<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello,

<br>

<br>

The cause of this issue is an error in function bam_get_seq(), <br>

or to be more precise, function's implementation for non-intel architectures. <br>

<br>

Function bam_get_seq is used for reading data from alignment blocks <br>

in BAM files, block by block.<br>

In special cases, when the alignment block being read is the last block in BAM file,

<br>

and the block has no cigar operations and segment sequence stored inside of it,<br>

function incorrectly detects end-of-file.<br>

In that case,<br>

block has actually been successfully read,<br>

but because of erroneous end-of-file detection,<br>

it isn't written to output file in SAM format.<br>

<br>

Attached patch fixes this issue. <br>

It is tested on mips, mipsel and powerpc.<br>

<br>

Best Regards<br>

Aleksandar Zlicic</div>

</body>

</html>