<div dir="ltr">Hi there,<div><br></div><div style>I am trying to go through the PyMVPA tutorial and I used neurodebian to install mvpa2 and the tutorial data on an Ubuntu 12.04 system. When I try and bring in the data I get the following error below. It seems to be missing ./data/attributes.txt but not sure if its just looking in the wrong place. Any insight you have would be appreciated. </div>
<div style><br></div><div style>Cheers,</div><div style><br></div><div style>-Morgan</div><div style><br></div><div style><div>In [5]: from mvpa2.tutorial_suite import *</div><div>/usr/bin/ld: error: linker defined: multiple definition of '_end'</div>
<div>/usr/bin/ld: /tmp/mhough/python27_intermediate/compiler_724a6138bf2c7161b25adb06501b7d46/home/mhough/.python27_compiled/sc_6ff1965e0184db8dde618da47d2235770.o: previous definition here</div><div>collect2: ld returned 1 exit status</div>
<div>/usr/lib/pymodules/python2.7/sklearn/linear_model/coordinate_descent.py:137: DeprecationWarning: rho was renamed to l1_ratio and will be removed in 0.15</div><div>  "in 0.15", DeprecationWarning)</div><div>
<br></div><div>In [6]: ds = get_haxby2001_data()</div><div>---------------------------------------------------------------------------</div><div>IOError                                   Traceback (most recent call last)</div>
<div>/home/mhough/<ipython-input-6-ff71aef6615a> in <module>()</div><div>----> 1 ds = get_haxby2001_data()</div><div><br></div><div>/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/tutorial_suite.pyc in get_haxby2001_data(path, roi)</div>
<div>     40 def get_haxby2001_data(path=None, roi='vt'):</div><div>     41     if path is None:</div><div>---> 42         ds = get_raw_haxby2001_data(roi=roi)</div><div>     43     else:</div><div>     44         ds = get_raw_haxby2001_data(path, roi=roi)</div>
<div><br></div><div>/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/tutorial_suite.pyc in get_raw_haxby2001_data(path, roi)</div><div>     35         return ds</div><div>     36     else:</div><div>---> 37         return load_datadb_tutorial_data(path=path, roi=roi)</div>
<div>     38 </div><div>     39 </div><div><br></div><div>/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/misc/data_generators.pyc in load_datadb_tutorial_data(path, roi)</div><div>    375     else:</div><div>    376         raise ValueError("Got something as mask that I cannot handle.")</div>
<div>--> 377     attr = SampleAttributes(os.path.join(path, 'attributes.txt'))</div><div>    378     ds = fmri_dataset(samples=os.path.join(path, 'bold.nii.gz'),</div><div>    379                       targets=attr.targets, chunks=attr.chunks,</div>
<div><br></div><div>/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/misc/io/base.pyc in __init__(self, source, literallabels, header)</div><div>    406         ColumnData.__init__(self, source,</div><div>    407                             header=header,</div>
<div>--> 408                             sep=None, dtype=dtypes)</div><div>    409 </div><div>    410 </div><div><br></div><div>/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/misc/io/base.pyc in __init__(self, source, header, sep, headersep, dtype, skiplines)</div>
<div>    116         if isinstance(source, str):</div><div>    117             self._from_file(source, header=header, sep=sep, headersep=headersep,</div><div>--> 118                            dtype=dtype, skiplines=skiplines)</div>
<div>    119 </div><div>    120         elif isinstance(source, dict):</div><div><br></div><div>/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/misc/io/base.pyc in _from_file(self, filename, header, sep, headersep, dtype, skiplines)</div>
<div>    212         self.clear()</div><div>    213 </div><div>--> 214         file_ = open(filename, 'r')</div><div>    215 </div><div>    216         self._header_order = None</div><div><br></div><div>IOError: [Errno 2] No such file or directory: './data/attributes.txt'</div>
<div><br></div></div></div>