<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    with previous versions of pymvpa (=< 0.4.7) I used <br>
    <br>
        dataset.mapper.getNeighbors(feature_id, radius) <br>
    <br>
    to construct nodes for a functional connectivity analysis. In mvpa2
    this functionality is embedded in <br>
    <br>
        mvpa2.misc.neighborhood.Sphere()<br>
    <br>
    However, as written in the docstring "
    <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
      charset=ISO-8859-1">
    No validation of producing coordinates within any extent is done"
    which would be necessary for my purpose.<br>
    <br>
    There is some commented code in mvpa2/misc/neighborhood.py which I
    thought I could simply uncomment for my purpose (see below)... but
    it doesn't work. Where does 'self.extent' come from, or more
    specifically: may I ask you guys to give me some advise on how to do
    the extent checking here?<br>
    <br>
            # XXX may be optionally provide extent checking?<br>
            ## # now filter out illegal coordinates if they really are
    outside the<br>
            ## # bounds<br>
            ## if (coordinate - self.radius < 0).any() \<br>
            ## or (coordinate + self.radius >= self.extent).any():<br>
            ##     coord_array = array([c for c in coord_array \<br>
            ##                            if (c >= 0).all()<br>
            ##                            and (c <
    self.extent).all()])<br>
            ## coord_array = coord_array.transpose()<br>
    <br>
    <br>
    Thanks in advance,<br>
     Matthias<tt class="descclassname"></tt><tt class="descname"><span
        class="highlighted"></span></tt>
  </body>
</html>