<div dir="ltr"><div>Here is the output of apt-cache policy r-cran-rcppgsl:</div><div><br></div><div>r-cran-rcppgsl:</div><div>  Installed: 0.3.2-1</div><div>  Candidate: 0.3.2-1</div><div>  Version table:</div><div> *** 0.3.2-1 500</div><div>  Â  Â  Â  500 <a href="http://ftp.us.debian.org/debian" target="_blank">http://ftp.us.debian.org/<wbr>debian</a> sid/main amd64 Packages</div><div>  Â  Â  Â  100 /var/lib/dpkg/status</div><div><br></div><div>tests for r-cran-rcppgsl crashed because of absence of gsl-config. So I've done some googling, installed gsl-devel and it helped with run-r-packages-check but I still didn't get the same error for run-unit-test as you, I got: </div><div><br></div><div><div>  Â  Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! /usr/bin/ld: cannot find -llapack</div><div>/usr/bin/ld: cannot find -lblas</div></div><div><br></div><div>So I also installed libopenblas-base and libopenblas-dev. NOW I got the same error as you. I looked into it, and it seems that the problem is that in the test data nucleotide frequency array looks like <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:tahoma,sans-serif,arial,helvetica;font-size:13px;white-space:pre-wrap">0.5555556 0.2222222 0.2222222 0, </span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:tahoma,sans-serif,arial,helvetica;font-size:13px;white-space:pre-wrap">i.e. frequence for T is zero, which is not what expected by mapdamage from line 4 in </span><font color="#000000" face="tahoma, sans-serif, arial, helvetica"><span style="white-space:pre-wrap"><a href="https://github.com/ginolhac/mapDamage/blob/master/mapdamage/Rscripts/stats/function.R#L4">https://github.com/ginolhac/mapDamage/blob/master/mapdamage/Rscripts/stats/function.R#L4</a> Even though documentation doesn't say that zero frequences are not allowed.</span></font></div><div><font color="#000000" face="tahoma, sans-serif, arial, helvetica"><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="tahoma, sans-serif, arial, helvetica"><span style="white-space:pre-wrap">I changed reference file from "CGAGGGCGA" to "TGAAAACGA"  (so all frequences > 0) and now it executes without errors. </span></font></div><div><font color="#000000" face="tahoma, sans-serif, arial, helvetica"><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="tahoma, sans-serif, arial, helvetica"><span style="white-space:pre-wrap">Regards, Nadiya</span></font></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Mar 26, 2017 at 11:40 PM, Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Nadiya,<br>
<span class=""><br>
On Sun, Mar 26, 2017 at 02:31:47PM -0700, Nadiya Sitdykova wrote:<br>
> I generated output files for run-unit-test and run-r-packages-check the<br>
> exact same way you described.<br>
<br>
</span>Regarding run-r-package-check.out.  Could you please post the result of<br>
<br>
  apt-cache policy r-cran-rcppgsl<br>
<span class=""><br>
<br>
> On Sun, Mar 26, 2017 at 1:25 PM, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br>
> ><br>
</span><span class="">> >  LANG=C . run-unit-test 2>&1 | tee > run-unit-test.out<br>
> ><br>
> > I get the attached build log - but this does not contain the string<br>
> > Rcpp.  This needs to be investigated.<br>
<br>
</span>It really seems that your r-cran-rcppgsl installation is broken.  You<br>
might like to try<br>
<br>
  apt-get source r-cran-rcppgsl<br>
  LC_ALL=C R --no-save < r-cran-rcppgsl*/tests/doRUnit.<wbr>R<br>
<br>
to make sure this R module works properly.  I admit I have not<br>
experienced severy problems with R modules on clean Debian systems.<br>
<br>
Once we get r-cran-rcppgsl working properly you will probably get the<br>
same errors as I observed.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Kind regards<br>
<br>
  Â  Â  Andreas.<br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>