[med-svn] [roary] 01/03: Imported Upstream version 3.6.5+dfsg
Sascha Steinbiss
satta at debian.org
Fri Jul 22 08:36:37 UTC 2016
This is an automated email from the git hooks/post-receive script.
satta pushed a commit to branch master
in repository roary.
commit 9ef604dd691ba4dc06439cdc2ee1fcf0367e2aa1
Author: Sascha Steinbiss <satta at debian.org>
Date: Fri Jul 22 08:31:35 2016 +0000
Imported Upstream version 3.6.5+dfsg
---
dist.ini | 2 +-
lib/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFF.pm | 7 +-
lib/Bio/Roary/Output/GroupsMultifastaNucleotide.pm | 4 +-
lib/Bio/Roary/ParseGFFAnnotationRole.pm | 2 +-
t/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFFs.t | 13 +
t/data/example_annotation_no_fasta_line.gff | 270 +++++++++++++++++++++
6 files changed, 293 insertions(+), 5 deletions(-)
diff --git a/dist.ini b/dist.ini
index e8144ae..cd28cc0 100644
--- a/dist.ini
+++ b/dist.ini
@@ -1,5 +1,5 @@
name = Bio-Roary
-version = 3.6.4
+version = 3.6.5
author = Andrew J. Page <ap13 at sanger.ac.uk>
license = GPL_3
copyright_holder = Wellcome Trust Sanger Institute
diff --git a/lib/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFF.pm b/lib/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFF.pm
index 3f83345..9fb162d 100644
--- a/lib/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFF.pm
+++ b/lib/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFF.pm
@@ -81,7 +81,7 @@ sub _unfiltered_output_filename {
sub _create_nucleotide_fasta_file_from_gff {
my ($self) = @_;
- my $cmd = 'sed -n \'/##FASTA/,//p\' ' . $self->gff_file . ' | grep -v \'##FASTA\' > ' . $self->_nucleotide_fasta_file_from_gff_filename;
+ my $cmd = 'sed -n \'/^>/,//p\' ' . $self->gff_file . ' > ' . $self->_nucleotide_fasta_file_from_gff_filename;
$self->logger->debug($cmd);
system($cmd);
}
@@ -118,6 +118,11 @@ sub _cleanup_fasta {
while ( my $line = <$in> ) {
chomp $line;
$line =~ s/"//g if ( $line =~ /^>/ );
+
+ if($line =~ /^(>[^:]+)/)
+ {
+ $line = $1;
+ }
print $out "$line\n";
}
close $in;
diff --git a/lib/Bio/Roary/Output/GroupsMultifastaNucleotide.pm b/lib/Bio/Roary/Output/GroupsMultifastaNucleotide.pm
index 0433c58..90ebc5d 100644
--- a/lib/Bio/Roary/Output/GroupsMultifastaNucleotide.pm
+++ b/lib/Bio/Roary/Output/GroupsMultifastaNucleotide.pm
@@ -122,9 +122,9 @@ sub _extracted_nucleotide_fasta_file_from_bed_filename {
sub _create_nucleotide_fasta_file_from_gff {
my ($self) = @_;
my $cmd =
- 'sed -n \'/##FASTA/,//p\' '
+ 'sed -n \'/^>/,//p\' '
. $self->gff_file
- . ' | grep -v \'##FASTA\' > '
+ . ' > '
. $self->_nucleotide_fasta_file_from_gff_filename;
system($cmd);
}
diff --git a/lib/Bio/Roary/ParseGFFAnnotationRole.pm b/lib/Bio/Roary/ParseGFFAnnotationRole.pm
index 60cb4c1..13aaaf2 100644
--- a/lib/Bio/Roary/ParseGFFAnnotationRole.pm
+++ b/lib/Bio/Roary/ParseGFFAnnotationRole.pm
@@ -18,7 +18,7 @@ has '_awk_filter' => ( is => 'ro', isa => 'Str', lazy => 1, b
sub _gff_fh_input_string {
my ($self) = @_;
- return 'sed -n \'/##gff-version 3/,/##FASTA/p\' '.$self->gff_file.'| grep -v \'##FASTA\''." | " . $self->_awk_filter;
+ return 'sed -n \'/##gff-version 3/,/^>/p\' '.$self->gff_file.'| grep -v \'^>\''." | " . $self->_awk_filter;
}
sub _build__awk_filter {
diff --git a/t/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFFs.t b/t/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFFs.t
index e670f1b..ca4702a 100755
--- a/t/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFFs.t
+++ b/t/Bio/Roary/ExtractProteomeFromGFFs.t
@@ -37,6 +37,19 @@ unlink('example_annotation_2.gff.proteome.faa');
ok(
$plot_groups_obj = Bio::Roary::ExtractProteomeFromGFFs->new(
+ gff_files => [ 't/data/example_annotation_no_fasta_line.gff', 't/data/example_annotation_2.gff' ],
+ ),
+ 'initialise object where one GFF has no FASTA line'
+);
+compare_ok( $plot_groups_obj->fasta_files->[0] ,
+ 't/data/example_annotation.gff.proteome.faa.expected',
+ 'content of proteome 1 as expected'
+);
+unlink('example_annotation_no_fasta_line.gff.proteome.faa');
+unlink('example_annotation_2.gff.proteome.faa');
+
+ok(
+ $plot_groups_obj = Bio::Roary::ExtractProteomeFromGFFs->new(
gff_files => [ 't/data/genbank_gbff/genbank1.gff', 't/data/genbank_gbff/genbank2.gff', 't/data/genbank_gbff/genbank3.gff' ],
),
'initialise object with genbank gff files'
diff --git a/t/data/example_annotation_no_fasta_line.gff b/t/data/example_annotation_no_fasta_line.gff
new file mode 100644
index 0000000..69b97a9
--- /dev/null
+++ b/t/data/example_annotation_no_fasta_line.gff
@@ -0,0 +1,270 @@
+##gff-version 3
+##sequence-region abc|SC|contig000001 1 15000
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 172 1131 . - 0 ID=abc_00001;gene=hly;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:Q2G1X0,protein motif:TIGRFAMs:TIGR01002,protein motif:Pfam:PF07968.6;locus_tag=abc_00001;product=Alpha-toxin,beta-channel forming cytolysin,Leukocidin/Hemolysin toxin family protein;protein_id=gnl|SC|abc_00001
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 1804 1950 . + 0 ID=abc_00002;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00002;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00002
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 1934 2131 . + 0 ID=abc_00003;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00003;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00003
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 2621 3337 . - 0 ID=abc_00004;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,protein motif:CLUSTERS:PRK13350,protein motif:Pfam:PF02876.11;locus_tag=abc_00004;product=superantigen-like protein,Staphylococcal/Streptococcal toxin%2C beta-grasp domain;protein_id=gnl|SC|abc_00004
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 3445 4170 . - 0 ID=abc_00005;gene=speH;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:P0C0I6,protein motif:CLUSTERS:PRK13349,protein motif:Pfam:PF02876.11;locus_tag=abc_00005;note=SPE H;product=hypothetical protein,superantigen-like protein,Staphylococcal/Streptococcal toxin%2C beta-grasp domain;protein_id=gnl|SC|abc_00005
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 4265 4990 . - 0 ID=abc_00006;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,protein motif:CLUSTERS:PRK13043,protein motif:Pfam:PF02876.11;locus_tag=abc_00006;product=superantigen-like protein,Staphylococcal/Streptococcal toxin%2C beta-grasp domain;protein_id=gnl|SC|abc_00006
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 5428 6429 . + 0 ID=abc_00007;eC_number=2.1.3.3;gene=argF;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:P99073,protein motif:CLUSTERS:PRK04284,protein motif:Cdd:COG0078,protein motif:TIGRFAMs:TIGR00658,protein motif:Pfam:PF00185.1;locus_tag=abc_00007;product=Ornithine carbamoyltransferase,ornithine carbamoyltransferase,Ornithine carbamoyltransferase,ornithine carbamoyltransferase,Aspartate/ornithine carbamoyltransferase [...]
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 6449 7384 . + 0 ID=abc_00008;eC_number=2.7.2.2;gene=arcC1;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:Q7A627,protein motif:CLUSTERS:PRK12353,protein motif:TIGRFAMs:TIGR00746,protein motif:Pfam:PF00696.22;locus_tag=abc_00008;product=Carbamate kinase 1,putative amino acid kinase,carbamate kinase,Amino acid kinase family protein;protein_id=gnl|SC|abc_00008
+abc|SC|contig000001 RNAmmer:1.2 rRNA 7556 9112 . + 0 ID=abc_01705;inference=COORDINATES:profile:RNAmmer:1.2;locus_tag=abc_01705;product=16S ribosomal RNA
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 9419 9646 . + 0 ID=abc_00010;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00010;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00010
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 9952 10899 . - 0 ID=abc_00011;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,protein motif:Pfam:PF03595.11;locus_tag=abc_00011;product=C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein;protein_id=gnl|SC|abc_00011
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 11148 11336 . + 0 ID=abc_00012;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00012;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00012
+abc|SC|contig000001 Aragorn:1.2.34 tRNA 11803 11878 . - 0 ID=abc_00013;inference=COORDINATES:profile:Aragorn:1.2.34;locus_tag=abc_00013;product=tRNA-Arg(tct)
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 12241 12375 . + 0 ID=abc_00014;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:P11699,protein motif:Pfam:PF05480.5;locus_tag=abc_00014;product=Gonococcal growth inhibitor III,Staphylococcus haemolytic protein;protein_id=gnl|SC|abc_00014
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 12432 12566 . + 0 ID=abc_00015;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:P11699,protein motif:Pfam:PF05480.5;locus_tag=abc_00015;product=Gonococcal growth inhibitor III,Staphylococcus haemolytic protein;protein_id=gnl|SC|abc_00015
+abc|SC|contig000001 Prodigal:2.60 CDS 12699 13385 . + 0 ID=abc_00016;eC_number=3.-.-.-;gene=yfnB;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:O06480,protein motif:CLUSTERS:PRK09449,protein motif:TIGRFAMs:TIGR02254,protein motif:Pfam:PF00702.1;locus_tag=abc_00016;product=Putative HAD-hydrolase yfnB,dUMP phosphatase,HAD hydrolase,haloacid dehalogenase-like hydrolase;protein_id=gnl|SC|abc_00016
+>abc|SC|contig000001
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+ATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCAAAAATTAGCCGAAAAACATCATTTCTGAAGTTA
+TCGGCTAAAGTTATAAATTATATTTATTTGTACATGAACAAATAATTTACATTAATTTGT
+CATTTCTTCTTTTTCCCAATCGATTTTATATCTTTCTGAAGAACGATCTGTCCATTTATC
+TTTAGTATTGGTACCTTTCCAATTTGTTGAAGTCCAATGCAATTGGTAGTCATCACGAAC
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+AACTGTAGCGAAGTCTGGTGAAAACCCTGAAGATAATAGAGAACTTGCTTTGTTAGGATC
+AAGGAAGTTCTCTGCTGCTTTCATAGAACCATTTCTAGTTTTCATGAAAAGTTGATTGCC
+ATATACCGGGTTCCAAGAATCTCTATCATATGGTCCCCAATTTTGATTCACCATATTGTT
+AAATATCACTTTCCAGCCTACTTTTTTATCAGTTGGGCTCTCTAAAATTGTTTTGAAATC
+AGGTTGAACATATTTCAGTGTATGACCAATCGAAACATTTGCACCAATAAGGCCGCCAAT
+TTTTCCTGTATCATCACCAGTAACATTACCGTTGAATCCATAAGTTAAAGTACTCATATA
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+AGGTAGTTGCAACTGTACCTTAAAGGCTGAAGGCCAGGCTAAACCACTTTTGTTAGCACC
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+TAACCAAGTGAAAAAGGTTCCGGGTACGCAACAGGAACTAGACAAAATGGGGGTTAAAAT
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+TGAAAGATTAAAGCAACATCCAGCTGGACCAGAACAAATAACAAGTAGCATGGTTGAAGG
+TACGATAGAAGCGGTCGATATCATGGTATTCATTCTTGTACTAGGGGGACTTATTGGCGT
+AGTTCAAGCCAGTGGTTCTTTTGAATCGGGATTGTTAGCTTTAACGAAGAAAACAAAAGG
+GCATGAATTTATGCTAATTGTGTTTGTATCAATACTAATGATTATCGGCGGGACGTTATG
+TGGTATTGAAGAAGAAGCTGTAGCATTCTATCCGATTTTAGTCCCTATATTTATAGCGTT
+AGGATACGATTCTATCGTTTCAGTTGGTGCCATATTCCTTGCCAGCTCTGTCGGTAGTAC
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