Hello, <br>I fixed the bugs and ran searchlight on my fMRI data in pyMVPA (python2.6, mac os leopard), however when i attempt to create map2nifti file, it gives me the following error:<br><br>In [31]: dataset.map2Nifti(s1_map).save(&#39;searchlight_5mm.nii.gz&#39;)<br>
<b>** ERROR (nifti_image_write_hdr_img2): cannot open output file &#39;searchlight_5mm.nii.gz&#39;</b><br><br>I am not sure why that is so.<br><br>My code is as follows:<br>from mvpa.suite import *<br>import os<br>from matplotlib.pyplot import figure, show<br>
from mvpa.misc.io.base import SampleAttributes<br>from mvpa.datasets.nifti import NiftiDataset<br><br>if __debug__:<br>    debug.active += [&quot;SLC&quot;]<br><br>attr = SampleAttributes(os.path.join(pymvpa_dataroot, &#39;attributes_test.txt&#39;))<br>
dataset = NiftiDataset(samples=os.path.join(pymvpa_dataroot, &#39;time_series_original_run_all.nii.gz&#39;),<br>                       labels=attr.labels,<br>                       chunks=attr.chunks,<br>                       mask=os.path.join(pymvpa_dataroot, &#39;anatomy_mask.nii.gz&#39;))<br>
detrend(dataset, perchunk=True, model=&#39;linear&#39;)<br>zscore(dataset, perchunk=True, baselinelabels=[1], targetdtype=&#39;float32&#39;)<br><br># choose classifier<br>clf = LinearCSVMC()<br><br># setup measure to be computed by Searchlight<br>
# cross-validated mean transfer using an Odd-Even dataset splitter<br>cv = CrossValidatedTransferError(TransferError(clf),<br>                                 OddEvenSplitter())<br>s1 = Searchlight(cv, radius=5)<br>s1_map = s1(dataset)<br>
dataset.map2Nifti(s1_map).save(&#39;searchlight_5mm.nii.gz&#39;)<br><br>--<br><br>Thanks in advance for your input.<br><br>J<br><br><br>