<p style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3" face="Times New Roman">Hi Michael</font></span></p>
<p style="TEXT-INDENT: 21pt; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3" face="Times New Roman">Thanks very much. If we set he chunks to a unique value per subject. Then all chunk-wise preprocessing of the raw data (e.g. zscore) will be improper. We thus need to preprocess the data out of the whole ChainMapper. Am I right? </font></span></p>

<p style="TEXT-INDENT: 21pt; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3" face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p style="TEXT-INDENT: 21pt; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3" face="Times New Roman">Thanks again.</font></span></p>
<p style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3" face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3" face="Times New Roman">Zonglei Zhen</font></span></p><br><br>
<div class="gmail_quote">On Thu, May 26, 2011 at 6:46 PM, Michael Hanke <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.hanke@gmail.com">michael.hanke@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div>
<div></div>
<div class="h5">On Thu, May 26, 2011 at 02:31:21PM +0800, Zhen Zonglei wrote:<br>>     We want to train a classifier to decode the state of subject (Patient<br>> vs. Normal) from a neuroimaging parameter map and evaluate the accuracy. The<br>
> samples are independent and no clear group of the subjects exists. How<br>> should we set the chunk in pymvpa?<br>><br>><br>><br>> Another similar question: If we try to predict a mental score from the<br>
> neuroimaging parameter map for each subject with regression analysis, again,<br>> how should we set the chunks?<br><br></div></div>Independent of what you want to do with the data, the chunks indicate<br>mutually independent portions of data. If you suspect that there are no<br>
dependencies between you subjects, you should set the chunks to a unique<br>value per subject. I.e.<br><br> chunks = np.arange(len(dataset))<br><br><br>Michael<br><font color="#888888"><br>--<br>Michael Hanke<br><a href="http://mih.voxindeserto.de/" target="_blank">http://mih.voxindeserto.de</a><br>
<br>_______________________________________________<br>Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br><a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br><a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</font></blockquote></div><br>