
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    Hi,<br>

    <br>

    sometimes I still encounter some problems with the transition from

    mvpa to mvpa2. This time, I would like to run a Searchlight on an

    artificial dataset. Previously that could be done like this:<br>

    <br>

    <meta charset="utf-8">

    from sklearn.datasets import make_classification<br>

    X,y = make_classification(n_samples=55, n_features=630, n_classes=2)<br>

    ds = MaskedDataset(samples=X, labels=y, chunks=np.arange(y.size))<br>

    cv = CrossValidatedTransferError(<br>

             TransferError(LinearCSVMC()),<br>

             OddEvenSplitter())<br>

    sl = Searchlight(cv, radius=5)<br>

    <br>

    In mvpa2 I could do the same<br>

    <br>

    ds = Dataset(X)<br>

    ds.targets = y<br>

    ds.chunks = np.arange(55)<br>

    <br>

    but the sphere_searchlight requires a 'space' parameter. Here I

    don't have real neighbor-space relations. It can be completely

    random or neighbors in the np.array. How would you define that for a

    synthetic dataset?<br>

    <br>

    Thanks in advance,<br>

     Matthias<br>

  </body>

</html>