<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Good morning Andreas,<br><br></div>Check this patch, it should help.<br></div>It does the same thing as lapacke.patch (which is commented in debian/patches/series file) - it adds a -llapack and -llapacke to LDLIBS in src/Makefile. It also adds -lpthread - without it, this error appears during compilation: "undefined reference to symbol 'pthread_create@@GLIBC_2.2.5'"<br><br></div>I also changed include lines<br>    #include "../lapack/lapacke/include/lapacke.h" <br>- in src/eigensrc/eigx.c and<br>    #include "lapack/lapacke/include/lapacke.h" <br>- in src/eigx.c <br></div>to line<br>    #include <lapacke.h><br></div>since lapacke is installed system-wide, and this header is not located in relative directory. It may be pointless, since this header is included only when package is compiled on _WIN32 platforms. Remove these parts of patch if you think it doesn't make sense. Patching src/Makefile is enough to make everything work.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-07-18 23:21 GMT+03:00 Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I tried to upgrade eigensoft[1].  The build fails with:<br>
<br>
...<br>
cc -Wl,-z,relro  pca.o eigensrc/eigsubs.o eigx.o nicksrc/libnick.a  -lgsl -lblas -lgfortran -lrt -lm -o pca<br>
eigx.o: In function `eigx_':<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:100: undefined reference to `dspev_'<br>
eigx.o: In function `eigxv_':<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:126: undefined reference to `dspev_'<br>
eigx.o: In function `cdc_':<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:145: undefined reference to `dpotrf_'<br>
eigx.o: In function `inverse_':<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:186: undefined reference to `dgetrf_'<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:194: undefined reference to `dgetri_'<br>
eigx.o: In function `solve_':<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:223: undefined reference to `dgetrf_'<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:230: undefined reference to `dgetrs_'<br>
eigx.o: In function `geneigsolve_':<br>
/build/eigensoft-6.1.2+dfsg/src/eigx.c:250: undefined reference to `dsygv_'<br>
collect2: error: ld returned 1 exit status<br>
<builtin>: recipe for target 'pca' failed<br>
make[2]: *** [pca] Error 1<br>
...<br>
<br>
That's strange sinde the according functions have prototypes in the very<br>
same c file.  Any idea what might be wrong here?<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
       Andreas.<br>
<br>
<br>
[1] <a href="https://anonscm.debian.org/debian-med/eigensoft.git" rel="noreferrer" target="_blank">https://anonscm.debian.org/debian-med/eigensoft.git</a><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Best wishes, <br></div><div>Tanya.<br></div></div></div></div>
</div>