<div dir="ltr">Hi Andreas, I'm cc'ing Daniel McDonald on this message, who is the primary maintainer of the biom-format package these days. Daniel, could you follow up with Andreas? </div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Dec 17, 2016 at 3:53 PM, Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Greg,<br>
<br>
the Debian packaged biom-format received a bug report which leaves me<br>
clueless how to track it down.  Is there possibly some way to make the<br>
test suite more verbose to find out what part might cause the random<br>
failure which you can see in the buil logs linked from the bug page<br>
<br>
   <a href="https://bugs.debian.org/848410" rel="noreferrer" target="_blank">https://bugs.debian.org/848410</a><br>
<br>
Thanks for any idea to track this down<br>
<br>
      Andreas.<br>
<br>
On Sat, Dec 17, 2016 at 01:34:49PM +0100, Santiago Vila wrote:<br>
> Package: src:python-biom-format<br>
> Version: 2.1.5+dfsg-5<br>
> Severity: serious<br>
><br>
> Dear maintainer:<br>
><br>
> I tried to build this package in stretch with "dpkg-buildpackage -A"<br>
> (which is what the "Arch: all" autobuilder would do to build it)<br>
> but it failed:<br>
><br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
> [...]<br>
>  debian/rules build-indep<br>
> dh build-indep --with python2,python3,bash-<wbr>completion,sphinxdoc --buildsystem=pybuild<br>
>    dh_testdir -i -O--buildsystem=pybuild<br>
>    dh_update_autotools_config -i -O--buildsystem=pybuild<br>
>    dh_auto_configure -i -O--buildsystem=pybuild<br>
>       pybuild --configure --test-nose -i python{version} -p 2.7<br>
> I: pybuild base:184: python2.7 setup.py config<br>
> running config<br>
>       pybuild --configure --test-nose -i python{version} -p 3.5<br>
> I: pybuild base:184: python3.5 setup.py config<br>
> running config<br>
>    debian/rules override_dh_auto_build<br>
> make[1]: Entering directory '/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg'<br>
><br>
> [... snipped ...]<br>
><br>
> ImportError: No module named _filter<br>
> /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/doc/<wbr>documentation/table_objects.<wbr>rst:1: WARNING: autodoc: failed to import module u'biom.table'; the following exception was raised:<br>
> Traceback (most recent call last):<br>
>   File "/usr/lib/python2.7/dist-<wbr>packages/sphinx/ext/autodoc.<wbr>py", line 526, in import_object<br>
>     __import__(self.modname)<br>
>   File "/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/biom/__init_<wbr>_.py", line 53, in <module><br>
>     from .table import Table<br>
>   File "/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/biom/table.<wbr>py", line 195, in <module><br>
>     from ._filter import _filter<br>
> ImportError: No module named _filter<br>
> looking for now-outdated files... none found<br>
> pickling environment... done<br>
> checking consistency... done<br>
> writing... biom.1 { documentation/index documentation/biom_format documentation/format_versions/<wbr>biom-1.0 documentation/format_versions/<wbr>biom-2.0 documentation/format_versions/<wbr>biom-2.1 documentation/quick_usage_<wbr>examples documentation/table_objects documentation/biom_conversion documentation/adding_metadata documentation/summarizing_<wbr>biom_tables BIOM_LICENSE }<br>
> build succeeded, 3 warnings.<br>
> make[1]: Leaving directory '/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg'<br>
>    dh_auto_test -i -O--buildsystem=pybuild<br>
>       pybuild --test --test-nose -i python{version} -p 2.7<br>
> I: pybuild pybuild:212: cp -r /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/examples /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/tests /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_2.7/build<br>
> I: pybuild base:184: cd /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_2.7/build; python2.7 -m nose tests<br>
> ..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>...........S.............<br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
> Ran 265 tests in 3.736s<br>
><br>
> OK (SKIP=1)<br>
>       pybuild --test --test-nose -i python{version} -p 3.5<br>
> I: pybuild pybuild:212: cp -r /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/examples /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/tests /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build<br>
> I: pybuild base:184: cd /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build; python3.5 -m nose tests<br>
> ..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>..............................<wbr>...........S......F......<br>
> ==============================<wbr>==============================<wbr>==========<br>
> FAIL: test_generate_subsamples (tests.test_util.UtilTests)<br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
> Traceback (most recent call last):<br>
>   File "/<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build/tests/<wbr>test_util.py", line 58, in test_generate_subsamples<br>
>     (3, 1, 1)})<br>
> AssertionError: Items in the second set but not the first:<br>
> (3, 0, 0)<br>
><br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
> Ran 265 tests in 3.575s<br>
><br>
> FAILED (SKIP=1, failures=1)<br>
> E: pybuild pybuild:276: test: plugin distutils failed with: exit code=1: cd /<<BUILDDIR>>/python-biom-<wbr>format-2.1.5+dfsg/.pybuild/<wbr>pythonX.Y_3.5/build; python3.5 -m nose tests<br>
> dh_auto_test: pybuild --test --test-nose -i python{version} -p 3.5 returned exit code 13<br>
> debian/rules:18: recipe for target 'build-indep' failed<br>
> make: *** [build-indep] Error 25<br>
> dpkg-buildpackage: error: debian/rules build-indep gave error exit status 2<br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
><br>
> The failure happens randomly on the single-CPU KVM/QEMU virtual machines<br>
> I use as autobuilders. The approximate failure rate is about 1%.<br>
><br>
> I attach several build logs (made on different autobuilders).<br>
><br>
> If you could not reproduce this using sbuild on a single CPU virtual<br>
> machine (as I did), of course trying a lot of times (because of the<br>
> failure rate above), please do not downgrade or mark as unreproducible,<br>
> I would then consider giving you access to a virtual machine on which<br>
> I can reproduce it so that you can as well. (In such case, please<br>
> contact me off-list for details).<br>
><br>
> Thanks.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Debian-med-packaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org">Debian-med-packaging@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
> <a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>debian-med-packaging</a><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>