<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    I worked on this problem long ago and attempted a solution within
    PyMVPA,<br>
    but my commitment was not enough to get generic hyperparameters'
    optimization<br>
    so that the GPR way of minimizing the marginal likelihood would have
    had its proper place.<br>
    I'm the one to blame for this part of PyMVPA that is not fully
    developed ;-)<br>
    <br>
    Anyway what was done is in mvpa/clfs/model_selector.py<br>
    which is imported in gpr.py and used by the class GPRWeights(). My
    goal<br>
    at that time was exactly to implement a Python version of what is in
    the GPML<br>
    book. Yarik rearranged that part in later evolutions of PyMVPA. So
    my suggestion<br>
    is to dig that part of the code. Yarik might want to add more
    comments on this.<br>
    <br>
    Unfortunately I had not much opportunity to work on it after that<br>
    attempt.<br>
    <br>
    Best,<br>
    <br>
    Emanuele<br>
    <br>
    On 05/31/2011 01:00 PM, Martin Fergie wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTink9o3oQo6LEX0S5iXVVsOwHP8Yyw@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi,<br>
      <br>
      I've been looking into using PyMVPA recently for performing
      Gaussian process regression. I can't seem to find a method from
      gpr.py or the examples of minimizing the log marginal likelihood
      with respect to the kernel hyper parameters. <br>
      <br>
      Is there a recommended way of doing this? or would I have to
      implement some sort of wrapper to combine gpr.py with a gradient
      ascent routine?<br>
      <br>
      I currently use the GPML matlab package, however I'd like to
      replace it with a python solution so I can easily parallelize
      training multiple Gaussian processes over multiple machines. <br>
      <br>
      Thanks for your help,<br>
      <font color="#888888"><font color="#888888">Martin</font>
      </font><br>
      <br>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>