<div dir="ltr">Thanks for the answer, Yaroslav.<br><div style="visibility: hidden; display: inline;" id="avg_ls_inline_popup"></div><style type="text/css">#avg_ls_inline_popup {  position:absolute;  z-index:9999;  padding: 0px 0px;  margin-left: 0px;  margin-top: 0px;  width: 240px;  overflow: hidden;  word-wrap: break-word;  color: black;  font-size: 10px;  text-align: left;  line-height: 13px;}</style>To be on the safe side, what is the equation for &quot; z-scoring against baseline&quot; you mentioned? I guess that you subtract the baseline condition instead of the average. But how you calculate the std?<br>

<br>Do you mind name some &quot;reasonable 
scaling approaches&quot;? In one of your papers you also tested &quot; scaled percentage change relative to baseline&quot;.<br><br>Thanks,<br>Vadim<br><br><br><div style="visibility: hidden; display: inline;" id="avg_ls_inline_popup">

</div><style type="text/css">#avg_ls_inline_popup {  position:absolute;  z-index:9999;  padding: 0px 0px;  margin-left: 0px;  margin-top: 0px;  width: 240px;  overflow: hidden;  word-wrap: break-word;  color: black;  font-size: 10px;  text-align: left;  line-height: 13px;}</style><br>

<div class="gmail_quote">On Sat, Jul 31, 2010 at 4:10 AM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:debian@onerussian.com">debian@onerussian.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

primary reason for zscoring is usually to bring data into a reasonable<br>
range of values for a classifier to be sensitive...  usually it implies<br>
that values are primarily around 0 with values from -10 to 10 or so with<br>
the bulk from -2 to 2... z-scoring against baseline also has direct<br>
interpretation of cause<br>
<br>
in your case, if they are already betas from GLM -- they might be fine<br>
already... iirc betas are though not scaled by the level of unexplained<br>
variance (i.e. noise) so their values might be somewhat wild, so for<br>
classification it might still be worth z-scoring or any other reasonable<br>
scaling approach<br>
<br>
for correlation analysis situation is quite different though, especially<br>
if doing gross z-scoring (instead of z-scoring against baseline).  e.g. if<br>
you within your patterns have some prominent preference, for instance,<br>
anterior higher than posterior for one category,  z-scoring might<br>
damage that effect heavily or obliterate it entirely.<br>
<br>
Summary: z-score or not depends on what you want from your analysis and<br>
what is your hypothesis ;-)<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Fri, 30 Jul 2010, Vadim Axel wrote:<br>
<br>
&gt;    Hi,<br>
&gt;    When I run classification on raw fMRI data I always make a z-score<br>
&gt;    (subtract the mean and divide by std) for each voxel / scan.<br>
&gt;    Now I tried some sort of correlation analysis, while I run a<br>
&gt;    correlation for beta images (similar to Haxby 2001). So, the z-score is<br>
&gt;    going to be across beta_per_condition values (several values only). The<br>
&gt;    question is: does is make sense to zcore the beta results?<br>
&gt;    I ran some simulations while I add a noise to each voxel. So, I know<br>
&gt;    that there is a real correlation in my data. Whereas without zscore the<br>
&gt;    results indeed show high correlation, after zscoring procedure the<br>
&gt;    correlation is virtually disappeared. I also tried just to subtract the<br>
&gt;    mean across conditions, but the correlations still do not look good.<br>
&gt;    What is the correct way to do run this analysis?<br>
</div></div>--<br>
                                  .-.<br>
=------------------------------   /v\  ----------------------------=<br>
Keep in touch                    // \\     (yoh@|www.)<a href="http://onerussian.com" target="_blank">onerussian.com</a><br>
Yaroslav Halchenko              /(   )\               ICQ#: 60653192<br>
                   Linux User    ^^-^^    [175555]<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</blockquote></div><br></div>