I am still not sure why it started working but after submitting this bug, After three days of no errors. I tried to reinitialize the aide database, this time it actually added files to it. The initial database was only around 209KB, after I reinitialized them tonight they became 7.5M on my Virtual's.  I assume I initialized with aideinit and not aide.wrapper -i. I do seem to have an issue with the desktop running with the 99_aide_root script enabled. <div>
Thanks for all your time and hard work supporting Debain.</div><div><br></div><div>Blake</div>