<div dir="ltr">Hi Andreas,<div>There is a minor issue with this release which is going to require us to build a 2.0.1 release. I'm adding Daniel McDonald to this message as he's more closely involved with this release than I am. Daniel, is this the issue that you guys are working on addressing?</div>

<div><br></div><div>Thanks!</div><div>Greg</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 21, 2014 at 8:59 AM, Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Greg,<br>
<br>
I tried to build Debian packages from version 2.0 of biom-format but<br>
got this test result when running the test suite:<br>
<br>
<br>
EEE......................<br>
======================================================================<br>
ERROR: Failure: NameError (global name '_type_handlers' is not defined)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/loader.py", line 414, in loadTestsFromName<br>
    addr.filename, addr.module)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/importer.py", line 47, in importFromPath<br>
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/importer.py", line 94, in importFromDir<br>
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)<br>
  File "/tmp/buildd/python-biom-format-2.0.0+dfsg/.pybuild/pythonX.Y_2.7/build/biom/interfaces/html/config/convert.py", line 57, in <module><br>
    Help='Process metadata associated with observations when '<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/pyqi/core/interfaces/html/__init__.py", line 67, in __init__<br>
    super(HTMLInputOption, self).__init__(Type=Type, **kwargs)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/pyqi/core/interface.py", line 239, in __init__<br>
    self._validate_option()<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/pyqi/core/interfaces/html/__init__.py", line 123, in _validate_option<br>
    elif type(self.Choices) not in (_type_handlers.TupleType, types.ListType):<br>
NameError: global name '_type_handlers' is not defined<br>
<br>
======================================================================<br>
ERROR: Failure: ImportError (cannot import name html_list_of_strings)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/loader.py", line 414, in loadTestsFromName<br>
    addr.filename, addr.module)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/importer.py", line 47, in importFromPath<br>
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/importer.py", line 94, in importFromDir<br>
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)<br>
  File "/tmp/buildd/python-biom-format-2.0.0+dfsg/.pybuild/pythonX.Y_2.7/build/biom/interfaces/html/config/show_install_info.py", line 25, in <module><br>
    from pyqi.core.interfaces.html.output_handler import html_list_of_strings<br>
ImportError: cannot import name html_list_of_strings<br>
<br>
======================================================================<br>
ERROR: Failure: ImportError (cannot import name write_or_print_list_of_strings)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/loader.py", line 414, in loadTestsFromName<br>
    addr.filename, addr.module)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/importer.py", line 47, in importFromPath<br>
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/importer.py", line 94, in importFromDir<br>
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)<br>
  File "/tmp/buildd/python-biom-format-2.0.0+dfsg/.pybuild/pythonX.Y_2.7/build/biom/interfaces/optparse/config/summarize_table.py", line 23, in <module><br>
    from pyqi.core.interfaces.optparse.output_handler import (<br>
ImportError: cannot import name write_or_print_list_of_strings<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Ran 25 tests in 0.245s<br>
<br>
FAILED (errors=3)<br>
E: pybuild pybuild:256: test: plugin distutils failed with: exit code=1: cd /tmp/buildd/python-biom-format-2.0.0+dfsg/.pybuild/pythonX.Y_2.7/build; python2.7 -m nose --with-doctest.<br>
<br>
<br>
Any hint?<br>
<br>
Kind regards<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
        Andreas.<br>
<br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>