<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 26, 2015 at 4:01 PM Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Michael,<br>
<br>
On Thu, Feb 26, 2015 at 08:40:22PM +0000, Michael Crusoe wrote:<br>
> End users will expect adapter files to be installed and available. Please<br>
> push into Jessie.<br>
<br>
OK.  I'll bump the severity of this bug to serious.<br>
<br>
> > Regarding the actual bug:  Do you have a clue to what directory in the<br>
> > installed package the adapters need to be moved.  It seems they are<br>
> > relative to the actual working dir and users are supposed to call the<br>
> > package out of the source tree which is not possible.  Any hint about<br>
> > the correct file system layout (if needed with patches) would be<br>
> > welcome.  I'd like to fix this as soon as possible.<br>
> ><br>
><br>
> The path to the specific adapter file to use is set by the user via the<br>
> ILLUMINACLIP option, so the files can go into any directory;<br>
> /usr/share/docs/trimmomatic/<u></u>examples or /usr/share/trimmomatic come to mind<br>
><br>
> Their location should be highlighted in the manual pages and<br>
> /usr/share/doc/README.Debian<br>
<br>
Since we are using a wrapper anyway I have set this inside the wrapper<br>
and thus do not see any need for README.Debian.  If you agree, please<br>
have a look at<br>
<br>
   <a href="https://people.debian.org/~tille/packages/trimmomatic/" target="_blank">https://people.debian.org/~<u></u>tille/packages/trimmomatic/</a><br>
<br>
and please test the package whether I have interpreted your links<br>
correctly and the package can be uploaded as is.  If you could provide<br>
a test using the adapters this would be more than welcome.  Our goal<br>
should be tro get at least 80% of our packages autopkgtest-able.<br></blockquote><div><br></div><div>Trimmomatic uses a nonstandard argument parser. "<span style="font-size:13.1999998092651px">ILLUMINACLIP" is command line option, not an </span>environmental<span style="font-size:13.1999998092651px"> variable. Adding `</span>export ILLUMINACLIP=/usr/share/${ILLUMINACLIP}/adapters` to the wrapper script will have no effect.</div><div><br></div><div>Here is an example command line</div><div><br></div><div>TrimmomaticSE --phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36<br></div><div><br></div><div>However no FASTQ format sequence files are provided in the package so I can't write a test case. </div><div><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Kind regards<br>
<br>
      Andreas.<br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote></div></div>