<div dir="auto">Try a different seed? Same issue: it's a stochastic test. Other option is bump the number of iterations it performs.<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Best,</div><div dir="auto">Daniel</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Dec 19, 2016 23:32, "Andreas Tille" <<a href="mailto:andreas@fam-tille.de">andreas@fam-tille.de</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Daniel,<br>
<br>
thanks for the helpful hint.  I've uploaded a package with the suggested<br>
fix and I hope this random error will be solved now.  However, there seems<br>
to be another issue which happens on i386 architecture only:<br>
<br>
<br>
I: pybuild base:184: cd /«BUILDDIR»/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_2.7/build; python2.7 -m nose tests<br>
..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>...........S.............<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
Ran 265 tests in 2.759s<br>
<br>
OK (SKIP=1)<br>
  Â  Â  Â  pybuild --test --test-nose -i python{version} -p 3.5<br>
I: pybuild pybuild:212: cp -r /«BUILDDIR»/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/examples /«BUILDDIR»/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/tests /«BUILDDIR»/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build<br>
I: pybuild base:184: cd /«BUILDDIR»/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build; python3.5 -m nose tests<br>
..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..........................F...<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>...........S.............<br>
==============================<wbr>==============================<wbr>==========<br>
FAIL: test_subsample (tests.test_table.<wbr>SparseTableTests)<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File "/«BUILDDIR»/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build/tests/<wbr>test_table.py", line 2263, in test_subsample<br>
  Â  (3, 1, 1)})<br>
AssertionError: Items in the second set but not the first:<br>
(3, 0, 0)<br>
<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
Ran 265 tests in 3.098s<br>
<br>
FAILED (SKIP=1, failures=1)<br>
<br>
<br>
You can find the full build log here:<br>
<br>
  Â <a href="https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=python-biom-format&arch=i386&ver=2.1.5%2Bdfsg-6&stamp=1482186822" rel="noreferrer" target="_blank">https://buildd.debian.org/<wbr>status/fetch.php?pkg=python-<wbr>biom-format&arch=i386&ver=2.1.<wbr>5%2Bdfsg-6&stamp=1482186822</a><br>
<br>
Any idea what might be wrong here?<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
  Â  Â  Andreas.<br>
<br>
On Tue, Dec 20, 2016 at 05:25:10AM +1100, Daniel McDonald wrote:<br>
> Thanks, Greg.<br>
><br>
> Andreas, the particular test that is failing as it is stochastic. It is<br>
> likely possible to just set a random seed at entry into the test here:<br>
><br>
> <a href="https://github.com/biocore/biom-format/blob/master/tests/test_util.py#L48" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biocore/<wbr>biom-format/blob/master/tests/<wbr>test_util.py#L48</a><br>
><br>
> Specifically, doing something like "np.random.seed(123)"<br>
><br>
> Best,<br>
> Daniel<br>
><br>
> On Tue, Dec 20, 2016 at 5:15 AM, Greg Caporaso <<a href="mailto:gregcaporaso@gmail.com">gregcaporaso@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
><br>
> > Hi Andreas, I'm cc'ing Daniel McDonald on this message, who is the primary<br>
> > maintainer of the biom-format package these days. Daniel, could you follow<br>
> > up with Andreas?<br>
> ><br>
> > On Sat, Dec 17, 2016 at 3:53 PM, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br>
> ><br>
> >> Hi Greg,<br>
> >><br>
> >> the Debian packaged biom-format received a bug report which leaves me<br>
> >> clueless how to track it down.  Is there possibly some way to make the<br>
> >> test suite more verbose to find out what part might cause the random<br>
> >> failure which you can see in the buil logs linked from the bug page<br>
> >><br>
> >>  Â  <a href="https://bugs.debian.org/848410" rel="noreferrer" target="_blank">https://bugs.debian.org/848410</a><br>
> >><br>
> >> Thanks for any idea to track this down<br>
> >><br>
> >>  Â  Â  Â Andreas.<br>
> >><br>
> >> On Sat, Dec 17, 2016 at 01:34:49PM +0100, Santiago Vila wrote:<br>
> >> > Package: src:python-biom-format<br>
> >> > Version: 2.1.5+dfsg-5<br>
> >> > Severity: serious<br>
> >> ><br>
> >> > Dear maintainer:<br>
> >> ><br>
> >> > I tried to build this package in stretch with "dpkg-buildpackage -A"<br>
> >> > (which is what the "Arch: all" autobuilder would do to build it)<br>
> >> > but it failed:<br>
> >> ><br>
> >> > ------------------------------<wbr>------------------------------<br>
> >> --------------------<br>
> >> > [...]<br>
> >> >  debian/rules build-indep<br>
> >> > dh build-indep --with python2,python3,bash-<wbr>completion,sphinxdoc<br>
> >> --buildsystem=pybuild<br>
> >> >  Â  dh_testdir -i -O--buildsystem=pybuild<br>
> >> >  Â  dh_update_autotools_config -i -O--buildsystem=pybuild<br>
> >> >  Â  dh_auto_configure -i -O--buildsystem=pybuild<br>
> >> >  Â  Â  Â pybuild --configure --test-nose -i python{version} -p 2.7<br>
> >> > I: pybuild base:184: python2.7 setup.py config<br>
> >> > running config<br>
> >> >  Â  Â  Â pybuild --configure --test-nose -i python{version} -p 3.5<br>
> >> > I: pybuild base:184: python3.5 setup.py config<br>
> >> > running config<br>
> >> >  Â  debian/rules override_dh_auto_build<br>
> >> > make[1]: Entering directory '/<<BUILDDIR>>/python-biom-for<br>
> >> mat-2.1.5+dfsg'<br>
> >> ><br>
> >> > [... snipped ...]<br>
> >> ><br>
> >> > ImportError: No module named _filter<br>
> >> > /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/doc/<wbr>documentation/table_objects.<wbr>rst:1:<br>
> >> WARNING: autodoc: failed to import module u'biom.table'; the following<br>
> >> exception was raised:<br>
> >> > Traceback (most recent call last):<br>
> >> >  Â File "/usr/lib/python2.7/dist-<wbr>packages/sphinx/ext/autodoc.<wbr>py", line<br>
> >> 526, in import_object<br>
> >> >  Â  Â __import__(self.modname)<br>
> >> >  Â File "/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/biom/__init_<wbr>_.py",<br>
> >> line 53, in <module><br>
> >> >  Â  Â from .table import Table<br>
> >> >  Â File "/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/biom/table.<wbr>py",<br>
> >> line 195, in <module><br>
> >> >  Â  Â from ._filter import _filter<br>
> >> > ImportError: No module named _filter<br>
> >> > looking for now-outdated files... none found<br>
> >> > pickling environment... done<br>
> >> > checking consistency... done<br>
> >> > writing... biom.1 { documentation/index documentation/biom_format<br>
> >> documentation/format_versions/<wbr>biom-1.0 documentation/format_versions/<wbr>biom-2.0<br>
> >> documentation/format_versions/<wbr>biom-2.1 documentation/quick_usage_<wbr>examples<br>
> >> documentation/table_objects documentation/biom_conversion<br>
> >> documentation/adding_metadata documentation/summarizing_<wbr>biom_tables<br>
> >> BIOM_LICENSE }<br>
> >> > build succeeded, 3 warnings.<br>
> >> > make[1]: Leaving directory '/<<BUILDDIR>>/python-biom-for<br>
> >> mat-2.1.5+dfsg'<br>
> >> >  Â  dh_auto_test -i -O--buildsystem=pybuild<br>
> >> >  Â  Â  Â pybuild --test --test-nose -i python{version} -p 2.7<br>
> >> > I: pybuild pybuild:212: cp -r /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/examples<br>
> >> /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/tests<br>
> >> /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_2.7/build<br>
> >> > I: pybuild base:184: cd /<<BUILDDIR>>/python-biom-form<br>
> >> at-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_2.7/build; python2.7 -m nose tests<br>
> >> > ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ...........S.............<br>
> >> > ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
> >> > Ran 265 tests in 3.736s<br>
> >> ><br>
> >> > OK (SKIP=1)<br>
> >> >  Â  Â  Â pybuild --test --test-nose -i python{version} -p 3.5<br>
> >> > I: pybuild pybuild:212: cp -r /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/examples<br>
> >> /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/tests<br>
> >> /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build<br>
> >> > I: pybuild base:184: cd /<<BUILDDIR>>/python-biom-form<br>
> >> at-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build; python3.5 -m nose tests<br>
> >> > ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ..............................<wbr>..............................<br>
> >> ...........S......F......<br>
> >> > ==============================<wbr>==============================<wbr>==========<br>
> >> > FAIL: test_generate_subsamples (tests.test_util.UtilTests)<br>
> >> > ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
> >> > Traceback (most recent call last):<br>
> >> >  Â File "/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>python<br>
> >> X.Y_3.5/build/tests/test_util.<wbr>py", line 58, in test_generate_subsamples<br>
> >> >  Â  Â (3, 1, 1)})<br>
> >> > AssertionError: Items in the second set but not the first:<br>
> >> > (3, 0, 0)<br>
> >> ><br>
> >> > ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
> >> > Ran 265 tests in 3.575s<br>
> >> ><br>
> >> > FAILED (SKIP=1, failures=1)<br>
> >> > E: pybuild pybuild:276: test: plugin distutils failed with: exit<br>
> >> code=1: cd /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build;<br>
> >> python3.5 -m nose tests<br>
> >> > dh_auto_test: pybuild --test --test-nose -i python{version} -p 3.5<br>
> >> returned exit code 13<br>
> >> > debian/rules:18: recipe for target 'build-indep' failed<br>
> >> > make: *** [build-indep] Error 25<br>
> >> > dpkg-buildpackage: error: debian/rules build-indep gave error exit<br>
> >> status 2<br>
> >> > ------------------------------<wbr>------------------------------<br>
> >> --------------------<br>
> >> ><br>
> >> > The failure happens randomly on the single-CPU KVM/QEMU virtual machines<br>
> >> > I use as autobuilders. The approximate failure rate is about 1%.<br>
> >> ><br>
> >> > I attach several build logs (made on different autobuilders).<br>
> >> ><br>
> >> > If you could not reproduce this using sbuild on a single CPU virtual<br>
> >> > machine (as I did), of course trying a lot of times (because of the<br>
> >> > failure rate above), please do not downgrade or mark as unreproducible,<br>
> >> > I would then consider giving you access to a virtual machine on which<br>
> >> > I can reproduce it so that you can as well. (In such case, please<br>
> >> > contact me off-list for details).<br>
> >> ><br>
> >> > Thanks.<br>
> >><br>
> >><br>
> >><br>
> >><br>
> >><br>
> >> > ______________________________<wbr>_________________<br>
> >> > Debian-med-packaging mailing list<br>
> >> > <a href="mailto:Debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org">Debian-med-packaging@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
> >> > <a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debi" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>debi</a><br>
> >> an-med-packaging<br>
> >><br>
> >><br>
> >> --<br>
> >> <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
> >><br>
> ><br>
> ><br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote></div></div>