I copy a message sent to nipy mailing list to understamd how masks are treated in pymvpa.<div><br></div><div>I'm sorry for the duplicate!<span></span></div><div><br></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">Dear all,</span></font><div>
<font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">I'm trying to figure out a problem about origin parameter of a hdr file.</span></font></div>
<div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">I have a 4d functional hdr/img image, opened with ni.load(path)<br></span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">when I look at image header I have:</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">origin         : [24942 28257 29696     0     0]</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">using afni nifti_tools I have on qform sform quite similar values</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">qform_code : 24832</span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">sform_code : 28270</span></font></div>
<div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">My question is, are these information important for image loading using nibabel? Or if I have two images (e.g. a functional and a ROI) with different origin parameter but same affine matrix transformation does nibabel extract the right signal from the given ROI, I basically use also pymvpa?</span></font></div>
<div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">I've tried to also to copy functional header information to ROI header, but when I read information, origins are set to zero!</span></font></div>
<div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">Thank you,</span></font></div><div>
<font><span style="line-height:normal;background-color:rgba(255,255,255,0)">Roberto</span></font></div></div><div><br></div>