<div dir="ltr"><div>On Wed, Nov 26, 2014 at 3:49 AM, Charles Plessy <span dir="ltr"><<a href="mailto:plessy@debian.org" target="_blank">plessy@debian.org</a>></span> wrote:<br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>
in recent versions of samtools, the mpileup command has a new option<br>
to specify the coverage at run time.<br>
<br>
Would it be fine to drop our patch that was raising the default coverage cap<br>
from 8,000 to 1,000,000 ?  If yes, do you think we need to mention it as a NEWS<br>
entry ?<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>Hi Charles,</div><div><br></div><div>I think we still need the patch. samtools depth doesn't support the -d flag.</div><div><br></div></div><div>$ samtools --version</div><div>samtools 1.1</div><div>Using htslib 1.1</div><div>Copyright (C) 2014 Genome Research Ltd.</div><div><br></div><div>$ samtools depth</div><div><br></div><div>Usage: samtools depth [options] in1.bam [in2.bam [...]]</div><div>Options:</div><div>   -b <bed>            list of positions or regions</div><div>   -f <list>           list of input BAM filenames, one per line [null]</div><div>   -l <int>            minQLen</div><div>   -q <int>            base quality threshold</div><div>   -Q <int>            mapping quality threshold</div><div>   -r <chr:from-to>    region</div><div><br></div><div><div>$ ./samtools mpileup</div><div><br></div><div>Usage: samtools mpileup [options] in1.bam [in2.bam [...]]</div><div><br></div><div>Input options:</div><div>...</div><div>  -d, --max-depth INT     max per-BAM depth; avoids excessive memory usage [250]</div></div><div>...</div><div><br></div><div>Best</div><div>-Dominique</div></div></div>