ */
+ __pyx_v_rtid = -1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":566
+ *
+ * rtid = -1
+ * rstart = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rend = max_pos
+ * if start != None:
+ */
+ __pyx_v_rstart = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":567
+ * rtid = -1
+ * rstart = 0
+ * rend = max_pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start != None:
+ * try:
+ */
+ __pyx_v_rend = __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":568
+ * rstart = 0
+ * rend = max_pos
+ * if start != None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * rstart = start
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_start, Py_None, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":569
+ * rend = max_pos
+ * if start != None:
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rstart = start
+ * except OverflowError:
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_3, &__pyx_t_4, &__pyx_t_5);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":570
+ * if start != None:
+ * try:
+ * rstart = start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except OverflowError:
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % start)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_As_PY_LONG_LONG(__pyx_v_start); if (unlikely((__pyx_t_6 == (PY_LONG_LONG)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 570; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __pyx_v_rstart = __pyx_t_6;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L11_try_end;
+ __pyx_L4_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":571
+ * try:
+ * rstart = start
+ * except OverflowError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % start)
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_OverflowError);
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._parseRegion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_1, &__pyx_t_8, &__pyx_t_9) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":572
+ * rstart = start
+ * except OverflowError:
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % start) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if end != None:
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_start_out_of_range_i, __pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 572; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 572; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 572; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_10, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 572; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L5_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L6_except_error;
+ __pyx_L6_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L5_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ __pyx_L11_try_end:;
+ }
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":574
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % start)
+ *
+ * if end != None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * rend = end
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_end, Py_None, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 574; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 574; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":575
+ *
+ * if end != None:
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rend = end
+ * except OverflowError:
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_5, &__pyx_t_4, &__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":576
+ * if end != None:
+ * try:
+ * rend = end # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except OverflowError:
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % end)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_As_PY_LONG_LONG(__pyx_v_end); if (unlikely((__pyx_t_6 == (PY_LONG_LONG)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 576; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L15_error;}
+ __pyx_v_rend = __pyx_t_6;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L22_try_end;
+ __pyx_L15_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":577
+ * try:
+ * rend = end
+ * except OverflowError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % end)
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_OverflowError);
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._parseRegion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_9, &__pyx_t_8, &__pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 577; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L17_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":578
+ * rend = end
+ * except OverflowError:
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if region:
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_end_out_of_range_i, __pyx_v_end); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L17_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L17_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L17_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_10, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L17_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L16_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L17_except_error;
+ __pyx_L17_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_5, __pyx_t_4, __pyx_t_3);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L16_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_5, __pyx_t_4, __pyx_t_3);
+ __pyx_L22_try_end:;
+ }
+ goto __pyx_L14;
+ }
+ __pyx_L14:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":580
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % end)
+ *
+ * if region: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region = _forceStr(region)
+ * parts = re.split("[:-]", region)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_region); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 580; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":581
+ *
+ * if region:
+ * region = _forceStr(region) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * parts = re.split("[:-]", region)
+ * reference = parts[0]
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceStr(__pyx_v_region); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 581; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_region, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":582
+ * if region:
+ * region = _forceStr(region)
+ * parts = re.split("[:-]", region) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference = parts[0]
+ * if len(parts) >= 2:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_re); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 582; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 582; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 582; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__12);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_kp_s__12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__12);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_region);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_region);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_region);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 582; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_parts = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":583
+ * region = _forceStr(region)
+ * parts = re.split("[:-]", region)
+ * reference = parts[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(parts) >= 2:
+ * rstart = int(parts[1]) - 1
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_parts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 583; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_reference, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":584
+ * parts = re.split("[:-]", region)
+ * reference = parts[0]
+ * if len(parts) >= 2: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rstart = int(parts[1]) - 1
+ * if len(parts) >= 3:
+ */
+ __pyx_t_12 = PyObject_Length(__pyx_v_parts); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 584; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_t_12 >= 2) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":585
+ * reference = parts[0]
+ * if len(parts) >= 2:
+ * rstart = int(parts[1]) - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(parts) >= 3:
+ * rend = int(parts[2])
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_parts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Int(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_1, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_As_PY_LONG_LONG(__pyx_t_9); if (unlikely((__pyx_t_6 == (PY_LONG_LONG)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_rstart = __pyx_t_6;
+ goto __pyx_L26;
+ }
+ __pyx_L26:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":586
+ * if len(parts) >= 2:
+ * rstart = int(parts[1]) - 1
+ * if len(parts) >= 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rend = int(parts[2])
+ *
+ */
+ __pyx_t_12 = PyObject_Length(__pyx_v_parts); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 586; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_t_12 >= 3) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":587
+ * rstart = int(parts[1]) - 1
+ * if len(parts) >= 3:
+ * rend = int(parts[2]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not reference:
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_parts, 2, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 587; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Int(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 587; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_As_PY_LONG_LONG(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_6 == (PY_LONG_LONG)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 587; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_rend = __pyx_t_6;
+ goto __pyx_L27;
+ }
+ __pyx_L27:;
+ goto __pyx_L25;
+ }
+ __pyx_L25:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":589
+ * rend = int(parts[2])
+ *
+ * if not reference: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return 0, 0, 0, 0
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_reference); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 589; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_13 = ((!__pyx_t_2) != 0);
+ if (__pyx_t_13) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":590
+ *
+ * if not reference:
+ * return 0, 0, 0, 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if tid is not None:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_tuple__13);
+ __pyx_r = __pyx_tuple__13;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":592
+ * return 0, 0, 0, 0
+ *
+ * if tid is not None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rtid = tid
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_13 = (__pyx_v_tid != Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_13 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":593
+ *
+ * if tid is not None:
+ * rtid = tid # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * rtid = self.gettid(reference)
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_v_tid); if (unlikely((__pyx_t_7 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_rtid = __pyx_t_7;
+ goto __pyx_L29;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":595
+ * rtid = tid
+ * else:
+ * rtid = self.gettid(reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if rtid < 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_gettid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 595; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 595; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 595; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_8); if (unlikely((__pyx_t_7 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 595; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_v_rtid = __pyx_t_7;
+ }
+ __pyx_L29:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":597
+ * rtid = self.gettid(reference)
+ *
+ * if rtid < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "invalid reference `%s`" % reference)
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_rtid < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":599
+ * if rtid < 0:
+ * raise ValueError(
+ * "invalid reference `%s`" % reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if rstart > rend:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_invalid_reference_s, __pyx_v_reference); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":598
+ *
+ * if rtid < 0:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "invalid reference `%s`" % reference)
+ * if rstart > rend:
+ */
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":600
+ * raise ValueError(
+ * "invalid reference `%s`" % reference)
+ * if rstart > rend: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * 'invalid coordinates: start (%i) > end (%i)' % (rstart, rend))
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_rstart > __pyx_v_rend) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":602
+ * if rstart > rend:
+ * raise ValueError(
+ * 'invalid coordinates: start (%i) > end (%i)' % (rstart, rend)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not 0 <= rstart < max_pos:
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % rstart)
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(__pyx_v_rstart); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(__pyx_v_rend); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_invalid_coordinates_start_i_end, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":601
+ * "invalid reference `%s`" % reference)
+ * if rstart > rend:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'invalid coordinates: start (%i) > end (%i)' % (rstart, rend))
+ * if not 0 <= rstart < max_pos:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 601; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 601; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_9, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 601; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":603
+ * raise ValueError(
+ * 'invalid coordinates: start (%i) > end (%i)' % (rstart, rend))
+ * if not 0 <= rstart < max_pos: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % rstart)
+ * if not 0 <= rend <= max_pos:
+ */
+ __pyx_t_2 = (0 <= __pyx_v_rstart);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_rstart < __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos);
+ }
+ __pyx_t_13 = ((!(__pyx_t_2 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_13) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":604
+ * 'invalid coordinates: start (%i) > end (%i)' % (rstart, rend))
+ * if not 0 <= rstart < max_pos:
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % rstart) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not 0 <= rend <= max_pos:
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % rend)
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(__pyx_v_rstart); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_start_out_of_range_i, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":605
+ * if not 0 <= rstart < max_pos:
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % rstart)
+ * if not 0 <= rend <= max_pos: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % rend)
+ *
+ */
+ __pyx_t_13 = (0 <= __pyx_v_rend);
+ if (__pyx_t_13) {
+ __pyx_t_13 = (__pyx_v_rend <= __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos);
+ }
+ __pyx_t_2 = ((!(__pyx_t_13 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":606
+ * raise ValueError('start out of range (%i)' % rstart)
+ * if not 0 <= rend <= max_pos:
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % rend) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return 1, rtid, rstart, rend
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(__pyx_v_rend); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_end_out_of_range_i, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_9, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":608
+ * raise ValueError('end out of range (%i)' % rend)
+ *
+ * return 1, rtid, rstart, rend # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def reset(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_rtid); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(__pyx_v_rstart); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(__pyx_v_rend); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 2, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 3, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":544
+ * return self.header.target_name[tid]
+ *
+ * def _parseRegion(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._parseRegion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_parts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_reference);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_region);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":610
+ * return 1, rtid, rstart, rend
+ *
+ * def reset(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''reset file position to beginning of file just after
+ * the header.'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_15reset(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_14reset[] = "AlignmentFile.reset(self)\nreset file position to beginning of file just after\n the header.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_15reset(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("reset (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_14reset(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_14reset(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("reset", 0);
+ __Pyx_TraceCall("reset", __pyx_f[0], 610);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":613
+ * '''reset file position to beginning of file just after
+ * the header.'''
+ * return self.seek(self.start_offset, 0) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def seek(self, uint64_t offset, int where = 0):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_seek); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 613; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int64_t(__pyx_v_self->start_offset); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 613; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 613; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 613; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":610
+ * return 1, rtid, rstart, rend
+ *
+ * def reset(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''reset file position to beginning of file just after
+ * the header.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.reset", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":615
+ * return self.seek(self.start_offset, 0)
+ *
+ * def seek(self, uint64_t offset, int where = 0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * move file pointer to position *offset*, see :meth:`pysam.AlignmentFile.tell`.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_17seek(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_16seek[] = "AlignmentFile.seek(self, uint64_t offset, int where=0)\n\n move file pointer to position *offset*, see :meth:`pysam.AlignmentFile.tell`.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_17seek(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ uint64_t __pyx_v_offset;
+ int __pyx_v_where;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("seek (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_offset,&__pyx_n_s_where,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_offset)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_where);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "seek") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_offset = __Pyx_PyInt_As_uint64_t(values[0]); if (unlikely((__pyx_v_offset == (uint64_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ if (values[1]) {
+ __pyx_v_where = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_where == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_where = ((int)0);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("seek", 0, 1, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.seek", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_16seek(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_offset, __pyx_v_where);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_16seek(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, uint64_t __pyx_v_offset, int __pyx_v_where) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("seek", 0);
+ __Pyx_TraceCall("seek", __pyx_f[0], 615);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":620
+ * '''
+ *
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * if not self.isbam:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":621
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__14, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":622
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * if not self.isbam: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ * if self.isstream:
+ */
+ __pyx_t_4 = ((!(__pyx_v_self->isbam != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":623
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.isstream:
+ * raise OSError("seek no available in streams")
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_tuple__15, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":624
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ * if self.isstream: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise OSError("seek no available in streams")
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_self->isstream != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":625
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ * if self.isstream:
+ * raise OSError("seek no available in streams") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return bgzf_seek(self.fp, offset, where)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_OSError, __pyx_tuple__16, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":627
+ * raise OSError("seek no available in streams")
+ *
+ * return bgzf_seek(self.fp, offset, where) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def tell(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int64_t(bgzf_seek(__pyx_v_self->fp, __pyx_v_offset, __pyx_v_where)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 627; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":615
+ * return self.seek(self.start_offset, 0)
+ *
+ * def seek(self, uint64_t offset, int where = 0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * move file pointer to position *offset*, see :meth:`pysam.AlignmentFile.tell`.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.seek", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":629
+ * return bgzf_seek(self.fp, offset, where)
+ *
+ * def tell(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * return current file position.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_19tell(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_18tell[] = "AlignmentFile.tell(self)\n\n return current file position.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_19tell(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tell (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_18tell(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_18tell(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tell", 0);
+ __Pyx_TraceCall("tell", __pyx_f[0], 629);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":633
+ * return current file position.
+ * '''
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":634
+ * '''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__17, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 634; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 634; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":635
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = ((!(__pyx_v_self->isbam != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":636
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return bgzf_tell(self.fp)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_tuple__18, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":638
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ *
+ * return bgzf_tell(self.fp) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def fetch(self,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int64_t(bgzf_tell(__pyx_v_self->fp)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 638; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":629
+ * return bgzf_seek(self.fp, offset, where)
+ *
+ * def tell(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * return current file position.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.tell", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":640
+ * return bgzf_tell(self.fp)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_21fetch(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_20fetch[] = "AlignmentFile.fetch(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, tid=None, callback=None, until_eof=False, multiple_iterators=False)\nfetch aligned reads in a :term:`region` using 0-based indexing. The\n region is specified by :term:`reference`, *start* and\n *end*. Alternatively, a samtools :term:`region` string can be\n supplied.\n\n Without *reference* or *region* all map [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_21fetch(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_region = 0;
+ PyObject *__pyx_v_tid = 0;
+ PyObject *__pyx_v_callback = 0;
+ PyObject *__pyx_v_until_eof = 0;
+ PyObject *__pyx_v_multiple_iterators = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_region,&__pyx_n_s_tid,&__pyx_n_s_callback,&__pyx_n_s_until_eof,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":641
+ *
+ * def fetch(self,
+ * reference=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=None,
+ * end=None,
+ */
+ values[0] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":642
+ * def fetch(self,
+ * reference=None,
+ * start=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end=None,
+ * region=None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":643
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ * end=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region=None,
+ * tid=None,
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":644
+ * start=None,
+ * end=None,
+ * region=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tid=None,
+ * callback=None,
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":645
+ * end=None,
+ * region=None,
+ * tid=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * callback=None,
+ * until_eof=False,
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":646
+ * region=None,
+ * tid=None,
+ * callback=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * until_eof=False,
+ * multiple_iterators=False):
+ */
+ values[5] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":647
+ * tid=None,
+ * callback=None,
+ * until_eof=False, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=False):
+ * '''fetch aligned reads in a :term:`region` using 0-based indexing. The
+ */
+ values[6] = ((PyObject *)Py_False);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":648
+ * callback=None,
+ * until_eof=False,
+ * multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''fetch aligned reads in a :term:`region` using 0-based indexing. The
+ * region is specified by :term:`reference`, *start* and
+ */
+ values[7] = ((PyObject *)Py_False);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 8: values[7] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 7);
+ case 7: values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_region);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_tid);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 5:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_callback);
+ if (value) { values[5] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 6:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_until_eof);
+ if (value) { values[6] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 7:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[7] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "fetch") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 8: values[7] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 7);
+ case 7: values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_reference = values[0];
+ __pyx_v_start = values[1];
+ __pyx_v_end = values[2];
+ __pyx_v_region = values[3];
+ __pyx_v_tid = values[4];
+ __pyx_v_callback = values[5];
+ __pyx_v_until_eof = values[6];
+ __pyx_v_multiple_iterators = values[7];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("fetch", 0, 0, 8, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_20fetch(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_reference, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_region, __pyx_v_tid, __pyx_v_callback, __pyx_v_until_eof, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":640
+ * return bgzf_tell(self.fp)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_20fetch(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_tid, PyObject *__pyx_v_callback, PyObject *__pyx_v_until_eof, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_v_rtid;
+ int __pyx_v_rstart;
+ int __pyx_v_rend;
+ int __pyx_v_has_coord;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_9)(PyObject *);
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ int __pyx_t_13;
+ int __pyx_t_14;
+ int __pyx_t_15;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch", 0);
+ __Pyx_TraceCall("fetch", __pyx_f[0], 640);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":678
+ * cdef int rtid, rstart, rend, has_coord
+ *
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 678; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 678; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 678; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":679
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion(reference,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__19, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 679; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 679; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":681
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion(reference, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start,
+ * end,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_parseRegion); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":685
+ * end,
+ * region,
+ * tid) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Turn of re-opening if htsfile is a stream
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(5); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_region);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_v_region);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_region);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_tid);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 4, __pyx_v_tid);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_tid);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":681
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion(reference, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start,
+ * end,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_5))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_5))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_5;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 4)) {
+ if (size > 4) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(4);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 2);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 3);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(sequence, 2);
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(sequence, 3);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ #else
+ {
+ Py_ssize_t i;
+ PyObject** temps[4] = {&__pyx_t_1,&__pyx_t_2,&__pyx_t_6,&__pyx_t_7};
+ for (i=0; i < 4; i++) {
+ PyObject* item = PySequence_ITEM(sequence, i); if (unlikely(!item)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(item);
+ *(temps[i]) = item;
+ }
+ }
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ PyObject** temps[4] = {&__pyx_t_1,&__pyx_t_2,&__pyx_t_6,&__pyx_t_7};
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetIter(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_9 = Py_TYPE(__pyx_t_8)->tp_iternext;
+ for (index=0; index < 4; index++) {
+ PyObject* item = __pyx_t_9(__pyx_t_8); if (unlikely(!item)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(item);
+ *(temps[index]) = item;
+ }
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_9(__pyx_t_8), 4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L5_unpacking_done;
+ __pyx_L4_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L5_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_10 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_2); if (unlikely((__pyx_t_11 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_6); if (unlikely((__pyx_t_12 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_7); if (unlikely((__pyx_t_13 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_v_has_coord = __pyx_t_10;
+ __pyx_v_rtid = __pyx_t_11;
+ __pyx_v_rstart = __pyx_t_12;
+ __pyx_v_rend = __pyx_t_13;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":688
+ *
+ * # Turn of re-opening if htsfile is a stream
+ * if self.isstream: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators = False
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_self->isstream != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":689
+ * # Turn of re-opening if htsfile is a stream
+ * if self.isstream:
+ * multiple_iterators = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.isbam:
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_False);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_multiple_iterators, Py_False);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":691
+ * multiple_iterators = False
+ *
+ * if self.isbam: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not until_eof and not self._hasIndex() and not self.isremote:
+ * raise ValueError("fetch called on bamfile without index")
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_self->isbam != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":692
+ *
+ * if self.isbam:
+ * if not until_eof and not self._hasIndex() and not self.isremote: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("fetch called on bamfile without index")
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_until_eof); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 692; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_hasIndex); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 692; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 692; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 692; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_14 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_14) {
+ __pyx_t_4 = ((!(__pyx_v_self->isremote != 0)) != 0);
+ __pyx_t_15 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_15 = __pyx_t_14;
+ }
+ __pyx_t_14 = __pyx_t_15;
+ } else {
+ __pyx_t_14 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":693
+ * if self.isbam:
+ * if not until_eof and not self._hasIndex() and not self.isremote:
+ * raise ValueError("fetch called on bamfile without index") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if has_coord:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__20, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 693; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 693; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":695
+ * raise ValueError("fetch called on bamfile without index")
+ *
+ * if has_coord: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return IteratorRowRegion(
+ * self, rtid, rstart, rend,
+ */
+ __pyx_t_14 = (__pyx_v_has_coord != 0);
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":696
+ *
+ * if has_coord:
+ * return IteratorRowRegion( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self, rtid, rstart, rend,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":697
+ * if has_coord:
+ * return IteratorRowRegion(
+ * self, rtid, rstart, rend, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_rtid); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_rstart); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_rend); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":696
+ *
+ * if has_coord:
+ * return IteratorRowRegion( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self, rtid, rstart, rend,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 3, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":698
+ * return IteratorRowRegion(
+ * self, rtid, rstart, rend,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * if until_eof:
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_6, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_v_multiple_iterators) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":696
+ *
+ * if has_coord:
+ * return IteratorRowRegion( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self, rtid, rstart, rend,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion)), __pyx_t_2, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":700
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ * else:
+ * if until_eof: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return IteratorRowAll(self,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_until_eof); if (unlikely(__pyx_t_14 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 700; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":701
+ * else:
+ * if until_eof:
+ * return IteratorRowAll(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ * else:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 701; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_6 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 701; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":702
+ * if until_eof:
+ * return IteratorRowAll(self,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # AH: check - reason why no multiple_iterators for AllRefs?
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_6, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_v_multiple_iterators) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 701; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":701
+ * else:
+ * if until_eof:
+ * return IteratorRowAll(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll)), __pyx_t_5, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 701; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":705
+ * else:
+ * # AH: check - reason why no multiple_iterators for AllRefs?
+ * return IteratorRowAllRefs(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ * else:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_6 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":706
+ * # AH: check - reason why no multiple_iterators for AllRefs?
+ * return IteratorRowAllRefs(self,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * if has_coord:
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_6, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_v_multiple_iterators) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":705
+ * else:
+ * # AH: check - reason why no multiple_iterators for AllRefs?
+ * return IteratorRowAllRefs(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs)), __pyx_t_2, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ }
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":708
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ * else:
+ * if has_coord: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "fetching by region is not available for sam files")
+ */
+ __pyx_t_14 = (__pyx_v_has_coord != 0);
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":709
+ * else:
+ * if has_coord:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "fetching by region is not available for sam files")
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__21, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 709; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_5, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 709; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":712
+ * "fetching by region is not available for sam files")
+ *
+ * if callback: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise NotImplementedError("callback not implemented yet")
+ *
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_callback); if (unlikely(__pyx_t_14 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":713
+ *
+ * if callback:
+ * raise NotImplementedError("callback not implemented yet") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.header == NULL:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_tuple__22, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 713; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_5, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 713; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":715
+ * raise NotImplementedError("callback not implemented yet")
+ *
+ * if self.header == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("fetch called for htsfile without header")
+ *
+ */
+ __pyx_t_14 = ((__pyx_v_self->header == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":716
+ *
+ * if self.header == NULL:
+ * raise ValueError("fetch called for htsfile without header") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check if targets are defined
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__23, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_5, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":720
+ * # check if targets are defined
+ * # give warning, sam_read1 segfaults
+ * if self.header.n_targets == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * warnings.warn("fetch called for htsfile without header")
+ *
+ */
+ __pyx_t_14 = ((__pyx_v_self->header->n_targets == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":721
+ * # give warning, sam_read1 segfaults
+ * if self.header.n_targets == 0:
+ * warnings.warn("fetch called for htsfile without header") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return IteratorRowAll(self,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_warnings); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_5, __pyx_n_s_warn); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_tuple__24, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L14;
+ }
+ __pyx_L14:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":723
+ * warnings.warn("fetch called for htsfile without header")
+ *
+ * return IteratorRowAll(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 723; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_6 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 723; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":724
+ *
+ * return IteratorRowAll(self,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def head(self, n, multiple_iterators=True):
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_6, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_v_multiple_iterators) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 723; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":723
+ * warnings.warn("fetch called for htsfile without header")
+ *
+ * return IteratorRowAll(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll)), __pyx_t_5, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 723; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":640
+ * return bgzf_tell(self.fp)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_multiple_iterators);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":726
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * def head(self, n, multiple_iterators=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return iterator over the first n alignments.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_23head(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_22head[] = "AlignmentFile.head(self, n, multiple_iterators=True)\nreturn iterator over the first n alignments. \n\n This is useful for inspecting the bam-file.\n\n *multiple_iterators* is set to True by default in order to\n avoid changing the current file position.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_23head(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_n = 0;
+ PyObject *__pyx_v_multiple_iterators = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("head (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_n,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ values[1] = ((PyObject *)Py_True);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_n)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "head") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 726; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_n = values[0];
+ __pyx_v_multiple_iterators = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("head", 0, 1, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 726; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.head", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_22head(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_n, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_22head(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_n, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("head", 0);
+ __Pyx_TraceCall("head", __pyx_f[0], 726);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":734
+ * avoid changing the current file position.
+ * '''
+ * return IteratorRowHead(self, n, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_n);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_n);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_n);
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":735
+ * '''
+ * return IteratorRowHead(self, n,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def mate(self,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_v_multiple_iterators) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":734
+ * avoid changing the current file position.
+ * '''
+ * return IteratorRowHead(self, n, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead)), __pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":726
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * def head(self, n, multiple_iterators=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return iterator over the first n alignments.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.head", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":737
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * def mate(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * AlignedSegment read):
+ * '''return the mate of :class:`AlignedSegment` *read*.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_25mate(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_read); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_24mate[] = "AlignmentFile.mate(self, AlignedSegment read)\nreturn the mate of :class:`AlignedSegment` *read*.\n\n Throws a ValueError if read is unpaired or the mate\n is unmapped.\n\n .. note::\n\n Calling this method will change the file position.\n This might interfere with any iterators that have\n not re-opened the file.\n\n .. note::\n \n This method [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_25mate(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_read) {
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_lineno = 0;
+ CYTHON_UNUSED const char *__pyx_filename = NULL;
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("mate (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_read), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, 1, "read", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_24mate(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_read));
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_24mate(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_read) {
+ uint32_t __pyx_v_flag;
+ int __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_v_mate = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_7;
+ PyObject *(*__pyx_t_8)(PyObject *);
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("mate", 0);
+ __Pyx_TraceCall("mate", __pyx_f[0], 737);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":757
+ *
+ * '''
+ * cdef uint32_t flag = read._delegate.core.flag # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if flag & BAM_FPAIRED == 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_read->_delegate->core.flag;
+ __pyx_v_flag = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":759
+ * cdef uint32_t flag = read._delegate.core.flag
+ *
+ * if flag & BAM_FPAIRED == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("read %s: is unpaired" %
+ * (read.query_name))
+ */
+ __pyx_t_2 = (((__pyx_v_flag & BAM_FPAIRED) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":761
+ * if flag & BAM_FPAIRED == 0:
+ * raise ValueError("read %s: is unpaired" %
+ * (read.query_name)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if flag & BAM_FMUNMAP != 0:
+ * raise ValueError("mate %s: is unmapped" %
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_read), __pyx_n_s_query_name); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":760
+ *
+ * if flag & BAM_FPAIRED == 0:
+ * raise ValueError("read %s: is unpaired" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (read.query_name))
+ * if flag & BAM_FMUNMAP != 0:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_read_s_is_unpaired, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":762
+ * raise ValueError("read %s: is unpaired" %
+ * (read.query_name))
+ * if flag & BAM_FMUNMAP != 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("mate %s: is unmapped" %
+ * (read.query_name))
+ */
+ __pyx_t_2 = (((__pyx_v_flag & BAM_FMUNMAP) != 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":764
+ * if flag & BAM_FMUNMAP != 0:
+ * raise ValueError("mate %s: is unmapped" %
+ * (read.query_name)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # xor flags to get the other mate
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_read), __pyx_n_s_query_name); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 764; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":763
+ * (read.query_name))
+ * if flag & BAM_FMUNMAP != 0:
+ * raise ValueError("mate %s: is unmapped" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (read.query_name))
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_mate_s_is_unmapped, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":767
+ *
+ * # xor flags to get the other mate
+ * cdef int x = BAM_FREAD1 + BAM_FREAD2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * flag = (flag ^ x) & x
+ *
+ */
+ __pyx_v_x = (BAM_FREAD1 + BAM_FREAD2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":768
+ * # xor flags to get the other mate
+ * cdef int x = BAM_FREAD1 + BAM_FREAD2
+ * flag = (flag ^ x) & x # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Make sure to use a separate file to jump around
+ */
+ __pyx_v_flag = ((__pyx_v_flag ^ __pyx_v_x) & __pyx_v_x);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":776
+ * # could thus be made much quicker, for example
+ * # by using tell and seek.
+ * for mate in self.fetch( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * read._delegate.core.mpos,
+ * read._delegate.core.mpos + 1,
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_fetch); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":777
+ * # by using tell and seek.
+ * for mate in self.fetch(
+ * read._delegate.core.mpos, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * read._delegate.core.mpos + 1,
+ * tid=read._delegate.core.mtid,
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_read->_delegate->core.mpos); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 777; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":778
+ * for mate in self.fetch(
+ * read._delegate.core.mpos,
+ * read._delegate.core.mpos + 1, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tid=read._delegate.core.mtid,
+ * multiple_iterators=True):
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_From_long((__pyx_v_read->_delegate->core.mpos + 1)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 778; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":776
+ * # could thus be made much quicker, for example
+ * # by using tell and seek.
+ * for mate in self.fetch( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * read._delegate.core.mpos,
+ * read._delegate.core.mpos + 1,
+ */
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":779
+ * read._delegate.core.mpos,
+ * read._delegate.core.mpos + 1,
+ * tid=read._delegate.core.mtid, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=True):
+ * if mate.flag & flag != 0 and \
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_read->_delegate->core.mtid); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_tid, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":780
+ * read._delegate.core.mpos + 1,
+ * tid=read._delegate.core.mtid,
+ * multiple_iterators=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if mate.flag & flag != 0 and \
+ * mate.query_name == read.query_name:
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_multiple_iterators, Py_True) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":776
+ * # could thus be made much quicker, for example
+ * # by using tell and seek.
+ * for mate in self.fetch( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * read._delegate.core.mpos,
+ * read._delegate.core.mpos + 1,
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_6, __pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_4) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4; __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = -1; __pyx_t_5 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_8 = Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_8 && PyList_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_5)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_8 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_5)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_8(__pyx_t_5);
+ if (unlikely(!__pyx_t_4)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_mate, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":781
+ * tid=read._delegate.core.mtid,
+ * multiple_iterators=True):
+ * if mate.flag & flag != 0 and \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * mate.query_name == read.query_name:
+ * break
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_mate, __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_flag); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_4, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":782
+ * multiple_iterators=True):
+ * if mate.flag & flag != 0 and \
+ * mate.query_name == read.query_name: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_mate, __pyx_n_s_query_name); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_read), __pyx_n_s_query_name); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_6, __pyx_t_3, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_9 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_9;
+ } else {
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_10) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":783
+ * if mate.flag & flag != 0 and \
+ * mate.query_name == read.query_name:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise ValueError("mate not found")
+ */
+ goto __pyx_L6_break;
+ }
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":785
+ * break
+ * else:
+ * raise ValueError("mate not found") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return mate
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__25, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L6_break:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":787
+ * raise ValueError("mate not found")
+ *
+ * return mate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def count(self,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_mate);
+ __pyx_r = __pyx_v_mate;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":737
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * def mate(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * AlignedSegment read):
+ * '''return the mate of :class:`AlignedSegment` *read*.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.mate", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_mate);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":789
+ * return mate
+ *
+ * def count(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_27count(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_26count[] = "AlignmentFile.count(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, until_eof=False)\n*(reference = None, start = None, end = None,\n region = None, callback = None, until_eof = False)*\n\n count reads :term:`region` using 0-based indexing. The region\n is specified by :term:`reference`, *start* and\n *end*. Alternatively, a samtools :term:`region` string can be\n suppli [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_27count(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_region = 0;
+ PyObject *__pyx_v_until_eof = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("count (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_region,&__pyx_n_s_until_eof,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":790
+ *
+ * def count(self,
+ * reference=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=None,
+ * end=None,
+ */
+ values[0] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":791
+ * def count(self,
+ * reference=None,
+ * start=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end=None,
+ * region=None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":792
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ * end=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region=None,
+ * until_eof=False):
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":793
+ * start=None,
+ * end=None,
+ * region=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * until_eof=False):
+ * '''*(reference = None, start = None, end = None,
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":794
+ * end=None,
+ * region=None,
+ * until_eof=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''*(reference = None, start = None, end = None,
+ * region = None, callback = None, until_eof = False)*
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)Py_False);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_region);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_until_eof);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "count") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 789; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_reference = values[0];
+ __pyx_v_start = values[1];
+ __pyx_v_end = values[2];
+ __pyx_v_region = values[3];
+ __pyx_v_until_eof = values[4];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("count", 0, 0, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 789; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.count", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_26count(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_reference, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_region, __pyx_v_until_eof);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":789
+ * return mate
+ *
+ * def count(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_26count(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_until_eof) {
+ CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_read = 0;
+ long __pyx_v_counter;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_6;
+ PyObject *(*__pyx_t_7)(PyObject *);
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("count", 0);
+ __Pyx_TraceCall("count", __pyx_f[0], 789);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":807
+ * '''
+ * cdef AlignedSegment read
+ * cdef long counter = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ */
+ __pyx_v_counter = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":809
+ * cdef long counter = 0
+ *
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":810
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for read in self.fetch(reference=reference,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__26, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 810; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 810; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":812
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * for read in self.fetch(reference=reference, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=start,
+ * end=end,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_fetch); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_reference, __pyx_v_reference) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":813
+ *
+ * for read in self.fetch(reference=reference,
+ * start=start, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end=end,
+ * region=region,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_start, __pyx_v_start) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":814
+ * for read in self.fetch(reference=reference,
+ * start=start,
+ * end=end, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region=region,
+ * until_eof=until_eof):
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_end, __pyx_v_end) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":815
+ * start=start,
+ * end=end,
+ * region=region, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * until_eof=until_eof):
+ * counter += 1
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_region, __pyx_v_region) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":816
+ * end=end,
+ * region=region,
+ * until_eof=until_eof): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * counter += 1
+ *
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_until_eof, __pyx_v_until_eof) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":812
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * for read in self.fetch(reference=reference, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=start,
+ * end=end,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_5) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_5; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_7 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_6 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_5 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_6); __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_6++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_6); __pyx_t_6++; if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_7 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_6 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_5 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_6); __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_6++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_6); __pyx_t_6++; if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_7(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_5)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ }
+ if (!(likely(((__pyx_t_5) == Py_None) || likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_5, __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment))))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_read, ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_t_5));
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":817
+ * region=region,
+ * until_eof=until_eof):
+ * counter += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return counter
+ */
+ __pyx_v_counter = (__pyx_v_counter + 1);
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":819
+ * counter += 1
+ *
+ * return counter # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def pileup( self,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_long(__pyx_v_counter); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 819; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":789
+ * return mate
+ *
+ * def count(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.count", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_read);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":821
+ * return counter
+ *
+ * def pileup( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference = None,
+ * start = None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_29pileup(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_28pileup[] = "AlignmentFile.pileup(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, **kwargs)\nperform a :term:`pileup` within a :term:`region`. The region is\n specified by :term:`reference`, *start* and *end* (using\n 0-based indexing). Alternatively, a samtools *region* string\n can be supplied.\n\n Without *reference* or *region* all reads will be used for the\n pileup. The reads [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_29pileup(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_region = 0;
+ PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("pileup (wrapper)", 0);
+ __pyx_v_kwargs = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return NULL;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_region,0};
+ PyObject* values[4] = {0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":822
+ *
+ * def pileup( self,
+ * reference = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start = None,
+ * end = None,
+ */
+ values[0] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":823
+ * def pileup( self,
+ * reference = None,
+ * start = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end = None,
+ * region = None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":824
+ * reference = None,
+ * start = None,
+ * end = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region = None,
+ * **kwargs ):
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":825
+ * start = None,
+ * end = None,
+ * region = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * **kwargs ):
+ * '''perform a :term:`pileup` within a :term:`region`. The region is
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_region);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, __pyx_v_kwargs, values, pos_args, "pileup") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_reference = values[0];
+ __pyx_v_start = values[1];
+ __pyx_v_end = values[2];
+ __pyx_v_region = values[3];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("pileup", 0, 0, 4, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_kwargs); __pyx_v_kwargs = 0;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.pileup", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_28pileup(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_reference, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_region, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":821
+ * return counter
+ *
+ * def pileup( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference = None,
+ * start = None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_28pileup(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_v_rtid;
+ int __pyx_v_rstart;
+ int __pyx_v_rend;
+ int __pyx_v_has_coord;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_9)(PyObject *);
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ int __pyx_t_13;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("pileup", 0);
+ __Pyx_TraceCall("pileup", __pyx_f[0], 821);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":891
+ * cdef int rtid, rstart, rend, has_coord
+ *
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":892
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion(
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__27, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 892; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 892; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":894
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference, start, end, region )
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_parseRegion); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":895
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion(
+ * reference, start, end, region ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.isbam:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_region);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_v_region);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_region);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":894
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference, start, end, region )
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_5))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_5))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_5;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 4)) {
+ if (size > 4) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(4);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 2);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 3);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(sequence, 2);
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(sequence, 3);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ #else
+ {
+ Py_ssize_t i;
+ PyObject** temps[4] = {&__pyx_t_1,&__pyx_t_2,&__pyx_t_6,&__pyx_t_7};
+ for (i=0; i < 4; i++) {
+ PyObject* item = PySequence_ITEM(sequence, i); if (unlikely(!item)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(item);
+ *(temps[i]) = item;
+ }
+ }
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ PyObject** temps[4] = {&__pyx_t_1,&__pyx_t_2,&__pyx_t_6,&__pyx_t_7};
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetIter(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_9 = Py_TYPE(__pyx_t_8)->tp_iternext;
+ for (index=0; index < 4; index++) {
+ PyObject* item = __pyx_t_9(__pyx_t_8); if (unlikely(!item)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(item);
+ *(temps[index]) = item;
+ }
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_9(__pyx_t_8), 4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L5_unpacking_done;
+ __pyx_L4_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L5_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_10 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_2); if (unlikely((__pyx_t_11 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_6); if (unlikely((__pyx_t_12 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_7); if (unlikely((__pyx_t_13 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_v_has_coord = __pyx_t_10;
+ __pyx_v_rtid = __pyx_t_11;
+ __pyx_v_rstart = __pyx_t_12;
+ __pyx_v_rend = __pyx_t_13;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":897
+ * reference, start, end, region )
+ *
+ * if self.isbam: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._hasIndex():
+ * raise ValueError("no index available for pileup")
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_self->isbam != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":898
+ *
+ * if self.isbam:
+ * if not self._hasIndex(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("no index available for pileup")
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_hasIndex); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":899
+ * if self.isbam:
+ * if not self._hasIndex():
+ * raise ValueError("no index available for pileup") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if has_coord:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__28, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 899; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 899; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":901
+ * raise ValueError("no index available for pileup")
+ *
+ * if has_coord: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return IteratorColumnRegion(self,
+ * tid = rtid,
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_has_coord != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":902
+ *
+ * if has_coord:
+ * return IteratorColumnRegion(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tid = rtid,
+ * start = rstart,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":906
+ * start = rstart,
+ * end = rend,
+ * **kwargs ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return IteratorColumnAllRefs(self, **kwargs )
+ */
+ __pyx_t_5 = PyDict_Copy(__pyx_v_kwargs); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":903
+ * if has_coord:
+ * return IteratorColumnRegion(self,
+ * tid = rtid, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start = rstart,
+ * end = rend,
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_rtid); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 903; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ if (unlikely(PyDict_GetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_tid))) {
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError("function", __pyx_n_s_tid); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_tid, __pyx_t_6) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":904
+ * return IteratorColumnRegion(self,
+ * tid = rtid,
+ * start = rstart, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end = rend,
+ * **kwargs )
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_rstart); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 904; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ if (unlikely(PyDict_GetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_start))) {
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError("function", __pyx_n_s_start); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_start, __pyx_t_6) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":905
+ * tid = rtid,
+ * start = rstart,
+ * end = rend, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * **kwargs )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_rend); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 905; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ if (unlikely(PyDict_GetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_end))) {
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError("function", __pyx_n_s_end); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_n_s_end, __pyx_t_6) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":902
+ *
+ * if has_coord:
+ * return IteratorColumnRegion(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tid = rtid,
+ * start = rstart,
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion)), __pyx_t_7, __pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":908
+ * **kwargs )
+ * else:
+ * return IteratorColumnAllRefs(self, **kwargs ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * else:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_kwargs;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs)), __pyx_t_6, __pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":911
+ *
+ * else:
+ * raise NotImplementedError( "pileup of samfiles not implemented yet" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def close( self ):
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_tuple__29, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 911; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 911; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":821
+ * return counter
+ *
+ * def pileup( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference = None,
+ * start = None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.pileup", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":913
+ * raise NotImplementedError( "pileup of samfiles not implemented yet" )
+ *
+ * def close( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * closes the :class:`pysam.AlignmentFile`.'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_31close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_30close[] = "AlignmentFile.close(self)\n\n closes the :class:`pysam.AlignmentFile`.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_31close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_30close(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_30close(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close", 0);
+ __Pyx_TraceCall("close", __pyx_f[0], 913);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":916
+ * '''
+ * closes the :class:`pysam.AlignmentFile`.'''
+ * if self.htsfile != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_close(self.htsfile)
+ * hts_idx_destroy(self.index);
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->htsfile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":917
+ * closes the :class:`pysam.AlignmentFile`.'''
+ * if self.htsfile != NULL:
+ * hts_close(self.htsfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_idx_destroy(self.index);
+ * self.htsfile = NULL
+ */
+ hts_close(__pyx_v_self->htsfile);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":918
+ * if self.htsfile != NULL:
+ * hts_close(self.htsfile)
+ * hts_idx_destroy(self.index); # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.htsfile = NULL
+ *
+ */
+ hts_idx_destroy(__pyx_v_self->index);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":919
+ * hts_close(self.htsfile)
+ * hts_idx_destroy(self.index);
+ * self.htsfile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__( self ):
+ */
+ __pyx_v_self->htsfile = NULL;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":913
+ * raise NotImplementedError( "pileup of samfiles not implemented yet" )
+ *
+ * def close( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * closes the :class:`pysam.AlignmentFile`.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":921
+ * self.htsfile = NULL
+ *
+ * def __dealloc__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # remember: dealloc cannot call other methods
+ * # note: no doc string
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_33__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_33__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_32__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_32__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 921);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":925
+ * # note: no doc string
+ * # note: __del__ is not called.
+ * self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_destroy1(self.b)
+ * if self.header != NULL:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 925; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 925; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":926
+ * # note: __del__ is not called.
+ * self.close()
+ * bam_destroy1(self.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.header != NULL:
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ */
+ bam_destroy1(__pyx_v_self->b);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":927
+ * self.close()
+ * bam_destroy1(self.b)
+ * if self.header != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_self->header != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":928
+ * bam_destroy1(self.b)
+ * if self.header != NULL:
+ * bam_hdr_destroy(self.header) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cpdef int write(self, AlignedSegment read) except -1:
+ */
+ bam_hdr_destroy(__pyx_v_self->header);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":921
+ * self.htsfile = NULL
+ *
+ * def __dealloc__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # remember: dealloc cannot call other methods
+ * # note: no doc string
+ */
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.__dealloc__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":930
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ *
+ * cpdef int write(self, AlignedSegment read) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * write a single :class:`pysam.AlignedSegment` to disk.
+ */
+
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_35write(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_read); /*proto*/
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_write(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_read, int __pyx_skip_dispatch) {
+ int __pyx_v_x;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write", 0);
+ __Pyx_TraceCall("write", __pyx_f[0], 930);
+ /* Check if called by wrapper */
+ if (unlikely(__pyx_skip_dispatch)) ;
+ /* Check if overridden in Python */
+ else if (unlikely(Py_TYPE(((PyObject *)__pyx_v_self))->tp_dictoffset != 0)) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_write); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 930; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!PyCFunction_Check(__pyx_t_1) || (PyCFunction_GET_FUNCTION(__pyx_t_1) != (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_35write)) {
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 930; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_read));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_read));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_read));
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 930; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_3); if (unlikely((__pyx_t_4 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 930; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":936
+ * returns the number of bytes written.
+ * '''
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return 0
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_6 = ((!__pyx_t_5) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":937
+ * '''
+ * if not self._isOpen():
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * x = sam_write1(self.htsfile,
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":939
+ * return 0
+ *
+ * x = sam_write1(self.htsfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header,
+ * read._delegate)
+ */
+ __pyx_v_x = sam_write1(__pyx_v_self->htsfile, __pyx_v_self->header, __pyx_v_read->_delegate);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":943
+ * read._delegate)
+ *
+ * return x # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __enter__(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_x;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":930
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ *
+ * cpdef int write(self, AlignedSegment read) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * write a single :class:`pysam.AlignedSegment` to disk.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.write", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_35write(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_read); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_34write[] = "AlignmentFile.write(self, AlignedSegment read) -> int\n\n write a single :class:`pysam.AlignedSegment` to disk.\n\n returns the number of bytes written.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_35write(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_read) {
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_lineno = 0;
+ CYTHON_UNUSED const char *__pyx_filename = NULL;
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_read), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, 1, "read", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 930; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_34write(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_read));
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_34write(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_read) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write", 0);
+ __Pyx_TraceCall("write", __pyx_f[0], 930);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->write(__pyx_v_self, __pyx_v_read, 1)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 930; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.write", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":945
+ * return x
+ *
+ * def __enter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_37__enter__(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_36__enter__[] = "AlignmentFile.__enter__(self)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_37__enter__(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__enter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_36__enter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_36__enter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__enter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__enter__", __pyx_f[0], 945);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":946
+ *
+ * def __enter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":945
+ * return x
+ *
+ * def __enter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":948
+ * return self
+ *
+ * def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ * return False
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_39__exit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_38__exit__[] = "AlignmentFile.__exit__(self, exc_type, exc_value, traceback)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_39__exit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_exc_type = 0;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_exc_value = 0;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_traceback = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__exit__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_exc_type,&__pyx_n_s_exc_value,&__pyx_n_s_traceback,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_exc_type)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_exc_value)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__exit__", 1, 3, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_traceback)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__exit__", 1, 3, 3, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__exit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 3) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ }
+ __pyx_v_exc_type = values[0];
+ __pyx_v_exc_value = values[1];
+ __pyx_v_traceback = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__exit__", 1, 3, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.__exit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_38__exit__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_exc_type, __pyx_v_exc_value, __pyx_v_traceback);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_38__exit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_exc_type, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_exc_value, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_traceback) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__exit__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__exit__", __pyx_f[0], 948);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":949
+ *
+ * def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback):
+ * self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return False
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 949; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 949; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":950
+ * def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback):
+ * self.close()
+ * return False # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###############################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_False);
+ __pyx_r = Py_False;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":948
+ * return self
+ *
+ * def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ * return False
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.__exit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":959
+ * property filename:
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8filename___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 959);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":960
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property nreferences:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_r = __pyx_v_self->_filename;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":959
+ * property filename:
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":964
+ * property nreferences:
+ * '''number of :term:`reference` sequences in the file.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * return self.header.n_targets
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11nreferences_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11nreferences_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11nreferences___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11nreferences___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 964);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":965
+ * '''number of :term:`reference` sequences in the file.'''
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.header.n_targets
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 965; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 965; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 965; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__30, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 965; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 965; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":966
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * return self.header.n_targets # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property references:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->header->n_targets); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 966; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":964
+ * property nreferences:
+ * '''number of :term:`reference` sequences in the file.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * return self.header.n_targets
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.nreferences.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":970
+ * property references:
+ * """tuple with the names of :term:`reference` sequences."""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = []
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10references_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10references_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10references___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10references___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_t = NULL;
+ long __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int32_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 970);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":971
+ * """tuple with the names of :term:`reference` sequences."""
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 971; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 971; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 971; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__31, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 971; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 971; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":972
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * t.append(_charptr_to_str(self.header.target_name[x]))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_t = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":973
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t.append(_charptr_to_str(self.header.target_name[x]))
+ * return tuple(t)
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_self->header->n_targets;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_5; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":974
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * t.append(_charptr_to_str(self.header.target_name[x])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return tuple(t)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str((__pyx_v_self->header->target_name[__pyx_v_x])); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 974; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_t, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 974; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":975
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * t.append(_charptr_to_str(self.header.target_name[x]))
+ * return tuple(t) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property lengths:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = PyList_AsTuple(__pyx_v_t); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 975; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":970
+ * property references:
+ * """tuple with the names of :term:`reference` sequences."""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = []
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.references.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_t);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":983
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = []
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7lengths_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7lengths_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7lengths___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7lengths___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_t = NULL;
+ long __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int32_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 983);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":984
+ * """
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__32, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":985
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * t.append( self.header.target_len[x] )
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_t = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":986
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t.append( self.header.target_len[x] )
+ * return tuple(t)
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_self->header->n_targets;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_5; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":987
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * t.append( self.header.target_len[x] ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return tuple(t)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t((__pyx_v_self->header->target_len[__pyx_v_x])); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_t, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":988
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ * t.append( self.header.target_len[x] )
+ * return tuple(t) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property mapped:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = PyList_AsTuple(__pyx_v_t); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 988; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":983
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * t = []
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.lengths.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_t);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":993
+ * """total number of mapped alignments in file.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._checkIndex()
+ * cdef int tid
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6mapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6mapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6mapped___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6mapped___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_tid;
+ uint64_t __pyx_v_total;
+ uint64_t __pyx_v_mapped;
+ uint64_t __pyx_v_unmapped;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 993);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":994
+ * """
+ * def __get__(self):
+ * self._checkIndex() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int tid
+ * cdef uint64_t total = 0
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_checkIndex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 994; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 994; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":996
+ * self._checkIndex()
+ * cdef int tid
+ * cdef uint64_t total = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint64_t mapped, unmapped
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_v_total = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":998
+ * cdef uint64_t total = 0
+ * cdef uint64_t mapped, unmapped
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped)
+ * total += mapped
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->header->n_targets;
+ for (__pyx_v_tid = 0; __pyx_v_tid < __pyx_t_3; __pyx_v_tid++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":999
+ * cdef uint64_t mapped, unmapped
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * total += mapped
+ * return total
+ */
+ hts_idx_get_stat(__pyx_v_self->index, __pyx_v_tid, (&__pyx_v_mapped), (&__pyx_v_unmapped));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1000
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped)
+ * total += mapped # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return total
+ *
+ */
+ __pyx_v_total = (__pyx_v_total + __pyx_v_mapped);
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1001
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped)
+ * total += mapped
+ * return total # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _checkIndex(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_uint64_t(__pyx_v_total); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1001; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":993
+ * """total number of mapped alignments in file.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._checkIndex()
+ * cdef int tid
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.mapped.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1003
+ * return total
+ *
+ * def _checkIndex(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''check if index is present. Otherwise raise
+ * an error.'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_41_checkIndex(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_40_checkIndex[] = "AlignmentFile._checkIndex(self)\ncheck if index is present. Otherwise raise\n an error.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_41_checkIndex(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_checkIndex (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_40_checkIndex(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_40_checkIndex(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_checkIndex", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_checkIndex", __pyx_f[0], 1003);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1006
+ * '''check if index is present. Otherwise raise
+ * an error.'''
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1007
+ * an error.'''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self.isbam:
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files")
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__33, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1007; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1007; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1008
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files")
+ * if self.index == NULL:
+ */
+ __pyx_t_4 = ((!(__pyx_v_self->isbam != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1009
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam:
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.index == NULL:
+ * raise ValueError("mapping information not recorded in index "
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_AttributeError, __pyx_tuple__34, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1010
+ * if not self.isbam:
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files")
+ * if self.index == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("mapping information not recorded in index "
+ * "or index not available")
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_self->index == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1011
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files")
+ * if self.index == NULL:
+ * raise ValueError("mapping information not recorded in index " # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "or index not available")
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__35, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1003
+ * return total
+ *
+ * def _checkIndex(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''check if index is present. Otherwise raise
+ * an error.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._checkIndex", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1018
+ * """total number of unmapped reads in file.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._checkIndex()
+ * cdef int tid
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8unmapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8unmapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8unmapped___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8unmapped___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_tid;
+ uint64_t __pyx_v_total;
+ uint64_t __pyx_v_mapped;
+ uint64_t __pyx_v_unmapped;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 1018);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1019
+ * """
+ * def __get__(self):
+ * self._checkIndex() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int tid
+ * cdef uint64_t total = 0
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_checkIndex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1019; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1019; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1021
+ * self._checkIndex()
+ * cdef int tid
+ * cdef uint64_t total = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint64_t mapped, unmapped
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_v_total = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1023
+ * cdef uint64_t total = 0
+ * cdef uint64_t mapped, unmapped
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped)
+ * total += unmapped
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->header->n_targets;
+ for (__pyx_v_tid = 0; __pyx_v_tid < __pyx_t_3; __pyx_v_tid++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1024
+ * cdef uint64_t mapped, unmapped
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * total += unmapped
+ * return total
+ */
+ hts_idx_get_stat(__pyx_v_self->index, __pyx_v_tid, (&__pyx_v_mapped), (&__pyx_v_unmapped));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1025
+ * for tid from 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped)
+ * total += unmapped # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return total
+ *
+ */
+ __pyx_v_total = (__pyx_v_total + __pyx_v_unmapped);
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1026
+ * hts_idx_get_stat(self.index, tid, &mapped, &unmapped)
+ * total += unmapped
+ * return total # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property nocoordinate:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_uint64_t(__pyx_v_total); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1026; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1018
+ * """total number of unmapped reads in file.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._checkIndex()
+ * cdef int tid
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.unmapped.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1031
+ * """total number of reads without coordinates
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._checkIndex()
+ * return hts_idx_get_n_no_coor(self.index)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12nocoordinate_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12nocoordinate_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12nocoordinate___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12nocoordinate___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 1031);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1032
+ * """
+ * def __get__(self):
+ * self._checkIndex() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return hts_idx_get_n_no_coor(self.index)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_checkIndex); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1033
+ * def __get__(self):
+ * self._checkIndex()
+ * return hts_idx_get_n_no_coor(self.index) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property text:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_uint64_t(hts_idx_get_n_no_coor(__pyx_v_self->index)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1033; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1031
+ * """total number of reads without coordinates
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._checkIndex()
+ * return hts_idx_get_n_no_coor(self.index)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.nocoordinate.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1042
+ *
+ * '''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4text_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4text_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4text___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4text___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 1042);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1043
+ * '''
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * return from_string_and_size(self.header.text, self.header.l_text)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1043; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1043; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1043; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1044
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return from_string_and_size(self.header.text, self.header.l_text)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__36, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1045
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * return from_string_and_size(self.header.text, self.header.l_text) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property header:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_from_string_and_size(__pyx_v_self->header->text, __pyx_v_self->header->l_text); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1045; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1042
+ *
+ * '''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.text.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1068
+ *
+ * '''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6header_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6header_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6header___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6header___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_t = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_line = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_fields = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_record = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_idx = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_field = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_key = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_value = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_sq = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_ref = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_length = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_t_9;
+ Py_ssize_t __pyx_t_10;
+ PyObject *(*__pyx_t_11)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_15)(PyObject *);
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 1068);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1069
+ * '''
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1070
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = {}
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__37, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1070; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1070; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1072
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * result = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.header.text != NULL:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1072; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1074
+ * result = {}
+ *
+ * if self.header.text != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # convert to python string (note: call self.text to
+ * # create 0-terminated string)
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_self->header->text != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1077
+ * # convert to python string (note: call self.text to
+ * # create 0-terminated string)
+ * t = self.text # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for line in t.split("\n"):
+ * if not line.strip(): continue
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_text); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1077; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_t = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1078
+ * # create 0-terminated string)
+ * t = self.text
+ * for line in t.split("\n"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not line.strip(): continue
+ * assert line.startswith("@"), \
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_t, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__39, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_1) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_6(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_line, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1079
+ * t = self.text
+ * for line in t.split("\n"):
+ * if not line.strip(): continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert line.startswith("@"), \
+ * "header line without '@': '%s'" % line
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1079; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1079; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1079; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ goto __pyx_L5_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1080
+ * for line in t.split("\n"):
+ * if not line.strip(): continue
+ * assert line.startswith("@"), \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "header line without '@': '%s'" % line
+ * fields = line[1:].split("\t")
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_tuple__41, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_3)) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1081
+ * if not line.strip(): continue
+ * assert line.startswith("@"), \
+ * "header line without '@': '%s'" % line # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fields = line[1:].split("\t")
+ * record = fields[0]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_header_line_without_s, __pyx_v_line); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1081; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1082
+ * assert line.startswith("@"), \
+ * "header line without '@': '%s'" % line
+ * fields = line[1:].split("\t") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * record = fields[0]
+ * assert record in VALID_HEADER_TYPES, \
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_line, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__42, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1082; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1082; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_tuple__44, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1082; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_fields, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1083
+ * "header line without '@': '%s'" % line
+ * fields = line[1:].split("\t")
+ * record = fields[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert record in VALID_HEADER_TYPES, \
+ * "header line with invalid type '%s': '%s'" % (record, line)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_fields, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1083; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_record, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1084
+ * fields = line[1:].split("\t")
+ * record = fields[0]
+ * assert record in VALID_HEADER_TYPES, \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "header line with invalid type '%s': '%s'" % (record, line)
+ *
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_TYPES); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1084; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_record, __pyx_t_1, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1084; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(!(__pyx_t_3 != 0))) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1085
+ * record = fields[0]
+ * assert record in VALID_HEADER_TYPES, \
+ * "header line with invalid type '%s': '%s'" % (record, line) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # treat comments
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1085; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_record);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_record);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_record);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_header_line_with_invalid_type_s, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1085; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1084; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1088
+ *
+ * # treat comments
+ * if record == "CO": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if record not in result:
+ * result[record] = []
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_record, __pyx_n_s_CO, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1088; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1089
+ * # treat comments
+ * if record == "CO":
+ * if record not in result: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result[record] = []
+ * result[record].append("\t".join( fields[1:]))
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyDict_Contains(__pyx_v_record, __pyx_v_result, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1089; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1090
+ * if record == "CO":
+ * if record not in result:
+ * result[record] = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result[record].append("\t".join( fields[1:]))
+ * continue
+ */
+ __pyx_t_7 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1090; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_v_record, __pyx_t_7) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1090; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1091
+ * if record not in result:
+ * result[record] = []
+ * result[record].append("\t".join( fields[1:])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * continue
+ * # the following is clumsy as generators do not work?
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1091; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_fields, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__45, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1091; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__43, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1091; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_t_7, __pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1091; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1092
+ * result[record] = []
+ * result[record].append("\t".join( fields[1:]))
+ * continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # the following is clumsy as generators do not work?
+ * x = {}
+ */
+ goto __pyx_L5_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1094
+ * continue
+ * # the following is clumsy as generators do not work?
+ * x = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for idx, field in enumerate(fields[1:]):
+ */
+ __pyx_t_8 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1094; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, ((PyObject*)__pyx_t_8));
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1096
+ * x = {}
+ *
+ * for idx, field in enumerate(fields[1:]): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if ":" not in field:
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" )
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_8 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_fields, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__46, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_7) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_7; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_10 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_11 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_11 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_10 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_10++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __pyx_t_10++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_11 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_10 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_10++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __pyx_t_10++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_11(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_field, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_idx, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_t_8, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1097
+ *
+ * for idx, field in enumerate(fields[1:]):
+ * if ":" not in field: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" )
+ * key, value = field.split(":", 1)
+ */
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_kp_s__47, __pyx_v_field, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1097; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1098
+ * for idx, field in enumerate(fields[1:]):
+ * if ":" not in field:
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * key, value = field.split(":", 1)
+ * if key in ("CL",):
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__48, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1098; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1098; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1099
+ * if ":" not in field:
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" )
+ * key, value = field.split(":", 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key in ("CL",):
+ * # special treatment for command line
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_field, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_tuple__49, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_12))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_12))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_12;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_13 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_13 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_13);
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_13 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_14 = PyObject_GetIter(__pyx_t_12); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_15 = Py_TYPE(__pyx_t_14)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_7 = __pyx_t_15(__pyx_t_14); if (unlikely(!__pyx_t_7)) goto __pyx_L13_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ index = 1; __pyx_t_13 = __pyx_t_15(__pyx_t_14); if (unlikely(!__pyx_t_13)) goto __pyx_L13_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_15(__pyx_t_14), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_15 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L14_unpacking_done;
+ __pyx_L13_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_15 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L14_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_key, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_13);
+ __pyx_t_13 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1100
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" )
+ * key, value = field.split(":", 1)
+ * if key in ("CL",): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # special treatment for command line
+ * # statements (CL). These might contain
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ __pyx_t_12 = __pyx_v_key;
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_12, __pyx_n_s_CL, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1107
+ * # header. Thus, in contravention to the
+ * # SAM API, consume the rest of the line.
+ * key, value = "\t".join(fields[idx+1:]).split(":", 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * x[key] = VALID_HEADER_FIELDS[record][key](value)
+ * break
+ */
+ __pyx_t_12 = PyNumber_Add(__pyx_v_idx, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_fields, 0, 0, &__pyx_t_12, NULL, NULL, 0, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__43, __pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_12, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_13, __pyx_tuple__50, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_12))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_12))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_12;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_13 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_13 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ #else
+ __pyx_t_13 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_14 = PyObject_GetIter(__pyx_t_12); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_15 = Py_TYPE(__pyx_t_14)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_13 = __pyx_t_15(__pyx_t_14); if (unlikely(!__pyx_t_13)) goto __pyx_L16_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ index = 1; __pyx_t_7 = __pyx_t_15(__pyx_t_14); if (unlikely(!__pyx_t_7)) goto __pyx_L16_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_15(__pyx_t_14), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_15 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L17_unpacking_done;
+ __pyx_L16_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_15 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L17_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_key, __pyx_t_13);
+ __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1108
+ * # SAM API, consume the rest of the line.
+ * key, value = "\t".join(fields[idx+1:]).split(":", 1)
+ * x[key] = VALID_HEADER_FIELDS[record][key](value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ *
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_FIELDS); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_t_12, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = PyObject_GetItem(__pyx_t_7, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_12 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_12, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_x, __pyx_v_key, __pyx_t_13) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1109
+ * key, value = "\t".join(fields[idx+1:]).split(":", 1)
+ * x[key] = VALID_HEADER_FIELDS[record][key](value)
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # uppercase keys must be valid
+ */
+ goto __pyx_L11_break;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1112
+ *
+ * # uppercase keys must be valid
+ * if key in VALID_HEADER_FIELDS[record]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * x[key] = VALID_HEADER_FIELDS[record][key](value)
+ * # lowercase are permitted for user fields
+ */
+ __pyx_t_13 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_FIELDS); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_t_13, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_key, __pyx_t_7, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1113
+ * # uppercase keys must be valid
+ * if key in VALID_HEADER_FIELDS[record]:
+ * x[key] = VALID_HEADER_FIELDS[record][key](value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # lowercase are permitted for user fields
+ * elif not key.isupper():
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_FIELDS); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_13 = PyObject_GetItem(__pyx_t_7, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_13 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_t_13, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_13, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_x, __pyx_v_key, __pyx_t_12) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L18;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1115
+ * x[key] = VALID_HEADER_FIELDS[record][key](value)
+ * # lowercase are permitted for user fields
+ * elif not key.isupper(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * x[key] = value
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_key, __pyx_n_s_isupper); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_12, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_13); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1116
+ * # lowercase are permitted for user fields
+ * elif not key.isupper():
+ * x[key] = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise ValueError(
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_x, __pyx_v_key, __pyx_v_value) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1116; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L18;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1120
+ * raise ValueError(
+ * "unknown field code '%s' in record '%s'" %
+ * (key, record)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if VALID_HEADER_TYPES[record] == dict:
+ */
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1120; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_record);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 1, __pyx_v_record);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_record);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1119
+ * else:
+ * raise ValueError(
+ * "unknown field code '%s' in record '%s'" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (key, record))
+ *
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_unknown_field_code_s_in_record_s, __pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1119; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1118
+ * x[key] = value
+ * else:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "unknown field code '%s' in record '%s'" %
+ * (key, record))
+ */
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_13, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_12, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L18:;
+ }
+ __pyx_L11_break:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1122
+ * (key, record))
+ *
+ * if VALID_HEADER_TYPES[record] == dict: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if record in result:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_TYPES); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1122; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_t_8, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1122; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type))), Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1122; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1122; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1123
+ *
+ * if VALID_HEADER_TYPES[record] == dict:
+ * if record in result: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "multiple '%s' lines are not permitted" % record)
+ */
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyDict_Contains(__pyx_v_record, __pyx_v_result, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1123; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1125
+ * if record in result:
+ * raise ValueError(
+ * "multiple '%s' lines are not permitted" % record) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result[record] = x
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_multiple_s_lines_are_not_permitt, __pyx_v_record); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1125; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1124
+ * if VALID_HEADER_TYPES[record] == dict:
+ * if record in result:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "multiple '%s' lines are not permitted" % record)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1124; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1124; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1124; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1127
+ * "multiple '%s' lines are not permitted" % record)
+ *
+ * result[record] = x # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif VALID_HEADER_TYPES[record] == list:
+ * if record not in result: result[record] = []
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_v_record, __pyx_v_x) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1127; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L19;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1128
+ *
+ * result[record] = x
+ * elif VALID_HEADER_TYPES[record] == list: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if record not in result: result[record] = []
+ * result[record].append(x)
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_TYPES); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1128; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_t_8, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1128; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type))), Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1128; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1128; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1129
+ * result[record] = x
+ * elif VALID_HEADER_TYPES[record] == list:
+ * if record not in result: result[record] = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result[record].append(x)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyDict_Contains(__pyx_v_record, __pyx_v_result, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1129; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_8 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1129; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_v_record, __pyx_t_8) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1129; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L21;
+ }
+ __pyx_L21:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1130
+ * elif VALID_HEADER_TYPES[record] == list:
+ * if record not in result: result[record] = []
+ * result[record].append(x) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # if there are no SQ lines in the header, add the reference names
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_t_8, __pyx_v_x); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L19;
+ }
+ __pyx_L19:;
+ __pyx_L5_continue:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1140
+ * # the SQ information is not part of the textual header
+ * # and thus are missing from the output. See issue 84.
+ * if "SQ" not in result: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sq = []
+ * for ref, length in zip(self.references, self.lengths):
+ */
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyDict_Contains(__pyx_n_s_SQ, __pyx_v_result, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1140; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1141
+ * # and thus are missing from the output. See issue 84.
+ * if "SQ" not in result:
+ * sq = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for ref, length in zip(self.references, self.lengths):
+ * sq.append({'LN': length, 'SN': ref })
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1141; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_sq = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1142
+ * if "SQ" not in result:
+ * sq = []
+ * for ref, length in zip(self.references, self.lengths): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sq.append({'LN': length, 'SN': ref })
+ * result["SQ"] = sq
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_references); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_lengths); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_zip, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_8) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_8)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_8; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_6(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_8)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_8))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_8))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_8;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_12 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_12 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_12);
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_12 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_13 = PyObject_GetIter(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_15 = Py_TYPE(__pyx_t_13)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_2 = __pyx_t_15(__pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_2)) goto __pyx_L25_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ index = 1; __pyx_t_12 = __pyx_t_15(__pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_12)) goto __pyx_L25_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_15(__pyx_t_13), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_15 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ goto __pyx_L26_unpacking_done;
+ __pyx_L25_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_15 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1142; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L26_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_length, __pyx_t_12);
+ __pyx_t_12 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1143
+ * sq = []
+ * for ref, length in zip(self.references, self.lengths):
+ * sq.append({'LN': length, 'SN': ref }) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result["SQ"] = sq
+ *
+ */
+ __pyx_t_8 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1143; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_LN, __pyx_v_length) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1143; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_SN, __pyx_v_ref) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1143; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_sq, __pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1143; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1144
+ * for ref, length in zip(self.references, self.lengths):
+ * sq.append({'LN': length, 'SN': ref })
+ * result["SQ"] = sq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_n_s_SQ, __pyx_v_sq) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1144; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L22;
+ }
+ __pyx_L22:;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1146
+ * result["SQ"] = sq
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _buildLine(self, fields, record):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1068
+ *
+ * '''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.header.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_t);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fields);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_record);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_idx);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_field);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_sq);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ref);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_length);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1148
+ * return result
+ *
+ * def _buildLine(self, fields, record): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''build a header line from *fields* dictionary for *record*'''
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_43_buildLine(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_42_buildLine[] = "AlignmentFile._buildLine(self, fields, record)\nbuild a header line from *fields* dictionary for *record*";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_43_buildLine(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_fields = 0;
+ PyObject *__pyx_v_record = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_buildLine (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_fields,&__pyx_n_s_record,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_fields)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_record)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_buildLine", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1148; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_buildLine") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1148; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_fields = values[0];
+ __pyx_v_record = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_buildLine", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1148; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._buildLine", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_42_buildLine(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_fields, __pyx_v_record);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_42_buildLine(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fields, PyObject *__pyx_v_record) {
+ PyObject *__pyx_v_line = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_key = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_buildLine", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_buildLine", __pyx_f[0], 1148);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1152
+ *
+ * # TODO: add checking for field and sort order
+ * line = ["@%s" % record] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # comment
+ * if record == "CO":
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s, __pyx_v_record); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1152; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1152; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_line = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1154
+ * line = ["@%s" % record]
+ * # comment
+ * if record == "CO": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * line.append(fields)
+ * # user tags
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_record, __pyx_n_s_CO, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1154; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1155
+ * # comment
+ * if record == "CO":
+ * line.append(fields) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # user tags
+ * elif record.islower():
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_line, __pyx_v_fields); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1155; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L3;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1157
+ * line.append(fields)
+ * # user tags
+ * elif record.islower(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for key in sorted(fields):
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_record, __pyx_n_s_islower); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1157; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1157; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1157; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1158
+ * # user tags
+ * elif record.islower():
+ * for key in sorted(fields): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ * # defined tags
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fields);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_fields);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fields);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_sorted, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_2) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_6(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_key, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1159
+ * elif record.islower():
+ * for key in sorted(fields):
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key]))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # defined tags
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_fields, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_line, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1163
+ * else:
+ * # write fields of the specification
+ * for key in VALID_HEADER_ORDER[record]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key in fields:
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_ORDER); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_t_1, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_2) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_6(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1163; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_key, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1164
+ * # write fields of the specification
+ * for key in VALID_HEADER_ORDER[record]:
+ * if key in fields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ * # write user fields
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_key, __pyx_v_fields, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1164; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1165
+ * for key in VALID_HEADER_ORDER[record]:
+ * if key in fields:
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key]))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # write user fields
+ * for key in fields:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_fields, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_line, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1167
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ * # write user fields
+ * for key in fields: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not key.isupper():
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_fields) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_fields)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_fields; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_v_fields); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_6(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_key, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1168
+ * # write user fields
+ * for key in fields:
+ * if not key.isupper(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_key, __pyx_n_s_isupper); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_8) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1169
+ * for key in fields:
+ * if not key.isupper():
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key]))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return "\t".join(line)
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_v_fields, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_line, __pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+ __pyx_L11:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1171
+ * line.append("%s:%s" % (key, str(fields[key])))
+ *
+ * return "\t".join(line) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam_hdr_t * _buildHeader(self, new_header):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__43, __pyx_v_line); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1171; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1148
+ * return result
+ *
+ * def _buildLine(self, fields, record): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''build a header line from *fields* dictionary for *record*'''
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._buildLine", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1173
+ * return "\t".join(line)
+ *
+ * cdef bam_hdr_t * _buildHeader(self, new_header): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a new header built from a dictionary in *new_header*.
+ *
+ */
+
+static bam_hdr_t *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile__buildHeader(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_new_header) {
+ PyObject *__pyx_v_lines = NULL;
+ bam_hdr_t *__pyx_v_dest;
+ PyObject *__pyx_v_record = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_ttype = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_data = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_fields = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_text = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_btext = 0;
+ PyObject *__pyx_v_bseqname = 0;
+ PyObject *__pyx_v_seqs = NULL;
+ long __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_v_seqname = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_seqlen = NULL;
+ bam_hdr_t *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ PyObject *(*__pyx_t_4)(PyObject *);
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_t_9;
+ Py_ssize_t __pyx_t_10;
+ PyObject *(*__pyx_t_11)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_13)(PyObject *);
+ char const *__pyx_t_14;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_16 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_17 = NULL;
+ int __pyx_t_18;
+ PyObject *__pyx_t_19 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_20;
+ uint32_t __pyx_t_21;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_buildHeader", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_buildHeader", __pyx_f[0], 1173);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1179
+ * '''
+ *
+ * lines = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check if hash exists
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1179; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_lines = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1186
+ * cdef bam_hdr_t * dest
+ *
+ * dest = bam_hdr_init() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # first: defined tags
+ */
+ __pyx_v_dest = bam_hdr_init();
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1189
+ *
+ * # first: defined tags
+ * for record in VALID_HEADERS: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if record in new_header:
+ * ttype = VALID_HEADER_TYPES[record]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADERS); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_1) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_4 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_4 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_4(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_record, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1190
+ * # first: defined tags
+ * for record in VALID_HEADERS:
+ * if record in new_header: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ttype = VALID_HEADER_TYPES[record]
+ * data = new_header[record]
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_record, __pyx_v_new_header, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1191
+ * for record in VALID_HEADERS:
+ * if record in new_header:
+ * ttype = VALID_HEADER_TYPES[record] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data = new_header[record]
+ * if type(data) != type(ttype()):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADER_TYPES); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1191; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_t_1, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1191; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_ttype, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1192
+ * if record in new_header:
+ * ttype = VALID_HEADER_TYPES[record]
+ * data = new_header[record] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(data) != type(ttype()):
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_v_new_header, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1192; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_data, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1193
+ * ttype = VALID_HEADER_TYPES[record]
+ * data = new_header[record]
+ * if type(data) != type(ttype()): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "invalid type for record %s: %s, expected %s" %
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_v_ttype, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1193; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_data)), ((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_7)), Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1193; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1193; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1196
+ * raise ValueError(
+ * "invalid type for record %s: %s, expected %s" %
+ * (record, type(data), type(ttype()))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(data) is dict:
+ * lines.append(self._buildLine(data, record))
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_v_ttype, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1196; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1196; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_record);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_record);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_record);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_data)));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, ((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_data)));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_data)));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_1)));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 2, ((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_1)));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_1)));
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1195
+ * if type(data) != type(ttype()):
+ * raise ValueError(
+ * "invalid type for record %s: %s, expected %s" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (record, type(data), type(ttype())))
+ * if type(data) is dict:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_invalid_type_for_record_s_s_expe, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1195; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1194
+ * data = new_header[record]
+ * if type(data) != type(ttype()):
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "invalid type for record %s: %s, expected %s" %
+ * (record, type(data), type(ttype())))
+ */
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1194; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1194; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1194; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1197
+ * "invalid type for record %s: %s, expected %s" %
+ * (record, type(data), type(ttype())))
+ * if type(data) is dict: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines.append(self._buildLine(data, record))
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_6 = (((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_data)) == ((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type))));
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_6 != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1198
+ * (record, type(data), type(ttype())))
+ * if type(data) is dict:
+ * lines.append(self._buildLine(data, record)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * for fields in new_header[record]:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_buildLine); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1198; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1198; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_data);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_data);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_data);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_record);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_v_record);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_record);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1198; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_lines, __pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1198; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1200
+ * lines.append(self._buildLine(data, record))
+ * else:
+ * for fields in new_header[record]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines.append(self._buildLine(fields, record))
+ *
+ */
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetItem(__pyx_v_new_header, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_8) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_8)) {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_8; __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_10 = -1; __pyx_t_7 = PyObject_GetIter(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_11 = Py_TYPE(__pyx_t_7)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_11 && PyList_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ if (__pyx_t_10 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_7)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_10); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_10++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_10); __pyx_t_10++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_11 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ if (__pyx_t_10 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_7)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_8 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_10); __Pyx_INCREF(__pyx_t_8); __pyx_t_10++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(__pyx_t_7, __pyx_t_10); __pyx_t_10++; if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_11(__pyx_t_7);
+ if (unlikely(!__pyx_t_8)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1200; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_fields, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1201
+ * else:
+ * for fields in new_header[record]:
+ * lines.append(self._buildLine(fields, record)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # then: user tags (lower case), sorted alphabetically
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_buildLine); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fields);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_fields);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fields);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_record);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_record);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_record);
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_lines, __pyx_t_12); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __pyx_L7:;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1204
+ *
+ * # then: user tags (lower case), sorted alphabetically
+ * for record, data in sorted(new_header.items()): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if record in VALID_HEADERS: continue
+ * if type( data ) is dict:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_new_header, __pyx_n_s_items); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_sorted, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_7) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_7; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_4 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_4 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_4(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_7))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_7;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_12 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_12 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ #else
+ __pyx_t_12 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetIter(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_13 = Py_TYPE(__pyx_t_8)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_12 = __pyx_t_13(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_12)) goto __pyx_L12_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ index = 1; __pyx_t_1 = __pyx_t_13(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L12_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_13(__pyx_t_8), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_13 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L13_unpacking_done;
+ __pyx_L12_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_13 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L13_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_record, __pyx_t_12);
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_data, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1205
+ * # then: user tags (lower case), sorted alphabetically
+ * for record, data in sorted(new_header.items()):
+ * if record in VALID_HEADERS: continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type( data ) is dict:
+ * lines.append( self._buildLine( data, record ) )
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_VALID_HEADERS); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1205; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_record, __pyx_t_7, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1205; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_6 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+ goto __pyx_L10_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1206
+ * for record, data in sorted(new_header.items()):
+ * if record in VALID_HEADERS: continue
+ * if type( data ) is dict: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines.append( self._buildLine( data, record ) )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_6 = (((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_data)) == ((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type))));
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_6 != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1207
+ * if record in VALID_HEADERS: continue
+ * if type( data ) is dict:
+ * lines.append( self._buildLine( data, record ) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * for fields in new_header[record]:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_buildLine); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1207; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1207; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_data);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_data);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_data);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_record);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_record);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_record);
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1207; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_lines, __pyx_t_12); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1207; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L15;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1209
+ * lines.append( self._buildLine( data, record ) )
+ * else:
+ * for fields in new_header[record]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines.append( self._buildLine( fields, record ) )
+ *
+ */
+ __pyx_t_12 = PyObject_GetItem(__pyx_v_new_header, __pyx_v_record); if (unlikely(__pyx_t_12 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_12) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_12)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_12; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_10 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_12); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_11 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_11 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_10 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_12 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __Pyx_INCREF(__pyx_t_12); __pyx_t_10++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_12 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __pyx_t_10++; if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_11 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_10 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_12 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __Pyx_INCREF(__pyx_t_12); __pyx_t_10++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_12 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_10); __pyx_t_10++; if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_11(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_12)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_fields, __pyx_t_12);
+ __pyx_t_12 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1210
+ * else:
+ * for fields in new_header[record]:
+ * lines.append( self._buildLine( fields, record ) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * text = "\n".join(lines) + "\n"
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_buildLine); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fields);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_fields);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fields);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_record);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_v_record);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_record);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_12, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_lines, __pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __pyx_L15:;
+ __pyx_L10_continue:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1212
+ * lines.append( self._buildLine( fields, record ) )
+ *
+ * text = "\n".join(lines) + "\n" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if dest.text != NULL: free( dest.text )
+ * dest.text = <char*>calloc( len(text), sizeof(char))
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__38, __pyx_v_lines); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1212; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_kp_s__38); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1212; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_text = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1213
+ *
+ * text = "\n".join(lines) + "\n"
+ * if dest.text != NULL: free( dest.text ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.text = <char*>calloc( len(text), sizeof(char))
+ * dest.l_text = len(text)
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_dest->text != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ free(__pyx_v_dest->text);
+ goto __pyx_L18;
+ }
+ __pyx_L18:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1214
+ * text = "\n".join(lines) + "\n"
+ * if dest.text != NULL: free( dest.text )
+ * dest.text = <char*>calloc( len(text), sizeof(char)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.l_text = len(text)
+ * cdef bytes btext = text.encode('ascii')
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_text); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_dest->text = ((char *)calloc(__pyx_t_3, (sizeof(char))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1215
+ * if dest.text != NULL: free( dest.text )
+ * dest.text = <char*>calloc( len(text), sizeof(char))
+ * dest.l_text = len(text) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bytes btext = text.encode('ascii')
+ * strncpy( dest.text, btext, dest.l_text )
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_text); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_dest->l_text = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1216
+ * dest.text = <char*>calloc( len(text), sizeof(char))
+ * dest.l_text = len(text)
+ * cdef bytes btext = text.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strncpy( dest.text, btext, dest.l_text )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_text, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1216; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__51, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1216; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_2))||((__pyx_t_2) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1216; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_btext = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1217
+ * dest.l_text = len(text)
+ * cdef bytes btext = text.encode('ascii')
+ * strncpy( dest.text, btext, dest.l_text ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bytes bseqname
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_btext); if (unlikely((!__pyx_t_14) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ strncpy(__pyx_v_dest->text, __pyx_t_14, __pyx_v_dest->l_text);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1221
+ * cdef bytes bseqname
+ * # collect targets
+ * if "SQ" in new_header: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * seqs = []
+ * for fields in new_header["SQ"]:
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_n_s_SQ, __pyx_v_new_header, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1222
+ * # collect targets
+ * if "SQ" in new_header:
+ * seqs = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for fields in new_header["SQ"]:
+ * try:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_seqs = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1223
+ * if "SQ" in new_header:
+ * seqs = []
+ * for fields in new_header["SQ"]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * seqs.append( (fields["SN"], fields["LN"] ) )
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_new_header, __pyx_n_s_SQ); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_2) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_4 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_4 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_4(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_fields, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1224
+ * seqs = []
+ * for fields in new_header["SQ"]:
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * seqs.append( (fields["SN"], fields["LN"] ) )
+ * except KeyError:
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_15, &__pyx_t_16, &__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_17);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1225
+ * for fields in new_header["SQ"]:
+ * try:
+ * seqs.append( (fields["SN"], fields["LN"] ) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except KeyError:
+ * raise KeyError( "incomplete sequence information in '%s'" % str(fields))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_fields, __pyx_n_s_SN); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L22_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetItem(__pyx_v_fields, __pyx_n_s_LN); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L22_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L22_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_seqs, __pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L22_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ goto __pyx_L29_try_end;
+ __pyx_L22_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1226
+ * try:
+ * seqs.append( (fields["SN"], fields["LN"] ) )
+ * except KeyError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise KeyError( "incomplete sequence information in '%s'" % str(fields))
+ *
+ */
+ __pyx_t_18 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_KeyError);
+ if (__pyx_t_18) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._buildHeader", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_7, &__pyx_t_8, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1226; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L24_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1227
+ * seqs.append( (fields["SN"], fields["LN"] ) )
+ * except KeyError:
+ * raise KeyError( "incomplete sequence information in '%s'" % str(fields)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * dest.n_targets = len(seqs)
+ */
+ __pyx_t_12 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1227; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L24_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fields);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 0, __pyx_v_fields);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fields);
+ __pyx_t_19 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1227; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L24_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_incomplete_sequence_information, __pyx_t_19); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1227; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L24_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0;
+ __pyx_t_19 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1227; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L24_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_19, 0, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_KeyError, __pyx_t_19, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1227; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L24_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_12, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1227; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L24_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L23_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L24_except_error;
+ __pyx_L24_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_15, __pyx_t_16, __pyx_t_17);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L23_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_15, __pyx_t_16, __pyx_t_17);
+ __pyx_L29_try_end:;
+ }
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1229
+ * raise KeyError( "incomplete sequence information in '%s'" % str(fields))
+ *
+ * dest.n_targets = len(seqs) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.target_name = <char**>calloc(dest.n_targets, sizeof(char*))
+ * dest.target_len = <uint32_t*>calloc(dest.n_targets, sizeof(uint32_t))
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_SIZE(__pyx_v_seqs); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1229; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_dest->n_targets = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1230
+ *
+ * dest.n_targets = len(seqs)
+ * dest.target_name = <char**>calloc(dest.n_targets, sizeof(char*)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.target_len = <uint32_t*>calloc(dest.n_targets, sizeof(uint32_t))
+ *
+ */
+ __pyx_v_dest->target_name = ((char **)calloc(__pyx_v_dest->n_targets, (sizeof(char *))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1231
+ * dest.n_targets = len(seqs)
+ * dest.target_name = <char**>calloc(dest.n_targets, sizeof(char*))
+ * dest.target_len = <uint32_t*>calloc(dest.n_targets, sizeof(uint32_t)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for x from 0 <= x < dest.n_targets:
+ */
+ __pyx_v_dest->target_len = ((uint32_t *)calloc(__pyx_v_dest->n_targets, (sizeof(uint32_t))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1233
+ * dest.target_len = <uint32_t*>calloc(dest.n_targets, sizeof(uint32_t))
+ *
+ * for x from 0 <= x < dest.n_targets: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * seqname, seqlen = seqs[x]
+ * dest.target_name[x] = <char*>calloc(
+ */
+ __pyx_t_20 = __pyx_v_dest->n_targets;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_20; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1234
+ *
+ * for x from 0 <= x < dest.n_targets:
+ * seqname, seqlen = seqs[x] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.target_name[x] = <char*>calloc(
+ * len(seqname) + 1, sizeof(char))
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt_List(__pyx_v_seqs, __pyx_v_x, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 1, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_1))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_1;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_8 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_8);
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetIter(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_13 = Py_TYPE(__pyx_t_7)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_2 = __pyx_t_13(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_2)) goto __pyx_L34_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ index = 1; __pyx_t_8 = __pyx_t_13(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_8)) goto __pyx_L34_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_13(__pyx_t_7), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_13 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L35_unpacking_done;
+ __pyx_L34_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_13 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L35_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_seqname, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_seqlen, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1236
+ * seqname, seqlen = seqs[x]
+ * dest.target_name[x] = <char*>calloc(
+ * len(seqname) + 1, sizeof(char)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bseqname = seqname.encode('ascii')
+ * strncpy(dest.target_name[x], bseqname,
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_seqname); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1236; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1235
+ * for x from 0 <= x < dest.n_targets:
+ * seqname, seqlen = seqs[x]
+ * dest.target_name[x] = <char*>calloc( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * len(seqname) + 1, sizeof(char))
+ * bseqname = seqname.encode('ascii')
+ */
+ (__pyx_v_dest->target_name[__pyx_v_x]) = ((char *)calloc((__pyx_t_3 + 1), (sizeof(char))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1237
+ * dest.target_name[x] = <char*>calloc(
+ * len(seqname) + 1, sizeof(char))
+ * bseqname = seqname.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strncpy(dest.target_name[x], bseqname,
+ * len(seqname) + 1)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_seqname, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1237; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__52, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1237; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_8))||((__pyx_t_8) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_8)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1237; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_bseqname, ((PyObject*)__pyx_t_8));
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1238
+ * len(seqname) + 1, sizeof(char))
+ * bseqname = seqname.encode('ascii')
+ * strncpy(dest.target_name[x], bseqname, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * len(seqname) + 1)
+ * dest.target_len[x] = seqlen
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_bseqname); if (unlikely((!__pyx_t_14) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1238; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1239
+ * bseqname = seqname.encode('ascii')
+ * strncpy(dest.target_name[x], bseqname,
+ * len(seqname) + 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest.target_len[x] = seqlen
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_seqname); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1239; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1238
+ * len(seqname) + 1, sizeof(char))
+ * bseqname = seqname.encode('ascii')
+ * strncpy(dest.target_name[x], bseqname, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * len(seqname) + 1)
+ * dest.target_len[x] = seqlen
+ */
+ strncpy((__pyx_v_dest->target_name[__pyx_v_x]), __pyx_t_14, (__pyx_t_3 + 1));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1240
+ * strncpy(dest.target_name[x], bseqname,
+ * len(seqname) + 1)
+ * dest.target_len[x] = seqlen # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return dest
+ */
+ __pyx_t_21 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_v_seqlen); if (unlikely((__pyx_t_21 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1240; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ (__pyx_v_dest->target_len[__pyx_v_x]) = __pyx_t_21;
+ }
+ goto __pyx_L19;
+ }
+ __pyx_L19:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1242
+ * dest.target_len[x] = seqlen
+ *
+ * return dest # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###############################################################
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_dest;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1173
+ * return "\t".join(line)
+ *
+ * cdef bam_hdr_t * _buildHeader(self, new_header): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a new header built from a dictionary in *new_header*.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_19);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.AlignmentFile._buildHeader", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_lines);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_record);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ttype);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_data);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fields);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_text);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_btext);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_bseqname);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_seqs);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_seqname);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_seqlen);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1252
+ * ## Possible solutions: deprecate or open new file handle
+ * ###############################################################
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_45__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_45__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_44__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_44__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 1252);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1253
+ * ###############################################################
+ * def __iter__(self):
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1253; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1253; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1253; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1254
+ * def __iter__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not self.isbam and self.header.n_targets == 0:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__53, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1256
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ * if not self.isbam and self.header.n_targets == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise NotImplementedError(
+ * "can not iterate over samfile without header")
+ */
+ __pyx_t_4 = ((!(__pyx_v_self->isbam != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_self->header->n_targets == 0) != 0);
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1257
+ *
+ * if not self.isbam and self.header.n_targets == 0:
+ * raise NotImplementedError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "can not iterate over samfile without header")
+ * return self
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_tuple__54, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1257; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1257; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1259
+ * raise NotImplementedError(
+ * "can not iterate over samfile without header")
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1252
+ * ## Possible solutions: deprecate or open new file handle
+ * ###############################################################
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.__iter__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1261
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+static bam1_t *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_getCurrent(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getCurrent", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getCurrent", __pyx_f[0], 1261);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1262
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ):
+ * return self.b # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int cnext(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->b;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1261
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1264
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * cversion of iterator. Used by :class:`pysam.AlignmentFile.IteratorColumn`.
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_cnext(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("cnext", 0);
+ __Pyx_TraceCall("cnext", __pyx_f[0], 1264);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1268
+ * cversion of iterator. Used by :class:`pysam.AlignmentFile.IteratorColumn`.
+ * '''
+ * return sam_read1(self.htsfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header,
+ * self.b)
+ */
+ __pyx_r = sam_read1(__pyx_v_self->htsfile, __pyx_v_self->header, __pyx_v_self->b);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1264
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * cversion of iterator. Used by :class:`pysam.AlignmentFile.IteratorColumn`.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1272
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """
+ * python version of next().
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_47__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__[] = "\n python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_47__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_ret;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1272);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1276
+ * python version of next().
+ * """
+ * cdef int ret = self.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ */
+ __pyx_v_ret = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->cnext(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1277
+ * """
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret >= 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1278
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(__pyx_v_self->b); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1278; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1279
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret == -2) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1280
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__55, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1280; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1280; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1282
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ##-------------------------------------------------------------------
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1272
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """
+ * python version of next().
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignmentFile.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1310
+ * '''
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not samfile._isOpen():
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ int __pyx_v_multiple_iterators;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ if (values[1]) {
+ __pyx_v_multiple_iterators = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_multiple_iterators == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_multiple_iterators = ((int)0);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 1, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRow.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ char const *__pyx_t_5;
+ htsFile *__pyx_t_6;
+ bam_hdr_t *__pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 1310);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1312
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False):
+ *
+ * if not samfile._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1312; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1312; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1312; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1313
+ *
+ * if not samfile._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # makes sure that samfile stays alive as long as the
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__56, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1313; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1313; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1317
+ * # makes sure that samfile stays alive as long as the
+ * # iterator is alive
+ * self.samfile = samfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # reopen the file - note that this makes the iterator
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->samfile);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ __pyx_v_self->samfile = __pyx_v_samfile;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1321
+ * # reopen the file - note that this makes the iterator
+ * # slow and causes pileup to slow down significantly.
+ * if multiple_iterators: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.htsfile = hts_open(samfile._filename, 'r')
+ * assert self.htsfile != NULL
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_multiple_iterators != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1322
+ * # slow and causes pileup to slow down significantly.
+ * if multiple_iterators:
+ * self.htsfile = hts_open(samfile._filename, 'r') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert self.htsfile != NULL
+ * # read header - required for accurate positioning
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_samfile->_filename); if (unlikely((!__pyx_t_5) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->htsfile = hts_open(__pyx_t_5, __pyx_k_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1323
+ * if multiple_iterators:
+ * self.htsfile = hts_open(samfile._filename, 'r')
+ * assert self.htsfile != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read header - required for accurate positioning
+ * # could a tell/seek work?
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ if (unlikely(!((__pyx_v_self->htsfile != NULL) != 0))) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_AssertionError);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1326
+ * # read header - required for accurate positioning
+ * # could a tell/seek work?
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert self.header != NULL
+ * self.owns_samfile = True
+ */
+ __pyx_v_self->header = sam_hdr_read(__pyx_v_self->htsfile);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1327
+ * # could a tell/seek work?
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * assert self.header != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.owns_samfile = True
+ * else:
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ if (unlikely(!((__pyx_v_self->header != NULL) != 0))) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_AssertionError);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1328
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * assert self.header != NULL
+ * self.owns_samfile = True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile
+ */
+ __pyx_v_self->owns_samfile = 1;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1330
+ * self.owns_samfile = True
+ * else:
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.owns_samfile = False
+ * self.header = self.samfile.header
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_self->samfile->htsfile;
+ __pyx_v_self->htsfile = __pyx_t_6;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1331
+ * else:
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile
+ * self.owns_samfile = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header = self.samfile.header
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->owns_samfile = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1332
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile
+ * self.owns_samfile = False
+ * self.header = self.samfile.header # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.retval = 0
+ */
+ __pyx_t_7 = __pyx_v_self->samfile->header;
+ __pyx_v_self->header = __pyx_t_7;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1334
+ * self.header = self.samfile.header
+ *
+ * self.retval = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.b = bam_init1()
+ */
+ __pyx_v_self->retval = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1336
+ * self.retval = 0
+ *
+ * self.b = bam_init1() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->b = bam_init1();
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1310
+ * '''
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not samfile._isOpen():
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRow.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1338
+ * self.b = bam_init1()
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_destroy1(self.b)
+ * if self.owns_samfile:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_2__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 1338);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1339
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * bam_destroy1(self.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.owns_samfile:
+ * hts_close(self.htsfile)
+ */
+ bam_destroy1(__pyx_v_self->b);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1340
+ * def __dealloc__(self):
+ * bam_destroy1(self.b)
+ * if self.owns_samfile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_close(self.htsfile)
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->owns_samfile != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1341
+ * bam_destroy1(self.b)
+ * if self.owns_samfile:
+ * hts_close(self.htsfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ *
+ */
+ hts_close(__pyx_v_self->htsfile);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1342
+ * if self.owns_samfile:
+ * hts_close(self.htsfile)
+ * bam_hdr_destroy(self.header) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ bam_hdr_destroy(__pyx_v_self->header);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1338
+ * self.b = bam_init1()
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_destroy1(self.b)
+ * if self.owns_samfile:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1357
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid, int beg, int end,
+ * int multiple_iterators=False):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ int __pyx_v_tid;
+ int __pyx_v_beg;
+ int __pyx_v_end;
+ int __pyx_v_multiple_iterators;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_tid,&__pyx_n_s_beg,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_tid)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 4, 5, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_beg)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 4, 5, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (likely((values[3] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 4, 5, 3); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ __pyx_v_tid = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_tid == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_v_beg = __Pyx_PyInt_As_int(values[2]); if (unlikely((__pyx_v_beg == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_v_end = __Pyx_PyInt_As_int(values[3]); if (unlikely((__pyx_v_end == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ if (values[4]) {
+ __pyx_v_multiple_iterators = __Pyx_PyInt_As_int(values[4]); if (unlikely((__pyx_v_multiple_iterators == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1359; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1359
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile,
+ * int tid, int beg, int end,
+ * int multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+ __pyx_v_multiple_iterators = ((int)0);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 4, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowRegion.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_tid, __pyx_v_beg, __pyx_v_end, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1357
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid, int beg, int end,
+ * int multiple_iterators=False):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_tid, int __pyx_v_beg, int __pyx_v_end, int __pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 1357);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1361
+ * int multiple_iterators=False):
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not samfile._hasIndex():
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow)), __pyx_n_s_init); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_multiple_iterators); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1363
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * if not samfile._hasIndex(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "no index available for iteration" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_n_s_hasIndex); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_6 = ((!__pyx_t_5) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1364
+ *
+ * if not samfile._hasIndex():
+ * raise ValueError( "no index available for iteration" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.iter = sam_itr_queryi(
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__57, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1366
+ * raise ValueError( "no index available for iteration" )
+ *
+ * self.iter = sam_itr_queryi( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile.index,
+ * tid,
+ */
+ __pyx_v_self->iter = sam_itr_queryi(__pyx_v_self->__pyx_base.samfile->index, __pyx_v_tid, __pyx_v_beg, __pyx_v_end);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1357
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid, int beg, int end,
+ * int multiple_iterators=False):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowRegion.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1372
+ * end)
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_2__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 1372);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1373
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1372
+ * end)
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1375
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+static bam1_t *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_getCurrent(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getCurrent", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getCurrent", __pyx_f[0], 1375);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1376
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self):
+ * return self.b # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int cnext(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->__pyx_base.b;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1375
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1378
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * self.retval = hts_itr_next(self.htsfile.fp.bgzf,
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_cnext(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("cnext", 0);
+ __Pyx_TraceCall("cnext", __pyx_f[0], 1378);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1380
+ * cdef int cnext(self):
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * self.retval = hts_itr_next(self.htsfile.fp.bgzf, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iter,
+ * self.b,
+ */
+ __pyx_v_self->__pyx_base.retval = hts_itr_next(__pyx_v_self->__pyx_base.htsfile->fp.bgzf, __pyx_v_self->iter, __pyx_v_self->__pyx_base.b, NULL);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1378
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * self.retval = hts_itr_next(self.htsfile.fp.bgzf,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1385
+ * NULL)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_5__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__[] = "python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_5__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1385);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1388
+ * """python version of next().
+ * """
+ * self.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->cnext(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1389
+ * """
+ * self.cnext()
+ * if self.retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1390
+ * self.cnext()
+ * if self.retval < 0:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1390; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1391
+ * if self.retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ * return makeAlignedSegment(self.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(__pyx_v_self->__pyx_base.b); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1385
+ * NULL)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowRegion.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1393
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_itr_destroy(self.iter)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_7__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_7__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_6__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_6__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 1393);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1394
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * hts_itr_destroy(self.iter) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class IteratorRowHead(IteratorRow):
+ */
+ hts_itr_destroy(__pyx_v_self->iter);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1393
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_itr_destroy(self.iter)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1408
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int n, int multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ int __pyx_v_n;
+ int __pyx_v_multiple_iterators;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_n,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_n)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ __pyx_v_n = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_n == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ if (values[2]) {
+ __pyx_v_multiple_iterators = __Pyx_PyInt_As_int(values[2]); if (unlikely((__pyx_v_multiple_iterators == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_multiple_iterators = ((int)0);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowHead.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_n, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_n, int __pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 1408);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1410
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int n, int multiple_iterators=False):
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.max_rows = n
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow)), __pyx_n_s_init); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_multiple_iterators); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1412
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * self.max_rows = n # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.current_row = 0
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->max_rows = __pyx_v_n;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1413
+ *
+ * self.max_rows = n
+ * self.current_row = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->current_row = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1408
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int n, int multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowHead.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1415
+ * self.current_row = 0
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_2__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 1415);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1416
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1415
+ * self.current_row = 0
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1418
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+static bam1_t *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_getCurrent(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getCurrent", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getCurrent", __pyx_f[0], 1418);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1419
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ):
+ * return self.b # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int cnext(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->__pyx_base.b;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1418
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1421
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * return sam_read1(self.htsfile,
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_cnext(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("cnext", 0);
+ __Pyx_TraceCall("cnext", __pyx_f[0], 1421);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1423
+ * cdef int cnext(self):
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * return sam_read1(self.htsfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile.header,
+ * self.b)
+ */
+ __pyx_r = sam_read1(__pyx_v_self->__pyx_base.htsfile, __pyx_v_self->__pyx_base.samfile->header, __pyx_v_self->__pyx_base.b);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1421
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * return sam_read1(self.htsfile,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1427
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_5__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__[] = "python version of next().\n\n pyrex uses this non-standard name instead of next()\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_5__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_ret;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1427);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1432
+ * pyrex uses this non-standard name instead of next()
+ * """
+ * if self.current_row >= self.max_rows: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->current_row >= __pyx_v_self->max_rows) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1433
+ * """
+ * if self.current_row >= self.max_rows:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1433; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1435
+ * raise StopIteration
+ *
+ * cdef int ret = self.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if (ret >= 0):
+ * self.current_row += 1
+ */
+ __pyx_v_ret = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->cnext(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1436
+ *
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.current_row += 1
+ * return makeAlignedSegment( self.b )
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret >= 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1437
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0):
+ * self.current_row += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makeAlignedSegment( self.b )
+ * elif (ret == -2):
+ */
+ __pyx_v_self->current_row = (__pyx_v_self->current_row + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1438
+ * if (ret >= 0):
+ * self.current_row += 1
+ * return makeAlignedSegment( self.b ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(__pyx_v_self->__pyx_base.b); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1438; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1439
+ * self.current_row += 1
+ * return makeAlignedSegment( self.b )
+ * elif (ret == -2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret == -2) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1440
+ * return makeAlignedSegment( self.b )
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__58, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1440; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1440; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1442
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1442; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1427
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowHead.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1457
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ int __pyx_v_multiple_iterators;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ if (values[1]) {
+ __pyx_v_multiple_iterators = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_multiple_iterators == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_multiple_iterators = ((int)0);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 1, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowAll.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 1457);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1459
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False):
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow)), __pyx_n_s_init); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_multiple_iterators); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1457
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowAll.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1461
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_2__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 1461);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1462
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1461
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1464
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+static bam1_t *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_getCurrent(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getCurrent", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getCurrent", __pyx_f[0], 1464);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1465
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ):
+ * return self.b # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int cnext(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->__pyx_base.b;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1464
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1467
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * return sam_read1(self.htsfile,
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_cnext(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("cnext", 0);
+ __Pyx_TraceCall("cnext", __pyx_f[0], 1467);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1469
+ * cdef int cnext(self):
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * return sam_read1(self.htsfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile.header,
+ * self.b)
+ */
+ __pyx_r = sam_read1(__pyx_v_self->__pyx_base.htsfile, __pyx_v_self->__pyx_base.samfile->header, __pyx_v_self->__pyx_base.b);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1467
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator. Used by IteratorColumn'''
+ * return sam_read1(self.htsfile,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1473
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_5__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__[] = "python version of next().\n\n pyrex uses this non-standard name instead of next()\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_5__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_ret;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1473);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1478
+ * pyrex uses this non-standard name instead of next()
+ * """
+ * cdef int ret = self.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ */
+ __pyx_v_ret = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->cnext(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1479
+ * """
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret >= 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1480
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(__pyx_v_self->__pyx_base.b); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1481
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret == -2) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1482
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__59, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1484
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1473
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowAll.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1495
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ PyObject *__pyx_v_multiple_iterators = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ values[1] = ((PyObject *)Py_False);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ __pyx_v_multiple_iterators = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 1, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowAllRefs.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 1495);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1497
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, multiple_iterators=False):
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow)), __pyx_n_s_init); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1498
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile,
+ * multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not samfile._hasIndex():
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_v_multiple_iterators) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1497
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, multiple_iterators=False):
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1500
+ * multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * if not samfile._hasIndex(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("no index available for fetch")
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_n_s_hasIndex); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_6 = ((!__pyx_t_5) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1501
+ *
+ * if not samfile._hasIndex():
+ * raise ValueError("no index available for fetch") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.tid = -1
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__60, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1501; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1501; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1503
+ * raise ValueError("no index available for fetch")
+ *
+ * self.tid = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def nextiter(self):
+ */
+ __pyx_v_self->tid = -1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1495
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowAllRefs.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1505
+ * self.tid = -1
+ *
+ * def nextiter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # get a new iterator for a chromosome. The file
+ * # will not be re-opened.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_3nextiter(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_2nextiter[] = "IteratorRowAllRefs.nextiter(self)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_3nextiter(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("nextiter (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_2nextiter(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_2nextiter(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ htsFile *__pyx_t_3;
+ bam_hdr_t *__pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("nextiter", 0);
+ __Pyx_TraceCall("nextiter", __pyx_f[0], 1505);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1509
+ * # will not be re-opened.
+ * self.rowiter = IteratorRowRegion(self.samfile,
+ * self.tid, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 0,
+ * 1<<29)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->tid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1509; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1508
+ * # get a new iterator for a chromosome. The file
+ * # will not be re-opened.
+ * self.rowiter = IteratorRowRegion(self.samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tid,
+ * 0,
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1508; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self->__pyx_base.samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self->__pyx_base.samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self->__pyx_base.samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_536870912);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 3, __pyx_int_536870912);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_536870912);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion)), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1508; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->rowiter);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->rowiter));
+ __pyx_v_self->rowiter = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1514
+ * # set htsfile and header of the rowiter
+ * # to the values in this iterator to reflect multiple_iterators
+ * self.rowiter.htsfile = self.htsfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.rowiter.header = self.header
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->__pyx_base.htsfile;
+ __pyx_v_self->rowiter->__pyx_base.htsfile = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1515
+ * # to the values in this iterator to reflect multiple_iterators
+ * self.rowiter.htsfile = self.htsfile
+ * self.rowiter.header = self.header # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # make sure the iterator understand that IteratorRowAllRefs
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_self->__pyx_base.header;
+ __pyx_v_self->rowiter->__pyx_base.header = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1519
+ * # make sure the iterator understand that IteratorRowAllRefs
+ * # has ownership
+ * self.rowiter.owns_samfile = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->rowiter->__pyx_base.owns_samfile = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1505
+ * self.tid = -1
+ *
+ * def nextiter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # get a new iterator for a chromosome. The file
+ * # will not be re-opened.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowAllRefs.nextiter", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1521
+ * self.rowiter.owns_samfile = False
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_5__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_5__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_4__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_4__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 1521);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1522
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1521
+ * self.rowiter.owns_samfile = False
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1524
+ * return self
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_7__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__[] = "python version of next().\n\n pyrex uses this non-standard name instead of next()\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_7__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1524);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1530
+ * """
+ * # Create an initial iterator
+ * if self.tid == -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self.samfile.nreferences:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->tid == -1) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1531
+ * # Create an initial iterator
+ * if self.tid == -1:
+ * if not self.samfile.nreferences: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ * self.tid = 0
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self->__pyx_base.samfile), __pyx_n_s_nreferences); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1531; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1531; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_1) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1532
+ * if self.tid == -1:
+ * if not self.samfile.nreferences:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tid = 0
+ * self.nextiter()
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1532; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1533
+ * if not self.samfile.nreferences:
+ * raise StopIteration
+ * self.tid = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nextiter()
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->tid = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1534
+ * raise StopIteration
+ * self.tid = 0
+ * self.nextiter() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * while 1:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_nextiter); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1534; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1534; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1536
+ * self.nextiter()
+ *
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.rowiter.cnext()
+ *
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1537
+ *
+ * while 1:
+ * self.rowiter.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # If current iterator is not exhausted, return aligned read
+ */
+ ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_v_self->rowiter->__pyx_vtab)->cnext(__pyx_v_self->rowiter);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1540
+ *
+ * # If current iterator is not exhausted, return aligned read
+ * if self.rowiter.retval > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makeAlignedSegment(self.rowiter.b)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_self->rowiter->__pyx_base.retval > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1541
+ * # If current iterator is not exhausted, return aligned read
+ * if self.rowiter.retval > 0:
+ * return makeAlignedSegment(self.rowiter.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.tid += 1
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(__pyx_v_self->rowiter->__pyx_base.b); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1543
+ * return makeAlignedSegment(self.rowiter.b)
+ *
+ * self.tid += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Otherwise, proceed to next reference or stop
+ */
+ __pyx_v_self->tid = (__pyx_v_self->tid + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1546
+ *
+ * # Otherwise, proceed to next reference or stop
+ * if self.tid < self.samfile.nreferences: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nextiter()
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->tid); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self->__pyx_base.samfile), __pyx_n_s_nreferences); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_4, __pyx_t_2, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1547
+ * # Otherwise, proceed to next reference or stop
+ * if self.tid < self.samfile.nreferences:
+ * self.nextiter() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_nextiter); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1547; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1547; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1549
+ * self.nextiter()
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1549; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L8:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1524
+ * return self
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowAllRefs.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1562
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, positions, int multiple_iterators=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ PyObject *__pyx_v_positions = 0;
+ int __pyx_v_multiple_iterators;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_positions,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_positions)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ __pyx_v_positions = values[1];
+ if (values[2]) {
+ __pyx_v_multiple_iterators = __Pyx_PyInt_As_int(values[2]); if (unlikely((__pyx_v_multiple_iterators == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_multiple_iterators = ((int)1);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowSelection.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_positions, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, PyObject *__pyx_v_positions, int __pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ BGZF *__pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 1562);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1564
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, positions, int multiple_iterators=True):
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.positions = positions
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow)), __pyx_n_s_init); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, ((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_multiple_iterators); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1566
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ *
+ * self.positions = positions # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.current_pos = 0
+ *
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_positions);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_positions);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->positions);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->positions);
+ __pyx_v_self->positions = __pyx_v_positions;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1567
+ *
+ * self.positions = positions
+ * self.current_pos = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf
+ */
+ __pyx_v_self->current_pos = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1569
+ * self.current_pos = 0
+ *
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_self->__pyx_base.htsfile->fp.bgzf;
+ __pyx_v_self->fp = __pyx_t_5;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1562
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, positions, int multiple_iterators=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * IteratorRow.__init__(self, samfile, multiple_iterators=multiple_iterators)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowSelection.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1571
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_2__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 1571);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1572
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1571
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1574
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+static bam1_t *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_getCurrent(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getCurrent", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getCurrent", __pyx_f[0], 1574);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1575
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self):
+ * return self.b # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int cnext(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->__pyx_base.b;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1574
+ * return self
+ *
+ * cdef bam1_t * getCurrent(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.b
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1577
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator'''
+ *
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_cnext(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int64_t __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("cnext", 0);
+ __Pyx_TraceCall("cnext", __pyx_f[0], 1577);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1581
+ *
+ * # end iteration if out of positions
+ * if self.current_pos >= len(self.positions): return -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * bgzf_seek(self.fp,
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->positions;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_Length(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1581; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_self->current_pos >= __pyx_t_2) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_r = -1;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1584
+ *
+ * bgzf_seek(self.fp,
+ * self.positions[self.current_pos], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 0)
+ * self.current_pos += 1
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_self->positions, __pyx_v_self->current_pos, int, 1, __Pyx_PyInt_From_int, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1584; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_As_int64_t(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_4 == (int64_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1584; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1583
+ * if self.current_pos >= len(self.positions): return -1
+ *
+ * bgzf_seek(self.fp, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.positions[self.current_pos],
+ * 0)
+ */
+ bgzf_seek(__pyx_v_self->fp, __pyx_t_4, 0);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1586
+ * self.positions[self.current_pos],
+ * 0)
+ * self.current_pos += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return sam_read1(self.htsfile,
+ * self.samfile.header,
+ */
+ __pyx_v_self->current_pos = (__pyx_v_self->current_pos + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1587
+ * 0)
+ * self.current_pos += 1
+ * return sam_read1(self.htsfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile.header,
+ * self.b)
+ */
+ __pyx_r = sam_read1(__pyx_v_self->__pyx_base.htsfile, __pyx_v_self->__pyx_base.samfile->header, __pyx_v_self->__pyx_base.b);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1577
+ * return self.b
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''cversion of iterator'''
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.IteratorRowSelection.cnext", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1591
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_5__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__[] = "python version of next().\n\n pyrex uses this non-standard name instead of next()\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_5__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_ret;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1591);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1596
+ * pyrex uses this non-standard name instead of next()
+ * """
+ * cdef int ret = self.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ */
+ __pyx_v_ret = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->cnext(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1597
+ * """
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret >= 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1598
+ * cdef int ret = self.cnext()
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makeAlignedSegment(__pyx_v_self->__pyx_base.b); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1599
+ * if (ret >= 0):
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_ret == -2) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1600
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__61, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1602
+ * raise IOError('truncated file')
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1591
+ * self.b)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorRowSelection.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1605
+ *
+ *
+ * cdef int __advance_nofilter(void *data, bam1_t *b): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''advance without any read filtering.
+ * '''
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_nofilter(void *__pyx_v_data, bam1_t *__pyx_v_b) {
+ __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata *__pyx_v_d;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__advance_nofilter", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__advance_nofilter", __pyx_f[0], 1605);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1609
+ * '''
+ * cdef __iterdata * d
+ * d = <__iterdata*>data # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ *
+ */
+ __pyx_v_d = ((__pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata *)__pyx_v_data);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1610
+ * cdef __iterdata * d
+ * d = <__iterdata*>data
+ * return sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_r = sam_itr_next(__pyx_v_d->htsfile, __pyx_v_d->iter, __pyx_v_b);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1605
+ *
+ *
+ * cdef int __advance_nofilter(void *data, bam1_t *b): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''advance without any read filtering.
+ * '''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1613
+ *
+ *
+ * cdef int __advance_all(void *data, bam1_t *b): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''only use reads for pileup passing basic
+ * filters:
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_all(void *__pyx_v_data, bam1_t *__pyx_v_b) {
+ __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata *__pyx_v_d;
+ PyObject *__pyx_v_mask = 0;
+ int __pyx_v_ret;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__advance_all", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__advance_all", __pyx_f[0], 1613);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1621
+ *
+ * cdef __iterdata * d
+ * cdef mask = BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d = <__iterdata*>data
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int((((BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY) | BAM_FQCFAIL) | BAM_FDUP)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_mask = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1622
+ * cdef __iterdata * d
+ * cdef mask = BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP
+ * d = <__iterdata*>data # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ * while ret >= 0 and b.core.flag & mask:
+ */
+ __pyx_v_d = ((__pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata *)__pyx_v_data);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1623
+ * cdef mask = BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP
+ * d = <__iterdata*>data
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while ret >= 0 and b.core.flag & mask:
+ * ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ */
+ __pyx_v_ret = sam_itr_next(__pyx_v_d->htsfile, __pyx_v_d->iter, __pyx_v_b);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1624
+ * d = <__iterdata*>data
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ * while ret >= 0 and b.core.flag & mask: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ *
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_ret >= 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint16_t(__pyx_v_b->core.flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1624; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_v_mask); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1624; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1624; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (!__pyx_t_5) break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1625
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ * while ret >= 0 and b.core.flag & mask:
+ * ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return ret
+ */
+ __pyx_v_ret = sam_itr_next(__pyx_v_d->htsfile, __pyx_v_d->iter, __pyx_v_b);
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1627
+ * ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ *
+ * return ret # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_ret;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1613
+ *
+ *
+ * cdef int __advance_all(void *data, bam1_t *b): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''only use reads for pileup passing basic
+ * filters:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.__advance_all", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_mask);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1630
+ *
+ *
+ * cdef int __advance_snpcalls(void * data, bam1_t * b): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''advance using same filter and read processing as in
+ * the samtools pileup.
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_snpcalls(void *__pyx_v_data, bam1_t *__pyx_v_b) {
+ __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata *__pyx_v_d;
+ int __pyx_v_ret;
+ int __pyx_v_skip;
+ int __pyx_v_q;
+ int __pyx_v_is_cns;
+ int __pyx_v_is_nobaq;
+ int __pyx_v_capQ_thres;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int32_t __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__advance_snpcalls", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__advance_snpcalls", __pyx_f[0], 1630);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1642
+ * # 2. bam_cap_mapQ
+ * cdef __iterdata * d
+ * d = <__iterdata*>data # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ */
+ __pyx_v_d = ((__pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata *)__pyx_v_data);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1644
+ * d = <__iterdata*>data
+ *
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int skip = 0
+ * cdef int q
+ */
+ __pyx_v_ret = sam_itr_next(__pyx_v_d->htsfile, __pyx_v_d->iter, __pyx_v_b);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1645
+ *
+ * cdef int ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ * cdef int skip = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int q
+ * cdef int is_cns = 1
+ */
+ __pyx_v_skip = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1647
+ * cdef int skip = 0
+ * cdef int q
+ * cdef int is_cns = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int is_nobaq = 0
+ * cdef int capQ_thres = 0
+ */
+ __pyx_v_is_cns = 1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1648
+ * cdef int q
+ * cdef int is_cns = 1
+ * cdef int is_nobaq = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int capQ_thres = 0
+ *
+ */
+ __pyx_v_is_nobaq = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1649
+ * cdef int is_cns = 1
+ * cdef int is_nobaq = 0
+ * cdef int capQ_thres = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # reload sequence
+ */
+ __pyx_v_capQ_thres = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1652
+ *
+ * # reload sequence
+ * if d.fastafile != NULL and b.core.tid != d.tid: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if d.seq != NULL:
+ * free(d.seq)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_d->fastafile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_b->core.tid != __pyx_v_d->tid) != 0);
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1653
+ * # reload sequence
+ * if d.fastafile != NULL and b.core.tid != d.tid:
+ * if d.seq != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(d.seq)
+ * d.tid = b.core.tid
+ */
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_d->seq != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1654
+ * if d.fastafile != NULL and b.core.tid != d.tid:
+ * if d.seq != NULL:
+ * free(d.seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d.tid = b.core.tid
+ * d.seq = faidx_fetch_seq(
+ */
+ free(__pyx_v_d->seq);
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1655
+ * if d.seq != NULL:
+ * free(d.seq)
+ * d.tid = b.core.tid # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d.seq = faidx_fetch_seq(
+ * d.fastafile,
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_b->core.tid;
+ __pyx_v_d->tid = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1656
+ * free(d.seq)
+ * d.tid = b.core.tid
+ * d.seq = faidx_fetch_seq( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d.fastafile,
+ * d.header.target_name[d.tid],
+ */
+ __pyx_v_d->seq = faidx_fetch_seq(__pyx_v_d->fastafile, (__pyx_v_d->header->target_name[__pyx_v_d->tid]), 0, __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos, (&__pyx_v_d->seq_len));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1662
+ * &d.seq_len)
+ *
+ * if d.seq == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "reference sequence for '%s' (tid=%i) not found" % \
+ */
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_d->seq == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1665
+ * raise ValueError(
+ * "reference sequence for '%s' (tid=%i) not found" % \
+ * (d.header.target_name[d.tid], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d.tid))
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_d->header->target_name[__pyx_v_d->tid])); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1665; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1666
+ * "reference sequence for '%s' (tid=%i) not found" % \
+ * (d.header.target_name[d.tid],
+ * d.tid)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * while ret >= 0:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_d->tid); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1665
+ * raise ValueError(
+ * "reference sequence for '%s' (tid=%i) not found" % \
+ * (d.header.target_name[d.tid], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d.tid))
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1665; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1664
+ * if d.seq == NULL:
+ * raise ValueError(
+ * "reference sequence for '%s' (tid=%i) not found" % \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (d.header.target_name[d.tid],
+ * d.tid))
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_reference_sequence_for_s_tid_i_n, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1664; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1663
+ *
+ * if d.seq == NULL:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "reference sequence for '%s' (tid=%i) not found" % \
+ * (d.header.target_name[d.tid],
+ */
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1663; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1663; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_6, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1663; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1668
+ * d.tid))
+ *
+ * while ret >= 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * skip = 0
+ *
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_ret >= 0) != 0);
+ if (!__pyx_t_3) break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1669
+ *
+ * while ret >= 0:
+ * skip = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # realign read - changes base qualities
+ */
+ __pyx_v_skip = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1672
+ *
+ * # realign read - changes base qualities
+ * if d.seq != NULL and is_cns and not is_nobaq: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_prob_realn(b, d.seq)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_d->seq != NULL);
+ if (__pyx_t_3) {
+ if ((__pyx_v_is_cns != 0)) {
+ __pyx_t_1 = (!(__pyx_v_is_nobaq != 0));
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_is_cns != 0);
+ }
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1673
+ * # realign read - changes base qualities
+ * if d.seq != NULL and is_cns and not is_nobaq:
+ * bam_prob_realn(b, d.seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if d.seq != NULL and capQ_thres > 10:
+ */
+ bam_prob_realn(__pyx_v_b, __pyx_v_d->seq);
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1675
+ * bam_prob_realn(b, d.seq)
+ *
+ * if d.seq != NULL and capQ_thres > 10: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * q = bam_cap_mapQ(b, d.seq, capQ_thres)
+ * if q < 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_d->seq != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_capQ_thres > 10) != 0);
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1676
+ *
+ * if d.seq != NULL and capQ_thres > 10:
+ * q = bam_cap_mapQ(b, d.seq, capQ_thres) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if q < 0:
+ * skip = 1
+ */
+ __pyx_v_q = bam_cap_mapQ(__pyx_v_b, __pyx_v_d->seq, __pyx_v_capQ_thres);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1677
+ * if d.seq != NULL and capQ_thres > 10:
+ * q = bam_cap_mapQ(b, d.seq, capQ_thres)
+ * if q < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * skip = 1
+ * elif b.core.qual > q:
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_q < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1678
+ * q = bam_cap_mapQ(b, d.seq, capQ_thres)
+ * if q < 0:
+ * skip = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif b.core.qual > q:
+ * b.core.qual = q
+ */
+ __pyx_v_skip = 1;
+ goto __pyx_L10;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1679
+ * if q < 0:
+ * skip = 1
+ * elif b.core.qual > q: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * b.core.qual = q
+ * if b.core.flag & BAM_FUNMAP:
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_b->core.qual > __pyx_v_q) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1680
+ * skip = 1
+ * elif b.core.qual > q:
+ * b.core.qual = q # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if b.core.flag & BAM_FUNMAP:
+ * skip = 1
+ */
+ __pyx_v_b->core.qual = __pyx_v_q;
+ goto __pyx_L10;
+ }
+ __pyx_L10:;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1681
+ * elif b.core.qual > q:
+ * b.core.qual = q
+ * if b.core.flag & BAM_FUNMAP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * skip = 1
+ * elif b.core.flag & 1 and not b.core.flag & 2:
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_b->core.flag & BAM_FUNMAP) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1682
+ * b.core.qual = q
+ * if b.core.flag & BAM_FUNMAP:
+ * skip = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif b.core.flag & 1 and not b.core.flag & 2:
+ * skip = 1
+ */
+ __pyx_v_skip = 1;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1683
+ * if b.core.flag & BAM_FUNMAP:
+ * skip = 1
+ * elif b.core.flag & 1 and not b.core.flag & 2: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * skip = 1
+ *
+ */
+ if (((__pyx_v_b->core.flag & 1) != 0)) {
+ __pyx_t_2 = (!((__pyx_v_b->core.flag & 2) != 0));
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_b->core.flag & 1) != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1684
+ * skip = 1
+ * elif b.core.flag & 1 and not b.core.flag & 2:
+ * skip = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not skip:
+ */
+ __pyx_v_skip = 1;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+ __pyx_L11:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1686
+ * skip = 1
+ *
+ * if not skip: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ * # additional filters
+ */
+ __pyx_t_1 = ((!(__pyx_v_skip != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1687
+ *
+ * if not skip:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # additional filters
+ *
+ */
+ goto __pyx_L7_break;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1690
+ * # additional filters
+ *
+ * ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return ret
+ */
+ __pyx_v_ret = sam_itr_next(__pyx_v_d->htsfile, __pyx_v_d->iter, __pyx_v_b);
+ }
+ __pyx_L7_break:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1692
+ * ret = sam_itr_next(d.htsfile, d.iter, b)
+ *
+ * return ret # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class IteratorColumn:
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_ret;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1630
+ *
+ *
+ * cdef int __advance_snpcalls(void * data, bam1_t * b): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''advance using same filter and read processing as in
+ * the samtools pileup.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.__advance_snpcalls", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1745
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__( self, AlignmentFile samfile, **kwargs ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile = samfile
+ * # TODO
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_v_kwargs = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return -1;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, __pyx_v_kwargs, values, pos_args, "__cinit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 1) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 1, 1, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_kwargs); __pyx_v_kwargs = 0;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumn.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__cinit__", __pyx_f[0], 1745);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1746
+ *
+ * def __cinit__( self, AlignmentFile samfile, **kwargs ):
+ * self.samfile = samfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # TODO
+ * # self.mask = kwargs.get("mask", BAM_DEF_MASK )
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->samfile);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ __pyx_v_self->samfile = __pyx_v_samfile;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1749
+ * # TODO
+ * # self.mask = kwargs.get("mask", BAM_DEF_MASK )
+ * self.fastafile = kwargs.get("fastafile", None) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.stepper = kwargs.get("stepper", None)
+ * self.max_depth = kwargs.get("max_depth", 8000)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItemDefault(__pyx_v_kwargs, __pyx_n_s_fastafile, Py_None); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1749; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!(likely(((__pyx_t_1) == Py_None) || likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_1, __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile))))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1749; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->fastafile);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->fastafile));
+ __pyx_v_self->fastafile = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1750
+ * # self.mask = kwargs.get("mask", BAM_DEF_MASK )
+ * self.fastafile = kwargs.get("fastafile", None)
+ * self.stepper = kwargs.get("stepper", None) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.max_depth = kwargs.get("max_depth", 8000)
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItemDefault(__pyx_v_kwargs, __pyx_n_s_stepper, Py_None); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1750; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->stepper);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->stepper);
+ __pyx_v_self->stepper = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1751
+ * self.fastafile = kwargs.get("fastafile", None)
+ * self.stepper = kwargs.get("stepper", None)
+ * self.max_depth = kwargs.get("max_depth", 8000) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.tid = 0
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItemDefault(__pyx_v_kwargs, __pyx_n_s_max_depth, __pyx_int_8000); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1751; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_2 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1751; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_self->max_depth = __pyx_t_2;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1752
+ * self.stepper = kwargs.get("stepper", None)
+ * self.max_depth = kwargs.get("max_depth", 8000)
+ * self.iterdata.seq = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tid = 0
+ * self.pos = 0
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.seq = NULL;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1753
+ * self.max_depth = kwargs.get("max_depth", 8000)
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.tid = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pos = 0
+ * self.n_plp = 0
+ */
+ __pyx_v_self->tid = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1754
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.tid = 0
+ * self.pos = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.n_plp = 0
+ * self.plp = NULL
+ */
+ __pyx_v_self->pos = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1755
+ * self.tid = 0
+ * self.pos = 0
+ * self.n_plp = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.plp = NULL
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ */
+ __pyx_v_self->n_plp = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1756
+ * self.pos = 0
+ * self.n_plp = 0
+ * self.plp = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->plp = NULL;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1757
+ * self.n_plp = 0
+ * self.plp = NULL
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->pileup_iter = ((bam_plp_t)NULL);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1745
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__( self, AlignmentFile samfile, **kwargs ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile = samfile
+ * # TODO
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumn.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1759
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_2__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 1759);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1760
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int cnext(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1759
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1762
+ * return self
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''perform next iteration.
+ * '''
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_cnext(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("cnext", 0);
+ __Pyx_TraceCall("cnext", __pyx_f[0], 1762);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1765
+ * '''perform next iteration.
+ * '''
+ * self.plp = bam_plp_auto( self.pileup_iter, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * &self.tid,
+ * &self.pos,
+ */
+ __pyx_v_self->plp = bam_plp_auto(__pyx_v_self->pileup_iter, (&__pyx_v_self->tid), (&__pyx_v_self->pos), (&__pyx_v_self->n_plp));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1762
+ * return self
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''perform next iteration.
+ * '''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1770
+ * &self.n_plp )
+ *
+ * cdef char * getSequence( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return current reference sequence underlying the iterator.
+ * '''
+ */
+
+static char *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_getSequence(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self) {
+ char *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getSequence", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getSequence", __pyx_f[0], 1770);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1773
+ * '''return current reference sequence underlying the iterator.
+ * '''
+ * return self.iterdata.seq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property seq_len:
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->iterdata.seq;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1770
+ * &self.n_plp )
+ *
+ * cdef char * getSequence( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return current reference sequence underlying the iterator.
+ * '''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1777
+ * property seq_len:
+ * '''current sequence length.'''
+ * def __get__(self): return self.iterdata.seq_len # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def addReference(self, Fastafile fastafile):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7seq_len_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7seq_len_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7seq_len___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7seq_len___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 1777);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->iterdata.seq_len); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1777; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumn.seq_len.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1779
+ * def __get__(self): return self.iterdata.seq_len
+ *
+ * def addReference(self, Fastafile fastafile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * add reference sequences in *fastafile* to iterator.'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_5addReference(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fastafile); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_4addReference[] = "IteratorColumn.addReference(self, Fastafile fastafile)\n\n add reference sequences in *fastafile* to iterator.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_5addReference(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fastafile) {
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_lineno = 0;
+ CYTHON_UNUSED const char *__pyx_filename = NULL;
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("addReference (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_fastafile), __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile, 1, "fastafile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_4addReference(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self), ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *)__pyx_v_fastafile));
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_4addReference(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *__pyx_v_fastafile) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ faidx_t *__pyx_t_2;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("addReference", 0);
+ __Pyx_TraceCall("addReference", __pyx_f[0], 1779);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1782
+ * '''
+ * add reference sequences in *fastafile* to iterator.'''
+ * self.fastafile = fastafile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free(self.iterdata.seq)
+ * self.iterdata.tid = -1
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_fastafile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_fastafile));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->fastafile);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->fastafile));
+ __pyx_v_self->fastafile = __pyx_v_fastafile;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1783
+ * add reference sequences in *fastafile* to iterator.'''
+ * self.fastafile = fastafile
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free(self.iterdata.seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.tid = -1
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->iterdata.seq != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ free(__pyx_v_self->iterdata.seq);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1784
+ * self.fastafile = fastafile
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free(self.iterdata.seq)
+ * self.iterdata.tid = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.tid = -1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1785
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free(self.iterdata.seq)
+ * self.iterdata.tid = -1
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def hasReference(self):
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_self->fastafile->__pyx_base.fastafile;
+ __pyx_v_self->iterdata.fastafile = __pyx_t_2;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1779
+ * def __get__(self): return self.iterdata.seq_len
+ *
+ * def addReference(self, Fastafile fastafile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * add reference sequences in *fastafile* to iterator.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1787
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile
+ *
+ * def hasReference(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * return true if iterator is associated with a reference'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7hasReference(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_6hasReference[] = "IteratorColumn.hasReference(self)\n\n return true if iterator is associated with a reference";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7hasReference(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("hasReference (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_6hasReference(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_6hasReference(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("hasReference", 0);
+ __Pyx_TraceCall("hasReference", __pyx_f[0], 1787);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1790
+ * '''
+ * return true if iterator is associated with a reference'''
+ * return self.fastafile # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef setMask(self, mask):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self->fastafile));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self->fastafile);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1787
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile
+ *
+ * def hasReference(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * return true if iterator is associated with a reference'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1792
+ * return self.fastafile
+ *
+ * cdef setMask(self, mask): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set masking flag in iterator.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setMask(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_mask) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setMask", 0);
+ __Pyx_TraceCall("setMask", __pyx_f[0], 1792);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1797
+ * reads with bits set in *mask* will be skipped.
+ * '''
+ * raise NotImplementedError() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # self.mask = mask
+ * # bam_plp_set_mask( self.pileup_iter, self.mask )
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1797; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1797; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1792
+ * return self.fastafile
+ *
+ * cdef setMask(self, mask): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''set masking flag in iterator.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumn.setMask", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1801
+ * # bam_plp_set_mask( self.pileup_iter, self.mask )
+ *
+ * cdef setupIteratorData( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid,
+ * int start,
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self, int __pyx_v_tid, int __pyx_v_start, int __pyx_v_end, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData *__pyx_optional_args) {
+ int __pyx_v_multiple_iterators = ((int)0);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ htsFile *__pyx_t_6;
+ hts_itr_t *__pyx_t_7;
+ bam_hdr_t *__pyx_t_8;
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_t_10;
+ faidx_t *__pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setupIteratorData", 0);
+ __Pyx_TraceCall("setupIteratorData", __pyx_f[0], 1801);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_multiple_iterators = __pyx_optional_args->multiple_iterators;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1808
+ * '''setup the iterator structure'''
+ *
+ * self.iter = IteratorRowRegion(self.samfile, tid, start, end, multiple_iterators) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.htsfile = self.samfile.htsfile
+ * self.iterdata.iter = self.iter.iter
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_tid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1808; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1808; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_end); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1808; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_multiple_iterators); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1808; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1808; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 3, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 4, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion)), __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1808; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->iter);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->iter));
+ __pyx_v_self->iter = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1809
+ *
+ * self.iter = IteratorRowRegion(self.samfile, tid, start, end, multiple_iterators)
+ * self.iterdata.htsfile = self.samfile.htsfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.iter = self.iter.iter
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_self->samfile->htsfile;
+ __pyx_v_self->iterdata.htsfile = __pyx_t_6;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1810
+ * self.iter = IteratorRowRegion(self.samfile, tid, start, end, multiple_iterators)
+ * self.iterdata.htsfile = self.samfile.htsfile
+ * self.iterdata.iter = self.iter.iter # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.iterdata.tid = -1
+ */
+ __pyx_t_7 = __pyx_v_self->iter->iter;
+ __pyx_v_self->iterdata.iter = __pyx_t_7;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1811
+ * self.iterdata.htsfile = self.samfile.htsfile
+ * self.iterdata.iter = self.iter.iter
+ * self.iterdata.seq = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.tid = -1
+ * self.iterdata.header = self.samfile.header
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.seq = NULL;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1812
+ * self.iterdata.iter = self.iter.iter
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.iterdata.tid = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.header = self.samfile.header
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.tid = -1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1813
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.iterdata.tid = -1
+ * self.iterdata.header = self.samfile.header # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.fastafile is not None:
+ */
+ __pyx_t_8 = __pyx_v_self->samfile->header;
+ __pyx_v_self->iterdata.header = __pyx_t_8;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1815
+ * self.iterdata.header = self.samfile.header
+ *
+ * if self.fastafile is not None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_9 = (((PyObject *)__pyx_v_self->fastafile) != Py_None);
+ __pyx_t_10 = (__pyx_t_9 != 0);
+ if (__pyx_t_10) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1816
+ *
+ * if self.fastafile is not None:
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.iterdata.fastafile = NULL
+ */
+ __pyx_t_11 = __pyx_v_self->fastafile->__pyx_base.fastafile;
+ __pyx_v_self->iterdata.fastafile = __pyx_t_11;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1818
+ * self.iterdata.fastafile = self.fastafile.fastafile
+ * else:
+ * self.iterdata.fastafile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Free any previously allocated memory before reassigning
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.fastafile = NULL;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1822
+ * # Free any previously allocated memory before reassigning
+ * # pileup_iter
+ * self._free_pileup_iter() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.stepper is None or self.stepper == "all":
+ */
+ __pyx_t_4 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->_free_pileup_iter(__pyx_v_self); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1824
+ * self._free_pileup_iter()
+ *
+ * if self.stepper is None or self.stepper == "all": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pileup_iter = bam_plp_init(
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_all,
+ */
+ __pyx_t_10 = (__pyx_v_self->stepper == Py_None);
+ if (!__pyx_t_10) {
+ __pyx_t_9 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_self->stepper, __pyx_n_s_all, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_9 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_9;
+ } else {
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_10;
+ }
+ if (__pyx_t_12) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1825
+ *
+ * if self.stepper is None or self.stepper == "all":
+ * self.pileup_iter = bam_plp_init( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_all,
+ * &self.iterdata)
+ */
+ __pyx_v_self->pileup_iter = bam_plp_init(((bam_plp_auto_f)(&__pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_all)), (&__pyx_v_self->iterdata));
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1828
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_all,
+ * &self.iterdata)
+ * elif self.stepper == "nofilter": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pileup_iter = bam_plp_init(
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_nofilter,
+ */
+ __pyx_t_12 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_self->stepper, __pyx_n_s_nofilter, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_12 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1828; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_12) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1829
+ * &self.iterdata)
+ * elif self.stepper == "nofilter":
+ * self.pileup_iter = bam_plp_init( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_nofilter,
+ * &self.iterdata)
+ */
+ __pyx_v_self->pileup_iter = bam_plp_init(((bam_plp_auto_f)(&__pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_nofilter)), (&__pyx_v_self->iterdata));
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1832
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_nofilter,
+ * &self.iterdata)
+ * elif self.stepper == "samtools": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pileup_iter = bam_plp_init(
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_snpcalls,
+ */
+ __pyx_t_12 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_self->stepper, __pyx_n_s_samtools, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_12 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1832; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_12) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1833
+ * &self.iterdata)
+ * elif self.stepper == "samtools":
+ * self.pileup_iter = bam_plp_init( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * <bam_plp_auto_f>&__advance_snpcalls,
+ * &self.iterdata)
+ */
+ __pyx_v_self->pileup_iter = bam_plp_init(((bam_plp_auto_f)(&__pyx_f_5pysam_14calignmentfile___advance_snpcalls)), (&__pyx_v_self->iterdata));
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1838
+ * else:
+ * raise ValueError(
+ * "unknown stepper option `%s` in IteratorColumn" % self.stepper) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.max_depth:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_unknown_stepper_option_s_in_Iter, __pyx_v_self->stepper); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1838; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1837
+ * &self.iterdata)
+ * else:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "unknown stepper option `%s` in IteratorColumn" % self.stepper)
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1837; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1837; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1837; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1840
+ * "unknown stepper option `%s` in IteratorColumn" % self.stepper)
+ *
+ * if self.max_depth: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_plp_set_maxcnt(self.pileup_iter, self.max_depth)
+ *
+ */
+ __pyx_t_12 = (__pyx_v_self->max_depth != 0);
+ if (__pyx_t_12) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1841
+ *
+ * if self.max_depth:
+ * bam_plp_set_maxcnt(self.pileup_iter, self.max_depth) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # bam_plp_set_mask( self.pileup_iter, self.mask )
+ */
+ bam_plp_set_maxcnt(__pyx_v_self->pileup_iter, __pyx_v_self->max_depth);
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1801
+ * # bam_plp_set_mask( self.pileup_iter, self.mask )
+ *
+ * cdef setupIteratorData( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid,
+ * int start,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumn.setupIteratorData", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1845
+ * # bam_plp_set_mask( self.pileup_iter, self.mask )
+ *
+ * cdef reset( self, tid, start, end ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''reset iterator position.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_reset(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ hts_itr_t *__pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("reset", 0);
+ __Pyx_TraceCall("reset", __pyx_f[0], 1845);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1851
+ * having to incur the full set-up costs.
+ * '''
+ * self.iter = IteratorRowRegion( self.samfile, tid, start, end, multiple_iterators = 0 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.iter = self.iter.iter
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1851; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_tid);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_tid);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_tid);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1851; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_int_0) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1851; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion)), __pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1851; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->iter);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->iter));
+ __pyx_v_self->iter = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1852
+ * '''
+ * self.iter = IteratorRowRegion( self.samfile, tid, start, end, multiple_iterators = 0 )
+ * self.iterdata.iter = self.iter.iter # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # invalidate sequence if different tid
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_self->iter->iter;
+ __pyx_v_self->iterdata.iter = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1855
+ *
+ * # invalidate sequence if different tid
+ * if self.tid != tid: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free( self.iterdata.seq )
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->tid); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1855; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_v_tid, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1855; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1855; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1856
+ * # invalidate sequence if different tid
+ * if self.tid != tid:
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free( self.iterdata.seq ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.iterdata.tid = -1
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_self->iterdata.seq != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ free(__pyx_v_self->iterdata.seq);
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1857
+ * if self.tid != tid:
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free( self.iterdata.seq )
+ * self.iterdata.seq = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.tid = -1
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.seq = NULL;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1858
+ * if self.iterdata.seq != NULL: free( self.iterdata.seq )
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ * self.iterdata.tid = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # self.pileup_iter = bam_plp_init( &__advancepileup, &self.iterdata )
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.tid = -1;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1861
+ *
+ * # self.pileup_iter = bam_plp_init( &__advancepileup, &self.iterdata )
+ * bam_plp_reset(self.pileup_iter) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef _free_pileup_iter(self):
+ */
+ bam_plp_reset(__pyx_v_self->pileup_iter);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1845
+ * # bam_plp_set_mask( self.pileup_iter, self.mask )
+ *
+ * cdef reset( self, tid, start, end ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''reset iterator position.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumn.reset", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1863
+ * bam_plp_reset(self.pileup_iter)
+ *
+ * cdef _free_pileup_iter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''free the memory alloc'd by bam_plp_init.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn__free_pileup_iter(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_free_pileup_iter", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_free_pileup_iter", __pyx_f[0], 1863);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1869
+ * another pileup_iter, or else memory will be lost.
+ * '''
+ * if self.pileup_iter != <bam_plp_t>NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_plp_reset(self.pileup_iter)
+ * bam_plp_destroy(self.pileup_iter)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->pileup_iter != ((bam_plp_t)NULL)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1870
+ * '''
+ * if self.pileup_iter != <bam_plp_t>NULL:
+ * bam_plp_reset(self.pileup_iter) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_plp_destroy(self.pileup_iter)
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ */
+ bam_plp_reset(__pyx_v_self->pileup_iter);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1871
+ * if self.pileup_iter != <bam_plp_t>NULL:
+ * bam_plp_reset(self.pileup_iter)
+ * bam_plp_destroy(self.pileup_iter) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ *
+ */
+ bam_plp_destroy(__pyx_v_self->pileup_iter);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1872
+ * bam_plp_reset(self.pileup_iter)
+ * bam_plp_destroy(self.pileup_iter)
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->pileup_iter = ((bam_plp_t)NULL);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1863
+ * bam_plp_reset(self.pileup_iter)
+ *
+ * cdef _free_pileup_iter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''free the memory alloc'd by bam_plp_init.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1874
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # reset in order to avoid memory leak messages for iterators
+ * # that have not been fully consumed
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_9__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_9__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_8__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_8__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 1874);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1877
+ * # reset in order to avoid memory leak messages for iterators
+ * # that have not been fully consumed
+ * self._free_pileup_iter() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.plp = <bam_pileup1_t*>NULL
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->_free_pileup_iter(__pyx_v_self); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1877; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1878
+ * # that have not been fully consumed
+ * self._free_pileup_iter()
+ * self.plp = <bam_pileup1_t*>NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.iterdata.seq != NULL:
+ */
+ __pyx_v_self->plp = ((bam_pileup1_t *)NULL);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1880
+ * self.plp = <bam_pileup1_t*>NULL
+ *
+ * if self.iterdata.seq != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.iterdata.seq)
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_self->iterdata.seq != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1881
+ *
+ * if self.iterdata.seq != NULL:
+ * free(self.iterdata.seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.iterdata.seq = NULL
+ *
+ */
+ free(__pyx_v_self->iterdata.seq);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1882
+ * if self.iterdata.seq != NULL:
+ * free(self.iterdata.seq)
+ * self.iterdata.seq = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->iterdata.seq = NULL;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1874
+ * self.pileup_iter = <bam_plp_t>NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # reset in order to avoid memory leak messages for iterators
+ * # that have not been fully consumed
+ */
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile.IteratorColumn.__dealloc__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1888
+ * '''iterates over a region only.
+ * '''
+ * def __cinit__(self, AlignmentFile samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid = 0,
+ * int start = 0,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ int __pyx_v_tid;
+ int __pyx_v_start;
+ int __pyx_v_end;
+ int __pyx_v_truncate;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_v_kwargs = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return -1;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_tid,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_truncate,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_tid);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_truncate);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, __pyx_v_kwargs, values, pos_args, "__cinit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1888; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ if (values[1]) {
+ __pyx_v_tid = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_tid == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1889; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_tid = ((int)0);
+ }
+ if (values[2]) {
+ __pyx_v_start = __Pyx_PyInt_As_int(values[2]); if (unlikely((__pyx_v_start == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1890; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_start = ((int)0);
+ }
+ if (values[3]) {
+ __pyx_v_end = __Pyx_PyInt_As_int(values[3]); if (unlikely((__pyx_v_end == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_end = __pyx_k__62;
+ }
+ if (values[4]) {
+ __pyx_v_truncate = __Pyx_PyInt_As_int(values[4]); if (unlikely((__pyx_v_truncate == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1892; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1892
+ * int start = 0,
+ * int end = max_pos,
+ * int truncate = False, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * **kwargs ):
+ *
+ */
+ __pyx_v_truncate = ((int)0);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 0, 1, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1888; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_kwargs); __pyx_v_kwargs = 0;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1888; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_tid, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_truncate, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1888
+ * '''iterates over a region only.
+ * '''
+ * def __cinit__(self, AlignmentFile samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid = 0,
+ * int start = 0,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_tid, int __pyx_v_start, int __pyx_v_end, int __pyx_v_truncate, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData __pyx_t_2;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__cinit__", __pyx_f[0], 1888);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1896
+ *
+ * # initialize iterator
+ * self.setupIteratorData( tid, start, end, 1 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.start = start
+ * self.end = end
+ */
+ __pyx_t_2.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_2.multiple_iterators = 1;
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.setupIteratorData(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self), __pyx_v_tid, __pyx_v_start, __pyx_v_end, &__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1896; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1897
+ * # initialize iterator
+ * self.setupIteratorData( tid, start, end, 1 )
+ * self.start = start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.end = end
+ * self.truncate = truncate
+ */
+ __pyx_v_self->start = __pyx_v_start;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1898
+ * self.setupIteratorData( tid, start, end, 1 )
+ * self.start = start
+ * self.end = end # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.truncate = truncate
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->end = __pyx_v_end;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1899
+ * self.start = start
+ * self.end = end
+ * self.truncate = truncate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->truncate = __pyx_v_truncate;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1888
+ * '''iterates over a region only.
+ * '''
+ * def __cinit__(self, AlignmentFile samfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid = 0,
+ * int start = 0,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1901
+ * self.truncate = truncate
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_3__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__[] = "python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_3__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1901);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1905
+ * """
+ *
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.cnext()
+ * if self.n_plp < 0:
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1906
+ *
+ * while 1:
+ * self.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.n_plp < 0:
+ * raise ValueError("error during iteration" )
+ */
+ ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.cnext(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1907
+ * while 1:
+ * self.cnext()
+ * if self.n_plp < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("error during iteration" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.n_plp < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1908
+ * self.cnext()
+ * if self.n_plp < 0:
+ * raise ValueError("error during iteration" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.plp == NULL:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__63, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1910
+ * raise ValueError("error during iteration" )
+ *
+ * if self.plp == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.plp == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1911
+ *
+ * if self.plp == NULL:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.truncate:
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1911; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1913
+ * raise StopIteration
+ *
+ * if self.truncate: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.start > self.pos: continue
+ * if self.pos >= self.end: raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->truncate != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1914
+ *
+ * if self.truncate:
+ * if self.start > self.pos: continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.pos >= self.end: raise StopIteration
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->start > __pyx_v_self->__pyx_base.pos) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ goto __pyx_L3_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1915
+ * if self.truncate:
+ * if self.start > self.pos: continue
+ * if self.pos >= self.end: raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return makePileupColumn(&self.plp,
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.pos >= __pyx_v_self->end) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1915; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1917
+ * if self.pos >= self.end: raise StopIteration
+ *
+ * return makePileupColumn(&self.plp, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tid,
+ * self.pos,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1920
+ * self.tid,
+ * self.pos,
+ * self.n_plp) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makePileupColumn((&__pyx_v_self->__pyx_base.plp), __pyx_v_self->__pyx_base.tid, __pyx_v_self->__pyx_base.pos, __pyx_v_self->__pyx_base.n_plp); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1917; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L3_continue:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1901
+ * self.truncate = truncate
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1927
+ * """
+ *
+ * def __cinit__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * AlignmentFile samfile,
+ * **kwargs):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_v_kwargs = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return -1;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, __pyx_v_kwargs, values, pos_args, "__cinit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1927; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 1) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 1, 1, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1927; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_kwargs); __pyx_v_kwargs = 0;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumnAllRefs.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1928; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__cinit__", __pyx_f[0], 1927);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1932
+ *
+ * # no iteration over empty files
+ * if not samfile.nreferences: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_n_s_nreferences); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_2) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1933
+ * # no iteration over empty files
+ * if not samfile.nreferences:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # initialize iterator
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1933; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1936
+ *
+ * # initialize iterator
+ * self.setupIteratorData(self.tid, 0, max_pos, 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __pyx_t_4.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_4.multiple_iterators = 1;
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.setupIteratorData(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self), __pyx_v_self->__pyx_base.tid, 0, __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos, &__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1927
+ * """
+ *
+ * def __cinit__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * AlignmentFile samfile,
+ * **kwargs):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumnAllRefs.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1938
+ * self.setupIteratorData(self.tid, 0, max_pos, 1)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_3__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__[] = "python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_3__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 1938);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1942
+ * """
+ *
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.cnext()
+ *
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1943
+ *
+ * while 1:
+ * self.cnext() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.n_plp < 0:
+ */
+ ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.cnext(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1945
+ * self.cnext()
+ *
+ * if self.n_plp < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("error during iteration" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.n_plp < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1946
+ *
+ * if self.n_plp < 0:
+ * raise ValueError("error during iteration" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # return result, if within same reference
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__64, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1946; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1946; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1949
+ *
+ * # return result, if within same reference
+ * if self.plp != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makePileupColumn(&self.plp,
+ * self.tid,
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->__pyx_base.plp != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1950
+ * # return result, if within same reference
+ * if self.plp != NULL:
+ * return makePileupColumn(&self.plp, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tid,
+ * self.pos,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1953
+ * self.tid,
+ * self.pos,
+ * self.n_plp) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # otherwise, proceed to next reference or stop
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makePileupColumn((&__pyx_v_self->__pyx_base.plp), __pyx_v_self->__pyx_base.tid, __pyx_v_self->__pyx_base.pos, __pyx_v_self->__pyx_base.n_plp); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1950; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1956
+ *
+ * # otherwise, proceed to next reference or stop
+ * self.tid += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.tid < self.samfile.nreferences:
+ * self.setupIteratorData(self.tid, 0, max_pos, 0)
+ */
+ __pyx_v_self->__pyx_base.tid = (__pyx_v_self->__pyx_base.tid + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1957
+ * # otherwise, proceed to next reference or stop
+ * self.tid += 1
+ * if self.tid < self.samfile.nreferences: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.setupIteratorData(self.tid, 0, max_pos, 0)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->__pyx_base.tid); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1957; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self->__pyx_base.samfile), __pyx_n_s_nreferences); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1957; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_3, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1957; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1957; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1958
+ * self.tid += 1
+ * if self.tid < self.samfile.nreferences:
+ * self.setupIteratorData(self.tid, 0, max_pos, 0) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_5.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_5.multiple_iterators = 0;
+ __pyx_t_4 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.setupIteratorData(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)__pyx_v_self), __pyx_v_self->__pyx_base.tid, 0, __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos, &__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1958; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1960
+ * self.setupIteratorData(self.tid, 0, max_pos, 0)
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L7:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1938
+ * self.setupIteratorData(self.tid, 0, max_pos, 1)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IteratorColumnAllRefs.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1963
+ *
+ *
+ * cdef inline int32_t _getQueryStart(bam1_t *src) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef uint32_t k, op
+ */
+
+static CYTHON_INLINE int32_t __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryStart(bam1_t *__pyx_v_src) {
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ uint32_t __pyx_v_op;
+ uint32_t __pyx_v_start_offset;
+ int32_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ uint16_t __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getQueryStart", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_getQueryStart", __pyx_f[0], 1963);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1966
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef uint32_t k, op
+ * cdef uint32_t start_offset = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src):
+ */
+ __pyx_v_start_offset = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1968
+ * cdef uint32_t start_offset = 0
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ */
+ __pyx_t_1 = (pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1969
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src):
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src); # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1970
+ * if pysam_get_n_cigar(src):
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ */
+ __pyx_t_2 = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src);
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_2; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1971
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ * if start_offset != 0 and start_offset != src.core.l_qseq:
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1972
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start_offset != 0 and start_offset != src.core.l_qseq:
+ * PyErr_SetString(ValueError, 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_op == BAM_CHARD_CLIP) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1973
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ * if start_offset != 0 and start_offset != src.core.l_qseq: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * PyErr_SetString(ValueError, 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ * return -1
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_start_offset != 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_start_offset != __pyx_v_src->core.l_qseq) != 0);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1974
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ * if start_offset != 0 and start_offset != src.core.l_qseq:
+ * PyErr_SetString(ValueError, 'Invalid clipping in CIGAR string') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return -1
+ * elif op == BAM_CSOFT_CLIP:
+ */
+ PyErr_SetString(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_k_Invalid_clipping_in_CIGAR_string);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1975
+ * if start_offset != 0 and start_offset != src.core.l_qseq:
+ * PyErr_SetString(ValueError, 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ * return -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif op == BAM_CSOFT_CLIP:
+ * start_offset += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_r = -1;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1976
+ * PyErr_SetString(ValueError, 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ * return -1
+ * elif op == BAM_CSOFT_CLIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start_offset += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_op == BAM_CSOFT_CLIP) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1977
+ * return -1
+ * elif op == BAM_CSOFT_CLIP:
+ * start_offset += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * break
+ */
+ __pyx_v_start_offset = (__pyx_v_start_offset + ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT));
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1979
+ * start_offset += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * else:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return start_offset
+ */
+ goto __pyx_L5_break;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+ __pyx_L5_break:;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1981
+ * break
+ *
+ * return start_offset # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_start_offset;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1963
+ *
+ *
+ * cdef inline int32_t _getQueryStart(bam1_t *src) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef uint32_t k, op
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":1984
+ *
+ *
+ * cdef inline int32_t _getQueryEnd(bam1_t *src) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef uint32_t k, op
+ */
+
+static CYTHON_INLINE int32_t __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryEnd(bam1_t *__pyx_v_src) {
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ uint32_t __pyx_v_op;
+ uint32_t __pyx_v_end_offset;
+ int32_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int32_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getQueryEnd", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_getQueryEnd", __pyx_f[0], 1984);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1987
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef uint32_t k, op
+ * cdef uint32_t end_offset = src.core.l_qseq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src) > 1:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_src->core.l_qseq;
+ __pyx_v_end_offset = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1989
+ * cdef uint32_t end_offset = src.core.l_qseq
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src) > 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from pysam_get_n_cigar(src) > k >= 1:
+ */
+ __pyx_t_2 = ((pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) > 1) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1990
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src) > 1:
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src); # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k from pysam_get_n_cigar(src) > k >= 1:
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1991
+ * if pysam_get_n_cigar(src) > 1:
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from pysam_get_n_cigar(src) > k >= 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ */
+ for (__pyx_v_k = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src)-1; __pyx_v_k >= 1; __pyx_v_k--) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1992
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from pysam_get_n_cigar(src) > k >= 1:
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ * if end_offset != 0 and end_offset != src.core.l_qseq:
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1993
+ * for k from pysam_get_n_cigar(src) > k >= 1:
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if end_offset != 0 and end_offset != src.core.l_qseq:
+ * PyErr_SetString(ValueError,
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CHARD_CLIP) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1994
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ * if end_offset != 0 and end_offset != src.core.l_qseq: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * PyErr_SetString(ValueError,
+ * 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_end_offset != 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_end_offset != __pyx_v_src->core.l_qseq) != 0);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1995
+ * if op == BAM_CHARD_CLIP:
+ * if end_offset != 0 and end_offset != src.core.l_qseq:
+ * PyErr_SetString(ValueError, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ * return -1
+ */
+ PyErr_SetString(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_k_Invalid_clipping_in_CIGAR_string);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1997
+ * PyErr_SetString(ValueError,
+ * 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ * return -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif op == BAM_CSOFT_CLIP:
+ * end_offset -= cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_r = -1;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1998
+ * 'Invalid clipping in CIGAR string')
+ * return -1
+ * elif op == BAM_CSOFT_CLIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end_offset -= cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_op == BAM_CSOFT_CLIP) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1999
+ * return -1
+ * elif op == BAM_CSOFT_CLIP:
+ * end_offset -= cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * break
+ */
+ __pyx_v_end_offset = (__pyx_v_end_offset - ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT));
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2001
+ * end_offset -= cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * else:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if end_offset == 0:
+ */
+ goto __pyx_L5_break;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+ __pyx_L5_break:;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2003
+ * break
+ *
+ * if end_offset == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end_offset = src.core.l_qseq
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_end_offset == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2004
+ *
+ * if end_offset == 0:
+ * end_offset = src.core.l_qseq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return end_offset
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_src->core.l_qseq;
+ __pyx_v_end_offset = __pyx_t_1;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2006
+ * end_offset = src.core.l_qseq
+ *
+ * return end_offset # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_end_offset;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1984
+ *
+ *
+ * cdef inline int32_t _getQueryEnd(bam1_t *src) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef uint32_t k, op
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2009
+ *
+ *
+ * cdef inline object _getSequenceRange(bam1_t *src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * uint32_t start, uint32_t end):
+ * cdef uint8_t * p
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getSequenceRange(bam1_t *__pyx_v_src, uint32_t __pyx_v_start, uint32_t __pyx_v_end) {
+ uint8_t *__pyx_v_p;
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ char *__pyx_v_s;
+ PyObject *__pyx_v_seq = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ char *__pyx_t_3;
+ uint32_t __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getSequenceRange", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_getSequenceRange", __pyx_f[0], 2009);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2015
+ * cdef char * s
+ *
+ * if not src.core.l_qseq: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((!(__pyx_v_src->core.l_qseq != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2016
+ *
+ * if not src.core.l_qseq:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * seq = PyBytes_FromStringAndSize(NULL, end - start)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2018
+ * return None
+ *
+ * seq = PyBytes_FromStringAndSize(NULL, end - start) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s = <char*>seq
+ * p = pysam_bam_get_seq(src)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyBytes_FromStringAndSize(NULL, (__pyx_v_end - __pyx_v_start)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2018; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_seq = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2019
+ *
+ * seq = PyBytes_FromStringAndSize(NULL, end - start)
+ * s = <char*>seq # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p = pysam_bam_get_seq(src)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_seq); if (unlikely((!__pyx_t_3) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2019; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_s = ((char *)__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2020
+ * seq = PyBytes_FromStringAndSize(NULL, end - start)
+ * s = <char*>seq
+ * p = pysam_bam_get_seq(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for k from start <= k < end:
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_seq(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2022
+ * p = pysam_bam_get_seq(src)
+ *
+ * for k from start <= k < end: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # equivalent to seq_nt16_str[bam1_seqi(s, i)] (see bam.c)
+ * # note: do not use string literal as it will be a python string
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_end;
+ for (__pyx_v_k = __pyx_v_start; __pyx_v_k < __pyx_t_4; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2025
+ * # equivalent to seq_nt16_str[bam1_seqi(s, i)] (see bam.c)
+ * # note: do not use string literal as it will be a python string
+ * s[k-start] = seq_nt16_str[p[k/2] >> 4 * (1 - k%2) & 0xf] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return _charptr_to_str(seq)
+ */
+ (__pyx_v_s[(__pyx_v_k - __pyx_v_start)]) = (seq_nt16_str[(((__pyx_v_p[__Pyx_div_long(__pyx_v_k, 2)]) >> (4 * (1 - __Pyx_mod_long(__pyx_v_k, 2)))) & 0xf)]);
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2027
+ * s[k-start] = seq_nt16_str[p[k/2] >> 4 * (1 - k%2) & 0xf]
+ *
+ * return _charptr_to_str(seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_seq); if (unlikely((!__pyx_t_3) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2027; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2027; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2009
+ *
+ *
+ * cdef inline object _getSequenceRange(bam1_t *src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * uint32_t start, uint32_t end):
+ * cdef uint8_t * p
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile._getSequenceRange", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_seq);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2030
+ *
+ *
+ * cdef inline object _getQualitiesRange(bam1_t *src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * uint32_t start,
+ * uint32_t end):
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQualitiesRange(bam1_t *__pyx_v_src, uint32_t __pyx_v_start, uint32_t __pyx_v_end) {
+ uint8_t *__pyx_v_p;
+ arrayobject *__pyx_v_result = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getQualitiesRange", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_getQualitiesRange", __pyx_f[0], 2030);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2038
+ * cdef uint32_t k
+ *
+ * p = pysam_bam_get_qual(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if p[0] == 0xff:
+ * return None
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_qual(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2039
+ *
+ * p = pysam_bam_get_qual(src)
+ * if p[0] == 0xff: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = (((__pyx_v_p[0]) == 0xff) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2040
+ * p = pysam_bam_get_qual(src)
+ * if p[0] == 0xff:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # 'B': unsigned char
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2043
+ *
+ * # 'B': unsigned char
+ * cdef array.array result = array.array('B', [0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * array.resize(result, end - start)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2043; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2043; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_B);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_n_s_B);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_B);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_7cpython_5array_array)), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2043; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_result = ((arrayobject *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2044
+ * # 'B': unsigned char
+ * cdef array.array result = array.array('B', [0])
+ * array.resize(result, end - start) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # copy data
+ */
+ __pyx_t_4 = resize(__pyx_v_result, (__pyx_v_end - __pyx_v_start)); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2047
+ *
+ * # copy data
+ * memcpy(result.data.as_voidptr, <void*>&p[start], end - start) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ memcpy(__pyx_v_result->data.as_voidptr, ((void *)(&(__pyx_v_p[__pyx_v_start]))), (__pyx_v_end - __pyx_v_start));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2049
+ * memcpy(result.data.as_voidptr, <void*>&p[start], end - start)
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_result));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_result);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2030
+ *
+ *
+ * cdef inline object _getQualitiesRange(bam1_t *src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * uint32_t start,
+ * uint32_t end):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile._getQualitiesRange", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_result);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2052
+ *
+ *
+ * def toQualityString(qualities): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert a list of quality score to the string
+ * representation used in the SAM format.'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_1toQualityString(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_qualities); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_toQualityString[] = "toQualityString(qualities)\nconvert a list of quality score to the string\n representation used in the SAM format.";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_14calignmentfile_1toQualityString = {__Pyx_NAMESTR("toQualityString"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_1toQualityString, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_toQualityString)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_1toQualityString(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_qualities) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("toQualityString (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_toQualityString(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_qualities));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_toQualityString(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_qualities) {
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("toQualityString", 0);
+ __Pyx_TraceCall("toQualityString", __pyx_f[0], 2052);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2055
+ * '''convert a list of quality score to the string
+ * representation used in the SAM format.'''
+ * if qualities is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * return "".join([chr(x+33) for x in qualities])
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_qualities == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2056
+ * representation used in the SAM format.'''
+ * if qualities is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "".join([chr(x+33) for x in qualities])
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2057
+ * if qualities is None:
+ * return None
+ * return "".join([chr(x+33) for x in qualities]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_qualities) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_qualities)) {
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_qualities; __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_4 = PyObject_GetIter(__pyx_v_qualities); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_v_x, __pyx_int_33); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_chr, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_3, (PyObject*)__pyx_t_7))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__7, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2052
+ *
+ *
+ * def toQualityString(qualities): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert a list of quality score to the string
+ * representation used in the SAM format.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.toQualityString", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2060
+ *
+ *
+ * def fromQualityString(quality_string): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a list of quality scores from the
+ * stringn representation of quality scores used
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_3fromQualityString(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_quality_string); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_2fromQualityString[] = "fromQualityString(quality_string)\nreturn a list of quality scores from the\n stringn representation of quality scores used\n in the SAM format.";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_14calignmentfile_3fromQualityString = {__Pyx_NAMESTR("fromQualityString"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_3fromQualityString, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_2fromQualityString)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_3fromQualityString(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_quality_string) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fromQualityString (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_2fromQualityString(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_quality_string));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_2fromQualityString(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_quality_string) {
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fromQualityString", 0);
+ __Pyx_TraceCall("fromQualityString", __pyx_f[0], 2060);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2064
+ * stringn representation of quality scores used
+ * in the SAM format.'''
+ * if quality_string is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * return array.array('B', [ord(x)-33 for x in quality_string])
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_quality_string == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2065
+ * in the SAM format.'''
+ * if quality_string is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return array.array('B', [ord(x)-33 for x in quality_string])
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2066
+ * if quality_string is None:
+ * return None
+ * return array.array('B', [ord(x)-33 for x in quality_string]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_quality_string) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_quality_string)) {
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_quality_string; __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_4 = PyObject_GetIter(__pyx_v_quality_string); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_x);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_x);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_x);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ord, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_8, __pyx_int_33); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_3, (PyObject*)__pyx_t_7))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_B);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_n_s_B);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_B);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_7cpython_5array_array)), __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2060
+ *
+ *
+ * def fromQualityString(quality_string): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a list of quality scores from the
+ * stringn representation of quality scores used
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.fromQualityString", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2069
+ *
+ *
+ * cdef inline uint8_t _getTypeCode(value, value_type = None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''guess type code for a *value*. If *value_type* is None,
+ * the type code will be inferred based on the Python type of
+ */
+
+static CYTHON_INLINE uint8_t __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode(PyObject *__pyx_v_value, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode *__pyx_optional_args) {
+ PyObject *__pyx_v_value_type = ((PyObject *)Py_None);
+ uint8_t __pyx_v_type_code;
+ char *__pyx_v__char_type;
+ uint8_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ char *__pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_getTypeCode", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_getTypeCode", __pyx_f[0], 2069);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_value_type = __pyx_optional_args->value_type;
+ }
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value_type);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2076
+ * cdef char * _char_type
+ *
+ * if value_type is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if isinstance(value, int):
+ * type_code = 'i'
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_value_type == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2077
+ *
+ * if value_type is None:
+ * if isinstance(value, int): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * type_code = 'i'
+ * elif isinstance(value, float):
+ */
+ __pyx_t_2 = PyInt_Check(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_1 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2078
+ * if value_type is None:
+ * if isinstance(value, int):
+ * type_code = 'i' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif isinstance(value, float):
+ * type_code = 'd'
+ */
+ __pyx_v_type_code = 'i';
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2079
+ * if isinstance(value, int):
+ * type_code = 'i'
+ * elif isinstance(value, float): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * type_code = 'd'
+ * elif isinstance(value, str):
+ */
+ __pyx_t_1 = PyFloat_Check(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2080
+ * type_code = 'i'
+ * elif isinstance(value, float):
+ * type_code = 'd' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif isinstance(value, str):
+ * type_code = 'Z'
+ */
+ __pyx_v_type_code = 'd';
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2081
+ * elif isinstance(value, float):
+ * type_code = 'd'
+ * elif isinstance(value, str): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * type_code = 'Z'
+ * elif isinstance(value, bytes):
+ */
+ __pyx_t_2 = PyString_Check(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_1 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2082
+ * type_code = 'd'
+ * elif isinstance(value, str):
+ * type_code = 'Z' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif isinstance(value, bytes):
+ * type_code = 'Z'
+ */
+ __pyx_v_type_code = 'Z';
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2083
+ * elif isinstance(value, str):
+ * type_code = 'Z'
+ * elif isinstance(value, bytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * type_code = 'Z'
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyBytes_Check(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2084
+ * type_code = 'Z'
+ * elif isinstance(value, bytes):
+ * type_code = 'Z' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return 0
+ */
+ __pyx_v_type_code = 'Z';
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2086
+ * type_code = 'Z'
+ * else:
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * if value_type not in 'Zidf':
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ __pyx_L4:;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2088
+ * return 0
+ * else:
+ * if value_type not in 'Zidf': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return 0
+ * value_type = _forceBytes( value_type )
+ */
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_value_type, __pyx_n_s_Zidf, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2088; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2089
+ * else:
+ * if value_type not in 'Zidf':
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_type = _forceBytes( value_type )
+ * _char_type = value_type
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2090
+ * if value_type not in 'Zidf':
+ * return 0
+ * value_type = _forceBytes( value_type ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _char_type = value_type
+ * type_code = (<uint8_t*>_char_type)[0]
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_value_type); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2090; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_value_type, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2091
+ * return 0
+ * value_type = _forceBytes( value_type )
+ * _char_type = value_type # <<<<<<<<<<<<<<
+ * type_code = (<uint8_t*>_char_type)[0]
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_value_type); if (unlikely((!__pyx_t_4) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2091; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v__char_type = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2092
+ * value_type = _forceBytes( value_type )
+ * _char_type = value_type
+ * type_code = (<uint8_t*>_char_type)[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return type_code
+ */
+ __pyx_v_type_code = (((uint8_t *)__pyx_v__char_type)[0]);
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2094
+ * type_code = (<uint8_t*>_char_type)[0]
+ *
+ * return type_code # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline convert_python_tag(pytag, value, fmts, args):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_type_code;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2069
+ *
+ *
+ * cdef inline uint8_t _getTypeCode(value, value_type = None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''guess type code for a *value*. If *value_type* is None,
+ * the type code will be inferred based on the Python type of
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.calignmentfile._getTypeCode", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value_type);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2096
+ * return type_code
+ *
+ * cdef inline convert_python_tag(pytag, value, fmts, args): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not type(pytag) is bytes:
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_convert_python_tag(PyObject *__pyx_v_pytag, PyObject *__pyx_v_value, PyObject *__pyx_v_fmts, PyObject *__pyx_v_args) {
+ PyObject *__pyx_v_t = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_pytype = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_datafmt = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_datatype = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_mi = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_ma = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_fmt = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("convert_python_tag", 0);
+ __Pyx_TraceCall("convert_python_tag", __pyx_f[0], 2096);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pytag);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2098
+ * cdef inline convert_python_tag(pytag, value, fmts, args):
+ *
+ * if not type(pytag) is bytes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytag = pytag.encode('ascii')
+ * t = type(value)
+ */
+ __pyx_t_1 = (((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_pytag)) != ((PyObject *)((PyObject*)(&PyBytes_Type))));
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2099
+ *
+ * if not type(pytag) is bytes:
+ * pytag = pytag.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t = type(value)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_pytag, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__65, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_pytag, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2100
+ * if not type(pytag) is bytes:
+ * pytag = pytag.encode('ascii')
+ * t = type(value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if t is tuple or t is list:
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_value)));
+ __pyx_v_t = ((PyObject*)((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_value)));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2102
+ * t = type(value)
+ *
+ * if t is tuple or t is list: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # binary tags - treat separately
+ * pytype = 'B'
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_t == ((PyObject*)(&PyTuple_Type)));
+ if (!(__pyx_t_2 != 0)) {
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_t == ((PyObject*)(&PyList_Type)));
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_1 != 0);
+ } else {
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_2 != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2104
+ * if t is tuple or t is list:
+ * # binary tags - treat separately
+ * pytype = 'B' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # get data type - first value determines type. If there is a
+ * # mix of types, the result is undefined.
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_B);
+ __pyx_v_pytype = __pyx_n_s_B;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2107
+ * # get data type - first value determines type. If there is a
+ * # mix of types, the result is undefined.
+ * if type(value[0]) is float: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * datafmt, datatype = "f", "f"
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_value, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_4 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = (((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_4)) == ((PyObject *)((PyObject*)(&PyFloat_Type))));
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2108
+ * # mix of types, the result is undefined.
+ * if type(value[0]) is float:
+ * datafmt, datatype = "f", "f" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * mi, ma = min(value), max(value)
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_n_s_f;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __pyx_n_s_f;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_datafmt = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_datatype = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2110
+ * datafmt, datatype = "f", "f"
+ * else:
+ * mi, ma = min(value), max(value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # signed ints
+ * if mi < 0:
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_min, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_max, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_mi = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_ma = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2112
+ * mi, ma = min(value), max(value)
+ * # signed ints
+ * if mi < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if mi >= -128 and ma < 128:
+ * datafmt, datatype = "b", 'c'
+ */
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_mi, __pyx_int_0, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2113
+ * # signed ints
+ * if mi < 0:
+ * if mi >= -128 and ma < 128: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * datafmt, datatype = "b", 'c'
+ * elif mi >= -32768 and ma < 32768:
+ */
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_mi, __pyx_int_neg_128, Py_GE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_ma, __pyx_int_128, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2114
+ * if mi < 0:
+ * if mi >= -128 and ma < 128:
+ * datafmt, datatype = "b", 'c' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif mi >= -32768 and ma < 32768:
+ * datafmt, datatype = "h", 's'
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_n_s_b;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_4 = __pyx_n_s_c;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_v_datafmt = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_v_datatype = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2115
+ * if mi >= -128 and ma < 128:
+ * datafmt, datatype = "b", 'c'
+ * elif mi >= -32768 and ma < 32768: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * datafmt, datatype = "h", 's'
+ * elif mi < -2147483648 or ma >= 2147483648:
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_mi, __pyx_int_neg_32768, Py_GE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_ma, __pyx_int_32768, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2116
+ * datafmt, datatype = "b", 'c'
+ * elif mi >= -32768 and ma < 32768:
+ * datafmt, datatype = "h", 's' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif mi < -2147483648 or ma >= 2147483648:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_n_s_h;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = __pyx_n_s_s_2;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_v_datafmt = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_datatype = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2117
+ * elif mi >= -32768 and ma < 32768:
+ * datafmt, datatype = "h", 's'
+ * elif mi < -2147483648 or ma >= 2147483648: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "at least one signed integer out of range of "
+ */
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_mi, __pyx_int_neg_2147483648, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2117; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2117; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_ma, __pyx_int_2147483648, Py_GE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2117; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2117; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2118
+ * datafmt, datatype = "h", 's'
+ * elif mi < -2147483648 or ma >= 2147483648:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "at least one signed integer out of range of "
+ * "BAM/SAM specification")
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__66, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_6, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2121
+ * "at least one signed integer out of range of "
+ * "BAM/SAM specification")
+ * else: datafmt, datatype = "i", 'i' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # unsigned ints
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_n_s_i;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_4 = __pyx_n_s_i;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_v_datafmt = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_v_datatype = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ }
+ __pyx_L7:;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2125
+ * # unsigned ints
+ * else:
+ * if ma < 256: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * datafmt, datatype = "B", 'C'
+ * elif ma < 65536:
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_ma, __pyx_int_256, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2125; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2125; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2126
+ * else:
+ * if ma < 256:
+ * datafmt, datatype = "B", 'C' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif ma < 65536:
+ * datafmt, datatype = "H", 'S'
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_n_s_B;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = __pyx_n_s_C;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_v_datafmt = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_datatype = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2127
+ * if ma < 256:
+ * datafmt, datatype = "B", 'C'
+ * elif ma < 65536: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * datafmt, datatype = "H", 'S'
+ * elif ma >= 4294967296:
+ */
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_ma, __pyx_int_65536, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2127; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2127; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2128
+ * datafmt, datatype = "B", 'C'
+ * elif ma < 65536:
+ * datafmt, datatype = "H", 'S' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif ma >= 4294967296:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_n_s_H;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_4 = __pyx_n_s_S;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_v_datafmt = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_v_datatype = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2129
+ * elif ma < 65536:
+ * datafmt, datatype = "H", 'S'
+ * elif ma >= 4294967296: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "at least one integer out of range of BAM/SAM specification")
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_ma, __pyx_int_4294967296, Py_GE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2129; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2129; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2130
+ * datafmt, datatype = "H", 'S'
+ * elif ma >= 4294967296:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "at least one integer out of range of BAM/SAM specification")
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__67, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2133
+ * "at least one integer out of range of BAM/SAM specification")
+ * else:
+ * datafmt, datatype = "I", 'I' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt)
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_n_s_I;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = __pyx_n_s_I;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_v_datafmt = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_datatype = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __pyx_L8:;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2135
+ * datafmt, datatype = "I", 'I'
+ *
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args.extend([pytag[:2],
+ * pytype.encode('ascii'),
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2135; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2135; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2135; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_datafmt);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_v_datafmt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_datafmt);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_2sccI_i_s, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2135; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_datafmt, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2136
+ *
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt)
+ * args.extend([pytag[:2], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'),
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_args, __pyx_n_s_extend); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_pytag, 0, 2, NULL, NULL, &__pyx_slice__68, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2137
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt)
+ * args.extend([pytag[:2],
+ * pytype.encode('ascii'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * datatype.encode('ascii'),
+ * len(value)] + list(value))
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_pytype, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2137; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__69, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2137; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2138
+ * args.extend([pytag[:2],
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * len(value)] + list(value))
+ * fmts.append( datafmt )
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_datatype, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2138; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__70, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2138; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2139
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'),
+ * len(value)] + list(value)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmts.append( datafmt )
+ * return
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2136
+ *
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt)
+ * args.extend([pytag[:2], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'),
+ */
+ __pyx_t_10 = PyList_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_10, 2, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_10, 3, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2139
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'),
+ * len(value)] + list(value)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmts.append( datafmt )
+ * return
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_t_10, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2136
+ *
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt)
+ * args.extend([pytag[:2], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'),
+ */
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2140
+ * datatype.encode('ascii'),
+ * len(value)] + list(value))
+ * fmts.append( datafmt ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_v_fmts, __pyx_v_datafmt); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2140; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2141
+ * len(value)] + list(value))
+ * fmts.append( datafmt )
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if t is float:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2143
+ * return
+ *
+ * if t is float: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmt, pytype = "2scf", 'f'
+ * elif t is int:
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_t == ((PyObject*)(&PyFloat_Type)));
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2144
+ *
+ * if t is float:
+ * fmt, pytype = "2scf", 'f' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif t is int:
+ * # negative values
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_kp_s_2scf;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = __pyx_n_s_f;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2145
+ * if t is float:
+ * fmt, pytype = "2scf", 'f'
+ * elif t is int: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # negative values
+ * if value < 0:
+ */
+ __pyx_t_5 = (__pyx_v_t == ((PyObject*)(&PyInt_Type)));
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2147
+ * elif t is int:
+ * # negative values
+ * if value < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if value >= -127: fmt, pytype = "2scb", 'c'
+ * elif value >= -32767: fmt, pytype = "2sch", 's'
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_value, __pyx_int_0, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2147; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2147; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2148
+ * # negative values
+ * if value < 0:
+ * if value >= -127: fmt, pytype = "2scb", 'c' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif value >= -32767: fmt, pytype = "2sch", 's'
+ * elif value < -2147483648: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value )
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_value, __pyx_int_neg_127, Py_GE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2148; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2148; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_9 = __pyx_kp_s_2scb;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = __pyx_n_s_c;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2149
+ * if value < 0:
+ * if value >= -127: fmt, pytype = "2scb", 'c'
+ * elif value >= -32767: fmt, pytype = "2sch", 's' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif value < -2147483648: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value )
+ * else: fmt, pytype = "2sci", 'i'
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_value, __pyx_int_neg_32767, Py_GE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_kp_s_2sch;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = __pyx_n_s_s_2;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2150
+ * if value >= -127: fmt, pytype = "2scb", 'c'
+ * elif value >= -32767: fmt, pytype = "2sch", 's'
+ * elif value < -2147483648: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: fmt, pytype = "2sci", 'i'
+ * # positive values
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_value, __pyx_int_neg_2147483648, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2150; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2150; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_integer_i_out_of_range_of_BAM_SA, __pyx_v_value); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2150; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2150; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2150; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_9, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2150; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2151
+ * elif value >= -32767: fmt, pytype = "2sch", 's'
+ * elif value < -2147483648: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value )
+ * else: fmt, pytype = "2sci", 'i' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # positive values
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_9 = __pyx_kp_s_2sci;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = __pyx_n_s_i;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ }
+ __pyx_L11:;
+ goto __pyx_L10;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2154
+ * # positive values
+ * else:
+ * if value <= 255: fmt, pytype = "2scB", 'C' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif value <= 65535: fmt, pytype = "2scH", 'S'
+ * elif value > 4294967295: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value )
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_value, __pyx_int_255, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2154; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2154; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_kp_s_2scB;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = __pyx_n_s_C;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L12;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2155
+ * else:
+ * if value <= 255: fmt, pytype = "2scB", 'C'
+ * elif value <= 65535: fmt, pytype = "2scH", 'S' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif value > 4294967295: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value )
+ * else: fmt, pytype = "2scI", 'I'
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_value, __pyx_int_65535, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2155; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2155; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_9 = __pyx_kp_s_2scH;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = __pyx_n_s_S;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L12;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2156
+ * if value <= 255: fmt, pytype = "2scB", 'C'
+ * elif value <= 65535: fmt, pytype = "2scH", 'S'
+ * elif value > 4294967295: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: fmt, pytype = "2scI", 'I'
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_value, __pyx_int_4294967295, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2156; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2156; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_integer_i_out_of_range_of_BAM_SA, __pyx_v_value); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2156; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2156; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2156; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2156; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2157
+ * elif value <= 65535: fmt, pytype = "2scH", 'S'
+ * elif value > 4294967295: raise ValueError( "integer %i out of range of BAM/SAM specification" % value )
+ * else: fmt, pytype = "2scI", 'I' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # Note: hex strings (H) are not supported yet
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_kp_s_2scI;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = __pyx_n_s_I;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ }
+ __pyx_L12:;
+ }
+ __pyx_L10:;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2160
+ * else:
+ * # Note: hex strings (H) are not supported yet
+ * if t is not bytes: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = value.encode('ascii')
+ * if len(value) == 1:
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_t != ((PyObject*)(&PyBytes_Type)));
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2161
+ * # Note: hex strings (H) are not supported yet
+ * if t is not bytes:
+ * value = value.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(value) == 1:
+ * fmt, pytype = "2scc", 'A'
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_value, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2161; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_tuple__71, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2161; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L13;
+ }
+ __pyx_L13:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2162
+ * if t is not bytes:
+ * value = value.encode('ascii')
+ * if len(value) == 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmt, pytype = "2scc", 'A'
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_7 == 1) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2163
+ * value = value.encode('ascii')
+ * if len(value) == 1:
+ * fmt, pytype = "2scc", 'A' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * fmt, pytype = "2sc%is" % (len(value)+1), 'Z'
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_kp_s_2scc;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = __pyx_n_s_A;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L14;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2165
+ * fmt, pytype = "2scc", 'A'
+ * else:
+ * fmt, pytype = "2sc%is" % (len(value)+1), 'Z' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * args.extend([pytag[:2],
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = PyInt_FromSsize_t((__pyx_t_7 + 1)); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_2sc_is, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __pyx_n_s_Z;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pytype = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ }
+ __pyx_L14:;
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2167
+ * fmt, pytype = "2sc%is" % (len(value)+1), 'Z'
+ *
+ * args.extend([pytag[:2], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * value])
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_args, __pyx_n_s_extend); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_pytag, 0, 2, NULL, NULL, &__pyx_slice__72, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2168
+ *
+ * args.extend([pytag[:2],
+ * pytype.encode('ascii'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value])
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_pytype, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_tuple__73, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2167
+ * fmt, pytype = "2sc%is" % (len(value)+1), 'Z'
+ *
+ * args.extend([pytag[:2], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * value])
+ */
+ __pyx_t_6 = PyList_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_6, 2, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2171
+ * value])
+ *
+ * fmts.append(fmt) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###########################################################
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_v_fmts, __pyx_v_fmt); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2171; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2096
+ * return type_code
+ *
+ * cdef inline convert_python_tag(pytag, value, fmts, args): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not type(pytag) is bytes:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.convert_python_tag", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_t);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_pytype);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_datafmt);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_datatype);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_mi);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ma);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fmt);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_pytag);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2196
+ *
+ * # Now only called when instances are created from Python
+ * def __init__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # see bam_init1
+ * self._delegate = <bam1_t*>calloc(1, sizeof(bam1_t))
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) > 0)) {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 0, 0, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); return -1;}
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(PyDict_Size(__pyx_kwds) > 0) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__init__", 0))) return -1;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 2196);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2198
+ * def __init__(self):
+ * # see bam_init1
+ * self._delegate = <bam1_t*>calloc(1, sizeof(bam1_t)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # allocate some memory. If size is 0, calloc does not return a
+ * # pointer that can be passed to free() so allocate 40 bytes
+ */
+ __pyx_v_self->_delegate = ((bam1_t *)calloc(1, (sizeof(bam1_t))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2202
+ * # pointer that can be passed to free() so allocate 40 bytes
+ * # for a new read
+ * self._delegate.m_data = 40 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.data = <uint8_t *>calloc(
+ * self._delegate.m_data, 1)
+ */
+ __pyx_v_self->_delegate->m_data = 40;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2203
+ * # for a new read
+ * self._delegate.m_data = 40
+ * self._delegate.data = <uint8_t *>calloc( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.m_data, 1)
+ * self._delegate.l_data = 0
+ */
+ __pyx_v_self->_delegate->data = ((uint8_t *)calloc(__pyx_v_self->_delegate->m_data, 1));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2205
+ * self._delegate.data = <uint8_t *>calloc(
+ * self._delegate.m_data, 1)
+ * self._delegate.l_data = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->_delegate->l_data = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2196
+ *
+ * # Now only called when instances are created from Python
+ * def __init__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # see bam_init1
+ * self._delegate = <bam1_t*>calloc(1, sizeof(bam1_t))
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2207
+ * self._delegate.l_data = 0
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_destroy1(self._delegate)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_2__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 2207);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2208
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * bam_destroy1(self._delegate) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+ bam_destroy1(__pyx_v_self->_delegate);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2207
+ * self._delegate.l_data = 0
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_destroy1(self._delegate)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2210
+ * bam_destroy1(self._delegate)
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return string representation of alignment.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5__str__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__[] = "return string representation of alignment.\n\n The representation is an approximate :term:`sam` format.\n\n An aligned read might not be associated with a :term:`AlignmentFile`.\n As a result :term:`tid` is shown instead of the reference name.\n\n Similarly, the tags field is returned in its parsed state.\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5__str__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__str__", __pyx_f[0], 2210);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2222
+ * # sam-parsing is done in sam.c/bam_format1_core which
+ * # requires a valid header.
+ * return "\t".join(map(str, (self.query_name, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.flag,
+ * self.reference_id,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_name); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2223
+ * # requires a valid header.
+ * return "\t".join(map(str, (self.query_name,
+ * self.flag, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_id,
+ * self.reference_start,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2224
+ * return "\t".join(map(str, (self.query_name,
+ * self.flag,
+ * self.reference_id, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_start,
+ * self.mapping_quality,
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2225
+ * self.flag,
+ * self.reference_id,
+ * self.reference_start, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.mapping_quality,
+ * self.cigarstring,
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_start); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2226
+ * self.reference_id,
+ * self.reference_start,
+ * self.mapping_quality, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.cigarstring,
+ * self.next_reference_id,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_mapping_quality); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2226; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2227
+ * self.reference_start,
+ * self.mapping_quality,
+ * self.cigarstring, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_id,
+ * self.next_reference_start,
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_cigarstring); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2227; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2228
+ * self.mapping_quality,
+ * self.cigarstring,
+ * self.next_reference_id, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_start,
+ * self.query_alignment_length,
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2228; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2229
+ * self.cigarstring,
+ * self.next_reference_id,
+ * self.next_reference_start, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_length,
+ * self.query_sequence,
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_start); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2229; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2230
+ * self.next_reference_id,
+ * self.next_reference_start,
+ * self.query_alignment_length, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_sequence,
+ * self.query_qualities,
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_length); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2230; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2231
+ * self.next_reference_start,
+ * self.query_alignment_length,
+ * self.query_sequence, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_qualities,
+ * self.tags)))
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2231; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2232
+ * self.query_alignment_length,
+ * self.query_sequence,
+ * self.query_qualities, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tags)))
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_qualities); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2232; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2233
+ * self.query_sequence,
+ * self.query_qualities,
+ * self.tags))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def compare(self, AlignedSegment other):
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_tags); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2233; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2222
+ * # sam-parsing is done in sam.c/bam_format1_core which
+ * # requires a valid header.
+ * return "\t".join(map(str, (self.query_name, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.flag,
+ * self.reference_id,
+ */
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(12); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 3, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 4, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 5, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 6, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 7, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 8, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 9, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 10, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 11, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 1, __pyx_t_13);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__43, __pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_12;
+ __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2210
+ * bam_destroy1(self._delegate)
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return string representation of alignment.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.__str__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2235
+ * self.tags)))
+ *
+ * def compare(self, AlignedSegment other): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return -1,0,1, if contents in this are binary <,=,> to *other*'''
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_7compare(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_other); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6compare[] = "AlignedSegment.compare(self, AlignedSegment other)\nreturn -1,0,1, if contents in this are binary <,=,> to *other*";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_7compare(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_other) {
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_lineno = 0;
+ CYTHON_UNUSED const char *__pyx_filename = NULL;
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("compare (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_other), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, 1, "other", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2235; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6compare(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_other));
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6compare(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_other) {
+ int __pyx_v_retval;
+ bam1_t *__pyx_v_t;
+ bam1_t *__pyx_v_o;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("compare", 0);
+ __Pyx_TraceCall("compare", __pyx_f[0], 2235);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2242
+ * cdef bam1_t *o
+ *
+ * t = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * o = other._delegate
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_t = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2243
+ *
+ * t = self._delegate
+ * o = other._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # uncomment for debugging purposes
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_other->_delegate;
+ __pyx_v_o = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2255
+ *
+ * # Fast-path test for object identity
+ * if t == o: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return 0
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_t == __pyx_v_o) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2256
+ * # Fast-path test for object identity
+ * if t == o:
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * retval = memcmp(&t.core, &o.core, sizeof(bam1_core_t))
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_r = __pyx_int_0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2258
+ * return 0
+ *
+ * retval = memcmp(&t.core, &o.core, sizeof(bam1_core_t)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if retval:
+ */
+ __pyx_v_retval = memcmp((&__pyx_v_t->core), (&__pyx_v_o->core), (sizeof(bam1_core_t)));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2260
+ * retval = memcmp(&t.core, &o.core, sizeof(bam1_core_t))
+ *
+ * if retval: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return retval
+ * # cmp(t.l_data, o.l_data)
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_retval != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2261
+ *
+ * if retval:
+ * return retval # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # cmp(t.l_data, o.l_data)
+ * retval = (t.l_data > o.l_data) - (t.l_data < o.l_data)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_retval); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2261; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2263
+ * return retval
+ * # cmp(t.l_data, o.l_data)
+ * retval = (t.l_data > o.l_data) - (t.l_data < o.l_data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if retval:
+ * return retval
+ */
+ __pyx_v_retval = ((__pyx_v_t->l_data > __pyx_v_o->l_data) - (__pyx_v_t->l_data < __pyx_v_o->l_data));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2264
+ * # cmp(t.l_data, o.l_data)
+ * retval = (t.l_data > o.l_data) - (t.l_data < o.l_data)
+ * if retval: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return retval
+ * return memcmp(t.data, o.data, t.l_data)
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_retval != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2265
+ * retval = (t.l_data > o.l_data) - (t.l_data < o.l_data)
+ * if retval:
+ * return retval # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return memcmp(t.data, o.data, t.l_data)
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_retval); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2265; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2266
+ * if retval:
+ * return retval
+ * return memcmp(t.data, o.data, t.l_data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Disabled so long as __cmp__ is a special method
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(memcmp(__pyx_v_t->data, __pyx_v_o->data, __pyx_v_t->l_data)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2266; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2235
+ * self.tags)))
+ *
+ * def compare(self, AlignedSegment other): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return -1,0,1, if contents in this are binary <,=,> to *other*'''
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.compare", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2269
+ *
+ * # Disabled so long as __cmp__ is a special method
+ * def __hash__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _Py_HashPointer(<void *>self)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static Py_hash_t __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9__hash__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static Py_hash_t __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9__hash__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ Py_hash_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__hash__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8__hash__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static Py_hash_t __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8__hash__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ Py_hash_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__hash__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__hash__", __pyx_f[0], 2269);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2270
+ * # Disabled so long as __cmp__ is a special method
+ * def __hash__(self):
+ * return _Py_HashPointer(<void *>self) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_r = _Py_HashPointer(((void *)__pyx_v_self));
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2269
+ *
+ * # Disabled so long as __cmp__ is a special method
+ * def __hash__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _Py_HashPointer(<void *>self)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ if (unlikely(__pyx_r == -1) && !PyErr_Occurred()) __pyx_r = -2;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2279
+ * property query_name:
+ * """the query template name (None if not present)"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2279);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2281
+ * def __get__(self):
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pysam_get_l_qname(src) == 0:
+ * return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2282
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_l_qname(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * return _charptr_to_str(<char *>pysam_bam_get_qname(src))
+ */
+ __pyx_t_2 = ((pysam_get_l_qname(__pyx_v_src) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2283
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_l_qname(src) == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _charptr_to_str(<char *>pysam_bam_get_qname(src))
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2284
+ * if pysam_get_l_qname(src) == 0:
+ * return None
+ * return _charptr_to_str(<char *>pysam_bam_get_qname(src)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __set__(self, qname):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(((char *)pysam_bam_get_qname(__pyx_v_src))); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2284; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2279
+ * property query_name:
+ * """the query template name (None if not present)"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_name.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2286
+ * return _charptr_to_str(<char *>pysam_bam_get_qname(src))
+ *
+ * def __set__(self, qname): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if qname is None or len(qname) == 0:
+ * return
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qname); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qname) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_qname));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qname) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ int __pyx_v_l;
+ char *__pyx_v_p;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ Py_ssize_t __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ bam1_t *__pyx_t_6;
+ char const *__pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2286);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_qname);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2287
+ *
+ * def __set__(self, qname):
+ * if qname is None or len(qname) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ * qname = _forceBytes(qname)
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_qname == Py_None);
+ if (!(__pyx_t_1 != 0)) {
+ __pyx_t_2 = PyObject_Length(__pyx_v_qname); if (unlikely(__pyx_t_2 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2287; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_t_2 == 0) != 0);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_1 != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2288
+ * def __set__(self, qname):
+ * if qname is None or len(qname) == 0:
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qname = _forceBytes(qname)
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2289
+ * if qname is None or len(qname) == 0:
+ * return
+ * qname = _forceBytes(qname) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef int l
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_qname); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2289; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_qname, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2294
+ * cdef char * p
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p = pysam_bam_get_qname(src)
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_6;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2295
+ *
+ * src = self._delegate
+ * p = pysam_bam_get_qname(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # the qname is \0 terminated
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_qname(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2298
+ *
+ * # the qname is \0 terminated
+ * l = len(qname) + 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_bam_update(src,
+ * pysam_get_l_qname(src),
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_Length(__pyx_v_qname); if (unlikely(__pyx_t_2 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2298; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_l = (__pyx_t_2 + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2299
+ * # the qname is \0 terminated
+ * l = len(qname) + 1
+ * pysam_bam_update(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_get_l_qname(src),
+ * l,
+ */
+ pysam_bam_update(__pyx_v_src, pysam_get_l_qname(__pyx_v_src), __pyx_v_l, ((uint8_t *)__pyx_v_p));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2305
+ *
+ *
+ * pysam_set_l_qname(src, l) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # re-acquire pointer to location in memory
+ */
+ pysam_set_l_qname(__pyx_v_src, __pyx_v_l);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2309
+ * # re-acquire pointer to location in memory
+ * # as it might have moved
+ * p = pysam_bam_get_qname(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * strncpy(p, qname, l)
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_qname(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2311
+ * p = pysam_bam_get_qname(src)
+ *
+ * strncpy(p, qname, l) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property flag:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_qname); if (unlikely((!__pyx_t_7) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2311; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ strncpy(__pyx_v_p, __pyx_t_7, __pyx_v_l);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2286
+ * return _charptr_to_str(<char *>pysam_bam_get_qname(src))
+ *
+ * def __set__(self, qname): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if qname is None or len(qname) == 0:
+ * return
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_name.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_qname);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2315
+ * property flag:
+ * """properties flag"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pysam_get_flag(self._delegate)
+ * def __set__(self, flag):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2315);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2316
+ * """properties flag"""
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_flag(self._delegate) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, flag):
+ * pysam_set_flag(self._delegate, flag)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint16_t(pysam_get_flag(__pyx_v_self->_delegate)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2316; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2315
+ * property flag:
+ * """properties flag"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pysam_get_flag(self._delegate)
+ * def __set__(self, flag):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.flag.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2317
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_flag(self._delegate)
+ * def __set__(self, flag): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_flag(self._delegate, flag)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_flag); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_flag) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_flag));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_flag) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2317);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2318
+ * return pysam_get_flag(self._delegate)
+ * def __set__(self, flag):
+ * pysam_set_flag(self._delegate, flag) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property reference_id:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_flag); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2318; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_set_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2317
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_flag(self._delegate)
+ * def __set__(self, flag): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_flag(self._delegate, flag)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.flag.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2331
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.tid # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, tid): self._delegate.core.tid = tid
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2331);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_delegate->core.tid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2331; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.reference_id.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2332
+ * """
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.tid
+ * def __set__(self, tid): self._delegate.core.tid = tid # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property reference_start:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_tid));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tid) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int32_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2332);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_v_tid); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2332; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->_delegate->core.tid = __pyx_t_1;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.reference_id.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2336
+ * property reference_start:
+ * """0-based leftmost coordinate"""
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, pos):
+ * ## setting the position requires updating the "bin" attribute
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2336);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_delegate->core.pos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.reference_start.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2337
+ * """0-based leftmost coordinate"""
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.pos
+ * def __set__(self, pos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ## setting the position requires updating the "bin" attribute
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_pos); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_pos) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_pos));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_pos) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int32_t __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2337);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2340
+ * ## setting the position requires updating the "bin" attribute
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * src.core.pos = pos
+ * if pysam_get_n_cigar(src):
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2341
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ * src.core.pos = pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pysam_get_n_cigar(src):
+ * pysam_set_bin(src,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely((__pyx_t_2 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2341; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_src->core.pos = __pyx_t_2;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2342
+ * src = self._delegate
+ * src.core.pos = pos
+ * if pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_bin(src,
+ * hts_reg2bin(
+ */
+ __pyx_t_3 = (pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2343
+ * src.core.pos = pos
+ * if pysam_get_n_cigar(src):
+ * pysam_set_bin(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_reg2bin(
+ * src.core.pos,
+ */
+ pysam_set_bin(__pyx_v_src, hts_reg2bin(__pyx_v_src->core.pos, bam_endpos(__pyx_v_src), 14, 5));
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2350
+ * 5))
+ * else:
+ * pysam_set_bin(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_reg2bin(
+ * src.core.pos,
+ */
+ pysam_set_bin(__pyx_v_src, hts_reg2bin(__pyx_v_src->core.pos, (__pyx_v_src->core.pos + 1), 14, 5));
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2337
+ * """0-based leftmost coordinate"""
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.pos
+ * def __set__(self, pos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ## setting the position requires updating the "bin" attribute
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.reference_start.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2359
+ * property mapping_quality:
+ * """mapping quality"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pysam_get_qual(self._delegate)
+ * def __set__(self, qual):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2359);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2360
+ * """mapping quality"""
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_qual(self._delegate) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, qual):
+ * pysam_set_qual(self._delegate, qual)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint8_t(pysam_get_qual(__pyx_v_self->_delegate)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2359
+ * property mapping_quality:
+ * """mapping quality"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pysam_get_qual(self._delegate)
+ * def __set__(self, qual):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mapping_quality.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2361
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_qual(self._delegate)
+ * def __set__(self, qual): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_qual(self._delegate, qual)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qual); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qual) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_qual));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qual) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint8_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2361);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2362
+ * return pysam_get_qual(self._delegate)
+ * def __set__(self, qual):
+ * pysam_set_qual(self._delegate, qual) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property cigarstring:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint8_t(__pyx_v_qual); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint8_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2362; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_set_qual(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2361
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_qual(self._delegate)
+ * def __set__(self, qual): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_qual(self._delegate, qual)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mapping_quality.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2381
+ * empty string.
+ * '''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * c = self.cigartuples
+ * if c is None:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_c = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_y = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_11)(PyObject *);
+ Py_ssize_t __pyx_t_12;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2381);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2382
+ * '''
+ * def __get__(self):
+ * c = self.cigartuples # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if c is None:
+ * return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_cigartuples); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2382; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_c = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2383
+ * def __get__(self):
+ * c = self.cigartuples
+ * if c is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * # reverse order
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_c == Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2384
+ * c = self.cigartuples
+ * if c is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # reverse order
+ * else:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2387
+ * # reverse order
+ * else:
+ * return "".join([ "%i%c" % (y,CODE2CIGAR[x]) for x,y in c]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __set__(self, cigar):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_c) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_c)) {
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_c; __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_4 = PyObject_GetIter(__pyx_v_c); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_7))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_7;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_8 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_8 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_10 = PyObject_GetIter(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_11 = Py_TYPE(__pyx_t_10)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_8 = __pyx_t_11(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_8)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ index = 1; __pyx_t_9 = __pyx_t_11(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_9)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_11(__pyx_t_10), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_11 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L7_unpacking_done;
+ __pyx_L6_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L7_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_y, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_v_x); if (unlikely((__pyx_t_12 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_From_char((__pyx_v_5pysam_14calignmentfile_CODE2CIGAR[__pyx_t_12])); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_y);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_y);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_y);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_i_c, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_1, (PyObject*)__pyx_t_7))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__7, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2381
+ * empty string.
+ * '''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * c = self.cigartuples
+ * if c is None:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.cigarstring.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_c);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_y);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2389
+ * return "".join([ "%i%c" % (y,CODE2CIGAR[x]) for x,y in c])
+ *
+ * def __set__(self, cigar): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if cigar is None or len(cigar) == 0:
+ * self.cigartuples = []
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_cigar); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_cigar) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_cigar));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_cigar) {
+ PyObject *__pyx_v_parts = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_y = NULL;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ Py_ssize_t __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_8)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_12)(PyObject *);
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2389);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2390
+ *
+ * def __set__(self, cigar):
+ * if cigar is None or len(cigar) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.cigartuples = []
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_cigar == Py_None);
+ if (!(__pyx_t_1 != 0)) {
+ __pyx_t_2 = PyObject_Length(__pyx_v_cigar); if (unlikely(__pyx_t_2 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2390; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_t_2 == 0) != 0);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_1 != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2391
+ * def __set__(self, cigar):
+ * if cigar is None or len(cigar) == 0:
+ * self.cigartuples = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * parts = CIGAR_REGEX.findall(cigar)
+ */
+ __pyx_t_5 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_cigartuples, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2393
+ * self.cigartuples = []
+ * else:
+ * parts = CIGAR_REGEX.findall(cigar) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # reverse order
+ * self.cigartuples = [(CIGAR2CODE[ord(y)], int(x)) for x,y in parts]
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_CIGAR_REGEX); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_5, __pyx_n_s_findall); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_cigar);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_cigar);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_cigar);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_v_parts = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2395
+ * parts = CIGAR_REGEX.findall(cigar)
+ * # reverse order
+ * self.cigartuples = [(CIGAR2CODE[ord(y)], int(x)) for x,y in parts] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # TODO
+ */
+ __pyx_t_7 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_parts) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_parts)) {
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_parts; __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = -1; __pyx_t_5 = PyObject_GetIter(__pyx_v_parts); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_8 = Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_8 && PyList_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ if (__pyx_t_2 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_5)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_2); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_2++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_2); __pyx_t_2++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_8 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ if (__pyx_t_2 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_5)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_2); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_2++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_2); __pyx_t_2++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_8(__pyx_t_5);
+ if (unlikely(!__pyx_t_6)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_6))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_6))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_6;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_10);
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_12 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_9 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_9)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ index = 1; __pyx_t_10 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_12(__pyx_t_11), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L7_unpacking_done;
+ __pyx_L6_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L7_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_y, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_CIGAR2CODE); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_y);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_v_y);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_y);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ord, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyObject_GetItem(__pyx_t_6, __pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Int(__pyx_v_x); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_7, (PyObject*)__pyx_t_6))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_cigartuples, __pyx_t_7) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2389
+ * return "".join([ "%i%c" % (y,CODE2CIGAR[x]) for x,y in c])
+ *
+ * def __set__(self, cigar): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if cigar is None or len(cigar) == 0:
+ * self.cigartuples = []
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.cigarstring.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_parts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_y);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2403
+ * property next_reference_id:
+ * """the :term:`reference` id of the mate/next read."""
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.mtid # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, mtid):
+ * self._delegate.core.mtid = mtid
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2403);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_delegate->core.mtid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2403; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.next_reference_id.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2404
+ * """the :term:`reference` id of the mate/next read."""
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.mtid
+ * def __set__(self, mtid): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.core.mtid = mtid
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_mtid); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_mtid) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_mtid));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_mtid) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int32_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2404);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2405
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.mtid
+ * def __set__(self, mtid):
+ * self._delegate.core.mtid = mtid # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property next_reference_start:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_v_mtid); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->_delegate->core.mtid = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2404
+ * """the :term:`reference` id of the mate/next read."""
+ * def __get__(self): return self._delegate.core.mtid
+ * def __set__(self, mtid): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.core.mtid = mtid
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.next_reference_id.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2409
+ * property next_reference_start:
+ * """the position of the mate/next read."""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.mpos
+ * def __set__(self, mpos):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2409);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2410
+ * """the position of the mate/next read."""
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.mpos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, mpos):
+ * self._delegate.core.mpos = mpos
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_delegate->core.mpos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2409
+ * property next_reference_start:
+ * """the position of the mate/next read."""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.mpos
+ * def __set__(self, mpos):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.next_reference_start.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2411
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.mpos
+ * def __set__(self, mpos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.core.mpos = mpos
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_mpos); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_mpos) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_mpos));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_mpos) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int32_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2411);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2412
+ * return self._delegate.core.mpos
+ * def __set__(self, mpos):
+ * self._delegate.core.mpos = mpos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_length:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_v_mpos); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2412; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->_delegate->core.mpos = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2411
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.mpos
+ * def __set__(self, mpos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.core.mpos = mpos
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.next_reference_start.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2425
+ * This property can be set by providing a sequence.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.l_qseq
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12query_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12query_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12query_length___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12query_length___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2425);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2426
+ * """
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.l_qseq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property template_length:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_delegate->core.l_qseq); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2425
+ * This property can be set by providing a sequence.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.l_qseq
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_length.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2430
+ * property template_length:
+ * """the observed query template length"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.isize
+ * def __set__(self, isize):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2430);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2431
+ * """the observed query template length"""
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.isize # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, isize):
+ * self._delegate.core.isize = isize
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_delegate->core.isize); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2430
+ * property template_length:
+ * """the observed query template length"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.isize
+ * def __set__(self, isize):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.template_length.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2432
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.isize
+ * def __set__(self, isize): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.core.isize = isize
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_isize); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_isize) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_isize));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_isize) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int32_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2432);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2433
+ * return self._delegate.core.isize
+ * def __set__(self, isize):
+ * self._delegate.core.isize = isize # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_sequence:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_v_isize); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2433; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->_delegate->core.isize = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2432
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.isize
+ * def __set__(self, isize): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.core.isize = isize
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.template_length.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2451
+ * sequence.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef char * s
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2451);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2454
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef char * s
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0: return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2456
+ * src = self._delegate
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0: return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return _getSequenceRange(src, 0, src.core.l_qseq)
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_src->core.l_qseq == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2458
+ * if src.core.l_qseq == 0: return None
+ *
+ * return _getSequenceRange(src, 0, src.core.l_qseq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __set__(self, seq):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getSequenceRange(__pyx_v_src, 0, __pyx_v_src->core.l_qseq); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2458; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2451
+ * sequence.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef char * s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_sequence.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2460
+ * return _getSequenceRange(src, 0, src.core.l_qseq)
+ *
+ * def __set__(self, seq): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # samtools manages sequence and quality length memory together
+ * # if no quality information is present, the first byte says 0xff.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_seq); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_seq) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_seq));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_seq) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ uint8_t *__pyx_v_p;
+ char *__pyx_v_s;
+ int __pyx_v_l;
+ int __pyx_v_k;
+ int __pyx_v_nbytes_new;
+ int __pyx_v_nbytes_old;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ bam1_t *__pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ char *__pyx_t_6;
+ long __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2460);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_seq);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2468
+ * cdef int l, k, nbytes_new, nbytes_old
+ *
+ * if seq == None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = 0
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_seq, Py_None, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2468; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2468; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2469
+ *
+ * if seq == None:
+ * l = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * l = len(seq)
+ */
+ __pyx_v_l = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2471
+ * l = 0
+ * else:
+ * l = len(seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * seq = _forceBytes(seq)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_seq); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2471; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_l = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2472
+ * else:
+ * l = len(seq)
+ * seq = _forceBytes(seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * src = self._delegate
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_seq); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_seq, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2474
+ * seq = _forceBytes(seq)
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # as the sequence is stored in half-bytes, the total length (sequence
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2478
+ * # as the sequence is stored in half-bytes, the total length (sequence
+ * # plus quality scores) is (l+1)/2 + l
+ * nbytes_new = (l + 1) / 2 + l # <<<<<<<<<<<<<<
+ * nbytes_old = (src.core.l_qseq + 1) / 2 + src.core.l_qseq
+ *
+ */
+ __pyx_v_nbytes_new = (__Pyx_div_long((__pyx_v_l + 1), 2) + __pyx_v_l);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2479
+ * # plus quality scores) is (l+1)/2 + l
+ * nbytes_new = (l + 1) / 2 + l
+ * nbytes_old = (src.core.l_qseq + 1) / 2 + src.core.l_qseq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # acquire pointer to location in memory
+ */
+ __pyx_v_nbytes_old = (__Pyx_div_long((__pyx_v_src->core.l_qseq + 1), 2) + __pyx_v_src->core.l_qseq);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2482
+ *
+ * # acquire pointer to location in memory
+ * p = pysam_bam_get_seq(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * src.core.l_qseq = l
+ *
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_seq(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2483
+ * # acquire pointer to location in memory
+ * p = pysam_bam_get_seq(src)
+ * src.core.l_qseq = l # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # change length of data field
+ */
+ __pyx_v_src->core.l_qseq = __pyx_v_l;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2486
+ *
+ * # change length of data field
+ * pysam_bam_update(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * nbytes_old,
+ * nbytes_new,
+ */
+ pysam_bam_update(__pyx_v_src, __pyx_v_nbytes_old, __pyx_v_nbytes_new, __pyx_v_p);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2491
+ * p)
+ *
+ * if l > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # re-acquire pointer to location in memory
+ * # as it might have moved
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_l > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2494
+ * # re-acquire pointer to location in memory
+ * # as it might have moved
+ * p = pysam_bam_get_seq(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k from 0 <= k < nbytes_new:
+ * p[k] = 0
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_seq(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2495
+ * # as it might have moved
+ * p = pysam_bam_get_seq(src)
+ * for k from 0 <= k < nbytes_new: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p[k] = 0
+ * # convert to C string
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_nbytes_new;
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_5; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2496
+ * p = pysam_bam_get_seq(src)
+ * for k from 0 <= k < nbytes_new:
+ * p[k] = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # convert to C string
+ * s = seq
+ */
+ (__pyx_v_p[__pyx_v_k]) = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2498
+ * p[k] = 0
+ * # convert to C string
+ * s = seq # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k from 0 <= k < l:
+ * p[k/2] |= seq_nt16_table[<unsigned char>s[k]] << 4 * (1 - k % 2)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_seq); if (unlikely((!__pyx_t_6) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2498; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_s = __pyx_t_6;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2499
+ * # convert to C string
+ * s = seq
+ * for k from 0 <= k < l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p[k/2] |= seq_nt16_table[<unsigned char>s[k]] << 4 * (1 - k % 2)
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_l;
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_5; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2500
+ * s = seq
+ * for k from 0 <= k < l:
+ * p[k/2] |= seq_nt16_table[<unsigned char>s[k]] << 4 * (1 - k % 2) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # erase qualities
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_div_long(__pyx_v_k, 2);
+ (__pyx_v_p[__pyx_t_7]) = ((__pyx_v_p[__pyx_t_7]) | ((seq_nt16_table[((unsigned char)(__pyx_v_s[__pyx_v_k]))]) << (4 * (1 - __Pyx_mod_long(__pyx_v_k, 2)))));
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2503
+ *
+ * # erase qualities
+ * p = pysam_bam_get_qual(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p[0] = 0xff
+ *
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_qual(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2504
+ * # erase qualities
+ * p = pysam_bam_get_qual(src)
+ * p[0] = 0xff # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_qualities:
+ */
+ (__pyx_v_p[0]) = 0xff;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2460
+ * return _getSequenceRange(src, 0, src.core.l_qseq)
+ *
+ * def __set__(self, seq): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # samtools manages sequence and quality length memory together
+ * # if no quality information is present, the first byte says 0xff.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_sequence.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_seq);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2523
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2523);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2528
+ * cdef char * q
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2530
+ * src = self._delegate
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_src->core.l_qseq == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2531
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return _getQualitiesRange(src, 0, src.core.l_qseq)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2533
+ * return None
+ *
+ * return _getQualitiesRange(src, 0, src.core.l_qseq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __set__(self, qual):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQualitiesRange(__pyx_v_src, 0, __pyx_v_src->core.l_qseq); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2533; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2523
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_qualities.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2535
+ * return _getQualitiesRange(src, 0, src.core.l_qseq)
+ *
+ * def __set__(self, qual): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # note that memory is already allocated via setting the sequence
+ * # hence length match of sequence and quality needs is checked.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qual); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qual) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_qual));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_qual) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ uint8_t *__pyx_v_p;
+ int __pyx_v_l;
+ arrayobject *__pyx_v_result = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2535);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2542
+ * cdef int l
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p = pysam_bam_get_qual(src)
+ * if qual is None or len(qual) == 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2543
+ *
+ * src = self._delegate
+ * p = pysam_bam_get_qual(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if qual is None or len(qual) == 0:
+ * # if absent - set to 0xff
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_qual(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2544
+ * src = self._delegate
+ * p = pysam_bam_get_qual(src)
+ * if qual is None or len(qual) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # if absent - set to 0xff
+ * p[0] = 0xff
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_qual == Py_None);
+ if (!(__pyx_t_2 != 0)) {
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_qual); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_t_3 == 0) != 0);
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_2 != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2546
+ * if qual is None or len(qual) == 0:
+ * # if absent - set to 0xff
+ * p[0] = 0xff # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ *
+ */
+ (__pyx_v_p[0]) = 0xff;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2547
+ * # if absent - set to 0xff
+ * p[0] = 0xff
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check for length match
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2550
+ *
+ * # check for length match
+ * l = len(qual) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if src.core.l_qseq != l:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_qual); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2550; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_l = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2551
+ * # check for length match
+ * l = len(qual)
+ * if src.core.l_qseq != l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "quality and sequence mismatch: %i != %i" %
+ */
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_src->core.l_qseq != __pyx_v_l) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2554
+ * raise ValueError(
+ * "quality and sequence mismatch: %i != %i" %
+ * (l, src.core.l_qseq)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # create a python array object filling it
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2554; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_src->core.l_qseq); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2554; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2554; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2553
+ * if src.core.l_qseq != l:
+ * raise ValueError(
+ * "quality and sequence mismatch: %i != %i" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (l, src.core.l_qseq))
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_quality_and_sequence_mismatch_i, __pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2553; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2552
+ * l = len(qual)
+ * if src.core.l_qseq != l:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "quality and sequence mismatch: %i != %i" %
+ * (l, src.core.l_qseq))
+ */
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2561
+ * # NB: should avoid this copying if qual is
+ * # already of the correct type.
+ * cdef array.array result = array.array('B', qual) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # copy data
+ */
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_B);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_n_s_B);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_B);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_qual);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_v_qual);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_qual);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_7cpython_5array_array)), __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_v_result = ((arrayobject *)__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2564
+ *
+ * # copy data
+ * memcpy(p, result.data.as_voidptr, l) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # TODO: opts object with mapping-like interface
+ */
+ memcpy(__pyx_v_p, __pyx_v_result->data.as_voidptr, __pyx_v_l);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2535
+ * return _getQualitiesRange(src, 0, src.core.l_qseq)
+ *
+ * def __set__(self, qual): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # note that memory is already allocated via setting the sequence
+ * # hence length match of sequence and quality needs is checked.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_qualities.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_result);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2581
+ * multiple times.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * ctag
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ uint8_t *__pyx_v_s;
+ char __pyx_v_auxtag[3];
+ char __pyx_v_auxtype;
+ uint8_t __pyx_v_byte_size;
+ int32_t __pyx_v_nvalues;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_value = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_9)(PyObject *);
+ uint8_t __pyx_t_10;
+ int32_t __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2581);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2590
+ * cdef int32_t nvalues
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if src.l_data == 0:
+ * return []
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2591
+ *
+ * src = self._delegate
+ * if src.l_data == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return []
+ * s = pysam_bam_get_aux(src)
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_src->l_data == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2592
+ * src = self._delegate
+ * if src.l_data == 0:
+ * return [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s = pysam_bam_get_aux(src)
+ * result = []
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2592; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2593
+ * if src.l_data == 0:
+ * return []
+ * s = pysam_bam_get_aux(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = []
+ * auxtag[2] = 0
+ */
+ __pyx_v_s = pysam_bam_get_aux(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2594
+ * return []
+ * s = pysam_bam_get_aux(src)
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * auxtag[2] = 0
+ * while s < (src.data + src.l_data):
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2594; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2595
+ * s = pysam_bam_get_aux(src)
+ * result = []
+ * auxtag[2] = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while s < (src.data + src.l_data):
+ * # get tag
+ */
+ (__pyx_v_auxtag[2]) = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2596
+ * result = []
+ * auxtag[2] = 0
+ * while s < (src.data + src.l_data): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # get tag
+ * auxtag[0] = s[0]
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_s < (__pyx_v_src->data + __pyx_v_src->l_data)) != 0);
+ if (!__pyx_t_2) break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2598
+ * while s < (src.data + src.l_data):
+ * # get tag
+ * auxtag[0] = s[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * auxtag[1] = s[1]
+ * s += 2
+ */
+ (__pyx_v_auxtag[0]) = (__pyx_v_s[0]);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2599
+ * # get tag
+ * auxtag[0] = s[0]
+ * auxtag[1] = s[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 2
+ * auxtype = s[0]
+ */
+ (__pyx_v_auxtag[1]) = (__pyx_v_s[1]);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2600
+ * auxtag[0] = s[0]
+ * auxtag[1] = s[1]
+ * s += 2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * auxtype = s[0]
+ * if auxtype in ('c', 'C'):
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2601
+ * auxtag[1] = s[1]
+ * s += 2
+ * auxtype = s[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if auxtype in ('c', 'C'):
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ */
+ __pyx_v_auxtype = (__pyx_v_s[0]);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2624
+ * # +1 for NULL terminated string
+ * s += len(value) + 1
+ * elif auxtype == 'B': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 1
+ * byte_size, nvalues, value = convertBinaryTagToList( s )
+ */
+ switch (__pyx_v_auxtype) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2602
+ * s += 2
+ * auxtype = s[0]
+ * if auxtype in ('c', 'C'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ * s += 1
+ */
+ case 'c':
+ case 'C':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2603
+ * auxtype = s[0]
+ * if auxtype in ('c', 'C'):
+ * value = <int>bam_aux2i(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 1
+ * elif auxtype in ('s', 'S'):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(((int)bam_aux2i(__pyx_v_s))); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2604
+ * if auxtype in ('c', 'C'):
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ * s += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype in ('s', 'S'):
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 1);
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2605
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ * s += 1
+ * elif auxtype in ('s', 'S'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ * s += 2
+ */
+ case 's':
+ case 'S':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2606
+ * s += 1
+ * elif auxtype in ('s', 'S'):
+ * value = <int>bam_aux2i(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 2
+ * elif auxtype in ('i', 'I'):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(((int)bam_aux2i(__pyx_v_s))); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2607
+ * elif auxtype in ('s', 'S'):
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ * s += 2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype in ('i', 'I'):
+ * value = <int32_t>bam_aux2i(s)
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 2);
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2608
+ * value = <int>bam_aux2i(s)
+ * s += 2
+ * elif auxtype in ('i', 'I'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = <int32_t>bam_aux2i(s)
+ * s += 4
+ */
+ case 'i':
+ case 'I':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2609
+ * s += 2
+ * elif auxtype in ('i', 'I'):
+ * value = <int32_t>bam_aux2i(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'f':
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(((int32_t)bam_aux2i(__pyx_v_s))); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2609; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2610
+ * elif auxtype in ('i', 'I'):
+ * value = <int32_t>bam_aux2i(s)
+ * s += 4 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'f':
+ * value = <float>bam_aux2f(s)
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 4);
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2611
+ * value = <int32_t>bam_aux2i(s)
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'f': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = <float>bam_aux2f(s)
+ * s += 4
+ */
+ case 'f':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2612
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'f':
+ * value = <float>bam_aux2f(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'd':
+ */
+ __pyx_t_3 = PyFloat_FromDouble(((float)bam_aux2f(__pyx_v_s))); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2612; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2613
+ * elif auxtype == 'f':
+ * value = <float>bam_aux2f(s)
+ * s += 4 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'd':
+ * value = <double>bam_aux2f(s)
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 4);
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2614
+ * value = <float>bam_aux2f(s)
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'd': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = <double>bam_aux2f(s)
+ * s += 8
+ */
+ case 'd':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2615
+ * s += 4
+ * elif auxtype == 'd':
+ * value = <double>bam_aux2f(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 8
+ * elif auxtype == 'A':
+ */
+ __pyx_t_3 = PyFloat_FromDouble(((double)bam_aux2f(__pyx_v_s))); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2616
+ * elif auxtype == 'd':
+ * value = <double>bam_aux2f(s)
+ * s += 8 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'A':
+ * value = "%c" % <char>bam_aux2A(s)
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 8);
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2617
+ * value = <double>bam_aux2f(s)
+ * s += 8
+ * elif auxtype == 'A': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = "%c" % <char>bam_aux2A(s)
+ * s += 1
+ */
+ case 'A':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2618
+ * s += 8
+ * elif auxtype == 'A':
+ * value = "%c" % <char>bam_aux2A(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 1
+ * elif auxtype in ('Z', 'H'):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_char(((char)bam_aux2A(__pyx_v_s))); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2618; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_c_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2618; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2619
+ * elif auxtype == 'A':
+ * value = "%c" % <char>bam_aux2A(s)
+ * s += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype in ('Z', 'H'):
+ * value = _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(s))
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 1);
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2620
+ * value = "%c" % <char>bam_aux2A(s)
+ * s += 1
+ * elif auxtype in ('Z', 'H'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(s))
+ * # +1 for NULL terminated string
+ */
+ case 'Z':
+ case 'H':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2621
+ * s += 1
+ * elif auxtype in ('Z', 'H'):
+ * value = _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(s)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # +1 for NULL terminated string
+ * s += len(value) + 1
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(((char *)bam_aux2Z(__pyx_v_s))); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2623
+ * value = _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(s))
+ * # +1 for NULL terminated string
+ * s += len(value) + 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'B':
+ * s += 1
+ */
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + (__pyx_t_5 + 1));
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2624
+ * # +1 for NULL terminated string
+ * s += len(value) + 1
+ * elif auxtype == 'B': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s += 1
+ * byte_size, nvalues, value = convertBinaryTagToList( s )
+ */
+ case 'B':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2625
+ * s += len(value) + 1
+ * elif auxtype == 'B':
+ * s += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * byte_size, nvalues, value = convertBinaryTagToList( s )
+ * # 5 for 1 char and 1 int
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2626
+ * elif auxtype == 'B':
+ * s += 1
+ * byte_size, nvalues, value = convertBinaryTagToList( s ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # 5 for 1 char and 1 int
+ * s += 5 + ( nvalues * byte_size) - 1
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_convertBinaryTagToList(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 3)) {
+ if (size > 3) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(3);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 2);
+ } else {
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(sequence, 2);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(sequence, 2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_9 = Py_TYPE(__pyx_t_8)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_3 = __pyx_t_9(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ index = 1; __pyx_t_6 = __pyx_t_9(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_6)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ index = 2; __pyx_t_7 = __pyx_t_9(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_7)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_9(__pyx_t_8), 3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L7_unpacking_done;
+ __pyx_L6_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L7_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_As_uint8_t(__pyx_t_3); if (unlikely((__pyx_t_10 == (uint8_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_t_6); if (unlikely((__pyx_t_11 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_v_byte_size = __pyx_t_10;
+ __pyx_v_nvalues = __pyx_t_11;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2628
+ * byte_size, nvalues, value = convertBinaryTagToList( s )
+ * # 5 for 1 char and 1 int
+ * s += 5 + ( nvalues * byte_size) - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise KeyError("unknown type '%s'" % auxtype)
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + ((5 + (__pyx_v_nvalues * __pyx_v_byte_size)) - 1));
+ break;
+ default:
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2630
+ * s += 5 + ( nvalues * byte_size) - 1
+ * else:
+ * raise KeyError("unknown type '%s'" % auxtype) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * s += 1
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_char(__pyx_v_auxtype); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_unknown_type_s, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_KeyError, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2630; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ break;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2632
+ * raise KeyError("unknown type '%s'" % auxtype)
+ *
+ * s += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result.append((_charptr_to_str(auxtag), value))
+ */
+ __pyx_v_s = (__pyx_v_s + 1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2634
+ * s += 1
+ *
+ * result.append((_charptr_to_str(auxtag), value)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_7 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(__pyx_v_auxtag); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2634; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2634; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2634; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2636
+ * result.append((_charptr_to_str(auxtag), value))
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __set__(self, tags):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2581
+ * multiple times.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * ctag
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.tags.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2638
+ * return result
+ *
+ * def __set__(self, tags): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef uint8_t * s
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tags); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tags) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_tags));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tags) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ uint8_t *__pyx_v_s;
+ char *__pyx_v_temp;
+ int __pyx_v_new_size;
+ int __pyx_v_old_size;
+ PyObject *__pyx_v_fmts = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_args = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_pytag = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_value = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_fmt = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_buffer = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_p = NULL;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ PyObject *(*__pyx_t_8)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_12)(PyObject *);
+ int __pyx_t_13;
+ char *__pyx_t_14;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2638);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2642
+ * cdef uint8_t * s
+ * cdef char * temp
+ * cdef int new_size = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int old_size
+ * src = self._delegate
+ */
+ __pyx_v_new_size = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2644
+ * cdef int new_size = 0
+ * cdef int old_size
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmts, args = ["<"], []
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2645
+ * cdef int old_size
+ * src = self._delegate
+ * fmts, args = ["<"], [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if tags is not None and len(tags) > 0:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2645; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__74);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_kp_s__74);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__74);
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2645; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_fmts = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_args = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2647
+ * fmts, args = ["<"], []
+ *
+ * if tags is not None and len(tags) > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for pytag, value in tags:
+ * convert_python_tag(pytag, value, fmts, args)
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_tags != Py_None);
+ if ((__pyx_t_4 != 0)) {
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_tags); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2647; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_t_5 > 0) != 0);
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = (__pyx_t_4 != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2648
+ *
+ * if tags is not None and len(tags) > 0:
+ * for pytag, value in tags: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * convert_python_tag(pytag, value, fmts, args)
+ * fmt = "".join(fmts)
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_tags) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_tags)) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_tags; __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_8 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_3 = PyObject_GetIter(__pyx_v_tags); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_8 = Py_TYPE(__pyx_t_3)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_8 && PyList_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_8 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_8(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_2))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_2;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_10);
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_12 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_9 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_9)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ index = 1; __pyx_t_10 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_12(__pyx_t_11), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L7_unpacking_done;
+ __pyx_L6_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L7_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_pytag, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2649
+ * if tags is not None and len(tags) > 0:
+ * for pytag, value in tags:
+ * convert_python_tag(pytag, value, fmts, args) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmt = "".join(fmts)
+ * new_size = struct.calcsize(fmt)
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_convert_python_tag(__pyx_v_pytag, __pyx_v_value, __pyx_v_fmts, __pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2649; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2650
+ * for pytag, value in tags:
+ * convert_python_tag(pytag, value, fmts, args)
+ * fmt = "".join(fmts) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * new_size = struct.calcsize(fmt)
+ * buffer = ctypes.create_string_buffer(new_size)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__7, __pyx_v_fmts); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_fmt = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2651
+ * convert_python_tag(pytag, value, fmts, args)
+ * fmt = "".join(fmts)
+ * new_size = struct.calcsize(fmt) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * buffer = ctypes.create_string_buffer(new_size)
+ * struct.pack_into(fmt,
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_struct); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2651; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_calcsize); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2651; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2651; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fmt);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_fmt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fmt);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2651; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_10); if (unlikely((__pyx_t_13 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2651; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_v_new_size = __pyx_t_13;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2652
+ * fmt = "".join(fmts)
+ * new_size = struct.calcsize(fmt)
+ * buffer = ctypes.create_string_buffer(new_size) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * struct.pack_into(fmt,
+ * buffer,
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_ctypes); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_10, __pyx_n_s_create_string_buffer); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_new_size); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_buffer = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2653
+ * new_size = struct.calcsize(fmt)
+ * buffer = ctypes.create_string_buffer(new_size)
+ * struct.pack_into(fmt, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * buffer,
+ * 0,
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_struct); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_10, __pyx_n_s_pack_into); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2654
+ * buffer = ctypes.create_string_buffer(new_size)
+ * struct.pack_into(fmt,
+ * buffer, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 0,
+ * *args)
+ */
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fmt);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_v_fmt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fmt);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_buffer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_v_buffer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_buffer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 2, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2653
+ * new_size = struct.calcsize(fmt)
+ * buffer = ctypes.create_string_buffer(new_size)
+ * struct.pack_into(fmt, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * buffer,
+ * 0,
+ */
+ __pyx_t_3 = PySequence_Tuple(__pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Add(__pyx_t_10, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2661
+ * # If total_size == 0, the aux field will be
+ * # empty
+ * old_size = pysam_bam_get_l_aux(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_bam_update(src,
+ * old_size,
+ */
+ __pyx_v_old_size = pysam_bam_get_l_aux(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2662
+ * # empty
+ * old_size = pysam_bam_get_l_aux(src)
+ * pysam_bam_update(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * old_size,
+ * new_size,
+ */
+ pysam_bam_update(__pyx_v_src, __pyx_v_old_size, __pyx_v_new_size, pysam_bam_get_aux(__pyx_v_src));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2668
+ *
+ * # copy data only if there is any
+ * if new_size > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # get location of new data
+ */
+ __pyx_t_7 = ((__pyx_v_new_size > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2671
+ *
+ * # get location of new data
+ * s = pysam_bam_get_aux(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check if there is direct path from buffer.raw to tmp
+ */
+ __pyx_v_s = pysam_bam_get_aux(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2674
+ *
+ * # check if there is direct path from buffer.raw to tmp
+ * p = buffer.raw # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # create handle to make sure buffer stays alive long
+ * # enough for memcpy, see issue 129
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_buffer)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("buffer"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2674; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_buffer, __pyx_n_s_raw); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2674; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_p = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2677
+ * # create handle to make sure buffer stays alive long
+ * # enough for memcpy, see issue 129
+ * temp = p # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy(s, temp, new_size)
+ *
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_p); if (unlikely((!__pyx_t_14) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2677; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_temp = __pyx_t_14;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2678
+ * # enough for memcpy, see issue 129
+ * temp = p
+ * memcpy(s, temp, new_size) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property bin:
+ */
+ memcpy(__pyx_v_s, __pyx_v_temp, __pyx_v_new_size);
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2638
+ * return result
+ *
+ * def __set__(self, tags): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef uint8_t * s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.tags.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fmts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_args);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_pytag);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fmt);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_buffer);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_p);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2682
+ * property bin:
+ * """properties bin"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pysam_get_bin(self._delegate)
+ * def __set__(self, bin):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2682);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2683
+ * """properties bin"""
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_bin(self._delegate) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, bin):
+ * pysam_set_bin(self._delegate, bin)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint16_t(pysam_get_bin(__pyx_v_self->_delegate)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2683; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2682
+ * property bin:
+ * """properties bin"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pysam_get_bin(self._delegate)
+ * def __set__(self, bin):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.bin.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2684
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_bin(self._delegate)
+ * def __set__(self, bin): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_bin(self._delegate, bin)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_bin); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_bin) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_bin));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_bin) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2684);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2685
+ * return pysam_get_bin(self._delegate)
+ * def __set__(self, bin):
+ * pysam_set_bin(self._delegate, bin) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_bin); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_set_bin(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2684
+ * def __get__(self):
+ * return pysam_get_bin(self._delegate)
+ * def __set__(self, bin): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_bin(self._delegate, bin)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.bin.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2696
+ * property is_paired:
+ * """true if read is paired in sequencing"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FPAIRED) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2696);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2697
+ * """true if read is paired in sequencing"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FPAIRED) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPAIRED)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FPAIRED); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2696
+ * property is_paired:
+ * """true if read is paired in sequencing"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FPAIRED) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_paired.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2698
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FPAIRED) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPAIRED)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2698);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2699
+ * return (self.flag & BAM_FPAIRED) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPAIRED) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property is_proper_pair:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2699; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FPAIRED);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2698
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FPAIRED) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPAIRED)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_paired.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2703
+ * property is_proper_pair:
+ * """true if read is mapped in a proper pair"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FPROPER_PAIR) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2703);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2704
+ * """true if read is mapped in a proper pair"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FPROPER_PAIR) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPROPER_PAIR)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2704; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FPROPER_PAIR); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2704; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2704; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2704; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2703
+ * property is_proper_pair:
+ * """true if read is mapped in a proper pair"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FPROPER_PAIR) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_proper_pair.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2705
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FPROPER_PAIR) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPROPER_PAIR)
+ * property is_unmapped:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2705);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2706
+ * return (self.flag & BAM_FPROPER_PAIR) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPROPER_PAIR) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_unmapped:
+ * """true if read itself is unmapped"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2706; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FPROPER_PAIR);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2705
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FPROPER_PAIR) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FPROPER_PAIR)
+ * property is_unmapped:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_proper_pair.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2709
+ * property is_unmapped:
+ * """true if read itself is unmapped"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FUNMAP) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2709);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2710
+ * """true if read itself is unmapped"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FUNMAP) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FUNMAP)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2710; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FUNMAP); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2710; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2710; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2710; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2709
+ * property is_unmapped:
+ * """true if read itself is unmapped"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FUNMAP) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_unmapped.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2711
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FUNMAP) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FUNMAP)
+ * property mate_is_unmapped:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2711);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2712
+ * return (self.flag & BAM_FUNMAP) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FUNMAP) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property mate_is_unmapped:
+ * """true if the mate is unmapped"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FUNMAP);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2711
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FUNMAP) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FUNMAP)
+ * property mate_is_unmapped:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_unmapped.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2715
+ * property mate_is_unmapped:
+ * """true if the mate is unmapped"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FMUNMAP) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2715);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2716
+ * """true if the mate is unmapped"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FMUNMAP) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMUNMAP)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FMUNMAP); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2715
+ * property mate_is_unmapped:
+ * """true if the mate is unmapped"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FMUNMAP) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mate_is_unmapped.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2717
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FMUNMAP) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMUNMAP)
+ * property is_reverse:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2717);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2718
+ * return (self.flag & BAM_FMUNMAP) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMUNMAP) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_reverse:
+ * """true if read is mapped to reverse strand"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2718; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FMUNMAP);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2717
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FMUNMAP) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMUNMAP)
+ * property is_reverse:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mate_is_unmapped.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2721
+ * property is_reverse:
+ * """true if read is mapped to reverse strand"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2721);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2722
+ * """true if read is mapped to reverse strand"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREVERSE) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREVERSE)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FREVERSE); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2721
+ * property is_reverse:
+ * """true if read is mapped to reverse strand"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_reverse.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2723
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREVERSE)
+ * property mate_is_reverse:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2723);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2724
+ * return (self.flag & BAM_FREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREVERSE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property mate_is_reverse:
+ * """true is read is mapped to reverse strand"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2724; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FREVERSE);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2723
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREVERSE)
+ * property mate_is_reverse:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_reverse.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2727
+ * property mate_is_reverse:
+ * """true is read is mapped to reverse strand"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FMREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2727);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2728
+ * """true is read is mapped to reverse strand"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FMREVERSE) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMREVERSE)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2728; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FMREVERSE); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2728; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2728; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2728; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2727
+ * property mate_is_reverse:
+ * """true is read is mapped to reverse strand"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FMREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mate_is_reverse.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2729
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FMREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMREVERSE)
+ * property is_read1:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2729);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2730
+ * return (self.flag & BAM_FMREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMREVERSE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_read1:
+ * """true if this is read1"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2730; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FMREVERSE);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2729
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FMREVERSE) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FMREVERSE)
+ * property is_read1:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mate_is_reverse.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2733
+ * property is_read1:
+ * """true if this is read1"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FREAD1) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2733);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2734
+ * """true if this is read1"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREAD1) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD1)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FREAD1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2734; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2733
+ * property is_read1:
+ * """true if this is read1"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FREAD1) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_read1.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2735
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREAD1) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD1)
+ * property is_read2:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2735);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2736
+ * return (self.flag & BAM_FREAD1) != 0
+ * def __set__(self,val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_read2:
+ * """true if this is read2"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FREAD1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2735
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREAD1) != 0
+ * def __set__(self,val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD1)
+ * property is_read2:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_read1.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2739
+ * property is_read2:
+ * """true if this is read2"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FREAD2) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2739);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2740
+ * """true if this is read2"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREAD2) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD2)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2740; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FREAD2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2740; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2740; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2740; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2739
+ * property is_read2:
+ * """true if this is read2"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FREAD2) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_read2.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2741
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREAD2) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD2)
+ * property is_secondary:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2741);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2742
+ * return (self.flag & BAM_FREAD2) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD2) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_secondary:
+ * """true if not primary alignment"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2742; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FREAD2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2741
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FREAD2) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FREAD2)
+ * property is_secondary:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_read2.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2745
+ * property is_secondary:
+ * """true if not primary alignment"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FSECONDARY) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2745);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2746
+ * """true if not primary alignment"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FSECONDARY) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FSECONDARY)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FSECONDARY); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2745
+ * property is_secondary:
+ * """true if not primary alignment"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FSECONDARY) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_secondary.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2747
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FSECONDARY) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FSECONDARY)
+ * property is_qcfail:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2747);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2748
+ * return (self.flag & BAM_FSECONDARY) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FSECONDARY) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_qcfail:
+ * """true if QC failure"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2748; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FSECONDARY);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2747
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FSECONDARY) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FSECONDARY)
+ * property is_qcfail:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_secondary.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2751
+ * property is_qcfail:
+ * """true if QC failure"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FQCFAIL) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2751);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2752
+ * """true if QC failure"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FQCFAIL) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FQCFAIL)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FQCFAIL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2751
+ * property is_qcfail:
+ * """true if QC failure"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FQCFAIL) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_qcfail.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2753
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FQCFAIL) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FQCFAIL)
+ * property is_duplicate:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2753);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2754
+ * return (self.flag & BAM_FQCFAIL) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FQCFAIL) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_duplicate:
+ * """true if optical or PCR duplicate"""
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2754; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FQCFAIL);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2753
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FQCFAIL) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FQCFAIL)
+ * property is_duplicate:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_qcfail.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2757
+ * property is_duplicate:
+ * """true if optical or PCR duplicate"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FDUP) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2757);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2758
+ * """true if optical or PCR duplicate"""
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FDUP) != 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FDUP)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2758; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FDUP); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2758; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_And(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2758; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_0, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2758; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2757
+ * property is_duplicate:
+ * """true if optical or PCR duplicate"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return (self.flag & BAM_FDUP) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_duplicate.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2759
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FDUP) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FDUP)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_val));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_val) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ uint16_t __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 2759);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2760
+ * return (self.flag & BAM_FDUP) != 0
+ * def __set__(self, val):
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FDUP) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # 2. Coordinates and lengths
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(__pyx_v_val); if (unlikely((__pyx_t_1 == (uint16_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_update_flag(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_1, BAM_FDUP);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2759
+ * def __get__(self):
+ * return (self.flag & BAM_FDUP) != 0
+ * def __set__(self, val): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_update_flag(self._delegate, val, BAM_FDUP)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.is_duplicate.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2768
+ * aend points to one past the last aligned residue.
+ * Returns None if not available.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13reference_end_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13reference_end_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13reference_end___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13reference_end___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2768);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2770
+ * def __get__(self):
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2771
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * return bam_endpos(src)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2771; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FUNMAP); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2771; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_And(__pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2771; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2771; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_6 = (pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0);
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2772
+ * src = self._delegate
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return bam_endpos(src)
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2773
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None
+ * return bam_endpos(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property reference_length:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(bam_endpos(__pyx_v_src)); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2768
+ * aend points to one past the last aligned residue.
+ * Returns None if not available.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.reference_end.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2779
+ *
+ * This is equal to `aend - pos`. Returns None if not available.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16reference_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16reference_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16reference_length___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16reference_length___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2779);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2781
+ * def __get__(self):
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2782
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * return bam_endpos(src) - \
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_flag); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_FUNMAP); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_And(__pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_6 = (pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0);
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2783
+ * src = self._delegate
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return bam_endpos(src) - \
+ * self._delegate.core.pos
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2784
+ * if (self.flag & BAM_FUNMAP) or pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None
+ * return bam_endpos(src) - \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._delegate.core.pos
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2785
+ * return None
+ * return bam_endpos(src) - \
+ * self._delegate.core.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_alignment_length:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int((bam_endpos(__pyx_v_src) - __pyx_v_self->_delegate->core.pos)); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2784; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2779
+ *
+ * This is equal to `aend - pos`. Returns None if not available.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.reference_length.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2794
+ *
+ * Returns 0 if not available."""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.l_qseq
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22query_alignment_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22query_alignment_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22query_alignment_length___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22query_alignment_length___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2794);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2795
+ * Returns 0 if not available."""
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.core.l_qseq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_alignment_sequence:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_delegate->core.l_qseq); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2795; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2794
+ *
+ * Returns 0 if not available."""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.core.l_qseq
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_alignment_length.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2814
+ * """
+ *
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef uint32_t start, end
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24query_alignment_sequence_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24query_alignment_sequence_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24query_alignment_sequence___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24query_alignment_sequence___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ uint32_t __pyx_v_start;
+ uint32_t __pyx_v_end;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int32_t __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2814);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2818
+ * cdef uint32_t start, end
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2820
+ * src = self._delegate
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_src->core.l_qseq == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2821
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * start = _getQueryStart(src)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2823
+ * return None
+ *
+ * start = _getQueryStart(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end = _getQueryEnd(src)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryStart(__pyx_v_src); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_start = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2824
+ *
+ * start = _getQueryStart(src)
+ * end = _getQueryEnd(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return _getSequenceRange(src, start, end)
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryEnd(__pyx_v_src); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_end = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2826
+ * end = _getQueryEnd(src)
+ *
+ * return _getSequenceRange(src, start, end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_alignment_qualities:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getSequenceRange(__pyx_v_src, __pyx_v_start, __pyx_v_end); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2826; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2814
+ * """
+ *
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef uint32_t start, end
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_alignment_sequence.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2842
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef uint32_t start, end
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25query_alignment_qualities_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25query_alignment_qualities_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25query_alignment_qualities___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25query_alignment_qualities___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ uint32_t __pyx_v_start;
+ uint32_t __pyx_v_end;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int32_t __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2842);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2846
+ * cdef uint32_t start, end
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2848
+ * src = self._delegate
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_src->core.l_qseq == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2849
+ *
+ * if src.core.l_qseq == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * start = _getQueryStart(src)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2851
+ * return None
+ *
+ * start = _getQueryStart(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end = _getQueryEnd(src)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryStart(__pyx_v_src); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2851; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_start = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2852
+ *
+ * start = _getQueryStart(src)
+ * end = _getQueryEnd(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return _getQualitiesRange(src, start, end)
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryEnd(__pyx_v_src); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2852; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_end = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2854
+ * end = _getQueryEnd(src)
+ *
+ * return _getQualitiesRange(src, start, end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_alignment_start:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQualitiesRange(__pyx_v_src, __pyx_v_start, __pyx_v_end); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2854; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2842
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef uint32_t start, end
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_alignment_qualities.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2864
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _getQueryStart(self._delegate)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_alignment_start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_alignment_start_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_alignment_start___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_alignment_start___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int32_t __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2864);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2865
+ * """
+ * def __get__(self):
+ * return _getQueryStart(self._delegate) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_alignment_end:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryStart(__pyx_v_self->_delegate); if (unlikely(__pyx_t_1 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2865; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2865; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2864
+ *
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _getQueryStart(self._delegate)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_alignment_start.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2870
+ * """end index of the aligned query portion of the sequence (0-based,
+ * exclusive)"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _getQueryEnd(self._delegate)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19query_alignment_end_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19query_alignment_end_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19query_alignment_end___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19query_alignment_end___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int32_t __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2870);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2871
+ * exclusive)"""
+ * def __get__(self):
+ * return _getQueryEnd(self._delegate) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_aligment_length:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryEnd(__pyx_v_self->_delegate); if (unlikely(__pyx_t_1 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2870
+ * """end index of the aligned query portion of the sequence (0-based,
+ * exclusive)"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _getQueryEnd(self._delegate)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_alignment_end.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2877
+ *
+ * This is equal to :attr:`qend` - :attr:`qstart`"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_aligment_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_aligment_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_aligment_length___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_aligment_length___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int32_t __pyx_t_2;
+ int32_t __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 2877);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2879
+ * def __get__(self):
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _getQueryEnd(src) - _getQueryStart(src)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2880
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ * return _getQueryEnd(src) - _getQueryStart(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #####################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryEnd(__pyx_v_src); if (unlikely(__pyx_t_2 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2880; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getQueryStart(__pyx_v_src); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2880; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int((__pyx_t_2 - __pyx_t_3)); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2880; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2877
+ *
+ * This is equal to :attr:`qend` - :attr:`qstart`"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * src
+ * src = self._delegate
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query_aligment_length.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2885
+ * # Computed properties
+ *
+ * def get_reference_positions(self, full_length=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """a list of reference positions that this read aligns to.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11get_reference_positions(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10get_reference_positions[] = "AlignedSegment.get_reference_positions(self, full_length=False)\na list of reference positions that this read aligns to.\n\n By default, this method only returns positions in the\n reference that are within the alignment. If *full_length* is\n set, None values will be included for any soft-clipped or\n unaligned positions within the read. The returned list will\n [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11get_reference_positions(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_full_length = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_reference_positions (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_full_length,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ values[0] = ((PyObject *)Py_False);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_full_length);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "get_reference_positions") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2885; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_full_length = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_reference_positions", 0, 0, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2885; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.get_reference_positions", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10get_reference_positions(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), __pyx_v_full_length);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10get_reference_positions(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_full_length) {
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ uint32_t __pyx_v_i;
+ uint32_t __pyx_v_pos;
+ int __pyx_v_op;
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ int __pyx_v__full;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_l = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ bam1_t *__pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_4;
+ uint16_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ uint32_t __pyx_t_8;
+ int __pyx_t_9;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_reference_positions", 0);
+ __Pyx_TraceCall("get_reference_positions", __pyx_f[0], 2885);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2899
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef bam1_t * src
+ * cdef bint _full = full_length # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * src = self._delegate
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_full_length); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2899; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v__full = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2901
+ * cdef bint _full = full_length
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return []
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_2;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2902
+ *
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return []
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2903
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = []
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2903; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2905
+ * return []
+ *
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos = src.core.pos
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2905; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2906
+ *
+ * result = []
+ * pos = src.core.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_src->core.pos;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2907
+ * result = []
+ * pos = src.core.pos
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2909
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_t_5 = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src);
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_5; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2910
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2911
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if op == BAM_CSOFT_CLIP or op == BAM_CINS:
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2911; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_l, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2913
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ * if op == BAM_CSOFT_CLIP or op == BAM_CINS: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _full:
+ * for i from 0 <= i < l:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_op == BAM_CSOFT_CLIP) != 0);
+ if (!__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_op == BAM_CINS) != 0);
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2914
+ *
+ * if op == BAM_CSOFT_CLIP or op == BAM_CINS:
+ * if _full: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i from 0 <= i < l:
+ * result.append(None)
+ */
+ __pyx_t_7 = (__pyx_v__full != 0);
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2915
+ * if op == BAM_CSOFT_CLIP or op == BAM_CINS:
+ * if _full:
+ * for i from 0 <= i < l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append(None)
+ * elif op == BAM_CMATCH:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_v_l); if (unlikely((__pyx_t_8 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2915; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ for (__pyx_v_i = 0; __pyx_v_i < __pyx_t_8; __pyx_v_i++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2916
+ * if _full:
+ * for i from 0 <= i < l:
+ * result.append(None) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif op == BAM_CMATCH:
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, Py_None); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2916; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2917
+ * for i from 0 <= i < l:
+ * result.append(None)
+ * elif op == BAM_CMATCH: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append(i)
+ */
+ __pyx_t_7 = ((__pyx_v_op == BAM_CMATCH) != 0);
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2918
+ * result.append(None)
+ * elif op == BAM_CMATCH:
+ * for i from pos <= i < pos + l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append(i)
+ * pos += l
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_t_3, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_10); if (unlikely((__pyx_t_8 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ for (__pyx_v_i = __pyx_v_pos; __pyx_v_i < __pyx_t_8; __pyx_v_i++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2919
+ * elif op == BAM_CMATCH:
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append(i) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += l
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_i); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2919; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2919; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2920
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append(i)
+ * pos += l # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ * pos += l
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_10, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_3); if (unlikely((__pyx_t_8 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_8;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2921
+ * result.append(i)
+ * pos += l
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += l
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = ((__pyx_v_op == BAM_CDEL) != 0);
+ if (!__pyx_t_7) {
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_op == BAM_CREF_SKIP) != 0);
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_7;
+ }
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2922
+ * pos += l
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ * pos += l # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_3, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_10); if (unlikely((__pyx_t_8 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_8;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2924
+ * pos += l
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def infer_query_length(self, always=True):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2885
+ * # Computed properties
+ *
+ * def get_reference_positions(self, full_length=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """a list of reference positions that this read aligns to.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.get_reference_positions", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_l);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2926
+ * return result
+ *
+ * def infer_query_length(self, always=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """inferred read length from CIGAR string.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13infer_query_length(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12infer_query_length[] = "AlignedSegment.infer_query_length(self, always=True)\ninferred read length from CIGAR string.\n\n If *always* is set to True, the read length\n will be always inferred. If set to False, the length\n of the read sequence will be returned if it is\n available.\n\n Returns None if CIGAR string is not present.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13infer_query_length(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_always = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("infer_query_length (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_always,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ values[0] = ((PyObject *)Py_True);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_always);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "infer_query_length") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2926; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_always = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("infer_query_length", 0, 0, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2926; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.infer_query_length", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12infer_query_length(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), __pyx_v_always);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12infer_query_length(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_always) {
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ uint32_t __pyx_v_qpos;
+ int __pyx_v_op;
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ uint16_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("infer_query_length", 0);
+ __Pyx_TraceCall("infer_query_length", __pyx_f[0], 2926);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2941
+ * cdef bam1_t * src
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not always and src.core.l_qseq:
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2943
+ * src = self._delegate
+ *
+ * if not always and src.core.l_qseq: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return src.core.l_qseq
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_always); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2943; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = (!__pyx_t_2);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_src->core.l_qseq != 0);
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2944
+ *
+ * if not always and src.core.l_qseq:
+ * return src.core.l_qseq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_src->core.l_qseq); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2946
+ * return src.core.l_qseq
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2947
+ *
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * qpos = 0
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2949
+ * return None
+ *
+ * qpos = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ *
+ */
+ __pyx_v_qpos = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2950
+ *
+ * qpos = 0
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2952
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src);
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_5; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2953
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH or op == BAM_CINS or \
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2955
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH or op == BAM_CINS or \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op == BAM_CSOFT_CLIP or \
+ * op == BAM_CEQUAL or op == BAM_CDIFF:
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CMATCH) != 0);
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_op == BAM_CINS) != 0);
+ if (!__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2956
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH or op == BAM_CINS or \
+ * op == BAM_CSOFT_CLIP or \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op == BAM_CEQUAL or op == BAM_CDIFF:
+ * qpos += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_op == BAM_CSOFT_CLIP) != 0);
+ if (!__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2957
+ * if op == BAM_CMATCH or op == BAM_CINS or \
+ * op == BAM_CSOFT_CLIP or \
+ * op == BAM_CEQUAL or op == BAM_CDIFF: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qpos += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = ((__pyx_v_op == BAM_CEQUAL) != 0);
+ if (!__pyx_t_7) {
+ __pyx_t_8 = ((__pyx_v_op == BAM_CDIFF) != 0);
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_7;
+ }
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_9;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6;
+ }
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_7;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_3;
+ }
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2958
+ * op == BAM_CSOFT_CLIP or \
+ * op == BAM_CEQUAL or op == BAM_CDIFF:
+ * qpos += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return qpos
+ */
+ __pyx_v_qpos = (__pyx_v_qpos + ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT));
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2960
+ * qpos += cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ * return qpos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def get_aligned_pairs(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_qpos); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2926
+ * return result
+ *
+ * def infer_query_length(self, always=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """inferred read length from CIGAR string.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.infer_query_length", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":2962
+ * return qpos
+ *
+ * def get_aligned_pairs(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """a list of aligned read and reference positions.
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15get_aligned_pairs(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14get_aligned_pairs[] = "AlignedSegment.get_aligned_pairs(self)\na list of aligned read and reference positions.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15get_aligned_pairs(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_aligned_pairs (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14get_aligned_pairs(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14get_aligned_pairs(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ uint32_t __pyx_v_i;
+ uint32_t __pyx_v_pos;
+ uint32_t __pyx_v_qpos;
+ int __pyx_v_op;
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_l = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_4;
+ uint16_t __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ uint32_t __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_aligned_pairs", 0);
+ __Pyx_TraceCall("get_aligned_pairs", __pyx_f[0], 2962);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2970
+ * cdef bam1_t * src
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return []
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2971
+ *
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return []
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2972
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = []
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2974
+ * return []
+ *
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos = src.core.pos
+ * qpos = 0
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2974; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2975
+ *
+ * result = []
+ * pos = src.core.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qpos = 0
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_src->core.pos;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2976
+ * result = []
+ * pos = src.core.pos
+ * qpos = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ *
+ */
+ __pyx_v_qpos = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2977
+ * pos = src.core.pos
+ * qpos = 0
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2979
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_t_5 = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src);
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_5; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2980
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2981
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2981; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_l, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2983
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((qpos, i))
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CMATCH) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2984
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ * for i from pos <= i < pos + l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append((qpos, i))
+ * qpos += 1
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Add(__pyx_t_3, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_6); if (unlikely((__pyx_t_7 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ for (__pyx_v_i = __pyx_v_pos; __pyx_v_i < __pyx_t_7; __pyx_v_i++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2985
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((qpos, i)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qpos += 1
+ * pos += l
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_qpos); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_i); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2986
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((qpos, i))
+ * qpos += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += l
+ *
+ */
+ __pyx_v_qpos = (__pyx_v_qpos + 1);
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2987
+ * result.append((qpos, i))
+ * qpos += 1
+ * pos += l # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * elif op == BAM_CINS:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_8, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_3); if (unlikely((__pyx_t_7 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_7;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2989
+ * pos += l
+ *
+ * elif op == BAM_CINS: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((qpos, None))
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CINS) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2990
+ *
+ * elif op == BAM_CINS:
+ * for i from pos <= i < pos + l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append((qpos, None))
+ * qpos += 1
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2990; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_8 = PyNumber_Add(__pyx_t_3, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2990; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_8); if (unlikely((__pyx_t_7 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2990; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ for (__pyx_v_i = __pyx_v_pos; __pyx_v_i < __pyx_t_7; __pyx_v_i++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2991
+ * elif op == BAM_CINS:
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((qpos, None)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qpos += 1
+ *
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_qpos); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2992
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((qpos, None))
+ * qpos += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ */
+ __pyx_v_qpos = (__pyx_v_qpos + 1);
+ }
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2994
+ * qpos += 1
+ *
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((None, i))
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CDEL) != 0);
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_10 = ((__pyx_v_op == BAM_CREF_SKIP) != 0);
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_10;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_11) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2995
+ *
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ * for i from pos <= i < pos + l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append((None, i))
+ * pos += l
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2995; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_8 = PyNumber_Add(__pyx_t_3, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2995; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_8); if (unlikely((__pyx_t_7 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2995; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ for (__pyx_v_i = __pyx_v_pos; __pyx_v_i < __pyx_t_7; __pyx_v_i++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2996
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((None, i)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += l
+ *
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_i); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2996; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2996; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2996; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2997
+ * for i from pos <= i < pos + l:
+ * result.append((None, i))
+ * pos += l # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2997; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_8 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_3, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2997; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_8); if (unlikely((__pyx_t_7 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2997; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_7;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2999
+ * pos += l
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def get_blocks(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2962
+ * return qpos
+ *
+ * def get_aligned_pairs(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """a list of aligned read and reference positions.
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.get_aligned_pairs", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_l);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3001
+ * return result
+ *
+ * def get_blocks(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ a list of start and end positions of
+ * aligned gapless blocks.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17get_blocks(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16get_blocks[] = "AlignedSegment.get_blocks(self)\n a list of start and end positions of\n aligned gapless blocks.\n\n The start and end positions are in genomic \n coordinates. \n \n Blocks are not normalized, i.e. two blocks \n might be directly adjacent. This happens if\n the two blocks are separated by an insertion \n in the read.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17get_blocks(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_blocks (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16get_blocks(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16get_blocks(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ uint32_t __pyx_v_pos;
+ uint32_t __pyx_v_l;
+ int __pyx_v_op;
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int32_t __pyx_t_4;
+ uint16_t __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_t_10;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_blocks", 0);
+ __Pyx_TraceCall("get_blocks", __pyx_f[0], 3001);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3019
+ * cdef bam1_t * src
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return []
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3020
+ *
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return []
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3021
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = []
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3021; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3023
+ * return []
+ *
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos = src.core.pos
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3023; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3024
+ *
+ * result = []
+ * pos = src.core.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ * l = 0
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_src->core.pos;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3025
+ * result = []
+ * pos = src.core.pos
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = 0
+ *
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3026
+ * pos = src.core.pos
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ * l = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ */
+ __pyx_v_l = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3028
+ * l = 0
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_t_5 = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src);
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_5; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3029
+ *
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3030
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ * result.append((pos, pos + l))
+ */
+ __pyx_v_l = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3031
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * if op == BAM_CMATCH: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append((pos, pos + l))
+ * pos += l
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CMATCH) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3032
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ * result.append((pos, pos + l)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += l
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t((__pyx_v_pos + __pyx_v_l)); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_8 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3033
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ * result.append((pos, pos + l))
+ * pos += l # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ * pos += l
+ */
+ __pyx_v_pos = (__pyx_v_pos + __pyx_v_l);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3034
+ * result.append((pos, pos + l))
+ * pos += l
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += l
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CDEL) != 0);
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_9 = ((__pyx_v_op == BAM_CREF_SKIP) != 0);
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_9;
+ } else {
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_10) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3035
+ * pos += l
+ * elif op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ * pos += l # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ __pyx_v_pos = (__pyx_v_pos + __pyx_v_l);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3037
+ * pos += l
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def get_overlap(self, uint32_t start, uint32_t end):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3001
+ * return result
+ *
+ * def get_blocks(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ a list of start and end positions of
+ * aligned gapless blocks.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.get_blocks", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3039
+ * return result
+ *
+ * def get_overlap(self, uint32_t start, uint32_t end): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return number of aligned bases of read overlapping the interval
+ * *start* and *end* on the reference sequence.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19get_overlap(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_18get_overlap[] = "AlignedSegment.get_overlap(self, uint32_t start, uint32_t end)\nreturn number of aligned bases of read overlapping the interval\n *start* and *end* on the reference sequence.\n\n Return None if cigar alignment is not available.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19get_overlap(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ uint32_t __pyx_v_start;
+ uint32_t __pyx_v_end;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_overlap (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_overlap", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3039; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "get_overlap") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3039; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_start = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(values[0]); if (unlikely((__pyx_v_start == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3039; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_v_end = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_end == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3039; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_overlap", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3039; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.get_overlap", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_18get_overlap(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), __pyx_v_start, __pyx_v_end);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_18get_overlap(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, uint32_t __pyx_v_start, uint32_t __pyx_v_end) {
+ uint32_t __pyx_v_k;
+ uint32_t __pyx_v_pos;
+ uint32_t __pyx_v_overlap;
+ int __pyx_v_op;
+ int __pyx_v_o;
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_v_l = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int32_t __pyx_t_3;
+ uint16_t __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ uint32_t __pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ uint32_t __pyx_t_10;
+ uint32_t __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ int __pyx_t_13;
+ int __pyx_t_14;
+ int __pyx_t_15;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_overlap", 0);
+ __Pyx_TraceCall("get_overlap", __pyx_f[0], 3039);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3050
+ * cdef bam1_t * src
+ *
+ * overlap = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * src = self._delegate
+ */
+ __pyx_v_overlap = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3052
+ * overlap = 0
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3053
+ *
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * pos = src.core.pos
+ */
+ __pyx_t_2 = ((pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3054
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos = src.core.pos
+ * o = 0
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3055
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None
+ * pos = src.core.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * o = 0
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_src->core.pos;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3056
+ * return None
+ * pos = src.core.pos
+ * o = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ */
+ __pyx_v_o = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3058
+ * o = 0
+ *
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3059
+ *
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_t_4 = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src);
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_4; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3060
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src)
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3061
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3061; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_l, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3063
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * o = min( pos + l, end) - max( pos, start )
+ * if o > 0: overlap += o
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CMATCH) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3064
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ * o = min( pos + l, end) - max( pos, start ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if o > 0: overlap += o
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_end;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_t_5, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_8, __pyx_t_7, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ } else {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_7;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_start;
+ __pyx_t_10 = __pyx_v_pos;
+ if (((__pyx_t_6 > __pyx_t_10) != 0)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_10;
+ }
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_5, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_9); if (unlikely((__pyx_t_12 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3064; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_o = __pyx_t_12;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3065
+ * if op == BAM_CMATCH:
+ * o = min( pos + l, end) - max( pos, start )
+ * if o > 0: overlap += o # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH or op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_o > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_v_overlap = (__pyx_v_overlap + __pyx_v_o);
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3067
+ * if o > 0: overlap += o
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH or op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos += l
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_op == BAM_CMATCH) != 0);
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_13 = ((__pyx_v_op == BAM_CDEL) != 0);
+ if (!__pyx_t_13) {
+ __pyx_t_14 = ((__pyx_v_op == BAM_CREF_SKIP) != 0);
+ __pyx_t_15 = __pyx_t_14;
+ } else {
+ __pyx_t_15 = __pyx_t_13;
+ }
+ __pyx_t_13 = __pyx_t_15;
+ } else {
+ __pyx_t_13 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_13) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3068
+ *
+ * if op == BAM_CMATCH or op == BAM_CDEL or op == BAM_CREF_SKIP:
+ * pos += l # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return overlap
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3068; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_9, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3068; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_7); if (unlikely((__pyx_t_11 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3068; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_11;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3070
+ * pos += l
+ *
+ * return overlap # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #####################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_overlap); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3070; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_r = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3039
+ * return result
+ *
+ * def get_overlap(self, uint32_t start, uint32_t end): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return number of aligned bases of read overlapping the interval
+ * *start* and *end* on the reference sequence.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.get_overlap", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_l);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3115
+ * or None.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ uint32_t *__pyx_v_cigar_p;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ uint32_t __pyx_v_op;
+ uint32_t __pyx_v_l;
+ int __pyx_v_k;
+ PyObject *__pyx_v_cigar = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ uint16_t __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3115);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3121
+ * cdef int k
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3122
+ *
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3123
+ * src = self._delegate
+ * if pysam_get_n_cigar(src) == 0:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cigar = []
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3125
+ * return None
+ *
+ * cigar = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3125; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_cigar = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3127
+ * cigar = []
+ *
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src); # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ */
+ __pyx_v_cigar_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3128
+ *
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ */
+ __pyx_t_4 = pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src);
+ for (__pyx_v_k = 0; __pyx_v_k < __pyx_t_4; __pyx_v_k++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3129
+ * cigar_p = pysam_bam_get_cigar(src);
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * cigar.append((op, l))
+ */
+ __pyx_v_op = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) & BAM_CIGAR_MASK);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3130
+ * for k from 0 <= k < pysam_get_n_cigar(src):
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cigar.append((op, l))
+ * return cigar
+ */
+ __pyx_v_l = ((__pyx_v_cigar_p[__pyx_v_k]) >> BAM_CIGAR_SHIFT);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3131
+ * op = cigar_p[k] & BAM_CIGAR_MASK
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * cigar.append((op, l)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return cigar
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_op); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3131; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3131; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3131; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_cigar, __pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3131; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3132
+ * l = cigar_p[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT
+ * cigar.append((op, l))
+ * return cigar # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __set__(self, values):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_cigar);
+ __pyx_r = __pyx_v_cigar;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3115
+ * or None.
+ * """
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * cigar_p
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.cigartuples.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_cigar);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3134
+ * return cigar
+ *
+ * def __set__(self, values): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * p
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_values); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_values) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_values));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_values) {
+ uint32_t *__pyx_v_p;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_v_op = 0;
+ PyObject *__pyx_v_l = 0;
+ int __pyx_v_k;
+ int __pyx_v_ncigar;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ bam1_t *__pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_11)(PyObject *);
+ uint32_t __pyx_t_12;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3134);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3140
+ * cdef int k, ncigar
+ *
+ * k = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * src = self._delegate
+ */
+ __pyx_v_k = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3142
+ * k = 0
+ *
+ * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # get location of cigar string
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3145
+ *
+ * # get location of cigar string
+ * p = pysam_bam_get_cigar(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # empty values for cigar string
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3148
+ *
+ * # empty values for cigar string
+ * if values is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values = []
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_values == Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3149
+ * # empty values for cigar string
+ * if values is None:
+ * values = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ncigar = len(values)
+ */
+ __pyx_t_4 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_values, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3151
+ * values = []
+ *
+ * ncigar = len(values) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # create space for cigar data within src.data
+ * pysam_bam_update(src,
+ */
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3151; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_ncigar = __pyx_t_5;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3153
+ * ncigar = len(values)
+ * # create space for cigar data within src.data
+ * pysam_bam_update(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_get_n_cigar(src) * 4,
+ * ncigar * 4,
+ */
+ pysam_bam_update(__pyx_v_src, (pysam_get_n_cigar(__pyx_v_src) * 4), (__pyx_v_ncigar * 4), ((uint8_t *)__pyx_v_p));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3159
+ *
+ * # length is number of cigar operations, not bytes
+ * pysam_set_n_cigar(src, ncigar) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # re-acquire pointer to location in memory
+ */
+ pysam_set_n_cigar(__pyx_v_src, __pyx_v_ncigar);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3163
+ * # re-acquire pointer to location in memory
+ * # as it might have moved
+ * p = pysam_bam_get_cigar(src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # insert cigar operations
+ */
+ __pyx_v_p = pysam_bam_get_cigar(__pyx_v_src);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3166
+ *
+ * # insert cigar operations
+ * for op, l in values: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * p[k] = l << BAM_CIGAR_SHIFT | op
+ * k += 1
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_values) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_values)) {
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_values; __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_4 = PyObject_GetIter(__pyx_v_values); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_6(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_7))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_7;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_8 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_8 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ #else
+ __pyx_t_8 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_10 = PyObject_GetIter(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_11 = Py_TYPE(__pyx_t_10)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_8 = __pyx_t_11(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_8)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ index = 1; __pyx_t_9 = __pyx_t_11(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_9)) goto __pyx_L6_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_11(__pyx_t_10), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_11 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L7_unpacking_done;
+ __pyx_L6_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L7_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_op, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_l, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3167
+ * # insert cigar operations
+ * for op, l in values:
+ * p[k] = l << BAM_CIGAR_SHIFT | op # <<<<<<<<<<<<<<
+ * k += 1
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_From_int(BAM_CIGAR_SHIFT); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Lshift(__pyx_v_l, __pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Or(__pyx_t_9, __pyx_v_op); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(__pyx_t_7); if (unlikely((__pyx_t_12 == (uint32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ (__pyx_v_p[__pyx_v_k]) = __pyx_t_12;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3168
+ * for op, l in values:
+ * p[k] = l << BAM_CIGAR_SHIFT | op
+ * k += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ## setting the cigar string requires updating the bin
+ */
+ __pyx_v_k = (__pyx_v_k + 1);
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3171
+ *
+ * ## setting the cigar string requires updating the bin
+ * pysam_set_bin(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_reg2bin(
+ * src.core.pos,
+ */
+ pysam_set_bin(__pyx_v_src, hts_reg2bin(__pyx_v_src->core.pos, bam_endpos(__pyx_v_src), 14, 5));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3134
+ * return cigar
+ *
+ * def __set__(self, values): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef uint32_t * p
+ * cdef bam1_t * src
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.cigartuples.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_op);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_l);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_values);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3180
+ *
+ *
+ * cpdef setTag(self, tag, value, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_type = None,
+ * replace = True):
+ */
+
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21setTag(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tag, PyObject *__pyx_v_value, int __pyx_skip_dispatch, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag *__pyx_optional_args) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3181
+ *
+ * cpdef setTag(self, tag, value,
+ * value_type = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * replace = True):
+ * '''
+ */
+ PyObject *__pyx_v_value_type = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3182
+ * cpdef setTag(self, tag, value,
+ * value_type = None,
+ * replace = True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * Set optional field of alignment *tag* to *value*. *value_type* may be specified,
+ */
+ PyObject *__pyx_v_replace = ((PyObject *)Py_True);
+ int __pyx_v_value_size;
+ uint8_t *__pyx_v_value_ptr;
+ uint8_t *__pyx_v_existing_ptr;
+ uint8_t __pyx_v_type_code;
+ float __pyx_v_float_value;
+ double __pyx_v_double_value;
+ int32_t __pyx_v_int_value;
+ bam1_t *__pyx_v_src;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ bam1_t *__pyx_t_4;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ uint8_t __pyx_t_7;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode __pyx_t_8;
+ char *__pyx_t_9;
+ int32_t __pyx_t_10;
+ double __pyx_t_11;
+ float __pyx_t_12;
+ char const *__pyx_t_13;
+ char const *__pyx_t_14;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setTag", 0);
+ __Pyx_TraceCall("setTag", __pyx_f[0], 3180);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_value_type = __pyx_optional_args->value_type;
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 1) {
+ __pyx_v_replace = __pyx_optional_args->replace;
+ }
+ }
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_tag);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3180
+ *
+ *
+ * cpdef setTag(self, tag, value, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_type = None,
+ * replace = True):
+ */
+ /* Check if called by wrapper */
+ if (unlikely(__pyx_skip_dispatch)) ;
+ /* Check if overridden in Python */
+ else if (unlikely(Py_TYPE(((PyObject *)__pyx_v_self))->tp_dictoffset != 0)) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_setTag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3180; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!PyCFunction_Check(__pyx_t_1) || (PyCFunction_GET_FUNCTION(__pyx_t_1) != (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21setTag)) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3180; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_tag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_tag);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_tag);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value_type);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_value_type);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value_type);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_replace);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 3, __pyx_v_replace);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_replace);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3180; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3198
+ * cdef double double_value
+ * cdef int32_t int_value
+ * cdef bam1_t * src = self._delegate # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char * _value_type
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_self->_delegate;
+ __pyx_v_src = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3201
+ * cdef char * _value_type
+ *
+ * if len(tag) != 2: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError('Invalid tag: %s' % tag)
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_tag); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_t_5 != 2) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3202
+ *
+ * if len(tag) != 2:
+ * raise ValueError('Invalid tag: %s' % tag) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * type_code = _getTypeCode(value, value_type)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Invalid_tag_s, __pyx_v_tag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3202; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3202; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3202; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3202; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3204
+ * raise ValueError('Invalid tag: %s' % tag)
+ *
+ * type_code = _getTypeCode(value, value_type) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type_code == 0:
+ * raise ValueError("can't guess type or invalid type code specified")
+ */
+ __pyx_t_8.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_8.value_type = __pyx_v_value_type;
+ __pyx_t_7 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__getTypeCode(__pyx_v_value, &__pyx_t_8);
+ __pyx_v_type_code = __pyx_t_7;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3205
+ *
+ * type_code = _getTypeCode(value, value_type)
+ * if type_code == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("can't guess type or invalid type code specified")
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_type_code == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3206
+ * type_code = _getTypeCode(value, value_type)
+ * if type_code == 0:
+ * raise ValueError("can't guess type or invalid type code specified") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Not Endian-safe, but then again neither is samtools!
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__75, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3206; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3206; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3221
+ * value_ptr = <uint8_t*>&double_value
+ * value_size = sizeof(double)
+ * elif type_code == 'f': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * float_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&float_value
+ */
+ switch (__pyx_v_type_code) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3209
+ *
+ * # Not Endian-safe, but then again neither is samtools!
+ * if type_code == 'Z': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = _forceBytes( value )
+ * value_ptr = <uint8_t*><char*>value
+ */
+ case 'Z':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3210
+ * # Not Endian-safe, but then again neither is samtools!
+ * if type_code == 'Z':
+ * value = _forceBytes( value ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_ptr = <uint8_t*><char*>value
+ * value_size = len(value)+1
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_value); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3211
+ * if type_code == 'Z':
+ * value = _forceBytes( value )
+ * value_ptr = <uint8_t*><char*>value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_size = len(value)+1
+ * elif type_code == 'i':
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_value); if (unlikely((!__pyx_t_9) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3211; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_value_ptr = ((uint8_t *)((char *)__pyx_t_9));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3212
+ * value = _forceBytes( value )
+ * value_ptr = <uint8_t*><char*>value
+ * value_size = len(value)+1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif type_code == 'i':
+ * int_value = value
+ */
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3212; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_value_size = (__pyx_t_5 + 1);
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3213
+ * value_ptr = <uint8_t*><char*>value
+ * value_size = len(value)+1
+ * elif type_code == 'i': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&int_value
+ */
+ case 'i':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3214
+ * value_size = len(value)+1
+ * elif type_code == 'i':
+ * int_value = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_ptr = <uint8_t*>&int_value
+ * value_size = sizeof(int32_t)
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_v_value); if (unlikely((__pyx_t_10 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_int_value = __pyx_t_10;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3215
+ * elif type_code == 'i':
+ * int_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&int_value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_size = sizeof(int32_t)
+ * elif type_code == 'd':
+ */
+ __pyx_v_value_ptr = ((uint8_t *)(&__pyx_v_int_value));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3216
+ * int_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&int_value
+ * value_size = sizeof(int32_t) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif type_code == 'd':
+ * double_value = value
+ */
+ __pyx_v_value_size = (sizeof(int32_t));
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3217
+ * value_ptr = <uint8_t*>&int_value
+ * value_size = sizeof(int32_t)
+ * elif type_code == 'd': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * double_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&double_value
+ */
+ case 'd':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3218
+ * value_size = sizeof(int32_t)
+ * elif type_code == 'd':
+ * double_value = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_ptr = <uint8_t*>&double_value
+ * value_size = sizeof(double)
+ */
+ __pyx_t_11 = __pyx_PyFloat_AsDouble(__pyx_v_value); if (unlikely((__pyx_t_11 == (double)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3218; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_double_value = __pyx_t_11;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3219
+ * elif type_code == 'd':
+ * double_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&double_value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_size = sizeof(double)
+ * elif type_code == 'f':
+ */
+ __pyx_v_value_ptr = ((uint8_t *)(&__pyx_v_double_value));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3220
+ * double_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&double_value
+ * value_size = sizeof(double) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif type_code == 'f':
+ * float_value = value
+ */
+ __pyx_v_value_size = (sizeof(double));
+ break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3221
+ * value_ptr = <uint8_t*>&double_value
+ * value_size = sizeof(double)
+ * elif type_code == 'f': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * float_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&float_value
+ */
+ case 'f':
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3222
+ * value_size = sizeof(double)
+ * elif type_code == 'f':
+ * float_value = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_ptr = <uint8_t*>&float_value
+ * value_size = sizeof(float)
+ */
+ __pyx_t_12 = __pyx_PyFloat_AsFloat(__pyx_v_value); if (unlikely((__pyx_t_12 == (float)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_float_value = __pyx_t_12;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3223
+ * elif type_code == 'f':
+ * float_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&float_value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_size = sizeof(float)
+ * else:
+ */
+ __pyx_v_value_ptr = ((uint8_t *)(&__pyx_v_float_value));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3224
+ * float_value = value
+ * value_ptr = <uint8_t*>&float_value
+ * value_size = sizeof(float) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise ValueError('Unsupported value_type in set_option')
+ */
+ __pyx_v_value_size = (sizeof(float));
+ break;
+ default:
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3226
+ * value_size = sizeof(float)
+ * else:
+ * raise ValueError('Unsupported value_type in set_option') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * tag = _forceBytes( tag )
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__76, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3226; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3226; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ break;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3228
+ * raise ValueError('Unsupported value_type in set_option')
+ *
+ * tag = _forceBytes( tag ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if replace:
+ * existing_ptr = bam_aux_get(src, tag)
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_tag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3228; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_tag, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3229
+ *
+ * tag = _forceBytes( tag )
+ * if replace: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * existing_ptr = bam_aux_get(src, tag)
+ * if existing_ptr:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_replace); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3229; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3230
+ * tag = _forceBytes( tag )
+ * if replace:
+ * existing_ptr = bam_aux_get(src, tag) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if existing_ptr:
+ * bam_aux_del(src, existing_ptr)
+ */
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_tag); if (unlikely((!__pyx_t_13) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3230; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_existing_ptr = bam_aux_get(__pyx_v_src, __pyx_t_13);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3231
+ * if replace:
+ * existing_ptr = bam_aux_get(src, tag)
+ * if existing_ptr: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_aux_del(src, existing_ptr)
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = (__pyx_v_existing_ptr != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3232
+ * existing_ptr = bam_aux_get(src, tag)
+ * if existing_ptr:
+ * bam_aux_del(src, existing_ptr) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * bam_aux_append(src,
+ */
+ bam_aux_del(__pyx_v_src, __pyx_v_existing_ptr);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3235
+ *
+ * bam_aux_append(src,
+ * tag, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * type_code,
+ * value_size,
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_tag); if (unlikely((!__pyx_t_14) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3235; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3234
+ * bam_aux_del(src, existing_ptr)
+ *
+ * bam_aux_append(src, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tag,
+ * type_code,
+ */
+ bam_aux_append(__pyx_v_src, __pyx_t_14, __pyx_v_type_code, __pyx_v_value_size, __pyx_v_value_ptr);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3180
+ *
+ *
+ * cpdef setTag(self, tag, value, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_type = None,
+ * replace = True):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.setTag", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_tag);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21setTag(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20setTag[] = "AlignedSegment.setTag(self, tag, value, value_type=None, replace=True)\n\n Set optional field of alignment *tag* to *value*. *value_type* may be specified,\n but if not the type will be inferred based on the Python type of *value*\n\n An existing value of the same tag will be overwritten unless\n *replace* is set to False.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21setTag(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_tag = 0;
+ PyObject *__pyx_v_value = 0;
+ PyObject *__pyx_v_value_type = 0;
+ PyObject *__pyx_v_replace = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setTag (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_tag,&__pyx_n_s_value,&__pyx_n_s_value_type,&__pyx_n_s_replace,0};
+ PyObject* values[4] = {0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3181
+ *
+ * cpdef setTag(self, tag, value,
+ * value_type = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * replace = True):
+ * '''
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3182
+ * cpdef setTag(self, tag, value,
+ * value_type = None,
+ * replace = True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * Set optional field of alignment *tag* to *value*. *value_type* may be specified,
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_True);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_tag)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_value)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setTag", 0, 2, 4, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3180; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_value_type);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_replace);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setTag") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3180; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_tag = values[0];
+ __pyx_v_value = values[1];
+ __pyx_v_value_type = values[2];
+ __pyx_v_replace = values[3];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setTag", 0, 2, 4, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3180; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.setTag", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20setTag(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), __pyx_v_tag, __pyx_v_value, __pyx_v_value_type, __pyx_v_replace);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3180
+ *
+ *
+ * cpdef setTag(self, tag, value, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value_type = None,
+ * replace = True):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20setTag(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tag, PyObject *__pyx_v_value, PyObject *__pyx_v_value_type, PyObject *__pyx_v_replace) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag __pyx_t_2;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setTag", 0);
+ __Pyx_TraceCall("setTag", __pyx_f[0], 3180);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2.__pyx_n = 2;
+ __pyx_t_2.value_type = __pyx_v_value_type;
+ __pyx_t_2.replace = __pyx_v_replace;
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->setTag(__pyx_v_self, __pyx_v_tag, __pyx_v_value, 1, &__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3180; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.setTag", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3246
+ * #######################################################################
+ *
+ * def opt(self, tag): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """retrieves optional data given a two-letter *tag*"""
+ * #see bam_aux.c: bam_aux_get() and bam_aux2i() etc
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_23opt(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tag); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22opt[] = "AlignedSegment.opt(self, tag)\nretrieves optional data given a two-letter *tag*";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_23opt(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tag) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("opt (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22opt(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_tag));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22opt(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_tag) {
+ uint8_t *__pyx_v_v;
+ CYTHON_UNUSED int __pyx_v_nvalues;
+ PyObject *__pyx_v_btag = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_auxtype = NULL;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_bytesize = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_values = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ char const *__pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_12)(PyObject *);
+ int __pyx_t_13;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("opt", 0);
+ __Pyx_TraceCall("opt", __pyx_f[0], 3246);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3251
+ * cdef uint8_t * v
+ * cdef int nvalues
+ * btag = _forceBytes(tag) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v = bam_aux_get(self._delegate, btag)
+ * if v == NULL: raise KeyError( "tag '%s' not present" % tag )
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__forceBytes(__pyx_v_tag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3251; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_btag = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3252
+ * cdef int nvalues
+ * btag = _forceBytes(tag)
+ * v = bam_aux_get(self._delegate, btag) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v == NULL: raise KeyError( "tag '%s' not present" % tag )
+ * auxtype = chr(v[0])
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_btag); if (unlikely((!__pyx_t_2) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_v = bam_aux_get(__pyx_v_self->_delegate, __pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3253
+ * btag = _forceBytes(tag)
+ * v = bam_aux_get(self._delegate, btag)
+ * if v == NULL: raise KeyError( "tag '%s' not present" % tag ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * auxtype = chr(v[0])
+ * if auxtype == 'c' or auxtype == 'C' or auxtype == 's' or auxtype == 'S':
+ */
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_v_v == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_tag_s_not_present, __pyx_v_tag); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3253; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3253; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_KeyError, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3253; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3253; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3254
+ * v = bam_aux_get(self._delegate, btag)
+ * if v == NULL: raise KeyError( "tag '%s' not present" % tag )
+ * auxtype = chr(v[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if auxtype == 'c' or auxtype == 'C' or auxtype == 's' or auxtype == 'S':
+ * return <int>bam_aux2i(v)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint8_t((__pyx_v_v[0])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_chr, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_auxtype = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3255
+ * if v == NULL: raise KeyError( "tag '%s' not present" % tag )
+ * auxtype = chr(v[0])
+ * if auxtype == 'c' or auxtype == 'C' or auxtype == 's' or auxtype == 'S': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return <int>bam_aux2i(v)
+ * elif auxtype == 'i' or auxtype == 'I':
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_c, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3255; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_C, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3255; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_s_2, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3255; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_7 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_S, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3255; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_7;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_6;
+ }
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5;
+ }
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3256
+ * auxtype = chr(v[0])
+ * if auxtype == 'c' or auxtype == 'C' or auxtype == 's' or auxtype == 'S':
+ * return <int>bam_aux2i(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'i' or auxtype == 'I':
+ * return <int32_t>bam_aux2i(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(((int)bam_aux2i(__pyx_v_v))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3256; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3257
+ * if auxtype == 'c' or auxtype == 'C' or auxtype == 's' or auxtype == 'S':
+ * return <int>bam_aux2i(v)
+ * elif auxtype == 'i' or auxtype == 'I': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return <int32_t>bam_aux2i(v)
+ * elif auxtype == 'f' or auxtype == 'F':
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_i, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3257; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_I, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3257; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3258
+ * return <int>bam_aux2i(v)
+ * elif auxtype == 'i' or auxtype == 'I':
+ * return <int32_t>bam_aux2i(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'f' or auxtype == 'F':
+ * return <float>bam_aux2f(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(((int32_t)bam_aux2i(__pyx_v_v))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3258; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3259
+ * elif auxtype == 'i' or auxtype == 'I':
+ * return <int32_t>bam_aux2i(v)
+ * elif auxtype == 'f' or auxtype == 'F': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return <float>bam_aux2f(v)
+ * elif auxtype == 'd' or auxtype == 'D':
+ */
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_f, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3259; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_F, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3259; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_6;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3260
+ * return <int32_t>bam_aux2i(v)
+ * elif auxtype == 'f' or auxtype == 'F':
+ * return <float>bam_aux2f(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'd' or auxtype == 'D':
+ * return <double>bam_aux2f(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyFloat_FromDouble(((float)bam_aux2f(__pyx_v_v))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3260; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3261
+ * elif auxtype == 'f' or auxtype == 'F':
+ * return <float>bam_aux2f(v)
+ * elif auxtype == 'd' or auxtype == 'D': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return <double>bam_aux2f(v)
+ * elif auxtype == 'A':
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_d, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3261; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_D, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3261; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3262
+ * return <float>bam_aux2f(v)
+ * elif auxtype == 'd' or auxtype == 'D':
+ * return <double>bam_aux2f(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'A':
+ * # there might a more efficient way
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyFloat_FromDouble(((double)bam_aux2f(__pyx_v_v))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3262; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3263
+ * elif auxtype == 'd' or auxtype == 'D':
+ * return <double>bam_aux2f(v)
+ * elif auxtype == 'A': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # there might a more efficient way
+ * # to convert a char into a string
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_A, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3263; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3266
+ * # there might a more efficient way
+ * # to convert a char into a string
+ * return '%c' % <char>bam_aux2A(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'Z':
+ * return _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(v))
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_char(((char)bam_aux2A(__pyx_v_v))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3266; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_c_2, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3266; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3267
+ * # to convert a char into a string
+ * return '%c' % <char>bam_aux2A(v)
+ * elif auxtype == 'Z': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(v))
+ * elif auxtype == 'B':
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_Z, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3267; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3268
+ * return '%c' % <char>bam_aux2A(v)
+ * elif auxtype == 'Z':
+ * return _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(v)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif auxtype == 'B':
+ * bytesize, nvalues, values = convertBinaryTagToList( v + 1 )
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(((char *)bam_aux2Z(__pyx_v_v))); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3268; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3269
+ * elif auxtype == 'Z':
+ * return _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(v))
+ * elif auxtype == 'B': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bytesize, nvalues, values = convertBinaryTagToList( v + 1 )
+ * return values
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_auxtype, __pyx_n_s_B, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3269; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3270
+ * return _charptr_to_str(<char*>bam_aux2Z(v))
+ * elif auxtype == 'B':
+ * bytesize, nvalues, values = convertBinaryTagToList( v + 1 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return values
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_convertBinaryTagToList((__pyx_v_v + 1)); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 3)) {
+ if (size > 3) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(3);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 2);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(sequence, 2);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_10);
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(sequence, 2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_12 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_1 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L5_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ index = 1; __pyx_t_9 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_9)) goto __pyx_L5_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ index = 2; __pyx_t_10 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) goto __pyx_L5_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_12(__pyx_t_11), 3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L6_unpacking_done;
+ __pyx_L5_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L6_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_9); if (unlikely((__pyx_t_13 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3270; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_bytesize = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_nvalues = __pyx_t_13;
+ __pyx_v_values = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3271
+ * elif auxtype == 'B':
+ * bytesize, nvalues, values = convertBinaryTagToList( v + 1 )
+ * return values # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise ValueError("unknown auxilliary type '%s'" % auxtype)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_r = __pyx_v_values;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3273
+ * return values
+ * else:
+ * raise ValueError("unknown auxilliary type '%s'" % auxtype) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_unknown_auxilliary_type_s, __pyx_v_auxtype); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3273; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3273; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3273; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3273; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3246
+ * #######################################################################
+ *
+ * def opt(self, tag): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """retrieves optional data given a two-letter *tag*"""
+ * #see bam_aux.c: bam_aux_get() and bam_aux2i() etc
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.opt", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_btag);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_auxtype);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_bytesize);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_values);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3290
+ * ########################################################
+ * property qname:
+ * def __get__(self): return self.query_name # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v): self.query_name = v
+ * property tid:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3290);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_name); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3290; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qname.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3291
+ * property qname:
+ * def __get__(self): return self.query_name
+ * def __set__(self, v): self.query_name = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property tid:
+ * def __get__(self): return self.reference_id
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3291);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_name, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3291; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qname.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3293
+ * def __set__(self, v): self.query_name = v
+ * property tid:
+ * def __get__(self): return self.reference_id # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v): self.reference_id = v
+ * property pos:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3293);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3293; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.tid.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3294
+ * property tid:
+ * def __get__(self): return self.reference_id
+ * def __set__(self, v): self.reference_id = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property pos:
+ * def __get__(self): return self.reference_start
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3294);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3294; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.tid.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3296
+ * def __set__(self, v): self.reference_id = v
+ * property pos:
+ * def __get__(self): return self.reference_start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v): self.reference_start = v
+ * property mapq:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3296);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_start); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.pos.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3297
+ * property pos:
+ * def __get__(self): return self.reference_start
+ * def __set__(self, v): self.reference_start = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property mapq:
+ * def __get__(self): return self.mapping_quality
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3297);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_start, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.pos.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3299
+ * def __set__(self, v): self.reference_start = v
+ * property mapq:
+ * def __get__(self): return self.mapping_quality # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v): self.mapping_quality = v
+ * property rnext:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3299);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_mapping_quality); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3299; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mapq.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3300
+ * property mapq:
+ * def __get__(self): return self.mapping_quality
+ * def __set__(self, v): self.mapping_quality = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property rnext:
+ * def __get__(self): return self.next_reference_id
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3300);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_mapping_quality, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mapq.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3302
+ * def __set__(self, v): self.mapping_quality = v
+ * property rnext:
+ * def __get__(self): return self.next_reference_id # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v): self.next_reference_id = v
+ * property pnext:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3302);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3302; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.rnext.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3303
+ * property rnext:
+ * def __get__(self): return self.next_reference_id
+ * def __set__(self, v): self.next_reference_id = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property pnext:
+ * def __get__(self):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3303);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_id, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3303; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.rnext.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3305
+ * def __set__(self, v): self.next_reference_id = v
+ * property pnext:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3305);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3306
+ * property pnext:
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.next_reference_start = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_start); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3306; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3305
+ * def __set__(self, v): self.next_reference_id = v
+ * property pnext:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.pnext.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3307
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_start = v
+ * property cigar:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3307);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3308
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v):
+ * self.next_reference_start = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property cigar:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_start, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3308; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3307
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_start = v
+ * property cigar:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.pnext.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3310
+ * self.next_reference_start = v
+ * property cigar:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r = self.cigartuples
+ * if r is None:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3310);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3311
+ * property cigar:
+ * def __get__(self):
+ * r = self.cigartuples # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if r is None:
+ * r = []
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_cigartuples); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3311; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3312
+ * def __get__(self):
+ * r = self.cigartuples
+ * if r is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r = []
+ * return r
+ */
+ __pyx_t_2 = (__pyx_v_r == Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3313
+ * r = self.cigartuples
+ * if r is None:
+ * r = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return r
+ * def __set__(self, v): self.cigartuples = v
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3313; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_r, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3314
+ * if r is None:
+ * r = []
+ * return r # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v): self.cigartuples = v
+ * property tlen:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_r);
+ __pyx_r = __pyx_v_r;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3310
+ * self.next_reference_start = v
+ * property cigar:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r = self.cigartuples
+ * if r is None:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.cigar.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3315
+ * r = []
+ * return r
+ * def __set__(self, v): self.cigartuples = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property tlen:
+ * def __get__(self):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3315);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_cigartuples, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3315; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.cigar.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3317
+ * def __set__(self, v): self.cigartuples = v
+ * property tlen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3317);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3318
+ * property tlen:
+ * def __get__(self):
+ * return self.template_length # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.template_length = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_template_length); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3318; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3317
+ * def __set__(self, v): self.cigartuples = v
+ * property tlen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.tlen.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3319
+ * def __get__(self):
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.template_length = v
+ * property seq:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3319);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3320
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v):
+ * self.template_length = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property seq:
+ * def __get__(self): return self.query_sequence
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_template_length, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3319
+ * def __get__(self):
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.template_length = v
+ * property seq:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.tlen.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3322
+ * self.template_length = v
+ * property seq:
+ * def __get__(self): return self.query_sequence # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v): self.query_sequence = v
+ * property qual:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3322);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.seq.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3323
+ * property seq:
+ * def __get__(self): return self.query_sequence
+ * def __set__(self, v): self.query_sequence = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property qual:
+ * def __get__(self):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3323);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_sequence, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.seq.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3325
+ * def __set__(self, v): self.query_sequence = v
+ * property qual:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return toQualityString(self.query_qualities)
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3325);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3326
+ * property qual:
+ * def __get__(self):
+ * return toQualityString(self.query_qualities) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_qualities = fromQualityString(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_toQualityString); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_qualities); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3325
+ * def __set__(self, v): self.query_sequence = v
+ * property qual:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return toQualityString(self.query_qualities)
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qual.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3327
+ * def __get__(self):
+ * return toQualityString(self.query_qualities)
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_qualities = fromQualityString(v)
+ * property alen:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3327);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3328
+ * return toQualityString(self.query_qualities)
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_qualities = fromQualityString(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property alen:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_fromQualityString); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_qualities, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3327
+ * def __get__(self):
+ * return toQualityString(self.query_qualities)
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_qualities = fromQualityString(v)
+ * property alen:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qual.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3330
+ * self.query_qualities = fromQualityString(v)
+ * property alen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3330);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3331
+ * property alen:
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_length # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_length = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_length); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3331; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3330
+ * self.query_qualities = fromQualityString(v)
+ * property alen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.alen.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3332
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_length = v
+ * property aend:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3332);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3333
+ * return self.reference_length
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_length = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property aend:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_length, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3333; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3332
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_length = v
+ * property aend:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.alen.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3335
+ * self.reference_length = v
+ * property aend:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_end
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3335);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3336
+ * property aend:
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_end # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_end = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_end); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3335
+ * self.reference_length = v
+ * property aend:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_end
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.aend.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3337
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_end
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_end = v
+ * property rlen:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3337);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3338
+ * return self.reference_end
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_end = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property rlen:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_end, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3337
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_end
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_end = v
+ * property rlen:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.aend.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3340
+ * self.reference_end = v
+ * property rlen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3340);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3341
+ * property rlen:
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_length # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_length = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_length); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3341; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3340
+ * self.reference_end = v
+ * property rlen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.rlen.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3342
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_length = v
+ * property query:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3342);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3343
+ * return self.query_length
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_length = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property query:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_length, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3342
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_length = v
+ * property query:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.rlen.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3345
+ * self.query_length = v
+ * property query:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_sequence
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3345);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3346
+ * property query:
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_sequence # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_sequence = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3346; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3345
+ * self.query_length = v
+ * property query:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_sequence
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3347
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_sequence
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_sequence = v
+ * property qqual:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3347);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3348
+ * return self.query_alignment_sequence
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_sequence = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property qqual:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_sequence, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3348; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3347
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_sequence
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_sequence = v
+ * property qqual:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.query.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3350
+ * self.query_alignment_sequence = v
+ * property qqual:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return toQualityString(self.query_alignment_qualities)
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3350);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3351
+ * property qqual:
+ * def __get__(self):
+ * return toQualityString(self.query_alignment_qualities) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_qualities = fromQualityString(v)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_toQualityString); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3351; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_qualities); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3351; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3351; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3351; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3350
+ * self.query_alignment_sequence = v
+ * property qqual:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return toQualityString(self.query_alignment_qualities)
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qqual.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3352
+ * def __get__(self):
+ * return toQualityString(self.query_alignment_qualities)
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_qualities = fromQualityString(v)
+ * property qstart:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3352);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3353
+ * return toQualityString(self.query_alignment_qualities)
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_qualities = fromQualityString(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property qstart:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_fromQualityString); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_qualities, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3352
+ * def __get__(self):
+ * return toQualityString(self.query_alignment_qualities)
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_qualities = fromQualityString(v)
+ * property qstart:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qqual.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3355
+ * self.query_alignment_qualities = fromQualityString(v)
+ * property qstart:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_start
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3355);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3356
+ * property qstart:
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_start = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_start); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3356; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3355
+ * self.query_alignment_qualities = fromQualityString(v)
+ * property qstart:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_start
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qstart.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3357
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_start
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_start = v
+ * property qend:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3357);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3358
+ * return self.query_alignment_start
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_start = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property qend:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_start, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3357
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_start
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_start = v
+ * property qend:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qstart.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3360
+ * self.query_alignment_start = v
+ * property qend:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_end
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3360);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3361
+ * property qend:
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_end # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_end = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_end); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3360
+ * self.query_alignment_start = v
+ * property qend:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_end
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qend.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3362
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_end
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_end = v
+ * property qlen:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3362);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3363
+ * return self.query_alignment_end
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_end = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property qlen:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_end, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3362
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_end
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_end = v
+ * property qlen:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qend.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3365
+ * self.query_alignment_end = v
+ * property qlen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3365);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3366
+ * property qlen:
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_length # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_length = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_length); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3365
+ * self.query_alignment_end = v
+ * property qlen:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.query_alignment_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qlen.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3367
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_length = v
+ * property mrnm:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3367);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3368
+ * return self.query_alignment_length
+ * def __set__(self, v):
+ * self.query_alignment_length = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property mrnm:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_alignment_length, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3367
+ * def __get__(self):
+ * return self.query_alignment_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.query_alignment_length = v
+ * property mrnm:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.qlen.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3370
+ * self.query_alignment_length = v
+ * property mrnm:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.next_reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3370);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3371
+ * property mrnm:
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_id # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.next_reference_id = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3370
+ * self.query_alignment_length = v
+ * property mrnm:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.next_reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mrnm.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3372
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_id
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_id = v
+ * property mpos:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3372);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3373
+ * return self.next_reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ * self.next_reference_id = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property mpos:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_id, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3372
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_id
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_id = v
+ * property mpos:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mrnm.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3375
+ * self.next_reference_id = v
+ * property mpos:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3375);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3376
+ * property mpos:
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_start # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.next_reference_start = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_start); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3376; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3375
+ * self.next_reference_id = v
+ * property mpos:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mpos.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3377
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_start = v
+ * property rname:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3377);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3378
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v):
+ * self.next_reference_start = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property rname:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next_reference_start, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3377
+ * def __get__(self):
+ * return self.next_reference_start
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.next_reference_start = v
+ * property rname:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.mpos.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3380
+ * self.next_reference_start = v
+ * property rname:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3380);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3381
+ * property rname:
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_id # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_id = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3381; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3380
+ * self.next_reference_start = v
+ * property rname:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.rname.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3382
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_id = v
+ * property isize:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3382);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3383
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_id = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property isize:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3383; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3382
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_id = v
+ * property isize:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.rname.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3385
+ * self.reference_id = v
+ * property isize:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3385);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3386
+ * property isize:
+ * def __get__(self):
+ * return self.template_length # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.template_length = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_template_length); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3386; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3385
+ * self.reference_id = v
+ * property isize:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.isize.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3387
+ * def __get__(self):
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.template_length = v
+ * property blocks:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3387);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3388
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v):
+ * self.template_length = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property blocks:
+ * def __get__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_template_length, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3388; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3387
+ * def __get__(self):
+ * return self.template_length
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.template_length = v
+ * property blocks:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.isize.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3390
+ * self.template_length = v
+ * property blocks:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_blocks()
+ * property aligned_pairs:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6blocks_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6blocks_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6blocks___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6blocks___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3390);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3391
+ * property blocks:
+ * def __get__(self):
+ * return self.get_blocks() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property aligned_pairs:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_get_blocks); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3390
+ * self.template_length = v
+ * property blocks:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_blocks()
+ * property aligned_pairs:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.blocks.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3393
+ * return self.get_blocks()
+ * property aligned_pairs:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_aligned_pairs()
+ * property inferred_length:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13aligned_pairs_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13aligned_pairs_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13aligned_pairs___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13aligned_pairs___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3393);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3394
+ * property aligned_pairs:
+ * def __get__(self):
+ * return self.get_aligned_pairs() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property inferred_length:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_get_aligned_pairs); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3393
+ * return self.get_blocks()
+ * property aligned_pairs:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_aligned_pairs()
+ * property inferred_length:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.aligned_pairs.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3396
+ * return self.get_aligned_pairs()
+ * property inferred_length:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.infer_query_length()
+ * property positions:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15inferred_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15inferred_length_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15inferred_length___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15inferred_length___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3396);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3397
+ * property inferred_length:
+ * def __get__(self):
+ * return self.infer_query_length() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property positions:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_infer_query_length); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3396
+ * return self.get_aligned_pairs()
+ * property inferred_length:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.infer_query_length()
+ * property positions:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.inferred_length.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3399
+ * return self.infer_query_length()
+ * property positions:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_reference_positions()
+ * def overlap(self):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9positions_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9positions_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9positions___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9positions___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3399);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3400
+ * property positions:
+ * def __get__(self):
+ * return self.get_reference_positions() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def overlap(self):
+ * return self.get_overlap()
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_get_reference_positions); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3400; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3400; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3399
+ * return self.infer_query_length()
+ * property positions:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_reference_positions()
+ * def overlap(self):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.positions.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3401
+ * def __get__(self):
+ * return self.get_reference_positions()
+ * def overlap(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_overlap()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25overlap(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24overlap[] = "AlignedSegment.overlap(self)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25overlap(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("overlap (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24overlap(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24overlap(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("overlap", 0);
+ __Pyx_TraceCall("overlap", __pyx_f[0], 3401);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3402
+ * return self.get_reference_positions()
+ * def overlap(self):
+ * return self.get_overlap() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_get_overlap); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3402; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3402; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3401
+ * def __get__(self):
+ * return self.get_reference_positions()
+ * def overlap(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.get_overlap()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.AlignedSegment.overlap", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3415
+ *
+ * '''
+ * def __init__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) > 0)) {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 0, 0, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); return -1;}
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(PyDict_Size(__pyx_kwds) > 0) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__init__", 0))) return -1;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn___init__(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 3415);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3416
+ * '''
+ * def __init__(self):
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_tuple__77, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3415
+ *
+ * '''
+ * def __init__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3418
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "\t".join(map(str,
+ * (self.reference_id, self.reference_pos,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3__str__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3__str__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_2__str__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_2__str__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__str__", __pyx_f[0], 3418);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3419
+ *
+ * def __str__(self):
+ * return "\t".join(map(str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (self.reference_id, self.reference_pos,
+ * self.nsegmentes))) +\
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3420
+ * def __str__(self):
+ * return "\t".join(map(str,
+ * (self.reference_id, self.reference_pos, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nsegmentes))) +\
+ * "\n" +\
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_pos); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3421
+ * return "\t".join(map(str,
+ * (self.reference_id, self.reference_pos,
+ * self.nsegmentes))) +\ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "\n" +\
+ * "\n".join(map(str, self.pileups))
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_nsegmentes); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3420
+ * def __str__(self):
+ * return "\t".join(map(str,
+ * (self.reference_id, self.reference_pos, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nsegmentes))) +\
+ * "\n" +\
+ */
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3419
+ *
+ * def __str__(self):
+ * return "\t".join(map(str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (self.reference_id, self.reference_pos,
+ * self.nsegmentes))) +\
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3419; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3419; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__43, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3419; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3421
+ * return "\t".join(map(str,
+ * (self.reference_id, self.reference_pos,
+ * self.nsegmentes))) +\ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "\n" +\
+ * "\n".join(map(str, self.pileups))
+ */
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Add(__pyx_t_3, __pyx_kp_s__38); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3423
+ * self.nsegmentes))) +\
+ * "\n" +\
+ * "\n".join(map(str, self.pileups)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property reference_id:
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_pileups); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3423; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3423; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3423; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__38, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3423; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3422
+ * (self.reference_id, self.reference_pos,
+ * self.nsegmentes))) +\
+ * "\n" +\ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "\n".join(map(str, self.pileups))
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_t_4, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3418
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "\t".join(map(str,
+ * (self.reference_id, self.reference_pos,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.__str__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3427
+ * property reference_id:
+ * '''the reference sequence number as defined in the header'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.tid
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_12reference_id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_12reference_id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_12reference_id___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_12reference_id___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3427);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3428
+ * '''the reference sequence number as defined in the header'''
+ * def __get__(self):
+ * return self.tid # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property nsegments:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->tid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3427
+ * property reference_id:
+ * '''the reference sequence number as defined in the header'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.tid
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.reference_id.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3432
+ * property nsegments:
+ * '''number of reads mapping to this column.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.n_pu
+ * def __set__(self, n):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3432);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3433
+ * '''number of reads mapping to this column.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self.n_pu # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, n):
+ * self.n_pu = n
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->n_pu); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3433; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3432
+ * property nsegments:
+ * '''number of reads mapping to this column.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.n_pu
+ * def __set__(self, n):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.nsegments.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3434
+ * def __get__(self):
+ * return self.n_pu
+ * def __set__(self, n): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.n_pu = n
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_n); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_n) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_n));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_n) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3434);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3435
+ * return self.n_pu
+ * def __set__(self, n):
+ * self.n_pu = n # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property reference_pos:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_v_n); if (unlikely((__pyx_t_1 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3435; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->n_pu = __pyx_t_1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3434
+ * def __get__(self):
+ * return self.n_pu
+ * def __set__(self, n): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.n_pu = n
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.nsegments.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3439
+ * property reference_pos:
+ * '''the position in the reference sequence (0-based).'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.pos
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_13reference_pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_13reference_pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_13reference_pos___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_13reference_pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3439);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3440
+ * '''the position in the reference sequence (0-based).'''
+ * def __get__(self):
+ * return self.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property pileups:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->pos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3440; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3439
+ * property reference_pos:
+ * '''the position in the reference sequence (0-based).'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.pos
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.reference_pos.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3444
+ * property pileups:
+ * '''list of reads (:class:`pysam.PileupRead`) aligned to this column'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int x
+ * pileups = []
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_7pileups_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_7pileups_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_7pileups___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_7pileups___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_v_pileups = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3444);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3446
+ * def __get__(self):
+ * cdef int x
+ * pileups = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.plp == NULL or self.plp[0] == NULL:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_pileups = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3448
+ * pileups = []
+ *
+ * if self.plp == NULL or self.plp[0] == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("PileupColumn accessed after iterator finished")
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_self->plp == NULL) != 0);
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = (((__pyx_v_self->plp[0]) == NULL) != 0);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3449
+ *
+ * if self.plp == NULL or self.plp[0] == NULL:
+ * raise ValueError("PileupColumn accessed after iterator finished") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # warning: there could be problems if self.n and self.buf are
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__78, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3453
+ * # warning: there could be problems if self.n and self.buf are
+ * # out of sync.
+ * for x from 0 <= x < self.n_pu: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pileups.append(makePileupRead(&(self.plp[0][x])))
+ * return pileups
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_self->n_pu;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_5; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3454
+ * # out of sync.
+ * for x from 0 <= x < self.n_pu:
+ * pileups.append(makePileupRead(&(self.plp[0][x]))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return pileups
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_makePileupRead((&((__pyx_v_self->plp[0])[__pyx_v_x]))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3454; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_pileups, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3454; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3455
+ * for x from 0 <= x < self.n_pu:
+ * pileups.append(makePileupRead(&(self.plp[0][x])))
+ * return pileups # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ########################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pileups);
+ __pyx_r = __pyx_v_pileups;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3444
+ * property pileups:
+ * '''list of reads (:class:`pysam.PileupRead`) aligned to this column'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int x
+ * pileups = []
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.pileups.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_pileups);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3462
+ * ########################################################
+ * property pos:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_pos
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3462);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3463
+ * property pos:
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_pos = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_pos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3463; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3462
+ * ########################################################
+ * property pos:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_pos
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.pos.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3464
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_pos
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_pos = v
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3464);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3465
+ * return self.reference_pos
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_pos = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property tid:
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_pos, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3465; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3464
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_pos
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_pos = v
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.pos.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3468
+ *
+ * property tid:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3468);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3469
+ * property tid:
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_id # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_id = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3469; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3468
+ *
+ * property tid:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.tid.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3470
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_id = v
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3470);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3471
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v):
+ * self.reference_id = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property n:
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_id, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3471; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3470
+ * def __get__(self):
+ * return self.reference_id
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_id = v
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.tid.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3474
+ *
+ * property n:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.nsegments
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3474);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3475
+ * property n:
+ * def __get__(self):
+ * return self.nsegments # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __set__(self, v):
+ * self.nsegments = v
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_nsegments); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3475; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3474
+ *
+ * property n:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.nsegments
+ * def __set__(self, v):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.n.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3476
+ * def __get__(self):
+ * return self.nsegments
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nsegments = v
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_3__set__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_2__set__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_v));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_2__set__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_v) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__set__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__set__", __pyx_f[0], 3476);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3477
+ * return self.nsegments
+ * def __set__(self, v):
+ * self.nsegments = v # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_nsegments, __pyx_v_v) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3477; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3476
+ * def __get__(self):
+ * return self.nsegments
+ * def __set__(self, v): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.nsegments = v
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupColumn.n.__set__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3486
+ * '''
+ *
+ * def __init__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) > 0)) {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 0, 0, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); return -1;}
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(PyDict_Size(__pyx_kwds) > 0) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__init__", 0))) return -1;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead___init__(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 3486);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3487
+ *
+ * def __init__(self):
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_tuple__79, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3486
+ * '''
+ *
+ * def __init__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3489
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "\t".join(
+ * map(str,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_3__str__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_3__str__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_2__str__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_2__str__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__str__", __pyx_f[0], 3489);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3490
+ *
+ * def __str__(self):
+ * return "\t".join( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * map(str,
+ * (self.alignment, self.query_position,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3492
+ * return "\t".join(
+ * map(str,
+ * (self.alignment, self.query_position, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.indel, self.level,
+ * self.is_del, self.is_head,
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_alignment); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_query_position); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3493
+ * map(str,
+ * (self.alignment, self.query_position,
+ * self.indel, self.level, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.is_del, self.is_head,
+ * self.is_tail, self.is_refskip)))
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_indel); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3493; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_level); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3493; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3494
+ * (self.alignment, self.query_position,
+ * self.indel, self.level,
+ * self.is_del, self.is_head, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.is_tail, self.is_refskip)))
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_is_del); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3494; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_is_head); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3494; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3495
+ * self.indel, self.level,
+ * self.is_del, self.is_head,
+ * self.is_tail, self.is_refskip))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property alignment:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_is_tail); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_is_refskip); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3492
+ * return "\t".join(
+ * map(str,
+ * (self.alignment, self.query_position, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.indel, self.level,
+ * self.is_del, self.is_head,
+ */
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(8); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 4, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 5, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 6, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 7, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3491
+ * def __str__(self):
+ * return "\t".join(
+ * map(str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (self.alignment, self.query_position,
+ * self.indel, self.level,
+ */
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3490
+ *
+ * def __str__(self):
+ * return "\t".join( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * map(str,
+ * (self.alignment, self.query_position,
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__43, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_8;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3489
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python")
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "\t".join(
+ * map(str,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.__str__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3499
+ * property alignment:
+ * """a :class:`pysam.AlignedSegment` object of the aligned read"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._alignment
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_9alignment_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_9alignment_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_9alignment___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_9alignment___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3499);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3500
+ * """a :class:`pysam.AlignedSegment` object of the aligned read"""
+ * def __get__(self):
+ * return self._alignment # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property query_position:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self->_alignment));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self->_alignment);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3499
+ * property alignment:
+ * """a :class:`pysam.AlignedSegment` object of the aligned read"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._alignment
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3504
+ * property query_position:
+ * """position of the read base at the pileup site, 0-based"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._qpos
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_14query_position_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_14query_position_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_14query_position___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_14query_position___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3504);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3505
+ * """position of the read base at the pileup site, 0-based"""
+ * def __get__(self):
+ * return self._qpos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property indel:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int32_t(__pyx_v_self->_qpos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3505; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3504
+ * property query_position:
+ * """position of the read base at the pileup site, 0-based"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._qpos
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.query_position.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3509
+ * property indel:
+ * """indel length; 0 for no indel, positive for ins and negative for del"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._indel
+ * property level:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5indel_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5indel_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5indel___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5indel___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3509);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3510
+ * """indel length; 0 for no indel, positive for ins and negative for del"""
+ * def __get__(self):
+ * return self._indel # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property level:
+ * """the level of the read in the "viewer" mode"""
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_indel); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3510; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3509
+ * property indel:
+ * """indel length; 0 for no indel, positive for ins and negative for del"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._indel
+ * property level:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.indel.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3513
+ * property level:
+ * """the level of the read in the "viewer" mode"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._level
+ * property is_del:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5level_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5level_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5level___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5level___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3513);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3514
+ * """the level of the read in the "viewer" mode"""
+ * def __get__(self):
+ * return self._level # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_del:
+ * """1 iff the base on the padded read is a deletion"""
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_level); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3514; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3513
+ * property level:
+ * """the level of the read in the "viewer" mode"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._level
+ * property is_del:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.level.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3517
+ * property is_del:
+ * """1 iff the base on the padded read is a deletion"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_del
+ * property is_head:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_6is_del_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_6is_del_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_6is_del___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_6is_del___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3517);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3518
+ * """1 iff the base on the padded read is a deletion"""
+ * def __get__(self):
+ * return self._is_del # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_head:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_self->_is_del); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3517
+ * property is_del:
+ * """1 iff the base on the padded read is a deletion"""
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_del
+ * property is_head:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.is_del.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3520
+ * return self._is_del
+ * property is_head:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_head
+ * property is_tail:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_head_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_head_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_head___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_head___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3520);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3521
+ * property is_head:
+ * def __get__(self):
+ * return self._is_head # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_tail:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_self->_is_head); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3521; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3520
+ * return self._is_del
+ * property is_head:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_head
+ * property is_tail:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.is_head.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3523
+ * return self._is_head
+ * property is_tail:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_tail
+ * property is_refskip:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_tail_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_tail_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_tail___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_tail___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3523);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3524
+ * property is_tail:
+ * def __get__(self):
+ * return self._is_tail # <<<<<<<<<<<<<<
+ * property is_refskip:
+ * def __get__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_self->_is_tail); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3524; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3523
+ * return self._is_head
+ * property is_tail:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_tail
+ * property is_refskip:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.is_tail.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3526
+ * return self._is_tail
+ * property is_refskip:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_refskip
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_10is_refskip_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_10is_refskip_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_10is_refskip___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_10is_refskip___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3526);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3527
+ * property is_refskip:
+ * def __get__(self):
+ * return self._is_refskip # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_is_refskip_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3526
+ * return self._is_tail
+ * property is_refskip:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._is_refskip
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.PileupRead.is_refskip.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3543
+ * property tid:
+ * '''the chromosome ID as is defined in the header'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._tid
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3tid_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3tid_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3tid___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3tid___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3543);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3544
+ * '''the chromosome ID as is defined in the header'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._tid # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property pos:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_tid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3543
+ * property tid:
+ * '''the chromosome ID as is defined in the header'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._tid
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.tid.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3548
+ * property pos:
+ * '''nucleotide position of SNP.'''
+ * def __get__(self): return self._pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property reference_base:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3pos___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3548);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_pos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3548; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.pos.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3552
+ * property reference_base:
+ * '''reference base at pos. ``N`` if no reference sequence supplied.'''
+ * def __get__(self): return from_string_and_size( &self._reference_base, 1 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property genotype:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_14reference_base_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_14reference_base_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_14reference_base___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_14reference_base___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3552);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_from_string_and_size((&__pyx_v_self->_reference_base), 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.reference_base.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3556
+ * property genotype:
+ * '''the genotype called.'''
+ * def __get__(self): return from_string_and_size( &self._genotype, 1 ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property consensus_quality:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8genotype_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8genotype_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8genotype___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8genotype___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3556);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile_from_string_and_size((&__pyx_v_self->_genotype), 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.genotype.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3560
+ * property consensus_quality:
+ * '''the genotype quality (Phred-scaled).'''
+ * def __get__(self): return self._consensus_quality # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property snp_quality:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_17consensus_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_17consensus_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_17consensus_quality___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_17consensus_quality___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3560);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_consensus_quality); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3560; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.consensus_quality.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3565
+ * '''the snp quality (Phred scaled) - probability of consensus being
+ * identical to reference sequence.'''
+ * def __get__(self): return self._snp_quality # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property mapping_quality:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_11snp_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_11snp_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_11snp_quality___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_11snp_quality___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3565);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_snp_quality); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.snp_quality.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3570
+ * '''the root mean square (rms) of the mapping quality of all reads
+ * involved in the call.'''
+ * def __get__(self): return self._rms_mapping_quality # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property coverage:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_15mapping_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_15mapping_quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_15mapping_quality___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_15mapping_quality___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3570);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_rms_mapping_quality); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3570; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.mapping_quality.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3574
+ * property coverage:
+ * '''coverage or read depth - the number of reads involved in the call.'''
+ * def __get__(self): return self._coverage # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8coverage_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8coverage_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8coverage___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8coverage___get__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 3574);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_self->_coverage); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3574; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.coverage.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3576
+ * def __get__(self): return self._coverage
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return "\t".join( map(str, (
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_1__str__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_1__str__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall___str__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall___str__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__str__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__str__", __pyx_f[0], 3576);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3578
+ * def __str__(self):
+ *
+ * return "\t".join( map(str, ( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tid,
+ * self.pos,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3579
+ *
+ * return "\t".join( map(str, (
+ * self.tid, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pos,
+ * self.reference_base,
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_tid); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3579; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3580
+ * return "\t".join( map(str, (
+ * self.tid,
+ * self.pos, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference_base,
+ * self.genotype,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_pos); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3580; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3581
+ * self.tid,
+ * self.pos,
+ * self.reference_base, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.genotype,
+ * self.consensus_quality,
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_reference_base); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3581; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3582
+ * self.pos,
+ * self.reference_base,
+ * self.genotype, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.consensus_quality,
+ * self.snp_quality,
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_genotype); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3582; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3583
+ * self.reference_base,
+ * self.genotype,
+ * self.consensus_quality, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.snp_quality,
+ * self.mapping_quality,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_consensus_quality); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3583; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3584
+ * self.genotype,
+ * self.consensus_quality,
+ * self.snp_quality, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.mapping_quality,
+ * self.coverage ) ) )
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_snp_quality); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3584; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3585
+ * self.consensus_quality,
+ * self.snp_quality,
+ * self.mapping_quality, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.coverage ) ) )
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_mapping_quality); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3586
+ * self.snp_quality,
+ * self.mapping_quality,
+ * self.coverage ) ) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_coverage); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3586; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3579
+ *
+ * return "\t".join( map(str, (
+ * self.tid, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.pos,
+ * self.reference_base,
+ */
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(8); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3579; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 4, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 5, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 6, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 7, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3578
+ * def __str__(self):
+ *
+ * return "\t".join( map(str, ( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tid,
+ * self.pos,
+ */
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__43, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_8;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3576
+ * def __get__(self): return self._coverage
+ *
+ * def __str__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return "\t".join( map(str, (
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.SNPCall.__str__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3599
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # makes sure that samfile stays alive as long as this
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile = 0;
+ int __pyx_v_multiple_iterators;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_samfile,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samfile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)values[0]);
+ if (values[1]) {
+ __pyx_v_multiple_iterators = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_multiple_iterators == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_multiple_iterators = ((int)1);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 1, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IndexedReads.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_samfile), __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, 1, "samfile", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)__pyx_v_self), __pyx_v_samfile, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads___init__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_v_samfile, int __pyx_v_multiple_iterators) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ char const *__pyx_t_2;
+ htsFile *__pyx_t_3;
+ bam_hdr_t *__pyx_t_4;
+ BGZF *__pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 3599);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3603
+ * # makes sure that samfile stays alive as long as this
+ * # object is alive.
+ * self.samfile = samfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * assert samfile.isbam, "can only IndexReads on bam files"
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_samfile));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->samfile);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ __pyx_v_self->samfile = __pyx_v_samfile;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3605
+ * self.samfile = samfile
+ *
+ * assert samfile.isbam, "can only IndexReads on bam files" # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # multiple_iterators the file - note that this makes the iterator
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ if (unlikely(!(__pyx_v_samfile->isbam != 0))) {
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_kp_s_can_only_IndexReads_on_bam_files);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3609
+ * # multiple_iterators the file - note that this makes the iterator
+ * # slow and causes pileup to slow down significantly.
+ * if multiple_iterators: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.htsfile = hts_open(samfile._filename, 'r')
+ * assert self.htsfile != NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_multiple_iterators != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3610
+ * # slow and causes pileup to slow down significantly.
+ * if multiple_iterators:
+ * self.htsfile = hts_open(samfile._filename, 'r') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert self.htsfile != NULL
+ * # read header - required for accurate positioning
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_samfile->_filename); if (unlikely((!__pyx_t_2) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3610; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->htsfile = hts_open(__pyx_t_2, __pyx_k_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3611
+ * if multiple_iterators:
+ * self.htsfile = hts_open(samfile._filename, 'r')
+ * assert self.htsfile != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read header - required for accurate positioning
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ if (unlikely(!((__pyx_v_self->htsfile != NULL) != 0))) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_AssertionError);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3611; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3613
+ * assert self.htsfile != NULL
+ * # read header - required for accurate positioning
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.owns_samfile = True
+ * else:
+ */
+ __pyx_v_self->header = sam_hdr_read(__pyx_v_self->htsfile);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3614
+ * # read header - required for accurate positioning
+ * self.header = sam_hdr_read(self.htsfile)
+ * self.owns_samfile = True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile
+ */
+ __pyx_v_self->owns_samfile = 1;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3616
+ * self.owns_samfile = True
+ * else:
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.header = self.samfile.header
+ * self.owns_samfile = False
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->samfile->htsfile;
+ __pyx_v_self->htsfile = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3617
+ * else:
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile
+ * self.header = self.samfile.header # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.owns_samfile = False
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_v_self->samfile->header;
+ __pyx_v_self->header = __pyx_t_4;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3618
+ * self.htsfile = self.samfile.htsfile
+ * self.header = self.samfile.header
+ * self.owns_samfile = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # TODO: BAM file specific
+ */
+ __pyx_v_self->owns_samfile = 0;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3621
+ *
+ * # TODO: BAM file specific
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def build(self):
+ */
+ __pyx_t_5 = __pyx_v_self->htsfile->fp.bgzf;
+ __pyx_v_self->fp = __pyx_t_5;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3599
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # makes sure that samfile stays alive as long as this
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IndexedReads.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3623
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf
+ *
+ * def build(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''build index.'''
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_3build(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_2build[] = "IndexedReads.build(self)\nbuild index.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_3build(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("build (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_2build(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_2build(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_ret;
+ bam1_t *__pyx_v_b;
+ uint64_t __pyx_v_pos;
+ PyObject *__pyx_v_qname = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("build", 0);
+ __Pyx_TraceCall("build", __pyx_f[0], 3623);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3626
+ * '''build index.'''
+ *
+ * self.index = collections.defaultdict(list) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # this method will start indexing from the current file position
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_collections); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_defaultdict); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type))));
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->index);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->index);
+ __pyx_v_self->index = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3630
+ * # this method will start indexing from the current file position
+ * # if you decide
+ * cdef int ret = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * b = <bam1_t*>calloc(1, sizeof( bam1_t))
+ *
+ */
+ __pyx_v_ret = 1;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3631
+ * # if you decide
+ * cdef int ret = 1
+ * cdef bam1_t * b = <bam1_t*>calloc(1, sizeof( bam1_t)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef uint64_t pos
+ */
+ __pyx_v_b = ((bam1_t *)calloc(1, (sizeof(bam1_t))));
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3635
+ * cdef uint64_t pos
+ *
+ * while ret > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos = bgzf_tell(self.fp)
+ * ret = sam_read1(self.htsfile,
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_ret > 0) != 0);
+ if (!__pyx_t_4) break;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3636
+ *
+ * while ret > 0:
+ * pos = bgzf_tell(self.fp) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ret = sam_read1(self.htsfile,
+ * self.samfile.header,
+ */
+ __pyx_v_pos = bgzf_tell(__pyx_v_self->fp);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3637
+ * while ret > 0:
+ * pos = bgzf_tell(self.fp)
+ * ret = sam_read1(self.htsfile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile.header,
+ * b)
+ */
+ __pyx_v_ret = sam_read1(__pyx_v_self->htsfile, __pyx_v_self->samfile->header, __pyx_v_b);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3640
+ * self.samfile.header,
+ * b)
+ * if ret > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qname = _charptr_to_str(pysam_bam_get_qname(b))
+ * self.index[qname].append(pos)
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_ret > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3641
+ * b)
+ * if ret > 0:
+ * qname = _charptr_to_str(pysam_bam_get_qname(b)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index[qname].append(pos)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_14calignmentfile__charptr_to_str(pysam_bam_get_qname(__pyx_v_b)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3641; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_qname, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3642
+ * if ret > 0:
+ * qname = _charptr_to_str(pysam_bam_get_qname(b))
+ * self.index[qname].append(pos) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * bam_destroy1(b)
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetItem(__pyx_v_self->index, __pyx_v_qname); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3642; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint64_t(__pyx_v_pos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3642; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_t_3, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3642; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3644
+ * self.index[qname].append(pos)
+ *
+ * bam_destroy1(b) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def find(self, query_name):
+ */
+ bam_destroy1(__pyx_v_b);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3623
+ * self.fp = self.htsfile.fp.bgzf
+ *
+ * def build(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''build index.'''
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IndexedReads.build", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_qname);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3646
+ * bam_destroy1(b)
+ *
+ * def find(self, query_name): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''find *query_name* in index.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_5find(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_query_name); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_4find[] = "IndexedReads.find(self, query_name)\nfind *query_name* in index.\n\n Returns an iterator over all reads with query_name.\n\n Raise a KeyError if the *query_name* is not in the index.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_5find(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_query_name) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("find (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_4find(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_query_name));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_4find(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_query_name) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("find", 0);
+ __Pyx_TraceCall("find", __pyx_f[0], 3646);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3653
+ * Raise a KeyError if the *query_name* is not in the index.
+ * '''
+ * if query_name in self.index: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return IteratorRowSelection(
+ * self.samfile,
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_query_name, __pyx_v_self->index, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3654
+ * '''
+ * if query_name in self.index:
+ * return IteratorRowSelection( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile,
+ * self.index[query_name],
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3656
+ * return IteratorRowSelection(
+ * self.samfile,
+ * self.index[query_name], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators = False)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetItem(__pyx_v_self->index, __pyx_v_query_name); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3654
+ * '''
+ * if query_name in self.index:
+ * return IteratorRowSelection( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile,
+ * self.index[query_name],
+ */
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3654; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self->samfile));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3654; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3657
+ * self.samfile,
+ * self.index[query_name],
+ * multiple_iterators = False) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise KeyError("read %s not found" % query_name)
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_multiple_iterators, Py_False) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3654; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3654
+ * '''
+ * if query_name in self.index:
+ * return IteratorRowSelection( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.samfile,
+ * self.index[query_name],
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection)), __pyx_t_4, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3654; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3659
+ * multiple_iterators = False)
+ * else:
+ * raise KeyError("read %s not found" % query_name) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_read_s_not_found, __pyx_v_query_name); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3659; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3659; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_KeyError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3659; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_5, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3659; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3646
+ * bam_destroy1(b)
+ *
+ * def find(self, query_name): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''find *query_name* in index.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.calignmentfile.IndexedReads.find", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/calignmentfile.pyx":3661
+ * raise KeyError("read %s not found" % query_name)
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.owns_samfile:
+ * hts_close(self.htsfile)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_7__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_7__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_6__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_6__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 3661);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3662
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * if self.owns_samfile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_close(self.htsfile)
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->owns_samfile != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3663
+ * def __dealloc__(self):
+ * if self.owns_samfile:
+ * hts_close(self.htsfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ *
+ */
+ hts_close(__pyx_v_self->htsfile);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3664
+ * if self.owns_samfile:
+ * hts_close(self.htsfile)
+ * bam_hdr_destroy(self.header) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * __all__ = ["AlignmentFile",
+ */
+ bam_hdr_destroy(__pyx_v_self->header);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3661
+ * raise KeyError("read %s not found" % query_name)
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.owns_samfile:
+ * hts_close(self.htsfile)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "array.pxd":91
+ * __data_union data
+ *
+ * def __getbuffer__(self, Py_buffer* info, int flags): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # This implementation of getbuffer is geared towards Cython
+ * # requirements, and does not yet fullfill the PEP.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static CYTHON_UNUSED int __pyx_pw_7cpython_5array_5array_1__getbuffer__(PyObject *__pyx_v_self, Py_buffer *__pyx_v_info, int __pyx_v_flags); /*proto*/
+static CYTHON_UNUSED int __pyx_pw_7cpython_5array_5array_1__getbuffer__(PyObject *__pyx_v_self, Py_buffer *__pyx_v_info, int __pyx_v_flags) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getbuffer__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_7cpython_5array_5array___getbuffer__(((arrayobject *)__pyx_v_self), ((Py_buffer *)__pyx_v_info), ((int)__pyx_v_flags));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_7cpython_5array_5array___getbuffer__(arrayobject *__pyx_v_self, Py_buffer *__pyx_v_info, CYTHON_UNUSED int __pyx_v_flags) {
+ PyObject *__pyx_v_item_count = NULL;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ char *__pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getbuffer__", 0);
+ if (__pyx_v_info != NULL) {
+ __pyx_v_info->obj = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_info->obj);
+ }
+ __Pyx_TraceCall("__getbuffer__", __pyx_f[1], 91);
+
+ /* "array.pxd":96
+ * # In particular strided access is always provided regardless
+ * # of flags
+ * item_count = Py_SIZE(self) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * info.suboffsets = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(Py_SIZE(((PyObject *)__pyx_v_self))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 96; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_item_count = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "array.pxd":98
+ * item_count = Py_SIZE(self)
+ *
+ * info.suboffsets = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.buf = self.data.as_chars
+ * info.readonly = 0
+ */
+ __pyx_v_info->suboffsets = NULL;
+
+ /* "array.pxd":99
+ *
+ * info.suboffsets = NULL
+ * info.buf = self.data.as_chars # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.readonly = 0
+ * info.ndim = 1
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_self->data.as_chars;
+ __pyx_v_info->buf = __pyx_t_2;
+
+ /* "array.pxd":100
+ * info.suboffsets = NULL
+ * info.buf = self.data.as_chars
+ * info.readonly = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.ndim = 1
+ * info.itemsize = self.ob_descr.itemsize # e.g. sizeof(float)
+ */
+ __pyx_v_info->readonly = 0;
+
+ /* "array.pxd":101
+ * info.buf = self.data.as_chars
+ * info.readonly = 0
+ * info.ndim = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.itemsize = self.ob_descr.itemsize # e.g. sizeof(float)
+ * info.len = info.itemsize * item_count
+ */
+ __pyx_v_info->ndim = 1;
+
+ /* "array.pxd":102
+ * info.readonly = 0
+ * info.ndim = 1
+ * info.itemsize = self.ob_descr.itemsize # e.g. sizeof(float) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.len = info.itemsize * item_count
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->ob_descr->itemsize;
+ __pyx_v_info->itemsize = __pyx_t_3;
+
+ /* "array.pxd":103
+ * info.ndim = 1
+ * info.itemsize = self.ob_descr.itemsize # e.g. sizeof(float)
+ * info.len = info.itemsize * item_count # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * info.shape = <Py_ssize_t*> PyMem_Malloc(sizeof(Py_ssize_t) + 2)
+ */
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_v_info->itemsize); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 103; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Multiply(__pyx_t_1, __pyx_v_item_count); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 103; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely((__pyx_t_5 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 103; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_info->len = __pyx_t_5;
+
+ /* "array.pxd":105
+ * info.len = info.itemsize * item_count
+ *
+ * info.shape = <Py_ssize_t*> PyMem_Malloc(sizeof(Py_ssize_t) + 2) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not info.shape:
+ * raise MemoryError()
+ */
+ __pyx_v_info->shape = ((Py_ssize_t *)PyMem_Malloc(((sizeof(Py_ssize_t)) + 2)));
+
+ /* "array.pxd":106
+ *
+ * info.shape = <Py_ssize_t*> PyMem_Malloc(sizeof(Py_ssize_t) + 2)
+ * if not info.shape: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise MemoryError()
+ * info.shape[0] = item_count # constant regardless of resizing
+ */
+ __pyx_t_6 = ((!(__pyx_v_info->shape != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "array.pxd":107
+ * info.shape = <Py_ssize_t*> PyMem_Malloc(sizeof(Py_ssize_t) + 2)
+ * if not info.shape:
+ * raise MemoryError() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.shape[0] = item_count # constant regardless of resizing
+ * info.strides = &info.itemsize
+ */
+ PyErr_NoMemory(); {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "array.pxd":108
+ * if not info.shape:
+ * raise MemoryError()
+ * info.shape[0] = item_count # constant regardless of resizing # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.strides = &info.itemsize
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_v_item_count); if (unlikely((__pyx_t_5 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ (__pyx_v_info->shape[0]) = __pyx_t_5;
+
+ /* "array.pxd":109
+ * raise MemoryError()
+ * info.shape[0] = item_count # constant regardless of resizing
+ * info.strides = &info.itemsize # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * info.format = <char*> (info.shape + 1)
+ */
+ __pyx_v_info->strides = (&__pyx_v_info->itemsize);
+
+ /* "array.pxd":111
+ * info.strides = &info.itemsize
+ *
+ * info.format = <char*> (info.shape + 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.format[0] = self.ob_descr.typecode
+ * info.format[1] = 0
+ */
+ __pyx_v_info->format = ((char *)(__pyx_v_info->shape + 1));
+
+ /* "array.pxd":112
+ *
+ * info.format = <char*> (info.shape + 1)
+ * info.format[0] = self.ob_descr.typecode # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.format[1] = 0
+ * info.obj = self
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->ob_descr->typecode;
+ (__pyx_v_info->format[0]) = __pyx_t_3;
+
+ /* "array.pxd":113
+ * info.format = <char*> (info.shape + 1)
+ * info.format[0] = self.ob_descr.typecode
+ * info.format[1] = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info.obj = self
+ *
+ */
+ (__pyx_v_info->format[1]) = 0;
+
+ /* "array.pxd":114
+ * info.format[0] = self.ob_descr.typecode
+ * info.format[1] = 0
+ * info.obj = self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __releasebuffer__(self, Py_buffer* info):
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_info->obj);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_info->obj);
+ __pyx_v_info->obj = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+
+ /* "array.pxd":91
+ * __data_union data
+ *
+ * def __getbuffer__(self, Py_buffer* info, int flags): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # This implementation of getbuffer is geared towards Cython
+ * # requirements, and does not yet fullfill the PEP.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("cpython.array.array.__getbuffer__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ if (__pyx_v_info != NULL && __pyx_v_info->obj != NULL) {
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_info->obj);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_info->obj); __pyx_v_info->obj = NULL;
+ }
+ goto __pyx_L2;
+ __pyx_L0:;
+ if (__pyx_v_info != NULL && __pyx_v_info->obj == Py_None) {
+ __Pyx_GOTREF(Py_None);
+ __Pyx_DECREF(Py_None); __pyx_v_info->obj = NULL;
+ }
+ __pyx_L2:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_item_count);
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "array.pxd":116
+ * info.obj = self
+ *
+ * def __releasebuffer__(self, Py_buffer* info): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * PyMem_Free(info.shape)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static CYTHON_UNUSED void __pyx_pw_7cpython_5array_5array_3__releasebuffer__(PyObject *__pyx_v_self, Py_buffer *__pyx_v_info); /*proto*/
+static CYTHON_UNUSED void __pyx_pw_7cpython_5array_5array_3__releasebuffer__(PyObject *__pyx_v_self, Py_buffer *__pyx_v_info) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__releasebuffer__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_7cpython_5array_5array_2__releasebuffer__(((arrayobject *)__pyx_v_self), ((Py_buffer *)__pyx_v_info));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_7cpython_5array_5array_2__releasebuffer__(CYTHON_UNUSED arrayobject *__pyx_v_self, Py_buffer *__pyx_v_info) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__releasebuffer__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__releasebuffer__", __pyx_f[1], 116);
+
+ /* "array.pxd":117
+ *
+ * def __releasebuffer__(self, Py_buffer* info):
+ * PyMem_Free(info.shape) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * array newarrayobject(PyTypeObject* type, Py_ssize_t size, arraydescr *descr)
+ */
+ PyMem_Free(__pyx_v_info->shape);
+
+ /* "array.pxd":116
+ * info.obj = self
+ *
+ * def __releasebuffer__(self, Py_buffer* info): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * PyMem_Free(info.shape)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "array.pxd":128
+ *
+ *
+ * cdef inline array clone(array template, Py_ssize_t length, bint zero): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ fast creation of a new array, given a template array.
+ * type will be same as template.
+ */
+
+static CYTHON_INLINE arrayobject *__pyx_f_7cpython_5array_clone(arrayobject *__pyx_v_template, Py_ssize_t __pyx_v_length, int __pyx_v_zero) {
+ arrayobject *__pyx_v_op = NULL;
+ arrayobject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("clone", 0);
+ __Pyx_TraceCall("clone", __pyx_f[1], 128);
+
+ /* "array.pxd":132
+ * type will be same as template.
+ * if zero is true, new array will be initialized with zeroes."""
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(template), length, template.ob_descr) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if zero and op is not None:
+ * memset(op.data.as_chars, 0, length * op.ob_descr.itemsize)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PyObject *)newarrayobject(Py_TYPE(((PyObject *)__pyx_v_template)), __pyx_v_length, __pyx_v_template->ob_descr)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 132; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_op = ((arrayobject *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "array.pxd":133
+ * if zero is true, new array will be initialized with zeroes."""
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(template), length, template.ob_descr)
+ * if zero and op is not None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memset(op.data.as_chars, 0, length * op.ob_descr.itemsize)
+ * return op
+ */
+ if ((__pyx_v_zero != 0)) {
+ __pyx_t_2 = (((PyObject *)__pyx_v_op) != Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_2 != 0);
+ } else {
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_zero != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "array.pxd":134
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(template), length, template.ob_descr)
+ * if zero and op is not None:
+ * memset(op.data.as_chars, 0, length * op.ob_descr.itemsize) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return op
+ *
+ */
+ memset(__pyx_v_op->data.as_chars, 0, (__pyx_v_length * __pyx_v_op->ob_descr->itemsize));
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "array.pxd":135
+ * if zero and op is not None:
+ * memset(op.data.as_chars, 0, length * op.ob_descr.itemsize)
+ * return op # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline array copy(array self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(((PyObject *)__pyx_r));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_op));
+ __pyx_r = __pyx_v_op;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "array.pxd":128
+ *
+ *
+ * cdef inline array clone(array template, Py_ssize_t length, bint zero): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ fast creation of a new array, given a template array.
+ * type will be same as template.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("cpython.array.clone", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_op);
+ __Pyx_XGIVEREF((PyObject *)__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "array.pxd":137
+ * return op
+ *
+ * cdef inline array copy(array self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ make a copy of an array. """
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(self), Py_SIZE(self), self.ob_descr)
+ */
+
+static CYTHON_INLINE arrayobject *__pyx_f_7cpython_5array_copy(arrayobject *__pyx_v_self) {
+ arrayobject *__pyx_v_op = NULL;
+ arrayobject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("copy", 0);
+ __Pyx_TraceCall("copy", __pyx_f[1], 137);
+
+ /* "array.pxd":139
+ * cdef inline array copy(array self):
+ * """ make a copy of an array. """
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(self), Py_SIZE(self), self.ob_descr) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy(op.data.as_chars, self.data.as_chars, Py_SIZE(op) * op.ob_descr.itemsize)
+ * return op
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PyObject *)newarrayobject(Py_TYPE(((PyObject *)__pyx_v_self)), Py_SIZE(((PyObject *)__pyx_v_self)), __pyx_v_self->ob_descr)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_op = ((arrayobject *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "array.pxd":140
+ * """ make a copy of an array. """
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(self), Py_SIZE(self), self.ob_descr)
+ * memcpy(op.data.as_chars, self.data.as_chars, Py_SIZE(op) * op.ob_descr.itemsize) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return op
+ *
+ */
+ memcpy(__pyx_v_op->data.as_chars, __pyx_v_self->data.as_chars, (Py_SIZE(((PyObject *)__pyx_v_op)) * __pyx_v_op->ob_descr->itemsize));
+
+ /* "array.pxd":141
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(self), Py_SIZE(self), self.ob_descr)
+ * memcpy(op.data.as_chars, self.data.as_chars, Py_SIZE(op) * op.ob_descr.itemsize)
+ * return op # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline int extend_buffer(array self, char* stuff, Py_ssize_t n) except -1:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(((PyObject *)__pyx_r));
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_op));
+ __pyx_r = __pyx_v_op;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "array.pxd":137
+ * return op
+ *
+ * cdef inline array copy(array self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ make a copy of an array. """
+ * op = newarrayobject(Py_TYPE(self), Py_SIZE(self), self.ob_descr)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("cpython.array.copy", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_op);
+ __Pyx_XGIVEREF((PyObject *)__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "array.pxd":143
+ * return op
+ *
+ * cdef inline int extend_buffer(array self, char* stuff, Py_ssize_t n) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ efficent appending of new stuff of same type
+ * (e.g. of same array type)
+ */
+
+static CYTHON_INLINE int __pyx_f_7cpython_5array_extend_buffer(arrayobject *__pyx_v_self, char *__pyx_v_stuff, Py_ssize_t __pyx_v_n) {
+ Py_ssize_t __pyx_v_itemsize;
+ Py_ssize_t __pyx_v_origsize;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("extend_buffer", 0);
+ __Pyx_TraceCall("extend_buffer", __pyx_f[1], 143);
+
+ /* "array.pxd":147
+ * (e.g. of same array type)
+ * n: number of elements (not number of bytes!) """
+ * cdef Py_ssize_t itemsize = self.ob_descr.itemsize # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef Py_ssize_t origsize = Py_SIZE(self)
+ * resize_smart(self, origsize + n)
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_self->ob_descr->itemsize;
+ __pyx_v_itemsize = __pyx_t_1;
+
+ /* "array.pxd":148
+ * n: number of elements (not number of bytes!) """
+ * cdef Py_ssize_t itemsize = self.ob_descr.itemsize
+ * cdef Py_ssize_t origsize = Py_SIZE(self) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * resize_smart(self, origsize + n)
+ * memcpy(self.data.as_chars + origsize * itemsize, stuff, n * itemsize)
+ */
+ __pyx_v_origsize = Py_SIZE(((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* "array.pxd":149
+ * cdef Py_ssize_t itemsize = self.ob_descr.itemsize
+ * cdef Py_ssize_t origsize = Py_SIZE(self)
+ * resize_smart(self, origsize + n) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * memcpy(self.data.as_chars + origsize * itemsize, stuff, n * itemsize)
+ * return 0
+ */
+ __pyx_t_1 = resize_smart(__pyx_v_self, (__pyx_v_origsize + __pyx_v_n)); if (unlikely(__pyx_t_1 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "array.pxd":150
+ * cdef Py_ssize_t origsize = Py_SIZE(self)
+ * resize_smart(self, origsize + n)
+ * memcpy(self.data.as_chars + origsize * itemsize, stuff, n * itemsize) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return 0
+ *
+ */
+ memcpy((__pyx_v_self->data.as_chars + (__pyx_v_origsize * __pyx_v_itemsize)), __pyx_v_stuff, (__pyx_v_n * __pyx_v_itemsize));
+
+ /* "array.pxd":151
+ * resize_smart(self, origsize + n)
+ * memcpy(self.data.as_chars + origsize * itemsize, stuff, n * itemsize)
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline int extend(array self, array other) except -1:
+ */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "array.pxd":143
+ * return op
+ *
+ * cdef inline int extend_buffer(array self, char* stuff, Py_ssize_t n) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ efficent appending of new stuff of same type
+ * (e.g. of same array type)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("cpython.array.extend_buffer", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "array.pxd":153
+ * return 0
+ *
+ * cdef inline int extend(array self, array other) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ extend array with data from another array; types must match. """
+ * if self.ob_descr.typecode != other.ob_descr.typecode:
+ */
+
+static CYTHON_INLINE int __pyx_f_7cpython_5array_extend(arrayobject *__pyx_v_self, arrayobject *__pyx_v_other) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("extend", 0);
+ __Pyx_TraceCall("extend", __pyx_f[1], 153);
+
+ /* "array.pxd":155
+ * cdef inline int extend(array self, array other) except -1:
+ * """ extend array with data from another array; types must match. """
+ * if self.ob_descr.typecode != other.ob_descr.typecode: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * PyErr_BadArgument()
+ * return extend_buffer(self, other.data.as_chars, Py_SIZE(other))
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->ob_descr->typecode != __pyx_v_other->ob_descr->typecode) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "array.pxd":156
+ * """ extend array with data from another array; types must match. """
+ * if self.ob_descr.typecode != other.ob_descr.typecode:
+ * PyErr_BadArgument() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return extend_buffer(self, other.data.as_chars, Py_SIZE(other))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyErr_BadArgument(); if (unlikely(__pyx_t_2 == 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 156; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "array.pxd":157
+ * if self.ob_descr.typecode != other.ob_descr.typecode:
+ * PyErr_BadArgument()
+ * return extend_buffer(self, other.data.as_chars, Py_SIZE(other)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline void zero(array self):
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_7cpython_5array_extend_buffer(__pyx_v_self, __pyx_v_other->data.as_chars, Py_SIZE(((PyObject *)__pyx_v_other))); if (unlikely(__pyx_t_2 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 157; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "array.pxd":153
+ * return 0
+ *
+ * cdef inline int extend(array self, array other) except -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ extend array with data from another array; types must match. """
+ * if self.ob_descr.typecode != other.ob_descr.typecode:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("cpython.array.extend", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "array.pxd":159
+ * return extend_buffer(self, other.data.as_chars, Py_SIZE(other))
+ *
+ * cdef inline void zero(array self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ set all elements of array to zero. """
+ * memset(self.data.as_chars, 0, Py_SIZE(self) * self.ob_descr.itemsize)
+ */
+
+static CYTHON_INLINE void __pyx_f_7cpython_5array_zero(arrayobject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("zero", 0);
+ __Pyx_TraceCall("zero", __pyx_f[1], 159);
+
+ /* "array.pxd":161
+ * cdef inline void zero(array self):
+ * """ set all elements of array to zero. """
+ * memset(self.data.as_chars, 0, Py_SIZE(self) * self.ob_descr.itemsize) # <<<<<<<<<<<<<<
+ */
+ memset(__pyx_v_self->data.as_chars, 0, (Py_SIZE(((PyObject *)__pyx_v_self)) * __pyx_v_self->ob_descr->itemsize));
+
+ /* "array.pxd":159
+ * return extend_buffer(self, other.data.as_chars, Py_SIZE(other))
+ *
+ * cdef inline void zero(array self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ set all elements of array to zero. """
+ * memset(self.data.as_chars, 0, Py_SIZE(self) * self.ob_descr.itemsize)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && (!PyType_IS_GC(Py_TYPE(o)) || !_PyGC_FINALIZED(o))) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_name(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_name(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10query_name_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_flag(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_flag(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4flag_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_id(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_id(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12reference_id_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_start(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_start(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15reference_start_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapping_quality(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapping_quality(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mapping_quality_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigarstring(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigarstring(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigarstring_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_id(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_id(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17next_reference_id_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_start(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_start(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20next_reference_start_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_length(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12query_length_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_template_length(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_template_length(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15template_length_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_sequence(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_sequence(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14query_sequence_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_qualities(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_qualities(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15query_qualities_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tags(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tags(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tags_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_bin(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_bin(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3bin_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_paired(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_paired(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_paired_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_proper_pair(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_proper_pair(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14is_proper_pair_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_unmapped(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_unmapped(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11is_unmapped_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_unmapped(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_unmapped(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16mate_is_unmapped_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_reverse(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_reverse(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10is_reverse_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_reverse(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_reverse(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15mate_is_reverse_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read1(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read1(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read1_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read2(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read2(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_8is_read2_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_secondary(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_secondary(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_secondary_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_qcfail(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_qcfail(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9is_qcfail_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_duplicate(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_duplicate(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12is_duplicate_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_end(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13reference_end_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_length(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16reference_length_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_length(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22query_alignment_length_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_sequence(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24query_alignment_sequence_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_qualities(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25query_alignment_qualities_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_start(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_alignment_start_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_end(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19query_alignment_end_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_aligment_length(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21query_aligment_length_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigartuples(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigartuples(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11cigartuples_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qname(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qname(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qname_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tid(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tid(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3tid_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pos(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pos(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3pos_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapq(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapq(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mapq_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rnext(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rnext(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rnext_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pnext(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pnext(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5pnext_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigar(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigar(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5cigar_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tlen(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tlen(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4tlen_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_seq(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_seq(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_3seq_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qual(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qual(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qual_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_alen(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_alen(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4alen_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_aend(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_aend(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4aend_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rlen(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rlen(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4rlen_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5query_3__set__(o, v);
+ }
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+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qqual(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qqual(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5qqual_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qstart(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qstart(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6qstart_3__set__(o, v);
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+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qend(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qend(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qend_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qlen(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qlen(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
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+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4qlen_3__set__(o, v);
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+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mrnm(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mrnm(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mrnm_3__set__(o, v);
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+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mpos(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mpos(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4mpos_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rname(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rname(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5rname_3__set__(o, v);
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+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_isize(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5isize_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_isize(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
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+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_blocks(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6blocks_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_aligned_pairs(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13aligned_pairs_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_inferred_length(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15inferred_length_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_positions(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9positions_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("compare"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_7compare, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_6compare)},
+ {__Pyx_NAMESTR("get_reference_positions"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_11get_reference_positions, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_10get_reference_positions)},
+ {__Pyx_NAMESTR("infer_query_length"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_13infer_query_length, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_12infer_query_length)},
+ {__Pyx_NAMESTR("get_aligned_pairs"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_15get_aligned_pairs, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_14get_aligned_pairs)},
+ {__Pyx_NAMESTR("get_blocks"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_17get_blocks, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_16get_blocks)},
+ {__Pyx_NAMESTR("get_overlap"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_19get_overlap, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_18get_overlap)},
+ {__Pyx_NAMESTR("setTag"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_21setTag, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_20setTag)},
+ {__Pyx_NAMESTR("opt"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_23opt, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_22opt)},
+ {__Pyx_NAMESTR("overlap"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_25overlap, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_24overlap)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment[] = {
+ {(char *)"query_name", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_name, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_name, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_query_template_name_None_if), 0},
+ {(char *)"flag", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_flag, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_flag, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_properties_flag), 0},
+ {(char *)"reference_id", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_id, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_id, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_term_reference_ID_note_This_fie), 0},
+ {(char *)"reference_start", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_start, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_start, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_0_based_leftmost_coordinate), 0},
+ {(char *)"mapping_quality", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapping_quality, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapping_quality, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_mapping_quality_2), 0},
+ {(char *)"cigarstring", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigarstring, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigarstring, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_term_cigar_alignment_as_a_st), 0},
+ {(char *)"next_reference_id", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_id, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_id, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_term_reference_id_of_the_mat), 0},
+ {(char *)"next_reference_start", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_start, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_next_reference_start, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_position_of_the_mate_next_re), 0},
+ {(char *)"query_length", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_length, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_length_of_the_query_read_Thi), 0},
+ {(char *)"template_length", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_template_length, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_template_length, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_observed_query_template_leng), 0},
+ {(char *)"query_sequence", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_sequence, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_sequence, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_read_sequence_bases_including_te), 0},
+ {(char *)"query_qualities", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_qualities, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_qualities, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_read_sequence_base_qualities_inc), 0},
+ {(char *)"tags", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tags, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tags, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_tags_in_the_AUX_field_This_p), 0},
+ {(char *)"bin", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_bin, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_bin, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_properties_bin), 0},
+ {(char *)"is_paired", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_paired, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_paired, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_read_is_paired_in_sequen), 0},
+ {(char *)"is_proper_pair", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_proper_pair, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_proper_pair, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_read_is_mapped_in_a_prop), 0},
+ {(char *)"is_unmapped", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_unmapped, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_unmapped, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_read_itself_is_unmapped), 0},
+ {(char *)"mate_is_unmapped", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_unmapped, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_unmapped, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_the_mate_is_unmapped), 0},
+ {(char *)"is_reverse", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_reverse, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_reverse, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_read_is_mapped_to_revers), 0},
+ {(char *)"mate_is_reverse", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_reverse, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mate_is_reverse, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_is_read_is_mapped_to_revers), 0},
+ {(char *)"is_read1", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read1, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read1, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_this_is_read1), 0},
+ {(char *)"is_read2", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read2, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_read2, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_this_is_read2), 0},
+ {(char *)"is_secondary", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_secondary, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_secondary, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_not_primary_alignment), 0},
+ {(char *)"is_qcfail", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_qcfail, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_qcfail, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_QC_failure), 0},
+ {(char *)"is_duplicate", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_duplicate, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_is_duplicate, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_true_if_optical_or_PCR_duplicate), 0},
+ {(char *)"reference_end", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_end, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_aligned_reference_position_of_th), 0},
+ {(char *)"reference_length", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_reference_length, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_aligned_length_of_the_read_on_th), 0},
+ {(char *)"query_alignment_length", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_length, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_length_of_the_query_template_Thi), 0},
+ {(char *)"query_alignment_sequence", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_sequence, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_aligned_portion_of_the_read_This), 0},
+ {(char *)"query_alignment_qualities", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_qualities, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_aligned_query_sequence_quality_v), 0},
+ {(char *)"query_alignment_start", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_start, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_start_index_of_the_aligned_query), 0},
+ {(char *)"query_alignment_end", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_alignment_end, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_end_index_of_the_aligned_query_p), 0},
+ {(char *)"query_aligment_length", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query_aligment_length, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_length_of_the_aligned_query_sequ), 0},
+ {(char *)"cigartuples", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigartuples, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigartuples, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_term_cigar_alignment_The_ali), 0},
+ {(char *)"qname", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qname, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qname, 0, 0},
+ {(char *)"tid", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tid, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tid, 0, 0},
+ {(char *)"pos", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pos, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pos, 0, 0},
+ {(char *)"mapq", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapq, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mapq, 0, 0},
+ {(char *)"rnext", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rnext, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rnext, 0, 0},
+ {(char *)"pnext", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pnext, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_pnext, 0, 0},
+ {(char *)"cigar", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigar, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_cigar, 0, 0},
+ {(char *)"tlen", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tlen, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_tlen, 0, 0},
+ {(char *)"seq", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_seq, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_seq, 0, 0},
+ {(char *)"qual", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qual, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qual, 0, 0},
+ {(char *)"alen", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_alen, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_alen, 0, 0},
+ {(char *)"aend", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_aend, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_aend, 0, 0},
+ {(char *)"rlen", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rlen, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rlen, 0, 0},
+ {(char *)"query", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_query, 0, 0},
+ {(char *)"qqual", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qqual, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qqual, 0, 0},
+ {(char *)"qstart", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qstart, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qstart, 0, 0},
+ {(char *)"qend", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qend, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qend, 0, 0},
+ {(char *)"qlen", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qlen, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_qlen, 0, 0},
+ {(char *)"mrnm", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mrnm, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mrnm, 0, 0},
+ {(char *)"mpos", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mpos, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_mpos, 0, 0},
+ {(char *)"rname", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rname, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_rname, 0, 0},
+ {(char *)"isize", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_isize, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_isize, 0, 0},
+ {(char *)"blocks", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_blocks, 0, 0, 0},
+ {(char *)"aligned_pairs", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_aligned_pairs, 0, 0, 0},
+ {(char *)"inferred_length", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_inferred_length, 0, 0, 0},
+ {(char *)"positions", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_positions, 0, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.AlignedSegment"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_9__hash__, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_5__str__, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("AlignedSegment()\nClass representing an aligned segment. \n\n This class stores a handle to the samtools C-structure representing\n an aligned read. Member read access is forwarded to the C-structure\n and converted into python objects. This implementation should be fast,\n as only the data needed is converted.\n\n For write access, the C-structure is updated in-place. This is\n not the most efficient way to build BAM entries, as the variable\n length [...]
+ 0, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_33__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->_filename);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)o;
+ if (p->_filename) {
+ e = (*v)(p->_filename, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->_filename);
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_filename(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8filename_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_nreferences(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11nreferences_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_references(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10references_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_lengths(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7lengths_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_mapped(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6mapped_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_unmapped(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8unmapped_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_nocoordinate(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12nocoordinate_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_text(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4text_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_header(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6header_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("_isOpen"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_3_isOpen, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_2_isOpen)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_hasIndex"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_5_hasIndex, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_4_hasIndex)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_open"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_7_open, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_6_open)},
+ {__Pyx_NAMESTR("gettid"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_9gettid, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_8gettid)},
+ {__Pyx_NAMESTR("getrname"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_11getrname, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_10getrname)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_parseRegion"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_13_parseRegion, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_12_parseRegion)},
+ {__Pyx_NAMESTR("reset"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_15reset, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_14reset)},
+ {__Pyx_NAMESTR("seek"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_17seek, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_16seek)},
+ {__Pyx_NAMESTR("tell"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_19tell, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_18tell)},
+ {__Pyx_NAMESTR("fetch"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_21fetch, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_20fetch)},
+ {__Pyx_NAMESTR("head"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_23head, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_22head)},
+ {__Pyx_NAMESTR("mate"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_25mate, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_24mate)},
+ {__Pyx_NAMESTR("count"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_27count, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_26count)},
+ {__Pyx_NAMESTR("pileup"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_29pileup, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_28pileup)},
+ {__Pyx_NAMESTR("close"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_31close, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_30close)},
+ {__Pyx_NAMESTR("write"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_35write, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_34write)},
+ {__Pyx_NAMESTR("__enter__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_37__enter__, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_36__enter__)},
+ {__Pyx_NAMESTR("__exit__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_39__exit__, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_38__exit__)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_checkIndex"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_41_checkIndex, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_40_checkIndex)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_buildLine"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_43_buildLine, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_42_buildLine)},
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_47__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile[] = {
+ {(char *)"filename", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_filename, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_number_of_term_filename_associat), 0},
+ {(char *)"nreferences", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_nreferences, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_number_of_term_reference_sequenc), 0},
+ {(char *)"references", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_references, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_tuple_with_the_names_of_term_ref), 0},
+ {(char *)"lengths", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_lengths, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_tuple_of_the_lengths_of_the_term), 0},
+ {(char *)"mapped", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_mapped, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_total_number_of_mapped_alignment), 0},
+ {(char *)"unmapped", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_unmapped, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_total_number_of_unmapped_reads_i), 0},
+ {(char *)"nocoordinate", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_nocoordinate, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_total_number_of_reads_without_co), 0},
+ {(char *)"text", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_text, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_full_contents_of_the_term_sam_fi), 0},
+ {(char *)"header", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_header, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_header_information_within_the_te), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.AlignmentFile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("*(filename, mode=None, template = None,\n referencenames=None, referencelengths = None,\n text=NULL, header=None,\n add_sq_text=False, check_header=True,\n check_sq=True)*\n\n A :term:`SAM`/:term:`BAM` formatted file. The file is\n automatically opened.\n\n *mode* should be ``r`` for reading or ``w`` for writing. The\n default is text mode (:term:`SAM`). For binary (:term:`BAM`) I/O\n you should append ``b`` for compressed or [...]
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_45__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_47__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && (!PyType_IS_GC(Py_TYPE(o)) || !_PyGC_FINALIZED(o))) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_reference_id(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_12reference_id_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_nsegments(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_nsegments(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_9nsegments_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_reference_pos(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_13reference_pos_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_pileups(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_7pileups_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_pos(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_pos(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3pos_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_tid(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_tid(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3tid_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_n(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_1__get__(o);
+}
+
+static int __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_n(PyObject *o, PyObject *v, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ if (v) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1n_3__set__(o, v);
+ }
+ else {
+ PyErr_SetString(PyExc_NotImplementedError, "__del__");
+ return -1;
+ }
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn[] = {
+ {(char *)"reference_id", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_reference_id, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_reference_sequence_number_as), 0},
+ {(char *)"nsegments", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_nsegments, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_nsegments, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_number_of_reads_mapping_to_this), 0},
+ {(char *)"reference_pos", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_reference_pos, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_position_in_the_reference_se), 0},
+ {(char *)"pileups", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_pileups, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_list_of_reads_class_pysam_Pileup), 0},
+ {(char *)"pos", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_pos, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_pos, 0, 0},
+ {(char *)"tid", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_tid, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_tid, 0, 0},
+ {(char *)"n", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_n, __pyx_setprop_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_n, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.PileupColumn"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_3__str__, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("PileupColumn()\nA pileup of reads at a particular reference sequence postion\n (:term:`column`). A pileup column contains all the reads that map\n to a certain target base.\n\n This class is a proxy for results returned by the samtools pileup\n engine. If the underlying engine iterator advances, the results\n of this column will change.\n\n "), /*tp_doc*/
+ 0, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12PileupColumn_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_PileupRead(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)o);
+ p->_alignment = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_PileupRead(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->_alignment);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_PileupRead(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)o;
+ if (p->_alignment) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->_alignment), a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_PileupRead(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->_alignment);
+ p->_alignment = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_alignment(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_9alignment_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_query_position(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_14query_position_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_indel(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5indel_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_level(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_5level_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_del(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_6is_del_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_head(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_head_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_tail(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_7is_tail_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_refskip(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_10is_refskip_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_PileupRead[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_PileupRead[] = {
+ {(char *)"alignment", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_alignment, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_a_class_pysam_AlignedSegment_obj), 0},
+ {(char *)"query_position", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_query_position, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_position_of_the_read_base_at_the), 0},
+ {(char *)"indel", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_indel, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_indel_length_0_for_no_indel_posi), 0},
+ {(char *)"level", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_level, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_level_of_the_read_in_the_vie), 0},
+ {(char *)"is_del", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_del, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_1_iff_the_base_on_the_padded_rea), 0},
+ {(char *)"is_head", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_head, 0, 0, 0},
+ {(char *)"is_tail", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_tail, 0, 0, 0},
+ {(char *)"is_refskip", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_is_refskip, 0, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupRead = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.PileupRead"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_PileupRead, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_3__str__, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("PileupRead()\nRepresentation of a read aligned to a particular position in the\n reference sequence.\n\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_PileupRead, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_PileupRead, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_PileupRead, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_PileupRead, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_10PileupRead_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_PileupRead, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *)o);
+ p->samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_3__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->samfile);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *)o;
+ if (p->samfile) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->samfile), a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->samfile);
+ p->samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorRow"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("IteratorRow(AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False)\nabstract base class for iterators over mapped reads.\n\n Various iterators implement different behaviours for wrapping around\n contig boundaries. Examples include:\n\n :class:`pysam.IteratorRowRegion`\n iterate within a single contig and a defined region.\n\n :class:`pysam.IteratorRowAll`\n iterate until EOF. This iterator will also include unmapped reads.\n\n :class:`pysam.Ite [...]
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_11IteratorRow_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_7__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ PyObject_GC_Track(o);
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_5__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorRowRegion"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("IteratorRowRegion(AlignmentFile samfile, int tid, int beg, int end, int multiple_iterators=False)\n*(AlignmentFile samfile, int tid, int beg, int end,\n int multiple_iterators=False)*\n\n iterate over mapped reads in a region.\n\n .. note::\n It is usually not necessary to create an object of this class\n explicitely. It is returned as a result of call to a :meth:`AlignmentFile.fetch`.\n\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_3__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_5__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+ return o;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_5__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorRowHead"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("IteratorRowHead(AlignmentFile samfile, int n, int multiple_iterators=False)\n*(AlignmentFile samfile, n, int multiple_iterators=False)*\n\n iterate over first n reads in *samfile*\n\n .. note::\n It is usually not necessary to create an object of this class\n explicitly. It is returned as a result of call to a :meth:`AlignmentFile.head`.\n \n\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_3__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_5__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+ return o;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_5__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorRowAll"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("IteratorRowAll(AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False)\n*(AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=False)*\n\n iterate over all reads in *samfile*\n\n .. note::\n It is usually not necessary to create an object of this class\n explicitly. It is returned as a result of call to a :meth:`AlignmentFile.fetch`.\n \n\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_3__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_5__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)o);
+ p->rowiter = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->rowiter);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)o;
+ e = __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(o, v, a); if (e) return e;
+ if (p->rowiter) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->rowiter), a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs *)o;
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(o);
+ tmp = ((PyObject*)p->rowiter);
+ p->rowiter = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("nextiter"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_3nextiter, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_2nextiter)},
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_7__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorRowAllRefs"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("IteratorRowAllRefs(AlignmentFile samfile, multiple_iterators=False)\niterates over all mapped reads by chaining iterators over each reference\n\n .. note::\n It is usually not necessary to create an object of this class\n explicitely. It is returned as a result of call to a :meth:`AlignmentFile.fetch`.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_5__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_7__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+ p->positions = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->positions);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)o;
+ e = __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(o, v, a); if (e) return e;
+ if (p->positions) {
+ e = (*v)(p->positions, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *)o;
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow(o);
+ tmp = ((PyObject*)p->positions);
+ p->positions = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_5__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorRowSelection"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("IteratorRowSelection(AlignmentFile samfile, positions, int multiple_iterators=True)\n*(AlignmentFile samfile)*\n\n iterate over reads in *samfile* at a given list of file positions.\n\n .. note::\n It is usually not necessary to create an object of this class\n explicitely. It is returned as a result of call to a :meth:`AlignmentFile.fetch`.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_3__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_5__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+ p->iter = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ p->samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ p->fastafile = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ p->stepper = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_9__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->iter);
+ Py_CLEAR(p->samfile);
+ Py_CLEAR(p->fastafile);
+ Py_CLEAR(p->stepper);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)o;
+ if (p->iter) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->iter), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->samfile) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->samfile), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->fastafile) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->fastafile), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->stepper) {
+ e = (*v)(p->stepper, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->iter);
+ p->iter = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->samfile);
+ p->samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->fastafile);
+ p->fastafile = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->stepper);
+ p->stepper = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_seq_len(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7seq_len_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("addReference"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_5addReference, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_4addReference)},
+ {__Pyx_NAMESTR("hasReference"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_7hasReference, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_6hasReference)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn[] = {
+ {(char *)"seq_len", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_seq_len, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_current_sequence_length), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorColumn"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("abstract base class for iterators over columns.\n\n IteratorColumn objects wrap the pileup functionality of samtools.\n\n For reasons of efficiency, the iterator points to the current\n pileup buffer. The pileup buffer is updated at every iteration.\n This might cause some unexpected behavious. For example,\n consider the conversion to a list::\n\n f = AlignmentFile(\"file.bam\", \"rb\")\n result = list( f.pileup() )\n\n Here, ``result`` will [...]
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_3__iter__, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn*)__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_3__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("iterates over a region only.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_3__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_3__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn*)__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_3__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IteratorColumnAllRefs"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("iterates over all columns by chaining iterators over each reference\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_3__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_3__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)o);
+ p->samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ p->index = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_7__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->samfile);
+ Py_CLEAR(p->index);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)o;
+ if (p->samfile) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->samfile), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->index) {
+ e = (*v)(p->index, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->samfile);
+ p->samfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->index);
+ p->index = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("build"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_3build, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_2build)},
+ {__Pyx_NAMESTR("find"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_5find, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_4find)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.IndexedReads"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("IndexedReads(AlignmentFile samfile, int multiple_iterators=True)\nindex a Sam/BAM-file by query name.\n\n The index is kept in memory and can be substantial.\n\n By default, the file is re-openend to avoid conflicts if multiple\n operators work on the same file. Set *multiple_iterators* = False\n to not re-open *samfile*.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_12IndexedReads_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_SNPCall(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_SNPCall(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && (!PyType_IS_GC(Py_TYPE(o)) || !_PyGC_FINALIZED(o))) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_tid(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3tid_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_pos(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_3pos_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_reference_base(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_14reference_base_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_genotype(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8genotype_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_consensus_quality(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_17consensus_quality_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_snp_quality(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_11snp_quality_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_mapping_quality(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_15mapping_quality_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_coverage(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_8coverage_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_SNPCall[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_SNPCall[] = {
+ {(char *)"tid", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_tid, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_chromosome_ID_as_is_defined), 0},
+ {(char *)"pos", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_pos, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_nucleotide_position_of_SNP), 0},
+ {(char *)"reference_base", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_reference_base, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_reference_base_at_pos_N_if_no_re), 0},
+ {(char *)"genotype", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_genotype, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_genotype_called), 0},
+ {(char *)"consensus_quality", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_consensus_quality, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_genotype_quality_Phred_scale), 0},
+ {(char *)"snp_quality", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_snp_quality, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_snp_quality_Phred_scaled_pro), 0},
+ {(char *)"mapping_quality", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_mapping_quality, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_root_mean_square_rms_of_the), 0},
+ {(char *)"coverage", __pyx_getprop_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_coverage, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_coverage_or_read_depth_the_numbe), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_SNPCall = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.SNPCall"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_SNPCall), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile_SNPCall, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ __pyx_pw_5pysam_14calignmentfile_7SNPCall_1__str__, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("the results of a SNP call."), /*tp_doc*/
+ 0, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_14calignmentfile_SNPCall, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_14calignmentfile_SNPCall, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile_SNPCall, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *__pyx_freelist_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr[8];
+static int __pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr = 0;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr > 0) & (t->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr)))) {
+ o = (PyObject*)__pyx_freelist_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr[--__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr];
+ memset(o, 0, sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr));
+ (void) PyObject_INIT(o, t);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ } else {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *)o;
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_x);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_y);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_t_0);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_t_1);
+ if ((__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr < 8) & (Py_TYPE(o)->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr))) {
+ __pyx_freelist_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr[__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr++] = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *)o);
+ } else {
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+ }
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *)o;
+ if (p->__pyx_v_x) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_x, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_v_y) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_y, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_t_0) {
+ e = (*v)(p->__pyx_t_0, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_t_1) {
+ e = (*v)(p->__pyx_t_1, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_x);
+ p->__pyx_v_x = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_y);
+ p->__pyx_v_y = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_t_0);
+ p->__pyx_t_0 = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_t_1);
+ p->__pyx_t_1 = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.__pyx_scope_struct__genexpr"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *__pyx_freelist_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr[8];
+static int __pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr = 0;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr > 0) & (t->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr)))) {
+ o = (PyObject*)__pyx_freelist_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr[--__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr];
+ memset(o, 0, sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr));
+ (void) PyObject_INIT(o, t);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ } else {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o;
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_x);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_y);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_t_0);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_t_1);
+ if ((__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr < 8) & (Py_TYPE(o)->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr))) {
+ __pyx_freelist_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr[__pyx_freecount_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr++] = ((struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o);
+ } else {
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+ }
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o;
+ if (p->__pyx_v_x) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_x, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_v_y) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_y, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_t_0) {
+ e = (*v)(p->__pyx_t_0, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_t_1) {
+ e = (*v)(p->__pyx_t_1, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_x);
+ p->__pyx_v_x = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_y);
+ p->__pyx_v_y = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_t_0);
+ p->__pyx_t_0 = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_t_1);
+ p->__pyx_t_1 = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.calignmentfile.__pyx_scope_struct_1_genexpr"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("calignmentfile"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_kp_s_2scB, __pyx_k_2scB, sizeof(__pyx_k_2scB), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_2scH, __pyx_k_2scH, sizeof(__pyx_k_2scH), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_2scI, __pyx_k_2scI, sizeof(__pyx_k_2scI), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_2sc_is, __pyx_k_2sc_is, sizeof(__pyx_k_2sc_is), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_2scb, __pyx_k_2scb, sizeof(__pyx_k_2scb), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_2scc, __pyx_k_2scc, sizeof(__pyx_k_2scc), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_2sccI_i_s, __pyx_k_2sccI_i_s, sizeof(__pyx_k_2sccI_i_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_2scf, __pyx_k_2scf, sizeof(__pyx_k_2scf), 0, 0, 1, 0},
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+ __pyx_builtin_sorted = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_sorted); if (!__pyx_builtin_sorted) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_KeyError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_KeyError); if (!__pyx_builtin_KeyError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1226; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_StopIteration = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_StopIteration); if (!__pyx_builtin_StopIteration) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_chr = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_chr); if (!__pyx_builtin_chr) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_min = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_min); if (!__pyx_builtin_min) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_max = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_max); if (!__pyx_builtin_max) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_map = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_map); if (!__pyx_builtin_map) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_MemoryError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_MemoryError); if (!__pyx_builtin_MemoryError) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":71
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __pyx_tuple_ = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple_)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 71; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple_);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple_);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":92
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # assume unicode
+ */
+ __pyx_tuple__2 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 92; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__2);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":371
+ * mode = "wb0"
+ *
+ * cdef bytes bmode = mode.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename = filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.isstream = filename == b"-"
+ */
+ __pyx_tuple__3 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__3);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":377
+ * self.isbam = len(mode) > 1 and mode[1] == 'b'
+ *
+ * self.isremote = filename.startswith(b"http:") or \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename.startswith(b"ftp:")
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__5 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_b_http); if (unlikely(!__pyx_tuple__5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__5);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":378
+ *
+ * self.isremote = filename.startswith(b"http:") or \
+ * filename.startswith(b"ftp:") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * ctext
+ */
+ __pyx_tuple__6 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_b_ftp); if (unlikely(!__pyx_tuple__6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__6);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":497
+ * if not self.isremote:
+ * if not os.path.exists(filename + b".bai") \
+ * and not os.path.exists( filename[:-4] + b".bai"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index = NULL
+ * else:
+ */
+ __pyx_slice__8 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_4, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__8);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":519
+ * '''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference = _forceBytes(reference)
+ * return bam_name2id(self.header, reference)
+ */
+ __pyx_tuple__9 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__9);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":527
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ * raise ValueError("reference_id %i out of range 0<=tid<%i" %
+ */
+ __pyx_tuple__10 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__10);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":537
+ * convert numerical :term:`tid` into :term:`reference` name.'''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not 0 <= tid < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_tuple__11 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 537; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__11);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":590
+ *
+ * if not reference:
+ * return 0, 0, 0, 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if tid is not None:
+ */
+ __pyx_tuple__13 = PyTuple_Pack(4, __pyx_int_0, __pyx_int_0, __pyx_int_0, __pyx_int_0); if (unlikely(!__pyx_tuple__13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__13);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__13);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":621
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ */
+ __pyx_tuple__14 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__14);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":623
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.isstream:
+ * raise OSError("seek no available in streams")
+ */
+ __pyx_tuple__15 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_seek_only_available_in_bam_files); if (unlikely(!__pyx_tuple__15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__15);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__15);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":625
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ * if self.isstream:
+ * raise OSError("seek no available in streams") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return bgzf_seek(self.fp, offset, where)
+ */
+ __pyx_tuple__16 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_seek_no_available_in_streams); if (unlikely(!__pyx_tuple__16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__16);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__16);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":634
+ * '''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files")
+ */
+ __pyx_tuple__17 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 634; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__17);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__17);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":636
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam:
+ * raise NotImplementedError("seek only available in bam files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return bgzf_tell(self.fp)
+ */
+ __pyx_tuple__18 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_seek_only_available_in_bam_files); if (unlikely(!__pyx_tuple__18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__18);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":679
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion(reference,
+ */
+ __pyx_tuple__19 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 679; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__19);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__19);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":693
+ * if self.isbam:
+ * if not until_eof and not self._hasIndex() and not self.isremote:
+ * raise ValueError("fetch called on bamfile without index") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if has_coord:
+ */
+ __pyx_tuple__20 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_fetch_called_on_bamfile_without); if (unlikely(!__pyx_tuple__20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 693; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__20);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__20);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":709
+ * else:
+ * if has_coord:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "fetching by region is not available for sam files")
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__21 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_fetching_by_region_is_not_availa); if (unlikely(!__pyx_tuple__21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 709; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__21);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__21);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":713
+ *
+ * if callback:
+ * raise NotImplementedError("callback not implemented yet") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.header == NULL:
+ */
+ __pyx_tuple__22 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_callback_not_implemented_yet); if (unlikely(!__pyx_tuple__22)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 713; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__22);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__22);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":716
+ *
+ * if self.header == NULL:
+ * raise ValueError("fetch called for htsfile without header") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check if targets are defined
+ */
+ __pyx_tuple__23 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_fetch_called_for_htsfile_without); if (unlikely(!__pyx_tuple__23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__23);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":721
+ * # give warning, sam_read1 segfaults
+ * if self.header.n_targets == 0:
+ * warnings.warn("fetch called for htsfile without header") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return IteratorRowAll(self,
+ */
+ __pyx_tuple__24 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_fetch_called_for_htsfile_without); if (unlikely(!__pyx_tuple__24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__24);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__24);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":785
+ * break
+ * else:
+ * raise ValueError("mate not found") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return mate
+ */
+ __pyx_tuple__25 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_mate_not_found); if (unlikely(!__pyx_tuple__25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__25);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__25);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":810
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for read in self.fetch(reference=reference,
+ */
+ __pyx_tuple__26 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__26)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 810; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__26);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__26);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":892
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * has_coord, rtid, rstart, rend = self._parseRegion(
+ */
+ __pyx_tuple__27 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__27)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 892; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__27);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__27);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":899
+ * if self.isbam:
+ * if not self._hasIndex():
+ * raise ValueError("no index available for pileup") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if has_coord:
+ */
+ __pyx_tuple__28 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_no_index_available_for_pileup); if (unlikely(!__pyx_tuple__28)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 899; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__28);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__28);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":911
+ *
+ * else:
+ * raise NotImplementedError( "pileup of samfiles not implemented yet" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def close( self ):
+ */
+ __pyx_tuple__29 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_pileup_of_samfiles_not_implement); if (unlikely(!__pyx_tuple__29)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 911; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__29);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__29);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":965
+ * '''number of :term:`reference` sequences in the file.'''
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.header.n_targets
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__30 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__30)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 965; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__30);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__30);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":971
+ * """tuple with the names of :term:`reference` sequences."""
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_tuple__31 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__31)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 971; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__31);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__31);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":984
+ * """
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t = []
+ * for x from 0 <= x < self.header.n_targets:
+ */
+ __pyx_tuple__32 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__32)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__32);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__32);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1007
+ * an error.'''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self.isbam:
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files")
+ */
+ __pyx_tuple__33 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__33)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1007; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__33);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__33);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1009
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * if not self.isbam:
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.index == NULL:
+ * raise ValueError("mapping information not recorded in index "
+ */
+ __pyx_tuple__34 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_AlignmentFile_mapped_only_availa); if (unlikely(!__pyx_tuple__34)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__34);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__34);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1011
+ * raise AttributeError("AlignmentFile.mapped only available in bam files")
+ * if self.index == NULL:
+ * raise ValueError("mapping information not recorded in index " # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "or index not available")
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__35 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_mapping_information_not_recorded); if (unlikely(!__pyx_tuple__35)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__35);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1044
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return from_string_and_size(self.header.text, self.header.l_text)
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__36 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__36)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__36);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__36);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1070
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = {}
+ */
+ __pyx_tuple__37 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__37)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1070; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__37);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__37);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1078
+ * # create 0-terminated string)
+ * t = self.text
+ * for line in t.split("\n"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not line.strip(): continue
+ * assert line.startswith("@"), \
+ */
+ __pyx_tuple__39 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__38); if (unlikely(!__pyx_tuple__39)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1078; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__39);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__39);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1080
+ * for line in t.split("\n"):
+ * if not line.strip(): continue
+ * assert line.startswith("@"), \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "header line without '@': '%s'" % line
+ * fields = line[1:].split("\t")
+ */
+ __pyx_tuple__41 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__40); if (unlikely(!__pyx_tuple__41)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__41);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__41);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1082
+ * assert line.startswith("@"), \
+ * "header line without '@': '%s'" % line
+ * fields = line[1:].split("\t") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * record = fields[0]
+ * assert record in VALID_HEADER_TYPES, \
+ */
+ __pyx_slice__42 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__42)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1082; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__42);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__42);
+ __pyx_tuple__44 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__43); if (unlikely(!__pyx_tuple__44)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1082; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__44);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__44);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1091
+ * if record not in result:
+ * result[record] = []
+ * result[record].append("\t".join( fields[1:])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * continue
+ * # the following is clumsy as generators do not work?
+ */
+ __pyx_slice__45 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__45)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1091; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__45);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__45);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1096
+ * x = {}
+ *
+ * for idx, field in enumerate(fields[1:]): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if ":" not in field:
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" )
+ */
+ __pyx_slice__46 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__46)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1096; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__46);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__46);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1098
+ * for idx, field in enumerate(fields[1:]):
+ * if ":" not in field:
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * key, value = field.split(":", 1)
+ * if key in ("CL",):
+ */
+ __pyx_tuple__48 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_malformatted_header_no_in_field); if (unlikely(!__pyx_tuple__48)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1098; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__48);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__48);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1099
+ * if ":" not in field:
+ * raise ValueError("malformatted header: no ':' in field" )
+ * key, value = field.split(":", 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key in ("CL",):
+ * # special treatment for command line
+ */
+ __pyx_tuple__49 = PyTuple_Pack(2, __pyx_kp_s__47, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_tuple__49)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__49);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__49);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1107
+ * # header. Thus, in contravention to the
+ * # SAM API, consume the rest of the line.
+ * key, value = "\t".join(fields[idx+1:]).split(":", 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * x[key] = VALID_HEADER_FIELDS[record][key](value)
+ * break
+ */
+ __pyx_tuple__50 = PyTuple_Pack(2, __pyx_kp_s__47, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_tuple__50)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__50);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__50);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1216
+ * dest.text = <char*>calloc( len(text), sizeof(char))
+ * dest.l_text = len(text)
+ * cdef bytes btext = text.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strncpy( dest.text, btext, dest.l_text )
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__51 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__51)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1216; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__51);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__51);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1237
+ * dest.target_name[x] = <char*>calloc(
+ * len(seqname) + 1, sizeof(char))
+ * bseqname = seqname.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * strncpy(dest.target_name[x], bseqname,
+ * len(seqname) + 1)
+ */
+ __pyx_tuple__52 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__52)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1237; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__52);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__52);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1254
+ * def __iter__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not self.isbam and self.header.n_targets == 0:
+ */
+ __pyx_tuple__53 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__53)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__53);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__53);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1257
+ *
+ * if not self.isbam and self.header.n_targets == 0:
+ * raise NotImplementedError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "can not iterate over samfile without header")
+ * return self
+ */
+ __pyx_tuple__54 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_can_not_iterate_over_samfile_wit); if (unlikely(!__pyx_tuple__54)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1257; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__54);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__54);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1280
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_tuple__55 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_truncated_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__55)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1280; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__55);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__55);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1313
+ *
+ * if not samfile._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # makes sure that samfile stays alive as long as the
+ */
+ __pyx_tuple__56 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__56)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1313; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__56);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__56);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1364
+ *
+ * if not samfile._hasIndex():
+ * raise ValueError( "no index available for iteration" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.iter = sam_itr_queryi(
+ */
+ __pyx_tuple__57 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_no_index_available_for_iteration); if (unlikely(!__pyx_tuple__57)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__57);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__57);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1440
+ * return makeAlignedSegment( self.b )
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_tuple__58 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_truncated_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__58)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1440; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__58);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__58);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1482
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_tuple__59 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_truncated_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__59)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__59);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__59);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1501
+ *
+ * if not samfile._hasIndex():
+ * raise ValueError("no index available for fetch") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.tid = -1
+ */
+ __pyx_tuple__60 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_no_index_available_for_fetch); if (unlikely(!__pyx_tuple__60)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1501; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__60);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__60);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1600
+ * return makeAlignedSegment(self.b)
+ * elif (ret == -2):
+ * raise IOError('truncated file') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_tuple__61 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_truncated_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__61)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__61);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__61);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1908
+ * self.cnext()
+ * if self.n_plp < 0:
+ * raise ValueError("error during iteration" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.plp == NULL:
+ */
+ __pyx_tuple__63 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_error_during_iteration); if (unlikely(!__pyx_tuple__63)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__63);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__63);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1946
+ *
+ * if self.n_plp < 0:
+ * raise ValueError("error during iteration" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # return result, if within same reference
+ */
+ __pyx_tuple__64 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_error_during_iteration); if (unlikely(!__pyx_tuple__64)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1946; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__64);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__64);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2099
+ *
+ * if not type(pytag) is bytes:
+ * pytag = pytag.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t = type(value)
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__65 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__65)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2099; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__65);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__65);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2118
+ * datafmt, datatype = "h", 's'
+ * elif mi < -2147483648 or ma >= 2147483648:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "at least one signed integer out of range of "
+ * "BAM/SAM specification")
+ */
+ __pyx_tuple__66 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_at_least_one_signed_integer_out); if (unlikely(!__pyx_tuple__66)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__66);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__66);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2130
+ * datafmt, datatype = "H", 'S'
+ * elif ma >= 4294967296:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "at least one integer out of range of BAM/SAM specification")
+ * else:
+ */
+ __pyx_tuple__67 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_at_least_one_integer_out_of_rang); if (unlikely(!__pyx_tuple__67)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__67);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__67);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2136
+ *
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt)
+ * args.extend([pytag[:2], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'),
+ */
+ __pyx_slice__68 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_2, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__68)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__68);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__68);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2137
+ * datafmt = "2sccI%i%s" % (len(value), datafmt)
+ * args.extend([pytag[:2],
+ * pytype.encode('ascii'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * datatype.encode('ascii'),
+ * len(value)] + list(value))
+ */
+ __pyx_tuple__69 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__69)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2137; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__69);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__69);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2138
+ * args.extend([pytag[:2],
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * datatype.encode('ascii'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * len(value)] + list(value))
+ * fmts.append( datafmt )
+ */
+ __pyx_tuple__70 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__70)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2138; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__70);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__70);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2161
+ * # Note: hex strings (H) are not supported yet
+ * if t is not bytes:
+ * value = value.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(value) == 1:
+ * fmt, pytype = "2scc", 'A'
+ */
+ __pyx_tuple__71 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__71)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2161; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__71);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__71);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2167
+ * fmt, pytype = "2sc%is" % (len(value)+1), 'Z'
+ *
+ * args.extend([pytag[:2], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pytype.encode('ascii'),
+ * value])
+ */
+ __pyx_slice__72 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_2, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__72)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__72);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__72);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2168
+ *
+ * args.extend([pytag[:2],
+ * pytype.encode('ascii'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value])
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__73 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__73)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__73);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__73);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3206
+ * type_code = _getTypeCode(value, value_type)
+ * if type_code == 0:
+ * raise ValueError("can't guess type or invalid type code specified") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Not Endian-safe, but then again neither is samtools!
+ */
+ __pyx_tuple__75 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_can_t_guess_type_or_invalid_type); if (unlikely(!__pyx_tuple__75)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3206; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__75);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__75);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3226
+ * value_size = sizeof(float)
+ * else:
+ * raise ValueError('Unsupported value_type in set_option') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * tag = _forceBytes( tag )
+ */
+ __pyx_tuple__76 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_Unsupported_value_type_in_set_op); if (unlikely(!__pyx_tuple__76)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3226; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__76);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__76);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3416
+ * '''
+ * def __init__(self):
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+ __pyx_tuple__77 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_this_class_cannot_be_instantiate); if (unlikely(!__pyx_tuple__77)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3416; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__77);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__77);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3449
+ *
+ * if self.plp == NULL or self.plp[0] == NULL:
+ * raise ValueError("PileupColumn accessed after iterator finished") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # warning: there could be problems if self.n and self.buf are
+ */
+ __pyx_tuple__78 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_PileupColumn_accessed_after_iter); if (unlikely(!__pyx_tuple__78)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__78);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__78);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3487
+ *
+ * def __init__(self):
+ * raise TypeError("this class cannot be instantiated from Python") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __str__(self):
+ */
+ __pyx_tuple__79 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_this_class_cannot_be_instantiate); if (unlikely(!__pyx_tuple__79)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__79);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__79);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":113
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ * CIGAR_REGEX = re.compile( "(\d+)([MIDNSHP=X])" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #####################################################################
+ */
+ __pyx_tuple__80 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_d_MIDNSHP_X); if (unlikely(!__pyx_tuple__80)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__80);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__80);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":211
+ *
+ * # order of records within SAM headers
+ * VALID_HEADERS = ("HD", "SQ", "RG", "PG", "CO") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # default type conversions within SAM header records
+ */
+ __pyx_tuple__81 = PyTuple_Pack(5, __pyx_n_s_HD, __pyx_n_s_SQ, __pyx_n_s_RG, __pyx_n_s_PG, __pyx_n_s_CO); if (unlikely(!__pyx_tuple__81)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 211; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__81);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__81);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":225
+ *
+ * # output order of fields within records
+ * VALID_HEADER_ORDER = {"HD" : ("VN", "SO", "GO"), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "SQ" : ("SN", "LN", "AS", "M5",
+ * "UR", "SP"),
+ */
+ __pyx_tuple__82 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_VN, __pyx_n_s_SO, __pyx_n_s_GO); if (unlikely(!__pyx_tuple__82)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__82);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__82);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":226
+ * # output order of fields within records
+ * VALID_HEADER_ORDER = {"HD" : ("VN", "SO", "GO"),
+ * "SQ" : ("SN", "LN", "AS", "M5", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "UR", "SP"),
+ * "RG" : ("ID", "SM", "LB", "DS",
+ */
+ __pyx_tuple__83 = PyTuple_Pack(6, __pyx_n_s_SN, __pyx_n_s_LN, __pyx_n_s_AS, __pyx_n_s_M5, __pyx_n_s_UR, __pyx_n_s_SP); if (unlikely(!__pyx_tuple__83)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 226; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__83);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__83);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":228
+ * "SQ" : ("SN", "LN", "AS", "M5",
+ * "UR", "SP"),
+ * "RG" : ("ID", "SM", "LB", "DS", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PU", "PI", "CN", "DT",
+ * "PL", "FO", "KS", "PG"),
+ */
+ __pyx_tuple__84 = PyTuple_Pack(12, __pyx_n_s_ID, __pyx_n_s_SM, __pyx_n_s_LB, __pyx_n_s_DS, __pyx_n_s_PU, __pyx_n_s_PI, __pyx_n_s_CN, __pyx_n_s_DT, __pyx_n_s_PL, __pyx_n_s_FO, __pyx_n_s_KS, __pyx_n_s_PG); if (unlikely(!__pyx_tuple__84)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 228; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__84);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__84);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":231
+ * "PU", "PI", "CN", "DT",
+ * "PL", "FO", "KS", "PG"),
+ * "PG" : ("PN", "ID", "VN", "CL", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PP"),}
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__85 = PyTuple_Pack(5, __pyx_n_s_PN, __pyx_n_s_ID, __pyx_n_s_VN, __pyx_n_s_CL, __pyx_n_s_PP); if (unlikely(!__pyx_tuple__85)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 231; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__85);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__85);
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2052
+ *
+ *
+ * def toQualityString(qualities): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert a list of quality score to the string
+ * representation used in the SAM format.'''
+ */
+ __pyx_tuple__86 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_qualities, __pyx_n_s_x); if (unlikely(!__pyx_tuple__86)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2052; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__86);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__86);
+ __pyx_codeobj__87 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__86, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_toQualityString, 2052, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__87)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2052; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2060
+ *
+ *
+ * def fromQualityString(quality_string): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a list of quality scores from the
+ * stringn representation of quality scores used
+ */
+ __pyx_tuple__88 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_quality_string, __pyx_n_s_x); if (unlikely(!__pyx_tuple__88)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2060; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__88);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__88);
+ __pyx_codeobj__89 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__88, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_fromQualityString, 2060, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__89)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2060; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __pyx_int_0 = PyInt_FromLong(0); if (unlikely(!__pyx_int_0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_1 = PyInt_FromLong(1); if (unlikely(!__pyx_int_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_2 = PyInt_FromLong(2); if (unlikely(!__pyx_int_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_33 = PyInt_FromLong(33); if (unlikely(!__pyx_int_33)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_128 = PyInt_FromLong(128); if (unlikely(!__pyx_int_128)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_255 = PyInt_FromLong(255); if (unlikely(!__pyx_int_255)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_256 = PyInt_FromLong(256); if (unlikely(!__pyx_int_256)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_8000 = PyInt_FromLong(8000); if (unlikely(!__pyx_int_8000)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_32768 = PyInt_FromLong(32768L); if (unlikely(!__pyx_int_32768)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_65535 = PyInt_FromLong(65535L); if (unlikely(!__pyx_int_65535)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_65536 = PyInt_FromLong(65536L); if (unlikely(!__pyx_int_65536)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_536870912 = PyInt_FromLong(536870912L); if (unlikely(!__pyx_int_536870912)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_2147483648 = PyInt_FromString((char *)"2147483648", 0, 0); if (unlikely(!__pyx_int_2147483648)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_4294967295 = PyInt_FromString((char *)"4294967295", 0, 0); if (unlikely(!__pyx_int_4294967295)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_4294967296 = PyInt_FromString((char *)"4294967296", 0, 0); if (unlikely(!__pyx_int_4294967296)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_4 = PyInt_FromLong(-4); if (unlikely(!__pyx_int_neg_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_127 = PyInt_FromLong(-127); if (unlikely(!__pyx_int_neg_127)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_128 = PyInt_FromLong(-128); if (unlikely(!__pyx_int_neg_128)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_32767 = PyInt_FromLong(-32767L); if (unlikely(!__pyx_int_neg_32767)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_32768 = PyInt_FromLong(-32768L); if (unlikely(!__pyx_int_neg_32768)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_2147483648 = PyInt_FromLong(-2147483648L); if (unlikely(!__pyx_int_neg_2147483648)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initcalignmentfile(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initcalignmentfile(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_calignmentfile(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_calignmentfile(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_calignmentfile(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("calignmentfile"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__calignmentfile) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.calignmentfile")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.calignmentfile", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ __pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING = ((PyObject*)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ /*--- Type init code ---*/
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment.setTag = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *, PyObject *, PyObject *, int __pyx_skip_dispatch, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag *__pyx_optional_args))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment, "__str__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_4__str__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "AlignedSegment", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile._buildHeader = (bam_hdr_t *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, PyObject *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile__buildHeader;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile.getCurrent = (bam1_t *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_getCurrent;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile.cnext = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_cnext;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile.write = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *, int __pyx_skip_dispatch))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_write;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile._getrname = (char *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, int))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile__getrname;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 235; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 235; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_13AlignmentFile_46__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 235; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "AlignmentFile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 235; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "PileupColumn", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupRead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupRead.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "PileupRead", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupRead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupRead = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_PileupRead;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1287; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorRow", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1287; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion.getCurrent = (bam1_t *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_getCurrent;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion.cnext = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_cnext;
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_17IteratorRowRegion_4__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorRowRegion", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead.getCurrent = (bam1_t *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_getCurrent;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead.cnext = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_cnext;
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1396; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1396; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_15IteratorRowHead_4__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1396; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorRowHead", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1396; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll.getCurrent = (bam1_t *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_getCurrent;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll.cnext = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_cnext;
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1445; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1445; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_14IteratorRowAll_4__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1445; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorRowAll", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1445; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_18IteratorRowAllRefs_6__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorRowAllRefs", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection.getCurrent = (bam1_t *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_getCurrent;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection.cnext = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_cnext;
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorRowSelection_4__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorRowSelection", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn.cnext = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_cnext;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn.getSequence = (char *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_getSequence;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn.setMask = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, PyObject *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setMask;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn.setupIteratorData = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, int, int, int, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData *__pyx_optional_args))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn.reset = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, PyObject *, PyObject *, PyObject *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_reset;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn._free_pileup_iter = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *))__pyx_f_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn__free_pileup_iter;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorColumn", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1885; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1885; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_20IteratorColumnRegion_2__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1885; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorColumnRegion", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1885; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs = &__pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+ __pyx_vtable_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_14calignmentfile_21IteratorColumnAllRefs_2__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IteratorColumnAllRefs", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3589; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "IndexedReads", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3589; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_SNPCall) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile_SNPCall.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "SNPCall", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_SNPCall) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_SNPCall = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile_SNPCall;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr.tp_print = 0;
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct__genexpr;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr.tp_print = 0;
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr = &__pyx_type_5pysam_14calignmentfile___pyx_scope_struct_1_genexpr;
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "FastaFile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "FastqProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 21; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "FastqFile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 25; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 25; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "Fastafile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 35; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 35; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "Fastqfile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 38; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 38; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4type_type = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "type",
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ sizeof(PyTypeObject),
+ #else
+ sizeof(PyHeapTypeObject),
+ #endif
+ 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4type_type)) {__pyx_filename = __pyx_f[3]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "bool", sizeof(PyBoolObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "complex", sizeof(PyComplexObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex)) {__pyx_filename = __pyx_f[5]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_5array_array = __Pyx_ImportType("array", "array", sizeof(arrayobject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_5array_array)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":4
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import os
+ * import sys
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_tempfile, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tempfile, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":5
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile
+ * import os # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys
+ * import types
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_os, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_os, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":6
+ * import tempfile
+ * import os
+ * import sys # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import types
+ * import itertools
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":7
+ * import os
+ * import sys
+ * import types # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import itertools
+ * import struct
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_types, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_types, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":8
+ * import sys
+ * import types
+ * import itertools # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import struct
+ * import ctypes
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_itertools, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_itertools, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":9
+ * import types
+ * import itertools
+ * import struct # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import ctypes
+ * import collections
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_struct, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_struct, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":10
+ * import itertools
+ * import struct
+ * import ctypes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import collections
+ * import re
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_ctypes, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_ctypes, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":11
+ * import struct
+ * import ctypes
+ * import collections # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import re
+ * import platform
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_collections, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 11; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_collections, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 11; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":12
+ * import ctypes
+ * import collections
+ * import re # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import platform
+ * import warnings
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_re, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 12; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_re, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 12; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":13
+ * import collections
+ * import re
+ * import platform # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import warnings
+ * import array
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_platform, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 13; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_platform, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 13; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":14
+ * import re
+ * import platform
+ * import warnings # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import array
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_warnings, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_warnings, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":15
+ * import platform
+ * import warnings
+ * import array # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * from cpython cimport PyErr_SetString, \
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_array, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_array, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":31
+ * ## Python 3 compatibility functions
+ * ########################################################################
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((PY_MAJOR_VERSION >= 3)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 31; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_IS_PYTHON3, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 31; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":40
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 40; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getfilesystemencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 40; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 40; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 40; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":41
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":42
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 42; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getdefaultencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 42; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 42; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 42; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L2;
+ }
+ __pyx_L2:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":43
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":44
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #cdef char* _C_FILENAME_ENCODING
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_14calignmentfile__FILENAME_ENCODING, __pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ascii);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":108
+ * DEF SEEK_END = 2
+ *
+ * cdef char* CODE2CIGAR= "MIDNSHP=X" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if IS_PYTHON3:
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ */
+ __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_CODE2CIGAR = __pyx_k_MIDNSHP_X;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":109
+ *
+ * cdef char* CODE2CIGAR= "MIDNSHP=X"
+ * if IS_PYTHON3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_IS_PYTHON3); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 109; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 109; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":110
+ * cdef char* CODE2CIGAR= "MIDNSHP=X"
+ * if IS_PYTHON3:
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_4genexpr(NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_CIGAR2CODE, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":112
+ * CIGAR2CODE = dict( [y,x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * CIGAR_REGEX = re.compile( "(\d+)([MIDNSHP=X])" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_pf_5pysam_14calignmentfile_7genexpr(NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_CIGAR2CODE, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":113
+ * else:
+ * CIGAR2CODE = dict( [ord(y),x] for x,y in enumerate( CODE2CIGAR) )
+ * CIGAR_REGEX = re.compile( "(\d+)([MIDNSHP=X])" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #####################################################################
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_re); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_compile); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__80, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_CIGAR_REGEX, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":117
+ * #####################################################################
+ * # hard-coded constants
+ * cdef int max_pos = 2 << 29 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #####################################################################
+ */
+ __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos = 1073741824;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":204
+ *
+ * # valid types for SAM headers
+ * VALID_HEADER_TYPES = {"HD" : dict, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "SQ" : list,
+ * "RG" : list,
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_HD, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":205
+ * # valid types for SAM headers
+ * VALID_HEADER_TYPES = {"HD" : dict,
+ * "SQ" : list, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "RG" : list,
+ * "PG" : list,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_SQ, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":206
+ * VALID_HEADER_TYPES = {"HD" : dict,
+ * "SQ" : list,
+ * "RG" : list, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PG" : list,
+ * "CO" : list}
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_RG, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":207
+ * "SQ" : list,
+ * "RG" : list,
+ * "PG" : list, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "CO" : list}
+ *
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_PG, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":208
+ * "RG" : list,
+ * "PG" : list,
+ * "CO" : list} # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # order of records within SAM headers
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_CO, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_VALID_HEADER_TYPES, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":211
+ *
+ * # order of records within SAM headers
+ * VALID_HEADERS = ("HD", "SQ", "RG", "PG", "CO") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # default type conversions within SAM header records
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_VALID_HEADERS, __pyx_tuple__81) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 211; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":214
+ *
+ * # default type conversions within SAM header records
+ * VALID_HEADER_FIELDS = {"HD" : {"VN" : str, "SO" : str, "GO" : str}, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "SQ" : {"SN" : str, "LN" : int, "AS" : str,
+ * "M5" : str, "SP" : str, "UR" : str,},
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_VN, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_SO, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_GO, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_HD, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":215
+ * # default type conversions within SAM header records
+ * VALID_HEADER_FIELDS = {"HD" : {"VN" : str, "SO" : str, "GO" : str},
+ * "SQ" : {"SN" : str, "LN" : int, "AS" : str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "M5" : str, "SP" : str, "UR" : str,},
+ * "RG" : {"ID" : str, "CN" : str, "DS" : str,
+ */
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_SN, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_LN, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyInt_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_AS, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":216
+ * VALID_HEADER_FIELDS = {"HD" : {"VN" : str, "SO" : str, "GO" : str},
+ * "SQ" : {"SN" : str, "LN" : int, "AS" : str,
+ * "M5" : str, "SP" : str, "UR" : str,}, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "RG" : {"ID" : str, "CN" : str, "DS" : str,
+ * "DT" : str, "FO" : str, "KS" : str,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_M5, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_SP, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_UR, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_SQ, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":217
+ * "SQ" : {"SN" : str, "LN" : int, "AS" : str,
+ * "M5" : str, "SP" : str, "UR" : str,},
+ * "RG" : {"ID" : str, "CN" : str, "DS" : str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "DT" : str, "FO" : str, "KS" : str,
+ * "LB" : str, "PG" : str, "PI" : str,
+ */
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_ID, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_CN, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_DS, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":218
+ * "M5" : str, "SP" : str, "UR" : str,},
+ * "RG" : {"ID" : str, "CN" : str, "DS" : str,
+ * "DT" : str, "FO" : str, "KS" : str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "LB" : str, "PG" : str, "PI" : str,
+ * "PL" : str, "PU" : str, "SM" : str,},
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_DT, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_FO, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_KS, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":219
+ * "RG" : {"ID" : str, "CN" : str, "DS" : str,
+ * "DT" : str, "FO" : str, "KS" : str,
+ * "LB" : str, "PG" : str, "PI" : str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PL" : str, "PU" : str, "SM" : str,},
+ * "PG" : {"ID" : str, "PN" : str, "CL" : str,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_LB, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_PG, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_PI, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":220
+ * "DT" : str, "FO" : str, "KS" : str,
+ * "LB" : str, "PG" : str, "PI" : str,
+ * "PL" : str, "PU" : str, "SM" : str,}, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PG" : {"ID" : str, "PN" : str, "CL" : str,
+ * "PP" : str, "DS" : str, "VN" : str,},}
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_PL, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_PU, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_SM, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_RG, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":221
+ * "LB" : str, "PG" : str, "PI" : str,
+ * "PL" : str, "PU" : str, "SM" : str,},
+ * "PG" : {"ID" : str, "PN" : str, "CL" : str, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PP" : str, "DS" : str, "VN" : str,},}
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_ID, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_PN, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_CL, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":222
+ * "PL" : str, "PU" : str, "SM" : str,},
+ * "PG" : {"ID" : str, "PN" : str, "CL" : str,
+ * "PP" : str, "DS" : str, "VN" : str,},} # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # output order of fields within records
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_PP, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_DS, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_VN, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type)))) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_PG, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_VALID_HEADER_FIELDS, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":225
+ *
+ * # output order of fields within records
+ * VALID_HEADER_ORDER = {"HD" : ("VN", "SO", "GO"), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "SQ" : ("SN", "LN", "AS", "M5",
+ * "UR", "SP"),
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_HD, __pyx_tuple__82) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":226
+ * # output order of fields within records
+ * VALID_HEADER_ORDER = {"HD" : ("VN", "SO", "GO"),
+ * "SQ" : ("SN", "LN", "AS", "M5", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "UR", "SP"),
+ * "RG" : ("ID", "SM", "LB", "DS",
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_SQ, __pyx_tuple__83) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":228
+ * "SQ" : ("SN", "LN", "AS", "M5",
+ * "UR", "SP"),
+ * "RG" : ("ID", "SM", "LB", "DS", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PU", "PI", "CN", "DT",
+ * "PL", "FO", "KS", "PG"),
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_RG, __pyx_tuple__84) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":231
+ * "PU", "PI", "CN", "DT",
+ * "PL", "FO", "KS", "PG"),
+ * "PG" : ("PN", "ID", "VN", "CL", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "PP"),}
+ *
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_PG, __pyx_tuple__85) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_VALID_HEADER_ORDER, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1891
+ * int tid = 0,
+ * int start = 0,
+ * int end = max_pos, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int truncate = False,
+ * **kwargs ):
+ */
+ __pyx_k__62 = __pyx_v_5pysam_14calignmentfile_max_pos;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2052
+ *
+ *
+ * def toQualityString(qualities): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''convert a list of quality score to the string
+ * representation used in the SAM format.'''
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_14calignmentfile_1toQualityString, NULL, __pyx_n_s_pysam_calignmentfile); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2052; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_toQualityString, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2052; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":2060
+ *
+ *
+ * def fromQualityString(quality_string): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a list of quality scores from the
+ * stringn representation of quality scores used
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_14calignmentfile_3fromQualityString, NULL, __pyx_n_s_pysam_calignmentfile); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2060; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_fromQualityString, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 2060; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":3666
+ * bam_hdr_destroy(self.header)
+ *
+ * __all__ = ["AlignmentFile", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "IteratorRow",
+ * "IteratorColumn",
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(9); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_AlignmentFile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_n_s_AlignmentFile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_AlignmentFile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_IteratorRow);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_n_s_IteratorRow);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_IteratorRow);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_IteratorColumn);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_n_s_IteratorColumn);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_IteratorColumn);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_AlignedSegment);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_n_s_AlignedSegment);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_AlignedSegment);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_PileupColumn);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 4, __pyx_n_s_PileupColumn);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_PileupColumn);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_PileupRead);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 5, __pyx_n_s_PileupRead);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_PileupRead);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_IndexedReads);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 6, __pyx_n_s_IndexedReads);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_IndexedReads);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_toQualityString);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 7, __pyx_n_s_toQualityString);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_toQualityString);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_fromQualityString);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 8, __pyx_n_s_fromQualityString);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_fromQualityString);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_all_2, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/calignmentfile.pyx":1
+ * # cython: embedsignature=True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "array.pxd":159
+ * return extend_buffer(self, other.data.as_chars, Py_SIZE(other))
+ *
+ * cdef inline void zero(array self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ set all elements of array to zero. """
+ * memset(self.data.as_chars, 0, Py_SIZE(self) * self.ob_descr.itemsize)
+ */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.calignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.calignmentfile");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name) {
+ PyObject* result = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, name);
+ if (unlikely(!result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError,
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "name '%U' is not defined", name);
+#else
+ "name '%.200s' is not defined", PyString_AS_STRING(name));
+#endif
+ }
+ return result;
+}
+
+#if CYTHON_PROFILE
+static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code,
+ PyFrameObject** frame,
+ const char *funcname,
+ const char *srcfile,
+ int firstlineno) {
+ int retval;
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET();
+ if (*frame == NULL || !CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME) {
+ if (*code == NULL) {
+ *code = __Pyx_createFrameCodeObject(funcname, srcfile, firstlineno);
+ if (*code == NULL) return 0;
+ }
+ *frame = PyFrame_New(
+ tstate, /*PyThreadState *tstate*/
+ *code, /*PyCodeObject *code*/
+ __pyx_d, /*PyObject *globals*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (*frame == NULL) return 0;
+ if (CYTHON_TRACE && (*frame)->f_trace == NULL) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ (*frame)->f_trace = Py_None;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400B1
+ } else {
+ (*frame)->f_tstate = tstate;
+#endif
+ }
+ (*frame)->f_lineno = firstlineno;
+ tstate->use_tracing = 0;
+ #if CYTHON_TRACE
+ if (tstate->c_tracefunc)
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL);
+ if (!tstate->c_profilefunc)
+ retval = 1;
+ else
+ #endif
+ retval = tstate->c_profilefunc(tstate->c_profileobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL) == 0;
+ tstate->use_tracing = (tstate->c_profilefunc ||
+ (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc));
+ return tstate->use_tracing && retval;
+}
+static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno) {
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyString_FromString(srcfile);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(srcfile);
+ #endif
+ if (!py_funcname | !py_srcfile) goto bad;
+ py_code = PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ #endif
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ firstlineno, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+}
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyObject *result;
+ ternaryfunc call = func->ob_type->tp_call;
+ if (unlikely(!call))
+ return PyObject_Call(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (unlikely(Py_EnterRecursiveCall((char*)" while calling a Python object")))
+ return NULL;
+#endif
+ result = (*call)(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ Py_LeaveRecursiveCall();
+#endif
+ if (unlikely(!result) && unlikely(!PyErr_Occurred())) {
+ PyErr_SetString(
+ PyExc_SystemError,
+ "NULL result without error in PyObject_Call");
+ }
+ return result;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_decode_c_string(
+ const char* cstring, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop,
+ const char* encoding, const char* errors,
+ PyObject* (*decode_func)(const char *s, Py_ssize_t size, const char *errors)) {
+ Py_ssize_t length;
+ if (unlikely((start < 0) | (stop < 0))) {
+ length = strlen(cstring);
+ if (start < 0) {
+ start += length;
+ if (start < 0)
+ start = 0;
+ }
+ if (stop < 0)
+ stop += length;
+ }
+ length = stop - start;
+ if (unlikely(length <= 0))
+ return PyUnicode_FromUnicode(NULL, 0);
+ cstring += start;
+ if (decode_func) {
+ return decode_func(cstring, length, errors);
+ } else {
+ return PyUnicode_Decode(cstring, length, encoding, errors);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->curexc_type;
+ tmp_value = tstate->curexc_value;
+ tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = type;
+ tstate->curexc_value = value;
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_Restore(type, value, tb);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->curexc_type;
+ *value = tstate->curexc_value;
+ *tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb,
+ CYTHON_UNUSED PyObject *cause) {
+ Py_XINCREF(type);
+ if (!value || value == Py_None)
+ value = NULL;
+ else
+ Py_INCREF(value);
+ if (!tb || tb == Py_None)
+ tb = NULL;
+ else {
+ Py_INCREF(tb);
+ if (!PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto raise_error;
+ }
+ }
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyClass_Check(type)) {
+ #else
+ if (PyType_Check(type)) {
+ #endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!value) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&type, &value, &tb);
+ } else {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto raise_error;
+ }
+ value = type;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyInstance_Check(type)) {
+ type = (PyObject*) ((PyInstanceObject*)type)->in_class;
+ Py_INCREF(type);
+ } else {
+ type = 0;
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception must be an old-style class or instance");
+ goto raise_error;
+ }
+ #else
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(type);
+ Py_INCREF(type);
+ if (!PyType_IsSubtype((PyTypeObject *)type, (PyTypeObject *)PyExc_BaseException)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto raise_error;
+ }
+ #endif
+ }
+ __Pyx_ErrRestore(type, value, tb);
+ return;
+raise_error:
+ Py_XDECREF(value);
+ Py_XDECREF(type);
+ Py_XDECREF(tb);
+ return;
+}
+#else /* Python 3+ */
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause) {
+ PyObject* owned_instance = NULL;
+ if (tb == Py_None) {
+ tb = 0;
+ } else if (tb && !PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto bad;
+ }
+ if (value == Py_None)
+ value = 0;
+ if (PyExceptionInstance_Check(type)) {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto bad;
+ }
+ value = type;
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ } else if (PyExceptionClass_Check(type)) {
+ PyObject *instance_class = NULL;
+ if (value && PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ instance_class = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ if (instance_class != type) {
+ if (PyObject_IsSubclass(instance_class, type)) {
+ type = instance_class;
+ } else {
+ instance_class = NULL;
+ }
+ }
+ }
+ if (!instance_class) {
+ PyObject *args;
+ if (!value)
+ args = PyTuple_New(0);
+ else if (PyTuple_Check(value)) {
+ Py_INCREF(value);
+ args = value;
+ } else
+ args = PyTuple_Pack(1, value);
+ if (!args)
+ goto bad;
+ owned_instance = PyObject_Call(type, args, NULL);
+ Py_DECREF(args);
+ if (!owned_instance)
+ goto bad;
+ value = owned_instance;
+ if (!PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "calling %R should have returned an instance of "
+ "BaseException, not %R",
+ type, Py_TYPE(value));
+ goto bad;
+ }
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03030000
+ if (cause) {
+#else
+ if (cause && cause != Py_None) {
+#endif
+ PyObject *fixed_cause;
+ if (cause == Py_None) {
+ fixed_cause = NULL;
+ } else if (PyExceptionClass_Check(cause)) {
+ fixed_cause = PyObject_CallObject(cause, NULL);
+ if (fixed_cause == NULL)
+ goto bad;
+ } else if (PyExceptionInstance_Check(cause)) {
+ fixed_cause = cause;
+ Py_INCREF(fixed_cause);
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "exception causes must derive from "
+ "BaseException");
+ goto bad;
+ }
+ PyException_SetCause(value, fixed_cause);
+ }
+ PyErr_SetObject(type, value);
+ if (tb) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ if (tb != tmp_tb) {
+ Py_INCREF(tb);
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+ }
+ }
+bad:
+ Py_XDECREF(owned_instance);
+ return;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_TypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type) {
+ if (unlikely(!type)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Missing type object");
+ return 0;
+ }
+ if (likely(PyObject_TypeCheck(obj, type)))
+ return 1;
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Cannot convert %.200s to %.200s",
+ Py_TYPE(obj)->tp_name, type->tp_name);
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_CheckKeywordStrings(
+ PyObject *kwdict,
+ const char* function_name,
+ int kw_allowed)
+{
+ PyObject* key = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+#if CPYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!kw_allowed && PyDict_Next(kwdict, &pos, &key, 0))
+ goto invalid_keyword;
+ return 1;
+#else
+ while (PyDict_Next(kwdict, &pos, &key, 0)) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (unlikely(!PyString_CheckExact(key)) && unlikely(!PyString_Check(key)))
+ #endif
+ if (unlikely(!PyUnicode_Check(key)))
+ goto invalid_keyword_type;
+ }
+ if ((!kw_allowed) && unlikely(key))
+ goto invalid_keyword;
+ return 1;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ return 0;
+#endif
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+ return 0;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(
+ const char* func_name,
+ PyObject* kw_name)
+{
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%U'", func_name, kw_name);
+ #else
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%s'", func_name,
+ PyString_AsString(kw_name));
+ #endif
+}
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(
+ PyObject *kwds,
+ PyObject **argnames[],
+ PyObject *kwds2,
+ PyObject *values[],
+ Py_ssize_t num_pos_args,
+ const char* function_name)
+{
+ PyObject *key = 0, *value = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+ PyObject*** name;
+ PyObject*** first_kw_arg = argnames + num_pos_args;
+ while (PyDict_Next(kwds, &pos, &key, &value)) {
+ name = first_kw_arg;
+ while (*name && (**name != key)) name++;
+ if (*name) {
+ values[name-argnames] = value;
+ continue;
+ }
+ name = first_kw_arg;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyString_CheckExact(key)) || likely(PyString_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ if ((CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**name) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**name, key)) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ if ((**argname == key) || (
+ (CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**argname) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**argname, key))) {
+ goto arg_passed_twice;
+ }
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ #endif
+ if (likely(PyUnicode_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ int cmp = (**name == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**name) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**name, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ int cmp = (**argname == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**argname) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**argname, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) goto arg_passed_twice;
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ goto invalid_keyword_type;
+ if (kwds2) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(kwds2, key, value))) goto bad;
+ } else {
+ goto invalid_keyword;
+ }
+ }
+ return 0;
+arg_passed_twice:
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(function_name, key);
+ goto bad;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ goto bad;
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+bad:
+ return -1;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(
+ const char* func_name,
+ int exact,
+ Py_ssize_t num_min,
+ Py_ssize_t num_max,
+ Py_ssize_t num_found)
+{
+ Py_ssize_t num_expected;
+ const char *more_or_less;
+ if (num_found < num_min) {
+ num_expected = num_min;
+ more_or_less = "at least";
+ } else {
+ num_expected = num_max;
+ more_or_less = "at most";
+ }
+ if (exact) {
+ more_or_less = "exactly";
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes %.8s %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d positional argument%.1s (%" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d given)",
+ func_name, more_or_less, num_expected,
+ (num_expected == 1) ? "" : "s", num_found);
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgumentTypeInvalid(const char* name, PyObject *obj, PyTypeObject *type) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Argument '%.200s' has incorrect type (expected %.200s, got %.200s)",
+ name, type->tp_name, Py_TYPE(obj)->tp_name);
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ArgTypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type, int none_allowed,
+ const char *name, int exact)
+{
+ if (unlikely(!type)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Missing type object");
+ return 0;
+ }
+ if (none_allowed && obj == Py_None) return 1;
+ else if (exact) {
+ if (likely(Py_TYPE(obj) == type)) return 1;
+ #if PY_MAJOR_VERSION == 2
+ else if ((type == &PyBaseString_Type) && likely(__Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj))) return 1;
+ #endif
+ }
+ else {
+ if (likely(PyObject_TypeCheck(obj, type))) return 1;
+ }
+ __Pyx_RaiseArgumentTypeInvalid(name, obj, type);
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->exc_type;
+ *value = tstate->exc_value;
+ *tb = tstate->exc_traceback;
+ Py_XINCREF(*type);
+ Py_XINCREF(*value);
+ Py_XINCREF(*tb);
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = type;
+ tstate->exc_value = value;
+ tstate->exc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *local_type, *local_value, *local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ local_type = tstate->curexc_type;
+ local_value = tstate->curexc_value;
+ local_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (unlikely(tstate->curexc_type))
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred()))
+#endif
+ goto bad;
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (local_tb) {
+ if (unlikely(PyException_SetTraceback(local_value, local_tb) < 0))
+ goto bad;
+ }
+ #endif
+ Py_XINCREF(local_tb);
+ Py_XINCREF(local_type);
+ Py_XINCREF(local_value);
+ *type = local_type;
+ *value = local_value;
+ *tb = local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = local_type;
+ tstate->exc_value = local_value;
+ tstate->exc_traceback = local_tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(local_type, local_value, local_tb);
+#endif
+ return 0;
+bad:
+ *type = 0;
+ *value = 0;
+ *tb = 0;
+ Py_XDECREF(local_type);
+ Py_XDECREF(local_value);
+ Py_XDECREF(local_tb);
+ return -1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+ if (s1 == s2) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else if (PyBytes_CheckExact(s1) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ const char *ps1, *ps2;
+ Py_ssize_t length = PyBytes_GET_SIZE(s1);
+ if (length != PyBytes_GET_SIZE(s2))
+ return (equals == Py_NE);
+ ps1 = PyBytes_AS_STRING(s1);
+ ps2 = PyBytes_AS_STRING(s2);
+ if (ps1[0] != ps2[0]) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if (length == 1) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else {
+ int result = memcmp(ps1, ps2, (size_t)length);
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if ((s2 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s1)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PyObject* owned_ref = NULL;
+#endif
+ int s1_is_unicode, s2_is_unicode;
+ if (s1 == s2) {
+ goto return_eq;
+ }
+ s1_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s1);
+ s2_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s2);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if ((s1_is_unicode & (!s2_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s2)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s2);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s2 = owned_ref;
+ s2_is_unicode = 1;
+ } else if ((s2_is_unicode & (!s1_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s1)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s1);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s1 = owned_ref;
+ s1_is_unicode = 1;
+ } else if (((!s2_is_unicode) & (!s1_is_unicode))) {
+ return __Pyx_PyBytes_Equals(s1, s2, equals);
+ }
+#endif
+ if (s1_is_unicode & s2_is_unicode) {
+ Py_ssize_t length;
+ int kind;
+ void *data1, *data2;
+ #if CYTHON_PEP393_ENABLED
+ if (unlikely(PyUnicode_READY(s1) < 0) || unlikely(PyUnicode_READY(s2) < 0))
+ return -1;
+ #endif
+ length = __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s1);
+ if (length != __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ kind = __Pyx_PyUnicode_KIND(s1);
+ if (kind != __Pyx_PyUnicode_KIND(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ data1 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s1);
+ data2 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s2);
+ if (__Pyx_PyUnicode_READ(kind, data1, 0) != __Pyx_PyUnicode_READ(kind, data2, 0)) {
+ goto return_ne;
+ } else if (length == 1) {
+ goto return_eq;
+ } else {
+ int result = memcmp(data1, data2, length * kind);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & s2_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else if ((s2 == Py_None) & s1_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+return_eq:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ);
+return_ne:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_NE);
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j) {
+ PyObject *r;
+ if (!j) return NULL;
+ r = PyObject_GetItem(o, j);
+ Py_DECREF(j);
+ return r;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyList_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (is_list || PyList_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || (likely((n >= 0) & (n < PyList_GET_SIZE(o))))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ }
+ else if (PyTuple_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((n >= 0) & (n < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ } else {
+ PySequenceMethods *m = Py_TYPE(o)->tp_as_sequence;
+ if (likely(m && m->sq_item)) {
+ if (wraparound && unlikely(i < 0) && likely(m->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = m->sq_length(o);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ i += l;
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ return NULL;
+ }
+ }
+ return m->sq_item(o, i);
+ }
+ }
+#else
+ if (is_list || PySequence_Check(o)) {
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+ }
+#endif
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x) {
+ if (likely(PyList_CheckExact(L))) {
+ if (unlikely(__Pyx_PyList_Append(L, x) < 0)) return -1;
+ } else {
+ PyObject* retval = __Pyx_PyObject_CallMethod1(L, __pyx_n_s_append, x);
+ if (unlikely(!retval))
+ return -1;
+ Py_DECREF(retval);
+ }
+ return 0;
+}
+
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values) {
+ return PyObject_CallMethodObjArgs(sep, __pyx_n_s_join, values, NULL)
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name) {
+ PyObject *result;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = PyDict_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (result) {
+ Py_INCREF(result);
+ } else {
+#else
+ result = PyObject_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (!result) {
+ PyErr_Clear();
+#endif
+ result = __Pyx_GetBuiltinName(name);
+ }
+ return result;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetSlice(
+ PyObject* obj, Py_ssize_t cstart, Py_ssize_t cstop,
+ PyObject** _py_start, PyObject** _py_stop, PyObject** _py_slice,
+ int has_cstart, int has_cstop, CYTHON_UNUSED int wraparound) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyMappingMethods* mp;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PySequenceMethods* ms = Py_TYPE(obj)->tp_as_sequence;
+ if (likely(ms && ms->sq_slice)) {
+ if (!has_cstart) {
+ if (_py_start && (*_py_start != Py_None)) {
+ cstart = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(*_py_start);
+ if ((cstart == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred()) goto bad;
+ } else
+ cstart = 0;
+ }
+ if (!has_cstop) {
+ if (_py_stop && (*_py_stop != Py_None)) {
+ cstop = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(*_py_stop);
+ if ((cstop == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred()) goto bad;
+ } else
+ cstop = PY_SSIZE_T_MAX;
+ }
+ if (wraparound && unlikely((cstart < 0) | (cstop < 0)) && likely(ms->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = ms->sq_length(obj);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ if (cstop < 0) {
+ cstop += l;
+ if (cstop < 0) cstop = 0;
+ }
+ if (cstart < 0) {
+ cstart += l;
+ if (cstart < 0) cstart = 0;
+ }
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ goto bad;
+ }
+ }
+ return ms->sq_slice(obj, cstart, cstop);
+ }
+#endif
+ mp = Py_TYPE(obj)->tp_as_mapping;
+ if (likely(mp && mp->mp_subscript))
+#endif
+ {
+ PyObject* result;
+ PyObject *py_slice, *py_start, *py_stop;
+ if (_py_slice) {
+ py_slice = *_py_slice;
+ } else {
+ PyObject* owned_start = NULL;
+ PyObject* owned_stop = NULL;
+ if (_py_start) {
+ py_start = *_py_start;
+ } else {
+ if (has_cstart) {
+ owned_start = py_start = PyInt_FromSsize_t(cstart);
+ if (unlikely(!py_start)) goto bad;
+ } else
+ py_start = Py_None;
+ }
+ if (_py_stop) {
+ py_stop = *_py_stop;
+ } else {
+ if (has_cstop) {
+ owned_stop = py_stop = PyInt_FromSsize_t(cstop);
+ if (unlikely(!py_stop)) {
+ Py_XDECREF(owned_start);
+ goto bad;
+ }
+ } else
+ py_stop = Py_None;
+ }
+ py_slice = PySlice_New(py_start, py_stop, Py_None);
+ Py_XDECREF(owned_start);
+ Py_XDECREF(owned_stop);
+ if (unlikely(!py_slice)) goto bad;
+ }
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = mp->mp_subscript(obj, py_slice);
+#else
+ result = PyObject_GetItem(obj, py_slice);
+#endif
+ if (!_py_slice) {
+ Py_DECREF(py_slice);
+ }
+ return result;
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "'%.200s' object is unsliceable", Py_TYPE(obj)->tp_name);
+bad:
+ return NULL;
+}
+
+static void __Pyx_WriteUnraisable(const char *name, CYTHON_UNUSED int clineno,
+ CYTHON_UNUSED int lineno, CYTHON_UNUSED const char *filename,
+ int full_traceback) {
+ PyObject *old_exc, *old_val, *old_tb;
+ PyObject *ctx;
+ __Pyx_ErrFetch(&old_exc, &old_val, &old_tb);
+ if (full_traceback) {
+ Py_XINCREF(old_exc);
+ Py_XINCREF(old_val);
+ Py_XINCREF(old_tb);
+ __Pyx_ErrRestore(old_exc, old_val, old_tb);
+ PyErr_PrintEx(1);
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ ctx = PyString_FromString(name);
+ #else
+ ctx = PyUnicode_FromString(name);
+ #endif
+ __Pyx_ErrRestore(old_exc, old_val, old_tb);
+ if (!ctx) {
+ PyErr_WriteUnraisable(Py_None);
+ } else {
+ PyErr_WriteUnraisable(ctx);
+ Py_DECREF(ctx);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "too many values to unpack (expected %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d)", expected);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "need more than %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d value%.1s to unpack",
+ index, (index == 1) ? "" : "s");
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* exc_type = tstate->curexc_type;
+ if (unlikely(exc_type)) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration) || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration)) {
+ PyObject *exc_value, *exc_tb;
+ exc_value = tstate->curexc_value;
+ exc_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+ Py_DECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_tb);
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred())) {
+ if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_StopIteration))) {
+ PyErr_Clear();
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected) {
+ if (unlikely(retval)) {
+ Py_DECREF(retval);
+ __Pyx_RaiseTooManyValuesError(expected);
+ return -1;
+ } else {
+ return __Pyx_IterFinish();
+ }
+ return 0;
+}
+
+static PyObject* __Pyx_PyDict_GetItemDefault(PyObject* d, PyObject* key, PyObject* default_value) {
+ PyObject* value;
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ value = PyDict_GetItemWithError(d, key);
+ if (unlikely(!value)) {
+ if (unlikely(PyErr_Occurred()))
+ return NULL;
+ value = default_value;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+#else
+ if (PyString_CheckExact(key) || PyUnicode_CheckExact(key) || PyInt_CheckExact(key)) {
+ value = PyDict_GetItem(d, key);
+ if (unlikely(!value)) {
+ value = default_value;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ } else {
+ if (default_value == Py_None)
+ default_value = NULL;
+ value = PyObject_CallMethodObjArgs(
+ d, __pyx_n_s_get, key, default_value, NULL);
+ }
+#endif
+ return value;
+}
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_div_long(long a, long b) {
+ long q = a / b;
+ long r = a - q*b;
+ q -= ((r != 0) & ((r ^ b) < 0));
+ return q;
+}
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_mod_long(long a, long b) {
+ long r = a % b;
+ r += ((r != 0) & ((r ^ b) < 0)) * b;
+ return r;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseUnboundLocalError(const char *varname) {
+ PyErr_Format(PyExc_UnboundLocalError, "local variable '%s' referenced before assignment", varname);
+}
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable) {
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ PyObject *ob = PyCapsule_New(vtable, 0, 0);
+#else
+ PyObject *ob = PyCObject_FromVoidPtr(vtable, 0);
+#endif
+ if (!ob)
+ goto bad;
+ if (PyDict_SetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable, ob) < 0)
+ goto bad;
+ Py_DECREF(ob);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return -1;
+}
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict) {
+ void* ptr;
+ PyObject *ob = PyObject_GetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable);
+ if (!ob)
+ goto bad;
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ ptr = PyCapsule_GetPointer(ob, 0);
+#else
+ ptr = PyCObject_AsVoidPtr(ob);
+#endif
+ if (!ptr && !PyErr_Occurred())
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "invalid vtable found for imported type");
+ Py_DECREF(ob);
+ return ptr;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return NULL;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE uint64_t __Pyx_PyInt_As_uint64_t(PyObject *x) {
+ const uint64_t neg_one = (uint64_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(uint64_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint64_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint64_t");
+ return (uint64_t) -1;
+ }
+ return (uint64_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint64_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (uint64_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint64_t");
+ return (uint64_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint64_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint64_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint64_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(uint64_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(uint64_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint64_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint64_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ uint64_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (uint64_t) -1;
+ }
+ } else {
+ uint64_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (uint64_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_uint64_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE uint32_t __Pyx_PyInt_As_uint32_t(PyObject *x) {
+ const uint32_t neg_one = (uint32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(uint32_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint32_t");
+ return (uint32_t) -1;
+ }
+ return (uint32_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (uint32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint32_t");
+ return (uint32_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(uint32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(uint32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint32_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ uint32_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (uint32_t) -1;
+ }
+ } else {
+ uint32_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (uint32_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_uint32_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int8_t(int8_t value) {
+ const int8_t neg_one = (int8_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int8_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int8_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int8_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int8_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int8_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int8_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint8_t(uint8_t value) {
+ const uint8_t neg_one = (uint8_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(uint8_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(uint8_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int16_t(int16_t value) {
+ const int16_t neg_one = (int16_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int16_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int16_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int16_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int16_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int16_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int16_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint16_t(uint16_t value) {
+ const uint16_t neg_one = (uint16_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(uint16_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(uint16_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int32_t(int32_t value) {
+ const int32_t neg_one = (int32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int32_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int32_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int32_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int32_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint32_t(uint32_t value) {
+ const uint32_t neg_one = (uint32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(uint32_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(uint32_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_PyInt_As_size_t(PyObject *x) {
+ const size_t neg_one = (size_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(size_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(size_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to size_t");
+ return (size_t) -1;
+ }
+ return (size_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(size_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (size_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to size_t");
+ return (size_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(size_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(size_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(size_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(size_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(size_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(size_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(size_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(size_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(size_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(size_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(size_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ size_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (size_t) -1;
+ }
+ } else {
+ size_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (size_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_size_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE PY_LONG_LONG __Pyx_PyInt_As_PY_LONG_LONG(PyObject *x) {
+ const PY_LONG_LONG neg_one = (PY_LONG_LONG) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(PY_LONG_LONG) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(PY_LONG_LONG, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to PY_LONG_LONG");
+ return (PY_LONG_LONG) -1;
+ }
+ return (PY_LONG_LONG) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(PY_LONG_LONG)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (PY_LONG_LONG) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to PY_LONG_LONG");
+ return (PY_LONG_LONG) -1;
+ }
+ if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(PY_LONG_LONG, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(PY_LONG_LONG, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(PY_LONG_LONG)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(PY_LONG_LONG) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(PY_LONG_LONG) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(PY_LONG_LONG, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(PY_LONG_LONG, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ PY_LONG_LONG val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (PY_LONG_LONG) -1;
+ }
+ } else {
+ PY_LONG_LONG val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (PY_LONG_LONG) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_PY_LONG_LONG(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_PY_LONG_LONG(PY_LONG_LONG value) {
+ const PY_LONG_LONG neg_one = (PY_LONG_LONG) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(PY_LONG_LONG) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(PY_LONG_LONG) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(PY_LONG_LONG),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int64_t(int64_t value) {
+ const int64_t neg_one = (int64_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int64_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int64_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int64_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int64_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int64_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int64_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint64_t(uint64_t value) {
+ const uint64_t neg_one = (uint64_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(uint64_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint64_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(uint64_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int64_t __Pyx_PyInt_As_int64_t(PyObject *x) {
+ const int64_t neg_one = (int64_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int64_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int64_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int64_t");
+ return (int64_t) -1;
+ }
+ return (int64_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int64_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int64_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int64_t");
+ return (int64_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(int64_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int64_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int64_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int64_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int64_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int64_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int64_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int64_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int64_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int64_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int64_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int64_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int64_t) -1;
+ }
+ } else {
+ int64_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int64_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int64_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE uint16_t __Pyx_PyInt_As_uint16_t(PyObject *x) {
+ const uint16_t neg_one = (uint16_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(uint16_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint16_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint16_t");
+ return (uint16_t) -1;
+ }
+ return (uint16_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint16_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (uint16_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint16_t");
+ return (uint16_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint16_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint16_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint16_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(uint16_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(uint16_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint16_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(uint16_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint16_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ uint16_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (uint16_t) -1;
+ }
+ } else {
+ uint16_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (uint16_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_uint16_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int32_t __Pyx_PyInt_As_int32_t(PyObject *x) {
+ const int32_t neg_one = (int32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int32_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int32_t");
+ return (int32_t) -1;
+ }
+ return (int32_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int32_t");
+ return (int32_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(int32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int32_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int32_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int32_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int32_t) -1;
+ }
+ } else {
+ int32_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int32_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int32_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE uint8_t __Pyx_PyInt_As_uint8_t(PyObject *x) {
+ const uint8_t neg_one = (uint8_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(uint8_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint8_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint8_t");
+ return (uint8_t) -1;
+ }
+ return (uint8_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint8_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (uint8_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to uint8_t");
+ return (uint8_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint8_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint8_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(uint8_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(uint8_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(uint8_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint8_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(uint8_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(uint8_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ uint8_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (uint8_t) -1;
+ }
+ } else {
+ uint8_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (uint8_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_uint8_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_char(char value) {
+ const char neg_one = (char) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(char) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(char) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(char) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(char) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(char) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(char),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type) {
+ PyObject* fake_module;
+ PyTypeObject* cached_type = NULL;
+ fake_module = PyImport_AddModule((char*) "_cython_" CYTHON_ABI);
+ if (!fake_module) return NULL;
+ Py_INCREF(fake_module);
+ cached_type = (PyTypeObject*) PyObject_GetAttrString(fake_module, type->tp_name);
+ if (cached_type) {
+ if (!PyType_Check((PyObject*)cached_type)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s is not a type object",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ if (cached_type->tp_basicsize != type->tp_basicsize) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s has the wrong size, try recompiling",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ } else {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ if (PyType_Ready(type) < 0) goto bad;
+ if (PyObject_SetAttrString(fake_module, type->tp_name, (PyObject*) type) < 0)
+ goto bad;
+ Py_INCREF(type);
+ cached_type = type;
+ }
+done:
+ Py_DECREF(fake_module);
+ return cached_type;
+bad:
+ Py_XDECREF(cached_type);
+ cached_type = NULL;
+ goto done;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = *type;
+ tstate->exc_value = *value;
+ tstate->exc_traceback = *tb;
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(&tmp_type, &tmp_value, &tmp_tb);
+ PyErr_SetExcInfo(*type, *value, *tb);
+#endif
+ *type = tmp_type;
+ *value = tmp_value;
+ *tb = tmp_tb;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Generator_Next(PyObject *self);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Send(PyObject *self, PyObject *value);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Close(PyObject *self);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Throw(PyObject *gen, PyObject *args);
+static PyTypeObject *__pyx_GeneratorType = 0;
+#define __Pyx_Generator_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == __pyx_GeneratorType)
+#define __Pyx_Generator_Undelegate(gen) Py_CLEAR((gen)->yieldfrom)
+#if 1 || PY_VERSION_HEX < 0x030300B0
+static int __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(PyObject **pvalue) {
+ PyObject *et, *ev, *tb;
+ PyObject *value = NULL;
+ __Pyx_ErrFetch(&et, &ev, &tb);
+ if (!et) {
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_XDECREF(ev);
+ Py_INCREF(Py_None);
+ *pvalue = Py_None;
+ return 0;
+ }
+ if (unlikely(et != PyExc_StopIteration) &&
+ unlikely(!PyErr_GivenExceptionMatches(et, PyExc_StopIteration))) {
+ __Pyx_ErrRestore(et, ev, tb);
+ return -1;
+ }
+ if (likely(et == PyExc_StopIteration)) {
+ if (likely(!ev) || !PyObject_IsInstance(ev, PyExc_StopIteration)) {
+ if (!ev) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ ev = Py_None;
+ }
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_DECREF(et);
+ *pvalue = ev;
+ return 0;
+ }
+ }
+ PyErr_NormalizeException(&et, &ev, &tb);
+ if (unlikely(!PyObject_IsInstance(ev, PyExc_StopIteration))) {
+ __Pyx_ErrRestore(et, ev, tb);
+ return -1;
+ }
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_DECREF(et);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030300A0
+ value = ((PyStopIterationObject *)ev)->value;
+ Py_INCREF(value);
+ Py_DECREF(ev);
+#else
+ {
+ PyObject* args = PyObject_GetAttr(ev, __pyx_n_s_args);
+ Py_DECREF(ev);
+ if (likely(args)) {
+ value = PyObject_GetItem(args, 0);
+ Py_DECREF(args);
+ }
+ if (unlikely(!value)) {
+ __Pyx_ErrRestore(NULL, NULL, NULL);
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+ }
+#endif
+ *pvalue = value;
+ return 0;
+}
+#endif
+static CYTHON_INLINE
+void __Pyx_Generator_ExceptionClear(__pyx_GeneratorObject *self) {
+ PyObject *exc_type = self->exc_type;
+ PyObject *exc_value = self->exc_value;
+ PyObject *exc_traceback = self->exc_traceback;
+ self->exc_type = NULL;
+ self->exc_value = NULL;
+ self->exc_traceback = NULL;
+ Py_XDECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_traceback);
+}
+static CYTHON_INLINE
+int __Pyx_Generator_CheckRunning(__pyx_GeneratorObject *gen) {
+ if (unlikely(gen->is_running)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ValueError,
+ "generator already executing");
+ return 1;
+ }
+ return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE
+PyObject *__Pyx_Generator_SendEx(__pyx_GeneratorObject *self, PyObject *value) {
+ PyObject *retval;
+ assert(!self->is_running);
+ if (unlikely(self->resume_label == 0)) {
+ if (unlikely(value && value != Py_None)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "can't send non-None value to a "
+ "just-started generator");
+ return NULL;
+ }
+ }
+ if (unlikely(self->resume_label == -1)) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ return NULL;
+ }
+ if (value) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#else
+ /* Generators always return to their most recent caller, not
+ * necessarily their creator. */
+ if (self->exc_traceback) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyTracebackObject *tb = (PyTracebackObject *) self->exc_traceback;
+ PyFrameObject *f = tb->tb_frame;
+ Py_XINCREF(tstate->frame);
+ assert(f->f_back == NULL);
+ f->f_back = tstate->frame;
+ }
+#endif
+ __Pyx_ExceptionSwap(&self->exc_type, &self->exc_value,
+ &self->exc_traceback);
+ } else {
+ __Pyx_Generator_ExceptionClear(self);
+ }
+ self->is_running = 1;
+ retval = self->body((PyObject *) self, value);
+ self->is_running = 0;
+ if (retval) {
+ __Pyx_ExceptionSwap(&self->exc_type, &self->exc_value,
+ &self->exc_traceback);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#else
+ /* Don't keep the reference to f_back any longer than necessary. It
+ * may keep a chain of frames alive or it could create a reference
+ * cycle. */
+ if (self->exc_traceback) {
+ PyTracebackObject *tb = (PyTracebackObject *) self->exc_traceback;
+ PyFrameObject *f = tb->tb_frame;
+ Py_CLEAR(f->f_back);
+ }
+#endif
+ } else {
+ __Pyx_Generator_ExceptionClear(self);
+ }
+ return retval;
+}
+static CYTHON_INLINE
+PyObject *__Pyx_Generator_FinishDelegation(__pyx_GeneratorObject *gen) {
+ PyObject *ret;
+ PyObject *val = NULL;
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(&val);
+ ret = __Pyx_Generator_SendEx(gen, val);
+ Py_XDECREF(val);
+ return ret;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Next(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject*) self;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ gen->is_running = 1;
+ ret = Py_TYPE(yf)->tp_iternext(yf);
+ gen->is_running = 0;
+ if (likely(ret)) {
+ return ret;
+ }
+ return __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, Py_None);
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Send(PyObject *self, PyObject *value) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject*) self;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ gen->is_running = 1;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ ret = __Pyx_Generator_Send(yf, value);
+ } else {
+ if (value == Py_None)
+ ret = PyIter_Next(yf);
+ else
+ ret = __Pyx_PyObject_CallMethod1(yf, __pyx_n_s_send, value);
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ if (likely(ret)) {
+ return ret;
+ }
+ return __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, value);
+}
+static int __Pyx_Generator_CloseIter(__pyx_GeneratorObject *gen, PyObject *yf) {
+ PyObject *retval = NULL;
+ int err = 0;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ retval = __Pyx_Generator_Close(yf);
+ if (!retval)
+ return -1;
+ } else {
+ PyObject *meth;
+ gen->is_running = 1;
+ meth = PyObject_GetAttr(yf, __pyx_n_s_close);
+ if (unlikely(!meth)) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ PyErr_WriteUnraisable(yf);
+ }
+ PyErr_Clear();
+ } else {
+ retval = PyObject_CallFunction(meth, NULL);
+ Py_DECREF(meth);
+ if (!retval)
+ err = -1;
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ }
+ Py_XDECREF(retval);
+ return err;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Close(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject *retval, *raised_exception;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ int err = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ Py_INCREF(yf);
+ err = __Pyx_Generator_CloseIter(gen, yf);
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ Py_DECREF(yf);
+ }
+ if (err == 0)
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+#else
+ PyErr_SetNone(PyExc_GeneratorExit);
+#endif
+ retval = __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+ if (retval) {
+ Py_DECREF(retval);
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "generator ignored GeneratorExit");
+ return NULL;
+ }
+ raised_exception = PyErr_Occurred();
+ if (!raised_exception
+ || raised_exception == PyExc_StopIteration
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ || raised_exception == PyExc_GeneratorExit
+ || PyErr_GivenExceptionMatches(raised_exception, PyExc_GeneratorExit)
+#endif
+ || PyErr_GivenExceptionMatches(raised_exception, PyExc_StopIteration))
+ {
+ if (raised_exception) PyErr_Clear(); /* ignore these errors */
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+ }
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Throw(PyObject *self, PyObject *args) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject *typ;
+ PyObject *tb = NULL;
+ PyObject *val = NULL;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (!PyArg_UnpackTuple(args, (char *)"throw", 1, 3, &typ, &val, &tb))
+ return NULL;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ Py_INCREF(yf);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ if (PyErr_GivenExceptionMatches(typ, PyExc_GeneratorExit)) {
+ int err = __Pyx_Generator_CloseIter(gen, yf);
+ Py_DECREF(yf);
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ if (err < 0)
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+ goto throw_here;
+ }
+#endif
+ gen->is_running = 1;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ ret = __Pyx_Generator_Throw(yf, args);
+ } else {
+ PyObject *meth = PyObject_GetAttr(yf, __pyx_n_s_throw);
+ if (unlikely(!meth)) {
+ Py_DECREF(yf);
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ gen->is_running = 0;
+ return NULL;
+ }
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ gen->is_running = 0;
+ goto throw_here;
+ }
+ ret = PyObject_CallObject(meth, args);
+ Py_DECREF(meth);
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ Py_DECREF(yf);
+ if (!ret) {
+ ret = __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return ret;
+ }
+throw_here:
+ __Pyx_Raise(typ, val, tb, NULL);
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+}
+static int __Pyx_Generator_traverse(PyObject *self, visitproc visit, void *arg) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ Py_VISIT(gen->closure);
+ Py_VISIT(gen->classobj);
+ Py_VISIT(gen->yieldfrom);
+ Py_VISIT(gen->exc_type);
+ Py_VISIT(gen->exc_value);
+ Py_VISIT(gen->exc_traceback);
+ return 0;
+}
+static int __Pyx_Generator_clear(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ Py_CLEAR(gen->closure);
+ Py_CLEAR(gen->classobj);
+ Py_CLEAR(gen->yieldfrom);
+ Py_CLEAR(gen->exc_type);
+ Py_CLEAR(gen->exc_value);
+ Py_CLEAR(gen->exc_traceback);
+ return 0;
+}
+static void __Pyx_Generator_dealloc(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject_GC_UnTrack(gen);
+ if (gen->gi_weakreflist != NULL)
+ PyObject_ClearWeakRefs(self);
+ if (gen->resume_label > 0) {
+ PyObject_GC_Track(self);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(self))
+#else
+ Py_TYPE(gen)->tp_del(self);
+ if (self->ob_refcnt > 0)
+#endif
+ return; /* resurrected. :( */
+ PyObject_GC_UnTrack(self);
+ }
+ __Pyx_Generator_clear(self);
+ PyObject_GC_Del(gen);
+}
+static void __Pyx_Generator_del(PyObject *self) {
+ PyObject *res;
+ PyObject *error_type, *error_value, *error_traceback;
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ if (gen->resume_label <= 0)
+ return ;
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1
+ assert(self->ob_refcnt == 0);
+ self->ob_refcnt = 1;
+#endif
+ __Pyx_ErrFetch(&error_type, &error_value, &error_traceback);
+ res = __Pyx_Generator_Close(self);
+ if (res == NULL)
+ PyErr_WriteUnraisable(self);
+ else
+ Py_DECREF(res);
+ __Pyx_ErrRestore(error_type, error_value, error_traceback);
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1
+ /* Undo the temporary resurrection; can't use DECREF here, it would
+ * cause a recursive call.
+ */
+ assert(self->ob_refcnt > 0);
+ if (--self->ob_refcnt == 0)
+ return; /* this is the normal path out */
+ /* close() resurrected it! Make it look like the original Py_DECREF
+ * never happened.
+ */
+ {
+ Py_ssize_t refcnt = self->ob_refcnt;
+ _Py_NewReference(self);
+ self->ob_refcnt = refcnt;
+ }
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ assert(PyType_IS_GC(self->ob_type) &&
+ _Py_AS_GC(self)->gc.gc_refs != _PyGC_REFS_UNTRACKED);
+ /* If Py_REF_DEBUG, _Py_NewReference bumped _Py_RefTotal, so
+ * we need to undo that. */
+ _Py_DEC_REFTOTAL;
+#endif
+ /* If Py_TRACE_REFS, _Py_NewReference re-added self to the object
+ * chain, so no more to do there.
+ * If COUNT_ALLOCS, the original decref bumped tp_frees, and
+ * _Py_NewReference bumped tp_allocs: both of those need to be
+ * undone.
+ */
+#ifdef COUNT_ALLOCS
+ --Py_TYPE(self)->tp_frees;
+ --Py_TYPE(self)->tp_allocs;
+#endif
+#endif
+}
+static PyMemberDef __pyx_Generator_memberlist[] = {
+ {(char *) "gi_running",
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ T_BOOL,
+#else
+ T_BYTE,
+#endif
+ offsetof(__pyx_GeneratorObject, is_running),
+ READONLY,
+ NULL},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static PyMethodDef __pyx_Generator_methods[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("send"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Send, METH_O, 0},
+ {__Pyx_NAMESTR("throw"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Throw, METH_VARARGS, 0},
+ {__Pyx_NAMESTR("close"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Close, METH_NOARGS, 0},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+static PyTypeObject __pyx_GeneratorType_type = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("generator"), /*tp_name*/
+ sizeof(__pyx_GeneratorObject), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ (destructor) __Pyx_Generator_dealloc,/*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+#else
+ 0, /*reserved*/
+#endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_HAVE_GC | Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE, /* tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ (traverseproc) __Pyx_Generator_traverse, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ offsetof(__pyx_GeneratorObject, gi_weakreflist), /* tp_weaklistoffse */
+ 0, /*tp_iter*/
+ (iternextfunc) __Pyx_Generator_Next, /*tp_iternext*/
+ __pyx_Generator_methods, /*tp_methods*/
+ __pyx_Generator_memberlist, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ 0, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_del*/
+#else
+ __Pyx_Generator_del, /*tp_del*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ __Pyx_Generator_del, /*tp_finalize*/
+#endif
+};
+static __pyx_GeneratorObject *__Pyx_Generator_New(__pyx_generator_body_t body,
+ PyObject *closure) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen =
+ PyObject_GC_New(__pyx_GeneratorObject, &__pyx_GeneratorType_type);
+ if (gen == NULL)
+ return NULL;
+ gen->body = body;
+ gen->closure = closure;
+ Py_XINCREF(closure);
+ gen->is_running = 0;
+ gen->resume_label = 0;
+ gen->classobj = NULL;
+ gen->yieldfrom = NULL;
+ gen->exc_type = NULL;
+ gen->exc_value = NULL;
+ gen->exc_traceback = NULL;
+ gen->gi_weakreflist = NULL;
+ PyObject_GC_Track(gen);
+ return gen;
+}
+static int __pyx_Generator_init(void) {
+ __pyx_GeneratorType_type.tp_getattro = PyObject_GenericGetAttr;
+ __pyx_GeneratorType_type.tp_iter = PyObject_SelfIter;
+ __pyx_GeneratorType = __Pyx_FetchCommonType(&__pyx_GeneratorType_type);
+ if (__pyx_GeneratorType == NULL) {
+ return -1;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/pysam/cfaidx.c b/pysam/cfaidx.c
new file mode 100644
index 0000000..80a55a2
--- /dev/null
+++ b/pysam/cfaidx.c
@@ -0,0 +1,8717 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 19:49:04 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__cfaidx
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__cfaidx
+#include "stdint.h"
+#include "string.h"
+#include "stdlib.h"
+#include "stdio.h"
+#include "zlib.h"
+#include "htslib/kstring.h"
+#include "htslib/hfile.h"
+#include "htslib/bgzf.h"
+#include "htslib/hts.h"
+#include "htslib/sam.h"
+#include "pysam_stream.h"
+#include "htslib/faidx.h"
+#include "htslib/tbx.h"
+#include "pythread.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "cfaidx.pyx",
+ "type.pxd",
+ "bool.pxd",
+ "complex.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr;
+
+/* "pysam/cfaidx.pxd":14
+ * char *s
+ *
+ * cdef class FastaFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename, _references, _lengths, reference2length
+ * cdef faidx_t* fastafile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ PyObject *_references;
+ PyObject *_lengths;
+ PyObject *reference2length;
+ faidx_t *fastafile;
+};
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pxd":21
+ *
+ *
+ * cdef class FastqProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef kseq_t * _delegate
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy {
+ PyObject_HEAD
+ kseq_t *_delegate;
+};
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pxd":25
+ *
+ *
+ * cdef class FastqFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile fastqfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ gzFile fastqfile;
+ kseq_t *entry;
+};
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pxd":35
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Fastafile(FastaFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pxd":38
+ * pass
+ *
+ * cdef class Fastqfile(FastqFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":93
+ * return faidx_nseq(self.fastafile)
+ *
+ * def _open(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an indexed fasta file.
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open {
+ PyObject_HEAD
+ PyObject *__pyx_v_data;
+};
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":113
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf:
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data)
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *__pyx_outer_scope;
+ PyObject *__pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_t_0;
+ Py_ssize_t __pyx_t_1;
+};
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":114
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *__pyx_outer_scope;
+ PyObject *__pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_t_0;
+ Py_ssize_t __pyx_t_1;
+};
+
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":66
+ * ## add automatic indexing.
+ * ## add function to get sequence names.
+ * cdef class FastaFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''*(filename)*
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile {
+ char *(*_fetch)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *, char *, int, int, int *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":269
+ * else: return None
+ *
+ * cdef class FastqFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''*(filename)*
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile {
+ kseq_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":344
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Fastafile(FastaFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":347
+ * pass
+ *
+ * cdef class Fastqfile(FastqFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#ifndef CYTHON_PROFILE
+ #define CYTHON_PROFILE 1
+#endif
+#ifndef CYTHON_TRACE
+ #define CYTHON_TRACE 0
+#endif
+#if CYTHON_TRACE
+ #undef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+#endif
+#ifndef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME 0
+#endif
+#if CYTHON_PROFILE || CYTHON_TRACE
+ #include "compile.h"
+ #include "frameobject.h"
+ #include "traceback.h"
+ #if CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER static
+ #define CYTHON_FRAME_DEL
+ #else
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER
+ #define CYTHON_FRAME_DEL Py_CLEAR(__pyx_frame)
+ #endif
+ #define __Pyx_TraceDeclarations \
+ static PyCodeObject *__pyx_frame_code = NULL; \
+ CYTHON_FRAME_MODIFIER PyFrameObject *__pyx_frame = NULL; \
+ int __Pyx_use_tracing = 0;
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno) \
+ if (unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)))) { \
+ __Pyx_use_tracing = __Pyx_TraceSetupAndCall(&__pyx_frame_code, &__pyx_frame, funcname, srcfile, firstlineno); \
+ }
+ #define __Pyx_TraceException() \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc))) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ PyObject *exc_info = __Pyx_GetExceptionTuple(); \
+ if (exc_info) { \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ Py_DECREF(exc_info); \
+ } \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ #define __Pyx_TraceReturn(result) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ if (tstate->c_profilefunc) \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ CYTHON_FRAME_DEL; \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+ static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code, PyFrameObject** frame, const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+#else
+ #define __Pyx_TraceDeclarations
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno)
+ #define __Pyx_TraceException()
+ #define __Pyx_TraceReturn(result)
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+#if CYTHON_TRACE
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ __pyx_frame->f_lineno = lineno; \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_LINE, NULL); \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_TypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw); /*proto*/
+#else
+#define __Pyx_PyObject_Call(func, arg, kw) PyObject_Call(func, arg, kw)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_CheckKeywordStrings(PyObject *kwdict, const char* function_name, int kw_allowed); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseClosureNameError(const char *varname);
+
+#define __Pyx_GetItemInt(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Fast(o, (Py_ssize_t)i, is_list, wraparound, boundscheck) : \
+ (is_list ? (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL) : \
+ __Pyx_GetItemInt_Generic(o, to_py_func(i))))
+#define __Pyx_GetItemInt_List(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_List_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+#define __Pyx_GetItemInt_Tuple(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "tuple index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && (PY_VERSION_HEX >= 0x03020000 || PY_MAJOR_VERSION < 3 && PY_VERSION_HEX >= 0x02070000)
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_LookupSpecial(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyObject *res;
+ PyTypeObject *tp = Py_TYPE(obj);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (unlikely(PyInstance_Check(obj)))
+ return __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, attr_name);
+#endif
+ res = _PyType_Lookup(tp, attr_name);
+ if (likely(res)) {
+ descrgetfunc f = Py_TYPE(res)->tp_descr_get;
+ if (!f) {
+ Py_INCREF(res);
+ } else {
+ res = f(res, obj, (PyObject *)tp);
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetObject(PyExc_AttributeError, attr_name);
+ }
+ return res;
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_LookupSpecial(o,n) __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n)
+#endif
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ListComp_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len)) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_ListComp_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_WriteUnraisable(const char *name, int clineno,
+ int lineno, const char *filename,
+ int full_traceback); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(const char* func_name, PyObject* kw_name); /*proto*/
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(PyObject *kwds, PyObject **argnames[], \
+ PyObject *kwds2, PyObject *values[], Py_ssize_t num_pos_args, \
+ const char* function_name); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(const char* func_name, int exact,
+ Py_ssize_t num_min, Py_ssize_t num_max, Py_ssize_t num_found); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PySequence_Contains(PyObject* item, PyObject* seq, int eq) {
+ int result = PySequence_Contains(seq, item);
+ return unlikely(result < 0) ? result : (result == (eq == Py_EQ));
+}
+
+#include <string.h>
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable); /*proto*/
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type);
+
+static PyObject* __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(PyObject* obj, PyObject* method_name, PyObject* args) {
+ PyObject *method, *result = NULL;
+ if (unlikely(!args)) return NULL;
+ method = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, method_name);
+ if (unlikely(!method)) goto bad;
+ result = __Pyx_PyObject_Call(method, args, NULL);
+ Py_DECREF(method);
+bad:
+ Py_DECREF(args);
+ return result;
+}
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod3(obj, name, arg1, arg2, arg3) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(3, arg1, arg2, arg3))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod2(obj, name, arg1, arg2) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(2, arg1, arg2))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod1(obj, name, arg1) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(1, arg1))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod0(obj, name) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, (Py_INCREF(__pyx_empty_tuple), __pyx_empty_tuple))
+
+#define __Pyx_Generator_USED
+#include <structmember.h>
+#include <frameobject.h>
+typedef PyObject *(*__pyx_generator_body_t)(PyObject *, PyObject *);
+typedef struct {
+ PyObject_HEAD
+ __pyx_generator_body_t body;
+ PyObject *closure;
+ PyObject *exc_type;
+ PyObject *exc_value;
+ PyObject *exc_traceback;
+ PyObject *gi_weakreflist;
+ PyObject *classobj;
+ PyObject *yieldfrom;
+ int resume_label;
+ char is_running;
+} __pyx_GeneratorObject;
+static __pyx_GeneratorObject *__Pyx_Generator_New(__pyx_generator_body_t body,
+ PyObject *closure);
+static int __pyx_Generator_init(void);
+static int __Pyx_Generator_clear(PyObject* self);
+#if 1 || PY_VERSION_HEX < 0x030300B0
+static int __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(PyObject **pvalue);
+#else
+#define __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(pvalue) PyGen_FetchStopIterationValue(pvalue)
+#endif
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'libc.stdint' */
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdlib' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.chtslib' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.version' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.ref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.exc' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.module' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mem' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.tuple' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.list' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.object' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.sequence' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mapping' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.iterator' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.type' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4type_type = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.number' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.int' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bool' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.long' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.float' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.complex' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.string' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.unicode' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.dict' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.instance' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.function' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.method' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.weakref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.getargs' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pythread' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pystate' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.cobject' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.oldbuffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.set' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.buffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bytes' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pycapsule' */
+
+/* Module declarations from 'cpython' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.cfaidx' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr = 0;
+static PyObject *__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING = 0;
+static int __pyx_v_5pysam_6cfaidx_max_pos;
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6cfaidx_makeFastqProxy(kseq_t *); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6cfaidx__encodeFilename(PyObject *); /*proto*/
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.cfaidx"
+int __pyx_module_is_main_pysam__cfaidx = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.cfaidx' */
+static PyObject *__pyx_builtin_TypeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_ValueError;
+static PyObject *__pyx_builtin_IOError;
+static PyObject *__pyx_builtin_open;
+static PyObject *__pyx_builtin_zip;
+static PyObject *__pyx_builtin_IndexError;
+static PyObject *__pyx_builtin_StopIteration;
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_2_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_4__len__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_genexpr(PyObject *__pyx_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_3genexpr(PyObject *__pyx_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_6_open(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8close(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10references___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11nreferences___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7lengths___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_12fetch(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_14get_reference_length(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_16__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy___init__(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_4name___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_8sequence___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7comment___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7quality___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_2_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_4_open(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_6close(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_10__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastaFile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqProxy(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqFile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_Fastafile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_Fastqfile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static char __pyx_k_r[] = "r";
+static char __pyx_k__3[] = "\t";
+static char __pyx_k__8[] = "";
+static char __pyx_k_os[] = "os";
+static char __pyx_k_all[] = "__all__";
+static char __pyx_k_end[] = "end";
+static char __pyx_k_fai[] = ".fai";
+static char __pyx_k_sys[] = "sys";
+static char __pyx_k_zip[] = "zip";
+static char __pyx_k_args[] = "args";
+static char __pyx_k_exit[] = "__exit__";
+static char __pyx_k_main[] = "__main__";
+static char __pyx_k_open[] = "open";
+static char __pyx_k_path[] = "path";
+static char __pyx_k_send[] = "send";
+static char __pyx_k_test[] = "__test__";
+static char __pyx_k_ascii[] = "ascii";
+static char __pyx_k_close[] = "close";
+static char __pyx_k_enter[] = "__enter__";
+static char __pyx_k_fetch[] = "fetch";
+static char __pyx_k_s_i_i[] = "%s:%i-%i";
+static char __pyx_k_split[] = "split";
+static char __pyx_k_start[] = "start";
+static char __pyx_k_throw[] = "throw";
+static char __pyx_k_encode[] = "encode";
+static char __pyx_k_exists[] = "exists";
+static char __pyx_k_import[] = "__import__";
+static char __pyx_k_isOpen[] = "_isOpen";
+static char __pyx_k_open_2[] = "_open";
+static char __pyx_k_region[] = "region";
+static char __pyx_k_IOError[] = "IOError";
+static char __pyx_k_FastaFile[] = "FastaFile";
+static char __pyx_k_Fastafile[] = "Fastafile";
+static char __pyx_k_FastqFile[] = "FastqFile";
+static char __pyx_k_Fastqfile[] = "Fastqfile";
+static char __pyx_k_TypeError[] = "TypeError";
+static char __pyx_k_reference[] = "reference";
+static char __pyx_k_IS_PYTHON3[] = "IS_PYTHON3";
+static char __pyx_k_IndexError[] = "IndexError";
+static char __pyx_k_ValueError[] = "ValueError";
+static char __pyx_k_pyx_vtable[] = "__pyx_vtable__";
+static char __pyx_k_references[] = "references";
+static char __pyx_k_StopIteration[] = "StopIteration";
+static char __pyx_k_end_out_of_range_i[] = "end out of range (%i)";
+static char __pyx_k_getdefaultencoding[] = "getdefaultencoding";
+static char __pyx_k_start_out_of_range_i[] = "start out of range (%i)";
+static char __pyx_k_could_not_open_file_s[] = "could not open file `%s`";
+static char __pyx_k_getfilesystemencoding[] = "getfilesystemencoding";
+static char __pyx_k_calling_len_on_closed_file[] = "calling len() on closed file";
+static char __pyx_k_No_such_file_or_directory_s[] = "No such file or directory: %s";
+static char __pyx_k_could_not_locate_index_file[] = "could not locate index file";
+static char __pyx_k_no_sequence_region_supplied[] = "no sequence/region supplied.";
+static char __pyx_k_I_O_operation_on_closed_file[] = "I/O operation on closed file";
+static char __pyx_k_invalid_region_start_i_end_i[] = "invalid region: start (%i) > end (%i)";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico[] = "Argument must be string or unicode.";
+static char __pyx_k_number_of_term_filename_associat[] = "number of :term:`filename` associated with this object.";
+static char __pyx_k_number_of_term_reference_sequenc[] = "number of :term:`reference` sequences in the file.";
+static char __pyx_k_tuple_with_the_lengths_of_term_r[] = "tuple with the lengths of :term:`reference` sequences.";
+static char __pyx_k_tuple_with_the_names_of_term_ref[] = "tuple with the names of :term:`reference` sequences.";
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico;
+static PyObject *__pyx_n_s_FastaFile;
+static PyObject *__pyx_n_s_Fastafile;
+static PyObject *__pyx_n_s_FastqFile;
+static PyObject *__pyx_n_s_Fastqfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_IOError;
+static PyObject *__pyx_n_s_IS_PYTHON3;
+static PyObject *__pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file;
+static PyObject *__pyx_n_s_IndexError;
+static PyObject *__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_n_s_TypeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_ValueError;
+static PyObject *__pyx_kp_s__3;
+static PyObject *__pyx_kp_b__8;
+static PyObject *__pyx_n_s_all;
+static PyObject *__pyx_n_s_args;
+static PyObject *__pyx_n_s_ascii;
+static PyObject *__pyx_kp_s_calling_len_on_closed_file;
+static PyObject *__pyx_n_s_close;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_locate_index_file;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_open_file_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_encode;
+static PyObject *__pyx_n_s_end;
+static PyObject *__pyx_kp_s_end_out_of_range_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_enter;
+static PyObject *__pyx_n_s_exists;
+static PyObject *__pyx_n_s_exit;
+static PyObject *__pyx_kp_b_fai;
+static PyObject *__pyx_n_s_fetch;
+static PyObject *__pyx_n_s_getdefaultencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_getfilesystemencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_import;
+static PyObject *__pyx_kp_s_invalid_region_start_i_end_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_isOpen;
+static PyObject *__pyx_n_s_main;
+static PyObject *__pyx_kp_s_no_sequence_region_supplied;
+static PyObject *__pyx_n_s_open;
+static PyObject *__pyx_n_s_open_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_os;
+static PyObject *__pyx_n_s_path;
+static PyObject *__pyx_n_s_pyx_vtable;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference;
+static PyObject *__pyx_n_s_references;
+static PyObject *__pyx_n_s_region;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_i_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_send;
+static PyObject *__pyx_n_s_split;
+static PyObject *__pyx_n_s_start;
+static PyObject *__pyx_kp_s_start_out_of_range_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_n_s_throw;
+static PyObject *__pyx_n_s_zip;
+static PyObject *__pyx_int_0;
+static PyObject *__pyx_int_1;
+static PyObject *__pyx_tuple_;
+static PyObject *__pyx_tuple__2;
+static PyObject *__pyx_tuple__4;
+static PyObject *__pyx_tuple__5;
+static PyObject *__pyx_tuple__6;
+static PyObject *__pyx_tuple__7;
+static PyObject *__pyx_tuple__9;
+static PyObject *__pyx_tuple__10;
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":8
+ *
+ * cdef class FastqProxy
+ * cdef makeFastqProxy(kseq_t * src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''enter src into AlignedRead.'''
+ * cdef FastqProxy dest = FastqProxy.__new__(FastqProxy)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6cfaidx_makeFastqProxy(kseq_t *__pyx_v_src) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_dest = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("makeFastqProxy", 0);
+ __Pyx_TraceCall("makeFastqProxy", __pyx_f[0], 8);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":10
+ * cdef makeFastqProxy(kseq_t * src):
+ * '''enter src into AlignedRead.'''
+ * cdef FastqProxy dest = FastqProxy.__new__(FastqProxy) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dest._delegate = src
+ * return dest
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqProxy(((PyTypeObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy)), __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (!(likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_1, __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy)))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_dest = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":11
+ * '''enter src into AlignedRead.'''
+ * cdef FastqProxy dest = FastqProxy.__new__(FastqProxy)
+ * dest._delegate = src # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return dest
+ *
+ */
+ __pyx_v_dest->_delegate = __pyx_v_src;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":12
+ * cdef FastqProxy dest = FastqProxy.__new__(FastqProxy)
+ * dest._delegate = src
+ * return dest # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_dest));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":8
+ *
+ * cdef class FastqProxy
+ * cdef makeFastqProxy(kseq_t * src): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''enter src into AlignedRead.'''
+ * cdef FastqProxy dest = FastqProxy.__new__(FastqProxy)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.makeFastqProxy", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_dest);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":46
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6cfaidx__encodeFilename(PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_encodeFilename", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_encodeFilename", __pyx_f[0], 46);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":48
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename):
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_filename == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":49
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":50
+ * if filename is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":51
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_filename))||((__pyx_v_filename) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_filename)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 51; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_filename);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":52
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":53
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_5))||((__pyx_t_5) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":55
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 55; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":46
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx._encodeFilename", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":75
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fastafile = NULL
+ * self._filename = None
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_args = 0;
+ PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__cinit__", 1))) return -1;
+ __pyx_v_kwargs = (__pyx_kwds) ? PyDict_Copy(__pyx_kwds) : PyDict_New();
+ if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return -1;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_args);
+ __pyx_v_args = __pyx_args;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_args, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_args);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__cinit__", __pyx_f[0], 75);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":76
+ *
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ):
+ * self.fastafile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename = None
+ * self._references = None
+ */
+ __pyx_v_self->fastafile = NULL;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":77
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ):
+ * self.fastafile = NULL
+ * self._filename = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._references = None
+ * self._lengths = None
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = Py_None;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":78
+ * self.fastafile = NULL
+ * self._filename = None
+ * self._references = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lengths = None
+ * self.reference2length = None
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_references);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_references);
+ __pyx_v_self->_references = Py_None;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":79
+ * self._filename = None
+ * self._references = None
+ * self._lengths = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference2length = None
+ * self._open( *args, **kwargs )
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_lengths);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_lengths);
+ __pyx_v_self->_lengths = Py_None;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":80
+ * self._references = None
+ * self._lengths = None
+ * self.reference2length = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._open( *args, **kwargs )
+ *
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->reference2length);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->reference2length);
+ __pyx_v_self->reference2length = Py_None;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":81
+ * self._lengths = None
+ * self.reference2length = None
+ * self._open( *args, **kwargs ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _isOpen( self ):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_open_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PySequence_Tuple(__pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_kwargs;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":75
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fastafile = NULL
+ * self._filename = None
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":83
+ * self._open( *args, **kwargs )
+ *
+ * def _isOpen( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.fastafile != NULL
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_3_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_2_isOpen[] = "FastaFile._isOpen(self)\nreturn true if samfile has been opened.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_3_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_2_isOpen(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_2_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_isOpen", __pyx_f[0], 83);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":85
+ * def _isOpen( self ):
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.fastafile != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __len__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((__pyx_v_self->fastafile != NULL)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 85; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":83
+ * self._open( *args, **kwargs )
+ *
+ * def _isOpen( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.fastafile != NULL
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile._isOpen", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":87
+ * return self.fastafile != NULL
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.fastafile == NULL:
+ * raise ValueError("calling len() on closed file")
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5__len__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5__len__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_4__len__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_4__len__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__len__", __pyx_f[0], 87);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":88
+ *
+ * def __len__(self):
+ * if self.fastafile == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("calling len() on closed file")
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->fastafile == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":89
+ * def __len__(self):
+ * if self.fastafile == NULL:
+ * raise ValueError("calling len() on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return faidx_nseq(self.fastafile)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple_, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 89; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 89; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":91
+ * raise ValueError("calling len() on closed file")
+ *
+ * return faidx_nseq(self.fastafile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _open(self, filename):
+ */
+ __pyx_r = faidx_nseq(__pyx_v_self->fastafile);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":87
+ * return self.fastafile != NULL
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.fastafile == NULL:
+ * raise ValueError("calling len() on closed file")
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.__len__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":93
+ * return faidx_nseq(self.fastafile)
+ *
+ * def _open(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an indexed fasta file.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_6_open[] = "FastaFile._open(self, filename)\nopen an indexed fasta file.\n\n This method expects an indexed fasta file.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_6_open(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_filename));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_2generator(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value); /* proto */
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":113
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf:
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data)
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ */
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_genexpr(PyObject *__pyx_self) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *__pyx_cur_scope;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("genexpr", 0);
+ __pyx_cur_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *)__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr, __pyx_empty_tuple, NULL);
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope)) {
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_cur_scope);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *) __pyx_self;
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope);
+ __Pyx_TraceCall("genexpr", __pyx_f[0], 113);
+ {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = __Pyx_Generator_New((__pyx_generator_body_t) __pyx_gb_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_2generator, (PyObject *) __pyx_cur_scope); if (unlikely(!gen)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return (PyObject *) gen;
+ }
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile._open.genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope));
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_2generator(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value) /* generator body */
+{
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *__pyx_cur_scope = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *)__pyx_generator->closure);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("None", 0);
+ switch (__pyx_generator->resume_label) {
+ case 0: goto __pyx_L3_first_run;
+ case 1: goto __pyx_L6_resume_from_yield;
+ default: /* CPython raises the right error here */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __pyx_L3_first_run:;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope->__pyx_v_data)) { __Pyx_RaiseClosureNameError("data"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope->__pyx_v_data == Py_None)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "'NoneType' object is not iterable");
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_t_1 = __pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope->__pyx_v_data; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_2 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_2++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __pyx_t_2++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = __pyx_t_1;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ /* return from generator, yielding value */
+ __pyx_generator->resume_label = 1;
+ return __pyx_r;
+ __pyx_L6_resume_from_yield:;
+ __pyx_t_1 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_0;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_1;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_generator->resume_label = -1;
+ __Pyx_Generator_clear((PyObject*)__pyx_generator);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_5generator1(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value); /* proto */
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":114
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_3genexpr(PyObject *__pyx_self) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *__pyx_cur_scope;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("genexpr", 0);
+ __pyx_cur_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *)__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr, __pyx_empty_tuple, NULL);
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope)) {
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_cur_scope);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *) __pyx_self;
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope);
+ __Pyx_TraceCall("genexpr", __pyx_f[0], 114);
+ {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = __Pyx_Generator_New((__pyx_generator_body_t) __pyx_gb_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_5generator1, (PyObject *) __pyx_cur_scope); if (unlikely(!gen)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return (PyObject *) gen;
+ }
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile._open.genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope));
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_5generator1(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value) /* generator body */
+{
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *__pyx_cur_scope = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *)__pyx_generator->closure);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("None", 0);
+ switch (__pyx_generator->resume_label) {
+ case 0: goto __pyx_L3_first_run;
+ case 1: goto __pyx_L6_resume_from_yield;
+ default: /* CPython raises the right error here */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __pyx_L3_first_run:;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope->__pyx_v_data)) { __Pyx_RaiseClosureNameError("data"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(__pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope->__pyx_v_data == Py_None)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "'NoneType' object is not iterable");
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_t_1 = __pyx_cur_scope->__pyx_outer_scope->__pyx_v_data; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_2 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_2++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __pyx_t_2++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_cur_scope->__pyx_v_x, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Int(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = __pyx_t_1;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ /* return from generator, yielding value */
+ __pyx_generator->resume_label = 1;
+ return __pyx_r;
+ __pyx_L6_resume_from_yield:;
+ __pyx_t_1 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_0;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_1;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* function exit code */
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("genexpr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_generator->resume_label = -1;
+ __Pyx_Generator_clear((PyObject*)__pyx_generator);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":93
+ * return faidx_nseq(self.fastafile)
+ *
+ * def _open(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an indexed fasta file.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_6_open(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *__pyx_cur_scope;
+ PyObject *__pyx_v_inf = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ char *__pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_11;
+ PyObject *(*__pyx_t_12)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open", 0);
+ __pyx_cur_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *)__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open, __pyx_empty_tuple, NULL);
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope)) {
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_TraceCall("_open", __pyx_f[0], 93);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":100
+ *
+ * # close a previously opened file
+ * if self.fastafile != NULL: self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.fastafile = fai_load(self._filename)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->fastafile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":101
+ * # close a previously opened file
+ * if self.fastafile != NULL: self.close()
+ * self._filename = _encodeFilename(filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fastafile = fai_load(self._filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_6cfaidx__encodeFilename(__pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":102
+ * if self.fastafile != NULL: self.close()
+ * self._filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.fastafile = fai_load(self._filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.fastafile == NULL:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_self->_filename); if (unlikely((!__pyx_t_4) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 102; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->fastafile = fai_load(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":104
+ * self.fastafile = fai_load(self._filename)
+ *
+ * if self.fastafile == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->fastafile == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":105
+ *
+ * if self.fastafile == NULL:
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # read index
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_could_not_open_file_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 105; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 105; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 105; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 105; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":108
+ *
+ * # read index
+ * if not os.path.exists( self._filename + b".fai" ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("could not locate index file")
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_self->_filename, __pyx_kp_b_fai); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_6 = ((!__pyx_t_1) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":109
+ * # read index
+ * if not os.path.exists( self._filename + b".fai" ):
+ * raise ValueError("could not locate index file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 109; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 109; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":111
+ * raise ValueError("could not locate index file")
+ *
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ */
+ /*with:*/ {
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_self->_filename, __pyx_kp_b_fai); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_open, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_2, __pyx_n_s_exit); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_2, __pyx_n_s_enter); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ /*try:*/ {
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_8, &__pyx_t_9, &__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ /*try:*/ {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_v_inf = __pyx_t_3;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":112
+ *
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf:
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data)
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_inf) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_inf)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_inf; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_11 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_v_inf); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_12 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_12 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_11 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_5 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_11); __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_11++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ #else
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_11); __pyx_t_11++; if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_12 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_11 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_5 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_11); __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_11++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ #else
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_11); __pyx_t_11++; if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_12(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_5)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_x, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_tuple__4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_3, (PyObject*)__pyx_t_13))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_v_data = ((PyObject*)__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":113
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf:
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data)
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_genexpr(((PyObject*)__pyx_cur_scope)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyTuple_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_references);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_references);
+ __pyx_v_self->_references = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":114
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5_open_3genexpr(((PyObject*)__pyx_cur_scope)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyTuple_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_lengths);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_lengths);
+ __pyx_v_self->_lengths = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":115
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data)
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def close( self ):
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_references);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_self->_references);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->_references);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_lengths);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_v_self->_lengths);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->_lengths);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_zip, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->reference2length);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->reference2length);
+ __pyx_v_self->reference2length = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L17_try_end;
+ __pyx_L10_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":111
+ * raise ValueError("could not locate index file")
+ *
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_2, &__pyx_t_3, &__pyx_t_13) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_Pack(3, __pyx_t_2, __pyx_t_3, __pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_5, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ if (__pyx_t_6 < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __pyx_t_1 = ((!(__pyx_t_6 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_ErrRestore(__pyx_t_2, __pyx_t_3, __pyx_t_13);
+ __pyx_t_2 = 0; __pyx_t_3 = 0; __pyx_t_13 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ goto __pyx_L11_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L12_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_8, __pyx_t_9, __pyx_t_10);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L11_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_8, __pyx_t_9, __pyx_t_10);
+ __pyx_L17_try_end:;
+ }
+ }
+ /*finally:*/ {
+ /*normal exit:*/{
+ if (__pyx_t_7) {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_tuple__5, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+ }
+ goto __pyx_L24;
+ __pyx_L6_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L24:;
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":93
+ * return faidx_nseq(self.fastafile)
+ *
+ * def _open(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an indexed fasta file.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_inf);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope));
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":117
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ *
+ * def close( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.fastafile != NULL:
+ * fai_destroy( self.fastafile )
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_9close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8close[] = "FastaFile.close(self)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_9close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8close(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8close(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close", 0);
+ __Pyx_TraceCall("close", __pyx_f[0], 117);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":118
+ *
+ * def close( self ):
+ * if self.fastafile != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fai_destroy( self.fastafile )
+ * self.fastafile = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->fastafile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":119
+ * def close( self ):
+ * if self.fastafile != NULL:
+ * fai_destroy( self.fastafile ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fastafile = NULL
+ *
+ */
+ fai_destroy(__pyx_v_self->fastafile);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":120
+ * if self.fastafile != NULL:
+ * fai_destroy( self.fastafile )
+ * self.fastafile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->fastafile = NULL;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":117
+ * self.reference2length = dict(zip(self._references, self._lengths))
+ *
+ * def close( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.fastafile != NULL:
+ * fai_destroy( self.fastafile )
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":122
+ * self.fastafile = NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 122);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":123
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property filename:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 123; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 123; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":122
+ * self.fastafile = NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.cfaidx.FastaFile.__dealloc__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":127
+ * property filename:
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8filename___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 127);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":128
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property references:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_r = __pyx_v_self->_filename;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":127
+ * property filename:
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":132
+ * property references:
+ * '''tuple with the names of :term:`reference` sequences.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._references
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10references_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10references_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10references___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10references___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 132);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":133
+ * '''tuple with the names of :term:`reference` sequences.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._references # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property nreferences:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_references);
+ __pyx_r = __pyx_v_self->_references;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":132
+ * property references:
+ * '''tuple with the names of :term:`reference` sequences.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._references
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":137
+ * property nreferences:
+ * '''number of :term:`reference` sequences in the file.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return len(self._references) if self.references else None
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11nreferences_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11nreferences_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11nreferences___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11nreferences___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 137);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":138
+ * '''number of :term:`reference` sequences in the file.'''
+ * def __get__(self):
+ * return len(self._references) if self.references else None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property lengths:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_references); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 138; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 138; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_self->_references;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 138; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 138; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ } else {
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_t_1 = Py_None;
+ }
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":137
+ * property nreferences:
+ * '''number of :term:`reference` sequences in the file.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return len(self._references) if self.references else None
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.nreferences.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":142
+ * property lengths:
+ * '''tuple with the lengths of :term:`reference` sequences.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._lengths
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7lengths_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7lengths_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7lengths___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7lengths___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 142);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":143
+ * '''tuple with the lengths of :term:`reference` sequences.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._lengths # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def fetch(self,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_lengths);
+ __pyx_r = __pyx_v_self->_lengths;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":142
+ * property lengths:
+ * '''tuple with the lengths of :term:`reference` sequences.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._lengths
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":145
+ * return self._lengths
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_13fetch(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_12fetch[] = "FastaFile.fetch(self, reference=None, start=None, end=None, region=None)\n*(reference = None, start = None, end = None, region = None)*\n\n fetch sequences in a :term:`region` using 0-based indexing.\n\n The region is specified by :term:`reference`, *start* and *end*.\n\n fetch returns an empty string if the region is out of range or\n addresses an unknown *reference*.\n\n If *reference* is gi [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_13fetch(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_region = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_region,0};
+ PyObject* values[4] = {0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":146
+ *
+ * def fetch(self,
+ * reference=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=None,
+ * end=None,
+ */
+ values[0] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":147
+ * def fetch(self,
+ * reference=None,
+ * start=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end=None,
+ * region=None):
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":148
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ * end=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region=None):
+ *
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":149
+ * start=None,
+ * end=None,
+ * region=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * '''*(reference = None, start = None, end = None, region = None)*
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_region);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "fetch") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 145; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_reference = values[0];
+ __pyx_v_start = values[1];
+ __pyx_v_end = values[2];
+ __pyx_v_region = values[3];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("fetch", 0, 0, 4, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 145; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_12fetch(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_reference, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_region);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":145
+ * return self._lengths
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_12fetch(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region) {
+ int __pyx_v_length;
+ char *__pyx_v_seq;
+ PyObject *__pyx_v_py_seq = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ char *__pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ char const *__pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch", 0);
+ __Pyx_TraceCall("fetch", __pyx_f[0], 145);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_region);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":167
+ * '''
+ *
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 167; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":168
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int length
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":173
+ * cdef char * seq
+ *
+ * if not region: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if reference is None:
+ * raise ValueError('no sequence/region supplied.')
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_region); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 173; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":174
+ *
+ * if not region:
+ * if reference is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError('no sequence/region supplied.')
+ * if start is None:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_reference == Py_None);
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":175
+ * if not region:
+ * if reference is None:
+ * raise ValueError('no sequence/region supplied.') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start is None:
+ * start = 0
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 175; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 175; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":176
+ * if reference is None:
+ * raise ValueError('no sequence/region supplied.')
+ * if start is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start = 0
+ * if end is None:
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_start == Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":177
+ * raise ValueError('no sequence/region supplied.')
+ * if start is None:
+ * start = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if end is None:
+ * end = max_pos - 1
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_start, __pyx_int_0);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":178
+ * if start is None:
+ * start = 0
+ * if end is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end = max_pos - 1
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_end == Py_None);
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":179
+ * start = 0
+ * if end is None:
+ * end = max_pos - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if start > end:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_long((__pyx_v_5pysam_6cfaidx_max_pos - 1)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 179; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_end, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":181
+ * end = max_pos - 1
+ *
+ * if start > end: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * 'invalid region: start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_start, __pyx_v_end, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 181; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 181; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":183
+ * if start > end:
+ * raise ValueError(
+ * 'invalid region: start (%i) > end (%i)' % (start, end)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start == end:
+ * return b""
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 183; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_invalid_region_start_i_end_i, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 183; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":182
+ *
+ * if start > end:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'invalid region: start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ * if start == end:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 182; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 182; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 182; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":184
+ * raise ValueError(
+ * 'invalid region: start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ * if start == end: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return b""
+ * # valid ranges are from 0 to 2^29-1
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_start, __pyx_v_end, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 184; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 184; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":185
+ * 'invalid region: start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ * if start == end:
+ * return b"" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # valid ranges are from 0 to 2^29-1
+ * if not 0 <= start < max_pos:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_b__8);
+ __pyx_r = __pyx_kp_b__8;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":187
+ * return b""
+ * # valid ranges are from 0 to 2^29-1
+ * if not 0 <= start < max_pos: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IndexError('start out of range (%i)' % start)
+ * if not 0 <= end < max_pos:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_int_0, __pyx_v_start, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 187; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1)) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_5pysam_6cfaidx_max_pos); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 187; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_start, __pyx_t_2, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 187; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 187; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":188
+ * # valid ranges are from 0 to 2^29-1
+ * if not 0 <= start < max_pos:
+ * raise IndexError('start out of range (%i)' % start) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not 0 <= end < max_pos:
+ * raise IndexError('end out of range (%i)' % end)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_start_out_of_range_i, __pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IndexError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":189
+ * if not 0 <= start < max_pos:
+ * raise IndexError('start out of range (%i)' % start)
+ * if not 0 <= end < max_pos: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IndexError('end out of range (%i)' % end)
+ * # note: faidx_fetch_seq has a bug such that out-of-range access
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_int_0, __pyx_v_end, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1)) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_5pysam_6cfaidx_max_pos); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_end, __pyx_t_2, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":190
+ * raise IndexError('start out of range (%i)' % start)
+ * if not 0 <= end < max_pos:
+ * raise IndexError('end out of range (%i)' % end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # note: faidx_fetch_seq has a bug such that out-of-range access
+ * # always returns the last residue. Hence do not use faidx_fetch_seq,
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_end_out_of_range_i, __pyx_v_end); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IndexError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":199
+ * # end-1,
+ * # &length)
+ * region = "%s:%i-%i" % (reference, start+1, end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION >= 3:
+ * region = region.encode('ascii')
+ */
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_v_start, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 199; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 199; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_i_i, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 199; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_region, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":200
+ * # &length)
+ * region = "%s:%i-%i" % (reference, start+1, end)
+ * if PY_MAJOR_VERSION >= 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region = region.encode('ascii')
+ * seq = fai_fetch( self.fastafile,
+ */
+ __pyx_t_4 = ((PY_MAJOR_VERSION >= 3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":201
+ * region = "%s:%i-%i" % (reference, start+1, end)
+ * if PY_MAJOR_VERSION >= 3:
+ * region = region.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * seq = fai_fetch( self.fastafile,
+ * region,
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_region, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_region, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L12;
+ }
+ __pyx_L12:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":203
+ * region = region.encode('ascii')
+ * seq = fai_fetch( self.fastafile,
+ * region, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * &length )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_region); if (unlikely((!__pyx_t_5) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 203; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":202
+ * if PY_MAJOR_VERSION >= 3:
+ * region = region.encode('ascii')
+ * seq = fai_fetch( self.fastafile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region,
+ * &length )
+ */
+ __pyx_v_seq = fai_fetch(__pyx_v_self->fastafile, __pyx_t_5, (&__pyx_v_length));
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":207
+ * else:
+ * # samtools adds a '\0' at the end
+ * seq = fai_fetch( self.fastafile, region, &length ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # copy to python
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_region); if (unlikely((!__pyx_t_5) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 207; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_seq = fai_fetch(__pyx_v_self->fastafile, __pyx_t_5, (&__pyx_v_length));
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":210
+ *
+ * # copy to python
+ * if seq == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return b""
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_seq == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":211
+ * # copy to python
+ * if seq == NULL:
+ * return b"" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * try:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_b__8);
+ __pyx_r = __pyx_kp_b__8;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":213
+ * return b""
+ * else:
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * py_seq = seq[:length]
+ * finally:
+ */
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":214
+ * else:
+ * try:
+ * py_seq = seq[:length] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * finally:
+ * free(seq)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize(__pyx_v_seq + 0, __pyx_v_length - 0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L15_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_py_seq = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":216
+ * py_seq = seq[:length]
+ * finally:
+ * free(seq) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return py_seq
+ */
+ /*finally:*/ {
+ /*normal exit:*/{
+ free(__pyx_v_seq);
+ goto __pyx_L16;
+ }
+ /*exception exit:*/{
+ __pyx_L15_error:;
+ __pyx_t_9 = 0; __pyx_t_10 = 0; __pyx_t_11 = 0; __pyx_t_12 = 0; __pyx_t_13 = 0; __pyx_t_14 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PY_MAJOR_VERSION >= 3) __Pyx_ExceptionSwap(&__pyx_t_12, &__pyx_t_13, &__pyx_t_14);
+ if ((PY_MAJOR_VERSION < 3) || unlikely(__Pyx_GetException(&__pyx_t_9, &__pyx_t_10, &__pyx_t_11) < 0)) __Pyx_ErrFetch(&__pyx_t_9, &__pyx_t_10, &__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_6 = __pyx_lineno; __pyx_t_7 = __pyx_clineno; __pyx_t_8 = __pyx_filename;
+ {
+ free(__pyx_v_seq);
+ }
+ if (PY_MAJOR_VERSION >= 3) {
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_12, __pyx_t_13, __pyx_t_14);
+ }
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ErrRestore(__pyx_t_9, __pyx_t_10, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = 0; __pyx_t_10 = 0; __pyx_t_11 = 0; __pyx_t_12 = 0; __pyx_t_13 = 0; __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_lineno = __pyx_t_6; __pyx_clineno = __pyx_t_7; __pyx_filename = __pyx_t_8;
+ goto __pyx_L1_error;
+ }
+ __pyx_L16:;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":218
+ * free(seq)
+ *
+ * return py_seq # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * _fetch( self, char * reference, int start, int end, int * length ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_py_seq);
+ __pyx_r = __pyx_v_py_seq;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":145
+ * return self._lengths
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_py_seq);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_region);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":220
+ * return py_seq
+ *
+ * cdef char * _fetch( self, char * reference, int start, int end, int * length ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''fetch sequence for reference, start and end'''
+ *
+ */
+
+static char *__pyx_f_5pysam_6cfaidx_9FastaFile__fetch(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, char *__pyx_v_reference, int __pyx_v_start, int __pyx_v_end, int *__pyx_v_length) {
+ char *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_fetch", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_fetch", __pyx_f[0], 220);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":223
+ * '''fetch sequence for reference, start and end'''
+ *
+ * return faidx_fetch_seq(self.fastafile, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference,
+ * start,
+ */
+ __pyx_r = faidx_fetch_seq(__pyx_v_self->fastafile, __pyx_v_reference, __pyx_v_start, (__pyx_v_end - 1), __pyx_v_length);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":220
+ * return py_seq
+ *
+ * cdef char * _fetch( self, char * reference, int start, int end, int * length ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''fetch sequence for reference, start and end'''
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":229
+ * length )
+ *
+ * def get_reference_length(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return the length of reference.'''
+ * return self.reference2length[reference]
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_15get_reference_length(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_14get_reference_length[] = "FastaFile.get_reference_length(self, reference)\nreturn the length of reference.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_15get_reference_length(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_reference_length (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_14get_reference_length(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_reference));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_14get_reference_length(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_reference_length", 0);
+ __Pyx_TraceCall("get_reference_length", __pyx_f[0], 229);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":231
+ * def get_reference_length(self, reference):
+ * '''return the length of reference.'''
+ * return self.reference2length[reference] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __getitem__(self, reference):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_v_self->reference2length, __pyx_v_reference); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 231; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":229
+ * length )
+ *
+ * def get_reference_length(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return the length of reference.'''
+ * return self.reference2length[reference]
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.get_reference_length", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":233
+ * return self.reference2length[reference]
+ *
+ * def __getitem__(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.fetch(reference)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_17__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_17__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_16__getitem__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_reference));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_16__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__getitem__", __pyx_f[0], 233);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":234
+ *
+ * def __getitem__(self, reference):
+ * return self.fetch(reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __contains__(self, reference):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_fetch); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 234; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":233
+ * return self.reference2length[reference]
+ *
+ * def __getitem__(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.fetch(reference)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.__getitem__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":236
+ * return self.fetch(reference)
+ *
+ * def __contains__(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if reference in fasta file.'''
+ * return reference in self.reference2length
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_19__contains__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__[] = "return true if reference in fasta file.";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__;
+#endif
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_19__contains__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__contains__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_reference));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__contains__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__contains__", __pyx_f[0], 236);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":238
+ * def __contains__(self, reference):
+ * '''return true if reference in fasta file.'''
+ * return reference in self.reference2length # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ######################################################################
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_reference, __pyx_v_self->reference2length, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 238; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":236
+ * return self.fetch(reference)
+ *
+ * def __contains__(self, reference): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if reference in fasta file.'''
+ * return reference in self.reference2length
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastaFile.__contains__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":247
+ *
+ * cdef class FastqProxy:
+ * def __init__(self): pass # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property name:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) > 0)) {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 0, 0, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); return -1;}
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(PyDict_Size(__pyx_kwds) > 0) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__init__", 0))) return -1;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy___init__(CYTHON_UNUSED struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 247);
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":250
+ *
+ * property name:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.name.s
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_4name_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_4name_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_4name___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_4name___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 250);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":251
+ * property name:
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.name.s # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property sequence:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->_delegate->name.s); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 251; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":250
+ *
+ * property name:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.name.s
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqProxy.name.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":254
+ *
+ * property sequence:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.seq.s
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_8sequence_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_8sequence_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_8sequence___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_8sequence___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 254);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":255
+ * property sequence:
+ * def __get__(self):
+ * return self._delegate.seq.s # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property comment:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->_delegate->seq.s); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 255; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":254
+ *
+ * property sequence:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.seq.s
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqProxy.sequence.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":258
+ *
+ * property comment:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._delegate.comment.l:
+ * return self._delegate.comment.s
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7comment_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7comment_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7comment___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7comment___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 258);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":259
+ * property comment:
+ * def __get__(self):
+ * if self._delegate.comment.l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.comment.s
+ * else: return None
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->_delegate->comment.l != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":260
+ * def __get__(self):
+ * if self._delegate.comment.l:
+ * return self._delegate.comment.s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: return None
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->_delegate->comment.s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 260; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":261
+ * if self._delegate.comment.l:
+ * return self._delegate.comment.s
+ * else: return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property quality:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":258
+ *
+ * property comment:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._delegate.comment.l:
+ * return self._delegate.comment.s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqProxy.comment.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":264
+ *
+ * property quality:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._delegate.qual.l:
+ * return self._delegate.qual.s
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7quality_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7quality___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7quality___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 264);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":265
+ * property quality:
+ * def __get__(self):
+ * if self._delegate.qual.l: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._delegate.qual.s
+ * else: return None
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->_delegate->qual.l != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":266
+ * def __get__(self):
+ * if self._delegate.qual.l:
+ * return self._delegate.qual.s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: return None
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->_delegate->qual.s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 266; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":267
+ * if self._delegate.qual.l:
+ * return self._delegate.qual.s
+ * else: return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class FastqFile:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":264
+ *
+ * property quality:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._delegate.qual.l:
+ * return self._delegate.qual.s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqProxy.quality.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":278
+ *
+ * '''
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # self.fastqfile = <gzFile*>NULL
+ * self._filename = None
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_args = 0;
+ PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ if (unlikely(__pyx_kwds) && unlikely(!__Pyx_CheckKeywordStrings(__pyx_kwds, "__cinit__", 1))) return -1;
+ __pyx_v_kwargs = (__pyx_kwds) ? PyDict_Copy(__pyx_kwds) : PyDict_New();
+ if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return -1;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_args);
+ __pyx_v_args = __pyx_args;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_args, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_args);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__cinit__", __pyx_f[0], 278);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":280
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs):
+ * # self.fastqfile = <gzFile*>NULL
+ * self._filename = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.entry = NULL
+ * self._open(*args, **kwargs)
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = Py_None;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":281
+ * # self.fastqfile = <gzFile*>NULL
+ * self._filename = None
+ * self.entry = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._open(*args, **kwargs)
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->entry = NULL;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":282
+ * self._filename = None
+ * self.entry = NULL
+ * self._open(*args, **kwargs) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _isOpen( self ):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_open_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PySequence_Tuple(__pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_kwargs;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":278
+ *
+ * '''
+ * def __cinit__(self, *args, **kwargs): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # self.fastqfile = <gzFile*>NULL
+ * self._filename = None
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqFile.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":284
+ * self._open(*args, **kwargs)
+ *
+ * def _isOpen( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.entry != NULL
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_3_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_2_isOpen[] = "FastqFile._isOpen(self)\nreturn true if samfile has been opened.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_3_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_2_isOpen(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_2_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_isOpen", __pyx_f[0], 284);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":286
+ * def _isOpen( self ):
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.entry != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _open(self, filename):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((__pyx_v_self->entry != NULL)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 286; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":284
+ * self._open(*args, **kwargs)
+ *
+ * def _isOpen( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.entry != NULL
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqFile._isOpen", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":288
+ * return self.entry != NULL
+ *
+ * def _open(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an indexed fasta file.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_5_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_4_open[] = "FastqFile._open(self, filename)\nopen an indexed fasta file.\n\n This method expects an indexed fasta file.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_5_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_4_open(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_filename));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_4_open(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ char *__pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_open", __pyx_f[0], 288);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":293
+ * This method expects an indexed fasta file.
+ * '''
+ * self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not os.path.exists(filename):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 293; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 293; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":295
+ * self.close()
+ *
+ * if not os.path.exists(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("No such file or directory: %s" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":296
+ *
+ * if not os.path.exists(filename):
+ * raise IOError("No such file or directory: %s" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * filename = _encodeFilename(filename)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":298
+ * raise IOError("No such file or directory: %s" % filename)
+ *
+ * filename = _encodeFilename(filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.fastqfile = gzopen(filename, "r")
+ * self.entry = kseq_init(self.fastqfile)
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_6cfaidx__encodeFilename(__pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 298; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_filename, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":299
+ *
+ * filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.fastqfile = gzopen(filename, "r") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.entry = kseq_init(self.fastqfile)
+ * self._filename = filename
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_filename); if (unlikely((!__pyx_t_6) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 299; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->fastqfile = gzopen(__pyx_t_6, __pyx_k_r);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":300
+ * filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.fastqfile = gzopen(filename, "r")
+ * self.entry = kseq_init(self.fastqfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename = filename
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->entry = kseq_init(__pyx_v_self->fastqfile);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":301
+ * self.fastqfile = gzopen(filename, "r")
+ * self.entry = kseq_init(self.fastqfile)
+ * self._filename = filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def close( self ):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = __pyx_v_filename;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":288
+ * return self.entry != NULL
+ *
+ * def _open(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an indexed fasta file.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":303
+ * self._filename = filename
+ *
+ * def close( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''close file.'''
+ * if self.entry != NULL:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_7close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_6close[] = "FastqFile.close(self)\nclose file.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_7close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_6close(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_6close(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close", 0);
+ __Pyx_TraceCall("close", __pyx_f[0], 303);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":305
+ * def close( self ):
+ * '''close file.'''
+ * if self.entry != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * gzclose(self.fastqfile)
+ * if self.entry:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->entry != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":306
+ * '''close file.'''
+ * if self.entry != NULL:
+ * gzclose(self.fastqfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.entry:
+ * kseq_destroy(self.entry)
+ */
+ gzclose(__pyx_v_self->fastqfile);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":307
+ * if self.entry != NULL:
+ * gzclose(self.fastqfile)
+ * if self.entry: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * kseq_destroy(self.entry)
+ * self.entry = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->entry != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":308
+ * gzclose(self.fastqfile)
+ * if self.entry:
+ * kseq_destroy(self.entry) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.entry = NULL
+ *
+ */
+ kseq_destroy(__pyx_v_self->entry);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":309
+ * if self.entry:
+ * kseq_destroy(self.entry)
+ * self.entry = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->entry = NULL;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":303
+ * self._filename = filename
+ *
+ * def close( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''close file.'''
+ * if self.entry != NULL:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":311
+ * self.entry = NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_9__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_9__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__dealloc__", __pyx_f[0], 311);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":312
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property filename:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 312; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 312; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":311
+ * self.entry = NULL
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_WriteUnraisable("pysam.cfaidx.FastqFile.__dealloc__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename, 0);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":316
+ * property filename:
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8filename___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__get__", __pyx_f[0], 316);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":317
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self):
+ * return self._filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_r = __pyx_v_self->_filename;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":316
+ * property filename:
+ * '''number of :term:`filename` associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":319
+ * return self._filename
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_11__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_11__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_10__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_10__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__iter__", __pyx_f[0], 319);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":320
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * return self
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":321
+ * def __iter__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 321; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 321; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":322
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef kseq_t * getCurrent(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":319
+ * return self._filename
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" )
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqFile.__iter__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":324
+ * return self
+ *
+ * cdef kseq_t * getCurrent(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.entry
+ *
+ */
+
+static kseq_t *__pyx_f_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_getCurrent(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ kseq_t *__pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getCurrent", 0);
+ __Pyx_TraceCall("getCurrent", __pyx_f[0], 324);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":325
+ *
+ * cdef kseq_t * getCurrent(self):
+ * return self.entry # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int cnext(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_self->entry;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":324
+ * return self
+ *
+ * cdef kseq_t * getCurrent(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.entry
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":327
+ * return self.entry
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''C version of iterator
+ * '''
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_cnext(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("cnext", 0);
+ __Pyx_TraceCall("cnext", __pyx_f[0], 327);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":330
+ * '''C version of iterator
+ * '''
+ * return kseq_read(self.entry) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __pyx_r = kseq_read(__pyx_v_self->entry);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":327
+ * return self.entry
+ *
+ * cdef int cnext(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''C version of iterator
+ * '''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_TraceReturn(Py_None);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cfaidx.pyx":332
+ * return kseq_read(self.entry)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """
+ * python version of next().
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_13__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__[] = "\n python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_13__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_l;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__next__", __pyx_f[0], 332);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":337
+ * """
+ * cdef int l
+ * l = kseq_read( self.entry) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if (l > 0):
+ * return makeFastqProxy( self.entry )
+ */
+ __pyx_v_l = kseq_read(__pyx_v_self->entry);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":338
+ * cdef int l
+ * l = kseq_read( self.entry)
+ * if (l > 0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return makeFastqProxy( self.entry )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_l > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":339
+ * l = kseq_read( self.entry)
+ * if (l > 0):
+ * return makeFastqProxy( self.entry ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_6cfaidx_makeFastqProxy(__pyx_v_self->entry); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 339; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":341
+ * return makeFastqProxy( self.entry )
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 341; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":332
+ * return kseq_read(self.entry)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """
+ * python version of next().
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cfaidx.FastqFile.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastaFile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ p->_references = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ p->_lengths = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ p->reference2length = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastaFile(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->_filename);
+ Py_CLEAR(p->_references);
+ Py_CLEAR(p->_lengths);
+ Py_CLEAR(p->reference2length);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx_FastaFile(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)o;
+ if (p->_filename) {
+ e = (*v)(p->_filename, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->_references) {
+ e = (*v)(p->_references, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->_lengths) {
+ e = (*v)(p->_lengths, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->reference2length) {
+ e = (*v)(p->reference2length, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx_FastaFile(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->_filename);
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->_references);
+ p->_references = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->_lengths);
+ p->_lengths = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->reference2length);
+ p->reference2length = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *__pyx_sq_item_5pysam_6cfaidx_FastaFile(PyObject *o, Py_ssize_t i) {
+ PyObject *r;
+ PyObject *x = PyInt_FromSsize_t(i); if(!x) return 0;
+ r = Py_TYPE(o)->tp_as_mapping->mp_subscript(o, x);
+ Py_DECREF(x);
+ return r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_filename(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8filename_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_references(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_10references_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_nreferences(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_11nreferences_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_lengths(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7lengths_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6cfaidx_FastaFile[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("_isOpen"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_3_isOpen, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_2_isOpen)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_open"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_7_open, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_6_open)},
+ {__Pyx_NAMESTR("close"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_9close, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_8close)},
+ {__Pyx_NAMESTR("fetch"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_13fetch, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_12fetch)},
+ {__Pyx_NAMESTR("get_reference_length"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_15get_reference_length, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_14get_reference_length)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_6cfaidx_FastaFile[] = {
+ {(char *)"filename", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_filename, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_number_of_term_filename_associat), 0},
+ {(char *)"references", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_references, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_tuple_with_the_names_of_term_ref), 0},
+ {(char *)"nreferences", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_nreferences, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_number_of_term_reference_sequenc), 0},
+ {(char *)"lengths", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_lengths, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_tuple_with_the_lengths_of_term_r), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PySequenceMethods __pyx_tp_as_sequence_FastaFile = {
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5__len__, /*sq_length*/
+ 0, /*sq_concat*/
+ 0, /*sq_repeat*/
+ __pyx_sq_item_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*sq_item*/
+ 0, /*sq_slice*/
+ 0, /*sq_ass_item*/
+ 0, /*sq_ass_slice*/
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_19__contains__, /*sq_contains*/
+ 0, /*sq_inplace_concat*/
+ 0, /*sq_inplace_repeat*/
+};
+
+static PyMappingMethods __pyx_tp_as_mapping_FastaFile = {
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_5__len__, /*mp_length*/
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_17__getitem__, /*mp_subscript*/
+ 0, /*mp_ass_subscript*/
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastaFile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.FastaFile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ &__pyx_tp_as_sequence_FastaFile, /*tp_as_sequence*/
+ &__pyx_tp_as_mapping_FastaFile, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("*(filename)*\n\n A *FASTA* file. The file is automatically opened.\n\n This class expects an indexed fasta file and permits\n random access to fasta sequences.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqProxy(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastqProxy(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && (!PyType_IS_GC(Py_TYPE(o)) || !_PyGC_FINALIZED(o))) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_name(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_4name_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_sequence(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_8sequence_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_comment(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7comment_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_quality(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_7quality_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6cfaidx_FastqProxy[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_6cfaidx_FastqProxy[] = {
+ {(char *)"name", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_name, 0, 0, 0},
+ {(char *)"sequence", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_sequence, 0, 0, 0},
+ {(char *)"comment", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_comment, 0, 0, 0},
+ {(char *)"quality", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_quality, 0, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqProxy = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.FastqProxy"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastqProxy, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("FastqProxy()"), /*tp_doc*/
+ 0, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6cfaidx_FastqProxy, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_6cfaidx_FastqProxy, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_10FastqProxy_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqProxy, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqFile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastqFile(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_9__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->_filename);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx_FastqFile(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)o;
+ if (p->_filename) {
+ e = (*v)(p->_filename, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx_FastqFile(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->_filename);
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_filename(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_8filename_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6cfaidx_FastqFile[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("_isOpen"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_3_isOpen, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_2_isOpen)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_open"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_5_open, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_4_open)},
+ {__Pyx_NAMESTR("close"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_7close, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_6close)},
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_13__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_6cfaidx_FastqFile[] = {
+ {(char *)"filename", __pyx_getprop_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_filename, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_number_of_term_filename_associat), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqFile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.FastqFile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("*(filename)*\n\n A *FASTQ* file. The file is automatically opened.\n\n This file object permits iterating over all entries in\n a fastq file. Random access is not implemented.\n\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_11__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_13__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_Fastafile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastaFile(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile*)__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+ return o;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastafile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.Fastafile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx_FastaFile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_Fastafile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_Fastqfile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_FastqFile(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile*)__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+ return o;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.Fastqfile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx_FastqFile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_11__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_13__next__, /*tp_iternext*/
+ #else
+ 0, /*tp_iternext*/
+ #endif
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx_Fastqfile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *__pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open[8];
+static int __pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open = 0;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open > 0) & (t->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open)))) {
+ o = (PyObject*)__pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open[--__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open];
+ memset(o, 0, sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open));
+ (void) PyObject_INIT(o, t);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ } else {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *)o;
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_data);
+ if ((__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open < 8) & (Py_TYPE(o)->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open))) {
+ __pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open[__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open++] = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *)o);
+ } else {
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+ }
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *)o;
+ if (p->__pyx_v_data) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_data, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_data);
+ p->__pyx_v_data = ((PyObject*)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.__pyx_scope_struct___open"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *__pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr[8];
+static int __pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr = 0;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr > 0) & (t->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr)))) {
+ o = (PyObject*)__pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr[--__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr];
+ memset(o, 0, sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr));
+ (void) PyObject_INIT(o, t);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ } else {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o;
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_outer_scope);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_x);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_t_0);
+ if ((__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr < 8) & (Py_TYPE(o)->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr))) {
+ __pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr[__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr++] = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o);
+ } else {
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+ }
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o;
+ if (p->__pyx_outer_scope) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->__pyx_outer_scope), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_v_x) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_x, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_t_0) {
+ e = (*v)(p->__pyx_t_0, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_outer_scope);
+ p->__pyx_outer_scope = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_x);
+ p->__pyx_v_x = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_t_0);
+ p->__pyx_t_0 = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.__pyx_scope_struct_1_genexpr"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *__pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr[8];
+static int __pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr = 0;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr > 0) & (t->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr)))) {
+ o = (PyObject*)__pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr[--__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr];
+ memset(o, 0, sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr));
+ (void) PyObject_INIT(o, t);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ } else {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *)o;
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_outer_scope);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_x);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_t_0);
+ if ((__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr < 8) & (Py_TYPE(o)->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr))) {
+ __pyx_freelist_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr[__pyx_freecount_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr++] = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *)o);
+ } else {
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+ }
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *)o;
+ if (p->__pyx_outer_scope) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->__pyx_outer_scope), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_v_x) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_x, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_t_0) {
+ e = (*v)(p->__pyx_t_0, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_outer_scope);
+ p->__pyx_outer_scope = ((struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_x);
+ p->__pyx_v_x = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_t_0);
+ p->__pyx_t_0 = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cfaidx.__pyx_scope_struct_2_genexpr"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("cfaidx"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico, __pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico, sizeof(__pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico), 0, 1, 0, 0},
+ {&__pyx_n_s_FastaFile, __pyx_k_FastaFile, sizeof(__pyx_k_FastaFile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Fastafile, __pyx_k_Fastafile, sizeof(__pyx_k_Fastafile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_FastqFile, __pyx_k_FastqFile, sizeof(__pyx_k_FastqFile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Fastqfile, __pyx_k_Fastqfile, sizeof(__pyx_k_Fastqfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_IOError, __pyx_k_IOError, sizeof(__pyx_k_IOError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_IS_PYTHON3, __pyx_k_IS_PYTHON3, sizeof(__pyx_k_IS_PYTHON3), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file, __pyx_k_I_O_operation_on_closed_file, sizeof(__pyx_k_I_O_operation_on_closed_file), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_IndexError, __pyx_k_IndexError, sizeof(__pyx_k_IndexError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s, __pyx_k_No_such_file_or_directory_s, sizeof(__pyx_k_No_such_file_or_directory_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_StopIteration, __pyx_k_StopIteration, sizeof(__pyx_k_StopIteration), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_TypeError, __pyx_k_TypeError, sizeof(__pyx_k_TypeError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ValueError, __pyx_k_ValueError, sizeof(__pyx_k_ValueError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s__3, __pyx_k__3, sizeof(__pyx_k__3), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_b__8, __pyx_k__8, sizeof(__pyx_k__8), 0, 0, 0, 0},
+ {&__pyx_n_s_all, __pyx_k_all, sizeof(__pyx_k_all), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_args, __pyx_k_args, sizeof(__pyx_k_args), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ascii, __pyx_k_ascii, sizeof(__pyx_k_ascii), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_calling_len_on_closed_file, __pyx_k_calling_len_on_closed_file, sizeof(__pyx_k_calling_len_on_closed_file), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_close, __pyx_k_close, sizeof(__pyx_k_close), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_could_not_locate_index_file, __pyx_k_could_not_locate_index_file, sizeof(__pyx_k_could_not_locate_index_file), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_could_not_open_file_s, __pyx_k_could_not_open_file_s, sizeof(__pyx_k_could_not_open_file_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_encode, __pyx_k_encode, sizeof(__pyx_k_encode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_end, __pyx_k_end, sizeof(__pyx_k_end), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_end_out_of_range_i, __pyx_k_end_out_of_range_i, sizeof(__pyx_k_end_out_of_range_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_enter, __pyx_k_enter, sizeof(__pyx_k_enter), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_exists, __pyx_k_exists, sizeof(__pyx_k_exists), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_exit, __pyx_k_exit, sizeof(__pyx_k_exit), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_b_fai, __pyx_k_fai, sizeof(__pyx_k_fai), 0, 0, 0, 0},
+ {&__pyx_n_s_fetch, __pyx_k_fetch, sizeof(__pyx_k_fetch), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getdefaultencoding, __pyx_k_getdefaultencoding, sizeof(__pyx_k_getdefaultencoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getfilesystemencoding, __pyx_k_getfilesystemencoding, sizeof(__pyx_k_getfilesystemencoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_import, __pyx_k_import, sizeof(__pyx_k_import), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_invalid_region_start_i_end_i, __pyx_k_invalid_region_start_i_end_i, sizeof(__pyx_k_invalid_region_start_i_end_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_isOpen, __pyx_k_isOpen, sizeof(__pyx_k_isOpen), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_main, __pyx_k_main, sizeof(__pyx_k_main), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_no_sequence_region_supplied, __pyx_k_no_sequence_region_supplied, sizeof(__pyx_k_no_sequence_region_supplied), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_open, __pyx_k_open, sizeof(__pyx_k_open), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_open_2, __pyx_k_open_2, sizeof(__pyx_k_open_2), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_os, __pyx_k_os, sizeof(__pyx_k_os), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_path, __pyx_k_path, sizeof(__pyx_k_path), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pyx_vtable, __pyx_k_pyx_vtable, sizeof(__pyx_k_pyx_vtable), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_reference, __pyx_k_reference, sizeof(__pyx_k_reference), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_references, __pyx_k_references, sizeof(__pyx_k_references), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_region, __pyx_k_region, sizeof(__pyx_k_region), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_s_i_i, __pyx_k_s_i_i, sizeof(__pyx_k_s_i_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_send, __pyx_k_send, sizeof(__pyx_k_send), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_split, __pyx_k_split, sizeof(__pyx_k_split), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_start, __pyx_k_start, sizeof(__pyx_k_start), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_start_out_of_range_i, __pyx_k_start_out_of_range_i, sizeof(__pyx_k_start_out_of_range_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_sys, __pyx_k_sys, sizeof(__pyx_k_sys), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_test, __pyx_k_test, sizeof(__pyx_k_test), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_throw, __pyx_k_throw, sizeof(__pyx_k_throw), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_zip, __pyx_k_zip, sizeof(__pyx_k_zip), 0, 0, 1, 1},
+ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static int __Pyx_InitCachedBuiltins(void) {
+ __pyx_builtin_TypeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_TypeError); if (!__pyx_builtin_TypeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 55; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_ValueError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_ValueError); if (!__pyx_builtin_ValueError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 89; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_IOError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_IOError); if (!__pyx_builtin_IOError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 105; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_open = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_open); if (!__pyx_builtin_open) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_zip = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_zip); if (!__pyx_builtin_zip) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 115; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_IndexError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_IndexError); if (!__pyx_builtin_IndexError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_StopIteration = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_StopIteration); if (!__pyx_builtin_StopIteration) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 341; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":89
+ * def __len__(self):
+ * if self.fastafile == NULL:
+ * raise ValueError("calling len() on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return faidx_nseq(self.fastafile)
+ */
+ __pyx_tuple_ = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_calling_len_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple_)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 89; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple_);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple_);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":109
+ * # read index
+ * if not os.path.exists( self._filename + b".fai" ):
+ * raise ValueError("could not locate index file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf:
+ */
+ __pyx_tuple__2 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_could_not_locate_index_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 109; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__2);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":112
+ *
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf:
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ * self._lengths = tuple(int(x[1]) for x in data)
+ */
+ __pyx_tuple__4 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__3); if (unlikely(!__pyx_tuple__4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__4);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":111
+ * raise ValueError("could not locate index file")
+ *
+ * with open( self._filename + b".fai" ) as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data = [ x.split("\t") for x in inf ]
+ * self._references = tuple(x[0] for x in data)
+ */
+ __pyx_tuple__5 = PyTuple_Pack(3, Py_None, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_tuple__5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__5);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":168
+ *
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int length
+ */
+ __pyx_tuple__6 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__6);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":175
+ * if not region:
+ * if reference is None:
+ * raise ValueError('no sequence/region supplied.') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start is None:
+ * start = 0
+ */
+ __pyx_tuple__7 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_no_sequence_region_supplied); if (unlikely(!__pyx_tuple__7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 175; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__7);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":201
+ * region = "%s:%i-%i" % (reference, start+1, end)
+ * if PY_MAJOR_VERSION >= 3:
+ * region = region.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * seq = fai_fetch( self.fastafile,
+ * region,
+ */
+ __pyx_tuple__9 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 201; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__9);
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":321
+ * def __iter__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError( "I/O operation on closed file" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__10 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 321; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__10);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __pyx_int_0 = PyInt_FromLong(0); if (unlikely(!__pyx_int_0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_1 = PyInt_FromLong(1); if (unlikely(!__pyx_int_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initcfaidx(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initcfaidx(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_cfaidx(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_cfaidx(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_cfaidx(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("cfaidx"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__cfaidx) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.cfaidx")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.cfaidx", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ __pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING = ((PyObject*)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ /*--- Type init code ---*/
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile = &__pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+ __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_FastaFile._fetch = (char *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *, char *, int, int, int *))__pyx_f_5pysam_6cfaidx_9FastaFile__fetch;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastaFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastaFile.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastaFile, "__contains__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__.doc = __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastaFile_18__contains__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastaFile.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "FastaFile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastaFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 246; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqProxy.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "FastqProxy", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqProxy) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 246; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqProxy;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile = &__pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+ __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_FastqFile.getCurrent = (kseq_t *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *))__pyx_f_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_getCurrent;
+ __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_FastqFile.cnext = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *))__pyx_f_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_cnext;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 269; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqFile.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqFile, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 269; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6cfaidx_9FastqFile_12__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqFile.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 269; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "FastqFile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 269; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile = &__pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+ __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_Fastafile.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastafile.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastafile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 344; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastafile.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastafile.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 344; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "Fastafile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastafile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 344; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = &__pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+ __pyx_vtable_5pysam_6cfaidx_Fastqfile.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastqfile.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastqfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 347; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastqfile.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastqfile.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 347; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "Fastqfile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastqfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 347; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 93; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open.tp_print = 0;
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct___open;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 113; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr.tp_print = 0;
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_1_genexpr;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr.tp_print = 0;
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr = &__pyx_type_5pysam_6cfaidx___pyx_scope_struct_2_genexpr;
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_7cpython_4type_type = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "type",
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ sizeof(PyTypeObject),
+ #else
+ sizeof(PyHeapTypeObject),
+ #endif
+ 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4type_type)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "bool", sizeof(PyBoolObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "complex", sizeof(PyComplexObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex)) {__pyx_filename = __pyx_f[3]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":4
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import sys # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import os
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":5
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import sys
+ * import os # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class FastqProxy
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_os, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_os, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":33
+ * ## Python 3 compatibility functions
+ * ########################################################################
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((PY_MAJOR_VERSION >= 3)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 33; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_IS_PYTHON3, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 33; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":37
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getfilesystemencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":38
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":39
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getdefaultencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L2;
+ }
+ __pyx_L2:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":40
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":41
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #cdef char* _C_FILENAME_ENCODING
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_6cfaidx__FILENAME_ENCODING, __pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ascii);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":61
+ * #####################################################################
+ * # hard-coded constants
+ * cdef int max_pos = 2 << 29 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ## TODO:
+ */
+ __pyx_v_5pysam_6cfaidx_max_pos = 1073741824;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":350
+ * pass
+ *
+ * __all__ = ["FastaFile", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "FastqFile",
+ * "Fastafile",
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_FastaFile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_n_s_FastaFile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_FastaFile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_FastqFile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_n_s_FastqFile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_FastqFile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Fastafile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_n_s_Fastafile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Fastafile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Fastqfile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_n_s_Fastqfile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Fastqfile);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_all, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cfaidx.pyx":1
+ * # cython: embedsignature=True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.cfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.cfaidx");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name) {
+ PyObject* result = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, name);
+ if (unlikely(!result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError,
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "name '%U' is not defined", name);
+#else
+ "name '%.200s' is not defined", PyString_AS_STRING(name));
+#endif
+ }
+ return result;
+}
+
+#if CYTHON_PROFILE
+static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code,
+ PyFrameObject** frame,
+ const char *funcname,
+ const char *srcfile,
+ int firstlineno) {
+ int retval;
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET();
+ if (*frame == NULL || !CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME) {
+ if (*code == NULL) {
+ *code = __Pyx_createFrameCodeObject(funcname, srcfile, firstlineno);
+ if (*code == NULL) return 0;
+ }
+ *frame = PyFrame_New(
+ tstate, /*PyThreadState *tstate*/
+ *code, /*PyCodeObject *code*/
+ __pyx_d, /*PyObject *globals*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (*frame == NULL) return 0;
+ if (CYTHON_TRACE && (*frame)->f_trace == NULL) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ (*frame)->f_trace = Py_None;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400B1
+ } else {
+ (*frame)->f_tstate = tstate;
+#endif
+ }
+ (*frame)->f_lineno = firstlineno;
+ tstate->use_tracing = 0;
+ #if CYTHON_TRACE
+ if (tstate->c_tracefunc)
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL);
+ if (!tstate->c_profilefunc)
+ retval = 1;
+ else
+ #endif
+ retval = tstate->c_profilefunc(tstate->c_profileobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL) == 0;
+ tstate->use_tracing = (tstate->c_profilefunc ||
+ (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc));
+ return tstate->use_tracing && retval;
+}
+static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno) {
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyString_FromString(srcfile);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(srcfile);
+ #endif
+ if (!py_funcname | !py_srcfile) goto bad;
+ py_code = PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ #endif
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ firstlineno, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+}
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_TypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type) {
+ if (unlikely(!type)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Missing type object");
+ return 0;
+ }
+ if (likely(PyObject_TypeCheck(obj, type)))
+ return 1;
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Cannot convert %.200s to %.200s",
+ Py_TYPE(obj)->tp_name, type->tp_name);
+ return 0;
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyObject *result;
+ ternaryfunc call = func->ob_type->tp_call;
+ if (unlikely(!call))
+ return PyObject_Call(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (unlikely(Py_EnterRecursiveCall((char*)" while calling a Python object")))
+ return NULL;
+#endif
+ result = (*call)(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ Py_LeaveRecursiveCall();
+#endif
+ if (unlikely(!result) && unlikely(!PyErr_Occurred())) {
+ PyErr_SetString(
+ PyExc_SystemError,
+ "NULL result without error in PyObject_Call");
+ }
+ return result;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->curexc_type;
+ tmp_value = tstate->curexc_value;
+ tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = type;
+ tstate->curexc_value = value;
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_Restore(type, value, tb);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->curexc_type;
+ *value = tstate->curexc_value;
+ *tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb,
+ CYTHON_UNUSED PyObject *cause) {
+ Py_XINCREF(type);
+ if (!value || value == Py_None)
+ value = NULL;
+ else
+ Py_INCREF(value);
+ if (!tb || tb == Py_None)
+ tb = NULL;
+ else {
+ Py_INCREF(tb);
+ if (!PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto raise_error;
+ }
+ }
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyClass_Check(type)) {
+ #else
+ if (PyType_Check(type)) {
+ #endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!value) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&type, &value, &tb);
+ } else {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto raise_error;
+ }
+ value = type;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyInstance_Check(type)) {
+ type = (PyObject*) ((PyInstanceObject*)type)->in_class;
+ Py_INCREF(type);
+ } else {
+ type = 0;
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception must be an old-style class or instance");
+ goto raise_error;
+ }
+ #else
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(type);
+ Py_INCREF(type);
+ if (!PyType_IsSubtype((PyTypeObject *)type, (PyTypeObject *)PyExc_BaseException)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto raise_error;
+ }
+ #endif
+ }
+ __Pyx_ErrRestore(type, value, tb);
+ return;
+raise_error:
+ Py_XDECREF(value);
+ Py_XDECREF(type);
+ Py_XDECREF(tb);
+ return;
+}
+#else /* Python 3+ */
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause) {
+ PyObject* owned_instance = NULL;
+ if (tb == Py_None) {
+ tb = 0;
+ } else if (tb && !PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto bad;
+ }
+ if (value == Py_None)
+ value = 0;
+ if (PyExceptionInstance_Check(type)) {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto bad;
+ }
+ value = type;
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ } else if (PyExceptionClass_Check(type)) {
+ PyObject *instance_class = NULL;
+ if (value && PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ instance_class = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ if (instance_class != type) {
+ if (PyObject_IsSubclass(instance_class, type)) {
+ type = instance_class;
+ } else {
+ instance_class = NULL;
+ }
+ }
+ }
+ if (!instance_class) {
+ PyObject *args;
+ if (!value)
+ args = PyTuple_New(0);
+ else if (PyTuple_Check(value)) {
+ Py_INCREF(value);
+ args = value;
+ } else
+ args = PyTuple_Pack(1, value);
+ if (!args)
+ goto bad;
+ owned_instance = PyObject_Call(type, args, NULL);
+ Py_DECREF(args);
+ if (!owned_instance)
+ goto bad;
+ value = owned_instance;
+ if (!PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "calling %R should have returned an instance of "
+ "BaseException, not %R",
+ type, Py_TYPE(value));
+ goto bad;
+ }
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03030000
+ if (cause) {
+#else
+ if (cause && cause != Py_None) {
+#endif
+ PyObject *fixed_cause;
+ if (cause == Py_None) {
+ fixed_cause = NULL;
+ } else if (PyExceptionClass_Check(cause)) {
+ fixed_cause = PyObject_CallObject(cause, NULL);
+ if (fixed_cause == NULL)
+ goto bad;
+ } else if (PyExceptionInstance_Check(cause)) {
+ fixed_cause = cause;
+ Py_INCREF(fixed_cause);
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "exception causes must derive from "
+ "BaseException");
+ goto bad;
+ }
+ PyException_SetCause(value, fixed_cause);
+ }
+ PyErr_SetObject(type, value);
+ if (tb) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ if (tb != tmp_tb) {
+ Py_INCREF(tb);
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+ }
+ }
+bad:
+ Py_XDECREF(owned_instance);
+ return;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_CheckKeywordStrings(
+ PyObject *kwdict,
+ const char* function_name,
+ int kw_allowed)
+{
+ PyObject* key = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+#if CPYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!kw_allowed && PyDict_Next(kwdict, &pos, &key, 0))
+ goto invalid_keyword;
+ return 1;
+#else
+ while (PyDict_Next(kwdict, &pos, &key, 0)) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (unlikely(!PyString_CheckExact(key)) && unlikely(!PyString_Check(key)))
+ #endif
+ if (unlikely(!PyUnicode_Check(key)))
+ goto invalid_keyword_type;
+ }
+ if ((!kw_allowed) && unlikely(key))
+ goto invalid_keyword;
+ return 1;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ return 0;
+#endif
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseClosureNameError(const char *varname) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError, "free variable '%s' referenced before assignment in enclosing scope", varname);
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j) {
+ PyObject *r;
+ if (!j) return NULL;
+ r = PyObject_GetItem(o, j);
+ Py_DECREF(j);
+ return r;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyList_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (is_list || PyList_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || (likely((n >= 0) & (n < PyList_GET_SIZE(o))))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ }
+ else if (PyTuple_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((n >= 0) & (n < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ } else {
+ PySequenceMethods *m = Py_TYPE(o)->tp_as_sequence;
+ if (likely(m && m->sq_item)) {
+ if (wraparound && unlikely(i < 0) && likely(m->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = m->sq_length(o);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ i += l;
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ return NULL;
+ }
+ }
+ return m->sq_item(o, i);
+ }
+ }
+#else
+ if (is_list || PySequence_Check(o)) {
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+ }
+#endif
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name) {
+ PyObject *result;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = PyDict_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (result) {
+ Py_INCREF(result);
+ } else {
+#else
+ result = PyObject_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (!result) {
+ PyErr_Clear();
+#endif
+ result = __Pyx_GetBuiltinName(name);
+ }
+ return result;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->exc_type;
+ *value = tstate->exc_value;
+ *tb = tstate->exc_traceback;
+ Py_XINCREF(*type);
+ Py_XINCREF(*value);
+ Py_XINCREF(*tb);
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = type;
+ tstate->exc_value = value;
+ tstate->exc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *local_type, *local_value, *local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ local_type = tstate->curexc_type;
+ local_value = tstate->curexc_value;
+ local_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (unlikely(tstate->curexc_type))
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred()))
+#endif
+ goto bad;
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (local_tb) {
+ if (unlikely(PyException_SetTraceback(local_value, local_tb) < 0))
+ goto bad;
+ }
+ #endif
+ Py_XINCREF(local_tb);
+ Py_XINCREF(local_type);
+ Py_XINCREF(local_value);
+ *type = local_type;
+ *value = local_value;
+ *tb = local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = local_type;
+ tstate->exc_value = local_value;
+ tstate->exc_traceback = local_tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(local_type, local_value, local_tb);
+#endif
+ return 0;
+bad:
+ *type = 0;
+ *value = 0;
+ *tb = 0;
+ Py_XDECREF(local_type);
+ Py_XDECREF(local_value);
+ Py_XDECREF(local_tb);
+ return -1;
+}
+
+static void __Pyx_WriteUnraisable(const char *name, CYTHON_UNUSED int clineno,
+ CYTHON_UNUSED int lineno, CYTHON_UNUSED const char *filename,
+ int full_traceback) {
+ PyObject *old_exc, *old_val, *old_tb;
+ PyObject *ctx;
+ __Pyx_ErrFetch(&old_exc, &old_val, &old_tb);
+ if (full_traceback) {
+ Py_XINCREF(old_exc);
+ Py_XINCREF(old_val);
+ Py_XINCREF(old_tb);
+ __Pyx_ErrRestore(old_exc, old_val, old_tb);
+ PyErr_PrintEx(1);
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ ctx = PyString_FromString(name);
+ #else
+ ctx = PyUnicode_FromString(name);
+ #endif
+ __Pyx_ErrRestore(old_exc, old_val, old_tb);
+ if (!ctx) {
+ PyErr_WriteUnraisable(Py_None);
+ } else {
+ PyErr_WriteUnraisable(ctx);
+ Py_DECREF(ctx);
+ }
+}
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(
+ const char* func_name,
+ PyObject* kw_name)
+{
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%U'", func_name, kw_name);
+ #else
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%s'", func_name,
+ PyString_AsString(kw_name));
+ #endif
+}
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(
+ PyObject *kwds,
+ PyObject **argnames[],
+ PyObject *kwds2,
+ PyObject *values[],
+ Py_ssize_t num_pos_args,
+ const char* function_name)
+{
+ PyObject *key = 0, *value = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+ PyObject*** name;
+ PyObject*** first_kw_arg = argnames + num_pos_args;
+ while (PyDict_Next(kwds, &pos, &key, &value)) {
+ name = first_kw_arg;
+ while (*name && (**name != key)) name++;
+ if (*name) {
+ values[name-argnames] = value;
+ continue;
+ }
+ name = first_kw_arg;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyString_CheckExact(key)) || likely(PyString_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ if ((CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**name) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**name, key)) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ if ((**argname == key) || (
+ (CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**argname) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**argname, key))) {
+ goto arg_passed_twice;
+ }
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ #endif
+ if (likely(PyUnicode_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ int cmp = (**name == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**name) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**name, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ int cmp = (**argname == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**argname) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**argname, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) goto arg_passed_twice;
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ goto invalid_keyword_type;
+ if (kwds2) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(kwds2, key, value))) goto bad;
+ } else {
+ goto invalid_keyword;
+ }
+ }
+ return 0;
+arg_passed_twice:
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(function_name, key);
+ goto bad;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ goto bad;
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+bad:
+ return -1;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(
+ const char* func_name,
+ int exact,
+ Py_ssize_t num_min,
+ Py_ssize_t num_max,
+ Py_ssize_t num_found)
+{
+ Py_ssize_t num_expected;
+ const char *more_or_less;
+ if (num_found < num_min) {
+ num_expected = num_min;
+ more_or_less = "at least";
+ } else {
+ num_expected = num_max;
+ more_or_less = "at most";
+ }
+ if (exact) {
+ more_or_less = "exactly";
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes %.8s %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d positional argument%.1s (%" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d given)",
+ func_name, more_or_less, num_expected,
+ (num_expected == 1) ? "" : "s", num_found);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = *type;
+ tstate->exc_value = *value;
+ tstate->exc_traceback = *tb;
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(&tmp_type, &tmp_value, &tmp_tb);
+ PyErr_SetExcInfo(*type, *value, *tb);
+#endif
+ *type = tmp_type;
+ *value = tmp_value;
+ *tb = tmp_tb;
+}
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable) {
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ PyObject *ob = PyCapsule_New(vtable, 0, 0);
+#else
+ PyObject *ob = PyCObject_FromVoidPtr(vtable, 0);
+#endif
+ if (!ob)
+ goto bad;
+ if (PyDict_SetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable, ob) < 0)
+ goto bad;
+ Py_DECREF(ob);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return -1;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type) {
+ PyObject* fake_module;
+ PyTypeObject* cached_type = NULL;
+ fake_module = PyImport_AddModule((char*) "_cython_" CYTHON_ABI);
+ if (!fake_module) return NULL;
+ Py_INCREF(fake_module);
+ cached_type = (PyTypeObject*) PyObject_GetAttrString(fake_module, type->tp_name);
+ if (cached_type) {
+ if (!PyType_Check((PyObject*)cached_type)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s is not a type object",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ if (cached_type->tp_basicsize != type->tp_basicsize) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s has the wrong size, try recompiling",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ } else {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ if (PyType_Ready(type) < 0) goto bad;
+ if (PyObject_SetAttrString(fake_module, type->tp_name, (PyObject*) type) < 0)
+ goto bad;
+ Py_INCREF(type);
+ cached_type = type;
+ }
+done:
+ Py_DECREF(fake_module);
+ return cached_type;
+bad:
+ Py_XDECREF(cached_type);
+ cached_type = NULL;
+ goto done;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Generator_Next(PyObject *self);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Send(PyObject *self, PyObject *value);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Close(PyObject *self);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Throw(PyObject *gen, PyObject *args);
+static PyTypeObject *__pyx_GeneratorType = 0;
+#define __Pyx_Generator_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == __pyx_GeneratorType)
+#define __Pyx_Generator_Undelegate(gen) Py_CLEAR((gen)->yieldfrom)
+#if 1 || PY_VERSION_HEX < 0x030300B0
+static int __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(PyObject **pvalue) {
+ PyObject *et, *ev, *tb;
+ PyObject *value = NULL;
+ __Pyx_ErrFetch(&et, &ev, &tb);
+ if (!et) {
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_XDECREF(ev);
+ Py_INCREF(Py_None);
+ *pvalue = Py_None;
+ return 0;
+ }
+ if (unlikely(et != PyExc_StopIteration) &&
+ unlikely(!PyErr_GivenExceptionMatches(et, PyExc_StopIteration))) {
+ __Pyx_ErrRestore(et, ev, tb);
+ return -1;
+ }
+ if (likely(et == PyExc_StopIteration)) {
+ if (likely(!ev) || !PyObject_IsInstance(ev, PyExc_StopIteration)) {
+ if (!ev) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ ev = Py_None;
+ }
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_DECREF(et);
+ *pvalue = ev;
+ return 0;
+ }
+ }
+ PyErr_NormalizeException(&et, &ev, &tb);
+ if (unlikely(!PyObject_IsInstance(ev, PyExc_StopIteration))) {
+ __Pyx_ErrRestore(et, ev, tb);
+ return -1;
+ }
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_DECREF(et);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030300A0
+ value = ((PyStopIterationObject *)ev)->value;
+ Py_INCREF(value);
+ Py_DECREF(ev);
+#else
+ {
+ PyObject* args = PyObject_GetAttr(ev, __pyx_n_s_args);
+ Py_DECREF(ev);
+ if (likely(args)) {
+ value = PyObject_GetItem(args, 0);
+ Py_DECREF(args);
+ }
+ if (unlikely(!value)) {
+ __Pyx_ErrRestore(NULL, NULL, NULL);
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+ }
+#endif
+ *pvalue = value;
+ return 0;
+}
+#endif
+static CYTHON_INLINE
+void __Pyx_Generator_ExceptionClear(__pyx_GeneratorObject *self) {
+ PyObject *exc_type = self->exc_type;
+ PyObject *exc_value = self->exc_value;
+ PyObject *exc_traceback = self->exc_traceback;
+ self->exc_type = NULL;
+ self->exc_value = NULL;
+ self->exc_traceback = NULL;
+ Py_XDECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_traceback);
+}
+static CYTHON_INLINE
+int __Pyx_Generator_CheckRunning(__pyx_GeneratorObject *gen) {
+ if (unlikely(gen->is_running)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ValueError,
+ "generator already executing");
+ return 1;
+ }
+ return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE
+PyObject *__Pyx_Generator_SendEx(__pyx_GeneratorObject *self, PyObject *value) {
+ PyObject *retval;
+ assert(!self->is_running);
+ if (unlikely(self->resume_label == 0)) {
+ if (unlikely(value && value != Py_None)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "can't send non-None value to a "
+ "just-started generator");
+ return NULL;
+ }
+ }
+ if (unlikely(self->resume_label == -1)) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ return NULL;
+ }
+ if (value) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#else
+ /* Generators always return to their most recent caller, not
+ * necessarily their creator. */
+ if (self->exc_traceback) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyTracebackObject *tb = (PyTracebackObject *) self->exc_traceback;
+ PyFrameObject *f = tb->tb_frame;
+ Py_XINCREF(tstate->frame);
+ assert(f->f_back == NULL);
+ f->f_back = tstate->frame;
+ }
+#endif
+ __Pyx_ExceptionSwap(&self->exc_type, &self->exc_value,
+ &self->exc_traceback);
+ } else {
+ __Pyx_Generator_ExceptionClear(self);
+ }
+ self->is_running = 1;
+ retval = self->body((PyObject *) self, value);
+ self->is_running = 0;
+ if (retval) {
+ __Pyx_ExceptionSwap(&self->exc_type, &self->exc_value,
+ &self->exc_traceback);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#else
+ /* Don't keep the reference to f_back any longer than necessary. It
+ * may keep a chain of frames alive or it could create a reference
+ * cycle. */
+ if (self->exc_traceback) {
+ PyTracebackObject *tb = (PyTracebackObject *) self->exc_traceback;
+ PyFrameObject *f = tb->tb_frame;
+ Py_CLEAR(f->f_back);
+ }
+#endif
+ } else {
+ __Pyx_Generator_ExceptionClear(self);
+ }
+ return retval;
+}
+static CYTHON_INLINE
+PyObject *__Pyx_Generator_FinishDelegation(__pyx_GeneratorObject *gen) {
+ PyObject *ret;
+ PyObject *val = NULL;
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(&val);
+ ret = __Pyx_Generator_SendEx(gen, val);
+ Py_XDECREF(val);
+ return ret;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Next(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject*) self;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ gen->is_running = 1;
+ ret = Py_TYPE(yf)->tp_iternext(yf);
+ gen->is_running = 0;
+ if (likely(ret)) {
+ return ret;
+ }
+ return __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, Py_None);
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Send(PyObject *self, PyObject *value) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject*) self;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ gen->is_running = 1;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ ret = __Pyx_Generator_Send(yf, value);
+ } else {
+ if (value == Py_None)
+ ret = PyIter_Next(yf);
+ else
+ ret = __Pyx_PyObject_CallMethod1(yf, __pyx_n_s_send, value);
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ if (likely(ret)) {
+ return ret;
+ }
+ return __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, value);
+}
+static int __Pyx_Generator_CloseIter(__pyx_GeneratorObject *gen, PyObject *yf) {
+ PyObject *retval = NULL;
+ int err = 0;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ retval = __Pyx_Generator_Close(yf);
+ if (!retval)
+ return -1;
+ } else {
+ PyObject *meth;
+ gen->is_running = 1;
+ meth = PyObject_GetAttr(yf, __pyx_n_s_close);
+ if (unlikely(!meth)) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ PyErr_WriteUnraisable(yf);
+ }
+ PyErr_Clear();
+ } else {
+ retval = PyObject_CallFunction(meth, NULL);
+ Py_DECREF(meth);
+ if (!retval)
+ err = -1;
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ }
+ Py_XDECREF(retval);
+ return err;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Close(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject *retval, *raised_exception;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ int err = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ Py_INCREF(yf);
+ err = __Pyx_Generator_CloseIter(gen, yf);
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ Py_DECREF(yf);
+ }
+ if (err == 0)
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+#else
+ PyErr_SetNone(PyExc_GeneratorExit);
+#endif
+ retval = __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+ if (retval) {
+ Py_DECREF(retval);
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "generator ignored GeneratorExit");
+ return NULL;
+ }
+ raised_exception = PyErr_Occurred();
+ if (!raised_exception
+ || raised_exception == PyExc_StopIteration
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ || raised_exception == PyExc_GeneratorExit
+ || PyErr_GivenExceptionMatches(raised_exception, PyExc_GeneratorExit)
+#endif
+ || PyErr_GivenExceptionMatches(raised_exception, PyExc_StopIteration))
+ {
+ if (raised_exception) PyErr_Clear(); /* ignore these errors */
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+ }
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Throw(PyObject *self, PyObject *args) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject *typ;
+ PyObject *tb = NULL;
+ PyObject *val = NULL;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (!PyArg_UnpackTuple(args, (char *)"throw", 1, 3, &typ, &val, &tb))
+ return NULL;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ Py_INCREF(yf);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ if (PyErr_GivenExceptionMatches(typ, PyExc_GeneratorExit)) {
+ int err = __Pyx_Generator_CloseIter(gen, yf);
+ Py_DECREF(yf);
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ if (err < 0)
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+ goto throw_here;
+ }
+#endif
+ gen->is_running = 1;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ ret = __Pyx_Generator_Throw(yf, args);
+ } else {
+ PyObject *meth = PyObject_GetAttr(yf, __pyx_n_s_throw);
+ if (unlikely(!meth)) {
+ Py_DECREF(yf);
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ gen->is_running = 0;
+ return NULL;
+ }
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ gen->is_running = 0;
+ goto throw_here;
+ }
+ ret = PyObject_CallObject(meth, args);
+ Py_DECREF(meth);
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ Py_DECREF(yf);
+ if (!ret) {
+ ret = __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return ret;
+ }
+throw_here:
+ __Pyx_Raise(typ, val, tb, NULL);
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+}
+static int __Pyx_Generator_traverse(PyObject *self, visitproc visit, void *arg) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ Py_VISIT(gen->closure);
+ Py_VISIT(gen->classobj);
+ Py_VISIT(gen->yieldfrom);
+ Py_VISIT(gen->exc_type);
+ Py_VISIT(gen->exc_value);
+ Py_VISIT(gen->exc_traceback);
+ return 0;
+}
+static int __Pyx_Generator_clear(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ Py_CLEAR(gen->closure);
+ Py_CLEAR(gen->classobj);
+ Py_CLEAR(gen->yieldfrom);
+ Py_CLEAR(gen->exc_type);
+ Py_CLEAR(gen->exc_value);
+ Py_CLEAR(gen->exc_traceback);
+ return 0;
+}
+static void __Pyx_Generator_dealloc(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject_GC_UnTrack(gen);
+ if (gen->gi_weakreflist != NULL)
+ PyObject_ClearWeakRefs(self);
+ if (gen->resume_label > 0) {
+ PyObject_GC_Track(self);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(self))
+#else
+ Py_TYPE(gen)->tp_del(self);
+ if (self->ob_refcnt > 0)
+#endif
+ return; /* resurrected. :( */
+ PyObject_GC_UnTrack(self);
+ }
+ __Pyx_Generator_clear(self);
+ PyObject_GC_Del(gen);
+}
+static void __Pyx_Generator_del(PyObject *self) {
+ PyObject *res;
+ PyObject *error_type, *error_value, *error_traceback;
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ if (gen->resume_label <= 0)
+ return ;
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1
+ assert(self->ob_refcnt == 0);
+ self->ob_refcnt = 1;
+#endif
+ __Pyx_ErrFetch(&error_type, &error_value, &error_traceback);
+ res = __Pyx_Generator_Close(self);
+ if (res == NULL)
+ PyErr_WriteUnraisable(self);
+ else
+ Py_DECREF(res);
+ __Pyx_ErrRestore(error_type, error_value, error_traceback);
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1
+ /* Undo the temporary resurrection; can't use DECREF here, it would
+ * cause a recursive call.
+ */
+ assert(self->ob_refcnt > 0);
+ if (--self->ob_refcnt == 0)
+ return; /* this is the normal path out */
+ /* close() resurrected it! Make it look like the original Py_DECREF
+ * never happened.
+ */
+ {
+ Py_ssize_t refcnt = self->ob_refcnt;
+ _Py_NewReference(self);
+ self->ob_refcnt = refcnt;
+ }
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ assert(PyType_IS_GC(self->ob_type) &&
+ _Py_AS_GC(self)->gc.gc_refs != _PyGC_REFS_UNTRACKED);
+ /* If Py_REF_DEBUG, _Py_NewReference bumped _Py_RefTotal, so
+ * we need to undo that. */
+ _Py_DEC_REFTOTAL;
+#endif
+ /* If Py_TRACE_REFS, _Py_NewReference re-added self to the object
+ * chain, so no more to do there.
+ * If COUNT_ALLOCS, the original decref bumped tp_frees, and
+ * _Py_NewReference bumped tp_allocs: both of those need to be
+ * undone.
+ */
+#ifdef COUNT_ALLOCS
+ --Py_TYPE(self)->tp_frees;
+ --Py_TYPE(self)->tp_allocs;
+#endif
+#endif
+}
+static PyMemberDef __pyx_Generator_memberlist[] = {
+ {(char *) "gi_running",
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ T_BOOL,
+#else
+ T_BYTE,
+#endif
+ offsetof(__pyx_GeneratorObject, is_running),
+ READONLY,
+ NULL},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static PyMethodDef __pyx_Generator_methods[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("send"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Send, METH_O, 0},
+ {__Pyx_NAMESTR("throw"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Throw, METH_VARARGS, 0},
+ {__Pyx_NAMESTR("close"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Close, METH_NOARGS, 0},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+static PyTypeObject __pyx_GeneratorType_type = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("generator"), /*tp_name*/
+ sizeof(__pyx_GeneratorObject), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ (destructor) __Pyx_Generator_dealloc,/*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+#else
+ 0, /*reserved*/
+#endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_HAVE_GC | Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE, /* tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ (traverseproc) __Pyx_Generator_traverse, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ offsetof(__pyx_GeneratorObject, gi_weakreflist), /* tp_weaklistoffse */
+ 0, /*tp_iter*/
+ (iternextfunc) __Pyx_Generator_Next, /*tp_iternext*/
+ __pyx_Generator_methods, /*tp_methods*/
+ __pyx_Generator_memberlist, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ 0, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_del*/
+#else
+ __Pyx_Generator_del, /*tp_del*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ __Pyx_Generator_del, /*tp_finalize*/
+#endif
+};
+static __pyx_GeneratorObject *__Pyx_Generator_New(__pyx_generator_body_t body,
+ PyObject *closure) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen =
+ PyObject_GC_New(__pyx_GeneratorObject, &__pyx_GeneratorType_type);
+ if (gen == NULL)
+ return NULL;
+ gen->body = body;
+ gen->closure = closure;
+ Py_XINCREF(closure);
+ gen->is_running = 0;
+ gen->resume_label = 0;
+ gen->classobj = NULL;
+ gen->yieldfrom = NULL;
+ gen->exc_type = NULL;
+ gen->exc_value = NULL;
+ gen->exc_traceback = NULL;
+ gen->gi_weakreflist = NULL;
+ PyObject_GC_Track(gen);
+ return gen;
+}
+static int __pyx_Generator_init(void) {
+ __pyx_GeneratorType_type.tp_getattro = PyObject_GenericGetAttr;
+ __pyx_GeneratorType_type.tp_iter = PyObject_SelfIter;
+ __pyx_GeneratorType = __Pyx_FetchCommonType(&__pyx_GeneratorType_type);
+ if (__pyx_GeneratorType == NULL) {
+ return -1;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/pysam/chtslib.c b/pysam/chtslib.c
new file mode 100644
index 0000000..0c05607
--- /dev/null
+++ b/pysam/chtslib.c
@@ -0,0 +1,3162 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 19:49:04 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__libchtslib
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__libchtslib
+#include "string.h"
+#include "stdio.h"
+#include "pythread.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "chtslib.pyx",
+ "type.pxd",
+ "bool.pxd",
+ "complex.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#ifndef CYTHON_PROFILE
+ #define CYTHON_PROFILE 1
+#endif
+#ifndef CYTHON_TRACE
+ #define CYTHON_TRACE 0
+#endif
+#if CYTHON_TRACE
+ #undef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+#endif
+#ifndef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME 0
+#endif
+#if CYTHON_PROFILE || CYTHON_TRACE
+ #include "compile.h"
+ #include "frameobject.h"
+ #include "traceback.h"
+ #if CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER static
+ #define CYTHON_FRAME_DEL
+ #else
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER
+ #define CYTHON_FRAME_DEL Py_CLEAR(__pyx_frame)
+ #endif
+ #define __Pyx_TraceDeclarations \
+ static PyCodeObject *__pyx_frame_code = NULL; \
+ CYTHON_FRAME_MODIFIER PyFrameObject *__pyx_frame = NULL; \
+ int __Pyx_use_tracing = 0;
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno) \
+ if (unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)))) { \
+ __Pyx_use_tracing = __Pyx_TraceSetupAndCall(&__pyx_frame_code, &__pyx_frame, funcname, srcfile, firstlineno); \
+ }
+ #define __Pyx_TraceException() \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc))) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ PyObject *exc_info = __Pyx_GetExceptionTuple(); \
+ if (exc_info) { \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ Py_DECREF(exc_info); \
+ } \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ #define __Pyx_TraceReturn(result) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ if (tstate->c_profilefunc) \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ CYTHON_FRAME_DEL; \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+ static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code, PyFrameObject** frame, const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+#else
+ #define __Pyx_TraceDeclarations
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno)
+ #define __Pyx_TraceException()
+ #define __Pyx_TraceReturn(result)
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+#if CYTHON_TRACE
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ __pyx_frame->f_lineno = lineno; \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_LINE, NULL); \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno)
+#endif
+
+#include <string.h>
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_decode_c_string(
+ const char* cstring, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop,
+ const char* encoding, const char* errors,
+ PyObject* (*decode_func)(const char *s, Py_ssize_t size, const char *errors));
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw); /*proto*/
+#else
+#define __Pyx_PyObject_Call(func, arg, kw) PyObject_Call(func, arg, kw)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name); /*proto*/
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'cpython.version' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.ref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.exc' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.module' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mem' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.tuple' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.list' */
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.object' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.sequence' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mapping' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.iterator' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.type' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4type_type = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.number' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.int' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bool' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.long' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.float' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.complex' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.string' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.unicode' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.dict' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.instance' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.function' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.method' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.weakref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.getargs' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pythread' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pystate' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.cobject' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.oldbuffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.set' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.buffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bytes' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pycapsule' */
+
+/* Module declarations from 'cpython' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.libchtslib' */
+static PyObject *__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING = 0;
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10libchtslib__forceBytes(PyObject *); /*proto*/
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.libchtslib"
+int __pyx_module_is_main_pysam__libchtslib = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.libchtslib' */
+static PyObject *__pyx_builtin_TypeError;
+static char __pyx_k_os[] = "os";
+static char __pyx_k_re[] = "re";
+static char __pyx_k_all[] = "__all__";
+static char __pyx_k_sys[] = "sys";
+static char __pyx_k_main[] = "__main__";
+static char __pyx_k_test[] = "__test__";
+static char __pyx_k_ascii[] = "ascii";
+static char __pyx_k_types[] = "types";
+static char __pyx_k_ctypes[] = "ctypes";
+static char __pyx_k_decode[] = "decode";
+static char __pyx_k_encode[] = "encode";
+static char __pyx_k_import[] = "__import__";
+static char __pyx_k_struct[] = "struct";
+static char __pyx_k_platform[] = "platform";
+static char __pyx_k_tempfile[] = "tempfile";
+static char __pyx_k_warnings[] = "warnings";
+static char __pyx_k_TypeError[] = "TypeError";
+static char __pyx_k_itertools[] = "itertools";
+static char __pyx_k_IS_PYTHON3[] = "IS_PYTHON3";
+static char __pyx_k_collections[] = "collections";
+static char __pyx_k_getdefaultencoding[] = "getdefaultencoding";
+static char __pyx_k_getfilesystemencoding[] = "getfilesystemencoding";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or[] = "Argument must be string, bytes or unicode.";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico[] = "Argument must be string or unicode.";
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or;
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico;
+static PyObject *__pyx_n_s_IS_PYTHON3;
+static PyObject *__pyx_n_s_TypeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_all;
+static PyObject *__pyx_n_s_ascii;
+static PyObject *__pyx_n_s_collections;
+static PyObject *__pyx_n_s_ctypes;
+static PyObject *__pyx_n_s_decode;
+static PyObject *__pyx_n_s_encode;
+static PyObject *__pyx_n_s_getdefaultencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_getfilesystemencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_import;
+static PyObject *__pyx_n_s_itertools;
+static PyObject *__pyx_n_s_main;
+static PyObject *__pyx_n_s_os;
+static PyObject *__pyx_n_s_platform;
+static PyObject *__pyx_n_s_re;
+static PyObject *__pyx_n_s_struct;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_tempfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_n_s_types;
+static PyObject *__pyx_n_s_warnings;
+static PyObject *__pyx_tuple_;
+static PyObject *__pyx_tuple__2;
+
+/* "pysam/chtslib.pyx":29
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ *
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length]
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10libchtslib_from_string_and_size(char *__pyx_v_s, size_t __pyx_v_length) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("from_string_and_size", 0);
+ __Pyx_TraceCall("from_string_and_size", __pyx_f[0], 29);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":30
+ *
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s[:length]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":31
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return s[:length].decode("ascii")
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize(__pyx_v_s + 0, __pyx_v_length - 0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 31; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":33
+ * return s[:length]
+ * else:
+ * return s[:length].decode("ascii") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_decode_c_string(__pyx_v_s, 0, __pyx_v_length, NULL, NULL, PyUnicode_DecodeASCII); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 33; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":29
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ *
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s[:length]
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.libchtslib.from_string_and_size", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/chtslib.pyx":46
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10libchtslib__encodeFilename(PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_encodeFilename", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_encodeFilename", __pyx_f[0], 46);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":48
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename):
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_filename == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":49
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":50
+ * if filename is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":51
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_filename))||((__pyx_v_filename) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_filename)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 51; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_filename);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":52
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":53
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_5))||((__pyx_t_5) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":55
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef _forceStr(object s):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 55; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":46
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Make sure a filename is 8-bit encoded (or None)."""
+ * if filename is None:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.libchtslib._encodeFilename", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/chtslib.pyx":57
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ *
+ * cdef _forceStr(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10libchtslib__forceStr(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceStr", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceStr", __pyx_f[0], 57);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":60
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":61
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":62
+ * if s is None:
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":63
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode('ascii')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":64
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.decode('ascii')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":65
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # assume unicode
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple_, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":68
+ * else:
+ * # assume unicode
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":57
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ *
+ * cdef _forceStr(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.libchtslib._forceStr", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/chtslib.pyx":70
+ * return s
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10libchtslib__forceBytes(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceBytes", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceBytes", __pyx_f[0], 70);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":73
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif s is None:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":74
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif s is None:
+ * return None
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 74; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":75
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":76
+ * return s
+ * elif s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":77
+ * elif s is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":78
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 78; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":79
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.encode('ascii')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":80
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_4))||((__pyx_t_4) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":82
+ * return s.encode('ascii')
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 82; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":70
+ * return s
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.libchtslib._forceBytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/chtslib.pyx":84
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_10libchtslib__forceCmdlineBytes(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceCmdlineBytes", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceCmdlineBytes", __pyx_f[0], 84);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":85
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s):
+ * return _forceBytes(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_10libchtslib__forceBytes(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 85; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":84
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.libchtslib._forceCmdlineBytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/chtslib.pyx":87
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_10libchtslib__charptr_to_str(char *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_charptr_to_str", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_charptr_to_str", __pyx_f[0], 87);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":88
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":89
+ * cdef _charptr_to_str(char* s):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return s.decode("ascii")
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 89; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":91
+ * return s
+ * else:
+ * return s.decode("ascii") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_decode_c_string(__pyx_v_s, 0, strlen(__pyx_v_s), NULL, NULL, PyUnicode_DecodeASCII); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 91; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":87
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ * cdef _charptr_to_str(char* s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.libchtslib._charptr_to_str", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("libchtslib"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or, sizeof(__pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or), 0, 1, 0, 0},
+ {&__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico, __pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico, sizeof(__pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico), 0, 1, 0, 0},
+ {&__pyx_n_s_IS_PYTHON3, __pyx_k_IS_PYTHON3, sizeof(__pyx_k_IS_PYTHON3), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_TypeError, __pyx_k_TypeError, sizeof(__pyx_k_TypeError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_all, __pyx_k_all, sizeof(__pyx_k_all), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ascii, __pyx_k_ascii, sizeof(__pyx_k_ascii), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_collections, __pyx_k_collections, sizeof(__pyx_k_collections), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ctypes, __pyx_k_ctypes, sizeof(__pyx_k_ctypes), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_decode, __pyx_k_decode, sizeof(__pyx_k_decode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_encode, __pyx_k_encode, sizeof(__pyx_k_encode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getdefaultencoding, __pyx_k_getdefaultencoding, sizeof(__pyx_k_getdefaultencoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_getfilesystemencoding, __pyx_k_getfilesystemencoding, sizeof(__pyx_k_getfilesystemencoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_import, __pyx_k_import, sizeof(__pyx_k_import), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_itertools, __pyx_k_itertools, sizeof(__pyx_k_itertools), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_main, __pyx_k_main, sizeof(__pyx_k_main), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_os, __pyx_k_os, sizeof(__pyx_k_os), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_platform, __pyx_k_platform, sizeof(__pyx_k_platform), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_re, __pyx_k_re, sizeof(__pyx_k_re), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_struct, __pyx_k_struct, sizeof(__pyx_k_struct), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_sys, __pyx_k_sys, sizeof(__pyx_k_sys), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tempfile, __pyx_k_tempfile, sizeof(__pyx_k_tempfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_test, __pyx_k_test, sizeof(__pyx_k_test), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_types, __pyx_k_types, sizeof(__pyx_k_types), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_warnings, __pyx_k_warnings, sizeof(__pyx_k_warnings), 0, 0, 1, 1},
+ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static int __Pyx_InitCachedBuiltins(void) {
+ __pyx_builtin_TypeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_TypeError); if (!__pyx_builtin_TypeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 55; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":65
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # assume unicode
+ */
+ __pyx_tuple_ = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple_)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple_);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple_);
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":80
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __pyx_tuple__2 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple__2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__2);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initlibchtslib(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initlibchtslib(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_libchtslib(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_libchtslib(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_libchtslib(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("libchtslib"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__libchtslib) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.libchtslib")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.libchtslib", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ __pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING = ((PyObject*)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ /*--- Type init code ---*/
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_7cpython_4type_type = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "type",
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ sizeof(PyTypeObject),
+ #else
+ sizeof(PyHeapTypeObject),
+ #endif
+ 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4type_type)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "bool", sizeof(PyBoolObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "complex", sizeof(PyComplexObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex)) {__pyx_filename = __pyx_f[3]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":4
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import os
+ * import sys
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_tempfile, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tempfile, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":5
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile
+ * import os # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys
+ * import types
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_os, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_os, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":6
+ * import tempfile
+ * import os
+ * import sys # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import types
+ * import itertools
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":7
+ * import os
+ * import sys
+ * import types # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import itertools
+ * import struct
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_types, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_types, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":8
+ * import sys
+ * import types
+ * import itertools # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import struct
+ * import ctypes
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_itertools, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_itertools, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":9
+ * import types
+ * import itertools
+ * import struct # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import ctypes
+ * import collections
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_struct, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_struct, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":10
+ * import itertools
+ * import struct
+ * import ctypes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import collections
+ * import re
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_ctypes, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_ctypes, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":11
+ * import struct
+ * import ctypes
+ * import collections # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import re
+ * import platform
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_collections, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 11; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_collections, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 11; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":12
+ * import ctypes
+ * import collections
+ * import re # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import platform
+ * import warnings
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_re, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 12; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_re, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 12; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":13
+ * import collections
+ * import re
+ * import platform # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import warnings
+ * from cpython cimport PyErr_SetString, \
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_platform, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 13; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_platform, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 13; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":14
+ * import re
+ * import platform
+ * import warnings # <<<<<<<<<<<<<<
+ * from cpython cimport PyErr_SetString, \
+ * PyBytes_Check, \
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_warnings, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_warnings, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":27
+ * ## Python 3 compatibility functions
+ * ########################################################################
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef from_string_and_size(char* s, size_t length):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((PY_MAJOR_VERSION >= 3)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 27; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_IS_PYTHON3, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 27; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":37
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getfilesystemencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":38
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":39
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getdefaultencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L2;
+ }
+ __pyx_L2:;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":40
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":41
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #cdef char* _C_FILENAME_ENCODING
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_10libchtslib__FILENAME_ENCODING, __pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ascii);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":94
+ *
+ *
+ * __all__ = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 94; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_all, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 94; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/chtslib.pyx":1
+ * # cython: embedsignature=True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libchtslib", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.libchtslib");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name) {
+ PyObject* result = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, name);
+ if (unlikely(!result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError,
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "name '%U' is not defined", name);
+#else
+ "name '%.200s' is not defined", PyString_AS_STRING(name));
+#endif
+ }
+ return result;
+}
+
+#if CYTHON_PROFILE
+static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code,
+ PyFrameObject** frame,
+ const char *funcname,
+ const char *srcfile,
+ int firstlineno) {
+ int retval;
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET();
+ if (*frame == NULL || !CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME) {
+ if (*code == NULL) {
+ *code = __Pyx_createFrameCodeObject(funcname, srcfile, firstlineno);
+ if (*code == NULL) return 0;
+ }
+ *frame = PyFrame_New(
+ tstate, /*PyThreadState *tstate*/
+ *code, /*PyCodeObject *code*/
+ __pyx_d, /*PyObject *globals*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (*frame == NULL) return 0;
+ if (CYTHON_TRACE && (*frame)->f_trace == NULL) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ (*frame)->f_trace = Py_None;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400B1
+ } else {
+ (*frame)->f_tstate = tstate;
+#endif
+ }
+ (*frame)->f_lineno = firstlineno;
+ tstate->use_tracing = 0;
+ #if CYTHON_TRACE
+ if (tstate->c_tracefunc)
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL);
+ if (!tstate->c_profilefunc)
+ retval = 1;
+ else
+ #endif
+ retval = tstate->c_profilefunc(tstate->c_profileobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL) == 0;
+ tstate->use_tracing = (tstate->c_profilefunc ||
+ (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc));
+ return tstate->use_tracing && retval;
+}
+static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno) {
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyString_FromString(srcfile);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(srcfile);
+ #endif
+ if (!py_funcname | !py_srcfile) goto bad;
+ py_code = PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ #endif
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ firstlineno, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+}
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_decode_c_string(
+ const char* cstring, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop,
+ const char* encoding, const char* errors,
+ PyObject* (*decode_func)(const char *s, Py_ssize_t size, const char *errors)) {
+ Py_ssize_t length;
+ if (unlikely((start < 0) | (stop < 0))) {
+ length = strlen(cstring);
+ if (start < 0) {
+ start += length;
+ if (start < 0)
+ start = 0;
+ }
+ if (stop < 0)
+ stop += length;
+ }
+ length = stop - start;
+ if (unlikely(length <= 0))
+ return PyUnicode_FromUnicode(NULL, 0);
+ cstring += start;
+ if (decode_func) {
+ return decode_func(cstring, length, errors);
+ } else {
+ return PyUnicode_Decode(cstring, length, encoding, errors);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyObject *result;
+ ternaryfunc call = func->ob_type->tp_call;
+ if (unlikely(!call))
+ return PyObject_Call(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (unlikely(Py_EnterRecursiveCall((char*)" while calling a Python object")))
+ return NULL;
+#endif
+ result = (*call)(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ Py_LeaveRecursiveCall();
+#endif
+ if (unlikely(!result) && unlikely(!PyErr_Occurred())) {
+ PyErr_SetString(
+ PyExc_SystemError,
+ "NULL result without error in PyObject_Call");
+ }
+ return result;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->curexc_type;
+ tmp_value = tstate->curexc_value;
+ tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = type;
+ tstate->curexc_value = value;
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_Restore(type, value, tb);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->curexc_type;
+ *value = tstate->curexc_value;
+ *tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb,
+ CYTHON_UNUSED PyObject *cause) {
+ Py_XINCREF(type);
+ if (!value || value == Py_None)
+ value = NULL;
+ else
+ Py_INCREF(value);
+ if (!tb || tb == Py_None)
+ tb = NULL;
+ else {
+ Py_INCREF(tb);
+ if (!PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto raise_error;
+ }
+ }
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyClass_Check(type)) {
+ #else
+ if (PyType_Check(type)) {
+ #endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!value) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&type, &value, &tb);
+ } else {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto raise_error;
+ }
+ value = type;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyInstance_Check(type)) {
+ type = (PyObject*) ((PyInstanceObject*)type)->in_class;
+ Py_INCREF(type);
+ } else {
+ type = 0;
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception must be an old-style class or instance");
+ goto raise_error;
+ }
+ #else
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(type);
+ Py_INCREF(type);
+ if (!PyType_IsSubtype((PyTypeObject *)type, (PyTypeObject *)PyExc_BaseException)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto raise_error;
+ }
+ #endif
+ }
+ __Pyx_ErrRestore(type, value, tb);
+ return;
+raise_error:
+ Py_XDECREF(value);
+ Py_XDECREF(type);
+ Py_XDECREF(tb);
+ return;
+}
+#else /* Python 3+ */
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause) {
+ PyObject* owned_instance = NULL;
+ if (tb == Py_None) {
+ tb = 0;
+ } else if (tb && !PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto bad;
+ }
+ if (value == Py_None)
+ value = 0;
+ if (PyExceptionInstance_Check(type)) {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto bad;
+ }
+ value = type;
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ } else if (PyExceptionClass_Check(type)) {
+ PyObject *instance_class = NULL;
+ if (value && PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ instance_class = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ if (instance_class != type) {
+ if (PyObject_IsSubclass(instance_class, type)) {
+ type = instance_class;
+ } else {
+ instance_class = NULL;
+ }
+ }
+ }
+ if (!instance_class) {
+ PyObject *args;
+ if (!value)
+ args = PyTuple_New(0);
+ else if (PyTuple_Check(value)) {
+ Py_INCREF(value);
+ args = value;
+ } else
+ args = PyTuple_Pack(1, value);
+ if (!args)
+ goto bad;
+ owned_instance = PyObject_Call(type, args, NULL);
+ Py_DECREF(args);
+ if (!owned_instance)
+ goto bad;
+ value = owned_instance;
+ if (!PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "calling %R should have returned an instance of "
+ "BaseException, not %R",
+ type, Py_TYPE(value));
+ goto bad;
+ }
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03030000
+ if (cause) {
+#else
+ if (cause && cause != Py_None) {
+#endif
+ PyObject *fixed_cause;
+ if (cause == Py_None) {
+ fixed_cause = NULL;
+ } else if (PyExceptionClass_Check(cause)) {
+ fixed_cause = PyObject_CallObject(cause, NULL);
+ if (fixed_cause == NULL)
+ goto bad;
+ } else if (PyExceptionInstance_Check(cause)) {
+ fixed_cause = cause;
+ Py_INCREF(fixed_cause);
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "exception causes must derive from "
+ "BaseException");
+ goto bad;
+ }
+ PyException_SetCause(value, fixed_cause);
+ }
+ PyErr_SetObject(type, value);
+ if (tb) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ if (tb != tmp_tb) {
+ Py_INCREF(tb);
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+ }
+ }
+bad:
+ Py_XDECREF(owned_instance);
+ return;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name) {
+ PyObject *result;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = PyDict_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (result) {
+ Py_INCREF(result);
+ } else {
+#else
+ result = PyObject_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (!result) {
+ PyErr_Clear();
+#endif
+ result = __Pyx_GetBuiltinName(name);
+ }
+ return result;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/pysam/csamfile.c b/pysam/csamfile.c
new file mode 100644
index 0000000..c3e3252
--- /dev/null
+++ b/pysam/csamfile.c
@@ -0,0 +1,2876 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 19:49:04 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__csamfile
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__csamfile
+#include "stdint.h"
+#include "string.h"
+#include "stdlib.h"
+#include "stdio.h"
+#include "zlib.h"
+#include "htslib/kstring.h"
+#include "htslib/hfile.h"
+#include "htslib/bgzf.h"
+#include "htslib/hts.h"
+#include "htslib/sam.h"
+#include "pysam_stream.h"
+#include "htslib/faidx.h"
+#include "htslib/tbx.h"
+#include "htslib_util.h"
+#include "samfile_util.h"
+#include "pythread.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "csamfile.pyx",
+ "cfaidx.pxd",
+ "calignmentfile.pxd",
+ "type.pxd",
+ "bool.pxd",
+ "complex.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads;
+struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_AlignedRead;
+struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_Samfile;
+struct __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata;
+typedef struct __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData;
+
+/* "calignmentfile.pxd":53
+ * # Utility types
+ *
+ * ctypedef struct __iterdata: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * htsFile * htsfile
+ * bam_hdr_t * header
+ */
+struct __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata {
+ htsFile *htsfile;
+ bam_hdr_t *header;
+ hts_itr_t *iter;
+ faidx_t *fastafile;
+ int tid;
+ char *seq;
+ int seq_len;
+};
+
+/* "calignmentfile.pxd":72
+ * # add an alignment tag with value to the AlignedSegment
+ * # an existing tag of the same name will be replaced.
+ * cpdef setTag( self, tag, value, value_type = ?, replace = ? ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef class AlignmentFile:
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *value_type;
+ PyObject *replace;
+};
+
+/* "calignmentfile.pxd":179
+ * cdef char * getSequence( self )
+ * cdef setMask(self, mask)
+ * cdef setupIteratorData(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * int tid,
+ * int start,
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData {
+ int __pyx_n;
+ int multiple_iterators;
+};
+
+/* "cfaidx.pxd":14
+ * char *s
+ *
+ * cdef class FastaFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename, _references, _lengths, reference2length
+ * cdef faidx_t* fastafile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ PyObject *_references;
+ PyObject *_lengths;
+ PyObject *reference2length;
+ faidx_t *fastafile;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":21
+ *
+ *
+ * cdef class FastqProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef kseq_t * _delegate
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy {
+ PyObject_HEAD
+ kseq_t *_delegate;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":25
+ *
+ *
+ * cdef class FastqFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile fastqfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ gzFile fastqfile;
+ kseq_t *entry;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":35
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Fastafile(FastaFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile __pyx_base;
+};
+
+
+/* "cfaidx.pxd":38
+ * pass
+ *
+ * cdef class Fastqfile(FastqFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile __pyx_base;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":65
+ * #
+ * # Note: need to declare all C fields and methods here
+ * cdef class AlignedSegment: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # object that this AlignedSegment represents
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_vtab;
+ bam1_t *_delegate;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":74
+ * cpdef setTag( self, tag, value, value_type = ?, replace = ? )
+ *
+ * cdef class AlignmentFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef object _filename
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ htsFile *htsfile;
+ BGZF *fp;
+ hts_idx_t *index;
+ bam_hdr_t *header;
+ int isbam;
+ int isstream;
+ int isremote;
+ bam1_t *b;
+ char *mode;
+ int64_t start_offset;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":111
+ * cdef char * _getrname(self, int tid)
+ *
+ * cdef class PileupColumn: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam_pileup1_t ** plp
+ * cdef int tid
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn {
+ PyObject_HEAD
+ bam_pileup1_t **plp;
+ int tid;
+ int pos;
+ int n_pu;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":117
+ * cdef int n_pu
+ *
+ * cdef class PileupRead: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef AlignedSegment _alignment
+ * cdef int32_t _qpos
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *_alignment;
+ int32_t _qpos;
+ int _indel;
+ int _level;
+ uint32_t _is_del;
+ uint32_t _is_head;
+ uint32_t _is_tail;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":126
+ * cdef uint32_t _is_tail
+ *
+ * cdef class IteratorRow: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int retval
+ * cdef bam1_t * b
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow {
+ PyObject_HEAD
+ int retval;
+ bam1_t *b;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *samfile;
+ htsFile *htsfile;
+ bam_hdr_t *header;
+ int owns_samfile;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":134
+ * cdef int owns_samfile
+ *
+ * cdef class IteratorRowRegion(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef hts_itr_t * iter
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self )
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_vtab;
+ hts_itr_t *iter;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":139
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowHead(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int max_rows
+ * cdef int current_row
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_vtab;
+ int max_rows;
+ int current_row;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":145
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowAll(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self )
+ * cdef int cnext(self)
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_vtab;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":149
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowAllRefs(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int tid
+ * cdef IteratorRowRegion rowiter
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ int tid;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *rowiter;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":153
+ * cdef IteratorRowRegion rowiter
+ *
+ * cdef class IteratorRowSelection(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int current_pos
+ * cdef positions
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow __pyx_base;
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_vtab;
+ int current_pos;
+ PyObject *positions;
+ BGZF *fp;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":160
+ * cdef BGZF * fp
+ *
+ * cdef class IteratorColumn: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # result of the last plbuf_push
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_vtab;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *iter;
+ int tid;
+ int pos;
+ int n_plp;
+ int mask;
+ bam_pileup1_t *plp;
+ bam_plp_t pileup_iter;
+ __pyx_t_5pysam_14calignmentfile___iterdata iterdata;
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *samfile;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile *fastafile;
+ PyObject *stepper;
+ int max_depth;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":188
+ * cdef _free_pileup_iter(self)
+ *
+ * cdef class IteratorColumnRegion(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int start
+ * cdef int end
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+ int start;
+ int end;
+ int truncate;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":193
+ * cdef int truncate
+ *
+ * cdef class IteratorColumnAllRefs(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+};
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":196
+ * pass
+ *
+ * cdef class IndexedReads: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef AlignmentFile samfile
+ * cdef htsFile * htsfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *samfile;
+ htsFile *htsfile;
+ PyObject *index;
+ int owns_samfile;
+ BGZF *fp;
+ bam_hdr_t *header;
+};
+
+
+/* "pysam/csamfile.pxd":9
+ * from chtslib cimport *
+ *
+ * cdef class AlignedRead(AlignedSegment): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_AlignedRead {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/csamfile.pxd":12
+ * pass
+ *
+ * cdef class Samfile(AlignmentFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_Samfile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile __pyx_base;
+};
+
+
+
+/* "cfaidx.pxd":14
+ * char *s
+ *
+ * cdef class FastaFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename, _references, _lengths, reference2length
+ * cdef faidx_t* fastafile
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile {
+ char *(*_fetch)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile *, char *, int, int, int *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile;
+
+
+/* "cfaidx.pxd":25
+ *
+ *
+ * cdef class FastqFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile fastqfile
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile {
+ kseq_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile;
+
+
+/* "cfaidx.pxd":35
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Fastafile(FastaFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile;
+
+
+/* "cfaidx.pxd":38
+ * pass
+ *
+ * cdef class Fastqfile(FastqFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile *__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":65
+ * #
+ * # Note: need to declare all C fields and methods here
+ * cdef class AlignedSegment: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # object that this AlignedSegment represents
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment {
+ PyObject *(*setTag)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *, PyObject *, PyObject *, int __pyx_skip_dispatch, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14AlignedSegment_setTag *__pyx_optional_args);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":74
+ * cpdef setTag( self, tag, value, value_type = ?, replace = ? )
+ *
+ * cdef class AlignmentFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef object _filename
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile {
+ bam_hdr_t *(*_buildHeader)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, PyObject *);
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *);
+ int (*write)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment *, int __pyx_skip_dispatch);
+ char *(*_getrname)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *, int);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":134
+ * cdef int owns_samfile
+ *
+ * cdef class IteratorRowRegion(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef hts_itr_t * iter
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self )
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":139
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowHead(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int max_rows
+ * cdef int current_row
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":145
+ * cdef int cnext(self)
+ *
+ * cdef class IteratorRowAll(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef bam1_t * getCurrent( self )
+ * cdef int cnext(self)
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":153
+ * cdef IteratorRowRegion rowiter
+ *
+ * cdef class IteratorRowSelection(IteratorRow): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int current_pos
+ * cdef positions
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection {
+ bam1_t *(*getCurrent)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *);
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":160
+ * cdef BGZF * fp
+ *
+ * cdef class IteratorColumn: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # result of the last plbuf_push
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn {
+ int (*cnext)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *);
+ char *(*getSequence)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *);
+ PyObject *(*setMask)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, PyObject *);
+ PyObject *(*setupIteratorData)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, int, int, int, struct __pyx_opt_args_5pysam_14calignmentfile_14IteratorColumn_setupIteratorData *__pyx_optional_args);
+ PyObject *(*reset)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *, PyObject *, PyObject *, PyObject *);
+ PyObject *(*_free_pileup_iter)(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":188
+ * cdef _free_pileup_iter(self)
+ *
+ * cdef class IteratorColumnRegion(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int start
+ * cdef int end
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion;
+
+
+/* "calignmentfile.pxd":193
+ * cdef int truncate
+ *
+ * cdef class IteratorColumnAllRefs(IteratorColumn): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs;
+
+
+/* "pysam/csamfile.pyx":33
+ *
+ *
+ * cdef class AlignedRead(AlignedSegment): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''Deprecated alternative for :class:`~pysam.AlignedSegment`
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_8csamfile_AlignedRead {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_8csamfile_AlignedRead *__pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_AlignedRead;
+
+
+/* "pysam/csamfile.pyx":25
+ *
+ *
+ * cdef class Samfile(AlignmentFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''Deprecated alternative for :class:`~pysam.AlignmentFile`
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_8csamfile_Samfile {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_8csamfile_Samfile *__pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_Samfile;
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+static void __Pyx_call_next_tp_dealloc(PyObject* obj, destructor current_tp_dealloc);
+
+static int __Pyx_call_next_tp_traverse(PyObject* obj, visitproc v, void *a, traverseproc current_tp_traverse);
+
+static void __Pyx_call_next_tp_clear(PyObject* obj, inquiry current_tp_dealloc);
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict); /*proto*/
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'libc.stdint' */
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdlib' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.chtslib' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.cfaidx' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = 0;
+
+/* Module declarations from 'pysam.calignmentfile' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupRead = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.version' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.ref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.exc' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.module' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mem' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.tuple' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.list' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.object' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.sequence' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mapping' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.iterator' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.type' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4type_type = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.number' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.int' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bool' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.long' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.float' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.complex' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.string' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.unicode' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.dict' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.instance' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.function' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.method' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.weakref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.getargs' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pythread' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pystate' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.cobject' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.oldbuffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.set' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.buffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bytes' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pycapsule' */
+
+/* Module declarations from 'cpython' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.csamfile' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_8csamfile_AlignedRead = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_8csamfile_Samfile = 0;
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.csamfile"
+int __pyx_module_is_main_pysam__csamfile = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.csamfile' */
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_8csamfile_AlignedRead(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_8csamfile_Samfile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static char __pyx_k_os[] = "os";
+static char __pyx_k_re[] = "re";
+static char __pyx_k_all[] = "__all__";
+static char __pyx_k_sys[] = "sys";
+static char __pyx_k_main[] = "__main__";
+static char __pyx_k_test[] = "__test__";
+static char __pyx_k_types[] = "types";
+static char __pyx_k_ctypes[] = "ctypes";
+static char __pyx_k_import[] = "__import__";
+static char __pyx_k_struct[] = "struct";
+static char __pyx_k_Samfile[] = "Samfile";
+static char __pyx_k_platform[] = "platform";
+static char __pyx_k_tempfile[] = "tempfile";
+static char __pyx_k_warnings[] = "warnings";
+static char __pyx_k_itertools[] = "itertools";
+static char __pyx_k_pyx_vtable[] = "__pyx_vtable__";
+static char __pyx_k_AlignedRead[] = "AlignedRead";
+static char __pyx_k_collections[] = "collections";
+static PyObject *__pyx_n_s_AlignedRead;
+static PyObject *__pyx_n_s_Samfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_all;
+static PyObject *__pyx_n_s_collections;
+static PyObject *__pyx_n_s_ctypes;
+static PyObject *__pyx_n_s_import;
+static PyObject *__pyx_n_s_itertools;
+static PyObject *__pyx_n_s_main;
+static PyObject *__pyx_n_s_os;
+static PyObject *__pyx_n_s_platform;
+static PyObject *__pyx_n_s_pyx_vtable;
+static PyObject *__pyx_n_s_re;
+static PyObject *__pyx_n_s_struct;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_tempfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_n_s_types;
+static PyObject *__pyx_n_s_warnings;
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_8csamfile_AlignedRead __pyx_vtable_5pysam_8csamfile_AlignedRead;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_8csamfile_AlignedRead(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_AlignedRead *p;
+ PyObject *o = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment->tp_new(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_AlignedRead *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment*)__pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_AlignedRead;
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_8csamfile_AlignedRead(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && (!PyType_IS_GC(Py_TYPE(o)) || !_PyGC_FINALIZED(o))) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ if (likely(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment)) __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment->tp_dealloc(o); else __Pyx_call_next_tp_dealloc(o, __pyx_tp_dealloc_5pysam_8csamfile_AlignedRead);
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_8csamfile_AlignedRead = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.csamfile.AlignedRead"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_AlignedRead), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_8csamfile_AlignedRead, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("Deprecated alternative for :class:`~pysam.AlignedSegment`\n\n Added for backwards compatibility with pysam <= 0.8.0\n "), /*tp_doc*/
+ 0, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_8csamfile_AlignedRead, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_8csamfile_Samfile __pyx_vtable_5pysam_8csamfile_Samfile;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_8csamfile_Samfile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_Samfile *p;
+ PyObject *o = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile->tp_new(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_Samfile *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile*)__pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_Samfile;
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_8csamfile_Samfile(PyObject *o) {
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ if (likely(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile)) __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile->tp_dealloc(o); else __Pyx_call_next_tp_dealloc(o, __pyx_tp_dealloc_5pysam_8csamfile_Samfile);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_8csamfile_Samfile(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ e = ((likely(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile)) ? ((__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile->tp_traverse) ? __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile->tp_traverse(o, v, a) : 0) : __Pyx_call_next_tp_traverse(o, v, a, __pyx_tp_traverse_5pysam_8csamfile_Samfile)); if (e) return e;
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_8csamfile_Samfile(PyObject *o) {
+ if (likely(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile)) { if (__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile->tp_clear) __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile->tp_clear(o); } else __Pyx_call_next_tp_clear(o, __pyx_tp_clear_5pysam_8csamfile_Samfile);
+ return 0;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_8csamfile_Samfile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.csamfile.Samfile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_8csamfile_Samfile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_8csamfile_Samfile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("Deprecated alternative for :class:`~pysam.AlignmentFile`\n\n Added for backwards compatibility with pysam <= 0.8.0\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_8csamfile_Samfile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_8csamfile_Samfile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_8csamfile_Samfile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("csamfile"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_n_s_AlignedRead, __pyx_k_AlignedRead, sizeof(__pyx_k_AlignedRead), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Samfile, __pyx_k_Samfile, sizeof(__pyx_k_Samfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_all, __pyx_k_all, sizeof(__pyx_k_all), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_collections, __pyx_k_collections, sizeof(__pyx_k_collections), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ctypes, __pyx_k_ctypes, sizeof(__pyx_k_ctypes), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_import, __pyx_k_import, sizeof(__pyx_k_import), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_itertools, __pyx_k_itertools, sizeof(__pyx_k_itertools), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_main, __pyx_k_main, sizeof(__pyx_k_main), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_os, __pyx_k_os, sizeof(__pyx_k_os), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_platform, __pyx_k_platform, sizeof(__pyx_k_platform), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pyx_vtable, __pyx_k_pyx_vtable, sizeof(__pyx_k_pyx_vtable), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_re, __pyx_k_re, sizeof(__pyx_k_re), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_struct, __pyx_k_struct, sizeof(__pyx_k_struct), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_sys, __pyx_k_sys, sizeof(__pyx_k_sys), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tempfile, __pyx_k_tempfile, sizeof(__pyx_k_tempfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_test, __pyx_k_test, sizeof(__pyx_k_test), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_types, __pyx_k_types, sizeof(__pyx_k_types), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_warnings, __pyx_k_warnings, sizeof(__pyx_k_warnings), 0, 0, 1, 1},
+ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static int __Pyx_InitCachedBuiltins(void) {
+ return 0;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initcsamfile(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initcsamfile(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_csamfile(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_csamfile(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_csamfile(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("csamfile"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__csamfile) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.csamfile")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.csamfile", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ /*--- Type init code ---*/
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "AlignedSegment", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_AlignedRead = &__pyx_vtable_5pysam_8csamfile_AlignedRead;
+ __pyx_vtable_5pysam_8csamfile_AlignedRead.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+ __pyx_type_5pysam_8csamfile_AlignedRead.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignedSegment;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_8csamfile_AlignedRead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 33; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_8csamfile_AlignedRead.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_8csamfile_AlignedRead.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_AlignedRead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 33; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "AlignedRead", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_8csamfile_AlignedRead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 33; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_8csamfile_AlignedRead = &__pyx_type_5pysam_8csamfile_AlignedRead;
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "AlignmentFile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_Samfile = &__pyx_vtable_5pysam_8csamfile_Samfile;
+ __pyx_vtable_5pysam_8csamfile_Samfile.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+ __pyx_type_5pysam_8csamfile_Samfile.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_AlignmentFile;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_8csamfile_Samfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 25; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_8csamfile_Samfile.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_8csamfile_Samfile.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_8csamfile_Samfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 25; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "Samfile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_8csamfile_Samfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 25; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_8csamfile_Samfile = &__pyx_type_5pysam_8csamfile_Samfile;
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "FastaFile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastaFile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastaFile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastaFile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastaFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "FastqProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 21; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "FastqFile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_FastqFile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 25; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_FastqFile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_FastqFile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_FastqFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 25; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "Fastafile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastafile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 35; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastafile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastafile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastafile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 35; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = __Pyx_ImportType("pysam.cfaidx", "Fastqfile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6cfaidx_Fastqfile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 38; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6cfaidx_Fastqfile*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6cfaidx_Fastqfile->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6cfaidx_Fastqfile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 38; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "PileupColumn", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupColumn)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupRead = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "PileupRead", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_PileupRead), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_PileupRead)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 117; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorRow", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRow)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 126; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorRowRegion", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 134; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowRegion)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 134; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorRowHead", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowHead)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 139; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorRowAll", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 145; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAll)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 145; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorRowAllRefs", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowAllRefs)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorRowSelection", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 153; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorRowSelection)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 153; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorColumn", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumn)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorColumnRegion", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnRegion)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IteratorColumnAllRefs", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 193; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_14calignmentfile_IteratorColumnAllRefs)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 193; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads = __Pyx_ImportType("pysam.calignmentfile", "IndexedReads", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_14calignmentfile_IndexedReads)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 196; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4type_type = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "type",
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ sizeof(PyTypeObject),
+ #else
+ sizeof(PyHeapTypeObject),
+ #endif
+ 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4type_type)) {__pyx_filename = __pyx_f[3]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "bool", sizeof(PyBoolObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "complex", sizeof(PyComplexObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex)) {__pyx_filename = __pyx_f[5]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":4
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import os
+ * import sys
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_tempfile, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tempfile, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":5
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile
+ * import os # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys
+ * import types
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_os, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_os, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":6
+ * import tempfile
+ * import os
+ * import sys # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import types
+ * import itertools
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":7
+ * import os
+ * import sys
+ * import types # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import itertools
+ * import struct
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_types, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_types, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":8
+ * import sys
+ * import types
+ * import itertools # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import struct
+ * import ctypes
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_itertools, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_itertools, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":9
+ * import types
+ * import itertools
+ * import struct # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import ctypes
+ * import collections
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_struct, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_struct, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":10
+ * import itertools
+ * import struct
+ * import ctypes # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import collections
+ * import re
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_ctypes, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_ctypes, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 10; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":11
+ * import struct
+ * import ctypes
+ * import collections # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import re
+ * import platform
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_collections, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 11; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_collections, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 11; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":12
+ * import ctypes
+ * import collections
+ * import re # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import platform
+ * import warnings
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_re, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 12; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_re, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 12; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":13
+ * import collections
+ * import re
+ * import platform # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import warnings
+ * from cpython cimport PyErr_SetString, \
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_platform, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 13; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_platform, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 13; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":14
+ * import re
+ * import platform
+ * import warnings # <<<<<<<<<<<<<<
+ * from cpython cimport PyErr_SetString, \
+ * PyBytes_Check, \
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_warnings, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_warnings, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 14; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":41
+ *
+ *
+ * __all__ = ['Samfile', 'AlignedRead'] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 41; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Samfile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_n_s_Samfile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Samfile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_AlignedRead);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_n_s_AlignedRead);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_AlignedRead);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_all, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 41; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamfile.pyx":1
+ * # cython: embedsignature=True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.csamfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.csamfile");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static void __Pyx_call_next_tp_dealloc(PyObject* obj, destructor current_tp_dealloc) {
+ PyTypeObject* type = Py_TYPE(obj);
+ while (type && type->tp_dealloc != current_tp_dealloc)
+ type = type->tp_base;
+ while (type && type->tp_dealloc == current_tp_dealloc)
+ type = type->tp_base;
+ if (type)
+ type->tp_dealloc(obj);
+}
+
+static int __Pyx_call_next_tp_traverse(PyObject* obj, visitproc v, void *a, traverseproc current_tp_traverse) {
+ PyTypeObject* type = Py_TYPE(obj);
+ while (type && type->tp_traverse != current_tp_traverse)
+ type = type->tp_base;
+ while (type && type->tp_traverse == current_tp_traverse)
+ type = type->tp_base;
+ if (type && type->tp_traverse)
+ return type->tp_traverse(obj, v, a);
+ return 0;
+}
+
+static void __Pyx_call_next_tp_clear(PyObject* obj, inquiry current_tp_clear) {
+ PyTypeObject* type = Py_TYPE(obj);
+ while (type && type->tp_clear != current_tp_clear)
+ type = type->tp_base;
+ while (type && type->tp_clear == current_tp_clear)
+ type = type->tp_base;
+ if (type && type->tp_clear)
+ type->tp_clear(obj);
+}
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict) {
+ void* ptr;
+ PyObject *ob = PyObject_GetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable);
+ if (!ob)
+ goto bad;
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ ptr = PyCapsule_GetPointer(ob, 0);
+#else
+ ptr = PyCObject_AsVoidPtr(ob);
+#endif
+ if (!ptr && !PyErr_Occurred())
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "invalid vtable found for imported type");
+ Py_DECREF(ob);
+ return ptr;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return NULL;
+}
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable) {
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ PyObject *ob = PyCapsule_New(vtable, 0, 0);
+#else
+ PyObject *ob = PyCObject_FromVoidPtr(vtable, 0);
+#endif
+ if (!ob)
+ goto bad;
+ if (PyDict_SetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable, ob) < 0)
+ goto bad;
+ Py_DECREF(ob);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return -1;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/pysam/csamtools.c b/pysam/csamtools.c
new file mode 100644
index 0000000..1c49dc0
--- /dev/null
+++ b/pysam/csamtools.c
@@ -0,0 +1,6962 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 19:49:04 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__csamtools
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__csamtools
+#include "string.h"
+#include "stdlib.h"
+#include "pysam_util.h"
+#include "sam.h"
+#include "stdio.h"
+#include "pythread.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "csamtools.pyx",
+ "type.pxd",
+ "bool.pxd",
+ "complex.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#ifndef CYTHON_PROFILE
+ #define CYTHON_PROFILE 1
+#endif
+#ifndef CYTHON_TRACE
+ #define CYTHON_TRACE 0
+#endif
+#if CYTHON_TRACE
+ #undef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+#endif
+#ifndef CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME 0
+#endif
+#if CYTHON_PROFILE || CYTHON_TRACE
+ #include "compile.h"
+ #include "frameobject.h"
+ #include "traceback.h"
+ #if CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER static
+ #define CYTHON_FRAME_DEL
+ #else
+ #define CYTHON_FRAME_MODIFIER
+ #define CYTHON_FRAME_DEL Py_CLEAR(__pyx_frame)
+ #endif
+ #define __Pyx_TraceDeclarations \
+ static PyCodeObject *__pyx_frame_code = NULL; \
+ CYTHON_FRAME_MODIFIER PyFrameObject *__pyx_frame = NULL; \
+ int __Pyx_use_tracing = 0;
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno) \
+ if (unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)))) { \
+ __Pyx_use_tracing = __Pyx_TraceSetupAndCall(&__pyx_frame_code, &__pyx_frame, funcname, srcfile, firstlineno); \
+ }
+ #define __Pyx_TraceException() \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing && \
+ (PyThreadState_GET()->c_profilefunc || (CYTHON_TRACE && PyThreadState_GET()->c_tracefunc))) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ PyObject *exc_info = __Pyx_GetExceptionTuple(); \
+ if (exc_info) { \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_EXCEPTION, exc_info); \
+ Py_DECREF(exc_info); \
+ } \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ #define __Pyx_TraceReturn(result) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && PyThreadState_GET()->use_tracing) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ if (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc) \
+ tstate->c_tracefunc( \
+ tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ if (tstate->c_profilefunc) \
+ tstate->c_profilefunc( \
+ tstate->c_profileobj, __pyx_frame, PyTrace_RETURN, (PyObject*)result); \
+ CYTHON_FRAME_DEL; \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+ static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+ static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code, PyFrameObject** frame, const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno); /*proto*/
+#else
+ #define __Pyx_TraceDeclarations
+ #define __Pyx_TraceCall(funcname, srcfile, firstlineno)
+ #define __Pyx_TraceException()
+ #define __Pyx_TraceReturn(result)
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+#if CYTHON_TRACE
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno) \
+ if (unlikely(__Pyx_use_tracing) && unlikely(PyThreadState_GET()->use_tracing && PyThreadState_GET()->c_tracefunc)) { \
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET(); \
+ __pyx_frame->f_lineno = lineno; \
+ tstate->use_tracing = 0; \
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, __pyx_frame, PyTrace_LINE, NULL); \
+ tstate->use_tracing = 1; \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_TraceLine(lineno)
+#endif
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw); /*proto*/
+#else
+#define __Pyx_PyObject_Call(func, arg, kw) PyObject_Call(func, arg, kw)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(const char* func_name, PyObject* kw_name); /*proto*/
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(PyObject *kwds, PyObject **argnames[], \
+ PyObject *kwds2, PyObject *values[], Py_ssize_t num_pos_args, \
+ const char* function_name); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(const char* func_name, int exact,
+ Py_ssize_t num_min, Py_ssize_t num_max, Py_ssize_t num_found); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,NULL)
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_SetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name, PyObject* value) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_setattro))
+ return tp->tp_setattro(obj, attr_name, value);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_setattr))
+ return tp->tp_setattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name), value);
+#endif
+ return PyObject_SetAttr(obj, attr_name, value);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) PyObject_DelAttr(o,n)
+#define __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,v) PyObject_SetAttr(o,n,v)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyList_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len) & likely(len > (L->allocated >> 1))) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyList_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static PyObject* __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(PyObject* obj, PyObject* method_name, PyObject* args) {
+ PyObject *method, *result = NULL;
+ if (unlikely(!args)) return NULL;
+ method = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, method_name);
+ if (unlikely(!method)) goto bad;
+ result = __Pyx_PyObject_Call(method, args, NULL);
+ Py_DECREF(method);
+bad:
+ Py_DECREF(args);
+ return result;
+}
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod3(obj, name, arg1, arg2, arg3) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(3, arg1, arg2, arg3))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod2(obj, name, arg1, arg2) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(2, arg1, arg2))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod1(obj, name, arg1) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(1, arg1))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod0(obj, name) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, (Py_INCREF(__pyx_empty_tuple), __pyx_empty_tuple))
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x); /*proto*/
+
+#define __Pyx_GetItemInt(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Fast(o, (Py_ssize_t)i, is_list, wraparound, boundscheck) : \
+ (is_list ? (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL) : \
+ __Pyx_GetItemInt_Generic(o, to_py_func(i))))
+#define __Pyx_GetItemInt_List(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_List_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+#define __Pyx_GetItemInt_Tuple(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "tuple index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck);
+
+#define __Pyx_DelItemInt(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_DelItemInt_Fast(o, (Py_ssize_t)i, is_list, wraparound) : \
+ (is_list ? (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list assignment index out of range"), -1) : \
+ __Pyx_DelItem_Generic(o, to_py_func(i))))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_DelItem_Generic(PyObject *o, PyObject *j);
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_DelItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ CYTHON_UNUSED int is_list, int wraparound);
+
+#include <string.h>
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyUnicode_Equals
+#else
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyBytes_Equals
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void); /*proto*/
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PySequence_Contains(PyObject* item, PyObject* seq, int eq) {
+ int result = PySequence_Contains(seq, item);
+ return unlikely(result < 0) ? result : (result == (eq == Py_EQ));
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ListComp_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len)) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_ListComp_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseUnboundLocalError(const char *varname);
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && (PY_VERSION_HEX >= 0x03020000 || PY_MAJOR_VERSION < 3 && PY_VERSION_HEX >= 0x02070000)
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_LookupSpecial(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyObject *res;
+ PyTypeObject *tp = Py_TYPE(obj);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (unlikely(PyInstance_Check(obj)))
+ return __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, attr_name);
+#endif
+ res = _PyType_Lookup(tp, attr_name);
+ if (likely(res)) {
+ descrgetfunc f = Py_TYPE(res)->tp_descr_get;
+ if (!f) {
+ Py_INCREF(res);
+ } else {
+ res = f(res, obj, (PyObject *)tp);
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetObject(PyExc_AttributeError, attr_name);
+ }
+ return res;
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_LookupSpecial(o,n) __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type);
+
+#define __Pyx_CyFunction_USED 1
+#include <structmember.h>
+#define __Pyx_CYFUNCTION_STATICMETHOD 0x01
+#define __Pyx_CYFUNCTION_CLASSMETHOD 0x02
+#define __Pyx_CYFUNCTION_CCLASS 0x04
+#define __Pyx_CyFunction_GetClosure(f) \
+ (((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->func_closure)
+#define __Pyx_CyFunction_GetClassObj(f) \
+ (((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->func_classobj)
+#define __Pyx_CyFunction_Defaults(type, f) \
+ ((type *)(((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->defaults))
+#define __Pyx_CyFunction_SetDefaultsGetter(f, g) \
+ ((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->defaults_getter = (g)
+typedef struct {
+ PyCFunctionObject func;
+ PyObject *func_dict;
+ PyObject *func_weakreflist;
+ PyObject *func_name;
+ PyObject *func_qualname;
+ PyObject *func_doc;
+ PyObject *func_globals;
+ PyObject *func_code;
+ PyObject *func_closure;
+ PyObject *func_classobj; /* No-args super() class cell */
+ void *defaults;
+ int defaults_pyobjects;
+ int flags;
+ PyObject *defaults_tuple; /* Const defaults tuple */
+ PyObject *defaults_kwdict; /* Const kwonly defaults dict */
+ PyObject *(*defaults_getter)(PyObject *);
+ PyObject *func_annotations; /* function annotations dict */
+} __pyx_CyFunctionObject;
+static PyTypeObject *__pyx_CyFunctionType = 0;
+#define __Pyx_CyFunction_NewEx(ml, flags, qualname, self, module, globals, code) \
+ __Pyx_CyFunction_New(__pyx_CyFunctionType, ml, flags, qualname, self, module, globals, code)
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_New(PyTypeObject *, PyMethodDef *ml,
+ int flags, PyObject* qualname,
+ PyObject *self,
+ PyObject *module, PyObject *globals,
+ PyObject* code);
+static CYTHON_INLINE void *__Pyx_CyFunction_InitDefaults(PyObject *m,
+ size_t size,
+ int pyobjects);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(PyObject *m,
+ PyObject *tuple);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsKwDict(PyObject *m,
+ PyObject *dict);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetAnnotationsDict(PyObject *m,
+ PyObject *dict);
+static int __Pyx_CyFunction_init(void);
+
+static PyObject *__Pyx_CalculateMetaclass(PyTypeObject *metaclass, PyObject *bases);
+
+static PyObject *__Pyx_Py3MetaclassPrepare(PyObject *metaclass, PyObject *bases, PyObject *name, PyObject *qualname,
+ PyObject *mkw, PyObject *modname, PyObject *doc); /*proto*/
+static PyObject *__Pyx_Py3ClassCreate(PyObject *metaclass, PyObject *name, PyObject *bases, PyObject *dict,
+ PyObject *mkw, int calculate_metaclass, int allow_py2_metaclass); /*proto*/
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdlib' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.version' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.ref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.exc' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.module' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mem' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.tuple' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.list' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.object' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.sequence' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mapping' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.iterator' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.type' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4type_type = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.number' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.int' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bool' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.long' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.float' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.complex' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.string' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.unicode' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.dict' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.instance' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.function' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.method' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.weakref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.getargs' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pythread' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pystate' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.cobject' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.oldbuffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.set' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.buffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bytes' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pycapsule' */
+
+/* Module declarations from 'cpython' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.csamtools' */
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_9csamtools__forceBytes(PyObject *); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_9csamtools__forceCmdlineBytes(PyObject *); /*proto*/
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.csamtools"
+int __pyx_module_is_main_pysam__csamtools = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.csamtools' */
+static PyObject *__pyx_builtin_TypeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_IOError;
+static PyObject *__pyx_builtin_AttributeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_ValueError;
+static PyObject *__pyx_builtin_open;
+static PyObject *__pyx_builtin_UnicodeDecodeError;
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs___init__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_id); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_2setdevice(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_4setfile(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_6setfd(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fd); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_8restore(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools__samtools_dispatch(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_method, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_catch_stdout); /* proto */
+static char __pyx_k_a[] = "a";
+static char __pyx_k_i[] = "i";
+static char __pyx_k_n[] = "n";
+static char __pyx_k_o[] = "-o";
+static char __pyx_k_r[] = "r";
+static char __pyx_k_fd[] = "fd";
+static char __pyx_k_id[] = "id";
+static char __pyx_k_os[] = "os";
+static char __pyx_k_rb[] = "rb";
+static char __pyx_k_doc[] = "__doc__";
+static char __pyx_k_dup[] = "dup";
+static char __pyx_k_inf[] = "inf";
+static char __pyx_k_ofd[] = "ofd";
+static char __pyx_k_sys[] = "sys";
+static char __pyx_k_Outs[] = "Outs";
+static char __pyx_k_args[] = "args";
+static char __pyx_k_dup2[] = "dup2";
+static char __pyx_k_exit[] = "__exit__";
+static char __pyx_k_init[] = "__init__";
+static char __pyx_k_main[] = "__main__";
+static char __pyx_k_open[] = "open";
+static char __pyx_k_path[] = "path";
+static char __pyx_k_read[] = "read";
+static char __pyx_k_self[] = "self";
+static char __pyx_k_test[] = "__test__";
+static char __pyx_k_view[] = "view";
+static char __pyx_k_ascii[] = "ascii";
+static char __pyx_k_cargs[] = "cargs";
+static char __pyx_k_close[] = "close";
+static char __pyx_k_enter[] = "__enter__";
+static char __pyx_k_flush[] = "flush";
+static char __pyx_k_index[] = "index";
+static char __pyx_k_setfd[] = "setfd";
+static char __pyx_k_append[] = "append";
+static char __pyx_k_encode[] = "encode";
+static char __pyx_k_exists[] = "exists";
+static char __pyx_k_fileno[] = "fileno";
+static char __pyx_k_import[] = "__import__";
+static char __pyx_k_method[] = "method";
+static char __pyx_k_module[] = "__module__";
+static char __pyx_k_remove[] = "remove";
+static char __pyx_k_retval[] = "retval";
+static char __pyx_k_stderr[] = "stderr";
+static char __pyx_k_stdout[] = "stdout";
+static char __pyx_k_IOError[] = "IOError";
+static char __pyx_k_O_CREAT[] = "O_CREAT";
+static char __pyx_k_mkstemp[] = "mkstemp";
+static char __pyx_k_prepare[] = "__prepare__";
+static char __pyx_k_restore[] = "restore";
+static char __pyx_k_setfile[] = "setfile";
+static char __pyx_k_streams[] = "streams";
+static char __pyx_k_O_WRONLY[] = "O_WRONLY";
+static char __pyx_k_filename[] = "filename";
+static char __pyx_k_platform[] = "platform";
+static char __pyx_k_qualname[] = "__qualname__";
+static char __pyx_k_samtools[] = "samtools";
+static char __pyx_k_stderr_f[] = "stderr_f";
+static char __pyx_k_stderr_h[] = "stderr_h";
+static char __pyx_k_stdout_f[] = "stdout_f";
+static char __pyx_k_stdout_h[] = "stdout_h";
+static char __pyx_k_tempfile[] = "tempfile";
+static char __pyx_k_TypeError[] = "TypeError";
+static char __pyx_k_metaclass[] = "__metaclass__";
+static char __pyx_k_readlines[] = "readlines";
+static char __pyx_k_setdevice[] = "setdevice";
+static char __pyx_k_IS_PYTHON3[] = "IS_PYTHON3";
+static char __pyx_k_Outs_setfd[] = "Outs.setfd";
+static char __pyx_k_ValueError[] = "ValueError";
+static char __pyx_k_out_stderr[] = "out_stderr";
+static char __pyx_k_out_stdout[] = "out_stdout";
+static char __pyx_k_Outs___init[] = "Outs.__init__";
+static char __pyx_k_stdout_save[] = "stdout_save";
+static char __pyx_k_Outs_restore[] = "Outs.restore";
+static char __pyx_k_Outs_setfile[] = "Outs.setfile";
+static char __pyx_k_catch_stdout[] = "catch_stdout";
+static char __pyx_k_AttributeError[] = "AttributeError";
+static char __pyx_k_Outs_setdevice[] = "Outs.setdevice";
+static char __pyx_k_pysam_csamtools[] = "pysam.csamtools";
+static char __pyx_k_samtools_dispatch[] = "_samtools_dispatch";
+static char __pyx_k_UnicodeDecodeError[] = "UnicodeDecodeError";
+static char __pyx_k_No_such_file_or_directory_s[] = "No such file or directory: '%s'";
+static char __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam[] = "/home/andreas/devel/pysam/pysam/csamtools.pyx";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or[] = "Argument must be string, bytes or unicode.";
+static char __pyx_k_http_mail_python_org_pipermail_p[] = "http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html";
+static char __pyx_k_option_o_is_forbidden_in_samtool[] = "option -o is forbidden in samtools view";
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or;
+static PyObject *__pyx_n_s_AttributeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_IOError;
+static PyObject *__pyx_n_s_IS_PYTHON3;
+static PyObject *__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_O_CREAT;
+static PyObject *__pyx_n_s_O_WRONLY;
+static PyObject *__pyx_n_s_Outs;
+static PyObject *__pyx_n_s_Outs___init;
+static PyObject *__pyx_n_s_Outs_restore;
+static PyObject *__pyx_n_s_Outs_setdevice;
+static PyObject *__pyx_n_s_Outs_setfd;
+static PyObject *__pyx_n_s_Outs_setfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_TypeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_UnicodeDecodeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_ValueError;
+static PyObject *__pyx_n_s_a;
+static PyObject *__pyx_n_s_append;
+static PyObject *__pyx_n_s_args;
+static PyObject *__pyx_n_s_ascii;
+static PyObject *__pyx_n_s_cargs;
+static PyObject *__pyx_n_s_catch_stdout;
+static PyObject *__pyx_n_s_close;
+static PyObject *__pyx_n_s_doc;
+static PyObject *__pyx_n_s_dup;
+static PyObject *__pyx_n_s_dup2;
+static PyObject *__pyx_n_s_encode;
+static PyObject *__pyx_n_s_enter;
+static PyObject *__pyx_n_s_exists;
+static PyObject *__pyx_n_s_exit;
+static PyObject *__pyx_n_s_fd;
+static PyObject *__pyx_n_s_filename;
+static PyObject *__pyx_n_s_fileno;
+static PyObject *__pyx_n_s_flush;
+static PyObject *__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam;
+static PyObject *__pyx_kp_s_http_mail_python_org_pipermail_p;
+static PyObject *__pyx_n_s_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_id;
+static PyObject *__pyx_n_s_import;
+static PyObject *__pyx_n_s_index;
+static PyObject *__pyx_n_s_inf;
+static PyObject *__pyx_n_s_init;
+static PyObject *__pyx_n_s_main;
+static PyObject *__pyx_n_s_metaclass;
+static PyObject *__pyx_n_s_method;
+static PyObject *__pyx_n_s_mkstemp;
+static PyObject *__pyx_n_s_module;
+static PyObject *__pyx_n_s_n;
+static PyObject *__pyx_kp_s_o;
+static PyObject *__pyx_n_s_ofd;
+static PyObject *__pyx_n_s_open;
+static PyObject *__pyx_kp_s_option_o_is_forbidden_in_samtool;
+static PyObject *__pyx_n_s_os;
+static PyObject *__pyx_n_s_out_stderr;
+static PyObject *__pyx_n_s_out_stdout;
+static PyObject *__pyx_n_s_path;
+static PyObject *__pyx_n_s_platform;
+static PyObject *__pyx_n_s_prepare;
+static PyObject *__pyx_n_s_pysam_csamtools;
+static PyObject *__pyx_n_s_qualname;
+static PyObject *__pyx_n_s_r;
+static PyObject *__pyx_n_s_rb;
+static PyObject *__pyx_n_s_read;
+static PyObject *__pyx_n_s_readlines;
+static PyObject *__pyx_n_s_remove;
+static PyObject *__pyx_n_s_restore;
+static PyObject *__pyx_n_s_retval;
+static PyObject *__pyx_n_s_samtools_dispatch;
+static PyObject *__pyx_n_s_self;
+static PyObject *__pyx_n_s_setdevice;
+static PyObject *__pyx_n_s_setfd;
+static PyObject *__pyx_n_s_setfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_stderr;
+static PyObject *__pyx_n_s_stderr_f;
+static PyObject *__pyx_n_s_stderr_h;
+static PyObject *__pyx_n_s_stdout;
+static PyObject *__pyx_n_s_stdout_f;
+static PyObject *__pyx_n_s_stdout_h;
+static PyObject *__pyx_n_s_stdout_save;
+static PyObject *__pyx_n_s_streams;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_tempfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_n_s_view;
+static PyObject *__pyx_int_1;
+static PyObject *__pyx_int_432;
+static PyObject *__pyx_tuple_;
+static PyObject *__pyx_tuple__2;
+static PyObject *__pyx_tuple__3;
+static PyObject *__pyx_tuple__4;
+static PyObject *__pyx_tuple__5;
+static PyObject *__pyx_tuple__6;
+static PyObject *__pyx_tuple__7;
+static PyObject *__pyx_tuple__9;
+static PyObject *__pyx_tuple__10;
+static PyObject *__pyx_tuple__12;
+static PyObject *__pyx_tuple__14;
+static PyObject *__pyx_tuple__16;
+static PyObject *__pyx_tuple__18;
+static PyObject *__pyx_codeobj__8;
+static PyObject *__pyx_codeobj__11;
+static PyObject *__pyx_codeobj__13;
+static PyObject *__pyx_codeobj__15;
+static PyObject *__pyx_codeobj__17;
+static PyObject *__pyx_codeobj__19;
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":18
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_9csamtools__forceBytes(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceBytes", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceBytes", __pyx_f[0], 18);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":21
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif s is None:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":22
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif s is None:
+ * return None
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 22; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":23
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":24
+ * return s
+ * elif s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":25
+ * elif s is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":26
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii')
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 26; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":27
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.encode('ascii')
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":28
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 28; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple_, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 28; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_4))||((__pyx_t_4) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 28; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":30
+ * return s.encode('ascii')
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 30; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":18
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._forceBytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":33
+ *
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_9csamtools__forceCmdlineBytes(PyObject *__pyx_v_s) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_forceCmdlineBytes", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_forceCmdlineBytes", __pyx_f[0], 33);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":34
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s):
+ * return _forceBytes(s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_9csamtools__forceBytes(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 34; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":33
+ *
+ *
+ * cdef inline bytes _forceCmdlineBytes(object s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _forceBytes(s)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._forceCmdlineBytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":39
+ * class Outs:
+ * '''http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html'''
+ * def __init__(self, id = 1): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.streams = []
+ * self.id = id
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_1__init__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs___init__[] = "Outs.__init__(self, id=1)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_1__init__ = {__Pyx_NAMESTR("__init__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_1__init__, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs___init__)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_1__init__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_id = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_id,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ values[1] = ((PyObject *)((PyObject *)__pyx_int_1));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_id);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_id = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 1, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs___init__(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_id);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs___init__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_id) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_TraceCall("__init__", __pyx_f[0], 39);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":40
+ * '''http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html'''
+ * def __init__(self, id = 1):
+ * self.streams = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.id = id
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 40; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_streams, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 40; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":41
+ * def __init__(self, id = 1):
+ * self.streams = []
+ * self.id = id # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setdevice(self, filename):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_id, __pyx_v_id) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 41; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":39
+ * class Outs:
+ * '''http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html'''
+ * def __init__(self, id = 1): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.streams = []
+ * self.id = id
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":43
+ * self.id = id
+ *
+ * def setdevice(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an existing file, like "/dev/null"'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_3setdevice(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_2setdevice[] = "Outs.setdevice(self, filename)\nopen an existing file, like \"/dev/null\"";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_3setdevice = {__Pyx_NAMESTR("setdevice"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_3setdevice, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_2setdevice)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_3setdevice(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setdevice (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_filename,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setdevice", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 43; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setdevice") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 43; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_filename = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setdevice", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 43; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.setdevice", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_2setdevice(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_filename);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_2setdevice(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_v_fd = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setdevice", 0);
+ __Pyx_TraceCall("setdevice", __pyx_f[0], 43);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":45
+ * def setdevice(self, filename):
+ * '''open an existing file, like "/dev/null"'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_open); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_O_WRONLY); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_fd = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":46
+ * '''open an existing file, like "/dev/null"'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY)
+ * self.setfd(fd) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setfile(self, filename):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_setfd); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 46; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 46; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fd);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_fd);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fd);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 46; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":43
+ * self.id = id
+ *
+ * def setdevice(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an existing file, like "/dev/null"'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.setdevice", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fd);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":48
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfile(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open a new file.'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY|os.O_CREAT, 0660)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_5setfile(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_4setfile[] = "Outs.setfile(self, filename)\nopen a new file.";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_5setfile = {__Pyx_NAMESTR("setfile"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_5setfile, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_4setfile)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_5setfile(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setfile (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_filename,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setfile", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setfile") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_filename = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setfile", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.setfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_4setfile(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_filename);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_4setfile(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_v_fd = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setfile", 0);
+ __Pyx_TraceCall("setfile", __pyx_f[0], 48);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":50
+ * def setfile(self, filename):
+ * '''open a new file.'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY|os.O_CREAT, 0660) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_open); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_O_WRONLY); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_O_CREAT); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Or(__pyx_t_3, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_432);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 2, __pyx_int_432);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_432);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 50; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_fd = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":51
+ * '''open a new file.'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY|os.O_CREAT, 0660)
+ * self.setfd(fd) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setfd(self, fd):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_setfd); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 51; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 51; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fd);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_fd);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fd);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 51; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":48
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfile(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open a new file.'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY|os.O_CREAT, 0660)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.setfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fd);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":53
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfd(self, fd): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ofd = os.dup(self.id) # Save old stream on new unit.
+ * self.streams.append(ofd)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_7setfd(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_6setfd[] = "Outs.setfd(self, fd)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_7setfd = {__Pyx_NAMESTR("setfd"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_7setfd, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_6setfd)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_7setfd(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_fd = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setfd (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_fd,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_fd)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setfd", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setfd") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_fd = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setfd", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.setfd", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_6setfd(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_fd);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_6setfd(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fd) {
+ PyObject *__pyx_v_ofd = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setfd", 0);
+ __Pyx_TraceCall("setfd", __pyx_f[0], 53);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":54
+ *
+ * def setfd(self, fd):
+ * ofd = os.dup(self.id) # Save old stream on new unit. # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.streams.append(ofd)
+ * sys.stdout.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_dup); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_ofd = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":55
+ * def setfd(self, fd):
+ * ofd = os.dup(self.id) # Save old stream on new unit.
+ * self.streams.append(ofd) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sys.stdout.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ * sys.stderr.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_streams); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 55; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_t_1, __pyx_v_ofd); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 55; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":56
+ * ofd = os.dup(self.id) # Save old stream on new unit.
+ * self.streams.append(ofd)
+ * sys.stdout.flush() # Buffered data goes to old stream. # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sys.stderr.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ * os.dup2(fd, self.id) # Open unit 1 on new stream.
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_stdout); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_flush); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":57
+ * self.streams.append(ofd)
+ * sys.stdout.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ * sys.stderr.flush() # Buffered data goes to old stream. # <<<<<<<<<<<<<<
+ * os.dup2(fd, self.id) # Open unit 1 on new stream.
+ * os.close(fd) # Close other unit (look out, caller.)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_stderr); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_flush); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":58
+ * sys.stdout.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ * sys.stderr.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ * os.dup2(fd, self.id) # Open unit 1 on new stream. # <<<<<<<<<<<<<<
+ * os.close(fd) # Close other unit (look out, caller.)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_dup2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fd);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_fd);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fd);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":59
+ * sys.stderr.flush() # Buffered data goes to old stream.
+ * os.dup2(fd, self.id) # Open unit 1 on new stream.
+ * os.close(fd) # Close other unit (look out, caller.) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def restore(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 59; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 59; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 59; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fd);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_fd);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fd);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 59; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":53
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfd(self, fd): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ofd = os.dup(self.id) # Save old stream on new unit.
+ * self.streams.append(ofd)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.setfd", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ofd);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":61
+ * os.close(fd) # Close other unit (look out, caller.)
+ *
+ * def restore(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''restore previous output stream'''
+ * if self.streams:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_9restore(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_8restore[] = "Outs.restore(self)\nrestore previous output stream";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_9restore = {__Pyx_NAMESTR("restore"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_9restore, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_9csamtools_4Outs_8restore)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_4Outs_9restore(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("restore (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_8restore(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools_4Outs_8restore(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("restore", 0);
+ __Pyx_TraceCall("restore", __pyx_f[0], 61);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":63
+ * def restore(self):
+ * '''restore previous output stream'''
+ * if self.streams: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # the following was not sufficient, hence flush both stderr and stdout
+ * # os.fsync( self.id )
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_streams); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":66
+ * # the following was not sufficient, hence flush both stderr and stdout
+ * # os.fsync( self.id )
+ * sys.stdout.flush() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sys.stderr.flush()
+ * os.dup2(self.streams[-1], self.id)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_stdout); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_flush); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":67
+ * # os.fsync( self.id )
+ * sys.stdout.flush()
+ * sys.stderr.flush() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * os.dup2(self.streams[-1], self.id)
+ * os.close(self.streams[-1])
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 67; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_stderr); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 67; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_flush); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 67; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 67; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":68
+ * sys.stdout.flush()
+ * sys.stderr.flush()
+ * os.dup2(self.streams[-1], self.id) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * os.close(self.streams[-1])
+ * del self.streams[-1]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 68; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_dup2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 68; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_streams); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 68; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_1, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_4 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 68; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 68; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 68; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 68; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":69
+ * sys.stderr.flush()
+ * os.dup2(self.streams[-1], self.id)
+ * os.close(self.streams[-1]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * del self.streams[-1]
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_streams); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_1, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":70
+ * os.dup2(self.streams[-1], self.id)
+ * os.close(self.streams[-1])
+ * del self.streams[-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_streams); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (__Pyx_DelItemInt(__pyx_t_3, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":61
+ * os.close(fd) # Close other unit (look out, caller.)
+ *
+ * def restore(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''restore previous output stream'''
+ * if self.streams:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools.Outs.restore", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/csamtools.pyx":73
+ *
+ *
+ * def _samtools_dispatch(method, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = (),
+ * catch_stdout = True):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_1_samtools_dispatch(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_9csamtools__samtools_dispatch[] = "_samtools_dispatch(method, args=(), catch_stdout=True)\ncall ``method`` in samtools providing arguments in args.\n \n .. note:: \n This method redirects stdout to capture it \n from samtools. If for some reason stdout disappears\n the reason might be in this method.\n\n .. note::\n The current implementation might only work on linux.\n\n .. note::\n This method captures stdout and st [...]
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_9csamtools_1_samtools_dispatch = {__Pyx_NAMESTR("_samtools_dispatch"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_9csamtools_1_samtools_dispatch, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_9csamtools__samtools_dispatch)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_9csamtools_1_samtools_dispatch(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_method = 0;
+ PyObject *__pyx_v_args = 0;
+ PyObject *__pyx_v_catch_stdout = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_samtools_dispatch (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_method,&__pyx_n_s_args,&__pyx_n_s_catch_stdout,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":74
+ *
+ * def _samtools_dispatch(method,
+ * args = (), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * catch_stdout = True):
+ * '''call ``method`` in samtools providing arguments in args.
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)__pyx_empty_tuple);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":75
+ * def _samtools_dispatch(method,
+ * args = (),
+ * catch_stdout = True): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''call ``method`` in samtools providing arguments in args.
+ *
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_True);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_method)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_args);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_catch_stdout);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_samtools_dispatch") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_method = values[0];
+ __pyx_v_args = values[1];
+ __pyx_v_catch_stdout = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_samtools_dispatch", 0, 1, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_9csamtools__samtools_dispatch(__pyx_self, __pyx_v_method, __pyx_v_args, __pyx_v_catch_stdout);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":73
+ *
+ *
+ * def _samtools_dispatch(method, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = (),
+ * catch_stdout = True):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_9csamtools__samtools_dispatch(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_method, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_catch_stdout) {
+ PyObject *__pyx_v_stderr_h = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_stderr_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_stdout_h = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_stdout_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_stdout_save = NULL;
+ char **__pyx_v_cargs;
+ int __pyx_v_i;
+ int __pyx_v_n;
+ int __pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_v_inf = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_out_stdout = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_out_stderr = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_a = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_7)(PyObject *);
+ int __pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_12;
+ PyObject *(*__pyx_t_13)(PyObject *);
+ char *__pyx_t_14;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_16 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_17 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_18 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_19 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_20 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_21 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_22 = NULL;
+ int __pyx_t_23;
+ char const *__pyx_t_24;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_TraceDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_samtools_dispatch", 0);
+ __Pyx_TraceCall("_samtools_dispatch", __pyx_f[0], 73);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_method);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_args);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_catch_stdout);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":99
+ *
+ * # some special cases
+ * if method == "index": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not os.path.exists(args[0]):
+ * raise IOError("No such file or directory: '%s'" % args[0])
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_method, __pyx_n_s_index, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 99; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":100
+ * # some special cases
+ * if method == "index":
+ * if not os.path.exists(args[0]): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("No such file or directory: '%s'" % args[0])
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_args, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = ((!__pyx_t_1) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":101
+ * if method == "index":
+ * if not os.path.exists(args[0]):
+ * raise IOError("No such file or directory: '%s'" % args[0]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # redirect stderr and stdout to file
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_args, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":104
+ *
+ * # redirect stderr and stdout to file
+ * stderr_h, stderr_f = tempfile.mkstemp() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pysam_set_stderr(stderr_h)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_tempfile); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_4, __pyx_n_s_mkstemp); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_7 = Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_3 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L5_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ index = 1; __pyx_t_2 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_2)) goto __pyx_L5_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_7(__pyx_t_6), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L6_unpacking_done;
+ __pyx_L5_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L6_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_v_stderr_h = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_stderr_f = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":105
+ * # redirect stderr and stdout to file
+ * stderr_h, stderr_f = tempfile.mkstemp()
+ * pysam_set_stderr(stderr_h) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if catch_stdout:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_v_stderr_h); if (unlikely((__pyx_t_8 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 105; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ pysam_set_stderr(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":107
+ * pysam_set_stderr(stderr_h)
+ *
+ * if catch_stdout: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stdout_h, stdout_f = tempfile.mkstemp()
+ * try:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_catch_stdout); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 107; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":108
+ *
+ * if catch_stdout:
+ * stdout_h, stdout_f = tempfile.mkstemp() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * stdout_save = Outs( sys.stdout.fileno() )
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_tempfile); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_4, __pyx_n_s_mkstemp); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_7 = Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_2 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_2)) goto __pyx_L8_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ index = 1; __pyx_t_3 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L8_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_7(__pyx_t_6), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L9_unpacking_done;
+ __pyx_L8_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 108; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L9_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_v_stdout_h = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_stdout_f = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":109
+ * if catch_stdout:
+ * stdout_h, stdout_f = tempfile.mkstemp()
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stdout_save = Outs( sys.stdout.fileno() )
+ * stdout_save.setfd( stdout_h )
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_9, &__pyx_t_10, &__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":110
+ * stdout_h, stdout_f = tempfile.mkstemp()
+ * try:
+ * stdout_save = Outs( sys.stdout.fileno() ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stdout_save.setfd( stdout_h )
+ * except AttributeError:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_Outs); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_stdout); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_fileno); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 110; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_stdout_save = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":111
+ * try:
+ * stdout_save = Outs( sys.stdout.fileno() )
+ * stdout_save.setfd( stdout_h ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except AttributeError:
+ * # stdout has already been redirected
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_stdout_save, __pyx_n_s_setfd); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stdout_h);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_stdout_h);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stdout_h);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L17_try_end;
+ __pyx_L10_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":112
+ * stdout_save = Outs( sys.stdout.fileno() )
+ * stdout_save.setfd( stdout_h )
+ * except AttributeError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # stdout has already been redirected
+ * catch_stdout = False
+ */
+ __pyx_t_8 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_AttributeError);
+ if (__pyx_t_8) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_4, &__pyx_t_3, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":114
+ * except AttributeError:
+ * # stdout has already been redirected
+ * catch_stdout = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # patch for `samtools view`
+ */
+ __Pyx_INCREF(Py_False);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_catch_stdout, Py_False);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L11_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L12_except_error;
+ __pyx_L12_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_9, __pyx_t_10, __pyx_t_11);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L11_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_9, __pyx_t_10, __pyx_t_11);
+ __pyx_L17_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":119
+ * # samtools `view` closes stdout, from which I can not
+ * # recover. Thus redirect output to file with -o option.
+ * if method == "view": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if "-o" in args:
+ * raise ValueError("option -o is forbidden in samtools view")
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_method, __pyx_n_s_view, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 119; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":120
+ * # recover. Thus redirect output to file with -o option.
+ * if method == "view":
+ * if "-o" in args: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("option -o is forbidden in samtools view")
+ * args = ( "-o", stdout_f ) + args
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_kp_s_o, __pyx_v_args, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 120; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":121
+ * if method == "view":
+ * if "-o" in args:
+ * raise ValueError("option -o is forbidden in samtools view") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = ( "-o", stdout_f ) + args
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 121; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 121; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":122
+ * if "-o" in args:
+ * raise ValueError("option -o is forbidden in samtools view")
+ * args = ( "-o", stdout_f ) + args # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # do the function call to samtools
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 122; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_o);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_kp_s_o);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_o);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stdout_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_stdout_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stdout_f);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 122; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_args, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L20;
+ }
+ __pyx_L20:;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":128
+ * cdef int i, n, retval
+ *
+ * n = len(args) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * method = _forceCmdlineBytes(method)
+ * args = [ _forceCmdlineBytes(a) for a in args ]
+ */
+ __pyx_t_12 = PyObject_Length(__pyx_v_args); if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 128; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_n = __pyx_t_12;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":129
+ *
+ * n = len(args)
+ * method = _forceCmdlineBytes(method) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = [ _forceCmdlineBytes(a) for a in args ]
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_9csamtools__forceCmdlineBytes(__pyx_v_method); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 129; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_method, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":130
+ * n = len(args)
+ * method = _forceCmdlineBytes(method)
+ * args = [ _forceCmdlineBytes(a) for a in args ] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # allocate two more for first (dummy) argument (contains command)
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_args) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_args)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_args; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_13 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_12 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_13 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_13 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_12 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_12); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_12++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_12); __pyx_t_12++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_13 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_12 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_12); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_12++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_12); __pyx_t_12++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_13(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_4)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_a, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_9csamtools__forceCmdlineBytes(__pyx_v_a); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_3, (PyObject*)__pyx_t_4))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 130; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_args, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":133
+ *
+ * # allocate two more for first (dummy) argument (contains command)
+ * cargs = <char**>calloc( n+2, sizeof( char *) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cargs[0] = "samtools"
+ * cargs[1] = method
+ */
+ __pyx_v_cargs = ((char **)calloc((__pyx_v_n + 2), (sizeof(char *))));
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":134
+ * # allocate two more for first (dummy) argument (contains command)
+ * cargs = <char**>calloc( n+2, sizeof( char *) )
+ * cargs[0] = "samtools" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cargs[1] = method
+ * for i from 0 <= i < n: cargs[i+2] = args[i]
+ */
+ (__pyx_v_cargs[0]) = __pyx_k_samtools;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":135
+ * cargs = <char**>calloc( n+2, sizeof( char *) )
+ * cargs[0] = "samtools"
+ * cargs[1] = method # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i from 0 <= i < n: cargs[i+2] = args[i]
+ *
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_method); if (unlikely((!__pyx_t_14) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 135; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ (__pyx_v_cargs[1]) = __pyx_t_14;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":136
+ * cargs[0] = "samtools"
+ * cargs[1] = method
+ * for i from 0 <= i < n: cargs[i+2] = args[i] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * retval = pysam_dispatch(n+2, cargs)
+ */
+ __pyx_t_8 = __pyx_v_n;
+ for (__pyx_v_i = 0; __pyx_v_i < __pyx_t_8; __pyx_v_i++) {
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_args, __pyx_v_i, int, 1, __Pyx_PyInt_From_int, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_t_3); if (unlikely((!__pyx_t_14) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 136; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ (__pyx_v_cargs[(__pyx_v_i + 2)]) = __pyx_t_14;
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":138
+ * for i from 0 <= i < n: cargs[i+2] = args[i]
+ *
+ * retval = pysam_dispatch(n+2, cargs) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free( cargs )
+ *
+ */
+ __pyx_v_retval = pysam_dispatch((__pyx_v_n + 2), __pyx_v_cargs);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":139
+ *
+ * retval = pysam_dispatch(n+2, cargs)
+ * free( cargs ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # restore stdout/stderr. This will also flush, so
+ */
+ free(__pyx_v_cargs);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":143
+ * # restore stdout/stderr. This will also flush, so
+ * # needs to be before reading back the file contents
+ * if catch_stdout: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stdout_save.restore()
+ * try:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_catch_stdout); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 143; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":144
+ * # needs to be before reading back the file contents
+ * if catch_stdout:
+ * stdout_save.restore() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * with open( stdout_f, "r") as inf:
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_stdout_save)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("stdout_save"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 144; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_stdout_save, __pyx_n_s_restore); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 144; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 144; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":145
+ * if catch_stdout:
+ * stdout_save.restore()
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * with open( stdout_f, "r") as inf:
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_11, &__pyx_t_10, &__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":146
+ * stdout_save.restore()
+ * try:
+ * with open( stdout_f, "r") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ */
+ /*with:*/ {
+ if (unlikely(!__pyx_v_stdout_f)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("stdout_f"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L27_error;} }
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L27_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stdout_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stdout_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stdout_f);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_r);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_n_s_r);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_open, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L27_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_3, __pyx_n_s_exit); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L27_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_3, __pyx_n_s_enter); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L35_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L35_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ /*try:*/ {
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_16, &__pyx_t_17, &__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_18);
+ /*try:*/ {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_v_inf = __pyx_t_4;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":147
+ * try:
+ * with open( stdout_f, "r") as inf:
+ * out_stdout = inf.readlines() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stdout_f, "rb") as inf:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_inf, __pyx_n_s_readlines); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 147; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L41_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 147; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L41_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_out_stdout = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ goto __pyx_L48_try_end;
+ __pyx_L41_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":146
+ * stdout_save.restore()
+ * try:
+ * with open( stdout_f, "r") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_3, &__pyx_t_4, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L43_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_Pack(3, __pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L43_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_19 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_t_6, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L43_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_19);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0;
+ if (__pyx_t_1 < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L43_except_error;}
+ __pyx_t_5 = ((!(__pyx_t_1 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_ErrRestore(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = 0; __pyx_t_4 = 0; __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L43_except_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L42_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L43_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_16, __pyx_t_17, __pyx_t_18);
+ goto __pyx_L27_error;
+ __pyx_L42_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_16, __pyx_t_17, __pyx_t_18);
+ __pyx_L48_try_end:;
+ }
+ }
+ /*finally:*/ {
+ /*normal exit:*/{
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_tuple__3, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L27_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ }
+ goto __pyx_L40;
+ }
+ __pyx_L40:;
+ }
+ goto __pyx_L53;
+ __pyx_L35_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ goto __pyx_L27_error;
+ __pyx_L53:;
+ }
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L34_try_end;
+ __pyx_L27_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":148
+ * with open( stdout_f, "r") as inf:
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * with open( stdout_f, "rb") as inf:
+ * # read binary output
+ */
+ __pyx_t_8 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_UnicodeDecodeError);
+ if (__pyx_t_8) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_2, &__pyx_t_4, &__pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 148; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L29_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":149
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stdout_f, "rb") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read binary output
+ * out_stdout = inf.read()
+ */
+ /*with:*/ {
+ if (unlikely(!__pyx_v_stdout_f)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("stdout_f"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L29_except_error;} }
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L29_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stdout_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_v_stdout_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stdout_f);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_rb);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_n_s_rb);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_rb);
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_open, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L29_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_20, __pyx_n_s_exit); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L29_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_20, __pyx_n_s_enter); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_21 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ /*try:*/ {
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_18, &__pyx_t_17, &__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_16);
+ /*try:*/ {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_inf, __pyx_t_21);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":151
+ * with open( stdout_f, "rb") as inf:
+ * # read binary output
+ * out_stdout = inf.read() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * os.remove( stdout_f )
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_21 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_inf, __pyx_n_s_read); if (unlikely(!__pyx_t_21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 151; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L62_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_21);
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_21, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 151; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L62_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_out_stdout, __pyx_t_20);
+ __pyx_t_20 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ goto __pyx_L69_try_end;
+ __pyx_L62_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":149
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stdout_f, "rb") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read binary output
+ * out_stdout = inf.read()
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_20, &__pyx_t_21, &__pyx_t_6) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L64_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_22 = PyTuple_Pack(3, __pyx_t_20, __pyx_t_21, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_22)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L64_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_22);
+ __pyx_t_19 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_t_22, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_22); __pyx_t_22 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L64_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_19);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0;
+ if (__pyx_t_5 < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L64_except_error;}
+ __pyx_t_1 = ((!(__pyx_t_5 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_ErrRestore(__pyx_t_20, __pyx_t_21, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_20 = 0; __pyx_t_21 = 0; __pyx_t_6 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L64_except_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L63_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L64_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_18, __pyx_t_17, __pyx_t_16);
+ goto __pyx_L29_except_error;
+ __pyx_L63_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_18, __pyx_t_17, __pyx_t_16);
+ __pyx_L69_try_end:;
+ }
+ }
+ /*finally:*/ {
+ /*normal exit:*/{
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_16 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_tuple__4, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L29_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ }
+ goto __pyx_L61;
+ }
+ __pyx_L61:;
+ }
+ goto __pyx_L74;
+ __pyx_L56_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ goto __pyx_L29_except_error;
+ __pyx_L74:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L28_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L29_except_error;
+ __pyx_L29_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_11, __pyx_t_10, __pyx_t_9);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L28_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_11, __pyx_t_10, __pyx_t_9);
+ __pyx_L34_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":152
+ * # read binary output
+ * out_stdout = inf.read()
+ * os.remove( stdout_f ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * out_stdout = []
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 152; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_remove); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 152; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_v_stdout_f)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("stdout_f"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 152; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 152; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stdout_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_stdout_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stdout_f);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 152; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L26;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":154
+ * os.remove( stdout_f )
+ * else:
+ * out_stdout = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # get error messages
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 154; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_out_stdout = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L26:;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":157
+ *
+ * # get error messages
+ * pysam_unset_stderr() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * with open( stderr_f, "r") as inf:
+ */
+ pysam_unset_stderr();
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":158
+ * # get error messages
+ * pysam_unset_stderr()
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * with open( stderr_f, "r") as inf:
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ */
+ /*try:*/ {
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_9, &__pyx_t_10, &__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":159
+ * pysam_unset_stderr()
+ * try:
+ * with open( stderr_f, "r") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ */
+ /*with:*/ {
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L78_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stderr_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stderr_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stderr_f);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_r);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_n_s_r);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_open, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L78_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_3, __pyx_n_s_exit); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L78_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_3, __pyx_n_s_enter); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L86_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L86_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ /*try:*/ {
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_16, &__pyx_t_17, &__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_18);
+ /*try:*/ {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_inf, __pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":160
+ * try:
+ * with open( stderr_f, "r") as inf:
+ * out_stderr = inf.readlines() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stderr_f, "rb") as inf:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_inf, __pyx_n_s_readlines); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L92_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L92_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_out_stderr = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ goto __pyx_L99_try_end;
+ __pyx_L92_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); __pyx_t_22 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":159
+ * pysam_unset_stderr()
+ * try:
+ * with open( stderr_f, "r") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_3, &__pyx_t_4, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L94_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_Pack(3, __pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L94_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_19 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_t_6, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L94_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_19);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0;
+ if (__pyx_t_1 < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L94_except_error;}
+ __pyx_t_5 = ((!(__pyx_t_1 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_ErrRestore(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = 0; __pyx_t_4 = 0; __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L94_except_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L93_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L94_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_16, __pyx_t_17, __pyx_t_18);
+ goto __pyx_L78_error;
+ __pyx_L93_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_16, __pyx_t_17, __pyx_t_18);
+ __pyx_L99_try_end:;
+ }
+ }
+ /*finally:*/ {
+ /*normal exit:*/{
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_tuple__5, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L78_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ }
+ goto __pyx_L91;
+ }
+ __pyx_L91:;
+ }
+ goto __pyx_L104;
+ __pyx_L86_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ goto __pyx_L78_error;
+ __pyx_L104:;
+ }
+ }
+ /*else:*/ {
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":166
+ * out_stderr = inf.read()
+ * else:
+ * out_stderr = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * finally:
+ * os.remove( stderr_f )
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L80_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_out_stderr, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L85_try_end;
+ __pyx_L78_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); __pyx_t_22 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":161
+ * with open( stderr_f, "r") as inf:
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * with open( stderr_f, "rb") as inf:
+ * # read binary output
+ */
+ __pyx_t_8 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_UnicodeDecodeError);
+ if (__pyx_t_8) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_2, &__pyx_t_4, &__pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 161; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L80_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":162
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stderr_f, "rb") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read binary output
+ * out_stderr = inf.read()
+ */
+ /*with:*/ {
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L80_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stderr_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_v_stderr_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stderr_f);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_rb);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_n_s_rb);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_rb);
+ __pyx_t_21 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_open, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L80_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_21, __pyx_n_s_exit); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L80_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_LookupSpecial(__pyx_t_21, __pyx_n_s_enter); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L107_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L107_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ /*try:*/ {
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_18, &__pyx_t_17, &__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_16);
+ /*try:*/ {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_inf, __pyx_t_20);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":164
+ * with open( stderr_f, "rb") as inf:
+ * # read binary output
+ * out_stderr = inf.read() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * out_stderr = []
+ */
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_inf, __pyx_n_s_read); if (unlikely(!__pyx_t_20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 164; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L113_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_20);
+ __pyx_t_21 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_20, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 164; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L113_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_out_stderr, __pyx_t_21);
+ __pyx_t_21 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ goto __pyx_L120_try_end;
+ __pyx_L113_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); __pyx_t_22 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":162
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stderr_f, "rb") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read binary output
+ * out_stderr = inf.read()
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_21, &__pyx_t_20, &__pyx_t_6) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L115_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_22 = PyTuple_Pack(3, __pyx_t_21, __pyx_t_20, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_22)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L115_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_22);
+ __pyx_t_19 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_t_22, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_22); __pyx_t_22 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L115_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_19);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0;
+ if (__pyx_t_5 < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L115_except_error;}
+ __pyx_t_1 = ((!(__pyx_t_5 != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_ErrRestore(__pyx_t_21, __pyx_t_20, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_21 = 0; __pyx_t_20 = 0; __pyx_t_6 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L115_except_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L114_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L115_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_18, __pyx_t_17, __pyx_t_16);
+ goto __pyx_L80_except_error;
+ __pyx_L114_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_18, __pyx_t_17, __pyx_t_16);
+ __pyx_L120_try_end:;
+ }
+ }
+ /*finally:*/ {
+ /*normal exit:*/{
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_16 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_tuple__6, NULL);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L80_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ }
+ goto __pyx_L112;
+ }
+ __pyx_L112:;
+ }
+ goto __pyx_L125;
+ __pyx_L107_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ goto __pyx_L80_except_error;
+ __pyx_L125:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L79_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L80_except_error;
+ __pyx_L80_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_9, __pyx_t_10, __pyx_t_11);
+ goto __pyx_L76_error;
+ __pyx_L79_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_9, __pyx_t_10, __pyx_t_11);
+ __pyx_L85_try_end:;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":168
+ * out_stderr = []
+ * finally:
+ * os.remove( stderr_f ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return retval, out_stderr, out_stdout
+ */
+ /*finally:*/ {
+ /*normal exit:*/{
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_remove); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stderr_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_stderr_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stderr_f);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L77;
+ }
+ /*exception exit:*/{
+ __pyx_L76_error:;
+ __pyx_t_11 = 0; __pyx_t_10 = 0; __pyx_t_9 = 0; __pyx_t_15 = 0; __pyx_t_16 = 0; __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); __pyx_t_22 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); __pyx_t_21 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); __pyx_t_20 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (PY_MAJOR_VERSION >= 3) __Pyx_ExceptionSwap(&__pyx_t_15, &__pyx_t_16, &__pyx_t_17);
+ if ((PY_MAJOR_VERSION < 3) || unlikely(__Pyx_GetException(&__pyx_t_11, &__pyx_t_10, &__pyx_t_9) < 0)) __Pyx_ErrFetch(&__pyx_t_11, &__pyx_t_10, &__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_17);
+ __pyx_t_8 = __pyx_lineno; __pyx_t_23 = __pyx_clineno; __pyx_t_24 = __pyx_filename;
+ {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L127_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_remove); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L127_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L127_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stderr_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stderr_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stderr_f);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L127_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ }
+ if (PY_MAJOR_VERSION >= 3) {
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_15, __pyx_t_16, __pyx_t_17);
+ }
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_ErrRestore(__pyx_t_11, __pyx_t_10, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_11 = 0; __pyx_t_10 = 0; __pyx_t_9 = 0; __pyx_t_15 = 0; __pyx_t_16 = 0; __pyx_t_17 = 0;
+ __pyx_lineno = __pyx_t_8; __pyx_clineno = __pyx_t_23; __pyx_filename = __pyx_t_24;
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L127_error:;
+ if (PY_MAJOR_VERSION >= 3) {
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_15, __pyx_t_16, __pyx_t_17);
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_15 = 0; __pyx_t_16 = 0; __pyx_t_17 = 0;
+ goto __pyx_L1_error;
+ }
+ __pyx_L77:;
+ }
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":170
+ * os.remove( stderr_f )
+ *
+ * return retval, out_stderr, out_stdout # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_retval); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 170; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(!__pyx_v_out_stderr)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("out_stderr"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 170; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_out_stdout)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("out_stdout"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 170; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 170; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_out_stderr);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_out_stderr);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_out_stderr);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_out_stdout);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_out_stdout);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_out_stdout);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":73
+ *
+ *
+ * def _samtools_dispatch(method, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = (),
+ * catch_stdout = True):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.csamtools._samtools_dispatch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_stderr_h);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_stderr_f);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_stdout_h);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_stdout_f);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_stdout_save);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_inf);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_out_stdout);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_out_stderr);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_a);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_method);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_args);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_catch_stdout);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("csamtools"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or, sizeof(__pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or), 0, 1, 0, 0},
+ {&__pyx_n_s_AttributeError, __pyx_k_AttributeError, sizeof(__pyx_k_AttributeError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_IOError, __pyx_k_IOError, sizeof(__pyx_k_IOError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_IS_PYTHON3, __pyx_k_IS_PYTHON3, sizeof(__pyx_k_IS_PYTHON3), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s, __pyx_k_No_such_file_or_directory_s, sizeof(__pyx_k_No_such_file_or_directory_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_O_CREAT, __pyx_k_O_CREAT, sizeof(__pyx_k_O_CREAT), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_O_WRONLY, __pyx_k_O_WRONLY, sizeof(__pyx_k_O_WRONLY), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Outs, __pyx_k_Outs, sizeof(__pyx_k_Outs), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Outs___init, __pyx_k_Outs___init, sizeof(__pyx_k_Outs___init), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Outs_restore, __pyx_k_Outs_restore, sizeof(__pyx_k_Outs_restore), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Outs_setdevice, __pyx_k_Outs_setdevice, sizeof(__pyx_k_Outs_setdevice), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Outs_setfd, __pyx_k_Outs_setfd, sizeof(__pyx_k_Outs_setfd), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Outs_setfile, __pyx_k_Outs_setfile, sizeof(__pyx_k_Outs_setfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_TypeError, __pyx_k_TypeError, sizeof(__pyx_k_TypeError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_UnicodeDecodeError, __pyx_k_UnicodeDecodeError, sizeof(__pyx_k_UnicodeDecodeError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ValueError, __pyx_k_ValueError, sizeof(__pyx_k_ValueError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_a, __pyx_k_a, sizeof(__pyx_k_a), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_append, __pyx_k_append, sizeof(__pyx_k_append), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_args, __pyx_k_args, sizeof(__pyx_k_args), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ascii, __pyx_k_ascii, sizeof(__pyx_k_ascii), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_cargs, __pyx_k_cargs, sizeof(__pyx_k_cargs), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_catch_stdout, __pyx_k_catch_stdout, sizeof(__pyx_k_catch_stdout), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_close, __pyx_k_close, sizeof(__pyx_k_close), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_doc, __pyx_k_doc, sizeof(__pyx_k_doc), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_dup, __pyx_k_dup, sizeof(__pyx_k_dup), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_dup2, __pyx_k_dup2, sizeof(__pyx_k_dup2), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_encode, __pyx_k_encode, sizeof(__pyx_k_encode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_enter, __pyx_k_enter, sizeof(__pyx_k_enter), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_exists, __pyx_k_exists, sizeof(__pyx_k_exists), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_exit, __pyx_k_exit, sizeof(__pyx_k_exit), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_fd, __pyx_k_fd, sizeof(__pyx_k_fd), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_filename, __pyx_k_filename, sizeof(__pyx_k_filename), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_fileno, __pyx_k_fileno, sizeof(__pyx_k_fileno), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_flush, __pyx_k_flush, sizeof(__pyx_k_flush), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam, sizeof(__pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_http_mail_python_org_pipermail_p, __pyx_k_http_mail_python_org_pipermail_p, sizeof(__pyx_k_http_mail_python_org_pipermail_p), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_i, __pyx_k_i, sizeof(__pyx_k_i), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_id, __pyx_k_id, sizeof(__pyx_k_id), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_import, __pyx_k_import, sizeof(__pyx_k_import), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_index, __pyx_k_index, sizeof(__pyx_k_index), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_inf, __pyx_k_inf, sizeof(__pyx_k_inf), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_init, __pyx_k_init, sizeof(__pyx_k_init), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_main, __pyx_k_main, sizeof(__pyx_k_main), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_metaclass, __pyx_k_metaclass, sizeof(__pyx_k_metaclass), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_method, __pyx_k_method, sizeof(__pyx_k_method), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_mkstemp, __pyx_k_mkstemp, sizeof(__pyx_k_mkstemp), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_module, __pyx_k_module, sizeof(__pyx_k_module), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_n, __pyx_k_n, sizeof(__pyx_k_n), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_o, __pyx_k_o, sizeof(__pyx_k_o), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ofd, __pyx_k_ofd, sizeof(__pyx_k_ofd), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_open, __pyx_k_open, sizeof(__pyx_k_open), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_option_o_is_forbidden_in_samtool, __pyx_k_option_o_is_forbidden_in_samtool, sizeof(__pyx_k_option_o_is_forbidden_in_samtool), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_os, __pyx_k_os, sizeof(__pyx_k_os), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_out_stderr, __pyx_k_out_stderr, sizeof(__pyx_k_out_stderr), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_out_stdout, __pyx_k_out_stdout, sizeof(__pyx_k_out_stdout), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_path, __pyx_k_path, sizeof(__pyx_k_path), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_platform, __pyx_k_platform, sizeof(__pyx_k_platform), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_prepare, __pyx_k_prepare, sizeof(__pyx_k_prepare), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pysam_csamtools, __pyx_k_pysam_csamtools, sizeof(__pyx_k_pysam_csamtools), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_qualname, __pyx_k_qualname, sizeof(__pyx_k_qualname), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_r, __pyx_k_r, sizeof(__pyx_k_r), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_rb, __pyx_k_rb, sizeof(__pyx_k_rb), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_read, __pyx_k_read, sizeof(__pyx_k_read), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_readlines, __pyx_k_readlines, sizeof(__pyx_k_readlines), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_remove, __pyx_k_remove, sizeof(__pyx_k_remove), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_restore, __pyx_k_restore, sizeof(__pyx_k_restore), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_retval, __pyx_k_retval, sizeof(__pyx_k_retval), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_samtools_dispatch, __pyx_k_samtools_dispatch, sizeof(__pyx_k_samtools_dispatch), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_self, __pyx_k_self, sizeof(__pyx_k_self), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setdevice, __pyx_k_setdevice, sizeof(__pyx_k_setdevice), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setfd, __pyx_k_setfd, sizeof(__pyx_k_setfd), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setfile, __pyx_k_setfile, sizeof(__pyx_k_setfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_stderr, __pyx_k_stderr, sizeof(__pyx_k_stderr), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_stderr_f, __pyx_k_stderr_f, sizeof(__pyx_k_stderr_f), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_stderr_h, __pyx_k_stderr_h, sizeof(__pyx_k_stderr_h), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_stdout, __pyx_k_stdout, sizeof(__pyx_k_stdout), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_stdout_f, __pyx_k_stdout_f, sizeof(__pyx_k_stdout_f), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_stdout_h, __pyx_k_stdout_h, sizeof(__pyx_k_stdout_h), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_stdout_save, __pyx_k_stdout_save, sizeof(__pyx_k_stdout_save), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_streams, __pyx_k_streams, sizeof(__pyx_k_streams), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_sys, __pyx_k_sys, sizeof(__pyx_k_sys), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tempfile, __pyx_k_tempfile, sizeof(__pyx_k_tempfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_test, __pyx_k_test, sizeof(__pyx_k_test), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_view, __pyx_k_view, sizeof(__pyx_k_view), 0, 0, 1, 1},
+ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static int __Pyx_InitCachedBuiltins(void) {
+ __pyx_builtin_TypeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_TypeError); if (!__pyx_builtin_TypeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 30; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_IOError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_IOError); if (!__pyx_builtin_IOError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_AttributeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_AttributeError); if (!__pyx_builtin_AttributeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 112; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_ValueError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_ValueError); if (!__pyx_builtin_ValueError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 121; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_open = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_open); if (!__pyx_builtin_open) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_UnicodeDecodeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_UnicodeDecodeError); if (!__pyx_builtin_UnicodeDecodeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 148; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":28
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode('ascii') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __pyx_tuple_ = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_ascii); if (unlikely(!__pyx_tuple_)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 28; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple_);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple_);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":121
+ * if method == "view":
+ * if "-o" in args:
+ * raise ValueError("option -o is forbidden in samtools view") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = ( "-o", stdout_f ) + args
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__2 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_option_o_is_forbidden_in_samtool); if (unlikely(!__pyx_tuple__2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 121; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__2);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":146
+ * stdout_save.restore()
+ * try:
+ * with open( stdout_f, "r") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ */
+ __pyx_tuple__3 = PyTuple_Pack(3, Py_None, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_tuple__3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__3);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":149
+ * out_stdout = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stdout_f, "rb") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read binary output
+ * out_stdout = inf.read()
+ */
+ __pyx_tuple__4 = PyTuple_Pack(3, Py_None, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_tuple__4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__4);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":159
+ * pysam_unset_stderr()
+ * try:
+ * with open( stderr_f, "r") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ */
+ __pyx_tuple__5 = PyTuple_Pack(3, Py_None, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_tuple__5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__5);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":162
+ * out_stderr = inf.readlines()
+ * except UnicodeDecodeError:
+ * with open( stderr_f, "rb") as inf: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # read binary output
+ * out_stderr = inf.read()
+ */
+ __pyx_tuple__6 = PyTuple_Pack(3, Py_None, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_tuple__6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 162; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__6);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":39
+ * class Outs:
+ * '''http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html'''
+ * def __init__(self, id = 1): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.streams = []
+ * self.id = id
+ */
+ __pyx_tuple__7 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_tuple__7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__7);
+ __pyx_codeobj__8 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__7, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_init, 39, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__9 = PyTuple_Pack(1, ((PyObject *)__pyx_int_1)); if (unlikely(!__pyx_tuple__9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__9);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":43
+ * self.id = id
+ *
+ * def setdevice(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an existing file, like "/dev/null"'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY)
+ */
+ __pyx_tuple__10 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_filename, __pyx_n_s_fd); if (unlikely(!__pyx_tuple__10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 43; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__10);
+ __pyx_codeobj__11 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__10, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setdevice, 43, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 43; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":48
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfile(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open a new file.'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY|os.O_CREAT, 0660)
+ */
+ __pyx_tuple__12 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_filename, __pyx_n_s_fd); if (unlikely(!__pyx_tuple__12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__12);
+ __pyx_codeobj__13 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__12, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setfile, 48, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":53
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfd(self, fd): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ofd = os.dup(self.id) # Save old stream on new unit.
+ * self.streams.append(ofd)
+ */
+ __pyx_tuple__14 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_fd, __pyx_n_s_ofd); if (unlikely(!__pyx_tuple__14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__14);
+ __pyx_codeobj__15 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__14, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setfd, 53, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":61
+ * os.close(fd) # Close other unit (look out, caller.)
+ *
+ * def restore(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''restore previous output stream'''
+ * if self.streams:
+ */
+ __pyx_tuple__16 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__16);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__16);
+ __pyx_codeobj__17 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__16, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_restore, 61, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":73
+ *
+ *
+ * def _samtools_dispatch(method, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = (),
+ * catch_stdout = True):
+ */
+ __pyx_tuple__18 = PyTuple_Pack(16, __pyx_n_s_method, __pyx_n_s_args, __pyx_n_s_catch_stdout, __pyx_n_s_stderr_h, __pyx_n_s_stderr_f, __pyx_n_s_stdout_h, __pyx_n_s_stdout_f, __pyx_n_s_stdout_save, __pyx_n_s_cargs, __pyx_n_s_i, __pyx_n_s_n, __pyx_n_s_retval, __pyx_n_s_inf, __pyx_n_s_out_stdout, __pyx_n_s_out_stderr, __pyx_n_s_a); if (unlikely(!__pyx_tuple__18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__18);
+ __pyx_codeobj__19 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 16, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__18, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_samtools_dispatch, 73, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __pyx_int_1 = PyInt_FromLong(1); if (unlikely(!__pyx_int_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_432 = PyInt_FromLong(432); if (unlikely(!__pyx_int_432)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initcsamtools(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initcsamtools(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_csamtools(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_csamtools(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_csamtools(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("csamtools"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__csamtools) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.csamtools")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.csamtools", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ /*--- Type init code ---*/
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_7cpython_4type_type = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "type",
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ sizeof(PyTypeObject),
+ #else
+ sizeof(PyHeapTypeObject),
+ #endif
+ 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4type_type)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "bool", sizeof(PyBoolObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "complex", sizeof(PyComplexObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex)) {__pyx_filename = __pyx_f[3]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":4
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import os
+ * import sys
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_tempfile, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tempfile, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":5
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import tempfile
+ * import os # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys
+ * import platform
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_os, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_os, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 5; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":6
+ * import tempfile
+ * import os
+ * import sys # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import platform
+ * from cpython cimport PyBytes_Check, PyUnicode_Check
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 6; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":7
+ * import os
+ * import sys
+ * import platform # <<<<<<<<<<<<<<
+ * from cpython cimport PyBytes_Check, PyUnicode_Check
+ * from cpython.version cimport PY_MAJOR_VERSION
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_platform, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_platform, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 7; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":16
+ * ## Python 3 compatibility functions
+ * ########################################################################
+ * IS_PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef bytes _forceBytes(object s):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((PY_MAJOR_VERSION >= 3)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 16; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_IS_PYTHON3, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 16; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":37
+ *
+ *
+ * class Outs: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html'''
+ * def __init__(self, id = 1):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Py3MetaclassPrepare((PyObject *) NULL, __pyx_empty_tuple, __pyx_n_s_Outs, __pyx_n_s_Outs, (PyObject *) NULL, __pyx_n_s_pysam_csamtools, __pyx_kp_s_http_mail_python_org_pipermail_p); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":39
+ * class Outs:
+ * '''http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html'''
+ * def __init__(self, id = 1): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.streams = []
+ * self.id = id
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_1__init__, 0, __pyx_n_s_Outs___init, NULL, __pyx_n_s_pysam_csamtools, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__8)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_2, __pyx_tuple__9);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_init, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 39; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":43
+ * self.id = id
+ *
+ * def setdevice(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open an existing file, like "/dev/null"'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_3setdevice, 0, __pyx_n_s_Outs_setdevice, NULL, __pyx_n_s_pysam_csamtools, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__11)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 43; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_setdevice, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 43; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":48
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfile(self, filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''open a new file.'''
+ * fd = os.open(filename, os.O_WRONLY|os.O_CREAT, 0660)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_5setfile, 0, __pyx_n_s_Outs_setfile, NULL, __pyx_n_s_pysam_csamtools, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__13)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_setfile, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":53
+ * self.setfd(fd)
+ *
+ * def setfd(self, fd): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ofd = os.dup(self.id) # Save old stream on new unit.
+ * self.streams.append(ofd)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_7setfd, 0, __pyx_n_s_Outs_setfd, NULL, __pyx_n_s_pysam_csamtools, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__15)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_setfd, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 53; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":61
+ * os.close(fd) # Close other unit (look out, caller.)
+ *
+ * def restore(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''restore previous output stream'''
+ * if self.streams:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_9csamtools_4Outs_9restore, 0, __pyx_n_s_Outs_restore, NULL, __pyx_n_s_pysam_csamtools, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__17)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_restore, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":37
+ *
+ *
+ * class Outs: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''http://mail.python.org/pipermail/python-list/2000-June/038406.html'''
+ * def __init__(self, id = 1):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Py3ClassCreate(((PyObject*)&__Pyx_DefaultClassType), __pyx_n_s_Outs, __pyx_empty_tuple, __pyx_t_1, NULL, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_Outs, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 37; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":73
+ *
+ *
+ * def _samtools_dispatch(method, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * args = (),
+ * catch_stdout = True):
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_9csamtools_1_samtools_dispatch, NULL, __pyx_n_s_pysam_csamtools); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_samtools_dispatch, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/csamtools.pyx":1
+ * # cython: embedsignature=True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # cython: profile=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.csamtools", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.csamtools");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name) {
+ PyObject* result = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, name);
+ if (unlikely(!result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError,
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "name '%U' is not defined", name);
+#else
+ "name '%.200s' is not defined", PyString_AS_STRING(name));
+#endif
+ }
+ return result;
+}
+
+#if CYTHON_PROFILE
+static int __Pyx_TraceSetupAndCall(PyCodeObject** code,
+ PyFrameObject** frame,
+ const char *funcname,
+ const char *srcfile,
+ int firstlineno) {
+ int retval;
+ PyThreadState* tstate = PyThreadState_GET();
+ if (*frame == NULL || !CYTHON_PROFILE_REUSE_FRAME) {
+ if (*code == NULL) {
+ *code = __Pyx_createFrameCodeObject(funcname, srcfile, firstlineno);
+ if (*code == NULL) return 0;
+ }
+ *frame = PyFrame_New(
+ tstate, /*PyThreadState *tstate*/
+ *code, /*PyCodeObject *code*/
+ __pyx_d, /*PyObject *globals*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (*frame == NULL) return 0;
+ if (CYTHON_TRACE && (*frame)->f_trace == NULL) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ (*frame)->f_trace = Py_None;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400B1
+ } else {
+ (*frame)->f_tstate = tstate;
+#endif
+ }
+ (*frame)->f_lineno = firstlineno;
+ tstate->use_tracing = 0;
+ #if CYTHON_TRACE
+ if (tstate->c_tracefunc)
+ tstate->c_tracefunc(tstate->c_traceobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL);
+ if (!tstate->c_profilefunc)
+ retval = 1;
+ else
+ #endif
+ retval = tstate->c_profilefunc(tstate->c_profileobj, *frame, PyTrace_CALL, NULL) == 0;
+ tstate->use_tracing = (tstate->c_profilefunc ||
+ (CYTHON_TRACE && tstate->c_tracefunc));
+ return tstate->use_tracing && retval;
+}
+static PyCodeObject *__Pyx_createFrameCodeObject(const char *funcname, const char *srcfile, int firstlineno) {
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyString_FromString(srcfile);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(srcfile);
+ #endif
+ if (!py_funcname | !py_srcfile) goto bad;
+ py_code = PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ #endif
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ firstlineno, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+}
+#endif /* CYTHON_PROFILE */
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyObject *result;
+ ternaryfunc call = func->ob_type->tp_call;
+ if (unlikely(!call))
+ return PyObject_Call(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (unlikely(Py_EnterRecursiveCall((char*)" while calling a Python object")))
+ return NULL;
+#endif
+ result = (*call)(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ Py_LeaveRecursiveCall();
+#endif
+ if (unlikely(!result) && unlikely(!PyErr_Occurred())) {
+ PyErr_SetString(
+ PyExc_SystemError,
+ "NULL result without error in PyObject_Call");
+ }
+ return result;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->curexc_type;
+ tmp_value = tstate->curexc_value;
+ tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = type;
+ tstate->curexc_value = value;
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_Restore(type, value, tb);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->curexc_type;
+ *value = tstate->curexc_value;
+ *tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb,
+ CYTHON_UNUSED PyObject *cause) {
+ Py_XINCREF(type);
+ if (!value || value == Py_None)
+ value = NULL;
+ else
+ Py_INCREF(value);
+ if (!tb || tb == Py_None)
+ tb = NULL;
+ else {
+ Py_INCREF(tb);
+ if (!PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto raise_error;
+ }
+ }
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyClass_Check(type)) {
+ #else
+ if (PyType_Check(type)) {
+ #endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!value) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&type, &value, &tb);
+ } else {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto raise_error;
+ }
+ value = type;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyInstance_Check(type)) {
+ type = (PyObject*) ((PyInstanceObject*)type)->in_class;
+ Py_INCREF(type);
+ } else {
+ type = 0;
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception must be an old-style class or instance");
+ goto raise_error;
+ }
+ #else
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(type);
+ Py_INCREF(type);
+ if (!PyType_IsSubtype((PyTypeObject *)type, (PyTypeObject *)PyExc_BaseException)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto raise_error;
+ }
+ #endif
+ }
+ __Pyx_ErrRestore(type, value, tb);
+ return;
+raise_error:
+ Py_XDECREF(value);
+ Py_XDECREF(type);
+ Py_XDECREF(tb);
+ return;
+}
+#else /* Python 3+ */
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause) {
+ PyObject* owned_instance = NULL;
+ if (tb == Py_None) {
+ tb = 0;
+ } else if (tb && !PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto bad;
+ }
+ if (value == Py_None)
+ value = 0;
+ if (PyExceptionInstance_Check(type)) {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto bad;
+ }
+ value = type;
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ } else if (PyExceptionClass_Check(type)) {
+ PyObject *instance_class = NULL;
+ if (value && PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ instance_class = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ if (instance_class != type) {
+ if (PyObject_IsSubclass(instance_class, type)) {
+ type = instance_class;
+ } else {
+ instance_class = NULL;
+ }
+ }
+ }
+ if (!instance_class) {
+ PyObject *args;
+ if (!value)
+ args = PyTuple_New(0);
+ else if (PyTuple_Check(value)) {
+ Py_INCREF(value);
+ args = value;
+ } else
+ args = PyTuple_Pack(1, value);
+ if (!args)
+ goto bad;
+ owned_instance = PyObject_Call(type, args, NULL);
+ Py_DECREF(args);
+ if (!owned_instance)
+ goto bad;
+ value = owned_instance;
+ if (!PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "calling %R should have returned an instance of "
+ "BaseException, not %R",
+ type, Py_TYPE(value));
+ goto bad;
+ }
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03030000
+ if (cause) {
+#else
+ if (cause && cause != Py_None) {
+#endif
+ PyObject *fixed_cause;
+ if (cause == Py_None) {
+ fixed_cause = NULL;
+ } else if (PyExceptionClass_Check(cause)) {
+ fixed_cause = PyObject_CallObject(cause, NULL);
+ if (fixed_cause == NULL)
+ goto bad;
+ } else if (PyExceptionInstance_Check(cause)) {
+ fixed_cause = cause;
+ Py_INCREF(fixed_cause);
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "exception causes must derive from "
+ "BaseException");
+ goto bad;
+ }
+ PyException_SetCause(value, fixed_cause);
+ }
+ PyErr_SetObject(type, value);
+ if (tb) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ if (tb != tmp_tb) {
+ Py_INCREF(tb);
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+ }
+ }
+bad:
+ Py_XDECREF(owned_instance);
+ return;
+}
+#endif
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(
+ const char* func_name,
+ PyObject* kw_name)
+{
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%U'", func_name, kw_name);
+ #else
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%s'", func_name,
+ PyString_AsString(kw_name));
+ #endif
+}
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(
+ PyObject *kwds,
+ PyObject **argnames[],
+ PyObject *kwds2,
+ PyObject *values[],
+ Py_ssize_t num_pos_args,
+ const char* function_name)
+{
+ PyObject *key = 0, *value = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+ PyObject*** name;
+ PyObject*** first_kw_arg = argnames + num_pos_args;
+ while (PyDict_Next(kwds, &pos, &key, &value)) {
+ name = first_kw_arg;
+ while (*name && (**name != key)) name++;
+ if (*name) {
+ values[name-argnames] = value;
+ continue;
+ }
+ name = first_kw_arg;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyString_CheckExact(key)) || likely(PyString_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ if ((CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**name) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**name, key)) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ if ((**argname == key) || (
+ (CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**argname) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**argname, key))) {
+ goto arg_passed_twice;
+ }
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ #endif
+ if (likely(PyUnicode_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ int cmp = (**name == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**name) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**name, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ int cmp = (**argname == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**argname) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**argname, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) goto arg_passed_twice;
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ goto invalid_keyword_type;
+ if (kwds2) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(kwds2, key, value))) goto bad;
+ } else {
+ goto invalid_keyword;
+ }
+ }
+ return 0;
+arg_passed_twice:
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(function_name, key);
+ goto bad;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ goto bad;
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+bad:
+ return -1;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(
+ const char* func_name,
+ int exact,
+ Py_ssize_t num_min,
+ Py_ssize_t num_max,
+ Py_ssize_t num_found)
+{
+ Py_ssize_t num_expected;
+ const char *more_or_less;
+ if (num_found < num_min) {
+ num_expected = num_min;
+ more_or_less = "at least";
+ } else {
+ num_expected = num_max;
+ more_or_less = "at most";
+ }
+ if (exact) {
+ more_or_less = "exactly";
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes %.8s %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d positional argument%.1s (%" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d given)",
+ func_name, more_or_less, num_expected,
+ (num_expected == 1) ? "" : "s", num_found);
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name) {
+ PyObject *result;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = PyDict_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (result) {
+ Py_INCREF(result);
+ } else {
+#else
+ result = PyObject_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (!result) {
+ PyErr_Clear();
+#endif
+ result = __Pyx_GetBuiltinName(name);
+ }
+ return result;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x) {
+ if (likely(PyList_CheckExact(L))) {
+ if (unlikely(__Pyx_PyList_Append(L, x) < 0)) return -1;
+ } else {
+ PyObject* retval = __Pyx_PyObject_CallMethod1(L, __pyx_n_s_append, x);
+ if (unlikely(!retval))
+ return -1;
+ Py_DECREF(retval);
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j) {
+ PyObject *r;
+ if (!j) return NULL;
+ r = PyObject_GetItem(o, j);
+ Py_DECREF(j);
+ return r;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyList_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (is_list || PyList_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || (likely((n >= 0) & (n < PyList_GET_SIZE(o))))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ }
+ else if (PyTuple_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((n >= 0) & (n < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ } else {
+ PySequenceMethods *m = Py_TYPE(o)->tp_as_sequence;
+ if (likely(m && m->sq_item)) {
+ if (wraparound && unlikely(i < 0) && likely(m->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = m->sq_length(o);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ i += l;
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ return NULL;
+ }
+ }
+ return m->sq_item(o, i);
+ }
+ }
+#else
+ if (is_list || PySequence_Check(o)) {
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+ }
+#endif
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_DelItem_Generic(PyObject *o, PyObject *j) {
+ int r;
+ if (!j) return -1;
+ r = PyObject_DelItem(o, j);
+ Py_DECREF(j);
+ return r;
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_DelItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ CYTHON_UNUSED int is_list, int wraparound) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (is_list || PySequence_Check(o)) {
+ return PySequence_DelItem(o, i);
+ }
+#else
+ PySequenceMethods *m = Py_TYPE(o)->tp_as_sequence;
+ if (likely(m && m->sq_ass_item)) {
+ if (wraparound && unlikely(i < 0) && likely(m->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = m->sq_length(o);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ i += l;
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ return -1;
+ }
+ }
+ return m->sq_ass_item(o, i, (PyObject *)NULL);
+ }
+#endif
+ return __Pyx_DelItem_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+ if (s1 == s2) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else if (PyBytes_CheckExact(s1) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ const char *ps1, *ps2;
+ Py_ssize_t length = PyBytes_GET_SIZE(s1);
+ if (length != PyBytes_GET_SIZE(s2))
+ return (equals == Py_NE);
+ ps1 = PyBytes_AS_STRING(s1);
+ ps2 = PyBytes_AS_STRING(s2);
+ if (ps1[0] != ps2[0]) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if (length == 1) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else {
+ int result = memcmp(ps1, ps2, (size_t)length);
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if ((s2 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s1)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PyObject* owned_ref = NULL;
+#endif
+ int s1_is_unicode, s2_is_unicode;
+ if (s1 == s2) {
+ goto return_eq;
+ }
+ s1_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s1);
+ s2_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s2);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if ((s1_is_unicode & (!s2_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s2)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s2);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s2 = owned_ref;
+ s2_is_unicode = 1;
+ } else if ((s2_is_unicode & (!s1_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s1)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s1);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s1 = owned_ref;
+ s1_is_unicode = 1;
+ } else if (((!s2_is_unicode) & (!s1_is_unicode))) {
+ return __Pyx_PyBytes_Equals(s1, s2, equals);
+ }
+#endif
+ if (s1_is_unicode & s2_is_unicode) {
+ Py_ssize_t length;
+ int kind;
+ void *data1, *data2;
+ #if CYTHON_PEP393_ENABLED
+ if (unlikely(PyUnicode_READY(s1) < 0) || unlikely(PyUnicode_READY(s2) < 0))
+ return -1;
+ #endif
+ length = __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s1);
+ if (length != __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ kind = __Pyx_PyUnicode_KIND(s1);
+ if (kind != __Pyx_PyUnicode_KIND(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ data1 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s1);
+ data2 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s2);
+ if (__Pyx_PyUnicode_READ(kind, data1, 0) != __Pyx_PyUnicode_READ(kind, data2, 0)) {
+ goto return_ne;
+ } else if (length == 1) {
+ goto return_eq;
+ } else {
+ int result = memcmp(data1, data2, length * kind);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & s2_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else if ((s2 == Py_None) & s1_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+return_eq:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ);
+return_ne:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_NE);
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "too many values to unpack (expected %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d)", expected);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "need more than %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d value%.1s to unpack",
+ index, (index == 1) ? "" : "s");
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* exc_type = tstate->curexc_type;
+ if (unlikely(exc_type)) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration) || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration)) {
+ PyObject *exc_value, *exc_tb;
+ exc_value = tstate->curexc_value;
+ exc_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+ Py_DECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_tb);
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred())) {
+ if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_StopIteration))) {
+ PyErr_Clear();
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected) {
+ if (unlikely(retval)) {
+ Py_DECREF(retval);
+ __Pyx_RaiseTooManyValuesError(expected);
+ return -1;
+ } else {
+ return __Pyx_IterFinish();
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->exc_type;
+ *value = tstate->exc_value;
+ *tb = tstate->exc_traceback;
+ Py_XINCREF(*type);
+ Py_XINCREF(*value);
+ Py_XINCREF(*tb);
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = type;
+ tstate->exc_value = value;
+ tstate->exc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *local_type, *local_value, *local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ local_type = tstate->curexc_type;
+ local_value = tstate->curexc_value;
+ local_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (unlikely(tstate->curexc_type))
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred()))
+#endif
+ goto bad;
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (local_tb) {
+ if (unlikely(PyException_SetTraceback(local_value, local_tb) < 0))
+ goto bad;
+ }
+ #endif
+ Py_XINCREF(local_tb);
+ Py_XINCREF(local_type);
+ Py_XINCREF(local_value);
+ *type = local_type;
+ *value = local_value;
+ *tb = local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = local_type;
+ tstate->exc_value = local_value;
+ tstate->exc_traceback = local_tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(local_type, local_value, local_tb);
+#endif
+ return 0;
+bad:
+ *type = 0;
+ *value = 0;
+ *tb = 0;
+ Py_XDECREF(local_type);
+ Py_XDECREF(local_value);
+ Py_XDECREF(local_tb);
+ return -1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseUnboundLocalError(const char *varname) {
+ PyErr_Format(PyExc_UnboundLocalError, "local variable '%s' referenced before assignment", varname);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = *type;
+ tstate->exc_value = *value;
+ tstate->exc_traceback = *tb;
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(&tmp_type, &tmp_value, &tmp_tb);
+ PyErr_SetExcInfo(*type, *value, *tb);
+#endif
+ *type = tmp_type;
+ *value = tmp_value;
+ *tb = tmp_tb;
+}
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type) {
+ PyObject* fake_module;
+ PyTypeObject* cached_type = NULL;
+ fake_module = PyImport_AddModule((char*) "_cython_" CYTHON_ABI);
+ if (!fake_module) return NULL;
+ Py_INCREF(fake_module);
+ cached_type = (PyTypeObject*) PyObject_GetAttrString(fake_module, type->tp_name);
+ if (cached_type) {
+ if (!PyType_Check((PyObject*)cached_type)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s is not a type object",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ if (cached_type->tp_basicsize != type->tp_basicsize) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s has the wrong size, try recompiling",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ } else {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ if (PyType_Ready(type) < 0) goto bad;
+ if (PyObject_SetAttrString(fake_module, type->tp_name, (PyObject*) type) < 0)
+ goto bad;
+ Py_INCREF(type);
+ cached_type = type;
+ }
+done:
+ Py_DECREF(fake_module);
+ return cached_type;
+bad:
+ Py_XDECREF(cached_type);
+ cached_type = NULL;
+ goto done;
+}
+
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_doc(__pyx_CyFunctionObject *op, CYTHON_UNUSED void *closure)
+{
+ if (unlikely(op->func_doc == NULL)) {
+ if (op->func.m_ml->ml_doc) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ op->func_doc = PyUnicode_FromString(op->func.m_ml->ml_doc);
+#else
+ op->func_doc = PyString_FromString(op->func.m_ml->ml_doc);
+#endif
+ if (unlikely(op->func_doc == NULL))
+ return NULL;
+ } else {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(op->func_doc);
+ return op->func_doc;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_doc(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp = op->func_doc;
+ if (value == NULL)
+ value = Py_None; /* Mark as deleted */
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_doc = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_name(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ if (unlikely(op->func_name == NULL)) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ op->func_name = PyUnicode_InternFromString(op->func.m_ml->ml_name);
+#else
+ op->func_name = PyString_InternFromString(op->func.m_ml->ml_name);
+#endif
+ if (unlikely(op->func_name == NULL))
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(op->func_name);
+ return op->func_name;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_name(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (unlikely(value == NULL || !PyUnicode_Check(value))) {
+#else
+ if (unlikely(value == NULL || !PyString_Check(value))) {
+#endif
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__name__ must be set to a string object");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_name;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_name = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_qualname(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(op->func_qualname);
+ return op->func_qualname;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_qualname(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (unlikely(value == NULL || !PyUnicode_Check(value))) {
+#else
+ if (unlikely(value == NULL || !PyString_Check(value))) {
+#endif
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__qualname__ must be set to a string object");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_qualname;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_qualname = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_self(__pyx_CyFunctionObject *m, CYTHON_UNUSED void *closure)
+{
+ PyObject *self;
+ self = m->func_closure;
+ if (self == NULL)
+ self = Py_None;
+ Py_INCREF(self);
+ return self;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_dict(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ if (unlikely(op->func_dict == NULL)) {
+ op->func_dict = PyDict_New();
+ if (unlikely(op->func_dict == NULL))
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(op->func_dict);
+ return op->func_dict;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_dict(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+ if (unlikely(value == NULL)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "function's dictionary may not be deleted");
+ return -1;
+ }
+ if (unlikely(!PyDict_Check(value))) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "setting function's dictionary to a non-dict");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_dict;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_dict = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_globals(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(op->func_globals);
+ return op->func_globals;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_closure(CYTHON_UNUSED __pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_code(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ PyObject* result = (op->func_code) ? op->func_code : Py_None;
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_init_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject *res = op->defaults_getter((PyObject *) op);
+ if (unlikely(!res))
+ return -1;
+ op->defaults_tuple = PyTuple_GET_ITEM(res, 0);
+ Py_INCREF(op->defaults_tuple);
+ op->defaults_kwdict = PyTuple_GET_ITEM(res, 1);
+ Py_INCREF(op->defaults_kwdict);
+ Py_DECREF(res);
+ return 0;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value) {
+ value = Py_None;
+ } else if (value != Py_None && !PyTuple_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__defaults__ must be set to a tuple object");
+ return -1;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ tmp = op->defaults_tuple;
+ op->defaults_tuple = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->defaults_tuple;
+ if (unlikely(!result)) {
+ if (op->defaults_getter) {
+ if (__Pyx_CyFunction_init_defaults(op) < 0) return NULL;
+ result = op->defaults_tuple;
+ } else {
+ result = Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_kwdefaults(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value) {
+ value = Py_None;
+ } else if (value != Py_None && !PyDict_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__kwdefaults__ must be set to a dict object");
+ return -1;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ tmp = op->defaults_kwdict;
+ op->defaults_kwdict = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_kwdefaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->defaults_kwdict;
+ if (unlikely(!result)) {
+ if (op->defaults_getter) {
+ if (__Pyx_CyFunction_init_defaults(op) < 0) return NULL;
+ result = op->defaults_kwdict;
+ } else {
+ result = Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_annotations(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value || value == Py_None) {
+ value = NULL;
+ } else if (!PyDict_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__annotations__ must be set to a dict object");
+ return -1;
+ }
+ Py_XINCREF(value);
+ tmp = op->func_annotations;
+ op->func_annotations = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_annotations(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->func_annotations;
+ if (unlikely(!result)) {
+ result = PyDict_New();
+ if (unlikely(!result)) return NULL;
+ op->func_annotations = result;
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static PyGetSetDef __pyx_CyFunction_getsets[] = {
+ {(char *) "func_doc", (getter)__Pyx_CyFunction_get_doc, (setter)__Pyx_CyFunction_set_doc, 0, 0},
+ {(char *) "__doc__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_doc, (setter)__Pyx_CyFunction_set_doc, 0, 0},
+ {(char *) "func_name", (getter)__Pyx_CyFunction_get_name, (setter)__Pyx_CyFunction_set_name, 0, 0},
+ {(char *) "__name__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_name, (setter)__Pyx_CyFunction_set_name, 0, 0},
+ {(char *) "__qualname__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_qualname, (setter)__Pyx_CyFunction_set_qualname, 0, 0},
+ {(char *) "__self__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_self, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_dict", (getter)__Pyx_CyFunction_get_dict, (setter)__Pyx_CyFunction_set_dict, 0, 0},
+ {(char *) "__dict__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_dict, (setter)__Pyx_CyFunction_set_dict, 0, 0},
+ {(char *) "func_globals", (getter)__Pyx_CyFunction_get_globals, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__globals__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_globals, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_closure", (getter)__Pyx_CyFunction_get_closure, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__closure__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_closure, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_code", (getter)__Pyx_CyFunction_get_code, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__code__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_code, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_defaults", (getter)__Pyx_CyFunction_get_defaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_defaults, 0, 0},
+ {(char *) "__defaults__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_defaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_defaults, 0, 0},
+ {(char *) "__kwdefaults__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_kwdefaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_kwdefaults, 0, 0},
+ {(char *) "__annotations__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_annotations, (setter)__Pyx_CyFunction_set_annotations, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+#ifndef PY_WRITE_RESTRICTED /* < Py2.5 */
+#define PY_WRITE_RESTRICTED WRITE_RESTRICTED
+#endif
+static PyMemberDef __pyx_CyFunction_members[] = {
+ {(char *) "__module__", T_OBJECT, offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func.m_module), PY_WRITE_RESTRICTED, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_reduce(__pyx_CyFunctionObject *m, CYTHON_UNUSED PyObject *args)
+{
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ return PyUnicode_FromString(m->func.m_ml->ml_name);
+#else
+ return PyString_FromString(m->func.m_ml->ml_name);
+#endif
+}
+static PyMethodDef __pyx_CyFunction_methods[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__reduce__"), (PyCFunction)__Pyx_CyFunction_reduce, METH_VARARGS, 0},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_New(PyTypeObject *type, PyMethodDef *ml, int flags, PyObject* qualname,
+ PyObject *closure, PyObject *module, PyObject* globals, PyObject* code) {
+ __pyx_CyFunctionObject *op = PyObject_GC_New(__pyx_CyFunctionObject, type);
+ if (op == NULL)
+ return NULL;
+ op->flags = flags;
+ op->func_weakreflist = NULL;
+ op->func.m_ml = ml;
+ op->func.m_self = (PyObject *) op;
+ Py_XINCREF(closure);
+ op->func_closure = closure;
+ Py_XINCREF(module);
+ op->func.m_module = module;
+ op->func_dict = NULL;
+ op->func_name = NULL;
+ Py_INCREF(qualname);
+ op->func_qualname = qualname;
+ op->func_doc = NULL;
+ op->func_classobj = NULL;
+ op->func_globals = globals;
+ Py_INCREF(op->func_globals);
+ Py_XINCREF(code);
+ op->func_code = code;
+ op->defaults_pyobjects = 0;
+ op->defaults = NULL;
+ op->defaults_tuple = NULL;
+ op->defaults_kwdict = NULL;
+ op->defaults_getter = NULL;
+ op->func_annotations = NULL;
+ PyObject_GC_Track(op);
+ return (PyObject *) op;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_clear(__pyx_CyFunctionObject *m)
+{
+ Py_CLEAR(m->func_closure);
+ Py_CLEAR(m->func.m_module);
+ Py_CLEAR(m->func_dict);
+ Py_CLEAR(m->func_name);
+ Py_CLEAR(m->func_qualname);
+ Py_CLEAR(m->func_doc);
+ Py_CLEAR(m->func_globals);
+ Py_CLEAR(m->func_code);
+ Py_CLEAR(m->func_classobj);
+ Py_CLEAR(m->defaults_tuple);
+ Py_CLEAR(m->defaults_kwdict);
+ Py_CLEAR(m->func_annotations);
+ if (m->defaults) {
+ PyObject **pydefaults = __Pyx_CyFunction_Defaults(PyObject *, m);
+ int i;
+ for (i = 0; i < m->defaults_pyobjects; i++)
+ Py_XDECREF(pydefaults[i]);
+ PyMem_Free(m->defaults);
+ m->defaults = NULL;
+ }
+ return 0;
+}
+static void __Pyx_CyFunction_dealloc(__pyx_CyFunctionObject *m)
+{
+ PyObject_GC_UnTrack(m);
+ if (m->func_weakreflist != NULL)
+ PyObject_ClearWeakRefs((PyObject *) m);
+ __Pyx_CyFunction_clear(m);
+ PyObject_GC_Del(m);
+}
+static int __Pyx_CyFunction_traverse(__pyx_CyFunctionObject *m, visitproc visit, void *arg)
+{
+ Py_VISIT(m->func_closure);
+ Py_VISIT(m->func.m_module);
+ Py_VISIT(m->func_dict);
+ Py_VISIT(m->func_name);
+ Py_VISIT(m->func_qualname);
+ Py_VISIT(m->func_doc);
+ Py_VISIT(m->func_globals);
+ Py_VISIT(m->func_code);
+ Py_VISIT(m->func_classobj);
+ Py_VISIT(m->defaults_tuple);
+ Py_VISIT(m->defaults_kwdict);
+ if (m->defaults) {
+ PyObject **pydefaults = __Pyx_CyFunction_Defaults(PyObject *, m);
+ int i;
+ for (i = 0; i < m->defaults_pyobjects; i++)
+ Py_VISIT(pydefaults[i]);
+ }
+ return 0;
+}
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_descr_get(PyObject *func, PyObject *obj, PyObject *type)
+{
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ if (m->flags & __Pyx_CYFUNCTION_STATICMETHOD) {
+ Py_INCREF(func);
+ return func;
+ }
+ if (m->flags & __Pyx_CYFUNCTION_CLASSMETHOD) {
+ if (type == NULL)
+ type = (PyObject *)(Py_TYPE(obj));
+ return PyMethod_New(func,
+ type, (PyObject *)(Py_TYPE(type)));
+ }
+ if (obj == Py_None)
+ obj = NULL;
+ return PyMethod_New(func, obj, type);
+}
+static PyObject*
+__Pyx_CyFunction_repr(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ return PyUnicode_FromFormat("<cyfunction %U at %p>",
+ op->func_qualname, (void *)op);
+#else
+ return PyString_FromFormat("<cyfunction %s at %p>",
+ PyString_AsString(op->func_qualname), (void *)op);
+#endif
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+static PyObject * __Pyx_CyFunction_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyCFunctionObject* f = (PyCFunctionObject*)func;
+ PyCFunction meth = PyCFunction_GET_FUNCTION(func);
+ PyObject *self = PyCFunction_GET_SELF(func);
+ Py_ssize_t size;
+ switch (PyCFunction_GET_FLAGS(func) & ~(METH_CLASS | METH_STATIC | METH_COEXIST)) {
+ case METH_VARARGS:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0)
+ return (*meth)(self, arg);
+ break;
+ case METH_VARARGS | METH_KEYWORDS:
+ return (*(PyCFunctionWithKeywords)meth)(self, arg, kw);
+ case METH_NOARGS:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0) {
+ size = PyTuple_GET_SIZE(arg);
+ if (size == 0)
+ return (*meth)(self, NULL);
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes no arguments (%zd given)",
+ f->m_ml->ml_name, size);
+ return NULL;
+ }
+ break;
+ case METH_O:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0) {
+ size = PyTuple_GET_SIZE(arg);
+ if (size == 1)
+ return (*meth)(self, PyTuple_GET_ITEM(arg, 0));
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes exactly one argument (%zd given)",
+ f->m_ml->ml_name, size);
+ return NULL;
+ }
+ break;
+ default:
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Bad call flags in "
+ "__Pyx_CyFunction_Call. METH_OLDARGS is no "
+ "longer supported!");
+ return NULL;
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError, "%.200s() takes no keyword arguments",
+ f->m_ml->ml_name);
+ return NULL;
+}
+#else
+static PyObject * __Pyx_CyFunction_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ return PyCFunction_Call(func, arg, kw);
+}
+#endif
+static PyTypeObject __pyx_CyFunctionType_type = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("cython_function_or_method"), /*tp_name*/
+ sizeof(__pyx_CyFunctionObject), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ (destructor) __Pyx_CyFunction_dealloc, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+#else
+ 0, /*reserved*/
+#endif
+ (reprfunc) __Pyx_CyFunction_repr, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ __Pyx_CyFunction_Call, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /* tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ (traverseproc) __Pyx_CyFunction_traverse, /*tp_traverse*/
+ (inquiry) __Pyx_CyFunction_clear, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func_weakreflist), /* tp_weaklistoffse */
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_CyFunction_methods, /*tp_methods*/
+ __pyx_CyFunction_members, /*tp_members*/
+ __pyx_CyFunction_getsets, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ __Pyx_CyFunction_descr_get, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func_dict),/*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ 0, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+#endif
+};
+static int __Pyx_CyFunction_init(void) {
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_CyFunctionType_type.tp_call = PyCFunction_Call;
+#endif
+ __pyx_CyFunctionType = __Pyx_FetchCommonType(&__pyx_CyFunctionType_type);
+ if (__pyx_CyFunctionType == NULL) {
+ return -1;
+ }
+ return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE void *__Pyx_CyFunction_InitDefaults(PyObject *func, size_t size, int pyobjects) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults = PyMem_Malloc(size);
+ if (!m->defaults)
+ return PyErr_NoMemory();
+ memset(m->defaults, 0, size);
+ m->defaults_pyobjects = pyobjects;
+ return m->defaults;
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(PyObject *func, PyObject *tuple) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults_tuple = tuple;
+ Py_INCREF(tuple);
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsKwDict(PyObject *func, PyObject *dict) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults_kwdict = dict;
+ Py_INCREF(dict);
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetAnnotationsDict(PyObject *func, PyObject *dict) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->func_annotations = dict;
+ Py_INCREF(dict);
+}
+
+static PyObject *__Pyx_CalculateMetaclass(PyTypeObject *metaclass, PyObject *bases) {
+ Py_ssize_t i, nbases = PyTuple_GET_SIZE(bases);
+ for (i=0; i < nbases; i++) {
+ PyTypeObject *tmptype;
+ PyObject *tmp = PyTuple_GET_ITEM(bases, i);
+ tmptype = Py_TYPE(tmp);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (tmptype == &PyClass_Type)
+ continue;
+#endif
+ if (!metaclass) {
+ metaclass = tmptype;
+ continue;
+ }
+ if (PyType_IsSubtype(metaclass, tmptype))
+ continue;
+ if (PyType_IsSubtype(tmptype, metaclass)) {
+ metaclass = tmptype;
+ continue;
+ }
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "metaclass conflict: "
+ "the metaclass of a derived class "
+ "must be a (non-strict) subclass "
+ "of the metaclasses of all its bases");
+ return NULL;
+ }
+ if (!metaclass) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ metaclass = &PyClass_Type;
+#else
+ metaclass = &PyType_Type;
+#endif
+ }
+ Py_INCREF((PyObject*) metaclass);
+ return (PyObject*) metaclass;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Py3MetaclassPrepare(PyObject *metaclass, PyObject *bases, PyObject *name,
+ PyObject *qualname, PyObject *mkw, PyObject *modname, PyObject *doc) {
+ PyObject *ns;
+ if (metaclass) {
+ PyObject *prep = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(metaclass, __pyx_n_s_prepare);
+ if (prep) {
+ PyObject *pargs = PyTuple_Pack(2, name, bases);
+ if (unlikely(!pargs)) {
+ Py_DECREF(prep);
+ return NULL;
+ }
+ ns = PyObject_Call(prep, pargs, mkw);
+ Py_DECREF(prep);
+ Py_DECREF(pargs);
+ } else {
+ if (unlikely(!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)))
+ return NULL;
+ PyErr_Clear();
+ ns = PyDict_New();
+ }
+ } else {
+ ns = PyDict_New();
+ }
+ if (unlikely(!ns))
+ return NULL;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_module, modname) < 0)) goto bad;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_qualname, qualname) < 0)) goto bad;
+ if (unlikely(doc && PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_doc, doc) < 0)) goto bad;
+ return ns;
+bad:
+ Py_DECREF(ns);
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__Pyx_Py3ClassCreate(PyObject *metaclass, PyObject *name, PyObject *bases,
+ PyObject *dict, PyObject *mkw,
+ int calculate_metaclass, int allow_py2_metaclass) {
+ PyObject *result, *margs;
+ PyObject *owned_metaclass = NULL;
+ if (allow_py2_metaclass) {
+ owned_metaclass = PyObject_GetItem(dict, __pyx_n_s_metaclass);
+ if (owned_metaclass) {
+ metaclass = owned_metaclass;
+ } else if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_KeyError))) {
+ PyErr_Clear();
+ } else {
+ return NULL;
+ }
+ }
+ if (calculate_metaclass && (!metaclass || PyType_Check(metaclass))) {
+ metaclass = __Pyx_CalculateMetaclass((PyTypeObject*) metaclass, bases);
+ Py_XDECREF(owned_metaclass);
+ if (unlikely(!metaclass))
+ return NULL;
+ owned_metaclass = metaclass;
+ }
+ margs = PyTuple_Pack(3, name, bases, dict);
+ if (unlikely(!margs)) {
+ result = NULL;
+ } else {
+ result = PyObject_Call(metaclass, margs, mkw);
+ Py_DECREF(margs);
+ }
+ Py_XDECREF(owned_metaclass);
+ return result;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/pysam/ctabix.c b/pysam/ctabix.c
new file mode 100644
index 0000000..266f5cc
--- /dev/null
+++ b/pysam/ctabix.c
@@ -0,0 +1,15462 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 19:49:04 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__ctabix
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__ctabix
+#include "stdint.h"
+#include "string.h"
+#include "stdlib.h"
+#include "stdio.h"
+#include "fcntl.h"
+#include "unistd.h"
+#include "zlib.h"
+#include "htslib/kstring.h"
+#include "htslib/hfile.h"
+#include "htslib/bgzf.h"
+#include "htslib/hts.h"
+#include "htslib/sam.h"
+#include "pysam_stream.h"
+#include "htslib/faidx.h"
+#include "htslib/tbx.h"
+#include "errno.h"
+#include "pythread.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "ctabix.pyx",
+ "type.pxd",
+ "bool.pxd",
+ "complex.pxd",
+ "TabProxies.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Tabixfile;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_bytes;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__charptr_to_str;
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":50
+ * ###########################################
+ * # used by cvcf.pyx
+ * cdef _force_str(object s, encoding=?) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###########################################
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":51
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_bytes {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":65
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__charptr_to_str {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+/* "TabProxies.pxd":41
+ * ctypedef int uint64_t
+ *
+ * cdef class TupleProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_vtab;
+ char *data;
+ char **fields;
+ int nfields;
+ int index;
+ int nbytes;
+ int offset;
+ int is_modified;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":63
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class GTFProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+ char *_attributes;
+ int hasOwnAttributes;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":73
+ * cdef char * getAttributes( self )
+ *
+ * cdef class NamedTupleProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":76
+ * pass
+ *
+ * cdef class BedProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+ char *contig;
+ uint32_t start;
+ uint32_t end;
+ int bedfields;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":88
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class VCFProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+ char *contig;
+ uint32_t pos;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":19
+ * kstream_t, kstring_t, gzFile, tbx_t
+ *
+ * cdef class tabix_file_iterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef gzFile fh
+ * cdef kstream_t * kstream
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_vtab;
+ gzFile fh;
+ kstream_t *kstream;
+ kstring_t buffer;
+ size_t size;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+ int fd;
+ int duplicated_fd;
+ PyObject *infile;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":31
+ * cdef __cnext__(self)
+ *
+ * cdef class TabixFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # pointer to tabixfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile {
+ PyObject_HEAD
+ htsFile *tabixfile;
+ tbx_t *index;
+ int isremote;
+ PyObject *_filename;
+ PyObject *_filename_index;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":53
+ *
+ * ###########################################
+ * cdef class Parser: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef encoding
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_vtab;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":58
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ * cdef class asTuple(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":61
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ * cdef class asGTF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":64
+ * pass
+ *
+ * cdef class asBed(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":67
+ * pass
+ *
+ * cdef class asVCF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":70
+ * pass
+ *
+ * cdef class TabixIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef hts_itr_t * iterator
+ * cdef TabixFile tabixfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_vtab;
+ hts_itr_t *iterator;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *tabixfile;
+ kstring_t buffer;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":77
+ * cdef int __cnext__(self)
+ *
+ * cdef class TabixIteratorParsed(TabixIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef Parser parser
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator __pyx_base;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":80
+ * cdef Parser parser
+ *
+ * cdef class GZIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile gzipfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ gzFile gzipfile;
+ kstream_t *kstream;
+ kstring_t buffer;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":88
+ * cdef encoding
+ *
+ * cdef class GZIteratorHead(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":91
+ * pass
+ *
+ * cdef class GZIteratorParsed(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef Parser parser
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+};
+
+
+/* "pysam/ctabix.pxd":95
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Tabixfile(TabixFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Tabixfile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile __pyx_base;
+};
+
+
+
+/* "TabProxies.pxd":41
+ * ctypedef int uint64_t
+ *
+ * cdef class TupleProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy {
+ int (*getMaxFields)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *);
+ int (*getMinFields)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *);
+ PyObject *(*take)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*present)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*copy)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*update)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":63
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class GTFProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+ char *(*getAttributes)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":73
+ * cdef char * getAttributes( self )
+ *
+ * cdef class NamedTupleProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":76
+ * pass
+ *
+ * cdef class BedProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":88
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class VCFProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":923
+ *
+ *
+ * cdef class tabix_file_iterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate over a compressed or uncompressed ``infile``.
+ * '''
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator {
+ PyObject *(*__pyx___cnext__)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":85
+ *
+ *
+ * cdef class Parser: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __init__(self, encoding="ascii"):
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser {
+ PyObject *(*parse)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":104
+ *
+ *
+ * cdef class asTuple(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a python tuple.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asTuple {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asTuple *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asTuple;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":118
+ *
+ *
+ * cdef class asGTF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a GTF record with the following
+ * fields:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asGTF {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asGTF *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asGTF;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":165
+ *
+ *
+ * cdef class asBed(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a bed record
+ * with the following fields:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asBed {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asBed *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asBed;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":213
+ *
+ *
+ * cdef class asVCF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a VCF record with
+ * the following fields:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asVCF {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asVCF *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asVCF;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":490
+ *
+ *
+ * cdef class TabixIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """iterates over rows in *tabixfile* in region
+ * given by *tid*, *start* and *end*.
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator {
+ int (*__pyx___cnext__)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":568
+ *
+ *
+ * cdef class TabixIteratorParsed(TabixIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """iterates over mapped reads in a region.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":598
+ *
+ *
+ * cdef class GZIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * def __init__(self, filename, int buffer_size=65536, encoding="ascii"):
+ * '''iterate line-by-line through gzip (or bgzip)
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator {
+ int (*__pyx___cnext__)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":649
+ *
+ *
+ * cdef class GZIteratorHead(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate line-by-line through gzip (or bgzip)
+ * compressed file returning comments at top of file.
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":666
+ *
+ *
+ * cdef class GZIteratorParsed(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate line-by-line through gzip (or bgzip)
+ * compressed file returning comments at top of file.
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw); /*proto*/
+#else
+#define __Pyx_PyObject_Call(func, arg, kw) PyObject_Call(func, arg, kw)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(const char* func_name, PyObject* kw_name); /*proto*/
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(PyObject *kwds, PyObject **argnames[], \
+ PyObject *kwds2, PyObject *values[], Py_ssize_t num_pos_args, \
+ const char* function_name); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(const char* func_name, int exact,
+ Py_ssize_t num_min, Py_ssize_t num_max, Py_ssize_t num_found); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_TypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type); /*proto*/
+
+#include <string.h>
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyUnicode_Equals
+#else
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyBytes_Equals
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyList_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len) & likely(len > (L->allocated >> 1))) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyList_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ArgTypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type, int none_allowed,
+ const char *name, int exact); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static PyObject *__Pyx_PyDict_GetItem(PyObject *d, PyObject* key) {
+ PyObject *value;
+ value = PyDict_GetItemWithError(d, key);
+ if (unlikely(!value)) {
+ if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyObject* args = PyTuple_Pack(1, key);
+ if (likely(args))
+ PyErr_SetObject(PyExc_KeyError, args);
+ Py_XDECREF(args);
+ }
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ return value;
+}
+#else
+ #define __Pyx_PyDict_GetItem(d, key) PyObject_GetItem(d, key)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+#define __Pyx_PyString_Join __Pyx_PyBytes_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join(s, v) (PyUnicode_CheckExact(s) ? PyUnicode_Join(s, v) : __Pyx_PyBytes_Join(s, v))
+#else
+#define __Pyx_PyString_Join PyUnicode_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join PyUnicode_Join
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyString_Join
+ #else
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyBytes_Join
+ #endif
+#else
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values); /*proto*/
+#endif
+
+static PyObject* __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(PyObject* obj, PyObject* method_name, PyObject* args) {
+ PyObject *method, *result = NULL;
+ if (unlikely(!args)) return NULL;
+ method = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, method_name);
+ if (unlikely(!method)) goto bad;
+ result = __Pyx_PyObject_Call(method, args, NULL);
+ Py_DECREF(method);
+bad:
+ Py_DECREF(args);
+ return result;
+}
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod3(obj, name, arg1, arg2, arg3) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(3, arg1, arg2, arg3))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod2(obj, name, arg1, arg2) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(2, arg1, arg2))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod1(obj, name, arg1) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(1, arg1))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod0(obj, name) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, (Py_INCREF(__pyx_empty_tuple), __pyx_empty_tuple))
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyDict_Keys(PyObject* d); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void); /*proto*/
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,NULL)
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_SetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name, PyObject* value) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_setattro))
+ return tp->tp_setattro(obj, attr_name, value);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_setattr))
+ return tp->tp_setattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name), value);
+#endif
+ return PyObject_SetAttr(obj, attr_name, value);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) PyObject_DelAttr(o,n)
+#define __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,v) PyObject_SetAttr(o,n,v)
+#endif
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable); /*proto*/
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict); /*proto*/
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type);
+
+#define __Pyx_CyFunction_USED 1
+#include <structmember.h>
+#define __Pyx_CYFUNCTION_STATICMETHOD 0x01
+#define __Pyx_CYFUNCTION_CLASSMETHOD 0x02
+#define __Pyx_CYFUNCTION_CCLASS 0x04
+#define __Pyx_CyFunction_GetClosure(f) \
+ (((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->func_closure)
+#define __Pyx_CyFunction_GetClassObj(f) \
+ (((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->func_classobj)
+#define __Pyx_CyFunction_Defaults(type, f) \
+ ((type *)(((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->defaults))
+#define __Pyx_CyFunction_SetDefaultsGetter(f, g) \
+ ((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->defaults_getter = (g)
+typedef struct {
+ PyCFunctionObject func;
+ PyObject *func_dict;
+ PyObject *func_weakreflist;
+ PyObject *func_name;
+ PyObject *func_qualname;
+ PyObject *func_doc;
+ PyObject *func_globals;
+ PyObject *func_code;
+ PyObject *func_closure;
+ PyObject *func_classobj; /* No-args super() class cell */
+ void *defaults;
+ int defaults_pyobjects;
+ int flags;
+ PyObject *defaults_tuple; /* Const defaults tuple */
+ PyObject *defaults_kwdict; /* Const kwonly defaults dict */
+ PyObject *(*defaults_getter)(PyObject *);
+ PyObject *func_annotations; /* function annotations dict */
+} __pyx_CyFunctionObject;
+static PyTypeObject *__pyx_CyFunctionType = 0;
+#define __Pyx_CyFunction_NewEx(ml, flags, qualname, self, module, globals, code) \
+ __Pyx_CyFunction_New(__pyx_CyFunctionType, ml, flags, qualname, self, module, globals, code)
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_New(PyTypeObject *, PyMethodDef *ml,
+ int flags, PyObject* qualname,
+ PyObject *self,
+ PyObject *module, PyObject *globals,
+ PyObject* code);
+static CYTHON_INLINE void *__Pyx_CyFunction_InitDefaults(PyObject *m,
+ size_t size,
+ int pyobjects);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(PyObject *m,
+ PyObject *tuple);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsKwDict(PyObject *m,
+ PyObject *dict);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetAnnotationsDict(PyObject *m,
+ PyObject *dict);
+static int __Pyx_CyFunction_init(void);
+
+static PyObject *__Pyx_CalculateMetaclass(PyTypeObject *metaclass, PyObject *bases);
+
+static PyObject *__Pyx_Py3MetaclassPrepare(PyObject *metaclass, PyObject *bases, PyObject *name, PyObject *qualname,
+ PyObject *mkw, PyObject *modname, PyObject *doc); /*proto*/
+static PyObject *__Pyx_Py3ClassCreate(PyObject *metaclass, PyObject *name, PyObject *bases, PyObject *dict,
+ PyObject *mkw, int calculate_metaclass, int allow_py2_metaclass); /*proto*/
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE int32_t __Pyx_PyInt_As_int32_t(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+static int __Pyx_ExportFunction(const char *name, void (*f)(void), const char *sig); /*proto*/
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'libc.stdint' */
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdlib' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.chtslib' */
+
+/* Module declarations from 'libc.errno' */
+
+/* Module declarations from 'posix.unistd' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.version' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.ref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.exc' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.module' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mem' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.tuple' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.list' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.object' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.sequence' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.mapping' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.iterator' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.type' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4type_type = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.number' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.int' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bool' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.long' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.float' */
+
+/* Module declarations from '__builtin__' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.complex' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = 0;
+
+/* Module declarations from 'cpython.string' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.unicode' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.dict' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.instance' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.function' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.method' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.weakref' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.getargs' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pythread' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pystate' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.cobject' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.oldbuffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.set' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.buffer' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.bytes' */
+
+/* Module declarations from 'cpython.pycapsule' */
+
+/* Module declarations from 'cpython' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.TabProxies' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = 0;
+
+/* Module declarations from 'pysam.ctabix' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asTuple = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asGTF = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asBed = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asVCF = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Tabixfile = 0;
+static PyObject *__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING = 0;
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__force_str(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str *__pyx_optional_args); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(PyObject *); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__force_bytes(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_bytes *__pyx_optional_args); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__charptr_to_str(char *, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__charptr_to_str *__pyx_optional_args); /*proto*/
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.ctabix"
+int __pyx_module_is_main_pysam__ctabix = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.ctabix' */
+static PyObject *__pyx_builtin_TypeError;
+static PyObject *__pyx_builtin_NotImplementedError;
+static PyObject *__pyx_builtin_IOError;
+static PyObject *__pyx_builtin_ValueError;
+static PyObject *__pyx_builtin_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_builtin_OSError;
+static PyObject *__pyx_builtin_ord;
+static PyObject *__pyx_builtin_KeyError;
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_2set_encoding(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_4get_encoding(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_6__call__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, int __pyx_v_length); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_mode, PyObject *__pyx_v_parser, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_encoding, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_2_open(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_mode, PyObject *__pyx_v_index); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_4_dup(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8fetch(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_parser, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6header___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7contigs___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_10close(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_12__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_6next(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_8__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator___iter__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_2next(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_4__next__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_parser); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, int __pyx_v_buffer_size, PyObject *__pyx_v_encoding); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_4__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *__pyx_v_self); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_parser); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_tabix_compress(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_filename_in, PyObject *__pyx_v_filename_out, PyObject *__pyx_v_force); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_2tabix_index(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_force, PyObject *__pyx_v_seq_col, PyObject *__pyx_v_start_col, PyObject *__pyx_v_end_col, PyObject *__pyx_v_preset, PyObject *__pyx_v_meta_char, PyObject *__pyx_v_zerobased, PyObject *__pyx_v_min_shift); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_infile, struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_parser, int __pyx_v_buffer_size); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_4__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_6__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_8next(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator___init__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_infile, PyObject *__pyx_v_parser); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_2__iter__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_4__next__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_6next(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_4tabix_iterator(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_infile, PyObject *__pyx_v_parser); /* proto */
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixFile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Parser(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asTuple(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asGTF(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asBed(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asVCF(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixIterator(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIterator(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Tabixfile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k); /*proto*/
+static char __pyx_k_b[] = "b";
+static char __pyx_k_c[] = "c";
+static char __pyx_k_r[] = "r";
+static char __pyx_k_s[] = "%s";
+static char __pyx_k_w[] = "w";
+static char __pyx_k_fn[] = "fn";
+static char __pyx_k_fp[] = "fp";
+static char __pyx_k_gz[] = ".gz";
+static char __pyx_k_os[] = "os";
+static char __pyx_k__10[] = "#";
+static char __pyx_k__14[] = ",";
+static char __pyx_k_all[] = "__all__";
+static char __pyx_k_bed[] = "bed";
+static char __pyx_k_cpy[] = "cpy";
+static char __pyx_k_doc[] = "__doc__";
+static char __pyx_k_dup[] = "_dup";
+static char __pyx_k_end[] = "end";
+static char __pyx_k_ftp[] = "ftp:";
+static char __pyx_k_gff[] = "gff";
+static char __pyx_k_ord[] = "ord";
+static char __pyx_k_s_2[] = "s";
+static char __pyx_k_s_i[] = "%s:%i";
+static char __pyx_k_sam[] = "sam";
+static char __pyx_k_sys[] = "sys";
+static char __pyx_k_tbi[] = ".tbi";
+static char __pyx_k_vcf[] = "vcf";
+static char __pyx_k_conf[] = "conf";
+static char __pyx_k_http[] = "http:";
+static char __pyx_k_init[] = "__init__";
+static char __pyx_k_iter[] = "__iter__";
+static char __pyx_k_join[] = "join";
+static char __pyx_k_keys[] = "keys";
+static char __pyx_k_line[] = "line";
+static char __pyx_k_main[] = "__main__";
+static char __pyx_k_mode[] = "mode";
+static char __pyx_k_next[] = "__next__";
+static char __pyx_k_open[] = "_open";
+static char __pyx_k_path[] = "path";
+static char __pyx_k_self[] = "self";
+static char __pyx_k_test[] = "__test__";
+static char __pyx_k_asBed[] = "asBed";
+static char __pyx_k_asGTF[] = "asGTF";
+static char __pyx_k_asVCF[] = "asVCF";
+static char __pyx_k_ascii[] = "ascii";
+static char __pyx_k_close[] = "close";
+static char __pyx_k_force[] = "force";
+static char __pyx_k_index[] = "index";
+static char __pyx_k_s_i_i[] = "%s:%i-%i";
+static char __pyx_k_start[] = "start";
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+static char __pyx_k_closed[] = "closed";
+static char __pyx_k_decode[] = "decode";
+static char __pyx_k_encode[] = "encode";
+static char __pyx_k_exists[] = "exists";
+static char __pyx_k_fd_src[] = "fd_src";
+static char __pyx_k_import[] = "__import__";
+static char __pyx_k_infile[] = "infile";
+static char __pyx_k_isOpen[] = "_isOpen";
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+static char __pyx_k_end_col[] = "end_col";
+static char __pyx_k_prepare[] = "__prepare__";
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+static char __pyx_k_TabixFile[] = "TabixFile";
+static char __pyx_k_Tabixfile[] = "Tabixfile";
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+static char __pyx_k_conf_data[] = "conf_data";
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+static char __pyx_k_ValueError[] = "ValueError";
+static char __pyx_k_pyx_vtable[] = "__pyx_vtable__";
+static char __pyx_k_startswith[] = "startswith";
+static char __pyx_k_WINDOW_SIZE[] = "WINDOW_SIZE";
+static char __pyx_k_buffer_size[] = "buffer_size";
+static char __pyx_k_filename_in[] = "filename_in";
+static char __pyx_k_preset2conf[] = "preset2conf";
+static char __pyx_k_tabix_index[] = "tabix_index";
+static char __pyx_k_filename_out[] = "filename_out";
+static char __pyx_k_get_encoding[] = "get_encoding";
+static char __pyx_k_pysam_ctabix[] = "pysam.ctabix";
+static char __pyx_k_set_encoding[] = "set_encoding";
+static char __pyx_k_EmptyIterator[] = "EmptyIterator";
+static char __pyx_k_StopIteration[] = "StopIteration";
+static char __pyx_k_error_d_s_d_s[] = "error (%d): %s (%d: %s)";
+static char __pyx_k_start_i_end_i[] = "start (%i) > end (%i)";
+static char __pyx_k_GZIteratorHead[] = "GZIteratorHead";
+static char __pyx_k_No_such_file_s[] = "No such file '%s'";
+static char __pyx_k_empty_iterator[] = "empty iterator";
+static char __pyx_k_tabix_compress[] = "tabix_compress";
+static char __pyx_k_tabix_iterator[] = "tabix_iterator";
+static char __pyx_k_writing_failed[] = "writing failed";
+static char __pyx_k_file_s_not_found[] = "file `%s` not found";
+static char __pyx_k_index_s_not_found[] = "index `%s` not found";
+static char __pyx_k_EmptyIterator_next[] = "EmptyIterator.next";
+static char __pyx_k_getdefaultencoding[] = "getdefaultencoding";
+static char __pyx_k_multiple_iterators[] = "multiple_iterators";
+static char __pyx_k_NotImplementedError[] = "NotImplementedError";
+static char __pyx_k_tabix_file_iterator[] = "tabix_file_iterator";
+static char __pyx_k_EmptyIterator___iter[] = "EmptyIterator.__iter__";
+static char __pyx_k_EmptyIterator___next[] = "EmptyIterator.__next__";
+static char __pyx_k_incomplete_line_at_s[] = "incomplete line at %s";
+static char __pyx_k_could_not_open_file_s[] = "could not open file `%s`";
+static char __pyx_k_getfilesystemencoding[] = "getfilesystemencoding";
+static char __pyx_k_tabix_generic_iterator[] = "tabix_generic_iterator";
+static char __pyx_k_iteration_on_closed_file[] = "iteration on closed file";
+static char __pyx_k_list_of_chromosome_names[] = "list of chromosome names";
+static char __pyx_k_writing_to_file_s_failed[] = "writing to file %s failed";
+static char __pyx_k_error_when_closing_file_s[] = "error when closing file %s";
+static char __pyx_k_could_not_open_index_for_s[] = "could not open index for `%s`";
+static char __pyx_k_No_such_file_or_directory_s[] = "No such file or directory: %s";
+static char __pyx_k_invalid_file_opening_mode_s[] = "invalid file opening mode `%s`";
+static char __pyx_k_tabix_generic_iterator_next[] = "tabix_generic_iterator.next";
+static char __pyx_k_I_O_operation_on_closed_file[] = "I/O operation on closed file";
+static char __pyx_k_could_not_open_s_for_reading[] = "could not open '%s' for reading";
+static char __pyx_k_could_not_open_s_for_writing[] = "could not open '%s' for writing";
+static char __pyx_k_tabix_generic_iterator___init[] = "tabix_generic_iterator.__init__";
+static char __pyx_k_tabix_generic_iterator___iter[] = "tabix_generic_iterator.__iter__";
+static char __pyx_k_tabix_generic_iterator___next[] = "tabix_generic_iterator.__next__";
+static char __pyx_k_I_O_operation_on_closed_file_2[] = "I/O operation on closed file.";
+static char __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam[] = "/home/andreas/devel/pysam/pysam/ctabix.pyx";
+static char __pyx_k_iterate_over_infile_Permits_the[] = "iterate over ``infile``.\n \n Permits the use of file-like objects for example from the gzip module.\n ";
+static char __pyx_k_the_file_header_note_The_header[] = "the file header.\n \n .. note::\n The header is returned as an iterator presenting lines without the\n newline character.\n ";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or[] = "Argument must be string, bytes or unicode.";
+static char __pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico[] = "Argument must be string or unicode.";
+static char __pyx_k_Filename_s_already_exists_use_fo[] = "Filename '%s' already exists, use *force* to overwrite";
+static char __pyx_k_Filename_s_tbi_already_exists_us[] = "Filename '%s.tbi' already exists, use *force* to overwrite";
+static char __pyx_k_could_not_create_iterator_for_re[] = "could not create iterator for region '%s'";
+static char __pyx_k_filename_associated_with_this_ob[] = "filename associated with this object.";
+static char __pyx_k_neither_preset_nor_seq_col_start[] = "neither preset nor seq_col,start_col and end_col given";
+static char __pyx_k_parse_method_of_s_not_implemente[] = "parse method of %s not implemented";
+static char __pyx_k_unknown_preset_s_valid_presets_a[] = "unknown preset '%s', valid presets are '%s'";
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or;
+static PyObject *__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico;
+static PyObject *__pyx_n_s_EmptyIterator;
+static PyObject *__pyx_n_s_EmptyIterator___iter;
+static PyObject *__pyx_n_s_EmptyIterator___next;
+static PyObject *__pyx_n_s_EmptyIterator_next;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Filename_s_already_exists_use_fo;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Filename_s_tbi_already_exists_us;
+static PyObject *__pyx_n_s_GZIterator;
+static PyObject *__pyx_n_s_GZIteratorHead;
+static PyObject *__pyx_n_s_IOError;
+static PyObject *__pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file;
+static PyObject *__pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_KeyError;
+static PyObject *__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_No_such_file_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_NotImplementedError;
+static PyObject *__pyx_n_s_OSError;
+static PyObject *__pyx_n_s_O_RDONLY;
+static PyObject *__pyx_n_s_PYTHON3;
+static PyObject *__pyx_n_s_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_n_s_TabixFile;
+static PyObject *__pyx_n_s_Tabixfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_TypeError;
+static PyObject *__pyx_n_s_ValueError;
+static PyObject *__pyx_n_s_WINDOW_SIZE;
+static PyObject *__pyx_kp_s__10;
+static PyObject *__pyx_kp_s__14;
+static PyObject *__pyx_n_s_all;
+static PyObject *__pyx_n_s_asBed;
+static PyObject *__pyx_n_s_asGTF;
+static PyObject *__pyx_n_s_asTuple;
+static PyObject *__pyx_n_s_asVCF;
+static PyObject *__pyx_n_s_ascii;
+static PyObject *__pyx_n_s_b;
+static PyObject *__pyx_n_s_bed;
+static PyObject *__pyx_n_s_buffer;
+static PyObject *__pyx_n_s_buffer_size;
+static PyObject *__pyx_n_s_bytes_cpy;
+static PyObject *__pyx_n_s_c;
+static PyObject *__pyx_n_s_close;
+static PyObject *__pyx_n_s_closed;
+static PyObject *__pyx_n_s_conf;
+static PyObject *__pyx_n_s_conf_data;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_create_iterator_for_re;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_open_file_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_open_index_for_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_open_s_for_reading;
+static PyObject *__pyx_kp_s_could_not_open_s_for_writing;
+static PyObject *__pyx_n_s_cpy;
+static PyObject *__pyx_n_s_decode;
+static PyObject *__pyx_n_s_doc;
+static PyObject *__pyx_n_s_dup;
+static PyObject *__pyx_kp_s_empty_iterator;
+static PyObject *__pyx_n_s_encode;
+static PyObject *__pyx_n_s_encoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_end;
+static PyObject *__pyx_n_s_end_col;
+static PyObject *__pyx_n_s_endswith;
+static PyObject *__pyx_kp_s_error_d_s_d_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_error_when_closing_file_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_exists;
+static PyObject *__pyx_n_s_fd_src;
+static PyObject *__pyx_kp_s_file_s_not_found;
+static PyObject *__pyx_n_s_filename;
+static PyObject *__pyx_n_s_filename_in;
+static PyObject *__pyx_n_s_filename_out;
+static PyObject *__pyx_n_s_fn;
+static PyObject *__pyx_n_s_force;
+static PyObject *__pyx_n_s_fp;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ftp;
+static PyObject *__pyx_n_s_get_encoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_getdefaultencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_getfilesystemencoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_gff;
+static PyObject *__pyx_kp_s_gz;
+static PyObject *__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam;
+static PyObject *__pyx_kp_s_http;
+static PyObject *__pyx_n_s_import;
+static PyObject *__pyx_kp_s_incomplete_line_at_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_index;
+static PyObject *__pyx_kp_s_index_s_not_found;
+static PyObject *__pyx_n_s_infile;
+static PyObject *__pyx_n_s_init;
+static PyObject *__pyx_kp_s_invalid_file_opening_mode_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_isOpen;
+static PyObject *__pyx_n_s_iter;
+static PyObject *__pyx_kp_s_iterate_over_infile_Permits_the;
+static PyObject *__pyx_kp_s_iteration_on_closed_file;
+static PyObject *__pyx_n_s_join;
+static PyObject *__pyx_n_s_keys;
+static PyObject *__pyx_n_s_length;
+static PyObject *__pyx_n_s_line;
+static PyObject *__pyx_n_s_main;
+static PyObject *__pyx_n_s_meta_char;
+static PyObject *__pyx_n_s_metaclass;
+static PyObject *__pyx_n_s_min_shift;
+static PyObject *__pyx_n_s_mode;
+static PyObject *__pyx_n_s_module;
+static PyObject *__pyx_n_s_multiple_iterators;
+static PyObject *__pyx_n_s_nbytes;
+static PyObject *__pyx_kp_s_neither_preset_nor_seq_col_start;
+static PyObject *__pyx_n_s_next;
+static PyObject *__pyx_n_s_next_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_open;
+static PyObject *__pyx_n_s_ord;
+static PyObject *__pyx_n_s_os;
+static PyObject *__pyx_kp_s_parse_method_of_s_not_implemente;
+static PyObject *__pyx_n_s_parser;
+static PyObject *__pyx_n_s_path;
+static PyObject *__pyx_n_s_pileup;
+static PyObject *__pyx_n_s_prepare;
+static PyObject *__pyx_n_s_preset;
+static PyObject *__pyx_n_s_preset2conf;
+static PyObject *__pyx_n_s_psltbl;
+static PyObject *__pyx_n_s_pysam_ctabix;
+static PyObject *__pyx_n_s_pyx_vtable;
+static PyObject *__pyx_n_s_qualname;
+static PyObject *__pyx_n_s_r;
+static PyObject *__pyx_n_s_readline;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference;
+static PyObject *__pyx_n_s_region;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_s_2;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_i;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_i_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_sam;
+static PyObject *__pyx_n_s_self;
+static PyObject *__pyx_n_s_seq_col;
+static PyObject *__pyx_n_s_set_encoding;
+static PyObject *__pyx_n_s_start;
+static PyObject *__pyx_n_s_start_col;
+static PyObject *__pyx_kp_s_start_i_end_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_startswith;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_compress;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_file_iterator;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_generic_iterator;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_generic_iterator___init;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_generic_iterator___iter;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_generic_iterator___next;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_generic_iterator_next;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_index;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabix_iterator;
+static PyObject *__pyx_kp_s_tbi;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_kp_s_unknown_preset_s_valid_presets_a;
+static PyObject *__pyx_n_s_unlink;
+static PyObject *__pyx_n_s_vcf;
+static PyObject *__pyx_kp_s_writing_failed;
+static PyObject *__pyx_kp_s_writing_to_file_s_failed;
+static PyObject *__pyx_n_s_zerobased;
+static PyObject *__pyx_int_0;
+static PyObject *__pyx_int_1;
+static PyObject *__pyx_int_2;
+static PyObject *__pyx_int_3;
+static PyObject *__pyx_int_4;
+static PyObject *__pyx_int_5;
+static PyObject *__pyx_int_15;
+static PyObject *__pyx_int_17;
+static PyObject *__pyx_int_18;
+static PyObject *__pyx_int_35;
+static PyObject *__pyx_int_64;
+static PyObject *__pyx_int_65536;
+static PyObject *__pyx_int_neg_1;
+static PyObject *__pyx_tuple_;
+static PyObject *__pyx_tuple__2;
+static PyObject *__pyx_tuple__3;
+static PyObject *__pyx_tuple__4;
+static PyObject *__pyx_tuple__5;
+static PyObject *__pyx_tuple__6;
+static PyObject *__pyx_tuple__7;
+static PyObject *__pyx_tuple__8;
+static PyObject *__pyx_tuple__9;
+static PyObject *__pyx_tuple__11;
+static PyObject *__pyx_tuple__12;
+static PyObject *__pyx_tuple__13;
+static PyObject *__pyx_tuple__15;
+static PyObject *__pyx_tuple__16;
+static PyObject *__pyx_tuple__17;
+static PyObject *__pyx_tuple__18;
+static PyObject *__pyx_tuple__19;
+static PyObject *__pyx_tuple__21;
+static PyObject *__pyx_tuple__23;
+static PyObject *__pyx_tuple__25;
+static PyObject *__pyx_tuple__27;
+static PyObject *__pyx_tuple__29;
+static PyObject *__pyx_tuple__31;
+static PyObject *__pyx_tuple__33;
+static PyObject *__pyx_tuple__35;
+static PyObject *__pyx_tuple__37;
+static PyObject *__pyx_codeobj__20;
+static PyObject *__pyx_codeobj__22;
+static PyObject *__pyx_codeobj__24;
+static PyObject *__pyx_codeobj__26;
+static PyObject *__pyx_codeobj__28;
+static PyObject *__pyx_codeobj__30;
+static PyObject *__pyx_codeobj__32;
+static PyObject *__pyx_codeobj__34;
+static PyObject *__pyx_codeobj__36;
+static PyObject *__pyx_codeobj__38;
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":39
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef inline bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""Make sure a filename is 8-bit encoded (or None).
+ * """
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(PyObject *__pyx_v_filename) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_encodeFilename", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":42
+ * u"""Make sure a filename is 8-bit encoded (or None).
+ * """
+ * if filename is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_filename == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":43
+ * """
+ * if filename is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":44
+ * if filename is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":45
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_filename))||((__pyx_v_filename) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_filename)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 45; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_filename);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":46
+ * elif PyBytes_Check(filename):
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_filename) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":47
+ * return filename
+ * elif PyUnicode_Check(filename):
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_5))||((__pyx_t_5) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":49
+ * return filename.encode(_FILENAME_ENCODING)
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":39
+ * #_C_FILENAME_ENCODING = <char*>_FILENAME_ENCODING
+ *
+ * cdef inline bytes _encodeFilename(object filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""Make sure a filename is 8-bit encoded (or None).
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix._encodeFilename", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":51
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__force_bytes(PyObject *__pyx_v_s, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_bytes *__pyx_optional_args) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_force_bytes", 0);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_encoding = __pyx_optional_args->encoding;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":54
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif s is None:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":55
+ * """
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif s is None:
+ * return None
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 55; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":56
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":57
+ * return s
+ * elif s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = ((PyObject*)Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":58
+ * elif s is None:
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":59
+ * return None
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode(encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_v_s))||((__pyx_v_s) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_v_s)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 59; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_v_s);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":60
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.encode(encoding)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyUnicode_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":61
+ * return s
+ * elif PyUnicode_Check(s):
+ * return s.encode(encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_encode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (!(likely(PyBytes_CheckExact(__pyx_t_5))||((__pyx_t_5) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "bytes", Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = ((PyObject*)__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":63
+ * return s.encode(encoding)
+ * else:
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode." # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef inline _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_TypeError, __pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":51
+ * raise TypeError, u"Argument must be string or unicode."
+ *
+ * cdef inline bytes _force_bytes(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * u"""convert string or unicode object to bytes, assuming ascii encoding.
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix._force_bytes", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":65
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__charptr_to_str(char *__pyx_v_s, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__charptr_to_str *__pyx_optional_args) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_charptr_to_str", 0);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_encoding = __pyx_optional_args->encoding;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":66
+ *
+ * cdef inline _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":67
+ * cdef inline _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"):
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return s.decode(encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 67; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":69
+ * return s
+ * else:
+ * return s.decode(encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef _force_str(object s, encoding="ascii"):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 69; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":65
+ * raise TypeError, u"Argument must be string, bytes or unicode."
+ *
+ * cdef inline _charptr_to_str(char* s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix._charptr_to_str", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":71
+ * return s.decode(encoding)
+ *
+ * cdef _force_str(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix__force_str(PyObject *__pyx_v_s, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str *__pyx_optional_args) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_force_str", 0);
+ if (__pyx_optional_args) {
+ if (__pyx_optional_args->__pyx_n > 0) {
+ __pyx_v_encoding = __pyx_optional_args->encoding;
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":74
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_s == Py_None);
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":75
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ * if s is None:
+ * return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":76
+ * if s is None:
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ */
+ __pyx_t_2 = ((PY_MAJOR_VERSION < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":77
+ * return None
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode(encoding)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":78
+ * if PY_MAJOR_VERSION < 3:
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return s.decode(encoding)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = (PyBytes_Check(__pyx_v_s) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":79
+ * return s
+ * elif PyBytes_Check(s):
+ * return s.decode(encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # assume unicode
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_decode); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":82
+ * else:
+ * # assume unicode
+ * return s # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_r = __pyx_v_s;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":71
+ * return s.decode(encoding)
+ *
+ * cdef _force_str(object s, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """Return s converted to str type of current Python
+ * (bytes in Py2, unicode in Py3)"""
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix._force_str", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":87
+ * cdef class Parser:
+ *
+ * def __init__(self, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_encoding,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ values[0] = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_encoding);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 87; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_encoding = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 0, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 87; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.Parser.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self), __pyx_v_encoding);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":88
+ *
+ * def __init__(self, encoding="ascii"):
+ * self.encoding = encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def set_encoding(self, encoding):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_v_self->encoding = __pyx_v_encoding;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":87
+ * cdef class Parser:
+ *
+ * def __init__(self, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":90
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def set_encoding(self, encoding): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_3set_encoding(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_6Parser_2set_encoding[] = "Parser.set_encoding(self, encoding)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_3set_encoding(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("set_encoding (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_2set_encoding(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_encoding));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_2set_encoding(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("set_encoding", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":91
+ *
+ * def set_encoding(self, encoding):
+ * self.encoding = encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def get_encoding(self):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_v_self->encoding = __pyx_v_encoding;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":90
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def set_encoding(self, encoding): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":93
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def get_encoding(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.encoding
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_5get_encoding(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_6Parser_4get_encoding[] = "Parser.get_encoding(self)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_5get_encoding(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_encoding (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_4get_encoding(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_4get_encoding(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_encoding", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":94
+ *
+ * def get_encoding(self):
+ * return self.encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef parse(self, char * buffer, int length):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_r = __pyx_v_self->encoding;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":93
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def get_encoding(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.encoding
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":96
+ * return self.encoding
+ *
+ * cdef parse(self, char * buffer, int length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise NotImplementedError(
+ * 'parse method of %s not implemented' % str(self))
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix_6Parser_parse(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED char *__pyx_v_buffer, CYTHON_UNUSED int __pyx_v_length) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":98
+ * cdef parse(self, char * buffer, int length):
+ * raise NotImplementedError(
+ * 'parse method of %s not implemented' % str(self)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __call__(self, char * buffer, int length):
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 98; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 98; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_parse_method_of_s_not_implemente, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 98; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":97
+ *
+ * cdef parse(self, char * buffer, int length):
+ * raise NotImplementedError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'parse method of %s not implemented' % str(self))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 97; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 97; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 97; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":96
+ * return self.encoding
+ *
+ * cdef parse(self, char * buffer, int length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise NotImplementedError(
+ * 'parse method of %s not implemented' % str(self))
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.Parser.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":100
+ * 'parse method of %s not implemented' % str(self))
+ *
+ * def __call__(self, char * buffer, int length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.parse(buffer, length)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_7__call__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_7__call__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ char *__pyx_v_buffer;
+ int __pyx_v_length;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__call__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_buffer,&__pyx_n_s_length,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_buffer)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_length)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__call__", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__call__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_buffer = __Pyx_PyObject_AsString(values[0]); if (unlikely((!__pyx_v_buffer) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_v_length = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_length == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__call__", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 100; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.Parser.__call__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_6__call__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self), __pyx_v_buffer, __pyx_v_length);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_6Parser_6__call__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, int __pyx_v_length) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__call__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":101
+ *
+ * def __call__(self, char * buffer, int length):
+ * return self.parse(buffer, length) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->parse(__pyx_v_self, __pyx_v_buffer, __pyx_v_length); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":100
+ * 'parse method of %s not implemented' % str(self))
+ *
+ * def __call__(self, char * buffer, int length): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.parse(buffer, length)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.Parser.__call__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":109
+ * A field in a row is accessed by numeric index.
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.TupleProxy r
+ * r = TabProxies.TupleProxy(self.encoding)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix_7asTuple_parse(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, int __pyx_v_len) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_v_r = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":111
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len):
+ * cdef TabProxies.TupleProxy r
+ * r = TabProxies.TupleProxy(self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # need to copy - there were some
+ * # persistence issues with "present"
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 111; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_r = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":114
+ * # need to copy - there were some
+ * # persistence issues with "present"
+ * r.copy(buffer, len) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return r
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_r->__pyx_vtab)->copy(__pyx_v_r, __pyx_v_buffer, __pyx_v_len); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 114; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":115
+ * # persistence issues with "present"
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_r));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_r);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":109
+ * A field in a row is accessed by numeric index.
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.TupleProxy r
+ * r = TabProxies.TupleProxy(self.encoding)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.asTuple.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":158
+ *
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.GTFProxy r
+ * r = TabProxies.GTFProxy(self.encoding)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix_5asGTF_parse(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, int __pyx_v_len) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_v_r = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":160
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len):
+ * cdef TabProxies.GTFProxy r
+ * r = TabProxies.GTFProxy(self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy)), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_r = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":161
+ * cdef TabProxies.GTFProxy r
+ * r = TabProxies.GTFProxy(self.encoding)
+ * r.copy(buffer, len) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return r
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *)__pyx_v_r->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.copy(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_r), __pyx_v_buffer, __pyx_v_len); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 161; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":162
+ * r = TabProxies.GTFProxy(self.encoding)
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_r));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_r);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":158
+ *
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.GTFProxy r
+ * r = TabProxies.GTFProxy(self.encoding)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.asGTF.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":206
+ *
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.BedProxy r
+ * r = TabProxies.BedProxy(self.encoding)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix_5asBed_parse(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, int __pyx_v_len) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_v_r = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":208
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len):
+ * cdef TabProxies.BedProxy r
+ * r = TabProxies.BedProxy(self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 208; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy)), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 208; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_r = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":209
+ * cdef TabProxies.BedProxy r
+ * r = TabProxies.BedProxy(self.encoding)
+ * r.copy(buffer, len) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return r
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy *)__pyx_v_r->__pyx_base.__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.__pyx_base.copy(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_r), __pyx_v_buffer, __pyx_v_len); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":210
+ * r = TabProxies.BedProxy(self.encoding)
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_r));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_r);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":206
+ *
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.BedProxy r
+ * r = TabProxies.BedProxy(self.encoding)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.asBed.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":247
+ *
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.VCFProxy r
+ * r = TabProxies.VCFProxy(self.encoding)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix_5asVCF_parse(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, int __pyx_v_len) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_v_r = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":249
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len):
+ * cdef TabProxies.VCFProxy r
+ * r = TabProxies.VCFProxy(self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 249; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->__pyx_base.encoding);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy)), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 249; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_r = ((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":250
+ * cdef TabProxies.VCFProxy r
+ * r = TabProxies.VCFProxy(self.encoding)
+ * r.copy(buffer, len) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return r
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *)__pyx_v_r->__pyx_base.__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.__pyx_base.copy(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_r), __pyx_v_buffer, __pyx_v_len); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 250; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":251
+ * r = TabProxies.VCFProxy(self.encoding)
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_r));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_r);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":247
+ *
+ * '''
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef TabProxies.VCFProxy r
+ * r = TabProxies.VCFProxy(self.encoding)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.asVCF.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":268
+ *
+ * '''
+ * def __cinit__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode = 'r',
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ PyObject *__pyx_v_mode = 0;
+ PyObject *__pyx_v_parser = 0;
+ PyObject *__pyx_v_index = 0;
+ PyObject *__pyx_v_encoding = 0;
+ PyObject *__pyx_v_args = 0;
+ PyObject *__pyx_v_kwargs = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_v_kwargs = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_v_kwargs)) return -1;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_kwargs);
+ if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) > 5) {
+ __pyx_v_args = PyTuple_GetSlice(__pyx_args, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args));
+ if (unlikely(!__pyx_v_args)) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_kwargs); __pyx_v_kwargs = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_args);
+ } else {
+ __pyx_v_args = __pyx_empty_tuple; __Pyx_INCREF(__pyx_empty_tuple);
+ }
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_filename,&__pyx_n_s_mode,&__pyx_n_s_parser,&__pyx_n_s_index,&__pyx_n_s_encoding,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+ values[1] = ((PyObject *)__pyx_n_s_r);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":271
+ * filename,
+ * mode = 'r',
+ * parser=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * index=None,
+ * encoding="ascii",
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":272
+ * mode = 'r',
+ * parser=None,
+ * index=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * encoding="ascii",
+ * *args,
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+ values[4] = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ default:
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_mode);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_parser);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_index);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_encoding);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ const Py_ssize_t used_pos_args = (pos_args < 5) ? pos_args : 5;
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, __pyx_v_kwargs, values, used_pos_args, "__cinit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 268; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ default:
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ case 0:
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_filename = values[0];
+ __pyx_v_mode = values[1];
+ __pyx_v_parser = values[2];
+ __pyx_v_index = values[3];
+ __pyx_v_encoding = values[4];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 0, 1, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 268; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_args); __pyx_v_args = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_kwargs); __pyx_v_kwargs = 0;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_filename, __pyx_v_mode, __pyx_v_parser, __pyx_v_index, __pyx_v_encoding, __pyx_v_args, __pyx_v_kwargs);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":268
+ *
+ * '''
+ * def __cinit__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode = 'r',
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_args);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_kwargs);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_mode, PyObject *__pyx_v_parser, PyObject *__pyx_v_index, PyObject *__pyx_v_encoding, PyObject *__pyx_v_args, PyObject *__pyx_v_kwargs) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":277
+ * **kwargs ):
+ *
+ * self.tabixfile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parser = parser
+ * self._open(filename, mode, index, *args, **kwargs)
+ */
+ __pyx_v_self->tabixfile = NULL;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":278
+ *
+ * self.tabixfile = NULL
+ * self.parser = parser # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._open(filename, mode, index, *args, **kwargs)
+ * self.encoding = encoding
+ */
+ if (!(likely(((__pyx_v_parser) == Py_None) || likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_v_parser, __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser))))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 278; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_parser;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->parser);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->parser));
+ __pyx_v_self->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":279
+ * self.tabixfile = NULL
+ * self.parser = parser
+ * self._open(filename, mode, index, *args, **kwargs) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_open); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 279; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 279; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_mode);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_mode);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_mode);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_index);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_index);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_index);
+ __pyx_t_3 = PySequence_Tuple(__pyx_v_args); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 279; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 279; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_kwargs;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_4, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 279; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":280
+ * self.parser = parser
+ * self._open(filename, mode, index, *args, **kwargs)
+ * self.encoding = encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _open( self,
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_v_self->encoding = __pyx_v_encoding;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":268
+ *
+ * '''
+ * def __cinit__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode = 'r',
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":282
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def _open( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode='r',
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_3_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_2_open[] = "TabixFile._open(self, filename, mode='r', index=None)\nopen a :term:`tabix file` for reading.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_3_open(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ PyObject *__pyx_v_mode = 0;
+ PyObject *__pyx_v_index = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_filename,&__pyx_n_s_mode,&__pyx_n_s_index,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ values[1] = ((PyObject *)__pyx_n_s_r);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":285
+ * filename,
+ * mode='r',
+ * index=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ):
+ * '''open a :term:`tabix file` for reading.
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_mode);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_index);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_open") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_filename = values[0];
+ __pyx_v_mode = values[1];
+ __pyx_v_index = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_open", 0, 1, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 282; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_2_open(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_filename, __pyx_v_mode, __pyx_v_index);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":282
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def _open( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode='r',
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_2_open(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_mode, PyObject *__pyx_v_index) {
+ PyObject *__pyx_v_filename_index = NULL;
+ PyObject *__pyx_v__encoded_filename = NULL;
+ PyObject *__pyx_v__encoded_index = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ char const *__pyx_t_7;
+ char *__pyx_t_8;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_open", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":290
+ * '''
+ *
+ * assert mode in ("r",), "invalid file opening mode `%s`" % mode # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.tabixfile != NULL:
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_mode);
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_mode;
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_1, __pyx_n_s_r, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 290; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(!(__pyx_t_2 != 0))) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_invalid_file_opening_mode_s, __pyx_v_mode); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 290; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyErr_SetObject(PyExc_AssertionError, __pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 290; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":292
+ * assert mode in ("r",), "invalid file opening mode `%s`" % mode
+ *
+ * if self.tabixfile != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.close()
+ * self.tabixfile = NULL
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_self->tabixfile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":293
+ *
+ * if self.tabixfile != NULL:
+ * self.close() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tabixfile = NULL
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_close); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 293; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 293; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":294
+ * if self.tabixfile != NULL:
+ * self.close()
+ * self.tabixfile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * filename_index = index or (filename + ".tbi")
+ */
+ __pyx_v_self->tabixfile = NULL;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":296
+ * self.tabixfile = NULL
+ *
+ * filename_index = index or (filename + ".tbi") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.isremote = filename.startswith("http:") or filename.startswith("ftp:")
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_index); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_v_filename, __pyx_kp_s_tbi); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ } else {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_index);
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_index;
+ }
+ __pyx_v_filename_index = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":297
+ *
+ * filename_index = index or (filename + ".tbi")
+ * self.isremote = filename.startswith("http:") or filename.startswith("ftp:") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not self.isremote:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple_, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ }
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_5 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_self->isremote = __pyx_t_5;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":299
+ * self.isremote = filename.startswith("http:") or filename.startswith("ftp:")
+ *
+ * if not self.isremote: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not os.path.exists(filename):
+ * raise IOError("file `%s` not found" % filename)
+ */
+ __pyx_t_2 = ((!(__pyx_v_self->isremote != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":300
+ *
+ * if not self.isremote:
+ * if not os.path.exists(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("file `%s` not found" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_6 = ((!__pyx_t_2) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":301
+ * if not self.isremote:
+ * if not os.path.exists(filename):
+ * raise IOError("file `%s` not found" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not os.path.exists(filename_index):
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_file_s_not_found, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 301; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 301; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 301; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 301; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":303
+ * raise IOError("file `%s` not found" % filename)
+ *
+ * if not os.path.exists(filename_index): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("index `%s` not found" % filename_index)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 303; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_4, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 303; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 303; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 303; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename_index);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_filename_index);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename_index);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 303; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 303; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = ((!__pyx_t_6) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":304
+ *
+ * if not os.path.exists(filename_index):
+ * raise IOError("index `%s` not found" % filename_index) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self._filename = filename
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_index_s_not_found, __pyx_v_filename_index); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":306
+ * raise IOError("index `%s` not found" % filename_index)
+ *
+ * self._filename = filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename_index = filename_index
+ *
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = __pyx_v_filename;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":307
+ *
+ * self._filename = filename
+ * self._filename_index = filename_index # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # encode all the strings to pass to tabix
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename_index);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename_index);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename_index);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename_index);
+ __pyx_v_self->_filename_index = __pyx_v_filename_index;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":310
+ *
+ * # encode all the strings to pass to tabix
+ * _encoded_filename = _encodeFilename(filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _encoded_index = _encodeFilename(filename_index)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(__pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 310; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v__encoded_filename = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":311
+ * # encode all the strings to pass to tabix
+ * _encoded_filename = _encodeFilename(filename)
+ * _encoded_index = _encodeFilename(filename_index) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # open file
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(__pyx_v_filename_index); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 311; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v__encoded_index = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":314
+ *
+ * # open file
+ * self.tabixfile = hts_open(_encoded_filename, 'r') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.tabixfile == NULL:
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename)
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v__encoded_filename); if (unlikely((!__pyx_t_7) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 314; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->tabixfile = hts_open(__pyx_t_7, __pyx_k_r);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":315
+ * # open file
+ * self.tabixfile = hts_open(_encoded_filename, 'r')
+ * if self.tabixfile == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_self->tabixfile == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":316
+ * self.tabixfile = hts_open(_encoded_filename, 'r')
+ * if self.tabixfile == NULL:
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.index = tbx_index_load(_encoded_index)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_could_not_open_file_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 316; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 316; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 316; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 316; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":318
+ * raise IOError("could not open file `%s`" % filename)
+ *
+ * self.index = tbx_index_load(_encoded_index) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.index == NULL:
+ * raise IOError("could not open index for `%s`" % filename)
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v__encoded_index); if (unlikely((!__pyx_t_8) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 318; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->index = tbx_index_load(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":319
+ *
+ * self.index = tbx_index_load(_encoded_index)
+ * if self.index == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("could not open index for `%s`" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_self->index == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":320
+ * self.index = tbx_index_load(_encoded_index)
+ * if self.index == NULL:
+ * raise IOError("could not open index for `%s`" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _dup(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_could_not_open_index_for_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 320; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":282
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def _open( self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename,
+ * mode='r',
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile._open", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_filename_index);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v__encoded_filename);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v__encoded_index);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":322
+ * raise IOError("could not open index for `%s`" % filename)
+ *
+ * def _dup(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a copy of this tabix file.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_5_dup(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_4_dup[] = "TabixFile._dup(self)\nreturn a copy of this tabix file.\n \n The file is being re-opened.\n ";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_5_dup(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_dup (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_4_dup(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_4_dup(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_dup", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":327
+ * The file is being re-opened.
+ * '''
+ * return TabixFile(self._filename, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * mode="r",
+ * parser=self.parser,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_mode, __pyx_n_s_r) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":329
+ * return TabixFile(self._filename,
+ * mode="r",
+ * parser=self.parser, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * index=self._filename_index,
+ * encoding=self.encoding)
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_parser, ((PyObject *)__pyx_v_self->parser)) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":330
+ * mode="r",
+ * parser=self.parser,
+ * index=self._filename_index, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * encoding=self.encoding)
+ *
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_index, __pyx_v_self->_filename_index) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":331
+ * parser=self.parser,
+ * index=self._filename_index,
+ * encoding=self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _isOpen(self):
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_encoding, __pyx_v_self->encoding) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":327
+ * The file is being re-opened.
+ * '''
+ * return TabixFile(self._filename, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * mode="r",
+ * parser=self.parser,
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile)), __pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":322
+ * raise IOError("could not open index for `%s`" % filename)
+ *
+ * def _dup(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return a copy of this tabix file.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile._dup", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":333
+ * encoding=self.encoding)
+ *
+ * def _isOpen(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.tabixfile != NULL
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6_isOpen[] = "TabixFile._isOpen(self)\nreturn true if samfile has been opened.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7_isOpen(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6_isOpen(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6_isOpen(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_isOpen", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":335
+ * def _isOpen(self):
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.tabixfile != NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((__pyx_v_self->tabixfile != NULL)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 335; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":333
+ * encoding=self.encoding)
+ *
+ * def _isOpen(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''return true if samfile has been opened.'''
+ * return self.tabixfile != NULL
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile._isOpen", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":338
+ *
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_9fetch(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8fetch[] = "TabixFile.fetch(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, parser=None, multiple_iterators=False)\nfetch one or more rows in a :term:`region` using 0-based\n indexing. The region is specified by :term:`reference`,\n *start* and *end*. Alternatively, a samtools :term:`region`\n string can be supplied.\n\n Without *reference* or *region* all entries will be fetched. \n \n If [...]
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_9fetch(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_region = 0;
+ PyObject *__pyx_v_parser = 0;
+ PyObject *__pyx_v_multiple_iterators = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_region,&__pyx_n_s_parser,&__pyx_n_s_multiple_iterators,0};
+ PyObject* values[6] = {0,0,0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":339
+ *
+ * def fetch(self,
+ * reference=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=None,
+ * end=None,
+ */
+ values[0] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":340
+ * def fetch(self,
+ * reference=None,
+ * start=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end=None,
+ * region=None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":341
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ * end=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region=None,
+ * parser=None,
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":342
+ * start=None,
+ * end=None,
+ * region=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * parser=None,
+ * multiple_iterators=False):
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":343
+ * end=None,
+ * region=None,
+ * parser=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * multiple_iterators=False):
+ * '''fetch one or more rows in a :term:`region` using 0-based
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":344
+ * region=None,
+ * parser=None,
+ * multiple_iterators=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''fetch one or more rows in a :term:`region` using 0-based
+ * indexing. The region is specified by :term:`reference`,
+ */
+ values[5] = ((PyObject *)Py_False);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_region);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_parser);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 5:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_multiple_iterators);
+ if (value) { values[5] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "fetch") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_reference = values[0];
+ __pyx_v_start = values[1];
+ __pyx_v_end = values[2];
+ __pyx_v_region = values[3];
+ __pyx_v_parser = values[4];
+ __pyx_v_multiple_iterators = values[5];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("fetch", 0, 0, 6, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8fetch(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self), __pyx_v_reference, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_region, __pyx_v_parser, __pyx_v_multiple_iterators);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":338
+ *
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8fetch(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region, PyObject *__pyx_v_parser, PyObject *__pyx_v_multiple_iterators) {
+ hts_itr_t *__pyx_v_iter;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_fileobj = 0;
+ PyObject *__pyx_v_s = NULL;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_a = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_bytes __pyx_t_5;
+ char *__pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_region);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_parser);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":365
+ *
+ * '''
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":366
+ * '''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # convert coordinates to region string
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":369
+ *
+ * # convert coordinates to region string
+ * if reference: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if end is not None:
+ * if start is None:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_reference); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 369; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":370
+ * # convert coordinates to region string
+ * if reference:
+ * if end is not None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start is None:
+ * start = 0
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_end != Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":371
+ * if reference:
+ * if end is not None:
+ * if start is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start = 0
+ * region = '%s:%i-%i' % (reference, start + 1, end)
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_start == Py_None);
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":372
+ * if end is not None:
+ * if start is None:
+ * start = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region = '%s:%i-%i' % (reference, start + 1, end)
+ * if start > end:
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_start, __pyx_int_0);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":373
+ * if start is None:
+ * start = 0
+ * region = '%s:%i-%i' % (reference, start + 1, end) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start > end:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_start, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_i_i, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_region, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":374
+ * start = 0
+ * region = '%s:%i-%i' % (reference, start + 1, end)
+ * if start > end: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * 'start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_start, __pyx_v_end, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 374; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 374; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":376
+ * if start > end:
+ * raise ValueError(
+ * 'start (%i) > end (%i)' % (start, end)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif start is not None:
+ * region = '%s:%i' % (reference, start + 1)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 376; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_start_i_end_i, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 376; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":375
+ * region = '%s:%i-%i' % (reference, start + 1, end)
+ * if start > end:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ * elif start is not None:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ goto __pyx_L5;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":377
+ * raise ValueError(
+ * 'start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ * elif start is not None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region = '%s:%i' % (reference, start + 1)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_start != Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":378
+ * 'start (%i) > end (%i)' % (start, end))
+ * elif start is not None:
+ * region = '%s:%i' % (reference, start + 1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * region = reference
+ */
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_v_start, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_i, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_region, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":380
+ * region = '%s:%i' % (reference, start + 1)
+ * else:
+ * region = reference # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # get iterator
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_region, __pyx_v_reference);
+ }
+ __pyx_L5:;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":387
+ *
+ * # reopen the same file if necessary
+ * if multiple_iterators: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fileobj = self._dup()
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_multiple_iterators); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":388
+ * # reopen the same file if necessary
+ * if multiple_iterators:
+ * fileobj = self._dup() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * fileobj = self
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_dup); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 388; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 388; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (!(likely(((__pyx_t_2) == Py_None) || likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_t_2, __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile))))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 388; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_fileobj = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":390
+ * fileobj = self._dup()
+ * else:
+ * fileobj = self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if region is None:
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_v_fileobj = __pyx_v_self;
+ }
+ __pyx_L8:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":392
+ * fileobj = self
+ *
+ * if region is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # without region or reference - iterate from start
+ * iter = tbx_itr_queryi(fileobj.index,
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_region == Py_None);
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":394
+ * if region is None:
+ * # without region or reference - iterate from start
+ * iter = tbx_itr_queryi(fileobj.index, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * HTS_IDX_START,
+ * 0,
+ */
+ __pyx_v_iter = tbx_itr_queryi(__pyx_v_fileobj->index, HTS_IDX_START, 0, 0);
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":399
+ * 0)
+ * else:
+ * s = _force_bytes(region, encoding=fileobj.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * iter = tbx_itr_querys(fileobj.index, s)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_fileobj->encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_5.encoding = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_1 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__force_bytes(__pyx_v_region, &__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 399; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_s = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":400
+ * else:
+ * s = _force_bytes(region, encoding=fileobj.encoding)
+ * iter = tbx_itr_querys(fileobj.index, s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if iter == NULL:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_s); if (unlikely((!__pyx_t_6) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 400; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_iter = tbx_itr_querys(__pyx_v_fileobj->index, __pyx_t_6);
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":402
+ * iter = tbx_itr_querys(fileobj.index, s)
+ *
+ * if iter == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if region is None:
+ * # possible reason is that the file is empty -
+ */
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_v_iter == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":403
+ *
+ * if iter == NULL:
+ * if region is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # possible reason is that the file is empty -
+ * # return an empty iterator
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_region == Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":406
+ * # possible reason is that the file is empty -
+ * # return an empty iterator
+ * return EmptyIterator() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise ValueError(
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_EmptyIterator); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":409
+ * else:
+ * raise ValueError(
+ * "could not create iterator for region '%s'" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_could_not_create_iterator_for_re, __pyx_v_region); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 409; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":408
+ * return EmptyIterator()
+ * else:
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "could not create iterator for region '%s'" %
+ * region)
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":413
+ *
+ * # use default parser if no parser is specified
+ * if parser is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * parser = fileobj.parser
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_parser == Py_None);
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":414
+ * # use default parser if no parser is specified
+ * if parser is None:
+ * parser = fileobj.parser # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef TabixIterator a
+ */
+ __pyx_t_2 = ((PyObject *)__pyx_v_fileobj->parser);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_parser, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L12;
+ }
+ __pyx_L12:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":417
+ *
+ * cdef TabixIterator a
+ * if parser is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * a = TabixIterator(encoding=fileobj.encoding)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_parser == Py_None);
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":418
+ * cdef TabixIterator a
+ * if parser is None:
+ * a = TabixIterator(encoding=fileobj.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * parser.set_encoding(fileobj.encoding)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 418; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_encoding, __pyx_v_fileobj->encoding) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 418; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator)), __pyx_empty_tuple, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 418; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_a = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L13;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":420
+ * a = TabixIterator(encoding=fileobj.encoding)
+ * else:
+ * parser.set_encoding(fileobj.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * a = TabixIteratorParsed(parser)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_parser, __pyx_n_s_set_encoding); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fileobj->encoding);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_fileobj->encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fileobj->encoding);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":421
+ * else:
+ * parser.set_encoding(fileobj.encoding)
+ * a = TabixIteratorParsed(parser) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * a.tabixfile = fileobj
+ */
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_parser);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_parser);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_parser);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed)), __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 421; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_v_a = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L13:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":423
+ * a = TabixIteratorParsed(parser)
+ *
+ * a.tabixfile = fileobj # <<<<<<<<<<<<<<
+ * a.iterator = iter
+ *
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_fileobj));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_fileobj));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_a->tabixfile);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_a->tabixfile));
+ __pyx_v_a->tabixfile = __pyx_v_fileobj;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":424
+ *
+ * a.tabixfile = fileobj
+ * a.iterator = iter # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return a
+ */
+ __pyx_v_a->iterator = __pyx_v_iter;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":426
+ * a.iterator = iter
+ *
+ * return a # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###############################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_a));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_a);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":338
+ *
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_fileobj);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_s);
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_a);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_region);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_parser);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":435
+ * property filename:
+ * '''filename associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8filename_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8filename___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8filename___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":436
+ * '''filename associated with this object.'''
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * return self._filename
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_isOpen); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 436; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 436; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 436; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":437
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":438
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ * return self._filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property header:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_r = __pyx_v_self->_filename;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":435
+ * property filename:
+ * '''filename associated with this object.'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file")
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile.filename.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":448
+ * '''
+ *
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return GZIteratorHead(self.filename)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6header_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6header_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6header___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6header___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":449
+ *
+ * def __get__(self):
+ * return GZIteratorHead(self.filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property contigs:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_filename); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead)), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":448
+ * '''
+ *
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return GZIteratorHead(self.filename)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile.header.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":453
+ * property contigs:
+ * '''list of chromosome names'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char ** sequences
+ * cdef int nsequences
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7contigs_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7contigs_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7contigs___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7contigs___get__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self) {
+ char **__pyx_v_sequences;
+ int __pyx_v_nsequences;
+ int __pyx_v_x;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":457
+ * cdef int nsequences
+ *
+ * sequences = tbx_seqnames(self.index, &nsequences) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int x
+ * result = []
+ */
+ __pyx_v_sequences = tbx_seqnames(__pyx_v_self->index, (&__pyx_v_nsequences));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":459
+ * sequences = tbx_seqnames(self.index, &nsequences)
+ * cdef int x
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for x from 0 <= x < nsequences:
+ * result.append(sequences[x])
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":460
+ * cdef int x
+ * result = []
+ * for x from 0 <= x < nsequences: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append(sequences[x])
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_nsequences;
+ for (__pyx_v_x = 0; __pyx_v_x < __pyx_t_2; __pyx_v_x++) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":461
+ * result = []
+ * for x from 0 <= x < nsequences:
+ * result.append(sequences[x]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # htslib instructions:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_sequences[__pyx_v_x])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":465
+ * # htslib instructions:
+ * # only free container, not the sequences themselves
+ * free(sequences) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ free(__pyx_v_sequences);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":467
+ * free(sequences)
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def close(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":453
+ * property contigs:
+ * '''list of chromosome names'''
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char ** sequences
+ * cdef int nsequences
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixFile.contigs.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":469
+ * return result
+ *
+ * def close(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * closes the :class:`pysam.TabixFile`.'''
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_11close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_10close[] = "TabixFile.close(self)\n\n closes the :class:`pysam.TabixFile`.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_11close(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_10close(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_10close(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("close", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":472
+ * '''
+ * closes the :class:`pysam.TabixFile`.'''
+ * if self.tabixfile != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_close(self.tabixfile)
+ * self.tabixfile = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->tabixfile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":473
+ * closes the :class:`pysam.TabixFile`.'''
+ * if self.tabixfile != NULL:
+ * hts_close(self.tabixfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tabixfile = NULL
+ * if self.index != NULL:
+ */
+ hts_close(__pyx_v_self->tabixfile);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":474
+ * if self.tabixfile != NULL:
+ * hts_close(self.tabixfile)
+ * self.tabixfile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.index != NULL:
+ * tbx_destroy(self.index)
+ */
+ __pyx_v_self->tabixfile = NULL;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":475
+ * hts_close(self.tabixfile)
+ * self.tabixfile = NULL
+ * if self.index != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tbx_destroy(self.index)
+ * self.index = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->index != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":476
+ * self.tabixfile = NULL
+ * if self.index != NULL:
+ * tbx_destroy(self.index) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.index = NULL
+ *
+ */
+ tbx_destroy(__pyx_v_self->index);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":477
+ * if self.index != NULL:
+ * tbx_destroy(self.index)
+ * self.index = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__( self ):
+ */
+ __pyx_v_self->index = NULL;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":469
+ * return result
+ *
+ * def close(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''
+ * closes the :class:`pysam.TabixFile`.'''
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":479
+ * self.index = NULL
+ *
+ * def __dealloc__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # remember: dealloc cannot call other python methods
+ * # note: no doc string
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_13__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_13__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_12__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_9TabixFile_12__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":483
+ * # note: no doc string
+ * # note: __del__ is not called.
+ * if self.tabixfile != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * hts_close(self.tabixfile)
+ * self.tabixfile = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->tabixfile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":484
+ * # note: __del__ is not called.
+ * if self.tabixfile != NULL:
+ * hts_close(self.tabixfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tabixfile = NULL
+ * if self.index != NULL:
+ */
+ hts_close(__pyx_v_self->tabixfile);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":485
+ * if self.tabixfile != NULL:
+ * hts_close(self.tabixfile)
+ * self.tabixfile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.index != NULL:
+ * tbx_destroy(self.index)
+ */
+ __pyx_v_self->tabixfile = NULL;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":486
+ * hts_close(self.tabixfile)
+ * self.tabixfile = NULL
+ * if self.index != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tbx_destroy(self.index)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->index != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":487
+ * self.tabixfile = NULL
+ * if self.index != NULL:
+ * tbx_destroy(self.index) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ tbx_destroy(__pyx_v_self->index);
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":479
+ * self.index = NULL
+ *
+ * def __dealloc__( self ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # remember: dealloc cannot call other python methods
+ * # note: no doc string
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":495
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_encoding = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_encoding,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ values[0] = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_encoding);
+ if (value) { values[0] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_encoding = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 0, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixIterator.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_v_self), __pyx_v_encoding);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_encoding) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":496
+ *
+ * def __init__(self, encoding="ascii"):
+ * self.encoding = encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_v_self->encoding = __pyx_v_encoding;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":495
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":498
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.s = NULL
+ * self.buffer.l = 0
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_2__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":499
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * self.buffer.s = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.l = 0
+ * self.buffer.m = 0
+ */
+ __pyx_v_self->buffer.s = NULL;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":500
+ * def __iter__(self):
+ * self.buffer.s = NULL
+ * self.buffer.l = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.m = 0
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->buffer.l = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":501
+ * self.buffer.s = NULL
+ * self.buffer.l = 0
+ * self.buffer.m = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return self
+ */
+ __pyx_v_self->buffer.m = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":503
+ * self.buffer.m = 0
+ *
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int __cnext__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":498
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.s = NULL
+ * self.buffer.l = 0
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":505
+ * return self
+ *
+ * cdef int __cnext__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate to next element.
+ *
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_6ctabix_13TabixIterator___cnext__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_retval;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cnext__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":511
+ * was called.
+ * '''
+ * if self.tabixfile.tabixfile == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return -5
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->tabixfile->tabixfile == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":512
+ * '''
+ * if self.tabixfile.tabixfile == NULL:
+ * return -5 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int retval
+ */
+ __pyx_r = -5;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":516
+ * cdef int retval
+ *
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * retval = tbx_itr_next(
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":518
+ * while 1:
+ *
+ * retval = tbx_itr_next( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tabixfile.tabixfile,
+ * self.tabixfile.index,
+ */
+ __pyx_v_retval = tbx_itr_next(__pyx_v_self->tabixfile->tabixfile, __pyx_v_self->tabixfile->index, __pyx_v_self->iterator, (&__pyx_v_self->buffer));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":523
+ * self.iterator,
+ * &self.buffer)
+ * if retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":524
+ * &self.buffer)
+ * if retval < 0:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.buffer.s[0] != '#':
+ */
+ goto __pyx_L5_break;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":526
+ * break
+ *
+ * if self.buffer.s[0] != '#': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = (((__pyx_v_self->buffer.s[0]) != '#') != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":527
+ *
+ * if self.buffer.s[0] != '#':
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return retval
+ */
+ goto __pyx_L5_break;
+ }
+ }
+ __pyx_L5_break:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":529
+ * break
+ *
+ * return retval # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_retval;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":505
+ * return self
+ *
+ * cdef int __cnext__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate to next element.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":531
+ * return retval
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_5__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__[] = "python version of next().\n\n pyrex uses this non-standard name instead of next()\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_5__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__charptr_to_str __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":537
+ * """
+ *
+ * cdef int retval = self.__cnext__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ */
+ __pyx_v_retval = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->__pyx___cnext__(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":538
+ *
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval == -5: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ * elif retval < 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval == -5) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":539
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 539; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 539; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":540
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ * elif retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":541
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ * elif retval < 0:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return _charptr_to_str(self.buffer.s, self.encoding)
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":543
+ * raise StopIteration
+ *
+ * return _charptr_to_str(self.buffer.s, self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def next(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_self->encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_4.encoding = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__charptr_to_str(__pyx_v_self->buffer.s, &__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":531
+ * return retval
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixIterator.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":545
+ * return _charptr_to_str(self.buffer.s, self.encoding)
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__next__()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_7next(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_6next[] = "TabixIterator.next(self)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_7next(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_6next(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_6next(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":546
+ *
+ * def next(self):
+ * return self.__next__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_next); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":545
+ * return _charptr_to_str(self.buffer.s, self.encoding)
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__next__()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixIterator.next", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":548
+ * return self.__next__()
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if <void*>self.iterator != NULL:
+ * tbx_itr_destroy(self.iterator)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_9__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_9__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_8__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_8__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":549
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * if <void*>self.iterator != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tbx_itr_destroy(self.iterator)
+ * if self.buffer.s != NULL:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((((void *)__pyx_v_self->iterator) != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":550
+ * def __dealloc__(self):
+ * if <void*>self.iterator != NULL:
+ * tbx_itr_destroy(self.iterator) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.buffer.s != NULL:
+ * free(self.buffer.s)
+ */
+ tbx_itr_destroy(__pyx_v_self->iterator);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":551
+ * if <void*>self.iterator != NULL:
+ * tbx_itr_destroy(self.iterator)
+ * if self.buffer.s != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.buffer.s)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->buffer.s != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":552
+ * tbx_itr_destroy(self.iterator)
+ * if self.buffer.s != NULL:
+ * free(self.buffer.s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ free(__pyx_v_self->buffer.s);
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":548
+ * return self.__next__()
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if <void*>self.iterator != NULL:
+ * tbx_itr_destroy(self.iterator)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":558
+ * '''empty iterator'''
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_1__iter__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator___iter__[] = "EmptyIterator.__iter__(self)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_1__iter__ = {__Pyx_NAMESTR("__iter__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_1__iter__, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator___iter__)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_1__iter__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator___iter__(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator___iter__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":559
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def next(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self);
+ __pyx_r = __pyx_v_self;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":558
+ * '''empty iterator'''
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":561
+ * return self
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_3next(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_2next[] = "EmptyIterator.next(self)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_3next = {__Pyx_NAMESTR("next"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_3next, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_2next)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_3next(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_2next(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_2next(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":562
+ *
+ * def next(self):
+ * raise StopIteration() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_StopIteration, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":561
+ * return self
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.EmptyIterator.next", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":564
+ * raise StopIteration()
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_5__next__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_4__next__[] = "EmptyIterator.__next__(self)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_5__next__ = {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_5__next__, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_4__next__)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_5__next__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_4__next__(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_4__next__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":565
+ *
+ * def __next__(self):
+ * raise StopIteration() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_StopIteration, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":564
+ * raise StopIteration()
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.EmptyIterator.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":576
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * Parser parser):
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_parser = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_parser,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_parser)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 576; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 1) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ }
+ __pyx_v_parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)values[0]);
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 1, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 576; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixIteratorParsed.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_parser), __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser, 1, "parser", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 577; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *)__pyx_v_self), __pyx_v_parser);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *__pyx_v_self, struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_parser) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":579
+ * Parser parser):
+ *
+ * TabixIterator.__init__(self) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parser = parser
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator)), __pyx_n_s_init); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 579; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 579; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 579; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":580
+ *
+ * TabixIterator.__init__(self)
+ * self.parser = parser # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_parser));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_parser));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->parser);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->parser));
+ __pyx_v_self->parser = __pyx_v_parser;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":576
+ * """
+ *
+ * def __init__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * Parser parser):
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixIteratorParsed.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":582
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_3__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__[] = "python version of next().\n\n pyrex uses this non-standard name instead of next()\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_3__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":588
+ * """
+ *
+ * cdef int retval = self.__cnext__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ */
+ __pyx_v_retval = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.__pyx___cnext__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":589
+ *
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval == -5: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ * elif retval < 0:
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval == -5) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":590
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":591
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ * elif retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":592
+ * raise IOError("iteration on closed file")
+ * elif retval < 0:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return self.parser.parse(self.buffer.s,
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 592; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":594
+ * raise StopIteration
+ *
+ * return self.parser.parse(self.buffer.s, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.l)
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":595
+ *
+ * return self.parser.parse(self.buffer.s,
+ * self.buffer.l) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self->parser->__pyx_vtab)->parse(__pyx_v_self->parser, __pyx_v_self->__pyx_base.buffer.s, __pyx_v_self->__pyx_base.buffer.l); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 594; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":582
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.TabixIteratorParsed.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":599
+ *
+ * cdef class GZIterator:
+ * def __init__(self, filename, int buffer_size=65536, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate line-by-line through gzip (or bgzip)
+ * compressed file.
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__[] = "iterate line-by-line through gzip (or bgzip)\n compressed file.\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__;
+#endif
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ int __pyx_v_buffer_size;
+ PyObject *__pyx_v_encoding = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_filename,&__pyx_n_s_buffer_size,&__pyx_n_s_encoding,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ values[2] = ((PyObject *)__pyx_n_s_ascii);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_buffer_size);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_encoding);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_filename = values[0];
+ if (values[1]) {
+ __pyx_v_buffer_size = __Pyx_PyInt_As_int(values[1]); if (unlikely((__pyx_v_buffer_size == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_buffer_size = ((int)65536);
+ }
+ __pyx_v_encoding = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 1, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.GZIterator.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)__pyx_v_self), __pyx_v_filename, __pyx_v_buffer_size, __pyx_v_encoding);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, int __pyx_v_buffer_size, PyObject *__pyx_v_encoding) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ char *__pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":603
+ * compressed file.
+ * '''
+ * if not os.path.exists(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("No such file or directory: %s" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":604
+ * '''
+ * if not os.path.exists(filename):
+ * raise IOError("No such file or directory: %s" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * filename = _encodeFilename(filename)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 604; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":606
+ * raise IOError("No such file or directory: %s" % filename)
+ *
+ * filename = _encodeFilename(filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.gzipfile = gzopen(filename, "r")
+ * self._filename = filename
+ */
+ __pyx_t_3 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(__pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_filename, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":607
+ *
+ * filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.gzipfile = gzopen(filename, "r") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filename = filename
+ * self.kstream = ks_init(self.gzipfile)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_filename); if (unlikely((!__pyx_t_6) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 607; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_self->gzipfile = gzopen(__pyx_t_6, __pyx_k_r);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":608
+ * filename = _encodeFilename(filename)
+ * self.gzipfile = gzopen(filename, "r")
+ * self._filename = filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.kstream = ks_init(self.gzipfile)
+ * self.encoding = encoding
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->_filename);
+ __pyx_v_self->_filename = __pyx_v_filename;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":609
+ * self.gzipfile = gzopen(filename, "r")
+ * self._filename = filename
+ * self.kstream = ks_init(self.gzipfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->kstream = ks_init(__pyx_v_self->gzipfile);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":610
+ * self._filename = filename
+ * self.kstream = ks_init(self.gzipfile)
+ * self.encoding = encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.buffer.l = 0
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->encoding);
+ __pyx_v_self->encoding = __pyx_v_encoding;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":612
+ * self.encoding = encoding
+ *
+ * self.buffer.l = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.m = 0
+ * self.buffer.s = <char*>malloc(buffer_size)
+ */
+ __pyx_v_self->buffer.l = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":613
+ *
+ * self.buffer.l = 0
+ * self.buffer.m = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.s = <char*>malloc(buffer_size)
+ *
+ */
+ __pyx_v_self->buffer.m = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":614
+ * self.buffer.l = 0
+ * self.buffer.m = 0
+ * self.buffer.s = <char*>malloc(buffer_size) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->buffer.s = ((char *)malloc(__pyx_v_buffer_size));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":599
+ *
+ * cdef class GZIterator:
+ * def __init__(self, filename, int buffer_size=65536, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate line-by-line through gzip (or bgzip)
+ * compressed file.
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.GZIterator.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":616
+ * self.buffer.s = <char*>malloc(buffer_size)
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''close file.'''
+ * if self.gzipfile != NULL:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_3__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_2__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_2__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":618
+ * def __dealloc__(self):
+ * '''close file.'''
+ * if self.gzipfile != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * gzclose(self.gzipfile)
+ * self.gzipfile = NULL
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->gzipfile != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":619
+ * '''close file.'''
+ * if self.gzipfile != NULL:
+ * gzclose(self.gzipfile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.gzipfile = NULL
+ * if self.buffer.s != NULL:
+ */
+ gzclose(__pyx_v_self->gzipfile);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":620
+ * if self.gzipfile != NULL:
+ * gzclose(self.gzipfile)
+ * self.gzipfile = NULL # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.buffer.s != NULL:
+ * free(self.buffer.s)
+ */
+ __pyx_v_self->gzipfile = NULL;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":621
+ * gzclose(self.gzipfile)
+ * self.gzipfile = NULL
+ * if self.buffer.s != NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.buffer.s)
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_self->buffer.s != NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":622
+ * self.gzipfile = NULL
+ * if self.buffer.s != NULL:
+ * free(self.buffer.s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ *
+ */
+ free(__pyx_v_self->buffer.s);
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":623
+ * if self.buffer.s != NULL:
+ * free(self.buffer.s)
+ * ks_destroy(self.kstream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ ks_destroy(__pyx_v_self->kstream);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":616
+ * self.buffer.s = <char*>malloc(buffer_size)
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''close file.'''
+ * if self.gzipfile != NULL:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":625
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_5__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_5__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_4__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_4__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":626
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int __cnext__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":625
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":628
+ * return self
+ *
+ * cdef int __cnext__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int dret = 0
+ * cdef int retval = 0
+ */
+
+static int __pyx_f_5pysam_6ctabix_10GZIterator___cnext__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_dret;
+ int __pyx_v_retval;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cnext__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":629
+ *
+ * cdef int __cnext__(self):
+ * cdef int dret = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int retval = 0
+ * while 1:
+ */
+ __pyx_v_dret = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":630
+ * cdef int __cnext__(self):
+ * cdef int dret = 0
+ * cdef int retval = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while 1:
+ * retval = ks_getuntil(self.kstream, '\n', &self.buffer, &dret)
+ */
+ __pyx_v_retval = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":631
+ * cdef int dret = 0
+ * cdef int retval = 0
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * retval = ks_getuntil(self.kstream, '\n', &self.buffer, &dret)
+ *
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":632
+ * cdef int retval = 0
+ * while 1:
+ * retval = ks_getuntil(self.kstream, '\n', &self.buffer, &dret) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if retval < 0:
+ */
+ __pyx_v_retval = ks_getuntil(__pyx_v_self->kstream, '\n', (&__pyx_v_self->buffer), (&__pyx_v_dret));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":634
+ * retval = ks_getuntil(self.kstream, '\n', &self.buffer, &dret)
+ *
+ * if retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":635
+ *
+ * if retval < 0:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return dret
+ */
+ goto __pyx_L4_break;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":637
+ * break
+ *
+ * return dret # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return -1
+ *
+ */
+ __pyx_r = __pyx_v_dret;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ __pyx_L4_break:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":638
+ *
+ * return dret
+ * return -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ __pyx_r = -1;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":628
+ * return self
+ *
+ * cdef int __cnext__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int dret = 0
+ * cdef int retval = 0
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":640
+ * return -1
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_7__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__[] = "python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_7__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str __pyx_t_5;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":643
+ * """python version of next().
+ * """
+ * cdef int retval = self.__cnext__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_v_retval = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->__pyx___cnext__(__pyx_v_self);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":644
+ * """
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ * return _force_str(self.buffer.s, self.encoding)
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":645
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return _force_str(self.buffer.s, self.encoding)
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 645; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":646
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ * return _force_str(self.buffer.s, self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->buffer.s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 646; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_self->encoding;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_5.encoding = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__force_str(__pyx_t_2, &__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 646; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":640
+ * return -1
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.GZIterator.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":654
+ * '''
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead_1__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__[] = "python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead_1__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":657
+ * """python version of next().
+ * """
+ * cdef int retval = self.__cnext__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_v_retval = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.__pyx___cnext__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":658
+ * """
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ * if self.buffer.s[0] == '#':
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":659
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.buffer.s[0] == '#':
+ * return self.buffer.s
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 659; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":660
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ * if self.buffer.s[0] == '#': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.buffer.s
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = (((__pyx_v_self->__pyx_base.buffer.s[0]) == '#') != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":661
+ * raise StopIteration
+ * if self.buffer.s[0] == '#':
+ * return self.buffer.s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->__pyx_base.buffer.s); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 661; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":663
+ * return self.buffer.s
+ * else:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 663; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":654
+ * '''
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.GZIteratorHead.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":671
+ * '''
+ *
+ * def __init__(self, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parser = parser
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_parser = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_parser,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_parser)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 671; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 1) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ }
+ __pyx_v_parser = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 1, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 671; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.GZIteratorParsed.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *)__pyx_v_self), __pyx_v_parser);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed___init__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_parser) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":672
+ *
+ * def __init__(self, parser):
+ * self.parser = parser # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ if (!(likely(((__pyx_v_parser) == Py_None) || likely(__Pyx_TypeTest(__pyx_v_parser, __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser))))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 672; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_parser;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->parser);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->parser));
+ __pyx_v_self->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":671
+ * '''
+ *
+ * def __init__(self, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parser = parser
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.GZIteratorParsed.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":674
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_3__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__[] = "python version of next().\n ";
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+struct wrapperbase __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__;
+#endif
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_3__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *__pyx_v_self) {
+ int __pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":677
+ * """python version of next().
+ * """
+ * cdef int retval = self.__cnext__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_v_retval = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *)__pyx_v_self->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.__pyx___cnext__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":678
+ * """
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":679
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval < 0:
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return self.parser.parse(self.buffer.s,
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 679; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":681
+ * raise StopIteration
+ *
+ * return self.parser.parse(self.buffer.s, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.buffer.l)
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":682
+ *
+ * return self.parser.parse(self.buffer.s,
+ * self.buffer.l) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self->parser->__pyx_vtab)->parse(__pyx_v_self->parser, __pyx_v_self->__pyx_base.buffer.s, __pyx_v_self->__pyx_base.buffer.l); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":674
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """python version of next().
+ * """
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.GZIteratorParsed.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":685
+ *
+ *
+ * def tabix_compress(filename_in, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename_out,
+ * force=False):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_1tabix_compress(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_tabix_compress[] = "tabix_compress(filename_in, filename_out, force=False)\ncompress *filename_in* writing the output to *filename_out*.\n \n Raise an IOError if *filename_out* already exists, unless *force*\n is set.\n ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_1tabix_compress = {__Pyx_NAMESTR("tabix_compress"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_1tabix_compress, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_tabix_compress)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_1tabix_compress(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_filename_in = 0;
+ PyObject *__pyx_v_filename_out = 0;
+ PyObject *__pyx_v_force = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tabix_compress (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_filename_in,&__pyx_n_s_filename_out,&__pyx_n_s_force,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":687
+ * def tabix_compress(filename_in,
+ * filename_out,
+ * force=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''compress *filename_in* writing the output to *filename_out*.
+ *
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_False);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename_in)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename_out)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("tabix_compress", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_force);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "tabix_compress") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_filename_in = values[0];
+ __pyx_v_filename_out = values[1];
+ __pyx_v_force = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("tabix_compress", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_compress", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_tabix_compress(__pyx_self, __pyx_v_filename_in, __pyx_v_filename_out, __pyx_v_force);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":685
+ *
+ *
+ * def tabix_compress(filename_in, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename_out,
+ * force=False):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_tabix_compress(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_filename_in, PyObject *__pyx_v_filename_out, PyObject *__pyx_v_force) {
+ int __pyx_v_WINDOW_SIZE;
+ int __pyx_v_c;
+ int __pyx_v_r;
+ void *__pyx_v_buffer;
+ BGZF *__pyx_v_fp;
+ int __pyx_v_fd_src;
+ int __pyx_v_O_RDONLY;
+ PyObject *__pyx_v_fn = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ char const *__pyx_t_8;
+ char *__pyx_t_9;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tabix_compress", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":694
+ * '''
+ *
+ * if not force and os.path.exists(filename_out ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError(
+ * "Filename '%s' already exists, use *force* to overwrite" % filename_out)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_force); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = (!__pyx_t_1);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_4, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename_out);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_filename_out);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename_out);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":696
+ * if not force and os.path.exists(filename_out ):
+ * raise IOError(
+ * "Filename '%s' already exists, use *force* to overwrite" % filename_out) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int WINDOW_SIZE
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Filename_s_already_exists_use_fo, __pyx_v_filename_out); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":695
+ *
+ * if not force and os.path.exists(filename_out ):
+ * raise IOError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "Filename '%s' already exists, use *force* to overwrite" % filename_out)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_5, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":705
+ *
+ * cdef int O_RDONLY
+ * O_RDONLY = os.O_RDONLY # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * WINDOW_SIZE = 64 * 1024
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_5, __pyx_n_s_O_RDONLY); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_t_4); if (unlikely((__pyx_t_7 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_O_RDONLY = __pyx_t_7;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":707
+ * O_RDONLY = os.O_RDONLY
+ *
+ * WINDOW_SIZE = 64 * 1024 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename_out)
+ */
+ __pyx_v_WINDOW_SIZE = 65536;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":709
+ * WINDOW_SIZE = 64 * 1024
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename_out) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fp = bgzf_open( fn, "w")
+ * if fp == NULL:
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(__pyx_v_filename_out); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 709; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_v_fn = ((PyObject*)__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":710
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename_out)
+ * fp = bgzf_open( fn, "w") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fp == NULL:
+ * raise IOError("could not open '%s' for writing")
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_fn); if (unlikely((!__pyx_t_8) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 710; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_fp = bgzf_open(__pyx_t_8, __pyx_k_w);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":711
+ * fn = _encodeFilename(filename_out)
+ * fp = bgzf_open( fn, "w")
+ * if fp == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("could not open '%s' for writing")
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_fp == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":712
+ * fp = bgzf_open( fn, "w")
+ * if fp == NULL:
+ * raise IOError("could not open '%s' for writing") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename_in)
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":714
+ * raise IOError("could not open '%s' for writing")
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename_in) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fd_src = open(fn, O_RDONLY)
+ * if fd_src == 0:
+ */
+ __pyx_t_4 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(__pyx_v_filename_in); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 714; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_fn, ((PyObject*)__pyx_t_4));
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":715
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename_in)
+ * fd_src = open(fn, O_RDONLY) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fd_src == 0:
+ * raise IOError("could not open '%s' for reading")
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_fn); if (unlikely((!__pyx_t_9) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 715; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_fd_src = open(__pyx_t_9, __pyx_v_O_RDONLY);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":716
+ * fn = _encodeFilename(filename_in)
+ * fd_src = open(fn, O_RDONLY)
+ * if fd_src == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("could not open '%s' for reading")
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_fd_src == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":717
+ * fd_src = open(fn, O_RDONLY)
+ * if fd_src == 0:
+ * raise IOError("could not open '%s' for reading") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * buffer = malloc(WINDOW_SIZE)
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":719
+ * raise IOError("could not open '%s' for reading")
+ *
+ * buffer = malloc(WINDOW_SIZE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * c = 1
+ *
+ */
+ __pyx_v_buffer = malloc(__pyx_v_WINDOW_SIZE);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":720
+ *
+ * buffer = malloc(WINDOW_SIZE)
+ * c = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * while c > 0:
+ */
+ __pyx_v_c = 1;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":722
+ * c = 1
+ *
+ * while c > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * c = read(fd_src, buffer, WINDOW_SIZE)
+ * r = bgzf_write(fp, buffer, c)
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_c > 0) != 0);
+ if (!__pyx_t_6) break;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":723
+ *
+ * while c > 0:
+ * c = read(fd_src, buffer, WINDOW_SIZE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r = bgzf_write(fp, buffer, c)
+ * if r < 0:
+ */
+ __pyx_v_c = read(__pyx_v_fd_src, __pyx_v_buffer, __pyx_v_WINDOW_SIZE);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":724
+ * while c > 0:
+ * c = read(fd_src, buffer, WINDOW_SIZE)
+ * r = bgzf_write(fp, buffer, c) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if r < 0:
+ * free(buffer)
+ */
+ __pyx_v_r = bgzf_write(__pyx_v_fp, __pyx_v_buffer, __pyx_v_c);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":725
+ * c = read(fd_src, buffer, WINDOW_SIZE)
+ * r = bgzf_write(fp, buffer, c)
+ * if r < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(buffer)
+ * raise OSError("writing failed")
+ */
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_r < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":726
+ * r = bgzf_write(fp, buffer, c)
+ * if r < 0:
+ * free(buffer) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise OSError("writing failed")
+ *
+ */
+ free(__pyx_v_buffer);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":727
+ * if r < 0:
+ * free(buffer)
+ * raise OSError("writing failed") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * free(buffer)
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_OSError, __pyx_tuple__9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 727; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 727; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":729
+ * raise OSError("writing failed")
+ *
+ * free(buffer) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r = bgzf_close(fp)
+ * if r < 0:
+ */
+ free(__pyx_v_buffer);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":730
+ *
+ * free(buffer)
+ * r = bgzf_close(fp) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if r < 0:
+ * raise OSError("writing to file %s failed" % filename_out)
+ */
+ __pyx_v_r = bgzf_close(__pyx_v_fp);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":731
+ * free(buffer)
+ * r = bgzf_close(fp)
+ * if r < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise OSError("writing to file %s failed" % filename_out)
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_r < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":732
+ * r = bgzf_close(fp)
+ * if r < 0:
+ * raise OSError("writing to file %s failed" % filename_out) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * r = close(fd_src)
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_writing_to_file_s_failed, __pyx_v_filename_out); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_OSError, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":734
+ * raise OSError("writing to file %s failed" % filename_out)
+ *
+ * r = close(fd_src) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if r < 0:
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in)
+ */
+ __pyx_v_r = close(__pyx_v_fd_src);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":735
+ *
+ * r = close(fd_src)
+ * if r < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in)
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_v_r < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":736
+ * r = close(fd_src)
+ * if r < 0:
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def tabix_index( filename,
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_error_when_closing_file_s, __pyx_v_filename_in); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_OSError, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":685
+ *
+ *
+ * def tabix_compress(filename_in, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename_out,
+ * force=False):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_compress", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fn);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":738
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in)
+ *
+ * def tabix_index( filename, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * force = False,
+ * seq_col = None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_3tabix_index(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_2tabix_index[] = "tabix_index(filename, force=False, seq_col=None, start_col=None, end_col=None, preset=None, meta_char='#', zerobased=False, min_shift=-1)\nindex tab-separated *filename* using tabix.\n\n An existing index will not be overwritten unless\n *force* is set.\n\n The index will be built from coordinates\n in columns *seq_col*, *start_col* and *end_col*.\n\n The contents of *filename* have to be sorted by \n contig and pos [...]
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_3tabix_index = {__Pyx_NAMESTR("tabix_index"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_3tabix_index, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_2tabix_index)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_3tabix_index(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ PyObject *__pyx_v_force = 0;
+ PyObject *__pyx_v_seq_col = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start_col = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end_col = 0;
+ PyObject *__pyx_v_preset = 0;
+ PyObject *__pyx_v_meta_char = 0;
+ PyObject *__pyx_v_zerobased = 0;
+ PyObject *__pyx_v_min_shift = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tabix_index (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_filename,&__pyx_n_s_force,&__pyx_n_s_seq_col,&__pyx_n_s_start_col,&__pyx_n_s_end_col,&__pyx_n_s_preset,&__pyx_n_s_meta_char,&__pyx_n_s_zerobased,&__pyx_n_s_min_shift,0};
+ PyObject* values[9] = {0,0,0,0,0,0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":739
+ *
+ * def tabix_index( filename,
+ * force = False, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * seq_col = None,
+ * start_col = None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)Py_False);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":740
+ * def tabix_index( filename,
+ * force = False,
+ * seq_col = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start_col = None,
+ * end_col = None,
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":741
+ * force = False,
+ * seq_col = None,
+ * start_col = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end_col = None,
+ * preset = None,
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":742
+ * seq_col = None,
+ * start_col = None,
+ * end_col = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * preset = None,
+ * meta_char = "#",
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)Py_None);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":743
+ * start_col = None,
+ * end_col = None,
+ * preset = None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * meta_char = "#",
+ * zerobased = False,
+ */
+ values[5] = ((PyObject *)Py_None);
+ values[6] = ((PyObject *)__pyx_kp_s__10);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":745
+ * preset = None,
+ * meta_char = "#",
+ * zerobased = False, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * min_shift = -1,
+ * ):
+ */
+ values[7] = ((PyObject *)Py_False);
+ values[8] = ((PyObject *)__pyx_int_neg_1);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 9: values[8] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 8);
+ case 8: values[7] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 7);
+ case 7: values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_force);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_seq_col);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start_col);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end_col);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 5:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_preset);
+ if (value) { values[5] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 6:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_meta_char);
+ if (value) { values[6] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 7:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_zerobased);
+ if (value) { values[7] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 8:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_min_shift);
+ if (value) { values[8] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "tabix_index") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 9: values[8] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 8);
+ case 8: values[7] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 7);
+ case 7: values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_filename = values[0];
+ __pyx_v_force = values[1];
+ __pyx_v_seq_col = values[2];
+ __pyx_v_start_col = values[3];
+ __pyx_v_end_col = values[4];
+ __pyx_v_preset = values[5];
+ __pyx_v_meta_char = values[6];
+ __pyx_v_zerobased = values[7];
+ __pyx_v_min_shift = values[8];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("tabix_index", 0, 1, 9, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_index", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_2tabix_index(__pyx_self, __pyx_v_filename, __pyx_v_force, __pyx_v_seq_col, __pyx_v_start_col, __pyx_v_end_col, __pyx_v_preset, __pyx_v_meta_char, __pyx_v_zerobased, __pyx_v_min_shift);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":738
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in)
+ *
+ * def tabix_index( filename, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * force = False,
+ * seq_col = None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_2tabix_index(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_force, PyObject *__pyx_v_seq_col, PyObject *__pyx_v_start_col, PyObject *__pyx_v_end_col, PyObject *__pyx_v_preset, PyObject *__pyx_v_meta_char, PyObject *__pyx_v_zerobased, PyObject *__pyx_v_min_shift) {
+ PyObject *__pyx_v_preset2conf = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_conf_data = NULL;
+ tbx_conf_t __pyx_v_conf;
+ PyObject *__pyx_v_fn = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ int __pyx_t_13;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_16 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_17)(PyObject *);
+ int32_t __pyx_t_18;
+ int32_t __pyx_t_19;
+ int32_t __pyx_t_20;
+ int32_t __pyx_t_21;
+ int32_t __pyx_t_22;
+ int32_t __pyx_t_23;
+ char *__pyx_t_24;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tabix_index", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end_col);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_preset);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":785
+ * '''
+ *
+ * if not os.path.exists(filename): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError("No such file '%s'" % filename)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":786
+ *
+ * if not os.path.exists(filename):
+ * raise IOError("No such file '%s'" % filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if preset is None and \
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_No_such_file_s, __pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":788
+ * raise IOError("No such file '%s'" % filename)
+ *
+ * if preset is None and \ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (seq_col is None or start_col is None or end_col is None):
+ * raise ValueError(
+ */
+ __pyx_t_5 = (__pyx_v_preset == Py_None);
+ if ((__pyx_t_5 != 0)) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":789
+ *
+ * if preset is None and \
+ * (seq_col is None or start_col is None or end_col is None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(
+ * "neither preset nor seq_col,start_col and end_col given")
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_seq_col == Py_None);
+ if (!(__pyx_t_4 != 0)) {
+ __pyx_t_6 = (__pyx_v_start_col == Py_None);
+ if (!(__pyx_t_6 != 0)) {
+ __pyx_t_7 = (__pyx_v_end_col == Py_None);
+ __pyx_t_8 = (__pyx_t_7 != 0);
+ } else {
+ __pyx_t_8 = (__pyx_t_6 != 0);
+ }
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = (__pyx_t_4 != 0);
+ }
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_6;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_5 != 0);
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":790
+ * if preset is None and \
+ * (seq_col is None or start_col is None or end_col is None):
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "neither preset nor seq_col,start_col and end_col given")
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_3, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":793
+ * "neither preset nor seq_col,start_col and end_col given")
+ *
+ * if not filename.endswith(".gz"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tabix_compress(filename, filename + ".gz", force=force)
+ * os.unlink( filename )
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_filename, __pyx_n_s_endswith); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":794
+ *
+ * if not filename.endswith(".gz"):
+ * tabix_compress(filename, filename + ".gz", force=force) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * os.unlink( filename )
+ * filename += ".gz"
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_tabix_compress); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_v_filename, __pyx_kp_s_gz); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_force, __pyx_v_force) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":795
+ * if not filename.endswith(".gz"):
+ * tabix_compress(filename, filename + ".gz", force=force)
+ * os.unlink( filename ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename += ".gz"
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 795; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_9, __pyx_n_s_unlink); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 795; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 795; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 795; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":796
+ * tabix_compress(filename, filename + ".gz", force=force)
+ * os.unlink( filename )
+ * filename += ".gz" # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if not force and os.path.exists(filename + ".tbi"):
+ */
+ __pyx_t_1 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_filename, __pyx_kp_s_gz); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 796; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_filename, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":798
+ * filename += ".gz"
+ *
+ * if not force and os.path.exists(filename + ".tbi"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError(
+ * "Filename '%s.tbi' already exists, use *force* to overwrite")
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_force); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = (!__pyx_t_5);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_os); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_path); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_9, __pyx_n_s_exists); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Add(__pyx_v_filename, __pyx_kp_s_tbi); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 798; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":799
+ *
+ * if not force and os.path.exists(filename + ".tbi"):
+ * raise IOError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "Filename '%s.tbi' already exists, use *force* to overwrite")
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_tuple__13, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 799; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_9, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 799; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":806
+ * # comments, lines to ignore at beginning
+ * # 0 is a missing column
+ * preset2conf = { # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'gff' : (0, 1, 4, 5, ord('#'), 0),
+ * 'bed' : (0x10000, 1, 2, 3, ord('#'), 0),
+ */
+ __pyx_t_9 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":807
+ * # 0 is a missing column
+ * preset2conf = {
+ * 'gff' : (0, 1, 4, 5, ord('#'), 0), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'bed' : (0x10000, 1, 2, 3, ord('#'), 0),
+ * 'psltbl' : (0x10000, 15, 17, 18, ord('#'), 0),
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 807; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_int_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_35);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_int_35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_35);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_gff, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":808
+ * preset2conf = {
+ * 'gff' : (0, 1, 4, 5, ord('#'), 0),
+ * 'bed' : (0x10000, 1, 2, 3, ord('#'), 0), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'psltbl' : (0x10000, 15, 17, 18, ord('#'), 0),
+ * 'sam' : (1, 3, 4, 0, ord('@'), 0),
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 808; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_65536);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_65536);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_65536);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_int_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_35);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_int_35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_35);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_bed, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":809
+ * 'gff' : (0, 1, 4, 5, ord('#'), 0),
+ * 'bed' : (0x10000, 1, 2, 3, ord('#'), 0),
+ * 'psltbl' : (0x10000, 15, 17, 18, ord('#'), 0), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'sam' : (1, 3, 4, 0, ord('@'), 0),
+ * 'vcf' : (2, 1, 2, 0, ord('#'), 0),
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_65536);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_65536);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_65536);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_15);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_int_15);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_15);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_17);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_17);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_17);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_18);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_int_18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_18);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_35);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_int_35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_35);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_psltbl, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":810
+ * 'bed' : (0x10000, 1, 2, 3, ord('#'), 0),
+ * 'psltbl' : (0x10000, 15, 17, 18, ord('#'), 0),
+ * 'sam' : (1, 3, 4, 0, ord('@'), 0), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'vcf' : (2, 1, 2, 0, ord('#'), 0),
+ * 'pileup': (3, 1, 2, 0, ord('#'), 0),
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 810; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_int_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_64);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_int_64);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_64);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_sam, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":811
+ * 'psltbl' : (0x10000, 15, 17, 18, ord('#'), 0),
+ * 'sam' : (1, 3, 4, 0, ord('@'), 0),
+ * 'vcf' : (2, 1, 2, 0, ord('#'), 0), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'pileup': (3, 1, 2, 0, ord('#'), 0),
+ * }
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 811; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_35);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_int_35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_35);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_vcf, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":812
+ * 'sam' : (1, 3, 4, 0, ord('@'), 0),
+ * 'vcf' : (2, 1, 2, 0, ord('#'), 0),
+ * 'pileup': (3, 1, 2, 0, ord('#'), 0), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * }
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 812; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_int_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_35);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_int_35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_35);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_pileup, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_preset2conf = ((PyObject*)__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":815
+ * }
+ *
+ * if preset: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * conf_data = preset2conf[preset]
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_preset); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 815; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":816
+ *
+ * if preset:
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * conf_data = preset2conf[preset]
+ * except KeyError:
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_10, &__pyx_t_11, &__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":817
+ * if preset:
+ * try:
+ * conf_data = preset2conf[preset] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except KeyError:
+ * raise KeyError(
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_preset2conf, __pyx_v_preset); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 817; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L8_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_conf_data = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L15_try_end;
+ __pyx_L8_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":818
+ * try:
+ * conf_data = preset2conf[preset]
+ * except KeyError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise KeyError(
+ * "unknown preset '%s', valid presets are '%s'" %
+ */
+ __pyx_t_13 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_KeyError);
+ if (__pyx_t_13) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_index", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_9, &__pyx_t_3, &__pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 818; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":821
+ * raise KeyError(
+ * "unknown preset '%s', valid presets are '%s'" %
+ * (preset, ",".join(preset2conf.keys()))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * if end_col == None:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_Keys(__pyx_v_preset2conf); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__14, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_preset);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_preset);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_preset);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_14 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":820
+ * except KeyError:
+ * raise KeyError(
+ * "unknown preset '%s', valid presets are '%s'" % # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (preset, ",".join(preset2conf.keys())))
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_unknown_preset_s_valid_presets_a, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 820; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":819
+ * conf_data = preset2conf[preset]
+ * except KeyError:
+ * raise KeyError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "unknown preset '%s', valid presets are '%s'" %
+ * (preset, ",".join(preset2conf.keys())))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 819; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_KeyError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 819; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_14, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 819; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L9_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L10_except_error;
+ __pyx_L10_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_10, __pyx_t_11, __pyx_t_12);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L9_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_10, __pyx_t_11, __pyx_t_12);
+ __pyx_L15_try_end:;
+ }
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":823
+ * (preset, ",".join(preset2conf.keys())))
+ * else:
+ * if end_col == None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end_col = -1
+ * preset = 0
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_end_col, Py_None, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":824
+ * else:
+ * if end_col == None:
+ * end_col = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * preset = 0
+ *
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_end_col, __pyx_int_neg_1);
+ goto __pyx_L18;
+ }
+ __pyx_L18:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":825
+ * if end_col == None:
+ * end_col = -1
+ * preset = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # note that tabix internally works with 0-based coordinates
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_preset, __pyx_int_0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":833
+ * # subtracted from the start coordinate. To avoid doing this,
+ * # set the TI_FLAG_UCSC=0x10000 flag:
+ * if zerobased: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * preset = preset | 0x10000
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_zerobased); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":834
+ * # set the TI_FLAG_UCSC=0x10000 flag:
+ * if zerobased:
+ * preset = preset | 0x10000 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * conf_data = (preset, seq_col+1, start_col+1, end_col+1, ord(meta_char), 0)
+ */
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Or(__pyx_v_preset, __pyx_int_65536); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 834; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_preset, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L19;
+ }
+ __pyx_L19:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":836
+ * preset = preset | 0x10000
+ *
+ * conf_data = (preset, seq_col+1, start_col+1, end_col+1, ord(meta_char), 0) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef tbx_conf_t conf
+ */
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_v_seq_col, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_v_start_col, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Add(__pyx_v_end_col, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_14 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_meta_char);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 0, __pyx_v_meta_char);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_meta_char);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ord, __pyx_t_14, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_preset);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 0, __pyx_v_preset);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_preset);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 3, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 4, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 5, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_conf_data = __pyx_t_14;
+ __pyx_t_14 = 0;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":839
+ *
+ * cdef tbx_conf_t conf
+ * conf.preset, conf.sc, conf.bc, conf.ec, conf.meta_char, conf.line_skip = conf_data # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_v_conf_data))) || (PyList_CheckExact(__pyx_v_conf_data))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_v_conf_data;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 6)) {
+ if (size > 6) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(6);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_14 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 3);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 4);
+ __pyx_t_15 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 5);
+ } else {
+ __pyx_t_14 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 2);
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 3);
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 4);
+ __pyx_t_15 = PyList_GET_ITEM(sequence, 5);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_15);
+ #else
+ {
+ Py_ssize_t i;
+ PyObject** temps[6] = {&__pyx_t_14,&__pyx_t_2,&__pyx_t_9,&__pyx_t_3,&__pyx_t_1,&__pyx_t_15};
+ for (i=0; i < 6; i++) {
+ PyObject* item = PySequence_ITEM(sequence, i); if (unlikely(!item)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(item);
+ *(temps[i]) = item;
+ }
+ }
+ #endif
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ PyObject** temps[6] = {&__pyx_t_14,&__pyx_t_2,&__pyx_t_9,&__pyx_t_3,&__pyx_t_1,&__pyx_t_15};
+ __pyx_t_16 = PyObject_GetIter(__pyx_v_conf_data); if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ __pyx_t_17 = Py_TYPE(__pyx_t_16)->tp_iternext;
+ for (index=0; index < 6; index++) {
+ PyObject* item = __pyx_t_17(__pyx_t_16); if (unlikely(!item)) goto __pyx_L20_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(item);
+ *(temps[index]) = item;
+ }
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_17(__pyx_t_16), 6) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_17 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ goto __pyx_L21_unpacking_done;
+ __pyx_L20_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ __pyx_t_17 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L21_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_t_14); if (unlikely((__pyx_t_18 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_19 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_t_2); if (unlikely((__pyx_t_19 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_t_9); if (unlikely((__pyx_t_20 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_21 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_t_3); if (unlikely((__pyx_t_21 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_22 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_t_1); if (unlikely((__pyx_t_22 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyInt_As_int32_t(__pyx_t_15); if (unlikely((__pyx_t_23 == (int32_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __pyx_v_conf.preset = __pyx_t_18;
+ __pyx_v_conf.sc = __pyx_t_19;
+ __pyx_v_conf.bc = __pyx_t_20;
+ __pyx_v_conf.ec = __pyx_t_21;
+ __pyx_v_conf.meta_char = __pyx_t_22;
+ __pyx_v_conf.line_skip = __pyx_t_23;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":842
+ *
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tbx_index_build(fn, min_shift, &conf)
+ *
+ */
+ __pyx_t_15 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__encodeFilename(__pyx_v_filename); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 842; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_v_fn = ((PyObject*)__pyx_t_15);
+ __pyx_t_15 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":843
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename)
+ * tbx_index_build(fn, min_shift, &conf) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return filename
+ */
+ __pyx_t_24 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_fn); if (unlikely((!__pyx_t_24) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 843; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyInt_As_int(__pyx_v_min_shift); if (unlikely((__pyx_t_13 == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 843; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ tbx_index_build(__pyx_t_24, __pyx_t_13, (&__pyx_v_conf));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":845
+ * tbx_index_build(fn, min_shift, &conf)
+ *
+ * return filename # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # #########################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_r = __pyx_v_filename;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":738
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in)
+ *
+ * def tabix_index( filename, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * force = False,
+ * seq_col = None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_index", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_preset2conf);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_conf_data);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fn);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_filename);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_end_col);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_preset);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":917
+ * ## Iterators for parsing through unindexed files.
+ * #########################################################
+ * cdef buildGzipError(void *gzfp): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int errnum = 0
+ * cdef char *s = gzerror(gzfp, &errnum)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix_buildGzipError(void *__pyx_v_gzfp) {
+ int __pyx_v_errnum;
+ char *__pyx_v_s;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("buildGzipError", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":918
+ * #########################################################
+ * cdef buildGzipError(void *gzfp):
+ * cdef int errnum = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef char *s = gzerror(gzfp, &errnum)
+ * return "error (%d): %s (%d: %s)" % (errno, strerror(errno), errnum, s)
+ */
+ __pyx_v_errnum = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":919
+ * cdef buildGzipError(void *gzfp):
+ * cdef int errnum = 0
+ * cdef char *s = gzerror(gzfp, &errnum) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return "error (%d): %s (%d: %s)" % (errno, strerror(errno), errnum, s)
+ *
+ */
+ __pyx_v_s = gzerror(__pyx_v_gzfp, (&__pyx_v_errnum));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":920
+ * cdef int errnum = 0
+ * cdef char *s = gzerror(gzfp, &errnum)
+ * return "error (%d): %s (%d: %s)" % (errno, strerror(errno), errnum, s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_int(errno); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(strerror(errno)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyInt_From_int(__pyx_v_errnum); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_s); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 3, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_error_d_s_d_s, __pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":917
+ * ## Iterators for parsing through unindexed files.
+ * #########################################################
+ * cdef buildGzipError(void *gzfp): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int errnum = 0
+ * cdef char *s = gzerror(gzfp, &errnum)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.buildGzipError", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":927
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * infile,
+ * Parser parser,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_1__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_infile = 0;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_parser = 0;
+ int __pyx_v_buffer_size;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_infile,&__pyx_n_s_parser,&__pyx_n_s_buffer_size,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_infile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_parser)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 927; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_buffer_size);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__cinit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 927; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_infile = values[0];
+ __pyx_v_parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)values[1]);
+ if (values[2]) {
+ __pyx_v_buffer_size = __Pyx_PyInt_As_int(values[2]); if (unlikely((__pyx_v_buffer_size == (int)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 930; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ } else {
+ __pyx_v_buffer_size = ((int)65536);
+ }
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 927; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_file_iterator.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ if (unlikely(!__Pyx_ArgTypeTest(((PyObject *)__pyx_v_parser), __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser, 1, "parser", 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 929; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator___cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)__pyx_v_self), __pyx_v_infile, __pyx_v_parser, __pyx_v_buffer_size);
+
+ /* function exit code */
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator___cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_infile, struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_v_parser, int __pyx_v_buffer_size) {
+ int __pyx_v_fd;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":932
+ * int buffer_size=65536):
+ *
+ * if infile.closed: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_infile, __pyx_n_s_closed); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":933
+ *
+ * if infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.infile = infile
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__15, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 933; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 933; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":935
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ *
+ * self.infile = infile # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef int fd = PyObject_AsFileDescriptor(infile)
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_infile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_infile);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->infile);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->infile);
+ __pyx_v_self->infile = __pyx_v_infile;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":937
+ * self.infile = infile
+ *
+ * cdef int fd = PyObject_AsFileDescriptor(infile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fd == -1:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_AsFileDescriptor(__pyx_v_infile); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 937; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_fd = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":938
+ *
+ * cdef int fd = PyObject_AsFileDescriptor(infile)
+ * if fd == -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_fd == -1) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":939
+ * cdef int fd = PyObject_AsFileDescriptor(infile)
+ * if fd == -1:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.duplicated_fd = dup(fd)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__16, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 939; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 939; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":941
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ *
+ * self.duplicated_fd = dup(fd) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # From the manual:
+ */
+ __pyx_v_self->duplicated_fd = dup(__pyx_v_fd);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":948
+ * # When reading, this will be detected automatically by looking
+ * # for the magic two-byte gzip header.
+ * self.fh = gzdopen(self.duplicated_fd, 'r') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if self.fh == NULL:
+ */
+ __pyx_v_self->fh = gzdopen(__pyx_v_self->duplicated_fd, __pyx_k_r);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":950
+ * self.fh = gzdopen(self.duplicated_fd, 'r')
+ *
+ * if self.fh == NULL: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise IOError('%s' % strerror(errno))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_v_self->fh == NULL) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":951
+ *
+ * if self.fh == NULL:
+ * raise IOError('%s' % strerror(errno)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.kstream = ks_init(self.fh)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(strerror(errno)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 951; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 951; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 951; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_IOError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 951; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_4, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 951; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":953
+ * raise IOError('%s' % strerror(errno))
+ *
+ * self.kstream = ks_init(self.fh) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.buffer.s = <char*>malloc(buffer_size)
+ */
+ __pyx_v_self->kstream = ks_init(__pyx_v_self->fh);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":955
+ * self.kstream = ks_init(self.fh)
+ *
+ * self.buffer.s = <char*>malloc(buffer_size) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * #if self.buffer == NULL:
+ * # raise MemoryError( "tabix_file_iterator: could not allocate %i bytes" % buffer_size)
+ */
+ __pyx_v_self->buffer.s = ((char *)malloc(__pyx_v_buffer_size));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":959
+ * # raise MemoryError( "tabix_file_iterator: could not allocate %i bytes" % buffer_size)
+ * #self.size = buffer_size
+ * self.parser = parser # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_parser));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_parser));
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->parser);
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_v_self->parser));
+ __pyx_v_self->parser = __pyx_v_parser;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":927
+ * '''
+ *
+ * def __cinit__(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * infile,
+ * Parser parser,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_file_iterator.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = -1;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":961
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_3__iter__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_2__iter__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_2__iter__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":962
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef __cnext__(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_self);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":961
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":964
+ * return self
+ *
+ * cdef __cnext__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * b
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator___cnext__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self) {
+ char *__pyx_v_b;
+ int __pyx_v_dret;
+ int __pyx_v_retval;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ char *__pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cnext__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":967
+ *
+ * cdef char * b
+ * cdef int dret = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef int retval = 0
+ * while 1:
+ */
+ __pyx_v_dret = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":968
+ * cdef char * b
+ * cdef int dret = 0
+ * cdef int retval = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while 1:
+ *
+ */
+ __pyx_v_retval = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":969
+ * cdef int dret = 0
+ * cdef int retval = 0
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * retval = ks_getuntil(self.kstream, '\n', &self.buffer, &dret)
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":971
+ * while 1:
+ *
+ * retval = ks_getuntil(self.kstream, '\n', &self.buffer, &dret) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if retval < 0:
+ */
+ __pyx_v_retval = ks_getuntil(__pyx_v_self->kstream, '\n', (&__pyx_v_self->buffer), (&__pyx_v_dret));
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":973
+ * retval = ks_getuntil(self.kstream, '\n', &self.buffer, &dret)
+ *
+ * if retval < 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ * #raise IOError('gzip error: %s' % buildGzipError( self.fh ))
+ */
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_v_retval < 0) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":974
+ *
+ * if retval < 0:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * #raise IOError('gzip error: %s' % buildGzipError( self.fh ))
+ *
+ */
+ goto __pyx_L4_break;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":977
+ * #raise IOError('gzip error: %s' % buildGzipError( self.fh ))
+ *
+ * b = self.buffer.s # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # skip comments
+ */
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_self->buffer.s;
+ __pyx_v_b = __pyx_t_2;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":980
+ *
+ * # skip comments
+ * if (b[0] == '#'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * continue
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = (((__pyx_v_b[0]) == '#') != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":981
+ * # skip comments
+ * if (b[0] == '#'):
+ * continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # skip empty lines
+ */
+ goto __pyx_L3_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":984
+ *
+ * # skip empty lines
+ * if b[0] == '\0' or b[0] == '\n' or b[0] == '\r': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * continue
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = (((__pyx_v_b[0]) == '\x00') != 0);
+ if (!__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_3 = (((__pyx_v_b[0]) == '\n') != 0);
+ if (!__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_b[0]) == '\r') != 0);
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_3;
+ }
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":985
+ * # skip empty lines
+ * if b[0] == '\0' or b[0] == '\n' or b[0] == '\r':
+ * continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # gzgets terminates at \n, no need to test
+ */
+ goto __pyx_L3_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":990
+ *
+ * # parser creates a copy
+ * return self.parser.parse( b, self.buffer.l) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * raise StopIteration
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_6 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *)__pyx_v_self->parser->__pyx_vtab)->parse(__pyx_v_self->parser, __pyx_v_b, __pyx_v_self->buffer.l); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 990; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_r = __pyx_t_6;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L3_continue:;
+ }
+ __pyx_L4_break:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":992
+ * return self.parser.parse( b, self.buffer.l)
+ *
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 992; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":964
+ * return self
+ *
+ * cdef __cnext__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * b
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_file_iterator.__cnext__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":994
+ * raise StopIteration
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.buffer.s)
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_5__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static void __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_5__dealloc__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_4__dealloc__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+static void __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_4__dealloc__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__dealloc__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":995
+ *
+ * def __dealloc__(self):
+ * free(self.buffer.s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ * gzclose(self.fh)
+ */
+ free(__pyx_v_self->buffer.s);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":996
+ * def __dealloc__(self):
+ * free(self.buffer.s)
+ * ks_destroy(self.kstream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * gzclose(self.fh)
+ *
+ */
+ ks_destroy(__pyx_v_self->kstream);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":997
+ * free(self.buffer.s)
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ * gzclose(self.fh) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __next__(self):
+ */
+ gzclose(__pyx_v_self->fh);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":994
+ * raise StopIteration
+ *
+ * def __dealloc__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * free(self.buffer.s)
+ * ks_destroy(self.kstream)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":999
+ * gzclose(self.fh)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__cnext__()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_7__next__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_7__next__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_6__next__(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_6__next__(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1000
+ *
+ * def __next__(self):
+ * return self.__cnext__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def next(self):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->__pyx___cnext__(__pyx_v_self); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1000; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":999
+ * gzclose(self.fh)
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__cnext__()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_file_iterator.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":1002
+ * return self.__cnext__()
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__cnext__()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_9next(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_8next[] = "tabix_file_iterator.next(self)";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_9next(PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *unused) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_8next(((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_8next(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1003
+ *
+ * def next(self):
+ * return self.__cnext__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)__pyx_v_self->__pyx_vtab)->__pyx___cnext__(__pyx_v_self); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1003; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1002
+ * return self.__cnext__()
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__cnext__()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_file_iterator.next", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":1011
+ * Permits the use of file-like objects for example from the gzip module.
+ * '''
+ * def __init__(self, infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.infile = infile
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_1__init__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator___init__[] = "tabix_generic_iterator.__init__(self, infile, parser)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_1__init__ = {__Pyx_NAMESTR("__init__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_1__init__, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator___init__)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_1__init__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_infile = 0;
+ PyObject *__pyx_v_parser = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_infile,&__pyx_n_s_parser,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_infile)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 3, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_parser)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 3, 3, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 3) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_infile = values[1];
+ __pyx_v_parser = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 3, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_generic_iterator.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator___init__(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_infile, __pyx_v_parser);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator___init__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_infile, PyObject *__pyx_v_parser) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1013
+ * def __init__(self, infile, parser):
+ *
+ * self.infile = infile # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self.infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_infile, __pyx_v_infile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1013; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1014
+ *
+ * self.infile = infile
+ * if self.infile.closed: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ * self.parser = parser
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_infile); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1014; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_closed); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1014; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1014; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1015
+ * self.infile = infile
+ * if self.infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parser = parser
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__17, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1015; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1015; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1016
+ * if self.infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ * self.parser = parser # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __iter__(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parser, __pyx_v_parser) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1016; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1011
+ * Permits the use of file-like objects for example from the gzip module.
+ * '''
+ * def __init__(self, infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.infile = infile
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_generic_iterator.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":1018
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_3__iter__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_2__iter__[] = "tabix_generic_iterator.__iter__(self)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_3__iter__ = {__Pyx_NAMESTR("__iter__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_3__iter__, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_2__iter__)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_3__iter__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_2__iter__(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_2__iter__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__iter__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1019
+ *
+ * def __iter__(self):
+ * return self # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # cython version - required for python 3
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self);
+ __pyx_r = __pyx_v_self;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1018
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":1022
+ *
+ * # cython version - required for python 3
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * b
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_5__next__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_4__next__[] = "tabix_generic_iterator.__next__(self)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_5__next__ = {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_5__next__, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_4__next__)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_5__next__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_4__next__(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_4__next__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ char *__pyx_v_b;
+ char *__pyx_v_cpy;
+ size_t __pyx_v_nbytes;
+ PyObject *__pyx_v_encoding = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_line = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_s = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_bytes_cpy = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_bytes __pyx_t_5;
+ char *__pyx_t_6;
+ Py_ssize_t __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_t_9;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__next__", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1028
+ * cdef size_t nbytes
+ *
+ * encoding = self.parser.get_encoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # note that GzipFile.close() does not close the file
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parser); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1028; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_get_encoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1028; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1028; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_encoding = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1032
+ * # note that GzipFile.close() does not close the file
+ * # reading is still possible.
+ * if self.infile.closed: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_infile); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_closed); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1032; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1033
+ * # reading is still possible.
+ * if self.infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * while 1:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__18, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1033; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1033; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1035
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.")
+ *
+ * while 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * line = self.infile.readline()
+ */
+ while (1) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1037
+ * while 1:
+ *
+ * line = self.infile.readline() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not line:
+ * break
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_infile); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_readline); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_line, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1038
+ *
+ * line = self.infile.readline()
+ * if not line: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_line); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1038; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1039
+ * line = self.infile.readline()
+ * if not line:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * s = _force_bytes(line, encoding)
+ */
+ goto __pyx_L5_break;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1041
+ * break
+ *
+ * s = _force_bytes(line, encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * b = s
+ * nbytes = len(line)
+ */
+ __pyx_t_5.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_5.encoding = __pyx_v_encoding;
+ __pyx_t_2 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__force_bytes(__pyx_v_line, &__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1041; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_s, ((PyObject*)__pyx_t_2));
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1042
+ *
+ * s = _force_bytes(line, encoding)
+ * b = s # <<<<<<<<<<<<<<
+ * nbytes = len(line)
+ * assert b[nbytes] == '\0'
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_s); if (unlikely((!__pyx_t_6) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1042; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_b = __pyx_t_6;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1043
+ * s = _force_bytes(line, encoding)
+ * b = s
+ * nbytes = len(line) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert b[nbytes] == '\0'
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_line); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1043; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_nbytes = __pyx_t_7;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1044
+ * b = s
+ * nbytes = len(line)
+ * assert b[nbytes] == '\0' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # skip comments
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ if (unlikely(!(((__pyx_v_b[__pyx_v_nbytes]) == '\x00') != 0))) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_AssertionError);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1047
+ *
+ * # skip comments
+ * if b[0] == '#': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * continue
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_b[0]) == '#') != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1048
+ * # skip comments
+ * if b[0] == '#':
+ * continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # skip empty lines
+ */
+ goto __pyx_L4_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1051
+ *
+ * # skip empty lines
+ * if b[0] == '\0' or b[0] == '\n' or b[0] == '\r': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * continue
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_b[0]) == '\x00') != 0);
+ if (!__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_3 = (((__pyx_v_b[0]) == '\n') != 0);
+ if (!__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_8 = (((__pyx_v_b[0]) == '\r') != 0);
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_3;
+ }
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_9;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1052
+ * # skip empty lines
+ * if b[0] == '\0' or b[0] == '\n' or b[0] == '\r':
+ * continue # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # make sure that entry is complete
+ */
+ goto __pyx_L4_continue;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1055
+ *
+ * # make sure that entry is complete
+ * if b[nbytes-1] != '\n' and b[nbytes-1] != '\r': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError("incomplete line at %s" % line)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = (((__pyx_v_b[(__pyx_v_nbytes - 1)]) != '\n') != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_4 = (((__pyx_v_b[(__pyx_v_nbytes - 1)]) != '\r') != 0);
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_9) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1056
+ * # make sure that entry is complete
+ * if b[nbytes-1] != '\n' and b[nbytes-1] != '\r':
+ * raise ValueError("incomplete line at %s" % line) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * bytes_cpy = <bytes> b
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_incomplete_line_at_s, __pyx_v_line); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1056; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1056; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1056; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1056; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1058
+ * raise ValueError("incomplete line at %s" % line)
+ *
+ * bytes_cpy = <bytes> b # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cpy = <char *> bytes_cpy
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_b); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1058; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_bytes_cpy = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1059
+ *
+ * bytes_cpy = <bytes> b
+ * cpy = <char *> bytes_cpy # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return self.parser(cpy, nbytes)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsString(__pyx_v_bytes_cpy); if (unlikely((!__pyx_t_6) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1059; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_cpy = ((char *)__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1061
+ * cpy = <char *> bytes_cpy
+ *
+ * return self.parser(cpy, nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * raise StopIteration
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parser); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1061; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_cpy); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1061; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_FromSize_t(__pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1061; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1061; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1061; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L4_continue:;
+ }
+ __pyx_L5_break:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1063
+ * return self.parser(cpy, nbytes)
+ *
+ * raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # python version - required for python 2.7
+ */
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1063; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1022
+ *
+ * # cython version - required for python 3
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * b
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_generic_iterator.__next__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_encoding);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_s);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_bytes_cpy);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":1066
+ *
+ * # python version - required for python 2.7
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__next__()
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_7next(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_6next[] = "tabix_generic_iterator.next(self)";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_7next = {__Pyx_NAMESTR("next"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_7next, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_6next)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_7next(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_6next(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_6next(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("next", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1067
+ * # python version - required for python 2.7
+ * def next(self):
+ * return self.__next__() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def tabix_iterator(infile, parser):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_next); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1067; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1067; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1066
+ *
+ * # python version - required for python 2.7
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__next__()
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_generic_iterator.next", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/ctabix.pyx":1069
+ * return self.__next__()
+ *
+ * def tabix_iterator(infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return an iterator over all entries in a file.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_5tabix_iterator(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_6ctabix_4tabix_iterator[] = "tabix_iterator(infile, parser)\nreturn an iterator over all entries in a file.\n \n Results are returned parsed as specified by the *parser*. If\n *parser* is None, the results are returned as an unparsed string.\n Otherwise, *parser* is assumed to be a functor that will return\n parsed data (see for example :class:`~pysam.asTuple` and\n :class:`~pysam.asGTF`).\n\n ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_6ctabix_5tabix_iterator = {__Pyx_NAMESTR("tabix_iterator"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_5tabix_iterator, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_4tabix_iterator)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_6ctabix_5tabix_iterator(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_infile = 0;
+ PyObject *__pyx_v_parser = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tabix_iterator (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_infile,&__pyx_n_s_parser,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_infile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_parser)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("tabix_iterator", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "tabix_iterator") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_infile = values[0];
+ __pyx_v_parser = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("tabix_iterator", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_iterator", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_6ctabix_4tabix_iterator(__pyx_self, __pyx_v_infile, __pyx_v_parser);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_6ctabix_4tabix_iterator(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_infile, PyObject *__pyx_v_parser) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("tabix_iterator", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1079
+ *
+ * """
+ * if PYTHON3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return tabix_generic_iterator(infile, parser)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_PYTHON3); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1079; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1079; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1080
+ * """
+ * if PYTHON3:
+ * return tabix_generic_iterator(infile, parser) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * return tabix_file_iterator(infile, parser)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_tabix_generic_iterator); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_infile);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_infile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_infile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_parser);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_v_parser);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_parser);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1080; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1082
+ * return tabix_generic_iterator(infile, parser)
+ * else:
+ * return tabix_file_iterator(infile, parser) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # file objects can use C stdio
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1082; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_infile);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_infile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_infile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_parser);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_v_parser);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_parser);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator)), __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1082; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1069
+ * return self.__next__()
+ *
+ * def tabix_iterator(infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return an iterator over all entries in a file.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.ctabix.tabix_iterator", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ p->infile = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_5__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->parser);
+ Py_CLEAR(p->infile);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)o;
+ if (p->parser) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->parser), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->infile) {
+ e = (*v)(p->infile, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->parser);
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->infile);
+ p->infile = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_7__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(0)},
+ {__Pyx_NAMESTR("next"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_9next, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_8next)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.tabix_file_iterator"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("iterate over a compressed or uncompressed ``infile``.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_3__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator_7__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixFile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)o);
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ p->_filename_index = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_1__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixFile(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_13__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->_filename);
+ Py_CLEAR(p->_filename_index);
+ Py_CLEAR(p->parser);
+ Py_CLEAR(p->encoding);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixFile(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)o;
+ if (p->_filename) {
+ e = (*v)(p->_filename, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->_filename_index) {
+ e = (*v)(p->_filename_index, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->parser) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->parser), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->encoding) {
+ e = (*v)(p->encoding, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixFile(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->_filename);
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->_filename_index);
+ p->_filename_index = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->parser);
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->encoding);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6ctabix_9TabixFile_filename(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8filename_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6ctabix_9TabixFile_header(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6header_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_6ctabix_9TabixFile_contigs(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7contigs_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_TabixFile[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("_open"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_3_open, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_2_open)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_dup"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_5_dup, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_4_dup)},
+ {__Pyx_NAMESTR("_isOpen"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_7_isOpen, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_6_isOpen)},
+ {__Pyx_NAMESTR("fetch"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_9fetch, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_8fetch)},
+ {__Pyx_NAMESTR("close"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_9TabixFile_11close, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_9TabixFile_10close)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_6ctabix_TabixFile[] = {
+ {(char *)"filename", __pyx_getprop_5pysam_6ctabix_9TabixFile_filename, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_filename_associated_with_this_ob), 0},
+ {(char *)"header", __pyx_getprop_5pysam_6ctabix_9TabixFile_header, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_the_file_header_note_The_header), 0},
+ {(char *)"contigs", __pyx_getprop_5pysam_6ctabix_9TabixFile_contigs, 0, __Pyx_DOCSTR(__pyx_k_list_of_chromosome_names), 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixFile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.TabixFile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("*(filename, mode='r', parser = None)*\n\n opens a :term:`tabix file` for reading. A missing\n index (*filename* + \".tbi\") will raise an exception. *index*\n specifies an alternative name of the index.\n\n *parser* sets the default parser for this tabix file. If *parser*\n is None, the results are returned as an unparsed string.\n Otherwise, *parser* is assumed to be a functor that will return\n parsed data (see for example :class:`~pysam.asTuple` an [...]
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_Parser;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Parser(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_Parser(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->encoding);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_Parser(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)o;
+ if (p->encoding) {
+ e = (*v)(p->encoding, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_Parser(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->encoding);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_Parser[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("set_encoding"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_3set_encoding, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_6Parser_2set_encoding)},
+ {__Pyx_NAMESTR("get_encoding"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_5get_encoding, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_6Parser_4get_encoding)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_Parser = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.Parser"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_7__call__, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("Parser(encoding='ascii')"), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asTuple __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asTuple;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asTuple(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Parser(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser*)__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asTuple;
+ return o;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_asTuple = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.asTuple"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_7__call__, /*tp_call*/
+ #else
+ 0, /*tp_call*/
+ #endif
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("converts a :term:`tabix row` into a python tuple.\n\n A field in a row is accessed by numeric index.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_1__init__, /*tp_init*/
+ #else
+ 0, /*tp_init*/
+ #endif
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asTuple, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asGTF __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asGTF;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asGTF(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Parser(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser*)__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asGTF;
+ return o;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_asGTF = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.asGTF"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_7__call__, /*tp_call*/
+ #else
+ 0, /*tp_call*/
+ #endif
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("converts a :term:`tabix row` into a GTF record with the following\n fields:\n \n +----------+----------+-------------------------------+\n |*Column* |*Name* |*Content* |\n +----------+----------+-------------------------------+\n |1 |contig |the chromosome name |\n +----------+----------+-------------------------------+\n |2 |feature |The feature type |\n +----------+--------- [...]
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_1__init__, /*tp_init*/
+ #else
+ 0, /*tp_init*/
+ #endif
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asGTF, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asBed __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asBed;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asBed(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Parser(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser*)__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asBed;
+ return o;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_asBed = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.asBed"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_7__call__, /*tp_call*/
+ #else
+ 0, /*tp_call*/
+ #endif
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("converts a :term:`tabix row` into a bed record\n with the following fields:\n\n +-----------+-----------+------------------------------------------+\n |*Column* |*Field* |*Contents* |\n | | | |\n +-----------+-----------+------------------------------------------+\n |1 |contig |contig |\n | | [...]
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_1__init__, /*tp_init*/
+ #else
+ 0, /*tp_init*/
+ #endif
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asBed, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asVCF __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asVCF;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asVCF(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Parser(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser*)__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asVCF;
+ return o;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_asVCF = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.asVCF"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_7__call__, /*tp_call*/
+ #else
+ 0, /*tp_call*/
+ #endif
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("converts a :term:`tabix row` into a VCF record with\n the following fields:\n \n +----------+---------+------------------------------------+\n |*Column* |*Field* |*Contents* |\n | | | |\n +----------+---------+------------------------------------+\n |1 |contig |chromosome |\n +----------+---------+------------------------------------+\n [...]
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_Parser, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_6Parser_1__init__, /*tp_init*/
+ #else
+ 0, /*tp_init*/
+ #endif
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_asVCF, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixIterator(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+ p->tabixfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixIterator(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_9__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->tabixfile);
+ Py_CLEAR(p->encoding);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixIterator(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)o;
+ if (p->tabixfile) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->tabixfile), a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->encoding) {
+ e = (*v)(p->encoding, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixIterator(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->tabixfile);
+ p->tabixfile = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->encoding);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_TabixIterator[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_5__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__)},
+ {__Pyx_NAMESTR("next"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_7next, METH_NOARGS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_6next)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIterator = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.TabixIterator"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixIterator, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("TabixIterator(encoding='ascii')\niterates over rows in *tabixfile* in region\n given by *tid*, *start* and *end*.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixIterator, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixIterator, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_3__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_5__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_TabixIterator, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixIterator, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixIterator(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator*)__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->parser);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixIterator(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *)o;
+ e = __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixIterator(o, v, a); if (e) return e;
+ if (p->parser) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->parser), a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *)o;
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixIterator(o);
+ tmp = ((PyObject*)p->parser);
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_3__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.TabixIteratorParsed"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("TabixIteratorParsed(Parser parser)\niterates over mapped reads in a region.\n\n The *parser* determines the encoding.\n\n Returns parsed data.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_3__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_3__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIterator(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *p;
+ PyObject *o;
+ if (likely((t->tp_flags & Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT) == 0)) {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ } else {
+ o = (PyObject *) PyBaseObject_Type.tp_new(t, __pyx_empty_tuple, 0);
+ }
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)o);
+ p->__pyx_vtab = __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_GZIterator(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ {
+ PyObject *etype, *eval, *etb;
+ PyErr_Fetch(&etype, &eval, &etb);
+ ++Py_REFCNT(o);
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_3__dealloc__(o);
+ --Py_REFCNT(o);
+ PyErr_Restore(etype, eval, etb);
+ }
+ Py_CLEAR(p->_filename);
+ Py_CLEAR(p->encoding);
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_GZIterator(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)o;
+ if (p->_filename) {
+ e = (*v)(p->_filename, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->encoding) {
+ e = (*v)(p->encoding, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_GZIterator(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->_filename);
+ p->_filename = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->encoding);
+ p->encoding = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_GZIterator[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_7__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.GZIterator"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("GZIterator(filename, int buffer_size=65536, encoding='ascii')"), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_5__iter__, /*tp_iter*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_7__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIterator(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator*)__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+ return o;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead_1__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.GZIteratorHead"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("iterate line-by-line through gzip (or bgzip)\n compressed file returning comments at top of file.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_GZIterator, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_5__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead_1__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_1__init__, /*tp_init*/
+ #else
+ 0, /*tp_init*/
+ #endif
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *p;
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIterator(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator*)__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->parser);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_GZIterator(o);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *)o;
+ e = __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_GZIterator(o, v, a); if (e) return e;
+ if (p->parser) {
+ e = (*v)(((PyObject*)p->parser), a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *p = (struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *)o;
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_GZIterator(o);
+ tmp = ((PyObject*)p->parser);
+ p->parser = ((struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__next__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_3__next__, METH_NOARGS|METH_COEXIST, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.GZIteratorParsed"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("GZIteratorParsed(parser)\niterate line-by-line through gzip (or bgzip)\n compressed file returning comments at top of file.\n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_10GZIterator_5__iter__, /*tp_iter*/
+ #else
+ 0, /*tp_iter*/
+ #endif
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_3__next__, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Tabixfile(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ PyObject *o = __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_TabixFile(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ return o;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_6ctabix_Tabixfile = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.ctabix.Tabixfile"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Tabixfile), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_6ctabix_TabixFile, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_6ctabix_Tabixfile, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("ctabix"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_bytes_or, __pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or, sizeof(__pyx_k_Argument_must_be_string_bytes_or), 0, 1, 0, 0},
+ {&__pyx_kp_u_Argument_must_be_string_or_unico, __pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico, sizeof(__pyx_k_Argument_must_be_string_or_unico), 0, 1, 0, 0},
+ {&__pyx_n_s_EmptyIterator, __pyx_k_EmptyIterator, sizeof(__pyx_k_EmptyIterator), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_EmptyIterator___iter, __pyx_k_EmptyIterator___iter, sizeof(__pyx_k_EmptyIterator___iter), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_EmptyIterator___next, __pyx_k_EmptyIterator___next, sizeof(__pyx_k_EmptyIterator___next), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_EmptyIterator_next, __pyx_k_EmptyIterator_next, sizeof(__pyx_k_EmptyIterator_next), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_Filename_s_already_exists_use_fo, __pyx_k_Filename_s_already_exists_use_fo, sizeof(__pyx_k_Filename_s_already_exists_use_fo), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_Filename_s_tbi_already_exists_us, __pyx_k_Filename_s_tbi_already_exists_us, sizeof(__pyx_k_Filename_s_tbi_already_exists_us), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_GZIterator, __pyx_k_GZIterator, sizeof(__pyx_k_GZIterator), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GZIteratorHead, __pyx_k_GZIteratorHead, sizeof(__pyx_k_GZIteratorHead), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_IOError, __pyx_k_IOError, sizeof(__pyx_k_IOError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file, __pyx_k_I_O_operation_on_closed_file, sizeof(__pyx_k_I_O_operation_on_closed_file), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file_2, __pyx_k_I_O_operation_on_closed_file_2, sizeof(__pyx_k_I_O_operation_on_closed_file_2), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_KeyError, __pyx_k_KeyError, sizeof(__pyx_k_KeyError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_No_such_file_or_directory_s, __pyx_k_No_such_file_or_directory_s, sizeof(__pyx_k_No_such_file_or_directory_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_No_such_file_s, __pyx_k_No_such_file_s, sizeof(__pyx_k_No_such_file_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_NotImplementedError, __pyx_k_NotImplementedError, sizeof(__pyx_k_NotImplementedError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_OSError, __pyx_k_OSError, sizeof(__pyx_k_OSError), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_O_RDONLY, __pyx_k_O_RDONLY, sizeof(__pyx_k_O_RDONLY), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_PYTHON3, __pyx_k_PYTHON3, sizeof(__pyx_k_PYTHON3), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_StopIteration, __pyx_k_StopIteration, sizeof(__pyx_k_StopIteration), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_TabixFile, __pyx_k_TabixFile, sizeof(__pyx_k_TabixFile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Tabixfile, __pyx_k_Tabixfile, sizeof(__pyx_k_Tabixfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_TypeError, __pyx_k_TypeError, sizeof(__pyx_k_TypeError), 0, 0, 1, 1},
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+ {&__pyx_n_s_asBed, __pyx_k_asBed, sizeof(__pyx_k_asBed), 0, 0, 1, 1},
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+ {&__pyx_kp_s_could_not_create_iterator_for_re, __pyx_k_could_not_create_iterator_for_re, sizeof(__pyx_k_could_not_create_iterator_for_re), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_could_not_open_file_s, __pyx_k_could_not_open_file_s, sizeof(__pyx_k_could_not_open_file_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_could_not_open_index_for_s, __pyx_k_could_not_open_index_for_s, sizeof(__pyx_k_could_not_open_index_for_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_could_not_open_s_for_reading, __pyx_k_could_not_open_s_for_reading, sizeof(__pyx_k_could_not_open_s_for_reading), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_could_not_open_s_for_writing, __pyx_k_could_not_open_s_for_writing, sizeof(__pyx_k_could_not_open_s_for_writing), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_cpy, __pyx_k_cpy, sizeof(__pyx_k_cpy), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_decode, __pyx_k_decode, sizeof(__pyx_k_decode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_doc, __pyx_k_doc, sizeof(__pyx_k_doc), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_dup, __pyx_k_dup, sizeof(__pyx_k_dup), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_empty_iterator, __pyx_k_empty_iterator, sizeof(__pyx_k_empty_iterator), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_encode, __pyx_k_encode, sizeof(__pyx_k_encode), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_encoding, __pyx_k_encoding, sizeof(__pyx_k_encoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_end, __pyx_k_end, sizeof(__pyx_k_end), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_end_col, __pyx_k_end_col, sizeof(__pyx_k_end_col), 0, 0, 1, 1},
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+ {&__pyx_kp_s_error_d_s_d_s, __pyx_k_error_d_s_d_s, sizeof(__pyx_k_error_d_s_d_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_error_when_closing_file_s, __pyx_k_error_when_closing_file_s, sizeof(__pyx_k_error_when_closing_file_s), 0, 0, 1, 0},
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+ {&__pyx_kp_s_ftp, __pyx_k_ftp, sizeof(__pyx_k_ftp), 0, 0, 1, 0},
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+ {&__pyx_n_s_gff, __pyx_k_gff, sizeof(__pyx_k_gff), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_gz, __pyx_k_gz, sizeof(__pyx_k_gz), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam, sizeof(__pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_http, __pyx_k_http, sizeof(__pyx_k_http), 0, 0, 1, 0},
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+ {&__pyx_kp_s_incomplete_line_at_s, __pyx_k_incomplete_line_at_s, sizeof(__pyx_k_incomplete_line_at_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_index, __pyx_k_index, sizeof(__pyx_k_index), 0, 0, 1, 1},
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+ {&__pyx_n_s_multiple_iterators, __pyx_k_multiple_iterators, sizeof(__pyx_k_multiple_iterators), 0, 0, 1, 1},
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+ {&__pyx_kp_s_neither_preset_nor_seq_col_start, __pyx_k_neither_preset_nor_seq_col_start, sizeof(__pyx_k_neither_preset_nor_seq_col_start), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_next, __pyx_k_next, sizeof(__pyx_k_next), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_next_2, __pyx_k_next_2, sizeof(__pyx_k_next_2), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_open, __pyx_k_open, sizeof(__pyx_k_open), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ord, __pyx_k_ord, sizeof(__pyx_k_ord), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_os, __pyx_k_os, sizeof(__pyx_k_os), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_parse_method_of_s_not_implemente, __pyx_k_parse_method_of_s_not_implemente, sizeof(__pyx_k_parse_method_of_s_not_implemente), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_parser, __pyx_k_parser, sizeof(__pyx_k_parser), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_path, __pyx_k_path, sizeof(__pyx_k_path), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pileup, __pyx_k_pileup, sizeof(__pyx_k_pileup), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_prepare, __pyx_k_prepare, sizeof(__pyx_k_prepare), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_preset, __pyx_k_preset, sizeof(__pyx_k_preset), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_preset2conf, __pyx_k_preset2conf, sizeof(__pyx_k_preset2conf), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_psltbl, __pyx_k_psltbl, sizeof(__pyx_k_psltbl), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pysam_ctabix, __pyx_k_pysam_ctabix, sizeof(__pyx_k_pysam_ctabix), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_pyx_vtable, __pyx_k_pyx_vtable, sizeof(__pyx_k_pyx_vtable), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_qualname, __pyx_k_qualname, sizeof(__pyx_k_qualname), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_r, __pyx_k_r, sizeof(__pyx_k_r), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_readline, __pyx_k_readline, sizeof(__pyx_k_readline), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_reference, __pyx_k_reference, sizeof(__pyx_k_reference), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_region, __pyx_k_region, sizeof(__pyx_k_region), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_s, __pyx_k_s, sizeof(__pyx_k_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_s_2, __pyx_k_s_2, sizeof(__pyx_k_s_2), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_s_i, __pyx_k_s_i, sizeof(__pyx_k_s_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_s_i_i, __pyx_k_s_i_i, sizeof(__pyx_k_s_i_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_sam, __pyx_k_sam, sizeof(__pyx_k_sam), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_self, __pyx_k_self, sizeof(__pyx_k_self), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_seq_col, __pyx_k_seq_col, sizeof(__pyx_k_seq_col), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_set_encoding, __pyx_k_set_encoding, sizeof(__pyx_k_set_encoding), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_start, __pyx_k_start, sizeof(__pyx_k_start), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_start_col, __pyx_k_start_col, sizeof(__pyx_k_start_col), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_start_i_end_i, __pyx_k_start_i_end_i, sizeof(__pyx_k_start_i_end_i), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_startswith, __pyx_k_startswith, sizeof(__pyx_k_startswith), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_sys, __pyx_k_sys, sizeof(__pyx_k_sys), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_compress, __pyx_k_tabix_compress, sizeof(__pyx_k_tabix_compress), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_file_iterator, __pyx_k_tabix_file_iterator, sizeof(__pyx_k_tabix_file_iterator), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_generic_iterator, __pyx_k_tabix_generic_iterator, sizeof(__pyx_k_tabix_generic_iterator), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_generic_iterator___init, __pyx_k_tabix_generic_iterator___init, sizeof(__pyx_k_tabix_generic_iterator___init), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_generic_iterator___iter, __pyx_k_tabix_generic_iterator___iter, sizeof(__pyx_k_tabix_generic_iterator___iter), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_generic_iterator___next, __pyx_k_tabix_generic_iterator___next, sizeof(__pyx_k_tabix_generic_iterator___next), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_generic_iterator_next, __pyx_k_tabix_generic_iterator_next, sizeof(__pyx_k_tabix_generic_iterator_next), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_index, __pyx_k_tabix_index, sizeof(__pyx_k_tabix_index), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabix_iterator, __pyx_k_tabix_iterator, sizeof(__pyx_k_tabix_iterator), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_tbi, __pyx_k_tbi, sizeof(__pyx_k_tbi), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_test, __pyx_k_test, sizeof(__pyx_k_test), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_unknown_preset_s_valid_presets_a, __pyx_k_unknown_preset_s_valid_presets_a, sizeof(__pyx_k_unknown_preset_s_valid_presets_a), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_unlink, __pyx_k_unlink, sizeof(__pyx_k_unlink), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_vcf, __pyx_k_vcf, sizeof(__pyx_k_vcf), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_writing_failed, __pyx_k_writing_failed, sizeof(__pyx_k_writing_failed), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_writing_to_file_s_failed, __pyx_k_writing_to_file_s_failed, sizeof(__pyx_k_writing_to_file_s_failed), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_zerobased, __pyx_k_zerobased, sizeof(__pyx_k_zerobased), 0, 0, 1, 1},
+ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static int __Pyx_InitCachedBuiltins(void) {
+ __pyx_builtin_TypeError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_TypeError); if (!__pyx_builtin_TypeError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_NotImplementedError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_NotImplementedError); if (!__pyx_builtin_NotImplementedError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 97; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_IOError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_IOError); if (!__pyx_builtin_IOError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 301; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_ValueError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_ValueError); if (!__pyx_builtin_ValueError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_StopIteration = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_StopIteration); if (!__pyx_builtin_StopIteration) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_OSError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_OSError); if (!__pyx_builtin_OSError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 727; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_ord = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_ord); if (!__pyx_builtin_ord) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 807; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_KeyError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_KeyError); if (!__pyx_builtin_KeyError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 818; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":297
+ *
+ * filename_index = index or (filename + ".tbi")
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+ *
+ * if not self.isremote:
+ */
+ __pyx_tuple_ = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_http); if (unlikely(!__pyx_tuple_)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple_);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple_);
+ __pyx_tuple__2 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_ftp); if (unlikely(!__pyx_tuple__2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__2);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":366
+ * '''
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # convert coordinates to region string
+ */
+ __pyx_tuple__3 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__3);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":437
+ * def __get__(self):
+ * if not self._isOpen():
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self._filename
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__4 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__4);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":539
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_tuple__5 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_iteration_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 539; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__5);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":590
+ * cdef int retval = self.__cnext__()
+ * if retval == -5:
+ * raise IOError("iteration on closed file") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif retval < 0:
+ * raise StopIteration
+ */
+ __pyx_tuple__6 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_iteration_on_closed_file); if (unlikely(!__pyx_tuple__6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__6);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":712
+ * fp = bgzf_open( fn, "w")
+ * if fp == NULL:
+ * raise IOError("could not open '%s' for writing") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * fn = _encodeFilename(filename_in)
+ */
+ __pyx_tuple__7 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_could_not_open_s_for_writing); if (unlikely(!__pyx_tuple__7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__7);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":717
+ * fd_src = open(fn, O_RDONLY)
+ * if fd_src == 0:
+ * raise IOError("could not open '%s' for reading") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * buffer = malloc(WINDOW_SIZE)
+ */
+ __pyx_tuple__8 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_could_not_open_s_for_reading); if (unlikely(!__pyx_tuple__8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__8);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":727
+ * if r < 0:
+ * free(buffer)
+ * raise OSError("writing failed") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * free(buffer)
+ */
+ __pyx_tuple__9 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_writing_failed); if (unlikely(!__pyx_tuple__9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 727; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__9);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":790
+ * if preset is None and \
+ * (seq_col is None or start_col is None or end_col is None):
+ * raise ValueError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "neither preset nor seq_col,start_col and end_col given")
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__11 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_neither_preset_nor_seq_col_start); if (unlikely(!__pyx_tuple__11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__11);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":793
+ * "neither preset nor seq_col,start_col and end_col given")
+ *
+ * if not filename.endswith(".gz"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * tabix_compress(filename, filename + ".gz", force=force)
+ * os.unlink( filename )
+ */
+ __pyx_tuple__12 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_gz); if (unlikely(!__pyx_tuple__12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__12);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":799
+ *
+ * if not force and os.path.exists(filename + ".tbi"):
+ * raise IOError( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "Filename '%s.tbi' already exists, use *force* to overwrite")
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__13 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_Filename_s_tbi_already_exists_us); if (unlikely(!__pyx_tuple__13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 799; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__13);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__13);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":933
+ *
+ * if infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.infile = infile
+ */
+ __pyx_tuple__15 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 933; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__15);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__15);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":939
+ * cdef int fd = PyObject_AsFileDescriptor(infile)
+ * if fd == -1:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.duplicated_fd = dup(fd)
+ */
+ __pyx_tuple__16 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 939; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__16);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__16);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1015
+ * self.infile = infile
+ * if self.infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parser = parser
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__17 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1015; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__17);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__17);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1033
+ * # reading is still possible.
+ * if self.infile.closed:
+ * raise ValueError("I/O operation on closed file.") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * while 1:
+ */
+ __pyx_tuple__18 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_I_O_operation_on_closed_file_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1033; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__18);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":558
+ * '''empty iterator'''
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__19 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__19);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__19);
+ __pyx_codeobj__20 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__19, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_iter, 558, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":561
+ * return self
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__21 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__21);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__21);
+ __pyx_codeobj__22 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__21, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_next_2, 561, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__22)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":564
+ * raise StopIteration()
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__23 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__23);
+ __pyx_codeobj__24 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__23, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_next, 564, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":685
+ *
+ *
+ * def tabix_compress(filename_in, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename_out,
+ * force=False):
+ */
+ __pyx_tuple__25 = PyTuple_Pack(11, __pyx_n_s_filename_in, __pyx_n_s_filename_out, __pyx_n_s_force, __pyx_n_s_WINDOW_SIZE, __pyx_n_s_c, __pyx_n_s_r, __pyx_n_s_buffer, __pyx_n_s_fp, __pyx_n_s_fd_src, __pyx_n_s_O_RDONLY, __pyx_n_s_fn); if (unlikely(!__pyx_tuple__25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__25);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__25);
+ __pyx_codeobj__26 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 11, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__25, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_tabix_compress, 685, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__26)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":738
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in)
+ *
+ * def tabix_index( filename, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * force = False,
+ * seq_col = None,
+ */
+ __pyx_tuple__27 = PyTuple_Pack(13, __pyx_n_s_filename, __pyx_n_s_force, __pyx_n_s_seq_col, __pyx_n_s_start_col, __pyx_n_s_end_col, __pyx_n_s_preset, __pyx_n_s_meta_char, __pyx_n_s_zerobased, __pyx_n_s_min_shift, __pyx_n_s_preset2conf, __pyx_n_s_conf_data, __pyx_n_s_conf, __pyx_n_s_fn); if (unlikely(!__pyx_tuple__27)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__27);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__27);
+ __pyx_codeobj__28 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(9, 0, 13, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__27, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_tabix_index, 738, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__28)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1011
+ * Permits the use of file-like objects for example from the gzip module.
+ * '''
+ * def __init__(self, infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.infile = infile
+ */
+ __pyx_tuple__29 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_infile, __pyx_n_s_parser); if (unlikely(!__pyx_tuple__29)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__29);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__29);
+ __pyx_codeobj__30 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__29, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_init, 1011, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__30)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1018
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__31 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__31)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1018; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__31);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__31);
+ __pyx_codeobj__32 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__31, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_iter, 1018, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__32)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1018; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1022
+ *
+ * # cython version - required for python 3
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * b
+ */
+ __pyx_tuple__33 = PyTuple_Pack(8, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_b, __pyx_n_s_cpy, __pyx_n_s_nbytes, __pyx_n_s_encoding, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_s_2, __pyx_n_s_bytes_cpy); if (unlikely(!__pyx_tuple__33)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1022; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__33);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__33);
+ __pyx_codeobj__34 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 8, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__33, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_next, 1022, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__34)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1022; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1066
+ *
+ * # python version - required for python 2.7
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__next__()
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__35 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__35)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__35);
+ __pyx_codeobj__36 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__35, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_next_2, 1066, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__36)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1069
+ * return self.__next__()
+ *
+ * def tabix_iterator(infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return an iterator over all entries in a file.
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__37 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_infile, __pyx_n_s_parser); if (unlikely(!__pyx_tuple__37)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__37);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__37);
+ __pyx_codeobj__38 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__37, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_tabix_iterator, 1069, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__38)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __pyx_int_0 = PyInt_FromLong(0); if (unlikely(!__pyx_int_0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_1 = PyInt_FromLong(1); if (unlikely(!__pyx_int_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_2 = PyInt_FromLong(2); if (unlikely(!__pyx_int_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_3 = PyInt_FromLong(3); if (unlikely(!__pyx_int_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_4 = PyInt_FromLong(4); if (unlikely(!__pyx_int_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_5 = PyInt_FromLong(5); if (unlikely(!__pyx_int_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_15 = PyInt_FromLong(15); if (unlikely(!__pyx_int_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_17 = PyInt_FromLong(17); if (unlikely(!__pyx_int_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_18 = PyInt_FromLong(18); if (unlikely(!__pyx_int_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_35 = PyInt_FromLong(35); if (unlikely(!__pyx_int_35)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_64 = PyInt_FromLong(64); if (unlikely(!__pyx_int_64)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_65536 = PyInt_FromLong(65536L); if (unlikely(!__pyx_int_65536)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_1 = PyInt_FromLong(-1); if (unlikely(!__pyx_int_neg_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initctabix(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initctabix(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_ctabix(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_ctabix(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_ctabix(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("ctabix"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__ctabix) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.ctabix")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.ctabix", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ __pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING = ((PyObject*)Py_None); Py_INCREF(Py_None);
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ if (__Pyx_ExportFunction("_force_str", (void (*)(void))__pyx_f_5pysam_6ctabix__force_str, "PyObject *(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str *__pyx_optional_args)") < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Type init code ---*/
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator.__pyx___cnext__ = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *))__pyx_f_5pysam_6ctabix_19tabix_file_iterator___cnext__;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "tabix_file_iterator", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixFile.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "TabixFile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixFile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 254; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixFile;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_Parser;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_Parser.parse = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int))__pyx_f_5pysam_6ctabix_6Parser_parse;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_Parser) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 85; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_Parser.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_Parser.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 85; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "Parser", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_Parser) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 85; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_Parser;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asTuple = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asTuple;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asTuple.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asTuple.__pyx_base.parse = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int))__pyx_f_5pysam_6ctabix_7asTuple_parse;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asTuple.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asTuple) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asTuple.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_asTuple.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asTuple) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "asTuple", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asTuple) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 104; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asTuple = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_asTuple;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asGTF = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asGTF;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asGTF.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asGTF.__pyx_base.parse = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int))__pyx_f_5pysam_6ctabix_5asGTF_parse;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asGTF.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asGTF) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asGTF.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_asGTF.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asGTF) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "asGTF", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asGTF) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 118; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asGTF = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_asGTF;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asBed = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asBed;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asBed.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asBed.__pyx_base.parse = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int))__pyx_f_5pysam_6ctabix_5asBed_parse;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asBed.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asBed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asBed.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_asBed.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asBed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "asBed", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asBed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asBed = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_asBed;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asVCF = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asVCF;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asVCF.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_asVCF.__pyx_base.parse = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int))__pyx_f_5pysam_6ctabix_5asVCF_parse;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asVCF.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asVCF) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 213; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_asVCF.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_asVCF.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asVCF) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 213; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "asVCF", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_asVCF) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 213; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asVCF = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_asVCF;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_TabixIterator.__pyx___cnext__ = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *))__pyx_f_5pysam_6ctabix_13TabixIterator___cnext__;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIterator.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIterator, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_13TabixIterator_4__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIterator.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "TabixIterator", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_19TabixIteratorParsed_2__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "TabixIteratorParsed", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIterator.__pyx___cnext__ = (int (*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *))__pyx_f_5pysam_6ctabix_10GZIterator___cnext__;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator, "__init__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__.doc = __pyx_doc_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator___init__;
+ }
+ }
+ #endif
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_10GZIterator_6__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "GZIterator", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 649; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 649; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__.doc = __pyx_doc_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_14GZIteratorHead___next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 649; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "GZIteratorHead", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 649; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed = &__pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+ __pyx_vtable_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed.tp_print = 0;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ {
+ PyObject *wrapper = __Pyx_GetAttrString((PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed, "__next__"); if (unlikely(!wrapper)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (Py_TYPE(wrapper) == &PyWrapperDescr_Type) {
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__ = *((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base;
+ __pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__.doc = __pyx_doc_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__;
+ ((PyWrapperDescrObject *)wrapper)->d_base = &__pyx_wrapperbase_5pysam_6ctabix_16GZIteratorParsed_2__next__;
+ }
+ }
+ #endif
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "GZIteratorParsed", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_Tabixfile.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_6ctabix_Tabixfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1097; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_6ctabix_Tabixfile.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "Tabixfile", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_6ctabix_Tabixfile) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1097; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Tabixfile = &__pyx_type_5pysam_6ctabix_Tabixfile;
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_7cpython_4type_type = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "type",
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ sizeof(PyTypeObject),
+ #else
+ sizeof(PyHeapTypeObject),
+ #endif
+ 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4type_type)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 9; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_4bool_bool = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "bool", sizeof(PyBoolObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_4bool_bool)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 8; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_7cpython_7complex_complex = __Pyx_ImportType(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME, "complex", sizeof(PyComplexObject), 0); if (unlikely(!__pyx_ptype_7cpython_7complex_complex)) {__pyx_filename = __pyx_f[3]; __pyx_lineno = 15; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "TupleProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 41; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 41; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "GTFProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "NamedTupleProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "BedProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 76; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 76; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "VCFProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[4]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":3
+ * # cython: embedsignature=True
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import os # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_os, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_os, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 3; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":4
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import os
+ * import sys # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * from libc.stdio cimport printf, fprintf, stderr
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 4; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":26
+ * tbx_destroy, gzopen, gzclose, gzerror, gzdopen
+ *
+ * PYTHON3 = PY_MAJOR_VERSION >= 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBool_FromLong((PY_MAJOR_VERSION >= 3)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 26; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_PYTHON3, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 26; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":30
+ * # filename encoding (copied from lxml.etree.pyx)
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 30; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getfilesystemencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 30; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 30; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 30; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":31
+ * cdef str _FILENAME_ENCODING
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":32
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getfilesystemencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_sys); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 32; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_getdefaultencoding); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 32; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 32; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!(likely(PyString_CheckExact(__pyx_t_1))||((__pyx_t_1) == Py_None)||(PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Expected %.16s, got %.200s", "str", Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_name), 0))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 32; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L2;
+ }
+ __pyx_L2:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":33
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii'
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING == ((PyObject*)Py_None));
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":34
+ * _FILENAME_ENCODING = sys.getdefaultencoding()
+ * if _FILENAME_ENCODING is None:
+ * _FILENAME_ENCODING = 'ascii' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #cdef char* _C_FILENAME_ENCODING
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_5pysam_6ctabix__FILENAME_ENCODING, __pyx_n_s_ascii);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ascii);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":555
+ *
+ *
+ * class EmptyIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''empty iterator'''
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Py3MetaclassPrepare((PyObject *) NULL, __pyx_empty_tuple, __pyx_n_s_EmptyIterator, __pyx_n_s_EmptyIterator, (PyObject *) NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, __pyx_kp_s_empty_iterator); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":558
+ * '''empty iterator'''
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_1__iter__, 0, __pyx_n_s_EmptyIterator___iter, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__20)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_iter, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":561
+ * return self
+ *
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_3next, 0, __pyx_n_s_EmptyIterator_next, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__22)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_next_2, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 561; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":564
+ * raise StopIteration()
+ *
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise StopIteration()
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_13EmptyIterator_5__next__, 0, __pyx_n_s_EmptyIterator___next, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__24)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_next, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":555
+ *
+ *
+ * class EmptyIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''empty iterator'''
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Py3ClassCreate(((PyObject*)&__Pyx_DefaultClassType), __pyx_n_s_EmptyIterator, __pyx_empty_tuple, __pyx_t_1, NULL, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_EmptyIterator, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":685
+ *
+ *
+ * def tabix_compress(filename_in, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * filename_out,
+ * force=False):
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_1tabix_compress, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tabix_compress, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":738
+ * raise OSError("error when closing file %s" % filename_in)
+ *
+ * def tabix_index( filename, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * force = False,
+ * seq_col = None,
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_3tabix_index, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tabix_index, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1006
+ *
+ *
+ * class tabix_generic_iterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate over ``infile``.
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_Py3MetaclassPrepare((PyObject *) NULL, __pyx_empty_tuple, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator, (PyObject *) NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, __pyx_kp_s_iterate_over_infile_Permits_the); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1011
+ * Permits the use of file-like objects for example from the gzip module.
+ * '''
+ * def __init__(self, infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.infile = infile
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_1__init__, 0, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator___init, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__30)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_init, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1011; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1018
+ * self.parser = parser
+ *
+ * def __iter__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_3__iter__, 0, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator___iter, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__32)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1018; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_iter, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1018; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1022
+ *
+ * # cython version - required for python 3
+ * def __next__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef char * b
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_5__next__, 0, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator___next, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__34)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1022; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_next, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1022; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1066
+ *
+ * # python version - required for python 2.7
+ * def next(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.__next__()
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_22tabix_generic_iterator_7next, 0, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator_next, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__36)); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_n_s_next_2, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1066; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1006
+ *
+ *
+ * class tabix_generic_iterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''iterate over ``infile``.
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Py3ClassCreate(((PyObject*)&__Pyx_DefaultClassType), __pyx_n_s_tabix_generic_iterator, __pyx_empty_tuple, __pyx_t_1, NULL, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1069
+ * return self.__next__()
+ *
+ * def tabix_iterator(infile, parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """return an iterator over all entries in a file.
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_6ctabix_5tabix_iterator, NULL, __pyx_n_s_pysam_ctabix); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_tabix_iterator, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1069; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1101
+ *
+ *
+ * __all__ = [ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "tabix_index",
+ * "tabix_compress",
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(13); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_tabix_index);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_n_s_tabix_index);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_tabix_index);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_tabix_compress);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_n_s_tabix_compress);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_tabix_compress);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_TabixFile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_n_s_TabixFile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_TabixFile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Tabixfile);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_n_s_Tabixfile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Tabixfile);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_asTuple);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 4, __pyx_n_s_asTuple);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_asTuple);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_asGTF);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 5, __pyx_n_s_asGTF);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_asGTF);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_asVCF);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 6, __pyx_n_s_asVCF);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_asVCF);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_asBed);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 7, __pyx_n_s_asBed);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_asBed);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GZIterator);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 8, __pyx_n_s_GZIterator);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GZIterator);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GZIteratorHead);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 9, __pyx_n_s_GZIteratorHead);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GZIteratorHead);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_tabix_iterator);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 10, __pyx_n_s_tabix_iterator);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_tabix_iterator);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_tabix_generic_iterator);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 11, __pyx_n_s_tabix_generic_iterator);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_tabix_generic_iterator);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_tabix_file_iterator);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 12, __pyx_n_s_tabix_file_iterator);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_tabix_file_iterator);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_all, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1101; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/ctabix.pyx":1
+ * # cython: embedsignature=True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # adds doc-strings for sphinx
+ * import os
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.ctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.ctabix");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name) {
+ PyObject* result = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, name);
+ if (unlikely(!result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError,
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "name '%U' is not defined", name);
+#else
+ "name '%.200s' is not defined", PyString_AS_STRING(name));
+#endif
+ }
+ return result;
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyObject *result;
+ ternaryfunc call = func->ob_type->tp_call;
+ if (unlikely(!call))
+ return PyObject_Call(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (unlikely(Py_EnterRecursiveCall((char*)" while calling a Python object")))
+ return NULL;
+#endif
+ result = (*call)(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ Py_LeaveRecursiveCall();
+#endif
+ if (unlikely(!result) && unlikely(!PyErr_Occurred())) {
+ PyErr_SetString(
+ PyExc_SystemError,
+ "NULL result without error in PyObject_Call");
+ }
+ return result;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->curexc_type;
+ tmp_value = tstate->curexc_value;
+ tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = type;
+ tstate->curexc_value = value;
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_Restore(type, value, tb);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->curexc_type;
+ *value = tstate->curexc_value;
+ *tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb,
+ CYTHON_UNUSED PyObject *cause) {
+ Py_XINCREF(type);
+ if (!value || value == Py_None)
+ value = NULL;
+ else
+ Py_INCREF(value);
+ if (!tb || tb == Py_None)
+ tb = NULL;
+ else {
+ Py_INCREF(tb);
+ if (!PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto raise_error;
+ }
+ }
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyClass_Check(type)) {
+ #else
+ if (PyType_Check(type)) {
+ #endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!value) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&type, &value, &tb);
+ } else {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto raise_error;
+ }
+ value = type;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyInstance_Check(type)) {
+ type = (PyObject*) ((PyInstanceObject*)type)->in_class;
+ Py_INCREF(type);
+ } else {
+ type = 0;
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception must be an old-style class or instance");
+ goto raise_error;
+ }
+ #else
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(type);
+ Py_INCREF(type);
+ if (!PyType_IsSubtype((PyTypeObject *)type, (PyTypeObject *)PyExc_BaseException)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto raise_error;
+ }
+ #endif
+ }
+ __Pyx_ErrRestore(type, value, tb);
+ return;
+raise_error:
+ Py_XDECREF(value);
+ Py_XDECREF(type);
+ Py_XDECREF(tb);
+ return;
+}
+#else /* Python 3+ */
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause) {
+ PyObject* owned_instance = NULL;
+ if (tb == Py_None) {
+ tb = 0;
+ } else if (tb && !PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto bad;
+ }
+ if (value == Py_None)
+ value = 0;
+ if (PyExceptionInstance_Check(type)) {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto bad;
+ }
+ value = type;
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ } else if (PyExceptionClass_Check(type)) {
+ PyObject *instance_class = NULL;
+ if (value && PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ instance_class = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ if (instance_class != type) {
+ if (PyObject_IsSubclass(instance_class, type)) {
+ type = instance_class;
+ } else {
+ instance_class = NULL;
+ }
+ }
+ }
+ if (!instance_class) {
+ PyObject *args;
+ if (!value)
+ args = PyTuple_New(0);
+ else if (PyTuple_Check(value)) {
+ Py_INCREF(value);
+ args = value;
+ } else
+ args = PyTuple_Pack(1, value);
+ if (!args)
+ goto bad;
+ owned_instance = PyObject_Call(type, args, NULL);
+ Py_DECREF(args);
+ if (!owned_instance)
+ goto bad;
+ value = owned_instance;
+ if (!PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "calling %R should have returned an instance of "
+ "BaseException, not %R",
+ type, Py_TYPE(value));
+ goto bad;
+ }
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03030000
+ if (cause) {
+#else
+ if (cause && cause != Py_None) {
+#endif
+ PyObject *fixed_cause;
+ if (cause == Py_None) {
+ fixed_cause = NULL;
+ } else if (PyExceptionClass_Check(cause)) {
+ fixed_cause = PyObject_CallObject(cause, NULL);
+ if (fixed_cause == NULL)
+ goto bad;
+ } else if (PyExceptionInstance_Check(cause)) {
+ fixed_cause = cause;
+ Py_INCREF(fixed_cause);
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "exception causes must derive from "
+ "BaseException");
+ goto bad;
+ }
+ PyException_SetCause(value, fixed_cause);
+ }
+ PyErr_SetObject(type, value);
+ if (tb) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ if (tb != tmp_tb) {
+ Py_INCREF(tb);
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+ }
+ }
+bad:
+ Py_XDECREF(owned_instance);
+ return;
+}
+#endif
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(
+ const char* func_name,
+ PyObject* kw_name)
+{
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%U'", func_name, kw_name);
+ #else
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%s'", func_name,
+ PyString_AsString(kw_name));
+ #endif
+}
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(
+ PyObject *kwds,
+ PyObject **argnames[],
+ PyObject *kwds2,
+ PyObject *values[],
+ Py_ssize_t num_pos_args,
+ const char* function_name)
+{
+ PyObject *key = 0, *value = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+ PyObject*** name;
+ PyObject*** first_kw_arg = argnames + num_pos_args;
+ while (PyDict_Next(kwds, &pos, &key, &value)) {
+ name = first_kw_arg;
+ while (*name && (**name != key)) name++;
+ if (*name) {
+ values[name-argnames] = value;
+ continue;
+ }
+ name = first_kw_arg;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyString_CheckExact(key)) || likely(PyString_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ if ((CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**name) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**name, key)) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ if ((**argname == key) || (
+ (CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**argname) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**argname, key))) {
+ goto arg_passed_twice;
+ }
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ #endif
+ if (likely(PyUnicode_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ int cmp = (**name == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**name) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**name, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ int cmp = (**argname == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**argname) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**argname, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) goto arg_passed_twice;
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ goto invalid_keyword_type;
+ if (kwds2) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(kwds2, key, value))) goto bad;
+ } else {
+ goto invalid_keyword;
+ }
+ }
+ return 0;
+arg_passed_twice:
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(function_name, key);
+ goto bad;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ goto bad;
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+bad:
+ return -1;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(
+ const char* func_name,
+ int exact,
+ Py_ssize_t num_min,
+ Py_ssize_t num_max,
+ Py_ssize_t num_found)
+{
+ Py_ssize_t num_expected;
+ const char *more_or_less;
+ if (num_found < num_min) {
+ num_expected = num_min;
+ more_or_less = "at least";
+ } else {
+ num_expected = num_max;
+ more_or_less = "at most";
+ }
+ if (exact) {
+ more_or_less = "exactly";
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes %.8s %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d positional argument%.1s (%" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d given)",
+ func_name, more_or_less, num_expected,
+ (num_expected == 1) ? "" : "s", num_found);
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_TypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type) {
+ if (unlikely(!type)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Missing type object");
+ return 0;
+ }
+ if (likely(PyObject_TypeCheck(obj, type)))
+ return 1;
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError, "Cannot convert %.200s to %.200s",
+ Py_TYPE(obj)->tp_name, type->tp_name);
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+ if (s1 == s2) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else if (PyBytes_CheckExact(s1) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ const char *ps1, *ps2;
+ Py_ssize_t length = PyBytes_GET_SIZE(s1);
+ if (length != PyBytes_GET_SIZE(s2))
+ return (equals == Py_NE);
+ ps1 = PyBytes_AS_STRING(s1);
+ ps2 = PyBytes_AS_STRING(s2);
+ if (ps1[0] != ps2[0]) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if (length == 1) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else {
+ int result = memcmp(ps1, ps2, (size_t)length);
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if ((s2 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s1)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PyObject* owned_ref = NULL;
+#endif
+ int s1_is_unicode, s2_is_unicode;
+ if (s1 == s2) {
+ goto return_eq;
+ }
+ s1_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s1);
+ s2_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s2);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if ((s1_is_unicode & (!s2_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s2)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s2);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s2 = owned_ref;
+ s2_is_unicode = 1;
+ } else if ((s2_is_unicode & (!s1_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s1)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s1);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s1 = owned_ref;
+ s1_is_unicode = 1;
+ } else if (((!s2_is_unicode) & (!s1_is_unicode))) {
+ return __Pyx_PyBytes_Equals(s1, s2, equals);
+ }
+#endif
+ if (s1_is_unicode & s2_is_unicode) {
+ Py_ssize_t length;
+ int kind;
+ void *data1, *data2;
+ #if CYTHON_PEP393_ENABLED
+ if (unlikely(PyUnicode_READY(s1) < 0) || unlikely(PyUnicode_READY(s2) < 0))
+ return -1;
+ #endif
+ length = __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s1);
+ if (length != __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ kind = __Pyx_PyUnicode_KIND(s1);
+ if (kind != __Pyx_PyUnicode_KIND(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ data1 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s1);
+ data2 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s2);
+ if (__Pyx_PyUnicode_READ(kind, data1, 0) != __Pyx_PyUnicode_READ(kind, data2, 0)) {
+ goto return_ne;
+ } else if (length == 1) {
+ goto return_eq;
+ } else {
+ int result = memcmp(data1, data2, length * kind);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & s2_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else if ((s2 == Py_None) & s1_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+return_eq:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ);
+return_ne:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_NE);
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name) {
+ PyObject *result;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = PyDict_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (result) {
+ Py_INCREF(result);
+ } else {
+#else
+ result = PyObject_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (!result) {
+ PyErr_Clear();
+#endif
+ result = __Pyx_GetBuiltinName(name);
+ }
+ return result;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgumentTypeInvalid(const char* name, PyObject *obj, PyTypeObject *type) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Argument '%.200s' has incorrect type (expected %.200s, got %.200s)",
+ name, type->tp_name, Py_TYPE(obj)->tp_name);
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ArgTypeTest(PyObject *obj, PyTypeObject *type, int none_allowed,
+ const char *name, int exact)
+{
+ if (unlikely(!type)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Missing type object");
+ return 0;
+ }
+ if (none_allowed && obj == Py_None) return 1;
+ else if (exact) {
+ if (likely(Py_TYPE(obj) == type)) return 1;
+ #if PY_MAJOR_VERSION == 2
+ else if ((type == &PyBaseString_Type) && likely(__Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj))) return 1;
+ #endif
+ }
+ else {
+ if (likely(PyObject_TypeCheck(obj, type))) return 1;
+ }
+ __Pyx_RaiseArgumentTypeInvalid(name, obj, type);
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->exc_type;
+ *value = tstate->exc_value;
+ *tb = tstate->exc_traceback;
+ Py_XINCREF(*type);
+ Py_XINCREF(*value);
+ Py_XINCREF(*tb);
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = type;
+ tstate->exc_value = value;
+ tstate->exc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *local_type, *local_value, *local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ local_type = tstate->curexc_type;
+ local_value = tstate->curexc_value;
+ local_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (unlikely(tstate->curexc_type))
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred()))
+#endif
+ goto bad;
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (local_tb) {
+ if (unlikely(PyException_SetTraceback(local_value, local_tb) < 0))
+ goto bad;
+ }
+ #endif
+ Py_XINCREF(local_tb);
+ Py_XINCREF(local_type);
+ Py_XINCREF(local_value);
+ *type = local_type;
+ *value = local_value;
+ *tb = local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = local_type;
+ tstate->exc_value = local_value;
+ tstate->exc_traceback = local_tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(local_type, local_value, local_tb);
+#endif
+ return 0;
+bad:
+ *type = 0;
+ *value = 0;
+ *tb = 0;
+ Py_XDECREF(local_type);
+ Py_XDECREF(local_value);
+ Py_XDECREF(local_tb);
+ return -1;
+}
+
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values) {
+ return PyObject_CallMethodObjArgs(sep, __pyx_n_s_join, values, NULL)
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyDict_Keys(PyObject* d) {
+ if (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ return __Pyx_PyObject_CallMethod1((PyObject*)&PyDict_Type, __pyx_n_s_keys, d);
+ else
+ return PyDict_Keys(d);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "too many values to unpack (expected %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d)", expected);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "need more than %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d value%.1s to unpack",
+ index, (index == 1) ? "" : "s");
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* exc_type = tstate->curexc_type;
+ if (unlikely(exc_type)) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration) || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration)) {
+ PyObject *exc_value, *exc_tb;
+ exc_value = tstate->curexc_value;
+ exc_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+ Py_DECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_tb);
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred())) {
+ if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_StopIteration))) {
+ PyErr_Clear();
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected) {
+ if (unlikely(retval)) {
+ Py_DECREF(retval);
+ __Pyx_RaiseTooManyValuesError(expected);
+ return -1;
+ } else {
+ return __Pyx_IterFinish();
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable) {
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ PyObject *ob = PyCapsule_New(vtable, 0, 0);
+#else
+ PyObject *ob = PyCObject_FromVoidPtr(vtable, 0);
+#endif
+ if (!ob)
+ goto bad;
+ if (PyDict_SetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable, ob) < 0)
+ goto bad;
+ Py_DECREF(ob);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return -1;
+}
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict) {
+ void* ptr;
+ PyObject *ob = PyObject_GetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable);
+ if (!ob)
+ goto bad;
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ ptr = PyCapsule_GetPointer(ob, 0);
+#else
+ ptr = PyCObject_AsVoidPtr(ob);
+#endif
+ if (!ptr && !PyErr_Occurred())
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "invalid vtable found for imported type");
+ Py_DECREF(ob);
+ return ptr;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return NULL;
+}
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type) {
+ PyObject* fake_module;
+ PyTypeObject* cached_type = NULL;
+ fake_module = PyImport_AddModule((char*) "_cython_" CYTHON_ABI);
+ if (!fake_module) return NULL;
+ Py_INCREF(fake_module);
+ cached_type = (PyTypeObject*) PyObject_GetAttrString(fake_module, type->tp_name);
+ if (cached_type) {
+ if (!PyType_Check((PyObject*)cached_type)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s is not a type object",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ if (cached_type->tp_basicsize != type->tp_basicsize) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s has the wrong size, try recompiling",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ } else {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ if (PyType_Ready(type) < 0) goto bad;
+ if (PyObject_SetAttrString(fake_module, type->tp_name, (PyObject*) type) < 0)
+ goto bad;
+ Py_INCREF(type);
+ cached_type = type;
+ }
+done:
+ Py_DECREF(fake_module);
+ return cached_type;
+bad:
+ Py_XDECREF(cached_type);
+ cached_type = NULL;
+ goto done;
+}
+
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_doc(__pyx_CyFunctionObject *op, CYTHON_UNUSED void *closure)
+{
+ if (unlikely(op->func_doc == NULL)) {
+ if (op->func.m_ml->ml_doc) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ op->func_doc = PyUnicode_FromString(op->func.m_ml->ml_doc);
+#else
+ op->func_doc = PyString_FromString(op->func.m_ml->ml_doc);
+#endif
+ if (unlikely(op->func_doc == NULL))
+ return NULL;
+ } else {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(op->func_doc);
+ return op->func_doc;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_doc(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp = op->func_doc;
+ if (value == NULL)
+ value = Py_None; /* Mark as deleted */
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_doc = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_name(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ if (unlikely(op->func_name == NULL)) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ op->func_name = PyUnicode_InternFromString(op->func.m_ml->ml_name);
+#else
+ op->func_name = PyString_InternFromString(op->func.m_ml->ml_name);
+#endif
+ if (unlikely(op->func_name == NULL))
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(op->func_name);
+ return op->func_name;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_name(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (unlikely(value == NULL || !PyUnicode_Check(value))) {
+#else
+ if (unlikely(value == NULL || !PyString_Check(value))) {
+#endif
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__name__ must be set to a string object");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_name;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_name = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_qualname(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(op->func_qualname);
+ return op->func_qualname;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_qualname(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (unlikely(value == NULL || !PyUnicode_Check(value))) {
+#else
+ if (unlikely(value == NULL || !PyString_Check(value))) {
+#endif
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__qualname__ must be set to a string object");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_qualname;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_qualname = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_self(__pyx_CyFunctionObject *m, CYTHON_UNUSED void *closure)
+{
+ PyObject *self;
+ self = m->func_closure;
+ if (self == NULL)
+ self = Py_None;
+ Py_INCREF(self);
+ return self;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_dict(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ if (unlikely(op->func_dict == NULL)) {
+ op->func_dict = PyDict_New();
+ if (unlikely(op->func_dict == NULL))
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(op->func_dict);
+ return op->func_dict;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_dict(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+ if (unlikely(value == NULL)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "function's dictionary may not be deleted");
+ return -1;
+ }
+ if (unlikely(!PyDict_Check(value))) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "setting function's dictionary to a non-dict");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_dict;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_dict = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_globals(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(op->func_globals);
+ return op->func_globals;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_closure(CYTHON_UNUSED __pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_code(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ PyObject* result = (op->func_code) ? op->func_code : Py_None;
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_init_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject *res = op->defaults_getter((PyObject *) op);
+ if (unlikely(!res))
+ return -1;
+ op->defaults_tuple = PyTuple_GET_ITEM(res, 0);
+ Py_INCREF(op->defaults_tuple);
+ op->defaults_kwdict = PyTuple_GET_ITEM(res, 1);
+ Py_INCREF(op->defaults_kwdict);
+ Py_DECREF(res);
+ return 0;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value) {
+ value = Py_None;
+ } else if (value != Py_None && !PyTuple_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__defaults__ must be set to a tuple object");
+ return -1;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ tmp = op->defaults_tuple;
+ op->defaults_tuple = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->defaults_tuple;
+ if (unlikely(!result)) {
+ if (op->defaults_getter) {
+ if (__Pyx_CyFunction_init_defaults(op) < 0) return NULL;
+ result = op->defaults_tuple;
+ } else {
+ result = Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_kwdefaults(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value) {
+ value = Py_None;
+ } else if (value != Py_None && !PyDict_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__kwdefaults__ must be set to a dict object");
+ return -1;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ tmp = op->defaults_kwdict;
+ op->defaults_kwdict = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_kwdefaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->defaults_kwdict;
+ if (unlikely(!result)) {
+ if (op->defaults_getter) {
+ if (__Pyx_CyFunction_init_defaults(op) < 0) return NULL;
+ result = op->defaults_kwdict;
+ } else {
+ result = Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_annotations(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value || value == Py_None) {
+ value = NULL;
+ } else if (!PyDict_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__annotations__ must be set to a dict object");
+ return -1;
+ }
+ Py_XINCREF(value);
+ tmp = op->func_annotations;
+ op->func_annotations = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_annotations(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->func_annotations;
+ if (unlikely(!result)) {
+ result = PyDict_New();
+ if (unlikely(!result)) return NULL;
+ op->func_annotations = result;
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static PyGetSetDef __pyx_CyFunction_getsets[] = {
+ {(char *) "func_doc", (getter)__Pyx_CyFunction_get_doc, (setter)__Pyx_CyFunction_set_doc, 0, 0},
+ {(char *) "__doc__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_doc, (setter)__Pyx_CyFunction_set_doc, 0, 0},
+ {(char *) "func_name", (getter)__Pyx_CyFunction_get_name, (setter)__Pyx_CyFunction_set_name, 0, 0},
+ {(char *) "__name__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_name, (setter)__Pyx_CyFunction_set_name, 0, 0},
+ {(char *) "__qualname__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_qualname, (setter)__Pyx_CyFunction_set_qualname, 0, 0},
+ {(char *) "__self__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_self, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_dict", (getter)__Pyx_CyFunction_get_dict, (setter)__Pyx_CyFunction_set_dict, 0, 0},
+ {(char *) "__dict__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_dict, (setter)__Pyx_CyFunction_set_dict, 0, 0},
+ {(char *) "func_globals", (getter)__Pyx_CyFunction_get_globals, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__globals__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_globals, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_closure", (getter)__Pyx_CyFunction_get_closure, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__closure__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_closure, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_code", (getter)__Pyx_CyFunction_get_code, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__code__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_code, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_defaults", (getter)__Pyx_CyFunction_get_defaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_defaults, 0, 0},
+ {(char *) "__defaults__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_defaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_defaults, 0, 0},
+ {(char *) "__kwdefaults__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_kwdefaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_kwdefaults, 0, 0},
+ {(char *) "__annotations__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_annotations, (setter)__Pyx_CyFunction_set_annotations, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+#ifndef PY_WRITE_RESTRICTED /* < Py2.5 */
+#define PY_WRITE_RESTRICTED WRITE_RESTRICTED
+#endif
+static PyMemberDef __pyx_CyFunction_members[] = {
+ {(char *) "__module__", T_OBJECT, offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func.m_module), PY_WRITE_RESTRICTED, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_reduce(__pyx_CyFunctionObject *m, CYTHON_UNUSED PyObject *args)
+{
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ return PyUnicode_FromString(m->func.m_ml->ml_name);
+#else
+ return PyString_FromString(m->func.m_ml->ml_name);
+#endif
+}
+static PyMethodDef __pyx_CyFunction_methods[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__reduce__"), (PyCFunction)__Pyx_CyFunction_reduce, METH_VARARGS, 0},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_New(PyTypeObject *type, PyMethodDef *ml, int flags, PyObject* qualname,
+ PyObject *closure, PyObject *module, PyObject* globals, PyObject* code) {
+ __pyx_CyFunctionObject *op = PyObject_GC_New(__pyx_CyFunctionObject, type);
+ if (op == NULL)
+ return NULL;
+ op->flags = flags;
+ op->func_weakreflist = NULL;
+ op->func.m_ml = ml;
+ op->func.m_self = (PyObject *) op;
+ Py_XINCREF(closure);
+ op->func_closure = closure;
+ Py_XINCREF(module);
+ op->func.m_module = module;
+ op->func_dict = NULL;
+ op->func_name = NULL;
+ Py_INCREF(qualname);
+ op->func_qualname = qualname;
+ op->func_doc = NULL;
+ op->func_classobj = NULL;
+ op->func_globals = globals;
+ Py_INCREF(op->func_globals);
+ Py_XINCREF(code);
+ op->func_code = code;
+ op->defaults_pyobjects = 0;
+ op->defaults = NULL;
+ op->defaults_tuple = NULL;
+ op->defaults_kwdict = NULL;
+ op->defaults_getter = NULL;
+ op->func_annotations = NULL;
+ PyObject_GC_Track(op);
+ return (PyObject *) op;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_clear(__pyx_CyFunctionObject *m)
+{
+ Py_CLEAR(m->func_closure);
+ Py_CLEAR(m->func.m_module);
+ Py_CLEAR(m->func_dict);
+ Py_CLEAR(m->func_name);
+ Py_CLEAR(m->func_qualname);
+ Py_CLEAR(m->func_doc);
+ Py_CLEAR(m->func_globals);
+ Py_CLEAR(m->func_code);
+ Py_CLEAR(m->func_classobj);
+ Py_CLEAR(m->defaults_tuple);
+ Py_CLEAR(m->defaults_kwdict);
+ Py_CLEAR(m->func_annotations);
+ if (m->defaults) {
+ PyObject **pydefaults = __Pyx_CyFunction_Defaults(PyObject *, m);
+ int i;
+ for (i = 0; i < m->defaults_pyobjects; i++)
+ Py_XDECREF(pydefaults[i]);
+ PyMem_Free(m->defaults);
+ m->defaults = NULL;
+ }
+ return 0;
+}
+static void __Pyx_CyFunction_dealloc(__pyx_CyFunctionObject *m)
+{
+ PyObject_GC_UnTrack(m);
+ if (m->func_weakreflist != NULL)
+ PyObject_ClearWeakRefs((PyObject *) m);
+ __Pyx_CyFunction_clear(m);
+ PyObject_GC_Del(m);
+}
+static int __Pyx_CyFunction_traverse(__pyx_CyFunctionObject *m, visitproc visit, void *arg)
+{
+ Py_VISIT(m->func_closure);
+ Py_VISIT(m->func.m_module);
+ Py_VISIT(m->func_dict);
+ Py_VISIT(m->func_name);
+ Py_VISIT(m->func_qualname);
+ Py_VISIT(m->func_doc);
+ Py_VISIT(m->func_globals);
+ Py_VISIT(m->func_code);
+ Py_VISIT(m->func_classobj);
+ Py_VISIT(m->defaults_tuple);
+ Py_VISIT(m->defaults_kwdict);
+ if (m->defaults) {
+ PyObject **pydefaults = __Pyx_CyFunction_Defaults(PyObject *, m);
+ int i;
+ for (i = 0; i < m->defaults_pyobjects; i++)
+ Py_VISIT(pydefaults[i]);
+ }
+ return 0;
+}
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_descr_get(PyObject *func, PyObject *obj, PyObject *type)
+{
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ if (m->flags & __Pyx_CYFUNCTION_STATICMETHOD) {
+ Py_INCREF(func);
+ return func;
+ }
+ if (m->flags & __Pyx_CYFUNCTION_CLASSMETHOD) {
+ if (type == NULL)
+ type = (PyObject *)(Py_TYPE(obj));
+ return PyMethod_New(func,
+ type, (PyObject *)(Py_TYPE(type)));
+ }
+ if (obj == Py_None)
+ obj = NULL;
+ return PyMethod_New(func, obj, type);
+}
+static PyObject*
+__Pyx_CyFunction_repr(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ return PyUnicode_FromFormat("<cyfunction %U at %p>",
+ op->func_qualname, (void *)op);
+#else
+ return PyString_FromFormat("<cyfunction %s at %p>",
+ PyString_AsString(op->func_qualname), (void *)op);
+#endif
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+static PyObject * __Pyx_CyFunction_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyCFunctionObject* f = (PyCFunctionObject*)func;
+ PyCFunction meth = PyCFunction_GET_FUNCTION(func);
+ PyObject *self = PyCFunction_GET_SELF(func);
+ Py_ssize_t size;
+ switch (PyCFunction_GET_FLAGS(func) & ~(METH_CLASS | METH_STATIC | METH_COEXIST)) {
+ case METH_VARARGS:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0)
+ return (*meth)(self, arg);
+ break;
+ case METH_VARARGS | METH_KEYWORDS:
+ return (*(PyCFunctionWithKeywords)meth)(self, arg, kw);
+ case METH_NOARGS:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0) {
+ size = PyTuple_GET_SIZE(arg);
+ if (size == 0)
+ return (*meth)(self, NULL);
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes no arguments (%zd given)",
+ f->m_ml->ml_name, size);
+ return NULL;
+ }
+ break;
+ case METH_O:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0) {
+ size = PyTuple_GET_SIZE(arg);
+ if (size == 1)
+ return (*meth)(self, PyTuple_GET_ITEM(arg, 0));
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes exactly one argument (%zd given)",
+ f->m_ml->ml_name, size);
+ return NULL;
+ }
+ break;
+ default:
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Bad call flags in "
+ "__Pyx_CyFunction_Call. METH_OLDARGS is no "
+ "longer supported!");
+ return NULL;
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError, "%.200s() takes no keyword arguments",
+ f->m_ml->ml_name);
+ return NULL;
+}
+#else
+static PyObject * __Pyx_CyFunction_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ return PyCFunction_Call(func, arg, kw);
+}
+#endif
+static PyTypeObject __pyx_CyFunctionType_type = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("cython_function_or_method"), /*tp_name*/
+ sizeof(__pyx_CyFunctionObject), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ (destructor) __Pyx_CyFunction_dealloc, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+#else
+ 0, /*reserved*/
+#endif
+ (reprfunc) __Pyx_CyFunction_repr, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ __Pyx_CyFunction_Call, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /* tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ (traverseproc) __Pyx_CyFunction_traverse, /*tp_traverse*/
+ (inquiry) __Pyx_CyFunction_clear, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func_weakreflist), /* tp_weaklistoffse */
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_CyFunction_methods, /*tp_methods*/
+ __pyx_CyFunction_members, /*tp_members*/
+ __pyx_CyFunction_getsets, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ __Pyx_CyFunction_descr_get, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func_dict),/*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ 0, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+#endif
+};
+static int __Pyx_CyFunction_init(void) {
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_CyFunctionType_type.tp_call = PyCFunction_Call;
+#endif
+ __pyx_CyFunctionType = __Pyx_FetchCommonType(&__pyx_CyFunctionType_type);
+ if (__pyx_CyFunctionType == NULL) {
+ return -1;
+ }
+ return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE void *__Pyx_CyFunction_InitDefaults(PyObject *func, size_t size, int pyobjects) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults = PyMem_Malloc(size);
+ if (!m->defaults)
+ return PyErr_NoMemory();
+ memset(m->defaults, 0, size);
+ m->defaults_pyobjects = pyobjects;
+ return m->defaults;
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(PyObject *func, PyObject *tuple) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults_tuple = tuple;
+ Py_INCREF(tuple);
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsKwDict(PyObject *func, PyObject *dict) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults_kwdict = dict;
+ Py_INCREF(dict);
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetAnnotationsDict(PyObject *func, PyObject *dict) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->func_annotations = dict;
+ Py_INCREF(dict);
+}
+
+static PyObject *__Pyx_CalculateMetaclass(PyTypeObject *metaclass, PyObject *bases) {
+ Py_ssize_t i, nbases = PyTuple_GET_SIZE(bases);
+ for (i=0; i < nbases; i++) {
+ PyTypeObject *tmptype;
+ PyObject *tmp = PyTuple_GET_ITEM(bases, i);
+ tmptype = Py_TYPE(tmp);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (tmptype == &PyClass_Type)
+ continue;
+#endif
+ if (!metaclass) {
+ metaclass = tmptype;
+ continue;
+ }
+ if (PyType_IsSubtype(metaclass, tmptype))
+ continue;
+ if (PyType_IsSubtype(tmptype, metaclass)) {
+ metaclass = tmptype;
+ continue;
+ }
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "metaclass conflict: "
+ "the metaclass of a derived class "
+ "must be a (non-strict) subclass "
+ "of the metaclasses of all its bases");
+ return NULL;
+ }
+ if (!metaclass) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ metaclass = &PyClass_Type;
+#else
+ metaclass = &PyType_Type;
+#endif
+ }
+ Py_INCREF((PyObject*) metaclass);
+ return (PyObject*) metaclass;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Py3MetaclassPrepare(PyObject *metaclass, PyObject *bases, PyObject *name,
+ PyObject *qualname, PyObject *mkw, PyObject *modname, PyObject *doc) {
+ PyObject *ns;
+ if (metaclass) {
+ PyObject *prep = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(metaclass, __pyx_n_s_prepare);
+ if (prep) {
+ PyObject *pargs = PyTuple_Pack(2, name, bases);
+ if (unlikely(!pargs)) {
+ Py_DECREF(prep);
+ return NULL;
+ }
+ ns = PyObject_Call(prep, pargs, mkw);
+ Py_DECREF(prep);
+ Py_DECREF(pargs);
+ } else {
+ if (unlikely(!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)))
+ return NULL;
+ PyErr_Clear();
+ ns = PyDict_New();
+ }
+ } else {
+ ns = PyDict_New();
+ }
+ if (unlikely(!ns))
+ return NULL;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_module, modname) < 0)) goto bad;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_qualname, qualname) < 0)) goto bad;
+ if (unlikely(doc && PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_doc, doc) < 0)) goto bad;
+ return ns;
+bad:
+ Py_DECREF(ns);
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__Pyx_Py3ClassCreate(PyObject *metaclass, PyObject *name, PyObject *bases,
+ PyObject *dict, PyObject *mkw,
+ int calculate_metaclass, int allow_py2_metaclass) {
+ PyObject *result, *margs;
+ PyObject *owned_metaclass = NULL;
+ if (allow_py2_metaclass) {
+ owned_metaclass = PyObject_GetItem(dict, __pyx_n_s_metaclass);
+ if (owned_metaclass) {
+ metaclass = owned_metaclass;
+ } else if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_KeyError))) {
+ PyErr_Clear();
+ } else {
+ return NULL;
+ }
+ }
+ if (calculate_metaclass && (!metaclass || PyType_Check(metaclass))) {
+ metaclass = __Pyx_CalculateMetaclass((PyTypeObject*) metaclass, bases);
+ Py_XDECREF(owned_metaclass);
+ if (unlikely(!metaclass))
+ return NULL;
+ owned_metaclass = metaclass;
+ }
+ margs = PyTuple_Pack(3, name, bases, dict);
+ if (unlikely(!margs)) {
+ result = NULL;
+ } else {
+ result = PyObject_Call(metaclass, margs, mkw);
+ Py_DECREF(margs);
+ }
+ Py_XDECREF(owned_metaclass);
+ return result;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int32_t __Pyx_PyInt_As_int32_t(PyObject *x) {
+ const int32_t neg_one = (int32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int32_t) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int32_t");
+ return (int32_t) -1;
+ }
+ return (int32_t) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int32_t");
+ return (int32_t) -1;
+ }
+ if (sizeof(int32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int32_t)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int32_t) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int32_t) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int32_t) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int32_t, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int32_t val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int32_t) -1;
+ }
+ } else {
+ int32_t val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int32_t) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int32_t(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_int(int value) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(int),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __Pyx_ExportFunction(const char *name, void (*f)(void), const char *sig) {
+ PyObject *d = 0;
+ PyObject *cobj = 0;
+ union {
+ void (*fp)(void);
+ void *p;
+ } tmp;
+ d = PyObject_GetAttrString(__pyx_m, (char *)"__pyx_capi__");
+ if (!d) {
+ PyErr_Clear();
+ d = PyDict_New();
+ if (!d)
+ goto bad;
+ Py_INCREF(d);
+ if (PyModule_AddObject(__pyx_m, (char *)"__pyx_capi__", d) < 0)
+ goto bad;
+ }
+ tmp.fp = f;
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ cobj = PyCapsule_New(tmp.p, sig, 0);
+#else
+ cobj = PyCObject_FromVoidPtrAndDesc(tmp.p, (void *)sig, 0);
+#endif
+ if (!cobj)
+ goto bad;
+ if (PyDict_SetItemString(d, name, cobj) < 0)
+ goto bad;
+ Py_DECREF(cobj);
+ Py_DECREF(d);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(cobj);
+ Py_XDECREF(d);
+ return -1;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/pysam/cvcf.c b/pysam/cvcf.c
new file mode 100644
index 0000000..3e1e1da
--- /dev/null
+++ b/pysam/cvcf.c
@@ -0,0 +1,30127 @@
+/* Generated by Cython 0.20.1 on Fri Nov 21 19:49:04 2014 */
+
+#define PY_SSIZE_T_CLEAN
+#ifndef CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#else
+#include "pyconfig.h"
+#ifdef PYLONG_BITS_IN_DIGIT
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 1
+#else
+#define CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS 0
+#endif
+#endif
+#endif
+#include "Python.h"
+#ifndef Py_PYTHON_H
+ #error Python headers needed to compile C extensions, please install development version of Python.
+#elif PY_VERSION_HEX < 0x02040000
+ #error Cython requires Python 2.4+.
+#else
+#define CYTHON_ABI "0_20_1"
+#include <stddef.h> /* For offsetof */
+#ifndef offsetof
+#define offsetof(type, member) ( (size_t) & ((type*)0) -> member )
+#endif
+#if !defined(WIN32) && !defined(MS_WINDOWS)
+ #ifndef __stdcall
+ #define __stdcall
+ #endif
+ #ifndef __cdecl
+ #define __cdecl
+ #endif
+ #ifndef __fastcall
+ #define __fastcall
+ #endif
+#endif
+#ifndef DL_IMPORT
+ #define DL_IMPORT(t) t
+#endif
+#ifndef DL_EXPORT
+ #define DL_EXPORT(t) t
+#endif
+#ifndef PY_LONG_LONG
+ #define PY_LONG_LONG LONG_LONG
+#endif
+#ifndef Py_HUGE_VAL
+ #define Py_HUGE_VAL HUGE_VAL
+#endif
+#ifdef PYPY_VERSION
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 1
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 0
+#else
+#define CYTHON_COMPILING_IN_PYPY 0
+#define CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON 1
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define Py_OptimizeFlag 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ typedef int Py_ssize_t;
+ #define PY_SSIZE_T_MAX INT_MAX
+ #define PY_SSIZE_T_MIN INT_MIN
+ #define PY_FORMAT_SIZE_T ""
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T ""
+ #define PyInt_FromSsize_t(z) PyInt_FromLong(z)
+ #define PyInt_AsSsize_t(o) __Pyx_PyInt_As_int(o)
+ #define PyNumber_Index(o) ((PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o)) ? PyNumber_Int(o) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, \
+ "expected index value, got %.200s", Py_TYPE(o)->tp_name), \
+ (PyObject*)0))
+ #define __Pyx_PyIndex_Check(o) (PyNumber_Check(o) && !PyFloat_Check(o) && \
+ !PyComplex_Check(o))
+ #define PyIndex_Check __Pyx_PyIndex_Check
+ #define PyErr_WarnEx(category, message, stacklevel) PyErr_Warn(category, message)
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "i"
+#else
+ #define __PYX_BUILD_PY_SSIZE_T "n"
+ #define CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "z"
+ #define __Pyx_PyIndex_Check PyIndex_Check
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_REFCNT(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_refcnt)
+ #define Py_TYPE(ob) (((PyObject*)(ob))->ob_type)
+ #define Py_SIZE(ob) (((PyVarObject*)(ob))->ob_size)
+ #define PyVarObject_HEAD_INIT(type, size) \
+ PyObject_HEAD_INIT(type) size,
+ #define PyType_Modified(t)
+ typedef struct {
+ void *buf;
+ PyObject *obj;
+ Py_ssize_t len;
+ Py_ssize_t itemsize;
+ int readonly;
+ int ndim;
+ char *format;
+ Py_ssize_t *shape;
+ Py_ssize_t *strides;
+ Py_ssize_t *suboffsets;
+ void *internal;
+ } Py_buffer;
+ #define PyBUF_SIMPLE 0
+ #define PyBUF_WRITABLE 0x0001
+ #define PyBUF_FORMAT 0x0004
+ #define PyBUF_ND 0x0008
+ #define PyBUF_STRIDES (0x0010 | PyBUF_ND)
+ #define PyBUF_C_CONTIGUOUS (0x0020 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_F_CONTIGUOUS (0x0040 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_ANY_CONTIGUOUS (0x0080 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_INDIRECT (0x0100 | PyBUF_STRIDES)
+ #define PyBUF_RECORDS (PyBUF_STRIDES | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ #define PyBUF_FULL (PyBUF_INDIRECT | PyBUF_FORMAT | PyBUF_WRITABLE)
+ typedef int (*getbufferproc)(PyObject *, Py_buffer *, int);
+ typedef void (*releasebufferproc)(PyObject *, Py_buffer *);
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "__builtin__"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a+k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyClass_Type
+#else
+ #define __Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME "builtins"
+ #define __Pyx_PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos) \
+ PyCode_New(a, k, l, s, f, code, c, n, v, fv, cell, fn, name, fline, lnos)
+ #define __Pyx_DefaultClassType PyType_Type
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyUnicode_FromString(s) PyUnicode_Decode(s, strlen(s), "UTF-8", "strict")
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define Py_TPFLAGS_CHECKTYPES 0
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_INDEX 0
+#endif
+#if (PY_VERSION_HEX < 0x02060000) || (PY_MAJOR_VERSION >= 3)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000 && !defined(Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT)
+ #define Py_TPFLAGS_IS_ABSTRACT 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1 && !defined(Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE)
+ #define Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE 0
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX > 0x03030000 && defined(PyUnicode_KIND)
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 1
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (likely(PyUnicode_IS_READY(op)) ? \
+ 0 : _PyUnicode_Ready((PyObject *)(op)))
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_LENGTH(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) PyUnicode_READ_CHAR(u, i)
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) PyUnicode_KIND(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) PyUnicode_DATA(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) PyUnicode_READ(k, d, i)
+#else
+ #define CYTHON_PEP393_ENABLED 0
+ #define __Pyx_PyUnicode_READY(op) (0)
+ #define __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(u) PyUnicode_GET_SIZE(u)
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ_CHAR(u, i) ((Py_UCS4)(PyUnicode_AS_UNICODE(u)[i]))
+ #define __Pyx_PyUnicode_KIND(u) (sizeof(Py_UNICODE))
+ #define __Pyx_PyUnicode_DATA(u) ((void*)PyUnicode_AS_UNICODE(u))
+ #define __Pyx_PyUnicode_READ(k, d, i) ((void)(k), (Py_UCS4)(((Py_UNICODE*)d)[i]))
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) PyNumber_Add(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b) PyUnicode_Concat(a, b)
+ #define __Pyx_PyUnicode_ConcatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None) || unlikely((b) == Py_None)) ? \
+ PyNumber_Add(a, b) : __Pyx_PyUnicode_Concat(a, b))
+#endif
+#define __Pyx_PyString_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : __Pyx_PyString_Format(a, b))
+#define __Pyx_PyUnicode_FormatSafe(a, b) ((unlikely((a) == Py_None)) ? PyNumber_Remainder(a, b) : PyUnicode_Format(a, b))
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyUnicode_Format(a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PyString_Format(a, b) PyString_Format(a, b)
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBaseString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyStringObject PyUnicodeObject
+ #define PyString_Type PyUnicode_Type
+ #define PyString_Check PyUnicode_Check
+ #define PyString_CheckExact PyUnicode_CheckExact
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PyBytesObject PyStringObject
+ #define PyBytes_Type PyString_Type
+ #define PyBytes_Check PyString_Check
+ #define PyBytes_CheckExact PyString_CheckExact
+ #define PyBytes_FromString PyString_FromString
+ #define PyBytes_FromStringAndSize PyString_FromStringAndSize
+ #define PyBytes_FromFormat PyString_FromFormat
+ #define PyBytes_DecodeEscape PyString_DecodeEscape
+ #define PyBytes_AsString PyString_AsString
+ #define PyBytes_AsStringAndSize PyString_AsStringAndSize
+ #define PyBytes_Size PyString_Size
+ #define PyBytes_AS_STRING PyString_AS_STRING
+ #define PyBytes_GET_SIZE PyString_GET_SIZE
+ #define PyBytes_Repr PyString_Repr
+ #define PyBytes_Concat PyString_Concat
+ #define PyBytes_ConcatAndDel PyString_ConcatAndDel
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) PyUnicode_Check(obj)
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) PyUnicode_CheckExact(obj)
+#else
+ #define __Pyx_PyBaseString_Check(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj) || \
+ PyString_Check(obj) || PyUnicode_Check(obj))
+ #define __Pyx_PyBaseString_CheckExact(obj) (PyString_CheckExact(obj) || PyUnicode_CheckExact(obj))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ #define PySet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PySet_Type)
+ #define PyFrozenSet_Check(obj) PyObject_TypeCheck(obj, &PyFrozenSet_Type)
+#endif
+#ifndef PySet_CheckExact
+ #define PySet_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == &PySet_Type)
+#endif
+#define __Pyx_TypeCheck(obj, type) PyObject_TypeCheck(obj, (PyTypeObject *)type)
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyIntObject PyLongObject
+ #define PyInt_Type PyLong_Type
+ #define PyInt_Check(op) PyLong_Check(op)
+ #define PyInt_CheckExact(op) PyLong_CheckExact(op)
+ #define PyInt_FromString PyLong_FromString
+ #define PyInt_FromUnicode PyLong_FromUnicode
+ #define PyInt_FromLong PyLong_FromLong
+ #define PyInt_FromSize_t PyLong_FromSize_t
+ #define PyInt_FromSsize_t PyLong_FromSsize_t
+ #define PyInt_AsLong PyLong_AsLong
+ #define PyInt_AS_LONG PyLong_AS_LONG
+ #define PyInt_AsSsize_t PyLong_AsSsize_t
+ #define PyInt_AsUnsignedLongMask PyLong_AsUnsignedLongMask
+ #define PyInt_AsUnsignedLongLongMask PyLong_AsUnsignedLongLongMask
+ #define PyNumber_Int PyNumber_Long
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyBoolObject PyLongObject
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030200A4
+ typedef long Py_hash_t;
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromLong
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsLong
+#else
+ #define __Pyx_PyInt_FromHash_t PyInt_FromSsize_t
+ #define __Pyx_PyInt_AsHash_t PyInt_AsSsize_t
+#endif
+#if (PY_MAJOR_VERSION < 3) || (PY_VERSION_HEX >= 0x03010300)
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) PySequence_GetSlice(obj, a, b)
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) PySequence_DelSlice(obj, a, b)
+#else
+ #define __Pyx_PySequence_GetSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), (PyObject*)0) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_GetSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object is unsliceable", (obj)->ob_type->tp_name), (PyObject*)0)))
+ #define __Pyx_PySequence_SetSlice(obj, a, b, value) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_SetSlice(obj, a, b, value)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice assignment", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+ #define __Pyx_PySequence_DelSlice(obj, a, b) (unlikely(!(obj)) ? \
+ (PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "null argument to internal routine"), -1) : \
+ (likely((obj)->ob_type->tp_as_mapping) ? (PySequence_DelSlice(obj, a, b)) : \
+ (PyErr_Format(PyExc_TypeError, "'%.200s' object doesn't support slice deletion", (obj)->ob_type->tp_name), -1)))
+#endif
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define PyMethod_New(func, self, klass) ((self) ? PyMethod_New(func, self) : PyInstanceMethod_New(func))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),((char *)(n)))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),((char *)(n)),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),((char *)(n)))
+#else
+ #define __Pyx_GetAttrString(o,n) PyObject_GetAttrString((o),(n))
+ #define __Pyx_SetAttrString(o,n,a) PyObject_SetAttrString((o),(n),(a))
+ #define __Pyx_DelAttrString(o,n) PyObject_DelAttrString((o),(n))
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) ((char *)(n))
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) ((char *)(n))
+#else
+ #define __Pyx_NAMESTR(n) (n)
+ #define __Pyx_DOCSTR(n) (n)
+#endif
+#ifndef CYTHON_INLINE
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_INLINE __inline__
+ #elif defined(_MSC_VER)
+ #define CYTHON_INLINE __inline
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_INLINE inline
+ #else
+ #define CYTHON_INLINE
+ #endif
+#endif
+#ifndef CYTHON_RESTRICT
+ #if defined(__GNUC__)
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict__
+ #elif defined(_MSC_VER) && _MSC_VER >= 1400
+ #define CYTHON_RESTRICT __restrict
+ #elif defined (__STDC_VERSION__) && __STDC_VERSION__ >= 199901L
+ #define CYTHON_RESTRICT restrict
+ #else
+ #define CYTHON_RESTRICT
+ #endif
+#endif
+#ifdef NAN
+#define __PYX_NAN() ((float) NAN)
+#else
+static CYTHON_INLINE float __PYX_NAN() {
+ /* Initialize NaN. The sign is irrelevant, an exponent with all bits 1 and
+ a nonzero mantissa means NaN. If the first bit in the mantissa is 1, it is
+ a quiet NaN. */
+ float value;
+ memset(&value, 0xFF, sizeof(value));
+ return value;
+}
+#endif
+
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_TrueDivide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceTrueDivide(x,y)
+#else
+ #define __Pyx_PyNumber_Divide(x,y) PyNumber_Divide(x,y)
+ #define __Pyx_PyNumber_InPlaceDivide(x,y) PyNumber_InPlaceDivide(x,y)
+#endif
+
+#ifndef __PYX_EXTERN_C
+ #ifdef __cplusplus
+ #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
+ #else
+ #define __PYX_EXTERN_C extern
+ #endif
+#endif
+
+#if defined(WIN32) || defined(MS_WINDOWS)
+#define _USE_MATH_DEFINES
+#endif
+#include <math.h>
+#define __PYX_HAVE__pysam__cvcf
+#define __PYX_HAVE_API__pysam__cvcf
+#include "stdlib.h"
+#include "string.h"
+#include "stdint.h"
+#include "stdio.h"
+#include "fcntl.h"
+#include "unistd.h"
+#include "zlib.h"
+#include "htslib/kstring.h"
+#include "htslib/hfile.h"
+#include "htslib/bgzf.h"
+#include "htslib/hts.h"
+#include "htslib/sam.h"
+#include "pysam_stream.h"
+#include "htslib/faidx.h"
+#include "htslib/tbx.h"
+#ifdef _OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif /* _OPENMP */
+
+#ifdef PYREX_WITHOUT_ASSERTIONS
+#define CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+#endif
+
+#ifndef CYTHON_UNUSED
+# if defined(__GNUC__)
+# if !(defined(__cplusplus)) || (__GNUC__ > 3 || (__GNUC__ == 3 && __GNUC_MINOR__ >= 4))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+# elif defined(__ICC) || (defined(__INTEL_COMPILER) && !defined(_MSC_VER))
+# define CYTHON_UNUSED __attribute__ ((__unused__))
+# else
+# define CYTHON_UNUSED
+# endif
+#endif
+typedef struct {PyObject **p; char *s; const Py_ssize_t n; const char* encoding;
+ const char is_unicode; const char is_str; const char intern; } __Pyx_StringTabEntry; /*proto*/
+
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT 0
+#define __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING ""
+#define __Pyx_PyObject_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyObject_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#define __Pyx_fits_Py_ssize_t(v, type, is_signed) ( \
+ (sizeof(type) < sizeof(Py_ssize_t)) || \
+ (sizeof(type) > sizeof(Py_ssize_t) && \
+ likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX) && \
+ (!is_signed || likely(v > (type)PY_SSIZE_T_MIN || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MIN))) || \
+ (sizeof(type) == sizeof(Py_ssize_t) && \
+ (is_signed || likely(v < (type)PY_SSIZE_T_MAX || \
+ v == (type)PY_SSIZE_T_MAX))) )
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject*, Py_ssize_t* length);
+#define __Pyx_PyByteArray_FromString(s) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, strlen((const char*)s))
+#define __Pyx_PyByteArray_FromStringAndSize(s, l) PyByteArray_FromStringAndSize((const char*)s, l)
+#define __Pyx_PyBytes_FromString PyBytes_FromString
+#define __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize PyBytes_FromStringAndSize
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char*);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyBytes_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyBytes_FromStringAndSize
+#else
+ #define __Pyx_PyStr_FromString __Pyx_PyUnicode_FromString
+ #define __Pyx_PyStr_FromStringAndSize __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize
+#endif
+#define __Pyx_PyObject_AsSString(s) ((signed char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_AsUString(s) ((unsigned char*) __Pyx_PyObject_AsString(s))
+#define __Pyx_PyObject_FromUString(s) __Pyx_PyObject_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyBytes_FromUString(s) __Pyx_PyBytes_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyByteArray_FromUString(s) __Pyx_PyByteArray_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyStr_FromUString(s) __Pyx_PyStr_FromString((char*)s)
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUString(s) __Pyx_PyUnicode_FromString((char*)s)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static CYTHON_INLINE size_t __Pyx_Py_UNICODE_strlen(const Py_UNICODE *u)
+{
+ const Py_UNICODE *u_end = u;
+ while (*u_end++) ;
+ return u_end - u - 1;
+}
+#else
+#define __Pyx_Py_UNICODE_strlen Py_UNICODE_strlen
+#endif
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicode(u) PyUnicode_FromUnicode(u, __Pyx_Py_UNICODE_strlen(u))
+#define __Pyx_PyUnicode_FromUnicodeAndLength PyUnicode_FromUnicode
+#define __Pyx_PyUnicode_AsUnicode PyUnicode_AsUnicode
+#define __Pyx_Owned_Py_None(b) (Py_INCREF(Py_None), Py_None)
+#define __Pyx_PyBool_FromLong(b) ((b) ? (Py_INCREF(Py_True), Py_True) : (Py_INCREF(Py_False), Py_False))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x);
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject*);
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) (PyFloat_CheckExact(x) ? PyFloat_AS_DOUBLE(x) : PyFloat_AsDouble(x))
+#else
+#define __pyx_PyFloat_AsDouble(x) PyFloat_AsDouble(x)
+#endif
+#define __pyx_PyFloat_AsFloat(x) ((float) __pyx_PyFloat_AsDouble(x))
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+static int __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_u = NULL;
+ PyObject* ascii_chars_b = NULL;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ if (strcmp(PyBytes_AsString(default_encoding), "ascii") == 0) {
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 0;
+ } else {
+ const char* default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ char ascii_chars[128];
+ int c;
+ for (c = 0; c < 128; c++) {
+ ascii_chars[c] = c;
+ }
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii = 1;
+ ascii_chars_u = PyUnicode_DecodeASCII(ascii_chars, 128, NULL);
+ if (ascii_chars_u == NULL) goto bad;
+ ascii_chars_b = PyUnicode_AsEncodedString(ascii_chars_u, default_encoding_c, NULL);
+ if (ascii_chars_b == NULL || strncmp(ascii_chars, PyBytes_AS_STRING(ascii_chars_b), 128) != 0) {
+ PyErr_Format(
+ PyExc_ValueError,
+ "This module compiled with c_string_encoding=ascii, but default encoding '%.200s' is not a superset of ascii.",
+ default_encoding_c);
+ goto bad;
+ }
+ }
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_u);
+ Py_XDECREF(ascii_chars_b);
+ return -1;
+}
+#endif
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_DecodeUTF8(c_str, size, NULL)
+#else
+#define __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, size) PyUnicode_Decode(c_str, size, __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, NULL)
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+static char* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING;
+static int __Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params(void) {
+ PyObject* sys = NULL;
+ PyObject* default_encoding = NULL;
+ char* default_encoding_c;
+ sys = PyImport_ImportModule("sys");
+ if (sys == NULL) goto bad;
+ default_encoding = PyObject_CallMethod(sys, (char*) (const char*) "getdefaultencoding", NULL);
+ if (default_encoding == NULL) goto bad;
+ default_encoding_c = PyBytes_AS_STRING(default_encoding);
+ __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING = (char*) malloc(strlen(default_encoding_c));
+ strcpy(__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING, default_encoding_c);
+ Py_DECREF(sys);
+ Py_DECREF(default_encoding);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(sys);
+ Py_XDECREF(default_encoding);
+ return -1;
+}
+#endif
+#endif
+
+
+#ifdef __GNUC__
+ /* Test for GCC > 2.95 */
+ #if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && (__GNUC_MINOR__ > 95))
+ #define likely(x) __builtin_expect(!!(x), 1)
+ #define unlikely(x) __builtin_expect(!!(x), 0)
+ #else /* __GNUC__ > 2 ... */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+ #endif /* __GNUC__ > 2 ... */
+#else /* __GNUC__ */
+ #define likely(x) (x)
+ #define unlikely(x) (x)
+#endif /* __GNUC__ */
+
+static PyObject *__pyx_m;
+static PyObject *__pyx_d;
+static PyObject *__pyx_b;
+static PyObject *__pyx_empty_tuple;
+static PyObject *__pyx_empty_bytes;
+static int __pyx_lineno;
+static int __pyx_clineno = 0;
+static const char * __pyx_cfilenm= __FILE__;
+static const char *__pyx_filename;
+
+
+static const char *__pyx_f[] = {
+ "cvcf.pyx",
+ "ctabix.pxd",
+ "TabProxies.pxd",
+};
+
+/*--- Type declarations ---*/
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Tabixfile;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord;
+struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord;
+struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse;
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str;
+
+/* "ctabix.pxd":50
+ * ###########################################
+ * # used by cvcf.pyx
+ * cdef _force_str(object s, encoding=?) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###########################################
+ */
+struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str {
+ int __pyx_n;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+/* "ctabix.pxd":19
+ * kstream_t, kstring_t, gzFile, tbx_t
+ *
+ * cdef class tabix_file_iterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef gzFile fh
+ * cdef kstream_t * kstream
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_vtab;
+ gzFile fh;
+ kstream_t *kstream;
+ kstring_t buffer;
+ size_t size;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+ int fd;
+ int duplicated_fd;
+ PyObject *infile;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":31
+ * cdef __cnext__(self)
+ *
+ * cdef class TabixFile: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # pointer to tabixfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile {
+ PyObject_HEAD
+ htsFile *tabixfile;
+ tbx_t *index;
+ int isremote;
+ PyObject *_filename;
+ PyObject *_filename_index;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":53
+ *
+ * ###########################################
+ * cdef class Parser: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef encoding
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_vtab;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":58
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ * cdef class asTuple(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":61
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ * cdef class asGTF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":64
+ * pass
+ *
+ * cdef class asBed(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":67
+ * pass
+ *
+ * cdef class asVCF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":70
+ * pass
+ *
+ * cdef class TabixIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef hts_itr_t * iterator
+ * cdef TabixFile tabixfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_vtab;
+ hts_itr_t *iterator;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile *tabixfile;
+ kstring_t buffer;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":77
+ * cdef int __cnext__(self)
+ *
+ * cdef class TabixIteratorParsed(TabixIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef Parser parser
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator __pyx_base;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":80
+ * cdef Parser parser
+ *
+ * cdef class GZIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile gzipfile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_vtab;
+ PyObject *_filename;
+ gzFile gzipfile;
+ kstream_t *kstream;
+ kstring_t buffer;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":88
+ * cdef encoding
+ *
+ * cdef class GZIteratorHead(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":91
+ * pass
+ *
+ * cdef class GZIteratorParsed(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef Parser parser
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *parser;
+};
+
+
+/* "ctabix.pxd":95
+ *
+ * # Compatibility Layer for pysam < 0.8
+ * cdef class Tabixfile(TabixFile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Tabixfile {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile __pyx_base;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":41
+ * ctypedef int uint64_t
+ *
+ * cdef class TupleProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy {
+ PyObject_HEAD
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_vtab;
+ char *data;
+ char **fields;
+ int nfields;
+ int index;
+ int nbytes;
+ int offset;
+ int is_modified;
+ PyObject *encoding;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":63
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class GTFProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+ char *_attributes;
+ int hasOwnAttributes;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":73
+ * cdef char * getAttributes( self )
+ *
+ * cdef class NamedTupleProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":76
+ * pass
+ *
+ * cdef class BedProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+ char *contig;
+ uint32_t start;
+ uint32_t end;
+ int bedfields;
+};
+
+
+/* "TabProxies.pxd":88
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class VCFProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+ char *contig;
+ uint32_t pos;
+};
+
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":96
+ * ###########################################################################################################
+ *
+ * cdef class VCFRecord( TabProxies.TupleProxy): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''vcf record.
+ *
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord {
+ struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+ PyObject *vcf;
+ char *contig;
+ uint32_t pos;
+};
+
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":230
+ *
+ *
+ * cdef class asVCFRecord(ctabix.Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a VCF record.'''
+ * cdef vcffile
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord {
+ struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+ PyObject *vcffile;
+};
+
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":914
+ * return line
+ *
+ * def _parse(self, line, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return
+ */
+struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse {
+ PyObject_HEAD
+ PyObject *__pyx_v_d;
+ PyObject *__pyx_v_line;
+ PyObject *__pyx_v_self;
+ PyObject *__pyx_v_stream;
+ Py_ssize_t __pyx_t_0;
+ PyObject *__pyx_t_1;
+ PyObject *(*__pyx_t_2)(PyObject *);
+};
+
+
+
+/* "ctabix.pxd":19
+ * kstream_t, kstring_t, gzFile, tbx_t
+ *
+ * cdef class tabix_file_iterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef gzFile fh
+ * cdef kstream_t * kstream
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator {
+ PyObject *(*__pyx___cnext__)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator;
+
+
+/* "ctabix.pxd":53
+ *
+ * ###########################################
+ * cdef class Parser: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef encoding
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser {
+ PyObject *(*parse)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+
+
+/* "ctabix.pxd":58
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ * cdef class asTuple(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asTuple {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asTuple *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asTuple;
+
+
+/* "ctabix.pxd":61
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len)
+ *
+ * cdef class asGTF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asGTF {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asGTF *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asGTF;
+
+
+/* "ctabix.pxd":64
+ * pass
+ *
+ * cdef class asBed(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asBed {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asBed *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asBed;
+
+
+/* "ctabix.pxd":67
+ * pass
+ *
+ * cdef class asVCF(Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asVCF {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asVCF *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asVCF;
+
+
+/* "ctabix.pxd":70
+ * pass
+ *
+ * cdef class TabixIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef hts_itr_t * iterator
+ * cdef TabixFile tabixfile
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator {
+ int (*__pyx___cnext__)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator;
+
+
+/* "ctabix.pxd":77
+ * cdef int __cnext__(self)
+ *
+ * cdef class TabixIteratorParsed(TabixIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef Parser parser
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed;
+
+
+/* "ctabix.pxd":80
+ * cdef Parser parser
+ *
+ * cdef class GZIterator: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef object _filename
+ * cdef gzFile gzipfile
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator {
+ int (*__pyx___cnext__)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator;
+
+
+/* "ctabix.pxd":88
+ * cdef encoding
+ *
+ * cdef class GZIteratorHead(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead;
+
+
+/* "ctabix.pxd":91
+ * pass
+ *
+ * cdef class GZIteratorParsed(GZIterator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef Parser parser
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":41
+ * ctypedef int uint64_t
+ *
+ * cdef class TupleProxy: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy {
+ int (*getMaxFields)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *);
+ int (*getMinFields)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *);
+ PyObject *(*take)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*present)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*copy)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+ PyObject *(*update)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":63
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class GTFProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+ char *(*getAttributes)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *);
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":73
+ * cdef char * getAttributes( self )
+ *
+ * cdef class NamedTupleProxy(TupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pass
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":76
+ * pass
+ *
+ * cdef class BedProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy;
+
+
+/* "TabProxies.pxd":88
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes)
+ *
+ * cdef class VCFProxy(NamedTupleProxy) : # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef:
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy;
+
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":96
+ * ###########################################################################################################
+ *
+ * cdef class VCFRecord( TabProxies.TupleProxy): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''vcf record.
+ *
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_4cvcf_VCFRecord {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_VCFRecord;
+
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":230
+ *
+ *
+ * cdef class asVCFRecord(ctabix.Parser): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a VCF record.'''
+ * cdef vcffile
+ */
+
+struct __pyx_vtabstruct_5pysam_4cvcf_asVCFRecord {
+ struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser __pyx_base;
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *__pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_asVCFRecord;
+#ifndef CYTHON_REFNANNY
+ #define CYTHON_REFNANNY 0
+#endif
+#if CYTHON_REFNANNY
+ typedef struct {
+ void (*INCREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*DECREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GOTREF)(void*, PyObject*, int);
+ void (*GIVEREF)(void*, PyObject*, int);
+ void* (*SetupContext)(const char*, int, const char*);
+ void (*FinishContext)(void**);
+ } __Pyx_RefNannyAPIStruct;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNanny = NULL;
+ static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname); /*proto*/
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations void *__pyx_refnanny = NULL;
+#ifdef WITH_THREAD
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ if (acquire_gil) { \
+ PyGILState_STATE __pyx_gilstate_save = PyGILState_Ensure(); \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ PyGILState_Release(__pyx_gilstate_save); \
+ } else { \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__); \
+ }
+#else
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil) \
+ __pyx_refnanny = __Pyx_RefNanny->SetupContext((name), __LINE__, __FILE__)
+#endif
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext() \
+ __Pyx_RefNanny->FinishContext(&__pyx_refnanny)
+ #define __Pyx_INCREF(r) __Pyx_RefNanny->INCREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_DECREF(r) __Pyx_RefNanny->DECREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GOTREF(r) __Pyx_RefNanny->GOTREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r) __Pyx_RefNanny->GIVEREF(__pyx_refnanny, (PyObject *)(r), __LINE__)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_INCREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_DECREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GOTREF(r); }} while(0)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r) do { if((r) != NULL) {__Pyx_GIVEREF(r);}} while(0)
+#else
+ #define __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #define __Pyx_RefNannySetupContext(name, acquire_gil)
+ #define __Pyx_RefNannyFinishContext()
+ #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
+ #define __Pyx_DECREF(r) Py_DECREF(r)
+ #define __Pyx_GOTREF(r)
+ #define __Pyx_GIVEREF(r)
+ #define __Pyx_XINCREF(r) Py_XINCREF(r)
+ #define __Pyx_XDECREF(r) Py_XDECREF(r)
+ #define __Pyx_XGOTREF(r)
+ #define __Pyx_XGIVEREF(r)
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+#define __Pyx_XDECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_XDECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_DECREF_SET(r, v) do { \
+ PyObject *tmp = (PyObject *) r; \
+ r = v; __Pyx_DECREF(tmp); \
+ } while (0)
+#define __Pyx_CLEAR(r) do { PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);} while(0)
+#define __Pyx_XCLEAR(r) do { if((r) != NULL) {PyObject* tmp = ((PyObject*)(r)); r = NULL; __Pyx_DECREF(tmp);}} while(0)
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_getattro))
+ return tp->tp_getattro(obj, attr_name);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_getattr))
+ return tp->tp_getattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name));
+#endif
+ return PyObject_GetAttr(obj, attr_name);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_GetAttrStr(o,n) PyObject_GetAttr(o,n)
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(const char* func_name, int exact,
+ Py_ssize_t num_min, Py_ssize_t num_max, Py_ssize_t num_found); /*proto*/
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(const char* func_name, PyObject* kw_name); /*proto*/
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(PyObject *kwds, PyObject **argnames[], \
+ PyObject *kwds2, PyObject *values[], Py_ssize_t num_pos_args, \
+ const char* function_name); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw); /*proto*/
+#else
+#define __Pyx_PyObject_Call(func, arg, kw) PyObject_Call(func, arg, kw)
+#endif
+
+#define __Pyx_GetItemInt(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Fast(o, (Py_ssize_t)i, is_list, wraparound, boundscheck) : \
+ (is_list ? (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL) : \
+ __Pyx_GetItemInt_Generic(o, to_py_func(i))))
+#define __Pyx_GetItemInt_List(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_List_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+#define __Pyx_GetItemInt_Tuple(o, i, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(o, (Py_ssize_t)i, wraparound, boundscheck) : \
+ (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "tuple index out of range"), (PyObject*)NULL))
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j);
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb); /*proto*/
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause); /*proto*/
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyList_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len) & likely(len > (L->allocated >> 1))) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyList_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+#include <string.h>
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals); /*proto*/
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyUnicode_Equals
+#else
+#define __Pyx_PyString_Equals __Pyx_PyBytes_Equals
+#endif
+
+static double __Pyx__PyObject_AsDouble(PyObject* obj); /* proto */
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#define __Pyx_PyObject_AsDouble(obj) \
+(likely(PyFloat_CheckExact(obj)) ? PyFloat_AS_DOUBLE(obj) : \
+ likely(PyInt_CheckExact(obj)) ? \
+ PyFloat_AsDouble(obj) : __Pyx__PyObject_AsDouble(obj))
+#else
+#define __Pyx_PyObject_AsDouble(obj) \
+((likely(PyFloat_CheckExact(obj))) ? \
+ PyFloat_AS_DOUBLE(obj) : __Pyx__PyObject_AsDouble(obj))
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseUnboundLocalError(const char *varname);
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+#define __Pyx_PyString_Join __Pyx_PyBytes_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join(s, v) (PyUnicode_CheckExact(s) ? PyUnicode_Join(s, v) : __Pyx_PyBytes_Join(s, v))
+#else
+#define __Pyx_PyString_Join PyUnicode_Join
+#define __Pyx_PyBaseString_Join PyUnicode_Join
+#endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyString_Join
+ #else
+ #define __Pyx_PyBytes_Join _PyBytes_Join
+ #endif
+#else
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values); /*proto*/
+#endif
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static PyObject *__Pyx_PyDict_GetItem(PyObject *d, PyObject* key) {
+ PyObject *value;
+ value = PyDict_GetItemWithError(d, key);
+ if (unlikely(!value)) {
+ if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyObject* args = PyTuple_Pack(1, key);
+ if (likely(args))
+ PyErr_SetObject(PyExc_KeyError, args);
+ Py_XDECREF(args);
+ }
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ return value;
+}
+#else
+ #define __Pyx_PyDict_GetItem(d, key) PyObject_GetItem(d, key)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetSlice(
+ PyObject* obj, Py_ssize_t cstart, Py_ssize_t cstop,
+ PyObject** py_start, PyObject** py_stop, PyObject** py_slice,
+ int has_cstart, int has_cstop, int wraparound);
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,NULL)
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_SetAttrStr(PyObject* obj, PyObject* attr_name, PyObject* value) {
+ PyTypeObject* tp = Py_TYPE(obj);
+ if (likely(tp->tp_setattro))
+ return tp->tp_setattro(obj, attr_name, value);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(tp->tp_setattr))
+ return tp->tp_setattr(obj, PyString_AS_STRING(attr_name), value);
+#endif
+ return PyObject_SetAttr(obj, attr_name, value);
+}
+#else
+#define __Pyx_PyObject_DelAttrStr(o,n) PyObject_DelAttr(o,n)
+#define __Pyx_PyObject_SetAttrStr(o,n,v) PyObject_SetAttr(o,n,v)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PySequence_Contains(PyObject* item, PyObject* seq, int eq) {
+ int result = PySequence_Contains(seq, item);
+ return unlikely(result < 0) ? result : (result == (eq == Py_EQ));
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void); /*proto*/
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyDict_Contains(PyObject* item, PyObject* dict, int eq) {
+ int result = PyDict_Contains(dict, item);
+ return unlikely(result < 0) ? result : (result == (eq == Py_EQ));
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_ListComp_Append(PyObject* list, PyObject* x) {
+ PyListObject* L = (PyListObject*) list;
+ Py_ssize_t len = Py_SIZE(list);
+ if (likely(L->allocated > len)) {
+ Py_INCREF(x);
+ PyList_SET_ITEM(list, len, x);
+ Py_SIZE(list) = len+1;
+ return 0;
+ }
+ return PyList_Append(list, x);
+}
+#else
+#define __Pyx_ListComp_Append(L,x) PyList_Append(L,x)
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_div_Py_ssize_t(Py_ssize_t, Py_ssize_t); /* proto */
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyList_GetSlice(PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop);
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyTuple_GetSlice(PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop);
+#else
+#define __Pyx_PyList_GetSlice(seq, start, stop) PySequence_GetSlice(seq, start, stop)
+#define __Pyx_PyTuple_GetSlice(seq, start, stop) PySequence_GetSlice(seq, start, stop)
+#endif
+
+static PyObject* __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(PyObject* obj, PyObject* method_name, PyObject* args) {
+ PyObject *method, *result = NULL;
+ if (unlikely(!args)) return NULL;
+ method = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(obj, method_name);
+ if (unlikely(!method)) goto bad;
+ result = __Pyx_PyObject_Call(method, args, NULL);
+ Py_DECREF(method);
+bad:
+ Py_DECREF(args);
+ return result;
+}
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod3(obj, name, arg1, arg2, arg3) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(3, arg1, arg2, arg3))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod2(obj, name, arg1, arg2) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(2, arg1, arg2))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod1(obj, name, arg1) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, PyTuple_Pack(1, arg1))
+#define __Pyx_PyObject_CallMethod0(obj, name) \
+ __Pyx_PyObject_CallMethodTuple(obj, name, (Py_INCREF(__pyx_empty_tuple), __pyx_empty_tuple))
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNoneNotIterableError(void);
+
+static void __Pyx_UnpackTupleError(PyObject *, Py_ssize_t index); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_unpack_tuple2(PyObject* tuple, PyObject** value1, PyObject** value2,
+ int is_tuple, int has_known_size, int decref_tuple);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_dict_iterator(PyObject* dict, int is_dict, PyObject* method_name,
+ Py_ssize_t* p_orig_length, int* p_is_dict);
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_dict_iter_next(PyObject* dict_or_iter, Py_ssize_t orig_length, Py_ssize_t* ppos,
+ PyObject** pkey, PyObject** pvalue, PyObject** pitem, int is_dict);
+
+#define __Pyx_SetItemInt(o, i, v, type, is_signed, to_py_func, is_list, wraparound, boundscheck) \
+ (__Pyx_fits_Py_ssize_t(i, type, is_signed) ? \
+ __Pyx_SetItemInt_Fast(o, (Py_ssize_t)i, v, is_list, wraparound, boundscheck) : \
+ (is_list ? (PyErr_SetString(PyExc_IndexError, "list assignment index out of range"), -1) : \
+ __Pyx_SetItemInt_Generic(o, to_py_func(i), v)))
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_SetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject *j, PyObject *v);
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_SetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i, PyObject *v,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck);
+
+static void __Pyx_call_next_tp_dealloc(PyObject* obj, destructor current_tp_dealloc);
+
+static int __Pyx_call_next_tp_traverse(PyObject* obj, visitproc v, void *a, traverseproc current_tp_traverse);
+
+static void __Pyx_call_next_tp_clear(PyObject* obj, inquiry current_tp_dealloc);
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict); /*proto*/
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable); /*proto*/
+
+static PyObject* __Pyx_ImportFrom(PyObject* module, PyObject* name); /*proto*/
+
+static PyObject *__Pyx_CalculateMetaclass(PyTypeObject *metaclass, PyObject *bases);
+
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+#ifndef PyAnySet_CheckExact
+#define PyAnySet_CheckExact(ob) \
+ ((ob)->ob_type == &PySet_Type || \
+ (ob)->ob_type == &PyFrozenSet_Type)
+#define PySet_New(iterable) \
+ PyObject_CallFunctionObjArgs((PyObject *)&PySet_Type, (iterable), NULL)
+#define Pyx_PyFrozenSet_New(iterable) \
+ PyObject_CallFunctionObjArgs((PyObject *)&PyFrozenSet_Type, (iterable), NULL)
+#define PySet_Size(anyset) \
+ PyObject_Size((anyset))
+#define PySet_Contains(anyset, key) \
+ PySequence_Contains((anyset), (key))
+#define PySet_Pop(set) \
+ PyObject_CallMethod((set), (char*)"pop", NULL)
+static CYTHON_INLINE int PySet_Clear(PyObject *set) {
+ PyObject *ret = PyObject_CallMethod(set, (char*)"clear", NULL);
+ if (!ret) return -1;
+ Py_DECREF(ret); return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE int PySet_Discard(PyObject *set, PyObject *key) {
+ PyObject *ret = PyObject_CallMethod(set, (char*)"discard", (char*)"(O)", key);
+ if (!ret) return -1;
+ Py_DECREF(ret); return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE int PySet_Add(PyObject *set, PyObject *key) {
+ PyObject *ret = PyObject_CallMethod(set, (char*)"add", (char*)"(O)", key);
+ if (!ret) return -1;
+ Py_DECREF(ret); return 0;
+}
+#endif /* PyAnySet_CheckExact (<= Py2.4) */
+#endif /* < Py2.5 */
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type);
+
+#define __Pyx_CyFunction_USED 1
+#include <structmember.h>
+#define __Pyx_CYFUNCTION_STATICMETHOD 0x01
+#define __Pyx_CYFUNCTION_CLASSMETHOD 0x02
+#define __Pyx_CYFUNCTION_CCLASS 0x04
+#define __Pyx_CyFunction_GetClosure(f) \
+ (((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->func_closure)
+#define __Pyx_CyFunction_GetClassObj(f) \
+ (((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->func_classobj)
+#define __Pyx_CyFunction_Defaults(type, f) \
+ ((type *)(((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->defaults))
+#define __Pyx_CyFunction_SetDefaultsGetter(f, g) \
+ ((__pyx_CyFunctionObject *) (f))->defaults_getter = (g)
+typedef struct {
+ PyCFunctionObject func;
+ PyObject *func_dict;
+ PyObject *func_weakreflist;
+ PyObject *func_name;
+ PyObject *func_qualname;
+ PyObject *func_doc;
+ PyObject *func_globals;
+ PyObject *func_code;
+ PyObject *func_closure;
+ PyObject *func_classobj; /* No-args super() class cell */
+ void *defaults;
+ int defaults_pyobjects;
+ int flags;
+ PyObject *defaults_tuple; /* Const defaults tuple */
+ PyObject *defaults_kwdict; /* Const kwonly defaults dict */
+ PyObject *(*defaults_getter)(PyObject *);
+ PyObject *func_annotations; /* function annotations dict */
+} __pyx_CyFunctionObject;
+static PyTypeObject *__pyx_CyFunctionType = 0;
+#define __Pyx_CyFunction_NewEx(ml, flags, qualname, self, module, globals, code) \
+ __Pyx_CyFunction_New(__pyx_CyFunctionType, ml, flags, qualname, self, module, globals, code)
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_New(PyTypeObject *, PyMethodDef *ml,
+ int flags, PyObject* qualname,
+ PyObject *self,
+ PyObject *module, PyObject *globals,
+ PyObject* code);
+static CYTHON_INLINE void *__Pyx_CyFunction_InitDefaults(PyObject *m,
+ size_t size,
+ int pyobjects);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(PyObject *m,
+ PyObject *tuple);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsKwDict(PyObject *m,
+ PyObject *dict);
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetAnnotationsDict(PyObject *m,
+ PyObject *dict);
+static int __Pyx_CyFunction_init(void);
+
+static PyObject *__Pyx_Py3MetaclassPrepare(PyObject *metaclass, PyObject *bases, PyObject *name, PyObject *qualname,
+ PyObject *mkw, PyObject *modname, PyObject *doc); /*proto*/
+static PyObject *__Pyx_Py3ClassCreate(PyObject *metaclass, PyObject *name, PyObject *bases, PyObject *dict,
+ PyObject *mkw, int calculate_metaclass, int allow_py2_metaclass); /*proto*/
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level); /*proto*/
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value);
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint32_t(uint32_t value);
+
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *);
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb); /*proto*/
+
+#define __Pyx_Generator_USED
+#include <structmember.h>
+#include <frameobject.h>
+typedef PyObject *(*__pyx_generator_body_t)(PyObject *, PyObject *);
+typedef struct {
+ PyObject_HEAD
+ __pyx_generator_body_t body;
+ PyObject *closure;
+ PyObject *exc_type;
+ PyObject *exc_value;
+ PyObject *exc_traceback;
+ PyObject *gi_weakreflist;
+ PyObject *classobj;
+ PyObject *yieldfrom;
+ int resume_label;
+ char is_running;
+} __pyx_GeneratorObject;
+static __pyx_GeneratorObject *__Pyx_Generator_New(__pyx_generator_body_t body,
+ PyObject *closure);
+static int __pyx_Generator_init(void);
+static int __Pyx_Generator_clear(PyObject* self);
+#if 1 || PY_VERSION_HEX < 0x030300B0
+static int __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(PyObject **pvalue);
+#else
+#define __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(pvalue) PyGen_FetchStopIterationValue(pvalue)
+#endif
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void);
+
+#if !defined(__Pyx_PyIdentifier_FromString)
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyString_FromString(s)
+#else
+ #define __Pyx_PyIdentifier_FromString(s) PyUnicode_FromString(s)
+#endif
+#endif
+
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name); /*proto*/
+
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name, size_t size, int strict); /*proto*/
+
+static int __Pyx_ImportFunction(PyObject *module, const char *funcname, void (**f)(void), const char *sig); /*proto*/
+
+typedef struct {
+ int code_line;
+ PyCodeObject* code_object;
+} __Pyx_CodeObjectCacheEntry;
+struct __Pyx_CodeObjectCache {
+ int count;
+ int max_count;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries;
+};
+static struct __Pyx_CodeObjectCache __pyx_code_cache = {0,0,NULL};
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line);
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line);
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object);
+
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename); /*proto*/
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t); /*proto*/
+
+
+/* Module declarations from 'libc.stdint' */
+
+/* Module declarations from 'libc.string' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdlib' */
+
+/* Module declarations from 'libc.stdio' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.chtslib' */
+
+/* Module declarations from 'pysam.ctabix' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asTuple = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asGTF = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asBed = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asVCF = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Tabixfile = 0;
+static PyObject *(*__pyx_f_5pysam_6ctabix__force_str)(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str *__pyx_optional_args); /*proto*/
+
+/* Module declarations from 'pysam.TabProxies' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = 0;
+
+/* Module declarations from 'pysam.cvcf' */
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_4cvcf_VCFRecord = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_4cvcf_asVCFRecord = 0;
+static PyTypeObject *__pyx_ptype_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse = 0;
+#define __Pyx_MODULE_NAME "pysam.cvcf"
+int __pyx_module_is_main_pysam__cvcf = 0;
+
+/* Implementation of 'pysam.cvcf' */
+static PyObject *__pyx_builtin_object;
+static PyObject *__pyx_builtin_ValueError;
+static PyObject *__pyx_builtin_range;
+static PyObject *__pyx_builtin_enumerate;
+static PyObject *__pyx_builtin_map;
+static PyObject *__pyx_builtin_min;
+static PyObject *__pyx_builtin_zip;
+static PyObject *__pyx_builtin_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_builtin_KeyError;
+static PyObject *__pyx_builtin_NotImplementedError;
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_get_sequence(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_chrom, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_fa); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_2parse_regions(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_string); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord___init__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_vcf); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2__cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_vcf); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4error(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_error, PyObject *__pyx_v_opt); /* proto */
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6__len__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6contig___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2id___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3ref___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3alt___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4qual___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6filter___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4info___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6format___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7samples___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_8__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /* proto */
+static int __pyx_pf_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord___init__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_vcffile); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF___init__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v__copy, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_regions, PyObject *__pyx_v_lines, PyObject *__pyx_v_leftalign); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_2error(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_error, PyObject *__pyx_v_opt); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_4parse_format(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_format, PyObject *__pyx_v_filter); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_6format_format(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fmt, PyObject *__pyx_v_filter); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_8get_expected(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_format, PyObject *__pyx_v_formatdict, PyObject *__pyx_v_alt); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_10_add_definition(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_formatdict, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_data, PyObject *__pyx_v_line); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_12format_formatdata(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_data, PyObject *__pyx_v_format, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value, PyObject *__pyx_v_separator); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_14enter_default_format(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_16parse_header(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_18write_header(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_20parse_heading(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_22write_heading(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_24convertGT(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_GTstring); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_26convertGTback(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_GTdata); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_28parse_formatdata(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value, PyObject *__pyx_v_formatdict, PyObject *__pyx_v_line); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_30inregion(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_chrom, PyObject *__pyx_v_pos); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_32parse_data(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_lineparse); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_34write_data(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream, PyObject *__pyx_v_data); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_36_parse_header(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream); /* proto */
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_38_parse(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_stream); /* proto */
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+static char __pyx_k_FORMAT_NOT_DEFINED[] = "FORMAT_NOT_DEFINED";
+static char __pyx_k_QUAL_NOT_NUMERICAL[] = "QUAL_NOT_NUMERICAL";
+static char __pyx_k_ZERO_LENGTH_ALLELE[] = "ZERO_LENGTH_ALLELE";
+static char __pyx_k_found_s_expected_s[] = "(found %s, expected %s)";
+static char __pyx_k_ERROR_TRAILING_DATA[] = "ERROR_TRAILING_DATA";
+static char __pyx_k_NT_PHASED_GENOTYPES[] = "NT_PHASED_GENOTYPES";
+static char __pyx_k_NotImplementedError[] = "NotImplementedError";
+static char __pyx_k_RMS_mapping_quality[] = "RMS mapping quality";
+static char __pyx_k_UNKNOWN_CHAR_IN_REF[] = "UNKNOWN_CHAR_IN_REF";
+static char __pyx_k_VCF__add_definition[] = "VCF._add_definition";
+static char __pyx_k_fileformat_VCFv_s_s[] = "##fileformat=VCFv%s.%s\n";
+static char __pyx_k_needs_to_be_checked[] = "needs to be checked";
+static char __pyx_k_sth_entry_not_found[] = "(%sth entry not found)";
+static char __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_VALUES[] = "BAD_NUMBER_OF_VALUES";
+static char __pyx_k_ERROR_FLAG_HAS_VALUE[] = "ERROR_FLAG_HAS_VALUE";
+static char __pyx_k_Genotype_likelihoods[] = "Genotype likelihoods";
+static char __pyx_k_VCF_parse_formatdata[] = "VCF.parse_formatdata";
+static char __pyx_k_enter_default_format[] = "enter_default_format";
+static char __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS[] = "BAD_NUMBER_OF_COLUMNS";
+static char __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR[] = "ERROR_FORMAT_NOT_CHAR";
+static char __pyx_k_FORMAT_MISSING_QUOTES[] = "FORMAT_MISSING_QUOTES";
+static char __pyx_k_UNKNOWN_FORMAT_STRING[] = "UNKNOWN_FORMAT_STRING";
+static char __pyx_k_VCF_format_formatdata[] = "VCF.format_formatdata";
+static char __pyx_k_Invalid_error_string_s[] = "Invalid error string: %s";
+static char __pyx_k_Sample_Genotype_Filter[] = "Sample Genotype Filter";
+static char __pyx_k_V33_UNMATCHED_DELETION[] = "V33_UNMATCHED_DELETION";
+static char __pyx_k_BADLY_FORMATTED_HEADING[] = "BADLY_FORMATTED_HEADING";
+static char __pyx_k_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD[] = "ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD";
+static char __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS[] = "BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS";
+static char __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER[] = "ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER";
+static char __pyx_k_VCF_enter_default_format[] = "VCF.enter_default_format";
+static char __pyx_k_reference_is_s_VCF_says_s[] = "(reference is %s, VCF says %s)";
+static char __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL[] = "ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL";
+static char __pyx_k_V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS[] = "V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS";
+static char __pyx_k_WRONG_REF_Wrong_reference_s[] = "WRONG_REF:Wrong reference %s";
+static char __pyx_k_Conditional_genotype_quality[] = "Conditional genotype quality";
+static char __pyx_k_deletion_is_s_reference_is_s[] = "(deletion is %s, reference is %s)";
+static char __pyx_k_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING[] = "BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING";
+static char __pyx_k_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS[] = "HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS";
+static char __pyx_k_MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE[] = "MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE";
+static char __pyx_k_home_andreas_devel_pysam_pysam[] = "/home/andreas/devel/pysam/pysam/cvcf.pyx";
+static char __pyx_k_BADLY_FORMATTED_HEADING_Did_not[] = "BADLY_FORMATTED_HEADING:Did not find 9 required headings (CHROM, POS, ..., FORMAT) %s";
+static char __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR_Eexpected[] = "ERROR_FORMAT_NOT_CHAR:Eexpected character in formatted field; got string";
+static char __pyx_k_ERROR_UNKNOWN_KEY_Unknown_key_s[] = "ERROR_UNKNOWN_KEY:Unknown key (%s) found in formatted field (info; format; or filter)";
+static char __pyx_k_Expected_alternate_allel_counts[] = "Expected alternate allel counts";
+static char __pyx_k_FILTER_NOT_DEFINED_Identifier_s[] = "FILTER_NOT_DEFINED:Identifier (%s) in filter found which was not defined in header";
+static char __pyx_k_FORMAT_NOT_DEFINED_Identifier_s[] = "FORMAT_NOT_DEFINED:Identifier (%s) in format found which was not defined in header";
+static char __pyx_k_POS_NOT_POSITIVE_Position_field[] = "POS_NOT_POSITIVE:Position field must be >0";
+static char __pyx_k_Read_depth_at_this_position_for[] = "Read depth at this position for this sample";
+static char __pyx_k_Unknown_number_type_encountered[] = "Unknown number type encountered: %s";
+static char __pyx_k_V33_BAD_ALLELE_Cannot_interpret[] = "V33_BAD_ALLELE:Cannot interpret allele for v3.3 VCF";
+static char __pyx_k_V33_BAD_REF_Reference_should_be[] = "V33_BAD_REF:Reference should be single-character in v3.3 VCF";
+static char __pyx_k_V40_BAD_ALLELE_Bad_allele_found[] = "V40_BAD_ALLELE:Bad allele found for v4.0 VCF (%s)";
+static char __pyx_k_found_s_values_in_element_s_exp[] = "(found %s values in element %s; expected %s)";
+static char __pyx_k_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING_Fo[] = "BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING:Formatting error in the format string";
+static char __pyx_k_BAD_CHR_TAG_Error_calculating_ch[] = "BAD_CHR_TAG:Error calculating chr tag for %s";
+static char __pyx_k_BAD_GENOTYPE_Cannot_parse_genoty[] = "BAD_GENOTYPE:Cannot parse genotype (%s)";
+static char __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS_Wrong_numb[] = "BAD_NUMBER_OF_COLUMNS:Wrong number of columns found (%s)";
+static char __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS_Found_u[] = "BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS:Found unexpected number of parameters (%s)";
+static char __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_VALUES_Found_too_m[] = "BAD_NUMBER_OF_VALUES:Found too many of values in sample column (%s)";
+static char __pyx_k_Can_only_handle_v3_3_and_v4_0_VC[] = "Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files";
+static char __pyx_k_Don_t_understand_region_string_s[] = "Don't understand region string '%s'";
+static char __pyx_k_ERROR_FLAG_HAS_VALUE_Flag_fields[] = "ERROR_FLAG_HAS_VALUE:Flag fields should not have a value";
+static char __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER_Expecte[] = "ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER:Expected integer in formatted field; got %s";
+static char __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL_Expec[] = "ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL:Expected integer or float in formatted field; got %s";
+static char __pyx_k_ERROR_INFO_STRING_Error_while_pa[] = "ERROR_INFO_STRING:Error while parsing info field";
+static char __pyx_k_ERROR_TRAILING_DATA_Numerical_fi[] = "ERROR_TRAILING_DATA:Numerical field ('%s') has semicolon-separated trailing data";
+static char __pyx_k_FORMAT_MISSING_QUOTES_Descriptio[] = "FORMAT_MISSING_QUOTES:Description field in format definition is not surrounded by quotes";
+static char __pyx_k_Genotype_posterior_probabilities[] = "Genotype posterior probabilities";
+static char __pyx_k_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS_He[] = "HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS:Heading line appears separated by spaces, not tabs";
+static char __pyx_k_MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE_In[] = "MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE:Indel alleles must begin with single reference base";
+static char __pyx_k_MISSING_REF_Reference_allele_mis[] = "MISSING_REF:Reference allele missing";
+static char __pyx_k_POS_NOT_NUMERICAL_Position_colum[] = "POS_NOT_NUMERICAL:Position column is not numerical";
+static char __pyx_k_Phred_scaled_genotype_likelihood[] = "Phred-scaled genotype likelihoods";
+static char __pyx_k_QUAL_NOT_NUMERICAL_Quality_field[] = "QUAL_NOT_NUMERICAL:Quality field must be numerical, or '.'";
+static char __pyx_k_Required_key_s_not_found_in_data[] = "Required key %s not found in data";
+static char __pyx_k_UNKNOWN_CHAR_IN_REF_Unknown_char[] = "UNKNOWN_CHAR_IN_REF:Unknown character in reference field";
+static char __pyx_k_UNKNOWN_FORMAT_STRING_Unknown_fi[] = "UNKNOWN_FORMAT_STRING:Unknown file format identifier";
+static char __pyx_k_V33_UNMATCHED_DELETION_Deleted_s[] = "V33_UNMATCHED_DELETION:Deleted sequence does not match reference (%s)";
+static char __pyx_k_V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELD[] = "V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS";
+static char __pyx_k_V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS_Forma[] = "V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS:Format definition is not deliminted by angular brackets";
+static char __pyx_k_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD_number_s[] = "ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD: number set to 0, but type is not 'FLAG'";
+static char __pyx_k_ZERO_LENGTH_ALLELE_Found_zero_le[] = "ZERO_LENGTH_ALLELE:Found zero-length allele";
+static char __pyx_k_expected_s_for_s_samples_s_got_s[] = "expected %s for %s samples (%s), got %s";
+static char __pyx_k_id_numbertype_number_type_descri[] = "id numbertype number type description missingvalue";
+static char __pyx_k_id_s_expected_s_parameters_got_s[] = "id=%s, expected %s parameters, got %s";
+static char __pyx_k_V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELD_2[] = "V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS:Fields in v4.0 VCF format definition must have named fields";
+static PyObject *__pyx_kp_s_;
+static PyObject *__pyx_kp_b_0;
+static PyObject *__pyx_kp_s_0;
+static PyObject *__pyx_n_s_A;
+static PyObject *__pyx_n_s_ACGTN;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ACGTN_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_ALT;
+static PyObject *__pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING;
+static PyObject *__pyx_kp_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING_Fo;
+static PyObject *__pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_HEADING;
+static PyObject *__pyx_kp_s_BADLY_FORMATTED_HEADING_Did_not;
+static PyObject *__pyx_kp_s_BAD_CHR_TAG_Error_calculating_ch;
+static PyObject *__pyx_n_s_BAD_GENOTYPE;
+static PyObject *__pyx_kp_s_BAD_GENOTYPE_Cannot_parse_genoty;
+static PyObject *__pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS;
+static PyObject *__pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS_Wrong_numb;
+static PyObject *__pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS;
+static PyObject *__pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS_Found_u;
+static PyObject *__pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_VALUES;
+static PyObject *__pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_VALUES_Found_too_m;
+static PyObject *__pyx_n_s_CHROM;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Can_only_handle_v3_3_and_v4_0_VC;
+static PyObject *__pyx_n_s_Character;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Conditional_genotype_quality;
+static PyObject *__pyx_n_s_D;
+static PyObject *__pyx_n_s_DP;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Description;
+static PyObject *__pyx_n_s_Description_2;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Don_t_understand_region_string_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_EC;
+static PyObject *__pyx_n_s_ERROR_FLAG_HAS_VALUE;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ERROR_FLAG_HAS_VALUE_Flag_fields;
+static PyObject *__pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR_Eexpected;
+static PyObject *__pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER_Expecte;
+static PyObject *__pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL_Expec;
+static PyObject *__pyx_n_s_ERROR_INFO_STRING;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ERROR_INFO_STRING_Error_while_pa;
+static PyObject *__pyx_n_s_ERROR_TRAILING_DATA;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ERROR_TRAILING_DATA_Numerical_fi;
+static PyObject *__pyx_n_s_ERROR_UNKNOWN_KEY;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ERROR_UNKNOWN_KEY_Unknown_key_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_Error;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Expected_alternate_allel_counts;
+static PyObject *__pyx_n_s_FILTER;
+static PyObject *__pyx_n_s_FILTER_NOT_DEFINED;
+static PyObject *__pyx_kp_s_FILTER_NOT_DEFINED_Identifier_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_FORMAT;
+static PyObject *__pyx_n_s_FORMAT_MISSING_QUOTES;
+static PyObject *__pyx_kp_s_FORMAT_MISSING_QUOTES_Descriptio;
+static PyObject *__pyx_n_s_FORMAT_NOT_DEFINED;
+static PyObject *__pyx_kp_s_FORMAT_NOT_DEFINED_Identifier_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_FT;
+static PyObject *__pyx_n_s_Flag;
+static PyObject *__pyx_n_s_Float;
+static PyObject *__pyx_n_s_G;
+static PyObject *__pyx_n_s_GL;
+static PyObject *__pyx_n_s_GLE;
+static PyObject *__pyx_n_s_GP;
+static PyObject *__pyx_n_s_GQ;
+static PyObject *__pyx_n_s_GT;
+static PyObject *__pyx_n_s_GTdata;
+static PyObject *__pyx_n_s_GTstring;
+static PyObject *__pyx_n_s_Genotype;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Genotype_Quality;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Genotype_likelihoods;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Genotype_posterior_probabilities;
+static PyObject *__pyx_n_s_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS;
+static PyObject *__pyx_kp_s_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS_He;
+static PyObject *__pyx_n_s_HQ;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Haplotype_Quality;
+static PyObject *__pyx_n_s_I;
+static PyObject *__pyx_kp_s_ID;
+static PyObject *__pyx_n_s_ID_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_INFO;
+static PyObject *__pyx_n_s_Integer;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Invalid_error_string_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_KeyError;
+static PyObject *__pyx_n_s_MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE;
+static PyObject *__pyx_kp_s_MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE_In;
+static PyObject *__pyx_n_s_MISSING_REF;
+static PyObject *__pyx_kp_s_MISSING_REF_Reference_allele_mis;
+static PyObject *__pyx_n_s_MQ;
+static PyObject *__pyx_n_s_N;
+static PyObject *__pyx_n_s_NT_ALLELES;
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+static PyObject *__pyx_n_s_NT_PHASED_GENOTYPES;
+static PyObject *__pyx_n_s_NT_UNKNOWN;
+static PyObject *__pyx_n_s_NotImplementedError;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Number;
+static PyObject *__pyx_n_s_Number_2;
+static PyObject *__pyx_n_b_PASS;
+static PyObject *__pyx_n_s_PASS;
+static PyObject *__pyx_n_s_PL;
+static PyObject *__pyx_n_s_POS;
+static PyObject *__pyx_n_s_POS_NOT_NUMERICAL;
+static PyObject *__pyx_kp_s_POS_NOT_NUMERICAL_Position_colum;
+static PyObject *__pyx_n_s_POS_NOT_POSITIVE;
+static PyObject *__pyx_kp_s_POS_NOT_POSITIVE_Position_field;
+static PyObject *__pyx_n_s_PQ;
+static PyObject *__pyx_n_s_PS;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Phase_set;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Phasing_quality;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Phred_scaled_genotype_likelihood;
+static PyObject *__pyx_n_s_QUAL;
+static PyObject *__pyx_n_s_QUAL_NOT_NUMERICAL;
+static PyObject *__pyx_kp_s_QUAL_NOT_NUMERICAL_Quality_field;
+static PyObject *__pyx_n_s_REF;
+static PyObject *__pyx_kp_s_RMS_mapping_quality;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Read_depth_at_this_position_for;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Required_key_s_not_found_in_data;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Sample_Genotype_Filter;
+static PyObject *__pyx_n_s_StopIteration;
+static PyObject *__pyx_n_s_String;
+static PyObject *__pyx_n_s_Tabixfile;
+static PyObject *__pyx_kp_s_Type;
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+static PyObject *__pyx_n_s_UNKNOWN_FORMAT_STRING;
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+static PyObject *__pyx_kp_s_Undefined_tag;
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+static PyObject *__pyx_n_s_V33_BAD_ALLELE;
+static PyObject *__pyx_kp_s_V33_BAD_ALLELE_Cannot_interpret;
+static PyObject *__pyx_n_s_V33_BAD_REF;
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+static PyObject *__pyx_n_s_V33_UNMATCHED_DELETION;
+static PyObject *__pyx_kp_s_V33_UNMATCHED_DELETION_Deleted_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_V40_BAD_ALLELE;
+static PyObject *__pyx_kp_s_V40_BAD_ALLELE_Bad_allele_found;
+static PyObject *__pyx_n_s_V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELD;
+static PyObject *__pyx_kp_s_V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELD_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS;
+static PyObject *__pyx_kp_s_V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS_Forma;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCFRecord;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF___init;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF__add_definition;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF__parse;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF__parse_header;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_compare_calls;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_connect;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_convertGT;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_convertGTback;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_enter_default_format;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_error;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_fetch;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_format_format;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_format_formatdata;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_get_expected;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_getfilter;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_getformat;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_getheader;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_getinfo;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_getsamples;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_ignoreerror;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_inregion;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_parse;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_parse_data;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_parse_format;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_parse_formatdata;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_parse_header;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_parse_heading;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setfilter;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setformat;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setheader;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setinfo;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setreference;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setregions;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setsamples;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_setversion;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_validate;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_warnerror;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_write;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_write_data;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_write_header;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_write_heading;
+static PyObject *__pyx_n_s_VCF_writeheader;
+static PyObject *__pyx_kp_s_VCFv3_3;
+static PyObject *__pyx_kp_s_VCFv4_0;
+static PyObject *__pyx_kp_s_VCFv4_1;
+static PyObject *__pyx_n_s_ValueError;
+static PyObject *__pyx_n_s_WRONG_REF;
+static PyObject *__pyx_kp_s_WRONG_REF_Wrong_reference_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_Warning;
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+static PyObject *__pyx_kp_s_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD_number_s;
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+static PyObject *__pyx_kp_s__6;
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+static PyObject *__pyx_kp_s__8;
+static PyObject *__pyx_kp_s__91;
+static PyObject *__pyx_n_s_a;
+static PyObject *__pyx_n_s_add;
+static PyObject *__pyx_n_s_add_definition;
+static PyObject *__pyx_n_s_addn;
+static PyObject *__pyx_n_s_addns;
+static PyObject *__pyx_n_s_all;
+static PyObject *__pyx_n_s_allele;
+static PyObject *__pyx_n_s_alleleRegEx;
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+static PyObject *__pyx_n_s_args;
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+static PyObject *__pyx_kp_s_found_s_values_in_element_s_exp;
+static PyObject *__pyx_kp_s_genotypes;
+static PyObject *__pyx_n_s_get;
+static PyObject *__pyx_n_s_get_expected;
+static PyObject *__pyx_n_s_get_sequence;
+static PyObject *__pyx_n_s_getfilter;
+static PyObject *__pyx_n_s_getformat;
+static PyObject *__pyx_n_s_getheader;
+static PyObject *__pyx_n_s_getinfo;
+static PyObject *__pyx_n_s_getsamples;
+static PyObject *__pyx_n_s_gts;
+static PyObject *__pyx_n_s_gtsRegEx;
+static PyObject *__pyx_n_s_have_deletions;
+static PyObject *__pyx_n_s_header;
+static PyObject *__pyx_n_s_header_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_headings;
+static PyObject *__pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam;
+static PyObject *__pyx_n_s_i;
+static PyObject *__pyx_n_s_id;
+static PyObject *__pyx_kp_s_id_numbertype_number_type_descri;
+static PyObject *__pyx_kp_s_id_s_expected_s_parameters_got_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_idx;
+static PyObject *__pyx_n_s_ielts;
+static PyObject *__pyx_n_s_ignored_errors;
+static PyObject *__pyx_n_s_ignoreerror;
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+static PyObject *__pyx_n_s_info_2;
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+static PyObject *__pyx_n_s_inregion;
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+static PyObject *__pyx_n_s_itervalues;
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+static PyObject *__pyx_n_s_label;
+static PyObject *__pyx_n_s_last;
+static PyObject *__pyx_n_s_last_line;
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+static PyObject *__pyx_n_s_leftalign;
+static PyObject *__pyx_n_s_leftalign_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_line;
+static PyObject *__pyx_n_s_line_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_lineno;
+static PyObject *__pyx_n_s_lineparse;
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+static PyObject *__pyx_n_s_lines_2;
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+static PyObject *__pyx_n_s_na;
+static PyObject *__pyx_n_s_namedtuple;
+static PyObject *__pyx_kp_s_needs_to_be_checked;
+static PyObject *__pyx_n_s_newalts;
+static PyObject *__pyx_n_s_nmb;
+static PyObject *__pyx_kp_s_nonref_alleles;
+static PyObject *__pyx_n_s_number;
+static PyObject *__pyx_n_s_numbertype;
+static PyObject *__pyx_n_s_object;
+static PyObject *__pyx_n_s_operator;
+static PyObject *__pyx_n_s_opt;
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+static PyObject *__pyx_n_s_output_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_parse;
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+static PyObject *__pyx_n_s_parse_format;
+static PyObject *__pyx_n_s_parse_formatdata;
+static PyObject *__pyx_n_s_parse_header;
+static PyObject *__pyx_n_s_parse_header_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_parse_heading;
+static PyObject *__pyx_n_s_parse_regions;
+static PyObject *__pyx_n_s_parser;
+static PyObject *__pyx_kp_s_phased_genotypes;
+static PyObject *__pyx_n_s_pos;
+static PyObject *__pyx_n_s_pos1;
+static PyObject *__pyx_n_s_pos2;
+static PyObject *__pyx_n_s_prepare;
+static PyObject *__pyx_n_s_pysam;
+static PyObject *__pyx_n_s_pysam_cvcf;
+static PyObject *__pyx_n_s_pyx_vtable;
+static PyObject *__pyx_n_s_qual;
+static PyObject *__pyx_n_s_qualname;
+static PyObject *__pyx_n_s_r;
+static PyObject *__pyx_n_s_range;
+static PyObject *__pyx_n_s_re;
+static PyObject *__pyx_n_s_record;
+static PyObject *__pyx_n_s_ref;
+static PyObject *__pyx_n_s_ref1;
+static PyObject *__pyx_n_s_ref2;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference;
+static PyObject *__pyx_n_s_reference_2;
+static PyObject *__pyx_kp_s_reference_is_s_VCF_says_s;
+static PyObject *__pyx_n_s_region;
+static PyObject *__pyx_n_s_regions;
+static PyObject *__pyx_n_s_regions_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_replace;
+static PyObject *__pyx_n_s_required;
+static PyObject *__pyx_n_s_required_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_rest;
+static PyObject *__pyx_n_s_result;
+static PyObject *__pyx_n_s_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_s;
+static PyObject *__pyx_kp_s_s_s_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_sample;
+static PyObject *__pyx_n_s_sample2column;
+static PyObject *__pyx_n_s_samples;
+static PyObject *__pyx_n_s_samples_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_sdata;
+static PyObject *__pyx_n_s_self;
+static PyObject *__pyx_n_s_send;
+static PyObject *__pyx_n_s_separator;
+static PyObject *__pyx_n_s_sequence;
+static PyObject *__pyx_n_s_setfilter;
+static PyObject *__pyx_n_s_setformat;
+static PyObject *__pyx_n_s_setheader;
+static PyObject *__pyx_n_s_setinfo;
+static PyObject *__pyx_n_s_setreference;
+static PyObject *__pyx_n_s_setregions;
+static PyObject *__pyx_n_s_setsamples;
+static PyObject *__pyx_n_s_setversion;
+static PyObject *__pyx_n_s_shortest;
+static PyObject *__pyx_n_s_split;
+static PyObject *__pyx_n_s_start;
+static PyObject *__pyx_n_s_startswith;
+static PyObject *__pyx_kp_s_sth_entry_not_found;
+static PyObject *__pyx_n_s_stream;
+static PyObject *__pyx_n_s_string;
+static PyObject *__pyx_n_s_strip;
+static PyObject *__pyx_n_s_sys;
+static PyObject *__pyx_n_s_t;
+static PyObject *__pyx_n_s_tabixfile;
+static PyObject *__pyx_n_s_test;
+static PyObject *__pyx_n_s_throw;
+static PyObject *__pyx_n_s_type;
+static PyObject *__pyx_n_s_upper;
+static PyObject *__pyx_n_s_v;
+static PyObject *__pyx_n_s_validate;
+static PyObject *__pyx_n_s_value;
+static PyObject *__pyx_n_s_values;
+static PyObject *__pyx_n_s_var;
+static PyObject *__pyx_n_s_vcf;
+static PyObject *__pyx_n_s_vcffile;
+static PyObject *__pyx_n_s_version;
+static PyObject *__pyx_n_s_version_2;
+static PyObject *__pyx_n_s_warn_errors;
+static PyObject *__pyx_n_s_warnerror;
+static PyObject *__pyx_n_s_write;
+static PyObject *__pyx_n_s_write_data;
+static PyObject *__pyx_n_s_write_header;
+static PyObject *__pyx_n_s_write_heading;
+static PyObject *__pyx_n_s_writeheader;
+static PyObject *__pyx_n_s_x;
+static PyObject *__pyx_n_s_y;
+static PyObject *__pyx_n_s_zip;
+static PyObject *__pyx_float_0_0;
+static PyObject *__pyx_int_0;
+static PyObject *__pyx_int_1;
+static PyObject *__pyx_int_2;
+static PyObject *__pyx_int_3;
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+static PyObject *__pyx_int_5;
+static PyObject *__pyx_int_6;
+static PyObject *__pyx_int_7;
+static PyObject *__pyx_int_8;
+static PyObject *__pyx_int_9;
+static PyObject *__pyx_int_10;
+static PyObject *__pyx_int_11;
+static PyObject *__pyx_int_12;
+static PyObject *__pyx_int_13;
+static PyObject *__pyx_int_14;
+static PyObject *__pyx_int_15;
+static PyObject *__pyx_int_16;
+static PyObject *__pyx_int_17;
+static PyObject *__pyx_int_18;
+static PyObject *__pyx_int_19;
+static PyObject *__pyx_int_20;
+static PyObject *__pyx_int_21;
+static PyObject *__pyx_int_22;
+static PyObject *__pyx_int_23;
+static PyObject *__pyx_int_24;
+static PyObject *__pyx_int_25;
+static PyObject *__pyx_int_26;
+static PyObject *__pyx_int_27;
+static PyObject *__pyx_int_28;
+static PyObject *__pyx_int_29;
+static PyObject *__pyx_int_30;
+static PyObject *__pyx_int_31;
+static PyObject *__pyx_int_32;
+static PyObject *__pyx_int_33;
+static PyObject *__pyx_int_40;
+static PyObject *__pyx_int_100;
+static PyObject *__pyx_int_3000000000;
+static PyObject *__pyx_int_neg_1;
+static PyObject *__pyx_tuple__3;
+static PyObject *__pyx_tuple__5;
+static PyObject *__pyx_tuple__7;
+static PyObject *__pyx_tuple__9;
+static PyObject *__pyx_slice__18;
+static PyObject *__pyx_slice__19;
+static PyObject *__pyx_slice__25;
+static PyObject *__pyx_slice__27;
+static PyObject *__pyx_slice__42;
+static PyObject *__pyx_slice__48;
+static PyObject *__pyx_slice__50;
+static PyObject *__pyx_slice__54;
+static PyObject *__pyx_slice__57;
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+static PyObject *__pyx_slice__59;
+static PyObject *__pyx_slice__71;
+static PyObject *__pyx_slice__73;
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+static PyObject *__pyx_slice__76;
+static PyObject *__pyx_slice__77;
+static PyObject *__pyx_slice__78;
+static PyObject *__pyx_slice__79;
+static PyObject *__pyx_slice__80;
+static PyObject *__pyx_slice__86;
+static PyObject *__pyx_slice__87;
+static PyObject *__pyx_slice__88;
+static PyObject *__pyx_slice__89;
+static PyObject *__pyx_tuple__11;
+static PyObject *__pyx_tuple__12;
+static PyObject *__pyx_tuple__14;
+static PyObject *__pyx_tuple__15;
+static PyObject *__pyx_tuple__16;
+static PyObject *__pyx_tuple__17;
+static PyObject *__pyx_tuple__20;
+static PyObject *__pyx_tuple__22;
+static PyObject *__pyx_tuple__24;
+static PyObject *__pyx_tuple__26;
+static PyObject *__pyx_tuple__28;
+static PyObject *__pyx_tuple__30;
+static PyObject *__pyx_tuple__31;
+static PyObject *__pyx_tuple__32;
+static PyObject *__pyx_tuple__33;
+static PyObject *__pyx_tuple__34;
+static PyObject *__pyx_tuple__35;
+static PyObject *__pyx_tuple__36;
+static PyObject *__pyx_tuple__37;
+static PyObject *__pyx_tuple__38;
+static PyObject *__pyx_tuple__39;
+static PyObject *__pyx_tuple__40;
+static PyObject *__pyx_tuple__41;
+static PyObject *__pyx_tuple__43;
+static PyObject *__pyx_tuple__44;
+static PyObject *__pyx_tuple__45;
+static PyObject *__pyx_tuple__47;
+static PyObject *__pyx_tuple__49;
+static PyObject *__pyx_tuple__52;
+static PyObject *__pyx_tuple__53;
+static PyObject *__pyx_tuple__56;
+static PyObject *__pyx_tuple__62;
+static PyObject *__pyx_tuple__63;
+static PyObject *__pyx_tuple__64;
+static PyObject *__pyx_tuple__65;
+static PyObject *__pyx_tuple__66;
+static PyObject *__pyx_tuple__67;
+static PyObject *__pyx_tuple__68;
+static PyObject *__pyx_tuple__69;
+static PyObject *__pyx_tuple__70;
+static PyObject *__pyx_tuple__72;
+static PyObject *__pyx_tuple__75;
+static PyObject *__pyx_tuple__81;
+static PyObject *__pyx_tuple__82;
+static PyObject *__pyx_tuple__83;
+static PyObject *__pyx_tuple__84;
+static PyObject *__pyx_tuple__85;
+static PyObject *__pyx_tuple__90;
+static PyObject *__pyx_tuple__92;
+static PyObject *__pyx_tuple__93;
+static PyObject *__pyx_tuple__94;
+static PyObject *__pyx_tuple__96;
+static PyObject *__pyx_tuple__98;
+static PyObject *__pyx_tuple__99;
+static PyObject *__pyx_tuple__101;
+static PyObject *__pyx_tuple__102;
+static PyObject *__pyx_tuple__104;
+static PyObject *__pyx_tuple__105;
+static PyObject *__pyx_tuple__107;
+static PyObject *__pyx_tuple__108;
+static PyObject *__pyx_tuple__110;
+static PyObject *__pyx_tuple__111;
+static PyObject *__pyx_tuple__113;
+static PyObject *__pyx_tuple__115;
+static PyObject *__pyx_tuple__117;
+static PyObject *__pyx_tuple__118;
+static PyObject *__pyx_tuple__120;
+static PyObject *__pyx_tuple__122;
+static PyObject *__pyx_tuple__124;
+static PyObject *__pyx_tuple__126;
+static PyObject *__pyx_tuple__128;
+static PyObject *__pyx_tuple__130;
+static PyObject *__pyx_tuple__132;
+static PyObject *__pyx_tuple__134;
+static PyObject *__pyx_tuple__136;
+static PyObject *__pyx_tuple__138;
+static PyObject *__pyx_tuple__139;
+static PyObject *__pyx_tuple__141;
+static PyObject *__pyx_tuple__143;
+static PyObject *__pyx_tuple__145;
+static PyObject *__pyx_tuple__147;
+static PyObject *__pyx_tuple__149;
+static PyObject *__pyx_tuple__151;
+static PyObject *__pyx_tuple__153;
+static PyObject *__pyx_tuple__155;
+static PyObject *__pyx_tuple__157;
+static PyObject *__pyx_tuple__159;
+static PyObject *__pyx_tuple__161;
+static PyObject *__pyx_tuple__163;
+static PyObject *__pyx_tuple__165;
+static PyObject *__pyx_tuple__167;
+static PyObject *__pyx_tuple__169;
+static PyObject *__pyx_tuple__171;
+static PyObject *__pyx_tuple__173;
+static PyObject *__pyx_tuple__175;
+static PyObject *__pyx_tuple__177;
+static PyObject *__pyx_tuple__179;
+static PyObject *__pyx_tuple__181;
+static PyObject *__pyx_tuple__183;
+static PyObject *__pyx_tuple__185;
+static PyObject *__pyx_tuple__186;
+static PyObject *__pyx_tuple__188;
+static PyObject *__pyx_tuple__189;
+static PyObject *__pyx_codeobj__95;
+static PyObject *__pyx_codeobj__97;
+static PyObject *__pyx_codeobj__100;
+static PyObject *__pyx_codeobj__103;
+static PyObject *__pyx_codeobj__106;
+static PyObject *__pyx_codeobj__109;
+static PyObject *__pyx_codeobj__112;
+static PyObject *__pyx_codeobj__114;
+static PyObject *__pyx_codeobj__116;
+static PyObject *__pyx_codeobj__119;
+static PyObject *__pyx_codeobj__121;
+static PyObject *__pyx_codeobj__123;
+static PyObject *__pyx_codeobj__125;
+static PyObject *__pyx_codeobj__127;
+static PyObject *__pyx_codeobj__129;
+static PyObject *__pyx_codeobj__131;
+static PyObject *__pyx_codeobj__133;
+static PyObject *__pyx_codeobj__135;
+static PyObject *__pyx_codeobj__137;
+static PyObject *__pyx_codeobj__140;
+static PyObject *__pyx_codeobj__142;
+static PyObject *__pyx_codeobj__144;
+static PyObject *__pyx_codeobj__146;
+static PyObject *__pyx_codeobj__148;
+static PyObject *__pyx_codeobj__150;
+static PyObject *__pyx_codeobj__152;
+static PyObject *__pyx_codeobj__154;
+static PyObject *__pyx_codeobj__156;
+static PyObject *__pyx_codeobj__158;
+static PyObject *__pyx_codeobj__160;
+static PyObject *__pyx_codeobj__162;
+static PyObject *__pyx_codeobj__164;
+static PyObject *__pyx_codeobj__166;
+static PyObject *__pyx_codeobj__168;
+static PyObject *__pyx_codeobj__170;
+static PyObject *__pyx_codeobj__172;
+static PyObject *__pyx_codeobj__174;
+static PyObject *__pyx_codeobj__176;
+static PyObject *__pyx_codeobj__178;
+static PyObject *__pyx_codeobj__180;
+static PyObject *__pyx_codeobj__182;
+static PyObject *__pyx_codeobj__184;
+static PyObject *__pyx_codeobj__187;
+static PyObject *__pyx_codeobj__190;
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":60
+ *
+ * # Utility function. Uses 0-based coordinates
+ * def get_sequence(chrom, start, end, fa): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # obtain sequence from .fa file, without truncation
+ * if end<=start: return ""
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_1get_sequence(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_1get_sequence = {__Pyx_NAMESTR("get_sequence"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_1get_sequence, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_1get_sequence(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_chrom = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_fa = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_sequence (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_chrom,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_fa,0};
+ PyObject* values[4] = {0,0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_chrom)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_sequence", 1, 4, 4, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_sequence", 1, 4, 4, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (likely((values[3] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_fa)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_sequence", 1, 4, 4, 3); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "get_sequence") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 4) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ }
+ __pyx_v_chrom = values[0];
+ __pyx_v_start = values[1];
+ __pyx_v_end = values[2];
+ __pyx_v_fa = values[3];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_sequence", 1, 4, 4, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.get_sequence", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_get_sequence(__pyx_self, __pyx_v_chrom, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_fa);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_get_sequence(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_chrom, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_fa) {
+ PyObject *__pyx_v_sequence = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_sequence", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":62
+ * def get_sequence(chrom, start, end, fa):
+ * # obtain sequence from .fa file, without truncation
+ * if end<=start: return "" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not fa: return "N"*(end-start)
+ * if start<0: return "N"*(-start) + get_sequence(chrom, 0, end, fa).upper()
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_end, __pyx_v_start, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 62; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 62; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_);
+ __pyx_r = __pyx_kp_s_;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":63
+ * # obtain sequence from .fa file, without truncation
+ * if end<=start: return ""
+ * if not fa: return "N"*(end-start) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if start<0: return "N"*(-start) + get_sequence(chrom, 0, end, fa).upper()
+ * sequence = fa.fetch(chrom, start, end).upper()
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_fa); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_2) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_end, __pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Multiply(__pyx_n_s_N, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":64
+ * if end<=start: return ""
+ * if not fa: return "N"*(end-start)
+ * if start<0: return "N"*(-start) + get_sequence(chrom, 0, end, fa).upper() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sequence = fa.fetch(chrom, start, end).upper()
+ * if len(sequence) < end-start: sequence += "N"*(end-start-len(sequence))
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_start, __pyx_int_0, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Negative(__pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Multiply(__pyx_n_s_N, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_fa);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 3, __pyx_v_fa);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_fa);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":65
+ * if not fa: return "N"*(end-start)
+ * if start<0: return "N"*(-start) + get_sequence(chrom, 0, end, fa).upper()
+ * sequence = fa.fetch(chrom, start, end).upper() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(sequence) < end-start: sequence += "N"*(end-start-len(sequence))
+ * return sequence
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fa, __pyx_n_s_fetch); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 65; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_v_sequence = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":66
+ * if start<0: return "N"*(-start) + get_sequence(chrom, 0, end, fa).upper()
+ * sequence = fa.fetch(chrom, start, end).upper()
+ * if len(sequence) < end-start: sequence += "N"*(end-start-len(sequence)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return sequence
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_sequence); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_end, __pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_t_6, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_5 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_end, __pyx_v_start); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_sequence); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_5, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Multiply(__pyx_n_s_N, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_sequence, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 66; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_sequence, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":67
+ * sequence = fa.fetch(chrom, start, end).upper()
+ * if len(sequence) < end-start: sequence += "N"*(end-start-len(sequence))
+ * return sequence # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Utility function. Parses a region string
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_sequence);
+ __pyx_r = __pyx_v_sequence;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":60
+ *
+ * # Utility function. Uses 0-based coordinates
+ * def get_sequence(chrom, start, end, fa): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # obtain sequence from .fa file, without truncation
+ * if end<=start: return ""
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.get_sequence", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_sequence);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":70
+ *
+ * # Utility function. Parses a region string
+ * def parse_regions( string ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = []
+ * for r in string.split(','):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3parse_regions(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_string); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3parse_regions = {__Pyx_NAMESTR("parse_regions"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3parse_regions, METH_O, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3parse_regions(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_string) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_regions (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_2parse_regions(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_string));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_2parse_regions(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_string) {
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_elts = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_chrom = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_start = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_end = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_ielts = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ PyObject *(*__pyx_t_4)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ int __pyx_t_14;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_regions", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":71
+ * # Utility function. Parses a region string
+ * def parse_regions( string ):
+ * result = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for r in string.split(','):
+ * elts = r.split(':')
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 71; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":72
+ * def parse_regions( string ):
+ * result = []
+ * for r in string.split(','): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = r.split(':')
+ * chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_string, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_2) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_2; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_4 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_4 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_4(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_r, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":73
+ * result = []
+ * for r in string.split(','):
+ * elts = r.split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000
+ * if len(elts)==1: pass
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_r, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_elts, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":74
+ * for r in string.split(','):
+ * elts = r.split(':')
+ * chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts)==1: pass
+ * elif len(elts)==2:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 74; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __pyx_int_0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = __pyx_int_3000000000;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_chrom, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_start, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_end, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":75
+ * elts = r.split(':')
+ * chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000
+ * if len(elts)==1: pass # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif len(elts)==2:
+ * if len(elts[1])>0:
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_elts); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 75; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = ((__pyx_t_7 == 1) != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+ goto __pyx_L5;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":76
+ * chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000
+ * if len(elts)==1: pass
+ * elif len(elts)==2: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts[1])>0:
+ * ielts = elts[1].split('-')
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_elts); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 76; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = ((__pyx_t_7 == 2) != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":77
+ * if len(elts)==1: pass
+ * elif len(elts)==2:
+ * if len(elts[1])>0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ielts = elts[1].split('-')
+ * if len(ielts) != 2: ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 77; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 77; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_8 = ((__pyx_t_7 > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":78
+ * elif len(elts)==2:
+ * if len(elts[1])>0:
+ * ielts = elts[1].split('-') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(ielts) != 2: ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * try: start, end = int(ielts[0])-1, int(ielts[1])
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 78; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 78; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 78; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_ielts, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":79
+ * if len(elts[1])>0:
+ * ielts = elts[1].split('-')
+ * if len(ielts) != 2: ValueError("Don't understand region string '%s'" % r) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: start, end = int(ielts[0])-1, int(ielts[1])
+ * except: raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_ielts); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = ((__pyx_t_7 != 2) != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Don_t_understand_region_string_s, __pyx_v_r); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":80
+ * ielts = elts[1].split('-')
+ * if len(ielts) != 2: ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * try: start, end = int(ielts[0])-1, int(ielts[1]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except: raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * else:
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_9, &__pyx_t_10, &__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ /*try:*/ {
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_ielts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L8_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Int(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L8_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_2, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L8_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_ielts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L8_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyNumber_Int(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L8_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_start, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_end, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L15_try_end;
+ __pyx_L8_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":81
+ * if len(ielts) != 2: ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * try: start, end = int(ielts[0])-1, int(ielts[1])
+ * except: raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.parse_regions", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_5, &__pyx_t_6, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Don_t_understand_region_string_s, __pyx_v_r); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_13, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_12, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 81; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L9_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L10_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_9, __pyx_t_10, __pyx_t_11);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L9_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_9, __pyx_t_10, __pyx_t_11);
+ __pyx_L15_try_end:;
+ }
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":83
+ * except: raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * else:
+ * raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result.append( (chrom,start,end) )
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Don_t_understand_region_string_s, __pyx_v_r); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 83; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 83; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 83; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 83; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":84
+ * else:
+ * raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * result.append( (chrom,start,end) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return result
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 84; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_result, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_14 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 84; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":85
+ * raise ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * result.append( (chrom,start,end) )
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":70
+ *
+ * # Utility function. Parses a region string
+ * def parse_regions( string ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = []
+ * for r in string.split(','):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.parse_regions", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_r);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_elts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ielts);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":106
+ * cdef uint32_t pos
+ *
+ * def __init__(self, vcf): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.vcf = vcf
+ * # if len(data) != len(self.vcf._samples):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_vcf = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_vcf,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_vcf)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 106; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 1) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ }
+ __pyx_v_vcf = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 1, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 106; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self), __pyx_v_vcf);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord___init__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_vcf) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":107
+ *
+ * def __init__(self, vcf):
+ * self.vcf = vcf # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # if len(data) != len(self.vcf._samples):
+ * # self.vcf.error(str(data),
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_vcf);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_vcf);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->vcf);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->vcf);
+ __pyx_v_self->vcf = __pyx_v_vcf;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":106
+ * cdef uint32_t pos
+ *
+ * def __init__(self, vcf): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.vcf = vcf
+ * # if len(data) != len(self.vcf._samples):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":117
+ * # len(data)))
+ *
+ * def __cinit__(self, vcf): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # start indexed access at genotypes
+ * self.offset = 9
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3__cinit__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_vcf = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_vcf,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_vcf)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__cinit__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 117; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 1) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ }
+ __pyx_v_vcf = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__cinit__", 1, 1, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 117; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.__cinit__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2__cinit__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self), __pyx_v_vcf);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2__cinit__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_vcf) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__cinit__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":119
+ * def __cinit__(self, vcf):
+ * # start indexed access at genotypes
+ * self.offset = 9 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.vcf = vcf
+ */
+ __pyx_v_self->__pyx_base.offset = 9;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":121
+ * self.offset = 9
+ *
+ * self.vcf = vcf # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def error(self, line, error, opt=None):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_vcf);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_vcf);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->vcf);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->vcf);
+ __pyx_v_self->vcf = __pyx_v_vcf;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":117
+ * # len(data)))
+ *
+ * def __cinit__(self, vcf): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # start indexed access at genotypes
+ * self.offset = 9
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":123
+ * self.vcf = vcf
+ *
+ * def error(self, line, error, opt=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''raise error.'''
+ * # pass to vcf file for error handling
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_5error(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4error[] = "raise error.";
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_5error(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ PyObject *__pyx_v_error = 0;
+ PyObject *__pyx_v_opt = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("error (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_line,&__pyx_n_s_error,&__pyx_n_s_opt,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ values[2] = ((PyObject *)Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_error)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("error", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 123; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_opt);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "error") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 123; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_line = values[0];
+ __pyx_v_error = values[1];
+ __pyx_v_opt = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("error", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 123; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.error", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4error(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self), __pyx_v_line, __pyx_v_error, __pyx_v_opt);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4error(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_error, PyObject *__pyx_v_opt) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("error", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":126
+ * '''raise error.'''
+ * # pass to vcf file for error handling
+ * return self.vcf.error( line, error, opt ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 126; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 126; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_error);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_error);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_error);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_opt);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_opt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_opt);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 126; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":123
+ * self.vcf = vcf
+ *
+ * def error(self, line, error, opt=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''raise error.'''
+ * # pass to vcf file for error handling
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.error", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":128
+ * return self.vcf.error( line, error, opt )
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_update(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, size_t __pyx_v_nbytes) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("update", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":133
+ * nbytes does not include the terminal '\0'.
+ * '''
+ * TabProxies.TupleProxy.update(self, buffer, nbytes) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self.contig = self.fields[0]
+ */
+ __pyx_t_1 = __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->update(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_self), __pyx_v_buffer, __pyx_v_nbytes); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 133; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":135
+ * TabProxies.TupleProxy.update(self, buffer, nbytes)
+ *
+ * self.contig = self.fields[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # vcf counts from 1 - correct here
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1
+ */
+ __pyx_v_self->contig = (__pyx_v_self->__pyx_base.fields[0]);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":137
+ * self.contig = self.fields[0]
+ * # vcf counts from 1 - correct here
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __len__(self):
+ */
+ __pyx_v_self->pos = (atoi((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[1])) - 1);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":128
+ * return self.vcf.error( line, error, opt )
+ *
+ * cdef update(self, char * buffer, size_t nbytes): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''update internal data.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.update", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":139
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return max(0, self.nfields - 9)
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7__len__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static Py_ssize_t __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7__len__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6__len__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static Py_ssize_t __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6__len__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ Py_ssize_t __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ long __pyx_t_1;
+ long __pyx_t_2;
+ long __pyx_t_3;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__len__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":140
+ *
+ * def __len__(self):
+ * return max(0, self.nfields - 9) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property contig:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__pyx_v_self->__pyx_base.nfields - 9);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ if (((__pyx_t_1 > __pyx_t_2) != 0)) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_1;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_2;
+ }
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":139
+ * self.pos = atoi(self.fields[1]) - 1
+ *
+ * def __len__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return max(0, self.nfields - 9)
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":143
+ *
+ * property contig:
+ * def __get__(self): return self.contig # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property pos:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6contig_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6contig_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6contig___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6contig___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->contig); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 143; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.contig.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":146
+ *
+ * property pos:
+ * def __get__(self): return self.pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property id:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3pos_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3pos___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3pos___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyInt_From_uint32_t(__pyx_v_self->pos); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 146; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.pos.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":149
+ *
+ * property id:
+ * def __get__(self): return self.fields[2] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property ref:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2id_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2id___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2id___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[2])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 149; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.id.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":152
+ *
+ * property ref:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.fields[3]
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3ref_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3ref_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3ref___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3ref___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":153
+ * property ref:
+ * def __get__(self):
+ * return self.fields[3] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property alt:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[3])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 153; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":152
+ *
+ * property ref:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.fields[3]
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.ref.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":156
+ *
+ * property alt:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ * alt = self.fields[4]
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3alt_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3alt_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3alt___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3alt___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_alt = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":158
+ * def __get__(self):
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ * alt = self.fields[4] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if alt == ".": alt = []
+ * else: alt = alt.upper().split(',')
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[4])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 158; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_alt = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":159
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ * alt = self.fields[4]
+ * if alt == ".": alt = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: alt = alt.upper().split(',')
+ * return alt
+ */
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_alt, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 159; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":160
+ * alt = self.fields[4]
+ * if alt == ".": alt = []
+ * else: alt = alt.upper().split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return alt
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_alt, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":161
+ * if alt == ".": alt = []
+ * else: alt = alt.upper().split(',')
+ * return alt # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property qual:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_alt);
+ __pyx_r = __pyx_v_alt;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":156
+ *
+ * property alt:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ * alt = self.fields[4]
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.alt.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_alt);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":164
+ *
+ * property qual:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qual = self.fields[5]
+ * if qual == b".": qual = -1
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4qual_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4qual_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4qual___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4qual___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_qual = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ double __pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":165
+ * property qual:
+ * def __get__(self):
+ * qual = self.fields[5] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if qual == b".": qual = -1
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[5])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 165; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_qual = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":166
+ * def __get__(self):
+ * qual = self.fields[5]
+ * if qual == b".": qual = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * try: qual = float(qual)
+ */
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyBytes_Equals(__pyx_v_qual, __pyx_kp_b__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 166; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_2) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_qual, __pyx_int_neg_1);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":168
+ * if qual == b".": qual = -1
+ * else:
+ * try: qual = float(qual) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except: self.vcf.error(str(self),self.QUAL_NOT_NUMERICAL)
+ * return qual
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_3, &__pyx_t_4, &__pyx_t_5);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5);
+ /*try:*/ {
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_AsDouble(__pyx_v_qual); if (unlikely(__pyx_t_6 == ((double)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __pyx_t_1 = PyFloat_FromDouble(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 168; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_qual, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L11_try_end;
+ __pyx_L4_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":169
+ * else:
+ * try: qual = float(qual)
+ * except: self.vcf.error(str(self),self.QUAL_NOT_NUMERICAL) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return qual
+ *
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.qual.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_1, &__pyx_t_7, &__pyx_t_8) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_QUAL_NOT_NUMERICAL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_12 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 0, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 169; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L5_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L6_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L5_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ __pyx_L11_try_end:;
+ }
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":170
+ * try: qual = float(qual)
+ * except: self.vcf.error(str(self),self.QUAL_NOT_NUMERICAL)
+ * return qual # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property filter:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_qual);
+ __pyx_r = __pyx_v_qual;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":164
+ *
+ * property qual:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * qual = self.fields[5]
+ * if qual == b".": qual = -1
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.qual.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_qual);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":173
+ *
+ * property filter:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * f = self.fields[6]
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6filter_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6filter_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6filter___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6filter___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ char *__pyx_v_f;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":174
+ * property filter:
+ * def __get__(self):
+ * f = self.fields[6] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ * if f == b"." or f == b"PASS" or f == b"0": return []
+ */
+ __pyx_v_f = (__pyx_v_self->__pyx_base.fields[6]);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":176
+ * f = self.fields[6]
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ * if f == b"." or f == b"PASS" or f == b"0": return [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: return f.split(';')
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_f); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyBytes_Equals(__pyx_t_1, __pyx_kp_b__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (!__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_f); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyBytes_Equals(__pyx_t_1, __pyx_n_b_PASS, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (!__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_f); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyBytes_Equals(__pyx_t_1, __pyx_kp_b_0, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_3;
+ }
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 176; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":177
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ * if f == b"." or f == b"PASS" or f == b"0": return []
+ * else: return f.split(';') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property info:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_f); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 177; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 177; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_tuple__11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 177; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":173
+ *
+ * property filter:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * f = self.fields[6]
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.filter.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":180
+ *
+ * property info:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * col = self.fields[7]
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4info_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4info_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4info___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4info___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ char *__pyx_v_col;
+ PyObject *__pyx_v_info = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_blurp = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_elts = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":181
+ * property info:
+ * def __get__(self):
+ * col = self.fields[7] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ * info = {}
+ */
+ __pyx_v_col = (__pyx_v_self->__pyx_base.fields[7]);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":183
+ * col = self.fields[7]
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ * info = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if col != b".":
+ * for blurp in col.split(';'):
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 183; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_info = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":184
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ * info = {}
+ * if col != b".": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for blurp in col.split(';'):
+ * elts = blurp.split('=')
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_col); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 184; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PyBytes_Equals(__pyx_t_1, __pyx_kp_b__8, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 184; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":185
+ * info = {}
+ * if col != b".":
+ * for blurp in col.split(';'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_col); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_1) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_1; __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_3 = PyObject_GetIter(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_3)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_5(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_blurp, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":186
+ * if col != b".":
+ * for blurp in col.split(';'):
+ * elts = blurp.split('=') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_blurp, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__14, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_elts, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":187
+ * for blurp in col.split(';'):
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ * else: self.vcf.error(str(self),self.ERROR_INFO_STRING)
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_elts); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 187; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_t_7 == 1) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, Py_None);
+ goto __pyx_L6;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":188
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: self.vcf.error(str(self),self.ERROR_INFO_STRING)
+ * info[elts[0]] = self.vcf.parse_formatdata(elts[0], v, self.vcf._info, str(self))
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_elts); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = ((__pyx_t_7 == 2) != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 188; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":189
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ * else: self.vcf.error(str(self),self.ERROR_INFO_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info[elts[0]] = self.vcf.parse_formatdata(elts[0], v, self.vcf._info, str(self))
+ * return info
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_ERROR_INFO_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 189; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":190
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ * else: self.vcf.error(str(self),self.ERROR_INFO_STRING)
+ * info[elts[0]] = self.vcf.parse_formatdata(elts[0], v, self.vcf._info, str(self)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return info
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_parse_formatdata); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ if (unlikely(!__pyx_v_v)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("v"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_info); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)__pyx_v_self));
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 2, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 3, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_info, __pyx_t_8, __pyx_t_10) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 190; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":191
+ * else: self.vcf.error(str(self),self.ERROR_INFO_STRING)
+ * info[elts[0]] = self.vcf.parse_formatdata(elts[0], v, self.vcf._info, str(self))
+ * return info # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property format:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_info);
+ __pyx_r = __pyx_v_info;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":180
+ *
+ * property info:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * col = self.fields[7]
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.info.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_info);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_blurp);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_elts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":194
+ *
+ * property format:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.fields[8].split(':')
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6format_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6format_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6format___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6format___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":195
+ * property format:
+ * def __get__(self):
+ * return self.fields[8].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property samples:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[8])); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 195; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 195; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__15, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 195; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":194
+ *
+ * property format:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.fields[8].split(':')
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.format.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":198
+ *
+ * property samples:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.vcf._samples
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7samples_1__get__(PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7samples_1__get__(PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7samples___get__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7samples___get__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__get__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":199
+ * property samples:
+ * def __get__(self):
+ * return self.vcf._samples # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __getitem__(self, key):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 199; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":198
+ *
+ * property samples:
+ * def __get__(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return self.vcf._samples
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.samples.__get__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":201
+ * return self.vcf._samples
+ *
+ * def __getitem__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # parse sample columns
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_9__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key); /*proto*/
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_9__getitem__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__ (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_8__getitem__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_self), ((PyObject *)__pyx_v_key));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_8__getitem__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key) {
+ PyObject *__pyx_v_values = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_alt = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_format = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_result = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_v_idx;
+ PyObject *__pyx_v_expected = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_value = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__getitem__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":204
+ *
+ * # parse sample columns
+ * values = self.fields[self.vcf._sample2column[key]].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = self.alt
+ * format = self.format
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_sample2column); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_t_1, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(__pyx_t_2); if (unlikely((__pyx_t_3 == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyBytes_FromString((__pyx_v_self->__pyx_base.fields[__pyx_t_3])); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__16, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_values = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":205
+ * # parse sample columns
+ * values = self.fields[self.vcf._sample2column[key]].split(':')
+ * alt = self.alt # <<<<<<<<<<<<<<
+ * format = self.format
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_alt); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 205; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_alt = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":206
+ * values = self.fields[self.vcf._sample2column[key]].split(':')
+ * alt = self.alt
+ * format = self.format # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if len(values) > len(format):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_format); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 206; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_format = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":208
+ * format = self.format
+ *
+ * if len(values) > len(format): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.vcf.error(str(self.line),self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" %\
+ * (len(values),key,len(format)))
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 208; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_format); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 208; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_3 > __pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":209
+ *
+ * if len(values) > len(format):
+ * self.vcf.error(str(self.line),self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" %\ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (len(values),key,len(format)))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_line); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_VALUES); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":210
+ * if len(values) > len(format):
+ * self.vcf.error(str(self.line),self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" %\
+ * (len(values),key,len(format))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result = {}
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_format); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 210; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":209
+ *
+ * if len(values) > len(format):
+ * self.vcf.error(str(self.line),self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" %\ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * (len(values),key,len(format)))
+ *
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_found_s_values_in_element_s_exp, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 209; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":212
+ * (len(values),key,len(format)))
+ *
+ * result = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for idx in range(len(format)):
+ * expected = self.vcf.get_expected(format[idx], self.vcf._format, alt)
+ */
+ __pyx_t_8 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 212; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_v_result = ((PyObject*)__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":213
+ *
+ * result = {}
+ * for idx in range(len(format)): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * expected = self.vcf.get_expected(format[idx], self.vcf._format, alt)
+ * if idx < len(values): value = values[idx]
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_format); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 213; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ for (__pyx_t_3 = 0; __pyx_t_3 < __pyx_t_4; __pyx_t_3+=1) {
+ __pyx_v_idx = __pyx_t_3;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":214
+ * result = {}
+ * for idx in range(len(format)):
+ * expected = self.vcf.get_expected(format[idx], self.vcf._format, alt) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if idx < len(values): value = values[idx]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_get_expected); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_alt);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 2, __pyx_v_alt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_alt);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 214; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_expected, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":215
+ * for idx in range(len(format)):
+ * expected = self.vcf.get_expected(format[idx], self.vcf._format, alt)
+ * if idx < len(values): value = values[idx] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * if expected == -1: value = "."
+ */
+ __pyx_t_10 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_10 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_idx < __pyx_t_10) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_values, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 215; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":217
+ * if idx < len(values): value = values[idx]
+ * else:
+ * if expected == -1: value = "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: value = ",".join(["."]*expected)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_expected, __pyx_int_neg_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 217; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_kp_s__8);
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":218
+ * else:
+ * if expected == -1: value = "."
+ * else: value = ",".join(["."]*expected) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * result[format[idx]] = self.vcf.parse_formatdata(format[idx], value, self.vcf._format, str(self.data))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 218; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ { PyObject* __pyx_temp = PyNumber_InPlaceMultiply(__pyx_t_2, __pyx_v_expected); if (unlikely(!__pyx_temp)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 218; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_temp);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = __pyx_temp;
+ }
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 218; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __pyx_L7:;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":220
+ * else: value = ",".join(["."]*expected)
+ *
+ * result[format[idx]] = self.vcf.parse_formatdata(format[idx], value, self.vcf._format, str(self.data)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if expected != -1 and len(result[format[idx]]) != expected:
+ * self.vcf.error(str(self.data),self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_parse_formatdata); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->__pyx_base.data); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_1, __pyx_t_9) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 220; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":221
+ *
+ * result[format[idx]] = self.vcf.parse_formatdata(format[idx], value, self.vcf._format, str(self.data))
+ * if expected != -1 and len(result[format[idx]]) != expected: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.vcf.error(str(self.data),self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,result[format[idx]]))
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_expected, __pyx_int_neg_1, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyObject_Length(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_10 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_v_expected, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_11 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 221; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_11;
+ } else {
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_12) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":222
+ * result[format[idx]] = self.vcf.parse_formatdata(format[idx], value, self.vcf._format, str(self.data))
+ * if expected != -1 and len(result[format[idx]]) != expected:
+ * self.vcf.error(str(self.data),self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,result[format[idx]]))
+ * if len(result[format[idx]] ) < expected: result[format[idx]] += [result[format[idx]][-1]]*(expected-len(result[format[idx]]))
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self->vcf, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyBytes_FromString(__pyx_v_self->__pyx_base.data); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(((PyObject *)__pyx_v_self), __pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":223
+ * if expected != -1 and len(result[format[idx]]) != expected:
+ * self.vcf.error(str(self.data),self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,result[format[idx]])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(result[format[idx]] ) < expected: result[format[idx]] += [result[format[idx]][-1]]*(expected-len(result[format[idx]]))
+ * result[format[idx]] = result[format[idx]][:expected]
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_expected);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_expected);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_expected);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_id_s_expected_s_parameters_got_s, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 223; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":222
+ * result[format[idx]] = self.vcf.parse_formatdata(format[idx], value, self.vcf._format, str(self.data))
+ * if expected != -1 and len(result[format[idx]]) != expected:
+ * self.vcf.error(str(self.data),self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,result[format[idx]]))
+ * if len(result[format[idx]] ) < expected: result[format[idx]] += [result[format[idx]][-1]]*(expected-len(result[format[idx]]))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 222; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":224
+ * self.vcf.error(str(self.data),self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,result[format[idx]]))
+ * if len(result[format[idx]] ) < expected: result[format[idx]] += [result[format[idx]][-1]]*(expected-len(result[format[idx]])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result[format[idx]] = result[format[idx]][:expected]
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyObject_Length(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_10 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_v_expected, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_12 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (__pyx_t_12) {
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_6, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyObject_Length(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_10 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_expected, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ { PyObject* __pyx_temp = PyNumber_InPlaceMultiply(__pyx_t_1, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_temp)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_temp);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = __pyx_temp;
+ }
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_2, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_7, __pyx_t_6) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 224; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":225
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,result[format[idx]]))
+ * if len(result[format[idx]] ) < expected: result[format[idx]] += [result[format[idx]][-1]]*(expected-len(result[format[idx]]))
+ * result[format[idx]] = result[format[idx]][:expected] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return result
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_t_6, 0, 0, NULL, &__pyx_v_expected, NULL, 0, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_result, __pyx_t_6, __pyx_t_7) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 225; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":227
+ * result[format[idx]] = result[format[idx]][:expected]
+ *
+ * return result # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_result);
+ __pyx_r = __pyx_v_result;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":201
+ * return self.vcf._samples
+ *
+ * def __getitem__(self, key): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # parse sample columns
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCFRecord.__getitem__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_values);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_alt);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_format);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_result);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_expected);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":233
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a VCF record.'''
+ * cdef vcffile
+ * def __init__(self, vcffile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.vcffile = vcffile
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static int __pyx_pw_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static int __pyx_pw_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord_1__init__(PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_vcffile = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_vcffile,0};
+ PyObject* values[1] = {0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_vcffile)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 233; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 1) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ }
+ __pyx_v_vcffile = values[0];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 1, 1, 1, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 233; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.asVCFRecord.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord___init__(((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *)__pyx_v_self), __pyx_v_vcffile);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static int __pyx_pf_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord___init__(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_vcffile) {
+ int __pyx_r;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":234
+ * cdef vcffile
+ * def __init__(self, vcffile):
+ * self.vcffile = vcffile # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len):
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_vcffile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_vcffile);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_v_self->vcffile);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_v_self->vcffile);
+ __pyx_v_self->vcffile = __pyx_v_vcffile;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":233
+ * '''converts a :term:`tabix row` into a VCF record.'''
+ * cdef vcffile
+ * def __init__(self, vcffile): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.vcffile = vcffile
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":236
+ * self.vcffile = vcffile
+ *
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef VCFRecord r
+ * r = VCFRecord(self.vcffile)
+ */
+
+static PyObject *__pyx_f_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord_parse(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *__pyx_v_self, char *__pyx_v_buffer, int __pyx_v_len) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *__pyx_v_r = 0;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":238
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len):
+ * cdef VCFRecord r
+ * r = VCFRecord(self.vcffile) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 238; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self->vcffile);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_self->vcffile);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self->vcffile);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_4cvcf_VCFRecord)), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 238; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_r = ((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":239
+ * cdef VCFRecord r
+ * r = VCFRecord(self.vcffile)
+ * r.copy(buffer, len) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return r
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = ((struct __pyx_vtabstruct_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)__pyx_v_r->__pyx_base.__pyx_vtab)->__pyx_base.copy(((struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *)__pyx_v_r), __pyx_v_buffer, __pyx_v_len); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 239; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":240
+ * r = VCFRecord(self.vcffile)
+ * r.copy(buffer, len)
+ * return r # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * class VCF(object):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_r));
+ __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_r);
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":236
+ * self.vcffile = vcffile
+ *
+ * cdef parse(self, char * buffer, int len): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cdef VCFRecord r
+ * r = VCFRecord(self.vcffile)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.asVCFRecord.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = 0;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF((PyObject *)__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":319
+ * _lines = None
+ *
+ * def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines=None, leftalign=False):
+ * # make error identifiers accessible by name
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_1__init__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_1__init__ = {__Pyx_NAMESTR("__init__"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_1__init__, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_1__init__(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v__copy = 0;
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_regions = 0;
+ PyObject *__pyx_v_lines = 0;
+ PyObject *__pyx_v_leftalign = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__ (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_copy,&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_regions,&__pyx_n_s_lines,&__pyx_n_s_leftalign,0};
+ PyObject* values[6] = {0,0,0,0,0,0};
+ values[1] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+ values[2] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+ values[3] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":320
+ *
+ * def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None,
+ * lines=None, leftalign=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # make error identifiers accessible by name
+ * for id in self._errors.keys():
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+ values[5] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_False));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_copy);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_regions);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_lines);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 5:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_leftalign);
+ if (value) { values[5] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "__init__") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 319; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v__copy = values[1];
+ __pyx_v_reference = values[2];
+ __pyx_v_regions = values[3];
+ __pyx_v_lines = values[4];
+ __pyx_v_leftalign = values[5];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("__init__", 0, 1, 6, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 319; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF___init__(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v__copy, __pyx_v_reference, __pyx_v_regions, __pyx_v_lines, __pyx_v_leftalign);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":319
+ * _lines = None
+ *
+ * def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines=None, leftalign=False):
+ * # make error identifiers accessible by name
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF___init__(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v__copy, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_regions, PyObject *__pyx_v_lines, PyObject *__pyx_v_leftalign) {
+ PyObject *__pyx_v_id = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ PyObject *(*__pyx_t_4)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__init__", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":322
+ * lines=None, leftalign=False):
+ * # make error identifiers accessible by name
+ * for id in self._errors.keys(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.__dict__[self._errors[id].split(':')[0]] = id
+ * if _copy != None:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_errors); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_keys); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_1) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_4 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_4 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_4(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 322; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_id, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":323
+ * # make error identifiers accessible by name
+ * for id in self._errors.keys():
+ * self.__dict__[self._errors[id].split(':')[0]] = id # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _copy != None:
+ * self._leftalign = _copy._leftalign
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_dict); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_errors); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetItem(__pyx_t_5, __pyx_v_id); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_tuple__17, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_6, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_t_5, __pyx_v_id) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":324
+ * for id in self._errors.keys():
+ * self.__dict__[self._errors[id].split(':')[0]] = id
+ * if _copy != None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._leftalign = _copy._leftalign
+ * self._header = _copy._header[:]
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v__copy, Py_None, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 324; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 324; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":325
+ * self.__dict__[self._errors[id].split(':')[0]] = id
+ * if _copy != None:
+ * self._leftalign = _copy._leftalign # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._header = _copy._header[:]
+ * self._version = _copy._version
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_leftalign_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 325; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_leftalign_2, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 325; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":326
+ * if _copy != None:
+ * self._leftalign = _copy._leftalign
+ * self._header = _copy._header[:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._version = _copy._version
+ * self._info = copy.deepcopy(_copy._info)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_header); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_t_2, 0, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__18, 0, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_header, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":327
+ * self._leftalign = _copy._leftalign
+ * self._header = _copy._header[:]
+ * self._version = _copy._version # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._info = copy.deepcopy(_copy._info)
+ * self._filter = copy.deepcopy(_copy._filter)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 327; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":328
+ * self._header = _copy._header[:]
+ * self._version = _copy._version
+ * self._info = copy.deepcopy(_copy._info) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filter = copy.deepcopy(_copy._filter)
+ * self._format = copy.deepcopy(_copy._format)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_copy_2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_5, __pyx_n_s_deepcopy); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_info); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_info, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 328; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":329
+ * self._version = _copy._version
+ * self._info = copy.deepcopy(_copy._info)
+ * self._filter = copy.deepcopy(_copy._filter) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._format = copy.deepcopy(_copy._format)
+ * self._samples = _copy._samples[:]
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_copy_2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_5, __pyx_n_s_deepcopy); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_filter); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_filter, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 329; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":330
+ * self._info = copy.deepcopy(_copy._info)
+ * self._filter = copy.deepcopy(_copy._filter)
+ * self._format = copy.deepcopy(_copy._format) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._samples = _copy._samples[:]
+ * self._sample2column = copy.deepcopy(_copy._sample2column)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_copy_2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 330; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_5, __pyx_n_s_deepcopy); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 330; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 330; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 330; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 330; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 330; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":331
+ * self._filter = copy.deepcopy(_copy._filter)
+ * self._format = copy.deepcopy(_copy._format)
+ * self._samples = _copy._samples[:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._sample2column = copy.deepcopy(_copy._sample2column)
+ * self._ignored_errors = copy.deepcopy(_copy._ignored_errors)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 331; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_t_5, 0, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__19, 0, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 331; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 331; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":332
+ * self._format = copy.deepcopy(_copy._format)
+ * self._samples = _copy._samples[:]
+ * self._sample2column = copy.deepcopy(_copy._sample2column) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._ignored_errors = copy.deepcopy(_copy._ignored_errors)
+ * self._warn_errors = copy.deepcopy(_copy._warn_errors)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_copy_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 332; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_deepcopy); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 332; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_sample2column); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 332; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 332; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 332; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_sample2column, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 332; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":333
+ * self._samples = _copy._samples[:]
+ * self._sample2column = copy.deepcopy(_copy._sample2column)
+ * self._ignored_errors = copy.deepcopy(_copy._ignored_errors) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._warn_errors = copy.deepcopy(_copy._warn_errors)
+ * self._reference = _copy._reference
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_copy_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 333; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_deepcopy); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 333; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_ignored_errors); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 333; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 333; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 333; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ignored_errors, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 333; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":334
+ * self._sample2column = copy.deepcopy(_copy._sample2column)
+ * self._ignored_errors = copy.deepcopy(_copy._ignored_errors)
+ * self._warn_errors = copy.deepcopy(_copy._warn_errors) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._reference = _copy._reference
+ * self._regions = _copy._regions
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_copy_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 334; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_deepcopy); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 334; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_warn_errors); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 334; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 334; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 334; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_warn_errors, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 334; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":335
+ * self._ignored_errors = copy.deepcopy(_copy._ignored_errors)
+ * self._warn_errors = copy.deepcopy(_copy._warn_errors)
+ * self._reference = _copy._reference # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._regions = _copy._regions
+ * if reference: self._reference = reference
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 335; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 335; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":336
+ * self._warn_errors = copy.deepcopy(_copy._warn_errors)
+ * self._reference = _copy._reference
+ * self._regions = _copy._regions # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if reference: self._reference = reference
+ * if regions: self._regions = regions
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v__copy, __pyx_n_s_regions_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_regions_2, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 336; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":337
+ * self._reference = _copy._reference
+ * self._regions = _copy._regions
+ * if reference: self._reference = reference # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if regions: self._regions = regions
+ * if leftalign: self._leftalign = leftalign
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_reference); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 337; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_7) {
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2, __pyx_v_reference) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 337; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":338
+ * self._regions = _copy._regions
+ * if reference: self._reference = reference
+ * if regions: self._regions = regions # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if leftalign: self._leftalign = leftalign
+ * self._lines = lines
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_regions); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_7) {
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_regions_2, __pyx_v_regions) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 338; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":339
+ * if reference: self._reference = reference
+ * if regions: self._regions = regions
+ * if leftalign: self._leftalign = leftalign # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lines = lines
+ * self.encoding = "ascii"
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_leftalign); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 339; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_7) {
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_leftalign_2, __pyx_v_leftalign) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 339; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":340
+ * if regions: self._regions = regions
+ * if leftalign: self._leftalign = leftalign
+ * self._lines = lines # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.encoding = "ascii"
+ *
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_lines_2, __pyx_v_lines) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 340; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":341
+ * if leftalign: self._leftalign = leftalign
+ * self._lines = lines
+ * self.encoding = "ascii" # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def error(self,line,error,opt=None):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_encoding, __pyx_n_s_ascii) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 341; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":319
+ * _lines = None
+ *
+ * def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines=None, leftalign=False):
+ * # make error identifiers accessible by name
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.__init__", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_id);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":343
+ * self.encoding = "ascii"
+ *
+ * def error(self,line,error,opt=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if error in self._ignored_errors: return
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_3error(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_3error = {__Pyx_NAMESTR("error"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_3error, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_3error(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ PyObject *__pyx_v_error = 0;
+ PyObject *__pyx_v_opt = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("error (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_line,&__pyx_n_s_error,&__pyx_n_s_opt,0};
+ PyObject* values[4] = {0,0,0,0};
+ values[3] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("error", 0, 3, 4, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_error)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("error", 0, 3, 4, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_opt);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "error") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_line = values[1];
+ __pyx_v_error = values[2];
+ __pyx_v_opt = values[3];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("error", 0, 3, 4, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.error", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_2error(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_line, __pyx_v_error, __pyx_v_opt);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_2error(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_error, PyObject *__pyx_v_opt) {
+ PyObject *__pyx_v_errorlabel = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_errorstring = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_errwarn = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_7)(PyObject *);
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("error", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":344
+ *
+ * def error(self,line,error,opt=None):
+ * if error in self._ignored_errors: return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
+ * if opt: errorstring = errorstring % opt
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ignored_errors); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 344; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_error, __pyx_t_1, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 344; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = (__pyx_t_2 != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":345
+ * def error(self,line,error,opt=None):
+ * if error in self._ignored_errors: return
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if opt: errorstring = errorstring % opt
+ * errwarn = ["Error","Warning"][error in self._warn_errors]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_errors); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PyObject_GetItem(__pyx_t_1, __pyx_v_error); if (unlikely(__pyx_t_4 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_4, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__20, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_5 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_5);
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_7 = Py_TYPE(__pyx_t_6)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_1 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ index = 1; __pyx_t_5 = __pyx_t_7(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) goto __pyx_L4_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_7(__pyx_t_6), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L5_unpacking_done;
+ __pyx_L4_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L5_unpacking_done:;
+ }
+ __pyx_v_errorlabel = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_errorstring = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":346
+ * if error in self._ignored_errors: return
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
+ * if opt: errorstring = errorstring % opt # <<<<<<<<<<<<<<
+ * errwarn = ["Error","Warning"][error in self._warn_errors]
+ * errorstring += " in line %s: '%s'\n%s %s: %s\n" % (self._lineno,line,errwarn,errorlabel,errorstring)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_opt); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 346; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Remainder(__pyx_v_errorstring, __pyx_v_opt); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 346; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_errorstring, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":347
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
+ * if opt: errorstring = errorstring % opt
+ * errwarn = ["Error","Warning"][error in self._warn_errors] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * errorstring += " in line %s: '%s'\n%s %s: %s\n" % (self._lineno,line,errwarn,errorlabel,errorstring)
+ * if error in self._warn_errors: return
+ */
+ __pyx_t_4 = PyList_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 347; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Error);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_n_s_Error);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Error);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Warning);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_n_s_Warning);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Warning);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_warn_errors); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 347; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_error, __pyx_t_5, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 347; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetItemInt_List(__pyx_t_4, __pyx_t_3, int, 1, __Pyx_PyBool_FromLong, 1, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 347; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_errwarn = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":348
+ * if opt: errorstring = errorstring % opt
+ * errwarn = ["Error","Warning"][error in self._warn_errors]
+ * errorstring += " in line %s: '%s'\n%s %s: %s\n" % (self._lineno,line,errwarn,errorlabel,errorstring) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if error in self._warn_errors: return
+ * raise ValueError(errorstring)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_lineno); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 348; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(5); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 348; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_errwarn);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 2, __pyx_v_errwarn);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_errwarn);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_errorlabel);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 3, __pyx_v_errorlabel);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_errorlabel);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_errorstring);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 4, __pyx_v_errorstring);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_errorstring);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_in_line_s_s_s_s_s, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 348; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_errorstring, __pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 348; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_errorstring, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":349
+ * errwarn = ["Error","Warning"][error in self._warn_errors]
+ * errorstring += " in line %s: '%s'\n%s %s: %s\n" % (self._lineno,line,errwarn,errorlabel,errorstring)
+ * if error in self._warn_errors: return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * raise ValueError(errorstring)
+ *
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_warn_errors); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_error, __pyx_t_4, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 349; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":350
+ * errorstring += " in line %s: '%s'\n%s %s: %s\n" % (self._lineno,line,errwarn,errorlabel,errorstring)
+ * if error in self._warn_errors: return
+ * raise ValueError(errorstring) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False):
+ */
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_errorstring);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_errorstring);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_errorstring);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_5, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 350; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":343
+ * self.encoding = "ascii"
+ *
+ * def error(self,line,error,opt=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if error in self._ignored_errors: return
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.error", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_errorlabel);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_errorstring);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_errwarn);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":352
+ * raise ValueError(errorstring)
+ *
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 40:
+ * if not format.startswith('<'):
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_5parse_format(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_5parse_format = {__Pyx_NAMESTR("parse_format"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_5parse_format, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_5parse_format(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ PyObject *__pyx_v_format = 0;
+ PyObject *__pyx_v_filter = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_format (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_line,&__pyx_n_s_format,&__pyx_n_s_filter_2,0};
+ PyObject* values[4] = {0,0,0,0};
+ values[3] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_False));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_format", 0, 3, 4, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_format)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_format", 0, 3, 4, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filter_2);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "parse_format") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_line = values[1];
+ __pyx_v_format = values[2];
+ __pyx_v_filter = values[3];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_format", 0, 3, 4, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_format", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_4parse_format(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_line, __pyx_v_format, __pyx_v_filter);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_4parse_format(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_format, PyObject *__pyx_v_filter) {
+ PyObject *__pyx_v_data = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_idx = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_elts = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_first = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_rest = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_n = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_t = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ int __pyx_t_14;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_format", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_format);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":353
+ *
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False):
+ * if self._version == 40: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not format.startswith('<'):
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_int_40, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 353; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":354
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False):
+ * if self._version == 40:
+ * if not format.startswith('<'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format = "<"+format
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_format, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 354; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__22, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 354; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 354; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":355
+ * if self._version == 40:
+ * if not format.startswith('<'):
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * format = "<"+format
+ * if not format.endswith('>'):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 355; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 355; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 355; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 355; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":356
+ * if not format.startswith('<'):
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format = "<"+format # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not format.endswith('>'):
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_kp_s__21, __pyx_v_format); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 356; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_format, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":357
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format = "<"+format
+ * if not format.endswith('>'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format += ">"
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_format, __pyx_n_s_endswith); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__24, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_4) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":358
+ * format = "<"+format
+ * if not format.endswith('>'):
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * format += ">"
+ * format = format[1:-1]
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 358; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":359
+ * if not format.endswith('>'):
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format += ">" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * format = format[1:-1]
+ * data = {'id':None,'number':None,'type':None,'descr':None}
+ */
+ __pyx_t_2 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_format, __pyx_kp_s__23); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 359; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_format, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":360
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format += ">"
+ * format = format[1:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data = {'id':None,'number':None,'type':None,'descr':None}
+ * idx = 0
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_format, 1, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__25, 1, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_format, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":361
+ * format += ">"
+ * format = format[1:-1]
+ * data = {'id':None,'number':None,'type':None,'descr':None} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * idx = 0
+ * while len(format.strip())>0:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_id, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_number, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_type, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_descr, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 361; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_data = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":362
+ * format = format[1:-1]
+ * data = {'id':None,'number':None,'type':None,'descr':None}
+ * idx = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while len(format.strip())>0:
+ * elts = format.strip().split(',')
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_v_idx = __pyx_int_0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":363
+ * data = {'id':None,'number':None,'type':None,'descr':None}
+ * idx = 0
+ * while len(format.strip())>0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = format.strip().split(',')
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:])
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_format, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyObject_Length(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 363; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_t_6 > 0) != 0);
+ if (!__pyx_t_3) break;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":364
+ * idx = 0
+ * while len(format.strip())>0:
+ * elts = format.strip().split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:])
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_format, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__26, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_elts, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":365
+ * while len(format.strip())>0:
+ * elts = format.strip().split(',')
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')):
+ * if self._version == 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_elts, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__27, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_first, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_rest, ((PyObject*)__pyx_t_5));
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":366
+ * elts = format.strip().split(',')
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:])
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS)
+ * if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_find); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_tuple__28, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_int_neg_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (!__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_find); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_tuple__30, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_int_0, Py_GE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_find); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_tuple__31, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_find); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_tuple__32, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_1, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_7;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_4;
+ }
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":367
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:])
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')):
+ * if self._version == 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 367; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_5, __pyx_int_40, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 367; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 367; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 367; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELD); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 367; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 367; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 367; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":368
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')):
+ * if self._version == 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS)
+ * if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1]
+ */
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_idx, __pyx_int_4, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 368; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L10;
+ }
+ __pyx_L10:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":369
+ * if self._version == 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS)
+ * if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 369; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_ID);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_kp_s_ID);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_ID);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Number);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_kp_s_Number);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Number);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Type);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_kp_s_Type);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Type);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Description);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 3, __pyx_kp_s_Description);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Description);
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_t_2, __pyx_v_idx); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 369; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_v_first); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 369; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_first, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ __pyx_L8:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":370
+ * if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__33, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__34, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_2, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_id, __pyx_t_1) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":371
+ * first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Description='):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__35, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__36, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_1, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number, __pyx_t_2) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":372
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif first.startswith('Description='):
+ * elts = format.split('"')
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__37, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__38, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_2, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_type, __pyx_t_1) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":373
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Description='): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = format.split('"')
+ * if len(elts)<3:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__39, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":374
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Description='):
+ * elts = format.split('"') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts)<3:
+ * self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_format, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 374; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__40, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 374; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_elts, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":375
+ * elif first.startswith('Description='):
+ * elts = format.split('"')
+ * if len(elts)<3: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES)
+ * elts = first.split('=') + [rest]
+ */
+ __pyx_t_6 = PyObject_Length(__pyx_v_elts); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 375; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = ((__pyx_t_6 < 3) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":376
+ * elts = format.split('"')
+ * if len(elts)<3:
+ * self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = first.split('=') + [rest]
+ * data['descr'] = elts[1]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 376; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_FORMAT_MISSING_QUOTES); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 376; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 376; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 376; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":377
+ * if len(elts)<3:
+ * self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES)
+ * elts = first.split('=') + [rest] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['descr'] = elts[1]
+ * rest = '"'.join(elts[2:])
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_first, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__41, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_rest);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_rest);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_rest);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_t_5, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_elts, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L12;
+ }
+ __pyx_L12:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":378
+ * self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES)
+ * elts = first.split('=') + [rest]
+ * data['descr'] = elts[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * rest = '"'.join(elts[2:])
+ * if rest.startswith(','): rest = rest[1:]
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_descr, __pyx_t_1) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 378; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":379
+ * elts = first.split('=') + [rest]
+ * data['descr'] = elts[1]
+ * rest = '"'.join(elts[2:]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if rest.startswith(','): rest = rest[1:]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_elts, 2, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__42, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 379; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__29, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 379; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_rest, ((PyObject*)__pyx_t_2));
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":380
+ * data['descr'] = elts[1]
+ * rest = '"'.join(elts[2:])
+ * if rest.startswith(','): rest = rest[1:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_rest, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 380; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__43, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 380; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 380; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ if (unlikely(__pyx_v_rest == Py_None)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "'NoneType' object is not subscriptable");
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 380; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PySequence_GetSlice(__pyx_v_rest, 1, PY_SSIZE_T_MAX); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 380; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_rest, ((PyObject*)__pyx_t_1));
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L13;
+ }
+ __pyx_L13:;
+ goto __pyx_L11;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":382
+ * if rest.startswith(','): rest = rest[1:]
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * format = rest
+ * idx += 1
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 382; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 382; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 382; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 382; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L11:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":383
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * format = rest # <<<<<<<<<<<<<<
+ * idx += 1
+ * if filter and idx==1: idx=3 # skip number and type fields for FILTER format strings
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_rest);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_format, __pyx_v_rest);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":384
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * format = rest
+ * idx += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if filter and idx==1: idx=3 # skip number and type fields for FILTER format strings
+ * if not data['id']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_idx, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 384; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_idx, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":385
+ * format = rest
+ * idx += 1
+ * if filter and idx==1: idx=3 # skip number and type fields for FILTER format strings # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not data['id']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * if 'descr' not in data:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_filter); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 385; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_idx, __pyx_int_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 385; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 385; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (__pyx_t_8) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_3);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_idx, __pyx_int_3);
+ goto __pyx_L14;
+ }
+ __pyx_L14:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":386
+ * idx += 1
+ * if filter and idx==1: idx=3 # skip number and type fields for FILTER format strings
+ * if not data['id']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if 'descr' not in data:
+ * # missing description
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_id); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 386; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 386; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_8) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 386; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 386; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 386; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 386; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L15;
+ }
+ __pyx_L15:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":387
+ * if filter and idx==1: idx=3 # skip number and type fields for FILTER format strings
+ * if not data['id']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * if 'descr' not in data: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # missing description
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyDict_Contains(__pyx_n_s_descr, __pyx_v_data, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 387; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":389
+ * if 'descr' not in data:
+ * # missing description
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['descr'] = ""
+ * if not data['type'] and not data['number']:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 389; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 389; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 389; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 389; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":390
+ * # missing description
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * data['descr'] = "" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not data['type'] and not data['number']:
+ * # fine, ##filter format
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_descr, __pyx_kp_s_) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 390; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L16;
+ }
+ __pyx_L16:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":391
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * data['descr'] = ""
+ * if not data['type'] and not data['number']: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # fine, ##filter format
+ * return FORMAT(data['id'],self.NT_NUMBER,0,"Flag",data['descr'],'.')
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_type); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_8) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 391; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_8) != 0);
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (__pyx_t_8) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":393
+ * if not data['type'] and not data['number']:
+ * # fine, ##filter format
+ * return FORMAT(data['id'],self.NT_NUMBER,0,"Flag",data['descr'],'.') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not data['type'] in ["Integer","Float","Character","String","Flag"]:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_id); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_descr); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 2, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Flag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 3, __pyx_n_s_Flag);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Flag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 4, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 393; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":394
+ * # fine, ##filter format
+ * return FORMAT(data['id'],self.NT_NUMBER,0,"Flag",data['descr'],'.')
+ * if not data['type'] in ["Integer","Float","Character","String","Flag"]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * # I would like a missing-value field, but it isn't there
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_type); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_Integer, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_8) {
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_Float, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_8;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_8 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_Character, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_String, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (__pyx_t_8) {
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_Flag, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 394; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_8;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_8 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":395
+ * return FORMAT(data['id'],self.NT_NUMBER,0,"Flag",data['descr'],'.')
+ * if not data['type'] in ["Integer","Float","Character","String","Flag"]:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # I would like a missing-value field, but it isn't there
+ * if data['type'] in ['Integer','Float']: data['missing'] = None # Do NOT use arbitrary int/float as missing value
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 395; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L18;
+ }
+ __pyx_L18:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":397
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * # I would like a missing-value field, but it isn't there
+ * if data['type'] in ['Integer','Float']: data['missing'] = None # Do NOT use arbitrary int/float as missing value # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: data['missing'] = '.'
+ * if not data['number']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_type); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_8 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_10, __pyx_n_s_Integer, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_8) {
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_10, __pyx_n_s_Float, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_8;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_8 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_8) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_missing, Py_None) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 397; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L19;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":398
+ * # I would like a missing-value field, but it isn't there
+ * if data['type'] in ['Integer','Float']: data['missing'] = None # Do NOT use arbitrary int/float as missing value
+ * else: data['missing'] = '.' # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not data['number']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * try:
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_missing, __pyx_kp_s__8) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 398; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L19:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":399
+ * if data['type'] in ['Integer','Float']: data['missing'] = None # Do NOT use arbitrary int/float as missing value
+ * else: data['missing'] = '.'
+ * if not data['number']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * n = int(data['number'])
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 399; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 399; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_4 = ((!__pyx_t_8) != 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 399; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 399; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 399; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 399; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L20;
+ }
+ __pyx_L20:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":400
+ * else: data['missing'] = '.'
+ * if not data['number']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * n = int(data['number'])
+ * t = self.NT_NUMBER
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_11, &__pyx_t_12, &__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":401
+ * if not data['number']: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * try:
+ * n = int(data['number']) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * t = self.NT_NUMBER
+ * except ValueError:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L21_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Int(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 401; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L21_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_n = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":402
+ * try:
+ * n = int(data['number'])
+ * t = self.NT_NUMBER # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except ValueError:
+ * n = -1
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 402; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L21_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_v_t = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ goto __pyx_L28_try_end;
+ __pyx_L21_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":403
+ * n = int(data['number'])
+ * t = self.NT_NUMBER
+ * except ValueError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * n = -1
+ * if data['number'] == '.': t = self.NT_UNKNOWN
+ */
+ __pyx_t_14 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_ValueError);
+ if (__pyx_t_14) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_format", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_9, &__pyx_t_1, &__pyx_t_10) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 403; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":404
+ * t = self.NT_NUMBER
+ * except ValueError:
+ * n = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if data['number'] == '.': t = self.NT_UNKNOWN
+ * elif data['number'] == '#alleles': t = self.NT_ALLELES
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_n, __pyx_int_neg_1);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":405
+ * except ValueError:
+ * n = -1
+ * if data['number'] == '.': t = self.NT_UNKNOWN # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif data['number'] == '#alleles': t = self.NT_ALLELES
+ * elif data['number'] == '#nonref_alleles': t = self.NT_NR_ALLELES
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 405; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":406
+ * n = -1
+ * if data['number'] == '.': t = self.NT_UNKNOWN
+ * elif data['number'] == '#alleles': t = self.NT_ALLELES # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif data['number'] == '#nonref_alleles': t = self.NT_NR_ALLELES
+ * elif data['number'] == '#genotypes': t = self.NT_GENOTYPES
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_kp_s_alleles, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 406; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":407
+ * if data['number'] == '.': t = self.NT_UNKNOWN
+ * elif data['number'] == '#alleles': t = self.NT_ALLELES
+ * elif data['number'] == '#nonref_alleles': t = self.NT_NR_ALLELES # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif data['number'] == '#genotypes': t = self.NT_GENOTYPES
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 407; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_kp_s_nonref_alleles, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 407; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NR_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 407; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":408
+ * elif data['number'] == '#alleles': t = self.NT_ALLELES
+ * elif data['number'] == '#nonref_alleles': t = self.NT_NR_ALLELES
+ * elif data['number'] == '#genotypes': t = self.NT_GENOTYPES # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_kp_s_genotypes, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 408; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":409
+ * elif data['number'] == '#nonref_alleles': t = self.NT_NR_ALLELES
+ * elif data['number'] == '#genotypes': t = self.NT_GENOTYPES
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES
+ * # abbreviations added in VCF version v4.1
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 409; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_kp_s_phased_genotypes, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 409; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_PHASED_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 409; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":410
+ * elif data['number'] == '#genotypes': t = self.NT_GENOTYPES
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # abbreviations added in VCF version v4.1
+ * elif data['number'] == 'A': t = self.NT_ALLELES
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_kp_s_phased_genotypes, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_PHASED_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 410; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":412
+ * elif data['number'] == '#phased_genotypes': t = self.NT_PHASED_GENOTYPES
+ * # abbreviations added in VCF version v4.1
+ * elif data['number'] == 'A': t = self.NT_ALLELES # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif data['number'] == 'G': t = self.NT_GENOTYPES
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 412; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_n_s_A, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 412; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 412; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":413
+ * # abbreviations added in VCF version v4.1
+ * elif data['number'] == 'A': t = self.NT_ALLELES
+ * elif data['number'] == 'G': t = self.NT_GENOTYPES # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_number); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 413; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_5, __pyx_n_s_G, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 413; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 413; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_t, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L31;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":415
+ * elif data['number'] == 'G': t = self.NT_GENOTYPES
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # if number is 0 - type must be Flag
+ * if n == 0 and data['type'] != 'Flag':
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_15 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_15, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 415; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L23_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L31:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L22_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L23_except_error;
+ __pyx_L23_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_11, __pyx_t_12, __pyx_t_13);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L22_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_11, __pyx_t_12, __pyx_t_13);
+ __pyx_L28_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":417
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * # if number is 0 - type must be Flag
+ * if n == 0 and data['type'] != 'Flag': # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error( line, self.ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD)
+ * # force type 'Flag' if no number
+ */
+ __pyx_t_10 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_n, __pyx_int_0, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 417; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 417; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_type); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 417; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_8 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_10, __pyx_n_s_Flag, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 417; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":418
+ * # if number is 0 - type must be Flag
+ * if n == 0 and data['type'] != 'Flag':
+ * self.error( line, self.ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # force type 'Flag' if no number
+ * data['type'] = 'Flag'
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 418; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 418; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 418; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 418; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":420
+ * self.error( line, self.ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD)
+ * # force type 'Flag' if no number
+ * data['type'] = 'Flag' # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return FORMAT(data['id'],t,n,data['type'],data['descr'],data['missing'])
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_type, __pyx_n_s_Flag) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 420; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L32;
+ }
+ __pyx_L32:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":422
+ * data['type'] = 'Flag'
+ *
+ * return FORMAT(data['id'],t,n,data['type'],data['descr'],data['missing']) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def format_format( self, fmt, filter=False ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_id); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ if (unlikely(!__pyx_v_t)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("t"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_type); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_descr); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_missing); if (unlikely(__pyx_t_15 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_t);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_v_t);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_t);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_n);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_v_n);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_n);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 3, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 4, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 5, __pyx_t_15);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_15 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 422; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_15;
+ __pyx_t_15 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":352
+ * raise ValueError(errorstring)
+ *
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 40:
+ * if not format.startswith('<'):
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_format", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_data);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_idx);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_elts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_first);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_rest);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_n);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_t);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_format);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":424
+ * return FORMAT(data['id'],t,n,data['type'],data['descr'],data['missing'])
+ *
+ * def format_format( self, fmt, filter=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values = [('ID',fmt.id)]
+ * if fmt.number != None and not filter:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_7format_format(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_7format_format = {__Pyx_NAMESTR("format_format"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_7format_format, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_7format_format(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_fmt = 0;
+ PyObject *__pyx_v_filter = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("format_format (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_fmt,&__pyx_n_s_filter_2,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ values[2] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_False));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_fmt)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("format_format", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filter_2);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "format_format") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_fmt = values[1];
+ __pyx_v_filter = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("format_format", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.format_format", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_6format_format(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_fmt, __pyx_v_filter);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_6format_format(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_fmt, PyObject *__pyx_v_filter) {
+ PyObject *__pyx_v_values = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_nmb = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_format = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_k = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ Py_ssize_t __pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_12)(PyObject *);
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("format_format", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":425
+ *
+ * def format_format( self, fmt, filter=False ):
+ * values = [('ID',fmt.id)] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.number != None and not filter:
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: nmb = "."
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ID_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_n_s_ID_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ID_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 425; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_values = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":426
+ * def format_format( self, fmt, filter=False ):
+ * values = [('ID',fmt.id)]
+ * if fmt.number != None and not filter: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: nmb = "."
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: nmb = str(fmt.number)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_number); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, Py_None, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_filter); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 426; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = (!__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":427
+ * values = [('ID',fmt.id)]
+ * if fmt.number != None and not filter:
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: nmb = "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: nmb = str(fmt.number)
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: nmb = "#alleles"
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 427; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 427; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 427; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 427; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_v_nmb = __pyx_kp_s__8;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":428
+ * if fmt.number != None and not filter:
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: nmb = "."
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: nmb = str(fmt.number) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: nmb = "#alleles"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: nmb = "#nonref_alleles"
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_6, __pyx_t_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_number); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 428; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_nmb = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":429
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: nmb = "."
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: nmb = str(fmt.number)
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: nmb = "#alleles" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: nmb = "#nonref_alleles"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: nmb = "#genotypes"
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 429; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 429; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 429; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 429; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_alleles);
+ __pyx_v_nmb = __pyx_kp_s_alleles;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":430
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: nmb = str(fmt.number)
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: nmb = "#alleles"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: nmb = "#nonref_alleles" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: nmb = "#genotypes"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: nmb = "#phased_genotypes"
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 430; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NR_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 430; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_6, __pyx_t_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 430; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 430; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_nonref_alleles);
+ __pyx_v_nmb = __pyx_kp_s_nonref_alleles;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":431
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: nmb = "#alleles"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: nmb = "#nonref_alleles"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: nmb = "#genotypes" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: nmb = "#phased_genotypes"
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 431; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_genotypes);
+ __pyx_v_nmb = __pyx_kp_s_genotypes;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":432
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: nmb = "#nonref_alleles"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: nmb = "#genotypes"
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: nmb = "#phased_genotypes" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * raise ValueError("Unknown number type encountered: %s" % fmt.numbertype)
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 432; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_PHASED_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 432; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_6, __pyx_t_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 432; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 432; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_phased_genotypes);
+ __pyx_v_nmb = __pyx_kp_s_phased_genotypes;
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":434
+ * elif fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: nmb = "#phased_genotypes"
+ * else:
+ * raise ValueError("Unknown number type encountered: %s" % fmt.numbertype) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append( ('Number',nmb) )
+ * values.append( ('Type', fmt.type) )
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 434; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Unknown_number_type_encountered, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 434; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 434; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 434; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 434; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L4:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":435
+ * else:
+ * raise ValueError("Unknown number type encountered: %s" % fmt.numbertype)
+ * values.append( ('Number',nmb) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append( ('Type', fmt.type) )
+ * values.append( ('Description', '"' + fmt.description + '"') )
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 435; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Number_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_n_s_Number_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Number_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_nmb);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_nmb);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_nmb);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 435; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":436
+ * raise ValueError("Unknown number type encountered: %s" % fmt.numbertype)
+ * values.append( ('Number',nmb) )
+ * values.append( ('Type', fmt.type) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values.append( ('Description', '"' + fmt.description + '"') )
+ * if self._version == 33:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_type); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 436; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 436; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Type_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_n_s_Type_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Type_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 436; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":437
+ * values.append( ('Number',nmb) )
+ * values.append( ('Type', fmt.type) )
+ * values.append( ('Description', '"' + fmt.description + '"') ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 33:
+ * format = ",".join([v for k,v in values])
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_description); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_kp_s__29, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_kp_s__29); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Description_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_n_s_Description_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Description_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_values, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 437; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":438
+ * values.append( ('Type', fmt.type) )
+ * values.append( ('Description', '"' + fmt.description + '"') )
+ * if self._version == 33: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * format = ",".join([v for k,v in values])
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 438; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_int_33, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 438; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 438; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":439
+ * values.append( ('Description', '"' + fmt.description + '"') )
+ * if self._version == 33:
+ * format = ",".join([v for k,v in values]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * format = "<" + (",".join( ["%s=%s" % (k,v) for (k,v) in values] )) + ">"
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_values; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_8 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_8 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_8); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_8++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_8); __pyx_t_8++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_6))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_6))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_6;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_10);
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_12 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_9 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_9)) goto __pyx_L8_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ index = 1; __pyx_t_10 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) goto __pyx_L8_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_12(__pyx_t_11), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L9_unpacking_done;
+ __pyx_L8_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L9_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_2, (PyObject*)__pyx_v_v))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 439; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_format = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":441
+ * format = ",".join([v for k,v in values])
+ * else:
+ * format = "<" + (",".join( ["%s=%s" % (k,v) for (k,v) in values] )) + ">" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return format
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_values; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_8 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_8 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_8); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_8++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_8); __pyx_t_8++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_6))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_6))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_6;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_12 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_10 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) goto __pyx_L12_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ index = 1; __pyx_t_9 = __pyx_t_12(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_9)) goto __pyx_L12_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_12(__pyx_t_11), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L13_unpacking_done;
+ __pyx_L12_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L13_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_v_k);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_k);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s, __pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_1, (PyObject*)__pyx_t_9))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_kp_s__21, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_kp_s__23); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 441; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_format = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":442
+ * else:
+ * format = "<" + (",".join( ["%s=%s" % (k,v) for (k,v) in values] )) + ">"
+ * return format # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def get_expected(self, format, formatdict, alt):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_format);
+ __pyx_r = __pyx_v_format;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":424
+ * return FORMAT(data['id'],t,n,data['type'],data['descr'],data['missing'])
+ *
+ * def format_format( self, fmt, filter=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values = [('ID',fmt.id)]
+ * if fmt.number != None and not filter:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.format_format", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_values);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_nmb);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_format);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_k);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":444
+ * return format
+ *
+ * def get_expected(self, format, formatdict, alt): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmt = formatdict[format]
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_9get_expected(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_9get_expected = {__Pyx_NAMESTR("get_expected"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_9get_expected, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_9get_expected(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_format = 0;
+ PyObject *__pyx_v_formatdict = 0;
+ PyObject *__pyx_v_alt = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_expected (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_format,&__pyx_n_s_formatdict,&__pyx_n_s_alt,0};
+ PyObject* values[4] = {0,0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_format)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_expected", 1, 4, 4, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_formatdict)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_expected", 1, 4, 4, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (likely((values[3] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_alt)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_expected", 1, 4, 4, 3); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "get_expected") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 4) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_format = values[1];
+ __pyx_v_formatdict = values[2];
+ __pyx_v_alt = values[3];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("get_expected", 1, 4, 4, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.get_expected", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_8get_expected(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_format, __pyx_v_formatdict, __pyx_v_alt);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_8get_expected(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_format, PyObject *__pyx_v_formatdict, PyObject *__pyx_v_alt) {
+ PyObject *__pyx_v_fmt = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ Py_ssize_t __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("get_expected", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":445
+ *
+ * def get_expected(self, format, formatdict, alt):
+ * fmt = formatdict[format] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: return fmt.number
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_v_formatdict, __pyx_v_format); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 445; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_fmt = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":446
+ * def get_expected(self, format, formatdict, alt):
+ * fmt = formatdict[format]
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: return fmt.number
+ * if fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: return len(alt)+1
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 446; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ __pyx_r = __pyx_int_neg_1;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":447
+ * fmt = formatdict[format]
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: return fmt.number # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: return len(alt)+1
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: return len(alt)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_number); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 447; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":448
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: return fmt.number
+ * if fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: return len(alt)+1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: return len(alt)
+ * if fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: return ((len(alt)+1)*(len(alt)+2)) // 2
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 448; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 448; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 448; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 448; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_alt); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 448; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = PyInt_FromSsize_t((__pyx_t_5 + 1)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 448; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":449
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NUMBER: return fmt.number
+ * if fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: return len(alt)+1
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: return len(alt) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: return ((len(alt)+1)*(len(alt)+2)) // 2
+ * if fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: return (len(alt)+1)*(len(alt)+1)
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NR_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_alt); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 449; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":450
+ * if fmt.numbertype == self.NT_ALLELES: return len(alt)+1
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: return len(alt)
+ * if fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: return ((len(alt)+1)*(len(alt)+2)) // 2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: return (len(alt)+1)*(len(alt)+1)
+ * return 0
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_alt); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = PyObject_Length(__pyx_v_alt); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = PyInt_FromSsize_t(__Pyx_div_Py_ssize_t(((__pyx_t_5 + 1) * (__pyx_t_6 + 2)), 2)); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 450; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_r = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":451
+ * if fmt.numbertype == self.NT_NR_ALLELES: return len(alt)
+ * if fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: return ((len(alt)+1)*(len(alt)+2)) // 2
+ * if fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: return (len(alt)+1)*(len(alt)+1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return 0
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_fmt, __pyx_n_s_numbertype); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_PHASED_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_6 = PyObject_Length(__pyx_v_alt); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = PyObject_Length(__pyx_v_alt); if (unlikely(__pyx_t_5 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(((__pyx_t_6 + 1) * (__pyx_t_5 + 1))); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 451; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":452
+ * if fmt.numbertype == self.NT_GENOTYPES: return ((len(alt)+1)*(len(alt)+2)) // 2
+ * if fmt.numbertype == self.NT_PHASED_GENOTYPES: return (len(alt)+1)*(len(alt)+1)
+ * return 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_r = __pyx_int_0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":444
+ * return format
+ *
+ * def get_expected(self, format, formatdict, alt): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmt = formatdict[format]
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.get_expected", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_fmt);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":455
+ *
+ *
+ * def _add_definition(self, formatdict, key, data, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key in formatdict: return
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_11_add_definition(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_11_add_definition = {__Pyx_NAMESTR("_add_definition"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_11_add_definition, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_11_add_definition(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_formatdict = 0;
+ PyObject *__pyx_v_key = 0;
+ PyObject *__pyx_v_data = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_add_definition (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_formatdict,&__pyx_n_s_key,&__pyx_n_s_data,&__pyx_n_s_line,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_formatdict)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_add_definition", 1, 5, 5, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_key)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_add_definition", 1, 5, 5, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (likely((values[3] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_data)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_add_definition", 1, 5, 5, 3); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 4:
+ if (likely((values[4] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_add_definition", 1, 5, 5, 4); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_add_definition") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 5) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_formatdict = values[1];
+ __pyx_v_key = values[2];
+ __pyx_v_data = values[3];
+ __pyx_v_line = values[4];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_add_definition", 1, 5, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF._add_definition", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_10_add_definition(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_formatdict, __pyx_v_key, __pyx_v_data, __pyx_v_line);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_10_add_definition(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_formatdict, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_data, PyObject *__pyx_v_line) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ int __pyx_t_2;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_add_definition", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_data);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":456
+ *
+ * def _add_definition(self, formatdict, key, data, line ):
+ * if key in formatdict: return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
+ * if data == None:
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_key, __pyx_v_formatdict, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 456; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_1 != 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":457
+ * def _add_definition(self, formatdict, key, data, line ):
+ * if key in formatdict: return
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if data == None:
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_NUMBER,0,"Flag","(Undefined tag)",".")
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_UNKNOWN_KEY); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 457; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":458
+ * if key in formatdict: return
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
+ * if data == None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_NUMBER,0,"Flag","(Undefined tag)",".")
+ * return
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_data, Py_None, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 458; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 458; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":459
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
+ * if data == None:
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_NUMBER,0,"Flag","(Undefined tag)",".") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ * if data == []: data = [""] # unsure what type -- say string
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Flag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_n_s_Flag);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Flag);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_formatdict, __pyx_v_key, __pyx_t_5) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 459; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":460
+ * if data == None:
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_NUMBER,0,"Flag","(Undefined tag)",".")
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if data == []: data = [""] # unsure what type -- say string
+ * if type(data[0]) == type(0.0):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":461
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_NUMBER,0,"Flag","(Undefined tag)",".")
+ * return
+ * if data == []: data = [""] # unsure what type -- say string # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(data[0]) == type(0.0):
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Float","(Undefined tag)",None)
+ */
+ __pyx_t_5 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_data, __pyx_t_5, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 461; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_kp_s_);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_data, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":462
+ * return
+ * if data == []: data = [""] # unsure what type -- say string
+ * if type(data[0]) == type(0.0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Float","(Undefined tag)",None)
+ * return
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_data, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 462; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = PyObject_RichCompare(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_3)), ((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_float_0_0)), Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 462; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 462; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":463
+ * if data == []: data = [""] # unsure what type -- say string
+ * if type(data[0]) == type(0.0):
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Float","(Undefined tag)",None) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ * if type(data[0]) == type(0):
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 463; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 463; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 463; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Float);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 3, __pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 4, __pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 5, Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 463; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_formatdict, __pyx_v_key, __pyx_t_3) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 463; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":464
+ * if type(data[0]) == type(0.0):
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Float","(Undefined tag)",None)
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(data[0]) == type(0):
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Integer","(Undefined tag)",None)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":465
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Float","(Undefined tag)",None)
+ * return
+ * if type(data[0]) == type(0): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Integer","(Undefined tag)",None)
+ * return
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_data, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 465; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyObject_RichCompare(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_3)), ((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_int_0)), Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 465; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 465; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":466
+ * return
+ * if type(data[0]) == type(0):
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Integer","(Undefined tag)",None) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"String","(Undefined tag)",".")
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 466; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 466; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 466; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 4, __pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 5, Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 466; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_formatdict, __pyx_v_key, __pyx_t_3) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 466; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":467
+ * if type(data[0]) == type(0):
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Integer","(Undefined tag)",None)
+ * return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"String","(Undefined tag)",".")
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":468
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"Integer","(Undefined tag)",None)
+ * return
+ * formatdict[key] = FORMAT(key,self.NT_UNKNOWN,-1,"String","(Undefined tag)",".") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 468; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 468; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 468; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_String);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 3, __pyx_n_s_String);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_String);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 4, __pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Undefined_tag);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 468; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_formatdict, __pyx_v_key, __pyx_t_5) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 468; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":455
+ *
+ *
+ * def _add_definition(self, formatdict, key, data, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key in formatdict: return
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF._add_definition", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_data);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":472
+ *
+ * # todo: trim trailing missing values
+ * def format_formatdata( self, data, format, key=True, value=True, separator=":" ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * output, sdata = [], []
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_13format_formatdata(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_13format_formatdata = {__Pyx_NAMESTR("format_formatdata"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_13format_formatdata, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_13format_formatdata(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_data = 0;
+ PyObject *__pyx_v_format = 0;
+ PyObject *__pyx_v_key = 0;
+ PyObject *__pyx_v_value = 0;
+ PyObject *__pyx_v_separator = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("format_formatdata (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_data,&__pyx_n_s_format,&__pyx_n_s_key,&__pyx_n_s_value,&__pyx_n_s_separator,0};
+ PyObject* values[6] = {0,0,0,0,0,0};
+ values[3] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_True));
+ values[4] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_True));
+ values[5] = ((PyObject *)((PyObject*)__pyx_kp_s__4));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_data)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("format_formatdata", 0, 3, 6, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_format)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("format_formatdata", 0, 3, 6, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_key);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_value);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 5:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_separator);
+ if (value) { values[5] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "format_formatdata") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_data = values[1];
+ __pyx_v_format = values[2];
+ __pyx_v_key = values[3];
+ __pyx_v_value = values[4];
+ __pyx_v_separator = values[5];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("format_formatdata", 0, 3, 6, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.format_formatdata", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_12format_formatdata(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_data, __pyx_v_format, __pyx_v_key, __pyx_v_value, __pyx_v_separator);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_12format_formatdata(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_data, PyObject *__pyx_v_format, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value, PyObject *__pyx_v_separator) {
+ PyObject *__pyx_v_output = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_sdata = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_d = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_k = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_idx = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_last = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_8;
+ PyObject *(*__pyx_t_9)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ PyObject *(*__pyx_t_13)(PyObject *);
+ int __pyx_t_14;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("format_formatdata", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_data);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":473
+ * # todo: trim trailing missing values
+ * def format_formatdata( self, data, format, key=True, value=True, separator=":" ):
+ * output, sdata = [], [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
+ * d = {}
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 473; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 473; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_output = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_sdata = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":474
+ * def format_formatdata( self, data, format, key=True, value=True, separator=":" ):
+ * output, sdata = [], []
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d = {}
+ * for k in data: d[k] = []
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 474; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_v_data)), ((PyObject *)Py_TYPE(__pyx_t_2)), Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 474; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 474; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":475
+ * output, sdata = [], []
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
+ * d = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k in data: d[k] = []
+ * data = d
+ */
+ __pyx_t_1 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 475; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_v_d = ((PyObject*)__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":476
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
+ * d = {}
+ * for k in data: d[k] = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data = d
+ * # convert missing values; and silently add definitions if required
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_data) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_data)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_data; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_v_data); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_5(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_d, __pyx_v_k, __pyx_t_2) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 476; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":477
+ * d = {}
+ * for k in data: d[k] = []
+ * data = d # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # convert missing values; and silently add definitions if required
+ * for k in data:
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_d);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_data, __pyx_v_d);
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":479
+ * data = d
+ * # convert missing values; and silently add definitions if required
+ * for k in data: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._add_definition( format, k, data[k], "(output)" )
+ * for idx,v in enumerate(data[k]):
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_data) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_data)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_data; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_v_data); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 479; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 479; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 479; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 479; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 479; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_5(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 479; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":480
+ * # convert missing values; and silently add definitions if required
+ * for k in data:
+ * self._add_definition( format, k, data[k], "(output)" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for idx,v in enumerate(data[k]):
+ * if v == format[k].missingvalue: data[k][idx] = "."
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_add_definition); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_v_k); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_format);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_format);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_format);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_v_k);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 2, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_output);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 3, __pyx_kp_s_output);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_output);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 480; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":481
+ * for k in data:
+ * self._add_definition( format, k, data[k], "(output)" )
+ * for idx,v in enumerate(data[k]): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v == format[k].missingvalue: data[k][idx] = "."
+ * # make sure GT comes first; and ensure fixed ordering; also convert GT data back to string
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_6 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_v_k); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_7) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_7; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_9 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_8 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_8); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_8++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_8); __pyx_t_8++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_9 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_8 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_8); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_8++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_8); __pyx_t_8++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_9(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_idx, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_t_6, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":482
+ * self._add_definition( format, k, data[k], "(output)" )
+ * for idx,v in enumerate(data[k]):
+ * if v == format[k].missingvalue: data[k][idx] = "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # make sure GT comes first; and ensure fixed ordering; also convert GT data back to string
+ * for k in data:
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_v_format, __pyx_v_k); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_7, __pyx_n_s_missingvalue); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_v, __pyx_t_10, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_v_k); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_t_7, __pyx_v_idx, __pyx_kp_s__8) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 482; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L10;
+ }
+ __pyx_L10:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":484
+ * if v == format[k].missingvalue: data[k][idx] = "."
+ * # make sure GT comes first; and ensure fixed ordering; also convert GT data back to string
+ * for k in data: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if k != 'GT': sdata.append( (k,data[k]) )
+ * sdata.sort()
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_data) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_data)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_data; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_v_data); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_6 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_6 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_6)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 484; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":485
+ * # make sure GT comes first; and ensure fixed ordering; also convert GT data back to string
+ * for k in data:
+ * if k != 'GT': sdata.append( (k,data[k]) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sdata.sort()
+ * if 'GT' in data:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_k, __pyx_n_s_GT, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_v_k); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_k);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_sdata, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 485; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L13;
+ }
+ __pyx_L13:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":486
+ * for k in data:
+ * if k != 'GT': sdata.append( (k,data[k]) )
+ * sdata.sort() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if 'GT' in data:
+ * sdata = [('GT',map(self.convertGTback,data['GT']))] + sdata
+ */
+ __pyx_t_11 = PyList_Sort(__pyx_v_sdata); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 486; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":487
+ * if k != 'GT': sdata.append( (k,data[k]) )
+ * sdata.sort()
+ * if 'GT' in data: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * sdata = [('GT',map(self.convertGTback,data['GT']))] + sdata
+ * for k,v in sdata:
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_n_s_GT, __pyx_v_data, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 487; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_12 = (__pyx_t_3 != 0);
+ if (__pyx_t_12) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":488
+ * sdata.sort()
+ * if 'GT' in data:
+ * sdata = [('GT',map(self.convertGTback,data['GT']))] + sdata # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k,v in sdata:
+ * if v == []: v = None
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_convertGTback); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_GT); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GT);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_n_s_GT);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GT);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_v_sdata); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_sdata, ((PyObject*)__pyx_t_6));
+ __pyx_t_6 = 0;
+ goto __pyx_L14;
+ }
+ __pyx_L14:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":489
+ * if 'GT' in data:
+ * sdata = [('GT',map(self.convertGTback,data['GT']))] + sdata
+ * for k,v in sdata: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v == []: v = None
+ * if key and value:
+ */
+ __pyx_t_6 = __pyx_v_sdata; __Pyx_INCREF(__pyx_t_6); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_6)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_6, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_6, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_2))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_2;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_7);
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_10 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_13 = Py_TYPE(__pyx_t_10)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_1 = __pyx_t_13(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L17_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ index = 1; __pyx_t_7 = __pyx_t_13(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_7)) goto __pyx_L17_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_13(__pyx_t_10), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_13 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L18_unpacking_done;
+ __pyx_L17_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_13 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 489; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L18_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":490
+ * sdata = [('GT',map(self.convertGTback,data['GT']))] + sdata
+ * for k,v in sdata:
+ * if v == []: v = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key and value:
+ * if v != None: output.append( k+"="+','.join(map(str,v)) )
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_v, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_12 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 490; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (__pyx_t_12) {
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_v, Py_None);
+ goto __pyx_L19;
+ }
+ __pyx_L19:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":491
+ * for k,v in sdata:
+ * if v == []: v = None
+ * if key and value: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v != None: output.append( k+"="+','.join(map(str,v)) )
+ * else: output.append( k )
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_12 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_12) {
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 491; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_14 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_14 = __pyx_t_12;
+ }
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":492
+ * if v == []: v = None
+ * if key and value:
+ * if v != None: output.append( k+"="+','.join(map(str,v)) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: output.append( k )
+ * elif key: output.append(k)
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_v, Py_None, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_14 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (__pyx_t_14) {
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_v_k, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_t_7, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_output, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 492; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L21;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":493
+ * if key and value:
+ * if v != None: output.append( k+"="+','.join(map(str,v)) )
+ * else: output.append( k ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif key: output.append(k)
+ * elif value:
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_output, __pyx_v_k); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 493; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L21:;
+ goto __pyx_L20;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":494
+ * if v != None: output.append( k+"="+','.join(map(str,v)) )
+ * else: output.append( k )
+ * elif key: output.append(k) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif value:
+ * if v != None: output.append( ','.join(map(str,v)) )
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_14 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 494; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_14) {
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_output, __pyx_v_k); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 494; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L20;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":495
+ * else: output.append( k )
+ * elif key: output.append(k)
+ * elif value: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v != None: output.append( ','.join(map(str,v)) )
+ * else: output.append( "." ) # should not happen
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_value); if (unlikely(__pyx_t_14 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 495; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_14) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":496
+ * elif key: output.append(k)
+ * elif value:
+ * if v != None: output.append( ','.join(map(str,v)) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: output.append( "." ) # should not happen
+ * # snip off trailing missing data
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_v, Py_None, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_14 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_14) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_output, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 496; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L22;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":497
+ * elif value:
+ * if v != None: output.append( ','.join(map(str,v)) )
+ * else: output.append( "." ) # should not happen # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # snip off trailing missing data
+ * while len(output) > 1:
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_output, __pyx_kp_s__8); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 497; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_L22:;
+ goto __pyx_L20;
+ }
+ __pyx_L20:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":499
+ * else: output.append( "." ) # should not happen
+ * # snip off trailing missing data
+ * while len(output) > 1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * last = output[-1].replace(',','').replace('.','')
+ * if len(last)>0: break
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_4 = PyList_GET_SIZE(__pyx_v_output); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 499; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_14 = ((__pyx_t_4 > 1) != 0);
+ if (!__pyx_t_14) break;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":500
+ * # snip off trailing missing data
+ * while len(output) > 1:
+ * last = output[-1].replace(',','').replace('.','') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(last)>0: break
+ * output = output[:-1]
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt_List(__pyx_v_output, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 1, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_replace); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__44, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_6, __pyx_n_s_replace); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__45, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_last, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":501
+ * while len(output) > 1:
+ * last = output[-1].replace(',','').replace('.','')
+ * if len(last)>0: break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * output = output[:-1]
+ * return separator.join(output)
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_last); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 501; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_14 = ((__pyx_t_4 > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_14) {
+ goto __pyx_L24_break;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":502
+ * last = output[-1].replace(',','').replace('.','')
+ * if len(last)>0: break
+ * output = output[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return separator.join(output)
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyList_GetSlice(__pyx_v_output, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 502; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_output, ((PyObject*)__pyx_t_6));
+ __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __pyx_L24_break:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":503
+ * if len(last)>0: break
+ * output = output[:-1]
+ * return separator.join(output) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_separator, __pyx_n_s_join); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_output);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_output);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_output);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 503; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":472
+ *
+ * # todo: trim trailing missing values
+ * def format_formatdata( self, data, format, key=True, value=True, separator=":" ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * output, sdata = [], []
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.format_formatdata", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_output);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_sdata);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_d);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_k);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_idx);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_last);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_data);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":506
+ *
+ *
+ * def enter_default_format(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'),
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_15enter_default_format(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_15enter_default_format = {__Pyx_NAMESTR("enter_default_format"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_15enter_default_format, METH_O, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_15enter_default_format(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("enter_default_format (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_14enter_default_format(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_14enter_default_format(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_16 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_17;
+ int __pyx_t_18;
+ int __pyx_t_19;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("enter_default_format", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":507
+ *
+ * def enter_default_format(self):
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ * FORMAT('FT',self.NT_NUMBER,1,'String','Sample Genotype Filter','.'),
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GT);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_n_s_GT);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GT);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 2, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_String);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 3, __pyx_n_s_String);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_String);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Genotype);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 4, __pyx_n_s_Genotype);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Genotype);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":508
+ * def enter_default_format(self):
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'),
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('FT',self.NT_NUMBER,1,'String','Sample Genotype Filter','.'),
+ * FORMAT('GL',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 508; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 508; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 508; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_DP);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_n_s_DP);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_DP);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 2, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Read_depth_at_this_position_for);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 4, __pyx_kp_s_Read_depth_at_this_position_for);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Read_depth_at_this_position_for);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 5, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 508; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":509
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'),
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ * FORMAT('FT',self.NT_NUMBER,1,'String','Sample Genotype Filter','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('GL',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ * FORMAT('GLE',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 509; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 509; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 509; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_FT);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_n_s_FT);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_FT);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_String);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 3, __pyx_n_s_String);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_String);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Sample_Genotype_Filter);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 4, __pyx_kp_s_Sample_Genotype_Filter);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Sample_Genotype_Filter);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 509; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":510
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ * FORMAT('FT',self.NT_NUMBER,1,'String','Sample Genotype Filter','.'),
+ * FORMAT('GL',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('GLE',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ * FORMAT('GQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Genotype Quality',-1),
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 510; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 510; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 510; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GL);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 0, __pyx_n_s_GL);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GL);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 1, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Float);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 3, __pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Genotype_likelihoods);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 4, __pyx_kp_s_Genotype_likelihoods);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Genotype_likelihoods);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_6, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_6, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 510; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":511
+ * FORMAT('FT',self.NT_NUMBER,1,'String','Sample Genotype Filter','.'),
+ * FORMAT('GL',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ * FORMAT('GLE',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('GQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Genotype Quality',-1),
+ * FORMAT('PL',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Phred-scaled genotype likelihoods', '.'),
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 511; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 511; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 511; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GLE);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_n_s_GLE);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GLE);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Float);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 3, __pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Genotype_likelihoods);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 4, __pyx_kp_s_Genotype_likelihoods);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Genotype_likelihoods);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 511; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":512
+ * FORMAT('GL',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ * FORMAT('GLE',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ * FORMAT('GQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Genotype Quality',-1), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('PL',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Phred-scaled genotype likelihoods', '.'),
+ * FORMAT('GP',self.NT_GENOTYPES,-1,'Float','Genotype posterior probabilities','.'),
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 512; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 512; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 512; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_n_s_GQ);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 2, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Genotype_Quality);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 4, __pyx_kp_s_Genotype_Quality);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Genotype_Quality);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 5, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 512; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":513
+ * FORMAT('GLE',self.NT_UNKNOWN,-1,'Float','Genotype likelihoods','.'),
+ * FORMAT('GQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Genotype Quality',-1),
+ * FORMAT('PL',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Phred-scaled genotype likelihoods', '.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('GP',self.NT_GENOTYPES,-1,'Float','Genotype posterior probabilities','.'),
+ * FORMAT('GQ',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Conditional genotype quality','.'),
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 513; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 513; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 513; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_PL);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_n_s_PL);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_PL);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Phred_scaled_genotype_likelihood);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 4, __pyx_kp_s_Phred_scaled_genotype_likelihood);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Phred_scaled_genotype_likelihood);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 513; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":514
+ * FORMAT('GQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Genotype Quality',-1),
+ * FORMAT('PL',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Phred-scaled genotype likelihoods', '.'),
+ * FORMAT('GP',self.NT_GENOTYPES,-1,'Float','Genotype posterior probabilities','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('GQ',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Conditional genotype quality','.'),
+ * FORMAT('HQ',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Haplotype Quality',-1), # unknown number, since may be haploid
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 514; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 514; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 514; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GP);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_n_s_GP);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GP);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Float);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 3, __pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Float);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Genotype_posterior_probabilities);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 4, __pyx_kp_s_Genotype_posterior_probabilities);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Genotype_posterior_probabilities);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 514; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":515
+ * FORMAT('PL',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Phred-scaled genotype likelihoods', '.'),
+ * FORMAT('GP',self.NT_GENOTYPES,-1,'Float','Genotype posterior probabilities','.'),
+ * FORMAT('GQ',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Conditional genotype quality','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('HQ',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Haplotype Quality',-1), # unknown number, since may be haploid
+ * FORMAT('PS',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Phase set','.'),
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 515; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 515; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 515; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_GQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_n_s_GQ);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_GQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Conditional_genotype_quality);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 4, __pyx_kp_s_Conditional_genotype_quality);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Conditional_genotype_quality);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 515; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":516
+ * FORMAT('GP',self.NT_GENOTYPES,-1,'Float','Genotype posterior probabilities','.'),
+ * FORMAT('GQ',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Conditional genotype quality','.'),
+ * FORMAT('HQ',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Haplotype Quality',-1), # unknown number, since may be haploid # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('PS',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Phase set','.'),
+ * FORMAT('PQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Phasing quality',-1),
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 516; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 516; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_12 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 516; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_HQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 0, __pyx_n_s_HQ);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_HQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Haplotype_Quality);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 4, __pyx_kp_s_Haplotype_Quality);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Haplotype_Quality);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 5, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_t_12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 516; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":517
+ * FORMAT('GQ',self.NT_GENOTYPES,-1,'Integer','Conditional genotype quality','.'),
+ * FORMAT('HQ',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Haplotype Quality',-1), # unknown number, since may be haploid
+ * FORMAT('PS',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Phase set','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('PQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Phasing quality',-1),
+ * FORMAT('EC',self.NT_ALLELES,1,'Integer','Expected alternate allel counts',-1),
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_PS);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_n_s_PS);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_PS);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 1, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 2, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Phase_set);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 4, __pyx_kp_s_Phase_set);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Phase_set);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 5, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_12, __pyx_t_13, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 517; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":518
+ * FORMAT('HQ',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Haplotype Quality',-1), # unknown number, since may be haploid
+ * FORMAT('PS',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Phase set','.'),
+ * FORMAT('PQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Phasing quality',-1), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('EC',self.NT_ALLELES,1,'Integer','Expected alternate allel counts',-1),
+ * FORMAT('MQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','RMS mapping quality',-1),
+ */
+ __pyx_t_13 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_14 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_PQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 0, __pyx_n_s_PQ);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_PQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 1, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 2, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Phasing_quality);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 4, __pyx_kp_s_Phasing_quality);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Phasing_quality);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 5, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_13, __pyx_t_14, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 518; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":519
+ * FORMAT('PS',self.NT_UNKNOWN,-1,'Integer','Phase set','.'),
+ * FORMAT('PQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Phasing quality',-1),
+ * FORMAT('EC',self.NT_ALLELES,1,'Integer','Expected alternate allel counts',-1), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('MQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','RMS mapping quality',-1),
+ * ]:
+ */
+ __pyx_t_14 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_ALLELES); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_15 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_EC);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 0, __pyx_n_s_EC);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_EC);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 1, __pyx_t_13);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 2, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_Expected_alternate_allel_counts);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 4, __pyx_kp_s_Expected_alternate_allel_counts);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_Expected_alternate_allel_counts);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_15, 5, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_14, __pyx_t_15, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 519; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":520
+ * FORMAT('PQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Phasing quality',-1),
+ * FORMAT('EC',self.NT_ALLELES,1,'Integer','Expected alternate allel counts',-1),
+ * FORMAT('MQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','RMS mapping quality',-1), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ]:
+ * if f.id not in self._format:
+ */
+ __pyx_t_15 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 520; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_NT_NUMBER); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 520; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_16 = PyTuple_New(6); if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 520; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_MQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 0, __pyx_n_s_MQ);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_MQ);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 1, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 2, __pyx_int_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_Integer);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 3, __pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_Integer);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_RMS_mapping_quality);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 4, __pyx_kp_s_RMS_mapping_quality);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s_RMS_mapping_quality);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_neg_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 5, __pyx_int_neg_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_neg_1);
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_t_16, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 520; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":507
+ *
+ * def enter_default_format(self):
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ * FORMAT('FT',self.NT_NUMBER,1,'String','Sample Genotype Filter','.'),
+ */
+ __pyx_t_16 = PyTuple_New(14); if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 3, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 4, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 5, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 6, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 7, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 8, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 9, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 10, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 11, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 12, __pyx_t_13);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_13);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 13, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __pyx_t_16; __Pyx_INCREF(__pyx_t_14); __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_17 >= 14) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_16 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_14, __pyx_t_17); __Pyx_INCREF(__pyx_t_16); __pyx_t_17++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_16 = PySequence_ITEM(__pyx_t_14, __pyx_t_17); __pyx_t_17++; if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 507; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_f, __pyx_t_16);
+ __pyx_t_16 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":522
+ * FORMAT('MQ',self.NT_NUMBER,1,'Integer','RMS mapping quality',-1),
+ * ]:
+ * if f.id not in self._format: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._format[f.id] = f
+ *
+ */
+ __pyx_t_16 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 522; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 522; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_18 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_t_16, __pyx_t_13, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_18 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 522; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_19 = (__pyx_t_18 != 0);
+ if (__pyx_t_19) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":523
+ * ]:
+ * if f.id not in self._format:
+ * self._format[f.id] = f # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def parse_header(self, line):
+ */
+ __pyx_t_13 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 523; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_16 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 523; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_t_13, __pyx_t_16, __pyx_v_f) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 523; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":506
+ *
+ *
+ * def enter_default_format(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'),
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.enter_default_format", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":525
+ * self._format[f.id] = f
+ *
+ * def parse_header(self, line): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * assert line.startswith('##')
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_17parse_header(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_17parse_header = {__Pyx_NAMESTR("parse_header"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_17parse_header, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_17parse_header(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_header (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_line,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_header", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "parse_header") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_line = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_header", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_header", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_16parse_header(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_line);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_16parse_header(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line) {
+ PyObject *__pyx_v_elts = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_key = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_value = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_header", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":527
+ * def parse_header(self, line):
+ *
+ * assert line.startswith('##') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = line[2:].split('=')
+ * key = elts[0].strip()
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__47, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_3)) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_AssertionError);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":528
+ *
+ * assert line.startswith('##')
+ * elts = line[2:].split('=') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * key = elts[0].strip()
+ * value = '='.join(elts[1:]).strip()
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_line, 2, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__48, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__49, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_elts = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":529
+ * assert line.startswith('##')
+ * elts = line[2:].split('=')
+ * key = elts[0].strip() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value = '='.join(elts[1:]).strip()
+ * if key == "fileformat":
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 529; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 529; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 529; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_key = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":530
+ * elts = line[2:].split('=')
+ * key = elts[0].strip()
+ * value = '='.join(elts[1:]).strip() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key == "fileformat":
+ * if value == "VCFv3.3":
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_elts, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__50, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__13, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_value = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":531
+ * key = elts[0].strip()
+ * value = '='.join(elts[1:]).strip()
+ * if key == "fileformat": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if value == "VCFv3.3":
+ * self._version = 33
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_key, __pyx_n_s_fileformat, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 531; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":532
+ * value = '='.join(elts[1:]).strip()
+ * if key == "fileformat":
+ * if value == "VCFv3.3": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._version = 33
+ * elif value == "VCFv4.0":
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_value, __pyx_kp_s_VCFv3_3, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 532; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":533
+ * if key == "fileformat":
+ * if value == "VCFv3.3":
+ * self._version = 33 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif value == "VCFv4.0":
+ * self._version = 40
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version, __pyx_int_33) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 533; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":534
+ * if value == "VCFv3.3":
+ * self._version = 33
+ * elif value == "VCFv4.0": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._version = 40
+ * elif value == "VCFv4.1":
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_value, __pyx_kp_s_VCFv4_0, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 534; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":535
+ * self._version = 33
+ * elif value == "VCFv4.0":
+ * self._version = 40 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif value == "VCFv4.1":
+ * # AH - for testing
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version, __pyx_int_40) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 535; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L4;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":536
+ * elif value == "VCFv4.0":
+ * self._version = 40
+ * elif value == "VCFv4.1": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # AH - for testing
+ * self._version = 40
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_value, __pyx_kp_s_VCFv4_1, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 536; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":538
+ * elif value == "VCFv4.1":
+ * # AH - for testing
+ * self._version = 40 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.error(line,self.UNKNOWN_FORMAT_STRING)
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version, __pyx_int_40) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 538; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":540
+ * self._version = 40
+ * else:
+ * self.error(line,self.UNKNOWN_FORMAT_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif key == "INFO":
+ * f = self.parse_format(line, value)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_UNKNOWN_FORMAT_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 540; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L4:;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":541
+ * else:
+ * self.error(line,self.UNKNOWN_FORMAT_STRING)
+ * elif key == "INFO": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * f = self.parse_format(line, value)
+ * self._info[ f.id ] = f
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_key, __pyx_n_s_INFO, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 541; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":542
+ * self.error(line,self.UNKNOWN_FORMAT_STRING)
+ * elif key == "INFO":
+ * f = self.parse_format(line, value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._info[ f.id ] = f
+ * elif key == "FILTER":
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_format); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 542; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 542; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 542; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":543
+ * elif key == "INFO":
+ * f = self.parse_format(line, value)
+ * self._info[ f.id ] = f # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif key == "FILTER":
+ * f = self.parse_format(line, value, filter=True)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_info); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_t_4, __pyx_v_f) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 543; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":544
+ * f = self.parse_format(line, value)
+ * self._info[ f.id ] = f
+ * elif key == "FILTER": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * f = self.parse_format(line, value, filter=True)
+ * self._filter[ f.id ] = f
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_key, __pyx_n_s_FILTER, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 544; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":545
+ * self._info[ f.id ] = f
+ * elif key == "FILTER":
+ * f = self.parse_format(line, value, filter=True) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._filter[ f.id ] = f
+ * elif key == "FORMAT":
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_format); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_2, __pyx_n_s_filter_2, Py_True) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 545; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":546
+ * elif key == "FILTER":
+ * f = self.parse_format(line, value, filter=True)
+ * self._filter[ f.id ] = f # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif key == "FORMAT":
+ * f = self.parse_format(line, value)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_filter); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_t_2, __pyx_v_f) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 546; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":547
+ * f = self.parse_format(line, value, filter=True)
+ * self._filter[ f.id ] = f
+ * elif key == "FORMAT": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * f = self.parse_format(line, value)
+ * self._format[ f.id ] = f
+ */
+ __pyx_t_3 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_key, __pyx_n_s_FORMAT, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 547; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":548
+ * self._filter[ f.id ] = f
+ * elif key == "FORMAT":
+ * f = self.parse_format(line, value) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._format[ f.id ] = f
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_format); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 548; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 548; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_5, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 548; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":549
+ * elif key == "FORMAT":
+ * f = self.parse_format(line, value)
+ * self._format[ f.id ] = f # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # keep other keys in the header field
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 549; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 549; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_t_1, __pyx_t_5, __pyx_v_f) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 549; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":552
+ * else:
+ * # keep other keys in the header field
+ * self._header.append( (key,value) ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_header); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_t_5, __pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 552; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":525
+ * self._format[f.id] = f
+ *
+ * def parse_header(self, line): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * assert line.startswith('##')
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_header", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_elts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":555
+ *
+ *
+ * def write_header( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10))
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_19write_header(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_19write_header = {__Pyx_NAMESTR("write_header"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_19write_header, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_19write_header(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write_header (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_stream,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write_header", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "write_header") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_stream = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write_header", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write_header", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_18write_header(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_stream);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_18write_header(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream) {
+ PyObject *__pyx_v_key = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_value = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_var = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_label = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_8)(PyObject *);
+ Py_ssize_t __pyx_t_9;
+ Py_ssize_t __pyx_t_10;
+ int __pyx_t_11;
+ int __pyx_t_12;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write_header", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":556
+ *
+ * def write_header( self, stream ):
+ * stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
+ * for var,label in [(self._info,"INFO"),(self._filter,"FILTER"),(self._format,"FORMAT")]:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_stream, __pyx_n_s_write); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_FloorDivide(__pyx_t_2, __pyx_int_10); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Remainder(__pyx_t_2, __pyx_int_10); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_fileformat_VCFv_s_s, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 556; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":557
+ * def write_header( self, stream ):
+ * stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10))
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for var,label in [(self._info,"INFO"),(self._filter,"FILTER"),(self._format,"FORMAT")]:
+ * for f in var.itervalues(): stream.write("##%s=%s\n" % (label,self.format_format(f,filter=(label=="FILTER"))))
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_header); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_4) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_4; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_6(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_4)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_4))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_4;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetIter(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_8 = Py_TYPE(__pyx_t_7)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_1 = __pyx_t_8(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_1)) goto __pyx_L5_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ index = 1; __pyx_t_3 = __pyx_t_8(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_3)) goto __pyx_L5_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_8(__pyx_t_7), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L6_unpacking_done;
+ __pyx_L5_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L6_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_key, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_stream, __pyx_n_s_write); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 557; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":558
+ * stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10))
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
+ * for var,label in [(self._info,"INFO"),(self._filter,"FILTER"),(self._format,"FORMAT")]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for f in var.itervalues(): stream.write("##%s=%s\n" % (label,self.format_format(f,filter=(label=="FILTER"))))
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_info); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_INFO);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_n_s_INFO);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_INFO);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_filter); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_FILTER);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_n_s_FILTER);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_FILTER);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_FORMAT);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 1, __pyx_n_s_FORMAT);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_FORMAT);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_t_4);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_2; __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_5 >= 3) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (likely(__pyx_t_2 != Py_None)) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_2;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ } else {
+ __Pyx_RaiseNoneNotIterableError(); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 558; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_var, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_label, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":559
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
+ * for var,label in [(self._info,"INFO"),(self._filter,"FILTER"),(self._format,"FORMAT")]:
+ * for f in var.itervalues(): stream.write("##%s=%s\n" % (label,self.format_format(f,filter=(label=="FILTER")))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = 0;
+ if (unlikely(__pyx_v_var == Py_None)) {
+ PyErr_Format(PyExc_AttributeError, "'NoneType' object has no attribute '%s'", "itervalues");
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __pyx_t_1 = __Pyx_dict_iterator(__pyx_v_var, 0, __pyx_n_s_itervalues, (&__pyx_t_10), (&__pyx_t_11)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ while (1) {
+ __pyx_t_12 = __Pyx_dict_iter_next(__pyx_t_2, __pyx_t_10, &__pyx_t_9, NULL, &__pyx_t_1, NULL, __pyx_t_11);
+ if (unlikely(__pyx_t_12 == 0)) break;
+ if (unlikely(__pyx_t_12 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_f, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_stream, __pyx_n_s_write); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_format); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_f);
+ __pyx_t_13 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __pyx_t_14 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_label, __pyx_n_s_FILTER, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_14); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_13, __pyx_n_s_filter_2, __pyx_t_14) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_7, __pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_label);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_v_label);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_label);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 1, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s_2, __pyx_t_13); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_13, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 559; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":555
+ *
+ *
+ * def write_header( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10))
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write_header", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_var);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_label);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":562
+ *
+ *
+ * def parse_heading( self, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##')
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_21parse_heading(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_21parse_heading = {__Pyx_NAMESTR("parse_heading"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_21parse_heading, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_21parse_heading(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_heading (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_line,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_heading", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "parse_heading") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_line = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_heading", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_heading", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_20parse_heading(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_line);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_20parse_heading(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line) {
+ PyObject *__pyx_v_headings = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_i = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_s = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_err = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_x = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_y = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_8)(PyObject *);
+ Py_ssize_t __pyx_t_9;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ int __pyx_t_11;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_heading", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":563
+ *
+ * def parse_heading( self, line ):
+ * assert line.startswith('#') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert not line.startswith('##')
+ * headings = line[1:].split('\t')
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 563; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__52, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 563; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 563; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_t_3)) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_AssertionError);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 563; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":564
+ * def parse_heading( self, line ):
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * headings = line[1:].split('\t')
+ * # test for 8, as FORMAT field might be missing
+ */
+ #ifndef CYTHON_WITHOUT_ASSERTIONS
+ if (unlikely(!Py_OptimizeFlag)) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__53, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(!((!__pyx_t_3) != 0))) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_AssertionError);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":565
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##')
+ * headings = line[1:].split('\t') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # test for 8, as FORMAT field might be missing
+ * if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 8:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_line, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__54, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__56, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_headings = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":567
+ * headings = line[1:].split('\t')
+ * # test for 8, as FORMAT field might be missing
+ * if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 8: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS)
+ * headings = line[1:].split()
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_headings); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_t_4 == 1) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_line, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__57, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_4 >= 8) != 0);
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":568
+ * # test for 8, as FORMAT field might be missing
+ * if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 8:
+ * self.error(line,self.HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * headings = line[1:].split()
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_7, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 568; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":569
+ * if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 8:
+ * self.error(line,self.HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS)
+ * headings = line[1:].split() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for i,s in enumerate(self._required):
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_line, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__58, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 569; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 569; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 569; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_headings, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":571
+ * headings = line[1:].split()
+ *
+ * for i,s in enumerate(self._required): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if len(headings)<=i or headings[i] != s:
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_2 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_required); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_7) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_7)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_7; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_8 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_8 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_8 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_7 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_7); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_7 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_8(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_7)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_s, __pyx_t_7);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_i, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 571; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":573
+ * for i,s in enumerate(self._required):
+ *
+ * if len(headings)<=i or headings[i] != s: # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if len(headings) <= i:
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_Length(__pyx_v_headings); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 573; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 573; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_10 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_7, __pyx_v_i, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 573; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 573; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (!__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_10 = PyObject_GetItem(__pyx_v_headings, __pyx_v_i); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 573; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_7 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_10, __pyx_v_s, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 573; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 573; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_6;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":575
+ * if len(headings)<=i or headings[i] != s:
+ *
+ * if len(headings) <= i: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * err = "(%sth entry not found)" % (i+1)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_Length(__pyx_v_headings); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 575; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 575; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_10 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_7, __pyx_v_i, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 575; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 575; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":576
+ *
+ * if len(headings) <= i:
+ * err = "(%sth entry not found)" % (i+1) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * err = "(found %s, expected %s)" % (headings[i],s)
+ */
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_v_i, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 576; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_sth_entry_not_found, __pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 576; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_err, ((PyObject*)__pyx_t_7));
+ __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":578
+ * err = "(%sth entry not found)" % (i+1)
+ * else:
+ * err = "(found %s, expected %s)" % (headings[i],s) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * #self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err)
+ */
+ __pyx_t_7 = PyObject_GetItem(__pyx_v_headings, __pyx_v_i); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_s);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_v_s);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_s);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_found_s_expected_s, __pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 578; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_err, ((PyObject*)__pyx_t_7));
+ __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":582
+ * #self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err)
+ * # allow FORMAT column to be absent
+ * if len(headings) == 8: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * headings.append("FORMAT")
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_Length(__pyx_v_headings); if (unlikely(__pyx_t_9 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 582; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_9 == 8) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":583
+ * # allow FORMAT column to be absent
+ * if len(headings) == 8:
+ * headings.append("FORMAT") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err)
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_v_headings, __pyx_n_s_FORMAT); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 583; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":585
+ * headings.append("FORMAT")
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * self._samples = headings[9:]
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_HEADING); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_12 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_err);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 2, __pyx_v_err);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_err);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_12, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 585; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __pyx_L8:;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":587
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err)
+ *
+ * self._samples = headings[9:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._sample2column = dict( [(y,x+9) for x,y in enumerate( self._samples ) ] )
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_headings, 9, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__59, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 587; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 587; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":588
+ *
+ * self._samples = headings[9:]
+ * self._sample2column = dict( [(y,x+9) for x,y in enumerate( self._samples ) ] ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def write_heading( self, stream ):
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_1 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_10) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_10)) {
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_10; __Pyx_INCREF(__pyx_t_12); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_8 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_12 = PyObject_GetIter(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_8 = Py_TYPE(__pyx_t_12)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_8 && PyList_CheckExact(__pyx_t_12)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_12)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_10); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_8 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_12)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_12)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_10); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_8(__pyx_t_12);
+ if (unlikely(!__pyx_t_10)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_y, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_x, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_v_x, __pyx_int_9); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_7 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_y);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_v_y);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_y);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_7, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_2, (PyObject*)__pyx_t_7))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyDict_Type))), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_sample2column, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 588; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":562
+ *
+ *
+ * def parse_heading( self, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##')
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_heading", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_headings);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_i);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_s);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_err);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_x);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_y);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":590
+ * self._sample2column = dict( [(y,x+9) for x,y in enumerate( self._samples ) ] )
+ *
+ * def write_heading( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_23write_heading(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_23write_heading = {__Pyx_NAMESTR("write_heading"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_23write_heading, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_23write_heading(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write_heading (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_stream,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write_heading", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "write_heading") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_stream = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write_heading", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write_heading", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_22write_heading(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_stream);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_22write_heading(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write_heading", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":591
+ *
+ * def write_heading( self, stream ):
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def convertGT(self, GTstring):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_stream, __pyx_n_s_write); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_required); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__55, __pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyNumber_Add(__pyx_kp_s__51, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_t_4, __pyx_kp_s__60); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 591; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":590
+ * self._sample2column = dict( [(y,x+9) for x,y in enumerate( self._samples ) ] )
+ *
+ * def write_heading( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write_heading", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":593
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ * def convertGT(self, GTstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if GTstring == ".": return ["."]
+ * try:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_25convertGT(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_25convertGT = {__Pyx_NAMESTR("convertGT"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_25convertGT, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_25convertGT(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_GTstring = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("convertGT (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_GTstring,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_GTstring)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("convertGT", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "convertGT") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_GTstring = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("convertGT", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.convertGT", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_24convertGT(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_GTstring);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_24convertGT(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_GTstring) {
+ PyObject *__pyx_v_gts = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_t_1;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_8;
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_t_10;
+ Py_ssize_t __pyx_t_11;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ int __pyx_t_13;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_16 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("convertGT", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":594
+ *
+ * def convertGT(self, GTstring):
+ * if GTstring == ".": return ["."] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * gts = gtsRegEx.split(GTstring)
+ */
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_GTstring, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 594; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_1) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 594; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":595
+ * def convertGT(self, GTstring):
+ * if GTstring == ".": return ["."]
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * gts = gtsRegEx.split(GTstring)
+ * if len(gts) == 1: return [int(gts[0])]
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_3, &__pyx_t_4, &__pyx_t_5);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":596
+ * if GTstring == ".": return ["."]
+ * try:
+ * gts = gtsRegEx.split(GTstring) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(gts) == 1: return [int(gts[0])]
+ * if len(gts) != 2: raise ValueError()
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_gtsRegEx); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 596; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 596; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 596; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_GTstring);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_GTstring);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_GTstring);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 596; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_gts = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":597
+ * try:
+ * gts = gtsRegEx.split(GTstring)
+ * if len(gts) == 1: return [int(gts[0])] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(gts) != 2: raise ValueError()
+ * if gts[0] == "." and gts[1] == ".": return [gts[0],GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],gts[1]]
+ */
+ __pyx_t_8 = PyObject_Length(__pyx_v_gts); if (unlikely(__pyx_t_8 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 597; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_t_8 == 1) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 597; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Int(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 597; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 597; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_7, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_7;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ goto __pyx_L8_try_return;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":598
+ * gts = gtsRegEx.split(GTstring)
+ * if len(gts) == 1: return [int(gts[0])]
+ * if len(gts) != 2: raise ValueError() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if gts[0] == "." and gts[1] == ".": return [gts[0],GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],gts[1]]
+ * return [int(gts[0]),GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],int(gts[1])]
+ */
+ __pyx_t_8 = PyObject_Length(__pyx_v_gts); if (unlikely(__pyx_t_8 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __pyx_t_1 = ((__pyx_t_8 != 2) != 0);
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_7, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 598; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":599
+ * if len(gts) == 1: return [int(gts[0])]
+ * if len(gts) != 2: raise ValueError()
+ * if gts[0] == "." and gts[1] == ".": return [gts[0],GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],gts[1]] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return [int(gts[0]),GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],int(gts[1])]
+ * except ValueError:
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_7, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_1 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (__pyx_t_1) {
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_9 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_7, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_9 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_9;
+ } else {
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_1;
+ }
+ if (__pyx_t_10) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = PyObject_Length(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_8 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_11 = PyObject_Length(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_GTstring, __pyx_t_8, (-__pyx_t_11), NULL, NULL, NULL, 1, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_12 = PyList_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 599; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_12, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_12, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_12, 2, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_12;
+ __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L8_try_return;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":600
+ * if len(gts) != 2: raise ValueError()
+ * if gts[0] == "." and gts[1] == ".": return [gts[0],GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],gts[1]]
+ * return [int(gts[0]),GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],int(gts[1])] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except ValueError:
+ * self.error(self._line,self.BAD_GENOTYPE,GTstring)
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_12 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_12 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_6 = PyNumber_Int(__pyx_t_12); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_12 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_11 = PyObject_Length(__pyx_t_12); if (unlikely(__pyx_t_11 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_12 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_8 = PyObject_Length(__pyx_t_12); if (unlikely(__pyx_t_8 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_GTstring, __pyx_t_11, (-__pyx_t_8), NULL, NULL, NULL, 1, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_gts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Int(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyList_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 600; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L4_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L8_try_return;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L11_try_end;
+ __pyx_L4_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":601
+ * if gts[0] == "." and gts[1] == ".": return [gts[0],GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],gts[1]]
+ * return [int(gts[0]),GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],int(gts[1])]
+ * except ValueError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(self._line,self.BAD_GENOTYPE,GTstring)
+ * return [".","|","."]
+ */
+ __pyx_t_13 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_ValueError);
+ if (__pyx_t_13) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.convertGT", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_2, &__pyx_t_7, &__pyx_t_12) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 601; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":602
+ * return [int(gts[0]),GTstring[len(gts[0]):-len(gts[1])],int(gts[1])]
+ * except ValueError:
+ * self.error(self._line,self.BAD_GENOTYPE,GTstring) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return [".","|","."]
+ *
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_line_2); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BAD_GENOTYPE); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_16 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 0, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 1, __pyx_t_15);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_GTstring);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_16, 2, __pyx_v_GTstring);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_GTstring);
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_15 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_6, __pyx_t_16, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 602; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":603
+ * except ValueError:
+ * self.error(self._line,self.BAD_GENOTYPE,GTstring)
+ * return [".","|","."] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def convertGTback(self, GTdata):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_15 = PyList_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 603; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L6_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_15, 0, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__61);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_15, 1, __pyx_kp_s__61);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__61);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_15, 2, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_r = __pyx_t_15;
+ __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L7_except_return;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L5_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L6_except_error;
+ __pyx_L6_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L8_try_return:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L7_except_return:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L5_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_3, __pyx_t_4, __pyx_t_5);
+ __pyx_L11_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":593
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ * def convertGT(self, GTstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if GTstring == ".": return ["."]
+ * try:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.convertGT", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_gts);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":605
+ * return [".","|","."]
+ *
+ * def convertGTback(self, GTdata): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_27convertGTback(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_27convertGTback = {__Pyx_NAMESTR("convertGTback"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_27convertGTback, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_27convertGTback(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_GTdata = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("convertGTback (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_GTdata,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_GTdata)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("convertGTback", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "convertGTback") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_GTdata = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("convertGTback", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.convertGTback", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_26convertGTback(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_GTdata);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_26convertGTback(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_GTdata) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("convertGTback", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":606
+ *
+ * def convertGTback(self, GTdata):
+ * return ''.join(map(str,GTdata)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def parse_formatdata( self, key, value, formatdict, line ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))));
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_GTdata);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_GTdata);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_GTdata);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s_, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 606; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":605
+ * return [".","|","."]
+ *
+ * def convertGTback(self, GTdata): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.convertGTback", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":608
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ * def parse_formatdata( self, key, value, formatdict, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # To do: check that the right number of values is present
+ * f = formatdict.get(key,None)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_29parse_formatdata(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_29parse_formatdata = {__Pyx_NAMESTR("parse_formatdata"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_29parse_formatdata, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_29parse_formatdata(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_key = 0;
+ PyObject *__pyx_v_value = 0;
+ PyObject *__pyx_v_formatdict = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_formatdata (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_key,&__pyx_n_s_value,&__pyx_n_s_formatdict,&__pyx_n_s_line,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_key)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_formatdata", 1, 5, 5, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_value)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_formatdata", 1, 5, 5, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (likely((values[3] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_formatdict)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_formatdata", 1, 5, 5, 3); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 4:
+ if (likely((values[4] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_formatdata", 1, 5, 5, 4); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "parse_formatdata") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 5) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_key = values[1];
+ __pyx_v_value = values[2];
+ __pyx_v_formatdict = values[3];
+ __pyx_v_line = values[4];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_formatdata", 1, 5, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_formatdata", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_28parse_formatdata(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_key, __pyx_v_value, __pyx_v_formatdict, __pyx_v_line);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_28parse_formatdata(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_key, PyObject *__pyx_v_value, PyObject *__pyx_v_formatdict, PyObject *__pyx_v_line) {
+ PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_values = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_idx = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ Py_ssize_t __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_10)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_15 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_16 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_17 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_18 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_19;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_formatdata", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":610
+ * def parse_formatdata( self, key, value, formatdict, line ):
+ * # To do: check that the right number of values is present
+ * f = formatdict.get(key,None) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f == None:
+ * self._add_definition(formatdict, key, value, line )
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_formatdict, __pyx_n_s_get); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 610; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 610; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, Py_None);
+ __Pyx_GIVEREF(Py_None);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 610; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_f = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":611
+ * # To do: check that the right number of values is present
+ * f = formatdict.get(key,None)
+ * if f == None: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._add_definition(formatdict, key, value, line )
+ * f = formatdict[key]
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_f, Py_None, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 611; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 611; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":612
+ * f = formatdict.get(key,None)
+ * if f == None:
+ * self._add_definition(formatdict, key, value, line ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * f = formatdict[key]
+ * if f.type == "Flag":
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_add_definition); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 612; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 612; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_formatdict);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_formatdict);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_formatdict);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 3, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 612; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":613
+ * if f == None:
+ * self._add_definition(formatdict, key, value, line )
+ * f = formatdict[key] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f.type == "Flag":
+ * if value is not None: self.error(line,self.ERROR_FLAG_HAS_VALUE)
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_v_formatdict, __pyx_v_key); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 613; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_f, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":614
+ * self._add_definition(formatdict, key, value, line )
+ * f = formatdict[key]
+ * if f.type == "Flag": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if value is not None: self.error(line,self.ERROR_FLAG_HAS_VALUE)
+ * return []
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_type); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 614; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_1, __pyx_n_s_Flag, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 614; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_4) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":615
+ * f = formatdict[key]
+ * if f.type == "Flag":
+ * if value is not None: self.error(line,self.ERROR_FLAG_HAS_VALUE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return []
+ * values = value.split(',')
+ */
+ __pyx_t_4 = (__pyx_v_value != Py_None);
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_4 != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_FLAG_HAS_VALUE); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 615; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":616
+ * if f.type == "Flag":
+ * if value is not None: self.error(line,self.ERROR_FLAG_HAS_VALUE)
+ * return [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values = value.split(',')
+ * # deal with trailing data in some early VCF files
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 616; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":617
+ * if value is not None: self.error(line,self.ERROR_FLAG_HAS_VALUE)
+ * return []
+ * values = value.split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deal with trailing data in some early VCF files
+ * if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1:
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_value, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 617; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__62, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 617; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_values = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":619
+ * values = value.split(',')
+ * # deal with trailing data in some early VCF files
+ * if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.ERROR_TRAILING_DATA,values[-1])
+ * values[-1] = values[-1].split(';')[0]
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_type); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_3, __pyx_n_s_Float, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_4 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_3, __pyx_n_s_Integer, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_6;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = (__pyx_t_7 > 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_3 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_values, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_find); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__63, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_neg_1, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_4;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_6;
+ }
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_6 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":620
+ * # deal with trailing data in some early VCF files
+ * if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1:
+ * self.error(line,self.ERROR_TRAILING_DATA,values[-1]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values[-1] = values[-1].split(';')[0]
+ * if f.type == "Integer":
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_TRAILING_DATA); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_values, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 620; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":621
+ * if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1:
+ * self.error(line,self.ERROR_TRAILING_DATA,values[-1])
+ * values[-1] = values[-1].split(';')[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f.type == "Integer":
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_values, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_tuple__64, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_1, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_SetItemInt(__pyx_v_values, -1, __pyx_t_9, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":622
+ * self.error(line,self.ERROR_TRAILING_DATA,values[-1])
+ * values[-1] = values[-1].split(';')[0]
+ * if f.type == "Integer": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ * try:
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_type); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 622; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_Integer, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 622; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":623
+ * values[-1] = values[-1].split(';')[0]
+ * if f.type == "Integer":
+ * for idx,v in enumerate(values): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_9 = __pyx_int_0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_values) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_values)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_values; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_10 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_v_values); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_10 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_10 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_10 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_10(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_idx, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_9, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 623; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":624
+ * if f.type == "Integer":
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ * else: values[idx] = int(v)
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_11, &__pyx_t_12, &__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":625
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ * try:
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: values[idx] = int(v)
+ * except:
+ */
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_v, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ if (__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_missingvalue); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_values, __pyx_v_idx, __pyx_t_2) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 625; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L18;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":626
+ * try:
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ * else: values[idx] = int(v) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except:
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER,"%s=%s" % (key, str(values)))
+ */
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Int(__pyx_v_v); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_values, __pyx_v_idx, __pyx_t_2) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 626; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L10_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L18:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ goto __pyx_L17_try_end;
+ __pyx_L10_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":627
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ * else: values[idx] = int(v)
+ * except: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER,"%s=%s" % (key, str(values)))
+ * return [0] * len(values)
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_formatdata", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_2, &__pyx_t_3, &__pyx_t_14) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 627; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":628
+ * else: values[idx] = int(v)
+ * except:
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER,"%s=%s" % (key, str(values))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return [0] * len(values)
+ * return values
+ */
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_15);
+ __pyx_t_16 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER); if (unlikely(!__pyx_t_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_16);
+ __pyx_t_17 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_17, 0, __pyx_v_values);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_17, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __pyx_t_17 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_17, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_17, 1, __pyx_t_18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_18);
+ __pyx_t_18 = 0;
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s, __pyx_t_17); if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __pyx_t_17 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_17, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_17, 1, __pyx_t_16);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_16);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_17, 2, __pyx_t_18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_18);
+ __pyx_t_16 = 0;
+ __pyx_t_18 = 0;
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_15, __pyx_t_17, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 628; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":629
+ * except:
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER,"%s=%s" % (key, str(values)))
+ * return [0] * len(values) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return values
+ * elif f.type == "String":
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_19 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_19 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 629; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __pyx_t_18 = PyList_New(1 * ((__pyx_t_19<0) ? 0:__pyx_t_19)); if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 629; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L12_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ { Py_ssize_t __pyx_temp;
+ for (__pyx_temp=0; __pyx_temp < __pyx_t_19; __pyx_temp++) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_18, __pyx_temp, __pyx_int_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_int_0);
+ }
+ }
+ __pyx_r = __pyx_t_18;
+ __pyx_t_18 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L13_except_return;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L11_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L12_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_11, __pyx_t_12, __pyx_t_13);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L13_except_return:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_11, __pyx_t_12, __pyx_t_13);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L11_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_11, __pyx_t_12, __pyx_t_13);
+ __pyx_L17_try_end:;
+ }
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":630
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER,"%s=%s" % (key, str(values)))
+ * return [0] * len(values)
+ * return values # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif f.type == "String":
+ * self._line = line
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_r = __pyx_v_values;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":631
+ * return [0] * len(values)
+ * return values
+ * elif f.type == "String": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._line = line
+ * if f.id == "GT": values = list(map( self.convertGT, values ))
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_type); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 631; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_String, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 631; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":632
+ * return values
+ * elif f.type == "String":
+ * self._line = line # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f.id == "GT": values = list(map( self.convertGT, values ))
+ * return values
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_line_2, __pyx_v_line) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 632; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":633
+ * elif f.type == "String":
+ * self._line = line
+ * if f.id == "GT": values = list(map( self.convertGT, values )) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return values
+ * elif f.type == "Character":
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_GT, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_convertGT); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_values);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type))), __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 633; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_values, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L21;
+ }
+ __pyx_L21:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":634
+ * self._line = line
+ * if f.id == "GT": values = list(map( self.convertGT, values ))
+ * return values # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif f.type == "Character":
+ * for v in values:
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_r = __pyx_v_values;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":635
+ * if f.id == "GT": values = list(map( self.convertGT, values ))
+ * return values
+ * elif f.type == "Character": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for v in values:
+ * if len(v) != 1: self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_CHAR)
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_type); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 635; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_Character, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 635; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":636
+ * return values
+ * elif f.type == "Character":
+ * for v in values: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(v) != 1: self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_CHAR)
+ * return values
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_values) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_values)) {
+ __pyx_t_9 = __pyx_v_values; __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_10 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = -1; __pyx_t_9 = PyObject_GetIter(__pyx_v_values); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = Py_TYPE(__pyx_t_9)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_10 && PyList_CheckExact(__pyx_t_9)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_9)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_10 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_9)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_9)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_10(__pyx_t_9);
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 636; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":637
+ * elif f.type == "Character":
+ * for v in values:
+ * if len(v) != 1: self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_CHAR) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return values
+ * elif f.type == "Float":
+ */
+ __pyx_t_19 = PyObject_Length(__pyx_v_v); if (unlikely(__pyx_t_19 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_6 = ((__pyx_t_19 != 1) != 0);
+ if (__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 637; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L24;
+ }
+ __pyx_L24:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":638
+ * for v in values:
+ * if len(v) != 1: self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_CHAR)
+ * return values # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif f.type == "Float":
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_r = __pyx_v_values;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":639
+ * if len(v) != 1: self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_CHAR)
+ * return values
+ * elif f.type == "Float": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_type); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 639; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_9, __pyx_n_s_Float, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 639; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_6) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":640
+ * return values
+ * elif f.type == "Float":
+ * for idx,v in enumerate(values): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ * try: return list(map(float,values))
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_9 = __pyx_int_0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_values) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_values)) {
+ __pyx_t_14 = __pyx_v_values; __Pyx_INCREF(__pyx_t_14); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_10 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = -1; __pyx_t_14 = PyObject_GetIter(__pyx_v_values); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_10 = Py_TYPE(__pyx_t_14)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_10 && PyList_CheckExact(__pyx_t_14)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_14)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_14, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_14, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_10 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_14)) {
+ if (__pyx_t_7 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_14)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_3 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_14, __pyx_t_7); __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_7++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_3 = PySequence_ITEM(__pyx_t_14, __pyx_t_7); __pyx_t_7++; if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_3 = __pyx_t_10(__pyx_t_14);
+ if (unlikely(!__pyx_t_3)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_3);
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_idx, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_t_9, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 640; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":641
+ * elif f.type == "Float":
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: return list(map(float,values))
+ * except:
+ */
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_v, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 641; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_6) {
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_f, __pyx_n_s_missingvalue); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 641; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_values, __pyx_v_idx, __pyx_t_3) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 641; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L27;
+ }
+ __pyx_L27:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":642
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ * try: return list(map(float,values)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except:
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL,"%s=%s" % (key, str(values)))
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_13, &__pyx_t_12, &__pyx_t_11);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11);
+ /*try:*/ {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 642; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L28_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyFloat_Type))));
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, ((PyObject *)((PyObject*)(&PyFloat_Type))));
+ __Pyx_GIVEREF(((PyObject *)((PyObject*)(&PyFloat_Type))));
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_v_values);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_map, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 642; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L28_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 642; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L28_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_14);
+ __pyx_t_14 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyList_Type))), __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 642; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L28_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_14;
+ __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L32_try_return;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L35_try_end;
+ __pyx_L28_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16); __pyx_t_16 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15); __pyx_t_15 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":643
+ * if v == ".": values[idx] = f.missingvalue
+ * try: return list(map(float,values))
+ * except: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL,"%s=%s" % (key, str(values)))
+ * return [0.0] * len(values)
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_formatdata", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_14, &__pyx_t_9, &__pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 643; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":644
+ * try: return list(map(float,values))
+ * except:
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL,"%s=%s" % (key, str(values))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return [0.0] * len(values)
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_18 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_values);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_18, 0, __pyx_v_values);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_values);
+ __pyx_t_17 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_18, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ __pyx_t_18 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_18, 0, __pyx_v_key);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_key);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_18, 1, __pyx_t_17);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_17);
+ __pyx_t_17 = 0;
+ __pyx_t_17 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_s_s, __pyx_t_18); if (unlikely(!__pyx_t_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ __pyx_t_18 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_18, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_18, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_18, 2, __pyx_t_17);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_17);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_17 = 0;
+ __pyx_t_17 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_18, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 644; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_18); __pyx_t_18 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_17); __pyx_t_17 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":645
+ * except:
+ * self.error(line,self.ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL,"%s=%s" % (key, str(values)))
+ * return [0.0] * len(values) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # can't happen
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_7 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_7 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 645; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __pyx_t_17 = PyList_New(1 * ((__pyx_t_7<0) ? 0:__pyx_t_7)); if (unlikely(!__pyx_t_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 645; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_17);
+ { Py_ssize_t __pyx_temp;
+ for (__pyx_temp=0; __pyx_temp < __pyx_t_7; __pyx_temp++) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_float_0_0);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_17, __pyx_temp, __pyx_float_0_0);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_float_0_0);
+ }
+ }
+ __pyx_r = __pyx_t_17;
+ __pyx_t_17 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L31_except_return;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L29_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L30_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_13, __pyx_t_12, __pyx_t_11);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L32_try_return:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_13, __pyx_t_12, __pyx_t_11);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L31_except_return:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_13, __pyx_t_12, __pyx_t_11);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L29_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_13, __pyx_t_12, __pyx_t_11);
+ __pyx_L35_try_end:;
+ }
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":648
+ * else:
+ * # can't happen
+ * self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def inregion(self, chrom, pos):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_INFO_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_14 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_14, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_14, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 648; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":608
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ * def parse_formatdata( self, key, value, formatdict, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # To do: check that the right number of values is present
+ * f = formatdict.get(key,None)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_15);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_16);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_formatdata", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_values);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_idx);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":650
+ * self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ *
+ * def inregion(self, chrom, pos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._regions: return True
+ * for r in self._regions:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_31inregion(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_31inregion = {__Pyx_NAMESTR("inregion"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_31inregion, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_31inregion(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_chrom = 0;
+ PyObject *__pyx_v_pos = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("inregion (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_chrom,&__pyx_n_s_pos,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_chrom)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("inregion", 1, 3, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_pos)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("inregion", 1, 3, 3, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "inregion") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 3) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_chrom = values[1];
+ __pyx_v_pos = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("inregion", 1, 3, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.inregion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_30inregion(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_chrom, __pyx_v_pos);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_30inregion(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_chrom, PyObject *__pyx_v_pos) {
+ PyObject *__pyx_v_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_5;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("inregion", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":651
+ *
+ * def inregion(self, chrom, pos):
+ * if not self._regions: return True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for r in self._regions:
+ * if r[0] == chrom and r[1] <= pos < r[2]: return True
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_regions_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 651; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 651; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((!__pyx_t_2) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_True);
+ __pyx_r = Py_True;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":652
+ * def inregion(self, chrom, pos):
+ * if not self._regions: return True
+ * for r in self._regions: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if r[0] == chrom and r[1] <= pos < r[2]: return True
+ * return False
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_regions_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_1) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_1; __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = -1; __pyx_t_4 = PyObject_GetIter(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_4)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_4)) {
+ if (__pyx_t_5 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_4)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_5++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_4, __pyx_t_5); __pyx_t_5++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_6(__pyx_t_4);
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 652; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_r, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":653
+ * if not self._regions: return True
+ * for r in self._regions:
+ * if r[0] == chrom and r[1] <= pos < r[2]: return True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return False
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_r, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_v_chrom, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_7 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_r, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_7 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_7, __pyx_v_pos, Py_LE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1)) {
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_r, 2, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_pos, __pyx_t_8, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 653; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_2;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_9) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_True);
+ __pyx_r = Py_True;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":654
+ * for r in self._regions:
+ * if r[0] == chrom and r[1] <= pos < r[2]: return True
+ * return False # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_False);
+ __pyx_r = Py_False;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":650
+ * self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ *
+ * def inregion(self, chrom, pos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._regions: return True
+ * for r in self._regions:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.inregion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_r);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":656
+ * return False
+ *
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cols = line.split('\t')
+ * if len(cols) != len(self._samples)+9:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_33parse_data(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_33parse_data = {__Pyx_NAMESTR("parse_data"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_33parse_data, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_33parse_data(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ PyObject *__pyx_v_lineparse = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_data (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_line,&__pyx_n_s_lineparse,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ values[2] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_False));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_data", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_lineparse);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "parse_data") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_line = values[1];
+ __pyx_v_lineparse = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse_data", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_data", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_32parse_data(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_line, __pyx_v_lineparse);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_32parse_data(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_lineparse) {
+ PyObject *__pyx_v_cols = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_chrom = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_pos = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_id = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_ref = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_c = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_left = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_faref_leftflank = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_faref = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_alt = NULL;
+ double __pyx_v_qual;
+ PyObject *__pyx_v_filter = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_info = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_blurp = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_elts = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_v = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_format = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_f = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_newalts = NULL;
+ int __pyx_v_have_deletions;
+ PyObject *__pyx_v_a = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_l = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_addns = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_i = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_na = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_s = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_addn = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_allele = NULL;
+ int __pyx_v_movable;
+ PyObject *__pyx_v_longest = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_shortest = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_samples = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_sample = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_dict = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_values = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_v_idx;
+ PyObject *__pyx_v_expected = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_value = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_d = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_key = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ int __pyx_t_5;
+ int __pyx_t_6;
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_14 = NULL;
+ int __pyx_t_15;
+ PyObject *(*__pyx_t_16)(PyObject *);
+ long __pyx_t_17;
+ double __pyx_t_18;
+ int __pyx_t_19;
+ int __pyx_t_20;
+ int __pyx_t_21;
+ Py_ssize_t __pyx_t_22;
+ PyObject *__pyx_t_23 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_24 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_25 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_26;
+ PyObject *(*__pyx_t_27)(PyObject *);
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse_data", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":657
+ *
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ):
+ * cols = line.split('\t') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(cols) != len(self._samples)+9:
+ * # gracefully deal with absent FORMAT column
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 657; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__65, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 657; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_cols = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":658
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ):
+ * cols = line.split('\t')
+ * if len(cols) != len(self._samples)+9: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # gracefully deal with absent FORMAT column
+ * # and those missing samples
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_cols); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 658; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_3 != (__pyx_t_4 + 9)) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":661
+ * # gracefully deal with absent FORMAT column
+ * # and those missing samples
+ * if len(cols) == 8: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cols.append("")
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_cols); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 661; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_4 == 8) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":662
+ * # and those missing samples
+ * if len(cols) == 8:
+ * cols.append("") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.error(line,
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Append(__pyx_v_cols, __pyx_kp_s_); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 662; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L4;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":664
+ * cols.append("")
+ * else:
+ * self.error(line, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.BAD_NUMBER_OF_COLUMNS,
+ * "expected %s for %s samples (%s), got %s" % (len(self._samples)+9, len(self._samples), self._samples, len(cols)))
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 664; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":665
+ * else:
+ * self.error(line,
+ * self.BAD_NUMBER_OF_COLUMNS, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "expected %s for %s samples (%s), got %s" % (len(self._samples)+9, len(self._samples), self._samples, len(cols)))
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 665; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":666
+ * self.error(line,
+ * self.BAD_NUMBER_OF_COLUMNS,
+ * "expected %s for %s samples (%s), got %s" % (len(self._samples)+9, len(self._samples), self._samples, len(cols))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * chrom = cols[0]
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_7 = PyInt_FromSsize_t((__pyx_t_4 + 9)); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_cols); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_10 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 2, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 3, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_expected_s_for_s_samples_s_got_s, __pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 666; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":664
+ * cols.append("")
+ * else:
+ * self.error(line, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.BAD_NUMBER_OF_COLUMNS,
+ * "expected %s for %s samples (%s), got %s" % (len(self._samples)+9, len(self._samples), self._samples, len(cols)))
+ */
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 664; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 2, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 664; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __pyx_L4:;
+ goto __pyx_L3;
+ }
+ __pyx_L3:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":668
+ * "expected %s for %s samples (%s), got %s" % (len(self._samples)+9, len(self._samples), self._samples, len(cols)))
+ *
+ * chrom = cols[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # get 0-based position
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 668; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_v_chrom = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":671
+ *
+ * # get 0-based position
+ * try: pos = int(cols[1])-1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except: self.error(line,self.POS_NOT_NUMERICAL)
+ * if pos < 0: self.error(line,self.POS_NOT_POSITIVE)
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_12, &__pyx_t_13, &__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_14);
+ /*try:*/ {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 671; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyNumber_Int(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 671; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_11, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 671; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_v_pos = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L12_try_end;
+ __pyx_L5_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":672
+ * # get 0-based position
+ * try: pos = int(cols[1])-1
+ * except: self.error(line,self.POS_NOT_NUMERICAL) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pos < 0: self.error(line,self.POS_NOT_POSITIVE)
+ *
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_data", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_10, &__pyx_t_11, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 672; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L7_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 672; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L7_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_POS_NOT_NUMERICAL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 672; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L7_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 672; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L7_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 672; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L7_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L6_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L7_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_12, __pyx_t_13, __pyx_t_14);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L6_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_12, __pyx_t_13, __pyx_t_14);
+ __pyx_L12_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":673
+ * try: pos = int(cols[1])-1
+ * except: self.error(line,self.POS_NOT_NUMERICAL)
+ * if pos < 0: self.error(line,self.POS_NOT_POSITIVE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # implement filtering
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 673; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_pos, __pyx_int_0, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 673; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 673; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 673; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_POS_NOT_POSITIVE); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 673; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 673; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 673; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L15;
+ }
+ __pyx_L15:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":676
+ *
+ * # implement filtering
+ * if not self.inregion(chrom,pos): return None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # end of first-pass parse for sortedVCF
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_inregion); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 676; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 676; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 676; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_v_pos);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_pos);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 676; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 676; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_15 = ((!__pyx_t_5) != 0);
+ if (__pyx_t_15) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __pyx_r = Py_None;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":679
+ *
+ * # end of first-pass parse for sortedVCF
+ * if lineparse: return chrom, pos, line # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * id = cols[2]
+ */
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_v_lineparse); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 679; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_15) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 679; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 679; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_pos);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_pos);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __pyx_r = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":681
+ * if lineparse: return chrom, pos, line
+ *
+ * id = cols[2] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ref = cols[3].upper()
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 2, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 681; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_id = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":683
+ * id = cols[2]
+ *
+ * ref = cols[3].upper() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if ref == ".":
+ * self.error(line,self.MISSING_REF)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 3, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 683; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 683; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 683; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_v_ref = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":684
+ *
+ * ref = cols[3].upper()
+ * if ref == ".": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.MISSING_REF)
+ * if self._version == 33: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+1,self._reference)
+ */
+ __pyx_t_15 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_v_ref, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 684; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":685
+ * ref = cols[3].upper()
+ * if ref == ".":
+ * self.error(line,self.MISSING_REF) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 33: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+1,self._reference)
+ * else: ref = ""
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_MISSING_REF); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 685; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":686
+ * if ref == ".":
+ * self.error(line,self.MISSING_REF)
+ * if self._version == 33: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+1,self._reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: ref = ""
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_10, __pyx_int_33, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_11 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_v_pos);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 686; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L19;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":687
+ * self.error(line,self.MISSING_REF)
+ * if self._version == 33: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+1,self._reference)
+ * else: ref = "" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * for c in ref:
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_kp_s_);
+ }
+ __pyx_L19:;
+ goto __pyx_L18;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":689
+ * else: ref = ""
+ * else:
+ * for c in ref: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if c not in "ACGTN": self.error(line,self.UNKNOWN_CHAR_IN_REF)
+ * if "N" in ref: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+len(ref),self._reference)
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_ref) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_ref)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_v_ref; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_v_ref); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 689; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 689; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 689; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 689; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 689; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_16(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_9)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 689; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_c, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":690
+ * else:
+ * for c in ref:
+ * if c not in "ACGTN": self.error(line,self.UNKNOWN_CHAR_IN_REF) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if "N" in ref: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+len(ref),self._reference)
+ *
+ */
+ __pyx_t_15 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_c, __pyx_n_s_ACGTN, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 690; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_15 != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 690; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_UNKNOWN_CHAR_IN_REF); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 690; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 690; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 690; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L22;
+ }
+ __pyx_L22:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":691
+ * for c in ref:
+ * if c not in "ACGTN": self.error(line,self.UNKNOWN_CHAR_IN_REF)
+ * if "N" in ref: ref = get_sequence(chrom,pos,pos+len(ref),self._reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # make sure reference is sane
+ */
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_n_s_N, __pyx_v_ref, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_15 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_11 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_v_pos);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 691; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L23;
+ }
+ __pyx_L23:;
+ }
+ __pyx_L18:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":694
+ *
+ * # make sure reference is sane
+ * if self._reference: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * left = max(0,pos-100)
+ * faref_leftflank = get_sequence(chrom,left,pos+len(ref),self._reference)
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 694; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":695
+ * # make sure reference is sane
+ * if self._reference:
+ * left = max(0,pos-100) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * faref_leftflank = get_sequence(chrom,left,pos+len(ref),self._reference)
+ * faref = faref_leftflank[pos-left:]
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_11 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_pos, __pyx_int_100); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_17 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyInt_From_long(__pyx_t_17); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_11, __pyx_t_2, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_11;
+ } else {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyInt_From_long(__pyx_t_17); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 695; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_9;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_left = __pyx_t_11;
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":696
+ * if self._reference:
+ * left = max(0,pos-100)
+ * faref_leftflank = get_sequence(chrom,left,pos+len(ref),self._reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * faref = faref_leftflank[pos-left:]
+ * if faref != ref: self.error(line,self.WRONG_REF,"(reference is %s, VCF says %s)" % (faref,ref))
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_left);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_left);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_left);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 3, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 696; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_faref_leftflank = __pyx_t_9;
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":697
+ * left = max(0,pos-100)
+ * faref_leftflank = get_sequence(chrom,left,pos+len(ref),self._reference)
+ * faref = faref_leftflank[pos-left:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if faref != ref: self.error(line,self.WRONG_REF,"(reference is %s, VCF says %s)" % (faref,ref))
+ * ref = faref
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_pos, __pyx_v_left); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_faref_leftflank, 0, 0, &__pyx_t_9, NULL, NULL, 0, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 697; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_faref = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":698
+ * faref_leftflank = get_sequence(chrom,left,pos+len(ref),self._reference)
+ * faref = faref_leftflank[pos-left:]
+ * if faref != ref: self.error(line,self.WRONG_REF,"(reference is %s, VCF says %s)" % (faref,ref)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref = faref
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_faref, __pyx_v_ref, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_WRONG_REF); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_faref);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_v_faref);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_faref);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_ref);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_v_ref);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_ref);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_reference_is_s_VCF_says_s, __pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 2, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 698; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L25;
+ }
+ __pyx_L25:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":699
+ * faref = faref_leftflank[pos-left:]
+ * if faref != ref: self.error(line,self.WRONG_REF,"(reference is %s, VCF says %s)" % (faref,ref))
+ * ref = faref # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_faref);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_v_faref);
+ goto __pyx_L24;
+ }
+ __pyx_L24:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":702
+ *
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ * if cols[4] == ".": alt = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: alt = cols[4].upper().split(',')
+ *
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 4, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 702; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_15 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_10, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 702; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_10 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 702; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_v_alt = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L26;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":703
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ * if cols[4] == ".": alt = []
+ * else: alt = cols[4].upper().split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if cols[5] == ".": qual = -1
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 4, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 703; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_10, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 703; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 703; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_10, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 703; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_tuple__66, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 703; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_v_alt = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __pyx_L26:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":705
+ * else: alt = cols[4].upper().split(',')
+ *
+ * if cols[5] == ".": qual = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * try: qual = float(cols[5])
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 5, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_15 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_10, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 705; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_v_qual = -1.0;
+ goto __pyx_L27;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":707
+ * if cols[5] == ".": qual = -1
+ * else:
+ * try: qual = float(cols[5]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except: self.error(line,self.QUAL_NOT_NUMERICAL)
+ *
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_14, &__pyx_t_13, &__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ /*try:*/ {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 5, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 707; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L28_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_18 = __Pyx_PyObject_AsDouble(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_18 == ((double)-1) && PyErr_Occurred())) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 707; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L28_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_v_qual = __pyx_t_18;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ goto __pyx_L35_try_end;
+ __pyx_L28_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":708
+ * else:
+ * try: qual = float(cols[5])
+ * except: self.error(line,self.QUAL_NOT_NUMERICAL) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ */
+ /*except:*/ {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_data", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_10, &__pyx_t_11, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 708; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 708; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_QUAL_NOT_NUMERICAL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 708; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 708; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 708; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L30_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L29_exception_handled;
+ }
+ __pyx_L30_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_14, __pyx_t_13, __pyx_t_12);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L29_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_14, __pyx_t_13, __pyx_t_12);
+ __pyx_L35_try_end:;
+ }
+ }
+ __pyx_L27:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":711
+ *
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ * if cols[6] == "." or cols[6] == "PASS" or cols[6] == "0": filter = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: filter = cols[6].split(';')
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 6, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_15 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_2, __pyx_kp_s__8, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 6, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_2, __pyx_n_s_PASS, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (!__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 6, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_19 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_2, __pyx_kp_s_0, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_19 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_19;
+ } else {
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_5;
+ }
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_20;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_15;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 711; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_filter = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L38;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":712
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ * if cols[6] == "." or cols[6] == "PASS" or cols[6] == "0": filter = []
+ * else: filter = cols[6].split(';') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 6, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_tuple__67, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_v_filter = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L38:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":715
+ *
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ * info = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if cols[7] != ".":
+ * for blurp in cols[7].split(';'):
+ */
+ __pyx_t_2 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 715; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_v_info = ((PyObject*)__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":716
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ * info = {}
+ * if cols[7] != ".": # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for blurp in cols[7].split(';'):
+ * elts = blurp.split('=')
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 7, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_2, __pyx_kp_s__8, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 716; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":717
+ * info = {}
+ * if cols[7] != ".":
+ * for blurp in cols[7].split(';'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 7, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_tuple__68, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_2) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_2; __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_16(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_blurp, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":718
+ * if cols[7] != ".":
+ * for blurp in cols[7].split(';'):
+ * elts = blurp.split('=') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_blurp, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 718; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__69, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 718; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_elts, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":719
+ * for blurp in cols[7].split(';'):
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ * else: self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_elts); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 719; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_3 == 1) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __Pyx_INCREF(Py_None);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, Py_None);
+ goto __pyx_L42;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":720
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ * info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0],
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_elts); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 720; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_3 == 2) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 720; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_v, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L42;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":721
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ * else: self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0],
+ * v,
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ERROR_INFO_STRING); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 721; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L42:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":722
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ * else: self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ * info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v,
+ * self._info,
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_formatdata); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":723
+ * else: self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ * info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0],
+ * v, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._info,
+ * line)
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_v)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("v"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 723; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":724
+ * info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0],
+ * v,
+ * self._info, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * line)
+ *
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_info); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 724; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":722
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ * else: self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ * info[elts[0]] = self.parse_formatdata(elts[0], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * v,
+ * self._info,
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_v);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_v);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_elts, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_info, __pyx_t_1, __pyx_t_10) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 722; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L39;
+ }
+ __pyx_L39:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":728
+ *
+ * # Gracefully deal with absent FORMAT column
+ * if cols[8] == "": format = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: format = cols[8].split(':')
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 8, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_11 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 728; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PyString_Equals(__pyx_t_11, __pyx_kp_s_, Py_EQ)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 728; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_11 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 728; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_v_format = __pyx_t_11;
+ __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L43;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":729
+ * # Gracefully deal with absent FORMAT column
+ * if cols[8] == "": format = []
+ * else: format = cols[8].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check: all filters are defined
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_cols, 8, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_11 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 729; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_11, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 729; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_tuple__70, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 729; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_v_format = __pyx_t_11;
+ __pyx_t_11 = 0;
+ }
+ __pyx_L43:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":732
+ *
+ * # check: all filters are defined
+ * for f in filter: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f not in self._filter: self.error(line,self.FILTER_NOT_DEFINED, f)
+ *
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_filter) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_filter)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_v_filter; __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_v_filter); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_10); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_10); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_16(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_t_10)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 732; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_f, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":733
+ * # check: all filters are defined
+ * for f in filter:
+ * if f not in self._filter: self.error(line,self.FILTER_NOT_DEFINED, f) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check: format fields are defined
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_filter); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 733; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_5 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_f, __pyx_t_10, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 733; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_15 = (__pyx_t_5 != 0);
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 733; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_FILTER_NOT_DEFINED); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 733; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 733; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_f);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 733; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L46;
+ }
+ __pyx_L46:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":736
+ *
+ * # check: format fields are defined
+ * if self._format: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for f in format:
+ * if f not in self._format: self.error(line,self.FORMAT_NOT_DEFINED, f)
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 736; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":737
+ * # check: format fields are defined
+ * if self._format:
+ * for f in format: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f not in self._format: self.error(line,self.FORMAT_NOT_DEFINED, f)
+ *
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_format) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_format)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_v_format; __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_v_format); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 737; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 737; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 737; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_1 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 737; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_1 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 737; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_1 = __pyx_t_16(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_t_1)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 737; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_f, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":738
+ * if self._format:
+ * for f in format:
+ * if f not in self._format: self.error(line,self.FORMAT_NOT_DEFINED, f) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # convert v3.3 alleles
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_15 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_f, __pyx_t_1, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_5 = (__pyx_t_15 != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_FORMAT_NOT_DEFINED); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_f);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 2, __pyx_v_f);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_f);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 738; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L50;
+ }
+ __pyx_L50:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L47;
+ }
+ __pyx_L47:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":741
+ *
+ * # convert v3.3 alleles
+ * if self._version == 33: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(ref) != 1: self.error(line,self.V33_BAD_REF)
+ * newalts = []
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 741; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_11, __pyx_int_33, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 741; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 741; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":742
+ * # convert v3.3 alleles
+ * if self._version == 33:
+ * if len(ref) != 1: self.error(line,self.V33_BAD_REF) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * newalts = []
+ * have_deletions = False
+ */
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 742; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_4 != 1) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 742; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_V33_BAD_REF); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 742; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 742; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 1, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 742; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L52;
+ }
+ __pyx_L52:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":743
+ * if self._version == 33:
+ * if len(ref) != 1: self.error(line,self.V33_BAD_REF)
+ * newalts = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * have_deletions = False
+ * for a in alt:
+ */
+ __pyx_t_11 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 743; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_v_newalts = ((PyObject*)__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":744
+ * if len(ref) != 1: self.error(line,self.V33_BAD_REF)
+ * newalts = []
+ * have_deletions = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for a in alt:
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
+ */
+ __pyx_v_have_deletions = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":745
+ * newalts = []
+ * have_deletions = False
+ * for a in alt: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_alt) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_alt)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_v_alt); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_10); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_10 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_10); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_10 = __pyx_t_16(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_t_10)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 745; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_a, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":746
+ * have_deletions = False
+ * for a in alt:
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_a); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_3 == 1) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_ref, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__71, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_a, __pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_a, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L55;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":747
+ * for a in alt:
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
+ * have_deletions = True
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_a, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__72, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_ref, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_a, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__73, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_t_10, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_ref, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__74, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_a, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ goto __pyx_L55;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":748
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num> # <<<<<<<<<<<<<<
+ * have_deletions = True
+ * try:
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_a, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 748; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_tuple__75, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 748; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 748; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":749
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
+ * have_deletions = True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try:
+ * l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence
+ */
+ __pyx_v_have_deletions = 1;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":750
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
+ * have_deletions = True
+ * try: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence
+ * if len(ref) < l: # add to reference if necessary
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_12, &__pyx_t_13, &__pyx_t_14);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_14);
+ /*try:*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":751
+ * have_deletions = True
+ * try:
+ * l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(ref) < l: # add to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference)
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_a, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__76, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 751; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Int(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 751; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_l, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":752
+ * try:
+ * l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence
+ * if len(ref) < l: # add to reference if necessary # <<<<<<<<<<<<<<
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference)
+ * ref += addns
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __pyx_t_10 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_10, __pyx_v_l, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 752; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":753
+ * l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence
+ * if len(ref) < l: # add to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref += addns
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;} }
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __pyx_t_10 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;} }
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_v_l); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 753; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_addns, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":754
+ * if len(ref) < l: # add to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference)
+ * ref += addns # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
+ * a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l
+ */
+ __pyx_t_8 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_ref, __pyx_v_addns); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 754; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":755
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference)
+ * ref += addns
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns # <<<<<<<<<<<<<<
+ * a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l
+ * except ValueError:
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_8 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_9 = __pyx_v_newalts; __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_3 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_3 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_9)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_3); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_3++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 755; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_3); __pyx_t_3++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 755; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_na, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_i, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_8, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 755; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_na, __pyx_v_addns); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 755; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_newalts, __pyx_v_i, __pyx_t_2) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 755; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L64;
+ }
+ __pyx_L64:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":756
+ * ref += addns
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
+ * a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except ValueError:
+ * s = a[1:]
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_ref, 0, 0, &__pyx_v_l, NULL, NULL, 0, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 756; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L56_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_a, __pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_14); __pyx_t_14 = 0;
+ goto __pyx_L63_try_end;
+ __pyx_L56_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":757
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
+ * a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l
+ * except ValueError: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * s = a[1:]
+ * if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary
+ */
+ __pyx_t_21 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_ValueError);
+ if (__pyx_t_21) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_data", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_8, &__pyx_t_9, &__pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 757; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":758
+ * a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l
+ * except ValueError:
+ * s = a[1:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_a, 1, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__77, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 758; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_s, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":759
+ * except ValueError:
+ * s = a[1:]
+ * if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary # <<<<<<<<<<<<<<
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
+ * if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns):
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 759; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_s); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 759; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_3 < __pyx_t_22) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":760
+ * s = a[1:]
+ * if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns):
+ * self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION,
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;} }
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_22); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;} }
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_s); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __pyx_t_1 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_22); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_23 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_24 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_24);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_24, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_24, 1, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_24, 2, __pyx_t_23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_23);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_24, 3, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_24, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 760; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_24); __pyx_t_24 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_addns, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":761
+ * if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
+ * if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION,
+ * "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference)))
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_s, __pyx_n_s_endswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_24 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_24);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_addns);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_24, 0, __pyx_v_addns);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_addns);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_24, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_24); __pyx_t_24 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_15 = (!__pyx_t_5);
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_addns); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __pyx_t_10 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_22); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_24 = PyNumber_Multiply(__pyx_n_s_N, __pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_24);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_addns, __pyx_t_24, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_10); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_24); __pyx_t_24 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 761; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_15;
+ }
+ if (__pyx_t_20) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":762
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
+ * if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns):
+ * self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference)))
+ * ref += addns
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 762; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_24 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_V33_UNMATCHED_DELETION); if (unlikely(!__pyx_t_24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 762; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_24);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":763
+ * if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns):
+ * self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION,
+ * "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref += addns
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;} }
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_s); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __pyx_t_23 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_22); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_7 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_23); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_25 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 1, __pyx_v_pos);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 2, __pyx_t_7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_7);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 3, __pyx_t_23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_25, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_25 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_a);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 0, __pyx_v_a);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_a);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 1, __pyx_t_23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_deletion_is_s_reference_is_s, __pyx_t_25); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 763; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":762
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
+ * if not s.endswith(addns) and addns != 'N'*len(addns):
+ * self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference)))
+ * ref += addns
+ */
+ __pyx_t_25 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 762; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 1, __pyx_t_24);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_24);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 2, __pyx_t_23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_24 = 0;
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_10, __pyx_t_25, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 762; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ goto __pyx_L70;
+ }
+ __pyx_L70:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":764
+ * self.error(line,self.V33_UNMATCHED_DELETION,
+ * "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference)))
+ * ref += addns # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
+ * a = ref[len(s):] # new deletion, deleting from pos
+ */
+ __pyx_t_23 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_ref, __pyx_v_addns); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 764; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":765
+ * "(deletion is %s, reference is %s)" % (a,get_sequence(chrom,pos,pos+len(s),self._reference)))
+ * ref += addns
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns # <<<<<<<<<<<<<<
+ * a = ref[len(s):] # new deletion, deleting from pos
+ * else:
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_int_0);
+ __pyx_t_23 = __pyx_int_0;
+ __pyx_t_25 = __pyx_v_newalts; __Pyx_INCREF(__pyx_t_25); __pyx_t_22 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_22 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_25)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_10 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_25, __pyx_t_22); __Pyx_INCREF(__pyx_t_10); __pyx_t_22++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 765; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ #else
+ __pyx_t_10 = PySequence_ITEM(__pyx_t_25, __pyx_t_22); __pyx_t_22++; if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 765; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_na, __pyx_t_10);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_i, __pyx_t_23);
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_t_23, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 765; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = __pyx_t_10;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyNumber_Add(__pyx_v_na, __pyx_v_addns); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 765; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(__pyx_v_newalts, __pyx_v_i, __pyx_t_10) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 765; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ goto __pyx_L69;
+ }
+ __pyx_L69:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":766
+ * ref += addns
+ * for i,na in enumerate(newalts): newalts[i] = na+addns
+ * a = ref[len(s):] # new deletion, deleting from pos # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.error(line,self.V33_BAD_ALLELE)
+ */
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_s); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 766; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_ref, __pyx_t_22, 0, NULL, NULL, NULL, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 766; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L58_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_a, __pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L57_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L58_except_error;
+ __pyx_L58_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_12, __pyx_t_13, __pyx_t_14);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L57_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_14);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_12, __pyx_t_13, __pyx_t_14);
+ __pyx_L63_try_end:;
+ }
+ goto __pyx_L55;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":768
+ * a = ref[len(s):] # new deletion, deleting from pos
+ * else:
+ * self.error(line,self.V33_BAD_ALLELE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * newalts.append(a)
+ * alt = newalts
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 768; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_V33_BAD_ALLELE); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 768; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 768; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 768; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ }
+ __pyx_L55:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":769
+ * else:
+ * self.error(line,self.V33_BAD_ALLELE)
+ * newalts.append(a) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = newalts
+ * # deletion alleles exist, add dummy 1st reference allele, and account for leading base
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_newalts, __pyx_v_a); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 769; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":770
+ * self.error(line,self.V33_BAD_ALLELE)
+ * newalts.append(a)
+ * alt = newalts # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deletion alleles exist, add dummy 1st reference allele, and account for leading base
+ * if have_deletions:
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_newalts);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt, __pyx_v_newalts);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":772
+ * alt = newalts
+ * # deletion alleles exist, add dummy 1st reference allele, and account for leading base
+ * if have_deletions: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if pos == 0:
+ * # Petr Danacek's: we can't have a leading nucleotide at (1-based) position 1
+ */
+ __pyx_t_20 = (__pyx_v_have_deletions != 0);
+ if (__pyx_t_20) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":773
+ * # deletion alleles exist, add dummy 1st reference allele, and account for leading base
+ * if have_deletions:
+ * if pos == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # Petr Danacek's: we can't have a leading nucleotide at (1-based) position 1
+ * addn = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(ref)+1,self._reference)
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_11 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_pos, __pyx_int_0, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_20 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 773; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (__pyx_t_20) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":775
+ * if pos == 0:
+ * # Petr Danacek's: we can't have a leading nucleotide at (1-based) position 1
+ * addn = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(ref)+1,self._reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref += addn
+ * alt = [allele+addn for allele in alt]
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_9 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_4); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_pos, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_23 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_23, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_23, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_23, 2, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_23, 3, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_t_23, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 775; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_v_addn = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":776
+ * # Petr Danacek's: we can't have a leading nucleotide at (1-based) position 1
+ * addn = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(ref)+1,self._reference)
+ * ref += addn # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = [allele+addn for allele in alt]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_2 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_ref, __pyx_v_addn); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 776; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":777
+ * addn = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(ref)+1,self._reference)
+ * ref += addn
+ * alt = [allele+addn for allele in alt] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * addn = get_sequence(chrom,pos-1,pos,self._reference)
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 777; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_23 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_23)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_11 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 777; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_11 = PySequence_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 777; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = PyNumber_Add(__pyx_v_allele, __pyx_v_addn); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 777; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_2, (PyObject*)__pyx_t_11))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 777; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L74;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":779
+ * alt = [allele+addn for allele in alt]
+ * else:
+ * addn = get_sequence(chrom,pos-1,pos,self._reference) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref = addn + ref
+ * alt = [addn + allele for allele in alt]
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_get_sequence); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_23 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_pos, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_chrom);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_v_pos);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_pos);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 779; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_v_addn = __pyx_t_11;
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":780
+ * else:
+ * addn = get_sequence(chrom,pos-1,pos,self._reference)
+ * ref = addn + ref # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = [addn + allele for allele in alt]
+ * pos -= 1
+ */
+ __pyx_t_11 = PyNumber_Add(__pyx_v_addn, __pyx_v_ref); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 780; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":781
+ * addn = get_sequence(chrom,pos-1,pos,self._reference)
+ * ref = addn + ref
+ * alt = [addn + allele for allele in alt] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos -= 1
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_11 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_9)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_9, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_v_addn, __pyx_v_allele); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_11, (PyObject*)__pyx_t_2))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 781; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":782
+ * ref = addn + ref
+ * alt = [addn + allele for allele in alt]
+ * pos -= 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * # format v4.0 -- just check for nucleotides
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_11 = PyNumber_InPlaceSubtract(__pyx_v_pos, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 782; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_pos, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ }
+ __pyx_L74:;
+ goto __pyx_L73;
+ }
+ __pyx_L73:;
+ goto __pyx_L51;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":785
+ * else:
+ * # format v4.0 -- just check for nucleotides
+ * for allele in alt: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not alleleRegEx.match(allele):
+ * self.error(line,self.V40_BAD_ALLELE,allele)
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_alt) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_alt)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_v_alt); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_16(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_t_9)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 785; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":786
+ * # format v4.0 -- just check for nucleotides
+ * for allele in alt:
+ * if not alleleRegEx.match(allele): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.V40_BAD_ALLELE,allele)
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_alleleRegEx); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_9, __pyx_n_s_match); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_allele);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_allele);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_allele);
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_23); if (unlikely(__pyx_t_20 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 786; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_15 = ((!__pyx_t_20) != 0);
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":787
+ * for allele in alt:
+ * if not alleleRegEx.match(allele):
+ * self.error(line,self.V40_BAD_ALLELE,allele) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check for leading nucleotide in indel calls
+ */
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 787; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_V40_BAD_ALLELE); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 787; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 787; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_allele);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 2, __pyx_v_allele);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_allele);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_23, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 787; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L81;
+ }
+ __pyx_L81:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ }
+ __pyx_L51:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":790
+ *
+ * # check for leading nucleotide in indel calls
+ * for allele in alt: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(allele) != len(ref):
+ * if len(allele) == 0: self.error(line,self.ZERO_LENGTH_ALLELE)
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_alt) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_alt)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_v_alt); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_16(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_t_9)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 790; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":791
+ * # check for leading nucleotide in indel calls
+ * for allele in alt:
+ * if len(allele) != len(ref): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(allele) == 0: self.error(line,self.ZERO_LENGTH_ALLELE)
+ * if ref[0].upper() != allele[0].upper() and "N" not in (ref[0]+allele[0]).upper():
+ */
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_allele); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 791; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 791; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_15 = ((__pyx_t_22 != __pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":792
+ * for allele in alt:
+ * if len(allele) != len(ref):
+ * if len(allele) == 0: self.error(line,self.ZERO_LENGTH_ALLELE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if ref[0].upper() != allele[0].upper() and "N" not in (ref[0]+allele[0]).upper():
+ * self.error(line,self.MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE)
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_allele); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 792; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_15 = ((__pyx_t_3 == 0) != 0);
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 792; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ZERO_LENGTH_ALLELE); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 792; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_23 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 792; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_23, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_23, 1, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_23, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 792; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L85;
+ }
+ __pyx_L85:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":793
+ * if len(allele) != len(ref):
+ * if len(allele) == 0: self.error(line,self.ZERO_LENGTH_ALLELE)
+ * if ref[0].upper() != allele[0].upper() and "N" not in (ref[0]+allele[0]).upper(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE)
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_ref, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_23, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_allele, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_23 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_23, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, __pyx_t_23, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_ref, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_23 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_allele, 0, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 0, 1); if (unlikely(__pyx_t_23 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Add(__pyx_t_9, __pyx_t_23); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_23, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_20 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_n_s_N, __pyx_t_2, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_20 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 793; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_20;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_15;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":794
+ * if len(allele) == 0: self.error(line,self.ZERO_LENGTH_ALLELE)
+ * if ref[0].upper() != allele[0].upper() and "N" not in (ref[0]+allele[0]).upper():
+ * self.error(line,self.MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # trim trailing bases in alleles
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 794; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ goto __pyx_L86;
+ }
+ __pyx_L86:;
+ goto __pyx_L84;
+ }
+ __pyx_L84:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":806
+ *
+ * # left-align alleles, if a reference is available
+ * if self._leftalign and self._reference: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while left < pos:
+ * movable = True
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_leftalign_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 806; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_15;
+ } else {
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_20) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":807
+ * # left-align alleles, if a reference is available
+ * if self._leftalign and self._reference:
+ * while left < pos: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * movable = True
+ * for allele in alt:
+ */
+ while (1) {
+ if (unlikely(!__pyx_v_left)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("left"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 807; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 807; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_11 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_left, __pyx_v_pos, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 807; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_20 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 807; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (!__pyx_t_20) break;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":808
+ * if self._leftalign and self._reference:
+ * while left < pos:
+ * movable = True # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for allele in alt:
+ * if len(allele) > len(ref):
+ */
+ __pyx_v_movable = 1;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":809
+ * while left < pos:
+ * movable = True
+ * for allele in alt: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(allele) > len(ref):
+ * longest, shortest = allele, ref
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_alt) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_alt)) {
+ __pyx_t_11 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_11 = PyObject_GetIter(__pyx_v_alt); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_11)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_23 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_23 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_11)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_23 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_23 = PySequence_ITEM(__pyx_t_11, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_23 = __pyx_t_16(__pyx_t_11);
+ if (unlikely(!__pyx_t_23)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 809; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":810
+ * movable = True
+ * for allele in alt:
+ * if len(allele) > len(ref): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * longest, shortest = allele, ref
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_allele); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 810; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 810; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_20 = ((__pyx_t_3 > __pyx_t_22) != 0);
+ if (__pyx_t_20) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":811
+ * for allele in alt:
+ * if len(allele) > len(ref):
+ * longest, shortest = allele, ref # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * longest, shortest = ref, allele
+ */
+ __pyx_t_23 = __pyx_v_allele;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_9 = __pyx_v_ref;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_longest, __pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_shortest, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L92;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":813
+ * longest, shortest = allele, ref
+ * else:
+ * longest, shortest = ref, allele # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(longest) == len(shortest) or longest[:len(shortest)].upper() != shortest.upper():
+ * movable = False
+ */
+ __pyx_t_9 = __pyx_v_ref;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_23 = __pyx_v_allele;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_longest, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_shortest, __pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+ }
+ __pyx_L92:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":814
+ * else:
+ * longest, shortest = ref, allele
+ * if len(longest) == len(shortest) or longest[:len(shortest)].upper() != shortest.upper(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * movable = False
+ * if longest[-1].upper() != longest[len(shortest)-1].upper():
+ */
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_longest); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_shortest); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_20 = (__pyx_t_22 == __pyx_t_3);
+ if (!__pyx_t_20) {
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_shortest); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_longest, 0, __pyx_t_3, NULL, NULL, NULL, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_23, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_shortest, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_23, __pyx_t_2, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 814; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_15 = __pyx_t_5;
+ } else {
+ __pyx_t_15 = __pyx_t_20;
+ }
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":815
+ * longest, shortest = ref, allele
+ * if len(longest) == len(shortest) or longest[:len(shortest)].upper() != shortest.upper():
+ * movable = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if longest[-1].upper() != longest[len(shortest)-1].upper():
+ * movable = False
+ */
+ __pyx_v_movable = 0;
+ goto __pyx_L93;
+ }
+ __pyx_L93:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":816
+ * if len(longest) == len(shortest) or longest[:len(shortest)].upper() != shortest.upper():
+ * movable = False
+ * if longest[-1].upper() != longest[len(shortest)-1].upper(): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * movable = False
+ * if not movable:
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_longest, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_9, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_shortest); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_22 = (__pyx_t_3 - 1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_longest, __pyx_t_22, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_upper); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_23, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_9, __pyx_t_2, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_23); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_23); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 816; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":817
+ * movable = False
+ * if longest[-1].upper() != longest[len(shortest)-1].upper():
+ * movable = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not movable:
+ * break
+ */
+ __pyx_v_movable = 0;
+ goto __pyx_L94;
+ }
+ __pyx_L94:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":818
+ * if longest[-1].upper() != longest[len(shortest)-1].upper():
+ * movable = False
+ * if not movable: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * break
+ * ref = ref[:-1]
+ */
+ __pyx_t_15 = ((!(__pyx_v_movable != 0)) != 0);
+ if (__pyx_t_15) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":819
+ * movable = False
+ * if not movable:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref = ref[:-1]
+ * alt = [allele[:-1] for allele in alt]
+ */
+ goto __pyx_L89_break;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":820
+ * if not movable:
+ * break
+ * ref = ref[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = [allele[:-1] for allele in alt]
+ * if min([len(allele) for allele in alt]) == 0 or len(ref) == 0:
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_ref, 0, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__78, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 820; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":821
+ * break
+ * ref = ref[:-1]
+ * alt = [allele[:-1] for allele in alt] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if min([len(allele) for allele in alt]) == 0 or len(ref) == 0:
+ * ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref
+ */
+ __pyx_t_11 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_alt) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_alt)) {
+ __pyx_t_23 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_23 = PyObject_GetIter(__pyx_v_alt); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_23)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_23)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_23)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_23)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_23)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_16(__pyx_t_23);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_allele, 0, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__79, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_11, (PyObject*)__pyx_t_2))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":822
+ * ref = ref[:-1]
+ * alt = [allele[:-1] for allele in alt]
+ * if min([len(allele) for allele in alt]) == 0 or len(ref) == 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref
+ * alt = [faref_leftflank[pos-left-1] + allele for allele in alt]
+ */
+ __pyx_t_11 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_23 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_23)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_allele); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_22); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_11, (PyObject*)__pyx_t_2))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_23, 0, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_min, __pyx_t_23, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_11, __pyx_int_0, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_23); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_23); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ if (!__pyx_t_15) {
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_v_ref); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_20 = (__pyx_t_4 == 0);
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_20;
+ } else {
+ __pyx_t_5 = __pyx_t_15;
+ }
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":823
+ * alt = [allele[:-1] for allele in alt]
+ * if min([len(allele) for allele in alt]) == 0 or len(ref) == 0:
+ * ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = [faref_leftflank[pos-left-1] + allele for allele in alt]
+ * pos -= 1
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_faref_leftflank)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("faref_leftflank"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_left)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("left"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_23 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_pos, __pyx_v_left); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_11 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_23, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = PyObject_GetItem(__pyx_v_faref_leftflank, __pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_23 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = PyNumber_Add(__pyx_t_23, __pyx_v_ref); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 823; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":824
+ * if min([len(allele) for allele in alt]) == 0 or len(ref) == 0:
+ * ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref
+ * alt = [faref_leftflank[pos-left-1] + allele for allele in alt] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * pos -= 1
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_23 = __pyx_v_alt; __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4 = 0;
+ for (;;) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_23)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_allele, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ if (unlikely(!__pyx_v_faref_leftflank)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("faref_leftflank"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (unlikely(!__pyx_v_left)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("left"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_2 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_pos, __pyx_v_left); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Subtract(__pyx_t_2, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_faref_leftflank, __pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyNumber_Add(__pyx_t_2, __pyx_v_allele); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_ListComp_Append(__pyx_t_11, (PyObject*)__pyx_t_9))) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 824; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":825
+ * ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref
+ * alt = [faref_leftflank[pos-left-1] + allele for allele in alt]
+ * pos -= 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # parse sample columns
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 825; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __pyx_t_11 = PyNumber_InPlaceSubtract(__pyx_v_pos, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 825; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_pos, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ goto __pyx_L98;
+ }
+ __pyx_L98:;
+ }
+ __pyx_L89_break:;
+ goto __pyx_L87;
+ }
+ __pyx_L87:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":828
+ *
+ * # parse sample columns
+ * samples = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for sample in cols[9:]:
+ * dict = {}
+ */
+ __pyx_t_11 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 828; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_v_samples = ((PyObject*)__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":829
+ * # parse sample columns
+ * samples = []
+ * for sample in cols[9:]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dict = {}
+ * values = sample.split(':')
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_cols, 9, 0, NULL, NULL, &__pyx_slice__80, 1, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_11) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_11)) {
+ __pyx_t_23 = __pyx_t_11; __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_23 = PyObject_GetIter(__pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_23)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_23)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_23)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_11 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_11 = PySequence_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_23)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_23)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_11 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_11); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_11 = PySequence_ITEM(__pyx_t_23, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_11 = __pyx_t_16(__pyx_t_23);
+ if (unlikely(!__pyx_t_11)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_sample, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":830
+ * samples = []
+ * for sample in cols[9:]:
+ * dict = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values = sample.split(':')
+ * if len(values) > len(format):
+ */
+ __pyx_t_11 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 830; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_dict, ((PyObject*)__pyx_t_11));
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":831
+ * for sample in cols[9:]:
+ * dict = {}
+ * values = sample.split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(values) > len(format):
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format)))
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_sample, __pyx_n_s_split); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 831; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_tuple__81, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 831; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_values, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":832
+ * dict = {}
+ * values = sample.split(':')
+ * if len(values) > len(format): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format)))
+ * for idx in range(len(format)):
+ */
+ __pyx_t_22 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_22 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 832; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_format); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 832; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_t_22 > __pyx_t_3) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":833
+ * values = sample.split(':')
+ * if len(values) > len(format):
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format))) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for idx in range(len(format)):
+ * expected = self.get_expected(format[idx], self._format, alt)
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_VALUES); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_format); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_8 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_25 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_sample);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 1, __pyx_v_sample);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_sample);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 2, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_found_s_values_in_element_s_exp, __pyx_t_25); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_25 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 1, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 2, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_25, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 833; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L105;
+ }
+ __pyx_L105:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":834
+ * if len(values) > len(format):
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format)))
+ * for idx in range(len(format)): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * expected = self.get_expected(format[idx], self._format, alt)
+ * if idx < len(values): value = values[idx]
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_format); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 834; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ for (__pyx_t_22 = 0; __pyx_t_22 < __pyx_t_3; __pyx_t_22+=1) {
+ __pyx_v_idx = __pyx_t_22;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":835
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format)))
+ * for idx in range(len(format)):
+ * expected = self.get_expected(format[idx], self._format, alt) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if idx < len(values): value = values[idx]
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_get_expected); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 835; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_25 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_25 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 835; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 835; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 835; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_t_25);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_25);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_alt);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_11, 2, __pyx_v_alt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_alt);
+ __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_t_11, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 835; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_expected, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":836
+ * for idx in range(len(format)):
+ * expected = self.get_expected(format[idx], self._format, alt)
+ * if idx < len(values): value = values[idx] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * if expected == -1: value = "."
+ */
+ __pyx_t_26 = PyObject_Length(__pyx_v_values); if (unlikely(__pyx_t_26 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = ((__pyx_v_idx < __pyx_t_26) != 0);
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_values, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 836; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L108;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":838
+ * if idx < len(values): value = values[idx]
+ * else:
+ * if expected == -1: value = "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: value = ",".join(["."]*expected)
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_expected, __pyx_int_neg_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 838; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 838; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_kp_s__8);
+ goto __pyx_L109;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":839
+ * else:
+ * if expected == -1: value = "."
+ * else: value = ",".join(["."]*expected) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * dict[format[idx]] = self.parse_formatdata(format[idx],
+ */
+ __pyx_t_9 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_kp_s__8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_kp_s__8);
+ { PyObject* __pyx_temp = PyNumber_InPlaceMultiply(__pyx_t_9, __pyx_v_expected); if (unlikely(!__pyx_temp)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_temp);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = __pyx_temp;
+ }
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 839; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ }
+ __pyx_L109:;
+ }
+ __pyx_L108:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":841
+ * else: value = ",".join(["."]*expected)
+ *
+ * dict[format[idx]] = self.parse_formatdata(format[idx], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value,
+ * self._format,
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_formatdata); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 841; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 841; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":843
+ * dict[format[idx]] = self.parse_formatdata(format[idx],
+ * value,
+ * self._format, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * line)
+ * if expected != -1 and len(dict[format[idx]]) != expected:
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 843; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":841
+ * else: value = ",".join(["."]*expected)
+ *
+ * dict[format[idx]] = self.parse_formatdata(format[idx], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * value,
+ * self._format,
+ */
+ __pyx_t_25 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 841; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 0, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 1, __pyx_v_value);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_value);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 2, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_25, 3, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_t_25, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 841; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_25 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_25 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 841; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_25, __pyx_t_8) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 841; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":845
+ * self._format,
+ * line)
+ * if expected != -1 and len(dict[format[idx]]) != expected: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,dict[format[idx]]))
+ */
+ __pyx_t_8 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_expected, __pyx_int_neg_1, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_5 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ if (__pyx_t_5) {
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_25 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_25 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_26 = PyObject_Length(__pyx_t_25); if (unlikely(__pyx_t_26 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_25 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_26); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __pyx_t_8 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_25, __pyx_v_expected, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_15 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_15 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 845; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_15;
+ } else {
+ __pyx_t_20 = __pyx_t_5;
+ }
+ if (__pyx_t_20) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":846
+ * line)
+ * if expected != -1 and len(dict[format[idx]]) != expected:
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,dict[format[idx]]))
+ * if len(dict[format[idx]] ) < expected: dict[format[idx]] += [dict[format[idx]][-1]]*(expected-len(dict[format[idx]]))
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_error); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 846; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_25 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 846; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":847
+ * if expected != -1 and len(dict[format[idx]]) != expected:
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,dict[format[idx]])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(dict[format[idx]] ) < expected: dict[format[idx]] += [dict[format[idx]][-1]]*(expected-len(dict[format[idx]]))
+ * dict[format[idx]] = dict[format[idx]][:expected]
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_11 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 847; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 847; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 847; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 847; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_expected);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_v_expected);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_expected);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_id_s_expected_s_parameters_got_s, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 847; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":846
+ * line)
+ * if expected != -1 and len(dict[format[idx]]) != expected:
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,dict[format[idx]]))
+ * if len(dict[format[idx]] ) < expected: dict[format[idx]] += [dict[format[idx]][-1]]*(expected-len(dict[format[idx]]))
+ */
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(3); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 846; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_25);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_25);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 846; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":848
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS,
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,dict[format[idx]]))
+ * if len(dict[format[idx]] ) < expected: dict[format[idx]] += [dict[format[idx]][-1]]*(expected-len(dict[format[idx]])) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dict[format[idx]] = dict[format[idx]][:expected]
+ * samples.append( dict )
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_26 = PyObject_Length(__pyx_t_9); if (unlikely(__pyx_t_26 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_26); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_9, __pyx_v_expected, Py_LT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_20 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_20 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_20) {
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_9 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_25 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_8); if (unlikely(__pyx_t_25 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_t_25, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_25 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_25 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_25); if (unlikely(__pyx_t_11 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_26 = PyObject_Length(__pyx_t_11); if (unlikely(__pyx_t_26 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = PyInt_FromSsize_t(__pyx_t_26); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_25 = PyNumber_Subtract(__pyx_v_expected, __pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_11, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ { PyObject* __pyx_temp = PyNumber_InPlaceMultiply(__pyx_t_11, __pyx_t_25); if (unlikely(!__pyx_temp)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_temp);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = __pyx_temp;
+ }
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_25 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_9, __pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_2, __pyx_t_25) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 848; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L111;
+ }
+ __pyx_L111:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":849
+ * "id=%s, expected %s parameters, got %s" % (format[idx],expected,dict[format[idx]]))
+ * if len(dict[format[idx]] ) < expected: dict[format[idx]] += [dict[format[idx]][-1]]*(expected-len(dict[format[idx]]))
+ * dict[format[idx]] = dict[format[idx]][:expected] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * samples.append( dict )
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 849; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_25 = __Pyx_PyDict_GetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_25 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 849; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_t_25, 0, 0, NULL, &__pyx_v_expected, NULL, 0, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 849; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __pyx_t_25 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_format, __pyx_v_idx, Py_ssize_t, 1, PyInt_FromSsize_t, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_25 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 849; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_dict, __pyx_t_25, __pyx_t_2) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 849; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_25); __pyx_t_25 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ goto __pyx_L110;
+ }
+ __pyx_L110:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":850
+ * if len(dict[format[idx]] ) < expected: dict[format[idx]] += [dict[format[idx]][-1]]*(expected-len(dict[format[idx]]))
+ * dict[format[idx]] = dict[format[idx]][:expected]
+ * samples.append( dict ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # done
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_samples, __pyx_v_dict); if (unlikely(__pyx_t_6 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 850; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":853
+ *
+ * # done
+ * d = {'chrom':chrom, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'pos':pos, # return 0-based position
+ * 'id':id,
+ */
+ __pyx_t_23 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_chrom, __pyx_v_chrom) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":854
+ * # done
+ * d = {'chrom':chrom,
+ * 'pos':pos, # return 0-based position # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'id':id,
+ * 'ref':ref,
+ */
+ if (unlikely(!__pyx_v_pos)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("pos"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 854; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_pos, __pyx_v_pos) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":855
+ * d = {'chrom':chrom,
+ * 'pos':pos, # return 0-based position
+ * 'id':id, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'ref':ref,
+ * 'alt':alt,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_id, __pyx_v_id) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":856
+ * 'pos':pos, # return 0-based position
+ * 'id':id,
+ * 'ref':ref, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'alt':alt,
+ * 'qual':qual,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_ref, __pyx_v_ref) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":857
+ * 'id':id,
+ * 'ref':ref,
+ * 'alt':alt, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'qual':qual,
+ * 'filter':filter,
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_alt, __pyx_v_alt) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":858
+ * 'ref':ref,
+ * 'alt':alt,
+ * 'qual':qual, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'filter':filter,
+ * 'info':info,
+ */
+ __pyx_t_2 = PyFloat_FromDouble(__pyx_v_qual); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 858; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_qual, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":859
+ * 'alt':alt,
+ * 'qual':qual,
+ * 'filter':filter, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'info':info,
+ * 'format':format}
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_filter_2, __pyx_v_filter) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":860
+ * 'qual':qual,
+ * 'filter':filter,
+ * 'info':info, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 'format':format}
+ * for key,value in zip(self._samples,samples):
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_info_2, __pyx_v_info) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":861
+ * 'filter':filter,
+ * 'info':info,
+ * 'format':format} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for key,value in zip(self._samples,samples):
+ * d[key] = value
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_23, __pyx_n_s_format, __pyx_v_format) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 853; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_v_d = ((PyObject*)__pyx_t_23);
+ __pyx_t_23 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":862
+ * 'info':info,
+ * 'format':format}
+ * for key,value in zip(self._samples,samples): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d[key] = value
+ *
+ */
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_23);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_samples);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_samples);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_samples);
+ __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_23 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_zip, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_23) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_23)) {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_23; __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_16 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_2 = PyObject_GetIter(__pyx_t_23); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_16 = Py_TYPE(__pyx_t_2)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_16 && PyList_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_23 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_23 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_16 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_2)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_2)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_23 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_23); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_23 = PySequence_ITEM(__pyx_t_2, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_23 = __pyx_t_16(__pyx_t_2);
+ if (unlikely(!__pyx_t_23)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_23);
+ }
+ if ((likely(PyTuple_CheckExact(__pyx_t_23))) || (PyList_CheckExact(__pyx_t_23))) {
+ PyObject* sequence = __pyx_t_23;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ Py_ssize_t size = Py_SIZE(sequence);
+ #else
+ Py_ssize_t size = PySequence_Size(sequence);
+ #endif
+ if (unlikely(size != 2)) {
+ if (size > 2) __Pyx_RaiseTooManyValuesError(2);
+ else if (size >= 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(size);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (likely(PyTuple_CheckExact(sequence))) {
+ __pyx_t_25 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_11 = PyTuple_GET_ITEM(sequence, 1);
+ } else {
+ __pyx_t_25 = PyList_GET_ITEM(sequence, 0);
+ __pyx_t_11 = PyList_GET_ITEM(sequence, 1);
+ }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_t_11);
+ #else
+ __pyx_t_25 = PySequence_ITEM(sequence, 0); if (unlikely(!__pyx_t_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ __pyx_t_11 = PySequence_ITEM(sequence, 1); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ #endif
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ } else {
+ Py_ssize_t index = -1;
+ __pyx_t_9 = PyObject_GetIter(__pyx_t_23); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_23); __pyx_t_23 = 0;
+ __pyx_t_27 = Py_TYPE(__pyx_t_9)->tp_iternext;
+ index = 0; __pyx_t_25 = __pyx_t_27(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_25)) goto __pyx_L114_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_25);
+ index = 1; __pyx_t_11 = __pyx_t_27(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_11)) goto __pyx_L114_unpacking_failed;
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (__Pyx_IternextUnpackEndCheck(__pyx_t_27(__pyx_t_9), 2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_27 = NULL;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ goto __pyx_L115_unpacking_done;
+ __pyx_L114_unpacking_failed:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_27 = NULL;
+ if (__Pyx_IterFinish() == 0) __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_L115_unpacking_done:;
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_key, __pyx_t_25);
+ __pyx_t_25 = 0;
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_value, __pyx_t_11);
+ __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":863
+ * 'format':format}
+ * for key,value in zip(self._samples,samples):
+ * d[key] = value # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * return d
+ */
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(__pyx_v_d, __pyx_v_key, __pyx_v_value) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 863; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":865
+ * d[key] = value
+ *
+ * return d # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ *
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_d);
+ __pyx_r = __pyx_v_d;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":656
+ * return False
+ *
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cols = line.split('\t')
+ * if len(cols) != len(self._samples)+9:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_23);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_24);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_25);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse_data", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_cols);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_chrom);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_pos);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_id);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ref);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_c);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_left);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_faref_leftflank);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_faref);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_alt);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_filter);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_info);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_blurp);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_elts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_v);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_format);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_f);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_newalts);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_a);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_l);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_addns);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_i);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_na);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_s);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_addn);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_allele);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_longest);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_shortest);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_samples);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_sample);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_dict);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_values);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_expected);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_value);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_d);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_key);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":868
+ *
+ *
+ * def write_data(self, stream, data): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples
+ * for k in required:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_35write_data(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_35write_data = {__Pyx_NAMESTR("write_data"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_35write_data, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_35write_data(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ PyObject *__pyx_v_data = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write_data (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_stream,&__pyx_n_s_data,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write_data", 1, 3, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_data)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write_data", 1, 3, 3, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "write_data") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 3) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_stream = values[1];
+ __pyx_v_data = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write_data", 1, 3, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write_data", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_34write_data(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_stream, __pyx_v_data);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_34write_data(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream, PyObject *__pyx_v_data) {
+ PyObject *__pyx_v_required = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_k = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_alt = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_filter = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_qual = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_output = NULL;
+ PyObject *__pyx_v_s = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ int __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_10 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_11 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_12 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_13 = NULL;
+ int __pyx_t_14;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write_data", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":869
+ *
+ * def write_data(self, stream, data):
+ * required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for k in required:
+ * if k not in data: raise ValueError("Required key %s not found in data" % str(k))
+ */
+ __pyx_t_1 = PyList_New(9); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 869; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_chrom);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_n_s_chrom);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_chrom);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_pos);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_n_s_pos);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_pos);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_id);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_n_s_id);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_id);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ref);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_n_s_ref);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ref);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_alt);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 4, __pyx_n_s_alt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_alt);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_qual);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 5, __pyx_n_s_qual);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_qual);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_filter_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 6, __pyx_n_s_filter_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_filter_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_info_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 7, __pyx_n_s_info_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_info_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_format);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_1, 8, __pyx_n_s_format);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_format);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 869; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyNumber_Add(__pyx_t_1, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 869; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_required = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":870
+ * def write_data(self, stream, data):
+ * required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples
+ * for k in required: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if k not in data: raise ValueError("Required key %s not found in data" % str(k))
+ * if data['alt'] == []: alt = "."
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_required) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_required)) {
+ __pyx_t_3 = __pyx_v_required; __Pyx_INCREF(__pyx_t_3); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_3 = PyObject_GetIter(__pyx_v_required); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 870; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_3)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 870; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 870; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_3)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_3)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 870; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_3, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 870; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_5(__pyx_t_3);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 870; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_k, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":871
+ * required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples
+ * for k in required:
+ * if k not in data: raise ValueError("Required key %s not found in data" % str(k)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if data['alt'] == []: alt = "."
+ * else: alt = ",".join(data['alt'])
+ */
+ __pyx_t_6 = (__Pyx_PySequence_Contains(__pyx_v_k, __pyx_v_data, Py_NE)); if (unlikely(__pyx_t_6 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_7 = (__pyx_t_6 != 0);
+ if (__pyx_t_7) {
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_k);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_k);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_k);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Required_key_s_not_found_in_data, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_1, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_2, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 871; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":872
+ * for k in required:
+ * if k not in data: raise ValueError("Required key %s not found in data" % str(k))
+ * if data['alt'] == []: alt = "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: alt = ",".join(data['alt'])
+ * if data['filter'] == None: filter = "."
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_alt); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 872; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 872; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 872; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 872; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_v_alt = __pyx_kp_s__8;
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":873
+ * if k not in data: raise ValueError("Required key %s not found in data" % str(k))
+ * if data['alt'] == []: alt = "."
+ * else: alt = ",".join(data['alt']) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if data['filter'] == None: filter = "."
+ * elif data['filter'] == []:
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_alt); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 873; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__2, __pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 873; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_v_alt = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L6:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":874
+ * if data['alt'] == []: alt = "."
+ * else: alt = ",".join(data['alt'])
+ * if data['filter'] == None: filter = "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif data['filter'] == []:
+ * if self._version == 33: filter = "0"
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_filter_2); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 874; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_2, Py_None, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 874; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 874; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_v_filter = __pyx_kp_s__8;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":875
+ * else: alt = ",".join(data['alt'])
+ * if data['filter'] == None: filter = "."
+ * elif data['filter'] == []: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 33: filter = "0"
+ * else: filter = "PASS"
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_filter_2); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 875; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 875; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_t_2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 875; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_3); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 875; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":876
+ * if data['filter'] == None: filter = "."
+ * elif data['filter'] == []:
+ * if self._version == 33: filter = "0" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: filter = "PASS"
+ * else: filter = ';'.join(data['filter'])
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 876; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_33, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 876; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 876; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s_0);
+ __pyx_v_filter = __pyx_kp_s_0;
+ goto __pyx_L8;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":877
+ * elif data['filter'] == []:
+ * if self._version == 33: filter = "0"
+ * else: filter = "PASS" # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: filter = ';'.join(data['filter'])
+ * if data['qual'] == -1: qual = "."
+ */
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_PASS);
+ __pyx_v_filter = __pyx_n_s_PASS;
+ }
+ __pyx_L8:;
+ goto __pyx_L7;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":878
+ * if self._version == 33: filter = "0"
+ * else: filter = "PASS"
+ * else: filter = ';'.join(data['filter']) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if data['qual'] == -1: qual = "."
+ * else: qual = str(data['qual'])
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_filter_2); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 878; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__10, __pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 878; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_filter = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ }
+ __pyx_L7:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":879
+ * else: filter = "PASS"
+ * else: filter = ';'.join(data['filter'])
+ * if data['qual'] == -1: qual = "." # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else: qual = str(data['qual'])
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_qual); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 879; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_3, __pyx_int_neg_1, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 879; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 879; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_kp_s__8);
+ __pyx_v_qual = __pyx_kp_s__8;
+ goto __pyx_L9;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":880
+ * else: filter = ';'.join(data['filter'])
+ * if data['qual'] == -1: qual = "."
+ * else: qual = str(data['qual']) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * output = [data['chrom'],
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_qual); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 880; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 880; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 880; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_v_qual = __pyx_t_2;
+ __pyx_t_2 = 0;
+ }
+ __pyx_L9:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":882
+ * else: qual = str(data['qual'])
+ *
+ * output = [data['chrom'], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * str(data['pos']+1), # change to 1-based position
+ * data['id'],
+ */
+ __pyx_t_2 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_chrom); if (unlikely(__pyx_t_2 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 882; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":883
+ *
+ * output = [data['chrom'],
+ * str(data['pos']+1), # change to 1-based position # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['id'],
+ * data['ref'],
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_pos); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 883; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_Add(__pyx_t_3, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 883; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 883; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)(&PyString_Type))), __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 883; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":884
+ * output = [data['chrom'],
+ * str(data['pos']+1), # change to 1-based position
+ * data['id'], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['ref'],
+ * alt,
+ */
+ __pyx_t_3 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_id); if (unlikely(__pyx_t_3 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 884; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":885
+ * str(data['pos']+1), # change to 1-based position
+ * data['id'],
+ * data['ref'], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt,
+ * qual,
+ */
+ __pyx_t_8 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_ref); if (unlikely(__pyx_t_8 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 885; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":889
+ * qual,
+ * filter,
+ * self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['info'], self._info, separator=";"),
+ * self.format_formatdata(
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_formatdata); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 889; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":890
+ * filter,
+ * self.format_formatdata(
+ * data['info'], self._info, separator=";"), # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.format_formatdata(
+ * data['format'], self._format, value=False)]
+ */
+ __pyx_t_10 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_info_2); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 890; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_info); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 890; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":889
+ * qual,
+ * filter,
+ * self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['info'], self._info, separator=";"),
+ * self.format_formatdata(
+ */
+ __pyx_t_12 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 889; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 0, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_12, 1, __pyx_t_11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_11);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_11 = 0;
+ __pyx_t_11 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 889; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_11, __pyx_n_s_separator, __pyx_kp_s__10) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 889; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_12, __pyx_t_11); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 889; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":891
+ * self.format_formatdata(
+ * data['info'], self._info, separator=";"),
+ * self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['format'], self._format, value=False)]
+ *
+ */
+ __pyx_t_11 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_formatdata); if (unlikely(!__pyx_t_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_11);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":892
+ * data['info'], self._info, separator=";"),
+ * self.format_formatdata(
+ * data['format'], self._format, value=False)] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for s in self._samples:
+ */
+ __pyx_t_12 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_n_s_format); if (unlikely(__pyx_t_12 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 892; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 892; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":891
+ * self.format_formatdata(
+ * data['info'], self._info, separator=";"),
+ * self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['format'], self._format, value=False)]
+ *
+ */
+ __pyx_t_13 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_13);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 0, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_13, 1, __pyx_t_9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_9);
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_t_9 = 0;
+ __pyx_t_9 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":892
+ * data['info'], self._info, separator=";"),
+ * self.format_formatdata(
+ * data['format'], self._format, value=False)] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for s in self._samples:
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_9, __pyx_n_s_value, Py_False) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":891
+ * self.format_formatdata(
+ * data['info'], self._info, separator=";"),
+ * self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['format'], self._format, value=False)]
+ *
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_11, __pyx_t_13, __pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 891; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_11); __pyx_t_11 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_13); __pyx_t_13 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":882
+ * else: qual = str(data['qual'])
+ *
+ * output = [data['chrom'], # <<<<<<<<<<<<<<
+ * str(data['pos']+1), # change to 1-based position
+ * data['id'],
+ */
+ __pyx_t_9 = PyList_New(9); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 882; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 1, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 2, __pyx_t_3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_3);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 3, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_alt);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 4, __pyx_v_alt);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_alt);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_qual);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 5, __pyx_v_qual);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_qual);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filter);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 6, __pyx_v_filter);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filter);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 7, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_9, 8, __pyx_t_12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_12 = 0;
+ __pyx_v_output = ((PyObject*)__pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":894
+ * data['format'], self._format, value=False)]
+ *
+ * for s in self._samples: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * output.append(self.format_formatdata(
+ * data[s], self._format, key=False))
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_t_9) || PyTuple_CheckExact(__pyx_t_9)) {
+ __pyx_t_12 = __pyx_t_9; __Pyx_INCREF(__pyx_t_12); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_12 = PyObject_GetIter(__pyx_t_9); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_12)->tp_iternext;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_12)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_12)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_12)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_12)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_9 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_9); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_9 = PySequence_ITEM(__pyx_t_12, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_5(__pyx_t_12);
+ if (unlikely(!__pyx_t_9)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 894; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_s, __pyx_t_9);
+ __pyx_t_9 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":895
+ *
+ * for s in self._samples:
+ * output.append(self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data[s], self._format, key=False))
+ *
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_formatdata); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 895; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":896
+ * for s in self._samples:
+ * output.append(self.format_formatdata(
+ * data[s], self._format, key=False)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * stream.write( "\t".join(output) + "\n" )
+ */
+ __pyx_t_10 = PyObject_GetItem(__pyx_v_data, __pyx_v_s); if (unlikely(__pyx_t_10 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 896; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 896; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":895
+ *
+ * for s in self._samples:
+ * output.append(self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data[s], self._format, key=False))
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 895; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_10);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 895; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":896
+ * for s in self._samples:
+ * output.append(self.format_formatdata(
+ * data[s], self._format, key=False)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * stream.write( "\t".join(output) + "\n" )
+ */
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_8, __pyx_n_s_key, Py_False) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 895; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":895
+ *
+ * for s in self._samples:
+ * output.append(self.format_formatdata( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data[s], self._format, key=False))
+ *
+ */
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_9, __pyx_t_3, __pyx_t_8); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 895; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_14 = __Pyx_PyList_Append(__pyx_v_output, __pyx_t_10); if (unlikely(__pyx_t_14 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 895; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":898
+ * data[s], self._format, key=False))
+ *
+ * stream.write( "\t".join(output) + "\n" ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _parse_header(self, stream):
+ */
+ __pyx_t_12 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_stream, __pyx_n_s_write); if (unlikely(!__pyx_t_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_12);
+ __pyx_t_10 = __Pyx_PyString_Join(__pyx_kp_s__55, __pyx_v_output); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ __pyx_t_8 = PyNumber_Add(__pyx_t_10, __pyx_kp_s__60); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __pyx_t_10 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_10);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_10, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_12, __pyx_t_10, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 898; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_12); __pyx_t_12 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_10); __pyx_t_10 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":868
+ *
+ *
+ * def write_data(self, stream, data): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples
+ * for k in required:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_10);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_11);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_12);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_13);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write_data", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_required);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_k);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_alt);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_filter);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_qual);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_output);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_s);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":900
+ * stream.write( "\t".join(output) + "\n" )
+ *
+ * def _parse_header(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lineno = 0
+ * for line in stream:
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_37_parse_header(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_37_parse_header = {__Pyx_NAMESTR("_parse_header"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_37_parse_header, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_37_parse_header(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_parse_header (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_stream,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_parse_header", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 900; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_parse_header") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 900; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_stream = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_parse_header", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 900; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF._parse_header", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_36_parse_header(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_stream);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_36_parse_header(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream) {
+ PyObject *__pyx_v_line = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_2;
+ PyObject *(*__pyx_t_3)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str __pyx_t_6;
+ int __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_parse_header", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":901
+ *
+ * def _parse_header(self, stream):
+ * self._lineno = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for line in stream:
+ * line = ctabix._force_str(line, self.encoding)
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_lineno, __pyx_int_0) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 901; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":902
+ * def _parse_header(self, stream):
+ * self._lineno = 0
+ * for line in stream: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * line = ctabix._force_str(line, self.encoding)
+ * self._lineno += 1
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_stream) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_stream)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_stream; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_3 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_v_stream); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_3 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_2 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_2++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __pyx_t_2++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_3 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_2 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_4 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __Pyx_INCREF(__pyx_t_4); __pyx_t_2++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_4 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_2); __pyx_t_2++; if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_4)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 902; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_line, __pyx_t_4);
+ __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":903
+ * self._lineno = 0
+ * for line in stream:
+ * line = ctabix._force_str(line, self.encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lineno += 1
+ * if line.startswith('##'):
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_encoding); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 903; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6.__pyx_n = 1;
+ __pyx_t_6.encoding = __pyx_t_4;
+ __pyx_t_5 = __pyx_f_5pysam_6ctabix__force_str(__pyx_v_line, &__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 903; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_line, __pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":904
+ * for line in stream:
+ * line = ctabix._force_str(line, self.encoding)
+ * self._lineno += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if line.startswith('##'):
+ * self.parse_header(line.strip())
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_lineno); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 904; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_5, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 904; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_lineno, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 904; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":905
+ * line = ctabix._force_str(line, self.encoding)
+ * self._lineno += 1
+ * if line.startswith('##'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parse_header(line.strip())
+ * elif line.startswith('#'):
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 905; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_tuple__82, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 905; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_5); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 905; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":906
+ * self._lineno += 1
+ * if line.startswith('##'):
+ * self.parse_header(line.strip()) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif line.startswith('#'):
+ * self.parse_heading(line.strip())
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_header); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 906; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 906; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 906; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 906; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 906; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":907
+ * if line.startswith('##'):
+ * self.parse_header(line.strip())
+ * elif line.startswith('#'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parse_heading(line.strip())
+ * self.enter_default_format()
+ */
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 907; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_tuple__83, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 907; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_4); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 907; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (__pyx_t_7) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":908
+ * self.parse_header(line.strip())
+ * elif line.startswith('#'):
+ * self.parse_heading(line.strip()) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.enter_default_format()
+ * else:
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_heading); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_line, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_8, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_8, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_8, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 908; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":909
+ * elif line.startswith('#'):
+ * self.parse_heading(line.strip())
+ * self.enter_default_format() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * break
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_enter_default_format); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 909; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 909; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ /*else*/ {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":911
+ * self.enter_default_format()
+ * else:
+ * break # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return line
+ *
+ */
+ goto __pyx_L4_break;
+ }
+ __pyx_L5:;
+ }
+ __pyx_L4_break:;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":912
+ * else:
+ * break
+ * return line # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def _parse(self, line, stream):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ if (unlikely(!__pyx_v_line)) { __Pyx_RaiseUnboundLocalError("line"); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 912; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;} }
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_line);
+ __pyx_r = __pyx_v_line;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":900
+ * stream.write( "\t".join(output) + "\n" )
+ *
+ * def _parse_header(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lineno = 0
+ * for line in stream:
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF._parse_header", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_line);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_4cvcf_3VCF_40generator(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value); /* proto */
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":914
+ * return line
+ *
+ * def _parse(self, line, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_39_parse(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_39_parse = {__Pyx_NAMESTR("_parse"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_39_parse, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_39_parse(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_line = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_parse (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_line,&__pyx_n_s_stream,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_line)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_parse", 1, 3, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_parse", 1, 3, 3, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "_parse") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 3) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_line = values[1];
+ __pyx_v_stream = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("_parse", 1, 3, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF._parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_38_parse(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_line, __pyx_v_stream);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_38_parse(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_line, PyObject *__pyx_v_stream) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *__pyx_cur_scope;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("_parse", 0);
+ __pyx_cur_scope = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *)__pyx_tp_new_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse(__pyx_ptype_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse, __pyx_empty_tuple, NULL);
+ if (unlikely(!__pyx_cur_scope)) {
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_cur_scope);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_v_self = __pyx_v_self;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_v_line = __pyx_v_line;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_v_stream = __pyx_v_stream;
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_stream);
+ {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = __Pyx_Generator_New((__pyx_generator_body_t) __pyx_gb_5pysam_4cvcf_3VCF_40generator, (PyObject *) __pyx_cur_scope); if (unlikely(!gen)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_cur_scope);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return (PyObject *) gen;
+ }
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF._parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_DECREF(((PyObject *)__pyx_cur_scope));
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_gb_5pysam_4cvcf_3VCF_40generator(__pyx_GeneratorObject *__pyx_generator, PyObject *__pyx_sent_value) /* generator body */
+{
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *__pyx_cur_scope = ((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *)__pyx_generator->closure);
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ int __pyx_t_3;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *(*__pyx_t_6)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_7 = NULL;
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_t_9;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("None", 0);
+ switch (__pyx_generator->resume_label) {
+ case 0: goto __pyx_L3_first_run;
+ case 1: goto __pyx_L7_resume_from_yield;
+ case 2: goto __pyx_L12_resume_from_yield;
+ default: /* CPython raises the right error here */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ }
+ __pyx_L3_first_run:;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":916
+ * def _parse(self, line, stream):
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(line.strip()) > 0:
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line, __pyx_n_s_startswith); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 916; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_tuple__84, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 916; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_2); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 916; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":917
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return
+ * if len(line.strip()) > 0: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ * if d: yield d
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 917; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 917; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyObject_Length(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_4 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 917; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_3 = ((__pyx_t_4 > 0) != 0);
+ if (__pyx_t_3) {
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":918
+ * if line.startswith("##"): return
+ * if len(line.strip()) > 0:
+ * d = self.parse_data( line.strip() ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if d: yield d
+ * for line in stream:
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_data); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 918; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_v_d = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":919
+ * if len(line.strip()) > 0:
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ * if d: yield d # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for line in stream:
+ * self._lineno += 1
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_cur_scope->__pyx_v_d); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 919; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_3) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_d);
+ __pyx_r = __pyx_cur_scope->__pyx_v_d;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ /* return from generator, yielding value */
+ __pyx_generator->resume_label = 1;
+ return __pyx_r;
+ __pyx_L7_resume_from_yield:;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 919; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L6;
+ }
+ __pyx_L6:;
+ goto __pyx_L5;
+ }
+ __pyx_L5:;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":920
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ * if d: yield d
+ * for line in stream: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lineno += 1
+ * if self._lines and self._lineno > self._lines: raise StopIteration
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_cur_scope->__pyx_v_stream) || PyTuple_CheckExact(__pyx_cur_scope->__pyx_v_stream)) {
+ __pyx_t_5 = __pyx_cur_scope->__pyx_v_stream; __Pyx_INCREF(__pyx_t_5); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_6 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_5 = PyObject_GetIter(__pyx_cur_scope->__pyx_v_stream); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = Py_TYPE(__pyx_t_5)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_6 && PyList_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_5)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_6 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_5)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_5)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_5, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_6(__pyx_t_5);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 920; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line, __pyx_t_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":921
+ * if d: yield d
+ * for line in stream:
+ * self._lineno += 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._lines and self._lineno > self._lines: raise StopIteration
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self, __pyx_n_s_lineno); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 921; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_t_2, __pyx_int_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 921; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self, __pyx_n_s_lineno, __pyx_t_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 921; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":922
+ * for line in stream:
+ * self._lineno += 1
+ * if self._lines and self._lineno > self._lines: raise StopIteration # <<<<<<<<<<<<<<
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ * if d: yield d
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self, __pyx_n_s_lines_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_3) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self, __pyx_n_s_lineno); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self, __pyx_n_s_lines_2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_7 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_t_2, Py_GT); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_7); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_7); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_9 = __pyx_t_3;
+ }
+ if (__pyx_t_9) {
+ __Pyx_Raise(__pyx_builtin_StopIteration, 0, 0, 0);
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":923
+ * self._lineno += 1
+ * if self._lines and self._lineno > self._lines: raise StopIteration
+ * d = self.parse_data( line.strip() ) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if d: yield d
+ *
+ */
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_data); if (unlikely(!__pyx_t_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_7);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_cur_scope->__pyx_v_line, __pyx_n_s_strip); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_empty_tuple, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_7, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 923; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_7); __pyx_t_7 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_d);
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_cur_scope->__pyx_v_d, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":924
+ * if self._lines and self._lineno > self._lines: raise StopIteration
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ * if d: yield d # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ######################################################################################################
+ */
+ __pyx_t_9 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_cur_scope->__pyx_v_d); if (unlikely(__pyx_t_9 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 924; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__pyx_t_9) {
+ __Pyx_INCREF(__pyx_cur_scope->__pyx_v_d);
+ __pyx_r = __pyx_cur_scope->__pyx_v_d;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_0 = __pyx_t_4;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = __pyx_t_5;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_2 = __pyx_t_6;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ /* return from generator, yielding value */
+ __pyx_generator->resume_label = 2;
+ return __pyx_r;
+ __pyx_L12_resume_from_yield:;
+ __pyx_t_4 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_0;
+ __pyx_t_5 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_1;
+ __pyx_cur_scope->__pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = __pyx_cur_scope->__pyx_t_2;
+ if (unlikely(!__pyx_sent_value)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 924; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ goto __pyx_L11;
+ }
+ __pyx_L11:;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":914
+ * return line
+ *
+ * def _parse(self, line, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return
+ */
+
+ /* function exit code */
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
+ __Pyx_AddTraceback("_parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_generator->resume_label = -1;
+ __Pyx_Generator_clear((PyObject*)__pyx_generator);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":932
+ * ######################################################################################################
+ *
+ * def getsamples(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * return self._samples
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_42getsamples(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_41getsamples[] = " List of samples in VCF file ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_42getsamples = {__Pyx_NAMESTR("getsamples"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_42getsamples, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_41getsamples)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_42getsamples(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getsamples (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_41getsamples(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_41getsamples(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getsamples", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":934
+ * def getsamples(self):
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * return self._samples # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setsamples(self,samples):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 934; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":932
+ * ######################################################################################################
+ *
+ * def getsamples(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * return self._samples
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.getsamples", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":936
+ * return self._samples
+ *
+ * def setsamples(self,samples): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * self._samples = samples
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_44setsamples(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_43setsamples[] = " List of samples in VCF file ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_44setsamples = {__Pyx_NAMESTR("setsamples"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_44setsamples, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_43setsamples)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_44setsamples(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_samples = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setsamples (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_samples_2,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_samples_2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setsamples", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setsamples") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_samples = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setsamples", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setsamples", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_43setsamples(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_samples);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_43setsamples(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_samples) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setsamples", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":938
+ * def setsamples(self,samples):
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * self._samples = samples # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def getheader(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_samples, __pyx_v_samples) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 938; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":936
+ * return self._samples
+ *
+ * def setsamples(self,samples): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * self._samples = samples
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setsamples", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":940
+ * self._samples = samples
+ *
+ * def getheader(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * return self._header
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_46getheader(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_45getheader[] = " List of header key-value pairs (strings) ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_46getheader = {__Pyx_NAMESTR("getheader"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_46getheader, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_45getheader)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_46getheader(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getheader (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_45getheader(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_45getheader(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getheader", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":942
+ * def getheader(self):
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * return self._header # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setheader(self,header):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_header); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 942; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":940
+ * self._samples = samples
+ *
+ * def getheader(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * return self._header
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.getheader", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":944
+ * return self._header
+ *
+ * def setheader(self,header): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * self._header = header
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_48setheader(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_47setheader[] = " List of header key-value pairs (strings) ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_48setheader = {__Pyx_NAMESTR("setheader"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_48setheader, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_47setheader)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_48setheader(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_header = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setheader (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_header_2,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_header_2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setheader", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setheader") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_header = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setheader", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setheader", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_47setheader(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_header);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_47setheader(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_header) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setheader", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":946
+ * def setheader(self,header):
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * self._header = header # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def getinfo(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_header, __pyx_v_header) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 946; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":944
+ * return self._header
+ *
+ * def setheader(self,header): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * self._header = header
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setheader", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":948
+ * self._header = header
+ *
+ * def getinfo(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._info
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_50getinfo(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_49getinfo[] = " Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_50getinfo = {__Pyx_NAMESTR("getinfo"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_50getinfo, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_49getinfo)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_50getinfo(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getinfo (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_49getinfo(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_49getinfo(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getinfo", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":950
+ * def getinfo(self):
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._info # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setinfo(self,info):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_info); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 950; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":948
+ * self._header = header
+ *
+ * def getinfo(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._info
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.getinfo", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":952
+ * return self._info
+ *
+ * def setinfo(self,info): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._info = info
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_52setinfo(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_51setinfo[] = " Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_52setinfo = {__Pyx_NAMESTR("setinfo"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_52setinfo, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_51setinfo)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_52setinfo(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_info = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setinfo (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_info_2,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_info_2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setinfo", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 952; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setinfo") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 952; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_info = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setinfo", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 952; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setinfo", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_51setinfo(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_info);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_51setinfo(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_info) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setinfo", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":954
+ * def setinfo(self,info):
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._info = info # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def getformat(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_info, __pyx_v_info) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 954; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":952
+ * return self._info
+ *
+ * def setinfo(self,info): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._info = info
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setinfo", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":956
+ * self._info = info
+ *
+ * def getformat(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._format
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_54getformat(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_53getformat[] = " Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_54getformat = {__Pyx_NAMESTR("getformat"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_54getformat, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_53getformat)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_54getformat(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getformat (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_53getformat(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_53getformat(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getformat", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":958
+ * def getformat(self):
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._format # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setformat(self,format):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 958; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":956
+ * self._info = info
+ *
+ * def getformat(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._format
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.getformat", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":960
+ * return self._format
+ *
+ * def setformat(self,format): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._format = format
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_56setformat(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_55setformat[] = " Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_56setformat = {__Pyx_NAMESTR("setformat"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_56setformat, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_55setformat)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_56setformat(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_format = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setformat (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_format,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_format)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setformat", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setformat") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_format = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setformat", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setformat", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_55setformat(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_format);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_55setformat(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_format) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setformat", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":962
+ * def setformat(self,format):
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._format = format # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def getfilter(self):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_format_2, __pyx_v_format) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 962; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":960
+ * return self._format
+ *
+ * def setformat(self,format): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._format = format
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setformat", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":964
+ * self._format = format
+ *
+ * def getfilter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._filter
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_58getfilter(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_57getfilter[] = " Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_58getfilter = {__Pyx_NAMESTR("getfilter"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_58getfilter, METH_O, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_57getfilter)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_58getfilter(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getfilter (wrapper)", 0);
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_57getfilter(__pyx_self, ((PyObject *)__pyx_v_self));
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_57getfilter(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("getfilter", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":966
+ * def getfilter(self):
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._filter # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setfilter(self,filter):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_filter); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 966; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":964
+ * self._format = format
+ *
+ * def getfilter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._filter
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.getfilter", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":968
+ * return self._filter
+ *
+ * def setfilter(self,filter): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._filter = filter
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_60setfilter(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_59setfilter[] = " Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_60setfilter = {__Pyx_NAMESTR("setfilter"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_60setfilter, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_59setfilter)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_60setfilter(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_filter = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setfilter (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_filter_2,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filter_2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setfilter", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 968; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setfilter") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 968; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_filter = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setfilter", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 968; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setfilter", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_59setfilter(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_filter);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_59setfilter(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filter) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setfilter", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":970
+ * def setfilter(self,filter):
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._filter = filter # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setversion(self, version):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_filter, __pyx_v_filter) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 970; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":968
+ * return self._filter
+ *
+ * def setfilter(self,filter): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._filter = filter
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setfilter", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":972
+ * self._filter = filter
+ *
+ * def setversion(self, version): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if version != 33 and version != 40: raise ValueError("Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files")
+ * self._version = version
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_62setversion(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_62setversion = {__Pyx_NAMESTR("setversion"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_62setversion, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_62setversion(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_version = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setversion (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_version_2,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_version_2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setversion", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setversion") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_version = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setversion", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setversion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_61setversion(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_version);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_61setversion(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_version) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ int __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setversion", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":973
+ *
+ * def setversion(self, version):
+ * if version != 33 and version != 40: raise ValueError("Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._version = version
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_version, __pyx_int_33, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 973; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 973; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_version, __pyx_int_40, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 973; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_3 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 973; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_3;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_tuple__85, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 973; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 973; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":974
+ * def setversion(self, version):
+ * if version != 33 and version != 40: raise ValueError("Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files")
+ * self._version = version # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setregions(self, regions):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_version, __pyx_v_version) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 974; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":972
+ * self._filter = filter
+ *
+ * def setversion(self, version): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if version != 33 and version != 40: raise ValueError("Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files")
+ * self._version = version
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setversion", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":976
+ * self._version = version
+ *
+ * def setregions(self, regions): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._regions = regions
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_64setregions(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_64setregions = {__Pyx_NAMESTR("setregions"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_64setregions, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_64setregions(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_regions = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setregions (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_regions,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_regions)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setregions", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 976; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setregions") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 976; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_regions = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setregions", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 976; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setregions", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_63setregions(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_regions);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_63setregions(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_regions) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setregions", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":977
+ *
+ * def setregions(self, regions):
+ * self._regions = regions # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def setreference(self, ref):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_regions_2, __pyx_v_regions) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 977; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":976
+ * self._version = version
+ *
+ * def setregions(self, regions): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._regions = regions
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setregions", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":979
+ * self._regions = regions
+ *
+ * def setreference(self, ref): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Provide a reference sequence; a Python class supporting a fetch(chromosome, start, end) method, e.g. PySam.FastaFile """
+ * self._reference = ref
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_66setreference(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_65setreference[] = " Provide a reference sequence; a Python class supporting a fetch(chromosome, start, end) method, e.g. PySam.FastaFile ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_66setreference = {__Pyx_NAMESTR("setreference"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_66setreference, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_65setreference)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_66setreference(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_ref = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setreference (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_ref,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_ref)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setreference", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 979; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "setreference") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 979; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_ref = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("setreference", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 979; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setreference", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_65setreference(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_ref);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_65setreference(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_ref) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("setreference", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":981
+ * def setreference(self, ref):
+ * """ Provide a reference sequence; a Python class supporting a fetch(chromosome, start, end) method, e.g. PySam.FastaFile """
+ * self._reference = ref # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def ignoreerror(self, errorstring):
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_reference_2, __pyx_v_ref) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 981; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":979
+ * self._regions = regions
+ *
+ * def setreference(self, ref): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Provide a reference sequence; a Python class supporting a fetch(chromosome, start, end) method, e.g. PySam.FastaFile """
+ * self._reference = ref
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.setreference", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":983
+ * self._reference = ref
+ *
+ * def ignoreerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._ignored_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_68ignoreerror(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_68ignoreerror = {__Pyx_NAMESTR("ignoreerror"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_68ignoreerror, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_68ignoreerror(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_errorstring = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("ignoreerror (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_errorstring,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_errorstring)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("ignoreerror", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 983; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "ignoreerror") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 983; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_errorstring = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("ignoreerror", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 983; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.ignoreerror", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_67ignoreerror(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_errorstring);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_67ignoreerror(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_errorstring) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("ignoreerror", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":984
+ *
+ * def ignoreerror(self, errorstring):
+ * try: self._ignored_errors.add(self.__dict__[errorstring]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_1, &__pyx_t_2, &__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ /*try:*/ {
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_ignored_errors); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_4, __pyx_n_s_add); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_dict); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetItem(__pyx_t_4, __pyx_v_errorstring); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L10_try_end;
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":985
+ * def ignoreerror(self, errorstring):
+ * try: self._ignored_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def warnerror(self, errorstring):
+ */
+ __pyx_t_7 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_KeyError);
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.ignoreerror", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_6, &__pyx_t_4, &__pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Invalid_error_string_s, __pyx_v_errorstring); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L4_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L5_except_error;
+ __pyx_L5_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L4_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3);
+ __pyx_L10_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":983
+ * self._reference = ref
+ *
+ * def ignoreerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._ignored_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.ignoreerror", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":987
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def warnerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._warn_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_70warnerror(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_70warnerror = {__Pyx_NAMESTR("warnerror"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_70warnerror, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(0)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_70warnerror(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_errorstring = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("warnerror (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_errorstring,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_errorstring)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("warnerror", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "warnerror") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_errorstring = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("warnerror", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.warnerror", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_69warnerror(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_errorstring);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_69warnerror(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_errorstring) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ PyObject *__pyx_t_8 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_9 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("warnerror", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":988
+ *
+ * def warnerror(self, errorstring):
+ * try: self._warn_errors.add(self.__dict__[errorstring]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ */
+ {
+ __Pyx_ExceptionSave(&__pyx_t_1, &__pyx_t_2, &__pyx_t_3);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_3);
+ /*try:*/ {
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_warn_errors); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 988; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_4, __pyx_n_s_add); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 988; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_dict); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 988; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_6 = PyObject_GetItem(__pyx_t_4, __pyx_v_errorstring); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 988; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 988; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_t_6);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_5, __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 988; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L10_try_end;
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":989
+ * def warnerror(self, errorstring):
+ * try: self._warn_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def parse(self, stream):
+ */
+ __pyx_t_7 = PyErr_ExceptionMatches(__pyx_builtin_KeyError);
+ if (__pyx_t_7) {
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.warnerror", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ if (__Pyx_GetException(&__pyx_t_6, &__pyx_t_4, &__pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 989; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyString_Format(__pyx_kp_s_Invalid_error_string_s, __pyx_v_errorstring); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 989; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_9 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 989; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_9);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_9, 0, __pyx_t_8);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_8);
+ __pyx_t_8 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_ValueError, __pyx_t_9, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 989; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_9); __pyx_t_9 = 0;
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_8, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_8); __pyx_t_8 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 989; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L5_except_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L4_exception_handled;
+ }
+ goto __pyx_L5_except_error;
+ __pyx_L5_except_error:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3);
+ goto __pyx_L1_error;
+ __pyx_L4_exception_handled:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_ExceptionReset(__pyx_t_1, __pyx_t_2, __pyx_t_3);
+ __pyx_L10_try_end:;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":987
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def warnerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._warn_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.warnerror", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":991
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def parse(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator """
+ * last_line = self._parse_header(stream)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_72parse(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_71parse[] = " Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_72parse = {__Pyx_NAMESTR("parse"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_72parse, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_71parse)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_72parse(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_stream,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "parse") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_stream = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("parse", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_71parse(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_stream);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_71parse(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream) {
+ PyObject *__pyx_v_last_line = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("parse", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":993
+ * def parse(self, stream):
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator """
+ * last_line = self._parse_header(stream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # now return a generator that does the actual work. In this way the pre-processing is done
+ * # before the first piece of data is yielded
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_header_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 993; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 993; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stream);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stream);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 993; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_v_last_line = __pyx_t_3;
+ __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":996
+ * # now return a generator that does the actual work. In this way the pre-processing is done
+ * # before the first piece of data is yielded
+ * return self._parse(last_line, stream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def write(self, stream, datagenerator):
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 996; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 996; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_last_line);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_last_line);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_last_line);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stream);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stream);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 996; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":991
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def parse(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator """
+ * last_line = self._parse_header(stream)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.parse", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_last_line);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":998
+ * return self._parse(last_line, stream)
+ *
+ * def write(self, stream, datagenerator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_74write(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_73write[] = " Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_74write = {__Pyx_NAMESTR("write"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_74write, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_73write)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_74write(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ PyObject *__pyx_v_datagenerator = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_stream,&__pyx_n_s_datagenerator,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write", 1, 3, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_datagenerator)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write", 1, 3, 3, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "write") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 3) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_stream = values[1];
+ __pyx_v_datagenerator = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("write", 1, 3, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_73write(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_stream, __pyx_v_datagenerator);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_73write(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream, PyObject *__pyx_v_datagenerator) {
+ PyObject *__pyx_v_data = NULL;
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ Py_ssize_t __pyx_t_4;
+ PyObject *(*__pyx_t_5)(PyObject *);
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("write", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1000
+ * def write(self, stream, datagenerator):
+ * """ Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) """
+ * self.write_header(stream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.write_heading(stream)
+ * for data in datagenerator: self.write_data(stream,data)
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_write_header); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1000; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1000; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stream);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stream);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1000; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1001
+ * """ Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) """
+ * self.write_header(stream)
+ * self.write_heading(stream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for data in datagenerator: self.write_data(stream,data)
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_write_heading); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1001; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1001; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stream);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stream);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1001; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1002
+ * self.write_header(stream)
+ * self.write_heading(stream)
+ * for data in datagenerator: self.write_data(stream,data) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def writeheader(self, stream):
+ */
+ if (PyList_CheckExact(__pyx_v_datagenerator) || PyTuple_CheckExact(__pyx_v_datagenerator)) {
+ __pyx_t_1 = __pyx_v_datagenerator; __Pyx_INCREF(__pyx_t_1); __pyx_t_4 = 0;
+ __pyx_t_5 = NULL;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = -1; __pyx_t_1 = PyObject_GetIter(__pyx_v_datagenerator); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = Py_TYPE(__pyx_t_1)->tp_iternext;
+ }
+ for (;;) {
+ if (!__pyx_t_5 && PyList_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyList_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyList_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else if (!__pyx_t_5 && PyTuple_CheckExact(__pyx_t_1)) {
+ if (__pyx_t_4 >= PyTuple_GET_SIZE(__pyx_t_1)) break;
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ __pyx_t_2 = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __Pyx_INCREF(__pyx_t_2); __pyx_t_4++; if (unlikely(0 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #else
+ __pyx_t_2 = PySequence_ITEM(__pyx_t_1, __pyx_t_4); __pyx_t_4++; if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_5(__pyx_t_1);
+ if (unlikely(!__pyx_t_2)) {
+ PyObject* exc_type = PyErr_Occurred();
+ if (exc_type) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration))) PyErr_Clear();
+ else {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ break;
+ }
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ }
+ __Pyx_XDECREF_SET(__pyx_v_data, __pyx_t_2);
+ __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_write_data); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stream);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stream);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_data);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_v_data);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_data);
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1002; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ }
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":998
+ * return self._parse(last_line, stream)
+ *
+ * def write(self, stream, datagenerator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.write", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_data);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":1004
+ * for data in datagenerator: self.write_data(stream,data)
+ *
+ * def writeheader(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF header """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_76writeheader(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_75writeheader[] = " Writes a VCF header ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_76writeheader = {__Pyx_NAMESTR("writeheader"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_76writeheader, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_75writeheader)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_76writeheader(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_stream = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("writeheader (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_stream,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_stream)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("writeheader", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1004; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "writeheader") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1004; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_stream = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("writeheader", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1004; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.writeheader", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_75writeheader(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_stream);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_75writeheader(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_stream) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("writeheader", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1006
+ * def writeheader(self, stream):
+ * """ Writes a VCF header """
+ * self.write_header(stream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.write_heading(stream)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_write_header); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stream);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stream);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_1, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1006; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1007
+ * """ Writes a VCF header """
+ * self.write_header(stream)
+ * self.write_heading(stream) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def compare_calls(self, pos1, ref1, alt1, pos2, ref2, alt2):
+ */
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_write_heading); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1007; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_2 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1007; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_stream);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_v_stream);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_stream);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_t_2, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1007; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1004
+ * for data in datagenerator: self.write_data(stream,data)
+ *
+ * def writeheader(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF header """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.writeheader", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":1009
+ * self.write_heading(stream)
+ *
+ * def compare_calls(self, pos1, ref1, alt1, pos2, ref2, alt2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Utility function: compares two calls for equality """
+ * # a variant should always be assigned to a unique position, one base before
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_78compare_calls(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_77compare_calls[] = " Utility function: compares two calls for equality ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_78compare_calls = {__Pyx_NAMESTR("compare_calls"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_78compare_calls, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_77compare_calls)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_78compare_calls(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_pos1 = 0;
+ PyObject *__pyx_v_ref1 = 0;
+ PyObject *__pyx_v_alt1 = 0;
+ PyObject *__pyx_v_pos2 = 0;
+ PyObject *__pyx_v_ref2 = 0;
+ PyObject *__pyx_v_alt2 = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("compare_calls (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_pos1,&__pyx_n_s_ref1,&__pyx_n_s_alt1,&__pyx_n_s_pos2,&__pyx_n_s_ref2,&__pyx_n_s_alt2,0};
+ PyObject* values[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 7: values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ case 6: values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_pos1)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("compare_calls", 1, 7, 7, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (likely((values[2] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_ref1)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("compare_calls", 1, 7, 7, 2); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 3:
+ if (likely((values[3] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_alt1)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("compare_calls", 1, 7, 7, 3); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 4:
+ if (likely((values[4] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_pos2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("compare_calls", 1, 7, 7, 4); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 5:
+ if (likely((values[5] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_ref2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("compare_calls", 1, 7, 7, 5); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 6:
+ if (likely((values[6] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_alt2)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("compare_calls", 1, 7, 7, 6); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "compare_calls") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 7) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ values[5] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 5);
+ values[6] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 6);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_pos1 = values[1];
+ __pyx_v_ref1 = values[2];
+ __pyx_v_alt1 = values[3];
+ __pyx_v_pos2 = values[4];
+ __pyx_v_ref2 = values[5];
+ __pyx_v_alt2 = values[6];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("compare_calls", 1, 7, 7, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.compare_calls", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_77compare_calls(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_pos1, __pyx_v_ref1, __pyx_v_alt1, __pyx_v_pos2, __pyx_v_ref2, __pyx_v_alt2);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_77compare_calls(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_pos1, PyObject *__pyx_v_ref1, PyObject *__pyx_v_alt1, PyObject *__pyx_v_pos2, PyObject *__pyx_v_ref2, PyObject *__pyx_v_alt2) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_t_2;
+ Py_ssize_t __pyx_t_3;
+ int __pyx_t_4;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_6 = NULL;
+ int __pyx_t_7;
+ int __pyx_t_8;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("compare_calls", 0);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_ref1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_alt1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_ref2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_alt2);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1014
+ * # the leftmost position of the alignment gap. If this rule is implemented
+ * # correctly, the two positions must be equal for the calls to be identical.
+ * if pos1 != pos2: return False # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # from both calls, trim rightmost bases when identical. Do this safely, i.e.
+ * # only when the reference bases are not Ns
+ */
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_pos1, __pyx_v_pos2, Py_NE); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1014; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_2 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1014; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ if (__pyx_t_2) {
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __Pyx_INCREF(Py_False);
+ __pyx_r = Py_False;
+ goto __pyx_L0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1017
+ * # from both calls, trim rightmost bases when identical. Do this safely, i.e.
+ * # only when the reference bases are not Ns
+ * while len(ref1)>0 and len(alt1)>0 and ref1[-1] == alt1[-1]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref1 = ref1[:-1]
+ * alt1 = alt1[:-1]
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_ref1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1017; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_3 > 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_alt1); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1017; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 > 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_ref1, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_1 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1017; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_alt1, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1017; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_6 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_1, __pyx_t_5, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_6); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1017; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_7 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_6); if (unlikely(__pyx_t_7 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1017; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_7;
+ } else {
+ __pyx_t_8 = __pyx_t_4;
+ }
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_4 = __pyx_t_2;
+ }
+ if (!__pyx_t_4) break;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1018
+ * # only when the reference bases are not Ns
+ * while len(ref1)>0 and len(alt1)>0 and ref1[-1] == alt1[-1]:
+ * ref1 = ref1[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt1 = alt1[:-1]
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_ref1, 0, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__86, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1018; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref1, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1019
+ * while len(ref1)>0 and len(alt1)>0 and ref1[-1] == alt1[-1]:
+ * ref1 = ref1[:-1]
+ * alt1 = alt1[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ * ref2 = ref2[:-1]
+ */
+ __pyx_t_6 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_alt1, 0, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__87, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1019; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt1, __pyx_t_6);
+ __pyx_t_6 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1020
+ * ref1 = ref1[:-1]
+ * alt1 = alt1[:-1]
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * ref2 = ref2[:-1]
+ * alt2 = alt2[:-1]
+ */
+ while (1) {
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_ref2); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1020; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = (__pyx_t_3 > 0);
+ if (__pyx_t_4) {
+ __pyx_t_3 = PyObject_Length(__pyx_v_alt2); if (unlikely(__pyx_t_3 == -1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1020; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_2 = (__pyx_t_3 > 0);
+ if (__pyx_t_2) {
+ __pyx_t_6 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_ref2, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_6 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1020; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_6);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_GetItemInt(__pyx_v_alt2, -1, long, 1, __Pyx_PyInt_From_long, 0, 1, 1); if (unlikely(__pyx_t_5 == NULL)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1020; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_t_6, __pyx_t_5, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1020; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_6); __pyx_t_6 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __pyx_t_8 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1); if (unlikely(__pyx_t_8 < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1020; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_8;
+ } else {
+ __pyx_t_7 = __pyx_t_2;
+ }
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_7;
+ } else {
+ __pyx_t_2 = __pyx_t_4;
+ }
+ if (!__pyx_t_2) break;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1021
+ * alt1 = alt1[:-1]
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ * ref2 = ref2[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt2 = alt2[:-1]
+ * # now, the alternative alleles must be identical
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_ref2, 0, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__88, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1021; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_ref2, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1022
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ * ref2 = ref2[:-1]
+ * alt2 = alt2[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # now, the alternative alleles must be identical
+ * return alt1 == alt2
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetSlice(__pyx_v_alt2, 0, -1, NULL, NULL, &__pyx_slice__89, 0, 1, 1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1022; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF_SET(__pyx_v_alt2, __pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ }
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1024
+ * alt2 = alt2[:-1]
+ * # now, the alternative alleles must be identical
+ * return alt1 == alt2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###########################################################################################################
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_alt1, __pyx_v_alt2, Py_EQ); __Pyx_XGOTREF(__pyx_t_1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1024; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_r = __pyx_t_1;
+ __pyx_t_1 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1009
+ * self.write_heading(stream)
+ *
+ * def compare_calls(self, pos1, ref1, alt1, pos2, ref2, alt2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Utility function: compares two calls for equality """
+ * # a variant should always be assigned to a unique position, one base before
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.compare_calls", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ref1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_alt1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_ref2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_v_alt2);
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":1031
+ * ###########################################################################################################
+ *
+ * def connect(self, filename, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''connect to tabix file.'''
+ * self.encoding=encoding
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_80connect(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_79connect[] = "connect to tabix file.";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_80connect = {__Pyx_NAMESTR("connect"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_80connect, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_79connect)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_80connect(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_filename = 0;
+ PyObject *__pyx_v_encoding = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("connect (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_filename,&__pyx_n_s_encoding,0};
+ PyObject* values[3] = {0,0,0};
+ values[2] = ((PyObject *)((PyObject*)__pyx_n_s_ascii));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_filename)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("connect", 0, 2, 3, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_encoding);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "connect") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_filename = values[1];
+ __pyx_v_encoding = values[2];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("connect", 0, 2, 3, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.connect", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_79connect(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_filename, __pyx_v_encoding);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_79connect(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_filename, PyObject *__pyx_v_encoding) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("connect", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1033
+ * def connect(self, filename, encoding="ascii"):
+ * '''connect to tabix file.'''
+ * self.encoding=encoding # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.tabixfile = pysam.Tabixfile(filename, encoding=encoding)
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header)
+ */
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_encoding, __pyx_v_encoding) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1033; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1034
+ * '''connect to tabix file.'''
+ * self.encoding=encoding
+ * self.tabixfile = pysam.Tabixfile(filename, encoding=encoding) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header)
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_pysam); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1034; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_Tabixfile); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1034; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1034; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_filename);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_filename);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_filename);
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1034; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_encoding, __pyx_v_encoding) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1034; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1034; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (__Pyx_PyObject_SetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_tabixfile, __pyx_t_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1034; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1035
+ * self.encoding=encoding
+ * self.tabixfile = pysam.Tabixfile(filename, encoding=encoding)
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def fetch(self,
+ */
+ __pyx_t_4 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_parse_header_2); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1035; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_tabixfile); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1035; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_3, __pyx_n_s_header_2); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1035; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1035; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_t_1);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_1 = 0;
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_4, __pyx_t_3, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1035; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1031
+ * ###########################################################################################################
+ *
+ * def connect(self, filename, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''connect to tabix file.'''
+ * self.encoding=encoding
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.connect", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":1037
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_82fetch(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_81fetch[] = " Parse a stream of VCF-formatted lines. \n Initializes class instance and return generator ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_82fetch = {__Pyx_NAMESTR("fetch"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_82fetch, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_81fetch)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_82fetch(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ PyObject *__pyx_v_reference = 0;
+ PyObject *__pyx_v_start = 0;
+ PyObject *__pyx_v_end = 0;
+ PyObject *__pyx_v_region = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_reference,&__pyx_n_s_start,&__pyx_n_s_end,&__pyx_n_s_region,0};
+ PyObject* values[5] = {0,0,0,0,0};
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1038
+ *
+ * def fetch(self,
+ * reference=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * start=None,
+ * end=None,
+ */
+ values[1] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1039
+ * def fetch(self,
+ * reference=None,
+ * start=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * end=None,
+ * region=None ):
+ */
+ values[2] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1040
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ * end=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * region=None ):
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines.
+ */
+ values[3] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1041
+ * start=None,
+ * end=None,
+ * region=None ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines.
+ * Initializes class instance and return generator """
+ */
+ values[4] = ((PyObject *)((PyObject *)Py_None));
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_reference);
+ if (value) { values[1] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 2:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_start);
+ if (value) { values[2] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 3:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_end);
+ if (value) { values[3] = value; kw_args--; }
+ }
+ case 4:
+ if (kw_args > 0) {
+ PyObject* value = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_region);
+ if (value) { values[4] = value; kw_args--; }
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "fetch") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else {
+ switch (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)) {
+ case 5: values[4] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 4);
+ case 4: values[3] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 3);
+ case 3: values[2] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 2);
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_reference = values[1];
+ __pyx_v_start = values[2];
+ __pyx_v_end = values[3];
+ __pyx_v_region = values[4];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("fetch", 0, 1, 5, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_81fetch(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_reference, __pyx_v_start, __pyx_v_end, __pyx_v_region);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1037
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_81fetch(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_self, PyObject *__pyx_v_reference, PyObject *__pyx_v_start, PyObject *__pyx_v_end, PyObject *__pyx_v_region) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("fetch", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1044
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines.
+ * Initializes class instance and return generator """
+ * return self.tabixfile.fetch( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference,
+ * start,
+ */
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_r);
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_v_self, __pyx_n_s_tabixfile); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_1, __pyx_n_s_fetch); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1048
+ * start,
+ * end,
+ * region, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * parser = asVCFRecord(self))
+ *
+ */
+ __pyx_t_1 = PyTuple_New(4); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_reference);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 0, __pyx_v_reference);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_reference);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_start);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 1, __pyx_v_start);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_start);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_end);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 2, __pyx_v_end);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_end);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_region);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_1, 3, __pyx_v_region);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_region);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1044
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines.
+ * Initializes class instance and return generator """
+ * return self.tabixfile.fetch( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference,
+ * start,
+ */
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1049
+ * end,
+ * region,
+ * parser = asVCFRecord(self)) # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def validate(self, record):
+ */
+ __pyx_t_4 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1049; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_v_self);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_4, 0, __pyx_v_self);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_v_self);
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(((PyObject *)((PyObject*)__pyx_ptype_5pysam_4cvcf_asVCFRecord)), __pyx_t_4, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1049; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_3, __pyx_n_s_parser, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1044
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines.
+ * Initializes class instance and return generator """
+ * return self.tabixfile.fetch( # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference,
+ * start,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_t_1, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1044; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_r = __pyx_t_5;
+ __pyx_t_5 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1037
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.fetch", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+/* "pysam/cvcf.pyx":1051
+ * parser = asVCFRecord(self))
+ *
+ * def validate(self, record): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''validate vcf record.
+ *
+ */
+
+/* Python wrapper */
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_84validate(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
+static char __pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_83validate[] = "validate vcf record.\n\n returns a validated record.\n ";
+static PyMethodDef __pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_84validate = {__Pyx_NAMESTR("validate"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_84validate, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_3VCF_83validate)};
+static PyObject *__pyx_pw_5pysam_4cvcf_3VCF_84validate(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds) {
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self = 0;
+ CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_record = 0;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ PyObject *__pyx_r = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("validate (wrapper)", 0);
+ {
+ static PyObject **__pyx_pyargnames[] = {&__pyx_n_s_self,&__pyx_n_s_record,0};
+ PyObject* values[2] = {0,0};
+ if (unlikely(__pyx_kwds)) {
+ Py_ssize_t kw_args;
+ const Py_ssize_t pos_args = PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args);
+ switch (pos_args) {
+ case 2: values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ case 1: values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ case 0: break;
+ default: goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ }
+ kw_args = PyDict_Size(__pyx_kwds);
+ switch (pos_args) {
+ case 0:
+ if (likely((values[0] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_self)) != 0)) kw_args--;
+ else goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ case 1:
+ if (likely((values[1] = PyDict_GetItem(__pyx_kwds, __pyx_n_s_record)) != 0)) kw_args--;
+ else {
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("validate", 1, 2, 2, 1); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1051; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ }
+ if (unlikely(kw_args > 0)) {
+ if (unlikely(__Pyx_ParseOptionalKeywords(__pyx_kwds, __pyx_pyargnames, 0, values, pos_args, "validate") < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1051; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ }
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args) != 2) {
+ goto __pyx_L5_argtuple_error;
+ } else {
+ values[0] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 0);
+ values[1] = PyTuple_GET_ITEM(__pyx_args, 1);
+ }
+ __pyx_v_self = values[0];
+ __pyx_v_record = values[1];
+ }
+ goto __pyx_L4_argument_unpacking_done;
+ __pyx_L5_argtuple_error:;
+ __Pyx_RaiseArgtupleInvalid("validate", 1, 2, 2, PyTuple_GET_SIZE(__pyx_args)); {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1051; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L3_error;}
+ __pyx_L3_error:;
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.validate", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return NULL;
+ __pyx_L4_argument_unpacking_done:;
+ __pyx_r = __pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_83validate(__pyx_self, __pyx_v_self, __pyx_v_record);
+
+ /* function exit code */
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_pf_5pysam_4cvcf_3VCF_83validate(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_self, CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_v_record) {
+ PyObject *__pyx_r = NULL;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannySetupContext("validate", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1057
+ * '''
+ *
+ * raise NotImplementedError("needs to be checked") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * chrom, pos = record.chrom, record.pos
+ */
+ __pyx_t_1 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_builtin_NotImplementedError, __pyx_tuple__90, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_Raise(__pyx_t_1, 0, 0, 0);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1051
+ * parser = asVCFRecord(self))
+ *
+ * def validate(self, record): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''validate vcf record.
+ *
+ */
+
+ /* function exit code */
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_AddTraceback("pysam.cvcf.VCF.validate", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ __pyx_r = NULL;
+ __Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return __pyx_r;
+}
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_4cvcf_VCFRecord __pyx_vtable_5pysam_4cvcf_VCFRecord;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_4cvcf_VCFRecord(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *p;
+ PyObject *o = __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_new(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy*)__pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_VCFRecord;
+ p->vcf = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ if (unlikely(__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3__cinit__(o, a, k) < 0)) {
+ Py_DECREF(o); o = 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf_VCFRecord(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->vcf);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ if (likely(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)) __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_dealloc(o); else __Pyx_call_next_tp_dealloc(o, __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf_VCFRecord);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf_VCFRecord(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)o;
+ e = ((likely(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)) ? ((__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_traverse) ? __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_traverse(o, v, a) : 0) : __Pyx_call_next_tp_traverse(o, v, a, __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf_VCFRecord)); if (e) return e;
+ if (p->vcf) {
+ e = (*v)(p->vcf, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf_VCFRecord(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord *)o;
+ if (likely(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)) { if (__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_clear) __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_clear(o); } else __Pyx_call_next_tp_clear(o, __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf_VCFRecord);
+ tmp = ((PyObject*)p->vcf);
+ p->vcf = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *__pyx_sq_item_5pysam_4cvcf_VCFRecord(PyObject *o, Py_ssize_t i) {
+ PyObject *r;
+ PyObject *x = PyInt_FromSsize_t(i); if(!x) return 0;
+ r = Py_TYPE(o)->tp_as_mapping->mp_subscript(o, x);
+ Py_DECREF(x);
+ return r;
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_contig(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6contig_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_pos(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3pos_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_id(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_2id_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_ref(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3ref_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_alt(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_3alt_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_qual(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4qual_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_filter(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6filter_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_info(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4info_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_format(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_6format_1__get__(o);
+}
+
+static PyObject *__pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_samples(PyObject *o, CYTHON_UNUSED void *x) {
+ return __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7samples_1__get__(o);
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_4cvcf_VCFRecord[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("error"), (PyCFunction)__pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_5error, METH_VARARGS|METH_KEYWORDS, __Pyx_DOCSTR(__pyx_doc_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_4error)},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static struct PyGetSetDef __pyx_getsets_5pysam_4cvcf_VCFRecord[] = {
+ {(char *)"contig", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_contig, 0, 0, 0},
+ {(char *)"pos", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_pos, 0, 0, 0},
+ {(char *)"id", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_id, 0, 0, 0},
+ {(char *)"ref", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_ref, 0, 0, 0},
+ {(char *)"alt", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_alt, 0, 0, 0},
+ {(char *)"qual", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_qual, 0, 0, 0},
+ {(char *)"filter", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_filter, 0, 0, 0},
+ {(char *)"info", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_info, 0, 0, 0},
+ {(char *)"format", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_format, 0, 0, 0},
+ {(char *)"samples", __pyx_getprop_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_samples, 0, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PySequenceMethods __pyx_tp_as_sequence_VCFRecord = {
+ __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7__len__, /*sq_length*/
+ 0, /*sq_concat*/
+ 0, /*sq_repeat*/
+ __pyx_sq_item_5pysam_4cvcf_VCFRecord, /*sq_item*/
+ 0, /*sq_slice*/
+ 0, /*sq_ass_item*/
+ 0, /*sq_ass_slice*/
+ 0, /*sq_contains*/
+ 0, /*sq_inplace_concat*/
+ 0, /*sq_inplace_repeat*/
+};
+
+static PyMappingMethods __pyx_tp_as_mapping_VCFRecord = {
+ __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_7__len__, /*mp_length*/
+ __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_9__getitem__, /*mp_subscript*/
+ 0, /*mp_ass_subscript*/
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_4cvcf_VCFRecord = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cvcf.VCFRecord"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_VCFRecord), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf_VCFRecord, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ &__pyx_tp_as_sequence_VCFRecord, /*tp_as_sequence*/
+ &__pyx_tp_as_mapping_VCFRecord, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("vcf record.\n\n initialized from data and vcf meta \n "), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf_VCFRecord, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf_VCFRecord, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_4cvcf_VCFRecord, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ __pyx_getsets_5pysam_4cvcf_VCFRecord, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_4cvcf_VCFRecord, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+static struct __pyx_vtabstruct_5pysam_4cvcf_asVCFRecord __pyx_vtable_5pysam_4cvcf_asVCFRecord;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_4cvcf_asVCFRecord(PyTypeObject *t, PyObject *a, PyObject *k) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *p;
+ PyObject *o = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser->tp_new(t, a, k);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ p = ((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *)o);
+ p->__pyx_base.__pyx_vtab = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser*)__pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_asVCFRecord;
+ p->vcffile = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf_asVCFRecord(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *)o;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (unlikely(Py_TYPE(o)->tp_finalize) && !_PyGC_FINALIZED(o)) {
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(o)) return;
+ }
+ #endif
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->vcffile);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ if (likely(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser)) __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser->tp_dealloc(o); else __Pyx_call_next_tp_dealloc(o, __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf_asVCFRecord);
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf_asVCFRecord(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *)o;
+ e = ((likely(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser)) ? ((__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser->tp_traverse) ? __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser->tp_traverse(o, v, a) : 0) : __Pyx_call_next_tp_traverse(o, v, a, __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf_asVCFRecord)); if (e) return e;
+ if (p->vcffile) {
+ e = (*v)(p->vcffile, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf_asVCFRecord(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord *)o;
+ if (likely(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser)) { if (__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser->tp_clear) __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser->tp_clear(o); } else __Pyx_call_next_tp_clear(o, __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf_asVCFRecord);
+ tmp = ((PyObject*)p->vcffile);
+ p->vcffile = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyMethodDef __pyx_methods_5pysam_4cvcf_asVCFRecord[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_4cvcf_asVCFRecord = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cvcf.asVCFRecord"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf_asVCFRecord), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf_asVCFRecord, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_BASETYPE|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ __Pyx_DOCSTR("converts a :term:`tabix row` into a VCF record."), /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf_asVCFRecord, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf_asVCFRecord, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_methods_5pysam_4cvcf_asVCFRecord, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ __pyx_pw_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord_1__init__, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_4cvcf_asVCFRecord, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *__pyx_freelist_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse[8];
+static int __pyx_freecount_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse = 0;
+
+static PyObject *__pyx_tp_new_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse(PyTypeObject *t, CYTHON_UNUSED PyObject *a, CYTHON_UNUSED PyObject *k) {
+ PyObject *o;
+ if (likely((__pyx_freecount_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse > 0) & (t->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse)))) {
+ o = (PyObject*)__pyx_freelist_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse[--__pyx_freecount_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse];
+ memset(o, 0, sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse));
+ (void) PyObject_INIT(o, t);
+ PyObject_GC_Track(o);
+ } else {
+ o = (*t->tp_alloc)(t, 0);
+ if (unlikely(!o)) return 0;
+ }
+ return o;
+}
+
+static void __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse(PyObject *o) {
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *)o;
+ PyObject_GC_UnTrack(o);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_d);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_line);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_self);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_v_stream);
+ Py_CLEAR(p->__pyx_t_1);
+ if ((__pyx_freecount_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse < 8) & (Py_TYPE(o)->tp_basicsize == sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse))) {
+ __pyx_freelist_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse[__pyx_freecount_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse++] = ((struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *)o);
+ } else {
+ (*Py_TYPE(o)->tp_free)(o);
+ }
+}
+
+static int __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse(PyObject *o, visitproc v, void *a) {
+ int e;
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *)o;
+ if (p->__pyx_v_d) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_d, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_v_line) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_line, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_v_self) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_self, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_v_stream) {
+ e = (*v)(p->__pyx_v_stream, a); if (e) return e;
+ }
+ if (p->__pyx_t_1) {
+ e = (*v)(p->__pyx_t_1, a); if (e) return e;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse(PyObject *o) {
+ PyObject* tmp;
+ struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *p = (struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse *)o;
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_d);
+ p->__pyx_v_d = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_line);
+ p->__pyx_v_line = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_self);
+ p->__pyx_v_self = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_v_stream);
+ p->__pyx_v_stream = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ tmp = ((PyObject*)p->__pyx_t_1);
+ p->__pyx_t_1 = Py_None; Py_INCREF(Py_None);
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+
+static PyTypeObject __pyx_type_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("pysam.cvcf.__pyx_scope_struct___parse"), /*tp_name*/
+ sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ __pyx_tp_dealloc_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+ #else
+ 0, /*reserved*/
+ #endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT|Py_TPFLAGS_HAVE_VERSION_TAG|Py_TPFLAGS_CHECKTYPES|Py_TPFLAGS_HAVE_NEWBUFFER|Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /*tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ __pyx_tp_traverse_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse, /*tp_traverse*/
+ __pyx_tp_clear_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ 0, /*tp_weaklistoffset*/
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ 0, /*tp_methods*/
+ 0, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ __pyx_tp_new_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+ #endif
+};
+
+static PyMethodDef __pyx_methods[] = {
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+static struct PyModuleDef __pyx_moduledef = {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03020000
+ { PyObject_HEAD_INIT(NULL) NULL, 0, NULL },
+ #else
+ PyModuleDef_HEAD_INIT,
+ #endif
+ __Pyx_NAMESTR("cvcf"),
+ 0, /* m_doc */
+ -1, /* m_size */
+ __pyx_methods /* m_methods */,
+ NULL, /* m_reload */
+ NULL, /* m_traverse */
+ NULL, /* m_clear */
+ NULL /* m_free */
+};
+#endif
+
+static __Pyx_StringTabEntry __pyx_string_tab[] = {
+ {&__pyx_kp_s_, __pyx_k_, sizeof(__pyx_k_), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_b_0, __pyx_k_0, sizeof(__pyx_k_0), 0, 0, 0, 0},
+ {&__pyx_kp_s_0, __pyx_k_0, sizeof(__pyx_k_0), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_A, __pyx_k_A, sizeof(__pyx_k_A), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ACGTN, __pyx_k_ACGTN, sizeof(__pyx_k_ACGTN), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ACGTN_2, __pyx_k_ACGTN_2, sizeof(__pyx_k_ACGTN_2), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ALT, __pyx_k_ALT, sizeof(__pyx_k_ALT), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING, __pyx_k_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING, sizeof(__pyx_k_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING_Fo, __pyx_k_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING_Fo, sizeof(__pyx_k_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING_Fo), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_BADLY_FORMATTED_HEADING, __pyx_k_BADLY_FORMATTED_HEADING, sizeof(__pyx_k_BADLY_FORMATTED_HEADING), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_BADLY_FORMATTED_HEADING_Did_not, __pyx_k_BADLY_FORMATTED_HEADING_Did_not, sizeof(__pyx_k_BADLY_FORMATTED_HEADING_Did_not), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_BAD_CHR_TAG_Error_calculating_ch, __pyx_k_BAD_CHR_TAG_Error_calculating_ch, sizeof(__pyx_k_BAD_CHR_TAG_Error_calculating_ch), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_BAD_GENOTYPE, __pyx_k_BAD_GENOTYPE, sizeof(__pyx_k_BAD_GENOTYPE), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_BAD_GENOTYPE_Cannot_parse_genoty, __pyx_k_BAD_GENOTYPE_Cannot_parse_genoty, sizeof(__pyx_k_BAD_GENOTYPE_Cannot_parse_genoty), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS, __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS, sizeof(__pyx_k_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS_Wrong_numb, __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS_Wrong_numb, sizeof(__pyx_k_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS_Wrong_numb), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS, __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS, sizeof(__pyx_k_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS_Found_u, __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS_Found_u, sizeof(__pyx_k_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS_Found_u), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_BAD_NUMBER_OF_VALUES, __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_VALUES, sizeof(__pyx_k_BAD_NUMBER_OF_VALUES), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_VALUES_Found_too_m, __pyx_k_BAD_NUMBER_OF_VALUES_Found_too_m, sizeof(__pyx_k_BAD_NUMBER_OF_VALUES_Found_too_m), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_CHROM, __pyx_k_CHROM, sizeof(__pyx_k_CHROM), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_Can_only_handle_v3_3_and_v4_0_VC, __pyx_k_Can_only_handle_v3_3_and_v4_0_VC, sizeof(__pyx_k_Can_only_handle_v3_3_and_v4_0_VC), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_Character, __pyx_k_Character, sizeof(__pyx_k_Character), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_Conditional_genotype_quality, __pyx_k_Conditional_genotype_quality, sizeof(__pyx_k_Conditional_genotype_quality), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_D, __pyx_k_D, sizeof(__pyx_k_D), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_DP, __pyx_k_DP, sizeof(__pyx_k_DP), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_Description, __pyx_k_Description, sizeof(__pyx_k_Description), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_Description_2, __pyx_k_Description_2, sizeof(__pyx_k_Description_2), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_Don_t_understand_region_string_s, __pyx_k_Don_t_understand_region_string_s, sizeof(__pyx_k_Don_t_understand_region_string_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_EC, __pyx_k_EC, sizeof(__pyx_k_EC), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_ERROR_FLAG_HAS_VALUE, __pyx_k_ERROR_FLAG_HAS_VALUE, sizeof(__pyx_k_ERROR_FLAG_HAS_VALUE), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ERROR_FLAG_HAS_VALUE_Flag_fields, __pyx_k_ERROR_FLAG_HAS_VALUE_Flag_fields, sizeof(__pyx_k_ERROR_FLAG_HAS_VALUE_Flag_fields), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR, __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR, sizeof(__pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR_Eexpected, __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR_Eexpected, sizeof(__pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR_Eexpected), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER, __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER, sizeof(__pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER_Expecte, __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER_Expecte, sizeof(__pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER_Expecte), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL, __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL, sizeof(__pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL_Expec, __pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL_Expec, sizeof(__pyx_k_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL_Expec), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ERROR_INFO_STRING, __pyx_k_ERROR_INFO_STRING, sizeof(__pyx_k_ERROR_INFO_STRING), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ERROR_INFO_STRING_Error_while_pa, __pyx_k_ERROR_INFO_STRING_Error_while_pa, sizeof(__pyx_k_ERROR_INFO_STRING_Error_while_pa), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ERROR_TRAILING_DATA, __pyx_k_ERROR_TRAILING_DATA, sizeof(__pyx_k_ERROR_TRAILING_DATA), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ERROR_TRAILING_DATA_Numerical_fi, __pyx_k_ERROR_TRAILING_DATA_Numerical_fi, sizeof(__pyx_k_ERROR_TRAILING_DATA_Numerical_fi), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_ERROR_UNKNOWN_KEY, __pyx_k_ERROR_UNKNOWN_KEY, sizeof(__pyx_k_ERROR_UNKNOWN_KEY), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_ERROR_UNKNOWN_KEY_Unknown_key_s, __pyx_k_ERROR_UNKNOWN_KEY_Unknown_key_s, sizeof(__pyx_k_ERROR_UNKNOWN_KEY_Unknown_key_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_Error, __pyx_k_Error, sizeof(__pyx_k_Error), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_Expected_alternate_allel_counts, __pyx_k_Expected_alternate_allel_counts, sizeof(__pyx_k_Expected_alternate_allel_counts), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_FILTER, __pyx_k_FILTER, sizeof(__pyx_k_FILTER), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_FILTER_NOT_DEFINED, __pyx_k_FILTER_NOT_DEFINED, sizeof(__pyx_k_FILTER_NOT_DEFINED), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_FILTER_NOT_DEFINED_Identifier_s, __pyx_k_FILTER_NOT_DEFINED_Identifier_s, sizeof(__pyx_k_FILTER_NOT_DEFINED_Identifier_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_FORMAT, __pyx_k_FORMAT, sizeof(__pyx_k_FORMAT), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_FORMAT_MISSING_QUOTES, __pyx_k_FORMAT_MISSING_QUOTES, sizeof(__pyx_k_FORMAT_MISSING_QUOTES), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_FORMAT_MISSING_QUOTES_Descriptio, __pyx_k_FORMAT_MISSING_QUOTES_Descriptio, sizeof(__pyx_k_FORMAT_MISSING_QUOTES_Descriptio), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_FORMAT_NOT_DEFINED, __pyx_k_FORMAT_NOT_DEFINED, sizeof(__pyx_k_FORMAT_NOT_DEFINED), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_FORMAT_NOT_DEFINED_Identifier_s, __pyx_k_FORMAT_NOT_DEFINED_Identifier_s, sizeof(__pyx_k_FORMAT_NOT_DEFINED_Identifier_s), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_FT, __pyx_k_FT, sizeof(__pyx_k_FT), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Flag, __pyx_k_Flag, sizeof(__pyx_k_Flag), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Float, __pyx_k_Float, sizeof(__pyx_k_Float), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_G, __pyx_k_G, sizeof(__pyx_k_G), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GL, __pyx_k_GL, sizeof(__pyx_k_GL), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GLE, __pyx_k_GLE, sizeof(__pyx_k_GLE), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GP, __pyx_k_GP, sizeof(__pyx_k_GP), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GQ, __pyx_k_GQ, sizeof(__pyx_k_GQ), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GT, __pyx_k_GT, sizeof(__pyx_k_GT), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GTdata, __pyx_k_GTdata, sizeof(__pyx_k_GTdata), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_GTstring, __pyx_k_GTstring, sizeof(__pyx_k_GTstring), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_Genotype, __pyx_k_Genotype, sizeof(__pyx_k_Genotype), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_Genotype_Quality, __pyx_k_Genotype_Quality, sizeof(__pyx_k_Genotype_Quality), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_Genotype_likelihoods, __pyx_k_Genotype_likelihoods, sizeof(__pyx_k_Genotype_likelihoods), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_kp_s_Genotype_posterior_probabilities, __pyx_k_Genotype_posterior_probabilities, sizeof(__pyx_k_Genotype_posterior_probabilities), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS, __pyx_k_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS, sizeof(__pyx_k_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS), 0, 0, 1, 1},
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+ {&__pyx_n_s_sequence, __pyx_k_sequence, sizeof(__pyx_k_sequence), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setfilter, __pyx_k_setfilter, sizeof(__pyx_k_setfilter), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setformat, __pyx_k_setformat, sizeof(__pyx_k_setformat), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setheader, __pyx_k_setheader, sizeof(__pyx_k_setheader), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setinfo, __pyx_k_setinfo, sizeof(__pyx_k_setinfo), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setreference, __pyx_k_setreference, sizeof(__pyx_k_setreference), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setregions, __pyx_k_setregions, sizeof(__pyx_k_setregions), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setsamples, __pyx_k_setsamples, sizeof(__pyx_k_setsamples), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_setversion, __pyx_k_setversion, sizeof(__pyx_k_setversion), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_shortest, __pyx_k_shortest, sizeof(__pyx_k_shortest), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_split, __pyx_k_split, sizeof(__pyx_k_split), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_start, __pyx_k_start, sizeof(__pyx_k_start), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_startswith, __pyx_k_startswith, sizeof(__pyx_k_startswith), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_kp_s_sth_entry_not_found, __pyx_k_sth_entry_not_found, sizeof(__pyx_k_sth_entry_not_found), 0, 0, 1, 0},
+ {&__pyx_n_s_stream, __pyx_k_stream, sizeof(__pyx_k_stream), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_string, __pyx_k_string, sizeof(__pyx_k_string), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_strip, __pyx_k_strip, sizeof(__pyx_k_strip), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_sys, __pyx_k_sys, sizeof(__pyx_k_sys), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_t, __pyx_k_t, sizeof(__pyx_k_t), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_tabixfile, __pyx_k_tabixfile, sizeof(__pyx_k_tabixfile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_test, __pyx_k_test, sizeof(__pyx_k_test), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_throw, __pyx_k_throw, sizeof(__pyx_k_throw), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_type, __pyx_k_type, sizeof(__pyx_k_type), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_upper, __pyx_k_upper, sizeof(__pyx_k_upper), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_v, __pyx_k_v, sizeof(__pyx_k_v), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_validate, __pyx_k_validate, sizeof(__pyx_k_validate), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_value, __pyx_k_value, sizeof(__pyx_k_value), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_values, __pyx_k_values, sizeof(__pyx_k_values), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_var, __pyx_k_var, sizeof(__pyx_k_var), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_vcf, __pyx_k_vcf, sizeof(__pyx_k_vcf), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_vcffile, __pyx_k_vcffile, sizeof(__pyx_k_vcffile), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_version, __pyx_k_version, sizeof(__pyx_k_version), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_version_2, __pyx_k_version_2, sizeof(__pyx_k_version_2), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_warn_errors, __pyx_k_warn_errors, sizeof(__pyx_k_warn_errors), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_warnerror, __pyx_k_warnerror, sizeof(__pyx_k_warnerror), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_write, __pyx_k_write, sizeof(__pyx_k_write), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_write_data, __pyx_k_write_data, sizeof(__pyx_k_write_data), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_write_header, __pyx_k_write_header, sizeof(__pyx_k_write_header), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_write_heading, __pyx_k_write_heading, sizeof(__pyx_k_write_heading), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_writeheader, __pyx_k_writeheader, sizeof(__pyx_k_writeheader), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_x, __pyx_k_x, sizeof(__pyx_k_x), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_y, __pyx_k_y, sizeof(__pyx_k_y), 0, 0, 1, 1},
+ {&__pyx_n_s_zip, __pyx_k_zip, sizeof(__pyx_k_zip), 0, 0, 1, 1},
+ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static int __Pyx_InitCachedBuiltins(void) {
+ __pyx_builtin_object = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_object); if (!__pyx_builtin_object) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 242; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_ValueError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_ValueError); if (!__pyx_builtin_ValueError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 79; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_range = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_range); if (!__pyx_builtin_range) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 213; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_enumerate = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_enumerate); if (!__pyx_builtin_enumerate) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 481; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_map = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_map); if (!__pyx_builtin_map) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 488; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_min = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_min); if (!__pyx_builtin_min) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 822; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_zip = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_zip); if (!__pyx_builtin_zip) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 862; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_StopIteration = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_StopIteration); if (!__pyx_builtin_StopIteration) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 922; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_KeyError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_KeyError); if (!__pyx_builtin_KeyError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 985; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_builtin_NotImplementedError = __Pyx_GetBuiltinName(__pyx_n_s_NotImplementedError); if (!__pyx_builtin_NotImplementedError) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitCachedConstants(void) {
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ __Pyx_RefNannySetupContext("__Pyx_InitCachedConstants", 0);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":72
+ * def parse_regions( string ):
+ * result = []
+ * for r in string.split(','): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = r.split(':')
+ * chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000
+ */
+ __pyx_tuple__3 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__2); if (unlikely(!__pyx_tuple__3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 72; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__3);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__3);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":73
+ * result = []
+ * for r in string.split(','):
+ * elts = r.split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * chrom, start, end = elts[0], 0, 3000000000
+ * if len(elts)==1: pass
+ */
+ __pyx_tuple__5 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__4); if (unlikely(!__pyx_tuple__5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__5);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__5);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":78
+ * elif len(elts)==2:
+ * if len(elts[1])>0:
+ * ielts = elts[1].split('-') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(ielts) != 2: ValueError("Don't understand region string '%s'" % r)
+ * try: start, end = int(ielts[0])-1, int(ielts[1])
+ */
+ __pyx_tuple__7 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__6); if (unlikely(!__pyx_tuple__7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 78; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__7);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__7);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":160
+ * alt = self.fields[4]
+ * if alt == ".": alt = []
+ * else: alt = alt.upper().split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return alt
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__9 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__2); if (unlikely(!__pyx_tuple__9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 160; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__9);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__9);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":177
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ * if f == b"." or f == b"PASS" or f == b"0": return []
+ * else: return f.split(';') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property info:
+ */
+ __pyx_tuple__11 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__10); if (unlikely(!__pyx_tuple__11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 177; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__11);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__11);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":185
+ * info = {}
+ * if col != b".":
+ * for blurp in col.split(';'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ */
+ __pyx_tuple__12 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__10); if (unlikely(!__pyx_tuple__12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 185; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__12);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__12);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":186
+ * if col != b".":
+ * for blurp in col.split(';'):
+ * elts = blurp.split('=') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ */
+ __pyx_tuple__14 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 186; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__14);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__14);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":195
+ * property format:
+ * def __get__(self):
+ * return self.fields[8].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * property samples:
+ */
+ __pyx_tuple__15 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__4); if (unlikely(!__pyx_tuple__15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 195; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__15);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__15);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":204
+ *
+ * # parse sample columns
+ * values = self.fields[self.vcf._sample2column[key]].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = self.alt
+ * format = self.format
+ */
+ __pyx_tuple__16 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__4); if (unlikely(!__pyx_tuple__16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 204; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__16);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__16);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":323
+ * # make error identifiers accessible by name
+ * for id in self._errors.keys():
+ * self.__dict__[self._errors[id].split(':')[0]] = id # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if _copy != None:
+ * self._leftalign = _copy._leftalign
+ */
+ __pyx_tuple__17 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__4); if (unlikely(!__pyx_tuple__17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 323; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__17);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__17);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":326
+ * if _copy != None:
+ * self._leftalign = _copy._leftalign
+ * self._header = _copy._header[:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._version = _copy._version
+ * self._info = copy.deepcopy(_copy._info)
+ */
+ __pyx_slice__18 = PySlice_New(Py_None, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 326; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__18);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__18);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":331
+ * self._filter = copy.deepcopy(_copy._filter)
+ * self._format = copy.deepcopy(_copy._format)
+ * self._samples = _copy._samples[:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._sample2column = copy.deepcopy(_copy._sample2column)
+ * self._ignored_errors = copy.deepcopy(_copy._ignored_errors)
+ */
+ __pyx_slice__19 = PySlice_New(Py_None, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 331; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__19);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__19);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":345
+ * def error(self,line,error,opt=None):
+ * if error in self._ignored_errors: return
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if opt: errorstring = errorstring % opt
+ * errwarn = ["Error","Warning"][error in self._warn_errors]
+ */
+ __pyx_tuple__20 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__4); if (unlikely(!__pyx_tuple__20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 345; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__20);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__20);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":354
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False):
+ * if self._version == 40:
+ * if not format.startswith('<'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format = "<"+format
+ */
+ __pyx_tuple__22 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__21); if (unlikely(!__pyx_tuple__22)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 354; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__22);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__22);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":357
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format = "<"+format
+ * if not format.endswith('>'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format += ">"
+ */
+ __pyx_tuple__24 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__23); if (unlikely(!__pyx_tuple__24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 357; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__24);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__24);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":360
+ * self.error(line,self.V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS)
+ * format += ">"
+ * format = format[1:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data = {'id':None,'number':None,'type':None,'descr':None}
+ * idx = 0
+ */
+ __pyx_slice__25 = PySlice_New(__pyx_int_1, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 360; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__25);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__25);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":364
+ * idx = 0
+ * while len(format.strip())>0:
+ * elts = format.strip().split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:])
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')):
+ */
+ __pyx_tuple__26 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__2); if (unlikely(!__pyx_tuple__26)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 364; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__26);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__26);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":365
+ * while len(format.strip())>0:
+ * elts = format.strip().split(',')
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')):
+ * if self._version == 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS)
+ */
+ __pyx_slice__27 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__27)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 365; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__27);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__27);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":366
+ * elts = format.strip().split(',')
+ * first, rest = elts[0], ','.join(elts[1:])
+ * if first.find('=') == -1 or (first.find('"')>=0 and first.find('=') > first.find('"')): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 40: self.error(line,self.V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELDS)
+ * if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_tuple__28 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__28)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__28);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__28);
+ __pyx_tuple__30 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__29); if (unlikely(!__pyx_tuple__30)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__30);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__30);
+ __pyx_tuple__31 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__31)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__31);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__31);
+ __pyx_tuple__32 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__29); if (unlikely(!__pyx_tuple__32)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 366; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__32);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__32);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":370
+ * if idx == 4: self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ * first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ */
+ __pyx_tuple__33 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_ID); if (unlikely(!__pyx_tuple__33)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__33);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__33);
+ __pyx_tuple__34 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__34)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 370; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__34);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__34);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":371
+ * first = ["ID=","Number=","Type=","Description="][idx] + first
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Description='):
+ */
+ __pyx_tuple__35 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_Number); if (unlikely(!__pyx_tuple__35)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__35);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__35);
+ __pyx_tuple__36 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__36)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 371; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__36);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__36);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":372
+ * if first.startswith('ID='): data['id'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif first.startswith('Description='):
+ * elts = format.split('"')
+ */
+ __pyx_tuple__37 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_Type); if (unlikely(!__pyx_tuple__37)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__37);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__37);
+ __pyx_tuple__38 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__38)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 372; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__38);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__38);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":373
+ * elif first.startswith('Number='): data['number'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Description='): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = format.split('"')
+ * if len(elts)<3:
+ */
+ __pyx_tuple__39 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_Description); if (unlikely(!__pyx_tuple__39)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 373; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__39);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__39);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":374
+ * elif first.startswith('Type='): data['type'] = first.split('=')[1]
+ * elif first.startswith('Description='):
+ * elts = format.split('"') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts)<3:
+ * self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES)
+ */
+ __pyx_tuple__40 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__29); if (unlikely(!__pyx_tuple__40)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 374; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__40);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__40);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":377
+ * if len(elts)<3:
+ * self.error(line,self.FORMAT_MISSING_QUOTES)
+ * elts = first.split('=') + [rest] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * data['descr'] = elts[1]
+ * rest = '"'.join(elts[2:])
+ */
+ __pyx_tuple__41 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__41)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 377; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__41);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__41);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":379
+ * elts = first.split('=') + [rest]
+ * data['descr'] = elts[1]
+ * rest = '"'.join(elts[2:]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if rest.startswith(','): rest = rest[1:]
+ * else:
+ */
+ __pyx_slice__42 = PySlice_New(__pyx_int_2, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__42)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 379; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__42);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__42);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":380
+ * data['descr'] = elts[1]
+ * rest = '"'.join(elts[2:])
+ * if rest.startswith(','): rest = rest[1:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * else:
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING)
+ */
+ __pyx_tuple__43 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__2); if (unlikely(!__pyx_tuple__43)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 380; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__43);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__43);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":500
+ * # snip off trailing missing data
+ * while len(output) > 1:
+ * last = output[-1].replace(',','').replace('.','') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(last)>0: break
+ * output = output[:-1]
+ */
+ __pyx_tuple__44 = PyTuple_Pack(2, __pyx_kp_s__2, __pyx_kp_s_); if (unlikely(!__pyx_tuple__44)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__44);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__44);
+ __pyx_tuple__45 = PyTuple_Pack(2, __pyx_kp_s__8, __pyx_kp_s_); if (unlikely(!__pyx_tuple__45)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 500; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__45);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__45);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":527
+ * def parse_header(self, line):
+ *
+ * assert line.startswith('##') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = line[2:].split('=')
+ * key = elts[0].strip()
+ */
+ __pyx_tuple__47 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__46); if (unlikely(!__pyx_tuple__47)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 527; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__47);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__47);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":528
+ *
+ * assert line.startswith('##')
+ * elts = line[2:].split('=') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * key = elts[0].strip()
+ * value = '='.join(elts[1:]).strip()
+ */
+ __pyx_slice__48 = PySlice_New(__pyx_int_2, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__48)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__48);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__48);
+ __pyx_tuple__49 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__49)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 528; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__49);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__49);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":530
+ * elts = line[2:].split('=')
+ * key = elts[0].strip()
+ * value = '='.join(elts[1:]).strip() # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key == "fileformat":
+ * if value == "VCFv3.3":
+ */
+ __pyx_slice__50 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__50)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 530; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__50);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__50);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":563
+ *
+ * def parse_heading( self, line ):
+ * assert line.startswith('#') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert not line.startswith('##')
+ * headings = line[1:].split('\t')
+ */
+ __pyx_tuple__52 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__51); if (unlikely(!__pyx_tuple__52)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 563; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__52);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__52);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":564
+ * def parse_heading( self, line ):
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * headings = line[1:].split('\t')
+ * # test for 8, as FORMAT field might be missing
+ */
+ __pyx_tuple__53 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__46); if (unlikely(!__pyx_tuple__53)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 564; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__53);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__53);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":565
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##')
+ * headings = line[1:].split('\t') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # test for 8, as FORMAT field might be missing
+ * if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 8:
+ */
+ __pyx_slice__54 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__54)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__54);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__54);
+ __pyx_tuple__56 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__55); if (unlikely(!__pyx_tuple__56)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 565; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__56);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__56);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":567
+ * headings = line[1:].split('\t')
+ * # test for 8, as FORMAT field might be missing
+ * if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 8: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS)
+ * headings = line[1:].split()
+ */
+ __pyx_slice__57 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__57)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 567; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__57);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__57);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":569
+ * if len(headings)==1 and len(line[1:].split()) >= 8:
+ * self.error(line,self.HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS)
+ * headings = line[1:].split() # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * for i,s in enumerate(self._required):
+ */
+ __pyx_slice__58 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__58)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 569; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__58);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__58);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":587
+ * self.error(line,self.BADLY_FORMATTED_HEADING,err)
+ *
+ * self._samples = headings[9:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._sample2column = dict( [(y,x+9) for x,y in enumerate( self._samples ) ] )
+ *
+ */
+ __pyx_slice__59 = PySlice_New(__pyx_int_9, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__59)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 587; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__59);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__59);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":617
+ * if value is not None: self.error(line,self.ERROR_FLAG_HAS_VALUE)
+ * return []
+ * values = value.split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deal with trailing data in some early VCF files
+ * if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1:
+ */
+ __pyx_tuple__62 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__2); if (unlikely(!__pyx_tuple__62)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 617; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__62);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__62);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":619
+ * values = value.split(',')
+ * # deal with trailing data in some early VCF files
+ * if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.error(line,self.ERROR_TRAILING_DATA,values[-1])
+ * values[-1] = values[-1].split(';')[0]
+ */
+ __pyx_tuple__63 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__10); if (unlikely(!__pyx_tuple__63)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 619; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__63);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__63);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":621
+ * if f.type in ["Float","Integer"] and len(values)>0 and values[-1].find(';') > -1:
+ * self.error(line,self.ERROR_TRAILING_DATA,values[-1])
+ * values[-1] = values[-1].split(';')[0] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if f.type == "Integer":
+ * for idx,v in enumerate(values):
+ */
+ __pyx_tuple__64 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__10); if (unlikely(!__pyx_tuple__64)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 621; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__64);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__64);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":657
+ *
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ):
+ * cols = line.split('\t') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(cols) != len(self._samples)+9:
+ * # gracefully deal with absent FORMAT column
+ */
+ __pyx_tuple__65 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__55); if (unlikely(!__pyx_tuple__65)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 657; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__65);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__65);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":703
+ * # convert v3.3 to v4.0 alleles below
+ * if cols[4] == ".": alt = []
+ * else: alt = cols[4].upper().split(',') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * if cols[5] == ".": qual = -1
+ */
+ __pyx_tuple__66 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__2); if (unlikely(!__pyx_tuple__66)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 703; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__66);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__66);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":712
+ * # postpone checking that filters exist. Encode missing filter or no filtering as empty list
+ * if cols[6] == "." or cols[6] == "PASS" or cols[6] == "0": filter = []
+ * else: filter = cols[6].split(';') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # dictionary of keys, and list of values
+ */
+ __pyx_tuple__67 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__10); if (unlikely(!__pyx_tuple__67)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 712; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__67);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__67);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":717
+ * info = {}
+ * if cols[7] != ".":
+ * for blurp in cols[7].split(';'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elts = blurp.split('=')
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ */
+ __pyx_tuple__68 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__10); if (unlikely(!__pyx_tuple__68)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 717; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__68);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__68);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":718
+ * if cols[7] != ".":
+ * for blurp in cols[7].split(';'):
+ * elts = blurp.split('=') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(elts) == 1: v = None
+ * elif len(elts) == 2: v = elts[1]
+ */
+ __pyx_tuple__69 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__13); if (unlikely(!__pyx_tuple__69)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 718; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__69);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__69);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":729
+ * # Gracefully deal with absent FORMAT column
+ * if cols[8] == "": format = []
+ * else: format = cols[8].split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # check: all filters are defined
+ */
+ __pyx_tuple__70 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__4); if (unlikely(!__pyx_tuple__70)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 729; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__70);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__70);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":746
+ * have_deletions = False
+ * for a in alt:
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
+ */
+ __pyx_slice__71 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__71)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 746; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__71);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__71);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":747
+ * for a in alt:
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference # <<<<<<<<<<<<<<
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num>
+ * have_deletions = True
+ */
+ __pyx_tuple__72 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_I); if (unlikely(!__pyx_tuple__72)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__72);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__72);
+ __pyx_slice__73 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__73)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__73);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__73);
+ __pyx_slice__74 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__74)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 747; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__74);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__74);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":748
+ * if len(a) == 1: a = a + ref[1:] # SNP; add trailing reference
+ * elif a.startswith('I'): a = ref[0] + a[1:] + ref[1:] # insertion just beyond pos; add first and trailing reference
+ * elif a.startswith('D'): # allow D<seq> and D<num> # <<<<<<<<<<<<<<
+ * have_deletions = True
+ * try:
+ */
+ __pyx_tuple__75 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_D); if (unlikely(!__pyx_tuple__75)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 748; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__75);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__75);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":751
+ * have_deletions = True
+ * try:
+ * l = int(a[1:]) # throws ValueError if sequence # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(ref) < l: # add to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+l,self._reference)
+ */
+ __pyx_slice__76 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__76)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 751; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__76);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__76);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":758
+ * a = ref[l:] # new deletion, deleting pos...pos+l
+ * except ValueError:
+ * s = a[1:] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(ref) < len(s): # add Ns to reference if necessary
+ * addns = get_sequence(chrom,pos+len(ref),pos+len(s),self._reference)
+ */
+ __pyx_slice__77 = PySlice_New(__pyx_int_1, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__77)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 758; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__77);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__77);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":820
+ * if not movable:
+ * break
+ * ref = ref[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt = [allele[:-1] for allele in alt]
+ * if min([len(allele) for allele in alt]) == 0 or len(ref) == 0:
+ */
+ __pyx_slice__78 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__78)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 820; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__78);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__78);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":821
+ * break
+ * ref = ref[:-1]
+ * alt = [allele[:-1] for allele in alt] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if min([len(allele) for allele in alt]) == 0 or len(ref) == 0:
+ * ref = faref_leftflank[pos-left-1] + ref
+ */
+ __pyx_slice__79 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__79)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 821; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__79);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__79);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":829
+ * # parse sample columns
+ * samples = []
+ * for sample in cols[9:]: # <<<<<<<<<<<<<<
+ * dict = {}
+ * values = sample.split(':')
+ */
+ __pyx_slice__80 = PySlice_New(__pyx_int_9, Py_None, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__80)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 829; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__80);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__80);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":831
+ * for sample in cols[9:]:
+ * dict = {}
+ * values = sample.split(':') # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(values) > len(format):
+ * self.error(line,self.BAD_NUMBER_OF_VALUES,"(found %s values in element %s; expected %s)" % (len(values),sample,len(format)))
+ */
+ __pyx_tuple__81 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__4); if (unlikely(!__pyx_tuple__81)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 831; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__81);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__81);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":905
+ * line = ctabix._force_str(line, self.encoding)
+ * self._lineno += 1
+ * if line.startswith('##'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parse_header(line.strip())
+ * elif line.startswith('#'):
+ */
+ __pyx_tuple__82 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__46); if (unlikely(!__pyx_tuple__82)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 905; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__82);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__82);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":907
+ * if line.startswith('##'):
+ * self.parse_header(line.strip())
+ * elif line.startswith('#'): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self.parse_heading(line.strip())
+ * self.enter_default_format()
+ */
+ __pyx_tuple__83 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__51); if (unlikely(!__pyx_tuple__83)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 907; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__83);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__83);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":916
+ * def _parse(self, line, stream):
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if len(line.strip()) > 0:
+ * d = self.parse_data( line.strip() )
+ */
+ __pyx_tuple__84 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__46); if (unlikely(!__pyx_tuple__84)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 916; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__84);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__84);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":973
+ *
+ * def setversion(self, version):
+ * if version != 33 and version != 40: raise ValueError("Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._version = version
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__85 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_Can_only_handle_v3_3_and_v4_0_VC); if (unlikely(!__pyx_tuple__85)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 973; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__85);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__85);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1018
+ * # only when the reference bases are not Ns
+ * while len(ref1)>0 and len(alt1)>0 and ref1[-1] == alt1[-1]:
+ * ref1 = ref1[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt1 = alt1[:-1]
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ */
+ __pyx_slice__86 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__86)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1018; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__86);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__86);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1019
+ * while len(ref1)>0 and len(alt1)>0 and ref1[-1] == alt1[-1]:
+ * ref1 = ref1[:-1]
+ * alt1 = alt1[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ * ref2 = ref2[:-1]
+ */
+ __pyx_slice__87 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__87)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1019; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__87);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__87);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1021
+ * alt1 = alt1[:-1]
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ * ref2 = ref2[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alt2 = alt2[:-1]
+ * # now, the alternative alleles must be identical
+ */
+ __pyx_slice__88 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__88)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1021; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__88);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__88);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1022
+ * while len(ref2)>0 and len(alt2)>0 and ref2[-1] == alt2[-1]:
+ * ref2 = ref2[:-1]
+ * alt2 = alt2[:-1] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # now, the alternative alleles must be identical
+ * return alt1 == alt2
+ */
+ __pyx_slice__89 = PySlice_New(Py_None, __pyx_int_neg_1, Py_None); if (unlikely(!__pyx_slice__89)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1022; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_slice__89);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_slice__89);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1057
+ * '''
+ *
+ * raise NotImplementedError("needs to be checked") # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * chrom, pos = record.chrom, record.pos
+ */
+ __pyx_tuple__90 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_needs_to_be_checked); if (unlikely(!__pyx_tuple__90)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1057; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__90);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__90);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":56
+ * import pysam
+ *
+ * gtsRegEx = re.compile("[|/\\\\]") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alleleRegEx = re.compile('^[ACGTN]+$')
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__92 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s__91); if (unlikely(!__pyx_tuple__92)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__92);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__92);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":57
+ *
+ * gtsRegEx = re.compile("[|/\\\\]")
+ * alleleRegEx = re.compile('^[ACGTN]+$') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Utility function. Uses 0-based coordinates
+ */
+ __pyx_tuple__93 = PyTuple_Pack(1, __pyx_kp_s_ACGTN_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__93)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__93);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__93);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":60
+ *
+ * # Utility function. Uses 0-based coordinates
+ * def get_sequence(chrom, start, end, fa): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # obtain sequence from .fa file, without truncation
+ * if end<=start: return ""
+ */
+ __pyx_tuple__94 = PyTuple_Pack(5, __pyx_n_s_chrom, __pyx_n_s_start, __pyx_n_s_end, __pyx_n_s_fa, __pyx_n_s_sequence); if (unlikely(!__pyx_tuple__94)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__94);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__94);
+ __pyx_codeobj__95 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(4, 0, 5, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__94, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_get_sequence, 60, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__95)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":70
+ *
+ * # Utility function. Parses a region string
+ * def parse_regions( string ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = []
+ * for r in string.split(','):
+ */
+ __pyx_tuple__96 = PyTuple_Pack(8, __pyx_n_s_string, __pyx_n_s_result, __pyx_n_s_r, __pyx_n_s_elts, __pyx_n_s_chrom, __pyx_n_s_start, __pyx_n_s_end, __pyx_n_s_ielts); if (unlikely(!__pyx_tuple__96)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__96);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__96);
+ __pyx_codeobj__97 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 8, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__96, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_regions, 70, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__97)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":88
+ *
+ *
+ * FORMAT = namedtuple('FORMAT','id numbertype number type description missingvalue') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###########################################################################################################
+ */
+ __pyx_tuple__98 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_FORMAT, __pyx_kp_s_id_numbertype_number_type_descri); if (unlikely(!__pyx_tuple__98)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__98);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__98);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":319
+ * _lines = None
+ *
+ * def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines=None, leftalign=False):
+ * # make error identifiers accessible by name
+ */
+ __pyx_tuple__99 = PyTuple_Pack(7, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_copy, __pyx_n_s_reference, __pyx_n_s_regions, __pyx_n_s_lines, __pyx_n_s_leftalign, __pyx_n_s_id); if (unlikely(!__pyx_tuple__99)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 319; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__99);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__99);
+ __pyx_codeobj__100 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(6, 0, 7, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__99, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_init, 319, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__100)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 319; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__101 = PyTuple_Pack(5, ((PyObject *)Py_None), ((PyObject *)Py_None), ((PyObject *)Py_None), ((PyObject *)Py_None), ((PyObject *)Py_False)); if (unlikely(!__pyx_tuple__101)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 319; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__101);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__101);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":343
+ * self.encoding = "ascii"
+ *
+ * def error(self,line,error,opt=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if error in self._ignored_errors: return
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
+ */
+ __pyx_tuple__102 = PyTuple_Pack(7, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_error, __pyx_n_s_opt, __pyx_n_s_errorlabel, __pyx_n_s_errorstring, __pyx_n_s_errwarn); if (unlikely(!__pyx_tuple__102)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__102);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__102);
+ __pyx_codeobj__103 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(4, 0, 7, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__102, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_error, 343, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__103)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__104 = PyTuple_Pack(1, ((PyObject *)Py_None)); if (unlikely(!__pyx_tuple__104)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__104);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__104);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":352
+ * raise ValueError(errorstring)
+ *
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 40:
+ * if not format.startswith('<'):
+ */
+ __pyx_tuple__105 = PyTuple_Pack(11, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_format, __pyx_n_s_filter_2, __pyx_n_s_data, __pyx_n_s_idx, __pyx_n_s_elts, __pyx_n_s_first, __pyx_n_s_rest, __pyx_n_s_n, __pyx_n_s_t); if (unlikely(!__pyx_tuple__105)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__105);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__105);
+ __pyx_codeobj__106 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(4, 0, 11, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__105, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_format, 352, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__106)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__107 = PyTuple_Pack(1, ((PyObject *)Py_False)); if (unlikely(!__pyx_tuple__107)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__107);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__107);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":424
+ * return FORMAT(data['id'],t,n,data['type'],data['descr'],data['missing'])
+ *
+ * def format_format( self, fmt, filter=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values = [('ID',fmt.id)]
+ * if fmt.number != None and not filter:
+ */
+ __pyx_tuple__108 = PyTuple_Pack(8, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_fmt, __pyx_n_s_filter_2, __pyx_n_s_values, __pyx_n_s_nmb, __pyx_n_s_format, __pyx_n_s_k, __pyx_n_s_v); if (unlikely(!__pyx_tuple__108)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__108);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__108);
+ __pyx_codeobj__109 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 8, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__108, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_format_format, 424, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__109)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__110 = PyTuple_Pack(1, ((PyObject *)Py_False)); if (unlikely(!__pyx_tuple__110)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__110);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__110);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":444
+ * return format
+ *
+ * def get_expected(self, format, formatdict, alt): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmt = formatdict[format]
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
+ */
+ __pyx_tuple__111 = PyTuple_Pack(5, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_format, __pyx_n_s_formatdict, __pyx_n_s_alt, __pyx_n_s_fmt); if (unlikely(!__pyx_tuple__111)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__111);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__111);
+ __pyx_codeobj__112 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(4, 0, 5, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__111, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_get_expected, 444, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__112)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":455
+ *
+ *
+ * def _add_definition(self, formatdict, key, data, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key in formatdict: return
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
+ */
+ __pyx_tuple__113 = PyTuple_Pack(5, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_formatdict, __pyx_n_s_key, __pyx_n_s_data, __pyx_n_s_line); if (unlikely(!__pyx_tuple__113)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__113);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__113);
+ __pyx_codeobj__114 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(5, 0, 5, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__113, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_add_definition, 455, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__114)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":472
+ *
+ * # todo: trim trailing missing values
+ * def format_formatdata( self, data, format, key=True, value=True, separator=":" ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * output, sdata = [], []
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
+ */
+ __pyx_tuple__115 = PyTuple_Pack(13, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_data, __pyx_n_s_format, __pyx_n_s_key, __pyx_n_s_value, __pyx_n_s_separator, __pyx_n_s_output_2, __pyx_n_s_sdata, __pyx_n_s_d, __pyx_n_s_k, __pyx_n_s_idx, __pyx_n_s_v, __pyx_n_s_last); if (unlikely(!__pyx_tuple__115)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__115);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__115);
+ __pyx_codeobj__116 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(6, 0, 13, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__115, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_format_formatdata, 472, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__116)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__117 = PyTuple_Pack(3, ((PyObject *)Py_True), ((PyObject *)Py_True), ((PyObject*)__pyx_kp_s__4)); if (unlikely(!__pyx_tuple__117)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__117);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__117);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":506
+ *
+ *
+ * def enter_default_format(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'),
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ */
+ __pyx_tuple__118 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_f); if (unlikely(!__pyx_tuple__118)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 506; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__118);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__118);
+ __pyx_codeobj__119 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__118, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_enter_default_format, 506, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__119)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 506; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":525
+ * self._format[f.id] = f
+ *
+ * def parse_header(self, line): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * assert line.startswith('##')
+ */
+ __pyx_tuple__120 = PyTuple_Pack(6, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_elts, __pyx_n_s_key, __pyx_n_s_value, __pyx_n_s_f); if (unlikely(!__pyx_tuple__120)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__120);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__120);
+ __pyx_codeobj__121 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 6, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__120, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_header, 525, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__121)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":555
+ *
+ *
+ * def write_header( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10))
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
+ */
+ __pyx_tuple__122 = PyTuple_Pack(7, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_stream, __pyx_n_s_key, __pyx_n_s_value, __pyx_n_s_var, __pyx_n_s_label, __pyx_n_s_f); if (unlikely(!__pyx_tuple__122)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__122);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__122);
+ __pyx_codeobj__123 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 7, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__122, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_write_header, 555, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__123)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":562
+ *
+ *
+ * def parse_heading( self, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##')
+ */
+ __pyx_tuple__124 = PyTuple_Pack(8, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_headings, __pyx_n_s_i, __pyx_n_s_s, __pyx_n_s_err, __pyx_n_s_x, __pyx_n_s_y); if (unlikely(!__pyx_tuple__124)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__124);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__124);
+ __pyx_codeobj__125 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 8, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__124, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_heading, 562, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__125)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":590
+ * self._sample2column = dict( [(y,x+9) for x,y in enumerate( self._samples ) ] )
+ *
+ * def write_heading( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__126 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_stream); if (unlikely(!__pyx_tuple__126)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__126);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__126);
+ __pyx_codeobj__127 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__126, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_write_heading, 590, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__127)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":593
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ * def convertGT(self, GTstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if GTstring == ".": return ["."]
+ * try:
+ */
+ __pyx_tuple__128 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_GTstring, __pyx_n_s_gts); if (unlikely(!__pyx_tuple__128)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__128);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__128);
+ __pyx_codeobj__129 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__128, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_convertGT, 593, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__129)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":605
+ * return [".","|","."]
+ *
+ * def convertGTback(self, GTdata): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__130 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_GTdata); if (unlikely(!__pyx_tuple__130)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__130);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__130);
+ __pyx_codeobj__131 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__130, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_convertGTback, 605, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__131)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":608
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ * def parse_formatdata( self, key, value, formatdict, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # To do: check that the right number of values is present
+ * f = formatdict.get(key,None)
+ */
+ __pyx_tuple__132 = PyTuple_Pack(9, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_key, __pyx_n_s_value, __pyx_n_s_formatdict, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_f, __pyx_n_s_values, __pyx_n_s_idx, __pyx_n_s_v); if (unlikely(!__pyx_tuple__132)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__132);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__132);
+ __pyx_codeobj__133 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(5, 0, 9, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__132, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_formatdata, 608, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__133)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":650
+ * self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ *
+ * def inregion(self, chrom, pos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._regions: return True
+ * for r in self._regions:
+ */
+ __pyx_tuple__134 = PyTuple_Pack(4, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_chrom, __pyx_n_s_pos, __pyx_n_s_r); if (unlikely(!__pyx_tuple__134)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__134);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__134);
+ __pyx_codeobj__135 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 4, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__134, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_inregion, 650, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__135)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":656
+ * return False
+ *
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cols = line.split('\t')
+ * if len(cols) != len(self._samples)+9:
+ */
+ __pyx_tuple__136 = PyTuple_Pack(43, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_lineparse, __pyx_n_s_cols, __pyx_n_s_chrom, __pyx_n_s_pos, __pyx_n_s_id, __pyx_n_s_ref, __pyx_n_s_c, __pyx_n_s_left, __pyx_n_s_faref_leftflank, __pyx_n_s_faref, __pyx_n_s_alt, __pyx_n_s_qual, __pyx_n_s_filter_2, __pyx_n_s_info_2, __pyx_n_s_blurp, __pyx_n_s_elts, __pyx_n_s_v, __pyx_n_s_format, __pyx_n_s_f, __pyx_n_s_newalts, __pyx_n_s_have_deletions, __pyx_n_s_a, __pyx_n_s_l, __pyx_n_s_addns, __pyx_n_s_i, __py [...]
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__136);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__136);
+ __pyx_codeobj__137 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 43, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__136, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_data, 656, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__137)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__138 = PyTuple_Pack(1, ((PyObject *)Py_False)); if (unlikely(!__pyx_tuple__138)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__138);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__138);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":868
+ *
+ *
+ * def write_data(self, stream, data): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples
+ * for k in required:
+ */
+ __pyx_tuple__139 = PyTuple_Pack(10, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_stream, __pyx_n_s_data, __pyx_n_s_required_2, __pyx_n_s_k, __pyx_n_s_alt, __pyx_n_s_filter_2, __pyx_n_s_qual, __pyx_n_s_output_2, __pyx_n_s_s); if (unlikely(!__pyx_tuple__139)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__139);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__139);
+ __pyx_codeobj__140 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 10, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__139, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_write_data, 868, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__140)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":900
+ * stream.write( "\t".join(output) + "\n" )
+ *
+ * def _parse_header(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lineno = 0
+ * for line in stream:
+ */
+ __pyx_tuple__141 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_stream, __pyx_n_s_line); if (unlikely(!__pyx_tuple__141)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 900; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__141);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__141);
+ __pyx_codeobj__142 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__141, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_header_2, 900, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__142)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 900; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":914
+ * return line
+ *
+ * def _parse(self, line, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return
+ */
+ __pyx_tuple__143 = PyTuple_Pack(4, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_line, __pyx_n_s_stream, __pyx_n_s_d); if (unlikely(!__pyx_tuple__143)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__143);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__143);
+ __pyx_codeobj__144 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 4, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__143, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse, 914, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__144)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":932
+ * ######################################################################################################
+ *
+ * def getsamples(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * return self._samples
+ */
+ __pyx_tuple__145 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__145)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__145);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__145);
+ __pyx_codeobj__146 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__145, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_getsamples, 932, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__146)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":936
+ * return self._samples
+ *
+ * def setsamples(self,samples): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * self._samples = samples
+ */
+ __pyx_tuple__147 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_samples_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__147)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__147);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__147);
+ __pyx_codeobj__148 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__147, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setsamples, 936, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__148)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":940
+ * self._samples = samples
+ *
+ * def getheader(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * return self._header
+ */
+ __pyx_tuple__149 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__149)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 940; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__149);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__149);
+ __pyx_codeobj__150 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__149, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_getheader, 940, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__150)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 940; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":944
+ * return self._header
+ *
+ * def setheader(self,header): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * self._header = header
+ */
+ __pyx_tuple__151 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_header_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__151)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__151);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__151);
+ __pyx_codeobj__152 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__151, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setheader, 944, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__152)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":948
+ * self._header = header
+ *
+ * def getinfo(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._info
+ */
+ __pyx_tuple__153 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__153)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__153);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__153);
+ __pyx_codeobj__154 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__153, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_getinfo, 948, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__154)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":952
+ * return self._info
+ *
+ * def setinfo(self,info): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._info = info
+ */
+ __pyx_tuple__155 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_info_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__155)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 952; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__155);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__155);
+ __pyx_codeobj__156 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__155, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setinfo, 952, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__156)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 952; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":956
+ * self._info = info
+ *
+ * def getformat(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._format
+ */
+ __pyx_tuple__157 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__157)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 956; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__157);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__157);
+ __pyx_codeobj__158 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__157, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_getformat, 956, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__158)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 956; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":960
+ * return self._format
+ *
+ * def setformat(self,format): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._format = format
+ */
+ __pyx_tuple__159 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_format); if (unlikely(!__pyx_tuple__159)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__159);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__159);
+ __pyx_codeobj__160 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__159, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setformat, 960, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__160)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":964
+ * self._format = format
+ *
+ * def getfilter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._filter
+ */
+ __pyx_tuple__161 = PyTuple_Pack(1, __pyx_n_s_self); if (unlikely(!__pyx_tuple__161)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 964; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__161);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__161);
+ __pyx_codeobj__162 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(1, 0, 1, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__161, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_getfilter, 964, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__162)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 964; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":968
+ * return self._filter
+ *
+ * def setfilter(self,filter): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._filter = filter
+ */
+ __pyx_tuple__163 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_filter_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__163)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 968; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__163);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__163);
+ __pyx_codeobj__164 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__163, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setfilter, 968, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__164)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 968; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":972
+ * self._filter = filter
+ *
+ * def setversion(self, version): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if version != 33 and version != 40: raise ValueError("Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files")
+ * self._version = version
+ */
+ __pyx_tuple__165 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_version_2); if (unlikely(!__pyx_tuple__165)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__165);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__165);
+ __pyx_codeobj__166 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__165, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setversion, 972, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__166)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":976
+ * self._version = version
+ *
+ * def setregions(self, regions): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._regions = regions
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__167 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_regions); if (unlikely(!__pyx_tuple__167)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 976; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__167);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__167);
+ __pyx_codeobj__168 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__167, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setregions, 976, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__168)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 976; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":979
+ * self._regions = regions
+ *
+ * def setreference(self, ref): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Provide a reference sequence; a Python class supporting a fetch(chromosome, start, end) method, e.g. PySam.FastaFile """
+ * self._reference = ref
+ */
+ __pyx_tuple__169 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_ref); if (unlikely(!__pyx_tuple__169)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 979; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__169);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__169);
+ __pyx_codeobj__170 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__169, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_setreference, 979, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__170)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 979; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":983
+ * self._reference = ref
+ *
+ * def ignoreerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._ignored_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+ __pyx_tuple__171 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_errorstring); if (unlikely(!__pyx_tuple__171)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 983; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__171);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__171);
+ __pyx_codeobj__172 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__171, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_ignoreerror, 983, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__172)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 983; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":987
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def warnerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._warn_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+ __pyx_tuple__173 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_errorstring); if (unlikely(!__pyx_tuple__173)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__173);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__173);
+ __pyx_codeobj__174 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__173, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_warnerror, 987, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__174)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":991
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def parse(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator """
+ * last_line = self._parse_header(stream)
+ */
+ __pyx_tuple__175 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_stream, __pyx_n_s_last_line); if (unlikely(!__pyx_tuple__175)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__175);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__175);
+ __pyx_codeobj__176 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__175, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_parse_2, 991, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__176)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":998
+ * return self._parse(last_line, stream)
+ *
+ * def write(self, stream, datagenerator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+ __pyx_tuple__177 = PyTuple_Pack(4, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_stream, __pyx_n_s_datagenerator, __pyx_n_s_data); if (unlikely(!__pyx_tuple__177)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__177);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__177);
+ __pyx_codeobj__178 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 4, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__177, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_write, 998, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__178)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1004
+ * for data in datagenerator: self.write_data(stream,data)
+ *
+ * def writeheader(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF header """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+ __pyx_tuple__179 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_stream); if (unlikely(!__pyx_tuple__179)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1004; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__179);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__179);
+ __pyx_codeobj__180 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__179, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_writeheader, 1004, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__180)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1004; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1009
+ * self.write_heading(stream)
+ *
+ * def compare_calls(self, pos1, ref1, alt1, pos2, ref2, alt2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Utility function: compares two calls for equality """
+ * # a variant should always be assigned to a unique position, one base before
+ */
+ __pyx_tuple__181 = PyTuple_Pack(7, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_pos1, __pyx_n_s_ref1, __pyx_n_s_alt1, __pyx_n_s_pos2, __pyx_n_s_ref2, __pyx_n_s_alt2); if (unlikely(!__pyx_tuple__181)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__181);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__181);
+ __pyx_codeobj__182 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(7, 0, 7, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__181, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_compare_calls, 1009, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__182)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1031
+ * ###########################################################################################################
+ *
+ * def connect(self, filename, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''connect to tabix file.'''
+ * self.encoding=encoding
+ */
+ __pyx_tuple__183 = PyTuple_Pack(3, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_filename, __pyx_n_s_encoding); if (unlikely(!__pyx_tuple__183)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__183);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__183);
+ __pyx_codeobj__184 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(3, 0, 3, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__183, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_connect, 1031, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__184)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__185 = PyTuple_Pack(1, ((PyObject*)__pyx_n_s_ascii)); if (unlikely(!__pyx_tuple__185)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__185);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__185);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1037
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+ __pyx_tuple__186 = PyTuple_Pack(5, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_reference, __pyx_n_s_start, __pyx_n_s_end, __pyx_n_s_region); if (unlikely(!__pyx_tuple__186)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__186);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__186);
+ __pyx_codeobj__187 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(5, 0, 5, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__186, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_fetch, 1037, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__187)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_tuple__188 = PyTuple_Pack(4, ((PyObject *)Py_None), ((PyObject *)Py_None), ((PyObject *)Py_None), ((PyObject *)Py_None)); if (unlikely(!__pyx_tuple__188)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__188);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__188);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1051
+ * parser = asVCFRecord(self))
+ *
+ * def validate(self, record): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''validate vcf record.
+ *
+ */
+ __pyx_tuple__189 = PyTuple_Pack(2, __pyx_n_s_self, __pyx_n_s_record); if (unlikely(!__pyx_tuple__189)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1051; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_tuple__189);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_tuple__189);
+ __pyx_codeobj__190 = (PyObject*)__Pyx_PyCode_New(2, 0, 2, 0, 0, __pyx_empty_bytes, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_tuple__189, __pyx_empty_tuple, __pyx_empty_tuple, __pyx_kp_s_home_andreas_devel_pysam_pysam, __pyx_n_s_validate, 1051, __pyx_empty_bytes); if (unlikely(!__pyx_codeobj__190)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1051; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ return -1;
+}
+
+static int __Pyx_InitGlobals(void) {
+ if (__Pyx_InitStrings(__pyx_string_tab) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ __pyx_float_0_0 = PyFloat_FromDouble(0.0); if (unlikely(!__pyx_float_0_0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_0 = PyInt_FromLong(0); if (unlikely(!__pyx_int_0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_1 = PyInt_FromLong(1); if (unlikely(!__pyx_int_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_2 = PyInt_FromLong(2); if (unlikely(!__pyx_int_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_3 = PyInt_FromLong(3); if (unlikely(!__pyx_int_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_4 = PyInt_FromLong(4); if (unlikely(!__pyx_int_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_5 = PyInt_FromLong(5); if (unlikely(!__pyx_int_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_6 = PyInt_FromLong(6); if (unlikely(!__pyx_int_6)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_7 = PyInt_FromLong(7); if (unlikely(!__pyx_int_7)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_8 = PyInt_FromLong(8); if (unlikely(!__pyx_int_8)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_9 = PyInt_FromLong(9); if (unlikely(!__pyx_int_9)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_10 = PyInt_FromLong(10); if (unlikely(!__pyx_int_10)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_11 = PyInt_FromLong(11); if (unlikely(!__pyx_int_11)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_12 = PyInt_FromLong(12); if (unlikely(!__pyx_int_12)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_13 = PyInt_FromLong(13); if (unlikely(!__pyx_int_13)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_14 = PyInt_FromLong(14); if (unlikely(!__pyx_int_14)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_15 = PyInt_FromLong(15); if (unlikely(!__pyx_int_15)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_16 = PyInt_FromLong(16); if (unlikely(!__pyx_int_16)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_17 = PyInt_FromLong(17); if (unlikely(!__pyx_int_17)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_18 = PyInt_FromLong(18); if (unlikely(!__pyx_int_18)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_19 = PyInt_FromLong(19); if (unlikely(!__pyx_int_19)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_20 = PyInt_FromLong(20); if (unlikely(!__pyx_int_20)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_21 = PyInt_FromLong(21); if (unlikely(!__pyx_int_21)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_22 = PyInt_FromLong(22); if (unlikely(!__pyx_int_22)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_23 = PyInt_FromLong(23); if (unlikely(!__pyx_int_23)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_24 = PyInt_FromLong(24); if (unlikely(!__pyx_int_24)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_25 = PyInt_FromLong(25); if (unlikely(!__pyx_int_25)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_26 = PyInt_FromLong(26); if (unlikely(!__pyx_int_26)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_27 = PyInt_FromLong(27); if (unlikely(!__pyx_int_27)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_28 = PyInt_FromLong(28); if (unlikely(!__pyx_int_28)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_29 = PyInt_FromLong(29); if (unlikely(!__pyx_int_29)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_30 = PyInt_FromLong(30); if (unlikely(!__pyx_int_30)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_31 = PyInt_FromLong(31); if (unlikely(!__pyx_int_31)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_32 = PyInt_FromLong(32); if (unlikely(!__pyx_int_32)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_33 = PyInt_FromLong(33); if (unlikely(!__pyx_int_33)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_40 = PyInt_FromLong(40); if (unlikely(!__pyx_int_40)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_100 = PyInt_FromLong(100); if (unlikely(!__pyx_int_100)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_3000000000 = PyInt_FromString((char *)"3000000000", 0, 0); if (unlikely(!__pyx_int_3000000000)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_int_neg_1 = PyInt_FromLong(-1); if (unlikely(!__pyx_int_neg_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ return 0;
+ __pyx_L1_error:;
+ return -1;
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+PyMODINIT_FUNC initcvcf(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC initcvcf(void)
+#else
+PyMODINIT_FUNC PyInit_cvcf(void); /*proto*/
+PyMODINIT_FUNC PyInit_cvcf(void)
+#endif
+{
+ PyObject *__pyx_t_1 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_2 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_3 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_4 = NULL;
+ PyObject *__pyx_t_5 = NULL;
+ int __pyx_lineno = 0;
+ const char *__pyx_filename = NULL;
+ int __pyx_clineno = 0;
+ __Pyx_RefNannyDeclarations
+ #if CYTHON_REFNANNY
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny) {
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_RefNanny = __Pyx_RefNannyImportAPI("Cython.Runtime.refnanny");
+ if (!__Pyx_RefNanny)
+ Py_FatalError("failed to import 'refnanny' module");
+ }
+ #endif
+ __Pyx_RefNannySetupContext("PyMODINIT_FUNC PyInit_cvcf(void)", 0);
+ if ( __Pyx_check_binary_version() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_tuple = PyTuple_New(0); if (unlikely(!__pyx_empty_tuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_empty_bytes = PyBytes_FromStringAndSize("", 0); if (unlikely(!__pyx_empty_bytes)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #ifdef __Pyx_CyFunction_USED
+ if (__Pyx_CyFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_FusedFunction_USED
+ if (__pyx_FusedFunction_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ #ifdef __Pyx_Generator_USED
+ if (__pyx_Generator_init() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ /*--- Library function declarations ---*/
+ /*--- Threads initialization code ---*/
+ #if defined(__PYX_FORCE_INIT_THREADS) && __PYX_FORCE_INIT_THREADS
+ #ifdef WITH_THREAD /* Python build with threading support? */
+ PyEval_InitThreads();
+ #endif
+ #endif
+ /*--- Module creation code ---*/
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ __pyx_m = Py_InitModule4(__Pyx_NAMESTR("cvcf"), __pyx_methods, 0, 0, PYTHON_API_VERSION); Py_XINCREF(__pyx_m);
+ #else
+ __pyx_m = PyModule_Create(&__pyx_moduledef);
+ #endif
+ if (unlikely(!__pyx_m)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_d = PyModule_GetDict(__pyx_m); if (unlikely(!__pyx_d)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_INCREF(__pyx_d);
+ __pyx_b = PyImport_AddModule(__Pyx_NAMESTR(__Pyx_BUILTIN_MODULE_NAME)); if (unlikely(!__pyx_b)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ Py_INCREF(__pyx_b);
+ #endif
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__builtins__", __pyx_b) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ /*--- Initialize various global constants etc. ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitGlobals() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3 && (__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT)
+ if (__Pyx_init_sys_getdefaultencoding_params() < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ #endif
+ if (__pyx_module_is_main_pysam__cvcf) {
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "__name__", __pyx_n_s_main) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;};
+ }
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ {
+ PyObject *modules = PyImport_GetModuleDict(); if (unlikely(!modules)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (!PyDict_GetItemString(modules, "pysam.cvcf")) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItemString(modules, "pysam.cvcf", __pyx_m) < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ }
+ }
+ #endif
+ /*--- Builtin init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedBuiltins() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Constants init code ---*/
+ if (unlikely(__Pyx_InitCachedConstants() < 0)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Global init code ---*/
+ /*--- Variable export code ---*/
+ /*--- Function export code ---*/
+ /*--- Type init code ---*/
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "TupleProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_TupleProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_VCFRecord = &__pyx_vtable_5pysam_4cvcf_VCFRecord;
+ __pyx_vtable_5pysam_4cvcf_VCFRecord.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ __pyx_vtable_5pysam_4cvcf_VCFRecord.__pyx_base.update = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_TupleProxy *, char *, size_t))__pyx_f_5pysam_4cvcf_9VCFRecord_update;
+ __pyx_type_5pysam_4cvcf_VCFRecord.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_TupleProxy;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_4cvcf_VCFRecord) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 96; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_4cvcf_VCFRecord.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_4cvcf_VCFRecord.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_VCFRecord) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 96; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "VCFRecord", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_4cvcf_VCFRecord) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 96; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_4cvcf_VCFRecord = &__pyx_type_5pysam_4cvcf_VCFRecord;
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "Parser", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_Parser*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_asVCFRecord = &__pyx_vtable_5pysam_4cvcf_asVCFRecord;
+ __pyx_vtable_5pysam_4cvcf_asVCFRecord.__pyx_base = *__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_Parser;
+ __pyx_vtable_5pysam_4cvcf_asVCFRecord.__pyx_base.parse = (PyObject *(*)(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Parser *, char *, int))__pyx_f_5pysam_4cvcf_11asVCFRecord_parse;
+ __pyx_type_5pysam_4cvcf_asVCFRecord.tp_base = __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Parser;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_4cvcf_asVCFRecord) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 230; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_4cvcf_asVCFRecord.tp_print = 0;
+ if (__Pyx_SetVtable(__pyx_type_5pysam_4cvcf_asVCFRecord.tp_dict, __pyx_vtabptr_5pysam_4cvcf_asVCFRecord) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 230; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_SetAttrString(__pyx_m, "asVCFRecord", (PyObject *)&__pyx_type_5pysam_4cvcf_asVCFRecord) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 230; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_4cvcf_asVCFRecord = &__pyx_type_5pysam_4cvcf_asVCFRecord;
+ if (PyType_Ready(&__pyx_type_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_type_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse.tp_print = 0;
+ __pyx_ptype_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse = &__pyx_type_5pysam_4cvcf___pyx_scope_struct___parse;
+ /*--- Type import code ---*/
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "tabix_file_iterator", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 19; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_tabix_file_iterator)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 19; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "TabixFile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixFile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixFile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 31; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asTuple = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "asTuple", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asTuple), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asTuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asTuple = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asTuple*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asTuple->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asTuple)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 58; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asGTF = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "asGTF", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asGTF), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asGTF)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asGTF = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asGTF*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asGTF->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asGTF)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 61; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asBed = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "asBed", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asBed), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asBed)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asBed = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asBed*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asBed->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asBed)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 64; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asVCF = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "asVCF", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_asVCF), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asVCF)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 67; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asVCF = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_asVCF*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_asVCF->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_asVCF)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 67; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "TabixIterator", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIterator), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIterator*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIterator->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIterator)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "TabixIteratorParsed", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 77; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_TabixIteratorParsed)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 77; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "GZIterator", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIterator), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIterator*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIterator->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIterator)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 80; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "GZIteratorHead", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorHead)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "GZIteratorParsed", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 91; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_6ctabix_GZIteratorParsed)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 91; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Tabixfile = __Pyx_ImportType("pysam.ctabix", "Tabixfile", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_6ctabix_Tabixfile), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_6ctabix_Tabixfile)) {__pyx_filename = __pyx_f[1]; __pyx_lineno = 95; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "GTFProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_GTFProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_GTFProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_GTFProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_GTFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 63; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "NamedTupleProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_NamedTupleProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 73; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "BedProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_BedProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 76; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_BedProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_BedProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_BedProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 76; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = __Pyx_ImportType("pysam.TabProxies", "VCFProxy", sizeof(struct __pyx_obj_5pysam_10TabProxies_VCFProxy), 1); if (unlikely(!__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy = (struct __pyx_vtabstruct_5pysam_10TabProxies_VCFProxy*)__Pyx_GetVtable(__pyx_ptype_5pysam_10TabProxies_VCFProxy->tp_dict); if (unlikely(!__pyx_vtabptr_5pysam_10TabProxies_VCFProxy)) {__pyx_filename = __pyx_f[2]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ /*--- Variable import code ---*/
+ /*--- Function import code ---*/
+ __pyx_t_1 = __Pyx_ImportModule("pysam.ctabix"); if (!__pyx_t_1) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (__Pyx_ImportFunction(__pyx_t_1, "_force_str", (void (**)(void))&__pyx_f_5pysam_6ctabix__force_str, "PyObject *(PyObject *, struct __pyx_opt_args_5pysam_6ctabix__force_str *__pyx_optional_args)") < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ Py_DECREF(__pyx_t_1); __pyx_t_1 = 0;
+ /*--- Execution code ---*/
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":47
+ * #
+ *
+ * from collections import namedtuple, defaultdict # <<<<<<<<<<<<<<
+ * from operator import itemgetter
+ * import sys, re, copy, bisect
+ */
+ __pyx_t_2 = PyList_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_namedtuple);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 0, __pyx_n_s_namedtuple);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_namedtuple);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_defaultdict);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_2, 1, __pyx_n_s_defaultdict);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_defaultdict);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_collections, __pyx_t_2, -1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_ImportFrom(__pyx_t_3, __pyx_n_s_namedtuple); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_namedtuple, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_ImportFrom(__pyx_t_3, __pyx_n_s_defaultdict); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_defaultdict, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 47; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":48
+ *
+ * from collections import namedtuple, defaultdict
+ * from operator import itemgetter # <<<<<<<<<<<<<<
+ * import sys, re, copy, bisect
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_itemgetter);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_n_s_itemgetter);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_itemgetter);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_operator, __pyx_t_3, -1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __pyx_t_3 = __Pyx_ImportFrom(__pyx_t_2, __pyx_n_s_itemgetter); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_itemgetter, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 48; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":49
+ * from collections import namedtuple, defaultdict
+ * from operator import itemgetter
+ * import sys, re, copy, bisect # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * cimport ctabix
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_sys, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_sys, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_re, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_re, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_copy_2, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_copy_2, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_bisect, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_bisect, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 49; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":54
+ * cimport TabProxies
+ *
+ * import pysam # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * gtsRegEx = re.compile("[|/\\\\]")
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_Import(__pyx_n_s_pysam, 0, -1); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_pysam, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 54; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":56
+ * import pysam
+ *
+ * gtsRegEx = re.compile("[|/\\\\]") # <<<<<<<<<<<<<<
+ * alleleRegEx = re.compile('^[ACGTN]+$')
+ *
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_re); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_compile); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__92, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_gtsRegEx, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 56; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":57
+ *
+ * gtsRegEx = re.compile("[|/\\\\]")
+ * alleleRegEx = re.compile('^[ACGTN]+$') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # Utility function. Uses 0-based coordinates
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_re); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_t_2, __pyx_n_s_compile); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_3, __pyx_tuple__93, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_alleleRegEx, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 57; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":60
+ *
+ * # Utility function. Uses 0-based coordinates
+ * def get_sequence(chrom, start, end, fa): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # obtain sequence from .fa file, without truncation
+ * if end<=start: return ""
+ */
+ __pyx_t_2 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_1get_sequence, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_get_sequence, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 60; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":70
+ *
+ * # Utility function. Parses a region string
+ * def parse_regions( string ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * result = []
+ * for r in string.split(','):
+ */
+ __pyx_t_2 = PyCFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3parse_regions, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_parse_regions, __pyx_t_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 70; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":88
+ *
+ *
+ * FORMAT = namedtuple('FORMAT','id numbertype number type description missingvalue') # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * ###########################################################################################################
+ */
+ __pyx_t_2 = __Pyx_GetModuleGlobalName(__pyx_n_s_namedtuple); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_3 = __Pyx_PyObject_Call(__pyx_t_2, __pyx_tuple__98, NULL); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_FORMAT, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 88; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":242
+ * return r
+ *
+ * class VCF(object): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # types
+ */
+ __pyx_t_3 = PyTuple_New(1); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 242; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_builtin_object);
+ PyTuple_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_builtin_object);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_builtin_object);
+ __pyx_t_2 = __Pyx_CalculateMetaclass(NULL, __pyx_t_3); if (unlikely(!__pyx_t_2)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 242; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
+ __pyx_t_4 = __Pyx_Py3MetaclassPrepare(__pyx_t_2, __pyx_t_3, __pyx_n_s_VCF, __pyx_n_s_VCF, (PyObject *) NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, (PyObject *) NULL); if (unlikely(!__pyx_t_4)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 242; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":245
+ *
+ * # types
+ * NT_UNKNOWN = 0 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * NT_NUMBER = 1
+ * NT_ALLELES = 2
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_NT_UNKNOWN, __pyx_int_0) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 245; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":246
+ * # types
+ * NT_UNKNOWN = 0
+ * NT_NUMBER = 1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * NT_ALLELES = 2
+ * NT_NR_ALLELES = 3
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_NT_NUMBER, __pyx_int_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 246; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":247
+ * NT_UNKNOWN = 0
+ * NT_NUMBER = 1
+ * NT_ALLELES = 2 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * NT_NR_ALLELES = 3
+ * NT_GENOTYPES = 4
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_NT_ALLELES, __pyx_int_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 247; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":248
+ * NT_NUMBER = 1
+ * NT_ALLELES = 2
+ * NT_NR_ALLELES = 3 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * NT_GENOTYPES = 4
+ * NT_PHASED_GENOTYPES = 5
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_NT_NR_ALLELES, __pyx_int_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 248; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":249
+ * NT_ALLELES = 2
+ * NT_NR_ALLELES = 3
+ * NT_GENOTYPES = 4 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * NT_PHASED_GENOTYPES = 5
+ *
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_NT_GENOTYPES, __pyx_int_4) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 249; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":250
+ * NT_NR_ALLELES = 3
+ * NT_GENOTYPES = 4
+ * NT_PHASED_GENOTYPES = 5 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * _errors = { 0:"UNKNOWN_FORMAT_STRING:Unknown file format identifier",
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_NT_PHASED_GENOTYPES, __pyx_int_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 250; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":252
+ * NT_PHASED_GENOTYPES = 5
+ *
+ * _errors = { 0:"UNKNOWN_FORMAT_STRING:Unknown file format identifier", # <<<<<<<<<<<<<<
+ * 1:"BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING:Formatting error in the format string",
+ * 2:"BADLY_FORMATTED_HEADING:Did not find 9 required headings (CHROM, POS, ..., FORMAT) %s",
+ */
+ __pyx_t_5 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_0, __pyx_kp_s_UNKNOWN_FORMAT_STRING_Unknown_fi) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_1, __pyx_kp_s_BADLY_FORMATTED_FORMAT_STRING_Fo) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_2, __pyx_kp_s_BADLY_FORMATTED_HEADING_Did_not) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_3, __pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_COLUMNS_Wrong_numb) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_4, __pyx_kp_s_POS_NOT_NUMERICAL_Position_colum) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_5, __pyx_kp_s_UNKNOWN_CHAR_IN_REF_Unknown_char) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_6, __pyx_kp_s_V33_BAD_REF_Reference_should_be) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_7, __pyx_kp_s_V33_BAD_ALLELE_Cannot_interpret) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_8, __pyx_kp_s_POS_NOT_POSITIVE_Position_field) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_9, __pyx_kp_s_QUAL_NOT_NUMERICAL_Quality_field) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_10, __pyx_kp_s_ERROR_INFO_STRING_Error_while_pa) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_11, __pyx_kp_s_ERROR_UNKNOWN_KEY_Unknown_key_s) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_12, __pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_NUMERICAL_Expec) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_13, __pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_CHAR_Eexpected) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_14, __pyx_kp_s_FILTER_NOT_DEFINED_Identifier_s) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_15, __pyx_kp_s_FORMAT_NOT_DEFINED_Identifier_s) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_16, __pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_VALUES_Found_too_m) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_17, __pyx_kp_s_BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS_Found_u) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_18, __pyx_kp_s_BAD_GENOTYPE_Cannot_parse_genoty) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_19, __pyx_kp_s_V40_BAD_ALLELE_Bad_allele_found) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_20, __pyx_kp_s_MISSING_REF_Reference_allele_mis) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_21, __pyx_kp_s_V33_UNMATCHED_DELETION_Deleted_s) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_22, __pyx_kp_s_V40_MISSING_ANGLE_BRACKETS_Forma) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_23, __pyx_kp_s_FORMAT_MISSING_QUOTES_Descriptio) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_24, __pyx_kp_s_V40_FORMAT_MUST_HAVE_NAMED_FIELD_2) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_25, __pyx_kp_s_HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS_He) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_26, __pyx_kp_s_WRONG_REF_Wrong_reference_s) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_27, __pyx_kp_s_ERROR_TRAILING_DATA_Numerical_fi) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_28, __pyx_kp_s_BAD_CHR_TAG_Error_calculating_ch) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_29, __pyx_kp_s_ZERO_LENGTH_ALLELE_Found_zero_le) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_30, __pyx_kp_s_MISSING_INDEL_ALLELE_REF_BASE_In) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_31, __pyx_kp_s_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD_number_s) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_32, __pyx_kp_s_ERROR_FORMAT_NOT_INTEGER_Expecte) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_t_5, __pyx_int_33, __pyx_kp_s_ERROR_FLAG_HAS_VALUE_Flag_fields) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_errors, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 252; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":289
+ *
+ * # tag-value pairs; tags are not unique; does not include fileformat, INFO, FILTER or FORMAT fields
+ * _header = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # version number; 33=v3.3; 40=v4.0
+ */
+ __pyx_t_5 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 289; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_header, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 289; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":292
+ *
+ * # version number; 33=v3.3; 40=v4.0
+ * _version = 40 # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # info, filter and format data
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_version, __pyx_int_40) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 292; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":295
+ *
+ * # info, filter and format data
+ * _info = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _filter = {}
+ * _format = {}
+ */
+ __pyx_t_5 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_info, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 295; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":296
+ * # info, filter and format data
+ * _info = {}
+ * _filter = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _format = {}
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_filter, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 296; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":297
+ * _info = {}
+ * _filter = {}
+ * _format = {} # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # header; and required columns
+ */
+ __pyx_t_5 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_format_2, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 297; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":300
+ *
+ * # header; and required columns
+ * _required = ["CHROM","POS","ID","REF","ALT","QUAL","FILTER","INFO","FORMAT"] # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _samples = []
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = PyList_New(9); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_CHROM);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 0, __pyx_n_s_CHROM);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_CHROM);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_POS);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 1, __pyx_n_s_POS);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_POS);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ID_2);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 2, __pyx_n_s_ID_2);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ID_2);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_REF);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 3, __pyx_n_s_REF);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_REF);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_ALT);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 4, __pyx_n_s_ALT);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_ALT);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_QUAL);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 5, __pyx_n_s_QUAL);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_QUAL);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_FILTER);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 6, __pyx_n_s_FILTER);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_FILTER);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_INFO);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 7, __pyx_n_s_INFO);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_INFO);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_FORMAT);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_5, 8, __pyx_n_s_FORMAT);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_FORMAT);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_required, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 300; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":301
+ * # header; and required columns
+ * _required = ["CHROM","POS","ID","REF","ALT","QUAL","FILTER","INFO","FORMAT"]
+ * _samples = [] # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # control behaviour
+ */
+ __pyx_t_5 = PyList_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 301; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_samples, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 301; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":304
+ *
+ * # control behaviour
+ * _ignored_errors = set([11,31]) # ERROR_UNKNOWN_KEY, ERROR_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _warn_errors = set([])
+ * _leftalign = False
+ */
+ __pyx_t_5 = PySet_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PySet_Add(__pyx_t_5, __pyx_int_11) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PySet_Add(__pyx_t_5, __pyx_int_31) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_ignored_errors, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 304; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":305
+ * # control behaviour
+ * _ignored_errors = set([11,31]) # ERROR_UNKNOWN_KEY, ERROR_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD
+ * _warn_errors = set([]) # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _leftalign = False
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = PySet_New(0); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 305; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_warn_errors, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 305; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":306
+ * _ignored_errors = set([11,31]) # ERROR_UNKNOWN_KEY, ERROR_ZERO_FOR_NON_FLAG_FIELD
+ * _warn_errors = set([])
+ * _leftalign = False # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # reference sequence
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_leftalign_2, Py_False) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 306; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":309
+ *
+ * # reference sequence
+ * _reference = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # regions to include; None includes everything
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_reference_2, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 309; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":312
+ *
+ * # regions to include; None includes everything
+ * _regions = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # statefull stuff
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_regions_2, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 312; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":315
+ *
+ * # statefull stuff
+ * _lineno = -1 # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _line = None
+ * _lines = None
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_lineno, __pyx_int_neg_1) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 315; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":316
+ * # statefull stuff
+ * _lineno = -1
+ * _line = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ * _lines = None
+ *
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_line_2, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 316; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":317
+ * _lineno = -1
+ * _line = None
+ * _lines = None # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None,
+ */
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_lines_2, Py_None) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 317; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":319
+ * _lines = None
+ *
+ * def __init__(self, _copy=None, reference=None, regions=None, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * lines=None, leftalign=False):
+ * # make error identifiers accessible by name
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_1__init__, 0, __pyx_n_s_VCF___init, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__100)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 319; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__101);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_init, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 319; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":343
+ * self.encoding = "ascii"
+ *
+ * def error(self,line,error,opt=None): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if error in self._ignored_errors: return
+ * errorlabel, errorstring = self._errors[error].split(':')
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_3error, 0, __pyx_n_s_VCF_error, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__103)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__104);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_error, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 343; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":352
+ * raise ValueError(errorstring)
+ *
+ * def parse_format(self,line,format,filter=False): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if self._version == 40:
+ * if not format.startswith('<'):
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_5parse_format, 0, __pyx_n_s_VCF_parse_format, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__106)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__107);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse_format, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 352; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":424
+ * return FORMAT(data['id'],t,n,data['type'],data['descr'],data['missing'])
+ *
+ * def format_format( self, fmt, filter=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * values = [('ID',fmt.id)]
+ * if fmt.number != None and not filter:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_7format_format, 0, __pyx_n_s_VCF_format_format, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__109)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__110);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_format_format, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 424; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":444
+ * return format
+ *
+ * def get_expected(self, format, formatdict, alt): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * fmt = formatdict[format]
+ * if fmt.numbertype == self.NT_UNKNOWN: return -1
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_9get_expected, 0, __pyx_n_s_VCF_get_expected, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__112)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_get_expected, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 444; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":455
+ *
+ *
+ * def _add_definition(self, formatdict, key, data, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if key in formatdict: return
+ * self.error(line,self.ERROR_UNKNOWN_KEY,key)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_11_add_definition, 0, __pyx_n_s_VCF__add_definition, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__114)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_add_definition, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 455; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":472
+ *
+ * # todo: trim trailing missing values
+ * def format_formatdata( self, data, format, key=True, value=True, separator=":" ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * output, sdata = [], []
+ * if type(data) == type([]): # for FORMAT field, make data with dummy values
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_13format_formatdata, 0, __pyx_n_s_VCF_format_formatdata, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__116)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__117);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_format_formatdata, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 472; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":506
+ *
+ *
+ * def enter_default_format(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * for f in [FORMAT('GT',self.NT_NUMBER,1,'String','Genotype','.'),
+ * FORMAT('DP',self.NT_NUMBER,1,'Integer','Read depth at this position for this sample',-1),
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_15enter_default_format, 0, __pyx_n_s_VCF_enter_default_format, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__119)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 506; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_enter_default_format, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 506; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":525
+ * self._format[f.id] = f
+ *
+ * def parse_header(self, line): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * assert line.startswith('##')
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_17parse_header, 0, __pyx_n_s_VCF_parse_header, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__121)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse_header, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 525; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":555
+ *
+ *
+ * def write_header( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("##fileformat=VCFv%s.%s\n" % (self._version // 10, self._version % 10))
+ * for key,value in self._header: stream.write("##%s=%s\n" % (key,value))
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_19write_header, 0, __pyx_n_s_VCF_write_header, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__123)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_write_header, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 555; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":562
+ *
+ *
+ * def parse_heading( self, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * assert line.startswith('#')
+ * assert not line.startswith('##')
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_21parse_heading, 0, __pyx_n_s_VCF_parse_heading, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__125)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse_heading, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 562; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":590
+ * self._sample2column = dict( [(y,x+9) for x,y in enumerate( self._samples ) ] )
+ *
+ * def write_heading( self, stream ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_23write_heading, 0, __pyx_n_s_VCF_write_heading, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__127)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_write_heading, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 590; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":593
+ * stream.write("#" + "\t".join(self._required + self._samples) + "\n")
+ *
+ * def convertGT(self, GTstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if GTstring == ".": return ["."]
+ * try:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_25convertGT, 0, __pyx_n_s_VCF_convertGT, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__129)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_convertGT, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 593; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":605
+ * return [".","|","."]
+ *
+ * def convertGTback(self, GTdata): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_27convertGTback, 0, __pyx_n_s_VCF_convertGTback, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__131)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_convertGTback, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 605; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":608
+ * return ''.join(map(str,GTdata))
+ *
+ * def parse_formatdata( self, key, value, formatdict, line ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # To do: check that the right number of values is present
+ * f = formatdict.get(key,None)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_29parse_formatdata, 0, __pyx_n_s_VCF_parse_formatdata, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__133)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse_formatdata, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 608; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":650
+ * self.error(line,self.ERROR_INFO_STRING)
+ *
+ * def inregion(self, chrom, pos): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if not self._regions: return True
+ * for r in self._regions:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_31inregion, 0, __pyx_n_s_VCF_inregion, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__135)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_inregion, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 650; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":656
+ * return False
+ *
+ * def parse_data( self, line, lineparse=False ): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * cols = line.split('\t')
+ * if len(cols) != len(self._samples)+9:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_33parse_data, 0, __pyx_n_s_VCF_parse_data, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__137)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__138);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse_data, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 656; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":868
+ *
+ *
+ * def write_data(self, stream, data): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * required = ['chrom','pos','id','ref','alt','qual','filter','info','format'] + self._samples
+ * for k in required:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_35write_data, 0, __pyx_n_s_VCF_write_data, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__140)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_write_data, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 868; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":900
+ * stream.write( "\t".join(output) + "\n" )
+ *
+ * def _parse_header(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._lineno = 0
+ * for line in stream:
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_37_parse_header, 0, __pyx_n_s_VCF__parse_header, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__142)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 900; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse_header_2, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 900; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":914
+ * return line
+ *
+ * def _parse(self, line, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # deal with files with header only
+ * if line.startswith("##"): return
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_39_parse, 0, __pyx_n_s_VCF__parse, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__144)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 914; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":932
+ * ######################################################################################################
+ *
+ * def getsamples(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * return self._samples
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_42getsamples, 0, __pyx_n_s_VCF_getsamples, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__146)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_getsamples, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 932; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":936
+ * return self._samples
+ *
+ * def setsamples(self,samples): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of samples in VCF file """
+ * self._samples = samples
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_44setsamples, 0, __pyx_n_s_VCF_setsamples, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__148)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setsamples, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 936; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":940
+ * self._samples = samples
+ *
+ * def getheader(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * return self._header
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_46getheader, 0, __pyx_n_s_VCF_getheader, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__150)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 940; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_getheader, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 940; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":944
+ * return self._header
+ *
+ * def setheader(self,header): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ List of header key-value pairs (strings) """
+ * self._header = header
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_48setheader, 0, __pyx_n_s_VCF_setheader, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__152)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setheader, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 944; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":948
+ * self._header = header
+ *
+ * def getinfo(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._info
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_50getinfo, 0, __pyx_n_s_VCF_getinfo, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__154)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_getinfo, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 948; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":952
+ * return self._info
+ *
+ * def setinfo(self,info): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##INFO tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._info = info
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_52setinfo, 0, __pyx_n_s_VCF_setinfo, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__156)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 952; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setinfo, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 952; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":956
+ * self._info = info
+ *
+ * def getformat(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._format
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_54getformat, 0, __pyx_n_s_VCF_getformat, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__158)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 956; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_getformat, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 956; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":960
+ * return self._format
+ *
+ * def setformat(self,format): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FORMAT tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._format = format
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_56setformat, 0, __pyx_n_s_VCF_setformat, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__160)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setformat, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 960; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":964
+ * self._format = format
+ *
+ * def getfilter(self): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * return self._filter
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_58getfilter, 0, __pyx_n_s_VCF_getfilter, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__162)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 964; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_getfilter, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 964; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":968
+ * return self._filter
+ *
+ * def setfilter(self,filter): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Dictionary of ##FILTER tags, as VCF.FORMAT values """
+ * self._filter = filter
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_60setfilter, 0, __pyx_n_s_VCF_setfilter, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__164)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 968; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setfilter, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 968; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":972
+ * self._filter = filter
+ *
+ * def setversion(self, version): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * if version != 33 and version != 40: raise ValueError("Can only handle v3.3 and v4.0 VCF files")
+ * self._version = version
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_62setversion, 0, __pyx_n_s_VCF_setversion, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__166)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setversion, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 972; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":976
+ * self._version = version
+ *
+ * def setregions(self, regions): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * self._regions = regions
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_64setregions, 0, __pyx_n_s_VCF_setregions, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__168)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 976; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setregions, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 976; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":979
+ * self._regions = regions
+ *
+ * def setreference(self, ref): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Provide a reference sequence; a Python class supporting a fetch(chromosome, start, end) method, e.g. PySam.FastaFile """
+ * self._reference = ref
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_66setreference, 0, __pyx_n_s_VCF_setreference, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__170)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 979; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_setreference, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 979; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":983
+ * self._reference = ref
+ *
+ * def ignoreerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._ignored_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_68ignoreerror, 0, __pyx_n_s_VCF_ignoreerror, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__172)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 983; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_ignoreerror, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 983; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":987
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def warnerror(self, errorstring): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * try: self._warn_errors.add(self.__dict__[errorstring])
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_70warnerror, 0, __pyx_n_s_VCF_warnerror, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__174)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_warnerror, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 987; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":991
+ * except KeyError: raise ValueError("Invalid error string: %s" % errorstring)
+ *
+ * def parse(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Parse a stream of VCF-formatted lines. Initializes class instance and return generator """
+ * last_line = self._parse_header(stream)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_72parse, 0, __pyx_n_s_VCF_parse, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__176)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_parse_2, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 991; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":998
+ * return self._parse(last_line, stream)
+ *
+ * def write(self, stream, datagenerator): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF file to a stream, using a data generator (or list) """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_74write, 0, __pyx_n_s_VCF_write, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__178)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_write, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 998; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1004
+ * for data in datagenerator: self.write_data(stream,data)
+ *
+ * def writeheader(self, stream): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Writes a VCF header """
+ * self.write_header(stream)
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_76writeheader, 0, __pyx_n_s_VCF_writeheader, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__180)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1004; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_writeheader, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1004; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1009
+ * self.write_heading(stream)
+ *
+ * def compare_calls(self, pos1, ref1, alt1, pos2, ref2, alt2): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * """ Utility function: compares two calls for equality """
+ * # a variant should always be assigned to a unique position, one base before
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_78compare_calls, 0, __pyx_n_s_VCF_compare_calls, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__182)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_compare_calls, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1009; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1031
+ * ###########################################################################################################
+ *
+ * def connect(self, filename, encoding="ascii"): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''connect to tabix file.'''
+ * self.encoding=encoding
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_80connect, 0, __pyx_n_s_VCF_connect, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__184)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__185);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_connect, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1031; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1037
+ * self._parse_header(self.tabixfile.header)
+ *
+ * def fetch(self, # <<<<<<<<<<<<<<
+ * reference=None,
+ * start=None,
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_82fetch, 0, __pyx_n_s_VCF_fetch, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__187)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(__pyx_t_5, __pyx_tuple__188);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_fetch, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1037; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1051
+ * parser = asVCFRecord(self))
+ *
+ * def validate(self, record): # <<<<<<<<<<<<<<
+ * '''validate vcf record.
+ *
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_CyFunction_NewEx(&__pyx_mdef_5pysam_4cvcf_3VCF_84validate, 0, __pyx_n_s_VCF_validate, NULL, __pyx_n_s_pysam_cvcf, PyModule_GetDict(__pyx_m), ((PyObject *)__pyx_codeobj__190)); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1051; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyObject_SetItem(__pyx_t_4, __pyx_n_s_validate, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1051; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":242
+ * return r
+ *
+ * class VCF(object): # <<<<<<<<<<<<<<
+ *
+ * # types
+ */
+ __pyx_t_5 = __Pyx_Py3ClassCreate(__pyx_t_2, __pyx_n_s_VCF, __pyx_t_3, __pyx_t_4, NULL, 0, 1); if (unlikely(!__pyx_t_5)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 242; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_5);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_VCF, __pyx_t_5) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 242; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_5); __pyx_t_5 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1178
+ * pos -= 1
+ *
+ * __all__ = [ # <<<<<<<<<<<<<<
+ * "VCF", "VCFRecord", ]
+ *
+ */
+ __pyx_t_3 = PyList_New(2); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1178; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_VCF);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_3, 0, __pyx_n_s_VCF);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_VCF);
+ __Pyx_INCREF(__pyx_n_s_VCFRecord);
+ PyList_SET_ITEM(__pyx_t_3, 1, __pyx_n_s_VCFRecord);
+ __Pyx_GIVEREF(__pyx_n_s_VCFRecord);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_all, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1178; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+
+ /* "pysam/cvcf.pyx":1
+ * # # <<<<<<<<<<<<<<
+ * # Code to read, write and edit VCF files
+ * #
+ */
+ __pyx_t_3 = PyDict_New(); if (unlikely(!__pyx_t_3)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
+ if (PyDict_SetItem(__pyx_d, __pyx_n_s_test, __pyx_t_3) < 0) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 1; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
+ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
+ goto __pyx_L0;
+ __pyx_L1_error:;
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
+ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
+ if (__pyx_m) {
+ __Pyx_AddTraceback("init pysam.cvcf", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
+ Py_DECREF(__pyx_m); __pyx_m = 0;
+ } else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ImportError, "init pysam.cvcf");
+ }
+ __pyx_L0:;
+ __Pyx_RefNannyFinishContext();
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ return;
+ #else
+ return __pyx_m;
+ #endif
+}
+
+/* Runtime support code */
+#if CYTHON_REFNANNY
+static __Pyx_RefNannyAPIStruct *__Pyx_RefNannyImportAPI(const char *modname) {
+ PyObject *m = NULL, *p = NULL;
+ void *r = NULL;
+ m = PyImport_ImportModule((char *)modname);
+ if (!m) goto end;
+ p = PyObject_GetAttrString(m, (char *)"RefNannyAPI");
+ if (!p) goto end;
+ r = PyLong_AsVoidPtr(p);
+end:
+ Py_XDECREF(p);
+ Py_XDECREF(m);
+ return (__Pyx_RefNannyAPIStruct *)r;
+}
+#endif /* CYTHON_REFNANNY */
+
+static PyObject *__Pyx_GetBuiltinName(PyObject *name) {
+ PyObject* result = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, name);
+ if (unlikely(!result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_NameError,
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "name '%U' is not defined", name);
+#else
+ "name '%.200s' is not defined", PyString_AS_STRING(name));
+#endif
+ }
+ return result;
+}
+
+static void __Pyx_RaiseArgtupleInvalid(
+ const char* func_name,
+ int exact,
+ Py_ssize_t num_min,
+ Py_ssize_t num_max,
+ Py_ssize_t num_found)
+{
+ Py_ssize_t num_expected;
+ const char *more_or_less;
+ if (num_found < num_min) {
+ num_expected = num_min;
+ more_or_less = "at least";
+ } else {
+ num_expected = num_max;
+ more_or_less = "at most";
+ }
+ if (exact) {
+ more_or_less = "exactly";
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes %.8s %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d positional argument%.1s (%" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d given)",
+ func_name, more_or_less, num_expected,
+ (num_expected == 1) ? "" : "s", num_found);
+}
+
+static void __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(
+ const char* func_name,
+ PyObject* kw_name)
+{
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%U'", func_name, kw_name);
+ #else
+ "%s() got multiple values for keyword argument '%s'", func_name,
+ PyString_AsString(kw_name));
+ #endif
+}
+
+static int __Pyx_ParseOptionalKeywords(
+ PyObject *kwds,
+ PyObject **argnames[],
+ PyObject *kwds2,
+ PyObject *values[],
+ Py_ssize_t num_pos_args,
+ const char* function_name)
+{
+ PyObject *key = 0, *value = 0;
+ Py_ssize_t pos = 0;
+ PyObject*** name;
+ PyObject*** first_kw_arg = argnames + num_pos_args;
+ while (PyDict_Next(kwds, &pos, &key, &value)) {
+ name = first_kw_arg;
+ while (*name && (**name != key)) name++;
+ if (*name) {
+ values[name-argnames] = value;
+ continue;
+ }
+ name = first_kw_arg;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyString_CheckExact(key)) || likely(PyString_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ if ((CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**name) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**name, key)) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ if ((**argname == key) || (
+ (CYTHON_COMPILING_IN_PYPY || PyString_GET_SIZE(**argname) == PyString_GET_SIZE(key))
+ && _PyString_Eq(**argname, key))) {
+ goto arg_passed_twice;
+ }
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ #endif
+ if (likely(PyUnicode_Check(key))) {
+ while (*name) {
+ int cmp = (**name == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**name) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**name, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) {
+ values[name-argnames] = value;
+ break;
+ }
+ name++;
+ }
+ if (*name) continue;
+ else {
+ PyObject*** argname = argnames;
+ while (argname != first_kw_arg) {
+ int cmp = (**argname == key) ? 0 :
+ #if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ (PyUnicode_GET_SIZE(**argname) != PyUnicode_GET_SIZE(key)) ? 1 :
+ #endif
+ PyUnicode_Compare(**argname, key);
+ if (cmp < 0 && unlikely(PyErr_Occurred())) goto bad;
+ if (cmp == 0) goto arg_passed_twice;
+ argname++;
+ }
+ }
+ } else
+ goto invalid_keyword_type;
+ if (kwds2) {
+ if (unlikely(PyDict_SetItem(kwds2, key, value))) goto bad;
+ } else {
+ goto invalid_keyword;
+ }
+ }
+ return 0;
+arg_passed_twice:
+ __Pyx_RaiseDoubleKeywordsError(function_name, key);
+ goto bad;
+invalid_keyword_type:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() keywords must be strings", function_name);
+ goto bad;
+invalid_keyword:
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "%.200s() got an unexpected keyword argument '%.200s'",
+ function_name, PyString_AsString(key));
+ #else
+ "%s() got an unexpected keyword argument '%U'",
+ function_name, key);
+ #endif
+bad:
+ return -1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetModuleGlobalName(PyObject *name) {
+ PyObject *result;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = PyDict_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (result) {
+ Py_INCREF(result);
+ } else {
+#else
+ result = PyObject_GetItem(__pyx_d, name);
+ if (!result) {
+ PyErr_Clear();
+#endif
+ result = __Pyx_GetBuiltinName(name);
+ }
+ return result;
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyObject *result;
+ ternaryfunc call = func->ob_type->tp_call;
+ if (unlikely(!call))
+ return PyObject_Call(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (unlikely(Py_EnterRecursiveCall((char*)" while calling a Python object")))
+ return NULL;
+#endif
+ result = (*call)(func, arg, kw);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ Py_LeaveRecursiveCall();
+#endif
+ if (unlikely(!result) && unlikely(!PyErr_Occurred())) {
+ PyErr_SetString(
+ PyExc_SystemError,
+ "NULL result without error in PyObject_Call");
+ }
+ return result;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject* j) {
+ PyObject *r;
+ if (!j) return NULL;
+ r = PyObject_GetItem(o, j);
+ Py_DECREF(j);
+ return r;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_List_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyList_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Tuple_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (wraparound & unlikely(i < 0)) i += PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((0 <= i) & (i < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, i);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+#else
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject *__Pyx_GetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (is_list || PyList_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyList_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || (likely((n >= 0) & (n < PyList_GET_SIZE(o))))) {
+ PyObject *r = PyList_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ }
+ else if (PyTuple_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = ((!wraparound) | likely(i >= 0)) ? i : i + PyTuple_GET_SIZE(o);
+ if ((!boundscheck) || likely((n >= 0) & (n < PyTuple_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject *r = PyTuple_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(r);
+ return r;
+ }
+ } else {
+ PySequenceMethods *m = Py_TYPE(o)->tp_as_sequence;
+ if (likely(m && m->sq_item)) {
+ if (wraparound && unlikely(i < 0) && likely(m->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = m->sq_length(o);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ i += l;
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ return NULL;
+ }
+ }
+ return m->sq_item(o, i);
+ }
+ }
+#else
+ if (is_list || PySequence_Check(o)) {
+ return PySequence_GetItem(o, i);
+ }
+#endif
+ return __Pyx_GetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i));
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSave(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->exc_type;
+ *value = tstate->exc_value;
+ *tb = tstate->exc_traceback;
+ Py_XINCREF(*type);
+ Py_XINCREF(*value);
+ Py_XINCREF(*tb);
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+static void __Pyx_ExceptionReset(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = type;
+ tstate->exc_value = value;
+ tstate->exc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_GetException(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *local_type, *local_value, *local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ local_type = tstate->curexc_type;
+ local_value = tstate->curexc_value;
+ local_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&local_type, &local_value, &local_tb);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (unlikely(tstate->curexc_type))
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred()))
+#endif
+ goto bad;
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (local_tb) {
+ if (unlikely(PyException_SetTraceback(local_value, local_tb) < 0))
+ goto bad;
+ }
+ #endif
+ Py_XINCREF(local_tb);
+ Py_XINCREF(local_type);
+ Py_XINCREF(local_value);
+ *type = local_type;
+ *value = local_value;
+ *tb = local_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = local_type;
+ tstate->exc_value = local_value;
+ tstate->exc_traceback = local_tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_SetExcInfo(local_type, local_value, local_tb);
+#endif
+ return 0;
+bad:
+ *type = 0;
+ *value = 0;
+ *tb = 0;
+ Py_XDECREF(local_type);
+ Py_XDECREF(local_value);
+ Py_XDECREF(local_tb);
+ return -1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrRestore(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->curexc_type;
+ tmp_value = tstate->curexc_value;
+ tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = type;
+ tstate->curexc_value = value;
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_type);
+ Py_XDECREF(tmp_value);
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+#else
+ PyErr_Restore(type, value, tb);
+#endif
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ErrFetch(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ *type = tstate->curexc_type;
+ *value = tstate->curexc_value;
+ *tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+#else
+ PyErr_Fetch(type, value, tb);
+#endif
+}
+
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb,
+ CYTHON_UNUSED PyObject *cause) {
+ Py_XINCREF(type);
+ if (!value || value == Py_None)
+ value = NULL;
+ else
+ Py_INCREF(value);
+ if (!tb || tb == Py_None)
+ tb = NULL;
+ else {
+ Py_INCREF(tb);
+ if (!PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto raise_error;
+ }
+ }
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyClass_Check(type)) {
+ #else
+ if (PyType_Check(type)) {
+ #endif
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (!value) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+#endif
+ PyErr_NormalizeException(&type, &value, &tb);
+ } else {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto raise_error;
+ }
+ value = type;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyInstance_Check(type)) {
+ type = (PyObject*) ((PyInstanceObject*)type)->in_class;
+ Py_INCREF(type);
+ } else {
+ type = 0;
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception must be an old-style class or instance");
+ goto raise_error;
+ }
+ #else
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(type);
+ Py_INCREF(type);
+ if (!PyType_IsSubtype((PyTypeObject *)type, (PyTypeObject *)PyExc_BaseException)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto raise_error;
+ }
+ #endif
+ }
+ __Pyx_ErrRestore(type, value, tb);
+ return;
+raise_error:
+ Py_XDECREF(value);
+ Py_XDECREF(type);
+ Py_XDECREF(tb);
+ return;
+}
+#else /* Python 3+ */
+static void __Pyx_Raise(PyObject *type, PyObject *value, PyObject *tb, PyObject *cause) {
+ PyObject* owned_instance = NULL;
+ if (tb == Py_None) {
+ tb = 0;
+ } else if (tb && !PyTraceBack_Check(tb)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: arg 3 must be a traceback or None");
+ goto bad;
+ }
+ if (value == Py_None)
+ value = 0;
+ if (PyExceptionInstance_Check(type)) {
+ if (value) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "instance exception may not have a separate value");
+ goto bad;
+ }
+ value = type;
+ type = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ } else if (PyExceptionClass_Check(type)) {
+ PyObject *instance_class = NULL;
+ if (value && PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ instance_class = (PyObject*) Py_TYPE(value);
+ if (instance_class != type) {
+ if (PyObject_IsSubclass(instance_class, type)) {
+ type = instance_class;
+ } else {
+ instance_class = NULL;
+ }
+ }
+ }
+ if (!instance_class) {
+ PyObject *args;
+ if (!value)
+ args = PyTuple_New(0);
+ else if (PyTuple_Check(value)) {
+ Py_INCREF(value);
+ args = value;
+ } else
+ args = PyTuple_Pack(1, value);
+ if (!args)
+ goto bad;
+ owned_instance = PyObject_Call(type, args, NULL);
+ Py_DECREF(args);
+ if (!owned_instance)
+ goto bad;
+ value = owned_instance;
+ if (!PyExceptionInstance_Check(value)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "calling %R should have returned an instance of "
+ "BaseException, not %R",
+ type, Py_TYPE(value));
+ goto bad;
+ }
+ }
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "raise: exception class must be a subclass of BaseException");
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03030000
+ if (cause) {
+#else
+ if (cause && cause != Py_None) {
+#endif
+ PyObject *fixed_cause;
+ if (cause == Py_None) {
+ fixed_cause = NULL;
+ } else if (PyExceptionClass_Check(cause)) {
+ fixed_cause = PyObject_CallObject(cause, NULL);
+ if (fixed_cause == NULL)
+ goto bad;
+ } else if (PyExceptionInstance_Check(cause)) {
+ fixed_cause = cause;
+ Py_INCREF(fixed_cause);
+ } else {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "exception causes must derive from "
+ "BaseException");
+ goto bad;
+ }
+ PyException_SetCause(value, fixed_cause);
+ }
+ PyErr_SetObject(type, value);
+ if (tb) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* tmp_tb = tstate->curexc_traceback;
+ if (tb != tmp_tb) {
+ Py_INCREF(tb);
+ tstate->curexc_traceback = tb;
+ Py_XDECREF(tmp_tb);
+ }
+ }
+bad:
+ Py_XDECREF(owned_instance);
+ return;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyBytes_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+ if (s1 == s2) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else if (PyBytes_CheckExact(s1) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ const char *ps1, *ps2;
+ Py_ssize_t length = PyBytes_GET_SIZE(s1);
+ if (length != PyBytes_GET_SIZE(s2))
+ return (equals == Py_NE);
+ ps1 = PyBytes_AS_STRING(s1);
+ ps2 = PyBytes_AS_STRING(s2);
+ if (ps1[0] != ps2[0]) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if (length == 1) {
+ return (equals == Py_EQ);
+ } else {
+ int result = memcmp(ps1, ps2, (size_t)length);
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s2)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else if ((s2 == Py_None) & PyBytes_CheckExact(s1)) {
+ return (equals == Py_NE);
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+#endif
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyUnicode_Equals(PyObject* s1, PyObject* s2, int equals) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ return PyObject_RichCompareBool(s1, s2, equals);
+#else
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PyObject* owned_ref = NULL;
+#endif
+ int s1_is_unicode, s2_is_unicode;
+ if (s1 == s2) {
+ goto return_eq;
+ }
+ s1_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s1);
+ s2_is_unicode = PyUnicode_CheckExact(s2);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if ((s1_is_unicode & (!s2_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s2)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s2);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s2 = owned_ref;
+ s2_is_unicode = 1;
+ } else if ((s2_is_unicode & (!s1_is_unicode)) && PyString_CheckExact(s1)) {
+ owned_ref = PyUnicode_FromObject(s1);
+ if (unlikely(!owned_ref))
+ return -1;
+ s1 = owned_ref;
+ s1_is_unicode = 1;
+ } else if (((!s2_is_unicode) & (!s1_is_unicode))) {
+ return __Pyx_PyBytes_Equals(s1, s2, equals);
+ }
+#endif
+ if (s1_is_unicode & s2_is_unicode) {
+ Py_ssize_t length;
+ int kind;
+ void *data1, *data2;
+ #if CYTHON_PEP393_ENABLED
+ if (unlikely(PyUnicode_READY(s1) < 0) || unlikely(PyUnicode_READY(s2) < 0))
+ return -1;
+ #endif
+ length = __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s1);
+ if (length != __Pyx_PyUnicode_GET_LENGTH(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ kind = __Pyx_PyUnicode_KIND(s1);
+ if (kind != __Pyx_PyUnicode_KIND(s2)) {
+ goto return_ne;
+ }
+ data1 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s1);
+ data2 = __Pyx_PyUnicode_DATA(s2);
+ if (__Pyx_PyUnicode_READ(kind, data1, 0) != __Pyx_PyUnicode_READ(kind, data2, 0)) {
+ goto return_ne;
+ } else if (length == 1) {
+ goto return_eq;
+ } else {
+ int result = memcmp(data1, data2, length * kind);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ) ? (result == 0) : (result != 0);
+ }
+ } else if ((s1 == Py_None) & s2_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else if ((s2 == Py_None) & s1_is_unicode) {
+ goto return_ne;
+ } else {
+ int result;
+ PyObject* py_result = PyObject_RichCompare(s1, s2, equals);
+ if (!py_result)
+ return -1;
+ result = __Pyx_PyObject_IsTrue(py_result);
+ Py_DECREF(py_result);
+ return result;
+ }
+return_eq:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_EQ);
+return_ne:
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ Py_XDECREF(owned_ref);
+ #endif
+ return (equals == Py_NE);
+#endif
+}
+
+static double __Pyx__PyObject_AsDouble(PyObject* obj) {
+ PyObject* float_value;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ float_value = PyNumber_Float(obj);
+#else
+ PyNumberMethods *nb = Py_TYPE(obj)->tp_as_number;
+ if (likely(nb) && likely(nb->nb_float)) {
+ float_value = nb->nb_float(obj);
+ if (likely(float_value) && unlikely(!PyFloat_Check(float_value))) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__float__ returned non-float (type %.200s)",
+ Py_TYPE(float_value)->tp_name);
+ Py_DECREF(float_value);
+ goto bad;
+ }
+ } else if (PyUnicode_CheckExact(obj) || PyBytes_CheckExact(obj)) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ float_value = PyFloat_FromString(obj);
+#else
+ float_value = PyFloat_FromString(obj, 0);
+#endif
+ } else {
+ PyObject* args = PyTuple_New(1);
+ if (unlikely(!args)) goto bad;
+ PyTuple_SET_ITEM(args, 0, obj);
+ float_value = PyObject_Call((PyObject*)&PyFloat_Type, args, 0);
+ PyTuple_SET_ITEM(args, 0, 0);
+ Py_DECREF(args);
+ }
+#endif
+ if (likely(float_value)) {
+ double value = PyFloat_AS_DOUBLE(float_value);
+ Py_DECREF(float_value);
+ return value;
+ }
+bad:
+ return (double)-1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseUnboundLocalError(const char *varname) {
+ PyErr_Format(PyExc_UnboundLocalError, "local variable '%s' referenced before assignment", varname);
+}
+
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyBytes_Join(PyObject* sep, PyObject* values) {
+ return PyObject_CallMethodObjArgs(sep, __pyx_n_s_join, values, NULL)
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyObject_GetSlice(
+ PyObject* obj, Py_ssize_t cstart, Py_ssize_t cstop,
+ PyObject** _py_start, PyObject** _py_stop, PyObject** _py_slice,
+ int has_cstart, int has_cstop, CYTHON_UNUSED int wraparound) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyMappingMethods* mp;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ PySequenceMethods* ms = Py_TYPE(obj)->tp_as_sequence;
+ if (likely(ms && ms->sq_slice)) {
+ if (!has_cstart) {
+ if (_py_start && (*_py_start != Py_None)) {
+ cstart = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(*_py_start);
+ if ((cstart == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred()) goto bad;
+ } else
+ cstart = 0;
+ }
+ if (!has_cstop) {
+ if (_py_stop && (*_py_stop != Py_None)) {
+ cstop = __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(*_py_stop);
+ if ((cstop == (Py_ssize_t)-1) && PyErr_Occurred()) goto bad;
+ } else
+ cstop = PY_SSIZE_T_MAX;
+ }
+ if (wraparound && unlikely((cstart < 0) | (cstop < 0)) && likely(ms->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = ms->sq_length(obj);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ if (cstop < 0) {
+ cstop += l;
+ if (cstop < 0) cstop = 0;
+ }
+ if (cstart < 0) {
+ cstart += l;
+ if (cstart < 0) cstart = 0;
+ }
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ goto bad;
+ }
+ }
+ return ms->sq_slice(obj, cstart, cstop);
+ }
+#endif
+ mp = Py_TYPE(obj)->tp_as_mapping;
+ if (likely(mp && mp->mp_subscript))
+#endif
+ {
+ PyObject* result;
+ PyObject *py_slice, *py_start, *py_stop;
+ if (_py_slice) {
+ py_slice = *_py_slice;
+ } else {
+ PyObject* owned_start = NULL;
+ PyObject* owned_stop = NULL;
+ if (_py_start) {
+ py_start = *_py_start;
+ } else {
+ if (has_cstart) {
+ owned_start = py_start = PyInt_FromSsize_t(cstart);
+ if (unlikely(!py_start)) goto bad;
+ } else
+ py_start = Py_None;
+ }
+ if (_py_stop) {
+ py_stop = *_py_stop;
+ } else {
+ if (has_cstop) {
+ owned_stop = py_stop = PyInt_FromSsize_t(cstop);
+ if (unlikely(!py_stop)) {
+ Py_XDECREF(owned_start);
+ goto bad;
+ }
+ } else
+ py_stop = Py_None;
+ }
+ py_slice = PySlice_New(py_start, py_stop, Py_None);
+ Py_XDECREF(owned_start);
+ Py_XDECREF(owned_stop);
+ if (unlikely(!py_slice)) goto bad;
+ }
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ result = mp->mp_subscript(obj, py_slice);
+#else
+ result = PyObject_GetItem(obj, py_slice);
+#endif
+ if (!_py_slice) {
+ Py_DECREF(py_slice);
+ }
+ return result;
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "'%.200s' object is unsliceable", Py_TYPE(obj)->tp_name);
+bad:
+ return NULL;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseTooManyValuesError(Py_ssize_t expected) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "too many values to unpack (expected %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d)", expected);
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(Py_ssize_t index) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "need more than %" CYTHON_FORMAT_SSIZE_T "d value%.1s to unpack",
+ index, (index == 1) ? "" : "s");
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_IterFinish(void) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyObject* exc_type = tstate->curexc_type;
+ if (unlikely(exc_type)) {
+ if (likely(exc_type == PyExc_StopIteration) || PyErr_GivenExceptionMatches(exc_type, PyExc_StopIteration)) {
+ PyObject *exc_value, *exc_tb;
+ exc_value = tstate->curexc_value;
+ exc_tb = tstate->curexc_traceback;
+ tstate->curexc_type = 0;
+ tstate->curexc_value = 0;
+ tstate->curexc_traceback = 0;
+ Py_DECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_tb);
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#else
+ if (unlikely(PyErr_Occurred())) {
+ if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_StopIteration))) {
+ PyErr_Clear();
+ return 0;
+ } else {
+ return -1;
+ }
+ }
+ return 0;
+#endif
+}
+
+static int __Pyx_IternextUnpackEndCheck(PyObject *retval, Py_ssize_t expected) {
+ if (unlikely(retval)) {
+ Py_DECREF(retval);
+ __Pyx_RaiseTooManyValuesError(expected);
+ return -1;
+ } else {
+ return __Pyx_IterFinish();
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_div_Py_ssize_t(Py_ssize_t a, Py_ssize_t b) {
+ Py_ssize_t q = a / b;
+ Py_ssize_t r = a - q*b;
+ q -= ((r != 0) & ((r ^ b) < 0));
+ return q;
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_crop_slice(Py_ssize_t* _start, Py_ssize_t* _stop, Py_ssize_t* _length) {
+ Py_ssize_t start = *_start, stop = *_stop, length = *_length;
+ if (start < 0) {
+ start += length;
+ if (start < 0)
+ start = 0;
+ }
+ if (stop < 0)
+ stop += length;
+ else if (stop > length)
+ stop = length;
+ *_length = stop - start;
+ *_start = start;
+ *_stop = stop;
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_copy_object_array(PyObject** CYTHON_RESTRICT src, PyObject** CYTHON_RESTRICT dest, Py_ssize_t length) {
+ PyObject *v;
+ Py_ssize_t i;
+ for (i = 0; i < length; i++) {
+ v = dest[i] = src[i];
+ Py_INCREF(v);
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyList_GetSlice(
+ PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop) {
+ PyObject* dest;
+ Py_ssize_t length = PyList_GET_SIZE(src);
+ __Pyx_crop_slice(&start, &stop, &length);
+ if (unlikely(length <= 0))
+ return PyList_New(0);
+ dest = PyList_New(length);
+ if (unlikely(!dest))
+ return NULL;
+ __Pyx_copy_object_array(
+ ((PyListObject*)src)->ob_item + start,
+ ((PyListObject*)dest)->ob_item,
+ length);
+ return dest;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyTuple_GetSlice(
+ PyObject* src, Py_ssize_t start, Py_ssize_t stop) {
+ PyObject* dest;
+ Py_ssize_t length = PyTuple_GET_SIZE(src);
+ __Pyx_crop_slice(&start, &stop, &length);
+ if (unlikely(length <= 0))
+ return PyTuple_New(0);
+ dest = PyTuple_New(length);
+ if (unlikely(!dest))
+ return NULL;
+ __Pyx_copy_object_array(
+ ((PyTupleObject*)src)->ob_item + start,
+ ((PyTupleObject*)dest)->ob_item,
+ length);
+ return dest;
+}
+#endif
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_Append(PyObject* L, PyObject* x) {
+ if (likely(PyList_CheckExact(L))) {
+ if (unlikely(__Pyx_PyList_Append(L, x) < 0)) return -1;
+ } else {
+ PyObject* retval = __Pyx_PyObject_CallMethod1(L, __pyx_n_s_append, x);
+ if (unlikely(!retval))
+ return -1;
+ Py_DECREF(retval);
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_RaiseNoneNotIterableError(void) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "'NoneType' object is not iterable");
+}
+
+static void __Pyx_UnpackTupleError(PyObject *t, Py_ssize_t index) {
+ if (t == Py_None) {
+ __Pyx_RaiseNoneNotIterableError();
+ } else if (PyTuple_GET_SIZE(t) < index) {
+ __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(PyTuple_GET_SIZE(t));
+ } else {
+ __Pyx_RaiseTooManyValuesError(index);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_unpack_tuple2(PyObject* tuple, PyObject** pvalue1, PyObject** pvalue2,
+ int is_tuple, int has_known_size, int decref_tuple) {
+ Py_ssize_t index;
+ PyObject *value1 = NULL, *value2 = NULL, *iter = NULL;
+ if (!is_tuple && unlikely(!PyTuple_Check(tuple))) {
+ iternextfunc iternext;
+ iter = PyObject_GetIter(tuple);
+ if (unlikely(!iter)) goto bad;
+ if (decref_tuple) { Py_DECREF(tuple); tuple = NULL; }
+ iternext = Py_TYPE(iter)->tp_iternext;
+ value1 = iternext(iter); if (unlikely(!value1)) { index = 0; goto unpacking_failed; }
+ value2 = iternext(iter); if (unlikely(!value2)) { index = 1; goto unpacking_failed; }
+ if (!has_known_size && unlikely(__Pyx_IternextUnpackEndCheck(iternext(iter), 2))) goto bad;
+ Py_DECREF(iter);
+ } else {
+ if (!has_known_size && unlikely(PyTuple_GET_SIZE(tuple) != 2)) {
+ __Pyx_UnpackTupleError(tuple, 2);
+ goto bad;
+ }
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ value1 = PySequence_ITEM(tuple, 0);
+ if (unlikely(!value1)) goto bad;
+ value2 = PySequence_ITEM(tuple, 1);
+ if (unlikely(!value2)) goto bad;
+#else
+ value1 = PyTuple_GET_ITEM(tuple, 0);
+ value2 = PyTuple_GET_ITEM(tuple, 1);
+ Py_INCREF(value1);
+ Py_INCREF(value2);
+#endif
+ if (decref_tuple) { Py_DECREF(tuple); }
+ }
+ *pvalue1 = value1;
+ *pvalue2 = value2;
+ return 0;
+unpacking_failed:
+ if (!has_known_size && __Pyx_IterFinish() == 0)
+ __Pyx_RaiseNeedMoreValuesError(index);
+bad:
+ Py_XDECREF(iter);
+ Py_XDECREF(value1);
+ Py_XDECREF(value2);
+ if (decref_tuple) { Py_XDECREF(tuple); }
+ return -1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_dict_iterator(PyObject* iterable, int is_dict, PyObject* method_name,
+ Py_ssize_t* p_orig_length, int* p_source_is_dict) {
+ is_dict = is_dict || likely(PyDict_CheckExact(iterable));
+ *p_source_is_dict = is_dict;
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (is_dict) {
+ *p_orig_length = PyDict_Size(iterable);
+ Py_INCREF(iterable);
+ return iterable;
+ }
+#endif
+ *p_orig_length = 0;
+ if (method_name) {
+ PyObject* iter;
+ iterable = __Pyx_PyObject_CallMethod0(iterable, method_name);
+ if (!iterable)
+ return NULL;
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (PyTuple_CheckExact(iterable) || PyList_CheckExact(iterable))
+ return iterable;
+#endif
+ iter = PyObject_GetIter(iterable);
+ Py_DECREF(iterable);
+ return iter;
+ }
+ return PyObject_GetIter(iterable);
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_dict_iter_next(PyObject* iter_obj, Py_ssize_t orig_length, Py_ssize_t* ppos,
+ PyObject** pkey, PyObject** pvalue, PyObject** pitem, int source_is_dict) {
+ PyObject* next_item;
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (source_is_dict) {
+ PyObject *key, *value;
+ if (unlikely(orig_length != PyDict_Size(iter_obj))) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "dictionary changed size during iteration");
+ return -1;
+ }
+ if (unlikely(!PyDict_Next(iter_obj, ppos, &key, &value))) {
+ return 0;
+ }
+ if (pitem) {
+ PyObject* tuple = PyTuple_New(2);
+ if (unlikely(!tuple)) {
+ return -1;
+ }
+ Py_INCREF(key);
+ Py_INCREF(value);
+ PyTuple_SET_ITEM(tuple, 0, key);
+ PyTuple_SET_ITEM(tuple, 1, value);
+ *pitem = tuple;
+ } else {
+ if (pkey) {
+ Py_INCREF(key);
+ *pkey = key;
+ }
+ if (pvalue) {
+ Py_INCREF(value);
+ *pvalue = value;
+ }
+ }
+ return 1;
+ } else if (PyTuple_CheckExact(iter_obj)) {
+ Py_ssize_t pos = *ppos;
+ if (unlikely(pos >= PyTuple_GET_SIZE(iter_obj))) return 0;
+ *ppos = pos + 1;
+ next_item = PyTuple_GET_ITEM(iter_obj, pos);
+ Py_INCREF(next_item);
+ } else if (PyList_CheckExact(iter_obj)) {
+ Py_ssize_t pos = *ppos;
+ if (unlikely(pos >= PyList_GET_SIZE(iter_obj))) return 0;
+ *ppos = pos + 1;
+ next_item = PyList_GET_ITEM(iter_obj, pos);
+ Py_INCREF(next_item);
+ } else
+#endif
+ {
+ next_item = PyIter_Next(iter_obj);
+ if (unlikely(!next_item)) {
+ return __Pyx_IterFinish();
+ }
+ }
+ if (pitem) {
+ *pitem = next_item;
+ } else if (pkey && pvalue) {
+ if (__Pyx_unpack_tuple2(next_item, pkey, pvalue, source_is_dict, source_is_dict, 1))
+ return -1;
+ } else if (pkey) {
+ *pkey = next_item;
+ } else {
+ *pvalue = next_item;
+ }
+ return 1;
+}
+
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_SetItemInt_Generic(PyObject *o, PyObject *j, PyObject *v) {
+ int r;
+ if (!j) return -1;
+ r = PyObject_SetItem(o, j, v);
+ Py_DECREF(j);
+ return r;
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_SetItemInt_Fast(PyObject *o, Py_ssize_t i, PyObject *v,
+ int is_list, int wraparound, int boundscheck) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ if (is_list || PyList_CheckExact(o)) {
+ Py_ssize_t n = (!wraparound) ? i : ((likely(i >= 0)) ? i : i + PyList_GET_SIZE(o));
+ if ((!boundscheck) || likely((n >= 0) & (n < PyList_GET_SIZE(o)))) {
+ PyObject* old = PyList_GET_ITEM(o, n);
+ Py_INCREF(v);
+ PyList_SET_ITEM(o, n, v);
+ Py_DECREF(old);
+ return 1;
+ }
+ } else {
+ PySequenceMethods *m = Py_TYPE(o)->tp_as_sequence;
+ if (likely(m && m->sq_ass_item)) {
+ if (wraparound && unlikely(i < 0) && likely(m->sq_length)) {
+ Py_ssize_t l = m->sq_length(o);
+ if (likely(l >= 0)) {
+ i += l;
+ } else {
+ if (PyErr_ExceptionMatches(PyExc_OverflowError))
+ PyErr_Clear();
+ else
+ return -1;
+ }
+ }
+ return m->sq_ass_item(o, i, v);
+ }
+ }
+#else
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ if (is_list || (PySequence_Check(o) && !PyDict_Check(o))) {
+#else
+ if (is_list || PySequence_Check(o)) {
+#endif
+ return PySequence_SetItem(o, i, v);
+ }
+#endif
+ return __Pyx_SetItemInt_Generic(o, PyInt_FromSsize_t(i), v);
+}
+
+static void __Pyx_call_next_tp_dealloc(PyObject* obj, destructor current_tp_dealloc) {
+ PyTypeObject* type = Py_TYPE(obj);
+ while (type && type->tp_dealloc != current_tp_dealloc)
+ type = type->tp_base;
+ while (type && type->tp_dealloc == current_tp_dealloc)
+ type = type->tp_base;
+ if (type)
+ type->tp_dealloc(obj);
+}
+
+static int __Pyx_call_next_tp_traverse(PyObject* obj, visitproc v, void *a, traverseproc current_tp_traverse) {
+ PyTypeObject* type = Py_TYPE(obj);
+ while (type && type->tp_traverse != current_tp_traverse)
+ type = type->tp_base;
+ while (type && type->tp_traverse == current_tp_traverse)
+ type = type->tp_base;
+ if (type && type->tp_traverse)
+ return type->tp_traverse(obj, v, a);
+ return 0;
+}
+
+static void __Pyx_call_next_tp_clear(PyObject* obj, inquiry current_tp_clear) {
+ PyTypeObject* type = Py_TYPE(obj);
+ while (type && type->tp_clear != current_tp_clear)
+ type = type->tp_base;
+ while (type && type->tp_clear == current_tp_clear)
+ type = type->tp_base;
+ if (type && type->tp_clear)
+ type->tp_clear(obj);
+}
+
+static void* __Pyx_GetVtable(PyObject *dict) {
+ void* ptr;
+ PyObject *ob = PyObject_GetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable);
+ if (!ob)
+ goto bad;
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ ptr = PyCapsule_GetPointer(ob, 0);
+#else
+ ptr = PyCObject_AsVoidPtr(ob);
+#endif
+ if (!ptr && !PyErr_Occurred())
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "invalid vtable found for imported type");
+ Py_DECREF(ob);
+ return ptr;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return NULL;
+}
+
+static int __Pyx_SetVtable(PyObject *dict, void *vtable) {
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3&&PY_MINOR_VERSION==0)
+ PyObject *ob = PyCapsule_New(vtable, 0, 0);
+#else
+ PyObject *ob = PyCObject_FromVoidPtr(vtable, 0);
+#endif
+ if (!ob)
+ goto bad;
+ if (PyDict_SetItem(dict, __pyx_n_s_pyx_vtable, ob) < 0)
+ goto bad;
+ Py_DECREF(ob);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(ob);
+ return -1;
+}
+
+static PyObject* __Pyx_ImportFrom(PyObject* module, PyObject* name) {
+ PyObject* value = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(module, name);
+ if (unlikely(!value) && PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ PyErr_Format(PyExc_ImportError,
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ "cannot import name %.230s", PyString_AS_STRING(name));
+ #else
+ "cannot import name %S", name);
+ #endif
+ }
+ return value;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_CalculateMetaclass(PyTypeObject *metaclass, PyObject *bases) {
+ Py_ssize_t i, nbases = PyTuple_GET_SIZE(bases);
+ for (i=0; i < nbases; i++) {
+ PyTypeObject *tmptype;
+ PyObject *tmp = PyTuple_GET_ITEM(bases, i);
+ tmptype = Py_TYPE(tmp);
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (tmptype == &PyClass_Type)
+ continue;
+#endif
+ if (!metaclass) {
+ metaclass = tmptype;
+ continue;
+ }
+ if (PyType_IsSubtype(metaclass, tmptype))
+ continue;
+ if (PyType_IsSubtype(tmptype, metaclass)) {
+ metaclass = tmptype;
+ continue;
+ }
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "metaclass conflict: "
+ "the metaclass of a derived class "
+ "must be a (non-strict) subclass "
+ "of the metaclasses of all its bases");
+ return NULL;
+ }
+ if (!metaclass) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ metaclass = &PyClass_Type;
+#else
+ metaclass = &PyType_Type;
+#endif
+ }
+ Py_INCREF((PyObject*) metaclass);
+ return (PyObject*) metaclass;
+}
+
+static PyTypeObject* __Pyx_FetchCommonType(PyTypeObject* type) {
+ PyObject* fake_module;
+ PyTypeObject* cached_type = NULL;
+ fake_module = PyImport_AddModule((char*) "_cython_" CYTHON_ABI);
+ if (!fake_module) return NULL;
+ Py_INCREF(fake_module);
+ cached_type = (PyTypeObject*) PyObject_GetAttrString(fake_module, type->tp_name);
+ if (cached_type) {
+ if (!PyType_Check((PyObject*)cached_type)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s is not a type object",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ if (cached_type->tp_basicsize != type->tp_basicsize) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "Shared Cython type %.200s has the wrong size, try recompiling",
+ type->tp_name);
+ goto bad;
+ }
+ } else {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ if (PyType_Ready(type) < 0) goto bad;
+ if (PyObject_SetAttrString(fake_module, type->tp_name, (PyObject*) type) < 0)
+ goto bad;
+ Py_INCREF(type);
+ cached_type = type;
+ }
+done:
+ Py_DECREF(fake_module);
+ return cached_type;
+bad:
+ Py_XDECREF(cached_type);
+ cached_type = NULL;
+ goto done;
+}
+
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_doc(__pyx_CyFunctionObject *op, CYTHON_UNUSED void *closure)
+{
+ if (unlikely(op->func_doc == NULL)) {
+ if (op->func.m_ml->ml_doc) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ op->func_doc = PyUnicode_FromString(op->func.m_ml->ml_doc);
+#else
+ op->func_doc = PyString_FromString(op->func.m_ml->ml_doc);
+#endif
+ if (unlikely(op->func_doc == NULL))
+ return NULL;
+ } else {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(op->func_doc);
+ return op->func_doc;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_doc(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp = op->func_doc;
+ if (value == NULL)
+ value = Py_None; /* Mark as deleted */
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_doc = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_name(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ if (unlikely(op->func_name == NULL)) {
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ op->func_name = PyUnicode_InternFromString(op->func.m_ml->ml_name);
+#else
+ op->func_name = PyString_InternFromString(op->func.m_ml->ml_name);
+#endif
+ if (unlikely(op->func_name == NULL))
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(op->func_name);
+ return op->func_name;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_name(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (unlikely(value == NULL || !PyUnicode_Check(value))) {
+#else
+ if (unlikely(value == NULL || !PyString_Check(value))) {
+#endif
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__name__ must be set to a string object");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_name;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_name = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_qualname(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(op->func_qualname);
+ return op->func_qualname;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_qualname(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (unlikely(value == NULL || !PyUnicode_Check(value))) {
+#else
+ if (unlikely(value == NULL || !PyString_Check(value))) {
+#endif
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__qualname__ must be set to a string object");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_qualname;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_qualname = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_self(__pyx_CyFunctionObject *m, CYTHON_UNUSED void *closure)
+{
+ PyObject *self;
+ self = m->func_closure;
+ if (self == NULL)
+ self = Py_None;
+ Py_INCREF(self);
+ return self;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_dict(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ if (unlikely(op->func_dict == NULL)) {
+ op->func_dict = PyDict_New();
+ if (unlikely(op->func_dict == NULL))
+ return NULL;
+ }
+ Py_INCREF(op->func_dict);
+ return op->func_dict;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_dict(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject *value)
+{
+ PyObject *tmp;
+ if (unlikely(value == NULL)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "function's dictionary may not be deleted");
+ return -1;
+ }
+ if (unlikely(!PyDict_Check(value))) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "setting function's dictionary to a non-dict");
+ return -1;
+ }
+ tmp = op->func_dict;
+ Py_INCREF(value);
+ op->func_dict = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_globals(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(op->func_globals);
+ return op->func_globals;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_closure(CYTHON_UNUSED __pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_code(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+ PyObject* result = (op->func_code) ? op->func_code : Py_None;
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_init_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject *res = op->defaults_getter((PyObject *) op);
+ if (unlikely(!res))
+ return -1;
+ op->defaults_tuple = PyTuple_GET_ITEM(res, 0);
+ Py_INCREF(op->defaults_tuple);
+ op->defaults_kwdict = PyTuple_GET_ITEM(res, 1);
+ Py_INCREF(op->defaults_kwdict);
+ Py_DECREF(res);
+ return 0;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value) {
+ value = Py_None;
+ } else if (value != Py_None && !PyTuple_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__defaults__ must be set to a tuple object");
+ return -1;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ tmp = op->defaults_tuple;
+ op->defaults_tuple = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_defaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->defaults_tuple;
+ if (unlikely(!result)) {
+ if (op->defaults_getter) {
+ if (__Pyx_CyFunction_init_defaults(op) < 0) return NULL;
+ result = op->defaults_tuple;
+ } else {
+ result = Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_kwdefaults(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value) {
+ value = Py_None;
+ } else if (value != Py_None && !PyDict_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__kwdefaults__ must be set to a dict object");
+ return -1;
+ }
+ Py_INCREF(value);
+ tmp = op->defaults_kwdict;
+ op->defaults_kwdict = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_kwdefaults(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->defaults_kwdict;
+ if (unlikely(!result)) {
+ if (op->defaults_getter) {
+ if (__Pyx_CyFunction_init_defaults(op) < 0) return NULL;
+ result = op->defaults_kwdict;
+ } else {
+ result = Py_None;
+ }
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_set_annotations(__pyx_CyFunctionObject *op, PyObject* value) {
+ PyObject* tmp;
+ if (!value || value == Py_None) {
+ value = NULL;
+ } else if (!PyDict_Check(value)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "__annotations__ must be set to a dict object");
+ return -1;
+ }
+ Py_XINCREF(value);
+ tmp = op->func_annotations;
+ op->func_annotations = value;
+ Py_XDECREF(tmp);
+ return 0;
+}
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_get_annotations(__pyx_CyFunctionObject *op) {
+ PyObject* result = op->func_annotations;
+ if (unlikely(!result)) {
+ result = PyDict_New();
+ if (unlikely(!result)) return NULL;
+ op->func_annotations = result;
+ }
+ Py_INCREF(result);
+ return result;
+}
+static PyGetSetDef __pyx_CyFunction_getsets[] = {
+ {(char *) "func_doc", (getter)__Pyx_CyFunction_get_doc, (setter)__Pyx_CyFunction_set_doc, 0, 0},
+ {(char *) "__doc__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_doc, (setter)__Pyx_CyFunction_set_doc, 0, 0},
+ {(char *) "func_name", (getter)__Pyx_CyFunction_get_name, (setter)__Pyx_CyFunction_set_name, 0, 0},
+ {(char *) "__name__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_name, (setter)__Pyx_CyFunction_set_name, 0, 0},
+ {(char *) "__qualname__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_qualname, (setter)__Pyx_CyFunction_set_qualname, 0, 0},
+ {(char *) "__self__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_self, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_dict", (getter)__Pyx_CyFunction_get_dict, (setter)__Pyx_CyFunction_set_dict, 0, 0},
+ {(char *) "__dict__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_dict, (setter)__Pyx_CyFunction_set_dict, 0, 0},
+ {(char *) "func_globals", (getter)__Pyx_CyFunction_get_globals, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__globals__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_globals, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_closure", (getter)__Pyx_CyFunction_get_closure, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__closure__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_closure, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_code", (getter)__Pyx_CyFunction_get_code, 0, 0, 0},
+ {(char *) "__code__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_code, 0, 0, 0},
+ {(char *) "func_defaults", (getter)__Pyx_CyFunction_get_defaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_defaults, 0, 0},
+ {(char *) "__defaults__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_defaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_defaults, 0, 0},
+ {(char *) "__kwdefaults__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_kwdefaults, (setter)__Pyx_CyFunction_set_kwdefaults, 0, 0},
+ {(char *) "__annotations__", (getter)__Pyx_CyFunction_get_annotations, (setter)__Pyx_CyFunction_set_annotations, 0, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+#ifndef PY_WRITE_RESTRICTED /* < Py2.5 */
+#define PY_WRITE_RESTRICTED WRITE_RESTRICTED
+#endif
+static PyMemberDef __pyx_CyFunction_members[] = {
+ {(char *) "__module__", T_OBJECT, offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func.m_module), PY_WRITE_RESTRICTED, 0},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static PyObject *
+__Pyx_CyFunction_reduce(__pyx_CyFunctionObject *m, CYTHON_UNUSED PyObject *args)
+{
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ return PyUnicode_FromString(m->func.m_ml->ml_name);
+#else
+ return PyString_FromString(m->func.m_ml->ml_name);
+#endif
+}
+static PyMethodDef __pyx_CyFunction_methods[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("__reduce__"), (PyCFunction)__Pyx_CyFunction_reduce, METH_VARARGS, 0},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_New(PyTypeObject *type, PyMethodDef *ml, int flags, PyObject* qualname,
+ PyObject *closure, PyObject *module, PyObject* globals, PyObject* code) {
+ __pyx_CyFunctionObject *op = PyObject_GC_New(__pyx_CyFunctionObject, type);
+ if (op == NULL)
+ return NULL;
+ op->flags = flags;
+ op->func_weakreflist = NULL;
+ op->func.m_ml = ml;
+ op->func.m_self = (PyObject *) op;
+ Py_XINCREF(closure);
+ op->func_closure = closure;
+ Py_XINCREF(module);
+ op->func.m_module = module;
+ op->func_dict = NULL;
+ op->func_name = NULL;
+ Py_INCREF(qualname);
+ op->func_qualname = qualname;
+ op->func_doc = NULL;
+ op->func_classobj = NULL;
+ op->func_globals = globals;
+ Py_INCREF(op->func_globals);
+ Py_XINCREF(code);
+ op->func_code = code;
+ op->defaults_pyobjects = 0;
+ op->defaults = NULL;
+ op->defaults_tuple = NULL;
+ op->defaults_kwdict = NULL;
+ op->defaults_getter = NULL;
+ op->func_annotations = NULL;
+ PyObject_GC_Track(op);
+ return (PyObject *) op;
+}
+static int
+__Pyx_CyFunction_clear(__pyx_CyFunctionObject *m)
+{
+ Py_CLEAR(m->func_closure);
+ Py_CLEAR(m->func.m_module);
+ Py_CLEAR(m->func_dict);
+ Py_CLEAR(m->func_name);
+ Py_CLEAR(m->func_qualname);
+ Py_CLEAR(m->func_doc);
+ Py_CLEAR(m->func_globals);
+ Py_CLEAR(m->func_code);
+ Py_CLEAR(m->func_classobj);
+ Py_CLEAR(m->defaults_tuple);
+ Py_CLEAR(m->defaults_kwdict);
+ Py_CLEAR(m->func_annotations);
+ if (m->defaults) {
+ PyObject **pydefaults = __Pyx_CyFunction_Defaults(PyObject *, m);
+ int i;
+ for (i = 0; i < m->defaults_pyobjects; i++)
+ Py_XDECREF(pydefaults[i]);
+ PyMem_Free(m->defaults);
+ m->defaults = NULL;
+ }
+ return 0;
+}
+static void __Pyx_CyFunction_dealloc(__pyx_CyFunctionObject *m)
+{
+ PyObject_GC_UnTrack(m);
+ if (m->func_weakreflist != NULL)
+ PyObject_ClearWeakRefs((PyObject *) m);
+ __Pyx_CyFunction_clear(m);
+ PyObject_GC_Del(m);
+}
+static int __Pyx_CyFunction_traverse(__pyx_CyFunctionObject *m, visitproc visit, void *arg)
+{
+ Py_VISIT(m->func_closure);
+ Py_VISIT(m->func.m_module);
+ Py_VISIT(m->func_dict);
+ Py_VISIT(m->func_name);
+ Py_VISIT(m->func_qualname);
+ Py_VISIT(m->func_doc);
+ Py_VISIT(m->func_globals);
+ Py_VISIT(m->func_code);
+ Py_VISIT(m->func_classobj);
+ Py_VISIT(m->defaults_tuple);
+ Py_VISIT(m->defaults_kwdict);
+ if (m->defaults) {
+ PyObject **pydefaults = __Pyx_CyFunction_Defaults(PyObject *, m);
+ int i;
+ for (i = 0; i < m->defaults_pyobjects; i++)
+ Py_VISIT(pydefaults[i]);
+ }
+ return 0;
+}
+static PyObject *__Pyx_CyFunction_descr_get(PyObject *func, PyObject *obj, PyObject *type)
+{
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ if (m->flags & __Pyx_CYFUNCTION_STATICMETHOD) {
+ Py_INCREF(func);
+ return func;
+ }
+ if (m->flags & __Pyx_CYFUNCTION_CLASSMETHOD) {
+ if (type == NULL)
+ type = (PyObject *)(Py_TYPE(obj));
+ return PyMethod_New(func,
+ type, (PyObject *)(Py_TYPE(type)));
+ }
+ if (obj == Py_None)
+ obj = NULL;
+ return PyMethod_New(func, obj, type);
+}
+static PyObject*
+__Pyx_CyFunction_repr(__pyx_CyFunctionObject *op)
+{
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ return PyUnicode_FromFormat("<cyfunction %U at %p>",
+ op->func_qualname, (void *)op);
+#else
+ return PyString_FromFormat("<cyfunction %s at %p>",
+ PyString_AsString(op->func_qualname), (void *)op);
+#endif
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+static PyObject * __Pyx_CyFunction_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ PyCFunctionObject* f = (PyCFunctionObject*)func;
+ PyCFunction meth = PyCFunction_GET_FUNCTION(func);
+ PyObject *self = PyCFunction_GET_SELF(func);
+ Py_ssize_t size;
+ switch (PyCFunction_GET_FLAGS(func) & ~(METH_CLASS | METH_STATIC | METH_COEXIST)) {
+ case METH_VARARGS:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0)
+ return (*meth)(self, arg);
+ break;
+ case METH_VARARGS | METH_KEYWORDS:
+ return (*(PyCFunctionWithKeywords)meth)(self, arg, kw);
+ case METH_NOARGS:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0) {
+ size = PyTuple_GET_SIZE(arg);
+ if (size == 0)
+ return (*meth)(self, NULL);
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes no arguments (%zd given)",
+ f->m_ml->ml_name, size);
+ return NULL;
+ }
+ break;
+ case METH_O:
+ if (likely(kw == NULL) || PyDict_Size(kw) == 0) {
+ size = PyTuple_GET_SIZE(arg);
+ if (size == 1)
+ return (*meth)(self, PyTuple_GET_ITEM(arg, 0));
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s() takes exactly one argument (%zd given)",
+ f->m_ml->ml_name, size);
+ return NULL;
+ }
+ break;
+ default:
+ PyErr_SetString(PyExc_SystemError, "Bad call flags in "
+ "__Pyx_CyFunction_Call. METH_OLDARGS is no "
+ "longer supported!");
+ return NULL;
+ }
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError, "%.200s() takes no keyword arguments",
+ f->m_ml->ml_name);
+ return NULL;
+}
+#else
+static PyObject * __Pyx_CyFunction_Call(PyObject *func, PyObject *arg, PyObject *kw) {
+ return PyCFunction_Call(func, arg, kw);
+}
+#endif
+static PyTypeObject __pyx_CyFunctionType_type = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("cython_function_or_method"), /*tp_name*/
+ sizeof(__pyx_CyFunctionObject), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ (destructor) __Pyx_CyFunction_dealloc, /*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+#else
+ 0, /*reserved*/
+#endif
+ (reprfunc) __Pyx_CyFunction_repr, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ __Pyx_CyFunction_Call, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_HAVE_GC, /* tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ (traverseproc) __Pyx_CyFunction_traverse, /*tp_traverse*/
+ (inquiry) __Pyx_CyFunction_clear, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func_weakreflist), /* tp_weaklistoffse */
+ 0, /*tp_iter*/
+ 0, /*tp_iternext*/
+ __pyx_CyFunction_methods, /*tp_methods*/
+ __pyx_CyFunction_members, /*tp_members*/
+ __pyx_CyFunction_getsets, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ __Pyx_CyFunction_descr_get, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ offsetof(__pyx_CyFunctionObject, func_dict),/*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ 0, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+ 0, /*tp_del*/
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_finalize*/
+#endif
+};
+static int __Pyx_CyFunction_init(void) {
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+ __pyx_CyFunctionType_type.tp_call = PyCFunction_Call;
+#endif
+ __pyx_CyFunctionType = __Pyx_FetchCommonType(&__pyx_CyFunctionType_type);
+ if (__pyx_CyFunctionType == NULL) {
+ return -1;
+ }
+ return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE void *__Pyx_CyFunction_InitDefaults(PyObject *func, size_t size, int pyobjects) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults = PyMem_Malloc(size);
+ if (!m->defaults)
+ return PyErr_NoMemory();
+ memset(m->defaults, 0, size);
+ m->defaults_pyobjects = pyobjects;
+ return m->defaults;
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsTuple(PyObject *func, PyObject *tuple) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults_tuple = tuple;
+ Py_INCREF(tuple);
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetDefaultsKwDict(PyObject *func, PyObject *dict) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->defaults_kwdict = dict;
+ Py_INCREF(dict);
+}
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_CyFunction_SetAnnotationsDict(PyObject *func, PyObject *dict) {
+ __pyx_CyFunctionObject *m = (__pyx_CyFunctionObject *) func;
+ m->func_annotations = dict;
+ Py_INCREF(dict);
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Py3MetaclassPrepare(PyObject *metaclass, PyObject *bases, PyObject *name,
+ PyObject *qualname, PyObject *mkw, PyObject *modname, PyObject *doc) {
+ PyObject *ns;
+ if (metaclass) {
+ PyObject *prep = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(metaclass, __pyx_n_s_prepare);
+ if (prep) {
+ PyObject *pargs = PyTuple_Pack(2, name, bases);
+ if (unlikely(!pargs)) {
+ Py_DECREF(prep);
+ return NULL;
+ }
+ ns = PyObject_Call(prep, pargs, mkw);
+ Py_DECREF(prep);
+ Py_DECREF(pargs);
+ } else {
+ if (unlikely(!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)))
+ return NULL;
+ PyErr_Clear();
+ ns = PyDict_New();
+ }
+ } else {
+ ns = PyDict_New();
+ }
+ if (unlikely(!ns))
+ return NULL;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_module, modname) < 0)) goto bad;
+ if (unlikely(PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_qualname, qualname) < 0)) goto bad;
+ if (unlikely(doc && PyObject_SetItem(ns, __pyx_n_s_doc, doc) < 0)) goto bad;
+ return ns;
+bad:
+ Py_DECREF(ns);
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__Pyx_Py3ClassCreate(PyObject *metaclass, PyObject *name, PyObject *bases,
+ PyObject *dict, PyObject *mkw,
+ int calculate_metaclass, int allow_py2_metaclass) {
+ PyObject *result, *margs;
+ PyObject *owned_metaclass = NULL;
+ if (allow_py2_metaclass) {
+ owned_metaclass = PyObject_GetItem(dict, __pyx_n_s_metaclass);
+ if (owned_metaclass) {
+ metaclass = owned_metaclass;
+ } else if (likely(PyErr_ExceptionMatches(PyExc_KeyError))) {
+ PyErr_Clear();
+ } else {
+ return NULL;
+ }
+ }
+ if (calculate_metaclass && (!metaclass || PyType_Check(metaclass))) {
+ metaclass = __Pyx_CalculateMetaclass((PyTypeObject*) metaclass, bases);
+ Py_XDECREF(owned_metaclass);
+ if (unlikely(!metaclass))
+ return NULL;
+ owned_metaclass = metaclass;
+ }
+ margs = PyTuple_Pack(3, name, bases, dict);
+ if (unlikely(!margs)) {
+ result = NULL;
+ } else {
+ result = PyObject_Call(metaclass, margs, mkw);
+ Py_DECREF(margs);
+ }
+ Py_XDECREF(owned_metaclass);
+ return result;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Import(PyObject *name, PyObject *from_list, int level) {
+ PyObject *empty_list = 0;
+ PyObject *module = 0;
+ PyObject *global_dict = 0;
+ PyObject *empty_dict = 0;
+ PyObject *list;
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_import;
+ py_import = __Pyx_PyObject_GetAttrStr(__pyx_b, __pyx_n_s_import);
+ if (!py_import)
+ goto bad;
+ #endif
+ if (from_list)
+ list = from_list;
+ else {
+ empty_list = PyList_New(0);
+ if (!empty_list)
+ goto bad;
+ list = empty_list;
+ }
+ global_dict = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!global_dict)
+ goto bad;
+ empty_dict = PyDict_New();
+ if (!empty_dict)
+ goto bad;
+ #if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ {
+ #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ if (level == -1) {
+ if (strchr(__Pyx_MODULE_NAME, '.')) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(1);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, 1);
+ #endif
+ if (!module) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_ImportError))
+ goto bad;
+ PyErr_Clear();
+ }
+ }
+ level = 0; /* try absolute import on failure */
+ }
+ #endif
+ if (!module) {
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ PyObject *py_level = PyInt_FromLong(level);
+ if (!py_level)
+ goto bad;
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, py_level, NULL);
+ Py_DECREF(py_level);
+ #else
+ module = PyImport_ImportModuleLevelObject(
+ name, global_dict, empty_dict, list, level);
+ #endif
+ }
+ }
+ #else
+ if (level>0) {
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "Relative import is not supported for Python <=2.4.");
+ goto bad;
+ }
+ module = PyObject_CallFunctionObjArgs(py_import,
+ name, global_dict, empty_dict, list, NULL);
+ #endif
+bad:
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ Py_XDECREF(py_import);
+ #endif
+ Py_XDECREF(empty_list);
+ Py_XDECREF(empty_dict);
+ return module;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_long(long value) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(long),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyInt_From_uint32_t(uint32_t value) {
+ const uint32_t neg_one = (uint32_t) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+ if (is_unsigned) {
+ if (sizeof(uint32_t) < sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLong((unsigned long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ return PyLong_FromUnsignedLongLong((unsigned long long) value);
+ }
+ } else {
+ if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long)) {
+ return PyInt_FromLong((long) value);
+ } else if (sizeof(uint32_t) <= sizeof(long long)) {
+ return PyLong_FromLongLong((long long) value);
+ }
+ }
+ {
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&value;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(uint32_t),
+ little, !is_unsigned);
+ }
+}
+
+#define __PYX_VERIFY_RETURN_INT(target_type, func_type, func) \
+ { \
+ func_type value = func(x); \
+ if (sizeof(target_type) < sizeof(func_type)) { \
+ if (unlikely(value != (func_type) (target_type) value)) { \
+ func_type zero = 0; \
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError, \
+ (is_unsigned && unlikely(value < zero)) ? \
+ "can't convert negative value to " #target_type : \
+ "value too large to convert to " #target_type); \
+ return (target_type) -1; \
+ } \
+ } \
+ return (target_type) value; \
+ }
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE long __Pyx_PyInt_As_long(PyObject *x) {
+ const long neg_one = (long) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(long) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ return (long) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to long");
+ return (long) -1;
+ }
+ if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(long)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(long) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(long) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(long) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(long, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ long val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (long) -1;
+ }
+ } else {
+ long val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (long) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyInt_As_int(PyObject *x) {
+ const int neg_one = (int) -1, const_zero = 0;
+ const int is_unsigned = neg_one > const_zero;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_Check(x))) {
+ if (sizeof(int) < sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyInt_AS_LONG)
+ } else {
+ long val = PyInt_AS_LONG(x);
+ if (is_unsigned && unlikely(val < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ return (int) val;
+ }
+ } else
+#endif
+ if (likely(PyLong_Check(x))) {
+ if (is_unsigned) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return (int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (unlikely(Py_SIZE(x) < 0)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_OverflowError,
+ "can't convert negative value to int");
+ return (int) -1;
+ }
+ if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long, PyLong_AsUnsignedLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(unsigned long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, unsigned long long, PyLong_AsUnsignedLongLong)
+ }
+ } else {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ if (sizeof(digit) <= sizeof(int)) {
+ switch (Py_SIZE(x)) {
+ case 0: return 0;
+ case 1: return +(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ case -1: return -(int) ((PyLongObject*)x)->ob_digit[0];
+ }
+ }
+ #endif
+#endif
+ if (sizeof(int) <= sizeof(long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long, PyLong_AsLong)
+ } else if (sizeof(int) <= sizeof(long long)) {
+ __PYX_VERIFY_RETURN_INT(int, long long, PyLong_AsLongLong)
+ }
+ }
+ {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY && !defined(_PyLong_AsByteArray)
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "_PyLong_AsByteArray() not available in PyPy, cannot convert large numbers");
+#else
+ int val;
+ PyObject *v = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(v) && !PyLong_Check(v)) {
+ PyObject *tmp = v;
+ v = PyNumber_Long(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ }
+ #endif
+ if (likely(v)) {
+ int one = 1; int is_little = (int)*(unsigned char *)&one;
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *)&val;
+ int ret = _PyLong_AsByteArray((PyLongObject *)v,
+ bytes, sizeof(val),
+ is_little, !is_unsigned);
+ Py_DECREF(v);
+ if (likely(!ret))
+ return val;
+ }
+#endif
+ return (int) -1;
+ }
+ } else {
+ int val;
+ PyObject *tmp = __Pyx_PyNumber_Int(x);
+ if (!tmp) return (int) -1;
+ val = __Pyx_PyInt_As_int(tmp);
+ Py_DECREF(tmp);
+ return val;
+ }
+}
+
+static CYTHON_INLINE void __Pyx_ExceptionSwap(PyObject **type, PyObject **value, PyObject **tb) {
+ PyObject *tmp_type, *tmp_value, *tmp_tb;
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ tmp_type = tstate->exc_type;
+ tmp_value = tstate->exc_value;
+ tmp_tb = tstate->exc_traceback;
+ tstate->exc_type = *type;
+ tstate->exc_value = *value;
+ tstate->exc_traceback = *tb;
+#else
+ PyErr_GetExcInfo(&tmp_type, &tmp_value, &tmp_tb);
+ PyErr_SetExcInfo(*type, *value, *tb);
+#endif
+ *type = tmp_type;
+ *value = tmp_value;
+ *tb = tmp_tb;
+}
+
+static PyObject *__Pyx_Generator_Next(PyObject *self);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Send(PyObject *self, PyObject *value);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Close(PyObject *self);
+static PyObject *__Pyx_Generator_Throw(PyObject *gen, PyObject *args);
+static PyTypeObject *__pyx_GeneratorType = 0;
+#define __Pyx_Generator_CheckExact(obj) (Py_TYPE(obj) == __pyx_GeneratorType)
+#define __Pyx_Generator_Undelegate(gen) Py_CLEAR((gen)->yieldfrom)
+#if 1 || PY_VERSION_HEX < 0x030300B0
+static int __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(PyObject **pvalue) {
+ PyObject *et, *ev, *tb;
+ PyObject *value = NULL;
+ __Pyx_ErrFetch(&et, &ev, &tb);
+ if (!et) {
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_XDECREF(ev);
+ Py_INCREF(Py_None);
+ *pvalue = Py_None;
+ return 0;
+ }
+ if (unlikely(et != PyExc_StopIteration) &&
+ unlikely(!PyErr_GivenExceptionMatches(et, PyExc_StopIteration))) {
+ __Pyx_ErrRestore(et, ev, tb);
+ return -1;
+ }
+ if (likely(et == PyExc_StopIteration)) {
+ if (likely(!ev) || !PyObject_IsInstance(ev, PyExc_StopIteration)) {
+ if (!ev) {
+ Py_INCREF(Py_None);
+ ev = Py_None;
+ }
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_DECREF(et);
+ *pvalue = ev;
+ return 0;
+ }
+ }
+ PyErr_NormalizeException(&et, &ev, &tb);
+ if (unlikely(!PyObject_IsInstance(ev, PyExc_StopIteration))) {
+ __Pyx_ErrRestore(et, ev, tb);
+ return -1;
+ }
+ Py_XDECREF(tb);
+ Py_DECREF(et);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030300A0
+ value = ((PyStopIterationObject *)ev)->value;
+ Py_INCREF(value);
+ Py_DECREF(ev);
+#else
+ {
+ PyObject* args = PyObject_GetAttr(ev, __pyx_n_s_args);
+ Py_DECREF(ev);
+ if (likely(args)) {
+ value = PyObject_GetItem(args, 0);
+ Py_DECREF(args);
+ }
+ if (unlikely(!value)) {
+ __Pyx_ErrRestore(NULL, NULL, NULL);
+ Py_INCREF(Py_None);
+ value = Py_None;
+ }
+ }
+#endif
+ *pvalue = value;
+ return 0;
+}
+#endif
+static CYTHON_INLINE
+void __Pyx_Generator_ExceptionClear(__pyx_GeneratorObject *self) {
+ PyObject *exc_type = self->exc_type;
+ PyObject *exc_value = self->exc_value;
+ PyObject *exc_traceback = self->exc_traceback;
+ self->exc_type = NULL;
+ self->exc_value = NULL;
+ self->exc_traceback = NULL;
+ Py_XDECREF(exc_type);
+ Py_XDECREF(exc_value);
+ Py_XDECREF(exc_traceback);
+}
+static CYTHON_INLINE
+int __Pyx_Generator_CheckRunning(__pyx_GeneratorObject *gen) {
+ if (unlikely(gen->is_running)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_ValueError,
+ "generator already executing");
+ return 1;
+ }
+ return 0;
+}
+static CYTHON_INLINE
+PyObject *__Pyx_Generator_SendEx(__pyx_GeneratorObject *self, PyObject *value) {
+ PyObject *retval;
+ assert(!self->is_running);
+ if (unlikely(self->resume_label == 0)) {
+ if (unlikely(value && value != Py_None)) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "can't send non-None value to a "
+ "just-started generator");
+ return NULL;
+ }
+ }
+ if (unlikely(self->resume_label == -1)) {
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+ return NULL;
+ }
+ if (value) {
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#else
+ /* Generators always return to their most recent caller, not
+ * necessarily their creator. */
+ if (self->exc_traceback) {
+ PyThreadState *tstate = PyThreadState_GET();
+ PyTracebackObject *tb = (PyTracebackObject *) self->exc_traceback;
+ PyFrameObject *f = tb->tb_frame;
+ Py_XINCREF(tstate->frame);
+ assert(f->f_back == NULL);
+ f->f_back = tstate->frame;
+ }
+#endif
+ __Pyx_ExceptionSwap(&self->exc_type, &self->exc_value,
+ &self->exc_traceback);
+ } else {
+ __Pyx_Generator_ExceptionClear(self);
+ }
+ self->is_running = 1;
+ retval = self->body((PyObject *) self, value);
+ self->is_running = 0;
+ if (retval) {
+ __Pyx_ExceptionSwap(&self->exc_type, &self->exc_value,
+ &self->exc_traceback);
+#if CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#else
+ /* Don't keep the reference to f_back any longer than necessary. It
+ * may keep a chain of frames alive or it could create a reference
+ * cycle. */
+ if (self->exc_traceback) {
+ PyTracebackObject *tb = (PyTracebackObject *) self->exc_traceback;
+ PyFrameObject *f = tb->tb_frame;
+ Py_CLEAR(f->f_back);
+ }
+#endif
+ } else {
+ __Pyx_Generator_ExceptionClear(self);
+ }
+ return retval;
+}
+static CYTHON_INLINE
+PyObject *__Pyx_Generator_FinishDelegation(__pyx_GeneratorObject *gen) {
+ PyObject *ret;
+ PyObject *val = NULL;
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ __Pyx_PyGen_FetchStopIterationValue(&val);
+ ret = __Pyx_Generator_SendEx(gen, val);
+ Py_XDECREF(val);
+ return ret;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Next(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject*) self;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ gen->is_running = 1;
+ ret = Py_TYPE(yf)->tp_iternext(yf);
+ gen->is_running = 0;
+ if (likely(ret)) {
+ return ret;
+ }
+ return __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, Py_None);
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Send(PyObject *self, PyObject *value) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject*) self;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ gen->is_running = 1;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ ret = __Pyx_Generator_Send(yf, value);
+ } else {
+ if (value == Py_None)
+ ret = PyIter_Next(yf);
+ else
+ ret = __Pyx_PyObject_CallMethod1(yf, __pyx_n_s_send, value);
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ if (likely(ret)) {
+ return ret;
+ }
+ return __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, value);
+}
+static int __Pyx_Generator_CloseIter(__pyx_GeneratorObject *gen, PyObject *yf) {
+ PyObject *retval = NULL;
+ int err = 0;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ retval = __Pyx_Generator_Close(yf);
+ if (!retval)
+ return -1;
+ } else {
+ PyObject *meth;
+ gen->is_running = 1;
+ meth = PyObject_GetAttr(yf, __pyx_n_s_close);
+ if (unlikely(!meth)) {
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ PyErr_WriteUnraisable(yf);
+ }
+ PyErr_Clear();
+ } else {
+ retval = PyObject_CallFunction(meth, NULL);
+ Py_DECREF(meth);
+ if (!retval)
+ err = -1;
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ }
+ Py_XDECREF(retval);
+ return err;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Close(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject *retval, *raised_exception;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ int err = 0;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ Py_INCREF(yf);
+ err = __Pyx_Generator_CloseIter(gen, yf);
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ Py_DECREF(yf);
+ }
+ if (err == 0)
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ PyErr_SetNone(PyExc_StopIteration);
+#else
+ PyErr_SetNone(PyExc_GeneratorExit);
+#endif
+ retval = __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+ if (retval) {
+ Py_DECREF(retval);
+ PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError,
+ "generator ignored GeneratorExit");
+ return NULL;
+ }
+ raised_exception = PyErr_Occurred();
+ if (!raised_exception
+ || raised_exception == PyExc_StopIteration
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ || raised_exception == PyExc_GeneratorExit
+ || PyErr_GivenExceptionMatches(raised_exception, PyExc_GeneratorExit)
+#endif
+ || PyErr_GivenExceptionMatches(raised_exception, PyExc_StopIteration))
+ {
+ if (raised_exception) PyErr_Clear(); /* ignore these errors */
+ Py_INCREF(Py_None);
+ return Py_None;
+ }
+ return NULL;
+}
+static PyObject *__Pyx_Generator_Throw(PyObject *self, PyObject *args) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject *typ;
+ PyObject *tb = NULL;
+ PyObject *val = NULL;
+ PyObject *yf = gen->yieldfrom;
+ if (!PyArg_UnpackTuple(args, (char *)"throw", 1, 3, &typ, &val, &tb))
+ return NULL;
+ if (unlikely(__Pyx_Generator_CheckRunning(gen)))
+ return NULL;
+ if (yf) {
+ PyObject *ret;
+ Py_INCREF(yf);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02050000
+ if (PyErr_GivenExceptionMatches(typ, PyExc_GeneratorExit)) {
+ int err = __Pyx_Generator_CloseIter(gen, yf);
+ Py_DECREF(yf);
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ if (err < 0)
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+ goto throw_here;
+ }
+#endif
+ gen->is_running = 1;
+ if (__Pyx_Generator_CheckExact(yf)) {
+ ret = __Pyx_Generator_Throw(yf, args);
+ } else {
+ PyObject *meth = PyObject_GetAttr(yf, __pyx_n_s_throw);
+ if (unlikely(!meth)) {
+ Py_DECREF(yf);
+ if (!PyErr_ExceptionMatches(PyExc_AttributeError)) {
+ gen->is_running = 0;
+ return NULL;
+ }
+ PyErr_Clear();
+ __Pyx_Generator_Undelegate(gen);
+ gen->is_running = 0;
+ goto throw_here;
+ }
+ ret = PyObject_CallObject(meth, args);
+ Py_DECREF(meth);
+ }
+ gen->is_running = 0;
+ Py_DECREF(yf);
+ if (!ret) {
+ ret = __Pyx_Generator_FinishDelegation(gen);
+ }
+ return ret;
+ }
+throw_here:
+ __Pyx_Raise(typ, val, tb, NULL);
+ return __Pyx_Generator_SendEx(gen, NULL);
+}
+static int __Pyx_Generator_traverse(PyObject *self, visitproc visit, void *arg) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ Py_VISIT(gen->closure);
+ Py_VISIT(gen->classobj);
+ Py_VISIT(gen->yieldfrom);
+ Py_VISIT(gen->exc_type);
+ Py_VISIT(gen->exc_value);
+ Py_VISIT(gen->exc_traceback);
+ return 0;
+}
+static int __Pyx_Generator_clear(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ Py_CLEAR(gen->closure);
+ Py_CLEAR(gen->classobj);
+ Py_CLEAR(gen->yieldfrom);
+ Py_CLEAR(gen->exc_type);
+ Py_CLEAR(gen->exc_value);
+ Py_CLEAR(gen->exc_traceback);
+ return 0;
+}
+static void __Pyx_Generator_dealloc(PyObject *self) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ PyObject_GC_UnTrack(gen);
+ if (gen->gi_weakreflist != NULL)
+ PyObject_ClearWeakRefs(self);
+ if (gen->resume_label > 0) {
+ PyObject_GC_Track(self);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ if (PyObject_CallFinalizerFromDealloc(self))
+#else
+ Py_TYPE(gen)->tp_del(self);
+ if (self->ob_refcnt > 0)
+#endif
+ return; /* resurrected. :( */
+ PyObject_GC_UnTrack(self);
+ }
+ __Pyx_Generator_clear(self);
+ PyObject_GC_Del(gen);
+}
+static void __Pyx_Generator_del(PyObject *self) {
+ PyObject *res;
+ PyObject *error_type, *error_value, *error_traceback;
+ __pyx_GeneratorObject *gen = (__pyx_GeneratorObject *) self;
+ if (gen->resume_label <= 0)
+ return ;
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1
+ assert(self->ob_refcnt == 0);
+ self->ob_refcnt = 1;
+#endif
+ __Pyx_ErrFetch(&error_type, &error_value, &error_traceback);
+ res = __Pyx_Generator_Close(self);
+ if (res == NULL)
+ PyErr_WriteUnraisable(self);
+ else
+ Py_DECREF(res);
+ __Pyx_ErrRestore(error_type, error_value, error_traceback);
+#if PY_VERSION_HEX < 0x030400a1
+ /* Undo the temporary resurrection; can't use DECREF here, it would
+ * cause a recursive call.
+ */
+ assert(self->ob_refcnt > 0);
+ if (--self->ob_refcnt == 0)
+ return; /* this is the normal path out */
+ /* close() resurrected it! Make it look like the original Py_DECREF
+ * never happened.
+ */
+ {
+ Py_ssize_t refcnt = self->ob_refcnt;
+ _Py_NewReference(self);
+ self->ob_refcnt = refcnt;
+ }
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON
+ assert(PyType_IS_GC(self->ob_type) &&
+ _Py_AS_GC(self)->gc.gc_refs != _PyGC_REFS_UNTRACKED);
+ /* If Py_REF_DEBUG, _Py_NewReference bumped _Py_RefTotal, so
+ * we need to undo that. */
+ _Py_DEC_REFTOTAL;
+#endif
+ /* If Py_TRACE_REFS, _Py_NewReference re-added self to the object
+ * chain, so no more to do there.
+ * If COUNT_ALLOCS, the original decref bumped tp_frees, and
+ * _Py_NewReference bumped tp_allocs: both of those need to be
+ * undone.
+ */
+#ifdef COUNT_ALLOCS
+ --Py_TYPE(self)->tp_frees;
+ --Py_TYPE(self)->tp_allocs;
+#endif
+#endif
+}
+static PyMemberDef __pyx_Generator_memberlist[] = {
+ {(char *) "gi_running",
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ T_BOOL,
+#else
+ T_BYTE,
+#endif
+ offsetof(__pyx_GeneratorObject, is_running),
+ READONLY,
+ NULL},
+ {0, 0, 0, 0, 0}
+};
+static PyMethodDef __pyx_Generator_methods[] = {
+ {__Pyx_NAMESTR("send"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Send, METH_O, 0},
+ {__Pyx_NAMESTR("throw"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Throw, METH_VARARGS, 0},
+ {__Pyx_NAMESTR("close"), (PyCFunction) __Pyx_Generator_Close, METH_NOARGS, 0},
+ {0, 0, 0, 0}
+};
+static PyTypeObject __pyx_GeneratorType_type = {
+ PyVarObject_HEAD_INIT(0, 0)
+ __Pyx_NAMESTR("generator"), /*tp_name*/
+ sizeof(__pyx_GeneratorObject), /*tp_basicsize*/
+ 0, /*tp_itemsize*/
+ (destructor) __Pyx_Generator_dealloc,/*tp_dealloc*/
+ 0, /*tp_print*/
+ 0, /*tp_getattr*/
+ 0, /*tp_setattr*/
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ 0, /*tp_compare*/
+#else
+ 0, /*reserved*/
+#endif
+ 0, /*tp_repr*/
+ 0, /*tp_as_number*/
+ 0, /*tp_as_sequence*/
+ 0, /*tp_as_mapping*/
+ 0, /*tp_hash*/
+ 0, /*tp_call*/
+ 0, /*tp_str*/
+ 0, /*tp_getattro*/
+ 0, /*tp_setattro*/
+ 0, /*tp_as_buffer*/
+ Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_HAVE_GC | Py_TPFLAGS_HAVE_FINALIZE, /* tp_flags*/
+ 0, /*tp_doc*/
+ (traverseproc) __Pyx_Generator_traverse, /*tp_traverse*/
+ 0, /*tp_clear*/
+ 0, /*tp_richcompare*/
+ offsetof(__pyx_GeneratorObject, gi_weakreflist), /* tp_weaklistoffse */
+ 0, /*tp_iter*/
+ (iternextfunc) __Pyx_Generator_Next, /*tp_iternext*/
+ __pyx_Generator_methods, /*tp_methods*/
+ __pyx_Generator_memberlist, /*tp_members*/
+ 0, /*tp_getset*/
+ 0, /*tp_base*/
+ 0, /*tp_dict*/
+ 0, /*tp_descr_get*/
+ 0, /*tp_descr_set*/
+ 0, /*tp_dictoffset*/
+ 0, /*tp_init*/
+ 0, /*tp_alloc*/
+ 0, /*tp_new*/
+ 0, /*tp_free*/
+ 0, /*tp_is_gc*/
+ 0, /*tp_bases*/
+ 0, /*tp_mro*/
+ 0, /*tp_cache*/
+ 0, /*tp_subclasses*/
+ 0, /*tp_weaklist*/
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ 0, /*tp_del*/
+#else
+ __Pyx_Generator_del, /*tp_del*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ 0, /*tp_version_tag*/
+#endif
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x030400a1
+ __Pyx_Generator_del, /*tp_finalize*/
+#endif
+};
+static __pyx_GeneratorObject *__Pyx_Generator_New(__pyx_generator_body_t body,
+ PyObject *closure) {
+ __pyx_GeneratorObject *gen =
+ PyObject_GC_New(__pyx_GeneratorObject, &__pyx_GeneratorType_type);
+ if (gen == NULL)
+ return NULL;
+ gen->body = body;
+ gen->closure = closure;
+ Py_XINCREF(closure);
+ gen->is_running = 0;
+ gen->resume_label = 0;
+ gen->classobj = NULL;
+ gen->yieldfrom = NULL;
+ gen->exc_type = NULL;
+ gen->exc_value = NULL;
+ gen->exc_traceback = NULL;
+ gen->gi_weakreflist = NULL;
+ PyObject_GC_Track(gen);
+ return gen;
+}
+static int __pyx_Generator_init(void) {
+ __pyx_GeneratorType_type.tp_getattro = PyObject_GenericGetAttr;
+ __pyx_GeneratorType_type.tp_iter = PyObject_SelfIter;
+ __pyx_GeneratorType = __Pyx_FetchCommonType(&__pyx_GeneratorType_type);
+ if (__pyx_GeneratorType == NULL) {
+ return -1;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static int __Pyx_check_binary_version(void) {
+ char ctversion[4], rtversion[4];
+ PyOS_snprintf(ctversion, 4, "%d.%d", PY_MAJOR_VERSION, PY_MINOR_VERSION);
+ PyOS_snprintf(rtversion, 4, "%s", Py_GetVersion());
+ if (ctversion[0] != rtversion[0] || ctversion[2] != rtversion[2]) {
+ char message[200];
+ PyOS_snprintf(message, sizeof(message),
+ "compiletime version %s of module '%.100s' "
+ "does not match runtime version %s",
+ ctversion, __Pyx_MODULE_NAME, rtversion);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ return PyErr_Warn(NULL, message);
+ #else
+ return PyErr_WarnEx(NULL, message, 1);
+ #endif
+ }
+ return 0;
+}
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportModule
+static PyObject *__Pyx_ImportModule(const char *name) {
+ PyObject *py_name = 0;
+ PyObject *py_module = 0;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ py_module = PyImport_Import(py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ return py_module;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_name);
+ return 0;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportType
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportType
+static PyTypeObject *__Pyx_ImportType(const char *module_name, const char *class_name,
+ size_t size, int strict)
+{
+ PyObject *py_module = 0;
+ PyObject *result = 0;
+ PyObject *py_name = 0;
+ char warning[200];
+ Py_ssize_t basicsize;
+#ifdef Py_LIMITED_API
+ PyObject *py_basicsize;
+#endif
+ py_module = __Pyx_ImportModule(module_name);
+ if (!py_module)
+ goto bad;
+ py_name = __Pyx_PyIdentifier_FromString(class_name);
+ if (!py_name)
+ goto bad;
+ result = PyObject_GetAttr(py_module, py_name);
+ Py_DECREF(py_name);
+ py_name = 0;
+ Py_DECREF(py_module);
+ py_module = 0;
+ if (!result)
+ goto bad;
+ if (!PyType_Check(result)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "%.200s.%.200s is not a type object",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+#ifndef Py_LIMITED_API
+ basicsize = ((PyTypeObject *)result)->tp_basicsize;
+#else
+ py_basicsize = PyObject_GetAttrString(result, "__basicsize__");
+ if (!py_basicsize)
+ goto bad;
+ basicsize = PyLong_AsSsize_t(py_basicsize);
+ Py_DECREF(py_basicsize);
+ py_basicsize = 0;
+ if (basicsize == (Py_ssize_t)-1 && PyErr_Occurred())
+ goto bad;
+#endif
+ if (!strict && (size_t)basicsize > size) {
+ PyOS_snprintf(warning, sizeof(warning),
+ "%s.%s size changed, may indicate binary incompatibility",
+ module_name, class_name);
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (PyErr_Warn(NULL, warning) < 0) goto bad;
+ #else
+ if (PyErr_WarnEx(NULL, warning, 0) < 0) goto bad;
+ #endif
+ }
+ else if ((size_t)basicsize != size) {
+ PyErr_Format(PyExc_ValueError,
+ "%.200s.%.200s has the wrong size, try recompiling",
+ module_name, class_name);
+ goto bad;
+ }
+ return (PyTypeObject *)result;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_module);
+ Py_XDECREF(result);
+ return NULL;
+}
+#endif
+
+#ifndef __PYX_HAVE_RT_ImportFunction
+#define __PYX_HAVE_RT_ImportFunction
+static int __Pyx_ImportFunction(PyObject *module, const char *funcname, void (**f)(void), const char *sig) {
+ PyObject *d = 0;
+ PyObject *cobj = 0;
+ union {
+ void (*fp)(void);
+ void *p;
+ } tmp;
+ d = PyObject_GetAttrString(module, (char *)"__pyx_capi__");
+ if (!d)
+ goto bad;
+ cobj = PyDict_GetItemString(d, funcname);
+ if (!cobj) {
+ PyErr_Format(PyExc_ImportError,
+ "%.200s does not export expected C function %.200s",
+ PyModule_GetName(module), funcname);
+ goto bad;
+ }
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02070000 && !(PY_MAJOR_VERSION==3 && PY_MINOR_VERSION==0)
+ if (!PyCapsule_IsValid(cobj, sig)) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "C function %.200s.%.200s has wrong signature (expected %.500s, got %.500s)",
+ PyModule_GetName(module), funcname, sig, PyCapsule_GetName(cobj));
+ goto bad;
+ }
+ tmp.p = PyCapsule_GetPointer(cobj, sig);
+#else
+ {const char *desc, *s1, *s2;
+ desc = (const char *)PyCObject_GetDesc(cobj);
+ if (!desc)
+ goto bad;
+ s1 = desc; s2 = sig;
+ while (*s1 != '\0' && *s1 == *s2) { s1++; s2++; }
+ if (*s1 != *s2) {
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "C function %.200s.%.200s has wrong signature (expected %.500s, got %.500s)",
+ PyModule_GetName(module), funcname, sig, desc);
+ goto bad;
+ }
+ tmp.p = PyCObject_AsVoidPtr(cobj);}
+#endif
+ *f = tmp.fp;
+ if (!(*f))
+ goto bad;
+ Py_DECREF(d);
+ return 0;
+bad:
+ Py_XDECREF(d);
+ return -1;
+}
+#endif
+
+static int __pyx_bisect_code_objects(__Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries, int count, int code_line) {
+ int start = 0, mid = 0, end = count - 1;
+ if (end >= 0 && code_line > entries[end].code_line) {
+ return count;
+ }
+ while (start < end) {
+ mid = (start + end) / 2;
+ if (code_line < entries[mid].code_line) {
+ end = mid;
+ } else if (code_line > entries[mid].code_line) {
+ start = mid + 1;
+ } else {
+ return mid;
+ }
+ }
+ if (code_line <= entries[mid].code_line) {
+ return mid;
+ } else {
+ return mid + 1;
+ }
+}
+static PyCodeObject *__pyx_find_code_object(int code_line) {
+ PyCodeObject* code_object;
+ int pos;
+ if (unlikely(!code_line) || unlikely(!__pyx_code_cache.entries)) {
+ return NULL;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if (unlikely(pos >= __pyx_code_cache.count) || unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line != code_line)) {
+ return NULL;
+ }
+ code_object = __pyx_code_cache.entries[pos].code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ return code_object;
+}
+static void __pyx_insert_code_object(int code_line, PyCodeObject* code_object) {
+ int pos, i;
+ __Pyx_CodeObjectCacheEntry* entries = __pyx_code_cache.entries;
+ if (unlikely(!code_line)) {
+ return;
+ }
+ if (unlikely(!entries)) {
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Malloc(64*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (likely(entries)) {
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = 64;
+ __pyx_code_cache.count = 1;
+ entries[0].code_line = code_line;
+ entries[0].code_object = code_object;
+ Py_INCREF(code_object);
+ }
+ return;
+ }
+ pos = __pyx_bisect_code_objects(__pyx_code_cache.entries, __pyx_code_cache.count, code_line);
+ if ((pos < __pyx_code_cache.count) && unlikely(__pyx_code_cache.entries[pos].code_line == code_line)) {
+ PyCodeObject* tmp = entries[pos].code_object;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ Py_DECREF(tmp);
+ return;
+ }
+ if (__pyx_code_cache.count == __pyx_code_cache.max_count) {
+ int new_max = __pyx_code_cache.max_count + 64;
+ entries = (__Pyx_CodeObjectCacheEntry*)PyMem_Realloc(
+ __pyx_code_cache.entries, new_max*sizeof(__Pyx_CodeObjectCacheEntry));
+ if (unlikely(!entries)) {
+ return;
+ }
+ __pyx_code_cache.entries = entries;
+ __pyx_code_cache.max_count = new_max;
+ }
+ for (i=__pyx_code_cache.count; i>pos; i--) {
+ entries[i] = entries[i-1];
+ }
+ entries[pos].code_line = code_line;
+ entries[pos].code_object = code_object;
+ __pyx_code_cache.count++;
+ Py_INCREF(code_object);
+}
+
+#include "compile.h"
+#include "frameobject.h"
+#include "traceback.h"
+static PyCodeObject* __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_srcfile = 0;
+ PyObject *py_funcname = 0;
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_srcfile = PyString_FromString(filename);
+ #else
+ py_srcfile = PyUnicode_FromString(filename);
+ #endif
+ if (!py_srcfile) goto bad;
+ if (c_line) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromFormat( "%s (%s:%d)", funcname, __pyx_cfilenm, c_line);
+ #endif
+ }
+ else {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ py_funcname = PyString_FromString(funcname);
+ #else
+ py_funcname = PyUnicode_FromString(funcname);
+ #endif
+ }
+ if (!py_funcname) goto bad;
+ py_code = __Pyx_PyCode_New(
+ 0, /*int argcount,*/
+ 0, /*int kwonlyargcount,*/
+ 0, /*int nlocals,*/
+ 0, /*int stacksize,*/
+ 0, /*int flags,*/
+ __pyx_empty_bytes, /*PyObject *code,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *consts,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *names,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *varnames,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *freevars,*/
+ __pyx_empty_tuple, /*PyObject *cellvars,*/
+ py_srcfile, /*PyObject *filename,*/
+ py_funcname, /*PyObject *name,*/
+ py_line, /*int firstlineno,*/
+ __pyx_empty_bytes /*PyObject *lnotab*/
+ );
+ Py_DECREF(py_srcfile);
+ Py_DECREF(py_funcname);
+ return py_code;
+bad:
+ Py_XDECREF(py_srcfile);
+ Py_XDECREF(py_funcname);
+ return NULL;
+}
+static void __Pyx_AddTraceback(const char *funcname, int c_line,
+ int py_line, const char *filename) {
+ PyCodeObject *py_code = 0;
+ PyObject *py_globals = 0;
+ PyFrameObject *py_frame = 0;
+ py_code = __pyx_find_code_object(c_line ? c_line : py_line);
+ if (!py_code) {
+ py_code = __Pyx_CreateCodeObjectForTraceback(
+ funcname, c_line, py_line, filename);
+ if (!py_code) goto bad;
+ __pyx_insert_code_object(c_line ? c_line : py_line, py_code);
+ }
+ py_globals = PyModule_GetDict(__pyx_m);
+ if (!py_globals) goto bad;
+ py_frame = PyFrame_New(
+ PyThreadState_GET(), /*PyThreadState *tstate,*/
+ py_code, /*PyCodeObject *code,*/
+ py_globals, /*PyObject *globals,*/
+ 0 /*PyObject *locals*/
+ );
+ if (!py_frame) goto bad;
+ py_frame->f_lineno = py_line;
+ PyTraceBack_Here(py_frame);
+bad:
+ Py_XDECREF(py_code);
+ Py_XDECREF(py_frame);
+}
+
+static int __Pyx_InitStrings(__Pyx_StringTabEntry *t) {
+ while (t->p) {
+ #if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (t->is_unicode) {
+ *t->p = PyUnicode_DecodeUTF8(t->s, t->n - 1, NULL);
+ } else if (t->intern) {
+ *t->p = PyString_InternFromString(t->s);
+ } else {
+ *t->p = PyString_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #else /* Python 3+ has unicode identifiers */
+ if (t->is_unicode | t->is_str) {
+ if (t->intern) {
+ *t->p = PyUnicode_InternFromString(t->s);
+ } else if (t->encoding) {
+ *t->p = PyUnicode_Decode(t->s, t->n - 1, t->encoding, NULL);
+ } else {
+ *t->p = PyUnicode_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ } else {
+ *t->p = PyBytes_FromStringAndSize(t->s, t->n - 1);
+ }
+ #endif
+ if (!*t->p)
+ return -1;
+ ++t;
+ }
+ return 0;
+}
+
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyUnicode_FromString(char* c_str) {
+ return __Pyx_PyUnicode_FromStringAndSize(c_str, strlen(c_str));
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsString(PyObject* o) {
+ Py_ssize_t ignore;
+ return __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(o, &ignore);
+}
+static CYTHON_INLINE char* __Pyx_PyObject_AsStringAndSize(PyObject* o, Py_ssize_t *length) {
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT
+ if (
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3 && __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ __Pyx_sys_getdefaultencoding_not_ascii &&
+#endif
+ PyUnicode_Check(o)) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x03030000
+ char* defenc_c;
+ PyObject* defenc = _PyUnicode_AsDefaultEncodedString(o, NULL);
+ if (!defenc) return NULL;
+ defenc_c = PyBytes_AS_STRING(defenc);
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ {
+ char* end = defenc_c + PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ char* c;
+ for (c = defenc_c; c < end; c++) {
+ if ((unsigned char) (*c) >= 128) {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ }
+#endif /*__PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII*/
+ *length = PyBytes_GET_SIZE(defenc);
+ return defenc_c;
+#else /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ if (PyUnicode_READY(o) == -1) return NULL;
+#if __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII
+ if (PyUnicode_IS_ASCII(o)) {
+ *length = PyUnicode_GET_DATA_SIZE(o);
+ return PyUnicode_AsUTF8(o);
+ } else {
+ PyUnicode_AsASCIIString(o);
+ return NULL;
+ }
+#else /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+ return PyUnicode_AsUTF8AndSize(o, length);
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII */
+#endif /* PY_VERSION_HEX < 0x03030000 */
+ } else
+#endif /* __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_ASCII || __PYX_DEFAULT_STRING_ENCODING_IS_DEFAULT */
+#if !CYTHON_COMPILING_IN_PYPY
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x02060000
+ if (PyByteArray_Check(o)) {
+ *length = PyByteArray_GET_SIZE(o);
+ return PyByteArray_AS_STRING(o);
+ } else
+#endif
+#endif
+ {
+ char* result;
+ int r = PyBytes_AsStringAndSize(o, &result, length);
+ if (unlikely(r < 0)) {
+ return NULL;
+ } else {
+ return result;
+ }
+ }
+}
+static CYTHON_INLINE int __Pyx_PyObject_IsTrue(PyObject* x) {
+ int is_true = x == Py_True;
+ if (is_true | (x == Py_False) | (x == Py_None)) return is_true;
+ else return PyObject_IsTrue(x);
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject* __Pyx_PyNumber_Int(PyObject* x) {
+ PyNumberMethods *m;
+ const char *name = NULL;
+ PyObject *res = NULL;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (PyInt_Check(x) || PyLong_Check(x))
+#else
+ if (PyLong_Check(x))
+#endif
+ return Py_INCREF(x), x;
+ m = Py_TYPE(x)->tp_as_number;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Int(x);
+ }
+ else if (m && m->nb_long) {
+ name = "long";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#else
+ if (m && m->nb_int) {
+ name = "int";
+ res = PyNumber_Long(x);
+ }
+#endif
+ if (res) {
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (!PyInt_Check(res) && !PyLong_Check(res)) {
+#else
+ if (!PyLong_Check(res)) {
+#endif
+ PyErr_Format(PyExc_TypeError,
+ "__%.4s__ returned non-%.4s (type %.200s)",
+ name, name, Py_TYPE(res)->tp_name);
+ Py_DECREF(res);
+ return NULL;
+ }
+ }
+ else if (!PyErr_Occurred()) {
+ PyErr_SetString(PyExc_TypeError,
+ "an integer is required");
+ }
+ return res;
+}
+#if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ #include "longintrepr.h"
+ #endif
+#endif
+static CYTHON_INLINE Py_ssize_t __Pyx_PyIndex_AsSsize_t(PyObject* b) {
+ Py_ssize_t ival;
+ PyObject *x;
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
+ if (likely(PyInt_CheckExact(b)))
+ return PyInt_AS_LONG(b);
+#endif
+ if (likely(PyLong_CheckExact(b))) {
+ #if CYTHON_COMPILING_IN_CPYTHON && PY_MAJOR_VERSION >= 3
+ #if CYTHON_USE_PYLONG_INTERNALS
+ switch (Py_SIZE(b)) {
+ case -1: return -(sdigit)((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ case 0: return 0;
+ case 1: return ((PyLongObject*)b)->ob_digit[0];
+ }
+ #endif
+ #endif
+ #if PY_VERSION_HEX < 0x02060000
+ return PyInt_AsSsize_t(b);
+ #else
+ return PyLong_AsSsize_t(b);
+ #endif
+ }
+ x = PyNumber_Index(b);
+ if (!x) return -1;
+ ival = PyInt_AsSsize_t(x);
+ Py_DECREF(x);
+ return ival;
+}
+static CYTHON_INLINE PyObject * __Pyx_PyInt_FromSize_t(size_t ival) {
+#if PY_VERSION_HEX < 0x02050000
+ if (ival <= LONG_MAX)
+ return PyInt_FromLong((long)ival);
+ else {
+ unsigned char *bytes = (unsigned char *) &ival;
+ int one = 1; int little = (int)*(unsigned char*)&one;
+ return _PyLong_FromByteArray(bytes, sizeof(size_t), little, 0);
+ }
+#else
+ return PyInt_FromSize_t(ival);
+#endif
+}
+
+
+#endif /* Py_PYTHON_H */
diff --git a/requires.txt b/requires.txt
deleted file mode 100644
index 743df07..0000000
--- a/requires.txt
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-cython>=0.17
diff --git a/samtools/bam.c b/samtools/bam.c
deleted file mode 100644
index f909b7e..0000000
--- a/samtools/bam.c
+++ /dev/null
@@ -1,190 +0,0 @@
-/* bam.c -- BAM format.
-
- Copyright (C) 2008-13 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2009-2012 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include <ctype.h>
-#include <errno.h>
-#include "bam.h"
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "sam_header.h"
-
-char *bam_format1(const bam_header_t *header, const bam1_t *b)
-{
- kstring_t str;
- str.l = str.m = 0; str.s = NULL;
- sam_format1(header, b, &str);
- return str.s;
-}
-
-void bam_view1(const bam_header_t *header, const bam1_t *b)
-{
- char *s = bam_format1(header, b);
- puts(s);
- free(s);
-}
-
-int bam_validate1(const bam_header_t *header, const bam1_t *b)
-{
- char *s;
-
- if (b->core.tid < -1 || b->core.mtid < -1) return 0;
- if (header && (b->core.tid >= header->n_targets || b->core.mtid >= header->n_targets)) return 0;
-
- if (b->data_len < b->core.l_qname) return 0;
- s = memchr(bam1_qname(b), '\0', b->core.l_qname);
- if (s != &bam1_qname(b)[b->core.l_qname-1]) return 0;
-
- // FIXME: Other fields could also be checked, especially the auxiliary data
-
- return 1;
-}
-
-// FIXME: we should also check the LB tag associated with each alignment
-const char *bam_get_library(bam_header_t *h, const bam1_t *b)
-{
-#if 0
- const uint8_t *rg;
- if (h->dict == 0) h->dict = sam_header_parse2(h->text);
- if (h->rg2lib == 0) h->rg2lib = sam_header2tbl(h->dict, "RG", "ID", "LB");
- rg = bam_aux_get(b, "RG");
- return (rg == 0)? 0 : sam_tbl_get(h->rg2lib, (const char*)(rg + 1));
-#else
- fprintf(stderr, "Samtools-htslib-API: bam_get_library() not yet implemented\n");
- abort();
-#endif
-}
-
-int bam_fetch(bamFile fp, const bam_index_t *idx, int tid, int beg, int end, void *data, bam_fetch_f func)
-{
- int ret;
- bam_iter_t iter;
- bam1_t *b;
- b = bam_init1();
- iter = bam_iter_query(idx, tid, beg, end);
- while ((ret = bam_iter_read(fp, iter, b)) >= 0) func(b, data);
- bam_iter_destroy(iter);
- bam_destroy1(b);
- return (ret == -1)? 0 : ret;
-}
-
-/************
- * Remove B *
- ************/
-
-#define bam1_seq_seti(s, i, c) ( (s)[(i)>>1] = ((s)[(i)>>1] & 0xf<<(((i)&1)<<2)) | (c)<<((~(i)&1)<<2) )
-
-int bam_remove_B(bam1_t *b)
-{
- int i, j, end_j, k, l, no_qual;
- uint32_t *cigar, *new_cigar;
- uint8_t *seq, *qual, *p;
- // test if removal is necessary
- if (b->core.flag & BAM_FUNMAP) return 0; // unmapped; do nothing
- cigar = bam1_cigar(b);
- for (k = 0; k < b->core.n_cigar; ++k)
- if (bam_cigar_op(cigar[k]) == BAM_CBACK) break;
- if (k == b->core.n_cigar) return 0; // no 'B'
- if (bam_cigar_op(cigar[0]) == BAM_CBACK) goto rmB_err; // cannot be removed
- // allocate memory for the new CIGAR
- if (b->data_len + (b->core.n_cigar + 1) * 4 > b->m_data) { // not enough memory
- b->m_data = b->data_len + b->core.n_cigar * 4;
- kroundup32(b->m_data);
- b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
- cigar = bam1_cigar(b); // after realloc, cigar may be changed
- }
- new_cigar = (uint32_t*)(b->data + (b->m_data - b->core.n_cigar * 4)); // from the end of b->data
- // the core loop
- seq = bam1_seq(b); qual = bam1_qual(b);
- no_qual = (qual[0] == 0xff); // test whether base quality is available
- i = j = 0; end_j = -1;
- for (k = l = 0; k < b->core.n_cigar; ++k) {
- int op = bam_cigar_op(cigar[k]);
- int len = bam_cigar_oplen(cigar[k]);
- if (op == BAM_CBACK) { // the backward operation
- int t, u;
- if (k == b->core.n_cigar - 1) break; // ignore 'B' at the end of CIGAR
- if (len > j) goto rmB_err; // an excessively long backward
- for (t = l - 1, u = 0; t >= 0; --t) { // look back
- int op1 = bam_cigar_op(new_cigar[t]);
- int len1 = bam_cigar_oplen(new_cigar[t]);
- if (bam_cigar_type(op1)&1) { // consume the query
- if (u + len1 >= len) { // stop
- new_cigar[t] -= (len - u) << BAM_CIGAR_SHIFT;
- break;
- } else u += len1;
- }
- }
- if (bam_cigar_oplen(new_cigar[t]) == 0) --t; // squeeze out the zero-length operation
- l = t + 1;
- end_j = j; j -= len;
- } else { // other CIGAR operations
- new_cigar[l++] = cigar[k];
- if (bam_cigar_type(op)&1) { // consume the query
- if (i != j) { // no need to copy if i == j
- int u, c, c0;
- for (u = 0; u < len; ++u) { // construct the consensus
- c = bam1_seqi(seq, i+u);
- if (j + u < end_j) { // in an overlap
- c0 = bam1_seqi(seq, j+u);
- if (c != c0) { // a mismatch; choose the better base
- if (qual[j+u] < qual[i+u]) { // the base in the 2nd segment is better
- bam1_seq_seti(seq, j+u, c);
- qual[j+u] = qual[i+u] - qual[j+u];
- } else qual[j+u] -= qual[i+u]; // the 1st is better; reduce base quality
- } else qual[j+u] = qual[j+u] > qual[i+u]? qual[j+u] : qual[i+u];
- } else { // not in an overlap; copy over
- bam1_seq_seti(seq, j+u, c);
- qual[j+u] = qual[i+u];
- }
- }
- }
- i += len, j += len;
- }
- }
- }
- if (no_qual) qual[0] = 0xff; // in very rare cases, this may be modified
- // merge adjacent operations if possible
- for (k = 1; k < l; ++k)
- if (bam_cigar_op(new_cigar[k]) == bam_cigar_op(new_cigar[k-1]))
- new_cigar[k] += new_cigar[k-1] >> BAM_CIGAR_SHIFT << BAM_CIGAR_SHIFT, new_cigar[k-1] &= 0xf;
- // kill zero length operations
- for (k = i = 0; k < l; ++k)
- if (new_cigar[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT)
- new_cigar[i++] = new_cigar[k];
- l = i;
- // update b
- memcpy(cigar, new_cigar, l * 4); // set CIGAR
- p = b->data + b->core.l_qname + l * 4;
- memmove(p, seq, (j+1)>>1); p += (j+1)>>1; // set SEQ
- memmove(p, qual, j); p += j; // set QUAL
- memmove(p, bam1_aux(b), bam_get_l_aux(b)); p += bam_get_l_aux(b); // set optional fields
- b->core.n_cigar = l, b->core.l_qseq = j; // update CIGAR length and query length
- b->data_len = p - b->data; // update record length
- return 0;
-
-rmB_err:
- b->core.flag |= BAM_FUNMAP;
- return -1;
-}
diff --git a/samtools/bam2bcf.c b/samtools/bam2bcf.c
deleted file mode 100644
index ca2481e..0000000
--- a/samtools/bam2bcf.c
+++ /dev/null
@@ -1,804 +0,0 @@
-/* bam2bcf.c -- variant calling.
-
- Copyright (C) 2010-2012 Broad Institute.
- Copyright (C) 2012-2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <math.h>
-#include <stdint.h>
-#include <assert.h>
-#include <float.h>
-#include <htslib/sam.h>
-#include <htslib/kstring.h>
-#include <htslib/kfunc.h>
-#include "bam2bcf.h"
-#include "errmod.h"
-
-extern void ks_introsort_uint32_t(size_t n, uint32_t a[]);
-extern const char bam_nt16_nt4_table[];
-
-#define CALL_DEFTHETA 0.83
-#define DEF_MAPQ 20
-
-#define CAP_DIST 25
-
-bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ)
-{
- bcf_callaux_t *bca;
- if (theta <= 0.) theta = CALL_DEFTHETA;
- bca = calloc(1, sizeof(bcf_callaux_t));
- bca->capQ = 60;
- bca->openQ = 40; bca->extQ = 20; bca->tandemQ = 100;
- bca->min_baseQ = min_baseQ;
- bca->e = errmod_init(1. - theta);
- bca->min_frac = 0.002;
- bca->min_support = 1;
- bca->per_sample_flt = 0;
- bca->npos = 100;
- bca->ref_pos = malloc(bca->npos*sizeof(int));
- bca->alt_pos = malloc(bca->npos*sizeof(int));
- bca->nqual = 60;
- bca->ref_mq = malloc(bca->nqual*sizeof(int));
- bca->alt_mq = malloc(bca->nqual*sizeof(int));
- bca->ref_bq = malloc(bca->nqual*sizeof(int));
- bca->alt_bq = malloc(bca->nqual*sizeof(int));
- bca->fwd_mqs = malloc(bca->nqual*sizeof(int));
- bca->rev_mqs = malloc(bca->nqual*sizeof(int));
- return bca;
-}
-
-void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca)
-{
- if (bca == 0) return;
- errmod_destroy(bca->e);
- if (bca->npos) { free(bca->ref_pos); free(bca->alt_pos); bca->npos = 0; }
- free(bca->ref_mq); free(bca->alt_mq); free(bca->ref_bq); free(bca->alt_bq);
- free(bca->fwd_mqs); free(bca->rev_mqs);
- bca->nqual = 0;
- free(bca->bases); free(bca->inscns); free(bca);
-}
-
-// position in the sequence with respect to the aligned part of the read
-static int get_position(const bam_pileup1_t *p, int *len)
-{
- int icig, n_tot_bases = 0, iread = 0, edist = p->qpos + 1;
- for (icig=0; icig<p->b->core.n_cigar; icig++)
- {
- int cig = bam_get_cigar(p->b)[icig] & BAM_CIGAR_MASK;
- int ncig = bam_get_cigar(p->b)[icig] >> BAM_CIGAR_SHIFT;
- if ( cig==BAM_CMATCH || cig==BAM_CEQUAL || cig==BAM_CDIFF )
- {
- n_tot_bases += ncig;
- iread += ncig;
- continue;
- }
- if ( cig==BAM_CINS )
- {
- n_tot_bases += ncig;
- iread += ncig;
- continue;
- }
- if ( cig==BAM_CSOFT_CLIP )
- {
- iread += ncig;
- if ( iread<=p->qpos ) edist -= ncig;
- continue;
- }
- if ( cig==BAM_CDEL ) continue;
- if ( cig==BAM_CHARD_CLIP ) continue;
- if ( cig==BAM_CPAD ) continue;
- if ( cig==BAM_CREF_SKIP ) continue;
- fprintf(stderr,"todo: cigar %d\n", cig);
- assert(0);
- }
- *len = n_tot_bases;
- return edist;
-}
-
-void bcf_callaux_clean(bcf_callaux_t *bca, bcf_call_t *call)
-{
- memset(bca->ref_pos,0,sizeof(int)*bca->npos);
- memset(bca->alt_pos,0,sizeof(int)*bca->npos);
- memset(bca->ref_mq,0,sizeof(int)*bca->nqual);
- memset(bca->alt_mq,0,sizeof(int)*bca->nqual);
- memset(bca->ref_bq,0,sizeof(int)*bca->nqual);
- memset(bca->alt_bq,0,sizeof(int)*bca->nqual);
- memset(bca->fwd_mqs,0,sizeof(int)*bca->nqual);
- memset(bca->rev_mqs,0,sizeof(int)*bca->nqual);
- if ( call->DPR ) memset(call->DPR,0,sizeof(int32_t)*(call->n+1)*B2B_MAX_ALLELES);
-}
-
-/*
- Notes:
- - Called from bam_plcmd.c by mpileup. Amongst other things, sets the bcf_callret1_t.qsum frequencies
- which are carried over via bcf_call_combine and bcf_call2bcf to the output BCF as the QS annotation.
- Later it's used for multiallelic calling by bcftools -m
- - ref_base is the 4-bit representation of the reference base. It is negative if we are looking at an indel.
- */
-/*
- * This function is called once for each sample.
- * _n is number of pilesups pl contributing reads to this sample
- * pl is pointer to array of _n pileups (one pileup per read)
- * ref_base is the 4-bit representation of the reference base. It is negative if we are looking at an indel.
- * bca is the settings to perform calls across all samples
- * r is the returned value of the call
- */
-int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r)
-{
- int i, n, ref4, is_indel, ori_depth = 0;
-
- // clean from previous run
- r->ori_depth = 0;
- r->mq0 = 0;
- memset(r->qsum,0,sizeof(float)*4);
- memset(r->anno,0,sizeof(double)*16);
- memset(r->p,0,sizeof(float)*25);
-
- if (ref_base >= 0) {
- ref4 = bam_nt16_nt4_table[ref_base];
- is_indel = 0;
- } else ref4 = 4, is_indel = 1;
- if (_n == 0) return -1;
- // enlarge the bases array if necessary
- if (bca->max_bases < _n) {
- bca->max_bases = _n;
- kroundup32(bca->max_bases);
- bca->bases = (uint16_t*)realloc(bca->bases, 2 * bca->max_bases);
- }
- // fill the bases array
- for (i = n = 0; i < _n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = pl + i;
- int q, b, mapQ, baseQ, is_diff, min_dist, seqQ;
- // set base
- if (p->is_del || p->is_refskip || (p->b->core.flag&BAM_FUNMAP)) continue;
- ++ori_depth;
- mapQ = p->b->core.qual < 255? p->b->core.qual : DEF_MAPQ; // special case for mapQ==255
- if ( !mapQ ) r->mq0++;
- baseQ = q = is_indel? p->aux&0xff : (int)bam_get_qual(p->b)[p->qpos]; // base/indel quality
- seqQ = is_indel? (p->aux>>8&0xff) : 99;
- if (q < bca->min_baseQ) continue;
- if (q > seqQ) q = seqQ;
- mapQ = mapQ < bca->capQ? mapQ : bca->capQ;
- if (q > mapQ) q = mapQ;
- if (q > 63) q = 63;
- if (q < 4) q = 4; // MQ=0 reads count as BQ=4
- if (!is_indel) {
- b = bam_seqi(bam_get_seq(p->b), p->qpos); // base
- b = bam_nt16_nt4_table[b? b : ref_base]; // b is the 2-bit base
- is_diff = (ref4 < 4 && b == ref4)? 0 : 1;
- } else {
- b = p->aux>>16&0x3f;
- is_diff = (b != 0);
- }
- bca->bases[n++] = q<<5 | (int)bam_is_rev(p->b)<<4 | b;
- // collect annotations
- if (b < 4)
- {
- r->qsum[b] += q;
- if ( r->DPR ) r->DPR[b]++;
- }
- ++r->anno[0<<2|is_diff<<1|bam_is_rev(p->b)];
- min_dist = p->b->core.l_qseq - 1 - p->qpos;
- if (min_dist > p->qpos) min_dist = p->qpos;
- if (min_dist > CAP_DIST) min_dist = CAP_DIST;
- r->anno[1<<2|is_diff<<1|0] += baseQ;
- r->anno[1<<2|is_diff<<1|1] += baseQ * baseQ;
- r->anno[2<<2|is_diff<<1|0] += mapQ;
- r->anno[2<<2|is_diff<<1|1] += mapQ * mapQ;
- r->anno[3<<2|is_diff<<1|0] += min_dist;
- r->anno[3<<2|is_diff<<1|1] += min_dist * min_dist;
-
- // collect for bias tests
- if ( baseQ > 59 ) baseQ = 59;
- if ( mapQ > 59 ) mapQ = 59;
- int len, pos = get_position(p, &len);
- int epos = (double)pos/(len+1) * bca->npos;
- int ibq = baseQ/60. * bca->nqual;
- int imq = mapQ/60. * bca->nqual;
- if ( bam_is_rev(p->b) ) bca->rev_mqs[imq]++;
- else bca->fwd_mqs[imq]++;
- if ( bam_seqi(bam_get_seq(p->b),p->qpos) == ref_base )
- {
- bca->ref_pos[epos]++;
- bca->ref_bq[ibq]++;
- bca->ref_mq[imq]++;
- }
- else
- {
- bca->alt_pos[epos]++;
- bca->alt_bq[ibq]++;
- bca->alt_mq[imq]++;
- }
- }
- r->ori_depth = ori_depth;
- // glfgen
- errmod_cal(bca->e, n, 5, bca->bases, r->p); // calculate PL of each genotype
- return n;
-}
-
-
-/*
- * calc_vdb() - returns value between zero (most biased) and one (no bias)
- * on success, or HUGE_VAL when VDB cannot be calculated because
- * of insufficient depth (<2x)
- *
- * Variant Distance Bias tests if the variant bases are positioned within the
- * reads with sufficient randomness. Unlike other tests, it looks only at
- * variant reads and therefore gives different kind of information than Read
- * Position Bias for instance. VDB was developed for detecting artefacts in
- * RNA-seq calls where reads from spliced transcripts span splice site
- * boundaries. The current implementation differs somewhat from the original
- * version described in supplementary material of PMID:22524474, but the idea
- * remains the same. (Here the random variable tested is the average distance
- * from the averaged position, not the average pairwise distance.)
- *
- * For coverage of 2x, the calculation is exact but is approximated for the
- * rest. The result is most accurate between 4-200x. For 3x or >200x, the
- * reported values are slightly more favourable than those of a true random
- * distribution.
- */
-double calc_vdb(int *pos, int npos)
-{
- // Note well: the parameters were obtained by fitting to simulated data of
- // 100bp reads. This assumes rescaling to 100bp in bcf_call_glfgen().
- const int readlen = 100;
- assert( npos==readlen );
-
- #define nparam 15
- const float param[nparam][3] = { {3,0.079,18}, {4,0.09,19.8}, {5,0.1,20.5}, {6,0.11,21.5},
- {7,0.125,21.6}, {8,0.135,22}, {9,0.14,22.2}, {10,0.153,22.3}, {15,0.19,22.8},
- {20,0.22,23.2}, {30,0.26,23.4}, {40,0.29,23.5}, {50,0.35,23.65}, {100,0.5,23.7},
- {200,0.7,23.7} };
-
- int i, dp = 0;
- float mean_pos = 0, mean_diff = 0;
- for (i=0; i<npos; i++)
- {
- if ( !pos[i] ) continue;
- dp += pos[i];
- mean_pos += pos[i]*i;
- }
- if ( dp<2 ) return HUGE_VAL; // one or zero reads can be placed anywhere
-
- mean_pos /= dp;
- for (i=0; i<npos; i++)
- {
- if ( !pos[i] ) continue;
- mean_diff += pos[i] * fabs(i - mean_pos);
- }
- mean_diff /= dp;
-
- int ipos = mean_diff; // tuned for float-to-int implicit conversion
- if ( dp==2 )
- return (2*readlen-2*(ipos+1)-1)*(ipos+1)/(readlen-1)/(readlen*0.5);
-
- if ( dp>=200 )
- i = nparam; // shortcut for big depths
- else
- {
- for (i=0; i<nparam; i++)
- if ( param[i][0]>=dp ) break;
- }
- float pshift, pscale;
- if ( i==nparam )
- {
- // the depth is too high, go with 200x
- pscale = param[nparam-1][1];
- pshift = param[nparam-1][2];
- }
- else if ( i>0 && param[i][0]!=dp )
- {
- // linear interpolation of parameters
- pscale = (param[i-1][1] + param[i][1])*0.5;
- pshift = (param[i-1][2] + param[i][2])*0.5;
- }
- else
- {
- pscale = param[i][1];
- pshift = param[i][2];
- }
- return 0.5*kf_erfc(-(mean_diff-pshift)*pscale);
-}
-
-double calc_chisq_bias(int *a, int *b, int n)
-{
- int na = 0, nb = 0, i, ndf = n;
- for (i=0; i<n; i++) na += a[i];
- for (i=0; i<n; i++) nb += b[i];
- if ( !na || !nb ) return HUGE_VAL;
-
- double chisq = 0;
- for (i=0; i<n; i++)
- {
- if ( !a[i] && !b[i] ) ndf--;
- else
- {
- double tmp = a[i] - b[i];
- chisq += tmp*tmp/(a[i]+b[i]);
- }
- }
- /*
- kf_gammq: incomplete gamma function Q(a,x) = 1 - P(a,x) = Gamma(a,x)/Gamma(a)
- 1 if the distributions are identical, 0 if very different
- */
- double prob = kf_gammaq(0.5*ndf, 0.5*chisq);
- return prob;
-}
-
-double mann_whitney_1947(int n, int m, int U)
-{
- if (U<0) return 0;
- if (n==0||m==0) return U==0 ? 1 : 0;
- return (double)n/(n+m)*mann_whitney_1947(n-1,m,U-m) + (double)m/(n+m)*mann_whitney_1947(n,m-1,U);
-}
-
-double mann_whitney_1947_cdf(int n, int m, int U)
-{
- int i;
- double sum = 0;
- for (i=0; i<=U; i++)
- sum += mann_whitney_1947(n,m,i);
- return sum;
-}
-
-double calc_mwu_bias_cdf(int *a, int *b, int n)
-{
- int na = 0, nb = 0, i;
- double U = 0, ties = 0;
- for (i=0; i<n; i++)
- {
- na += a[i];
- U += a[i] * (nb + b[i]*0.5);
- nb += b[i];
- if ( a[i] && b[i] )
- {
- double tie = a[i] + b[i];
- ties += (tie*tie-1)*tie;
- }
- }
- if ( !na || !nb ) return HUGE_VAL;
-
- // Always work with the smaller U
- double U_min = ((double)na * nb) - U;
- if ( U < U_min ) U_min = U;
-
- if ( na==1 ) return 2.0 * (floor(U_min)+1) / (nb+1);
- if ( nb==1 ) return 2.0 * (floor(U_min)+1) / (na+1);
-
- // Normal approximation, very good for na>=8 && nb>=8 and reasonable if na<8 or nb<8
- if ( na>=8 || nb>=8 )
- {
- double mean = ((double)na*nb)*0.5;
- // Correction for ties:
- // double N = na+nb;
- // double var2 = (N*N-1)*N-ties;
- // if ( var2==0 ) return 1.0;
- // var2 *= ((double)na*nb)/N/(N-1)/12.0;
- // No correction for ties:
- double var2 = ((double)na*nb)*(na+nb+1)/12.0;
- double z = (U_min - mean)/sqrt(2*var2); // z is N(0,1)
- return 2.0 - kf_erfc(z); // which is 1 + erf(z)
- }
-
- // Exact calculation
- double pval = 2*mann_whitney_1947_cdf(na,nb,U_min);
- return pval>1 ? 1 : pval;
-}
-
-double calc_mwu_bias(int *a, int *b, int n)
-{
- int na = 0, nb = 0, i;
- double U = 0, ties = 0;
- for (i=0; i<n; i++)
- {
- na += a[i];
- U += a[i] * (nb + b[i]*0.5);
- nb += b[i];
- if ( a[i] && b[i] )
- {
- double tie = a[i] + b[i];
- ties += (tie*tie-1)*tie;
- }
- }
- if ( !na || !nb ) return HUGE_VAL;
- if ( na==1 || nb==1 ) return 1.0; // Flat probability, all U values are equally likely
-
- double mean = ((double)na*nb)*0.5;
- if ( na==2 || nb==2 )
- {
- // Linear approximation
- return U>mean ? (2.0*mean-U)/mean : U/mean;
- }
- // Correction for ties:
- // double N = na+nb;
- // double var2 = (N*N-1)*N-ties;
- // if ( var2==0 ) return 1.0;
- // var2 *= ((double)na*nb)/N/(N-1)/12.0;
- // No correction for ties:
- double var2 = ((double)na*nb)*(na+nb+1)/12.0;
- if ( na>=8 || nb>=8 )
- {
- // Normal approximation, very good for na>=8 && nb>=8 and reasonable if na<8 or nb<8
- return exp(-0.5*(U-mean)*(U-mean)/var2);
- }
-
- // Exact calculation
- return mann_whitney_1947(na,nb,U) * sqrt(2*M_PI*var2);
-}
-
-static inline double logsumexp2(double a, double b)
-{
- if ( a>b )
- return log(1 + exp(b-a)) + a;
- else
- return log(1 + exp(a-b)) + b;
-}
-
-void calc_SegBias(const bcf_callret1_t *bcr, bcf_call_t *call)
-{
- call->seg_bias = HUGE_VAL;
- if ( !bcr ) return;
-
- int nr = call->anno[2] + call->anno[3]; // number of observed non-reference reads
- if ( !nr ) return;
-
- int avg_dp = (call->anno[0] + call->anno[1] + nr) / call->n; // average depth
- double M = floor((double)nr / avg_dp + 0.5); // an approximate number of variants samples in the population
- if ( M>call->n ) M = call->n; // clamp M at the number of samples
- else if ( M==0 ) M = 1;
- double f = M / 2. / call->n; // allele frequency
- double p = (double) nr / call->n; // number of variant reads per sample expected if variant not real (poisson)
- double q = (double) nr / M; // number of variant reads per sample expected if variant is real (poisson)
- double sum = 0;
- const double log2 = log(2.0);
-
- // fprintf(stderr,"M=%.1f p=%e q=%e f=%f dp=%d\n",M,p,q,f,avg_dp);
- int i;
- for (i=0; i<call->n; i++)
- {
- int oi = bcr[i].anno[2] + bcr[i].anno[3]; // observed number of non-ref reads
- double tmp;
- if ( oi )
- {
- // tmp = log(f) + oi*log(q/p) - q + log(2*(1-f) + f*pow(2,oi)*exp(-q)) + p; // this can under/overflow
- tmp = logsumexp2(log(2*(1-f)), log(f) + oi*log2 - q);
- tmp += log(f) + oi*log(q/p) - q + p;
- }
- else
- tmp = log(2*f*(1-f)*exp(-q) + f*f*exp(-2*q) + (1-f)*(1-f)) + p;
- sum += tmp;
- // fprintf(stderr,"oi=%d %e\n", oi,tmp);
- }
- call->seg_bias = sum;
-}
-
-/**
- * bcf_call_combine() - sets the PL array and VDB, RPB annotations, finds the top two alleles
- * @n: number of samples
- * @calls: each sample's calls
- * @bca: auxiliary data structure for holding temporary values
- * @ref_base: the reference base
- * @call: filled with the annotations
- *
- * Combines calls across the various samples being studied
- * 1. For each allele at each base across all samples the quality is summed so
- * you end up with a set of quality sums for each allele present 2. The quality
- * sums are sorted.
- * 3. Using the sorted quality sums we now create the allele ordering array
- * A\subN. This is done by doing the following:
- * a) If the reference allele is known it always comes first, otherwise N
- * comes first.
- * b) Then the rest of the alleles are output in descending order of quality
- * sum (which we already know the qsum array was sorted). Any allelles with
- * qsum 0 will be excluded.
- * 4. Using the allele ordering array we create the genotype ordering array.
- * In the worst case with an unknown reference this will be: A0/A0 A1/A0 A1/A1
- * A2/A0 A2/A1 A2/A2 A3/A0 A3/A1 A3/A2 A3/A3 A4/A0 A4/A1 A4/A2 A4/A3 A4/A4
- * 5. The genotype ordering array is then used to extract data from the error
- * model 5*5 matrix and is used to produce a Phread likelihood array for each
- * sample.
- */
-int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, bcf_callaux_t *bca, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call)
-{
- int ref4, i, j;
- float qsum[5] = {0,0,0,0,0};
- if (ref_base >= 0) {
- call->ori_ref = ref4 = bam_nt16_nt4_table[ref_base];
- if (ref4 > 4) ref4 = 4;
- } else call->ori_ref = -1, ref4 = 0;
-
- // calculate qsum, this is done by summing normalized qsum across all samples,
- // to account for differences in coverage
- for (i = 0; i < n; ++i)
- {
- float sum = 0;
- for (j = 0; j < 4; ++j) sum += calls[i].qsum[j];
- if ( sum )
- for (j = 0; j < 4; j++) qsum[j] += calls[i].qsum[j] / sum;
- }
-
- // sort qsum in ascending order (insertion sort)
- float *ptr[5], *tmp;
- for (i=0; i<5; i++) ptr[i] = &qsum[i];
- for (i=1; i<4; i++)
- for (j=i; j>0 && *ptr[j] < *ptr[j-1]; j--)
- tmp = ptr[j], ptr[j] = ptr[j-1], ptr[j-1] = tmp;
-
- // Set the reference allele and alternative allele(s)
- for (i=0; i<5; i++) call->a[i] = -1;
- for (i=0; i<5; i++) call->qsum[i] = 0;
- call->unseen = -1;
- call->a[0] = ref4;
- for (i=3, j=1; i>=0; i--) // i: alleles sorted by QS; j, a[j]: output allele ordering
- {
- int ipos = ptr[i] - qsum; // position in sorted qsum array
- if ( ipos==ref4 )
- call->qsum[0] = qsum[ipos]; // REF's qsum
- else
- {
- if ( !qsum[ipos] ) break; // qsum is 0, this and consequent alleles are not seen in the pileup
- call->qsum[j] = qsum[ipos];
- call->a[j++] = ipos;
- }
- }
- if (ref_base >= 0)
- {
- // for SNPs, find the "unseen" base
- if (((ref4 < 4 && j < 4) || (ref4 == 4 && j < 5)) && i >= 0)
- call->unseen = j, call->a[j++] = ptr[i] - qsum;
- call->n_alleles = j;
- }
- else
- {
- call->n_alleles = j;
- if (call->n_alleles == 1) return -1; // no reliable supporting read. stop doing anything
- }
- /*
- * Set the phread likelihood array (call->PL) This array is 15 entries long
- * for each sample because that is size of an upper or lower triangle of a
- * worst case 5x5 matrix of possible genotypes. This worst case matrix will
- * occur when all 4 possible alleles are present and the reference allele
- * is unknown. The sides of the matrix will correspond to the reference
- * allele (if known) followed by the alleles present in descending order of
- * quality sum
- */
- {
- int x, g[15], z;
- double sum_min = 0.;
- x = call->n_alleles * (call->n_alleles + 1) / 2;
- // get the possible genotypes
- // this is done by creating an ordered list of locations g for call (allele a, allele b) in the genotype likelihood matrix
- for (i = z = 0; i < call->n_alleles; ++i) {
- for (j = 0; j <= i; ++j) {
- g[z++] = call->a[j] * 5 + call->a[i];
- }
- }
- // for each sample calculate the PL
- for (i = 0; i < n; ++i)
- {
- int32_t *PL = call->PL + x * i;
- const bcf_callret1_t *r = calls + i;
- float min = FLT_MAX;
- for (j = 0; j < x; ++j) {
- if (min > r->p[g[j]]) min = r->p[g[j]];
- }
- sum_min += min;
- for (j = 0; j < x; ++j) {
- int y;
- y = (int)(r->p[g[j]] - min + .499);
- if (y > 255) y = 255;
- PL[j] = y;
- }
- }
- if ( call->DP4 )
- {
- for (i=0; i<n; i++)
- {
- call->DP4[4*i] = calls[i].anno[0];
- call->DP4[4*i+1] = calls[i].anno[1];
- call->DP4[4*i+2] = calls[i].anno[2];
- call->DP4[4*i+3] = calls[i].anno[3];
- }
- }
- if ( call->DPR )
- {
- assert( call->n_alleles<=B2B_MAX_ALLELES ); // this is always true for SNPs and so far for indels as well
-
- int32_t tmp[B2B_MAX_ALLELES];
- int32_t *dpr = call->DPR + B2B_MAX_ALLELES, *dpr_out = call->DPR + B2B_MAX_ALLELES;
- int32_t *dpr_tot = call->DPR;
- for (i=0; i<n; i++)
- {
- for (j=0; j<call->n_alleles; j++)
- {
- tmp[j] = dpr[ call->a[j] ];
- dpr_tot[j] += tmp[j];
- }
- for (j=0; j<call->n_alleles; j++) dpr_out[j] = tmp[j];
- dpr_out += call->n_alleles;
- dpr += B2B_MAX_ALLELES;
- }
- }
-
-// if (ref_base < 0) fprintf(stderr, "%d,%d,%f,%d\n", call->n_alleles, x, sum_min, call->unseen);
- call->shift = (int)(sum_min + .499);
- }
- // combine annotations
- memset(call->anno, 0, 16 * sizeof(double));
- call->ori_depth = 0;
- call->depth = 0;
- call->mq0 = 0;
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- call->depth += calls[i].anno[0] + calls[i].anno[1] + calls[i].anno[2] + calls[i].anno[3];
- call->ori_depth += calls[i].ori_depth;
- call->mq0 += calls[i].mq0;
- for (j = 0; j < 16; ++j) call->anno[j] += calls[i].anno[j];
- }
-
- calc_SegBias(calls, call);
-
- // calc_chisq_bias("XPOS", call->bcf_hdr->id[BCF_DT_CTG][call->tid].key, call->pos, bca->ref_pos, bca->alt_pos, bca->npos);
- // calc_chisq_bias("XMQ", call->bcf_hdr->id[BCF_DT_CTG][call->tid].key, call->pos, bca->ref_mq, bca->alt_mq, bca->nqual);
- // calc_chisq_bias("XBQ", call->bcf_hdr->id[BCF_DT_CTG][call->tid].key, call->pos, bca->ref_bq, bca->alt_bq, bca->nqual);
-
- call->mwu_pos = calc_mwu_bias(bca->ref_pos, bca->alt_pos, bca->npos);
- call->mwu_mq = calc_mwu_bias(bca->ref_mq, bca->alt_mq, bca->nqual);
- call->mwu_bq = calc_mwu_bias(bca->ref_bq, bca->alt_bq, bca->nqual);
- call->mwu_mqs = calc_mwu_bias(bca->fwd_mqs, bca->rev_mqs, bca->nqual);
-
-#if CDF_MWU_TESTS
- call->mwu_pos_cdf = calc_mwu_bias_cdf(bca->ref_pos, bca->alt_pos, bca->npos);
- call->mwu_mq_cdf = calc_mwu_bias_cdf(bca->ref_mq, bca->alt_mq, bca->nqual);
- call->mwu_bq_cdf = calc_mwu_bias_cdf(bca->ref_bq, bca->alt_bq, bca->nqual);
- call->mwu_mqs_cdf = calc_mwu_bias_cdf(bca->fwd_mqs, bca->rev_mqs, bca->nqual);
-#endif
-
- call->vdb = calc_vdb(bca->alt_pos, bca->npos);
-
- return 0;
-}
-
-int bcf_call2bcf(bcf_call_t *bc, bcf1_t *rec, bcf_callret1_t *bcr, int fmt_flag, const bcf_callaux_t *bca, const char *ref)
-{
- extern double kt_fisher_exact(int n11, int n12, int n21, int n22, double *_left, double *_right, double *two);
- int i, j, nals = 1;
-
- bcf_hdr_t *hdr = bc->bcf_hdr;
- rec->rid = bc->tid;
- rec->pos = bc->pos;
- rec->qual = 0;
-
- bc->tmp.l = 0;
- if (bc->ori_ref < 0) // indel
- {
- // REF
- kputc(ref[bc->pos], &bc->tmp);
- for (j = 0; j < bca->indelreg; ++j) kputc(ref[bc->pos+1+j], &bc->tmp);
-
- // ALT
- for (i=1; i<4; i++)
- {
- if (bc->a[i] < 0) break;
- kputc(',', &bc->tmp); kputc(ref[bc->pos], &bc->tmp);
-
- if (bca->indel_types[bc->a[i]] < 0) { // deletion
- for (j = -bca->indel_types[bc->a[i]]; j < bca->indelreg; ++j)
- kputc(ref[bc->pos+1+j], &bc->tmp);
- } else { // insertion; cannot be a reference unless a bug
- char *inscns = &bca->inscns[bc->a[i] * bca->maxins];
- for (j = 0; j < bca->indel_types[bc->a[i]]; ++j)
- kputc("ACGTN"[(int)inscns[j]], &bc->tmp);
- for (j = 0; j < bca->indelreg; ++j) kputc(ref[bc->pos+1+j], &bc->tmp);
- }
- nals++;
- }
- }
- else // SNP
- {
- kputc("ACGTN"[bc->ori_ref], &bc->tmp);
- for (i=1; i<5; i++)
- {
- if (bc->a[i] < 0) break;
- kputc(',', &bc->tmp);
- if ( bc->unseen==i ) kputs("<X>", &bc->tmp);
- else kputc("ACGT"[bc->a[i]], &bc->tmp);
- nals++;
- }
- }
- bcf_update_alleles_str(hdr, rec, bc->tmp.s);
-
- bc->tmp.l = 0;
-
- // INFO
- if (bc->ori_ref < 0)
- {
- bcf_update_info_flag(hdr, rec, "INDEL", NULL, 1);
- bcf_update_info_int32(hdr, rec, "IDV", &bca->max_support, 1);
- bcf_update_info_float(hdr, rec, "IMF", &bca->max_frac, 1);
- }
- bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &bc->ori_depth, 1);
-
- float tmpf[16];
- for (i=0; i<16; i++) tmpf[i] = bc->anno[i];
- bcf_update_info_float(hdr, rec, "I16", tmpf, 16);
- bcf_update_info_float(hdr, rec, "QS", bc->qsum, nals);
-
- if ( bc->vdb != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "VDB", &bc->vdb, 1);
- if ( bc->seg_bias != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "SGB", &bc->seg_bias, 1);
- if ( bc->mwu_pos != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "RPB", &bc->mwu_pos, 1);
- if ( bc->mwu_mq != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "MQB", &bc->mwu_mq, 1);
- if ( bc->mwu_mqs != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "MQSB", &bc->mwu_mqs, 1);
- if ( bc->mwu_bq != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "BQB", &bc->mwu_bq, 1);
-#if CDF_MWU_TESTS
- if ( bc->mwu_pos_cdf != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "RPB2", &bc->mwu_pos_cdf, 1);
- if ( bc->mwu_mq_cdf != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "MQB2", &bc->mwu_mq_cdf, 1);
- if ( bc->mwu_mqs_cdf != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "MQSB2", &bc->mwu_mqs_cdf, 1);
- if ( bc->mwu_bq_cdf != HUGE_VAL ) bcf_update_info_float(hdr, rec, "BQB2", &bc->mwu_bq_cdf, 1);
-#endif
- tmpf[0] = bc->ori_depth ? (float)bc->mq0/bc->ori_depth : 0;
- bcf_update_info_float(hdr, rec, "MQ0F", tmpf, 1);
-
- // FORMAT
- rec->n_sample = bc->n;
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "PL", bc->PL, nals*(nals+1)/2 * rec->n_sample);
- if ( fmt_flag&B2B_FMT_DP )
- {
- int32_t *ptr = (int32_t*) bc->fmt_arr;
- for (i=0; i<bc->n; i++)
- ptr[i] = bc->DP4[4*i] + bc->DP4[4*i+1] + bc->DP4[4*i+2] + bc->DP4[4*i+3];
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DP", bc->fmt_arr, rec->n_sample);
- }
- if ( fmt_flag&B2B_FMT_DV )
- {
- int32_t *ptr = (int32_t*) bc->fmt_arr;
- for (i=0; i<bc->n; i++)
- ptr[i] = bc->DP4[4*i+2] + bc->DP4[4*i+3];
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DV", bc->fmt_arr, rec->n_sample);
- }
- if ( fmt_flag&B2B_FMT_SP )
- {
- int32_t *ptr = (int32_t*) bc->fmt_arr;
- for (i=0; i<bc->n; i++)
- {
- int fwd_ref = bc->DP4[4*i], rev_ref = bc->DP4[4*i+1], fwd_alt = bc->DP4[4*i+2], rev_alt = bc->DP4[4*i+3];
- if ( fwd_ref+rev_ref<2 || fwd_alt+rev_alt<2 || fwd_ref+fwd_alt<2 || rev_ref+rev_alt<2 )
- ptr[i] = 0;
- else
- {
- double left, right, two;
- kt_fisher_exact(fwd_ref, rev_ref, fwd_alt, rev_alt, &left, &right, &two);
- int32_t x = (int)(-4.343 * log(two) + .499);
- if (x > 255) x = 255;
- ptr[i] = x;
- }
- }
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "SP", bc->fmt_arr, rec->n_sample);
- }
- if ( fmt_flag&B2B_FMT_DP4 )
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DP4", bc->DP4, rec->n_sample*4);
- if ( fmt_flag&B2B_FMT_DPR )
- bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DPR", bc->DPR+B2B_MAX_ALLELES, rec->n_sample*rec->n_allele);
- if ( fmt_flag&B2B_INFO_DPR )
- bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DPR", bc->DPR, rec->n_allele);
-
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bam2bcf_indel.c b/samtools/bam2bcf_indel.c
deleted file mode 100644
index c8d061e..0000000
--- a/samtools/bam2bcf_indel.c
+++ /dev/null
@@ -1,533 +0,0 @@
-/* bam2bcf_indel.c -- indel caller.
-
- Copyright (C) 2010, 2011 Broad Institute.
- Copyright (C) 2012, 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <assert.h>
-#include <ctype.h>
-#include <string.h>
-#include "bam.h"
-#include "bam2bcf.h"
-#include "kaln.h"
-#include "kprobaln.h"
-#include "htslib/khash.h"
-KHASH_SET_INIT_STR(rg)
-
-#include "htslib/ksort.h"
-KSORT_INIT_GENERIC(uint32_t)
-
-#define MINUS_CONST 0x10000000
-#define INDEL_WINDOW_SIZE 50
-
-extern const char bam_nt16_nt4_table[];
-
-void *bcf_call_add_rg(void *_hash, const char *hdtext, const char *list)
-{
- const char *s, *p, *q, *r, *t;
- khash_t(rg) *hash;
- if (list == 0 || hdtext == 0) return _hash;
- if (_hash == 0) _hash = kh_init(rg);
- hash = (khash_t(rg)*)_hash;
- if ((s = strstr(hdtext, "@RG\t")) == 0) return hash;
- do {
- t = strstr(s + 4, "@RG\t"); // the next @RG
- if ((p = strstr(s, "\tID:")) != 0) p += 4;
- if ((q = strstr(s, "\tPL:")) != 0) q += 4;
- if (p && q && (t == 0 || (p < t && q < t))) { // ID and PL are both present
- int lp, lq;
- char *x;
- for (r = p; *r && *r != '\t' && *r != '\n'; ++r) { }
- lp = r - p;
- for (r = q; *r && *r != '\t' && *r != '\n'; ++r) { }
- lq = r - q;
- x = calloc((lp > lq? lp : lq) + 1, 1);
- for (r = q; *r && *r != '\t' && *r != '\n'; ++r) x[r-q] = *r;
- if (strstr(list, x)) { // insert ID to the hash table
- khint_t k;
- int ret;
- for (r = p; *r && *r != '\t' && *r != '\n'; ++r) x[r-p] = *r;
- x[r-p] = 0;
- k = kh_get(rg, hash, x);
- if (k == kh_end(hash)) k = kh_put(rg, hash, x, &ret);
- else free(x);
- } else free(x);
- }
- s = t;
- } while (s);
- return hash;
-}
-
-void bcf_call_del_rghash(void *_hash)
-{
- khint_t k;
- khash_t(rg) *hash = (khash_t(rg)*)_hash;
- if (hash == 0) return;
- for (k = kh_begin(hash); k < kh_end(hash); ++k)
- if (kh_exist(hash, k))
- free((char*)kh_key(hash, k));
- kh_destroy(rg, hash);
-}
-
-static int tpos2qpos(const bam1_core_t *c, const uint32_t *cigar, int32_t tpos, int is_left, int32_t *_tpos)
-{
- int k, x = c->pos, y = 0, last_y = 0;
- *_tpos = c->pos;
- for (k = 0; k < c->n_cigar; ++k) {
- int op = cigar[k] & BAM_CIGAR_MASK;
- int l = cigar[k] >> BAM_CIGAR_SHIFT;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- if (c->pos > tpos) return y;
- if (x + l > tpos) {
- *_tpos = tpos;
- return y + (tpos - x);
- }
- x += l; y += l;
- last_y = y;
- } else if (op == BAM_CINS || op == BAM_CSOFT_CLIP) y += l;
- else if (op == BAM_CDEL || op == BAM_CREF_SKIP) {
- if (x + l > tpos) {
- *_tpos = is_left? x : x + l;
- return y;
- }
- x += l;
- }
- }
- *_tpos = x;
- return last_y;
-}
-// FIXME: check if the inserted sequence is consistent with the homopolymer run
-// l is the relative gap length and l_run is the length of the homopolymer on the reference
-static inline int est_seqQ(const bcf_callaux_t *bca, int l, int l_run)
-{
- int q, qh;
- q = bca->openQ + bca->extQ * (abs(l) - 1);
- qh = l_run >= 3? (int)(bca->tandemQ * (double)abs(l) / l_run + .499) : 1000;
- return q < qh? q : qh;
-}
-
-static inline int est_indelreg(int pos, const char *ref, int l, char *ins4)
-{
- int i, j, max = 0, max_i = pos, score = 0;
- l = abs(l);
- for (i = pos + 1, j = 0; ref[i]; ++i, ++j) {
- if (ins4) score += (toupper(ref[i]) != "ACGTN"[(int)ins4[j%l]])? -10 : 1;
- else score += (toupper(ref[i]) != toupper(ref[pos+1+j%l]))? -10 : 1;
- if (score < 0) break;
- if (max < score) max = score, max_i = i;
- }
- return max_i - pos;
-}
-
-/*
- notes:
- - n .. number of samples
- - the routine sets bam_pileup1_t.aux of each read as follows:
- - 6: unused
- - 6: the call; index to bcf_callaux_t.indel_types .. (aux>>16)&0x3f
- - 8: estimated sequence quality .. (aux>>8)&0xff
- - 8: indel quality .. aux&0xff
- */
-int bcf_call_gap_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref,
- const void *rghash)
-{
- int i, s, j, k, t, n_types, *types, max_rd_len, left, right, max_ins, *score1, *score2, max_ref2;
- int N, K, l_run, ref_type, n_alt;
- char *inscns = 0, *ref2, *query, **ref_sample;
- khash_t(rg) *hash = (khash_t(rg)*)rghash;
- if (ref == 0 || bca == 0) return -1;
- // mark filtered reads
- if (rghash) {
- N = 0;
- for (s = N = 0; s < n; ++s) {
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i) {
- bam_pileup1_t *p = plp[s] + i;
- const uint8_t *rg = bam_aux_get(p->b, "RG");
- p->aux = 1; // filtered by default
- if (rg) {
- khint_t k = kh_get(rg, hash, (const char*)(rg + 1));
- if (k != kh_end(hash)) p->aux = 0, ++N; // not filtered
- }
- }
- }
- if (N == 0) return -1; // no reads left
- }
- // determine if there is a gap
- for (s = N = 0; s < n; ++s) {
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i)
- if (plp[s][i].indel != 0) break;
- if (i < n_plp[s]) break;
- }
- if (s == n) return -1; // there is no indel at this position.
- for (s = N = 0; s < n; ++s) N += n_plp[s]; // N is the total number of reads
- { // find out how many types of indels are present
- bca->max_support = bca->max_frac = 0;
- int m, n_alt = 0, n_tot = 0, indel_support_ok = 0;
- uint32_t *aux;
- aux = calloc(N + 1, 4);
- m = max_rd_len = 0;
- aux[m++] = MINUS_CONST; // zero indel is always a type
- for (s = 0; s < n; ++s) {
- int na = 0, nt = 0;
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = plp[s] + i;
- if (rghash == 0 || p->aux == 0) {
- ++nt;
- if (p->indel != 0) {
- ++na;
- aux[m++] = MINUS_CONST + p->indel;
- }
- }
- j = bam_cigar2qlen(&p->b->core, bam1_cigar(p->b));
- if (j > max_rd_len) max_rd_len = j;
- }
- float frac = (float)na/nt;
- if ( !indel_support_ok && na >= bca->min_support && frac >= bca->min_frac )
- indel_support_ok = 1;
- if ( na > bca->max_support && frac > 0 ) bca->max_support = na, bca->max_frac = frac;
- n_alt += na;
- n_tot += nt;
- }
- // To prevent long stretches of N's to be mistaken for indels (sometimes thousands of bases),
- // check the number of N's in the sequence and skip places where half or more reference bases are Ns.
- int nN=0; for (i=pos; i-pos<max_rd_len && ref[i]; i++) if ( ref[i]=='N' ) nN++;
- if ( nN*2>(i-pos) ) { free(aux); return -1; }
-
- ks_introsort(uint32_t, m, aux);
- // squeeze out identical types
- for (i = 1, n_types = 1; i < m; ++i)
- if (aux[i] != aux[i-1]) ++n_types;
- // Taking totals makes it hard to call rare indels
- if ( !bca->per_sample_flt )
- indel_support_ok = ( (float)n_alt / n_tot < bca->min_frac || n_alt < bca->min_support ) ? 0 : 1;
- if ( n_types == 1 || !indel_support_ok ) { // then skip
- free(aux); return -1;
- }
- if (n_types >= 64) {
- free(aux);
- if (bam_verbose >= 2)
- fprintf(stderr, "[%s] excessive INDEL alleles at position %d. Skip the position.\n", __func__, pos + 1);
- return -1;
- }
- types = (int*)calloc(n_types, sizeof(int));
- t = 0;
- types[t++] = aux[0] - MINUS_CONST;
- for (i = 1; i < m; ++i)
- if (aux[i] != aux[i-1])
- types[t++] = aux[i] - MINUS_CONST;
- free(aux);
- for (t = 0; t < n_types; ++t)
- if (types[t] == 0) break;
- ref_type = t; // the index of the reference type (0)
- }
- { // calculate left and right boundary
- left = pos > INDEL_WINDOW_SIZE? pos - INDEL_WINDOW_SIZE : 0;
- right = pos + INDEL_WINDOW_SIZE;
- if (types[0] < 0) right -= types[0];
- // in case the alignments stand out the reference
- for (i = pos; i < right; ++i)
- if (ref[i] == 0) break;
- right = i;
- }
- /* The following block fixes a long-existing flaw in the INDEL
- * calling model: the interference of nearby SNPs. However, it also
- * reduces the power because sometimes, substitutions caused by
- * indels are not distinguishable from true mutations. Multiple
- * sequence realignment helps to increase the power.
- *
- * Masks mismatches present in at least 70% of the reads with 'N'.
- */
- { // construct per-sample consensus
- int L = right - left + 1, max_i, max2_i;
- uint32_t *cns, max, max2;
- char *ref0, *r;
- ref_sample = calloc(n, sizeof(char*));
- cns = calloc(L, 4);
- ref0 = calloc(L, 1);
- for (i = 0; i < right - left; ++i)
- ref0[i] = bam_nt16_table[(int)ref[i+left]];
- for (s = 0; s < n; ++s) {
- r = ref_sample[s] = calloc(L, 1);
- memset(cns, 0, sizeof(int) * L);
- // collect ref and non-ref counts
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i) {
- bam_pileup1_t *p = plp[s] + i;
- bam1_t *b = p->b;
- uint32_t *cigar = bam1_cigar(b);
- uint8_t *seq = bam1_seq(b);
- int x = b->core.pos, y = 0;
- for (k = 0; k < b->core.n_cigar; ++k) {
- int op = cigar[k]&0xf;
- int j, l = cigar[k]>>4;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- for (j = 0; j < l; ++j)
- if (x + j >= left && x + j < right)
- cns[x+j-left] += (bam1_seqi(seq, y+j) == ref0[x+j-left])? 1 : 0x10000;
- x += l; y += l;
- } else if (op == BAM_CDEL || op == BAM_CREF_SKIP) x += l;
- else if (op == BAM_CINS || op == BAM_CSOFT_CLIP) y += l;
- }
- }
- // determine the consensus
- for (i = 0; i < right - left; ++i) r[i] = ref0[i];
- max = max2 = 0; max_i = max2_i = -1;
- for (i = 0; i < right - left; ++i) {
- if (cns[i]>>16 >= max>>16) max2 = max, max2_i = max_i, max = cns[i], max_i = i;
- else if (cns[i]>>16 >= max2>>16) max2 = cns[i], max2_i = i;
- }
- if ((double)(max&0xffff) / ((max&0xffff) + (max>>16)) >= 0.7) max_i = -1;
- if ((double)(max2&0xffff) / ((max2&0xffff) + (max2>>16)) >= 0.7) max2_i = -1;
- if (max_i >= 0) r[max_i] = 15;
- if (max2_i >= 0) r[max2_i] = 15;
- //for (i = 0; i < right - left; ++i) fputc("=ACMGRSVTWYHKDBN"[(int)r[i]], stderr); fputc('\n', stderr);
- }
- free(ref0); free(cns);
- }
- { // the length of the homopolymer run around the current position
- int c = bam_nt16_table[(int)ref[pos + 1]];
- if (c == 15) l_run = 1;
- else {
- for (i = pos + 2; ref[i]; ++i)
- if (bam_nt16_table[(int)ref[i]] != c) break;
- l_run = i;
- for (i = pos; i >= 0; --i)
- if (bam_nt16_table[(int)ref[i]] != c) break;
- l_run -= i + 1;
- }
- }
- // construct the consensus sequence
- max_ins = types[n_types - 1]; // max_ins is at least 0
- if (max_ins > 0) {
- int *inscns_aux = calloc(5 * n_types * max_ins, sizeof(int));
- // count the number of occurrences of each base at each position for each type of insertion
- for (t = 0; t < n_types; ++t) {
- if (types[t] > 0) {
- for (s = 0; s < n; ++s) {
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i) {
- bam_pileup1_t *p = plp[s] + i;
- if (p->indel == types[t]) {
- uint8_t *seq = bam1_seq(p->b);
- for (k = 1; k <= p->indel; ++k) {
- int c = bam_nt16_nt4_table[bam1_seqi(seq, p->qpos + k)];
- assert(c<5);
- ++inscns_aux[(t*max_ins+(k-1))*5 + c];
- }
- }
- }
- }
- }
- }
- // use the majority rule to construct the consensus
- inscns = calloc(n_types * max_ins, 1);
- for (t = 0; t < n_types; ++t) {
- for (j = 0; j < types[t]; ++j) {
- int max = 0, max_k = -1, *ia = &inscns_aux[(t*max_ins+j)*5];
- for (k = 0; k < 5; ++k)
- if (ia[k] > max)
- max = ia[k], max_k = k;
- inscns[t*max_ins + j] = max? max_k : 4;
- if ( max_k==4 ) { types[t] = 0; break; } // discard insertions which contain N's
- }
- }
- free(inscns_aux);
- }
- // compute the likelihood given each type of indel for each read
- max_ref2 = right - left + 2 + 2 * (max_ins > -types[0]? max_ins : -types[0]);
- ref2 = calloc(max_ref2, 1);
- query = calloc(right - left + max_rd_len + max_ins + 2, 1);
- score1 = calloc(N * n_types, sizeof(int));
- score2 = calloc(N * n_types, sizeof(int));
- bca->indelreg = 0;
- for (t = 0; t < n_types; ++t) {
- int l, ir;
- kpa_par_t apf1 = { 1e-4, 1e-2, 10 }, apf2 = { 1e-6, 1e-3, 10 };
- apf1.bw = apf2.bw = abs(types[t]) + 3;
- // compute indelreg
- if (types[t] == 0) ir = 0;
- else if (types[t] > 0) ir = est_indelreg(pos, ref, types[t], &inscns[t*max_ins]);
- else ir = est_indelreg(pos, ref, -types[t], 0);
- if (ir > bca->indelreg) bca->indelreg = ir;
-// fprintf(stderr, "%d, %d, %d\n", pos, types[t], ir);
- // realignment
- for (s = K = 0; s < n; ++s) {
- // write ref2
- for (k = 0, j = left; j <= pos; ++j)
- ref2[k++] = bam_nt16_nt4_table[(int)ref_sample[s][j-left]];
- if (types[t] <= 0) j += -types[t];
- else for (l = 0; l < types[t]; ++l)
- ref2[k++] = inscns[t*max_ins + l];
- for (; j < right && ref[j]; ++j)
- ref2[k++] = bam_nt16_nt4_table[(int)ref_sample[s][j-left]];
- for (; k < max_ref2; ++k) ref2[k] = 4;
- if (j < right) right = j;
- // align each read to ref2
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i, ++K) {
- bam_pileup1_t *p = plp[s] + i;
- int qbeg, qend, tbeg, tend, sc, kk;
- uint8_t *seq = bam1_seq(p->b);
- uint32_t *cigar = bam1_cigar(p->b);
- if (p->b->core.flag&4) continue; // unmapped reads
- // FIXME: the following loop should be better moved outside; nonetheless, realignment should be much slower anyway.
- for (kk = 0; kk < p->b->core.n_cigar; ++kk)
- if ((cigar[kk]&BAM_CIGAR_MASK) == BAM_CREF_SKIP) break;
- if (kk < p->b->core.n_cigar) continue;
- // FIXME: the following skips soft clips, but using them may be more sensitive.
- // determine the start and end of sequences for alignment
- qbeg = tpos2qpos(&p->b->core, bam1_cigar(p->b), left, 0, &tbeg);
- qend = tpos2qpos(&p->b->core, bam1_cigar(p->b), right, 1, &tend);
- if (types[t] < 0) {
- int l = -types[t];
- tbeg = tbeg - l > left? tbeg - l : left;
- }
- // write the query sequence
- for (l = qbeg; l < qend; ++l)
- query[l - qbeg] = bam_nt16_nt4_table[bam1_seqi(seq, l)];
- { // do realignment; this is the bottleneck
- const uint8_t *qual = bam1_qual(p->b), *bq;
- uint8_t *qq;
- qq = calloc(qend - qbeg, 1);
- bq = (uint8_t*)bam_aux_get(p->b, "ZQ");
- if (bq) ++bq; // skip type
- for (l = qbeg; l < qend; ++l) {
- qq[l - qbeg] = bq? qual[l] + (bq[l] - 64) : qual[l];
- if (qq[l - qbeg] > 30) qq[l - qbeg] = 30;
- if (qq[l - qbeg] < 7) qq[l - qbeg] = 7;
- }
- sc = kpa_glocal((uint8_t*)ref2 + tbeg - left, tend - tbeg + abs(types[t]),
- (uint8_t*)query, qend - qbeg, qq, &apf1, 0, 0);
- l = (int)(100. * sc / (qend - qbeg) + .499); // used for adjusting indelQ below
- if (l > 255) l = 255;
- score1[K*n_types + t] = score2[K*n_types + t] = sc<<8 | l;
- if (sc > 5) {
- sc = kpa_glocal((uint8_t*)ref2 + tbeg - left, tend - tbeg + abs(types[t]),
- (uint8_t*)query, qend - qbeg, qq, &apf2, 0, 0);
- l = (int)(100. * sc / (qend - qbeg) + .499);
- if (l > 255) l = 255;
- score2[K*n_types + t] = sc<<8 | l;
- }
- free(qq);
- }
-/*
- for (l = 0; l < tend - tbeg + abs(types[t]); ++l)
- fputc("ACGTN"[(int)ref2[tbeg-left+l]], stderr);
- fputc('\n', stderr);
- for (l = 0; l < qend - qbeg; ++l) fputc("ACGTN"[(int)query[l]], stderr);
- fputc('\n', stderr);
- fprintf(stderr, "pos=%d type=%d read=%d:%d name=%s qbeg=%d tbeg=%d score=%d\n", pos, types[t], s, i, bam1_qname(p->b), qbeg, tbeg, sc);
-*/
- }
- }
- }
- free(ref2); free(query);
- { // compute indelQ
- int *sc, tmp, *sumq;
- sc = alloca(n_types * sizeof(int));
- sumq = alloca(n_types * sizeof(int));
- memset(sumq, 0, sizeof(int) * n_types);
- for (s = K = 0; s < n; ++s) {
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i, ++K) {
- bam_pileup1_t *p = plp[s] + i;
- int *sct = &score1[K*n_types], indelQ1, indelQ2, seqQ, indelQ;
- for (t = 0; t < n_types; ++t) sc[t] = sct[t]<<6 | t;
- for (t = 1; t < n_types; ++t) // insertion sort
- for (j = t; j > 0 && sc[j] < sc[j-1]; --j)
- tmp = sc[j], sc[j] = sc[j-1], sc[j-1] = tmp;
- /* errmod_cal() assumes that if the call is wrong, the
- * likelihoods of other events are equal. This is about
- * right for substitutions, but is not desired for
- * indels. To reuse errmod_cal(), I have to make
- * compromise for multi-allelic indels.
- */
- if ((sc[0]&0x3f) == ref_type) {
- indelQ1 = (sc[1]>>14) - (sc[0]>>14);
- seqQ = est_seqQ(bca, types[sc[1]&0x3f], l_run);
- } else {
- for (t = 0; t < n_types; ++t) // look for the reference type
- if ((sc[t]&0x3f) == ref_type) break;
- indelQ1 = (sc[t]>>14) - (sc[0]>>14);
- seqQ = est_seqQ(bca, types[sc[0]&0x3f], l_run);
- }
- tmp = sc[0]>>6 & 0xff;
- indelQ1 = tmp > 111? 0 : (int)((1. - tmp/111.) * indelQ1 + .499); // reduce indelQ
- sct = &score2[K*n_types];
- for (t = 0; t < n_types; ++t) sc[t] = sct[t]<<6 | t;
- for (t = 1; t < n_types; ++t) // insertion sort
- for (j = t; j > 0 && sc[j] < sc[j-1]; --j)
- tmp = sc[j], sc[j] = sc[j-1], sc[j-1] = tmp;
- if ((sc[0]&0x3f) == ref_type) {
- indelQ2 = (sc[1]>>14) - (sc[0]>>14);
- } else {
- for (t = 0; t < n_types; ++t) // look for the reference type
- if ((sc[t]&0x3f) == ref_type) break;
- indelQ2 = (sc[t]>>14) - (sc[0]>>14);
- }
- tmp = sc[0]>>6 & 0xff;
- indelQ2 = tmp > 111? 0 : (int)((1. - tmp/111.) * indelQ2 + .499);
- // pick the smaller between indelQ1 and indelQ2
- indelQ = indelQ1 < indelQ2? indelQ1 : indelQ2;
- if (indelQ > 255) indelQ = 255;
- if (seqQ > 255) seqQ = 255;
- p->aux = (sc[0]&0x3f)<<16 | seqQ<<8 | indelQ; // use 22 bits in total
- sumq[sc[0]&0x3f] += indelQ < seqQ? indelQ : seqQ;
-// fprintf(stderr, "pos=%d read=%d:%d name=%s call=%d indelQ=%d seqQ=%d\n", pos, s, i, bam1_qname(p->b), types[sc[0]&0x3f], indelQ, seqQ);
- }
- }
- // determine bca->indel_types[] and bca->inscns
- bca->maxins = max_ins;
- bca->inscns = realloc(bca->inscns, bca->maxins * 4);
- for (t = 0; t < n_types; ++t)
- sumq[t] = sumq[t]<<6 | t;
- for (t = 1; t < n_types; ++t) // insertion sort
- for (j = t; j > 0 && sumq[j] > sumq[j-1]; --j)
- tmp = sumq[j], sumq[j] = sumq[j-1], sumq[j-1] = tmp;
- for (t = 0; t < n_types; ++t) // look for the reference type
- if ((sumq[t]&0x3f) == ref_type) break;
- if (t) { // then move the reference type to the first
- tmp = sumq[t];
- for (; t > 0; --t) sumq[t] = sumq[t-1];
- sumq[0] = tmp;
- }
- for (t = 0; t < 4; ++t) bca->indel_types[t] = B2B_INDEL_NULL;
- for (t = 0; t < 4 && t < n_types; ++t) {
- bca->indel_types[t] = types[sumq[t]&0x3f];
- memcpy(&bca->inscns[t * bca->maxins], &inscns[(sumq[t]&0x3f) * max_ins], bca->maxins);
- }
- // update p->aux
- for (s = n_alt = 0; s < n; ++s) {
- for (i = 0; i < n_plp[s]; ++i) {
- bam_pileup1_t *p = plp[s] + i;
- int x = types[p->aux>>16&0x3f];
- for (j = 0; j < 4; ++j)
- if (x == bca->indel_types[j]) break;
- p->aux = j<<16 | (j == 4? 0 : (p->aux&0xffff));
- if ((p->aux>>16&0x3f) > 0) ++n_alt;
- //fprintf(stderr, "X pos=%d read=%d:%d name=%s call=%d type=%d seqQ=%d indelQ=%d\n", pos, s, i, bam1_qname(p->b), (p->aux>>16)&0x3f, bca->indel_types[(p->aux>>16)&0x3f], (p->aux>>8)&0xff, p->aux&0xff);
- }
- }
- }
- free(score1); free(score2);
- // free
- for (i = 0; i < n; ++i) free(ref_sample[i]);
- free(ref_sample);
- free(types); free(inscns);
- return n_alt > 0? 0 : -1;
-}
diff --git a/samtools/bam2depth.c b/samtools/bam2depth.c
deleted file mode 100644
index 70882be..0000000
--- a/samtools/bam2depth.c
+++ /dev/null
@@ -1,199 +0,0 @@
-/* bam2depth.c -- depth subcommand.
-
- Copyright (C) 2011, 2012 Broad Institute.
- Copyright (C) 2012-2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
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-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-/* This program demonstrates how to generate pileup from multiple BAMs
- * simutaneously, to achieve random access and to use the BED interface.
- * To compile this program separately, you may:
- *
- * gcc -g -O2 -Wall -o bam2depth -D_MAIN_BAM2DEPTH bam2depth.c -lhts -lz
- */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <stdio.h>
-#include <unistd.h>
-#include "htslib/sam.h"
-#include "samtools.h"
-
-typedef struct { // auxiliary data structure
- samFile *fp; // the file handle
- bam_hdr_t *hdr; // the file header
- hts_itr_t *iter; // NULL if a region not specified
- int min_mapQ, min_len; // mapQ filter; length filter
-} aux_t;
-
-void *bed_read(const char *fn); // read a BED or position list file
-void bed_destroy(void *_h); // destroy the BED data structure
-int bed_overlap(const void *_h, const char *chr, int beg, int end); // test if chr:beg-end overlaps
-
-// This function reads a BAM alignment from one BAM file.
-static int read_bam(void *data, bam1_t *b) // read level filters better go here to avoid pileup
-{
- aux_t *aux = (aux_t*)data; // data in fact is a pointer to an auxiliary structure
- int ret;
- while (1)
- {
- ret = aux->iter? sam_itr_next(aux->fp, aux->iter, b) : sam_read1(aux->fp, aux->hdr, b);
- if ( ret<0 ) break;
- if ( b->core.flag & (BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP) ) continue;
- if ( (int)b->core.qual < aux->min_mapQ ) continue;
- if ( aux->min_len && bam_cigar2qlen(b->core.n_cigar, bam_get_cigar(b)) < aux->min_len ) continue;
- break;
- }
- return ret;
-}
-
-int read_file_list(const char *file_list,int *n,char **argv[]);
-
-int main_depth(int argc, char *argv[])
-{
- int i, n, tid, beg, end, pos, *n_plp, baseQ = 0, mapQ = 0, min_len = 0, status = EXIT_SUCCESS, nfiles;
- const bam_pileup1_t **plp;
- char *reg = 0; // specified region
- void *bed = 0; // BED data structure
- char *file_list = NULL, **fn = NULL;
- bam_hdr_t *h = NULL; // BAM header of the 1st input
- aux_t **data;
- bam_mplp_t mplp;
-
- // parse the command line
- while ((n = getopt(argc, argv, "r:b:q:Q:l:f:")) >= 0) {
- switch (n) {
- case 'l': min_len = atoi(optarg); break; // minimum query length
- case 'r': reg = strdup(optarg); break; // parsing a region requires a BAM header
- case 'b':
- bed = bed_read(optarg); // BED or position list file can be parsed now
- if (!bed) { print_error_errno("Could not read file \"%s\"", optarg); return 1; }
- break;
- case 'q': baseQ = atoi(optarg); break; // base quality threshold
- case 'Q': mapQ = atoi(optarg); break; // mapping quality threshold
- case 'f': file_list = optarg; break;
- }
- }
- if (optind == argc && !file_list) {
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools depth [options] in1.bam [in2.bam [...]]\n");
- fprintf(stderr, "Options:\n");
- fprintf(stderr, " -b <bed> list of positions or regions\n");
- fprintf(stderr, " -f <list> list of input BAM filenames, one per line [null]\n");
- fprintf(stderr, " -l <int> minQLen\n");
- fprintf(stderr, " -q <int> base quality threshold\n");
- fprintf(stderr, " -Q <int> mapping quality threshold\n");
- fprintf(stderr, " -r <chr:from-to> region\n");
- fprintf(stderr, "\n");
- return 1;
- }
-
- // initialize the auxiliary data structures
- if (file_list)
- {
- if ( read_file_list(file_list,&nfiles,&fn) ) return 1;
- n = nfiles;
- argv = fn;
- optind = 0;
- }
- else
- n = argc - optind; // the number of BAMs on the command line
- data = calloc(n, sizeof(aux_t*)); // data[i] for the i-th input
- beg = 0; end = 1<<30; // set the default region
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- data[i] = calloc(1, sizeof(aux_t));
- data[i]->fp = sam_open(argv[optind+i], "r"); // open BAM
- if (data[i]->fp == NULL) {
- print_error_errno("Could not open \"%s\"", argv[optind+i]);
- status = EXIT_FAILURE;
- goto depth_end;
- }
- data[i]->min_mapQ = mapQ; // set the mapQ filter
- data[i]->min_len = min_len; // set the qlen filter
- data[i]->hdr = sam_hdr_read(data[i]->fp); // read the BAM header
- if (reg) { // if a region is specified
- hts_idx_t *idx = sam_index_load(data[i]->fp, argv[optind+i]); // load the index
- if (idx == NULL) {
- print_error("can't load index for \"%s\"", argv[optind+i]);
- status = EXIT_FAILURE;
- goto depth_end;
- }
- data[i]->iter = sam_itr_querys(idx, data[i]->hdr, reg); // set the iterator
- hts_idx_destroy(idx); // the index is not needed any more; free the memory
- if (data[i]->iter == NULL) {
- print_error("can't parse region \"%s\"", reg);
- status = EXIT_FAILURE;
- goto depth_end;
- }
- }
- }
-
- h = data[0]->hdr; // easy access to the header of the 1st BAM
- if (reg) {
- beg = data[0]->iter->beg; // and to the parsed region coordinates
- end = data[0]->iter->end;
- }
-
- // the core multi-pileup loop
- mplp = bam_mplp_init(n, read_bam, (void**)data); // initialization
- n_plp = calloc(n, sizeof(int)); // n_plp[i] is the number of covering reads from the i-th BAM
- plp = calloc(n, sizeof(bam_pileup1_t*)); // plp[i] points to the array of covering reads (internal in mplp)
- while (bam_mplp_auto(mplp, &tid, &pos, n_plp, plp) > 0) { // come to the next covered position
- if (pos < beg || pos >= end) continue; // out of range; skip
- if (bed && bed_overlap(bed, h->target_name[tid], pos, pos + 1) == 0) continue; // not in BED; skip
- fputs(h->target_name[tid], stdout); printf("\t%d", pos+1); // a customized printf() would be faster
- for (i = 0; i < n; ++i) { // base level filters have to go here
- int j, m = 0;
- for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
- const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j; // DON'T modfity plp[][] unless you really know
- if (p->is_del || p->is_refskip) ++m; // having dels or refskips at tid:pos
- else if (bam_get_qual(p->b)[p->qpos] < baseQ) ++m; // low base quality
- }
- printf("\t%d", n_plp[i] - m); // this the depth to output
- }
- putchar('\n');
- }
- free(n_plp); free(plp);
- bam_mplp_destroy(mplp);
-
-depth_end:
- for (i = 0; i < n && data[i]; ++i) {
- bam_hdr_destroy(data[i]->hdr);
- sam_close(data[i]->fp);
- if (data[i]->iter) hts_itr_destroy(data[i]->iter);
- free(data[i]);
- }
- free(data); free(reg);
- if (bed) bed_destroy(bed);
- if ( file_list )
- {
- for (i=0; i<n; i++) free(fn[i]);
- free(fn);
- }
- return status;
-}
-
-#ifdef _MAIN_BAM2DEPTH
-int main(int argc, char *argv[])
-{
- return main_depth(argc, argv);
-}
-#endif
diff --git a/samtools/bam_aux.c b/samtools/bam_aux.c
deleted file mode 100644
index 7296f41..0000000
--- a/samtools/bam_aux.c
+++ /dev/null
@@ -1,71 +0,0 @@
-/* bam_aux.c -- remaining aux field handling.
-
- Copyright (C) 2008-2010, 2013 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2011 Broad Institute.
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- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
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-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <ctype.h>
-#include "bam.h"
-
-static inline int bam_aux_type2size(int x)
-{
- if (x == 'C' || x == 'c' || x == 'A') return 1;
- else if (x == 'S' || x == 's') return 2;
- else if (x == 'I' || x == 'i' || x == 'f' || x == 'F') return 4;
- else return 0;
-}
-
-#define __skip_tag(s) do { \
- int type = toupper(*(s)); \
- ++(s); \
- if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
- else if (type == 'B') (s) += 5 + bam_aux_type2size(*(s)) * (*(int32_t*)((s)+1)); \
- else (s) += bam_aux_type2size(type); \
- } while(0)
-
-
-int bam_aux_drop_other(bam1_t *b, uint8_t *s)
-{
- if (s) {
- uint8_t *p, *aux;
- aux = bam1_aux(b);
- p = s - 2;
- __skip_tag(s);
- memmove(aux, p, s - p);
- b->data_len -= bam_get_l_aux(b) - (s - p);
- } else {
- b->data_len -= bam_get_l_aux(b);
- }
- return 0;
-}
-
-int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *beg, int *end)
-{
- const char *name_lim = hts_parse_reg(str, beg, end);
- char *name = malloc(name_lim - str + 1);
- memcpy(name, str, name_lim - str);
- name[name_lim - str] = '\0';
- *ref_id = bam_name2id(header, name);
- free(name);
- if (*ref_id == -1) return -1;
- return *beg <= *end? 0 : -1;
-}
diff --git a/samtools/bam_cat.c b/samtools/bam_cat.c
deleted file mode 100644
index 0c6f35f..0000000
--- a/samtools/bam_cat.c
+++ /dev/null
@@ -1,156 +0,0 @@
-/* bam_cat.c -- efficiently concatenates bam files.
-
- Copyright (C) 2008-2009, 2011-2013 Genome Research Ltd.
- Modified SAMtools work copyright (C) 2010 Illumina, Inc.
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-/*
-bam_cat can be used to concatenate BAM files. Under special
-circumstances, it can be used as an alternative to 'samtools merge' to
-concatenate multiple sorted files into a single sorted file. For this
-to work each file must be sorted, and the sorted files must be given
-as command line arguments in order such that the final read in file i
-is less than or equal to the first read in file i+1.
-
-This code is derived from the bam_reheader function in samtools 0.1.8
-and modified to perform concatenation by Chris Saunders on behalf of
-Illumina.
-*/
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-
-#include "htslib/bgzf.h"
-#include "bam.h"
-
-#define BUF_SIZE 0x10000
-
-#define GZIPID1 31
-#define GZIPID2 139
-
-#define BGZF_EMPTY_BLOCK_SIZE 28
-
-
-int bam_cat(int nfn, char * const *fn, const bam_header_t *h, const char* outbam)
-{
- BGZF *fp;
- uint8_t *buf;
- uint8_t ebuf[BGZF_EMPTY_BLOCK_SIZE];
- const int es=BGZF_EMPTY_BLOCK_SIZE;
- int i;
-
- fp = strcmp(outbam, "-")? bgzf_open(outbam, "w") : bgzf_fdopen(fileno(stdout), "w");
- if (fp == 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] ERROR: fail to open output file '%s'.\n", __func__, outbam);
- return 1;
- }
- if (h) bam_header_write(fp, h);
-
- buf = (uint8_t*) malloc(BUF_SIZE);
- for(i = 0; i < nfn; ++i){
- BGZF *in;
- bam_header_t *old;
- int len,j;
-
- in = strcmp(fn[i], "-")? bgzf_open(fn[i], "r") : bgzf_fdopen(fileno(stdin), "r");
- if (in == 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] ERROR: fail to open file '%s'.\n", __func__, fn[i]);
- return -1;
- }
- if (in->is_write) return -1;
-
- old = bam_header_read(in);
- if (h == 0 && i == 0) bam_header_write(fp, old);
-
- if (in->block_offset < in->block_length) {
- bgzf_write(fp, in->uncompressed_block + in->block_offset, in->block_length - in->block_offset);
- bgzf_flush(fp);
- }
-
- j=0;
- while ((len = bgzf_raw_read(in, buf, BUF_SIZE)) > 0) {
- if(len<es){
- int diff=es-len;
- if(j==0) {
- fprintf(stderr, "[%s] ERROR: truncated file?: '%s'.\n", __func__, fn[i]);
- return -1;
- }
- bgzf_raw_write(fp, ebuf, len);
- memcpy(ebuf,ebuf+len,diff);
- memcpy(ebuf+diff,buf,len);
- } else {
- if(j!=0) bgzf_raw_write(fp, ebuf, es);
- len-= es;
- memcpy(ebuf,buf+len,es);
- bgzf_raw_write(fp, buf, len);
- }
- j=1;
- }
-
- /* check final gzip block */
- {
- const uint8_t gzip1=ebuf[0];
- const uint8_t gzip2=ebuf[1];
- const uint32_t isize=*((uint32_t*)(ebuf+es-4));
- if(((gzip1!=GZIPID1) || (gzip2!=GZIPID2)) || (isize!=0)) {
- fprintf(stderr, "[%s] WARNING: Unexpected block structure in file '%s'.", __func__, fn[i]);
- fprintf(stderr, " Possible output corruption.\n");
- bgzf_raw_write(fp, ebuf, es);
- }
- }
- bam_header_destroy(old);
- bgzf_close(in);
- }
- free(buf);
- bgzf_close(fp);
- return 0;
-}
-
-
-
-int main_cat(int argc, char *argv[])
-{
- bam_header_t *h = 0;
- char *outfn = 0;
- int c, ret;
- while ((c = getopt(argc, argv, "h:o:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'h': {
- tamFile fph = sam_open(optarg);
- if (fph == 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] ERROR: fail to read the header from '%s'.\n", __func__, argv[1]);
- return 1;
- }
- h = sam_header_read(fph);
- sam_close(fph);
- break;
- }
- case 'o': outfn = strdup(optarg); break;
- }
- }
- if (argc - optind < 2) {
- fprintf(stderr, "Usage: samtools cat [-h header.sam] [-o out.bam] <in1.bam> <in2.bam> [...]\n");
- return 1;
- }
- ret = bam_cat(argc - optind, argv + optind, h, outfn? outfn : "-");
- free(outfn);
- return ret;
-}
diff --git a/samtools/bam_color.c b/samtools/bam_color.c
deleted file mode 100644
index 3983c44..0000000
--- a/samtools/bam_color.c
+++ /dev/null
@@ -1,169 +0,0 @@
-/* bam_color.c -- color-space support.
-
- Copyright (C) 2009, 2012 University of California - Los Angeles.
-
- Author: Nils Homer <nilshomer at gmail.com>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <ctype.h>
-#include "bam.h"
-
-/*!
- @abstract Get the color encoding the previous and current base
- @param b pointer to an alignment
- @param i The i-th position, 0-based
- @return color
-
- @discussion Returns 0 no color information is found.
- */
-char bam_aux_getCSi(bam1_t *b, int i)
-{
- uint8_t *c = bam_aux_get(b, "CS");
- char *cs = NULL;
-
- // return the base if the tag was not found
- if(0 == c) return 0;
-
- cs = bam_aux2Z(c);
- // adjust for strandedness and leading adaptor
- if(bam1_strand(b)) {
- i = strlen(cs) - 1 - i;
- // adjust for leading hard clip
- uint32_t cigar = bam1_cigar(b)[0];
- if((cigar & BAM_CIGAR_MASK) == BAM_CHARD_CLIP) {
- i -= cigar >> BAM_CIGAR_SHIFT;
- }
- } else { i++; }
- return cs[i];
-}
-
-/*!
- @abstract Get the color quality of the color encoding the previous and current base
- @param b pointer to an alignment
- @param i The i-th position, 0-based
- @return color quality
-
- @discussion Returns 0 no color information is found.
- */
-char bam_aux_getCQi(bam1_t *b, int i)
-{
- uint8_t *c = bam_aux_get(b, "CQ");
- char *cq = NULL;
-
- // return the base if the tag was not found
- if(0 == c) return 0;
-
- cq = bam_aux2Z(c);
- // adjust for strandedness
- if(bam1_strand(b)) {
- i = strlen(cq) - 1 - i;
- // adjust for leading hard clip
- uint32_t cigar = bam1_cigar(b)[0];
- if((cigar & BAM_CIGAR_MASK) == BAM_CHARD_CLIP) {
- i -= (cigar >> BAM_CIGAR_SHIFT);
- }
- }
- return cq[i];
-}
-
-char bam_aux_nt2int(char a)
-{
- switch(toupper(a)) {
- case 'A':
- return 0;
- break;
- case 'C':
- return 1;
- break;
- case 'G':
- return 2;
- break;
- case 'T':
- return 3;
- break;
- default:
- return 4;
- break;
- }
-}
-
-char bam_aux_ntnt2cs(char a, char b)
-{
- a = bam_aux_nt2int(a);
- b = bam_aux_nt2int(b);
- if(4 == a || 4 == b) return '4';
- return "0123"[(int)(a ^ b)];
-}
-
-/*!
- @abstract Get the color error profile at the give position
- @param b pointer to an alignment
- @return the original color if the color was an error, '-' (dash) otherwise
-
- @discussion Returns 0 no color information is found.
- */
-char bam_aux_getCEi(bam1_t *b, int i)
-{
- int cs_i;
- uint8_t *c = bam_aux_get(b, "CS");
- char *cs = NULL;
- char prev_b, cur_b;
- char cur_color, cor_color;
-
- // return the base if the tag was not found
- if(0 == c) return 0;
-
- cs = bam_aux2Z(c);
-
- // adjust for strandedness and leading adaptor
- if(bam1_strand(b)) { //reverse strand
- cs_i = strlen(cs) - 1 - i;
- // adjust for leading hard clip
- uint32_t cigar = bam1_cigar(b)[0];
- if((cigar & BAM_CIGAR_MASK) == BAM_CHARD_CLIP) {
- cs_i -= cigar >> BAM_CIGAR_SHIFT;
- }
- // get current color
- cur_color = cs[cs_i];
- // get previous base. Note: must rc adaptor
- prev_b = (cs_i == 1) ? "TGCAN"[(int)bam_aux_nt2int(cs[0])] : bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i+1)];
- // get current base
- cur_b = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i)];
- }
- else {
- cs_i=i+1;
- // get current color
- cur_color = cs[cs_i];
- // get previous base
- prev_b = (0 == i) ? cs[0] : bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i-1)];
- // get current base
- cur_b = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(b), i)];
- }
-
- // corrected color
- cor_color = bam_aux_ntnt2cs(prev_b, cur_b);
-
- if(cur_color == cor_color) {
- return '-';
- }
- else {
- return cur_color;
- }
-}
diff --git a/samtools/bam_flags.c b/samtools/bam_flags.c
deleted file mode 100644
index ddc7b11..0000000
--- a/samtools/bam_flags.c
+++ /dev/null
@@ -1,68 +0,0 @@
-/* bam_flags.c -- flags subcommand.
-
- Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Petr Danecek <pd3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <ctype.h>
-#include <string.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdint.h>
-#include <unistd.h>
-#include <stdarg.h>
-#include <htslib/sam.h>
-
-static void usage(void)
-{
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "About: Convert between textual and numeric flag representation\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools flags INT|STR[,...]\n");
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Flags:\n");
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tPAIRED .. paired-end (or multiple-segment) sequencing technology\n", BAM_FPAIRED);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tPROPER_PAIR .. each segment properly aligned according to the aligner\n", BAM_FPROPER_PAIR);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tUNMAP .. segment unmapped\n", BAM_FUNMAP);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tMUNMAP .. next segment in the template unmapped\n", BAM_FMUNMAP);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tREVERSE .. SEQ is reverse complemented\n", BAM_FREVERSE);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tMREVERSE .. SEQ of the next segment in the template is reversed\n", BAM_FMREVERSE);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tREAD1 .. the first segment in the template\n", BAM_FREAD1);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tREAD2 .. the last segment in the template\n", BAM_FREAD2);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tSECONDARY .. secondary alignment\n", BAM_FSECONDARY);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tQCFAIL .. not passing quality controls\n", BAM_FQCFAIL);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tDUP .. PCR or optical duplicate\n", BAM_FDUP);
- fprintf(stderr, "\t0x%x\tSUPPLEMENTARY .. supplementary alignment\n", BAM_FSUPPLEMENTARY);
- fprintf(stderr, "\n");
-}
-
-
-int main_flags(int argc, char *argv[])
-{
- if ( argc!=2 ) usage();
- else
- {
- int mask = bam_str2flag(argv[1]);
- if ( mask<0 ) { fprintf(stderr,"Error: Could not parse \"%s\"\n", argv[1]); usage(); return 1; }
- printf("0x%x\t%d\t%s\n", mask, mask, bam_flag2str(mask));
- }
- return 0;
-}
-
diff --git a/samtools/bam_import.c b/samtools/bam_import.c
deleted file mode 100644
index d959d0e..0000000
--- a/samtools/bam_import.c
+++ /dev/null
@@ -1,63 +0,0 @@
-/* bam_import.c -- SAM format parsing.
-
- Copyright (C) 2008-2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <zlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
-#include <unistd.h>
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "bam.h"
-#include "htslib/kseq.h"
-
-KSTREAM_INIT(gzFile, gzread, 16384)
-
-bam_header_t *sam_header_read2(const char *fn)
-{
- bam_header_t *header;
- int c, dret, n_targets = 0;
- gzFile fp;
- kstream_t *ks;
- kstring_t *str;
- kstring_t samstr = { 0, 0, NULL };
- if (fn == 0) return 0;
- fp = (strcmp(fn, "-") == 0)? gzdopen(fileno(stdin), "r") : gzopen(fn, "r");
- if (fp == 0) return 0;
- ks = ks_init(fp);
- str = (kstring_t*)calloc(1, sizeof(kstring_t));
- while (ks_getuntil(ks, 0, str, &dret) > 0) {
- ksprintf(&samstr, "@SQ\tSN:%s", str->s);
- ks_getuntil(ks, 0, str, &dret);
- ksprintf(&samstr, "\tLN:%d\n", atoi(str->s));
- n_targets++;
- if (dret != '\n')
- while ((c = ks_getc(ks)) != '\n' && c != -1);
- }
- ks_destroy(ks);
- gzclose(fp);
- free(str->s); free(str);
- header = sam_hdr_parse(samstr.l, samstr.s? samstr.s : "");
- free(samstr.s);
- fprintf(stderr, "[sam_header_read2] %d sequences loaded.\n", n_targets);
- return header;
-}
diff --git a/samtools/bam_index.c b/samtools/bam_index.c
deleted file mode 100644
index b0654bc..0000000
--- a/samtools/bam_index.c
+++ /dev/null
@@ -1,110 +0,0 @@
-/* bam_index.c -- index and idxstats subcommands.
-
- Copyright (C) 2008-2011, 2013, 2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2010 Broad Institute.
- Portions copyright (C) 2013 Peter Cock, The James Hutton Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <htslib/hts.h>
-#include <htslib/sam.h>
-#include <htslib/khash.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#define __STDC_FORMAT_MACROS
-#include <inttypes.h>
-#include <unistd.h>
-
-#define BAM_LIDX_SHIFT 14
-
-int bam_index_build2(const char *fn, const char *_fnidx)
-{
- fprintf(stderr, "Samtools-htslib-API: bam_index_build2() not yet implemented\n");
- abort();
-}
-
-static void index_usage(FILE *fp)
-{
- fprintf(fp,
-"Usage: samtools index [-bc] [-m INT] <in.bam> [out.index]\n"
-"Options:\n"
-" -b Generate BAI-format index for BAM files [default]\n"
-" -c Generate CSI-format index for BAM files\n"
-" -m INT Set minimum interval size for CSI indices to 2^INT [%d]\n", BAM_LIDX_SHIFT);
-}
-
-int bam_index(int argc, char *argv[])
-{
- int csi = 0;
- int min_shift = BAM_LIDX_SHIFT;
- int c;
-
- while ((c = getopt(argc, argv, "bcm:")) >= 0)
- switch (c) {
- case 'b': csi = 0; break;
- case 'c': csi = 1; break;
- case 'm': csi = 1; min_shift = atoi(optarg); break;
- default:
- index_usage(stderr);
- return 1;
- }
-
- if (optind == argc) {
- index_usage(stdout);
- return 1;
- }
- if (argc - optind > 1) bam_index_build2(argv[optind], argv[optind+1]);
- else bam_index_build(argv[optind], csi? min_shift : 0);
- return 0;
-}
-
-int bam_idxstats(int argc, char *argv[])
-{
- hts_idx_t* idx;
- bam_hdr_t* header;
- samFile* fp;
-
- if (argc < 2) {
- fprintf(stderr, "Usage: samtools idxstats <in.bam>\n");
- return 1;
- }
- fp = sam_open(argv[1], "r");
- if (fp == NULL) { fprintf(stderr, "[%s] fail to open BAM.\n", __func__); return 1; }
- header = sam_hdr_read(fp);
- idx = sam_index_load(fp, argv[1]);
- if (idx == NULL) { fprintf(stderr, "[%s] fail to load the index.\n", __func__); return 1; }
-
- int i;
- for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
- // Print out contig name and length
- printf("%s\t%d", header->target_name[i], header->target_len[i]);
- // Now fetch info about it from the meta bin
- uint64_t u, v;
- hts_idx_get_stat(idx, i, &u, &v);
- printf("\t%" PRIu64 "\t%" PRIu64 "\n", u, v);
- }
- // Dump information about unmapped reads
- printf("*\t0\t0\t%" PRIu64 "\n", hts_idx_get_n_no_coor(idx));
- bam_hdr_destroy(header);
- hts_idx_destroy(idx);
- sam_close(fp);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bam_lpileup.c b/samtools/bam_lpileup.c
deleted file mode 100644
index 0cee701..0000000
--- a/samtools/bam_lpileup.c
+++ /dev/null
@@ -1,223 +0,0 @@
-/* bam_lpileup.c -- lplbuf routines.
-
- Copyright (C) 2008, 2009, 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <assert.h>
-#include "bam_plbuf.h"
-#include "bam_lpileup.h"
-#include <htslib/ksort.h>
-
-#define TV_GAP 2
-
-typedef struct __freenode_t {
- uint32_t level:28, cnt:4;
- struct __freenode_t *next;
-} freenode_t, *freenode_p;
-
-#define freenode_lt(a,b) ((a)->cnt < (b)->cnt || ((a)->cnt == (b)->cnt && (a)->level < (b)->level))
-KSORT_INIT(node, freenode_p, freenode_lt)
-
-/* Memory pool, similar to the one in bam_pileup.c */
-typedef struct {
- int cnt, n, max;
- freenode_t **buf;
-} mempool_t;
-
-static mempool_t *mp_init(void)
-{
- return (mempool_t*)calloc(1, sizeof(mempool_t));
-}
-static void mp_destroy(mempool_t *mp)
-{
- int k;
- for (k = 0; k < mp->n; ++k) free(mp->buf[k]);
- free(mp->buf); free(mp);
-}
-static inline freenode_t *mp_alloc(mempool_t *mp)
-{
- ++mp->cnt;
- if (mp->n == 0) return (freenode_t*)calloc(1, sizeof(freenode_t));
- else return mp->buf[--mp->n];
-}
-static inline void mp_free(mempool_t *mp, freenode_t *p)
-{
- --mp->cnt; p->next = 0; p->cnt = TV_GAP;
- if (mp->n == mp->max) {
- mp->max = mp->max? mp->max<<1 : 256;
- mp->buf = (freenode_t**)realloc(mp->buf, sizeof(freenode_t*) * mp->max);
- }
- mp->buf[mp->n++] = p;
-}
-
-/* core part */
-struct __bam_lplbuf_t {
- int max, n_cur, n_pre;
- int max_level, *cur_level, *pre_level;
- mempool_t *mp;
- freenode_t **aux, *head, *tail;
- int n_nodes, m_aux;
- bam_pileup_f func;
- void *user_data;
- bam_plbuf_t *plbuf;
-};
-
-void bam_lplbuf_reset(bam_lplbuf_t *buf)
-{
- freenode_t *p, *q;
- bam_plbuf_reset(buf->plbuf);
- for (p = buf->head; p->next;) {
- q = p->next;
- mp_free(buf->mp, p);
- p = q;
- }
- buf->head = buf->tail;
- buf->max_level = 0;
- buf->n_cur = buf->n_pre = 0;
- buf->n_nodes = 0;
-}
-
-static int tview_func(uint32_t tid, uint32_t pos, int n, const bam_pileup1_t *pl, void *data)
-{
- bam_lplbuf_t *tv = (bam_lplbuf_t*)data;
- freenode_t *p;
- int i, l, max_level;
- // allocate memory if necessary
- if (tv->max < n) { // enlarge
- tv->max = n;
- kroundup32(tv->max);
- tv->cur_level = (int*)realloc(tv->cur_level, sizeof(int) * tv->max);
- tv->pre_level = (int*)realloc(tv->pre_level, sizeof(int) * tv->max);
- }
- tv->n_cur = n;
- // update cnt
- for (p = tv->head; p->next; p = p->next)
- if (p->cnt > 0) --p->cnt;
- // calculate cur_level[]
- max_level = 0;
- for (i = l = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = pl + i;
- if (p->is_head) {
- if (tv->head->next && tv->head->cnt == 0) { // then take a free slot
- freenode_t *p = tv->head->next;
- tv->cur_level[i] = tv->head->level;
- mp_free(tv->mp, tv->head);
- tv->head = p;
- --tv->n_nodes;
- } else tv->cur_level[i] = ++tv->max_level;
- } else {
- tv->cur_level[i] = tv->pre_level[l++];
- if (p->is_tail) { // then return a free slot
- tv->tail->level = tv->cur_level[i];
- tv->tail->next = mp_alloc(tv->mp);
- tv->tail = tv->tail->next;
- ++tv->n_nodes;
- }
- }
- if (tv->cur_level[i] > max_level) max_level = tv->cur_level[i];
- ((bam_pileup1_t*)p)->level = tv->cur_level[i];
- }
- assert(l == tv->n_pre);
- tv->func(tid, pos, n, pl, tv->user_data);
- // sort the linked list
- if (tv->n_nodes) {
- freenode_t *q;
- if (tv->n_nodes + 1 > tv->m_aux) { // enlarge
- tv->m_aux = tv->n_nodes + 1;
- kroundup32(tv->m_aux);
- tv->aux = (freenode_t**)realloc(tv->aux, sizeof(freenode_t*) * tv->m_aux);
- }
- for (p = tv->head, i = l = 0; p->next;) {
- if (p->level > max_level) { // then discard this entry
- q = p->next;
- mp_free(tv->mp, p);
- p = q;
- } else {
- tv->aux[i++] = p;
- p = p->next;
- }
- }
- tv->aux[i] = tv->tail; // add a proper tail for the loop below
- tv->n_nodes = i;
- if (tv->n_nodes) {
- ks_introsort(node, tv->n_nodes, tv->aux);
- for (i = 0; i < tv->n_nodes; ++i) tv->aux[i]->next = tv->aux[i+1];
- tv->head = tv->aux[0];
- } else tv->head = tv->tail;
- }
- // clean up
- tv->max_level = max_level;
- memcpy(tv->pre_level, tv->cur_level, tv->n_cur * 4);
- // squeeze out terminated levels
- for (i = l = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = pl + i;
- if (!p->is_tail)
- tv->pre_level[l++] = tv->pre_level[i];
- }
- tv->n_pre = l;
-/*
- fprintf(stderr, "%d\t", pos+1);
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = pl + i;
- if (p->is_head) fprintf(stderr, "^");
- if (p->is_tail) fprintf(stderr, "$");
- fprintf(stderr, "%d,", p->level);
- }
- fprintf(stderr, "\n");
-*/
- return 0;
-}
-
-bam_lplbuf_t *bam_lplbuf_init(bam_pileup_f func, void *data)
-{
- bam_lplbuf_t *tv;
- tv = (bam_lplbuf_t*)calloc(1, sizeof(bam_lplbuf_t));
- tv->mp = mp_init();
- tv->head = tv->tail = mp_alloc(tv->mp);
- tv->func = func;
- tv->user_data = data;
- tv->plbuf = bam_plbuf_init(tview_func, tv);
- return (bam_lplbuf_t*)tv;
-}
-
-void bam_lplbuf_destroy(bam_lplbuf_t *tv)
-{
- freenode_t *p, *q;
- free(tv->cur_level); free(tv->pre_level);
- bam_plbuf_destroy(tv->plbuf);
- free(tv->aux);
- for (p = tv->head; p->next;) {
- q = p->next;
- mp_free(tv->mp, p); p = q;
- }
- mp_free(tv->mp, p);
- assert(tv->mp->cnt == 0);
- mp_destroy(tv->mp);
- free(tv);
-}
-
-int bam_lplbuf_push(const bam1_t *b, bam_lplbuf_t *tv)
-{
- return bam_plbuf_push(b, tv->plbuf);
-}
diff --git a/samtools/bam_mate.c b/samtools/bam_mate.c
deleted file mode 100644
index 70ee18b..0000000
--- a/samtools/bam_mate.c
+++ /dev/null
@@ -1,347 +0,0 @@
-/* bam_mate.c -- fix mate pairing information and clean up flags.
-
- Copyright (C) 2009, 2011-2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2011 Broad Institute.
- Portions copyright (C) 2012 Peter Cock, The James Hutton Institute.
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- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notices and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <assert.h>
-#include <stdbool.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <unistd.h>
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "htslib/sam.h"
-
-/*
- * This function calculates ct tag for two bams, it assumes they are from the same template and
- * writes the tag to the first read in position terms.
- */
-static void bam_template_cigar(bam1_t *b1, bam1_t *b2, kstring_t *str)
-{
- bam1_t *swap;
- int i, end;
- uint32_t *cigar;
- str->l = 0;
- if (b1->core.tid != b2->core.tid || b1->core.tid < 0 || b1->core.pos < 0 || b2->core.pos < 0 || b1->core.flag&BAM_FUNMAP || b2->core.flag&BAM_FUNMAP) return; // coordinateless or not on the same chr; skip
- if (b1->core.pos > b2->core.pos) swap = b1, b1 = b2, b2 = swap; // make sure b1 has a smaller coordinate
- kputc((b1->core.flag & BAM_FREAD1)? '1' : '2', str); // segment index
- kputc((b1->core.flag & BAM_FREVERSE)? 'R' : 'F', str); // strand
- for (i = 0, cigar = bam_get_cigar(b1); i < b1->core.n_cigar; ++i) {
- kputw(bam_cigar_oplen(cigar[i]), str);
- kputc(bam_cigar_opchr(cigar[i]), str);
- }
- end = bam_endpos(b1);
- kputw(b2->core.pos - end, str);
- kputc('T', str);
- kputc((b2->core.flag & BAM_FREAD1)? '1' : '2', str); // segment index
- kputc((b2->core.flag & BAM_FREVERSE)? 'R' : 'F', str); // strand
- for (i = 0, cigar = bam_get_cigar(b2); i < b2->core.n_cigar; ++i) {
- kputw(bam_cigar_oplen(cigar[i]), str);
- kputc(bam_cigar_opchr(cigar[i]), str);
- }
-
- uint8_t* data;
- if ((data = bam_aux_get(b1,"ct")) != NULL) bam_aux_del(b1, data);
- if ((data = bam_aux_get(b2,"ct")) != NULL) bam_aux_del(b2, data);
-
- bam_aux_append(b1, "ct", 'Z', str->l+1, (uint8_t*)str->s);
-}
-
-/*
- * What This Program is Supposed To Do:
- * Fill in mate coordinates, ISIZE and mate related flags from a name-sorted
- * alignment.
- *
- * How We Handle Input
- *
- * Secondary Reads:
- * -write to output unchanged
- * All Reads:
- * -if pos == 0 (1 based), tid == -1 set UNMAPPED flag
- * single Reads:
- * -if pos == 0 (1 based), tid == -1, or UNMAPPED then set UNMAPPED, pos = 0,
- * tid = -1
- * -clear bad flags (PAIRED, MREVERSE, PROPER_PAIR)
- * -set mpos = 0 (1 based), mtid = -1 and isize = 0
- * -write to output
- * Paired Reads:
- * -if read is unmapped and mate is not, set pos and tid to equal that of mate
- * -sync mate flags (MREVERSE, MUNMAPPED), mpos, mtid
- * -recalculate ISIZE if possible, otherwise set it to 0
- * -optionally clear PROPER_PAIR flag from reads where mapping or orientation
- * indicate this is not possible (Illumina orientation only)
- * -calculate ct and apply to lowest positioned read
- * -write to output
- * Limitations
- * -Does not handle tandem reads
- * Notes
- * -CT definition appears to be something else in spec, this was in here before
- * I started tampering with it, anyone know what is going on here? To work
- * around this I have demoted the CT this tool generates to ct.
- */
-
-static void sync_unmapped_pos_inner(bam1_t* src, bam1_t* dest) {
- if ((dest->core.flag & BAM_FUNMAP) && !(src->core.flag & BAM_FUNMAP)) {
- // Set unmapped read's RNAME and POS to those of its mapped mate
- // (recommended best practice, ensures if coord sort will be together)
- dest->core.tid = src->core.tid;
- dest->core.pos = src->core.pos;
- }
-}
-
-static void sync_mate_inner(bam1_t* src, bam1_t* dest)
-{
- // sync mate pos information
- dest->core.mtid = src->core.tid; dest->core.mpos = src->core.pos;
- // sync flag info
- if (src->core.flag&BAM_FREVERSE)
- dest->core.flag |= BAM_FMREVERSE;
- else
- dest->core.flag &= ~BAM_FMREVERSE;
- if (src->core.flag & BAM_FUNMAP) {
- dest->core.flag |= BAM_FMUNMAP;
- }
-}
-
-// Is it plausible that these reads are properly paired?
-// Can't really give definitive answer without checking isize
-static bool plausibly_properly_paired(bam1_t* a, bam1_t* b)
-{
- if ((a->core.flag & BAM_FUNMAP) || (b->core.flag & BAM_FUNMAP)) return false;
- assert(a->core.tid >= 0); // This should never happen if FUNMAP is set correctly
-
- if (a->core.tid != b->core.tid) return false;
-
- bam1_t* first = a;
- bam1_t* second = b;
- int32_t a_pos = a->core.flag&BAM_FREVERSE ? bam_endpos(a) : a->core.pos;
- int32_t b_pos = b->core.flag&BAM_FREVERSE ? bam_endpos(b) : b->core.pos;
- if (a_pos > b_pos) {
- first = b;
- second = a;
- } else {
- first = a;
- second = b;
- }
-
- if (!(first->core.flag&BAM_FREVERSE) && (second->core.flag&BAM_FREVERSE))
- return true;
- else
- return false;
-}
-
-static void sync_mq(bam1_t* src, bam1_t* dest)
-{
- if ( (src->core.flag & BAM_FUNMAP) == 0 ) { // If mapped
- uint32_t mq = src->core.qual;
- uint8_t* data;
- if ((data = bam_aux_get(dest,"MQ")) != NULL) {
- bam_aux_del(dest, data);
- }
-
- bam_aux_append(dest, "MQ", 'i', sizeof(uint32_t), (uint8_t*)&mq);
- }
-}
-
-// copy flags
-static void sync_mate(bam1_t* a, bam1_t* b)
-{
- sync_unmapped_pos_inner(a,b);
- sync_unmapped_pos_inner(b,a);
- sync_mate_inner(a,b);
- sync_mate_inner(b,a);
- sync_mq(a,b);
- sync_mq(b,a);
-}
-
-// currently, this function ONLY works if each read has one hit
-static void bam_mating_core(samFile* in, samFile* out, int remove_reads, int proper_pair_check, int add_ct)
-{
- bam_hdr_t *header;
- bam1_t *b[2];
- int curr, has_prev, pre_end = 0, cur_end = 0;
- kstring_t str;
-
- str.l = str.m = 0; str.s = 0;
- header = sam_hdr_read(in);
- // Accept unknown, unsorted, or queryname sort order, but error on coordinate sorted.
- if ((header->l_text > 3) && (strncmp(header->text, "@HD", 3) == 0)) {
- char *p, *q;
- p = strstr(header->text, "\tSO:coordinate");
- q = strchr(header->text, '\n');
- // Looking for SO:coordinate within the @HD line only
- // (e.g. must ignore in a @CO comment line later in header)
- if ((p != 0) && (p < q)) {
- fprintf(stderr, "[bam_mating_core] ERROR: Coordinate sorted, require grouped/sorted by queryname.\n");
- exit(1);
- }
- }
- sam_hdr_write(out, header);
-
- b[0] = bam_init1();
- b[1] = bam_init1();
- curr = 0; has_prev = 0;
- while (sam_read1(in, header, b[curr]) >= 0) {
- bam1_t *cur = b[curr], *pre = b[1-curr];
- if (cur->core.flag & BAM_FSECONDARY)
- {
- if ( !remove_reads ) sam_write1(out, header, cur);
- continue; // skip secondary alignments
- }
- if (cur->core.flag & BAM_FSUPPLEMENTARY)
- {
- sam_write1(out, header, cur);
- continue; // pass supplementary alignments through unchanged (TODO:make them match read they came from)
- }
- if (cur->core.tid < 0 || cur->core.pos < 0) // If unmapped set the flag
- {
- cur->core.flag |= BAM_FUNMAP;
- }
- if ((cur->core.flag&BAM_FUNMAP) == 0) // If mapped calculate end
- {
- cur_end = bam_endpos(cur);
-
- // Check cur_end isn't past the end of the contig we're on, if it is set the UNMAP'd flag
- if (cur_end > (int)header->target_len[cur->core.tid]) cur->core.flag |= BAM_FUNMAP;
- }
- if (has_prev) { // do we have a pair of reads to examine?
- if (strcmp(bam_get_qname(cur), bam_get_qname(pre)) == 0) { // identical pair name
- pre->core.flag |= BAM_FPAIRED;
- cur->core.flag |= BAM_FPAIRED;
- sync_mate(pre, cur);
-
- if (pre->core.tid == cur->core.tid && !(cur->core.flag&(BAM_FUNMAP|BAM_FMUNMAP))
- && !(pre->core.flag&(BAM_FUNMAP|BAM_FMUNMAP))) // if safe set TLEN/ISIZE
- {
- uint32_t cur5, pre5;
- cur5 = (cur->core.flag&BAM_FREVERSE)? cur_end : cur->core.pos;
- pre5 = (pre->core.flag&BAM_FREVERSE)? pre_end : pre->core.pos;
- cur->core.isize = pre5 - cur5; pre->core.isize = cur5 - pre5;
- } else cur->core.isize = pre->core.isize = 0;
- if (add_ct) bam_template_cigar(pre, cur, &str);
- // TODO: Add code to properly check if read is in a proper pair based on ISIZE distribution
- if (proper_pair_check && !plausibly_properly_paired(pre,cur)) {
- pre->core.flag &= ~BAM_FPROPER_PAIR;
- cur->core.flag &= ~BAM_FPROPER_PAIR;
- }
-
- // Write out result
- if ( !remove_reads ) {
- sam_write1(out, header, pre);
- sam_write1(out, header, cur);
- } else {
- // If we have to remove reads make sure we do it in a way that doesn't create orphans with bad flags
- if(pre->core.flag&BAM_FUNMAP) cur->core.flag &= ~(BAM_FPAIRED|BAM_FMREVERSE|BAM_FPROPER_PAIR);
- if(cur->core.flag&BAM_FUNMAP) pre->core.flag &= ~(BAM_FPAIRED|BAM_FMREVERSE|BAM_FPROPER_PAIR);
- if(!(pre->core.flag&BAM_FUNMAP)) sam_write1(out, header, pre);
- if(!(cur->core.flag&BAM_FUNMAP)) sam_write1(out, header, cur);
- }
- has_prev = 0;
- } else { // unpaired? clear bad info and write it out
- if (pre->core.tid < 0 || pre->core.pos < 0 || pre->core.flag&BAM_FUNMAP) { // If unmapped
- pre->core.flag |= BAM_FUNMAP;
- pre->core.tid = -1;
- pre->core.pos = -1;
- }
- pre->core.mtid = -1; pre->core.mpos = -1; pre->core.isize = 0;
- pre->core.flag &= ~(BAM_FPAIRED|BAM_FMREVERSE|BAM_FPROPER_PAIR);
- if ( !remove_reads || !(pre->core.flag&BAM_FUNMAP) ) sam_write1(out, header, pre);
- }
- } else has_prev = 1;
- curr = 1 - curr;
- pre_end = cur_end;
- }
- if (has_prev && !remove_reads) { // If we still have a BAM in the buffer it must be unpaired
- bam1_t *pre = b[1-curr];
- if (pre->core.tid < 0 || pre->core.pos < 0 || pre->core.flag&BAM_FUNMAP) { // If unmapped
- pre->core.flag |= BAM_FUNMAP;
- pre->core.tid = -1;
- pre->core.pos = -1;
- }
- pre->core.mtid = -1; pre->core.mpos = -1; pre->core.isize = 0;
- pre->core.flag &= ~(BAM_FPAIRED|BAM_FMREVERSE|BAM_FPROPER_PAIR);
-
- sam_write1(out, header, pre);
- }
- bam_hdr_destroy(header);
- bam_destroy1(b[0]);
- bam_destroy1(b[1]);
- free(str.s);
-}
-
-void usage(FILE* where)
-{
- fprintf(where,"Usage: samtools fixmate <in.nameSrt.bam> <out.nameSrt.bam>\n\n");
- fprintf(where,"Options:\n");
- fprintf(stderr," -r Remove unmapped reads and secondary alignments\n");
- fprintf(stderr," -p Disable FR proper pair check\n");
- fprintf(stderr," -c Add template cigar ct tag\n");
- fprintf(stderr," -O FORMAT Write output as FORMAT ('sam'/'bam'/'cram')\n");
- fprintf(stderr,"As elsewhere in samtools, use '-' as the filename for stdin/stdout. The input\n");
- fprintf(stderr,"file must be grouped by read name (e.g. sorted by name). Coordinated sorted\n");
- fprintf(stderr,"input is not accepted.\n");
-}
-
-int bam_mating(int argc, char *argv[])
-{
- samFile *in, *out;
- int c, remove_reads = 0, proper_pair_check = 1, add_ct = 0;
- char* fmtout = NULL;
- char modeout[12];
- // parse args
- if (argc == 1) { usage(stdout); return 0; }
- while ((c = getopt(argc, argv, "rpcO:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'r': remove_reads = 1; break;
- case 'p': proper_pair_check = 0; break;
- case 'c': add_ct = 1; break;
- case 'O': fmtout = optarg; break;
- default: usage(stderr); return 1;
- }
- }
- if (optind+1 >= argc) { usage(stderr); return 1; }
- strcpy(modeout, "w");
- if (sam_open_mode(&modeout[1], argv[optind+1], fmtout) < 0) {
- if (fmtout) fprintf(stderr, "[bam_mating] cannot parse output format \"%s\"\n", fmtout);
- else fprintf(stderr, "[bam_mating] cannot determine output format\n");
- return 1;
- }
-
- // init
- if ((in = sam_open(argv[optind], "r")) == NULL) {
- fprintf(stderr, "[bam_mating] cannot open input file\n");
- return 1;
- }
- if ((out = sam_open(argv[optind+1], modeout)) == NULL) {
- fprintf(stderr, "[bam_mating] cannot open output file\n");
- return 1;
- }
-
- // run
- bam_mating_core(in, out, remove_reads, proper_pair_check, add_ct);
- // cleanup
- sam_close(in); sam_close(out);
- return 0;
-}
-
-
diff --git a/samtools/bam_md.c b/samtools/bam_md.c
deleted file mode 100644
index 93f64f5..0000000
--- a/samtools/bam_md.c
+++ /dev/null
@@ -1,413 +0,0 @@
-/* bam_md.c -- calmd subcommand.
-
- Copyright (C) 2009-2011 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2009-2011 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <unistd.h>
-#include <string.h>
-#include <ctype.h>
-#include <math.h>
-#include "htslib/faidx.h"
-#include "sam.h"
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "kaln.h"
-#include "kprobaln.h"
-
-#define USE_EQUAL 1
-#define DROP_TAG 2
-#define BIN_QUAL 4
-#define UPDATE_NM 8
-#define UPDATE_MD 16
-#define HASH_QNM 32
-
-const char bam_nt16_nt4_table[] = { 4, 0, 1, 4, 2, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4 };
-
-int bam_aux_drop_other(bam1_t *b, uint8_t *s);
-
-void bam_fillmd1_core(bam1_t *b, char *ref, int flag, int max_nm)
-{
- uint8_t *seq = bam1_seq(b);
- uint32_t *cigar = bam1_cigar(b);
- bam1_core_t *c = &b->core;
- int i, x, y, u = 0;
- kstring_t *str;
- int32_t old_nm_i = -1, nm = 0;
-
- str = (kstring_t*)calloc(1, sizeof(kstring_t));
- for (i = y = 0, x = c->pos; i < c->n_cigar; ++i) {
- int j, l = cigar[i]>>4, op = cigar[i]&0xf;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- for (j = 0; j < l; ++j) {
- int z = y + j;
- int c1 = bam1_seqi(seq, z), c2 = bam_nt16_table[(int)ref[x+j]];
- if (ref[x+j] == 0) break; // out of boundary
- if ((c1 == c2 && c1 != 15 && c2 != 15) || c1 == 0) { // a match
- if (flag&USE_EQUAL) seq[z/2] &= (z&1)? 0xf0 : 0x0f;
- ++u;
- } else {
- kputw(u, str); kputc(ref[x+j], str);
- u = 0; ++nm;
- }
- }
- if (j < l) break;
- x += l; y += l;
- } else if (op == BAM_CDEL) {
- kputw(u, str); kputc('^', str);
- for (j = 0; j < l; ++j) {
- if (ref[x+j] == 0) break;
- kputc(ref[x+j], str);
- }
- u = 0;
- if (j < l) break;
- x += l; nm += l;
- } else if (op == BAM_CINS || op == BAM_CSOFT_CLIP) {
- y += l;
- if (op == BAM_CINS) nm += l;
- } else if (op == BAM_CREF_SKIP) {
- x += l;
- }
- }
- kputw(u, str);
- // apply max_nm
- if (max_nm > 0 && nm >= max_nm) {
- for (i = y = 0, x = c->pos; i < c->n_cigar; ++i) {
- int j, l = cigar[i]>>4, op = cigar[i]&0xf;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- for (j = 0; j < l; ++j) {
- int z = y + j;
- int c1 = bam1_seqi(seq, z), c2 = bam_nt16_table[(int)ref[x+j]];
- if (ref[x+j] == 0) break; // out of boundary
- if ((c1 == c2 && c1 != 15 && c2 != 15) || c1 == 0) { // a match
- seq[z/2] |= (z&1)? 0x0f : 0xf0;
- bam1_qual(b)[z] = 0;
- }
- }
- if (j < l) break;
- x += l; y += l;
- } else if (op == BAM_CDEL || op == BAM_CREF_SKIP) x += l;
- else if (op == BAM_CINS || op == BAM_CSOFT_CLIP) y += l;
- }
- }
- // update NM
- if ((flag & UPDATE_NM) && !(c->flag & BAM_FUNMAP)) {
- uint8_t *old_nm = bam_aux_get(b, "NM");
- if (old_nm) old_nm_i = bam_aux2i(old_nm);
- if (!old_nm) bam_aux_append(b, "NM", 'i', 4, (uint8_t*)&nm);
- else if (nm != old_nm_i) {
- fprintf(stderr, "[bam_fillmd1] different NM for read '%s': %d -> %d\n", bam1_qname(b), old_nm_i, nm);
- bam_aux_del(b, old_nm);
- bam_aux_append(b, "NM", 'i', 4, (uint8_t*)&nm);
- }
- }
- // update MD
- if ((flag & UPDATE_MD) && !(c->flag & BAM_FUNMAP)) {
- uint8_t *old_md = bam_aux_get(b, "MD");
- if (!old_md) bam_aux_append(b, "MD", 'Z', str->l + 1, (uint8_t*)str->s);
- else {
- int is_diff = 0;
- if (strlen((char*)old_md+1) == str->l) {
- for (i = 0; i < str->l; ++i)
- if (toupper(old_md[i+1]) != toupper(str->s[i]))
- break;
- if (i < str->l) is_diff = 1;
- } else is_diff = 1;
- if (is_diff) {
- fprintf(stderr, "[bam_fillmd1] different MD for read '%s': '%s' -> '%s'\n", bam1_qname(b), old_md+1, str->s);
- bam_aux_del(b, old_md);
- bam_aux_append(b, "MD", 'Z', str->l + 1, (uint8_t*)str->s);
- }
- }
- }
-
- // drop all tags but RG
- if (flag&DROP_TAG) {
- uint8_t *q = bam_aux_get(b, "RG");
- bam_aux_drop_other(b, q);
- }
- // reduce the resolution of base quality
- if (flag&BIN_QUAL) {
- uint8_t *qual = bam1_qual(b);
- for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i)
- if (qual[i] >= 3) qual[i] = qual[i]/10*10 + 7;
- }
-
- free(str->s); free(str);
-}
-
-void bam_fillmd1(bam1_t *b, char *ref, int flag)
-{
- bam_fillmd1_core(b, ref, flag, 0);
-}
-
-int bam_cap_mapQ(bam1_t *b, char *ref, int thres)
-{
- uint8_t *seq = bam1_seq(b), *qual = bam1_qual(b);
- uint32_t *cigar = bam1_cigar(b);
- bam1_core_t *c = &b->core;
- int i, x, y, mm, q, len, clip_l, clip_q;
- double t;
- if (thres < 0) thres = 40; // set the default
- mm = q = len = clip_l = clip_q = 0;
- for (i = y = 0, x = c->pos; i < c->n_cigar; ++i) {
- int j, l = cigar[i]>>4, op = cigar[i]&0xf;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- for (j = 0; j < l; ++j) {
- int z = y + j;
- int c1 = bam1_seqi(seq, z), c2 = bam_nt16_table[(int)ref[x+j]];
- if (ref[x+j] == 0) break; // out of boundary
- if (c2 != 15 && c1 != 15 && qual[z] >= 13) { // not ambiguous
- ++len;
- if (c1 && c1 != c2 && qual[z] >= 13) { // mismatch
- ++mm;
- q += qual[z] > 33? 33 : qual[z];
- }
- }
- }
- if (j < l) break;
- x += l; y += l; len += l;
- } else if (op == BAM_CDEL) {
- for (j = 0; j < l; ++j)
- if (ref[x+j] == 0) break;
- if (j < l) break;
- x += l;
- } else if (op == BAM_CSOFT_CLIP) {
- for (j = 0; j < l; ++j) clip_q += qual[y+j];
- clip_l += l;
- y += l;
- } else if (op == BAM_CHARD_CLIP) {
- clip_q += 13 * l;
- clip_l += l;
- } else if (op == BAM_CINS) y += l;
- else if (op == BAM_CREF_SKIP) x += l;
- }
- for (i = 0, t = 1; i < mm; ++i)
- t *= (double)len / (i+1);
- t = q - 4.343 * log(t) + clip_q / 5.;
- if (t > thres) return -1;
- if (t < 0) t = 0;
- t = sqrt((thres - t) / thres) * thres;
-// fprintf(stderr, "%s %lf %d\n", bam1_qname(b), t, q);
- return (int)(t + .499);
-}
-
-int bam_prob_realn_core(bam1_t *b, const char *ref, int flag)
-{
- int k, i, bw, x, y, yb, ye, xb, xe, apply_baq = flag&1, extend_baq = flag>>1&1, redo_baq = flag&4;
- uint32_t *cigar = bam1_cigar(b);
- bam1_core_t *c = &b->core;
- kpa_par_t conf = kpa_par_def;
- uint8_t *bq = 0, *zq = 0, *qual = bam1_qual(b);
- if ((c->flag & BAM_FUNMAP) || b->core.l_qseq == 0) return -1; // do nothing
- // test if BQ or ZQ is present
- if ((bq = bam_aux_get(b, "BQ")) != 0) ++bq;
- if ((zq = bam_aux_get(b, "ZQ")) != 0 && *zq == 'Z') ++zq;
- if (bq && redo_baq)
- {
- bam_aux_del(b, bq-1);
- bq = 0;
- }
- if (bq && zq) { // remove the ZQ tag
- bam_aux_del(b, zq-1);
- zq = 0;
- }
- if (bq || zq) {
- if ((apply_baq && zq) || (!apply_baq && bq)) return -3; // in both cases, do nothing
- if (bq && apply_baq) { // then convert BQ to ZQ
- for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i)
- qual[i] = qual[i] + 64 < bq[i]? 0 : qual[i] - ((int)bq[i] - 64);
- *(bq - 3) = 'Z';
- } else if (zq && !apply_baq) { // then convert ZQ to BQ
- for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i)
- qual[i] += (int)zq[i] - 64;
- *(zq - 3) = 'B';
- }
- return 0;
- }
- // find the start and end of the alignment
- x = c->pos, y = 0, yb = ye = xb = xe = -1;
- for (k = 0; k < c->n_cigar; ++k) {
- int op, l;
- op = cigar[k]&0xf; l = cigar[k]>>4;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- if (yb < 0) yb = y;
- if (xb < 0) xb = x;
- ye = y + l; xe = x + l;
- x += l; y += l;
- } else if (op == BAM_CSOFT_CLIP || op == BAM_CINS) y += l;
- else if (op == BAM_CDEL) x += l;
- else if (op == BAM_CREF_SKIP) return -1; // do nothing if there is a reference skip
- }
- // set bandwidth and the start and the end
- bw = 7;
- if (abs((xe - xb) - (ye - yb)) > bw)
- bw = abs((xe - xb) - (ye - yb)) + 3;
- conf.bw = bw;
- xb -= yb + bw/2; if (xb < 0) xb = 0;
- xe += c->l_qseq - ye + bw/2;
- if (xe - xb - c->l_qseq > bw)
- xb += (xe - xb - c->l_qseq - bw) / 2, xe -= (xe - xb - c->l_qseq - bw) / 2;
- { // glocal
- uint8_t *s, *r, *q, *seq = bam1_seq(b), *bq;
- int *state;
- bq = calloc(c->l_qseq + 1, 1);
- memcpy(bq, qual, c->l_qseq);
- s = calloc(c->l_qseq, 1);
- for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i) s[i] = bam_nt16_nt4_table[bam1_seqi(seq, i)];
- r = calloc(xe - xb, 1);
- for (i = xb; i < xe; ++i) {
- if (ref[i] == 0) { xe = i; break; }
- r[i-xb] = bam_nt16_nt4_table[bam_nt16_table[(int)ref[i]]];
- }
- state = calloc(c->l_qseq, sizeof(int));
- q = calloc(c->l_qseq, 1);
- kpa_glocal(r, xe-xb, s, c->l_qseq, qual, &conf, state, q);
- if (!extend_baq) { // in this block, bq[] is capped by base quality qual[]
- for (k = 0, x = c->pos, y = 0; k < c->n_cigar; ++k) {
- int op = cigar[k]&0xf, l = cigar[k]>>4;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- for (i = y; i < y + l; ++i) {
- if ((state[i]&3) != 0 || state[i]>>2 != x - xb + (i - y)) bq[i] = 0;
- else bq[i] = bq[i] < q[i]? bq[i] : q[i];
- }
- x += l; y += l;
- } else if (op == BAM_CSOFT_CLIP || op == BAM_CINS) y += l;
- else if (op == BAM_CDEL) x += l;
- }
- for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i) bq[i] = qual[i] - bq[i] + 64; // finalize BQ
- } else { // in this block, bq[] is BAQ that can be larger than qual[] (different from the above!)
- uint8_t *left, *rght;
- left = calloc(c->l_qseq, 1); rght = calloc(c->l_qseq, 1);
- for (k = 0, x = c->pos, y = 0; k < c->n_cigar; ++k) {
- int op = cigar[k]&0xf, l = cigar[k]>>4;
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- for (i = y; i < y + l; ++i)
- bq[i] = ((state[i]&3) != 0 || state[i]>>2 != x - xb + (i - y))? 0 : q[i];
- for (left[y] = bq[y], i = y + 1; i < y + l; ++i)
- left[i] = bq[i] > left[i-1]? bq[i] : left[i-1];
- for (rght[y+l-1] = bq[y+l-1], i = y + l - 2; i >= y; --i)
- rght[i] = bq[i] > rght[i+1]? bq[i] : rght[i+1];
- for (i = y; i < y + l; ++i)
- bq[i] = left[i] < rght[i]? left[i] : rght[i];
- x += l; y += l;
- } else if (op == BAM_CSOFT_CLIP || op == BAM_CINS) y += l;
- else if (op == BAM_CDEL) x += l;
- }
- for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i) bq[i] = 64 + (qual[i] <= bq[i]? 0 : qual[i] - bq[i]); // finalize BQ
- free(left); free(rght);
- }
- if (apply_baq) {
- for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i) qual[i] -= bq[i] - 64; // modify qual
- bam_aux_append(b, "ZQ", 'Z', c->l_qseq + 1, bq);
- } else bam_aux_append(b, "BQ", 'Z', c->l_qseq + 1, bq);
- free(bq); free(s); free(r); free(q); free(state);
- }
- return 0;
-}
-
-int bam_prob_realn(bam1_t *b, const char *ref)
-{
- return bam_prob_realn_core(b, ref, 1);
-}
-
-int bam_fillmd(int argc, char *argv[])
-{
- int c, flt_flag, tid = -2, ret, len, is_bam_out, is_sam_in, is_uncompressed, max_nm, is_realn, capQ, baq_flag;
- samfile_t *fp, *fpout = 0;
- faidx_t *fai;
- char *ref = 0, mode_w[8], mode_r[8];
- bam1_t *b;
-
- flt_flag = UPDATE_NM | UPDATE_MD;
- is_bam_out = is_sam_in = is_uncompressed = is_realn = max_nm = capQ = baq_flag = 0;
- mode_w[0] = mode_r[0] = 0;
- strcpy(mode_r, "r"); strcpy(mode_w, "w");
- while ((c = getopt(argc, argv, "EqreuNhbSC:n:Ad")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'r': is_realn = 1; break;
- case 'e': flt_flag |= USE_EQUAL; break;
- case 'd': flt_flag |= DROP_TAG; break;
- case 'q': flt_flag |= BIN_QUAL; break;
- case 'h': flt_flag |= HASH_QNM; break;
- case 'N': flt_flag &= ~(UPDATE_MD|UPDATE_NM); break;
- case 'b': is_bam_out = 1; break;
- case 'u': is_uncompressed = is_bam_out = 1; break;
- case 'S': is_sam_in = 1; break;
- case 'n': max_nm = atoi(optarg); break;
- case 'C': capQ = atoi(optarg); break;
- case 'A': baq_flag |= 1; break;
- case 'E': baq_flag |= 2; break;
- default: fprintf(stderr, "[bam_fillmd] unrecognized option '-%c'\n", c); return 1;
- }
- }
- if (!is_sam_in) strcat(mode_r, "b");
- if (is_bam_out) strcat(mode_w, "b");
- else strcat(mode_w, "h");
- if (is_uncompressed) strcat(mode_w, "u");
- if (optind + 1 >= argc) {
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools calmd [-eubrS] <aln.bam> <ref.fasta>\n\n");
- fprintf(stderr, "Options: -e change identical bases to '='\n");
- fprintf(stderr, " -u uncompressed BAM output (for piping)\n");
- fprintf(stderr, " -b compressed BAM output\n");
- fprintf(stderr, " -S the input is SAM with header\n");
- fprintf(stderr, " -A modify the quality string\n");
- fprintf(stderr, " -r compute the BQ tag (without -A) or cap baseQ by BAQ (with -A)\n");
- fprintf(stderr, " -E extended BAQ for better sensitivity but lower specificity\n\n");
- return 1;
- }
- fp = samopen(argv[optind], mode_r, 0);
- if (fp == 0) return 1;
- if (is_sam_in && (fp->header == 0 || fp->header->n_targets == 0)) {
- fprintf(stderr, "[bam_fillmd] input SAM does not have header. Abort!\n");
- return 1;
- }
- fpout = samopen("-", mode_w, fp->header);
- fai = fai_load(argv[optind+1]);
-
- b = bam_init1();
- while ((ret = samread(fp, b)) >= 0) {
- if (b->core.tid >= 0) {
- if (tid != b->core.tid) {
- free(ref);
- ref = fai_fetch(fai, fp->header->target_name[b->core.tid], &len);
- tid = b->core.tid;
- if (ref == 0)
- fprintf(stderr, "[bam_fillmd] fail to find sequence '%s' in the reference.\n",
- fp->header->target_name[tid]);
- }
- if (is_realn) bam_prob_realn_core(b, ref, baq_flag);
- if (capQ > 10) {
- int q = bam_cap_mapQ(b, ref, capQ);
- if (b->core.qual > q) b->core.qual = q;
- }
- if (ref) bam_fillmd1_core(b, ref, flt_flag, max_nm);
- }
- samwrite(fpout, b);
- }
- bam_destroy1(b);
-
- free(ref);
- fai_destroy(fai);
- samclose(fp); samclose(fpout);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bam_plbuf.c b/samtools/bam_plbuf.c
deleted file mode 100644
index a579b77..0000000
--- a/samtools/bam_plbuf.c
+++ /dev/null
@@ -1,66 +0,0 @@
-/* bam_plbuf.c -- plbuf routines (previously in bam_pileup.c).
-
- Copyright (C) 2008-2010, 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
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-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <ctype.h>
-#include <htslib/hts.h>
-#include <htslib/sam.h>
-#include "bam_plbuf.h"
-
-/*****************
- * callback APIs *
- *****************/
-
-void bam_plbuf_reset(bam_plbuf_t *buf)
-{
- bam_plp_reset(buf->iter);
-}
-
-bam_plbuf_t *bam_plbuf_init(bam_pileup_f func, void *data)
-{
- bam_plbuf_t *buf;
- buf = calloc(1, sizeof(bam_plbuf_t));
- buf->iter = bam_plp_init(0, 0);
- buf->func = func;
- buf->data = data;
- return buf;
-}
-
-void bam_plbuf_destroy(bam_plbuf_t *buf)
-{
- bam_plp_destroy(buf->iter);
- free(buf);
-}
-
-int bam_plbuf_push(const bam1_t *b, bam_plbuf_t *buf)
-{
- int ret, n_plp, tid, pos;
- const bam_pileup1_t *plp;
- ret = bam_plp_push(buf->iter, b);
- if (ret < 0) return ret;
- while ((plp = bam_plp_next(buf->iter, &tid, &pos, &n_plp)) != 0)
- buf->func(tid, pos, n_plp, plp, buf->data);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bam_plcmd.c b/samtools/bam_plcmd.c
deleted file mode 100644
index a1b381d..0000000
--- a/samtools/bam_plcmd.c
+++ /dev/null
@@ -1,881 +0,0 @@
-/* bam_plcmd.c -- mpileup subcommand.
-
- Copyright (C) 2008-2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2009-2012 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
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-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <math.h>
-#include <stdio.h>
-#include <unistd.h>
-#include <ctype.h>
-#include <string.h>
-#include <errno.h>
-#include <sys/stat.h>
-#include <getopt.h>
-#include <htslib/sam.h>
-#include <htslib/faidx.h>
-#include <htslib/kstring.h>
-#include <htslib/khash_str2int.h>
-#include "sam_header.h"
-#include "samtools.h"
-
-static inline int printw(int c, FILE *fp)
-{
- char buf[16];
- int l, x;
- if (c == 0) return fputc('0', fp);
- for (l = 0, x = c < 0? -c : c; x > 0; x /= 10) buf[l++] = x%10 + '0';
- if (c < 0) buf[l++] = '-';
- buf[l] = 0;
- for (x = 0; x < l/2; ++x) {
- int y = buf[x]; buf[x] = buf[l-1-x]; buf[l-1-x] = y;
- }
- fputs(buf, fp);
- return 0;
-}
-
-static inline void pileup_seq(FILE *fp, const bam_pileup1_t *p, int pos, int ref_len, const char *ref)
-{
- int j;
- if (p->is_head) {
- putc('^', fp);
- putc(p->b->core.qual > 93? 126 : p->b->core.qual + 33, fp);
- }
- if (!p->is_del) {
- int c = seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(p->b), p->qpos)];
- if (ref) {
- int rb = pos < ref_len? ref[pos] : 'N';
- if (c == '=' || seq_nt16_table[c] == seq_nt16_table[rb]) c = bam_is_rev(p->b)? ',' : '.';
- else c = bam_is_rev(p->b)? tolower(c) : toupper(c);
- } else {
- if (c == '=') c = bam_is_rev(p->b)? ',' : '.';
- else c = bam_is_rev(p->b)? tolower(c) : toupper(c);
- }
- putc(c, fp);
- } else putc(p->is_refskip? (bam_is_rev(p->b)? '<' : '>') : '*', fp);
- if (p->indel > 0) {
- putc('+', fp); printw(p->indel, fp);
- for (j = 1; j <= p->indel; ++j) {
- int c = seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(p->b), p->qpos + j)];
- putc(bam_is_rev(p->b)? tolower(c) : toupper(c), fp);
- }
- } else if (p->indel < 0) {
- printw(p->indel, fp);
- for (j = 1; j <= -p->indel; ++j) {
- int c = (ref && (int)pos+j < ref_len)? ref[pos+j] : 'N';
- putc(bam_is_rev(p->b)? tolower(c) : toupper(c), fp);
- }
- }
- if (p->is_tail) putc('$', fp);
-}
-
-#include <assert.h>
-#include "bam2bcf.h"
-#include "sample.h"
-
-#define MPLP_BCF 1
-#define MPLP_VCF (1<<1)
-#define MPLP_NO_COMP (1<<2)
-#define MPLP_NO_ORPHAN (1<<3)
-#define MPLP_REALN (1<<4)
-#define MPLP_NO_INDEL (1<<5)
-#define MPLP_REDO_BAQ (1<<6)
-#define MPLP_ILLUMINA13 (1<<7)
-#define MPLP_IGNORE_RG (1<<8)
-#define MPLP_PRINT_POS (1<<9)
-#define MPLP_PRINT_MAPQ (1<<10)
-#define MPLP_PER_SAMPLE (1<<11)
-#define MPLP_SMART_OVERLAPS (1<<12)
-
-void *bed_read(const char *fn);
-void bed_destroy(void *_h);
-int bed_overlap(const void *_h, const char *chr, int beg, int end);
-
-typedef struct {
- int min_mq, flag, min_baseQ, capQ_thres, max_depth, max_indel_depth, fmt_flag;
- int rflag_require, rflag_filter;
- int openQ, extQ, tandemQ, min_support; // for indels
- double min_frac; // for indels
- char *reg, *pl_list, *fai_fname, *output_fname;
- faidx_t *fai;
- void *bed, *rghash;
- int argc;
- char **argv;
-} mplp_conf_t;
-
-typedef struct {
- samFile *fp;
- hts_itr_t *iter;
- bam_hdr_t *h;
- int ref_id;
- char *ref;
- const mplp_conf_t *conf;
-} mplp_aux_t;
-
-typedef struct {
- int n;
- int *n_plp, *m_plp;
- bam_pileup1_t **plp;
-} mplp_pileup_t;
-
-static int mplp_func(void *data, bam1_t *b)
-{
- extern int bam_realn(bam1_t *b, const char *ref);
- extern int bam_prob_realn_core(bam1_t *b, const char *ref, int);
- extern int bam_cap_mapQ(bam1_t *b, char *ref, int thres);
- mplp_aux_t *ma = (mplp_aux_t*)data;
- int ret, skip = 0;
- do {
- int has_ref;
- ret = ma->iter? sam_itr_next(ma->fp, ma->iter, b) : sam_read1(ma->fp, ma->h, b);
- if (ret < 0) break;
- // The 'B' cigar operation is not part of the specification, considering as obsolete.
- // bam_remove_B(b);
- if (b->core.tid < 0 || (b->core.flag&BAM_FUNMAP)) { // exclude unmapped reads
- skip = 1;
- continue;
- }
- if (ma->conf->rflag_require && !(ma->conf->rflag_require&b->core.flag)) { skip = 1; continue; }
- if (ma->conf->rflag_filter && ma->conf->rflag_filter&b->core.flag) { skip = 1; continue; }
- if (ma->conf->bed) { // test overlap
- skip = !bed_overlap(ma->conf->bed, ma->h->target_name[b->core.tid], b->core.pos, bam_endpos(b));
- if (skip) continue;
- }
- if (ma->conf->rghash) { // exclude read groups
- uint8_t *rg = bam_aux_get(b, "RG");
- skip = (rg && khash_str2int_get(ma->conf->rghash, (const char*)(rg+1), NULL)==0);
- if (skip) continue;
- }
- if (ma->conf->flag & MPLP_ILLUMINA13) {
- int i;
- uint8_t *qual = bam_get_qual(b);
- for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i)
- qual[i] = qual[i] > 31? qual[i] - 31 : 0;
- }
- has_ref = (ma->ref && ma->ref_id == b->core.tid)? 1 : 0;
- skip = 0;
- if (has_ref && (ma->conf->flag&MPLP_REALN)) bam_prob_realn_core(b, ma->ref, (ma->conf->flag & MPLP_REDO_BAQ)? 7 : 3);
- if (has_ref && ma->conf->capQ_thres > 10) {
- int q = bam_cap_mapQ(b, ma->ref, ma->conf->capQ_thres);
- if (q < 0) skip = 1;
- else if (b->core.qual > q) b->core.qual = q;
- }
- if (b->core.qual < ma->conf->min_mq) skip = 1;
- else if ((ma->conf->flag&MPLP_NO_ORPHAN) && (b->core.flag&BAM_FPAIRED) && !(b->core.flag&BAM_FPROPER_PAIR)) skip = 1;
- } while (skip);
- return ret;
-}
-
-static void group_smpl(mplp_pileup_t *m, bam_sample_t *sm, kstring_t *buf,
- int n, char *const*fn, int *n_plp, const bam_pileup1_t **plp, int ignore_rg)
-{
- int i, j;
- memset(m->n_plp, 0, m->n * sizeof(int));
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
- const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
- uint8_t *q;
- int id = -1;
- q = ignore_rg? 0 : bam_aux_get(p->b, "RG");
- if (q) id = bam_smpl_rg2smid(sm, fn[i], (char*)q+1, buf);
- if (id < 0) id = bam_smpl_rg2smid(sm, fn[i], 0, buf);
- if (id < 0 || id >= m->n) {
- assert(q); // otherwise a bug
- fprintf(stderr, "[%s] Read group %s used in file %s but absent from the header or an alignment missing read group.\n", __func__, (char*)q+1, fn[i]);
- exit(1);
- }
- if (m->n_plp[id] == m->m_plp[id]) {
- m->m_plp[id] = m->m_plp[id]? m->m_plp[id]<<1 : 8;
- m->plp[id] = realloc(m->plp[id], sizeof(bam_pileup1_t) * m->m_plp[id]);
- }
- m->plp[id][m->n_plp[id]++] = *p;
- }
- }
-}
-
-/*
- * Performs pileup
- * @param conf configuration for this pileup
- * @param n number of files specified in fn
- * @param fn filenames
- */
-static int mpileup(mplp_conf_t *conf, int n, char **fn)
-{
- extern void *bcf_call_add_rg(void *rghash, const char *hdtext, const char *list);
- extern void bcf_call_del_rghash(void *rghash);
- mplp_aux_t **data;
- int i, tid, pos, *n_plp, tid0 = -1, beg0 = 0, end0 = 1u<<29, ref_len, ref_tid = -1, max_depth, max_indel_depth;
- const bam_pileup1_t **plp;
- bam_mplp_t iter;
- bam_hdr_t *h = NULL; /* header of first file in input list */
- char *ref;
- void *rghash = NULL;
- FILE *pileup_fp = NULL;
-
- bcf_callaux_t *bca = NULL;
- bcf_callret1_t *bcr = NULL;
- bcf_call_t bc;
- htsFile *bcf_fp = NULL;
- bcf_hdr_t *bcf_hdr = NULL;
-
- bam_sample_t *sm = NULL;
- kstring_t buf;
- mplp_pileup_t gplp;
-
- memset(&gplp, 0, sizeof(mplp_pileup_t));
- memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
- memset(&bc, 0, sizeof(bcf_call_t));
- data = calloc(n, sizeof(mplp_aux_t*));
- plp = calloc(n, sizeof(bam_pileup1_t*));
- n_plp = calloc(n, sizeof(int));
- sm = bam_smpl_init();
-
- if (n == 0) {
- fprintf(stderr,"[%s] no input file/data given\n", __func__);
- exit(1);
- }
-
- // read the header of each file in the list and initialize data
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- bam_hdr_t *h_tmp;
- data[i] = calloc(1, sizeof(mplp_aux_t));
- data[i]->fp = sam_open(fn[i], "rb");
- if ( !data[i]->fp )
- {
- fprintf(stderr, "[%s] failed to open %s: %s\n", __func__, fn[i], strerror(errno));
- exit(1);
- }
- hts_set_fai_filename(data[i]->fp, conf->fai_fname);
- data[i]->conf = conf;
- h_tmp = sam_hdr_read(data[i]->fp);
- if ( !h_tmp ) {
- fprintf(stderr,"[%s] fail to read the header of %s\n", __func__, fn[i]);
- exit(1);
- }
- data[i]->h = i? h : h_tmp; // for i==0, "h" has not been set yet
- bam_smpl_add(sm, fn[i], (conf->flag&MPLP_IGNORE_RG)? 0 : h_tmp->text);
- // Collect read group IDs with PL (platform) listed in pl_list (note: fragile, strstr search)
- rghash = bcf_call_add_rg(rghash, h_tmp->text, conf->pl_list);
- if (conf->reg) {
- hts_idx_t *idx = sam_index_load(data[i]->fp, fn[i]);
- if (idx == 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] fail to load index for %s\n", __func__, fn[i]);
- exit(1);
- }
- if ( (data[i]->iter=sam_itr_querys(idx, data[i]->h, conf->reg)) == 0) {
- fprintf(stderr, "[E::%s] fail to parse region '%s'\n", __func__, conf->reg);
- exit(1);
- }
- if (i == 0) tid0 = data[i]->iter->tid, beg0 = data[i]->iter->beg, end0 = data[i]->iter->end;
- hts_idx_destroy(idx);
- }
- if (i == 0) h = h_tmp; /* save the header of first file in list */
- else {
- // FIXME: to check consistency
- bam_hdr_destroy(h_tmp);
- }
- }
- // allocate data storage proportionate to number of samples being studied sm->n
- gplp.n = sm->n;
- gplp.n_plp = calloc(sm->n, sizeof(int));
- gplp.m_plp = calloc(sm->n, sizeof(int));
- gplp.plp = calloc(sm->n, sizeof(bam_pileup1_t*));
-
- fprintf(stderr, "[%s] %d samples in %d input files\n", __func__, sm->n, n);
- // write the VCF header
- if (conf->flag & MPLP_BCF)
- {
- const char *mode;
- if ( conf->flag & MPLP_VCF )
- mode = (conf->flag&MPLP_NO_COMP)? "wu" : "wz"; // uncompressed VCF or compressed VCF
- else
- mode = (conf->flag&MPLP_NO_COMP)? "wub" : "wb"; // uncompressed BCF or compressed BCF
-
- bcf_fp = bcf_open(conf->output_fname? conf->output_fname : "-", mode);
- if (bcf_fp == NULL) {
- fprintf(stderr, "[%s] failed to write to %s: %s\n", __func__, conf->output_fname? conf->output_fname : "standard output", strerror(errno));
- exit(1);
- }
-
- bcf_hdr = bcf_hdr_init("w");
- kstring_t str = {0,0,0};
-
- ksprintf(&str, "##samtoolsVersion=%s+htslib-%s\n",samtools_version(),hts_version());
- bcf_hdr_append(bcf_hdr, str.s);
-
- str.l = 0;
- ksprintf(&str, "##samtoolsCommand=samtools mpileup");
- for (i=1; i<conf->argc; i++) ksprintf(&str, " %s", conf->argv[i]);
- kputc('\n', &str);
- bcf_hdr_append(bcf_hdr, str.s);
-
- if (conf->fai_fname)
- {
- str.l = 0;
- ksprintf(&str, "##reference=file://%s\n", conf->fai_fname);
- bcf_hdr_append(bcf_hdr, str.s);
- }
-
- // todo: use/write new BAM header manipulation routines, fill also UR, M5
- for (i=0; i<h->n_targets; i++)
- {
- str.l = 0;
- ksprintf(&str, "##contig=<ID=%s,length=%d>", h->target_name[i], h->target_len[i]);
- bcf_hdr_append(bcf_hdr, str.s);
- }
- free(str.s);
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##ALT=<ID=X,Description=\"Represents allele(s) other than observed.\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description=\"Indicates that the variant is an INDEL.\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=IDV,Number=1,Type=Integer,Description=\"Maximum number of reads supporting an indel\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=IMF,Number=1,Type=Float,Description=\"Maximum fraction of reads supporting an indel\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description=\"Raw read depth\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description=\"Variant Distance Bias for filtering splice-site artefacts in RNA-seq data (bigger is better)\",Version=\"3\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=RPB,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Read Position Bias (bigger is better)\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=MQB,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Mapping Quality Bias (bigger is better)\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=BQB,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Base Quality Bias (bigger is better)\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=MQSB,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Mapping Quality vs Strand Bias (bigger is better)\">");
-#if CDF_MWU_TESTS
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=RPB2,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Read Position Bias [CDF] (bigger is better)\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=MQB2,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Mapping Quality Bias [CDF] (bigger is better)\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=BQB2,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Base Quality Bias [CDF] (bigger is better)\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=MQSB2,Number=1,Type=Float,Description=\"Mann-Whitney U test of Mapping Quality vs Strand Bias [CDF] (bigger is better)\">");
-#endif
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=SGB,Number=1,Type=Float,Description=\"Segregation based metric.\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=MQ0F,Number=1,Type=Float,Description=\"Fraction of MQ0 reads (smaller is better)\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=I16,Number=16,Type=Float,Description=\"Auxiliary tag used for calling, see description of bcf_callret1_t in bam2bcf.h\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=QS,Number=R,Type=Float,Description=\"Auxiliary tag used for calling\">");
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description=\"List of Phred-scaled genotype likelihoods\">");
- if ( conf->fmt_flag&B2B_FMT_DP )
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description=\"Number of high-quality bases\">");
- if ( conf->fmt_flag&B2B_FMT_DV )
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##FORMAT=<ID=DV,Number=1,Type=Integer,Description=\"Number of high-quality non-reference bases\">");
- if ( conf->fmt_flag&B2B_FMT_DPR )
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##FORMAT=<ID=DPR,Number=R,Type=Integer,Description=\"Number of high-quality bases observed for each allele\">");
- if ( conf->fmt_flag&B2B_INFO_DPR )
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##INFO=<ID=DPR,Number=R,Type=Integer,Description=\"Number of high-quality bases observed for each allele\">");
- if ( conf->fmt_flag&B2B_FMT_DP4 )
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##FORMAT=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description=\"Number of high-quality ref-fwd, ref-reverse, alt-fwd and alt-reverse bases\">");
- if ( conf->fmt_flag&B2B_FMT_SP )
- bcf_hdr_append(bcf_hdr,"##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description=\"Phred-scaled strand bias P-value\">");
-
- for (i=0; i<sm->n; i++)
- bcf_hdr_add_sample(bcf_hdr, sm->smpl[i]);
- bcf_hdr_add_sample(bcf_hdr, NULL);
- bcf_hdr_write(bcf_fp, bcf_hdr);
-
- bca = bcf_call_init(-1., conf->min_baseQ);
- bcr = calloc(sm->n, sizeof(bcf_callret1_t));
- bca->rghash = rghash;
- bca->openQ = conf->openQ, bca->extQ = conf->extQ, bca->tandemQ = conf->tandemQ;
- bca->min_frac = conf->min_frac;
- bca->min_support = conf->min_support;
- bca->per_sample_flt = conf->flag & MPLP_PER_SAMPLE;
-
- bc.bcf_hdr = bcf_hdr;
- bc.n = sm->n;
- bc.PL = malloc(15 * sm->n * sizeof(*bc.PL));
- if (conf->fmt_flag)
- {
- assert( sizeof(float)==sizeof(int32_t) );
- bc.DP4 = malloc(sm->n * sizeof(int32_t) * 4);
- bc.fmt_arr = malloc(sm->n * sizeof(float)); // all fmt_flag fields
- if ( conf->fmt_flag&(B2B_INFO_DPR|B2B_FMT_DPR) )
- {
- // first B2B_MAX_ALLELES fields for total numbers, the rest per-sample
- bc.DPR = malloc((sm->n+1)*B2B_MAX_ALLELES*sizeof(int32_t));
- for (i=0; i<sm->n; i++)
- bcr[i].DPR = bc.DPR + (i+1)*B2B_MAX_ALLELES;
- }
- }
- }
- else {
- pileup_fp = conf->output_fname? fopen(conf->output_fname, "w") : stdout;
-
- if (pileup_fp == NULL) {
- fprintf(stderr, "[%s] failed to write to %s: %s\n", __func__, conf->output_fname, strerror(errno));
- exit(1);
- }
- }
-
- if (tid0 >= 0 && conf->fai) { // region is set
- ref = faidx_fetch_seq(conf->fai, h->target_name[tid0], 0, 0x7fffffff, &ref_len);
- ref_tid = tid0;
- for (i = 0; i < n; ++i) data[i]->ref = ref, data[i]->ref_id = tid0;
- } else ref_tid = -1, ref = 0;
-
- // begin pileup
- iter = bam_mplp_init(n, mplp_func, (void**)data);
- if ( conf->flag & MPLP_SMART_OVERLAPS ) bam_mplp_init_overlaps(iter);
- max_depth = conf->max_depth;
- if (max_depth * sm->n > 1<<20)
- fprintf(stderr, "(%s) Max depth is above 1M. Potential memory hog!\n", __func__);
- if (max_depth * sm->n < 8000) {
- max_depth = 8000 / sm->n;
- fprintf(stderr, "<%s> Set max per-file depth to %d\n", __func__, max_depth);
- }
- max_indel_depth = conf->max_indel_depth * sm->n;
- bam_mplp_set_maxcnt(iter, max_depth);
- bcf1_t *bcf_rec = bcf_init1();
- int ret;
- while ( (ret=bam_mplp_auto(iter, &tid, &pos, n_plp, plp)) > 0) {
- if (conf->reg && (pos < beg0 || pos >= end0)) continue; // out of the region requested
- if (conf->bed && tid >= 0 && !bed_overlap(conf->bed, h->target_name[tid], pos, pos+1)) continue;
- if (tid != ref_tid) {
- free(ref); ref = 0;
- if (conf->fai) ref = faidx_fetch_seq(conf->fai, h->target_name[tid], 0, 0x7fffffff, &ref_len);
- for (i = 0; i < n; ++i) data[i]->ref = ref, data[i]->ref_id = tid;
- ref_tid = tid;
- }
- if (conf->flag & MPLP_BCF) {
- int total_depth, _ref0, ref16;
- for (i = total_depth = 0; i < n; ++i) total_depth += n_plp[i];
- group_smpl(&gplp, sm, &buf, n, fn, n_plp, plp, conf->flag & MPLP_IGNORE_RG);
- _ref0 = (ref && pos < ref_len)? ref[pos] : 'N';
- ref16 = seq_nt16_table[_ref0];
- bcf_callaux_clean(bca, &bc);
- for (i = 0; i < gplp.n; ++i)
- bcf_call_glfgen(gplp.n_plp[i], gplp.plp[i], ref16, bca, bcr + i);
- bc.tid = tid; bc.pos = pos;
- bcf_call_combine(gplp.n, bcr, bca, ref16, &bc);
- bcf_clear1(bcf_rec);
- bcf_call2bcf(&bc, bcf_rec, bcr, conf->fmt_flag, 0, 0);
- bcf_write1(bcf_fp, bcf_hdr, bcf_rec);
- // call indels; todo: subsampling with total_depth>max_indel_depth instead of ignoring?
- if (!(conf->flag&MPLP_NO_INDEL) && total_depth < max_indel_depth && bcf_call_gap_prep(gplp.n, gplp.n_plp, gplp.plp, pos, bca, ref, rghash) >= 0)
- {
- bcf_callaux_clean(bca, &bc);
- for (i = 0; i < gplp.n; ++i)
- bcf_call_glfgen(gplp.n_plp[i], gplp.plp[i], -1, bca, bcr + i);
- if (bcf_call_combine(gplp.n, bcr, bca, -1, &bc) >= 0) {
- bcf_clear1(bcf_rec);
- bcf_call2bcf(&bc, bcf_rec, bcr, conf->fmt_flag, bca, ref);
- bcf_write1(bcf_fp, bcf_hdr, bcf_rec);
- }
- }
- } else {
- fprintf(pileup_fp, "%s\t%d\t%c", h->target_name[tid], pos + 1, (ref && pos < ref_len)? ref[pos] : 'N');
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- int j, cnt;
- for (j = cnt = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
- const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
- if (bam_get_qual(p->b)[p->qpos] >= conf->min_baseQ) ++cnt;
- }
- fprintf(pileup_fp, "\t%d\t", cnt);
- if (n_plp[i] == 0) {
- fputs("*\t*", pileup_fp);
- if (conf->flag & MPLP_PRINT_MAPQ) fputs("\t*", pileup_fp);
- if (conf->flag & MPLP_PRINT_POS) fputs("\t*", pileup_fp);
- } else {
- for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
- const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
- if (bam_get_qual(p->b)[p->qpos] >= conf->min_baseQ)
- pileup_seq(pileup_fp, plp[i] + j, pos, ref_len, ref);
- }
- putc('\t', pileup_fp);
- for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
- const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
- int c = bam_get_qual(p->b)[p->qpos];
- if (c >= conf->min_baseQ) {
- c = c + 33 < 126? c + 33 : 126;
- putc(c, pileup_fp);
- }
- }
- if (conf->flag & MPLP_PRINT_MAPQ) {
- putc('\t', pileup_fp);
- for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
- const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
- int c = bam_get_qual(p->b)[p->qpos];
- if ( c < conf->min_baseQ ) continue;
- c = plp[i][j].b->core.qual + 33;
- if (c > 126) c = 126;
- putc(c, pileup_fp);
- }
- }
- if (conf->flag & MPLP_PRINT_POS) {
- putc('\t', pileup_fp);
- for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
- if (j > 0) putc(',', pileup_fp);
- fprintf(pileup_fp, "%d", plp[i][j].qpos + 1); // FIXME: printf() is very slow...
- }
- }
- }
- }
- putc('\n', pileup_fp);
- }
- }
-
- // clean up
- free(bc.tmp.s);
- bcf_destroy1(bcf_rec);
- if (bcf_fp)
- {
- hts_close(bcf_fp);
- bcf_hdr_destroy(bcf_hdr);
- bcf_call_destroy(bca);
- free(bc.PL);
- free(bc.DP4);
- free(bc.DPR);
- free(bc.fmt_arr);
- free(bcr);
- }
- if (pileup_fp && conf->output_fname) fclose(pileup_fp);
- bam_smpl_destroy(sm); free(buf.s);
- for (i = 0; i < gplp.n; ++i) free(gplp.plp[i]);
- free(gplp.plp); free(gplp.n_plp); free(gplp.m_plp);
- bcf_call_del_rghash(rghash);
- bam_mplp_destroy(iter);
- bam_hdr_destroy(h);
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- sam_close(data[i]->fp);
- if (data[i]->iter) hts_itr_destroy(data[i]->iter);
- free(data[i]);
- }
- free(data); free(plp); free(ref); free(n_plp);
- return ret;
-}
-
-#define MAX_PATH_LEN 1024
-int read_file_list(const char *file_list,int *n,char **argv[])
-{
- char buf[MAX_PATH_LEN];
- int len, nfiles = 0;
- char **files = NULL;
- struct stat sb;
-
- *n = 0;
- *argv = NULL;
-
- FILE *fh = fopen(file_list,"r");
- if ( !fh )
- {
- fprintf(stderr,"%s: %s\n", file_list,strerror(errno));
- return 1;
- }
-
- files = calloc(nfiles,sizeof(char*));
- nfiles = 0;
- while ( fgets(buf,MAX_PATH_LEN,fh) )
- {
- // allow empty lines and trailing spaces
- len = strlen(buf);
- while ( len>0 && isspace(buf[len-1]) ) len--;
- if ( !len ) continue;
-
- // check sanity of the file list
- buf[len] = 0;
- if (stat(buf, &sb) != 0)
- {
- // no such file, check if it is safe to print its name
- int i, safe_to_print = 1;
- for (i=0; i<len; i++)
- if (!isprint(buf[i])) { safe_to_print = 0; break; }
- if ( safe_to_print )
- fprintf(stderr,"The file list \"%s\" appears broken, could not locate: %s\n", file_list,buf);
- else
- fprintf(stderr,"Does the file \"%s\" really contain a list of files and do all exist?\n", file_list);
- return 1;
- }
-
- nfiles++;
- files = realloc(files,nfiles*sizeof(char*));
- files[nfiles-1] = strdup(buf);
- }
- fclose(fh);
- if ( !nfiles )
- {
- fprintf(stderr,"No files read from %s\n", file_list);
- return 1;
- }
- *argv = files;
- *n = nfiles;
- return 0;
-}
-#undef MAX_PATH_LEN
-
-int parse_format_flag(const char *str)
-{
- int i, flag = 0, n_tags;
- char **tags = hts_readlist(str, 0, &n_tags);
- for(i=0; i<n_tags; i++)
- {
- if ( !strcasecmp(tags[i],"DP") ) flag |= B2B_FMT_DP;
- else if ( !strcasecmp(tags[i],"DV") ) flag |= B2B_FMT_DV;
- else if ( !strcasecmp(tags[i],"SP") ) flag |= B2B_FMT_SP;
- else if ( !strcasecmp(tags[i],"DP4") ) flag |= B2B_FMT_DP4;
- else if ( !strcasecmp(tags[i],"DPR") ) flag |= B2B_FMT_DPR;
- else if ( !strcasecmp(tags[i],"INFO/DPR") ) flag |= B2B_INFO_DPR;
- else
- {
- fprintf(stderr,"Could not parse tag \"%s\" in \"%s\"\n", tags[i], str);
- exit(1);
- }
- free(tags[i]);
- }
- if (n_tags) free(tags);
- return flag;
-}
-
-static void print_usage(FILE *fp, const mplp_conf_t *mplp)
-{
- char *tmp_require = bam_flag2str(mplp->rflag_require);
- char *tmp_filter = bam_flag2str(mplp->rflag_filter);
-
- // Display usage information, formatted for the standard 80 columns.
- // (The unusual string formatting here aids the readability of this
- // source code in 80 columns, to the extent that's possible.)
-
- fprintf(fp,
-"\n"
-"Usage: samtools mpileup [options] in1.bam [in2.bam [...]]\n"
-"\n"
-"Input options:\n"
-" -6, --illumina1.3+ quality is in the Illumina-1.3+ encoding\n"
-" -A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs\n"
-" -b, --bam-list FILE list of input BAM filenames, one per line\n"
-" -B, --no-BAQ disable BAQ (per-Base Alignment Quality)\n"
-" -C, --adjust-MQ INT adjust mapping quality; recommended:50, disable:0 [0]\n"
-" -d, --max-depth INT max per-BAM depth; avoids excessive memory usage [%d]\n", mplp->max_depth);
- fprintf(fp,
-" -E, --redo-BAQ recalculate BAQ on the fly, ignore existing BQs\n"
-" -f, --fasta-ref FILE faidx indexed reference sequence file\n"
-" -G, --exclude-RG FILE exclude read groups listed in FILE\n"
-" -l, --positions FILE skip unlisted positions (chr pos) or regions (BED)\n"
-" -q, --min-MQ INT skip alignments with mapQ smaller than INT [%d]\n", mplp->min_mq);
- fprintf(fp,
-" -Q, --min-BQ INT skip bases with baseQ/BAQ smaller than INT [%d]\n", mplp->min_baseQ);
- fprintf(fp,
-" -r, --region REG region in which pileup is generated\n"
-" -R, --ignore-RG ignore RG tags (one BAM = one sample)\n"
-" --rf, --incl-flags STR|INT required flags: skip reads with mask bits unset [%s]\n", tmp_require);
- fprintf(fp,
-" --ff, --excl-flags STR|INT filter flags: skip reads with mask bits set\n"
-" [%s]\n", tmp_filter);
- fprintf(fp,
-" -x, --ignore-overlaps disable read-pair overlap detection\n"
-"\n"
-"Output options:\n"
-" -o, --output FILE write output to FILE [standard output]\n"
-" -g, --BCF generate genotype likelihoods in BCF format\n"
-" -v, --VCF generate genotype likelihoods in VCF format\n"
-"\n"
-"Output options for mpileup format (without -g/-v):\n"
-" -O, --output-BP output base positions on reads\n"
-" -s, --output-MQ output mapping quality\n"
-"\n"
-"Output options for genotype likelihoods (when -g/-v is used):\n"
-" -t, --output-tags LIST optional tags to output: DP,DPR,DV,DP4,INFO/DPR,SP []\n"
-" -u, --uncompressed generate uncompressed VCF/BCF output\n"
-"\n"
-"SNP/INDEL genotype likelihoods options (effective with -g/-v):\n"
-" -e, --ext-prob INT Phred-scaled gap extension seq error probability [%d]\n", mplp->extQ);
- fprintf(fp,
-" -F, --gap-frac FLOAT minimum fraction of gapped reads [%g]\n", mplp->min_frac);
- fprintf(fp,
-" -h, --tandem-qual INT coefficient for homopolymer errors [%d]\n", mplp->tandemQ);
- fprintf(fp,
-" -I, --skip-indels do not perform indel calling\n"
-" -L, --max-idepth INT maximum per-sample depth for INDEL calling [%d]\n", mplp->max_indel_depth);
- fprintf(fp,
-" -m, --min-ireads INT minimum number gapped reads for indel candidates [%d]\n", mplp->min_support);
- fprintf(fp,
-" -o, --open-prob INT Phred-scaled gap open seq error probability [%d]\n", mplp->openQ);
- fprintf(fp,
-" -p, --per-sample-mF apply -m and -F per-sample for increased sensitivity\n"
-" -P, --platforms STR comma separated list of platforms for indels [all]\n"
-"\n"
-"Notes: Assuming diploid individuals.\n");
-
- free(tmp_require);
- free(tmp_filter);
-}
-
-int bam_mpileup(int argc, char *argv[])
-{
- int c;
- const char *file_list = NULL;
- char **fn = NULL;
- int nfiles = 0, use_orphan = 0;
- mplp_conf_t mplp;
- memset(&mplp, 0, sizeof(mplp_conf_t));
- mplp.min_baseQ = 13;
- mplp.capQ_thres = 0;
- mplp.max_depth = 250; mplp.max_indel_depth = 250;
- mplp.openQ = 40; mplp.extQ = 20; mplp.tandemQ = 100;
- mplp.min_frac = 0.002; mplp.min_support = 1;
- mplp.flag = MPLP_NO_ORPHAN | MPLP_REALN | MPLP_SMART_OVERLAPS;
- mplp.argc = argc; mplp.argv = argv;
- mplp.rflag_filter = BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP;
- mplp.output_fname = NULL;
- static const struct option lopts[] =
- {
- {"rf", required_argument, NULL, 1}, // require flag
- {"ff", required_argument, NULL, 2}, // filter flag
- {"incl-flags", required_argument, NULL, 1},
- {"excl-flags", required_argument, NULL, 2},
- {"output", required_argument, NULL, 3},
- {"open-prob", required_argument, NULL, 4},
- {"illumina1.3+", no_argument, NULL, '6'},
- {"count-orphans", no_argument, NULL, 'A'},
- {"bam-list", required_argument, NULL, 'b'},
- {"no-BAQ", no_argument, NULL, 'B'},
- {"no-baq", no_argument, NULL, 'B'},
- {"adjust-MQ", required_argument, NULL, 'C'},
- {"adjust-mq", required_argument, NULL, 'C'},
- {"max-depth", required_argument, NULL, 'd'},
- {"redo-BAQ", no_argument, NULL, 'E'},
- {"redo-baq", no_argument, NULL, 'E'},
- {"fasta-ref", required_argument, NULL, 'f'},
- {"exclude-RG", required_argument, NULL, 'G'},
- {"exclude-rg", required_argument, NULL, 'G'},
- {"positions", required_argument, NULL, 'l'},
- {"region", required_argument, NULL, 'r'},
- {"ignore-RG", no_argument, NULL, 'R'},
- {"ignore-rg", no_argument, NULL, 'R'},
- {"min-MQ", required_argument, NULL, 'q'},
- {"min-mq", required_argument, NULL, 'q'},
- {"min-BQ", required_argument, NULL, 'Q'},
- {"min-bq", required_argument, NULL, 'Q'},
- {"ignore-overlaps", no_argument, NULL, 'x'},
- {"BCF", no_argument, NULL, 'g'},
- {"bcf", no_argument, NULL, 'g'},
- {"VCF", no_argument, NULL, 'v'},
- {"vcf", no_argument, NULL, 'v'},
- {"output-BP", no_argument, NULL, 'O'},
- {"output-bp", no_argument, NULL, 'O'},
- {"output-MQ", no_argument, NULL, 's'},
- {"output-mq", no_argument, NULL, 's'},
- {"output-tags", required_argument, NULL, 't'},
- {"uncompressed", no_argument, NULL, 'u'},
- {"ext-prob", required_argument, NULL, 'e'},
- {"gap-frac", required_argument, NULL, 'F'},
- {"tandem-qual", required_argument, NULL, 'h'},
- {"skip-indels", no_argument, NULL, 'I'},
- {"max-idepth", required_argument, NULL, 'L'},
- {"min-ireads ", required_argument, NULL, 'm'},
- {"per-sample-mF", no_argument, NULL, 'p'},
- {"per-sample-mf", no_argument, NULL, 'p'},
- {"platforms", required_argument, NULL, 'P'},
- {NULL, 0, NULL, 0}
- };
- while ((c = getopt_long(argc, argv, "Agf:r:l:q:Q:uRC:BDSd:L:b:P:po:e:h:Im:F:EG:6OsVvxt:",lopts,NULL)) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'x': mplp.flag &= ~MPLP_SMART_OVERLAPS; break;
- case 1 :
- mplp.rflag_require = bam_str2flag(optarg);
- if ( mplp.rflag_require<0 ) { fprintf(stderr,"Could not parse --rf %s\n", optarg); return 1; }
- break;
- case 2 :
- mplp.rflag_filter = bam_str2flag(optarg);
- if ( mplp.rflag_filter<0 ) { fprintf(stderr,"Could not parse --ff %s\n", optarg); return 1; }
- break;
- case 3 : mplp.output_fname = optarg; break;
- case 4 : mplp.openQ = atoi(optarg); break;
- case 'f':
- mplp.fai = fai_load(optarg);
- if (mplp.fai == 0) return 1;
- mplp.fai_fname = optarg;
- break;
- case 'd': mplp.max_depth = atoi(optarg); break;
- case 'r': mplp.reg = strdup(optarg); break;
- case 'l':
- // In the original version the whole BAM was streamed which is inefficient
- // with few BED intervals and big BAMs. Todo: devise a heuristic to determine
- // best strategy, that is streaming or jumping.
- mplp.bed = bed_read(optarg);
- if (!mplp.bed) { print_error_errno("Could not read file \"%s\"", optarg); return 1; }
- break;
- case 'P': mplp.pl_list = strdup(optarg); break;
- case 'p': mplp.flag |= MPLP_PER_SAMPLE; break;
- case 'g': mplp.flag |= MPLP_BCF; break;
- case 'v': mplp.flag |= MPLP_BCF | MPLP_VCF; break;
- case 'u': mplp.flag |= MPLP_NO_COMP | MPLP_BCF; break;
- case 'B': mplp.flag &= ~MPLP_REALN; break;
- case 'D': mplp.fmt_flag |= B2B_FMT_DP; fprintf(stderr, "[warning] samtools mpileup option `-D` is functional, but deprecated. Please switch to `-t DP` in future.\n"); break;
- case 'S': mplp.fmt_flag |= B2B_FMT_SP; fprintf(stderr, "[warning] samtools mpileup option `-S` is functional, but deprecated. Please switch to `-t SP` in future.\n"); break;
- case 'V': mplp.fmt_flag |= B2B_FMT_DV; fprintf(stderr, "[warning] samtools mpileup option `-V` is functional, but deprecated. Please switch to `-t DV` in future.\n"); break;
- case 'I': mplp.flag |= MPLP_NO_INDEL; break;
- case 'E': mplp.flag |= MPLP_REDO_BAQ; break;
- case '6': mplp.flag |= MPLP_ILLUMINA13; break;
- case 'R': mplp.flag |= MPLP_IGNORE_RG; break;
- case 's': mplp.flag |= MPLP_PRINT_MAPQ; break;
- case 'O': mplp.flag |= MPLP_PRINT_POS; break;
- case 'C': mplp.capQ_thres = atoi(optarg); break;
- case 'q': mplp.min_mq = atoi(optarg); break;
- case 'Q': mplp.min_baseQ = atoi(optarg); break;
- case 'b': file_list = optarg; break;
- case 'o': {
- char *end;
- long value = strtol(optarg, &end, 10);
- // Distinguish between -o INT and -o FILE (a bit of a hack!)
- if (*end == '\0') mplp.openQ = value;
- else mplp.output_fname = optarg;
- }
- break;
- case 'e': mplp.extQ = atoi(optarg); break;
- case 'h': mplp.tandemQ = atoi(optarg); break;
- case 'A': use_orphan = 1; break;
- case 'F': mplp.min_frac = atof(optarg); break;
- case 'm': mplp.min_support = atoi(optarg); break;
- case 'L': mplp.max_indel_depth = atoi(optarg); break;
- case 'G': {
- FILE *fp_rg;
- char buf[1024];
- mplp.rghash = khash_str2int_init();
- if ((fp_rg = fopen(optarg, "r")) == 0)
- fprintf(stderr, "(%s) Fail to open file %s. Continue anyway.\n", __func__, optarg);
- while (!feof(fp_rg) && fscanf(fp_rg, "%s", buf) > 0) // this is not a good style, but forgive me...
- khash_str2int_inc(mplp.rghash, strdup(buf));
- fclose(fp_rg);
- }
- break;
- case 't': mplp.fmt_flag |= parse_format_flag(optarg); break;
- default:
- fprintf(stderr,"Invalid option: '%c'\n", c);
- return 1;
- }
- }
- if ( !(mplp.flag&MPLP_REALN) && mplp.flag&MPLP_REDO_BAQ )
- {
- fprintf(stderr,"Error: The -B option cannot be combined with -E\n");
- return 1;
- }
- if (use_orphan) mplp.flag &= ~MPLP_NO_ORPHAN;
- if (argc == 1)
- {
- print_usage(stderr, &mplp);
- return 1;
- }
- int ret;
- if (file_list) {
- if ( read_file_list(file_list,&nfiles,&fn) ) return 1;
- ret = mpileup(&mplp,nfiles,fn);
- for (c=0; c<nfiles; c++) free(fn[c]);
- free(fn);
- }
- else
- ret = mpileup(&mplp, argc - optind, argv + optind);
- if (mplp.rghash) khash_str2int_destroy_free(mplp.rghash);
- free(mplp.reg); free(mplp.pl_list);
- if (mplp.fai) fai_destroy(mplp.fai);
- if (mplp.bed) bed_destroy(mplp.bed);
- return ret;
-}
diff --git a/samtools/bam_reheader.c b/samtools/bam_reheader.c
deleted file mode 100644
index 47ceced..0000000
--- a/samtools/bam_reheader.c
+++ /dev/null
@@ -1,81 +0,0 @@
-/* bam_reheader.c -- reheader subcommand.
-
- Copyright (C) 2010 Broad Institute.
- Copyright (C) 2012, 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include "htslib/bgzf.h"
-#include "bam.h"
-
-#define BUF_SIZE 0x10000
-
-int bam_reheader(BGZF *in, const bam_header_t *h, int fd)
-{
- BGZF *fp;
- bam_header_t *old;
- ssize_t len;
- uint8_t *buf;
- if (in->is_write) return -1;
- buf = malloc(BUF_SIZE);
- old = bam_header_read(in);
- fp = bgzf_fdopen(fd, "w");
- bam_header_write(fp, h);
- if (in->block_offset < in->block_length) {
- bgzf_write(fp, in->uncompressed_block + in->block_offset, in->block_length - in->block_offset);
- bgzf_flush(fp);
- }
- while ((len = bgzf_raw_read(in, buf, BUF_SIZE)) > 0)
- bgzf_raw_write(fp, buf, len);
- free(buf);
- fp->block_offset = in->block_offset = 0;
- bgzf_close(fp);
- return 0;
-}
-
-int main_reheader(int argc, char *argv[])
-{
- bam_header_t *h;
- BGZF *in;
- if (argc != 3) {
- fprintf(stderr, "Usage: samtools reheader <in.header.sam> <in.bam>\n");
- return 1;
- }
- { // read the header
- tamFile fph = sam_open(argv[1]);
- if (fph == 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] fail to read the header from %s.\n", __func__, argv[1]);
- return 1;
- }
- h = sam_header_read(fph);
- sam_close(fph);
- }
- in = strcmp(argv[2], "-")? bgzf_open(argv[2], "r") : bgzf_fdopen(fileno(stdin), "r");
- if (in == 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] fail to open file %s.\n", __func__, argv[2]);
- return 1;
- }
- bam_reheader(in, h, fileno(stdout));
- bgzf_close(in);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bam_rmdup.c b/samtools/bam_rmdup.c
deleted file mode 100644
index a9c92d1..0000000
--- a/samtools/bam_rmdup.c
+++ /dev/null
@@ -1,231 +0,0 @@
-/* bam_rmdup.c -- duplicate read detection.
-
- Copyright (C) 2009 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2009 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <stdio.h>
-#include <zlib.h>
-#include <unistd.h>
-#include "sam.h"
-
-typedef bam1_t *bam1_p;
-
-#include "htslib/khash.h"
-KHASH_SET_INIT_STR(name)
-KHASH_MAP_INIT_INT64(pos, bam1_p)
-
-#define BUFFER_SIZE 0x40000
-
-typedef struct {
- uint64_t n_checked, n_removed;
- khash_t(pos) *best_hash;
-} lib_aux_t;
-KHASH_MAP_INIT_STR(lib, lib_aux_t)
-
-typedef struct {
- int n, max;
- bam1_t **a;
-} tmp_stack_t;
-
-static inline void stack_insert(tmp_stack_t *stack, bam1_t *b)
-{
- if (stack->n == stack->max) {
- stack->max = stack->max? stack->max<<1 : 0x10000;
- stack->a = (bam1_t**)realloc(stack->a, sizeof(bam1_t*) * stack->max);
- }
- stack->a[stack->n++] = b;
-}
-
-static inline void dump_best(tmp_stack_t *stack, samfile_t *out)
-{
- int i;
- for (i = 0; i != stack->n; ++i) {
- samwrite(out, stack->a[i]);
- bam_destroy1(stack->a[i]);
- }
- stack->n = 0;
-}
-
-static void clear_del_set(khash_t(name) *del_set)
-{
- khint_t k;
- for (k = kh_begin(del_set); k < kh_end(del_set); ++k)
- if (kh_exist(del_set, k))
- free((char*)kh_key(del_set, k));
- kh_clear(name, del_set);
-}
-
-static lib_aux_t *get_aux(khash_t(lib) *aux, const char *lib)
-{
- khint_t k = kh_get(lib, aux, lib);
- if (k == kh_end(aux)) {
- int ret;
- char *p = strdup(lib);
- lib_aux_t *q;
- k = kh_put(lib, aux, p, &ret);
- q = &kh_val(aux, k);
- q->n_checked = q->n_removed = 0;
- q->best_hash = kh_init(pos);
- return q;
- } else return &kh_val(aux, k);
-}
-
-static void clear_best(khash_t(lib) *aux, int max)
-{
- khint_t k;
- for (k = kh_begin(aux); k != kh_end(aux); ++k) {
- if (kh_exist(aux, k)) {
- lib_aux_t *q = &kh_val(aux, k);
- if (kh_size(q->best_hash) >= max)
- kh_clear(pos, q->best_hash);
- }
- }
-}
-
-static inline int sum_qual(const bam1_t *b)
-{
- int i, q;
- uint8_t *qual = bam1_qual(b);
- for (i = q = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) q += qual[i];
- return q;
-}
-
-void bam_rmdup_core(samfile_t *in, samfile_t *out)
-{
- bam1_t *b;
- int last_tid = -1, last_pos = -1;
- tmp_stack_t stack;
- khint_t k;
- khash_t(lib) *aux;
- khash_t(name) *del_set;
-
- aux = kh_init(lib);
- del_set = kh_init(name);
- b = bam_init1();
- memset(&stack, 0, sizeof(tmp_stack_t));
-
- kh_resize(name, del_set, 4 * BUFFER_SIZE);
- while (samread(in, b) >= 0) {
- bam1_core_t *c = &b->core;
- if (c->tid != last_tid || last_pos != c->pos) {
- dump_best(&stack, out); // write the result
- clear_best(aux, BUFFER_SIZE);
- if (c->tid != last_tid) {
- clear_best(aux, 0);
- if (kh_size(del_set)) { // check
- fprintf(stderr, "[bam_rmdup_core] %llu unmatched pairs\n", (long long)kh_size(del_set));
- clear_del_set(del_set);
- }
- if ((int)c->tid == -1) { // append unmapped reads
- samwrite(out, b);
- while (samread(in, b) >= 0) samwrite(out, b);
- break;
- }
- last_tid = c->tid;
- fprintf(stderr, "[bam_rmdup_core] processing reference %s...\n", in->header->target_name[c->tid]);
- }
- }
- if (!(c->flag&BAM_FPAIRED) || (c->flag&(BAM_FUNMAP|BAM_FMUNMAP)) || (c->mtid >= 0 && c->tid != c->mtid)) {
- samwrite(out, b);
- } else if (c->isize > 0) { // paired, head
- uint64_t key = (uint64_t)c->pos<<32 | c->isize;
- const char *lib;
- lib_aux_t *q;
- int ret;
- lib = bam_get_library(in->header, b);
- q = lib? get_aux(aux, lib) : get_aux(aux, "\t");
- ++q->n_checked;
- k = kh_put(pos, q->best_hash, key, &ret);
- if (ret == 0) { // found in best_hash
- bam1_t *p = kh_val(q->best_hash, k);
- ++q->n_removed;
- if (sum_qual(p) < sum_qual(b)) { // the current alignment is better; this can be accelerated in principle
- kh_put(name, del_set, strdup(bam1_qname(p)), &ret); // p will be removed
- bam_copy1(p, b); // replaced as b
- } else kh_put(name, del_set, strdup(bam1_qname(b)), &ret); // b will be removed
- if (ret == 0)
- fprintf(stderr, "[bam_rmdup_core] inconsistent BAM file for pair '%s'. Continue anyway.\n", bam1_qname(b));
- } else { // not found in best_hash
- kh_val(q->best_hash, k) = bam_dup1(b);
- stack_insert(&stack, kh_val(q->best_hash, k));
- }
- } else { // paired, tail
- k = kh_get(name, del_set, bam1_qname(b));
- if (k != kh_end(del_set)) {
- free((char*)kh_key(del_set, k));
- kh_del(name, del_set, k);
- } else samwrite(out, b);
- }
- last_pos = c->pos;
- }
-
- for (k = kh_begin(aux); k != kh_end(aux); ++k) {
- if (kh_exist(aux, k)) {
- lib_aux_t *q = &kh_val(aux, k);
- dump_best(&stack, out);
- fprintf(stderr, "[bam_rmdup_core] %lld / %lld = %.4lf in library '%s'\n", (long long)q->n_removed,
- (long long)q->n_checked, (double)q->n_removed/q->n_checked, kh_key(aux, k));
- kh_destroy(pos, q->best_hash);
- free((char*)kh_key(aux, k));
- }
- }
- kh_destroy(lib, aux);
-
- clear_del_set(del_set);
- kh_destroy(name, del_set);
- free(stack.a);
- bam_destroy1(b);
-}
-
-void bam_rmdupse_core(samfile_t *in, samfile_t *out, int force_se);
-
-int bam_rmdup(int argc, char *argv[])
-{
- int c, is_se = 0, force_se = 0;
- samfile_t *in, *out;
- while ((c = getopt(argc, argv, "sS")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 's': is_se = 1; break;
- case 'S': force_se = is_se = 1; break;
- }
- }
- if (optind + 2 > argc) {
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools rmdup [-sS] <input.srt.bam> <output.bam>\n\n");
- fprintf(stderr, "Option: -s rmdup for SE reads\n");
- fprintf(stderr, " -S treat PE reads as SE in rmdup (force -s)\n\n");
- return 1;
- }
- in = samopen(argv[optind], "rb", 0);
- out = samopen(argv[optind+1], "wb", in->header);
- if (in == 0 || out == 0) {
- fprintf(stderr, "[bam_rmdup] fail to read/write input files\n");
- return 1;
- }
- if (is_se) bam_rmdupse_core(in, out, force_se);
- else bam_rmdup_core(in, out);
- samclose(in); samclose(out);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bam_rmdupse.c b/samtools/bam_rmdupse.c
deleted file mode 100644
index 34cb9c3..0000000
--- a/samtools/bam_rmdupse.c
+++ /dev/null
@@ -1,184 +0,0 @@
-/* bam_rmdupse.c -- duplicate read detection for unpaired reads.
-
- Copyright (C) 2009 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2009 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <math.h>
-#include "sam.h"
-#include "htslib/khash.h"
-#include "htslib/klist.h"
-
-#define QUEUE_CLEAR_SIZE 0x100000
-#define MAX_POS 0x7fffffff
-
-typedef struct {
- int endpos;
- uint32_t score:31, discarded:1;
- bam1_t *b;
-} elem_t, *elem_p;
-#define __free_elem(p) bam_destroy1((p)->data.b)
-KLIST_INIT(q, elem_t, __free_elem)
-typedef klist_t(q) queue_t;
-
-KHASH_MAP_INIT_INT(best, elem_p)
-typedef khash_t(best) besthash_t;
-
-typedef struct {
- uint64_t n_checked, n_removed;
- besthash_t *left, *rght;
-} lib_aux_t;
-KHASH_MAP_INIT_STR(lib, lib_aux_t)
-
-static lib_aux_t *get_aux(khash_t(lib) *aux, const char *lib)
-{
- khint_t k = kh_get(lib, aux, lib);
- if (k == kh_end(aux)) {
- int ret;
- char *p = strdup(lib);
- lib_aux_t *q;
- k = kh_put(lib, aux, p, &ret);
- q = &kh_val(aux, k);
- q->left = kh_init(best);
- q->rght = kh_init(best);
- q->n_checked = q->n_removed = 0;
- return q;
- } else return &kh_val(aux, k);
-}
-
-static inline int sum_qual(const bam1_t *b)
-{
- int i, q;
- uint8_t *qual = bam1_qual(b);
- for (i = q = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) q += qual[i];
- return q;
-}
-
-static inline elem_t *push_queue(queue_t *queue, const bam1_t *b, int endpos, int score)
-{
- elem_t *p = kl_pushp(q, queue);
- p->discarded = 0;
- p->endpos = endpos; p->score = score;
- if (p->b == 0) p->b = bam_init1();
- bam_copy1(p->b, b);
- return p;
-}
-
-static void clear_besthash(besthash_t *h, int32_t pos)
-{
- khint_t k;
- for (k = kh_begin(h); k != kh_end(h); ++k)
- if (kh_exist(h, k) && kh_val(h, k)->endpos <= pos)
- kh_del(best, h, k);
-}
-
-static void dump_alignment(samfile_t *out, queue_t *queue, int32_t pos, khash_t(lib) *h)
-{
- if (queue->size > QUEUE_CLEAR_SIZE || pos == MAX_POS) {
- khint_t k;
- while (1) {
- elem_t *q;
- if (queue->head == queue->tail) break;
- q = &kl_val(queue->head);
- if (q->discarded) {
- q->b->data_len = 0;
- kl_shift(q, queue, 0);
- continue;
- }
- if ((q->b->core.flag&BAM_FREVERSE) && q->endpos > pos) break;
- samwrite(out, q->b);
- q->b->data_len = 0;
- kl_shift(q, queue, 0);
- }
- for (k = kh_begin(h); k != kh_end(h); ++k) {
- if (kh_exist(h, k)) {
- clear_besthash(kh_val(h, k).left, pos);
- clear_besthash(kh_val(h, k).rght, pos);
- }
- }
- }
-}
-
-void bam_rmdupse_core(samfile_t *in, samfile_t *out, int force_se)
-{
- bam1_t *b;
- queue_t *queue;
- khint_t k;
- int last_tid = -2;
- khash_t(lib) *aux;
-
- aux = kh_init(lib);
- b = bam_init1();
- queue = kl_init(q);
- while (samread(in, b) >= 0) {
- bam1_core_t *c = &b->core;
- int endpos = bam_calend(c, bam1_cigar(b));
- int score = sum_qual(b);
-
- if (last_tid != c->tid) {
- if (last_tid >= 0) dump_alignment(out, queue, MAX_POS, aux);
- last_tid = c->tid;
- } else dump_alignment(out, queue, c->pos, aux);
- if ((c->flag&BAM_FUNMAP) || ((c->flag&BAM_FPAIRED) && !force_se)) {
- push_queue(queue, b, endpos, score);
- } else {
- const char *lib;
- lib_aux_t *q;
- besthash_t *h;
- uint32_t key;
- int ret;
- lib = bam_get_library(in->header, b);
- q = lib? get_aux(aux, lib) : get_aux(aux, "\t");
- ++q->n_checked;
- h = (c->flag&BAM_FREVERSE)? q->rght : q->left;
- key = (c->flag&BAM_FREVERSE)? endpos : c->pos;
- k = kh_put(best, h, key, &ret);
- if (ret == 0) { // in the hash table
- elem_t *p = kh_val(h, k);
- ++q->n_removed;
- if (p->score < score) {
- if (c->flag&BAM_FREVERSE) { // mark "discarded" and push the queue
- p->discarded = 1;
- kh_val(h, k) = push_queue(queue, b, endpos, score);
- } else { // replace
- p->score = score; p->endpos = endpos;
- bam_copy1(p->b, b);
- }
- } // otherwise, discard the alignment
- } else kh_val(h, k) = push_queue(queue, b, endpos, score);
- }
- }
- dump_alignment(out, queue, MAX_POS, aux);
-
- for (k = kh_begin(aux); k != kh_end(aux); ++k) {
- if (kh_exist(aux, k)) {
- lib_aux_t *q = &kh_val(aux, k);
- fprintf(stderr, "[bam_rmdupse_core] %lld / %lld = %.4lf in library '%s'\n", (long long)q->n_removed,
- (long long)q->n_checked, (double)q->n_removed/q->n_checked, kh_key(aux, k));
- kh_destroy(best, q->left); kh_destroy(best, q->rght);
- free((char*)kh_key(aux, k));
- }
- }
- kh_destroy(lib, aux);
- bam_destroy1(b);
- kl_destroy(q, queue);
-}
diff --git a/samtools/bam_sort.c b/samtools/bam_sort.c
deleted file mode 100644
index c9c1af3..0000000
--- a/samtools/bam_sort.c
+++ /dev/null
@@ -1,1181 +0,0 @@
-/* bam_sort.c -- sorting and merging.
-
- Copyright (C) 2008-2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2009-2012 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdbool.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <ctype.h>
-#include <errno.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
-#include <regex.h>
-#include <time.h>
-#include <unistd.h>
-#include "htslib/ksort.h"
-#include "htslib/khash.h"
-#include "htslib/klist.h"
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "htslib/sam.h"
-
-#if !defined(__DARWIN_C_LEVEL) || __DARWIN_C_LEVEL < 900000L
-#define NEED_MEMSET_PATTERN4
-#endif
-
-#ifdef NEED_MEMSET_PATTERN4
-void memset_pattern4(void *target, const void *pattern, size_t size) {
- uint32_t* target_iter = target;
- size_t loops = size/4;
- size_t i;
- for (i = 0; i < loops; ++i) {
- memcpy(target_iter, pattern, 4);
- ++target_iter;
- }
- if (size%4 != 0)
- memcpy(target_iter, pattern, size%4);
-}
-#endif
-
-KHASH_INIT(c2c, char*, char*, 1, kh_str_hash_func, kh_str_hash_equal)
-KHASH_MAP_INIT_STR(c2i, int)
-
-#define __free_char(p)
-KLIST_INIT(hdrln, char*, __free_char)
-
-static int g_is_by_qname = 0;
-
-static int strnum_cmp(const char *_a, const char *_b)
-{
- const unsigned char *a = (const unsigned char*)_a, *b = (const unsigned char*)_b;
- const unsigned char *pa = a, *pb = b;
- while (*pa && *pb) {
- if (isdigit(*pa) && isdigit(*pb)) {
- while (*pa == '0') ++pa;
- while (*pb == '0') ++pb;
- while (isdigit(*pa) && isdigit(*pb) && *pa == *pb) ++pa, ++pb;
- if (isdigit(*pa) && isdigit(*pb)) {
- int i = 0;
- while (isdigit(pa[i]) && isdigit(pb[i])) ++i;
- return isdigit(pa[i])? 1 : isdigit(pb[i])? -1 : (int)*pa - (int)*pb;
- } else if (isdigit(*pa)) return 1;
- else if (isdigit(*pb)) return -1;
- else if (pa - a != pb - b) return pa - a < pb - b? 1 : -1;
- } else {
- if (*pa != *pb) return (int)*pa - (int)*pb;
- ++pa; ++pb;
- }
- }
- return *pa? 1 : *pb? -1 : 0;
-}
-
-#define HEAP_EMPTY UINT64_MAX
-
-typedef struct {
- int i;
- uint64_t pos, idx;
- bam1_t *b;
-} heap1_t;
-
-#define __pos_cmp(a, b) ((a).pos > (b).pos || ((a).pos == (b).pos && ((a).i > (b).i || ((a).i == (b).i && (a).idx > (b).idx))))
-
-// Function to compare reads in the heap and determine which one is < the other
-static inline int heap_lt(const heap1_t a, const heap1_t b)
-{
- if (g_is_by_qname) {
- int t;
- if (a.b == NULL || b.b == NULL) return a.b == NULL? 1 : 0;
- t = strnum_cmp(bam_get_qname(a.b), bam_get_qname(b.b));
- return (t > 0 || (t == 0 && (a.b->core.flag&0xc0) > (b.b->core.flag&0xc0)));
- } else return __pos_cmp(a, b);
-}
-
-KSORT_INIT(heap, heap1_t, heap_lt)
-
-typedef struct trans_tbl {
- int32_t n_targets;
- int* tid_trans;
- kh_c2c_t* rg_trans;
- kh_c2c_t* pg_trans;
- bool lost_coord_sort;
-} trans_tbl_t;
-
-static void trans_tbl_destroy(trans_tbl_t *tbl) {
- free(tbl->tid_trans);
- khiter_t iter;
- for (iter = kh_begin(tbl->rg_trans); iter != kh_end(tbl->rg_trans); ++iter) {
- if (kh_exist(tbl->rg_trans, iter)) {
- free(kh_value(tbl->rg_trans, iter));
- free(kh_key(tbl->rg_trans, iter));
- }
- }
- for (iter = kh_begin(tbl->pg_trans); iter != kh_end(tbl->pg_trans); ++iter) {
- if (kh_exist(tbl->pg_trans, iter)) {
- free(kh_value(tbl->pg_trans, iter));
- free(kh_key(tbl->pg_trans, iter));
- }
- }
-
- kh_destroy(c2c,tbl->rg_trans);
- kh_destroy(c2c,tbl->pg_trans);
-}
-
-// Takes in existing header and rewrites it in the usual order HD, SQ, RG, PG CO, other
-static void pretty_header(char** text_in_out, int32_t text_len)
-{
- char* output, *output_pointer;
- output = output_pointer = (char*)calloc(1,text_len+1);
- output[text_len] = '\0';
-
- // Read @HD and write
- regex_t hd_regex, sq_regex, pg_regex, rg_regex, co_regex, other_regex;
- regmatch_t matches[1];
- if (regcomp( &hd_regex, "^@HD.*$", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE ))
- abort();
- if (regexec( &hd_regex, *text_in_out, 1, &matches[0], 0 ) == 0) {
- size_t match_size = matches[0].rm_eo - matches[0].rm_so;
- memcpy(output_pointer, *text_in_out+matches[0].rm_so, match_size);
- output_pointer[match_size] = '\n';
- output_pointer += match_size + 1;
- }
- regfree(&hd_regex);
-
- // Read @SQ's and write
- if (regcomp( &sq_regex, "^@SQ.*$", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE )) abort();
- char* sq_pointer = *text_in_out;
- while (*text_in_out+text_len > sq_pointer && regexec( &sq_regex, sq_pointer, 1, &matches[0], 0) == 0) {
- size_t match_size = matches[0].rm_eo - matches[0].rm_so;
- memcpy(output_pointer, sq_pointer+matches[0].rm_so, match_size);
- output_pointer[match_size] = '\n';
- output_pointer += match_size + 1;
- sq_pointer += matches[0].rm_eo + 1;
- }
- regfree(&sq_regex);
-
- // Read @RG's and write
- if (regcomp( &rg_regex, "^@RG.*$", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE )) abort();
- char* rg_pointer = *text_in_out;
- while (*text_in_out+text_len > rg_pointer && regexec( &rg_regex, rg_pointer, 1, &matches[0], 0) == 0) {
- size_t match_size = matches[0].rm_eo - matches[0].rm_so;
- memcpy(output_pointer, rg_pointer+matches[0].rm_so, match_size);
- output_pointer[match_size] = '\n';
- output_pointer += match_size + 1;
- rg_pointer += matches[0].rm_eo + 1;
- }
- regfree(&rg_regex);
-
- // Read @PG's and write
- if (regcomp( &pg_regex, "^@PG.*$", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE )) abort();
- char* pg_pointer = *text_in_out;
- while (*text_in_out+text_len > pg_pointer && regexec( &pg_regex, pg_pointer, 1, &matches[0], 0) == 0) {
- size_t match_size = matches[0].rm_eo - matches[0].rm_so;
- memcpy(output_pointer, pg_pointer+matches[0].rm_so, match_size);
- output_pointer[match_size] = '\n';
- output_pointer += match_size + 1;
- pg_pointer += matches[0].rm_eo + 1;
- }
- regfree(&pg_regex);
-
- // Read @CO's and write
- if (regcomp( &co_regex, "^@CO.*$", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE )) abort();
- char* co_pointer = *text_in_out;
- while (*text_in_out+text_len > co_pointer && regexec( &co_regex, co_pointer, 1, &matches[0], 0) == 0) {
- size_t match_size = matches[0].rm_eo - matches[0].rm_so;
- memcpy(output_pointer, co_pointer+matches[0].rm_so, match_size);
- output_pointer[match_size] = '\n';
- output_pointer += match_size + 1;
- co_pointer += matches[0].rm_eo + 1;
- }
- regfree(&co_regex);
-
- // Read any other not HD,SQ,RG,PG,CO tags and write
- if (regcomp( &other_regex, "^@([^HSCPR]|H[^D]|S[^Q]|[PR][^G]|C[^O]).*$", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE )) abort();
- char* other_pointer = *text_in_out;
- while (*text_in_out+text_len > other_pointer && regexec( &other_regex, other_pointer, 1, &matches[0], 0) == 0) {
- size_t match_size = matches[0].rm_eo - matches[0].rm_so;
- memcpy(output_pointer, other_pointer+matches[0].rm_so, match_size);
- output_pointer[match_size] = '\n';
- output_pointer += match_size + 1;
- other_pointer += matches[0].rm_eo + 1;
- }
- regfree(&other_regex);
-
- // Safety check, make sure we copied it all, if we didn't something is wrong with the header
- if ( output+text_len != output_pointer ) {
- fprintf(stderr, "[pretty_header] invalid header\n");
- exit(1);
- }
- free(*text_in_out);
- *text_in_out = output;
-}
-
-static void trans_tbl_init(bam_hdr_t* out, bam_hdr_t* translate, trans_tbl_t* tbl, bool merge_rg, bool merge_pg)
-{
- // No need to translate header into itself
- if (out == translate) { merge_rg = merge_pg = true; }
-
- tbl->n_targets = translate->n_targets;
- tbl->tid_trans = (int*)calloc(translate->n_targets, sizeof(int));
- tbl->rg_trans = kh_init(c2c);
- tbl->pg_trans = kh_init(c2c);
- if (!tbl->tid_trans || !tbl->rg_trans || !tbl->pg_trans) { perror("out of memory"); exit(-1); }
-
- int32_t out_len = out->l_text;
- while (out_len > 0 && out->text[out_len-1] == '\n') {--out_len; } // strip trailing \n's
- kstring_t out_text = { 0, 0, NULL };
- kputsn(out->text, out_len, &out_text);
-
- int i, min_tid = -1;
- tbl->lost_coord_sort = false;
-
- khash_t(c2i) *out_tid = kh_init(c2i);
- for (i = 0; i < out->n_targets; ++i) {
- int ret;
- khiter_t iter = kh_put(c2i, out_tid, out->target_name[i], &ret);
- if (ret <= 0) abort();
- kh_value(out_tid, iter) = i;
- }
-
- for (i = 0; i < translate->n_targets; ++i) {
- khiter_t iter = kh_get(c2i, out_tid, translate->target_name[i]);
-
- if (iter == kh_end(out_tid)) { // Append missing entries to out
- tbl->tid_trans[i] = out->n_targets++;
- out->target_name = (char**)realloc(out->target_name, sizeof(char*)*out->n_targets);
- out->target_name[out->n_targets-1] = strdup(translate->target_name[i]);
- out->target_len = (uint32_t*)realloc(out->target_len, sizeof(uint32_t)*out->n_targets);
- out->target_len[out->n_targets-1] = translate->target_len[i];
- // grep line with regex '^@SQ.*\tSN:%s(\t.*$|$)', translate->target_name[i]
- // from translate->text
- regex_t sq_id;
- regmatch_t* matches = (regmatch_t*)calloc(2, sizeof(regmatch_t));
- if (matches == NULL) { perror("out of memory"); exit(-1); }
- kstring_t seq_regex = { 0, 0, NULL };
- ksprintf(&seq_regex, "^@SQ.*\tSN:%s(\t.*$|$)", translate->target_name[i]);
- regcomp(&sq_id, seq_regex.s, REG_EXTENDED|REG_NEWLINE);
- free(seq_regex.s);
- if (regexec(&sq_id, translate->text, 1, matches, 0) != 0)
- {
- fprintf(stderr, "[trans_tbl_init] @SQ SN (%s) found in binary header but not text header.\n",translate->target_name[i]);
- exit(1);
- }
- regfree(&sq_id);
-
- // Produce our output line and append it to out_text
- kputc('\n', &out_text);
- kputsn(translate->text+matches[0].rm_so, matches[0].rm_eo-matches[0].rm_so, &out_text);
-
- free(matches);
- } else {
- tbl->tid_trans[i] = kh_value(out_tid, iter);
- }
- if (tbl->tid_trans[i] > min_tid) {
- min_tid = tbl->tid_trans[i];
- } else {
- tbl->lost_coord_sort = true;
- }
- }
- kh_destroy(c2i, out_tid);
-
- // grep @RG id's
- regex_t rg_id;
- regmatch_t* matches = (regmatch_t*)calloc(2, sizeof(regmatch_t));
- if (matches == NULL) { perror("out of memory"); exit(-1); }
- regcomp(&rg_id, "^@RG.*\tID:([!-)+-<>-~][ !-~]*)(\t.*$|$)", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE);
- char* text = translate->text;
- klist_t(hdrln) *rg_list = kl_init(hdrln);
- while(1) { // foreach rg id in translate's header
- if (regexec(&rg_id, text, 2, matches, 0) != 0) break;
- // matches[0] is the whole @RG line; matches[1] is the ID field value
- kstring_t match_id = { 0, 0, NULL };
- kputsn(text+matches[1].rm_so, matches[1].rm_eo-matches[1].rm_so, &match_id);
-
- // is our matched ID in our output list already
- regex_t rg_id_search;
- kstring_t rg_regex = { 0, 0, NULL };
- ksprintf(&rg_regex, "^@RG.*\tID:%s(\t.*$|$)", match_id.s);
- regcomp(&rg_id_search, rg_regex.s, REG_EXTENDED|REG_NEWLINE|REG_NOSUB);
- free(rg_regex.s);
- kstring_t transformed_id = { 0, 0, NULL };
- bool transformed_equals_match;
- if (regexec(&rg_id_search, out->text, 0, NULL, 0) != 0 || merge_rg) {
- // Not in there so can add it as 1-1 mapping
- kputs(match_id.s, &transformed_id);
- transformed_equals_match = true;
- } else {
- // It's in there so we need to transform it by appending random number to id
- ksprintf(&transformed_id, "%s-%0lX", match_id.s, lrand48());
- transformed_equals_match = false;
- }
- regfree(&rg_id_search);
-
- // Insert it into our translation map
- int in_there = 0;
- khiter_t iter = kh_put(c2c, tbl->rg_trans, ks_release(&match_id), &in_there);
- char *transformed_id_s = ks_release(&transformed_id);
- kh_value(tbl->rg_trans,iter) = transformed_id_s;
- // take matched line and replace ID with transformed_id
- kstring_t transformed_line = { 0, 0, NULL };
- if (transformed_equals_match) {
- kputsn(text+matches[0].rm_so, matches[0].rm_eo-matches[0].rm_so, &transformed_line);
- } else {
- kputsn(text+matches[0].rm_so, matches[1].rm_so-matches[0].rm_so, &transformed_line);
- kputs(transformed_id_s, &transformed_line);
- kputsn(text+matches[1].rm_eo, matches[0].rm_eo-matches[1].rm_eo, &transformed_line);
- }
-
- if (!(transformed_equals_match && merge_rg)) {
- // append line to linked list for PG processing
- char** ln = kl_pushp(hdrln, rg_list);
- *ln = ks_release(&transformed_line); // Give away to linked list
- }
- else free(transformed_line.s);
-
- text += matches[0].rm_eo; // next!
- }
- regfree(&rg_id);
-
- // Do same for PG id's
- regex_t pg_id;
- regcomp(&pg_id, "^@PG.*\tID:([!-)+-<>-~][ !-~]*)(\t.*$|$)", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE);
- text = translate->text;
- klist_t(hdrln) *pg_list = kl_init(hdrln);
- while(1) { // foreach pg id in translate's header
- if (regexec(&pg_id, text, 2, matches, 0) != 0) break;
- kstring_t match_id = { 0, 0, NULL };
- kputsn(text+matches[1].rm_so, matches[1].rm_eo-matches[1].rm_so, &match_id);
-
- // is our matched ID in our output list already
- regex_t pg_id_search;
- kstring_t pg_regex = { 0, 0, NULL };
- ksprintf(&pg_regex, "^@PG.*\tID:%s(\t.*$|$)", match_id.s);
- regcomp(&pg_id_search, pg_regex.s, REG_EXTENDED|REG_NEWLINE|REG_NOSUB);
- free(pg_regex.s);
- kstring_t transformed_id = { 0, 0, NULL };
- bool transformed_equals_match;
- if (regexec(&pg_id_search, out->text, 0, NULL, 0) != 0 || merge_pg) {
- // Not in there so can add it as 1-1 mapping
- kputs(match_id.s, &transformed_id);
- transformed_equals_match = true;
- } else {
- // It's in there so we need to transform it by appending random number to id
- ksprintf(&transformed_id, "%s-%0lX", match_id.s, lrand48());
- transformed_equals_match = false;
- }
- regfree(&pg_id_search);
-
- // Insert it into our translation map
- int in_there = 0;
- khiter_t iter = kh_put(c2c, tbl->pg_trans, ks_release(&match_id), &in_there);
- char *transformed_id_s = ks_release(&transformed_id);
- kh_value(tbl->pg_trans,iter) = transformed_id_s;
- // take matched line and replace ID with transformed_id
- kstring_t transformed_line = { 0, 0, NULL };
- if (transformed_equals_match) {
- kputsn(text+matches[0].rm_so, matches[0].rm_eo-matches[0].rm_so, &transformed_line);
- } else {
- kputsn(text+matches[0].rm_so, matches[1].rm_so-matches[0].rm_so, &transformed_line);
- kputs(transformed_id_s, &transformed_line);
- kputsn(text+matches[1].rm_eo, matches[0].rm_eo-matches[1].rm_eo, &transformed_line);
- }
-
- if (!(transformed_equals_match && merge_pg)) {
- // append line to linked list for PP processing
- char** ln = kl_pushp(hdrln, pg_list);
- *ln = ks_release(&transformed_line); // Give away to linked list
- }
- else free(transformed_line.s);
- text += matches[0].rm_eo; // next!
- }
- regfree(&pg_id);
- // need to translate PP's on the fly in second pass because they may not be in correct order and need complete tbl->pg_trans to do this
- // for each line {
- // with ID replaced with tranformed_id and PP's transformed using the translation table
- // }
- regex_t pg_pp;
- regcomp(&pg_pp, "^@PG.*\tPP:([!-)+-<>-~][!-~]*)(\t.*$|$)", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE);
- kliter_t(hdrln) *iter = kl_begin(pg_list);
- while (iter != kl_end(pg_list)) {
- char* data = kl_val(iter);
-
- kstring_t transformed_line = { 0, 0, NULL };
- // Find PP tag
- if (regexec(&pg_pp, data, 2, matches, 0) == 0) {
- // Lookup in hash table
- kstring_t pp_id = { 0, 0, NULL };
- kputsn(data+matches[1].rm_so, matches[1].rm_eo-matches[1].rm_so, &pp_id);
-
- khiter_t k = kh_get(c2c, tbl->pg_trans, pp_id.s);
- free(pp_id.s);
- char* transformed_id = kh_value(tbl->pg_trans,k);
- // Replace
- kputsn(data, matches[1].rm_so-matches[0].rm_so, &transformed_line);
- kputs(transformed_id, &transformed_line);
- kputsn(data+matches[1].rm_eo, matches[0].rm_eo-matches[1].rm_eo, &transformed_line);
- } else { kputs(data, &transformed_line); }
- // Produce our output line and append it to out_text
- kputc('\n', &out_text);
- kputsn(transformed_line.s, transformed_line.l, &out_text);
-
- free(transformed_line.s);
- free(data);
- iter = kl_next(iter);
- }
- regfree(&pg_pp);
-
- // Need to also translate @RG PG's on the fly too
- regex_t rg_pg;
- regcomp(&rg_pg, "^@RG.*\tPG:([!-)+-<>-~][!-~]*)(\t.*$|$)", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE);
- kliter_t(hdrln) *rg_iter = kl_begin(rg_list);
- while (rg_iter != kl_end(rg_list)) {
- char* data = kl_val(rg_iter);
-
- kstring_t transformed_line = { 0, 0, NULL };
- // Find PG tag
- if (regexec(&rg_pg, data, 2, matches, 0) == 0) {
- // Lookup in hash table
- kstring_t pg_id = { 0, 0, NULL };
- kputsn(data+matches[1].rm_so, matches[1].rm_eo-matches[1].rm_so, &pg_id);
-
- khiter_t k = kh_get(c2c, tbl->pg_trans, pg_id.s);
- free(pg_id.s);
- char* transformed_id = kh_value(tbl->pg_trans,k);
- // Replace
- kputsn(data, matches[1].rm_so-matches[0].rm_so, &transformed_line);
- kputs(transformed_id, &transformed_line);
- kputsn(data+matches[1].rm_eo, matches[0].rm_eo-matches[1].rm_eo, &transformed_line);
- } else { kputs(data, &transformed_line); }
- // Produce our output line and append it to out_text
- kputc('\n', &out_text);
- kputsn(transformed_line.s, transformed_line.l, &out_text);
-
- free(transformed_line.s);
- free(data);
- rg_iter = kl_next(rg_iter);
- }
-
- regfree(&rg_pg);
- kl_destroy(hdrln,pg_list);
- kl_destroy(hdrln,rg_list);
- free(matches);
-
- // Add trailing \n and write back to header
- free(out->text);
- kputc('\n', &out_text);
- out->l_text = out_text.l;
- out->text = ks_release(&out_text);
-}
-
-static void bam_translate(bam1_t* b, trans_tbl_t* tbl)
-{
- // Update target id if not unmapped tid
- if ( b->core.tid >= 0 ) { b->core.tid = tbl->tid_trans[b->core.tid]; }
- if ( b->core.mtid >= 0 ) { b->core.mtid = tbl->tid_trans[b->core.mtid]; }
-
- // If we have a RG update it
- uint8_t *rg = bam_aux_get(b, "RG");
- if (rg) {
- char* decoded_rg = bam_aux2Z(rg);
- khiter_t k = kh_get(c2c, tbl->rg_trans, decoded_rg);
- if (k != kh_end(tbl->rg_trans)) {
- char* translate_rg = kh_value(tbl->rg_trans,k);
- bam_aux_del(b, rg);
- bam_aux_append(b, "RG", 'Z', strlen(translate_rg) + 1, (uint8_t*)translate_rg);
- } else {
- fprintf(stderr, "[bam_translate] RG tag \"%s\" on read \"%s\" encountered with no corresponding entry in header, tag lost\n",decoded_rg, bam_get_qname(b));
- bam_aux_del(b, rg);
- }
- }
-
- // If we have a PG update it
- uint8_t *pg = bam_aux_get(b, "PG");
- if (pg) {
- char* decoded_pg = bam_aux2Z(pg);
- khiter_t k = kh_get(c2c, tbl->pg_trans, decoded_pg);
- if (k != kh_end(tbl->pg_trans)) {
- char* translate_pg = kh_value(tbl->pg_trans,k);
- bam_aux_del(b, pg);
- bam_aux_append(b, "PG", 'Z', strlen(translate_pg) + 1, (uint8_t*)translate_pg);
- } else {
- fprintf(stderr, "[bam_translate] PG tag \"%s\" on read \"%s\" encountered with no corresponding entry in header, tag lost\n",decoded_pg, bam_get_qname(b));
- bam_aux_del(b, pg);
- }
- }
-}
-
-int* rtrans_build(int n, int n_targets, trans_tbl_t* translation_tbl)
-{
- // Create reverse translation table for tids
- int* rtrans = (int*)malloc(sizeof(int32_t)*n*n_targets);
- const int32_t NOTID = INT32_MIN;
- memset_pattern4((void*)rtrans, &NOTID, sizeof(int32_t)*n*n_targets);
- int i;
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- int j;
- for (j = 0; j < (translation_tbl+i)->n_targets; ++j) {
- if ((translation_tbl+i)->tid_trans[j] != -1) {
- rtrans[i*n_targets + (translation_tbl+i)->tid_trans[j]] = j;
- }
- }
- }
-
- return rtrans;
-}
-
-#define MERGE_RG 1 // Attach RG tag based on filename
-#define MERGE_UNCOMP 2 // Generate uncompressed BAM
-#define MERGE_LEVEL1 4 // Compress the BAM at level 1 (fast) mode
-#define MERGE_FORCE 8 // Overwrite output BAM if it exists
-#define MERGE_COMBINE_RG 16 // Combine RG tags frather than redefining them
-#define MERGE_COMBINE_PG 32 // Combine PG tags frather than redefining them
-
-/*
- * How merging is handled
- *
- * If a hheader is defined use we will use that as our output header
- * otherwise we use the first header from the first input file.
- *
- * Now go through each file and create a translation table for that file for:
- * -RG
- * -tid
- * -PG tags
- *
- * Then whenever we read a record from a bam we translate that read before
- * stashing it in the hash.
- *
- * In the actual merge, a read is read from each input file, translated and
- * stashed in the hash. This assumes that all input files are sorted in the
- * same way. Next we just extract the next position ordered read from the
- * hash, and replace it if there are still reads left in it's source input
- * file. Finally we write our chosen read it to the output file.
- */
-
-/*!
- @abstract Merge multiple sorted BAM.
- @param is_by_qname whether to sort by query name
- @param out output BAM file name
- @param mode sam_open() mode to be used to create the final output file
- (overrides level settings from UNCOMP and LEVEL1 flags)
- @param headers name of SAM file from which to copy '@' header lines,
- or NULL to copy them from the first file to be merged
- @param n number of files to be merged
- @param fn names of files to be merged
- @param flag flags that control how the merge is undertaken
- @param reg region to merge
- @param n_threads number of threads to use (passed to htslib)
- @discussion Padding information may NOT correctly maintained. This
- function is NOT thread safe.
- */
-int bam_merge_core2(int by_qname, const char *out, const char *mode, const char *headers, int n, char * const *fn, int flag, const char *reg, int n_threads)
-{
- samFile *fpout, **fp;
- heap1_t *heap;
- bam_hdr_t *hout = NULL;
- int i, j, *RG_len = NULL;
- uint64_t idx = 0;
- char **RG = NULL;
- hts_itr_t **iter = NULL;
- trans_tbl_t *translation_tbl = NULL;
-
- // Is there a specified pre-prepared header to use for output?
- if (headers) {
- samFile* fpheaders = sam_open(headers, "r");
- if (fpheaders == NULL) {
- const char *message = strerror(errno);
- fprintf(stderr, "[bam_merge_core] cannot open '%s': %s\n", headers, message);
- return -1;
- }
- hout = sam_hdr_read(fpheaders);
- sam_close(fpheaders);
- }
-
- g_is_by_qname = by_qname;
- fp = (samFile**)calloc(n, sizeof(samFile*));
- heap = (heap1_t*)calloc(n, sizeof(heap1_t));
- iter = (hts_itr_t**)calloc(n, sizeof(hts_itr_t*));
- translation_tbl = (trans_tbl_t*)calloc(n, sizeof(trans_tbl_t));
- // prepare RG tag from file names
- if (flag & MERGE_RG) {
- RG = (char**)calloc(n, sizeof(char*));
- RG_len = (int*)calloc(n, sizeof(int));
- for (i = 0; i != n; ++i) {
- int l = strlen(fn[i]);
- const char *s = fn[i];
- if (l > 4 && strcmp(s + l - 4, ".bam") == 0) l -= 4;
- for (j = l - 1; j >= 0; --j) if (s[j] == '/') break;
- ++j; l -= j;
- RG[i] = (char*)calloc(l + 1, 1);
- RG_len[i] = l;
- strncpy(RG[i], s + j, l);
- }
- }
- // open and read the header from each file
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- bam_hdr_t *hin;
- fp[i] = sam_open(fn[i], "r");
- if (fp[i] == NULL) {
- int j;
- fprintf(stderr, "[bam_merge_core] fail to open file %s\n", fn[i]);
- for (j = 0; j < i; ++j) sam_close(fp[j]);
- free(fp); free(heap);
- // FIXME: possible memory leak
- return -1;
- }
- hin = sam_hdr_read(fp[i]);
- if (hout == NULL) hout = hin;
- trans_tbl_init(hout, hin, translation_tbl+i, flag & MERGE_COMBINE_RG, flag & MERGE_COMBINE_PG);
- if (hin != hout) bam_hdr_destroy(hin);
- if ((translation_tbl+i)->lost_coord_sort && !by_qname) {
- fprintf(stderr, "[bam_merge_core] Order of targets in file %s caused coordinate sort to be lost\n", fn[i]);
- }
- }
-
- // Transform the header into standard form
- pretty_header(&hout->text,hout->l_text);
-
- // If we're only merging a specified region move our iters to start at that point
- if (reg) {
- int* rtrans = rtrans_build(n, hout->n_targets, translation_tbl);
-
- int tid, beg, end;
- const char *name_lim = hts_parse_reg(reg, &beg, &end);
- char *name = malloc(name_lim - reg + 1);
- memcpy(name, reg, name_lim - reg);
- name[name_lim - reg] = '\0';
- tid = bam_name2id(hout, name);
- free(name);
- if (tid < 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] Malformated region string or undefined reference name\n", __func__);
- return -1;
- }
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- hts_idx_t *idx = sam_index_load(fp[i], fn[i]);
- // (rtrans[i*n+tid]) Look up what hout tid translates to in input tid space
- int mapped_tid = rtrans[i*hout->n_targets+tid];
- if (mapped_tid != INT32_MIN) {
- iter[i] = sam_itr_queryi(idx, mapped_tid, beg, end);
- } else {
- iter[i] = sam_itr_queryi(idx, HTS_IDX_NONE, 0, 0);
- }
- hts_idx_destroy(idx);
- }
- free(rtrans);
- } else {
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- iter[i] = sam_itr_queryi(NULL, HTS_IDX_REST, 0, 0);
- if (iter[i] == NULL) {
- fprintf(stderr, "[%s] Memory allocation failed\n", __func__);
- return -1;
- }
- }
- }
-
- // Load the first read from each file into the heap
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- heap1_t *h = heap + i;
- h->i = i;
- h->b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
- if (sam_itr_next(fp[i], iter[i], h->b) >= 0) {
- bam_translate(h->b, translation_tbl + i);
- h->pos = ((uint64_t)h->b->core.tid<<32) | (uint32_t)((int32_t)h->b->core.pos+1)<<1 | bam_is_rev(h->b);
- h->idx = idx++;
- }
- else {
- h->pos = HEAP_EMPTY;
- }
- }
-
- // Open output file and write header
- if ((fpout = sam_open(out, mode)) == 0) {
- fprintf(stderr, "[%s] fail to create the output file.\n", __func__);
- return -1;
- }
- sam_hdr_write(fpout, hout);
- if (!(flag & MERGE_UNCOMP)) hts_set_threads(fpout, n_threads);
-
- // Begin the actual merge
- ks_heapmake(heap, n, heap);
- while (heap->pos != HEAP_EMPTY) {
- bam1_t *b = heap->b;
- if (flag & MERGE_RG) {
- uint8_t *rg = bam_aux_get(b, "RG");
- if (rg) bam_aux_del(b, rg);
- bam_aux_append(b, "RG", 'Z', RG_len[heap->i] + 1, (uint8_t*)RG[heap->i]);
- }
- sam_write1(fpout, hout, b);
- if ((j = sam_itr_next(fp[heap->i], iter[heap->i], b)) >= 0) {
- bam_translate(b, translation_tbl + heap->i);
- heap->pos = ((uint64_t)b->core.tid<<32) | (uint32_t)((int)b->core.pos+1)<<1 | bam_is_rev(b);
- heap->idx = idx++;
- } else if (j == -1) {
- heap->pos = HEAP_EMPTY;
- free(heap->b->data); free(heap->b);
- heap->b = NULL;
- } else fprintf(stderr, "[bam_merge_core] '%s' is truncated. Continue anyway.\n", fn[heap->i]);
- ks_heapadjust(heap, 0, n, heap);
- }
-
- // Clean up and close
- if (flag & MERGE_RG) {
- for (i = 0; i != n; ++i) free(RG[i]);
- free(RG); free(RG_len);
- }
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- trans_tbl_destroy(translation_tbl + i);
- hts_itr_destroy(iter[i]);
- sam_close(fp[i]);
- }
- bam_hdr_destroy(hout);
- sam_close(fpout);
- free(translation_tbl); free(fp); free(heap); free(iter);
- return 0;
-}
-
-int bam_merge_core(int by_qname, const char *out, const char *headers, int n, char * const *fn, int flag, const char *reg)
-{
- char mode[12];
- strcpy(mode, "wb");
- if (flag & MERGE_UNCOMP) strcat(mode, "0");
- else if (flag & MERGE_LEVEL1) strcat(mode, "1");
- return bam_merge_core2(by_qname, out, mode, headers, n, fn, flag, reg, 0);
-}
-
-static void merge_usage(FILE *to)
-{
- fprintf(to, "Usage: samtools merge [-nurlf] [-h inh.sam] [-b <bamlist.fofn>] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam> [<in3.bam> ... <inN.bam>]\n\n");
- fprintf(to, "Options: -n sort by read names\n");
- fprintf(to, " -r attach RG tag (inferred from file names)\n");
- fprintf(to, " -u uncompressed BAM output\n");
- fprintf(to, " -f overwrite the output BAM if exist\n");
- fprintf(to, " -1 compress level 1\n");
- fprintf(to, " -l INT compression level, from 0 to 9 [-1]\n");
- fprintf(to, " -@ INT number of BAM compression threads [0]\n");
- fprintf(to, " -R STR merge file in the specified region STR [all]\n");
- fprintf(to, " -h FILE copy the header in FILE to <out.bam> [in1.bam]\n");
- fprintf(to, " -c combine RG tags with colliding IDs rather than amending them\n");
- fprintf(to, " -p combine PG tags with colliding IDs rather than amending them\n");
- fprintf(to, " -s VALUE override random seed\n");
- fprintf(to, " -b FILE list of input BAM filenames, one per line [null]\n\n");
-}
-
-int bam_merge(int argc, char *argv[])
-{
- int c, is_by_qname = 0, flag = 0, ret = 0, n_threads = 0, level = -1;
- char *fn_headers = NULL, *reg = NULL, mode[12];
- long random_seed = (long)time(NULL);
- char** fn = NULL;
- int fn_size = 0;
-
- if (argc == 1) {
- merge_usage(stdout);
- return 0;
- }
-
- while ((c = getopt(argc, argv, "h:nru1R:f@:l:cps:b:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'r': flag |= MERGE_RG; break;
- case 'f': flag |= MERGE_FORCE; break;
- case 'h': fn_headers = strdup(optarg); break;
- case 'n': is_by_qname = 1; break;
- case '1': flag |= MERGE_LEVEL1; level = 1; break;
- case 'u': flag |= MERGE_UNCOMP; level = 0; break;
- case 'R': reg = strdup(optarg); break;
- case 'l': level = atoi(optarg); break;
- case '@': n_threads = atoi(optarg); break;
- case 'c': flag |= MERGE_COMBINE_RG; break;
- case 'p': flag |= MERGE_COMBINE_PG; break;
- case 's': random_seed = atol(optarg); break;
- case 'b': {
- // load the list of files to read
- int nfiles;
- char **fn_read = hts_readlines(optarg, &nfiles);
- if (fn_read) {
- // Append to end of array
- fn = realloc(fn, (fn_size+nfiles) * sizeof(char*));
- if (fn == NULL) { ret = 1; goto end; }
- memcpy(fn+fn_size, fn_read, nfiles * sizeof(char*));
- fn_size += nfiles;
- }
- else {
- fprintf(stderr, "[%s] Invalid file list \"%s\"\n", __func__, optarg);
- ret = 1;
- }
- break;
- }
- }
- }
- if ( argc - optind < 1 ) {
- fprintf(stderr, "You must at least specify the output file.\n");
- merge_usage(stderr);
- return 1;
- }
-
- srand48(random_seed);
- if (!(flag & MERGE_FORCE) && strcmp(argv[optind], "-")) {
- FILE *fp = fopen(argv[optind], "rb");
- if (fp != NULL) {
- fclose(fp);
- fprintf(stderr, "[%s] File '%s' exists. Please apply '-f' to overwrite. Abort.\n", __func__, argv[optind]);
- return 1;
- }
- }
-
- int nargcfiles = argc - (optind+1);
- if (nargcfiles > 0) {
- // Add argc files to end of array
- fn = realloc(fn, (fn_size+nargcfiles) * sizeof(char*));
- if (fn == NULL) { ret = 1; goto end; }
- memcpy(fn+fn_size, argv + (optind+1), nargcfiles * sizeof(char*));
- }
- if (fn_size+nargcfiles < 2) {
- fprintf(stderr, "You must specify at least 2 input files.\n");
- merge_usage(stderr);
- return 1;
- }
- strcpy(mode, "wb");
- if (level >= 0) sprintf(strchr(mode, '\0'), "%d", level < 9? level : 9);
- if (bam_merge_core2(is_by_qname, argv[optind], mode, fn_headers, fn_size+nargcfiles, fn, flag, reg, n_threads) < 0) ret = 1;
-end:
- if (fn_size > 0) {
- int i;
- for (i=0; i<fn_size; i++) free(fn[i]);
- free(fn);
- }
- free(reg);
- free(fn_headers);
- return ret;
-}
-
-/***************
- * BAM sorting *
- ***************/
-
-#include <pthread.h>
-
-typedef bam1_t *bam1_p;
-
-static int change_SO(bam_hdr_t *h, const char *so)
-{
- char *p, *q, *beg = NULL, *end = NULL, *newtext;
- if (h->l_text > 3) {
- if (strncmp(h->text, "@HD", 3) == 0) {
- if ((p = strchr(h->text, '\n')) == 0) return -1;
- *p = '\0';
- if ((q = strstr(h->text, "\tSO:")) != 0) {
- *p = '\n'; // change back
- if (strncmp(q + 4, so, p - q - 4) != 0) {
- beg = q;
- for (q += 4; *q != '\n' && *q != '\t'; ++q);
- end = q;
- } else return 0; // no need to change
- } else beg = end = p, *p = '\n';
- }
- }
- if (beg == NULL) { // no @HD
- h->l_text += strlen(so) + 15;
- newtext = (char*)malloc(h->l_text + 1);
- sprintf(newtext, "@HD\tVN:1.3\tSO:%s\n", so);
- strcat(newtext, h->text);
- } else { // has @HD but different or no SO
- h->l_text = (beg - h->text) + (4 + strlen(so)) + (h->text + h->l_text - end);
- newtext = (char*)malloc(h->l_text + 1);
- strncpy(newtext, h->text, beg - h->text);
- sprintf(newtext + (beg - h->text), "\tSO:%s", so);
- strcat(newtext, end);
- }
- free(h->text);
- h->text = newtext;
- return 0;
-}
-
-// Function to compare reads and determine which one is < the other
-static inline int bam1_lt(const bam1_p a, const bam1_p b)
-{
- if (g_is_by_qname) {
- int t = strnum_cmp(bam_get_qname(a), bam_get_qname(b));
- return (t < 0 || (t == 0 && (a->core.flag&0xc0) < (b->core.flag&0xc0)));
- } else return (((uint64_t)a->core.tid<<32|(a->core.pos+1)<<1|bam_is_rev(a)) < ((uint64_t)b->core.tid<<32|(b->core.pos+1)<<1|bam_is_rev(b)));
-}
-KSORT_INIT(sort, bam1_p, bam1_lt)
-
-typedef struct {
- size_t buf_len;
- const char *prefix;
- bam1_p *buf;
- const bam_hdr_t *h;
- int index;
-} worker_t;
-
-static void write_buffer(const char *fn, const char *mode, size_t l, bam1_p *buf, const bam_hdr_t *h, int n_threads)
-{
- size_t i;
- samFile* fp;
- fp = sam_open(fn, mode);
- if (fp == NULL) return;
- sam_hdr_write(fp, h);
- if (n_threads > 1) hts_set_threads(fp, n_threads);
- for (i = 0; i < l; ++i)
- sam_write1(fp, h, buf[i]);
- sam_close(fp);
-}
-
-static void *worker(void *data)
-{
- worker_t *w = (worker_t*)data;
- char *name;
- ks_mergesort(sort, w->buf_len, w->buf, 0);
- name = (char*)calloc(strlen(w->prefix) + 20, 1);
- sprintf(name, "%s.%.4d.bam", w->prefix, w->index);
- write_buffer(name, "wb1", w->buf_len, w->buf, w->h, 0);
- free(name);
- return 0;
-}
-
-static int sort_blocks(int n_files, size_t k, bam1_p *buf, const char *prefix, const bam_hdr_t *h, int n_threads)
-{
- int i;
- size_t rest;
- bam1_p *b;
- pthread_t *tid;
- pthread_attr_t attr;
- worker_t *w;
-
- if (n_threads < 1) n_threads = 1;
- if (k < n_threads * 64) n_threads = 1; // use a single thread if we only sort a small batch of records
- pthread_attr_init(&attr);
- pthread_attr_setdetachstate(&attr, PTHREAD_CREATE_JOINABLE);
- w = (worker_t*)calloc(n_threads, sizeof(worker_t));
- tid = (pthread_t*)calloc(n_threads, sizeof(pthread_t));
- b = buf; rest = k;
- for (i = 0; i < n_threads; ++i) {
- w[i].buf_len = rest / (n_threads - i);
- w[i].buf = b;
- w[i].prefix = prefix;
- w[i].h = h;
- w[i].index = n_files + i;
- b += w[i].buf_len; rest -= w[i].buf_len;
- pthread_create(&tid[i], &attr, worker, &w[i]);
- }
- for (i = 0; i < n_threads; ++i) pthread_join(tid[i], 0);
- free(tid); free(w);
- return n_files + n_threads;
-}
-
-/*!
- @abstract Sort an unsorted BAM file based on the chromosome order
- and the leftmost position of an alignment
-
- @param is_by_qname whether to sort by query name
- @param fn name of the file to be sorted
- @param prefix prefix of the temporary files (prefix.NNNN.bam are written)
- @param fnout name of the final output file to be written
- @param modeout sam_open() mode to be used to create the final output file
- @param max_mem approxiate maximum memory (very inaccurate)
- @return 0 for successful sorting, negative on errors
-
- @discussion It may create multiple temporary subalignment files
- and then merge them by calling bam_merge_core(). This function is
- NOT thread safe.
- */
-int bam_sort_core_ext(int is_by_qname, const char *fn, const char *prefix, const char *fnout, const char *modeout, size_t _max_mem, int n_threads)
-{
- int ret, i, n_files = 0;
- size_t mem, max_k, k, max_mem;
- bam_hdr_t *header;
- samFile *fp;
- bam1_t *b, **buf;
-
- if (n_threads < 2) n_threads = 1;
- g_is_by_qname = is_by_qname;
- max_k = k = 0; mem = 0;
- max_mem = _max_mem * n_threads;
- buf = NULL;
- fp = sam_open(fn, "r");
- if (fp == NULL) {
- fprintf(stderr, "[bam_sort_core] fail to open file %s\n", fn);
- return -1;
- }
- header = sam_hdr_read(fp);
- if (is_by_qname) change_SO(header, "queryname");
- else change_SO(header, "coordinate");
- // write sub files
- for (;;) {
- if (k == max_k) {
- size_t old_max = max_k;
- max_k = max_k? max_k<<1 : 0x10000;
- buf = (bam1_t**)realloc(buf, max_k * sizeof(bam1_t*));
- memset(buf + old_max, 0, sizeof(bam1_t*) * (max_k - old_max));
- }
- if (buf[k] == NULL) buf[k] = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
- b = buf[k];
- if ((ret = sam_read1(fp, header, b)) < 0) break;
- if (b->l_data < b->m_data>>2) { // shrink
- b->m_data = b->l_data;
- kroundup32(b->m_data);
- b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
- }
- mem += sizeof(bam1_t) + b->m_data + sizeof(void*) + sizeof(void*); // two sizeof(void*) for the data allocated to pointer arrays
- ++k;
- if (mem >= max_mem) {
- n_files = sort_blocks(n_files, k, buf, prefix, header, n_threads);
- mem = k = 0;
- }
- }
- if (ret != -1)
- fprintf(stderr, "[bam_sort_core] truncated file. Continue anyway.\n");
- // write the final output
- if (n_files == 0) { // a single block
- ks_mergesort(sort, k, buf, 0);
- write_buffer(fnout, modeout, k, buf, header, n_threads);
- } else { // then merge
- char **fns;
- n_files = sort_blocks(n_files, k, buf, prefix, header, n_threads);
- fprintf(stderr, "[bam_sort_core] merging from %d files...\n", n_files);
- fns = (char**)calloc(n_files, sizeof(char*));
- for (i = 0; i < n_files; ++i) {
- fns[i] = (char*)calloc(strlen(prefix) + 20, 1);
- sprintf(fns[i], "%s.%.4d.bam", prefix, i);
- }
- if (bam_merge_core2(is_by_qname, fnout, modeout, NULL, n_files, fns, MERGE_COMBINE_RG|MERGE_COMBINE_PG, NULL, n_threads) < 0) {
- // Propagate bam_merge_core2() failure; it has already emitted a
- // message explaining the failure, so no further message is needed.
- return -1;
- }
- for (i = 0; i < n_files; ++i) {
- unlink(fns[i]);
- free(fns[i]);
- }
- free(fns);
- }
- // free
- for (k = 0; k < max_k; ++k) {
- if (!buf[k]) continue;
- free(buf[k]->data);
- free(buf[k]);
- }
- free(buf);
- bam_hdr_destroy(header);
- sam_close(fp);
- return 0;
-}
-
-int bam_sort_core(int is_by_qname, const char *fn, const char *prefix, size_t max_mem)
-{
- int ret;
- char *fnout = calloc(strlen(prefix) + 4 + 1, 1);
- sprintf(fnout, "%s.bam", prefix);
- ret = bam_sort_core_ext(is_by_qname, fn, prefix, fnout, "wb", max_mem, 0);
- free(fnout);
- return ret;
-}
-
-static int sort_usage(FILE *fp, int status)
-{
- fprintf(fp,
-"Usage: samtools sort [options...] [in.bam]\n"
-"Options:\n"
-" -l INT Set compression level, from 0 (uncompressed) to 9 (best)\n"
-" -m INT Set maximum memory per thread; suffix K/M/G recognized [768M]\n"
-" -n Sort by read name\n"
-" -o FILE Write final output to FILE rather than standard output\n"
-" -O FORMAT Write output as FORMAT ('sam'/'bam'/'cram') (either -O or\n"
-" -T PREFIX Write temporary files to PREFIX.nnnn.bam -T is required)\n"
-" -@ INT Set number of sorting and compression threads [1]\n"
-"\n"
-"Legacy usage: samtools sort [options...] <in.bam> <out.prefix>\n"
-"Options:\n"
-" -f Use <out.prefix> as full final filename rather than prefix\n"
-" -o Write final output to stdout rather than <out.prefix>.bam\n"
-" -l,m,n,@ Similar to corresponding options above\n");
- return status;
-}
-
-int bam_sort(int argc, char *argv[])
-{
- size_t max_mem = 768<<20; // 512MB
- int c, i, modern, nargs, is_by_qname = 0, is_stdout = 0, ret = EXIT_SUCCESS, n_threads = 0, level = -1, full_path = 0;
- char *fnout = "-", *fmtout = NULL, modeout[12], *tmpprefix = NULL;
- kstring_t fnout_buffer = { 0, 0, NULL };
-
- modern = 0;
- for (i = 1; i < argc; ++i)
- if (argv[i][0] == '-' && strpbrk(argv[i], "OT")) { modern = 1; break; }
-
- while ((c = getopt(argc, argv, modern? "l:m:no:O:T:@:" : "fnom:@:l:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'f': full_path = 1; break;
- case 'o': if (modern) fnout = optarg; else is_stdout = 1; break;
- case 'n': is_by_qname = 1; break;
- case 'm': {
- char *q;
- max_mem = strtol(optarg, &q, 0);
- if (*q == 'k' || *q == 'K') max_mem <<= 10;
- else if (*q == 'm' || *q == 'M') max_mem <<= 20;
- else if (*q == 'g' || *q == 'G') max_mem <<= 30;
- break;
- }
- case 'O': fmtout = optarg; break;
- case 'T': tmpprefix = optarg; break;
- case '@': n_threads = atoi(optarg); break;
- case 'l': level = atoi(optarg); break;
- default: return sort_usage(stderr, EXIT_FAILURE);
- }
- }
-
- nargs = argc - optind;
- if (argc == 1)
- return sort_usage(stdout, EXIT_SUCCESS);
- else if (modern? (nargs > 1) : (nargs != 2))
- return sort_usage(stderr, EXIT_FAILURE);
-
- if (!modern) {
- fmtout = "bam";
- if (is_stdout) fnout = "-";
- else if (full_path) fnout = argv[optind+1];
- else {
- ksprintf(&fnout_buffer, "%s.%s", argv[optind+1], fmtout);
- fnout = fnout_buffer.s;
- }
- tmpprefix = argv[optind+1];
- }
-
- strcpy(modeout, "w");
- if (sam_open_mode(&modeout[1], fnout, fmtout) < 0) {
- if (fmtout) fprintf(stderr, "[bam_sort] can't parse output format \"%s\"\n", fmtout);
- else fprintf(stderr, "[bam_sort] can't determine output format\n");
- ret = EXIT_FAILURE;
- goto sort_end;
- }
- if (level >= 0) sprintf(strchr(modeout, '\0'), "%d", level < 9? level : 9);
-
- if (tmpprefix == NULL) {
- fprintf(stderr, "[bam_sort] no prefix specified for temporary files (use -T option)\n");
- ret = EXIT_FAILURE;
- goto sort_end;
- }
-
- if (bam_sort_core_ext(is_by_qname, (nargs > 0)? argv[optind] : "-", tmpprefix, fnout, modeout, max_mem, n_threads) < 0) ret = EXIT_FAILURE;
-
-sort_end:
- free(fnout_buffer.s);
- return ret;
-}
diff --git a/samtools/bam_split.c b/samtools/bam_split.c
deleted file mode 100644
index 1d07f07..0000000
--- a/samtools/bam_split.c
+++ /dev/null
@@ -1,508 +0,0 @@
-/* bam_split.c -- split subcommand.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <htslib/sam.h>
-#include <string.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <stdbool.h>
-#include <limits.h>
-#include <unistd.h>
-#include <regex.h>
-#include <htslib/khash.h>
-#include <htslib/kstring.h>
-
-
-KHASH_MAP_INIT_STR(c2i, int)
-
-struct parsed_opts {
- char* merged_input_name;
- char* unaccounted_header_name;
- char* unaccounted_name;
- char* output_format_string;
- bool verbose;
-};
-
-typedef struct parsed_opts parsed_opts_t;
-
-struct state {
- samFile* merged_input_file;
- bam_hdr_t* merged_input_header;
- samFile* unaccounted_file;
- bam_hdr_t* unaccounted_header;
- size_t output_count;
- char** rg_id;
- samFile** rg_output_file;
- bam_hdr_t** rg_output_header;
- kh_c2i_t* rg_hash;
-};
-
-typedef struct state state_t;
-
-static void cleanup_state(state_t* status);
-static void cleanup_opts(parsed_opts_t* opts);
-
-static void usage(FILE *write_to)
-{
- fprintf(write_to,
-"Usage: samtools split [-u <unaccounted.bam>[:<unaccounted_header.sam>]]\n"
-" [-f <format_string>] [-v] <merged.bam>\n"
-"Options:\n"
-" -f STRING output filename format string [\"%%*_%%#.bam\"]\n"
-" -u FILE1 put reads with no RG tag or an unrecognised RG tag in FILE1\n"
-" -u FILE1:FILE2 ...and override the header with FILE2\n"
-" -v verbose output\n"
-"\n"
-"Format string expansions:\n"
-" %%%% %%\n"
-" %%* basename\n"
-" %%# @RG index\n"
-" %%! @RG ID\n"
- );
-}
-
-// Takes the command line options and turns them into something we can understand
-static parsed_opts_t* parse_args(int argc, char** argv)
-{
- if (argc == 1) { usage(stdout); return NULL; }
-
- const char* optstring = "vf:u:";
- char* delim;
-
- parsed_opts_t* retval = calloc(sizeof(parsed_opts_t), 1);
- if (! retval ) { perror("cannot allocate option parsing memory"); return NULL; }
-
- int opt;
- while ((opt = getopt(argc, argv, optstring)) != -1) {
- switch (opt) {
- case 'f':
- retval->output_format_string = strdup(optarg);
- if (! retval->output_format_string ) { perror("cannot allocate output format string memory"); return NULL; }
- break;
- case 'v':
- retval->verbose = true;
- break;
- case 'u':
- retval->unaccounted_name = strdup(optarg);
- if (! retval->unaccounted_name ) { perror("cannot allocate string memory"); return NULL; }
- if ((delim = strchr(retval->unaccounted_name, ':')) != NULL) {
- *delim = '\0';
- retval->unaccounted_header_name = strdup(delim+1);
- if (! retval->unaccounted_header_name ) { perror("cannot allocate string memory"); return NULL; }
- }
- break;
- default:
- usage(stdout);
- free(retval);
- return NULL;
- }
- }
-
- if (retval->output_format_string == NULL) retval->output_format_string = strdup("%*_%#.bam");
-
- argc -= optind;
- argv += optind;
-
- if (argc != 1) {
- fprintf(stderr, "Invalid number of arguments: %d\n", argc);
- usage(stderr);
- free(retval);
- return NULL;
- }
-
- retval->merged_input_name = strdup(argv[0]);
- if (! retval->merged_input_name ) { perror("cannot allocate string memory"); return NULL; }
-
- return retval;
-}
-
-// Expands a output filename format string
-static char* expand_format_string(const char* format_string, const char* basename, const char* rg_id, const int rg_idx)
-{
- kstring_t str = { 0, 0, NULL };
- const char* pointer = format_string;
- const char* next;
- while ((next = strchr(pointer, '%')) != NULL) {
- kputsn(pointer, next-pointer, &str);
- ++next;
- switch (*next) {
- case '%':
- kputc('%', &str);
- break;
- case '*':
- kputs(basename, &str);
- break;
- case '#':
- kputl(rg_idx, &str);
- break;
- case '!':
- kputs(rg_id, &str);
- break;
- case '\0':
- // Error is: fprintf(stderr, "bad format string, trailing %%\n");
- free(str.s);
- return NULL;
- default:
- // Error is: fprintf(stderr, "bad format string, unknown format specifier\n");
- free(str.s);
- return NULL;
- }
- pointer = next + 1;
- }
- kputs(pointer, &str);
- return ks_release(&str);
-}
-
-// Parse the header, count the number of RG tags and return a list of their names
-static bool count_RG(bam_hdr_t* hdr, size_t* count, char*** output_name)
-{
- if (hdr->l_text < 3 ) {
- *count = 0;
- *output_name = NULL;
- return true;
- }
- kstring_t input = { 0, 0, NULL };
- kputsn(hdr->text, hdr->l_text, &input);
-
- //////////////////////////////////////////
- // First stage count number of @RG tags //
- //////////////////////////////////////////
- char* pointer = ks_str(&input);
- size_t n_rg = 0;
- // Guard against rare case where @RG is first header line
- // This shouldn't happen but could where @HD is omitted
- if (pointer[0] == '@' && pointer[1] == 'R' && pointer[2] == 'G' ) {
- ++n_rg;
- pointer += 3;
- }
- char* line;
- while ((line = strstr(pointer, "\n at RG")) != NULL) {
- ++n_rg;
- pointer = line + 1;
- }
-
- //////////////////////////////////
- // Second stage locate @RG ID's //
- //////////////////////////////////
- char** names = (char**)calloc(sizeof(char*), n_rg);
- size_t next = 0;
-
- regex_t rg_finder;
- if (regcomp(&rg_finder, "^@RG.*\tID:([!-)+-<>-~][ !-~]*)(\t.*$|$)", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE) != 0) {
- free(input.s);
- free(names);
- return false;
- }
- regmatch_t* matches = (regmatch_t*)calloc(sizeof(regmatch_t),2);
- int error;
- char* begin = ks_str(&input);
-
- while ((error = regexec(&rg_finder, begin, 2, matches, 0)) == 0) {
- kstring_t str = { 0, 0, NULL };
- kputsn(begin+matches[1].rm_so, matches[1].rm_eo-matches[1].rm_so, &str);
- names[next++] = ks_release(&str);
- begin += matches[0].rm_eo;
- }
-
- if (error != REG_NOMATCH) {
- // cleanup
- regfree(&rg_finder);
- free(matches);
- free(names);
- free(input.s);
- return false;
- }
- free(matches);
-
- // return results
- *count = n_rg;
- *output_name = names;
- regfree(&rg_finder);
- free(input.s);
- return true;
-}
-
-// Filters a header of @RG lines where ID != id_keep
-// TODO: strip @PG's descended from other RGs and their descendants
-static bool filter_header_rg(bam_hdr_t* hdr, const char* id_keep)
-{
- kstring_t str = {0, 0, NULL};
-
- regex_t rg_finder;
-
- if (regcomp(&rg_finder, "^@RG.*\tID:([!-)+-<>-~][ !-~]*)(\t.*$|$)", REG_EXTENDED|REG_NEWLINE) != 0) {
- return false;
- }
-
- // regex vars
- char* header = hdr->text;
- regmatch_t* matches = (regmatch_t*)calloc(sizeof(regmatch_t),2);
- kstring_t found_id = { 0, 0, NULL };
- int error;
-
- while ((error = regexec(&rg_finder, header, 2, matches, 0)) == 0) {
- kputsn(header, matches[0].rm_so, &str); // copy header up until the found RG line
-
- found_id.l = 0;
- kputsn(header+matches[1].rm_so, matches[1].rm_eo-matches[1].rm_so, &found_id); // extract ID
- // if it matches keep keep it, else we can just ignore it
- if (strcmp(ks_str(&found_id), id_keep) == 0) {
- kputsn(header+matches[0].rm_so, (matches[0].rm_eo+1)-matches[0].rm_so, &str);
- }
- // move pointer forward
- header += matches[0].rm_eo+1;
- }
- // cleanup
- free(found_id.s);
- free(matches);
- regfree(&rg_finder);
- // Did we leave loop because of an error?
- if (error != REG_NOMATCH) {
- return false;
- }
-
- // Write remainder of string
- kputs(header, &str);
-
- // Modify header
- hdr->l_text = ks_len(&str);
- free(hdr->text);
- hdr->text = ks_release(&str);
-
- return true;
-}
-
-// Set the initial state
-static state_t* init(parsed_opts_t* opts)
-{
- state_t* retval = calloc(sizeof(state_t), 1);
- if (!retval) {
- fprintf(stderr, "Out of memory");
- return NULL;
- }
-
- retval->merged_input_file = sam_open(opts->merged_input_name, "rb");
- if (!retval->merged_input_file) {
- fprintf(stderr, "Could not open input file (%s)\n", opts->merged_input_name);
- free(retval);
- return NULL;
- }
- retval->merged_input_header = sam_hdr_read(retval->merged_input_file);
-
- if (opts->unaccounted_name) {
- if (opts->unaccounted_header_name) {
- samFile* hdr_load = sam_open(opts->unaccounted_header_name, "r");
- if (!hdr_load) {
- fprintf(stderr, "Could not open unaccounted header file (%s)\n", opts->unaccounted_header_name);
- cleanup_state(retval);
- return NULL;
- }
- retval->unaccounted_header = sam_hdr_read(hdr_load);
- sam_close(hdr_load);
- } else {
- retval->unaccounted_header = bam_hdr_dup(retval->merged_input_header);
- }
-
- retval->unaccounted_file = sam_open(opts->unaccounted_name, "wb");
- if (retval->unaccounted_file == NULL) {
- fprintf(stderr, "Could not open unaccounted output file: %s\n", opts->unaccounted_name);
- cleanup_state(retval);
- return NULL;
- }
- }
-
- // Open output files for RGs
- if (!count_RG(retval->merged_input_header, &retval->output_count, &retval->rg_id)) return NULL;
- if (opts->verbose) fprintf(stderr, "@RG's found %zu\n",retval->output_count);
-
- retval->rg_output_file = (samFile**)calloc(retval->output_count, sizeof(samFile*));
- retval->rg_output_header = (bam_hdr_t**)calloc(retval->output_count, sizeof(bam_hdr_t*));
- retval->rg_hash = kh_init_c2i();
- if (!retval->rg_output_file || !retval->rg_output_header) {
- fprintf(stderr, "Could not allocate memory for output file array. Out of memory?");
- cleanup_state(retval);
- return NULL;
- }
-
- char* dirsep = strrchr(opts->merged_input_name, '/');
- char* input_base_name = strdup(dirsep? dirsep+1 : opts->merged_input_name);
- if (!input_base_name) {
- fprintf(stderr, "Out of memory\n");
- cleanup_state(retval);
- return NULL;
- }
- char* extension = strrchr(input_base_name, '.');
- if (extension) *extension = '\0';
-
- size_t i;
- for (i = 0; i < retval->output_count; i++) {
- char* output_filename = NULL;
-
- if ( ( output_filename = expand_format_string(opts->output_format_string, input_base_name, retval->rg_id[i], i) ) == NULL) {
- fprintf(stderr, "Error expanding output filename format string.\r\n");
- cleanup_state(retval);
- free(input_base_name);
- return NULL;
- }
-
- retval->rg_output_file[i] = sam_open(output_filename, "wb");
- if (retval->rg_output_file[i] == NULL) {
- fprintf(stderr, "Could not open output file: %s\r\n", output_filename);
- cleanup_state(retval);
- free(input_base_name);
- return NULL;
- }
-
- // Record index in hash
- int ret;
- khiter_t iter = kh_put_c2i(retval->rg_hash, retval->rg_id[i], &ret);
- kh_val(retval->rg_hash,iter) = i;
-
- // Set and edit header
- retval->rg_output_header[i] = bam_hdr_dup(retval->merged_input_header);
- if ( !filter_header_rg(retval->rg_output_header[i], retval->rg_id[i]) ) {
- fprintf(stderr, "Could not rewrite header for file: %s\r\n", output_filename);
- cleanup_state(retval);
- free(output_filename);
- free(input_base_name);
- return NULL;
- }
- free(output_filename);
- }
-
- free(input_base_name);
-
- return retval;
-}
-
-static bool split(state_t* state)
-{
- if (state->unaccounted_file && sam_hdr_write(state->unaccounted_file, state->unaccounted_header) != 0) {
- fprintf(stderr, "Could not write output file header\n");
- return false;
- }
- size_t i;
- for (i = 0; i < state->output_count; i++) {
- if (sam_hdr_write(state->rg_output_file[i], state->rg_output_header[i]) != 0) {
- fprintf(stderr, "Could not write output file header\n");
- return false;
- }
- }
-
- bam1_t* file_read = bam_init1();
- // Read the first record
- if (sam_read1(state->merged_input_file, state->merged_input_header, file_read) < 0) {
- // Nothing more to read? Ignore this file
- bam_destroy1(file_read);
- file_read = NULL;
- }
-
- while (file_read != NULL) {
- // Get RG tag from read and look it up in hash to find file to output it to
- uint8_t* tag = bam_aux_get(file_read, "RG");
- khiter_t iter;
- if ( tag != NULL ) {
- char* rg = bam_aux2Z(tag);
- iter = kh_get_c2i(state->rg_hash, rg);
- } else {
- iter = kh_end(state->rg_hash);
- }
-
- // Write the read out to correct file
- if (iter != kh_end(state->rg_hash)) {
- // if found write to the appropriate untangled bam
- int i = kh_val(state->rg_hash,iter);
- sam_write1(state->rg_output_file[i], state->rg_output_header[i], file_read);
- } else {
- // otherwise write to the unaccounted bam if there is one or fail
- if (state->unaccounted_file == NULL) {
- if (tag) {
- fprintf(stderr, "Read \"%s\" with unaccounted for tag \"%s\".\n", bam_get_qname(file_read), bam_aux2Z(tag));
- } else {
- fprintf(stderr, "Read \"%s\" has no RG tag.\n", bam_get_qname(file_read));
- }
- bam_destroy1(file_read);
- return false;
- } else {
- sam_write1(state->unaccounted_file, state->unaccounted_header, file_read);
- }
- }
-
- // Replace written read with the next one to process
- if (sam_read1(state->merged_input_file, state->merged_input_header, file_read) < 0) {
- // Nothing more to read? Ignore this file in future
- bam_destroy1(file_read);
- file_read = NULL;
- }
- }
-
- return true;
-}
-
-static void cleanup_state(state_t* status)
-{
- if (!status) return;
- if (status->unaccounted_header) bam_hdr_destroy(status->unaccounted_header);
- if (status->unaccounted_file) sam_close(status->unaccounted_file);
- sam_close(status->merged_input_file);
- size_t i;
- for (i = 0; i < status->output_count; i++) {
- bam_hdr_destroy(status->rg_output_header[i]);
- sam_close(status->rg_output_file[i]);
- free(status->rg_id[i]);
- }
- bam_hdr_destroy(status->merged_input_header);
- free(status->rg_output_header);
- free(status->rg_output_file);
- kh_destroy_c2i(status->rg_hash);
- free(status->rg_id);
- free(status);
-}
-
-static void cleanup_opts(parsed_opts_t* opts)
-{
- if (!opts) return;
- free(opts->merged_input_name);
- free(opts->unaccounted_header_name);
- free(opts->unaccounted_name);
- free(opts->output_format_string);
- free(opts);
-}
-
-int main_split(int argc, char** argv)
-{
- int ret = 1;
- parsed_opts_t* opts = parse_args(argc, argv);
- if (!opts ) goto cleanup_opts;
- state_t* status = init(opts);
- if (!status) goto cleanup_opts;
-
- if (split(status)) ret = 0;
-
- cleanup_state(status);
-cleanup_opts:
- cleanup_opts(opts);
-
- return ret;
-}
diff --git a/samtools/bam_stat.c b/samtools/bam_stat.c
deleted file mode 100644
index 5dbe04f..0000000
--- a/samtools/bam_stat.c
+++ /dev/null
@@ -1,111 +0,0 @@
-/* bam_stat.c -- flagstat subcommand.
-
- Copyright (C) 2009, 2011, 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <unistd.h>
-#include "bam.h"
-#include "samtools.h"
-
-typedef struct {
- long long n_reads[2], n_mapped[2], n_pair_all[2], n_pair_map[2], n_pair_good[2];
- long long n_sgltn[2], n_read1[2], n_read2[2];
- long long n_dup[2];
- long long n_diffchr[2], n_diffhigh[2];
- long long n_secondary[2], n_supp[2];
-} bam_flagstat_t;
-
-#define flagstat_loop(s, c) do { \
- int w = ((c)->flag & BAM_FQCFAIL)? 1 : 0; \
- ++(s)->n_reads[w]; \
- if ((c)->flag & BAM_FSECONDARY ) { \
- ++(s)->n_secondary[w]; \
- } else if ((c)->flag & BAM_FSUPPLEMENTARY ) { \
- ++(s)->n_supp[w]; \
- } else if ((c)->flag & BAM_FPAIRED) { \
- ++(s)->n_pair_all[w]; \
- if (((c)->flag & BAM_FPROPER_PAIR) && !((c)->flag & BAM_FUNMAP) ) ++(s)->n_pair_good[w]; \
- if ((c)->flag & BAM_FREAD1) ++(s)->n_read1[w]; \
- if ((c)->flag & BAM_FREAD2) ++(s)->n_read2[w]; \
- if (((c)->flag & BAM_FMUNMAP) && !((c)->flag & BAM_FUNMAP)) ++(s)->n_sgltn[w]; \
- if (!((c)->flag & BAM_FUNMAP) && !((c)->flag & BAM_FMUNMAP)) { \
- ++(s)->n_pair_map[w]; \
- if ((c)->mtid != (c)->tid) { \
- ++(s)->n_diffchr[w]; \
- if ((c)->qual >= 5) ++(s)->n_diffhigh[w]; \
- } \
- } \
- } \
- if (!((c)->flag & BAM_FUNMAP)) ++(s)->n_mapped[w]; \
- if ((c)->flag & BAM_FDUP) ++(s)->n_dup[w]; \
- } while (0)
-
-bam_flagstat_t *bam_flagstat_core(bamFile fp)
-{
- bam_flagstat_t *s;
- bam1_t *b;
- bam1_core_t *c;
- int ret;
- s = (bam_flagstat_t*)calloc(1, sizeof(bam_flagstat_t));
- b = bam_init1();
- c = &b->core;
- while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0)
- flagstat_loop(s, c);
- bam_destroy1(b);
- if (ret != -1)
- fprintf(stderr, "[bam_flagstat_core] Truncated file? Continue anyway.\n");
- return s;
-}
-int bam_flagstat(int argc, char *argv[])
-{
- bamFile fp;
- bam_header_t *header;
- bam_flagstat_t *s;
- if (argc == optind) {
- fprintf(stderr, "Usage: samtools flagstat <in.bam>\n");
- return 1;
- }
- fp = strcmp(argv[optind], "-")? bam_open(argv[optind], "r") : bam_dopen(STDIN_FILENO, "r");
- if (fp == NULL) {
- print_error_errno("Cannot open input file \"%s\"", argv[optind]);
- return 1;
- }
- header = bam_header_read(fp);
- s = bam_flagstat_core(fp);
- printf("%lld + %lld in total (QC-passed reads + QC-failed reads)\n", s->n_reads[0], s->n_reads[1]);
- printf("%lld + %lld secondary\n", s->n_secondary[0], s->n_secondary[1]);
- printf("%lld + %lld supplimentary\n", s->n_supp[0], s->n_supp[1]);
- printf("%lld + %lld duplicates\n", s->n_dup[0], s->n_dup[1]);
- printf("%lld + %lld mapped (%.2f%%:%.2f%%)\n", s->n_mapped[0], s->n_mapped[1], (float)s->n_mapped[0] / s->n_reads[0] * 100.0, (float)s->n_mapped[1] / s->n_reads[1] * 100.0);
- printf("%lld + %lld paired in sequencing\n", s->n_pair_all[0], s->n_pair_all[1]);
- printf("%lld + %lld read1\n", s->n_read1[0], s->n_read1[1]);
- printf("%lld + %lld read2\n", s->n_read2[0], s->n_read2[1]);
- printf("%lld + %lld properly paired (%.2f%%:%.2f%%)\n", s->n_pair_good[0], s->n_pair_good[1], (float)s->n_pair_good[0] / s->n_pair_all[0] * 100.0, (float)s->n_pair_good[1] / s->n_pair_all[1] * 100.0);
- printf("%lld + %lld with itself and mate mapped\n", s->n_pair_map[0], s->n_pair_map[1]);
- printf("%lld + %lld singletons (%.2f%%:%.2f%%)\n", s->n_sgltn[0], s->n_sgltn[1], (float)s->n_sgltn[0] / s->n_pair_all[0] * 100.0, (float)s->n_sgltn[1] / s->n_pair_all[1] * 100.0);
- printf("%lld + %lld with mate mapped to a different chr\n", s->n_diffchr[0], s->n_diffchr[1]);
- printf("%lld + %lld with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)\n", s->n_diffhigh[0], s->n_diffhigh[1]);
- free(s);
- bam_header_destroy(header);
- bam_close(fp);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bam_tview.c b/samtools/bam_tview.c
deleted file mode 100644
index 6d6bc23..0000000
--- a/samtools/bam_tview.c
+++ /dev/null
@@ -1,443 +0,0 @@
-/* bam_tview.c -- tview subcommand.
-
- Copyright (C) 2008-2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2013 Pierre Lindenbaum, Institut du Thorax, INSERM U1087, Université de Nantes.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-The above copyright notices and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
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-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
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-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <regex.h>
-#include <assert.h>
-#include "bam_tview.h"
-#include <htslib/faidx.h>
-#include <htslib/sam.h>
-#include <htslib/bgzf.h>
-
-/*! @typedef
- @abstract Type of function to be called by sam_fetch().
- @param b the alignment
- @param data user provided data
- */
-typedef int (*sam_fetch_f)(const bam1_t *b, void *data);
-
-int sam_fetch(samFile *fp, const hts_idx_t *idx, int tid, int beg, int end, void *data, sam_fetch_f func)
-{
- int ret;
- hts_itr_t* iter;
- bam1_t* b = bam_init1();
- iter = sam_itr_queryi(idx, tid, beg, end);
- while ((ret = sam_itr_next(fp, iter, b)) >= 0) func(b, data);
- hts_itr_destroy(iter);
- bam_destroy1(b);
- return (ret == -1)? 0 : ret;
-}
-
-
-
-khash_t(kh_rg)* get_rg_sample(const char* header, const char* sample)
-{
- khash_t(kh_rg)* rg_hash = kh_init(kh_rg);
- // given sample id return all the RD ID's
- const char rg_regex[] = "^@RG.*\tID:([!-)+-<>-~][ !-~]*)(\t.*$|$)";
-
- regex_t rg_id;
- regmatch_t* matches = (regmatch_t*)calloc(2, sizeof(regmatch_t));
- if (matches == NULL) { perror("out of memory"); exit(-1); }
- regcomp(&rg_id, rg_regex, REG_EXTENDED|REG_NEWLINE);
- char* text = strdup(header);
- char* end = text + strlen(header);
- char* tofree = text;
- while (end > text && regexec(&rg_id, text, 2, matches, 0) == 0) { // foreach rg id in header
- int ret;
- text[matches[1].rm_eo] = '\0';
- kh_put(kh_rg, rg_hash, strdup(text+matches[1].rm_so), &ret); // Add the RG to the list
- text += matches[0].rm_eo + 1; // Move search pointer forward
- }
- free(tofree);
- return rg_hash;
-}
-
-int base_tv_init(tview_t* tv, const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
-{
- assert(tv!=NULL);
- assert(fn!=NULL);
- tv->mrow = 24; tv->mcol = 80;
- tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ;
- tv->is_dot = 1;
-
- tv->fp = sam_open(fn, "r");
- if(tv->fp == NULL)
- {
- fprintf(stderr,"sam_open %s. %s\n", fn,fn_fa);
- exit(EXIT_FAILURE);
- }
- // TODO bgzf_set_cache_size(tv->fp->fp.bgzf, 8 * 1024 *1024);
- assert(tv->fp);
-
- tv->header = sam_hdr_read(tv->fp);
- if(tv->header == NULL)
- {
- fprintf(stderr,"Cannot read '%s'.\n", fn);
- exit(EXIT_FAILURE);
- }
- tv->idx = sam_index_load(tv->fp, fn);
- if (tv->idx == NULL)
- {
- fprintf(stderr,"Cannot read index for '%s'.\n", fn);
- exit(EXIT_FAILURE);
- }
- tv->lplbuf = bam_lplbuf_init(tv_pl_func, tv);
- if (fn_fa) tv->fai = fai_load(fn_fa);
- tv->bca = bcf_call_init(0.83, 13);
- tv->ins = 1;
-
- // If the user has asked for specific samples find out create a list of readgroups make up these samples
- if ( samples )
- {
- tv->rg_hash = get_rg_sample(tv->header->text, samples); // Init the list of rg's
- }
-
- return 0;
-}
-
-
-void base_tv_destroy(tview_t* tv)
-{
- bam_lplbuf_destroy(tv->lplbuf);
- bcf_call_destroy(tv->bca);
- hts_idx_destroy(tv->idx);
- if (tv->fai) fai_destroy(tv->fai);
- free(tv->ref);
- bam_hdr_destroy(tv->header);
- sam_close(tv->fp);
-}
-
-
-int tv_pl_func(uint32_t tid, uint32_t pos, int n, const bam_pileup1_t *pl, void *data)
-{
- extern const char bam_nt16_nt4_table[];
- tview_t *tv = (tview_t*)data;
- int i, j, c, rb, attr, max_ins = 0;
- uint32_t call = 0;
- if (pos < tv->left_pos || tv->ccol > tv->mcol) return 0; // out of screen
- // print reference
- rb = (tv->ref && pos - tv->left_pos < tv->l_ref)? tv->ref[pos - tv->left_pos] : 'N';
- for (i = tv->last_pos + 1; i < pos; ++i) {
- if (i%10 == 0 && tv->mcol - tv->ccol >= 10) tv->my_mvprintw(tv,0, tv->ccol, "%-d", i+1);
- c = tv->ref? tv->ref[i - tv->left_pos] : 'N';
- tv->my_mvaddch(tv,1, tv->ccol++, c);
- }
- if (pos%10 == 0 && tv->mcol - tv->ccol >= 10) tv->my_mvprintw(tv,0, tv->ccol, "%-d", pos+1);
- { // call consensus
- bcf_callret1_t bcr;
- memset(&bcr, 0, sizeof bcr);
- int qsum[4], a1, a2, tmp;
- double p[3], prior = 30;
- bcf_call_glfgen(n, pl, seq_nt16_table[rb], tv->bca, &bcr);
- for (i = 0; i < 4; ++i) qsum[i] = ((int)bcr.qsum[i])<<2 | i;
- for (i = 1; i < 4; ++i) // insertion sort
- for (j = i; j > 0 && qsum[j] > qsum[j-1]; --j)
- tmp = qsum[j], qsum[j] = qsum[j-1], qsum[j-1] = tmp;
- a1 = qsum[0]&3; a2 = qsum[1]&3;
- p[0] = bcr.p[a1*5+a1]; p[1] = bcr.p[a1*5+a2] + prior; p[2] = bcr.p[a2*5+a2];
- if ("ACGT"[a1] != toupper(rb)) p[0] += prior + 3;
- if ("ACGT"[a2] != toupper(rb)) p[2] += prior + 3;
- if (p[0] < p[1] && p[0] < p[2]) call = (1<<a1)<<16 | (int)((p[1]<p[2]?p[1]:p[2]) - p[0] + .499);
- else if (p[2] < p[1] && p[2] < p[0]) call = (1<<a2)<<16 | (int)((p[0]<p[1]?p[0]:p[1]) - p[2] + .499);
- else call = (1<<a1|1<<a2)<<16 | (int)((p[0]<p[2]?p[0]:p[2]) - p[1] + .499);
- }
- attr = tv->my_underline(tv);
- c = ",ACMGRSVTWYHKDBN"[call>>16&0xf];
- i = (call&0xffff)/10+1;
- if (i > 4) i = 4;
- attr |= tv->my_colorpair(tv,i);
- if (c == toupper(rb)) c = '.';
- tv->my_attron(tv,attr);
- tv->my_mvaddch(tv,2, tv->ccol, c);
- tv->my_attroff(tv,attr);
- if(tv->ins) {
- // calculate maximum insert
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = pl + i;
- if (p->indel > 0 && max_ins < p->indel) max_ins = p->indel;
- }
- }
- // core loop
- for (j = 0; j <= max_ins; ++j) {
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = pl + i;
- int row = TV_MIN_ALNROW + p->level - tv->row_shift;
- if (j == 0) {
- if (!p->is_del) {
- if (tv->base_for == TV_BASE_COLOR_SPACE &&
- (c = bam_aux_getCSi(p->b, p->qpos))) {
- // assume that if we found one color, we will be able to get the color error
- if (tv->is_dot && '-' == bam_aux_getCEi(p->b, p->qpos)) c = bam_is_rev(p->b)? ',' : '.';
- } else {
- if (tv->show_name) {
- char *name = bam_get_qname(p->b);
- c = (p->qpos + 1 >= p->b->core.l_qname)? ' ' : name[p->qpos];
- } else {
- c = seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(p->b), p->qpos)];
- if (tv->is_dot && toupper(c) == toupper(rb)) c = bam_is_rev(p->b)? ',' : '.';
- }
- }
- } else c = p->is_refskip? (bam_is_rev(p->b)? '<' : '>') : '*';
- } else { // padding
- if (j > p->indel) c = '*';
- else { // insertion
- if (tv->base_for == TV_BASE_NUCL) {
- if (tv->show_name) {
- char *name = bam_get_qname(p->b);
- c = (p->qpos + j + 1 >= p->b->core.l_qname)? ' ' : name[p->qpos + j];
- } else {
- c = seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(p->b), p->qpos + j)];
- if (j == 0 && tv->is_dot && toupper(c) == toupper(rb)) c = bam_is_rev(p->b)? ',' : '.';
- }
- } else {
- c = bam_aux_getCSi(p->b, p->qpos + j);
- if (tv->is_dot && '-' == bam_aux_getCEi(p->b, p->qpos + j)) c = bam_is_rev(p->b)? ',' : '.';
- }
- }
- }
- if (row > TV_MIN_ALNROW && row < tv->mrow) {
- int x;
- attr = 0;
- if (((p->b->core.flag&BAM_FPAIRED) && !(p->b->core.flag&BAM_FPROPER_PAIR))
- || (p->b->core.flag & BAM_FSECONDARY)) attr |= tv->my_underline(tv);
- if (tv->color_for == TV_COLOR_BASEQ) {
- x = bam_get_qual(p->b)[p->qpos]/10 + 1;
- if (x > 4) x = 4;
- attr |= tv->my_colorpair(tv,x);
- } else if (tv->color_for == TV_COLOR_MAPQ) {
- x = p->b->core.qual/10 + 1;
- if (x > 4) x = 4;
- attr |= tv->my_colorpair(tv,x);
- } else if (tv->color_for == TV_COLOR_NUCL) {
- x = bam_nt16_nt4_table[bam_seqi(bam_get_seq(p->b), p->qpos)] + 5;
- attr |= tv->my_colorpair(tv,x);
- } else if(tv->color_for == TV_COLOR_COL) {
- x = 0;
- switch(bam_aux_getCSi(p->b, p->qpos)) {
- case '0': x = 0; break;
- case '1': x = 1; break;
- case '2': x = 2; break;
- case '3': x = 3; break;
- case '4': x = 4; break;
- default: x = bam_nt16_nt4_table[bam_seqi(bam_get_seq(p->b), p->qpos)]; break;
- }
- x+=5;
- attr |= tv->my_colorpair(tv,x);
- } else if(tv->color_for == TV_COLOR_COLQ) {
- x = bam_aux_getCQi(p->b, p->qpos);
- if(0 == x) x = bam_get_qual(p->b)[p->qpos];
- x = x/10 + 1;
- if (x > 4) x = 4;
- attr |= tv->my_colorpair(tv,x);
- }
- tv->my_attron(tv,attr);
- tv->my_mvaddch(tv,row, tv->ccol, bam_is_rev(p->b)? tolower(c) : toupper(c));
- tv->my_attroff(tv,attr);
- }
- }
- c = j? '*' : rb;
- if (c == '*') {
- attr = tv->my_colorpair(tv,8);
- tv->my_attron(tv,attr);
- tv->my_mvaddch(tv,1, tv->ccol++, c);
- tv->my_attroff(tv,attr);
- } else tv->my_mvaddch(tv,1, tv->ccol++, c);
- }
- tv->last_pos = pos;
- return 0;
-}
-
-
-
-
-int tv_fetch_func(const bam1_t *b, void *data)
-{
- tview_t *tv = (tview_t*)data;
- /* If we are restricted to specific readgroups check RG is in the list */
- if ( tv->rg_hash )
- {
- const uint8_t *rg = bam_aux_get(b, "RG");
- if ( !rg ) return 0; // If we don't have an RG tag exclude read
- khiter_t k = kh_get(kh_rg, tv->rg_hash, (const char*)(rg + 1));
- if ( k == kh_end(tv->rg_hash) ) return 0; // if RG tag is not in list of allowed tags exclude read
- }
- if (tv->no_skip) {
- uint32_t *cigar = bam_get_cigar(b); // this is cheating...
- int i;
- for (i = 0; i <b->core.n_cigar; ++i) {
- if ((cigar[i]&0xf) == BAM_CREF_SKIP)
- cigar[i] = cigar[i]>>4<<4 | BAM_CDEL;
- }
- }
- bam_lplbuf_push(b, tv->lplbuf);
- return 0;
-}
-
-int base_draw_aln(tview_t *tv, int tid, int pos)
-{
- assert(tv!=NULL);
- // reset
- tv->my_clear(tv);
- tv->curr_tid = tid; tv->left_pos = pos;
- tv->last_pos = tv->left_pos - 1;
- tv->ccol = 0;
- // print ref and consensus
- if (tv->fai) {
- char *str;
- if (tv->ref) free(tv->ref);
- assert(tv->curr_tid>=0);
-
- str = (char*)calloc(strlen(tv->header->target_name[tv->curr_tid]) + 30, 1);
- assert(str!=NULL);
- sprintf(str, "%s:%d-%d", tv->header->target_name[tv->curr_tid], tv->left_pos + 1, tv->left_pos + tv->mcol);
- tv->ref = fai_fetch(tv->fai, str, &tv->l_ref);
- free(str);
- if ( !tv->ref )
- {
- fprintf(stderr,"Could not read the reference sequence. Is it seekable (plain text or compressed + .gzi indexed with bgzip)?\n");
- exit(1);
- }
- }
- // draw aln
- bam_lplbuf_reset(tv->lplbuf);
- sam_fetch(tv->fp, tv->idx, tv->curr_tid, tv->left_pos, tv->left_pos + tv->mcol, tv, tv_fetch_func);
- bam_lplbuf_push(0, tv->lplbuf);
-
- while (tv->ccol < tv->mcol) {
- int pos = tv->last_pos + 1;
- if (pos%10 == 0 && tv->mcol - tv->ccol >= 10) tv->my_mvprintw(tv,0, tv->ccol, "%-d", pos+1);
- tv->my_mvaddch(tv,1, tv->ccol++, (tv->ref && pos < tv->l_ref)? tv->ref[pos - tv->left_pos] : 'N');
- ++tv->last_pos;
- }
- return 0;
-}
-
-
-
-
-static void error(const char *format, ...)
-{
- if ( !format )
- {
- fprintf(stderr,
-"Usage: samtools tview [options] <aln.bam> [ref.fasta]\n"
-"Options:\n"
-" -d display output as (H)tml or (C)urses or (T)ext \n"
-" -p chr:pos go directly to this position\n"
-" -s STR display only reads from this sample or group\n");
- }
- else
- {
- va_list ap;
- va_start(ap, format);
- vfprintf(stderr, format, ap);
- va_end(ap);
- }
- exit(-1);
-}
-
-enum dipsay_mode {display_ncurses,display_html,display_text};
-extern tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples);
-extern tview_t* html_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples);
-extern tview_t* text_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples);
-
-int bam_tview_main(int argc, char *argv[])
-{
- int view_mode=display_ncurses;
- tview_t* tv=NULL;
- char *samples=NULL, *position=NULL;
- int c;
- while ((c = getopt(argc, argv, "s:p:d:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 's': samples=optarg; break;
- case 'p': position=optarg; break;
- case 'd':
- {
- switch(optarg[0])
- {
- case 'H': case 'h': view_mode=display_html;break;
- case 'T': case 't': view_mode=display_text;break;
- case 'C': case 'c': view_mode=display_ncurses;break;
- default: view_mode=display_ncurses;break;
- }
- break;
- }
- default: error(NULL);
- }
- }
- if (argc==optind) error(NULL);
-
- switch(view_mode)
- {
- case display_ncurses:
- {
- tv = curses_tv_init(argv[optind], (optind+1>=argc)? 0 : argv[optind+1], samples);
- break;
- }
- case display_text:
- {
- tv = text_tv_init(argv[optind], (optind+1>=argc)? 0 : argv[optind+1], samples);
- break;
- }
- case display_html:
- {
- tv = html_tv_init(argv[optind], (optind+1>=argc)? 0 : argv[optind+1], samples);
- break;
- }
- }
- if (tv==NULL)
- {
- error("cannot create view");
- return EXIT_FAILURE;
- }
-
- if ( position )
- {
- int tid, beg, end;
- *(char *)hts_parse_reg(position, &beg, &end) = '\0';
- tid = bam_name2id(tv->header, position);
- if (tid >= 0) { tv->curr_tid = tid; tv->left_pos = beg; }
- }
- else if ( tv->fai )
- {
- // find the first sequence present in both BAM and the reference file
- int i;
- for (i=0; i<tv->header->n_targets; i++)
- {
- if ( faidx_has_seq(tv->fai, tv->header->target_name[i]) ) break;
- }
- if ( i==tv->header->n_targets )
- {
- fprintf(stderr,"None of the BAM sequence names present in the fasta file\n");
- exit(EXIT_FAILURE);
- }
- tv->curr_tid = i;
- }
- tv->my_drawaln(tv, tv->curr_tid, tv->left_pos);
- tv->my_loop(tv);
- tv->my_destroy(tv);
-
- return EXIT_SUCCESS;
-}
diff --git a/samtools/bam_tview_curses.c b/samtools/bam_tview_curses.c
deleted file mode 100644
index 3b3db4f..0000000
--- a/samtools/bam_tview_curses.c
+++ /dev/null
@@ -1,332 +0,0 @@
-/* bam_tview_curses.c -- curses tview implementation.
-
- Copyright (C) 2008-2013 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2013 Pierre Lindenbaum, Institut du Thorax, INSERM U1087, Université de Nantes.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notices and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#undef _HAVE_CURSES
-
-#if _CURSES_LIB == 0
-#elif _CURSES_LIB == 1
-#include <curses.h>
-#ifndef NCURSES_VERSION
-#warning "_CURSES_LIB=1 but NCURSES_VERSION not defined; tview is NOT compiled"
-#else
-#define _HAVE_CURSES
-#endif
-#elif _CURSES_LIB == 2
-#include <xcurses.h>
-#define _HAVE_CURSES
-#else
-#warning "_CURSES_LIB is not 0, 1 or 2; tview is NOT compiled"
-#endif
-
-
-#include "bam_tview.h"
-
-#ifdef _HAVE_CURSES
-
-
-
-typedef struct CursesTview {
- tview_t view;
- WINDOW *wgoto, *whelp;
- } curses_tview_t;
-
-
-
-
-#define FROM_TV(ptr) ((curses_tview_t*)ptr)
-
-static void curses_destroy(tview_t* base)
- {
- curses_tview_t* tv=(curses_tview_t*)base;
-
-
- delwin(tv->wgoto); delwin(tv->whelp);
- endwin();
-
- base_tv_destroy(base);
-
- free(tv);
- }
-
-/*
- void (*my_mvprintw)(struct AbstractTview* ,int,int,const char*,...);
- void (*my_)(struct AbstractTview*,int,int,int);
- void (*my_attron)(struct AbstractTview*,int);
- void (*my_attroff)(struct AbstractTview*,int);
- void (*my_clear)(struct AbstractTview*);
- int (*my_colorpair)(struct AbstractTview*,int);
-*/
-
-static void curses_mvprintw(struct AbstractTview* tv,int y ,int x,const char* fmt,...)
- {
- unsigned int size=tv->mcol+2;
- char* str=malloc(size);
- if(str==0) exit(EXIT_FAILURE);
- va_list argptr;
- va_start(argptr, fmt);
- vsnprintf(str,size, fmt, argptr);
- va_end(argptr);
- mvprintw(y,x,str);
- free(str);
- }
-
-static void curses_mvaddch(struct AbstractTview* tv,int y,int x,int ch)
- {
- mvaddch(y,x,ch);
- }
-
-static void curses_attron(struct AbstractTview* tv,int flag)
- {
- attron(flag);
- }
-static void curses_attroff(struct AbstractTview* tv,int flag)
- {
- attroff(flag);
- }
-static void curses_clear(struct AbstractTview* tv)
- {
- clear();
- }
-
-static int curses_colorpair(struct AbstractTview* tv,int flag)
- {
- return COLOR_PAIR(flag);
- }
-
-static int curses_drawaln(struct AbstractTview* tv, int tid, int pos)
- {
- return base_draw_aln(tv, tid, pos);
- }
-
-
-
-static void tv_win_goto(curses_tview_t *tv, int *tid, int *pos)
- {
- char str[256], *p;
- int i, l = 0;
- tview_t *base=(tview_t*)tv;
- wborder(tv->wgoto, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
- mvwprintw(tv->wgoto, 1, 2, "Goto: ");
- for (;;) {
- int invalid = 0;
- int c = wgetch(tv->wgoto);
- wrefresh(tv->wgoto);
- if (c == KEY_BACKSPACE || c == '\010' || c == '\177') {
- if(l > 0) --l;
- } else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
- int _tid = -1, _beg, _end;
- if (str[0] == '=') {
- _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
- if (_beg > 0) {
- *pos = _beg;
- return;
- }
- } else {
- char *name_lim = (char *) hts_parse_reg(str, &_beg, &_end);
- char name_terminator = *name_lim;
- *name_lim = '\0';
- _tid = bam_name2id(base->header, str);
- *name_lim = name_terminator;
-
- if (_tid >= 0) {
- *tid = _tid; *pos = _beg;
- return;
- }
- }
-
- // If we get here, the region string is invalid
- invalid = 1;
- } else if (isgraph(c)) {
- if (l < TV_MAX_GOTO) str[l++] = c;
- } else if (c == '\027') l = 0;
- else if (c == '\033') return;
- str[l] = '\0';
- for (i = 0; i < TV_MAX_GOTO; ++i) mvwaddch(tv->wgoto, 1, 8 + i, ' ');
- if (invalid) mvwprintw(tv->wgoto, 1, TV_MAX_GOTO - 1, "[Invalid]");
- mvwprintw(tv->wgoto, 1, 8, "%s", str);
- }
-}
-
-
-
-
-static void tv_win_help(curses_tview_t *tv) {
- int r = 1;
- tview_t* base=(tview_t*)base;
- WINDOW *win = tv->whelp;
- wborder(win, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
- mvwprintw(win, r++, 2, " -=- Help -=- ");
- r++;
- mvwprintw(win, r++, 2, "? This window");
- mvwprintw(win, r++, 2, "Arrows Small scroll movement");
- mvwprintw(win, r++, 2, "h,j,k,l Small scroll movement");
- mvwprintw(win, r++, 2, "H,J,K,L Large scroll movement");
- mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-H Scroll 1k left");
- mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-L Scroll 1k right");
- mvwprintw(win, r++, 2, "space Scroll one screen");
- mvwprintw(win, r++, 2, "backspace Scroll back one screen");
- mvwprintw(win, r++, 2, "g Go to specific location");
- mvwprintw(win, r++, 2, "m Color for mapping qual");
- mvwprintw(win, r++, 2, "n Color for nucleotide");
- mvwprintw(win, r++, 2, "b Color for base quality");
- mvwprintw(win, r++, 2, "c Color for cs color");
- mvwprintw(win, r++, 2, "z Color for cs qual");
- mvwprintw(win, r++, 2, ". Toggle on/off dot view");
- mvwprintw(win, r++, 2, "s Toggle on/off ref skip");
- mvwprintw(win, r++, 2, "r Toggle on/off rd name");
- mvwprintw(win, r++, 2, "N Turn on nt view");
- mvwprintw(win, r++, 2, "C Turn on cs view");
- mvwprintw(win, r++, 2, "i Toggle on/off ins");
- mvwprintw(win, r++, 2, "q Exit");
- r++;
- mvwprintw(win, r++, 2, "Underline: Secondary or orphan");
- mvwprintw(win, r++, 2, "Blue: 0-9 Green: 10-19");
- mvwprintw(win, r++, 2, "Yellow: 20-29 White: >=30");
- wrefresh(win);
- wgetch(win);
-}
-
-static int curses_underline(tview_t* tv)
- {
- return A_UNDERLINE;
- }
-
-static int curses_loop(tview_t* tv)
- {
- int tid, pos;
- curses_tview_t *CTV=(curses_tview_t *)tv;
- tid = tv->curr_tid; pos = tv->left_pos;
- while (1) {
- int c = getch();
- switch (c) {
- case '?': tv_win_help(CTV); break;
- case '\033':
- case 'q': goto end_loop;
- case '/':
- case 'g': tv_win_goto(CTV, &tid, &pos); break;
- case 'm': tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ; break;
- case 'b': tv->color_for = TV_COLOR_BASEQ; break;
- case 'n': tv->color_for = TV_COLOR_NUCL; break;
- case 'c': tv->color_for = TV_COLOR_COL; break;
- case 'z': tv->color_for = TV_COLOR_COLQ; break;
- case 's': tv->no_skip = !tv->no_skip; break;
- case 'r': tv->show_name = !tv->show_name; break;
- case KEY_LEFT:
- case 'h': --pos; break;
- case KEY_RIGHT:
- case 'l': ++pos; break;
- case KEY_SLEFT:
- case 'H': pos -= 20; break;
- case KEY_SRIGHT:
- case 'L': pos += 20; break;
- case '.': tv->is_dot = !tv->is_dot; break;
- case 'N': tv->base_for = TV_BASE_NUCL; break;
- case 'C': tv->base_for = TV_BASE_COLOR_SPACE; break;
- case 'i': tv->ins = !tv->ins; break;
- case '\010': pos -= 1000; break;
- case '\014': pos += 1000; break;
- case ' ': pos += tv->mcol; break;
- case KEY_UP:
- case 'j': --tv->row_shift; break;
- case KEY_DOWN:
- case 'k': ++tv->row_shift; break;
- case KEY_BACKSPACE:
- case '\177': pos -= tv->mcol; break;
- case KEY_RESIZE: getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol); break;
- default: continue;
- }
- if (pos < 0) pos = 0;
- if (tv->row_shift < 0) tv->row_shift = 0;
- tv->my_drawaln(tv, tid, pos);
- }
-end_loop:
- return 0;
-}
-
-
-
-
-tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
- {
- curses_tview_t *tv = (curses_tview_t*)calloc(1, sizeof(curses_tview_t));
- tview_t* base=(tview_t*)tv;
- if(tv==0)
- {
- fprintf(stderr,"Calloc failed\n");
- return 0;
- }
-
- base_tv_init(base,fn,fn_fa,samples);
- /* initialize callbacks */
-#define SET_CALLBACK(fun) base->my_##fun=curses_##fun;
- SET_CALLBACK(destroy);
- SET_CALLBACK(mvprintw);
- SET_CALLBACK(mvaddch);
- SET_CALLBACK(attron);
- SET_CALLBACK(attroff);
- SET_CALLBACK(clear);
- SET_CALLBACK(colorpair);
- SET_CALLBACK(drawaln);
- SET_CALLBACK(loop);
- SET_CALLBACK(underline);
-#undef SET_CALLBACK
-
- initscr();
- keypad(stdscr, TRUE);
- clear();
- noecho();
- cbreak();
-
- getmaxyx(stdscr, base->mrow, base->mcol);
- tv->wgoto = newwin(3, TV_MAX_GOTO + 10, 10, 5);
- tv->whelp = newwin(29, 40, 5, 5);
-
- start_color();
- init_pair(1, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
- init_pair(2, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
- init_pair(3, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
- init_pair(4, COLOR_WHITE, COLOR_BLACK);
- init_pair(5, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
- init_pair(6, COLOR_CYAN, COLOR_BLACK);
- init_pair(7, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
- init_pair(8, COLOR_RED, COLOR_BLACK);
- init_pair(9, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
- return base;
- }
-
-
-#else // #ifdef _HAVE_CURSES
-#include <stdio.h>
-#warning "No curses library is available; tview with curses is disabled."
-
-extern tview_t* text_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples);
-
-tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
- {
- return text_tv_init(fn,fn_fa,samples);
- }
-#endif // #ifdef _HAVE_CURSES
-
-
diff --git a/samtools/bam_tview_html.c b/samtools/bam_tview_html.c
deleted file mode 100644
index c71672b..0000000
--- a/samtools/bam_tview_html.c
+++ /dev/null
@@ -1,373 +0,0 @@
-/* bam_tview_html.c -- HTML tview output.
-
- Copyright (C) 2013 Pierre Lindenbaum, Institut du Thorax, INSERM U1087, Université de Nantes.
-
- Author: Pierre Lindenbaum <plindenbaum at yahoo.fr>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <unistd.h>
-#include "bam_tview.h"
-
-#define UNDERLINE_FLAG 10
-
-typedef struct HtmlTview {
- tview_t view;
- int row_count;
- tixel_t** screen;
- FILE* out;
- int attributes;/* color... */
- } html_tview_t;
-
-#define FROM_TV(ptr) ((html_tview_t*)ptr)
-
-static void html_destroy(tview_t* base)
- {
- int i;
- html_tview_t* tv=(html_tview_t*)base;
- if(tv->screen!=NULL)
- {
- for(i=0;i< tv->row_count;++i) free(tv->screen[i]);
- free(tv->screen);
- }
- base_tv_destroy(base);
- free(tv);
- }
-
-/*
- void (*my_mvprintw)(struct AbstractTview* ,int,int,const char*,...);
- void (*my_)(struct AbstractTview*,int,int,int);
- void (*my_attron)(struct AbstractTview*,int);
- void (*my_attroff)(struct AbstractTview*,int);
- void (*my_clear)(struct AbstractTview*);
- int (*my_colorpair)(struct AbstractTview*,int);
-*/
-
-static void html_mvprintw(struct AbstractTview* tv,int y ,int x,const char* fmt,...)
- {
- int i,nchars=0;
- unsigned int size=tv->mcol+2;
- char* str=malloc(size);
- if(str==0) exit(EXIT_FAILURE);
- va_list argptr;
- va_start(argptr, fmt);
- nchars=vsnprintf(str,size, fmt, argptr);
- va_end(argptr);
-
- for(i=0;i< nchars;++i)
- {
- tv->my_mvaddch(tv,y,x+i,str[i]);
- }
- free(str);
- }
-
-static void html_mvaddch(struct AbstractTview* tv,int y,int x,int ch)
- {
- tixel_t* row=NULL;
- html_tview_t* ptr=FROM_TV(tv);
- if( x >= tv->mcol ) return; //out of screen
- while(ptr->row_count<=y)
- {
- int x;
- row=(tixel_t*)calloc(tv->mcol,sizeof(tixel_t));
- if(row==0) exit(EXIT_FAILURE);
- for(x=0;x<tv->mcol;++x) {row[x].ch=' ';row[x].attributes=0;}
- ptr->screen=(tixel_t**)realloc(ptr->screen,sizeof(tixel_t*)*(ptr->row_count+1));
- ptr->screen[ptr->row_count++]=row;
- }
- row=ptr->screen[y];
- row[x].ch=ch;
- row[x].attributes=ptr->attributes;
- }
-
-static void html_attron(struct AbstractTview* tv,int flag)
- {
- html_tview_t* ptr=FROM_TV(tv);
- ptr->attributes |= flag;
-
-
- }
-
-static void html_attroff(struct AbstractTview* tv,int flag)
- {
- html_tview_t* ptr=FROM_TV(tv);
- ptr->attributes &= ~(flag);
- }
-
-static void html_clear(struct AbstractTview* tv)
- {
- html_tview_t* ptr=FROM_TV(tv);
- if(ptr->screen!=NULL)
- {
- int i;
- for(i=0;i< ptr->row_count;++i) free(ptr->screen[i]);
- free(ptr->screen);
- ptr->screen=NULL;
- }
- ptr->row_count=0;
- ptr->attributes=0;
- }
-
-static int html_colorpair(struct AbstractTview* tv,int flag)
- {
- return (1 << (flag));
- }
-
-static int html_drawaln(struct AbstractTview* tv, int tid, int pos)
- {
- int y,x;
- html_tview_t* ptr=FROM_TV(tv);
- html_clear(tv);
- base_draw_aln(tv, tid, pos);
- fputs("<html><head>",ptr->out);
- fprintf(ptr->out,"<title>%s:%d</title>",
- tv->header->target_name[tid],
- pos+1
- );
- //style
-
- fputs("<style type='text/css'>\n",ptr->out);
- fputs(".tviewbody { margin:5px; background-color:white;text-align:center;}\n",ptr->out);
- fputs(".tviewtitle {text-align:center;}\n",ptr->out);
- fputs(".tviewpre { margin:5px; background-color:white;}\n",ptr->out);
- #define CSS(id,col) fprintf(ptr->out,".tviewc%d {color:%s;}\n.tviewcu%d {color:%s;text-decoration:underline;}\n",id,col,id,col);
- CSS(0, "black");
- CSS(1, "blue");
- CSS(2, "green");
- CSS(3, "yellow");
- CSS(4, "black");
- CSS(5, "green");
- CSS(6, "cyan");
- CSS(7, "yellow");
- CSS(8, "red");
- CSS(9, "blue");
- #undef CSS
- fputs("</style>",ptr->out);
-
- fputs("</head><body>",ptr->out);
-
- fprintf(ptr->out,"<div class='tviewbody'><div class='tviewtitle'>%s:%d</div>",
- tv->header->target_name[tid],
- pos+1
- );
-
- fputs("<pre class='tviewpre'>",ptr->out);
- for(y=0;y< ptr->row_count;++y)
- {
-
- for(x=0;x< tv->mcol;++x)
- {
-
-
- if(x== 0 || ptr->screen[y][x].attributes != ptr->screen[y][x-1].attributes)
- {
- int css=0;
- fprintf(ptr->out,"<span");
- while(css<32)
- {
- //if(y>1) fprintf(stderr,"css=%d pow2=%d vs %d\n",css,(1 << (css)),ptr->screen[y][x].attributes);
- if(( (ptr->screen[y][x].attributes) & (1 << (css)))!=0)
- {
-
- fprintf(ptr->out," class='tviewc%s%d'",
- (( (ptr->screen[y][x].attributes) & (1 << (UNDERLINE_FLAG)) )!=0?"u":""),
- css);
- break;
- }
- ++css;
- }
-
-
- fputs(">",ptr->out);
- }
-
- int ch=ptr->screen[y][x].ch;
- switch(ch)
- {
- case '<': fputs("<",ptr->out);break;
- case '>': fputs(">",ptr->out);break;
- case '&': fputs("&",ptr->out);break;
- default: fputc(ch,ptr->out); break;
- }
-
-
- if(x+1 == tv->mcol || ptr->screen[y][x].attributes!=ptr->screen[y][x+1].attributes)
- {
- fputs("</span>",ptr->out);
- }
- }
- if(y+1 < ptr->row_count) fputs("<br/>",ptr->out);
- }
- fputs("</pre></div></body></html>",ptr->out);
- return 0;
- }
-
-
-#define ANSI_COLOR_RED "\x1b[31m"
-#define ANSI_COLOR_GREEN "\x1b[32m"
-#define ANSI_COLOR_YELLOW "\x1b[33m"
-#define ANSI_COLOR_BLUE "\x1b[34m"
-#define ANSI_COLOR_MAGENTA "\x1b[35m"
-#define ANSI_COLOR_CYAN "\x1b[36m"
-#define ANSI_COLOR_BLACK "\x1b[0m"
-#define ANSI_COLOR_RESET ANSI_COLOR_BLACK
-
-#define ANSI_UNDERLINE_SET "\033[4m"
-#define ANSI_UNDERLINE_UNSET "\033[0m"
-
-static int text_drawaln(struct AbstractTview* tv, int tid, int pos)
- {
- int y,x;
- html_tview_t* ptr=FROM_TV(tv);
- html_clear(tv);
- base_draw_aln(tv, tid, pos);
- int is_term= isatty(fileno(ptr->out));
-
- for(y=0;y< ptr->row_count;++y)
- {
- for(x=0;x< tv->mcol;++x)
- {
- if(is_term)
- {
- int css=0;
- while(css<32)
- {
- if(( (ptr->screen[y][x].attributes) & (1 << (css)))!=0)
- {
- break;
- }
- ++css;
- }
- switch(css)
- {
- //CSS(0, "black");
- case 1: fputs(ANSI_COLOR_BLUE,ptr->out); break;
- case 2: fputs(ANSI_COLOR_GREEN,ptr->out); break;
- case 3: fputs(ANSI_COLOR_YELLOW,ptr->out); break;
- //CSS(4, "black");
- case 5: fputs(ANSI_COLOR_GREEN,ptr->out); break;
- case 6: fputs(ANSI_COLOR_CYAN,ptr->out); break;
- case 7: fputs(ANSI_COLOR_YELLOW,ptr->out); break;
- case 8: fputs(ANSI_COLOR_RED,ptr->out); break;
- case 9: fputs(ANSI_COLOR_BLUE,ptr->out); break;
- default:break;
- }
- if(( (ptr->screen[y][x].attributes) & (1 << (UNDERLINE_FLAG)))!=0)
- {
- fputs(ANSI_UNDERLINE_SET,ptr->out);
- }
-
- }
-
-
- int ch=ptr->screen[y][x].ch;
-
- fputc(ch,ptr->out);
- if(is_term)
- {
- fputs(ANSI_COLOR_RESET,ptr->out);
- if(( (ptr->screen[y][x].attributes) & (1 << (UNDERLINE_FLAG)))!=0)
- {
- fputs(ANSI_UNDERLINE_UNSET,ptr->out);
- }
- }
- }
- fputc('\n',ptr->out);
- }
- return 0;
- }
-
-
-static int html_loop(tview_t* tv)
- {
- //tv->my_drawaln(tv, tv->curr_tid, tv->left_pos);
- return 0;
- }
-
-static int html_underline(tview_t* tv)
- {
- return (1 << UNDERLINE_FLAG);
- }
-
-/*
-static void init_pair(html_tview_t *tv,int id_ge_1, const char* pen, const char* paper)
- {
-
- }
-*/
-
-tview_t* html_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
- {
- char* colstr=getenv("COLUMNS");
- html_tview_t *tv = (html_tview_t*)calloc(1, sizeof(html_tview_t));
- tview_t* base=(tview_t*)tv;
- if(tv==0)
- {
- fprintf(stderr,"Calloc failed\n");
- return 0;
- }
- tv->row_count=0;
- tv->screen=NULL;
- tv->out=stdout;
- tv->attributes=0;
- base_tv_init(base,fn,fn_fa,samples);
- /* initialize callbacks */
-#define SET_CALLBACK(fun) base->my_##fun=html_##fun;
- SET_CALLBACK(destroy);
- SET_CALLBACK(mvprintw);
- SET_CALLBACK(mvaddch);
- SET_CALLBACK(attron);
- SET_CALLBACK(attroff);
- SET_CALLBACK(clear);
- SET_CALLBACK(colorpair);
- SET_CALLBACK(drawaln);
- SET_CALLBACK(loop);
- SET_CALLBACK(underline);
-#undef SET_CALLBACK
-
-
- if(colstr!=0)
- {
- base->mcol=atoi(colstr);
- if(base->mcol<10) base->mcol=80;
- }
- base->mrow=99999;
-
-/*
- init_pair(tv,1, "blue", "white");
- init_pair(tv,2, "green", "white");
- init_pair(tv,3, "yellow", "white");
- init_pair(tv,4, "white", "white");
- init_pair(tv,5, "green", "white");
- init_pair(tv,6, "cyan", "white");
- init_pair(tv,7, "yellow", "white");
- init_pair(tv,8, "red", "white");
- init_pair(tv,9, "blue", "white");
- */
- return base;
- }
-
-
-tview_t* text_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
- {
- tview_t* tv=html_tv_init(fn,fn_fa,samples);
- tv->my_drawaln=text_drawaln;
- return tv;
- }
-
diff --git a/samtools/bamshuf.c b/samtools/bamshuf.c
deleted file mode 100644
index 1443eb2..0000000
--- a/samtools/bamshuf.c
+++ /dev/null
@@ -1,183 +0,0 @@
-/* bamshuf.c -- bamshuf subcommand.
-
- Copyright (C) 2012 Broad Institute.
- Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <unistd.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <assert.h>
-#include "htslib/sam.h"
-#include "htslib/bgzf.h"
-#include "htslib/ksort.h"
-#include "samtools.h"
-
-#define DEF_CLEVEL 1
-
-static inline unsigned hash_Wang(unsigned key)
-{
- key += ~(key << 15);
- key ^= (key >> 10);
- key += (key << 3);
- key ^= (key >> 6);
- key += ~(key << 11);
- key ^= (key >> 16);
- return key;
-}
-
-static inline unsigned hash_X31_Wang(const char *s)
-{
- unsigned h = *s;
- if (h) {
- for (++s ; *s; ++s) h = (h << 5) - h + *s;
- return hash_Wang(h);
- } else return 0;
-}
-
-typedef struct {
- unsigned key;
- bam1_t *b;
-} elem_t;
-
-static inline int elem_lt(elem_t x, elem_t y)
-{
- if (x.key < y.key) return 1;
- if (x.key == y.key) {
- int t;
- t = strcmp(bam_get_qname(x.b), bam_get_qname(y.b));
- if (t < 0) return 1;
- return (t == 0 && ((x.b->core.flag>>6&3) < (y.b->core.flag>>6&3)));
- } else return 0;
-}
-
-KSORT_INIT(bamshuf, elem_t, elem_lt)
-
-static int bamshuf(const char *fn, int n_files, const char *pre, int clevel, int is_stdout)
-{
- BGZF *fp, *fpw, **fpt;
- char **fnt, modew[8];
- bam1_t *b;
- int i, l;
- bam_hdr_t *h;
- int64_t *cnt;
-
- // split
- fp = strcmp(fn, "-")? bgzf_open(fn, "r") : bgzf_dopen(fileno(stdin), "r");
- if (fp == NULL) {
- print_error_errno("Cannot open input file \"%s\"", fn);
- return 1;
- }
-
- h = bam_hdr_read(fp);
- fnt = (char**)calloc(n_files, sizeof(char*));
- fpt = (BGZF**)calloc(n_files, sizeof(BGZF*));
- cnt = (int64_t*)calloc(n_files, 8);
- l = strlen(pre);
- for (i = 0; i < n_files; ++i) {
- fnt[i] = (char*)calloc(l + 10, 1);
- sprintf(fnt[i], "%s.%.4d.bam", pre, i);
- fpt[i] = bgzf_open(fnt[i], "w1");
- if (fpt[i] == NULL) {
- print_error_errno("Cannot open intermediate file \"%s\"", fnt[i]);
- return 1;
- }
- bam_hdr_write(fpt[i], h);
- }
- b = bam_init1();
- while (bam_read1(fp, b) >= 0) {
- uint32_t x;
- x = hash_X31_Wang(bam_get_qname(b)) % n_files;
- bam_write1(fpt[x], b);
- ++cnt[x];
- }
- bam_destroy1(b);
- for (i = 0; i < n_files; ++i) bgzf_close(fpt[i]);
- free(fpt);
- bgzf_close(fp);
- // merge
- sprintf(modew, "w%d", (clevel >= 0 && clevel <= 9)? clevel : DEF_CLEVEL);
- if (!is_stdout) { // output to a file
- char *fnw = (char*)calloc(l + 5, 1);
- sprintf(fnw, "%s.bam", pre);
- fpw = bgzf_open(fnw, modew);
- free(fnw);
- } else fpw = bgzf_dopen(fileno(stdout), modew); // output to stdout
- if (fpw == NULL) {
- if (is_stdout) print_error_errno("Cannot open standard output");
- else print_error_errno("Cannot open output file \"%s.bam\"", pre);
- return 1;
- }
-
- bam_hdr_write(fpw, h);
- bam_hdr_destroy(h);
- for (i = 0; i < n_files; ++i) {
- int64_t j, c = cnt[i];
- elem_t *a;
- fp = bgzf_open(fnt[i], "r");
- bam_hdr_destroy(bam_hdr_read(fp));
- a = (elem_t*)calloc(c, sizeof(elem_t));
- for (j = 0; j < c; ++j) {
- a[j].b = bam_init1();
- assert(bam_read1(fp, a[j].b) >= 0);
- a[j].key = hash_X31_Wang(bam_get_qname(a[j].b));
- }
- bgzf_close(fp);
- unlink(fnt[i]);
- free(fnt[i]);
- ks_introsort(bamshuf, c, a);
- for (j = 0; j < c; ++j) {
- bam_write1(fpw, a[j].b);
- bam_destroy1(a[j].b);
- }
- free(a);
- }
- bgzf_close(fpw);
- free(fnt); free(cnt);
- return 0;
-}
-
-int main_bamshuf(int argc, char *argv[])
-{
- int c, n_files = 64, clevel = DEF_CLEVEL, is_stdout = 0, is_un = 0;
- while ((c = getopt(argc, argv, "n:l:uO")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'n': n_files = atoi(optarg); break;
- case 'l': clevel = atoi(optarg); break;
- case 'u': is_un = 1; break;
- case 'O': is_stdout = 1; break;
- }
- }
- if (is_un) clevel = 0;
- if (optind + 2 > argc) {
- fprintf(stderr,
-"Usage: samtools bamshuf [-Ou] [-n nFiles] [-c cLevel] <in.bam> <out.prefix>\n\n"
-"Options: -O output to stdout\n"
-" -u uncompressed BAM output\n"
-" -l INT compression level [%d]\n" // DEF_CLEVEL
-" -n INT number of temporary files [%d]\n", // n_files
- DEF_CLEVEL, n_files);
- return 1;
- }
- return bamshuf(argv[optind], n_files, argv[optind+1], clevel, is_stdout);
-}
diff --git a/samtools/bedcov.c b/samtools/bedcov.c
deleted file mode 100644
index 13e7d2a..0000000
--- a/samtools/bedcov.c
+++ /dev/null
@@ -1,156 +0,0 @@
-/* bedcov.c -- bedcov subcommand.
-
- Copyright (C) 2012 Broad Institute.
- Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <zlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <ctype.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <unistd.h>
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "htslib/sam.h"
-
-#include "htslib/kseq.h"
-KSTREAM_INIT(gzFile, gzread, 16384)
-
-typedef struct {
- htsFile *fp;
- bam_hdr_t *header;
- hts_itr_t *iter;
- int min_mapQ;
-} aux_t;
-
-static int read_bam(void *data, bam1_t *b)
-{
- aux_t *aux = (aux_t*)data; // data in fact is a pointer to an auxiliary structure
- int ret;
- while (1)
- {
- ret = aux->iter? sam_itr_next(aux->fp, aux->iter, b) : sam_read1(aux->fp, aux->header, b);
- if ( ret<0 ) break;
- if ( b->core.flag & (BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP) ) continue;
- if ( (int)b->core.qual < aux->min_mapQ ) continue;
- break;
- }
- return ret;
-}
-
-int main_bedcov(int argc, char *argv[])
-{
- gzFile fp;
- kstring_t str;
- kstream_t *ks;
- hts_idx_t **idx;
- aux_t **aux;
- int *n_plp, dret, i, n, c, min_mapQ = 0;
- int64_t *cnt;
- const bam_pileup1_t **plp;
-
- while ((c = getopt(argc, argv, "Q:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'Q': min_mapQ = atoi(optarg); break;
- }
- }
- if (optind + 2 > argc) {
- fprintf(stderr, "Usage: samtools bedcov <in.bed> <in1.bam> [...]\n");
- return 1;
- }
- memset(&str, 0, sizeof(kstring_t));
- n = argc - optind - 1;
- aux = calloc(n, sizeof(aux_t*));
- idx = calloc(n, sizeof(hts_idx_t*));
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- aux[i] = calloc(1, sizeof(aux_t));
- aux[i]->min_mapQ = min_mapQ;
- aux[i]->fp = sam_open(argv[i+optind+1], "r");
- idx[i] = sam_index_load(aux[i]->fp, argv[i+optind+1]);
- if (aux[i]->fp == 0 || idx[i] == 0) {
- fprintf(stderr, "ERROR: fail to open index BAM file '%s'\n", argv[i+optind+1]);
- return 2;
- }
- // TODO bgzf_set_cache_size(aux[i]->fp, 20);
- aux[i]->header = sam_hdr_read(aux[i]->fp);
- }
- cnt = calloc(n, 8);
-
- fp = gzopen(argv[optind], "rb");
- ks = ks_init(fp);
- n_plp = calloc(n, sizeof(int));
- plp = calloc(n, sizeof(bam_pileup1_t*));
- while (ks_getuntil(ks, KS_SEP_LINE, &str, &dret) >= 0) {
- char *p, *q;
- int tid, beg, end, pos;
- bam_mplp_t mplp;
-
- for (p = q = str.s; *p && *p != '\t'; ++p);
- if (*p != '\t') goto bed_error;
- *p = 0; tid = bam_name2id(aux[0]->header, q); *p = '\t';
- if (tid < 0) goto bed_error;
- for (q = p = p + 1; isdigit(*p); ++p);
- if (*p != '\t') goto bed_error;
- *p = 0; beg = atoi(q); *p = '\t';
- for (q = p = p + 1; isdigit(*p); ++p);
- if (*p == '\t' || *p == 0) {
- int c = *p;
- *p = 0; end = atoi(q); *p = c;
- } else goto bed_error;
-
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- if (aux[i]->iter) hts_itr_destroy(aux[i]->iter);
- aux[i]->iter = sam_itr_queryi(idx[i], tid, beg, end);
- }
- mplp = bam_mplp_init(n, read_bam, (void**)aux);
- bam_mplp_set_maxcnt(mplp, 64000);
- memset(cnt, 0, 8 * n);
- while (bam_mplp_auto(mplp, &tid, &pos, n_plp, plp) > 0)
- if (pos >= beg && pos < end)
- for (i = 0; i < n; ++i) cnt[i] += n_plp[i];
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- kputc('\t', &str);
- kputl(cnt[i], &str);
- }
- puts(str.s);
- bam_mplp_destroy(mplp);
- continue;
-
-bed_error:
- fprintf(stderr, "Errors in BED line '%s'\n", str.s);
- }
- free(n_plp); free(plp);
- ks_destroy(ks);
- gzclose(fp);
-
- free(cnt);
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- if (aux[i]->iter) hts_itr_destroy(aux[i]->iter);
- hts_idx_destroy(idx[i]);
- bam_hdr_destroy(aux[i]->header);
- sam_close(aux[i]->fp);
- free(aux[i]);
- }
- free(aux); free(idx);
- free(str.s);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/bedidx.c b/samtools/bedidx.c
deleted file mode 100644
index 627783e..0000000
--- a/samtools/bedidx.c
+++ /dev/null
@@ -1,258 +0,0 @@
-/* bedidx.c -- BED file indexing.
-
- Copyright (C) 2011 Broad Institute.
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <stdint.h>
-#include <string.h>
-#include <stdio.h>
-#include <errno.h>
-#include <zlib.h>
-
-#ifdef _WIN32
-#define drand48() ((double)rand() / RAND_MAX)
-#endif
-
-#include "htslib/ksort.h"
-KSORT_INIT_GENERIC(uint64_t)
-
-#include "htslib/kseq.h"
-KSTREAM_INIT(gzFile, gzread, 8192)
-
-typedef struct {
- int n, m;
- uint64_t *a;
- int *idx;
-} bed_reglist_t;
-
-#include "htslib/khash.h"
-KHASH_MAP_INIT_STR(reg, bed_reglist_t)
-
-#define LIDX_SHIFT 13
-
-typedef kh_reg_t reghash_t;
-
-void bed_destroy(void *_h);
-
-
-int *bed_index_core(int n, uint64_t *a, int *n_idx)
-{
- int i, j, m, *idx;
- m = *n_idx = 0; idx = 0;
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- int beg, end;
- beg = a[i]>>32 >> LIDX_SHIFT; end = ((uint32_t)a[i]) >> LIDX_SHIFT;
- if (m < end + 1) {
- int oldm = m;
- m = end + 1;
- kroundup32(m);
- idx = realloc(idx, m * sizeof(int));
- for (j = oldm; j < m; ++j) idx[j] = -1;
- }
- if (beg == end) {
- if (idx[beg] < 0) idx[beg] = i;
- } else {
- for (j = beg; j <= end; ++j)
- if (idx[j] < 0) idx[j] = i;
- }
- *n_idx = end + 1;
- }
- return idx;
-}
-
-void bed_index(void *_h)
-{
- reghash_t *h = (reghash_t*)_h;
- khint_t k;
- for (k = 0; k < kh_end(h); ++k) {
- if (kh_exist(h, k)) {
- bed_reglist_t *p = &kh_val(h, k);
- if (p->idx) free(p->idx);
- ks_introsort(uint64_t, p->n, p->a);
- p->idx = bed_index_core(p->n, p->a, &p->m);
- }
- }
-}
-
-int bed_overlap_core(const bed_reglist_t *p, int beg, int end)
-{
- int i, min_off;
- if (p->n == 0) return 0;
- min_off = (beg>>LIDX_SHIFT >= p->n)? p->idx[p->n-1] : p->idx[beg>>LIDX_SHIFT];
- if (min_off < 0) { // TODO: this block can be improved, but speed should not matter too much here
- int n = beg>>LIDX_SHIFT;
- if (n > p->n) n = p->n;
- for (i = n - 1; i >= 0; --i)
- if (p->idx[i] >= 0) break;
- min_off = i >= 0? p->idx[i] : 0;
- }
- for (i = min_off; i < p->n; ++i) {
- if ((int)(p->a[i]>>32) >= end) break; // out of range; no need to proceed
- if ((int32_t)p->a[i] > beg && (int32_t)(p->a[i]>>32) < end)
- return 1; // find the overlap; return
- }
- return 0;
-}
-
-int bed_overlap(const void *_h, const char *chr, int beg, int end)
-{
- const reghash_t *h = (const reghash_t*)_h;
- khint_t k;
- if (!h) return 0;
- k = kh_get(reg, h, chr);
- if (k == kh_end(h)) return 0;
- return bed_overlap_core(&kh_val(h, k), beg, end);
-}
-
-/* "BED" file reader, which actually reads two different formats.
-
- BED files contain between three and nine fields per line, of which
- only the first three (reference, start, end) are of interest to us.
- BED counts positions from base 0, and the end is the base after the
- region of interest. While not properly documented in the specification,
- it is also possible to have 'browser' and 'track' lines in BED files that
- do not follow the standard format and should be ignored. Examination
- of the BED file reading code in
- http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/?p=kent.git shows that BED
- files can also have comment lines starting with '#', leading whitespace
- is stripped, and that fields are separated by one or more consecutive
- whitespace characters.
-
- The alternative format was originally for reading positions in VCF
- format. This expects two columns, which indicate the reference and
- a position. The position corresponds to a single base, and unlike
- BED counts from 1.
-
- Which format is in use is determined based on whether one or two
- numbers can be decoded on the line. As this choice is made line-by-line
- in this implementation, it is possible (but probably a bad idea) to mix
- both formats in the same file. If trying to read a VCF file by this
- method, it would be important to ensure that the third column (ID) does
- not contain any entries that start with a digit, to avoid the line
- erroneously being parsed as a BED file entry.
-
- The BED specification is at http://www.genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html
- The VCF specification is at https://github.com/samtools/hts-specs
- */
-
-void *bed_read(const char *fn)
-{
- reghash_t *h = kh_init(reg);
- gzFile fp;
- kstream_t *ks = NULL;
- int dret;
- unsigned int line = 0;
- kstring_t str = { 0, 0, NULL };
-
- if (NULL == h) return NULL;
- // read the list
- fp = strcmp(fn, "-")? gzopen(fn, "r") : gzdopen(fileno(stdin), "r");
- if (fp == 0) return 0;
- ks = ks_init(fp);
- if (NULL == ks) goto fail; // In case ks_init ever gets error checking...
- while (ks_getuntil(ks, KS_SEP_LINE, &str, &dret) > 0) { // read a line
- char *ref = str.s, *ref_end;
- unsigned int beg = 0, end = 0;
- int num = 0;
- khint_t k;
- bed_reglist_t *p;
-
- line++;
- while (*ref && isspace(*ref)) ref++;
- if ('\0' == *ref) continue; // Skip blank lines
- if ('#' == *ref) continue; // Skip BED file comments
- ref_end = ref; // look for the end of the reference name
- while (*ref_end && !isspace(*ref_end)) ref_end++;
- if ('\0' != *ref_end) {
- *ref_end = '\0'; // terminate ref and look for start, end
- num = sscanf(ref_end + 1, "%u %u", &beg, &end);
- }
- if (1 == num) { // VCF-style format
- end = beg--; // Counts from 1 instead of 0 for BED files
- }
- if (num < 1 || end < beg) {
- // These two are special lines that can occur in BED files.
- // Check for them here instead of earlier in case someone really
- // has called their reference "browser" or "track".
- if (0 == strcmp(ref, "browser")) continue;
- if (0 == strcmp(ref, "track")) continue;
- fprintf(stderr, "[bed_read] Parse error reading %s at line %u\n",
- fn, line);
- goto fail_no_msg;
- }
-
- // Put reg in the hash table if not already there
- k = kh_get(reg, h, ref);
- if (k == kh_end(h)) { // absent from the hash table
- int ret;
- char *s = strdup(ref);
- if (NULL == s) goto fail;
- k = kh_put(reg, h, s, &ret);
- if (-1 == ret) {
- free(s);
- goto fail;
- }
- memset(&kh_val(h, k), 0, sizeof(bed_reglist_t));
- }
- p = &kh_val(h, k);
-
- // Add begin,end to the list
- if (p->n == p->m) {
- p->m = p->m? p->m<<1 : 4;
- p->a = realloc(p->a, p->m * 8);
- if (NULL == p->a) goto fail;
- }
- p->a[p->n++] = (uint64_t)beg<<32 | end;
- }
- // FIXME: Need to check for errors in ks_getuntil. At the moment it
- // doesn't look like it can return one. Possibly use gzgets instead?
-
- ks_destroy(ks);
- gzclose(fp);
- free(str.s);
- bed_index(h);
- return h;
- fail:
- fprintf(stderr, "[bed_read] Error reading %s : %s\n", fn, strerror(errno));
- fail_no_msg:
- if (ks) ks_destroy(ks);
- if (fp) gzclose(fp);
- free(str.s);
- bed_destroy(h);
- return NULL;
-}
-
-void bed_destroy(void *_h)
-{
- reghash_t *h = (reghash_t*)_h;
- khint_t k;
- for (k = 0; k < kh_end(h); ++k) {
- if (kh_exist(h, k)) {
- free(kh_val(h, k).a);
- free(kh_val(h, k).idx);
- free((char*)kh_key(h, k));
- }
- }
- kh_destroy(reg, h);
-}
diff --git a/samtools/cut_target.c b/samtools/cut_target.c
deleted file mode 100644
index e160277..0000000
--- a/samtools/cut_target.c
+++ /dev/null
@@ -1,224 +0,0 @@
-/* cut_target.c -- targetcut subcommand.
-
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-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
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-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <unistd.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include "bam.h"
-#include "errmod.h"
-#include "htslib/faidx.h"
-
-#define ERR_DEP 0.83
-
-typedef struct {
- int e[2][3], p[2][2];
-} score_param_t;
-
-/* Note that although the two matrics have 10 parameters in total, only 4
- * (probably 3) are free. Changing the scoring matrices in a sort of symmetric
- * way will not change the result. */
-static score_param_t g_param = { {{0,0,0},{-4,1,6}}, {{0,-14000}, {0,0}} };
-
-typedef struct {
- int min_baseQ, tid, max_bases;
- uint16_t *bases;
- bamFile fp;
- bam_header_t *h;
- char *ref;
- faidx_t *fai;
- errmod_t *em;
-} ct_t;
-
-static uint16_t gencns(ct_t *g, int n, const bam_pileup1_t *plp)
-{
- extern const char bam_nt16_nt4_table[];
- int i, j, ret, tmp, k, sum[4], qual;
- float q[16];
- if (n > g->max_bases) { // enlarge g->bases
- g->max_bases = n;
- kroundup32(g->max_bases);
- g->bases = realloc(g->bases, g->max_bases * 2);
- }
- for (i = k = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = plp + i;
- uint8_t *seq;
- int q, baseQ, b;
- if (p->is_refskip || p->is_del) continue;
- baseQ = bam1_qual(p->b)[p->qpos];
- if (baseQ < g->min_baseQ) continue;
- seq = bam1_seq(p->b);
- b = bam_nt16_nt4_table[bam1_seqi(seq, p->qpos)];
- if (b > 3) continue;
- q = baseQ < p->b->core.qual? baseQ : p->b->core.qual;
- if (q < 4) q = 4;
- if (q > 63) q = 63;
- g->bases[k++] = q<<5 | bam1_strand(p->b)<<4 | b;
- }
- if (k == 0) return 0;
- errmod_cal(g->em, k, 4, g->bases, q);
- for (i = 0; i < 4; ++i) sum[i] = (int)(q[i<<2|i] + .499) << 2 | i;
- for (i = 1; i < 4; ++i) // insertion sort
- for (j = i; j > 0 && sum[j] < sum[j-1]; --j)
- tmp = sum[j], sum[j] = sum[j-1], sum[j-1] = tmp;
- qual = (sum[1]>>2) - (sum[0]>>2);
- k = k < 256? k : 255;
- ret = (qual < 63? qual : 63) << 2 | (sum[0]&3);
- return ret<<8|k;
-}
-
-static void process_cns(bam_header_t *h, int tid, int l, uint16_t *cns)
-{
- int i, f[2][2], *prev, *curr, *swap_tmp, s;
- uint8_t *b; // backtrack array
- b = calloc(l, 1);
- f[0][0] = f[0][1] = 0;
- prev = f[0]; curr = f[1];
- // fill the backtrack matrix
- for (i = 0; i < l; ++i) {
- int c = (cns[i] == 0)? 0 : (cns[i]>>8 == 0)? 1 : 2;
- int tmp0, tmp1;
- // compute f[0]
- tmp0 = prev[0] + g_param.e[0][c] + g_param.p[0][0]; // (s[i+1],s[i])=(0,0)
- tmp1 = prev[1] + g_param.e[0][c] + g_param.p[1][0]; // (0,1)
- if (tmp0 > tmp1) curr[0] = tmp0, b[i] = 0;
- else curr[0] = tmp1, b[i] = 1;
- // compute f[1]
- tmp0 = prev[0] + g_param.e[1][c] + g_param.p[0][1]; // (s[i+1],s[i])=(1,0)
- tmp1 = prev[1] + g_param.e[1][c] + g_param.p[1][1]; // (1,1)
- if (tmp0 > tmp1) curr[1] = tmp0, b[i] |= 0<<1;
- else curr[1] = tmp1, b[i] |= 1<<1;
- // swap
- swap_tmp = prev; prev = curr; curr = swap_tmp;
- }
- // backtrack
- s = prev[0] > prev[1]? 0 : 1;
- for (i = l - 1; i > 0; --i) {
- b[i] |= s<<2;
- s = b[i]>>s&1;
- }
- // print
- for (i = 0, s = -1; i <= l; ++i) {
- if (i == l || ((b[i]>>2&3) == 0 && s >= 0)) {
- if (s >= 0) {
- int j;
- printf("%s:%d-%d\t0\t%s\t%d\t60\t%dM\t*\t0\t0\t", h->target_name[tid], s+1, i, h->target_name[tid], s+1, i-s);
- for (j = s; j < i; ++j) {
- int c = cns[j]>>8;
- if (c == 0) putchar('N');
- else putchar("ACGT"[c&3]);
- }
- putchar('\t');
- for (j = s; j < i; ++j)
- putchar(33 + (cns[j]>>8>>2));
- putchar('\n');
- }
- //if (s >= 0) printf("%s\t%d\t%d\t%d\n", h->target_name[tid], s, i, i - s);
- s = -1;
- } else if ((b[i]>>2&3) && s < 0) s = i;
- }
- free(b);
-}
-
-static int read_aln(void *data, bam1_t *b)
-{
- extern int bam_prob_realn_core(bam1_t *b, const char *ref, int flag);
- ct_t *g = (ct_t*)data;
- int ret, len;
- while (1)
- {
- ret = bam_read1(g->fp, b);
- if ( ret<0 ) break;
- if ( b->core.flag & (BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP) ) continue;
- if ( g->fai && b->core.tid >= 0 ) {
- if (b->core.tid != g->tid) { // then load the sequence
- free(g->ref);
- g->ref = fai_fetch(g->fai, g->h->target_name[b->core.tid], &len);
- g->tid = b->core.tid;
- }
- bam_prob_realn_core(b, g->ref, 1<<1|1);
- }
- break;
- }
- return ret;
-}
-
-int main_cut_target(int argc, char *argv[])
-{
- int c, tid, pos, n, lasttid = -1, l, max_l;
- const bam_pileup1_t *p;
- bam_plp_t plp;
- uint16_t *cns;
- ct_t g;
-
- memset(&g, 0, sizeof(ct_t));
- g.min_baseQ = 13; g.tid = -1;
- while ((c = getopt(argc, argv, "f:Q:i:o:0:1:2:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'Q': g.min_baseQ = atoi(optarg); break; // quality cutoff
- case 'i': g_param.p[0][1] = -atoi(optarg); break; // 0->1 transition (in) PENALTY
- case '0': g_param.e[1][0] = atoi(optarg); break; // emission SCORE
- case '1': g_param.e[1][1] = atoi(optarg); break;
- case '2': g_param.e[1][2] = atoi(optarg); break;
- case 'f': g.fai = fai_load(optarg);
- if (g.fai == 0) fprintf(stderr, "[%s] fail to load the fasta index.\n", __func__);
- break;
- }
- }
- if (argc == optind) {
- fprintf(stderr, "Usage: samtools targetcut [-Q minQ] [-i inPen] [-0 em0] [-1 em1] [-2 em2] [-f ref] <in.bam>\n");
- return 1;
- }
- l = max_l = 0; cns = 0;
- g.fp = strcmp(argv[optind], "-")? bam_open(argv[optind], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
- g.h = bam_header_read(g.fp);
- g.em = errmod_init(1. - ERR_DEP);
- plp = bam_plp_init(read_aln, &g);
- while ((p = bam_plp_auto(plp, &tid, &pos, &n)) != 0) {
- if (tid < 0) break;
- if (tid != lasttid) { // change of chromosome
- if (cns) process_cns(g.h, lasttid, l, cns);
- if (max_l < g.h->target_len[tid]) {
- max_l = g.h->target_len[tid];
- kroundup32(max_l);
- cns = realloc(cns, max_l * 2);
- }
- l = g.h->target_len[tid];
- memset(cns, 0, max_l * 2);
- lasttid = tid;
- }
- cns[pos] = gencns(&g, n, p);
- }
- process_cns(g.h, lasttid, l, cns);
- free(cns);
- bam_header_destroy(g.h);
- bam_plp_destroy(plp);
- bam_close(g.fp);
- if (g.fai) {
- fai_destroy(g.fai); free(g.ref);
- }
- errmod_destroy(g.em);
- free(g.bases);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/errmod.c b/samtools/errmod.c
deleted file mode 100644
index 9f5740b..0000000
--- a/samtools/errmod.c
+++ /dev/null
@@ -1,193 +0,0 @@
-/* errmod.c -- revised MAQ error model.
-
- Copyright (C) 2010 Broad Institute.
- Copyright (C) 2012, 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
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-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <math.h>
-#include "errmod.h"
-#include "htslib/ksort.h"
-KSORT_INIT_GENERIC(uint16_t)
-
-/* table of constants generated for given depcorr and eta */
-typedef struct __errmod_coef_t {
- double *fk, *beta, *lhet;
-} errmod_coef_t;
-
-typedef struct {
- double fsum[16], bsum[16];
- uint32_t c[16];
-} call_aux_t;
-
-/* \Gamma(n) = (n-1)! */
-#define lfact(n) lgamma(n+1)
-
-/* generates a success * trials table of bionomial probability densities (log transformed) */
-static double* logbinomial_table( const int n_size )
-{
- /* prob distribution for binom var is p(k) = {n! \over k! (n-k)! } p^k (1-p)^{n-k} */
- /* this calcs p(k) = {log(n!) - log(k!) - log((n-k)!) */
- int k, n;
- double *logbinom = (double*)calloc(n_size * n_size, sizeof(double));
- for (n = 1; n < n_size; ++n) {
- double lfn = lfact(n);
- for (k = 1; k <= n; ++k)
- logbinom[n<<8|k] = lfn - lfact(k) - lfact(n-k);
- }
- return logbinom;
-}
-
-static errmod_coef_t *cal_coef(double depcorr, double eta)
-{
- int k, n, q;
- long double sum, sum1;
- double *lC;
- errmod_coef_t *ec;
-
- ec = calloc(1, sizeof(errmod_coef_t));
- // initialize ->fk
- ec->fk = (double*)calloc(256, sizeof(double));
- ec->fk[0] = 1.0;
- for (n = 1; n != 256; ++n)
- ec->fk[n] = pow(1. - depcorr, n) * (1.0 - eta) + eta;
- // initialize ->coef
- ec->beta = (double*)calloc(256 * 256 * 64, sizeof(double));
-
- lC = logbinomial_table( 256 );
-
- for (q = 1; q != 64; ++q) {
- double e = pow(10.0, -q/10.0);
- double le = log(e);
- double le1 = log(1.0 - e);
- for (n = 1; n <= 255; ++n) {
- double *beta = ec->beta + (q<<16|n<<8);
- sum1 = sum = 0.0;
- for (k = n; k >= 0; --k, sum1 = sum) {
- sum = sum1 + expl(lC[n<<8|k] + k*le + (n-k)*le1);
- beta[k] = -10. / M_LN10 * logl(sum1 / sum);
- }
- }
- }
- // initialize ->lhet
- ec->lhet = (double*)calloc(256 * 256, sizeof(double));
- for (n = 0; n < 256; ++n)
- for (k = 0; k < 256; ++k)
- ec->lhet[n<<8|k] = lC[n<<8|k] - M_LN2 * n;
- free(lC);
- return ec;
-}
-
-/**
- * Create errmod_t object with obj.depcorr set to depcorr and initialise
- */
-errmod_t *errmod_init(double depcorr)
-{
- errmod_t *em;
- em = (errmod_t*)calloc(1, sizeof(errmod_t));
- em->depcorr = depcorr;
- em->coef = cal_coef(depcorr, 0.03);
- return em;
-}
-
-/**
- * Deallocate an errmod_t object
- */
-void errmod_destroy(errmod_t *em)
-{
- if (em == 0) return;
- free(em->coef->lhet); free(em->coef->fk); free(em->coef->beta);
- free(em->coef); free(em);
-}
-
-//
-// em: error model to fit to data
-// m: number of alleles across all samples
-// n: number of bases observed in sample
-// bases[i]: bases observed in pileup [6 bit quality|1 bit strand|4 bit base]
-// q[i*m+j]: (Output) phred-scaled likelihood of each genotype (i,j)
-int errmod_cal(const errmod_t *em, int n, int m, uint16_t *bases, float *q)
-{
- // Aux
- // aux.c is total count of each base observed (ignoring strand)
- call_aux_t aux;
- // Loop variables
- int i, j, k;
- // The total count of each base observed per strand
- int w[32];
-
- /* zero out q */
- memset(q, 0, m * m * sizeof(float));
- if (n == 0) return 0;
- // calculate aux.esum and aux.fsum
- if (n > 255) { // then sample 255 bases
- ks_shuffle(uint16_t, n, bases);
- n = 255;
- }
- ks_introsort(uint16_t, n, bases);
- /* zero out w and aux */
- memset(w, 0, 32 * sizeof(int));
- memset(&aux, 0, sizeof(call_aux_t));
-
- for (j = n - 1; j >= 0; --j) { // calculate esum and fsum
- uint16_t b = bases[j];
- /* extract quality and cap at 63 */
- int qual = b>>5 < 4? 4 : b>>5;
- if (qual > 63) qual = 63;
- /* extract base ORed with strand */
- int basestrand = b&0x1f;
- /* extract base */
- int base = b&0xf;
- aux.fsum[base] += em->coef->fk[w[basestrand]];
- aux.bsum[base] += em->coef->fk[w[basestrand]] * em->coef->beta[qual<<16|n<<8|aux.c[base]];
- ++aux.c[base];
- ++w[basestrand];
- }
-
- // generate likelihood
- for (j = 0; j < m; ++j) {
- float tmp1, tmp3;
- int tmp2;
- // homozygous
- for (k = 0, tmp1 = tmp3 = 0.0, tmp2 = 0; k < m; ++k) {
- if (k == j) continue;
- tmp1 += aux.bsum[k]; tmp2 += aux.c[k]; tmp3 += aux.fsum[k];
- }
- if (tmp2) {
- q[j*m+j] = tmp1;
- }
- // heterozygous
- for (k = j + 1; k < m; ++k) {
- int cjk = aux.c[j] + aux.c[k];
- for (i = 0, tmp2 = 0, tmp1 = tmp3 = 0.0; i < m; ++i) {
- if (i == j || i == k) continue;
- tmp1 += aux.bsum[i]; tmp2 += aux.c[i]; tmp3 += aux.fsum[i];
- }
- if (tmp2) {
- q[j*m+k] = q[k*m+j] = -4.343 * em->coef->lhet[cjk<<8|aux.c[k]] + tmp1;
- } else q[j*m+k] = q[k*m+j] = -4.343 * em->coef->lhet[cjk<<8|aux.c[k]]; // all the bases are either j or k
- }
- /* clamp to greater than 0 */
- for (k = 0; k < m; ++k) if (q[j*m+k] < 0.0) q[j*m+k] = 0.0;
- }
-
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/faidx.c b/samtools/faidx.c
deleted file mode 100644
index dcc1041..0000000
--- a/samtools/faidx.c
+++ /dev/null
@@ -1,95 +0,0 @@
-/* faidx.c -- faidx subcommand.
-
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- Portions copyright (C) 2011 Broad Institute.
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-#include <ctype.h>
-#include <string.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdint.h>
-#include <unistd.h>
-#include <stdarg.h>
-#include <htslib/faidx.h>
-
-static void error(const char *format, ...)
-{
- if ( format )
- {
- va_list ap;
- va_start(ap, format);
- vfprintf(stderr, format, ap);
- va_end(ap);
- }
- else
- {
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools faidx <file.fa|file.fa.gz> [<reg> [...]]\n");
- fprintf(stderr, "\n");
- }
- exit(-1);
-}
-
-
-int faidx_main(int argc, char *argv[])
-{
- int c;
- while((c = getopt(argc, argv, "h")) >= 0)
- {
- switch(c)
- {
- case 'h':
- default:
- error(NULL);
- }
- }
- if ( argc==optind )
- error(NULL);
- if ( argc==2 )
- {
- fai_build(argv[optind]);
- return 0;
- }
-
- faidx_t *fai = fai_load(argv[optind]);
- if ( !fai ) error("Could not load fai index of %s\n", argv[optind]);
-
- while ( ++optind<argc )
- {
- printf(">%s\n", argv[optind]);
- int i, j, seq_len;
- char *seq = fai_fetch(fai, argv[optind], &seq_len);
- if ( seq_len < 0 ) error("Failed to fetch sequence in %s\n", argv[optind]);
- for (i=0; i<seq_len; i+=60)
- {
- for (j=0; j<60 && i+j<seq_len; j++)
- putchar(seq[i+j]);
- putchar('\n');
- }
- free(seq);
- }
- fai_destroy(fai);
-
- return 0;
-}
-
diff --git a/samtools/kaln.c b/samtools/kaln.c
deleted file mode 100644
index cd4826e..0000000
--- a/samtools/kaln.c
+++ /dev/null
@@ -1,486 +0,0 @@
-/* The MIT License
-
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-
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- ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
- CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
- SOFTWARE.
-*/
-
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
-#include <stdint.h>
-#include <math.h>
-#include "kaln.h"
-
-#define FROM_M 0
-#define FROM_I 1
-#define FROM_D 2
-
-typedef struct {
- int i, j;
- unsigned char ctype;
-} path_t;
-
-int aln_sm_blosum62[] = {
-/* A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V * X */
- 4,-1,-2,-2, 0,-1,-1, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 0,-3,-2, 0,-4, 0,
- -1, 5, 0,-2,-3, 1, 0,-2, 0,-3,-2, 2,-1,-3,-2,-1,-1,-3,-2,-3,-4,-1,
- -2, 0, 6, 1,-3, 0, 0, 0, 1,-3,-3, 0,-2,-3,-2, 1, 0,-4,-2,-3,-4,-1,
- -2,-2, 1, 6,-3, 0, 2,-1,-1,-3,-4,-1,-3,-3,-1, 0,-1,-4,-3,-3,-4,-1,
- 0,-3,-3,-3, 9,-3,-4,-3,-3,-1,-1,-3,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-1,-4,-2,
- -1, 1, 0, 0,-3, 5, 2,-2, 0,-3,-2, 1, 0,-3,-1, 0,-1,-2,-1,-2,-4,-1,
- -1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-2,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2,-4,-1,
- 0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,-2,-4,-4,-2,-3,-3,-2, 0,-2,-2,-3,-3,-4,-1,
- -2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8,-3,-3,-1,-2,-1,-2,-1,-2,-2, 2,-3,-4,-1,
- -1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4, 2,-3, 1, 0,-3,-2,-1,-3,-1, 3,-4,-1,
- -1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,-2, 2, 0,-3,-2,-1,-2,-1, 1,-4,-1,
- -1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2,-4,-1,
- -1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5, 0,-2,-1,-1,-1,-1, 1,-4,-1,
- -2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,-4,-2,-2, 1, 3,-1,-4,-1,
- -1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,-1,-1,-4,-3,-2,-4,-2,
- 1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4, 1,-3,-2,-2,-4, 0,
- 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,-2,-2, 0,-4, 0,
- -3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11, 2,-3,-4,-2,
- -2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,-1,-4,-1,
- 0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,-4,-1,
- -4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4, 1,-4,
- 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-4,-1
-};
-
-int aln_sm_blast[] = {
- 1, -3, -3, -3, -2,
- -3, 1, -3, -3, -2,
- -3, -3, 1, -3, -2,
- -3, -3, -3, 1, -2,
- -2, -2, -2, -2, -2
-};
-
-int aln_sm_qual[] = {
- 0, -23, -23, -23, 0,
- -23, 0, -23, -23, 0,
- -23, -23, 0, -23, 0,
- -23, -23, -23, 0, 0,
- 0, 0, 0, 0, 0
-};
-
-ka_param_t ka_param_blast = { 5, 2, 5, 2, aln_sm_blast, 5, 50 };
-ka_param_t ka_param_aa2aa = { 10, 2, 10, 2, aln_sm_blosum62, 22, 50 };
-
-ka_param2_t ka_param2_qual = { 37, 11, 37, 11, 37, 11, 0, 0, aln_sm_qual, 5, 50 };
-
-static uint32_t *ka_path2cigar32(const path_t *path, int path_len, int *n_cigar)
-{
- int i, n;
- uint32_t *cigar;
- unsigned char last_type;
-
- if (path_len == 0 || path == 0) {
- *n_cigar = 0;
- return 0;
- }
-
- last_type = path->ctype;
- for (i = n = 1; i < path_len; ++i) {
- if (last_type != path[i].ctype) ++n;
- last_type = path[i].ctype;
- }
- *n_cigar = n;
- cigar = (uint32_t*)calloc(*n_cigar, 4);
-
- cigar[0] = 1u << 4 | path[path_len-1].ctype;
- last_type = path[path_len-1].ctype;
- for (i = path_len - 2, n = 0; i >= 0; --i) {
- if (path[i].ctype == last_type) cigar[n] += 1u << 4;
- else {
- cigar[++n] = 1u << 4 | path[i].ctype;
- last_type = path[i].ctype;
- }
- }
-
- return cigar;
-}
-
-/***************************/
-/* START OF common_align.c */
-/***************************/
-
-#define SET_INF(s) (s).M = (s).I = (s).D = MINOR_INF;
-
-#define set_M(MM, cur, p, sc) \
-{ \
- if ((p)->M >= (p)->I) { \
- if ((p)->M >= (p)->D) { \
- (MM) = (p)->M + (sc); (cur)->Mt = FROM_M; \
- } else { \
- (MM) = (p)->D + (sc); (cur)->Mt = FROM_D; \
- } \
- } else { \
- if ((p)->I > (p)->D) { \
- (MM) = (p)->I + (sc); (cur)->Mt = FROM_I; \
- } else { \
- (MM) = (p)->D + (sc); (cur)->Mt = FROM_D; \
- } \
- } \
-}
-#define set_I(II, cur, p) \
-{ \
- if ((p)->M - gap_open > (p)->I) { \
- (cur)->It = FROM_M; \
- (II) = (p)->M - gap_open - gap_ext; \
- } else { \
- (cur)->It = FROM_I; \
- (II) = (p)->I - gap_ext; \
- } \
-}
-#define set_end_I(II, cur, p) \
-{ \
- if (gap_end_ext >= 0) { \
- if ((p)->M - gap_end_open > (p)->I) { \
- (cur)->It = FROM_M; \
- (II) = (p)->M - gap_end_open - gap_end_ext; \
- } else { \
- (cur)->It = FROM_I; \
- (II) = (p)->I - gap_end_ext; \
- } \
- } else set_I(II, cur, p); \
-}
-#define set_D(DD, cur, p) \
-{ \
- if ((p)->M - gap_open > (p)->D) { \
- (cur)->Dt = FROM_M; \
- (DD) = (p)->M - gap_open - gap_ext; \
- } else { \
- (cur)->Dt = FROM_D; \
- (DD) = (p)->D - gap_ext; \
- } \
-}
-#define set_end_D(DD, cur, p) \
-{ \
- if (gap_end_ext >= 0) { \
- if ((p)->M - gap_end_open > (p)->D) { \
- (cur)->Dt = FROM_M; \
- (DD) = (p)->M - gap_end_open - gap_end_ext; \
- } else { \
- (cur)->Dt = FROM_D; \
- (DD) = (p)->D - gap_end_ext; \
- } \
- } else set_D(DD, cur, p); \
-}
-
-typedef struct {
- uint8_t Mt:3, It:2, Dt:3;
-} dpcell_t;
-
-typedef struct {
- int M, I, D;
-} dpscore_t;
-
-/***************************
- * banded global alignment *
- ***************************/
-uint32_t *ka_global_core(uint8_t *seq1, int len1, uint8_t *seq2, int len2, const ka_param_t *ap, int *_score, int *n_cigar)
-{
- int i, j;
- dpcell_t **dpcell, *q;
- dpscore_t *curr, *last, *s;
- int b1, b2, tmp_end;
- int *mat, end, max = 0;
- uint8_t type, ctype;
- uint32_t *cigar = 0;
-
- int gap_open, gap_ext, gap_end_open, gap_end_ext, b;
- int *score_matrix, N_MATRIX_ROW;
-
- /* initialize some align-related parameters. just for compatibility */
- gap_open = ap->gap_open;
- gap_ext = ap->gap_ext;
- gap_end_open = ap->gap_end_open;
- gap_end_ext = ap->gap_end_ext;
- b = ap->band_width;
- score_matrix = ap->matrix;
- N_MATRIX_ROW = ap->row;
-
- if (n_cigar) *n_cigar = 0;
- if (len1 == 0 || len2 == 0) return 0;
-
- /* calculate b1 and b2 */
- if (len1 > len2) {
- b1 = len1 - len2 + b;
- b2 = b;
- } else {
- b1 = b;
- b2 = len2 - len1 + b;
- }
- if (b1 > len1) b1 = len1;
- if (b2 > len2) b2 = len2;
- --seq1; --seq2;
-
- /* allocate memory */
- end = (b1 + b2 <= len1)? (b1 + b2 + 1) : (len1 + 1);
- dpcell = (dpcell_t**)malloc(sizeof(dpcell_t*) * (len2 + 1));
- for (j = 0; j <= len2; ++j)
- dpcell[j] = (dpcell_t*)malloc(sizeof(dpcell_t) * end);
- for (j = b2 + 1; j <= len2; ++j)
- dpcell[j] -= j - b2;
- curr = (dpscore_t*)malloc(sizeof(dpscore_t) * (len1 + 1));
- last = (dpscore_t*)malloc(sizeof(dpscore_t) * (len1 + 1));
-
- /* set first row */
- SET_INF(*curr); curr->M = 0;
- for (i = 1, s = curr + 1; i < b1; ++i, ++s) {
- SET_INF(*s);
- set_end_D(s->D, dpcell[0] + i, s - 1);
- }
- s = curr; curr = last; last = s;
-
- /* core dynamic programming, part 1 */
- tmp_end = (b2 < len2)? b2 : len2 - 1;
- for (j = 1; j <= tmp_end; ++j) {
- q = dpcell[j]; s = curr; SET_INF(*s);
- set_end_I(s->I, q, last);
- end = (j + b1 <= len1 + 1)? (j + b1 - 1) : len1;
- mat = score_matrix + seq2[j] * N_MATRIX_ROW;
- ++s; ++q;
- for (i = 1; i != end; ++i, ++s, ++q) {
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]); /* this will change s->M ! */
- set_I(s->I, q, last + i);
- set_D(s->D, q, s - 1);
- }
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]);
- set_D(s->D, q, s - 1);
- if (j + b1 - 1 > len1) { /* bug fixed, 040227 */
- set_end_I(s->I, q, last + i);
- } else s->I = MINOR_INF;
- s = curr; curr = last; last = s;
- }
- /* last row for part 1, use set_end_D() instead of set_D() */
- if (j == len2 && b2 != len2 - 1) {
- q = dpcell[j]; s = curr; SET_INF(*s);
- set_end_I(s->I, q, last);
- end = (j + b1 <= len1 + 1)? (j + b1 - 1) : len1;
- mat = score_matrix + seq2[j] * N_MATRIX_ROW;
- ++s; ++q;
- for (i = 1; i != end; ++i, ++s, ++q) {
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]); /* this will change s->M ! */
- set_I(s->I, q, last + i);
- set_end_D(s->D, q, s - 1);
- }
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]);
- set_end_D(s->D, q, s - 1);
- if (j + b1 - 1 > len1) { /* bug fixed, 040227 */
- set_end_I(s->I, q, last + i);
- } else s->I = MINOR_INF;
- s = curr; curr = last; last = s;
- ++j;
- }
-
- /* core dynamic programming, part 2 */
- for (; j <= len2 - b2 + 1; ++j) {
- SET_INF(curr[j - b2]);
- mat = score_matrix + seq2[j] * N_MATRIX_ROW;
- end = j + b1 - 1;
- for (i = j - b2 + 1, q = dpcell[j] + i, s = curr + i; i != end; ++i, ++s, ++q) {
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]);
- set_I(s->I, q, last + i);
- set_D(s->D, q, s - 1);
- }
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]);
- set_D(s->D, q, s - 1);
- s->I = MINOR_INF;
- s = curr; curr = last; last = s;
- }
-
- /* core dynamic programming, part 3 */
- for (; j < len2; ++j) {
- SET_INF(curr[j - b2]);
- mat = score_matrix + seq2[j] * N_MATRIX_ROW;
- for (i = j - b2 + 1, q = dpcell[j] + i, s = curr + i; i < len1; ++i, ++s, ++q) {
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]);
- set_I(s->I, q, last + i);
- set_D(s->D, q, s - 1);
- }
- set_M(s->M, q, last + len1 - 1, mat[seq1[i]]);
- set_end_I(s->I, q, last + i);
- set_D(s->D, q, s - 1);
- s = curr; curr = last; last = s;
- }
- /* last row */
- if (j == len2) {
- SET_INF(curr[j - b2]);
- mat = score_matrix + seq2[j] * N_MATRIX_ROW;
- for (i = j - b2 + 1, q = dpcell[j] + i, s = curr + i; i < len1; ++i, ++s, ++q) {
- set_M(s->M, q, last + i - 1, mat[seq1[i]]);
- set_I(s->I, q, last + i);
- set_end_D(s->D, q, s - 1);
- }
- set_M(s->M, q, last + len1 - 1, mat[seq1[i]]);
- set_end_I(s->I, q, last + i);
- set_end_D(s->D, q, s - 1);
- s = curr; curr = last; last = s;
- }
-
- *_score = last[len1].M;
- if (n_cigar) { /* backtrace */
- path_t *p, *path = (path_t*)malloc(sizeof(path_t) * (len1 + len2 + 2));
- i = len1; j = len2;
- q = dpcell[j] + i;
- s = last + len1;
- max = s->M; type = q->Mt; ctype = FROM_M;
- if (s->I > max) { max = s->I; type = q->It; ctype = FROM_I; }
- if (s->D > max) { max = s->D; type = q->Dt; ctype = FROM_D; }
-
- p = path;
- p->ctype = ctype; p->i = i; p->j = j; /* bug fixed 040408 */
- ++p;
- do {
- switch (ctype) {
- case FROM_M: --i; --j; break;
- case FROM_I: --j; break;
- case FROM_D: --i; break;
- }
- q = dpcell[j] + i;
- ctype = type;
- switch (type) {
- case FROM_M: type = q->Mt; break;
- case FROM_I: type = q->It; break;
- case FROM_D: type = q->Dt; break;
- }
- p->ctype = ctype; p->i = i; p->j = j;
- ++p;
- } while (i || j);
- cigar = ka_path2cigar32(path, p - path - 1, n_cigar);
- free(path);
- }
-
- /* free memory */
- for (j = b2 + 1; j <= len2; ++j)
- dpcell[j] += j - b2;
- for (j = 0; j <= len2; ++j)
- free(dpcell[j]);
- free(dpcell);
- free(curr); free(last);
-
- return cigar;
-}
-
-typedef struct {
- int M, I, D;
-} score_aux_t;
-
-#define MINUS_INF -0x40000000
-
-// matrix: len2 rows and len1 columns
-int ka_global_score(const uint8_t *_seq1, int len1, const uint8_t *_seq2, int len2, const ka_param2_t *ap)
-{
-
-#define __score_aux(_p, _q0, _sc, _io, _ie, _do, _de) { \
- int t1, t2; \
- score_aux_t *_q; \
- _q = _q0; \
- _p->M = _q->M >= _q->I? _q->M : _q->I; \
- _p->M = _p->M >= _q->D? _p->M : _q->D; \
- _p->M += (_sc); \
- ++_q; t1 = _q->M - _io - _ie; t2 = _q->I - _ie; _p->I = t1 >= t2? t1 : t2; \
- _q = _p-1; t1 = _q->M - _do - _de; t2 = _q->D - _de; _p->D = t1 >= t2? t1 : t2; \
- }
-
- int i, j, bw, scmat_size = ap->row, *scmat = ap->matrix, ret;
- const uint8_t *seq1, *seq2;
- score_aux_t *curr, *last, *swap;
- bw = abs(len1 - len2) + ap->band_width;
- i = len1 > len2? len1 : len2;
- if (bw > i + 1) bw = i + 1;
- seq1 = _seq1 - 1; seq2 = _seq2 - 1;
- curr = calloc(len1 + 2, sizeof(score_aux_t));
- last = calloc(len1 + 2, sizeof(score_aux_t));
- { // the zero-th row
- int x, end = len1;
- score_aux_t *p;
- j = 0;
- x = j + bw; end = len1 < x? len1 : x; // band end
- p = curr;
- p->M = 0; p->I = p->D = MINUS_INF;
- for (i = 1, p = &curr[1]; i <= end; ++i, ++p)
- p->M = p->I = MINUS_INF, p->D = -(ap->edo + ap->ede * i);
- p->M = p->I = p->D = MINUS_INF;
- swap = curr; curr = last; last = swap;
- }
- for (j = 1; j < len2; ++j) {
- int x, beg = 0, end = len1, *scrow, col_end;
- score_aux_t *p;
- x = j - bw; beg = 0 > x? 0 : x; // band start
- x = j + bw; end = len1 < x? len1 : x; // band end
- if (beg == 0) { // from zero-th column
- p = curr;
- p->M = p->D = MINUS_INF; p->I = -(ap->eio + ap->eie * j);
- ++beg; // then beg = 1
- }
- scrow = scmat + seq2[j] * scmat_size;
- if (end == len1) col_end = 1, --end;
- else col_end = 0;
- for (i = beg, p = &curr[beg]; i <= end; ++i, ++p)
- __score_aux(p, &last[i-1], scrow[(int)seq1[i]], ap->iio, ap->iie, ap->ido, ap->ide);
- if (col_end) {
- __score_aux(p, &last[i-1], scrow[(int)seq1[i]], ap->eio, ap->eie, ap->ido, ap->ide);
- ++p;
- }
- p->M = p->I = p->D = MINUS_INF;
-// for (i = 0; i <= len1; ++i) printf("(%d,%d,%d) ", curr[i].M, curr[i].I, curr[i].D); putchar('\n');
- swap = curr; curr = last; last = swap;
- }
- { // the last row
- int x, beg = 0, *scrow;
- score_aux_t *p;
- j = len2;
- x = j - bw; beg = 0 > x? 0 : x; // band start
- if (beg == 0) { // from zero-th column
- p = curr;
- p->M = p->D = MINUS_INF; p->I = -(ap->eio + ap->eie * j);
- ++beg; // then beg = 1
- }
- scrow = scmat + seq2[j] * scmat_size;
- for (i = beg, p = &curr[beg]; i < len1; ++i, ++p)
- __score_aux(p, &last[i-1], scrow[(int)seq1[i]], ap->iio, ap->iie, ap->edo, ap->ede);
- __score_aux(p, &last[i-1], scrow[(int)seq1[i]], ap->eio, ap->eie, ap->edo, ap->ede);
-// for (i = 0; i <= len1; ++i) printf("(%d,%d,%d) ", curr[i].M, curr[i].I, curr[i].D); putchar('\n');
- }
- ret = curr[len1].M >= curr[len1].I? curr[len1].M : curr[len1].I;
- ret = ret >= curr[len1].D? ret : curr[len1].D;
- free(curr); free(last);
- return ret;
-}
-
-#ifdef _MAIN
-int main(int argc, char *argv[])
-{
-// int len1 = 35, len2 = 35;
-// uint8_t *seq1 = (uint8_t*)"\0\0\3\3\2\0\0\0\1\0\2\1\2\1\3\2\3\3\3\0\2\3\2\1\1\3\3\3\2\3\3\1\0\0\1";
-// uint8_t *seq2 = (uint8_t*)"\0\0\3\3\2\0\0\0\1\0\2\1\2\1\3\2\3\3\3\0\2\3\2\1\1\3\3\3\2\3\3\1\0\1\0";
- int len1 = 4, len2 = 4;
- uint8_t *seq1 = (uint8_t*)"\1\0\0\1";
- uint8_t *seq2 = (uint8_t*)"\1\0\1\0";
- int sc;
-// ka_global_core(seq1, 2, seq2, 1, &ka_param_qual, &sc, 0);
- sc = ka_global_score(seq1, len1, seq2, len2, &ka_param2_qual);
- printf("%d\n", sc);
- return 0;
-}
-#endif
diff --git a/samtools/misc/ace2sam.c b/samtools/misc/ace2sam.c
deleted file mode 100644
index 078830a..0000000
--- a/samtools/misc/ace2sam.c
+++ /dev/null
@@ -1,249 +0,0 @@
-/* The MIT License
-
- Copyright (c) 2011 Heng Li <lh3 at live.co.uk>
-
- Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
- a copy of this software and associated documentation files (the
- "Software"), to deal in the Software without restriction, including
- without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
- distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
- permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
- the following conditions:
-
- The above copyright notice and this permission notice shall be
- included in all copies or substantial portions of the Software.
-
- THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
- EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
- MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
- NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
- BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
- ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
- CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
- SOFTWARE.
-*/
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <unistd.h>
-#include <zlib.h>
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "htslib/kseq.h"
-KSTREAM_INIT(gzFile, gzread, 16384)
-
-#define N_TMPSTR 5
-#define LINE_LEN 60
-
-// append a CIGAR operation plus length
-#define write_cigar(_c, _n, _m, _v) do { \
- if (_n == _m) { \
- _m = _m? _m<<1 : 4; \
- _c = realloc(_c, _m * sizeof(unsigned)); \
- } \
- _c[_n++] = (_v); \
- } while (0)
-
-// a fatal error
-static void fatal(const char *msg)
-{
- fprintf(stderr, "E %s\n", msg);
- exit(1);
-}
-// remove pads
-static void remove_pads(const kstring_t *src, kstring_t *dst)
-{
- int i, j;
- dst->l = 0;
- kputsn(src->s, src->l, dst);
- for (i = j = 0; i < dst->l; ++i)
- if (dst->s[i] != '*') dst->s[j++] = dst->s[i];
- dst->s[j] = 0;
- dst->l = j;
-}
-
-int main(int argc, char *argv[])
-{
- gzFile fp;
- kstream_t *ks;
- kstring_t s, t[N_TMPSTR];
- int dret, i, k, af_n, af_max, af_i, c, is_padded = 0, write_cns = 0, *p2u = 0;
- long m_cigar = 0, n_cigar = 0;
- unsigned *af, *cigar = 0;
-
- while ((c = getopt(argc, argv, "pc")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'p': is_padded = 1; break;
- case 'c': write_cns = 1; break;
- }
- }
- if (argc == optind) {
- fprintf(stderr, "\nUsage: ace2sam [-pc] <in.ace>\n\n");
- fprintf(stderr, "Options: -p output padded SAM\n");
- fprintf(stderr, " -c write the contig sequence in SAM\n\n");
- fprintf(stderr, "Notes: 1. Fields must appear in the following order: (CO->[BQ]->(AF)->(RD->QA))\n");
- fprintf(stderr, " 2. The order of reads in AF and in RD must be identical\n");
- fprintf(stderr, " 3. Except in BQ, words and numbers must be separated by a single SPACE or TAB\n");
- fprintf(stderr, " 4. This program writes the headerless SAM to stdout and header to stderr\n\n");
- return 1;
- }
-
- s.l = s.m = 0; s.s = 0;
- af_n = af_max = af_i = 0; af = 0;
- for (i = 0; i < N_TMPSTR; ++i) t[i].l = t[i].m = 0, t[i].s = 0;
- fp = strcmp(argv[1], "-")? gzopen(argv[optind], "r") : gzdopen(fileno(stdin), "r");
- ks = ks_init(fp);
- while (ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret) >= 0) {
- if (strcmp(s.s, "CO") == 0) { // contig sequence
- kstring_t *cns;
- t[0].l = t[1].l = t[2].l = t[3].l = t[4].l = 0; // 0: name; 1: padded ctg; 2: unpadded ctg/padded read; 3: unpadded read; 4: SAM line
- af_n = af_i = 0; // reset the af array
- ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); kputs(s.s, &t[0]); // contig name
- ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret); // read the whole line
- while (ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret) >= 0 && s.l > 0) kputsn(s.s, s.l, &t[1]); // read the padded consensus sequence
- remove_pads(&t[1], &t[2]); // construct the unpadded sequence
- // compute the array for mapping padded positions to unpadded positions
- p2u = realloc(p2u, t[1].m * sizeof(int));
- for (i = k = 0; i < t[1].l; ++i) {
- p2u[i] = k;
- if (t[1].s[i] != '*') ++k;
- }
- // write out the SAM header and contig sequences
- fprintf(stderr, "H @SQ\tSN:%s\tLN:%ld\n", t[0].s, t[is_padded?1:2].l); // The SAM header line
- cns = &t[is_padded?1:2];
- fprintf(stderr, "S >%s\n", t[0].s);
- for (i = 0; i < cns->l; i += LINE_LEN) {
- fputs("S ", stderr);
- for (k = 0; k < LINE_LEN && i + k < cns->l; ++k)
- fputc(cns->s[i + k], stderr);
- fputc('\n', stderr);
- }
-
-#define __padded2cigar(sp) do { \
- int i, l_M = 0, l_D = 0; \
- for (i = 0; i < sp.l; ++i) { \
- if (sp.s[i] == '*') { \
- if (l_M) write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, l_M<<4); \
- ++l_D; l_M = 0; \
- } else { \
- if (l_D) write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, l_D<<4 | 2); \
- ++l_M; l_D = 0; \
- } \
- } \
- if (l_M) write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, l_M<<4); \
- else write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, l_D<<4 | 2); \
- } while (0)
-
- if (write_cns) { // write the consensus SAM line (dummy read)
- n_cigar = 0;
- if (is_padded) __padded2cigar(t[1]);
- else write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, t[2].l<<4);
- kputsn(t[0].s, t[0].l, &t[4]); kputs("\t516\t", &t[4]); kputsn(t[0].s, t[0].l, &t[4]); kputs("\t1\t60\t", &t[4]);
- for (i = 0; i < n_cigar; ++i) {
- kputw(cigar[i]>>4, &t[4]); kputc("MIDNSHP=X"[cigar[i]&0xf], &t[4]);
- }
- kputs("\t*\t0\t0\t", &t[4]); kputsn(t[2].s, t[2].l, &t[4]); kputs("\t*", &t[4]);
- }
- } else if (strcmp(s.s, "BQ") == 0) { // contig quality
- if (t[0].l == 0) fatal("come to 'BQ' before reading 'CO'");
- if (dret != '\n') ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret); // read the entire "BQ" line
- if (write_cns) t[4].s[--t[4].l] = 0; // remove the trailing "*"
- for (i = 0; i < t[2].l; ++i) { // read the consensus quality
- int q;
- if (ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret) < 0) fprintf(stderr, "E truncated contig quality\n");
- if (s.l) {
- q = atoi(s.s) + 33;
- if (q > 126) q = 126;
- if (write_cns) kputc(q, &t[4]);
- } else --i;
- }
- if (dret != '\n') ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret);
- ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret); // skip the empty line
- if (write_cns) puts(t[4].s); t[4].l = 0;
- } else if (strcmp(s.s, "AF") == 0) { // padded read position
- int reversed, neg, pos;
- if (t[0].l == 0) fatal("come to 'AF' before reading 'CO'");
- if (write_cns) {
- if (t[4].l) puts(t[4].s);
- t[4].l = 0;
- }
- ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); // read name
- ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); reversed = s.s[0] == 'C'? 1 : 0; // strand
- ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); pos = atoi(s.s); neg = pos < 0? 1 : 0; pos = pos < 0? -pos : pos; // position
- if (af_n == af_max) { // double the af array
- af_max = af_max? af_max<<1 : 4;
- af = realloc(af, af_max * sizeof(unsigned));
- }
- af[af_n++] = pos << 2 | neg << 1 | reversed; // keep the placement information
- } else if (strcmp(s.s, "RD") == 0) { // read sequence
- if (af_i >= af_n) fatal("more 'RD' records than 'AF'");
- t[2].l = t[3].l = t[4].l = 0;
- ks_getuntil(ks, 0, &t[4], &dret); // QNAME
- if (dret != '\n') ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret); // read the entire RD line
- while (ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret) >= 0 && s.l > 0) kputs(s.s, &t[2]); // read the read sequence
- } else if (strcmp(s.s, "QA") == 0) { // clipping
- if (af_i >= af_n) fatal("more 'QA' records than 'AF'");
- int beg, end, pos, op;
- ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); // skip quality clipping
- ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); beg = atoi(s.s) - 1; // align clipping start
- ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret); end = atoi(s.s); // clipping end
- if (dret != '\n') ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret);
- // compute 1-based POS
- pos = af[af_i]>>2; // retrieve the position information
- if (af[af_i]>>1&1) pos = -pos;
- pos += beg; // now pos is the true padded position
- // generate CIGAR
- remove_pads(&t[2], &t[3]); // backup the unpadded read sequence
- n_cigar = 0;
- if (beg) write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, beg<<4|4);
- if (is_padded) {
- __padded2cigar(t[2]);
- if (beg && n_cigar > 1) cigar[1] -= beg<<4; // fix the left-hand CIGAR
- if (end < t[2].l && n_cigar) cigar[n_cigar-1] -= (t[2].l - end)<<4; // fix the right-hand CIGAR
- } else {
- // generate flattened CIGAR string
- for (i = beg, k = pos - 1; i < end; ++i, ++k)
- t[2].s[i] = t[2].s[i] != '*'? (t[1].s[k] != '*'? 0 : 1) : (t[1].s[k] != '*'? 2 : 6);
- // generate the proper CIGAR
- for (i = beg + 1, k = 1, op = t[2].s[beg]; i < end; ++i) {
- if (op != t[2].s[i]) {
- write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, k<<4|op);
- op = t[2].s[i]; k = 1;
- } else ++k;
- }
- write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, k<<4|op);
- // remove unnecessary "P" and possibly merge adjacent operations
- for (i = 2; i < n_cigar; ++i) {
- if ((cigar[i]&0xf) != 1 && (cigar[i-1]&0xf) == 6 && (cigar[i-2]&0xf) != 1) {
- cigar[i-1] = 0;
- if ((cigar[i]&0xf) == (cigar[i-2]&0xf)) // merge operations
- cigar[i] += cigar[i-2], cigar[i-2] = 0;
- }
- }
- for (i = k = 0; i < n_cigar; ++i) // squeeze out dumb operations
- if (cigar[i]) cigar[k++] = cigar[i];
- n_cigar = k;
- }
- if (end < t[2].l) write_cigar(cigar, n_cigar, m_cigar, (t[2].l - end)<<4|4);
- // write the SAM line for the read
- kputc('\t', &t[4]); // QNAME has already been written
- kputw((af[af_i]&1)? 16 : 0, &t[4]); kputc('\t', &t[4]); // FLAG
- kputsn(t[0].s, t[0].l, &t[4]); kputc('\t', &t[4]); // RNAME
- kputw(is_padded? pos : p2u[pos-1]+1, &t[4]); // POS
- kputs("\t60\t", &t[4]); // MAPQ
- for (i = 0; i < n_cigar; ++i) { // CIGAR
- kputw(cigar[i]>>4, &t[4]); kputc("MIDNSHP=X"[cigar[i]&0xf], &t[4]);
- }
- kputs("\t*\t0\t0\t", &t[4]); // empty MRNM, MPOS and TLEN
- kputsn(t[3].s, t[3].l, &t[4]); // unpadded SEQ
- kputs("\t*", &t[4]); // QUAL
- puts(t[4].s); // print to stdout
- ++af_i;
- } else if (dret != '\n') ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret);
- }
- ks_destroy(ks);
- gzclose(fp);
- free(af); free(s.s); free(cigar); free(p2u);
- for (i = 0; i < N_TMPSTR; ++i) free(t[i].s);
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/misc/md5.c b/samtools/misc/md5.c
deleted file mode 100644
index 7f1ce0e..0000000
--- a/samtools/misc/md5.c
+++ /dev/null
@@ -1,298 +0,0 @@
-/*
- * This code implements the MD5 message-digest algorithm.
- * The algorithm is due to Ron Rivest. This code was
- * written by Colin Plumb in 1993, no copyright is claimed.
- * This code is in the public domain; do with it what you wish.
- *
- * Equivalent code is available from RSA Data Security, Inc.
- * This code has been tested against that, and is equivalent,
- * except that you don't need to include two pages of legalese
- * with every copy.
- *
- * To compute the message digest of a chunk of bytes, declare an
- * MD5Context structure, pass it to MD5Init, call MD5Update as
- * needed on buffers full of bytes, and then call MD5Final, which
- * will fill a supplied 16-byte array with the digest.
- */
-
-/* Brutally hacked by John Walker back from ANSI C to K&R (no
- prototypes) to maintain the tradition that Netfone will compile
- with Sun's original "cc". */
-
-#include <string.h>
-#include "md5.h"
-
-#ifndef HIGHFIRST
-#define byteReverse(buf, len) /* Nothing */
-#else
-/*
- * Note: this code is harmless on little-endian machines.
- */
-void byteReverse(unsigned char *buf, unsigned longs);
-
-void byteReverse(buf, longs)
- unsigned char *buf; unsigned longs;
-{
- uint32_t t;
- do {
- t = (uint32_t) ((unsigned) buf[3] << 8 | buf[2]) << 16 |
- ((unsigned) buf[1] << 8 | buf[0]);
- *(uint32_t *) buf = t;
- buf += 4;
- } while (--longs);
-}
-#endif
-
-void MD5Transform(uint32_t buf[4], uint32_t in[16]);
-
-
-/*
- * Start MD5 accumulation. Set bit count to 0 and buffer to mysterious
- * initialization constants.
- */
-void MD5Init(ctx)
- struct MD5Context *ctx;
-{
- ctx->buf[0] = 0x67452301;
- ctx->buf[1] = 0xefcdab89;
- ctx->buf[2] = 0x98badcfe;
- ctx->buf[3] = 0x10325476;
-
- ctx->bits[0] = 0;
- ctx->bits[1] = 0;
-}
-
-/*
- * Update context to reflect the concatenation of another buffer full
- * of bytes.
- */
-void MD5Update(ctx, buf, len)
- struct MD5Context *ctx; unsigned char *buf; unsigned len;
-{
- uint32_t t;
-
- /* Update bitcount */
-
- t = ctx->bits[0];
- if ((ctx->bits[0] = t + ((uint32_t) len << 3)) < t)
- ctx->bits[1]++; /* Carry from low to high */
- ctx->bits[1] += len >> 29;
-
- t = (t >> 3) & 0x3f; /* Bytes already in shsInfo->data */
-
- /* Handle any leading odd-sized chunks */
-
- if (t) {
- unsigned char *p = (unsigned char *) ctx->in + t;
-
- t = 64 - t;
- if (len < t) {
- memcpy(p, buf, len);
- return;
- }
- memcpy(p, buf, t);
- byteReverse(ctx->in, 16);
- MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
- buf += t;
- len -= t;
- }
- /* Process data in 64-byte chunks */
-
- while (len >= 64) {
- memcpy(ctx->in, buf, 64);
- byteReverse(ctx->in, 16);
- MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
- buf += 64;
- len -= 64;
- }
-
- /* Handle any remaining bytes of data. */
-
- memcpy(ctx->in, buf, len);
-}
-
-/*
- * Final wrapup - pad to 64-byte boundary with the bit pattern
- * 1 0* (64-bit count of bits processed, MSB-first)
- */
-void MD5Final(digest, ctx)
- unsigned char digest[16]; struct MD5Context *ctx;
-{
- unsigned count;
- unsigned char *p;
-
- /* Compute number of bytes mod 64 */
- count = (ctx->bits[0] >> 3) & 0x3F;
-
- /* Set the first char of padding to 0x80. This is safe since there is
- always at least one byte free */
- p = ctx->in + count;
- *p++ = 0x80;
-
- /* Bytes of padding needed to make 64 bytes */
- count = 64 - 1 - count;
-
- /* Pad out to 56 mod 64 */
- if (count < 8) {
- /* Two lots of padding: Pad the first block to 64 bytes */
- memset(p, 0, count);
- byteReverse(ctx->in, 16);
- MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
-
- /* Now fill the next block with 56 bytes */
- memset(ctx->in, 0, 56);
- } else {
- /* Pad block to 56 bytes */
- memset(p, 0, count - 8);
- }
- byteReverse(ctx->in, 14);
-
- /* Append length in bits and transform */
- ((uint32_t *) ctx->in)[14] = ctx->bits[0];
- ((uint32_t *) ctx->in)[15] = ctx->bits[1];
-
- MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
- byteReverse((unsigned char *) ctx->buf, 4);
- memcpy(digest, ctx->buf, 16);
- memset(ctx, 0, sizeof(struct MD5Context)); /* In case it's sensitive */
-}
-
-
-/* The four core functions - F1 is optimized somewhat */
-
-/* #define F1(x, y, z) (x & y | ~x & z) */
-#define F1(x, y, z) (z ^ (x & (y ^ z)))
-#define F2(x, y, z) F1(z, x, y)
-#define F3(x, y, z) (x ^ y ^ z)
-#define F4(x, y, z) (y ^ (x | ~z))
-
-/* This is the central step in the MD5 algorithm. */
-#define MD5STEP(f, w, x, y, z, data, s) \
- ( w += f(x, y, z) + data, w = w<<s | w>>(32-s), w += x )
-
-/*
- * The core of the MD5 algorithm, this alters an existing MD5 hash to
- * reflect the addition of 16 longwords of new data. MD5Update blocks
- * the data and converts bytes into longwords for this routine.
- */
-void MD5Transform(buf, in)
- uint32_t buf[4]; uint32_t in[16];
-{
- register uint32_t a, b, c, d;
-
- a = buf[0];
- b = buf[1];
- c = buf[2];
- d = buf[3];
-
- MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[0] + 0xd76aa478, 7);
- MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[1] + 0xe8c7b756, 12);
- MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[2] + 0x242070db, 17);
- MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[3] + 0xc1bdceee, 22);
- MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[4] + 0xf57c0faf, 7);
- MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[5] + 0x4787c62a, 12);
- MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[6] + 0xa8304613, 17);
- MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[7] + 0xfd469501, 22);
- MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[8] + 0x698098d8, 7);
- MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[9] + 0x8b44f7af, 12);
- MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[10] + 0xffff5bb1, 17);
- MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[11] + 0x895cd7be, 22);
- MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[12] + 0x6b901122, 7);
- MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[13] + 0xfd987193, 12);
- MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[14] + 0xa679438e, 17);
- MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[15] + 0x49b40821, 22);
-
- MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[1] + 0xf61e2562, 5);
- MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[6] + 0xc040b340, 9);
- MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[11] + 0x265e5a51, 14);
- MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[0] + 0xe9b6c7aa, 20);
- MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[5] + 0xd62f105d, 5);
- MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[10] + 0x02441453, 9);
- MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[15] + 0xd8a1e681, 14);
- MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[4] + 0xe7d3fbc8, 20);
- MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[9] + 0x21e1cde6, 5);
- MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[14] + 0xc33707d6, 9);
- MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[3] + 0xf4d50d87, 14);
- MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[8] + 0x455a14ed, 20);
- MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[13] + 0xa9e3e905, 5);
- MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[2] + 0xfcefa3f8, 9);
- MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[7] + 0x676f02d9, 14);
- MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[12] + 0x8d2a4c8a, 20);
-
- MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[5] + 0xfffa3942, 4);
- MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[8] + 0x8771f681, 11);
- MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[11] + 0x6d9d6122, 16);
- MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[14] + 0xfde5380c, 23);
- MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[1] + 0xa4beea44, 4);
- MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[4] + 0x4bdecfa9, 11);
- MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[7] + 0xf6bb4b60, 16);
- MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[10] + 0xbebfbc70, 23);
- MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[13] + 0x289b7ec6, 4);
- MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[0] + 0xeaa127fa, 11);
- MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[3] + 0xd4ef3085, 16);
- MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[6] + 0x04881d05, 23);
- MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[9] + 0xd9d4d039, 4);
- MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[12] + 0xe6db99e5, 11);
- MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[15] + 0x1fa27cf8, 16);
- MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[2] + 0xc4ac5665, 23);
-
- MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[0] + 0xf4292244, 6);
- MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[7] + 0x432aff97, 10);
- MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[14] + 0xab9423a7, 15);
- MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[5] + 0xfc93a039, 21);
- MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[12] + 0x655b59c3, 6);
- MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[3] + 0x8f0ccc92, 10);
- MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[10] + 0xffeff47d, 15);
- MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[1] + 0x85845dd1, 21);
- MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[8] + 0x6fa87e4f, 6);
- MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[15] + 0xfe2ce6e0, 10);
- MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[6] + 0xa3014314, 15);
- MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[13] + 0x4e0811a1, 21);
- MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[4] + 0xf7537e82, 6);
- MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[11] + 0xbd3af235, 10);
- MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[2] + 0x2ad7d2bb, 15);
- MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[9] + 0xeb86d391, 21);
-
- buf[0] += a;
- buf[1] += b;
- buf[2] += c;
- buf[3] += d;
-}
-
-/* lh3: the following code is added by me */
-
-#ifdef MD5SUM_MAIN
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#define HEX_STR "0123456789abcdef"
-
-static void md5_one(const char *fn)
-{
- unsigned char buf[4096], digest[16];
- MD5_CTX md5;
- int l;
- FILE *fp;
-
- fp = strcmp(fn, "-")? fopen(fn, "r") : stdin;
- if (fp == 0) {
- fprintf(stderr, "md5sum: %s: No such file or directory\n", fn);
- exit(1);
- }
- MD5Init(&md5);
- while ((l = fread(buf, 1, 4096, fp)) > 0)
- MD5Update(&md5, buf, l);
- MD5Final(digest, &md5);
- if (fp != stdin) fclose(fp);
- for (l = 0; l < 16; ++l)
- printf("%c%c", HEX_STR[digest[l]>>4&0xf], HEX_STR[digest[l]&0xf]);
- printf(" %s\n", fn);
-}
-int main(int argc, char *argv[])
-{
- int i;
- if (argc == 1) md5_one("-");
- else for (i = 1; i < argc; ++i) md5_one(argv[i]);
- return 0;
-}
-#endif
diff --git a/samtools/padding.c b/samtools/padding.c
deleted file mode 100644
index 89916ed..0000000
--- a/samtools/padding.c
+++ /dev/null
@@ -1,513 +0,0 @@
-/* padding.c -- depad subcommand.
-
- Copyright (C) 2011, 2012 Broad Institute.
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2012, 2013 Peter Cock, The James Hutton Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <string.h>
-#include <assert.h>
-#include <unistd.h>
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "sam_header.h"
-#include "sam.h"
-#include "bam.h"
-#include "htslib/faidx.h"
-
-bam_header_t *bam_header_dup(const bam_header_t *h0); /*in sam.c*/
-
-static void replace_cigar(bam1_t *b, int n, uint32_t *cigar)
-{
- if (n != b->core.n_cigar) {
- int o = b->core.l_qname + b->core.n_cigar * 4;
- if (b->data_len + (n - b->core.n_cigar) * 4 > b->m_data) {
- b->m_data = b->data_len + (n - b->core.n_cigar) * 4;
- kroundup32(b->m_data);
- b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
- }
- memmove(b->data + b->core.l_qname + n * 4, b->data + o, b->data_len - o);
- memcpy(b->data + b->core.l_qname, cigar, n * 4);
- b->data_len += (n - b->core.n_cigar) * 4;
- b->core.n_cigar = n;
- } else memcpy(b->data + b->core.l_qname, cigar, n * 4);
-}
-
-#define write_cigar(_c, _n, _m, _v) do { \
- if (_n == _m) { \
- _m = _m? _m<<1 : 4; \
- _c = (uint32_t*)realloc(_c, _m * 4); \
- } \
- _c[_n++] = (_v); \
- } while (0)
-
-static void unpad_seq(bam1_t *b, kstring_t *s)
-{
- int k, j, i;
- int length;
- uint32_t *cigar = bam1_cigar(b);
- uint8_t *seq = bam1_seq(b);
- // b->core.l_qseq gives length of the SEQ entry (including soft clips, S)
- // We need the padded length after alignment from the CIGAR (excluding
- // soft clips S, but including pads from CIGAR D operations)
- length = 0;
- for (k = 0; k < b->core.n_cigar; ++k) {
- int op, ol;
- op= bam_cigar_op(cigar[k]);
- ol = bam_cigar_oplen(cigar[k]);
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF || op == BAM_CDEL)
- length += ol;
- }
- ks_resize(s, length);
- for (k = 0, s->l = 0, j = 0; k < b->core.n_cigar; ++k) {
- int op, ol;
- op = bam_cigar_op(cigar[k]);
- ol = bam_cigar_oplen(cigar[k]);
- if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CEQUAL || op == BAM_CDIFF) {
- for (i = 0; i < ol; ++i, ++j) s->s[s->l++] = bam1_seqi(seq, j);
- } else if (op == BAM_CSOFT_CLIP) {
- j += ol;
- } else if (op == BAM_CHARD_CLIP) {
- /* do nothing */
- } else if (op == BAM_CDEL) {
- for (i = 0; i < ol; ++i) s->s[s->l++] = 0;
- } else {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Didn't expect CIGAR op %c in read %s\n", BAM_CIGAR_STR[op], bam1_qname(b));
- exit(1);
- }
- }
- assert(length == s->l);
-}
-
-int load_unpadded_ref(faidx_t *fai, char *ref_name, int ref_len, kstring_t *seq)
-{
- char base;
- char *fai_ref = 0;
- int fai_ref_len = 0, k;
-
- fai_ref = fai_fetch(fai, ref_name, &fai_ref_len);
- if (fai_ref_len != ref_len) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: FASTA sequence %s length %i, expected %i\n", ref_name, fai_ref_len, ref_len);
- free(fai_ref);
- return -1;
- }
- ks_resize(seq, ref_len);
- seq->l = 0;
- for (k = 0; k < ref_len; ++k) {
- base = fai_ref[k];
- if (base == '-' || base == '*') {
- // Map gaps to null to match unpad_seq function
- seq->s[seq->l++] = 0;
- } else {
- int i = bam_nt16_table[(int)base];
- if (i == 0 || i==16) { // Equals maps to 0, anything unexpected to 16
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Invalid character %c (ASCII %i) in FASTA sequence %s\n", base, (int)base, ref_name);
- free(fai_ref);
- return -1;
- }
- seq->s[seq->l++] = i;
- }
- }
- assert(ref_len == seq->l);
- free(fai_ref);
- return 0;
-}
-
-int get_unpadded_len(faidx_t *fai, char *ref_name, int padded_len)
-{
- char base;
- char *fai_ref = 0;
- int fai_ref_len = 0, k;
- int bases=0, gaps=0;
-
- fai_ref = fai_fetch(fai, ref_name, &fai_ref_len);
- if (fai_ref_len != padded_len) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: FASTA sequence '%s' length %i, expected %i\n", ref_name, fai_ref_len, padded_len);
- free(fai_ref);
- return -1;
- }
- for (k = 0; k < padded_len; ++k) {
- //fprintf(stderr, "[depad] checking base %i of %i or %i\n", k+1, ref_len, strlen(fai_ref));
- base = fai_ref[k];
- if (base == '-' || base == '*') {
- gaps += 1;
- } else {
- int i = bam_nt16_table[(int)base];
- if (i == 0 || i==16) { // Equals maps to 0, anything unexpected to 16
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Invalid character %c (ASCII %i) in FASTA sequence '%s'\n", base, (int)base, ref_name);
- free(fai_ref);
- return -1;
- }
- bases += 1;
- }
- }
- free(fai_ref);
- assert (padded_len == bases + gaps);
- return bases;
-}
-
-static inline int * update_posmap(int *posmap, kstring_t ref)
-{
- int i, k;
- posmap = realloc(posmap, ref.m * sizeof(int));
- for (i = k = 0; i < ref.l; ++i) {
- posmap[i] = k;
- if (ref.s[i]) ++k;
- }
- return posmap;
-}
-
-int bam_pad2unpad(samfile_t *in, samfile_t *out, faidx_t *fai)
-{
- bam_header_t *h = 0;
- bam1_t *b = 0;
- kstring_t r, q;
- int r_tid = -1;
- uint32_t *cigar2 = 0;
- int ret = 0, n2 = 0, m2 = 0, *posmap = 0;
-
- b = bam_init1();
- r.l = r.m = q.l = q.m = 0; r.s = q.s = 0;
- int read_ret;
- h = in->header;
- while ((read_ret = samread(in, b)) >= 0) { // read one alignment from `in'
- uint32_t *cigar = bam1_cigar(b);
- n2 = 0;
- if (b->core.pos == 0 && b->core.tid >= 0 && strcmp(bam1_qname(b), h->target_name[b->core.tid]) == 0) {
- // fprintf(stderr, "[depad] Found embedded reference '%s'\n", bam1_qname(b));
- r_tid = b->core.tid;
- unpad_seq(b, &r);
- if (h->target_len[r_tid] != r.l) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: (Padded) length of '%s' is %d in BAM header, but %ld in embedded reference\n", bam1_qname(b), h->target_len[r_tid], r.l);
- return -1;
- }
- if (fai) {
- // Check the embedded reference matches the FASTA file
- if (load_unpadded_ref(fai, h->target_name[b->core.tid], h->target_len[b->core.tid], &q)) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Failed to load embedded reference '%s' from FASTA\n", h->target_name[b->core.tid]);
- return -1;
- }
- assert(r.l == q.l);
- int i;
- for (i = 0; i < r.l; ++i) {
- if (r.s[i] != q.s[i]) {
- // Show gaps as ASCII 45
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Embedded sequence and reference FASTA don't match for %s base %i, '%c' vs '%c'\n",
- h->target_name[b->core.tid], i+1,
- r.s[i] ? bam_nt16_rev_table[(int)r.s[i]] : 45,
- q.s[i] ? bam_nt16_rev_table[(int)q.s[i]] : 45);
- return -1;
- }
- }
- }
- write_cigar(cigar2, n2, m2, bam_cigar_gen(b->core.l_qseq, BAM_CMATCH));
- replace_cigar(b, n2, cigar2);
- posmap = update_posmap(posmap, r);
- } else if (b->core.n_cigar > 0) {
- int i, k, op;
- if (b->core.tid < 0) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Read '%s' has CIGAR but no RNAME\n", bam1_qname(b));
- return -1;
- } else if (b->core.tid == r_tid) {
- ; // good case, reference available
- //fprintf(stderr, "[depad] Have ref '%s' for read '%s'\n", h->target_name[b->core.tid], bam1_qname(b));
- } else if (fai) {
- if (load_unpadded_ref(fai, h->target_name[b->core.tid], h->target_len[b->core.tid], &r)) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Failed to load '%s' from reference FASTA\n", h->target_name[b->core.tid]);
- return -1;
- }
- posmap = update_posmap(posmap, r);
- r_tid = b->core.tid;
- // fprintf(stderr, "[depad] Loaded %s from FASTA file\n", h->target_name[b->core.tid]);
- } else {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Missing %s embedded reference sequence (and no FASTA file)\n", h->target_name[b->core.tid]);
- return -1;
- }
- unpad_seq(b, &q);
- if (bam_cigar_op(cigar[0]) == BAM_CSOFT_CLIP) {
- write_cigar(cigar2, n2, m2, cigar[0]);
- } else if (bam_cigar_op(cigar[0]) == BAM_CHARD_CLIP) {
- write_cigar(cigar2, n2, m2, cigar[0]);
- if (b->core.n_cigar > 2 && bam_cigar_op(cigar[1]) == BAM_CSOFT_CLIP) {
- write_cigar(cigar2, n2, m2, cigar[1]);
- }
- }
- /* Determine CIGAR operator for each base in the aligned read */
- for (i = 0, k = b->core.pos; i < q.l; ++i, ++k)
- q.s[i] = q.s[i]? (r.s[k]? BAM_CMATCH : BAM_CINS) : (r.s[k]? BAM_CDEL : BAM_CPAD);
- /* Include any pads if starts with an insert */
- if (q.s[0] == BAM_CINS) {
- for (k = 0; k+1 < b->core.pos && !r.s[b->core.pos - k - 1]; ++k);
- if (k) write_cigar(cigar2, n2, m2, bam_cigar_gen(k, BAM_CPAD));
- }
- /* Count consecutive CIGAR operators to turn into a CIGAR string */
- for (i = k = 1, op = q.s[0]; i < q.l; ++i) {
- if (op != q.s[i]) {
- write_cigar(cigar2, n2, m2, bam_cigar_gen(k, op));
- op = q.s[i]; k = 1;
- } else ++k;
- }
- write_cigar(cigar2, n2, m2, bam_cigar_gen(k, op));
- if (bam_cigar_op(cigar[b->core.n_cigar-1]) == BAM_CSOFT_CLIP) {
- write_cigar(cigar2, n2, m2, cigar[b->core.n_cigar-1]);
- } else if (bam_cigar_op(cigar[b->core.n_cigar-1]) == BAM_CHARD_CLIP) {
- if (b->core.n_cigar > 2 && bam_cigar_op(cigar[b->core.n_cigar-2]) == BAM_CSOFT_CLIP) {
- write_cigar(cigar2, n2, m2, cigar[b->core.n_cigar-2]);
- }
- write_cigar(cigar2, n2, m2, cigar[b->core.n_cigar-1]);
- }
- /* Remove redundant P operators between M/X/=/D operators, e.g. 5M2P10M -> 15M */
- int pre_op, post_op;
- for (i = 2; i < n2; ++i)
- if (bam_cigar_op(cigar2[i-1]) == BAM_CPAD) {
- pre_op = bam_cigar_op(cigar2[i-2]);
- post_op = bam_cigar_op(cigar2[i]);
- /* Note don't need to check for X/= as code above will use M only */
- if ((pre_op == BAM_CMATCH || pre_op == BAM_CDEL) && (post_op == BAM_CMATCH || post_op == BAM_CDEL)) {
- /* This is a redundant P operator */
- cigar2[i-1] = 0; // i.e. 0M
- /* If had same operator either side, combine them in post_op */
- if (pre_op == post_op) {
- /* If CIGAR M, could treat as simple integers since BAM_CMATCH is zero*/
- cigar2[i] = bam_cigar_gen(bam_cigar_oplen(cigar2[i-2]) + bam_cigar_oplen(cigar2[i]), post_op);
- cigar2[i-2] = 0; // i.e. 0M
- }
- }
- }
- /* Remove the zero'd operators (0M) */
- for (i = k = 0; i < n2; ++i)
- if (cigar2[i]) cigar2[k++] = cigar2[i];
- n2 = k;
- replace_cigar(b, n2, cigar2);
- }
- /* Even unmapped reads can have a POS value, e.g. if their mate was mapped */
- if (b->core.pos != -1) b->core.pos = posmap[b->core.pos];
- if (b->core.mtid < 0 || b->core.mpos < 0) {
- /* Nice case, no mate to worry about*/
- // fprintf(stderr, "[depad] Read '%s' mate not mapped\n", bam1_qname(b));
- /* TODO - Warning if FLAG says mate should be mapped? */
- /* Clean up funny input where mate position is given but mate reference is missing: */
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = -1;
- } else if (b->core.mtid == b->core.tid) {
- /* Nice case, same reference */
- // fprintf(stderr, "[depad] Read '%s' mate mapped to same ref\n", bam1_qname(b));
- b->core.mpos = posmap[b->core.mpos];
- } else {
- /* Nasty case, Must load alternative posmap */
- // fprintf(stderr, "[depad] Loading reference '%s' temporarily\n", h->target_name[b->core.mtid]);
- if (!fai) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Needed reference %s sequence for mate (and no FASTA file)\n", h->target_name[b->core.mtid]);
- return -1;
- }
- /* Temporarily load the other reference sequence */
- if (load_unpadded_ref(fai, h->target_name[b->core.mtid], h->target_len[b->core.mtid], &r)) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Failed to load '%s' from reference FASTA\n", h->target_name[b->core.mtid]);
- return -1;
- }
- posmap = update_posmap(posmap, r);
- b->core.mpos = posmap[b->core.mpos];
- /* Restore the reference and posmap*/
- if (load_unpadded_ref(fai, h->target_name[b->core.tid], h->target_len[b->core.tid], &r)) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR: Failed to load '%s' from reference FASTA\n", h->target_name[b->core.tid]);
- return -1;
- }
- posmap = update_posmap(posmap, r);
- }
- /* Most reads will have been moved so safest to always recalculate the BIN value */
- b->core.bin = bam_reg2bin(b->core.pos, bam_calend(&b->core, bam1_cigar(b)));
- samwrite(out, b);
- }
- if (read_ret < -1) {
- fprintf(stderr, "[depad] truncated file.\n");
- ret = 1;
- }
- free(r.s); free(q.s); free(posmap);
- bam_destroy1(b);
- return ret;
-}
-
-bam_header_t * fix_header(bam_header_t *old, faidx_t *fai)
-{
-#if 0
- int i = 0, unpadded_len = 0;
- bam_header_t *header = 0 ;
-
- header = bam_header_dup(old);
- for (i = 0; i < old->n_targets; ++i) {
- unpadded_len = get_unpadded_len(fai, old->target_name[i], old->target_len[i]);
- if (unpadded_len < 0) {
- fprintf(stderr, "[depad] ERROR getting unpadded length of '%s', padded length %i\n", old->target_name[i], old->target_len[i]);
- } else {
- header->target_len[i] = unpadded_len;
- //fprintf(stderr, "[depad] Recalculating '%s' length %i -> %i\n", old->target_name[i], old->target_len[i], header->target_len[i]);
- }
- }
- /* Duplicating the header allocated new buffer for header string */
- /* After modifying the @SQ lines it will only get smaller, since */
- /* the LN entries will be the same or shorter, and we'll remove */
- /* any MD entries (MD5 checksums). */
- assert(strlen(old->text) == strlen(header->text));
- assert (0==strcmp(old->text, header->text));
- const char *text;
- text = old->text;
- header->text[0] = '\0'; /* Resuse the allocated buffer */
- char * newtext = header->text;
- char * end=NULL;
- while (text[0]=='@') {
- end = strchr(text, '\n');
- assert(end != 0);
- if (text[1]=='S' && text[2]=='Q' && text[3]=='\t') {
- /* TODO - edit the @SQ line here to remove MD and fix LN. */
- /* For now just remove the @SQ line, and samtools will */
- /* automatically generate a minimal replacement with LN. */
- /* However, that discards any other tags like AS, SP, UR. */
- //fprintf(stderr, "[depad] Removing @SQ line\n");
- } else {
- /* Copy this line to the new header */
- strncat(newtext, text, end - text + 1);
- }
- text = end + 1;
- }
- assert (text[0]=='\0');
- /* Check we didn't overflow the buffer */
- assert (strlen(header->text) <= strlen(old->text));
- if (strlen(header->text) < header->l_text) {
- //fprintf(stderr, "[depad] Reallocating header buffer\n");
- assert (newtext == header->text);
- newtext = malloc(strlen(header->text) + 1);
- strcpy(newtext, header->text);
- free(header->text);
- header->text = newtext;
- header->l_text = strlen(newtext);
- }
- //fprintf(stderr, "[depad] Here is the new header (pending @SQ lines),\n\n%s\n(end)\n", header->text);
- return header;
-#else
- fprintf(stderr, "Samtools-htslib: fix_header() header parsing not yet implemented\n");
- abort();
-#endif
-}
-
-static int usage(int is_long_help);
-
-int main_pad2unpad(int argc, char *argv[])
-{
- samfile_t *in = 0, *out = 0;
- bam_header_t *h = 0;
- faidx_t *fai = 0;
- int c, is_bamin = 1, compress_level = -1, is_bamout = 1, is_long_help = 0;
- char in_mode[5], out_mode[5], *fn_out = 0, *fn_list = 0, *fn_ref = 0;
- int ret=0;
-
- /* parse command-line options */
- strcpy(in_mode, "r"); strcpy(out_mode, "w");
- while ((c = getopt(argc, argv, "Sso:u1T:?")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'S': is_bamin = 0; break;
- case 's': assert(compress_level == -1); is_bamout = 0; break;
- case 'o': fn_out = strdup(optarg); break;
- case 'u': assert(is_bamout == 1); compress_level = 0; break;
- case '1': assert(is_bamout == 1); compress_level = 1; break;
- case 'T': fn_ref = strdup(optarg); break;
- case '?': is_long_help = 1; break;
- default: return usage(is_long_help);
- }
- }
- if (argc == optind) return usage(is_long_help);
-
- if (is_bamin) strcat(in_mode, "b");
- if (is_bamout) strcat(out_mode, "b");
- strcat(out_mode, "h");
- if (compress_level >= 0) {
- char tmp[2];
- tmp[0] = compress_level + '0'; tmp[1] = '\0';
- strcat(out_mode, tmp);
- }
-
- // Load FASTA reference (also needed for SAM -> BAM if missing header)
- if (fn_ref) {
- fn_list = samfaipath(fn_ref);
- fai = fai_load(fn_ref);
- }
- // open file handlers
- if ((in = samopen(argv[optind], in_mode, fn_list)) == 0) {
- fprintf(stderr, "[depad] failed to open \"%s\" for reading.\n", argv[optind]);
- ret = 1;
- goto depad_end;
- }
- if (in->header == 0) {
- fprintf(stderr, "[depad] failed to read the header from \"%s\".\n", argv[optind]);
- ret = 1;
- goto depad_end;
- }
- if (in->header->text == 0 || in->header->l_text == 0) {
- fprintf(stderr, "[depad] Warning - failed to read any header text from \"%s\".\n", argv[optind]);
- assert (0 == in->header->l_text);
- assert (0 == in->header->text);
- }
- if (fn_ref) {
- h = fix_header(in->header, fai);
- } else {
- fprintf(stderr, "[depad] Warning - reference lengths will not be corrected without FASTA reference\n");
- h = in->header;
- }
- if ((out = samopen(fn_out? fn_out : "-", out_mode, h)) == 0) {
- fprintf(stderr, "[depad] failed to open \"%s\" for writing.\n", fn_out? fn_out : "standard output");
- ret = 1;
- goto depad_end;
- }
-
- // Do the depad
- ret = bam_pad2unpad(in, out, fai);
-
-depad_end:
- // close files, free and return
- if (fai) fai_destroy(fai);
- if (! (in && h == in->header)) bam_header_destroy(h);
- samclose(in);
- samclose(out);
- free(fn_list); free(fn_out);
- return ret;
-}
-
-static int usage(int is_long_help)
-{
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools depad <in.bam>\n\n");
- fprintf(stderr, "Options: -s output is SAM (default is BAM)\n");
- fprintf(stderr, " -S input is SAM (default is BAM)\n");
- fprintf(stderr, " -u uncompressed BAM output (can't use with -s)\n");
- fprintf(stderr, " -1 fast compression BAM output (can't use with -s)\n");
- fprintf(stderr, " -T FILE padded reference sequence file [null]\n");
- fprintf(stderr, " -o FILE output file name [stdout]\n");
- fprintf(stderr, " -? longer help\n");
- fprintf(stderr, "\n");
- if (is_long_help)
- fprintf(stderr, "Notes:\n\
-\n\
- 1. Requires embedded reference sequences (before the reads for that reference),\n\
- or ideally a FASTA file of the padded reference sequences (via the -T argument).\n\
-\n\
- 2. The input padded alignment read's CIGAR strings must not use P or I operators.\n\
-\n");
- return 1;
-}
diff --git a/samtools/phase.c b/samtools/phase.c
deleted file mode 100644
index 23a15a7..0000000
--- a/samtools/phase.c
+++ /dev/null
@@ -1,722 +0,0 @@
-/* phase.c -- phase subcommand.
-
- Copyright (C) 2011 Broad Institute.
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-#include <stdint.h>
-#include <math.h>
-#include <zlib.h>
-#include "htslib/sam.h"
-#include "errmod.h"
-
-#include "htslib/kseq.h"
-KSTREAM_INIT(gzFile, gzread, 16384)
-
-#define MAX_VARS 256
-#define FLIP_PENALTY 2
-#define FLIP_THRES 4
-#define MASK_THRES 3
-
-#define FLAG_FIX_CHIMERA 0x1
-#define FLAG_LIST_EXCL 0x4
-#define FLAG_DROP_AMBI 0x8
-
-typedef struct {
- // configurations, initialized in the main function
- int flag, k, min_baseQ, min_varLOD, max_depth;
- // other global variables
- int vpos_shift;
- samFile* fp;
- bam_hdr_t* fp_hdr;
- char *pre;
- samFile* out[3];
- bam_hdr_t* out_hdr[3];
- // alignment queue
- int n, m;
- bam1_t **b;
-} phaseg_t;
-
-typedef struct {
- int8_t seq[MAX_VARS]; // TODO: change to dynamic memory allocation!
- int vpos, beg, end;
- uint32_t vlen:16, single:1, flip:1, phase:1, phased:1, ambig:1;
- uint32_t in:16, out:16; // in-phase and out-phase
-} frag_t, *frag_p;
-
-#define rseq_lt(a,b) ((a)->vpos < (b)->vpos)
-
-#include "htslib/khash.h"
-KHASH_SET_INIT_INT64(set64)
-KHASH_MAP_INIT_INT64(64, frag_t)
-
-typedef khash_t(64) nseq_t;
-
-#include "htslib/ksort.h"
-KSORT_INIT(rseq, frag_p, rseq_lt)
-
-extern const char bam_nt16_nt4_table[];
-
-static inline uint64_t X31_hash_string(const char *s)
-{
- uint64_t h = *s;
- if (h) for (++s ; *s; ++s) h = (h << 5) - h + *s;
- return h;
-}
-
-static void count1(int l, const uint8_t *seq, int *cnt)
-{
- int i, j, n_ambi;
- uint32_t z, x;
- if (seq[l-1] == 0) return; // do nothing is the last base is ambiguous
- for (i = n_ambi = 0; i < l; ++i) // collect ambiguous bases
- if (seq[i] == 0) ++n_ambi;
- if (l - n_ambi <= 1) return; // only one SNP
- for (x = 0; x < 1u<<n_ambi; ++x) { // count
- for (i = j = 0, z = 0; i < l; ++i) {
- int c;
- if (seq[i]) c = seq[i] - 1;
- else {
- c = x>>j&1;
- ++j;
- }
- z = z<<1 | c;
- }
- ++cnt[z];
- }
-}
-
-static int **count_all(int l, int vpos, nseq_t *hash)
-{
- khint_t k;
- int i, j, **cnt;
- uint8_t *seq;
- seq = calloc(l, 1);
- cnt = calloc(vpos, sizeof(int*));
- for (i = 0; i < vpos; ++i) cnt[i] = calloc(1<<l, sizeof(int));
- for (k = 0; k < kh_end(hash); ++k) {
- if (kh_exist(hash, k)) {
- frag_t *f = &kh_val(hash, k);
- if (f->vpos >= vpos || f->single) continue; // out of region; or singleton
- if (f->vlen == 1) { // such reads should be flagged as deleted previously if everything is right
- f->single = 1;
- continue;
- }
- for (j = 1; j < f->vlen; ++j) {
- for (i = 0; i < l; ++i)
- seq[i] = j < l - 1 - i? 0 : f->seq[j - (l - 1 - i)];
- count1(l, seq, cnt[f->vpos + j]);
- }
- }
- }
- free(seq);
- return cnt;
-}
-
-// phasing
-static int8_t *dynaprog(int l, int vpos, int **w)
-{
- int *f[2], *curr, *prev, max, i;
- int8_t **b, *h = 0;
- uint32_t x, z = 1u<<(l-1), mask = (1u<<l) - 1;
- f[0] = calloc(z, sizeof(int));
- f[1] = calloc(z, sizeof(int));
- b = calloc(vpos, sizeof(int8_t*));
- prev = f[0]; curr = f[1];
- // fill the backtrack matrix
- for (i = 0; i < vpos; ++i) {
- int *wi = w[i], *tmp;
- int8_t *bi;
- bi = b[i] = calloc(z, 1);
- /* In the following, x is the current state, which is the
- * lexicographically smaller local haplotype. xc is the complement of
- * x, or the larger local haplotype; y0 and y1 are the two predecessors
- * of x. */
- for (x = 0; x < z; ++x) { // x0 is the smaller
- uint32_t y0, y1, xc;
- int c0, c1;
- xc = ~x&mask; y0 = x>>1; y1 = xc>>1;
- c0 = prev[y0] + wi[x] + wi[xc];
- c1 = prev[y1] + wi[x] + wi[xc];
- if (c0 > c1) bi[x] = 0, curr[x] = c0;
- else bi[x] = 1, curr[x] = c1;
- }
- tmp = prev; prev = curr; curr = tmp; // swap
- }
- { // backtrack
- uint32_t max_x = 0;
- int which = 0;
- h = calloc(vpos, 1);
- for (x = 0, max = 0, max_x = 0; x < z; ++x)
- if (prev[x] > max) max = prev[x], max_x = x;
- for (i = vpos - 1, x = max_x; i >= 0; --i) {
- h[i] = which? (~x&1) : (x&1);
- which = b[i][x]? !which : which;
- x = b[i][x]? (~x&mask)>>1 : x>>1;
- }
- }
- // free
- for (i = 0; i < vpos; ++i) free(b[i]);
- free(f[0]); free(f[1]); free(b);
- return h;
-}
-
-// phase each fragment
-static uint64_t *fragphase(int vpos, const int8_t *path, nseq_t *hash, int flip)
-{
- khint_t k;
- uint64_t *pcnt;
- uint32_t *left, *rght, max;
- left = rght = 0; max = 0;
- pcnt = calloc(vpos, 8);
- for (k = 0; k < kh_end(hash); ++k) {
- if (kh_exist(hash, k)) {
- int i, c[2];
- frag_t *f = &kh_val(hash, k);
- if (f->vpos >= vpos) continue;
- // get the phase
- c[0] = c[1] = 0;
- for (i = 0; i < f->vlen; ++i) {
- if (f->seq[i] == 0) continue;
- ++c[f->seq[i] == path[f->vpos + i] + 1? 0 : 1];
- }
- f->phase = c[0] > c[1]? 0 : 1;
- f->in = c[f->phase]; f->out = c[1 - f->phase];
- f->phased = f->in == f->out? 0 : 1;
- f->ambig = (f->in && f->out && f->out < 3 && f->in <= f->out + 1)? 1 : 0;
- // fix chimera
- f->flip = 0;
- if (flip && c[0] >= 3 && c[1] >= 3) {
- int sum[2], m, mi, md;
- if (f->vlen > max) { // enlarge the array
- max = f->vlen;
- kroundup32(max);
- left = realloc(left, max * 4);
- rght = realloc(rght, max * 4);
- }
- for (i = 0, sum[0] = sum[1] = 0; i < f->vlen; ++i) { // get left counts
- if (f->seq[i]) {
- int c = f->phase? 2 - f->seq[i] : f->seq[i] - 1;
- ++sum[c == path[f->vpos + i]? 0 : 1];
- }
- left[i] = sum[1]<<16 | sum[0];
- }
- for (i = f->vlen - 1, sum[0] = sum[1] = 0; i >= 0; --i) { // get right counts
- if (f->seq[i]) {
- int c = f->phase? 2 - f->seq[i] : f->seq[i] - 1;
- ++sum[c == path[f->vpos + i]? 0 : 1];
- }
- rght[i] = sum[1]<<16 | sum[0];
- }
- // find the best flip point
- for (i = m = 0, mi = -1, md = -1; i < f->vlen - 1; ++i) {
- int a[2];
- a[0] = (left[i]&0xffff) + (rght[i+1]>>16&0xffff) - (rght[i+1]&0xffff) * FLIP_PENALTY;
- a[1] = (left[i]>>16&0xffff) + (rght[i+1]&0xffff) - (rght[i+1]>>16&0xffff) * FLIP_PENALTY;
- if (a[0] > a[1]) {
- if (a[0] > m) m = a[0], md = 0, mi = i;
- } else {
- if (a[1] > m) m = a[1], md = 1, mi = i;
- }
- }
- if (m - c[0] >= FLIP_THRES && m - c[1] >= FLIP_THRES) { // then flip
- f->flip = 1;
- if (md == 0) { // flip the tail
- for (i = mi + 1; i < f->vlen; ++i)
- if (f->seq[i] == 1) f->seq[i] = 2;
- else if (f->seq[i] == 2) f->seq[i] = 1;
- } else { // flip the head
- for (i = 0; i <= mi; ++i)
- if (f->seq[i] == 1) f->seq[i] = 2;
- else if (f->seq[i] == 2) f->seq[i] = 1;
- }
- }
- }
- // update pcnt[]
- if (!f->single) {
- for (i = 0; i < f->vlen; ++i) {
- int c;
- if (f->seq[i] == 0) continue;
- c = f->phase? 2 - f->seq[i] : f->seq[i] - 1;
- if (c == path[f->vpos + i]) {
- if (f->phase == 0) ++pcnt[f->vpos + i];
- else pcnt[f->vpos + i] += 1ull<<32;
- } else {
- if (f->phase == 0) pcnt[f->vpos + i] += 1<<16;
- else pcnt[f->vpos + i] += 1ull<<48;
- }
- }
- }
- }
- }
- free(left); free(rght);
- return pcnt;
-}
-
-static uint64_t *genmask(int vpos, const uint64_t *pcnt, int *_n)
-{
- int i, max = 0, max_i = -1, m = 0, n = 0, beg = 0, score = 0;
- uint64_t *list = 0;
- for (i = 0; i < vpos; ++i) {
- uint64_t x = pcnt[i];
- int c[4], pre = score, s;
- c[0] = x&0xffff; c[1] = x>>16&0xffff; c[2] = x>>32&0xffff; c[3] = x>>48&0xffff;
- s = (c[1] + c[3] == 0)? -(c[0] + c[2]) : (c[1] + c[3] - 1);
- if (c[3] > c[2]) s += c[3] - c[2];
- if (c[1] > c[0]) s += c[1] - c[0];
- score += s;
- if (score < 0) score = 0;
- if (pre == 0 && score > 0) beg = i; // change from zero to non-zero
- if ((i == vpos - 1 || score == 0) && max >= MASK_THRES) {
- if (n == m) {
- m = m? m<<1 : 4;
- list = realloc(list, m * 8);
- }
- list[n++] = (uint64_t)beg<<32 | max_i;
- i = max_i; // reset i to max_i
- score = 0;
- } else if (score > max) max = score, max_i = i;
- if (score == 0) max = 0;
- }
- *_n = n;
- return list;
-}
-
-// trim heading and tailing ambiguous bases; mark deleted and remove sequence
-static int clean_seqs(int vpos, nseq_t *hash)
-{
- khint_t k;
- int ret = 0;
- for (k = 0; k < kh_end(hash); ++k) {
- if (kh_exist(hash, k)) {
- frag_t *f = &kh_val(hash, k);
- int beg, end, i;
- if (f->vpos >= vpos) {
- ret = 1;
- continue;
- }
- for (i = 0; i < f->vlen; ++i)
- if (f->seq[i] != 0) break;
- beg = i;
- for (i = f->vlen - 1; i >= 0; --i)
- if (f->seq[i] != 0) break;
- end = i + 1;
- if (end - beg <= 0) kh_del(64, hash, k);
- else {
- if (beg != 0) memmove(f->seq, f->seq + beg, end - beg);
- f->vpos += beg; f->vlen = end - beg;
- f->single = f->vlen == 1? 1 : 0;
- }
- }
- }
- return ret;
-}
-
-static void dump_aln(phaseg_t *g, int min_pos, const nseq_t *hash)
-{
- int i, is_flip, drop_ambi;
- drop_ambi = g->flag & FLAG_DROP_AMBI;
- is_flip = (drand48() < 0.5);
- for (i = 0; i < g->n; ++i) {
- int end, which;
- uint64_t key;
- khint_t k;
- bam1_t *b = g->b[i];
- key = X31_hash_string(bam_get_qname(b));
- end = bam_endpos(b);
- if (end > min_pos) break;
- k = kh_get(64, hash, key);
- if (k == kh_end(hash)) which = 3;
- else {
- frag_t *f = &kh_val(hash, k);
- if (f->ambig) which = drop_ambi? 2 : 3;
- else if (f->phased && f->flip) which = 2;
- else if (f->phased == 0) which = 3;
- else { // phased and not flipped
- char c = 'Y';
- which = f->phase;
- bam_aux_append(b, "ZP", 'A', 1, (uint8_t*)&c);
- }
- if (which < 2 && is_flip) which = 1 - which; // increase the randomness
- }
- if (which == 3) which = (drand48() < 0.5);
- sam_write1(g->out[which], g->out_hdr[which], b);
- bam_destroy1(b);
- g->b[i] = 0;
- }
- memmove(g->b, g->b + i, (g->n - i) * sizeof(void*));
- g->n -= i;
-}
-
-static int phase(phaseg_t *g, const char *chr, int vpos, uint64_t *cns, nseq_t *hash)
-{
- int i, j, n_seqs = kh_size(hash), n_masked = 0, min_pos;
- khint_t k;
- frag_t **seqs;
- int8_t *path, *sitemask;
- uint64_t *pcnt, *regmask;
-
- if (vpos == 0) return 0;
- i = clean_seqs(vpos, hash); // i is true if hash has an element with its vpos >= vpos
- min_pos = i? cns[vpos]>>32 : 0x7fffffff;
- if (vpos == 1) {
- printf("PS\t%s\t%d\t%d\n", chr, (int)(cns[0]>>32) + 1, (int)(cns[0]>>32) + 1);
- printf("M0\t%s\t%d\t%d\t%c\t%c\t%d\t0\t0\t0\t0\n//\n", chr, (int)(cns[0]>>32) + 1, (int)(cns[0]>>32) + 1,
- "ACGTX"[cns[0]&3], "ACGTX"[cns[0]>>16&3], g->vpos_shift + 1);
- for (k = 0; k < kh_end(hash); ++k) {
- if (kh_exist(hash, k)) {
- frag_t *f = &kh_val(hash, k);
- if (f->vpos) continue;
- f->flip = 0;
- if (f->seq[0] == 0) f->phased = 0;
- else f->phased = 1, f->phase = f->seq[0] - 1;
- }
- }
- dump_aln(g, min_pos, hash);
- ++g->vpos_shift;
- return 1;
- }
- { // phase
- int **cnt;
- uint64_t *mask;
- printf("PS\t%s\t%d\t%d\n", chr, (int)(cns[0]>>32) + 1, (int)(cns[vpos-1]>>32) + 1);
- sitemask = calloc(vpos, 1);
- cnt = count_all(g->k, vpos, hash);
- path = dynaprog(g->k, vpos, cnt);
- for (i = 0; i < vpos; ++i) free(cnt[i]);
- free(cnt);
- pcnt = fragphase(vpos, path, hash, 0); // do not fix chimeras when masking
- mask = genmask(vpos, pcnt, &n_masked);
- regmask = calloc(n_masked, 8);
- for (i = 0; i < n_masked; ++i) {
- regmask[i] = cns[mask[i]>>32]>>32<<32 | cns[(uint32_t)mask[i]]>>32;
- for (j = mask[i]>>32; j <= (int32_t)mask[i]; ++j)
- sitemask[j] = 1;
- }
- free(mask);
- if (g->flag & FLAG_FIX_CHIMERA) {
- free(pcnt);
- pcnt = fragphase(vpos, path, hash, 1);
- }
- }
- for (i = 0; i < n_masked; ++i)
- printf("FL\t%s\t%d\t%d\n", chr, (int)(regmask[i]>>32) + 1, (int)regmask[i] + 1);
- for (i = 0; i < vpos; ++i) {
- uint64_t x = pcnt[i];
- int8_t c[2];
- c[0] = (cns[i]&0xffff)>>2 == 0? 4 : (cns[i]&3);
- c[1] = (cns[i]>>16&0xffff)>>2 == 0? 4 : (cns[i]>>16&3);
- printf("M%d\t%s\t%d\t%d\t%c\t%c\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\n", sitemask[i]+1, chr, (int)(cns[0]>>32) + 1, (int)(cns[i]>>32) + 1, "ACGTX"[c[path[i]]], "ACGTX"[c[1-path[i]]],
- i + g->vpos_shift + 1, (int)(x&0xffff), (int)(x>>16&0xffff), (int)(x>>32&0xffff), (int)(x>>48&0xffff));
- }
- free(path); free(pcnt); free(regmask); free(sitemask);
- seqs = calloc(n_seqs, sizeof(frag_t*));
- for (k = 0, i = 0; k < kh_end(hash); ++k)
- if (kh_exist(hash, k) && kh_val(hash, k).vpos < vpos && !kh_val(hash, k).single)
- seqs[i++] = &kh_val(hash, k);
- n_seqs = i;
- ks_introsort_rseq(n_seqs, seqs);
- for (i = 0; i < n_seqs; ++i) {
- frag_t *f = seqs[i];
- printf("EV\t0\t%s\t%d\t40\t%dM\t*\t0\t0\t", chr, f->vpos + 1 + g->vpos_shift, f->vlen);
- for (j = 0; j < f->vlen; ++j) {
- uint32_t c = cns[f->vpos + j];
- if (f->seq[j] == 0) putchar('N');
- else putchar("ACGT"[f->seq[j] == 1? (c&3) : (c>>16&3)]);
- }
- printf("\t*\tYP:i:%d\tYF:i:%d\tYI:i:%d\tYO:i:%d\tYS:i:%d\n", f->phase, f->flip, f->in, f->out, f->beg+1);
- }
- free(seqs);
- printf("//\n");
- fflush(stdout);
- g->vpos_shift += vpos;
- dump_aln(g, min_pos, hash);
- return vpos;
-}
-
-static void update_vpos(int vpos, nseq_t *hash)
-{
- khint_t k;
- for (k = 0; k < kh_end(hash); ++k) {
- if (kh_exist(hash, k)) {
- frag_t *f = &kh_val(hash, k);
- if (f->vpos < vpos) kh_del(64, hash, k); // TODO: if frag_t::seq is allocated dynamically, free it
- else f->vpos -= vpos;
- }
- }
-}
-
-static nseq_t *shrink_hash(nseq_t *hash) // TODO: to implement
-{
- return hash;
-}
-
-static int readaln(void *data, bam1_t *b)
-{
- phaseg_t *g = (phaseg_t*)data;
- int ret;
- while (1)
- {
- ret = sam_read1(g->fp, g->fp_hdr, b);
- if (ret < 0) break;
- if ( b->core.flag & (BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP) ) continue;
- if ( g->pre ) {
- if (g->n == g->m) {
- g->m = g->m? g->m<<1 : 16;
- g->b = realloc(g->b, g->m * sizeof(bam1_t*));
- }
- g->b[g->n++] = bam_dup1(b);
- }
- break;
- }
- return ret;
-}
-
-static khash_t(set64) *loadpos(const char *fn, bam_hdr_t *h)
-{
- gzFile fp;
- kstream_t *ks;
- int ret, dret;
- kstring_t *str;
- khash_t(set64) *hash;
-
- hash = kh_init(set64);
- str = calloc(1, sizeof(kstring_t));
- fp = strcmp(fn, "-")? gzopen(fn, "r") : gzdopen(fileno(stdin), "r");
- ks = ks_init(fp);
- while (ks_getuntil(ks, 0, str, &dret) >= 0) {
- int tid = bam_name2id(h, str->s);
- if (tid >= 0 && dret != '\n') {
- if (ks_getuntil(ks, 0, str, &dret) >= 0) {
- uint64_t x = (uint64_t)tid<<32 | (atoi(str->s) - 1);
- kh_put(set64, hash, x, &ret);
- } else break;
- }
- if (dret != '\n') while ((dret = ks_getc(ks)) > 0 && dret != '\n');
- if (dret < 0) break;
- }
- ks_destroy(ks);
- gzclose(fp);
- free(str->s); free(str);
- return hash;
-}
-
-static int gl2cns(float q[16])
-{
- int i, j, min_ij;
- float min, min2;
- min = min2 = 1e30; min_ij = -1;
- for (i = 0; i < 4; ++i) {
- for (j = i; j < 4; ++j) {
- if (q[i<<2|j] < min) min_ij = i<<2|j, min2 = min, min = q[i<<2|j];
- else if (q[i<<2|j] < min2) min2 = q[i<<2|j];
- }
- }
- return (min_ij>>2&3) == (min_ij&3)? 0 : 1<<18 | (min_ij>>2&3)<<16 | (min_ij&3) | (int)(min2 - min + .499) << 2;
-}
-
-int main_phase(int argc, char *argv[])
-{
- int c, tid, pos, vpos = 0, n, lasttid = -1, max_vpos = 0;
- const bam_pileup1_t *plp;
- bam_plp_t iter;
- nseq_t *seqs;
- uint64_t *cns = 0;
- phaseg_t g;
- char *fn_list = 0;
- khash_t(set64) *set = 0;
- errmod_t *em;
- uint16_t *bases;
-
- memset(&g, 0, sizeof(phaseg_t));
- g.flag = FLAG_FIX_CHIMERA;
- g.min_varLOD = 37; g.k = 13; g.min_baseQ = 13; g.max_depth = 256;
- while ((c = getopt(argc, argv, "Q:eFq:k:b:l:D:A:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 'D': g.max_depth = atoi(optarg); break;
- case 'q': g.min_varLOD = atoi(optarg); break;
- case 'Q': g.min_baseQ = atoi(optarg); break;
- case 'k': g.k = atoi(optarg); break;
- case 'F': g.flag &= ~FLAG_FIX_CHIMERA; break;
- case 'e': g.flag |= FLAG_LIST_EXCL; break;
- case 'A': g.flag |= FLAG_DROP_AMBI; break;
- case 'b': g.pre = strdup(optarg); break;
- case 'l': fn_list = strdup(optarg); break;
- }
- }
- if (argc == optind) {
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools phase [options] <in.bam>\n\n");
- fprintf(stderr, "Options: -k INT block length [%d]\n", g.k);
- fprintf(stderr, " -b STR prefix of BAMs to output [null]\n");
- fprintf(stderr, " -q INT min het phred-LOD [%d]\n", g.min_varLOD);
- fprintf(stderr, " -Q INT min base quality in het calling [%d]\n", g.min_baseQ);
- fprintf(stderr, " -D INT max read depth [%d]\n", g.max_depth);
-// fprintf(stderr, " -l FILE list of sites to phase [null]\n");
- fprintf(stderr, " -F do not attempt to fix chimeras\n");
- fprintf(stderr, " -A drop reads with ambiguous phase\n");
-// fprintf(stderr, " -e do not discover SNPs (effective with -l)\n");
- fprintf(stderr, "\n");
- return 1;
- }
- g.fp = sam_open(argv[optind], "r");
- g.fp_hdr = sam_hdr_read(g.fp);
- if (fn_list) { // read the list of sites to phase
- set = loadpos(fn_list, g.fp_hdr);
- free(fn_list);
- } else g.flag &= ~FLAG_LIST_EXCL;
- if (g.pre) { // open BAMs to write
- char *s = (char*)malloc(strlen(g.pre) + 20);
- strcpy(s, g.pre); strcat(s, ".0.bam"); g.out[0] = sam_open(s, "wb");
- strcpy(s, g.pre); strcat(s, ".1.bam"); g.out[1] = sam_open(s, "wb");
- strcpy(s, g.pre); strcat(s, ".chimera.bam"); g.out[2] = sam_open(s, "wb");
- for (c = 0; c <= 2; ++c) {
- g.out_hdr[c] = bam_hdr_dup(g.fp_hdr);
- sam_hdr_write(g.out[c], g.out_hdr[c]);
- }
- free(s);
- }
-
- iter = bam_plp_init(readaln, &g);
- g.vpos_shift = 0;
- seqs = kh_init(64);
- em = errmod_init(1. - 0.83);
- bases = calloc(g.max_depth, 2);
- printf("CC\n");
- printf("CC\tDescriptions:\nCC\n");
- printf("CC\t CC comments\n");
- printf("CC\t PS start of a phase set\n");
- printf("CC\t FL filtered region\n");
- printf("CC\t M[012] markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered\n");
- printf("CC\t EV supporting reads; SAM format\n");
- printf("CC\t // end of a phase set\nCC\n");
- printf("CC\tFormats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates):\nCC\n");
- printf("CC\t PS chr phaseSetStart phaseSetEnd\n");
- printf("CC\t FL chr filterStart filterEnd\n");
- printf("CC\t M? chr PS pos allele0 allele1 hetIndex #supports0 #errors0 #supp1 #err1\n");
- printf("CC\nCC\n");
- fflush(stdout);
- while ((plp = bam_plp_auto(iter, &tid, &pos, &n)) != 0) {
- int i, k, c, tmp, dophase = 1, in_set = 0;
- float q[16];
- if (tid < 0) break;
- if (tid != lasttid) { // change of chromosome
- g.vpos_shift = 0;
- if (lasttid >= 0) {
- seqs = shrink_hash(seqs);
- phase(&g, g.fp_hdr->target_name[lasttid], vpos, cns, seqs);
- update_vpos(0x7fffffff, seqs);
- }
- lasttid = tid;
- vpos = 0;
- }
- if (set && kh_get(set64, set, (uint64_t)tid<<32 | pos) != kh_end(set)) in_set = 1;
- if (n > g.max_depth) continue; // do not proceed if the depth is too high
- // fill the bases array and check if there is a variant
- for (i = k = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = plp + i;
- uint8_t *seq;
- int q, baseQ, b;
- if (p->is_del || p->is_refskip) continue;
- baseQ = bam_get_qual(p->b)[p->qpos];
- if (baseQ < g.min_baseQ) continue;
- seq = bam_get_seq(p->b);
- b = bam_nt16_nt4_table[bam_seqi(seq, p->qpos)];
- if (b > 3) continue;
- q = baseQ < p->b->core.qual? baseQ : p->b->core.qual;
- if (q < 4) q = 4;
- if (q > 63) q = 63;
- bases[k++] = q<<5 | (int)bam_is_rev(p->b)<<4 | b;
- }
- if (k == 0) continue;
- errmod_cal(em, k, 4, bases, q); // compute genotype likelihood
- c = gl2cns(q); // get the consensus
- // tell if to proceed
- if (set && (g.flag&FLAG_LIST_EXCL) && !in_set) continue; // not in the list
- if (!in_set && (c&0xffff)>>2 < g.min_varLOD) continue; // not a variant
- // add the variant
- if (vpos == max_vpos) {
- max_vpos = max_vpos? max_vpos<<1 : 128;
- cns = realloc(cns, max_vpos * 8);
- }
- cns[vpos] = (uint64_t)pos<<32 | c;
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- const bam_pileup1_t *p = plp + i;
- uint64_t key;
- khint_t k;
- uint8_t *seq = bam_get_seq(p->b);
- frag_t *f;
- if (p->is_del || p->is_refskip) continue;
- if (p->b->core.qual == 0) continue;
- // get the base code
- c = bam_nt16_nt4_table[(int)bam_seqi(seq, p->qpos)];
- if (c == (cns[vpos]&3)) c = 1;
- else if (c == (cns[vpos]>>16&3)) c = 2;
- else c = 0;
- // write to seqs
- key = X31_hash_string(bam_get_qname(p->b));
- k = kh_put(64, seqs, key, &tmp);
- f = &kh_val(seqs, k);
- if (tmp == 0) { // present in the hash table
- if (vpos - f->vpos + 1 < MAX_VARS) {
- f->vlen = vpos - f->vpos + 1;
- f->seq[f->vlen-1] = c;
- f->end = bam_endpos(p->b);
- }
- dophase = 0;
- } else { // absent
- memset(f->seq, 0, MAX_VARS);
- f->beg = p->b->core.pos;
- f->end = bam_endpos(p->b);
- f->vpos = vpos, f->vlen = 1, f->seq[0] = c, f->single = f->phased = f->flip = f->ambig = 0;
- }
- }
- if (dophase) {
- seqs = shrink_hash(seqs);
- phase(&g, g.fp_hdr->target_name[tid], vpos, cns, seqs);
- update_vpos(vpos, seqs);
- cns[0] = cns[vpos];
- vpos = 0;
- }
- ++vpos;
- }
- if (tid >= 0) phase(&g, g.fp_hdr->target_name[tid], vpos, cns, seqs);
- bam_hdr_destroy(g.fp_hdr);
- bam_plp_destroy(iter);
- sam_close(g.fp);
- kh_destroy(64, seqs);
- kh_destroy(set64, set);
- free(cns);
- errmod_destroy(em);
- free(bases);
- if (g.pre) {
- for (c = 0; c <= 2; ++c) {
- sam_close(g.out[c]);
- bam_hdr_destroy(g.out_hdr[c]);
- }
- free(g.pre); free(g.b);
- }
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/sam.c b/samtools/sam.c
deleted file mode 100644
index 61c7b3e..0000000
--- a/samtools/sam.c
+++ /dev/null
@@ -1,108 +0,0 @@
-/* sam.c -- format-neutral SAM/BAM API.
-
- Copyright (C) 2009, 2012-2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2011 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <string.h>
-#include <unistd.h>
-#include "htslib/faidx.h"
-#include "sam.h"
-
-int samthreads(samfile_t *fp, int n_threads, int n_sub_blks)
-{
- if (!fp->file->is_bin || !fp->file->is_write) return -1;
- bgzf_mt(fp->x.bam, n_threads, n_sub_blks);
- return 0;
-}
-
-samfile_t *samopen(const char *fn, const char *mode, const void *aux)
-{
- // hts_open() is really sam_open(), except for #define games
- samFile *hts_fp = hts_open(fn, mode);
- if (hts_fp == NULL) return NULL;
-
- samfile_t *fp = malloc(sizeof (samfile_t));
- fp->file = hts_fp;
- fp->x.bam = hts_fp->fp.bgzf;
- if (strchr(mode, 'r')) {
- if (aux) hts_set_fai_filename(fp->file, aux);
- fp->header = sam_hdr_read(fp->file); // samclose() will free this
- if (fp->header->n_targets == 0 && bam_verbose >= 1)
- fprintf(stderr, "[samopen] no @SQ lines in the header.\n");
- }
- else {
- fp->header = (bam_hdr_t *)aux; // For writing, we won't free it
- if (fp->file->is_bin || fp->file->is_cram || strchr(mode, 'h')) sam_hdr_write(fp->file, fp->header);
- }
-
- return fp;
-}
-
-void samclose(samfile_t *fp)
-{
- if (fp) {
- if (!fp->file->is_write && fp->header) bam_hdr_destroy(fp->header);
- sam_close(fp->file);
- free(fp);
- }
-}
-
-int sampileup(samfile_t *fp, int mask, bam_pileup_f func, void *func_data)
-{
- bam_plbuf_t *buf;
- int ret;
- bam1_t *b;
- b = bam_init1();
- buf = bam_plbuf_init(func, func_data);
- if (mask < 0) mask = BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP;
- else mask |= BAM_FUNMAP;
- while ((ret = samread(fp, b)) >= 0) {
- // bam_plp_push() itself now filters out unmapped reads only
- if (b->core.flag & mask) b->core.flag |= BAM_FUNMAP;
- bam_plbuf_push(b, buf);
- }
- bam_plbuf_push(0, buf);
- bam_plbuf_destroy(buf);
- bam_destroy1(b);
- return 0;
-}
-
-char *samfaipath(const char *fn_ref)
-{
- char *fn_list = 0;
- if (fn_ref == 0) return 0;
- fn_list = calloc(strlen(fn_ref) + 5, 1);
- strcat(strcpy(fn_list, fn_ref), ".fai");
- if (access(fn_list, R_OK) == -1) { // fn_list is unreadable
- if (access(fn_ref, R_OK) == -1) {
- fprintf(stderr, "[samfaipath] fail to read file %s.\n", fn_ref);
- } else {
- if (bam_verbose >= 3) fprintf(stderr, "[samfaipath] build FASTA index...\n");
- if (fai_build(fn_ref) == -1) {
- fprintf(stderr, "[samfaipath] fail to build FASTA index.\n");
- free(fn_list); fn_list = 0;
- }
- }
- }
- return fn_list;
-}
diff --git a/samtools/sam_header.c b/samtools/sam_header.c
deleted file mode 100644
index 75ca724..0000000
--- a/samtools/sam_header.c
+++ /dev/null
@@ -1,834 +0,0 @@
-/* sam_header.c -- basic SAM/BAM header API.
-
- Copyright (C) 2009-2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Petr Danecek <pd3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "sam_header.h"
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
-#include <ctype.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <stdarg.h>
-
-#include "htslib/khash.h"
-KHASH_MAP_INIT_STR(str, const char *)
-
-struct _HeaderList
-{
- struct _HeaderList *last; // Hack: Used and maintained only by list_append_to_end. Maintained in the root node only.
- struct _HeaderList *next;
- void *data;
-};
-typedef struct _HeaderList list_t;
-typedef list_t HeaderDict;
-
-typedef struct
-{
- char key[2];
- char *value;
-}
-HeaderTag;
-
-typedef struct
-{
- char type[2];
- list_t *tags;
-}
-HeaderLine;
-
-const char *o_hd_tags[] = {"SO","GO",NULL};
-const char *r_hd_tags[] = {"VN",NULL};
-
-const char *o_sq_tags[] = {"AS","M5","UR","SP",NULL};
-const char *r_sq_tags[] = {"SN","LN",NULL};
-const char *u_sq_tags[] = {"SN",NULL};
-
-const char *o_rg_tags[] = {"CN","DS","DT","FO","KS","LB","PG","PI","PL","PU","SM",NULL};
-const char *r_rg_tags[] = {"ID",NULL};
-const char *u_rg_tags[] = {"ID",NULL};
-
-const char *o_pg_tags[] = {"VN","CL",NULL};
-const char *r_pg_tags[] = {"ID",NULL};
-
-const char *types[] = {"HD","SQ","RG","PG","CO",NULL};
-const char **optional_tags[] = {o_hd_tags,o_sq_tags,o_rg_tags,o_pg_tags,NULL,NULL};
-const char **required_tags[] = {r_hd_tags,r_sq_tags,r_rg_tags,r_pg_tags,NULL,NULL};
-const char **unique_tags[] = {NULL, u_sq_tags,u_rg_tags,NULL,NULL,NULL};
-
-
-static void debug(const char *format, ...)
-{
- va_list ap;
- va_start(ap, format);
- vfprintf(stderr, format, ap);
- va_end(ap);
-}
-
-#if 0
-// Replaced by list_append_to_end
-static list_t *list_prepend(list_t *root, void *data)
-{
- list_t *l = malloc(sizeof(list_t));
- l->next = root;
- l->data = data;
- return l;
-}
-#endif
-
-// Relies on the root->last being correct. Do not use with the other list_*
-// routines unless they are fixed to modify root->last as well.
-static list_t *list_append_to_end(list_t *root, void *data)
-{
- list_t *l = malloc(sizeof(list_t));
- l->last = l;
- l->next = NULL;
- l->data = data;
-
- if ( !root )
- return l;
-
- root->last->next = l;
- root->last = l;
- return root;
-}
-
-static list_t *list_append(list_t *root, void *data)
-{
- list_t *l = root;
- while (l && l->next)
- l = l->next;
- if ( l )
- {
- l->next = malloc(sizeof(list_t));
- l = l->next;
- }
- else
- {
- l = malloc(sizeof(list_t));
- root = l;
- }
- l->data = data;
- l->next = NULL;
- return root;
-}
-
-static void list_free(list_t *root)
-{
- list_t *l = root;
- while (root)
- {
- l = root;
- root = root->next;
- free(l);
- }
-}
-
-
-
-// Look for a tag "XY" in a predefined const char *[] array.
-static int tag_exists(const char *tag, const char **tags)
-{
- int itag=0;
- if ( !tags ) return -1;
- while ( tags[itag] )
- {
- if ( tags[itag][0]==tag[0] && tags[itag][1]==tag[1] ) return itag;
- itag++;
- }
- return -1;
-}
-
-
-
-// Mimics the behaviour of getline, except it returns pointer to the next chunk of the text
-// or NULL if everything has been read. The lineptr should be freed by the caller. The
-// newline character is stripped.
-static const char *nextline(char **lineptr, size_t *n, const char *text)
-{
- int len;
- const char *to = text;
-
- if ( !*to ) return NULL;
-
- while ( *to && *to!='\n' && *to!='\r' ) to++;
- len = to - text + 1;
-
- if ( *to )
- {
- // Advance the pointer for the next call
- if ( *to=='\n' ) to++;
- else if ( *to=='\r' && *(to+1)=='\n' ) to+=2;
- }
- if ( !len )
- return to;
-
- if ( !*lineptr )
- {
- *lineptr = malloc(len);
- *n = len;
- }
- else if ( *n<len )
- {
- *lineptr = realloc(*lineptr, len);
- *n = len;
- }
- if ( !*lineptr ) {
- debug("[nextline] Insufficient memory!\n");
- return 0;
- }
-
- memcpy(*lineptr,text,len);
- (*lineptr)[len-1] = 0;
-
- return to;
-}
-
-// name points to "XY", value_from points to the first character of the value string and
-// value_to points to the last character of the value string.
-static HeaderTag *new_tag(const char *name, const char *value_from, const char *value_to)
-{
- HeaderTag *tag = malloc(sizeof(HeaderTag));
- int len = value_to-value_from+1;
-
- tag->key[0] = name[0];
- tag->key[1] = name[1];
- tag->value = malloc(len+1);
- memcpy(tag->value,value_from,len+1);
- tag->value[len] = 0;
- return tag;
-}
-
-static HeaderTag *header_line_has_tag(HeaderLine *hline, const char *key)
-{
- list_t *tags = hline->tags;
- while (tags)
- {
- HeaderTag *tag = tags->data;
- if ( tag->key[0]==key[0] && tag->key[1]==key[1] ) return tag;
- tags = tags->next;
- }
- return NULL;
-}
-
-
-// Return codes:
-// 0 .. different types or unique tags differ or conflicting tags, cannot be merged
-// 1 .. all tags identical -> no need to merge, drop one
-// 2 .. the unique tags match and there are some conflicting tags (same tag, different value) -> error, cannot be merged nor duplicated
-// 3 .. there are some missing complementary tags and no unique conflict -> can be merged into a single line
-static int sam_header_compare_lines(HeaderLine *hline1, HeaderLine *hline2)
-{
- HeaderTag *t1, *t2;
-
- if ( hline1->type[0]!=hline2->type[0] || hline1->type[1]!=hline2->type[1] )
- return 0;
-
- int itype = tag_exists(hline1->type,types);
- if ( itype==-1 ) {
- debug("[sam_header_compare_lines] Unknown type [%c%c]\n", hline1->type[0],hline1->type[1]);
- return -1; // FIXME (lh3): error; I do not know how this will be handled in Petr's code
- }
-
- if ( unique_tags[itype] )
- {
- t1 = header_line_has_tag(hline1,unique_tags[itype][0]);
- t2 = header_line_has_tag(hline2,unique_tags[itype][0]);
- if ( !t1 || !t2 ) // this should never happen, the unique tags are required
- return 2;
-
- if ( strcmp(t1->value,t2->value) )
- return 0; // the unique tags differ, cannot be merged
- }
- if ( !required_tags[itype] && !optional_tags[itype] )
- {
- t1 = hline1->tags->data;
- t2 = hline2->tags->data;
- if ( !strcmp(t1->value,t2->value) ) return 1; // identical comments
- return 0;
- }
-
- int missing=0, itag=0;
- while ( required_tags[itype] && required_tags[itype][itag] )
- {
- t1 = header_line_has_tag(hline1,required_tags[itype][itag]);
- t2 = header_line_has_tag(hline2,required_tags[itype][itag]);
- if ( !t1 && !t2 )
- return 2; // this should never happen
- else if ( !t1 || !t2 )
- missing = 1; // there is some tag missing in one of the hlines
- else if ( strcmp(t1->value,t2->value) )
- {
- if ( unique_tags[itype] )
- return 2; // the lines have a matching unique tag but have a conflicting tag
-
- return 0; // the lines contain conflicting tags, cannot be merged
- }
- itag++;
- }
- itag = 0;
- while ( optional_tags[itype] && optional_tags[itype][itag] )
- {
- t1 = header_line_has_tag(hline1,optional_tags[itype][itag]);
- t2 = header_line_has_tag(hline2,optional_tags[itype][itag]);
- if ( !t1 && !t2 )
- {
- itag++;
- continue;
- }
- if ( !t1 || !t2 )
- missing = 1; // there is some tag missing in one of the hlines
- else if ( strcmp(t1->value,t2->value) )
- {
- if ( unique_tags[itype] )
- return 2; // the lines have a matching unique tag but have a conflicting tag
-
- return 0; // the lines contain conflicting tags, cannot be merged
- }
- itag++;
- }
- if ( missing ) return 3; // there are some missing complementary tags with no conflicts, can be merged
- return 1;
-}
-
-
-static HeaderLine *sam_header_line_clone(const HeaderLine *hline)
-{
- list_t *tags;
- HeaderLine *out = malloc(sizeof(HeaderLine));
- out->type[0] = hline->type[0];
- out->type[1] = hline->type[1];
- out->tags = NULL;
-
- tags = hline->tags;
- while (tags)
- {
- HeaderTag *old = tags->data;
-
- HeaderTag *new = malloc(sizeof(HeaderTag));
- new->key[0] = old->key[0];
- new->key[1] = old->key[1];
- new->value = strdup(old->value);
- out->tags = list_append(out->tags, new);
-
- tags = tags->next;
- }
- return out;
-}
-
-static int sam_header_line_merge_with(HeaderLine *out_hline, const HeaderLine *tmpl_hline)
-{
- list_t *tmpl_tags;
-
- if ( out_hline->type[0]!=tmpl_hline->type[0] || out_hline->type[1]!=tmpl_hline->type[1] )
- return 0;
-
- tmpl_tags = tmpl_hline->tags;
- while (tmpl_tags)
- {
- HeaderTag *tmpl_tag = tmpl_tags->data;
- HeaderTag *out_tag = header_line_has_tag(out_hline, tmpl_tag->key);
- if ( !out_tag )
- {
- HeaderTag *tag = malloc(sizeof(HeaderTag));
- tag->key[0] = tmpl_tag->key[0];
- tag->key[1] = tmpl_tag->key[1];
- tag->value = strdup(tmpl_tag->value);
- out_hline->tags = list_append(out_hline->tags,tag);
- }
- tmpl_tags = tmpl_tags->next;
- }
- return 1;
-}
-
-
-static HeaderLine *sam_header_line_parse(const char *headerLine)
-{
- HeaderLine *hline;
- HeaderTag *tag;
- const char *from, *to;
- from = headerLine;
-
- if ( *from != '@' ) {
- debug("[sam_header_line_parse] expected '@', got [%s]\n", headerLine);
- return 0;
- }
- to = ++from;
-
- while (*to && *to!='\t') to++;
- if ( to-from != 2 ) {
- debug("[sam_header_line_parse] expected '@XY', got [%s]\nHint: The header tags must be tab-separated.\n", headerLine);
- return 0;
- }
-
- hline = malloc(sizeof(HeaderLine));
- hline->type[0] = from[0];
- hline->type[1] = from[1];
- hline->tags = NULL;
-
- int itype = tag_exists(hline->type, types);
-
- from = to;
- while (*to && *to=='\t') to++;
- if ( to-from != 1 ) {
- debug("[sam_header_line_parse] multiple tabs on line [%s] (%d)\n", headerLine,(int)(to-from));
- free(hline);
- return 0;
- }
- from = to;
- while (*from)
- {
- while (*to && *to!='\t') to++;
-
- if ( !required_tags[itype] && !optional_tags[itype] )
- {
- // CO is a special case, it can contain anything, including tabs
- if ( *to ) { to++; continue; }
- tag = new_tag(" ",from,to-1);
- }
- else
- tag = new_tag(from,from+3,to-1);
-
- if ( header_line_has_tag(hline,tag->key) )
- debug("The tag '%c%c' present (at least) twice on line [%s]\n", tag->key[0],tag->key[1], headerLine);
- hline->tags = list_append(hline->tags, tag);
-
- from = to;
- while (*to && *to=='\t') to++;
- if ( *to && to-from != 1 ) {
- debug("[sam_header_line_parse] multiple tabs on line [%s] (%d)\n", headerLine,(int)(to-from));
- return 0;
- }
-
- from = to;
- }
- return hline;
-}
-
-
-// Must be of an existing type, all tags must be recognised and all required tags must be present
-static int sam_header_line_validate(HeaderLine *hline)
-{
- list_t *tags;
- HeaderTag *tag;
- int itype, itag;
-
- // Is the type correct?
- itype = tag_exists(hline->type, types);
- if ( itype==-1 )
- {
- debug("The type [%c%c] not recognised.\n", hline->type[0],hline->type[1]);
- return 0;
- }
-
- // Has all required tags?
- itag = 0;
- while ( required_tags[itype] && required_tags[itype][itag] )
- {
- if ( !header_line_has_tag(hline,required_tags[itype][itag]) )
- {
- debug("The tag [%c%c] required for [%c%c] not present.\n", required_tags[itype][itag][0],required_tags[itype][itag][1],
- hline->type[0],hline->type[1]);
- return 0;
- }
- itag++;
- }
-
- // Are all tags recognised?
- tags = hline->tags;
- while ( tags )
- {
- tag = tags->data;
- if ( !tag_exists(tag->key,required_tags[itype]) && !tag_exists(tag->key,optional_tags[itype]) )
- {
- // Lower case tags are user-defined values.
- if( !(islower(tag->key[0]) || islower(tag->key[1])) )
- {
- // Neither is lower case, but tag was not recognized.
- debug("Unknown tag [%c%c] for [%c%c].\n", tag->key[0],tag->key[1], hline->type[0],hline->type[1]);
- // return 0; // Even unknown tags are allowed - for forward compatibility with new attributes
- }
- // else - allow user defined tag
- }
- tags = tags->next;
- }
-
- return 1;
-}
-
-
-static void print_header_line(FILE *fp, HeaderLine *hline)
-{
- list_t *tags = hline->tags;
- HeaderTag *tag;
-
- fprintf(fp, "@%c%c", hline->type[0],hline->type[1]);
- while (tags)
- {
- tag = tags->data;
-
- fprintf(fp, "\t");
- if ( tag->key[0]!=' ' || tag->key[1]!=' ' )
- fprintf(fp, "%c%c:", tag->key[0],tag->key[1]);
- fprintf(fp, "%s", tag->value);
-
- tags = tags->next;
- }
- fprintf(fp,"\n");
-}
-
-
-static void sam_header_line_free(HeaderLine *hline)
-{
- list_t *tags = hline->tags;
- while (tags)
- {
- HeaderTag *tag = tags->data;
- free(tag->value);
- free(tag);
- tags = tags->next;
- }
- list_free(hline->tags);
- free(hline);
-}
-
-void sam_header_free(void *_header)
-{
- HeaderDict *header = (HeaderDict*)_header;
- list_t *hlines = header;
- while (hlines)
- {
- sam_header_line_free(hlines->data);
- hlines = hlines->next;
- }
- list_free(header);
-}
-
-HeaderDict *sam_header_clone(const HeaderDict *dict)
-{
- HeaderDict *out = NULL;
- while (dict)
- {
- HeaderLine *hline = dict->data;
- out = list_append(out, sam_header_line_clone(hline));
- dict = dict->next;
- }
- return out;
-}
-
-// Returns a newly allocated string
-char *sam_header_write(const void *_header)
-{
- const HeaderDict *header = (const HeaderDict*)_header;
- char *out = NULL;
- int len=0, nout=0;
- const list_t *hlines;
-
- // Calculate the length of the string to allocate
- hlines = header;
- while (hlines)
- {
- len += 4; // @XY and \n
-
- HeaderLine *hline = hlines->data;
- list_t *tags = hline->tags;
- while (tags)
- {
- HeaderTag *tag = tags->data;
- len += strlen(tag->value) + 1; // \t
- if ( tag->key[0]!=' ' || tag->key[1]!=' ' )
- len += strlen(tag->value) + 3; // XY:
- tags = tags->next;
- }
- hlines = hlines->next;
- }
-
- nout = 0;
- out = malloc(len+1);
- hlines = header;
- while (hlines)
- {
- HeaderLine *hline = hlines->data;
-
- nout += sprintf(out+nout,"@%c%c",hline->type[0],hline->type[1]);
-
- list_t *tags = hline->tags;
- while (tags)
- {
- HeaderTag *tag = tags->data;
- nout += sprintf(out+nout,"\t");
- if ( tag->key[0]!=' ' || tag->key[1]!=' ' )
- nout += sprintf(out+nout,"%c%c:", tag->key[0],tag->key[1]);
- nout += sprintf(out+nout,"%s", tag->value);
- tags = tags->next;
- }
- hlines = hlines->next;
- nout += sprintf(out+nout,"\n");
- }
- out[len] = 0;
- return out;
-}
-
-void *sam_header_parse2(const char *headerText)
-{
- list_t *hlines = NULL;
- HeaderLine *hline;
- const char *text;
- char *buf=NULL;
- size_t nbuf = 0;
- int tovalidate = 0;
-
- if ( !headerText )
- return 0;
-
- text = headerText;
- while ( (text=nextline(&buf, &nbuf, text)) )
- {
- hline = sam_header_line_parse(buf);
- if ( hline && (!tovalidate || sam_header_line_validate(hline)) )
- // With too many (~250,000) reference sequences the header parsing was too slow with list_append.
- hlines = list_append_to_end(hlines, hline);
- else
- {
- if (hline) sam_header_line_free(hline);
- sam_header_free(hlines);
- if ( buf ) free(buf);
- return NULL;
- }
- }
- if ( buf ) free(buf);
-
- return hlines;
-}
-
-void *sam_header2tbl(const void *_dict, char type[2], char key_tag[2], char value_tag[2])
-{
- const HeaderDict *dict = (const HeaderDict*)_dict;
- const list_t *l = dict;
- khash_t(str) *tbl = kh_init(str);
- khiter_t k;
- int ret;
-
- if (_dict == 0) return tbl; // return an empty (not null) hash table
- while (l)
- {
- HeaderLine *hline = l->data;
- if ( hline->type[0]!=type[0] || hline->type[1]!=type[1] )
- {
- l = l->next;
- continue;
- }
-
- HeaderTag *key, *value;
- key = header_line_has_tag(hline,key_tag);
- value = header_line_has_tag(hline,value_tag);
- if ( !key || !value )
- {
- l = l->next;
- continue;
- }
-
- k = kh_get(str, tbl, key->value);
- if ( k != kh_end(tbl) )
- debug("[sam_header_lookup_table] They key %s not unique.\n", key->value);
- k = kh_put(str, tbl, key->value, &ret);
- kh_value(tbl, k) = value->value;
-
- l = l->next;
- }
- return tbl;
-}
-
-char **sam_header2list(const void *_dict, char type[2], char key_tag[2], int *_n)
-{
- const HeaderDict *dict = (const HeaderDict*)_dict;
- const list_t *l = dict;
- int max, n;
- char **ret;
-
- ret = 0; *_n = max = n = 0;
- while (l)
- {
- HeaderLine *hline = l->data;
- if ( hline->type[0]!=type[0] || hline->type[1]!=type[1] )
- {
- l = l->next;
- continue;
- }
-
- HeaderTag *key;
- key = header_line_has_tag(hline,key_tag);
- if ( !key )
- {
- l = l->next;
- continue;
- }
-
- if (n == max) {
- max = max? max<<1 : 4;
- ret = realloc(ret, max * sizeof(char*));
- }
- ret[n++] = key->value;
-
- l = l->next;
- }
- *_n = n;
- return ret;
-}
-
-void *sam_header2key_val(void *iter, const char type[2], const char key_tag[2], const char value_tag[2], const char **_key, const char **_value)
-{
- list_t *l = iter;
- if ( !l ) return NULL;
-
- while (l)
- {
- HeaderLine *hline = l->data;
- if ( hline->type[0]!=type[0] || hline->type[1]!=type[1] )
- {
- l = l->next;
- continue;
- }
-
- HeaderTag *key, *value;
- key = header_line_has_tag(hline,key_tag);
- value = header_line_has_tag(hline,value_tag);
- if ( !key && !value )
- {
- l = l->next;
- continue;
- }
-
- *_key = key->value;
- *_value = value->value;
- return l->next;
- }
- return l;
-}
-
-const char *sam_tbl_get(void *h, const char *key)
-{
- khash_t(str) *tbl = (khash_t(str)*)h;
- khint_t k;
- k = kh_get(str, tbl, key);
- return k == kh_end(tbl)? 0 : kh_val(tbl, k);
-}
-
-int sam_tbl_size(void *h)
-{
- khash_t(str) *tbl = (khash_t(str)*)h;
- return h? kh_size(tbl) : 0;
-}
-
-void sam_tbl_destroy(void *h)
-{
- khash_t(str) *tbl = (khash_t(str)*)h;
- kh_destroy(str, tbl);
-}
-
-void *sam_header_merge(int n, const void **_dicts)
-{
- const HeaderDict **dicts = (const HeaderDict**)_dicts;
- HeaderDict *out_dict;
- int idict, status;
-
- if ( n<2 ) return NULL;
-
- out_dict = sam_header_clone(dicts[0]);
-
- for (idict=1; idict<n; idict++)
- {
- const list_t *tmpl_hlines = dicts[idict];
-
- while ( tmpl_hlines )
- {
- list_t *out_hlines = out_dict;
- int inserted = 0;
- while ( out_hlines )
- {
- status = sam_header_compare_lines(tmpl_hlines->data, out_hlines->data);
- if ( status==0 )
- {
- out_hlines = out_hlines->next;
- continue;
- }
-
- if ( status==2 )
- {
- print_header_line(stderr,tmpl_hlines->data);
- print_header_line(stderr,out_hlines->data);
- debug("Conflicting lines, cannot merge the headers.\n");
- return 0;
- }
- if ( status==3 )
- sam_header_line_merge_with(out_hlines->data, tmpl_hlines->data);
-
- inserted = 1;
- break;
- }
- if ( !inserted )
- out_dict = list_append(out_dict, sam_header_line_clone(tmpl_hlines->data));
-
- tmpl_hlines = tmpl_hlines->next;
- }
- }
-
- return out_dict;
-}
-
-char **sam_header2tbl_n(const void *dict, const char type[2], const char *tags[], int *n)
-{
- int nout = 0;
- char **out = NULL;
-
- *n = 0;
- list_t *l = (list_t *)dict;
- if ( !l ) return NULL;
-
- int i, ntags = 0;
- while ( tags[ntags] ) ntags++;
-
- while (l)
- {
- HeaderLine *hline = l->data;
- if ( hline->type[0]!=type[0] || hline->type[1]!=type[1] )
- {
- l = l->next;
- continue;
- }
- out = (char**) realloc(out, sizeof(char*)*(nout+1)*ntags);
- for (i=0; i<ntags; i++)
- {
- HeaderTag *key = header_line_has_tag(hline, tags[i]);
- if ( !key )
- {
- out[nout*ntags+i] = NULL;
- continue;
- }
- out[nout*ntags+i] = key->value;
- }
- nout++;
- l = l->next;
- }
- *n = nout;
- return out;
-}
-
diff --git a/samtools/sam_view.c b/samtools/sam_view.c
deleted file mode 100644
index e2a4420..0000000
--- a/samtools/sam_view.c
+++ /dev/null
@@ -1,706 +0,0 @@
-/* sam_view.c -- SAM<->BAM<->CRAM conversion.
-
- Copyright (C) 2009-2014 Genome Research Ltd.
- Portions copyright (C) 2009, 2011, 2012 Broad Institute.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
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-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notices and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <stdio.h>
-#include <unistd.h>
-#include <math.h>
-#include <inttypes.h>
-#include <stdbool.h>
-#include <assert.h>
-#include "htslib/sam.h"
-#include "htslib/faidx.h"
-#include "htslib/kstring.h"
-#include "htslib/khash.h"
-#include "samtools.h"
-KHASH_SET_INIT_STR(rg)
-
-typedef khash_t(rg) *rghash_t;
-
-// This structure contains the settings for a samview run
-typedef struct samview_settings {
- rghash_t rghash;
- int min_mapQ;
- int flag_on;
- int flag_off;
- int min_qlen;
- int remove_B;
- uint32_t subsam_seed;
- double subsam_frac;
- char* library;
- void* bed;
- size_t remove_aux_len;
- char** remove_aux;
-} samview_settings_t;
-
-
-// TODO Add declarations of these to a viable htslib or samtools header
-extern const char *bam_get_library(bam_hdr_t *header, const bam1_t *b);
-extern int bam_remove_B(bam1_t *b);
-extern char *samfaipath(const char *fn_ref);
-void *bed_read(const char *fn);
-void bed_destroy(void *_h);
-int bed_overlap(const void *_h, const char *chr, int beg, int end);
-
-// Returns 0 to indicate read should be output 1 otherwise
-static int process_aln(const bam_hdr_t *h, bam1_t *b, samview_settings_t* settings)
-{
- if (settings->remove_B) bam_remove_B(b);
- if (settings->min_qlen > 0) {
- int k, qlen = 0;
- uint32_t *cigar = bam_get_cigar(b);
- for (k = 0; k < b->core.n_cigar; ++k)
- if ((bam_cigar_type(bam_cigar_op(cigar[k]))&1) || bam_cigar_op(cigar[k]) == BAM_CHARD_CLIP)
- qlen += bam_cigar_oplen(cigar[k]);
- if (qlen < settings->min_qlen) return 1;
- }
- if (b->core.qual < settings->min_mapQ || ((b->core.flag & settings->flag_on) != settings->flag_on) || (b->core.flag & settings->flag_off))
- return 1;
- if (settings->bed && (b->core.tid < 0 || !bed_overlap(settings->bed, h->target_name[b->core.tid], b->core.pos, bam_endpos(b))))
- return 1;
- if (settings->subsam_frac > 0.) {
- uint32_t k = __ac_Wang_hash(__ac_X31_hash_string(bam_get_qname(b)) ^ settings->subsam_seed);
- if ((double)(k&0xffffff) / 0x1000000 >= settings->subsam_frac) return 1;
- }
- if (settings->rghash) {
- uint8_t *s = bam_aux_get(b, "RG");
- if (s) {
- khint_t k = kh_get(rg, settings->rghash, (char*)(s + 1));
- if (k == kh_end(settings->rghash)) return 1;
- }
- }
- if (settings->library) {
- const char *p = bam_get_library((bam_hdr_t*)h, b);
- if (p && strcmp(p, settings->library) != 0) return 1;
- }
- if (settings->remove_aux_len) {
- size_t i;
- for (i = 0; i < settings->remove_aux_len; ++i) {
- uint8_t *s = bam_aux_get(b, settings->remove_aux[i]);
- if (s) {
- bam_aux_del(b, s);
- }
- }
- }
- return 0;
-}
-
-static char *drop_rg(char *hdtxt, rghash_t h, int *len)
-{
- char *p = hdtxt, *q, *r, *s;
- kstring_t str;
- memset(&str, 0, sizeof(kstring_t));
- while (1) {
- int toprint = 0;
- q = strchr(p, '\n');
- if (q == 0) q = p + strlen(p);
- if (q - p < 3) break; // the line is too short; then stop
- if (strncmp(p, "@RG\t", 4) == 0) {
- int c;
- khint_t k;
- if ((r = strstr(p, "\tID:")) != 0) {
- r += 4;
- for (s = r; *s != '\0' && *s != '\n' && *s != '\t'; ++s);
- c = *s; *s = '\0';
- k = kh_get(rg, h, r);
- *s = c;
- if (k != kh_end(h)) toprint = 1;
- }
- } else toprint = 1;
- if (toprint) {
- kputsn(p, q - p, &str); kputc('\n', &str);
- }
- p = q + 1;
- }
- *len = str.l;
- return str.s;
-}
-
-static int usage(int is_long_help);
-
-static int add_read_group_single(samview_settings_t *settings, char *name)
-{
- char *d = strdup(name);
- int ret = 0;
-
- if (d == NULL) goto err;
-
- if (settings->rghash == NULL) {
- settings->rghash = kh_init(rg);
- if (settings->rghash == NULL) goto err;
- }
-
- kh_put(rg, settings->rghash, d, &ret);
- if (ret == -1) goto err;
- if (ret == 0) free(d); /* Duplicate */
- return 0;
-
- err:
- print_error("Couldn't add \"%s\" to read group list: memory exhausted?", name);
- free(d);
- return -1;
-}
-
-static int add_read_groups_file(samview_settings_t *settings, char *fn)
-{
- FILE *fp;
- char buf[1024];
- int ret = 0;
- if (settings->rghash == NULL) {
- settings->rghash = kh_init(rg);
- if (settings->rghash == NULL) {
- perror(NULL);
- return -1;
- }
- }
-
- fp = fopen(fn, "r");
- if (fp == NULL) {
- print_error_errno("failed to open \"%s\" for reading", fn);
- return -1;
- }
-
- while (ret != -1 && !feof(fp) && fscanf(fp, "%1023s", buf) > 0) {
- char *d = strdup(buf);
- if (d != NULL) {
- kh_put(rg, settings->rghash, d, &ret);
- if (ret == 0) free(d); /* Duplicate */
- } else {
- ret = -1;
- }
- }
- if (ferror(fp)) ret = -1;
- if (ret == -1) {
- print_error_errno("failed to read \"%s\"", fn);
- }
- fclose(fp);
- return (ret != -1) ? 0 : -1;
-}
-
-static inline int check_sam_write1(samFile *fp, const bam_hdr_t *h, const bam1_t *b, const char *fname, int *retp)
-{
- int r = sam_write1(fp, h, b);
- if (r >= 0) return r;
-
- if (fname) print_error_errno("writing to \"%s\" failed", fname);
- else print_error_errno("writing to standard output failed");
-
- *retp = EXIT_FAILURE;
- return r;
-}
-
-static void check_sam_close(samFile *fp, const char *fname, const char *null_fname, int *retp)
-{
- int r = sam_close(fp);
- if (r >= 0) return;
-
- // TODO Need error infrastructure so we can print a message instead of r
- if (fname) print_error("error closing \"%s\": %d", fname, r);
- else print_error("error closing %s: %d", null_fname, r);
-
- *retp = EXIT_FAILURE;
-}
-
-int main_samview(int argc, char *argv[])
-{
- int c, is_header = 0, is_header_only = 0, ret = 0, compress_level = -1, is_count = 0;
- int is_long_help = 0, n_threads = 0;
- int64_t count = 0;
- samFile *in = 0, *out = 0, *un_out=0;
- bam_hdr_t *header = NULL;
- char out_mode[5], *out_format = "", *fn_out = 0, *fn_list = 0, *fn_ref = 0, *q, *fn_un_out = 0;
-
- samview_settings_t settings = {
- .rghash = NULL,
- .min_mapQ = 0,
- .flag_on = 0,
- .flag_off = 0,
- .min_qlen = 0,
- .remove_B = 0,
- .subsam_seed = 0,
- .subsam_frac = -1.,
- .library = NULL,
- .bed = NULL,
- };
-
- /* parse command-line options */
- /* TODO: convert this to getopt_long we're running out of letters */
- strcpy(out_mode, "w");
- while ((c = getopt(argc, argv, "SbBcCt:h1Ho:q:f:F:ul:r:?T:R:L:s:@:m:x:U:")) >= 0) {
- switch (c) {
- case 's':
- if ((settings.subsam_seed = strtol(optarg, &q, 10)) != 0) {
- srand(settings.subsam_seed);
- settings.subsam_seed = rand();
- }
- settings.subsam_frac = strtod(q, &q);
- break;
- case 'm': settings.min_qlen = atoi(optarg); break;
- case 'c': is_count = 1; break;
- case 'S': break;
- case 'b': out_format = "b"; break;
- case 'C': out_format = "c"; break;
- case 't': fn_list = strdup(optarg); break;
- case 'h': is_header = 1; break;
- case 'H': is_header_only = 1; break;
- case 'o': fn_out = strdup(optarg); break;
- case 'U': fn_un_out = strdup(optarg); break;
- case 'f': settings.flag_on |= strtol(optarg, 0, 0); break;
- case 'F': settings.flag_off |= strtol(optarg, 0, 0); break;
- case 'q': settings.min_mapQ = atoi(optarg); break;
- case 'u': compress_level = 0; break;
- case '1': compress_level = 1; break;
- case 'l': settings.library = strdup(optarg); break;
- case 'L':
- if ((settings.bed = bed_read(optarg)) == NULL) {
- print_error_errno("Could not read file \"%s\"", optarg);
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- break;
- case 'r':
- if (add_read_group_single(&settings, optarg) != 0) {
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- break;
- case 'R':
- if (add_read_groups_file(&settings, optarg) != 0) {
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- break;
- /* REMOVED as htslib doesn't support this
- //case 'x': out_format = "x"; break;
- //case 'X': out_format = "X"; break;
- */
- case '?': is_long_help = 1; break;
- case 'T': fn_ref = strdup(optarg); break;
- case 'B': settings.remove_B = 1; break;
- case '@': n_threads = strtol(optarg, 0, 0); break;
- case 'x':
- {
- if (strlen(optarg) != 2) {
- fprintf(stderr, "main_samview: Error parsing -x auxiliary tags should be exactly two characters long.\n");
- return usage(is_long_help);
- }
- settings.remove_aux = (char**)realloc(settings.remove_aux, sizeof(char*) * (++settings.remove_aux_len));
- settings.remove_aux[settings.remove_aux_len-1] = optarg;
- }
- break;
- default: return usage(is_long_help);
- }
- }
- if (compress_level >= 0) out_format = "b";
- if (is_header_only) is_header = 1;
- strcat(out_mode, out_format);
- if (compress_level >= 0) {
- char tmp[2];
- tmp[0] = compress_level + '0'; tmp[1] = '\0';
- strcat(out_mode, tmp);
- }
- if (argc == optind) return usage(is_long_help); // potential memory leak...
-
- // generate the fn_list if necessary
- if (fn_list == 0 && fn_ref) fn_list = samfaipath(fn_ref);
- // open file handlers
- if ((in = sam_open(argv[optind], "r")) == 0) {
- print_error_errno("failed to open \"%s\" for reading", argv[optind]);
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- if (fn_list) hts_set_fai_filename(in, fn_list);
- if ((header = sam_hdr_read(in)) == 0) {
- fprintf(stderr, "[main_samview] fail to read the header from \"%s\".\n", argv[optind]);
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- if (settings.rghash) { // FIXME: I do not know what "bam_header_t::n_text" is for...
- char *tmp;
- int l;
- tmp = drop_rg(header->text, settings.rghash, &l);
- free(header->text);
- header->text = tmp;
- header->l_text = l;
- }
- if (!is_count) {
- if ((out = sam_open(fn_out? fn_out : "-", out_mode)) == 0) {
- print_error_errno("failed to open \"%s\" for writing", fn_out? fn_out : "standard output");
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- if (fn_list) hts_set_fai_filename(out, fn_list);
- if (*out_format || is_header) sam_hdr_write(out, header);
- if (fn_un_out) {
- if ((un_out = sam_open(fn_un_out, out_mode)) == 0) {
- print_error_errno("failed to open \"%s\" for writing", fn_un_out);
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- if (*out_format || is_header) sam_hdr_write(un_out, header);
- }
- }
- if (n_threads > 1) { hts_set_threads(out, n_threads); }
- if (is_header_only) goto view_end; // no need to print alignments
-
- if (argc == optind + 1) { // convert/print the entire file
- bam1_t *b = bam_init1();
- int r;
- while ((r = sam_read1(in, header, b)) >= 0) { // read one alignment from `in'
- if (!process_aln(header, b, &settings)) {
- if (!is_count) { if (check_sam_write1(out, header, b, fn_out, &ret) < 0) break; }
- count++;
- } else {
- if (un_out) { if (check_sam_write1(un_out, header, b, fn_un_out, &ret) < 0) break; }
- }
- }
- if (r < -1) {
- fprintf(stderr, "[main_samview] truncated file.\n");
- ret = 1;
- }
- bam_destroy1(b);
- } else { // retrieve alignments in specified regions
- int i;
- bam1_t *b;
- hts_idx_t *idx = sam_index_load(in, argv[optind]); // load index
- if (idx == 0) { // index is unavailable
- fprintf(stderr, "[main_samview] random alignment retrieval only works for indexed BAM or CRAM files.\n");
- ret = 1;
- goto view_end;
- }
- b = bam_init1();
- for (i = optind + 1; i < argc; ++i) {
- int result;
- hts_itr_t *iter = sam_itr_querys(idx, header, argv[i]); // parse a region in the format like `chr2:100-200'
- if (iter == NULL) { // reference name is not found
- fprintf(stderr, "[main_samview] region \"%s\" specifies an unknown reference name. Continue anyway.\n", argv[i]);
- continue;
- }
- // fetch alignments
- while ((result = sam_itr_next(in, iter, b)) >= 0) {
- if (!process_aln(header, b, &settings)) {
- if (!is_count) { if (check_sam_write1(out, header, b, fn_out, &ret) < 0) break; }
- count++;
- } else {
- if (un_out) { if (check_sam_write1(un_out, header, b, fn_un_out, &ret) < 0) break; }
- }
- }
- hts_itr_destroy(iter);
- if (result < -1) {
- fprintf(stderr, "[main_samview] retrieval of region \"%s\" failed due to truncated file or corrupt BAM index file\n", argv[i]);
- ret = 1;
- break;
- }
- }
- bam_destroy1(b);
- hts_idx_destroy(idx); // destroy the BAM index
- }
-
-view_end:
- if (is_count && ret == 0)
- printf("%" PRId64 "\n", count);
-
- // close files, free and return
- if (in) check_sam_close(in, argv[optind], "standard input", &ret);
- if (out) check_sam_close(out, fn_out, "standard output", &ret);
- if (un_out) check_sam_close(un_out, fn_un_out, "file", &ret);
-
- free(fn_list); free(fn_ref); free(fn_out); free(settings.library); free(fn_un_out);
- if ( header ) bam_hdr_destroy(header);
- if (settings.bed) bed_destroy(settings.bed);
- if (settings.rghash) {
- khint_t k;
- for (k = 0; k < kh_end(settings.rghash); ++k)
- if (kh_exist(settings.rghash, k)) free((char*)kh_key(settings.rghash, k));
- kh_destroy(rg, settings.rghash);
- }
- if (settings.remove_aux_len) {
- free(settings.remove_aux);
- }
- return ret;
-}
-
-static int usage(int is_long_help)
-{
- fprintf(stderr, "\n");
- fprintf(stderr, "Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]\n\n");
- // output options
- fprintf(stderr, "Options: -b output BAM\n");
- fprintf(stderr, " -C output CRAM (requires -T)\n");
- fprintf(stderr, " -1 use fast BAM compression (implies -b)\n");
- fprintf(stderr, " -u uncompressed BAM output (implies -b)\n");
- fprintf(stderr, " -h include header in SAM output\n");
- fprintf(stderr, " -H print SAM header only (no alignments)\n");
- fprintf(stderr, " -c print only the count of matching records\n");
- fprintf(stderr, " -o FILE output file name [stdout]\n");
- fprintf(stderr, " -U FILE output reads not selected by filters to FILE [null]\n");
- // extra input
- fprintf(stderr, " -t FILE FILE listing reference names and lengths (see long help) [null]\n");
- fprintf(stderr, " -T FILE reference sequence FASTA FILE [null]\n");
- // read filters
- fprintf(stderr, " -L FILE only include reads overlapping this BED FILE [null]\n");
- fprintf(stderr, " -r STR only include reads in read group STR [null]\n");
- fprintf(stderr, " -R FILE only include reads with read group listed in FILE [null]\n");
- fprintf(stderr, " -q INT only include reads with mapping quality >= INT [0]\n");
- fprintf(stderr, " -l STR only include reads in library STR [null]\n");
- fprintf(stderr, " -m INT only include reads with number of CIGAR operations\n");
- fprintf(stderr, " consuming query sequence >= INT [0]\n");
- fprintf(stderr, " -f INT only include reads with all bits set in INT set in FLAG [0]\n");
- fprintf(stderr, " -F INT only include reads with none of the bits set in INT\n");
- fprintf(stderr, " set in FLAG [0]\n");
- // read processing
- fprintf(stderr, " -x STR read tag to strip (repeatable) [null]\n");
- fprintf(stderr, " -B collapse the backward CIGAR operation\n");
- fprintf(stderr, " -s FLOAT integer part sets seed of random number generator [0];\n");
- fprintf(stderr, " rest sets fraction of templates to subsample [no subsampling]\n");
- // general options
- fprintf(stderr, " -@ INT number of BAM compression threads [0]\n");
- fprintf(stderr, " -? print long help, including note about region specification\n");
- fprintf(stderr, " -S ignored (input format is auto-detected)\n");
- fprintf(stderr, "\n");
- if (is_long_help)
- fprintf(stderr, "Notes:\n\
-\n\
- 1. This command now auto-detects the input format (BAM/CRAM/SAM).\n\
-\n\
- 2. The file supplied with `-t' is SPACE/TAB delimited with the first\n\
- two fields of each line consisting of the reference name and the\n\
- corresponding sequence length. The `.fai' file generated by \n\
- `samtools faidx' is suitable for use as this file. This may be an\n\
- empty file if reads are unaligned.\n\
-\n\
- 3. SAM->BAM conversion: `samtools view -bT ref.fa in.sam.gz'.\n\
-\n\
- 4. BAM->SAM conversion: `samtools view -h in.bam'.\n\
-\n\
- 5. A region should be presented in one of the following formats:\n\
- `chr1', `chr2:1,000' and `chr3:1000-2,000'. When a region is\n\
- specified, the input alignment file must be a sorted and indexed\n\
- alignment (BAM/CRAM) file.\n\
-\n\
- 6. Option `-u' is preferred over `-b' when the output is piped to\n\
- another samtools command.\n\
-\n");
- return 1;
-}
-
-int main_import(int argc, char *argv[])
-{
- int argc2, ret;
- char **argv2;
- if (argc != 4) {
- fprintf(stderr, "Usage: samtools import <in.ref_list> <in.sam> <out.bam>\n");
- return 1;
- }
- argc2 = 6;
- argv2 = calloc(6, sizeof(char*));
- argv2[0] = "import", argv2[1] = "-o", argv2[2] = argv[3], argv2[3] = "-bt", argv2[4] = argv[1], argv2[5] = argv[2];
- ret = main_samview(argc2, argv2);
- free(argv2);
- return ret;
-}
-
-int8_t seq_comp_table[16] = { 0, 8, 4, 12, 2, 10, 6, 14, 1, 9, 5, 13, 3, 11, 7, 15 };
-
-static void bam2fq_usage(FILE *to)
-{
- fprintf(to, "\nUsage: samtools bam2fq [-nO] [-s <outSE.fq>] <in.bam>\n\n");
- fprintf(to, "Options: -n don't append /1 and /2 to the read name\n");
- fprintf(to, " -O output quality in the OQ tag if present\n");
- fprintf(to, " -s FILE write singleton reads to FILE [assume single-end]\n");
- fprintf(to, "\n");
-}
-
-int main_bam2fq(int argc, char *argv[])
-{
- samFile *fp;
- bam_hdr_t *h;
- bam1_t *b;
- int8_t *buf;
- int status = EXIT_SUCCESS;
- size_t max_buf;
- FILE* fpse;
- // Parse args
- char* fnse = NULL;
- bool has12 = true, use_oq = false;
- int c;
- while ((c = getopt(argc, argv, "nOs:")) > 0) {
- switch (c) {
- case 'n': has12 = false; break;
- case 'O': use_oq = true; break;
- case 's': fnse = optarg; break;
- default: bam2fq_usage(stderr); return 1;
- }
- }
-
- if ((argc - (optind)) == 0) {
- bam2fq_usage(stdout);
- return 0;
- }
-
- if ((argc - (optind)) != 1) {
- fprintf(stderr, "Too many arguments.\n");
- bam2fq_usage(stderr);
- return 1;
- }
-
- fp = sam_open(argv[optind], "r");
- if (fp == NULL) {
- print_error_errno("Cannot read file \"%s\"", argv[optind]);
- return 1;
- }
- fpse = NULL;
- if (fnse) {
- fpse = fopen(fnse,"w");
- if (fpse == NULL) {
- print_error_errno("Cannot write to singleton file \"%s\"", fnse);
- return 1;
- }
- }
-
- h = sam_hdr_read(fp);
- b = bam_init1();
- buf = NULL;
- max_buf = 0;
-
- int64_t n_singletons = 0, n_reads = 0;
- char* previous = NULL;
- kstring_t linebuf = { 0, 0, NULL };
- kputsn("", 0, &linebuf);
-
- while (sam_read1(fp, h, b) >= 0) {
- if (b->core.flag&(BAM_FSECONDARY|BAM_FSUPPLEMENTARY)) continue; // skip secondary and supplementary alignments
- ++n_reads;
-
- int i;
- int32_t qlen = b->core.l_qseq;
- assert(qlen >= 0);
- uint8_t* seq;
- uint8_t* qual = bam_get_qual(b);
- const uint8_t *oq = NULL;
- if (use_oq) oq = bam_aux_get(b, "OQ");
- bool has_qual = (qual[0] != 0xff || (use_oq && oq)); // test if there is quality
-
- // If there was a previous readname
- if ( fpse && previous ) {
- if (!strcmp(bam_get_qname(b), previous ) ) {
- fputs(linebuf.s, stdout); // Write previous read
- free(previous);
- previous = NULL;
- } else { // Doesn't match it's a singleton
- ++n_singletons;
- fputs(linebuf.s, fpse); // Write previous read to singletons
- free(previous);
- previous = strdup(bam_get_qname(b));
- }
- } else {
- fputs(linebuf.s, stdout); // Write pending read
- if (fpse) previous = strdup(bam_get_qname(b));
- }
-
- linebuf.l = 0;
- // Write read name
- kputc(!has_qual? '>' : '@', &linebuf);
- kputs(bam_get_qname(b), &linebuf);
- // Add the /1 /2 if requested
- if (has12) {
- if ((b->core.flag & BAM_FREAD1) && !(b->core.flag & BAM_FREAD2)) kputs("/1\n", &linebuf);
- else if ((b->core.flag & BAM_FREAD2) && !(b->core.flag & BAM_FREAD1)) kputs("/2\n", &linebuf);
- else kputc('\n', &linebuf);
- } else {
- kputc('\n', &linebuf);
- }
-
- if (max_buf < qlen + 1) {
- max_buf = qlen + 1;
- kroundup32(max_buf);
- buf = realloc(buf, max_buf);
- if (buf == NULL) {
- fprintf(stderr, "Out of memory");
- return 1;
- }
- }
- buf[qlen] = '\0';
- seq = bam_get_seq(b);
- for (i = 0; i < qlen; ++i)
- buf[i] = bam_seqi(seq, i);
- if (b->core.flag & BAM_FREVERSE) { // reverse complement
- for (i = 0; i < qlen>>1; ++i) {
- int8_t t = seq_comp_table[buf[qlen - 1 - i]];
- buf[qlen - 1 - i] = seq_comp_table[buf[i]];
- buf[i] = t;
- }
- if (qlen&1) buf[i] = seq_comp_table[buf[i]];
- }
- for (i = 0; i < qlen; ++i)
- buf[i] = seq_nt16_str[buf[i]];
- kputs((char*)buf, &linebuf);
- kputc('\n', &linebuf);
-
- if (has_qual) {
- // Write quality
- kputs("+\n", &linebuf);
- if (use_oq && oq) memcpy(buf, oq + 1, qlen);
- else {
- for (i = 0; i < qlen; ++i)
- buf[i] = 33 + qual[i];
- }
- if (b->core.flag & BAM_FREVERSE) { // reverse
- for (i = 0; i < qlen>>1; ++i) {
- int8_t t = buf[qlen - 1 - i];
- buf[qlen - 1 - i] = buf[i];
- buf[i] = t;
- }
- }
- kputs((char*)buf, &linebuf);
- kputc('\n', &linebuf);
- }
- }
-
- if (fpse) {
- if ( previous ) { // Nothing left to match it's a singleton
- ++n_singletons;
- fputs(linebuf.s, fpse); // Write previous read to singletons
- } else {
- fputs(linebuf.s, stdout); // Write previous read
- }
-
- fprintf(stderr, "[M::%s] discarded %" PRId64 " singletons\n", __func__, n_singletons);
- fclose(fpse);
- } else {
- fputs(linebuf.s, stdout); // Write previous read
- }
- free(linebuf.s);
- free(previous);
-
- fprintf(stderr, "[M::%s] processed %" PRId64 " reads\n", __func__, n_reads);
-
- free(buf);
- bam_destroy1(b);
- bam_hdr_destroy(h);
- check_sam_close(fp, argv[optind], "file", &status);
- return status;
-}
diff --git a/samtools/sample.c b/samtools/sample.c
deleted file mode 100644
index aa38132..0000000
--- a/samtools/sample.c
+++ /dev/null
@@ -1,132 +0,0 @@
-/* sample.c -- group data by sample.
-
- Copyright (C) 2010, 2011 Broad Institute.
- Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Heng Li <lh3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include "sample.h"
-#include "htslib/khash.h"
-KHASH_MAP_INIT_STR(sm, int)
-
-bam_sample_t *bam_smpl_init(void)
-{
- bam_sample_t *s;
- s = calloc(1, sizeof(bam_sample_t));
- s->rg2smid = kh_init(sm);
- s->sm2id = kh_init(sm);
- return s;
-}
-
-void bam_smpl_destroy(bam_sample_t *sm)
-{
- int i;
- khint_t k;
- khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
- if (sm == 0) return;
- for (i = 0; i < sm->n; ++i) free(sm->smpl[i]);
- free(sm->smpl);
- for (k = kh_begin(rg2smid); k != kh_end(rg2smid); ++k)
- if (kh_exist(rg2smid, k)) free((char*)kh_key(rg2smid, k));
- kh_destroy(sm, sm->rg2smid);
- kh_destroy(sm, sm->sm2id);
- free(sm);
-}
-
-static void add_pair(bam_sample_t *sm, khash_t(sm) *sm2id, const char *key, const char *val)
-{
- khint_t k_rg, k_sm;
- int ret;
- khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
- k_rg = kh_get(sm, rg2smid, key);
- if (k_rg != kh_end(rg2smid)) return; // duplicated @RG-ID
- k_rg = kh_put(sm, rg2smid, strdup(key), &ret);
- k_sm = kh_get(sm, sm2id, val);
- if (k_sm == kh_end(sm2id)) { // absent
- if (sm->n == sm->m) {
- sm->m = sm->m? sm->m<<1 : 1;
- sm->smpl = realloc(sm->smpl, sizeof(char*) * sm->m);
- }
- sm->smpl[sm->n] = strdup(val);
- k_sm = kh_put(sm, sm2id, sm->smpl[sm->n], &ret);
- kh_val(sm2id, k_sm) = sm->n++;
- }
- kh_val(rg2smid, k_rg) = kh_val(sm2id, k_sm);
-}
-
-int bam_smpl_add(bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *txt)
-{
- const char *p = txt, *q, *r;
- kstring_t buf, first_sm;
- int n = 0;
- khash_t(sm) *sm2id = (khash_t(sm)*)sm->sm2id;
- if (txt == 0) {
- add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
- return 0;
- }
- memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
- memset(&first_sm, 0, sizeof(kstring_t));
- while ((q = strstr(p, "@RG")) != 0) {
- p = q + 3;
- r = q = 0;
- if ((q = strstr(p, "\tID:")) != 0) q += 4;
- if ((r = strstr(p, "\tSM:")) != 0) r += 4;
- if (r && q) {
- char *u, *v;
- int oq, or;
- for (u = (char*)q; *u && *u != '\t' && *u != '\n'; ++u);
- for (v = (char*)r; *v && *v != '\t' && *v != '\n'; ++v);
- oq = *u; or = *v; *u = *v = '\0';
- buf.l = 0; kputs(fn, &buf); kputc('/', &buf); kputs(q, &buf);
- add_pair(sm, sm2id, buf.s, r);
- if ( !first_sm.s )
- kputs(r,&first_sm);
- *u = oq; *v = or;
- } else break;
- p = q > r? q : r;
- ++n;
- }
- if (n == 0) add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
- // If there is only one RG tag present in the header and reads are not annotated, don't refuse to work but
- // use the tag instead.
- else if ( n==1 && first_sm.s )
- add_pair(sm,sm2id,fn,first_sm.s);
- if ( first_sm.s )
- free(first_sm.s);
-
-// add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
- free(buf.s);
- return 0;
-}
-
-int bam_smpl_rg2smid(const bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *rg, kstring_t *str)
-{
- khint_t k;
- khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
- if (rg) {
- str->l = 0;
- kputs(fn, str); kputc('/', str); kputs(rg, str);
- k = kh_get(sm, rg2smid, str->s);
- } else k = kh_get(sm, rg2smid, fn);
- return k == kh_end(rg2smid)? -1 : kh_val(rg2smid, k);
-}
diff --git a/samtools/stats.c b/samtools/stats.c
deleted file mode 100644
index 2eab477..0000000
--- a/samtools/stats.c
+++ /dev/null
@@ -1,1538 +0,0 @@
-/* stats.c -- This is the former bamcheck integrated into samtools/htslib.
-
- Copyright (C) 2012-2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Petr Danecek <pd3 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-/* Assumptions, approximations and other issues:
- - GC-depth graph does not split reads, the starting position determines which bin is incremented.
- There are small overlaps between bins (max readlen-1). However, the bins are big (20k).
- - coverage distribution ignores softclips and deletions
- - some stats require sorted BAMs
- - GC content graph can have an untidy, step-like pattern when BAM contains multiple read lengths.
- - 'bases mapped' (stats->nbases_mapped) is calculated from read lengths given by BAM (core.l_qseq)
- - With the -t option, the whole reads are used. Except for the number of mapped bases (cigar)
- counts, no splicing is done, no indels or soft clips are considered, even small overlap is
- good enough to include the read in the stats.
- - GC content of reads not calculated for "=" sequences
-
-*/
-
-#include <unistd.h> // for isatty()
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <stdarg.h>
-#include <string.h>
-#include <math.h>
-#include <ctype.h>
-#include <getopt.h>
-#include <errno.h>
-#include <assert.h>
-#include <zlib.h> // for crc32
-#include <htslib/faidx.h>
-#include <htslib/sam.h>
-#include <htslib/hts.h>
-#include "sam_header.h"
-#include <htslib/khash_str2int.h>
-#include "samtools.h"
-#include <htslib/khash.h>
-#include "stats_isize.h"
-
-#define BWA_MIN_RDLEN 35
-// From the spec
-// If 0x4 is set, no assumptions can be made about RNAME, POS, CIGAR, MAPQ, bits 0x2, 0x10, 0x100 and 0x800, and the bit 0x20 of the previous read in the template.
-#define IS_PAIRED_AND_MAPPED(bam) (((bam)->core.flag&BAM_FPAIRED) && !((bam)->core.flag&BAM_FUNMAP) && !((bam)->core.flag&BAM_FMUNMAP))
-#define IS_PROPERLYPAIRED(bam) (((bam)->core.flag&(BAM_FPAIRED|BAM_FPROPER_PAIR)) == (BAM_FPAIRED|BAM_FPROPER_PAIR) && !((bam)->core.flag&BAM_FUNMAP))
-#define IS_UNMAPPED(bam) ((bam)->core.flag&BAM_FUNMAP)
-#define IS_REVERSE(bam) ((bam)->core.flag&BAM_FREVERSE)
-#define IS_MATE_REVERSE(bam) ((bam)->core.flag&BAM_FMREVERSE)
-#define IS_READ1(bam) ((bam)->core.flag&BAM_FREAD1)
-#define IS_READ2(bam) ((bam)->core.flag&BAM_FREAD2)
-#define IS_DUP(bam) ((bam)->core.flag&BAM_FDUP)
-
-// The GC-depth graph works as follows: split the reference sequence into
-// segments and calculate GC content and depth in each bin. Then sort
-// these segments by their GC and plot the depth distribution by means
-// of 10th, 25th, etc. depth percentiles.
-typedef struct
-{
- float gc;
- uint32_t depth;
-}
-gc_depth_t;
-
-// For coverage distribution, a simple pileup
-typedef struct
-{
- int64_t pos;
- int size, start;
- int *buffer;
-}
-round_buffer_t;
-
-typedef struct { uint32_t from, to; } pos_t;
-typedef struct
-{
- int npos,mpos,cpos;
- pos_t *pos;
-}
-regions_t;
-
-typedef struct
-{
- // Parameters
- int trim_qual; // bwa trim quality
-
- // Dimensions of the quality histogram holder (quals_1st,quals_2nd), GC content holder (gc_1st,gc_2nd),
- // insert size histogram holder
- int nquals; // The number of quality bins
- int nbases; // The maximum sequence length the allocated array can hold
- int nisize; // The maximum insert size that the allocated array can hold - 0 indicates no limit
- int ngc; // The size of gc_1st and gc_2nd
- int nindels; // The maximum indel length for indel distribution
-
- // Arrays for the histogram data
- uint64_t *quals_1st, *quals_2nd;
- uint64_t *gc_1st, *gc_2nd;
- uint64_t *acgt_cycles;
- uint64_t *read_lengths;
- uint64_t *insertions, *deletions;
- uint64_t *ins_cycles_1st, *ins_cycles_2nd, *del_cycles_1st, *del_cycles_2nd;
- isize_t *isize;
-
- // The extremes encountered
- int max_len; // Maximum read length
- int max_qual; // Maximum quality
- float isize_main_bulk; // There are always some unrealistically big insert sizes, report only the main part
- int is_sorted;
-
- // Summary numbers
- uint64_t total_len;
- uint64_t total_len_dup;
- uint64_t nreads_1st;
- uint64_t nreads_2nd;
- uint64_t nreads_filtered;
- uint64_t nreads_dup;
- uint64_t nreads_unmapped;
- uint64_t nreads_single_mapped;
- uint64_t nreads_paired_and_mapped;
- uint64_t nreads_properly_paired;
- uint64_t nreads_paired_tech;
- uint64_t nreads_anomalous;
- uint64_t nreads_mq0;
- uint64_t nbases_mapped;
- uint64_t nbases_mapped_cigar;
- uint64_t nbases_trimmed; // bwa trimmed bases
- uint64_t nmismatches;
- uint64_t nreads_QCfailed, nreads_secondary;
- struct {
- uint32_t names, reads, quals;
- } checksum;
-
- // GC-depth related data
- uint32_t ngcd, igcd; // The maximum number of GC depth bins and index of the current bin
- gc_depth_t *gcd; // The GC-depth bins holder
- int gcd_bin_size; // The size of GC-depth bin
- int32_t tid, gcd_pos; // Position of the current bin
- int32_t pos; // Position of the last read
-
- // Coverage distribution related data
- int ncov; // The number of coverage bins
- uint64_t *cov; // The coverage frequencies
- int cov_min,cov_max,cov_step; // Minimum, maximum coverage and size of the coverage bins
- round_buffer_t cov_rbuf; // Pileup round buffer
-
- // Mismatches by read cycle
- uint8_t *rseq_buf; // A buffer for reference sequence to check the mismatches against
- int mrseq_buf; // The size of the buffer
- int32_t rseq_pos; // The coordinate of the first base in the buffer
- int32_t nrseq_buf; // The used part of the buffer
- uint64_t *mpc_buf; // Mismatches per cycle
-
- // Filters
- int filter_readlen;
-
- // Target regions
- int nregions, reg_from,reg_to;
- regions_t *regions;
-
- // Auxiliary data
- int flag_require, flag_filter;
- double sum_qual; // For calculating average quality value
- samFile* sam;
- bam_hdr_t* sam_header;
- void *rg_hash; // Read groups to include, the array is null-terminated
- faidx_t *fai; // Reference sequence for GC-depth graph
- int argc; // Command line arguments to be printed on the output
- char **argv;
-}
-stats_t;
-
-static void error(const char *format, ...);
-int is_in_regions(bam1_t *bam_line, stats_t *stats);
-void realloc_buffers(stats_t *stats, int seq_len);
-
-
-// Coverage distribution methods
-static inline int coverage_idx(int min, int max, int n, int step, int depth)
-{
- if ( depth < min )
- return 0;
-
- if ( depth > max )
- return n-1;
-
- return 1 + (depth - min) / step;
-}
-
-static inline int round_buffer_lidx2ridx(int offset, int size, int64_t refpos, int64_t pos)
-{
- return (offset + (pos-refpos) % size) % size;
-}
-
-void round_buffer_flush(stats_t *stats, int64_t pos)
-{
- int ibuf,idp;
-
- if ( pos==stats->cov_rbuf.pos )
- return;
-
- int64_t new_pos = pos;
- if ( pos==-1 || pos - stats->cov_rbuf.pos >= stats->cov_rbuf.size )
- {
- // Flush the whole buffer, but in sequential order,
- pos = stats->cov_rbuf.pos + stats->cov_rbuf.size - 1;
- }
-
- if ( pos < stats->cov_rbuf.pos )
- error("Expected coordinates in ascending order, got %ld after %ld\n", pos,stats->cov_rbuf.pos);
-
- int ifrom = stats->cov_rbuf.start;
- int ito = round_buffer_lidx2ridx(stats->cov_rbuf.start,stats->cov_rbuf.size,stats->cov_rbuf.pos,pos-1);
- if ( ifrom>ito )
- {
- for (ibuf=ifrom; ibuf<stats->cov_rbuf.size; ibuf++)
- {
- if ( !stats->cov_rbuf.buffer[ibuf] )
- continue;
- idp = coverage_idx(stats->cov_min,stats->cov_max,stats->ncov,stats->cov_step,stats->cov_rbuf.buffer[ibuf]);
- stats->cov[idp]++;
- stats->cov_rbuf.buffer[ibuf] = 0;
- }
- ifrom = 0;
- }
- for (ibuf=ifrom; ibuf<=ito; ibuf++)
- {
- if ( !stats->cov_rbuf.buffer[ibuf] )
- continue;
- idp = coverage_idx(stats->cov_min,stats->cov_max,stats->ncov,stats->cov_step,stats->cov_rbuf.buffer[ibuf]);
- stats->cov[idp]++;
- stats->cov_rbuf.buffer[ibuf] = 0;
- }
- stats->cov_rbuf.start = (new_pos==-1) ? 0 : round_buffer_lidx2ridx(stats->cov_rbuf.start,stats->cov_rbuf.size,stats->cov_rbuf.pos,pos);
- stats->cov_rbuf.pos = new_pos;
-}
-
-void round_buffer_insert_read(round_buffer_t *rbuf, int64_t from, int64_t to)
-{
- if ( to-from >= rbuf->size )
- error("The read length too big (%d), please increase the buffer length (currently %d)\n", to-from+1,rbuf->size);
- if ( from < rbuf->pos )
- error("The reads are not sorted (%ld comes after %ld).\n", from,rbuf->pos);
-
- int ifrom,ito,ibuf;
- ifrom = round_buffer_lidx2ridx(rbuf->start,rbuf->size,rbuf->pos,from);
- ito = round_buffer_lidx2ridx(rbuf->start,rbuf->size,rbuf->pos,to);
- if ( ifrom>ito )
- {
- for (ibuf=ifrom; ibuf<rbuf->size; ibuf++)
- rbuf->buffer[ibuf]++;
- ifrom = 0;
- }
- for (ibuf=ifrom; ibuf<=ito; ibuf++)
- rbuf->buffer[ibuf]++;
-}
-
-// Calculate the number of bases in the read trimmed by BWA
-int bwa_trim_read(int trim_qual, uint8_t *quals, int len, int reverse)
-{
- if ( len<BWA_MIN_RDLEN ) return 0;
-
- // Although the name implies that the read cannot be trimmed to more than BWA_MIN_RDLEN,
- // the calculation can in fact trim it to (BWA_MIN_RDLEN-1). (bwa_trim_read in bwa/bwaseqio.c).
- int max_trimmed = len - BWA_MIN_RDLEN + 1;
- int l, sum=0, max_sum=0, max_l=0;
-
- for (l=0; l<max_trimmed; l++)
- {
- sum += trim_qual - quals[ reverse ? l : len-1-l ];
- if ( sum<0 ) break;
- if ( sum>max_sum )
- {
- max_sum = sum;
- // This is the correct way, but bwa clips from some reason one base less
- // max_l = l+1;
- max_l = l;
- }
- }
- return max_l;
-}
-
-
-void count_indels(stats_t *stats,bam1_t *bam_line)
-{
- int is_fwd = IS_REVERSE(bam_line) ? 0 : 1;
- int is_1st = IS_READ1(bam_line) ? 1 : 0;
- int icig;
- int icycle = 0;
- int read_len = bam_line->core.l_qseq;
- for (icig=0; icig<bam_line->core.n_cigar; icig++)
- {
- int cig = bam_cigar_op(bam_get_cigar(bam_line)[icig]);
- int ncig = bam_cigar_oplen(bam_get_cigar(bam_line)[icig]);
- if ( !ncig ) continue; // curiously, this can happen: 0D
-
- if ( cig==BAM_CINS )
- {
- int idx = is_fwd ? icycle : read_len-icycle-ncig;
- if ( idx<0 )
- error("FIXME: read_len=%d vs icycle=%d\n", read_len,icycle);
- if ( idx >= stats->nbases || idx<0 ) error("FIXME: %d vs %d, %s:%d %s\n", idx,stats->nbases, stats->sam_header->target_name[bam_line->core.tid],bam_line->core.pos+1,bam_get_qname(bam_line));
- if ( is_1st )
- stats->ins_cycles_1st[idx]++;
- else
- stats->ins_cycles_2nd[idx]++;
- icycle += ncig;
- if ( ncig<=stats->nindels )
- stats->insertions[ncig-1]++;
- continue;
- }
- if ( cig==BAM_CDEL )
- {
- int idx = is_fwd ? icycle-1 : read_len-icycle-1;
- if ( idx<0 ) continue; // discard meaningless deletions
- if ( idx >= stats->nbases ) error("FIXME: %d vs %d\n", idx,stats->nbases);
- if ( is_1st )
- stats->del_cycles_1st[idx]++;
- else
- stats->del_cycles_2nd[idx]++;
- if ( ncig<=stats->nindels )
- stats->deletions[ncig-1]++;
- continue;
- }
- if ( cig!=BAM_CREF_SKIP && cig!=BAM_CHARD_CLIP && cig!=BAM_CPAD )
- icycle += ncig;
- }
-}
-
-int unclipped_length(bam1_t *bam_line)
-{
- int icig, read_len = bam_line->core.l_qseq;
- for (icig=0; icig<bam_line->core.n_cigar; icig++)
- {
- int cig = bam_cigar_op(bam_get_cigar(bam_line)[icig]);
- if ( cig==BAM_CHARD_CLIP )
- read_len += bam_cigar_oplen(bam_get_cigar(bam_line)[icig]);
- }
- return read_len;
-}
-
-void count_mismatches_per_cycle(stats_t *stats,bam1_t *bam_line)
-{
- int read_len = unclipped_length(bam_line);
- if ( read_len >= stats->nbases ) realloc_buffers(stats,read_len);
- int is_fwd = IS_REVERSE(bam_line) ? 0 : 1;
- int icig,iread=0,icycle=0;
- int iref = bam_line->core.pos - stats->rseq_pos;
- uint8_t *read = bam_get_seq(bam_line);
- uint8_t *quals = bam_get_qual(bam_line);
- uint64_t *mpc_buf = stats->mpc_buf;
- for (icig=0; icig<bam_line->core.n_cigar; icig++)
- {
- int cig = bam_cigar_op(bam_get_cigar(bam_line)[icig]);
- int ncig = bam_cigar_oplen(bam_get_cigar(bam_line)[icig]);
- if ( cig==BAM_CINS )
- {
- iread += ncig;
- icycle += ncig;
- continue;
- }
- if ( cig==BAM_CDEL )
- {
- iref += ncig;
- continue;
- }
- if ( cig==BAM_CSOFT_CLIP )
- {
- icycle += ncig;
- // Soft-clips are present in the sequence, but the position of the read marks a start of the sequence after clipping
- // iref += ncig;
- iread += ncig;
- continue;
- }
- if ( cig==BAM_CHARD_CLIP )
- {
- icycle += ncig;
- continue;
- }
- // Ignore H and N CIGARs. The letter are inserted e.g. by TopHat and often require very large
- // chunk of refseq in memory. Not very frequent and not noticable in the stats.
- if ( cig==BAM_CREF_SKIP || cig==BAM_CHARD_CLIP || cig==BAM_CPAD ) continue;
- if ( cig!=BAM_CMATCH && cig!=BAM_CEQUAL && cig!=BAM_CDIFF ) // not relying on precalculated diffs
- error("TODO: cigar %d, %s:%d %s\n", cig,stats->sam_header->target_name[bam_line->core.tid],bam_line->core.pos+1,bam_get_qname(bam_line));
-
- if ( ncig+iref > stats->nrseq_buf )
- error("FIXME: %d+%d > %d, %s, %s:%d\n",ncig,iref,stats->nrseq_buf, bam_get_qname(bam_line),stats->sam_header->target_name[bam_line->core.tid],bam_line->core.pos+1);
-
- int im;
- for (im=0; im<ncig; im++)
- {
- uint8_t cread = bam_seqi(read,iread);
- uint8_t cref = stats->rseq_buf[iref];
-
- // ---------------15
- // =ACMGRSVTWYHKDBN
- if ( cread==15 )
- {
- int idx = is_fwd ? icycle : read_len-icycle-1;
- if ( idx>stats->max_len )
- error("mpc: %d>%d\n",idx,stats->max_len);
- idx = idx*stats->nquals;
- if ( idx>=stats->nquals*stats->nbases )
- error("FIXME: mpc_buf overflow\n");
- mpc_buf[idx]++;
- }
- else if ( cref && cread && cref!=cread )
- {
- uint8_t qual = quals[iread] + 1;
- if ( qual>=stats->nquals )
- error("TODO: quality too high %d>=%d (%s %d %s)\n", qual,stats->nquals, stats->sam_header->target_name[bam_line->core.tid],bam_line->core.pos+1,bam_get_qname(bam_line));
-
- int idx = is_fwd ? icycle : read_len-icycle-1;
- if ( idx>stats->max_len )
- error("mpc: %d>%d\n",idx,stats->max_len);
-
- idx = idx*stats->nquals + qual;
- if ( idx>=stats->nquals*stats->nbases )
- error("FIXME: mpc_buf overflow\n");
- mpc_buf[idx]++;
- }
-
- iref++;
- iread++;
- icycle++;
- }
- }
-}
-
-void read_ref_seq(stats_t *stats, int32_t tid, int32_t pos)
-{
- int i, fai_ref_len;
- char *fai_ref = faidx_fetch_seq(stats->fai, stats->sam_header->target_name[tid], pos, pos+stats->mrseq_buf-1, &fai_ref_len);
- if ( fai_ref_len<0 ) error("Failed to fetch the sequence \"%s\"\n", stats->sam_header->target_name[tid]);
-
- uint8_t *ptr = stats->rseq_buf;
- for (i=0; i<fai_ref_len; i++)
- {
- // Conversion between uint8_t coding and ACGT
- // -12-4---8-------
- // =ACMGRSVTWYHKDBN
- switch (fai_ref[i])
- {
- case 'A':
- case 'a': *ptr = 1; break;
- case 'C':
- case 'c': *ptr = 2; break;
- case 'G':
- case 'g': *ptr = 4; break;
- case 'T':
- case 't': *ptr = 8; break;
- default: *ptr = 0; break;
- }
- ptr++;
- }
- free(fai_ref);
-
- if ( fai_ref_len < stats->mrseq_buf ) memset(ptr,0, stats->mrseq_buf - fai_ref_len);
- stats->nrseq_buf = fai_ref_len;
- stats->rseq_pos = pos;
- stats->tid = tid;
-}
-
-float fai_gc_content(stats_t *stats, int pos, int len)
-{
- uint32_t gc,count,c;
- int i = pos - stats->rseq_pos, ito = i + len;
- assert( i>=0 );
-
- if ( ito > stats->nrseq_buf ) ito = stats->nrseq_buf;
-
- // Count GC content
- gc = count = 0;
- for (; i<ito; i++)
- {
- c = stats->rseq_buf[i];
- if ( c==2 || c==4 )
- {
- gc++;
- count++;
- }
- else if ( c==1 || c==8 )
- count++;
- }
- return count ? (float)gc/count : 0;
-}
-
-void realloc_rseq_buffer(stats_t *stats)
-{
- int n = stats->nbases*10;
- if ( stats->gcd_bin_size > n ) n = stats->gcd_bin_size;
- if ( stats->mrseq_buf<n )
- {
- stats->rseq_buf = realloc(stats->rseq_buf,sizeof(uint8_t)*n);
- stats->mrseq_buf = n;
- }
-}
-
-void realloc_gcd_buffer(stats_t *stats, int seq_len)
-{
- hts_expand0(gc_depth_t,stats->igcd+1,stats->ngcd,stats->gcd);
- realloc_rseq_buffer(stats);
-}
-
-void realloc_buffers(stats_t *stats, int seq_len)
-{
- int n = 2*(1 + seq_len - stats->nbases) + stats->nbases;
-
- stats->quals_1st = realloc(stats->quals_1st, n*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->quals_1st )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,n*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->quals_1st + stats->nbases*stats->nquals, 0, (n-stats->nbases)*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
-
- stats->quals_2nd = realloc(stats->quals_2nd, n*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->quals_2nd )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (2x%ld)\n", seq_len,n*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->quals_2nd + stats->nbases*stats->nquals, 0, (n-stats->nbases)*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
-
- if ( stats->mpc_buf )
- {
- stats->mpc_buf = realloc(stats->mpc_buf, n*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->mpc_buf )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,n*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->mpc_buf + stats->nbases*stats->nquals, 0, (n-stats->nbases)*stats->nquals*sizeof(uint64_t));
- }
-
- stats->acgt_cycles = realloc(stats->acgt_cycles, n*4*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->acgt_cycles )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,n*4*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->acgt_cycles + stats->nbases*4, 0, (n-stats->nbases)*4*sizeof(uint64_t));
-
- stats->read_lengths = realloc(stats->read_lengths, n*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->read_lengths )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,n*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->read_lengths + stats->nbases, 0, (n-stats->nbases)*sizeof(uint64_t));
-
- stats->insertions = realloc(stats->insertions, n*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->insertions )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,n*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->insertions + stats->nbases, 0, (n-stats->nbases)*sizeof(uint64_t));
-
- stats->deletions = realloc(stats->deletions, n*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->deletions )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,n*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->deletions + stats->nbases, 0, (n-stats->nbases)*sizeof(uint64_t));
-
- stats->ins_cycles_1st = realloc(stats->ins_cycles_1st, (n+1)*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->ins_cycles_1st )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,(n+1)*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->ins_cycles_1st + stats->nbases + 1, 0, (n-stats->nbases)*sizeof(uint64_t));
-
- stats->ins_cycles_2nd = realloc(stats->ins_cycles_2nd, (n+1)*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->ins_cycles_2nd )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,(n+1)*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->ins_cycles_2nd + stats->nbases + 1, 0, (n-stats->nbases)*sizeof(uint64_t));
-
- stats->del_cycles_1st = realloc(stats->del_cycles_1st, (n+1)*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->del_cycles_1st )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,(n+1)*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->del_cycles_1st + stats->nbases + 1, 0, (n-stats->nbases)*sizeof(uint64_t));
-
- stats->del_cycles_2nd = realloc(stats->del_cycles_2nd, (n+1)*sizeof(uint64_t));
- if ( !stats->del_cycles_2nd )
- error("Could not realloc buffers, the sequence too long: %d (%ld)\n", seq_len,(n+1)*sizeof(uint64_t));
- memset(stats->del_cycles_2nd + stats->nbases + 1, 0, (n-stats->nbases)*sizeof(uint64_t));
-
- stats->nbases = n;
-
- // Realloc the coverage distribution buffer
- int *rbuffer = calloc(sizeof(int),seq_len*5);
- n = stats->cov_rbuf.size-stats->cov_rbuf.start;
- memcpy(rbuffer,stats->cov_rbuf.buffer+stats->cov_rbuf.start,n);
- if ( stats->cov_rbuf.start>1 )
- memcpy(rbuffer+n,stats->cov_rbuf.buffer,stats->cov_rbuf.start);
- stats->cov_rbuf.start = 0;
- free(stats->cov_rbuf.buffer);
- stats->cov_rbuf.buffer = rbuffer;
- stats->cov_rbuf.size = seq_len*5;
-
- realloc_rseq_buffer(stats);
-}
-
-void update_checksum(bam1_t *bam_line, stats_t *stats)
-{
- uint8_t *name = (uint8_t*) bam_get_qname(bam_line);
- int len = 0;
- while ( name[len] ) len++;
- stats->checksum.names += crc32(0L, name, len);
-
- int seq_len = bam_line->core.l_qseq;
- if ( !seq_len ) return;
-
- uint8_t *seq = bam_get_seq(bam_line);
- stats->checksum.reads += crc32(0L, seq, (seq_len+1)/2);
-
- uint8_t *qual = bam_get_qual(bam_line);
- stats->checksum.quals += crc32(0L, qual, (seq_len+1)/2);
-}
-
-void collect_stats(bam1_t *bam_line, stats_t *stats)
-{
- if ( stats->rg_hash )
- {
- const uint8_t *rg = bam_aux_get(bam_line, "RG");
- if ( !rg ) return; // certain read groups were requested but this record has none
- if ( !khash_str2int_has_key(stats->rg_hash, (const char*)(rg + 1)) ) return;
- }
- if ( stats->flag_require && (bam_line->core.flag & stats->flag_require)!=stats->flag_require )
- {
- stats->nreads_filtered++;
- return;
- }
- if ( stats->flag_filter && (bam_line->core.flag & stats->flag_filter) )
- {
- stats->nreads_filtered++;
- return;
- }
- if ( !is_in_regions(bam_line,stats) )
- return;
- if ( stats->filter_readlen!=-1 && bam_line->core.l_qseq!=stats->filter_readlen )
- return;
-
- if ( bam_line->core.flag & BAM_FQCFAIL ) stats->nreads_QCfailed++;
- if ( bam_line->core.flag & BAM_FSECONDARY ) stats->nreads_secondary++;
- if ( bam_line->core.flag & BAM_FPAIRED ) stats->nreads_paired_tech++;
-
- update_checksum(bam_line, stats);
-
- int seq_len = bam_line->core.l_qseq;
- if ( !seq_len ) return;
-
- if ( seq_len >= stats->nbases )
- realloc_buffers(stats,seq_len);
- if ( stats->max_len<seq_len )
- stats->max_len = seq_len;
-
- stats->read_lengths[seq_len]++;
-
- // Count GC and ACGT per cycle. Note that cycle is approximate, clipping is ignored
- uint8_t base, *seq = bam_get_seq(bam_line);
- int gc_count = 0;
- int i;
- int reverse = IS_REVERSE(bam_line);
- for (i=0; i<seq_len; i++)
- {
- // Conversion from uint8_t coding to ACGT
- // -12-4---8------5
- // =ACMGRSVTWYHKDBN
- // 01 2 3
- base = bam_seqi(seq,i);
- if ( base==0 ) break; // not ready for "=" sequences
- base /= 2;
- if ( base==1 || base==2 ) gc_count++;
- else if ( base>2 ) base=3;
- if ( 4*(reverse ? seq_len-i-1 : i) + base >= stats->nbases*4 )
- error("FIXME: acgt_cycles\n");
- stats->acgt_cycles[ 4*(reverse ? seq_len-i-1 : i) + base ]++;
- }
- int gc_idx_min = gc_count*(stats->ngc-1)/seq_len;
- int gc_idx_max = (gc_count+1)*(stats->ngc-1)/seq_len;
- if ( gc_idx_max >= stats->ngc ) gc_idx_max = stats->ngc - 1;
-
- // Determine which array (1st or 2nd read) will these stats go to,
- // trim low quality bases from end the same way BWA does,
- // fill GC histogram
- uint64_t *quals;
- uint8_t *bam_quals = bam_get_qual(bam_line);
- if ( bam_line->core.flag&BAM_FREAD2 )
- {
- quals = stats->quals_2nd;
- stats->nreads_2nd++;
- for (i=gc_idx_min; i<gc_idx_max; i++)
- stats->gc_2nd[i]++;
- }
- else
- {
- quals = stats->quals_1st;
- stats->nreads_1st++;
- for (i=gc_idx_min; i<gc_idx_max; i++)
- stats->gc_1st[i]++;
- }
- if ( stats->trim_qual>0 )
- stats->nbases_trimmed += bwa_trim_read(stats->trim_qual, bam_quals, seq_len, reverse);
-
- // Quality histogram and average quality. Clipping is neglected.
- for (i=0; i<seq_len; i++)
- {
- uint8_t qual = bam_quals[ reverse ? seq_len-i-1 : i];
- if ( qual>=stats->nquals )
- error("TODO: quality too high %d>=%d (%s %d %s)\n", qual,stats->nquals,stats->sam_header->target_name[bam_line->core.tid],bam_line->core.pos+1,bam_get_qname(bam_line));
- if ( qual>stats->max_qual )
- stats->max_qual = qual;
-
- quals[ i*stats->nquals+qual ]++;
- stats->sum_qual += qual;
- }
-
- // Look at the flags and increment appropriate counters (mapped, paired, etc)
- if ( IS_UNMAPPED(bam_line) )
- stats->nreads_unmapped++;
- else
- {
- if ( !bam_line->core.qual )
- stats->nreads_mq0++;
-
- count_indels(stats,bam_line);
-
- if ( !IS_PAIRED_AND_MAPPED(bam_line) )
- stats->nreads_single_mapped++;
- else
- {
- stats->nreads_paired_and_mapped++;
-
- if (IS_PROPERLYPAIRED(bam_line)) stats->nreads_properly_paired++;
-
- if ( bam_line->core.tid!=bam_line->core.mtid )
- stats->nreads_anomalous++;
-
- // The insert size is tricky, because for long inserts the libraries are
- // prepared differently and the pairs point in other direction. BWA does
- // not set the paired flag for them. Similar thing is true also for 454
- // reads. Mates mapped to different chromosomes have isize==0.
- int32_t isize = bam_line->core.isize;
- if ( isize<0 ) isize = -isize;
- if ( stats->nisize > 0 && isize >= stats->nisize )
- isize = stats->nisize-1;
- if ( isize>0 || bam_line->core.tid==bam_line->core.mtid )
- {
- int pos_fst = bam_line->core.mpos - bam_line->core.pos;
- int is_fst = IS_READ1(bam_line) ? 1 : -1;
- int is_fwd = IS_REVERSE(bam_line) ? -1 : 1;
- int is_mfwd = IS_MATE_REVERSE(bam_line) ? -1 : 1;
-
- if ( is_fwd*is_mfwd>0 )
- stats->isize->inc_other(stats->isize->data, isize);
- else if ( is_fst*pos_fst>0 )
- {
- if ( is_fst*is_fwd>0 )
- stats->isize->inc_inward(stats->isize->data, isize);
- else
- stats->isize->inc_outward(stats->isize->data, isize);
- }
- else if ( is_fst*pos_fst<0 )
- {
- if ( is_fst*is_fwd>0 )
- stats->isize->inc_outward(stats->isize->data, isize);
- else
- stats->isize->inc_inward(stats->isize->data, isize);
- }
- }
- }
-
- // Number of mismatches
- uint8_t *nm = bam_aux_get(bam_line,"NM");
- if (nm)
- stats->nmismatches += bam_aux2i(nm);
-
- // Number of mapped bases from cigar
- if ( bam_line->core.n_cigar == 0)
- error("FIXME: mapped read with no cigar?\n");
- int readlen=seq_len;
- if ( stats->regions )
- {
- // Count only on-target bases
- int iref = bam_line->core.pos + 1;
- for (i=0; i<bam_line->core.n_cigar; i++)
- {
- int cig = bam_cigar_op(bam_get_cigar(bam_line)[i]);
- int ncig = bam_cigar_oplen(bam_get_cigar(bam_line)[i]);
- if ( !ncig ) continue; // curiously, this can happen: 0D
- if ( cig==BAM_CDEL ) readlen += ncig;
- else if ( cig==BAM_CMATCH )
- {
- if ( iref < stats->reg_from ) ncig -= stats->reg_from-iref;
- else if ( iref+ncig-1 > stats->reg_to ) ncig -= iref+ncig-1 - stats->reg_to;
- if ( ncig<0 ) ncig = 0;
- stats->nbases_mapped_cigar += ncig;
- iref += bam_cigar_oplen(bam_get_cigar(bam_line)[i]);
- }
- else if ( cig==BAM_CINS )
- {
- iref += ncig;
- if ( iref>=stats->reg_from && iref<=stats->reg_to )
- stats->nbases_mapped_cigar += ncig;
- }
- }
- }
- else
- {
- // Count the whole read
- for (i=0; i<bam_line->core.n_cigar; i++)
- {
- if ( bam_cigar_op(bam_get_cigar(bam_line)[i])==BAM_CMATCH || bam_cigar_op(bam_get_cigar(bam_line)[i])==BAM_CINS )
- stats->nbases_mapped_cigar += bam_cigar_oplen(bam_get_cigar(bam_line)[i]);
- if ( bam_cigar_op(bam_get_cigar(bam_line)[i])==BAM_CDEL )
- readlen += bam_cigar_oplen(bam_get_cigar(bam_line)[i]);
- }
- }
- stats->nbases_mapped += seq_len;
-
- if ( stats->tid==bam_line->core.tid && bam_line->core.pos<stats->pos )
- stats->is_sorted = 0;
- stats->pos = bam_line->core.pos;
-
- if ( stats->is_sorted )
- {
- if ( stats->tid==-1 || stats->tid!=bam_line->core.tid )
- round_buffer_flush(stats,-1);
-
- // Mismatches per cycle and GC-depth graph. For simplicity, reads overlapping GCD bins
- // are not splitted which results in up to seq_len-1 overlaps. The default bin size is
- // 20kbp, so the effect is negligible.
- if ( stats->fai )
- {
- int inc_ref = 0, inc_gcd = 0;
- // First pass or new chromosome
- if ( stats->rseq_pos==-1 || stats->tid != bam_line->core.tid ) { inc_ref=1; inc_gcd=1; }
- // Read goes beyond the end of the rseq buffer
- else if ( stats->rseq_pos+stats->nrseq_buf < bam_line->core.pos+readlen ) { inc_ref=1; inc_gcd=1; }
- // Read overlaps the next gcd bin
- else if ( stats->gcd_pos+stats->gcd_bin_size < bam_line->core.pos+readlen )
- {
- inc_gcd = 1;
- if ( stats->rseq_pos+stats->nrseq_buf < bam_line->core.pos+stats->gcd_bin_size ) inc_ref = 1;
- }
- if ( inc_gcd )
- {
- stats->igcd++;
- if ( stats->igcd >= stats->ngcd )
- realloc_gcd_buffer(stats, readlen);
- if ( inc_ref )
- read_ref_seq(stats,bam_line->core.tid,bam_line->core.pos);
- stats->gcd_pos = bam_line->core.pos;
- stats->gcd[ stats->igcd ].gc = fai_gc_content(stats, stats->gcd_pos, stats->gcd_bin_size);
- }
-
- count_mismatches_per_cycle(stats,bam_line);
- }
- // No reference and first pass, new chromosome or sequence going beyond the end of the gcd bin
- else if ( stats->gcd_pos==-1 || stats->tid != bam_line->core.tid || bam_line->core.pos - stats->gcd_pos > stats->gcd_bin_size )
- {
- // First pass or a new chromosome
- stats->tid = bam_line->core.tid;
- stats->gcd_pos = bam_line->core.pos;
- stats->igcd++;
- if ( stats->igcd >= stats->ngcd )
- realloc_gcd_buffer(stats, readlen);
- }
- stats->gcd[ stats->igcd ].depth++;
- // When no reference sequence is given, approximate the GC from the read (much shorter window, but otherwise OK)
- if ( !stats->fai )
- stats->gcd[ stats->igcd ].gc += (float) gc_count / seq_len;
-
- // Coverage distribution graph
- round_buffer_flush(stats,bam_line->core.pos);
- round_buffer_insert_read(&(stats->cov_rbuf),bam_line->core.pos,bam_line->core.pos+seq_len-1);
- }
- }
-
- stats->total_len += seq_len;
- if ( IS_DUP(bam_line) )
- {
- stats->total_len_dup += seq_len;
- stats->nreads_dup++;
- }
-}
-
-// Sort by GC and depth
-#define GCD_t(x) ((gc_depth_t *)x)
-static int gcd_cmp(const void *a, const void *b)
-{
- if ( GCD_t(a)->gc < GCD_t(b)->gc ) return -1;
- if ( GCD_t(a)->gc > GCD_t(b)->gc ) return 1;
- if ( GCD_t(a)->depth < GCD_t(b)->depth ) return -1;
- if ( GCD_t(a)->depth > GCD_t(b)->depth ) return 1;
- return 0;
-}
-#undef GCD_t
-
-float gcd_percentile(gc_depth_t *gcd, int N, int p)
-{
- float n,d;
- int k;
-
- n = p*(N+1)/100;
- k = n;
- if ( k<=0 )
- return gcd[0].depth;
- if ( k>=N )
- return gcd[N-1].depth;
-
- d = n - k;
- return gcd[k-1].depth + d*(gcd[k].depth - gcd[k-1].depth);
-}
-
-void output_stats(stats_t *stats, int sparse)
-{
- // Calculate average insert size and standard deviation (from the main bulk data only)
- int isize, ibulk=0;
- uint64_t nisize=0, nisize_inward=0, nisize_outward=0, nisize_other=0;
- for (isize=0; isize<stats->isize->nitems(stats->isize->data); isize++)
- {
- // Each pair was counted twice
- stats->isize->set_inward(stats->isize->data, isize, stats->isize->inward(stats->isize->data, isize) * 0.5);
- stats->isize->set_outward(stats->isize->data, isize, stats->isize->outward(stats->isize->data, isize) * 0.5);
- stats->isize->set_other(stats->isize->data, isize, stats->isize->other(stats->isize->data, isize) * 0.5);
-
- nisize_inward += stats->isize->inward(stats->isize->data, isize);
- nisize_outward += stats->isize->outward(stats->isize->data, isize);
- nisize_other += stats->isize->other(stats->isize->data, isize);
- nisize += stats->isize->inward(stats->isize->data, isize) + stats->isize->outward(stats->isize->data, isize) + stats->isize->other(stats->isize->data, isize);
- }
-
- double bulk=0, avg_isize=0, sd_isize=0;
- for (isize=0; isize<stats->isize->nitems(stats->isize->data); isize++)
- {
- bulk += stats->isize->inward(stats->isize->data, isize) + stats->isize->outward(stats->isize->data, isize) + stats->isize->other(stats->isize->data, isize);
- avg_isize += isize * (stats->isize->inward(stats->isize->data, isize) + stats->isize->outward(stats->isize->data, isize) + stats->isize->other(stats->isize->data, isize));
-
- if ( bulk/nisize > stats->isize_main_bulk )
- {
- ibulk = isize+1;
- nisize = bulk;
- break;
- }
- }
- avg_isize /= nisize ? nisize : 1;
- for (isize=1; isize<ibulk; isize++)
- sd_isize += (stats->isize->inward(stats->isize->data, isize) + stats->isize->outward(stats->isize->data, isize) +stats->isize->other(stats->isize->data, isize)) * (isize-avg_isize)*(isize-avg_isize) / nisize;
- sd_isize = sqrt(sd_isize);
-
-
- printf("# This file was produced by samtools stats (%s+htslib-%s) and can be plotted using plot-bamstats\n", samtools_version(), hts_version());
- printf("# The command line was: %s",stats->argv[0]);
- int i;
- for (i=1; i<stats->argc; i++)
- printf(" %s",stats->argv[i]);
- printf("\n");
- printf("# CHK, Checksum\t[2]Read Names\t[3]Sequences\t[4]Qualities\n");
- printf("# CHK, CRC32 of reads which passed filtering followed by addition (32bit overflow)\n");
- printf("CHK\t%08x\t%08x\t%08x\n", stats->checksum.names,stats->checksum.reads,stats->checksum.quals);
- printf("# Summary Numbers. Use `grep ^SN | cut -f 2-` to extract this part.\n");
- printf("SN\traw total sequences:\t%ld\n", (long)(stats->nreads_filtered+stats->nreads_1st+stats->nreads_2nd)); // not counting excluded seqs (and none of the below)
- printf("SN\tfiltered sequences:\t%ld\n", (long)stats->nreads_filtered);
- printf("SN\tsequences:\t%ld\n", (long)(stats->nreads_1st+stats->nreads_2nd));
- printf("SN\tis sorted:\t%d\n", stats->is_sorted ? 1 : 0);
- printf("SN\t1st fragments:\t%ld\n", (long)stats->nreads_1st);
- printf("SN\tlast fragments:\t%ld\n", (long)stats->nreads_2nd);
- printf("SN\treads mapped:\t%ld\n", (long)(stats->nreads_paired_and_mapped+stats->nreads_single_mapped));
- printf("SN\treads mapped and paired:\t%ld\t# paired-end technology bit set + both mates mapped\n", (long)stats->nreads_paired_and_mapped);
- printf("SN\treads unmapped:\t%ld\n", (long)stats->nreads_unmapped);
- printf("SN\treads properly paired:\t%ld\t# proper-pair bit set\n", (long)stats->nreads_properly_paired);
- printf("SN\treads paired:\t%ld\t# paired-end technology bit set\n", (long)stats->nreads_paired_tech);
- printf("SN\treads duplicated:\t%ld\t# PCR or optical duplicate bit set\n", (long)stats->nreads_dup);
- printf("SN\treads MQ0:\t%ld\t# mapped and MQ=0\n", (long)stats->nreads_mq0);
- printf("SN\treads QC failed:\t%ld\n", (long)stats->nreads_QCfailed);
- printf("SN\tnon-primary alignments:\t%ld\n", (long)stats->nreads_secondary);
- printf("SN\ttotal length:\t%ld\t# ignores clipping\n", (long)stats->total_len);
- printf("SN\tbases mapped:\t%ld\t# ignores clipping\n", (long)stats->nbases_mapped); // the length of the whole read goes here, including soft-clips etc.
- printf("SN\tbases mapped (cigar):\t%ld\t# more accurate\n", (long)stats->nbases_mapped_cigar); // only matched and inserted bases are counted here
- printf("SN\tbases trimmed:\t%ld\n", (long)stats->nbases_trimmed);
- printf("SN\tbases duplicated:\t%ld\n", (long)stats->total_len_dup);
- printf("SN\tmismatches:\t%ld\t# from NM fields\n", (long)stats->nmismatches);
- printf("SN\terror rate:\t%e\t# mismatches / bases mapped (cigar)\n", stats->nbases_mapped_cigar ? (float)stats->nmismatches/stats->nbases_mapped_cigar : 0);
- float avg_read_length = (stats->nreads_1st+stats->nreads_2nd)?stats->total_len/(stats->nreads_1st+stats->nreads_2nd):0;
- printf("SN\taverage length:\t%.0f\n", avg_read_length);
- printf("SN\tmaximum length:\t%d\n", stats->max_len);
- printf("SN\taverage quality:\t%.1f\n", stats->total_len?stats->sum_qual/stats->total_len:0);
- printf("SN\tinsert size average:\t%.1f\n", avg_isize);
- printf("SN\tinsert size standard deviation:\t%.1f\n", sd_isize);
- printf("SN\tinward oriented pairs:\t%ld\n", (long)nisize_inward);
- printf("SN\toutward oriented pairs:\t%ld\n", (long)nisize_outward);
- printf("SN\tpairs with other orientation:\t%ld\n", (long)nisize_other);
- printf("SN\tpairs on different chromosomes:\t%ld\n", (long)stats->nreads_anomalous/2);
-
- int ibase,iqual;
- if ( stats->max_len<stats->nbases ) stats->max_len++;
- if ( stats->max_qual+1<stats->nquals ) stats->max_qual++;
- printf("# First Fragment Qualitites. Use `grep ^FFQ | cut -f 2-` to extract this part.\n");
- printf("# Columns correspond to qualities and rows to cycles. First column is the cycle number.\n");
- for (ibase=0; ibase<stats->max_len; ibase++)
- {
- printf("FFQ\t%d",ibase+1);
- for (iqual=0; iqual<=stats->max_qual; iqual++)
- {
- printf("\t%ld", (long)stats->quals_1st[ibase*stats->nquals+iqual]);
- }
- printf("\n");
- }
- printf("# Last Fragment Qualitites. Use `grep ^LFQ | cut -f 2-` to extract this part.\n");
- printf("# Columns correspond to qualities and rows to cycles. First column is the cycle number.\n");
- for (ibase=0; ibase<stats->max_len; ibase++)
- {
- printf("LFQ\t%d",ibase+1);
- for (iqual=0; iqual<=stats->max_qual; iqual++)
- {
- printf("\t%ld", (long)stats->quals_2nd[ibase*stats->nquals+iqual]);
- }
- printf("\n");
- }
- if ( stats->mpc_buf )
- {
- printf("# Mismatches per cycle and quality. Use `grep ^MPC | cut -f 2-` to extract this part.\n");
- printf("# Columns correspond to qualities, rows to cycles. First column is the cycle number, second\n");
- printf("# is the number of N's and the rest is the number of mismatches\n");
- for (ibase=0; ibase<stats->max_len; ibase++)
- {
- printf("MPC\t%d",ibase+1);
- for (iqual=0; iqual<=stats->max_qual; iqual++)
- {
- printf("\t%ld", (long)stats->mpc_buf[ibase*stats->nquals+iqual]);
- }
- printf("\n");
- }
- }
- printf("# GC Content of first fragments. Use `grep ^GCF | cut -f 2-` to extract this part.\n");
- int ibase_prev = 0;
- for (ibase=0; ibase<stats->ngc; ibase++)
- {
- if ( stats->gc_1st[ibase]==stats->gc_1st[ibase_prev] ) continue;
- printf("GCF\t%.2f\t%ld\n", (ibase+ibase_prev)*0.5*100./(stats->ngc-1), (long)stats->gc_1st[ibase_prev]);
- ibase_prev = ibase;
- }
- printf("# GC Content of last fragments. Use `grep ^GCL | cut -f 2-` to extract this part.\n");
- ibase_prev = 0;
- for (ibase=0; ibase<stats->ngc; ibase++)
- {
- if ( stats->gc_2nd[ibase]==stats->gc_2nd[ibase_prev] ) continue;
- printf("GCL\t%.2f\t%ld\n", (ibase+ibase_prev)*0.5*100./(stats->ngc-1), (long)stats->gc_2nd[ibase_prev]);
- ibase_prev = ibase;
- }
- printf("# ACGT content per cycle. Use `grep ^GCC | cut -f 2-` to extract this part. The columns are: cycle, and A,C,G,T counts [%%]\n");
- for (ibase=0; ibase<stats->max_len; ibase++)
- {
- uint64_t *ptr = &(stats->acgt_cycles[ibase*4]);
- uint64_t sum = ptr[0]+ptr[1]+ptr[2]+ptr[3];
- if ( ! sum ) continue;
- printf("GCC\t%d\t%.2f\t%.2f\t%.2f\t%.2f\n", ibase+1,100.*ptr[0]/sum,100.*ptr[1]/sum,100.*ptr[2]/sum,100.*ptr[3]/sum);
- }
- printf("# Insert sizes. Use `grep ^IS | cut -f 2-` to extract this part. The columns are: pairs total, inward oriented pairs, outward oriented pairs, other pairs\n");
- for (isize=0; isize<ibulk; isize++) {
- long in = (long)(stats->isize->inward(stats->isize->data, isize));
- long out = (long)(stats->isize->outward(stats->isize->data, isize));
- long other = (long)(stats->isize->other(stats->isize->data, isize));
- if (!sparse || in + out + other > 0) {
- printf("IS\t%d\t%ld\t%ld\t%ld\t%ld\n", isize, in+out+other,
- in , out, other);
- }
- }
-
- printf("# Read lengths. Use `grep ^RL | cut -f 2-` to extract this part. The columns are: read length, count\n");
- int ilen;
- for (ilen=0; ilen<stats->max_len; ilen++)
- {
- if ( stats->read_lengths[ilen]>0 )
- printf("RL\t%d\t%ld\n", ilen, (long)stats->read_lengths[ilen]);
- }
-
- printf("# Indel distribution. Use `grep ^ID | cut -f 2-` to extract this part. The columns are: length, number of insertions, number of deletions\n");
- for (ilen=0; ilen<stats->nindels; ilen++)
- {
- if ( stats->insertions[ilen]>0 || stats->deletions[ilen]>0 )
- printf("ID\t%d\t%ld\t%ld\n", ilen+1, (long)stats->insertions[ilen], (long)stats->deletions[ilen]);
- }
-
- printf("# Indels per cycle. Use `grep ^IC | cut -f 2-` to extract this part. The columns are: cycle, number of insertions (fwd), .. (rev) , number of deletions (fwd), .. (rev)\n");
- for (ilen=0; ilen<=stats->nbases; ilen++)
- {
- // For deletions we print the index of the cycle before the deleted base (1-based) and for insertions
- // the index of the cycle of the first inserted base (also 1-based)
- if ( stats->ins_cycles_1st[ilen]>0 || stats->ins_cycles_2nd[ilen]>0 || stats->del_cycles_1st[ilen]>0 || stats->del_cycles_2nd[ilen]>0 )
- printf("IC\t%d\t%ld\t%ld\t%ld\t%ld\n", ilen+1, (long)stats->ins_cycles_1st[ilen], (long)stats->ins_cycles_2nd[ilen], (long)stats->del_cycles_1st[ilen], (long)stats->del_cycles_2nd[ilen]);
- }
-
- printf("# Coverage distribution. Use `grep ^COV | cut -f 2-` to extract this part.\n");
- if ( stats->cov[0] )
- printf("COV\t[<%d]\t%d\t%ld\n",stats->cov_min,stats->cov_min-1, (long)stats->cov[0]);
- int icov;
- for (icov=1; icov<stats->ncov-1; icov++)
- if ( stats->cov[icov] )
- printf("COV\t[%d-%d]\t%d\t%ld\n",stats->cov_min + (icov-1)*stats->cov_step, stats->cov_min + icov*stats->cov_step-1,stats->cov_min + icov*stats->cov_step-1, (long)stats->cov[icov]);
- if ( stats->cov[stats->ncov-1] )
- printf("COV\t[%d<]\t%d\t%ld\n",stats->cov_min + (stats->ncov-2)*stats->cov_step-1,stats->cov_min + (stats->ncov-2)*stats->cov_step-1, (long)stats->cov[stats->ncov-1]);
-
- // Calculate average GC content, then sort by GC and depth
- printf("# GC-depth. Use `grep ^GCD | cut -f 2-` to extract this part. The columns are: GC%%, unique sequence percentiles, 10th, 25th, 50th, 75th and 90th depth percentile\n");
- uint32_t igcd;
- for (igcd=0; igcd<stats->igcd; igcd++)
- {
- if ( stats->fai )
- stats->gcd[igcd].gc = rint(100. * stats->gcd[igcd].gc);
- else
- if ( stats->gcd[igcd].depth )
- stats->gcd[igcd].gc = rint(100. * stats->gcd[igcd].gc / stats->gcd[igcd].depth);
- }
- qsort(stats->gcd, stats->igcd+1, sizeof(gc_depth_t), gcd_cmp);
- igcd = 0;
- while ( igcd < stats->igcd )
- {
- // Calculate percentiles (10,25,50,75,90th) for the current GC content and print
- uint32_t nbins=0, itmp=igcd;
- float gc = stats->gcd[igcd].gc;
- while ( itmp<stats->igcd && fabs(stats->gcd[itmp].gc-gc)<0.1 )
- {
- nbins++;
- itmp++;
- }
- printf("GCD\t%.1f\t%.3f\t%.3f\t%.3f\t%.3f\t%.3f\t%.3f\n", gc, (igcd+nbins+1)*100./(stats->igcd+1),
- gcd_percentile(&(stats->gcd[igcd]),nbins,10) *avg_read_length/stats->gcd_bin_size,
- gcd_percentile(&(stats->gcd[igcd]),nbins,25) *avg_read_length/stats->gcd_bin_size,
- gcd_percentile(&(stats->gcd[igcd]),nbins,50) *avg_read_length/stats->gcd_bin_size,
- gcd_percentile(&(stats->gcd[igcd]),nbins,75) *avg_read_length/stats->gcd_bin_size,
- gcd_percentile(&(stats->gcd[igcd]),nbins,90) *avg_read_length/stats->gcd_bin_size
- );
- igcd += nbins;
- }
-}
-
-size_t mygetline(char **line, size_t *n, FILE *fp)
-{
- if (line == NULL || n == NULL || fp == NULL)
- {
- errno = EINVAL;
- return -1;
- }
- if (*n==0 || !*line)
- {
- *line = NULL;
- *n = 0;
- }
-
- size_t nread=0;
- int c;
- while ((c=getc(fp))!= EOF && c!='\n')
- {
- if ( ++nread>=*n )
- {
- *n += 255;
- *line = realloc(*line, sizeof(char)*(*n));
- }
- (*line)[nread-1] = c;
- }
- if ( nread>=*n )
- {
- *n += 255;
- *line = realloc(*line, sizeof(char)*(*n));
- }
- (*line)[nread] = 0;
- return nread>0 ? nread : -1;
-
-}
-
-void init_regions(stats_t *stats, char *file)
-{
-#if 0
- khiter_t iter;
- khash_t(kh_bam_tid) *header_hash;
-
- header_hash = (khash_t(kh_bam_tid)*)stats->sam_header->hash;
-
- FILE *fp = fopen(file,"r");
- if ( !fp ) error("%s: %s\n",file,strerror(errno));
-
- char *line = NULL;
- size_t len = 0;
- ssize_t nread;
- int warned = 0;
- int prev_tid=-1, prev_pos=-1;
- while ((nread = mygetline(&line, &len, fp)) != -1)
- {
- if ( line[0] == '#' ) continue;
-
- int i = 0;
- while ( i<nread && !isspace(line[i]) ) i++;
- if ( i>=nread ) error("Could not parse the file: %s [%s]\n", file,line);
- line[i] = 0;
-
- iter = kh_get(kh_bam_tid, header_hash, line);
- int tid = kh_val(header_hash, iter);
- if ( iter == kh_end(header_hash) )
- {
- if ( !warned )
- fprintf(stderr,"Warning: Some sequences not present in the BAM, e.g. \"%s\". This message is printed only once.\n", line);
- warned = 1;
- continue;
- }
-
- if ( tid >= stats->nregions )
- {
- stats->regions = realloc(stats->regions,sizeof(regions_t)*(stats->nregions+100));
- int j;
- for (j=stats->nregions; j<stats->nregions+100; j++)
- {
- stats->regions[j].npos = stats->regions[j].mpos = stats->regions[j].cpos = 0;
- stats->regions[j].pos = NULL;
- }
- stats->nregions += 100;
- }
- int npos = stats->regions[tid].npos;
- if ( npos >= stats->regions[tid].mpos )
- {
- stats->regions[tid].mpos += 1000;
- stats->regions[tid].pos = realloc(stats->regions[tid].pos,sizeof(pos_t)*stats->regions[tid].mpos);
- }
-
- if ( (sscanf(line+i+1,"%d %d",&stats->regions[tid].pos[npos].from,&stats->regions[tid].pos[npos].to))!=2 ) error("Could not parse the region [%s]\n");
- if ( prev_tid==-1 || prev_tid!=tid )
- {
- prev_tid = tid;
- prev_pos = stats->regions[tid].pos[npos].from;
- }
- if ( prev_pos>stats->regions[tid].pos[npos].from )
- error("The positions are not in chromosomal order (%s:%d comes after %d)\n", line,stats->regions[tid].pos[npos].from,prev_pos);
- stats->regions[tid].npos++;
- }
- if (line) free(line);
- if ( !stats->regions ) error("Unable to map the -t sequences to the BAM sequences.\n");
- fclose(fp);
-#else
- fprintf(stderr, "Samtools-htslib: init_regions() header parsing not yet implemented\n");
- abort();
-#endif
-}
-
-void destroy_regions(stats_t *stats)
-{
- int i;
- for (i=0; i<stats->nregions; i++)
- {
- if ( !stats->regions[i].mpos ) continue;
- free(stats->regions[i].pos);
- }
- if ( stats->regions ) free(stats->regions);
-}
-
-void reset_regions(stats_t *stats)
-{
- int i;
- for (i=0; i<stats->nregions; i++)
- stats->regions[i].cpos = 0;
-}
-
-int is_in_regions(bam1_t *bam_line, stats_t *stats)
-{
- if ( !stats->regions ) return 1;
-
- if ( bam_line->core.tid >= stats->nregions || bam_line->core.tid<0 ) return 0;
- if ( !stats->is_sorted ) error("The BAM must be sorted in order for -t to work.\n");
-
- regions_t *reg = &stats->regions[bam_line->core.tid];
- if ( reg->cpos==reg->npos ) return 0; // done for this chr
-
- // Find a matching interval or skip this read. No splicing of reads is done, no indels or soft clips considered,
- // even small overlap is enough to include the read in the stats.
- int i = reg->cpos;
- while ( i<reg->npos && reg->pos[i].to<=bam_line->core.pos ) i++;
- if ( i>=reg->npos ) { reg->cpos = reg->npos; return 0; }
- if ( bam_line->core.pos + bam_line->core.l_qseq + 1 < reg->pos[i].from ) return 0;
- reg->cpos = i;
- stats->reg_from = reg->pos[i].from;
- stats->reg_to = reg->pos[i].to;
-
- return 1;
-}
-
-void init_group_id(stats_t *stats, char *id)
-{
-#if 0
- if ( !stats->sam_header->dict )
- stats->sam_header->dict = sam_header_parse2(stats->sam_header->text);
- void *iter = stats->sam_header->dict;
- const char *key, *val;
- int n = 0;
- stats->rg_hash = khash_str2int_init();
- while ( (iter = sam_header2key_val(iter, "RG","ID","SM", &key, &val)) )
- {
- if ( !strcmp(id,key) || (val && !strcmp(id,val)) )
- {
- khiter_t k = kh_get(kh_rg, stats->rg_hash, key);
- if ( k != kh_end(stats->rg_hash) )
- fprintf(stderr, "[init_group_id] The group ID not unique: \"%s\"\n", key);
- int ret;
- k = kh_put(kh_rg, stats->rg_hash, key, &ret);
- kh_value(stats->rg_hash, k) = val;
- n++;
- }
- }
- if ( !n )
- error("The sample or read group \"%s\" not present.\n", id);
-#else
- fprintf(stderr, "Samtools-htslib: init_group_id() header parsing not yet implemented\n");
- abort();
-#endif
-}
-
-
-static void error(const char *format, ...)
-{
- if ( !format )
- {
- printf("About: The program collects statistics from BAM files. The output can be visualized using plot-bamstats.\n");
- printf("Usage: samtools stats [OPTIONS] file.bam\n");
- printf(" samtools stats [OPTIONS] file.bam chr:from-to\n");
- printf("Options:\n");
- printf(" -c, --coverage <int>,<int>,<int> Coverage distribution min,max,step [1,1000,1]\n");
- printf(" -d, --remove-dups Exclude from statistics reads marked as duplicates\n");
- printf(" -f, --required-flag <str|int> Required flag, 0 for unset. See also `samtools flags` [0]\n");
- printf(" -F, --filtering-flag <str|int> Filtering flag, 0 for unset. See also `samtools flags` [0]\n");
- printf(" --GC-depth <float> the size of GC-depth bins (decreasing bin size increases memory requirement) [2e4]\n");
- printf(" -h, --help This help message\n");
- printf(" -i, --insert-size <int> Maximum insert size [8000]\n");
- printf(" -I, --id <string> Include only listed read group or sample name\n");
- printf(" -l, --read-length <int> Include in the statistics only reads with the given read length []\n");
- printf(" -m, --most-inserts <float> Report only the main part of inserts [0.99]\n");
- printf(" -q, --trim-quality <int> The BWA trimming parameter [0]\n");
- printf(" -r, --ref-seq <file> Reference sequence (required for GC-depth and mismatches-per-cycle calculation).\n");
- printf(" -t, --target-regions <file> Do stats in these regions only. Tab-delimited file chr,from,to, 1-based, inclusive.\n");
- printf(" -s, --sam Input is SAM (usually auto-detected now).\n");
- printf(" -x, --sparse Suppress outputting IS rows where there are no insertions.\n");
- printf("\n");
- }
- else
- {
- va_list ap;
- va_start(ap, format);
- vfprintf(stderr, format, ap);
- va_end(ap);
- }
- exit(-1);
-}
-
-void cleanup_stats(stats_t* stats)
-{
- sam_close(stats->sam);
- if (stats->fai) fai_destroy(stats->fai);
- free(stats->cov_rbuf.buffer); free(stats->cov);
- free(stats->quals_1st); free(stats->quals_2nd);
- free(stats->gc_1st); free(stats->gc_2nd);
- stats->isize->isize_free(stats->isize->data);
- free(stats->isize);
- free(stats->gcd);
- free(stats->rseq_buf);
- free(stats->mpc_buf);
- free(stats->acgt_cycles);
- free(stats->read_lengths);
- free(stats->insertions);
- free(stats->deletions);
- free(stats->ins_cycles_1st);
- free(stats->ins_cycles_2nd);
- free(stats->del_cycles_1st);
- free(stats->del_cycles_2nd);
- destroy_regions(stats);
- if ( stats->rg_hash ) khash_str2int_destroy(stats->rg_hash);
- free(stats);
-}
-
-int main_stats(int argc, char *argv[])
-{
- char *targets = NULL;
- char *bam_fname = NULL;
- char *group_id = NULL;
- samFile* sam = NULL;
- char in_mode[5];
- int sparse = 0;
-
- stats_t *stats = calloc(1,sizeof(stats_t));
- stats->ngc = 200;
- stats->nquals = 256;
- stats->nbases = 300;
- stats->nisize = 8000;
- stats->max_len = 30;
- stats->max_qual = 40;
- stats->isize_main_bulk = 0.99; // There are always outliers at the far end
- stats->gcd_bin_size = 20e3;
- stats->rseq_pos = -1;
- stats->tid = stats->gcd_pos = -1;
- stats->igcd = 0;
- stats->is_sorted = 1;
- stats->cov_min = 1;
- stats->cov_max = 1000;
- stats->cov_step = 1;
- stats->argc = argc;
- stats->argv = argv;
- stats->filter_readlen = -1;
- stats->nindels = stats->nbases;
-
- strcpy(in_mode, "rb");
-
- static const struct option loptions[] =
- {
- {"help", no_argument, NULL, 'h'},
- {"remove-dups", no_argument, NULL, 'd'},
- {"sam", no_argument, NULL, 's'},
- {"ref-seq", required_argument, NULL, 'r'},
- {"coverage", required_argument, NULL, 'c'},
- {"read-length", required_argument, NULL, 'l'},
- {"insert-size", required_argument, NULL, 'i'},
- {"most-inserts", required_argument, NULL, 'm'},
- {"trim-quality", required_argument, NULL, 'q'},
- {"target-regions", required_argument, NULL, 't'},
- {"required-flag", required_argument, NULL, 'f'},
- {"filtering-flag", required_argument, NULL, 'F'},
- {"id", required_argument, NULL, 'I'},
- {"GC-depth", required_argument, NULL, 1},
- {"sparse", no_argument, NULL, 'x'},
- {NULL, 0, NULL, 0}
- };
- int opt;
- while ( (opt=getopt_long(argc,argv,"?hdsxr:c:l:i:t:m:q:f:F:I:1:",loptions,NULL))>0 )
- {
- switch (opt)
- {
- case 'f': stats->flag_require = bam_str2flag(optarg); break;
- case 'F': stats->flag_filter = bam_str2flag(optarg); break;
- case 'd': stats->flag_filter |= BAM_FDUP; break;
- case 's': strcpy(in_mode, "r"); break;
- case 'r': stats->fai = fai_load(optarg);
- if (stats->fai==0)
- error("Could not load faidx: %s\n", optarg);
- break;
- case 1 : stats->gcd_bin_size = atof(optarg); break;
- case 'c': if ( sscanf(optarg,"%d,%d,%d",&stats->cov_min,&stats->cov_max,&stats->cov_step)!= 3 )
- error("Unable to parse -c %s\n", optarg);
- break;
- case 'l': stats->filter_readlen = atoi(optarg); break;
- case 'i': stats->nisize = atoi(optarg); break;
- case 'm': stats->isize_main_bulk = atof(optarg); break;
- case 'q': stats->trim_qual = atoi(optarg); break;
- case 't': targets = optarg; break;
- case 'I': group_id = optarg; break;
- case 'x': sparse = 1; break;
- case '?':
- case 'h': error(NULL);
- default: error("Unknown argument: %s\n", optarg);
- }
- }
- if ( optind<argc )
- bam_fname = argv[optind++];
-
- if ( !bam_fname )
- {
- if ( isatty(STDIN_FILENO) )
- error(NULL);
- bam_fname = "-";
- }
-
- // Init structures
- // .. coverage bins and round buffer
- if ( stats->cov_step > stats->cov_max - stats->cov_min + 1 )
- {
- stats->cov_step = stats->cov_max - stats->cov_min;
- if ( stats->cov_step <= 0 )
- stats->cov_step = 1;
- }
- stats->ncov = 3 + (stats->cov_max-stats->cov_min) / stats->cov_step;
- stats->cov_max = stats->cov_min + ((stats->cov_max-stats->cov_min)/stats->cov_step +1)*stats->cov_step - 1;
- stats->cov = calloc(sizeof(uint64_t),stats->ncov);
- stats->cov_rbuf.size = stats->nbases*5;
- stats->cov_rbuf.buffer = calloc(sizeof(int32_t),stats->cov_rbuf.size);
- // .. bam
- if ((sam = sam_open(bam_fname, in_mode)) == 0)
- error("Failed to open: %s\n", bam_fname);
- stats->sam = sam;
- stats->sam_header = sam_hdr_read(sam);
- if ( group_id ) init_group_id(stats, group_id);
- bam1_t *bam_line = bam_init1();
- // .. arrays
- stats->quals_1st = calloc(stats->nquals*stats->nbases,sizeof(uint64_t));
- stats->quals_2nd = calloc(stats->nquals*stats->nbases,sizeof(uint64_t));
- stats->gc_1st = calloc(stats->ngc,sizeof(uint64_t));
- stats->gc_2nd = calloc(stats->ngc,sizeof(uint64_t));
- stats->isize = init_isize_t(stats->nisize);
- stats->gcd = calloc(stats->ngcd,sizeof(gc_depth_t));
- stats->mpc_buf = stats->fai ? calloc(stats->nquals*stats->nbases,sizeof(uint64_t)) : NULL;
- stats->acgt_cycles = calloc(4*stats->nbases,sizeof(uint64_t));
- stats->read_lengths = calloc(stats->nbases,sizeof(uint64_t));
- stats->insertions = calloc(stats->nbases,sizeof(uint64_t));
- stats->deletions = calloc(stats->nbases,sizeof(uint64_t));
- stats->ins_cycles_1st = calloc(stats->nbases+1,sizeof(uint64_t));
- stats->ins_cycles_2nd = calloc(stats->nbases+1,sizeof(uint64_t));
- stats->del_cycles_1st = calloc(stats->nbases+1,sizeof(uint64_t));
- stats->del_cycles_2nd = calloc(stats->nbases+1,sizeof(uint64_t));
- realloc_rseq_buffer(stats);
- if ( targets )
- init_regions(stats, targets);
-
- // Collect statistics
- if ( optind<argc )
- {
- // Collect stats in selected regions only
- hts_idx_t *bam_idx = bam_index_load(bam_fname);
- if (bam_idx == 0)
- error("Random alignment retrieval only works for indexed BAM files.\n");
-
- int i;
- for (i=optind; i<argc; i++)
- {
- reset_regions(stats);
- hts_itr_t* iter = bam_itr_querys(bam_idx, stats->sam_header, argv[i]);
- while (sam_itr_next(sam, iter, bam_line) >= 0) {
- collect_stats(bam_line,stats);
- }
- bam_itr_destroy(iter);
- }
- hts_idx_destroy(bam_idx);
- }
- else
- {
- // Stream through the entire BAM ignoring off-target regions if -t is given
- while (sam_read1(sam, stats->sam_header, bam_line) >= 0)
- collect_stats(bam_line,stats);
- }
- round_buffer_flush(stats,-1);
-
- output_stats(stats, sparse);
- bam_destroy1(bam_line);
- bam_hdr_destroy(stats->sam_header);
-
- cleanup_stats(stats);
-
- return 0;
-}
diff --git a/samtools/stats_isize.c b/samtools/stats_isize.c
deleted file mode 100644
index e6b9dc1..0000000
--- a/samtools/stats_isize.c
+++ /dev/null
@@ -1,219 +0,0 @@
-/* stats_isize.c -- generalised insert size calculation for samtools stats.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Nicholas Clarke <nc6 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include <stdio.h>
-#include "stats_isize.h"
-#include <htslib/khash.h>
-
-typedef enum {IN,OUT,OTHER} isize_insert_t;
-
-static int max(int a, int b) {
- if (a < b) {
- return b;
- } else {
- return a;
- }
-}
-
-static isize_sparse_record_t * sparse_get_f(isize_data_t data, int at) {
- isize_sparse_data_t *a = data.sparse;
- khash_t(m32) *h = a->array;
-
- khint_t k = kh_get(m32, h, at);
- if (k != kh_end(h)) {
- return kh_value(h, k);
- } else {
- return NULL;
- }
-}
-
-static uint64_t sparse_in_f(isize_data_t data, int at) {
- isize_sparse_record_t* a = sparse_get_f(data, at);
- if (a != NULL) {
- return a->isize_inward;
- } else {
- return 0;
- }
-}
-static uint64_t sparse_out_f(isize_data_t data, int at) {
- isize_sparse_record_t* a = sparse_get_f(data, at);
- if (a != NULL) {
- return a->isize_outward;
- } else {
- return 0;
- }
-}
-static uint64_t sparse_other_f(isize_data_t data, int at) {
- isize_sparse_record_t* a = sparse_get_f(data, at);
- if (a != NULL) {
- return a->isize_other;
- } else {
- return 0;
- }
-}
-
-static void sparse_set_f(isize_data_t data, int at, isize_insert_t field, uint64_t value) {
- isize_sparse_data_t *a = data.sparse;
- khash_t(m32) *h = a->array;
-
- khint_t k = kh_get(m32, h, at);
- isize_sparse_record_t *rec;
- if (k != kh_end(h)) {
- rec = kh_value(h, k);
- } else if (value != 0) {
- rec = malloc(sizeof(isize_sparse_record_t));
- if (rec != NULL) {
- rec->isize_inward = 0;
- rec->isize_outward = 0;
- rec->isize_other = 0;
- int stupid = 0;
- khint_t it = kh_put(m32, h, at, & stupid);
- kh_value(h, it) = rec;
- a->max = max(at, a->max);
- } else {
- fprintf(stderr, "%s\n", "Failed to allocate memory for isize_sparse_record_t");
- exit(11);
- }
- } else {
- return;
- }
- if (field == IN) {
- rec->isize_inward = value;
- } else if (field == OUT) {
- rec->isize_outward = value;
- } else {
- rec->isize_other = value;
- }
-
-}
-
-static void sparse_set_in_f(isize_data_t data, int at, uint64_t value) { sparse_set_f(data, at, IN, value); }
-static void sparse_set_out_f(isize_data_t data, int at, uint64_t value) { sparse_set_f(data, at, OUT, value); }
-static void sparse_set_other_f(isize_data_t data, int at, uint64_t value) { sparse_set_f(data, at, OTHER, value); }
-
-static void sparse_inc_in_f(isize_data_t data, int at) { sparse_set_in_f(data, at, sparse_in_f(data, at) + 1); }
-static void sparse_inc_out_f(isize_data_t data, int at) { sparse_set_out_f(data, at, sparse_out_f(data, at) + 1); }
-static void sparse_inc_other_f(isize_data_t data, int at) { sparse_set_other_f(data, at, sparse_other_f(data, at) + 1); }
-
-static void sparse_isize_free(isize_data_t data) {
- isize_sparse_data_t *a = data.sparse;
- khint_t k;
- for (k = 0; k < kh_end(a->array); ++k)
- if (kh_exist(a->array, k)) free(kh_val(a->array, k));
- kh_destroy(m32, a->array);
- free(a);
-}
-
-static int sparse_nitems(isize_data_t data) {
- isize_sparse_data_t *a = data.sparse;
- return a->max + 1;
-}
-
-static uint64_t dense_in_f(isize_data_t data, int at) { return data.dense->isize_inward[at]; }
-static uint64_t dense_out_f(isize_data_t data, int at) { return data.dense->isize_outward[at]; }
-static uint64_t dense_other_f(isize_data_t data, int at) { return data.dense->isize_other[at]; }
-
-static void dense_set_in_f(isize_data_t data, int at, uint64_t value) { data.dense->isize_inward[at] = value; }
-static void dense_set_out_f(isize_data_t data, int at, uint64_t value) { data.dense->isize_outward[at] = value; }
-static void dense_set_other_f(isize_data_t data, int at, uint64_t value) { data.dense->isize_other[at] = value; }
-
-static void dense_inc_in_f(isize_data_t data, int at) { data.dense->isize_inward[at] += 1; }
-static void dense_inc_out_f(isize_data_t data, int at) { data.dense->isize_outward[at] += 1; }
-static void dense_inc_other_f(isize_data_t data, int at) { data.dense->isize_other[at] += 1; }
-
-static void dense_isize_free(isize_data_t data) {
- isize_dense_data_t *a = data.dense;
- free(a->isize_inward);
- free(a->isize_outward);
- free(a->isize_other);
- free(a);
-}
-
-static int dense_nitems(isize_data_t data) {
- isize_dense_data_t *a = data.dense;
- return a->total;
-}
-
-// Construct a relevant isize_t given the bound.
-isize_t *init_isize_t(int bound) {
- if (bound <= 0) {
- // Use sparse data structure.
- isize_sparse_data_t *data = (isize_sparse_data_t *) malloc(sizeof(isize_sparse_data_t));
-
- // Initialise
- data->max = 0;
- data->array = kh_init(m32);
-
- isize_t *isize = (isize_t *)malloc(sizeof(isize_t));
-
- isize->data.sparse = data;
- isize->nitems = & sparse_nitems;
-
- isize->inward = & sparse_in_f;
- isize->outward = & sparse_out_f;
- isize->other = & sparse_other_f;
-
- isize->set_inward = & sparse_set_in_f;
- isize->set_outward = & sparse_set_out_f;
- isize->set_other = & sparse_set_other_f;
-
- isize->inc_inward = & sparse_inc_in_f;
- isize->inc_outward = & sparse_inc_out_f;
- isize->inc_other = & sparse_inc_other_f;
-
- isize->isize_free = & sparse_isize_free;
-
- return isize;
- } else {
- uint64_t* in = calloc(bound,sizeof(uint64_t));
- uint64_t* out = calloc(bound,sizeof(uint64_t));
- uint64_t* other = calloc(bound,sizeof(uint64_t));
- isize_dense_data_t *rec = (isize_dense_data_t *)malloc(sizeof(isize_dense_data_t));
- rec->isize_inward = in;
- rec->isize_outward = out;
- rec->isize_other = other;
- rec->total=bound;
-
- isize_t *isize = (isize_t *)malloc(sizeof(isize_t));
-
- isize->data.dense = rec;
- isize->nitems = & dense_nitems;
-
- isize->inward = & dense_in_f;
- isize->outward = & dense_out_f;
- isize->other = & dense_other_f;
-
- isize->set_inward = & dense_set_in_f;
- isize->set_outward = & dense_set_out_f;
- isize->set_other = & dense_set_other_f;
-
- isize->inc_inward = & dense_inc_in_f;
- isize->inc_outward = & dense_inc_out_f;
- isize->inc_other = & dense_inc_other_f;
-
- isize->isize_free = & dense_isize_free;
-
- return isize;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_bam_translate.c b/samtools/test/merge/test_bam_translate.c
deleted file mode 100644
index 8ef0f6a..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_bam_translate.c
+++ /dev/null
@@ -1,591 +0,0 @@
-/* test/merge/test_bam_translate.c -- header merging test harness.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
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-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_sort.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <errno.h>
-#include <unistd.h>
-
-void dump_read(bam1_t* b) {
- printf("->core.tid:(%d)\n", b->core.tid);
- printf("->core.pos:(%d)\n", b->core.pos);
- printf("->core.bin:(%d)\n", b->core.bin);
- printf("->core.qual:(%d)\n", b->core.qual);
- printf("->core.l_qname:(%d)\n", b->core.l_qname);
- printf("->core.flag:(%d)\n", b->core.flag);
- printf("->core.n_cigar:(%d)\n", b->core.n_cigar);
- printf("->core.l_qseq:(%d)\n", b->core.l_qseq);
- printf("->core.mtid:(%d)\n", b->core.mtid);
- printf("->core.mpos:(%d)\n", b->core.mpos);
- printf("->core.isize:(%d)\n", b->core.isize);
- if (b->data) {
- printf("->data:");
- int i;
- for (i = 0; i < b->l_data; ++i) {
- printf("%x ", b->data[i]);
- }
- printf("\n");
- }
- if (b->core.l_qname) {
- printf("qname: %s\n",bam_get_qname(b));
- }
- if (b->core.l_qseq) {
- printf("qseq:");
- int i;
- for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) {
- printf("%c",seq_nt16_str[seq_nt16_table[bam_seqi(bam_get_seq(b),i)]]);
- }
- printf("\n");
- printf("qual:");
- for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) {
- printf("%c",bam_get_qual(b)[i]);
- }
- printf("\n");
-
- }
-
- if (bam_get_l_aux(b)) {
- int i = 0;
- uint8_t* aux = bam_get_aux(b);
-
- while (i < bam_get_l_aux(b)) {
- printf("%.2s:%c:",aux+i,*(aux+i+2));
- i += 2;
- switch (*(aux+i)) {
- case 'Z':
- while (*(aux+1+i) != '\0') { putc(*(aux+1+i), stdout); ++i; }
- break;
- }
- putc('\n',stdout);
- ++i;++i;
- }
- }
- printf("\n");
-}
-
-void trans_tbl_test_init(trans_tbl_t* tbl, int32_t n_targets)
-{
- tbl->tid_trans = (int*)calloc(n_targets, sizeof(int32_t));
- tbl->rg_trans = kh_init(c2c);
- tbl->pg_trans = kh_init(c2c);
-}
-
-void setup_test_1(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 0;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_2(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
- int in_there = 0;
- khiter_t iter = kh_put(c2c, tbl->rg_trans, strdup("hello"), &in_there);
- kh_value(tbl->rg_trans, iter) = strdup("goodbye");
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 9;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "RGZhello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_3(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
- int in_there = 0;
- khiter_t iter = kh_put(c2c, tbl->pg_trans, strdup("hello"), &in_there);
- kh_value(tbl->pg_trans,iter) = strdup("goodbye");
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 9;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "PGZhello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_4(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 12;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "RGZrg4hello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_5(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 12;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "PGZpg5hello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_6(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
- int in_there = 0;
- khiter_t iter_rg = kh_put(c2c, tbl->rg_trans, strdup("hello"), &in_there);
- kh_value(tbl->rg_trans, iter_rg) = strdup("goodbye");
- khiter_t iter_pg = kh_put(c2c, tbl->pg_trans, strdup("quail"), &in_there);
- kh_value(tbl->pg_trans, iter_pg) = strdup("bird");
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 18;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "RGZhello\0PGZquail\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 6;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
-
- bam1_t* b;
-
- // Setup stderr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_stderr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save stderr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_bam_translate.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // TID test
- trans_tbl_t tbl1;
- setup_test_1(&b,&tbl1);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bam_translate(b, &tbl1);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res))) ) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 2\n"); // RG exists and translate test
- trans_tbl_t tbl2;
- setup_test_2(&b,&tbl2);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 2\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bam_translate(b, &tbl2);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res))) ) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 2\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl2);
- if (verbose) printf("END test 2\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 3\n"); // PG exists and translate test
- // setup
- trans_tbl_t tbl3;
- setup_test_3(&b,&tbl3);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 3\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bam_translate(b, &tbl3);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 3\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 3\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl3);
- if (verbose) printf("END test 3\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 4\n"); // RG test non-existent
- // setup
- trans_tbl_t tbl4;
- setup_test_4(&b,&tbl4);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 4\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bam_translate(b, &tbl4);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 4\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) != -1 ) &&
- res && !strcmp("[bam_translate] RG tag \"rg4hello\" on read \"123456789\" encountered with no corresponding entry in header, tag lost\n",res)) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 4\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl4);
- if (verbose) printf("END test 4\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 5\n"); // PG test non-existent
- // setup
- trans_tbl_t tbl5;
- setup_test_5(&b,&tbl5);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- printf("RUN test 5\n");
- }
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bam_translate(b, &tbl5);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 5\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) != -1 ) &&
- res && !strcmp("[bam_translate] PG tag \"pg5hello\" on read \"123456789\" encountered with no corresponding entry in header, tag lost\n",res)) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 5\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl5);
- if (verbose) printf("END test 5\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 6\n"); // RG and PG exists and translate test
- // setup
- trans_tbl_t tbl6;
- setup_test_6(&b,&tbl6);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 6\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bam_translate(b, &tbl6);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 6\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res))) ) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 6\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl6);
- if (verbose) printf("END test 6\n");
-
- // Cleanup
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_stderr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_bam_translate.c.pysam.c b/samtools/test/merge/test_bam_translate.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index da2380e..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_bam_translate.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,593 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/merge/test_bam_translate.c -- header merging test harness.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
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- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
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-
-#include "../../bam_sort.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <errno.h>
-#include <unistd.h>
-
-void dump_read(bam1_t* b) {
- printf("->core.tid:(%d)\n", b->core.tid);
- printf("->core.pos:(%d)\n", b->core.pos);
- printf("->core.bin:(%d)\n", b->core.bin);
- printf("->core.qual:(%d)\n", b->core.qual);
- printf("->core.l_qname:(%d)\n", b->core.l_qname);
- printf("->core.flag:(%d)\n", b->core.flag);
- printf("->core.n_cigar:(%d)\n", b->core.n_cigar);
- printf("->core.l_qseq:(%d)\n", b->core.l_qseq);
- printf("->core.mtid:(%d)\n", b->core.mtid);
- printf("->core.mpos:(%d)\n", b->core.mpos);
- printf("->core.isize:(%d)\n", b->core.isize);
- if (b->data) {
- printf("->data:");
- int i;
- for (i = 0; i < b->l_data; ++i) {
- printf("%x ", b->data[i]);
- }
- printf("\n");
- }
- if (b->core.l_qname) {
- printf("qname: %s\n",bam_get_qname(b));
- }
- if (b->core.l_qseq) {
- printf("qseq:");
- int i;
- for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) {
- printf("%c",seq_nt16_str[seq_nt16_table[bam_seqi(bam_get_seq(b),i)]]);
- }
- printf("\n");
- printf("qual:");
- for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) {
- printf("%c",bam_get_qual(b)[i]);
- }
- printf("\n");
-
- }
-
- if (bam_get_l_aux(b)) {
- int i = 0;
- uint8_t* aux = bam_get_aux(b);
-
- while (i < bam_get_l_aux(b)) {
- printf("%.2s:%c:",aux+i,*(aux+i+2));
- i += 2;
- switch (*(aux+i)) {
- case 'Z':
- while (*(aux+1+i) != '\0') { putc(*(aux+1+i), stdout); ++i; }
- break;
- }
- putc('\n',stdout);
- ++i;++i;
- }
- }
- printf("\n");
-}
-
-void trans_tbl_test_init(trans_tbl_t* tbl, int32_t n_targets)
-{
- tbl->tid_trans = (int*)calloc(n_targets, sizeof(int32_t));
- tbl->rg_trans = kh_init(c2c);
- tbl->pg_trans = kh_init(c2c);
-}
-
-void setup_test_1(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 0;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_2(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
- int in_there = 0;
- khiter_t iter = kh_put(c2c, tbl->rg_trans, strdup("hello"), &in_there);
- kh_value(tbl->rg_trans, iter) = strdup("goodbye");
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 9;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "RGZhello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_3(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
- int in_there = 0;
- khiter_t iter = kh_put(c2c, tbl->pg_trans, strdup("hello"), &in_there);
- kh_value(tbl->pg_trans,iter) = strdup("goodbye");
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 9;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "PGZhello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_4(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 12;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "RGZrg4hello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_5(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 12;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "PGZpg5hello\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-void setup_test_6(bam1_t** b_in, trans_tbl_t* tbl) {
- bam1_t* b;
-
- b = bam_init1();
- trans_tbl_test_init(tbl, 4);
-
- tbl->tid_trans[0] = 5;
- tbl->tid_trans[1] = 6;
- tbl->tid_trans[2] = 7;
- tbl->tid_trans[3] = 8;
- int in_there = 0;
- khiter_t iter_rg = kh_put(c2c, tbl->rg_trans, strdup("hello"), &in_there);
- kh_value(tbl->rg_trans, iter_rg) = strdup("goodbye");
- khiter_t iter_pg = kh_put(c2c, tbl->pg_trans, strdup("quail"), &in_there);
- kh_value(tbl->pg_trans, iter_pg) = strdup("bird");
-
-
- b->core.tid = 0;
- b->core.pos = 1334;
- b->core.bin = 0;
- b->core.qual = 10;
- b->core.l_qname = 10;
- b->core.flag = 0;
- b->core.n_cigar = 1;
- b->core.l_qseq = 10;
- b->core.mtid = -1;
- b->core.mpos = 0;
- b->core.isize = -1;
- size_t data_len = 10 + 4 + 5 + 10 + 18;
- b->data = (uint8_t*)malloc(data_len);
- memcpy(b->data,
- "123456789\0" // q_name
- "\x00\x00\x00\xA0" // cigar
- "\x00\x00\x00\x00\x00" // qseq
- "\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF\xFF" // qual
- "RGZhello\0PGZquail\0" // aux
- , data_len
- );
- b->m_data = b->l_data = data_len;
-
- *b_in = b;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 6;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
-
- bam1_t* b;
-
- // Setup pysamerr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_pysamerr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save pysamerr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_bam_translate.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // TID test
- trans_tbl_t tbl1;
- setup_test_1(&b,&tbl1);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bam_translate(b, &tbl1);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res))) ) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 2\n"); // RG exists and translate test
- trans_tbl_t tbl2;
- setup_test_2(&b,&tbl2);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 2\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bam_translate(b, &tbl2);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res))) ) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 2\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl2);
- if (verbose) printf("END test 2\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 3\n"); // PG exists and translate test
- // setup
- trans_tbl_t tbl3;
- setup_test_3(&b,&tbl3);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 3\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bam_translate(b, &tbl3);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 3\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 3\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl3);
- if (verbose) printf("END test 3\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 4\n"); // RG test non-existent
- // setup
- trans_tbl_t tbl4;
- setup_test_4(&b,&tbl4);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 4\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bam_translate(b, &tbl4);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 4\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) != -1 ) &&
- res && !strcmp("[bam_translate] RG tag \"rg4hello\" on read \"123456789\" encountered with no corresponding entry in header, tag lost\n",res)) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 4\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl4);
- if (verbose) printf("END test 4\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 5\n"); // PG test non-existent
- // setup
- trans_tbl_t tbl5;
- setup_test_5(&b,&tbl5);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- printf("RUN test 5\n");
- }
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bam_translate(b, &tbl5);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 5\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) != -1 ) &&
- res && !strcmp("[bam_translate] PG tag \"pg5hello\" on read \"123456789\" encountered with no corresponding entry in header, tag lost\n",res)) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 5\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl5);
- if (verbose) printf("END test 5\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 6\n"); // RG and PG exists and translate test
- // setup
- trans_tbl_t tbl6;
- setup_test_6(&b,&tbl6);
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 6\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bam_translate(b, &tbl6);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 6\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_read(b);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( (getline(&res, &len, check) == -1 ) &&
- (feof(check) || (res && !strcmp("",res))) ) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 6\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_destroy1(b);
- trans_tbl_destroy(&tbl6);
- if (verbose) printf("END test 6\n");
-
- // Cleanup
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_pysamerr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_pretty_header.c b/samtools/test/merge/test_pretty_header.c
deleted file mode 100644
index c5c5f9e..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_pretty_header.c
+++ /dev/null
@@ -1,87 +0,0 @@
-/* test/merge/test_pretty_header.c -- header test harness.
-
- Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_sort.c"
-
-void setup_test_1(char** input) {
- *input = strdup(
- "@HD\n"
- "@SQ\n"
- "@RG\n"
- "@PG\n"
- "@CO\n");
-}
-
-bool check_test_1(char* input) {
- // Check input is unchanged
-
- // Check output
-
- return true;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n");
- // setup
- char* input;
- setup_test_1(&input);
- // test
- if (verbose > 1) {
- printf("input:\n%s",input);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
- pretty_header(&input, strlen(input));
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("input:\n%s",input);
- }
- if (check_test_1(input)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- free(input);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_pretty_header.c.pysam.c b/samtools/test/merge/test_pretty_header.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index 851271b..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_pretty_header.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,89 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/merge/test_pretty_header.c -- header test harness.
-
- Copyright (C) 2013 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
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-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
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-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_sort.c"
-
-void setup_test_1(char** input) {
- *input = strdup(
- "@HD\n"
- "@SQ\n"
- "@RG\n"
- "@PG\n"
- "@CO\n");
-}
-
-bool check_test_1(char* input) {
- // Check input is unchanged
-
- // Check output
-
- return true;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n");
- // setup
- char* input;
- setup_test_1(&input);
- // test
- if (verbose > 1) {
- printf("input:\n%s",input);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
- pretty_header(&input, strlen(input));
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("input:\n%s",input);
- }
- if (check_test_1(input)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- free(input);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_rtrans_build.c b/samtools/test/merge/test_rtrans_build.c
deleted file mode 100644
index d3fbbb3..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_rtrans_build.c
+++ /dev/null
@@ -1,118 +0,0 @@
-/* test/merge/test_rtrans_build.c -- header translation test harness.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_sort.c"
-
-void dump_rtrans(int* rtrans, int n, int n_targets) {
- printf("->n_targets:(%d)\n", n_targets);
- int i, j;
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- fprintf(stderr, "%d",rtrans[i*n_targets+0]);
- for (j = 1; j < n_targets; ++j)
- fprintf(stderr, "\t%d",rtrans[i*n_targets+j]);
- fprintf(stderr, "\n");
- }
-}
-
-void setup_test_1(trans_tbl_t* tbl) {
- tbl[0].n_targets = 2;
- tbl[0].tid_trans = calloc(sizeof(int), 2);
- tbl[0].tid_trans[0] = 0;
- tbl[0].tid_trans[1] = 1;
- tbl[0].rg_trans = kh_init(c2c);
- tbl[0].pg_trans = kh_init(c2c);
-
- tbl[1].n_targets = 2;
- tbl[1].tid_trans = calloc(sizeof(int), 2);
- tbl[1].tid_trans[0] = 1;
- tbl[1].tid_trans[1] = 2;
- tbl[1].rg_trans = kh_init(c2c);
- tbl[1].pg_trans = kh_init(c2c);
-}
-
-bool check_test_1(trans_tbl_t* tbl, int* rtrans) {
- // Check input is unchanged
-
- // Check output
-
- return true;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
- const long GIMIC_SEED = 0x1234abcd330e;
- srand48(GIMIC_SEED);
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n");
- // setup
- trans_tbl_t tbl_1[2];
- int n_targets_1 = 3;
- int n_1 = 2;
- int* rtrans_1 = NULL;
- setup_test_1(&tbl_1[0]);
- // test
- if (verbose > 1) {
- // dump_trans_tid
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
- rtrans_1 = rtrans_build(n_1, n_targets_1, &tbl_1[0]);
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("rtrans\n");
- dump_rtrans(rtrans_1, n_1, n_targets_1);
- }
- if (check_test_1(&tbl_1[0], rtrans_1)) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- // teardown
- trans_tbl_destroy(&tbl_1[0]);
- trans_tbl_destroy(&tbl_1[1]);
- free(rtrans_1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_rtrans_build.c.pysam.c b/samtools/test/merge/test_rtrans_build.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index ad7f36a..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_rtrans_build.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,120 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/merge/test_rtrans_build.c -- header translation test harness.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
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-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_sort.c"
-
-void dump_rtrans(int* rtrans, int n, int n_targets) {
- printf("->n_targets:(%d)\n", n_targets);
- int i, j;
- for (i = 0; i < n; ++i) {
- fprintf(pysamerr, "%d",rtrans[i*n_targets+0]);
- for (j = 1; j < n_targets; ++j)
- fprintf(pysamerr, "\t%d",rtrans[i*n_targets+j]);
- fprintf(pysamerr, "\n");
- }
-}
-
-void setup_test_1(trans_tbl_t* tbl) {
- tbl[0].n_targets = 2;
- tbl[0].tid_trans = calloc(sizeof(int), 2);
- tbl[0].tid_trans[0] = 0;
- tbl[0].tid_trans[1] = 1;
- tbl[0].rg_trans = kh_init(c2c);
- tbl[0].pg_trans = kh_init(c2c);
-
- tbl[1].n_targets = 2;
- tbl[1].tid_trans = calloc(sizeof(int), 2);
- tbl[1].tid_trans[0] = 1;
- tbl[1].tid_trans[1] = 2;
- tbl[1].rg_trans = kh_init(c2c);
- tbl[1].pg_trans = kh_init(c2c);
-}
-
-bool check_test_1(trans_tbl_t* tbl, int* rtrans) {
- // Check input is unchanged
-
- // Check output
-
- return true;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
- const long GIMIC_SEED = 0x1234abcd330e;
- srand48(GIMIC_SEED);
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n");
- // setup
- trans_tbl_t tbl_1[2];
- int n_targets_1 = 3;
- int n_1 = 2;
- int* rtrans_1 = NULL;
- setup_test_1(&tbl_1[0]);
- // test
- if (verbose > 1) {
- // dump_trans_tid
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
- rtrans_1 = rtrans_build(n_1, n_targets_1, &tbl_1[0]);
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("rtrans\n");
- dump_rtrans(rtrans_1, n_1, n_targets_1);
- }
- if (check_test_1(&tbl_1[0], rtrans_1)) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- // teardown
- trans_tbl_destroy(&tbl_1[0]);
- trans_tbl_destroy(&tbl_1[1]);
- free(rtrans_1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c b/samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c
deleted file mode 100644
index 2a18e2f..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c
+++ /dev/null
@@ -1,471 +0,0 @@
-/* test/merge/test_trans_tbl_init.c -- merge test harness.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_sort.c"
-
-void dump_header(bam_hdr_t* hdr) {
- printf("->n_targets:(%d)\n", hdr->n_targets);
- int i;
- for (i = 0; i < hdr->n_targets; ++i) {
- printf("->target_name[%d]:(%s)\n",i,hdr->target_name[i]);
- printf("->target_len[%d]:(%d)\n",i,hdr->target_len[i]);
- }
-
- printf("->text:(");
- fwrite((void*)hdr->text, (size_t) hdr->l_text, 1, stdout);
- printf(")\n");
-}
-
-static const char test_1_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n";
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_1_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_1_trans_text);
- translate->n_targets = 1;
- translate->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("fish");
- translate->target_len[0] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char out_text[] =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_1(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_1_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen( test_1_trans_text)
- || translate->n_targets != 1
- ) return false;
-
- // Check output header
- const char out_regex[] =
- "^@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n$";
-
- regex_t check_regex;
- regcomp(&check_regex, out_regex, REG_EXTENDED|REG_NOSUB);
-
- if ( regexec(&check_regex, out->text, 0, NULL, 0) != 0 || out->n_targets != 1 ) return false;
-
- regfree(&check_regex);
-
- // Check output tbl
- if (tbl[0].n_targets != 1 || tbl[0].tid_trans[0] != 0 || tbl[0].lost_coord_sort) return false;
-
- return true;
-}
-
-static const char test_2_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133";
-
-void setup_test_2(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_2_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_2_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_2(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_2_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_2_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
-
- // Check output header
- const char out_regex[] =
- "^@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n"
- "@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n$";
-
- regex_t check_regex;
- regcomp(&check_regex, out_regex, REG_EXTENDED|REG_NOSUB);
-
- if ( regexec(&check_regex, out->text, 0, NULL, 0) != 0 || out->n_targets != 2 ) return false;
-
- regfree(&check_regex);
-
- // Check output tbl
- if (tbl[0].n_targets != 2 || tbl[0].tid_trans[0] != 1 || tbl[0].tid_trans[1] != 0) return false;
-
- return true;
-}
-
-static const char test_3_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n"
-"@RG\tID:fish\tPU:trans\n";
-
-void setup_test_3(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_3_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_3_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_3(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_3_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_3_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
- return true;
-}
-
-static const char test_4_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n"
-"@RG\tID:fish\tPU:trans\n";
-
-void setup_test_4(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_4_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_4_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n"
- "@RG\tID:fish\tPU:out\n";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_4(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_4_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_4_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
- return true;
-}
-
-static const char test_5_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n"
-"@RG\tID:fish\tPU:trans\n"
-"@PG\tXX:dummy\tID:fish\tDS:trans\n"
-"@PG\tPP:fish\tID:hook\tDS:trans\n";
-
-void setup_test_5(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_5_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_5_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n"
- "@RG\tID:fish\tPU:out\n"
- "@PG\tXX:dummyx\tID:fish\tDS:out\n"
- "@PG\tPP:fish\tID:hook\tDS:out\n";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_5(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_5_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_5_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
- return true;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 5;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
-
- // Set the seed to a fixed value so that calls to lrand48 within functions return predictable values
- const long GIMMICK_SEED = 0x1234abcd330e;
- srand48(GIMMICK_SEED);
-
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n");
- // setup
- trans_tbl_t tbl_1;
- setup_test_1(&translate,&out);
- // test
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_1, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_1(translate, out, &tbl_1)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 2\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_2;
- setup_test_2(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 2\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_2, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_2(translate, out, &tbl_2)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_2);
- if (verbose) printf("END test 2\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 3\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_3;
- setup_test_3(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 3\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_3, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 3\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_3(translate, out, &tbl_3)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_3);
- if (verbose) printf("END test 3\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 4\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_4;
- setup_test_4(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 4\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_4, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 4\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_4(translate, out, &tbl_4)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_4);
- if (verbose) printf("END test 4\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 5\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_5;
- setup_test_5(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
-
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 5\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_5, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 5\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_5(translate, out, &tbl_5)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_5);
- if (verbose) printf("END test 5\n");
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c.pysam.c b/samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index 2c69e21..0000000
--- a/samtools/test/merge/test_trans_tbl_init.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,473 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/merge/test_trans_tbl_init.c -- merge test harness.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
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- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
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-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_sort.c"
-
-void dump_header(bam_hdr_t* hdr) {
- printf("->n_targets:(%d)\n", hdr->n_targets);
- int i;
- for (i = 0; i < hdr->n_targets; ++i) {
- printf("->target_name[%d]:(%s)\n",i,hdr->target_name[i]);
- printf("->target_len[%d]:(%d)\n",i,hdr->target_len[i]);
- }
-
- printf("->text:(");
- fwrite((void*)hdr->text, (size_t) hdr->l_text, 1, stdout);
- printf(")\n");
-}
-
-static const char test_1_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n";
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_1_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_1_trans_text);
- translate->n_targets = 1;
- translate->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("fish");
- translate->target_len[0] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char out_text[] =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_1(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_1_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen( test_1_trans_text)
- || translate->n_targets != 1
- ) return false;
-
- // Check output header
- const char out_regex[] =
- "^@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n$";
-
- regex_t check_regex;
- regcomp(&check_regex, out_regex, REG_EXTENDED|REG_NOSUB);
-
- if ( regexec(&check_regex, out->text, 0, NULL, 0) != 0 || out->n_targets != 1 ) return false;
-
- regfree(&check_regex);
-
- // Check output tbl
- if (tbl[0].n_targets != 1 || tbl[0].tid_trans[0] != 0 || tbl[0].lost_coord_sort) return false;
-
- return true;
-}
-
-static const char test_2_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133";
-
-void setup_test_2(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_2_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_2_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_2(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_2_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_2_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
-
- // Check output header
- const char out_regex[] =
- "^@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n"
- "@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n$";
-
- regex_t check_regex;
- regcomp(&check_regex, out_regex, REG_EXTENDED|REG_NOSUB);
-
- if ( regexec(&check_regex, out->text, 0, NULL, 0) != 0 || out->n_targets != 2 ) return false;
-
- regfree(&check_regex);
-
- // Check output tbl
- if (tbl[0].n_targets != 2 || tbl[0].tid_trans[0] != 1 || tbl[0].tid_trans[1] != 0) return false;
-
- return true;
-}
-
-static const char test_3_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n"
-"@RG\tID:fish\tPU:trans\n";
-
-void setup_test_3(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_3_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_3_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_3(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_3_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_3_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
- return true;
-}
-
-static const char test_4_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n"
-"@RG\tID:fish\tPU:trans\n";
-
-void setup_test_4(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_4_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_4_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n"
- "@RG\tID:fish\tPU:out\n";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_4(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_4_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_4_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
- return true;
-}
-
-static const char test_5_trans_text[] =
-"@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
-"@SQ\tSN:donkey\tLN:133\n"
-"@SQ\tSN:fish\tLN:133\n"
-"@RG\tID:fish\tPU:trans\n"
-"@PG\tXX:dummy\tID:fish\tDS:trans\n"
-"@PG\tPP:fish\tID:hook\tDS:trans\n";
-
-void setup_test_5(bam_hdr_t** translate_in, bam_hdr_t** out_in) {
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- translate = bam_hdr_init();
- translate->text = strdup(test_5_trans_text);
- translate->l_text = strlen(test_5_trans_text);
- translate->n_targets = 2;
- translate->target_name = (char**)calloc(translate->n_targets, sizeof(char*));
- translate->target_len = (uint32_t*)calloc(translate->n_targets, sizeof(uint32_t));
- translate->target_name[0] = strdup("donkey");
- translate->target_len[0] = 133;
- translate->target_name[1] = strdup("fish");
- translate->target_len[1] = 133;
- out = bam_hdr_init();
- const char* out_text =
- "@HD\tVN:1.4\tSO:unknown\n"
- "@SQ\tSN:fish\tLN:133\tSP:frog\n"
- "@RG\tID:fish\tPU:out\n"
- "@PG\tXX:dummyx\tID:fish\tDS:out\n"
- "@PG\tPP:fish\tID:hook\tDS:out\n";
- out->text = strdup(out_text);
- out->l_text = strlen(out_text);
- out->n_targets = 1;
- out->target_name = (char**)calloc(1, sizeof(char*));
- out->target_len = (uint32_t*)calloc(1, sizeof(uint32_t));
- out->target_name[0] = strdup("fish");
- out->target_len[0] = 133;
-
- *translate_in = translate;
- *out_in = out;
-}
-
-bool check_test_5(bam_hdr_t* translate, bam_hdr_t* out, trans_tbl_t* tbl) {
- // Check input is unchanged
- if (
- strncmp(test_5_trans_text, translate->text, translate->l_text)
- || translate->l_text != strlen(test_5_trans_text)
- || translate->n_targets != 2
- ) return false;
- return true;
-}
-
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 5;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- break;
- }
- }
-
- // Set the seed to a fixed value so that calls to lrand48 within functions return predictable values
- const long GIMMICK_SEED = 0x1234abcd330e;
- srand48(GIMMICK_SEED);
-
- bam_hdr_t* out;
- bam_hdr_t* translate;
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n");
- // setup
- trans_tbl_t tbl_1;
- setup_test_1(&translate,&out);
- // test
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_1, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_1(translate, out, &tbl_1)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 2\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_2;
- setup_test_2(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 2\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_2, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_2(translate, out, &tbl_2)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_2);
- if (verbose) printf("END test 2\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 3\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_3;
- setup_test_3(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 3\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_3, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 3\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_3(translate, out, &tbl_3)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_3);
- if (verbose) printf("END test 3\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 4\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_4;
- setup_test_4(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 4\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_4, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 4\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_4(translate, out, &tbl_4)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_4);
- if (verbose) printf("END test 4\n");
-
- // test
- if (verbose) printf("BEGIN test 5\n");
- // reinit
- trans_tbl_t tbl_5;
- setup_test_5(&translate,&out);
- if (verbose > 1) {
-
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 5\n");
- trans_tbl_init(out, translate, &tbl_5, false, false);
- if (verbose) printf("END RUN test 5\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("translate\n");
- dump_header(translate);
- printf("out\n");
- dump_header(out);
- }
- if (check_test_5(translate, out, &tbl_5)) { ++success; } else { ++failure; }
- // teardown
- bam_hdr_destroy(translate);
- bam_hdr_destroy(out);
- trans_tbl_destroy(&tbl_5);
- if (verbose) printf("END test 5\n");
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_count_rg.c b/samtools/test/split/test_count_rg.c
deleted file mode 100644
index db3cb15..0000000
--- a/samtools/test/split/test_count_rg.c
+++ /dev/null
@@ -1,124 +0,0 @@
-/* test/split/test_count_rg.c -- split test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
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-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test1 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test1);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test1);
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_count_rg [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
-
- // Setup stderr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_stderr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save stderr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_count_rg.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // TID test
- bam_hdr_t* hdr1;
- size_t count;
- char** output;
- setup_test_1(&hdr1);
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr1\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bool result_1 = count_RG(hdr1, &count, &output);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if (result_1 && count == 1 && !strcmp(output[0], "fish")
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- int i;
- for (i = 0; i < count; i++){
- free(output[i]);
- }
- free(output);
- bam_hdr_destroy(hdr1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // Cleanup
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_stderr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_count_rg.c.pysam.c b/samtools/test/split/test_count_rg.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index cf56408..0000000
--- a/samtools/test/split/test_count_rg.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,126 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/split/test_count_rg.c -- split test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
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-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test1 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test1);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test1);
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_count_rg [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
-
- // Setup pysamerr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_pysamerr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save pysamerr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_count_rg.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // TID test
- bam_hdr_t* hdr1;
- size_t count;
- char** output;
- setup_test_1(&hdr1);
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr1\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bool result_1 = count_RG(hdr1, &count, &output);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("b\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if (result_1 && count == 1 && !strcmp(output[0], "fish")
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- int i;
- for (i = 0; i < count; i++){
- free(output[i]);
- }
- free(output);
- bam_hdr_destroy(hdr1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // Cleanup
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_pysamerr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_expand_format_string.c b/samtools/test/split/test_expand_format_string.c
deleted file mode 100644
index 000d303..0000000
--- a/samtools/test/split/test_expand_format_string.c
+++ /dev/null
@@ -1,124 +0,0 @@
-/* test/split/test_expand_format_string.c -- split format string test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
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-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test1 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test1);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test1);
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_expand_format_string [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
-
- // Setup stderr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_stderr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save stderr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_expand_format_string.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // default format string test
- const char* format_string_1 = "%*_%#.bam";
- const char* basename_1 = "basename";
- const char* rg_id_1 = "1#2.3";
- const int rg_idx_1 = 4;
- if (verbose > 1) {
- printf("format_string:%s\n"
- "basename:%s\n"
- "rg_id:%s\n"
- "rg_idx:%d\n", format_string_1, basename_1, rg_id_1, rg_idx_1);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- char* output_1 = expand_format_string(format_string_1, basename_1, rg_id_1, rg_idx_1);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("format_string:%s\n"
- "basename:%s\n"
- "rg_id:%s\n"
- "rg_idx:%d\n", format_string_1, basename_1, rg_id_1, rg_idx_1);
- }
-
- // check result
- len = 0;
- check = fopen(tempfname, "r");
- if (output_1 != NULL && !strcmp(output_1, "basename_4.bam")
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- free(output_1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // Cleanup test harness
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_stderr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_expand_format_string.c.pysam.c b/samtools/test/split/test_expand_format_string.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index d666af0..0000000
--- a/samtools/test/split/test_expand_format_string.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,126 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/split/test_expand_format_string.c -- split format string test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
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-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test1 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test1);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test1);
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 1;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_expand_format_string [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
-
- // Setup pysamerr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_pysamerr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save pysamerr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_expand_format_string.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // default format string test
- const char* format_string_1 = "%*_%#.bam";
- const char* basename_1 = "basename";
- const char* rg_id_1 = "1#2.3";
- const int rg_idx_1 = 4;
- if (verbose > 1) {
- printf("format_string:%s\n"
- "basename:%s\n"
- "rg_id:%s\n"
- "rg_idx:%d\n", format_string_1, basename_1, rg_id_1, rg_idx_1);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- char* output_1 = expand_format_string(format_string_1, basename_1, rg_id_1, rg_idx_1);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("format_string:%s\n"
- "basename:%s\n"
- "rg_id:%s\n"
- "rg_idx:%d\n", format_string_1, basename_1, rg_id_1, rg_idx_1);
- }
-
- // check result
- len = 0;
- check = fopen(tempfname, "r");
- if (output_1 != NULL && !strcmp(output_1, "basename_4.bam")
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- free(output_1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- // Cleanup test harness
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_pysamerr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_filter_header_rg.c b/samtools/test/split/test_filter_header_rg.c
deleted file mode 100644
index ab92016..0000000
--- a/samtools/test/split/test_filter_header_rg.c
+++ /dev/null
@@ -1,191 +0,0 @@
-/* test/split/test_filter_header_rg.c -- split test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test1 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test1);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test1);
-}
-
-bool check_test_1(const bam_hdr_t* hdr) {
- const char *test1_res =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n";
-
- if (strcmp(hdr->text, test1_res)) {
- return false;
- }
- return true;
-}
-
-void setup_test_2(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test2 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test2);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test2);
-}
-
-bool check_test_2(const bam_hdr_t* hdr) {
- const char *test2_res =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
-
- if (strcmp(hdr->text, test2_res)) {
- return false;
- }
- return true;
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 2;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_filter_header_rg [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
-
- // Setup stderr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_stderr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save stderr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_count_rg.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // test eliminating a tag that isn't there
- bam_hdr_t* hdr1;
- const char* id_to_keep_1 = "1#2.3";
- setup_test_1(&hdr1);
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr1\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bool result_1 = filter_header_rg(hdr1, id_to_keep_1);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr1\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( result_1
- && check_test_1(hdr1)
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_hdr_destroy(hdr1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 2\n"); // test eliminating a tag that is there
- bam_hdr_t* hdr2;
- const char* id_to_keep_2 = "fish";
- setup_test_2(&hdr2);
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr2\n");
- dump_hdr(hdr2);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 2\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- bool result_2 = filter_header_rg(hdr2, id_to_keep_2);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr2\n");
- dump_hdr(hdr2);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( result_2
- && check_test_2(hdr2)
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 2\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_hdr_destroy(hdr2);
- if (verbose) printf("END test 2\n");
-
-
- // Cleanup
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_stderr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_filter_header_rg.c.pysam.c b/samtools/test/split/test_filter_header_rg.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index 496d21a..0000000
--- a/samtools/test/split/test_filter_header_rg.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,193 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/split/test_filter_header_rg.c -- split test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test1 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test1);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test1);
-}
-
-bool check_test_1(const bam_hdr_t* hdr) {
- const char *test1_res =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n";
-
- if (strcmp(hdr->text, test1_res)) {
- return false;
- }
- return true;
-}
-
-void setup_test_2(bam_hdr_t** hdr_in)
-{
- *hdr_in = bam_hdr_init();
- const char *test2 =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
- (*hdr_in)->text = strdup(test2);
- (*hdr_in)->l_text = strlen(test2);
-}
-
-bool check_test_2(const bam_hdr_t* hdr) {
- const char *test2_res =
- "@HD\tVN:1.4\n"
- "@SQ\tSN:blah\n"
- "@RG\tID:fish\n";
-
- if (strcmp(hdr->text, test2_res)) {
- return false;
- }
- return true;
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 2;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_filter_header_rg [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
-
- // Setup pysamerr redirect
- size_t len = 0;
- char* res = NULL;
- FILE* orig_pysamerr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save pysamerr
- char* tempfname = (optind < argc)? argv[optind] : "test_count_rg.tmp";
- FILE* check = NULL;
-
- // setup
- if (verbose) printf("BEGIN test 1\n"); // test eliminating a tag that isn't there
- bam_hdr_t* hdr1;
- const char* id_to_keep_1 = "1#2.3";
- setup_test_1(&hdr1);
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr1\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bool result_1 = filter_header_rg(hdr1, id_to_keep_1);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr1\n");
- dump_hdr(hdr1);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( result_1
- && check_test_1(hdr1)
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_hdr_destroy(hdr1);
- if (verbose) printf("END test 1\n");
-
- if (verbose) printf("BEGIN test 2\n"); // test eliminating a tag that is there
- bam_hdr_t* hdr2;
- const char* id_to_keep_2 = "fish";
- setup_test_2(&hdr2);
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr2\n");
- dump_hdr(hdr2);
- }
- if (verbose) printf("RUN test 2\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- bool result_2 = filter_header_rg(hdr2, id_to_keep_2);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) printf("END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- printf("hdr2\n");
- dump_hdr(hdr2);
- }
-
- // check result
- check = fopen(tempfname, "r");
- if ( result_2
- && check_test_2(hdr2)
- && (getline(&res, &len, check) == -1)
- && (feof(check) || (res && !strcmp("",res)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) printf("FAIL test 2\n");
- }
- fclose(check);
-
- // teardown
- bam_hdr_destroy(hdr2);
- if (verbose) printf("END test 2\n");
-
-
- // Cleanup
- free(res);
- remove(tempfname);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_pysamerr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_parse_args.c b/samtools/test/split/test_parse_args.c
deleted file mode 100644
index 5b8818e..0000000
--- a/samtools/test/split/test_parse_args.c
+++ /dev/null
@@ -1,215 +0,0 @@
-/* test/split/test_parse_args.c -- split test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
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-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(int* argc, char*** argv)
-{
- *argc = 1;
- *argv = (char**)calloc(sizeof(char*), 1);
- (*argv)[0] = strdup("prog_name");
-}
-
-bool check_test_1(const parsed_opts_t* opts) {
- if ( opts->merged_input_name != NULL
- || opts->unaccounted_header_name != NULL
- || opts->unaccounted_name != NULL
- || strcmp(opts->output_format_string,"%*_%#.bam")
- || opts->verbose == true )
- return false;
- return true;
-}
-
-void setup_test_2(int* argc, char*** argv)
-{
- *argc = 2;
- *argv = (char**)calloc(sizeof(char*), 2);
- (*argv)[0] = strdup("prog_name");
- (*argv)[1] = strdup("merged.bam");
-}
-
-bool check_test_2(const parsed_opts_t* opts) {
- if ( opts->merged_input_name == NULL
- || strcmp(opts->merged_input_name, "merged.bam")
- || opts->unaccounted_header_name != NULL
- || opts->unaccounted_name != NULL
- || strcmp(opts->output_format_string,"%*_%#.bam")
- || opts->verbose == true )
- return false;
- return true;
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 2;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_parse_args [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
- // Setup stdout and stderr redirect
- size_t len_stdout = 0;
- char* res_stdout = NULL;
- size_t len_stderr = 0;
- char* res_stderr = NULL;
- FILE* orig_stdout = fdopen(dup(STDOUT_FILENO), "a"); // Save stderr
- FILE* orig_stderr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save stderr
- char* tempfname_stdout = (optind < argc)? argv[optind] : "test_parse_args.tmp.o";
- char* tempfname_stderr = (optind < argc)? argv[optind] : "test_parse_args.tmp.e";
- FILE* check_stdout = NULL;
- FILE* check_stderr = NULL;
-
- // Cleanup getopt
- optind = 1;
-
- // setup
- if (verbose) fprintf(orig_stdout,"BEGIN test 1\n"); // test eliminating a tag that isn't there
- int argc_1;
- char** argv_1;
- setup_test_1(&argc_1, &argv_1);
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_1);
- }
- if (verbose) fprintf(orig_stdout,"RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname_stdout, "w", stdout); // Redirect stdout to pipe
- xfreopen(tempfname_stderr, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- parsed_opts_t* result_1 = parse_args(argc_1, argv_1);
- fclose(stdout);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_1);
- }
-
- // check result
- check_stdout = fopen(tempfname_stdout, "r");
- check_stderr = fopen(tempfname_stderr, "r");
- if ( !result_1
- && (getline(&res_stdout, &len_stdout, check_stdout) != -1)
- && !feof(check_stdout)
- && (res_stdout && strcmp("",res_stdout))
- && (getline(&res_stderr, &len_stderr, check_stderr) == -1)
- && (feof(check_stderr) || (res_stderr && !strcmp("",res_stderr)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check_stderr);
- fclose(check_stdout);
-
- // teardown
- cleanup_opts(result_1);
- int i = 0;
- for (i = 0; i < argc_1; ++i) {
- free(argv_1[i]);
- }
- free(argv_1);
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END test 1\n");
-
- // Cleanup getopt
- optind = 1;
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "BEGIN test 2\n"); // test eliminating a tag that is there
- int argc_2;
- char** argv_2;
- setup_test_2(&argc_2, &argv_2);
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_2);
- }
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "RUN test 2\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname_stdout, "w", stdout); // Redirect stdout to pipe
- xfreopen(tempfname_stderr, "w", stderr); // Redirect stderr to pipe
- parsed_opts_t* result_2 = parse_args(argc_2, argv_2);
- fclose(stdout);
- fclose(stderr);
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_2);
- }
-
- // check result
- check_stdout = fopen(tempfname_stdout, "r");
- check_stderr = fopen(tempfname_stderr, "r");
- if ( result_2
- && check_test_2(result_2)
- && (getline(&res_stdout, &len_stdout, check_stdout) == -1)
- && (feof(check_stdout) || (res_stdout && !strcmp("",res_stdout)))
- && (getline(&res_stderr, &len_stderr, check_stderr) == -1)
- && (feof(check_stderr) || (res_stderr && !strcmp("",res_stderr)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "FAIL test 2\n");
- }
- fclose(check_stdout);
- fclose(check_stderr);
-
- // teardown
- cleanup_opts(result_2);
- int j = 0;
- for (j = 0; j < argc_2; ++j) {
- free(argv_2[j]);
- }
- free(argv_2);
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END test 2\n");
-
-
- // Cleanup
- free(res_stdout);
- free(res_stderr);
- remove(tempfname_stdout);
- remove(tempfname_stderr);
- fclose(orig_stdout);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_stderr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/split/test_parse_args.c.pysam.c b/samtools/test/split/test_parse_args.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index 807e764..0000000
--- a/samtools/test/split/test_parse_args.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,217 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/split/test_parse_args.c -- split test cases.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
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-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
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-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
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-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_split.c"
-#include "../test.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <unistd.h>
-
-void setup_test_1(int* argc, char*** argv)
-{
- *argc = 1;
- *argv = (char**)calloc(sizeof(char*), 1);
- (*argv)[0] = strdup("prog_name");
-}
-
-bool check_test_1(const parsed_opts_t* opts) {
- if ( opts->merged_input_name != NULL
- || opts->unaccounted_header_name != NULL
- || opts->unaccounted_name != NULL
- || strcmp(opts->output_format_string,"%*_%#.bam")
- || opts->verbose == true )
- return false;
- return true;
-}
-
-void setup_test_2(int* argc, char*** argv)
-{
- *argc = 2;
- *argv = (char**)calloc(sizeof(char*), 2);
- (*argv)[0] = strdup("prog_name");
- (*argv)[1] = strdup("merged.bam");
-}
-
-bool check_test_2(const parsed_opts_t* opts) {
- if ( opts->merged_input_name == NULL
- || strcmp(opts->merged_input_name, "merged.bam")
- || opts->unaccounted_header_name != NULL
- || opts->unaccounted_name != NULL
- || strcmp(opts->output_format_string,"%*_%#.bam")
- || opts->verbose == true )
- return false;
- return true;
-}
-
-int main(int argc, char**argv)
-{
- // test state
- const int NUM_TESTS = 2;
- int verbose = 0;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- int getopt_char;
- while ((getopt_char = getopt(argc, argv, "v")) != -1) {
- switch (getopt_char) {
- case 'v':
- ++verbose;
- break;
- default:
- printf(
- "usage: test_parse_args [-v]\n\n"
- " -v verbose output\n"
- );
- break;
- }
- }
-
- // Setup stdout and pysamerr redirect
- size_t len_stdout = 0;
- char* res_stdout = NULL;
- size_t len_pysamerr = 0;
- char* res_pysamerr = NULL;
- FILE* orig_stdout = fdopen(dup(STDOUT_FILENO), "a"); // Save pysamerr
- FILE* orig_pysamerr = fdopen(dup(STDERR_FILENO), "a"); // Save pysamerr
- char* tempfname_stdout = (optind < argc)? argv[optind] : "test_parse_args.tmp.o";
- char* tempfname_pysamerr = (optind < argc)? argv[optind] : "test_parse_args.tmp.e";
- FILE* check_stdout = NULL;
- FILE* check_pysamerr = NULL;
-
- // Cleanup getopt
- optind = 1;
-
- // setup
- if (verbose) fprintf(orig_stdout,"BEGIN test 1\n"); // test eliminating a tag that isn't there
- int argc_1;
- char** argv_1;
- setup_test_1(&argc_1, &argv_1);
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_1);
- }
- if (verbose) fprintf(orig_stdout,"RUN test 1\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname_stdout, "w", stdout); // Redirect stdout to pipe
- xfreopen(tempfname_pysamerr, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- parsed_opts_t* result_1 = parse_args(argc_1, argv_1);
- fclose(stdout);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END RUN test 1\n");
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_1);
- }
-
- // check result
- check_stdout = fopen(tempfname_stdout, "r");
- check_pysamerr = fopen(tempfname_pysamerr, "r");
- if ( !result_1
- && (getline(&res_stdout, &len_stdout, check_stdout) != -1)
- && !feof(check_stdout)
- && (res_stdout && strcmp("",res_stdout))
- && (getline(&res_pysamerr, &len_pysamerr, check_pysamerr) == -1)
- && (feof(check_pysamerr) || (res_pysamerr && !strcmp("",res_pysamerr)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "FAIL test 1\n");
- }
- fclose(check_pysamerr);
- fclose(check_stdout);
-
- // teardown
- cleanup_opts(result_1);
- int i = 0;
- for (i = 0; i < argc_1; ++i) {
- free(argv_1[i]);
- }
- free(argv_1);
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END test 1\n");
-
- // Cleanup getopt
- optind = 1;
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "BEGIN test 2\n"); // test eliminating a tag that is there
- int argc_2;
- char** argv_2;
- setup_test_2(&argc_2, &argv_2);
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_2);
- }
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "RUN test 2\n");
-
- // test
- xfreopen(tempfname_stdout, "w", stdout); // Redirect stdout to pipe
- xfreopen(tempfname_pysamerr, "w", pysamerr); // Redirect pysamerr to pipe
- parsed_opts_t* result_2 = parse_args(argc_2, argv_2);
- fclose(stdout);
- fclose(pysamerr);
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END RUN test 2\n");
- if (verbose > 1) {
- fprintf(orig_stdout, "argc: %d\n", argc_2);
- }
-
- // check result
- check_stdout = fopen(tempfname_stdout, "r");
- check_pysamerr = fopen(tempfname_pysamerr, "r");
- if ( result_2
- && check_test_2(result_2)
- && (getline(&res_stdout, &len_stdout, check_stdout) == -1)
- && (feof(check_stdout) || (res_stdout && !strcmp("",res_stdout)))
- && (getline(&res_pysamerr, &len_pysamerr, check_pysamerr) == -1)
- && (feof(check_pysamerr) || (res_pysamerr && !strcmp("",res_pysamerr)))) {
- ++success;
- } else {
- ++failure;
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "FAIL test 2\n");
- }
- fclose(check_stdout);
- fclose(check_pysamerr);
-
- // teardown
- cleanup_opts(result_2);
- int j = 0;
- for (j = 0; j < argc_2; ++j) {
- free(argv_2[j]);
- }
- free(argv_2);
-
- if (verbose) fprintf(orig_stdout, "END test 2\n");
-
-
- // Cleanup
- free(res_stdout);
- free(res_pysamerr);
- remove(tempfname_stdout);
- remove(tempfname_pysamerr);
- fclose(orig_stdout);
- if (failure > 0)
- fprintf(orig_pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- fclose(orig_pysamerr);
-
- return (success == NUM_TESTS)? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE;
-}
diff --git a/samtools/test/test.c b/samtools/test/test.c
deleted file mode 100644
index ef1d1f9..0000000
--- a/samtools/test/test.c
+++ /dev/null
@@ -1,53 +0,0 @@
-/* test/test.c -- test harness utility routines.
-
- Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
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-
-#include <errno.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <htslib/sam.h>
-
-#include "test.h"
-
-void xfreopen(const char *path, const char *mode, FILE *stream)
-{
- if (freopen(path, mode, stream) == NULL) {
- fprintf(stderr, __FILE__": error reopening %s: %s\n",
- path, strerror(errno));
- exit(2);
- }
-}
-
-void dump_hdr(const bam_hdr_t* hdr)
-{
- printf("n_targets: %d\n", hdr->n_targets);
- printf("ignore_sam_err: %d\n", hdr->ignore_sam_err);
- printf("l_text: %u\n", hdr->l_text);
- printf("idx\ttarget_len\ttarget_name:\n");
- int32_t target;
- for (target = 0; target < hdr->n_targets; ++target) {
- printf("%d\t%u\t\"%s\"\n", target, hdr->target_len[target], hdr->target_name[target]);
- }
- printf("text: \"%s\"\n", hdr->text);
-}
diff --git a/samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c b/samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c
deleted file mode 100644
index c22ba9d..0000000
--- a/samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c
+++ /dev/null
@@ -1,81 +0,0 @@
-/* test/tview/test_get_rg_sample.c -- tview test cases.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
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-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
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-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
-THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_tview.c"
-#include <stdbool.h>
-
-const char header_1[] =
-"@HD VN:1.4 SO:undefined\n"
-"@SQ SN:dummy\n"
-"@RG ID:blah SM:po\n";
-
-void setup_test_1(char** header)
-{
- *header = strdup(header_1);
-}
-
-khash_t(kh_rg)* run_test_1(char* header)
-{
- khash_t(kh_rg)* test_result = get_rg_sample(header,"po");
- return test_result;
-}
-
-bool check_test_1(khash_t(kh_rg)* test_result, char* header)
-{
- if (strcmp(header_1, header)) return false;
- // test blah is in there
- if (kh_get(kh_rg, test_result, "blah") == kh_end(test_result))
- {
- return false;
- }
- return true;
-}
-
-void teardown_1(khash_t(kh_rg)* test_result, char* header)
-{
- free(header);
-}
-
-int main(int argc, char** argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 1;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- char* test_header_1;
- setup_test_1(&test_header_1);
- khash_t(kh_rg)* test_result_1 = run_test_1(test_header_1);
- if (!check_test_1(test_result_1, test_header_1))
- failure++;
- else
- success++;
- teardown_1(test_result_1, test_header_1);
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(stderr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c.pysam.c b/samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c.pysam.c
deleted file mode 100644
index 99a217f..0000000
--- a/samtools/test/tview/test_get_rg_sample.c.pysam.c
+++ /dev/null
@@ -1,83 +0,0 @@
-#include "pysam.h"
-
-/* test/tview/test_get_rg_sample.c -- tview test cases.
-
- Copyright (C) 2013, 2014 Genome Research Ltd.
-
- Author: Martin O. Pollard <mp15 at sanger.ac.uk>
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
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-FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
-DEALINGS IN THE SOFTWARE. */
-
-#include "../../bam_tview.c"
-#include <stdbool.h>
-
-const char header_1[] =
-"@HD VN:1.4 SO:undefined\n"
-"@SQ SN:dummy\n"
-"@RG ID:blah SM:po\n";
-
-void setup_test_1(char** header)
-{
- *header = strdup(header_1);
-}
-
-khash_t(kh_rg)* run_test_1(char* header)
-{
- khash_t(kh_rg)* test_result = get_rg_sample(header,"po");
- return test_result;
-}
-
-bool check_test_1(khash_t(kh_rg)* test_result, char* header)
-{
- if (strcmp(header_1, header)) return false;
- // test blah is in there
- if (kh_get(kh_rg, test_result, "blah") == kh_end(test_result))
- {
- return false;
- }
- return true;
-}
-
-void teardown_1(khash_t(kh_rg)* test_result, char* header)
-{
- free(header);
-}
-
-int main(int argc, char** argv)
-{
- const int NUM_TESTS = 1;
- int success = 0;
- int failure = 0;
-
- char* test_header_1;
- setup_test_1(&test_header_1);
- khash_t(kh_rg)* test_result_1 = run_test_1(test_header_1);
- if (!check_test_1(test_result_1, test_header_1))
- failure++;
- else
- success++;
- teardown_1(test_result_1, test_header_1);
-
- if (success == NUM_TESTS) {
- return 0;
- } else {
- fprintf(pysamerr, "%d failures %d successes\n", failure, success);
- return 1;
- }
-}
diff --git a/save/example.py b/save/example.py
deleted file mode 100644
index 473158e..0000000
--- a/save/example.py
+++ /dev/null
@@ -1,79 +0,0 @@
-## This script contains some example code
-## illustrating ways to to use the pysam
-## interface to samtools.
-##
-## The unit tests in the script pysam_test.py
-## contain more examples.
-##
-
-import pysam
-
-samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-
-print "###################"
-# check different ways to iterate
-print len(list(samfile.fetch()))
-print len(list(samfile.fetch( "chr1", 10, 200 )))
-print len(list(samfile.fetch( region="chr1:10-200" )))
-print len(list(samfile.fetch( "chr1" )))
-print len(list(samfile.fetch( region="chr1")))
-print len(list(samfile.fetch( "chr2" )))
-print len(list(samfile.fetch( region="chr2")))
-print len(list(samfile.fetch()))
-print len(list(samfile.fetch( "chr1" )))
-print len(list(samfile.fetch( region="chr1")))
-print len(list(samfile.fetch()))
-
-print len(list(samfile.pileup( "chr1", 10, 200 )))
-print len(list(samfile.pileup( region="chr1:10-200" )))
-print len(list(samfile.pileup( "chr1" )))
-print len(list(samfile.pileup( region="chr1")))
-print len(list(samfile.pileup( "chr2" )))
-print len(list(samfile.pileup( region="chr2")))
-print len(list(samfile.pileup()))
-print len(list(samfile.pileup()))
-
-print "########### fetch with callback ################"
-def my_fetch_callback( alignment ): print str(alignment)
-samfile.fetch( region="chr1:10-200", callback=my_fetch_callback )
-
-print "########## pileup with callback ################"
-def my_pileup_callback( column ): print str(column)
-samfile.pileup( region="chr1:10-200", callback=my_pileup_callback )
-
-
-print "########### Using a callback object ###### "
-
-class Counter:
- mCounts = 0
- def __call__(self, alignment):
- self.mCounts += 1
-
-c = Counter()
-samfile.fetch( region = "chr1:10-200", callback = c )
-print "counts=", c.mCounts
-
-print "########### Calling a samtools command line function ############"
-
-for p in pysam.mpileup( "-c", "ex1.bam" ):
- print str(p)
-
-print pysam.mpileup.getMessages()
-
-print "########### Investigating headers #######################"
-
-# playing arount with headers
-samfile = pysam.Samfile( "ex3.sam", "r" )
-print samfile.references
-print samfile.lengths
-print samfile.text
-print samfile.header
-header = samfile.header
-samfile.close()
-
-header["HD"]["SO"] = "unsorted"
-outfile = pysam.Samfile( "out.sam", "wh",
- header = header )
-
-outfile.close()
-
diff --git a/save/pysam_bench.py b/save/pysam_bench.py
deleted file mode 100644
index 03503ec..0000000
--- a/save/pysam_bench.py
+++ /dev/null
@@ -1,63 +0,0 @@
-'''benchmark pysam BAM/SAM access with the samtools commandline tools.
-
-samtools functions are called via the pysam interface to avoid the over-head
-of starting additional processes.
-'''
-
-import pysam
-import timeit
-
-iterations = 10
-
-def runBenchmark( test,
- pysam_way,
- samtools_way = None):
- print test
- print timeit.repeat( pysam_way, number = iterations, setup="from __main__ import pysam" )
- if samtools_way:
- print timeit.repeat( samtools_way, number = iterations, setup="from __main__ import pysam" )
-
-runBenchmark( "Samfile.fetch",
-'''
-f = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-results = list(f.fetch())
-''',
-'''
-f = pysam.view( "ex1.bam" )
-'''
-)
-
-runBenchmark( "Samfile.pileup",
-'''
-f = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-results = list(f.pileup())
-''',
-'''
-f = pysam.pileup( "ex1.bam" )
-''')
-
-runBenchmark( "Samfile.pileup with coverage retrieval",
-'''
-f = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-results = [ x.n for x in f.pileup() ]
-''' )
-
-runBenchmark( "Samfile.pileup with full retrieval",
-'''
-f = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-results = [ x.pileups for x in f.pileup() ]
-''' )
-
-runBenchmark( "Samfile.pileup - many references",
-'''
-f = pysam.Samfile( "manyrefs.bam", "rb" )
-results = [ x.pileups for x in f.pileup() ]
-''',
-'''
-f = pysam.pileup( "manyrefs.bam" )
-'''
- )
-
-
-
-
diff --git a/save/pysam_test2.6.py b/save/pysam_test2.6.py
deleted file mode 100755
index a59968c..0000000
--- a/save/pysam_test2.6.py
+++ /dev/null
@@ -1,1607 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''unit testing code for pysam.
-
-Execute in the :file:`tests` directory as it requires the Makefile
-and data files located there.
-'''
-
-import pysam
-import unittest
-import os, re, sys
-import itertools
-import collections
-import subprocess
-import shutil
-import logging
-
-
-if sys.version_info[0] < 3:
- from itertools import izip as zip_longest
-else:
- from itertools import zip_longest
-
-
-SAMTOOLS="samtools"
-WORKDIR="pysam_test_work"
-
-def checkBinaryEqual( filename1, filename2 ):
- '''return true if the two files are binary equal.'''
- if os.path.getsize( filename1 ) != os.path.getsize( filename2 ):
- return False
-
- infile1 = open(filename1, "rb")
- infile2 = open(filename2, "rb")
-
- def chariter( infile ):
- while 1:
- c = infile.read(1)
- if c == b"": break
- yield c
-
- found = False
- for c1,c2 in zip_longest( chariter( infile1), chariter( infile2) ):
- if c1 != c2: break
- else:
- found = True
-
- infile1.close()
- infile2.close()
- return found
-
-def runSamtools( cmd ):
- '''run a samtools command'''
-
- try:
- retcode = subprocess.call(cmd, shell=True)
- if retcode < 0:
- print >>sys.stderr, "Child was terminated by signal", -retcode
- except OSError as e:
- print >>sys.stderr, "Execution failed:", e
-
-def getSamtoolsVersion():
- '''return samtools version'''
-
- pipe = subprocess.Popen(SAMTOOLS, shell=True, stderr=subprocess.PIPE).stderr
- lines = b"".join(pipe.readlines())
- if sys.version_info[0] >= 3:
- lines = lines.decode('ascii')
- return re.search( "Version:\s+(\S+)", lines).groups()[0]
-
-class BinaryTest(unittest.TestCase):
- '''test samtools command line commands and compare
- against pysam commands.
-
- Tests fail, if the output is not binary identical.
- '''
-
- first_time = True
-
- # a list of commands to test
- commands = \
- {
- "view" :
- (
- ("ex1.view", "view ex1.bam > ex1.view"),
- ("pysam_ex1.view", (pysam.view, "ex1.bam" ) ),
- ),
- "view2" :
- (
- ("ex1.view", "view -bT ex1.fa -o ex1.view2 ex1.sam"),
- # note that -o ex1.view2 throws exception.
- ("pysam_ex1.view", (pysam.view, "-bT ex1.fa -oex1.view2 ex1.sam" ) ),
- ),
- "sort" :
- (
- ( "ex1.sort.bam", "sort ex1.bam ex1.sort" ),
- ( "pysam_ex1.sort.bam", (pysam.sort, "ex1.bam pysam_ex1.sort" ) ),
- ),
- "mpileup" :
- (
- ("ex1.pileup", "mpileup ex1.bam > ex1.pileup" ),
- ("pysam_ex1.mpileup", (pysam.mpileup, "ex1.bam" ) ),
- ),
- "depth" :
- (
- ("ex1.depth", "depth ex1.bam > ex1.depth" ),
- ("pysam_ex1.depth", (pysam.depth, "ex1.bam" ) ),
- ),
- "faidx" :
- (
- ("ex1.fa.fai", "faidx ex1.fa"),
- ("pysam_ex1.fa.fai", (pysam.faidx, "ex1.fa") ),
- ),
- "index":
- (
- ("ex1.bam.bai", "index ex1.bam" ),
- ("pysam_ex1.bam.bai", (pysam.index, "pysam_ex1.bam" ) ),
- ),
- "idxstats" :
- (
- ("ex1.idxstats", "idxstats ex1.bam > ex1.idxstats" ),
- ("pysam_ex1.idxstats", (pysam.idxstats, "pysam_ex1.bam" ) ),
- ),
- "fixmate" :
- (
- ("ex1.fixmate", "fixmate ex1.bam ex1.fixmate" ),
- ("pysam_ex1.fixmate", (pysam.fixmate, "pysam_ex1.bam pysam_ex1.fixmate") ),
- ),
- "flagstat" :
- (
- ("ex1.flagstat", "flagstat ex1.bam > ex1.flagstat" ),
- ("pysam_ex1.flagstat", (pysam.flagstat, "pysam_ex1.bam") ),
- ),
- "calmd" :
- (
- ("ex1.calmd", "calmd ex1.bam ex1.fa > ex1.calmd" ),
- ("pysam_ex1.calmd", (pysam.calmd, "pysam_ex1.bam ex1.fa") ),
- ),
- "merge" :
- (
- ("ex1.merge", "merge -f ex1.merge ex1.bam ex1.bam" ),
- # -f option does not work - following command will cause the subsequent
- # command to fail
- ("pysam_ex1.merge", (pysam.merge, "pysam_ex1.merge pysam_ex1.bam pysam_ex1.bam") ),
- ),
- "rmdup" :
- (
- ("ex1.rmdup", "rmdup ex1.bam ex1.rmdup" ),
- ("pysam_ex1.rmdup", (pysam.rmdup, "pysam_ex1.bam pysam_ex1.rmdup" )),
- ),
- "reheader" :
- (
- ( "ex1.reheader", "reheader ex1.bam ex1.bam > ex1.reheader"),
- ( "pysam_ex1.reheader", (pysam.reheader, "ex1.bam ex1.bam" ) ),
- ),
- "cat":
- (
- ( "ex1.cat", "cat ex1.bam ex1.bam > ex1.cat"),
- ( "pysam_ex1.cat", (pysam.cat, "ex1.bam ex1.bam" ) ),
- ),
- "targetcut":
- (
- ("ex1.targetcut", "targetcut ex1.bam > ex1.targetcut" ),
- ("pysam_ex1.targetcut", (pysam.targetcut, "pysam_ex1.bam") ),
- ),
- "phase":
- (
- ("ex1.phase", "phase ex1.bam > ex1.phase" ),
- ("pysam_ex1.phase", (pysam.phase, "pysam_ex1.bam") ),
- ),
- "import" :
- (
- ("ex1.bam", "import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam" ),
- ("pysam_ex1.bam", (pysam.samimport, "ex1.fa.fai ex1.sam.gz pysam_ex1.bam") ),
- ),
- "bam2fq":
- (
- ("ex1.bam2fq", "bam2fq ex1.bam > ex1.bam2fq" ),
- ("pysam_ex1.bam2fq", (pysam.bam2fq, "pysam_ex1.bam") ),
- ),
- }
-
- # some tests depend on others. The order specifies in which order
- # the samtools commands are executed.
- # The first three (faidx, import, index) need to be in that order,
- # the rest is arbitrary.
- order = ('faidx', 'import', 'index',
- # 'pileup1', 'pileup2', deprecated
- # 'glfview', deprecated
- 'view', 'view2',
- 'sort',
- 'mpileup',
- 'depth',
- 'idxstats',
- 'fixmate',
- 'flagstat',
- # 'calmd',
- 'merge',
- 'rmdup',
- 'reheader',
- 'cat',
- 'targetcut',
- 'phase',
- 'bam2fq',
- )
-
- def setUp( self ):
- '''setup tests.
-
- For setup, all commands will be run before the first test is
- executed. Individual tests will then just compare the output
- files.
- '''
- if BinaryTest.first_time:
-
- # remove previous files
- if os.path.exists( WORKDIR ):
- shutil.rmtree( WORKDIR )
-
- # copy the source files to WORKDIR
- os.makedirs( WORKDIR )
-
- shutil.copy( "ex1.fa", os.path.join( WORKDIR, "pysam_ex1.fa" ) )
- shutil.copy( "ex1.fa", os.path.join( WORKDIR, "ex1.fa" ) )
- shutil.copy( "ex1.sam.gz", os.path.join( WORKDIR, "ex1.sam.gz" ) )
- shutil.copy( "ex1.sam", os.path.join( WORKDIR, "ex1.sam" ) )
-
- # cd to workdir
- savedir = os.getcwd()
- os.chdir( WORKDIR )
-
- for label in self.order:
- command = self.commands[label]
- samtools_target, samtools_command = command[0]
- try:
- pysam_target, pysam_command = command[1]
- except ValueError as msg:
- raise ValueError( "error while setting up %s=%s: %s" %\
- (label, command, msg) )
- runSamtools( " ".join( (SAMTOOLS, samtools_command )))
- pysam_method, pysam_options = pysam_command
- try:
- output = pysam_method( *pysam_options.split(" "), raw=True)
- except pysam.SamtoolsError as msg:
- raise pysam.SamtoolsError( "error while executing %s: options=%s: msg=%s" %\
- (label, pysam_options, msg) )
- if ">" in samtools_command:
- outfile = open( pysam_target, "wb" )
- if sys.version_info[0] < 3:
- for line in output: outfile.write( line )
- else:
- for line in output: outfile.write(line.encode('ascii'))
- outfile.close()
-
- os.chdir( savedir )
- BinaryTest.first_time = False
-
-
-
- samtools_version = getSamtoolsVersion()
-
-
- def _r( s ):
- # patch - remove any of the alpha/beta suffixes, i.e., 0.1.12a -> 0.1.12
- if s.count('-') > 0: s = s[0:s.find('-')]
- return re.sub( "[^0-9.]", "", s )
-
- if _r(samtools_version) != _r( pysam.__samtools_version__):
- raise ValueError("versions of pysam/samtools and samtools differ: %s != %s" % \
- (pysam.__samtools_version__,
- samtools_version ))
-
- def checkCommand( self, command ):
- if command:
- samtools_target, pysam_target = self.commands[command][0][0], self.commands[command][1][0]
- samtools_target = os.path.join( WORKDIR, samtools_target )
- pysam_target = os.path.join( WORKDIR, pysam_target )
- self.assertTrue( checkBinaryEqual( samtools_target, pysam_target ),
- "%s failed: files %s and %s are not the same" % (command, samtools_target, pysam_target) )
-
- def testImport( self ):
- self.checkCommand( "import" )
-
- def testIndex( self ):
- self.checkCommand( "index" )
-
- def testSort( self ):
- self.checkCommand( "sort" )
-
- def testMpileup( self ):
- self.checkCommand( "mpileup" )
-
- def testDepth( self ):
- self.checkCommand( "depth" )
-
- def testIdxstats( self ):
- self.checkCommand( "idxstats" )
-
- def testFixmate( self ):
- self.checkCommand( "fixmate" )
-
- def testFlagstat( self ):
- self.checkCommand( "flagstat" )
-
- def testMerge( self ):
- self.checkCommand( "merge" )
-
- def testRmdup( self ):
- self.checkCommand( "rmdup" )
-
- def testReheader( self ):
- self.checkCommand( "reheader" )
-
- def testCat( self ):
- self.checkCommand( "cat" )
-
- def testTargetcut( self ):
- self.checkCommand( "targetcut" )
-
- def testPhase( self ):
- self.checkCommand( "phase" )
-
- def testBam2fq( self ):
- self.checkCommand( "bam2fq" )
-
- # def testPileup1( self ):
- # self.checkCommand( "pileup1" )
-
- # def testPileup2( self ):
- # self.checkCommand( "pileup2" )
-
- # deprecated
- # def testGLFView( self ):
- # self.checkCommand( "glfview" )
-
- def testView( self ):
- self.checkCommand( "view" )
-
- def testEmptyIndex( self ):
- self.assertRaises( IOError, pysam.index, "exdoesntexist.bam" )
-
- def __del__(self):
- if os.path.exists( WORKDIR ):
- shutil.rmtree( WORKDIR )
-
-class IOTest(unittest.TestCase):
- '''check if reading samfile and writing a samfile are consistent.'''
-
- def checkEcho( self, input_filename, reference_filename,
- output_filename,
- input_mode, output_mode, use_template = True ):
- '''iterate through *input_filename* writing to *output_filename* and
- comparing the output to *reference_filename*.
-
- The files are opened according to the *input_mode* and *output_mode*.
-
- If *use_template* is set, the header is copied from infile using the
- template mechanism, otherwise target names and lengths are passed
- explicitely.
-
- '''
-
- infile = pysam.Samfile( input_filename, input_mode )
- if use_template:
- outfile = pysam.Samfile( output_filename, output_mode, template = infile )
- else:
- outfile = pysam.Samfile( output_filename, output_mode,
- referencenames = infile.references,
- referencelengths = infile.lengths,
- add_sq_text = False )
-
- iter = infile.fetch()
- for x in iter: outfile.write( x )
- infile.close()
- outfile.close()
-
- self.assertTrue( checkBinaryEqual( reference_filename, output_filename),
- "files %s and %s are not the same" % (reference_filename, output_filename) )
-
-
- def testReadWriteBam( self ):
-
- input_filename = "ex1.bam"
- output_filename = "pysam_ex1.bam"
- reference_filename = "ex1.bam"
-
- self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
- "rb", "wb" )
-
-
- def testReadWriteBamWithTargetNames( self ):
-
- input_filename = "ex1.bam"
- output_filename = "pysam_ex1.bam"
- reference_filename = "ex1.bam"
-
- self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
- "rb", "wb", use_template = False )
-
- def testReadWriteSamWithHeader( self ):
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_ex2.sam"
- reference_filename = "ex2.sam"
-
- self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
- "r", "wh" )
-
- def testReadWriteSamWithoutHeader( self ):
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_ex2.sam"
- reference_filename = "ex1.sam"
-
- self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
- "r", "w" )
-
- def testReadSamWithoutHeaderWriteSamWithoutHeader( self ):
-
- input_filename = "ex1.sam"
- output_filename = "pysam_ex1.sam"
- reference_filename = "ex1.sam"
-
- # disabled - reading from a samfile without header
- # is not implemented.
-
- # self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
- # "r", "w" )
-
- def testFetchFromClosedFile( self ):
-
- samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
- samfile.close()
- self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
-
- def testClosedFile( self ):
- '''test that access to a closed samfile raises ValueError.'''
-
- samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
- samfile.close()
- self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
- self.assertRaises( ValueError, samfile.pileup, 'chr1', 100, 120)
- self.assertRaises( ValueError, samfile.getrname, 0 )
- self.assertRaises( ValueError, samfile.tell )
- self.assertRaises( ValueError, samfile.seek, 0 )
- self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "nreferences" )
- self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "references" )
- self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "lengths" )
- self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "text" )
- self.assertRaises( ValueError, getattr, samfile, "header" )
-
- # write on closed file
- self.assertEqual( 0, samfile.write(None) )
-
- def testAutoDetection( self ):
- '''test if autodetection works.'''
-
- samfile = pysam.Samfile( "ex3.sam" )
- self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch, 'chr1' )
- samfile.close()
-
- samfile = pysam.Samfile( "ex3.bam" )
- samfile.fetch('chr1')
- samfile.close()
-
- def testReadingFromSamFileWithoutHeader( self ):
- '''read from samfile without header.
- '''
- samfile = pysam.Samfile( "ex7.sam" )
- self.assertRaises( NotImplementedError, samfile.__iter__ )
-
- def testReadingFromFileWithoutIndex( self ):
- '''read from bam file without index.'''
-
- assert not os.path.exists( "ex2.bam.bai" )
- samfile = pysam.Samfile( "ex2.bam", "rb" )
- self.assertRaises( ValueError, samfile.fetch )
- self.assertEqual( len(list( samfile.fetch(until_eof = True) )), 3270 )
-
- def testReadingUniversalFileMode( self ):
- '''read from samfile without header.
- '''
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_ex2.sam"
- reference_filename = "ex1.sam"
-
- self.checkEcho( input_filename, reference_filename, output_filename,
- "rU", "w" )
-
-class TestFloatTagBug( unittest.TestCase ):
- '''see issue 71'''
-
- def testFloatTagBug( self ):
- '''a float tag before another exposed a parsing bug in bam_aux_get - expected to fail
-
- This test is expected to fail until samtools is fixed.
- '''
- samfile = pysam.Samfile("tag_bug.bam")
- read = samfile.fetch(until_eof=True).next()
- self.assertTrue( ('XC',1) in read.tags )
- self.assertEqual(read.opt('XC'), 1)
-
-class TestTagParsing( unittest.TestCase ):
- '''tests checking the accuracy of tag setting and retrieval.'''
-
- def makeRead( self ):
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_12345"
- a.tid = 0
- a.seq="ACGT" * 3
- a.flag = 0
- a.rname = 0
- a.pos = 1
- a.mapq = 20
- a.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,25) )
- a.mrnm = 0
- a.mpos=200
- a.isize = 0
- a.qual ="1234" * 3
- # todo: create tags
- return a
-
- def testNegativeIntegers( self ):
- x = -2
- aligned_read = self.makeRead()
- aligned_read.tags = [("XD", int(x) ) ]
- # print (aligned_read.tags)
-
- def testNegativeIntegers2( self ):
- x = -2
- r = self.makeRead()
- r.tags = [("XD", int(x) ) ]
- outfile = pysam.Samfile( "test.bam",
- "wb",
- referencenames = ("chr1",),
- referencelengths = (1000,) )
- outfile.write (r )
- outfile.close()
-
-
-class TestIteratorRow(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-
- def checkRange( self, rnge ):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- ps = list(self.samfile.fetch(region=rnge))
- sa = list(pysam.view( "ex1.bam", rnge, raw = True) )
- self.assertEqual( len(ps), len(sa), "unequal number of results for range %s: %i != %i" % (rnge, len(ps), len(sa) ))
- # check if the same reads are returned and in the same order
- for line, (a, b) in enumerate( zip( ps, sa ) ):
- d = b.split("\t")
- self.assertEqual( a.qname, d[0], "line %i: read id mismatch: %s != %s" % (line, a.rname, d[0]) )
- self.assertEqual( a.pos, int(d[3])-1, "line %i: read position mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" % \
- (line, a.pos, int(d[3])-1,
- str(a), str(d) ) )
- if sys.version_info[0] < 3:
- qual = d[10]
- else:
- qual = d[10].encode('ascii')
- self.assertEqual( a.qual, qual, "line %i: quality mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" % \
- (line, a.qual, qual,
- str(a), str(d) ) )
-
- def testIteratePerContig(self):
- '''check random access per contig'''
- for contig in self.samfile.references:
- self.checkRange( contig )
-
- def testIterateRanges(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
- for start in range( 1, length, 90):
- self.checkRange( "%s:%i-%i" % (contig, start, start + 90) ) # this includes empty ranges
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-class TestIteratorRowAll(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-
- def testIterate(self):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- ps = list(self.samfile.fetch())
- sa = list(pysam.view( "ex1.bam", raw = True) )
- self.assertEqual( len(ps), len(sa), "unequal number of results: %i != %i" % (len(ps), len(sa) ))
- # check if the same reads are returned
- for line, pair in enumerate( zip( ps, sa ) ):
- data = pair[1].split("\t")
- self.assertEqual( pair[0].qname, data[0], "read id mismatch in line %i: %s != %s" % (line, pair[0].rname, data[0]) )
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-class TestIteratorColumn(unittest.TestCase):
- '''test iterator column against contents of ex3.bam.'''
-
- # note that samfile contains 1-based coordinates
- # 1D means deletion with respect to reference sequence
- #
- mCoverages = { 'chr1' : [ 0 ] * 20 + [1] * 36 + [0] * (100 - 20 -35 ),
- 'chr2' : [ 0 ] * 20 + [1] * 35 + [0] * (100 - 20 -35 ),
- }
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex4.bam","rb" )
-
- def checkRange( self, rnge ):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- # check if the same reads are returned and in the same order
- for column in self.samfile.pileup(region=rnge):
- thiscov = len(column.pileups)
- refcov = self.mCoverages[self.samfile.getrname(column.tid)][column.pos]
- self.assertEqual( thiscov, refcov, "wrong coverage at pos %s:%i %i should be %i" % (self.samfile.getrname(column.tid), column.pos, thiscov, refcov))
-
- def testIterateAll(self):
- '''check random access per contig'''
- self.checkRange( None )
-
- def testIteratePerContig(self):
- '''check random access per contig'''
- for contig in self.samfile.references:
- self.checkRange( contig )
-
- def testIterateRanges(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
- for start in range( 1, length, 90):
- self.checkRange( "%s:%i-%i" % (contig, start, start + 90) ) # this includes empty ranges
-
- def testInverse( self ):
- '''test the inverse, is point-wise pileup accurate.'''
- for contig, refseq in self.mCoverages.items():
- refcolumns = sum(refseq)
- for pos, refcov in enumerate( refseq ):
- columns = list(self.samfile.pileup( contig, pos, pos+1) )
- if refcov == 0:
- # if no read, no coverage
- self.assertEqual( len(columns), refcov, "wrong number of pileup columns returned for position %s:%i, %i should be %i" %(contig,pos,len(columns), refcov) )
- elif refcov == 1:
- # one read, all columns of the read are returned
- self.assertEqual( len(columns), refcolumns, "pileup incomplete at position %i: got %i, expected %i " %\
- (pos, len(columns), refcolumns))
-
-
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-class TestAlignedReadFromBam(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.bam","rb" )
- self.reads=list(self.samfile.fetch())
-
- def testARqname(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].qname, "read_28833_29006_6945", "read name mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].qname, "read_28833_29006_6945") )
- self.assertEqual( self.reads[1].qname, "read_28701_28881_323b", "read name mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].qname, "read_28701_28881_323b") )
-
- def testARflag(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].flag, 99, "flag mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].flag, 99) )
- self.assertEqual( self.reads[1].flag, 147, "flag mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].flag, 147) )
-
- def testARrname(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].rname, 0, "chromosome/target id mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].rname, 0) )
- self.assertEqual( self.reads[1].rname, 1, "chromosome/target id mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].rname, 1) )
-
- def testARpos(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].pos, 33-1, "mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].pos, 33-1) )
- self.assertEqual( self.reads[1].pos, 88-1, "mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].pos, 88-1) )
-
- def testARmapq(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].mapq, 20, "mapping quality mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].mapq, 20) )
- self.assertEqual( self.reads[1].mapq, 30, "mapping quality mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].mapq, 30) )
-
- def testARcigar(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].cigar, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)], "read name length mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].cigar, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)]) )
- self.assertEqual( self.reads[1].cigar, [(0, 35)], "read name length mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].cigar, [(0, 35)]) )
-
- def testARmrnm(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].mrnm, 0, "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].mrnm, 0) )
- self.assertEqual( self.reads[1].mrnm, 1, "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].mrnm, 1) )
- self.assertEqual( self.reads[0].rnext, 0, "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].rnext, 0) )
- self.assertEqual( self.reads[1].rnext, 1, "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].rnext, 1) )
-
- def testARmpos(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].mpos, 200-1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].mpos, 200-1) )
- self.assertEqual( self.reads[1].mpos, 500-1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].mpos, 500-1) )
- self.assertEqual( self.reads[0].pnext, 200-1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].pnext, 200-1) )
- self.assertEqual( self.reads[1].pnext, 500-1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].pnext, 500-1) )
-
- def testARisize(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].isize, 167, "insert size mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].isize, 167) )
- self.assertEqual( self.reads[1].isize, 412, "insert size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].isize, 412) )
- self.assertEqual( self.reads[0].tlen, 167, "insert size mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].tlen, 167) )
- self.assertEqual( self.reads[1].tlen, 412, "insert size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].tlen, 412) )
-
- def testARseq(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG") )
- self.assertEqual( self.reads[1].seq, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "sequence size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].seq, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA") )
- self.assertEqual( self.reads[3].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 4: %s != %s" % (self.reads[3].seq, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG") )
-
- def testARqual(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<", "quality string mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<") )
- self.assertEqual( self.reads[1].qual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<", "quality string mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].qual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<") )
- self.assertEqual( self.reads[3].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<", "quality string mismatch in read 3: %s != %s" % (self.reads[3].qual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<") )
-
- def testARquery(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].query, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "query mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].query, b"AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG") )
- self.assertEqual( self.reads[1].query, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "query size mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].query, b"ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA") )
- self.assertEqual( self.reads[3].query, b"TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT", "query mismatch in read 4: %s != %s" % (self.reads[3].query, b"TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT") )
-
- def testARqqual(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<", "qquality string mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<") )
- self.assertEqual( self.reads[1].qqual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<", "qquality string mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].qqual, b"<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<") )
- self.assertEqual( self.reads[3].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22", "qquality string mismatch in read 3: %s != %s" % (self.reads[3].qqual, b"<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22") )
-
- def testPresentOptionalFields(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].opt('NM'), 1, "optional field mismatch in read 1, NM: %s != %s" % (self.reads[0].opt('NM'), 1) )
- self.assertEqual( self.reads[0].opt('RG'), 'L1', "optional field mismatch in read 1, RG: %s != %s" % (self.reads[0].opt('RG'), 'L1') )
- self.assertEqual( self.reads[1].opt('RG'), 'L2', "optional field mismatch in read 2, RG: %s != %s" % (self.reads[1].opt('RG'), 'L2') )
- self.assertEqual( self.reads[1].opt('MF'), 18, "optional field mismatch in read 2, MF: %s != %s" % (self.reads[1].opt('MF'), 18) )
-
- def testPairedBools(self):
- self.assertEqual( self.reads[0].is_paired, True, "is paired mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].is_paired, True) )
- self.assertEqual( self.reads[1].is_paired, True, "is paired mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].is_paired, True) )
- self.assertEqual( self.reads[0].is_proper_pair, True, "is proper pair mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].is_proper_pair, True) )
- self.assertEqual( self.reads[1].is_proper_pair, True, "is proper pair mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].is_proper_pair, True) )
-
- def testTags( self ):
- self.assertEqual( self.reads[0].tags,
- [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')] )
- self.assertEqual( self.reads[1].tags,
- [('MF', 18), ('RG', 'L2'),
- ('PG', 'P2'),('XT', 'R') ] )
-
- def testOpt( self ):
- self.assertEqual( self.reads[0].opt("XT"), "U" )
- self.assertEqual( self.reads[1].opt("XT"), "R" )
-
- def testMissingOpt( self ):
- self.assertRaises( KeyError, self.reads[0].opt, "XP" )
-
- def testEmptyOpt( self ):
- self.assertRaises( KeyError, self.reads[2].opt, "XT" )
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-class TestAlignedReadFromSam(TestAlignedReadFromBam):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.sam","r" )
- self.reads=list(self.samfile.fetch())
-
-# needs to be implemented
-# class TestAlignedReadFromSamWithoutHeader(TestAlignedReadFromBam):
-#
-# def setUp(self):
-# self.samfile=pysam.Samfile( "ex7.sam","r" )
-# self.reads=list(self.samfile.fetch())
-
-class TestHeaderSam(unittest.TestCase):
-
- header = {'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
- 'RG': [{'LB': 'SC_1', 'ID': 'L1', 'SM': 'NA12891', 'PU': 'SC_1_10', "CN":"name:with:colon"},
- {'LB': 'SC_2', 'ID': 'L2', 'SM': 'NA12891', 'PU': 'SC_2_12', "CN":"name:with:colon"}],
- 'PG': [{'ID': 'P1', 'VN': '1.0'}, {'ID': 'P2', 'VN': '1.1'}],
- 'HD': {'VN': '1.0'},
- 'CO' : [ 'this is a comment', 'this is another comment'],
- }
-
- def compareHeaders( self, a, b ):
- '''compare two headers a and b.'''
- for ak,av in a.iteritems():
- self.assertTrue( ak in b, "key '%s' not in '%s' " % (ak,b) )
- self.assertEqual( av, b[ak] )
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.sam","r" )
-
- def testHeaders(self):
- self.compareHeaders( self.header, self.samfile.header )
- self.compareHeaders( self.samfile.header, self.header )
-
- def testNameMapping( self ):
- for x, y in enumerate( ("chr1", "chr2")):
- tid = self.samfile.gettid( y )
- ref = self.samfile.getrname( x )
- self.assertEqual( tid, x )
- self.assertEqual( ref, y )
-
- self.assertEqual( self.samfile.gettid("chr?"), -1 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.getrname, 2 )
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-class TestHeaderBam(TestHeaderSam):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex3.bam","rb" )
-
-class TestUnmappedReads(unittest.TestCase):
-
- def testSAM(self):
- samfile=pysam.Samfile( "ex5.sam","r" )
- self.assertEqual( len(list(samfile.fetch( until_eof = True))), 2 )
- samfile.close()
-
- def testBAM(self):
- samfile=pysam.Samfile( "ex5.bam","rb" )
- self.assertEqual( len(list(samfile.fetch( until_eof = True))), 2 )
- samfile.close()
-
-class TestPileupObjects(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-
- def testPileupColumn(self):
- for pcolumn1 in self.samfile.pileup( region="chr1:105" ):
- if pcolumn1.pos == 104:
- self.assertEqual( pcolumn1.tid, 0, "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.tid, 0) )
- self.assertEqual( pcolumn1.pos, 105-1, "position mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.pos, 105-1) )
- self.assertEqual( pcolumn1.n, 2, "# reads mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.n, 2) )
- for pcolumn2 in self.samfile.pileup( region="chr2:1480" ):
- if pcolumn2.pos == 1479:
- self.assertEqual( pcolumn2.tid, 1, "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.tid, 1) )
- self.assertEqual( pcolumn2.pos, 1480-1, "position mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.pos, 1480-1) )
- self.assertEqual( pcolumn2.n, 12, "# reads mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.n, 12) )
-
- def testPileupRead(self):
- for pcolumn1 in self.samfile.pileup( region="chr1:105" ):
- if pcolumn1.pos == 104:
- self.assertEqual( len(pcolumn1.pileups), 2, "# reads aligned to column mismatch in position 1: %s != %s" % (len(pcolumn1.pileups), 2) )
-# self.assertEqual( pcolumn1.pileups[0] # need to test additional properties here
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-class TestContextManager(unittest.TestCase):
-
- def testManager( self ):
- with pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb') as samfile:
- samfile.fetch()
- self.assertEqual( samfile._isOpen(), False )
-
-class TestExceptions(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-
- def testMissingFile(self):
-
- self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.bam", "rb" )
- self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.sam", "r" )
- self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.bam", "r" )
- self.assertRaises( IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.sam", "rb" )
-
- def testBadContig(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr88" )
-
- def testMeaninglessCrap(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "skljf" )
-
- def testBackwardsOrderNewFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, 'chr1', 100, 10 )
-
- def testBackwardsOrderOldFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:100-10")
-
- def testOutOfRangeNegativeNewFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, -10 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, 0 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", -5, -10 )
-
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, -10 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, 0 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", -5, -10 )
-
- def testOutOfRangeNegativeOldFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-10" )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-0" )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5--10" )
-
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-10" )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-0" )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5--10" )
-
- def testOutOfRangNewFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 9999999999, 99999999999 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 9999999999, 99999999999 )
-
- def testOutOfRangeLargeNewFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1", 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999 )
-
- def testOutOfRangeLargeOldFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:99999999999999999-999999999999999999" )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.count, "chr1:99999999999999999-999999999999999999" )
-
- def testZeroToZero(self):
- '''see issue 44'''
- self.assertEqual( len(list(self.samfile.fetch('chr1', 0, 0))), 0)
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-class TestWrongFormat(unittest.TestCase):
- '''test cases for opening files not in bam/sam format.'''
-
- def testOpenSamAsBam( self ):
- self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.sam', 'rb' )
-
- def testOpenBamAsSam( self ):
- # test fails, needs to be implemented.
- # sam.fetch() fails on reading, not on opening
- # self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.bam', 'r' )
- pass
-
- def testOpenFastaAsSam( self ):
- # test fails, needs to be implemented.
- # sam.fetch() fails on reading, not on opening
- # self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.fa', 'r' )
- pass
-
- def testOpenFastaAsBam( self ):
- self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.fa', 'rb' )
-
-class TestFastaFile(unittest.TestCase):
-
- mSequences = { 'chr1' :
- b"CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAGTCCCATTTGGAGCCCCTCTAAGCCGTTCTATTTGTAATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAACAACCTTGAGAACCCCAGGGAATTTGTCAATGTCAGGGAAGGAGCATTTTGTCAGTTACCAAATGTGTTTATTACCAGAGGGATGGAGGGAAGAGGGACGCTGAAGAACTTTGATGCCCTCTTCTTCCAAAGATGAAACGCGTAACTGCGCTCTCATTCACTCCAGC [...]
- 'chr2' :
- b"TTCAAATGAACTTCTGTAATTGAAAAATTCATTTAAGAAATTACAAAATATAGTTGAAAGCTCTAACAATAGACTAAACCAAGCAGAAGAAAGAGGTTCAGAACTTGAAGACAAGTCTCTTATGAATTAACCCAGTCAGACAAAAATAAAGAAAAAAATTTTAAAAATGAACAGAGCTTTCAAGAAGTATGAGATTATGTAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTTTGGAAAAACTATTTGAGGAAGTAATTGGGGAAAACCTCTTTAGTCTTGCTAGAGATTTAGACATCTAAATGAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGAAAAAAATTCTAAAATCAGCAAGAGAAAAGCATACAGTCATCTATA [...]
- }
-
- def setUp(self):
- self.file=pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-
- def testFetch(self):
- for id, seq in self.mSequences.items():
- self.assertEqual( seq, self.file.fetch( id ) )
- for x in range( 0, len(seq), 10):
- self.assertEqual( seq[x:x+10], self.file.fetch( id, x, x+10) )
- # test x:end
- self.assertEqual( seq[x:], self.file.fetch( id, x) )
- # test 0:x
- self.assertEqual( seq[:x], self.file.fetch( id, None, x) )
-
-
- # unknown sequence returns ""
- self.assertEqual( b"", self.file.fetch("chr12") )
-
- def testOutOfRangeAccess( self ):
- '''test out of range access.'''
- # out of range access returns an empty string
- for contig, s in self.mSequences.iteritems():
- self.assertEqual( self.file.fetch( contig, len(s), len(s)+1), b"" )
-
- self.assertEqual( self.file.fetch( "chr3", 0 , 100), b"" )
-
- def testFetchErrors( self ):
- self.assertRaises( ValueError, self.file.fetch )
- self.assertRaises( ValueError, self.file.fetch, "chr1", -1, 10 )
- self.assertRaises( ValueError, self.file.fetch, "chr1", 20, 10 )
-
- def testLength( self ):
- self.assertEqual( len(self.file), 2 )
-
- def tearDown(self):
- self.file.close()
-
-class TestAlignedRead(unittest.TestCase):
- '''tests to check if aligned read can be constructed
- and manipulated.
- '''
-
- def checkFieldEqual( self, read1, read2, exclude = []):
- '''check if two reads are equal by comparing each field.'''
-
- for x in ("qname", "seq", "flag",
- "rname", "pos", "mapq", "cigar",
- "mrnm", "mpos", "isize", "qual",
- "is_paired", "is_proper_pair",
- "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
- "is_reverse", "mate_is_reverse",
- "is_read1", "is_read2",
- "is_secondary", "is_qcfail",
- "is_duplicate", "bin"):
- if x in exclude: continue
- self.assertEqual( getattr(read1, x), getattr(read2,x), "attribute mismatch for %s: %s != %s" %
- (x, getattr(read1, x), getattr(read2,x)))
-
- def testEmpty( self ):
- a = pysam.AlignedRead()
- self.assertEqual( a.qname, None )
- self.assertEqual( a.seq, None )
- self.assertEqual( a.qual, None )
- self.assertEqual( a.flag, 0 )
- self.assertEqual( a.rname, 0 )
- self.assertEqual( a.mapq, 0 )
- self.assertEqual( a.cigar, None )
- self.assertEqual( a.tags, [] )
- self.assertEqual( a.mrnm, 0 )
- self.assertEqual( a.mpos, 0 )
- self.assertEqual( a.isize, 0 )
-
- def buildRead( self ):
- '''build an example read.'''
-
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_12345"
- a.seq="ACGT" * 10
- a.flag = 0
- a.rname = 0
- a.pos = 20
- a.mapq = 20
- a.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,9), (1,1), (0,20) )
- a.mrnm = 0
- a.mpos=200
- a.isize=167
- a.qual="1234" * 10
- # todo: create tags
- return a
-
- def testUpdate( self ):
- '''check if updating fields affects other variable length data
- '''
- a = self.buildRead()
- b = self.buildRead()
-
- # check qname
- b.qname = "read_123"
- self.checkFieldEqual( a, b, "qname" )
- b.qname = "read_12345678"
- self.checkFieldEqual( a, b, "qname" )
- b.qname = "read_12345"
- self.checkFieldEqual( a, b)
-
- # check cigar
- b.cigar = ( (0,10), )
- self.checkFieldEqual( a, b, "cigar" )
- b.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,10) )
- self.checkFieldEqual( a, b, "cigar" )
- b.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,9), (1,1), (0,20) )
- self.checkFieldEqual( a, b)
-
- # check seq
- b.seq = "ACGT"
- self.checkFieldEqual( a, b, ("seq", "qual") )
- b.seq = "ACGT" * 3
- self.checkFieldEqual( a, b, ("seq", "qual") )
- b.seq = "ACGT" * 10
- self.checkFieldEqual( a, b, ("qual",))
-
- # reset qual
- b = self.buildRead()
-
- # check flags:
- for x in (
- "is_paired", "is_proper_pair",
- "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
- "is_reverse", "mate_is_reverse",
- "is_read1", "is_read2",
- "is_secondary", "is_qcfail",
- "is_duplicate"):
- setattr( b, x, True )
- self.assertEqual( getattr(b, x), True )
- self.checkFieldEqual( a, b, ("flag", x,) )
- setattr( b, x, False )
- self.assertEqual( getattr(b, x), False )
- self.checkFieldEqual( a, b )
-
- def testLargeRead( self ):
- '''build an example read.'''
-
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_12345"
- a.seq="ACGT" * 200
- a.flag = 0
- a.rname = 0
- a.pos = 20
- a.mapq = 20
- a.cigar = ( (0, 4 * 200), )
- a.mrnm = 0
- a.mpos=200
- a.isize=167
- a.qual="1234" * 200
-
- return a
-
- def testTagParsing( self ):
- '''test for tag parsing
-
- see http://groups.google.com/group/pysam-user-group/browse_thread/thread/67ca204059ea465a
- '''
- samfile=pysam.Samfile( "ex8.bam","rb" )
-
- for entry in samfile:
- before = entry.tags
- entry.tags = entry.tags
- after = entry.tags
- self.assertEqual( after, before )
-
- def testUpdateTlen( self ):
- '''check if updating tlen works'''
- a = self.buildRead()
- oldlen = a.tlen
- oldlen *= 2
- a.tlen = oldlen
- self.assertEqual( a.tlen, oldlen )
-
- def testPositions( self ):
- a = self.buildRead()
- self.assertEqual( a.positions,
- [20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
- 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39,
- 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49,
- 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59] )
-
- self.assertEqual( a.aligned_pairs,
- [(0, 20), (1, 21), (2, 22), (3, 23), (4, 24),
- (5, 25), (6, 26), (7, 27), (8, 28), (9, 29),
- (None, 30),
- (10, 31), (11, 32), (12, 33), (13, 34), (14, 35),
- (15, 36), (16, 37), (17, 38), (18, 39), (19, None),
- (20, 40), (21, 41), (22, 42), (23, 43), (24, 44),
- (25, 45), (26, 46), (27, 47), (28, 48), (29, 49),
- (30, 50), (31, 51), (32, 52), (33, 53), (34, 54),
- (35, 55), (36, 56), (37, 57), (38, 58), (39, 59)] )
-
- self.assertEqual( a.positions, [x[1] for x in a.aligned_pairs if x[0] != None and x[1] != None] )
- # alen is the length of the aligned read in genome
- self.assertEqual( a.alen, a.aligned_pairs[-1][0] + 1 )
- # aend points to one beyond last aligned base in ref
- self.assertEqual( a.positions[-1], a.aend - 1 )
-
-class TestDeNovoConstruction(unittest.TestCase):
- '''check BAM/SAM file construction using ex3.sam
-
- (note these are +1 coordinates):
-
- read_28833_29006_6945 99 chr1 33 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1 RG:Z:L1
- read_28701_28881_323b 147 chr2 88 30 35M = 500 412 ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA <<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<< MF:i:18 RG:Z:L2
- '''
-
- header = { 'HD': {'VN': '1.0'},
- 'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}], }
-
- bamfile = "ex6.bam"
- samfile = "ex6.sam"
-
- def checkFieldEqual( self, read1, read2, exclude = []):
- '''check if two reads are equal by comparing each field.'''
-
- for x in ("qname", "seq", "flag",
- "rname", "pos", "mapq", "cigar",
- "mrnm", "mpos", "isize", "qual",
- "bin",
- "is_paired", "is_proper_pair",
- "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
- "is_reverse", "mate_is_reverse",
- "is_read1", "is_read2",
- "is_secondary", "is_qcfail",
- "is_duplicate"):
- if x in exclude: continue
- self.assertEqual( getattr(read1, x), getattr(read2,x), "attribute mismatch for %s: %s != %s" %
- (x, getattr(read1, x), getattr(read2,x)))
-
- def setUp( self ):
-
-
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_28833_29006_6945"
- a.seq="AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"
- a.flag = 99
- a.rname = 0
- a.pos = 32
- a.mapq = 20
- a.cigar = ( (0,10), (2,1), (0,25) )
- a.mrnm = 0
- a.mpos=199
- a.isize=167
- a.qual="<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"
- a.tags = ( ("NM", 1),
- ("RG", "L1") )
-
- b = pysam.AlignedRead()
- b.qname = "read_28701_28881_323b"
- b.seq="ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"
- b.flag = 147
- b.rname = 1
- b.pos = 87
- b.mapq = 30
- b.cigar = ( (0,35), )
- b.mrnm = 1
- b.mpos=499
- b.isize=412
- b.qual="<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<"
- b.tags = ( ("MF", 18),
- ("RG", "L2") )
-
- self.reads = (a,b)
-
- def testSAMWholeFile( self ):
-
- tmpfilename = "tmp_%i.sam" % id(self)
-
- outfile = pysam.Samfile( tmpfilename, "wh", header = self.header )
-
- for x in self.reads: outfile.write( x )
- outfile.close()
-
- self.assertTrue( checkBinaryEqual( tmpfilename, self.samfile ),
- "mismatch when construction SAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.samfile))
-
- os.unlink( tmpfilename )
-
- def testBAMPerRead( self ):
- '''check if individual reads are binary equal.'''
- infile = pysam.Samfile( self.bamfile, "rb")
-
- others = list(infile)
- for denovo, other in zip( others, self.reads):
- self.checkFieldEqual( other, denovo )
- self.assertEqual( other.compare( denovo ), 0 )
-
- def testSAMPerRead( self ):
- '''check if individual reads are binary equal.'''
- infile = pysam.Samfile( self.samfile, "r")
-
- others = list(infile)
- for denovo, other in zip( others, self.reads):
- self.checkFieldEqual( other, denovo )
- self.assertEqual( other.compare( denovo), 0 )
-
- def testBAMWholeFile( self ):
-
- tmpfilename = "tmp_%i.bam" % id(self)
-
- outfile = pysam.Samfile( tmpfilename, "wb", header = self.header )
-
- for x in self.reads: outfile.write( x )
- outfile.close()
-
- self.assertTrue( checkBinaryEqual( tmpfilename, self.bamfile ),
- "mismatch when construction BAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.bamfile))
-
- os.unlink( tmpfilename )
-
-
-class TestDoubleFetch(unittest.TestCase):
- '''check if two iterators on the same bamfile are independent.'''
-
- def testDoubleFetch( self ):
-
- samfile1 = pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb')
-
- for a,b in zip(samfile1.fetch(), samfile1.fetch()):
- self.assertEqual( a.compare( b ), 0 )
-
- def testDoubleFetchWithRegion( self ):
-
- samfile1 = pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb')
- chr, start, stop = 'chr1', 200, 3000000
- self.assertTrue(len(list(samfile1.fetch ( chr, start, stop))) > 0) #just making sure the test has something to catch
-
- for a,b in zip(samfile1.fetch( chr, start, stop), samfile1.fetch( chr, start, stop)):
- self.assertEqual( a.compare( b ), 0 )
-
- def testDoubleFetchUntilEOF( self ):
-
- samfile1 = pysam.Samfile('ex1.bam', 'rb')
-
- for a,b in zip(samfile1.fetch( until_eof = True),
- samfile1.fetch( until_eof = True )):
- self.assertEqual( a.compare( b), 0 )
-
-class TestRemoteFileFTP(unittest.TestCase):
- '''test remote access.
-
- '''
-
- # Need to find an ftp server without password on standard
- # port.
-
- url = "ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/rd/humanSequences/CV.bam"
- region = "1:1-1000"
-
- def testFTPView( self ):
- return
- result = pysam.view( self.url, self.region )
- self.assertEqual( len(result), 36 )
-
- def testFTPFetch( self ):
- return
- samfile = pysam.Samfile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch( region = self.region ))
- self.assertEqual( len(result), 36 )
-
-class TestRemoteFileHTTP( unittest.TestCase):
-
- url = "http://genserv.anat.ox.ac.uk/downloads/pysam/test/ex1.bam"
- region = "chr1:1-1000"
- local = "ex1.bam"
-
- def testView( self ):
- samfile_local = pysam.Samfile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch( region = self.region ))
-
- result = pysam.view( self.url, self.region )
- self.assertEqual( len(result), len(ref) )
-
- def testFetch( self ):
- samfile = pysam.Samfile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch( region = self.region ))
- samfile_local = pysam.Samfile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch( region = self.region ))
-
- self.assertEqual( len(ref), len(result) )
- for x, y in zip(result, ref):
- self.assertEqual( x.compare( y ), 0 )
-
- def testFetchAll( self ):
- samfile = pysam.Samfile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch())
- samfile_local = pysam.Samfile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch() )
-
- self.assertEqual( len(ref), len(result) )
- for x, y in zip(result, ref):
- self.assertEqual( x.compare( y ), 0 )
-
-class TestLargeOptValues( unittest.TestCase ):
-
- ints = ( 65536, 214748, 2147484, 2147483647 )
- floats = ( 65536.0, 214748.0, 2147484.0 )
-
- def check( self, samfile ):
-
- i = samfile.fetch()
- for exp in self.ints:
- rr = i.next()
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in [ -x for x in self.ints ]:
- rr = i.next()
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in self.floats:
- rr = i.next()
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in [ -x for x in self.floats ]:
- rr = i.next()
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual( exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" % (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- def testSAM( self ):
- samfile = pysam.Samfile("ex10.sam", "r")
- self.check( samfile )
-
- def testBAM( self ):
- samfile = pysam.Samfile("ex10.bam", "rb")
- self.check( samfile )
-
-# class TestSNPCalls( unittest.TestCase ):
-# '''test pysam SNP calling ability.'''
-
-# def checkEqual( self, a, b ):
-# for x in ("reference_base",
-# "pos",
-# "genotype",
-# "consensus_quality",
-# "snp_quality",
-# "mapping_quality",
-# "coverage" ):
-# self.assertEqual( getattr(a, x), getattr(b,x), "%s mismatch: %s != %s\n%s\n%s" %
-# (x, getattr(a, x), getattr(b,x), str(a), str(b)))
-
-# def testAllPositionsViaIterator( self ):
-# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-# try:
-# refs = [ x for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ) if x.reference_base != "*"]
-# except pysam.SamtoolsError:
-# pass
-
-# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-# calls = list(pysam.IteratorSNPCalls(i))
-# for x,y in zip( refs, calls ):
-# self.checkEqual( x, y )
-
-# def testPerPositionViaIterator( self ):
-# # test pileup for each position. This is a slow operation
-# # so this test is disabled
-# return
-# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-# for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ):
-# if x.reference_base == "*": continue
-# i = samfile.pileup( x.chromosome, x.pos, x.pos+1,
-# fastafile = fastafile,
-# stepper = "samtools" )
-# z = [ zz for zz in pysam.IteratorSamtools(i) if zz.pos == x.pos ]
-# self.assertEqual( len(z), 1 )
-# self.checkEqual( x, z[0] )
-
-# def testPerPositionViaCaller( self ):
-# # test pileup for each position. This is a fast operation
-# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-# caller = pysam.SNPCaller( i )
-
-# for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ):
-# if x.reference_base == "*": continue
-# call = caller.call( x.chromosome, x.pos )
-# self.checkEqual( x, call )
-
-# class TestIndelCalls( unittest.TestCase ):
-# '''test pysam indel calling.'''
-
-# def checkEqual( self, a, b ):
-
-# for x in ("pos",
-# "genotype",
-# "consensus_quality",
-# "snp_quality",
-# "mapping_quality",
-# "coverage",
-# "first_allele",
-# "second_allele",
-# "reads_first",
-# "reads_second",
-# "reads_diff"):
-# if b.genotype == "*/*" and x == "second_allele":
-# # ignore test for second allele (positions chr2:439 and chr2:1512)
-# continue
-# self.assertEqual( getattr(a, x), getattr(b,x), "%s mismatch: %s != %s\n%s\n%s" %
-# (x, getattr(a, x), getattr(b,x), str(a), str(b)))
-
-# def testAllPositionsViaIterator( self ):
-
-# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-# try:
-# refs = [ x for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ) if x.reference_base == "*"]
-# except pysam.SamtoolsError:
-# pass
-
-# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-# calls = [ x for x in list(pysam.IteratorIndelCalls(i)) if x != None ]
-# for x,y in zip( refs, calls ):
-# self.checkEqual( x, y )
-
-# def testPerPositionViaCaller( self ):
-# # test pileup for each position. This is a fast operation
-# samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb")
-# fastafile = pysam.Fastafile( "ex1.fa" )
-# i = samfile.pileup( stepper = "samtools", fastafile = fastafile )
-# caller = pysam.IndelCaller( i )
-
-# for x in pysam.pileup( "-c", "-f", "ex1.fa", "ex1.bam" ):
-# if x.reference_base != "*": continue
-# call = caller.call( x.chromosome, x.pos )
-# self.checkEqual( x, call )
-
-class TestLogging( unittest.TestCase ):
- '''test around bug issue 42,
-
- failed in versions < 0.4
- '''
-
- def check( self, bamfile, log ):
-
- if log:
- logger = logging.getLogger('franklin')
- logger.setLevel(logging.INFO)
- formatter = logging.Formatter('%(asctime)s %(levelname)s %(message)s')
- log_hand = logging.FileHandler('log.txt')
- log_hand.setFormatter(formatter)
- logger.addHandler(log_hand)
-
- bam = pysam.Samfile(bamfile, 'rb')
- cols = bam.pileup()
- self.assert_( True )
-
- def testFail1( self ):
- self.check( "ex9_fail.bam", False )
- self.check( "ex9_fail.bam", True )
-
- def testNoFail1( self ):
- self.check( "ex9_nofail.bam", False )
- self.check( "ex9_nofail.bam", True )
-
- def testNoFail2( self ):
- self.check( "ex9_nofail.bam", True )
- self.check( "ex9_nofail.bam", True )
-
-# TODOS
-# 1. finish testing all properties within pileup objects
-# 2. check exceptions and bad input problems (missing files, optional fields that aren't present, etc...)
-# 3. check: presence of sequence
-
-class TestSamfileUtilityFunctions( unittest.TestCase ):
-
- def testCount( self ):
-
- samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
-
- for contig in ("chr1", "chr2" ):
- for start in xrange( 0, 2000, 100 ):
- end = start + 1
- self.assertEqual( len( list( samfile.fetch( contig, start, end ) ) ),
- samfile.count( contig, start, end ) )
-
- # test empty intervals
- self.assertEqual( len( list( samfile.fetch( contig, start, start ) ) ),
- samfile.count( contig, start, start ) )
-
- # test half empty intervals
- self.assertEqual( len( list( samfile.fetch( contig, start ) ) ),
- samfile.count( contig, start ) )
-
- def testMate( self ):
- '''test mate access.'''
-
- readnames = [ x.split(b"\t")[0] for x in open( "ex1.sam", "rb" ).readlines() ]
- if sys.version_info[0] >= 3:
- readnames = [ name.decode('ascii') for name in readnames ]
-
- counts = collections.defaultdict( int )
- for x in readnames: counts[x] += 1
-
- samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
- for read in samfile.fetch():
- if not read.is_paired:
- self.assertRaises( ValueError, samfile.mate, read )
- elif read.mate_is_unmapped:
- self.assertRaises( ValueError, samfile.mate, read )
- else:
- if counts[read.qname] == 1:
- self.assertRaises( ValueError, samfile.mate, read )
- else:
- mate = samfile.mate( read )
- self.assertEqual( read.qname, mate.qname )
- self.assertEqual( read.is_read1, mate.is_read2 )
- self.assertEqual( read.is_read2, mate.is_read1 )
- self.assertEqual( read.pos, mate.mpos )
- self.assertEqual( read.mpos, mate.pos )
-
- def testIndexStats( self ):
- '''test if total number of mapped/unmapped reads is correct.'''
-
- samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
- self.assertEqual( samfile.mapped, 3235 )
- self.assertEqual( samfile.unmapped, 35 )
-
-class TestSamtoolsProxy( unittest.TestCase ):
- '''tests for sanity checking access to samtools functions.'''
-
- def testIndex( self ):
- self.assertRaises( IOError, pysam.index, "missing_file" )
-
- def testView( self ):
- # note that view still echos "open: No such file or directory"
- self.assertRaises( pysam.SamtoolsError, pysam.view, "missing_file" )
-
- def testSort( self ):
- self.assertRaises( pysam.SamtoolsError, pysam.sort, "missing_file" )
-
-class TestSamfileIndex( unittest.TestCase):
-
- def testIndex( self ):
- samfile = pysam.Samfile( "ex1.bam", "rb" )
- index = pysam.IndexedReads( samfile )
- index.build()
-
- reads = collections.defaultdict( int )
-
- for read in samfile: reads[read.qname] += 1
-
- for qname, counts in reads.iteritems():
- found = list(index.find( qname ))
- self.assertEqual( len(found), counts )
- for x in found: self.assertEqual( x.qname, qname )
-
-
-if __name__ == "__main__":
- # build data files
- print ("building data files")
- subprocess.call( "make", shell=True)
- print ("starting tests")
- unittest.main()
- print ("completed tests")
diff --git a/save/pysam_test_stdin.py b/save/pysam_test_stdin.py
deleted file mode 100644
index 84e7366..0000000
--- a/save/pysam_test_stdin.py
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-# usage: cat pysam_ex1.bam | python pysam_test_stdin.pyx
-
-import pysam
-
-samfile = pysam.Samfile( "-", "rb" )
-
-# set up the modifying iterators
-l = list(samfile.fetch( until_eof = True ))
-assert len(l) == 3270
-
diff --git a/save/pysam_testpp.py b/save/pysam_testpp.py
deleted file mode 100644
index 4e4da2e..0000000
--- a/save/pysam_testpp.py
+++ /dev/null
@@ -1,13 +0,0 @@
-import pp
-import pysam
-
-def sortBam(bam_filepath, out_prefix):
- pysam.sort(bam_filepath, out_prefix)
-
-job_server = pp.Server(ncpus=2, ppservers = (), secret='secret')
-
-job1 = job_server.submit(sortBam, ('ex1.bam', 'tmp1_'), modules=('pysam',))
-job2 = job_server.submit(sortBam, ('ex2.bam', 'tmp2_'), modules=('pysam',))
-
-result1 = job1()
-result2 = job2()
diff --git a/save/segfault_tests.py b/save/segfault_tests.py
deleted file mode 100755
index ff32fec..0000000
--- a/save/segfault_tests.py
+++ /dev/null
@@ -1,37 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''unit testing code for pysam.'''
-
-import pysam
-import unittest
-import os
-import itertools
-import subprocess
-import shutil
-
-class TestExceptions(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile=pysam.Samfile( "ex1.bam","rb" )
-
- def testOutOfRangeNegativeNewFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, -10 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, 0 )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", -5, -10 )
-
- def testOutOfRangeNegativeOldFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:-5-10" )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:-5-0" )
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:-5--10" )
-
- def testOutOfRangeLargeNewFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 99999999999999999, 999999999999999999 )
-
- def testOutOfRangeLargeOldFormat(self):
- self.assertRaises( ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:99999999999999999-999999999999999999" )
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-if __name__ == "__main__":
- unittest.main()
-
diff --git a/save/vcf_test.py b/save/vcf_test.py
deleted file mode 100644
index 396edc1..0000000
--- a/save/vcf_test.py
+++ /dev/null
@@ -1,123 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''unit testing code for pysam.
-
-Execute in the :file:`tests` directory as it requires the Makefile
-and data files located there.
-'''
-
-import sys, os, shutil, gzip
-import pysam
-import unittest
-import itertools
-import subprocess
-
-class TestVCFIterator( unittest.TestCase ):
-
- filename = "example.vcf40.gz"
- columns = ("contig", "pos", "id",
- "ref", "alt", "qual",
- "filter", "info", "format" )
-
- def testRead( self ):
- self.vcf = pysam.VCF()
- self.vcf.connect( self.filename )
-
- for x in self.vcf.fetch():
- print str(x)
- print x.pos
- print x.alt
- print x.id
- print x.qual
- print x.filter
- print x.info
- print x.format
-
- for s in x.samples:
- print s, x[s]
-
-if __name__ == "__main__":
-
- unittest.main()
-
-
-def Test():
-
- vcf33 = """##fileformat=VCFv3.3
-##fileDate=20090805
-##source=myImputationProgramV3.1
-##reference=1000GenomesPilot-NCBI36
-##phasing=partial
-##INFO=NS,1,Integer,"Number of Samples With Data"
-##INFO=DP,1,Integer,"Total Depth"
-##INFO=AF,-1,Float,"Allele Frequency"
-##INFO=AA,1,String,"Ancestral Allele"
-##INFO=DB,0,Flag,"dbSNP membership, build 129"
-##INFO=H2,0,Flag,"HapMap2 membership"
-##FILTER=q10,"Quality below 10"
-##FILTER=s50,"Less than 50% of samples have data"
-##FORMAT=GT,1,String,"Genotype"
-##FORMAT=GQ,1,Integer,"Genotype Quality"
-##FORMAT=DP,1,Integer,"Read Depth"
-##FORMAT=HQ,2,Integer,"Haplotype Quality"
-#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\tFORMAT\tNA00001\tNA00002\tNA00003
-20\t14370\trs6054257\tG\tA\t29\t0\tNS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2\tGT:GQ:DP:HQ\t0|0:48:1:51,51\t1|0:48:8:51,51\t1/1:43:5:-1,-1
-17\t17330\t.\tT\tA\t3\tq10\tNS=3;DP=11;AF=0.017\tGT:GQ:DP:HQ\t0|0:49:3:58,50\t0|1:3:5:65,3\t0/0:41:3:-1,-1
-20\t1110696\trs6040355\tA\tG,T\t67\t0\tNS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB\tGT:GQ:DP:HQ\t1|2:21:6:23,27\t2|1:2:0:18,2\t2/2:35:4:-1,-1
-17\t1230237\t.\tT\t.\t47\t0\tNS=3;DP=13;AA=T\tGT:GQ:DP:HQ\t0|0:54:7:56,60\t0|0:48:4:51,51\t0/0:61:2:-1,-1
-20\t1234567\tmicrosat1\tG\tD4,IGA\t50\t0\tNS=3;DP=9;AA=G\tGT:GQ:DP\t0/1:35:4\t0/2:17:2\t1/1:40:3"""
-
- vcf40 = """##fileformat=VCFv4.0
-##fileDate=20090805
-##source=myImputationProgramV3.1
-##reference=1000GenomesPilot-NCBI36
-##phasing=partial
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
-##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency">
-##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership, build 129">
-##INFO=<ID=H2,Number=0,Type=Flag,Description="HapMap2 membership">
-##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10">
-##FILTER=<ID=s50,Description="Less than 50% of samples have data">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\tFORMAT\tNA00001\tNA00002\tNA00003
-M\t1230237\t.\tT\t.\t47\tPASS\tNS=3;DP=13;AA=T\tGT:GQ:DP:HQ\t0|0:54:7:56,60\t0|0:48:4:51,51\t0/0:61:2
-20\t1234567\tmicrosat1\tGTCT\tG,GTACT\t50\tPASS\tNS=3;DP=9;AA=G\tGT:GQ:DP\t0/1:35:4\t0/2:17:2\t1/1:40:3
-17\t14370\trs6054257\tG\tA\t29\tPASS\tNS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2\tGT:GQ:DP:HQ\t0|0:48:1:51,51\t1|0:48:8:51,51\t1/1:43:5:.,.
-20\t17330\t.\tT\tA\t3\tq10\tNS=3;DP=11;AF=0.017\tGT:GQ:DP:HQ\t0|0:49:3:58,50\t0|1:3:5:65,3\t0/0:41:3
-20\t1110696\trs6040355\tA\tG,T\t67\tPASS\tNS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB\tGT:GQ:DP:HQ\t1|2:21:6:23,27\t2|1:2:0:18,2\t2/2:35:4"""
-
- if False:
- print "Parsing v3.3 file:"
- print vcf33
- vcf = VCFFile()
- lines = [data for data in vcf.parse( (line+"\n" for line in vcf33.split('\n') ) )]
- print "Writing v3.3 file:"
- vcf.write( sys.stdout, lines )
-
- if False:
- print "Parsing v4.0 file:"
- print vcf40
- vcf = VCFFile()
- lines = [data for data in vcf.parse( (line+"\n" for line in vcf40.split('\n') ) )]
- print "Writing v4.0 file:"
- vcf.write( sys.stdout, lines )
-
- if True:
- print "Parsing v3.3 file:"
- print vcf33
- vcf = sortedVCFFile()
- lines = [data for data in vcf.parse( (line+"\n" for line in vcf33.split('\n') ) )]
- print "Writing v3.3 file:"
- vcf.write( sys.stdout, lines )
-
- if True:
- print "Parsing v4.0 file:"
- print vcf40
- vcf = sortedVCFFile()
- lines = [data for data in vcf.parse( (line+"\n" for line in vcf40.split('\n') ) )]
- print "Writing v4.0 file:"
- vcf.write( sys.stdout, lines )
diff --git a/setup.cfg b/setup.cfg
index 652736c..b9711b8 100644
--- a/setup.cfg
+++ b/setup.cfg
@@ -4,3 +4,9 @@ vendor = TDB
packager = TDB <email at email.com>
distribution-name = Red Hat Linux
requires = python
+
+[egg_info]
+tag_build =
+tag_date = 0
+tag_svn_revision = 0
+
diff --git a/tests/AlignmentFile_test.py b/tests/AlignmentFile_test.py
deleted file mode 100644
index 785e508..0000000
--- a/tests/AlignmentFile_test.py
+++ /dev/null
@@ -1,2057 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''unit testing code for pysam.
-
-Execute in the :file:`tests` directory as it requires the Makefile
-and data files located there.
-'''
-
-import pysam
-import unittest
-import os
-import shutil
-import sys
-import collections
-import subprocess
-import logging
-from TestUtils import checkBinaryEqual, checkURL
-
-IS_PYTHON3 = sys.version_info[0] >= 3
-
-SAMTOOLS = "samtools"
-WORKDIR = "pysam_test_work"
-DATADIR = "pysam_data"
-
-
-class BasicTestBAMFetch(unittest.TestCase):
-
- '''basic first test - detailed testing
- if information in file is consistent
- with information in AlignedSegment object.'''
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.bam"),
- "rb")
- self.reads = list(self.samfile.fetch())
-
- def testARqname(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].query_name,
- "read_28833_29006_6945",
- "read name mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].query_name, "read_28833_29006_6945"))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].query_name,
- "read_28701_28881_323b",
- "read name mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].query_name, "read_28701_28881_323b"))
-
- def testARflag(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].flag, 99,
- "flag mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].flag, 99))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].flag, 147,
- "flag mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].flag, 147))
-
- def testARrname(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].reference_id, 0,
- "chromosome/target id mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].reference_id, 0))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].reference_id, 1,
- "chromosome/target id mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].reference_id, 1))
-
- def testARpos(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].reference_start, 33 - 1,
- "mapping position mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].reference_start, 33 - 1))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].reference_start, 88 - 1,
- "mapping position mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].reference_start, 88 - 1))
-
- def testARmapq(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].mapping_quality, 20,
- "mapping quality mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].mapping_quality, 20))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].mapping_quality, 30,
- "mapping quality mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].mapping_quality, 30))
-
- def testARcigar(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].cigartuples,
- [(0, 10), (2, 1), (0, 25)],
- "read name length mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].cigartuples, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)]))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].cigartuples, [(0, 35)],
- "read name length mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].cigartuples, [(0, 35)]))
-
- def testARcigarstring(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].cigarstring, '10M1D25M')
- self.assertEqual(self.reads[1].cigarstring, '35M')
-
- def testARmrnm(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].next_reference_id, 0,
- "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].next_reference_id, 0))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].next_reference_id, 1,
- "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].next_reference_id, 1))
- self.assertEqual(
- self.reads[0].next_reference_id, 0,
- "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].next_reference_id, 0))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].next_reference_id, 1,
- "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].next_reference_id, 1))
-
- def testARmpos(self):
- self.assertEqual(self.reads[
- 0].next_reference_start, 200 - 1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].next_reference_start, 200 - 1))
- self.assertEqual(self.reads[
- 1].next_reference_start, 500 - 1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].next_reference_start, 500 - 1))
- self.assertEqual(self.reads[
- 0].next_reference_start, 200 - 1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].next_reference_start, 200 - 1))
- self.assertEqual(self.reads[
- 1].next_reference_start, 500 - 1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].next_reference_start, 500 - 1))
-
- def testARQueryLength(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].query_length, 35,
- "insert size mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].query_length, 35))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].query_length, 35,
- "insert size mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].query_length, 35))
- self.assertEqual(
- self.reads[0].query_length, 35,
- "insert size mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].query_length, 35))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].query_length, 35,
- "insert size mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].query_length, 35))
-
- def testARseq(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].query_sequence, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].query_sequence, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"))
- self.assertEqual(self.reads[1].query_sequence, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "sequence size mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].query_sequence, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"))
- self.assertEqual(self.reads[3].query_sequence, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 4: %s != %s" % (
- self.reads[3].query_sequence, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"))
-
- def testARqual(self):
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(self.reads[0].query_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<",
- "quality string mismatch in read 1: %s != %s" % (pysam.toQualityString(self.reads[0].query_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"))
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(self.reads[1].query_qualities), "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<", "quality string mismatch in read 2: %s != %s" % (
- pysam.toQualityString(self.reads[1].query_qualities), "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<"))
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(self.reads[3].query_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<",
- "quality string mismatch in read 3: %s != %s" % (pysam.toQualityString(self.reads[3].query_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"))
-
- def testARquery(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].query_alignment_sequence, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "query mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].query_alignment_sequence, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"))
- self.assertEqual(self.reads[1].query_alignment_sequence, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "query size mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].query_alignment_sequence, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"))
- self.assertEqual(self.reads[3].query_alignment_sequence, "TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT", "query mismatch in read 4: %s != %s" % (
- self.reads[3].query_alignment_sequence, "TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT"))
-
- def testARqqual(self):
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(self.reads[0].query_alignment_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<",
- "qquality string mismatch in read 1: %s != %s" % (pysam.toQualityString(self.reads[0].query_alignment_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"))
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(self.reads[1].query_alignment_qualities), "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<", "qquality string mismatch in read 2: %s != %s" % (
- pysam.toQualityString(self.reads[1].query_alignment_qualities), "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<"))
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(self.reads[3].query_alignment_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22",
- "qquality string mismatch in read 3: %s != %s" % (pysam.toQualityString(self.reads[3].query_alignment_qualities), "<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22"))
-
- def testPresentOptionalFields(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].opt(
- 'NM'), 1, "optional field mismatch in read 1, NM: %s != %s" % (self.reads[0].opt('NM'), 1))
- self.assertEqual(self.reads[0].opt(
- 'RG'), 'L1', "optional field mismatch in read 1, RG: %s != %s" % (self.reads[0].opt('RG'), 'L1'))
- self.assertEqual(self.reads[1].opt(
- 'RG'), 'L2', "optional field mismatch in read 2, RG: %s != %s" % (self.reads[1].opt('RG'), 'L2'))
- self.assertEqual(self.reads[1].opt(
- 'MF'), 18, "optional field mismatch in read 2, MF: %s != %s" % (self.reads[1].opt('MF'), 18))
-
- def testPairedBools(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].is_paired, True, "is paired mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].is_paired, True))
- self.assertEqual(self.reads[1].is_paired, True, "is paired mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].is_paired, True))
- self.assertEqual(self.reads[0].is_proper_pair, True, "is proper pair mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].is_proper_pair, True))
- self.assertEqual(self.reads[1].is_proper_pair, True, "is proper pair mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].is_proper_pair, True))
-
- def testTags(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].tags,
- [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')])
- self.assertEqual(self.reads[1].tags,
- [('MF', 18), ('RG', 'L2'),
- ('PG', 'P2'), ('XT', 'R')])
-
- def testAddTags(self):
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')]))
-
- self.reads[0].setTag('X1', 'C')
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 'C'), ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
- self.reads[0].setTag('X2', 5)
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X2', 5), ('X1', 'C'),
- ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
- # add with replacement
- self.reads[0].setTag('X2', 10)
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X2', 10), ('X1', 'C'),
- ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
-
- # add without replacement
- self.reads[0].setTag('X2', 5, replace=False)
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X2', 10), ('X1', 'C'),
- ('X2', 5),
- ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
-
- def testAddTagsType(self):
- self.reads[0].tags = None
- self.assertEqual(self.reads[0].tags, [])
-
- self.reads[0].setTag('X1', 5.0)
- self.reads[0].setTag('X2', "5.0")
- self.reads[0].setTag('X3', 5)
-
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 5.0),
- ('X2', "5.0"),
- ('X3', 5)]))
-
- # test setting float for int value
- self.reads[0].setTag('X4', 5, value_type='d')
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 5.0),
- ('X2', "5.0"),
- ('X3', 5),
- ('X4', 5.0)]))
-
- # test setting int for float value - the
- # value will be rounded.
- self.reads[0].setTag('X5', 5.2, value_type='i')
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 5.0),
- ('X2', "5.0"),
- ('X3', 5),
- ('X4', 5.0),
- ('X5', 5)]))
-
- # test setting invalid type code
- self.assertRaises(ValueError, self.reads[0].setTag, 'X6', 5.2, 'g')
-
- def testTagsUpdatingFloat(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].tags,
- [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')])
- self.reads[0].tags += [('XC', 5.0)]
- self.assertEqual(self.reads[0].tags,
- [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ('XC', 5.0)])
-
- def testOpt(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].opt("XT"), "U")
- self.assertEqual(self.reads[1].opt("XT"), "R")
-
- def testMissingOpt(self):
- self.assertRaises(KeyError, self.reads[0].opt, "XP")
-
- def testEmptyOpt(self):
- self.assertRaises(KeyError, self.reads[2].opt, "XT")
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class BasicTestBAMFile(BasicTestBAMFetch):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
- self.reads = [r for r in self.samfile]
-
-
-class BasicTestSAMFile(BasicTestBAMFetch):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
- self.reads = [r for r in self.samfile]
-
-
-class BasicTestSAMFetch(BasicTestBAMFetch):
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
- self.reads = list(self.samfile.fetch())
-
-
-# needs to be implemented
-# class TestAlignedSegmentFromSamWithoutHeader(TestAlignedSegmentFromBam):
-#
-# def setUp(self):
-# self.samfile=pysam.AlignmentFile( "ex7.sam","r" )
-# self.reads=list(self.samfile.fetch())
-
-
-class TestIO(unittest.TestCase):
-
- '''check if reading samfile and writing a samfile are consistent.'''
-
- def checkEcho(self,
- input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- input_mode, output_mode,
- use_template=True):
- '''iterate through *input_filename* writing to *output_filename* and
- comparing the output to *reference_filename*.
-
- The files are opened according to the *input_mode* and *output_mode*.
-
- If *use_template* is set, the header is copied from infile
- using the template mechanism, otherwise target names and
- lengths are passed explicitely.
-
- '''
-
- infile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, input_filename),
- input_mode)
- if use_template:
- outfile = pysam.AlignmentFile(output_filename,
- output_mode,
- template=infile)
- else:
- outfile = pysam.AlignmentFile(output_filename,
- output_mode,
- referencenames=infile.references,
- referencelengths=infile.lengths,
- add_sq_text=False)
-
- iter = infile.fetch()
-
- for x in iter:
- outfile.write(x)
- infile.close()
- outfile.close()
-
- self.assertTrue(
- checkBinaryEqual(os.path.join(DATADIR, reference_filename),
- output_filename),
- "files %s and %s are not the same" % (reference_filename,
- output_filename))
-
- def testReadWriteBam(self):
-
- input_filename = "ex1.bam"
- output_filename = "pysam_ex1.bam"
- reference_filename = "ex1.bam"
-
- self.checkEcho(input_filename, reference_filename, output_filename,
- "rb", "wb", use_template=True)
-
- # Disabled - should work, files are not binary equal, but are
- # non-binary equal:
- # diff <(samtools view pysam_ex1.bam) <(samtools view pysam_data/ex1.bam)
- # def testReadWriteBamWithTargetNames(self):
- # input_filename = "ex1.bam"
- # output_filename = "pysam_ex1.bam"
- # reference_filename = "ex1.bam"
-
- # self.checkEcho(input_filename, reference_filename, output_filename,
- # "rb", "wb", use_template=False)
-
- def testReadWriteSamWithHeader(self):
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_ex2.sam"
- reference_filename = "ex2.sam"
-
- self.checkEcho(input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- "r", "wh")
-
- # Release 0.8.0
- # no samfiles without header
- def testReadWriteSamWithoutHeader(self):
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_ex2.sam"
- reference_filename = "ex1.sam"
-
- self.checkEcho(input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- "r", "w")
-
- def testReadSamWithoutTargetNames(self):
- '''see issue 104.'''
- input_filename = os.path.join(DATADIR,
- "example_unmapped_reads_no_sq.sam")
-
- # raise exception in default mode
- self.assertRaises(ValueError, pysam.AlignmentFile, input_filename, "r")
-
- # raise exception if no SQ files
- self.assertRaises(ValueError, pysam.AlignmentFile,
- input_filename, "r",
- check_header=True)
-
- infile = pysam.AlignmentFile(
- input_filename,
- check_header=False,
- check_sq=False)
-
- # TODO
- # result = list(infile.fetch(until_eof=True))
- # self.assertEqual(2, len(result))
-
- def testReadBamWithoutTargetNames(self):
- '''see issue 104.'''
- input_filename = os.path.join(
- DATADIR, "example_unmapped_reads_no_sq.bam")
-
- # raise exception in default mode
- self.assertRaises(ValueError, pysam.AlignmentFile, input_filename, "r")
-
- # raise exception if no SQ files
- self.assertRaises(ValueError, pysam.AlignmentFile, input_filename, "r",
- check_header=True)
-
- infile = pysam.AlignmentFile(
- input_filename, check_header=False, check_sq=False)
- result = list(infile.fetch(until_eof=True))
-
- # TODO
- def testReadSamWithoutHeader(self):
- input_filename = os.path.join(DATADIR, "ex1.sam")
-
- # reading from a samfile without header is not
- # implemented
- self.assertRaises(ValueError,
- pysam.AlignmentFile,
- input_filename,
- "r")
-
- # TODO
- # without check_header header is no read
- # leading to segfault
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.AlignmentFile,
- # input_filename,
- # "r",
- # check_header=False)
-
- # TODO
- # def testReadUnformattedFile(self):
- # '''test reading from a file that is not bam/sam formatted'''
- # input_filename = os.path.join(DATADIR, 'Makefile')
-
- # # bam - file raise error
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.AlignmentFile,
- # input_filename,
- # "rb")
-
- # # sam - file error, but can't fetch
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.AlignmentFile,
- # input_filename,
- # "r")
-
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.AlignmentFile,
- # input_filename,
- # "r",
- # check_header=False)
-
- def testBAMWithoutAlignedSegments(self):
- '''see issue 117'''
- input_filename = os.path.join(DATADIR, "test_unaligned.bam")
- samfile = pysam.AlignmentFile(input_filename, "rb", check_sq=False)
- samfile.fetch(until_eof=True)
-
- def testBAMWithShortBAI(self):
- '''see issue 116'''
- input_filename = os.path.join(DATADIR, "example_bai.bam")
- samfile = pysam.AlignmentFile(input_filename, "rb", check_sq=False)
- samfile.fetch('chr2')
-
- def testFetchFromClosedFile(self):
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- samfile.close()
- self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
-
- def testClosedFile(self):
- '''test that access to a closed samfile raises ValueError.'''
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- samfile.close()
- self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
- self.assertRaises(ValueError, samfile.pileup, 'chr1', 100, 120)
- self.assertRaises(ValueError, samfile.getrname, 0)
- # TODO
- self.assertRaises(ValueError, samfile.tell)
- self.assertRaises(ValueError, samfile.seek, 0)
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "nreferences")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "references")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "lengths")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "text")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "header")
-
- # write on closed file
- self.assertEqual(0, samfile.write(None))
-
- def testAutoDetection(self):
- '''test if autodetection works.'''
-
- # TODO
- # samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"))
- # self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch, 'chr1')
- # samfile.close()
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex3.bam"))
- samfile.fetch('chr1')
- samfile.close()
-
- # TOOD
- # def testReadingFromSamFileWithoutHeader(self):
- # '''read from samfile without header.
- # '''
- # samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex7.sam"),
- # check_header=False,
- # check_sq=False)
- # self.assertRaises(NotImplementedError, samfile.__iter__)
-
- def testReadingFromFileWithoutIndex(self):
- '''read from bam file without index.'''
-
- shutil.copyfile(os.path.join(DATADIR, "ex2.bam"), 'tmp_ex2.bam')
- samfile = pysam.AlignmentFile('tmp_ex2.bam',
- "rb")
- self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch)
- self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(until_eof=True))),
- 3270)
- os.unlink('tmp_ex2.bam')
-
- # def testReadingUniversalFileMode(self):
- # '''read from samfile without header.
- # '''
-
- # input_filename = "ex2.sam"
- # output_filename = "pysam_ex2.sam"
- # reference_filename = "ex1.sam"
-
- # self.checkEcho(input_filename,
- # reference_filename,
- # output_filename,
- # "rU", "w")
-
- def testHead(self):
- '''test IteratorRowHead'''
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- l10 = list(samfile.head(10))
- l100 = list(samfile.head(100))
- self.assertEqual(len(l10), 10)
- self.assertEqual(len(l100), 100)
- self.assertEqual(list(map(str, l10)),
- list(map(str, l100[:10])))
-
- def testWriteUncompressedBAMFile(self):
- '''read from uncompressed BAM file, see issue #43'''
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_uncompressed.bam"
- reference_filename = "uncompressed.bam"
-
- self.checkEcho(input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- "r", "wb0")
-
- self.checkEcho(input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- "r", "wbu")
-
- def testEmptyBAM(self):
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "empty.bam"),
- "rb")
- self.assertEqual(samfile.mapped, 0)
- self.assertEqual(samfile.unmapped, 0)
- self.assertEqual(samfile.nocoordinate, 0)
-
-
-class TestFloatTagBug(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 71'''
-
- def testFloatTagBug(self):
- '''a float tag before another exposed a parsing bug in bam_aux_get.
-
- Fixed in 0.1.19
- '''
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "tag_bug.bam"))
- read = next(samfile.fetch(until_eof=True))
- self.assertTrue(('XC', 1) in read.tags)
- self.assertEqual(read.opt('XC'), 1)
-
-
-class TestLargeFieldBug(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 100'''
-
- def testLargeFileBug(self):
- '''when creating a read with a large entry in the tag field
- causes an error:
- NotImplementedError: tags field too large
- '''
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "issue100.bam"))
- read = next(samfile.fetch(until_eof=True))
- new_read = pysam.AlignedSegment()
- new_read.tags = read.tags
- self.assertEqual(new_read.tags, read.tags)
-
-
-class TestTagParsing(unittest.TestCase):
-
- '''tests checking the accuracy of tag setting and retrieval.'''
-
- def makeRead(self):
- a = pysam.AlignedSegment()
- a.query_name = "read_12345"
- a.reference_id = 0
- a.query_sequence = "ACGT" * 3
- a.flag = 0
- a.reference_id = 0
- a.reference_start = 1
- a.mapping_quality = 20
- a.cigartuples = ((0, 10), (2, 1), (0, 25))
- a.next_reference_id = 0
- a.next_reference_start = 200
- a.template_length = 0
- a.query_qualities = pysam.fromQualityString("1234") * 3
- # todo: create tags
- return a
-
- def testNegativeIntegers(self):
- x = -2
- aligned_read = self.makeRead()
- aligned_read.tags = [("XD", int(x))]
- self.assertEqual(aligned_read.opt('XD'), x)
- # print (aligned_read.tags)
-
- def testNegativeIntegers2(self):
- x = -2
- r = self.makeRead()
- r.tags = [("XD", int(x))]
- outfile = pysam.AlignmentFile(
- "test.bam",
- "wb",
- referencenames=("chr1",),
- referencelengths = (1000,))
- outfile.write(r)
- outfile.close()
-
- def testCigarString(self):
- r = self.makeRead()
- self.assertEqual(r.cigarstring, "10M1D25M")
- r.cigarstring = "20M10D20M"
- self.assertEqual(r.cigartuples, [(0, 20), (2, 10), (0, 20)])
- # unsetting cigar string
- r.cigarstring = None
- self.assertEqual(r.cigarstring, None)
-
- def testCigar(self):
- r = self.makeRead()
- self.assertEqual(r.cigartuples, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)])
- # unsetting cigar string
- r.cigartuples = None
- self.assertEqual(r.cigartuples, None)
-
- def testLongTags(self):
- '''see issue 115'''
-
- r = self.makeRead()
- rg = 'HS2000-899_199.L3'
- tags = [('XC', 85), ('XT', 'M'), ('NM', 5),
- ('SM', 29), ('AM', 29), ('XM', 1),
- ('XO', 1), ('XG', 4), ('MD', '37^ACCC29T18'),
- ('XA', '5,+11707,36M1I48M,2;21,-48119779,46M1I38M,2;hs37d5,-10060835,40M1D45M,3;5,+11508,36M1I48M,3;hs37d5,+6743812,36M1I48M,3;19,-59118894,46M1I38M,3;4,-191044002,6M1I78M,3;')]
-
- r.tags = tags
- r.tags += [("RG", rg)] * 100
- tags += [("RG", rg)] * 100
-
- self.assertEqual(tags, r.tags)
-
- def testArrayTags(self):
-
- r = self.makeRead()
-
- def c(r, l):
- r.tags = [('ZM', l)]
- self.assertEqual(r.opt("ZM"), list(l))
-
- # signed integers
- c(r, (-1, 1))
- c(r, (-1, 100))
- c(r, (-1, 200))
- c(r, (-1, 1000))
- c(r, (-1, 30000))
- c(r, (-1, 50000))
- c(r, (1, -1))
- c(r, (1, -100))
- c(r, (1, -200))
- c(r, (1, -1000))
- c(r, (1, -30000))
- c(r, (1, -50000))
-
- # unsigned integers
- c(r, (1, 100))
- c(r, (1, 1000))
- c(r, (1, 10000))
- c(r, (1, 100000))
-
- # floats
- c(r, (1.0, 100.0))
-
-
-class TestClipping(unittest.TestCase):
-
- def testClipping(self):
-
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(
- os.path.join(DATADIR, "softclip.bam"),
- "rb")
-
- for read in self.samfile:
-
- if read.query_name == "r001":
- self.assertEqual(read.query_sequence, 'AAAAGATAAGGATA')
- self.assertEqual(read.query_alignment_sequence, 'AGATAAGGATA')
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(read.query_qualities),
- None)
- self.assertEqual(
- pysam.toQualityString(read.query_alignment_qualities),
- None)
-
- elif read.query_name == "r002":
-
- self.assertEqual(read.query_sequence, 'GCCTAAGCTAA')
- self.assertEqual(read.query_alignment_sequence, 'AGCTAA')
- self.assertEqual(
- pysam.toQualityString(read.query_qualities),
- '01234567890')
- self.assertEqual(
- pysam.toQualityString(read.query_alignment_qualities),
- '567890')
-
- elif read.query_name == "r003":
-
- self.assertEqual(read.query_sequence, 'GCCTAAGCTAA')
- self.assertEqual(read.query_alignment_sequence, 'GCCTAA')
- self.assertEqual(
- pysam.toQualityString(read.query_qualities),
- '01234567890')
- self.assertEqual(
- pysam.toQualityString(read.query_alignment_qualities),
- '012345')
-
- elif read.query_name == "r004":
-
- self.assertEqual(read.query_sequence, 'TAGGC')
- self.assertEqual(read.query_alignment_sequence, 'TAGGC')
- self.assertEqual(
- pysam.toQualityString(read.query_qualities),
- '01234')
- self.assertEqual(
- pysam.toQualityString(read.query_alignment_qualities),
- '01234')
-
-
-class TestIteratorRow(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def checkRange(self, rnge):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- ps = list(self.samfile.fetch(region=rnge))
- sa = list(pysam.view(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- rnge,
- raw=True))
- self.assertEqual(len(ps), len(
- sa), "unequal number of results for range %s: %i != %i" % (rnge, len(ps), len(sa)))
- # check if the same reads are returned and in the same order
- for line, (a, b) in enumerate(list(zip(ps, sa))):
- d = b.split("\t")
- self.assertEqual(
- a.query_name, d[0], "line %i: read id mismatch: %s != %s" % (line, a.reference_id, d[0]))
- self.assertEqual(a.reference_start, int(d[3]) - 1, "line %i: read position mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" %
- (line, a.reference_start, int(d[3]) - 1,
- str(a), str(d)))
- qual = d[10]
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(a.query_qualities), qual, "line %i: quality mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" %
- (line, pysam.toQualityString(a.query_qualities), qual,
- str(a), str(d)))
-
- def testIteratePerContig(self):
- '''check random access per contig'''
- for contig in self.samfile.references:
- self.checkRange(contig)
-
- def testIterateRanges(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(self.samfile.references,
- self.samfile.lengths):
- for start in range(1, length, 90):
- # this includes empty ranges
- self.checkRange("%s:%i-%i" % (contig, start, start + 90))
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestIteratorRowAll(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testIterate(self):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- ps = list(self.samfile.fetch())
- sa = list(pysam.view(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- raw=True))
- self.assertEqual(
- len(ps), len(sa), "unequal number of results: %i != %i" % (len(ps), len(sa)))
- # check if the same reads are returned
- for line, pair in enumerate(list(zip(ps, sa))):
- data = pair[1].split("\t")
- self.assertEqual(pair[0].query_name, data[
- 0], "read id mismatch in line %i: %s != %s" % (line, pair[0].reference_id, data[0]))
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestIteratorColumn(unittest.TestCase):
-
- '''test iterator column against contents of ex4.bam.'''
-
- # note that samfile contains 1-based coordinates
- # 1D means deletion with respect to reference sequence
- #
- mCoverages = {'chr1': [0] * 20 + [1] * 36 + [0] * (100 - 20 - 35),
- 'chr2': [0] * 20 + [1] * 35 + [0] * (100 - 20 - 35),
- }
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex4.bam"),
- "rb")
-
- def checkRange(self, contig, start=None, end=None, truncate=False):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- # check if the same reads are returned and in the same order
- for column in self.samfile.pileup(
- contig, start, end, truncate=truncate):
- if truncate:
- self.assertGreaterEqual(column.reference_pos, start)
- self.assertLess(column.reference_pos, end)
- thiscov = len(column.pileups)
- refcov = self.mCoverages[
- self.samfile.getrname(column.reference_id)][column.reference_pos]
- self.assertEqual(thiscov, refcov, "wrong coverage at pos %s:%i %i should be %i" % (
- self.samfile.getrname(column.reference_id), column.reference_pos, thiscov, refcov))
-
- def testIterateAll(self):
- '''check random access per contig'''
- self.checkRange(None)
-
- def testIteratePerContig(self):
- '''check random access per contig'''
- for contig in self.samfile.references:
- self.checkRange(contig)
-
- def testIterateRanges(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(
- self.samfile.references, self.samfile.lengths):
- for start in range(1, length, 90):
- # this includes empty ranges
- self.checkRange(contig, start, start + 90)
-
- def testInverse(self):
- '''test the inverse, is point-wise pileup accurate.'''
- for contig, refseq in list(self.mCoverages.items()):
- refcolumns = sum(refseq)
- for pos, refcov in enumerate(refseq):
- columns = list(self.samfile.pileup(contig, pos, pos + 1))
- if refcov == 0:
- # if no read, no coverage
- self.assertEqual(
- len(columns),
- refcov,
- "wrong number of pileup columns returned for position %s:%i, %i should be %i" % (
- contig, pos,
- len(columns), refcov))
- elif refcov == 1:
- # one read, all columns of the read are returned
- self.assertEqual(
- len(columns),
- refcolumns,
- "pileup incomplete at position %i: got %i, expected %i " %
- (pos, len(columns), refcolumns))
-
- def testIterateTruncate(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
- for start in range(1, length, 90):
- # this includes empty ranges
- self.checkRange(contig, start, start + 90, truncate=True)
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestIteratorColumn2(unittest.TestCase):
-
- '''test iterator column against contents of ex1.bam.'''
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testStart(self):
- # print self.samfile.fetch().next().reference_start
- # print self.samfile.pileup().next().reference_start
- pass
-
- def testTruncate(self):
- '''see issue 107.'''
- # note that ranges in regions start from 1
- p = self.samfile.pileup(region='chr1:170:172', truncate=True)
- columns = [x.reference_pos for x in p]
- self.assertEqual(len(columns), 3)
- self.assertEqual(columns, [169, 170, 171])
-
- p = self.samfile.pileup('chr1', 169, 172, truncate=True)
- columns = [x.reference_pos for x in p]
-
- self.assertEqual(len(columns), 3)
- self.assertEqual(columns, [169, 170, 171])
-
- def testAccessOnClosedIterator(self):
- '''see issue 131
-
- Accessing pileup data after iterator has closed.
- '''
- pcolumn = self.samfile.pileup('chr1', 170, 180).__next__()
- self.assertRaises(ValueError, getattr, pcolumn, "pileups")
-
-
-class TestHeaderSam(unittest.TestCase):
-
- header = {'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
- 'RG': [{'LB': 'SC_1', 'ID': 'L1', 'SM': 'NA12891',
- 'PU': 'SC_1_10', "CN": "name:with:colon"},
- {'LB': 'SC_2', 'ID': 'L2', 'SM': 'NA12891',
- 'PU': 'SC_2_12', "CN": "name:with:colon"}],
- 'PG': [{'ID': 'P1', 'VN': '1.0'}, {'ID': 'P2', 'VN': '1.1'}],
- 'HD': {'VN': '1.0'},
- 'CO': ['this is a comment', 'this is another comment'],
- }
-
- def compareHeaders(self, a, b):
- '''compare two headers a and b.'''
- for ak, av in a.items():
- self.assertTrue(ak in b, "key '%s' not in '%s' " % (ak, b))
- self.assertEqual(av, b[ak])
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
-
- def testHeaders(self):
- self.compareHeaders(self.header, self.samfile.header)
- self.compareHeaders(self.samfile.header, self.header)
-
- def testNameMapping(self):
- for x, y in enumerate(("chr1", "chr2")):
- tid = self.samfile.gettid(y)
- ref = self.samfile.getrname(x)
- self.assertEqual(tid, x)
- self.assertEqual(ref, y)
-
- self.assertEqual(self.samfile.gettid("chr?"), -1)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.getrname, 2)
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestHeaderBam(TestHeaderSam):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex3.bam"),
- "rb")
-
-
-class TestHeaderFromRefs(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 144
-
- reference names need to be converted to string for python 3
- '''
-
- # def testHeader( self ):
- # refs = ['chr1', 'chr2']
- # tmpfile = "tmp_%i" % id(self)
- # s = pysam.AlignmentFile(tmpfile, 'wb',
- # referencenames=refs,
- # referencelengths=[100]*len(refs))
- # s.close()
-
- # self.assertTrue( checkBinaryEqual( 'issue144.bam', tmpfile ),
- # 'bam files differ')
- # os.unlink( tmpfile )
-
-
-class TestHeader1000Genomes(unittest.TestCase):
- '''see issue 110'''
- # bamfile = "http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/phase2b_alignment/data/NA07048/exome_alignment/NA07048.unmapped.ILLUMINA.bwa.CEU.exome.20120522_p2b.bam"
- bamfile = "http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/phase3_EX_or_LC_only_alignment/data/HG00104/alignment/HG00104.chrom11.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20130415.bam"
-
- def testRead(self):
-
- if not checkURL(self.bamfile):
- return
-
- f = pysam.AlignmentFile(self.bamfile, "rb")
- data = f.header.copy()
- self.assertTrue(data)
-
-
-class TestUnmappedReads(unittest.TestCase):
-
- # TODO
- # def testSAM(self):
- # samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex5.sam"),
- # "r")
- # self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(until_eof=True))), 2)
- # samfile.close()
-
- def testBAM(self):
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex5.bam"),
- "rb")
- self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(until_eof=True))), 2)
- samfile.close()
-
-
-class TestPileupObjects(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testPileupColumn(self):
- for pcolumn1 in self.samfile.pileup(region="chr1:105"):
- if pcolumn1.reference_pos == 104:
- self.assertEqual(
- pcolumn1.reference_id, 0,
- "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" %
- (pcolumn1.reference_id, 0))
- self.assertEqual(
- pcolumn1.reference_pos, 105 - 1,
- "position mismatch in position 1: %s != %s" %
- (pcolumn1.reference_pos, 105 - 1))
- self.assertEqual(
- pcolumn1.nsegments, 2,
- "# reads mismatch in position 1: %s != %s" %
- (pcolumn1.nsegments, 2))
- for pcolumn2 in self.samfile.pileup(region="chr2:1480"):
- if pcolumn2.reference_pos == 1479:
- self.assertEqual(
- pcolumn2.reference_id, 1,
- "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" %
- (pcolumn2.reference_id, 1))
- self.assertEqual(
- pcolumn2.reference_pos, 1480 - 1,
- "position mismatch in position 1: %s != %s" %
- (pcolumn2.reference_pos, 1480 - 1))
- self.assertEqual(
- pcolumn2.nsegments, 12,
- "# reads mismatch in position 1: %s != %s" %
- (pcolumn2.nsegments, 12))
-
- def testPileupRead(self):
- for pcolumn1 in self.samfile.pileup(region="chr1:105"):
- if pcolumn1.reference_pos == 104:
- self.assertEqual(
- len(pcolumn1.pileups), 2,
- "# reads aligned to column mismatch in position 1"
- ": %s != %s" %
- (len(pcolumn1.pileups), 2))
-
-
-# self.assertEqual( pcolumn1.pileups[0] # need to test additional
-# properties here
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
- def testIteratorOutOfScope(self):
- '''test if exception is raised if pileup col is accessed after
- iterator is exhausted.'''
-
- for pileupcol in self.samfile.pileup():
- pass
-
- self.assertRaises(ValueError, getattr, pileupcol, "pileups")
-
-
-class TestContextManager(unittest.TestCase):
-
- def testManager(self):
- with pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, 'ex1.bam'),
- 'rb') as samfile:
- samfile.fetch()
- self.assertEqual(samfile._isOpen(), False)
-
-
-class TestExceptions(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testMissingFile(self):
-
- self.assertRaises(IOError, pysam.AlignmentFile, "exdoesntexist.bam", "rb")
- self.assertRaises(IOError, pysam.AlignmentFile, "exdoesntexist.sam", "r")
- self.assertRaises(IOError, pysam.AlignmentFile, "exdoesntexist.bam", "r")
- self.assertRaises(IOError, pysam.AlignmentFile, "exdoesntexist.sam", "rb")
-
- def testBadContig(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr88")
-
- def testMeaninglessCrap(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "skljf")
-
- def testBackwardsOrderNewFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, 'chr1', 100, 10)
-
- def testBackwardsOrderOldFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:100-10")
-
- def testOutOfRangeNegativeNewFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, -10)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, 0)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", -5, -10)
-
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, -10)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, 0)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1", -5, -10)
-
- def testOutOfRangeNegativeOldFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-10")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-0")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5--10")
-
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-10")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-0")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5--10")
-
- def testOutOfRangNewFormat(self):
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 9999999999, 99999999999)
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.count, "chr1", 9999999999, 99999999999)
-
- def testOutOfRangeLargeNewFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1",
- 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1",
- 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999)
-
- def testOutOfRangeLargeOldFormat(self):
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:99999999999999999-999999999999999999")
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.count, "chr1:99999999999999999-999999999999999999")
-
- def testZeroToZero(self):
- '''see issue 44'''
- self.assertEqual(len(list(self.samfile.fetch('chr1', 0, 0))), 0)
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestWrongFormat(unittest.TestCase):
-
- '''test cases for opening files not in bam/sam format.'''
-
- def testOpenSamAsBam(self):
- self.assertRaises(ValueError,
- pysam.AlignmentFile,
- os.path.join(DATADIR, 'ex1.sam'),
- 'rb')
-
- def testOpenBamAsSam(self):
- # test fails, needs to be implemented.
- # sam.fetch() fails on reading, not on opening
- # self.assertRaises( ValueError, pysam.AlignmentFile, 'ex1.bam', 'r' )
- pass
-
- def testOpenFastaAsSam(self):
- # test fails, needs to be implemented.
- # sam.fetch() fails on reading, not on opening
- # self.assertRaises( ValueError, pysam.AlignmentFile, 'ex1.fa', 'r' )
- pass
-
- def testOpenFastaAsBam(self):
- self.assertRaises(ValueError,
- pysam.AlignmentFile,
- os.path.join(DATADIR, 'ex1.fa'),
- 'rb')
-
-
-class ReadTest(unittest.TestCase):
-
- def checkFieldEqual(self, read1, read2, exclude=[]):
- '''check if two reads are equal by comparing each field.'''
-
- # add the . for refactoring purposes.
- for x in (".query_name",
- ".query_sequence",
- ".flag",
- ".reference_id",
- ".reference_start",
- ".mapping_quality",
- ".cigartuples",
- ".next_reference_id",
- ".next_reference_start",
- ".template_length",
- ".query_length",
- ".query_qualities",
- ".bin",
- ".is_paired", ".is_proper_pair",
- ".is_unmapped", ".mate_is_unmapped",
- ".is_reverse", ".mate_is_reverse",
- ".is_read1", ".is_read2",
- ".is_secondary", ".is_qcfail",
- ".is_duplicate"):
- n = x[1:]
- if n in exclude:
- continue
- self.assertEqual(getattr(read1, n), getattr(read2, n),
- "attribute mismatch for %s: %s != %s" %
- (n, getattr(read1, n), getattr(read2, n)))
-
-
-class TestAlignedSegment(ReadTest):
-
- '''tests to check if aligned read can be constructed
- and manipulated.
- '''
-
- def testEmpty(self):
- a = pysam.AlignedSegment()
- self.assertEqual(a.query_name, None)
- self.assertEqual(a.query_sequence, None)
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(a.query_qualities), None)
- self.assertEqual(a.flag, 0)
- self.assertEqual(a.reference_id, 0)
- self.assertEqual(a.mapping_quality, 0)
- self.assertEqual(a.cigartuples, None)
- self.assertEqual(a.tags, [])
- self.assertEqual(a.next_reference_id, 0)
- self.assertEqual(a.next_reference_start, 0)
- self.assertEqual(a.template_length, 0)
-
- def testStrOfEmptyRead(self):
- a = pysam.AlignedSegment()
- s = str(a)
- self.assertEqual(
- "None\t0\t0\t0\t0\tNone\t0\t0\t0\tNone\tNone\t[]",
- s)
-
- def buildRead(self):
- '''build an example read.'''
-
- a = pysam.AlignedSegment()
- a.query_name = "read_12345"
- a.query_sequence = "ACGT" * 10
- a.flag = 0
- a.reference_id = 0
- a.reference_start = 20
- a.mapping_quality = 20
- a.cigartuples = ((0, 10), (2, 1), (0, 9), (1, 1), (0, 20))
- a.next_reference_id = 0
- a.next_reference_start = 200
- a.template_length = 167
- a.query_qualities = pysam.fromQualityString("1234") * 10
- # todo: create tags
- return a
-
- def testUpdate(self):
- '''check if updating fields affects other variable length data
- '''
- a = self.buildRead()
- b = self.buildRead()
-
- # check qname
- b.query_name = "read_123"
- self.checkFieldEqual(a, b, "query_name")
- b.query_name = "read_12345678"
- self.checkFieldEqual(a, b, "query_name")
- b.query_name = "read_12345"
- self.checkFieldEqual(a, b)
-
- # check cigar
- b.cigartuples = ((0, 10), )
- self.checkFieldEqual(a, b, "cigartuples")
- b.cigartuples = ((0, 10), (2, 1), (0, 10))
- self.checkFieldEqual(a, b, "cigartuples")
- b.cigartuples = ((0, 10), (2, 1), (0, 9), (1, 1), (0, 20))
- self.checkFieldEqual(a, b)
-
- # check seq
- b.query_sequence = "ACGT"
- self.checkFieldEqual(
- a, b,
- ("query_sequence", "query_qualities", "query_length"))
- b.query_sequence = "ACGT" * 3
- self.checkFieldEqual(
- a, b,
- ("query_sequence", "query_qualities", "query_length"))
- b.query_sequence = "ACGT" * 10
- self.checkFieldEqual(a, b, ("query_qualities",))
-
- # reset qual
- b = self.buildRead()
-
- # check flags:
- for x in (
- "is_paired", "is_proper_pair",
- "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
- "is_reverse", "mate_is_reverse",
- "is_read1", "is_read2",
- "is_secondary", "is_qcfail",
- "is_duplicate"):
- setattr(b, x, True)
- self.assertEqual(getattr(b, x), True)
- self.checkFieldEqual(a, b, ("flag", x,))
- setattr(b, x, False)
- self.assertEqual(getattr(b, x), False)
- self.checkFieldEqual(a, b)
-
- def testUpdate2(self):
- '''issue 135: inplace update of sequence and quality score.
-
- This does not work as setting the sequence will erase
- the quality scores.
- '''
- a = self.buildRead()
- a.query_sequence = a.query_sequence[5:10]
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(a.query_qualities), None)
-
- a = self.buildRead()
- s = pysam.toQualityString(a.query_qualities)
- a.query_sequence = a.query_sequence[5:10]
- a.query_qualities = pysam.fromQualityString(s[5:10])
-
- self.assertEqual(pysam.toQualityString(a.query_qualities), s[5:10])
-
- def testLargeRead(self):
- '''build an example read.'''
-
- a = pysam.AlignedSegment()
- a.query_name = "read_12345"
- a.query_sequence = "ACGT" * 200
- a.flag = 0
- a.reference_id = 0
- a.reference_start = 20
- a.mapping_quality = 20
- a.cigartuples = ((0, 4 * 200), )
- a.next_reference_id = 0
- a.next_reference_start = 200
- a.template_length = 167
- a.query_qualities = pysam.fromQualityString("1234") * 200
-
- return a
-
- def testTagParsing(self):
- '''test for tag parsing
-
- see http://groups.google.com/group/pysam-user-group/browse_thread/thread/67ca204059ea465a
- '''
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex8.bam"),
- "rb")
-
- for entry in samfile:
- before = entry.tags
- entry.tags = entry.tags
- after = entry.tags
- self.assertEqual(after, before)
-
- def testUpdateTlen(self):
- '''check if updating tlen works'''
- a = self.buildRead()
- oldlen = a.template_length
- oldlen *= 2
- a.template_length = oldlen
- self.assertEqual(a.template_length, oldlen)
-
- def testPositions(self):
- a = self.buildRead()
- self.assertEqual(a.get_reference_positions(),
- [20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
- 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39,
- 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49,
- 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59])
-
- self.assertEqual(a.get_aligned_pairs(),
- [(0, 20), (1, 21), (2, 22), (3, 23), (4, 24),
- (5, 25), (6, 26), (7, 27), (8, 28), (9, 29),
- (None, 30),
- (10, 31), (11, 32), (12, 33), (13, 34), (14, 35),
- (15, 36), (16, 37), (17, 38), (18, 39), (19, None),
- (20, 40), (21, 41), (22, 42), (23, 43), (24, 44),
- (25, 45), (26, 46), (27, 47), (28, 48), (29, 49),
- (30, 50), (31, 51), (32, 52), (33, 53), (34, 54),
- (35, 55), (36, 56), (37, 57), (38, 58), (39, 59)])
-
- self.assertEqual(
- a.get_reference_positions(),
- [x[1] for x in a.get_aligned_pairs()
- if x[0] is not None and x[1] is not None])
- # alen is the length of the aligned read in genome
- self.assertEqual(a.reference_length,
- a.get_aligned_pairs()[-1][0] + 1)
- # aend points to one beyond last aligned base in ref
- self.assertEqual(a.get_reference_positions()[-1],
- a.reference_end - 1)
-
- def testFullReferencePositions(self):
- '''see issue 26'''
- a = self.buildRead()
- a.cigar = [(4, 30), (0, 20), (1, 3), (0, 47)]
-
- self.assertEqual(100,
- len(a.get_reference_positions(full_length=True)))
-
- def testBlocks(self):
- a = self.buildRead()
- self.assertEqual(a.get_blocks(),
- [(20, 30), (31, 40), (40, 60)])
-
- # Disabled as not backwards compatible
- # def testFancyStr(self):
- # a = self.buildRead()
- # output = a.fancy_str()
- # self.assertEqual(len(output), 9)
-
-
-class TestDeNovoConstruction(ReadTest):
-
- '''check BAM/SAM file construction using ex6.sam
-
- (note these are +1 coordinates):
-
- read_28833_29006_6945 99 chr1 33 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1 RG:Z:L1
- read_28701_28881_323b 147 chr2 88 30 35M = 500 412 ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA <<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<< MF:i:18 RG:Z:L2
- '''
-
- header = {'HD': {'VN': '1.0'},
- 'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}], }
-
- bamfile = os.path.join(DATADIR, "ex6.bam")
- samfile = os.path.join(DATADIR, "ex6.sam")
-
- def setUp(self):
-
- a = pysam.AlignedSegment()
- a.query_name = "read_28833_29006_6945"
- a.query_sequence = "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"
- a.flag = 99
- a.reference_id = 0
- a.reference_start = 32
- a.mapping_quality = 20
- a.cigartuples = ((0, 10), (2, 1), (0, 25))
- a.next_reference_id = 0
- a.next_reference_start = 199
- a.template_length = 167
- a.query_qualities = pysam.fromQualityString("<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<")
- a.tags = (("NM", 1),
- ("RG", "L1"))
-
- b = pysam.AlignedSegment()
- b.query_name = "read_28701_28881_323b"
- b.query_sequence = "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"
- b.flag = 147
- b.reference_id = 1
- b.reference_start = 87
- b.mapping_quality = 30
- b.cigartuples = ((0, 35), )
- b.next_reference_id = 1
- b.next_reference_start = 499
- b.template_length = 412
- b.query_qualities = pysam.fromQualityString("<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<")
- b.tags = (("MF", 18),
- ("RG", "L2"))
-
- self.reads = (a, b)
-
- # TODO
- # def testSAMWholeFile(self):
-
- # tmpfilename = "tmp_%i.sam" % id(self)
-
- # outfile = pysam.AlignmentFile(tmpfilename,
- # "wh",
- # header=self.header)
-
- # for x in self.reads:
- # outfile.write(x)
- # outfile.close()
- # self.assertTrue(checkBinaryEqual(tmpfilename, self.samfile),
- # "mismatch when construction SAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.samfile))
-
- # os.unlink(tmpfilename)
-
- def testBAMPerRead(self):
- '''check if individual reads are binary equal.'''
- infile = pysam.AlignmentFile(self.bamfile, "rb")
-
- others = list(infile)
- for denovo, other in zip(others, self.reads):
- self.checkFieldEqual(other, denovo)
- self.assertEqual(other.compare(denovo), 0)
-
- # TODO
- # def testSAMPerRead(self):
- # '''check if individual reads are binary equal.'''
- # infile = pysam.AlignmentFile(self.samfile, "r")
-
- # others = list(infile)
- # for denovo, other in zip(others, self.reads):
- # self.checkFieldEqual(other, denovo)
- # self.assertEqual(other.compare(denovo), 0)
-
- def testBAMWholeFile(self):
-
- tmpfilename = "tmp_%i.bam" % id(self)
-
- outfile = pysam.AlignmentFile(tmpfilename, "wb", header=self.header)
-
- for x in self.reads:
- outfile.write(x)
- outfile.close()
-
- self.assertTrue(checkBinaryEqual(tmpfilename, self.bamfile),
- "mismatch when construction BAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.bamfile))
-
- os.unlink(tmpfilename)
-
-
-class TestDeNovoConstructionUserTags(TestDeNovoConstruction):
-
- '''test de novo construction with a header that contains lower-case tags.'''
-
- header = {'HD': {'VN': '1.0'},
- 'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
- 'x1': {'A': 2, 'B': 5},
- 'x3': {'A': 6, 'B': 5},
- 'x2': {'A': 4, 'B': 5}}
-
- bamfile = os.path.join(DATADIR, "example_user_header.bam")
- samfile = os.path.join(DATADIR, "example_user_header.sam")
-
-
-class TestEmptyHeader(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 84.'''
-
- def testEmptyHeader(self):
- s = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR,
- 'example_empty_header.bam'))
- self.assertEqual(s.header, {'SQ': [{'LN': 1000, 'SN': 'chr1'}]})
-
-
-class TestHeaderWithProgramOptions(unittest.TestCase):
- '''see issue 39.'''
-
- def testHeader(self):
- s = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR,
- 'rg_with_tab.bam'))
- self.assertEqual(
- s.header,
- {'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
- 'PG': [{'PN': 'bwa',
- 'ID': 'bwa',
- 'VN': '0.7.9a-r786',
- 'CL': 'bwa mem -p -t 8 -M -R '
- '@RG\tID:None\tSM:None\t/mnt/data/hg19.fa\t'
- '/mnt/analysis/default-0.fastq'}]})
-
-
-class TestTruncatedBAM(unittest.TestCase):
-
- '''see pull request 50.'''
-
- def testTruncatedBam(self):
-
- s = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, 'ex2_truncated.bam'))
- iterall = lambda x: len([a for a in x])
- self.assertRaises(IOError, iterall, s)
-
-
-class TestBTagSam(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 81.'''
-
- compare = [[100, 1, 91, 0, 7, 101, 0, 201, 96, 204, 0, 0, 87, 109, 0, 7, 97, 112, 1, 12, 78, 197, 0, 7, 100, 95, 101, 202, 0, 6, 0, 1, 186, 0, 84, 0, 244, 0, 0, 324, 0, 107, 195, 101, 113, 0, 102, 0, 104, 3, 0, 101, 1, 0, 212, 6, 0, 0, 1, 0, 74, 1, 11, 0, 196, 2, 197, 103, 0, 108, 98, 2, 7, 0, 1, 2, 194, 0, 180, 0, 108, 0, 203, 104, 16, 5, 205, 0, 0, 0, 1, 1, 100, 98, 0, 0, 204, 6, 0, 79, 0, 0, 101, 7, 109, 90, 265, 1, 27, 10, 109, 102, 9, 0, 292, 0, 110, 0, 0, 102, 112, 0, 0, 84, 10 [...]
- [-100, 200, -300, -400],
- [-100, 12],
- [12, 15],
- [-1.0, 5.0, 2.5]]
-
- filename = os.path.join(DATADIR, 'example_btag.sam')
-
- def testRead(self):
-
- s = pysam.AlignmentFile(self.filename)
- for x, read in enumerate(s):
- if x == 0:
- self.assertEqual(read.tags, [('RG', 'QW85I'), ('PG', 'tmap'), ('MD', '140'), ('NM', 0), ('AS', 140), ('FZ', [100, 1, 91, 0, 7, 101, 0, 201, 96, 204, 0, 0, 87, 109, 0, 7, 97, 112, 1, 12, 78, 197, 0, 7, 100, 95, 101, 202, 0, 6, 0, 1, 186, 0, 84, 0, 244, 0, 0, 324, 0, 107, 195, 101, 113, 0, 102, 0, 104, 3, 0, 101, 1, 0, 212, 6, 0, 0, 1, 0, 74, 1, 11, 0, 196, 2, 197, 103, 0, 108, 98, 2, 7, 0, 1, 2, 194, 0, 180, 0, 108, 0, 203, 104, 16, 5, 205, 0, 0, 0, 1, 1, 100, 98, 0, 0, 20 [...]
- )
-
- fz = dict(read.tags)["FZ"]
- self.assertEqual(fz, self.compare[x])
- self.assertEqual(read.opt("FZ"), self.compare[x])
-
- def testWrite(self):
-
- s = pysam.AlignmentFile(self.filename)
- for read in s:
- before = read.tags
- read.tags = read.tags
- after = read.tags
- self.assertEqual(after, before)
-
-
-class TestBTagBam(TestBTagSam):
- filename = os.path.join(DATADIR, 'example_btag.bam')
-
-
-class TestDoubleFetch(unittest.TestCase):
- '''check if two iterators on the same bamfile are independent.'''
-
- filename = os.path.join(DATADIR, 'ex1.bam')
-
- def testDoubleFetch(self):
-
- samfile1 = pysam.AlignmentFile(self.filename, 'rb')
-
- for a, b in zip(samfile1.fetch(multiple_iterators=True),
- samfile1.fetch(multiple_iterators=True)):
- self.assertEqual(a.compare(b), 0)
-
- def testDoubleFetchWithRegion(self):
-
- samfile1 = pysam.AlignmentFile(self.filename, 'rb')
- chr, start, stop = 'chr1', 200, 3000000
- # just making sure the test has something to catch
- self.assertTrue(len(list(samfile1.fetch(chr, start, stop))) > 0)
-
- for a, b in zip(samfile1.fetch(chr, start, stop),
- samfile1.fetch(chr, start, stop,
- multiple_iterators=True)):
- self.assertEqual(a.compare(b), 0)
-
- def testDoubleFetchUntilEOF(self):
-
- samfile1 = pysam.AlignmentFile(self.filename, 'rb')
-
- for a, b in zip(samfile1.fetch(until_eof=True),
- samfile1.fetch(until_eof=True,
- multiple_iterators=True)):
- self.assertEqual(a.compare(b), 0)
-
-
-class TestRemoteFileFTP(unittest.TestCase):
-
- '''test remote access.
-
- '''
-
- # Need to find an ftp server without password on standard
- # port.
-
- url = "ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/rd/humanSequences/CV.bam"
- region = "1:1-1000"
-
- def testFTPView(self):
- return
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- result = pysam.view(self.url, self.region)
- self.assertEqual(len(result), 36)
-
- def testFTPFetch(self):
- return
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch(region=self.region))
- self.assertEqual(len(result), 36)
-
-
-class TestRemoteFileHTTP(unittest.TestCase):
-
- url = "http://genserv.anat.ox.ac.uk/downloads/pysam/test/ex1.bam"
- region = "chr1:1-1000"
- local = os.path.join(DATADIR, "ex1.bam")
-
- def testView(self):
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile_local = pysam.AlignmentFile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch(region=self.region))
-
- result = pysam.view(self.url, self.region)
- self.assertEqual(len(result), len(ref))
-
- def testFetch(self):
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch(region=self.region))
- samfile_local = pysam.AlignmentFile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch(region=self.region))
-
- self.assertEqual(len(ref), len(result))
- for x, y in zip(result, ref):
- self.assertEqual(x.compare(y), 0)
-
- def testFetchAll(self):
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch())
- samfile_local = pysam.AlignmentFile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch())
-
- self.assertEqual(len(ref), len(result))
- for x, y in zip(result, ref):
- self.assertEqual(x.compare(y), 0)
-
-
-class TestLargeOptValues(unittest.TestCase):
-
- ints = (65536, 214748, 2147484, 2147483647)
- floats = (65536.0, 214748.0, 2147484.0)
-
- def check(self, samfile):
-
- i = samfile.fetch()
- for exp in self.ints:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs,
- "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in [-x for x in self.ints]:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs,
- "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in self.floats:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs,
- "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in [-x for x in self.floats]:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- def testSAM(self):
- samfile = pysam.AlignmentFile(
- os.path.join(DATADIR, "ex10.sam"),
- "r")
- self.check(samfile)
-
- def testBAM(self):
- samfile = pysam.AlignmentFile(
- os.path.join(DATADIR, "ex10.bam"),
- "rb")
- self.check(samfile)
-
-
-class TestPileup(unittest.TestCase):
- '''test pileup functionality.'''
-
- samfilename = "pysam_data/ex1.bam"
- fastafilename = "pysam_data/ex1.fa"
-
- def setUp(self):
-
- self.samfile = pysam.AlignmentFile(self.samfilename)
- self.fastafile = pysam.Fastafile(self.fastafilename)
-
- def checkEqual(self, references, iterator):
-
- for x, column in enumerate(iterator):
- (contig, pos, reference_base,
- read_bases, read_qualities, alignment_mapping_qualities) \
- = references[x][:-1].split("\t")
- self.assertEqual(int(pos) - 1, column.reference_pos)
-
- def testSamtoolsStepper(self):
- refs = pysam.mpileup(
- "-f", self.fastafilename,
- self.samfilename)
- iterator = self.samfile.pileup(
- stepper="samtools",
- fastafile=self.fastafile)
- self.checkEqual(refs, iterator)
-
- def testAllStepper(self):
- refs = pysam.mpileup(
- "-f", self.fastafilename,
- "-A", "-B",
- self.samfilename)
-
- iterator = self.samfile.pileup(
- stepper="all",
- fastafile=self.fastafile)
- self.checkEqual(refs, iterator)
-
-
-class TestLogging(unittest.TestCase):
-
- '''test around bug issue 42,
-
- failed in versions < 0.4
- '''
-
- def check(self, bamfile, log):
-
- if log:
- logger = logging.getLogger('franklin')
- logger.setLevel(logging.INFO)
- formatter = logging.Formatter(
- '%(asctime)s %(levelname)s %(message)s')
- log_hand = logging.FileHandler('log.txt')
- log_hand.setFormatter(formatter)
- logger.addHandler(log_hand)
-
- bam = pysam.AlignmentFile(bamfile, 'rb')
- cols = bam.pileup()
- self.assertTrue(True)
-
- def testFail1(self):
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_fail.bam"),
- False)
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_fail.bam"),
- True)
-
- def testNoFail1(self):
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- False)
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- True)
-
- def testNoFail2(self):
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- True)
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- True)
-
-# TODOS
-# 1. finish testing all properties within pileup objects
-# 2. check exceptions and bad input problems (missing files, optional fields that aren't present, etc...)
-# 3. check: presence of sequence
-
-
-class TestAlignmentFileUtilityFunctions(unittest.TestCase):
-
- def testCount(self):
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- for contig in ("chr1", "chr2"):
- for start in range(0, 2000, 100):
- end = start + 1
- self.assertEqual(
- len(list(samfile.fetch(contig, start, end))),
- samfile.count(contig, start, end),
- 'number mismatch for %s:%i-%i %i != %i' % (
- contig, start, end,
- len(list(samfile.fetch(contig, start, end))),
- samfile.count(contig, start, end)))
-
- # test empty intervals
- self.assertEqual(
- len(list(samfile.fetch(contig, start, start))),
- samfile.count(contig, start, start),
- 'number mismatch for %s:%i-%i %i != %i' % (
- contig, start, start,
- len(list(samfile.fetch(contig, start, start))),
- samfile.count(contig, start, start)))
-
- # test half empty intervals
- self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(contig, start))),
- samfile.count(contig, start))
-
- self.assertEqual(
- len(list(samfile.fetch(contig, start))),
- samfile.count(contig, start),
- 'number mismatch for %s:%i %i != %i' % (
- contig, start,
- len(list(samfile.fetch(contig, start))),
- samfile.count(contig, start)))
-
- def testMate(self):
- '''test mate access.'''
-
- with open(os.path.join(DATADIR, "ex1.sam"), "rb") as inf:
- readnames = [x.split(b"\t")[0] for x in inf.readlines()]
- if sys.version_info[0] >= 3:
- readnames = [name.decode('ascii') for name in readnames]
-
- counts = collections.defaultdict(int)
- for x in readnames:
- counts[x] += 1
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- for read in samfile.fetch():
- if not read.is_paired:
- self.assertRaises(ValueError, samfile.mate, read)
- elif read.mate_is_unmapped:
- self.assertRaises(ValueError, samfile.mate, read)
- else:
- if counts[read.query_name] == 1:
- self.assertRaises(ValueError, samfile.mate, read)
- else:
- mate = samfile.mate(read)
- self.assertEqual(read.query_name, mate.query_name)
- self.assertEqual(read.is_read1, mate.is_read2)
- self.assertEqual(read.is_read2, mate.is_read1)
- self.assertEqual(
- read.reference_start, mate.next_reference_start)
- self.assertEqual(
- read.next_reference_start, mate.reference_start)
-
- def testIndexStats(self):
- '''test if total number of mapped/unmapped reads is correct.'''
-
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- self.assertEqual(samfile.mapped, 3235)
- self.assertEqual(samfile.unmapped, 35)
- self.assertEqual(samfile.nocoordinate, 0)
-
-
-class TestSamtoolsProxy(unittest.TestCase):
-
- '''tests for sanity checking access to samtools functions.'''
-
- def testIndex(self):
- self.assertRaises(IOError, pysam.index, "missing_file")
-
- def testView(self):
- # note that view still echos "open: No such file or directory"
- self.assertRaises(pysam.SamtoolsError, pysam.view, "missing_file")
-
- def testSort(self):
- self.assertRaises(pysam.SamtoolsError, pysam.sort, "missing_file")
-
-
-class TestAlignmentFileIndex(unittest.TestCase):
-
- def testIndex(self):
- samfile = pysam.AlignmentFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- index = pysam.IndexedReads(samfile)
- index.build()
- reads = collections.defaultdict(int)
-
- for read in samfile:
- reads[read.query_name] += 1
-
- for qname, counts in reads.items():
- found = list(index.find(qname))
- self.assertEqual(len(found), counts)
- for x in found:
- self.assertEqual(x.query_name, qname)
-
-
-if __name__ == "__main__":
- # build data files
- print ("building data files")
- subprocess.call("make -C %s" % DATADIR, shell=True)
- print ("starting tests")
- unittest.main()
- print ("completed tests")
diff --git a/tests/SamFile_test.py b/tests/SamFile_test.py
deleted file mode 100644
index d714a64..0000000
--- a/tests/SamFile_test.py
+++ /dev/null
@@ -1,1927 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''unit testing code for pysam.
-
-Execute in the :file:`tests` directory as it requires the Makefile
-and data files located there.
-'''
-
-import pysam
-import unittest
-import os
-import shutil
-import sys
-import collections
-import subprocess
-import logging
-from TestUtils import checkBinaryEqual, checkURL
-
-IS_PYTHON3 = sys.version_info[0] >= 3
-
-SAMTOOLS = "samtools"
-WORKDIR = "pysam_test_work"
-DATADIR = "pysam_data"
-
-
-class BasicTestBAMFetch(unittest.TestCase):
-
- '''basic first test - detailed testing
- if information in file is consistent
- with information in AlignedRead object.'''
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.bam"),
- "rb")
- self.reads = list(self.samfile.fetch())
-
- def testARqname(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].qname,
- "read_28833_29006_6945",
- "read name mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].qname, "read_28833_29006_6945"))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].qname,
- "read_28701_28881_323b",
- "read name mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].qname, "read_28701_28881_323b"))
-
- def testARflag(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].flag, 99,
- "flag mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].flag, 99))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].flag, 147,
- "flag mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].flag, 147))
-
- def testARrname(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].rname, 0,
- "chromosome/target id mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].rname, 0))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].rname, 1,
- "chromosome/target id mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].rname, 1))
-
- def testARpos(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].pos, 33 - 1,
- "mapping position mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].pos, 33 - 1))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].pos, 88 - 1,
- "mapping position mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].pos, 88 - 1))
-
- def testARmapq(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].mapq, 20,
- "mapping quality mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].mapq, 20))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].mapq, 30,
- "mapping quality mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].mapq, 30))
-
- def testARcigar(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].cigar,
- [(0, 10), (2, 1), (0, 25)],
- "read name length mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].cigar, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)]))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].cigar, [(0, 35)],
- "read name length mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].cigar, [(0, 35)]))
-
- def testARcigarstring(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].cigarstring, '10M1D25M')
- self.assertEqual(self.reads[1].cigarstring, '35M')
-
- def testARmrnm(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].mrnm, 0,
- "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].mrnm, 0))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].mrnm, 1,
- "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].mrnm, 1))
- self.assertEqual(
- self.reads[0].rnext, 0,
- "mate reference sequence name mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].rnext, 0))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].rnext, 1,
- "mate reference sequence name mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].rnext, 1))
-
- def testARmpos(self):
- self.assertEqual(self.reads[
- 0].mpos, 200 - 1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].mpos, 200 - 1))
- self.assertEqual(self.reads[
- 1].mpos, 500 - 1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].mpos, 500 - 1))
- self.assertEqual(self.reads[
- 0].pnext, 200 - 1, "mate mapping position mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].pnext, 200 - 1))
- self.assertEqual(self.reads[
- 1].pnext, 500 - 1, "mate mapping position mismatch in read 2: %s != %s" % (self.reads[1].pnext, 500 - 1))
-
- def testARisize(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].isize, 167, "insert size mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].isize, 167))
- self.assertEqual(self.reads[1].isize, 412, "insert size mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].isize, 412))
- self.assertEqual(self.reads[0].tlen, 167, "insert size mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].tlen, 167))
- self.assertEqual(self.reads[1].tlen, 412, "insert size mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].tlen, 412))
-
- def testARseq(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].seq, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].seq, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"))
- self.assertEqual(self.reads[1].seq, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "sequence size mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].seq, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"))
- self.assertEqual(self.reads[3].seq, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "sequence mismatch in read 4: %s != %s" % (
- self.reads[3].seq, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"))
-
- def testARqual(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].qual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<",
- "quality string mismatch in read 1: %s != %s" % (self.reads[0].qual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"))
- self.assertEqual(self.reads[1].qual, "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<", "quality string mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].qual, "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<"))
- self.assertEqual(self.reads[3].qual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<",
- "quality string mismatch in read 3: %s != %s" % (self.reads[3].qual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"))
-
- def testARquery(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].query, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG", "query mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].query, "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"))
- self.assertEqual(self.reads[1].query, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA", "query size mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].query, "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"))
- self.assertEqual(self.reads[3].query, "TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT", "query mismatch in read 4: %s != %s" % (
- self.reads[3].query, "TAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTT"))
-
- def testARqqual(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].qqual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<",
- "qquality string mismatch in read 1: %s != %s" %
- (self.reads[0].qqual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].qqual, "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<",
- "qquality string mismatch in read 2: %s != %s" %
- (self.reads[1].qqual, "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<"))
- self.assertEqual(
- self.reads[3].qqual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22",
- "qquality string mismatch in read 3: %s != %s" %
- (self.reads[3].qqual, "<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22"))
-
- def testPresentOptionalFields(self):
- self.assertEqual(
- self.reads[0].opt('NM'), 1,
- "optional field mismatch in read 1, NM: %s != %s" %
- (self.reads[0].opt('NM'), 1))
- self.assertEqual(
- self.reads[0].opt('RG'), 'L1',
- "optional field mismatch in read 1, RG: %s != %s" %
- (self.reads[0].opt('RG'), 'L1'))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].opt('RG'), 'L2',
- "optional field mismatch in read 2, RG: %s != %s" %
- (self.reads[1].opt('RG'), 'L2'))
- self.assertEqual(
- self.reads[1].opt('MF'), 18,
- "optional field mismatch in read 2, MF: %s != %s" %
- (self.reads[1].opt('MF'), 18))
-
- def testPairedBools(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].is_paired, True,
- "is paired mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].is_paired, True))
- self.assertEqual(self.reads[1].is_paired, True,
- "is paired mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].is_paired, True))
- self.assertEqual(self.reads[0].is_proper_pair, True,
- "is proper pair mismatch in read 1: %s != %s" % (
- self.reads[0].is_proper_pair, True))
- self.assertEqual(self.reads[1].is_proper_pair, True,
- "is proper pair mismatch in read 2: %s != %s" % (
- self.reads[1].is_proper_pair, True))
-
- def testTags(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].tags,
- [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')])
- self.assertEqual(self.reads[1].tags,
- [('MF', 18), ('RG', 'L2'),
- ('PG', 'P2'), ('XT', 'R')])
-
- def testAddTags(self):
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')]))
-
- self.reads[0].setTag('X1', 'C')
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 'C'), ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
- self.reads[0].setTag('X2', 5)
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X2', 5), ('X1', 'C'),
- ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
- # add with replacement
- self.reads[0].setTag('X2', 10)
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X2', 10), ('X1', 'C'),
- ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
-
- # add without replacement
- self.reads[0].setTag('X2', 5, replace=False)
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X2', 10), ('X1', 'C'),
- ('X2', 5),
- ('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ]))
-
- def testAddTagsType(self):
- self.reads[0].tags = None
- self.assertEqual(self.reads[0].tags, [])
-
- self.reads[0].setTag('X1', 5.0)
- self.reads[0].setTag('X2', "5.0")
- self.reads[0].setTag('X3', 5)
-
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 5.0),
- ('X2', "5.0"),
- ('X3', 5)]))
-
- # test setting float for int value
- self.reads[0].setTag('X4', 5, value_type='d')
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 5.0),
- ('X2', "5.0"),
- ('X3', 5),
- ('X4', 5.0)]))
-
- # test setting int for float value - the
- # value will be rounded.
- self.reads[0].setTag('X5', 5.2, value_type='i')
- self.assertEqual(sorted(self.reads[0].tags),
- sorted([('X1', 5.0),
- ('X2', "5.0"),
- ('X3', 5),
- ('X4', 5.0),
- ('X5', 5)]))
-
- # test setting invalid type code
- self.assertRaises(ValueError, self.reads[0].setTag, 'X6', 5.2, 'g')
-
- def testTagsUpdatingFloat(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].tags,
- [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U')])
- self.reads[0].tags += [('XC', 5.0)]
- self.assertEqual(self.reads[0].tags,
- [('NM', 1), ('RG', 'L1'),
- ('PG', 'P1'), ('XT', 'U'), ('XC', 5.0)])
-
- def testOpt(self):
- self.assertEqual(self.reads[0].opt("XT"), "U")
- self.assertEqual(self.reads[1].opt("XT"), "R")
-
- def testMissingOpt(self):
- self.assertRaises(KeyError, self.reads[0].opt, "XP")
-
- def testEmptyOpt(self):
- self.assertRaises(KeyError, self.reads[2].opt, "XT")
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class BasicTestBAMFile(BasicTestBAMFetch):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
- self.reads = [r for r in self.samfile]
-
-
-class BasicTestSAMFile(BasicTestBAMFetch):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
- self.reads = [r for r in self.samfile]
-
-
-class BasicTestSAMFetch(BasicTestBAMFetch):
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(
- os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
- self.reads = list(self.samfile.fetch())
-
-
-# needs to be implemented
-# class TestAlignedReadFromSamWithoutHeader(TestAlignedReadFromBam):
-#
-# def setUp(self):
-# self.samfile=pysam.Samfile( "ex7.sam","r" )
-# self.reads=list(self.samfile.fetch())
-
-
-class TestIO(unittest.TestCase):
-
- '''check if reading samfile and writing a samfile are consistent.'''
-
- def checkEcho(self,
- input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- input_mode, output_mode,
- use_template=True):
- '''iterate through *input_filename* writing to *output_filename* and
- comparing the output to *reference_filename*.
-
- The files are opened according to the *input_mode* and *output_mode*.
-
- If *use_template* is set, the header is copied from infile
- using the template mechanism, otherwise target names and
- lengths are passed explicitely.
-
- '''
-
- infile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, input_filename),
- input_mode)
- if use_template:
- outfile = pysam.Samfile(output_filename,
- output_mode,
- template=infile)
- else:
- outfile = pysam.Samfile(output_filename,
- output_mode,
- referencenames=infile.references,
- referencelengths=infile.lengths,
- add_sq_text=False)
-
- iter = infile.fetch()
-
- for x in iter:
- outfile.write(x)
- infile.close()
- outfile.close()
-
- self.assertTrue(
- checkBinaryEqual(os.path.join(DATADIR, reference_filename),
- output_filename),
- "files %s and %s are not the same" % (reference_filename,
- output_filename))
-
- def testReadWriteBam(self):
-
- input_filename = "ex1.bam"
- output_filename = "pysam_ex1.bam"
- reference_filename = "ex1.bam"
-
- self.checkEcho(input_filename, reference_filename, output_filename,
- "rb", "wb", use_template=True)
-
- # Disabled - should work, files are not binary equal, but are
- # non-binary equal:
- # diff <(samtools view pysam_ex1.bam) <(samtools view pysam_data/ex1.bam)
- # def testReadWriteBamWithTargetNames(self):
- # input_filename = "ex1.bam"
- # output_filename = "pysam_ex1.bam"
- # reference_filename = "ex1.bam"
-
- # self.checkEcho(input_filename, reference_filename, output_filename,
- # "rb", "wb", use_template=False)
-
- def testReadWriteSamWithHeader(self):
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_ex2.sam"
- reference_filename = "ex2.sam"
-
- self.checkEcho(input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- "r", "wh")
-
- # Release 0.8.0
- # no samfiles without header
- def testReadWriteSamWithoutHeader(self):
-
- input_filename = "ex2.sam"
- output_filename = "pysam_ex2.sam"
- reference_filename = "ex1.sam"
-
- self.checkEcho(input_filename,
- reference_filename,
- output_filename,
- "r", "w")
-
- def testReadSamWithoutTargetNames(self):
- '''see issue 104.'''
- input_filename = os.path.join(DATADIR,
- "example_unmapped_reads_no_sq.sam")
-
- # raise exception in default mode
- self.assertRaises(ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r")
-
- # raise exception if no SQ files
- self.assertRaises(ValueError, pysam.Samfile,
- input_filename, "r",
- check_header=True)
-
- infile = pysam.Samfile(
- input_filename,
- check_header=False,
- check_sq=False)
-
- # TODO
- # result = list(infile.fetch(until_eof=True))
- # self.assertEqual(2, len(result))
-
- def testReadBamWithoutTargetNames(self):
- '''see issue 104.'''
- input_filename = os.path.join(
- DATADIR, "example_unmapped_reads_no_sq.bam")
-
- # raise exception in default mode
- self.assertRaises(ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r")
-
- # raise exception if no SQ files
- self.assertRaises(ValueError, pysam.Samfile, input_filename, "r",
- check_header=True)
-
- infile = pysam.Samfile(
- input_filename, check_header=False, check_sq=False)
- result = list(infile.fetch(until_eof=True))
-
- # TODO
- def testReadSamWithoutHeader(self):
- input_filename = os.path.join(DATADIR, "ex1.sam")
-
- # reading from a samfile without header is not
- # implemented
- self.assertRaises(ValueError,
- pysam.Samfile,
- input_filename,
- "r")
-
- # TODO
- # without check_header header is no read
- # leading to segfault
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.Samfile,
- # input_filename,
- # "r",
- # check_header=False)
-
- # TODO
- # def testReadUnformattedFile(self):
- # '''test reading from a file that is not bam/sam formatted'''
- # input_filename = os.path.join(DATADIR, 'Makefile')
-
- # # bam - file raise error
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.Samfile,
- # input_filename,
- # "rb")
-
- # # sam - file error, but can't fetch
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.Samfile,
- # input_filename,
- # "r")
-
- # self.assertRaises(ValueError,
- # pysam.Samfile,
- # input_filename,
- # "r",
- # check_header=False)
-
- def testBAMWithoutAlignedReads(self):
- '''see issue 117'''
- input_filename = os.path.join(DATADIR, "test_unaligned.bam")
- samfile = pysam.Samfile(input_filename, "rb", check_sq=False)
- samfile.fetch(until_eof=True)
-
- def testBAMWithShortBAI(self):
- '''see issue 116'''
- input_filename = os.path.join(DATADIR, "example_bai.bam")
- samfile = pysam.Samfile(input_filename, "rb", check_sq=False)
- samfile.fetch('chr2')
-
- def testFetchFromClosedFile(self):
-
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- samfile.close()
- self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
-
- def testClosedFile(self):
- '''test that access to a closed samfile raises ValueError.'''
-
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- samfile.close()
- self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch, 'chr1', 100, 120)
- self.assertRaises(ValueError, samfile.pileup, 'chr1', 100, 120)
- self.assertRaises(ValueError, samfile.getrname, 0)
- # TODO
- self.assertRaises(ValueError, samfile.tell)
- self.assertRaises(ValueError, samfile.seek, 0)
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "nreferences")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "references")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "lengths")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "text")
- self.assertRaises(ValueError, getattr, samfile, "header")
-
- # write on closed file
- self.assertEqual(0, samfile.write(None))
-
- def testAutoDetection(self):
- '''test if autodetection works.'''
-
- # TODO
- # samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"))
- # self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch, 'chr1')
- # samfile.close()
-
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex3.bam"))
- samfile.fetch('chr1')
- samfile.close()
-
- # TOOD
- # def testReadingFromSamFileWithoutHeader(self):
- # '''read from samfile without header.
- # '''
- # samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex7.sam"),
- # check_header=False,
- # check_sq=False)
- # self.assertRaises(NotImplementedError, samfile.__iter__)
-
- def testReadingFromFileWithoutIndex(self):
- '''read from bam file without index.'''
-
- shutil.copyfile(os.path.join(DATADIR, "ex2.bam"), 'tmp_ex2.bam')
- samfile = pysam.Samfile('tmp_ex2.bam',
- "rb")
- self.assertRaises(ValueError, samfile.fetch)
- self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(until_eof=True))),
- 3270)
- os.unlink('tmp_ex2.bam')
-
- # def testReadingUniversalFileMode(self):
- # '''read from samfile without header.
- # '''
-
- # input_filename = "ex2.sam"
- # output_filename = "pysam_ex2.sam"
- # reference_filename = "ex1.sam"
-
- # self.checkEcho(input_filename,
- # reference_filename,
- # output_filename,
- # "rU", "w")
-
- def testHead(self):
- '''test IteratorRowHead'''
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- l10 = list(samfile.head(10))
- l100 = list(samfile.head(100))
- self.assertEqual(len(l10), 10)
- self.assertEqual(len(l100), 100)
- self.assertEqual(list(map(str, l10)),
- list(map(str, l100[:10])))
-
-
-class TestFloatTagBug(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 71'''
-
- def testFloatTagBug(self):
- '''a float tag before another exposed a parsing bug in bam_aux_get.
-
- Fixed in 0.1.19
- '''
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "tag_bug.bam"))
- read = next(samfile.fetch(until_eof=True))
- self.assertTrue(('XC', 1) in read.tags)
- self.assertEqual(read.opt('XC'), 1)
-
-
-class TestLargeFieldBug(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 100'''
-
- def testLargeFileBug(self):
- '''when creating a read with a large entry in the tag field
- causes an errror:
- NotImplementedError: tags field too large
- '''
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "issue100.bam"))
- read = next(samfile.fetch(until_eof=True))
- new_read = pysam.AlignedRead()
- new_read.tags = read.tags
- self.assertEqual(new_read.tags, read.tags)
-
-
-class TestTagParsing(unittest.TestCase):
-
- '''tests checking the accuracy of tag setting and retrieval.'''
-
- def makeRead(self):
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_12345"
- a.tid = 0
- a.seq = "ACGT" * 3
- a.flag = 0
- a.rname = 0
- a.pos = 1
- a.mapq = 20
- a.cigar = ((0, 10), (2, 1), (0, 25))
- a.mrnm = 0
- a.mpos = 200
- a.isize = 0
- a.qual = "1234" * 3
- # todo: create tags
- return a
-
- def testNegativeIntegers(self):
- x = -2
- aligned_read = self.makeRead()
- aligned_read.tags = [("XD", int(x))]
- # print (aligned_read.tags)
-
- def testNegativeIntegers2(self):
- x = -2
- r = self.makeRead()
- r.tags = [("XD", int(x))]
- outfile = pysam.Samfile("test.bam",
- "wb",
- referencenames=("chr1",),
- referencelengths = (1000,))
- outfile.write(r)
- outfile.close()
-
- def testCigarString(self):
- r = self.makeRead()
- self.assertEqual(r.cigarstring, "10M1D25M")
- r.cigarstring = "20M10D20M"
- self.assertEqual(r.cigar, [(0, 20), (2, 10), (0, 20)])
- # unsetting cigar string
- r.cigarstring = None
- self.assertEqual(r.cigarstring, None)
-
- def testCigar(self):
- r = self.makeRead()
- self.assertEqual(r.cigar, [(0, 10), (2, 1), (0, 25)])
- # unsetting cigar string
- r.cigar = None
- self.assertEqual(r.cigar, [])
-
- def testLongTags(self):
- '''see issue 115'''
-
- r = self.makeRead()
- rg = 'HS2000-899_199.L3'
- tags = [('XC', 85), ('XT', 'M'), ('NM', 5),
- ('SM', 29), ('AM', 29), ('XM', 1),
- ('XO', 1), ('XG', 4), ('MD', '37^ACCC29T18'),
- ('XA', '5,+11707,36M1I48M,2;21,-48119779,46M1I38M,2;hs37d5,-10060835,40M1D45M,3;5,+11508,36M1I48M,3;hs37d5,+6743812,36M1I48M,3;19,-59118894,46M1I38M,3;4,-191044002,6M1I78M,3;')]
-
- r.tags = tags
- r.tags += [("RG", rg)] * 100
- tags += [("RG", rg)] * 100
-
- self.assertEqual(tags, r.tags)
-
-
-class TestClipping(unittest.TestCase):
-
- def testClipping(self):
-
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "softclip.bam"),
- "rb")
- for read in self.samfile:
-
- if read.qname == "r001":
- self.assertEqual(read.seq, 'AAAAGATAAGGATA')
- self.assertEqual(read.query, 'AGATAAGGATA')
- self.assertEqual(read.qual, None)
- self.assertEqual(read.qqual, None)
-
- elif read.qname == "r002":
-
- self.assertEqual(read.seq, 'GCCTAAGCTAA')
- self.assertEqual(read.query, 'AGCTAA')
- self.assertEqual(read.qual, '01234567890')
- self.assertEqual(read.qqual, '567890')
-
- elif read.qname == "r003":
-
- self.assertEqual(read.seq, 'GCCTAAGCTAA')
- self.assertEqual(read.query, 'GCCTAA')
- self.assertEqual(read.qual, '01234567890')
- self.assertEqual(read.qqual, '012345')
-
- elif read.qname == "r004":
-
- self.assertEqual(read.seq, 'TAGGC')
- self.assertEqual(read.query, 'TAGGC')
- self.assertEqual(read.qual, '01234')
- self.assertEqual(read.qqual, '01234')
-
-
-class TestIteratorRow(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def checkRange(self, rnge):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- ps = list(self.samfile.fetch(region=rnge))
- sa = list(pysam.view(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- rnge,
- raw=True))
- self.assertEqual(len(ps), len(
- sa), "unequal number of results for range %s: %i != %i" % (rnge, len(ps), len(sa)))
- # check if the same reads are returned and in the same order
- for line, (a, b) in enumerate(list(zip(ps, sa))):
- d = b.split("\t")
- self.assertEqual(
- a.qname, d[0], "line %i: read id mismatch: %s != %s" % (line, a.rname, d[0]))
- self.assertEqual(a.pos, int(d[3]) - 1, "line %i: read position mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" %
- (line, a.pos, int(d[3]) - 1,
- str(a), str(d)))
- qual = d[10]
- self.assertEqual(a.qual, qual, "line %i: quality mismatch: %s != %s, \n%s\n%s\n" %
- (line, a.qual, qual,
- str(a), str(d)))
-
- def testIteratePerContig(self):
- '''check random access per contig'''
- for contig in self.samfile.references:
- self.checkRange(contig)
-
- def testIterateRanges(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
- for start in range(1, length, 90):
- # this includes empty ranges
- self.checkRange("%s:%i-%i" % (contig, start, start + 90))
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestIteratorRowAll(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testIterate(self):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- ps = list(self.samfile.fetch())
- sa = list(pysam.view(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- raw=True))
- self.assertEqual(
- len(ps), len(sa), "unequal number of results: %i != %i" % (len(ps), len(sa)))
- # check if the same reads are returned
- for line, pair in enumerate(list(zip(ps, sa))):
- data = pair[1].split("\t")
- self.assertEqual(pair[0].qname, data[
- 0], "read id mismatch in line %i: %s != %s" % (line, pair[0].rname, data[0]))
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestIteratorColumn(unittest.TestCase):
-
- '''test iterator column against contents of ex4.bam.'''
-
- # note that samfile contains 1-based coordinates
- # 1D means deletion with respect to reference sequence
- #
- mCoverages = {'chr1': [0] * 20 + [1] * 36 + [0] * (100 - 20 - 35),
- 'chr2': [0] * 20 + [1] * 35 + [0] * (100 - 20 - 35),
- }
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex4.bam"),
- "rb")
-
- def checkRange(self, contig, start=None, end=None, truncate=False):
- '''compare results from iterator with those from samtools.'''
- # check if the same reads are returned and in the same order
- for column in self.samfile.pileup(contig, start, end,
- truncate=truncate):
- if truncate:
- self.assertGreaterEqual(column.pos, start)
- self.assertLess(column.pos, end)
- thiscov = len(column.pileups)
- refcov = self.mCoverages[
- self.samfile.getrname(column.tid)][column.pos]
- self.assertEqual(
- thiscov, refcov, "wrong coverage at pos %s:%i %i should be %i" % (
- self.samfile.getrname(column.tid), column.pos, thiscov, refcov))
-
- def testIterateAll(self):
- '''check random access per contig'''
- self.checkRange(None)
-
- def testIteratePerContig(self):
- '''check random access per contig'''
- for contig in self.samfile.references:
- self.checkRange(contig)
-
- def testIterateRanges(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
- for start in range(1, length, 90):
- # this includes empty ranges
- self.checkRange(contig, start, start + 90)
-
- def testInverse(self):
- '''test the inverse, is point-wise pileup accurate.'''
- for contig, refseq in list(self.mCoverages.items()):
- refcolumns = sum(refseq)
- for pos, refcov in enumerate(refseq):
- columns = list(self.samfile.pileup(contig, pos, pos + 1))
- if refcov == 0:
- # if no read, no coverage
- self.assertEqual(
- len(columns),
- refcov,
- "wrong number of pileup columns returned for position %s:%i, %i should be %i" % (
- contig, pos,
- len(columns), refcov))
- elif refcov == 1:
- # one read, all columns of the read are returned
- self.assertEqual(
- len(columns),
- refcolumns,
- "pileup incomplete at position %i: got %i, expected %i " %
- (pos, len(columns), refcolumns))
-
- def testIterateTruncate(self):
- '''check random access per range'''
- for contig, length in zip(self.samfile.references, self.samfile.lengths):
- for start in range(1, length, 90):
- # this includes empty ranges
- self.checkRange(contig, start, start + 90, truncate=True)
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestIteratorColumn2(unittest.TestCase):
-
- '''test iterator column against contents of ex1.bam.'''
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testStart(self):
- # print self.samfile.fetch().next().pos
- # print self.samfile.pileup().next().pos
- pass
-
- def testTruncate(self):
- '''see issue 107.'''
- # note that ranges in regions start from 1
- p = self.samfile.pileup(region='chr1:170:172', truncate=True)
- columns = [x.pos for x in p]
- self.assertEqual(len(columns), 3)
- self.assertEqual(columns, [169, 170, 171])
-
- p = self.samfile.pileup('chr1', 169, 172, truncate=True)
- columns = [x.pos for x in p]
-
- self.assertEqual(len(columns), 3)
- self.assertEqual(columns, [169, 170, 171])
-
- def testAccessOnClosedIterator(self):
- '''see issue 131
-
- Accessing pileup data after iterator has closed.
- '''
- pcolumn = self.samfile.pileup('chr1', 170, 180).__next__()
- self.assertRaises(ValueError, getattr, pcolumn, "pileups")
-
-
-class TestHeaderSam(unittest.TestCase):
-
- header = {'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
- 'RG': [{'LB': 'SC_1', 'ID': 'L1', 'SM': 'NA12891', 'PU': 'SC_1_10', "CN": "name:with:colon"},
- {'LB': 'SC_2', 'ID': 'L2', 'SM': 'NA12891', 'PU': 'SC_2_12', "CN": "name:with:colon"}],
- 'PG': [{'ID': 'P1', 'VN': '1.0'}, {'ID': 'P2', 'VN': '1.1'}],
- 'HD': {'VN': '1.0'},
- 'CO': ['this is a comment', 'this is another comment'],
- }
-
- def compareHeaders(self, a, b):
- '''compare two headers a and b.'''
- for ak, av in a.items():
- self.assertTrue(ak in b, "key '%s' not in '%s' " % (ak, b))
- self.assertEqual(av, b[ak])
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex3.sam"),
- "r")
-
- def testHeaders(self):
- self.compareHeaders(self.header, self.samfile.header)
- self.compareHeaders(self.samfile.header, self.header)
-
- def testNameMapping(self):
- for x, y in enumerate(("chr1", "chr2")):
- tid = self.samfile.gettid(y)
- ref = self.samfile.getrname(x)
- self.assertEqual(tid, x)
- self.assertEqual(ref, y)
-
- self.assertEqual(self.samfile.gettid("chr?"), -1)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.getrname, 2)
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestHeaderBam(TestHeaderSam):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex3.bam"),
- "rb")
-
-
-class TestHeaderFromRefs(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 144
-
- reference names need to be converted to string for python 3
- '''
-
- # def testHeader( self ):
- # refs = ['chr1', 'chr2']
- # tmpfile = "tmp_%i" % id(self)
- # s = pysam.Samfile(tmpfile, 'wb',
- # referencenames=refs,
- # referencelengths=[100]*len(refs))
- # s.close()
-
- # self.assertTrue( checkBinaryEqual( 'issue144.bam', tmpfile ),
- # 'bam files differ')
- # os.unlink( tmpfile )
-
-
-class TestHeader1000Genomes(unittest.TestCase):
- '''see issue 110'''
- # bamfile = "http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/phase2b_alignment/data/NA07048/exome_alignment/NA07048.unmapped.ILLUMINA.bwa.CEU.exome.20120522_p2b.bam"
- bamfile = "http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/phase3_EX_or_LC_only_alignment/data/HG00104/alignment/HG00104.chrom11.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20130415.bam"
-
- def testRead(self):
-
- if not checkURL(self.bamfile):
- return
-
- f = pysam.Samfile(self.bamfile, "rb")
- data = f.header.copy()
- self.assertTrue(data)
-
-
-class TestUnmappedReads(unittest.TestCase):
-
- # TODO
- # def testSAM(self):
- # samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex5.sam"),
- # "r")
- # self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(until_eof=True))), 2)
- # samfile.close()
-
- def testBAM(self):
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex5.bam"),
- "rb")
- self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(until_eof=True))), 2)
- samfile.close()
-
-
-class TestPileupObjects(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testPileupColumn(self):
- for pcolumn1 in self.samfile.pileup(region="chr1:105"):
- if pcolumn1.pos == 104:
- self.assertEqual(
- pcolumn1.tid, 0, "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.tid, 0))
- self.assertEqual(
- pcolumn1.pos, 105 - 1, "position mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.pos, 105 - 1))
- self.assertEqual(
- pcolumn1.n, 2, "# reads mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn1.n, 2))
- for pcolumn2 in self.samfile.pileup(region="chr2:1480"):
- if pcolumn2.pos == 1479:
- self.assertEqual(
- pcolumn2.tid, 1, "chromosome/target id mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.tid, 1))
- self.assertEqual(
- pcolumn2.pos, 1480 - 1, "position mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.pos, 1480 - 1))
- self.assertEqual(
- pcolumn2.n, 12, "# reads mismatch in position 1: %s != %s" % (pcolumn2.n, 12))
-
- def testPileupRead(self):
- for pcolumn1 in self.samfile.pileup(region="chr1:105"):
- if pcolumn1.pos == 104:
- self.assertEqual(
- len(pcolumn1.pileups), 2,
- "# reads aligned to column mismatch in position 1"
- ": %s != %s" %
- (len(pcolumn1.pileups), 2))
-
-
-# self.assertEqual( pcolumn1.pileups[0] # need to test additional
-# properties here
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
- def testIteratorOutOfScope(self):
- '''test if exception is raised if pileup col is accessed after
- iterator is exhausted.'''
-
- for pileupcol in self.samfile.pileup():
- pass
-
- self.assertRaises(ValueError, getattr, pileupcol, "pileups")
-
-
-class TestContextManager(unittest.TestCase):
-
- def testManager(self):
- with pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, 'ex1.bam'),
- 'rb') as samfile:
- samfile.fetch()
- self.assertEqual(samfile._isOpen(), False)
-
-
-class TestExceptions(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- def testMissingFile(self):
-
- self.assertRaises(IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.bam", "rb")
- self.assertRaises(IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.sam", "r")
- self.assertRaises(IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.bam", "r")
- self.assertRaises(IOError, pysam.Samfile, "exdoesntexist.sam", "rb")
-
- def testBadContig(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr88")
-
- def testMeaninglessCrap(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "skljf")
-
- def testBackwardsOrderNewFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, 'chr1', 100, 10)
-
- def testBackwardsOrderOldFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:100-10")
-
- def testOutOfRangeNegativeNewFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, -10)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 5, 0)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", -5, -10)
-
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, -10)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1", 5, 0)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1", -5, -10)
-
- def testOutOfRangeNegativeOldFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-10")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5-0")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, region="chr1:-5--10")
-
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-10")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5-0")
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, region="chr1:-5--10")
-
- def testOutOfRangNewFormat(self):
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.fetch, "chr1", 9999999999, 99999999999)
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.count, "chr1", 9999999999, 99999999999)
-
- def testOutOfRangeLargeNewFormat(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.fetch, "chr1",
- 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999)
- self.assertRaises(ValueError, self.samfile.count, "chr1",
- 9999999999999999999999999999999, 9999999999999999999999999999999999999999)
-
- def testOutOfRangeLargeOldFormat(self):
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.fetch, "chr1:99999999999999999-999999999999999999")
- self.assertRaises(
- ValueError, self.samfile.count, "chr1:99999999999999999-999999999999999999")
-
- def testZeroToZero(self):
- '''see issue 44'''
- self.assertEqual(len(list(self.samfile.fetch('chr1', 0, 0))), 0)
-
- def tearDown(self):
- self.samfile.close()
-
-
-class TestWrongFormat(unittest.TestCase):
-
- '''test cases for opening files not in bam/sam format.'''
-
- def testOpenSamAsBam(self):
- self.assertRaises(ValueError,
- pysam.Samfile,
- os.path.join(DATADIR, 'ex1.sam'),
- 'rb')
-
- def testOpenBamAsSam(self):
- # test fails, needs to be implemented.
- # sam.fetch() fails on reading, not on opening
- # self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.bam', 'r' )
- pass
-
- def testOpenFastaAsSam(self):
- # test fails, needs to be implemented.
- # sam.fetch() fails on reading, not on opening
- # self.assertRaises( ValueError, pysam.Samfile, 'ex1.fa', 'r' )
- pass
-
- def testOpenFastaAsBam(self):
- self.assertRaises(ValueError,
- pysam.Samfile,
- os.path.join(DATADIR, 'ex1.fa'),
- 'rb')
-
-
-class ReadTest(unittest.TestCase):
-
- def checkFieldEqual(self, read1, read2, exclude=[]):
- '''check if two reads are equal by comparing each field.'''
-
- # add the . for refactoring purposes.
- for x in (".qname", ".seq", ".flag",
- ".rname", ".pos", ".mapq", ".cigar",
- ".mrnm", ".mpos", ".isize",
- ".qual",
- ".bin",
- ".is_paired", ".is_proper_pair",
- ".is_unmapped", ".mate_is_unmapped",
- ".is_reverse", ".mate_is_reverse",
- ".is_read1", ".is_read2",
- ".is_secondary", ".is_qcfail",
- ".is_duplicate"):
- n = x[1:]
- if n in exclude:
- continue
- self.assertEqual(getattr(read1, n), getattr(read2, n),
- "attribute mismatch for %s: %s != %s" %
- (n, getattr(read1, n), getattr(read2, n)))
-
-
-class TestAlignedRead(ReadTest):
-
- '''tests to check if aligned read can be constructed
- and manipulated.
- '''
-
- def testEmpty(self):
- a = pysam.AlignedRead()
- self.assertEqual(a.qname, None)
- self.assertEqual(a.seq, None)
- self.assertEqual(a.qual, None)
- self.assertEqual(a.flag, 0)
- self.assertEqual(a.rname, 0)
- self.assertEqual(a.mapq, 0)
- self.assertEqual(a.cigar, [])
- self.assertEqual(a.tags, [])
- self.assertEqual(a.mrnm, 0)
- self.assertEqual(a.mpos, 0)
- self.assertEqual(a.isize, 0)
-
-
- def testStrOfEmptyRead(self):
- a = pysam.AlignedRead()
- s = str(a)
- self.assertEqual(
- "None\t0\t0\t0\t0\tNone\t0\t0\t0\tNone\tNone\t[]",
- s)
-
-
- def buildRead(self):
- '''build an example read.'''
-
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_12345"
- a.seq = "ACGT" * 10
- a.flag = 0
- a.rname = 0
- a.pos = 20
- a.mapq = 20
- a.cigar = ((0, 10), (2, 1), (0, 9), (1, 1), (0, 20))
- a.mrnm = 0
- a.mpos = 200
- a.isize = 167
- a.qual = "1234" * 10
- # todo: create tags
- return a
-
- def testUpdate(self):
- '''check if updating fields affects other variable length data
- '''
- a = self.buildRead()
- b = self.buildRead()
-
- # check qname
- b.qname = "read_123"
- self.checkFieldEqual(a, b, "qname")
- b.qname = "read_12345678"
- self.checkFieldEqual(a, b, "qname")
- b.qname = "read_12345"
- self.checkFieldEqual(a, b)
-
- # check cigar
- b.cigar = ((0, 10), )
- self.checkFieldEqual(a, b, "cigar")
- b.cigar = ((0, 10), (2, 1), (0, 10))
- self.checkFieldEqual(a, b, "cigar")
- b.cigar = ((0, 10), (2, 1), (0, 9), (1, 1), (0, 20))
- self.checkFieldEqual(a, b)
-
- # check seq
- b.seq = "ACGT"
- self.checkFieldEqual(a, b, ("seq", "qual"))
- b.seq = "ACGT" * 3
- self.checkFieldEqual(a, b, ("seq", "qual"))
- b.seq = "ACGT" * 10
- self.checkFieldEqual(a, b, ("qual",))
-
- # reset qual
- b = self.buildRead()
-
- # check flags:
- for x in (
- "is_paired", "is_proper_pair",
- "is_unmapped", "mate_is_unmapped",
- "is_reverse", "mate_is_reverse",
- "is_read1", "is_read2",
- "is_secondary", "is_qcfail",
- "is_duplicate"):
- setattr(b, x, True)
- self.assertEqual(getattr(b, x), True)
- self.checkFieldEqual(a, b, ("flag", x,))
- setattr(b, x, False)
- self.assertEqual(getattr(b, x), False)
- self.checkFieldEqual(a, b)
-
- def testUpdate2(self):
- '''issue 135: inplace update of sequence and quality score.
-
- This does not work as setting the sequence will erase
- the quality scores.
- '''
- a = self.buildRead()
- a.seq = a.seq[5:10]
- self.assertEqual(a.qual, None)
-
- a = self.buildRead()
- s = a.qual
- a.seq = a.seq[5:10]
- a.qual = s[5:10]
-
- self.assertEqual(a.qual, s[5:10])
-
- def testLargeRead(self):
- '''build an example read.'''
-
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_12345"
- a.seq = "ACGT" * 200
- a.flag = 0
- a.rname = 0
- a.pos = 20
- a.mapq = 20
- a.cigar = ((0, 4 * 200), )
- a.mrnm = 0
- a.mpos = 200
- a.isize = 167
- a.qual = "1234" * 200
-
- return a
-
- def testTagParsing(self):
- '''test for tag parsing
-
- see http://groups.google.com/group/pysam-user-group/browse_thread/thread/67ca204059ea465a
- '''
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex8.bam"),
- "rb")
-
- for entry in samfile:
- before = entry.tags
- entry.tags = entry.tags
- after = entry.tags
- self.assertEqual(after, before)
-
- def testUpdateTlen(self):
- '''check if updating tlen works'''
- a = self.buildRead()
- oldlen = a.tlen
- oldlen *= 2
- a.tlen = oldlen
- self.assertEqual(a.tlen, oldlen)
-
- def testPositions(self):
- a = self.buildRead()
- self.assertEqual(a.positions,
- [20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
- 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39,
- 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49,
- 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59])
-
- self.assertEqual(a.aligned_pairs,
- [(0, 20), (1, 21), (2, 22), (3, 23), (4, 24),
- (5, 25), (6, 26), (7, 27), (8, 28), (9, 29),
- (None, 30),
- (10, 31), (11, 32), (12, 33), (13, 34), (14, 35),
- (15, 36), (16, 37), (17, 38), (18, 39), (19, None),
- (20, 40), (21, 41), (22, 42), (23, 43), (24, 44),
- (25, 45), (26, 46), (27, 47), (28, 48), (29, 49),
- (30, 50), (31, 51), (32, 52), (33, 53), (34, 54),
- (35, 55), (36, 56), (37, 57), (38, 58), (39, 59)])
-
- self.assertEqual(
- a.positions,
- [x[1] for x in a.aligned_pairs
- if x[0] is not None and x[1] is not None])
- # alen is the length of the aligned read in genome
- self.assertEqual(a.alen, a.aligned_pairs[-1][0] + 1)
- # aend points to one beyond last aligned base in ref
- self.assertEqual(a.positions[-1], a.aend - 1)
-
- def testBlocks(self):
- a = self.buildRead()
- self.assertEqual(a.blocks,
- [(20, 30), (31, 40), (40, 60)])
-
- # Disabled as not backwards compatible
- # def testFancyStr(self):
- # a = self.buildRead()
- # output = a.fancy_str()
- # self.assertEqual(len(output), 9)
-
-
-class TestDeNovoConstruction(ReadTest):
-
- '''check BAM/SAM file construction using ex6.sam
-
- (note these are +1 coordinates):
-
- read_28833_29006_6945 99 chr1 33 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1 RG:Z:L1
- read_28701_28881_323b 147 chr2 88 30 35M = 500 412 ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA <<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<< MF:i:18 RG:Z:L2
- '''
-
- header = {'HD': {'VN': '1.0'},
- 'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}], }
-
- bamfile = os.path.join(DATADIR, "ex6.bam")
- samfile = os.path.join(DATADIR, "ex6.sam")
-
- def setUp(self):
-
- a = pysam.AlignedRead()
- a.qname = "read_28833_29006_6945"
- a.seq = "AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG"
- a.flag = 99
- a.rname = 0
- a.pos = 32
- a.mapq = 20
- a.cigar = ((0, 10), (2, 1), (0, 25))
- a.mrnm = 0
- a.mpos = 199
- a.isize = 167
- a.qual = "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<<"
- a.tags = (("NM", 1),
- ("RG", "L1"))
-
- b = pysam.AlignedRead()
- b.qname = "read_28701_28881_323b"
- b.seq = "ACCTATATCTTGGCCTTGGCCGATGCGGCCTTGCA"
- b.flag = 147
- b.rname = 1
- b.pos = 87
- b.mapq = 30
- b.cigar = ((0, 35), )
- b.mrnm = 1
- b.mpos = 499
- b.isize = 412
- b.qual = "<<<<<;<<<<7;:<<<6;<<<<<<<<<<<<7<<<<"
- b.tags = (("MF", 18),
- ("RG", "L2"))
-
- self.reads = (a, b)
-
- # TODO
- # def testSAMWholeFile(self):
-
- # tmpfilename = "tmp_%i.sam" % id(self)
-
- # outfile = pysam.Samfile(tmpfilename,
- # "wh",
- # header=self.header)
-
- # for x in self.reads:
- # outfile.write(x)
- # outfile.close()
- # self.assertTrue(checkBinaryEqual(tmpfilename, self.samfile),
- # "mismatch when construction SAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.samfile))
-
- # os.unlink(tmpfilename)
-
- def testBAMPerRead(self):
- '''check if individual reads are binary equal.'''
- infile = pysam.Samfile(self.bamfile, "rb")
-
- others = list(infile)
- for denovo, other in zip(others, self.reads):
- self.checkFieldEqual(other, denovo)
- self.assertEqual(other.compare(denovo), 0)
-
- # TODO
- # def testSAMPerRead(self):
- # '''check if individual reads are binary equal.'''
- # infile = pysam.Samfile(self.samfile, "r")
-
- # others = list(infile)
- # for denovo, other in zip(others, self.reads):
- # self.checkFieldEqual(other, denovo)
- # self.assertEqual(other.compare(denovo), 0)
-
- def testBAMWholeFile(self):
-
- tmpfilename = "tmp_%i.bam" % id(self)
-
- outfile = pysam.Samfile(tmpfilename, "wb", header=self.header)
-
- for x in self.reads:
- outfile.write(x)
- outfile.close()
-
- self.assertTrue(checkBinaryEqual(tmpfilename, self.bamfile),
- "mismatch when construction BAM file, see %s %s" % (tmpfilename, self.bamfile))
-
- os.unlink(tmpfilename)
-
-
-class TestDeNovoConstructionUserTags(TestDeNovoConstruction):
-
- '''test de novo construction with a header that contains lower-case tags.'''
-
- header = {'HD': {'VN': '1.0'},
- 'SQ': [{'LN': 1575, 'SN': 'chr1'},
- {'LN': 1584, 'SN': 'chr2'}],
- 'x1': {'A': 2, 'B': 5},
- 'x3': {'A': 6, 'B': 5},
- 'x2': {'A': 4, 'B': 5}}
-
- bamfile = os.path.join(DATADIR, "example_user_header.bam")
- samfile = os.path.join(DATADIR, "example_user_header.sam")
-
-
-class TestEmptyHeader(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 84.'''
-
- def testEmptyHeader(self):
-
- s = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, 'example_empty_header.bam'))
- self.assertEqual(s.header, {'SQ': [{'LN': 1000, 'SN': 'chr1'}]})
-
-
-class TestBTagSam(unittest.TestCase):
-
- '''see issue 81.'''
-
- compare = [[100, 1, 91, 0, 7, 101, 0, 201, 96, 204, 0, 0, 87, 109, 0, 7, 97, 112, 1, 12, 78, 197, 0, 7, 100, 95, 101, 202, 0, 6, 0, 1, 186, 0, 84, 0, 244, 0, 0, 324, 0, 107, 195, 101, 113, 0, 102, 0, 104, 3, 0, 101, 1, 0, 212, 6, 0, 0, 1, 0, 74, 1, 11, 0, 196, 2, 197, 103, 0, 108, 98, 2, 7, 0, 1, 2, 194, 0, 180, 0, 108, 0, 203, 104, 16, 5, 205, 0, 0, 0, 1, 1, 100, 98, 0, 0, 204, 6, 0, 79, 0, 0, 101, 7, 109, 90, 265, 1, 27, 10, 109, 102, 9, 0, 292, 0, 110, 0, 0, 102, 112, 0, 0, 84, 10 [...]
- [-100, 200, -300, -400],
- [-100, 12],
- [12, 15],
- [-1.0, 5.0, 2.5]]
-
- filename = os.path.join(DATADIR, 'example_btag.sam')
-
- def testRead(self):
-
- s = pysam.Samfile(self.filename)
- for x, read in enumerate(s):
- if x == 0:
- self.assertEqual(read.tags, [('RG', 'QW85I'), ('PG', 'tmap'), ('MD', '140'), ('NM', 0), ('AS', 140), ('FZ', [100, 1, 91, 0, 7, 101, 0, 201, 96, 204, 0, 0, 87, 109, 0, 7, 97, 112, 1, 12, 78, 197, 0, 7, 100, 95, 101, 202, 0, 6, 0, 1, 186, 0, 84, 0, 244, 0, 0, 324, 0, 107, 195, 101, 113, 0, 102, 0, 104, 3, 0, 101, 1, 0, 212, 6, 0, 0, 1, 0, 74, 1, 11, 0, 196, 2, 197, 103, 0, 108, 98, 2, 7, 0, 1, 2, 194, 0, 180, 0, 108, 0, 203, 104, 16, 5, 205, 0, 0, 0, 1, 1, 100, 98, 0, 0, 20 [...]
- )
-
- fz = dict(read.tags)["FZ"]
- self.assertEqual(fz, self.compare[x])
- self.assertEqual(read.opt("FZ"), self.compare[x])
-
- def testWrite(self):
-
- s = pysam.Samfile(self.filename)
- for read in s:
- before = read.tags
- read.tags = read.tags
- after = read.tags
- self.assertEqual(after, before)
-
-
-class TestBTagBam(TestBTagSam):
- filename = os.path.join(DATADIR, 'example_btag.bam')
-
-
-class TestDoubleFetch(unittest.TestCase):
- '''check if two iterators on the same bamfile are independent.'''
-
- filename = os.path.join(DATADIR, 'ex1.bam')
-
- def testDoubleFetch(self):
-
- samfile1 = pysam.Samfile(self.filename, 'rb')
-
- for a, b in zip(samfile1.fetch(multiple_iterators=True),
- samfile1.fetch(multiple_iterators=True)):
- self.assertEqual(a.compare(b), 0)
-
- def testDoubleFetchWithRegion(self):
-
- samfile1 = pysam.Samfile(self.filename, 'rb')
- chr, start, stop = 'chr1', 200, 3000000
- # just making sure the test has something to catch
- self.assertTrue(len(list(samfile1.fetch(chr, start, stop))) > 0)
-
- for a, b in zip(samfile1.fetch(chr, start, stop),
- samfile1.fetch(chr, start, stop,
- multiple_iterators=True)):
- self.assertEqual(a.compare(b), 0)
-
- def testDoubleFetchUntilEOF(self):
-
- samfile1 = pysam.Samfile(self.filename, 'rb')
-
- for a, b in zip(samfile1.fetch(until_eof=True),
- samfile1.fetch(until_eof=True,
- multiple_iterators=True)):
- self.assertEqual(a.compare(b), 0)
-
-
-class TestRemoteFileFTP(unittest.TestCase):
-
- '''test remote access.
-
- '''
-
- # Need to find an ftp server without password on standard
- # port.
-
- url = "ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/rd/humanSequences/CV.bam"
- region = "1:1-1000"
-
- def testFTPView(self):
- return
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- result = pysam.view(self.url, self.region)
- self.assertEqual(len(result), 36)
-
- def testFTPFetch(self):
- return
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile = pysam.Samfile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch(region=self.region))
- self.assertEqual(len(result), 36)
-
-
-class TestRemoteFileHTTP(unittest.TestCase):
-
- url = "http://genserv.anat.ox.ac.uk/downloads/pysam/test/ex1.bam"
- region = "chr1:1-1000"
- local = os.path.join(DATADIR, "ex1.bam")
-
- def testView(self):
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile_local = pysam.Samfile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch(region=self.region))
-
- result = pysam.view(self.url, self.region)
- self.assertEqual(len(result), len(ref))
-
- def testFetch(self):
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile = pysam.Samfile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch(region=self.region))
- samfile_local = pysam.Samfile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch(region=self.region))
-
- self.assertEqual(len(ref), len(result))
- for x, y in zip(result, ref):
- self.assertEqual(x.compare(y), 0)
-
- def testFetchAll(self):
- if not checkURL(self.url):
- return
-
- samfile = pysam.Samfile(self.url, "rb")
- result = list(samfile.fetch())
- samfile_local = pysam.Samfile(self.local, "rb")
- ref = list(samfile_local.fetch())
-
- self.assertEqual(len(ref), len(result))
- for x, y in zip(result, ref):
- self.assertEqual(x.compare(y), 0)
-
-
-class TestLargeOptValues(unittest.TestCase):
-
- ints = (65536, 214748, 2147484, 2147483647)
- floats = (65536.0, 214748.0, 2147484.0)
-
- def check(self, samfile):
-
- i = samfile.fetch()
- for exp in self.ints:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs,
- "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in [-x for x in self.ints]:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs,
- "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in self.floats:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs,
- "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- for exp in [-x for x in self.floats]:
- rr = next(i)
- obs = rr.opt("ZP")
- self.assertEqual(exp, obs, "expected %s, got %s\n%s" %
- (str(exp), str(obs), str(rr)))
-
- def testSAM(self):
- samfile = pysam.Samfile(
- os.path.join(DATADIR, "ex10.sam"),
- "r")
- self.check(samfile)
-
- def testBAM(self):
- samfile = pysam.Samfile(
- os.path.join(DATADIR, "ex10.bam"),
- "rb")
- self.check(samfile)
-
-
-class TestPileup(unittest.TestCase):
- '''test pileup functionality.'''
-
- samfilename = "pysam_data/ex1.bam"
- fastafilename = "pysam_data/ex1.fa"
-
- def setUp(self):
-
- self.samfile = pysam.Samfile(self.samfilename)
- self.fastafile = pysam.Fastafile(self.fastafilename)
-
- def checkEqual(self, references, iterator):
-
- for x, column in enumerate(iterator):
- (contig, pos, reference_base,
- read_bases, read_qualities, alignment_mapping_qualities) \
- = references[x][:-1].split("\t")
- self.assertEqual(int(pos) - 1, column.pos)
-
- def testSamtoolsStepper(self):
- refs = pysam.mpileup(
- "-f", self.fastafilename,
- self.samfilename)
- iterator = self.samfile.pileup(
- stepper="samtools",
- fastafile=self.fastafile)
- self.checkEqual(refs, iterator)
-
- def testAllStepper(self):
- refs = pysam.mpileup(
- "-f", self.fastafilename,
- "-A", "-B",
- self.samfilename)
-
- iterator = self.samfile.pileup(
- stepper="all",
- fastafile=self.fastafile)
- self.checkEqual(refs, iterator)
-
-
-class TestLogging(unittest.TestCase):
-
- '''test around bug issue 42,
-
- failed in versions < 0.4
- '''
-
- def check(self, bamfile, log):
-
- if log:
- logger = logging.getLogger('franklin')
- logger.setLevel(logging.INFO)
- formatter = logging.Formatter(
- '%(asctime)s %(levelname)s %(message)s')
- log_hand = logging.FileHandler('log.txt')
- log_hand.setFormatter(formatter)
- logger.addHandler(log_hand)
-
- bam = pysam.Samfile(bamfile, 'rb')
- cols = bam.pileup()
- self.assertTrue(True)
-
- def testFail1(self):
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_fail.bam"),
- False)
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_fail.bam"),
- True)
-
- def testNoFail1(self):
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- False)
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- True)
-
- def testNoFail2(self):
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- True)
- self.check(os.path.join(DATADIR, "ex9_nofail.bam"),
- True)
-
-# TODOS
-# 1. finish testing all properties within pileup objects
-# 2. check exceptions and bad input problems (missing files, optional fields that aren't present, etc...)
-# 3. check: presence of sequence
-
-
-class TestSamfileUtilityFunctions(unittest.TestCase):
-
- def testCount(self):
-
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- for contig in ("chr1", "chr2"):
- for start in range(0, 2000, 100):
- end = start + 1
- self.assertEqual(
- len(list(samfile.fetch(contig, start, end))),
- samfile.count(contig, start, end),
- 'number mismatch for %s:%i-%i %i != %i' % (
- contig, start, end,
- len(list(samfile.fetch(contig, start, end))),
- samfile.count(contig, start, end)))
-
- # test empty intervals
- self.assertEqual(
- len(list(samfile.fetch(contig, start, start))),
- samfile.count(contig, start, start),
- 'number mismatch for %s:%i-%i %i != %i' % (
- contig, start, start,
- len(list(samfile.fetch(contig, start, start))),
- samfile.count(contig, start, start)))
-
- # test half empty intervals
- self.assertEqual(len(list(samfile.fetch(contig, start))),
- samfile.count(contig, start))
-
- self.assertEqual(
- len(list(samfile.fetch(contig, start))),
- samfile.count(contig, start),
- 'number mismatch for %s:%i %i != %i' % (
- contig, start,
- len(list(samfile.fetch(contig, start))),
- samfile.count(contig, start)))
-
- def testMate(self):
- '''test mate access.'''
-
- with open(os.path.join(DATADIR, "ex1.sam"), "rb") as inf:
- readnames = [x.split(b"\t")[0] for x in inf.readlines()]
- if sys.version_info[0] >= 3:
- readnames = [name.decode('ascii') for name in readnames]
-
- counts = collections.defaultdict(int)
- for x in readnames:
- counts[x] += 1
-
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
-
- for read in samfile.fetch():
- if not read.is_paired:
- self.assertRaises(ValueError, samfile.mate, read)
- elif read.mate_is_unmapped:
- self.assertRaises(ValueError, samfile.mate, read)
- else:
- if counts[read.qname] == 1:
- self.assertRaises(ValueError, samfile.mate, read)
- else:
- mate = samfile.mate(read)
- self.assertEqual(read.qname, mate.qname)
- self.assertEqual(read.is_read1, mate.is_read2)
- self.assertEqual(read.is_read2, mate.is_read1)
- self.assertEqual(read.pos, mate.mpos)
- self.assertEqual(read.mpos, mate.pos)
-
- def testIndexStats(self):
- '''test if total number of mapped/unmapped reads is correct.'''
-
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- self.assertEqual(samfile.mapped, 3235)
- self.assertEqual(samfile.unmapped, 35)
- self.assertEqual(samfile.nocoordinate, 0)
-
-
-class TestSamtoolsProxy(unittest.TestCase):
-
- '''tests for sanity checking access to samtools functions.'''
-
- def testIndex(self):
- self.assertRaises(IOError, pysam.index, "missing_file")
-
- def testView(self):
- # note that view still echos "open: No such file or directory"
- self.assertRaises(pysam.SamtoolsError, pysam.view, "missing_file")
-
- def testSort(self):
- self.assertRaises(pysam.SamtoolsError, pysam.sort, "missing_file")
-
-
-class TestSamfileIndex(unittest.TestCase):
-
- def testIndex(self):
- samfile = pysam.Samfile(os.path.join(DATADIR, "ex1.bam"),
- "rb")
- index = pysam.IndexedReads(samfile)
- index.build()
- reads = collections.defaultdict(int)
-
- for read in samfile:
- reads[read.qname] += 1
-
- for qname, counts in reads.items():
- found = list(index.find(qname))
- self.assertEqual(len(found), counts)
- for x in found:
- self.assertEqual(x.qname, qname)
-
-
-if __name__ == "__main__":
- # build data files
- print ("building data files")
- subprocess.call("make -C %s" % DATADIR, shell=True)
- print ("starting tests")
- unittest.main()
- print ("completed tests")
diff --git a/tests/TestUtils.py b/tests/TestUtils.py
deleted file mode 100644
index d005cd9..0000000
--- a/tests/TestUtils.py
+++ /dev/null
@@ -1,52 +0,0 @@
-import sys
-import os
-
-IS_PYTHON3 = sys.version_info[0] >= 3
-
-if IS_PYTHON3:
- from itertools import zip_longest
- from urllib.request import urlopen
-else:
- from itertools import izip as zip_longest
- from urllib2 import urlopen
-
-
-def checkBinaryEqual(filename1, filename2):
- '''return true if the two files are binary equal.'''
- if os.path.getsize(filename1) != os.path.getsize(filename2):
- return False
-
- infile1 = open(filename1, "rb")
- infile2 = open(filename2, "rb")
-
- def chariter(infile):
- while 1:
- c = infile.read(1)
- if c == b"":
- break
- yield c
-
- found = False
- for c1, c2 in zip_longest(chariter(infile1), chariter(infile2)):
- if c1 != c2:
- break
- else:
- found = True
-
- infile1.close()
- infile2.close()
- return found
-
-
-def checkURL(url):
- '''return True if URL is available.
-
- A URL might not be available if it is the wrong URL
- or there is no connection to the URL.
- '''
- try:
- urlopen(url, timeout=1)
- return True
- except:
- return False
-
diff --git a/tests/_compile_test.pyx b/tests/_compile_test.pyx
deleted file mode 100644
index db6b5b6..0000000
--- a/tests/_compile_test.pyx
+++ /dev/null
@@ -1,29 +0,0 @@
-from pysam.calignmentfile cimport AlignmentFile, AlignedSegment
-from pysam.ctabix cimport Tabixfile
-
-cdef AlignmentFile samfile
-cdef Tabixfile tabixfile
-
-
-def testCountBAM(AlignmentFile samfile):
- '''test reading from a BAM file accessing
- the flag field directly.'''
-
- cdef AlignedSegment read
- cdef int n = 0
-
- for read in samfile.fetch():
- flag = read._delegate.core.flag
- n += 1
-
- return n
-
-def testCountGTF(Tabixfile tabixfile):
- '''test reading from a tabixfile.'''
-
- cdef int n = 0
-
- for entry in tabixfile.fetch():
- n += 1
-
- return n
diff --git a/tests/_compile_test.pyxbld b/tests/_compile_test.pyxbld
deleted file mode 100644
index 87dfb3e..0000000
--- a/tests/_compile_test.pyxbld
+++ /dev/null
@@ -1,8 +0,0 @@
-# link against pysam
-def make_ext(modname, pyxfilename):
- from distutils.extension import Extension
- import pysam
- return Extension(name = modname,
- sources = [pyxfilename],
- include_dirs = pysam.get_include(),
- define_macros = pysam.get_defines())
diff --git a/tests/_cython_flagstat.pyx b/tests/_cython_flagstat.pyx
deleted file mode 100644
index f0f03bb..0000000
--- a/tests/_cython_flagstat.pyx
+++ /dev/null
@@ -1,18 +0,0 @@
-from pysam.calignmentfile cimport AlignmentFile, AlignedSegment
-from pysam.calignmentfile cimport pysam_get_flag
-from pysam.calignmentfile cimport BAM_FPROPER_PAIR, BAM_FPAIRED
-
-def count(AlignmentFile samfile):
- cdef int is_proper = 0
- cdef int is_paired = 0
- cdef AlignedSegment read
- cdef int f
-
- for read in samfile:
- f = pysam_get_flag(read._delegate)
- if f & BAM_FPAIRED:
- is_paired += 1
- if f & BAM_FPROPER_PAIR:
- is_proper += 1
-
- return is_paired, is_proper
diff --git a/tests/_cython_flagstat.pyxbld b/tests/_cython_flagstat.pyxbld
deleted file mode 100644
index 0e05b76..0000000
--- a/tests/_cython_flagstat.pyxbld
+++ /dev/null
@@ -1,8 +0,0 @@
-def make_ext(modname, pyxfilename):
- from distutils.extension import Extension
- import pysam
- return Extension(name=modname,
- sources=[pyxfilename],
- extra_link_args=pysam.get_libraries(),
- include_dirs=pysam.get_include(),
- define_macros=pysam.get_defines())
diff --git a/tests/compile_test.py b/tests/compile_test.py
deleted file mode 100644
index 5744dbe..0000000
--- a/tests/compile_test.py
+++ /dev/null
@@ -1,46 +0,0 @@
-'''
-compile_test.py - check pyximport
-=================================
-
-test script for checking if compilation against
-pysam and tabix works.
-'''
-# clean up previous compilation
-import os
-try:
- os.unlink('_compile_test.c')
- os.unlink('_compile_test.pyxbldc')
-except OSError:
- pass
-
-
-import pyximport
-pyximport.install(build_in_temp=False)
-import _compile_test
-
-import unittest
-import pysam
-
-
-class BAMTest(unittest.TestCase):
-
- input_filename = "pysam_data/ex1.bam"
-
- def testCount(self):
-
- nread = _compile_test.testCountBAM(
- pysam.Samfile(self.input_filename))
- self.assertEqual(nread, 3270)
-
-
-class GTFTest(unittest.TestCase):
-
- input_filename = "tabix_data/example.gtf.gz"
-
- def testCount(self):
- nread = _compile_test.testCountGTF(
- pysam.Tabixfile(self.input_filename))
- self.assertEqual(nread, 237)
-
-if __name__ == "__main__":
- unittest.main()
diff --git a/tests/cython_flagstat.py b/tests/cython_flagstat.py
deleted file mode 100644
index 33b56f7..0000000
--- a/tests/cython_flagstat.py
+++ /dev/null
@@ -1,12 +0,0 @@
-import pysam
-
-import pyximport
-pyximport.install()
-import _cython_flagstat
-
-is_paired, is_proper = _cython_flagstat.count(
- pysam.AlignmentFile("ex1.bam", "rb"))
-
-print ("there are alignments of %i paired reads" % is_paired)
-print ("there are %i proper paired alignments" % is_proper)
-
diff --git a/tests/faidx_test.py b/tests/faidx_test.py
deleted file mode 100644
index c454e83..0000000
--- a/tests/faidx_test.py
+++ /dev/null
@@ -1,87 +0,0 @@
-import pysam
-import unittest
-import os
-
-DATADIR = "pysam_data"
-
-
-class TestFastaFile(unittest.TestCase):
-
- sequences = {
- 'chr1':
- b"CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGCTGTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAGTCCCATTTGGAGCCCCTCTAAGCCGTTCTATTTGTAATGAAAACTATATTTATGCTATTCAGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAACAACCTTGAGAACCCCAGGGAATTTGTCAATGTCAGGGAAGGAGCATTTTGTCAGTTACCAAATGTGTTTATTACCAGAGGGATGGAGGGAAGAGGGACGCTGAAGAACTTTGATGCCCTCTTCTTCCAAAGATGAAACGCGTAACTGCGCTCTCATTCACTCCAGCTCCCTGTCACCCAAT [...]
- 'chr2':
- b"TTCAAATGAACTTCTGTAATTGAAAAATTCATTTAAGAAATTACAAAATATAGTTGAAAGCTCTAACAATAGACTAAACCAAGCAGAAGAAAGAGGTTCAGAACTTGAAGACAAGTCTCTTATGAATTAACCCAGTCAGACAAAAATAAAGAAAAAAATTTTAAAAATGAACAGAGCTTTCAAGAAGTATGAGATTATGTAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAAAAAGAAAAAGTGAGAAGTTTGGAAAAACTATTTGAGGAAGTAATTGGGGAAAACCTCTTTAGTCTTGCTAGAGATTTAGACATCTAAATGAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATACATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGAAAAAAATTCTAAAATCAGCAAGAGAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCATCA [...]
- }
-
- def setUp(self):
- self.file = pysam.FastaFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.fa"))
-
- def testFetch(self):
- for id, seq in list(self.sequences.items()):
- self.assertEqual(seq, self.file.fetch(id))
- for x in range(0, len(seq), 10):
- self.assertEqual(seq[x:x + 10], self.file.fetch(id, x, x + 10))
- # test x:end
- self.assertEqual(seq[x:], self.file.fetch(id, x))
- # test 0:x
- self.assertEqual(seq[:x], self.file.fetch(id, None, x))
-
- # unknown sequence returns ""
- # change: should be an IndexError
- self.assertEqual(b"", self.file.fetch("chr12"))
-
- def testOutOfRangeAccess(self):
- '''test out of range access.'''
- # out of range access returns an empty string
- for contig, s in self.sequences.items():
- self.assertEqual(self.file.fetch(contig, len(s), len(s) + 1), b"")
-
- self.assertEqual(self.file.fetch("chr3", 0, 100), b"")
-
- def testFetchErrors(self):
- self.assertRaises(ValueError, self.file.fetch)
- self.assertRaises(IndexError, self.file.fetch, "chr1", -1, 10)
- self.assertRaises(ValueError, self.file.fetch, "chr1", 20, 10)
-
- # does not work yet
- # self.assertRaises( KeyError, self.file.fetch, "chrX" )
-
- def testLength(self):
- self.assertEqual(len(self.file), 2)
-
- def testSequenceLengths(self):
- self.assertEqual(1575, self.file.get_reference_length("chr1"))
- self.assertEqual(1584, self.file.get_reference_length("chr2"))
-
- def tearDown(self):
- self.file.close()
-
-
-class TestFastqFile(unittest.TestCase):
-
- def setUp(self):
- self.file = pysam.FastqFile(os.path.join(DATADIR, "ex1.fq"))
-
- def testCounts(self):
- self.assertEqual(len([x for x in self.file]), 3270)
-
- def testMissingFile(self):
- self.assertRaises(IOError, pysam.FastqFile, "nothere.fq")
-
- def testSequence(self):
- s = self.file.__next__()
- # test first entry
- self.assertEqual(s.sequence, b"GGGAACAGGGGGGTGCACTAATGCGCTCCACGCCC")
- self.assertEqual(s.quality, b"<<86<<;<78<<<)<;4<67<;<;<74-7;,;8,;")
- self.assertEqual(s.name, b"B7_589:1:101:825:28")
-
- for s in self.file:
- pass
- # test last entry
- self.assertEqual(s.sequence, b"TAATTGAAAAATTCATTTAAGAAATTACAAAATAT")
- self.assertEqual(s.quality, b"<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<;;;<<<;<<8;<;<")
- self.assertEqual(s.name, b"EAS56_65:8:64:507:478")
-
-if __name__ == "__main__":
- unittest.main()
diff --git a/tests/pysam_data/Makefile b/tests/pysam_data/Makefile
deleted file mode 100644
index eb6c1d8..0000000
--- a/tests/pysam_data/Makefile
+++ /dev/null
@@ -1,63 +0,0 @@
-SAM=$(wildcard *.sam)
-BAM=$(SAM:%.sam=%.bam)
-BAI=$(BAM:%.bam=%.bam.bai)
-
-# ex2.bam - bam file without index
-
-all: ex1.pileup.gz \
- ex1.sam ex1.bam \
- ex2.sam.gz ex2.sam ex2.bam \
- uncompressed.bam \
- $(BAM) $(BAI) \
- example_bai.bam \
- rg_with_tab.bam \
- ex2_truncated.bam \
- empty.bam empty.bam.bai
-
-# ex2.sam - as ex1.sam, but with header
-ex2.sam.gz: ex1.bam ex1.bam.bai
- samtools view -h ex1.bam | gzip > ex2.sam.gz
-
-#%.bam: %.sam ex1.fa.fai
-# samtools import ex1.fa.fai $< $@
-
-uncompressed.bam: ex2.sam
- samtools view -buS $< > $@
-
-%.bam: %.sam
- samtools view -bS $< > $@
-
-%.sam: %.sam.gz
- gunzip < $< > $@
-
-ex1.fa.fai:ex1.fa
- samtools faidx ex1.fa
-ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
- samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
-
-%.bam.bai:%.bam
- samtools index $<
-
-ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
- samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
-
-ex2_truncated.bam: ex2.bam
- head -c 124000 ex2.bam > ex2_truncated.bam
-
-empty.bam: ex2.sam
- grep "^@" $< | samtools view -Sb - > $@
-
-example_unmapped_reads_no_sq.bam: example_unmapped_reads_no_sq.sam
- touch tmp.list
- samtools import tmp.list $< $@
- rm -f tmp.list
-
-example_bai.bam: ex1.bam
- cp ex1.bam $@
- samtools index $@
- mv $@.bai example_bai.bai
-
-clean:
- rm -fr *.bam *.bai *.fai *.pileup* \
- *~ calDepth *.dSYM pysam_*.sam \
- ex2.sam ex2.sam.gz ex1.sam
diff --git a/tests/pysam_data/ex1.bed b/tests/pysam_data/ex1.bed
deleted file mode 100644
index 0d0f498..0000000
--- a/tests/pysam_data/ex1.bed
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
-chr1 10 100
-chr1 100 1000
diff --git a/tests/pysam_data/ex1.fa b/tests/pysam_data/ex1.fa
deleted file mode 100644
index b4ed0cf..0000000
--- a/tests/pysam_data/ex1.fa
+++ /dev/null
@@ -1,56 +0,0 @@
->chr1
-CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGCT
-GTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGGTGCAGAGCCGAGTCAC
-GGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAG
-TCCCATTTGGAGCCCCTCTAAGCCGTTCTATTTGTAATGAAAACTATATTTATGCTATTC
-AGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAA
-CAACCTTGAGAACCCCAGGGAATTTGTCAATGTCAGGGAAGGAGCATTTTGTCAGTTACC
-AAATGTGTTTATTACCAGAGGGATGGAGGGAAGAGGGACGCTGAAGAACTTTGATGCCCT
-CTTCTTCCAAAGATGAAACGCGTAACTGCGCTCTCATTCACTCCAGCTCCCTGTCACCCA
-ATGGACCTGTGATATCTGGATTCTGGGAAATTCTTCATCCTGGACCCTGAGAGATTCTGC
-AGCCCAGCTCCAGATTGCTTGTGGTCTGACAGGCTGCAACTGTGAGCCATCACAATGAAC
-AACAGGAAGAAAAGGTCTTTCAAAAGGTGATGTGTGTTCTCATCAACCTCATACACACAC
-ATGGTTTAGGGGTATAATACCTCTACATGGCTGATTATGAAAACAATGTTCCCCAGATAC
-CATCCCTGTCTTACTTCCAGCTCCCCAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCT
-TTTGGCATTTGCCTTCAGACCCTACACGAATGCGTCTCTACCACAGGGGGCTGCGCGGTT
-TCCCATCATGAAGCACTGAACTTCCACGTCTCATCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAAT
-GCGCTCCACGCCCAAGCCCTTCTCACAGTTTCTGCCCCCAGCATGGTTGTACTGGGCAAT
-ACATGAGATTATTAGGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGA
-ACCACACATTAATACTATGTTTCTTATCTGCACATTACTACCCTGCAATTAATATAATTG
-TGTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCCAAATTCCCAATTA
-CGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCTTAGGTATCAATTTGGTGTTCTGTGTAAAG
-TCTCAGGGAGCCGTCCGTGTCCTCCCATCTGGCCTCGTCCACACTGGTTCTCTTGAAAGC
-TTGGGCTGTAATGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC
-TCTCCTTTTTGCTGCATCCCTGTCTTCCTCTGTCTTGATTTACTTGTTGTTGGTTTTCTG
-TTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGACATAATCCCACGCTTCCTATGGAAAGGTTGTTGGG
-AGATTTTTAATGATTCCTCAATGTTAAAATGTCTATTTTTGTCTTGACACCCAACTAATA
-TTTGTCTGAGCAAAACAGTCTAGATGAGAGAGAACTTCCCTGGAGGTCTGATGGCGTTTC
-TCCCTCGTCTTCTTA
->chr2
-TTCAAATGAACTTCTGTAATTGAAAAATTCATTTAAGAAATTACAAAATATAGTTGAAAG
-CTCTAACAATAGACTAAACCAAGCAGAAGAAAGAGGTTCAGAACTTGAAGACAAGTCTCT
-TATGAATTAACCCAGTCAGACAAAAATAAAGAAAAAAATTTTAAAAATGAACAGAGCTTT
-CAAGAAGTATGAGATTATGTAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAA
-AAAGAAAAAGTGAGAAGTTTGGAAAAACTATTTGAGGAAGTAATTGGGGAAAACCTCTTT
-AGTCTTGCTAGAGATTTAGACATCTAAATGAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATAC
-ATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAG
-GAAAAAAATTCTAAAATCAGCAAGAGAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCAT
-CAGAATAACAATGGGCTTCTCAGCAGAAACCTTACAAGCCAGAAGAGATTGGATCTAATT
-TTTGGACTTCTTAAAGAAAAAAAAACCTGTCAAACACGAATGTTATGCCCTGCTAAACTA
-AGCATCATAAATGAAGGGGAAATAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATA
-ATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAATGCTCAAAAGAATTGTAAAAGTCAAAAT
-TAAAGTTCAATACTCACCATCATAAATACACACAAAAGTACAAAACTCACAGGTTTTATA
-AAACAATTGAGACTACAGAGCAACTAGGTAAAAAATTAACATTACAACAGGAACAAAACC
-TCATATATCAATATTAACTTTGAATAAAAAGGGATTAAATTCCCCCACTTAAGAGATATA
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-EAS1_105:1:329:407:872 73 chr2 1510 0 35M * 0 0 TTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCTTTTTTTTTT <<<<<<<<<<<<<<<<<<6;<<&4::<++<(&;<< MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:2 UQ:i:46 H0:i:0 H1:i:0
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-EAS114_28:6:11:151:750 153 chr2 1513 5 36M * 0 0 GTTTTTATTTTTTTCCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTT :'1:%4;4<<<+;6;&9+6;/<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:32 Aq:i:5 NM:i:3 UQ:i:41 H0:i:0 H1:i:3
-EAS139_11:5:52:1278:1478 83 chr2 1513 47 35M = 1322 -226 GTTTTTTTTTTTTTCTTTTCTCTTTTTTTTTTTTT .8::<<<<<<<;<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:9 H1:i:85
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-EAS1_93:6:218:144:794 181 chr2 1514 0 * = 1514 0 GGGTGCATTGCTATGTTGCGGTCGCTTTGCCTCCT ++(3:&)5<9035<3):-<53<+&&-+)<<&)&<6 MF:i:192
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-EAS1_97:4:274:287:423 83 chr2 1515 0 35M = 1332 -218 TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTT 7<<<<9<<9<<<.<<<<90-<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:12 H1:i:85
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-EAS114_30:2:303:428:326 147 chr2 1515 0 35M = 1345 -205 TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTT 4<;<<;<;<4<<8;;;;.8+;<<;<8<;<;<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:11 H1:i:85
-EAS188_7:1:290:286:763 147 chr2 1515 75 35M = 1349 -201 TTTTTTTTTTTTCTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTT <<<<;<<<<<<<&<<<<&77<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:29 H1:i:85
-B7_591:7:89:67:709 89 chr2 1516 0 36M * 0 0 TTTTTTTTTTTGTCTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTT :7:::9:7:<<7<'<<477<<<<<<<<<:<<<<<:< MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:2 UQ:i:28 H0:i:0 H1:i:17
-EAS56_65:3:47:64:359 89 chr2 1516 0 35M * 0 0 TTTTTTTTTTTCTCTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTT <<<6<<<<<<<4<4</9<4@<<;<<<<<<<<<<<< MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:2 UQ:i:33 H0:i:0 H1:i:6
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-EAS56_65:4:296:78:421 181 chr2 1518 0 * = 1518 0 TGTTGGTGTTCGTTTTTTCTCCTGTTTCTTTTTCT <<*<4<<<;:<0<<<<<<<<+;<9<<1<<;<<<+: MF:i:192
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-EAS54_65:7:56:57:985 185 chr2 1519 0 35M = 1519 0 TTTTTTCTCTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 666666*6&1666+64666666666&266666666 MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:85 H1:i:85
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-EAS54_71:8:105:854:975 83 chr2 1523 71 33M = 1354 -202 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTG <<<<;<:<<;<&<;<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:85 H1:i:85
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-EAS54_71:4:284:269:882 73 chr2 1524 0 34M * 0 0 TTTCTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTGCA <;<<<<<8<7<8;<<<;<7<<<<<;272;73&&) MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:17 H0:i:0 H1:i:85
-EAS56_63:4:141:9:811 137 chr2 1524 10 35M * 0 0 TTTCTTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTACAT <<<;<<<<<<<;<;<:<<<;<<<<<<<<..));;. MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:3 UQ:i:47 H0:i:2 H1:i:27
-EAS114_30:6:277:397:932 73 chr2 1524 0 35M * 0 0 TTTCTTTTCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:8(,0%( MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:3 UQ:i:42 H0:i:2 H1:i:85
-EAS139_11:7:50:1229:1313 83 chr2 1528 77 35M = 1376 -187 TTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATGCCA <<<<,<&<7<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:0 NM:i:1 UQ:i:11 H0:i:3 H1:i:7
-EAS54_65:3:320:20:250 147 chr2 1532 77 35M = 1367 -200 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATGCCAGAAA +'''/<<<<7:;+<;::<<<;;<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:6 NM:i:2 UQ:i:24 H0:i:1 H1:i:2
-EAS114_26:7:37:79:581 83 chr2 1533 68 35M = 1349 -219 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATGCCAGAAAA 3,,,===6===<===<;=====-============ MF:i:18 Aq:i:27 NM:i:2 UQ:i:23 H0:i:0 H1:i:1
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deleted file mode 100644
index b285471..0000000
--- a/tests/pysam_data/softclip.sam
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@@ -1,6 +0,0 @@
- at HD VN:1.5 SO:coordinate
- at SQ SN:ref LN:45
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-r004 2064 ref 29 17 6H5M * 0 0 TAGGC 01234
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deleted file mode 100644
index 9c0b1cc..0000000
--- a/tests/pysam_data/tag_bug.sam
+++ /dev/null
@@ -1,16 +0,0 @@
- at SQ SN:2L LN:23011544
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- at SQ SN:YHet LN:347038
- at SQ SN:dmel_mitochondrion_genome LN:19517
-HWI-EAS241:138:4:17:7389-21153#0 256 2L 8878 3 36M * 0 0 CGCTGGACTCGCAAAGTGGACTTGTTCAGCAAGGAC FEAAEDBEEFEDGDGGG at 88GBEED:BB<BGDGG<F NM:i:0 NH:i:2 CC:A:X CP:f:1.90973e+07 HI:i:0 XC:i:1
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deleted file mode 100644
index 39b2938..0000000
--- a/tests/pysam_data/test.gtf
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-X pseudogene exon 171604 171758 . + . gene_id "ENSG00000228572"; transcript_id "ENST00000431238"; exon_number "2"; gene_name "NCRNA00108"; transcript_name "NCRNA00108-001";
-X pseudogene exon 172682 172712 . + . gene_id "ENSG00000228572"; transcript_id "ENST00000431238"; exon_number "3"; gene_name "NCRNA00108"; transcript_name "NCRNA00108-001";
-X protein_coding exon 192989 193061 . + . gene_id "ENSG00000182378"; transcript_id "ENST00000399012"; exon_number "1"; gene_name "PLCXD1"; transcript_name "PLCXD1-001";
-X protein_coding exon 198149 198351 . + . gene_id "ENSG00000182378"; transcript_id "ENST00000399012"; exon_number "2"; gene_name "PLCXD1"; transcript_name "PLCXD1-001";
-X protein_coding exon 200834 200981 . + . gene_id "ENSG00000182378"; transcript_id "ENST00000399012"; exon_number "3"; gene_name "PLCXD1"; transcript_name "PLCXD1-001";
-X protein_coding CDS 200855 200981 . + 0 gene_id "ENSG00000182378"; transcript_id "ENST00000399012"; exon_number "3"; gene_name "PLCXD1"; transcript_name "PLCXD1-001"; protein_id "ENSP00000381976";
-X protein_coding start_codon 200855 200857 . + 0 gene_id "ENSG00000182378"; transcript_id "ENST00000399012"; exon_number "3"; gene_name "PLCXD1"; transcript_name "PLCXD1-001";
-X protein_coding exon 205400 205536 . + . gene_id "ENSG00000182378"; transcript_id "ENST00000399012"; exon_number "4"; gene_name "PLCXD1"; transcript_name "PLCXD1-001";
-X protein_coding CDS 205400 205536 . + 2 gene_id "ENSG00000182378"; transcript_id "ENST00000399012"; exon_number "4"; gene_name "PLCXD1"; transcript_name "PLCXD1-001"; protein_id "ENSP00000381976";
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deleted file mode 100644
index 047ef93..0000000
Binary files a/tests/pysam_data/test.gtf.gz and /dev/null differ
diff --git a/tests/pysam_data/test_unaligned.sam b/tests/pysam_data/test_unaligned.sam
deleted file mode 100644
index 3cbb20a..0000000
--- a/tests/pysam_data/test_unaligned.sam
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@@ -1,6 +0,0 @@
- at HD VN:1.0 SO:queryname
- at RG ID:myid PL:illumina PU:P123456 LB:L123456 DT:2013-03-20T21:00:00-0700 SM:S123456 CN:MYCN
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-B123456:6:1101:10000:171579 589 * 0 0 * * 0 0 GAAGCATAGGACATGTCAATGATGGCCAGGTGTGTGAGGAAGAAGTACATGGGGGTGTGAAGCTTAGAGTCCAGGC ############################################################################ RG:Z:myid AM:i:0 SM:i:0
-B123456:6:1101:10000:171579 653 * 0 0 * * 0 0 ACCCTGCTGGGGAATGGGGTCATCTTTGGGATTATCTGCCTGGACTCTAAGCTTCACACACCCATGTACTTCTTCC 8BBBB>6<C<53679<:6<@95>><937964@?:@@B;A at 8>=<>CB=CD########################## RG:Z:myid AM:i:0 SM:i:23
diff --git a/tests/python_flagstat.py b/tests/python_flagstat.py
deleted file mode 100644
index e9ec971..0000000
--- a/tests/python_flagstat.py
+++ /dev/null
@@ -1,13 +0,0 @@
-import pysam
-
-is_paired = 0
-is_proper = 0
-
-for read in pysam.AlignmentFile("ex1.bam", "rb"):
- is_paired += read.is_paired
- is_proper += read.is_proper_pair
-
-print ("there are alignments of %i paired reads" % is_paired)
-print ("there are %i proper paired alignments" % is_proper)
-
-
diff --git a/tests/refactoring.pl b/tests/refactoring.pl
deleted file mode 100644
index 3300111..0000000
--- a/tests/refactoring.pl
+++ /dev/null
@@ -1,60 +0,0 @@
-while (<STDIN>) {
- # Samfile refactoring
- s/Samfile/AlignmentFile/g;
-
- # AlignedRead refactoring
- s/AlignedRead/AlignedSegment/g;
-
- # Do these patterns first as they match
- # the new names
- s/\.query/\.query_alignment_sequence/g;
- s/\.positions/\.getReferencePositions()/g;
-
- # Tabixfile, etc
- s/Tabixfile/TabixFile/g;
- s/Fastafile/FastaFile/g;
- s/Fastqfile/FastqFile/g;
-
- # basic attributes
- s/\.qname/\.query_name/g;
- s/\.tid/\.reference_id/g;
- s/\.pos/\.reference_start/g;
- s/\.mapq/\.mapping_quality/g;
- s/\.rnext/\.next_reference_id/g;
- s/\.pnext/\.next_reference_start/g;
- s/\.tlen/\.query_length/g;
- s/\.seq/\.query_sequence/g;
- if (/\.qual =/) {
- s/([[\].0-9a-zA-Z]*)\.qual = (\S*)/$1.query_qualities = pysam.fromQualityString($2)/g;
- } else {
- s/([[\].0-9a-zA-Z]*)\.qual/pysam.toQualityString($1\.query_qualities)/g;
- }
- s/\.alen/\.reference_length/g;
- s/\.aend/\.reference_end/g;
- s/\.rlen/\.query_alignment_length/g;
- s/([[\].0-9a-zA-Z]*)\.qqual/pysam.toQualityString($1\.query_alignment_qualities)/g;
- s/\.qstart/\.query_alignment_start/g;
- s/\.qend/\.query_alignment_end/g;
- s/\.qlen/\.query_alignment_length/g;
- s/\.mrnm/\.next_reference_id/g;
- s/\.rnext/\.next_reference_id/g;
- s/\.mpos/\.next_reference_start/g;
- s/\.rname/\.reference_id/g;
- s/\.isize/\.query_length/g;
- s/\.cigar/\.cigartuples/g unless (/\.cigarstring/);
-
- s/\.blocks/\.getBlocks()/g;
- s/\.aligned_pairs/\.getAlignedPairs()/g;
- s/\.inferred_length/\.getInferredQueryLength()/g;
-
- s/\.overlap()/\.getOverlap()/g;
-
- # PileupProxy
- s/\.n([^a-zA-Z])/\.nsegments$1/g;
-
- # if (/\.mrnm/ || /\.rnext/ || /\.mpos/ || /\.rname/)
- # {
- # warn "Deprecated tag $& at line $.\n";
- # }
- print;
-}
diff --git a/tests/refactoring.txt b/tests/refactoring.txt
deleted file mode 100644
index 75db3c7..0000000
--- a/tests/refactoring.txt
+++ /dev/null
@@ -1,198 +0,0 @@
-;; This buffer is for notes you don't want to save, and for Lisp evaluation.
-;; If you want to create a file, visit that file with C-x C-f,
-;; then enter the text in that file's own buffer.
-
-Samfile -> AlignmentFile
-AlignedRead -> AlignedSegment
-Tabixfile -> TabixFile
-Fastafile -> FastaFile
-Fastqfile -> FastqFile
-
-Changes to the AlignedSegment.API:
-
-Basic attributes
-================
-
-qname -> query_name
-tid -> reference_id
-pos -> reference_start
-mapq -> mapping_quality
-rnext -> next_reference_id
-pnext -> next_reference_start
-cigar = alignment (now returns CigarAlignment object)
-cigarstring = cigarstring
-tlen -> query_length
-seq -> query_sequence
-qual -> query_qualities, now returns array
-tags = tags (now returns Tags object)
-
-
-Derived simple attributes
-=========================
-
-alen -> reference_length, reference is always "alignment", so removed
-aend -> reference_end
-rlen -> query_length
-query -> query_alignment_sequence
-qqual -> query_alignment_qualities, now returns array
-qstart -> query_alignment_start
-qend -> query_alignment_end
-qlen -> query_alignment_length, kept, because can be computed without fetching the sequence
-mrnm -> next_reference_id
-mpos -> next_reference_start
-rname -> reference_id
-isize -> query_length
-
-
-Complex attributes - functions
-===============================
-
-blocks -> getBlocks()
-aligned_pairs -> getAlignedPairs()
-inferred_length -> inferQueryLength()
-positions -> getReferencePositions()
-overlap() -> getOverlap()
-
-
-Backwards incompatible changes:
-================================
-
-1. Empty cigarstring now returns None (intstead of '')
-
-2. Empty cigar now returns None (instead of [])
-
-3. When using the extension classes in cython modules, AlignedRead
- needs to be substituted with AlignedSegment. Automatic casting
- of the base class to the derived class seems not to work?
-
-4. fancy_str() has been removed
-
-
-=====================================================
-
-Kevin's suggestions:
-
-
-* smarter file opener
-* CRAM support
-* CSI index support (create and use)
-* better attribute and property names
-* remove deprecated names
-* add object oriented CIGAR and tag handling
-* fetch query that recruits mate pairs that overlap query region
-* other commonly re-invented functionality
-
- qname -> template_name
- pos -> reference_start
- aend -> reference_stop
- alen -> reference_length
- tid -> ref_id
- qname -> template_name (not a high priority, but would be clearer)
- qstart -> query_start (really segment_align_start)
- qend -> query_stop (really segment_align_stop)
- qlen -> query_length (really segment_align_length)
- qqual -> query_qual (really segment_align_qual)
- rlen -> drop in favor of len(align.seq)
- inferred_length -> inferred_query_length
- is_* -> replace with flag object that is a subclass of int
- cigarstring -> str(align.cigar)
- tags -> opts object with a mapping-like interface
- Non-backward compatible:
- rname, mrnm, mpos, isize -> remove
- cigar -> CigarSequence object (or something similar)
- All coordinate and length queries return None when a value is not available (currently some return None, some 0)
- Store qualities as an array or bytes type
-
-
-Marcel's suggestions:
-
- I recently sent in a pull request (which was merged) that improves the pysam doc a bit. While preparing that, I also wrote down some ways in which the API itself could be improved. I think the API is ok, but for someone like me who uses pysam not every day, some of the details are hard to remember and every time I do very basic things I end up looking them up again in the docs. I can recommend this article, written for C++, but many points still apply:
- http://qt-project.org/wiki/API_Design_Principles .
-
- Originally, I wanted to convert at least some of these suggestions to pull requests, but I'm not sure I have the time for that in the near future. So before I forget about this completely, I thought it's best to at least send this to the list. I'm concentrating on issues I found in Samfile and AlignedRead here.
-
- - The terminology is inconsistent - often two words are used
- to describe the same thing: opt vs. tag, query vs. read,
- reference vs. target. My suggestion is to consistently use
- the same terms as in the SAM spec: tag, query,
- reference. This applies both to documentation and
- function/property names.
-
- - In line with the document linked to above (see the
- section "The Art of Naming"): Do not abbreviate function
- and property names. For example, tlen -> template_length,
- pos -> position, mapq -> mapping_quality etc.
-
- - Be consistent with multiword function and variable names. I
- suggest to use the PEP8 convention. This isn't so visible
- to the user in Samfile and AlignedRead, it seems, but there
- are things like convertBinaryTagToList which could be
- renamed to convert_binary_tag_to_list.
-
- - Don't make functions that are not setters or getters a
- property. This applies to
- AlignedRead.positions/.inferred_length/.aligned_pairs/.blocks
- and currently also Samfile.references, for example. Making
- these a property implies to the user that access requires
- constant time. This is important in code like this:
-
- for i in range(n):
- do_something_with(read.positions[i])
-
- This looks inconspicuous, but is possibly inefficient since
- .positions actually builds up the result it returns each time
- it's accessed.
-
- - Update the examples in the docs to use context manager
- syntax.
-
- Particular to Samfile:
-
- - Deprecate Samfile.nreferences: propose to use
- len(samfile.references) instead. Cache Samfile.references
- so it's not re-created every time.
-
- - Move Samfile.mapped/.unmapped/.nocoordinate into a .stats
- attribute (Samfile.stats.mapped/.unmapped/.noocordinate).
-
- Particular to AlignedRead:
-
- - When read is an AlignedRead, print(read) should print out a
- properly formatted SAM line.
-
- - Force assignment to .qual/.seq to go through a function
- that sets both at the same time. This avoids the problem
- that they must be set in a particular order, which is easy
- to forget and only 'enforced' through documentation.
-
- - Deprecate rlen, use len(read.seq) instead.
-
- - Handling of tags is a little awkward. Would be cool if this
- worked:
-
- read.tags['XK'] = 'hello' # add a new tag if it doesn't exist
- read.tags['AS'] += 17 # update the value of a tag
- del read.tags['AS']
- if 'AS' in read.tags: ...
-
- - Add a property AlignedRead.qualities that behaves like a
- Py3-bytes object in both Py2 and Py3. That is, accessing
- read.qualities[0] gives you an int value that represents
- the quality. The fact that qualities are encoded as
- ASCII(q+33) is an implementation detail that can be hidden.
-
- Done
-
- - And finally: Add a Cigar class. I guess this is already
- what 'improved CIGAR string handling' refers to in the
- roadmap. AlignedRead.cigar would then return a Cigar object
- that can be printed, compared and concatenated to others,
- whose length can be measured etc. The .unclipped and
- .inferred length properties can also be moved here. Or
- perhaps: Make this an Alignment class that even knows about
- the two strings it is aligning. One could then also iterate
- over all columns of the alignment. But I guess this goes
- too far since that's what the AlignedRead itself should be.
-
- Regards,
- Marcel
diff --git a/tests/samtools_test.py b/tests/samtools_test.py
deleted file mode 100644
index 203c0a7..0000000
--- a/tests/samtools_test.py
+++ /dev/null
@@ -1,383 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''unit testing code for pysam.
-
-Execute in the :file:`tests` directory as it requires the Makefile
-and data files located there.
-'''
-
-import pysam
-import unittest
-import os
-import re
-import sys
-import subprocess
-import shutil
-from TestUtils import checkBinaryEqual
-
-IS_PYTHON3 = sys.version_info[0] >= 3
-
-SAMTOOLS = "samtools"
-WORKDIR = "pysam_test_work"
-DATADIR = "pysam_data"
-
-
-def runSamtools(cmd):
- '''run a samtools command'''
-
- try:
- retcode = subprocess.call(cmd, shell=True,
- stderr=subprocess.PIPE)
- if retcode < 0:
- print("Child was terminated by signal", -retcode)
- except OSError as e:
- print("Execution failed:", e)
-
-
-def getSamtoolsVersion():
- '''return samtools version'''
-
- with subprocess.Popen(SAMTOOLS, shell=True, stderr=subprocess.PIPE).stderr as pipe:
- lines = b"".join(pipe.readlines())
-
- if IS_PYTHON3:
- lines = lines.decode('ascii')
- return re.search("Version:\s+(\S+)", lines).groups()[0]
-
-
-class BinaryTest(unittest.TestCase):
-
- '''test samtools command line commands and compare
- against pysam commands.
-
- Tests fail, if the output is not binary identical.
- '''
-
- first_time = True
-
- # a dictionary of commands to test
- # first entry: (samtools output file, samtools command)
- # second entry: (pysam output file, (pysam function, pysam options) )
- commands = \
- {
- "view":
- (
- ("ex1.view", "view ex1.bam > ex1.view"),
- ("pysam_ex1.view", (pysam.view, "ex1.bam")),
- ),
- "view2":
- (
- ("ex1.view", "view -bT ex1.fa -o ex1.view2 ex1.sam"),
- # note that -o ex1.view2 throws exception.
- ("pysam_ex1.view",
- (pysam.view, "-bT ex1.fa -oex1.view2 ex1.sam")),
- ),
- "sort":
- (
- ("ex1.sort.bam", "sort ex1.bam ex1.sort"),
- ("pysam_ex1.sort.bam", (pysam.sort, "ex1.bam pysam_ex1.sort")),
- ),
- "mpileup":
- (
- ("ex1.pileup", "mpileup ex1.bam > ex1.pileup"),
- ("pysam_ex1.mpileup", (pysam.mpileup, "ex1.bam")),
- ),
- "depth":
- (
- ("ex1.depth", "depth ex1.bam > ex1.depth"),
- ("pysam_ex1.depth", (pysam.depth, "ex1.bam")),
- ),
- "faidx":
- (
- ("ex1.fa.fai", "faidx ex1.fa"),
- ("pysam_ex1.fa.fai", (pysam.faidx, "ex1.fa")),
- ),
- "index":
- (
- ("ex1.bam.bai", "index ex1.bam"),
- ("pysam_ex1.bam.bai", (pysam.index, "pysam_ex1.bam")),
- ),
- "idxstats":
- (
- ("ex1.idxstats", "idxstats ex1.bam > ex1.idxstats"),
- ("pysam_ex1.idxstats", (pysam.idxstats, "pysam_ex1.bam")),
- ),
- "fixmate":
- (
- ("ex1.fixmate", "fixmate ex1.bam ex1.fixmate"),
- ("pysam_ex1.fixmate",
- (pysam.fixmate, "pysam_ex1.bam pysam_ex1.fixmate")),
- ),
- "flagstat":
- (
- ("ex1.flagstat", "flagstat ex1.bam > ex1.flagstat"),
- ("pysam_ex1.flagstat", (pysam.flagstat, "pysam_ex1.bam")),
- ),
- "calmd":
- (
- ("ex1.calmd", "calmd ex1.bam ex1.fa > ex1.calmd"),
- ("pysam_ex1.calmd", (pysam.calmd, "pysam_ex1.bam ex1.fa")),
- ),
- "merge":
- (
- ("ex1.merge", "merge -f ex1.merge ex1.bam ex1.bam"),
- # -f option does not work - following command will cause the subsequent
- # command to fail
- ("pysam_ex1.merge",
- (pysam.merge, "pysam_ex1.merge pysam_ex1.bam pysam_ex1.bam")),
- ),
- "rmdup":
- (
- ("ex1.rmdup", "rmdup ex1.bam ex1.rmdup"),
- ("pysam_ex1.rmdup",
- (pysam.rmdup, "pysam_ex1.bam pysam_ex1.rmdup")),
- ),
- "reheader":
- (
- ("ex1.reheader", "reheader ex1.bam ex1.bam > ex1.reheader"),
- ("pysam_ex1.reheader", (pysam.reheader, "ex1.bam ex1.bam")),
- ),
- "cat":
- (
- ("ex1.cat", "cat ex1.bam ex1.bam > ex1.cat"),
- ("pysam_ex1.cat", (pysam.cat, "ex1.bam ex1.bam")),
- ),
- "targetcut":
- (
- ("ex1.targetcut", "targetcut ex1.bam > ex1.targetcut"),
- ("pysam_ex1.targetcut", (pysam.targetcut, "pysam_ex1.bam")),
- ),
- "phase":
- (
- ("ex1.phase", "phase ex1.bam > ex1.phase"),
- ("pysam_ex1.phase", (pysam.phase, "pysam_ex1.bam")),
- ),
- "import":
- (
- ("ex1.bam", "import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam"),
- ("pysam_ex1.bam",
- (pysam.samimport, "ex1.fa.fai ex1.sam.gz pysam_ex1.bam")),
- ),
- "bam2fq":
- (
- ("ex1.bam2fq", "bam2fq ex1.bam > ex1.bam2fq"),
- ("pysam_ex1.bam2fq", (pysam.bam2fq, "pysam_ex1.bam")),
- ),
- "pad2unpad":
- (
- ("ex2.unpad", "pad2unpad -T ex1.fa ex2.bam > ex2.unpad"),
- ("pysam_ex2.unpad", (pysam.pad2unpad, "-T ex1.fa ex2.bam")),
- ),
- "bamshuf":
- (
- ("ex1.bamshuf.bam", "bamshuf ex1.bam ex1.bamshuf"),
- ("pysam_ex1.bamshuf.bam",
- (pysam.bamshuf, "ex1.bam pysam_ex1.bamshuf")),
- ),
- "bedcov":
- (
- ("ex1.bedcov", "bedcov ex1.bed ex1.bam > ex1.bedcov"),
- ("pysam_ex1.bedcov", (pysam.bedcov, "ex1.bed ex1.bam")),
- ),
- }
-
- # some tests depend on others. The order specifies in which order
- # the samtools commands are executed.
- # The first three (faidx, import, index) need to be in that order,
- # the rest is arbitrary.
- order = ('faidx', 'import', 'index',
- # 'pileup1', 'pileup2', deprecated
- # 'glfview', deprecated
- 'view', 'view2',
- 'sort',
- 'mpileup',
- 'depth',
- 'idxstats',
- # 'fixmate',
- 'flagstat',
- # 'calmd',
- 'merge',
- # 'rmdup',
- 'reheader',
- 'cat',
- 'bedcov',
- 'targetcut',
- 'phase',
- # 'bamshuf',
- 'bam2fq',
- # 'pad2unpad',
- )
-
- def setUp(self):
- '''setup tests.
-
- For setup, all commands will be run before the first test is
- executed. Individual tests will then just compare the output
- files.
- '''
- if BinaryTest.first_time:
-
- # remove previous files
- if os.path.exists(WORKDIR):
- shutil.rmtree(WORKDIR)
- pass
-
- # copy the source files to WORKDIR
- os.makedirs(WORKDIR)
-
- shutil.copy(os.path.join(DATADIR, "ex1.fa"),
- os.path.join(WORKDIR, "pysam_ex1.fa"))
- shutil.copy(os.path.join(DATADIR, "ex1.fa"),
- os.path.join(WORKDIR, "ex1.fa"))
- shutil.copy(os.path.join(DATADIR, "ex1.sam.gz"),
- os.path.join(WORKDIR, "ex1.sam.gz"))
- shutil.copy(os.path.join(DATADIR, "ex1.sam"),
- os.path.join(WORKDIR, "ex1.sam"))
- shutil.copy(os.path.join(DATADIR, "ex2.bam"),
- os.path.join(WORKDIR, "ex2.bam"))
-
- # cd to workdir
- savedir = os.getcwd()
- os.chdir(WORKDIR)
- for label in self.order:
- # print ("command=", label)
- command = self.commands[label]
- # build samtools command and target and run
- samtools_target, samtools_command = command[0]
- runSamtools(" ".join((SAMTOOLS, samtools_command)))
-
- # get pysam command and run
- try:
- pysam_target, pysam_command = command[1]
- except ValueError as msg:
- raise ValueError("error while setting up %s=%s: %s" %
- (label, command, msg))
-
- pysam_method, pysam_options = pysam_command
-
- try:
- output = pysam_method(*pysam_options.split(" "), raw=True)
- except pysam.SamtoolsError as msg:
- raise pysam.SamtoolsError(
- "error while executing %s: options=%s: msg=%s" %
- (label, pysam_options, msg))
-
- if ">" in samtools_command:
- with open(pysam_target, "wb") as outfile:
- if type(output) == list:
- if IS_PYTHON3:
- for line in output:
- outfile.write(line.encode('ascii'))
- else:
- for line in output:
- outfile.write(line)
- else:
- outfile.write(output)
-
- os.chdir(savedir)
- BinaryTest.first_time = False
-
- samtools_version = getSamtoolsVersion()
-
- def _r(s):
- # patch - remove any of the alpha/beta suffixes, i.e., 0.1.12a ->
- # 0.1.12
- if s.count('-') > 0:
- s = s[0:s.find('-')]
- return re.sub("[^0-9.]", "", s)
-
- if _r(samtools_version) != _r(pysam.__samtools_version__):
- raise ValueError("versions of pysam/samtools and samtools differ: %s != %s" %
- (pysam.__samtools_version__,
- samtools_version))
-
- def checkCommand(self, command):
- if command:
- samtools_target, pysam_target = self.commands[
- command][0][0], self.commands[command][1][0]
- samtools_target = os.path.join(WORKDIR, samtools_target)
- pysam_target = os.path.join(WORKDIR, pysam_target)
- self.assertTrue(checkBinaryEqual(samtools_target, pysam_target),
- "%s failed: files %s and %s are not the same" % (command, samtools_target, pysam_target))
-
- def testImport(self):
- self.checkCommand("import")
-
- def testIndex(self):
- self.checkCommand("index")
-
- def testSort(self):
- self.checkCommand("sort")
-
- def testMpileup(self):
- self.checkCommand("mpileup")
-
- def testDepth(self):
- self.checkCommand("depth")
-
- def testIdxstats(self):
- self.checkCommand("idxstats")
-
- # def testFixmate(self):
- # self.checkCommand("fixmate")
-
- def testFlagstat(self):
- self.checkCommand("flagstat")
-
- def testMerge(self):
- self.checkCommand("merge")
-
- # def testRmdup(self):
- # self.checkCommand("rmdup")
-
- def testReheader(self):
- self.checkCommand("reheader")
-
- def testCat(self):
- self.checkCommand("cat")
-
- def testTargetcut(self):
- self.checkCommand("targetcut")
-
- def testPhase(self):
- self.checkCommand("phase")
-
- def testBam2fq(self):
- self.checkCommand("bam2fq")
-
- def testBedcov(self):
- self.checkCommand("bedcov")
-
- # def testBamshuf(self):
- # self.checkCommand("bamshuf")
-
- # def testPad2Unpad(self):
- # self.checkCommand("pad2unpad")
-
- # def testPileup1( self ):
- # self.checkCommand( "pileup1" )
-
- # def testPileup2( self ):
- # self.checkCommand( "pileup2" )
-
- # deprecated
- # def testGLFView( self ):
- # self.checkCommand( "glfview" )
-
- def testView(self):
- self.checkCommand("view")
-
- def testEmptyIndex(self):
- self.assertRaises(IOError, pysam.index, "exdoesntexist.bam")
-
- def __del__(self):
- if os.path.exists(WORKDIR):
- pass
- # shutil.rmtree( WORKDIR )
-
-if __name__ == "__main__":
- # build data files
- print ("building data files")
- subprocess.call("make -C %s" % DATADIR, shell=True)
- print ("starting tests")
- unittest.main()
- print ("completed tests")
diff --git a/tests/tabix_data/example.bed.gz b/tests/tabix_data/example.bed.gz
deleted file mode 100644
index b67da76..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.bed.gz and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.bed.gz.tbi b/tests/tabix_data/example.bed.gz.tbi
deleted file mode 100644
index a529607..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.bed.gz.tbi and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.gtf.gz b/tests/tabix_data/example.gtf.gz
deleted file mode 100644
index 693db0c..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.gtf.gz and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.gtf.gz.tbi b/tests/tabix_data/example.gtf.gz.tbi
deleted file mode 100644
index 6e4fb0b..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.gtf.gz.tbi and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.sam.gz b/tests/tabix_data/example.sam.gz
deleted file mode 100644
index 9d7cb5f..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.sam.gz and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.sam.gz.tbi b/tests/tabix_data/example.sam.gz.tbi
deleted file mode 100644
index a6c84f1..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.sam.gz.tbi and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.vcf.gz b/tests/tabix_data/example.vcf.gz
deleted file mode 100644
index 277bd7b..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.vcf.gz and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.vcf.gz.tbi b/tests/tabix_data/example.vcf.gz.tbi
deleted file mode 100644
index ddb120e..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example.vcf.gz.tbi and /dev/null differ
diff --git a/tests/tabix_data/example.vcf40 b/tests/tabix_data/example.vcf40
deleted file mode 100644
index 07e0746..0000000
--- a/tests/tabix_data/example.vcf40
+++ /dev/null
@@ -1,23 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.0
-##fileDate=20090805
-##source=myImputationProgramV3.1
-##reference=1000GenomesPilot-NCBI36
-##phasing=partial
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
-##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency">
-##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership, build 129">
-##INFO=<ID=H2,Number=0,Type=Flag,Description="HapMap2 membership">
-##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10">
-##FILTER=<ID=s50,Description="Less than 50% of samples have data">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
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-20 17330 . T A 3 q10 NS=3;DP=11;AF=0.017 GT:GQ:DP:HQ 0|0:49:3:58,50 0|1:3:5:65,3 0/0:41:3
-20 1110696 rs6040355 A G,T 67 PASS NS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB GT:GQ:DP:HQ 1|2:21:6:23,27 2|1:2:0:18,2 2/2:35:4
-20 1234567 microsat1 GTCT G,GTACT 50 PASS NS=3;DP=9;AA=G GT:GQ:DP 0/1:35:4 0/2:17:2 1/1:40:3
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deleted file mode 100644
index 0463180..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/example_badcomments.bed.gz.tbi and /dev/null differ
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Binary files a/tests/tabix_data/example_badcomments.gtf.gz and /dev/null differ
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deleted file mode 100644
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index 366004b..0000000
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-##fileDate=20090805
-##source=myImputationProgramV3.1
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-##phasing=partial
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
-##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency">
-##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership, build 129">
-##INFO=<ID=H2,Number=0,Type=Flag,Description="HapMap2 membership">
-##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10">
-##FILTER=<ID=s50,Description="Less than 50% of samples have data">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT Reneé Grün Señor
-M 1230237 . T . 47 PASS NS=3;DP=13;AA=T GT:GQ:DP:HQ 0|0:54:7:56,60 0|0:48:4:51,51 0/0:61:2
-17 14370 Reneé G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51 1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,.
-20 17330 . T A 3 q10 NS=3;DP=11;AF=0.017 GT:GQ:DP:HQ 0|0:49:3:58,50 0|1:3:5:65,3 0/0:41:3
-20 1110696 Grün A G,T 67 PASS NS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB GT:GQ:DP:HQ 1|2:21:6:23,27 2|1:2:0:18,2 2/2:35:4
-20 1234567 Señor GTCT G,GTACT 50 PASS NS=3;DP=9;AA=G GT:GQ:DP 0/1:35:4 0/2:17:2 1/1:40:3
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index 42b924d..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/gtf_toofew_fields.gtf.gz and /dev/null differ
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deleted file mode 100644
index 901dc1e..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/gtf_toomany_fields.gtf.gz and /dev/null differ
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index 901dc1e..0000000
Binary files a/tests/tabix_data/gtf_wrong_fields.gtf.gz and /dev/null differ
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deleted file mode 100644
index 4ec2daf..0000000
--- a/tests/tabix_data/vcf/10.vcf
+++ /dev/null
@@ -1,84 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.0
-##FILTER=<ID=HardyWeinbergViolation,Description="The validation is in Hardy-Weinberg violation">
-##FILTER=<ID=HighNoCallRate,Description="The validation no-call rate is too high">
-##FILTER=<ID=TooManyHomVars,Description="The validation homozygous variant rate is too high">
-##INFO=<ID=AC,Number=1,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=HW,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled Hardy-Weinberg violation p-value">
-##INFO=<ID=HetPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of heterozygous genotypes">
-##INFO=<ID=HomRefPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of homozygous reference genotypes">
-##INFO=<ID=HomVarPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent homozygous variant genotypes">
-##INFO=<ID=NoCallPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of no-calls">
-##ValidationMetrics_HardyWeinbergViolations="25 (8%)"
-##ValidationMetrics_HomVarViolations="0 (0%)"
-##ValidationMetrics_NoCallViolations="13 (4%)"
-##ValidationMetrics_PolymorphicPassingRecords="195 (75%)"
-##ValidationMetrics_RecordsPassingFilters="258 (87%)"
-##ValidationMetrics_RecordsProcessed=296
-##ValidationMetrics_SamplesAssayed=383
-##VariantValidationAssessor="analysis_type=VariantValidationAssessor input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[rawData/plink.renamed.sorted.fixed.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGap [...]
-##source=PLINK
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG00127 HG00128 HG00136 HG00137 HG00138 HG00139 HG00152 HG00156 HG00234 HG00235 HG00237 HG00242 HG00244 HG00262 HG01055 HG01079 NA19138 NA18974 NA18523 NA12717 NA19209 NA18577 NA18973 NA18943 NA12873 NA18623 NA18622 NA18948 NA19171 NA19204 NA06994 NA18563 NA18547 NA18861 NA18608 NA18995 NA10851 NA18976 NA18603 NA19200 HG01204 HG01191 HG01101 HG00146 HG00306 NA18985 HG00160 HG00635 HG00372 HG00357 HG00634 NA18541 NA18950 NA19759 HG00351 HG0025 [...]
-20 676148 . A AC . PASS AC=0;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1342549 . A AAGAT . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1366475 . CT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1550416 . C CT . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 3700705 . CTTTGGG C . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 5724449 . T TC . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 7942727 . A AC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 9231138 . AT A . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 10090376 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12094344 . TCAGGAGGC T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12634463 . TGA T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12837095 . G GA . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12928028 . TG T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13365589 . T TG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13926445 . TA T . PASS AC=0;AN=756;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 14287634 . AGT A . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 14983337 . AGCC A . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15037520 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15141272 . T TC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16192114 . AT A . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16259934 . C CAA . PASS AC=0;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17250858 . T TC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 17753474 . C CA . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 18520672 . A ATT . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 19188693 . T TC . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 19437778 . GGCCTGGGATGTAAA G . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20434198 . TA T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20990240 . TC T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 24710482 . GT G . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 25905250 . GT G . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 29589873 . CCTT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29628180 . C CCACAAGAAG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29804699 . A AC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 30567910 . T TG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 31760870 . CG C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32456076 . GT G . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32968409 . GTC G . PASS AC=0;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 34313574 . A AT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 35329008 . ATC A . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37954797 . A AGT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 39607037 . C CA . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 39868369 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40006262 . TGAG T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 40110981 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40742257 . TG T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41964672 . A AT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42145613 . TG T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42930748 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43606638 . T TC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43826992 . GC G . PASS AC=0;AN=748;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=2.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 44470843 . GAGTGTCGT G . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 45300827 . CT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 46353646 . A AG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 47428163 . C CA . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49451656 . T TG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49561273 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 49765611 . A AC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 50772065 . T TC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 53538294 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54262948 . A AC . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 55658161 . GT G . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 59186675 . TATTA T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 61531765 . AG A . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
diff --git a/tests/tabix_data/vcf/11.vcf b/tests/tabix_data/vcf/11.vcf
deleted file mode 100644
index fe190df..0000000
--- a/tests/tabix_data/vcf/11.vcf
+++ /dev/null
@@ -1,216 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.0
-##FILTER=<ID=HardyWeinbergViolation,Description="The validation is in Hardy-Weinberg violation">
-##FILTER=<ID=HighNoCallRate,Description="The validation no-call rate is too high">
-##FILTER=<ID=TooManyHomVars,Description="The validation homozygous variant rate is too high">
-##INFO=<ID=AC,Number=1,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=HW,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled Hardy-Weinberg violation p-value">
-##INFO=<ID=HetPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of heterozygous genotypes">
-##INFO=<ID=HomRefPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of homozygous reference genotypes">
-##INFO=<ID=HomVarPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent homozygous variant genotypes">
-##INFO=<ID=NoCallPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of no-calls">
-##ValidationMetrics_HardyWeinbergViolations="25 (8%)"
-##ValidationMetrics_HomVarViolations="0 (0%)"
-##ValidationMetrics_NoCallViolations="13 (4%)"
-##ValidationMetrics_PolymorphicPassingRecords="195 (75%)"
-##ValidationMetrics_RecordsPassingFilters="258 (87%)"
-##ValidationMetrics_RecordsProcessed=296
-##ValidationMetrics_SamplesAssayed=383
-##VariantValidationAssessor="analysis_type=VariantValidationAssessor input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[rawData/plink.renamed.sorted.fixed.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGap [...]
-##source=PLINK
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG00127 HG00128 HG00136 HG00137 HG00138 HG00139 HG00152 HG00156 HG00234 HG00235 HG00237 HG00242 HG00244 HG00262 HG01055 HG01079 NA19138 NA18974 NA18523 NA12717 NA19209 NA18577 NA18973 NA18943 NA12873 NA18623 NA18622 NA18948 NA19171 NA19204 NA06994 NA18563 NA18547 NA18861 NA18608 NA18995 NA10851 NA18976 NA18603 NA19200 HG01204 HG01191 HG01101 HG00146 HG00306 NA18985 HG00160 HG00635 HG00372 HG00357 HG00634 NA18541 NA18950 NA19759 HG00351 HG0025 [...]
-20 669442 . TG T . PASS AC=54;AN=766;HW=6.74;HetPct=12.0;HomRefPct=86.9;HomVarPct=1.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-20 719486 . C CT . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 890696 . C CAT . PASS AC=6;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1102516 . CT C . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1149576 . CT C . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1195706 . AAG A . PASS AC=334;AN=764;HW=9.47;HetPct=44.9;HomRefPct=33.7;HomVarPct=21.1;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-20 1655540 . AT A . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 2889034 . AAAAT A . PASS AC=6;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 3203741 . CT C . PASS AC=4;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 4037626 . TC T . PASS AC=194;AN=764;HW=14.70;HetPct=33.4;HomRefPct=57.7;HomVarPct=8.6;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/ [...]
-20 4210074 . G GA . PASS AC=197;AN=762;HW=14.95;HetPct=33.7;HomRefPct=56.9;HomVarPct=8.9;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/ [...]
-20 4363519 . CATT C . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 4366806 . CAAAT C . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 4641550 . CCTTGA C . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 5105482 . C CATTTTAGG . PASS AC=101;AN=762;HW=14.11;HetPct=20.1;HomRefPct=76.2;HomVarPct=3.1;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 5289619 . GA G . PASS AC=377;AN=764;HW=5.70;HetPct=53.0;HomRefPct=24.0;HomVarPct=22.7;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/ [...]
-20 5416109 . CA C . PASS AC=2;AN=752;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 5432262 . AGT A . PASS AC=4;AN=752;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 6877907 . CA C . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 6969412 . CAAAGAAT C . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 7229260 . T TA . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 7239075 . AG A . PASS AC=5;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 7950562 . C CT . PASS AC=4;AN=760;HW=18.01;HetPct=0.5;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 8195466 . C CT . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 8233352 . TACTC T . PASS AC=56;AN=764;HW=1.84;HetPct=13.1;HomRefPct=85.9;HomVarPct=0.8;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 8504000 . TAG T . PASS AC=5;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 9921724 . AAAGT A . PASS AC=11;AN=758;HW=0.00;HetPct=2.9;HomRefPct=96.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 9925738 . T TG . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 11229169 . T TA . PASS AC=3;AN=756;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 11511920 . AC A . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 11893900 . ATTAG A . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 12021825 . A AG . PASS AC=5;AN=756;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=97.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12063752 . CTT C . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12114989 . CTA C . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12371546 . GACA G . PASS AC=10;AN=762;HW=0.00;HetPct=2.6;HomRefPct=96.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 12512723 . G GTT . PASS AC=6;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12692743 . TTATC T . PASS AC=8;AN=762;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 13003323 . GGGA G . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13128894 . CT C . PASS AC=10;AN=764;HW=0.00;HetPct=2.6;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13287841 . CAT C . PASS AC=134;AN=760;HW=0.21;HetPct=29.2;HomRefPct=67.1;HomVarPct=2.9;NoCallPct=0.8 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13566260 . AAATTG A . PASS AC=374;AN=764;HW=3.95;HetPct=47.5;HomRefPct=27.2;HomVarPct=25.1;NoCallPct=0.3 GT 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-20 13685184 . AT A . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13716193 . GAGAA G . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 13960028 . TC T . PASS AC=188;AN=750;HW=2.44;HetPct=35.5;HomRefPct=55.6;HomVarPct=6.8;NoCallPct=2.1 GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 14159734 . T TA . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 14383135 . TA T . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 14669226 . G GA . PASS AC=121;AN=766;HW=1.68;HetPct=25.8;HomRefPct=71.3;HomVarPct=2.9;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/ [...]
-20 14697473 . TTC T . PASS AC=9;AN=764;HW=10.31;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15189597 . GA G . PASS AC=311;AN=760;HW=2.80;HetPct=46.2;HomRefPct=35.5;HomVarPct=17.5;NoCallPct=0.8 GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1 [...]
-20 15265098 . TG T . PASS AC=125;AN=766;HW=6.76;HetPct=25.3;HomRefPct=71.0;HomVarPct=3.7;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-20 15410763 . TGA T . PASS AC=29;AN=764;HW=0.00;HetPct=7.6;HomRefPct=92.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15543319 . AG A . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15550845 . TG T . PASS AC=34;AN=756;HW=0.00;HetPct=8.4;HomRefPct=90.1;HomVarPct=0.3;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15703503 . TG T . PASS AC=87;AN=750;HW=3.63;HetPct=19.1;HomRefPct=77.0;HomVarPct=1.8;NoCallPct=2.1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15871330 . AG A . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 16016504 . TA T . PASS AC=186;AN=764;HW=15.27;HetPct=32.4;HomRefPct=59.3;HomVarPct=8.1;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1 [...]
-20 16312599 . CTA C . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16723642 . GGTT G . PASS AC=6;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16747221 . CA C . PASS AC=291;AN=764;HW=3.13;HetPct=45.2;HomRefPct=39.2;HomVarPct=15.4;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0 [...]
-20 16813850 . C CA . PASS AC=7;AN=758;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17331332 . TA T . PASS AC=80;AN=762;HW=15.60;HetPct=16.2;HomRefPct=80.9;HomVarPct=2.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 17473782 . TGC T . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17607627 . A AGT . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 18417481 . AC A . PASS AC=17;AN=766;HW=0.00;HetPct=4.4;HomRefPct=95.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 18445795 . AAG A . PASS AC=5;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 18522725 . ATTAAC A . PASS AC=1;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 18915562 . TAA T . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 19111235 . C CT . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 19805154 . CCTT C . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20030869 . CT C . PASS AC=362;AN=766;HW=6.74;HetPct=46.5;HomRefPct=29.5;HomVarPct=24.0;NoCallPct=0.0 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20286529 . A AC . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20404656 . ATTACAGACT A . PASS AC=7;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20716329 . CA C . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20760474 . TG T . PASS AC=15;AN=764;HW=5.83;HetPct=3.4;HomRefPct=96.1;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20952825 . T TC . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 21406859 . ACTT A . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 21480245 . AG A . PASS AC=1;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 21852048 . CA C . PASS AC=330;AN=762;HW=4.15;HetPct=46.5;HomRefPct=33.2;HomVarPct=19.8;NoCallPct=0.5 GT 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0 [...]
-20 21968507 . AC A . PASS AC=7;AN=762;HW=12.61;HetPct=1.3;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 22434333 . C CA . PASS AC=8;AN=766;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
-20 22637424 . C CAGCCA . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 22655862 . TATC T . PASS AC=6;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23200197 . ATT A . PASS AC=1;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23293728 . CA C . PASS AC=8;AN=754;HW=11.33;HetPct=1.6;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.3;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 23813095 . CT C . PASS AC=26;AN=762;HW=1.46;HetPct=6.3;HomRefPct=93.0;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23815381 . CT C . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 23889003 . GA G . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 24855121 . CT C . PASS AC=6;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 25503211 . CATA C . PASS AC=1;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29913425 . TATATC T . PASS AC=15;AN=762;HW=5.82;HetPct=3.4;HomRefPct=95.8;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 30390854 . TTATACTA T . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 30534847 . ACAAT A . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 31412616 . CT C . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32015223 . CT C . PASS AC=5;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32158330 . CAG C . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 32509752 . A AG . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32700247 . GGCGTCTGA G . PASS AC=3;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 33541746 . A AAG . PASS AC=4;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 34251969 . C CA . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 34633573 . TAA T . PASS AC=1;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 34831930 . CT C . PASS AC=7;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 35357903 . GA G . PASS AC=5;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 35847597 . CTT C . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 36658020 . TG T . PASS AC=6;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 36704724 . TC T . PASS AC=8;AN=756;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 36711544 . TAAAG T . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 36947086 . ATAC A . PASS AC=33;AN=766;HW=0.12;HetPct=8.6;HomRefPct=91.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 37139725 . CAG C . PASS AC=5;AN=760;HW=15.80;HetPct=0.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37278654 . CAG C . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37391272 . TG T . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 37608002 . CAT C . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37678954 . C CTGG . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37712193 . AAG A . PASS AC=29;AN=762;HW=0.00;HetPct=7.6;HomRefPct=91.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 37836124 . AAAT A . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37962643 . T TAA . PASS AC=178;AN=764;HW=12.74;HetPct=31.9;HomRefPct=60.6;HomVarPct=7.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 38336199 . TA T . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 38495835 . T TA . PASS AC=14;AN=762;HW=0.00;HetPct=3.7;HomRefPct=95.8;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 38696054 . GAAGA G . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 38784318 . CCTT C . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 39042026 . T TG . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 39420665 . AG A . PASS AC=72;AN=760;HW=3.25;HetPct=16.2;HomRefPct=81.7;HomVarPct=1.3;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 40445967 . TG T . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 41000677 . T TG . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 41149621 . T TATCA . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 41364251 . A AAG . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41543685 . CTAAGGAGGGAAAAAGATATAAT C . PASS AC=12;AN=764;HW=0.00;HetPct=3.1;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 41851636 . TA T . PASS AC=83;AN=764;HW=18.52;HetPct=16.4;HomRefPct=80.7;HomVarPct=2.6;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-20 42159695 . GC G . PASS AC=87;AN=762;HW=7.05;HetPct=18.5;HomRefPct=78.9;HomVarPct=2.1;NoCallPct=0.5 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 [...]
-20 42261635 . C CATTT . PASS AC=24;AN=764;HW=2.06;HetPct=5.7;HomRefPct=93.7;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42470352 . CACTT C . PASS AC=19;AN=764;HW=3.87;HetPct=4.4;HomRefPct=95.0;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42585924 . T TA . PASS AC=1;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 42856201 . CT C . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42909154 . T TGGGTC . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42918721 . AG A . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43245783 . AG A . PASS AC=8;AN=766;HW=11.40;HetPct=1.6;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 43371647 . GGGCTGTAA G . PASS AC=80;AN=760;HW=6.79;HetPct=17.2;HomRefPct=80.2;HomVarPct=1.8;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 43434234 . AG A . PASS AC=4;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43539258 . T TAG . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43993933 . CA C . PASS AC=199;AN=764;HW=8.74;HetPct=35.2;HomRefPct=56.1;HomVarPct=8.4;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/ [...]
-20 44071585 . C CT . PASS AC=132;AN=764;HW=8.50;HetPct=26.1;HomRefPct=69.5;HomVarPct=4.2;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/ [...]
-20 44220528 . T TC . PASS AC=59;AN=766;HW=1.90;HetPct=14.9;HomRefPct=84.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 44340276 . AACAG A . PASS AC=37;AN=758;HW=17.93;HetPct=7.6;HomRefPct=90.3;HomVarPct=1.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 44464600 . T TA . PASS AC=19;AN=762;HW=3.86;HetPct=4.4;HomRefPct=94.8;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 44572563 . GA G . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 44889286 . G GC . PASS AC=13;AN=766;HW=0.00;HetPct=3.4;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 45092013 . GT G . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 45406096 . T TTC . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 45668403 . CTG C . PASS AC=86;AN=762;HW=16.06;HetPct=17.2;HomRefPct=79.6;HomVarPct=2.6;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 46051811 . T TAAGC . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 46413551 . TC T . PASS AC=2;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 46569465 . CTG C . PASS AC=10;AN=762;HW=0.00;HetPct=2.6;HomRefPct=96.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 46720983 . ATACTTGG A . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 47032179 . GC G . PASS AC=2;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 47136092 . A AGTC . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 47335386 . GC G . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 47988904 . CA C . PASS AC=187;AN=760;HW=17.08;HetPct=32.1;HomRefPct=58.7;HomVarPct=8.4;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-20 48262933 . CCTA C . PASS AC=7;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49438742 . G GT . PASS AC=8;AN=762;HW=11.37;HetPct=1.6;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-20 49537420 . AG A . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 50136971 . TTTTC T . PASS AC=8;AN=764;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 50373155 . A AT . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 50806976 . G GAA . PASS AC=128;AN=760;HW=0.17;HetPct=28.2;HomRefPct=68.4;HomVarPct=2.6;NoCallPct=0.8 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1 [...]
-20 50961401 . G GT . PASS AC=4;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 51547787 . AC A . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 51838824 . GA G . PASS AC=4;AN=756;HW=17.99;HetPct=0.5;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 51961394 . ATTTG A . PASS AC=8;AN=760;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 53081927 . CATGA C . PASS AC=5;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 53602394 . T TA . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54124185 . T TC . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54150907 . CAG C . PASS AC=3;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 54166824 . AC A . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54230743 . CAT C . PASS AC=2;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 54309727 . TGAGC T . PASS AC=7;AN=762;HW=12.61;HetPct=1.3;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54379666 . GT G . PASS AC=172;AN=766;HW=14.43;HetPct=30.8;HomRefPct=62.1;HomVarPct=7.0;NoCallPct=0.0 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-20 55264363 . AG A . PASS AC=232;AN=762;HW=15.89;HetPct=37.1;HomRefPct=50.7;HomVarPct=11.7;NoCallPct=0.5 GT 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 [...]
-20 55608811 . CT C . PASS AC=35;AN=762;HW=19.90;HetPct=7.0;HomRefPct=91.4;HomVarPct=1.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 55611547 . CAA C . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 55989765 . CA C . PASS AC=208;AN=764;HW=5.71;HetPct=37.1;HomRefPct=54.0;HomVarPct=8.6;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-20 56249865 . T TGAGG . PASS AC=4;AN=756;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 56344957 . GT G . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 56419021 . T TG . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 56915853 . TG T . PASS AC=17;AN=764;HW=4.78;HetPct=3.9;HomRefPct=95.6;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 57676578 . CCTTT C . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 58288793 . TC T . PASS AC=44;AN=766;HW=12.53;HetPct=9.4;HomRefPct=89.6;HomVarPct=1.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-20 59153061 . CTG C . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 59349754 . CCT C . PASS AC=168;AN=762;HW=8.71;HetPct=31.3;HomRefPct=61.9;HomVarPct=6.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0 [...]
-20 59365768 . TG T . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 59769242 . C CT . PASS AC=4;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 60337932 . AC A . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 60925525 . GC G . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 61000018 . GC G . PASS AC=203;AN=762;HW=0.38;HetPct=39.4;HomRefPct=53.3;HomVarPct=6.8;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-20 61983510 . TCTGC T . PASS AC=75;AN=766;HW=0.03;HetPct=18.0;HomRefPct=81.2;HomVarPct=0.8;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 62154368 . G GA . PASS AC=2;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 62310426 . CTT C . PASS AC=1;AN=756;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 62871860 . C CCCGCA . PASS AC=27;AN=764;HW=17.87;HetPct=5.5;HomRefPct=93.5;HomVarPct=0.8;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
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-##FORMAT=<ID=GL,Number=.,Type=Float,Description="Genotype log-likelihoods (log10) for AA,AB and BB genotypes, where A = ref and B = variant. Only applicable for bi-allelic sites">
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-chr1 21755539 . C A 27 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.84e-01;FR=0.2503;HP=1;MMLQ=31;NF=2;NR=1;PP=27;RMP=65.83;RPV=4.98e-02;SC=GGCCAACAACCGCCAGGTGCG;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=3;func=intergenic;gene=ECE1(dist=83505) NBPF3(dist=11092);cons46=807 Name=lod=2532;segdup=0.99;1000g=0.80;dbsnp=rs3855556 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-6.22,-62.68:28:10 1/0:-21.51,-6.92,-52.98:61:10
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-chr1 146554532 . C T 57 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.18e-01;FR=0.2501;HP=12;MMLQ=31;NF=4;NR=5;PP=57;RMP=66.19;RPV=4.68e-01;SC=CTTCTTCTTTCTTTTTTTTTA;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=9;func=intergenic;gene=LOC728989(dist=39933) PRKAB2(dist=72153);segdup=0.93;dbsnp=rs9662613 GT:GL:GQ:NR 0/0:-13.82,-21.42,-95.53:34:13 0/1:-131.76,-110.18,-223.87:91:28
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-chr1 148853862 . G T 37 PASS ABPV=3.79e-01;FPV=1.94e-02;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=31;NF=6;NR=2;PP=37;RMP=50.34;RPV=2.58e-02;SC=CGCTCCTGGAGCCCAGCCCGG;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=8 GT:GL:GQ:NR 0/0:-247.75,-257.0,-317.61:41:35 1/0:-179.5,-162.62,-280.47:71:41
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-chr1 152281007 . A G 38 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.01e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=31;NF=37;NR=62;PP=38;RMP=56.83;RPV=9.75e-01;SC=GCCTGATCATAATGGGATCCT;TC=370;TCF=169;TCR=201;TR=99 GT:GL:GQ:NR 0/0:-830.31,-842.03,-1695.93:52:178 0/1:-1104.87,-1087.65,-1851.72:72:192
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-chr1 152281466 . C T 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.99e-04;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=33;NF=26;NR=66;PP=200;RMP=66.62;RPV=7.23e-01;SC=TGCCCGTGACCGGCTCTGTCT;TC=430;TCF=180;TCR=250;TR=92 GT:GL:GQ:NR 0/0:-912.94,-966.99,-1954.85:100:223 1/0:-939.3,-872.22,-1720.42:100:207
-chr1 168549565 . T C 28 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e+00;FR=0.2504;HP=2;MMLQ=37;NF=0;NR=8;PP=28;RMP=72.28;RPV=1.34e-01;SC=TCCTTATCAATCATGTCTTTC;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=8 GT:GL:GQ:NR 0/0:-27.57,-33.72,-167.32:28:21 1/0:-34.62,-19.62,-182.0:63:26
-chr1 236647542 . G T 46 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.99e-01;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=34;NF=16;NR=40;PP=46;RMP=62.31;RPV=1.00e-00;SC=GTGCAAGCTGGCCCAGGCCAA;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=56 GT:GL:GQ:NR 0/0:-318.17,-328.23,-521.3:45:54 1/0:-498.22,-479.17,-572.27:80:50
-chr1 236647562 . T C 73 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.95e-01;FR=0.2503;HP=2;MMLQ=37;NF=11;NR=36;PP=73;RMP=64.25;RPV=1.00e-00;SC=ATGGTTGGTGTGTCATGGTGC;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=47 GT:GL:GQ:NR 0/0:-240.39,-246.81,-405.51:29:42 0/1:-421.95,-396.59,-483.66:100:43
-chr1 236700807 . T A 130 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.12e-01;FR=0.2502;HP=2;MMLQ=33;NF=8;NR=7;PP=130;RMP=47.87;RPV=8.70e-01;SC=GTAATCCCGTTTGTTGGCACC;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=15;func=exonic;gene=LGALS8;exon_func=nonsynonymous SNV;AAchange=NM_201544:c.T56A:p.F19Y;cons46=463 Name=lod=102;1000g=0.62;dbsnp=rs2737713;pp2=0.0;phylop=0.983932;mutT=4.6E-5;LRT=0.999982 GT:GL:GQ:NR 0/0:-41.35,-48.14,-183.02:31:21 0/1:-204.57,-166.19,-295.14:100:34
-chr1 236700823 . T C 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.24e-01;FR=0.2504;HP=2;MMLQ=32;NF=9;NR=8;PP=200;RMP=58.62;RPV=8.49e-01;SC=GCACCATTCCTGATCAGCTGG;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=17;func=exonic;gene=LGALS8;exon_func=synonymous SNV;AAchange=NM_201544:c.T72C:p.P24P;cons46=463 Name=lod=102;1000g=0.61;dbsnp=rs1041934 GT:GL:GQ:NR 0/0:-41.35,-47.43,-173.43:28:22 1/0:-232.08,-183.12,-325.41:100:38
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-chr11 43918703 . C CTTTTCATATTAT 36 PASS ABPV=4.61e-02;FPV=1.12e-04;FR=0.2500;HP=3;NF=2;NR=0;PP=36;RMP=5.0;RPV=1.00e+00;SC=CTGACAGTGGCTTTATATATA;TC=49;TCF=49;TCR=0;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:-14.5,-34.6,-394.96:89:42 1/0:-47.66,-15.24,-223.69:100:36
-chr11 48366812 . A C 48 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.80e-01;FR=0.2502;HP=1;MMLQ=35;NF=16;NR=2;PP=48;RMP=45.69;RPV=1.00e+00;SC=AGATAATTGAATGTCCCAAGT;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=18 GT:GL:GQ:NR 0/0:-92.79,-99.69,-183.18:31:18 0/1:-133.87,-114.4,-228.26:82:26
-chr11 48387506 . A G 48 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.15e-01;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=34;NF=28;NR=52;PP=48;RMP=59.69;RPV=1.00e-00;SC=AAATCCCCCGACCCATGCCAT;TC=227;TCF=109;TCR=118;TR=80;func=intergenic;gene=OR4C45(dist=13507) OR4A47(dist=122839);dbsnp=rs72898882;sift=0.42 GT:GL:GQ:NR 0/0:-665.75,-691.04,-1124.95:100:117 0/1:-697.01,-677.56,-1037.3:82:110
-chr11 56143357 . G A 91 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.70e-04;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=36;NF=7;NR=60;PP=91;RMP=66.63;RPV=1.00e-00;SC=GGAATTTCTTGTACAAACAAA;TC=221;TCF=72;TCR=149;TR=67;func=exonic;gene=OR8U1 OR8U8;exon_func=synonymous SNV;AAchange=NM_001005204:c.G258A:p.L86L;dbsnp=rs76949582 GT:GL:GQ:NR 0/0:-538.52,-560.54,-1080.28:97:104 1/0:-924.01,-894.57,-1497.61:100:131
-chr11 56468493 . A G 86 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.31e-03;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=30;NF=23;NR=16;PP=86;RMP=49.16;RPV=3.74e-01;SC=TCTGCCCCGCAGTGCTCATCC;TC=227;TCF=156;TCR=71;TR=39 GT:GL:GQ:NR 0/0:-212.22,-234.78,-819.52:99:105 0/1:-472.13,-443.86,-1063.46:100:122
-chr11 92592540 . T G 22 PASS ABPV=9.72e-03;FPV=5.62e-02;FR=0.2501;HP=3;MMLQ=35;NF=0;NR=3;PP=22;RMP=99.66;RPV=8.62e-06;SC=GTTAGTGTTTTGGCTCTTGGA;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=3 GT:GL:GQ:NR 0/0:-302.47,-309.64,-322.1:32:36 0/1:-338.7,-325.07,-335.6:52:41
-chr11 123504959 . C G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.20e-01;FR=0.2508;HP=2;MMLQ=40;NF=0;NR=7;PP=200;RMP=63.62;RPV=9.72e-01;SC=CAGTGCCCAGCGTGGGAACAC;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;func=intronic;gene=SCN3B;1000g=0.72;dbsnp=rs1148110 GT:GL:GQ:NR 0/0:-1.61,-6.93,-61.43:24:8 1/0:-66.0,-7.62,-36.11:100:11
-chr12 92675 . C T 152 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.38e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=37;NF=1;NR=7;PP=152;RMP=66.0;RPV=3.57e-01;SC=GGACTGTTTCCTGCTTGTAGC;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=8 GT:GL:GQ:NR 0/0:-41.61,-49.75,-120.62:37:14 1/0:-68.65,-25.34,-113.9:100:24
-chr12 11183642 . A G 154 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.37e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=47;NR=62;PP=154;RMP=57.25;RPV=1.00e-00;SC=GCTAGTAGCAAGCCAGTTGCT;TC=311;TCF=168;TCR=143;TR=109;func=exonic;gene=TAS2R31;exon_func=nonsynonymous SNV;AAchange=NM_176885:c.T293C:p.L98P;segdup=0.93;dbsnp=rs73049067 GT:GL:GQ:NR 0/0:-561.52,-579.71,-1246.3:80:152 0/1:-826.02,-782.04,-1401.37:100:159
-chr12 29908580 . A ATTGTT 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.78e-01;FR=0.2507;HP=3;NF=10;NR=0;PP=200;RMP=36.19;RPV=1.00e+00;SC=TTTGGAAACTATTAAGTAATT;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=10;func=intronic;gene=TMTC1;dbsnp=rs3830194 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-5.55,-96.69:25:9 1/0:-151.5,-15.23,-76.28:100:17
-chr12 31282765 . A T 21 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.68e-01;FR=0.2502;HP=2;MMLQ=35;NF=12;NR=5;PP=21;RMP=46.72;RPV=8.51e-01;SC=AATGAATACAAATTTTTTCAT;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=17 GT:GL:GQ:NR 0/0:-83.08,-89.72,-221.87:30:27 1/0:-63.64,-50.39,-170.59:55:26
-chr12 52843779 . T C 52 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.21e-05;FR=0.2500;HP=4;MMLQ=20;NF=8;NR=16;PP=52;RMP=64.54;RPV=6.52e-01;SC=TTTGAACCCCTGGCTTCATCT;TC=161;TCF=100;TCR=61;TR=24;func=intronic;gene=KRT6B;segdup=0.93;dbsnp=rs380379 GT:GL:GQ:NR 0/0:-109.82,-139.81,-567.08:100:82 0/1:-186.27,-165.75,-481.84:87:79
-chr12 65471467 . A G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.42e-01;FR=0.2501;HP=2;MMLQ=36;NF=7;NR=0;PP=200;RMP=38.97;RPV=4.22e-01;SC=TGCATCTTAAATATTCTTATC;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=7;func=intronic;gene=WIF1;1000g=0.27;dbsnp=rs2289936 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-7.62,-98.02:34:12 1/0:-69.82,-23.48,-105.09:100:18
-chr12 99175091 . AAC A 86 PASS ABPV=3.61e-01;FPV=7.09e-04;FR=0.2503;HP=1;NF=4;NR=0;PP=86;RMP=34.87;RPV=9.95e-03;SC=AAACAACAACAACACACACAC;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=4;func=intronic;gene=ANKS1B GT:GL:GQ:NR 0/0:-4.37,-10.61,-100.0:28:17 0/1:-72.08,-41.09,-136.47:100:27
-chr12 104378526 . G GACACAGAAACT 200 PASS ABPV=2.37e-01;FPV=8.53e-03;FR=0.2500;HP=1;NF=5;NR=0;PP=200;RMP=8.25;RPV=5.63e-02;SC=TGTGATTCTAGCTCTGCTATG;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=5 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-15.25,-297.25:67:32 1/0:-137.95,-64.82,-429.82:100:44
-chr13 25169091 . A G 41 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.23e-02;FR=0.2501;HP=3;MMLQ=35;NF=18;NR=1;PP=41;RMP=17.52;RPV=3.10e-02;SC=AATAACCAAAACAGTTTTTTA;TC=133;TCF=114;TCR=19;TR=19 GT:GL:GQ:NR 0/0:-140.13,-147.81,-405.22:35:57 0/1:-204.4,-186.51,-512.07:75:76
-chr13 37795039 . G T 20 PASS ABPV=5.69e-01;FPV=5.25e-01;FR=0.2502;HP=1;MMLQ=40;NF=2;NR=0;PP=20;RMP=33.0;RPV=7.49e-02;SC=TCCTTGGCCTGAGCTTCTTTG;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-6.93,-89.94:31:11 1/0:-22.03,-9.0,-57.23:54:8
-chr13 100517209 . G A 21 PASS ABPV=2.00e-01;FPV=2.14e-03;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=35;NF=6;NR=7;PP=21;RMP=94.07;RPV=9.71e-04;SC=GTGTGTGTGTGTATATGTGTG;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=13 GT:GL:GQ:NR 0/0:-265.23,-279.13,-623.6:62:70 1/0:-308.0,-294.6,-524.58:56:64
-chr13 114540947 . C CTCTGCTCTT 45 PASS ABPV=1.42e-01;FPV=3.34e-03;FR=0.2500;HP=2;NF=2;NR=0;PP=45;RMP=1.0;RPV=5.62e-01;SC=CCACAGGAACCCAGCCAGCAG;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-11.09,-214.96:49:19 1/0:-74.37,-43.34,-288.0:100:27
-chr14 19118192 . A G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.32e-05;FR=0.2507;HP=2;MMLQ=32;NF=68;NR=76;PP=200;RMP=53.85;RPV=5.74e-02;SC=TGCTTGCCATATGTCATGGAT;TC=771;TCF=415;TCR=356;TR=144;func=intergenic;gene=NONE(dist=NONE) OR11H12(dist=259402);segdup=0.96;dbsnp=rs77434589 GT:GL:GQ:NR 0/0:-730.61,-736.03,-2441.78:25:349 1/0:-997.51,-891.65,-2847.93:100:422
-chr14 19500081 . A G 22 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.61e-01;FR=0.2505;HP=3;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=22;RMP=47.77;RPV=1.00e+00;SC=GGTGCACACCACTGTGGACGT;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=3 GT:GL:GQ:NR 0/0:-15.46,-21.36,-64.18:27:10 0/1:-27.84,-14.25,-57.82:57:12
-chr14 20137380 . C T 33 PASS ABPV=1.24e-02;FPV=1.12e-09;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=31;NF=8;NR=17;PP=33;RMP=61.98;RPV=3.46e-06;SC=TCACTGCCCTCGCCGCATGCA;TC=303;TCF=142;TCR=161;TR=25 GT:GL:GQ:NR 0/0:-373.48,-389.86,-1035.03:72:144 0/1:-475.48,-459.41,-1121.57:68:159
-chr14 64496872 . G C 96 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e+00;FR=0.2503;HP=1;MMLQ=37;NF=0;NR=4;PP=96;RMP=55.12;RPV=5.17e-01;SC=AGAAATTCCAGTGGTATTCAG;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;func=intronic;gene=SYNE2;1000g=0.90;dbsnp=rs3866737 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-6.24,-83.73:28:9 0/1:-36.8,-6.24,-45.77:100:9
-chr14 106881425 . A G 71 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.15e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=32;NF=4;NR=10;PP=71;RMP=49.71;RPV=2.88e-01;SC=CCATCCACTCAAGCCCTTGTC;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=14 GT:GL:GQ:NR 0/0:-39.35,-48.57,-258.02:41:30 1/0:-231.62,-206.72,-399.17:100:48
-chr14 106881452 . T C 66 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.03e-01;FR=0.2509;HP=1;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=66;RMP=65.33;RPV=1.89e-01;SC=CTGGTCACACTGAATTCATAC;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=13 GT:GL:GQ:NR 0/0:-57.13,-62.37,-258.3:24:30 0/1:-168.08,-144.38,-338.93:100:41
-chr14 107034967 . T C 105 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.54e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=6;NR=9;PP=105;RMP=58.51;RPV=6.64e-01;SC=ACAGGAGATCTTCAGAGACTC;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=15 GT:GL:GQ:NR 0/0:-163.23,-172.19,-255.57:40:20 1/0:-379.46,-346.84,-445.34:100:39
-chr15 20083754 . G A 54 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.67e-01;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=36;NF=33;NR=5;PP=54;RMP=47.07;RPV=4.22e-01;SC=AAATCATTATGTGCTTTGAGA;TC=155;TCF=131;TCR=24;TR=38 GT:GL:GQ:NR 0/0:-122.79,-137.29,-483.11:64:64 1/0:-176.25,-155.43,-655.46:88:91
-chr15 20446256 . G C 57 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e+00;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=1;NR=7;PP=57;RMP=71.88;RPV=4.32e-01;SC=CATGCAAGAAGCTGGAAAGCC;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=8;func=intergenic;gene=NONE(dist=NONE) LOC646096(dist=41741);segdup=0.97;dbsnp=rs3907011 GT:GL:GQ:NR 0/0:-13.82,-23.14,-131.81:42:16 0/1:-45.04,-23.56,-104.26:91:17
-chr15 20875055 . C G 154 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.50e-01;FR=0.2504;HP=3;MMLQ=37;NF=0;NR=12;PP=154;RMP=60.19;RPV=1.71e-01;SC=AATTTAAACGCAAATTAGTAA;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=12;func=ncRNA;gene=NBEAP1;segdup=0.93;1000g=0.26;dbsnp=rs7496378 GT:GL:GQ:NR 0/0:-9.2,-15.25,-188.16:27:22 0/1:-137.96,-94.13,-342.43:100:42
-chr15 20875100 . A G 21 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.50e-01;FR=0.2502;HP=4;MMLQ=35;NF=0;NR=6;PP=21;RMP=81.39;RPV=2.77e-01;SC=AGAGGTTAAAAATAACTTTCT;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=6;func=ncRNA;gene=NBEAP1;cons46=243 Name=lod=13;segdup=0.93;1000g=0.28;dbsnp=rs7497715 GT:GL:GQ:NR 0/0:-7.83,-14.75,-92.12:31:10 1/0:-92.65,-79.35,-211.07:56:23
-chr15 21140945 . C T 26 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e-01;FR=0.2506;HP=2;MMLQ=33;NF=1;NR=3;PP=26;RMP=65.04;RPV=7.12e-01;SC=ACATGTACAGCGCCACACTTC;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=4;func=intergenic;gene=NF1P2(dist=6320) LOC348120(dist=4822);cons46=679 Name=lod=765;segdup=1.00;1000g=0.24;dbsnp=rs12324229 GT:GL:GQ:NR 0/0:-16.95,-22.6,-60.18:26:13 0/1:-36.66,-22.19,-44.85:61:12
-chr15 28900400 . G T 133 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.31e-01;FR=0.2502;HP=3;MMLQ=34;NF=14;NR=0;PP=133;RMP=36.99;RPV=4.21e-01;SC=GCTTGTCATTGTAAATTTTCT;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=14 GT:GL:GQ:NR 0/0:-26.38,-32.94,-192.24:30:27 1/0:-71.34,-32.36,-180.89:100:30
-chr15 75656200 . G A 75 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.28e-01;FR=0.2507;HP=6;MMLQ=37;NF=4;NR=0;PP=75;RMP=47.43;RPV=1.00e+00;SC=CCAGCCCCCCGGCCCCGTTTT;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=4 GT:GL:GQ:NR 0/0:-7.14,-12.68,-76.44:25:8 0/1:-34.75,-8.99,-31.71:100:8
-chr15 76075732 . A C 29 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.97e-01;FR=0.2501;HP=2;MMLQ=34;NF=11;NR=15;PP=29;RMP=61.41;RPV=9.58e-01;SC=ATCCCTATCTATCCAGGCCTT;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=26 GT:GL:GQ:NR 0/0:-89.15,-96.33,-237.9:32:31 1/0:-134.14,-119.09,-238.26:63:33
-chr15 100340178 . C G 52 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.76e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=31;NF=5;NR=5;PP=52;RMP=87.78;RPV=1.32e-01;SC=AGTGTCTTCTCGTTCCCACGC;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=10;func=ncRNA;gene=DNM1P46;cons46=699 Name=lod=923;segdup=0.97;sift=0.27 GT:GL:GQ:NR 0/0:-139.12,-149.96,-310.47:37:36 1/0:-206.67,-186.19,-317.68:87:38
-chr15 102303399 . C T 65 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.32e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=5;NR=30;PP=65;RMP=65.58;RPV=1.00e-00;SC=AGAGCTGCTGCCCAACCTGCA;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=35;func=intergenic;gene=TARSL2(dist=38754) OR4F6(dist=42524);cons46=920 Name=lod=7327;segdup=0.98;1000g=0.50;dbsnp=rs71416239 GT:GL:GQ:NR 0/0:-129.26,-138.34,-250.21:41:46 0/1:-118.78,-95.27,-224.48:100:44
-chr15 102506389 . C T 50 PASS ABPV=6.29e-01;FPV=1.27e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=1;NR=3;PP=50;RMP=67.19;RPV=2.63e-01;SC=GGATGCCCTGCAGTACCTGCA;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=4 GT:GL:GQ:NR 0/0:-3.9,-15.65,-133.88:52:17 0/1:-31.25,-11.29,-72.06:84:15
-chr16 9250260 . T G 22 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=22;RMP=37.36;RPV=8.85e-01;SC=CACCTATTATTCCATGAATTC;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=4;func=intergenic;gene=C16orf72(dist=36705) MIR548X(dist=78514);cons46=749 Name=lod=1471;1000g=0.73;dbsnp=rs12929693 GT:GL:GQ:NR 0/0:-1.84,-10.83,-100.69:40:14 0/1:-25.85,-12.37,-70.66:56:13
-chr16 21747662 . G A 36 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.01e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=16;NR=6;PP=36;RMP=40.34;RPV=5.40e-05;SC=CTGTCTTTCAGTCTGTTCGGA;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=22 GT:GL:GQ:NR 0/0:-69.29,-88.69,-470.14:85:75 1/0:-171.53,-154.82,-534.35:70:84
-chr16 28618446 . T C 36 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.61e-01;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=32;NF=6;NR=14;PP=36;RMP=63.74;RPV=5.40e-01;SC=ACACAGCCTGTCCCAGGCCAG;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=20 GT:GL:GQ:NR 0/0:-33.24,-41.67,-205.86:38:27 0/1:-113.92,-97.17,-312.83:70:48
-chr16 33390329 . G C 24 PASS ABPV=6.16e-01;FPV=4.32e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=5;NR=0;PP=24;RMP=54.47;RPV=1.00e+00;SC=TTAGAAACAGGTTCACAATTG;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=5;func=intergenic;gene=LOC390705(dist=91627) LINC00273(dist=570723);segdup=0.97;1000g=0.32;dbsnp=rs12232434 GT:GL:GQ:NR 0/0:-6.09,-14.55,-170.95:38:21 0/1:-47.14,-33.16,-147.34:58:19
-chr16 33401967 . G A 116 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.64e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=16;NR=15;PP=116;RMP=51.2;RPV=2.96e-01;SC=GAGGTCTGCCGACAGCTGCAC;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=31;func=intergenic;gene=LOC390705(dist=103265) LINC00273(dist=559085);cons46=611 Name=lod=406;segdup=0.97;dbsnp=rs8047578 GT:GL:GQ:NR 0/0:-133.55,-144.14,-490.22:47:76 1/0:-209.17,-173.99,-648.51:100:96
-chr16 33407954 . C G 34 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.21e-01;FR=0.2507;HP=3;MMLQ=34;NF=0;NR=3;PP=34;RMP=61.08;RPV=5.19e-01;SC=GAAATTGTCTCGGGCCTGAAG;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=3 GT:GL:GQ:NR 0/0:-10.82,-16.36,-77.44:25:9 1/0:-63.55,-47.37,-59.15:58:8
-chr16 46405120 . C G 37 PASS ABPV=3.94e-02;FPV=4.07e-03;FR=0.2510;HP=2;MMLQ=40;NF=2;NR=1;PP=37;RMP=51.27;RPV=3.18e-03;SC=CGATTCCATTCGATAATGATT;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=3 GT:GL:GQ:NR 0/0:-129.24,-134.38,-161.33:24:28 0/1:-205.7,-188.69,-196.8:42:34
-chr16 58148083 . C CACACGCAGGTACA 31 PASS ABPV=1.69e-01;FPV=1.00e+00;FR=0.2500;HP=2;NF=0;NR=2;PP=31;RMP=88.0;RPV=3.34e-03;SC=CAGGGAAGCACCCACCCTTGT;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:-11.28,-21.68,-223.8:46:16 0/1:-62.86,-30.44,-243.59:100:20
-chr17 5036281 . G C 48 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.00e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=32;NF=14;NR=49;PP=48;RMP=47.67;RPV=9.22e-01;SC=AAGCACAGTAGCAAAGTAATG;TC=214;TCF=48;TCR=166;TR=63 GT:GL:GQ:NR 0/0:-506.02,-514.23,-1090.2:37:117 0/1:-460.03,-440.62,-871.14:82:97
-chr17 6328747 . T G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.77e-01;FR=0.2507;HP=4;MMLQ=32;NF=8;NR=5;PP=200;RMP=59.22;RPV=9.45e-01;SC=GGCCACTTGCTCCCTGCCTGG;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=13 GT:GL:GQ:NR 0/0:-4.84,-10.37,-69.24:25:8 0/1:-116.1,-23.7,-86.84:100:28
-chr17 14140191 . G A 125 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.98e-02;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=2;NR=11;PP=125;RMP=71.76;RPV=3.84e-02;SC=AGCTGTTTACGGCGCTGACTC;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=13;func=upstream;gene=CDRT15;segdup=0.99;1000g=0.17;dbsnp=rs28533558 GT:GL:GQ:NR 0/0:-146.51,-156.3,-338.05:44:40 0/1:-162.79,-125.58,-384.62:100:55
-chr17 21904955 . G A 29 PASS ABPV=1.46e-01;FPV=3.00e-01;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=33;NF=1;NR=7;PP=29;RMP=77.08;RPV=5.90e-05;SC=GTGGCACGGCGCTGTATCCTG;TC=95;TCF=9;TCR=86;TR=8 GT:GL:GQ:NR 0/0:-95.23,-110.26,-302.39:67:42 0/1:-104.15,-88.94,-334.7:64:53
-chr17_gl000205_random 114392 . G GC 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e+00;FR=0.2503;HP=1;NF=1;NR=9;PP=200;RMP=62.13;RPV=8.86e-01;SC=GAGCTTCTATGAGGCGTGGGG;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=10;func=intergenic;gene=NONE(dist=NONE) MGC70870(dist=2231) GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-6.24,-93.01:28:9 0/1:-137.06,-63.68,-124.76:100:19
-chr17_gl000205_random 118186 . TCGC T 157 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.85e-02;FR=0.2506;HP=1;NF=4;NR=5;PP=157;RMP=51.77;RPV=1.51e-01;SC=CCATCATAAGTCGCATCCCGG;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=9;func=ncRNA;gene=MGC70870;cons46=824 Name=lod=2972;segdup=0.90 GT:GL:GQ:NR 0/0:-80.93,-86.51,-246.22:26:23 0/1:-151.92,-104.34,-309.99:100:34
-chr17_gl000205_random 118289 . G A 30 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.43e-02;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=38;NF=1;NR=4;PP=30;RMP=51.3;RPV=5.18e-01;SC=TGAGCTCAGTGGTGCTACCTA;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=5 GT:GL:GQ:NR 0/0:-92.27,-100.53,-170.2:37:15 0/1:-193.59,-178.31,-262.43:64:23
-chr17_gl000205_random 122791 . T C 124 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.72e-01;FR=0.2504;HP=1;MMLQ=34;NF=8;NR=0;PP=124;RMP=54.5;RPV=1.00e+00;SC=GATATAAACTTCTAAAATTCA;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=8;func=intergenic;gene=MGC70870(dist=3059) NONE(dist=NONE) GT:GL:GQ:NR 0/0:-33.82,-39.98,-100.64:28:10 1/0:-177.82,-140.79,-190.46:100:20
-chr18 14183747 . T C 115 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.72e-01;FR=0.2500;HP=5;MMLQ=36;NF=49;NR=88;PP=115;RMP=54.47;RPV=9.86e-01;SC=ACAAAGAAAATAGAACGCCTT;TC=444;TCF=156;TCR=288;TR=137 GT:GL:GQ:NR 0/0:-919.95,-948.86,-1765.89:100:211 0/1:-1189.4,-1154.37,-1918.79:100:233
-chr19 3611146 . A G 30 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.15e-01;FR=0.2501;HP=1;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=30;RMP=42.3;RPV=2.44e-01;SC=CCCTGTGCTCAGAGGTGGGGG;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=7;func=ncRNA;gene=C19orf29-AS1;1000g=0.56;dbsnp=rs2074786 GT:GL:GQ:NR 0/0:-27.63,-35.13,-121.04:34:15 0/1:-69.97,-54.53,-137.67:65:21
-chr19 12543121 . C G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.14e-01;FR=0.2502;HP=7;MMLQ=40;NF=11;NR=0;PP=200;RMP=33.87;RPV=7.50e-01;SC=TTCTTTGCTTCTTTTTAAATT;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=11;func=intronic;gene=ZNF443;segdup=0.96;dbsnp=rs74181652 GT:GL:GQ:NR 0/0:-8.47,-15.46,-153.74:32:20 0/1:-71.21,-15.46,-97.4:100:21
-chr19 15014189 . T C 90 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.97e-01;FR=0.2500;HP=4;MMLQ=100;NF=2;NR=5;PP=90;RMP=90.56;RPV=4.68e-01;SC=GAGTGAGTTGTGGGTTGCAGC;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=7 GT:GL:GQ:NR 0/0:-190.71,-200.49,-255.11:44:24 1/0:-174.95,-145.84,-178.61:100:15
-chr19 41515263 . A G 88 PASS ABPV=3.76e-01;FPV=1.82e-01;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=33;NF=7;NR=3;PP=88;RMP=64.16;RPV=2.48e-04;SC=AGCGCCCCCAAGGACCTCATC;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=10;func=exonic;gene=CYP2B6;exon_func=nonsynonymous SNV;AAchange=NM_000767:c.A785G:p.K262R;segdup=0.92;1000g=0.20;dbsnp=rs2279343;pp2=0.0;phylop=0.086093;mutT=1.0E-6;LRT=0.999974 GT:GL:GQ:NR 0/0:-4.81,-28.32,-273.38:100:41 0/1:-65.82,-37.11,-263.4:100:52
-chr19 42188037 . C T 114 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.06e-02;FR=0.2500;HP=4;MMLQ=34;NF=2;NR=8;PP=114;RMP=98.9;RPV=1.54e-02;SC=GTGTGGCCCCCTTGGTTCCCC;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=10 GT:GL:GQ:NR 0/0:-205.49,-214.25,-251.15:29:29 0/1:-379.34,-343.91,-357.8:15:44
-chr19 50474708 . T G 61 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.17e-01;FR=0.2501;HP=2;MMLQ=30;NF=5;NR=1;PP=61;RMP=67.96;RPV=3.09e-02;SC=CTGGGCTCAGTGTCCCAGAGC;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=6 GT:GL:GQ:NR 0/0:-86.34,-93.74,-137.77:33:15 0/1:-129.81,-107.4,-147.05:95:22
-chr19 52977823 . A G 102 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.15e-01;FR=0.2507;HP=2;MMLQ=35;NF=0;NR=4;PP=102;RMP=41.58;RPV=8.84e-01;SC=GTTTCTCTCCAGTATGAATTC;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=4;func=intronic;gene=ZNF578;cons46=395 Name=lod=54;1000g=0.94;dbsnp=rs1673901 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-5.54,-65.87:25:9 1/0:-36.12,-4.16,-18.86:71:6
-chr19 54726711 . G T 43 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e-00;FR=0.2504;HP=3;MMLQ=31;NF=22;NR=2;PP=43;RMP=52.84;RPV=6.78e-01;SC=GTCCCCGCCCGGGTGCCTCCT;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=24 GT:GL:GQ:NR 0/0:-47.88,-54.03,-95.64:28:18 1/0:-164.89,-146.64,-206.88:77:35
-chr2 905553 . G C 76 PASS ABPV=1.62e-02;FPV=5.75e-08;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=31;NF=1;NR=7;PP=76;RMP=95.73;RPV=1.04e-02;SC=GCCTGCACTGGGTCTGGTGTT;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=8 GT:GL:GQ:NR 0/0:-314.19,-325.21,-450.94:49:57 0/1:-390.34,-364.48,-513.78:100:71
-chr2 905595 . G C 24 PASS ABPV=1.21e-01;FPV=1.79e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=35;NF=5;NR=1;PP=24;RMP=13.0;RPV=6.96e-04;SC=GCCTGCACTGGGTCTGGTGTT;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=6 GT:GL:GQ:NR 0/0:-210.22,-219.58,-290.19:42:42 1/0:-197.49,-183.47,-250.46:59:38
-chr2 91885842 . G A 37 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.46e-01;FR=0.2502;HP=1;MMLQ=36;NF=4;NR=0;PP=37;RMP=71.85;RPV=4.22e-01;SC=CCAACATTACGGAATTTGGAT;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=4 GT:GL:GQ:NR 0/0:-11.45,-18.39,-83.47:31:11 0/1:-59.01,-41.99,-86.53:72:16
-chr2 96525556 . C T 37 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e-00;FR=0.2503;HP=1;MMLQ=37;NF=60;NR=2;PP=37;RMP=45.25;RPV=9.49e-01;SC=TCTCCTTATACGTCTTTAATA;TC=91;TCF=87;TCR=4;TR=62 GT:GL:GQ:NR 0/0:-304.4,-310.82,-406.42:29:43 0/1:-411.62,-394.62,-459.09:72:48
-chr2 107042620 . C T 45 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.50e-01;FR=0.2500;HP=4;MMLQ=33;NF=0;NR=10;PP=45;RMP=77.64;RPV=2.94e-02;SC=GCAAGAGCTACAAATACAAAA;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=10;func=intronic;gene=RGPD3;cons46=333 Name=lod=30;segdup=0.99;dbsnp=rs2433787 GT:GL:GQ:NR 0/0:-9.17,-23.45,-154.19:63:21 1/0:-107.84,-88.96,-294.09:80:48
-chr2 132860931 . G A 113 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.61e-01;FR=0.2507;HP=1;MMLQ=38;NF=0;NR=8;PP=113;RMP=69.43;RPV=9.58e-01;SC=GAAGAATGTGGTAAAGCCTTT;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8 GT:GL:GQ:NR 0/0:-12.66,-18.1,-56.72:25:9 1/0:-57.64,-23.24,-50.67:100:13
-chr2 133020074 . G A 33 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.94e-01;FR=0.2501;HP=2;MMLQ=36;NF=45;NR=12;PP=33;RMP=47.59;RPV=9.08e-01;SC=ATTTCAGAAGGGAAAATATCC;TC=167;TCF=131;TCR=36;TR=57;func=intergenic;gene=ANKRD30BL(dist=4532) GPR39(dist=154073);cons46=762 Name=lod=1662;segdup=0.91;dbsnp=rs111959326 GT:GL:GQ:NR 0/0:-698.84,-706.52,-798.38:35:80 1/0:-786.87,-770.7,-903.5:68:87
-chr2 133020186 . T C 66 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.55e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=52;NR=51;PP=66;RMP=46.69;RPV=9.65e-01;SC=TAGCTTTGTGTTCATACCACT;TC=402;TCF=237;TCR=165;TR=103;func=intergenic;gene=ANKRD30BL(dist=4644) GPR39(dist=153961);cons46=762 Name=lod=1662;segdup=0.91;dbsnp=rs112259198 GT:GL:GQ:NR 0/0:-1712.52,-1737.48,-1975.72:100:192 1/0:-1974.59,-1950.96,-2276.74:100:211
-chr2 133020542 . G A 50 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.14e-01;FR=0.2503;HP=1;MMLQ=32;NF=3;NR=6;PP=50;RMP=53.94;RPV=7.08e-02;SC=CTATCCAAGTGGATCCAAATT;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=9;func=intergenic;gene=ANKRD30BL(dist=5000) GPR39(dist=153605);cons46=762 Name=lod=1662;segdup=0.93;dbsnp=rs2257591 GT:GL:GQ:NR 0/0:-181.04,-187.42,-271.44:29:29 1/0:-243.98,-224.07,-313.1:84:37
-chr2 166801924 . C G 78 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.71e-01;FR=0.2507;HP=3;MMLQ=34;NF=4;NR=0;PP=78;RMP=67.75;RPV=7.49e-01;SC=TATTTACAAACTGGCAATAGA;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=4;func=ncRNA;gene=LOC100506134;1000g=0.64;dbsnp=rs6432853 GT:GL:GQ:NR 0/0:-34.05,-39.57,-91.24:25:8 1/0:-42.79,-16.34,-58.89:100:10
-chr2 204055943 . T C 59 PASS ABPV=2.58e-01;FPV=8.29e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=33;NF=11;NR=2;PP=59;RMP=61.13;RPV=3.22e-06;SC=ATGGCCGCCATCCTCATGACA;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=13;func=intronic;gene=NBEAL1;cons46=702 Name=lod=950;dbsnp=rs4561645 GT:GL:GQ:NR 0/0:-41.52,-53.03,-440.53:51:70 1/0:-89.56,-67.55,-350.54:93:58
-chr2 210594540 . A G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.70e-01;FR=0.2507;HP=1;MMLQ=30;NF=10;NR=1;PP=200;RMP=52.61;RPV=9.37e-01;SC=CGAATGCAAGATATAGTTAAA;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=11;func=intronic;gene=MAP2;1000g=0.88;dbsnp=rs4673486 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-5.54,-62.54:25:8 0/1:-93.19,-14.77,-63.29:100:19
-chr2 211444533 . GGT G 32 PASS ABPV=1.78e-01;FPV=1.96e-01;FR=0.2503;HP=2;NF=1;NR=3;PP=32;RMP=50.82;RPV=2.40e-03;SC=TGTTTCTTCGGGTGTGTGTGT;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=4 GT:GL:GQ:NR 0/0:-4.14,-10.38,-103.02:28:17 1/0:-41.6,-23.06,-172.26:78:37
-chr2 227659818 . T TCAAGTGAGGA 93 PASS ABPV=3.68e-02;FPV=2.37e-01;FR=0.2500;HP=1;NF=0;NR=3;PP=93;RMP=91.0;RPV=7.64e-05;SC=CTCTCACCGCTGCCCAGGGGT;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=3 GT:GL:GQ:NR 0/0:-17.96,-35.28,-330.9:77:30 0/1:-94.07,-50.73,-458.79:100:41
-chr2 227954599 . G A 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.19e-01;FR=0.2507;HP=2;MMLQ=31;NF=6;NR=4;PP=200;RMP=46.35;RPV=9.51e-01;SC=TCTCCTTTTGGGCCTCTTCCT;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=10;func=exonic;gene=COL4A4;exon_func=nonsynonymous SNV;AAchange=NM_000092:c.C1444T:p.P482S;1000g=0.55;dbsnp=rs2229814;sift=0.44;pp2=0.0;phylop=0.897442;mutT=9.0E-5;LRT=0.824593 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-5.54,-68.56:25:9 0/1:-80.77,-11.53,-34.97:100:16
-chr2 233273018 . G A 32 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.62e-01;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=34;NF=13;NR=4;PP=32;RMP=56.47;RPV=8.89e-03;SC=TTCCCATGGGGACCCCAGACC;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=17 GT:GL:GQ:NR 0/0:-50.24,-59.48,-309.03:41:45 0/1:-159.89,-144.07,-409.74:66:57
-chr20 29633938 . A G 28 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.27e-01;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=16;NR=24;PP=28;RMP=56.91;RPV=2.94e-01;SC=AAATGACTGGAATTTTTGTTT;TC=192;TCF=84;TCR=108;TR=40;func=ncRNA;gene=FRG1B;cons46=514 Name=lod=163;segdup=0.96;dbsnp=rs4006818 GT:GL:GQ:NR 0/0:-963.63,-978.07,-1139.59:64:101 1/0:-1046.34,-1031.41,-1112.07:63:91
-chr20 33356511 . C T 44 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.49e-01;FR=0.2507;HP=1;MMLQ=37;NF=0;NR=4;PP=44;RMP=57.46;RPV=6.28e-01;SC=AGTTTACCACCAGAAAAATGG;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=4;func=intronic;gene=NCOA6;cons46=243 Name=lod=13;1000g=0.36;dbsnp=rs2295353 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-5.54,-70.65:25:8 0/1:-49.75,-31.07,-63.51:79:9
-chr21 14424170 . C G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.37e-05;FR=0.2502;HP=1;MMLQ=31;NF=51;NR=68;PP=200;RMP=55.06;RPV=7.01e-02;SC=GGAAAGAACACCTGACACGGC;TC=637;TCF=318;TCR=319;TR=119 GT:GL:GQ:NR 0/0:-1068.97,-1075.78,-2090.04:31:272 1/0:-1608.82,-1559.51,-2814.14:100:365
-chr22 16256578 . G T 200 PASS ABPV=2.18e-01;FPV=6.87e-08;FR=0.2502;HP=4;MMLQ=34;NF=19;NR=8;PP=200;RMP=40.16;RPV=2.46e-02;SC=TGGCTCTGATGTTTCATTATG;TC=253;TCF=194;TCR=59;TR=27 GT:GL:GQ:NR 0/0:-139.12,-145.98,-745.94:31:118 0/1:-324.53,-220.54,-788.14:100:135
-chr22 24640438 . TCA T 58 PASS ABPV=5.57e-01;FPV=3.19e-02;FR=0.2503;HP=2;NF=2;NR=1;PP=58;RMP=48.68;RPV=9.37e-01;SC=ATACATTCACTCACACACACA;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=3 GT:GL:GQ:NR 0/0:-4.37,-10.61,-107.94:28:12 0/1:-47.48,-22.82,-120.6:100:15
-chr22 42524924 . A G 32 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.78e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=35;NF=0;NR=4;PP=32;RMP=71.83;RPV=5.74e-01;SC=TGTCCAAGAGACCGTTGGGGC;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=4 GT:GL:GQ:NR 0/0:-1.84,-12.87,-112.28:49:17 1/0:-35.2,-19.47,-73.62:66:14
-chr3 6522043 . G A 62 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.16e-01;FR=0.2507;HP=3;MMLQ=37;NF=4;NR=0;PP=62;RMP=44.82;RPV=7.49e-01;SC=TAACTGCAAAGTAGGAACACG;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=4 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-5.54,-65.36:25:9 1/0:-46.21,-23.49,-68.33:96:10
-chr3 135742089 . GAAAATA G 56 PASS ABPV=2.53e-02;FPV=5.62e-01;FR=0.2500;HP=4;NF=0;NR=2;PP=56;RMP=97.0;RPV=4.10e-05;SC=GTTTTGTTTTGAAAATATTTT;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:-171.19,-180.69,-401.53:43:27 1/0:-163.7,-138.73,-368.83:100:28
-chr3 195453014 . G A 73 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.99e-01;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=31;NF=44;NR=44;PP=73;RMP=52.04;RPV=1.00e-00;SC=GACAGCACCCGGGGCCACGAC;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=88 GT:GL:GQ:NR 0/0:-596.82,-608.68,-929.74:53:99 0/1:-825.59,-800.41,-1040.36:100:111
-chr3 195453412 . C T 21 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.25e-02;FR=0.2502;HP=2;MMLQ=25;NF=13;NR=52;PP=21;RMP=62.2;RPV=1.00e-00;SC=CCACGACTGCCCGGACGAGGC;TC=219;TCF=89;TCR=130;TR=65 GT:GL:GQ:NR 0/0:-275.62,-282.43,-681.47:31:103 0/1:-362.65,-349.41,-719.87:55:117
-chr3 195506775 . G A 87 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.81e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=11;NR=4;PP=87;RMP=30.23;RPV=4.10e-02;SC=AGGAAGTGTCGGTGACAGGAA;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=15;func=exonic;gene=MUC4;exon_func=synonymous SNV;AAchange=NM_018406:c.C11676T:p.H3892H;cons46=381 Name=lod=47;segdup=0.92;1000g=0.48;dbsnp=rs79609066 GT:GL:GQ:NR 0/0:-215.78,-225.62,-329.97:44:31 0/1:-253.55,-225.09,-324.19:100:38
-chr3 195507372 . C A 72 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.50e-01;FR=0.2510;HP=1;MMLQ=31;NF=12;NR=10;PP=72;RMP=82.02;RPV=4.71e-01;SC=GAGGGGTGGCCTGACCTGTGG;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=22 GT:GL:GQ:NR 0/0:-85.59,-90.71,-175.03:23:27 0/1:-302.0,-277.02,-435.24:100:49
-chr3 195509974 . A G 107 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.52e-02;FR=0.2501;HP=1;MMLQ=33;NF=7;NR=15;PP=107;RMP=66.83;RPV=1.62e-01;SC=ATGACCTGTGAACACTGAGGA;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=22 GT:GL:GQ:NR 0/0:-281.04,-289.1,-469.31:36:51 0/1:-474.46,-441.44,-679.46:100:76
-chr4 3589510 . G A 82 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e-00;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=35;NF=28;NR=15;PP=82;RMP=39.79;RPV=1.00e-00;SC=ACTTCCAGATGAGACTTCCTG;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=43;func=ncRNA;gene=FLJ35424 GT:GL:GQ:NR 0/0:-202.17,-216.0,-372.38:61:36 0/1:-618.94,-591.66,-690.1:100:53
-chr4 5747131 . C A 40 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.32e-01;FR=0.2502;HP=2;MMLQ=33;NF=1;NR=19;PP=40;RMP=63.27;RPV=9.99e-01;SC=AAATTGGCTACATTAGAGAGA;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=20 GT:GL:GQ:NR 0/0:-175.23,-182.17,-227.63:31:19 1/0:-264.71,-246.95,-301.81:75:26
-chr4 70261725 . G A 25 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.43e-01;FR=0.2503;HP=3;MMLQ=36;NF=1;NR=5;PP=25;RMP=77.58;RPV=8.09e-01;SC=TGTGGCCCTGGGGTAGTTACT;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6 GT:GL:GQ:NR 0/0:-25.09,-31.31,-100.1:28:11 1/0:-62.48,-48.33,-68.8:59:8
-chr5 837488 . C A 84 PASS ABPV=3.03e-01;FPV=2.26e-02;FR=0.2502;HP=2;MMLQ=35;NF=22;NR=3;PP=84;RMP=67.65;RPV=4.45e-09;SC=ACCTGGAGAACTCCTTTGTCC;TC=225;TCF=128;TCR=97;TR=25 GT:GL:GQ:NR 0/0:-71.02,-77.56,-596.34:30:92 0/1:-157.13,-129.33,-794.35:100:133
-chr5 34192944 . A G 136 PASS ABPV=3.53e-01;FPV=1.29e-04;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=31;NF=17;NR=13;PP=136;RMP=51.73;RPV=7.15e-05;SC=GCAGTGGATGAAGGCCCCTCA;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=30 GT:GL:GQ:NR 0/0:-120.41,-138.2,-806.35:79:120 0/1:-199.6,-159.91,-913.41:100:141
-chr5 36200413 . G A 33 PASS ABPV=1.25e-02;FPV=1.03e-02;FR=0.2511;HP=3;MMLQ=34;NF=2;NR=4;PP=33;RMP=98.68;RPV=2.69e-06;SC=GAAAATGTATGTTATAAATAT;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=6 GT:GL:GQ:NR 0/0:-295.77,-300.82,-490.03:23:53 1/0:-290.08,-274.08,-469.93:67:56
-chr5 41909830 . C T 27 PASS ABPV=5.28e-01;FPV=2.35e-03;FR=0.2504;HP=18;MMLQ=0;NF=0;NR=3;PP=27;RMP=14.14;RPV=9.29e-01;SC=AGATATCTTTCTTTTTTTTTT;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=3 GT:GL:GQ:NR 0/0:-4.61,-10.58,-40.73:26:11 0/1:-41.44,-26.72,-53.62:62:17
-chr5 54329850 . C CTGCTTTACTTA 68 PASS ABPV=5.01e-01;FPV=1.00e+00;FR=0.2503;HP=1;NF=0;NR=2;PP=68;RMP=90.0;RPV=7.41e-02;SC=CATATGGGGTCCATTTTTGCA;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-6.24,-122.94:28:9 1/0:-45.59,-6.93,-110.5:100:12
-chr5 58121059 . G A 112 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.22e-01;FR=0.2501;HP=2;MMLQ=35;NF=0;NR=5;PP=112;RMP=75.51;RPV=4.68e-01;SC=TACAGAGTCCGAGCTAATTGT;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=5 GT:GL:GQ:NR 0/0:-31.77,-39.38,-124.25:34:12 0/1:-43.94,-9.7,-79.61:100:15
-chr5 169535734 . C A 20 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e+00;FR=0.2507;HP=1;MMLQ=34;NF=0;NR=2;PP=20;RMP=68.72;RPV=3.31e-01;SC=CAGGAGCCTCCGAGGAATCCA;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;func=UTR3;gene=FOXI1;1000g=0.35;dbsnp=rs6873124 GT:GL:GQ:NR 0/0:-5.3,-10.84,-76.27:25:8 1/0:-15.88,-2.77,-16.56:54:5
-chr5 175467765 . A C 34 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.86e-01;FR=0.2503;HP=3;MMLQ=37;NF=4;NR=7;PP=34;RMP=58.23;RPV=9.60e-01;SC=AGGAAAGCAGATTTGTACATC;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=11 GT:GL:GQ:NR 0/0:-48.25,-54.62,-116.89:29:16 0/1:-64.43,-48.26,-102.15:68:18
-chr5 180047739 . CGT C 40 PASS ABPV=3.01e-01;FPV=4.20e-02;FR=0.2503;HP=3;NF=0;NR=2;PP=40;RMP=66.37;RPV=1.63e-01;SC=AAGGGGCCGGCGTGTGTGTGT;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:-15.43,-21.66,-115.16:28:17 0/1:-35.79,-15.44,-86.67:86:11
-chr6 26370657 . A G 26 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.98e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=34;NF=25;NR=18;PP=26;RMP=46.67;RPV=9.65e-01;SC=ACAGTGGAGCAACGCCAAGGG;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=43 GT:GL:GQ:NR 0/0:-408.78,-416.97,-671.27:37:70 1/0:-270.25,-255.76,-422.39:61:42
-chr6 26370659 . C T 32 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.98e-01;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=25;NR=17;PP=32;RMP=48.69;RPV=9.08e-01;SC=AGTGGAGCAACGCCAAGGGAG;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=42 GT:GL:GQ:NR 0/0:-408.78,-419.23,-664.68:47:70 1/0:-278.07,-262.18,-440.62:67:44
-chr6 35838820 . A ATTCTTACTTGG 44 PASS ABPV=1.42e-01;FPV=7.50e-01;FR=0.2500;HP=1;NF=0;NR=2;PP=44;RMP=90.0;RPV=2.64e-03;SC=CTCTACCAGAATGAAAAGTCT;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:-22.8,-33.89,-243.84:49:19 1/0:-50.19,-17.08,-221.97:100:21
-chr6 58777098 . A T 42 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.57e-03;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=14;NR=25;PP=42;RMP=50.5;RPV=1.85e-01;SC=GTAACTCTAGATTGAAGAATT;TC=224;TCF=105;TCR=119;TR=39;func=intergenic;gene=GUSBP4(dist=489374) NONE(dist=NONE);dbsnp=rs4330557 GT:GL:GQ:NR 0/0:-1161.42,-1180.18,-1411.53:83:106 0/1:-1283.78,-1265.72,-1460.11:76:119
-chr6 116774635 . C G 38 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.66e-01;FR=0.2504;HP=1;MMLQ=36;NF=4;NR=12;PP=38;RMP=76.7;RPV=4.76e-01;SC=CTTTTTCCACCACAAATTCTT;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=16 GT:GL:GQ:NR 0/0:-45.72,-51.81,-228.46:28:30 0/1:-179.58,-162.43,-353.98:72:42
-chr6 136599000 . T TCATCTGTGA 73 PASS ABPV=2.21e-05;FPV=2.55e-09;FR=0.2505;HP=4;NF=2;NR=0;PP=73;RMP=1.41;RPV=3.11e-04;SC=TTTTAGTTTTTACCTTTTTAA;TC=118;TCF=90;TCR=28;TR=2;func=intronic;gene=BCLAF1;cons46=573 Name=lod=284;segdup=0.97 GT:GL:GQ:NR 0/0:-44.16,-49.89,-603.4:26:61 1/0:-105.25,-67.59,-750.95:100:79
-chr6 155757781 . T A 106 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.16e-01;FR=0.2504;HP=2;MMLQ=36;NF=0;NR=5;PP=106;RMP=66.42;RPV=6.16e-01;SC=TACAGTGAGCTCTGAAATATC;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=5;func=intronic;gene=NOX3;1000g=0.22;dbsnp=rs231961 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-6.09,-69.03:28:9 0/1:-48.54,-15.69,-84.63:100:15
-chr7 65159983 . A G 128 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.13e-01;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=33;NF=9;NR=0;PP=128;RMP=42.05;RPV=1.33e-01;SC=TTGCTTAGTTACCAGGTAGAA;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=9;func=ncRNA;gene=INTS4L2 LOC441242;cons46=439 Name=lod=81;segdup=0.99;1000g=0.26;dbsnp=rs2949280 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-9.67,-99.87:43:16 0/1:-63.32,-25.43,-98.84:100:29
-chr7 100552044 . T G 46 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e-00;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=33;NF=133;NR=185;PP=46;RMP=54.24;RPV=1.00e-00;SC=CTGTTCCTTCTTCACCATACA;TC=776;TCF=387;TCR=389;TR=318 GT:GL:GQ:NR 0/0:-2768.08,-2799.9,-3980.82:100:373 0/1:-3148.55,-3129.5,-4372.1:80:403
-chr7 102319079 . G A 34 PASS ABPV=4.40e-01;FPV=1.00e+00;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=38;NF=0;NR=6;PP=34;RMP=53.53;RPV=6.65e-03;SC=TGTGAGATGCGTGTGAAAATG;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=6;func=intergenic;gene=POLR2J2(dist=6903) FAM185A(dist=70320);segdup=1.00;1000g=0.17;dbsnp=rs62458736 GT:GL:GQ:NR 0/0:-9.39,-20.95,-166.2:51:26 0/1:-46.26,-30.07,-176.58:68:30
-chr7 106272259 . C T 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.51e-04;FR=0.2501;HP=2;MMLQ=31;NF=27;NR=25;PP=200;RMP=18.87;RPV=1.08e-05;SC=CTCATTCCAACCTCTGCTTCC;TC=391;TCF=192;TCR=199;TR=52 GT:GL:GQ:NR 0/0:-1599.11,-1606.25,-1841.06:32:195 0/1:-1703.84,-1621.18,-1787.33:100:196
-chr7 128492558 . G A 32 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.80e-01;FR=0.2501;HP=6;MMLQ=35;NF=15;NR=1;PP=32;RMP=45.11;RPV=5.34e-01;SC=TGAGTCCAGGGGGGGCTGCTC;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=16 GT:GL:GQ:NR 0/0:-82.82,-89.89,-214.44:32:24 0/1:-137.27,-121.35,-194.99:67:21
-chr7 142223942 . A G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.00e-00;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=33;NF=86;NR=42;PP=200;RMP=48.5;RPV=9.93e-01;SC=ACTGTGAATCATCTACTACAC;TC=282;TCF=160;TCR=122;TR=128 GT:GL:GQ:NR 0/0:-840.21,-856.54,-1228.56:72:124 1/0:-1069.18,-1023.08,-1489.98:100:158
-chr7 142498735 . A C 51 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.39e-01;FR=0.2500;HP=4;MMLQ=34;NF=23;NR=20;PP=51;RMP=54.1;RPV=9.74e-01;SC=AGGACCTGAAAAACGTGTTCC;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=43;func=intergenic;gene=TRY6(dist=16336) EPHB6(dist=54057);sift=0.35 GT:GL:GQ:NR 0/0:-407.53,-415.97,-666.18:38:67 0/1:-407.94,-387.73,-626.55:86:62
-chr7 143295456 . A C 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.75e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=200;RMP=70.65;RPV=6.11e-02;SC=GCCTCCTCGCAGTGGGGGGCA;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=31 GT:GL:GQ:NR 0/0:-28.78,-39.63,-253.37:48:66 0/1:-158.76,-57.73,-187.94:100:69
-chr7 143453710 . T A 66 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.62e-01;FR=0.2501;HP=3;MMLQ=36;NF=0;NR=15;PP=66;RMP=54.55;RPV=5.68e-01;SC=TCTTCCTTTGTTTTGTCCACT;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=15 GT:GL:GQ:NR 0/0:-65.41,-73.41,-216.2:36:31 0/1:-102.8,-79.18,-187.97:100:31
-chr7 143956461 . T C 37 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=8.34e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=31;NF=5;NR=0;PP=37;RMP=48.38;RPV=1.00e+00;SC=TGGGCTTGGCTGGATGCAGGA;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=5 GT:GL:GQ:NR 0/0:-6.63,-15.42,-125.53:39:20 1/0:-33.93,-16.96,-77.4:71:16
-chr7 157367205 . TGA T 52 PASS ABPV=3.26e-01;FPV=5.62e-01;FR=0.2503;HP=2;NF=0;NR=2;PP=52;RMP=55.44;RPV=3.19e-02;SC=AGAGTAATAATGAGAGAGAGA;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=2;func=intronic;gene=PTPRN2 GT:GL:GQ:NR 0/0:-10.36,-16.59,-113.87:28:16 1/0:-39.42,-16.12,-59.64:99:12
-chr8 8095880 . C T 131 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.37e-01;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=37;NF=0;NR=10;PP=131;RMP=64.63;RPV=8.71e-01;SC=GCCACATGGCCCCAGGCCCAA;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=10;func=ncRNA;gene=FLJ10661;segdup=0.98 GT:GL:GQ:NR 0/0:-78.8,-87.2,-171.27:38:18 0/1:-81.81,-43.3,-81.08:100:18
-chr8 12236123 . T G 111 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.38e-39;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=30;NF=16;NR=9;PP=111;RMP=18.14;RPV=9.45e-01;SC=GTATTTGTGTTTGTGTGTGTG;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=25 GT:GL:GQ:NR 0/0:-265.16,-270.76,-457.35:100:49 1/0:-317.4,-305.02,-585.97:25:76
-chr8 12428634 . C T 69 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.50e-01;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=36;NF=0;NR=5;PP=69;RMP=63.98;RPV=2.03e-01;SC=TCTTAACAACCGCCATGGTGC;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=5 GT:GL:GQ:NR 0/0:-10.77,-21.63,-134.62:48:17 1/0:-41.03,-16.59,-80.89:100:14
-chr8 35608374 . T C 24 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=6.32e-01;FR=0.2502;HP=2;MMLQ=34;NF=1;NR=34;PP=24;RMP=69.53;RPV=1.00e-00;SC=TGAAAGTGTGTGTTTTCCAAA;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=35 GT:GL:GQ:NR 0/0:-248.65,-255.21,-376.27:30:35 1/0:-265.91,-251.92,-307.04:58:27
-chr8 121500323 . A AGTGGGATTGC 40 PASS ABPV=2.19e-01;FPV=8.43e-03;FR=0.2500;HP=2;NF=2;NR=0;PP=40;RMP=1.0;RPV=7.50e-01;SC=ATTATATCCTATGGATCAAAT;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=2 GT:GL:GQ:NR 0/0:-2.07,-11.08,-162.96:40:13 1/0:-47.66,-16.63,-264.67:100:25
-chr9 14510 . CTGT C 200 PASS ABPV=2.20e-01;FPV=4.66e-14;FR=0.2500;HP=1;NF=12;NR=0;PP=200;RMP=43.31;RPV=1.00e-02;SC=TAAAAGCACACTGTTGGTTTC;TC=123;TCF=107;TCR=16;TR=12 GT:GL:GQ:NR 0/0:-22.04,-38.67,-350.71:73:53 0/1:-133.83,-67.48,-425.73:100:75
-chr9 34724786 . G A 54 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=5.46e-01;FR=0.2503;HP=2;MMLQ=31;NF=10;NR=18;PP=54;RMP=64.11;RPV=9.71e-01;SC=GGATTTCCACGGGACTAGGCT;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=28 GT:GL:GQ:NR 0/0:-77.92,-84.2,-224.15:29:46 1/0:-101.32,-80.48,-207.58:88:45
-chr9 44118498 . G C 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=9.49e-01;FR=0.2503;HP=2;MMLQ=34;NF=2;NR=7;PP=200;RMP=65.44;RPV=6.41e-01;SC=GAGGGCAGCTGCCTGTCACCT;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=9;func=intergenic;gene=CNTNAP3B(dist=196025) FAM27C(dist=871738);segdup=0.98;1000g=0.77;dbsnp=rs28610048 GT:GL:GQ:NR 0/0:-11.97,-18.32,-91.33:29:13 0/1:-73.63,-27.61,-81.59:100:18
-chr9 67281836 . T G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=3.12e-01;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=6;NR=21;PP=200;RMP=63.02;RPV=5.58e-01;SC=GTGGACCTGATACAGTGGCCC;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=27;func=ncRNA;gene=AQP7P1;segdup=0.99;1000g=0.26;dbsnp=rs75812522 GT:GL:GQ:NR 0/0:-227.43,-240.42,-365.47:58:50 0/1:-353.09,-303.78,-464.7:100:65
-chr9 67293649 . T G 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.40e-02;FR=0.2509;HP=2;MMLQ=32;NF=8;NR=20;PP=200;RMP=65.85;RPV=6.29e-01;SC=GTGTGCCAAGTGACTTCATCT;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=28 GT:GL:GQ:NR 0/0:-52.46,-57.7,-399.51:24:62 0/1:-141.44,-82.05,-400.07:100:74
-chr9 68358140 . T C 101 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.09e-01;FR=0.2501;HP=2;MMLQ=31;NF=10;NR=13;PP=101;RMP=52.55;RPV=9.14e-01;SC=CCGCTTCAGATAGTGAAGAAG;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=23;func=intergenic;gene=ANKRD20A3(dist=387847) LOC642236(dist=69643);cons46=780 Name=lod=1967;segdup=0.98;dbsnp=rs62544188 GT:GL:GQ:NR 0/0:-99.49,-107.4,-306.63:36:46 0/1:-122.69,-91.06,-221.21:100:38
-chr9 92995102 . C T 25 PASS ABPV=1.74e-02;FPV=2.34e-06;FR=0.2500;HP=3;MMLQ=33;NF=11;NR=10;PP=25;RMP=36.17;RPV=2.75e-07;SC=ATAAAATTGTCCCCTCCATTC;TC=258;TCF=127;TCR=131;TR=21;func=intergenic;gene=LOC286370(dist=191321) LOC340515(dist=229612);segdup=0.96 GT:GL:GQ:NR 0/0:-127.8,-170.89,-839.43:100:127 1/0:-164.37,-150.07,-829.28:60:131
-chr9 139572068 . C G 44 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=4.21e-01;FR=0.2507;HP=2;MMLQ=29;NF=0;NR=3;PP=44;RMP=57.58;RPV=7.11e-01;SC=GGCTGGGGCGCGAAGGCCTGG;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=3;func=intronic;gene=AGPAT2;1000g=0.57;dbsnp=rs2236514 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-5.54,-62.14:25:9 1/0:-29.67,-11.06,-23.48:61:5
-chr9 140777194 . A AGAGCGGCT 200 PASS ABPV=7.76e-05;FPV=4.77e-24;FR=0.2500;HP=2;NF=2;NR=1;PP=200;RMP=4.36;RPV=2.92e-05;SC=CGCTTCTCCTAGGACGACACG;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=3;func=splicing;gene=CACNA1B(NM_000718:c.390-2->CATGTCCGAGCGGCT NM_001243812:c.390-2->CATGTCCGAGCGGCT);cons46=573 Name=lod=285 GT:GL:GQ:NR 0/0:-260.4,-275.23,-819.04:71:85 0/1:-510.15,-408.95,-886.86:3:93
-chrUn_gl000214 53458 . T A 82 PASS ABPV=4.34e-01;FPV=7.36e-06;FR=0.2500;HP=4;MMLQ=34;NF=22;NR=0;PP=82;RMP=47.4;RPV=5.62e-01;SC=AAACACTATATAAATATAATT;TC=187;TCF=185;TCR=2;TR=22;func=intergenic;gene=NONE(dist=NONE) NONE(dist=NONE);segdup=0.98 GT:GL:GQ:NR 0/0:-154.3,-180.61,-694.01:100:88 1/0:-304.62,-277.18,-752.95:100:99
-chrUn_gl000214 61035 . A G 25 PASS ABPV=2.68e-01;FPV=1.27e-06;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=20;NR=0;PP=25;RMP=60.63;RPV=4.22e-01;SC=ATGTTTACCTATATAACAAAC;TC=187;TCF=184;TCR=3;TR=20 GT:GL:GQ:NR 0/0:-517.15,-538.58,-910.78:94:80 0/1:-812.82,-798.54,-1242.08:60:107
-chrUn_gl000214 74804 . T C 45 PASS ABPV=5.69e-01;FPV=4.33e-02;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=35;NF=5;NR=0;PP=45;RMP=36.66;RPV=5.62e-01;SC=ATCACTTGAATGCAGTAGGCA;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=5 GT:GL:GQ:NR 0/0:-65.35,-75.06,-177.61:43:16 0/1:-180.67,-161.94,-279.38:79:26
-chrUn_gl000220 121703 . T C 75 PASS ABPV=9.31e-02;FPV=1.94e-05;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=31;NF=5;NR=8;PP=75;RMP=52.13;RPV=2.81e-03;SC=GTGGGCACGGTACGCTCTGGT;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=13 GT:GL:GQ:NR 0/0:-64.92,-78.18,-505.13:59:80 1/0:-102.59,-76.78,-453.86:100:70
-chrUn_gl000220 128026 . C T 73 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=1.39e-05;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=37;NF=12;NR=5;PP=73;RMP=48.23;RPV=2.65e-03;SC=TCTCTGTCTCCGTCTCTGTCT;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=17 GT:GL:GQ:NR 0/0:-175.58,-193.94,-521.81:81:62 1/0:-151.61,-126.36,-397.61:100:57
-chrUn_gl000220 132074 . G A 200 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=2.39e-03;FR=0.2500;HP=2;MMLQ=34;NF=10;NR=11;PP=200;RMP=61.51;RPV=6.72e-03;SC=CTCTCTGTCCGTCTCTGTCTT;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=21;func=intergenic;gene=LOC100507412(dist=5378) RN5-8S1(dist=23923);segdup=0.95 GT:GL:GQ:NR 0/0:-248.2,-257.69,-615.12:42:77 0/1:-290.71,-234.79,-658.31:100:90
-chrUn_gl000220 145002 . C T 28 PASS ABPV=3.17e-02;FPV=7.56e-08;FR=0.2500;HP=4;MMLQ=31;NF=1;NR=3;PP=28;RMP=65.86;RPV=4.70e-03;SC=ACTAGCCGGGCGCGGTGGCAC;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=4 GT:GL:GQ:NR 0/0:-17.73,-43.17,-320.69:100:46 1/0:-67.96,-52.99,-236.43:63:37
-chrUn_gl000220 145368 . T C 30 PASS ABPV=1.09e-01;FPV=1.31e-02;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=29;NF=8;NR=2;PP=30;RMP=72.81;RPV=1.92e-05;SC=AGCCGGGCGCTGTGCTGTGCT;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=10;func=intergenic;gene=LOC100507412(dist=18672) RN5-8S1(dist=10629);dbsnp=rs3878955 GT:GL:GQ:NR 0/0:-48.56,-59.69,-409.13:50:53 0/1:-66.74,-51.46,-448.03:64:66
-chrUn_gl000225 30398 . C T 29 PASS ABPV=1.13e-01;FPV=3.15e-04;FR=0.2502;HP=1;MMLQ=33;NF=1;NR=5;PP=29;RMP=58.12;RPV=2.55e-02;SC=CCTGCTCCTCCGAGCCTTTGA;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=6 GT:GL:GQ:NR 0/0:-195.73,-202.53,-342.72:31:35 1/0:-230.45,-215.31,-371.74:63:45
-chrUn_gl000225 43193 . C T 46 PASS ABPV=1.00e+00;FPV=7.84e-02;FR=0.2507;HP=3;MMLQ=31;NF=8;NR=12;PP=46;RMP=44.42;RPV=4.19e-02;SC=GCCAGAGAGACGGGCCTCCCG;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=20 GT:GL:GQ:NR 0/0:-577.5,-583.01,-743.98:25:63 1/0:-604.31,-585.16,-703.98:81:63
-chrX 106390898 . G A 65 PASS ABPV=4.78e-01;FPV=1.49e-02;FR=0.2500;HP=1;MMLQ=39;NF=5;NR=0;PP=65;RMP=43.16;RPV=1.00e+00;SC=GTTTGGTCATGGAGCATACAA;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=5 GT:GL:GQ:NR 0/0:0.0,-11.78,-148.84:52:17 1/0:-49.23,-25.85,-211.17:99:29
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@@ -1,317 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.0
-##FILTER=<ID=HardyWeinbergViolation,Description="The validation is in Hardy-Weinberg violation">
-##FILTER=<ID=HighNoCallRate,Description="The validation no-call rate is too high">
-##FILTER=<ID=TooManyHomVars,Description="The validation homozygous variant rate is too high">
-##INFO=<ID=AC,Number=1,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=HW,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled Hardy-Weinberg violation p-value">
-##INFO=<ID=HetPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of heterozygous genotypes">
-##INFO=<ID=HomRefPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of homozygous reference genotypes">
-##INFO=<ID=HomVarPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent homozygous variant genotypes">
-##INFO=<ID=NoCallPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of no-calls">
-##ValidationMetrics_HardyWeinbergViolations="25 (8%)"
-##ValidationMetrics_HomVarViolations="0 (0%)"
-##ValidationMetrics_NoCallViolations="13 (4%)"
-##ValidationMetrics_PolymorphicPassingRecords="195 (75%)"
-##ValidationMetrics_RecordsPassingFilters="258 (87%)"
-##ValidationMetrics_RecordsProcessed=296
-##ValidationMetrics_SamplesAssayed=383
-##VariantValidationAssessor="analysis_type=VariantValidationAssessor input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[rawData/plink.renamed.sorted.fixed.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGap [...]
-##source=PLINK
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG00127 HG00128 HG00136 HG00137 HG00138 HG00139 HG00152 HG00156 HG00234 HG00235 HG00237 HG00242 HG00244 HG00262 HG01055 HG01079 NA19138 NA18974 NA18523 NA12717 NA19209 NA18577 NA18973 NA18943 NA12873 NA18623 NA18622 NA18948 NA19171 NA19204 NA06994 NA18563 NA18547 NA18861 NA18608 NA18995 NA10851 NA18976 NA18603 NA19200 HG01204 HG01191 HG01101 HG00146 HG00306 NA18985 HG00160 HG00635 HG00372 HG00357 HG00634 NA18541 NA18950 NA19759 HG00351 HG0025 [...]
-20 439104 . AG A . HighNoCallRate AC=0;AN=158;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=20.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=79.4 GT . 0/0 . . . . 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . . . . . . . . . . . . 0/0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0/0 . . . . . . . . . . . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . . . . . . . . . . . . 0/0 0/0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0/0 0/0 . . 0/0 . . 0/0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [...]
-20 669442 . TG T . PASS AC=54;AN=766;HW=6.74;HetPct=12.0;HomRefPct=86.9;HomVarPct=1.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-20 676148 . A AC . PASS AC=0;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 719486 . C CT . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 890696 . C CAT . PASS AC=6;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1102516 . CT C . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1149576 . CT C . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1195706 . AAG A . PASS AC=334;AN=764;HW=9.47;HetPct=44.9;HomRefPct=33.7;HomVarPct=21.1;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-20 1342549 . A AAGAT . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1366475 . CT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1390810 . T TTC . HighNoCallRate AC=0;AN=566;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=73.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=26.1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 . . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1550416 . C CT . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1655540 . AT A . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 2133769 . GA G . HardyWeinbergViolation AC=379;AN=766;HW=85.69;HetPct=34.7;HomRefPct=33.2;HomVarPct=32.1;NoCallPct=0.0 GT 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-20 2217137 . CT C . HighNoCallRate AC=0;AN=704;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=91.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=8.1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 2263095 . TG T . HardyWeinbergViolation AC=358;AN=766;HW=812.29;HetPct=93.5;HomRefPct=6.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-20 2426886 . G GAATT . HighNoCallRate AC=11;AN=680;HW=0.00;HetPct=2.9;HomRefPct=85.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=11.2 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 2889034 . AAAAT A . PASS AC=6;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 3203741 . CT C . PASS AC=4;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 3327993 . CAA C . HardyWeinbergViolation AC=3;AN=766;HW=21.06;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 3700705 . CTTTGGG C . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 4037626 . TC T . PASS AC=194;AN=764;HW=14.70;HetPct=33.4;HomRefPct=57.7;HomVarPct=8.6;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/ [...]
-20 4210074 . G GA . PASS AC=197;AN=762;HW=14.95;HetPct=33.7;HomRefPct=56.9;HomVarPct=8.9;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/ [...]
-20 4363519 . CATT C . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 4366806 . CAAAT C . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 4641550 . CCTTGA C . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 5105482 . C CATTTTAGG . PASS AC=101;AN=762;HW=14.11;HetPct=20.1;HomRefPct=76.2;HomVarPct=3.1;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 5289619 . GA G . PASS AC=377;AN=764;HW=5.70;HetPct=53.0;HomRefPct=24.0;HomVarPct=22.7;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/ [...]
-20 5416109 . CA C . PASS AC=2;AN=752;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 5432262 . AGT A . PASS AC=4;AN=752;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 5724449 . T TC . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 5928403 . T TA . HardyWeinbergViolation AC=196;AN=762;HW=47.13;HetPct=29.2;HomRefPct=59.3;HomVarPct=11.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-20 6877907 . CA C . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 6969412 . CAAAGAAT C . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 7035110 . CT C . HardyWeinbergViolation AC=340;AN=758;HW=1038.45;HetPct=1.0;HomRefPct=54.0;HomVarPct=43.9;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/ [...]
-20 7229260 . T TA . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 7239075 . AG A . PASS AC=5;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 7942727 . A AC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 7950562 . C CT . PASS AC=4;AN=760;HW=18.01;HetPct=0.5;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 8195466 . C CT . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 8233352 . TACTC T . PASS AC=56;AN=764;HW=1.84;HetPct=13.1;HomRefPct=85.9;HomVarPct=0.8;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 8504000 . TAG T . PASS AC=5;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 8779672 . TG T . HighNoCallRate AC=0;AN=86;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=11.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=88.8 GT . . . . . . . . . . . . . . . . 0/0 . . . . . . . . . . . 0/0 . . . . . . . . . . 0/0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0/0 0/0 . . . 0/0 . 0/0 . . . 0/0 . . . . . . . 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0/0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . 0/ [...]
-20 8794142 . AG A . HardyWeinbergViolation AC=52;AN=756;HW=57.86;HetPct=8.4;HomRefPct=87.7;HomVarPct=2.6;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 . 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 9231138 . AT A . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 9900218 . C CT . HardyWeinbergViolation AC=3;AN=766;HW=21.06;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 9921724 . AAAGT A . PASS AC=11;AN=758;HW=0.00;HetPct=2.9;HomRefPct=96.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 9925738 . T TG . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 10090376 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 10377174 . ATAAAAC A . HighNoCallRate AC=107;AN=514;HW=4.54;HetPct=20.6;HomRefPct=42.8;HomVarPct=3.7;NoCallPct=32.9 GT . . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/1 . 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 . . . . 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 . 0/1 0/0 . . 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 . . 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 . . . . . . 0/0 . 1/ [...]
-20 11229169 . T TA . PASS AC=3;AN=756;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 11511920 . AC A . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 11893900 . ATTAG A . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 12021825 . A AG . PASS AC=5;AN=756;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=97.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12063752 . CTT C . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12094344 . TCAGGAGGC T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12114989 . CTA C . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12371546 . GACA G . PASS AC=10;AN=762;HW=0.00;HetPct=2.6;HomRefPct=96.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 12512723 . G GTT . PASS AC=6;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12634463 . TGA T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12692743 . TTATC T . PASS AC=8;AN=762;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 12837095 . G GA . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12928028 . TG T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13003323 . GGGA G . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13128894 . CT C . PASS AC=10;AN=764;HW=0.00;HetPct=2.6;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13287841 . CAT C . PASS AC=134;AN=760;HW=0.21;HetPct=29.2;HomRefPct=67.1;HomVarPct=2.9;NoCallPct=0.8 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13365589 . T TG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13566260 . AAATTG A . PASS AC=374;AN=764;HW=3.95;HetPct=47.5;HomRefPct=27.2;HomVarPct=25.1;NoCallPct=0.3 GT 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-20 13685184 . AT A . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13716193 . GAGAA G . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 13926445 . TA T . PASS AC=0;AN=756;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13960028 . TC T . PASS AC=188;AN=750;HW=2.44;HetPct=35.5;HomRefPct=55.6;HomVarPct=6.8;NoCallPct=2.1 GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 14159734 . T TA . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 14287634 . AGT A . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 14383135 . TA T . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 14420574 . GA G . HardyWeinbergViolation AC=3;AN=766;HW=21.06;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 14669226 . G GA . PASS AC=121;AN=766;HW=1.68;HetPct=25.8;HomRefPct=71.3;HomVarPct=2.9;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/ [...]
-20 14697473 . TTC T . PASS AC=9;AN=764;HW=10.31;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 14983337 . AGCC A . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15037520 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15141272 . T TC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15189597 . GA G . PASS AC=311;AN=760;HW=2.80;HetPct=46.2;HomRefPct=35.5;HomVarPct=17.5;NoCallPct=0.8 GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1 [...]
-20 15265098 . TG T . PASS AC=125;AN=766;HW=6.76;HetPct=25.3;HomRefPct=71.0;HomVarPct=3.7;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-20 15410763 . TGA T . PASS AC=29;AN=764;HW=0.00;HetPct=7.6;HomRefPct=92.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15543319 . AG A . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15550845 . TG T . PASS AC=34;AN=756;HW=0.00;HetPct=8.4;HomRefPct=90.1;HomVarPct=0.3;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15703503 . TG T . PASS AC=87;AN=750;HW=3.63;HetPct=19.1;HomRefPct=77.0;HomVarPct=1.8;NoCallPct=2.1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15871330 . AG A . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 16016504 . TA T . PASS AC=186;AN=764;HW=15.27;HetPct=32.4;HomRefPct=59.3;HomVarPct=8.1;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1 [...]
-20 16172883 . G GTAGC . HardyWeinbergViolation AC=79;AN=762;HW=42.59;HetPct=13.8;HomRefPct=82.2;HomVarPct=3.4;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-20 16192114 . AT A . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16259934 . C CAA . PASS AC=0;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16312599 . CTA C . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16723642 . GGTT G . PASS AC=6;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16747221 . CA C . PASS AC=291;AN=764;HW=3.13;HetPct=45.2;HomRefPct=39.2;HomVarPct=15.4;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0 [...]
-20 16769262 . TTTC T . HighNoCallRate AC=8;AN=600;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=76.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=21.7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16813850 . C CA . PASS AC=7;AN=758;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17250858 . T TC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 17331332 . TA T . PASS AC=80;AN=762;HW=15.60;HetPct=16.2;HomRefPct=80.9;HomVarPct=2.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 17473782 . TGC T . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17607627 . A AGT . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17753474 . C CA . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 18417481 . AC A . PASS AC=17;AN=766;HW=0.00;HetPct=4.4;HomRefPct=95.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 18445795 . AAG A . PASS AC=5;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 18520672 . A ATT . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 18522725 . ATTAAC A . PASS AC=1;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 18915562 . TAA T . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 19111235 . C CT . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 19157532 . T TC . HardyWeinbergViolation AC=3;AN=760;HW=21.02;HetPct=0.3;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 19188693 . T TC . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 19437778 . GGCCTGGGATGTAAA G . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 19805154 . CCTT C . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20030869 . CT C . PASS AC=362;AN=766;HW=6.74;HetPct=46.5;HomRefPct=29.5;HomVarPct=24.0;NoCallPct=0.0 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20286529 . A AC . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20404656 . ATTACAGACT A . PASS AC=7;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20434198 . TA T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20716329 . CA C . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20760474 . TG T . PASS AC=15;AN=764;HW=5.83;HetPct=3.4;HomRefPct=96.1;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20952825 . T TC . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20990240 . TC T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 21406859 . ACTT A . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 21480245 . AG A . PASS AC=1;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 21852048 . CA C . PASS AC=330;AN=762;HW=4.15;HetPct=46.5;HomRefPct=33.2;HomVarPct=19.8;NoCallPct=0.5 GT 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0 [...]
-20 21968507 . AC A . PASS AC=7;AN=762;HW=12.61;HetPct=1.3;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 22411326 . CA C . HardyWeinbergViolation AC=321;AN=762;HW=136.49;HetPct=29.5;HomRefPct=42.8;HomVarPct=27.2;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 . 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 [...]
-20 22434333 . C CA . PASS AC=8;AN=766;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
-20 22637424 . C CAGCCA . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 22655862 . TATC T . PASS AC=6;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23169038 . TGTC T . HardyWeinbergViolation AC=380;AN=766;HW=1034.24;HetPct=98.7;HomRefPct=1.0;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-20 23200197 . ATT A . PASS AC=1;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23293728 . CA C . PASS AC=8;AN=754;HW=11.33;HetPct=1.6;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.3;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 23319459 . CAT C . HardyWeinbergViolation AC=10;AN=766;HW=26.72;HetPct=1.6;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.5;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23813095 . CT C . PASS AC=26;AN=762;HW=1.46;HetPct=6.3;HomRefPct=93.0;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23815381 . CT C . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 23889003 . GA G . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 24541328 . TA T . HighNoCallRate AC=0;AN=430;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=56.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=43.9 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . . . . 0/0 0/0 . . . 0/0 . . . . 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 0/0 . . . 0/0 . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . . . . 0/0 . . . 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 . 0/0 . . 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 . 0/ [...]
-20 24710482 . GT G . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 24855121 . CT C . PASS AC=6;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 25283938 . A AG . HardyWeinbergViolation AC=326;AN=762;HW=30.59;HetPct=40.2;HomRefPct=36.8;HomVarPct=22.5;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/ [...]
-20 25503211 . CATA C . PASS AC=1;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 25905250 . GT G . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 29589873 . CCTT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29628180 . C CCACAAGAAG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29804699 . A AC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 29913425 . TATATC T . PASS AC=15;AN=762;HW=5.82;HetPct=3.4;HomRefPct=95.8;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 30390854 . TTATACTA T . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 30534847 . ACAAT A . PASS AC=2;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 30567910 . T TG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 31412616 . CT C . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 31760870 . CG C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 31881479 . AG A . HardyWeinbergViolation AC=40;AN=764;HW=34.05;HetPct=7.3;HomRefPct=90.9;HomVarPct=1.6;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-20 32015223 . CT C . PASS AC=5;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32158330 . CAG C . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 32456076 . GT G . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32477286 . CA C . HardyWeinbergViolation AC=14;AN=766;HW=20.05;HetPct=2.6;HomRefPct=96.9;HomVarPct=0.5;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-20 32509752 . A AG . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32700247 . GGCGTCTGA G . PASS AC=3;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 32968409 . GTC G . PASS AC=0;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 33541746 . A AAG . PASS AC=4;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 34251969 . C CA . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 34313574 . A AT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 34633573 . TAA T . PASS AC=1;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 34831930 . CT C . PASS AC=7;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 35329008 . ATC A . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 35357903 . GA G . PASS AC=5;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 35847597 . CTT C . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 36250348 . CG C . HighNoCallRate AC=0;AN=414;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=54.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=46.0 GT 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 . 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 . . 0/0 . . 0/0 . 0/0 . . . 0/0 . 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 . . 0/0 . . . 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 . . 0/0 . . . 0/0 . 0/0 . 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . [...]
-20 36658020 . TG T . PASS AC=6;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.6;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 36704724 . TC T . PASS AC=8;AN=756;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 36711544 . TAAAG T . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 36947086 . ATAC A . PASS AC=33;AN=766;HW=0.12;HetPct=8.6;HomRefPct=91.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 37139725 . CAG C . PASS AC=5;AN=760;HW=15.80;HetPct=0.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37278654 . CAG C . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37391272 . TG T . PASS AC=4;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 37608002 . CAT C . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37678954 . C CTGG . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37712193 . AAG A . PASS AC=29;AN=762;HW=0.00;HetPct=7.6;HomRefPct=91.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 37836124 . AAAT A . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37954797 . A AGT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37962643 . T TAA . PASS AC=178;AN=764;HW=12.74;HetPct=31.9;HomRefPct=60.6;HomVarPct=7.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 38336199 . TA T . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 38495835 . T TA . PASS AC=14;AN=762;HW=0.00;HetPct=3.7;HomRefPct=95.8;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 38696054 . GAAGA G . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 38784318 . CCTT C . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 39042026 . T TG . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 39420665 . AG A . PASS AC=72;AN=760;HW=3.25;HetPct=16.2;HomRefPct=81.7;HomVarPct=1.3;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 39607037 . C CA . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 39868369 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40006262 . TGAG T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 40110981 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40445967 . TG T . PASS AC=3;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40742257 . TG T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41000677 . T TG . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 41149621 . T TATCA . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 41364251 . A AAG . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41543685 . CTAAGGAGGGAAAAAGATATAAT C . PASS AC=12;AN=764;HW=0.00;HetPct=3.1;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 41851636 . TA T . PASS AC=83;AN=764;HW=18.52;HetPct=16.4;HomRefPct=80.7;HomVarPct=2.6;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-20 41918747 . TATC T . HighNoCallRate AC=3;AN=650;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=84.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=15.1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 . 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 0/0 . . . . 0/0 . . . . . 0/0 . 0/0 . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 41964672 . A AT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42145613 . TG T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42159695 . GC G . PASS AC=87;AN=762;HW=7.05;HetPct=18.5;HomRefPct=78.9;HomVarPct=2.1;NoCallPct=0.5 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 [...]
-20 42261635 . C CATTT . PASS AC=24;AN=764;HW=2.06;HetPct=5.7;HomRefPct=93.7;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42470352 . CACTT C . PASS AC=19;AN=764;HW=3.87;HetPct=4.4;HomRefPct=95.0;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42585924 . T TA . PASS AC=1;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 42856201 . CT C . PASS AC=3;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42909154 . T TGGGTC . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42918721 . AG A . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42930748 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43245783 . AG A . PASS AC=8;AN=766;HW=11.40;HetPct=1.6;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 43371647 . GGGCTGTAA G . PASS AC=80;AN=760;HW=6.79;HetPct=17.2;HomRefPct=80.2;HomVarPct=1.8;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 43434234 . AG A . PASS AC=4;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43539258 . T TAG . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43606638 . T TC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43826992 . GC G . PASS AC=0;AN=748;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=2.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43993933 . CA C . PASS AC=199;AN=764;HW=8.74;HetPct=35.2;HomRefPct=56.1;HomVarPct=8.4;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/ [...]
-20 44071585 . C CT . PASS AC=132;AN=764;HW=8.50;HetPct=26.1;HomRefPct=69.5;HomVarPct=4.2;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/ [...]
-20 44220528 . T TC . PASS AC=59;AN=766;HW=1.90;HetPct=14.9;HomRefPct=84.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 44340276 . AACAG A . PASS AC=37;AN=758;HW=17.93;HetPct=7.6;HomRefPct=90.3;HomVarPct=1.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 44464600 . T TA . PASS AC=19;AN=762;HW=3.86;HetPct=4.4;HomRefPct=94.8;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 44470843 . GAGTGTCGT G . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 44572563 . GA G . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 44889286 . G GC . PASS AC=13;AN=766;HW=0.00;HetPct=3.4;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 45092013 . GT G . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 45300827 . CT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 45406096 . T TTC . PASS AC=4;AN=760;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 45668403 . CTG C . PASS AC=86;AN=762;HW=16.06;HetPct=17.2;HomRefPct=79.6;HomVarPct=2.6;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 46011017 . GAT G . HighNoCallRate AC=4;AN=706;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=91.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=7.8 GT . . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-20 46051811 . T TAAGC . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 46353646 . A AG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 46413551 . TC T . PASS AC=2;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 46569465 . CTG C . PASS AC=10;AN=762;HW=0.00;HetPct=2.6;HomRefPct=96.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 46720983 . ATACTTGG A . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 47032179 . GC G . PASS AC=2;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 47136092 . A AGTC . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 47239432 . T TA . HardyWeinbergViolation AC=3;AN=762;HW=21.03;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 47335386 . GC G . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 47428163 . C CA . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 47988904 . CA C . PASS AC=187;AN=760;HW=17.08;HetPct=32.1;HomRefPct=58.7;HomVarPct=8.4;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-20 48262933 . CCTA C . PASS AC=7;AN=766;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=98.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49438742 . G GT . PASS AC=8;AN=762;HW=11.37;HetPct=1.6;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-20 49451656 . T TG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49537420 . AG A . PASS AC=3;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 49561273 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 49765611 . A AC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49823863 . ACTTTT A . HardyWeinbergViolation AC=14;AN=764;HW=20.03;HetPct=2.6;HomRefPct=96.6;HomVarPct=0.5;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 50136971 . TTTTC T . PASS AC=8;AN=764;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 50373155 . A AT . PASS AC=7;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 50772065 . T TC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 50806976 . G GAA . PASS AC=128;AN=760;HW=0.17;HetPct=28.2;HomRefPct=68.4;HomVarPct=2.6;NoCallPct=0.8 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1 [...]
-20 50961401 . G GT . PASS AC=4;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 51547787 . AC A . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 51758677 . A ATT . HardyWeinbergViolation AC=87;AN=762;HW=72.50;HetPct=13.3;HomRefPct=81.5;HomVarPct=4.7;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 [...]
-20 51838824 . GA G . PASS AC=4;AN=756;HW=17.99;HetPct=0.5;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 51961394 . ATTTG A . PASS AC=8;AN=760;HW=0.00;HetPct=2.1;HomRefPct=97.1;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 53081927 . CATGA C . PASS AC=5;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 53538294 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 53602394 . T TA . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54124185 . T TC . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54150907 . CAG C . PASS AC=3;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 54166824 . AC A . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54230743 . CAT C . PASS AC=2;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 54262948 . A AC . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54309727 . TGAGC T . PASS AC=7;AN=762;HW=12.61;HetPct=1.3;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54379666 . GT G . PASS AC=172;AN=766;HW=14.43;HetPct=30.8;HomRefPct=62.1;HomVarPct=7.0;NoCallPct=0.0 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-20 55264363 . AG A . PASS AC=232;AN=762;HW=15.89;HetPct=37.1;HomRefPct=50.7;HomVarPct=11.7;NoCallPct=0.5 GT 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 [...]
-20 55286852 . AAAC A . HardyWeinbergViolation AC=10;AN=764;HW=26.69;HetPct=1.6;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.5;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 55608811 . CT C . PASS AC=35;AN=762;HW=19.90;HetPct=7.0;HomRefPct=91.4;HomVarPct=1.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 55611547 . CAA C . PASS AC=1;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 55658161 . GT G . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 55989765 . CA C . PASS AC=208;AN=764;HW=5.71;HetPct=37.1;HomRefPct=54.0;HomVarPct=8.6;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-20 56249865 . T TGAGG . PASS AC=4;AN=756;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 56344957 . GT G . PASS AC=1;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 56419021 . T TG . PASS AC=2;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 56915853 . TG T . PASS AC=17;AN=764;HW=4.78;HetPct=3.9;HomRefPct=95.6;HomVarPct=0.3;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 57125853 . GA G . HardyWeinbergViolation AC=137;AN=764;HW=48.09;HetPct=22.2;HomRefPct=70.8;HomVarPct=6.8;NoCallPct=0.3 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 57676578 . CCTTT C . PASS AC=7;AN=764;HW=0.00;HetPct=1.8;HomRefPct=97.9;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 57693627 . AG A . HighNoCallRate AC=12;AN=292;HW=71.95;HetPct=0.5;HomRefPct=36.3;HomVarPct=1.3;NoCallPct=61.9 GT . . 0/0 . . . 0/0 . . . . 0/0 . 1/1 . . 0/0 . 0/0 . 0/0 . . . . . . . 0/0 0/0 . . . 0/0 . . . . . 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 . . . . . . . . 0/0 . . . . 0/0 . . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 . . 0/0 0/0 . 0/0 . . . 0/0 . . . . . . . . 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 . . . . . . . 0/0 . . . 0/0 . . [...]
-20 57781799 . TGGG T . HardyWeinbergViolation AC=43;AN=764;HW=30.12;HetPct=8.1;HomRefPct=90.1;HomVarPct=1.6;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 58288793 . TC T . PASS AC=44;AN=766;HW=12.53;HetPct=9.4;HomRefPct=89.6;HomVarPct=1.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-20 58790761 . TG T . HardyWeinbergViolation AC=232;AN=762;HW=35.81;HetPct=33.9;HomRefPct=52.2;HomVarPct=13.3;NoCallPct=0.5 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 59072457 . AAGG A . HardyWeinbergViolation AC=12;AN=756;HW=41.94;HetPct=1.6;HomRefPct=96.3;HomVarPct=0.8;NoCallPct=1.3 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 59153061 . CTG C . PASS AC=1;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 59186675 . TATTA T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 59349754 . CCT C . PASS AC=168;AN=762;HW=8.71;HetPct=31.3;HomRefPct=61.9;HomVarPct=6.3;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0 [...]
-20 59365768 . TG T . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 59769242 . C CT . PASS AC=4;AN=762;HW=0.00;HetPct=1.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 59955821 . TG T . HighNoCallRate AC=0;AN=712;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=93.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=7.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0 [...]
-20 60337932 . AC A . PASS AC=3;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.8;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 60925525 . GC G . PASS AC=2;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 60961768 . GA G . HardyWeinbergViolation AC=365;AN=766;HW=84.86;HetPct=34.7;HomRefPct=35.0;HomVarPct=30.3;NoCallPct=0.0 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/ [...]
-20 61000018 . GC G . PASS AC=203;AN=762;HW=0.38;HetPct=39.4;HomRefPct=53.3;HomVarPct=6.8;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-20 61531765 . AG A . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 61983510 . TCTGC T . PASS AC=75;AN=766;HW=0.03;HetPct=18.0;HomRefPct=81.2;HomVarPct=0.8;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 62154368 . G GA . PASS AC=2;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.5;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 62310426 . CTT C . PASS AC=1;AN=756;HW=0.00;HetPct=0.3;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 62871860 . C CCCGCA . PASS AC=27;AN=764;HW=17.87;HetPct=5.5;HomRefPct=93.5;HomVarPct=0.8;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
diff --git a/tests/tabix_data/vcf/16.vcf b/tests/tabix_data/vcf/16.vcf
deleted file mode 100644
index eaa067e..0000000
--- a/tests/tabix_data/vcf/16.vcf
+++ /dev/null
@@ -1,369 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.0
-##ApplyRecalibration="analysis_type=ApplyRecalibration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/delangel/Phase1Calls/20110608VQSRConsensus/calls/combined.phase1.chr20.raw.indels.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample [...]
-##CombineVariants="analysis_type=CombineVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20:41000001-42000000] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/delangel/Phase1Calls/20110608VQSRConsensus/calls/chr20/AFR/AFR.phase1.chr20.42.raw.indels.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/delangel/Phase1Calls/20110608VQSRConsensus/calls/chr20/ASN/ASN.phase1.chr20.42. [...]
-##FILTER=<ID=BothStrands,Description="Variant not seen on both strands">
-##FILTER=<ID=HARD_TO_VALIDATE,Description="MQ0 >= 4 && (MQ0 / (1.0 * DP)) > 0.1">
-##FILTER=<ID=HP10,Description="Variant occurs in long homopolymer run (>10)">
-##FILTER=<ID=HaplotypeScore,Description="HaplotypeScore>20.0">
-##FILTER=<ID=HighCoverage,Description="Coverage at variant site is > 7500">
-##FILTER=<ID=HomopolymerRun,Description="HRun>=15">
-##FILTER=<ID=LongRepeat,Description="Variant occurs in long tandem repeat (as defined by 1kg phase one filters)">
-##FILTER=<ID=LowQual,Description="QUAL<30.0">
-##FILTER=<ID=PP20,Description="Variant posterior phred is < 20">
-##FILTER=<ID=QualByDepth,Description="QD<1.0">
-##FILTER=<ID=StrandBias,Description="SB>=-1.0">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche93.00to94.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 3.9628 <= x < 4.1824">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche94.00to95.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 3.7129 <= x < 3.9628">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche95.00to96.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 3.3717 <= x < 3.7129">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche96.00to97.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 2.8762 <= x < 3.3717">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche97.00to98.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 2.2618 <= x < 2.8762">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche98.00to99.00+,Description="Truth sensitivity tranche level at VQS Lod < 1.2907">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche98.00to99.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 1.2907 <= x < 2.2618">
-##FORMAT=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
-##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
-##FORMAT=<ID=FT,Number=1,Type=String,Description="Sample Genotype Filter">
-##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Integer,Description="Genotype Likelihood, log-scaled likeilhoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
-##FORMAT=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
-##FORMAT=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
-##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
-##FORMAT=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
-##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
-##INFO=<ID=AB,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
-##INFO=<ID=ABA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the alternate allele">
-##INFO=<ID=ABP,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=ABR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the reference allele">
-##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the site allele frequency of the first ALT allele">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=BL,Number=1,Type=Integer,Description="Base Pairs Left: number of base pairs in reads supporting the alternate to the left (5') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=BR,Number=1,Type=Integer,Description="Base Pairs Right: number of base pairs in reads supporting the alternate to the right (3') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=BVAR,Number=0,Type=Flag,Description="The best genotype combination in the posterior is variant (non homozygous).">
-##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
-##INFO=<ID=CI95,Number=2,Type=Float,Description="Equal-tail Bayesian credible interval of the site allele frequency at the 95% level">
-##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
-##INFO=<ID=DEL,Number=0,Type=Flag,Description="deletion allele">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
-##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
-##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
-##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
-##INFO=<ID=EL,Number=1,Type=Integer,Description="Allele End Left: number of observations of the alternate where the alternate occurs in the left end of the read">
-##INFO=<ID=EPP,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=ER,Number=1,Type=Integer,Description="Allele End Right: number of observations of the alternate where the alternate occurs in the right end of the read">
-##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability that sample chromosomes are not all the same">
-##INFO=<ID=FR,Number=0,Type=Float,Description="Estimated population frequency">
-##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
-##INFO=<ID=HETAR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals heterozygous alternate / reference">
-##INFO=<ID=HOMA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals homozygous for the alternate">
-##INFO=<ID=HOMR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals homozygous for the reference">
-##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolmer run length">
-##INFO=<ID=HPLen,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer length">
-##INFO=<ID=HR,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length">
-##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
-##INFO=<ID=HU,Number=1,Type=String,Description="Homopolymer run unit (stranded)">
-##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
-##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Not provided in original VCF header">
-##INFO=<ID=INS,Number=0,Type=Flag,Description="insertion allele">
-##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
-##INFO=<ID=KGPilot123,Number=0,Type=Flag,Description="1000 Genome discovery all pilots 2010(1,2,3)">
-##INFO=<ID=LEN,Number=1,Type=Integer,Description="allele length">
-##INFO=<ID=LRB,Number=1,Type=Float,Description="((max(BR, BL) / (BR + BL)) - 0.5) * 2 : The proportion of base pairs in reads on one side of the alternate allele relative to total bases, scaled from [0.5,1] to [0,1]">
-##INFO=<ID=LRBP,Number=1,Type=Float,Description="Left-Right Balance Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between BL and BR given E(BR/BL) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Flag,Description="MNP allele">
-##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
-##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
-##INFO=<ID=MQ0Fraction,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Mapping Quality Zero Reads">
-##INFO=<ID=MQM,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
-##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
-##INFO=<ID=NF,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
-##INFO=<ID=NR,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
-##INFO=<ID=PP,Number=0,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
-##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias">
-##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
-##INFO=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
-##INFO=<ID=RL,Number=1,Type=Integer,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=RPP,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=RR,Number=1,Type=Integer,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
-##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
-##INFO=<ID=SAB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: SAF / ( SAF + SAR )">
-##INFO=<ID=SAF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SAP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=SAR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
-##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
-##INFO=<ID=SNP,Number=0,Type=Flag,Description="SNP allele">
-##INFO=<ID=SRB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the reference allele: SRF / ( SRF + SRR )">
-##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=TC,Number=0,Type=Integer,Description="Total coverage">
-##INFO=<ID=TR,Number=1,Type=Integer,Description="Tandem repeat run length (bp)">
-##INFO=<ID=TS,Number=0,Type=Flag,Description="transition SNP">
-##INFO=<ID=TU,Number=1,Type=String,Description="tandem repeat run unit (stranded)">
-##INFO=<ID=TV,Number=0,Type=Flag,Description="transversion SNP">
-##INFO=<ID=VLD,Number=0,Type=Flag,Description="Is Validated. This bit is set if the snp has 2+ minor allele count based on frequency or genotype data.">
-##INFO=<ID=VQSLOD,Number=1,Type=Float,Description="Log odds ratio of being a true variant versus being false under the trained gaussian mixture model">
-##INFO=<ID=dbSNP,Number=1,Type=Integer,Description="First SNP Build for RS">
-##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
-##LeftAlignVariants="analysis_type=LeftAlignVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-scr1/ebanks/ALL.chr20.Oxford.20110407.indels.genotypes.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction= [...]
-##SelectVariants="analysis_type=SelectVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-scr1/delangel/officialCalls/20110201_chr20_phase1_indels/dindel/20110208.chr20.dindel2.ALL.sites.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampli [...]
-##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CHB.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CHS.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CLM.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/JPT.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/MXL.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/PUR.phase1.chr20.42.cleaned.bam] sample_metadata=[] re [...]
-##VariantFiltration="analysis_type=VariantFiltration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/humgen/1kg/processing/pipeline_test_bams/chr22_chunked.hg19.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/broad/shptmp/rpoplin/ALL.phase1.chr22.raw.indels.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsamp [...]
-##commandline="/share/software/freebayes/bin/freebayes --stdin --min-alternate-count 2 --genotype-combo-step-max 20 --genotype-variant-threshold 4 --no-marginals --pvar 0.0001 --indels --mnps --no-filters --binomial-obs-priors --allele-balance-priors --region 20:0..100000 --vcf /d1/data/1000G/20101123/populations/finalised.phase1/integrated/including454/wg/ALL/Pipeline/none//freebayes/freebayes.20:0-100000.baq.20110328.vcf --fasta-reference /d2/data/references/build_37/human_reference_v37.fa"
-##fileDate=2011-03-28
-##filedate=2011-02-08
-##filter="( SNP | MNP ) & ( MQM > 65 | QUAL > 1 ) & ABP < 30 & AB < 0.9 | ( INS | DEL ) & QUAL > 500"
-##phasing=none
-##platypusOptions={'bamFiles': ['/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06984', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06985', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06986', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06989', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06994', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA07000', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA07037', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA07048', '/scratch/ri [...]
-##reference=/lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta
-##source=Dindel2
-##source=SelectVariants
-##source_20110031.1=/nfs/users/nfs_p/pd3/cvs/vcftools/perl/vcf-annotate -d /nfs/users/nfs_p/pd3/sandbox/hapmap/dbSNP-b132/non-1kg-vld.desc -a /nfs/users/nfs_p/pd3/sandbox/hapmap/dbSNP-b132/non-1kg-vld.tab.gz -c CHROM,FROM,INFO/VLD,INFO/KGPilot123,INFO/dbSNP
-##vcfCTools=filter
-##vcfCtools=merge freebayes.20:0-100000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:100000-200000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:200000-300000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:300000-400000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:400000-500000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:500000-600000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:600000-700000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:700000-800000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:800000-900000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:900000-1000000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:1000000-1100000 [...]
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
-20 458502 . G GA 4567.01 PASS AA=20;AB=0.61111;ABA=14;ABP=6.8707;ABR=22;AC=38;AF=0.0544;AN=698;BL=374;BR=1129;BVAR;BaseQRankSum=13.364;DP=15979;DP4=1882,2188,45,37;Dels=0.00;EL=5;EPP=13.868;ER=15;FR;FS=6.503;HETAR=11;HOMA=2;HOMR=985;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0157;LEN=1;LRB=0.50233;LRBP=826.56;MQ=66.16;MQ0Fraction=0.0110;MQM=70.5;MQRankSum=-3.158;NF;NR;NS=998;PP;PV4=0.15,1,0.42,0.15;RA=3173;RL=1;RPP=38.188;RR=19;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.346;SAB=0.7;SAF=14;SA [...]
-20 539571 . TG T 18546 PASS AA=71;AB=0.92482;ABA=63;ABP=1316.6;ABR=775;AC=42;AF=0.03512;AN=1196;BL=3915;BR=252;BVAR;BaseQRankSum=0.556;DEL;DP=10073;Dels=0.01;EL=47;EPP=19.189;ER=24;FS=2.124;HETAR=290;HOMA=156;HOMR=570;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0620;LEN=1;LRB=0.87905;LRBP=6995.1;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=127.99;MQRankSum=0.410;NS=1016;RA=3090;RL=71;RPP=157.18;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-11.038;SAB=0.66197;SAF=47;SAP=19.189;SAR=24;SRB=0.55016;SRF=1700;SRP=70.544;SRR=1390;VQSLOD=2.6772;set [...]
-20 573764 . TA T 591.51 PASS AC=91;AF=0.1987;AN=458;BaseQRankSum=0.137;DP=519;FS=3.153;HRun=1;HaplotypeScore=14.0744;InbreedingCoeff=0.1460;MQ=48.16;MQ0=26;MQ0Fraction=0.0501;MQRankSum=-1.636;QD=3.63;ReadPosRankSum=-4.140;SB=-408.14;VQSLOD=5.2458;set=VQSR
-20 766143 . C A,CATCTGGTA 5521.70 PASS AA=24;AB=0.5;ABA=18;ABP=3.0103;ABR=18;AC=14;AF=0.0289;AF1=0.02038;AN=484;BL=655;BR=1542;BVAR;BaseQRankSum=3.801;CI95=0.01549,0.02655;DP=11749;DP4=2222,1998,14,8;Dels=0.00;EL=9;EPP=6.2675;ER=15;FQ=999;FR;FS=2.941;HETAR=9;HOMA=4;HOMR=901;HP=2;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0515;LEN=8;LRB=0.40373;LRBP=780.64;MQ=56.81;MQ0Fraction=0.0253;MQM=22.167;MQRankSum=-4.809;NF;NR;NS=914;PP;PV4=0.39,1,5.8e-07,1;RA=3093;RL=6;RPP=16.039;RR=18;R [...]
-20 997076 rs11467490 CTG C 15379.78 PASS AA=195;AB=0.59878;ABA=132;ABP=30.896;ABR=197;AC=173;AF=0.14562;AN=1188;BL=7664;BR=7309;BVAR;BaseQRankSum=21.853;DB;DEL;DP=27127;DP4=1801,2002,241,282;Dels=0.13;EL=100;EPP=3.2887;ER=95;FQ=999;FR;FS=6.591;HETAR=77;HOMA=42;HOMR=815;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1284;LEN=2;LRB=0.023709;LRBP=21.287;MQ=61.18;MQ0Fraction=0.0214;MQM=43.041;MQRankSum=6.886;NF;NR;NS=934;PP;PV4=0.61,1.5e-78,1,1;RA=2800;RL=120;RPP=25.56;RR=75;RUN=1;Rea [...]
-20 1042261 rs10597473 CCCTG C 168658.05 PASS AA=4481;AB=0.29043;ABA=2128;ABP=1147.1;ABR=871;AC=1172;AF=0.97830;AN=1198;BL=169975;BR=194027;BVAR;BaseQRankSum=4.599;DB;DEL;DP=29418;DP4=29,47,1441,2403;Dels=0.84;EL=2358;EPP=29.772;ER=2123;FR;FS=9.122;HETAR=482;HOMA=559;HOMR=30;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.0470;LEN=4;LRB=0.066077;LRBP=3454.1;MQ=104.58;MQ0=4;MQ0Fraction=0.0014;MQM=58.257;MQRankSum=-3.368;NF;NR;NS=1071;PP;PV4=0.91,6.8e-09,2.8e-05,1;RA=1039;RL=2088;RPP= [...]
-20 1046297 rs33956316 C CT,CTT,CTTT 17698 PASS ABR=408;AC=432,79,230;AF=0.39779,0.07274,0.21179;BVAR;BaseQRankSum=-8.413;DB;DP=15649;DP4=147,199,534,436;FR;FS=11.580;HOMA=97;HOMR=457;HP=20;HR=16;HU=T;HaplotypeScore=16.0590;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6018;KGPilot123;MQ0=19;MQ0Fraction=0.0093;MQRankSum=7.992;NF;NR;NS=767;PP;PV4=6e-05,1,1,1;QD=8.18;RA=1183;RUN=1;ReadPosRankSum=2.684;SB=-6384.08;SC=GGAAAATTTTCTTTTTTTTTT;SRB=0.40913;SRF=484;SRP=87.859;SRR=699;TC;TR=16;TU=T;VQSLOD=8.4941;dbSN [...]
-20 1405740 . T TA 257.28 PASS AF=0.0188;BaseQRankSum=-0.745;DP=3769;Dels=0.00;FS=0.742;HPLen=9;HRun=9;InbreedingCoeff=0.0462;MQ0Fraction=0.0151;MQRankSum=-0.090;ReadPosRankSum=-1.582;VQSLOD=5.6502;set=Intersection;sumGLbyD=6.94
-20 1690501 . TC T 27928 PASS AA=108;AB=0.91372;ABA=100;ABP=1726.1;ABR=1059;AC=35;AF=0.02966;AN=1180;BL=593;BR=6973;BVAR;BaseQRankSum=7.567;DEL;DP=10612;Dels=0.01;EL=50;EPP=4.2971;ER=58;FS=0.000;HETAR=378;HOMA=184;HOMR=477;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0495;LEN=1;LRB=0.84325;LRBP=11685;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=87.361;MQRankSum=4.088;NS=1045;RA=3125;RL=3;RPP=212.2;RR=105;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.096;SAB=0.56481;SAF=61;SAP=6.9511;SAR=47;SRB=0.51776;SRF=1618;SRP=11.572;SRR=1507;VQSLOD=3.9824; [...]
-20 1948787 . GTC G,GTCTC 78.70 PASS AC=18,18;AF=0.01466,0.01466;AN=1228;BaseQRankSum=3.894;DP=19030;DP4=1874,1916,21,20;FR;FS=0.767;HP=2;HPLen=1;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=16.5619;INDEL;InbreedingCoeff=0.2332;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=2.080;NF;NR;PP;PV4=0.88,1,0.094,0.47;QD=0.28;ReadPosRankSum=0.822;SB=-172.46;SC=CTCGACCCCTGTCTCTCTCTC;TC;TR=13;TU=CT;VQSLOD=3.7405;set=filterInVQSR-2of5
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-20 4039609 rs67812039 G GA 43457 PASS AA=909;AB=0.54639;ABA=572;ABP=26.583;ABR=689;AC=302;AF=0.3455;AN=874;BL=37070;BR=38211;BVAR;BaseQRankSum=20.147;DB;DP=25595;DP4=1483,1374,528,542;Dels=0.00;EL=467;EPP=4.5033;ER=442;FQ=999;FR;FS=5.441;HETAR=243;HOMA=127;HOMR=608;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1388;LEN=1;LRB=0.015157;LRBP=40.563;MQ=119.50;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.197;MQRankSum=1.080;NF;NR;NS=978;PP;PV4=0.16,1,3.6e-12,1;RA=3033;RL=443;RPP=4.274;RR=466;R [...]
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-20 6040983 rs11087710 A AAAAAAGAG,AAAAAGAG,AAAAGAG,AAAAGAGAG,AAAGAG,AAAGAGAG,AAGAG,AAGAGAG,AG,AGAG,AGAGAG 66894.55 PASS ABR=468;AC=80,9,20,136,31,91,33,29,9,3,5;AF=0.0980,0.0110,0.0245,0.1667,0.0380,0.1115,0.0404,0.0355,0.0110,0.0037,0.0061;AN=816;BVAR;BaseQRankSum=-12.470;DB;DP=38726;DP4=426,611,310,472;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=6.635;HOMA=110;HOMR=506;HP=14;HR=15;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.8291;KGPilot123;MQ=54.22;MQ0Fraction=0.0168;MQRankSum=-5.329;NF;NR;NS=861;PP;PV4=0.56,1 [...]
-20 6903392 . TC CC,T 999 PASS AF=0.0000;AF1=0.01192;CI95=0.008547,0.01709;DP=10440;DP4=2544,2062,9,11;Dels=0.01;FQ=999;FR;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=2;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0324;MQ=62.78;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0009;NF;NR;PP;PV4=0.38,0.0069,0.36,0.41;QD=8.05;SB=-320.13;SC=TTATTTTCTTTCCAATTTTTA;TC;TR=8;TU=CTTT;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=13.22
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-20 7484554 . A AT 5.09 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=710;BaseQRankSum=-0.696;DP=1862;FS=2.835;HRun=9;HaplotypeScore=13.5425;InbreedingCoeff=0.0567;MQ=76.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.932;ReadPosRankSum=-1.701;VQSLOD=4.3156;set=VQSR
-20 7632194 rs77286341 GAA AAA,G 5324 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=700;BaseQRankSum=-1.741;DB;DP=1772;FR;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=60.1795;InbreedingCoeff=0.0017;MQ=70.69;MQ0=13;MQ0Fraction=0.0073;MQRankSum=-1.315;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-3.650;SC=GAGAGAGAGAGAAAGGTGTAA;TC;TR=13;TU=AG;set=filterInVQSR-2of5
-20 7767508 rs71329674 G GA 17914 PASS AA=415;AB=0.61617;ABA=337;ABP=105.94;ABR=541;AC=141;AF=0.11614;AN=1214;BL=15187;BR=20323;BVAR;BaseQRankSum=-13.946;DB;DP=28222;Dels=0.00;EL=184;EPP=14.569;ER=231;FQ=999;FR;FS=13.296;HETAR=178;HOMA=35;HOMR=822;HP=14;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0714;LEN=1;LRB=0.14464;LRBP=1616.1;MQ=89.69;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=51.667;MQRankSum=0.664;NF;NR;NS=1035;PP;RA=3707;RL=171;RPP=30.894;RR=244;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.120;SAB=0.45301; [...]
-20 7920261 . TA T,TAA 802.15 PASS AA=28;AB=0.8;ABA=28;ABP=112.45;ABR=112;AC=22,39;AF=0.01836,0.03255;AN=1198;BL=943;BR=1487;BVAR;BaseQRankSum=2.233;DP=10645;Dels=0.01;EL=11;EPP=5.8022;ER=17;FR;FS=1.691;HETAR=20;HOMA=0;HOMR=1007;HP=10;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.2256;LEN=1;LRB=0.22387;LRBP=267.46;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.571;MQRankSum=0.940;NF;NR;NS=1027;PP;RA=4776;RL=8;RPP=14.178;RR=20;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.567;SAB=0.53571;SAF=15;SAP=3.3205;SAR=13;SC=GTAACTGCT [...]
-20 8012465 rs10595338 TATGA T 2104.41 PASS AF=0.03339;BaseQRankSum=10.662;DB;DP=11772;DS;Dels=0.01;FR;FS=7.678;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=0.0266;MQ0Fraction=0.0731;MQRankSum=0.603;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=1.276;SC=TGTATGTATGTATGATGTATG;TC;TR=19;TU=ATGT;VQSLOD=4.1376;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=6.53
-20 8573999 . CGTGT C,CGT,CGTGTGT,TGTGT 45865.96 PASS AC=458,0,731;AF=0.37727,0.00000,0.60214;AN=1214;BVAR;BaseQRankSum=-6.703;DEL;DP=37714;Dels=0.03;FR;FS=11.079;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.7632;LEN=2;MQ0Fraction=0.0026;MQRankSum=-1.394;NF;NR;PP;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.102;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;TC;TR=18;TU=GT;VQSLOD=6.1435;set=Intersection;sumGLbyD=3.53
-20 8610455 rs10571111 TTTTC T 11763.51 PASS AC=190;AF=0.17056;AN=1114;BaseQRankSum=-14.397;DB;DP=2323;FS=2.321;HRun=0;HaplotypeScore=39.8020;InbreedingCoeff=0.2502;MQ=53.39;MQ0=104;MQ0Fraction=0.0448;MQRankSum=3.519;QD=19.07;ReadPosRankSum=4.150;SB=-4067.02;VQSLOD=5.0554;set=VQSR
-20 9139079 . ATT A,AT,ATTT,ATTTT,ATTTTT 8777.90 PASS AC=23,140,114,69,113;AF=0.01993,0.12132,0.09879,0.05979,0.09792;AN=1154;BVAR;BaseQRankSum=-0.022;DEL;DP=25109;DP4=502,657,278,313;FR;FS=11.929;HP=16;HR=16;HU=T;HaplotypeScore=20.2361;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.5704;MQ0=16;MQ0Fraction=0.0067;MQRankSum=2.624;NF;NR;PP;PV4=0.14,1,1,1;QD=1.48;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2354.28;SC=CACCTGGCTAATTTTTTTTTT;TC;TR=16;TU=T;VQSLOD=6.9180;set=Intersection
-20 9862448 . CT C 49312 PASS AA=60;AB=0.96003;ABA=53;ABP=2440.4;ABR=1273;AC=18;AF=0.01461;AN=1232;BL=3516;BR=140;BVAR;BaseQRankSum=-2.056;DEL;DP=11893;Dels=0.01;EL=35;EPP=6.6294;ER=25;FS=1.787;HETAR=396;HOMA=344;HOMR=334;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0379;LEN=1;LRB=0.92341;LRBP=6772.5;MQ0Fraction=0.0006;MQM=54.267;MQRankSum=-0.907;NS=1074;RA=2990;RL=60;RPP=133.3;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-10.579;SAB=0.58333;SAF=35;SAP=6.6294;SAR=25;SRB=0.47826;SRF=1430;SRP=15.284;SRR=1560;VQSLOD=3.0237;set=fi [...]
-20 9863736 rs73618103 G GT 50570.21 PASS AA=2247;AB=0.48878;ABA=1412;ABP=6.0324;ABR=1350;AC=546;AF=0.44463;AN=1228;BL=86886;BR=95862;BVAR;BaseQRankSum=-23.978;DB;DP=32517;DP4=1125,1133,1017,1048;Dels=0.00;EL=1089;EPP=7.6113;ER=1158;FQ=999;FR;FS=2.529;HETAR=445;HOMA=201;HOMR=393;HP=4;HPLen=4;HR=4;HRun=4;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1393;KGPilot123;LEN=1;LRB=0.049117;LRBP=960.35;MQ=68.10;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0006;MQM=50.931;MQRankSum=-1.580;NF;NR;NS=1039;PP;PV4=0.71,1,0.11,1;RA=3139;RL= [...]
-20 10640876 . TA T 42819 PASS AA=86;AB=0.92316;ABA=75;ABP=1521;ABR=901;AC=40;AF=0.0447;AN=894;BL=6265;BR=415;BVAR;BaseQRankSum=-0.850;DEL;DP=8223;Dels=0.00;EL=41;EPP=3.4143;ER=45;FS=3.190;HETAR=336;HOMA=384;HOMR=290;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0173;LEN=1;LRB=0.87575;LRBP=11128;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=76.163;MQRankSum=1.314;NS=1034;RA=2046;RL=83;RPP=164.61;RR=3;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.060;SAB=0.46512;SAF=40;SAP=3.9193;SAR=46;SRB=0.5523;SRF=1130;SRP=51.615;SRR=916;VQSLOD=3.9183;set=filt [...]
-20 10926959 . AG A 12239 PASS AA=65;AB=0.92801;ABA=64;ABP=1417.6;ABR=825;AC=24;AF=0.0264;AN=908;BL=616;BR=3782;BVAR;BaseQRankSum=9.990;DEL;DP=10708;Dels=0.01;EL=37;EPP=5.7163;ER=28;FS=1.652;HETAR=275;HOMA=70;HOMR=724;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0102;LEN=1;LRB=0.71987;LRBP=4952;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=118.82;MQRankSum=1.018;NS=1069;RA=4746;RL=5;RPP=104.07;RR=60;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.039;SAB=0.41538;SAF=27;SAP=7.0526;SAR=38;SRB=0.4764;SRF=2261;SRP=25.968;SRR=2485;VQSLOD=2.9713;set=fil [...]
-20 11299648 . TG T 49315 PASS AA=62;AB=0.95292;ABA=54;ABP=2046.7;ABR=1093;AC=28;AF=0.0373;AN=750;BL=3126;BR=528;BVAR;BaseQRankSum=-4.929;DEL;DP=10764;Dels=0.01;EL=26;EPP=6.5127;ER=36;FS=3.851;HETAR=366;HOMA=383;HOMR=304;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0267;LEN=1;LRB=0.711;LRBP=4014.1;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0005;MQM=76.468;MQRankSum=1.327;NS=1070;RA=2588;RL=54;RPP=77.121;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.507;SAB=0.48387;SAF=30;SAP=3.1504;SAR=32;SRB=0.47643;SRF=1233;SRP=15.499;SRR=1355;VQSLOD=3.8673;set [...]
-20 11561096 . CTA C 999 PASS AC=2;AF=0.0029;AF1=0.005602;BaseQRankSum=3.190;CI95=0.004425,0.01106;DP=7521;DP4=1998,1794,2,4;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=5.422;HP=3;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0056;MQ=113.88;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.297;NF;NR;PP;PV4=0.43,0.024,1,1;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAATAGTATTCTATGTCAGTC;TC;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.6243;set=Intersection;sumGLbyD=21.89
-20 11723671 . C CA 1096.60 PASS AA=35;AB=0.69565;ABA=35;ABP=41.247;ABR=80;AC=10;AF=0.0141;AN=710;BL=2005;BR=1702;BVAR;BaseQRankSum=-3.427;DP=9819;Dels=0.00;EL=20;EPP=4.5614;ER=15;FR;FS=3.814;HETAR=20;HOMA=0;HOMR=1034;HP=8;HPLen=7;HR=7;HRun=7;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0323;LEN=1;LRB=0.081737;LRBP=56.79;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=81.057;MQRankSum=0.050;NF;NR;NS=1054;PP;RA=5562;RL=22;RPP=8.0357;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.012;SAB=0.71429;SAF=25;SAP=16.97;SAR=10;SC=ATATTGAAGACAAAAAAACAG [...]
-20 11767787 . CA C 1382.10 PASS AA=24;AB=0.56667;ABA=13;ABP=4.1684;ABR=17;AC=10;AF=0.00810;AN=1234;BL=967;BR=819;BVAR;BaseQRankSum=1.629;DEL;DP=22318;DP4=2190,2491,8,14;Dels=0.01;EL=16;EPP=8.8009;ER=8;FQ=999;FR;FS=2.536;HETAR=6;HOMA=3;HOMR=1051;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=1;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0823;LEN=1;LRB=0.082867;LRBP=29.642;MQ=65.44;MQ0Fraction=0.0032;MQM=50.583;MQRankSum=0.931;NF;NR;NS=1060;PP;PV4=0.39,0.018,1,0.37;RA=5568;RL=11;RPP=3.3722;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.694;SAB= [...]
-20 12021825 . A AG 1063.30 PASS AA=26;AB=0.53704;ABA=25;ABP=3.6537;ABR=29;AC=12;AF=0.0214;AN=562;BL=1077;BR=815;BVAR;BaseQRankSum=-3.787;DP=22049;DP4=2650,2464,13,12;Dels=0.00;EL=18;EPP=11.362;ER=8;FR;FS=0.735;HETAR=12;HOMA=1;HOMR=1064;HP=1;HR=1;HRun=1;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0876;LEN=1;LRB=0.13848;LRBP=81.794;MQ=102.78;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=85.538;MQRankSum=-0.126;NF;NR;NS=1077;PP;PV4=1,1,0.19,0.2;RA=6457;RL=17;RPP=8.3555;RR=9;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.941;SAB=0.57692;SAF= [...]
-20 12238835 rs113904674 CTCTTCATGGTCT C 1813.44 PASS AA=7;AB=0.73077;ABA=7;ABP=15.037;ABR=19;AC=4;AF=0.0056;AN=712;BL=360;BR=368;BVAR;BaseQRankSum=3.891;DB;DEL;DP=10309;Dels=0.00;EL=4;EPP=3.3205;ER=3;FR;FS=0.000;HETAR=3;HOMA=0;HOMR=1076;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=C;InbreedingCoeff=-0.0381;LEN=12;LRB=0.010989;LRBP=3.2012;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=37;MQRankSum=-3.793;NF;NR;NS=1079;PP;RA=6085;RL=4;RPP=3.3205;RR=3;RUN=1;ReadPosRankSum=1.319;SAB=0.42857;SAF=3;SAP=3.3205;SAR=4;SC=CTTAATGCT [...]
-20 12602812 . AT A 12344 PASS AA=47;AB=0.94372;ABA=43;ABP=1309.5;ABR=721;AC=14;AF=0.0196;AN=716;BL=2714;BR=217;BVAR;BaseQRankSum=1.424;DEL;DP=10743;Dels=0.00;EL=24;EPP=3.0565;ER=23;FS=0.629;HETAR=228;HOMA=65;HOMR=769;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0233;LEN=1;LRB=0.85193;LRBP=4622.3;MQ0Fraction=0.0000;MQM=99.574;MQRankSum=1.901;NS=1080;RA=4839;RL=46;RPP=96.568;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-9.906;SAB=0.53191;SAF=25;SAP=3.4261;SAR=22;SRB=0.51106;SRF=2473;SRP=8.148;SRR=2366;VQSLOD=2.8161;set=filterIn [...]
-20 13600884 . CTG C,CTGTG 1278.10 PASS AA=85;AB=0.77994;ABA=79;ABP=247.38;ABR=280;AC=71,22;AF=0.05907,0.01830;AN=1202;BL=3279;BR=3205;BVAR;BaseQRankSum=8.852;DEL;DP=24185;DP4=1317,931,52,49;Dels=0.03;EL=45;EPP=3.649;ER=40;FQ=999;FR;FS=31.826;HETAR=75;HOMA=4;HOMR=926;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1566;LEN=2;LRB=0.011413;LRBP=4.8442;MQ=65.06;MQ0Fraction=0.0012;MQM=48.671;MQRankSum=-0.511;NF;NR;NS=1005;PP;PV4=0.18,1,0.39,0.27;RA=3342;RL=35;RPP=8.7583;RR=50;RUN=1;Read [...]
-20 13666265 . T TATAG 556.88 PASS AC=21;AF=0.01959;AN=1072;BaseQRankSum=24.958;DP=2706;FS=2.581;HRun=0;HaplotypeScore=25.9952;InbreedingCoeff=0.1419;MQ=72.43;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=2.888;QD=4.38;ReadPosRankSum=2.552;SB=-417.04;VQSLOD=7.3380;set=VQSR
-20 13861245 rs72422273 C CTCA 2685.46 PASS AC=140;AF=0.11589;AN=1208;BaseQRankSum=24.355;DB;DP=2910;FS=6.808;HRun=0;HaplotypeScore=19.3095;InbreedingCoeff=-0.0991;MQ=78.25;MQ0=22;MQ0Fraction=0.0076;MQRankSum=3.225;QD=3.64;ReadPosRankSum=2.607;SB=-1861.38;VQSLOD=4.1974;set=VQSR
-20 13865746 . T TA,TAA 1416.23 PASS AA=63;AB=0.80417;ABA=47;ABP=195.87;ABR=193;AC=122,21;AF=0.10133,0.01744;AN=1204;BL=3673;BR=1145;BVAR;BaseQRankSum=-3.336;DP=10513;Dels=0.00;EL=62;EPP=131.27;ER=1;FR;FS=716.583;HETAR=45;HOMA=1;HOMR=998;HP=2;HR=1;HRun=1;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0814;LEN=1;LRB=0.5247;LRBP=2883.3;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.143;MQRankSum=-1.197;NF;NR;NS=1044;PP;RA=4529;RL=62;RPP=131.27;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.295;SAB=1;SAF=63;SAP=139.81;SAR=0;SC=GGAACATGGATACCC [...]
-20 13881703 . CTT C 152.85 PASS AC=8;AF=0.0093;AN=862;BaseQRankSum=3.941;DP=2063;FS=0.962;HRun=5;HaplotypeScore=24.0313;InbreedingCoeff=0.0790;MQ=55.05;MQ0=49;MQ0Fraction=0.0238;MQRankSum=-1.418;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-93.04;VQSLOD=5.3874;set=VQSR
-20 14033345 . A AT 2718.30 PASS AA=91;AB=0.80899;ABA=85;ABP=372.04;ABR=360;AC=43;AF=0.03895;AN=1104;BL=3916;BR=4753;BVAR;BaseQRankSum=-6.609;DP=8350;Dels=0.02;EL=46;EPP=3.0342;ER=45;FR;FS=0.498;HETAR=70;HOMA=1;HOMR=871;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.0952;LEN=1;LRB=0.096551;LRBP=178.49;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=54.879;MQRankSum=2.164;NF;NR;NS=942;PP;RA=3717;RL=37;RPP=9.9065;RR=54;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.447;SAB=0.48352;SAF=44;SAP=3.2251;SAR=47;SC=TTGCAAACAGATTTTTTTTTT;S [...]
-20 14260090 rs73619828 A AT 27935 PASS AA=596;AB=0.59484;ABA=487;ABP=96.922;ABR=715;AC=204;AF=0.17000;AN=1200;BL=21718;BR=28458;BVAR;BaseQRankSum=0.756;DB;DP=23629;DP4=1385,1492,287,328;Dels=0.00;EL=299;EPP=3.0249;ER=297;FQ=999;FR;FS=6.187;HETAR=218;HOMA=38;HOMR=788;HP=9;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0797;LEN=1;LRB=0.13433;LRBP=1969;MQ=100.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.084;MQRankSum=2.224;NF;NR;NS=1044;PP;PV4=0.53,1,1.2e-11,1;RA=4143;RL=238;RPP=55.475;RR=358;R [...]
-20 14260558 . AC A 238 PASS AC=1;AF=0.0014;AF1=0.003368;BaseQRankSum=2.868;CI95=0.003106,0.006211;DP=9724;DP4=2075,2329,1,7;Dels=0.00;FQ=106;FR;FS=10.678;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=1;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0406;MQ=114.37;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.862;NF;NR;PP;PV4=0.074,0.0096,0.017,1;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATCAGGAATAACTGTGTGACC;TC;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.1618;set=Intersection;sumGLbyD=18.65
-20 14425481 . GTA G,GTATA 148.85 PASS AC=43,23;AF=0.03473,0.01858;AN=1238;BaseQRankSum=6.289;DP=25167;DP4=1800,2021,38,49;FR;FS=9.416;HP=2;HPLen=1;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=17.7453;INDEL;InbreedingCoeff=0.0995;MQ0=21;MQ0Fraction=0.0058;MQRankSum=-0.200;NF;NR;PP;PV4=0.59,1,0.04,0.023;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-367.50;SC=CTGTGTGTGTGTATATATATA;TC;TR=13;TU=AT;VQSLOD=3.5796;set=filterInVQSR-2of5
-20 14943522 rs11478299 GA AA,G 1761.24 PASS AA=117;AB=0.68142;ABA=108;ABP=99.919;ABR=231;AC=0;AF=0.0000;AF1=0.04204;AN=712;BL=4931;BR=5802;BVAR;BaseQRankSum=9.118;CI95=0.02876,0.05752;DB;DEL;DP=13717;DP4=1908,1684,59,58;Dels=0.05;EL=60;EPP=3.1773;ER=57;FQ=81.9;FR;HETAR=56;HOMA=1;HOMR=1011;HP=8;HPLen=8;HR=8;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1264;LEN=1;LRB=0.081152;LRBP=156.5;MQ=106.93;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=96.855;MQRankSum=1.619;NF;NR;NS=1068;PP;PV4=0.57,1,0.0003,1;QD=7.40;RA=5080;RL=56 [...]
-20 14974486 . A AG 4101.40 PASS AA=57;AB=0.57143;ABA=51;ABP=8.2839;ABR=68;AC=22;AF=0.01846;AN=1192;BL=2286;BR=2834;BVAR;BaseQRankSum=8.711;DP=20538;DP4=2172,2100,19,13;Dels=0.00;EL=32;EPP=4.877;ER=25;FS=0.517;HETAR=20;HOMA=4;HOMR=1027;HRun=1;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0677;LEN=1;LRB=0.10703;LRBP=130.37;MQ=126.07;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.088;MQRankSum=-10.756;NS=1051;PV4=0.38,3.5e-51,7.9e-34,1;RA=5203;RL=26;RPP=3.9627;RR=31;RUN=1;ReadPosRankSum=1.283;SAB=0.54386;SAF=31;SAP=3.9627; [...]
-20 15111137 . GA G 13533 PASS AA=98;AB=0.84864;ABA=89;ABP=623.8;ABR=499;AC=47;AF=0.03796;AN=1238;BL=5324;BR=856;BVAR;BaseQRankSum=-11.577;DEL;DP=13384;Dels=0.01;EL=53;EPP=4.4284;ER=45;FS=6.099;HETAR=219;HOMA=845;HOMR=18;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0056;LEN=1;LRB=0.72298;LRBP=7017.4;MQ0Fraction=0.0003;MQM=90.449;MQRankSum=1.408;NS=1083;RA=590;RL=87;RPP=130.99;RR=11;RUN=1;ReadPosRankSum=-18.074;SAB=0.55102;SAF=54;SAP=5.2261;SAR=44;SRB=0.52373;SRF=309;SRP=5.8958;SRR=281;VQSLOD=4.1054;set=filt [...]
-20 15283028 . A AC,ACACACACACACAC 140844.83 PASS AA=180;AB=0.61442;ABA=123;ABP=39.285;ABR=196;AC=13,817;AF=0.01111,0.69829;AN=1170;BL=4453;BR=11407;BVAR;BaseQRankSum=24.686;DP=6365;Dels=0.00;EL=124;EPP=58.793;ER=56;FR;FS=10.912;HETAR=87;HOMA=48;HOMR=683;HP=1;HR=1;HRun=1;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2074;LEN=1;LRB=0.43846;LRBP=6624;MQ0Fraction=0.0558;MQM=38.211;MQRankSum=-21.111;NF;NR;NS=818;PP;RA=1732;RL=0;RPP=393.88;RR=180;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.620;SAB=0.31111;SAF=56;SAP=58.793;SAR=124; [...]
-20 15361056 . ATAACT A 4892.81 PASS AA=59;AB=0.63576;ABA=55;ABP=27.184;ABR=96;AC=34;AF=0.0487;AN=698;BL=3164;BR=1999;BVAR;BaseQRankSum=3.391;DEL;DP=7080;Dels=0.03;EL=27;EPP=3.9304;ER=32;FR;FS=4.816;HETAR=35;HOMA=6;HOMR=966;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=0.0785;LEN=5;LRB=0.22564;LRBP=573.84;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=70.034;MQRankSum=-8.732;NF;NR;NS=1008;PP;RA=3915;RL=42;RPP=26.013;RR=17;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.735;SAB=0.44068;SAF=26;SAP=4.8137;SAR=33;SC=AGATTAGGAAATAACTT [...]
-20 15579507 . AATTAGTC A,TATTAGTC 1936.38 PASS AA=16;AB=0.58974;ABA=16;ABP=5.7386;ABR=23;AC=64;AF=0.05229;AN=1224;BL=699;BR=775;BVAR;BaseQRankSum=-21.390;DEL;DP=21920;DP4=2099,2403,6,6;Dels=0.00;EL=8;EPP=3.0103;ER=8;FR;FS=2.920;HETAR=5;HOMA=0;HOMR=1063;HP=3;HPLen=4;HR=4;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0143;LEN=7;LRB=0.05156;LRBP=11.519;MQ=129.49;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=51.938;MQRankSum=3.331;NF;NR;NS=1068;PP;PV4=1,0.019,1.3e-07,1;RA=5334;RL=5;RPP=7.8961;RR=11;RUN=1;ReadPosRankSum=-16. [...]
-20 15752535 . CT C,GT 3775.20 PASS AA=92;AB=0.78636;ABA=47;ABP=159.71;ABR=173;AC=0;AF=0.0000;AN=608;BL=4955;BR=2380;BVAR;BaseQRankSum=2.910;DEL;DP=3429;Dels=0.04;EL=13;EPP=105.82;ER=79;FR;HETAR=92;HOMA=95;HOMR=544;HP=2;HPLen=2;HR=2;HU=T;InbreedingCoeff=0.0483;LEN=1;LRB=0.35106;LRBP=1966;MQ0Fraction=0.0232;MQM=35.293;MQRankSum=-2.199;NF;NR;NS=732;PP;QD=4.91;RA=1272;RL=81;RPP=118.66;RR=11;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.077;SAB=0.021739;SAF=2;SAP=185.79;SAR=90;SB=-59.51;SC=CAAGACCATCCTTGGCTAACA;SR [...]
-20 15883060 rs73619850 A AT 1325.60 PASS AA=38;AB=0.59302;ABA=35;ABP=9.4742;ABR=51;AC=14;AF=0.0156;AN=896;BL=1078;BR=1638;BVAR;BaseQRankSum=-4.526;DB;DP=19854;DP4=1632,1800,15,20;Dels=0.00;EL=18;EPP=3.2389;ER=20;FR;FS=0.000;HETAR=14;HOMA=1;HOMR=1014;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=1;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=-0.0131;LEN=1;LRB=0.20619;LRBP=253.74;MQ=118.40;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.526;MQRankSum=0.892;NF;NR;NS=1029;PP;PV4=0.61,1,0.25,0.14;RA=4439;RL=14;RPP=8.7247;RR=24;RUN=1;ReadPosRank [...]
-20 16073315 rs111824749 GA G,GAA,GAAA 6400.63 PASS AC=138,47,20;AF=0.11577,0.03943,0.01678;AN=1192;BVAR;BaseQRankSum=11.377;DB;DEL;DP=35284;DP4=1695,1547,60,56;Dels=0.08;FR;FS=9.576;HP=11;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2137;MQ=106.87;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=0.773;NF;NR;PP;PV4=0.92,1,0.024,0.45;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.224;SC=TATTTGAGGAGAAAAAAAAAA;TC;TR=10;TU=A;VQSLOD=9.3264;set=Intersection;sumGLbyD=8.64
-20 16122099 . GA G 12914 PASS AA=85;AB=0.85915;ABA=80;ABP=639.4;ABR=488;AC=19;AF=0.01542;AN=1232;BL=805;BR=5457;BVAR;BaseQRankSum=-6.084;DEL;DP=13592;Dels=0.00;EL=45;EPP=3.649;ER=40;FS=0.935;HETAR=218;HOMA=841;HOMR=14;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0250;LEN=1;LRB=0.74289;LRBP=7507.5;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=103.01;MQRankSum=2.843;NS=1075;RA=541;RL=2;RPP=170.62;RR=83;RUN=1;ReadPosRankSum=-16.222;SAB=0.49412;SAF=42;SAP=3.0358;SAR=43;SRB=0.44917;SRF=243;SRP=15.152;SRR=298;VQSLOD=3.9745;set=fi [...]
-20 16828509 . G GT 843.62 PASS AA=30;AB=0.70103;ABA=29;ABP=37.06;ABR=68;AC=10;AF=0.0140;AN=714;BL=1368;BR=1786;BVAR;BaseQRankSum=-4.061;DP=8682;Dels=0.01;EL=14;EPP=3.2998;ER=16;FR;FS=2.681;HETAR=22;HOMA=1;HOMR=1020;HP=8;HPLen=8;HR=8;HRun=8;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1389;LEN=1;LRB=0.13253;LRBP=123.3;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=62.8;MQRankSum=-1.491;NF;NR;NS=1043;PP;RA=4416;RL=11;RPP=7.6428;RR=19;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.718;SAB=0.76667;SAF=23;SAP=21.54;SAR=7;SC=CCTTCAAAAGGTTTTTTTTGG;SRB= [...]
-20 17470034 . GC G 46975 PASS AA=57;AB=0.96043;ABA=52;ABP=2422.5;ABR=1262;AC=34;AF=0.02773;AN=1226;BL=418;BR=3446;BVAR;BaseQRankSum=-6.250;DEL;DP=12035;Dels=0.00;EL=22;EPP=9.4485;ER=35;FS=1.350;HETAR=416;HOMA=409;HOMR=244;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0083;LEN=1;LRB=0.78364;LRBP=5155.6;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=99.509;MQRankSum=2.192;NS=1076;RA=2396;RL=5;RPP=87.164;RR=52;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.199;SAB=0.5614;SAF=32;SAP=4.877;SAR=25;SRB=0.52963;SRF=1269;SRP=21.285;SRR=1127;VQSLOD=3.8440;s [...]
-20 17471374 . AGCGGC A 850.03 PASS AC=6;AF=0.0085;AF1=0.01301;AN=704;BaseQRankSum=6.259;CI95=0.00885,0.01991;DP=8180;DP4=2215,1878,4,5;Dels=0.01;FQ=131;FS=0.000;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.0009;MQ=104.41;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-5.521;PV4=0.74,0.37,0.0005,1;ReadPosRankSum=2.468;VQSLOD=6.8773;set=Intersection;sumGLbyD=30.85
-20 18433202 rs35582929 G GA 2506.90 PASS AA=55;AB=0.5812;ABA=49;ABP=9.7103;ABR=68;AC=20;AF=0.0218;AN=918;BL=2263;BR=2175;BVAR;BaseQRankSum=-6.639;DB;DP=19467;DP4=1845,2365,27,26;Dels=0.00;EL=21;EPP=9.6826;ER=34;FQ=999;FR;FS=5.633;HETAR=16;HOMA=3;HOMR=1045;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=1;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0700;LEN=1;LRB=0.019829;LRBP=6.7994;MQ=114.03;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.345;MQRankSum=1.610;NF;NR;NS=1064;PP;PV4=0.33,1,1,1;RA=5380;RL=28;RPP=3.0498;RR=27;RUN=1;ReadPosRank [...]
-20 18551314 rs10659122 CA C,CAA,CAAA,CAAAA,CAAAAA 18810.74 PASS ABR=243;AC=19,169,216,164,188;AF=0.01816,0.16157,0.20650,0.15679,0.17973;BVAR;BaseQRankSum=-5.742;DB;DP=17637;DP4=136,77,560,237;FR;FS=2.693;HOMA=177;HOMR=299;HP=17;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=15.5048;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.8901;MQ0=11;MQ0Fraction=0.0069;MQRankSum=1.845;NF;NR;NS=658;PP;PV4=0.08,1,1,1;QD=12.66;RA=673;RUN=1;ReadPosRankSum=0.283;SB=-3514.45;SC=GATTCCATCTCAAAAAAAAAA;SRB=0.63596;SRF=428;SRP=111.06;SRR=245;TC;T [...]
-20 18785519 . G GTC 415.55 PASS AC=28;AF=0.0400;AN=700;BaseQRankSum=10.889;DP=1929;FS=8.778;HRun=0;HaplotypeScore=27.6448;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=61.99;MQ0=36;MQ0Fraction=0.0187;MQRankSum=4.508;QD=3.08;ReadPosRankSum=8.080;SB=-437.03;VQSLOD=4.9313;set=VQSR
-20 19149501 . A AG 17.85 PASS AC=1;AF=0.0015;AN=670;BaseQRankSum=0.769;DP=1635;FS=9.858;HRun=0;HaplotypeScore=12.1949;InbreedingCoeff=-0.0381;MQ=102.63;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.200;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.292;SB=-7.06;VQSLOD=4.4695;set=VQSR
-20 19540281 . AC A 19710 PASS AA=145;AB=0.81843;ABA=134;ABP=652.98;ABR=604;AC=115;AF=0.09583;AN=1200;BL=9637;BR=817;BVAR;BaseQRankSum=-13.669;DEL;DP=10963;Dels=0.01;EL=66;EPP=5.5412;ER=79;FS=1.252;HETAR=305;HOMA=681;HOMR=59;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0298;LEN=1;LRB=0.8437;LRBP=16162;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=118.51;MQRankSum=-2.194;NS=1046;RA=823;RL=141;RPP=284.09;RR=4;RUN=1;ReadPosRankSum=-20.775;SAB=0.45517;SAF=66;SAP=5.5412;SAR=79;SRB=0.452;SRF=372;SRP=19.477;SRR=451;VQSLOD=3.9584;se [...]
-20 20015051 . TGAGGGTGG T 1820.73 PASS AF=0.0112;AF1=0.01638;AN=714;BaseQRankSum=6.652;CI95=0.01106,0.02212;DP=9910;DP4=2812,1912,6,11;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=6.147;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0077;MQ=129.13;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-3.195;NF;NR;PP;PV4=0.049,1,5.5e-05,0.006;ReadPosRankSum=-1.989;SC=TTGGTGGAGTTGAGGGTGGGA;TC;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.5963;set=Intersection;sumGLbyD=33.49
-20 20301041 rs35451634 ATATG A 200.42 PASS AC=21;AF=0.0449;AN=468;BaseQRankSum=5.251;DB;DP=579;FS=24.013;HRun=0;HaplotypeScore=27.8977;InbreedingCoeff=0.0113;MQ=78.47;MQ0=26;MQ0Fraction=0.0449;MQRankSum=-5.284;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.793;SB=-55.76;VQSLOD=5.0981;set=VQSR
-20 20378174 . TC T 245.55 PASS AC=23;AF=0.01879;AN=1224;BaseQRankSum=0.990;DP=3225;FS=10.413;HRun=1;HaplotypeScore=22.6109;InbreedingCoeff=0.0244;MQ=93.70;MQ0=3;MQ0Fraction=0.0009;MQRankSum=-3.349;QD=1.86;ReadPosRankSum=-7.227;SB=-188.62;VQSLOD=4.2553;set=VQSR
-20 20809160 rs10571503 TAA AAA,T 3496 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=612;BaseQRankSum=1.968;DB;DP=1092;FR;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.1253;InbreedingCoeff=0.0603;MQ=68.98;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0009;MQRankSum=1.520;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-4.042;SC=TATATATATATAAATTTAAAT;TC;TR=13;TU=AT;set=filterInVQSR-2of5
-20 22508765 . CT C 53877.84 PASS AA=187;AB=0.78077;ABA=171;ABP=537.09;ABR=609;AC=1017;AF=0.91787;AN=1108;BL=12690;BR=1718;BVAR;BaseQRankSum=13.773;DEL;DP=7430;Dels=0.02;EL=73;EPP=22.53;ER=114;FR;FS=16.352;HETAR=152;HOMA=9;HOMR=786;HP=8;HR=4;HRun=4;HU=T;InbreedingCoeff=0.3885;LEN=1;LRB=0.76152;LRBP=18147;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=46.086;MQRankSum=0.971;NF;NR;NS=947;PP;RA=2868;RL=177;RPP=326.86;RR=10;RUN=1;ReadPosRankSum=9.951;SAB=0.34759;SAF=65;SAP=40.738;SAR=122;SC=AAAAAATTTTCTTTTGAAC [...]
-20 22555082 rs11477526 AT A 11503 PASS AA=530;AB=0.50816;ABA=422;ABP=3.5063;ABR=436;AF=0.1614;AN=700;BL=21453;BR=23313;BVAR;BaseQRankSum=17.562;DB;DEL;DP=25587;DP4=1869,1600,283,201;Dels=0.14;EL=259;EPP=3.6003;ER=271;FQ=999;FR;FS=14.595;HETAR=159;HOMA=41;HOMR=846;HP=3;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0995;LEN=1;LRB=0.041549;LRBP=170.83;MQ=95.89;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=72.162;MQRankSum=2.564;NF;NR;NS=1046;PP;PV4=0.058,6.6e-129,0.04,1;RA=4303;RL=264;RPP=3.0267;RR=266;R [...]
-20 22590907 . A AC 4204.88 PASS AA=67;AB=0.592;ABA=51;ABP=12.2;ABR=74;AF=0.0554;AF1=0.0468;AN=560;BL=2277;BR=2389;BVAR;BaseQRankSum=10.968;CI95=0.03759,0.05639;DP=14380;DP4=2514,2018,33,33;Dels=0.00;EL=22;EPP=20.155;ER=45;FQ=999;FR;FS=3.846;HETAR=25;HOMA=4;HOMR=1049;HP=4;HPLen=5;HR=5;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0719;LEN=1;LRB=0.024003;LRBP=8.8481;MQ=110.68;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=96.149;MQRankSum=2.668;NF;NR;NS=1078;PP;PV4=0.39,1,0.46,0.36;RA=5468;RL=33;RPP=3.0427;RR=34; [...]
-20 22806326 rs11468890 ATTCCATCAC A 105320.99 PASS AC=567;AF=0.48795;AN=1162;BVAR;BaseQRankSum=32.858;DB;DEL;DP=26278;DP4=727,796,554,587;Dels=0.30;FQ=999;FR;FS=1.923;HP=3;HPLen=3;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.2548;LEN=9;MQ=89.42;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-23.545;NF;NR;PP;PV4=0.7,1,1.3e-167,1;RUN=1;ReadPosRankSum=4.384;SC=GGCTGCTCCCATTCCATCACT;TC;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.2594;set=Intersection;sumGLbyD=69.81
-20 22999898 rs55966257 CAGGA C 8019.97 PASS AA=23;AB=0.57778;ABA=19;ABP=5.3748;ABR=26;AC=214;AF=0.18838;AN=1136;BL=1143;BR=1040;BVAR;BaseQRankSum=29.294;DB;DEL;DP=8216;Dels=0.02;EL=11;EPP=3.1047;ER=12;FS=14.938;HETAR=14;HOMA=2;HOMR=948;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0797;LEN=4;LRB=0.047183;LRBP=13.563;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=34.783;MQRankSum=-20.301;NS=964;RA=3637;RL=13;RPP=3.86;RR=10;RUN=1;ReadPosRankSum=-24.607;SAB=0.47826;SAF=11;SAP=3.1047;SAR=12;SRB=0.49024;SRF=1783;SRP=6.02;SRR=1854; [...]
-20 23385964 rs57723772 GAA G 8170.95 PASS AC=257;AF=0.20928;AN=1228;BaseQRankSum=32.220;DB;DP=3291;FS=1.688;HRun=3;HaplotypeScore=22.6739;InbreedingCoeff=0.0171;MQ=58.44;MQ0=32;MQ0Fraction=0.0097;MQRankSum=-4.893;QD=6.55;ReadPosRankSum=-35.524;SB=-3631.67;VQSLOD=5.6549;set=VQSR
-20 23534530 . TA T 3542.10 PASS AA=45;AB=0.75658;ABA=37;ABP=89.926;ABR=115;AC=35;AF=0.02991;AN=1170;BL=3090;BR=270;BVAR;BaseQRankSum=-6.892;DEL;DP=8108;Dels=0.00;EL=19;EPP=5.3748;ER=26;FS=1.026;HETAR=76;HOMA=896;HOMR=18;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0551;LEN=1;LRB=0.83929;LRBP=5142.4;MQ0Fraction=0.0017;MQM=41.578;MQRankSum=0.818;NS=991;RA=203;RL=43;RPP=84.127;RR=2;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.923;SAB=0.37778;SAF=17;SAP=8.8491;SAR=28;SRB=0.5665;SRF=115;SRP=10.808;SRR=88;VQSLOD=4.2093;set=Intersect [...]
-20 23976810 rs5841018 A ATATTAAT 1782.38 PASS AF=0.1387;AF1=0.01507;BaseQRankSum=3.717;CI95=0.00188,0.03947;DB;DP=1712;DP4=357,376,7,2;Dels=0.00;FQ=31.1;FS=14.489;HPLen=2;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.1123;MQ=49.53;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0055;MQRankSum=-4.928;PV4=0.1,1,0.00085,0.016;ReadPosRankSum=-4.456;VQSLOD=5.3140;dbSNP=116;set=Intersection;sumGLbyD=19.98
-20 24222100 . CTTTTA C 4219.36 PASS AA=57;AB=0.59434;ABA=43;ABP=11.205;ABR=63;AF=0.01803;AF1=0.01547;AN=1220;BL=2073;BR=2345;BVAR;BaseQRankSum=7.990;CI95=0.0114,0.02137;DEL;DP=17536;DP4=2140,2346,7,12;Dels=0.01;EL=32;EPP=4.877;ER=25;FQ=104;FS=0.614;HETAR=21;HOMA=4;HOMR=1042;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.1941;LEN=5;LRB=0.061566;LRBP=39.374;MQ=73.32;MQ0Fraction=0.0021;MQM=39.614;MQRankSum=-5.728;NS=1067;PV4=0.37,1.1e-39,3.5e-09,1;RA=5527;RL=28;RPP=3.0484;RR=29;RUN=1;ReadPosRankSum=0.214;S [...]
-20 24395018 . AT A 49310 PASS AA=146;AB=0.91198;ABA=130;ABP=2180.5;ABR=1347;AC=50;AF=0.04045;AN=1236;BL=587;BR=9625;BVAR;BaseQRankSum=-4.610;DEL;DP=12793;Dels=0.01;EL=54;EPP=24.487;ER=92;FS=22.108;HETAR=485;HOMA=384;HOMR=210;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0374;LEN=1;LRB=0.88504;LRBP=17373;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=102.26;MQRankSum=2.256;NS=1080;RA=2377;RL=1;RPP=311.42;RR=145;RUN=1;ReadPosRankSum=-16.347;SAB=0.63699;SAF=93;SAP=26.807;SAR=53;SRB=0.52167;SRF=1240;SRP=12.702;SRR=1137;VQSLOD=3.2 [...]
-20 24411517 . C CA 246.18 PASS AF=0.01546;AF1=0.01095;BaseQRankSum=7.832;CI95=0.005698,0.01709;DP=7981;DP4=983,2037,7,7;Dels=0.00;FQ=27.9;FS=18.815;HPLen=3;HRun=3;INDEL;InbreedingCoeff=0.0175;MQ=60.28;MQ0Fraction=0.0137;MQRankSum=-7.243;PV4=0.25,1,2.7e-05,1;ReadPosRankSum=-0.143;VQSLOD=4.3701;set=Intersection;sumGLbyD=6.56
-20 24421169 . AG A 27480 PASS AA=182;AB=0.8303;ABA=149;ABP=835;ABR=729;AC=89;AF=0.07224;AN=1232;BL=11276;BR=2214;BVAR;BaseQRankSum=-5.447;DEL;DP=11717;Dels=0.01;EL=103;EPP=9.8827;ER=79;FR;FS=15.492;HETAR=343;HOMA=607;HOMR=114;HP=4;HR=1;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.0353;LEN=1;LRB=0.67176;LRBP=13222;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=88.324;MQRankSum=2.221;NF;NR;NS=1071;PP;RA=1226;RL=169;RPP=293.37;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-19.711;SAB=0.54945;SAF=100;SAP=6.876;SAR=82;SC=CCTTAGCCCCAGAAAACATCT; [...]
-20 24765537 rs71841337 ATTT A,AT,ATT,ATTTT,ATTTTT 37852 PASS AC=13,120,527,51,92;AF=0.01102,0.10169,0.44661,0.04322,0.07797;AN=1180;BVAR;BaseQRankSum=8.172;DB;DEL;DP=39116;DP4=200,331,851,1169;FR;FS=2.394;HP=15;HR=15;HU=T;HaplotypeScore=20.8091;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.4815;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=4.344;NF;NR;PP;PV4=0.067,1,1,0.1;QD=7.90;RUN=1;ReadPosRankSum=1.798;SB=-8371.96;SC=CTCTGCAACAATTTTTTTTTT;TC;TR=15;TU=T;VQSLOD=9.9679;dbSNP=120;set=Intersection
-20 25500689 . A AATTT 84980.72 PASS AC=1005;AF=0.89096;AN=1128;BaseQRankSum=17.400;DP=2324;FS=6.721;HRun=0;HaplotypeScore=25.3376;InbreedingCoeff=0.2148;MQ=75.19;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQRankSum=-8.221;QD=38.28;ReadPosRankSum=4.504;SB=-34833.07;VQSLOD=4.6038;set=VQSR
-20 25550373 . GA G 11251.31 PASS AA=246;AB=0.42963;ABA=154;ABP=14.624;ABR=116;AC=566;AF=0.6521;AN=868;BL=5230;BR=11845;BVAR;BaseQRankSum=7.418;DEL;DP=8885;Dels=0.02;EL=99;EPP=23.348;ER=147;FR;FS=50.357;HETAR=150;HOMA=849;HOMR=14;HP=1;HR=2;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.1365;LEN=1;LRB=0.38741;LRBP=5567.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=97.561;MQRankSum=0.050;NF;NR;NS=1013;PP;RA=269;RL=75;RPP=84.361;RR=171;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.128;SAB=0.52846;SAF=130;SAP=4.7404;SAR=116;SC=CACGGAGGCGGAGGAAGC [...]
-20 25903865 . TTC T 7459.23 PASS AC=277;AF=0.23316;AN=1188;BaseQRankSum=31.479;DP=2969;FS=137.723;HRun=0;HaplotypeScore=37.3300;InbreedingCoeff=-0.1755;MQ=53.49;MQ0=50;MQ0Fraction=0.0168;MQRankSum=-25.506;QD=4.70;ReadPosRankSum=-5.913;SB=-1747.98;VQSLOD=5.4731;set=VQSR
-20 25934237 . C CCACTT 771.36 PASS AC=37;AF=0.0426;AN=868;BaseQRankSum=16.331;DP=2253;FS=4.545;HRun=0;HaplotypeScore=29.9764;InbreedingCoeff=-0.0685;MQ=48.12;MQ0=87;MQ0Fraction=0.0386;MQRankSum=-12.497;QD=3.37;ReadPosRankSum=-8.428;SB=-297.70;VQSLOD=4.2324;set=VQSR
-20 26054751 rs112967123 TATC T 33244 PASS AA=1863;AB=0.79012;ABA=1788;ABP=6231;ABR=6731;AC=227;AF=0.18218;AN=1246;BL=74924;BR=72452;BVAR;BaseQRankSum=32.258;DB;DEL;DP=36404;DS;Dels=0.05;EL=931;EPP=3.0115;ER=932;FR;FS=265.752;HETAR=527;HOMA=2;HOMR=565;HP=1;HR=2;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=-0.2137;LEN=3;LRB=0.016773;LRBP=93.048;MQ0Fraction=0.0127;MQM=28.797;MQRankSum=-5.329;NF;NR;NS=1094;PP;RA=14604;RL=1014;RPP=34.743;RR=849;RUN=1;ReadPosRankSum=8.394;SAB=0.65486;SAF=1220;SAP=391.07;SAR=64 [...]
-20 26075169 . CTTCATT C 34603 PASS AA=311;AB=0.88905;ABA=298;ABP=3534.4;ABR=2388;AC=235;AF=0.18921;AN=1242;BL=17537;BR=5525;BVAR;BaseQRankSum=33.761;DEL;DP=20706;DS;Dels=0.01;EL=206;EPP=74.236;ER=105;FR;FS=94.549;HETAR=596;HOMA=99;HOMR=336;HP=3;HR=2;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=-0.2083;LEN=6;LRB=0.52086;LRBP=13589;MQ0Fraction=0.0426;MQM=14.524;MQRankSum=-37.199;NF;NR;NS=1038;PP;RA=3600;RL=311;RPP=678.34;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-27.333;SAB=0.66238;SAF=206;SAP=74.236;SAR=105;SC=TCACCATCAT [...]
-20 26120452 . CAG C 7863.19 PASS AA=163;AB=0.70489;ABA=157;ABP=196.99;ABR=375;AC=171;AF=0.1908;AN=896;BL=3455;BR=4877;BVAR;BaseQRankSum=25.536;DEL;DP=7014;Dels=0.10;EL=58;EPP=32.438;ER=105;FS=231.723;HETAR=90;HOMA=5;HOMR=387;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.1966;LEN=2;LRB=0.17067;LRBP=530;MQ0Fraction=0.0470;MQM=21.951;MQRankSum=-23.449;NS=482;RA=1117;RL=62;RPP=23.273;RR=101;RUN=1;ReadPosRankSum=1.904;SAB=0.37423;SAF=61;SAP=25.404;SAR=102;SRB=0.41719;SRF=466;SRP=69.544;SRR=651;VQSLOD=-0.9395;set [...]
-20 26136208 . A AT 17172.04 PASS AA=252;AB=0.73593;ABA=183;ABP=338.07;ABR=510;AC=381;AF=0.30775;AN=1238;BL=8304;BR=14158;BVAR;BaseQRankSum=41.520;DP=40036;DP4=2448,2564,317,366;Dels=0.00;EL=163;EPP=50.197;ER=89;FQ=999;FS=6.531;HETAR=149;HOMA=52;HOMR=708;HRun=1;INDEL;INS;InbreedingCoeff=-0.3996;LEN=1;LRB=0.26062;LRBP=3315.9;MQ=64.20;MQ0=22;MQ0Fraction=0.0048;MQM=25.706;MQRankSum=-29.318;NS=909;PV4=0.24,1.1e-119,3.2e-281,1;RA=2939;RL=58;RPP=162.39;RR=194;RUN=1;ReadPosRankSum=0.592;SAB=0.24 [...]
-20 26185812 . AG A 322.58 PASS AF=0.0342;BaseQRankSum=3.668;DP=3014;Dels=0.01;FR;FS=10.238;HP=8;HPLen=6;HR=6;HRun=6;HU=G;InbreedingCoeff=0.1504;MQ0Fraction=0.0473;MQRankSum=-5.464;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=0.536;SC=GGGTGGGTGGAGGGGGGAGGG;TC;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.0767;set=Intersection;sumGLbyD=8.46
-20 30963468 . AGTTT A 2041.12 PASS AA=38;AB=0.75694;ABA=35;ABP=85.587;ABR=109;AC=34;AF=0.0377;AN=902;BL=1974;BR=668;BVAR;BaseQRankSum=3.060;DEL;DP=22806;DP4=1997,1747,28,36;Dels=0.02;EL=17;EPP=3.9246;ER=21;FR;FS=16.034;HETAR=29;HOMA=1;HOMR=1009;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.0752;LEN=4;LRB=0.49432;LRBP=1404.9;MQ=87.17;MQ0Fraction=0.0013;MQM=98.079;MQRankSum=6.021;NF;NR;NS=1039;PP;PV4=0.13,1.5e-07,1,0.051;RA=4052;RL=36;RPP=69.069;RR=2;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.847;SAB [...]
-20 31963212 . AAAAAAAAAAAAG A 727.15 PASS AC=5;AF=0.0080;AN=622;BaseQRankSum=4.037;DP=1480;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.3793;InbreedingCoeff=0.0350;MQ=51.77;MQ0=59;MQ0Fraction=0.0399;MQRankSum=-1.799;QD=22.72;ReadPosRankSum=3.591;SB=-364.04;VQSLOD=5.3166;set=VQSR
-20 31997272 . CT C,CTT,CTTT 1837.10 PASS AA=63;AB=0.77559;ABA=57;ABP=170.57;ABR=197;AC=79,49,30;AF=0.06594,0.04090,0.02504;AN=1198;BL=2372;BR=2640;BVAR;BaseQRankSum=3.277;DP=9050;Dels=0.03;EL=24;EPP=10.766;ER=39;FR;FS=0.303;HETAR=45;HOMA=1;HOMR=981;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2796;LEN=1;LRB=0.053472;LRBP=34.128;MQ0Fraction=0.0000;MQM=50.889;MQRankSum=0.610;NF;NR;NS=1027;PP;RA=3776;RL=30;RPP=3.3205;RR=33;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.800;SAB=0.39683;SAF=25;SAP=8.8354 [...]
-20 33446974 rs113250263 TAA T,TA,TAAA 17130.16 PASS AC=65,417,184;AF=0.05941,0.38117,0.16819;AN=1094;BVAR;BaseQRankSum=3.400;DB;DEL;DP=22362;DP4=221,247,418,524;Dels=0.33;FR;FS=15.409;HP=15;HR=14;HRun=14;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.5215;MQ=61.32;MQ0Fraction=0.0021;MQRankSum=0.481;NF;NR;PP;PV4=0.33,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTCCGTCTCATAAAAAAAAAA;TC;TR=14;TU=A;VQSLOD=8.0974;dbSNP=132;set=Intersection;sumGLbyD=12.78
-20 33877149 . C CT 1784.40 PASS AA=58;AB=0.73096;ABA=53;ABP=94.289;ABR=144;AC=65;AF=0.05682;AN=1144;BL=3298;BR=1935;BVAR;BaseQRankSum=-2.066;DP=8074;Dels=0.02;EL=22;EPP=10.348;ER=36;FR;FS=11.452;HETAR=47;HOMA=3;HOMR=754;HP=16;HR=12;HRun=12;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1178;LEN=1;LRB=0.26046;LRBP=773.91;MQ0Fraction=0.0165;MQM=52.259;MQRankSum=0.734;NF;NR;NS=804;PP;RA=2141;RL=43;RPP=32.363;RR=15;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.273;SAB=0.46552;SAF=27;SAP=3.6093;SAR=31;SC=ATTTTCTTTTCTTTTTTTTTT;SRB=0.3 [...]
-20 34358698 . A AAAAAAT 583.61 PASS AC=27;AF=0.02542;AN=1062;BaseQRankSum=5.228;DP=1997;FS=3.765;HRun=0;HaplotypeScore=27.7123;InbreedingCoeff=0.0566;MQ=55.50;MQ0=14;MQ0Fraction=0.0070;MQRankSum=-3.961;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.862;SB=-399.69;VQSLOD=4.3826;set=VQSR
-20 34387589 rs112431805 CT C,CTT 4039.10 PASS AA=121;AB=0.75368;ABA=117;ABP=268.53;ABR=358;AC=84,139;AF=0.07047,0.11661;AN=1192;BL=5557;BR=3901;BVAR;BaseQRankSum=2.693;DB;DP=10157;Dels=0.03;EL=47;EPP=16.093;ER=74;FR;FS=7.639;HETAR=89;HOMA=2;HOMR=913;HP=13;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2097;LEN=1;LRB=0.17509;LRBP=632.63;MQ0Fraction=0.0000;MQM=49.802;MQRankSum=-0.801;NF;NR;NS=1004;PP;RA=3789;RL=77;RPP=22.554;RR=44;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.691;SAB=0.3719;SAF=45;SAP=20.256;SAR=76;S [...]
-20 34493409 rs73621682 C CAG 62288.93 PASS AA=1069;AB=0.54863;ABA=826;ABP=40.606;ABR=1004;AC=257;AF=0.3640;AN=706;BL=41524;BR=47039;BVAR;BaseQRankSum=-24.248;DB;DP=30195;DP4=1743,1636,614,487;Dels=0.00;EL=582;EPP=21.343;ER=487;FQ=999;FR;FS=5.080;HETAR=298;HOMA=63;HOMR=712;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1437;LEN=2;LRB=0.062272;LRBP=748.76;MQ=77.99;MQ0=3;MQ0Fraction=0.0015;MQM=54.446;MQRankSum=0.160;NF;NR;NS=1073;PP;PV4=0.016,1,0.01,1;RA=4461;RL=526;RPP=3.5973;RR [...]
-20 35086229 rs112534255 G GAT 6109.24 PASS AA=14;AB=0.71795;ABA=11;ABP=19.101;ABR=28;AC=35;AF=0.0509;AN=688;BL=846;BR=517;BVAR;BaseQRankSum=-7.153;DB;DP=15775;DP4=2064,2212,31,22;Dels=0.00;EL=7;EPP=3.0103;ER=7;FR;FS=0.000;HETAR=10;HOMA=2;HOMR=914;HP=3;HPLen=4;HR=4;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1170;LEN=2;LRB=0.24138;LRBP=175.46;MQ=54.65;MQ0Fraction=0.0118;MQM=45.643;MQRankSum=1.614;NF;NR;NS=926;PP;PV4=0.17,1,1,1;RA=2867;RL=11;RPP=12.937;RR=3;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.520;SAB=0.71 [...]
-20 35575895 rs67189278 AGTGT A,AGT,AGTGTGT,TGTGT 43809.26 PASS AC=593,3,481;AF=0.53327,0.00270,0.43255;AN=1112;BVAR;BaseQRankSum=-8.327;DB;DEL;DP=8989;Dels=0.04;FR;FS=9.400;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INS;InbreedingCoeff=0.7735;LEN=2;MQ0Fraction=0.0400;MQRankSum=-2.719;NF;NR;PP;RUN=1;ReadPosRankSum=-9.301;SC=TGTGTGTGTGAGTGTGTGTGT;TC;TR=22;TU=GT;VQSLOD=8.6440;set=Intersection;sumGLbyD=6.01
-20 35957317 . CTGACT C,CGACT 4370.96 PASS ABR=81;AC=22,1;AF=0.0321,0.0015;AF1=0.04523;AN=686;BVAR;BaseQRankSum=7.969;CI95=0.0354,0.05752;DEL;DP=16632;DP4=1942,1815,17,21;Dels=0.03;FQ=999;FR;FS=0.531;HOMA=1;HOMR=998;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0587;MQ=83.38;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-7.201;NF;NR;NS=1020;PP;PV4=0.42,0.00017,4.5e-12,1;RA=4620;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CCTCTCAGCTCTGACTGAGTC;SRB=0.50043;SRF=2312;SRP=3.0178;SRR=2308;TC;TR=8;TU=ACTG;VQSLO [...]
-20 36136198 . GTGTC G 2078.76 PASS AA=35;AB=0.54167;ABA=33;ABP=4.096;ABR=39;AC=17;AF=0.01384;AN=1228;BL=1212;BR=1523;BVAR;BaseQRankSum=6.900;DEL;DP=22483;DP4=1696,2291,9,16;Dels=0.01;EL=9;EPP=20.94;ER=26;FQ=999;FR;FS=3.023;HETAR=13;HOMA=1;HOMR=1061;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1113;LEN=4;LRB=0.11371;LRBP=79.803;MQ=93.98;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=83.686;MQRankSum=-1.683;NF;NR;NS=1075;PP;PV4=0.55,1,0.0083,1;RA=5771;RL=19;RPP=3.5687;RR=16;RUN=1;ReadPosRankSum=0.6 [...]
-20 36250522 . CA C 37933 PASS AA=51;AB=0.95582;ABA=44;ABP=1800.5;ABR=952;AC=23;AF=0.01885;AN=1220;BL=691;BR=3464;BVAR;BaseQRankSum=-2.418;DEL;DP=11998;Dels=0.00;EL=18;EPP=12.59;ER=33;FS=2.307;HETAR=348;HOMA=534;HOMR=164;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0763;LEN=1;LRB=0.66739;LRBP=4021.7;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0006;MQM=53.647;MQRankSum=1.083;NS=1047;RA=1663;RL=2;RPP=97.065;RR=49;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.726;SAB=0.68627;SAF=35;SAP=18.381;SAR=16;SRB=0.59651;SRF=992;SRP=137.56;SRR=671;VQSLOD=4.1346;set [...]
-20 36285033 rs34715186 AT A 39417 PASS AA=530;AB=0.5406;ABA=447;ABP=16.939;ABR=526;AC=88;AF=0.0950;AN=926;BL=20722;BR=20406;BVAR;BaseQRankSum=15.611;DB;DEL;DP=36713;DP4=2551,2475,236,218;Dels=0.09;EL=241;EPP=12.45;ER=289;FQ=999;FR;FS=1.290;HETAR=141;HOMA=16;HOMR=926;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=1;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0742;LEN=1;LRB=0.0076833;LRBP=8.2825;MQ=104.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=84.285;MQRankSum=-0.702;NF;NR;NS=1083;PP;PV4=0.62,1,1,1;RA=6562;RL=263;RPP=3.0759;RR=267;RUN=1; [...]
-20 36384872 . CTG C 43532.41 PASS AC=1213;AF=0.99589;AN=1218;BaseQRankSum=0.802;DP=3208;FS=9.727;HRun=0;HaplotypeScore=46.6153;InbreedingCoeff=0.1085;MQ=58.37;MQ0=50;MQ0Fraction=0.0156;MQRankSum=-1.672;QD=13.57;ReadPosRankSum=2.063;SB=-18894.12;VQSLOD=4.7353;set=VQSR
-20 36542802 . GTA G 31310.15 PASS AA=1481;AB=0.67546;ABA=1378;ABP=1138.4;ABR=2868;AC=437;AF=0.35938;AN=1216;BL=25719;BR=95500;BVAR;BaseQRankSum=9.478;DEL;DP=18068;DS;Dels=0.10;EL=889;EPP=132.34;ER=592;FS=320.726;HETAR=591;HOMA=44;HOMR=378;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.4197;LEN=2;LRB=0.57566;LRBP=87231;MQ0Fraction=0.0091;MQM=29.319;MQRankSum=-3.409;NS=1013;RA=4037;RL=3;RPP=3193;RR=1478;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.687;SAB=0.40041;SAF=593;SAP=130.61;SAR=888;SRB=0.39014;SRF=1575;SRP=426.21;SRR=2462; [...]
-20 36985025 . CCA C 4.57 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=682;BaseQRankSum=4.199;DP=1504;FS=1.036;HRun=0;HaplotypeScore=18.5241;InbreedingCoeff=0.0460;MQ=57.04;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.774;ReadPosRankSum=-2.105;VQSLOD=6.7455;set=VQSR
-20 37139725 . CAG C 250.77 PASS AF=0.0084;AF1=0.0139;BaseQRankSum=4.131;CI95=0.00885,0.01991;DP=7973;DP4=1808,1990,2,7;Dels=0.01;FQ=104;FR;FS=11.160;HP=3;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0001;MQ=103.71;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-3.378;NF;NR;PP;PV4=0.18,0.0011,0.041,1;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGATGGGGAACAGAGAGCAAG;TC;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.0630;set=Intersection;sumGLbyD=12.13
-20 37213224 . G GTA 3230.05 PASS AA=32;AB=0.50769;ABA=32;ABP=3.0437;ABR=33;AC=12;AF=0.0168;AF1=0.02635;AN=714;BL=1271;BR=1743;BVAR;BaseQRankSum=-7.288;CI95=0.02212,0.03319;DP=14304;DP4=2180,2256,13,21;Dels=0.00;EL=20;EPP=7.3532;ER=12;FQ=999;FR;FS=7.863;HETAR=9;HOMA=0;HOMR=1043;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0410;LEN=2;LRB=0.1566;LRBP=163.52;MQ=95.56;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0005;MQM=51.562;MQRankSum=0.420;NF;NR;NS=1052;PP;PV4=0.23,1,0.03,0.33;RA=5138;RL=11;RPP=9.796 [...]
-20 37282014 . ATGG A 2518.52 PASS AF=0.03519;BaseQRankSum=11.994;DP=24592;DP4=415,3804,8,49;DS;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=2.049;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1028;MQ=51.01;MQ0Fraction=0.0139;MQRankSum=-5.912;NF;NR;PP;PV4=0.27,1,0.22,0.015;ReadPosRankSum=1.781;SC=GGTGGTGATGATGGTGGTGGT;TC;TR=17;TU=GGT;VQSLOD=2.1183;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=9.05
-20 37532218 . GTCCGTCCA ATCCGTCCA,G 76120.88 PASS AC=998;AF=0.92924;AN=1074;BaseQRankSum=-2.877;DP=3087;FR;FS=9.889;HP=2;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=71.6244;InbreedingCoeff=-0.0027;MQ=52.68;MQ0=543;MQ0Fraction=0.1759;MQRankSum=-1.750;NF;NR;PP;QD=24.98;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-36635.43;SC=CCGTCCGTCCGTCCGTCCATC;TC;TR=19;TU=CCGT;VQSLOD=5.3068;set=Intersection
-20 37712193 . AAG A 2670.33 PASS AA=106;AB=0.62821;ABA=87;ABP=36.418;ABR=147;AC=53;AF=0.0759;AN=698;BL=4672;BR=4303;BVAR;BaseQRankSum=13.696;DEL;DP=15155;DP4=1340,1852,32,52;Dels=0.06;EL=57;EPP=4.3214;ER=49;FR;FS=0.824;HETAR=43;HOMA=7;HOMR=982;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0861;LEN=2;LRB=0.041114;LRBP=35.954;MQ=86.12;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=54.236;MQRankSum=-5.745;NF;NR;NS=1034;PP;PV4=0.5,7.3e-26,1.1e-10,1;RA=4423;RL=58;RPP=5.0589;RR=48;RUN=1;ReadPosRankSum=2 [...]
-20 37739002 . T TCA 1395.38 PASS AA=16;AB=0.48387;ABA=16;ABP=3.0803;ABR=15;AC=11;AF=0.00950;AN=1158;BL=504;BR=630;BVAR;BaseQRankSum=-3.257;DP=13617;DP4=1660,883,7,5;Dels=0.00;EL=7;EPP=3.5532;ER=9;FR;FS=1.114;HETAR=9;HOMA=0;HOMR=991;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0527;LEN=2;LRB=0.11111;LRBP=33.411;MQ=88.41;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.75;MQRankSum=1.713;NF;NR;NS=1000;PP;PV4=0.76,1,1,0.5;RA=3257;RL=6;RPP=5.1818;RR=10;RUN=1;ReadPosRankSum=1.190;SAB=0.6875;SAF=1 [...]
-20 38122459 . T TG,TGG 1346.40 PASS ABR=339;AC=37,26;AF=0.02989,0.02100;BVAR;BaseQRankSum=10.222;DP=16425;FS=601.551;HOMA=0;HOMR=1008;HaplotypeScore=20.6522;INS;InbreedingCoeff=0.0829;MQ=105.78;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-4.295;NS=1079;QD=0.40;RA=6208;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.427;SAB=1;SAR=0;SB=-368.88;SRB=0.34907;SRF=2167;SRP=1231.4;SRR=4041;VQSLOD=-3.3455;set=filterInVQSR-2of5
-20 38395256 . TTGAG T 633.19 PASS AF=0.0028;BaseQRankSum=5.667;DP=3839;Dels=0.00;FR;FS=10.238;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=-0.0097;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.276;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-1.016;SC=ATGTGTTTGTTTGAGTATGTT;TC;TR=10;TU=GTTT;VQSLOD=6.4906;set=Intersection;sumGLbyD=10.83
-20 38882632 rs72004513 AGTGTGTGTGT A,AGT,AGTGT,AGTGTGT,AGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGT 12304.47 PASS AC=57,24,51,78,89,186;AF=0.04664,0.01964,0.04173,0.06383,0.07283,0.15221;AN=1222;BVAR;BaseQRankSum=3.183;DB;DEL;DP=49261;DP4=144,106,104,101;Dels=0.05;FQ=999;FR;FS=5.209;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.9090;MQ=87.48;MQ0Fraction=0.0071;MQRankSum=-0.897;NF;NR;PP;PV4=0.16,1,0.19,1;RUN=1;ReadPosRankSum=3.551;SC=TAACTCCTCAAGTGTGTGTGT;TC;TR=47;TU=GT;VQSLOD=9.9069;set=Intersection; [...]
-20 39345038 . CTGAACCATAATGTG C,CCCATAATGTG 60744.52 PASS AA=23;AB=0.67143;ABA=23;ABP=20.878;ABR=47;AC=232,2;AF=0.19366,0.00167;AN=1198;BL=1607;BR=1843;BVAR;BaseQRankSum=30.955;DEL;DP=31490;DP4=1729,2100,265,278;Dels=0.13;EL=6;EPP=14.434;ER=17;FQ=999;FR;FS=1.767;HETAR=18;HOMA=0;HOMR=1015;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.1991;LEN=14;LRB=0.068406;LRBP=38.066;MQ=104.60;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=189.83;MQRankSum=-16.579;NF;NR;NS=1033;PP;PV4=0.12,1,5.5e-137,1;RA=5286;R [...]
-20 39418008 . AG A 46796 PASS AA=113;AB=0.9511;ABA=80;ABP=2894.6;ABR=1556;AC=30;AF=0.02412;AN=1244;BL=638;BR=6936;BVAR;BaseQRankSum=7.280;DEL;DP=14307;Dels=0.00;EL=50;EPP=6.2579;ER=63;FR;FS=5.707;HETAR=473;HOMA=361;HOMR=246;HP=3;HR=3;HRun=3;HU=G;InbreedingCoeff=0.0272;LEN=1;LRB=0.83153;LRBP=11375;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=62.398;MQRankSum=3.530;NF;NR;NS=1089;PP;RA=3000;RL=3;RPP=223.02;RR=110;RUN=1;ReadPosRankSum=-18.601;SAB=0.58407;SAF=66;SAP=9.9475;SAR=47;SC=ACTGGGGGAAAGGGATTCTAG;SRB [...]
-20 39876961 . GT G,GTT,GTTT 2302.10 PASS ABR=496;AC=45,51,45;AF=0.03664,0.04153,0.03664;AN=1228;BVAR;BaseQRankSum=4.462;DP=37649;DP4=1457,1975,57,59;Dels=0.02;FR;FS=9.938;HOMA=0;HOMR=978;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2583;MQ=97.28;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.246;NF;NR;NS=1063;PP;PV4=0.15,1,1.9e-09,0.016;RA=5185;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.954;SC=AGTTTCTCCGGTTTTTTTTTT;SRB=0.47464;SRF=2461;SRP=31.978;SRR=2724;TC;TR=10;TU=T;VQSLOD=4.9752;set=Intersection [...]
-20 41013333 . TC T 20681 PASS AA=137;AB=0.89211;ABA=134;ABP=1661.6;ABR=1108;AC=68;AF=0.05601;AN=1214;BL=1091;BR=8981;BVAR;BaseQRankSum=1.354;DEL;DP=12998;Dels=0.01;EL=57;EPP=11.395;ER=80;FS=0.758;HETAR=359;HOMA=100;HOMR=610;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0104;LEN=1;LRB=0.78336;LRBP=13424;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=67.745;MQRankSum=2.563;NS=1072;RA=4447;RL=5;RPP=258.66;RR=132;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.092;SAB=0.59124;SAF=81;SAP=12.917;SAR=56;SRB=0.54194;SRF=2410;SRP=70.947;SRR=2037;VQSLOD=3.75 [...]
-20 41453533 rs112736557 T TA 1734.60 PASS AA=44;AB=0.58025;ABA=34;ABP=7.5409;ABR=47;AC=23;AF=0.0345;AN=666;BL=2061;BR=2408;BVAR;BaseQRankSum=5.768;DB;DP=7437;Dels=0.00;EL=25;EPP=4.787;ER=19;FR;FS=3.680;HETAR=17;HOMA=5;HOMR=975;HP=7;HPLen=6;HR=6;HRun=6;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.1712;LEN=1;LRB=0.077646;LRBP=61.517;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.614;MQRankSum=-4.976;NF;NR;NS=997;PP;RA=4229;RL=21;RPP=3.2077;RR=23;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.039;SAB=0.5;SAF=22;SAP=3.0103;SAR=22;SC=CCTTTCTCCATAA [...]
-20 41659532 . GC G 40544 PASS AA=42;AB=0.97149;ABA=39;ABP=2644.5;ABR=1329;AC=15;AF=0.0209;AN=716;BL=2531;BR=135;BVAR;BaseQRankSum=-2.537;DEL;DP=12219;Dels=0.00;EL=25;EPP=6.3192;ER=17;FS=2.656;HETAR=374;HOMA=155;HOMR=551;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0270;LEN=1;LRB=0.89872;LRBP=4678.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=103.31;MQRankSum=2.828;NS=1088;RA=4736;RL=41;RPP=85.733;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-9.702;SAB=0.57143;SAF=24;SAP=4.8716;SAR=18;SRB=0.5625;SRF=2664;SRP=163.7;SRR=2072;VQSLOD=4.3267;set [...]
-20 41687456 . A AT 19682 PASS AA=446;AB=0.61202;ABA=426;ABP=122.69;ABR=672;AC=162;AF=0.13214;AN=1226;BL=15293;BR=20484;BVAR;BaseQRankSum=2.364;DP=29324;DP4=1993,1785,261,252;Dels=0.01;EL=214;EPP=4.5878;ER=232;FQ=999;FR;FS=1.923;HETAR=170;HOMA=7;HOMR=897;HP=11;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0769;LEN=1;LRB=0.14509;LRBP=1638.5;MQ=91.55;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.168;MQRankSum=-0.764;NF;NR;NS=1074;PP;PV4=0.45,1,3.5e-08,1;RA=5437;RL=179;RPP=40.714;RR=267;RUN=1;ReadP [...]
-20 41845580 . GA G 49310 PASS AA=83;AB=0.95258;ABA=69;ABP=2591.6;ABR=1386;AC=46;AF=0.03740;AN=1230;BL=1320;BR=5150;BVAR;BaseQRankSum=-1.121;DEL;DP=13336;Dels=0.00;EL=36;EPP=6.1759;ER=47;FR;FS=0.372;HETAR=442;HOMA=341;HOMR=295;HP=2;HR=3;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.0238;LEN=1;LRB=0.59196;LRBP=4926.2;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=89.048;MQRankSum=0.897;NF;NR;NS=1080;PP;RA=3006;RL=5;RPP=142.43;RR=78;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.412;SAB=0.55422;SAF=46;SAP=5.1294;SAR=37;SC=CCAGCTGTGGGAGAGAAACAT;S [...]
-20 42209428 . GC G 13163 PASS AA=89;AB=0.86677;ABA=83;ABP=730.96;ABR=540;AC=39;AF=0.03218;AN=1212;BL=950;BR=5334;BVAR;BaseQRankSum=-10.119;DEL;DP=10692;Dels=0.01;EL=48;EPP=4.2058;ER=41;FS=0.000;HETAR=259;HOMA=727;HOMR=54;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0448;LEN=1;LRB=0.69764;LRBP=6644.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=126.55;MQRankSum=4.223;NS=1040;RA=723;RL=12;RPP=106.09;RR=77;RUN=1;ReadPosRankSum=-17.362;SAB=0.39326;SAF=35;SAP=11.818;SAR=54;SRB=0.37898;SRF=274;SRP=94.99;SRR=449;VQSLOD=3.7157;set [...]
-20 42281109 . T TAG 2321.12 PASS AC=181;AF=0.3740;AN=484;BaseQRankSum=8.977;DP=435;FS=17.001;HRun=0;HaplotypeScore=14.6734;InbreedingCoeff=0.2340;MQ=53.88;MQ0=47;MQ0Fraction=0.1080;MQRankSum=0.762;QD=12.41;ReadPosRankSum=3.399;SB=-1299.73;VQSLOD=4.8926;set=VQSR
-20 42436117 . TC T 38933 PASS AA=18;AB=0.98435;ABA=17;ABP=2215.9;ABR=1069;AC=15;AF=0.01223;AN=1226;BL=498;BR=428;BVAR;BaseQRankSum=-7.224;DEL;DP=12436;Dels=0.00;EL=1;EPP=33.893;ER=17;FS=2.469;HETAR=303;HOMA=614;HOMR=123;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0439;LEN=1;LRB=0.075594;LRBP=14.501;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=98.611;MQRankSum=1.086;NS=1075;RA=1656;RL=10;RPP=3.4928;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-17.765;SAB=0.5;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRB=0.49879;SRF=826;SRP=3.0313;SRR=830;VQSLOD=4.0821;set=filt [...]
-20 42682214 . C A,CAT 3904.51 PASS AA=24;AB=0.6383;ABA=17;ABP=10.818;ABR=30;AC=0;AF=0.0000;AN=636;BL=1119;BR=949;BVAR;BaseQRankSum=1.426;DP=6509;Dels=0.00;EL=9;EPP=6.2675;ER=15;FR;HETAR=12;HOMA=3;HOMR=876;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0006;LEN=2;LRB=0.082205;LRBP=33.356;MQ0Fraction=0.0046;MQM=40.792;MQRankSum=-0.296;NF;NR;NS=891;PP;QD=32.81;RA=2679;RL=15;RPP=6.2675;RR=9;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.806;SAB=0.75;SAF=18;SAP=16.039;SAR=6;SB=-924.23;SC=TATACACACACATATATATAC; [...]
-20 42973456 . CA C,CAA,CAAA 2675 PASS AA=90;AB=0.79177;ABA=86;ABP=308.39;ABR=327;AC=77,61,39;AF=0.06492,0.05143,0.03288;AN=1186;BL=2983;BR=4446;BVAR;BaseQRankSum=2.422;DP=9416;Dels=0.03;EL=39;EPP=6.4847;ER=51;FR;FS=31.555;HETAR=75;HOMA=1;HOMR=888;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.2696;LEN=1;LRB=0.19693;LRBP=628.63;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=55.567;MQRankSum=1.777;NF;NR;NS=964;PP;RA=3601;RL=37;RPP=9.1869;RR=53;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.991;SAB=0.55556;SAF=50;SAP=5.423;SAR=40; [...]
-20 43091870 . TC T 2455.60 PASS AA=120;AB=0.10619;ABA=101;ABP=155.22;ABR=12;AC=42;AF=0.03825;AN=1098;BL=573;BR=8744;BVAR;BaseQRankSum=-13.513;DEL;DP=9139;Dels=0.00;EL=64;EPP=4.1684;ER=56;FS=9.856;HETAR=118;HOMA=820;HOMR=0;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0833;LEN=1;LRB=0.877;LRBP=15564;MQ0Fraction=0.0017;MQM=45.1;MQRankSum=2.266;NS=938;RA=24;RL=1;RPP=254.97;RR=119;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.803;SAB=0.475;SAF=57;SAP=3.6617;SAR=63;SRB=0.54167;SRF=13;SRP=3.3722;SRR=11;VQSLOD=3.9930;set=filterInVQSR-2 [...]
-20 43233648 rs74585029 GA G,GAA 1504.40 PASS AA=113;AB=0.78652;ABA=95;ABP=320.31;ABR=350;AC=41,65;AF=0.03394,0.05381;AF1=0.0115;AN=1208;BL=4677;BR=5548;BVAR;BaseQRankSum=6.744;CI95=0.004274,0.01852;DB;DEL;DP=13996;DP4=1736,1549,15,17;Dels=0.03;EL=69;EPP=15.021;ER=44;FQ=14;FR;FS=12.174;HETAR=119;HOMA=15;HOMR=892;HP=11;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.2359;LEN=1;LRB=0.085183;LRBP=164.12;MQ=89.12;MQ0Fraction=0.0000;MQM=69.867;MQRankSum=2.513;NF;NR;NS=1027;PP;PV4=0.59,1,0. [...]
-20 43246548 . AC A,CC 41579.13 PASS AA=382;AB=0.72402;ABA=316;ABP=502.11;ABR=829;AC=1197;AF=0.99254;AN=1206;BL=9889;BR=14293;BVAR;BaseQRankSum=1.373;DEL;DP=10477;DS;Dels=0.05;EL=243;EPP=64.494;ER=139;FS=29.162;HETAR=291;HOMA=85;HOMR=624;HPLen=10;InbreedingCoeff=0.1392;LEN=1;LRB=0.18212;LRBP=1744.6;MQ0Fraction=0.0024;MQM=48.471;MQRankSum=5.726;NS=1001;RA=3138;RL=174;RPP=9.5816;RR=208;RUN=1;ReadPosRankSum=5.755;SAB=0.79843;SAF=305;SAP=298.51;SAR=77;SRB=0.70363;SRF=2208;SRP=1133.2;SRR=930;V [...]
-20 43258646 . T TT 1107.17 PASS AC=97;AF=0.08420;AN=1152;BaseQRankSum=4.525;DP=2345;FS=19.308;HRun=9;HaplotypeScore=13.6276;InbreedingCoeff=0.1299;MQ=76.70;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.395;QD=2.67;ReadPosRankSum=-4.696;SB=-899.41;VQSLOD=5.4523;set=VQSR
-20 43718299 . ATTACT A 5497.06 PASS AA=56;AB=0.51818;ABA=53;ABP=3.3262;ABR=57;AC=18;AF=0.0251;AF1=0.03729;AN=718;BL=2321;BR=2591;BVAR;BaseQRankSum=11.142;CI95=0.03319,0.04425;DEL;DP=17576;DP4=2460,2692,31,22;Dels=0.02;EL=28;EPP=3.0103;ER=28;FQ=999;FR;FS=9.689;HETAR=15;HOMA=1;HOMR=1068;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0448;LEN=5;LRB=0.054967;LRBP=35.238;MQ=96.55;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=50.286;MQRankSum=-5.149;NF;NR;NS=1084;PP;PV4=0.13,1,1.2e-12,1;RA=6745;RL=28;RP [...]
-20 43981749 . A AAAAAAC,AC 20899.71 PASS ABR=192;AC=91,0;AF=0.1285,0.0000;AN=708;BVAR;BaseQRankSum=7.858;DP=23372;DP4=1554,1457,55,42;Dels=0.00;FR;FS=0.000;HOMA=4;HOMR=995;HP=6;HPLen=7;HR=7;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2109;MQ=95.59;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-12.081;NF;NR;NS=1051;PP;PV4=0.35,1,8.9e-73,1;RA=5027;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TACACTAGCAAAAAAACAAAA;SRB=0.48518;SRF=2439;SRP=12.6;SRR=2588;TC;TR=7;TU=A;VQSLOD=8.0916;set=Intersection;sumGLbyD=54.33
-20 43999274 . TCAAA T 2948.85 PASS AA=59;AB=0.59441;ABA=58;ABP=14.08;ABR=85;AC=20;AF=0.0290;AF1=0.04249;AN=690;BL=2277;BR=2436;BVAR;BaseQRankSum=9.320;CI95=0.0354,0.05088;DEL;DP=14599;DP4=2052,2303,21,22;Dels=0.03;EL=32;EPP=3.9304;ER=27;FQ=999;FR;FS=0.000;HETAR=21;HOMA=0;HOMR=1043;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0037;LEN=4;LRB=0.033736;LRBP=14.658;MQ=90.05;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.339;MQRankSum=-1.294;NF;NR;NS=1064;PP;PV4=0.88,1,0.0026,1;RA=5732;RL=27;RPP=3. [...]
-20 44098622 . C CG 1092.40 PASS AA=129;AB=0.77301;ABA=74;ABP=214.06;ABR=252;AC=45;AF=0.0455;AN=988;BL=6586;BR=3029;BVAR;BaseQRankSum=2.802;DP=5177;Dels=0.00;EL=122;EPP=225.63;ER=7;FR;FS=355.273;HETAR=66;HOMA=11;HOMR=734;HP=6;HR=4;HRun=4;HU=G;INS;InbreedingCoeff=0.1759;LEN=1;LRB=0.36994;LRBP=2860.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=52.395;MQRankSum=1.946;NF;NR;NS=811;PP;RA=1981;RL=121;RPP=217.95;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.413;SAB=0.99225;SAF=128;SAP=274.51;SAR=1;SC=GCGGAAGTGGCGGGGACCCTT;SRB= [...]
-20 44327637 . A AG,AGGGGGG 14351.23 PASS AC=9,211;AF=0.0103,0.2409;AN=876;BaseQRankSum=15.517;DP=1704;FS=6.768;HaplotypeScore=31.5906;InbreedingCoeff=0.1538;MQ=54.64;MQ0=4;MQ0Fraction=0.0023;MQRankSum=-12.691;QD=20.83;ReadPosRankSum=-3.583;SB=-6278.99;VQSLOD=5.1556;set=VQSR
-20 45202636 . GA G 13269 PASS AA=25;AB=0.96162;ABA=18;ABP=871.09;ABR=451;AC=24;AF=0.02013;AN=1192;BL=567;BR=1728;BVAR;BaseQRankSum=-5.361;DEL;DP=10873;Dels=0.00;EL=10;EPP=5.1818;ER=15;FS=0.928;HETAR=169;HOMA=831;HOMR=45;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0999;LEN=1;LRB=0.50588;LRBP=1278.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=170.56;MQRankSum=0.161;NS=1049;RA=632;RL=2;RPP=41.315;RR=23;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.760;SAB=0.68;SAF=17;SAP=10.046;SAR=8;SRB=0.51424;SRF=325;SRP=4.1235;SRR=307;VQSLOD=3.9290;set=filt [...]
-20 45417828 . TGAGC T,TGC 4672.90 PASS ABR=317;AC=69,104;AF=0.05712,0.08609;BVAR;BaseQRankSum=18.527;DEL;DP=11835;DS;FS=184.873;HOMA=48;HOMR=575;HaplotypeScore=65.5875;InbreedingCoeff=0.0599;MQ=29.78;MQ0=2988;MQ0Fraction=0.3629;MQRankSum=5.052;NS=713;QD=1.11;RA=1581;RUN=1;ReadPosRankSum=6.574;SB=-2116.87;SRB=0.47502;SRF=751;SRP=11.582;SRR=830;VQSLOD=0.0651;set=filterInVQSR-2of5
-20 45525657 rs66759083 TA AA,T 49315 PASS AA=2361;AB=0.45241;ABA=1398;ABP=53.235;ABR=1155;AC=20;AF=0.01701;AN=1176;BL=94913;BR=100886;BVAR;BaseQRankSum=0.740;DB;DEL;DP=30636;DP4=1258,881,1206,999;Dels=0.48;EL=1133;EPP=11.311;ER=1228;FQ=999;FR;FS=7.072;HETAR=503;HOMA=310;HOMR=218;HP=6;HPLen=7;HR=7;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.2271;LEN=1;LRB=0.030506;LRBP=398.68;MQ=102.24;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.359;MQRankSum=0.148;NF;NR;NS=1031;PP;PV4=0.0064,0,4.6e-23,0.47;RA=2042;RL=1183;RPP=3.03 [...]
-20 45783456 . T TG 2355.68 PASS AA=64;AB=0.78521;ABA=61;ABP=203.67;ABR=223;AC=15;AF=0.0165;AN=910;BL=815;BR=5486;BVAR;BaseQRankSum=8.593;DP=10348;Dels=0.00;EL=48;EPP=37.754;ER=16;FS=77.861;HETAR=56;HOMA=1;HOMR=970;HRun=1;INS;InbreedingCoeff=-0.0549;LEN=1;LRB=0.74131;LRBP=7522.1;MQ0Fraction=0.0122;MQM=44.562;MQRankSum=-1.258;NS=1027;RA=4750;RL=0;RPP=141.98;RR=64;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.047;SAB=0.25;SAF=16;SAP=37.754;SAR=48;SRB=0.6;SRF=2850;SRP=415.59;SRR=1900;VQSLOD=1.3146;set=filterInVQS [...]
-20 46384744 . CT C 17791 PASS AA=51;AB=0.94826;ABA=49;ABP=1655.8;ABR=898;AC=23;AF=0.01867;AN=1232;BL=120;BR=3678;BVAR;BaseQRankSum=-0.185;DEL;DP=13879;Dels=0.00;EL=23;EPP=4.0747;ER=28;FS=2.864;HETAR=262;HOMA=78;HOMR=722;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0193;LEN=1;LRB=0.93681;LRBP=7240.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=66.667;MQRankSum=1.031;NS=1079;RA=5295;RL=0;RPP=113.76;RR=51;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.934;SAB=0.54902;SAF=28;SAP=4.0747;SAR=23;SRB=0.54674;SRF=2895;SRP=103.49;SRR=2400;VQSLOD=3.0419;s [...]
-20 46517110 . C CT 868.55 PASS AC=15;AF=0.0218;AN=688;BaseQRankSum=8.522;DP=1752;FS=6.570;HRun=0;HaplotypeScore=14.9548;InbreedingCoeff=0.0452;MQ=77.73;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=3.874;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-396.78;VQSLOD=6.7740;set=VQSR
-20 46629361 . TTTCTTTC T,TTTTC 13000.91 PASS AC=188,107;AF=0.2212,0.1259;AN=850;BaseQRankSum=7.214;DP=1846;FS=14.502;HaplotypeScore=40.8481;InbreedingCoeff=0.3210;MQ=50.74;MQ0=79;MQ0Fraction=0.0428;MQRankSum=-6.348;QD=13.59;ReadPosRankSum=3.943;SB=-3581.20;VQSLOD=5.9412;set=VQSR
-20 46951099 . G GT 1662.30 PASS AA=55;AB=0.7713;ABA=51;ABP=145.58;ABR=172;AC=47;AF=0.03923;AN=1198;BL=3288;BR=2434;BVAR;BaseQRankSum=-4.014;DP=27423;DP4=1483,1590,58,42;Dels=0.01;EL=21;EPP=9.6826;ER=34;FR;FS=9.565;HETAR=48;HOMA=0;HOMR=913;HP=16;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0952;LEN=1;LRB=0.14925;LRBP=279.78;MQ=70.36;MQ0Fraction=0.0124;MQM=52.545;MQRankSum=0.717;NF;NR;NS=961;PP;PV4=0.067,1,1,0.17;RA=3035;RL=38;RPP=20.422;RR=17;RUN=1;ReadPosRankSum=-3.014;SAB=0.4 [...]
-20 47201076 rs58052846 C CT 982.16 PASS AC=50;AF=0.0551;AN=908;BaseQRankSum=12.598;DB;DP=2449;FS=35.648;HRun=0;HaplotypeScore=29.4602;InbreedingCoeff=-0.0542;MQ=63.54;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=2.196;QD=3.16;ReadPosRankSum=-13.833;SB=-488.19;VQSLOD=6.0429;set=VQSR
-20 47965974 rs60011158 G GA 999 PASS AA=21;AB=0.57143;ABA=21;ABP=5.1818;ABR=28;AC=7;AF=0.0101;AF1=0.02061;AN=690;BL=1043;BR=577;BVAR;BaseQRankSum=-3.087;CI95=0.01549,0.02655;DB;DP=14578;DP4=1554,3055,6,17;Dels=0.00;EL=11;EPP=3.1137;ER=10;FQ=999;FR;FS=5.982;HETAR=7;HOMA=0;HOMR=1041;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=1;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0356;LEN=1;LRB=0.28765;LRBP=294.09;MQ=80.17;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=64.19;MQRankSum=2.137;NF;NR;NS=1048;PP;PV4=0.51,1,1,1;RA=5224;RL=16;RPP=15.522; [...]
-20 48402974 rs57331436 GA G 27741 PASS AA=401;AB=0.5372;ABA=311;ABP=11.089;ABR=361;AC=84;AF=0.1186;AN=708;BL=16591;BR=14776;BVAR;BaseQRankSum=14.621;DB;DEL;DP=30607;DP4=1928,2310,195,225;Dels=0.11;EL=189;EPP=5.8749;ER=212;FQ=999;FR;FS=15.568;HETAR=110;HOMA=30;HOMR=923;HP=4;HPLen=3;HR=1;HRun=3;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1263;KGPilot123;LEN=1;LRB=0.057863;LRBP=231.06;MQ=106.68;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=63.005;MQRankSum=-2.010;NF;NR;NS=1063;PP;PV4=0.72,1,0.001,1;RA=5258;RL=223;RPP=13.9 [...]
-20 48519434 rs56747320 TA T,TAA 26754 PASS AC=91,355;AF=0.07738,0.30187;AN=1176;BVAR;BaseQRankSum=-5.499;DB;DEL;DP=24872;DP4=726,883,443,502;Dels=0.04;FR;FS=1.430;HP=12;HR=12;HRun=12;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2576;LEN=1;MQ=71.86;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQRankSum=-0.526;NF;NR;PP;PV4=0.41,1,0.00077,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.130;SC=CGTCTTAAACTAAAAAAAAAA;TC;TR=12;TU=A;VQSLOD=7.3200;set=Intersection;sumGLbyD=10.43
-20 49086519 rs111404890 CA C,CAA 1379.10 PASS AA=43;AB=0.672;ABA=41;ABP=35.131;ABR=84;AC=7,14;AF=0.0100,0.0201;AN=698;BL=1097;BR=2286;BVAR;BaseQRankSum=-2.656;DB;DP=9319;Dels=0.00;EL=22;EPP=3.0608;ER=21;FR;FS=1.147;HETAR=20;HOMA=0;HOMR=1029;HP=11;HPLen=8;HR=8;HRun=8;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0760;LEN=1;LRB=0.35146;LRBP=910.45;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=47.674;MQRankSum=2.682;NF;NR;NS=1049;PP;RA=5237;RL=10;RPP=29.724;RR=33;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.367;SAB=0.48837;SAF=21;SAP=3.0608;SAR=2 [...]
-20 49101936 . C CT 404.46 PASS AC=40;AF=0.03559;AN=1124;BaseQRankSum=0.750;DP=2162;FS=14.291;HRun=2;HaplotypeScore=30.9513;InbreedingCoeff=-0.0082;MQ=49.78;MQ0=113;MQ0Fraction=0.0523;MQRankSum=-1.289;QD=1.94;ReadPosRankSum=-2.041;SB=-385.48;VQSLOD=4.6365;set=VQSR
-20 49681276 . TC T 40042 PASS AA=72;AB=0.93908;ABA=70;ABP=1927.1;ABR=1079;AC=18;AF=0.0196;AN=918;BL=514;BR=4340;BVAR;BaseQRankSum=0.869;DEL;DP=10368;Dels=0.00;EL=33;EPP=4.096;ER=39;FS=17.302;HETAR=389;HOMA=269;HOMR=405;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0626;LEN=1;LRB=0.78822;LRBP=6551.6;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=123.06;MQRankSum=-1.047;NS=1064;RA=3095;RL=3;RPP=134.38;RR=69;RUN=1;ReadPosRankSum=-10.928;SAB=0.58333;SAF=42;SAP=7.3532;SAR=30;SRB=0.57738;SRF=1787;SRP=163.99;SRR=1308;VQSLOD=2.8517;s [...]
-20 49690436 . GT G 473.74 PASS AF=0.0263;AF1=0.02287;BaseQRankSum=3.830;CI95=0.01327,0.03319;DP=7473;DP4=2241,1740,14,12;Dels=0.01;FQ=129;FR;FS=0.000;HP=4;HPLen=4;HR=4;HRun=4;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1310;MQ=51.71;MQ0Fraction=0.0407;MQRankSum=1.792;NF;NR;PP;PV4=0.84,5.7e-10,0.22,1;ReadPosRankSum=0.973;SC=GTAGGACGGGGTTTTACCATG;TC;TR=4;TU=T;VQSLOD=7.4809;set=Intersection;sumGLbyD=10.96
-20 49731218 . ATTTTATTTTTTATT A,ATTTTATT 8398.93 PASS AF=0.0656,0.0156;AF1=0.0996;BaseQRankSum=13.996;CI95=0.07743,0.1239;DP=6308;DP4=951,1311,23,35;Dels=0.05;FQ=999;FR;FS=12.503;HP=7;HPLen=4;HR=4;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1892;MQ=57.61;MQ0Fraction=0.0145;MQRankSum=-5.208;NF;NR;PP;PV4=0.79,1,6.3e-06,0.16;ReadPosRankSum=-2.239;SC=TATTTTATTTATTTTATTTTT;TC;TR=11;TU=ATTT;VQSLOD=4.3191;set=Intersection;sumGLbyD=42.27
-20 49894989 . TA T 172.25 PASS AF=0.0140;BaseQRankSum=7.220;DP=3882;Dels=0.00;FS=17.217;HPLen=2;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0531;MQ0Fraction=0.0214;MQRankSum=-0.661;ReadPosRankSum=-0.592;VQSLOD=3.0905;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=6.60
-20 50010923 rs66516522 C CT,CTGG 35851 PASS ABR=555;AC=310,11;AF=0.26451,0.00939;BVAR;BaseQRankSum=10.662;DB;DP=8188;FR;FS=34.411;HOMA=261;HOMR=399;HP=5;HR=6;HU=C;HaplotypeScore=45.1715;INS;InbreedingCoeff=0.2090;MQ=72.80;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=9.015;NF;NR;NS=831;PP;QD=9.69;RA=1986;RUN=1;ReadPosRankSum=-24.284;SB=-6038.55;SC=TGTCTGTCCCCCCTCAGCACT;SRB=0.45972;SRF=913;SRP=31.001;SRR=1073;TC;TR=6;TU=C;VQSLOD=6.1824;set=Intersection
-20 50059710 . C CCA 4175.86 PASS AA=28;AB=0.62963;ABA=20;ABP=10.892;ABR=34;AC=36;AF=0.0738;AN=488;BL=1050;BR=1273;BVAR;BaseQRankSum=3.198;DP=9138;Dels=0.00;EL=10;EPP=7.9737;ER=18;FR;FS=19.190;HETAR=10;HOMA=2;HOMR=1053;HP=6;HPLen=7;HR=7;HRun=0;HU=C;INS;InbreedingCoeff=0.1390;LEN=2;LRB=0.095997;LRBP=49.496;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.464;MQRankSum=-1.875;NF;NR;NS=1065;PP;RA=5745;RL=12;RPP=4.2511;RR=16;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.894;SAB=0.5;SAF=14;SAP=3.0103;SAR=14;SC=GGAGACCCCCCCTTCATCCTA [...]
-20 50228709 rs71192536 TG T 20517 PASS AA=924;AB=0.50203;ABA=735;ABP=3.0633;ABR=741;AC=200;AF=0.16502;AN=1212;BL=35460;BR=34197;BVAR;BaseQRankSum=13.810;DB;DEL;DP=32402;DP4=1760,2065,395,449;Dels=0.16;EL=439;EPP=7.9831;ER=485;FQ=999;FR;FS=0.558;HETAR=242;HOMA=63;HOMR=764;HP=5;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.1050;LEN=1;LRB=0.018132;LRBP=52.738;MQ=105.83;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.87;MQRankSum=3.895;NF;NR;NS=1069;PP;PV4=0.7,1.5e-173,1,1;RA=4708;RL=486;RPP=8.4249;RR=43 [...]
-20 50236115 . AGG A,ACGGG,AG,AGGG 7429.57 PASS AC=192,13,221,183;AF=0.2115,0.0143,0.2434,0.2015;AN=908;BaseQRankSum=1.045;DP=1177;FS=13.479;HaplotypeScore=11.8294;InbreedingCoeff=0.7959;MQ=52.98;MQ0=6;MQ0Fraction=0.0051;MQRankSum=-1.482;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.380;SB=-1229.31;VQSLOD=8.3762;set=VQSR
-20 51589568 . TAAAC AAAAC,T 12477.52 PASS AF=0.27949;BaseQRankSum=-28.122;DP=3777;Dels=0.00;FR;FS=31.799;HP=7;HPLen=4;HR=3;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=-0.1429;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.196;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-16.483;SC=AAATTCAAAATAAACAAACAA;TC;TR=18;TU=AAAC;VQSLOD=3.9201;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=52.43
-20 51617742 . TGC T,TGCGC 1374.91 PASS AF=0.06000,0.02000;BaseQRankSum=12.051;DP=6231;Dels=0.00;FS=189.609;HPLen=1;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0862;MQ0Fraction=0.0180;MQRankSum=-2.959;ReadPosRankSum=-5.090;VQSLOD=-2.8715;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=3.97
-20 51770354 . AG A 1010.90 PASS AA=26;AB=0.52727;ABA=26;ABP=3.3656;ABR=29;AC=7;AF=0.0097;AF1=0.01637;AN=718;BL=1034;BR=964;BVAR;BaseQRankSum=5.588;CI95=0.01327,0.02212;DEL;DP=16259;DP4=2785,2239,15,10;Dels=0.01;EL=11;EPP=4.3466;ER=15;FQ=999;FR;FS=3.367;HETAR=8;HOMA=0;HOMR=1064;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.0557;LEN=1;LRB=0.035035;LRBP=8.3357;MQ=90.48;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=61.346;MQRankSum=-0.019;NF;NR;NS=1072;PP;PV4=0.69,2.1e-08,0.078,1;RA=6173;RL=13;RPP=3. [...]
-20 51848430 . AT A,ATT 999 PASS AA=39;AB=0.83408;ABA=37;ABP=219.19;ABR=186;AC=14,33;AF=0.0153,0.0359;AF1=0.03062;AN=918;BL=1676;BR=1732;BVAR;BaseQRankSum=3.338;CI95=0.02212,0.03982;DP=14886;DP4=1970,1762,22,31;Dels=0.01;EL=18;EPP=3.5114;ER=21;FQ=999;FR;FS=3.004;HETAR=31;HOMA=0;HOMR=1040;HP=10;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1629;LEN=1;LRB=0.016432;LRBP=5.0085;MQ=80.05;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.667;MQRankSum=0.325;NF;NR;NS=1071;PP;PV4=0.13,1,0.0095,0.064;RA=5318 [...]
-20 51897203 . T TG 8427.20 PASS AA=237;AB=0.69846;ABA=215;ABP=246.92;ABR=498;AC=117;AF=0.1662;AN=704;BL=14961;BR=5990;BVAR;BaseQRankSum=22.203;DP=9710;Dels=0.00;EL=83;EPP=49.198;ER=154;FR;FS=9.450;HETAR=123;HOMA=9;HOMR=895;HP=5;HPLen=6;HR=6;HRun=0;HU=T;INS;InbreedingCoeff=-0.0513;LEN=1;LRB=0.42819;LRBP=8344.3;MQ0Fraction=0.0291;MQM=45.861;MQRankSum=-10.426;NF;NR;NS=1027;PP;RA=4919;RL=210;RPP=309.85;RR=27;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.843;SAB=0.29536;SAF=70;SAP=89.219;SAR=167;SC=TTTGTTTGTTTTTTG [...]
-20 52274070 . AAG A 1400.37 PASS AA=30;AB=0.74227;ABA=25;ABP=52.462;ABR=72;AC=21;AF=0.01756;AN=1196;BL=412;BR=1966;BVAR;BaseQRankSum=6.660;DEL;DP=9362;Dels=0.01;EL=16;EPP=3.2998;ER=14;FS=1.485;HETAR=18;HOMA=2;HOMR=1004;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0317;LEN=2;LRB=0.65349;LRBP=2208.2;MQ0Fraction=0.0022;MQM=46.133;MQRankSum=-4.743;NS=1024;RA=3931;RL=2;RPP=51.941;RR=28;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.152;SAB=0.4;SAF=12;SAP=5.6161;SAR=18;SRB=0.49784;SRF=1957;SRP=3.1699;SRR=1974;VQSLOD=5.6452;set=Intersec [...]
-20 52351501 . TAC T 199.59 PASS AC=22;AF=0.0238;AN=926;BaseQRankSum=7.874;DP=22911;DP4=2146,1691,26,22;FR;FS=2.898;HP=4;HPLen=3;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.6111;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0326;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQRankSum=1.011;NF;NR;PP;PV4=0.88,0.14,0.16,0.24;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-306.09;SC=GACACACAAATACACACACAC;TC;TR=13;TU=AC;VQSLOD=4.0486;set=filterInVQSR-2of5
-20 52447173 . CA C 503.89 PASS AC=23;AF=0.01891;AN=1216;BaseQRankSum=0.801;DP=3266;FS=2.606;HRun=2;HaplotypeScore=22.1543;InbreedingCoeff=-0.0097;MQ=118.02;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.309;QD=2.65;ReadPosRankSum=-7.872;SB=-279.27;VQSLOD=4.1900;set=VQSR
-20 52498650 . GT G 24069 PASS AA=74;AB=0.90594;ABA=57;ABP=870.4;ABR=549;AC=28;AF=0.02333;AN=1200;BL=505;BR=4514;BVAR;BaseQRankSum=-3.837;DEL;DP=9798;Dels=0.01;EL=41;EPP=4.8883;ER=33;FS=4.085;HETAR=209;HOMA=663;HOMR=121;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0334;LEN=1;LRB=0.79876;LRBP=6956.6;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQM=57.784;MQRankSum=-2.951;NS=995;RA=957;RL=8;RPP=101.72;RR=66;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.806;SAB=0.39189;SAF=29;SAP=10.522;SAR=45;SRB=0.39916;SRF=382;SRP=87.53;SRR=575;VQSLOD=3.8710;set=fi [...]
-20 52823602 rs11469056 CAAA C,CA,CAA,CAAAA,CAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA 14515.17 PASS AC=24,83,246,109,83,19,10,16,22,59;AF=0.02128,0.07358,0.21809,0.09663,0.07358,0.01684,0.00887,0.01418,0.01950,0.05230;AN=1128;BVAR;BaseQRankSum=4.150;DB;DEL;DP=28279;FR;FS=2.021;HP=17;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=27.8032;INS;InbreedingCoeff=0.7740;MQ=69.00;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.418;NF;NR;PP;QD=7.90;RUN=1;ReadPosRankSum=-3.864;SB=-3244.40;SC=GGTCCTAAGGCAAAAAAAAAA;T [...]
-20 53308906 . CT C,CTT 2276 PASS AA=92;AB=0.84453;ABA=81;ABP=540.17;ABR=440;AC=53,81;AF=0.04351,0.06650;AN=1218;BL=3561;BR=4796;BVAR;BaseQRankSum=3.000;DP=11804;Dels=0.02;EL=48;EPP=3.3879;ER=44;FR;FS=13.197;HETAR=69;HOMA=3;HOMR=993;HP=11;HR=10;HRun=10;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2297;LEN=1;LRB=0.14778;LRBP=399.32;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=56.348;MQRankSum=3.154;NF;NR;NS=1065;PP;RA=5520;RL=39;RPP=7.6365;RR=53;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.140;SAB=0.57609;SAF=53;SAP=7.6365;SAR=39;SC=AATCCAAAGT [...]
-20 53334602 . T TG,TGG 905.13 PASS ABR=325;AC=44,22;AF=0.03624,0.01812;BVAR;BaseQRankSum=-4.608;DP=15015;FR;FS=494.901;HOMA=0;HOMR=1004;HP=1;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=20.5023;INS;InbreedingCoeff=0.0799;MQ=116.70;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=8.022;NF;NR;NS=1064;PP;QD=0.35;RA=5690;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.522;SB=-311.57;SC=AGCCATTGGCTGTTTCACTGA;SRB=0.40738;SRF=2318;SRP=426.97;SRR=3372;TC;TR=1;TU=G;VQSLOD=-2.3042;set=filterInVQSR-2of5
-20 53729115 . T TG 15.48 PASS AC=1;AF=0.0015;AN=668;BaseQRankSum=-1.001;DP=1711;FS=9.048;HRun=2;HaplotypeScore=12.4681;InbreedingCoeff=-0.0320;MQ=131.36;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.193;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.407;SB=-5.35;VQSLOD=4.8071;set=VQSR
-20 53960980 . GC G 588.40 PASS AA=32;AB=0.78632;ABA=25;ABP=86.324;ABR=92;AF=0.0275;AF1=0.01689;AN=690;BL=1047;BR=1108;BVAR;BaseQRankSum=3.049;CI95=0.006637,0.02876;DEL;DP=11389;DP4=1514,1481,16,12;Dels=0.02;EL=27;EPP=35.854;ER=5;FQ=17.6;FS=0.652;HETAR=27;HOMA=3;HOMR=1006;HRun=1;INDEL;InbreedingCoeff=0.0473;LEN=1;LRB=0.028306;LRBP=6.7597;MQ=106.54;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=115.53;MQRankSum=1.395;NS=1036;PV4=0.57,0.0057,0.46,0.22;RA=4207;RL=14;RPP=4.096;RR=18;RUN=1;ReadPosRankSum=-5.581 [...]
-20 54033830 . GTATTTTAAAATCA G 2220.86 PASS AF=0.0113;BaseQRankSum=5.506;DP=2577;Dels=0.01;FR;FS=6.533;HP=5;HPLen=4;HR=1;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=0.0032;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.969;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=1.322;SC=TCAATATTTTGTATTTTAAAA;TC;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5145;set=Intersection;sumGLbyD=95.65
-20 54375236 . GT G 626.13 PASS AA=40;AB=0.63551;ABA=39;ABP=20.078;ABR=68;AC=18;AF=0.0256;AN=702;BL=1331;BR=1743;BVAR;BaseQRankSum=9.346;DEL;DP=8568;Dels=0.02;EL=26;EPP=10.828;ER=14;FS=0.610;HETAR=21;HOMA=1;HOMR=1035;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0056;LEN=1;LRB=0.13403;LRBP=122.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.125;MQRankSum=-2.537;NS=1058;RA=4870;RL=17;RPP=4.9646;RR=23;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.229;SAB=0.525;SAF=21;SAP=3.2274;SAR=19;SRB=0.5271;SRF=2567;SRP=34.087;SRR=2303;VQSLOD=7.9228;set=In [...]
-20 54457331 . G GA 1793.40 PASS AA=77;AB=0.66667;ABA=74;ABP=56.573;ABR=148;AC=33;AF=0.02687;AN=1228;BL=3834;BR=1154;BVAR;BaseQRankSum=10.572;DP=10230;Dels=0.00;EL=77;EPP=170.21;ER=0;FS=139.433;HETAR=44;HOMA=1;HOMR=1001;HRun=1;INS;InbreedingCoeff=0.0023;LEN=1;LRB=0.53729;LRBP=3129.8;MQ0Fraction=0.0095;MQM=4.7013;MQRankSum=-8.116;NS=1046;RA=4009;RL=77;RPP=170.21;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.026;SAB=1;SAF=77;SAP=170.21;SAR=0;SRB=0.57022;SRF=2286;SRP=174.7;SRR=1723;VQSLOD=1.1887;set=filterIn [...]
-20 54469810 . CA C 1697.62 PASS AA=93;AB=0.63855;ABA=90;ABP=44.53;ABR=159;AC=34;AF=0.0374;AF1=0.01719;AN=908;BL=3242;BR=5839;BVAR;BaseQRankSum=10.425;CI95=0.009317,0.02795;DEL;DP=15197;DP4=2134,1896,56,46;Dels=0.03;EL=34;EPP=17.604;ER=59;FQ=16;FR;FS=9.985;HETAR=41;HOMA=1;HOMR=1011;HP=9;HPLen=8;HR=8;HRun=8;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0472;LEN=1;LRB=0.28598;LRBP=1615.8;MQ=83.37;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=64.075;MQRankSum=3.036;NF;NR;NS=1053;PP;PV4=0.76,1,0.31,0.22;RA=5150;RL=28;RPP=34. [...]
-20 54542453 . GTATA G,GTA 5109.66 PASS ABR=112;AC=66,56;AF=0.0682,0.0579;AN=968;BVAR;BaseQRankSum=17.089;DB;DEL;DP=5519;DS;Dels=0.06;FS=99.502;HOMA=15;HOMR=409;HRun=0;InbreedingCoeff=0.1584;MQ0Fraction=0.0178;MQRankSum=-6.854;NS=460;RA=864;RUN=1;ReadPosRankSum=0.855;SRB=0.79282;SRF=685;SRP=646.5;SRR=179;VQSLOD=0.6375;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=8.53
-20 54629773 . CA C 1799.50 PASS AA=49;AB=0.82707;ABA=46;ABP=250.17;ABR=220;AC=9;AF=0.00746;AN=1206;BL=173;BR=2277;BVAR;BaseQRankSum=5.240;DEL;DP=8557;Dels=0.01;EL=49;EPP=109.41;ER=0;FS=32.359;HETAR=35;HOMA=1;HOMR=325;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0892;LEN=1;LRB=0.85878;LRBP=3926.6;MQ0Fraction=0.0602;MQM=32.163;MQRankSum=-3.926;NS=361;RA=1091;RL=0;RPP=109.41;RR=49;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.512;SAB=0;SAF=0;SAP=109.41;SAR=49;SRB=0.49404;SRF=539;SRP=3.3467;SRR=552;VQSLOD=1.1233;set=filterInVQSR-2of [...]
-20 54710245 . TA T 999 PASS AF=0.0084;AF1=0.0148;BaseQRankSum=3.954;CI95=0.00885,0.02212;DP=8043;DP4=2000,1849,10,7;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=0.000;HP=9;HPLen=6;HR=3;HRun=6;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1181;MQ=78.51;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.095;NF;NR;PP;PV4=0.63,0.00056,1,1;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CAACAAAAAATAAATAAATAA;TC;TR=15;TU=AAAT;VQSLOD=7.8129;set=Intersection;sumGLbyD=19.02
-20 54968173 . A AAT,AATAT,AT,ATAT 89535.82 PASS ABR=994;AC=561,278,2,3;AF=0.50179,0.24866,0.00179,0.00268;AN=1118;BVAR;BaseQRankSum=-2.699;DB;DP=27837;DP4=168,177,1045,866;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=12.472;HOMA=71;HOMR=455;HP=3;HPLen=4;HR=4;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6391;KGPilot123;MQ=80.36;MQ0Fraction=0.0055;MQRankSum=-1.512;NF;NR;NS=913;PP;PV4=0.046,1,1,1;RA=2015;RUN=1;ReadPosRankSum=1.015;SC=GGCCACTTAAAATATATATAT;SRB=0.44864;SRF=904;SRP=49.187;SRR=1111;TC;TR=15;TU=AT;VQSLOD= [...]
-20 55176688 . TA T 421.84 PASS AF=0.01322;AF1=0.01845;BaseQRankSum=5.383;CI95=0.01282,0.02564;DP=10531;DP4=1975,2017,16,14;Dels=0.01;FQ=91.2;FR;FS=7.401;HP=6;HPLen=5;HR=5;HRun=5;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0829;MQ=75.80;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=-0.471;NF;NR;PP;PV4=0.72,1,1,1;ReadPosRankSum=0.223;SC=CTGCAAAATATAAAAATTAGG;TC;TR=5;TU=A;VQSLOD=6.6000;set=Intersection;sumGLbyD=12.15
-20 55664086 . GTT ATT,G,GT,GTTT 5622.44 PASS AC=6,71,136;AF=0.00498,0.05887,0.11277;AN=1206;BVAR;BaseQRankSum=3.173;DB;DEL;DP=40384;DP4=1567,1317,54,29;Dels=0.05;FR;FS=1.949;HP=14;HR=11;HRun=11;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.3490;MQ=77.90;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.052;NF;NR;PP;PV4=0.057,1,0.2,1.2e-05;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.646;SC=AATTTTATTTGTTTTTTTTTT;TC;TR=11;TU=T;VQSLOD=11.7964;set=Intersection;sumGLbyD=8.09
-20 56045006 . TG T 342.15 PASS AC=72;AF=0.0940;AN=766;BaseQRankSum=4.992;DP=1238;FS=1.460;HRun=7;HaplotypeScore=20.2784;InbreedingCoeff=0.1795;MQ=66.42;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0008;MQRankSum=-0.937;QD=1.84;ReadPosRankSum=-4.385;SB=-320.83;VQSLOD=5.2383;set=VQSR
-20 56158711 . AG A 922.47 PASS AA=18;AB=0.575;ABA=17;ABP=4.9646;ABR=23;AC=2;AF=0.0028;AN=714;BL=953;BR=808;BVAR;BaseQRankSum=3.129;DEL;DP=10462;Dels=0.01;EL=9;EPP=3.0103;ER=9;FR;FS=8.724;HETAR=4;HOMA=0;HOMR=1058;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=1;HU=A;InbreedingCoeff=0.0262;LEN=1;LRB=0.08234;LRBP=28.936;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=55.889;MQRankSum=2.052;NF;NR;NS=1062;PP;RA=6300;RL=9;RPP=3.0103;RR=9;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.317;SAB=0.66667;SAF=12;SAP=7.3532;SAR=6;SC=TGGCCTAGCAAGCATCGTGAC;SRB=0.4814 [...]
-20 56258618 rs113670927 T C,TGC,TGTGC,TGTGTGC 37834.99 PASS ABR=441;AC=11,100,43;AF=0.0123,0.1119,0.0481;AN=894;BVAR;BaseQRankSum=19.514;DB;DP=23173;DP4=541,920,413,579;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=1.238;HOMA=28;HOMR=808;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2154;MQ=57.25;MQ0Fraction=0.0275;MQRankSum=-6.684;NF;NR;NS=976;PP;PV4=0.023,1,1,1;RA=3294;RUN=1;ReadPosRankSum=11.873;SC=TGCGTGTGTGTGTGTGTGTGT;SRB=0.42441;SRF=1398;SRP=166.5;SRR=1896;TC;TR=30;TU=GT;VQSLOD=6.7457;dbSNP=1 [...]
-20 56395857 . T TAGGCAG 6614.22 PASS AA=30;AB=0.63415;ABA=30;ABP=15.827;ABR=52;AC=14;AF=0.0197;AF1=0.03154;AN=710;BL=991;BR=1813;BVAR;BaseQRankSum=-4.589;CI95=0.02434,0.04204;DP=13879;DP4=1543,1833,12,14;Dels=0.00;EL=14;EPP=3.2998;ER=16;FQ=999;FR;FS=1.482;HETAR=11;HOMA=0;HOMR=1051;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0774;LEN=6;LRB=0.29315;LRBP=526.27;MQ=90.42;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=39.433;MQRankSum=-7.011;NF;NR;NS=1062;PP;PV4=1,1,3.7e-09,1;RA=5322;RL=9;RPP=13. [...]
-20 56969289 . GTTTGT G 600.69 PASS AF=0.0056;AF1=0.007726;BaseQRankSum=2.907;CI95=0.004425,0.01327;DP=9643;DP4=1892,1749,6,3;Dels=0.00;FQ=117;FR;FS=16.601;HP=5;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0236;MQ=92.59;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.134;NF;NR;PP;PV4=0.51,1,0.07,0.3;ReadPosRankSum=0.236;SC=TAAGGACGTTGTTTGTTTTGT;TC;TR=10;TU=GTTT;VQSLOD=5.8458;set=Intersection;sumGLbyD=39.51
-20 57187557 . AG A,AGG 1486.69 PASS AA=130;AB=0.55446;ABA=90;ABP=8.2132;ABR=112;AC=56,26;AF=0.0574,0.0266;AN=976;BL=3817;BR=5968;BVAR;BaseQRankSum=5.517;DEL;DP=14174;DP4=925,721,59,48;Dels=0.05;EL=52;EPP=14.302;ER=78;FR;FS=0.917;HETAR=44;HOMA=17;HOMR=864;HP=4;HPLen=4;HR=4;HRun=4;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.2856;LEN=1;LRB=0.21983;LRBP=1029.8;MQ=91.56;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=63.631;MQRankSum=1.900;NF;NR;NS=925;PP;PV4=0.84,1,1,0.39;RA=2746;RL=44;RPP=32.476;RR=86;RUN=1;ReadPosRankSum=- [...]
-20 57282771 . T TG 506.43 PASS AA=34;AB=0.70312;ABA=19;ABP=25.946;ABR=45;AC=34;AF=0.0373;AN=912;BL=886;BR=1938;BVAR;BaseQRankSum=3.744;DP=4276;Dels=0.00;EL=18;EPP=3.2658;ER=16;FR;FS=0.639;HETAR=17;HOMA=9;HOMR=737;HP=9;HR=8;HRun=8;HU=G;INS;InbreedingCoeff=0.2149;LEN=1;LRB=0.37252;LRBP=853.99;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=49.706;MQRankSum=-0.051;NF;NR;NS=763;PP;RA=1822;RL=9;RPP=19.36;RR=25;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.111;SAB=0.55882;SAF=19;SAP=4.0322;SAR=15;SC=TCGGGGGGCGTGGGGGGGGTG;SRB=0.51098; [...]
-20 57419740 rs11481507 A AT 82613.57 PASS AA=3850;AB=0.41404;ABA=1786;ABP=198.63;ABR=1262;AC=919;AF=0.75328;AN=1220;BL=140665;BR=151383;BVAR;BaseQRankSum=-27.490;DB;DP=31794;DP4=588,585,1571,1721;Dels=0.00;EL=1924;EPP=3.0126;ER=1926;FQ=999;FR;FS=2.191;HETAR=482;HOMA=454;HOMR=135;HP=3;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0861;LEN=1;LRB=0.036699;LRBP=857.15;MQ=123.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=91.654;MQRankSum=3.016;NF;NR;NS=1071;PP;PV4=0.16,1,0.12,1;RA=1850;RL=1874;RPP=8 [...]
-20 57529209 . TA AA,T 1285.20 PASS AA=52;AB=0.89572;ABA=39;ABP=511.72;ABR=335;AC=0;AF=0.0000;AN=694;BL=1317;BR=3667;BVAR;BaseQRankSum=1.788;DEL;DP=8008;Dels=0.00;EL=30;EPP=5.6829;ER=22;FR;HETAR=151;HOMA=83;HOMR=752;HP=7;HR=7;HU=A;InbreedingCoeff=0.1368;LEN=1;LRB=0.47151;LRBP=2409.1;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=58.288;MQRankSum=-0.490;NF;NR;NS=987;PP;QD=2.29;RA=2909;RL=4;RPP=83.856;RR=48;RUN=1;ReadPosRankSum=0.513;SAB=0.46154;SAF=24;SAP=3.6784;SAR=28;SB=-361.38;SC=CATAATTTTTTAAAAAAATAG;SR [...]
-20 57558194 . CT C,CTT,CTTT 6470.30 PASS ABR=451;AC=104,161,177;AF=0.08919,0.13808,0.15180;BVAR;BaseQRankSum=1.172;DP=7985;FR;FS=2.202;HOMA=19;HOMR=778;HP=22;HR=15;HU=T;HaplotypeScore=16.1921;INS;InbreedingCoeff=0.6440;MQ=69.24;MQ0=27;MQ0Fraction=0.0109;MQRankSum=-0.003;NF;NR;NS=943;PP;QD=2.22;RA=2531;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2096.85;SC=GCCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SRB=0.34848;SRF=882;SRP=507.73;SRR=1649;TC;TR=15;TU=T;VQSLOD=6.5151;set=Intersection
-20 57693627 . AG A 1991.90 PASS AA=52;AB=0.49462;ABA=47;ABP=3.0336;ABR=46;AC=15;AF=0.01227;AN=1222;BL=1902;BR=1478;BVAR;BaseQRankSum=-6.121;DEL;DP=26459;DP4=2647,2873,16,20;Dels=0.01;EL=25;EPP=3.1773;ER=27;FR;FS=3.135;HETAR=15;HOMA=1;HOMR=1064;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=2;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0866;LEN=1;LRB=0.12544;LRBP=118.51;MQ=116.26;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=114.65;MQRankSum=1.942;NF;NR;NS=1080;PP;PV4=0.74,6.9e-08,1,0.38;RA=6781;RL=33;RPP=11.195;RR=19;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.7 [...]
-20 57716287 . A AT 66.47 PASS AC=6;AF=0.00506;AN=1186;BaseQRankSum=1.369;DP=2744;FS=3.834;HRun=8;HaplotypeScore=11.2046;InbreedingCoeff=0.1196;MQ=73.00;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-0.086;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.588;SB=-53.80;VQSLOD=4.2080;set=VQSR
-20 58121928 rs73625057 T TGG 6649.17 PASS AA=132;AB=0.57854;ABA=110;ABP=16.996;ABR=151;AC=57;AF=0.0617;AN=924;BL=4530;BR=4790;BVAR;BaseQRankSum=-13.456;DB;DP=30353;DP4=2107,2168,61,66;Dels=0.00;EL=67;EPP=3.0761;ER=65;FR;FS=0.708;HETAR=46;HOMA=8;HOMR=1023;HP=3;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1241;LEN=2;LRB=0.027897;LRBP=18.76;MQ=109.61;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=79.833;MQRankSum=-0.699;NF;NR;NS=1077;PP;PV4=0.79,1,0.49,0.036;RA=5754;RL=61;RPP=4.6554;RR=71;RUN=1;ReadP [...]
-20 58287008 . T TC 23.57 PASS AC=1;AF=0.0015;AN=678;BaseQRankSum=1.500;DP=1783;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=13.0585;InbreedingCoeff=0.0243;MQ=98.37;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.259;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.115;SB=-40.33;VQSLOD=4.9523;set=VQSR
-20 58418087 . TAC T 1908.26 PASS AA=64;AB=0.58667;ABA=62;ABP=12.796;ABR=88;AC=24;AF=0.0337;AN=712;BL=2841;BR=2706;BVAR;BaseQRankSum=12.276;DEL;DP=21427;DP4=2243,2398,22,31;Dels=0.03;EL=29;EPP=4.2318;ER=35;FQ=999;FR;FS=0.961;HETAR=21;HOMA=1;HOMR=1050;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0008;LEN=2;LRB=0.024337;LRBP=10.145;MQ=93.02;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=51.109;MQRankSum=-3.746;NF;NR;NS=1072;PP;PV4=0.34,1.8e-11,2.3e-08,1;RA=6247;RL=37;RPP=6.4032;RR=27;RUN=1;ReadPosRa [...]
-20 58468826 . ACAAG A 999 PASS AF=0.0014;AF1=0.003429;BaseQRankSum=4.082;CI95=0.003106,0.006211;DP=8461;DP4=2500,1817,8,2;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=5.034;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0183;MQ=120.69;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.141;NF;NR;PP;PV4=0.21,1,0.054,1;ReadPosRankSum=2.096;SC=ATCCTGAAACACAAGAAGAAA;TC;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.4928;set=Intersection;sumGLbyD=29.17
-20 58731262 . TC T 999 PASS AA=21;AB=0.48649;ABA=19;ABP=3.069;ABR=18;AC=7;AF=0.0101;AF1=0.01493;AN=694;BL=939;BR=848;BVAR;BaseQRankSum=4.205;CI95=0.01106,0.02212;DEL;DP=12598;DP4=1766,1428,11,15;Dels=0.01;EL=13;EPP=5.5954;ER=8;FQ=999;FR;FS=1.796;HETAR=8;HOMA=1;HOMR=1031;HP=7;HPLen=8;HR=8;HRun=2;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0030;LEN=1;LRB=0.050923;LRBP=13.073;MQ=124.57;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.905;MQRankSum=1.103;NF;NR;NS=1040;PP;PV4=0.23,1,1,1;RA=4884;RL=10;RPP=3.1137;RR=11;RUN=1 [...]
-20 59181229 rs11476579 CTT C,CT,CTTT,CTTTT 7787.17 PASS AC=19,195,104,91;AF=0.01599,0.16414,0.08754,0.07660;AF1=0.2124;AN=1188;BVAR;BaseQRankSum=6.347;CI95=0.146,0.2743;DB;DEL;DP=26140;DP4=932,880,352,375;Dels=0.13;FQ=85.6;FR;FS=11.914;HP=14;HR=14;HRun=14;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.4183;MQ=86.88;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.469;NF;NR;PP;PV4=0.17,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGTGAGAAAGCTTTTTTTTTT;TC;TR=14;TU=T;VQSLOD=7.4340;dbSNP=120;set=Intersection;sumGLbyD=7.02
-20 59213979 rs112141381 G GC 9068 PASS AA=131;AB=0.47115;ABA=110;ABP=4.5136;ABR=98;AF=0.0586;AN=700;BL=5395;BR=5816;BVAR;BaseQRankSum=15.453;DB;DP=23381;DP4=2191,2184,71,49;Dels=0.00;EL=66;EPP=3.0269;ER=65;FR;FS=7.907;HETAR=35;HOMA=5;HOMR=1019;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0283;LEN=1;LRB=0.037552;LRBP=37.34;MQ=72.13;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=54.496;MQRankSum=0.897;NF;NR;NS=1059;PP;PV4=0.052,1,0.066,1;RA=4976;RL=59;RPP=5.8117;RR=72;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.81 [...]
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-20 60188651 . AG A 17624.52 PASS AA=462;AB=0.76548;ABA=409;ABP=1070.7;ABR=1335;AC=403;AF=0.34444;AN=1170;BL=13877;BR=25909;BVAR;BaseQRankSum=6.180;DEL;DP=9900;Dels=0.08;EL=353;EPP=282.84;ER=109;FR;FS=2699.057;HETAR=346;HOMA=26;HOMR=633;HP=3;HR=4;HRun=1;HU=A;InbreedingCoeff=-0.2900;LEN=1;LRB=0.30242;LRBP=7904.3;MQ0Fraction=0.0004;MQM=56.119;MQRankSum=1.644;NF;NR;NS=1005;PP;RA=3521;RL=112;RPP=269.25;RR=350;RUN=1;ReadPosRankSum=2.490;SAB=0.0064935;SAF=3;SAP=980.34;SAR=459;SC=AGGCTTCAAAAGAAA [...]
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-20 62074219 . C CTAT,CTGT 2328 PASS ABR=99;AC=20,6;AF=0.01754,0.00526;BVAR;BaseQRankSum=11.221;DP=9498;DS;FS=4.510;HOMA=15;HOMR=645;HaplotypeScore=82.8868;INS;InbreedingCoeff=0.0880;LEN=3;MQ=29.88;MQ0=1378;MQ0Fraction=0.2286;MQRankSum=-5.309;NS=689;QD=0.77;RA=1679;RUN=1;ReadPosRankSum=-3.510;SAR=1;SB=-93.21;SRB=0.70697;SRF=1187;SRP=627.71;SRR=492;VQSLOD=1.8325;set=filterInVQSR-2of5
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-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche97.00to98.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 2.2618 <= x < 2.8762">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche98.00to99.00+,Description="Truth sensitivity tranche level at VQS Lod < 1.2907">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche98.00to99.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 1.2907 <= x < 2.2618">
-##FORMAT=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
-##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
-##FORMAT=<ID=FT,Number=1,Type=String,Description="Sample Genotype Filter">
-##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Integer,Description="Genotype Likelihood, log-scaled likeilhoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
-##FORMAT=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
-##FORMAT=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
-##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
-##FORMAT=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
-##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
-##INFO=<ID=AB,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
-##INFO=<ID=ABA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the alternate allele">
-##INFO=<ID=ABP,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=ABR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the reference allele">
-##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the site allele frequency of the first ALT allele">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=BL,Number=1,Type=Integer,Description="Base Pairs Left: number of base pairs in reads supporting the alternate to the left (5') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=BR,Number=1,Type=Integer,Description="Base Pairs Right: number of base pairs in reads supporting the alternate to the right (3') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=BVAR,Number=0,Type=Flag,Description="The best genotype combination in the posterior is variant (non homozygous).">
-##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
-##INFO=<ID=CI95,Number=2,Type=Float,Description="Equal-tail Bayesian credible interval of the site allele frequency at the 95% level">
-##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
-##INFO=<ID=DEL,Number=0,Type=Flag,Description="deletion allele">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
-##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
-##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
-##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
-##INFO=<ID=EL,Number=1,Type=Integer,Description="Allele End Left: number of observations of the alternate where the alternate occurs in the left end of the read">
-##INFO=<ID=EPP,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=ER,Number=1,Type=Integer,Description="Allele End Right: number of observations of the alternate where the alternate occurs in the right end of the read">
-##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability that sample chromosomes are not all the same">
-##INFO=<ID=FR,Number=0,Type=Float,Description="Estimated population frequency">
-##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
-##INFO=<ID=HETAR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals heterozygous alternate / reference">
-##INFO=<ID=HOMA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals homozygous for the alternate">
-##INFO=<ID=HOMR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals homozygous for the reference">
-##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolmer run length">
-##INFO=<ID=HPLen,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer length">
-##INFO=<ID=HR,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length">
-##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
-##INFO=<ID=HU,Number=1,Type=String,Description="Homopolymer run unit (stranded)">
-##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
-##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Not provided in original VCF header">
-##INFO=<ID=INS,Number=0,Type=Flag,Description="insertion allele">
-##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
-##INFO=<ID=IndelType,Number=1,Type=String,Description="Indel type description">
-##INFO=<ID=KGPilot123,Number=0,Type=Flag,Description="1000 Genome discovery all pilots 2010(1,2,3)">
-##INFO=<ID=LEN,Number=1,Type=Integer,Description="allele length">
-##INFO=<ID=LRB,Number=1,Type=Float,Description="((max(BR, BL) / (BR + BL)) - 0.5) * 2 : The proportion of base pairs in reads on one side of the alternate allele relative to total bases, scaled from [0.5,1] to [0,1]">
-##INFO=<ID=LRBP,Number=1,Type=Float,Description="Left-Right Balance Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between BL and BR given E(BR/BL) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Flag,Description="MNP allele">
-##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
-##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
-##INFO=<ID=MQ0Fraction,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Mapping Quality Zero Reads">
-##INFO=<ID=MQM,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
-##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
-##INFO=<ID=NF,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
-##INFO=<ID=NR,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
-##INFO=<ID=PP,Number=0,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
-##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias">
-##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
-##INFO=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
-##INFO=<ID=RL,Number=1,Type=Integer,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=RPP,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=RR,Number=1,Type=Integer,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
-##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
-##INFO=<ID=SAB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: SAF / ( SAF + SAR )">
-##INFO=<ID=SAF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SAP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=SAR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
-##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
-##INFO=<ID=SNP,Number=0,Type=Flag,Description="SNP allele">
-##INFO=<ID=SRB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the reference allele: SRF / ( SRF + SRR )">
-##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=TC,Number=0,Type=Integer,Description="Total coverage">
-##INFO=<ID=TR,Number=1,Type=Integer,Description="Tandem repeat run length (bp)">
-##INFO=<ID=TS,Number=0,Type=Flag,Description="transition SNP">
-##INFO=<ID=TU,Number=1,Type=String,Description="tandem repeat run unit (stranded)">
-##INFO=<ID=TV,Number=0,Type=Flag,Description="transversion SNP">
-##INFO=<ID=VLD,Number=0,Type=Flag,Description="Is Validated. This bit is set if the snp has 2+ minor allele count based on frequency or genotype data.">
-##INFO=<ID=VQSLOD,Number=1,Type=Float,Description="Log odds ratio of being a true variant versus being false under the trained gaussian mixture model">
-##INFO=<ID=dbSNP,Number=1,Type=Integer,Description="First SNP Build for RS">
-##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
-##LeftAlignVariants="analysis_type=LeftAlignVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-scr1/ebanks/ALL.chr20.Oxford.20110407.indels.genotypes.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction= [...]
-##SelectVariants="analysis_type=SelectVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-scr1/delangel/officialCalls/20110201_chr20_phase1_indels/dindel/20110208.chr20.dindel2.ALL.sites.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampli [...]
-##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CHB.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CHS.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CLM.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/JPT.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/MXL.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/PUR.phase1.chr20.42.cleaned.bam] sample_metadata=[] re [...]
-##VariantAnnotator="analysis_type=VariantAnnotator input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[./ALL.chr20.vqsr_2of5_union_sites_for_validation_boosted.vcf] rodToIntervalTrackName=variant BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF [...]
-##VariantFiltration="analysis_type=VariantFiltration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/humgen/1kg/processing/pipeline_test_bams/chr22_chunked.hg19.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/broad/shptmp/rpoplin/ALL.phase1.chr22.raw.indels.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsamp [...]
-##commandline="/share/software/freebayes/bin/freebayes --stdin --min-alternate-count 2 --genotype-combo-step-max 20 --genotype-variant-threshold 4 --no-marginals --pvar 0.0001 --indels --mnps --no-filters --binomial-obs-priors --allele-balance-priors --region 20:0..100000 --vcf /d1/data/1000G/20101123/populations/finalised.phase1/integrated/including454/wg/ALL/Pipeline/none//freebayes/freebayes.20:0-100000.baq.20110328.vcf --fasta-reference /d2/data/references/build_37/human_reference_v37.fa"
-##fileDate=2011-03-28
-##filedate=2011-02-08
-##filter="( SNP | MNP ) & ( MQM > 65 | QUAL > 1 ) & ABP < 30 & AB < 0.9 | ( INS | DEL ) & QUAL > 500"
-##phasing=none
-##platypusOptions={'bamFiles': ['/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06984', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06985', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06986', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06989', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA06994', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA07000', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA07037', '/scratch/rimmer/ThousandGenomes/PhaseOneBAMs/NA07048', '/scratch/ri [...]
-##reference=/lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta
-##source=Dindel2
-##source=SelectVariants
-##source_20110031.1=/nfs/users/nfs_p/pd3/cvs/vcftools/perl/vcf-annotate -d /nfs/users/nfs_p/pd3/sandbox/hapmap/dbSNP-b132/non-1kg-vld.desc -a /nfs/users/nfs_p/pd3/sandbox/hapmap/dbSNP-b132/non-1kg-vld.tab.gz -c CHROM,FROM,INFO/VLD,INFO/KGPilot123,INFO/dbSNP
-##vcfCTools=filter
-##vcfCtools=merge freebayes.20:0-100000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:100000-200000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:200000-300000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:300000-400000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:400000-500000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:500000-600000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:600000-700000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:700000-800000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:800000-900000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:900000-1000000.baq.20110328.vcf, freebayes.20:1000000-1100000 [...]
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
-20 458502 . G GA 4567.01 PASS AA=20;AB=0.61111;ABA=14;ABP=6.8707;ABR=22;AC=38;AF=0.0544;AN=698;BL=374;BR=1129;BVAR;BaseQRankSum=13.364;DP=15979;DP4=1882,2188,45,37;Dels=0.00;EL=5;EPP=13.868;ER=15;FR;FS=6.503;HETAR=11;HOMA=2;HOMR=985;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0157;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_A.;LEN=1;LRB=0.50233;LRBP=826.56;MQ=66.16;MQ0Fraction=0.0110;MQM=70.5;MQRankSum=-3.158;NF;NR;NS=998;PP;PV4=0.15,1,0.42,0.15;RA=3173;RL=1;RPP=38.188;RR=19;RUN=1;ReadPosR [...]
-20 573764 . TA T 591.51 PASS AC=91;AF=0.1987;AN=458;BaseQRankSum=0.137;DP=519;FS=3.153;HRun=1;HaplotypeScore=14.0744;InbreedingCoeff=0.1460;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=48.16;MQ0=26;MQ0Fraction=0.0501;MQRankSum=-1.636;QD=3.63;ReadPosRankSum=-4.140;SB=-408.14;VQSLOD=5.2458;set=VQSR
-20 766143 . C CATCTGGTA 5521.70 PASS AA=24;AB=0.5;ABA=18;ABP=3.0103;ABR=18;AC=14;AF=0.0289;AF1=0.02038;AN=484;BL=655;BR=1542;BVAR;BaseQRankSum=3.801;CI95=0.01549,0.02655;DP=11749;DP4=2222,1998,14,8;Dels=0.00;EL=9;EPP=6.2675;ER=15;FQ=999;FR;FS=2.941;HETAR=9;HOMA=4;HOMR=901;HP=2;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0515;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_8.;LEN=8;LRB=0.40373;LRBP=780.64;MQ=56.81;MQ0Fraction=0.0253;MQM=22.167;MQRankSum=-4.809;NF;NR;NS=914;PP;PV4=0.39 [...]
-20 997076 rs11467490 CTG C 15379.78 PASS AA=195;AB=0.59878;ABA=132;ABP=30.896;ABR=197;AC=173;AF=0.14562;AN=1188;BL=7664;BR=7309;BVAR;BaseQRankSum=21.853;DB;DEL;DP=27127;DP4=1801,2002,241,282;Dels=0.13;EL=100;EPP=3.2887;ER=95;FQ=999;FR;FS=6.591;HETAR=77;HOMA=42;HOMR=815;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1284;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TG.;LEN=2;LRB=0.023709;LRBP=21.287;MQ=61.18;MQ0Fraction=0.0214;MQM=43.041;MQRankSum=6.886;NF;NR;NS=934 [...]
-20 1042261 rs10597473 CCCTG C 168658.05 PASS AA=4481;AB=0.29043;ABA=2128;ABP=1147.1;ABR=871;AC=1172;AF=0.97830;AN=1198;BL=169975;BR=194027;BVAR;BaseQRankSum=4.599;DB;DEL;DP=29418;DP4=29,47,1441,2403;Dels=0.84;EL=2358;EPP=29.772;ER=2123;FR;FS=9.122;HETAR=482;HOMA=559;HOMR=30;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.0470;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.066077;LRBP=3454.1;MQ=104.58;MQ0=4;MQ0Fraction=0.0014;MQM=58.257;MQRankSum=-3.368;NF;NR;NS=1071;PP;P [...]
-20 1046297 rs33956316 C CT,CTT,CTTT 17698 PASS ABR=408;AC=432,79,230;AF=0.39779,0.07274,0.21179;BVAR;BaseQRankSum=-8.413;DB;DP=15649;DP4=147,199,534,436;FR;FS=11.580;HOMA=97;HOMR=457;HP=20;HR=16;HU=T;HaplotypeScore=16.0590;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6018;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;KGPilot123;MQ0=19;MQ0Fraction=0.0093;MQRankSum=7.992;NF;NR;NS=767;PP;PV4=6e-05,1,1,1;QD=8.18;RA=1183;RUN=1;ReadPosRankSum=2.684;SB=-6384.08;SC=GGAAAATTTTCTTTTTTTTTT;SRB=0.40913;SRF=484;SRP=87.859;SRR=699;TC; [...]
-20 1405740 . T TA 257.28 PASS AF=0.0188;BaseQRankSum=-0.745;DP=3769;Dels=0.00;FS=0.742;HPLen=9;HRun=9;InbreedingCoeff=0.0462;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ0Fraction=0.0151;MQRankSum=-0.090;ReadPosRankSum=-1.582;VQSLOD=5.6502;set=Intersection;sumGLbyD=6.94
-20 1690501 . TC T 27928 PASS AA=108;AB=0.91372;ABA=100;ABP=1726.1;ABR=1059;AC=35;AF=0.02966;AN=1180;BL=593;BR=6973;BVAR;BaseQRankSum=7.567;DEL;DP=10612;Dels=0.01;EL=50;EPP=4.2971;ER=58;FS=0.000;HETAR=378;HOMA=184;HOMR=477;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0495;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.84325;LRBP=11685;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=87.361;MQRankSum=4.088;NS=1045;RA=3125;RL=3;RPP=212.2;RR=105;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.096;SAB=0.56481;SAF=61;SAP=6.951 [...]
-20 1991285 rs113891396 TAA T,TA,TAAA,TAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAA 39235.36 PASS AC=5,251,20,39,188,52,79;AF=0.0056,0.2789,0.0222,0.0433,0.2089,0.0578,0.0878;AN=900;BVAR;BaseQRankSum=1.124;DB;DEL;DP=54393;DP4=906,772,824,579;Dels=0.21;FR;FS=37.525;HP=12;HR=12;HRun=12;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6891;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=76.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-6.593;NF;NR;PP;PV4=0.0087,1,6.3e-19,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.184;SC=ATCTGCCACTTAAAAAAAAAA;TC;TR=12;TU=A;VQS [...]
-20 2355911 . TA T 11723 PASS AA=79;AB=0.9393;ABA=57;ABP=1577;ABR=882;AC=38;AF=0.0411;AN=924;BL=644;BR=5536;BVAR;BaseQRankSum=2.434;DEL;DP=9687;Dels=0.00;EL=45;EPP=6.3362;ER=34;FS=3.043;HETAR=321;HOMA=182;HOMR=555;HRun=5;InbreedingCoeff=0.0412;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.79159;LRBP=8411.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=70.848;MQRankSum=0.137;NS=1058;RA=3415;RL=3;RPP=149.49;RR=76;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.116;SAB=0.44304;SAF=35;SAP=5.2367;SAR=44 [...]
-20 2771621 rs11479849 GT G,GTT 1605.60 PASS AA=80;AB=0.79825;ABA=69;ABP=267.24;ABR=273;AC=79,91;AF=0.06551,0.07546;AN=1206;BL=2593;BR=3805;BVAR;BaseQRankSum=7.825;DB;DP=9790;Dels=0.04;EL=37;EPP=3.9875;ER=43;FR;FS=4.751;HETAR=62;HOMA=5;HOMR=958;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2646;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.18943;LRBP=501.57;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=52.45;MQRankSum=-0.560;NF;NR;NS=1025;PP;RA=3949;RL=29;RPP=16.148;RR=51;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.397;SAB=0.525 [...]
-20 2891235 . G GT,GTTT 2869.87 PASS AC=236,246;AF=0.2803,0.2922;AN=842;BaseQRankSum=8.979;DP=1067;FS=3.911;HaplotypeScore=20.3595;InbreedingCoeff=0.6511;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=44.86;MQ0=114;MQ0Fraction=0.1068;MQRankSum=-2.273;QD=4.00;ReadPosRankSum=-6.601;SB=-991.85;VQSLOD=5.4379;set=VQSR
-20 3033550 . TGAG T 2005.90 PASS AA=34;AB=0.51429;ABA=34;ABP=3.1344;ABR=36;AC=22;AF=0.0332;AN=662;BL=1374;BR=1649;BVAR;BaseQRankSum=5.192;DEL;DP=14639;DP4=2271,1492,12,21;Dels=0.02;EL=19;EPP=4.0322;ER=15;FR;FS=16.657;HETAR=17;HOMA=0;HOMR=914;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0454;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_3.;LEN=3;LRB=0.090969;LRBP=57.333;MQ=53.99;MQ0Fraction=0.0304;MQM=46.735;MQRankSum=1.938;NF;NR;NS=931;PP;PV4=0.0068,9.4e-05,1,1;RA=2985;RL=11;RPP=1 [...]
-20 3873327 rs61519218 A AAG 683.85 PASS AC=25;AF=0.0313;AN=800;BaseQRankSum=4.839;DB;DP=1718;FS=4.265;HRun=0;HaplotypeScore=20.5789;InbreedingCoeff=0.1055;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=53.70;MQ0=37;MQ0Fraction=0.0215;MQRankSum=2.468;QD=6.30;ReadPosRankSum=4.254;SB=-403.21;VQSLOD=6.1858;set=VQSR
-20 4028835 . GC G 2511.30 PASS AA=66;AB=0.56954;ABA=65;ABP=9.3521;ABR=86;AC=22;AF=0.01836;AN=1198;BL=2303;BR=2463;BVAR;BaseQRankSum=7.621;DEL;DP=22795;DP4=1714,2774,22,37;Dels=0.02;EL=34;EPP=3.1419;ER=32;FQ=999;FR;FS=2.095;HETAR=21;HOMA=0;HOMR=1050;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.0125;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.033571;LRBP=14.674;MQ=108.09;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=53.318;MQRankSum=5.257;NF;NR;NS=1071;PP;PV4=1,5.4e [...]
-20 4039609 rs67812039 G GA 43457 PASS AA=909;AB=0.54639;ABA=572;ABP=26.583;ABR=689;AC=302;AF=0.3455;AN=874;BL=37070;BR=38211;BVAR;BaseQRankSum=20.147;DB;DP=25595;DP4=1483,1374,528,542;Dels=0.00;EL=467;EPP=4.5033;ER=442;FQ=999;FR;FS=5.441;HETAR=243;HOMA=127;HOMR=608;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1388;IndelType=INS.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.015157;LRBP=40.563;MQ=119.50;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.197;MQRankSum=1.080;NF;NR; [...]
-20 4390056 . TC T 49312 PASS AA=91;AB=0.94353;ABA=86;ABP=2605.4;ABR=1437;AC=39;AF=0.03160;AN=1234;BL=6823;BR=731;BVAR;BaseQRankSum=2.727;DEL;DP=13149;Dels=0.00;EL=41;EPP=4.9431;ER=50;FS=4.002;HETAR=465;HOMA=313;HOMR=292;HRun=3;InbreedingCoeff=0.0326;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.80646;LRBP=10671;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=69.824;MQRankSum=-0.903;NS=1073;RA=3078;RL=89;RPP=183.62;RR=2;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.526;SAB=0.45055;SAF=41;SAP=4.9431 [...]
-20 4474622 . TA T,TAA,TAAA,TAAAA 94522.28 PASS ABR=114;AC=38,68,16,900;AF=0.03333,0.05965,0.01404,0.78947;AN=1140;BVAR;BaseQRankSum=9.741;DB;DP=16656;Dels=0.00;FR;FS=2.355;HOMA=3;HOMR=936;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.4516;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0008;MQRankSum=-4.096;NF;NR;NS=980;PP;RA=3766;RUN=1;ReadPosRankSum=2.380;SC=AGAAAAAAATTAAAAAAAAAA;SRB=0.49734;SRF=1873;SRP=3.2409;SRR=1893;TC;TR=10;TU=A;VQSLOD=8.8186;set=Intersection;sumGLbyD=38.79
-20 4824911 . AC A 41998.70 PASS AC=1172;AF=0.97342;AN=1204;BaseQRankSum=8.604;DP=3615;FS=9.934;HRun=1;HaplotypeScore=39.6843;InbreedingCoeff=0.0980;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=129.80;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=3.378;QD=11.62;ReadPosRankSum=6.967;SB=-16955.28;VQSLOD=4.2689;set=VQSR
-20 4839897 rs35881880 TAA T,TA,TAAA,TAAAAA 3906.80 PASS AC=12,95,137,189;AF=0.01024,0.08106,0.11689,0.16126;AN=1172;BVAR;BaseQRankSum=15.271;DB;DEL;DP=15105;Dels=0.04;FR;FS=43.567;HP=19;HR=13;HRun=13;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.5716;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.569;NF;NR;PP;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.794;SC=TGTTAAAAAATAAAAAAAAAA;TC;TR=13;TU=A;VQSLOD=8.1773;set=Intersection;sumGLbyD=3.77
-20 5507414 . G GCC 439.08 PASS AC=23;AF=0.01876;AN=1226;BaseQRankSum=3.051;DP=3023;FS=3.636;HRun=1;HaplotypeScore=30.3104;InbreedingCoeff=0.0204;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=112.09;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.065;QD=2.85;ReadPosRankSum=-2.709;SB=-302.22;VQSLOD=4.4311;set=VQSR
-20 5609676 . GA G,GAA 799.89 PASS AA=42;AB=0.79096;ABA=37;ABP=133.16;ABR=140;AC=43,65;AF=0.03607,0.05453;AF1=0.02826;AN=1192;BL=1360;BR=2334;BVAR;BaseQRankSum=5.069;CI95=0.01242,0.04037;DP=15610;DP4=1548,2441,21,30;Dels=0.02;EL=18;EPP=4.8716;ER=24;FQ=12.1;FR;FS=0.000;HETAR=36;HOMA=1;HOMR=991;HP=13;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2001;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.26367;LRBP=560.68;MQ=63.29;MQ0Fraction=0.0003;MQM=44.143;MQRankSum=1.755;NF;NR;NS=1028;PP;P [...]
-20 5736211 rs35303106 CT C,CTT 4384.40 PASS AA=117;AB=0.71499;ABA=116;ABP=166.4;ABR=291;AC=32,145;AF=0.02712,0.12288;AN=1180;BL=5556;BR=4901;BVAR;BaseQRankSum=2.708;DB;DP=9157;Dels=0.01;EL=54;EPP=4.5136;ER=63;FR;FS=2.802;HETAR=79;HOMA=1;HOMR=837;HP=16;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1903;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.062637;LRBP=92.1;MQ0Fraction=0.0273;MQM=48.932;MQRankSum=3.654;NF;NR;NS=917;PP;RA=2785;RL=79;RPP=34.209;RR=38;RUN=1;ReadPosRankSum=0.795;SAB=0.5641;SAF=6 [...]
-20 5898626 rs34483659 CAAA C,CA,CAA,CAAAAA 1140.16 PASS ABR=34;AC=19,98,56,199;AF=0.0227,0.1172,0.0670,0.2380;AF1=0.08519;BVAR;BaseQRankSum=5.049;CI95=0.03727,0.1273;DB;DEL;DP=5091;DP4=539,408,121,123;FQ=4.43;FR;FS=5.701;HOMA=64;HOMR=156;HP=19;HR=18;HU=A;HaplotypeScore=11.5333;INDEL;InbreedingCoeff=0.7405;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=117;MQ0Fraction=0.0986;MQRankSum=6.290;NF;NR;NS=240;PP;PV4=0.043,1,1,0.0087;QD=1.22;RA=204;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.684;SB=-1015.09;SC=ACTAAAAATACAAAAAAA [...]
-20 5975126 rs10541892 C CAG 504.78 PASS AC=79;AF=0.07004;AN=1128;BaseQRankSum=10.498;DB;DP=2050;FS=38.228;HRun=0;HaplotypeScore=14.1426;InbreedingCoeff=-0.0053;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=60.40;MQ0=80;MQ0Fraction=0.0390;MQRankSum=5.098;QD=1.63;ReadPosRankSum=-4.851;SB=-590.69;VQSLOD=4.8517;set=VQSR
-20 6040983 rs11087710 A AAAAAAGAG,AAAAAGAG,AAAAGAG,AAAAGAGAG,AAAGAG,AAAGAGAG,AAGAG,AAGAGAG,AG,AGAG,AGAGAG 66894.55 PASS ABR=468;AC=80,9,20,136,31,91,33,29,9,3,5;AF=0.0980,0.0110,0.0245,0.1667,0.0380,0.1115,0.0404,0.0355,0.0110,0.0037,0.0061;AN=816;BVAR;BaseQRankSum=-12.470;DB;DP=38726;DP4=426,611,310,472;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=6.635;HOMA=110;HOMR=506;HP=14;HR=15;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.8291;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;KGPilot123;MQ=54.22;MQ0Fraction=0.0168;MQRankSum=-5.3 [...]
-20 7024548 . G GAT 5041.27 PASS AC=123;AF=0.10336;AN=1190;BaseQRankSum=23.097;DP=3045;FS=7.979;HRun=0;HaplotypeScore=15.6967;InbreedingCoeff=0.1062;IndelType=INS.NumRepetitions_5.EventLength_2.RepeatExpansion_AT.;MQ=119.29;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQRankSum=-3.725;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-2257.45;VQSLOD=5.9332;set=VQSR
-20 7484554 . A AT 5.09 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=710;BaseQRankSum=-0.696;DP=1862;FS=2.835;HRun=9;HaplotypeScore=13.5425;InbreedingCoeff=0.0567;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=76.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.932;ReadPosRankSum=-1.701;VQSLOD=4.3156;set=VQSR
-20 7632194 rs77286341 GAA AAA,G 5324 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=700;BaseQRankSum=-1.741;DB;DP=1772;FR;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=60.1795;InbreedingCoeff=0.0017;IndelType=MIXED;MQ=70.69;MQ0=13;MQ0Fraction=0.0073;MQRankSum=-1.315;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-3.650;SC=GAGAGAGAGAGAAAGGTGTAA;TC;TR=13;TU=AG;set=filterInVQSR-2of5
-20 7767508 rs71329674 G GA 17914 PASS AA=415;AB=0.61617;ABA=337;ABP=105.94;ABR=541;AC=141;AF=0.11614;AN=1214;BL=15187;BR=20323;BVAR;BaseQRankSum=-13.946;DB;DP=28222;Dels=0.00;EL=184;EPP=14.569;ER=231;FQ=999;FR;FS=13.296;HETAR=178;HOMA=35;HOMR=822;HP=14;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0714;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.14464;LRBP=1616.1;MQ=89.69;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=51.667;MQRankSum=0.664;NF;NR;NS=1035;PP;RA=3707;R [...]
-20 7920261 . TA T,TAA 802.15 PASS AA=28;AB=0.8;ABA=28;ABP=112.45;ABR=112;AC=22,39;AF=0.01836,0.03255;AN=1198;BL=943;BR=1487;BVAR;BaseQRankSum=2.233;DP=10645;Dels=0.01;EL=11;EPP=5.8022;ER=17;FR;FS=1.691;HETAR=20;HOMA=0;HOMR=1007;HP=10;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.2256;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.22387;LRBP=267.46;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.571;MQRankSum=0.940;NF;NR;NS=1027;PP;RA=4776;RL=8;RPP=14.178;RR=20;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.567;SAB=0.53571;SAF=15;S [...]
-20 8012465 rs10595338 TATGA T 2104.41 PASS AF=0.03339;BaseQRankSum=10.662;DB;DP=11772;DS;Dels=0.01;FR;FS=7.678;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=0.0266;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ0Fraction=0.0731;MQRankSum=0.603;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=1.276;SC=TGTATGTATGTATGATGTATG;TC;TR=19;TU=ATGT;VQSLOD=4.1376;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=6.53
-20 8573999 . CGTGT C,CGT,CGTGTGT,TGTGT 45865.96 PASS AC=458,0,731;AF=0.37727,0.00000,0.60214;AN=1214;BVAR;BaseQRankSum=-6.703;DEL;DP=37714;Dels=0.03;FR;FS=11.079;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.7632;IndelType=MIXED;LEN=2;MQ0Fraction=0.0026;MQRankSum=-1.394;NF;NR;PP;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.102;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;TC;TR=18;TU=GT;VQSLOD=6.1435;set=Intersection;sumGLbyD=3.53
-20 8610455 rs10571111 TTTTC T 11763.51 PASS AC=190;AF=0.17056;AN=1114;BaseQRankSum=-14.397;DB;DP=2323;FS=2.321;HRun=0;HaplotypeScore=39.8020;InbreedingCoeff=0.2502;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;MQ=53.39;MQ0=104;MQ0Fraction=0.0448;MQRankSum=3.519;QD=19.07;ReadPosRankSum=4.150;SB=-4067.02;VQSLOD=5.0554;set=VQSR
-20 9139079 . ATT A,AT,ATTT,ATTTT,ATTTTT 8777.90 PASS AC=23,140,114,69,113;AF=0.01993,0.12132,0.09879,0.05979,0.09792;AN=1154;BVAR;BaseQRankSum=-0.022;DEL;DP=25109;DP4=502,657,278,313;FR;FS=11.929;HP=16;HR=16;HU=T;HaplotypeScore=20.2361;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.5704;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=16;MQ0Fraction=0.0067;MQRankSum=2.624;NF;NR;PP;PV4=0.14,1,1,1;QD=1.48;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2354.28;SC=CACCTGGCTAATTTTTTTTTT;TC;TR=16;TU=T;VQSLOD=6.9180;set=Intersection
-20 9862448 . CT C 49312 PASS AA=60;AB=0.96003;ABA=53;ABP=2440.4;ABR=1273;AC=18;AF=0.01461;AN=1232;BL=3516;BR=140;BVAR;BaseQRankSum=-2.056;DEL;DP=11893;Dels=0.01;EL=35;EPP=6.6294;ER=25;FS=1.787;HETAR=396;HOMA=344;HOMR=334;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0379;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.92341;LRBP=6772.5;MQ0Fraction=0.0006;MQM=54.267;MQRankSum=-0.907;NS=1074;RA=2990;RL=60;RPP=133.3;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-10.579;SAB=0.58333;SAF=35;SAP=6.6294;SAR= [...]
-20 9863736 rs73618103 G GT 50570.21 PASS AA=2247;AB=0.48878;ABA=1412;ABP=6.0324;ABR=1350;AC=546;AF=0.44463;AN=1228;BL=86886;BR=95862;BVAR;BaseQRankSum=-23.978;DB;DP=32517;DP4=1125,1133,1017,1048;Dels=0.00;EL=1089;EPP=7.6113;ER=1158;FQ=999;FR;FS=2.529;HETAR=445;HOMA=201;HOMR=393;HP=4;HPLen=4;HR=4;HRun=4;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1393;IndelType=INS.NumRepetitions_4.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;KGPilot123;LEN=1;LRB=0.049117;LRBP=960.35;MQ=68.10;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0006;MQM=50.931 [...]
-20 10926959 . AG A 12239 PASS AA=65;AB=0.92801;ABA=64;ABP=1417.6;ABR=825;AC=24;AF=0.0264;AN=908;BL=616;BR=3782;BVAR;BaseQRankSum=9.990;DEL;DP=10708;Dels=0.01;EL=37;EPP=5.7163;ER=28;FS=1.652;HETAR=275;HOMA=70;HOMR=724;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0102;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.71987;LRBP=4952;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=118.82;MQRankSum=1.018;NS=1069;RA=4746;RL=5;RPP=104.07;RR=60;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.039;SAB=0.41538;SAF=27;SAP=7.0526;SAR= [...]
-20 11299648 . TG T 49315 PASS AA=62;AB=0.95292;ABA=54;ABP=2046.7;ABR=1093;AC=28;AF=0.0373;AN=750;BL=3126;BR=528;BVAR;BaseQRankSum=-4.929;DEL;DP=10764;Dels=0.01;EL=26;EPP=6.5127;ER=36;FS=3.851;HETAR=366;HOMA=383;HOMR=304;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0267;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.711;LRBP=4014.1;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0005;MQM=76.468;MQRankSum=1.327;NS=1070;RA=2588;RL=54;RPP=77.121;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.507;SAB=0.48387;SAF=30;SAP=3.1504;S [...]
-20 11561096 . CTA C 999 PASS AC=2;AF=0.0029;AF1=0.005602;BaseQRankSum=3.190;CI95=0.004425,0.01106;DP=7521;DP4=1998,1794,2,4;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=5.422;HP=3;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0056;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TA.;MQ=113.88;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.297;NF;NR;PP;PV4=0.43,0.024,1,1;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAATAGTATTCTATGTCAGTC;TC;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.6243;set=Intersection;sumGLbyD=21.89
-20 11723671 . C CA 1096.60 PASS AA=35;AB=0.69565;ABA=35;ABP=41.247;ABR=80;AC=10;AF=0.0141;AN=710;BL=2005;BR=1702;BVAR;BaseQRankSum=-3.427;DP=9819;Dels=0.00;EL=20;EPP=4.5614;ER=15;FR;FS=3.814;HETAR=20;HOMA=0;HOMR=1034;HP=8;HPLen=7;HR=7;HRun=7;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0323;IndelType=INS.NumRepetitions_7.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.081737;LRBP=56.79;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=81.057;MQRankSum=0.050;NF;NR;NS=1054;PP;RA=5562;RL=22;RPP=8.0357;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-2. [...]
-20 12238835 rs113904674 CTCTTCATGGTCT C 1813.44 PASS AA=7;AB=0.73077;ABA=7;ABP=15.037;ABR=19;AC=4;AF=0.0056;AN=712;BL=360;BR=368;BVAR;BaseQRankSum=3.891;DB;DEL;DP=10309;Dels=0.00;EL=4;EPP=3.3205;ER=3;FR;FS=0.000;HETAR=3;HOMA=0;HOMR=1076;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=C;InbreedingCoeff=-0.0381;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_10orMore.;LEN=12;LRB=0.010989;LRBP=3.2012;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=37;MQRankSum=-3.793;NF;NR;NS=1079;PP;RA=6085;RL=4;RPP=3.3205;RR=3;RUN=1;ReadPosRankSum= [...]
-20 12602812 . AT A 12344 PASS AA=47;AB=0.94372;ABA=43;ABP=1309.5;ABR=721;AC=14;AF=0.0196;AN=716;BL=2714;BR=217;BVAR;BaseQRankSum=1.424;DEL;DP=10743;Dels=0.00;EL=24;EPP=3.0565;ER=23;FS=0.629;HETAR=228;HOMA=65;HOMR=769;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0233;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.85193;LRBP=4622.3;MQ0Fraction=0.0000;MQM=99.574;MQRankSum=1.901;NS=1080;RA=4839;RL=46;RPP=96.568;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-9.906;SAB=0.53191;SAF=25;SAP=3.4261;SAR=22;SR [...]
-20 13600884 . CTG C,CTGTG 1278.10 PASS AA=85;AB=0.77994;ABA=79;ABP=247.38;ABR=280;AC=71,22;AF=0.05907,0.01830;AN=1202;BL=3279;BR=3205;BVAR;BaseQRankSum=8.852;DEL;DP=24185;DP4=1317,931,52,49;Dels=0.03;EL=45;EPP=3.649;ER=40;FQ=999;FR;FS=31.826;HETAR=75;HOMA=4;HOMR=926;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1566;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=2;LRB=0.011413;LRBP=4.8442;MQ=65.06;MQ0Fraction=0.0012;MQM=48.671;MQRankSum=-0.511;NF;NR;NS=1005;PP;PV4=0.18,1,0.39,0.27;RA=3342;RL=3 [...]
-20 13666265 . T TATAG 556.88 PASS AC=21;AF=0.01959;AN=1072;BaseQRankSum=24.958;DP=2706;FS=2.581;HRun=0;HaplotypeScore=25.9952;InbreedingCoeff=0.1419;IndelType=INS.NOVEL_4.;MQ=72.43;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=2.888;QD=4.38;ReadPosRankSum=2.552;SB=-417.04;VQSLOD=7.3380;set=VQSR
-20 13861245 rs72422273 C CTCA 2685.46 PASS AC=140;AF=0.11589;AN=1208;BaseQRankSum=24.355;DB;DP=2910;FS=6.808;HRun=0;HaplotypeScore=19.3095;InbreedingCoeff=-0.0991;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_3.;MQ=78.25;MQ0=22;MQ0Fraction=0.0076;MQRankSum=3.225;QD=3.64;ReadPosRankSum=2.607;SB=-1861.38;VQSLOD=4.1974;set=VQSR
-20 13865746 . T TA,TAA 1416.23 PASS AA=63;AB=0.80417;ABA=47;ABP=195.87;ABR=193;AC=122,21;AF=0.10133,0.01744;AN=1204;BL=3673;BR=1145;BVAR;BaseQRankSum=-3.336;DP=10513;Dels=0.00;EL=62;EPP=131.27;ER=1;FR;FS=716.583;HETAR=45;HOMA=1;HOMR=998;HP=2;HR=1;HRun=1;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0814;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.5247;LRBP=2883.3;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.143;MQRankSum=-1.197;NF;NR;NS=1044;PP;RA=4529;RL=62;RPP=131.27;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.295;SAB=1;SAF=63;SAP=13 [...]
-20 13881703 . CTT C 152.85 PASS AC=8;AF=0.0093;AN=862;BaseQRankSum=3.941;DP=2063;FS=0.962;HRun=5;HaplotypeScore=24.0313;InbreedingCoeff=0.0790;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=55.05;MQ0=49;MQ0Fraction=0.0238;MQRankSum=-1.418;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-93.04;VQSLOD=5.3874;set=VQSR
-20 14260090 rs73619828 A AT 27935 PASS AA=596;AB=0.59484;ABA=487;ABP=96.922;ABR=715;AC=204;AF=0.17000;AN=1200;BL=21718;BR=28458;BVAR;BaseQRankSum=0.756;DB;DP=23629;DP4=1385,1492,287,328;Dels=0.00;EL=299;EPP=3.0249;ER=297;FQ=999;FR;FS=6.187;HETAR=218;HOMA=38;HOMR=788;HP=9;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0797;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.13433;LRBP=1969;MQ=100.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.084;MQRankSum=2.224;NF;NR;NS [...]
-20 14260558 . AC A 238 PASS AC=1;AF=0.0014;AF1=0.003368;BaseQRankSum=2.868;CI95=0.003106,0.006211;DP=9724;DP4=2075,2329,1,7;Dels=0.00;FQ=106;FR;FS=10.678;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=1;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0406;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=114.37;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.862;NF;NR;PP;PV4=0.074,0.0096,0.017,1;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATCAGGAATAACTGTGTGACC;TC;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.1618;set=Intersection;sumGLbyD=18.65
-20 14425481 . GTA G,GTATA 148.85 PASS AC=43,23;AF=0.03473,0.01858;AN=1238;BaseQRankSum=6.289;DP=25167;DP4=1800,2021,38,49;FR;FS=9.416;HP=2;HPLen=1;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=17.7453;INDEL;InbreedingCoeff=0.0995;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=21;MQ0Fraction=0.0058;MQRankSum=-0.200;NF;NR;PP;PV4=0.59,1,0.04,0.023;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-367.50;SC=CTGTGTGTGTGTATATATATA;TC;TR=13;TU=AT;VQSLOD=3.5796;set=filterInVQSR-2of5
-20 14943522 rs11478299 GA AA,G 1761.24 PASS AA=117;AB=0.68142;ABA=108;ABP=99.919;ABR=231;AC=0;AF=0.0000;AF1=0.04204;AN=712;BL=4931;BR=5802;BVAR;BaseQRankSum=9.118;CI95=0.02876,0.05752;DB;DEL;DP=13717;DP4=1908,1684,59,58;Dels=0.05;EL=60;EPP=3.1773;ER=57;FQ=81.9;FR;HETAR=56;HOMA=1;HOMR=1011;HP=8;HPLen=8;HR=8;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1264;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.081152;LRBP=156.5;MQ=106.93;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=96.855;MQRankSum=1.619;NF;NR;NS=1068;PP;PV4=0.57,1,0.0003,1;QD=7. [...]
-20 14974486 . A AG 4101.40 PASS AA=57;AB=0.57143;ABA=51;ABP=8.2839;ABR=68;AC=22;AF=0.01846;AN=1192;BL=2286;BR=2834;BVAR;BaseQRankSum=8.711;DP=20538;DP4=2172,2100,19,13;Dels=0.00;EL=32;EPP=4.877;ER=25;FS=0.517;HETAR=20;HOMA=4;HOMR=1027;HRun=1;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0677;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_G.;LEN=1;LRB=0.10703;LRBP=130.37;MQ=126.07;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.088;MQRankSum=-10.756;NS=1051;PV4=0.38,3.5e-51,7.9e-34,1;RA=5203;RL=26;RPP=3.9627;RR=31;RUN=1;ReadPosRankSum=1.283 [...]
-20 15111137 . GA G 13533 PASS AA=98;AB=0.84864;ABA=89;ABP=623.8;ABR=499;AC=47;AF=0.03796;AN=1238;BL=5324;BR=856;BVAR;BaseQRankSum=-11.577;DEL;DP=13384;Dels=0.01;EL=53;EPP=4.4284;ER=45;FS=6.099;HETAR=219;HOMA=845;HOMR=18;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0056;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.72298;LRBP=7017.4;MQ0Fraction=0.0003;MQM=90.449;MQRankSum=1.408;NS=1083;RA=590;RL=87;RPP=130.99;RR=11;RUN=1;ReadPosRankSum=-18.074;SAB=0.55102;SAF=54;SAP=5.2261;SAR= [...]
-20 15283028 . A AC,ACACACACACACAC 140844.83 PASS AA=180;AB=0.61442;ABA=123;ABP=39.285;ABR=196;AC=13,817;AF=0.01111,0.69829;AN=1170;BL=4453;BR=11407;BVAR;BaseQRankSum=24.686;DP=6365;Dels=0.00;EL=124;EPP=58.793;ER=56;FR;FS=10.912;HETAR=87;HOMA=48;HOMR=683;HP=1;HR=1;HRun=1;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2074;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.43846;LRBP=6624;MQ0Fraction=0.0558;MQM=38.211;MQRankSum=-21.111;NF;NR;NS=818;PP;RA=1732;RL=0;RPP=393.88;RR=180;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.620;SAB=0.311 [...]
-20 15361056 . ATAACT A 4892.81 PASS AA=59;AB=0.63576;ABA=55;ABP=27.184;ABR=96;AC=34;AF=0.0487;AN=698;BL=3164;BR=1999;BVAR;BaseQRankSum=3.391;DEL;DP=7080;Dels=0.03;EL=27;EPP=3.9304;ER=32;FR;FS=4.816;HETAR=35;HOMA=6;HOMR=966;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=0.0785;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_5.;LEN=5;LRB=0.22564;LRBP=573.84;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=70.034;MQRankSum=-8.732;NF;NR;NS=1008;PP;RA=3915;RL=42;RPP=26.013;RR=17;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.735;SAB=0.44068 [...]
-20 15579507 . AATTAGTC A,TATTAGTC 1936.38 PASS AA=16;AB=0.58974;ABA=16;ABP=5.7386;ABR=23;AC=64;AF=0.05229;AN=1224;BL=699;BR=775;BVAR;BaseQRankSum=-21.390;DEL;DP=21920;DP4=2099,2403,6,6;Dels=0.00;EL=8;EPP=3.0103;ER=8;FR;FS=2.920;HETAR=5;HOMA=0;HOMR=1063;HP=3;HPLen=4;HR=4;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0143;IndelType=MIXED;LEN=7;LRB=0.05156;LRBP=11.519;MQ=129.49;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=51.938;MQRankSum=3.331;NF;NR;NS=1068;PP;PV4=1,0.019,1.3e-07,1;RA=5334;RL=5;RPP=7.8961;RR=11;RUN=1;Rea [...]
-20 15752535 . CT C,GT 3775.20 PASS AA=92;AB=0.78636;ABA=47;ABP=159.71;ABR=173;AC=0;AF=0.0000;AN=608;BL=4955;BR=2380;BVAR;BaseQRankSum=2.910;DEL;DP=3429;Dels=0.04;EL=13;EPP=105.82;ER=79;FR;HETAR=92;HOMA=95;HOMR=544;HP=2;HPLen=2;HR=2;HU=T;InbreedingCoeff=0.0483;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.35106;LRBP=1966;MQ0Fraction=0.0232;MQM=35.293;MQRankSum=-2.199;NF;NR;NS=732;PP;QD=4.91;RA=1272;RL=81;RPP=118.66;RR=11;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.077;SAB=0.021739;SAF=2;SAP=185.79;SAR=90;SB=-59.51;SC=CAAGACCA [...]
-20 15883060 rs73619850 A AT 1325.60 PASS AA=38;AB=0.59302;ABA=35;ABP=9.4742;ABR=51;AC=14;AF=0.0156;AN=896;BL=1078;BR=1638;BVAR;BaseQRankSum=-4.526;DB;DP=19854;DP4=1632,1800,15,20;Dels=0.00;EL=18;EPP=3.2389;ER=20;FR;FS=0.000;HETAR=14;HOMA=1;HOMR=1014;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=1;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=-0.0131;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.20619;LRBP=253.74;MQ=118.40;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.526;MQRankSum=0.892;NF;NR;NS=1029;PP;PV4=0 [...]
-20 16122099 . GA G 12914 PASS AA=85;AB=0.85915;ABA=80;ABP=639.4;ABR=488;AC=19;AF=0.01542;AN=1232;BL=805;BR=5457;BVAR;BaseQRankSum=-6.084;DEL;DP=13592;Dels=0.00;EL=45;EPP=3.649;ER=40;FS=0.935;HETAR=218;HOMA=841;HOMR=14;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0250;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.74289;LRBP=7507.5;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=103.01;MQRankSum=2.843;NS=1075;RA=541;RL=2;RPP=170.62;RR=83;RUN=1;ReadPosRankSum=-16.222;SAB=0.49412;SAF=42;SAP=3.0358;SA [...]
-20 16828509 . G GT 843.62 PASS AA=30;AB=0.70103;ABA=29;ABP=37.06;ABR=68;AC=10;AF=0.0140;AN=714;BL=1368;BR=1786;BVAR;BaseQRankSum=-4.061;DP=8682;Dels=0.01;EL=14;EPP=3.2998;ER=16;FR;FS=2.681;HETAR=22;HOMA=1;HOMR=1020;HP=8;HPLen=8;HR=8;HRun=8;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1389;IndelType=INS.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.13253;LRBP=123.3;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=62.8;MQRankSum=-1.491;NF;NR;NS=1043;PP;RA=4416;RL=11;RPP=7.6428;RR=19;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.718; [...]
-20 17470034 . GC G 46975 PASS AA=57;AB=0.96043;ABA=52;ABP=2422.5;ABR=1262;AC=34;AF=0.02773;AN=1226;BL=418;BR=3446;BVAR;BaseQRankSum=-6.250;DEL;DP=12035;Dels=0.00;EL=22;EPP=9.4485;ER=35;FS=1.350;HETAR=416;HOMA=409;HOMR=244;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0083;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.78364;LRBP=5155.6;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=99.509;MQRankSum=2.192;NS=1076;RA=2396;RL=5;RPP=87.164;RR=52;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.199;SAB=0.5614;SAF=32;SAP=4.877 [...]
-20 17471374 . AGCGGC A 850.03 PASS AC=6;AF=0.0085;AF1=0.01301;AN=704;BaseQRankSum=6.259;CI95=0.00885,0.01991;DP=8180;DP4=2215,1878,4,5;Dels=0.01;FQ=131;FS=0.000;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.0009;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_5.;MQ=104.41;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-5.521;PV4=0.74,0.37,0.0005,1;ReadPosRankSum=2.468;VQSLOD=6.8773;set=Intersection;sumGLbyD=30.85
-20 18433202 rs35582929 G GA 2506.90 PASS AA=55;AB=0.5812;ABA=49;ABP=9.7103;ABR=68;AC=20;AF=0.0218;AN=918;BL=2263;BR=2175;BVAR;BaseQRankSum=-6.639;DB;DP=19467;DP4=1845,2365,27,26;Dels=0.00;EL=21;EPP=9.6826;ER=34;FQ=999;FR;FS=5.633;HETAR=16;HOMA=3;HOMR=1045;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=1;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0700;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.019829;LRBP=6.7994;MQ=114.03;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.345;MQRankSum=1.610;NF;NR;NS=1064;PP [...]
-20 18551314 rs10659122 CA C,CAA,CAAA,CAAAA,CAAAAA 18810.74 PASS ABR=243;AC=19,169,216,164,188;AF=0.01816,0.16157,0.20650,0.15679,0.17973;BVAR;BaseQRankSum=-5.742;DB;DP=17637;DP4=136,77,560,237;FR;FS=2.693;HOMA=177;HOMR=299;HP=17;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=15.5048;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.8901;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=11;MQ0Fraction=0.0069;MQRankSum=1.845;NF;NR;NS=658;PP;PV4=0.08,1,1,1;QD=12.66;RA=673;RUN=1;ReadPosRankSum=0.283;SB=-3514.45;SC=GATTCCATCTCAAAAAAAAAA;SRB=0.63596;SR [...]
-20 18785519 . G GTC 415.55 PASS AC=28;AF=0.0400;AN=700;BaseQRankSum=10.889;DP=1929;FS=8.778;HRun=0;HaplotypeScore=27.6448;InbreedingCoeff=0.0510;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=61.99;MQ0=36;MQ0Fraction=0.0187;MQRankSum=4.508;QD=3.08;ReadPosRankSum=8.080;SB=-437.03;VQSLOD=4.9313;set=VQSR
-20 20301041 rs35451634 ATATG A 200.42 PASS AC=21;AF=0.0449;AN=468;BaseQRankSum=5.251;DB;DP=579;FS=24.013;HRun=0;HaplotypeScore=27.8977;InbreedingCoeff=0.0113;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ=78.47;MQ0=26;MQ0Fraction=0.0449;MQRankSum=-5.284;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.793;SB=-55.76;VQSLOD=5.0981;set=VQSR
-20 20378174 . TC T 245.55 PASS AC=23;AF=0.01879;AN=1224;BaseQRankSum=0.990;DP=3225;FS=10.413;HRun=1;HaplotypeScore=22.6109;InbreedingCoeff=0.0244;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=93.70;MQ0=3;MQ0Fraction=0.0009;MQRankSum=-3.349;QD=1.86;ReadPosRankSum=-7.227;SB=-188.62;VQSLOD=4.2553;set=VQSR
-20 20809160 rs10571503 TAA AAA,T 3496 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=612;BaseQRankSum=1.968;DB;DP=1092;FR;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.1253;InbreedingCoeff=0.0603;IndelType=MIXED;MQ=68.98;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0009;MQRankSum=1.520;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-4.042;SC=TATATATATATAAATTTAAAT;TC;TR=13;TU=AT;set=filterInVQSR-2of5
-20 22508765 . CT C 53877.84 PASS AA=187;AB=0.78077;ABA=171;ABP=537.09;ABR=609;AC=1017;AF=0.91787;AN=1108;BL=12690;BR=1718;BVAR;BaseQRankSum=13.773;DEL;DP=7430;Dels=0.02;EL=73;EPP=22.53;ER=114;FR;FS=16.352;HETAR=152;HOMA=9;HOMR=786;HP=8;HR=4;HRun=4;HU=T;InbreedingCoeff=0.3885;IndelType=DEL.NumRepetitions_4.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.76152;LRBP=18147;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=46.086;MQRankSum=0.971;NF;NR;NS=947;PP;RA=2868;RL=177;RPP=326.86;RR=10;RUN=1;ReadPosRankSum=9. [...]
-20 22555082 rs11477526 AT A 11503 PASS AA=530;AB=0.50816;ABA=422;ABP=3.5063;ABR=436;AF=0.1614;AN=700;BL=21453;BR=23313;BVAR;BaseQRankSum=17.562;DB;DEL;DP=25587;DP4=1869,1600,283,201;Dels=0.14;EL=259;EPP=3.6003;ER=271;FQ=999;FR;FS=14.595;HETAR=159;HOMA=41;HOMR=846;HP=3;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0995;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.041549;LRBP=170.83;MQ=95.89;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=72.162;MQRankSum=2.564;NF;NR;NS=1046 [...]
-20 22590907 . A AC 4204.88 PASS AA=67;AB=0.592;ABA=51;ABP=12.2;ABR=74;AF=0.0554;AF1=0.0468;AN=560;BL=2277;BR=2389;BVAR;BaseQRankSum=10.968;CI95=0.03759,0.05639;DP=14380;DP4=2514,2018,33,33;Dels=0.00;EL=22;EPP=20.155;ER=45;FQ=999;FR;FS=3.846;HETAR=25;HOMA=4;HOMR=1049;HP=4;HPLen=5;HR=5;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0719;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_C.;LEN=1;LRB=0.024003;LRBP=8.8481;MQ=110.68;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=96.149;MQRankSum=2.668;NF;NR;NS=1078;PP;PV4=0.39,1,0.46,0.36; [...]
-20 22806326 rs11468890 ATTCCATCAC A 105320.99 PASS AC=567;AF=0.48795;AN=1162;BVAR;BaseQRankSum=32.858;DB;DEL;DP=26278;DP4=727,796,554,587;Dels=0.30;FQ=999;FR;FS=1.923;HP=3;HPLen=3;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.2548;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_9.;LEN=9;MQ=89.42;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-23.545;NF;NR;PP;PV4=0.7,1,1.3e-167,1;RUN=1;ReadPosRankSum=4.384;SC=GGCTGCTCCCATTCCATCACT;TC;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.2594;set=Intersection;sumGLbyD=69.81
-20 22999898 rs55966257 CAGGA C 8019.97 PASS AA=23;AB=0.57778;ABA=19;ABP=5.3748;ABR=26;AC=214;AF=0.18838;AN=1136;BL=1143;BR=1040;BVAR;BaseQRankSum=29.294;DB;DEL;DP=8216;Dels=0.02;EL=11;EPP=3.1047;ER=12;FS=14.938;HETAR=14;HOMA=2;HOMR=948;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0797;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.047183;LRBP=13.563;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=34.783;MQRankSum=-20.301;NS=964;RA=3637;RL=13;RPP=3.86;RR=10;RUN=1;ReadPosRankSum=-24.607;SAB=0.47826;SAF=11;SAP=3.1047; [...]
-20 23385964 rs57723772 GAA G 8170.95 PASS AC=257;AF=0.20928;AN=1228;BaseQRankSum=32.220;DB;DP=3291;FS=1.688;HRun=3;HaplotypeScore=22.6739;InbreedingCoeff=0.0171;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=58.44;MQ0=32;MQ0Fraction=0.0097;MQRankSum=-4.893;QD=6.55;ReadPosRankSum=-35.524;SB=-3631.67;VQSLOD=5.6549;set=VQSR
-20 23534530 . TA T 3542.10 PASS AA=45;AB=0.75658;ABA=37;ABP=89.926;ABR=115;AC=35;AF=0.02991;AN=1170;BL=3090;BR=270;BVAR;BaseQRankSum=-6.892;DEL;DP=8108;Dels=0.00;EL=19;EPP=5.3748;ER=26;FS=1.026;HETAR=76;HOMA=896;HOMR=18;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0551;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.83929;LRBP=5142.4;MQ0Fraction=0.0017;MQM=41.578;MQRankSum=0.818;NS=991;RA=203;RL=43;RPP=84.127;RR=2;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.923;SAB=0.37778;SAF=17;SAP=8.8491;SAR=28; [...]
-20 23976810 rs5841018 A ATATTAAT 1782.38 PASS AF=0.1387;AF1=0.01507;BaseQRankSum=3.717;CI95=0.00188,0.03947;DB;DP=1712;DP4=357,376,7,2;Dels=0.00;FQ=31.1;FS=14.489;HPLen=2;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.1123;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_7.;MQ=49.53;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0055;MQRankSum=-4.928;PV4=0.1,1,0.00085,0.016;ReadPosRankSum=-4.456;VQSLOD=5.3140;dbSNP=116;set=Intersection;sumGLbyD=19.98
-20 24222100 . CTTTTA C 4219.36 PASS AA=57;AB=0.59434;ABA=43;ABP=11.205;ABR=63;AF=0.01803;AF1=0.01547;AN=1220;BL=2073;BR=2345;BVAR;BaseQRankSum=7.990;CI95=0.0114,0.02137;DEL;DP=17536;DP4=2140,2346,7,12;Dels=0.01;EL=32;EPP=4.877;ER=25;FQ=104;FS=0.614;HETAR=21;HOMA=4;HOMR=1042;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.1941;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_5.;LEN=5;LRB=0.061566;LRBP=39.374;MQ=73.32;MQ0Fraction=0.0021;MQM=39.614;MQRankSum=-5.728;NS=1067;PV4=0.37,1.1e-39,3.5e-09,1;RA=5527;RL=28 [...]
-20 24395018 . AT A 49310 PASS AA=146;AB=0.91198;ABA=130;ABP=2180.5;ABR=1347;AC=50;AF=0.04045;AN=1236;BL=587;BR=9625;BVAR;BaseQRankSum=-4.610;DEL;DP=12793;Dels=0.01;EL=54;EPP=24.487;ER=92;FS=22.108;HETAR=485;HOMA=384;HOMR=210;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0374;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.88504;LRBP=17373;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=102.26;MQRankSum=2.256;NS=1080;RA=2377;RL=1;RPP=311.42;RR=145;RUN=1;ReadPosRankSum=-16.347;SAB=0.63699;SAF=93;SAP=2 [...]
-20 24411517 . C CA 246.18 PASS AF=0.01546;AF1=0.01095;BaseQRankSum=7.832;CI95=0.005698,0.01709;DP=7981;DP4=983,2037,7,7;Dels=0.00;FQ=27.9;FS=18.815;HPLen=3;HRun=3;INDEL;InbreedingCoeff=0.0175;IndelType=INS.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=60.28;MQ0Fraction=0.0137;MQRankSum=-7.243;PV4=0.25,1,2.7e-05,1;ReadPosRankSum=-0.143;VQSLOD=4.3701;set=Intersection;sumGLbyD=6.56
-20 24421169 . AG A 27480 PASS AA=182;AB=0.8303;ABA=149;ABP=835;ABR=729;AC=89;AF=0.07224;AN=1232;BL=11276;BR=2214;BVAR;BaseQRankSum=-5.447;DEL;DP=11717;Dels=0.01;EL=103;EPP=9.8827;ER=79;FR;FS=15.492;HETAR=343;HOMA=607;HOMR=114;HP=4;HR=1;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.0353;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.67176;LRBP=13222;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=88.324;MQRankSum=2.221;NF;NR;NS=1071;PP;RA=1226;RL=169;RPP=293.37;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-19.71 [...]
-20 24765537 rs71841337 ATTT A,AT,ATT,ATTTT,ATTTTT 37852 PASS AC=13,120,527,51,92;AF=0.01102,0.10169,0.44661,0.04322,0.07797;AN=1180;BVAR;BaseQRankSum=8.172;DB;DEL;DP=39116;DP4=200,331,851,1169;FR;FS=2.394;HP=15;HR=15;HU=T;HaplotypeScore=20.8091;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.4815;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=4.344;NF;NR;PP;PV4=0.067,1,1,0.1;QD=7.90;RUN=1;ReadPosRankSum=1.798;SB=-8371.96;SC=CTCTGCAACAATTTTTTTTTT;TC;TR=15;TU=T;VQSLOD=9.9679;dbSNP=120;set=Int [...]
-20 25500689 . A AATTT 84980.72 PASS AC=1005;AF=0.89096;AN=1128;BaseQRankSum=17.400;DP=2324;FS=6.721;HRun=0;HaplotypeScore=25.3376;InbreedingCoeff=0.2148;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ=75.19;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQRankSum=-8.221;QD=38.28;ReadPosRankSum=4.504;SB=-34833.07;VQSLOD=4.6038;set=VQSR
-20 25550373 . GA G 11251.31 PASS AA=246;AB=0.42963;ABA=154;ABP=14.624;ABR=116;AC=566;AF=0.6521;AN=868;BL=5230;BR=11845;BVAR;BaseQRankSum=7.418;DEL;DP=8885;Dels=0.02;EL=99;EPP=23.348;ER=147;FR;FS=50.357;HETAR=150;HOMA=849;HOMR=14;HP=1;HR=2;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.1365;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.38741;LRBP=5567.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=97.561;MQRankSum=0.050;NF;NR;NS=1013;PP;RA=269;RL=75;RPP=84.361;RR=171;RUN=1;ReadPosRankSum=-7. [...]
-20 25903865 . TTC T 7459.23 PASS AC=277;AF=0.23316;AN=1188;BaseQRankSum=31.479;DP=2969;FS=137.723;HRun=0;HaplotypeScore=37.3300;InbreedingCoeff=-0.1755;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TC.;MQ=53.49;MQ0=50;MQ0Fraction=0.0168;MQRankSum=-25.506;QD=4.70;ReadPosRankSum=-5.913;SB=-1747.98;VQSLOD=5.4731;set=VQSR
-20 25934237 . C CCACTT 771.36 PASS AC=37;AF=0.0426;AN=868;BaseQRankSum=16.331;DP=2253;FS=4.545;HRun=0;HaplotypeScore=29.9764;InbreedingCoeff=-0.0685;IndelType=INS.NOVEL_5.;MQ=48.12;MQ0=87;MQ0Fraction=0.0386;MQRankSum=-12.497;QD=3.37;ReadPosRankSum=-8.428;SB=-297.70;VQSLOD=4.2324;set=VQSR
-20 26054751 rs112967123 TATC T 33244 PASS AA=1863;AB=0.79012;ABA=1788;ABP=6231;ABR=6731;AC=227;AF=0.18218;AN=1246;BL=74924;BR=72452;BVAR;BaseQRankSum=32.258;DB;DEL;DP=36404;DS;Dels=0.05;EL=931;EPP=3.0115;ER=932;FR;FS=265.752;HETAR=527;HOMA=2;HOMR=565;HP=1;HR=2;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=-0.2137;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_3.;LEN=3;LRB=0.016773;LRBP=93.048;MQ0Fraction=0.0127;MQM=28.797;MQRankSum=-5.329;NF;NR;NS=1094;PP;RA=14604;RL=1014;RPP=34.743;RR=849;RUN=1;ReadPosRankSu [...]
-20 26120452 . CAG C 7863.19 PASS AA=163;AB=0.70489;ABA=157;ABP=196.99;ABR=375;AC=171;AF=0.1908;AN=896;BL=3455;BR=4877;BVAR;BaseQRankSum=25.536;DEL;DP=7014;Dels=0.10;EL=58;EPP=32.438;ER=105;FS=231.723;HETAR=90;HOMA=5;HOMR=387;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.1966;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.17067;LRBP=530;MQ0Fraction=0.0470;MQM=21.951;MQRankSum=-23.449;NS=482;RA=1117;RL=62;RPP=23.273;RR=101;RUN=1;ReadPosRankSum=1.904;SAB=0.37423;SAF=61;SAP=25.404; [...]
-20 26185812 . AG A 322.58 PASS AF=0.0342;BaseQRankSum=3.668;DP=3014;Dels=0.01;FR;FS=10.238;HP=8;HPLen=6;HR=6;HRun=6;HU=G;InbreedingCoeff=0.1504;IndelType=DEL.NumRepetitions_6.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;MQ0Fraction=0.0473;MQRankSum=-5.464;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=0.536;SC=GGGTGGGTGGAGGGGGGAGGG;TC;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.0767;set=Intersection;sumGLbyD=8.46
-20 30963468 . AGTTT A 2041.12 PASS AA=38;AB=0.75694;ABA=35;ABP=85.587;ABR=109;AC=34;AF=0.0377;AN=902;BL=1974;BR=668;BVAR;BaseQRankSum=3.060;DEL;DP=22806;DP4=1997,1747,28,36;Dels=0.02;EL=17;EPP=3.9246;ER=21;FR;FS=16.034;HETAR=29;HOMA=1;HOMR=1009;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.0752;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.49432;LRBP=1404.9;MQ=87.17;MQ0Fraction=0.0013;MQM=98.079;MQRankSum=6.021;NF;NR;NS=1039;PP;PV4=0.13,1.5e-07,1,0.051;RA=4052;RL=36;R [...]
-20 31963212 . AAAAAAAAAAAAG A 727.15 PASS AC=5;AF=0.0080;AN=622;BaseQRankSum=4.037;DP=1480;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.3793;InbreedingCoeff=0.0350;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_10orMore.;MQ=51.77;MQ0=59;MQ0Fraction=0.0399;MQRankSum=-1.799;QD=22.72;ReadPosRankSum=3.591;SB=-364.04;VQSLOD=5.3166;set=VQSR
-20 31997272 . CT C,CTT,CTTT 1837.10 PASS AA=63;AB=0.77559;ABA=57;ABP=170.57;ABR=197;AC=79,49,30;AF=0.06594,0.04090,0.02504;AN=1198;BL=2372;BR=2640;BVAR;BaseQRankSum=3.277;DP=9050;Dels=0.03;EL=24;EPP=10.766;ER=39;FR;FS=0.303;HETAR=45;HOMA=1;HOMR=981;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2796;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.053472;LRBP=34.128;MQ0Fraction=0.0000;MQM=50.889;MQRankSum=0.610;NF;NR;NS=1027;PP;RA=3776;RL=30;RPP=3.3205;RR=33;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.800; [...]
-20 33446974 rs113250263 TAA T,TA,TAAA 17130.16 PASS AC=65,417,184;AF=0.05941,0.38117,0.16819;AN=1094;BVAR;BaseQRankSum=3.400;DB;DEL;DP=22362;DP4=221,247,418,524;Dels=0.33;FR;FS=15.409;HP=15;HR=14;HRun=14;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.5215;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=61.32;MQ0Fraction=0.0021;MQRankSum=0.481;NF;NR;PP;PV4=0.33,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTCCGTCTCATAAAAAAAAAA;TC;TR=14;TU=A;VQSLOD=8.0974;dbSNP=132;set=Intersection;sumGLbyD=12.78
-20 33877149 . C CT 1784.40 PASS AA=58;AB=0.73096;ABA=53;ABP=94.289;ABR=144;AC=65;AF=0.05682;AN=1144;BL=3298;BR=1935;BVAR;BaseQRankSum=-2.066;DP=8074;Dels=0.02;EL=22;EPP=10.348;ER=36;FR;FS=11.452;HETAR=47;HOMA=3;HOMR=754;HP=16;HR=12;HRun=12;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1178;IndelType=INS.NumRepetitions_10orMore.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.26046;LRBP=773.91;MQ0Fraction=0.0165;MQM=52.259;MQRankSum=0.734;NF;NR;NS=804;PP;RA=2141;RL=43;RPP=32.363;RR=15;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.27 [...]
-20 34387589 rs112431805 CT C,CTT 4039.10 PASS AA=121;AB=0.75368;ABA=117;ABP=268.53;ABR=358;AC=84,139;AF=0.07047,0.11661;AN=1192;BL=5557;BR=3901;BVAR;BaseQRankSum=2.693;DB;DP=10157;Dels=0.03;EL=47;EPP=16.093;ER=74;FR;FS=7.639;HETAR=89;HOMA=2;HOMR=913;HP=13;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2097;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.17509;LRBP=632.63;MQ0Fraction=0.0000;MQM=49.802;MQRankSum=-0.801;NF;NR;NS=1004;PP;RA=3789;RL=77;RPP=22.554;RR=44;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.691;SAB=0.37 [...]
-20 34493409 rs73621682 C CAG 62288.93 PASS AA=1069;AB=0.54863;ABA=826;ABP=40.606;ABR=1004;AC=257;AF=0.3640;AN=706;BL=41524;BR=47039;BVAR;BaseQRankSum=-24.248;DB;DP=30195;DP4=1743,1636,614,487;Dels=0.00;EL=582;EPP=21.343;ER=487;FQ=999;FR;FS=5.080;HETAR=298;HOMA=63;HOMR=712;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1437;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.062272;LRBP=748.76;MQ=77.99;MQ0=3;MQ0Fraction=0.0015;MQM=54.446;MQRankSum=0.160 [...]
-20 35957317 . CTGACT C,CGACT 4370.96 PASS ABR=81;AC=22,1;AF=0.0321,0.0015;AF1=0.04523;AN=686;BVAR;BaseQRankSum=7.969;CI95=0.0354,0.05752;DEL;DP=16632;DP4=1942,1815,17,21;Dels=0.03;FQ=999;FR;FS=0.531;HOMA=1;HOMR=998;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0587;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=83.38;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-7.201;NF;NR;NS=1020;PP;PV4=0.42,0.00017,4.5e-12,1;RA=4620;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CCTCTCAGCTCTGACTGAGTC;SRB=0.50043;SRF=2312;SRP=3.0178;S [...]
-20 36136198 . GTGTC G 2078.76 PASS AA=35;AB=0.54167;ABA=33;ABP=4.096;ABR=39;AC=17;AF=0.01384;AN=1228;BL=1212;BR=1523;BVAR;BaseQRankSum=6.900;DEL;DP=22483;DP4=1696,2291,9,16;Dels=0.01;EL=9;EPP=20.94;ER=26;FQ=999;FR;FS=3.023;HETAR=13;HOMA=1;HOMR=1061;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1113;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.11371;LRBP=79.803;MQ=93.98;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=83.686;MQRankSum=-1.683;NF;NR;NS=1075;PP;PV4=0.55,1,0.0083,1;RA=5771;R [...]
-20 36250522 . CA C 37933 PASS AA=51;AB=0.95582;ABA=44;ABP=1800.5;ABR=952;AC=23;AF=0.01885;AN=1220;BL=691;BR=3464;BVAR;BaseQRankSum=-2.418;DEL;DP=11998;Dels=0.00;EL=18;EPP=12.59;ER=33;FS=2.307;HETAR=348;HOMA=534;HOMR=164;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0763;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.66739;LRBP=4021.7;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0006;MQM=53.647;MQRankSum=1.083;NS=1047;RA=1663;RL=2;RPP=97.065;RR=49;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.726;SAB=0.68627;SAF=35;SAP=18.381 [...]
-20 36285033 rs34715186 AT A 39417 PASS AA=530;AB=0.5406;ABA=447;ABP=16.939;ABR=526;AC=88;AF=0.0950;AN=926;BL=20722;BR=20406;BVAR;BaseQRankSum=15.611;DB;DEL;DP=36713;DP4=2551,2475,236,218;Dels=0.09;EL=241;EPP=12.45;ER=289;FQ=999;FR;FS=1.290;HETAR=141;HOMA=16;HOMR=926;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=1;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0742;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.0076833;LRBP=8.2825;MQ=104.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=84.285;MQRankSum=-0.702;NF;NR;N [...]
-20 36384872 . CTG C 43532.41 PASS AC=1213;AF=0.99589;AN=1218;BaseQRankSum=0.802;DP=3208;FS=9.727;HRun=0;HaplotypeScore=46.6153;InbreedingCoeff=0.1085;IndelType=DEL.NumRepetitions_7.EventLength_2.RepeatExpansion_TG.;MQ=58.37;MQ0=50;MQ0Fraction=0.0156;MQRankSum=-1.672;QD=13.57;ReadPosRankSum=2.063;SB=-18894.12;VQSLOD=4.7353;set=VQSR
-20 36542802 . GTA G 31310.15 PASS AA=1481;AB=0.67546;ABA=1378;ABP=1138.4;ABR=2868;AC=437;AF=0.35938;AN=1216;BL=25719;BR=95500;BVAR;BaseQRankSum=9.478;DEL;DP=18068;DS;Dels=0.10;EL=889;EPP=132.34;ER=592;FS=320.726;HETAR=591;HOMA=44;HOMR=378;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.4197;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TA.;LEN=2;LRB=0.57566;LRBP=87231;MQ0Fraction=0.0091;MQM=29.319;MQRankSum=-3.409;NS=1013;RA=4037;RL=3;RPP=3193;RR=1478;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.687;SAB=0.40041;SAF [...]
-20 36985025 . CCA C 4.57 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=682;BaseQRankSum=4.199;DP=1504;FS=1.036;HRun=0;HaplotypeScore=18.5241;InbreedingCoeff=0.0460;IndelType=DEL.NumRepetitions_6.EventLength_2.RepeatExpansion_CA.;MQ=57.04;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.774;ReadPosRankSum=-2.105;VQSLOD=6.7455;set=VQSR
-20 37139725 . CAG C 250.77 PASS AF=0.0084;AF1=0.0139;BaseQRankSum=4.131;CI95=0.00885,0.01991;DP=7973;DP4=1808,1990,2,7;Dels=0.01;FQ=104;FR;FS=11.160;HP=3;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0001;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;MQ=103.71;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-3.378;NF;NR;PP;PV4=0.18,0.0011,0.041,1;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGATGGGGAACAGAGAGCAAG;TC;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.0630;set=Intersection;sumGLbyD=12.13
-20 37213224 . G GTA 3230.05 PASS AA=32;AB=0.50769;ABA=32;ABP=3.0437;ABR=33;AC=12;AF=0.0168;AF1=0.02635;AN=714;BL=1271;BR=1743;BVAR;BaseQRankSum=-7.288;CI95=0.02212,0.03319;DP=14304;DP4=2180,2256,13,21;Dels=0.00;EL=20;EPP=7.3532;ER=12;FQ=999;FR;FS=7.863;HETAR=9;HOMA=0;HOMR=1043;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0410;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TA.;LEN=2;LRB=0.1566;LRBP=163.52;MQ=95.56;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0005;MQM=51.562;MQRankSum=0. [...]
-20 37282014 . ATGG A 2518.52 PASS AF=0.03519;BaseQRankSum=11.994;DP=24592;DP4=415,3804,8,49;DS;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=2.049;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1028;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_3.;MQ=51.01;MQ0Fraction=0.0139;MQRankSum=-5.912;NF;NR;PP;PV4=0.27,1,0.22,0.015;ReadPosRankSum=1.781;SC=GGTGGTGATGATGGTGGTGGT;TC;TR=17;TU=GGT;VQSLOD=2.1183;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=9.05
-20 37532218 . GTCCGTCCA ATCCGTCCA,G 76120.88 PASS AC=998;AF=0.92924;AN=1074;BaseQRankSum=-2.877;DP=3087;FR;FS=9.889;HP=2;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=71.6244;InbreedingCoeff=-0.0027;IndelType=MIXED;MQ=52.68;MQ0=543;MQ0Fraction=0.1759;MQRankSum=-1.750;NF;NR;PP;QD=24.98;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-36635.43;SC=CCGTCCGTCCGTCCGTCCATC;TC;TR=19;TU=CCGT;VQSLOD=5.3068;set=Intersection
-20 37712193 . AAG A 2670.33 PASS AA=106;AB=0.62821;ABA=87;ABP=36.418;ABR=147;AC=53;AF=0.0759;AN=698;BL=4672;BR=4303;BVAR;BaseQRankSum=13.696;DEL;DP=15155;DP4=1340,1852,32,52;Dels=0.06;EL=57;EPP=4.3214;ER=49;FR;FS=0.824;HETAR=43;HOMA=7;HOMR=982;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0861;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.041114;LRBP=35.954;MQ=86.12;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=54.236;MQRankSum=-5.745;NF;NR;NS=1034;PP;PV4=0.5,7.3e-2 [...]
-20 37739002 . T TCA 1395.38 PASS AA=16;AB=0.48387;ABA=16;ABP=3.0803;ABR=15;AC=11;AF=0.00950;AN=1158;BL=504;BR=630;BVAR;BaseQRankSum=-3.257;DP=13617;DP4=1660,883,7,5;Dels=0.00;EL=7;EPP=3.5532;ER=9;FR;FS=1.114;HETAR=9;HOMA=0;HOMR=991;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0527;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_CA.;LEN=2;LRB=0.11111;LRBP=33.411;MQ=88.41;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.75;MQRankSum=1.713;NF;NR;NS=1000;PP;PV4=0.76,1,1,0.5;RA=3257; [...]
-20 38395256 . TTGAG T 633.19 PASS AF=0.0028;BaseQRankSum=5.667;DP=3839;Dels=0.00;FR;FS=10.238;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=-0.0097;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.276;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-1.016;SC=ATGTGTTTGTTTGAGTATGTT;TC;TR=10;TU=GTTT;VQSLOD=6.4906;set=Intersection;sumGLbyD=10.83
-20 39345038 . CTGAACCATAATGTG C,CCCATAATGTG 60744.52 PASS AA=23;AB=0.67143;ABA=23;ABP=20.878;ABR=47;AC=232,2;AF=0.19366,0.00167;AN=1198;BL=1607;BR=1843;BVAR;BaseQRankSum=30.955;DEL;DP=31490;DP4=1729,2100,265,278;Dels=0.13;EL=6;EPP=14.434;ER=17;FQ=999;FR;FS=1.767;HETAR=18;HOMA=0;HOMR=1015;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.1991;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=14;LRB=0.068406;LRBP=38.066;MQ=104.60;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=189.83;MQRankSum=-16.579;NF;NR;NS=1033;PP;PV [...]
-20 39418008 . AG A 46796 PASS AA=113;AB=0.9511;ABA=80;ABP=2894.6;ABR=1556;AC=30;AF=0.02412;AN=1244;BL=638;BR=6936;BVAR;BaseQRankSum=7.280;DEL;DP=14307;Dels=0.00;EL=50;EPP=6.2579;ER=63;FR;FS=5.707;HETAR=473;HOMA=361;HOMR=246;HP=3;HR=3;HRun=3;HU=G;InbreedingCoeff=0.0272;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.83153;LRBP=11375;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=62.398;MQRankSum=3.530;NF;NR;NS=1089;PP;RA=3000;RL=3;RPP=223.02;RR=110;RUN=1;ReadPosRankSum=-18.601;S [...]
-20 39876961 . GT G,GTT,GTTT 2302.10 PASS ABR=496;AC=45,51,45;AF=0.03664,0.04153,0.03664;AN=1228;BVAR;BaseQRankSum=4.462;DP=37649;DP4=1457,1975,57,59;Dels=0.02;FR;FS=9.938;HOMA=0;HOMR=978;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2583;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=97.28;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.246;NF;NR;NS=1063;PP;PV4=0.15,1,1.9e-09,0.016;RA=5185;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.954;SC=AGTTTCTCCGGTTTTTTTTTT;SRB=0.47464;SRF=2461;SRP=31.978;SRR=2724;TC;TR=10;TU=T;V [...]
-20 41013333 . TC T 20681 PASS AA=137;AB=0.89211;ABA=134;ABP=1661.6;ABR=1108;AC=68;AF=0.05601;AN=1214;BL=1091;BR=8981;BVAR;BaseQRankSum=1.354;DEL;DP=12998;Dels=0.01;EL=57;EPP=11.395;ER=80;FS=0.758;HETAR=359;HOMA=100;HOMR=610;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0104;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.78336;LRBP=13424;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=67.745;MQRankSum=2.563;NS=1072;RA=4447;RL=5;RPP=258.66;RR=132;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.092;SAB=0.59124;SAF=81;SAP=12 [...]
-20 41659532 . GC G 40544 PASS AA=42;AB=0.97149;ABA=39;ABP=2644.5;ABR=1329;AC=15;AF=0.0209;AN=716;BL=2531;BR=135;BVAR;BaseQRankSum=-2.537;DEL;DP=12219;Dels=0.00;EL=25;EPP=6.3192;ER=17;FS=2.656;HETAR=374;HOMA=155;HOMR=551;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0270;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.89872;LRBP=4678.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=103.31;MQRankSum=2.828;NS=1088;RA=4736;RL=41;RPP=85.733;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-9.702;SAB=0.57143;SAF=24;SAP=4.8716 [...]
-20 41845580 . GA G 49310 PASS AA=83;AB=0.95258;ABA=69;ABP=2591.6;ABR=1386;AC=46;AF=0.03740;AN=1230;BL=1320;BR=5150;BVAR;BaseQRankSum=-1.121;DEL;DP=13336;Dels=0.00;EL=36;EPP=6.1759;ER=47;FR;FS=0.372;HETAR=442;HOMA=341;HOMR=295;HP=2;HR=3;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.0238;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.59196;LRBP=4926.2;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=89.048;MQRankSum=0.897;NF;NR;NS=1080;PP;RA=3006;RL=5;RPP=142.43;RR=78;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.412 [...]
-20 42209428 . GC G 13163 PASS AA=89;AB=0.86677;ABA=83;ABP=730.96;ABR=540;AC=39;AF=0.03218;AN=1212;BL=950;BR=5334;BVAR;BaseQRankSum=-10.119;DEL;DP=10692;Dels=0.01;EL=48;EPP=4.2058;ER=41;FS=0.000;HETAR=259;HOMA=727;HOMR=54;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0448;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.69764;LRBP=6644.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=126.55;MQRankSum=4.223;NS=1040;RA=723;RL=12;RPP=106.09;RR=77;RUN=1;ReadPosRankSum=-17.362;SAB=0.39326;SAF=35;SAP=11.81 [...]
-20 42281109 . T TAG 2321.12 PASS AC=181;AF=0.3740;AN=484;BaseQRankSum=8.977;DP=435;FS=17.001;HRun=0;HaplotypeScore=14.6734;InbreedingCoeff=0.2340;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=53.88;MQ0=47;MQ0Fraction=0.1080;MQRankSum=0.762;QD=12.41;ReadPosRankSum=3.399;SB=-1299.73;VQSLOD=4.8926;set=VQSR
-20 42436117 . TC T 38933 PASS AA=18;AB=0.98435;ABA=17;ABP=2215.9;ABR=1069;AC=15;AF=0.01223;AN=1226;BL=498;BR=428;BVAR;BaseQRankSum=-7.224;DEL;DP=12436;Dels=0.00;EL=1;EPP=33.893;ER=17;FS=2.469;HETAR=303;HOMA=614;HOMR=123;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0439;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.075594;LRBP=14.501;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=98.611;MQRankSum=1.086;NS=1075;RA=1656;RL=10;RPP=3.4928;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-17.765;SAB=0.5;SAF=9;SAP=3.0103;SAR [...]
-20 42682214 . C A,CAT 3904.51 PASS AA=24;AB=0.6383;ABA=17;ABP=10.818;ABR=30;AC=0;AF=0.0000;AN=636;BL=1119;BR=949;BVAR;BaseQRankSum=1.426;DP=6509;Dels=0.00;EL=9;EPP=6.2675;ER=15;FR;HETAR=12;HOMA=3;HOMR=876;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0006;IndelType=MIXED;LEN=2;LRB=0.082205;LRBP=33.356;MQ0Fraction=0.0046;MQM=40.792;MQRankSum=-0.296;NF;NR;NS=891;PP;QD=32.81;RA=2679;RL=15;RPP=6.2675;RR=9;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.806;SAB=0.75;SAF=18;SAP=16.039;SAR=6;SB=-924.23;SC=TATACA [...]
-20 42973456 . CA C,CAA,CAAA 2675 PASS AA=90;AB=0.79177;ABA=86;ABP=308.39;ABR=327;AC=77,61,39;AF=0.06492,0.05143,0.03288;AN=1186;BL=2983;BR=4446;BVAR;BaseQRankSum=2.422;DP=9416;Dels=0.03;EL=39;EPP=6.4847;ER=51;FR;FS=31.555;HETAR=75;HOMA=1;HOMR=888;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.2696;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.19693;LRBP=628.63;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=55.567;MQRankSum=1.777;NF;NR;NS=964;PP;RA=3601;RL=37;RPP=9.1869;RR=53;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.991;SAB=0.5 [...]
-20 43091870 . TC T 2455.60 PASS AA=120;AB=0.10619;ABA=101;ABP=155.22;ABR=12;AC=42;AF=0.03825;AN=1098;BL=573;BR=8744;BVAR;BaseQRankSum=-13.513;DEL;DP=9139;Dels=0.00;EL=64;EPP=4.1684;ER=56;FS=9.856;HETAR=118;HOMA=820;HOMR=0;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0833;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.877;LRBP=15564;MQ0Fraction=0.0017;MQM=45.1;MQRankSum=2.266;NS=938;RA=24;RL=1;RPP=254.97;RR=119;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.803;SAB=0.475;SAF=57;SAP=3.6617;SAR=63;SRB=0 [...]
-20 43233648 rs74585029 GA G,GAA 1504.40 PASS AA=113;AB=0.78652;ABA=95;ABP=320.31;ABR=350;AC=41,65;AF=0.03394,0.05381;AF1=0.0115;AN=1208;BL=4677;BR=5548;BVAR;BaseQRankSum=6.744;CI95=0.004274,0.01852;DB;DEL;DP=13996;DP4=1736,1549,15,17;Dels=0.03;EL=69;EPP=15.021;ER=44;FQ=14;FR;FS=12.174;HETAR=119;HOMA=15;HOMR=892;HP=11;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.2359;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.085183;LRBP=164.12;MQ=89.12;MQ0Fraction=0.0000;MQM=69.867;MQRankSum=2.513;N [...]
-20 43246548 . AC A,CC 41579.13 PASS AA=382;AB=0.72402;ABA=316;ABP=502.11;ABR=829;AC=1197;AF=0.99254;AN=1206;BL=9889;BR=14293;BVAR;BaseQRankSum=1.373;DEL;DP=10477;DS;Dels=0.05;EL=243;EPP=64.494;ER=139;FS=29.162;HETAR=291;HOMA=85;HOMR=624;HPLen=10;InbreedingCoeff=0.1392;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.18212;LRBP=1744.6;MQ0Fraction=0.0024;MQM=48.471;MQRankSum=5.726;NS=1001;RA=3138;RL=174;RPP=9.5816;RR=208;RUN=1;ReadPosRankSum=5.755;SAB=0.79843;SAF=305;SAP=298.51;SAR=77;SRB=0.70363;SRF=2208;SRP= [...]
-20 43258646 . T TT 1107.17 PASS AC=97;AF=0.08420;AN=1152;BaseQRankSum=4.525;DP=2345;FS=19.308;HRun=9;HaplotypeScore=13.6276;InbreedingCoeff=0.1299;IndelType=INS.NumRepetitions_10orMore.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=76.70;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.395;QD=2.67;ReadPosRankSum=-4.696;SB=-899.41;VQSLOD=5.4523;set=VQSR
-20 43718299 . ATTACT A 5497.06 PASS AA=56;AB=0.51818;ABA=53;ABP=3.3262;ABR=57;AC=18;AF=0.0251;AF1=0.03729;AN=718;BL=2321;BR=2591;BVAR;BaseQRankSum=11.142;CI95=0.03319,0.04425;DEL;DP=17576;DP4=2460,2692,31,22;Dels=0.02;EL=28;EPP=3.0103;ER=28;FQ=999;FR;FS=9.689;HETAR=15;HOMA=1;HOMR=1068;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0448;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_5.;LEN=5;LRB=0.054967;LRBP=35.238;MQ=96.55;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=50.286;MQRankSum=-5.149;NF;NR;NS [...]
-20 43981749 . A AAAAAAC,AC 20899.71 PASS ABR=192;AC=91,0;AF=0.1285,0.0000;AN=708;BVAR;BaseQRankSum=7.858;DP=23372;DP4=1554,1457,55,42;Dels=0.00;FR;FS=0.000;HOMA=4;HOMR=995;HP=6;HPLen=7;HR=7;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2109;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=95.59;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-12.081;NF;NR;NS=1051;PP;PV4=0.35,1,8.9e-73,1;RA=5027;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TACACTAGCAAAAAAACAAAA;SRB=0.48518;SRF=2439;SRP=12.6;SRR=2588;TC;TR=7;TU=A;VQSLOD=8.0916;set=Interse [...]
-20 43999274 . TCAAA T 2948.85 PASS AA=59;AB=0.59441;ABA=58;ABP=14.08;ABR=85;AC=20;AF=0.0290;AF1=0.04249;AN=690;BL=2277;BR=2436;BVAR;BaseQRankSum=9.320;CI95=0.0354,0.05088;DEL;DP=14599;DP4=2052,2303,21,22;Dels=0.03;EL=32;EPP=3.9304;ER=27;FQ=999;FR;FS=0.000;HETAR=21;HOMA=0;HOMR=1043;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0037;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.033736;LRBP=14.658;MQ=90.05;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.339;MQRankSum=-1.294;NF;NR;NS=10 [...]
-20 44098622 . C CG 1092.40 PASS AA=129;AB=0.77301;ABA=74;ABP=214.06;ABR=252;AC=45;AF=0.0455;AN=988;BL=6586;BR=3029;BVAR;BaseQRankSum=2.802;DP=5177;Dels=0.00;EL=122;EPP=225.63;ER=7;FR;FS=355.273;HETAR=66;HOMA=11;HOMR=734;HP=6;HR=4;HRun=4;HU=G;INS;InbreedingCoeff=0.1759;IndelType=INS.NumRepetitions_4.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.36994;LRBP=2860.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=52.395;MQRankSum=1.946;NF;NR;NS=811;PP;RA=1981;RL=121;RPP=217.95;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.413;SA [...]
-20 44327637 . A AG,AGGGGGG 14351.23 PASS AC=9,211;AF=0.0103,0.2409;AN=876;BaseQRankSum=15.517;DP=1704;FS=6.768;HaplotypeScore=31.5906;InbreedingCoeff=0.1538;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=54.64;MQ0=4;MQ0Fraction=0.0023;MQRankSum=-12.691;QD=20.83;ReadPosRankSum=-3.583;SB=-6278.99;VQSLOD=5.1556;set=VQSR
-20 45202636 . GA G 13269 PASS AA=25;AB=0.96162;ABA=18;ABP=871.09;ABR=451;AC=24;AF=0.02013;AN=1192;BL=567;BR=1728;BVAR;BaseQRankSum=-5.361;DEL;DP=10873;Dels=0.00;EL=10;EPP=5.1818;ER=15;FS=0.928;HETAR=169;HOMA=831;HOMR=45;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0999;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.50588;LRBP=1278.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=170.56;MQRankSum=0.161;NS=1049;RA=632;RL=2;RPP=41.315;RR=23;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.760;SAB=0.68;SAF=17;SAP=10.046;SAR [...]
-20 45417828 . TGAGC T,TGC 4672.90 PASS ABR=317;AC=69,104;AF=0.05712,0.08609;BVAR;BaseQRankSum=18.527;DEL;DP=11835;DS;FS=184.873;HOMA=48;HOMR=575;HaplotypeScore=65.5875;InbreedingCoeff=0.0599;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=29.78;MQ0=2988;MQ0Fraction=0.3629;MQRankSum=5.052;NS=713;QD=1.11;RA=1581;RUN=1;ReadPosRankSum=6.574;SB=-2116.87;SRB=0.47502;SRF=751;SRP=11.582;SRR=830;VQSLOD=0.0651;set=filterInVQSR-2of5
-20 45525657 rs66759083 TA AA,T 49315 PASS AA=2361;AB=0.45241;ABA=1398;ABP=53.235;ABR=1155;AC=20;AF=0.01701;AN=1176;BL=94913;BR=100886;BVAR;BaseQRankSum=0.740;DB;DEL;DP=30636;DP4=1258,881,1206,999;Dels=0.48;EL=1133;EPP=11.311;ER=1228;FQ=999;FR;FS=7.072;HETAR=503;HOMA=310;HOMR=218;HP=6;HPLen=7;HR=7;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.2271;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.030506;LRBP=398.68;MQ=102.24;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.359;MQRankSum=0.148;NF;NR;NS=1031;PP;PV4=0.0064,0,4.6e-23,0.47;RA=2042; [...]
-20 45783456 . T TG 2355.68 PASS AA=64;AB=0.78521;ABA=61;ABP=203.67;ABR=223;AC=15;AF=0.0165;AN=910;BL=815;BR=5486;BVAR;BaseQRankSum=8.593;DP=10348;Dels=0.00;EL=48;EPP=37.754;ER=16;FS=77.861;HETAR=56;HOMA=1;HOMR=970;HRun=1;INS;InbreedingCoeff=-0.0549;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_G.;LEN=1;LRB=0.74131;LRBP=7522.1;MQ0Fraction=0.0122;MQM=44.562;MQRankSum=-1.258;NS=1027;RA=4750;RL=0;RPP=141.98;RR=64;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.047;SAB=0.25;SAF=16;SAP=37.754;SAR=48;SRB=0.6;SRF=2850;SRP=415.59;SRR=190 [...]
-20 46517110 . C CT 868.55 PASS AC=15;AF=0.0218;AN=688;BaseQRankSum=8.522;DP=1752;FS=6.570;HRun=0;HaplotypeScore=14.9548;InbreedingCoeff=0.0452;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_T.;MQ=77.73;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=3.874;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-396.78;VQSLOD=6.7740;set=VQSR
-20 46629361 . TTTCTTTC T,TTTTC 13000.91 PASS AC=188,107;AF=0.2212,0.1259;AN=850;BaseQRankSum=7.214;DP=1846;FS=14.502;HaplotypeScore=40.8481;InbreedingCoeff=0.3210;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=50.74;MQ0=79;MQ0Fraction=0.0428;MQRankSum=-6.348;QD=13.59;ReadPosRankSum=3.943;SB=-3581.20;VQSLOD=5.9412;set=VQSR
-20 46951099 . G GT 1662.30 PASS AA=55;AB=0.7713;ABA=51;ABP=145.58;ABR=172;AC=47;AF=0.03923;AN=1198;BL=3288;BR=2434;BVAR;BaseQRankSum=-4.014;DP=27423;DP4=1483,1590,58,42;Dels=0.01;EL=21;EPP=9.6826;ER=34;FR;FS=9.565;HETAR=48;HOMA=0;HOMR=913;HP=16;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0952;IndelType=INS.NumRepetitions_10orMore.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.14925;LRBP=279.78;MQ=70.36;MQ0Fraction=0.0124;MQM=52.545;MQRankSum=0.717;NF;NR;NS=961;PP;PV4=0.067,1,1, [...]
-20 47201076 rs58052846 C CT 982.16 PASS AC=50;AF=0.0551;AN=908;BaseQRankSum=12.598;DB;DP=2449;FS=35.648;HRun=0;HaplotypeScore=29.4602;InbreedingCoeff=-0.0542;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_T.;MQ=63.54;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=2.196;QD=3.16;ReadPosRankSum=-13.833;SB=-488.19;VQSLOD=6.0429;set=VQSR
-20 47965974 rs60011158 G GA 999 PASS AA=21;AB=0.57143;ABA=21;ABP=5.1818;ABR=28;AC=7;AF=0.0101;AF1=0.02061;AN=690;BL=1043;BR=577;BVAR;BaseQRankSum=-3.087;CI95=0.01549,0.02655;DB;DP=14578;DP4=1554,3055,6,17;Dels=0.00;EL=11;EPP=3.1137;ER=10;FQ=999;FR;FS=5.982;HETAR=7;HOMA=0;HOMR=1041;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=1;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0356;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.28765;LRBP=294.09;MQ=80.17;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=64.19;MQRankSum [...]
-20 48402974 rs57331436 GA G 27741 PASS AA=401;AB=0.5372;ABA=311;ABP=11.089;ABR=361;AC=84;AF=0.1186;AN=708;BL=16591;BR=14776;BVAR;BaseQRankSum=14.621;DB;DEL;DP=30607;DP4=1928,2310,195,225;Dels=0.11;EL=189;EPP=5.8749;ER=212;FQ=999;FR;FS=15.568;HETAR=110;HOMA=30;HOMR=923;HP=4;HPLen=3;HR=1;HRun=3;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1263;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;KGPilot123;LEN=1;LRB=0.057863;LRBP=231.06;MQ=106.68;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=63.005;MQRankSum=-2 [...]
-20 49101936 . C CT 404.46 PASS AC=40;AF=0.03559;AN=1124;BaseQRankSum=0.750;DP=2162;FS=14.291;HRun=2;HaplotypeScore=30.9513;InbreedingCoeff=-0.0082;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=49.78;MQ0=113;MQ0Fraction=0.0523;MQRankSum=-1.289;QD=1.94;ReadPosRankSum=-2.041;SB=-385.48;VQSLOD=4.6365;set=VQSR
-20 49731218 . ATTTTATTTTTTATT A,ATTTTATT 8398.93 PASS AF=0.0656,0.0156;AF1=0.0996;BaseQRankSum=13.996;CI95=0.07743,0.1239;DP=6308;DP4=951,1311,23,35;Dels=0.05;FQ=999;FR;FS=12.503;HP=7;HPLen=4;HR=4;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1892;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=57.61;MQ0Fraction=0.0145;MQRankSum=-5.208;NF;NR;PP;PV4=0.79,1,6.3e-06,0.16;ReadPosRankSum=-2.239;SC=TATTTTATTTATTTTATTTTT;TC;TR=11;TU=ATTT;VQSLOD=4.3191;set=Intersection;sumGLbyD=42.27
-20 49894989 . TA T 172.25 PASS AF=0.0140;BaseQRankSum=7.220;DP=3882;Dels=0.00;FS=17.217;HPLen=2;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0531;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ0Fraction=0.0214;MQRankSum=-0.661;ReadPosRankSum=-0.592;VQSLOD=3.0905;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=6.60
-20 50010923 rs66516522 C CT,CTGG 35851 PASS ABR=555;AC=310,11;AF=0.26451,0.00939;BVAR;BaseQRankSum=10.662;DB;DP=8188;FR;FS=34.411;HOMA=261;HOMR=399;HP=5;HR=6;HU=C;HaplotypeScore=45.1715;INS;InbreedingCoeff=0.2090;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=72.80;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=9.015;NF;NR;NS=831;PP;QD=9.69;RA=1986;RUN=1;ReadPosRankSum=-24.284;SB=-6038.55;SC=TGTCTGTCCCCCCTCAGCACT;SRB=0.45972;SRF=913;SRP=31.001;SRR=1073;TC;TR=6;TU=C;VQSLOD=6.1824;set=Intersection
-20 50228709 rs71192536 TG T 20517 PASS AA=924;AB=0.50203;ABA=735;ABP=3.0633;ABR=741;AC=200;AF=0.16502;AN=1212;BL=35460;BR=34197;BVAR;BaseQRankSum=13.810;DB;DEL;DP=32402;DP4=1760,2065,395,449;Dels=0.16;EL=439;EPP=7.9831;ER=485;FQ=999;FR;FS=0.558;HETAR=242;HOMA=63;HOMR=764;HP=5;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.1050;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.018132;LRBP=52.738;MQ=105.83;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.87;MQRankSum=3.895;NF;NR [...]
-20 50236115 . AGG A,ACGGG,AG,AGGG 7429.57 PASS AC=192,13,221,183;AF=0.2115,0.0143,0.2434,0.2015;AN=908;BaseQRankSum=1.045;DP=1177;FS=13.479;HaplotypeScore=11.8294;InbreedingCoeff=0.7959;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=52.98;MQ0=6;MQ0Fraction=0.0051;MQRankSum=-1.482;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.380;SB=-1229.31;VQSLOD=8.3762;set=VQSR
-20 51589568 . TAAAC AAAAC,T 12477.52 PASS AF=0.27949;BaseQRankSum=-28.122;DP=3777;Dels=0.00;FR;FS=31.799;HP=7;HPLen=4;HR=3;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=-0.1429;IndelType=MIXED;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.196;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-16.483;SC=AAATTCAAAATAAACAAACAA;TC;TR=18;TU=AAAC;VQSLOD=3.9201;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=52.43
-20 51617742 . TGC T,TGCGC 1374.91 PASS AF=0.06000,0.02000;BaseQRankSum=12.051;DP=6231;Dels=0.00;FS=189.609;HPLen=1;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0862;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0Fraction=0.0180;MQRankSum=-2.959;ReadPosRankSum=-5.090;VQSLOD=-2.8715;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=3.97
-20 51770354 . AG A 1010.90 PASS AA=26;AB=0.52727;ABA=26;ABP=3.3656;ABR=29;AC=7;AF=0.0097;AF1=0.01637;AN=718;BL=1034;BR=964;BVAR;BaseQRankSum=5.588;CI95=0.01327,0.02212;DEL;DP=16259;DP4=2785,2239,15,10;Dels=0.01;EL=11;EPP=4.3466;ER=15;FQ=999;FR;FS=3.367;HETAR=8;HOMA=0;HOMR=1064;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.0557;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.035035;LRBP=8.3357;MQ=90.48;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=61.346;MQRankSum=-0.01 [...]
-20 51848430 . AT A,ATT 999 PASS AA=39;AB=0.83408;ABA=37;ABP=219.19;ABR=186;AC=14,33;AF=0.0153,0.0359;AF1=0.03062;AN=918;BL=1676;BR=1732;BVAR;BaseQRankSum=3.338;CI95=0.02212,0.03982;DP=14886;DP4=1970,1762,22,31;Dels=0.01;EL=18;EPP=3.5114;ER=21;FQ=999;FR;FS=3.004;HETAR=31;HOMA=0;HOMR=1040;HP=10;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1629;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.016432;LRBP=5.0085;MQ=80.05;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.667;MQRankSum=0.325;NF;NR;NS=1071;PP;PV [...]
-20 51897203 . T TG 8427.20 PASS AA=237;AB=0.69846;ABA=215;ABP=246.92;ABR=498;AC=117;AF=0.1662;AN=704;BL=14961;BR=5990;BVAR;BaseQRankSum=22.203;DP=9710;Dels=0.00;EL=83;EPP=49.198;ER=154;FR;FS=9.450;HETAR=123;HOMA=9;HOMR=895;HP=5;HPLen=6;HR=6;HRun=0;HU=T;INS;InbreedingCoeff=-0.0513;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_G.;LEN=1;LRB=0.42819;LRBP=8344.3;MQ0Fraction=0.0291;MQM=45.861;MQRankSum=-10.426;NF;NR;NS=1027;PP;RA=4919;RL=210;RPP=309.85;RR=27;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.843;SAB=0.29536;SAF=70;SAP=89 [...]
-20 52274070 . AAG A 1400.37 PASS AA=30;AB=0.74227;ABA=25;ABP=52.462;ABR=72;AC=21;AF=0.01756;AN=1196;BL=412;BR=1966;BVAR;BaseQRankSum=6.660;DEL;DP=9362;Dels=0.01;EL=16;EPP=3.2998;ER=14;FS=1.485;HETAR=18;HOMA=2;HOMR=1004;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0317;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.65349;LRBP=2208.2;MQ0Fraction=0.0022;MQM=46.133;MQRankSum=-4.743;NS=1024;RA=3931;RL=2;RPP=51.941;RR=28;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.152;SAB=0.4;SAF=12;SAP=5.6161;SAR=18;SR [...]
-20 52351501 . TAC T 199.59 PASS AC=22;AF=0.0238;AN=926;BaseQRankSum=7.874;DP=22911;DP4=2146,1691,26,22;FR;FS=2.898;HP=4;HPLen=3;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.6111;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0326;IndelType=DEL.NumRepetitions_6.EventLength_2.RepeatExpansion_AC.;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQRankSum=1.011;NF;NR;PP;PV4=0.88,0.14,0.16,0.24;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-306.09;SC=GACACACAAATACACACACAC;TC;TR=13;TU=AC;VQSLOD=4.0486;set=filterInVQSR-2of5
-20 52447173 . CA C 503.89 PASS AC=23;AF=0.01891;AN=1216;BaseQRankSum=0.801;DP=3266;FS=2.606;HRun=2;HaplotypeScore=22.1543;InbreedingCoeff=-0.0097;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=118.02;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.309;QD=2.65;ReadPosRankSum=-7.872;SB=-279.27;VQSLOD=4.1900;set=VQSR
-20 52498650 . GT G 24069 PASS AA=74;AB=0.90594;ABA=57;ABP=870.4;ABR=549;AC=28;AF=0.02333;AN=1200;BL=505;BR=4514;BVAR;BaseQRankSum=-3.837;DEL;DP=9798;Dels=0.01;EL=41;EPP=4.8883;ER=33;FS=4.085;HETAR=209;HOMA=663;HOMR=121;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0334;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.79876;LRBP=6956.6;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQM=57.784;MQRankSum=-2.951;NS=995;RA=957;RL=8;RPP=101.72;RR=66;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.806;SAB=0.39189;SAF=29;SAP=10.522;S [...]
-20 52823602 rs11469056 CAAA C,CA,CAA,CAAAA,CAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA 14515.17 PASS AC=24,83,246,109,83,19,10,16,22,59;AF=0.02128,0.07358,0.21809,0.09663,0.07358,0.01684,0.00887,0.01418,0.01950,0.05230;AN=1128;BVAR;BaseQRankSum=4.150;DB;DEL;DP=28279;FR;FS=2.021;HP=17;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=27.8032;INS;InbreedingCoeff=0.7740;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=69.00;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.418;NF;NR;PP;QD=7.90;RUN=1;ReadPosRankSum=-3.864;SB=-3244. [...]
-20 53308906 . CT C,CTT 2276 PASS AA=92;AB=0.84453;ABA=81;ABP=540.17;ABR=440;AC=53,81;AF=0.04351,0.06650;AN=1218;BL=3561;BR=4796;BVAR;BaseQRankSum=3.000;DP=11804;Dels=0.02;EL=48;EPP=3.3879;ER=44;FR;FS=13.197;HETAR=69;HOMA=3;HOMR=993;HP=11;HR=10;HRun=10;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2297;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.14778;LRBP=399.32;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=56.348;MQRankSum=3.154;NF;NR;NS=1065;PP;RA=5520;RL=39;RPP=7.6365;RR=53;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.140;SAB=0.57609;SAF=53;SA [...]
-20 53334602 . T TG,TGG 905.13 PASS ABR=325;AC=44,22;AF=0.03624,0.01812;BVAR;BaseQRankSum=-4.608;DP=15015;FR;FS=494.901;HOMA=0;HOMR=1004;HP=1;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=20.5023;INS;InbreedingCoeff=0.0799;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=116.70;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=8.022;NF;NR;NS=1064;PP;QD=0.35;RA=5690;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.522;SB=-311.57;SC=AGCCATTGGCTGTTTCACTGA;SRB=0.40738;SRF=2318;SRP=426.97;SRR=3372;TC;TR=1;TU=G;VQSLOD=-2.3042;set=filterInVQSR-2of5
-20 53729115 . T TG 15.48 PASS AC=1;AF=0.0015;AN=668;BaseQRankSum=-1.001;DP=1711;FS=9.048;HRun=2;HaplotypeScore=12.4681;InbreedingCoeff=-0.0320;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;MQ=131.36;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.193;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.407;SB=-5.35;VQSLOD=4.8071;set=VQSR
-20 54033830 . GTATTTTAAAATCA G 2220.86 PASS AF=0.0113;BaseQRankSum=5.506;DP=2577;Dels=0.01;FR;FS=6.533;HP=5;HPLen=4;HR=1;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=0.0032;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_10orMore.;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.969;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=1.322;SC=TCAATATTTTGTATTTTAAAA;TC;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5145;set=Intersection;sumGLbyD=95.65
-20 54375236 . GT G 626.13 PASS AA=40;AB=0.63551;ABA=39;ABP=20.078;ABR=68;AC=18;AF=0.0256;AN=702;BL=1331;BR=1743;BVAR;BaseQRankSum=9.346;DEL;DP=8568;Dels=0.02;EL=26;EPP=10.828;ER=14;FS=0.610;HETAR=21;HOMA=1;HOMR=1035;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0056;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.13403;LRBP=122.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.125;MQRankSum=-2.537;NS=1058;RA=4870;RL=17;RPP=4.9646;RR=23;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.229;SAB=0.525;SAF=21;SAP=3.2274;SAR [...]
-20 54457331 . G GA 1793.40 PASS AA=77;AB=0.66667;ABA=74;ABP=56.573;ABR=148;AC=33;AF=0.02687;AN=1228;BL=3834;BR=1154;BVAR;BaseQRankSum=10.572;DP=10230;Dels=0.00;EL=77;EPP=170.21;ER=0;FS=139.433;HETAR=44;HOMA=1;HOMR=1001;HRun=1;INS;InbreedingCoeff=0.0023;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_A.;LEN=1;LRB=0.53729;LRBP=3129.8;MQ0Fraction=0.0095;MQM=4.7013;MQRankSum=-8.116;NS=1046;RA=4009;RL=77;RPP=170.21;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.026;SAB=1;SAF=77;SAP=170.21;SAR=0;SRB=0.57022;SRF=2286;SRP=174.7;SRR= [...]
-20 54469810 . CA C 1697.62 PASS AA=93;AB=0.63855;ABA=90;ABP=44.53;ABR=159;AC=34;AF=0.0374;AF1=0.01719;AN=908;BL=3242;BR=5839;BVAR;BaseQRankSum=10.425;CI95=0.009317,0.02795;DEL;DP=15197;DP4=2134,1896,56,46;Dels=0.03;EL=34;EPP=17.604;ER=59;FQ=16;FR;FS=9.985;HETAR=41;HOMA=1;HOMR=1011;HP=9;HPLen=8;HR=8;HRun=8;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0472;IndelType=DEL.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.28598;LRBP=1615.8;MQ=83.37;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=64.075;MQRankSum=3 [...]
-20 54542453 . GTATA G,GTA 5109.66 PASS ABR=112;AC=66,56;AF=0.0682,0.0579;AN=968;BVAR;BaseQRankSum=17.089;DB;DEL;DP=5519;DS;Dels=0.06;FS=99.502;HOMA=15;HOMR=409;HRun=0;InbreedingCoeff=0.1584;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0Fraction=0.0178;MQRankSum=-6.854;NS=460;RA=864;RUN=1;ReadPosRankSum=0.855;SRB=0.79282;SRF=685;SRP=646.5;SRR=179;VQSLOD=0.6375;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=8.53
-20 54629773 . CA C 1799.50 PASS AA=49;AB=0.82707;ABA=46;ABP=250.17;ABR=220;AC=9;AF=0.00746;AN=1206;BL=173;BR=2277;BVAR;BaseQRankSum=5.240;DEL;DP=8557;Dels=0.01;EL=49;EPP=109.41;ER=0;FS=32.359;HETAR=35;HOMA=1;HOMR=325;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0892;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.85878;LRBP=3926.6;MQ0Fraction=0.0602;MQM=32.163;MQRankSum=-3.926;NS=361;RA=1091;RL=0;RPP=109.41;RR=49;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.512;SAB=0;SAF=0;SAP=109.41;SAR=49;SRB=0.494 [...]
-20 54710245 . TA T 999 PASS AF=0.0084;AF1=0.0148;BaseQRankSum=3.954;CI95=0.00885,0.02212;DP=8043;DP4=2000,1849,10,7;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=0.000;HP=9;HPLen=6;HR=3;HRun=6;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1181;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=78.51;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.095;NF;NR;PP;PV4=0.63,0.00056,1,1;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CAACAAAAAATAAATAAATAA;TC;TR=15;TU=AAAT;VQSLOD=7.8129;set=Intersection;sumGLbyD=19.02
-20 54968173 . A AAT,AATAT,AT,ATAT 89535.82 PASS ABR=994;AC=561,278,2,3;AF=0.50179,0.24866,0.00179,0.00268;AN=1118;BVAR;BaseQRankSum=-2.699;DB;DP=27837;DP4=168,177,1045,866;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=12.472;HOMA=71;HOMR=455;HP=3;HPLen=4;HR=4;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6391;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;KGPilot123;MQ=80.36;MQ0Fraction=0.0055;MQRankSum=-1.512;NF;NR;NS=913;PP;PV4=0.046,1,1,1;RA=2015;RUN=1;ReadPosRankSum=1.015;SC=GGCCACTTAAAATATATATAT;SRB=0.44864;SRF=904;SRP=49.187;SR [...]
-20 55176688 . TA T 421.84 PASS AF=0.01322;AF1=0.01845;BaseQRankSum=5.383;CI95=0.01282,0.02564;DP=10531;DP4=1975,2017,16,14;Dels=0.01;FQ=91.2;FR;FS=7.401;HP=6;HPLen=5;HR=5;HRun=5;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0829;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=75.80;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=-0.471;NF;NR;PP;PV4=0.72,1,1,1;ReadPosRankSum=0.223;SC=CTGCAAAATATAAAAATTAGG;TC;TR=5;TU=A;VQSLOD=6.6000;set=Intersection;sumGLbyD=12.15
-20 55664086 . GTT ATT,G,GT,GTTT 5622.44 PASS AC=6,71,136;AF=0.00498,0.05887,0.11277;AN=1206;BVAR;BaseQRankSum=3.173;DB;DEL;DP=40384;DP4=1567,1317,54,29;Dels=0.05;FR;FS=1.949;HP=14;HR=11;HRun=11;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.3490;IndelType=MIXED;MQ=77.90;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.052;NF;NR;PP;PV4=0.057,1,0.2,1.2e-05;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.646;SC=AATTTTATTTGTTTTTTTTTT;TC;TR=11;TU=T;VQSLOD=11.7964;set=Intersection;sumGLbyD=8.09
-20 56045006 . TG T 342.15 PASS AC=72;AF=0.0940;AN=766;BaseQRankSum=4.992;DP=1238;FS=1.460;HRun=7;HaplotypeScore=20.2784;InbreedingCoeff=0.1795;IndelType=DEL.NumRepetitions_7.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;MQ=66.42;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0008;MQRankSum=-0.937;QD=1.84;ReadPosRankSum=-4.385;SB=-320.83;VQSLOD=5.2383;set=VQSR
-20 56158711 . AG A 922.47 PASS AA=18;AB=0.575;ABA=17;ABP=4.9646;ABR=23;AC=2;AF=0.0028;AN=714;BL=953;BR=808;BVAR;BaseQRankSum=3.129;DEL;DP=10462;Dels=0.01;EL=9;EPP=3.0103;ER=9;FR;FS=8.724;HETAR=4;HOMA=0;HOMR=1058;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=1;HU=A;InbreedingCoeff=0.0262;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.08234;LRBP=28.936;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=55.889;MQRankSum=2.052;NF;NR;NS=1062;PP;RA=6300;RL=9;RPP=3.0103;RR=9;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.317;SAB=0.6 [...]
-20 56258618 rs113670927 T C,TGC,TGTGC,TGTGTGC 37834.99 PASS ABR=441;AC=11,100,43;AF=0.0123,0.1119,0.0481;AN=894;BVAR;BaseQRankSum=19.514;DB;DP=23173;DP4=541,920,413,579;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=1.238;HOMA=28;HOMR=808;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2154;IndelType=MIXED;MQ=57.25;MQ0Fraction=0.0275;MQRankSum=-6.684;NF;NR;NS=976;PP;PV4=0.023,1,1,1;RA=3294;RUN=1;ReadPosRankSum=11.873;SC=TGCGTGTGTGTGTGTGTGTGT;SRB=0.42441;SRF=1398;SRP=166.5;SRR=1896;TC;TR=30;TU=GT;VQSLO [...]
-20 56395857 . T TAGGCAG 6614.22 PASS AA=30;AB=0.63415;ABA=30;ABP=15.827;ABR=52;AC=14;AF=0.0197;AF1=0.03154;AN=710;BL=991;BR=1813;BVAR;BaseQRankSum=-4.589;CI95=0.02434,0.04204;DP=13879;DP4=1543,1833,12,14;Dels=0.00;EL=14;EPP=3.2998;ER=16;FQ=999;FR;FS=1.482;HETAR=11;HOMA=0;HOMR=1051;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0774;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_6.;LEN=6;LRB=0.29315;LRBP=526.27;MQ=90.42;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=39.433;MQRankSum=-7.011;NF;NR;NS= [...]
-20 56969289 . GTTTGT G 600.69 PASS AF=0.0056;AF1=0.007726;BaseQRankSum=2.907;CI95=0.004425,0.01327;DP=9643;DP4=1892,1749,6,3;Dels=0.00;FQ=117;FR;FS=16.601;HP=5;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0236;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_5.;MQ=92.59;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.134;NF;NR;PP;PV4=0.51,1,0.07,0.3;ReadPosRankSum=0.236;SC=TAAGGACGTTGTTTGTTTTGT;TC;TR=10;TU=GTTT;VQSLOD=5.8458;set=Intersection;sumGLbyD=39.51
-20 57187557 . AG A,AGG 1486.69 PASS AA=130;AB=0.55446;ABA=90;ABP=8.2132;ABR=112;AC=56,26;AF=0.0574,0.0266;AN=976;BL=3817;BR=5968;BVAR;BaseQRankSum=5.517;DEL;DP=14174;DP4=925,721,59,48;Dels=0.05;EL=52;EPP=14.302;ER=78;FR;FS=0.917;HETAR=44;HOMA=17;HOMR=864;HP=4;HPLen=4;HR=4;HRun=4;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.2856;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.21983;LRBP=1029.8;MQ=91.56;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=63.631;MQRankSum=1.900;NF;NR;NS=925;PP;PV4=0.84,1,1,0.39;RA=2746;RL=44;RPP=32.476 [...]
-20 57282771 . T TG 506.43 PASS AA=34;AB=0.70312;ABA=19;ABP=25.946;ABR=45;AC=34;AF=0.0373;AN=912;BL=886;BR=1938;BVAR;BaseQRankSum=3.744;DP=4276;Dels=0.00;EL=18;EPP=3.2658;ER=16;FR;FS=0.639;HETAR=17;HOMA=9;HOMR=737;HP=9;HR=8;HRun=8;HU=G;INS;InbreedingCoeff=0.2149;IndelType=INS.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.37252;LRBP=853.99;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=49.706;MQRankSum=-0.051;NF;NR;NS=763;PP;RA=1822;RL=9;RPP=19.36;RR=25;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.111;SAB=0.5588 [...]
-20 57419740 rs11481507 A AT 82613.57 PASS AA=3850;AB=0.41404;ABA=1786;ABP=198.63;ABR=1262;AC=919;AF=0.75328;AN=1220;BL=140665;BR=151383;BVAR;BaseQRankSum=-27.490;DB;DP=31794;DP4=588,585,1571,1721;Dels=0.00;EL=1924;EPP=3.0126;ER=1926;FQ=999;FR;FS=2.191;HETAR=482;HOMA=454;HOMR=135;HP=3;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0861;IndelType=INS.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.036699;LRBP=857.15;MQ=123.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=91.654;MQRankSu [...]
-20 57558194 . CT C,CTT,CTTT 6470.30 PASS ABR=451;AC=104,161,177;AF=0.08919,0.13808,0.15180;BVAR;BaseQRankSum=1.172;DP=7985;FR;FS=2.202;HOMA=19;HOMR=778;HP=22;HR=15;HU=T;HaplotypeScore=16.1921;INS;InbreedingCoeff=0.6440;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=69.24;MQ0=27;MQ0Fraction=0.0109;MQRankSum=-0.003;NF;NR;NS=943;PP;QD=2.22;RA=2531;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2096.85;SC=GCCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SRB=0.34848;SRF=882;SRP=507.73;SRR=1649;TC;TR=15;TU=T;VQSLOD=6.5151;set=Intersection
-20 57693627 . AG A 1991.90 PASS AA=52;AB=0.49462;ABA=47;ABP=3.0336;ABR=46;AC=15;AF=0.01227;AN=1222;BL=1902;BR=1478;BVAR;BaseQRankSum=-6.121;DEL;DP=26459;DP4=2647,2873,16,20;Dels=0.01;EL=25;EPP=3.1773;ER=27;FR;FS=3.135;HETAR=15;HOMA=1;HOMR=1064;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=2;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0866;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.12544;LRBP=118.51;MQ=116.26;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=114.65;MQRankSum=1.942;NF;NR;NS=1080;PP;PV4=0.74,6.9e-08 [...]
-20 57716287 . A AT 66.47 PASS AC=6;AF=0.00506;AN=1186;BaseQRankSum=1.369;DP=2744;FS=3.834;HRun=8;HaplotypeScore=11.2046;InbreedingCoeff=0.1196;IndelType=INS.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=73.00;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-0.086;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.588;SB=-53.80;VQSLOD=4.2080;set=VQSR
-20 58121928 rs73625057 T TGG 6649.17 PASS AA=132;AB=0.57854;ABA=110;ABP=16.996;ABR=151;AC=57;AF=0.0617;AN=924;BL=4530;BR=4790;BVAR;BaseQRankSum=-13.456;DB;DP=30353;DP4=2107,2168,61,66;Dels=0.00;EL=67;EPP=3.0761;ER=65;FR;FS=0.708;HETAR=46;HOMA=8;HOMR=1023;HP=3;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1241;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=2;LRB=0.027897;LRBP=18.76;MQ=109.61;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=79.833;MQRankSum=-0.699;NF;NR;NS=1077;PP; [...]
-20 58468826 . ACAAG A 999 PASS AF=0.0014;AF1=0.003429;BaseQRankSum=4.082;CI95=0.003106,0.006211;DP=8461;DP4=2500,1817,8,2;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=5.034;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0183;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ=120.69;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.141;NF;NR;PP;PV4=0.21,1,0.054,1;ReadPosRankSum=2.096;SC=ATCCTGAAACACAAGAAGAAA;TC;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.4928;set=Intersection;sumGLbyD=29.17
-20 58731262 . TC T 999 PASS AA=21;AB=0.48649;ABA=19;ABP=3.069;ABR=18;AC=7;AF=0.0101;AF1=0.01493;AN=694;BL=939;BR=848;BVAR;BaseQRankSum=4.205;CI95=0.01106,0.02212;DEL;DP=12598;DP4=1766,1428,11,15;Dels=0.01;EL=13;EPP=5.5954;ER=8;FQ=999;FR;FS=1.796;HETAR=8;HOMA=1;HOMR=1031;HP=7;HPLen=8;HR=8;HRun=2;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0030;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.050923;LRBP=13.073;MQ=124.57;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.905;MQRankSum=1.103;NF;N [...]
-20 59181229 rs11476579 CTT C,CT,CTTT,CTTTT 7787.17 PASS AC=19,195,104,91;AF=0.01599,0.16414,0.08754,0.07660;AF1=0.2124;AN=1188;BVAR;BaseQRankSum=6.347;CI95=0.146,0.2743;DB;DEL;DP=26140;DP4=932,880,352,375;Dels=0.13;FQ=85.6;FR;FS=11.914;HP=14;HR=14;HRun=14;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.4183;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=86.88;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.469;NF;NR;PP;PV4=0.17,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGTGAGAAAGCTTTTTTTTTT;TC;TR=14;TU=T;VQSLOD=7.4340;dbSNP=120;set= [...]
-20 59213979 rs112141381 G GC 9068 PASS AA=131;AB=0.47115;ABA=110;ABP=4.5136;ABR=98;AF=0.0586;AN=700;BL=5395;BR=5816;BVAR;BaseQRankSum=15.453;DB;DP=23381;DP4=2191,2184,71,49;Dels=0.00;EL=66;EPP=3.0269;ER=65;FR;FS=7.907;HETAR=35;HOMA=5;HOMR=1019;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0283;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_C.;LEN=1;LRB=0.037552;LRBP=37.34;MQ=72.13;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=54.496;MQRankSum=0.897;NF;NR;NS=1059;PP;PV4=0.052,1,0.066,1;RA=4976;RL=59;RPP=5.8117;R [...]
-20 59252945 . CT C,CTT 557.18 PASS AA=24;AB=0.84868;ABA=23;ABP=163.53;ABR=129;AC=21,29;AF=0.01759,0.02429;BL=1217;BR=1336;BVAR;BaseQRankSum=5.135;DP=9970;Dels=0.01;EL=13;EPP=3.3722;ER=11;FS=2.302;HETAR=21;HOMA=1;HOMR=1012;HRun=9;INS;InbreedingCoeff=0.1549;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.046612;LRBP=15.055;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.208;MQRankSum=0.086;NS=1034;RA=4421;RL=11;RPP=3.3722;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.826;SAB=0.41667;SAF=10;SAP=4.4579;SAR=14;SRB=0.49649;SRF=2195 [...]
-20 60016966 . CT C 42650 PASS AA=37;AB=0.97834;ABA=31;ABP=2847;ABR=1400;AC=15;AF=0.0163;AN=920;BL=2596;BR=778;BVAR;BaseQRankSum=-0.632;DEL;DP=10967;Dels=0.00;EL=14;EPP=7.7641;ER=23;FS=4.094;HETAR=421;HOMA=256;HOMR=385;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0051;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.53883;LRBP=2130.2;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=120.3;MQRankSum=-0.911;NS=1072;RA=3413;RL=31;RPP=39.691;RR=6;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.062;SAB=0.48649;SAF=18;SAP=3.069;S [...]
-20 60188651 . AG A 17624.52 PASS AA=462;AB=0.76548;ABA=409;ABP=1070.7;ABR=1335;AC=403;AF=0.34444;AN=1170;BL=13877;BR=25909;BVAR;BaseQRankSum=6.180;DEL;DP=9900;Dels=0.08;EL=353;EPP=282.84;ER=109;FR;FS=2699.057;HETAR=346;HOMA=26;HOMR=633;HP=3;HR=4;HRun=1;HU=A;InbreedingCoeff=-0.2900;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.30242;LRBP=7904.3;MQ0Fraction=0.0004;MQM=56.119;MQRankSum=1.644;NF;NR;NS=1005;PP;RA=3521;RL=112;RPP=269.25;RR=350;RUN=1;ReadPosRankSum [...]
-20 60195570 . GTACATACATACA ATACATACATACA,G,GTACATACA 20140 PASS ABR=102;AC=105,2;AF=0.08794,0.00168;AN=1194;BVAR;BaseQRankSum=-28.899;DB;DEL;DP=14347;Dels=0.02;FR;FS=52.125;HOMA=1;HOMR=1006;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=0.0695;IndelType=MIXED;MQ0Fraction=0.0007;MQRankSum=1.957;NF;NR;NS=1035;PP;RA=4759;RUN=1;ReadPosRankSum=-22.252;SAB=0.5;SAP=3.0103;SC=TGATAGATTCGTACATACATA;SRB=0.47615;SRF=2266;SRP=26.522;SRR=2493;TC;TR=21;TU=ACAT;VQSLOD=2.7673;set=filterInVQSR-2of5;sumGL [...]
-20 60670601 rs72127450 AT A,ATT 6401.59 PASS AC=177,79;AF=0.16239,0.07248;AF1=0.1602;AN=1090;BVAR;BaseQRankSum=8.618;CI95=0.1106,0.2058;DB;DEL;DP=17508;DP4=1285,1094,313,259;Dels=0.10;FQ=94.1;FR;FS=0.000;HP=12;HR=12;HRun=12;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1076;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;MQ=64.73;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.620;NF;NR;PP;PV4=0.78,1,0.012,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.294;SC=AGCCAGGCACATTTTTTTTTT;TC;TR=12;TU=T;VQSLOD=6.1650;dbSNP=130;set=Intersection;sumGLbyD=5.80
-20 60685780 . TC T 1123.58 PASS AC=79;AF=0.07655;AN=1032;BaseQRankSum=14.949;DP=2084;FS=23.521;HRun=1;HaplotypeScore=19.7117;InbreedingCoeff=0.1356;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=53.57;MQ0=61;MQ0Fraction=0.0293;MQRankSum=-7.958;QD=4.35;ReadPosRankSum=-13.757;SB=-791.28;VQSLOD=6.3549;set=VQSR
-20 60744906 rs113528167 CG C 422.53 PASS AC=48;AF=0.0732;AN=656;BaseQRankSum=17.669;DB;DP=1189;FS=0.356;HRun=1;HaplotypeScore=15.1808;InbreedingCoeff=0.2111;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;MQ=82.83;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-10.455;QD=2.71;ReadPosRankSum=-16.887;SB=-326.46;VQSLOD=7.1707;set=VQSR
-20 60848742 . CGT C,CGTGT 999 PASS AF=0.00980,0.01225;BaseQRankSum=5.597;DP=17065;DP4=1928,2188,17,13;Dels=0.01;FR;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.2094;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=115.78;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.281;NF;NR;PP;PV4=0.36,0.4,0.12,0.12;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-157.35;SC=TAGACGCTTCCGTGTGTGTGT;TC;TR=11;TU=GT;VQSLOD=1.7100;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=16.39
-20 61023668 rs57452309 G GAGC 6896.67 PASS AC=115;AF=0.1445;AN=796;BaseQRankSum=12.146;DB;DP=1423;FS=5.070;HRun=0;HaplotypeScore=29.8897;InbreedingCoeff=0.0740;IndelType=INS.NOVEL_3.;MQ=77.02;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-9.005;QD=19.16;ReadPosRankSum=-17.440;SB=-3045.82;VQSLOD=4.5788;set=VQSR
-20 61180519 . C CA,CT 1774.30 PASS ABR=135;AC=27,15;AF=0.02538,0.01410;BVAR;BaseQRankSum=-2.189;DP=8393;FR;FS=27.692;HOMA=2;HOMR=825;HP=6;HPLen=3;HR=3;HU=T;HaplotypeScore=19.5313;INS;InbreedingCoeff=0.0868;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;MQ=56.11;MQ0=172;MQ0Fraction=0.0667;MQRankSum=2.605;NF;NR;NS=854;PP;QD=1.99;RA=2868;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.324;SB=-385.54;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;SRB=0.32741;SRF=939;SRP=745.08;SRR=1929;TC;TR=69;TU=CTTT;VQSLOD=3.4398;set=filterInVQSR-2of5
-20 61184281 . AC A 9798.10 PASS AA=24;AB=0.96507;ABA=16;ABP=863.43;ABR=442;AC=4;AF=0.00341;AN=1174;BL=349;BR=1039;BVAR;BaseQRankSum=2.048;DEL;DP=10073;Dels=0.00;EL=11;EPP=3.3722;ER=13;FS=2.097;HETAR=141;HOMA=69;HOMR=829;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0697;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.49712;LRBP=747.85;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=98.042;MQRankSum=1.881;NS=1042;RA=3625;RL=5;RPP=20.744;RR=19;RUN=1;ReadPosRankSum=-8.009;SAB=0.75;SAF=18;SAP=16.039;SAR [...]
-20 62074219 . C CTAT,CTGT 2328 PASS ABR=99;AC=20,6;AF=0.01754,0.00526;BVAR;BaseQRankSum=11.221;DP=9498;DS;FS=4.510;HOMA=15;HOMR=645;HaplotypeScore=82.8868;INS;InbreedingCoeff=0.0880;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=3;MQ=29.88;MQ0=1378;MQ0Fraction=0.2286;MQRankSum=-5.309;NS=689;QD=0.77;RA=1679;RUN=1;ReadPosRankSum=-3.510;SAR=1;SB=-93.21;SRB=0.70697;SRF=1187;SRP=627.71;SRR=492;VQSLOD=1.8325;set=filterInVQSR-2of5
-20 62304449 . CA C,CAA 6680.17 PASS AC=141,69;AF=0.12567,0.06150;AF1=0.08178;AN=1122;BVAR;BaseQRankSum=9.754;CI95=0.05088,0.1128;DEL;DP=15867;DP4=1252,1289,232,208;Dels=0.10;FQ=52.6;FR;FS=6.576;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1950;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;MQ=60.48;MQ0Fraction=0.0004;MQRankSum=-0.049;NF;NR;PP;PV4=0.2,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.137;SC=GATTCTGTGTCAAAAAAAAAA;TC;TR=11;TU=A;VQSLOD=7.4714;set=Intersection;sumGLbyD=8.36
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@@ -1,310 +0,0 @@
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-##INFO=<ID=Sqnm,Number=1,Type=String,Description="Status of Sequenom for this site">
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-##INFO=<ID=NotCalledInValidationSamples,Number=.,Type=Flag,Description="Was not called polymorphic in sequencing for any of the passing validation samples; could still be polymorphic">
-##INFO=<ID=pcr454_ss,Number=1,Type=String,Description="Status of PCR-Roche 454 single-sample experiment for this site">
-##INFO=<ID=pcr454_ps,Number=1,Type=String,Description="Status of PCR-Roche 454 pooled-samples experiment for this site">
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-chr1 22642904 . A AAC . PASS VC=INDEL;AC=255;AF=0.85;AN=300 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 22844297 . ATCT A . PASS VC=INDEL;AC=162;AF=0.51;AN=316;refseq.name=NM_001083621;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 22844299 . CTTC C . PASS VC=INDEL;AC=160;AF=0.51;AN=314;refseq.name=NM_001083621;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 23162393 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=44;AF=0.14;AN=316;refseq.name=NM_004442;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 23882634 . T TAGGTG . PASS VC=INDEL;AC=24;AF=0.08;AN=284 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 25799681 . CTCTG C . PASS VC=INDEL;AC=49;AF=0.21;AN=230;refseq.name=NM_018202;refseq.positionType=intron GT 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 1/1 ./. 1/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 ./. ./. 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 26081170 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=17;AF=0.06;AN=308;refseq.name=NM_020379;refseq.positionType=intron GT 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 26240086 . GAT G . PASS VC=INDEL;AC=31;AF=0.1;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 26725650 . A ATGAAG . PASS VC=INDEL;AC=300;AF=0.95;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/ [...]
-chr1 26725655 . G GTGAAG . PASS VC=INDEL;AC=300;AF=0.95;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/ [...]
-chr1 27425097 . CTGG C . PASS VC=INDEL;AC=40;AF=0.16;AN=248;refseq.name=NM_003047;refseq.positionType=terminator GT 1/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 [...]
-chr1 27737240 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_006990;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 28156589 . G GGATG . PASS VC=INDEL;AC=127;AF=0.4;AN=314;refseq.name=NM_002713;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 28721777 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=287;AF=0.91;AN=316;refseq.name=NM_001048183;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 28721778 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=287;AF=0.91;AN=316;refseq.name=NM_001048183;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 28907201 . GT G . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=224 GT 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. [...]
-chr1 29223339 . G GTGAG . PASS VC=INDEL;AC=203;AF=0.7;AN=292;refseq.name=NM_004437;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 29223342 . A AGCAA . PASS VC=INDEL;AC=71;AF=0.29;AN=242;refseq.name=NM_004437;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 ./. ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 29865521 . G GCTCCGT . PASS VC=INDEL;AC=115;AF=0.36;AN=316 GT 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0 [...]
-chr1 31128790 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 31135886 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=246;AF=0.92;AN=268 GT ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 ./. ./. 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 31503645 . AAAAGA A . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=314;refseq.name=NM_001020658;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 31504005 . C CAT . PASS VC=INDEL;AC=84;AF=0.27;AN=316;refseq.name=NM_001020658;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 31731414 . CCTCT C . PASS VC=INDEL;AC=40;AF=0.13;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 31775152 . A ACTA . PASS VC=INDEL;AC=47;AF=0.15;AN=308;refseq.name=NM_016505;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr1 31882582 . G GGCCTCA . PASS VC=INDEL;AC=163;AF=0.59;AN=274 GT 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 ./. 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 . [...]
-chr1 32010706 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=312;AF=1;AN=312 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 . [...]
-chr1 32078865 . G GT . PASS VC=INDEL;AC=78;AF=0.25;AN=316 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 33422344 . G GAA . PASS VC=INDEL;AC=123;AF=0.39;AN=316;refseq.name=NM_153341;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 [...]
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-chr1 33965999 . CCCAGTTC C . PASS VC=INDEL;AC=203;AF=0.65;AN=314 GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 34176371 . GAAACATAAG G . PASS VC=INDEL;AC=252;AF=0.95;AN=266;refseq.name=NM_052896;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. ./. ./. 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1 [...]
-chr1 34931817 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=38;AF=0.12;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 35879227 . CAT C . PASS VC=INDEL;AC=31;AF=0.1;AN=316;refseq.name=NM_005095;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 36429590 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=181;AF=0.57;AN=316;refseq.name=NM_024852;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0 [...]
-chr1 36558240 . C CAC . PASS VC=INDEL;AC=11;AF=0.03;AN=316;refseq.name=NM_017825;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 37034721 . ATACT A . PASS VC=INDEL;AC=44;AF=0.16;AN=282 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-chr1 37142202 . AATA A . PASS VC=INDEL;AC=24;AF=0.08;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0 [...]
-chr1 37169424 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=176;AF=0.56;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/ [...]
-chr1 37169427 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=173;AF=0.56;AN=308 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/ [...]
-chr1 37638341 . T TAT . PASS VC=INDEL;AC=11;AF=0.05;AN=222 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. ./ [...]
-chr1 38077349 . CTTATCCCCATACTAGTTATTATCGAAACCATCAGCCTACTCATTCAACCAATAGCCCTGGCCGTACGCCTA C . PASS VC=INDEL;AC=209;AF=0.77;AN=272;refseq.name=NM_001038633;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 [...]
-chr1 38392549 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_005540;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 38664242 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=93;AF=0.29;AN=316 GT 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 [...]
-chr1 38739177 . GTG G . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.1;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 39288395 . CTTC C . PASS VC=INDEL;AC=36;AF=0.12;AN=306 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 39615407 . C CGATAT . PASS VC=INDEL;AC=192;AF=0.63;AN=306;refseq.name=NM_012090;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 39615412 . T TGATAT . PASS VC=INDEL;AC=200;AF=0.63;AN=316;refseq.name=NM_012090;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 39736467 . T TATAT . PASS VC=INDEL;AC=27;AF=0.09;AN=316;refseq.name=NM_012090;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 39936801 . GTG G . PASS VC=INDEL;AC=23;AF=0.07;AN=314;refseq.name=NM_012090;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 40525320 . AACACAAGAAC A . PASS VC=INDEL;AC=21;AF=0.11;AN=196;refseq.name=NM_006367;refseq.positionType=intron GT ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/1 0/1 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . [...]
-chr1 40728529 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=216;AF=0.68;AN=316;refseq.name=NM_005857;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0 [...]
-chr1 41281719 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=142;AF=0.45;AN=316;refseq.name=NM_004700;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 41808814 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.1;AN=308 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 41991662 . CCA C . PASS VC=INDEL;AC=17;AF=0.06;AN=304;refseq.name=NM_024503;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 42083551 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=139;AF=0.44;AN=316;refseq.name=NM_024503;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 42531504 . G GATAG . PASS VC=INDEL;AC=199;AF=0.66;AN=302 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 ./. 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 42835720 . C CTTG . PASS VC=INDEL;AC=297;AF=0.94;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 42835723 . G GTTG . PASS VC=INDEL;AC=297;AF=0.94;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 42880843 . A ACA . PASS VC=INDEL;AC=179;AF=0.57;AN=316;refseq.name=NM_173642;refseq.positionType=exon GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/ [...]
-chr1 44114854 . C CGC . PASS VC=INDEL;AC=107;AF=0.45;AN=238;refseq.name=NM_014663;refseq.positionType=promoter GT 0/0 1/1 1/1 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 ./. 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/0 0/ [...]
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-chr1 44231608 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=215;AF=0.68;AN=314;refseq.name=NM_006279;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1 [...]
-chr1 44327106 . GCTGTCAGGACTTGTATAGA G . PASS VC=INDEL;AC=193;AF=0.66;AN=294;refseq.name=NM_006279;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 [...]
-chr1 44730823 . G GGAGA . PASS VC=INDEL;AC=295;AF=0.96;AN=306;refseq.name=NM_024066;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 44881687 . GCAT G . PASS VC=INDEL;AC=29;AF=0.09;AN=314;refseq.name=NM_018150;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 45223909 . GATTAGCTG G . PASS VC=INDEL;AC=167;AF=0.55;AN=306;refseq.name=NM_006845;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. 0/1 1/ [...]
-chr1 46900444 . T TGTGGGAATGC . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=296 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 46900720 . C CTT . PASS VC=INDEL;AC=244;AF=0.79;AN=308 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 . [...]
-chr1 46900721 . T TTT . PASS VC=INDEL;AC=241;AF=0.79;AN=304 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 . [...]
-chr1 47052336 . TGAAA T . PASS VC=INDEL;AC=76;AF=0.24;AN=316;refseq.name=NM_003684;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr1 47167062 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=174;AF=0.64;AN=272;refseq.name=NM_014774;refseq.positionType=intron GT ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 1 [...]
-chr1 47324578 . CTACTACAAA C . PASS VC=INDEL;AC=150;AF=0.65;AN=232 GT 1/1 ./. ./. ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 0/ [...]
-chr1 47325281 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 47891688 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=84;AF=0.29;AN=294 GT 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 47931769 . TTCTC T . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 48000154 . G GTTT . PASS VC=INDEL;AC=11;AF=0.05;AN=232 GT ./. 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0 [...]
-chr1 48146050 . CCTGA C . PASS VC=INDEL;AC=28;AF=0.09;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr1 48520865 . CAGGGTGAGTAGGCCTGGGCAG C . PASS VC=INDEL;AC=4;AF=0.01;AN=316 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 48520886 . GAG G . PASS VC=INDEL;AC=31;AF=0.14;AN=216 GT ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. ./ [...]
-chr1 48544917 . G GTGTT . PASS VC=INDEL;AC=43;AF=0.14;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 49109456 . AGAGC A . PASS VC=INDEL;AC=31;AF=0.14;AN=226;refseq.name=NM_032785;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 ./. [...]
-chr1 49124365 . C CGAG . PASS VC=INDEL;AC=93;AF=0.29;AN=316;refseq.name=NM_032785;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr1 49124368 . G GGAG . PASS VC=INDEL;AC=93;AF=0.29;AN=316;refseq.name=NM_032785;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr1 49126514 . C CTG . PASS VC=INDEL;AC=89;AF=0.3;AN=296;refseq.name=NM_032785;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/ [...]
-chr1 50107735 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=68;AF=0.22;AN=312 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 50539498 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=312;AF=0.99;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 50652516 . A AGAA . PASS VC=INDEL;AC=247;AF=0.78;AN=316;refseq.name=NM_021952;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 51315116 . ACTG A . PASS VC=INDEL;AC=13;AF=0.04;AN=316;refseq.name=NM_007051;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 52336500 . TAATACA T . PASS VC=INDEL;AC=17;AF=0.07;AN=230;refseq.name=NM_002525;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 52798171 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=307;AF=0.97;AN=316;refseq.name=NM_004799;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 53554533 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=33;AF=0.11;AN=294;refseq.name=NM_006671;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 53986946 . TG T . PASS VC=INDEL;AC=188;AF=0.59;AN=316;refseq.name=NM_147193;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0 [...]
-chr1 54168427 . C CTCTG . PASS VC=INDEL;AC=109;AF=0.35;AN=308;refseq.name=NM_147193;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/ [...]
-chr1 54558546 . T TAGAC . PASS VC=INDEL;AC=66;AF=0.21;AN=316;refseq.name=NM_153035;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 54558548 . G GACAG . PASS VC=INDEL;AC=66;AF=0.21;AN=316;refseq.name=NM_153035;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 54619996 . AC A . PASS VC=INDEL;AC=193;AF=0.64;AN=302;refseq.name=NM_201546;refseq.positionType=promoter GT 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 [...]
-chr1 54757161 . C CCA . PASS VC=INDEL;AC=186;AF=0.59;AN=314;refseq.name=NM_001009955;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 54757166 . C CAC . PASS VC=INDEL;AC=185;AF=0.59;AN=312;refseq.name=NM_001009955;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 55566411 . TTAGTC T . PASS VC=INDEL;AC=207;AF=0.66;AN=316;refseq.name=NM_015306;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0 [...]
-chr1 55743440 . C CCT . PASS VC=INDEL;AC=261;AF=0.84;AN=312 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0 [...]
-chr1 55888273 . T TC . PASS VC=INDEL;AC=265;AF=0.88;AN=302 GT 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./ [...]
-chr1 55888274 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=271;AF=0.89;AN=306 GT 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 55892282 . T TAGAAAA . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 55998244 . CGCACGCTC C . PASS VC=INDEL;AC=265;AF=0.84;AN=314 GT 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 56495367 . CTGAG C . PASS VC=INDEL;AC=76;AF=0.24;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 57353886 . C CTA . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_000562;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 57854490 . AAT A . PASS VC=INDEL;AC=24;AF=0.08;AN=312;refseq.name=NM_021080;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 58391942 . G GAAA . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.03;AN=314;refseq.name=NM_021080;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
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-chr1 58550673 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_021080;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 59319762 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=200;AF=0.68;AN=296 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/ [...]
-chr1 59630873 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=155;AF=0.49;AN=316 GT 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 60128717 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=309;AF=0.98;AN=316;refseq.name=NM_018291;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 60228311 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=250;AF=0.8;AN=314;refseq.name=NM_018291;refseq.positionType=exon GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 [...]
-chr1 60460874 . A ACTA . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316;refseq.name=NM_152377;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 61786308 . ATCTTA A . PASS VC=INDEL;AC=126;AF=0.4;AN=316;refseq.name=NM_005595;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 62087979 . T TGACCTACTGTGCT . PASS VC=INDEL;AC=194;AF=0.63;AN=310 GT 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/ [...]
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-chr1 63907868 . T TGTTTAT . PASS VC=INDEL;AC=229;AF=0.77;AN=298;refseq.name=NM_014288;refseq.positionType=intron GT ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 ./. ./. 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/0 [...]
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-chr1 65545195 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
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-chr1 66801086 . TGT T . PASS VC=INDEL;AC=19;AF=0.06;AN=316;refseq.name=NM_001037341;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 66952677 . A ATC . PASS VC=INDEL;AC=158;AF=0.65;AN=244 GT 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 67152254 . ATAATTTCACGA A . PASS VC=INDEL;AC=9;AF=0.03;AN=316;refseq.name=NM_032291;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 67206037 . AATTG A . PASS VC=INDEL;AC=50;AF=0.19;AN=268;refseq.name=NM_032291;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. [...]
-chr1 67459726 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=54;AF=0.18;AN=300 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 [...]
-chr1 68038796 . ACA A . PASS VC=INDEL;AC=21;AF=0.08;AN=264 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/ [...]
-chr1 68291788 . GC G . PASS VC=INDEL;AC=19;AF=0.06;AN=316;refseq.name=NM_018841;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 68570194 . CCCT C . PASS VC=INDEL;AC=110;AF=0.35;AN=310;refseq.name=NM_001002292;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. [...]
-chr1 69008683 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=68;AF=0.3;AN=230 GT 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 1/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 ./. ./. ./. 1/1 0/1 1/1 0/0 ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. [...]
-chr1 69398928 . CAAC C . PASS VC=INDEL;AC=66;AF=0.21;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0 [...]
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-chr1 69424886 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=257;AF=0.81;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/ [...]
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-chr1 70116412 . T TAAT . PASS VC=INDEL;AC=236;AF=0.77;AN=308 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 70794740 . AAAAC A . PASS VC=INDEL;AC=49;AF=0.17;AN=288;refseq.name=NM_030816;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr1 70796576 . TTACTT T . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_030816;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 71101845 . TG T . PASS VC=INDEL;AC=38;AF=0.12;AN=310 GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 71353307 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=88;AF=0.28;AN=310;refseq.name=NM_000957;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 71366228 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=123;AF=0.39;AN=314;refseq.name=NM_000957;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1 [...]
-chr1 71366595 . A AAGTG . PASS VC=INDEL;AC=108;AF=0.34;AN=316;refseq.name=NM_000957;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 71366598 . T TGAGT . PASS VC=INDEL;AC=109;AF=0.34;AN=316;refseq.name=NM_000957;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 71693491 . TGAG T . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.1;AN=312 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 71693493 . AGGA A . PASS VC=INDEL;AC=34;AF=0.11;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 72053145 . AG A . PASS VC=INDEL;AC=229;AF=0.72;AN=316;refseq.name=NM_173808;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 72321086 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=54;AF=0.17;AN=314;refseq.name=NM_173808;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 73854019 . T TTTTA . PASS VC=INDEL;AC=181;AF=0.59;AN=308 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 74227801 . AG A . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 74404505 . TTT T . PASS VC=INDEL;AC=23;AF=0.07;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 74896404 . ACTCAA A . PASS VC=INDEL;AC=26;AF=0.08;AN=316;refseq.name=NM_001112808;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 75049490 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_001002912;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 75156563 . GCTT G . PASS VC=INDEL;AC=259;AF=0.82;AN=316 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 75661521 . TTCTT T . PASS VC=INDEL;AC=7;AF=0.02;AN=312 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 76005746 . A AC . PASS VC=INDEL;AC=184;AF=0.58;AN=316;refseq.name=NM_152697;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1 [...]
-chr1 76054645 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=14;AF=0.05;AN=290;refseq.name=NM_152697;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 76110056 . ATCAT A . PASS VC=INDEL;AC=202;AF=0.7;AN=290 GT 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/0 1/1 [...]
-chr1 76110059 . ATTCA A . PASS VC=INDEL;AC=198;AF=0.68;AN=290 GT ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 [...]
-chr1 76603385 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=45;AF=0.14;AN=316;refseq.name=NM_152996;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 76647177 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=44;AF=0.15;AN=292;refseq.name=NM_152996;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 76772246 . TAG T . PASS VC=INDEL;AC=71;AF=0.22;AN=316;refseq.name=NM_152996;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 77019040 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=123;AF=0.39;AN=316;refseq.name=NM_152996;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1 [...]
-chr1 77019568 . TTCTG T . PASS VC=INDEL;AC=72;AF=0.23;AN=316;refseq.name=NM_152996;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr1 77147457 . T TG . PASS VC=INDEL;AC=307;AF=0.97;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 77154589 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=300;AF=0.95;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
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-chr1 77412672 . T TCAAA . PASS VC=INDEL;AC=183;AF=0.58;AN=316;refseq.name=NM_030965;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/ [...]
-chr1 77412677 . C CAAAC . PASS VC=INDEL;AC=183;AF=0.58;AN=316;refseq.name=NM_030965;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/ [...]
-chr1 77761353 . ATTCT A . PASS VC=INDEL;AC=87;AF=0.28;AN=310;refseq.name=NM_174858;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 78436001 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=139;AF=0.45;AN=308;refseq.name=NM_003902;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr1 78477804 . T TAAGAC . PASS VC=INDEL;AC=294;AF=0.93;AN=316;refseq.name=NM_007034;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 78533885 . CAG C . PASS VC=INDEL;AC=126;AF=0.4;AN=316;refseq.name=NM_017655;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 78533886 . AGA A . PASS VC=INDEL;AC=126;AF=0.4;AN=316;refseq.name=NM_017655;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 78752617 . TC T . PASS VC=INDEL;AC=160;AF=0.51;AN=314 GT 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/ [...]
-chr1 79595269 . T TC . PASS VC=INDEL;AC=37;AF=0.12;AN=312 GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 79694557 . CTTGT C . PASS VC=INDEL;AC=173;AF=0.68;AN=254 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 80133716 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=74;AF=0.27;AN=276 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 ./. [...]
-chr1 80193527 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 80279810 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=69;AF=0.22;AN=314 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 80415715 . C CATGTCTATTAT . PASS VC=INDEL;AC=197;AF=0.62;AN=316 GT 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
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-chr1 80606020 . GTAGGC G . PASS VC=INDEL;AC=282;AF=0.89;AN=316 GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/ [...]
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-chr1 82042397 . TCTT T . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
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-chr1 83208212 . C CAGAT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 83208213 . A AGATA . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 83581070 . C CCAGA . PASS VC=INDEL;AC=188;AF=0.74;AN=254 GT ./. ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 ./. ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 84127066 . TCT T . PASS VC=INDEL;AC=71;AF=0.22;AN=316 GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 84822658 . TCAATTAAAACTCACAG T . PASS VC=INDEL;AC=45;AF=0.16;AN=286 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-chr1 85570521 . GTTC G . PASS VC=INDEL;AC=166;AF=0.53;AN=316;refseq.name=NM_145172;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 86565855 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=20;AF=0.06;AN=316;refseq.name=NM_152890;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 86714492 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=263;AF=0.88;AN=300 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/ [...]
-chr1 86786541 . CAG C . PASS VC=INDEL;AC=7;AF=0.02;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 86839425 . TACTT T . PASS VC=INDEL;AC=15;AF=0.05;AN=280;refseq.name=NM_001007022;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 [...]
-chr1 87558067 . CACATAC C . PASS VC=INDEL;AC=285;AF=0.97;AN=294;refseq.name=NM_012262;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 88184554 . T TCA . PASS VC=INDEL;AC=40;AF=0.14;AN=276 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/ [...]
-chr1 88351056 . A AGT . PASS VC=INDEL;AC=222;AF=0.7;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 88391828 . C CCTT . PASS VC=INDEL;AC=216;AF=0.7;AN=310 GT 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1 [...]
-chr1 88391834 . T TCTT . PASS VC=INDEL;AC=219;AF=0.69;AN=316 GT 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 [...]
-chr1 88423056 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=210;AF=0.8;AN=262 GT 1/1 0/0 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. [...]
-chr1 88878932 . TGAAG T . PASS VC=INDEL;AC=222;AF=0.71;AN=314 GT 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 88934449 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=215;AF=0.71;AN=304 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
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-chr1 89147234 . T TGT . PASS VC=INDEL;AC=193;AF=0.91;AN=212;refseq.name=NM_006256;refseq.positionType=promoter GT ./. 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. ./. ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 0/ [...]
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-chr1 90055577 . TATG T . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_015350;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 90305331 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=301;AF=0.95;AN=316;refseq.name=NM_018103;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 91238816 . G GT . PASS VC=INDEL;AC=86;AF=0.29;AN=296 GT 0/0 0/0 ./. 1/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr1 91308113 . GC G . PASS VC=INDEL;AC=8;AF=0.03;AN=282 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 91354296 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=252;AF=0.83;AN=304 GT 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/ [...]
-chr1 91544957 . ACT A . PASS VC=INDEL;AC=99;AF=0.32;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 91566585 . GTTA G . PASS VC=INDEL;AC=139;AF=0.45;AN=312 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 [...]
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-chr1 93167519 . C CTG . PASS VC=INDEL;AC=276;AF=1;AN=276;refseq.name=NM_005665;refseq.positionType=intron GT 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
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-chr1 94443843 . G GAGAG . PASS VC=INDEL;AC=88;AF=0.3;AN=292 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 94634727 . TGAGT T . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_004815;refseq.positionType=exon GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 95103314 . AGCATCCTAAA A . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.03;AN=240 GT ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 95167241 . TTAAC T . PASS VC=INDEL;AC=115;AF=0.36;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 95167244 . ACTAA A . PASS VC=INDEL;AC=116;AF=0.37;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 95266356 . A AAAATAAGAATCCA . PASS VC=INDEL;AC=212;AF=0.83;AN=256 GT 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 1/ [...]
-chr1 95349846 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=195;AF=0.65;AN=302;refseq.name=NM_001114106;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 95638470 . GTAG G . PASS VC=INDEL;AC=9;AF=0.03;AN=306;refseq.name=NM_152487;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 96578762 . CAG C . PASS VC=INDEL;AC=78;AF=0.25;AN=314 GT 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 97069290 . G GT . PASS VC=INDEL;AC=57;AF=0.18;AN=316 GT 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 97352585 . A AGA . PASS VC=INDEL;AC=167;AF=0.53;AN=316 GT 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1 [...]
-chr1 97471673 . T TTA . PASS VC=INDEL;AC=39;AF=0.16;AN=238 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./ [...]
-chr1 97654513 . GTTAT G . PASS VC=INDEL;AC=17;AF=0.06;AN=302;refseq.name=NM_000110;refseq.positionType=intron GT ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 97728316 . AATA A . PASS VC=INDEL;AC=15;AF=0.05;AN=316;refseq.name=NM_000110;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 [...]
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-chr1 97940369 . TAACT T . PASS VC=INDEL;AC=37;AF=0.12;AN=306;refseq.name=NM_000110;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr1 98400957 . C CGATAT . PASS VC=INDEL;AC=290;AF=0.92;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 99032443 . T TTC . PASS VC=INDEL;AC=230;AF=0.79;AN=292 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. ./. ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 . [...]
-chr1 99032444 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=236;AF=0.8;AN=296 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr1 99662955 . A AAGA . PASS VC=INDEL;AC=146;AF=0.46;AN=316 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 99714941 . GTTACAG G . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 99848725 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=50;AF=0.16;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 100194878 . C CCT . PASS VC=INDEL;AC=248;AF=0.78;AN=316;refseq.name=NM_001013660;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 100194903 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=7;AF=0.02;AN=316;refseq.name=NM_001013660;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr1 100567908 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=43;AF=0.14;AN=300;refseq.name=NM_194292;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 100793875 . CACTC C . PASS VC=INDEL;AC=105;AF=0.38;AN=274 GT 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/0 ./. 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 100808351 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=27;AF=0.09;AN=294 GT ./. 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 ./. 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 100856872 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=79;AF=0.25;AN=316;refseq.name=NM_003672;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0 [...]
-chr1 101093845 . TTCTGTAGTCAC T . PASS VC=INDEL;AC=24;AF=0.08;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 101295925 . CTA C . PASS VC=INDEL;AC=82;AF=0.26;AN=314 GT 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 101442572 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=99;AF=0.31;AN=316;refseq.name=NM_133496;refseq.positionType=exon GT 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 101482924 . CTGTG C . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.1;AN=316;refseq.name=NM_001077394;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 101859015 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=107;AF=0.34;AN=316 GT 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0 [...]
-chr1 102315705 . A ATCTC . PASS VC=INDEL;AC=185;AF=0.59;AN=316;refseq.name=NM_058170;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 102315708 . T TCTCT . PASS VC=INDEL;AC=185;AF=0.59;AN=316;refseq.name=NM_058170;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 103391817 . TTA T . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=244;refseq.name=NM_001854;refseq.positionType=intron GT 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 [...]
-chr1 103722297 . TGT T . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.1;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 104533187 . A AGTT . PASS VC=INDEL;AC=148;AF=0.47;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 [...]
-chr1 104896267 . GAG G . PASS VC=INDEL;AC=48;AF=0.15;AN=312 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 104896390 . ATATT A . PASS VC=INDEL;AC=38;AF=0.14;AN=268 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 1/1 0/0 ./. 0/1 1/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 105259435 . CACTAAACGTGCC C . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=250 GT ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. [...]
-chr1 105451424 . A ATCTAGT . PASS VC=INDEL;AC=98;AF=0.31;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 105504523 . C CTTT . PASS VC=INDEL;AC=82;AF=0.29;AN=282 GT ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/0 0/1 0/0 ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 105837170 . T TAA . PASS VC=INDEL;AC=67;AF=0.24;AN=280 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 1/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0 [...]
-chr1 105868766 . ATACTT A . PASS VC=INDEL;AC=92;AF=0.34;AN=274 GT ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 1/1 0/1 0/0 ./. 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 1/ [...]
-chr1 106762526 . AACT A . PASS VC=INDEL;AC=87;AF=0.28;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 106908645 . AC A . PASS VC=INDEL;AC=25;AF=0.08;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 107217236 . A AGGATCA . PASS VC=INDEL;AC=240;AF=0.79;AN=302 GT 1/1 1/1 ./. 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 107979567 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=150;AF=0.55;AN=274;refseq.name=NM_001113226;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 1/1 ./. ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1 [...]
-chr1 108737087 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=99;AF=0.32;AN=308;refseq.name=NM_013386;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 109186604 . A ATA . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 109295950 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=54;AF=0.17;AN=312;refseq.name=NM_007269;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 109295955 . TTA T . PASS VC=INDEL;AC=57;AF=0.18;AN=310;refseq.name=NM_007269;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 109303951 . GTATAG G . PASS VC=INDEL;AC=89;AF=0.28;AN=316;refseq.name=NM_007269;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0 [...]
-chr1 109429108 . G GGAGAAAT . PASS VC=INDEL;AC=33;AF=0.14;AN=234;refseq.name=NM_013296;refseq.positionType=intron GT 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 [...]
-chr1 109565068 . C CTC . PASS VC=INDEL;AC=304;AF=0.96;AN=316;refseq.name=NM_014969;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 110418161 . CTTAG C . PASS VC=INDEL;AC=56;AF=0.18;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 110911466 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=67;AF=0.22;AN=310;refseq.name=NM_004696;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1 [...]
-chr1 111820993 . TTAAG T . PASS VC=INDEL;AC=46;AF=0.2;AN=232 GT 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 [...]
-chr1 111894729 . C CATG . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.11;AN=302;refseq.name=NM_181643;refseq.positionType=exon GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 112384059 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=111;AF=0.35;AN=314;refseq.name=NM_004980;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr1 112440856 . A ACTTA . PASS VC=INDEL;AC=138;AF=0.44;AN=312;refseq.name=NM_004980;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 112896532 . CTAAC C . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 112896636 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=199;AF=0.64;AN=312 GT 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0 [...]
-chr1 112896637 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=199;AF=0.63;AN=316 GT 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0 [...]
-chr1 113322895 . TTCTA T . PASS VC=INDEL;AC=73;AF=0.3;AN=246 GT 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. ./. ./. 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 ./. 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 0/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. [...]
-chr1 113467083 . CC C . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_003051;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 113635187 . C CTTTG . PASS VC=INDEL;AC=261;AF=0.83;AN=316;refseq.name=NM_014813;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1 [...]
-chr1 113635190 . T TGTTT . PASS VC=INDEL;AC=261;AF=0.83;AN=316;refseq.name=NM_014813;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1 [...]
-chr1 113640553 . GA G . PASS VC=INDEL;AC=111;AF=0.35;AN=314;refseq.name=NM_014813;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 113640556 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=112;AF=0.35;AN=316;refseq.name=NM_014813;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 113689905 . GAG G . PASS VC=INDEL;AC=41;AF=0.13;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 114240320 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=229;AF=0.72;AN=316;refseq.name=NM_006608;refseq.positionType=exon GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 114339956 . C CTAAA . PASS VC=INDEL;AC=210;AF=0.78;AN=270;refseq.name=NM_018364;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 114565357 . CGGAGG C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 116298599 . A ACTT . PASS VC=INDEL;AC=54;AF=0.17;AN=316;refseq.name=NM_001232;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 116435014 . ATAACCGA A . PASS VC=INDEL;AC=66;AF=0.26;AN=250 GT 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 ./. 0/0 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/0 ./. 1/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 116551982 . T TTAAAGC . PASS VC=INDEL;AC=31;AF=0.1;AN=304;refseq.name=NM_018420;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 116662025 . T TGA . PASS VC=INDEL;AC=55;AF=0.17;AN=316;refseq.name=NM_152367;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr1 116662028 . G GAG . PASS VC=INDEL;AC=55;AF=0.17;AN=316;refseq.name=NM_152367;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr1 117459931 . AAC A . PASS VC=INDEL;AC=90;AF=0.28;AN=316;refseq.name=NM_020440;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 117459932 . ACA A . PASS VC=INDEL;AC=90;AF=0.28;AN=316;refseq.name=NM_020440;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 117592136 . TTG T . PASS VC=INDEL;AC=24;AF=0.08;AN=300 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0 [...]
-chr1 117722836 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=36;AF=0.11;AN=316;refseq.name=NM_024626;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 120034138 . TCTAT T . PASS VC=INDEL;AC=99;AF=0.35;AN=284 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 120185496 . G GGATT . PASS VC=INDEL;AC=264;AF=0.84;AN=314;refseq.name=NM_001080470;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/ [...]
-chr1 120280730 . TAA T . PASS VC=INDEL;AC=73;AF=0.23;AN=314;refseq.name=NM_006623;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 144995277 . AG A . PASS VC=INDEL;AC=41;AF=0.16;AN=258;refseq.name=NM_014644;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 145060382 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316;refseq.name=NM_022359;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 146556039 . CCAAC C . PASS VC=INDEL;AC=64;AF=0.21;AN=310 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 146768690 . TC T . PASS VC=INDEL;AC=289;AF=0.91;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 146979526 . CCT C . PASS VC=INDEL;AC=63;AF=0.2;AN=316 GT 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 147108091 . A AC . PASS VC=INDEL;AC=227;AF=0.72;AN=314 GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 147392223 . CATGGCTC C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 147393527 . A AAGAA . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.05;AN=218 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/1 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 147823728 . A AC . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=266 GT 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. [...]
-chr1 151094921 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 151094936 . CCTTA C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 151743871 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=98;AF=0.32;AN=308;refseq.name=NM_016178;refseq.positionType=terminator GT 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 152348228 . TTAT T . PASS VC=INDEL;AC=9;AF=0.03;AN=316 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 152442163 . AAACA A . PASS VC=INDEL;AC=212;AF=0.68;AN=310 GT 0/1 ./. 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 152572426 . G GT . PASS VC=INDEL;AC=70;AF=0.25;AN=280;refseq.name=NM_178434;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 ./. ./. 0/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 152797773 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_178348;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 153703019 . TGTGTCTCTGCTT T . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_023015;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 154741714 . TAT T . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_002249;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 155303581 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 155559888 . C CTTAT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr1 156572952 . T TGAA . PASS VC=INDEL;AC=39;AF=0.12;AN=312;refseq.name=NM_015590;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 156859572 . C CCT . PASS VC=INDEL;AC=219;AF=0.73;AN=300 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 [...]
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-chr1 157531425 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=16;AF=0.06;AN=260 GT 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/ [...]
-chr1 157807166 . TGTTA T . PASS VC=INDEL;AC=250;AF=0.81;AN=310;refseq.name=NM_005894;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 157818429 . AC A . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 157924621 . ATAAG A . PASS VC=INDEL;AC=24;AF=0.08;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 157932325 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 158154060 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_001766;refseq.positionType=exon GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 158684734 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=90;AF=0.28;AN=316 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 158886780 . A AAGAT . PASS VC=INDEL;AC=241;AF=0.76;AN=316 GT 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr1 158886783 . A ATAGA . PASS VC=INDEL;AC=240;AF=0.76;AN=314 GT 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr1 158984187 . G GAGGC . PASS VC=INDEL;AC=26;AF=0.13;AN=198;refseq.name=NM_005531;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 1/1 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/ [...]
-chr1 158984259 . AATT A . PASS VC=INDEL;AC=130;AF=0.49;AN=266;refseq.name=NM_005531;refseq.positionType=intron GT ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 ./. 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/ [...]
-chr1 159500234 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=19;AF=0.06;AN=316 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 165261980 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=129;AF=0.42;AN=308;refseq.name=NM_177398;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
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-chr1 165349359 . G GT . PASS VC=INDEL;AC=130;AF=0.42;AN=306 GT 0/1 ./. 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 165475542 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=157;AF=0.5;AN=316 GT 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 165627134 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=144;AF=0.46;AN=314 GT 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0 [...]
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-chr1 165685796 . GGCACAGAT G . PASS VC=INDEL;AC=155;AF=0.49;AN=314 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/ [...]
-chr1 165686450 . TAGG T . PASS VC=INDEL;AC=144;AF=0.46;AN=316 GT 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr1 165686452 . GGAG G . PASS VC=INDEL;AC=145;AF=0.46;AN=316 GT 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
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-chr1 166602705 . TTGT T . PASS VC=INDEL;AC=73;AF=0.23;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 [...]
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-chr1 166708316 . G GTAG . PASS VC=INDEL;AC=102;AF=0.32;AN=316 GT 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 [...]
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-chr1 167513042 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=7;AF=0.02;AN=316;refseq.name=NM_003851;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 167682039 . CCAAA C . PASS VC=INDEL;AC=68;AF=0.22;AN=316 GT 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 167682041 . AAACA A . PASS VC=INDEL;AC=68;AF=0.22;AN=316 GT 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr1 168133510 . CCTAAC C . PASS VC=INDEL;AC=96;AF=0.3;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 [...]
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-chr1 170213713 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=302;AF=0.96;AN=314 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 170231599 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=178;AF=0.57;AN=314 GT 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1 [...]
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-chr1 171668398 . C CATC . PASS VC=INDEL;AC=42;AF=0.13;AN=316 GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
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-chr1 171799766 . A ACT . PASS VC=INDEL;AC=48;AF=0.18;AN=268 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 171806532 . C CAT . PASS VC=INDEL;AC=14;AF=0.05;AN=308 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
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-chr1 172620139 . C CTC . PASS VC=INDEL;AC=134;AF=0.43;AN=314 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 173063473 . A ATGTC . PASS VC=INDEL;AC=124;AF=0.62;AN=200 GT 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 ./. ./. 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 0/0 1/1 1/1 ./. ./. ./. ./. ./. ./. 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. 0/1 ./. 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 ./. ./. 0/0 ./. 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 173541560 . CAA C . PASS VC=INDEL;AC=233;AF=0.74;AN=316;refseq.name=NM_178527;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 173749093 . T TC . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316;refseq.name=NM_014458;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 173755936 . T TGAAG . PASS VC=INDEL;AC=182;AF=0.58;AN=316;refseq.name=NM_014458;refseq.positionType=terminator GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0 [...]
-chr1 173870326 . ACTA A . PASS VC=INDEL;AC=235;AF=0.74;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 174411392 . T TTGTAT . PASS VC=INDEL;AC=251;AF=0.8;AN=314;refseq.name=NM_014857;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 174524160 . T TAT . PASS VC=INDEL;AC=212;AF=0.67;AN=316;refseq.name=NM_014857;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 175131961 . GA G . PASS VC=INDEL;AC=85;AF=0.28;AN=306 GT 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 175299777 . CAT C . PASS VC=INDEL;AC=18;AF=0.06;AN=316;refseq.name=NM_003285;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 175355790 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=199;AF=0.74;AN=270;refseq.name=NM_003285;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 175418807 . A AACA . PASS VC=INDEL;AC=118;AF=0.37;AN=316;refseq.name=NM_003285;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr1 175420618 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_003285;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 175443036 . AGGAGA A . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_003285;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 175472120 . C CTAATCAGGATCTTGACATGTGACACAAGATCCTTGAG . PASS VC=INDEL;AC=14;AF=0.04;AN=316;refseq.name=NM_003285;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
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-chr1 177558541 . G GAAG . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.03;AN=296 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 178521563 . TAAGAC T . PASS VC=INDEL;AC=21;AF=0.09;AN=246 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 1/1 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./ [...]
-chr1 179038241 . GT G . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_014864;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 179293907 . CAA C . PASS VC=INDEL;AC=34;AF=0.11;AN=314;refseq.name=NM_003101;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 179724329 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=307;AF=0.97;AN=316;refseq.name=NM_173509;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 179762445 . GT G . PASS VC=INDEL;AC=85;AF=0.27;AN=316;refseq.name=NM_173509;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1 [...]
-chr1 179762446 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=85;AF=0.27;AN=316;refseq.name=NM_173509;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1 [...]
-chr1 179773170 . CTTGTC C . PASS VC=INDEL;AC=77;AF=0.28;AN=274;refseq.name=NM_173509;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 1/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 1 [...]
-chr1 180108217 . T TTATC . PASS VC=INDEL;AC=229;AF=0.72;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/ [...]
-chr1 180722815 . TACTC T . PASS VC=INDEL;AC=4;AF=0.01;AN=316;refseq.name=NM_004736;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 180722816 . ACTCA A . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=316;refseq.name=NM_004736;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 180762626 . CAT C . PASS VC=INDEL;AC=12;AF=0.04;AN=296;refseq.name=NM_004736;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr1 181233905 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=266 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/ [...]
-chr1 181456872 . CC C . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=300;refseq.name=NM_000721;refseq.positionType=intron GT ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 182087446 . G GTCT . PASS VC=INDEL;AC=198;AF=0.68;AN=292 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 182739634 . TAAGA T . PASS VC=INDEL;AC=65;AF=0.21;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 182951675 . AGA A . PASS VC=INDEL;AC=78;AF=0.25;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
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-chr1 183073109 . T TTG . PASS VC=INDEL;AC=125;AF=0.4;AN=316;refseq.name=NM_002293;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 [...]
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-chr1 183330737 . TAA T . PASS VC=INDEL;AC=197;AF=0.63;AN=312;refseq.name=NM_015039;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 [...]
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-chr1 183806728 . T TG . PASS VC=INDEL;AC=229;AF=0.85;AN=270;refseq.name=NM_015149;refseq.positionType=intron GT 1/1 ./. 1/1 ./. ./. 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 ./. 0/1 ./. ./. 0/0 ./. 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 183996005 . C CTATTA . PASS VC=INDEL;AC=27;AF=0.09;AN=316;refseq.name=NM_015101;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0 [...]
-chr1 184391018 . C CTA . PASS VC=INDEL;AC=68;AF=0.22;AN=312;refseq.name=NM_030806;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 184561827 . CAGA C . PASS VC=INDEL;AC=47;AF=0.15;AN=316;refseq.name=NM_030806;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 184577643 . T TC . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_030806;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 185540897 . T TCCAG . PASS VC=INDEL;AC=136;AF=0.48;AN=286 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/ [...]
-chr1 185865550 . C CAT . PASS VC=INDEL;AC=53;AF=0.17;AN=310;refseq.name=NM_031935;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
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-chr1 186769215 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=45;AF=0.14;AN=316 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/ [...]
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-chr1 187372829 . AGGCTT A . PASS VC=INDEL;AC=34;AF=0.11;AN=304 GT ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/ [...]
-chr1 187372830 . GGCTTG G . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.1;AN=306 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 187685847 . CAATT C . PASS VC=INDEL;AC=112;AF=0.36;AN=314 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 187781028 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=278;AF=0.9;AN=310 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
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-chr1 187899550 . AAA A . PASS VC=INDEL;AC=65;AF=0.21;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0 [...]
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-chr1 188110355 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=222;AF=0.71;AN=312 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 ./. 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0 [...]
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-chr1 188526820 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=262;AF=0.91;AN=288 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1 [...]
-chr1 188533586 . G GTTCT . PASS VC=INDEL;AC=290;AF=0.92;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/ [...]
-chr1 188628449 . CAACT C . PASS VC=INDEL;AC=100;AF=0.32;AN=314 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 189046798 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=86;AF=0.27;AN=316 GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 189087000 . TTA T . PASS VC=INDEL;AC=159;AF=0.53;AN=302 GT 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 189190273 . AT A . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=316 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 189547870 . A AAT . PASS VC=INDEL;AC=194;AF=0.79;AN=246 GT 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 ./. ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 ./. 0/1 ./. ./. 0/1 1/1 0/0 ./. 1/1 1/1 ./. ./. ./. 0/0 1/1 ./. ./. 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 189629285 . A ATAACT . PASS VC=INDEL;AC=158;AF=0.59;AN=266 GT 0/1 1/1 0/0 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 0 [...]
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-chr1 192726770 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=121;AF=0.39;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
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-chr1 193158515 . CTG C . PASS VC=INDEL;AC=7;AF=0.02;AN=316;refseq.name=NM_003783;refseq.positionType=promoter GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 193261423 . AAAGTA A . PASS VC=INDEL;AC=7;AF=0.02;AN=316 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-chr1 193421510 . A ATCT . PASS VC=INDEL;AC=102;AF=0.33;AN=310 GT 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-chr1 193482947 . CAA C . PASS VC=INDEL;AC=71;AF=0.22;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 193569090 . C CG . PASS VC=INDEL;AC=85;AF=0.27;AN=312 GT 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 193877310 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=106;AF=0.34;AN=316 GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0 [...]
-chr1 193881567 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=4;AF=0.01;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 194004698 . TCTT T . PASS VC=INDEL;AC=34;AF=0.11;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 194047765 . TAT T . PASS VC=INDEL;AC=48;AF=0.2;AN=238 GT ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. ./ [...]
-chr1 194160203 . TTAGT T . PASS VC=INDEL;AC=25;AF=0.12;AN=206 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. [...]
-chr1 194193740 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 194339262 . ATGT A . PASS VC=INDEL;AC=67;AF=0.21;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 194487871 . C CCTAT . PASS VC=INDEL;AC=302;AF=0.97;AN=312 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 194520551 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 198792990 . T TG . PASS VC=INDEL;AC=131;AF=0.41;AN=316 GT 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1 [...]
-chr1 198940301 . C CCTT . PASS VC=INDEL;AC=258;AF=0.82;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 198940306 . T TTCT . PASS VC=INDEL;AC=258;AF=0.82;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 199277515 . AC A . PASS VC=INDEL;AC=36;AF=0.11;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 200575750 . AAATA A . PASS VC=INDEL;AC=97;AF=0.31;AN=314;refseq.name=NM_014875;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 201173407 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=56;AF=0.18;AN=314 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 201288249 . TATC T . PASS VC=INDEL;AC=209;AF=0.66;AN=316;refseq.name=NM_000299;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 201457641 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=55;AF=0.18;AN=310;refseq.name=NM_004078;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 201587178 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=145;AF=0.47;AN=310 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 201733889 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=46;AF=0.15;AN=316;refseq.name=NM_020443;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0 [...]
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-chr1 203848383 . C CTT . PASS VC=INDEL;AC=275;AF=0.87;AN=316 GT 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 [...]
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-chr1 206303222 . C CAGCCTAGCT . PASS VC=INDEL;AC=105;AF=0.33;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0 [...]
-chr1 206571046 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=290;refseq.name=NM_015326;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr1 206955760 . TGTAA T . PASS VC=INDEL;AC=95;AF=0.31;AN=310 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 ./. 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 207260285 . T TCAATTCACAGGAGTATGTGA . PASS VC=INDEL;AC=197;AF=0.62;AN=316;refseq.name=NM_001017365;refseq.positionType=promoter GT 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 207277350 . CC C . PASS VC=INDEL;AC=201;AF=0.64;AN=316;refseq.name=NM_000715;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/ [...]
-chr1 207641329 . TTAAG T . PASS VC=INDEL;AC=13;AF=0.06;AN=216;refseq.name=NM_001006658;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. [...]
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-chr1 208201207 . GT G . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_025179;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 208514674 . GTTAC G . PASS VC=INDEL;AC=165;AF=0.53;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/ [...]
-chr1 208514676 . TACTT T . PASS VC=INDEL;AC=166;AF=0.53;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/ [...]
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-chr1 208643013 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=36;AF=0.12;AN=310 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 208643015 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=39;AF=0.12;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 208763800 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=175;AF=0.55;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0 [...]
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-chr1 211710916 . CC C . PASS VC=INDEL;AC=55;AF=0.17;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/ [...]
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-chr1 213150090 . T TGT . PASS VC=INDEL;AC=64;AF=0.21;AN=300;refseq.name=NM_024749;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr1 213160084 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=129;AF=0.41;AN=312;refseq.name=NM_024749;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 213160085 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=129;AF=0.41;AN=314;refseq.name=NM_024749;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 213393510 . AG A . PASS VC=INDEL;AC=62;AF=0.2;AN=316;refseq.name=NM_012424;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 213790399 . C CGA . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 214136369 . CTTC C . PASS VC=INDEL;AC=93;AF=0.29;AN=316 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 214365999 . C CTG . PASS VC=INDEL;AC=164;AF=0.59;AN=278 GT 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 ./. [...]
-chr1 214573392 . G GTTC . PASS VC=INDEL;AC=271;AF=0.86;AN=316;refseq.name=NM_005401;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr1 215120715 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=36;AF=0.12;AN=312 GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 216179286 . T TCAAT . PASS VC=INDEL;AC=30;AF=0.09;AN=316;refseq.name=NM_206933;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 216298294 . C CAG . PASS VC=INDEL;AC=113;AF=0.36;AN=316;refseq.name=NM_206933;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 216298296 . G GAG . PASS VC=INDEL;AC=112;AF=0.35;AN=316;refseq.name=NM_206933;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 216454053 . A AACA . PASS VC=INDEL;AC=224;AF=0.71;AN=316;refseq.name=NM_206933;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 216780749 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.03;AN=316;refseq.name=NM_206594;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 216835074 . A AGTTT . PASS VC=INDEL;AC=89;AF=0.28;AN=316;refseq.name=NM_206594;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/ [...]
-chr1 217026745 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=13;AF=0.04;AN=304;refseq.name=NM_206594;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 217057204 . G GC . PASS VC=INDEL;AC=231;AF=0.73;AN=316;refseq.name=NM_206594;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 217363476 . CTATT C . PASS VC=INDEL;AC=40;AF=0.19;AN=212 GT 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 ./. 1/1 1/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 1/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. [...]
-chr1 218217904 . C CG . PASS VC=INDEL;AC=130;AF=0.43;AN=302 GT 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 218473680 . CGAG C . PASS VC=INDEL;AC=16;AF=0.05;AN=316;refseq.name=NM_016052;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 218574584 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=21;AF=0.09;AN=236;refseq.name=NM_003238;refseq.positionType=intron GT 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0 [...]
-chr1 218845277 . TTTGT T . PASS VC=INDEL;AC=97;AF=0.31;AN=314 GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 [...]
-chr1 219001503 . T TC . PASS VC=INDEL;AC=176;AF=0.56;AN=316 GT 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0 [...]
-chr1 219293844 . A ACT . PASS VC=INDEL;AC=274;AF=0.89;AN=308 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 219293846 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=199;AF=0.9;AN=222 GT 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 ./. ./. 0/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 ./. 1/1 0 [...]
-chr1 219467766 . AAC A . PASS VC=INDEL;AC=102;AF=0.32;AN=314 GT 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-chr1 219839015 . C CATGG . PASS VC=INDEL;AC=73;AF=0.24;AN=306 GT 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 221137225 . T TCTT . PASS VC=INDEL;AC=159;AF=0.61;AN=262 GT 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. [...]
-chr1 221202698 . GA G . PASS VC=INDEL;AC=82;AF=0.26;AN=310 GT 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 221279126 . CC C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=312 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 221315912 . TTCT T . PASS VC=INDEL;AC=94;AF=0.3;AN=312 GT 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0 [...]
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-chr1 222493300 . T TGA . PASS VC=INDEL;AC=310;AF=0.98;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 222493301 . G GAG . PASS VC=INDEL;AC=310;AF=0.98;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 222990213 . ATTTG A . PASS VC=INDEL;AC=9;AF=0.04;AN=254 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 223387015 . CTG C . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 223657734 . A ATGAG . PASS VC=INDEL;AC=231;AF=0.99;AN=234 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. ./. 0/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/ [...]
-chr1 223984835 . G GAA . PASS VC=INDEL;AC=194;AF=0.63;AN=306;refseq.name=NM_001031685;refseq.positionType=intron GT ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 224264255 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=150;AF=0.66;AN=228 GT 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 ./. 0/1 0/0 ./. ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 ./. 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. ./. 1/1 0/0 0/1 ./. 1/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 1 [...]
-chr1 224264346 . TGAG T . PASS VC=INDEL;AC=154;AF=0.63;AN=244 GT 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. ./. 1/1 ./. 1/1 0/0 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 0/0 ./. ./. 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 224833844 . A AAGACGTAAGACAGT . PASS VC=INDEL;AC=215;AF=0.68;AN=314;refseq.name=NM_152495;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/0 0/1 [...]
-chr1 225662220 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=203;AF=0.66;AN=306 GT 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0 [...]
-chr1 225974486 . T TG . PASS VC=INDEL;AC=187;AF=0.6;AN=310;refseq.name=NM_003133;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0 [...]
-chr1 225974487 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=189;AF=0.6;AN=314;refseq.name=NM_003133;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0 [...]
-chr1 226014266 . ATGG A . PASS VC=INDEL;AC=30;AF=0.1;AN=310;refseq.name=NM_000120;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 226014267 . TGGT T . PASS VC=INDEL;AC=31;AF=0.1;AN=316;refseq.name=NM_000120;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 226878226 . ACTC A . PASS VC=INDEL;AC=45;AF=0.15;AN=306;refseq.name=NM_002221;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 226878233 . CTAC C . PASS VC=INDEL;AC=60;AF=0.21;AN=292;refseq.name=NM_002221;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 226913049 . GCCA G . PASS VC=INDEL;AC=14;AF=0.05;AN=302;refseq.name=NM_002221;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 226913051 . CACC C . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=280;refseq.name=NM_002221;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 227051261 . G GC . PASS VC=INDEL;AC=21;AF=0.07;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 227252431 . TTTC T . PASS VC=INDEL;AC=21;AF=0.07;AN=316;refseq.name=NM_003607;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 227401072 . GC G . PASS VC=INDEL;AC=122;AF=0.39;AN=316;refseq.name=NM_003607;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 227560279 . G GTCATAG . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 228479392 . ATG A . PASS VC=INDEL;AC=12;AF=0.04;AN=316;refseq.name=NM_001098623;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 229074693 . TAGAGG T . PASS VC=INDEL;AC=102;AF=0.32;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 229075090 . ATAGCCTG A . PASS VC=INDEL;AC=30;AF=0.11;AN=264 GT 1/1 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 229336842 . CATTT C . PASS VC=INDEL;AC=19;AF=0.06;AN=300 GT ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 229631495 . A AC . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_018230;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 229922597 . CCTT C . PASS VC=INDEL;AC=144;AF=0.46;AN=316 GT 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 229922599 . TTCT T . PASS VC=INDEL;AC=142;AF=0.45;AN=314 GT 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 230272407 . GAG G . PASS VC=INDEL;AC=15;AF=0.05;AN=314;refseq.name=NM_004481;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 230625946 . T TGA . PASS VC=INDEL;AC=302;AF=0.96;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 [...]
-chr1 230626726 . CTTTAAGTCCTGT C . PASS VC=INDEL;AC=59;AF=0.19;AN=314 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 230626728 . TTAAGTCCTGTTT T . PASS VC=INDEL;AC=59;AF=0.19;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 230697057 . ACA A . PASS VC=INDEL;AC=152;AF=0.48;AN=316 GT 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 230952100 . GG G . PASS VC=INDEL;AC=34;AF=0.11;AN=316 GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 232200072 . CGACT C . PASS VC=INDEL;AC=86;AF=0.28;AN=312 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
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-chr1 232883964 . G GTT . PASS VC=INDEL;AC=279;AF=0.88;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 232883965 . T TTT . PASS VC=INDEL;AC=279;AF=0.88;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
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-chr1 233013835 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=38;AF=0.18;AN=214 GT 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 ./. ./. ./. 0/ [...]
-chr1 233013837 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=78;AF=0.25;AN=310 GT 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 233458691 . ACAC A . PASS VC=INDEL;AC=18;AF=0.06;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 233593090 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=257;AF=0.82;AN=312 GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0 [...]
-chr1 233991847 . T TCA . PASS VC=INDEL;AC=220;AF=0.72;AN=306 GT 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 [...]
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-chr1 234704346 . TCT T . PASS VC=INDEL;AC=36;AF=0.12;AN=312 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0 [...]
-chr1 235770627 . AATTA A . PASS VC=INDEL;AC=56;AF=0.18;AN=316;refseq.name=NM_004485;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 236043714 . ATCCTGTGTTGATTTA A . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=294 GT ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 236043717 . CTGTGTTGATTTATTA C . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 236118487 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=12;AF=0.04;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 236195380 . GTG G . PASS VC=INDEL;AC=163;AF=0.52;AN=316;refseq.name=NM_002508;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 [...]
-chr1 236375505 . T TG . PASS VC=INDEL;AC=130;AF=0.42;AN=310 GT 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0 [...]
-chr1 236555148 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=316;refseq.name=NM_145861;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 236723352 . CGACCTCGCTCAGACTCTGTGAGGTGCTGAATAAGCAACA C . PASS VC=INDEL;AC=72;AF=0.23;AN=314;refseq.name=NM_018072;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 236723354 . ACCTCGCTCAGACTCTGTGAGGTGCTGAATAAGCAACAGA A . PASS VC=INDEL;AC=72;AF=0.23;AN=312;refseq.name=NM_018072;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 236848307 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=62;AF=0.21;AN=300;refseq.name=NM_001103;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 237009685 . TAGC T . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=292;refseq.name=NM_000254;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. [...]
-chr1 237009687 . GCAG G . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=304;refseq.name=NM_000254;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 [...]
-chr1 237055125 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=9;AF=0.03;AN=284;refseq.name=NM_000254;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 237277023 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=18;AF=0.06;AN=312;refseq.name=NM_001035;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
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-chr1 237539975 . GCTTGA G . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=316;refseq.name=NM_001035;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 237649833 . C CTCTT . PASS VC=INDEL;AC=140;AF=0.45;AN=312;refseq.name=NM_001035;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0 [...]
-chr1 237649835 . C CTTTC . PASS VC=INDEL;AC=138;AF=0.44;AN=312;refseq.name=NM_001035;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0 [...]
-chr1 237995162 . T TTTGA . PASS VC=INDEL;AC=301;AF=0.96;AN=312;refseq.name=NM_001035;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 238017296 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=80;AF=0.25;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0 [...]
-chr1 238125441 . AGA A . PASS VC=INDEL;AC=26;AF=0.08;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 238152842 . C CGTAA . PASS VC=INDEL;AC=165;AF=0.52;AN=316 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/ [...]
-chr1 238152845 . A AAGTA . PASS VC=INDEL;AC=166;AF=0.53;AN=316 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/ [...]
-chr1 238257585 . TGAT T . PASS VC=INDEL;AC=159;AF=0.61;AN=262 GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 ./. [...]
-chr1 238476744 . A ATCTA . PASS VC=INDEL;AC=283;AF=0.98;AN=290 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/ [...]
-chr1 238497833 . G GAGAA . PASS VC=INDEL;AC=232;AF=0.76;AN=304 GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/ [...]
-chr1 238623394 . C CTTGA . PASS VC=INDEL;AC=178;AF=0.58;AN=308 GT 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 238699979 . T TATCT . PASS VC=INDEL;AC=97;AF=0.31;AN=314 GT 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr1 238921290 . CATTCAT C . PASS VC=INDEL;AC=188;AF=0.59;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 238933453 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=26;AF=0.08;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 238933454 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=25;AF=0.08;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 239644576 . C CAA . PASS VC=INDEL;AC=46;AF=0.15;AN=300 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 240115184 . GAAG G . PASS VC=INDEL;AC=62;AF=0.2;AN=316 GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 240170484 . ATCA A . PASS VC=INDEL;AC=30;AF=0.1;AN=310 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 240469105 . A ACT . PASS VC=INDEL;AC=44;AF=0.14;AN=308;refseq.name=NM_020066;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 240556294 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=180;AF=0.73;AN=248;refseq.name=NM_020066;refseq.positionType=intron GT ./. 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 [...]
-chr1 240750353 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=208;refseq.name=NM_022469;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0 [...]
-chr1 241292738 . CGAC C . PASS VC=INDEL;AC=16;AF=0.06;AN=254;refseq.name=NM_002924;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. [...]
-chr1 241342365 . TTCAA T . PASS VC=INDEL;AC=54;AF=0.18;AN=308;refseq.name=NM_002924;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 ./. 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 241864983 . A AGTCAAAC . PASS VC=INDEL;AC=235;AF=0.75;AN=314;refseq.name=NM_144625;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr1 241901460 . ACTG A . PASS VC=INDEL;AC=126;AF=0.4;AN=316;refseq.name=NM_144625;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 241920499 . TGTAG T . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=316;refseq.name=NM_144625;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 241920501 . TAGGT T . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=316;refseq.name=NM_144625;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 242055743 . C CTG . PASS VC=INDEL;AC=47;AF=0.15;AN=314 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
-chr1 242257290 . TC T . PASS VC=INDEL;AC=59;AF=0.22;AN=270;refseq.name=NM_152666;refseq.positionType=intron GT 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 242281287 . T TCT . PASS VC=INDEL;AC=296;AF=0.95;AN=312;refseq.name=NM_152666;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 242328018 . CATTACACTACTTTT C . PASS VC=INDEL;AC=97;AF=0.4;AN=244;refseq.name=NM_152666;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 ./. 0/0 ./. 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 1/1 ./. 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 1/1 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 . [...]
-chr1 242602261 . CC C . PASS VC=INDEL;AC=51;AF=0.16;AN=316;refseq.name=NM_152666;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 243409926 . AAGTT A . PASS VC=INDEL;AC=99;AF=0.32;AN=312;refseq.name=NM_014812;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/ [...]
-chr1 243410210 . G GTAT . PASS VC=INDEL;AC=137;AF=0.43;AN=316;refseq.name=NM_014812;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/ [...]
-chr1 243435760 . CATT C . PASS VC=INDEL;AC=26;AF=0.1;AN=272;refseq.name=NM_006642;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 [...]
-chr1 244015225 . GTCTG G . PASS VC=INDEL;AC=70;AF=0.22;AN=316 GT 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 244033256 . GTTGA G . PASS VC=INDEL;AC=18;AF=0.06;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 244186794 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr1 244216819 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=79;AF=0.25;AN=316;refseq.name=NM_006352;refseq.positionType=exon GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr1 244216822 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=79;AF=0.25;AN=312;refseq.name=NM_006352;refseq.positionType=exon GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr1 244371962 . CAACTGGTCAAC C . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 244372739 . C CTA . PASS VC=INDEL;AC=70;AF=0.22;AN=312 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 244517491 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=229;AF=0.72;AN=316;refseq.name=NM_001012970;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-chr1 244552134 . CATTT C . PASS VC=INDEL;AC=41;AF=0.13;AN=314;refseq.name=NM_001012970;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 244794244 . T TAAC . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=316;refseq.name=NM_173807;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr1 245242885 . A ATT . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=316;refseq.name=NM_032328;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 245242887 . T TTT . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=316;refseq.name=NM_032328;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr1 245310839 . T TTAAAG . PASS VC=INDEL;AC=156;AF=0.59;AN=266 GT 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 ./. ./. ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 ./. 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1 [...]
-chr1 245453003 . G GCCAA . PASS VC=INDEL;AC=80;AF=0.26;AN=308;refseq.name=NM_018012;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr1 245709104 . A AGTCAAC . PASS VC=INDEL;AC=221;AF=0.7;AN=316;refseq.name=NM_018012;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr1 245868167 . G GTCTT . PASS VC=INDEL;AC=138;AF=0.44;AN=316 GT 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 245868172 . T TCTTT . PASS VC=INDEL;AC=137;AF=0.43;AN=316 GT 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr1 246124841 . A AAACAGAAG . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316;refseq.name=NM_022743;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 246124843 . A ACAGAAGAA . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316;refseq.name=NM_022743;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr1 246149511 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=69;AF=0.32;AN=214;refseq.name=NM_022743;refseq.positionType=intron GT 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 ./. ./. 1/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/0 ./. ./. 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 0/1 ./. ./. 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 ./. ./. 1/1 ./. 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. 0/1 0 [...]
-chr1 246152615 . GC G . PASS VC=INDEL;AC=164;AF=0.52;AN=316;refseq.name=NM_022743;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr1 247110970 . T TCA . PASS VC=INDEL;AC=157;AF=0.5;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr1 247340579 . TTTCTT T . PASS VC=INDEL;AC=232;AF=0.74;AN=312 GT 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0 [...]
-chr1 247694106 . C CTCCGTGGCCTAAACGGGCAGCCGAGCCCG . PASS VC=INDEL;AC=124;AF=0.62;AN=200;refseq.name=NM_198074;refseq.positionType=exon GT ./. ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. ./. ./. 0/1 0/ [...]
-chr1 248807991 . TATGA T . PASS VC=INDEL;AC=85;AF=0.34;AN=252 GT 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 1/1 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 ./. ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr1 248809274 . GAACA G . PASS VC=INDEL;AC=79;AF=0.26;AN=304 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr1 248809275 . AACAA A . PASS VC=INDEL;AC=79;AF=0.26;AN=306 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr1 248809277 . C CAATT . PASS VC=INDEL;AC=9;AF=0.03;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr2 623869 . CTTC C . PASS VC=INDEL;AC=283;AF=0.9;AN=314 GT 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 872231 . G GCC . PASS VC=INDEL;AC=46;AF=0.16;AN=284 GT 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 872234 . C CCC . PASS VC=INDEL;AC=53;AF=0.21;AN=248 GT 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr2 1146399 . T TA . PASS VC=INDEL;AC=280;AF=0.89;AN=316;refseq.name=NM_018968;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/ [...]
-chr2 1146400 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=280;AF=0.89;AN=316;refseq.name=NM_018968;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/ [...]
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-chr2 1371779 . A AATTA . PASS VC=INDEL;AC=38;AF=0.13;AN=282;refseq.name=NM_018968;refseq.positionType=terminator GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr2 1379755 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr2 1789405 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=63;AF=0.2;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr2 2440845 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=87;AF=0.32;AN=272 GT ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. [...]
-chr2 2656901 . TG T . PASS VC=INDEL;AC=278;AF=0.9;AN=310 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 3126017 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 3424142 . CGCTGAC C . PASS VC=INDEL;AC=112;AF=0.46;AN=244;refseq.name=NM_016030;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. 1/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 1/1 ./. 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 ./. 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. ./. ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 0/0 ./. 0 [...]
-chr2 3658789 . ACAAA A . PASS VC=INDEL;AC=95;AF=0.33;AN=284;refseq.name=NM_024027;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr2 3749151 . GGAA G . PASS VC=INDEL;AC=163;AF=0.53;AN=310;refseq.name=NM_018436;refseq.positionType=exon GT 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 3749158 . GAAG G . PASS VC=INDEL;AC=164;AF=0.53;AN=308;refseq.name=NM_018436;refseq.positionType=exon GT 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 4140967 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=125;AF=0.4;AN=312 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 4184693 . AGAG A . PASS VC=INDEL;AC=60;AF=0.22;AN=274 GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 4296243 . ACCTGGCCTTTT A . PASS VC=INDEL;AC=19;AF=0.06;AN=312 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/ [...]
-chr2 4604536 . ATCTG A . PASS VC=INDEL;AC=82;AF=0.27;AN=308 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-chr2 4607815 . TAT T . PASS VC=INDEL;AC=90;AF=0.28;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr2 4874174 . CAT C . PASS VC=INDEL;AC=203;AF=0.64;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 4933418 . GATC G . PASS VC=INDEL;AC=86;AF=0.28;AN=304 GT 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 4987676 . A ACT . PASS VC=INDEL;AC=100;AF=0.32;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 4994909 . G GT . PASS VC=INDEL;AC=122;AF=0.41;AN=294 GT 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 [...]
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-chr2 5418395 . T TAA . PASS VC=INDEL;AC=147;AF=0.47;AN=314 GT 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/ [...]
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-chr2 5821334 . CAGTCCCCCTAATGCCTC C . PASS VC=INDEL;AC=261;AF=0.83;AN=316 GT 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 7238500 . A ACTT . PASS VC=INDEL;AC=184;AF=0.58;AN=316 GT 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1 [...]
-chr2 7238505 . T TTCT . PASS VC=INDEL;AC=184;AF=0.58;AN=316 GT 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1 [...]
-chr2 7616680 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=196;AF=0.62;AN=314 GT ./. 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 [...]
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-chr2 11163207 . TCA T . PASS VC=INDEL;AC=63;AF=0.2;AN=316 GT 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 11163209 . ACA A . PASS VC=INDEL;AC=63;AF=0.2;AN=316 GT 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr2 11600452 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316;refseq.name=NM_198256;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 11843046 . C CAACT . PASS VC=INDEL;AC=157;AF=0.5;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 [...]
-chr2 11843047 . A AACTA . PASS VC=INDEL;AC=157;AF=0.5;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 [...]
-chr2 12317135 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 12787834 . GT G . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 12877501 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=241;AF=0.76;AN=316;refseq.name=NM_021643;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 13123234 . A ACTTA . PASS VC=INDEL;AC=273;AF=0.89;AN=308 GT ./. 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr2 13297277 . GC G . PASS VC=INDEL;AC=23;AF=0.07;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 13446741 . T TCACT . PASS VC=INDEL;AC=105;AF=0.41;AN=256 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 ./. 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. ./. [...]
-chr2 13637137 . TTGCTG T . PASS VC=INDEL;AC=19;AF=0.06;AN=308 GT 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 13829513 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=91;AF=0.29;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr2 13967190 . TAGAT T . PASS VC=INDEL;AC=22;AF=0.07;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 14096044 . AAA A . PASS VC=INDEL;AC=47;AF=0.16;AN=298 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr2 14214846 . C CT . PASS VC=INDEL;AC=40;AF=0.13;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 14381137 . A ATC . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=280 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 14428427 . G GC . PASS VC=INDEL;AC=242;AF=0.77;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 14428428 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=241;AF=0.77;AN=314 GT 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 14685393 . C CTTC . PASS VC=INDEL;AC=29;AF=0.09;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0 [...]
-chr2 15208721 . A AC . PASS VC=INDEL;AC=116;AF=0.38;AN=304 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 ./. 1/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 15263072 . A AAGGA . PASS VC=INDEL;AC=86;AF=0.33;AN=262 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. [...]
-chr2 15744484 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=48;AF=0.15;AN=314;refseq.name=NM_004939;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 15907161 . G GACTG . PASS VC=INDEL;AC=60;AF=0.19;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 [...]
-chr2 16916657 . T TAGAA . PASS VC=INDEL;AC=153;AF=0.51;AN=298 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 16916659 . G GAAAG . PASS VC=INDEL;AC=145;AF=0.49;AN=294 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 17460258 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=54;AF=0.17;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr2 18018674 . TAT T . PASS VC=INDEL;AC=71;AF=0.23;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 18139969 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 18291829 . TCT T . PASS VC=INDEL;AC=276;AF=0.87;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 18382578 . G GC . PASS VC=INDEL;AC=304;AF=0.97;AN=314 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/ [...]
-chr2 18386046 . ACAGA A . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 18673070 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 18704268 . C CCATGACAAGAACTGCT . PASS VC=INDEL;AC=210;AF=0.66;AN=316 GT 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 18954606 . T TGTA . PASS VC=INDEL;AC=272;AF=0.87;AN=314 GT 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 [...]
-chr2 19229223 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=230;AF=0.82;AN=280 GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 1/1 0/ [...]
-chr2 19416083 . CAAT C . PASS VC=INDEL;AC=26;AF=0.08;AN=312 GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr2 19486700 . C CGT . PASS VC=INDEL;AC=200;AF=0.9;AN=222 GT 0/1 ./. ./. ./. 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 1/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 ./. ./. ./. ./. 0/1 1/1 ./. ./. 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 19792293 . AAA A . PASS VC=INDEL;AC=92;AF=0.29;AN=316 GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-chr2 19850365 . ATA A . PASS VC=INDEL;AC=17;AF=0.06;AN=302 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 20061297 . A AATCA . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.03;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr2 21209314 . GTG G . PASS VC=INDEL;AC=13;AF=0.04;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr2 21692599 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=78;AF=0.25;AN=314 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 22508039 . GCCT G . PASS VC=INDEL;AC=70;AF=0.23;AN=300 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0 [...]
-chr2 23055890 . CTT C . PASS VC=INDEL;AC=32;AF=0.1;AN=310 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr2 23059421 . CC C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 23080285 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 23252488 . T TGTTT . PASS VC=INDEL;AC=261;AF=0.83;AN=314 GT 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 23656105 . CT C . PASS VC=INDEL;AC=78;AF=0.25;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 23929327 . T TAACT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 25136190 . TC T . PASS VC=INDEL;AC=190;AF=0.68;AN=280;refseq.name=NM_004036;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 25696290 . CA C . PASS VC=INDEL;AC=7;AF=0.02;AN=314;refseq.name=NM_021907;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 25971939 . A AGTAAA . PASS VC=INDEL;AC=90;AF=0.28;AN=316;refseq.name=NM_018263;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/ [...]
-chr2 26471341 . T TTTC . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.03;AN=316;refseq.name=NM_000183;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr2 26547936 . GAC G . PASS VC=INDEL;AC=69;AF=0.22;AN=308;refseq.name=NM_153835;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. ./. 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0 [...]
-chr2 26849198 . ACGGTT A . PASS VC=INDEL;AC=85;AF=0.28;AN=308;refseq.name=NM_001029881;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr2 26849199 . CGGTTC C . PASS VC=INDEL;AC=83;AF=0.27;AN=302;refseq.name=NM_001029881;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr2 27134249 . ATA A . PASS VC=INDEL;AC=100;AF=0.32;AN=316;refseq.name=NM_020134;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 27787778 . AAATTAAAATTCTAC A . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.03;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr2 28792105 . A AATA . PASS VC=INDEL;AC=100;AF=0.32;AN=308;refseq.name=NM_153021;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 ./. 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 29191749 . GA G . PASS VC=INDEL;AC=87;AF=0.28;AN=316 GT 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr2 29191750 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=86;AF=0.27;AN=316 GT 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr2 29738576 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=284;AF=0.9;AN=316;refseq.name=NM_004304;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr2 29738577 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=284;AF=0.9;AN=316;refseq.name=NM_004304;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr2 30158127 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=192;AF=0.61;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 30158129 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=192;AF=0.61;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 30645653 . A AAGCTTTTCTAATGAACATCTACAAGACTGTTGTG . PASS VC=INDEL;AC=303;AF=0.96;AN=316 GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 30727159 . C CAGTCTATATGCC . PASS VC=INDEL;AC=189;AF=0.6;AN=316;refseq.name=NM_182551;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 [...]
-chr2 30727390 . GTTG G . PASS VC=INDEL;AC=31;AF=0.1;AN=314;refseq.name=NM_182551;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr2 30855218 . CCATGGGA C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_182551;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 30937800 . GATTTT G . PASS VC=INDEL;AC=14;AF=0.06;AN=244 GT 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 ./. ./. ./. 0/0 [...]
-chr2 31084461 . AATAAAATACAG A . PASS VC=INDEL;AC=36;AF=0.11;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1 [...]
-chr2 31249797 . ATATC A . PASS VC=INDEL;AC=34;AF=0.11;AN=316;refseq.name=NM_024572;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 31249799 . ATCTA A . PASS VC=INDEL;AC=47;AF=0.16;AN=302;refseq.name=NM_024572;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 31374768 . AGTA A . PASS VC=INDEL;AC=13;AF=0.05;AN=278 GT 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0 [...]
-chr2 31499486 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=11;AF=0.03;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 32845664 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=138;AF=0.44;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-chr2 32845666 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=138;AF=0.44;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-chr2 33393523 . AGCAA A . PASS VC=INDEL;AC=10;AF=0.03;AN=308;refseq.name=NM_206943;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 [...]
-chr2 33403610 . ATTG A . PASS VC=INDEL;AC=46;AF=0.15;AN=316;refseq.name=NM_206943;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 33478311 . TGAGT T . PASS VC=INDEL;AC=2;AF=0.01;AN=314;refseq.name=NM_206943;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 33542959 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=258;AF=0.82;AN=316;refseq.name=NM_206943;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 33760624 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=5;AF=0.02;AN=216;refseq.name=NM_170672;refseq.positionType=intron GT 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 33899643 . G GGAG . PASS VC=INDEL;AC=261;AF=0.83;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 34119549 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=45;AF=0.14;AN=316 GT 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 34427438 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=175;AF=0.76;AN=230 GT 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 1/1 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/1 ./. ./. ./. 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 0/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 0/1 ./. ./. ./. ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 1/1 ./. 0/ [...]
-chr2 34841691 . TGAAT T . PASS VC=INDEL;AC=165;AF=0.79;AN=210 GT ./. ./. ./. 1/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 1/1 0/1 ./. 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 ./. 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 1/1 ./. ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 ./. ./. ./. ./. 1/1 ./. 0/1 1/1 ./. 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 ./. ./. ./. [...]
-chr2 35025338 . G GG . PASS VC=INDEL;AC=227;AF=0.72;AN=314 GT 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/ [...]
-chr2 35255151 . TCT T . PASS VC=INDEL;AC=29;AF=0.09;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr2 35668564 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=275;AF=0.87;AN=316 GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/ [...]
-chr2 36779604 . C CTT . PASS VC=INDEL;AC=130;AF=0.44;AN=298;refseq.name=NM_001042548;refseq.positionType=exon GT 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 [...]
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-chr2 37865906 . GA G . PASS VC=INDEL;AC=161;AF=0.51;AN=314 GT 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/ [...]
-chr2 37960289 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=302 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 38003881 . T TAGA . PASS VC=INDEL;AC=312;AF=0.99;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 38079466 . CAT C . PASS VC=INDEL;AC=93;AF=0.3;AN=308 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 [...]
-chr2 38476518 . T TCA . PASS VC=INDEL;AC=179;AF=0.57;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1 [...]
-chr2 38682923 . T TTTCTCTCT . PASS VC=INDEL;AC=35;AF=0.11;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-chr2 38990657 . C CACTT . PASS VC=INDEL;AC=241;AF=0.76;AN=316 GT 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 39202671 . TCAC T . PASS VC=INDEL;AC=68;AF=0.22;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0 [...]
-chr2 39848964 . GACTA G . PASS VC=INDEL;AC=92;AF=0.3;AN=304 GT 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0 [...]
-chr2 40095196 . TCTT T . PASS VC=INDEL;AC=22;AF=0.07;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr2 40207026 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=1;AF=0;AN=314 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr2 40396501 . G GTCAG . PASS VC=INDEL;AC=13;AF=0.04;AN=310;refseq.name=NM_001112802;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-chr2 40446174 . T TCTACCTGCAACCCTTGATTGGCCTC . PASS VC=INDEL;AC=196;AF=0.62;AN=314;refseq.name=NM_001112802;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 1/1 1/ [...]
-chr2 40527545 . T TGC . PASS VC=INDEL;AC=69;AF=0.22;AN=316;refseq.name=NM_001112802;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr2 40764424 . TATG T . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=314 GT ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 40840587 . A ATTG . PASS VC=INDEL;AC=15;AF=0.06;AN=242 GT ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0 [...]
-chr2 41367520 . A AT . PASS VC=INDEL;AC=187;AF=0.6;AN=314 GT 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 ./. 1/1 [...]
-chr2 41554849 . TCAGA T . PASS VC=INDEL;AC=231;AF=0.74;AN=314 GT ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 [...]
-chr2 41554851 . AGACA A . PASS VC=INDEL;AC=233;AF=0.74;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 [...]
-chr2 41628974 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=282;AF=0.9;AN=314 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 41628975 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=281;AF=0.9;AN=312 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 ./. 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 41838136 . GGC G . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 42604189 . CTTATGGGTTAC C . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 42773644 . C CC . PASS VC=INDEL;AC=111;AF=0.35;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-chr2 43140881 . TA T . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 43205232 . A AAG . PASS VC=INDEL;AC=287;AF=0.91;AN=316 GT 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 43324908 . C CA . PASS VC=INDEL;AC=316;AF=1;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 43570900 . TCT T . PASS VC=INDEL;AC=84;AF=0.27;AN=316;refseq.name=NM_022065;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1 [...]
-chr2 44397082 . AAGAGTA A . PASS VC=INDEL;AC=39;AF=0.12;AN=316;refseq.name=NM_177968;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr2 44735716 . TAAAC T . PASS VC=INDEL;AC=189;AF=0.6;AN=316;refseq.name=NM_024766;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 [...]
-chr2 45472533 . T TATA . PASS VC=INDEL;AC=284;AF=0.92;AN=308 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 45472535 . T TAAT . PASS VC=INDEL;AC=291;AF=0.92;AN=316 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 47399270 . TCA T . PASS VC=INDEL;AC=140;AF=0.44;AN=316;refseq.name=NM_001743;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 48032874 . ACTAT A . PASS VC=INDEL;AC=254;AF=0.8;AN=316;refseq.name=NM_000179;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 49026643 . A AA . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 49468159 . C CTCTT . PASS VC=INDEL;AC=57;AF=0.18;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-chr2 49514324 . GAAGAA G . PASS VC=INDEL;AC=179;AF=0.58;AN=310 GT 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/ [...]
-chr2 49982314 . T TT . PASS VC=INDEL;AC=196;AF=0.64;AN=304 GT 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 ./. 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-chr2 50152899 . TTTTC T . PASS VC=INDEL;AC=26;AF=0.1;AN=268;refseq.name=NM_004801;refseq.positionType=intron GT ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 [...]
-chr2 50693504 . AAC A . PASS VC=INDEL;AC=193;AF=0.63;AN=306;refseq.name=NM_004801;refseq.positionType=intron GT 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 ./. 1/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 50703696 . C CTG . PASS VC=INDEL;AC=287;AF=0.91;AN=314;refseq.name=NM_004801;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 50703699 . T TGT . PASS VC=INDEL;AC=285;AF=0.9;AN=316;refseq.name=NM_004801;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-chr2 51260591 . T TAT . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316;refseq.name=NM_004801;refseq.positionType=promoter GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 51281539 . TT T . PASS VC=INDEL;AC=252;AF=0.8;AN=316 GT 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-chr2 51315220 . A ATT . PASS VC=INDEL;AC=55;AF=0.19;AN=292 GT 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./ [...]
-chr2 51315221 . T TTT . PASS VC=INDEL;AC=56;AF=0.19;AN=300 GT 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-chr2 51355364 . TTT T . PASS VC=INDEL;AC=30;AF=0.1;AN=304 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-chr2 52397945 . A ATGCTATTCCAATATCTCAG . PASS VC=INDEL;AC=33;AF=0.15;AN=214 GT 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/1 ./. ./. ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0 [...]
-chr2 52643648 . G GAG . PASS VC=INDEL;AC=140;AF=0.53;AN=266 GT 0/1 ./. 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 ./. 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/1 1/1 ./. ./. ./. 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 ./. ./. 0/0 1/1 0 [...]
-chr2 53056176 . G GAG . PASS VC=INDEL;AC=131;AF=0.49;AN=270 GT 1/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. ./. ./. 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 ./. 1/1 ./. 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0 [...]
-chr2 53674036 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=106;AF=0.34;AN=310 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr2 53737951 . AGGAT A . PASS VC=INDEL;AC=107;AF=0.35;AN=302 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 1/1 1/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 54573230 . AACA A . PASS VC=INDEL;AC=62;AF=0.2;AN=316;refseq.name=NM_001100396;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/ [...]
-chr2 54726113 . G GA . PASS VC=INDEL;AC=269;AF=0.87;AN=308;refseq.name=NM_003128;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1 [...]
-chr2 54726287 . T TGTTA . PASS VC=INDEL;AC=269;AF=0.85;AN=316;refseq.name=NM_003128;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/ [...]
-chr2 54783793 . C CTT . PASS VC=INDEL;AC=270;AF=0.85;AN=316;refseq.name=NM_003128;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 [...]
-chr2 55080611 . GCTTT G . PASS VC=INDEL;AC=3;AF=0.01;AN=310 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-chr2 55174675 . AC A . PASS VC=INDEL;AC=6;AF=0.02;AN=306 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr2 55208955 . A ATGAATCACATACAAGCTAAGAAACTA . PASS VC=INDEL;AC=211;AF=0.67;AN=316;refseq.name=NM_020532;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 [...]
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-chr2 55355370 . CTG C . PASS VC=INDEL;AC=0;AF=0;AN=316 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-chr2 56603301 . G GT . PASS VC=INDEL;AC=118;AF=0.39;AN=306;refseq.name=NM_001080433;refseq.positionType=intron GT 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/ [...]
-chr2 57161556 . CCTT C . PASS VC=INDEL;AC=24;AF=0.1;AN=230 GT 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. ./. ./. 0/0 ./. 0/ [...]
-chr2 58167700 . AA A . PASS VC=INDEL;AC=220;AF=0.73;AN=300 GT 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/ [...]
-chr2 58193832 . A ACAA . PASS VC=INDEL;AC=35;AF=0.16;AN=222 GT 0/1 0/1 ./. 0/0 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 ./. ./. 0/1 1/1 ./. ./. ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 ./. 0/0 0/1 1/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. ./. 0/0 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. . [...]
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-##ApplyRecalibration="analysis_type=ApplyRecalibration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/delangel/Phase1Calls/20110608VQSRConsensus/calls/combined.phase1.chr20.raw.indels.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample [...]
-##CombineVariants="analysis_type=CombineVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20:41000001-42000000] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/delangel/Phase1Calls/20110608VQSRConsensus/calls/chr20/AFR/AFR.phase1.chr20.42.raw.indels.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/delangel/Phase1Calls/20110608VQSRConsensus/calls/chr20/ASN/ASN.phase1.chr20.42. [...]
-##FILTER=<ID=BothStrands,Description="Variant not seen on both strands">
-##FILTER=<ID=HARD_TO_VALIDATE,Description="MQ0 >= 4 && (MQ0 / (1.0 * DP)) > 0.1">
-##FILTER=<ID=HP10,Description="Variant occurs in long homopolymer run (>10)">
-##FILTER=<ID=HaplotypeScore,Description="HaplotypeScore>20.0">
-##FILTER=<ID=HighCoverage,Description="Coverage at variant site is > 7500">
-##FILTER=<ID=HomopolymerRun,Description="HRun>=15">
-##FILTER=<ID=LongRepeat,Description="Variant occurs in long tandem repeat (as defined by 1kg phase one filters)">
-##FILTER=<ID=LowQual,Description="QUAL<30.0">
-##FILTER=<ID=PP20,Description="Variant posterior phred is < 20">
-##FILTER=<ID=QualByDepth,Description="QD<1.0">
-##FILTER=<ID=StrandBias,Description="SB>=-1.0">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche93.00to94.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 3.9628 <= x < 4.1824">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche94.00to95.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 3.7129 <= x < 3.9628">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche95.00to96.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 3.3717 <= x < 3.7129">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche96.00to97.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 2.8762 <= x < 3.3717">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche97.00to98.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 2.2618 <= x < 2.8762">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche98.00to99.00+,Description="Truth sensitivity tranche level at VQS Lod < 1.2907">
-##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche98.00to99.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 1.2907 <= x < 2.2618">
-##FORMAT=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
-##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
-##FORMAT=<ID=FT,Number=1,Type=String,Description="Sample Genotype Filter">
-##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Integer,Description="Genotype Likelihood, log-scaled likeilhoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
-##FORMAT=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
-##FORMAT=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
-##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
-##FORMAT=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
-##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
-##INFO=<ID=AB,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
-##INFO=<ID=ABA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the alternate allele">
-##INFO=<ID=ABP,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=ABR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the reference allele">
-##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the site allele frequency of the first ALT allele">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=BL,Number=1,Type=Integer,Description="Base Pairs Left: number of base pairs in reads supporting the alternate to the left (5') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=BR,Number=1,Type=Integer,Description="Base Pairs Right: number of base pairs in reads supporting the alternate to the right (3') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=BVAR,Number=0,Type=Flag,Description="The best genotype combination in the posterior is variant (non homozygous).">
-##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
-##INFO=<ID=CI95,Number=2,Type=Float,Description="Equal-tail Bayesian credible interval of the site allele frequency at the 95% level">
-##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
-##INFO=<ID=DEL,Number=0,Type=Flag,Description="deletion allele">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
-##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
-##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
-##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
-##INFO=<ID=EL,Number=1,Type=Integer,Description="Allele End Left: number of observations of the alternate where the alternate occurs in the left end of the read">
-##INFO=<ID=EPP,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=ER,Number=1,Type=Integer,Description="Allele End Right: number of observations of the alternate where the alternate occurs in the right end of the read">
-##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability that sample chromosomes are not all the same">
-##INFO=<ID=FR,Number=0,Type=Float,Description="Estimated population frequency">
-##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
-##INFO=<ID=HETAR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals heterozygous alternate / reference">
-##INFO=<ID=HOMA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals homozygous for the alternate">
-##INFO=<ID=HOMR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of individuals homozygous for the reference">
-##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolmer run length">
-##INFO=<ID=HPLen,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer length">
-##INFO=<ID=HR,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length">
-##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
-##INFO=<ID=HU,Number=1,Type=String,Description="Homopolymer run unit (stranded)">
-##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
-##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Not provided in original VCF header">
-##INFO=<ID=INS,Number=0,Type=Flag,Description="insertion allele">
-##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
-##INFO=<ID=IndelType,Number=1,Type=String,Description="Indel type description">
-##INFO=<ID=KGPilot123,Number=0,Type=Flag,Description="1000 Genome discovery all pilots 2010(1,2,3)">
-##INFO=<ID=LEN,Number=1,Type=Integer,Description="allele length">
-##INFO=<ID=LRB,Number=1,Type=Float,Description="((max(BR, BL) / (BR + BL)) - 0.5) * 2 : The proportion of base pairs in reads on one side of the alternate allele relative to total bases, scaled from [0.5,1] to [0,1]">
-##INFO=<ID=LRBP,Number=1,Type=Float,Description="Left-Right Balance Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between BL and BR given E(BR/BL) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Flag,Description="MNP allele">
-##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
-##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
-##INFO=<ID=MQ0Fraction,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Mapping Quality Zero Reads">
-##INFO=<ID=MQM,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
-##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
-##INFO=<ID=NF,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
-##INFO=<ID=NR,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
-##INFO=<ID=PP,Number=0,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
-##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias">
-##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
-##INFO=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
-##INFO=<ID=RL,Number=1,Type=Integer,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=RPP,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=RR,Number=1,Type=Integer,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
-##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
-##INFO=<ID=SAB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: SAF / ( SAF + SAR )">
-##INFO=<ID=SAF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SAP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=SAR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
-##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
-##INFO=<ID=SET_INTEGRATION,Number=0,Type=Flag,Description="SET_INTEGRATION Membership">
-##INFO=<ID=SET_WGVQSR,Number=0,Type=Flag,Description="SET_WGVQSR Membership">
-##INFO=<ID=SNP,Number=0,Type=Flag,Description="SNP allele">
-##INFO=<ID=SRB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the reference allele: SRF / ( SRF + SRR )">
-##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=TC,Number=0,Type=Integer,Description="Total coverage">
-##INFO=<ID=TR,Number=1,Type=Integer,Description="Tandem repeat run length (bp)">
-##INFO=<ID=TS,Number=0,Type=Flag,Description="transition SNP">
-##INFO=<ID=TU,Number=1,Type=String,Description="tandem repeat run unit (stranded)">
-##INFO=<ID=TV,Number=0,Type=Flag,Description="transversion SNP">
-##INFO=<ID=VLD,Number=0,Type=Flag,Description="Is Validated. This bit is set if the snp has 2+ minor allele count based on frequency or genotype data.">
-##INFO=<ID=VQSLOD,Number=1,Type=Float,Description="Log odds ratio of being a true variant versus being false under the trained gaussian mixture model">
-##INFO=<ID=dbSNP,Number=1,Type=Integer,Description="First SNP Build for RS">
-##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
-##LeftAlignVariants="analysis_type=LeftAlignVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-scr1/ebanks/ALL.chr20.Oxford.20110407.indels.genotypes.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction= [...]
-##SelectVariants="analysis_type=SelectVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[20] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-scr1/delangel/officialCalls/20110201_chr20_phase1_indels/dindel/20110208.chr20.dindel2.ALL.sites.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampli [...]
-##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CHB.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CHS.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/CLM.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/JPT.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/MXL.phase1.chr20.42.cleaned.bam, /broad/shptmp/delangel/calls/chr20/PUR.phase1.chr20.42.cleaned.bam] sample_metadata=[] re [...]
-##VariantAnnotator="analysis_type=VariantAnnotator input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[./ALL.chr20.vqsr_2of5_union_sites_for_validation_boosted.vcf] rodToIntervalTrackName=variant BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF [...]
-##VariantFiltration="analysis_type=VariantFiltration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/humgen/1kg/processing/pipeline_test_bams/chr22_chunked.hg19.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/broad/shptmp/rpoplin/ALL.phase1.chr22.raw.indels.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsamp [...]
-##commandline="/share/software/freebayes/bin/freebayes --stdin --min-alternate-count 2 --genotype-combo-step-max 20 --genotype-variant-threshold 4 --no-marginals --pvar 0.0001 --indels --mnps --no-filters --binomial-obs-priors --allele-balance-priors --region 20:0..100000 --vcf /d1/data/1000G/20101123/populations/finalised.phase1/integrated/including454/wg/ALL/Pipeline/none//freebayes/freebayes.20:0-100000.baq.20110328.vcf --fasta-reference /d2/data/references/build_37/human_reference_v37.fa"
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-20 573764 . TA T 591.51 PASS AC=91;AF=0.1987;AN=458;BaseQRankSum=0.137;DP=519;FS=3.153;HRun=1;HaplotypeScore=14.0744;InbreedingCoeff=0.1460;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=48.16;MQ0=26;MQ0Fraction=0.0501;MQRankSum=-1.636;QD=3.63;ReadPosRankSum=-4.140;SB=-408.14;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=5.2458;set=VQSR
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-20 997076 rs11467490 CTG C 15379.78 PASS AA=195;AB=0.59878;ABA=132;ABP=30.896;ABR=197;AC=173;AF=0.14562;AN=1188;BL=7664;BR=7309;BVAR;BaseQRankSum=21.853;DB;DEL;DP=27127;DP4=1801,2002,241,282;Dels=0.13;EL=100;EPP=3.2887;ER=95;FQ=999;FR;FS=6.591;HETAR=77;HOMA=42;HOMR=815;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1284;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TG.;LEN=2;LRB=0.023709;LRBP=21.287;MQ=61.18;MQ0Fraction=0.0214;MQM=43.041;MQRankSum=6.886;NF;NR;NS=934 [...]
-20 1042261 rs10597473 CCCTG C 168658.05 PASS AA=4481;AB=0.29043;ABA=2128;ABP=1147.1;ABR=871;AC=1172;AF=0.97830;AN=1198;BL=169975;BR=194027;BVAR;BaseQRankSum=4.599;DB;DEL;DP=29418;DP4=29,47,1441,2403;Dels=0.84;EL=2358;EPP=29.772;ER=2123;FR;FS=9.122;HETAR=482;HOMA=559;HOMR=30;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.0470;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.066077;LRBP=3454.1;MQ=104.58;MQ0=4;MQ0Fraction=0.0014;MQM=58.257;MQRankSum=-3.368;NF;NR;NS=1071;PP;P [...]
-20 1046297 rs33956316 C CT,CTT,CTTT 17698 PASS ABR=408;AC=432,79,230;AF=0.39779,0.07274,0.21179;BVAR;BaseQRankSum=-8.413;DB;DP=15649;DP4=147,199,534,436;FR;FS=11.580;HOMA=97;HOMR=457;HP=20;HR=16;HU=T;HaplotypeScore=16.0590;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6018;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;KGPilot123;MQ0=19;MQ0Fraction=0.0093;MQRankSum=7.992;NF;NR;NS=767;PP;PV4=6e-05,1,1,1;QD=8.18;RA=1183;RUN=1;ReadPosRankSum=2.684;SB=-6384.08;SC=GGAAAATTTTCTTTTTTTTTT;SET_WGVQSR;SRB=0.40913;SRF=484;SRP=87.859; [...]
-20 1405740 . T TA 257.28 PASS AF=0.0188;BaseQRankSum=-0.745;DP=3769;Dels=0.00;FS=0.742;HPLen=9;HRun=9;InbreedingCoeff=0.0462;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ0Fraction=0.0151;MQRankSum=-0.090;ReadPosRankSum=-1.582;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=5.6502;set=Intersection;sumGLbyD=6.94
-20 1690501 . TC T 27928 PASS AA=108;AB=0.91372;ABA=100;ABP=1726.1;ABR=1059;AC=35;AF=0.02966;AN=1180;BL=593;BR=6973;BVAR;BaseQRankSum=7.567;DEL;DP=10612;Dels=0.01;EL=50;EPP=4.2971;ER=58;FS=0.000;HETAR=378;HOMA=184;HOMR=477;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0495;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.84325;LRBP=11685;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=87.361;MQRankSum=4.088;NS=1045;RA=3125;RL=3;RPP=212.2;RR=105;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.096;SAB=0.56481;SAF=61;SAP=6.951 [...]
-20 1991285 rs113891396 TAA T,TA,TAAA,TAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAA 39235.36 PASS AC=5,251,20,39,188,52,79;AF=0.0056,0.2789,0.0222,0.0433,0.2089,0.0578,0.0878;AN=900;BVAR;BaseQRankSum=1.124;DB;DEL;DP=54393;DP4=906,772,824,579;Dels=0.21;FR;FS=37.525;HP=12;HR=12;HRun=12;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6891;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=76.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-6.593;NF;NR;PP;PV4=0.0087,1,6.3e-19,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.184;SC=ATCTGCCACTTAAAAAAAAAA;SET_WGVQSR;TC;TR= [...]
-20 2355911 . TA T 11723 PASS AA=79;AB=0.9393;ABA=57;ABP=1577;ABR=882;AC=38;AF=0.0411;AN=924;BL=644;BR=5536;BVAR;BaseQRankSum=2.434;DEL;DP=9687;Dels=0.00;EL=45;EPP=6.3362;ER=34;FS=3.043;HETAR=321;HOMA=182;HOMR=555;HRun=5;InbreedingCoeff=0.0412;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.79159;LRBP=8411.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=70.848;MQRankSum=0.137;NS=1058;RA=3415;RL=3;RPP=149.49;RR=76;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.116;SAB=0.44304;SAF=35;SAP=5.2367;SAR=44 [...]
-20 2771621 rs11479849 GT G,GTT 1605.60 PASS AA=80;AB=0.79825;ABA=69;ABP=267.24;ABR=273;AC=79,91;AF=0.06551,0.07546;AN=1206;BL=2593;BR=3805;BVAR;BaseQRankSum=7.825;DB;DP=9790;Dels=0.04;EL=37;EPP=3.9875;ER=43;FR;FS=4.751;HETAR=62;HOMA=5;HOMR=958;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2646;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.18943;LRBP=501.57;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=52.45;MQRankSum=-0.560;NF;NR;NS=1025;PP;RA=3949;RL=29;RPP=16.148;RR=51;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.397;SAB=0.525 [...]
-20 2891235 . G GT,GTTT 2869.87 PASS AC=236,246;AF=0.2803,0.2922;AN=842;BaseQRankSum=8.979;DP=1067;FS=3.911;HaplotypeScore=20.3595;InbreedingCoeff=0.6511;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=44.86;MQ0=114;MQ0Fraction=0.1068;MQRankSum=-2.273;QD=4.00;ReadPosRankSum=-6.601;SB=-991.85;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=5.4379;set=VQSR
-20 3033550 . TGAG T 2005.90 PASS AA=34;AB=0.51429;ABA=34;ABP=3.1344;ABR=36;AC=22;AF=0.0332;AN=662;BL=1374;BR=1649;BVAR;BaseQRankSum=5.192;DEL;DP=14639;DP4=2271,1492,12,21;Dels=0.02;EL=19;EPP=4.0322;ER=15;FR;FS=16.657;HETAR=17;HOMA=0;HOMR=914;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0454;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_3.;LEN=3;LRB=0.090969;LRBP=57.333;MQ=53.99;MQ0Fraction=0.0304;MQM=46.735;MQRankSum=1.938;NF;NR;NS=931;PP;PV4=0.0068,9.4e-05,1,1;RA=2985;RL=11;RPP=1 [...]
-20 3873327 rs61519218 A AAG 683.85 PASS AC=25;AF=0.0313;AN=800;BaseQRankSum=4.839;DB;DP=1718;FS=4.265;HRun=0;HaplotypeScore=20.5789;InbreedingCoeff=0.1055;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=53.70;MQ0=37;MQ0Fraction=0.0215;MQRankSum=2.468;QD=6.30;ReadPosRankSum=4.254;SB=-403.21;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=6.1858;set=VQSR
-20 4028835 . GC G 2511.30 PASS AA=66;AB=0.56954;ABA=65;ABP=9.3521;ABR=86;AC=22;AF=0.01836;AN=1198;BL=2303;BR=2463;BVAR;BaseQRankSum=7.621;DEL;DP=22795;DP4=1714,2774,22,37;Dels=0.02;EL=34;EPP=3.1419;ER=32;FQ=999;FR;FS=2.095;HETAR=21;HOMA=0;HOMR=1050;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.0125;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.033571;LRBP=14.674;MQ=108.09;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=53.318;MQRankSum=5.257;NF;NR;NS=1071;PP;PV4=1,5.4e [...]
-20 4039609 rs67812039 G GA 43457 PASS AA=909;AB=0.54639;ABA=572;ABP=26.583;ABR=689;AC=302;AF=0.3455;AN=874;BL=37070;BR=38211;BVAR;BaseQRankSum=20.147;DB;DP=25595;DP4=1483,1374,528,542;Dels=0.00;EL=467;EPP=4.5033;ER=442;FQ=999;FR;FS=5.441;HETAR=243;HOMA=127;HOMR=608;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1388;IndelType=INS.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.015157;LRBP=40.563;MQ=119.50;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.197;MQRankSum=1.080;NF;NR; [...]
-20 4390056 . TC T 49312 PASS AA=91;AB=0.94353;ABA=86;ABP=2605.4;ABR=1437;AC=39;AF=0.03160;AN=1234;BL=6823;BR=731;BVAR;BaseQRankSum=2.727;DEL;DP=13149;Dels=0.00;EL=41;EPP=4.9431;ER=50;FS=4.002;HETAR=465;HOMA=313;HOMR=292;HRun=3;InbreedingCoeff=0.0326;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.80646;LRBP=10671;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=69.824;MQRankSum=-0.903;NS=1073;RA=3078;RL=89;RPP=183.62;RR=2;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.526;SAB=0.45055;SAF=41;SAP=4.9431 [...]
-20 4474622 . TA T,TAA,TAAA,TAAAA 94522.28 PASS ABR=114;AC=38,68,16,900;AF=0.03333,0.05965,0.01404,0.78947;AN=1140;BVAR;BaseQRankSum=9.741;DB;DP=16656;Dels=0.00;FR;FS=2.355;HOMA=3;HOMR=936;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.4516;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0008;MQRankSum=-4.096;NF;NR;NS=980;PP;RA=3766;RUN=1;ReadPosRankSum=2.380;SC=AGAAAAAAATTAAAAAAAAAA;SET_WGVQSR;SRB=0.49734;SRF=1873;SRP=3.2409;SRR=1893;TC;TR=10;TU=A;VQSLOD=8.8186;set=Intersection [...]
-20 4824911 . AC A 41998.70 PASS AC=1172;AF=0.97342;AN=1204;BaseQRankSum=8.604;DP=3615;FS=9.934;HRun=1;HaplotypeScore=39.6843;InbreedingCoeff=0.0980;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=129.80;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=3.378;QD=11.62;ReadPosRankSum=6.967;SB=-16955.28;VQSLOD=4.2689;set=VQSR
-20 4839897 rs35881880 TAA T,TA,TAAA,TAAAAA 3906.80 PASS AC=12,95,137,189;AF=0.01024,0.08106,0.11689,0.16126;AN=1172;BVAR;BaseQRankSum=15.271;DB;DEL;DP=15105;Dels=0.04;FR;FS=43.567;HP=19;HR=13;HRun=13;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.5716;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.569;NF;NR;PP;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.794;SC=TGTTAAAAAATAAAAAAAAAA;TC;TR=13;TU=A;VQSLOD=8.1773;set=Intersection;sumGLbyD=3.77
-20 5507414 . G GCC 439.08 PASS AC=23;AF=0.01876;AN=1226;BaseQRankSum=3.051;DP=3023;FS=3.636;HRun=1;HaplotypeScore=30.3104;InbreedingCoeff=0.0204;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=112.09;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.065;QD=2.85;ReadPosRankSum=-2.709;SB=-302.22;VQSLOD=4.4311;set=VQSR
-20 5609676 . GA G,GAA 799.89 PASS AA=42;AB=0.79096;ABA=37;ABP=133.16;ABR=140;AC=43,65;AF=0.03607,0.05453;AF1=0.02826;AN=1192;BL=1360;BR=2334;BVAR;BaseQRankSum=5.069;CI95=0.01242,0.04037;DP=15610;DP4=1548,2441,21,30;Dels=0.02;EL=18;EPP=4.8716;ER=24;FQ=12.1;FR;FS=0.000;HETAR=36;HOMA=1;HOMR=991;HP=13;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2001;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.26367;LRBP=560.68;MQ=63.29;MQ0Fraction=0.0003;MQM=44.143;MQRankSum=1.755;NF;NR;NS=1028;PP;P [...]
-20 5736211 rs35303106 CT C,CTT 4384.40 PASS AA=117;AB=0.71499;ABA=116;ABP=166.4;ABR=291;AC=32,145;AF=0.02712,0.12288;AN=1180;BL=5556;BR=4901;BVAR;BaseQRankSum=2.708;DB;DP=9157;Dels=0.01;EL=54;EPP=4.5136;ER=63;FR;FS=2.802;HETAR=79;HOMA=1;HOMR=837;HP=16;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1903;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.062637;LRBP=92.1;MQ0Fraction=0.0273;MQM=48.932;MQRankSum=3.654;NF;NR;NS=917;PP;RA=2785;RL=79;RPP=34.209;RR=38;RUN=1;ReadPosRankSum=0.795;SAB=0.5641;SAF=6 [...]
-20 5898626 rs34483659 CAAA C,CA,CAA,CAAAAA 1140.16 PASS ABR=34;AC=19,98,56,199;AF=0.0227,0.1172,0.0670,0.2380;AF1=0.08519;BVAR;BaseQRankSum=5.049;CI95=0.03727,0.1273;DB;DEL;DP=5091;DP4=539,408,121,123;FQ=4.43;FR;FS=5.701;HOMA=64;HOMR=156;HP=19;HR=18;HU=A;HaplotypeScore=11.5333;INDEL;InbreedingCoeff=0.7405;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=117;MQ0Fraction=0.0986;MQRankSum=6.290;NF;NR;NS=240;PP;PV4=0.043,1,1,0.0087;QD=1.22;RA=204;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.684;SB=-1015.09;SC=ACTAAAAATACAAAAAAA [...]
-20 5975126 rs10541892 C CAG 504.78 PASS AC=79;AF=0.07004;AN=1128;BaseQRankSum=10.498;DB;DP=2050;FS=38.228;HRun=0;HaplotypeScore=14.1426;InbreedingCoeff=-0.0053;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=60.40;MQ0=80;MQ0Fraction=0.0390;MQRankSum=5.098;QD=1.63;ReadPosRankSum=-4.851;SB=-590.69;VQSLOD=4.8517;set=VQSR
-20 6040983 rs11087710 A AAAAAAGAG,AAAAAGAG,AAAAGAG,AAAAGAGAG,AAAGAG,AAAGAGAG,AAGAG,AAGAGAG,AG,AGAG,AGAGAG 66894.55 PASS ABR=468;AC=80,9,20,136,31,91,33,29,9,3,5;AF=0.0980,0.0110,0.0245,0.1667,0.0380,0.1115,0.0404,0.0355,0.0110,0.0037,0.0061;AN=816;BVAR;BaseQRankSum=-12.470;DB;DP=38726;DP4=426,611,310,472;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=6.635;HOMA=110;HOMR=506;HP=14;HR=15;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.8291;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;KGPilot123;MQ=54.22;MQ0Fraction=0.0168;MQRankSum=-5.3 [...]
-20 7024548 . G GAT 5041.27 PASS AC=123;AF=0.10336;AN=1190;BaseQRankSum=23.097;DP=3045;FS=7.979;HRun=0;HaplotypeScore=15.6967;InbreedingCoeff=0.1062;IndelType=INS.NumRepetitions_5.EventLength_2.RepeatExpansion_AT.;MQ=119.29;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQRankSum=-3.725;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-2257.45;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=5.9332;set=VQSR
-20 7484554 . A AT 5.09 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=710;BaseQRankSum=-0.696;DP=1862;FS=2.835;HRun=9;HaplotypeScore=13.5425;InbreedingCoeff=0.0567;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=76.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.932;ReadPosRankSum=-1.701;VQSLOD=4.3156;set=VQSR
-20 7632194 rs77286341 GAA AAA,G 5324 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=700;BaseQRankSum=-1.741;DB;DP=1772;FR;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=60.1795;InbreedingCoeff=0.0017;IndelType=MIXED;MQ=70.69;MQ0=13;MQ0Fraction=0.0073;MQRankSum=-1.315;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-3.650;SC=GAGAGAGAGAGAAAGGTGTAA;TC;TR=13;TU=AG;set=filterInVQSR-2of5
-20 7767508 rs71329674 G GA 17914 PASS AA=415;AB=0.61617;ABA=337;ABP=105.94;ABR=541;AC=141;AF=0.11614;AN=1214;BL=15187;BR=20323;BVAR;BaseQRankSum=-13.946;DB;DP=28222;Dels=0.00;EL=184;EPP=14.569;ER=231;FQ=999;FR;FS=13.296;HETAR=178;HOMA=35;HOMR=822;HP=14;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0714;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.14464;LRBP=1616.1;MQ=89.69;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=51.667;MQRankSum=0.664;NF;NR;NS=1035;PP;RA=3707;R [...]
-20 7920261 . TA T,TAA 802.15 PASS AA=28;AB=0.8;ABA=28;ABP=112.45;ABR=112;AC=22,39;AF=0.01836,0.03255;AN=1198;BL=943;BR=1487;BVAR;BaseQRankSum=2.233;DP=10645;Dels=0.01;EL=11;EPP=5.8022;ER=17;FR;FS=1.691;HETAR=20;HOMA=0;HOMR=1007;HP=10;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.2256;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.22387;LRBP=267.46;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.571;MQRankSum=0.940;NF;NR;NS=1027;PP;RA=4776;RL=8;RPP=14.178;RR=20;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.567;SAB=0.53571;SAF=15;S [...]
-20 8012465 rs10595338 TATGA T 2104.41 PASS AF=0.03339;BaseQRankSum=10.662;DB;DP=11772;DS;Dels=0.01;FR;FS=7.678;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=0.0266;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ0Fraction=0.0731;MQRankSum=0.603;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=1.276;SC=TGTATGTATGTATGATGTATG;TC;TR=19;TU=ATGT;VQSLOD=4.1376;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=6.53
-20 8573999 . CGTGT C,CGT,CGTGTGT,TGTGT 45865.96 PASS AC=458,0,731;AF=0.37727,0.00000,0.60214;AN=1214;BVAR;BaseQRankSum=-6.703;DEL;DP=37714;Dels=0.03;FR;FS=11.079;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.7632;IndelType=MIXED;LEN=2;MQ0Fraction=0.0026;MQRankSum=-1.394;NF;NR;PP;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.102;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=18;TU=GT;VQSLOD=6.1435;set=Intersection;sumGLbyD=3.53
-20 8610455 rs10571111 TTTTC T 11763.51 PASS AC=190;AF=0.17056;AN=1114;BaseQRankSum=-14.397;DB;DP=2323;FS=2.321;HRun=0;HaplotypeScore=39.8020;InbreedingCoeff=0.2502;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;MQ=53.39;MQ0=104;MQ0Fraction=0.0448;MQRankSum=3.519;QD=19.07;ReadPosRankSum=4.150;SB=-4067.02;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=5.0554;set=VQSR
-20 9139079 . ATT A,AT,ATTT,ATTTT,ATTTTT 8777.90 PASS AC=23,140,114,69,113;AF=0.01993,0.12132,0.09879,0.05979,0.09792;AN=1154;BVAR;BaseQRankSum=-0.022;DEL;DP=25109;DP4=502,657,278,313;FR;FS=11.929;HP=16;HR=16;HU=T;HaplotypeScore=20.2361;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.5704;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=16;MQ0Fraction=0.0067;MQRankSum=2.624;NF;NR;PP;PV4=0.14,1,1,1;QD=1.48;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2354.28;SC=CACCTGGCTAATTTTTTTTTT;SET_WGVQSR;TC;TR=16;TU=T;VQSLOD=6.9180;set=Intersection
-20 9862448 . CT C 49312 PASS AA=60;AB=0.96003;ABA=53;ABP=2440.4;ABR=1273;AC=18;AF=0.01461;AN=1232;BL=3516;BR=140;BVAR;BaseQRankSum=-2.056;DEL;DP=11893;Dels=0.01;EL=35;EPP=6.6294;ER=25;FS=1.787;HETAR=396;HOMA=344;HOMR=334;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0379;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.92341;LRBP=6772.5;MQ0Fraction=0.0006;MQM=54.267;MQRankSum=-0.907;NS=1074;RA=2990;RL=60;RPP=133.3;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-10.579;SAB=0.58333;SAF=35;SAP=6.6294;SAR= [...]
-20 9863736 rs73618103 G GT 50570.21 PASS AA=2247;AB=0.48878;ABA=1412;ABP=6.0324;ABR=1350;AC=546;AF=0.44463;AN=1228;BL=86886;BR=95862;BVAR;BaseQRankSum=-23.978;DB;DP=32517;DP4=1125,1133,1017,1048;Dels=0.00;EL=1089;EPP=7.6113;ER=1158;FQ=999;FR;FS=2.529;HETAR=445;HOMA=201;HOMR=393;HP=4;HPLen=4;HR=4;HRun=4;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1393;IndelType=INS.NumRepetitions_4.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;KGPilot123;LEN=1;LRB=0.049117;LRBP=960.35;MQ=68.10;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0006;MQM=50.931 [...]
-20 10926959 . AG A 12239 PASS AA=65;AB=0.92801;ABA=64;ABP=1417.6;ABR=825;AC=24;AF=0.0264;AN=908;BL=616;BR=3782;BVAR;BaseQRankSum=9.990;DEL;DP=10708;Dels=0.01;EL=37;EPP=5.7163;ER=28;FS=1.652;HETAR=275;HOMA=70;HOMR=724;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0102;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.71987;LRBP=4952;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=118.82;MQRankSum=1.018;NS=1069;RA=4746;RL=5;RPP=104.07;RR=60;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.039;SAB=0.41538;SAF=27;SAP=7.0526;SAR= [...]
-20 11299648 . TG T 49315 PASS AA=62;AB=0.95292;ABA=54;ABP=2046.7;ABR=1093;AC=28;AF=0.0373;AN=750;BL=3126;BR=528;BVAR;BaseQRankSum=-4.929;DEL;DP=10764;Dels=0.01;EL=26;EPP=6.5127;ER=36;FS=3.851;HETAR=366;HOMA=383;HOMR=304;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0267;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.711;LRBP=4014.1;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0005;MQM=76.468;MQRankSum=1.327;NS=1070;RA=2588;RL=54;RPP=77.121;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.507;SAB=0.48387;SAF=30;SAP=3.1504;S [...]
-20 11561096 . CTA C 999 PASS AC=2;AF=0.0029;AF1=0.005602;BaseQRankSum=3.190;CI95=0.004425,0.01106;DP=7521;DP4=1998,1794,2,4;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=5.422;HP=3;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0056;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TA.;MQ=113.88;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.297;NF;NR;PP;PV4=0.43,0.024,1,1;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAATAGTATTCTATGTCAGTC;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.6243;set=Intersection;sumGLbyD=21.89
-20 11723671 . C CA 1096.60 PASS AA=35;AB=0.69565;ABA=35;ABP=41.247;ABR=80;AC=10;AF=0.0141;AN=710;BL=2005;BR=1702;BVAR;BaseQRankSum=-3.427;DP=9819;Dels=0.00;EL=20;EPP=4.5614;ER=15;FR;FS=3.814;HETAR=20;HOMA=0;HOMR=1034;HP=8;HPLen=7;HR=7;HRun=7;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0323;IndelType=INS.NumRepetitions_7.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.081737;LRBP=56.79;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=81.057;MQRankSum=0.050;NF;NR;NS=1054;PP;RA=5562;RL=22;RPP=8.0357;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-2. [...]
-20 12238835 rs113904674 CTCTTCATGGTCT C 1813.44 PASS AA=7;AB=0.73077;ABA=7;ABP=15.037;ABR=19;AC=4;AF=0.0056;AN=712;BL=360;BR=368;BVAR;BaseQRankSum=3.891;DB;DEL;DP=10309;Dels=0.00;EL=4;EPP=3.3205;ER=3;FR;FS=0.000;HETAR=3;HOMA=0;HOMR=1076;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=C;InbreedingCoeff=-0.0381;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_10orMore.;LEN=12;LRB=0.010989;LRBP=3.2012;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=37;MQRankSum=-3.793;NF;NR;NS=1079;PP;RA=6085;RL=4;RPP=3.3205;RR=3;RUN=1;ReadPosRankSum= [...]
-20 12602812 . AT A 12344 PASS AA=47;AB=0.94372;ABA=43;ABP=1309.5;ABR=721;AC=14;AF=0.0196;AN=716;BL=2714;BR=217;BVAR;BaseQRankSum=1.424;DEL;DP=10743;Dels=0.00;EL=24;EPP=3.0565;ER=23;FS=0.629;HETAR=228;HOMA=65;HOMR=769;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0233;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.85193;LRBP=4622.3;MQ0Fraction=0.0000;MQM=99.574;MQRankSum=1.901;NS=1080;RA=4839;RL=46;RPP=96.568;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-9.906;SAB=0.53191;SAF=25;SAP=3.4261;SAR=22;SR [...]
-20 13600884 . CTG C,CTGTG 1278.10 PASS AA=85;AB=0.77994;ABA=79;ABP=247.38;ABR=280;AC=71,22;AF=0.05907,0.01830;AN=1202;BL=3279;BR=3205;BVAR;BaseQRankSum=8.852;DEL;DP=24185;DP4=1317,931,52,49;Dels=0.03;EL=45;EPP=3.649;ER=40;FQ=999;FR;FS=31.826;HETAR=75;HOMA=4;HOMR=926;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1566;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=2;LRB=0.011413;LRBP=4.8442;MQ=65.06;MQ0Fraction=0.0012;MQM=48.671;MQRankSum=-0.511;NF;NR;NS=1005;PP;PV4=0.18,1,0.39,0.27;RA=3342;RL=3 [...]
-20 13666265 . T TATAG 556.88 PASS AC=21;AF=0.01959;AN=1072;BaseQRankSum=24.958;DP=2706;FS=2.581;HRun=0;HaplotypeScore=25.9952;InbreedingCoeff=0.1419;IndelType=INS.NOVEL_4.;MQ=72.43;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=2.888;QD=4.38;ReadPosRankSum=2.552;SB=-417.04;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=7.3380;set=VQSR
-20 13861245 rs72422273 C CTCA 2685.46 PASS AC=140;AF=0.11589;AN=1208;BaseQRankSum=24.355;DB;DP=2910;FS=6.808;HRun=0;HaplotypeScore=19.3095;InbreedingCoeff=-0.0991;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_3.;MQ=78.25;MQ0=22;MQ0Fraction=0.0076;MQRankSum=3.225;QD=3.64;ReadPosRankSum=2.607;SB=-1861.38;VQSLOD=4.1974;set=VQSR
-20 13865746 . T TA,TAA 1416.23 PASS AA=63;AB=0.80417;ABA=47;ABP=195.87;ABR=193;AC=122,21;AF=0.10133,0.01744;AN=1204;BL=3673;BR=1145;BVAR;BaseQRankSum=-3.336;DP=10513;Dels=0.00;EL=62;EPP=131.27;ER=1;FR;FS=716.583;HETAR=45;HOMA=1;HOMR=998;HP=2;HR=1;HRun=1;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0814;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.5247;LRBP=2883.3;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.143;MQRankSum=-1.197;NF;NR;NS=1044;PP;RA=4529;RL=62;RPP=131.27;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.295;SAB=1;SAF=63;SAP=13 [...]
-20 13881703 . CTT C 152.85 PASS AC=8;AF=0.0093;AN=862;BaseQRankSum=3.941;DP=2063;FS=0.962;HRun=5;HaplotypeScore=24.0313;InbreedingCoeff=0.0790;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=55.05;MQ0=49;MQ0Fraction=0.0238;MQRankSum=-1.418;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-93.04;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=5.3874;set=VQSR
-20 14260090 rs73619828 A AT 27935 PASS AA=596;AB=0.59484;ABA=487;ABP=96.922;ABR=715;AC=204;AF=0.17000;AN=1200;BL=21718;BR=28458;BVAR;BaseQRankSum=0.756;DB;DP=23629;DP4=1385,1492,287,328;Dels=0.00;EL=299;EPP=3.0249;ER=297;FQ=999;FR;FS=6.187;HETAR=218;HOMA=38;HOMR=788;HP=9;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0797;IndelType=INS.NumRepetitions_9.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.13433;LRBP=1969;MQ=100.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=57.084;MQRankSum=2.224;NF;NR;NS [...]
-20 14260558 . AC A 238 PASS AC=1;AF=0.0014;AF1=0.003368;BaseQRankSum=2.868;CI95=0.003106,0.006211;DP=9724;DP4=2075,2329,1,7;Dels=0.00;FQ=106;FR;FS=10.678;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=1;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0406;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=114.37;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.862;NF;NR;PP;PV4=0.074,0.0096,0.017,1;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATCAGGAATAACTGTGTGACC;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.1618;set=Intersection;sumGLbyD=18.65
-20 14425481 . GTA G,GTATA 148.85 PASS AC=43,23;AF=0.03473,0.01858;AN=1238;BaseQRankSum=6.289;DP=25167;DP4=1800,2021,38,49;FR;FS=9.416;HP=2;HPLen=1;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=17.7453;INDEL;InbreedingCoeff=0.0995;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=21;MQ0Fraction=0.0058;MQRankSum=-0.200;NF;NR;PP;PV4=0.59,1,0.04,0.023;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-367.50;SC=CTGTGTGTGTGTATATATATA;SET_WGVQSR;TC;TR=13;TU=AT;VQSLOD=3.5796;set=filterInVQSR-2of5
-20 14943522 rs11478299 GA AA,G 1761.24 PASS AA=117;AB=0.68142;ABA=108;ABP=99.919;ABR=231;AC=0;AF=0.0000;AF1=0.04204;AN=712;BL=4931;BR=5802;BVAR;BaseQRankSum=9.118;CI95=0.02876,0.05752;DB;DEL;DP=13717;DP4=1908,1684,59,58;Dels=0.05;EL=60;EPP=3.1773;ER=57;FQ=81.9;FR;HETAR=56;HOMA=1;HOMR=1011;HP=8;HPLen=8;HR=8;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1264;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.081152;LRBP=156.5;MQ=106.93;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=96.855;MQRankSum=1.619;NF;NR;NS=1068;PP;PV4=0.57,1,0.0003,1;QD=7. [...]
-20 14974486 . A AG 4101.40 PASS AA=57;AB=0.57143;ABA=51;ABP=8.2839;ABR=68;AC=22;AF=0.01846;AN=1192;BL=2286;BR=2834;BVAR;BaseQRankSum=8.711;DP=20538;DP4=2172,2100,19,13;Dels=0.00;EL=32;EPP=4.877;ER=25;FS=0.517;HETAR=20;HOMA=4;HOMR=1027;HRun=1;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0677;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_G.;LEN=1;LRB=0.10703;LRBP=130.37;MQ=126.07;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.088;MQRankSum=-10.756;NS=1051;PV4=0.38,3.5e-51,7.9e-34,1;RA=5203;RL=26;RPP=3.9627;RR=31;RUN=1;ReadPosRankSum=1.283 [...]
-20 15111137 . GA G 13533 PASS AA=98;AB=0.84864;ABA=89;ABP=623.8;ABR=499;AC=47;AF=0.03796;AN=1238;BL=5324;BR=856;BVAR;BaseQRankSum=-11.577;DEL;DP=13384;Dels=0.01;EL=53;EPP=4.4284;ER=45;FS=6.099;HETAR=219;HOMA=845;HOMR=18;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0056;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.72298;LRBP=7017.4;MQ0Fraction=0.0003;MQM=90.449;MQRankSum=1.408;NS=1083;RA=590;RL=87;RPP=130.99;RR=11;RUN=1;ReadPosRankSum=-18.074;SAB=0.55102;SAF=54;SAP=5.2261;SAR= [...]
-20 15283028 . A AC,ACACACACACACAC 140844.83 PASS AA=180;AB=0.61442;ABA=123;ABP=39.285;ABR=196;AC=13,817;AF=0.01111,0.69829;AN=1170;BL=4453;BR=11407;BVAR;BaseQRankSum=24.686;DP=6365;Dels=0.00;EL=124;EPP=58.793;ER=56;FR;FS=10.912;HETAR=87;HOMA=48;HOMR=683;HP=1;HR=1;HRun=1;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2074;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.43846;LRBP=6624;MQ0Fraction=0.0558;MQM=38.211;MQRankSum=-21.111;NF;NR;NS=818;PP;RA=1732;RL=0;RPP=393.88;RR=180;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.620;SAB=0.311 [...]
-20 15361056 . ATAACT A 4892.81 PASS AA=59;AB=0.63576;ABA=55;ABP=27.184;ABR=96;AC=34;AF=0.0487;AN=698;BL=3164;BR=1999;BVAR;BaseQRankSum=3.391;DEL;DP=7080;Dels=0.03;EL=27;EPP=3.9304;ER=32;FR;FS=4.816;HETAR=35;HOMA=6;HOMR=966;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=0.0785;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_5.;LEN=5;LRB=0.22564;LRBP=573.84;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=70.034;MQRankSum=-8.732;NF;NR;NS=1008;PP;RA=3915;RL=42;RPP=26.013;RR=17;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.735;SAB=0.44068 [...]
-20 15579507 . AATTAGTC A,TATTAGTC 1936.38 PASS AA=16;AB=0.58974;ABA=16;ABP=5.7386;ABR=23;AC=64;AF=0.05229;AN=1224;BL=699;BR=775;BVAR;BaseQRankSum=-21.390;DEL;DP=21920;DP4=2099,2403,6,6;Dels=0.00;EL=8;EPP=3.0103;ER=8;FR;FS=2.920;HETAR=5;HOMA=0;HOMR=1063;HP=3;HPLen=4;HR=4;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0143;IndelType=MIXED;LEN=7;LRB=0.05156;LRBP=11.519;MQ=129.49;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=51.938;MQRankSum=3.331;NF;NR;NS=1068;PP;PV4=1,0.019,1.3e-07,1;RA=5334;RL=5;RPP=7.8961;RR=11;RUN=1;Rea [...]
-20 15752535 . CT C,GT 3775.20 PASS AA=92;AB=0.78636;ABA=47;ABP=159.71;ABR=173;AC=0;AF=0.0000;AN=608;BL=4955;BR=2380;BVAR;BaseQRankSum=2.910;DEL;DP=3429;Dels=0.04;EL=13;EPP=105.82;ER=79;FR;HETAR=92;HOMA=95;HOMR=544;HP=2;HPLen=2;HR=2;HU=T;InbreedingCoeff=0.0483;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.35106;LRBP=1966;MQ0Fraction=0.0232;MQM=35.293;MQRankSum=-2.199;NF;NR;NS=732;PP;QD=4.91;RA=1272;RL=81;RPP=118.66;RR=11;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.077;SAB=0.021739;SAF=2;SAP=185.79;SAR=90;SB=-59.51;SC=CAAGACCA [...]
-20 15883060 rs73619850 A AT 1325.60 PASS AA=38;AB=0.59302;ABA=35;ABP=9.4742;ABR=51;AC=14;AF=0.0156;AN=896;BL=1078;BR=1638;BVAR;BaseQRankSum=-4.526;DB;DP=19854;DP4=1632,1800,15,20;Dels=0.00;EL=18;EPP=3.2389;ER=20;FR;FS=0.000;HETAR=14;HOMA=1;HOMR=1014;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=1;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=-0.0131;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.20619;LRBP=253.74;MQ=118.40;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.526;MQRankSum=0.892;NF;NR;NS=1029;PP;PV4=0 [...]
-20 16122099 . GA G 12914 PASS AA=85;AB=0.85915;ABA=80;ABP=639.4;ABR=488;AC=19;AF=0.01542;AN=1232;BL=805;BR=5457;BVAR;BaseQRankSum=-6.084;DEL;DP=13592;Dels=0.00;EL=45;EPP=3.649;ER=40;FS=0.935;HETAR=218;HOMA=841;HOMR=14;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0250;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.74289;LRBP=7507.5;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=103.01;MQRankSum=2.843;NS=1075;RA=541;RL=2;RPP=170.62;RR=83;RUN=1;ReadPosRankSum=-16.222;SAB=0.49412;SAF=42;SAP=3.0358;SA [...]
-20 16828509 . G GT 843.62 PASS AA=30;AB=0.70103;ABA=29;ABP=37.06;ABR=68;AC=10;AF=0.0140;AN=714;BL=1368;BR=1786;BVAR;BaseQRankSum=-4.061;DP=8682;Dels=0.01;EL=14;EPP=3.2998;ER=16;FR;FS=2.681;HETAR=22;HOMA=1;HOMR=1020;HP=8;HPLen=8;HR=8;HRun=8;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1389;IndelType=INS.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.13253;LRBP=123.3;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=62.8;MQRankSum=-1.491;NF;NR;NS=1043;PP;RA=4416;RL=11;RPP=7.6428;RR=19;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.718; [...]
-20 17470034 . GC G 46975 PASS AA=57;AB=0.96043;ABA=52;ABP=2422.5;ABR=1262;AC=34;AF=0.02773;AN=1226;BL=418;BR=3446;BVAR;BaseQRankSum=-6.250;DEL;DP=12035;Dels=0.00;EL=22;EPP=9.4485;ER=35;FS=1.350;HETAR=416;HOMA=409;HOMR=244;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0083;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.78364;LRBP=5155.6;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=99.509;MQRankSum=2.192;NS=1076;RA=2396;RL=5;RPP=87.164;RR=52;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.199;SAB=0.5614;SAF=32;SAP=4.877 [...]
-20 17471374 . AGCGGC A 850.03 PASS AC=6;AF=0.0085;AF1=0.01301;AN=704;BaseQRankSum=6.259;CI95=0.00885,0.01991;DP=8180;DP4=2215,1878,4,5;Dels=0.01;FQ=131;FS=0.000;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.0009;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_5.;MQ=104.41;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-5.521;PV4=0.74,0.37,0.0005,1;ReadPosRankSum=2.468;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=6.8773;set=Intersection;sumGLbyD=30.85
-20 18433202 rs35582929 G GA 2506.90 PASS AA=55;AB=0.5812;ABA=49;ABP=9.7103;ABR=68;AC=20;AF=0.0218;AN=918;BL=2263;BR=2175;BVAR;BaseQRankSum=-6.639;DB;DP=19467;DP4=1845,2365,27,26;Dels=0.00;EL=21;EPP=9.6826;ER=34;FQ=999;FR;FS=5.633;HETAR=16;HOMA=3;HOMR=1045;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=1;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0700;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.019829;LRBP=6.7994;MQ=114.03;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.345;MQRankSum=1.610;NF;NR;NS=1064;PP [...]
-20 18551314 rs10659122 CA C,CAA,CAAA,CAAAA,CAAAAA 18810.74 PASS ABR=243;AC=19,169,216,164,188;AF=0.01816,0.16157,0.20650,0.15679,0.17973;BVAR;BaseQRankSum=-5.742;DB;DP=17637;DP4=136,77,560,237;FR;FS=2.693;HOMA=177;HOMR=299;HP=17;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=15.5048;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.8901;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=11;MQ0Fraction=0.0069;MQRankSum=1.845;NF;NR;NS=658;PP;PV4=0.08,1,1,1;QD=12.66;RA=673;RUN=1;ReadPosRankSum=0.283;SB=-3514.45;SC=GATTCCATCTCAAAAAAAAAA;SET_WGVQSR;SRB [...]
-20 18785519 . G GTC 415.55 PASS AC=28;AF=0.0400;AN=700;BaseQRankSum=10.889;DP=1929;FS=8.778;HRun=0;HaplotypeScore=27.6448;InbreedingCoeff=0.0510;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=61.99;MQ0=36;MQ0Fraction=0.0187;MQRankSum=4.508;QD=3.08;ReadPosRankSum=8.080;SB=-437.03;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=4.9313;set=VQSR
-20 20301041 rs35451634 ATATG A 200.42 PASS AC=21;AF=0.0449;AN=468;BaseQRankSum=5.251;DB;DP=579;FS=24.013;HRun=0;HaplotypeScore=27.8977;InbreedingCoeff=0.0113;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ=78.47;MQ0=26;MQ0Fraction=0.0449;MQRankSum=-5.284;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.793;SB=-55.76;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=5.0981;set=VQSR
-20 20378174 . TC T 245.55 PASS AC=23;AF=0.01879;AN=1224;BaseQRankSum=0.990;DP=3225;FS=10.413;HRun=1;HaplotypeScore=22.6109;InbreedingCoeff=0.0244;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;MQ=93.70;MQ0=3;MQ0Fraction=0.0009;MQRankSum=-3.349;QD=1.86;ReadPosRankSum=-7.227;SB=-188.62;VQSLOD=4.2553;set=VQSR
-20 20809160 rs10571503 TAA AAA,T 3496 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=612;BaseQRankSum=1.968;DB;DP=1092;FR;HP=4;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.1253;InbreedingCoeff=0.0603;IndelType=MIXED;MQ=68.98;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0009;MQRankSum=1.520;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-4.042;SC=TATATATATATAAATTTAAAT;TC;TR=13;TU=AT;set=filterInVQSR-2of5
-20 22508765 . CT C 53877.84 PASS AA=187;AB=0.78077;ABA=171;ABP=537.09;ABR=609;AC=1017;AF=0.91787;AN=1108;BL=12690;BR=1718;BVAR;BaseQRankSum=13.773;DEL;DP=7430;Dels=0.02;EL=73;EPP=22.53;ER=114;FR;FS=16.352;HETAR=152;HOMA=9;HOMR=786;HP=8;HR=4;HRun=4;HU=T;InbreedingCoeff=0.3885;IndelType=DEL.NumRepetitions_4.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.76152;LRBP=18147;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=46.086;MQRankSum=0.971;NF;NR;NS=947;PP;RA=2868;RL=177;RPP=326.86;RR=10;RUN=1;ReadPosRankSum=9. [...]
-20 22555082 rs11477526 AT A 11503 PASS AA=530;AB=0.50816;ABA=422;ABP=3.5063;ABR=436;AF=0.1614;AN=700;BL=21453;BR=23313;BVAR;BaseQRankSum=17.562;DB;DEL;DP=25587;DP4=1869,1600,283,201;Dels=0.14;EL=259;EPP=3.6003;ER=271;FQ=999;FR;FS=14.595;HETAR=159;HOMA=41;HOMR=846;HP=3;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0995;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.041549;LRBP=170.83;MQ=95.89;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=72.162;MQRankSum=2.564;NF;NR;NS=1046 [...]
-20 22590907 . A AC 4204.88 PASS AA=67;AB=0.592;ABA=51;ABP=12.2;ABR=74;AF=0.0554;AF1=0.0468;AN=560;BL=2277;BR=2389;BVAR;BaseQRankSum=10.968;CI95=0.03759,0.05639;DP=14380;DP4=2514,2018,33,33;Dels=0.00;EL=22;EPP=20.155;ER=45;FQ=999;FR;FS=3.846;HETAR=25;HOMA=4;HOMR=1049;HP=4;HPLen=5;HR=5;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0719;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_C.;LEN=1;LRB=0.024003;LRBP=8.8481;MQ=110.68;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=96.149;MQRankSum=2.668;NF;NR;NS=1078;PP;PV4=0.39,1,0.46,0.36; [...]
-20 22806326 rs11468890 ATTCCATCAC A 105320.99 PASS AC=567;AF=0.48795;AN=1162;BVAR;BaseQRankSum=32.858;DB;DEL;DP=26278;DP4=727,796,554,587;Dels=0.30;FQ=999;FR;FS=1.923;HP=3;HPLen=3;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.2548;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_9.;LEN=9;MQ=89.42;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-23.545;NF;NR;PP;PV4=0.7,1,1.3e-167,1;RUN=1;ReadPosRankSum=4.384;SC=GGCTGCTCCCATTCCATCACT;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.2594;set=Intersection;sumGLbyD=69.81
-20 22999898 rs55966257 CAGGA C 8019.97 PASS AA=23;AB=0.57778;ABA=19;ABP=5.3748;ABR=26;AC=214;AF=0.18838;AN=1136;BL=1143;BR=1040;BVAR;BaseQRankSum=29.294;DB;DEL;DP=8216;Dels=0.02;EL=11;EPP=3.1047;ER=12;FS=14.938;HETAR=14;HOMA=2;HOMR=948;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0797;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.047183;LRBP=13.563;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=34.783;MQRankSum=-20.301;NS=964;RA=3637;RL=13;RPP=3.86;RR=10;RUN=1;ReadPosRankSum=-24.607;SAB=0.47826;SAF=11;SAP=3.1047; [...]
-20 23385964 rs57723772 GAA G 8170.95 PASS AC=257;AF=0.20928;AN=1228;BaseQRankSum=32.220;DB;DP=3291;FS=1.688;HRun=3;HaplotypeScore=22.6739;InbreedingCoeff=0.0171;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=58.44;MQ0=32;MQ0Fraction=0.0097;MQRankSum=-4.893;QD=6.55;ReadPosRankSum=-35.524;SB=-3631.67;VQSLOD=5.6549;set=VQSR
-20 23534530 . TA T 3542.10 PASS AA=45;AB=0.75658;ABA=37;ABP=89.926;ABR=115;AC=35;AF=0.02991;AN=1170;BL=3090;BR=270;BVAR;BaseQRankSum=-6.892;DEL;DP=8108;Dels=0.00;EL=19;EPP=5.3748;ER=26;FS=1.026;HETAR=76;HOMA=896;HOMR=18;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0551;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.83929;LRBP=5142.4;MQ0Fraction=0.0017;MQM=41.578;MQRankSum=0.818;NS=991;RA=203;RL=43;RPP=84.127;RR=2;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.923;SAB=0.37778;SAF=17;SAP=8.8491;SAR=28; [...]
-20 23976810 rs5841018 A ATATTAAT 1782.38 PASS AF=0.1387;AF1=0.01507;BaseQRankSum=3.717;CI95=0.00188,0.03947;DB;DP=1712;DP4=357,376,7,2;Dels=0.00;FQ=31.1;FS=14.489;HPLen=2;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.1123;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_7.;MQ=49.53;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0055;MQRankSum=-4.928;PV4=0.1,1,0.00085,0.016;ReadPosRankSum=-4.456;VQSLOD=5.3140;dbSNP=116;set=Intersection;sumGLbyD=19.98
-20 24222100 . CTTTTA C 4219.36 PASS AA=57;AB=0.59434;ABA=43;ABP=11.205;ABR=63;AF=0.01803;AF1=0.01547;AN=1220;BL=2073;BR=2345;BVAR;BaseQRankSum=7.990;CI95=0.0114,0.02137;DEL;DP=17536;DP4=2140,2346,7,12;Dels=0.01;EL=32;EPP=4.877;ER=25;FQ=104;FS=0.614;HETAR=21;HOMA=4;HOMR=1042;HRun=0;INDEL;InbreedingCoeff=0.1941;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_5.;LEN=5;LRB=0.061566;LRBP=39.374;MQ=73.32;MQ0Fraction=0.0021;MQM=39.614;MQRankSum=-5.728;NS=1067;PV4=0.37,1.1e-39,3.5e-09,1;RA=5527;RL=28 [...]
-20 24395018 . AT A 49310 PASS AA=146;AB=0.91198;ABA=130;ABP=2180.5;ABR=1347;AC=50;AF=0.04045;AN=1236;BL=587;BR=9625;BVAR;BaseQRankSum=-4.610;DEL;DP=12793;Dels=0.01;EL=54;EPP=24.487;ER=92;FS=22.108;HETAR=485;HOMA=384;HOMR=210;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0374;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.88504;LRBP=17373;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=102.26;MQRankSum=2.256;NS=1080;RA=2377;RL=1;RPP=311.42;RR=145;RUN=1;ReadPosRankSum=-16.347;SAB=0.63699;SAF=93;SAP=2 [...]
-20 24411517 . C CA 246.18 PASS AF=0.01546;AF1=0.01095;BaseQRankSum=7.832;CI95=0.005698,0.01709;DP=7981;DP4=983,2037,7,7;Dels=0.00;FQ=27.9;FS=18.815;HPLen=3;HRun=3;INDEL;InbreedingCoeff=0.0175;IndelType=INS.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=60.28;MQ0Fraction=0.0137;MQRankSum=-7.243;PV4=0.25,1,2.7e-05,1;ReadPosRankSum=-0.143;VQSLOD=4.3701;set=Intersection;sumGLbyD=6.56
-20 24421169 . AG A 27480 PASS AA=182;AB=0.8303;ABA=149;ABP=835;ABR=729;AC=89;AF=0.07224;AN=1232;BL=11276;BR=2214;BVAR;BaseQRankSum=-5.447;DEL;DP=11717;Dels=0.01;EL=103;EPP=9.8827;ER=79;FR;FS=15.492;HETAR=343;HOMA=607;HOMR=114;HP=4;HR=1;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.0353;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.67176;LRBP=13222;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=88.324;MQRankSum=2.221;NF;NR;NS=1071;PP;RA=1226;RL=169;RPP=293.37;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-19.71 [...]
-20 24765537 rs71841337 ATTT A,AT,ATT,ATTTT,ATTTTT 37852 PASS AC=13,120,527,51,92;AF=0.01102,0.10169,0.44661,0.04322,0.07797;AN=1180;BVAR;BaseQRankSum=8.172;DB;DEL;DP=39116;DP4=200,331,851,1169;FR;FS=2.394;HP=15;HR=15;HU=T;HaplotypeScore=20.8091;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.4815;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=4.344;NF;NR;PP;PV4=0.067,1,1,0.1;QD=7.90;RUN=1;ReadPosRankSum=1.798;SB=-8371.96;SC=CTCTGCAACAATTTTTTTTTT;SET_WGVQSR;TC;TR=15;TU=T;VQSLOD=9.9679;dbSNP= [...]
-20 25500689 . A AATTT 84980.72 PASS AC=1005;AF=0.89096;AN=1128;BaseQRankSum=17.400;DP=2324;FS=6.721;HRun=0;HaplotypeScore=25.3376;InbreedingCoeff=0.2148;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ=75.19;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQRankSum=-8.221;QD=38.28;ReadPosRankSum=4.504;SB=-34833.07;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=4.6038;set=VQSR
-20 25550373 . GA G 11251.31 PASS AA=246;AB=0.42963;ABA=154;ABP=14.624;ABR=116;AC=566;AF=0.6521;AN=868;BL=5230;BR=11845;BVAR;BaseQRankSum=7.418;DEL;DP=8885;Dels=0.02;EL=99;EPP=23.348;ER=147;FR;FS=50.357;HETAR=150;HOMA=849;HOMR=14;HP=1;HR=2;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.1365;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.38741;LRBP=5567.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=97.561;MQRankSum=0.050;NF;NR;NS=1013;PP;RA=269;RL=75;RPP=84.361;RR=171;RUN=1;ReadPosRankSum=-7. [...]
-20 25903865 . TTC T 7459.23 PASS AC=277;AF=0.23316;AN=1188;BaseQRankSum=31.479;DP=2969;FS=137.723;HRun=0;HaplotypeScore=37.3300;InbreedingCoeff=-0.1755;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TC.;MQ=53.49;MQ0=50;MQ0Fraction=0.0168;MQRankSum=-25.506;QD=4.70;ReadPosRankSum=-5.913;SB=-1747.98;VQSLOD=5.4731;set=VQSR
-20 25934237 . C CCACTT 771.36 PASS AC=37;AF=0.0426;AN=868;BaseQRankSum=16.331;DP=2253;FS=4.545;HRun=0;HaplotypeScore=29.9764;InbreedingCoeff=-0.0685;IndelType=INS.NOVEL_5.;MQ=48.12;MQ0=87;MQ0Fraction=0.0386;MQRankSum=-12.497;QD=3.37;ReadPosRankSum=-8.428;SB=-297.70;VQSLOD=4.2324;set=VQSR
-20 26054751 rs112967123 TATC T 33244 PASS AA=1863;AB=0.79012;ABA=1788;ABP=6231;ABR=6731;AC=227;AF=0.18218;AN=1246;BL=74924;BR=72452;BVAR;BaseQRankSum=32.258;DB;DEL;DP=36404;DS;Dels=0.05;EL=931;EPP=3.0115;ER=932;FR;FS=265.752;HETAR=527;HOMA=2;HOMR=565;HP=1;HR=2;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=-0.2137;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_3.;LEN=3;LRB=0.016773;LRBP=93.048;MQ0Fraction=0.0127;MQM=28.797;MQRankSum=-5.329;NF;NR;NS=1094;PP;RA=14604;RL=1014;RPP=34.743;RR=849;RUN=1;ReadPosRankSu [...]
-20 26120452 . CAG C 7863.19 PASS AA=163;AB=0.70489;ABA=157;ABP=196.99;ABR=375;AC=171;AF=0.1908;AN=896;BL=3455;BR=4877;BVAR;BaseQRankSum=25.536;DEL;DP=7014;Dels=0.10;EL=58;EPP=32.438;ER=105;FS=231.723;HETAR=90;HOMA=5;HOMR=387;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.1966;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.17067;LRBP=530;MQ0Fraction=0.0470;MQM=21.951;MQRankSum=-23.449;NS=482;RA=1117;RL=62;RPP=23.273;RR=101;RUN=1;ReadPosRankSum=1.904;SAB=0.37423;SAF=61;SAP=25.404; [...]
-20 26185812 . AG A 322.58 PASS AF=0.0342;BaseQRankSum=3.668;DP=3014;Dels=0.01;FR;FS=10.238;HP=8;HPLen=6;HR=6;HRun=6;HU=G;InbreedingCoeff=0.1504;IndelType=DEL.NumRepetitions_6.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;MQ0Fraction=0.0473;MQRankSum=-5.464;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=0.536;SC=GGGTGGGTGGAGGGGGGAGGG;SET_WGVQSR;TC;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.0767;set=Intersection;sumGLbyD=8.46
-20 30963468 . AGTTT A 2041.12 PASS AA=38;AB=0.75694;ABA=35;ABP=85.587;ABR=109;AC=34;AF=0.0377;AN=902;BL=1974;BR=668;BVAR;BaseQRankSum=3.060;DEL;DP=22806;DP4=1997,1747,28,36;Dels=0.02;EL=17;EPP=3.9246;ER=21;FR;FS=16.034;HETAR=29;HOMA=1;HOMR=1009;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.0752;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.49432;LRBP=1404.9;MQ=87.17;MQ0Fraction=0.0013;MQM=98.079;MQRankSum=6.021;NF;NR;NS=1039;PP;PV4=0.13,1.5e-07,1,0.051;RA=4052;RL=36;R [...]
-20 31963212 . AAAAAAAAAAAAG A 727.15 PASS AC=5;AF=0.0080;AN=622;BaseQRankSum=4.037;DP=1480;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.3793;InbreedingCoeff=0.0350;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_10orMore.;MQ=51.77;MQ0=59;MQ0Fraction=0.0399;MQRankSum=-1.799;QD=22.72;ReadPosRankSum=3.591;SB=-364.04;VQSLOD=5.3166;set=VQSR
-20 31997272 . CT C,CTT,CTTT 1837.10 PASS AA=63;AB=0.77559;ABA=57;ABP=170.57;ABR=197;AC=79,49,30;AF=0.06594,0.04090,0.02504;AN=1198;BL=2372;BR=2640;BVAR;BaseQRankSum=3.277;DP=9050;Dels=0.03;EL=24;EPP=10.766;ER=39;FR;FS=0.303;HETAR=45;HOMA=1;HOMR=981;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2796;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.053472;LRBP=34.128;MQ0Fraction=0.0000;MQM=50.889;MQRankSum=0.610;NF;NR;NS=1027;PP;RA=3776;RL=30;RPP=3.3205;RR=33;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.800; [...]
-20 33446974 rs113250263 TAA T,TA,TAAA 17130.16 PASS AC=65,417,184;AF=0.05941,0.38117,0.16819;AN=1094;BVAR;BaseQRankSum=3.400;DB;DEL;DP=22362;DP4=221,247,418,524;Dels=0.33;FR;FS=15.409;HP=15;HR=14;HRun=14;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.5215;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=61.32;MQ0Fraction=0.0021;MQRankSum=0.481;NF;NR;PP;PV4=0.33,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTCCGTCTCATAAAAAAAAAA;SET_WGVQSR;TC;TR=14;TU=A;VQSLOD=8.0974;dbSNP=132;set=Intersection;sumGLbyD=12.78
-20 33877149 . C CT 1784.40 PASS AA=58;AB=0.73096;ABA=53;ABP=94.289;ABR=144;AC=65;AF=0.05682;AN=1144;BL=3298;BR=1935;BVAR;BaseQRankSum=-2.066;DP=8074;Dels=0.02;EL=22;EPP=10.348;ER=36;FR;FS=11.452;HETAR=47;HOMA=3;HOMR=754;HP=16;HR=12;HRun=12;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.1178;IndelType=INS.NumRepetitions_10orMore.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.26046;LRBP=773.91;MQ0Fraction=0.0165;MQM=52.259;MQRankSum=0.734;NF;NR;NS=804;PP;RA=2141;RL=43;RPP=32.363;RR=15;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.27 [...]
-20 34387589 rs112431805 CT C,CTT 4039.10 PASS AA=121;AB=0.75368;ABA=117;ABP=268.53;ABR=358;AC=84,139;AF=0.07047,0.11661;AN=1192;BL=5557;BR=3901;BVAR;BaseQRankSum=2.693;DB;DP=10157;Dels=0.03;EL=47;EPP=16.093;ER=74;FR;FS=7.639;HETAR=89;HOMA=2;HOMR=913;HP=13;HR=11;HRun=11;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2097;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.17509;LRBP=632.63;MQ0Fraction=0.0000;MQM=49.802;MQRankSum=-0.801;NF;NR;NS=1004;PP;RA=3789;RL=77;RPP=22.554;RR=44;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.691;SAB=0.37 [...]
-20 34493409 rs73621682 C CAG 62288.93 PASS AA=1069;AB=0.54863;ABA=826;ABP=40.606;ABR=1004;AC=257;AF=0.3640;AN=706;BL=41524;BR=47039;BVAR;BaseQRankSum=-24.248;DB;DP=30195;DP4=1743,1636,614,487;Dels=0.00;EL=582;EPP=21.343;ER=487;FQ=999;FR;FS=5.080;HETAR=298;HOMA=63;HOMR=712;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1437;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.062272;LRBP=748.76;MQ=77.99;MQ0=3;MQ0Fraction=0.0015;MQM=54.446;MQRankSum=0.160 [...]
-20 35957317 . CTGACT C,CGACT 4370.96 PASS ABR=81;AC=22,1;AF=0.0321,0.0015;AF1=0.04523;AN=686;BVAR;BaseQRankSum=7.969;CI95=0.0354,0.05752;DEL;DP=16632;DP4=1942,1815,17,21;Dels=0.03;FQ=999;FR;FS=0.531;HOMA=1;HOMR=998;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0587;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=83.38;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-7.201;NF;NR;NS=1020;PP;PV4=0.42,0.00017,4.5e-12,1;RA=4620;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CCTCTCAGCTCTGACTGAGTC;SET_WGVQSR;SRB=0.50043;SRF=2312;S [...]
-20 36136198 . GTGTC G 2078.76 PASS AA=35;AB=0.54167;ABA=33;ABP=4.096;ABR=39;AC=17;AF=0.01384;AN=1228;BL=1212;BR=1523;BVAR;BaseQRankSum=6.900;DEL;DP=22483;DP4=1696,2291,9,16;Dels=0.01;EL=9;EPP=20.94;ER=26;FQ=999;FR;FS=3.023;HETAR=13;HOMA=1;HOMR=1061;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1113;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.11371;LRBP=79.803;MQ=93.98;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=83.686;MQRankSum=-1.683;NF;NR;NS=1075;PP;PV4=0.55,1,0.0083,1;RA=5771;R [...]
-20 36250522 . CA C 37933 PASS AA=51;AB=0.95582;ABA=44;ABP=1800.5;ABR=952;AC=23;AF=0.01885;AN=1220;BL=691;BR=3464;BVAR;BaseQRankSum=-2.418;DEL;DP=11998;Dels=0.00;EL=18;EPP=12.59;ER=33;FS=2.307;HETAR=348;HOMA=534;HOMR=164;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0763;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.66739;LRBP=4021.7;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0006;MQM=53.647;MQRankSum=1.083;NS=1047;RA=1663;RL=2;RPP=97.065;RR=49;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.726;SAB=0.68627;SAF=35;SAP=18.381 [...]
-20 36285033 rs34715186 AT A 39417 PASS AA=530;AB=0.5406;ABA=447;ABP=16.939;ABR=526;AC=88;AF=0.0950;AN=926;BL=20722;BR=20406;BVAR;BaseQRankSum=15.611;DB;DEL;DP=36713;DP4=2551,2475,236,218;Dels=0.09;EL=241;EPP=12.45;ER=289;FQ=999;FR;FS=1.290;HETAR=141;HOMA=16;HOMR=926;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=1;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0742;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.0076833;LRBP=8.2825;MQ=104.81;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=84.285;MQRankSum=-0.702;NF;NR;N [...]
-20 36384872 . CTG C 43532.41 PASS AC=1213;AF=0.99589;AN=1218;BaseQRankSum=0.802;DP=3208;FS=9.727;HRun=0;HaplotypeScore=46.6153;InbreedingCoeff=0.1085;IndelType=DEL.NumRepetitions_7.EventLength_2.RepeatExpansion_TG.;MQ=58.37;MQ0=50;MQ0Fraction=0.0156;MQRankSum=-1.672;QD=13.57;ReadPosRankSum=2.063;SB=-18894.12;VQSLOD=4.7353;set=VQSR
-20 36542802 . GTA G 31310.15 PASS AA=1481;AB=0.67546;ABA=1378;ABP=1138.4;ABR=2868;AC=437;AF=0.35938;AN=1216;BL=25719;BR=95500;BVAR;BaseQRankSum=9.478;DEL;DP=18068;DS;Dels=0.10;EL=889;EPP=132.34;ER=592;FS=320.726;HETAR=591;HOMA=44;HOMR=378;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.4197;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TA.;LEN=2;LRB=0.57566;LRBP=87231;MQ0Fraction=0.0091;MQM=29.319;MQRankSum=-3.409;NS=1013;RA=4037;RL=3;RPP=3193;RR=1478;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.687;SAB=0.40041;SAF [...]
-20 36985025 . CCA C 4.57 PASS AC=0;AF=0.0000;AN=682;BaseQRankSum=4.199;DP=1504;FS=1.036;HRun=0;HaplotypeScore=18.5241;InbreedingCoeff=0.0460;IndelType=DEL.NumRepetitions_6.EventLength_2.RepeatExpansion_CA.;MQ=57.04;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.774;ReadPosRankSum=-2.105;VQSLOD=6.7455;set=VQSR
-20 37139725 . CAG C 250.77 PASS AF=0.0084;AF1=0.0139;BaseQRankSum=4.131;CI95=0.00885,0.01991;DP=7973;DP4=1808,1990,2,7;Dels=0.01;FQ=104;FR;FS=11.160;HP=3;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0001;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;MQ=103.71;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-3.378;NF;NR;PP;PV4=0.18,0.0011,0.041,1;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGATGGGGAACAGAGAGCAAG;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.0630;set=Intersection;sumGLbyD=12.13
-20 37213224 . G GTA 3230.05 PASS AA=32;AB=0.50769;ABA=32;ABP=3.0437;ABR=33;AC=12;AF=0.0168;AF1=0.02635;AN=714;BL=1271;BR=1743;BVAR;BaseQRankSum=-7.288;CI95=0.02212,0.03319;DP=14304;DP4=2180,2256,13,21;Dels=0.00;EL=20;EPP=7.3532;ER=12;FQ=999;FR;FS=7.863;HETAR=9;HOMA=0;HOMR=1043;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0410;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_TA.;LEN=2;LRB=0.1566;LRBP=163.52;MQ=95.56;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0005;MQM=51.562;MQRankSum=0. [...]
-20 37282014 . ATGG A 2518.52 PASS AF=0.03519;BaseQRankSum=11.994;DP=24592;DP4=415,3804,8,49;DS;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=2.049;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1028;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_3.;MQ=51.01;MQ0Fraction=0.0139;MQRankSum=-5.912;NF;NR;PP;PV4=0.27,1,0.22,0.015;ReadPosRankSum=1.781;SC=GGTGGTGATGATGGTGGTGGT;TC;TR=17;TU=GGT;VQSLOD=2.1183;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=9.05
-20 37532218 . GTCCGTCCA ATCCGTCCA,G 76120.88 PASS AC=998;AF=0.92924;AN=1074;BaseQRankSum=-2.877;DP=3087;FR;FS=9.889;HP=2;HPLen=2;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=71.6244;InbreedingCoeff=-0.0027;IndelType=MIXED;MQ=52.68;MQ0=543;MQ0Fraction=0.1759;MQRankSum=-1.750;NF;NR;PP;QD=24.98;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-36635.43;SC=CCGTCCGTCCGTCCGTCCATC;TC;TR=19;TU=CCGT;VQSLOD=5.3068;set=Intersection
-20 37712193 . AAG A 2670.33 PASS AA=106;AB=0.62821;ABA=87;ABP=36.418;ABR=147;AC=53;AF=0.0759;AN=698;BL=4672;BR=4303;BVAR;BaseQRankSum=13.696;DEL;DP=15155;DP4=1340,1852,32,52;Dels=0.06;EL=57;EPP=4.3214;ER=49;FR;FS=0.824;HETAR=43;HOMA=7;HOMR=982;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0861;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.041114;LRBP=35.954;MQ=86.12;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=54.236;MQRankSum=-5.745;NF;NR;NS=1034;PP;PV4=0.5,7.3e-2 [...]
-20 37739002 . T TCA 1395.38 PASS AA=16;AB=0.48387;ABA=16;ABP=3.0803;ABR=15;AC=11;AF=0.00950;AN=1158;BL=504;BR=630;BVAR;BaseQRankSum=-3.257;DP=13617;DP4=1660,883,7,5;Dels=0.00;EL=7;EPP=3.5532;ER=9;FR;FS=1.114;HETAR=9;HOMA=0;HOMR=991;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0527;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_CA.;LEN=2;LRB=0.11111;LRBP=33.411;MQ=88.41;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=83.75;MQRankSum=1.713;NF;NR;NS=1000;PP;PV4=0.76,1,1,0.5;RA=3257; [...]
-20 38395256 . TTGAG T 633.19 PASS AF=0.0028;BaseQRankSum=5.667;DP=3839;Dels=0.00;FR;FS=10.238;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=-0.0097;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.276;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-1.016;SC=ATGTGTTTGTTTGAGTATGTT;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=10;TU=GTTT;VQSLOD=6.4906;set=Intersection;sumGLbyD=10.83
-20 39345038 . CTGAACCATAATGTG C,CCCATAATGTG 60744.52 PASS AA=23;AB=0.67143;ABA=23;ABP=20.878;ABR=47;AC=232,2;AF=0.19366,0.00167;AN=1198;BL=1607;BR=1843;BVAR;BaseQRankSum=30.955;DEL;DP=31490;DP4=1729,2100,265,278;Dels=0.13;EL=6;EPP=14.434;ER=17;FQ=999;FR;FS=1.767;HETAR=18;HOMA=0;HOMR=1015;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=0.1991;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=14;LRB=0.068406;LRBP=38.066;MQ=104.60;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=189.83;MQRankSum=-16.579;NF;NR;NS=1033;PP;PV [...]
-20 39418008 . AG A 46796 PASS AA=113;AB=0.9511;ABA=80;ABP=2894.6;ABR=1556;AC=30;AF=0.02412;AN=1244;BL=638;BR=6936;BVAR;BaseQRankSum=7.280;DEL;DP=14307;Dels=0.00;EL=50;EPP=6.2579;ER=63;FR;FS=5.707;HETAR=473;HOMA=361;HOMR=246;HP=3;HR=3;HRun=3;HU=G;InbreedingCoeff=0.0272;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.83153;LRBP=11375;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=62.398;MQRankSum=3.530;NF;NR;NS=1089;PP;RA=3000;RL=3;RPP=223.02;RR=110;RUN=1;ReadPosRankSum=-18.601;S [...]
-20 39876961 . GT G,GTT,GTTT 2302.10 PASS ABR=496;AC=45,51,45;AF=0.03664,0.04153,0.03664;AN=1228;BVAR;BaseQRankSum=4.462;DP=37649;DP4=1457,1975,57,59;Dels=0.02;FR;FS=9.938;HOMA=0;HOMR=978;HP=10;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2583;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=97.28;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.246;NF;NR;NS=1063;PP;PV4=0.15,1,1.9e-09,0.016;RA=5185;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.954;SC=AGTTTCTCCGGTTTTTTTTTT;SET_WGVQSR;SRB=0.47464;SRF=2461;SRP=31.978;SRR=2724;TC;T [...]
-20 41013333 . TC T 20681 PASS AA=137;AB=0.89211;ABA=134;ABP=1661.6;ABR=1108;AC=68;AF=0.05601;AN=1214;BL=1091;BR=8981;BVAR;BaseQRankSum=1.354;DEL;DP=12998;Dels=0.01;EL=57;EPP=11.395;ER=80;FS=0.758;HETAR=359;HOMA=100;HOMR=610;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0104;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.78336;LRBP=13424;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=67.745;MQRankSum=2.563;NS=1072;RA=4447;RL=5;RPP=258.66;RR=132;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.092;SAB=0.59124;SAF=81;SAP=12 [...]
-20 41659532 . GC G 40544 PASS AA=42;AB=0.97149;ABA=39;ABP=2644.5;ABR=1329;AC=15;AF=0.0209;AN=716;BL=2531;BR=135;BVAR;BaseQRankSum=-2.537;DEL;DP=12219;Dels=0.00;EL=25;EPP=6.3192;ER=17;FS=2.656;HETAR=374;HOMA=155;HOMR=551;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0270;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.89872;LRBP=4678.9;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=103.31;MQRankSum=2.828;NS=1088;RA=4736;RL=41;RPP=85.733;RR=1;RUN=1;ReadPosRankSum=-9.702;SAB=0.57143;SAF=24;SAP=4.8716 [...]
-20 41845580 . GA G 49310 PASS AA=83;AB=0.95258;ABA=69;ABP=2591.6;ABR=1386;AC=46;AF=0.03740;AN=1230;BL=1320;BR=5150;BVAR;BaseQRankSum=-1.121;DEL;DP=13336;Dels=0.00;EL=36;EPP=6.1759;ER=47;FR;FS=0.372;HETAR=442;HOMA=341;HOMR=295;HP=2;HR=3;HRun=1;HU=G;InbreedingCoeff=0.0238;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.59196;LRBP=4926.2;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=89.048;MQRankSum=0.897;NF;NR;NS=1080;PP;RA=3006;RL=5;RPP=142.43;RR=78;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.412 [...]
-20 42209428 . GC G 13163 PASS AA=89;AB=0.86677;ABA=83;ABP=730.96;ABR=540;AC=39;AF=0.03218;AN=1212;BL=950;BR=5334;BVAR;BaseQRankSum=-10.119;DEL;DP=10692;Dels=0.01;EL=48;EPP=4.2058;ER=41;FS=0.000;HETAR=259;HOMA=727;HOMR=54;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0448;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.69764;LRBP=6644.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=126.55;MQRankSum=4.223;NS=1040;RA=723;RL=12;RPP=106.09;RR=77;RUN=1;ReadPosRankSum=-17.362;SAB=0.39326;SAF=35;SAP=11.81 [...]
-20 42281109 . T TAG 2321.12 PASS AC=181;AF=0.3740;AN=484;BaseQRankSum=8.977;DP=435;FS=17.001;HRun=0;HaplotypeScore=14.6734;InbreedingCoeff=0.2340;IndelType=INS.NOVEL_2.;MQ=53.88;MQ0=47;MQ0Fraction=0.1080;MQRankSum=0.762;QD=12.41;ReadPosRankSum=3.399;SB=-1299.73;SET_INTEGRATION;VQSLOD=4.8926;set=VQSR
-20 42436117 . TC T 38933 PASS AA=18;AB=0.98435;ABA=17;ABP=2215.9;ABR=1069;AC=15;AF=0.01223;AN=1226;BL=498;BR=428;BVAR;BaseQRankSum=-7.224;DEL;DP=12436;Dels=0.00;EL=1;EPP=33.893;ER=17;FS=2.469;HETAR=303;HOMA=614;HOMR=123;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0439;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.075594;LRBP=14.501;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=98.611;MQRankSum=1.086;NS=1075;RA=1656;RL=10;RPP=3.4928;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-17.765;SAB=0.5;SAF=9;SAP=3.0103;SAR [...]
-20 42682214 . C A,CAT 3904.51 PASS AA=24;AB=0.6383;ABA=17;ABP=10.818;ABR=30;AC=0;AF=0.0000;AN=636;BL=1119;BR=949;BVAR;BaseQRankSum=1.426;DP=6509;Dels=0.00;EL=9;EPP=6.2675;ER=15;FR;HETAR=12;HOMA=3;HOMR=876;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.0006;IndelType=MIXED;LEN=2;LRB=0.082205;LRBP=33.356;MQ0Fraction=0.0046;MQM=40.792;MQRankSum=-0.296;NF;NR;NS=891;PP;QD=32.81;RA=2679;RL=15;RPP=6.2675;RR=9;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.806;SAB=0.75;SAF=18;SAP=16.039;SAR=6;SB=-924.23;SC=TATACA [...]
-20 42973456 . CA C,CAA,CAAA 2675 PASS AA=90;AB=0.79177;ABA=86;ABP=308.39;ABR=327;AC=77,61,39;AF=0.06492,0.05143,0.03288;AN=1186;BL=2983;BR=4446;BVAR;BaseQRankSum=2.422;DP=9416;Dels=0.03;EL=39;EPP=6.4847;ER=51;FR;FS=31.555;HETAR=75;HOMA=1;HOMR=888;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=A;INS;InbreedingCoeff=0.2696;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.19693;LRBP=628.63;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=55.567;MQRankSum=1.777;NF;NR;NS=964;PP;RA=3601;RL=37;RPP=9.1869;RR=53;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.991;SAB=0.5 [...]
-20 43091870 . TC T 2455.60 PASS AA=120;AB=0.10619;ABA=101;ABP=155.22;ABR=12;AC=42;AF=0.03825;AN=1098;BL=573;BR=8744;BVAR;BaseQRankSum=-13.513;DEL;DP=9139;Dels=0.00;EL=64;EPP=4.1684;ER=56;FS=9.856;HETAR=118;HOMA=820;HOMR=0;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0833;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.877;LRBP=15564;MQ0Fraction=0.0017;MQM=45.1;MQRankSum=2.266;NS=938;RA=24;RL=1;RPP=254.97;RR=119;RUN=1;ReadPosRankSum=-15.803;SAB=0.475;SAF=57;SAP=3.6617;SAR=63;SRB=0 [...]
-20 43233648 rs74585029 GA G,GAA 1504.40 PASS AA=113;AB=0.78652;ABA=95;ABP=320.31;ABR=350;AC=41,65;AF=0.03394,0.05381;AF1=0.0115;AN=1208;BL=4677;BR=5548;BVAR;BaseQRankSum=6.744;CI95=0.004274,0.01852;DB;DEL;DP=13996;DP4=1736,1549,15,17;Dels=0.03;EL=69;EPP=15.021;ER=44;FQ=14;FR;FS=12.174;HETAR=119;HOMA=15;HOMR=892;HP=11;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.2359;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.085183;LRBP=164.12;MQ=89.12;MQ0Fraction=0.0000;MQM=69.867;MQRankSum=2.513;N [...]
-20 43246548 . AC A,CC 41579.13 PASS AA=382;AB=0.72402;ABA=316;ABP=502.11;ABR=829;AC=1197;AF=0.99254;AN=1206;BL=9889;BR=14293;BVAR;BaseQRankSum=1.373;DEL;DP=10477;DS;Dels=0.05;EL=243;EPP=64.494;ER=139;FS=29.162;HETAR=291;HOMA=85;HOMR=624;HPLen=10;InbreedingCoeff=0.1392;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.18212;LRBP=1744.6;MQ0Fraction=0.0024;MQM=48.471;MQRankSum=5.726;NS=1001;RA=3138;RL=174;RPP=9.5816;RR=208;RUN=1;ReadPosRankSum=5.755;SAB=0.79843;SAF=305;SAP=298.51;SAR=77;SET_INTEGRATION;SET_WGVQS [...]
-20 43258646 . T TT 1107.17 PASS AC=97;AF=0.08420;AN=1152;BaseQRankSum=4.525;DP=2345;FS=19.308;HRun=9;HaplotypeScore=13.6276;InbreedingCoeff=0.1299;IndelType=INS.NumRepetitions_10orMore.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=76.70;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.395;QD=2.67;ReadPosRankSum=-4.696;SB=-899.41;VQSLOD=5.4523;set=VQSR
-20 43718299 . ATTACT A 5497.06 PASS AA=56;AB=0.51818;ABA=53;ABP=3.3262;ABR=57;AC=18;AF=0.0251;AF1=0.03729;AN=718;BL=2321;BR=2591;BVAR;BaseQRankSum=11.142;CI95=0.03319,0.04425;DEL;DP=17576;DP4=2460,2692,31,22;Dels=0.02;EL=28;EPP=3.0103;ER=28;FQ=999;FR;FS=9.689;HETAR=15;HOMA=1;HOMR=1068;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0448;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_5.;LEN=5;LRB=0.054967;LRBP=35.238;MQ=96.55;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=50.286;MQRankSum=-5.149;NF;NR;NS [...]
-20 43981749 . A AAAAAAC,AC 20899.71 PASS ABR=192;AC=91,0;AF=0.1285,0.0000;AN=708;BVAR;BaseQRankSum=7.858;DP=23372;DP4=1554,1457,55,42;Dels=0.00;FR;FS=0.000;HOMA=4;HOMR=995;HP=6;HPLen=7;HR=7;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2109;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=95.59;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-12.081;NF;NR;NS=1051;PP;PV4=0.35,1,8.9e-73,1;RA=5027;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TACACTAGCAAAAAAACAAAA;SET_WGVQSR;SRB=0.48518;SRF=2439;SRP=12.6;SRR=2588;TC;TR=7;TU=A;VQSLOD=8.0916; [...]
-20 43999274 . TCAAA T 2948.85 PASS AA=59;AB=0.59441;ABA=58;ABP=14.08;ABR=85;AC=20;AF=0.0290;AF1=0.04249;AN=690;BL=2277;BR=2436;BVAR;BaseQRankSum=9.320;CI95=0.0354,0.05088;DEL;DP=14599;DP4=2052,2303,21,22;Dels=0.03;EL=32;EPP=3.9304;ER=27;FQ=999;FR;FS=0.000;HETAR=21;HOMA=0;HOMR=1043;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0037;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;LEN=4;LRB=0.033736;LRBP=14.658;MQ=90.05;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.339;MQRankSum=-1.294;NF;NR;NS=10 [...]
-20 44098622 . C CG 1092.40 PASS AA=129;AB=0.77301;ABA=74;ABP=214.06;ABR=252;AC=45;AF=0.0455;AN=988;BL=6586;BR=3029;BVAR;BaseQRankSum=2.802;DP=5177;Dels=0.00;EL=122;EPP=225.63;ER=7;FR;FS=355.273;HETAR=66;HOMA=11;HOMR=734;HP=6;HR=4;HRun=4;HU=G;INS;InbreedingCoeff=0.1759;IndelType=INS.NumRepetitions_4.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.36994;LRBP=2860.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=52.395;MQRankSum=1.946;NF;NR;NS=811;PP;RA=1981;RL=121;RPP=217.95;RR=8;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.413;SA [...]
-20 44327637 . A AG,AGGGGGG 14351.23 PASS AC=9,211;AF=0.0103,0.2409;AN=876;BaseQRankSum=15.517;DP=1704;FS=6.768;HaplotypeScore=31.5906;InbreedingCoeff=0.1538;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=54.64;MQ0=4;MQ0Fraction=0.0023;MQRankSum=-12.691;QD=20.83;ReadPosRankSum=-3.583;SB=-6278.99;VQSLOD=5.1556;set=VQSR
-20 45202636 . GA G 13269 PASS AA=25;AB=0.96162;ABA=18;ABP=871.09;ABR=451;AC=24;AF=0.02013;AN=1192;BL=567;BR=1728;BVAR;BaseQRankSum=-5.361;DEL;DP=10873;Dels=0.00;EL=10;EPP=5.1818;ER=15;FS=0.928;HETAR=169;HOMA=831;HOMR=45;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0999;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.50588;LRBP=1278.4;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=170.56;MQRankSum=0.161;NS=1049;RA=632;RL=2;RPP=41.315;RR=23;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.760;SAB=0.68;SAF=17;SAP=10.046;SAR [...]
-20 45417828 . TGAGC T,TGC 4672.90 PASS ABR=317;AC=69,104;AF=0.05712,0.08609;BVAR;BaseQRankSum=18.527;DEL;DP=11835;DS;FS=184.873;HOMA=48;HOMR=575;HaplotypeScore=65.5875;InbreedingCoeff=0.0599;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=29.78;MQ0=2988;MQ0Fraction=0.3629;MQRankSum=5.052;NS=713;QD=1.11;RA=1581;RUN=1;ReadPosRankSum=6.574;SB=-2116.87;SRB=0.47502;SRF=751;SRP=11.582;SRR=830;VQSLOD=0.0651;set=filterInVQSR-2of5
-20 45525657 rs66759083 TA AA,T 49315 PASS AA=2361;AB=0.45241;ABA=1398;ABP=53.235;ABR=1155;AC=20;AF=0.01701;AN=1176;BL=94913;BR=100886;BVAR;BaseQRankSum=0.740;DB;DEL;DP=30636;DP4=1258,881,1206,999;Dels=0.48;EL=1133;EPP=11.311;ER=1228;FQ=999;FR;FS=7.072;HETAR=503;HOMA=310;HOMR=218;HP=6;HPLen=7;HR=7;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.2271;IndelType=MIXED;LEN=1;LRB=0.030506;LRBP=398.68;MQ=102.24;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.359;MQRankSum=0.148;NF;NR;NS=1031;PP;PV4=0.0064,0,4.6e-23,0.47;RA=2042; [...]
-20 45783456 . T TG 2355.68 PASS AA=64;AB=0.78521;ABA=61;ABP=203.67;ABR=223;AC=15;AF=0.0165;AN=910;BL=815;BR=5486;BVAR;BaseQRankSum=8.593;DP=10348;Dels=0.00;EL=48;EPP=37.754;ER=16;FS=77.861;HETAR=56;HOMA=1;HOMR=970;HRun=1;INS;InbreedingCoeff=-0.0549;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_G.;LEN=1;LRB=0.74131;LRBP=7522.1;MQ0Fraction=0.0122;MQM=44.562;MQRankSum=-1.258;NS=1027;RA=4750;RL=0;RPP=141.98;RR=64;RUN=1;ReadPosRankSum=-7.047;SAB=0.25;SAF=16;SAP=37.754;SAR=48;SRB=0.6;SRF=2850;SRP=415.59;SRR=190 [...]
-20 46517110 . C CT 868.55 PASS AC=15;AF=0.0218;AN=688;BaseQRankSum=8.522;DP=1752;FS=6.570;HRun=0;HaplotypeScore=14.9548;InbreedingCoeff=0.0452;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_T.;MQ=77.73;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=3.874;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-396.78;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=6.7740;set=VQSR
-20 46629361 . TTTCTTTC T,TTTTC 13000.91 PASS AC=188,107;AF=0.2212,0.1259;AN=850;BaseQRankSum=7.214;DP=1846;FS=14.502;HaplotypeScore=40.8481;InbreedingCoeff=0.3210;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=50.74;MQ0=79;MQ0Fraction=0.0428;MQRankSum=-6.348;QD=13.59;ReadPosRankSum=3.943;SB=-3581.20;VQSLOD=5.9412;set=VQSR
-20 46951099 . G GT 1662.30 PASS AA=55;AB=0.7713;ABA=51;ABP=145.58;ABR=172;AC=47;AF=0.03923;AN=1198;BL=3288;BR=2434;BVAR;BaseQRankSum=-4.014;DP=27423;DP4=1483,1590,58,42;Dels=0.01;EL=21;EPP=9.6826;ER=34;FR;FS=9.565;HETAR=48;HOMA=0;HOMR=913;HP=16;HPLen=10;HR=10;HRun=10;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0952;IndelType=INS.NumRepetitions_10orMore.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.14925;LRBP=279.78;MQ=70.36;MQ0Fraction=0.0124;MQM=52.545;MQRankSum=0.717;NF;NR;NS=961;PP;PV4=0.067,1,1, [...]
-20 47201076 rs58052846 C CT 982.16 PASS AC=50;AF=0.0551;AN=908;BaseQRankSum=12.598;DB;DP=2449;FS=35.648;HRun=0;HaplotypeScore=29.4602;InbreedingCoeff=-0.0542;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_T.;MQ=63.54;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=2.196;QD=3.16;ReadPosRankSum=-13.833;SB=-488.19;VQSLOD=6.0429;set=VQSR
-20 47965974 rs60011158 G GA 999 PASS AA=21;AB=0.57143;ABA=21;ABP=5.1818;ABR=28;AC=7;AF=0.0101;AF1=0.02061;AN=690;BL=1043;BR=577;BVAR;BaseQRankSum=-3.087;CI95=0.01549,0.02655;DB;DP=14578;DP4=1554,3055,6,17;Dels=0.00;EL=11;EPP=3.1137;ER=10;FQ=999;FR;FS=5.982;HETAR=7;HOMA=0;HOMR=1041;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=1;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0356;IndelType=INS.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.28765;LRBP=294.09;MQ=80.17;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=64.19;MQRankSum [...]
-20 48402974 rs57331436 GA G 27741 PASS AA=401;AB=0.5372;ABA=311;ABP=11.089;ABR=361;AC=84;AF=0.1186;AN=708;BL=16591;BR=14776;BVAR;BaseQRankSum=14.621;DB;DEL;DP=30607;DP4=1928,2310,195,225;Dels=0.11;EL=189;EPP=5.8749;ER=212;FQ=999;FR;FS=15.568;HETAR=110;HOMA=30;HOMR=923;HP=4;HPLen=3;HR=1;HRun=3;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1263;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;KGPilot123;LEN=1;LRB=0.057863;LRBP=231.06;MQ=106.68;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=63.005;MQRankSum=-2 [...]
-20 49101936 . C CT 404.46 PASS AC=40;AF=0.03559;AN=1124;BaseQRankSum=0.750;DP=2162;FS=14.291;HRun=2;HaplotypeScore=30.9513;InbreedingCoeff=-0.0082;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=49.78;MQ0=113;MQ0Fraction=0.0523;MQRankSum=-1.289;QD=1.94;ReadPosRankSum=-2.041;SB=-385.48;VQSLOD=4.6365;set=VQSR
-20 49731218 . ATTTTATTTTTTATT A,ATTTTATT 8398.93 PASS AF=0.0656,0.0156;AF1=0.0996;BaseQRankSum=13.996;CI95=0.07743,0.1239;DP=6308;DP4=951,1311,23,35;Dels=0.05;FQ=999;FR;FS=12.503;HP=7;HPLen=4;HR=4;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.1892;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=57.61;MQ0Fraction=0.0145;MQRankSum=-5.208;NF;NR;PP;PV4=0.79,1,6.3e-06,0.16;ReadPosRankSum=-2.239;SC=TATTTTATTTATTTTATTTTT;TC;TR=11;TU=ATTT;VQSLOD=4.3191;set=Intersection;sumGLbyD=42.27
-20 49894989 . TA T 172.25 PASS AF=0.0140;BaseQRankSum=7.220;DP=3882;Dels=0.00;FS=17.217;HPLen=2;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0531;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ0Fraction=0.0214;MQRankSum=-0.661;ReadPosRankSum=-0.592;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=3.0905;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=6.60
-20 50010923 rs66516522 C CT,CTGG 35851 PASS ABR=555;AC=310,11;AF=0.26451,0.00939;BVAR;BaseQRankSum=10.662;DB;DP=8188;FR;FS=34.411;HOMA=261;HOMR=399;HP=5;HR=6;HU=C;HaplotypeScore=45.1715;INS;InbreedingCoeff=0.2090;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=72.80;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=9.015;NF;NR;NS=831;PP;QD=9.69;RA=1986;RUN=1;ReadPosRankSum=-24.284;SB=-6038.55;SC=TGTCTGTCCCCCCTCAGCACT;SRB=0.45972;SRF=913;SRP=31.001;SRR=1073;TC;TR=6;TU=C;VQSLOD=6.1824;set=Intersection
-20 50228709 rs71192536 TG T 20517 PASS AA=924;AB=0.50203;ABA=735;ABP=3.0633;ABR=741;AC=200;AF=0.16502;AN=1212;BL=35460;BR=34197;BVAR;BaseQRankSum=13.810;DB;DEL;DP=32402;DP4=1760,2065,395,449;Dels=0.16;EL=439;EPP=7.9831;ER=485;FQ=999;FR;FS=0.558;HETAR=242;HOMA=63;HOMR=764;HP=5;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.1050;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.018132;LRBP=52.738;MQ=105.83;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=75.87;MQRankSum=3.895;NF;NR [...]
-20 50236115 . AGG A,ACGGG,AG,AGGG 7429.57 PASS AC=192,13,221,183;AF=0.2115,0.0143,0.2434,0.2015;AN=908;BaseQRankSum=1.045;DP=1177;FS=13.479;HaplotypeScore=11.8294;InbreedingCoeff=0.7959;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=52.98;MQ0=6;MQ0Fraction=0.0051;MQRankSum=-1.482;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.380;SB=-1229.31;SET_WGVQSR;VQSLOD=8.3762;set=VQSR
-20 51589568 . TAAAC AAAAC,T 12477.52 PASS AF=0.27949;BaseQRankSum=-28.122;DP=3777;Dels=0.00;FR;FS=31.799;HP=7;HPLen=4;HR=3;HRun=0;HU=A;InbreedingCoeff=-0.1429;IndelType=MIXED;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.196;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=-16.483;SC=AAATTCAAAATAAACAAACAA;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=18;TU=AAAC;VQSLOD=3.9201;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=52.43
-20 51617742 . TGC T,TGCGC 1374.91 PASS AF=0.06000,0.02000;BaseQRankSum=12.051;DP=6231;Dels=0.00;FS=189.609;HPLen=1;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0862;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0Fraction=0.0180;MQRankSum=-2.959;ReadPosRankSum=-5.090;VQSLOD=-2.8715;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=3.97
-20 51770354 . AG A 1010.90 PASS AA=26;AB=0.52727;ABA=26;ABP=3.3656;ABR=29;AC=7;AF=0.0097;AF1=0.01637;AN=718;BL=1034;BR=964;BVAR;BaseQRankSum=5.588;CI95=0.01327,0.02212;DEL;DP=16259;DP4=2785,2239,15,10;Dels=0.01;EL=11;EPP=4.3466;ER=15;FQ=999;FR;FS=3.367;HETAR=8;HOMA=0;HOMR=1064;HP=2;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.0557;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.035035;LRBP=8.3357;MQ=90.48;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=61.346;MQRankSum=-0.01 [...]
-20 51848430 . AT A,ATT 999 PASS AA=39;AB=0.83408;ABA=37;ABP=219.19;ABR=186;AC=14,33;AF=0.0153,0.0359;AF1=0.03062;AN=918;BL=1676;BR=1732;BVAR;BaseQRankSum=3.338;CI95=0.02212,0.03982;DP=14886;DP4=1970,1762,22,31;Dels=0.01;EL=18;EPP=3.5114;ER=21;FQ=999;FR;FS=3.004;HETAR=31;HOMA=0;HOMR=1040;HP=10;HPLen=9;HR=9;HRun=9;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1629;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.016432;LRBP=5.0085;MQ=80.05;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=56.667;MQRankSum=0.325;NF;NR;NS=1071;PP;PV [...]
-20 51897203 . T TG 8427.20 PASS AA=237;AB=0.69846;ABA=215;ABP=246.92;ABR=498;AC=117;AF=0.1662;AN=704;BL=14961;BR=5990;BVAR;BaseQRankSum=22.203;DP=9710;Dels=0.00;EL=83;EPP=49.198;ER=154;FR;FS=9.450;HETAR=123;HOMA=9;HOMR=895;HP=5;HPLen=6;HR=6;HRun=0;HU=T;INS;InbreedingCoeff=-0.0513;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_G.;LEN=1;LRB=0.42819;LRBP=8344.3;MQ0Fraction=0.0291;MQM=45.861;MQRankSum=-10.426;NF;NR;NS=1027;PP;RA=4919;RL=210;RPP=309.85;RR=27;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.843;SAB=0.29536;SAF=70;SAP=89 [...]
-20 52274070 . AAG A 1400.37 PASS AA=30;AB=0.74227;ABA=25;ABP=52.462;ABR=72;AC=21;AF=0.01756;AN=1196;BL=412;BR=1966;BVAR;BaseQRankSum=6.660;DEL;DP=9362;Dels=0.01;EL=16;EPP=3.2998;ER=14;FS=1.485;HETAR=18;HOMA=2;HOMR=1004;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0317;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_2.RepeatExpansion_AG.;LEN=2;LRB=0.65349;LRBP=2208.2;MQ0Fraction=0.0022;MQM=46.133;MQRankSum=-4.743;NS=1024;RA=3931;RL=2;RPP=51.941;RR=28;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.152;SAB=0.4;SAF=12;SAP=5.6161;SAR=18;SE [...]
-20 52351501 . TAC T 199.59 PASS AC=22;AF=0.0238;AN=926;BaseQRankSum=7.874;DP=22911;DP4=2146,1691,26,22;FR;FS=2.898;HP=4;HPLen=3;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.6111;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0326;IndelType=DEL.NumRepetitions_6.EventLength_2.RepeatExpansion_AC.;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQRankSum=1.011;NF;NR;PP;PV4=0.88,0.14,0.16,0.24;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-306.09;SC=GACACACAAATACACACACAC;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=13;TU=AC;VQSLOD=4.0486;set=filterInVQSR-2of5
-20 52447173 . CA C 503.89 PASS AC=23;AF=0.01891;AN=1216;BaseQRankSum=0.801;DP=3266;FS=2.606;HRun=2;HaplotypeScore=22.1543;InbreedingCoeff=-0.0097;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=118.02;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-1.309;QD=2.65;ReadPosRankSum=-7.872;SB=-279.27;VQSLOD=4.1900;set=VQSR
-20 52498650 . GT G 24069 PASS AA=74;AB=0.90594;ABA=57;ABP=870.4;ABR=549;AC=28;AF=0.02333;AN=1200;BL=505;BR=4514;BVAR;BaseQRankSum=-3.837;DEL;DP=9798;Dels=0.01;EL=41;EPP=4.8883;ER=33;FS=4.085;HETAR=209;HOMA=663;HOMR=121;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0334;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.79876;LRBP=6956.6;MQ0=2;MQ0Fraction=0.0007;MQM=57.784;MQRankSum=-2.951;NS=995;RA=957;RL=8;RPP=101.72;RR=66;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.806;SAB=0.39189;SAF=29;SAP=10.522;S [...]
-20 52823602 rs11469056 CAAA C,CA,CAA,CAAAA,CAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA 14515.17 PASS AC=24,83,246,109,83,19,10,16,22,59;AF=0.02128,0.07358,0.21809,0.09663,0.07358,0.01684,0.00887,0.01418,0.01950,0.05230;AN=1128;BVAR;BaseQRankSum=4.150;DB;DEL;DP=28279;FR;FS=2.021;HP=17;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=27.8032;INS;InbreedingCoeff=0.7740;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=69.00;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.418;NF;NR;PP;QD=7.90;RUN=1;ReadPosRankSum=-3.864;SB=-3244. [...]
-20 53308906 . CT C,CTT 2276 PASS AA=92;AB=0.84453;ABA=81;ABP=540.17;ABR=440;AC=53,81;AF=0.04351,0.06650;AN=1218;BL=3561;BR=4796;BVAR;BaseQRankSum=3.000;DP=11804;Dels=0.02;EL=48;EPP=3.3879;ER=44;FR;FS=13.197;HETAR=69;HOMA=3;HOMR=993;HP=11;HR=10;HRun=10;HU=T;INS;InbreedingCoeff=0.2297;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.14778;LRBP=399.32;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQM=56.348;MQRankSum=3.154;NF;NR;NS=1065;PP;RA=5520;RL=39;RPP=7.6365;RR=53;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.140;SAB=0.57609;SAF=53;SA [...]
-20 53334602 . T TG,TGG 905.13 PASS ABR=325;AC=44,22;AF=0.03624,0.01812;BVAR;BaseQRankSum=-4.608;DP=15015;FR;FS=494.901;HOMA=0;HOMR=1004;HP=1;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=20.5023;INS;InbreedingCoeff=0.0799;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=116.70;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=8.022;NF;NR;NS=1064;PP;QD=0.35;RA=5690;RUN=1;ReadPosRankSum=-14.522;SB=-311.57;SC=AGCCATTGGCTGTTTCACTGA;SRB=0.40738;SRF=2318;SRP=426.97;SRR=3372;TC;TR=1;TU=G;VQSLOD=-2.3042;set=filterInVQSR-2of5
-20 53729115 . T TG 15.48 PASS AC=1;AF=0.0015;AN=668;BaseQRankSum=-1.001;DP=1711;FS=9.048;HRun=2;HaplotypeScore=12.4681;InbreedingCoeff=-0.0320;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;MQ=131.36;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.193;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.407;SB=-5.35;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=4.8071;set=VQSR
-20 54033830 . GTATTTTAAAATCA G 2220.86 PASS AF=0.0113;BaseQRankSum=5.506;DP=2577;Dels=0.01;FR;FS=6.533;HP=5;HPLen=4;HR=1;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=0.0032;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_10orMore.;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.969;NF;NR;PP;ReadPosRankSum=1.322;SC=TCAATATTTTGTATTTTAAAA;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5145;set=Intersection;sumGLbyD=95.65
-20 54375236 . GT G 626.13 PASS AA=40;AB=0.63551;ABA=39;ABP=20.078;ABR=68;AC=18;AF=0.0256;AN=702;BL=1331;BR=1743;BVAR;BaseQRankSum=9.346;DEL;DP=8568;Dels=0.02;EL=26;EPP=10.828;ER=14;FS=0.610;HETAR=21;HOMA=1;HOMR=1035;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0056;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.13403;LRBP=122.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.125;MQRankSum=-2.537;NS=1058;RA=4870;RL=17;RPP=4.9646;RR=23;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.229;SAB=0.525;SAF=21;SAP=3.2274;SAR [...]
-20 54457331 . G GA 1793.40 PASS AA=77;AB=0.66667;ABA=74;ABP=56.573;ABR=148;AC=33;AF=0.02687;AN=1228;BL=3834;BR=1154;BVAR;BaseQRankSum=10.572;DP=10230;Dels=0.00;EL=77;EPP=170.21;ER=0;FS=139.433;HETAR=44;HOMA=1;HOMR=1001;HRun=1;INS;InbreedingCoeff=0.0023;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_A.;LEN=1;LRB=0.53729;LRBP=3129.8;MQ0Fraction=0.0095;MQM=4.7013;MQRankSum=-8.116;NS=1046;RA=4009;RL=77;RPP=170.21;RR=0;RUN=1;ReadPosRankSum=-6.026;SAB=1;SAF=77;SAP=170.21;SAR=0;SRB=0.57022;SRF=2286;SRP=174.7;SRR= [...]
-20 54469810 . CA C 1697.62 PASS AA=93;AB=0.63855;ABA=90;ABP=44.53;ABR=159;AC=34;AF=0.0374;AF1=0.01719;AN=908;BL=3242;BR=5839;BVAR;BaseQRankSum=10.425;CI95=0.009317,0.02795;DEL;DP=15197;DP4=2134,1896,56,46;Dels=0.03;EL=34;EPP=17.604;ER=59;FQ=16;FR;FS=9.985;HETAR=41;HOMA=1;HOMR=1011;HP=9;HPLen=8;HR=8;HRun=8;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0472;IndelType=DEL.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.28598;LRBP=1615.8;MQ=83.37;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=64.075;MQRankSum=3 [...]
-20 54542453 . GTATA G,GTA 5109.66 PASS ABR=112;AC=66,56;AF=0.0682,0.0579;AN=968;BVAR;BaseQRankSum=17.089;DB;DEL;DP=5519;DS;Dels=0.06;FS=99.502;HOMA=15;HOMR=409;HRun=0;InbreedingCoeff=0.1584;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ0Fraction=0.0178;MQRankSum=-6.854;NS=460;RA=864;RUN=1;ReadPosRankSum=0.855;SRB=0.79282;SRF=685;SRP=646.5;SRR=179;VQSLOD=0.6375;set=filterInVQSR-2of5;sumGLbyD=8.53
-20 54629773 . CA C 1799.50 PASS AA=49;AB=0.82707;ABA=46;ABP=250.17;ABR=220;AC=9;AF=0.00746;AN=1206;BL=173;BR=2277;BVAR;BaseQRankSum=5.240;DEL;DP=8557;Dels=0.01;EL=49;EPP=109.41;ER=0;FS=32.359;HETAR=35;HOMA=1;HOMR=325;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0892;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;LEN=1;LRB=0.85878;LRBP=3926.6;MQ0Fraction=0.0602;MQM=32.163;MQRankSum=-3.926;NS=361;RA=1091;RL=0;RPP=109.41;RR=49;RUN=1;ReadPosRankSum=-4.512;SAB=0;SAF=0;SAP=109.41;SAR=49;SRB=0.494 [...]
-20 54710245 . TA T 999 PASS AF=0.0084;AF1=0.0148;BaseQRankSum=3.954;CI95=0.00885,0.02212;DP=8043;DP4=2000,1849,10,7;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=0.000;HP=9;HPLen=6;HR=3;HRun=6;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.1181;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=78.51;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.095;NF;NR;PP;PV4=0.63,0.00056,1,1;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CAACAAAAAATAAATAAATAA;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=15;TU=AAAT;VQSLOD=7.8129;set=Intersection;sumGLbyD=19.02
-20 54968173 . A AAT,AATAT,AT,ATAT 89535.82 PASS ABR=994;AC=561,278,2,3;AF=0.50179,0.24866,0.00179,0.00268;AN=1118;BVAR;BaseQRankSum=-2.699;DB;DP=27837;DP4=168,177,1045,866;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=12.472;HOMA=71;HOMR=455;HP=3;HPLen=4;HR=4;HRun=0;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.6391;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;KGPilot123;MQ=80.36;MQ0Fraction=0.0055;MQRankSum=-1.512;NF;NR;NS=913;PP;PV4=0.046,1,1,1;RA=2015;RUN=1;ReadPosRankSum=1.015;SC=GGCCACTTAAAATATATATAT;SET_WGVQSR;SRB=0.44864;SRF=904;SR [...]
-20 55176688 . TA T 421.84 PASS AF=0.01322;AF1=0.01845;BaseQRankSum=5.383;CI95=0.01282,0.02564;DP=10531;DP4=1975,2017,16,14;Dels=0.01;FQ=91.2;FR;FS=7.401;HP=6;HPLen=5;HR=5;HRun=5;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0829;IndelType=DEL.NumRepetitions_5.EventLength_1.RepeatExpansion_A.;MQ=75.80;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0003;MQRankSum=-0.471;NF;NR;PP;PV4=0.72,1,1,1;ReadPosRankSum=0.223;SC=CTGCAAAATATAAAAATTAGG;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=5;TU=A;VQSLOD=6.6000;set=Intersection;sumGLbyD=12.15
-20 55664086 . GTT ATT,G,GT,GTTT 5622.44 PASS AC=6,71,136;AF=0.00498,0.05887,0.11277;AN=1206;BVAR;BaseQRankSum=3.173;DB;DEL;DP=40384;DP4=1567,1317,54,29;Dels=0.05;FR;FS=1.949;HP=14;HR=11;HRun=11;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.3490;IndelType=MIXED;MQ=77.90;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.052;NF;NR;PP;PV4=0.057,1,0.2,1.2e-05;RUN=1;ReadPosRankSum=-13.646;SC=AATTTTATTTGTTTTTTTTTT;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=11;TU=T;VQSLOD=11.7964;set=Intersection;sumGLbyD=8.09
-20 56045006 . TG T 342.15 PASS AC=72;AF=0.0940;AN=766;BaseQRankSum=4.992;DP=1238;FS=1.460;HRun=7;HaplotypeScore=20.2784;InbreedingCoeff=0.1795;IndelType=DEL.NumRepetitions_7.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;MQ=66.42;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0008;MQRankSum=-0.937;QD=1.84;ReadPosRankSum=-4.385;SB=-320.83;VQSLOD=5.2383;set=VQSR
-20 56158711 . AG A 922.47 PASS AA=18;AB=0.575;ABA=17;ABP=4.9646;ABR=23;AC=2;AF=0.0028;AN=714;BL=953;BR=808;BVAR;BaseQRankSum=3.129;DEL;DP=10462;Dels=0.01;EL=9;EPP=3.0103;ER=9;FR;FS=8.724;HETAR=4;HOMA=0;HOMR=1058;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=1;HU=A;InbreedingCoeff=0.0262;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.08234;LRBP=28.936;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=55.889;MQRankSum=2.052;NF;NR;NS=1062;PP;RA=6300;RL=9;RPP=3.0103;RR=9;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.317;SAB=0.6 [...]
-20 56258618 rs113670927 T C,TGC,TGTGC,TGTGTGC 37834.99 PASS ABR=441;AC=11,100,43;AF=0.0123,0.1119,0.0481;AN=894;BVAR;BaseQRankSum=19.514;DB;DP=23173;DP4=541,920,413,579;Dels=0.00;FQ=999;FR;FS=1.238;HOMA=28;HOMR=808;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.2154;IndelType=MIXED;MQ=57.25;MQ0Fraction=0.0275;MQRankSum=-6.684;NF;NR;NS=976;PP;PV4=0.023,1,1,1;RA=3294;RUN=1;ReadPosRankSum=11.873;SC=TGCGTGTGTGTGTGTGTGTGT;SRB=0.42441;SRF=1398;SRP=166.5;SRR=1896;TC;TR=30;TU=GT;VQSLO [...]
-20 56395857 . T TAGGCAG 6614.22 PASS AA=30;AB=0.63415;ABA=30;ABP=15.827;ABR=52;AC=14;AF=0.0197;AF1=0.03154;AN=710;BL=991;BR=1813;BVAR;BaseQRankSum=-4.589;CI95=0.02434,0.04204;DP=13879;DP4=1543,1833,12,14;Dels=0.00;EL=14;EPP=3.2998;ER=16;FQ=999;FR;FS=1.482;HETAR=11;HOMA=0;HOMR=1051;HP=1;HPLen=2;HR=2;HRun=0;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0774;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_6.;LEN=6;LRB=0.29315;LRBP=526.27;MQ=90.42;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=39.433;MQRankSum=-7.011;NF;NR;NS= [...]
-20 56969289 . GTTTGT G 600.69 PASS AF=0.0056;AF1=0.007726;BaseQRankSum=2.907;CI95=0.004425,0.01327;DP=9643;DP4=1892,1749,6,3;Dels=0.00;FQ=117;FR;FS=16.601;HP=5;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=0.0236;IndelType=DEL.NumRepetitions_3.EventLength_5.;MQ=92.59;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-2.134;NF;NR;PP;PV4=0.51,1,0.07,0.3;ReadPosRankSum=0.236;SC=TAAGGACGTTGTTTGTTTTGT;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=10;TU=GTTT;VQSLOD=5.8458;set=Intersection;sumGLbyD=39.51
-20 57187557 . AG A,AGG 1486.69 PASS AA=130;AB=0.55446;ABA=90;ABP=8.2132;ABR=112;AC=56,26;AF=0.0574,0.0266;AN=976;BL=3817;BR=5968;BVAR;BaseQRankSum=5.517;DEL;DP=14174;DP4=925,721,59,48;Dels=0.05;EL=52;EPP=14.302;ER=78;FR;FS=0.917;HETAR=44;HOMA=17;HOMR=864;HP=4;HPLen=4;HR=4;HRun=4;HU=G;INDEL;InbreedingCoeff=0.2856;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.21983;LRBP=1029.8;MQ=91.56;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=63.631;MQRankSum=1.900;NF;NR;NS=925;PP;PV4=0.84,1,1,0.39;RA=2746;RL=44;RPP=32.476 [...]
-20 57282771 . T TG 506.43 PASS AA=34;AB=0.70312;ABA=19;ABP=25.946;ABR=45;AC=34;AF=0.0373;AN=912;BL=886;BR=1938;BVAR;BaseQRankSum=3.744;DP=4276;Dels=0.00;EL=18;EPP=3.2658;ER=16;FR;FS=0.639;HETAR=17;HOMA=9;HOMR=737;HP=9;HR=8;HRun=8;HU=G;INS;InbreedingCoeff=0.2149;IndelType=INS.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.37252;LRBP=853.99;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=49.706;MQRankSum=-0.051;NF;NR;NS=763;PP;RA=1822;RL=9;RPP=19.36;RR=25;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.111;SAB=0.5588 [...]
-20 57419740 rs11481507 A AT 82613.57 PASS AA=3850;AB=0.41404;ABA=1786;ABP=198.63;ABR=1262;AC=919;AF=0.75328;AN=1220;BL=140665;BR=151383;BVAR;BaseQRankSum=-27.490;DB;DP=31794;DP4=588,585,1571,1721;Dels=0.00;EL=1924;EPP=3.0126;ER=1926;FQ=999;FR;FS=2.191;HETAR=482;HOMA=454;HOMR=135;HP=3;HPLen=3;HR=3;HRun=3;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0861;IndelType=INS.NumRepetitions_3.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.036699;LRBP=857.15;MQ=123.92;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=91.654;MQRankSu [...]
-20 57558194 . CT C,CTT,CTTT 6470.30 PASS ABR=451;AC=104,161,177;AF=0.08919,0.13808,0.15180;BVAR;BaseQRankSum=1.172;DP=7985;FR;FS=2.202;HOMA=19;HOMR=778;HP=22;HR=15;HU=T;HaplotypeScore=16.1921;INS;InbreedingCoeff=0.6440;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=69.24;MQ0=27;MQ0Fraction=0.0109;MQRankSum=-0.003;NF;NR;NS=943;PP;QD=2.22;RA=2531;RUN=1;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2096.85;SC=GCCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SET_WGVQSR;SRB=0.34848;SRF=882;SRP=507.73;SRR=1649;TC;TR=15;TU=T;VQSLOD=6.5151;set=Intersection
-20 57693627 . AG A 1991.90 PASS AA=52;AB=0.49462;ABA=47;ABP=3.0336;ABR=46;AC=15;AF=0.01227;AN=1222;BL=1902;BR=1478;BVAR;BaseQRankSum=-6.121;DEL;DP=26459;DP4=2647,2873,16,20;Dels=0.01;EL=25;EPP=3.1773;ER=27;FR;FS=3.135;HETAR=15;HOMA=1;HOMR=1064;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=2;HU=A;INDEL;InbreedingCoeff=0.0866;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.12544;LRBP=118.51;MQ=116.26;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=114.65;MQRankSum=1.942;NF;NR;NS=1080;PP;PV4=0.74,6.9e-08 [...]
-20 57716287 . A AT 66.47 PASS AC=6;AF=0.00506;AN=1186;BaseQRankSum=1.369;DP=2744;FS=3.834;HRun=8;HaplotypeScore=11.2046;InbreedingCoeff=0.1196;IndelType=INS.NumRepetitions_8.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;MQ=73.00;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=-0.086;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.588;SB=-53.80;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=4.2080;set=VQSR
-20 58121928 rs73625057 T TGG 6649.17 PASS AA=132;AB=0.57854;ABA=110;ABP=16.996;ABR=151;AC=57;AF=0.0617;AN=924;BL=4530;BR=4790;BVAR;BaseQRankSum=-13.456;DB;DP=30353;DP4=2107,2168,61,66;Dels=0.00;EL=67;EPP=3.0761;ER=65;FR;FS=0.708;HETAR=46;HOMA=8;HOMR=1023;HP=3;HPLen=2;HR=2;HRun=2;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1241;IndelType=INS.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=2;LRB=0.027897;LRBP=18.76;MQ=109.61;MQ0=1;MQ0Fraction=0.0004;MQM=79.833;MQRankSum=-0.699;NF;NR;NS=1077;PP; [...]
-20 58468826 . ACAAG A 999 PASS AF=0.0014;AF1=0.003429;BaseQRankSum=4.082;CI95=0.003106,0.006211;DP=8461;DP4=2500,1817,8,2;Dels=0.01;FQ=999;FR;FS=5.034;HP=2;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=C;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0183;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_4.;MQ=120.69;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=0.141;NF;NR;PP;PV4=0.21,1,0.054,1;ReadPosRankSum=2.096;SC=ATCCTGAAACACAAGAAGAAA;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;TC;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.4928;set=Intersection;sumGLbyD=29.17
-20 58731262 . TC T 999 PASS AA=21;AB=0.48649;ABA=19;ABP=3.069;ABR=18;AC=7;AF=0.0101;AF1=0.01493;AN=694;BL=939;BR=848;BVAR;BaseQRankSum=4.205;CI95=0.01106,0.02212;DEL;DP=12598;DP4=1766,1428,11,15;Dels=0.01;EL=13;EPP=5.5954;ER=8;FQ=999;FR;FS=1.796;HETAR=8;HOMA=1;HOMR=1031;HP=7;HPLen=8;HR=8;HRun=2;HU=T;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0030;IndelType=DEL.NumRepetitions_2.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.050923;LRBP=13.073;MQ=124.57;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.905;MQRankSum=1.103;NF;N [...]
-20 59181229 rs11476579 CTT C,CT,CTTT,CTTTT 7787.17 PASS AC=19,195,104,91;AF=0.01599,0.16414,0.08754,0.07660;AF1=0.2124;AN=1188;BVAR;BaseQRankSum=6.347;CI95=0.146,0.2743;DB;DEL;DP=26140;DP4=932,880,352,375;Dels=0.13;FQ=85.6;FR;FS=11.914;HP=14;HR=14;HRun=14;HU=T;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.4183;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;MQ=86.88;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQRankSum=1.469;NF;NR;PP;PV4=0.17,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGTGAGAAAGCTTTTTTTTTT;SET_WGVQSR;TC;TR=14;TU=T;VQSLOD=7.4340;dbS [...]
-20 59213979 rs112141381 G GC 9068 PASS AA=131;AB=0.47115;ABA=110;ABP=4.5136;ABR=98;AF=0.0586;AN=700;BL=5395;BR=5816;BVAR;BaseQRankSum=15.453;DB;DP=23381;DP4=2191,2184,71,49;Dels=0.00;EL=66;EPP=3.0269;ER=65;FR;FS=7.907;HETAR=35;HOMA=5;HOMR=1019;HP=2;HPLen=3;HR=3;HRun=0;HU=G;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.0283;IndelType=INS.NOVEL_1.Novel_C.;LEN=1;LRB=0.037552;LRBP=37.34;MQ=72.13;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=54.496;MQRankSum=0.897;NF;NR;NS=1059;PP;PV4=0.052,1,0.066,1;RA=4976;RL=59;RPP=5.8117;R [...]
-20 59252945 . CT C,CTT 557.18 PASS AA=24;AB=0.84868;ABA=23;ABP=163.53;ABR=129;AC=21,29;AF=0.01759,0.02429;BL=1217;BR=1336;BVAR;BaseQRankSum=5.135;DP=9970;Dels=0.01;EL=13;EPP=3.3722;ER=11;FS=2.302;HETAR=21;HOMA=1;HOMR=1012;HRun=9;INS;InbreedingCoeff=0.1549;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;LRB=0.046612;LRBP=15.055;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=67.208;MQRankSum=0.086;NS=1034;RA=4421;RL=11;RPP=3.3722;RR=13;RUN=1;ReadPosRankSum=-1.826;SAB=0.41667;SAF=10;SAP=4.4579;SAR=14;SET_WGVQSR;SRB=0.496 [...]
-20 60016966 . CT C 42650 PASS AA=37;AB=0.97834;ABA=31;ABP=2847;ABR=1400;AC=15;AF=0.0163;AN=920;BL=2596;BR=778;BVAR;BaseQRankSum=-0.632;DEL;DP=10967;Dels=0.00;EL=14;EPP=7.7641;ER=23;FS=4.094;HETAR=421;HOMA=256;HOMR=385;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0051;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_T.;LEN=1;LRB=0.53883;LRBP=2130.2;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=120.3;MQRankSum=-0.911;NS=1072;RA=3413;RL=31;RPP=39.691;RR=6;RUN=1;ReadPosRankSum=-12.062;SAB=0.48649;SAF=18;SAP=3.069;S [...]
-20 60188651 . AG A 17624.52 PASS AA=462;AB=0.76548;ABA=409;ABP=1070.7;ABR=1335;AC=403;AF=0.34444;AN=1170;BL=13877;BR=25909;BVAR;BaseQRankSum=6.180;DEL;DP=9900;Dels=0.08;EL=353;EPP=282.84;ER=109;FR;FS=2699.057;HETAR=346;HOMA=26;HOMR=633;HP=3;HR=4;HRun=1;HU=A;InbreedingCoeff=-0.2900;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_G.;LEN=1;LRB=0.30242;LRBP=7904.3;MQ0Fraction=0.0004;MQM=56.119;MQRankSum=1.644;NF;NR;NS=1005;PP;RA=3521;RL=112;RPP=269.25;RR=350;RUN=1;ReadPosRankSum [...]
-20 60195570 . GTACATACATACA ATACATACATACA,G,GTACATACA 20140 PASS ABR=102;AC=105,2;AF=0.08794,0.00168;AN=1194;BVAR;BaseQRankSum=-28.899;DB;DEL;DP=14347;Dels=0.02;FR;FS=52.125;HOMA=1;HOMR=1006;HP=1;HPLen=1;HR=1;HRun=0;HU=T;InbreedingCoeff=0.0695;IndelType=MIXED;MQ0Fraction=0.0007;MQRankSum=1.957;NF;NR;NS=1035;PP;RA=4759;RUN=1;ReadPosRankSum=-22.252;SAB=0.5;SAP=3.0103;SC=TGATAGATTCGTACATACATA;SET_INTEGRATION;SRB=0.47615;SRF=2266;SRP=26.522;SRR=2493;TC;TR=21;TU=ACAT;VQSLOD=2.7673;set=filterI [...]
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-20 61184281 . AC A 9798.10 PASS AA=24;AB=0.96507;ABA=16;ABP=863.43;ABR=442;AC=4;AF=0.00341;AN=1174;BL=349;BR=1039;BVAR;BaseQRankSum=2.048;DEL;DP=10073;Dels=0.00;EL=11;EPP=3.3722;ER=13;FS=2.097;HETAR=141;HOMA=69;HOMR=829;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0697;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_1.RepeatExpansion_C.;LEN=1;LRB=0.49712;LRBP=747.85;MQ0=0;MQ0Fraction=0.0000;MQM=98.042;MQRankSum=1.881;NS=1042;RA=3625;RL=5;RPP=20.744;RR=19;RUN=1;ReadPosRankSum=-8.009;SAB=0.75;SAF=18;SAP=16.039;SAR [...]
-20 62074219 . C CTAT,CTGT 2328 PASS ABR=99;AC=20,6;AF=0.01754,0.00526;BVAR;BaseQRankSum=11.221;DP=9498;DS;FS=4.510;HOMA=15;HOMR=645;HaplotypeScore=82.8868;INS;InbreedingCoeff=0.0880;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=3;MQ=29.88;MQ0=1378;MQ0Fraction=0.2286;MQRankSum=-5.309;NS=689;QD=0.77;RA=1679;RUN=1;ReadPosRankSum=-3.510;SAR=1;SB=-93.21;SRB=0.70697;SRF=1187;SRP=627.71;SRR=492;VQSLOD=1.8325;set=filterInVQSR-2of5
-20 62304449 . CA C,CAA 6680.17 PASS AC=141,69;AF=0.12567,0.06150;AF1=0.08178;AN=1122;BVAR;BaseQRankSum=9.754;CI95=0.05088,0.1128;DEL;DP=15867;DP4=1252,1289,232,208;Dels=0.10;FQ=52.6;FR;FS=6.576;HP=11;HR=11;HRun=11;HU=A;INDEL;INS;InbreedingCoeff=0.1950;IndelType=MULTIALLELIC_INDEL;LEN=1;MQ=60.48;MQ0Fraction=0.0004;MQRankSum=-0.049;NF;NR;PP;PV4=0.2,1,1,1;RUN=1;ReadPosRankSum=-2.137;SC=GATTCTGTGTCAAAAAAAAAA;SET_WGVQSR;TC;TR=11;TU=A;VQSLOD=7.4714;set=Intersection;sumGLbyD=8.36
-20 62804895 rs57769591 CCTT C 1148 PASS AC=8;AF=0.0085;AF1=0.002839;AN=938;BaseQRankSum=4.952;CI95=0.002212,0.006637;DB;DP=8889;DP4=2574,1668,4,8;FQ=12.3;FS=2.289;HPLen=3;HRun=0;HaplotypeScore=29.4184;INDEL;InbreedingCoeff=-0.0270;IndelType=DEL.NumRepetitions_1.EventLength_3.;MQ0=876;MQ0Fraction=0.2674;MQRankSum=-0.641;PV4=0.074,1,1,1;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.118;SB=-65.30;SET_INTEGRATION;SET_WGVQSR;VQSLOD=6.4881;dbSNP=126;set=Intersection
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-##INFO=<ID=PCR_454_RR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference reads in 454-PCR sequencing data">
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-##INFO=<ID=HP, Number=1, Type=Integer, Description="Reference homopolymer tract length">
-##INFO=<ID=NS, Number=1, Type=Integer, Description="Number of samples with data">
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-##INFO=<ID=NR, Number=1, Type=Integer, Description="Number of reads covering non-ref variant on reverse strand">
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-1 2285124 . TAAAAA TA 100 PASS AF=0.226133;HP=8;NF=14;NR=5;NS=52;CA=0;DP=315
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-1 2343280 rs60532031;-/AAAAG,watson GA GAAGAAA 100 PASS AF=0.0544808;HP=2;DB;NF=2;NR=10;NS=49;CA=0;DP=348
-1 2343570 venter AA AAAACA 100 PASS AF=0.0882931;HP=6;NF=28;NR=18;NS=52;CA=0;DP=434
-1 2344468 . TTTTGT TT 100 PASS AF=0.233529;HP=7;NF=49;NR=55;NS=52;CA=0;DP=493
-1 2345597 rs35560781;-/T,venter TAA TA 100 PASS AF=0.501718;HP=6;DB;NF=36;NR=26;NS=52;CA=0;DP=532
-1 2352446 . CGTG CG 16 PASS AF=0.0185013;HP=1;NF=10;NR=25;NS=52;CA=0;DP=432
-1 2352629 rs35263617;-/CA,venter CG CGTG 100 PASS AF=0.4693;HP=1;DB;NF=44;NR=38;NS=51;CA=0;DP=539
-1 2355283 rs35314501;-/G TC TCC 100 PASS AF=0.408524;HP=4;DB;NF=21;NR=18;NS=52;CA=0;DP=436
-1 2356275 rs34090130;-/G,mills AGG AG 100 PASS AF=0.172214;HP=6;DB;NF=16;NR=9;NS=51;CA=0;DP=415
-1 2356753 rs58056215;-/TGGAGGC TGGCTGGAG TG 100 PASS AF=0.178356;HP=2;DB;NF=43;NR=59;NS=51;CA=0;DP=429
-1 2357119 . TGG TG 100 PASS AF=0.179635;HP=6;NF=12;NR=18;NS=52;CA=0;DP=495
-1 2357323 . TCCCT TT 100 PASS AF=0.0931072;HP=3;NF=8;NR=9;NS=52;CA=0;DP=484
-1 2357636 . CTCCACCTTT CT 100 PASS AF=0.252701;HP=1;NF=11;NR=9;NS=47;CA=M;DP=266
-1 2358758 . CAA CA 26 PASS AF=0.0241071;HP=3;NF=1;NR=3;NS=51;CA=0;DP=486
-1 2360543 rs34299371;-/G,venter GCC GC 100 PASS AF=0.460241;HP=7;DB;NF=18;NR=28;NS=51;CA=0;DP=403
-1 2365835 rs35499456;-/A GT GTT 100 PASS AF=0.299753;HP=3;DB;NF=19;NR=20;NS=52;CA=0;DP=431
-1 2370798 . AAACCA AA 100 PASS AF=0.315002;HP=4;NF=56;NR=52;NS=52;CA=0;DP=505
-1 2379981 rs35697743;-/C,venter TGC TC 100 PASS AF=0.0396508;HP=1;DB;NF=1;NR=5;NS=50;CA=0;DP=425
-1 2383170 rs35931789;-/T,venter CC CAC 100 PASS AF=0.441832;HP=7;DB;NF=24;NR=21;NS=52;CA=0;DP=453
-1 2383775 . ACC AC 19 PASS AF=0.0298335;HP=5;NF=6;NR=2;NS=52;CA=0;DP=442
-1 2388741 watson GCCTTCCTCAC GC 100 PASS AF=0.134128;HP=2;NF=6;NR=9;NS=47;CA=0;DP=257
-1 2394261 rs34886292;-/T,venter CA CAA 100 PASS AF=0.640008;HP=1;DB;NF=28;NR=33;NS=51;CA=0;DP=459
-1 2395694 venter AGG AG 100 PASS AF=0.518622;HP=3;NF=29;NR=23;NS=50;CA=0;DP=387
-1 2406522 rs35886782;-/CTCTGGACGCT,venter,watson TG TGCTCTCTGGACG 100 PASS AF=0.531691;HP=1;DB;NF=12;NR=19;NS=51;CA=0;DP=452
-1 2429911 rs3831090;-/AT,mills TT TTAT 100 PASS AF=0.138967;HP=3;DB;NF=24;NR=13;NS=52;CA=0;DP=328
-1 2458287 . CGTG CG 100 PASS AF=0.0696687;HP=1;NF=38;NR=32;NS=52;CA=0;DP=613
-1 2458465 . AGTG AG 31 PASS AF=0.0212179;HP=1;NF=18;NR=32;NS=51;CA=0;DP=600
-1 2460527 . TG TGCGGCCCATCTCAG 51 PASS AF=0.164756;HP=1;NF=1;NR=4;NS=51;CA=0;DP=496
-1 2477778 . AC ACCC 100 PASS AF=0.157812;HP=2;NF=2;NR=11;NS=51;CA=0;DP=389
-1 2501833 rs34000217;-/ATT AA AAATA 100 PASS AF=0.437274;HP=5;DB;NF=19;NR=23;NS=51;CA=0;DP=337
-1 2503512 rs59345997;-/CAAA AAAACA AA 100 PASS AF=0.46764;HP=4;DB;NF=44;NR=29;NS=52;CA=0;DP=456
-1 2506681 . TG TGGG 46 PASS AF=0.310909;HP=9;NF=14;NR=8;NS=51;CA=0;DP=273
-1 2513520 rs5772070;-/G,mills CGG CG 100 PASS AF=0.652792;HP=8;DB;NF=8;NR=34;NS=51;CA=0;DP=275
-1 2517761 . TGC TC 100 PASS AF=0.0839269;HP=1;NF=3;NR=6;NS=50;CA=0;DP=359
-1 2520201 rs34705971;-/C,venter AG AGG 100 PASS AF=0.612406;HP=1;DB;NF=42;NR=46;NS=52;CA=0;DP=518
-1 2521983 . TCAAACAAACAAAC TC 100 PASS AF=0.365407;HP=1;NF=35;NR=29;NS=52;CA=0;DP=501
-1 2522019 . CT CTGTT 100 PASS AF=0.523695;HP=1;NF=28;NR=12;NS=52;CA=0;DP=410
-1 2522313 rs34791736;-/A,venter CT CTT 100 PASS AF=0.621139;HP=1;DB;NF=47;NR=24;NS=52;CA=0;DP=472
-1 2524952 rs35090174;-/CT ACTC AC 100 PASS AF=0.224915;HP=1;DB;NF=19;NR=15;NS=51;CA=0;DP=517
-1 2529806 . CATA CA 100 PASS AF=0.236462;HP=1;NF=22;NR=13;NS=51;CA=0;DP=625
-1 2529841 . CACATA CA 100 PASS AF=0.190786;HP=1;NF=20;NR=19;NS=51;CA=0;DP=663
-1 2530205 rs61132608;-/CATATA,watson CA CACATATA 100 PASS AF=0.547698;HP=1;DB;NF=20;NR=28;NS=52;CA=0;DP=660
-1 2543402 rs5772073;-/GAG,mills TAGGA TA 100 PASS AF=0.24689;HP=1;DB;NF=12;NR=31;NS=52;CA=0;DP=543
-1 2547236 rs58240187;-/AGA,venter,watson GG GGAAG 100 PASS AF=0.531939;HP=2;DB;NF=25;NR=25;NS=52;CA=0;DP=444
-1 2551119 rs35955733;-/CCC,venter,watson GCCCC GC 100 PASS AF=0.606107;HP=9;DB;NF=24;NR=35;NS=52;CA=0;DP=492
-1 2551885 rs36036408;-/AC,venter CGTG CG 100 PASS AF=0.356574;HP=1;DB;NF=39;NR=38;NS=52;CA=0;DP=803
-1 2552076 . CGTG CG 100 PASS AF=0.066645;HP=1;NF=25;NR=15;NS=51;CA=0;DP=782
-1 2552384 . CTGT CT 12 PASS AF=0.0121638;HP=1;NF=13;NR=25;NS=52;CA=0;DP=612
-1 2556252 . ACACTC AC 59 PASS AF=0.143579;HP=1;NF=12;NR=9;NS=49;CA=0;DP=331
-1 2578474 . CCACACCCCCAG CG 100 PASS AF=0.930867;HP=3;NF=16;NR=12;NS=51;CA=M;DP=281
-1 2688911 rs34425096;-/TC,venter TTCT TT 100 PASS AF=0.26327;HP=5;DB;NF=17;NR=12;NS=52;CA=0;DP=451
-1 2691366 rs36213670;-/CTCTGGGCCA,mills,venter GCTCTGGGCCAC GC 39 PASS AF=0.191253;HP=1;DB;NF=21;NR=36;NS=52;CA=0;DP=344
-1 2691723 rs57511628;-/ACCCCAGGAGATCCCTGC TA TACCCCAGGAGATCCCTGCA 100 PASS AF=0.332823;HP=1;DB;NF=6;NR=7;NS=52;CA=0;DP=453
-1 2703254 . CA CAA 100 PASS AF=0.111948;HP=3;NF=8;NR=13;NS=51;CA=0;DP=502
-1 2703885 . AC ACC 100 PASS AF=0.0959517;HP=6;NF=24;NR=11;NS=51;CA=0;DP=531
-1 2725125 rs34936518;-/C,venter GCT GT 100 PASS AF=0.375093;HP=1;DB;NF=33;NR=32;NS=52;CA=0;DP=621
-1 2725735 . AACACA AA 24 PASS AF=0.0139746;HP=2;NF=16;NR=4;NS=51;CA=0;DP=639
-1 2726135 rs34620269;-/CA GCAC GC 100 PASS AF=0.0410325;HP=1;DB;NF=28;NR=22;NS=52;CA=0;DP=626
-1 2726213 . GC GCAC 13 PASS AF=0.0257105;HP=1;NF=8;NR=9;NS=52;CA=0;DP=552
-1 2746483 . AC ACC 40 PASS AF=0.0544668;HP=1;NF=4;NR=12;NS=51;CA=0;DP=544
-1 2747281 . TG TGAGAG 100 PASS AF=0.152256;HP=1;NF=11;NR=8;NS=52;CA=0;DP=855
-1 2754002 rs36202379;-/CTGCTTGT,mills,watson ATTGTCTGCT AT 100 PASS AF=0.260861;HP=2;DB;NF=32;NR=35;NS=52;CA=0;DP=496
-1 2755160 rs34916159;-/A TA TAA 100 PASS AF=0.532865;HP=7;DB;NF=10;NR=34;NS=52;CA=0;DP=533
-1 2755983 . GCC GC 100 PASS AF=0.106339;HP=3;NF=18;NR=26;NS=52;CA=M;DP=700
-1 2765711 . AA AAGGAAGGA 100 PASS AF=0.686149;HP=2;NF=11;NR=8;NS=50;CA=0;DP=364
-1 2765863 . AG AGG 100 PASS AF=0.999885;HP=1;NF=14;NR=36;NS=49;CA=0;DP=364
-1 2765952 . AG AGG 100 PASS AF=0.0789769;HP=1;NF=29;NR=29;NS=51;CA=B;DP=851
-1 2779479 . TTTTCTTCTCTTTCT TT 100 PASS AF=0.712577;HP=4;NF=29;NR=22;NS=50;CA=0;DP=322
-1 2794338 rs34131736;-/T CTG CG 100 PASS AF=0.089184;HP=1;DB;NF=7;NR=4;NS=51;CA=0;DP=440
-1 2801123 . TCCTCCCCACCCTGAC TC 48 PASS AF=0.0412327;HP=2;NF=13;NR=18;NS=51;CA=0;DP=343
-1 2803308 watson CATG CG 100 PASS AF=0.160766;HP=1;NF=23;NR=20;NS=52;CA=0;DP=816
-1 2805468 rs56260225;-/ACAA AAAACA AA 100 PASS AF=0.859977;HP=4;DB;NF=62;NR=35;NS=51;CA=0;DP=433
-1 2806441 rs34966309;-/G CG CGG 100 PASS AF=0.211987;HP=4;DB;NF=20;NR=11;NS=52;CA=0;DP=441
-1 2810388 . GCC GC 100 PASS AF=0.11183;HP=2;NF=8;NR=5;NS=51;CA=0;DP=431
-1 2822166 . TACATGCACACA TA 100 PASS AF=0.150719;HP=1;NF=43;NR=52;NS=52;CA=0;DP=844
-1 2822270 rs59677991;-/GC GGCG GG 18 NoQCALL AF=0.0194725;HP=2;DB;NF=15;NR=5;NS=52;CA=0;DP=806
-1 2822473 . CACACAC CC 100 PASS AF=0.138944;HP=1;NF=6;NR=7;NS=52;CA=0;DP=951
-1 2827616 . CAAGC CC 52 PASS AF=0.132317;HP=2;NF=8;NR=4;NS=51;CA=0;DP=300
-1 2828576 . CG CTG 100 PASS AF=0.168378;HP=1;NF=8;NR=2;NS=52;CA=0;DP=325
-1 2829365 rs35758696;-/A TAA TA 100 PASS AF=0.216995;HP=6;DB;NF=20;NR=20;NS=51;CA=0;DP=531
-1 2833106 . TG TGTTGGG 100 PASS AF=0.237115;HP=1;NF=11;NR=4;NS=52;CA=0;DP=336
-1 2834384 . AC ACC 32 PASS AF=0.0617917;HP=1;NF=3;NR=5;NS=52;CA=0;DP=592
-1 2835704 rs35824541;-/G AGG AG 100 PASS AF=0.188967;HP=3;DB;NF=15;NR=11;NS=52;CA=0;DP=691
-1 2836635 rs56691957;-/AT CATG CG 100 PASS AF=0.126742;HP=1;DB;NF=8;NR=13;NS=52;CA=0;DP=611
-1 2851063 . ATGTGTGTCT AT 100 PASS AF=0.224053;HP=1;NF=34;NR=32;NS=52;CA=0;DP=798
-1 2859183 rs34869376;-/CT ACTC AC 100 PASS AF=0.228335;HP=1;DB;NF=11;NR=14;NS=52;CA=0;DP=446
-1 2859269 rs34009406;-/C AC ACC 100 PASS AF=0.168197;HP=2;DB;NF=8;NR=14;NS=52;CA=0;DP=460
-1 2862455 rs34488344;-/T GT GTT 100 PASS AF=0.140555;HP=10;DB;NF=25;NR=16;NS=52;CA=0;DP=484
-1 2866073 . AC ACC 56 PASS AF=0.0758065;HP=1;NF=2;NR=11;NS=51;CA=0;DP=513
-1 2871504 . TA TACTAA 100 PASS AF=0.128765;HP=1;NF=11;NR=12;NS=52;CA=0;DP=676
-1 2871601 rs60410855;-/TCCA CC CCCATC 100 PASS AF=0.11635;HP=3;DB;NF=19;NR=14;NS=52;CA=0;DP=682
-1 2874709 . GT GTT 100 PASS AF=0.138394;HP=9;NF=8;NR=12;NS=51;CA=0;DP=534
-1 2876814 rs5772089;-/A,mills,venter GG GAG 100 PASS AF=0.999994;HP=10;DB;NF=39;NR=42;NS=50;CA=0;DP=343
-1 2877421 rs35085736;-/C,venter GC GCC 100 PASS AF=0.582204;HP=6;DB;NF=29;NR=37;NS=50;CA=0;DP=426
-1 2881114 . GG GTG 100 PASS AF=0.586283;HP=5;NF=16;NR=5;NS=47;CA=M;DP=256
-1 2883970 . GG GCG 16 PASS AF=0.516075;HP=4;NF=6;NR=2;NS=51;CA=M;DP=332
-1 2885504 . TCC TC 29 PASS AF=0.140908;HP=9;NF=12;NR=8;NS=51;CA=0;DP=353
-1 2886983 . AG AGG 50 PASS AF=0.0436199;HP=3;NF=7;NR=2;NS=50;CA=0;DP=401
-1 2887864 rs57379840;-/T,venter CG CTG 100 PASS AF=0.770236;HP=2;DB;NF=41;NR=25;NS=51;CA=0;DP=375
-1 2892284 . CAT CT 100 PASS AF=0.0885935;HP=1;NF=23;NR=17;NS=52;CA=0;DP=685
-1 2892433 venter AT ATCCATCCTCCATCCT 100 PASS AF=0.814532;HP=1;NF=13;NR=12;NS=52;CA=0;DP=620
-1 2892472 . CCCATC CC 100 PASS AF=0.181828;HP=3;NF=50;NR=61;NS=52;CA=0;DP=633
-1 2899352 . CTA CA 100 PASS AF=0.0433393;HP=1;NF=5;NR=2;NS=51;CA=0;DP=512
-1 2902379 . TAGA TA 40 PASS AF=0.0165292;HP=1;NF=3;NR=2;NS=51;CA=0;DP=476
-1 2903930 rs36097640;-/A TAA TA 12 PASS AF=0.0522384;HP=8;DB;NF=13;NR=15;NS=51;CA=0;DP=535
-1 2907194 rs35693840;-/G AG AGG 100 PASS AF=0.136995;HP=5;DB;NF=14;NR=8;NS=52;CA=0;DP=516
-1 2916313 . AC ACC 40 PASS AF=0.0606632;HP=1;NF=1;NR=13;NS=52;CA=0;DP=529
-1 2923107 . GA GGGGGGAA 35 PASS AF=0.311458;HP=1;NF=1;NR=2;NS=50;CA=0;DP=285
-1 2923994 . AAGGA AA 100 PASS AF=0.136914;HP=3;NF=4;NR=16;NS=52;CA=0;DP=475
-1 2926544 rs58065168;-/G TG TGG 100 PASS AF=0.231871;HP=7;DB;NF=23;NR=13;NS=51;CA=0;DP=445
-1 2927774 . GTCT GT 100 PASS AF=0.039848;HP=1;NF=24;NR=39;NS=52;CA=0;DP=466
-1 2928267 rs4013154;-/TCT CAGAA CA 100 PASS AF=0.176094;HP=1;DB;NF=10;GC;NR=20;NS=52;CA=0;DP=390
-1 2931584 . GTGGTGTTTTCATT GT 100 PASS AF=0.171247;HP=1;NF=23;NR=10;NS=52;CA=0;DP=486
-1 2932462 . GT GTGAT 56 PASS AF=0.766604;HP=1;NF=33;NR=13;NS=52;CA=M;DP=790
-1 2932531 . GT GTGGTGAT 56 PASS AF=0.365205;HP=1;NF=19;NR=4;NS=52;CA=M;DP=738
-1 2938240 rs57953122;-/AAGCC AC ACCAAGC 100 PASS AF=0.229942;HP=2;DB;NF=5;NR=7;NS=52;CA=0;DP=387
-1 2939820 rs35035410;-/C,venter GCC GC 100 PASS AF=0.270114;HP=6;DB;NF=15;NR=21;NS=52;CA=0;DP=477
-1 2940602 . GA GAA 100 PASS AF=0.245189;HP=10;NF=31;NR=30;NS=52;CA=0;DP=516
-1 2941986 . ACCC AC 100 PASS AF=0.242307;HP=10;NF=20;NR=20;NS=52;CA=0;DP=471
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-1 4150078 . ATC AC 100 PASS AF=0.0248618;HP=1;NF=3;NR=1;NS=52;CA=0;DP=489
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-1 4291813 . CGC CC 41 PASS AF=0.05598;HP=1;NF=1;NR=9;NS=52;CA=0;DP=504
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-1 4296830 . CTT CT 100 PASS AF=0.101792;HP=2;NF=15;NR=4;NS=52;CA=0;DP=805
-1 4298115 rs34054009;-/G,venter AG AGG 100 PASS AF=0.314255;HP=2;DB;NF=25;NR=10;NS=52;CA=0;DP=565
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-1 4310305 venter GA GAA 39 PASS AF=0.078696;HP=9;NF=15;NR=5;NS=52;CA=0;DP=455
-1 4312461 . GAAAGAAA GA 24 PASS AF=0.0372797;HP=3;NF=23;NR=6;NS=52;CA=M;DP=401
-1 4313453 . GG GTG 23 PASS AF=0.026167;HP=2;NF=2;NR=5;NS=52;CA=0;DP=614
-1 4315016 rs34078493;-/T,venter CT CTT 100 PASS AF=0.459017;HP=1;DB;NF=25;NR=37;NS=52;CA=0;DP=493
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-1 4323411 . GT GTT 41 PASS AF=0.0448346;HP=6;NF=4;NR=5;NS=52;CA=0;DP=498
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-1 4329138 . GTGAT GT 47 PASS AF=0.0168095;HP=1;NF=35;NR=37;NS=52;CA=0;DP=675
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-1 4333035 . CCACTC CC 100 PASS AF=0.0536691;HP=2;NF=18;NR=17;NS=52;CA=0;DP=614
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-1 4360308 . CAA CA 100 PASS AF=0.160821;HP=3;NF=12;NR=13;NS=52;CA=0;DP=502
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-1 4362123 rs57250327;-/AAATT TA TAATTAA 100 PASS AF=0.202867;HP=2;DB;NF=23;NR=24;NS=52;CA=0;DP=404
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-1 4373092 . CATTTA CA 100 PASS AF=0.155807;HP=1;NF=19;NR=10;NS=52;CA=0;DP=440
-1 4375952 . TCT TT 100 PASS AF=0.0215948;HP=1;NF=3;NR=2;NS=52;CA=0;DP=530
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-1 4439328 rs55695069;-/TGTG,watson TGTGAG TG 100 PASS AF=0.115075;HP=1;DB;NF=13;NR=10;NS=51;CA=0;DP=510
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-1 4448379 rs55971665;-/A,venter GAA GA 100 PASS AF=0.999997;HP=5;DB;NF=29;NR=34;NS=51;CA=0;DP=398
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-1 4456823 . TT TTTTCTCTCT 100 PASS AF=0.281015;HP=3;NF=18;NR=7;NS=52;CA=0;DP=566
-1 4460399 . CAGA CA 17 PASS AF=0.0162627;HP=1;NF=4;NR=1;NS=52;CA=0;DP=437
-1 4461064 . TG TGGG 100 PASS AF=0.136493;HP=8;NF=11;NR=12;NS=52;CA=0;DP=516
-1 4461120 . GAGTCA GA 100 PASS AF=0.106497;HP=1;NF=4;NR=10;NS=52;CA=0;DP=513
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-1 4469024 . TT TTGTGT 26 PASS AF=0.65093;HP=2;NF=51;NR=54;NS=51;CA=0;DP=465
-1 4470162 rs34280110;-/T,venter CT CTT 100 PASS AF=0.19103;HP=3;DB;NF=13;NR=16;NS=52;CA=0;DP=581
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-1 4498895 . TAAACTCA TA 100 PASS AF=0.365307;HP=3;NF=30;NR=28;NS=52;CA=0;DP=561
-1 4499763 . TT TTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGT 15 PASS AF=0.437504;HP=4;NF=5;NR=8;NS=51;CA=0;DP=440
-1 4500994 rs57293099;-/A,venter GG GAG 19 PASS AF=0.533167;HP=5;DB;NF=26;NR=15;NS=51;CA=0;DP=466
-1 4501978 rs34937816;-/T,mills,venter GT GTT 100 PASS AF=0.677682;HP=1;DB;NF=47;NR=42;NS=52;CA=0;DP=475
-1 4504724 venter,watson TAGACA TA 100 PASS AF=0.381777;HP=1;NF=34;NR=33;NS=52;CA=0;DP=728
-1 4504861 venter TACAGAGAGAGACAGAGAGA TA 100 PASS AF=0.208225;HP=1;NF=42;NR=31;NS=52;CA=0;DP=820
-1 4506249 rs56013880;-/T,mills,venter GC GTC 100 PASS AF=0.652109;HP=2;DB;NF=41;NR=48;NS=52;CA=0;DP=522
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-1 4518079 . CTTTATGTCAAC CC 31 PASS AF=0.0537494;HP=3;NF=13;NR=6;NS=52;CA=0;DP=567
-1 4519870 . CATAA CA 100 PASS AF=0.156873;HP=1;NF=25;NR=19;NS=52;CA=0;DP=518
-1 4520552 venter,watson ATATT AT 100 PASS AF=0.0454741;HP=1;NF=13;NR=21;NS=52;CA=0;DP=523
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-20 13241902 . A C 52 PQ10 BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13339930 rs6042043 A G 839 NOT_TYPED;PQ10 BCM.AC=143;DB;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0
-20 13410135 rs77634879 T A 50 PASS BCM.AC=39;DB;SEQUENOM.AC=37;SRC=VQSR-ONLY;PQ=60 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/1 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 13764237 . C T 51 NOT_TYPED BCM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=37
-20 14283363 rs111719158 G A 197 NOT_TYPED;PQ10 BCM.AC=6;DB;SRC=VQSR+INTERSECTION;PQ=0
-20 14589314 rs2209596 G T 30806 INCORRECT_SEQUENOM_CALLS BCM.AC=253;DB;SEQUENOM.AC=315;SRC=VQSR+INTERSECTION;PQ=60 GT . 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 . 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/ [...]
-20 14843271 . A G 78 NOT_DESIGNED BCM.AC=343;SRC=VQSR+2-OF-7
-20 15193914 . C T 48 PASS BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15581882 . C G 51 PASS BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=2;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 15699667 . C T 59 PASS BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=3;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=52 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 15913614 . G T 9 PASS SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16397068 . C G 1.16 PASS SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=20 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 16475471 rs73597775 C T 234 HIGH_NO_CALL_RATE DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=60 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0 [...]
-20 16487648 rs12479901 G A 1025 PASS BCM.AC=14;DB;SEQUENOM.AC=15;SRC=VQSR+INTERSECTION;PQ=23 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16936995 . C A 102 PASS BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=2;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 17430784 . T C 18 PQ10 BCM.AC=7;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17828256 . C T 77 PASS BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=4;SRC=VQSR+INTERSECTION;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17938631 . T C 218 PASS BCM.AC=8;SEQUENOM.AC=2;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 17991241 . C T 49 NOT_DESIGNED SRC=VQSR-ONLY
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-20 23470735 . A T 12 NOT_DESIGNED SRC=VQSR-ONLY
-20 23665595 . C T 205 PASS BCM.AC=4;SEQUENOM.AC=3;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=43 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 . . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . . 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . . 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
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-20 24126594 . C T 16 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=2;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 24247752 . C T 6107 NOT_DESIGNED BCM.AC=42;SRC=VQSR+2-OF-7
-20 24432806 . T C 21 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=2;SRC=VQSR-ONLY;PQ=57 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 24450030 . G A 8 NOT_TYPED SRC=VQSR-ONLY;PQ=60
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-20 25133654 . G A 13.40 PQ10 SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 25388911 . G T 28 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=53 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 25574143 . G A 77 PQ10 SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 25659422 . A G 11 NOT_TYPED;PQ10 BCM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0
-20 25700728 rs6037216 C G 1553 POSSIBLE_PROBE_FAILURE;PQ10 BCM.AC=7;DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+INTERSECTION;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 25741857 rs73347142 G T 41907 PQ10 DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR-ONLY;PQ=9 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 25750038 . T G 86 NOT_TYPED;PQ10 BCM.AC=493;SRC=VQSR-ONLY;PQ=0
-20 25751184 . G C 100 NOT_TYPED;PQ10 BCM.AC=180;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=0
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-20 25789517 . A T 40 NOT_TYPED;PQ10 BCM.AC=319;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0
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-20 25922316 . T C 26 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=18 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 25999667 . C G 32 INCORRECT_SEQUENOM_CALLS;PQ10 BCM.AC=61;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR-ONLY;PQ=0 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 26046637 . G A 26 NOT_TYPED;PQ10 BCM.AC=354;SRC=VQSR-ONLY;PQ=0
-20 26057903 . G A 100 NOT_TYPED;PQ10 SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=0
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-20 26126724 . G C 23737 PASS SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR-ONLY;PQ=18 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 26217247 . C A 374 PQ10 BCM.AC=3;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 26246019 rs79506355 C A 999 NOT_TYPED DB;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=11
-20 26258231 rs79859288 C T 527 NOT_TYPED DB;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=13
-20 26265474 . G T 460.59 PQ10 SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=9 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 26272553 . C G 100 PQ10 SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=0 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 26275939 . A G 81 NOT_TYPED SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=12
-20 26293152 . T C 100 PASS BCM.AC=14;SEQUENOM.AC=17;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=10 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-20 26301426 . A G 63 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=11 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 26301793 . C G 8 PASS SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR-ONLY;PQ=47 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 26304696 rs6051307 G A 100 PQ10 DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 29494622 rs78775502 C T 935 PQ10 DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 29514290 rs6087354 T A 19181 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS;PQ10 DB;SEQUENOM.AC=278;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0 GT 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 . 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0 [...]
-20 29518801 rs113500384 G A 702.91 PQ10 DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=0 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 29574811 rs73620522 G A 16281 HIGH_NO_CALL_RATE DB;SEQUENOM.AC=24;SRC=VQSR-ONLY;PQ=15 GT 0/1 1/1 1/1 . 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 . 1/1 1/1 . . 0/0 . . 1/1 . 1/1 1/1 . 1/1 1/1 0/1 1/1 . . 1/1 0/0 . 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 . 1/1 1/1 . 1/1 . . 1/1 . . . . 1/1 1/1 . . . . . . . . . . . 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 . 1/1 1/1 . . . . . 1/1 . 1/1 . 0/1 . . . 0/1 . 1/1 . 1/1 . 1/1 1/1 0/1 1/1 . . 1/1 . 1/1 . . . 1/1 1/1 . . 1/1 . . . 1/1 1/1 1/1 . 1/1 1/1 . 1/1 1/1 . 1/1 1/1 . 1/1 1/1 . 1/1 . 0/1 1/1 1/1 . 1/1 [...]
-20 29598472 rs73612735 T G 10639 NOT_TYPED;PQ10 DB;SRC=VQSR-ONLY;PQ=0
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-20 39624865 . G A 584 NOT_TYPED BCM.AC=9;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=29
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-20 42153349 . C T 25 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=57 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-20 51818730 . C T 130 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR+INTERSECTION;PQ=54 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 52285202 rs113200595 T G 11071 NOT_DESIGNED BCM.AC=198;DB;SRC=VQSR+2-OF-7
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-20 52470222 rs28606974 A G 72 NOT_DESIGNED BCM.AC=22;DB;SRC=VQSR-ONLY
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-20 54628591 . G A 87 POLYMORPHIC_SAMPLES_FAILED;PQ10 BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=4;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 55067830 . G A 6 PASS SEQUENOM.AC=1;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 55113534 . T G 21 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7;PQ=16 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 55195413 . A G 20 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=60 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-20 57566637 rs149265 C T 58555 PASS BCM.AC=513;DB;SEQUENOM.AC=505;SRC=VQSR+INTERSECTION;PQ=60 GT 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 . 1/1 1/1 1/1 1/1 . 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 . 1/1 . 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 . 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
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-20 59211281 . A G 4.33 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=2-OF-7-ONLY;PQ=43 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 62918298 . G A 33 NOT_DESIGNED SRC=VQSR+2-OF-7
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-##INFO=<ID=FR,Number=0,Type=Float,Description="Estimated population frequency">
-##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolmer run length">
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-##INFO=<ID=NF,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
-##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
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-##FILTER=<ID=pp10,Description="Posterior probability phred-score is less than 10">
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-##FILTER=<ID=hp10,Description="Inside a homopolymer of length greater than 10">
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-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth at this position for this sample">
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-20 72104 . TA T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TTTAAGTCTGTAAAACCATAC;TC=39;TR=19 GT:GL:GQ 0/1:-173.69,-34.04,-169.85:100
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-20 135119 . TC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AGAGAAGTGCTCTCCAATAGA;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-603.73,-576.89,-572.06:100
-20 137518 . GTA G . PASS FR=0.5005;HP=2;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=21;TR=10 GT:GL:GQ 1/0:-210.61,-46.97,-32.7:29
-20 138178 . GC G . PASS FR=1.0;HP=3;NF=21;NR=5;PP=100.0;SC=CTTCTGGAAAGCCTGGCCATG;TC=29;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-267.55,-29.21,-9.21:100
-20 138570 . ATATGTGTGTG ATG,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=6,2;NR=9,2;PP=100.0,10.0;SC=TCAAATATATATATGTGTGTG;TC=28;TR=15,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:65
-20 140396 . TTTG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=15;NR=4;PP=100.0;SC=AGGTTTTTGCTTTGTTGTTGT;TC=34;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-246.82,-30.67,-15.42:100
-20 144832 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=12;NR=22;PP=100.0;SC=TCCTAAAACTCTTGTAATATC;TC=35;TR=34 GT:GL:GQ 1/1:-541.89,-322.78,-299.72:100
-20 144884 . CCTT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=16;PP=100.0;SC=TGTAATGACACCTTCTTTTTC;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-590.4,-430.25,-411.02:100
-20 145257 . G GC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=8;PP=100.0;SC=ATGGTGGCAGGGCCTGTAATC;TC=21;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-258.74,-106.61,-91.83:100
-20 153298 . T TTC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=17;PP=100.0;SC=CAGGATTTCTTTGTTTTAAGA;TC=34;TR=30 GT:GL:GQ 1/1:-447.58,-228.67,-205.19:100
-20 160111 . A AT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=GAGCTCTTGAATTTTTTTTTT;TC=25;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-115.49,-38.32,-28.08:85
-20 163607 . A AAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=14;PP=100.0;SC=ACATTAAATGATTCAAATGAT;TC=31;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-308.34,-35.98,-14.5:100
-20 163741 . T TACACAC . PASS FR=0.5243;HP=1;NF=13;NR=6;PP=100.0;SC=GAACCCTCTGTACACACACAC;TC=28;TR=19 GT:GL:GQ 0/1:-416.01,-75.48,-55.48:13
-20 164279 . G GAAAAC . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GAAAAGAAAAGAAAAGAAAAC;TC=34;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-492.01,-428.61,-448.28:100
-20 164284 . G GAAAAC,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=8;NF=5,10;NR=11,9;PP=100.0,100.0;SC=GAAAAGAAAAGAAAACTCATC;TC=33;TR=16,19 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 176386 . CGTGTGT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TAATCCCATTCGTGTGTGTGT;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-176.18,-68.1,-61.92:77
-20 179735 . TTAAAA T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACCTTTGATCTTAAAATAAAA;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-142.0,-61.37,-164.64:100
-20 218255 . A AG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGCTCACTGCAATAAAAAGAA;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-99.61,-20.66,-85.67:100
-20 222539 . C CA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=TACCCAGCTACTTCTCTTAAG;TC=31;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-113.51,-40.72,-197.06:100
-20 230058 . CAT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GACTCCATCTCATAAAAAAAA;TC=33;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-215.64,-148.07,-177.0:100
-20 236459 . G GAT . PASS FR=0.5001;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TTGGAATACAGATATATATAT;TC=14;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-82.0,-46.74,-54.25:35
-20 237649 . CAGAT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=79.0;SC=AGATAGATGACAGATAGATAG;TC=23;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-209.52,-180.44,-254.54:100
-20 237816 . A AT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CATTTTCATCATTTTAATAAC;TC=32;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-124.3,-28.61,-145.84:100
-20 243223 . C CT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=12;NR=4;PP=100.0;SC=ATCTGTGTGACTGTGATCAAA;TC=33;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-191.55,-34.68,-144.05:100
-20 246483 . T TTAAA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AGACTCCATCTTAAATAAATA;TC=25;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-110.34,-17.05,-40.1:100
-20 251373 . ACTT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TTGCTCCAGCACTTCTTCTGG;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-99.2,-52.91,-150.48:100
-20 271135 . G GC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-163.65,-94.48,-85.08:78
-20 286648 . TAAATA T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TCTAAATAAATAAATAAAAGG;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-240.51,-100.72,-176.05:100
-20 299585 . AC A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=7;PP=21.0;SC=ACAGGGAGAGACCTTGTCGAA;TC=14;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-152.36,-140.91,-138.05:46
-20 334317 . TC T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;TC=24;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-177.37,-48.79,-33.34:100
-20 337392 . ACC A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CCTTGTTACCACCCCTCCCTG;TC=19;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-91.61,-45.67,-115.7:100
-20 340044 . GCAC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ATGAAGGCTGGCACCACCAGT;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-122.54,-28.81,-115.11:100
-20 343323 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GATAAACAGGATGTCCACCAG;TC=23;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-150.99,-48.03,-125.5:100
-20 346702 . AGCCTCCCAAAGGAG A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCAAA;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-191.1,-120.01,-173.49:100
-20 347858 . A AAAACAAAC . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCCGTCTCCAAAAACAAACAA;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-270.04,-201.07,-226.88:100
-20 347878 . A AAAAC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAAACAAAACAAACAAACA;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-258.23,-262.98,-327.72:100
-20 348365 . G GT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=ACGGCCCATGGGATCGAATAG;TC=19;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-127.12,-35.07,-72.46:100
-20 349321 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=CCAGGCCTCCACTCTCTGCTG;TC=20;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-183.61,-95.19,-129.48:100
-20 355549 . A AC . PASS FR=1.0;HP=10;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AACAACAACAAAAAAAAAAAC;TC=24;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-171.74,-97.15,-84.12:100
-20 356670 . T TCAAA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=AGACACTGCCTCAAAAAAACA;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-204.44,-131.78,-155.8:100
-20 356675 . A AAAAC . PASS FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CTGCCTCAAAAAAACAAACAA;TC=17;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-201.68,-85.68,-76.1:85
-20 358147 . CA C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=5;PP=100.0;SC=TGGGATTTGACAAACCCAGCT;TC=18;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-150.87,-32.16,-20.25:100
-20 360927 . TAA T . PASS FR=1.0;HP=7;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=ATGTGCTTTATAAAAAAGGGG;TC=18;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-185.94,-114.38,-104.3:84
-20 380790 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=16;NR=12;PP=100.0;SC=CACCACACCCCGACCCTAATT;TC=32;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-323.67,-24.71,-1.84:100
-20 385989 . T TA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTTTTTTAAAAAACTCT;TC=29;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-131.67,-23.75,-80.28:100
-20 386575 . GTTCT G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TGATAAGAATGTTCTTTCTTT;TC=24;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-109.28,-29.71,-86.14:100
-20 387657 . G GA . PASS FR=1.0;HP=8;NF=13;NR=19;PP=100.0;SC=ATGCTGAGAAGAAAAAATGAA;TC=38;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-284.64,-52.81,-28.53:100
-20 396023 . A AAAAC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAAAAACAAAAACAAACAA;TC=25;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-279.26,-33.44,-17.73:100
-20 403158 . GA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=89.0;SC=ATCTATGAAGGAAGGACAGCA;TC=20;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-137.87,-107.23,-160.58:100
-20 405057 . A AC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AAACACATACACAGACCTCCT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-136.78,-33.82,-124.47:100
-20 421805 . T TCCA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAACACATTTCCAACTAAAC;TC=29;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-108.14,-30.52,-185.93:100
-20 425206 . GTTTT G . PASS FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTGTTTGTTTGTTTTGTTTTT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-158.57,-21.01,-100.22:100
-20 430158 . GA G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGTCGCTTGAAACCCAGGA;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-74.97,-35.93,-74.51:100
-20 434939 . G GA . PASS FR=0.5;HP=10;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=AAGAAAAAAGGAAAAAAAAAA;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-99.4,-65.02,-85.64:92
-20 436981 . TTTCATCCA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=AGGTGTGTCCTTTCATCCATT;TC=27;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-88.19,-26.08,-154.96:100
-20 525046 . G GT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=AAAATACAGTGTTTTTTTTTC;TC=33;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-160.44,-103.25,-141.37:100
-20 538639 . C CA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=14;NR=9;PP=100.0;SC=ACCACCACAACAAAAAAACCC;TC=36;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-261.69,-66.02,-42.16:100
-20 539756 . G GT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=AATGTGAGCAGTCTAGGTAAA;TC=24;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-130.62,-70.51,-165.77:100
-20 540198 . T TG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=16;PP=100.0;SC=AGAGTCGCTGTTATTAAAACC;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-262.05,-37.69,-19.11:100
-20 545849 . A AT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=CTCTGGACTGATTTTTTTTTA;TC=24;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-225.47,-140.74,-126.39:100
-20 555243 . C CT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TTGGGGCCTCCTGGGTCCCAG;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-124.01,-59.66,-144.99:100
-20 559298 . TACAC T . PASS FR=0.5081;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GGCACACATGTACACACACAC;TC=20;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-95.31,-59.31,-62.75:17
-20 570945 . A AACAC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=2;PP=100.0;SC=AGAAGGCAATAACACACACAC;TC=28;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-281.44,-73.27,-58.53:100
-20 576287 . T TTTA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=9;PP=100.0;SC=CTGGAAAAGTTTTATTATTAT;TC=26;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-188.46,-27.21,-14.74:100
-20 593205 . AG A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GGGAGTGCGGAGGGGACTCCT;TC=14;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-90.79,-21.16,-46.9:100
-20 635817 . C CAGAAAAAAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=GAGACTCTCTCAGAAAAAAAA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-318.1,-28.61,-13.35:100
-20 666340 . AAATAATAATAAT AAATAAT,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,2;NR=3,3;PP=100.0,100.0;SC=ATACAAATACAAATAATAATA;TC=16;TR=4,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 671463 . AGTGT A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CATGCATGCAAGTGTGTGTGT;TC=25;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-248.41,-147.67,-140.04:63
-20 675799 . G GTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=TAATGAACATGTATATATACA;TC=20;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-154.12,-35.67,-66.33:100
-20 704073 . CTCT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=CTTCATTCTTCTCTTTTCTTT;TC=20;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-159.89,-91.96,-171.96:100
-20 704111 . C CTTTCT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TTCCTCCTCTCTTTGTCTAGT;TC=20;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-189.74,-115.92,-237.08:100
-20 714136 . TA T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=CTGTGGTTGTTAACTGTAGTC;TC=30;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-253.68,-26.24,-6.67:100
-20 715254 . G GGT,GGTGTGT . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=3,4;NR=0,1;PP=57.0,100.0;SC=ATAGTTTATAGGTGTGTGTGT;TC=23;TR=3,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 715847 . C CA . PASS FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=GGCTCCGTCTCAAAAAAATAA;TC=26;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-157.25,-40.0,-26.17:100
-20 718268 . A AAATAAT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=1;PP=81.0;SC=AAAAAATACAAAATAATAATA;TC=15;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-64.86,-29.69,-87.73:100
-20 724447 . A AG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=GGGTGTTGTGAGACTGATTGA;TC=42;TR=21 GT:GL:GQ 0/1:-229.53,-40.83,-188.06:100
-20 726275 . CAGA C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=ACATATATAACAGAAGGAGAG;TC=41;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-286.26,-52.94,-197.08:100
-20 728851 . CT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=21.0;SC=GATCACACCACTGCAGTCCAG;TC=22;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-200.76,-185.85,-212.48:67
-20 732117 . CTTTATTTTAT C . PASS FR=0.9998;HP=4;NF=1;NR=1;PP=80.0;SC=TCAGGTATGTCTTTATTTTAT;TC=14;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-96.6,-68.07,-66.69:34
-20 739616 . CGTGTGTGT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=TAAAAGTGCTCGTGTGTGTGT;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-222.59,-24.43,-16.81:63
-20 744662 . A ACAGGTCAAT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-105.45,-32.23,-150.03:100
-20 746855 . A AG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CTGGGATTACAGTGTGAGCCA;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-242.45,-177.27,-167.62:80
-20 747680 . A ATAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=CTTGTTGGTAATAGCAAGTTA;TC=17;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-177.8,-96.72,-120.09:100
-20 755106 . C CA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=GCTGAGAGGTCAAACCACAAA;TC=27;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-255.81,-41.84,-23.33:100
-20 757564 . T TG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=78.0;SC=GGTGGAGCCATGGGTGTCAAA;TC=10;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-67.44,-38.36,-58.29:89
-20 757919 . A AC . PASS FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAAACAAAAAAAAAACACC;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-172.2,-112.42,-144.61:100
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-20 995685 . CAAAT C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AACTCTATCTCAAATAAATAA;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-96.06,-12.82,-6.68:77
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-20 1050585 . AT A . PASS FR=1.0;HP=10;NF=9;NR=15;PP=100.0;SC=TTCTAATTCCATTTTTTTTTT;TC=33;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-288.37,-205.98,-189.27:100
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-20 1202056 . C CT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=73.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-78.02,-50.24,-96.3:100
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-20 1258704 . C CTGTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTCTGTGTGTGTA;TC=34;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-182.12,-58.28,-233.67:100
-20 1270442 . CA C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=12;PP=100.0;SC=CACTGCACTCCAAGCCTAGGT;TC=17;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-162.61,-26.2,-14.46:98
-20 1272295 . CTCTGT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=7;PP=100.0;SC=CCAAGTTCTGCTCTGTTGATT;TC=25;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-389.78,-103.27,-85.17:100
-20 1272815 . C CATAG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=10;PP=100.0;SC=TAGTCTAAGGCATAGCATCCT;TC=27;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-368.78,-50.48,-32.46:100
-20 1291149 . GCAA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CCTGGATACAGCAACAACAGT;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-151.35,-93.7,-185.23:100
-20 1292033 . C CTTGT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=CTTACATTTGCTTGTTTGATA;TC=29;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-444.32,-314.49,-337.3:100
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-20 1292776 . T TA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=10;PP=100.0;SC=CTCCTGGACTTAGTGATCCTC;TC=25;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-310.19,-119.02,-102.21:100
-20 1303648 . A AG . PASS FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GGCAACACTCACCCGGCTGAG;TC=19;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-115.57,-32.83,-76.0:100
-20 1312294 . A AT . PASS FR=1.0;HP=7;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=CACCTGGCTAATTTTTTTATT;TC=17;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-196.82,-109.27,-98.21:93
-20 1318554 . TCCCACAGAGAAGTCC T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=ACCTAAGCATTCCCACAGAGA;TC=12;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-228.16,-15.45,-7.14:62
-20 1322791 . G GCACACA,GCACACACA . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=3,3;NR=0,4;PP=43.0,100.0;SC=GAGAACAAATGCACACACACA;TC=18;TR=3,7 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 1333430 . C CT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=18;NR=9;PP=100.0;SC=ATGAAGGTGACTTCTCAGGTG;TC=32;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-276.34,-27.55,-7.09:100
-20 1342649 . AT A . PASS FR=1.0;HP=6;NF=17;NR=10;PP=100.0;SC=AGTGTATGAGATTTTTTGTTA;TC=29;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-209.72,-24.22,-4.14:100
-20 1349439 . C CCCT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=CCCACATTCCCCCTCCTCTGA;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-157.47,-56.31,-133.86:100
-20 1358694 . C CAGTTTGGGCACTAACACCTACTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CTATACGGGTCAGTTTGGGCA;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-272.45,-105.91,-212.24:100
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-20 1389225 . CGTGTGT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TATGAAGACTCGTGTGTGTGT;TC=12;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-80.8,-37.12,-33.18:48
-20 1392633 . AT A . PASS FR=0.5;HP=9;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=AAGCCAACACATTTTTTTTTC;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-142.17,-103.31,-156.4:100
-20 1399660 . A AAAAAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=7;PP=100.0;SC=TGTTTATGTTAGAAACAAAAC;TC=28;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-237.24,-123.87,-245.2:100
-20 1401887 . T TC . PASS FR=0.5;HP=6;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TGACTTTTTTTCTCCCTGAGA;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-140.81,-26.64,-103.7:100
-20 1403888 . G GT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=CAGAGAGGGCGTAAGATTGGA;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-134.33,-94.6,-144.84:100
-20 1411174 . G GT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=18;PP=100.0;SC=TTCCAACAGTGACAAGGGTTT;TC=34;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-370.91,-42.86,-18.85:100
-20 1411544 . TG T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=2;PP=36.0;SC=ATTTATAAAATGTTTTTGTTG;TC=28;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-275.92,-257.59,-310.84:82
-20 1420200 . CT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=7;PP=100.0;SC=AAGATGGAACCTTAAGTTCAA;TC=24;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-229.24,-45.08,-29.19:100
-20 1421627 . GC G . PASS FR=1.0;HP=4;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=GGAGCCCAACGCCCATTTAAA;TC=24;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-219.35,-32.03,-15.65:100
-20 1428402 . A ATCTAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=AATAGCTGATATCAGTTAAGG;TC=30;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-414.87,-348.43,-419.1:100
-20 1428454 . TC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TTACACCGACTCTGTGCAGGT;TC=37;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-456.05,-415.06,-465.1:100
-20 1448428 . AC A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=ACGGTAAACAACCTTCCCGCG;TC=21;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-289.43,-190.83,-179.1:98
-20 1450561 . A AAATAAT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=CTGTCTCAAAAAAAAATAATA;TC=23;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-324.02,-170.06,-160.02:94
-20 1454025 . GCACACACGCA G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ACGCACACATGCACACACGCA;TC=23;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-298.98,-49.31,-43.52:72
-20 1455718 . AC A . PASS FR=0.5;HP=8;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGGTGGTAGCACCCCCCCAGG;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-122.23,-68.33,-113.23:100
-20 1466298 . C CCA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=CACACACACACCACACACACA;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-174.97,-31.68,-40.82:42
-20 1470727 . TG T . PASS FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=CAACAATCATTGGGGAATATT;TC=24;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-243.08,-66.7,-50.7:100
-20 1473489 . ATAATT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=9;PP=100.0;SC=TTACTTACAAATAATTTTATT;TC=35;TR=22 GT:GL:GQ 0/1:-297.03,-26.79,-121.41:100
-20 1475430 . C CTCT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=CTCATTTCTTCTCTTTTCATT;TC=31;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-179.5,-26.21,-143.42:100
-20 1477952 . AGTCTACACGT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TTGTCTTTTCAGTCTACACGT;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-132.31,-83.49,-272.8:100
-20 1485444 . TGAGAGAGA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 1/0:-294.27,-239.82,-244.87:100
-20 1498426 . G GA . PASS FR=1.0;HP=6;NF=18;NR=13;PP=100.0;SC=TACAACGGAAGAAAAGCCTAA;TC=33;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-335.62,-79.86,-57.15:100
-20 1499276 . TGAGA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=TCAAAGTGAATGAGAGAGAGG;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-190.39,-128.87,-245.46:100
-20 1500650 . A AG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=AAGGAGCAGCAGTTCTGAGAG;TC=19;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-187.24,-32.97,-19.25:100
-20 1510246 . CA C . PASS FR=1.0;HP=10;NF=15;NR=6;PP=100.0;SC=AACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;TC=29;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-113.89,-25.37,-8.27:100
-20 1510966 . C CTA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTATCTCTCTGTGTCATTT;TC=21;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-215.34,-14.55,0.0:100
-20 1512623 . TTGTC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=ACTCCATAGATTGTCTGGGTA;TC=27;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-204.17,-64.36,-220.46:100
-20 1516154 . A AAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=1;PP=100.0;SC=GTTTTATAAGAAGAGAGAGAG;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-197.81,-103.51,-159.44:100
-20 1524117 . G GTGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=14;PP=100.0;SC=TGGGATCAGGGTATTCCCTTC;TC=27;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-368.49,-35.51,-15.43:100
-20 1525024 . CT C . PASS FR=0.5;HP=7;NF=3;NR=3;PP=96.0;SC=CCTTCTTTGTCTTTTTTGATC;TC=18;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-53.12,-20.94,-98.55:100
-20 1525853 . G GT . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=CCTGAAGTGTGTTTTCCAACT;TC=29;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-133.05,-52.13,-148.67:100
-20 1597255 . TG T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=GTAAAAGTACTGGAAGAAAAG;TC=39;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-269.31,-182.14,-334.79:100
-20 1627288 . ATTTGT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=ACTTTTTTTCATTTGTTTTGT;TC=20;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-133.15,-70.66,-175.26:100
-20 1629280 . T TAATAAAATAA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ACTTAAAGTATAATAAAATAA;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-155.63,-27.66,-95.67:100
-20 1648829 . CTTTCTTTTTCTTTTCT C . PASS FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=1;PP=74.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTTTTTC;TC=20;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-191.4,-160.88,-232.59:100
-20 1653387 . T TTTG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=CGGCCAATCATTTGTTGTTGT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-189.9,-54.75,-106.65:100
-20 1656519 . GT G . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GAGCTGCACTGTTTTTTTTCT;TC=20;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-62.34,-19.97,-47.7:100
-20 1658890 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CATGTGATACACTGTGGGCCC;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-198.65,-163.08,-324.51:100
-20 1660493 . AT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CATTTGGGAGATGCTATTACC;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-160.86,-59.8,-177.36:100
-20 1661355 . TG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=GAAAAACACATGATTATCCAT;TC=34;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-171.31,-99.84,-269.81:100
-20 1661478 . G GT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=ATACTTTCTTGTTTTTTTGGC;TC=35;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-150.06,-61.16,-108.32:100
-20 1661816 . C CA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=AATTTGCAATCATACAGAAAG;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-96.53,-29.07,-136.56:100
-20 1662592 . GATATAACTA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TATGGATATGGATATAACTAA;TC=23;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-238.09,-62.84,-220.35:100
-20 1665050 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=ATACACACATATATATATGTA;TC=34;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-151.91,-67.61,-244.28:100
-20 1667770 . TG T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=AGGGTTATGATGGGGGGAGAA;TC=29;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-75.51,-17.52,-115.09:100
-20 1674714 . A AT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AAGGAGAATCATTTTTTCTTA;TC=26;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-198.16,-29.36,-11.98:100
-20 1679689 . TACACAC TACACACACAC,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=2,1;NR=0,1;PP=100.0,100.0;SC=TTAGATGCCCTACACACACAC;TC=23;TR=2,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 1680048 . G GA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=GAAAACAACAGAAAAAAAACT;TC=30;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-157.3,-90.19,-130.66:100
-20 1680109 . GA G . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=AACAGCAAGAGAAATTATAAA;TC=32;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-210.03,-97.05,-217.17:100
-20 1682621 . A AT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=11;PP=100.0;SC=AATATATCATATTACACAGTG;TC=31;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-304.45,-32.07,-10.59:100
-20 1683112 . T TC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=11;PP=100.0;SC=CAAACCCTCTTCCTATACCAC;TC=23;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-265.19,-181.47,-172.55:74
-20 1683153 . CA C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GCAGCAGCTGCAAGAAGTCTC;TC=22;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-291.99,-237.27,-279.09:100
-20 1683250 . ATAGCTCTACCAGT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AGTTCGAATCATAGCTCTACC;TC=22;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-267.9,-88.45,-154.18:100
-20 1683813 . C CT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=AAGAGAATGTCTTTTTAAAAT;TC=53;TR=25 GT:GL:GQ 0/1:-327.36,-122.23,-224.07:100
-20 1683959 . C CA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TCAACAATGACAAAAAAAGCA;TC=24;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-130.55,-27.62,-42.34:66
-20 1684576 . A AATGTATAATAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=96.0;SC=ATACTGTTTAAATATTTCCTG;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-370.23,-353.25,-494.05:100
-20 1688002 . AAAAC A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCCCTCTCAAAACAAACAA;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-132.2,-18.69,-9.78:74
-20 1690549 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=GAAATCTTCCCCTGTCTGTGA;TC=32;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-184.81,-148.16,-332.53:100
-20 1694183 . CT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=TATACAAAGACTTTATAACCA;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-144.04,-44.56,-141.78:100
-20 1699510 . T TCCCA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=AATGTCTCATTCCCACATCCT;TC=19;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-164.23,-17.54,-74.37:100
-20 1701571 . TTAAAATAAAA T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=CATCTCAAAATTAAAATAAAA;TC=21;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-177.13,-95.66,-194.53:100
-20 1716144 . A AGTGT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GGTTTTTTTTAGTGTGTGTGT;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-151.21,-52.44,-109.8:100
-20 1719870 . TG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=11;PP=100.0;SC=ATCAAACCTCTGTGGGAGAGA;TC=27;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-146.54,-22.92,-111.48:100
-20 1721789 . GT G . PASS FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=GCACTTGGGAGTTTTTTTTTC;TC=23;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-60.27,-22.43,-60.17:100
-20 1722316 . CCTTT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TTTCTCTCTTCCTTTCTTTCT;TC=7;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-85.7,-30.24,-25.46:57
-20 1727042 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=AATTAAATTATATAGAGGAAG;TC=20;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-223.19,-104.73,-92.26:100
-20 1728298 . G GT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=AAGAACAGAGGTTTTAAGCAT;TC=28;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-297.24,-94.99,-75.97:100
-20 1730788 . T TGATA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=AGATGATAAATGATAGATAGA;TC=36;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-190.89,-23.51,-13.12:87
-20 1731625 . CA C . PASS FR=1.0;HP=9;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAG;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-93.68,-29.69,-18.4:95
-20 1734082 . AAAAAT A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=CAATAGCTATAAAAATAAAAT;TC=38;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-124.98,-23.78,-220.83:100
-20 1738324 . T TC . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=ACACTCCTTTTCCTTCATGAT;TC=22;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-213.69,-47.59,-33.85:100
-20 1738519 . A AG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=11;PP=100.0;SC=CTGTCAAACTAGCCTCTGGCT;TC=29;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-269.52,-42.45,-23.17:100
-20 1741051 . T TAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=12;PP=100.0;SC=TAAATATATATGACTATTTTT;TC=35;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-395.96,-52.09,-26.1:100
-20 1745352 . A ACAATAATCACATCAAAGAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=CAAGACCATTACACTAATCAC;TC=17;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-425.27,-43.37,-23.58:100
-20 1746606 . GTA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=9;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-98.72,-49.48,-45.34:50
-20 1768362 . G GAA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=14;PP=100.0;SC=TAGAGTGATGGAAGAGACTGG;TC=27;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-269.69,-41.32,-23.11:100
-20 1778684 . A AGTGCTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=83.0;SC=ATTGCCCTCCATTGGAGGCTG;TC=14;TR=2 GT:GL:GQ 1/0:-256.33,-220.54,-244.27:69
-20 1833292 . TA T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=ATATTATGTATAATCTCAATT;TC=25;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-147.42,-89.75,-210.06:100
-20 1848829 . CTTTTCT C . PASS FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=15;PP=100.0;SC=CTTTTCTTTTCTTTTCTTTTC;TC=25;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-409.42,-172.01,-156.56:100
-20 1848853 . CTT C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CTTTCTTTCTCTTTCTTTCTT;TC=26;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-469.4,-397.68,-416.1:83
-20 1848877 . C CTT . PASS FR=0.9999;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TTCTTTCTTTCTCTTTCTTTC;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-373.17,-284.63,-280.27:37
-20 1852149 . CCA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CACCCCCTCTCCACACACACA;TC=23;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-139.51,-90.17,-161.53:100
-20 1855569 . AACACAC A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GTCACTCTACAACACACACAC;TC=14;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-159.46,-18.21,-11.49:84
-20 1857852 . TC T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=4;NR=19;PP=100.0;SC=CCCGTGTCCATCCCCCCTGTA;TC=58;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-667.45,-637.23,-632.11:63
-20 1857976 . G GT . PASS FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=1;PP=100.0;SC=GCTTTGTTTTGTCAGTTGTTT;TC=22;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-196.6,-28.45,-14.03:100
-20 1872437 . AT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TCCCTGGCTAATTCCCCCCAC;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-111.11,-55.77,-134.66:100
-20 1890990 . CTT C . PASS FR=1.0;HP=5;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=TGTTTCATTACTTTTTAACTT;TC=24;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-245.45,-38.39,-20.54:100
-20 1895466 . T TATAG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AGATTAGAATTAGCCCAGCTC;TC=24;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-500.31,-454.72,-448.18:79
-20 1895484 . ACT A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=4;PP=52.0;SC=CTCAGATGTGACTCTTCCAGA;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-454.69,-436.37,-433.13:53
-20 1912065 . AC A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=TGCCTTCATCACTGTTCCCAT;TC=25;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-166.95,-40.53,-113.76:100
-20 1930288 . TAAG T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=TATAAGTTGTTAAGAAGAAAA;TC=31;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-196.67,-58.02,-140.92:100
-20 1940722 . GTT G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AAAAACCCAGGTTATATATAC;TC=25;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-178.3,-32.72,-93.72:100
-20 1940980 . G GA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=AACTACTCAGGGGCTGAGATG;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-91.81,-43.36,-126.02:100
-20 1941170 . A AC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=ATACCTGTATAGAAAAAAAGT;TC=31;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-250.35,-208.27,-291.77:100
-20 1943171 . T TG . PASS FR=0.5;HP=7;NF=1;NR=1;PP=56.0;SC=AGGGGAAGCCTGGGGGGGTTG;TC=19;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-65.38,-41.58,-85.08:100
-20 1949783 . C CT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GTGCTGAGCCCTTTTTTTTTT;TC=26;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-82.34,-46.95,-63.27:73
-20 1959266 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAACCTGAATATGTGTGTGTG;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-140.42,-42.47,-66.02:100
-20 1967894 . GATGA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TTGAGTGATTGATGAATGAAT;TC=24;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-113.7,-41.87,-83.28:100
-20 1977448 . A ACACACACACG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=ACACACACACATAGAAGGCCA;TC=32;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-253.96,-71.96,-163.76:100
-20 1996777 . CT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=GTGTTTTAGGCTGTTATTTCA;TC=21;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-127.06,-33.79,-125.68:100
-20 1997708 . CAT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=CACACACACACATACAAAATA;TC=31;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-145.15,-85.85,-245.36:100
-20 2004765 . T TG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=2;PP=76.0;SC=AGGATTTTTCTATCAGTCCAC;TC=12;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-54.31,-25.7,-84.4:100
-20 2034931 . G GTTC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGATAGGTAAGTTCTTCCCCA;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-162.21,-52.77,-146.87:100
-20 2035677 . AACACAC AAC,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,3;NR=0,2;PP=39.0,100.0;SC=TTTTATAATAAACACACACAC;TC=29;TR=2,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:88
-20 2050099 . AATTG A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=10;NR=5;PP=100.0;SC=TCTTATTCTTAATTGATCTAA;TC=35;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-259.54,-91.86,-224.89:100
-20 2052246 . AC A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=GGTCCCAGCTACTCAGGAGGC;TC=19;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-113.96,-44.77,-115.57:100
-20 2053863 . C CA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=4;PP=96.0;SC=ACTAAAAATACAAAAAAAATA;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-46.07,-13.04,-34.97:98
-20 2054845 . AAAGAGGAAAAAG A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAGAGGAAAAAGAGGAAAA;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-251.05,-86.54,-294.87:100
-20 2055452 . AAAGG A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=AAGAAAAGAAAAAGGAAGGAA;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-227.92,-152.39,-281.38:100
-20 2077127 . AAC A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=3;PP=97.0;SC=TCTCTACTAAAACACACACAC;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-57.31,-24.65,-94.33:100
-20 2078747 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AGAAAATTCCCCTGTGGCCCT;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-78.54,-32.73,-103.05:100
-20 2120509 . AAAGGT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=1;PP=100.0;SC=CTGAAATGAGAAAGGTAAGGA;TC=19;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-189.27,-90.48,-174.84:100
-20 2122413 . CT C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=GTAACCTACCCTTTTCCACCT;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-132.75,-34.8,-69.03:100
-20 2126052 . T TCTATGTGA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=CATTTCCGTTTCTATGTGACC;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-179.74,-76.1,-178.95:100
-20 2131707 . T TGG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=CCCTGTTGCCTGACCTGAGCC;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-145.56,-92.76,-163.87:100
-20 2153043 . C CTTTATTTA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=GGTGACATCACTTTATTTATT;TC=21;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-97.11,-28.78,-48.32:87
-20 2155932 . C CAT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AATTAAAAAACATATATATAT;TC=32;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-176.17,-66.01,-150.43:100
-20 2160585 . AT A . PASS FR=0.5;HP=7;NF=9;NR=11;PP=100.0;SC=GTTTTTAAATATTTTTTAATT;TC=41;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-237.9,-137.73,-264.06:100
-20 2162113 . A ATT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TATCAGGAATAATTTTTTTTT;TC=25;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-145.37,-128.61,-213.61:100
-20 2165761 . GTTAT G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CTAATAACCTGTTATTTATTT;TC=28;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-79.63,-28.99,-73.78:100
-20 2171122 . CAAACA C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=AACAAACAGACAAACAAAACA;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-113.12,-57.95,-91.54:100
-20 2171346 . TA T . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=AATTTTTTTTTAAAATCCTTA;TC=20;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-174.43,-122.88,-194.49:100
-20 2171402 . T TA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=92.0;SC=TGATTGATCCTAACTTAATGA;TC=23;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-112.12,-79.99,-224.63:100
-20 2198337 . AAG A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=17;NR=3;PP=100.0;SC=CAACCAAAGAAAGAATGGGAG;TC=38;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-234.35,-51.22,-161.95:100
-20 2199055 . G GCCACACACTTCTAAA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=AGGGGGAAGTGCCATCAGATG;TC=20;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-318.25,-129.11,-238.35:100
-20 2199168 . T TG . PASS FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TGAGATTTGGTGGGGGGGACA;TC=37;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-144.44,-70.03,-129.92:100
-20 2209336 . A AGTG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=GCTGGAGTGCAGTGGTACAAT;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-105.48,-46.83,-99.81:100
-20 2215492 . T TA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=17;NR=16;PP=100.0;SC=TGGATGAACGTATTTATTTAA;TC=37;TR=33 GT:GL:GQ 1/1:-589.49,-315.53,-293.02:100
-20 2215506 . G GT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=13;PP=100.0;SC=TATTTAACCAGTTTCTCTTGA;TC=36;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-602.79,-346.63,-325.98:100
-20 2216792 . CAG C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=TGCGTTCATGCAGTTTATGGG;TC=25;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-181.42,-37.01,-108.03:100
-20 2217535 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CATTGCATCACCTGCCTCTGA;TC=32;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-224.94,-75.19,-157.78:100
-20 2218702 . CA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=AATCACGACTCATTGTAGCCT;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-111.7,-55.95,-90.25:100
-20 2221607 . TTTTCTTTCTTTCTTTTTCC T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=AAAGTTTTCTTTTTCTTTCTT;TC=29;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-196.61,-29.28,-142.76:100
-20 2241427 . AAAAC A . PASS FR=1.0;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CTTGTCTCTAAAAACAAACAA;TC=19;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-166.73,-37.97,-27.83:84
-20 2263098 . TG T . PASS FR=1.0;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TGACGGATGGTGGAGTGAGAA;TC=12;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-115.83,-17.15,-8.29:71
-20 2278675 . A ATGAATGGCACT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=ACTCTGAAAAATGGTCACAGA;TC=18;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-567.99,-218.0,-199.44:100
-20 2280081 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=TAACTTCATGCGGCTCCACCC;TC=30;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-287.69,-60.5,-41.43:100
-20 2280751 . TA T . PASS FR=1.0;HP=10;NF=11;NR=3;PP=100.0;SC=AGACTCCATTTAAAAAAAAAA;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-139.24,-88.42,-77.92:88
-20 2280882 . A AAAAG . PASS FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AAGAAAGAAAAAAAGAAAGAA;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-160.24,-78.2,-70.5:63
-20 2285898 . AGTCACTG A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=CCAAGTCTCTAGTCACTGGTT;TC=19;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-272.68,-30.42,-16.26:99
-20 2287002 . TAAG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=GAAAAATCTCTAAGAAGGCTC;TC=24;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-245.61,-20.38,-4.14:100
-20 2294297 . A ACT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=AATCACACACACTCTCTCTCT;TC=24;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-199.54,-41.84,-28.04:100
-20 2297084 . AT A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=7;PP=100.0;SC=GGTGGCACGCATTAACACCAG;TC=18;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-184.14,-27.34,-14.78:100
-20 2297605 . CT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CAATCATGGCCTTTGGCTTCC;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-137.24,-29.13,-84.17:100
-20 2298589 . C CAT,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=5,2;NR=2,3;PP=100.0,100.0;SC=ATATATATATCATATATATAT;TC=23;TR=7,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 2316853 . G GC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TCACCCTGTAGCCCCTGTGCC;TC=15;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-147.72,-38.92,-28.94:83
-20 2318317 . GATCACACC G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=8;PP=100.0;SC=AGTGAGCCGAGATCACACCAC;TC=22;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-356.42,-104.52,-90.96:100
-20 2318716 . AG A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=13;NR=4;PP=100.0;SC=CACTCAGAGCAGGGCACCGAT;TC=26;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-256.21,-181.8,-170.54:94
-20 2323655 . A AT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=11;NR=9;PP=100.0;SC=AGGAAAAAAAAACACTGATGT;TC=31;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-290.56,-28.0,-5.91:100
-20 2326944 . G GA . PASS FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=AGATACAGAGGAAAAATGAAG;TC=25;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-204.47,-32.24,-15.14:100
-20 2329825 . T TC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=16;NR=4;PP=100.0;SC=ATATGGGTTGTCTTTGAGACT;TC=22;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-212.37,-32.28,-17.55:100
-20 2334719 . CTAT C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=14;NR=16;PP=100.0;SC=TTCCCAGGTTCTATTATGTAG;TC=36;TR=30 GT:GL:GQ 1/1:-368.57,-33.34,-9.9:100
-20 2335944 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=19;PP=100.0;SC=GCTGAGAAAACTATATCCAAA;TC=34;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-370.96,-31.85,-8.29:100
-20 2340299 . TTGTC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=15;PP=100.0;SC=ATCCTGTAGGTTGTCTGTTTA;TC=27;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-327.39,-42.17,-22.8:100
-20 2342117 . T TG . PASS FR=1.0;HP=5;NF=14;NR=14;PP=100.0;SC=TGCTTATTTTTTCCACTTAAT;TC=32;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-450.6,-326.69,-308.08:100
-20 2344369 . TAAG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=TGAGAGGTGGTAAGAAGAAGA;TC=36;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-351.7,-76.99,-56.29:100
-20 2344451 . G GAGGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=3;PP=100.0;SC=ACACCCAACAGAGGAAGGTTA;TC=20;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-372.02,-158.89,-145.61:100
-20 2344539 . T TTTTGTTTG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=ACTACCCCAGTTTTGTTTGTT;TC=23;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-243.77,-36.7,-24.92:99
-20 2345269 . TCCTGGC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=13;PP=100.0;SC=ATCGAGACCATCCTGGCTAAC;TC=21;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-260.12,-24.22,-9.67:100
-20 2346660 . T TAATAAATAAATAAATA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAATTCCTTATAATAAATAAA;TC=13;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-305.93,-18.69,-7.6:93
-20 2352930 . AC A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=TTTCAGGCCTACCTCTCAAGC;TC=21;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-216.23,-90.38,-78.46:100
-20 2362643 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=11;NR=8;PP=100.0;SC=AAGAACTTGTCTTAGATGCTG;TC=21;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-259.19,-87.0,-72.75:100
-20 2379170 . TC T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=3;PP=99.0;SC=AGCTTGGGCTTCCCCACAATA;TC=23;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-84.89,-51.93,-137.5:100
-20 2401510 . ATGT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=CATTATATGGATGTACACAGT;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-138.83,-80.65,-217.86:100
-20 2406090 . AACT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=GTTGCCACAAAACTTCAATTT;TC=36;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-277.31,-158.31,-369.27:100
-20 2407722 . A AT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=11;PP=100.0;SC=AATTGCTATAATTTTTTTTTC;TC=38;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-112.13,-34.3,-69.71:100
-20 2409340 . C CAATA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CATAATAAATCAATCAATAAA;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-189.45,-43.56,-132.72:100
-20 2409613 . G GCA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=57.0;SC=GGGATTATAGGCACAACACCA;TC=25;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-231.71,-206.44,-319.84:100
-20 2411731 . CAG C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=2;PP=36.0;SC=GTGGATGAGCCAGAGAGAAGT;TC=13;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-55.56,-36.89,-120.4:84
-20 2414786 . G GA . PASS FR=1.0;HP=8;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=GAAGCTTTCAGAAAAAAACCC;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-173.45,-78.53,-65.46:100
-20 2418166 . GTGTT G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CACCTGGCTAGTGTTTGTTTG;TC=21;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-134.79,-72.62,-117.78:100
-20 2425523 . A ATTTATTTTATTTTAT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=ATTTTATTTTATTTATTTTAT;TC=23;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-149.61,-12.23,-46.02:100
-20 2425934 . T TA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=8;NR=4;PP=67.0;SC=TTAATCAATTTAAAAAAAATG;TC=25;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-160.28,-133.72,-162.95:100
-20 2430943 . ATGTG A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GTGCGTGTGCATGTGTGTGTG;TC=29;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-164.1,-78.49,-99.2:92
-20 2433931 . TC T . PASS FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=1;PP=26.0;SC=CCCTGGAAGCTCCCCTTTGTG;TC=10;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-34.79,-18.58,-53.81:73
-20 2436455 . A AAAAAAG,AAAAAG . PASS FR=0.5,0.5;HP=9;NF=3,3;NR=1,4;PP=50.0,100.0;SC=CTACCAAAAAAAAAAGAAAAG;TC=25;TR=4,7 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 2436835 . A AC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=ACAATGATGTACATTTTTCAG;TC=37;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-177.52,-36.56,-198.23:100
-20 2448573 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CCCATGCCACCCTGTTTTAGC;TC=34;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-159.22,-114.6,-320.68:100
-20 2450954 . CA C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CAAACTTCCGCAAGTCTGAGC;TC=22;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-106.22,-51.15,-126.38:100
-20 2452700 . TAAAAAAGAA T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TTTCTTGGATTAAAAAAGAAA;TC=32;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-216.2,-29.76,-153.35:100
-20 2458350 . G GA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CAAGGTGGGAGAATTGCTTGA;TC=27;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-156.97,-38.22,-122.55:100
-20 2477736 . A AT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AAAAAAAAAAATTTTACCATC;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-89.51,-39.15,-127.81:100
-20 2498012 . GTA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATGTGTGTATATATATA;TC=22;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-140.02,-17.32,-103.73:100
-20 2516178 . GA G . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GTTTAATTGGGAAAAAAAATA;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-52.67,-14.95,-45.28:100
-20 2520604 . T TAGCA . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CTCCCGCAAATAGCACACAAG;TC=20;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-194.0,-75.16,-105.67:100
-20 2522684 . G GA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=5;NR=6;PP=83.0;SC=TTTCTTATTTGAAAAAAACTT;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-153.71,-123.52,-187.08:100
-20 2523586 . T TA . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=6;PP=100.0;SC=TTTTTCTTTTTAAAACAAAAT;TC=23;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-179.22,-18.0,-3.45:100
-20 2526468 . GAAGA G . PASS FR=0.5001;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGGAAGAGGAAGAAAGAAA;TC=25;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-210.76,-128.72,-136.62:37
-20 2526552 . A AAG . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GAAAGAAAGAAAAAAAGAAAG;TC=30;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-215.19,-78.8,-144.35:100
-20 2527129 . G GTTGGGCATAAGCTGTAGATC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AACCTGCAGAGTTGGGCATAA;TC=18;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-243.57,-136.91,-199.82:100
-20 2534184 . T TGTTTTGTGTGAC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=GATACAGGTCTGTTTTTGTCT;TC=31;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-444.44,-61.75,-181.17:100
-20 2546156 . TGG T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=12;PP=100.0;SC=CCCAAAGTGCTGGGATTACAG;TC=31;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-172.01,-63.37,-146.93:100
-20 2568176 . G GT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=ATTTGGGAATGTTTTTTTTTA;TC=27;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-116.08,-18.72,-6.68:100
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-20 2579040 . C CTTTATTTA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=CTTGCCTCTACTTTATTTATT;TC=16;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-103.59,-10.59,-52.57:100
-20 2586119 . GGA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=30.0;SC=GCATGTGCATGGAGAGAGAGA;TC=23;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-35.49,-18.23,-170.44:77
-20 2594696 . A AT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTTCTGTCACATTTTTTTTCG;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-70.9,-30.05,-77.99:100
-20 2597210 . TAAAG T . PASS FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GAAAGGAAAATAAAGAAGGAG;TC=20;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-85.33,-27.89,-144.98:100
-20 2611781 . A ATATCT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=8;PP=100.0;SC=ATTATAATTAATATAACAAAC;TC=31;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-408.96,-183.07,-309.58:100
-20 2613623 . T TTTG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTTCCATGGGTTTGTTGTTGT;TC=18;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-165.53,-112.66,-139.53:100
-20 2613971 . TA T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CTTGGACACATAAACAGCCCT;TC=27;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-121.36,-29.89,-140.29:100
-20 2614405 . T TGGGTAGG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=52.0;SC=ACTACAGAACTGGGTAGGGGA;TC=30;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-185.89,-156.26,-363.71:100
-20 2616002 . C CT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=ACCTCCACCTCCCCCTCTCAG;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-182.46,-117.29,-171.16:100
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-20 2625967 . TGAG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CTGAGTAGGCTGAGGAGGAGG;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-133.1,-85.47,-137.74:100
-20 2627766 . TTTTATTTA T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=1;PP=86.0;SC=ACTGAATTTATTTTATTTATT;TC=19;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-102.46,-70.95,-132.69:100
-20 2630436 . T TACC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=ACATGCCAGGTACACCATTGT;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-159.47,-31.83,-143.4:100
-20 2634285 . CTG C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=15;PP=100.0;SC=CTTGTGGGCACTGTAGTGACA;TC=29;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-229.42,-26.07,-86.72:100
-20 2641823 . C CTG . PASS FR=0.5;HP=5;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=ATTGCATTTTCTGTGTGTGTG;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-96.78,-48.19,-99.13:100
-20 2643833 . G GAAATGCAAT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=2;PP=100.0;SC=TGGTATTCCAGAAATGCAATG;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-379.88,-109.48,-180.95:100
-20 2650007 . T TACACACACACACACACAC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=ACCCTTTTCTTACACACACAC;TC=19;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-231.82,-84.82,-75.66:76
-20 2650235 . C CT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=TTTATTGGGCCTTTTTTTTTG;TC=28;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-325.44,-296.08,-289.77:79
-20 2656886 . AT A . PASS FR=1.0;HP=6;NF=17;NR=6;PP=100.0;SC=ATAAATAATAATTTTTTAAAA;TC=29;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-339.94,-246.4,-231.12:100
-20 2663020 . G GGAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=AAGAGGAAGAGGAAGAAGACA;TC=28;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-408.26,-206.61,-189.41:100
-20 2665268 . TA T . PASS FR=1.0;HP=8;NF=2;NR=1;PP=43.0;SC=TATGCAGCCATAAAAAAATGA;TC=4;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-20.74,-4.04,-1.38:43
-20 2665956 . AG A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CCCAGGCTATAGTGCAGTGGC;TC=16;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-156.94,-33.67,-23.62:84
-20 2666401 . TA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=ACTTTTCTATTAAGAAACGCA;TC=38;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-158.74,-28.32,-160.06:100
-20 2668149 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-54.4,-18.57,-68.0:100
-20 2671350 . GTA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-348.62,-348.37,-348.16:60
-20 2676135 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=TGCTGGGATGCAGAGGGCTTC;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-189.45,-108.27,-131.01:100
-20 2678198 . A AAAAG . PASS FR=1.0;HP=10;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=CTCAAAAAAAAAAAGAAAGAA;TC=16;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-113.89,-62.27,-58.08:51
-20 2691794 . AAAT A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=ACCCTGTCTAAAATAATAATA;TC=12;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-83.97,-10.76,-5.22:69
-20 2713483 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=TTTTTTGAGACGGAATTATAA;TC=28;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-114.91,-36.16,-205.08:100
-20 2717474 . A ACAAAGGTCTC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=AGTCATAAGGACAAAGGACCC;TC=17;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-343.26,-32.05,-17.5:94
-20 2724519 . AG A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=CCAGATATTTAGGGTGTCCAT;TC=28;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-149.48,-35.03,-149.61:100
-20 2734607 . C CCCCCTTGGTTTTGAAACTTT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TCTGTGGGCACCCCCTTGGGC;TC=12;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-301.3,-108.37,-98.31:100
-20 2742852 . C CCAGCAATCCTCAGT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=CTCAATAGCACCTGAGGATGA;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-233.59,-35.77,-130.91:100
-20 2766949 . C CT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=ACTTCATTCCCTTTTTTTTTT;TC=28;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-134.68,-37.76,-21.4:100
-20 2782855 . AC A . PASS FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=AATCACTTGTACCCCGGGGGC;TC=25;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-262.64,-187.36,-174.92:100
-20 2789088 . AC A . PASS FR=1.0;HP=9;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CAAAAAAAAAACCAAAAAACA;TC=13;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-119.81,-36.46,-27.82:89
-20 2796485 . C CCTTTT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CATCAGGCCCCCTTTTCTCCT;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-128.25,-42.55,-123.81:100
-20 2797764 . AG A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CTGCCTTGGCAGGGCCCAGAC;TC=14;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-134.46,-67.08,-59.42:63
-20 2834884 . T TAC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=ACCCCGTCTCTACACACACAC;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-64.62,-28.32,-80.82:100
-20 2849974 . AT A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=6;PP=99.0;SC=TTGGTTTGCAATTTTTTTTTT;TC=36;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-66.95,-34.01,-107.66:100
-20 2850721 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CCAGTGAAAGACTCTTGGGGT;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-88.06,-17.99,-74.67:100
-20 2858849 . GT G . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=5;PP=52.0;SC=GACAGCTGTAGTTTTTTTTAA;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-33.96,-11.94,-50.39:98
-20 2867547 . AT A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=AAATAAAAAAATGTAGTATCT;TC=32;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-115.49,-28.1,-161.94:100
-20 2880787 . C CCT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GAAAAATCTGCCTCCTTTTTT;TC=27;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-140.77,-68.5,-172.28:100
-20 2890657 . C CAT . PASS FR=0.5003;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TATCATATATCATATATAATC;TC=5;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-44.82,-3.47,-10.33:32
-20 2890805 . CAT C . PASS FR=0.5017;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=TACTATACGTCATATATAATA;TC=9;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-87.98,-14.06,-19.03:24
-20 2894312 . CTTATT C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GTGCTGTGTTCTTATTTTATC;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-141.94,-29.98,-159.98:100
-20 2896142 . T TTATC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TAAGAGTTCTTTATTCTGATA;TC=30;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-399.17,-94.52,-74.73:100
-20 2912364 . T TTG . PASS FR=0.5004;HP=1;NF=1;NR=1;PP=75.0;SC=GGGTCTTGGCTTGTGTGTGTG;TC=20;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-121.99,-92.59,-99.11:31
-20 2926228 . GGTGTGTGT G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=ATAATTGGCAGGTGTGTGTGT;TC=27;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-233.62,-33.54,-77.33:100
-20 2937307 . AAAATAAAT A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TCAGTAAATAAAAATAAATAA;TC=17;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-165.86,-12.93,-101.78:100
-20 2950624 . T TAATA,TAATAAATAAATA . PASS FR=0.5,0.5;HP=5;NF=5,2;NR=2,2;PP=100.0,100.0;SC=TCTAAATAAATAATAAATAAA;TC=24;TR=7,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 2966530 . CTTGTTTGT CTTGT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,1;NR=2,1;PP=100.0,27.0;SC=CAGCTGTCTCCTTGTTTGTTT;TC=22;TR=3,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:80
-20 2973326 . T TTTAGGGTTTTTC . PASS FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=CATATCCAAATATTACGATTC;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/0:-275.74,-159.4,-213.4:3
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-20 2979576 . T TTATTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=TATTTATAATTTATTATATAT;TC=21;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-148.89,-17.32,-97.42:100
-20 2982245 . CT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=CTGTGGAAATCTTATGTGAAG;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-126.56,-21.8,-132.46:100
-20 2982823 . CA C . PASS FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=9;PP=100.0;SC=TTCCATCTGACAAAAAATTGG;TC=21;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-196.74,-95.2,-82.42:100
-20 2989926 . AT A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=5;PP=29.0;SC=GAGTTGTGTGATTTTTTTTTT;TC=36;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-66.0,-49.11,-118.97:76
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-20 3007694 . A AGGT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CCAGGGCCTGAGGTGGGAGCA;TC=22;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-162.22,-42.91,-117.4:100
-20 3012419 . C CTGTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=CCTCCTTACTCTGTGTGTTTT;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-154.4,-24.26,-143.38:100
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-20 3039218 . GT G . PASS FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=TGTTGTTGTTGTTTGTTTGTT;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-226.7,-48.88,-31.11:100
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-20 3161783 . CTA C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TTTTATATATCTATATATATA;TC=25;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-263.89,-139.12,-127.54:97
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-20 3188342 . A AAACAACAACAACAAC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTCCATCTCAAAACAACAACA;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-131.35,-46.51,-82.74:100
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-20 3332481 . TTTTA T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=GTTTGTGTTATTTTATTTATT;TC=28;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-276.75,-43.8,-27.83:100
-20 3333166 . TCA T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TGGCTGTCATTCACATTCCAG;TC=22;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-222.99,-23.7,-9.78:100
-20 3333493 . T TTA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=TTCAAAATATTTATATATATA;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-272.96,-96.81,-86.7:65
-20 3336192 . G GC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=CTGCACTCCAGCCTGGGTGAC;TC=18;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-163.64,-31.05,-19.12:100
-20 3338276 . G GCTTAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=CACCCATCCAGCTTTATCTTT;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-329.33,-26.75,-8.74:100
-20 3345587 . C CT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=CCTTCTTTTCCTTTTTTCTTT;TC=27;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-267.74,-155.91,-141.96:100
-20 3346020 . TTTTATTTA T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=TTTGATAACATTTTATTTATT;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-347.46,-36.68,-23.65:100
-20 3349612 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=3;PP=100.0;SC=ACCCCATTTCTCTAAAAATAC;TC=11;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-135.85,-60.43,-52.97:61
-20 3377965 . G GTTTTGTT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTT;TC=16;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-157.49,-62.9,-56.59:79
-20 3378366 . TG T . PASS FR=1.0;HP=10;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTTTTTTGGGGGGGGGG;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-84.99,-30.32,-19.67:66
-20 3382249 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=9;PP=100.0;SC=AATTATTATCTTTCATTCAAT;TC=19;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-178.1,-44.13,-31.76:100
-20 3382515 . TC T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=10;PP=100.0;SC=TGGGGAGGGCTCCCCCGCCCC;TC=19;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-132.42,-42.62,-32.12:88
-20 3398847 . T TAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=1;PP=82.0;SC=AATAACAACATACACACACAC;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-87.09,-56.01,-103.69:100
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-20 3419562 . TACAC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TCAAAATACATACACACACAC;TC=29;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-141.17,-79.46,-166.16:100
-20 3426771 . T TC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=TTGCAGAAACTGACAAAATAG;TC=25;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-297.92,-207.29,-192.68:100
-20 3439128 . AT A . PASS FR=1.0;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TGTCTCAAAAATATATATATA;TC=13;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-127.06,-48.08,-43.43:57
-20 3439712 . CATTTATTTATTT CATTTATTT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,5;NR=1,1;PP=100.0,100.0;SC=AACATAAAATCATTTATTTAT;TC=23;TR=3,6 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 3441674 . G GA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=TTCTTATTAGGAAAAAAACCA;TC=23;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-122.74,-20.86,-35.93:68
-20 3456629 . CA C . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TCCTCACTACCAAAAAAAAGA;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-62.73,-25.03,-67.91:100
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-20 3489906 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TGTAATGAGTCAAATATTGAA;TC=30;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-218.47,-143.39,-285.84:100
-20 3495915 . T TG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTTACCATTCTAGAGATGA;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-170.31,-150.44,-250.52:100
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-20 3635158 . A AT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CAAGAAAGCCATAGACCGGAA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-191.76,-111.36,-148.51:100
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-20 3700024 . TTTAC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TATTTATTTATTTACTTACTT;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-142.54,-24.82,-34.29:44
-20 3702676 . C CT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=ATATGTTGAACTTTTTTTTTA;TC=20;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-102.25,-23.87,-11.51:100
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-20 3717704 . AAAATAAATAAATAAAT AAAATAAATAAAT,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,0;NR=1,2;PP=100.0,55.0;SC=CTCTGCCTCAAAAATAAATAA;TC=12;TR=2,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 3719488 . AGT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=TCTGTGAGTGAGTGTGTGTGT;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-149.53,-25.54,-102.21:100
-20 3736407 . CCCCCAGCCCAGTGG C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AGCTGATCGACCCCCAGCCCA;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-177.03,-114.74,-207.47:100
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-20 3755004 . G GACA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=7;PP=100.0;SC=GACAGAGTGAGACATCTCATA;TC=13;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-134.63,-25.28,-17.61:63
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-20 3770324 . T TAATAATA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=2;PP=29.0;SC=GGCCAAAAAATAATAATAAAT;TC=11;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-67.44,-43.02,-52.14:42
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-20 3776021 . AAAC A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AAACAAAACAAAACAAAAAGA;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-163.41,-119.44,-232.96:100
-20 3780857 . T TGGACTGGAGACCTGGTGCTAG . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TACTCCCCCCTGGACTGGGGG;TC=10;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-153.98,-19.16,-34.72:70
-20 3786892 . C CT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=CTTGTCCCTTCTTCTCCCAAT;TC=16;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-171.33,-64.44,-53.38:92
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-20 3843259 . A AT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=7;PP=100.0;SC=AGTTTTCCAAATTTTTTTTTT;TC=31;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-80.23,-37.02,-73.45:100
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-20 3860757 . AAAAC A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=GTCTCTACTAAAAACAAACAA;TC=18;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-108.81,-21.22,-75.5:100
-20 3860858 . GC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=AACCCAGGAGGCGGAGCTTGT;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-84.65,-31.03,-99.29:100
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-20 3956227 . C CA . PASS FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=ATTGTGTTCTCAAAAAGATAT;TC=28;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-249.31,-33.1,-13.35:100
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-20 3971557 . G GTTCCATGATAACAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=ATTTGGCACAGTTCCATGATA;TC=27;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-553.38,-41.98,-23.08:100
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-20 4035810 . T TGTTTGTATTACA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=4;PP=100.0;SC=TAGCTGGGCATGGTGGCGGGT;TC=15;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-361.94,-174.62,-163.57:92
-20 4042278 . A AT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=AAACACATAAATCTCTCTCTC;TC=29;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-269.48,-66.17,-47.18:100
-20 4044153 . C CA . PASS FR=1.0;HP=6;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=GCCCCAGGGACGGGGGGCTGG;TC=21;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-167.11,-27.75,-13.35:100
-20 4048870 . AGAGTTATCTTGCCTGAG A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CACGTGCCCCAGAGTTATCTT;TC=24;TR=14 GT:GL:GQ 1/0:-626.63,-331.02,-449.96:74
-20 4050067 . A AT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=14;NR=11;PP=100.0;SC=TAAGTTTTAAATTTTTTTTGT;TC=36;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-400.71,-316.84,-301.94:100
-20 4052527 . A AT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=CTAAGCATGAAGTGGTCTCAG;TC=27;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-335.51,-240.21,-229.69:88
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-20 4060592 . C CTTTA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=ATAATTTTTGCTTTATTTATT;TC=31;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-163.9,-38.86,-129.26:100
-20 4070170 . GTA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-276.88,-237.9,-267.79:100
-20 4070252 . A ATGTATATATG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GTGTGTATATATGTATATATG;TC=16;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-231.61,-30.38,-18.61:81
-20 4070382 . ATATGTGTGTGTG A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATGTGTATATATATGTGTGTG;TC=25;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-347.8,-231.66,-223.35:51
-20 4070396 . GTGTGTGTGTGTGTATATATATATATA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 1/0:-384.34,-235.32,-225.8:62
-20 4071341 . CA C . PASS FR=0.5026;HP=9;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CTGATTATGGCAAAAAAAAAC;TC=20;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-155.5,-119.13,-123.71:22
-20 4071895 . G GT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=3;PP=72.0;SC=TGGGACCTTTGTTTTTGCAAA;TC=22;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-127.95,-100.32,-170.75:100
-20 4074739 . G GA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=2;NR=4;PP=75.0;SC=ACTACATCTCGAAAAAAAAAG;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-104.75,-76.46,-99.49:100
-20 4077346 . ATATTAT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TATGAGGACAATATTATTATT;TC=23;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-62.56,-10.62,-98.18:100
-20 4092195 . G GTCAGCCAGAGAGGCTC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=AGGTAAGACAGTCAGCCAGAG;TC=21;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-408.88,-45.59,-29.88:100
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-20 4095639 . T TATAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TATATATATATACACACACAT;TC=30;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-239.61,-67.33,-166.02:100
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-20 4111530 . T TG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=14;PP=100.0;SC=CATCAAAACTTGCAGAAGTAT;TC=30;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-576.34,-531.28,-526.81:55
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-20 4124037 . TACAC TAC,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=0,1;NR=6,6;PP=100.0,100.0;SC=TGTATGTGTATACACACACAC;TC=29;TR=6,7 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 4165244 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TAAAACTCAACAGTTATATTT;TC=28;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-164.36,-34.34,-133.84:100
-20 4189405 . A AGTGTTCT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=19;PP=100.0;SC=TGATCACAGAAGTGTTGAATG;TC=31;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-510.65,-52.94,-31.94:100
-20 4193006 . T TA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=5;NR=11;PP=100.0;SC=TGTGTTTGATTAAAAAAAAAT;TC=25;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-189.06,-113.86,-103.2:89
-20 4204545 . CAACAGGTTT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TTTCAATTTACAACAGGTTTA;TC=29;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-264.93,-66.16,-208.86:100
-20 4210072 . T TA . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GGAAGGAAGATGGGGGCGAGT;TC=33;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-169.78,-122.55,-232.56:100
-20 4211685 . T TTTTCTTTC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=CTTTCTTTCTTTTTCTTTCTT;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-163.69,-62.85,-59.76:50
-20 4222606 . TG T,AG . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=14,3;NR=8,0;PP=72.0,7.0;SC=CAGCACAGCCTGATGGCTCTG;TC=29;TR=22,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:41
-20 4223993 . CG C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=1;PP=100.0;SC=CTGGGCTCCTCGGGGCATCCG;TC=14;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-180.73,-119.68,-111.91:64
-20 4255571 . TGAAA T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AGGTATGCTCTGAAAGGAAGA;TC=15;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-155.75,-66.2,-58.38:79
-20 4260218 . C CA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=CTGGTCTCCCCAGCATCTAGT;TC=27;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-138.73,-38.26,-150.01:100
-20 4280077 . G GTGA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=GATGTCTTTGGTGATGATGAT;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-118.58,-26.45,-67.22:100
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-20 4305010 . C CCTGT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=AGGTTTGGCTCCTGTCTGACA;TC=27;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-478.98,-124.12,-105.32:100
-20 4306264 . GT G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=ACAATATAAGGTTTACTTCAA;TC=24;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-115.0,-27.63,-111.62:100
-20 4310291 . T TC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=20;NR=9;PP=100.0;SC=CTCCTACGTGTCATGCCAGCT;TC=32;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-333.81,-66.33,-44.4:100
-20 4310977 . GC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=14;NR=6;PP=100.0;SC=CCTGAAACTGGCGTAATTTAT;TC=41;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-231.9,-39.91,-159.66:100
-20 4321071 . A AG . PASS FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AAGTCAAATCAGGGGGAGGAA;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-50.11,-15.88,-71.26:100
-20 4322091 . CA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=GCCGTGTGTCCAGCCAAAACT;TC=33;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-210.17,-46.06,-156.61:100
-20 4329185 . TC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=AATTCTAGGTTCTTTCTCTCA;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-148.46,-71.81,-182.2:100
-20 4330761 . GGTGTGTGT G . PASS FR=1.0;HP=3;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=TAATTCATGGGGTGTGTGTGT;TC=30;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-224.07,-44.24,-35.58:72
-20 4332044 . TG T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=5;NR=2;PP=57.0;SC=TTTGTTTTTTTGTTTTTTTTT;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-226.96,-113.86,-100.61:42
-20 4343821 . TA T . PASS FR=0.5;HP=8;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=CATTTTTTTTTAAAATTTTTG;TC=35;TR=13 GT:GL:GQ 1/0:-274.8,-111.87,-90.41:100
-20 4349378 . A AT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TTTTGAAGGCATTTCCAGGGT;TC=27;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-181.47,-28.52,-69.89:100
-20 4366637 . AAAAC A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=AAAACAAAACAAAACAAACAA;TC=29;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-255.42,-38.69,-23.59:100
-20 4378952 . A AAAC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=CAAAACAAACAAACAACAACA;TC=26;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-242.03,-34.58,-19.38:100
-20 4380979 . CACAT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CACACACACACACATACAAGC;TC=29;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-310.99,-41.83,-21.18:100
-20 4381267 . T TGTGTATTGTGGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=GACAGCCTCCTTCAACAAAAA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-573.3,-462.6,-447.82:96
-20 4381268 . TC T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=ACAGCCTCCTTCAACAAAAAA;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-573.3,-567.48,-566.42:96
-20 4384878 . TAGAC T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=ATGGAAGAAATAGACAGAGAG;TC=32;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-215.18,-58.15,-186.03:100
-20 4390996 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AACACTCGAGACTCTCCAGCT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-160.6,-43.63,-115.25:100
-20 4392384 . T TTG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=GGGAATATAGTTGTGTGTGTG;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-141.31,-92.22,-156.97:100
-20 4403198 . CGT CGTGT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,3;NR=2,0;PP=100.0,91.0;SC=TGTGTGTGTGCGTGTGTGTGT;TC=16;TR=5,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 4418283 . TCC T . PASS FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=17;PP=100.0;SC=TGAAAAATGCTCCCCAGGTTT;TC=26;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-235.22,-17.92,0.0:100
-20 4422138 . A AAGAGGCAAGGCTTCCCCACATGCTCAGAATGG,G . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,3;NR=0,5;PP=100.0,87.0;SC=CTACAGAAAGATGATGGAGGT;TC=14;TR=2,8 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:23
-20 4422142 . T TG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAGATGATGGAGGTACTA;TC=19;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-319.37,-289.62,-286.77:23
-20 4427312 . A AGCTTCTAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TGTATAATAGAGTCCAGAGTC;TC=11;TR=2 GT:GL:GQ 1/0:-513.43,-441.06,-437.62:42
-20 4431651 . TA T . PASS FR=0.5;HP=5;NF=9;NR=13;PP=100.0;SC=TCTAGACCCTTAAAAATAACA;TC=34;TR=22 GT:GL:GQ 0/1:-196.04,-30.01,-107.67:100
-20 4438168 . T TTACACAAATGTAACCTATGTAACAA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CCTGCACATGTACCCTTGAAC;TC=16;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-418.07,-256.53,-367.22:100
-20 4439599 . GT G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=TGTGGGGAGAGTTAGCAAGAG;TC=36;TR=23 GT:GL:GQ 0/1:-329.81,-228.22,-300.4:100
-20 4442338 . CTTTATTTTATTTTAT CTTTATTTTAT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=2,1;NR=0,3;PP=100.0,100.0;SC=AAGTATCTAACTTTATTTTAT;TC=21;TR=2,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 4445547 . T TAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=18;NR=22;PP=100.0;SC=TGTTTCCAGTTGTTATACTTT;TC=39;TR=40 GT:GL:GQ 1/1:-459.22,-244.89,-221.84:100
-20 4452980 . TACAC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TTAATTCTTATACACACACAC;TC=21;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-75.87,-32.41,-30.31:43
-20 4460649 . G GA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=TTTCCTCGGAGAAAAAAAACA;TC=39;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-191.57,-119.31,-159.65:100
-20 4462152 . GGTCAATGTTATAAACTTTGC G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CTACTTCTTGGGTCAATGTTA;TC=18;TR=11 GT:GL:GQ 1/0:-501.72,-174.1,-171.31:67
-20 4462516 . T TTC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=16;NR=1;PP=100.0;SC=GGGTTTAAAGTTCTCTAATGA;TC=41;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-181.56,-38.08,-223.18:100
-20 4462799 . C CTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TCTTCTTCGTCCTTTTTTTTT;TC=36;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-520.7,-504.74,-499.84:81
-20 4465737 . TG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=18;PP=100.0;SC=CTCCTTGACATGGACTGAGAA;TC=27;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-258.03,-34.15,-15.14:100
-20 4468340 . TA T . PASS FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=2;PP=57.0;SC=ATATATATATTAAAAAAAAAA;TC=21;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-41.89,-18.73,-52.45:100
-20 4469569 . C CT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=CAAGTAAAGACTTTTGATTGT;TC=23;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-113.7,-24.95,-84.55:100
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-20 4474629 . A AAAT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AATTAAAAAAAAAATATACAC;TC=32;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-322.36,-111.27,-187.62:100
-20 4475883 . AT A . PASS FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=AAATATATATATTTTAATATA;TC=14;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-74.26,-40.07,-92.44:100
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-20 4484587 . T TA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TCTCTGATTTTAAAAAAAAAG;TC=46;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-163.36,-92.55,-141.98:100
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-20 4553580 . GT G . PASS FR=0.5;HP=10;NF=1;NR=1;PP=71.0;SC=TTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT;TC=17;TR=2 GT:GL:GQ 1/0:-197.42,-152.57,-154.01:100
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-20 4668235 . AT A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=12;NR=5;PP=100.0;SC=TAGGAAATAGATTTTTTTTTT;TC=33;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-91.71,-31.87,-60.05:100
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-20 4684173 . TG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CAGGCACAGTTGCTCACGCCT;TC=17;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-81.87,-25.35,-94.89:100
-20 4691383 . CA C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=14;NR=12;PP=100.0;SC=TGGGGTCATCCAAGCATGGCT;TC=29;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-259.65,-39.57,-19.54:100
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-20 4704696 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ATATGTATATATGTGTGTGTA;TC=30;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-168.25,-105.64,-257.19:100
-20 4706654 . GTGCCATCA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=TTACAGGTGTGTGCCATCATG;TC=17;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-236.92,-30.58,-21.39:67
-20 4727159 . C CATTTTATTTT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=ATAGCATTTGCATTTTATTTT;TC=27;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-510.26,-402.24,-397.15:63
-20 4735780 . T TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=0,5;NR=3,16;PP=100.0,100.0;SC=CCTTTCTTTCTTTTCTTTCTT;TC=27;TR=3,21 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 4737530 . T TA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=TTAAATGTATTGAGGCTCATT;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-245.38,-21.97,-3.97:100
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-20 4748739 . A ACTAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=7;PP=100.0;SC=TCTTTCACCAACTATTTTCAC;TC=23;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-501.66,-334.66,-319.16:100
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-20 4768475 . A AAGGGACT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=CAGGGGTCCAAAGGCACCTTA;TC=23;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-372.13,-36.56,-17.94:100
-20 4783543 . CATAT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TATATATATACATATATATAT;TC=23;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-115.71,-29.18,-62.14:100
-20 4794428 . CGT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=CAGTGTGTGGCGTGTGTGTGT;TC=28;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-119.46,-68.74,-106.78:100
-20 4796034 . TACC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TATCTGAGGCTACCACCACCC;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-222.6,-98.55,-189.77:100
-20 4802486 . G GCC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=GACTGCCACAGCCTAGGCATC;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-135.36,-38.11,-126.44:100
-20 4803072 . CT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=GTGCACGCAGCTGTTGAGAGG;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-82.81,-37.85,-91.55:100
-20 4823348 . AT A . PASS FR=1.0;HP=8;NF=17;NR=7;PP=100.0;SC=AATATTTTCCATTTTTTTTGA;TC=32;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-298.64,-180.3,-160.97:100
-20 4850186 . GAC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=49.0;SC=ATCTCCAAATGACACACACAC;TC=34;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-186.75,-165.14,-349.63:96
-20 4880132 . AGCTCAATGCCTTCTGC A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAAACGGCGCAGCTCAATGCC;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-255.52,-55.88,-53.61:44
-20 4883735 . G GGA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=18;PP=100.0;SC=GGTGAAAAGAGTAATTCTAAA;TC=34;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-361.9,-346.05,-342.67:97
-20 4886527 . GA G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCTACTGAGAAGAACAGAT;TC=19;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-166.67,-86.72,-123.24:100
-20 4892485 . AATTT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTTATTTATGAATTTATTTAT;TC=34;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-148.07,-23.75,-121.86:100
-20 4922648 . CTAAACTAACT C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=TCTATATTTTCTAAACTAACT;TC=33;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-284.06,-37.14,-228.78:100
-20 4942899 . C CA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=ACCCCCGCCCCAAAAAAACAG;TC=28;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-99.42,-46.78,-95.55:100
-20 4947451 . G GTTTGA . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACTTTTGATAGTTTTACACAC;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-283.81,-185.62,-217.52:100
-20 4947582 . TG T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=GATTACATGATGGGGAGCAGG;TC=22;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-139.84,-55.72,-119.49:100
-20 4947775 . T TA . PASS FR=0.5;HP=6;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GAAATCTAAATAAACACAGGG;TC=24;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-128.76,-21.0,-91.02:100
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-20 4954109 . G GGACTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=ATGGCTGGAAGGACTTAACTA;TC=30;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-203.74,-23.32,-169.48:100
-20 4965192 . C CT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=GAGCAAGACTCTGTCTCAAAA;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-134.47,-59.87,-111.38:100
-20 4969015 . AG A . PASS FR=1.0;HP=8;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TGGGAAACCGAGGGGGGGCCA;TC=12;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-67.79,-12.99,-5.52:61
-20 4970270 . C CTTAATAT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TGCAGTGAGCCATGATCTTGC;TC=22;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-247.44,-164.56,-281.24:100
-20 4972366 . TCA TCACACA,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,0;NR=1,2;PP=100.0,49.0;SC=AGACTCCGTTTCACACACACA;TC=15;TR=2,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:97
-20 4979252 . ATGAGG A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=AAATGAATTAATGAGGTGAGG;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-146.48,-63.04,-172.38:100
-20 4985646 . A AAAAT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=CTCCGTCTCAAAAATAAATAA;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-69.57,-20.73,-73.7:100
-20 4987193 . T TTTTA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GTAAAAGCCATTTTATTTATT;TC=33;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-198.93,-19.38,-8.29:93
-20 5003823 . C CA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=69.0;SC=CTCAGCCTCCCAGTAGCTGGG;TC=5;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-35.46,-12.52,-9.15:55
-20 5006924 . GTATATATATGTGTA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=ATGTATATATGTATATATATG;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-102.23,-17.74,-69.04:100
-20 5019857 . C CT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CACCCCTGCACTCCAGCCTGG;TC=10;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-78.84,-38.79,-34.59:51
-20 5021323 . T TC . PASS FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CTTTTTTTTTTTCAATGGCAA;TC=18;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-164.3,-19.64,-6.44:82
-20 5021471 . G GA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=ACATAATGCTGGTTAAAGAGG;TC=33;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-406.51,-306.39,-293.23:100
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-20 5079870 . AAATAAATAAATCAATC A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ATAAATAAATAAATAAATAAA;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 1/0:-419.18,-202.82,-208.38:27
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-20 5150896 . G GC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ACCTCGCTGTGCCCAGAGGAG;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-79.22,-17.13,-53.13:100
-20 5156258 . CCT C . PASS FR=0.5093;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=ATGGTGAAACCCTGTCTCTAC;TC=16;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-101.9,-26.13,-29.44:17
-20 5156432 . AAAAC A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ACTCCATCTCAAAACAAACAA;TC=23;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-98.71,-15.69,-97.38:100
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-20 5187401 . A AC . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTCATGTCACCCCCGAGGT;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-139.03,-104.99,-121.15:73
-20 5187831 . G GAATC . PASS FR=0.5;HP=5;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGAAAGGAAAGAAGCATGTTT;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-144.73,-26.29,-132.63:100
-20 5192127 . A AATT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=AATGTGTTAAAATTATATAAG;TC=32;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-228.5,-119.37,-283.27:100
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-20 5223122 . TA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=GAATAAGACCTAGTATTTGCT;TC=11;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-63.8,-25.4,-69.29:100
-20 5234499 . AAC A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=25.0;SC=GTGCCTTCACAACACACACAC;TC=26;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-75.14,-59.09,-216.84:72
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-20 5261161 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=CTTGAATGAAACTTATCTAAC;TC=33;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-246.04,-189.54,-319.81:100
-20 5275657 . CAAAATAACTATTACAAATAACA C . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCAAACATAACAAAATAACTA;TC=27;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-135.83,-52.75,-276.31:100
-20 5277471 . C CCTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=GTATCCATGTCCTAGGGTACA;TC=27;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-278.16,-87.4,-130.16:100
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-20 5280839 . T TATA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=ACCACAAATGTATAATACAAA;TC=30;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-228.47,-89.38,-201.59:100
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-20 5289619 . GA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=GAAGATCTAGGATGAAGCTGG;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-219.59,-148.82,-190.02:100
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-20 5326660 . T TA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CTTTATCCTTTAAAAAAAATC;TC=26;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-181.43,-128.15,-159.02:100
-20 5328799 . CA C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=AACCACCTTCCAAAATGTGGA;TC=20;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-179.33,-21.23,-7.37:100
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-20 5354510 . G GGC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CCTCCTCCCTGCAGAGCTCCT;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-148.18,-38.3,-173.54:100
-20 5373349 . A AATTT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=2;PP=96.0;SC=CTAATTTTTTAATTTTTTTTT;TC=20;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-100.6,-64.12,-96.6:100
-20 5390447 . C CA . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CATTAGCATACAAAAACCATC;TC=26;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-88.65,-28.46,-120.44:100
-20 5408475 . AAAAC A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CTCTGTCTCAAAAACAAACAA;TC=29;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-128.94,-29.02,-144.52:100
-20 5410361 . G GA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=CTGGGTTGGGGAAAAAAAAAG;TC=25;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-119.78,-34.18,-19.33:100
-20 5419440 . CTCCCTGTG C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TGTTGTTCCCCTCCCTGTGTC;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-128.97,-30.52,-125.82:100
-20 5432204 . A AG . PASS FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=AAAGAAAGAGAAAAAAAAAGG;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-83.51,-76.05,-116.49:100
-20 5432394 . G GT . PASS FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=TTCCTCAATTGAAAAATCTTA;TC=26;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-328.05,-211.91,-196.14:100
-20 5435136 . GAGAAAA G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=6;PP=44.0;SC=AAAAAAAGGGGAGAAAAAGAA;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-190.59,-169.15,-271.82:96
-20 5435153 . A ATTT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=10;PP=100.0;SC=AGAAAAAAAAATTTTAATGTT;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-325.96,-275.2,-333.88:100
-20 5435908 . G GTTAAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=ACCAGGCCCAGTTATTTTTTG;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-176.12,-112.78,-176.63:100
-20 5443418 . A ACAGGGGCAC . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GCTTTGTCCCACAGCCTGATG;TC=15;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-94.87,-42.4,-160.11:100
-20 5443724 . C CT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=4;PP=38.0;SC=GTTACCTTTCCCCTGAGATGC;TC=20;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-163.73,-143.91,-199.73:89
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-20 5473577 . A AGT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=8;PP=100.0;SC=AACTGAGCAGAGTTCCTTTTT;TC=29;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-165.26,-86.94,-217.65:100
-20 5475853 . CTTATTTAT CTTATTTATTTAT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,1;NR=2,2;PP=100.0,100.0;SC=GAAGGCTCTTCTTATTTATTT;TC=18;TR=3,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 5485434 . C CT . PASS FR=0.5001;HP=10;NF=4;NR=1;PP=63.0;SC=TTTTTATCTTCTTTTTTTTCC;TC=9;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-37.99,-12.58,-20.26:36
-20 5518456 . C CG . PASS FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=GTGACAAATGCGGGGGGTCTT;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-115.32,-28.55,-76.08:100
-20 5546352 . A AAG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=12;PP=100.0;SC=AAGTAGTCACAAGCTGTGATT;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-322.1,-20.79,0.0:100
-20 5596481 . TTATG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=TGCTACTGGTTTATGTATGTA;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-167.17,-32.77,-22.47:86
-20 5596891 . ATGTGTGTG A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AATTTGGGGTATGTGTGTGTG;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-241.36,-45.12,-34.38:90
-20 5600458 . A AG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TCTTGACCTGAGTGATACACC;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-146.08,-65.05,-55.59:79
-20 5613790 . GA G . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=9;PP=100.0;SC=CATGATTTCTGAAAACAAGCT;TC=26;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-222.44,-43.9,-26.57:100
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-20 5635153 . TGGAATATGAAAGAG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=11;PP=100.0;SC=CAAGCCTGTTTGGAATATGAA;TC=27;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-490.0,-56.65,-38.89:100
-20 5635246 . T TTGTGTG,TTGTGTGTG . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,0;NR=2,3;PP=100.0,100.0;SC=AAAATGAATATTGTGTGTGTG;TC=22;TR=4,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 5644716 . GTCTCTCTCTCTC G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=ATGAGACCTCGTCTCTCTCTC;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-261.18,-61.24,-58.02:52
-20 5654462 . C CGTGTGTGTGTGTGT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=TATACATATACGTGTGTGTGT;TC=16;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-129.11,-28.26,-136.2:100
-20 5654661 . AAAAAAATTTTTTTTGCTT A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=ATTTTTTGCCAAAAAAATTTT;TC=21;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-264.68,-158.41,-268.38:100
-20 5655925 . ACG A . PASS FR=0.5047;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TTGCATGCGCACGCGCGCACA;TC=34;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-234.34,-106.46,-110.43:20
-20 5674501 . T TTTTG . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AGATTTAGATTTTTGTTTGTT;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-64.3,-21.33,-64.69:100
-20 5691054 . A AC . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GTATAGTGAGACCCCCCATCT;TC=18;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-137.75,-89.82,-120.86:100
-20 5696589 . AAAG A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=AGAAAACCATAAAGAAGAGAA;TC=35;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-142.07,-32.31,-238.04:100
-20 5706639 . T TA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=2;PP=98.0;SC=TTGTCTCAATTAAAAAAAAAT;TC=31;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-60.75,-27.2,-75.24:100
-20 5707109 . A ATTTTTCCC . PASS FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TGCCCAGCTGATTTTTTTAAA;TC=15;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-95.63,-40.43,-104.52:100
-20 5740635 . T TAC,TACAC . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,1;NR=7,4;PP=100.0,100.0;SC=TGTATTTTTATACACACACAC;TC=23;TR=10,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 5747768 . ATTTTC ATTTTCTTTTC,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,4;NR=1,1;PP=100.0,100.0;SC=CTCCATTCACATTTTCTTTTC;TC=17;TR=2,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 5754003 . A AT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGAGTGGAATTTTTTTTTG;TC=33;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-69.42,-30.04,-87.94:100
-20 5762289 . A AT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=3;PP=95.0;SC=CTGCCCAGCTATTTTTTTGTA;TC=13;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-43.82,-10.94,-28.53:79
-20 5767540 . AGATCATTT A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TTCTCAAGCCAGATCATTTGA;TC=16;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-333.85,-224.08,-215.75:69
-20 5768941 . AGTT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TATATTCAGTAGTTGTTGTTT;TC=21;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-159.07,-13.83,-29.97:73
-20 5771896 . CAAATAAATA C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AAAATCTTAGCAAATAAATAA;TC=26;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-433.86,-58.29,-43.98:62
-20 5778212 . AAAG A . PASS FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=CCATCTCAAAAAAGAAGAAGA;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-251.53,-37.12,-21.87:100
-20 5781503 . GCGTA G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGCGTATGTCTA;TC=23;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-450.31,-256.77,-243.2:93
-20 5788895 . C CAGCCTGGGTGACAG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=CACTGCACTCCAGCAAGACTC;TC=11;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-304.26,-23.03,-12.43:73
-20 5798352 . CTGGCATTA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=CTGGCTGTGCCTGGCATTATG;TC=29;TR=4 GT:GL:GQ 1/0:-390.33,-302.72,-305.99:100
-20 5798359 . T TGC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=TGCCTGGCATTATGACTTAGT;TC=26;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-390.33,-366.98,-362.46:100
-20 5807781 . T TG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=TGAGTGGGCGTGGCACCCACA;TC=10;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-98.15,-11.06,-4.14:57
-20 5808542 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=16;NR=16;PP=100.0;SC=ATCATTCACTCTTGTGGGTAG;TC=33;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-408.08,-203.57,-182.32:100
-20 5808967 . T TGTGTAGTAG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=18;PP=100.0;SC=CTTAGAACAGTGTGATAGGTC;TC=28;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-678.96,-93.79,-70.92:100
-20 5809144 . TTGA T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=10;NR=16;PP=100.0;SC=GAGTCATTTCTTGATGACTCC;TC=34;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-408.43,-70.02,-46.73:100
-20 5809747 . CCTGGGCTCA C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=15;PP=100.0;SC=GGTCTCAACTCCTGGGCTCAA;TC=33;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-583.71,-71.8,-56.82:48
-20 5810527 . G GA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=TCTTCTTTAGGAAAAAAAAAC;TC=26;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-296.92,-216.99,-203.12:100
-20 5820132 . A AAGATAGAT,AAGATAGATAGAT . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=4,2;NR=2,6;PP=100.0,100.0;SC=ATTAGATAGAAAGATAGATAG;TC=36;TR=6,8 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 5822610 . A AAAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=GACTATGGAGAAAGAGAACAT;TC=30;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-160.25,-33.5,-176.54:100
-20 5830758 . C CAATAATAAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GACCCCGTCTCAATAATAATA;TC=8;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-112.77,-19.78,-14.93:60
-20 5848219 . C CAAAAT . PASS FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=13;PP=100.0;SC=ATTAAACACTCAAAAAAATAA;TC=29;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-431.75,-125.0,-103.09:100
-20 5848530 . A AAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=ATATATATAGAATATATATAT;TC=33;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-409.72,-328.74,-317.3:96
-20 5850230 . A AT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TAATTTTTGCATTTTTTGTTT;TC=22;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-134.01,-105.23,-98.33:86
-20 5854908 . A AATTTTATTTT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=7;PP=100.0;SC=CATATACTTTAATTTTATTTT;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-352.01,-27.1,-12.2:100
-20 5856355 . CTAAA C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GACCCTATTTCTAAATAAATA;TC=15;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-57.0,-6.23,-2.76:42
-20 5860647 . TGAG T . PASS FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAGAAAATGAGGAGCGAA;TC=18;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-182.28,-15.91,-4.13:99
-20 5879792 . CAA C . PASS FR=1.0;HP=10;NF=14;NR=15;PP=100.0;SC=ACAATAACATCAAAAAAAAAA;TC=39;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-170.66,-28.34,-5.76:100
-20 5898748 . GAA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=AGCCAAGATTGAACTCCATTG;TC=13;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-132.95,-97.25,-91.93:66
-20 5900669 . G GC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CATGACAGATGCATTTCCCTG;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-72.42,-12.46,-72.17:100
-20 5911588 . TCA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=1;PP=100.0;SC=CTGGCAAATCTCACACACACA;TC=19;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-115.11,-26.04,-76.51:100
-20 5923828 . CAGAGAGAATACATGCTTA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TGTATTCTTCCAGAGAGAATA;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-297.99,-115.43,-361.46:100
-20 5928403 . T TA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=ACCTAGGTGCTTTGAAACACT;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-52.7,-18.59,-121.61:100
-20 5930573 . A AG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACAGGTGATTAGGGTGTGGAG;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-121.38,-46.04,-144.61:100
-20 5932104 . C CT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TCTTTATTTACTTGTATACTT;TC=20;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-138.34,-48.83,-107.16:100
-20 5934084 . GGTGT GGT,G . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=1,2;NR=3,2;PP=100.0,100.0;SC=TCTCATGAGGGGTGTGTGTGT;TC=32;TR=4,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
-20 5938650 . A AT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TTTTCCTTAAATTTCTTTTTT;TC=36;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-182.01,-137.8,-289.15:100
-20 5939638 . G GT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=ATTAGTGTCTGTTTTTTACCT;TC=37;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-244.24,-166.31,-240.23:100
-20 5946414 . TTTTACTTCTTAGAGTATGC T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TAAGTGCTGGTTTTACTTCTT;TC=34;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-213.07,-102.23,-466.92:100
-20 5948421 . CATT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=CTAGTTGAGTCATTGTAGGGA;TC=25;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-180.5,-26.28,-114.93:100
-20 5958367 . TATA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=12;PP=100.0;SC=TAAATCAGGATATAATAATAC;TC=28;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-168.03,-21.02,-138.69:100
-20 5958971 . AT A . PASS FR=0.5;HP=8;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=ATTTGTGATCATTTTTTTTAA;TC=36;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-190.15,-122.85,-187.1:100
-20 5972522 . TC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=AGTTTTCATCTCTTCAGCTTC;TC=35;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-138.05,-67.95,-261.75:100
-20 5974701 . T TTTTG . PASS FR=0.5;HP=6;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=TTAGCTTGATTTTTTTCAGCT;TC=40;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-282.01,-46.13,-199.33:100
-20 5979818 . CTA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CACACACACACTATATAGAGT;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-148.54,-97.12,-217.3:100
-20 5979861 . T TAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATATACTAGTGTGTATA;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-206.33,-148.87,-246.11:100
-20 5979921 . ATATATATTATATATAC A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TCTATAAAGTATATATATTAT;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-143.6,-52.22,-114.36:100
-20 5980041 . CTATA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=TATATATACACTATATATAGT;TC=35;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-130.29,-26.74,-240.87:100
-20 5982833 . CTT C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=GCAATGCACTCTTTTGCTTAC;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-154.07,-87.47,-142.2:100
-20 5984269 . CTT C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AATCCTTTCTCTTTTCACGTT;TC=31;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-161.92,-47.17,-162.99:100
-20 5986173 . A ATAATT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=AAAATTTAAAATAAAAACTAT;TC=31;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-275.95,-89.41,-205.85:100
-20 5997120 . T TGTGTGA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTGTGAGTTTTCTT;TC=20;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-128.89,-41.21,-139.69:100
-20 5999929 . G GTTA . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=CTTTTGACCAGTTTTTAAGTT;TC=34;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-145.72,-26.46,-192.55:100
-20 6013970 . C CG . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TTAGTAGAGACGGGGTTTCAC;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-76.07,-30.4,-70.18:100
-20 6019907 . TTGTGTGTGTGTGTGTG T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GCAGTTTTGTTTGTGTGTGTG;TC=27;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-146.39,-89.3,-170.65:100
-20 6052252 . CT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=ATCCCCAGCCCTTCCTGGCTT;TC=21;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-166.42,-15.59,-2.3:100
-20 6054897 . T TG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TGGGCAAGGCTGGGAAGGAAG;TC=16;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-170.6,-33.42,-22.33:90
-20 6056042 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=17;PP=100.0;SC=ACATCAAGTATATACGGTACA;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-301.61,-48.56,-28.73:100
-20 6163149 . CATTT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=10;PP=100.0;SC=AACCTCTGAGCATTTATTTCA;TC=24;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-265.47,-16.86,-0.92:100
-20 6169158 . C CT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=21;PP=100.0;SC=AATTGCAAGACCTTAAGAACC;TC=38;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-377.27,-55.22,-28.98:100
-20 6186522 . G GC . PASS FR=1.0;HP=6;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=TAAAAAATGTGTTTTTAATCA;TC=21;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-309.42,-177.87,-163.8:100
-20 6186628 . C CA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=12;PP=100.0;SC=TTCATCACCTCAAACATTTAT;TC=33;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-173.72,-30.0,-131.16:100
-20 6189872 . C CCTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=CTTCCTCCCTCCTTTCCCTCT;TC=26;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-217.8,-111.28,-184.18:100
-20 6190124 . C CTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=92.0;SC=TCCTGCCTCTCTCTTTCCTCC;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-129.79,-96.5,-151.55:100
-20 6190921 . A AT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=CCATAAGTACATTAAAAAAAA;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-121.19,-85.53,-104.7:86
-20 6202427 . C CT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=GAAATCCTTTCTTTCCCCCTA;TC=20;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-165.74,-14.09,-0.92:100
-20 6211244 . GT G . PASS FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TTGATTTCCAGTTTTTTTTTT;TC=33;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-97.67,-63.78,-117.4:100
-20 6217057 . T TA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TCTCTACAACTAACCATCAAC;TC=33;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-151.16,-56.84,-189.09:100
-20 6227811 . TTTTTCTTTTC T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TATACTGCTTTTTTTCTTTTC;TC=28;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-171.28,-80.47,-279.48:100
-20 6228139 . TA T . PASS FR=0.5;HP=8;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=ACTGGTTGTTTAAAAAAAACA;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-101.53,-37.68,-71.46:100
-20 6229361 . G GTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TGCTTTTGAAGTATACCTTTA;TC=28;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-168.24,-128.05,-263.48:100
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-20 4366806 . CAAAT C 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,1,44,1,4;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 4641550 . CCTTGA C 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,0,13,4,3;CallSetAC2=0,0,2,1,1;Groups=DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 5105482 . C CATTTTAGG 99 PASS SEQUENCING.AC=150;CallSetAC=165,256,230,156,127;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AC;Set=OX;SEQUENOM.AC=101 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 5289619 . GA G 99 PASS SEQUENCING.AC=968;CallSetAC=1106,1033,956,1020,1090;CallSetAC2=9,10,9,9,9;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=377 GT 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1 [...]
-20 5416109 . CA C 99 PASS SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=0,7,6,5,6;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 5432262 . AGT A 99 PASS SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=9,10,9,8,9;CallSetAC2=1,1,2,0,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=7;TU=GT;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 [...]
-20 5724449 . T TC 99 PASS SEQUENCING.AC=15;CallSetAC=0,0,15,0,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 6877907 . CA C 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,2,3,2,4;CallSetAC2=0,1,2,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=A;IH=0;TR=2;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 6969412 . CAAAGAAT C 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,4,1,1;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 7239075 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=0,6,8,7,6;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=OX;SEQUENOM.AC=5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 7942727 . A AC 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,1;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 7950562 . C CT 99 PASS SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=0,6,7,4,5;CallSetAC2=0,1,2,0,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=4;TU=AC;Set=BI;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 8195466 . C CT 99 PASS SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=14,3,9,6,7;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=6;HU=T;IH=1;TR=6;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 8504000 . TAG T 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=16,10,39,10,13;CallSetAC2=1,1,0,0,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=4;TU=AG;Set=BI;SEQUENOM.AC=5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 9925738 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=3,3,3,3,3;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=2;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/ [...]
-20 10090376 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,2;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=3;HU=T;IH=0;TR=3;TU=T;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 11229169 . T TA 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,5,0,4,0;CallSetAC2=0,1,0,1,0;Groups=BI,OX;HR=6;HU=A;IH=1;TR=6;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 11511920 . AC A 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,4,4,4,3;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=C;IH=0;TR=3;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 11893900 . ATTAG A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,4,1,1;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=7;TU=ATT;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12021825 . A AG 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=14,10,15,11,13;CallSetAC2=1,0,0,0,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=1;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 [...]
-20 12063752 . CTT C 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,5,2,2;CallSetAC2=0,0,1,1,1;Groups=DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=6;TU=CT;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 12114989 . CTA C 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,4,4,3,4;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=BI;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12371546 . GACA G 99 PASS SEQUENCING.AC=20;CallSetAC=27,23,20,17,22;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=7;TU=AAC;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=10 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 12512723 . G GTT 99 PASS SEQUENCING.AC=13;CallSetAC=15,16,27,14,13;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=T;IH=0;TR=3;TU=T;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 12634463 . TGA T 99 PASS SEQUENCING.AC=182;CallSetAC=208,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=2;HU=T;IH=0;TR=2;TU=T;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 12837095 . G GA 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,1;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12928028 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=22;CallSetAC=0,32,0,15,0;CallSetAC2=0,1,0,1,0;Groups=BI,OX;HR=6;HU=T;IH=1;TR=6;TU=T;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13003323 . GGGA G 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,3,5,3,3;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=G;IH=0;TR=7;TU=AGG;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 13128894 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=27;CallSetAC=31,29,29,26,27;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=C;IH=0;TR=4;TU=C;Set=OX;SEQUENOM.AC=10 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13287841 . CAT C 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=36;CallSetAC=0,64,0,38,18;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=BI;SEQUENOM.AC=626 GT 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/ [...]
-20 13365589 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=9;CallSetAC=11,9,9,8,11;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13566260 rs78090544 AAATTG A 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=0,161,6,5,0;CallSetAC2=0,2,0,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=390 GT 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/ [...]
-20 13685184 . AT A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,10,2,2;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=2;TU=T;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13716193 . GAGAA G 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,3,0,0,3;CallSetAC2=0,1,0,0,1;Groups=BI,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=6;TU=AG;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 13926445 . TA T 99 PASS SEQUENCING.AC=7;CallSetAC=0,0,7,0,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL;HR=2;HU=A;IH=0;TR=2;TU=A;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 13960028 . TC T 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=10,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=3;HU=T;IH=0;TR=3;TU=T;Set=BC;SEQUENOM.AC=188 GT 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 [...]
-20 14159734 . T TA 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,1,1,3,1;CallSetAC2=0,0,0,1,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 14287634 . AGT A 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,0,0,0,3;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=5;TU=GT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 14383135 . TA T 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,15,1,1;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=6;TU=ATC;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 14669226 . G GA 99 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENCING.AC=268;CallSetAC=306,304,274,234,282;CallSetAC2=0,1,2,0,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=121 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
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-20 14983337 . AGCC A 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,4,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI;HR=6;HU=A;IH=1;TR=6;TU=A;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15037520 . A AG 99 PASS SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=0,0,6,0,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL;HR=1;HU=G;IH=0;TR=1;TU=G;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15141272 . T TC 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,1;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15189597 . GA G 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=6,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=311 GT 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 [...]
-20 15265098 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=31;CallSetAC=27,79,0,41,4;CallSetAC2=1,1,0,1,0;Groups=BC,BI,OX,SAMTOOLS;HR=6;HU=T;IH=1;TR=6;TU=T;Set=BC;SEQUENOM.AC=125 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15410763 . TGA T 99 PASS SEQUENCING.AC=54;CallSetAC=55,68,57,57,56;CallSetAC2=1,2,0,1,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=1;TU=G;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=29 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15543319 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=13,12,10,12,14;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=BC;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15550845 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=50;CallSetAC=58,58,56,47,53;CallSetAC2=2,2,2,1,2;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=7;TU=GTT;Set=BC;SEQUENOM.AC=34 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 15703503 . TG T 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=9;CallSetAC=11,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=BC;SEQUENOM.AC=87 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-20 15871330 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=2,2,2,2,2;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 16016504 . TA T 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=17;CallSetAC=4,36,0,18,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI,OX;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=578 GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/ [...]
-20 16192114 . AT A 99 INCORRECT_SEQUENOM_CALLS SEQUENCING.AC=45;CallSetAC=52,49,48,42,48;CallSetAC2=3,2,3,2,3;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=4;TU=CT;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16259934 . C CAA 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,0,0,2;CallSetAC2=0,1,0,0,1;Groups=BI,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=4;TU=CT;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 16312599 . CTA C 99 PASS SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=0,6,5,3,6;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 16723642 . GGTT G 99 PASS SEQUENCING.AC=9;CallSetAC=11,11,9,9,11;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-20 20286529 . A AC 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,1,1,0,1;CallSetAC2=0,1,1,0,1;Groups=BI,DINDEL,SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20404656 . ATTACAGACT A 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=12,19,14,11,13;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 20434198 . TA T 99 PASS SEQUENCING.AC=17;CallSetAC=0,0,0,18,0;CallSetAC2=0,0,0,1,0;Groups=OX;HR=3;HU=T;IH=0;TR=3;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20716329 . CA C 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,5,6,4,5;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=BI;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 20760474 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=21;CallSetAC=28,23,21,19,24;CallSetAC2=2,1,2,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=1;TU=G;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=15 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20952825 . T TC 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,1,2,1,1;CallSetAC2=0,1,2,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=C;IH=0;TR=4;TU=CT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20990240 . TC T 99 PASS SEQUENCING.AC=16;CallSetAC=0,0,16,0,0;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=DINDEL;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 21406859 . ACTT A 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=4,4,4,4,4;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=A;IH=0;TR=6;TU=CTT;Set=BI;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 21480245 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,1,3,1,1;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 21852048 . CA C 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=13;CallSetAC=12,49,0,14,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC,BI,OX;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=OX;SEQUENOM.AC=432 GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0 [...]
-20 21968507 . AC A 99 PASS SEQUENCING.AC=10;CallSetAC=0,12,10,12,7;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=5;HU=C;IH=0;TR=5;TU=C;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 22434333 . C CA 99 PASS SEQUENCING.AC=26;CallSetAC=30,32,31,23,26;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=C;IH=0;TR=4;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 22637424 . C CAGCCA 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,5,4,4,6;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 22655862 . TATC T 99 PASS SEQUENCING.AC=12;CallSetAC=14,15,18,11,14;CallSetAC2=1,1,0,0,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AT;Set=OX;SEQUENOM.AC=6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 23200197 . ATT A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,1;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23293728 . CA C 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=15,12,15,9,13;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=BI;SEQUENOM.AC=8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23813095 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=18;CallSetAC=0,27,17,0,21;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI,DINDEL,SAMTOOLS;HR=4;HU=C;IH=0;TR=4;TU=C;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=26 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23815381 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,4,3,2,2;CallSetAC2=0,1,2,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=6;TU=CTT;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 23889003 . GA G 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=2,1,1,2,3;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=6;TU=ATG;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 24710482 . GT G 99 PASS SEQUENCING.AC=9;CallSetAC=0,0,9,0,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL;HR=5;HU=T;IH=0;TR=5;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 24855121 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=14,13,10,12,12;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=5;HU=C;IH=0;TR=5;TU=C;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 25503211 . CATA C 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,1,2,1,1;CallSetAC2=0,1,2,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=7;TU=AAT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 25905250 . GT G 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=56;CallSetAC=0,58,57,0,0;CallSetAC2=0,1,1,0,0;Groups=BI,DINDEL;HR=6;HU=T;IH=1;TR=6;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=764 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-20 29589873 . CCTT C 99 PASS SEQUENCING.AC=239;CallSetAC=333,196,0,0,0;CallSetAC2=1,1,0,0,0;Groups=BC,BI;HR=2;HU=C;IH=0;TR=6;TU=CTT;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29628180 . C CCACAAGAAG 99 PASS SEQUENCING.AC=7;CallSetAC=0,8,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI;HR=2;HU=C;IH=0;TR=6;TU=CTT;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29804699 . A AC 99 PASS SEQUENCING.AC=23;CallSetAC=27,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=2;HU=A;IH=0;TR=2;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29913425 . TATATC T 99 PASS SEQUENCING.AC=24;CallSetAC=30,25,82,25,26;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=5;TU=AT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=15 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 30390854 . TTATACTA T 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,6,5,4,4;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=4;TU=AT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0 [...]
-20 30534847 . ACAAT A 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,3,5,2,4;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 30567910 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=45;CallSetAC=52,7,0,48,0;CallSetAC2=1,0,0,1,0;Groups=BC,BI,OX;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 31412616 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,2;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=3;HU=T;IH=0;TR=3;TU=T;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 31760870 . CG C 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=2,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=2;HU=G;IH=0;TR=4;TU=AC;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 32015223 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=9;CallSetAC=11,11,11,9,9;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=2;TU=T;Set=BC;SEQUENOM.AC=5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 32158330 . CAG C 99 PASS SEQUENCING.AC=18;CallSetAC=23,24,16,15,21;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AG;Set=OX;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 32509752 . A AG 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,0,0,3,3;CallSetAC2=0,0,0,1,1;Groups=OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 32700247 . GGCGTCTGA G 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,4,7,4,4;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=6;TU=CGG;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . [...]
-20 32968409 . GTC G 99 PASS SEQUENCING.AC=121;CallSetAC=0,127,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI;HR=1;HU=T;IH=0;TR=6;TU=ATG;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 33541746 . A AAG 99 PASS SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=9,11,9,9,10;CallSetAC2=0,1,1,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=A;IH=0;TR=5;TU=AG;Set=BC;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 34251969 . C CA 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,0,0,2;CallSetAC2=0,1,0,0,1;Groups=BI,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AG;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 34313574 . A AT 99 PASS SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=0,9,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 34633573 . TAA T 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,3,2,2;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=6;HU=T;IH=1;TR=6;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 34831930 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=13;CallSetAC=22,14,20,14,14;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 35329008 . ATC A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,3,1,1;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=6;TU=ATC;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 35357903 . GA G 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=12,12,12,12,11;CallSetAC2=2,2,2,2,2;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=A;IH=0;TR=2;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
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-20 36658020 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=15,12,12,8,12;CallSetAC2=1,1,1,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=OX;SEQUENOM.AC=6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-20 36711544 . TAAAG T 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,0,3,0,1;CallSetAC2=0,0,1,0,1;Groups=DINDEL,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 36947086 . ATAC A 99 PASS SEQUENCING.AC=93;CallSetAC=107,109,94,86,100;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=6;TU=ACT;Set=OX;SEQUENOM.AC=33 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 37139725 . CAG C 99 PASS SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=0,6,6,5,7;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=6;TU=AG;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37278654 . CAG C 99 PASS SEQUENCING.AC=17;CallSetAC=20,18,17,13,17;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37391272 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=14,9,9,9,10;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 37608002 . CAT C 99 PASS SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=8,13,12,9,10;CallSetAC2=0,1,1,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=5;TU=AC;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
-20 37678954 . C CTGG 99 PASS SEQUENCING.AC=7;CallSetAC=0,10,22,6,4;CallSetAC2=0,1,1,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=4;TU=CG;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37712193 . AAG A 99 PASS SEQUENCING.AC=44;CallSetAC=52,57,44,21,47;CallSetAC2=1,1,2,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=A;IH=0;TR=6;TU=AG;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=29 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37836124 . AAAT A 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=4,4,6,3,3;CallSetAC2=1,1,1,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=A;IH=0;TR=4;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 37954797 . A AGT 99 PASS SEQUENCING.AC=110;CallSetAC=126,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=1;HU=T;IH=0;TR=5;TU=AT;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37962643 . T TAA 99 PASS SEQUENCING.AC=370;CallSetAC=395,424,394,367,423;CallSetAC2=4,4,4,3,3;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AT;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=178 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 [...]
-20 38336199 . TA T 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,4,2,2;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=2;TU=T;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 38495835 . T TA 99 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENCING.AC=147;CallSetAC=0,0,0,153,0;CallSetAC2=0,0,0,1,0;Groups=OX;HR=3;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AT;Set=OX;SEQUENOM.AC=14 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 38696054 . GAAGA G 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,3,5,3,3;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=A;IH=0;TR=6;TU=AAG;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 38784318 . CCTT C 99 PASS SEQUENCING.AC=17;CallSetAC=20,19,19,15,17;CallSetAC2=2,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=7;TU=CTT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 39042026 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=0,0,11,0,0;CallSetAC2=0,0,3,0,0;Groups=DINDEL;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 39420665 . AG A 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=24;CallSetAC=3,51,0,25,0;CallSetAC2=0,2,0,1,0;Groups=BC,BI,OX;HR=2;HU=A;IH=0;TR=4;TU=GT;Set=OX;SEQUENOM.AC=688 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1 [...]
-20 39607037 . C CA 99 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,0,4,0,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 39868369 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=0,6,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI;HR=2;HU=T;IH=0;TR=4;TU=GT;Set=BI;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 40006262 . TGAG T 99 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,4,6,0,0;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=BI,DINDEL;HR=1;HU=G;IH=0;TR=6;TU=AGG;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 40110981 . A AG 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,1;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=4;TU=AG;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 40445967 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=5,5,15,6,5;CallSetAC2=1,1,2,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=4;TU=GT;Set=BI;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40742257 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,10,2,2;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41000677 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,5,8,5,0;CallSetAC2=0,1,2,1,0;Groups=BI,DINDEL,OX;HR=6;HU=G;IH=1;TR=6;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41149621 . T TATCA 99 PASS SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=6,6,10,8,0;CallSetAC2=0,1,1,1,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41364251 . A AAG 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,1;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AC;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41543685 . CTAAGGAGGGAAAAAGATATAAT C 99 PASS SEQUENCING.AC=29;CallSetAC=0,36,29,22,0;CallSetAC2=0,1,1,1,0;Groups=BI,DINDEL,OX;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=12 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 41851636 . TA T 99 PASS SEQUENCING.AC=208;CallSetAC=234,229,215,195,238;CallSetAC2=3,4,3,2,3;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=83 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-20 41964672 . A AT 99 PASS SEQUENCING.AC=243;CallSetAC=0,0,0,253,0;CallSetAC2=0,0,0,1,0;Groups=OX;HR=2;HU=T;IH=0;TR=2;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42145613 . TG T 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=300;CallSetAC=88,565,0,544,14;CallSetAC2=1,8,0,3,0;Groups=BC,BI,OX,SAMTOOLS;HR=5;HU=T;IH=0;TR=5;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=762 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-20 42159695 . GC G 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=7,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=BC;SEQUENOM.AC=87 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 42261635 . C CATTT 99 PASS SEQUENCING.AC=54;CallSetAC=62,75,76,57,58;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=5;TU=AC;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=24 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 42470352 . CACTT C 99 PASS SEQUENCING.AC=37;CallSetAC=43,44,42,37,41;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=7;TU=AC;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=19 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 42856201 . CT C 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,5,5,3,4;CallSetAC2=0,1,2,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=C;IH=0;TR=4;TU=C;Set=OX;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 42909154 . T TGGGTC 99 PASS SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=5,6,8,7,4;CallSetAC2=0,1,1,1,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=OX;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 42918721 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,1,1,1,1;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 42930748 . A AG 99 PASS SEQUENCING.AC=30;CallSetAC=48,20,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC,BI;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43245783 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=3,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0 [...]
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-20 43434234 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=7;CallSetAC=8,8,16,7,6;CallSetAC2=1,1,3,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=BC;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 43539258 . T TAG 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,3,18,3,3;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43606638 . T TC 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,2;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43826992 . GC G 99 PASS SEQUENCING.AC=9;CallSetAC=11,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=BC;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43993933 . CA C 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=12;CallSetAC=5,22,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=BC;SEQUENOM.AC=565 GT 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/ [...]
-20 44071585 . C CT 99 PASS SEQUENCING.AC=293;CallSetAC=310,351,323,302,335;CallSetAC2=0,1,0,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=4;TU=CT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=132 GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 44220528 . T TC 99 PASS SEQUENCING.AC=29;CallSetAC=34,38,0,0,18;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI,SAMTOOLS;HR=5;HU=T;IH=0;TR=5;TU=T;Set=BI;SEQUENOM.AC=59 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 45406096 . T TTC 99 PASS SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=9,13,7,7,9;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=T;IH=0;TR=5;TU=CT;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 46051811 . T TAAGC 99 PASS SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=0,4,9,9,3;CallSetAC2=0,0,1,1,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=2;TU=T;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 47428163 . C CA 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=141;CallSetAC=70,232,0,0,0;CallSetAC2=0,2,0,0,0;Groups=BC,BI;HR=7;HU=C;IH=1;TR=7;TU=C;Set=BC;SEQUENOM.AC=766 GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 [...]
-20 47988904 . CA C 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=3,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=1;HU=A;IH=0;TR=4;TU=CT;Set=BC;SEQUENOM.AC=187 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/ [...]
-20 48262933 . CCTA C 99 PASS SEQUENCING.AC=29;CallSetAC=33,32,30,27,31;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=C;IH=0;TR=3;TU=C;Set=OX;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49438742 . G GT 99 PASS SEQUENCING.AC=11;CallSetAC=13,15,16,10,10;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 49451656 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=0,0,6,0,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 49537420 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=10;CallSetAC=12,11,12,9,11;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/ [...]
-20 49561273 . A AG 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,0,4,2,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL,OX;HR=2;HU=G;IH=0;TR=4;TU=AG;Set=OX;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 49765611 . A AC 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,1,0,0;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=DINDEL;HR=1;HU=C;IH=0;TR=1;TU=C;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 50136971 . TTTTC T 99 PASS SEQUENCING.AC=10;CallSetAC=0,20,12,8,9;CallSetAC2=0,1,1,0,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 50772065 . T TC 99 PASS SEQUENCING.AC=7;CallSetAC=0,0,7,0,0;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=DINDEL;HR=7;HU=T;IH=1;TR=7;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 50806976 . G GAA 99 PASS SEQUENCING.AC=309;CallSetAC=357,333,309,296,330;CallSetAC2=0,1,0,1,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=7;TU=AGG;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=128 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 50961401 . G GT 99 PASS SEQUENCING.AC=10;CallSetAC=12,11,13,10,11;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 51838824 . GA G 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=2,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=3;HU=G;IH=0;TR=4;TU=AC;Set=BC;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
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-20 53081927 . CATGA C 99 PASS SEQUENCING.AC=9;CallSetAC=11,11,10,8,9;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 [...]
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-20 54124185 . T TC 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,0,0,1;CallSetAC2=0,0,0,0,1;Groups=SAMTOOLS;HR=2;HU=T;IH=0;TR=5;TU=CT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 54150907 . CAG C 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,4,3,4,4;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AG;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 [...]
-20 54166824 . AC A 99 PASS SEQUENCING.AC=5;CallSetAC=6,6,8,4,5;CallSetAC2=1,1,2,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=A;IH=0;TR=4;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 54230743 . CAT C 99 PASS SEQUENCING.AC=6;CallSetAC=8,7,8,6,6;CallSetAC2=2,1,2,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=4;TU=AC;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54262948 . A AC 99 PASS SEQUENCING.AC=684;CallSetAC=0,0,0,710,0;CallSetAC2=0,0,0,3,0;Groups=OX;HR=6;HU=A;IH=1;TR=6;TU=A;Set=OX;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54309727 . TGAGC T 99 PASS SEQUENCING.AC=19;CallSetAC=24,20,0,12,22;CallSetAC2=1,1,0,1,1;Groups=BC,BI,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=1;TU=G;Set=BC;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 54379666 . GT G 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=8;CallSetAC=4,15,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=BC;SEQUENOM.AC=172 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 [...]
-20 55264363 . AG A 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=12;CallSetAC=7,0,0,19,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC,OX;HR=1;HU=G;IH=0;TR=5;TU=AG;Set=OX;SEQUENOM.AC=530 GT 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0 [...]
-20 55608811 . CT C 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=2,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=2;HU=C;IH=0;TR=4;TU=CT;Set=BC;SEQUENOM.AC=35 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 55611547 . CAA C 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,3,6,3,3;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=A;IH=0;TR=3;TU=A;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 55658161 . GT G 99 PASS SEQUENCING.AC=129;CallSetAC=0,136,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI;HR=1;HU=T;IH=0;TR=5;TU=GT;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 55989765 . CA C 99 TOO_MANY_ALT_ALLELES SEQUENCING.AC=15;CallSetAC=17,0,0,0,0;CallSetAC2=1,0,0,0,0;Groups=BC;HR=1;HU=A;IH=0;TR=1;TU=A;Set=BC;SEQUENOM.AC=208 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0 [...]
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-20 56344957 . GT G 99 PASS SEQUENCING.AC=3;CallSetAC=0,4,5,4,4;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=3;HU=T;IH=0;TR=3;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 56419021 . T TG 99 PASS SEQUENCING.AC=10;CallSetAC=0,11,0,0,0;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BI;HR=1;HU=G;IH=0;TR=1;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 56915853 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=27;CallSetAC=36,29,37,24,29;CallSetAC2=2,2,2,2,2;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=G;IH=0;TR=6;TU=GGT;Set=BC;SEQUENOM.AC=17 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 57676578 . CCTTT C 99 PASS SEQUENCING.AC=10;CallSetAC=14,11,14,8,9;CallSetAC2=1,1,1,1,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=BI;SEQUENOM.AC=7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 58288793 . TC T 99 PASS SEQUENCING.AC=87;CallSetAC=101,106,87,65,66;CallSetAC2=2,3,2,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=C;IH=0;TR=1;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=44 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 [...]
-20 59153061 . CTG C 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,2,5,3,3;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=DINDEL;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 59186675 . TATTA T 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,0,13,1,1;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=A;IH=0;TR=7;TU=AT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 59349754 . CCT C 99 PASS SEQUENCING.AC=26;CallSetAC=108,28,0,0,30;CallSetAC2=0,1,0,0,0;Groups=BC,BI,SAMTOOLS;HR=3;HU=C;IH=0;TR=3;TU=C;Set=BI;SEQUENOM.AC=168 GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/1 0 [...]
-20 59365768 . TG T 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=0,5,26,4,5;CallSetAC2=0,0,1,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=G;IH=0;TR=2;TU=G;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 59769242 . C CT 99 PASS SEQUENCING.AC=4;CallSetAC=7,4,8,5,5;CallSetAC2=1,1,1,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=T;IH=0;TR=1;TU=T;Set=BC;SEQUENOM.AC=4 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 60337932 . AC A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,6,2,2;CallSetAC2=0,1,1,1,1;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=2;HU=A;IH=0;TR=6;TU=AAC;Set=OX;SEQUENOM.AC=3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 60925525 . GC G 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,6,0,2;CallSetAC2=0,1,1,0,1;Groups=BI,DINDEL,SAMTOOLS;HR=2;HU=C;IH=0;TR=2;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 61000018 . GC G 99 PASS SEQUENCING.AC=318;CallSetAC=0,348,0,317,0;CallSetAC2=0,1,0,2,0;Groups=BI,OX;HR=3;HU=G;IH=0;TR=3;TU=G;Set=OX;SEQUENOM.AC=203 GT 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/ [...]
-20 61531765 . AG A 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,8,2,2;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=G;IH=0;TR=4;TU=CG;Set=BI;SEQUENOM.AC=0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 61983510 . TCTGC T 99 PASS SEQUENCING.AC=124;CallSetAC=142,187,162,95,108;CallSetAC2=0,0,2,1,0;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=1;HU=C;IH=0;TR=7;TU=CCT;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=75 GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 62154368 . G GA 99 PASS SEQUENCING.AC=2;CallSetAC=0,3,0,0,3;CallSetAC2=0,1,0,0,1;Groups=BI,SAMTOOLS;HR=4;HU=G;IH=0;TR=4;TU=G;Set=BI;SEQUENOM.AC=2 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 62310426 . CTT C 99 PASS SEQUENCING.AC=1;CallSetAC=0,2,6,2,2;CallSetAC2=0,0,2,0,0;Groups=BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=T;IH=0;TR=4;TU=T;Set=OX;SEQUENOM.AC=1 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 62871860 . C CCCGCA 99 PASS SEQUENCING.AC=26;CallSetAC=29,49,32,20,30;CallSetAC2=0,1,2,1,1;Groups=BC,BI,DINDEL,OX,SAMTOOLS;HR=4;HU=C;IH=0;TR=4;TU=C;Set=SAMTOOLS;SEQUENOM.AC=27 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
diff --git a/tests/tabix_data/vcf/7.vcf b/tests/tabix_data/vcf/7.vcf
deleted file mode 100644
index 33e3ca7..0000000
--- a/tests/tabix_data/vcf/7.vcf
+++ /dev/null
@@ -1,317 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.1
-##INFO=<ID=BCM.AC,Number=1,Type=Integer,Description="Allele count from BCM's (sequencing-based) genotypes subsetted to the 383 validation samples">
-##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
-##INFO=<ID=HW_VIOLATION,Number=0,Type=Flag,Description="Genotypes violate Hardy-Weinberg">
-##INFO=<ID=SEQUENOM.AC,Number=1,Type=Integer,Description="Allele count from Sequenom genotyping">
-##INFO=<ID=SRC,Number=1,Type=String,Description="Type of SNPs submitted for validation; VQSR refers to preliminary consensus set, not the final one">
-##FILTER=<ID=AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS,Description="Possible Sequenom miscalls based on manual review of cluster plots">
-##FILTER=<ID=DUPLICATE_MAPPING,Description="Site did not map uniquely in the genome">
-##FILTER=<ID=HIGH_NO_CALL_RATE,Description="Extremely high no-call rate">
-##FILTER=<ID=INCORRECT_SEQUENOM_CALLS,Description="Clear Sequenom miscalls that cannot easily be fixed based on manual review of cluster plots">
-##FILTER=<ID=NOT_DESIGNED,Description="Site did not design or genotype">
-##FILTER=<ID=POLYMORPHIC_SAMPLES_FAILED,Description="All polymorphic samples from sequencing were no-called">
-##FILTER=<ID=POSSIBLE_PROBE_FAILURE,Description="Suspicious genotyping based on nearby SNPs">
-##fileDate=20110524
-##reference=ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz
-##source=EricBanksValidationQC;fromGoncaloAbecasisValidationSelection
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG00127 HG00128 HG00136 HG00137 HG00138 HG00139 HG00152 HG00156 HG00234 HG00235 HG00237 HG00242 HG00244 HG00262 HG01055 HG01079 NA19138 NA18974 NA18523 NA12717 NA19209 NA18577 NA18973 NA18943 NA12873 NA18623 NA18622 NA18948 NA19171 NA19204 NA06994 NA18563 NA18547 NA18861 NA18608 NA12282 NA12751 NA18959 NA19331 NA19453 NA20537 NA12046 NA20515 NA20516 NA20521 NA20524 NA20528 NA20759 NA20768 NA20769 NA20774 NA20775 NA20783 NA20787 NA20790 NA2080 [...]
-20 82176 rs11906362 T C 318 NOT_DESIGNED BCM.AC=16;DB;SRC=VQSR+2-OF-7
-20 249843 rs112456910 C T 1304 PASS BCM.AC=14;DB;SEQUENOM.AC=12;SRC=VQSR+INTERSECTION GT 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . . . 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 0/1 . . 0/0 0/0 . 0/0 . . . 0/0 . 0/0 0/0 0/1 0/0 . . . 0/0 . 0/0 . . . . . . . . . 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . [...]
-20 688672 rs116071340 C T 56 PASS BCM.AC=1;DB;SEQUENOM.AC=2;SRC=VQSR+2-OF-7 GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 987773 rs6077519 T G 474 PASS DB;HW_VIOLATION;SEQUENOM.AC=73;SRC=VQSR-ONLY GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0 [...]
-20 1166164 . G T 26 NOT_DESIGNED BCM.AC=20;SRC=VQSR+2-OF-7
-20 1333317 . A G 4 PASS SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 1372898 rs112426678 C A 833 PASS BCM.AC=7;DB;SEQUENOM.AC=6;SRC=VQSR+INTERSECTION GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 1526045 rs11908182 A G 847 PASS BCM.AC=6;DB;SEQUENOM.AC=6;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1565049 . C T 100 PASS SEQUENOM.AC=3;SRC=2-OF-7-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 1577285 . G A 4 HIGH_NO_CALL_RATE SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR-ONLY GT . . . 0/0 0/0 . 0/0 . . . 0/0 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 . . . 0/0 . 0/0 . . . 0/0 . . . . . . 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 . . . 0/0 . . . . . 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 . . . . . 0/0 . 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . . 0/0 . . 0/0 0/0 . 0/0 . [...]
-20 1577845 . G A 267 HIGH_NO_CALL_RATE BCM.AC=42;SEQUENOM.AC=5;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 . . 0/0 . . . . . . 0/0 . . 0/0 . . 0/0 0/0 . . . . 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 . 1/1 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 . . 0/0 . . . . . 0/0 . 0/0 . 0/0 . . . . . . 0/0 . 0/0 . 0/0 . . 0/0 . . . 0/0 . . . . . . . . . . . 0/0 0/0 . 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 . 0/0 . . 0/0 . . 0/0 . . 0/0 0/0 . . 0/0 . . . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . . 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . . . 0/0 0/0 . 0/0 0/0 . 0/0 [...]
-20 1590306 . A G 16 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENOM.AC=177;SRC=VQSR-ONLY GT 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 . 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 . 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 . 0/0 . 0/1 0/1 0/1 . 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 . 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 [...]
-20 1643825 . G T 24 PASS BCM.AC=3;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 1746733 . G A 9 NOT_DESIGNED SRC=VQSR-ONLY
-20 1896670 . G C 16 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1934851 rs6045641 T C 53 NOT_DESIGNED BCM.AC=29;DB;SRC=VQSR-ONLY
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-20 15699667 . C T 59 PASS BCM.AC=2;SEQUENOM.AC=3;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 25659422 . A G 11 NOT_DESIGNED BCM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7
-20 25700728 rs6037216 C G 1553 POSSIBLE_PROBE_FAILURE BCM.AC=7;DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+INTERSECTION GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 25741857 rs73347142 G T 41907 PASS DB;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 25750038 . T G 86 DUPLICATE_MAPPING BCM.AC=493;SRC=VQSR-ONLY
-20 25751184 . G C 100 DUPLICATE_MAPPING BCM.AC=180;SRC=2-OF-7-ONLY
-20 25766473 . T A 124 DUPLICATE_MAPPING SRC=VQSR+2-OF-7
-20 25789517 . A T 40 DUPLICATE_MAPPING BCM.AC=319;SRC=VQSR+2-OF-7
-20 25794555 . G A 18 DUPLICATE_MAPPING BCM.AC=181;SRC=VQSR-ONLY
-20 25922316 . T C 26 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 25999667 . C G 32 DUPLICATE_MAPPING;INCORRECT_SEQUENOM_CALLS BCM.AC=61;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR-ONLY GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 26046637 . G A 26 DUPLICATE_MAPPING BCM.AC=354;SRC=VQSR-ONLY
-20 26057903 . G A 100 NOT_DESIGNED SRC=2-OF-7-ONLY
-20 26071009 . T C 9 DUPLICATE_MAPPING;AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS BCM.AC=586;SEQUENOM.AC=59;SRC=VQSR-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 26126724 . G C 23737 PASS SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 26217247 . C A 374 PASS BCM.AC=3;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 26246019 rs79506355 C A 999 NOT_DESIGNED DB;SRC=2-OF-7-ONLY
-20 26258231 rs79859288 C T 527 NOT_DESIGNED DB;SRC=VQSR+2-OF-7
-20 26265474 . G T 460.59 PASS SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 26272553 . C G 100 PASS SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY GT . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 26275939 . A G 81 NOT_DESIGNED SRC=2-OF-7-ONLY
-20 26293152 . T C 100 PASS BCM.AC=14;SEQUENOM.AC=17;SRC=2-OF-7-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 [...]
-20 26301426 . A G 63 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENOM.AC=0;SRC=2-OF-7-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 26301793 . C G 8 PASS SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR-ONLY GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 55483325 . C T 17 NOT_DESIGNED BCM.AC=1;SRC=VQSR-ONLY
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-20 57653509 rs6026678 C T 489 PASS BCM.AC=4;DB;SEQUENOM.AC=4;SRC=VQSR+INTERSECTION GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 58335635 . C T 7 PASS BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=1;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 60291372 . A G 100 NOT_DESIGNED BCM.AC=21;SRC=2-OF-7-ONLY
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-20 60560062 . C T 25 NOT_DESIGNED BCM.AC=343;SRC=VQSR-ONLY
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-20 61766484 . G T 58 NOT_DESIGNED BCM.AC=157;SRC=VQSR+2-OF-7
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-20 62191452 rs113748232 C T 143 PASS BCM.AC=7;DB;SEQUENOM.AC=7;SRC=VQSR+INTERSECTION GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-20 62888718 . T C 57 POLYMORPHIC_SAMPLES_FAILED BCM.AC=1;SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 62918298 . G A 33 NOT_DESIGNED SRC=VQSR+2-OF-7
-20 62961477 . T C 17 AMBIGUOUS_SEQUENOM_CALLS SEQUENOM.AC=0;SRC=VQSR+2-OF-7 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
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deleted file mode 100644
index 4ec2daf..0000000
--- a/tests/tabix_data/vcf/8.vcf
+++ /dev/null
@@ -1,84 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.0
-##FILTER=<ID=HardyWeinbergViolation,Description="The validation is in Hardy-Weinberg violation">
-##FILTER=<ID=HighNoCallRate,Description="The validation no-call rate is too high">
-##FILTER=<ID=TooManyHomVars,Description="The validation homozygous variant rate is too high">
-##INFO=<ID=AC,Number=1,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=HW,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled Hardy-Weinberg violation p-value">
-##INFO=<ID=HetPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of heterozygous genotypes">
-##INFO=<ID=HomRefPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of homozygous reference genotypes">
-##INFO=<ID=HomVarPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent homozygous variant genotypes">
-##INFO=<ID=NoCallPct,Number=1,Type=Float,Description="Percent of no-calls">
-##ValidationMetrics_HardyWeinbergViolations="25 (8%)"
-##ValidationMetrics_HomVarViolations="0 (0%)"
-##ValidationMetrics_NoCallViolations="13 (4%)"
-##ValidationMetrics_PolymorphicPassingRecords="195 (75%)"
-##ValidationMetrics_RecordsPassingFilters="258 (87%)"
-##ValidationMetrics_RecordsProcessed=296
-##ValidationMetrics_SamplesAssayed=383
-##VariantValidationAssessor="analysis_type=VariantValidationAssessor input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[rawData/plink.renamed.sorted.fixed.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGap [...]
-##source=PLINK
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG00127 HG00128 HG00136 HG00137 HG00138 HG00139 HG00152 HG00156 HG00234 HG00235 HG00237 HG00242 HG00244 HG00262 HG01055 HG01079 NA19138 NA18974 NA18523 NA12717 NA19209 NA18577 NA18973 NA18943 NA12873 NA18623 NA18622 NA18948 NA19171 NA19204 NA06994 NA18563 NA18547 NA18861 NA18608 NA18995 NA10851 NA18976 NA18603 NA19200 HG01204 HG01191 HG01101 HG00146 HG00306 NA18985 HG00160 HG00635 HG00372 HG00357 HG00634 NA18541 NA18950 NA19759 HG00351 HG0025 [...]
-20 676148 . A AC . PASS AC=0;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1342549 . A AAGAT . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 1366475 . CT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 1550416 . C CT . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 3700705 . CTTTGGG C . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 5724449 . T TC . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 7942727 . A AC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 9231138 . AT A . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 10090376 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12094344 . TCAGGAGGC T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12634463 . TGA T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 12837095 . G GA . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 12928028 . TG T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13365589 . T TG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 13926445 . TA T . PASS AC=0;AN=756;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=98.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 14287634 . AGT A . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 14983337 . AGCC A . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 15037520 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 15141272 . T TC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16192114 . AT A . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 16259934 . C CAA . PASS AC=0;AN=758;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 17250858 . T TC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 17753474 . C CA . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 18520672 . A ATT . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 19188693 . T TC . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 19437778 . GGCCTGGGATGTAAA G . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20434198 . TA T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 20990240 . TC T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 24710482 . GT G . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 25905250 . GT G . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 29589873 . CCTT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29628180 . C CCACAAGAAG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 29804699 . A AC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 30567910 . T TG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 31760870 . CG C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32456076 . GT G . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 32968409 . GTC G . PASS AC=0;AN=754;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=98.4;HomVarPct=0.0;NoCallPct=1.6 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 . 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 34313574 . A AT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 35329008 . ATC A . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 37954797 . A AGT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 39607037 . C CA . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 39868369 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40006262 . TGAG T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 40110981 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 40742257 . TG T . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 41964672 . A AT . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42145613 . TG T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 42930748 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 43606638 . T TC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 43826992 . GC G . PASS AC=0;AN=748;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=97.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=2.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 44470843 . GAGTGTCGT G . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 45300827 . CT C . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 46353646 . A AG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 47428163 . C CA . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49451656 . T TG . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 49561273 . A AG . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 49765611 . A AC . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
-20 50772065 . T TC . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 53538294 . T TG . PASS AC=0;AN=764;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.7;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.3 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 54262948 . A AC . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 55658161 . GT G . PASS AC=0;AN=760;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.2;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.8 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0 [...]
-20 59186675 . TATTA T . PASS AC=0;AN=762;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=99.5;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.5 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/ [...]
-20 61531765 . AG A . PASS AC=0;AN=766;HW=0.00;HetPct=0.0;HomRefPct=100.0;HomVarPct=0.0;NoCallPct=0.0 GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 [...]
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-chr16 72864515 . A G 13.9 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=35 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
-chr16 72890560 . G A 47.1 . DP=10;AF1=0.5064;CI95=0.5,0.5;DP4=0,1,0,7;MQ=49;PV4=1,0.0019,0.0033,1 PL:GT:GQ 77,0,16:0/1:19
-chr16 73048929 . A G 6.29 . DP=4;AF1=0.9966;CI95=0.5,1;DP4=1,0,2,0;MQ=27;PV4=1,1,1,0.33 PL:GT:GQ 34,1,0:1/1:23
-chr16 73177179 . A G 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=49 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
-chr16 73191468 . C T 69.5 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,4;MQ=40 PL:GT:GQ 102,12,0:1/1:72
-chr16 73367439 . A C 7.41 . DP=36;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,2,0,13;MQ=26;PV4=1,1,0.027,1 PL:GT:GQ 37,4,0:1/1:45
-chr16 74259316 . C T 89.5 . DP=13;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=49 PL:GT:GQ 122,12,0:1/1:72
-chr16 75271450 . C G 6.99 . DP=15;AF1=0.5015;CI95=0.5,0.5;DP4=0,1,0,3;MQ=44;PV4=1,0.065,0.31,1 PL:GT:GQ 36,0,22:0/1:25
-chr16 76199870 . G A 26 . DP=14;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=8,0,6,0;MQ=47;PV4=1,1.2e-06,0.32,1 PL:GT:GQ 56,0,141:0/1:59
-chr16 77723692 . A G 89.5 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=50 PL:GT:GQ 122,12,0:1/1:72
-chr17 165875 . G A 40.8 . DP=11;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=42 PL:GT:GQ 72,6,0:1/1:49
-chr17 1443809 . C G 9.31 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=50 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
-chr17 1618253 . C T 22 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=39 PL:GT:GQ 54,9,0:1/1:63
-chr17 2815309 . T G 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=49 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
-chr17 3537486 . T G 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=50 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
-chr17 3734367 . C A 23.5 . DP=10;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=36 PL:GT:GQ 56,12,0:1/1:72
-chr17 5634764 . T C 13 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=35 PL:GT:GQ 44,6,0:1/1:49
-chr17 6408090 . C G 3.54 . DP=5;AF1=0.4998;CI95=0.5,0.5;DP4=3,0,2,0;MQ=40;PV4=1,1,0.36,1 PL:GT:GQ 31,0,66:0/1:34
-chr17 7089723 . A G 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=47 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
-chr17 8731503 . G C 11.1 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=46 PL:GT:GQ 42,6,0:1/1:49
-chr17 9282935 . T C,G 24.5 . DP=10;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,6,0;MQ=40 PL:GT:GQ 57,12,61,0,3,61:1/1:72
-chr17 17284831 . T C 29 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=25 PL:GT:GQ 61,9,0:1/1:63
-chr17 18439515 . G A 4.11 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=25 PL:GT:GQ 34,9,0:1/1:63
-chr17 18602146 . C T 4.76 . DP=20;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,11;MQ=16 PL:GT:GQ 36,33,0:1/1:99
-chr17 19427888 . C T 57 . DP=104;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=45,0,29,0;MQ=39;PV4=1,2.2e-12,1,1 PL:GT:GQ 87,0,131:0/1:90
-chr17 19604159 . T C 9.31 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=45 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
-chr17 19610366 . C T 13 . DP=13;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=48 PL:GT:GQ 44,6,0:1/1:49
-chr17 20484706 . C G 51 . DP=35;AF1=0.5001;CI95=0.5,0.5;DP4=0,11,0,21;MQ=21;PV4=1,0.39,0.49,1 PL:GT:GQ 81,0,36:0/1:39
-chr17 20555720 . A G 26.3 . DP=8;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,5;MQ=28 PL:GT:GQ 59,15,0:1/1:75
-chr17 24328984 . A C 15.4 . DP=34;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,5,0;MQ=25 PL:GT:GQ 48,15,0:1/1:75
-chr17 26237090 . G A 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=44 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
-chr17 28394766 . C A 13.9 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=31 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
-chr17 31218277 . A G 3.62 . DP=38;AF1=0.5161;CI95=0.5,0.5;DP4=0,1,0,2;MQ=38;PV4=1,0.26,1,1 PL:GT:GQ 31,0,12:0/1:15
-chr17 31254021 . C T 15.1 . DP=10;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=35 PL:GT:GQ 47,9,0:1/1:63
-chr17 32516798 . G A 37.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=49 PL:GT:GQ 69,6,0:1/1:49
-chr17 32600253 . A G 16.6 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=25 PL:GT:GQ 49,12,0:1/1:72
-chr17 34255214 . G C 19.2 . DP=8;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,6;MQ=21 PL:GT:GQ 52,18,0:1/1:90
-chr17 34365900 . T C 93.1 . DP=6;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,6,0;MQ=38 PL:GT:GQ 126,18,0:1/1:90
-chr17 35380386 . A T 6.79 . DP=44;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=46 PL:GT:GQ 37,6,0:1/1:49
-chr17 41993344 . C T 64 . DP=41;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,41;MQ=16 PL:GT:GQ 97,123,0:1/1:99
-chr17 42128201 . A G 4.13 . DP=5;AF1=0.4998;CI95=0.5,0.5;DP4=0,2,0,2;MQ=52;PV4=1,0.0041,1,1 PL:GT:GQ 32,0,62:0/1:35
-chr17 42984490 . C A 56 . DP=33;AF1=0.5001;CI95=0.5,0.5;DP4=6,0,12,0;MQ=42;PV4=1,0.004,1,1 PL:GT:GQ 86,0,34:0/1:37
-chr17 43419457 . G A 99 . DP=16;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,14;MQ=45 PL:GT:GQ 185,42,0:1/1:99
-chr17 43421225 . A G 65.1 . DP=31;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,6,0,17;MQ=43;PV4=1,0.004,1,1 PL:GT:GQ 98,18,0:1/1:90
-chr17 45206897 . G A 22 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=47 PL:GT:GQ 54,9,0:1/1:63
-chr17 45381302 . T C 18.6 . DP=6;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,4;MQ=25 PL:GT:GQ 51,12,0:1/1:72
-chr17 45530812 . C A 3.54 . DP=6;AF1=0.4998;CI95=0.5,0.5;DP4=0,3,0,2;MQ=40;PV4=1,1,0.37,1 PL:GT:GQ 31,0,58:0/1:34
-chr17 50242633 . G A 44 . DP=42;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=0,25,0,13;MQ=32;PV4=1,0.084,0.14,1 PL:GT:GQ 74,0,154:0/1:77
-chr17 51275317 . G A 14.9 . DP=10;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=31 PL:GT:GQ 46,6,0:1/1:49
-chr17 52325530 . C T 29 . DP=19;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,18;MQ=24 PL:GT:GQ 62,54,0:1/1:99
-chr17 52411748 . T G 18.6 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=25 PL:GT:GQ 51,12,0:1/1:72
-chr17 53190746 . C G 62.1 . DP=20;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,6;MQ=40 PL:GT:GQ 95,18,0:1/1:90
-chr17 58289916 . T C 18.2 . DP=8;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,6;MQ=22 PL:GT:GQ 51,18,0:1/1:90
-chr17 59796875 . C T 42 . DP=6;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=35 PL:GT:GQ 74,9,0:1/1:63
diff --git a/tests/tabix_data/vcf/README.txt b/tests/tabix_data/vcf/README.txt
deleted file mode 100644
index d6d26ec..0000000
--- a/tests/tabix_data/vcf/README.txt
+++ /dev/null
@@ -1,11 +0,0 @@
-Edits that were necessary to parse these files:
-
-23.vcf: change
-##INFO=<ID=MQ0Fraction,Number=1,Type=Integer,Description="Fraction of Mapping Quality Zero Reads">
-to
-##INFO=<ID=MQ0Fraction,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Mapping Quality Zero Reads">
-
-similar changes in 16.vcf and 2.vcf
-
-13.vcf
-Flag should not have a value.
diff --git a/tests/tabix_data/vcf/issue85.vcf b/tests/tabix_data/vcf/issue85.vcf
deleted file mode 100644
index 31695cc..0000000
--- a/tests/tabix_data/vcf/issue85.vcf
+++ /dev/null
@@ -1,26 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.1
-##samtoolsVersion=0.1.18 (r982:295)
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth">
-##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
-##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description="Root-mean-square mapping quality of covering reads">
-##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability of all samples being the same">
-##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele frequency (assuming HWE)">
-##INFO=<ID=AC1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele count (no HWE assumption)">
-##INFO=<ID=G3,Number=3,Type=Float,Description="ML estimate of genotype frequencies">
-##INFO=<ID=HWE,Number=1,Type=Float,Description="Chi^2 based HWE test P-value based on G3">
-##INFO=<ID=CLR,Number=1,Type=Integer,Description="Log ratio of genotype likelihoods with and without the constraint">
-##INFO=<ID=UGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable unconstrained genotype configuration in the trio">
-##INFO=<ID=CGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable constrained genotype configuration in the trio">
-##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias">
-##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL.">
-##INFO=<ID=PC2,Number=2,Type=Integer,Description="Phred probability of the nonRef allele frequency in group1 samples being larger (,smaller) than in group2.">
-##INFO=<ID=PCHI2,Number=1,Type=Float,Description="Posterior weighted chi^2 P-value for testing the association between group1 and group2 samples.">
-##INFO=<ID=QCHI2,Number=1,Type=Integer,Description="Phred scaled PCHI2.">
-##INFO=<ID=PR,Number=1,Type=Integer,Description="# permutations yielding a smaller PCHI2.">
-##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description="Variant Distance Bias">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description="Likelihoods for RR,RA,AA genotypes (R=ref,A=alt)">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases">
-##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
-##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods">
diff --git a/tests/tabix_test.py b/tests/tabix_test.py
deleted file mode 100644
index bc3c80a..0000000
--- a/tests/tabix_test.py
+++ /dev/null
@@ -1,1020 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''unit testing code for pysam.
-
-Execute in the :file:`tests` directory as it requires the Makefile
-and data files located there.
-'''
-
-import sys
-import os
-import shutil
-import gzip
-import pysam
-import unittest
-import glob
-import re
-
-DATADIR = 'tabix_data'
-
-IS_PYTHON3 = sys.version_info[0] >= 3
-
-
-def myzip_open(infile, mode="r"):
- '''open compressed file and decode.'''
-
- def _convert(f):
- for l in f:
- yield l.decode("ascii")
-
- if IS_PYTHON3:
- if mode == "r":
- return _convert(gzip.open(infile, "r"))
- else:
- return gzip.open(mode)
-
-
-def loadAndConvert(infile, encode=True):
- '''load data from infile and convert all fields to string.
-
- Infile can be either plain or compressed (ending in .gz).
- '''
- data = []
- if infile.endswith(".gz"):
- for line in gzip.open(infile):
- line = line.decode("ascii")
- if line.startswith("#"):
- continue
- d = line.strip().split("\t")
- data.append(d)
- else:
- with open(infile) as f:
- for line in f:
- if line.startswith("#"):
- continue
- d = line.strip().split("\t")
- data.append(d)
-
- return data
-
-
-def splitToBytes(s):
- '''split string and return list of bytes.'''
- return [x.encode("ascii") for x in s.split("\t")]
-
-
-def checkBinaryEqual(filename1, filename2):
- '''return true if the two files are binary equal.'''
- if os.path.getsize(filename1) != os.path.getsize(filename2):
- return False
-
- infile1 = open(filename1, "rb")
- infile2 = open(filename2, "rb")
-
- d1, d2 = infile1.read(), infile2.read()
- found = False
- for c1, c2 in zip(d1, d2):
- if c1 != c2:
- break
- else:
- found = True
-
- infile1.close()
- infile2.close()
- return found
-
-
-class TestIndexing(unittest.TestCase):
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz")
- filename_idx = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz.tbi")
-
- def setUp(self):
-
- self.tmpfilename = "tmp_%i.gtf.gz" % id(self)
- shutil.copyfile(self.filename, self.tmpfilename)
-
- def testIndexPreset(self):
- '''test indexing via preset.'''
-
- pysam.tabix_index(self.tmpfilename, preset="gff")
- checkBinaryEqual(self.tmpfilename + ".tbi", self.filename_idx)
-
- def tearDown(self):
- os.unlink(self.tmpfilename)
- os.unlink(self.tmpfilename + ".tbi")
-
-
-class TestCompression(unittest.TestCase):
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz")
- filename_idx = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz.tbi")
- preset = "gff"
-
- def setUp(self):
-
- self.tmpfilename = "tmp_%i" % id(self)
- infile = gzip.open(self.filename, "rb")
- outfile = open(self.tmpfilename, "wb")
- outfile.write(infile.read())
- outfile.close()
- infile.close()
-
- def testCompression(self):
- '''see also issue 106'''
- pysam.tabix_compress(self.tmpfilename, self.tmpfilename + ".gz")
- checkBinaryEqual(self.tmpfilename, self.tmpfilename + ".gz")
-
- def testIndexPresetUncompressed(self):
- '''test indexing via preset.'''
-
- pysam.tabix_index(self.tmpfilename, preset=self.preset)
- # check if uncompressed file has been removed
- self.assertEqual(os.path.exists(self.tmpfilename), False)
- checkBinaryEqual(self.tmpfilename + ".gz", self.filename)
- checkBinaryEqual(self.tmpfilename + ".gz.tbi", self.filename_idx)
-
- def testIndexPresetCompressed(self):
- '''test indexing via preset.'''
-
- pysam.tabix_compress(self.tmpfilename, self.tmpfilename + ".gz")
- pysam.tabix_index(self.tmpfilename + ".gz", preset=self.preset)
- checkBinaryEqual(self.tmpfilename + ".gz", self.filename)
- checkBinaryEqual(self.tmpfilename + ".gz.tbi", self.filename_idx)
-
- def tearDown(self):
-
- try:
- os.unlink(self.tmpfilename)
- os.unlink(self.tmpfilename + ".gz")
- os.unlink(self.tmpfilename + ".gz.tbi")
- except OSError:
- pass
-
-
-class TestCompressionSam(TestCompression):
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.sam.gz")
- filename_index = os.path.join(DATADIR, "example.sam.gz.tbi")
- preset = "sam"
-
-
-class TestCompressionBed(TestCompression):
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.bed.gz")
- filename_index = os.path.join(DATADIR, "example.bed.gz.tbi")
- preset = "bed"
-
-
-class TestCompressionVCF(TestCompression):
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.vcf.gz")
- filename_index = os.path.join(DATADIR, "example.vcf.gz.tbi")
- preset = "vcf"
-
-
-class IterationTest(unittest.TestCase):
-
- with_comments = False
-
- def setUp(self):
-
- lines = []
- inf = gzip.open(self.filename, "rb")
- for line in inf:
- line = line.decode('ascii')
- if line.startswith("#"):
- if not self.with_comments:
- continue
- lines.append(line)
- inf.close()
-
- # creates index of contig, start, end, adds content without newline.
- self.compare = [
- (x[0][0], int(x[0][3]), int(x[0][4]), x[1])
- for x in [(y.split("\t"), y[:-1]) for y in lines
- if not y.startswith("#")]]
-
- self.comments = [x[:-1] for x in lines if x.startswith("#")]
-
- def getSubset(self, contig=None, start=None, end=None):
-
- if contig is None:
- # all lines
- subset = [x[3] for x in self.compare]
- else:
- if start is not None and end is None:
- # until end of contig
- subset = [x[3]
- for x in self.compare if x[0] == contig
- and x[2] > start]
- elif start is None and end is not None:
- # from start of contig
- subset = [x[3]
- for x in self.compare if x[0] == contig
- and x[1] <= end]
- elif start is None and end is None:
- subset = [x[3] for x in self.compare if x[0] == contig]
- else:
- # all within interval
- subset = [x[3] for x in self.compare if x[0] == contig
- and min(x[2], end) - max(x[1], start) > 0]
-
- if self.with_comments:
- subset.extend(self.comments)
-
- return subset
-
- def checkPairwise(self, result, ref):
- '''check pairwise results.
- '''
- result.sort()
- ref.sort()
- a = set(result)
- b = set(ref)
-
- self.assertEqual(
- len(result), len(ref),
- "unexpected number of results: "
- "result=%i, expected ref=%i, differences are %s: %s"
- % (len(result), len(ref),
- a.difference(b),
- b.difference(a)))
-
- for x, d in enumerate(list(zip(result, ref))):
- self.assertEqual(
- d[0], d[1],
- "unexpected results in pair %i:\n'%s', expected\n'%s'" %
- (x, d[0], d[1]))
-
-
-class TestGZFile(IterationTest):
-
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz")
- with_comments = True
-
- def setUp(self):
-
- IterationTest.setUp(self)
-
- self.iter = pysam.GZIterator(self.filename)
-
- def testAll(self):
- result = list(self.iter)
- ref = self.getSubset()
- self.checkPairwise(result, ref)
-
-
-class TestIterationWithoutComments(IterationTest):
- '''test iterating with TabixFile.fetch() when
- there are no comments in the file.'''
-
- filename = os.path.join(DATADIR,
- "example.gtf.gz")
-
- def setUp(self):
- IterationTest.setUp(self)
- self.tabix = pysam.TabixFile(self.filename)
-
- def testRegionStrings(self):
- """test if access with various region strings
- works"""
-
- self.assertEqual(218, len(list(
- self.tabix.fetch("chr1"))))
- self.assertEqual(218, len(list(
- self.tabix.fetch("chr1", 1000))))
- self.assertEqual(218, len(list(
- self.tabix.fetch("chr1", end=1000000))))
- self.assertEqual(218, len(list(
- self.tabix.fetch("chr1", 1000, 1000000))))
-
- def testAll(self):
- result = list(self.tabix.fetch())
- ref = self.getSubset()
- self.checkPairwise(result, ref)
-
- def testPerContig(self):
- for contig in ("chr1", "chr2", "chr1", "chr2"):
- result = list(self.tabix.fetch(contig))
- ref = self.getSubset(contig)
- self.checkPairwise(result, ref)
-
- def testPerContigToEnd(self):
-
- end = None
- for contig in ("chr1", "chr2", "chr1", "chr2"):
- for start in range(0, 200000, 1000):
- result = list(self.tabix.fetch(contig, start, end))
- ref = self.getSubset(contig, start, end)
- self.checkPairwise(result, ref)
-
- def testPerContigFromStart(self):
-
- start = None
- for contig in ("chr1", "chr2", "chr1", "chr2"):
- for end in range(0, 200000, 1000):
- result = list(self.tabix.fetch(contig, start, end))
- ref = self.getSubset(contig, start, end)
- self.checkPairwise(result, ref)
-
- def testPerContig2(self):
-
- start, end = None, None
- for contig in ("chr1", "chr2", "chr1", "chr2"):
- result = list(self.tabix.fetch(contig, start, end))
- ref = self.getSubset(contig, start, end)
- self.checkPairwise(result, ref)
-
- def testPerInterval(self):
-
- start, end = None, None
- for contig in ("chr1", "chr2", "chr1", "chr2"):
- for start in range(0, 200000, 2000):
- for end in range(start, start + 2000, 500):
- result = list(self.tabix.fetch(contig, start, end))
- ref = self.getSubset(contig, start, end)
- self.checkPairwise(result, ref)
-
- def testInvalidIntervals(self):
-
- # invalid intervals (start > end)
- self.assertRaises(ValueError, self.tabix.fetch, "chr1", 0, -10)
- self.assertRaises(ValueError, self.tabix.fetch, "chr1", 200, 0)
-
- # out of range intervals
- self.assertRaises(ValueError, self.tabix.fetch, "chr1", -10, 200)
- self.assertRaises(ValueError, self.tabix.fetch, "chr1", -10, -20)
-
- # unknown chromosome
- self.assertRaises(ValueError, self.tabix.fetch, "chrUn")
-
- # out of range access
- # to be implemented
- # self.assertRaises(IndexError, self.tabix.fetch, "chr1", 1000000, 2000000)
-
- # raise no error for invalid intervals
- self.tabix.fetch("chr1", 100, 100)
-
-
- def testGetContigs(self):
- self.assertEqual(sorted(self.tabix.contigs), [b"chr1", b"chr2"])
- # check that contigs is read-only
- self.assertRaises(
- AttributeError, setattr, self.tabix, "contigs", ["chr1", "chr2"])
-
- def testHeader(self):
- ref = []
- inf = gzip.open(self.filename)
- for x in inf:
- x = x.decode("ascii")
- if not x.startswith("#"):
- break
- ref.append(x[:-1].encode('ascii'))
- inf.close()
-
- header = list(self.tabix.header)
- self.assertEqual(ref, header)
-
- def testReopening(self):
- '''test repeated opening of the same file.'''
- def func1():
- # opens any tabix file
- inf = pysam.TabixFile(self.filename)
- return
-
- for i in range(10000):
- func1()
-
-
-class TestIterationWithComments(TestIterationWithoutComments):
- '''test iterating with TabixFile.fetch() when
- there are comments in the file.
-
- Tests will create plenty of warnings on stderr.
- '''
-
- filename = os.path.join(DATADIR, "example_comments.gtf.gz")
-
- def setUp(self):
- TestIterationWithoutComments.setUp(self)
-
-
-class TestParser(unittest.TestCase):
-
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz")
-
- def setUp(self):
-
- self.tabix = pysam.TabixFile(self.filename)
- self.compare = loadAndConvert(self.filename)
-
- def testRead(self):
-
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asTuple())):
- self.assertEqual(self.compare[x], list(r))
- self.assertEqual(len(self.compare[x]), len(r))
-
- # test indexing
- for c in range(0, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c], r[c])
-
- # test slicing access
- for c in range(0, len(r) - 1):
- for cc in range(c + 1, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c:cc],
- r[c:cc])
-
- def testWrite(self):
-
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asTuple())):
- self.assertEqual(self.compare[x], list(r))
- c = list(r)
- for y in range(len(r)):
- r[y] = "test_%05i" % y
- c[y] = "test_%05i" % y
- self.assertEqual([x for x in c], list(r))
- self.assertEqual("\t".join(c), str(r))
- # check second assignment
- for y in range(len(r)):
- r[y] = "test_%05i" % y
- self.assertEqual([x for x in c], list(r))
- self.assertEqual("\t".join(c), str(r))
-
- def testUnset(self):
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asTuple())):
- self.assertEqual(self.compare[x], list(r))
- c = list(r)
- e = list(r)
- for y in range(len(r)):
- r[y] = None
- c[y] = None
- e[y] = ""
- self.assertEqual(c, list(r))
- self.assertEqual("\t".join(e), str(r))
-
- def testIteratorCompressed(self):
- '''test iteration from compressed file.'''
- with gzip.open(self.filename) as infile:
- for x, r in enumerate(pysam.tabix_iterator(
- infile, pysam.asTuple())):
- self.assertEqual(self.compare[x], list(r))
- self.assertEqual(len(self.compare[x]), len(r))
-
- # test indexing
- for c in range(0, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c], r[c])
-
- # test slicing access
- for c in range(0, len(r) - 1):
- for cc in range(c + 1, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c:cc],
- r[c:cc])
-
- def testIteratorUncompressed(self):
- '''test iteration from uncompressed file.'''
- tmpfilename = 'tmp_testIteratorUncompressed'
- infile = gzip.open(self.filename, "rb")
- outfile = open(tmpfilename, "wb")
- outfile.write(infile.read())
- outfile.close()
- infile.close()
-
- with open(tmpfilename) as infile:
- for x, r in enumerate(pysam.tabix_iterator(
- infile, pysam.asTuple())):
- self.assertEqual(self.compare[x], list(r))
- self.assertEqual(len(self.compare[x]), len(r))
-
- # test indexing
- for c in range(0, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c], r[c])
-
- # test slicing access
- for c in range(0, len(r) - 1):
- for cc in range(c + 1, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c:cc],
- r[c:cc])
-
- os.unlink(tmpfilename)
-
-
-class TestIterators(unittest.TestCase):
-
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz")
-
- iterator = pysam.tabix_generic_iterator
- parser = pysam.asTuple
- is_compressed = False
-
- def setUp(self):
-
- self.tabix = pysam.TabixFile(self.filename)
- self.compare = loadAndConvert(self.filename)
- self.tmpfilename_uncompressed = 'tmp_TestIterators'
- infile = gzip.open(self.filename, "rb")
- outfile = open(self.tmpfilename_uncompressed, "wb")
- outfile.write(infile.read())
- outfile.close()
- infile.close()
-
- def open(self):
-
- if self.is_compressed:
- infile = gzip.open(self.filename)
- else:
- infile = open(self.tmpfilename_uncompressed)
- return infile
-
- def testIteration(self):
-
- infile = self.open()
-
- for x, r in enumerate(self.iterator(infile, self.parser())):
- self.assertEqual(self.compare[x], list(r))
- self.assertEqual(len(self.compare[x]), len(r))
-
- # test indexing
- for c in range(0, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c], r[c])
-
- # test slicing access
- for c in range(0, len(r) - 1):
- for cc in range(c + 1, len(r)):
- self.assertEqual(self.compare[x][c:cc],
- r[c:cc])
-
- def testClosedFile(self):
- '''test for error when iterating from closed file.'''
- infile = self.open()
- infile.close()
-
- # iterating from a closed file should raise a value error
- self.assertRaises(ValueError, self.iterator, infile, self.parser())
-
- def testClosedFileIteration(self):
- '''test for error when iterating from file that has been closed'''
-
- infile = self.open()
-
- i = self.iterator(infile, self.parser())
- x = i.next()
- infile.close()
- # Not implemented
- # self.assertRaises(ValueError, i.next)
-
- def tearUp(self):
- os.unlink(self.tmpfilename_uncompressed)
-
-
-class TestIteratorsGenericCompressed(TestIterators):
- is_compressed = True
-
-
-class TestIteratorsFileCompressed(TestIterators):
- iterator = pysam.tabix_file_iterator
- is_compressed = True
-
-
-class TestIteratorsFileUncompressed(TestIterators):
- iterator = pysam.tabix_file_iterator
- is_compressed = False
-
-
-class TestGTF(TestParser):
-
- def testRead(self):
-
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asGTF())):
- c = self.compare[x]
- self.assertEqual(len(c), len(r))
- self.assertEqual(list(c), list(r))
- self.assertEqual(c, str(r).split("\t"))
- self.assertTrue(r.gene_id.startswith("ENSG"))
- if r.feature != 'gene':
- self.assertTrue(r.transcript_id.startswith("ENST"))
- self.assertEqual(c[0], r.contig)
-
-
-class TestIterationMalformattedGTFFiles(unittest.TestCase):
- '''test reading from malformatted gtf files.'''
-
- parser = pysam.asGTF
- iterator = pysam.tabix_generic_iterator
- parser = pysam.asGTF
-
- def testGTFTooManyFields(self):
-
- iterator = self.iterator(
- gzip.open(os.path.join(DATADIR,
- "gtf_toomany_fields.gtf.gz")),
- parser=self.parser())
- self.assertRaises(ValueError, iterator.next)
-
- def testGTFTooFewFields(self):
-
- iterator = self.iterator(
- gzip.open(os.path.join(DATADIR,
- "gtf_toofew_fields.gtf.gz")),
- parser=self.parser())
- self.assertRaises(ValueError, iterator.next)
-
-
-class TestBed(unittest.TestCase):
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.bed.gz")
-
- def setUp(self):
-
- self.tabix = pysam.TabixFile(self.filename)
- self.compare = loadAndConvert(self.filename)
-
- def testRead(self):
-
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asBed())):
- c = self.compare[x]
- self.assertEqual(len(c), len(r))
- self.assertEqual(c, str(r).split("\t"))
- self.assertEqual(c[0], r.contig)
- self.assertEqual(int(c[1]), r.start)
- self.assertEqual(int(c[2]), r.end)
- self.assertEqual(list(c), list(r))
-
- def testWrite(self):
-
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asBed())):
- c = self.compare[x]
- self.assertEqual(c, str(r).split("\t"))
- self.assertEqual(list(c), list(r))
-
- r.contig = "test"
- self.assertEqual("test", r.contig)
- self.assertEqual("test", r[0])
-
- r.start += 1
- self.assertEqual(int(c[1]) + 1, r.start)
- self.assertEqual(str(int(c[1]) + 1), r[1])
-
- r.end += 1
- self.assertEqual(int(c[2]) + 1, r.end)
- self.assertEqual(str(int(c[2]) + 1), r[2])
-
-
-class TestVCF(unittest.TestCase):
-
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.vcf40")
-
- def setUp(self):
- self.tmpfilename = "tmp_%s.vcf" % id(self)
- shutil.copyfile(self.filename, self.tmpfilename)
- pysam.tabix_index(self.tmpfilename, preset="vcf")
-
- def tearDown(self):
- os.unlink(self.tmpfilename + ".gz")
- if os.path.exists(self.tmpfilename + ".gz.tbi"):
- os.unlink(self.tmpfilename + ".gz.tbi")
-
-
-if IS_PYTHON3:
- class TestUnicode(unittest.TestCase):
- '''test reading from a file with non-ascii characters.'''
-
- filename = os.path.join(DATADIR, "example_unicode.vcf")
-
- def setUp(self):
- self.tmpfilename = "tmp_%s.vcf" % id(self)
- shutil.copyfile(self.filename, self.tmpfilename)
- pysam.tabix_index(self.tmpfilename, preset="vcf")
-
- def testFromTabix(self):
-
- # use ascii encoding - should raise error
- t = pysam.TabixFile(self.tmpfilename + ".gz", encoding="ascii")
- results = list(t.fetch(parser=pysam.asVCF()))
- self.assertRaises(UnicodeDecodeError, getattr, results[1], "id")
-
- t = pysam.TabixFile(self.tmpfilename + ".gz", encoding="utf-8")
- results = list(t.fetch(parser=pysam.asVCF()))
- self.assertEqual(getattr(results[1], "id"), u"Rene\xe9")
-
- def testFromVCF(self):
- self.vcf = pysam.VCF()
- self.assertRaises(
- UnicodeDecodeError,
- self.vcf.connect, self.tmpfilename + ".gz", "ascii")
- self.vcf.connect(self.tmpfilename + ".gz", encoding="utf-8")
- v = self.vcf.getsamples()[0]
-
-
-class TestVCFFromTabix(TestVCF):
-
- columns = ("contig", "pos", "id",
- "ref", "alt", "qual",
- "filter", "info", "format")
-
- def setUp(self):
-
- TestVCF.setUp(self)
-
- self.tabix = pysam.TabixFile(self.tmpfilename + ".gz")
- self.compare = loadAndConvert(self.filename)
-
- def testRead(self):
-
- ncolumns = len(self.columns)
-
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asVCF())):
- c = self.compare[x]
- for y, field in enumerate(self.columns):
- # it is ok to have a missing format column
- if y == 8 and y == len(c):
- continue
- if field == "pos":
- self.assertEqual(int(c[y]) - 1, getattr(r, field))
- self.assertEqual(int(c[y]) - 1, r.pos)
- else:
- self.assertEqual(c[y], getattr(r, field),
- "mismatch in field %s: %s != %s" %
- (field, c[y], getattr(r, field)))
- if len(c) == 8:
- self.assertEqual(0, len(r))
- else:
- self.assertEqual(len(c), len(r) + ncolumns)
-
- for y in range(len(c) - ncolumns):
- self.assertEqual(c[ncolumns + y], r[y])
-
- def testWrite(self):
-
- ncolumns = len(self.columns)
-
- for x, r in enumerate(self.tabix.fetch(parser=pysam.asVCF())):
- c = self.compare[x]
- # check unmodified string
- cmp_string = str(r)
- ref_string = "\t".join([x for x in c])
-
- self.assertEqual(ref_string, cmp_string)
-
- # set fields and compare field-wise
- for y, field in enumerate(self.columns):
- # it is ok to have a missing format column
- if y == 8 and y == len(c):
- continue
- if field == "pos":
- rpos = getattr(r, field)
- self.assertEqual(int(c[y]) - 1, rpos)
- self.assertEqual(int(c[y]) - 1, r.pos)
- # increment pos by 1
- setattr(r, field, rpos + 1)
- self.assertEqual(getattr(r, field), rpos + 1)
- c[y] = str(int(c[y]) + 1)
- else:
- setattr(r, field, "test_%i" % y)
- c[y] = "test_%i" % y
- self.assertEqual(c[y], getattr(r, field),
- "mismatch in field %s: %s != %s" %
- (field, c[y], getattr(r, field)))
-
- if len(c) == 8:
- self.assertEqual(0, len(r))
- else:
- self.assertEqual(len(c), len(r) + ncolumns)
-
- for y in range(len(c) - ncolumns):
- c[ncolumns + y] = "test_%i" % y
- r[y] = "test_%i" % y
- self.assertEqual(c[ncolumns + y], r[y])
-
-
-class TestVCFFromVCF(TestVCF):
-
- columns = ("chrom", "pos", "id",
- "ref", "alt", "qual",
- "filter", "info", "format")
-
- # tests failing while parsing
- fail_on_parsing = (
- (5, "Flag fields should not have a value"),
- (9, "aouao"),
- (13, "aoeu"),
- (18, "Error BAD_NUMBER_OF_PARAMETERS"),
- (24, "Error HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS"))
-
- # tests failing on opening
- fail_on_opening = ((24, "Error HEADING_NOT_SEPARATED_BY_TABS"),
- )
-
- def setUp(self):
-
- TestVCF.setUp(self)
-
- self.vcf = pysam.VCF()
- self.compare = loadAndConvert(self.filename, encode=False)
-
- def testConnecting(self):
-
- fn = os.path.basename(self.filename)
- for x, msg in self.fail_on_opening:
- if "%i.vcf" % x == fn:
- self.assertRaises(ValueError,
- self.vcf.connect,
- self.tmpfilename + ".gz")
- else:
- self.vcf.connect(self.tmpfilename + ".gz")
-
- def testParsing(self):
-
- fn = os.path.basename(self.filename)
- with open(self.filename) as f:
-
- for x, msg in self.fail_on_opening:
- if "%i.vcf" % x == fn:
- self.assertRaises(ValueError, self.vcf.parse, f)
- return
- else:
- iter = self.vcf.parse(f)
-
- for x, msg in self.fail_on_parsing:
- if "%i.vcf" % x == fn:
- self.assertRaises(ValueError, list, iter)
- break
- # python 2.7
- # self.assertRaisesRegexp(
- # ValueError, re.compile(msg), self.vcf.parse, f)
- else:
- # do the actual parsing
- for x, r in enumerate(iter):
- c = self.compare[x]
- for y, field in enumerate(self.columns):
- # it is ok to have a missing format column
- if y == 8 and y == len(c):
- continue
-
- val = r[field]
- if field == "pos":
- self.assertEqual(int(c[y]) - 1, val)
- elif field == "alt":
- if c[y] == ".":
- # convert . to empty list
- self.assertEqual(
- [], val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
- else:
- # convert to list
- self.assertEqual(
- c[y].split(","), val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
-
- elif field == "filter":
- if c[y] == "PASS" or c[y] == ".":
- # convert PASS to empty list
- self.assertEqual(
- [], val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
- else:
- # convert to list
- self.assertEqual(
- c[y].split(";"), val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
-
- elif field == "info":
- # tests for info field not implemented
- pass
- elif field == "qual" and c[y] == ".":
- self.assertEqual(
- -1, val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
-
- elif field == "format":
- # format field converted to list
- self.assertEqual(
- c[y].split(":"), val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
-
- elif type(val) in (int, float):
- if c[y] == ".":
- self.assertEqual(
- None, val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
- else:
- self.assertEqual(
- float(c[y]), float(val),
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
- else:
- self.assertEqual(
- c[y], val,
- "mismatch in field %s: expected %s, got %s" %
- (field, c[y], val))
-
-############################################################################
-# create a test class for each example vcf file.
-# Two samples are created -
-# 1. Testing pysam/tabix access
-# 2. Testing the VCF class
-vcf_files = glob.glob(os.path.join(DATADIR, "vcf", "*.vcf"))
-
-for vcf_file in vcf_files:
- n = "VCFFromTabixTest_%s" % os.path.basename(vcf_file[:-4])
- globals()[n] = type(n, (TestVCFFromTabix,), dict(filename=vcf_file,))
- n = "VCFFromVCFTest_%s" % os.path.basename(vcf_file[:-4])
- globals()[n] = type(n, (TestVCFFromVCF,), dict(filename=vcf_file,))
-
-############################################################################
-
-
-class TestRemoteFileHTTP(unittest.TestCase):
-
- url = "http://genserv.anat.ox.ac.uk/downloads/pysam/test/example_htslib.gtf.gz"
- region = "chr1:1-1000"
- local = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz")
-
- def testFetchAll(self):
- remote_file = pysam.TabixFile(self.url, "r")
- remote_result = list(remote_file.fetch())
- local_file = pysam.TabixFile(self.local, "r")
- local_result = list(local_file.fetch())
-
- self.assertEqual(len(remote_result), len(local_result))
- for x, y in zip(remote_result, local_result):
- self.assertEqual(x, y)
-
-
-class TestIndexArgument(unittest.TestCase):
-
- filename_src = os.path.join(DATADIR, "example.vcf.gz")
- filename_dst = "tmp_example.vcf.gz"
- index_src = os.path.join(DATADIR, "example.vcf.gz.tbi")
- index_dst = "tmp_index_example.vcf.gz.tbi"
- preset = "vcf"
-
- def testFetchAll(self):
- shutil.copyfile(self.filename_src, self.filename_dst)
- shutil.copyfile(self.index_src, self.index_dst)
- same_basename_file = pysam.TabixFile(
- self.filename_src, "r", index=self.index_src)
- same_basename_results = list(same_basename_file.fetch())
- diff_index_file = pysam.TabixFile(
- self.filename_dst, "r", index=self.index_dst)
- diff_index_result = list(diff_index_file.fetch())
-
- self.assertEqual(len(same_basename_results), len(diff_index_result))
- for x, y in zip(same_basename_results, diff_index_result):
- self.assertEqual(x, y)
-
-
-def _TestMultipleIteratorsHelper(filename, multiple_iterators):
- '''open file within scope, return iterator.'''
-
- tabix = pysam.TabixFile(filename)
- iterator = tabix.fetch(parser=pysam.asGTF(),
- multiple_iterators=multiple_iterators)
- tabix.close()
- return iterator
-
-
-class TestMultipleIterators(unittest.TestCase):
-
- filename = os.path.join(DATADIR, "example.gtf.gz")
-
- def testJoinedIterators(self):
-
- # two iterators working on the same file
- tabix = pysam.TabixFile(self.filename)
- a = tabix.fetch(parser=pysam.asGTF()).next()
- b = tabix.fetch(parser=pysam.asGTF()).next()
- # the first two lines differ only by the feature field
- self.assertEqual(a.feature, "UTR")
- self.assertEqual(b.feature, "exon")
- self.assertEqual(re.sub("UTR", "", str(a)),
- re.sub("exon", "", str(b)))
-
- def testDisjointIterators(self):
- # two iterators working on the same file
- tabix = pysam.TabixFile(self.filename)
- a = tabix.fetch(parser=pysam.asGTF(), multiple_iterators=True).next()
- b = tabix.fetch(parser=pysam.asGTF(), multiple_iterators=True).next()
- # both iterators are at top of file
- self.assertEqual(str(a), str(b))
-
- def testScope(self):
- # technically it does not really test if the scope is correct
- i = _TestMultipleIteratorsHelper(self.filename,
- multiple_iterators=True)
- self.assertTrue(i.next())
- i = _TestMultipleIteratorsHelper(self.filename,
- multiple_iterators=False)
- self.assertRaises(IOError, i.next)
-
- def testDoubleFetch(self):
-
- f = pysam.TabixFile(self.filename)
-
- for a, b in zip(f.fetch(multiple_iterators=True),
- f.fetch(multiple_iterators=True)):
- self.assertEqual(str(a), str(b))
-
-
-if __name__ == "__main__":
- unittest.main()
diff --git a/win32/getopt.c b/win32/getopt.c
deleted file mode 100644
index 3cd998f..0000000
--- a/win32/getopt.c
+++ /dev/null
@@ -1,1261 +0,0 @@
-/* Getopt for GNU.
- NOTE: getopt is now part of the C library, so if you don't know what
- "Keep this file name-space clean" means, talk to drepper at gnu.org
- before changing it!
- Copyright (C) 1987,88,89,90,91,92,93,94,95,96,98,99,2000,2001
- Free Software Foundation, Inc.
- This file is part of the GNU C Library.
-
- The GNU C Library is free software; you can redistribute it and/or
- modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
- License as published by the Free Software Foundation; either
- version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
-
- The GNU C Library is distributed in the hope that it will be useful,
- but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
- Lesser General Public License for more details.
-
- You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
- License along with the GNU C Library; if not, write to the Free
- Software Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA
- 02111-1307 USA. */
-
-/* This tells Alpha OSF/1 not to define a getopt prototype in <stdio.h>.
- Ditto for AIX 3.2 and <stdlib.h>. */
-#ifndef _NO_PROTO
-# define _NO_PROTO
-#endif
-
-#ifdef HAVE_CONFIG_H
-# include <config.h>
-#endif
-
-#if !defined __STDC__ || !__STDC__
-/* This is a separate conditional since some stdc systems
- reject `defined (const)'. */
-# ifndef const
-# define const
-# endif
-#endif
-
-#include <stdio.h>
-
-/* Comment out all this code if we are using the GNU C Library, and are not
- actually compiling the library itself. This code is part of the GNU C
- Library, but also included in many other GNU distributions. Compiling
- and linking in this code is a waste when using the GNU C library
- (especially if it is a shared library). Rather than having every GNU
- program understand `configure --with-gnu-libc' and omit the object files,
- it is simpler to just do this in the source for each such file. */
-
-#define GETOPT_INTERFACE_VERSION 2
-#if !defined _LIBC && defined __GLIBC__ && __GLIBC__ >= 2
-# include <gnu-versions.h>
-# if _GNU_GETOPT_INTERFACE_VERSION == GETOPT_INTERFACE_VERSION
-# define ELIDE_CODE
-# endif
-#endif
-
-#ifndef ELIDE_CODE
-
-
-/* This needs to come after some library #include
- to get __GNU_LIBRARY__ defined. */
-#ifdef __GNU_LIBRARY__
-/* Don't include stdlib.h for non-GNU C libraries because some of them
- contain conflicting prototypes for getopt. */
-# include <stdlib.h>
-# include <unistd.h>
-#endif /* GNU C library. */
-
-#ifdef VMS
-# include <unixlib.h>
-# if HAVE_STRING_H - 0
-# include <string.h>
-# endif
-#endif
-
-#ifndef _
-/* This is for other GNU distributions with internationalized messages. */
-# if (HAVE_LIBINTL_H && ENABLE_NLS) || defined _LIBC
-# include <libintl.h>
-# ifndef _
-# define _(msgid) gettext (msgid)
-# endif
-# else
-# define _(msgid) (msgid)
-# endif
-# if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
-# include <wchar.h>
-# endif
-#endif
-
-/* This version of `getopt' appears to the caller like standard Unix `getopt'
- but it behaves differently for the user, since it allows the user
- to intersperse the options with the other arguments.
-
- As `getopt' works, it permutes the elements of ARGV so that,
- when it is done, all the options precede everything else. Thus
- all application programs are extended to handle flexible argument order.
-
- Setting the environment variable POSIXLY_CORRECT disables permutation.
- Then the behavior is completely standard.
-
- GNU application programs can use a third alternative mode in which
- they can distinguish the relative order of options and other arguments. */
-
-#include "getopt.h"
-
-/* For communication from `getopt' to the caller.
- When `getopt' finds an option that takes an argument,
- the argument value is returned here.
- Also, when `ordering' is RETURN_IN_ORDER,
- each non-option ARGV-element is returned here. */
-
-char *optarg;
-
-/* Index in ARGV of the next element to be scanned.
- This is used for communication to and from the caller
- and for communication between successive calls to `getopt'.
-
- On entry to `getopt', zero means this is the first call; initialize.
-
- When `getopt' returns -1, this is the index of the first of the
- non-option elements that the caller should itself scan.
-
- Otherwise, `optind' communicates from one call to the next
- how much of ARGV has been scanned so far. */
-
-/* 1003.2 says this must be 1 before any call. */
-int optind = 1;
-
-/* Formerly, initialization of getopt depended on optind==0, which
- causes problems with re-calling getopt as programs generally don't
- know that. */
-
-int __getopt_initialized;
-
-/* The next char to be scanned in the option-element
- in which the last option character we returned was found.
- This allows us to pick up the scan where we left off.
-
- If this is zero, or a null string, it means resume the scan
- by advancing to the next ARGV-element. */
-
-static char *nextchar;
-
-/* Callers store zero here to inhibit the error message
- for unrecognized options. */
-
-int opterr = 1;
-
-/* Set to an option character which was unrecognized.
- This must be initialized on some systems to avoid linking in the
- system's own getopt implementation. */
-
-int optopt = '?';
-
-/* Describe how to deal with options that follow non-option ARGV-elements.
-
- If the caller did not specify anything,
- the default is REQUIRE_ORDER if the environment variable
- POSIXLY_CORRECT is defined, PERMUTE otherwise.
-
- REQUIRE_ORDER means don't recognize them as options;
- stop option processing when the first non-option is seen.
- This is what Unix does.
- This mode of operation is selected by either setting the environment
- variable POSIXLY_CORRECT, or using `+' as the first character
- of the list of option characters.
-
- PERMUTE is the default. We permute the contents of ARGV as we scan,
- so that eventually all the non-options are at the end. This allows options
- to be given in any order, even with programs that were not written to
- expect this.
-
- RETURN_IN_ORDER is an option available to programs that were written
- to expect options and other ARGV-elements in any order and that care about
- the ordering of the two. We describe each non-option ARGV-element
- as if it were the argument of an option with character code 1.
- Using `-' as the first character of the list of option characters
- selects this mode of operation.
-
- The special argument `--' forces an end of option-scanning regardless
- of the value of `ordering'. In the case of RETURN_IN_ORDER, only
- `--' can cause `getopt' to return -1 with `optind' != ARGC. */
-
-static enum
-{
- REQUIRE_ORDER, PERMUTE, RETURN_IN_ORDER
-} ordering;
-
-/* Value of POSIXLY_CORRECT environment variable. */
-static char *posixly_correct;
-
-#ifdef __GNU_LIBRARY__
-/* We want to avoid inclusion of string.h with non-GNU libraries
- because there are many ways it can cause trouble.
- On some systems, it contains special magic macros that don't work
- in GCC. */
-# include <string.h>
-# define my_index strchr
-#else
-
-/*
-# if HAVE_STRING_H || WIN32 /* Pete Wilson mod 7/28/02 * /
-# include <string.h>
-# else
-# include <strings.h>
-# endif
-*/
-
-/* Avoid depending on library functions or files
- whose names are inconsistent. */
-
-#ifndef getenv
-extern char *getenv ();
-#endif
-
-static char *
-my_index (str, chr)
- const char *str;
- int chr;
-{
- while (*str)
- {
- if (*str == chr)
- return (char *) str;
- str++;
- }
- return 0;
-}
-
-/* If using GCC, we can safely declare strlen this way.
- If not using GCC, it is ok not to declare it. */
-#ifdef __GNUC__
-/* Note that Motorola Delta 68k R3V7 comes with GCC but not stddef.h.
- That was relevant to code that was here before. */
-# if (!defined __STDC__ || !__STDC__) && !defined strlen
-/* gcc with -traditional declares the built-in strlen to return int,
- and has done so at least since version 2.4.5. -- rms. */
-extern int strlen (const char *);
-# endif /* not __STDC__ */
-#endif /* __GNUC__ */
-
-#endif /* not __GNU_LIBRARY__ */
-
-/* Handle permutation of arguments. */
-
-/* Describe the part of ARGV that contains non-options that have
- been skipped. `first_nonopt' is the index in ARGV of the first of them;
- `last_nonopt' is the index after the last of them. */
-
-static int first_nonopt;
-static int last_nonopt;
-
-#ifdef _LIBC
-/* Stored original parameters.
- XXX This is no good solution. We should rather copy the args so
- that we can compare them later. But we must not use malloc(3). */
-extern int __libc_argc;
-extern char **__libc_argv;
-
-/* Bash 2.0 gives us an environment variable containing flags
- indicating ARGV elements that should not be considered arguments. */
-
-# ifdef USE_NONOPTION_FLAGS
-/* Defined in getopt_init.c */
-extern char *__getopt_nonoption_flags;
-
-static int nonoption_flags_max_len;
-static int nonoption_flags_len;
-# endif
-
-# ifdef USE_NONOPTION_FLAGS
-# define SWAP_FLAGS(ch1, ch2) \
- if (nonoption_flags_len > 0) \
- { \
- char __tmp = __getopt_nonoption_flags[ch1]; \
- __getopt_nonoption_flags[ch1] = __getopt_nonoption_flags[ch2]; \
- __getopt_nonoption_flags[ch2] = __tmp; \
- }
-# else
-# define SWAP_FLAGS(ch1, ch2)
-# endif
-#else /* !_LIBC */
-# define SWAP_FLAGS(ch1, ch2)
-#endif /* _LIBC */
-
-/* Exchange two adjacent subsequences of ARGV.
- One subsequence is elements [first_nonopt,last_nonopt)
- which contains all the non-options that have been skipped so far.
- The other is elements [last_nonopt,optind), which contains all
- the options processed since those non-options were skipped.
-
- `first_nonopt' and `last_nonopt' are relocated so that they describe
- the new indices of the non-options in ARGV after they are moved. */
-
-#if defined __STDC__ && __STDC__
-static void exchange (char **);
-#endif
-
-static void
-exchange (argv)
- char **argv;
-{
- int bottom = first_nonopt;
- int middle = last_nonopt;
- int top = optind;
- char *tem;
-
- /* Exchange the shorter segment with the far end of the longer segment.
- That puts the shorter segment into the right place.
- It leaves the longer segment in the right place overall,
- but it consists of two parts that need to be swapped next. */
-
-#if defined _LIBC && defined USE_NONOPTION_FLAGS
- /* First make sure the handling of the `__getopt_nonoption_flags'
- string can work normally. Our top argument must be in the range
- of the string. */
- if (nonoption_flags_len > 0 && top >= nonoption_flags_max_len)
- {
- /* We must extend the array. The user plays games with us and
- presents new arguments. */
- char *new_str = malloc (top + 1);
- if (new_str == NULL)
- nonoption_flags_len = nonoption_flags_max_len = 0;
- else
- {
- memset (__mempcpy (new_str, __getopt_nonoption_flags,
- nonoption_flags_max_len),
- '\0', top + 1 - nonoption_flags_max_len);
- nonoption_flags_max_len = top + 1;
- __getopt_nonoption_flags = new_str;
- }
- }
-#endif
-
- while (top > middle && middle > bottom)
- {
- if (top - middle > middle - bottom)
- {
- /* Bottom segment is the short one. */
- int len = middle - bottom;
- register int i;
-
- /* Swap it with the top part of the top segment. */
- for (i = 0; i < len; i++)
- {
- tem = argv[bottom + i];
- argv[bottom + i] = argv[top - (middle - bottom) + i];
- argv[top - (middle - bottom) + i] = tem;
- SWAP_FLAGS (bottom + i, top - (middle - bottom) + i);
- }
- /* Exclude the moved bottom segment from further swapping. */
- top -= len;
- }
- else
- {
- /* Top segment is the short one. */
- int len = top - middle;
- register int i;
-
- /* Swap it with the bottom part of the bottom segment. */
- for (i = 0; i < len; i++)
- {
- tem = argv[bottom + i];
- argv[bottom + i] = argv[middle + i];
- argv[middle + i] = tem;
- SWAP_FLAGS (bottom + i, middle + i);
- }
- /* Exclude the moved top segment from further swapping. */
- bottom += len;
- }
- }
-
- /* Update records for the slots the non-options now occupy. */
-
- first_nonopt += (optind - last_nonopt);
- last_nonopt = optind;
-}
-
-/* Initialize the internal data when the first call is made. */
-
-#if defined __STDC__ && __STDC__
-static const char *_getopt_initialize (int, char *const *, const char *);
-#endif
-static const char *
-_getopt_initialize (argc, argv, optstring)
- int argc;
- char *const *argv;
- const char *optstring;
-{
- /* Start processing options with ARGV-element 1 (since ARGV-element 0
- is the program name); the sequence of previously skipped
- non-option ARGV-elements is empty. */
-
- first_nonopt = last_nonopt = optind;
-
- nextchar = NULL;
-
- posixly_correct = getenv ("POSIXLY_CORRECT");
-
- /* Determine how to handle the ordering of options and nonoptions. */
-
- if (optstring[0] == '-')
- {
- ordering = RETURN_IN_ORDER;
- ++optstring;
- }
- else if (optstring[0] == '+')
- {
- ordering = REQUIRE_ORDER;
- ++optstring;
- }
- else if (posixly_correct != NULL)
- ordering = REQUIRE_ORDER;
- else
- ordering = PERMUTE;
-
-#if defined _LIBC && defined USE_NONOPTION_FLAGS
- if (posixly_correct == NULL
- && argc == __libc_argc && argv == __libc_argv)
- {
- if (nonoption_flags_max_len == 0)
- {
- if (__getopt_nonoption_flags == NULL
- || __getopt_nonoption_flags[0] == '\0')
- nonoption_flags_max_len = -1;
- else
- {
- const char *orig_str = __getopt_nonoption_flags;
- int len = nonoption_flags_max_len = strlen (orig_str);
- if (nonoption_flags_max_len < argc)
- nonoption_flags_max_len = argc;
- __getopt_nonoption_flags =
- (char *) malloc (nonoption_flags_max_len);
- if (__getopt_nonoption_flags == NULL)
- nonoption_flags_max_len = -1;
- else
- memset (__mempcpy (__getopt_nonoption_flags, orig_str, len),
- '\0', nonoption_flags_max_len - len);
- }
- }
- nonoption_flags_len = nonoption_flags_max_len;
- }
- else
- nonoption_flags_len = 0;
-#endif
-
- return optstring;
-}
-
-/* Scan elements of ARGV (whose length is ARGC) for option characters
- given in OPTSTRING.
-
- If an element of ARGV starts with '-', and is not exactly "-" or "--",
- then it is an option element. The characters of this element
- (aside from the initial '-') are option characters. If `getopt'
- is called repeatedly, it returns successively each of the option characters
- from each of the option elements.
-
- If `getopt' finds another option character, it returns that character,
- updating `optind' and `nextchar' so that the next call to `getopt' can
- resume the scan with the following option character or ARGV-element.
-
- If there are no more option characters, `getopt' returns -1.
- Then `optind' is the index in ARGV of the first ARGV-element
- that is not an option. (The ARGV-elements have been permuted
- so that those that are not options now come last.)
-
- OPTSTRING is a string containing the legitimate option characters.
- If an option character is seen that is not listed in OPTSTRING,
- return '?' after printing an error message. If you set `opterr' to
- zero, the error message is suppressed but we still return '?'.
-
- If a char in OPTSTRING is followed by a colon, that means it wants an arg,
- so the following text in the same ARGV-element, or the text of the following
- ARGV-element, is returned in `optarg'. Two colons mean an option that
- wants an optional arg; if there is text in the current ARGV-element,
- it is returned in `optarg', otherwise `optarg' is set to zero.
-
- If OPTSTRING starts with `-' or `+', it requests different methods of
- handling the non-option ARGV-elements.
- See the comments about RETURN_IN_ORDER and REQUIRE_ORDER, above.
-
- Long-named options begin with `--' instead of `-'.
- Their names may be abbreviated as long as the abbreviation is unique
- or is an exact match for some defined option. If they have an
- argument, it follows the option name in the same ARGV-element, separated
- from the option name by a `=', or else the in next ARGV-element.
- When `getopt' finds a long-named option, it returns 0 if that option's
- `flag' field is nonzero, the value of the option's `val' field
- if the `flag' field is zero.
-
- The elements of ARGV aren't really const, because we permute them.
- But we pretend they're const in the prototype to be compatible
- with other systems.
-
- LONGOPTS is a vector of `struct option' terminated by an
- element containing a name which is zero.
-
- LONGIND returns the index in LONGOPT of the long-named option found.
- It is only valid when a long-named option has been found by the most
- recent call.
-
- If LONG_ONLY is nonzero, '-' as well as '--' can introduce
- long-named options. */
-
-int
-_getopt_internal (argc, argv, optstring, longopts, longind, long_only)
- int argc;
- char *const *argv;
- const char *optstring;
- const struct option *longopts;
- int *longind;
- int long_only;
-{
- int print_errors = opterr;
- if (optstring[0] == ':')
- print_errors = 0;
-
- if (argc < 1)
- return -1;
-
- optarg = NULL;
-
- if (optind == 0 || !__getopt_initialized)
- {
- if (optind == 0)
- optind = 1; /* Don't scan ARGV[0], the program name. */
- optstring = _getopt_initialize (argc, argv, optstring);
- __getopt_initialized = 1;
- }
-
- /* Test whether ARGV[optind] points to a non-option argument.
- Either it does not have option syntax, or there is an environment flag
- from the shell indicating it is not an option. The later information
- is only used when the used in the GNU libc. */
-#if defined _LIBC && defined USE_NONOPTION_FLAGS
-# define NONOPTION_P (argv[optind][0] != '-' || argv[optind][1] == '\0' \
- || (optind < nonoption_flags_len \
- && __getopt_nonoption_flags[optind] == '1'))
-#else
-# define NONOPTION_P (argv[optind][0] != '-' || argv[optind][1] == '\0')
-#endif
-
- if (nextchar == NULL || *nextchar == '\0')
- {
- /* Advance to the next ARGV-element. */
-
- /* Give FIRST_NONOPT and LAST_NONOPT rational values if OPTIND has been
- moved back by the user (who may also have changed the arguments). */
- if (last_nonopt > optind)
- last_nonopt = optind;
- if (first_nonopt > optind)
- first_nonopt = optind;
-
- if (ordering == PERMUTE)
- {
- /* If we have just processed some options following some non-options,
- exchange them so that the options come first. */
-
- if (first_nonopt != last_nonopt && last_nonopt != optind)
- exchange ((char **) argv);
- else if (last_nonopt != optind)
- first_nonopt = optind;
-
- /* Skip any additional non-options
- and extend the range of non-options previously skipped. */
-
- while (optind < argc && NONOPTION_P)
- optind++;
- last_nonopt = optind;
- }
-
- /* The special ARGV-element `--' means premature end of options.
- Skip it like a null option,
- then exchange with previous non-options as if it were an option,
- then skip everything else like a non-option. */
-
- if (optind != argc && !strcmp (argv[optind], "--"))
- {
- optind++;
-
- if (first_nonopt != last_nonopt && last_nonopt != optind)
- exchange ((char **) argv);
- else if (first_nonopt == last_nonopt)
- first_nonopt = optind;
- last_nonopt = argc;
-
- optind = argc;
- }
-
- /* If we have done all the ARGV-elements, stop the scan
- and back over any non-options that we skipped and permuted. */
-
- if (optind == argc)
- {
- /* Set the next-arg-index to point at the non-options
- that we previously skipped, so the caller will digest them. */
- if (first_nonopt != last_nonopt)
- optind = first_nonopt;
- return -1;
- }
-
- /* If we have come to a non-option and did not permute it,
- either stop the scan or describe it to the caller and pass it by. */
-
- if (NONOPTION_P)
- {
- if (ordering == REQUIRE_ORDER)
- return -1;
- optarg = argv[optind++];
- return 1;
- }
-
- /* We have found another option-ARGV-element.
- Skip the initial punctuation. */
-
- nextchar = (argv[optind] + 1
- + (longopts != NULL && argv[optind][1] == '-'));
- }
-
- /* Decode the current option-ARGV-element. */
-
- /* Check whether the ARGV-element is a long option.
-
- If long_only and the ARGV-element has the form "-f", where f is
- a valid short option, don't consider it an abbreviated form of
- a long option that starts with f. Otherwise there would be no
- way to give the -f short option.
-
- On the other hand, if there's a long option "fubar" and
- the ARGV-element is "-fu", do consider that an abbreviation of
- the long option, just like "--fu", and not "-f" with arg "u".
-
- This distinction seems to be the most useful approach. */
-
- if (longopts != NULL
- && (argv[optind][1] == '-'
- || (long_only && (argv[optind][2] || !my_index (optstring, argv[optind][1])))))
- {
- char *nameend;
- const struct option *p;
- const struct option *pfound = NULL;
- int exact = 0;
- int ambig = 0;
- int indfound = -1;
- int option_index;
-
- for (nameend = nextchar; *nameend && *nameend != '='; nameend++)
- /* Do nothing. */ ;
-
- /* Test all long options for either exact match
- or abbreviated matches. */
- for (p = longopts, option_index = 0; p->name; p++, option_index++)
- if (!strncmp (p->name, nextchar, nameend - nextchar))
- {
- if ((unsigned int) (nameend - nextchar)
- == (unsigned int) strlen (p->name))
- {
- /* Exact match found. */
- pfound = p;
- indfound = option_index;
- exact = 1;
- break;
- }
- else if (pfound == NULL)
- {
- /* First nonexact match found. */
- pfound = p;
- indfound = option_index;
- }
- else if (long_only
- || pfound->has_arg != p->has_arg
- || pfound->flag != p->flag
- || pfound->val != p->val)
- /* Second or later nonexact match found. */
- ambig = 1;
- }
-
- if (ambig && !exact)
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-
- __asprintf (&buf, _("%s: option `%s' is ambiguous\n"),
- argv[0], argv[optind]);
-
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#else
- fprintf (stderr, _("%s: option `%s' is ambiguous\n"),
- argv[0], argv[optind]);
-#endif
- }
- nextchar += strlen (nextchar);
- optind++;
- optopt = 0;
- return '?';
- }
-
- if (pfound != NULL)
- {
- option_index = indfound;
- optind++;
- if (*nameend)
- {
- /* Don't test has_arg with >, because some C compilers don't
- allow it to be used on enums. */
- if (pfound->has_arg)
- optarg = nameend + 1;
- else
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-#endif
-
- if (argv[optind - 1][1] == '-')
- {
- /* --option */
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- __asprintf (&buf, _("\
-%s: option `--%s' doesn't allow an argument\n"),
- argv[0], pfound->name);
-#else
- fprintf (stderr, _("\
-%s: option `--%s' doesn't allow an argument\n"),
- argv[0], pfound->name);
-#endif
- }
- else
- {
- /* +option or -option */
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- __asprintf (&buf, _("\
-%s: option `%c%s' doesn't allow an argument\n"),
- argv[0], argv[optind - 1][0],
- pfound->name);
-#else
- fprintf (stderr, _("\
-%s: option `%c%s' doesn't allow an argument\n"),
- argv[0], argv[optind - 1][0], pfound->name);
-#endif
- }
-
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#endif
- }
-
- nextchar += strlen (nextchar);
-
- optopt = pfound->val;
- return '?';
- }
- }
- else if (pfound->has_arg == 1)
- {
- if (optind < argc)
- optarg = argv[optind++];
- else
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-
- __asprintf (&buf,
- _("%s: option `%s' requires an argument\n"),
- argv[0], argv[optind - 1]);
-
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#else
- fprintf (stderr,
- _("%s: option `%s' requires an argument\n"),
- argv[0], argv[optind - 1]);
-#endif
- }
- nextchar += strlen (nextchar);
- optopt = pfound->val;
- return optstring[0] == ':' ? ':' : '?';
- }
- }
- nextchar += strlen (nextchar);
- if (longind != NULL)
- *longind = option_index;
- if (pfound->flag)
- {
- *(pfound->flag) = pfound->val;
- return 0;
- }
- return pfound->val;
- }
-
- /* Can't find it as a long option. If this is not getopt_long_only,
- or the option starts with '--' or is not a valid short
- option, then it's an error.
- Otherwise interpret it as a short option. */
- if (!long_only || argv[optind][1] == '-'
- || my_index (optstring, *nextchar) == NULL)
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-#endif
-
- if (argv[optind][1] == '-')
- {
- /* --option */
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- __asprintf (&buf, _("%s: unrecognized option `--%s'\n"),
- argv[0], nextchar);
-#else
- fprintf (stderr, _("%s: unrecognized option `--%s'\n"),
- argv[0], nextchar);
-#endif
- }
- else
- {
- /* +option or -option */
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- __asprintf (&buf, _("%s: unrecognized option `%c%s'\n"),
- argv[0], argv[optind][0], nextchar);
-#else
- fprintf (stderr, _("%s: unrecognized option `%c%s'\n"),
- argv[0], argv[optind][0], nextchar);
-#endif
- }
-
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#endif
- }
- nextchar = (char *) "";
- optind++;
- optopt = 0;
- return '?';
- }
- }
-
- /* Look at and handle the next short option-character. */
-
- {
- char c = *nextchar++;
- char *temp = my_index (optstring, c);
-
- /* Increment `optind' when we start to process its last character. */
- if (*nextchar == '\0')
- ++optind;
-
- if (temp == NULL || c == ':')
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-#endif
-
- if (posixly_correct)
- {
- /* 1003.2 specifies the format of this message. */
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- __asprintf (&buf, _("%s: illegal option -- %c\n"),
- argv[0], c);
-#else
- fprintf (stderr, _("%s: illegal option -- %c\n"), argv[0], c);
-#endif
- }
- else
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- __asprintf (&buf, _("%s: invalid option -- %c\n"),
- argv[0], c);
-#else
- fprintf (stderr, _("%s: invalid option -- %c\n"), argv[0], c);
-#endif
- }
-
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#endif
- }
- optopt = c;
- return '?';
- }
- /* Convenience. Treat POSIX -W foo same as long option --foo */
- if (temp[0] == 'W' && temp[1] == ';')
- {
- char *nameend;
- const struct option *p;
- const struct option *pfound = NULL;
- int exact = 0;
- int ambig = 0;
- int indfound = 0;
- int option_index;
-
- /* This is an option that requires an argument. */
- if (*nextchar != '\0')
- {
- optarg = nextchar;
- /* If we end this ARGV-element by taking the rest as an arg,
- we must advance to the next element now. */
- optind++;
- }
- else if (optind == argc)
- {
- if (print_errors)
- {
- /* 1003.2 specifies the format of this message. */
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-
- __asprintf (&buf, _("%s: option requires an argument -- %c\n"),
- argv[0], c);
-
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#else
- fprintf (stderr, _("%s: option requires an argument -- %c\n"),
- argv[0], c);
-#endif
- }
- optopt = c;
- if (optstring[0] == ':')
- c = ':';
- else
- c = '?';
- return c;
- }
- else
- /* We already incremented `optind' once;
- increment it again when taking next ARGV-elt as argument. */
- optarg = argv[optind++];
-
- /* optarg is now the argument, see if it's in the
- table of longopts. */
-
- for (nextchar = nameend = optarg; *nameend && *nameend != '='; nameend++)
- /* Do nothing. */ ;
-
- /* Test all long options for either exact match
- or abbreviated matches. */
- for (p = longopts, option_index = 0; p->name; p++, option_index++)
- if (!strncmp (p->name, nextchar, nameend - nextchar))
- {
- if ((unsigned int) (nameend - nextchar) == strlen (p->name))
- {
- /* Exact match found. */
- pfound = p;
- indfound = option_index;
- exact = 1;
- break;
- }
- else if (pfound == NULL)
- {
- /* First nonexact match found. */
- pfound = p;
- indfound = option_index;
- }
- else
- /* Second or later nonexact match found. */
- ambig = 1;
- }
- if (ambig && !exact)
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-
- __asprintf (&buf, _("%s: option `-W %s' is ambiguous\n"),
- argv[0], argv[optind]);
-
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#else
- fprintf (stderr, _("%s: option `-W %s' is ambiguous\n"),
- argv[0], argv[optind]);
-#endif
- }
- nextchar += strlen (nextchar);
- optind++;
- return '?';
- }
- if (pfound != NULL)
- {
- option_index = indfound;
- if (*nameend)
- {
- /* Don't test has_arg with >, because some C compilers don't
- allow it to be used on enums. */
- if (pfound->has_arg)
- optarg = nameend + 1;
- else
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-
- __asprintf (&buf, _("\
-%s: option `-W %s' doesn't allow an argument\n"),
- argv[0], pfound->name);
-
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#else
- fprintf (stderr, _("\
-%s: option `-W %s' doesn't allow an argument\n"),
- argv[0], pfound->name);
-#endif
- }
-
- nextchar += strlen (nextchar);
- return '?';
- }
- }
- else if (pfound->has_arg == 1)
- {
- if (optind < argc)
- optarg = argv[optind++];
- else
- {
- if (print_errors)
- {
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-
- __asprintf (&buf, _("\
-%s: option `%s' requires an argument\n"),
- argv[0], argv[optind - 1]);
-
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#else
- fprintf (stderr,
- _("%s: option `%s' requires an argument\n"),
- argv[0], argv[optind - 1]);
-#endif
- }
- nextchar += strlen (nextchar);
- return optstring[0] == ':' ? ':' : '?';
- }
- }
- nextchar += strlen (nextchar);
- if (longind != NULL)
- *longind = option_index;
- if (pfound->flag)
- {
- *(pfound->flag) = pfound->val;
- return 0;
- }
- return pfound->val;
- }
- nextchar = NULL;
- return 'W'; /* Let the application handle it. */
- }
- if (temp[1] == ':')
- {
- if (temp[2] == ':')
- {
- /* This is an option that accepts an argument optionally. */
- if (*nextchar != '\0')
- {
- optarg = nextchar;
- optind++;
- }
- else
- optarg = NULL;
- nextchar = NULL;
- }
- else
- {
- /* This is an option that requires an argument. */
- if (*nextchar != '\0')
- {
- optarg = nextchar;
- /* If we end this ARGV-element by taking the rest as an arg,
- we must advance to the next element now. */
- optind++;
- }
- else if (optind == argc)
- {
- if (print_errors)
- {
- /* 1003.2 specifies the format of this message. */
-#if defined _LIBC && defined USE_IN_LIBIO
- char *buf;
-
- __asprintf (&buf,
- _("%s: option requires an argument -- %c\n"),
- argv[0], c);
-
- if (_IO_fwide (stderr, 0) > 0)
- __fwprintf (stderr, L"%s", buf);
- else
- fputs (buf, stderr);
-
- free (buf);
-#else
- fprintf (stderr,
- _("%s: option requires an argument -- %c\n"),
- argv[0], c);
-#endif
- }
- optopt = c;
- if (optstring[0] == ':')
- c = ':';
- else
- c = '?';
- }
- else
- /* We already incremented `optind' once;
- increment it again when taking next ARGV-elt as argument. */
- optarg = argv[optind++];
- nextchar = NULL;
- }
- }
- return c;
- }
-}
-
-int
-getopt (argc, argv, optstring)
- int argc;
- char *const *argv;
- const char *optstring;
-{
- return _getopt_internal (argc, argv, optstring,
- (const struct option *) 0,
- (int *) 0,
- 0);
-}
-
-#endif /* Not ELIDE_CODE. */
-
-
-/* Compile with -DTEST to make an executable for use in testing
- the above definition of `getopt'. */
-
-/* #define TEST */ /* Pete Wilson mod 7/28/02 */
-#ifdef TEST
-
-#ifndef exit /* Pete Wilson mod 7/28/02 */
- int exit(int); /* Pete Wilson mod 7/28/02 */
-#endif /* Pete Wilson mod 7/28/02 */
-
-int
-main (argc, argv)
- int argc;
- char **argv;
-{
- int c;
- int digit_optind = 0;
-
- while (1)
- {
- int this_option_optind = optind ? optind : 1;
-
- c = getopt (argc, argv, "abc:d:0123456789");
- if (c == -1)
- break;
-
- switch (c)
- {
- case '0':
- case '1':
- case '2':
- case '3':
- case '4':
- case '5':
- case '6':
- case '7':
- case '8':
- case '9':
- if (digit_optind != 0 && digit_optind != this_option_optind)
- printf ("digits occur in two different argv-elements.\n");
- digit_optind = this_option_optind;
- printf ("option %c\n", c);
- break;
-
- case 'a':
- printf ("option a\n");
- break;
-
- case 'b':
- printf ("option b\n");
- break;
-
- case 'c':
- printf ("option c with value `%s'\n", optarg);
- break;
-
- case '?':
- break;
-
- default:
- printf ("?? getopt returned character code 0%o ??\n", c);
- }
- }
-
- if (optind < argc)
- {
- printf ("non-option ARGV-elements: ");
- while (optind < argc)
- printf ("%s ", argv[optind++]);
- printf ("\n");
- }
-
- exit (0);
-}
-
-#endif /* TEST */
-
diff --git a/win32/getopt.h b/win32/getopt.h
deleted file mode 100644
index df780a9..0000000
--- a/win32/getopt.h
+++ /dev/null
@@ -1,187 +0,0 @@
-/* getopt.h */
-/* Declarations for getopt.
- Copyright (C) 1989-1994, 1996-1999, 2001 Free Software
- Foundation, Inc. This file is part of the GNU C Library.
-
- The GNU C Library is free software; you can redistribute
- it and/or modify it under the terms of the GNU Lesser
- General Public License as published by the Free Software
- Foundation; either version 2.1 of the License, or
- (at your option) any later version.
-
- The GNU C Library is distributed in the hope that it will
- be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
- implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
- PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
- License for more details.
-
- You should have received a copy of the GNU Lesser General
- Public License along with the GNU C Library; if not, write
- to the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place,
- Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA. */
-
-
-
-
-#ifndef _GETOPT_H
-
-#ifndef __need_getopt
-# define _GETOPT_H 1
-#endif
-
-/* If __GNU_LIBRARY__ is not already defined, either we are being used
- standalone, or this is the first header included in the source file.
- If we are being used with glibc, we need to include <features.h>, but
- that does not exist if we are standalone. So: if __GNU_LIBRARY__ is
- not defined, include <ctype.h>, which will pull in <features.h> for us
- if it's from glibc. (Why ctype.h? It's guaranteed to exist and it
- doesn't flood the namespace with stuff the way some other headers do.) */
-#if !defined __GNU_LIBRARY__
-# include <ctype.h>
-#endif
-
-#ifdef __cplusplus
-extern "C" {
-#endif
-
-/* For communication from `getopt' to the caller.
- When `getopt' finds an option that takes an argument,
- the argument value is returned here.
- Also, when `ordering' is RETURN_IN_ORDER,
- each non-option ARGV-element is returned here. */
-
-extern char *optarg;
-
-/* Index in ARGV of the next element to be scanned.
- This is used for communication to and from the caller
- and for communication between successive calls to `getopt'.
-
- On entry to `getopt', zero means this is the first call; initialize.
-
- When `getopt' returns -1, this is the index of the first of the
- non-option elements that the caller should itself scan.
-
- Otherwise, `optind' communicates from one call to the next
- how much of ARGV has been scanned so far. */
-
-extern int optind;
-
-/* Callers store zero here to inhibit the error message `getopt' prints
- for unrecognized options. */
-
-extern int opterr;
-
-/* Set to an option character which was unrecognized. */
-
-extern int optopt;
-
-#ifndef __need_getopt
-/* Describe the long-named options requested by the application.
- The LONG_OPTIONS argument to getopt_long or getopt_long_only is a vector
- of `struct option' terminated by an element containing a name which is
- zero.
-
- The field `has_arg' is:
- no_argument (or 0) if the option does not take an argument,
- required_argument (or 1) if the option requires an argument,
- optional_argument (or 2) if the option takes an optional argument.
-
- If the field `flag' is not NULL, it points to a variable that is set
- to the value given in the field `val' when the option is found, but
- left unchanged if the option is not found.
-
- To have a long-named option do something other than set an `int' to
- a compiled-in constant, such as set a value from `optarg', set the
- option's `flag' field to zero and its `val' field to a nonzero
- value (the equivalent single-letter option character, if there is
- one). For long options that have a zero `flag' field, `getopt'
- returns the contents of the `val' field. */
-
-struct option
-{
-# if (defined __STDC__ && __STDC__) || defined __cplusplus
- const char *name;
-# else
- char *name;
-# endif
- /* has_arg can't be an enum because some compilers complain about
- type mismatches in all the code that assumes it is an int. */
- int has_arg;
- int *flag;
- int val;
-};
-
-/* Names for the values of the `has_arg' field of `struct option'. */
-
-# define no_argument 0
-# define required_argument 1
-# define optional_argument 2
-#endif /* need getopt */
-
-
-/* Get definitions and prototypes for functions to process the
- arguments in ARGV (ARGC of them, minus the program name) for
- options given in OPTS.
-
- Return the option character from OPTS just read. Return -1 when
- there are no more options. For unrecognized options, or options
- missing arguments, `optopt' is set to the option letter, and '?' is
- returned.
-
- The OPTS string is a list of characters which are recognized option
- letters, optionally followed by colons, specifying that that letter
- takes an argument, to be placed in `optarg'.
-
- If a letter in OPTS is followed by two colons, its argument is
- optional. This behavior is specific to the GNU `getopt'.
-
- The argument `--' causes premature termination of argument
- scanning, explicitly telling `getopt' that there are no more
- options.
-
- If OPTS begins with `--', then non-option arguments are treated as
- arguments to the option '\0'. This behavior is specific to the GNU
- `getopt'. */
-
-#if (defined __STDC__ && __STDC__) || defined __cplusplus
-# ifdef __GNU_LIBRARY__
-/* Many other libraries have conflicting prototypes for getopt, with
- differences in the consts, in stdlib.h. To avoid compilation
- errors, only prototype getopt for the GNU C library. */
-extern int getopt (int ___argc, char *const *___argv, const char *__shortopts);
-# else /* not __GNU_LIBRARY__ */
-extern int getopt ();
-# endif /* __GNU_LIBRARY__ */
-
-# ifndef __need_getopt
-extern int getopt_long (int ___argc, char *const *___argv,
- const char *__shortopts,
- const struct option *__longopts, int *__longind);
-extern int getopt_long_only (int ___argc, char *const *___argv,
- const char *__shortopts,
- const struct option *__longopts, int *__longind);
-
-/* Internal only. Users should not call this directly. */
-extern int _getopt_internal (int ___argc, char *const *___argv,
- const char *__shortopts,
- const struct option *__longopts, int *__longind,
- int __long_only);
-# endif
-#else /* not __STDC__ */
-extern int getopt ();
-# ifndef __need_getopt
-extern int getopt_long ();
-extern int getopt_long_only ();
-
-extern int _getopt_internal ();
-# endif
-#endif /* __STDC__ */
-
-#ifdef __cplusplus
-}
-#endif
-
-/* Make sure we later can get all the definitions and declarations. */
-#undef __need_getopt
-
-#endif /* getopt.h */
diff --git a/win32/stdint.h b/win32/stdint.h
deleted file mode 100644
index 12c108a..0000000
--- a/win32/stdint.h
+++ /dev/null
@@ -1,799 +0,0 @@
-/* A portable stdint.h
- ****************************************************************************
- * BSD License:
- ****************************************************************************
- *
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- * notice, this list of conditions and the following disclaimer.
- * 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
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- * NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
- * DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
- * THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
- * (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF
- * THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
- *
- ****************************************************************************
- *
- * Version 0.1.11
- *
- * The ANSI C standard committee, for the C99 standard, specified the
- * inclusion of a new standard include file called stdint.h. This is
- * a very useful and long desired include file which contains several
- * very precise definitions for integer scalar types that is
- * critically important for making portable several classes of
- * applications including cryptography, hashing, variable length
- * integer libraries and so on. But for most developers its likely
- * useful just for programming sanity.
- *
- * The problem is that most compiler vendors have decided not to
- * implement the C99 standard, and the next C++ language standard
- * (which has a lot more mindshare these days) will be a long time in
- * coming and its unknown whether or not it will include stdint.h or
- * how much adoption it will have. Either way, it will be a long time
- * before all compilers come with a stdint.h and it also does nothing
- * for the extremely large number of compilers available today which
- * do not include this file, or anything comparable to it.
- *
- * So that's what this file is all about. Its an attempt to build a
- * single universal include file that works on as many platforms as
- * possible to deliver what stdint.h is supposed to. A few things
- * that should be noted about this file:
- *
- * 1) It is not guaranteed to be portable and/or present an identical
- * interface on all platforms. The extreme variability of the
- * ANSI C standard makes this an impossibility right from the
- * very get go. Its really only meant to be useful for the vast
- * majority of platforms that possess the capability of
- * implementing usefully and precisely defined, standard sized
- * integer scalars. Systems which are not intrinsically 2s
- * complement may produce invalid constants.
- *
- * 2) There is an unavoidable use of non-reserved symbols.
- *
- * 3) Other standard include files are invoked.
- *
- * 4) This file may come in conflict with future platforms that do
- * include stdint.h. The hope is that one or the other can be
- * used with no real difference.
- *
- * 5) In the current verison, if your platform can't represent
- * int32_t, int16_t and int8_t, it just dumps out with a compiler
- * error.
- *
- * 6) 64 bit integers may or may not be defined. Test for their
- * presence with the test: #ifdef INT64_MAX or #ifdef UINT64_MAX.
- * Note that this is different from the C99 specification which
- * requires the existence of 64 bit support in the compiler. If
- * this is not defined for your platform, yet it is capable of
- * dealing with 64 bits then it is because this file has not yet
- * been extended to cover all of your system's capabilities.
- *
- * 7) (u)intptr_t may or may not be defined. Test for its presence
- * with the test: #ifdef PTRDIFF_MAX. If this is not defined
- * for your platform, then it is because this file has not yet
- * been extended to cover all of your system's capabilities, not
- * because its optional.
- *
- * 8) The following might not been defined even if your platform is
- * capable of defining it:
- *
- * WCHAR_MIN
- * WCHAR_MAX
- * (u)int64_t
- * PTRDIFF_MIN
- * PTRDIFF_MAX
- * (u)intptr_t
- *
- * 9) The following have not been defined:
- *
- * WINT_MIN
- * WINT_MAX
- *
- * 10) The criteria for defining (u)int_least(*)_t isn't clear,
- * except for systems which don't have a type that precisely
- * defined 8, 16, or 32 bit types (which this include file does
- * not support anyways). Default definitions have been given.
- *
- * 11) The criteria for defining (u)int_fast(*)_t isn't something I
- * would trust to any particular compiler vendor or the ANSI C
- * committee. It is well known that "compatible systems" are
- * commonly created that have very different performance
- * characteristics from the systems they are compatible with,
- * especially those whose vendors make both the compiler and the
- * system. Default definitions have been given, but its strongly
- * recommended that users never use these definitions for any
- * reason (they do *NOT* deliver any serious guarantee of
- * improved performance -- not in this file, nor any vendor's
- * stdint.h).
- *
- * 12) The following macros:
- *
- * PRINTF_INTMAX_MODIFIER
- * PRINTF_INT64_MODIFIER
- * PRINTF_INT32_MODIFIER
- * PRINTF_INT16_MODIFIER
- * PRINTF_LEAST64_MODIFIER
- * PRINTF_LEAST32_MODIFIER
- * PRINTF_LEAST16_MODIFIER
- * PRINTF_INTPTR_MODIFIER
- *
- * are strings which have been defined as the modifiers required
- * for the "d", "u" and "x" printf formats to correctly output
- * (u)intmax_t, (u)int64_t, (u)int32_t, (u)int16_t, (u)least64_t,
- * (u)least32_t, (u)least16_t and (u)intptr_t types respectively.
- * PRINTF_INTPTR_MODIFIER is not defined for some systems which
- * provide their own stdint.h. PRINTF_INT64_MODIFIER is not
- * defined if INT64_MAX is not defined. These are an extension
- * beyond what C99 specifies must be in stdint.h.
- *
- * In addition, the following macros are defined:
- *
- * PRINTF_INTMAX_HEX_WIDTH
- * PRINTF_INT64_HEX_WIDTH
- * PRINTF_INT32_HEX_WIDTH
- * PRINTF_INT16_HEX_WIDTH
- * PRINTF_INT8_HEX_WIDTH
- * PRINTF_INTMAX_DEC_WIDTH
- * PRINTF_INT64_DEC_WIDTH
- * PRINTF_INT32_DEC_WIDTH
- * PRINTF_INT16_DEC_WIDTH
- * PRINTF_INT8_DEC_WIDTH
- *
- * Which specifies the maximum number of characters required to
- * print the number of that type in either hexadecimal or decimal.
- * These are an extension beyond what C99 specifies must be in
- * stdint.h.
- *
- * Compilers tested (all with 0 warnings at their highest respective
- * settings): Borland Turbo C 2.0, WATCOM C/C++ 11.0 (16 bits and 32
- * bits), Microsoft Visual C++ 6.0 (32 bit), Microsoft Visual Studio
- * .net (VC7), Intel C++ 4.0, GNU gcc v3.3.3
- *
- * This file should be considered a work in progress. Suggestions for
- * improvements, especially those which increase coverage are strongly
- * encouraged.
- *
- * Acknowledgements
- *
- * The following people have made significant contributions to the
- * development and testing of this file:
- *
- * Chris Howie
- * John Steele Scott
- * Dave Thorup
- *
- */
-
-#include <stddef.h>
-#include <limits.h>
-#include <signal.h>
-
-/*
- * For gcc with _STDINT_H, fill in the PRINTF_INT*_MODIFIER macros, and
- * do nothing else. On the Mac OS X version of gcc this is _STDINT_H_.
- */
-
-#if ((defined(__STDC__) && __STDC__ && __STDC_VERSION__ >= 199901L) || (defined (__WATCOMC__) && (defined (_STDINT_H_INCLUDED) || __WATCOMC__ >= 1250)) || (defined(__GNUC__) && (defined(_STDINT_H) || defined(_STDINT_H_)) )) && !defined (_PSTDINT_H_INCLUDED)
-#include <stdint.h>
-#define _PSTDINT_H_INCLUDED
-# ifndef PRINTF_INT64_MODIFIER
-# define PRINTF_INT64_MODIFIER "ll"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_INT32_MODIFIER "l"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT16_MODIFIER
-# define PRINTF_INT16_MODIFIER "h"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INTMAX_MODIFIER
-# define PRINTF_INTMAX_MODIFIER PRINTF_INT64_MODIFIER
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT64_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT64_HEX_WIDTH "16"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT32_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT32_HEX_WIDTH "8"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT16_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT16_HEX_WIDTH "4"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT8_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT8_HEX_WIDTH "2"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT64_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT64_DEC_WIDTH "20"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT32_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT32_DEC_WIDTH "10"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT16_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT16_DEC_WIDTH "5"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INT8_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT8_DEC_WIDTH "3"
-# endif
-# ifndef PRINTF_INTMAX_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INTMAX_HEX_WIDTH PRINTF_INT64_HEX_WIDTH
-# endif
-# ifndef PRINTF_INTMAX_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INTMAX_DEC_WIDTH PRINTF_INT64_DEC_WIDTH
-# endif
-
-/*
- * Something really weird is going on with Open Watcom. Just pull some of
- * these duplicated definitions from Open Watcom's stdint.h file for now.
- */
-
-# if defined (__WATCOMC__) && __WATCOMC__ >= 1250
-# if !defined (INT64_C)
-# define INT64_C(x) (x + (INT64_MAX - INT64_MAX))
-# endif
-# if !defined (UINT64_C)
-# define UINT64_C(x) (x + (UINT64_MAX - UINT64_MAX))
-# endif
-# if !defined (INT32_C)
-# define INT32_C(x) (x + (INT32_MAX - INT32_MAX))
-# endif
-# if !defined (UINT32_C)
-# define UINT32_C(x) (x + (UINT32_MAX - UINT32_MAX))
-# endif
-# if !defined (INT16_C)
-# define INT16_C(x) (x)
-# endif
-# if !defined (UINT16_C)
-# define UINT16_C(x) (x)
-# endif
-# if !defined (INT8_C)
-# define INT8_C(x) (x)
-# endif
-# if !defined (UINT8_C)
-# define UINT8_C(x) (x)
-# endif
-# if !defined (UINT64_MAX)
-# define UINT64_MAX 18446744073709551615ULL
-# endif
-# if !defined (INT64_MAX)
-# define INT64_MAX 9223372036854775807LL
-# endif
-# if !defined (UINT32_MAX)
-# define UINT32_MAX 4294967295UL
-# endif
-# if !defined (INT32_MAX)
-# define INT32_MAX 2147483647L
-# endif
-# if !defined (INTMAX_MAX)
-# define INTMAX_MAX INT64_MAX
-# endif
-# if !defined (INTMAX_MIN)
-# define INTMAX_MIN INT64_MIN
-# endif
-# endif
-#endif
-
-#ifndef _PSTDINT_H_INCLUDED
-#define _PSTDINT_H_INCLUDED
-
-#ifndef SIZE_MAX
-# define SIZE_MAX (~(size_t)0)
-#endif
-
-/*
- * Deduce the type assignments from limits.h under the assumption that
- * integer sizes in bits are powers of 2, and follow the ANSI
- * definitions.
- */
-
-#ifndef UINT8_MAX
-# define UINT8_MAX 0xff
-#endif
-#ifndef uint8_t
-# if (UCHAR_MAX == UINT8_MAX) || defined (S_SPLINT_S)
- typedef unsigned char uint8_t;
-# define UINT8_C(v) ((uint8_t) v)
-# else
-# error "Platform not supported"
-# endif
-#endif
-
-#ifndef INT8_MAX
-# define INT8_MAX 0x7f
-#endif
-#ifndef INT8_MIN
-# define INT8_MIN INT8_C(0x80)
-#endif
-#ifndef int8_t
-# if (SCHAR_MAX == INT8_MAX) || defined (S_SPLINT_S)
- typedef signed char int8_t;
-# define INT8_C(v) ((int8_t) v)
-# else
-# error "Platform not supported"
-# endif
-#endif
-
-#ifndef UINT16_MAX
-# define UINT16_MAX 0xffff
-#endif
-#ifndef uint16_t
-#if (UINT_MAX == UINT16_MAX) || defined (S_SPLINT_S)
- typedef unsigned int uint16_t;
-# ifndef PRINTF_INT16_MODIFIER
-# define PRINTF_INT16_MODIFIER ""
-# endif
-# define UINT16_C(v) ((uint16_t) (v))
-#elif (USHRT_MAX == UINT16_MAX)
- typedef unsigned short uint16_t;
-# define UINT16_C(v) ((uint16_t) (v))
-# ifndef PRINTF_INT16_MODIFIER
-# define PRINTF_INT16_MODIFIER "h"
-# endif
-#else
-#error "Platform not supported"
-#endif
-#endif
-
-#ifndef INT16_MAX
-# define INT16_MAX 0x7fff
-#endif
-#ifndef INT16_MIN
-# define INT16_MIN INT16_C(0x8000)
-#endif
-#ifndef int16_t
-#if (INT_MAX == INT16_MAX) || defined (S_SPLINT_S)
- typedef signed int int16_t;
-# define INT16_C(v) ((int16_t) (v))
-# ifndef PRINTF_INT16_MODIFIER
-# define PRINTF_INT16_MODIFIER ""
-# endif
-#elif (SHRT_MAX == INT16_MAX)
- typedef signed short int16_t;
-# define INT16_C(v) ((int16_t) (v))
-# ifndef PRINTF_INT16_MODIFIER
-# define PRINTF_INT16_MODIFIER "h"
-# endif
-#else
-#error "Platform not supported"
-#endif
-#endif
-
-#ifndef UINT32_MAX
-# define UINT32_MAX (0xffffffffUL)
-#endif
-#ifndef uint32_t
-#if (ULONG_MAX == UINT32_MAX) || defined (S_SPLINT_S)
- typedef unsigned long uint32_t;
-# define UINT32_C(v) v ## UL
-# ifndef PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_INT32_MODIFIER "l"
-# endif
-#elif (UINT_MAX == UINT32_MAX)
- typedef unsigned int uint32_t;
-# ifndef PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_INT32_MODIFIER ""
-# endif
-# define UINT32_C(v) v ## U
-#elif (USHRT_MAX == UINT32_MAX)
- typedef unsigned short uint32_t;
-# define UINT32_C(v) ((unsigned short) (v))
-# ifndef PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_INT32_MODIFIER ""
-# endif
-#else
-#error "Platform not supported"
-#endif
-#endif
-
-#ifndef INT32_MAX
-# define INT32_MAX (0x7fffffffL)
-#endif
-#ifndef INT32_MIN
-# define INT32_MIN INT32_C(0x80000000)
-#endif
-#ifndef int32_t
-#if (LONG_MAX == INT32_MAX) || defined (S_SPLINT_S)
- typedef signed long int32_t;
-# define INT32_C(v) v ## L
-# ifndef PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_INT32_MODIFIER "l"
-# endif
-#elif (INT_MAX == INT32_MAX)
- typedef signed int int32_t;
-# define INT32_C(v) v
-# ifndef PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_INT32_MODIFIER ""
-# endif
-#elif (SHRT_MAX == INT32_MAX)
- typedef signed short int32_t;
-# define INT32_C(v) ((short) (v))
-# ifndef PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_INT32_MODIFIER ""
-# endif
-#else
-#error "Platform not supported"
-#endif
-#endif
-
-/*
- * The macro stdint_int64_defined is temporarily used to record
- * whether or not 64 integer support is available. It must be
- * defined for any 64 integer extensions for new platforms that are
- * added.
- */
-
-#undef stdint_int64_defined
-#if (defined(__STDC__) && defined(__STDC_VERSION__)) || defined (S_SPLINT_S)
-# if (__STDC__ && __STDC_VERSION >= 199901L) || defined (S_SPLINT_S)
-# define stdint_int64_defined
- typedef long long int64_t;
- typedef unsigned long long uint64_t;
-# define UINT64_C(v) v ## ULL
-# define INT64_C(v) v ## LL
-# ifndef PRINTF_INT64_MODIFIER
-# define PRINTF_INT64_MODIFIER "ll"
-# endif
-# endif
-#endif
-
-#if !defined (stdint_int64_defined)
-# if defined(__GNUC__)
-# define stdint_int64_defined
- __extension__ typedef long long int64_t;
- __extension__ typedef unsigned long long uint64_t;
-# define UINT64_C(v) v ## ULL
-# define INT64_C(v) v ## LL
-# ifndef PRINTF_INT64_MODIFIER
-# define PRINTF_INT64_MODIFIER "ll"
-# endif
-# elif defined(__MWERKS__) || defined (__SUNPRO_C) || defined (__SUNPRO_CC) || defined (__APPLE_CC__) || defined (_LONG_LONG) || defined (_CRAYC) || defined (S_SPLINT_S)
-# define stdint_int64_defined
- typedef long long int64_t;
- typedef unsigned long long uint64_t;
-# define UINT64_C(v) v ## ULL
-# define INT64_C(v) v ## LL
-# ifndef PRINTF_INT64_MODIFIER
-# define PRINTF_INT64_MODIFIER "ll"
-# endif
-# elif (defined(__WATCOMC__) && defined(__WATCOM_INT64__)) || (defined(_MSC_VER) && _INTEGRAL_MAX_BITS >= 64) || (defined (__BORLANDC__) && __BORLANDC__ > 0x460) || defined (__alpha) || defined (__DECC)
-# define stdint_int64_defined
- typedef __int64 int64_t;
- typedef unsigned __int64 uint64_t;
-# define UINT64_C(v) v ## UI64
-# define INT64_C(v) v ## I64
-# ifndef PRINTF_INT64_MODIFIER
-# define PRINTF_INT64_MODIFIER "I64"
-# endif
-# endif
-#endif
-
-#if !defined (LONG_LONG_MAX) && defined (INT64_C)
-# define LONG_LONG_MAX INT64_C (9223372036854775807)
-#endif
-#ifndef ULONG_LONG_MAX
-# define ULONG_LONG_MAX UINT64_C (18446744073709551615)
-#endif
-
-#if !defined (INT64_MAX) && defined (INT64_C)
-# define INT64_MAX INT64_C (9223372036854775807)
-#endif
-#if !defined (INT64_MIN) && defined (INT64_C)
-# define INT64_MIN INT64_C (-9223372036854775808)
-#endif
-#if !defined (UINT64_MAX) && defined (INT64_C)
-# define UINT64_MAX UINT64_C (18446744073709551615)
-#endif
-
-/*
- * Width of hexadecimal for number field.
- */
-
-#ifndef PRINTF_INT64_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT64_HEX_WIDTH "16"
-#endif
-#ifndef PRINTF_INT32_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT32_HEX_WIDTH "8"
-#endif
-#ifndef PRINTF_INT16_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT16_HEX_WIDTH "4"
-#endif
-#ifndef PRINTF_INT8_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INT8_HEX_WIDTH "2"
-#endif
-
-#ifndef PRINTF_INT64_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT64_DEC_WIDTH "20"
-#endif
-#ifndef PRINTF_INT32_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT32_DEC_WIDTH "10"
-#endif
-#ifndef PRINTF_INT16_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT16_DEC_WIDTH "5"
-#endif
-#ifndef PRINTF_INT8_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INT8_DEC_WIDTH "3"
-#endif
-
-/*
- * Ok, lets not worry about 128 bit integers for now. Moore's law says
- * we don't need to worry about that until about 2040 at which point
- * we'll have bigger things to worry about.
- */
-
-#ifdef stdint_int64_defined
- typedef int64_t intmax_t;
- typedef uint64_t uintmax_t;
-# define INTMAX_MAX INT64_MAX
-# define INTMAX_MIN INT64_MIN
-# define UINTMAX_MAX UINT64_MAX
-# define UINTMAX_C(v) UINT64_C(v)
-# define INTMAX_C(v) INT64_C(v)
-# ifndef PRINTF_INTMAX_MODIFIER
-# define PRINTF_INTMAX_MODIFIER PRINTF_INT64_MODIFIER
-# endif
-# ifndef PRINTF_INTMAX_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INTMAX_HEX_WIDTH PRINTF_INT64_HEX_WIDTH
-# endif
-# ifndef PRINTF_INTMAX_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INTMAX_DEC_WIDTH PRINTF_INT64_DEC_WIDTH
-# endif
-#else
- typedef int32_t intmax_t;
- typedef uint32_t uintmax_t;
-# define INTMAX_MAX INT32_MAX
-# define UINTMAX_MAX UINT32_MAX
-# define UINTMAX_C(v) UINT32_C(v)
-# define INTMAX_C(v) INT32_C(v)
-# ifndef PRINTF_INTMAX_MODIFIER
-# define PRINTF_INTMAX_MODIFIER PRINTF_INT32_MODIFIER
-# endif
-# ifndef PRINTF_INTMAX_HEX_WIDTH
-# define PRINTF_INTMAX_HEX_WIDTH PRINTF_INT32_HEX_WIDTH
-# endif
-# ifndef PRINTF_INTMAX_DEC_WIDTH
-# define PRINTF_INTMAX_DEC_WIDTH PRINTF_INT32_DEC_WIDTH
-# endif
-#endif
-
-/*
- * Because this file currently only supports platforms which have
- * precise powers of 2 as bit sizes for the default integers, the
- * least definitions are all trivial. Its possible that a future
- * version of this file could have different definitions.
- */
-
-#ifndef stdint_least_defined
- typedef int8_t int_least8_t;
- typedef uint8_t uint_least8_t;
- typedef int16_t int_least16_t;
- typedef uint16_t uint_least16_t;
- typedef int32_t int_least32_t;
- typedef uint32_t uint_least32_t;
-# define PRINTF_LEAST32_MODIFIER PRINTF_INT32_MODIFIER
-# define PRINTF_LEAST16_MODIFIER PRINTF_INT16_MODIFIER
-# define UINT_LEAST8_MAX UINT8_MAX
-# define INT_LEAST8_MAX INT8_MAX
-# define UINT_LEAST16_MAX UINT16_MAX
-# define INT_LEAST16_MAX INT16_MAX
-# define UINT_LEAST32_MAX UINT32_MAX
-# define INT_LEAST32_MAX INT32_MAX
-# define INT_LEAST8_MIN INT8_MIN
-# define INT_LEAST16_MIN INT16_MIN
-# define INT_LEAST32_MIN INT32_MIN
-# ifdef stdint_int64_defined
- typedef int64_t int_least64_t;
- typedef uint64_t uint_least64_t;
-# define PRINTF_LEAST64_MODIFIER PRINTF_INT64_MODIFIER
-# define UINT_LEAST64_MAX UINT64_MAX
-# define INT_LEAST64_MAX INT64_MAX
-# define INT_LEAST64_MIN INT64_MIN
-# endif
-#endif
-#undef stdint_least_defined
-
-/*
- * The ANSI C committee pretending to know or specify anything about
- * performance is the epitome of misguided arrogance. The mandate of
- * this file is to *ONLY* ever support that absolute minimum
- * definition of the fast integer types, for compatibility purposes.
- * No extensions, and no attempt to suggest what may or may not be a
- * faster integer type will ever be made in this file. Developers are
- * warned to stay away from these types when using this or any other
- * stdint.h.
- */
-
-typedef int_least8_t int_fast8_t;
-typedef uint_least8_t uint_fast8_t;
-typedef int_least16_t int_fast16_t;
-typedef uint_least16_t uint_fast16_t;
-typedef int_least32_t int_fast32_t;
-typedef uint_least32_t uint_fast32_t;
-#define UINT_FAST8_MAX UINT_LEAST8_MAX
-#define INT_FAST8_MAX INT_LEAST8_MAX
-#define UINT_FAST16_MAX UINT_LEAST16_MAX
-#define INT_FAST16_MAX INT_LEAST16_MAX
-#define UINT_FAST32_MAX UINT_LEAST32_MAX
-#define INT_FAST32_MAX INT_LEAST32_MAX
-#define INT_FAST8_MIN INT_LEAST8_MIN
-#define INT_FAST16_MIN INT_LEAST16_MIN
-#define INT_FAST32_MIN INT_LEAST32_MIN
-#ifdef stdint_int64_defined
- typedef int_least64_t int_fast64_t;
- typedef uint_least64_t uint_fast64_t;
-# define UINT_FAST64_MAX UINT_LEAST64_MAX
-# define INT_FAST64_MAX INT_LEAST64_MAX
-# define INT_FAST64_MIN INT_LEAST64_MIN
-#endif
-
-#undef stdint_int64_defined
-
-/*
- * Whatever piecemeal, per compiler thing we can do about the wchar_t
- * type limits.
- */
-
-#if defined(__WATCOMC__) || defined(_MSC_VER) || defined (__GNUC__)
-# include <wchar.h>
-# ifndef WCHAR_MIN
-# define WCHAR_MIN 0
-# endif
-# ifndef WCHAR_MAX
-# define WCHAR_MAX ((wchar_t)-1)
-# endif
-#endif
-
-/*
- * Whatever piecemeal, per compiler/platform thing we can do about the
- * (u)intptr_t types and limits.
- */
-
-#if defined (_MSC_VER) && defined (_UINTPTR_T_DEFINED)
-# define STDINT_H_UINTPTR_T_DEFINED
-#endif
-
-#ifndef STDINT_H_UINTPTR_T_DEFINED
-# if defined (__alpha__) || defined (__ia64__) || defined (__x86_64__) || defined (_WIN64)
-# define stdint_intptr_bits 64
-# elif defined (__WATCOMC__) || defined (__TURBOC__)
-# if defined(__TINY__) || defined(__SMALL__) || defined(__MEDIUM__)
-# define stdint_intptr_bits 16
-# else
-# define stdint_intptr_bits 32
-# endif
-# elif defined (__i386__) || defined (_WIN32) || defined (WIN32)
-# define stdint_intptr_bits 32
-# elif defined (__INTEL_COMPILER)
-/* TODO -- what will Intel do about x86-64? */
-# endif
-
-# ifdef stdint_intptr_bits
-# define stdint_intptr_glue3_i(a,b,c) a##b##c
-# define stdint_intptr_glue3(a,b,c) stdint_intptr_glue3_i(a,b,c)
-# ifndef PRINTF_INTPTR_MODIFIER
-# define PRINTF_INTPTR_MODIFIER stdint_intptr_glue3(PRINTF_INT,stdint_intptr_bits,_MODIFIER)
-# endif
-# ifndef PTRDIFF_MAX
-# define PTRDIFF_MAX stdint_intptr_glue3(INT,stdint_intptr_bits,_MAX)
-# endif
-# ifndef PTRDIFF_MIN
-# define PTRDIFF_MIN stdint_intptr_glue3(INT,stdint_intptr_bits,_MIN)
-# endif
-# ifndef UINTPTR_MAX
-# define UINTPTR_MAX stdint_intptr_glue3(UINT,stdint_intptr_bits,_MAX)
-# endif
-# ifndef INTPTR_MAX
-# define INTPTR_MAX stdint_intptr_glue3(INT,stdint_intptr_bits,_MAX)
-# endif
-# ifndef INTPTR_MIN
-# define INTPTR_MIN stdint_intptr_glue3(INT,stdint_intptr_bits,_MIN)
-# endif
-# ifndef INTPTR_C
-# define INTPTR_C(x) stdint_intptr_glue3(INT,stdint_intptr_bits,_C)(x)
-# endif
-# ifndef UINTPTR_C
-# define UINTPTR_C(x) stdint_intptr_glue3(UINT,stdint_intptr_bits,_C)(x)
-# endif
- typedef stdint_intptr_glue3(uint,stdint_intptr_bits,_t) uintptr_t;
- typedef stdint_intptr_glue3( int,stdint_intptr_bits,_t) intptr_t;
-# else
-/* TODO -- This following is likely wrong for some platforms, and does
- nothing for the definition of uintptr_t. */
- typedef ptrdiff_t intptr_t;
-# endif
-# define STDINT_H_UINTPTR_T_DEFINED
-#endif
-
-/*
- * Assumes sig_atomic_t is signed and we have a 2s complement machine.
- */
-
-#ifndef SIG_ATOMIC_MAX
-# define SIG_ATOMIC_MAX ((((sig_atomic_t) 1) << (sizeof (sig_atomic_t)*CHAR_BIT-1)) - 1)
-#endif
-
-#endif
-
-#if defined (__TEST_PSTDINT_FOR_CORRECTNESS)
-
-/*
- * Please compile with the maximum warning settings to make sure macros are not
- * defined more than once.
- */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
-
-#define glue3_aux(x,y,z) x ## y ## z
-#define glue3(x,y,z) glue3_aux(x,y,z)
-
-#define DECLU(bits) glue3(uint,bits,_t) glue3(u,bits,=) glue3(UINT,bits,_C) (0);
-#define DECLI(bits) glue3(int,bits,_t) glue3(i,bits,=) glue3(INT,bits,_C) (0);
-
-#define DECL(us,bits) glue3(DECL,us,) (bits)
-
-#define TESTUMAX(bits) glue3(u,bits,=) glue3(~,u,bits); if (glue3(UINT,bits,_MAX) glue3(!=,u,bits)) printf ("Something wrong with UINT%d_MAX\n", bits)
-
-int main () {
- DECL(I,8)
- DECL(U,8)
- DECL(I,16)
- DECL(U,16)
- DECL(I,32)
- DECL(U,32)
-#ifdef INT64_MAX
- DECL(I,64)
- DECL(U,64)
-#endif
- intmax_t imax = INTMAX_C(0);
- uintmax_t umax = UINTMAX_C(0);
- char str0[256], str1[256];
-
- sprintf (str0, "%d %x\n", 0, ~0);
-
- sprintf (str1, "%d %x\n", i8, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with i8 : %s\n", str1);
- sprintf (str1, "%u %x\n", u8, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with u8 : %s\n", str1);
- sprintf (str1, "%d %x\n", i16, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with i16 : %s\n", str1);
- sprintf (str1, "%u %x\n", u16, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with u16 : %s\n", str1);
- sprintf (str1, "%" PRINTF_INT32_MODIFIER "d %x\n", i32, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with i32 : %s\n", str1);
- sprintf (str1, "%" PRINTF_INT32_MODIFIER "u %x\n", u32, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with u32 : %s\n", str1);
-#ifdef INT64_MAX
- sprintf (str1, "%" PRINTF_INT64_MODIFIER "d %x\n", i64, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with i64 : %s\n", str1);
-#endif
- sprintf (str1, "%" PRINTF_INTMAX_MODIFIER "d %x\n", imax, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with imax : %s\n", str1);
- sprintf (str1, "%" PRINTF_INTMAX_MODIFIER "u %x\n", umax, ~0);
- if (0 != strcmp (str0, str1)) printf ("Something wrong with umax : %s\n", str1);
-
- TESTUMAX(8);
- TESTUMAX(16);
- TESTUMAX(32);
-#ifdef INT64_MAX
- TESTUMAX(64);
-#endif
-
- return EXIT_SUCCESS;
-}
-
-#endif
diff --git a/win32/unistd.h b/win32/unistd.h
deleted file mode 100644
index e74e84a..0000000
--- a/win32/unistd.h
+++ /dev/null
@@ -1,26 +0,0 @@
-#ifndef _UNISTD_H
-#define _UNISTD_H 1
-
-/* This file intended to serve as a drop-in replacement for
- * * unistd.h on Windows
- * * Please add functionality as neeeded
- * */
-
-#include <stdlib.h>
-#include <io.h>
-#include <getopt.h> /* getopt from: http://www.pwilson.net/sample.html. */
-
-#define srandom srand
-#define random rand
-
-/*
-const W_OK = 2;
-const R_OK = 4;
-*/
-
-#define access _access
-#define ftruncate _chsize
-
-#define ssize_t int
-
-#endif /* unistd.h */
--
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