<div dir="ltr">Hi,<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 16, 2015 at 2:49 PM, Jonathan Brooks <span dir="ltr"><<a href="mailto:Jon.Brooks@bristol.ac.uk" target="_blank">Jon.Brooks@bristol.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">I wonder if I could make a plea to have 2 separate packages for fsl-core. One which still plays nice with SGE, and leaves the queue configuration in fsl_sub untouched, and the other which has the changes necessary for Condor (currently the default)? I think it is down to the user to make this choice, and not to have it forced on them.<br>
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As it stands there are plenty of people who still use SGE and would prefer to have the “vanilla” FSL<br></blockquote><div><br></div><div>The short answer is: this won't happen. Here is why:</div><div><br></div><div>- the current modified implementation does not favor any particular system (condor is not the default, there is no default), it should works just fine with SGE -- if not that is a bug, please report it and it will get fixed. It is true, though, that the condor support is much better tested -- solely for the fact that we use condor and nobody using SGE contributes feedback on any testing efforts -- any such feedback is greatly appreciated</div></div><div><br></div><div>- shipping an unmodified fsl_sub is not possible, as it significantly overfits the SGE setup at Oxford -- and most SGE instances will be a lot different.</div><div><br></div><div>  a) e.g. it tries to email accounts with @<a href="http://fmrib.ox.ac.uk">fmrib.ox.ac.uk</a> addresses -- most admins won't like that</div><div><br></div><div>  b) the three-queue setup is arbitrary and mostly unnecessary, because SGE should be perfectly capable of picking the right queue from the supplied runtime estimate</div><div><br></div><div>Moreover, anyone interested in FSL packages that must not have that particular generalization of cluster support can rebuild the Debian package with this patch disable (simply comment out the respective line in debian/patches/series). But keep the patch that fixes some more bashisms that are still present in the upstream sources ;-)</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Michael</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Michael Hanke</div><div><a href="http://mih.voxindeserto.de" target="_blank">http://mih.voxindeserto.de</a></div><div><div><br></div></div></div></div>
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