Hi all,<div><br></div><div>Thanks so much for your quick and thoughtful suggestions! I'm still processing all the info, and will most likely try out a few different methods (all of this in tandem with learning the PyMVPA software, itself!). I hadn't previously considered the smoothing effects of interpolation from using a double motion correction procedure. My next step will probably be to try fiddling with the MCFLIRT parameters on the single concatenated file.</div>
<div><br></div><div>Mike<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 12, 2011 at 7:32 PM, Michael Hanke <span dir="ltr"><<a href="mailto:mih@debian.org">mih@debian.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im">On Tue, Jul 12, 2011 at 04:50:04PM -0500, J.A. Etzel wrote:<br>
> Volume order within a session definitely matters: I had a dataset in<br>
> which the volumes were entered in the wrong order (due to a<br>
> numerical vs. alphabetical file naming mixup) and the motion<br>
> correction was extremely abnormal and poor. Once the file naming was<br>
> fixed the motion correction looked fine.<br>
<br>
</div>According to my experience, most software uses some sort of running<br>
guess on the transformation matrix with heavy constraints on the<br>
translation/rotation magnitude between volume (for speed reasons).<br>
Reverse order of volumes shouldn't have much of an effect, but random<br>
order would. For heavy between session motion (maybe people got out of<br>
the scanner) it might be better to compute a cross-session alignment and<br>
combine that with within session motion correction. But again, that is<br>
nothing MVPA specific.<br>
<div class="im"><br>
Michael<br>
<br>
--<br>
Michael Hanke<br>
<a href="http://mih.voxindeserto.de" target="_blank">http://mih.voxindeserto.de</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
</div><div><div></div><div class="h5">Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>