<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi,<br></div>I am new to Neurodebian (running version 6.0.6 on a virtual machine on Windows 8). I am using fslvbm, but having trouble with the second stage (fslvbm_2_template). <br><br>
</div>I have my original T1 images (nii.gz) and template_list file in the parent folder (which is called "LH_Controls"), and have performed BET successfully (which gives *struc.nii.gz and *struc_brain.nii.gz files in the "struc" directory). <br>
<br></div>When I performed the fslvbm_2_template -n command, I initially got a qsub error, so installed condor (latest version on Neurodebian website) for parallel processing. Now I get a new error message:<br><br>"ERROR: No such directory: /media/sf_MRI/LH_Controls/struc<br>
Running segmentation: ID=failed<br>JOBSTATUS: COMPLETED<br>Running initial registration: ID=dependency<br>JOBSTATUS: COMPLETED<br>Creating first-pass template: ID=dependency<br>JOBSTATUS: COMPLETED<br>Running registration to first-pass template: ID=dependency<br>
JOBSTATUS: COMPLETED<br>Creating second-pass template: ID=dependency<br>Study-specific template will be created, when complete, check results with:<br>fslview struc/template_4D_GM<br>and turn on the movie loop to check all subjects, then run:<br>
fslview  /usr/share/fsl/5.0/data/standard/tissuepriors/avg152T1_gray  struc/template_GM<br>to check general alignment of mean GM template vs. original standard space template."<br><br></div>Has anyone else experienced this problem? Thanks heaps<br>
<br></div>Matt<br></div>