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<TITLE>Re: [pymvpa] searchlight demo clarification</TITLE>

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<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>A list of some of the software installed for the PyMVPA.<BR>

<BR>

ii &nbsp;python-matplotlib &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.91.2-0ubuntu1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Python based plotting system in a style simi<BR>

ii &nbsp;python-matplotlib-data &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.91.2-0ubuntu1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Python based plotting system (data package)<BR>

ii &nbsp;python-mvpa &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.4.0-1~hardy.apsy1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;multivariate pattern analysis with Python<BR>

ii &nbsp;python-nifti &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.20081017.1-1~hardy.apsy1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Python interface to the NIfTI I/O libraries<BR>

ii &nbsp;python-hcluster &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1.8-1~hardy.apsy1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Python functions for agglomerative clusterin<BR>

ii &nbsp;python-imaging &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.1.6-1ubuntu5 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Python Imaging Library<BR>

<BR>

<BR>

Thanks<BR>

John Dornisch (Sys admin for this researcher)<BR>

<BR>

<BR>

On 12/5/08 12:53 AM, &quot;Michael Hanke&quot; &lt;<a href="michael.hanke@gmail.com">michael.hanke@gmail.com</a>&gt; wrote:<BR>

<BR>

</SPAN></FONT><BLOCKQUOTE><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi,<BR>

<BR>

On Thu, Dec 04, 2008 at 04:09:23PM -0500, Mark Eckert wrote:<BR>

&gt; Hi,<BR>

&gt;<BR>

&gt; I have been playing with the demo dataset and the searchlight tutorial<BR>

&gt; (searchlight_2d page). &nbsp;It looks like the graphical output that was<BR>

&gt; generated is missing information (please see attached). &nbsp;&nbsp;I ran the example<BR>

&gt; code in a .py file and no errors or warnings were generated. &nbsp;Am I missing<BR>

&gt; related software that was not part of the Debian/Ubuntu package that was<BR>

&gt; installed on a Ubuntu i386 8.04 machine? &nbsp;What should I expect to see in the<BR>

&gt; plot?<BR>

You should see brain slices with the searchlight stats (see attached<BR>

figure I have generated on my system minutes ago). If there were no<BR>

errors you should have all require software install -- but maybe your<BR>

matplotlib is buggy. Can you please tell me what version of PyMVPA and<BR>

matplotlib you are running?<BR>

<BR>

<BR>

Thanks,<BR>

<BR>

Michael<BR>

<BR>

--<BR>

GPG key: &nbsp;1024D/3144BE0F Michael Hanke<BR>

<a href="http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/hanke">http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/hanke</a><BR>

ICQ: 48230050<BR>

<BR>

</SPAN></FONT></BLOCKQUOTE>

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