<span lang="EN-US"><font size="3" face="Times New Roman">
<div style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span style="FONT-SIZE: 12pt" lang="EN-US">Hi Michael: </span></div>
<div style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span style="FONT-SIZE: 12pt" lang="EN-US"></span> </div>
<p style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span style="FONT-SIZE: 12pt" lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1">       </span>Thanks for reply. It sounds good. We will see what we can do. </span></p>

<p style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span style="FONT-SIZE: 12pt" lang="EN-US"> </span></p>
<div style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span style="FONT-SIZE: 12pt" lang="EN-US">Zonglei Zhen</span></div>
<div style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"><span style="FONT-SIZE: 12pt" lang="EN-US"></span> </div>
<p style="TEXT-INDENT: 0cm; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-char-indent-count: 0" class="MsoNormal"></p></font></span><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 5, 2011 at 11:14 PM, Michael Hanke <span dir="ltr"><<a href="mailto:mih@debian.org">mih@debian.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi,<br>
<div class="im"><br>On Tue, Jul 05, 2011 at 07:59:10PM +0800, Zhen Zonglei wrote:<br>> Dear PyMVPAer:<br>><br>> I have two questions about surface-based analysis in PyMVPA.<br>><br>> 1.      Can the dataset mapper of PyMVPA handle surface-based data<br>
> automatically?<br><br></div>As of today, there is no dedicated mapper for surface data. However, in<br>most cases (if just access to the data is required) that is not<br>necessary, because surface data is essentially already a 2D matrix that<br>
can be wrapped in a dataset right away -- no need for mapping.<br>
<div class="im"><br>> 2.      Is there a convenient way to do surface-based searchlight analysis<br>> in PyMVPA?<br><br></div>Well, no -- or not entirely. The missing piece is a function that<br>enriches the dataset of surface data with geometry information for the<br>
nodes. Like for the volumetric data, we need a coordinate per feature<br>(or matrix column) to feed to the distance computing/checking machinery.<br><br>I think the pieces are or ready to be stitched together. NiBabel has<br>
support for GIFTI data, PyMVPA interfaces to NiBabel, PyMVPA as a<br>generic-enough way to generate searchlight ROIs on arbitrary<br>dimensions/spaces -- it just needs some glue.<br><br>I'd expect that sometime in the second half of this years, one of us<br>
will implement that, but anyone is welcome to contribute that code!<br><br>Michael<br><font color="#888888"><br>--<br>Michael Hanke<br><a href="http://mih.voxindeserto.de/" target="_blank">http://mih.voxindeserto.de</a><br>
<br>_______________________________________________<br>Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br><a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br><a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</font></blockquote></div><br>