<div dir="ltr">Thanks for sharing this.<div><br></div><div>Daniel, Yoshiki - any ideas about this?</div><div><br></div><div>Greg</div><div><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Andreas Tille</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>></span><br>Date: Mon, Apr 4, 2016 at 11:18 PM<br>Subject: Debian Bug#820060: python-biom-format: broken on big-endian architectures<br>To: Greg Caporaso <<a href="mailto:gregcaporaso@gmail.com">gregcaporaso@gmail.com</a>>, <a href="mailto:820060@bugs.debian.org">820060@bugs.debian.org</a><br><br><br>Hi Greg,<br>
<br>
I'm hereby forwarding a bug report against the Debian packaged<br>
biom-format.  It would be great if you can either fix the issue (which<br>
would be the prefered solution) or explain that for some reason<br>
big-endian is not supported and we need to exclude these architectures<br>
from the build.<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
       Andreas.<br>
<br>
On Mon, Apr 04, 2016 at 10:44:51PM -0700, Steve Langasek wrote:<br>
> Package: python-biom-format<br>
> Version: 2.1.4+dfsg-1<br>
> Severity: serious<br>
><br>
> As seen at <a href="http://buildd.debian.org/python-biom-format" rel="noreferrer" target="_blank">http://buildd.debian.org/python-biom-format</a>, this package fails<br>
> to build on all big-endian architectures in the archive (mips, powerpc,<br>
> s390x).  While this build failure has only appeared with the upload of<br>
> 2.1.5+dfsg-1, this is not a regression in that version of the upstream<br>
> source; instead, the package was already broken, but what has changed now is<br>
> that a new version of dh-python correctly finds the tests and runs them at<br>
> build time where before dh_auto_test was silently passing.<br>
><br>
> I'm not sure if this points to breakage in python-biom-format, or in<br>
> something lower down the stack that it depends on.  I've confirmed that<br>
> python-numpy autopkgtests run ok on powerpc (except for openblas - and the<br>
> tests can't be run on s390x because openblas is not built for that<br>
> architecture), and h5py autopkgtests run ok on s390x.  python-scipy's<br>
> autopkgtests fail with SIGABRT on both powerpc and s390x, maybe related,<br>
> maybe not (test_random_complex_exact (test_basic.TestLstsq) ... *** Error in<br>
> `python3.5': free(): invalid pointer: 0x1172c2a8 ***).<br>
><br>
> And hdf5 itself doesn't have any autopkgtests, and any build-time tests<br>
> pass; and h5py in any case should catch any bugs with its own testsuite<br>
> before python-biom-format.<br>
><br>
> So it seems most likely that this is a bug in python-biom-format itself<br>
> rather than any of its dependencies, thus assigning here.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">><br>
> --<br>
> Steve Langasek                   Give me a lever long enough and a Free OS<br>
> Debian Developer                   to set it on, and I can move the world.<br>
> Ubuntu Developer                                    <a href="http://www.debian.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.debian.org/</a><br>
> <a href="mailto:slangasek@ubuntu.com">slangasek@ubuntu.com</a>                                     <a href="mailto:vorlon@debian.org">vorlon@debian.org</a><br>
<br>
<br>
<br>
> _______________________________________________<br>
> Debian-med-packaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org">Debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org</a><br>
> <a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging</a><br>
<br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></div><br></div></div>