[med-svn] [python-pyfaidx] 05/06: Imported Upstream version 0.4.5.1
Andreas Tille
tille at debian.org
Tue Nov 17 07:25:39 UTC 2015
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tille pushed a commit to branch master
in repository python-pyfaidx.
commit db5a16e47b9b5515012873889da8887c34f455e8
Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
Date: Tue Nov 17 08:12:31 2015 +0100
Imported Upstream version 0.4.5.1
---
pyfaidx/__init__.py | 9 +-
tests/data/download_gene_fasta.py | 13 +-
tests/data/genes.fasta | 1021 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++
tests/data/genes.fasta.lower | 1021 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++
tests/test_FastaRecord.py | 8 +-
tests/test_FastaVariant.py | 10 +-
6 files changed, 2070 insertions(+), 12 deletions(-)
diff --git a/pyfaidx/__init__.py b/pyfaidx/__init__.py
index 4f1e0c4..6cd39ab 100644
--- a/pyfaidx/__init__.py
+++ b/pyfaidx/__init__.py
@@ -21,7 +21,7 @@ from math import ceil
dna_bases = re.compile(r'([ACTGNactgnYRWSKMDVHBXyrwskmdvhbx]+)')
-__version__ = '0.4.5'
+__version__ = '0.4.5.1'
class FastaIndexingError(Exception):
@@ -368,7 +368,7 @@ class Faidx(object):
# write the final index line
check_bad_lines(rname, bad_lines, i + 1) # advance index since we're at the end of the file
- indexfile.write("{0}\t{1:d}\t{2:d}\t{3:d}\t{4:d}\n".format(rname, rlen, thisoffset, clen, blen))
+ indexfile.write("{0:s}\t{1:d}\t{2:d}\t{3:d}\t{4:d}\n".format(rname, rlen, thisoffset, clen, blen))
def write_fai(self):
with open(self.indexname, 'w') as outfile:
@@ -689,7 +689,10 @@ class FastaVariant(Fasta):
self.filter = "sample['{key}'] {expr} {value}".format(**locals())
else:
self.filter = 'True'
- self.vcf = vcf.Reader(filename=vcf_file)
+ if os.path.exists(vcf_file):
+ self.vcf = vcf.Reader(filename=vcf_file)
+ else:
+ raise IOError("File {s:0} does not exist.".format(vcf_file))
if sample is not None:
self.sample = sample
else:
diff --git a/tests/data/download_gene_fasta.py b/tests/data/download_gene_fasta.py
index 73284ba..16bbc59 100644
--- a/tests/data/download_gene_fasta.py
+++ b/tests/data/download_gene_fasta.py
@@ -30,7 +30,7 @@ def fetch_genes(filename, suffix=None):
with open('.'.join([filename, 'lower']), 'w') as lower:
for line in fasta:
if line[0] != '>':
- line = line.decode().lower().encode()
+ line = line.lower()
lower.write(line)
def fetch_chr22(filename):
@@ -54,6 +54,17 @@ def fetch_chr22(filename):
elif chr22:
fasta.write(line)
+def fake_chr22(filename):
+ """ Fake up some data """
+ chr22_len = 49691432
+ mod_70 = chr22_len % 70
+ with open(filename, 'w') as fake_file:
+ fake_file.write('>22 fake data for testing\n')
+ while chr22_len > mod_70:
+ fake_file.write('N' * 70 + '\n')
+ chr22_len -= 70
+ fake_file.write('N' * mod_70 + '\n')
+
def fetch_chr22_vcf(filename):
from subprocess import call
call(['curl', '-s', 'ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov//1000genomes/ftp/pilot_data/release/2010_07/exon/snps/CEU.exon.2010_03.genotypes.vcf.gz',
diff --git a/tests/data/genes.fasta b/tests/data/genes.fasta
new file mode 100644
index 0000000..5b0261e
--- /dev/null
+++ b/tests/data/genes.fasta
@@ -0,0 +1,1021 @@
+>gi|563317589|dbj|AB821309.1| Homo sapiens FGFR2-AHCYL1 mRNA for FGFR2-AHCYL1 fusion kinase protein, complete cds
+ATGGTCAGCTGGGGTCGTTTCATCTGCCTGGTCGTGGTCACCATGGCAACCTTGTCCCTGGCCCGGCCCT
+CCTTCAGTTTAGTTGAGGATACCACATTAGAGCCAGAAGATGCCATCTCATCCGGAGATGATGAGGATGA
+CACCGATGGTGCGGAAGATTTTGTCAGTGAGAACAGTAACAACAAGAGAGCACCATACTGGACCAACACA
+GAAAAGATGGAAAAGCGGCTCCATGCTGTGCCTGCGGCCAACACTGTCAAGTTTCGCTGCCCAGCCGGGG
+GGAACCCAATGCCAACCATGCGGTGGCTGAAAAACGGGAAGGAGTTTAAGCAGGAGCATCGCATTGGAGG
+CTACAAGGTACGAAACCAGCACTGGAGCCTCATTATGGAAAGTGTGGTCCCATCTGACAAGGGAAATTAT
+ACCTGTGTGGTGGAGAATGAATACGGGTCCATCAATCACACGTACCACCTGGATGTTGTGGAGCGATCGC
+CTCACCGGCCCATCCTCCAAGCCGGACTGCCGGCAAATGCCTCCACAGTGGTCGGAGGAGACGTAGAGTT
+TGTCTGCAAGGTTTACAGTGATGCCCAGCCCCACATCCAGTGGATCAAGCACGTGGAAAAGAACGGCAGT
+AAATACGGGCCCGACGGGCTGCCCTACCTCAAGGTTCTCAAGCACTCGGGGATAAATAGTTCCAATGCAG
+AAGTGCTGGCTCTGTTCAATGTGACCGAGGCGGATGCTGGGGAATATATATGTAAGGTCTCCAATTATAT
+AGGGCAGGCCAACCAGTCTGCCTGGCTCACTGTCCTGCCAAAACAGCAAGCGCCTGGAAGAGAAAAGGAG
+ATTACAGCTTCCCCAGACTACCTGGAGATAGCCATTTACTGCATAGGGGTCTTCTTAATCGCCTGTATGG
+TGGTAACAGTCATCCTGTGCCGAATGAAGAACACGACCAAGAAGCCAGACTTCAGCAGCCAGCCGGCTGT
+GCACAAGCTGACCAAACGTATCCCCCTGCGGAGACAGGTAACAGTTTCGGCTGAGTCCAGCTCCTCCATG
+AACTCCAACACCCCGCTGGTGAGGATAACAACACGCCTCTCTTCAACGGCAGACACCCCCATGCTGGCAG
+GGGTCTCCGAGTATGAACTTCCAGAGGACCCAAAATGGGAGTTTCCAAGAGATAAGCTGACACTGGGCAA
+GCCCCTGGGAGAAGGTTGCTTTGGGCAAGTGGTCATGGCGGAAGCAGTGGGAATTGACAAAGACAAGCCC
+AAGGAGGCGGTCACCGTGGCCGTGAAGATGTTGAAAGATGATGCCACAGAGAAAGACCTTTCTGATCTGG
+TGTCAGAGATGGAGATGATGAAGATGATTGGGAAACACAAGAATATCATAAATCTTCTTGGAGCCTGCAC
+ACAGGATGGGCCTCTCTATGTCATAGTTGAGTATGCCTCTAAAGGCAACCTCCGAGAATACCTCCGAGCC
+CGGAGGCCACCCGGGATGGAGTACTCCTATGACATTAACCGTGTTCCTGAGGAGCAGATGACCTTCAAGG
+ACTTGGTGTCATGCACCTACCAGCTGGCCAGAGGCATGGAGTACTTGGCTTCCCAAAAATGTATTCATCG
+AGATTTAGCAGCCAGAAATGTTTTGGTAACAGAAAACAATGTGATGAAAATAGCAGACTTTGGACTCGCC
+AGAGATATCAACAATATAGACTATTACAAAAAGACCACCAATGGGCGGCTTCCAGTCAAGTGGATGGCTC
+CAGAAGCCCTGTTTGATAGAGTATACACTCATCAGAGTGATGTCTGGTCCTTCGGGGTGTTAATGTGGGA
+GATCTTCACTTTAGGGGGCTCGCCCTACCCAGGGATTCCCGTGGAGGAACTTTTTAAGCTGCTGAAGGAA
+GGACACAGAATGGATAAGCCAGCCAACTGCACCAACGAACTGTACATGATGATGAGGGACTGTTGGCATG
+CAGTGCCCTCCCAGAGACCAACGTTCAAGCAGTTGGTAGAAGACTTGGATCGAATTCTCACTCTCACAAC
+CAATGAGCAATTCCAGTTTGCTGATGACATGCAGGAGTTCACCAAATTCCCCACCAAAACTGGCCGAAGA
+TCTTTGTCTCGCTCGATCTCACAGTCCTCCACTGACAGCTACAGTTCAGCTGCATCCTACACAGATAGCT
+CTGATGATGAGGTTTCTCCCCGAGAGAAGCAGCAAACCAACTCCAAGGGCAGCAGCAATTTCTGTGTGAA
+GAACATCAAGCAGGCAGAATTTGGACGCCGGGAGATTGAGATTGCAGAGCAAGACATGTCTGCTCTGATT
+TCACTCAGGAAACGTGCTCAGGGGGAGAAGCCCTTGGCTGGTGCTAAAATAGTGGGCTGTACACACATCA
+CAGCCCAGACAGCGGTGTTGATTGAGACACTCTGTGCCCTGGGGGCTCAGTGCCGCTGGTCTGCTTGTAA
+CATCTACTCAACTCAGAATGAAGTAGCTGCAGCACTGGCTGAGGCTGGAGTTGCAGTGTTCGCTTGGAAG
+GGCGAGTCAGAAGATGACTTCTGGTGGTGTATTGACCGCTGTGTGAACATGGATGGGTGGCAGGCCAACA
+TGATCCTGGATGATGGGGGAGACTTAACCCACTGGGTTTATAAGAAGTATCCAAACGTGTTTAAGAAGAT
+CCGAGGCATTGTGGAAGAGAGCGTGACTGGTGTTCACAGGCTGTATCAGCTCTCCAAAGCTGGGAAGCTC
+TGTGTTCCGGCCATGAACGTCAATGATTCTGTTACCAAACAGAAGTTTGATAACTTGTACTGCTGCCGAG
+AATCCATTTTGGATGGCCTGAAGAGGACCACAGATGTGATGTTTGGTGGGAAACAAGTGGTGGTGTGTGG
+CTATGGTGAGGTAGGCAAGGGCTGCTGTGCTGCTCTCAAAGCTCTTGGAGCAATTGTCTACATTACCGAA
+ATCGACCCCATCTGTGCTCTGCAGGCCTGCATGGATGGGTTCAGGGTGGTAAAGCTAAATGAAGTCATCC
+GGCAAGTCGATGTCGTAATAACTTGCACAGGAAATAAGAATGTAGTGACACGGGAGCACTTGGATCGCAT
+GAAAAACAGTTGTATCGTATGCAATATGGGCCACTCCAACACAGAAATCGATGTGACCAGCCTCCGCACT
+CCGGAGCTGACGTGGGAGCGAGTACGTTCTCAGGTGGACCATGTCATCTGGCCAGATGGCAAACGAGTTG
+TCCTCCTGGCAGAGGGTCGTCTACTCAATTTGAGCTGCTCCACAGTTCCCACCTTTGTTCTGTCCATCAC
+AGCCACAACACAGGCTTTGGCACTGATAGAACTCTATAATGCACCCGAGGGGCGATACAAGCAGGATGTG
+TACTTGCTTCCTAAGAAAATGGATGAATACGTTGCCAGCTTGCATCTGCCATCATTTGATGCCCACCTTA
+CAGAGCTGACAGATGACCAAGCAAAATATCTGGGACTCAACAAAAATGGGCCATTCAAACCTAATTATTA
+CAGATACTAA
+>gi|557361099|gb|KF435150.1| Homo sapiens MDM4 protein variant Y (MDM4) mRNA, complete cds, alternatively spliced
+ATGACATCATTTTCCACCTCTGCTCAGTGTTCAACATCTGACAGTGCTTGCAGGATCTCTCCTGGACAAA
+TCAATCAGGTACGACCAAAACTGCCGCTTTTGAAGATTTTGCATGCAGCAGGTGCGCAAGGTGAAATGTT
+CACTGTTAAAGAGGTCATGCACTATTTAGGTCAGTACATAATGGTGAAGCAACTTTATGATCAGCAGGAG
+CAGCATATGGTATATTGTGGTGGAGATCTTTTGGGAGAACTACTGGGACGTCAGAGCTTCTCCGTGAAAG
+ACCCAAGCCCTCTCTATGATATGCTAAGAAAGAATCTTGTCACTTTAGCCACTGCTACTACAGCAAAGTG
+CAGAGGAAAGTTCCACTTCCAGAAAAAGAACTACAGAAGACGATATCCCCACACTGCCTACCTCAGAGCA
+TAAATGCATACATTCTAGAGAAGGTGATTGAAGTGGGAAAAAATGATGACCTGGAGGACTC
+>gi|557361097|gb|KF435149.1| Homo sapiens MDM4 protein variant G (MDM4) mRNA, complete cds
+ATGACATCATTTTCCACCTCTGCTCAGTGTTCAACATCTGACAGTGCTTGCAGGATCTCTCCTGGACAAA
+TCAATCAGGTACGACCAAAACTGCCGCTTTTGAAGATTTTGCATGCAGCAGGTGCGCAAGGTGAAATGTT
+CACTGTTAAAGAGGTCATGCACTATTTAGGTCAGTACATAATGGTGAAGCAACTTTATGATCAGCAGGAG
+CAGCATATGGTATATTGTGGTGGAGATCTTTTGGGAGAACTACTGGGACGTCAGAGCTTCTCCGTGAAAG
+ACCCAAGCCCTCTCTATGATATGCTAAGAAAGAATCTTGTCACTTTAGCCACTGCTACTACAGCAAAGTG
+CAGAGGAAAGTTCCACTTCCAGAAAAAGAACTACAGAAGACGATATCCCCACACTGCCTACCTCAGAGCA
+TAAATGCATACATTCTAGAGAAGATGAAGACTTAATTGAAAATTTAGCCCAAGATGAAACATCTAGGCTG
+GACCTTGGATTTGAGGAGTGGGATGTAGCTGGCCTGCCTTGGTGGTTTTTAGGAAACTTGAGAAGCAACT
+ATACACCTAGAAGTAATGGCTCAACTGATTTACAGACAAATCAGGTGATTGAAGTGGGAAAAAATGATGA
+CCTGGAGGACTC
+>gi|543583796|ref|NR_104216.1| Homo sapiens BRCA1 associated RING domain 1 (BARD1), transcript variant 8, non-coding RNA
+CCCCGCCCCTCTGGCGGCCCGCCGTCCCAGACGCGGGAAGAGCTTGGCCGGTTTCGAGTCGCTGGCCTGC
+AGCTTCCCTGTGGTTTCCCGAGGCTTCCTTGCTTCCCGCTCTGCGAGGAGCCTTTCATCCGAAGGCGGGA
+CGATGCCGGATAATCGGCAGCCGAGGAACCGGCAGCCGAGGATCCGCTCCGGGAACGAGCCTCGTTCCGC
+GCCCGCCATGGAACCGGATGGTCGCGGTGCCTGGGCCCACAGTCGCGCCGCGCTCGACCGCCTGGAGAAG
+CTGCTGCGCTGCTCGCGTTGTACTAACATTCTGAGAGAGCCTGTGTGTTTAGGAGGATGTGAGCACATCT
+TCTGTAGTAATTGTGTAAGTGACTGCATTGGAACTGGATGTCCAGTGTGTTACACCCCGGCCTGGATACA
+AGACTTGAAGATAAATAGACAACTGGACAGCATGATTCAACTTTGTAGTAAGCTTCGAAATTTGCTACAT
+GACAATGAGCTGTCAGGGCGACATACCTTCTGTTGAATACCTTTTACAAAATGGAAGTGATCCAAATGTT
+AAAGACCATGCTGGATGGACACCATTGCATGAAGCTTGCAATCATGGGCACCTGAAGGTAGTGGAATTAT
+TGCTCCAGCATAAGGCATTGGTGAACACCACCGGGTATCAAAATGACTCACCACTTCACGATGCAGCCAA
+GAATGGGCATGTGGATATAGTCAAGCTGTTACTTTCCTATGGAGCCTCCAGAAATGCTGTTAATATATTT
+GGTCTGCGGCCTGTCGATTATACAGATGATGAAAGTATGAAATCGCTATTGCTGCTACCAGAGAAGAATG
+AATCATCCTCAGCTAGCCACTGCTCAGTAATGAACACTGGGCAGCGTAGGGATGGACCTCTTGTACTTAT
+AGGCAGTGGGCTGTCTTCAGAACAACAGAAAATGCTCAGTGAGCTTGCAGTAATTCTTAAGGCTAAAAAA
+TATACTGAGTTTGACAGTACAGTAACTCATGTTGTTGTTCCTGGTGATGCAGTTCAAAGTACCTTGAAGT
+GTATGCTTGGGATTCTCAATGGATGCTGGATTCTAAAATTTGAATGGGTAAAAGCATGTCTACGAAGAAA
+AGTATGTGAACAGGAAGAAAAGTATGAAATTCCTGAAGGTCCACGCAGAAGCAGGCTCAACAGAGAACAG
+CTGTTGCCAAAGCTGTTTGATGGATGCTACTTCTATTTGTGGGGAACCTTCAAACACCATCCAAAGGACA
+ACCTTATTAAGCTCGTCACTGCAGGTGGGGGCCAGATCCTCAGTAGAAAGCCCAAGCCAGACAGTGACGT
+GACTCAGACCATCAATACAGTCGCATACCATGCGAGACCCGATTCTGATCAGCGCTTCTGCACACAGTAT
+ATCATCTATGAAGATTTGTGTAATTATCACCCAGAGAGGGTTCGGCAGGGCAAAGTCTGGAAGGCTCCTT
+CGAGCTGGTTTATAGACTGTGTGATGTCCTTTGAGTTGCTTCCTCTTGACAGCTGAATATTATACCAGAT
+GAACATTTCAAATTGAATTTGCACGGTTTGTGAGAGCCCAGTCATTGTACTGTTTTTAATGTTCACATTT
+TTACAAATAGGTAGAGTCATTCATATTTGTCTTTGAATCAAAAAAAAAAAAAAAGTCTAATGCCAGATTA
+GGAATTCATGTTATGTTTACCATTTAGAAGCTGGGATTGCTTTTAAAGGTTTTTCTTTTTAAAATTGGCA
+TGTTTTTGATTTATCATGTCTTTCTATTCAGATTATTGGGTATCAAAGATTAATGAGGACACCAGAATCT
+TGGTTAAATAGACAAGTGGTATCATTACTGTTTGAGTCTTTTAATATTCTCCATACCTGCCACCAGTGAA
+AAAACTTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAAACAGAATATTATCAAACAATTTATTTTGGCTTTAT
+TGAAAAAAGAGTATTTGGTCTAAATGTGCCACCATAGGTGTTAAATTCTCCTATCTGCAATTGTCTTTAT
+CCTATATTGTGTTCATTTCTTTTCTTAATAATTTACTTTGTTGTGTGTTTCTACACTTTCATCCCTGTTT
+TTTATCTTGTATATCATCAGGAAATTGTGATTTAATCATTAACATTGGTTTTTTTGTGTGTGTGGTAAAA
+ATCAACACTAGGCTCATGGTACATATTTTTATTCTGTACATTTGCTTGTAACTATCAATTTGTAACTCTG
+TTTATCTACTACATGTGTATATATACTTAGAGCATTTTCTCTAACACATTTTAATGTTAGTATTTTTTAA
+AAGGTCTGACCAGTCTAGCAAATTGTCAGTCCAACGTCATTACTTTAAATTAAGAAGCAGTCTTCTTCTG
+GTAAACCTTGTTGGTATTTGTAAAATAATTTTGAAGGTCTTAATTTCTTCCTTTGTAAAAGGAAAAGGTT
+TTTTTTAAAGTTTTTAGGTTGGCATGGAGGCAGAAGTTGGTGATTACTTGATTTACAACAGATTTTTTCC
+AGATCATACAAAAGGCCATACAGTAAGTATAGAAGTAGGTATGGGGAGGGCTTACTAATATCAAATAGGC
+AAGGCCTTAGTGAGTGGGCAGGATACCACCTGAGAGTGGCCAGATGTGGGGAGGTTACTCTGCTCTGGGT
+GCTCTCATTCATGAATCGACAAGGATACATTAGATTATTTTGAAACATTTTTTTAAGAAGCAGAATTCTT
+TAATAATTCCTTCCTAGACATTGAATATACTTATAAAATTAAAGACTTGGGGAAGGAGACACTGAGAGAC
+TTGCCAGTTTGGTTCCTCATGAACAAAAGAGGACAGTTTGATAACTACCAGAATAGAATATCCCTAGTTT
+TAAAATAGTGAGAATCTCTGAAGTTCATCAACATCTTAAGATGCACTTACTTGAAAGTTTGAGATTCTGT
+TTATCATTTGAAAACACATTTTGCTTTAATTCTTTCTTTGACATGTTGTTTTTTCATATCAAGAAATATA
+TGAACAAAATAATAACCTTTTGACCCTGACCTTGCTGGGTGAATTAGCTCTGAAACACTCTCTACAACCA
+GTAATGCATTTGTCCCACATTTCATTCTGATAGAAAATGAACACCATAGCACCAAACAAAAATCCGAGGC
+GTTAGATAATGTCTGGATTAAATAATTTAAGACTCTCTAGGATTTTGGTTGTCATTTTTTATTTATAACA
+GACTTTAAGTCACTTTCTGTTGCCTCATAGGTCACATTTTAGACAGGTTTGTGTCTGTTCCTTGCATCTG
+AATTCCTGATTGTAAAGACACCTATGAGGTCTCTTAGTTTTTGTCATTCATTTTCTTGGTTTATCACCCC
+TCCCTTCTTTTTGTTGTTTTTCCCTGACTGTTAAGCAGTTTCATCTTTGCTTTTGTTAAATATTTGACAG
+CAGTTAGTTTGTGTTAAGCTCTTGAAACTTGTGATTGTACTTTCTGTGTAGATATACATGTAATTATTTT
+TTATTTTTCAATCATAGATTCAAGCTTCCTTCTTTTTTACCACAAATCATTAAAGTTATTTGTGTTTCCA
+TATACCTGTGTCTTGTATAAAATTGGCTTATTCTGTGCTGTTGAATGAGGCTCAACATGACTTGGTGAGG
+AAGTCTATTAACTAACAAAAGCTTATCTTTTTTAACATAATGCTTTTTAATTAATTTTGAATAAAAATAT
+TTCTAAAGTGTACTAGATACTTTATTACCTTAGATTATTCCGAATACAGTATAACTTTGATAGTTTGGAA
+TAGTCATTAAGAAACAATTACACACTGATTGCTTTGTGTCTCTAAAAGTGAGAGGCTGGTAGCTTTTCCA
+CATTCTCATGGCTATTTTCTAGTTCTACTTGAATTTATAACTGTTTCCCTTTTTCCTTGACAGCTGCCAC
+TTTGTAGCTATTTTTCTGTCTCTGCTAATACTTTACCATATCTATCTCAATTGTTTTTTCTTTTGACTTG
+CTGAAAAATAGAAACCAGATGGGAAGTATATTAGCATTATGATTGAAATAAGGGTAAATGAGCAATGTGT
+GAAGGTTTTCACTGACTTCACCTAAAAGATAGTTTAGCTACTTGAATTTTAGTAAATAGAATTTTTCCTT
+TATTTCATCGGTCCCCCCACCTTTTTTTTTTTTTGCACCTGCCTTGTAAATTTAATAGTTAAGTGACCTC
+TGCCTAGAGGATGATATTTGGGGAGGTTTGATGTTTCCTGTGGGAATAAGACGATTCACAGGTGAGAGTG
+GGGCCACATTAGCTGTTATTGTTTCCATGGGTCAGTGTGGAAAATGCATTAATCATATTCTAAACGTTCA
+TGGGCCTCATTACAGTCACAATTGTCTATTCTGTTTCCTACCCTGAACACATTAAAATGGTAGGAACTAA
+TGCTTGTCTTATTTAATTACTAAAAGCCACCATTTTCTTTGATAGATTGAGCTACAGATTGTAAACTTCA
+TGTATTTCTTTATAAGTCAACCCTTTTCAAAGATACGCACATCAAACTGAATGAATAAATAAATATTGAG
+AAGTTGAAAAAAAAAAAAAAAAA
+>gi|543583795|ref|NR_104215.1| Homo sapiens BRCA1 associated RING domain 1 (BARD1), transcript variant 7, non-coding RNA
+CCCCGCCCCTCTGGCGGCCCGCCGTCCCAGACGCGGGAAGAGCTTGGCCGGTTTCGAGTCGCTGGCCTGC
+AGCTTCCCTGTGGTTTCCCGAGGCTTCCTTGCTTCCCGCTCTGCGAGGAGCCTTTCATCCGAAGGCGGGA
+CGATGCCGGATAATCGGCAGCCGAGGAACCGGCAGCCGAGGATCCGCTCCGGGAACGAGCCTCGTTCCGC
+GCCCGCCATGGAACCGGATGGTCGCGGTGCCTGGGCCCACAGTCGCGCCGCGCTCGACCGCCTGGAGAAG
+CTGCTGCGCTGCTCGCGTTGATTTGAAAGAAGATAAACCTAGGAAAAGTTTGTTTAATGATGCAGGAAAC
+AAGAAGAATTCAATTAAAATGTGGTTTAGCCCTCGAAGTAAGAAAGTCAGATATGTTGTGAGTAAAGCTT
+CAGTGCAAACCCAGCCTGCAATAAAAAAAGATGCAAGTGCTCAGCAAGACTCATATGAATTTGTTTCCCC
+AAGTCCTCCTGCAGATGTTTCTGAGAGGGCTAAAAAGGCTTCTGCAAGATCTGGAAAAAAGCAAAAAAAG
+AAAACTTTAGCTGAAATCAACCAAAAATGGAATTTAGAGGCAGAAAAAGAAGATGGTGAATTTGACTCCA
+AAGAGGAATCTAAGCAAAAGCTGGTATCCTTCTGTAGCCAACCATCTGTTATCTCCAGTCCTCAGATAAA
+TGGTGAAATAGACTTACTAGCAAGTGGCTCCTTGACAGAATCTGAATGTTTTGGAAGTTTAACTGAAGTC
+TCTTTACCATTGGCTGAGCAAATAGAGTCTCCAGACACTAAGAGCAGGAATGAAGTAGTGACTCCTGAGA
+AGGTCTGCAAAAATTATCTTACATCTAAGAAATCTTTGCCATTAGAAAATAATGGAAAACGTGGCCATCA
+CAATAGACTTTCCAGTCCCATTTCTAAGAGATGTAGAACCAGCATTCTGAGCACCAGTGGAGATTTTGTT
+AAGCAAACGGTGCCCTCAGAAAATATACCATTGCCTGAATGTTCTTCACCACCTTCATGCAAACGTAAAG
+TTGGTGGTACATCAGGGAGGAAAAACAGTAACATGTCCGATGAATTCATTAGTCTTTCACCAGGTACACC
+ACCTTCTACATTAAGTAGTTCAAGTTACAGGCGAGTGATGTCTAGTCCCTCAGCAATGAAGCTGTTGCCC
+AATATGGCTGTGAAAAGAAATCATAGAGGAGAGACTTTGCTCCATATTGCTTCTATTAAGGGCGACATAC
+CTTCTGTTGAATACCTTTTACAAAATGGAAGTGATCCAAATGTTAAAGACCATGCTGGATGGACACCATT
+GCATGAAGCTTGCAATCATGGGCACCTGAAGGTAGTGGAATTATTGCTCCAGCATAAGGCATTGGTGAAC
+ACCACCGGGTATCAAAATGACTCACCACTTCACGATGCAGCCAAGAATGGGCATGTGGATATAGTCAAGC
+TGTTACTTTCCTATGGAGCCTCCAGAAATGCTGTTAATATATTTGGTCTGCGGCCTGTCGATTATACAGA
+TGATGAAAGTATGAAATCGCTATTGCTGCTACCAGAGAAGAATGAATCATCCTCAGCTAGCCACTGCTCA
+GTAATGAACACTGGGCAGCGTAGGGATGGACCTCTTGTACTTATAGGCAGTGGGCTGTCTTCAGAACAAC
+AGAAAATGCTCAGTGAGCTTGCAGTAATTCTTAAGGCTAAAAAATATACTGAGTTTGACAGTACAGTAAC
+TCATGTTGTTGTTCCTGGTGATGCAGTTCAAAGTACCTTGAAGTGTATGCTTGGGATTCTCAATGGATGC
+TGGATTCTAAAATTTGAATGGGTAAAAGCATGTCTACGAAGAAAAGTATGTGAACAGGAAGAAAAGTATG
+AAATTCCTGAAGGTCCACGCAGAAGCAGGCTCAACAGAGAACAGCTGTTGCCAAAGCTGTTTGATGGATG
+CTACTTCTATTTGTGGGGAACCTTCAAACACCATCCAAAGGACAACCTTATTAAGCTCGTCACTGCAGGT
+GGGGGCCAGATCCTCAGTAGAAAGCCCAAGCCAGACAGTGACGTGACTCAGACCATCAATACAGTCGCAT
+ACCATGCGAGACCCGATTCTGATCAGCGCTTCTGCACACAGTATATCATCTATGAAGATTTGTGTAATTA
+TCACCCAGAGAGGGTTCGGCAGGGCAAAGTCTGGAAGGCTCCTTCGAGCTGGTTTATAGACTGTGTGATG
+TCCTTTGAGTTGCTTCCTCTTGACAGCTGAATATTATACCAGATGAACATTTCAAATTGAATTTGCACGG
+TTTGTGAGAGCCCAGTCATTGTACTGTTTTTAATGTTCACATTTTTACAAATAGGTAGAGTCATTCATAT
+TTGTCTTTGAATCAAAAAAAAAAAAAAAGTCTAATGCCAGATTAGGAATTCATGTTATGTTTACCATTTA
+GAAGCTGGGATTGCTTTTAAAGGTTTTTCTTTTTAAAATTGGCATGTTTTTGATTTATCATGTCTTTCTA
+TTCAGATTATTGGGTATCAAAGATTAATGAGGACACCAGAATCTTGGTTAAATAGACAAGTGGTATCATT
+ACTGTTTGAGTCTTTTAATATTCTCCATACCTGCCACCAGTGAAAAAACTTGCCTTTTTTTTTTTTTTTT
+TTTTAGTAAACAGAATATTATCAAACAATTTATTTTGGCTTTATTGAAAAAAGAGTATTTGGTCTAAATG
+TGCCACCATAGGTGTTAAATTCTCCTATCTGCAATTGTCTTTATCCTATATTGTGTTCATTTCTTTTCTT
+AATAATTTACTTTGTTGTGTGTTTCTACACTTTCATCCCTGTTTTTTATCTTGTATATCATCAGGAAATT
+GTGATTTAATCATTAACATTGGTTTTTTTGTGTGTGTGGTAAAAATCAACACTAGGCTCATGGTACATAT
+TTTTATTCTGTACATTTGCTTGTAACTATCAATTTGTAACTCTGTTTATCTACTACATGTGTATATATAC
+TTAGAGCATTTTCTCTAACACATTTTAATGTTAGTATTTTTTAAAAGGTCTGACCAGTCTAGCAAATTGT
+CAGTCCAACGTCATTACTTTAAATTAAGAAGCAGTCTTCTTCTGGTAAACCTTGTTGGTATTTGTAAAAT
+AATTTTGAAGGTCTTAATTTCTTCCTTTGTAAAAGGAAAAGGTTTTTTTTAAAGTTTTTAGGTTGGCATG
+GAGGCAGAAGTTGGTGATTACTTGATTTACAACAGATTTTTTCCAGATCATACAAAAGGCCATACAGTAA
+GTATAGAAGTAGGTATGGGGAGGGCTTACTAATATCAAATAGGCAAGGCCTTAGTGAGTGGGCAGGATAC
+CACCTGAGAGTGGCCAGATGTGGGGAGGTTACTCTGCTCTGGGTGCTCTCATTCATGAATCGACAAGGAT
+ACATTAGATTATTTTGAAACATTTTTTTAAGAAGCAGAATTCTTTAATAATTCCTTCCTAGACATTGAAT
+ATACTTATAAAATTAAAGACTTGGGGAAGGAGACACTGAGAGACTTGCCAGTTTGGTTCCTCATGAACAA
+AAGAGGACAGTTTGATAACTACCAGAATAGAATATCCCTAGTTTTAAAATAGTGAGAATCTCTGAAGTTC
+ATCAACATCTTAAGATGCACTTACTTGAAAGTTTGAGATTCTGTTTATCATTTGAAAACACATTTTGCTT
+TAATTCTTTCTTTGACATGTTGTTTTTTCATATCAAGAAATATATGAACAAAATAATAACCTTTTGACCC
+TGACCTTGCTGGGTGAATTAGCTCTGAAACACTCTCTACAACCAGTAATGCATTTGTCCCACATTTCATT
+CTGATAGAAAATGAACACCATAGCACCAAACAAAAATCCGAGGCGTTAGATAATGTCTGGATTAAATAAT
+TTAAGACTCTCTAGGATTTTGGTTGTCATTTTTTATTTATAACAGACTTTAAGTCACTTTCTGTTGCCTC
+ATAGGTCACATTTTAGACAGGTTTGTGTCTGTTCCTTGCATCTGAATTCCTGATTGTAAAGACACCTATG
+AGGTCTCTTAGTTTTTGTCATTCATTTTCTTGGTTTATCACCCCTCCCTTCTTTTTGTTGTTTTTCCCTG
+ACTGTTAAGCAGTTTCATCTTTGCTTTTGTTAAATATTTGACAGCAGTTAGTTTGTGTTAAGCTCTTGAA
+ACTTGTGATTGTACTTTCTGTGTAGATATACATGTAATTATTTTTTATTTTTCAATCATAGATTCAAGCT
+TCCTTCTTTTTTACCACAAATCATTAAAGTTATTTGTGTTTCCATATACCTGTGTCTTGTATAAAATTGG
+CTTATTCTGTGCTGTTGAATGAGGCTCAACATGACTTGGTGAGGAAGTCTATTAACTAACAAAAGCTTAT
+CTTTTTTAACATAATGCTTTTTAATTAATTTTGAATAAAAATATTTCTAAAGTGTACTAGATACTTTATT
+ACCTTAGATTATTCCGAATACAGTATAACTTTGATAGTTTGGAATAGTCATTAAGAAACAATTACACACT
+GATTGCTTTGTGTCTCTAAAAGTGAGAGGCTGGTAGCTTTTCCACATTCTCATGGCTATTTTCTAGTTCT
+ACTTGAATTTATAACTGTTTCCCTTTTTCCTTGACAGCTGCCACTTTGTAGCTATTTTTCTGTCTCTGCT
+AATACTTTACCATATCTATCTCAATTGTTTTTTCTTTTGACTTGCTGAAAAATAGAAACCAGATGGGAAG
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+AGATAGTTTAGCTACTTGAATTTTAGTAAATAGAATTTTTCCTTTATTTCATCGGTCCCCCCACCTTTTT
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+>gi|530364724|ref|XR_241079.1| PREDICTED: Homo sapiens Mdm4 p53 binding protein homolog (mouse) (MDM4), transcript variant X2, misc_RNA
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index 0000000..d88bdc6
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+>gi|557361097|gb|KF435149.1| Homo sapiens MDM4 protein variant G (MDM4) mRNA, complete cds
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+aagccatgtagcttatgtgagaaaagaccacgagacgggaacattattcatggaaggacgggccatcttg
+tcacttgttttcactgtgccagaagactaaagaaggctggggcttcatgccctatttgcaagaaagagat
+tcagctggatgccaaagaagagtgaatggcccacaaagagcctggtagcacatacgcttttcaaaaggtc
+atgcacttacagctaaagccattaaggctgaagtgcagtggcgagaggttcacggcagccttgacctcct
+ggctgaagcgatccagccatctcagccccccgagtagctgagaccacaggagggggctgattgaaactga
+agaatagtacagtaggaggagaggaccaggagctgaaaagacaggtcgctatgttgagagagagagagag
+gaagaaagatctaataggacttcaaaggctgtggtagatgtattactgtcaaaacctgcgcagcttttct
+ctaccaggccttggaaaagattgcacttcctgcaccactggcagcgggctggccaatgggatgcaagtgg
+aaatgaactgtgctattctgagcagaggcttagggaccattgtgtgggcttaggcagatactccaatatt
+tctgacacatacatacacggaaaaccttgcaagagtggagaaaagaagggagagggtctcactctgtcac
+caggctggagtgcagtggcacaatctaggctcactgcagcctcgacctcccaggttcaagcaatcctccc
+acctcagcctcccggttagctgggactatagctatgcgccaccatgtccctatgttgcccagcctcggtg
+tctggatgcccagcctaaccaagtcagcttcccatctttggctgagacaaggagaaccctgctgggctag
+gggacccagatagtgaccaggttctgcatgtgatttccctgtggaattccaaccaaggacagacagttag
+cctaaaaacaacagcagaagcagcagcaacaacgatgctgagtgctgactgcgagcctggcttcctcgga
+gggagtttaccgtgcgctgcctccttggaccctcatcactgccctgcgaagcaagcactttcctcacccc
+ctctgtctggaggagggcactgaggcaccgagaaaactgggcaggggaggcccgagaaggagagggtggc
+accgtcattctcactttccagctgaggacacggatggtttctataacagtgaatttgcaaatagttggaa
+cctctgaagtgcttcctctcctggactggaaaccccttgaggatgtgtacggcacccgcatcccctccat
+ctgcacccgcagccacagccacagccacagccagcgctatgtcccgttgccattcacattcatacctgca
+acgtacactcatacatgtgtcggatatttgcgaagaagctccctttcccacctaggcccctcttctttcc
+tttcctttcctttccctcctctacctctttcccttcctattcttctgctcctcctccctcccagctggtt
+ccctatttcccttaccccctcaaacatctcccctctctccatccccactcccaatctgccaaacccaccc
+ccacctaaaaatgtggaccgtggagtctctgaccgaggtttcctttcccaacatggggagcccgggctgg
+ctgcgatttgttggggacagagatgggatcttgctctgttgttcaggtggtggtttcaaactcctggcct
+caagtgatcctcctgccttggcctcccaaagcgctgggattacaggtgtgagccgctgtgcccaggccaa
+tcccagagattttgttttattttatggcccagaagatgatttctcgatacgagtttcacgaagacttgaa
+aagaatgtgtcctctgttgttggatggagtgtccttgaaatgttcattagccttctagctccattcagaa
+gagcctccgaagtagagaccagaaatccttctagtgggctgtgctttgagcagtactgcttgttgactgc
+tttacttggaaggagagatcgactgagaatgtataacatcaagagctgccctaatgtgaactggagactt
+cgagtgacaacaatgtgcccatggaaagaagtggacaagactctgctctcttcatggaaccgagtattct
+aaggacacagccaagtcaggagactacacccctagtataataagtcctgtggctgtactgagaagaggtc
+ctgactcagaactggaggacatcatggaaggcttcctggaggaagtgccatctaggctgaaacctaaagg
+atgagtagaactaaccagatgaaaaggacagcactggatttgactcatccctgcatcccccgagcacctc
+gtgggtgccgtaaaggcagctgggttgatgatgactgagtgaaggagcgcctgagtggatgagccactga
+gtgaatgaactggagttcatcttccacgtggtcctcagcatccactctagaagccaaagccaagcctgag
+ggatctaaagccttgggacttctggatctgcaagtggtccctgttttggtagctattgactgacgagggg
+ctcttcgccccacaggtgactgctgtagccttgagtgaggacctcggccaaaaagaaggctcctaccgtg
+gctgtttgctgatggtcttcgcagagcctgctgtctttgagcttcctgagagagggacactaccctcgct
+tagcctggcagtgttgcccaggaggaggcagtggagttaagaagcctgggtctgagctcctcagctgtgc
+agacaactcctacttgttcttcaacgctcaactttaagttcagtcaccacctgcagaagtcttctccaaa
+acctccccacctggctgactaaggggctggctttatgctcttgcagtactcatgcttcctactgtcacag
+ttctgaccacaccgtgggaaaacgtctctaactagagacctgtcttgcctcttgtgcctgtagtacggga
+tgggtgcccagtgtgtgttgattgtatgaatcaatctctgtgactccagagttcctttcttcaggagatt
+agacatcacccctgcaatcaacaatgcaagccactgctgtttcctccatcctgagcatgaggaacctatc
+cagtttctctctcagatgccagggccatgaggcaagtccagccttggcctagaaccaaagatggaaacaa
+aaaggggccagactgtgttgccttcttgagcctggtctgactcctgagtggaagtctgattccaggtaca
+tgagataagcactaatacctccagtttgcagattaagagactgaggtcctgaagaggttaaagaacttgg
+ctcaagtcacatagctggtgagcagcaagatacaagaatcaacccaagtccagggggctgtgtgccgttt
+acacttcacatctgtgctgccagggctgtagctataaaagcttgaaaaccatta
+>gi|530364724|ref|XR_241079.1| PREDICTED: Homo sapiens Mdm4 p53 binding protein homolog (mouse) (MDM4), transcript variant X2, misc_RNA
+aagttgcggcttcattactcgccatttcaaaatgctgccgaggccctaggatctgtgactgccacccctc
+cccccacccgggctcggcgggggagcgactcatggagctgccgtaagttttaccaacagactgcagtttc
+ttcactaccaaaatgacatcattttccacctctgctcagtgttcaacatctgacagtgcttgcaggatct
+ctcctggacaaatcaatcaggtacgaccaaaactgccgcttttgaagattttgcatgcagcaggtgcgca
+aggtgaaatgttcactgttaaagaggtcatgcactatttaggtcagtacataatggtgaagcaactttat
+gatcagcaggagcagcatatggtatattgtggtggagatcttttgggagaactactgggacgtcagagct
+tctccgtgaaagacccaagccctctctatgatatgctaagaaagaatcttgtcactttagccactgctac
+tacaggatcacagtatggatattccaagtcaagaccaactgaagcaaagtgcagaggaaagttccacttc
+cagaaaaagaactacagaagacgatatccccacactgcctacctcagagcataaatgcatacattctaga
+gaagatgaagacttaattgaaaatttagcccaagatgaaacatctaggctggaccttggatttgaggagt
+gggatgtagctggcctgccttggtggtttttaggaaacttgagaagcaactatacacctagaagtaatgg
+ctcaactgatttacagacaaatcaggatgtgggtactgccattgtttcagatactacagatgacttgtgg
+tttttgaatgagtcagtatcagagcagttaggtgttggaataaaagttgaagctgctgatactgaacaaa
+caagtgaagaagtagggaaagtaagtgacaaaaaggtgattgaagtgggaaaaaatgatgacctggagga
+ctctaagtccttaagtgatgataccgatgtagaggttacctctgaggatgagtggcagtgtactgaatgc
+aagaaatttaactctccaagcaagaggtactgttttcgttgttgggccttgaggaaggattggtattcag
+attgttcaaagttaacccattctctctccacgtctgatatcactgccatacctgaaaaggaaaatgaagg
+aaatgatgtccctgattgtcgaagaaccatttcggctcctgtcgttagacctaaagatgcgtatataaag
+aaagaaaactccaaactttttgatccctgcaactcagtggaattcttggatttggctcacagttctgaaa
+gccaagagaccatctcaagcatgggagaacagttagataacctttctgaacagagaacagatacagaaaa
+catggaggattgccagaatctcttgaagccatgtagcttatgtgagaaaagaccacgagacgggaacatt
+attcatggaaggacgggccatcttgtcacttgttttcactgtgccagaagactaaagaaggctggggctt
+catgccctatttgcaagaaagagattcagctggttattaaggtttttatagcataatggtagtacgaaca
+taaaaatgcatttattccgttcacttaccacattatttgaaaatcaatcctttatttaattttatttcca
+acctgtcagagaatgttcttaggcatcaaaatccaaggtagctgtaagaaaaatactggagctaacaatg
+aagaacagaagtaatctgattagtcaaattattaagtgccatggattactttatgcagcagtcaggtaca
+tagttaggtgaacccaaaagaaaaactcttgaaaacaagagatttcttccatgcacatttacaatattga
+ggtataattaacatgataaagtgtttccttctaacgagttgtagaaatctgagtaaccacccaaaaaagc
+aatagaatgtttctgtcaccccaaaacactcccttctgcccctcttcagacagtccttcagctatttcat
+ggctctcaccctagttttttttttttttgcacttttttttttccgggggtataggggaggtgtggggcga
+cagggtctgtcttgttctgtctcccaggctgaagtgcagtgcagtggtatgatcatggctcactgcagcc
+ttggtttcctgggcataagtggtcttcccacttcagcctcctgagtagctgagactatagactagcataa
+ccacactggctaattttttgtggagatgaagtctcactatgttgcccaggctggtctcgaactcctgggc
+tcaaacaatcctcccgcctcagccttccaaattgctgggattatagtcatgaggcacctagtctggccct
+tttgcaagactttaatctgaaatctaaatttttaaaatttaagtacttacaaaggatatactatccaaca
+tattgcatattatatatgtgctttaaagtttttttttttttttgagagacggtctcactttgtcatccaa
+gctggagtgcagtggtgcaaacacggcccacctcctgggctcaagtgatcctccagcctcagcttccctc
+acaggcattcactatcactcccagctaattaaaataatttgtagacggtgtctcgttatgttgcccaggc
+tggtctcgaactcctgggtttaagtgattcccccgcctcagcctcccaaagtgttgggcttacagccttg
+agccactatgcttggctcaaagatatttttatgaaagccctgggactatagatttagctgattaaattta
+tagaaaaagtcctgtcata
diff --git a/tests/test_FastaRecord.py b/tests/test_FastaRecord.py
index c992356..f080f03 100644
--- a/tests/test_FastaRecord.py
+++ b/tests/test_FastaRecord.py
@@ -18,15 +18,17 @@ class TestFastaRecord(TestCase):
pass # some tests may delete this file
def test_sequence_uppercase(self):
- """Test that the sequence is always returned in
- uppercase, even if it is in lowercase in the
- reference genome.
+ """Test that the sequence is always returned in
+ uppercase, even if it is in lowercase in the
+ reference genome.
"""
filename = "data/genes.fasta.lower"
reference_upper = Fasta(filename, sequence_always_upper=True)
reference_normal = Fasta(filename)
+ os.remove('data/genes.fasta.lower.fai')
assert reference_upper['gi|557361099|gb|KF435150.1|'][1:100].seq == reference_normal['gi|557361099|gb|KF435150.1|'][1:100].seq.upper()
+
def test_long_names(self):
""" Test that deflines extracted using FastaRecord.long_name are
identical to deflines in the actual file.
diff --git a/tests/test_FastaVariant.py b/tests/test_FastaVariant.py
index 897d76f..981e5b3 100644
--- a/tests/test_FastaVariant.py
+++ b/tests/test_FastaVariant.py
@@ -21,7 +21,7 @@ class TestFastaVariant(TestCase):
fasta = FastaVariant('data/chr22.fasta', 'data/chr22.vcf.gz', hom=True, het=True, as_raw=True)
assert fasta['22'][32330458:32330462] == 'CAGG' # het
assert fasta['22'][32352282:32352286] == 'CAGC' # hom
- except ImportError:
+ except (ImportError, IOError):
raise SkipTest
def test_fetch_hom_variant(self):
@@ -30,7 +30,7 @@ class TestFastaVariant(TestCase):
fasta = FastaVariant('data/chr22.fasta', 'data/chr22.vcf.gz', hom=True, het=False, as_raw=True)
assert fasta['22'][32330458:32330462] == 'CGGG' # het
assert fasta['22'][32352282:32352286] == 'CAGC' # hom
- except ImportError:
+ except (ImportError, IOError):
raise SkipTest
def test_fetch_het_variant(self):
@@ -39,7 +39,7 @@ class TestFastaVariant(TestCase):
fasta = FastaVariant('data/chr22.fasta', 'data/chr22.vcf.gz', hom=False, het=True, as_raw=True)
assert fasta['22'][32330458:32330462] == 'CAGG' # het
assert fasta['22'][32352282:32352286] == 'CGGC' # hom
- except ImportError:
+ except (ImportError, IOError):
raise SkipTest
def test_all_pos(self):
@@ -47,7 +47,7 @@ class TestFastaVariant(TestCase):
import pysam
fasta = FastaVariant('data/chr22.fasta', 'data/chr22.vcf.gz', hom=True, het=True, as_raw=True)
assert fasta['22'].variant_sites == (16042793, 21833121, 29153196, 29187373, 29187448, 29194610, 29821295, 29821332, 29993842, 32330460, 32352284)
- except ImportError:
+ except (ImportError, IOError):
raise SkipTest
def test_all_diff(self):
@@ -55,5 +55,5 @@ class TestFastaVariant(TestCase):
fasta = FastaVariant('data/chr22.fasta', 'data/chr22.vcf.gz', hom=True, het=True, as_raw=True)
ref = Fasta('data/chr22.fasta', as_raw=True)
assert all(ref['22'][pos-1] != fasta['22'][pos-1] for pos in fasta['22'].variant_sites)
- except ImportError:
+ except (ImportError, IOError):
raise SkipTest
--
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