<div dir="ltr">Package: phylip<br>Version: 1:3.696+dfsg-1<br>Severity: important<br>Tags: upstream<br><br>Dear Maintainer,<br>The make file for the phylip package does not set any optimization level by default. It contains a line which sets some recommended CFLAGS for building the package on Linux, including optimization flags, but it is commented.<br><br>Compiling the package without optimization causes significant performance loss - it runs twice as slow as when compiled with the suggested CFLAGS for Linux. Note that some programs from the phylip package may run for many hours and even days depending on the input data so reducing the computational time by 50% is a significant improvement.<br><br>Please consider building this package with optimization flags:<br><br>--- Makefile.unx        2015-04-26 12:32:25.000000000 +0200<br>+++ Makefile.unx        2015-04-26 12:35:55.158504466 +0200<br>@@ -92,13 +92,13 @@<br> #<br> #<br> #A minimal one<br>-CFLAGS =<br>+#CFLAGS =<br> #<br> # A basic one for debugging<br> #CFLAGS  = -g<br> #<br> # An optimized one for gcc<br>-#CFLAGS  = -O3 -DUNX -fomit-frame-pointer<br>+CFLAGS  = -O3 -DUNX -fomit-frame-pointer<br> #<br> # For some serious debugging using Gnu gcc<br> #<br><br>Best regards,<br>Atanas Kumbarov<br><br><br><br>-- System Information:<br>Debian Release: 8.0<br>  APT prefers stable<br>  APT policy: (500, 'stable')<br>Architecture: amd64 (x86_64)<br><br>Kernel: Linux 3.16.0-4-amd64 (SMP w/2 CPU cores)<br>Locale: LANG=en_US.utf8, LC_CTYPE=en_US.utf8 (charmap=UTF-8)<br>Shell: /bin/sh linked to /bin/dash<br>Init: systemd (via /run/systemd/system)<br><br>Versions of packages phylip depends on:<br>ii  libc6  2.19-18<br><br>phylip recommends no packages.<br><br>Versions of packages phylip suggests:<br>pn  phylip-doc  <none><br><br>-- no debconf information<br></div>