Dear Neurodebian Users<div><br></div><div>I am running FSL4.1 on Ubuntu 10.10. I have downloaded and installed FSL using the Synaptic Package manager. I am able to source FSL without error when using the bash shell by editing the .bashrc in the usual way. However, I am unable to source FSL in csh or tcsh even when the .cshrc or .tcshrc is correctly edited. I receive the following error:</div>
<div><br></div><div>/usr/share/fsl/4.1/etc/fslconf/fslmachtype.sh: command not found</div><div><br></div><div>Te fsl.csh file contains the following command:</div><div><br></div><div>setenv FSLMACHTYPE '$FSLDIR/etc/fslconf/fslmachtype.sh'</div>
<div><br></div><div>However, there is no such file distributed with the Neurodebian version of fsl for Ubuntu 10.10. I completely uninstalled and re-installed fsl twice, once via synaptic and once via <span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: monospace; font-size: 16px; white-space: pre; ">sudo apt-get update</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: monospace; font-size: 16px; white-space: pre; ">sudo apt-get install fsl</span>  </div><div>but the file was still nowhere to be found. I even edited my source list file to ensure all libraries were downloaded.</div>
<div><br></div><div>I finally solved the problem by copying the fslmachtype.sh file from another installation of fsl (64bit, as is the Ubuntu install) on our servers to the Ubuntu machine.</div><div><br></div><div>Why is fslmachtype.sh not distributed with the Neurodebian version? One must be able to run fsl in tcsh or csh for certain Freesurfer commands.</div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Deryk</div><div><br clear="all">Deryk S. Beal, Ph.D., CCC-SLP, S-LP(C), Reg. CASLPO<br>Speech-Language Pathologist<br>C.I.H.R. Post Doctoral Research Fellow<br>Department of Cognitive and Neural Systems Speech Laboratory<br>
Boston University, 677 Beacon Street, Boston, MA 02215 <br><a href="mailto:dsbeal@bu.edu" target="_blank">dsbeal@bu.edu</a><br><a href="http://blogs.bu.edu/dsbeal/about/" target="_blank">http://blogs.bu.edu/dsbeal/about/</a><br>
*************************************************************************<br>This email may contain confidential and/or privileged information for the<br>sole use of the intended recipient. Any review or distribution by others is<br>
strictly prohibited. If you have received this email in error, please<br>contact the sender and delete all copies. Opinions, conclusions or other<br>information expressed or contained in this email are not given or endorsed<br>
by the sender unless otherwise affirmed independently by the sender.<br>
</div>