<div dir="ltr"><div><div><div>This issue affects all users working on large series of 2D images<br></div><div>or 3D volumetric data. This is typical in medical imaging,<br></div><div>and handling of such datasets is a core functionality<br></div><div>of ImageJ (cf. DICOM support, the Image>Stacks menu,<br>or the Process->Filters-> * 3D functions).<br>3D datasets typically range from 0.5 to 10 GB. <br></div><div><br></div><div>Given the simple solution, i would suggest to fix it within<br></div><div>the stable release, although i cannot oversee the<br></div><div>implications this might have on the Debian release process.<br></div><div><br></div><div>For future releases, i suggest to consider the "Fiji"<br></div><div>ImageJ (<a href="http://www.fiji.sc">www.fiji.sc</a>) distribution which packages a large<br>amount of available (and useful) ImageJ plugins and further<br>does not impose artificial memory limitations. <br><br><br></div><div>Kind regards,<br></div><div>Jonas<br><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 3, 2017 at 10:14 AM, Jonas D <span dir="ltr"><<a href="mailto:bugpublic@googlemail.com" target="_blank">bugpublic@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Package: imagej<br>
Version: 1.51i+dfsg-1<br>
Severity: normal<br>
Tags: lfs patch<br>
<br>
Dear Maintainer,<br>
<br>
<br>
ImageJ limits the amount of total RAM it (the JVM) will allocate<br>
when loading images etc. On Linux systems, this amount is<br>
defined on startup (within the /usr/bin/imagej shellscript) and<br>
(other than on Windows) cannot be changed during runtime.<br>
<br>
The amount is currently fixed to 500MB, which (artificially)<br>
prohibits loading of larger 3D volume datasets as typical<br>
in tomographic imaging applications.<br>
<br>
I propose to change the default setting to 4000MB, which is<br>
the maximum possible value as stated in the imagej shellscript.<br>
<br>
A corresponding patch is attached.<br>
<br>
<br>
Kind regards,<br>
Jonas<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- System Information:<br>
Debian Release: 9.0<br>
  APT prefers testing<br>
  APT policy: (500, 'testing'), (500, 'stable')<br>
Architecture: amd64 (x86_64)<br>
Foreign Architectures: i386<br>
<br>
Kernel: Linux 4.8.0-2-amd64 (SMP w/8 CPU cores)<br>
Locale: LANG=en_US.UTF-8, LC_CTYPE=en_US.UTF-8 (charmap=UTF-8)<br>
Shell: /bin/sh linked to /bin/dash<br>
Init: systemd (via /run/systemd/system)<br>
<br>
Versions of packages imagej depends on:<br>
ii  default-jre  2:1.8-58<br>
<br>
imagej recommends no packages.<br>
<br>
imagej suggests no packages.<br>
<br>
-- no debconf information<br>
</blockquote></div><br></div>