<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 26, 2015 at 4:26 PM Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Michael,<br>
<br>
On Thu, Feb 26, 2015 at 09:16:07PM +0000, Michael Crusoe wrote:<br>
> > Since we are using a wrapper anyway I have set this inside the wrapper<br>
> > and thus do not see any need for README.Debian.  If you agree, please<br>
> > have a look at<br>
> ><br>
> >    <a href="https://people.debian.org/~tille/packages/trimmomatic/" target="_blank">https://people.debian.org/~<u></u>tille/packages/trimmomatic/</a><br>
> ><br>
> > and please test the package whether I have interpreted your links<br>
> > correctly and the package can be uploaded as is.  If you could provide<br>
> > a test using the adapters this would be more than welcome.  Our goal<br>
> > should be tro get at least 80% of our packages autopkgtest-able.<br>
> ><br>
><br>
> Trimmomatic uses a nonstandard argument parser. "ILLUMINACLIP" is command<br>
> line option, not an environmental variable. Adding `export<br>
> ILLUMINACLIP=/usr/share/${<u></u>ILLUMINACLIP}/adapters` to the wrapper script<br>
> will have no effect.<br>
><br>
> Here is an example command line<br>
><br>
> TrimmomaticSE --phred33 input.fq.gz output.fq.gz<br>
> ILLUMINACLIP:/usr/share/<u></u>trimmomatic/TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3<br>
> SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36<br>
<br>
OK.  Would you mind having a look at<br>
<br>
   <a href="https://people.debian.org/~tille/packages/trimmomatic/" target="_blank">https://people.debian.org/~<u></u>tille/packages/trimmomatic/</a><br>
<br>
again?  Could you confirm that this package will close the bug and<br>
provides what users expect?<br></blockquote><div><br></div><div>The command I gave you was from their webpage; alas it contains two small errors: should be `-phred33` (single dash) and the adapter file needs to be a correct path; the file extension is missing.</div><div><br></div><div><span style="font-size:13.1999998092651px">TrimmomaticSE -phred33 </span><span style="font-size:13.1999998092651px">input.fq.gz output.fq.gz </span><span style="font-size:13.1999998092651px">ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36</span><br></div><div><br></div><div>This runs successfully on my system with local data.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
> However no FASTQ format sequence files are provided in the package so I<br>
> can't write a test case.<br>
<br>
Well, we actually can add our own to debian/tests, can't we?<br></blockquote><div><br></div><div>Right. I've tracked down the sequences they used in their paper but I can't find license nor copyright information: <a href="http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRX131047">http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRX131047</a></div><div><br></div><div>While these files are rather large (113MiB) I could generate a subset for testing purposes.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Kind regards<br>
<br>
        Andreas.<br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote></div></div>