Sorry for taking awhile to get back to you on this.<br><br>So I tried print repr(fds) before and after hdf5 save/load. The text file comparer revealed a difference for a first line:<br><br>before: Dataset(memmap([[  3.19004774e-01,  -2.48533797e+00,   1.55277145e+00,<br>
after:    Dataset(array([[  3.19004774e-01,  -2.48533797e+00,   1.55277145e+00,<br><br>and also the last line:<br><br>before:<br>Collectable(name='voxel_eldim', doc=None, value=(3.0, 3.0, 3.0)), Collectable(name='voxel_dim', doc=None, value=(53, 80, 80)), Collectable(name='imghdr', doc=None, value=<nibabel.nifti1.Nifti1Header object at 0x5d83510>)]))<br>
<br>after:<br>Collectable(name='imghdr', doc=None, value=<nibabel.nifti1.Nifti1Header object at 0x7c79ed0>), Collectable(name='voxel_dim', doc=None, value=(53, 80, 80)), Collectable(name='voxel_eldim', doc=None, value=(3.0, 3.0, 3.0))]))<br>
<br>---<br><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">another interesting thing to check -- on that non-working system with<br>
default python 2.7, most porbably 2.6 is also supported so you could try<br>
running non-working (i.e. without this save/reload trick) script with<br>
python2.6 -- would it work?<br></blockquote><br>I earlier tried installing python 2.6 on that system. I used pythonbrew so that I could have concurrent versions of 2.7 and 2.6. The problem is when i use the ubuntu binaries for pymvpa installation it still assumes that I'm on 2.7, so when I run python 2.6 it cannot detect pymvpa. I didn't try to install from source and am not sure how to yet, but if you'd like I can try that. I'm hoping that you figure out what's going wrong from looking at the above print repr(fds) though :)<br>
<br>also, sample .nii files coming your way<br><br>thanks!<br>