<div dir="ltr">Dear Marco,<div><br></div><div>From your snippet I notice that you get the sensitivity analyzer without run any CrossValidation/Classification.</div><div><br></div><div>So try to run </div><div>-------</div>
<div>err = fclfsvm(fds) #That let you to cross validate/classify/select features on your dataset</div><div>-------</div><div>This let you to train your object and then you can get the sensitivity of your classifier.</div>
<div><br></div><div>I've never used RFE, but this is what I get by your snippet.</div><div><br></div><div>Ciao</div><div>Roberto</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 12 July 2013 11:04, marco tettamanti <span dir="ltr"><<a href="mailto:tettamanti.marco@hsr.it" target="_blank">tettamanti.marco@hsr.it</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
is there any manner to obtain a sensitivity map with RFE, similar to what can be done with feature selection?<br>
<br>
I am trying to use the following code:<br>
<br>
#-----------------------------<u></u>--------------------<br>
clfsvm = LinearCSVMC()<br>
<br>
rfesvm = RFE(clfsvm.get_sensitivity_<u></u>analyzer(postproc=maxofabs_<u></u>sample()), CrossValidation(clfsvm, NFoldPartitioner(), errorfx=mean_mismatch_error, postproc=mean_sample()), Repeater(2), fselector=<u></u>FractionTailSelector(0.30, mode='select', tail='upper'), stopping_criterion=<u></u>NBackHistoryStopCrit(<u></u>BestDetector(), 10), update_sensitivity=True)<br>

<br>
fclfsvm = FeatureSelectionClassifier(<u></u>clfsvm, rfesvm)<br>
<br>
sensanasvm = fclfsvm.get_sensitivity_<u></u>analyzer(postproc=maxofabs_<u></u>sample())<br>
<br>
cv_sensana_svm = RepeatedMeasure(sensanasvm, NFoldPartitioner())<br>
<br>
senssvm = cv_sensana_svm(fds)<br>
#-----------------------------<u></u>--------------------<br>
<br>
However, after a while I get the following error:<br>
<br>
RuntimeError: Cannot reverse-map data since the original data shape is unknown. Either set `dshape` in the constructor, or call train().<br>
<br>
<br>
Thank you in advance for any help!<br>
Best wishes,<br>
Marco<br>
<br>
-- <br>
Marco Tettamanti, Ph.D.<br>
Nuclear Medicine Department & Division of Neuroscience<br>
San Raffaele Scientific Institute<br>
Via Olgettina 58<br>
I-20132 Milano, Italy<br>
Phone <a href="tel:%2B%2B39-02-26434888" value="+390226434888" target="_blank">++39-02-26434888</a><br>
Fax <a href="tel:%2B%2B39-02-26434892" value="+390226434892" target="_blank">++39-02-26434892</a><br>
Email: <a href="mailto:tettamanti.marco@hsr.it" target="_blank">tettamanti.marco@hsr.it</a><br>
Skype: mtettamanti<br>
------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>--------------<br>
LA TUA CURA E' SCRITTA NEL TUO DNA. AL SAN RAFFAELE LA STIAMO REALIZZANDO.<br>
AIUTA LA RICERCA, DAI IL TUO 5XMILLE - CF: <a href="tel:07636600962" value="+3907636600962" target="_blank">07636600962</a><br>
<a href="mailto:info%3Awww.5xmille@hsr.it" target="_blank">info:www.5xmille@hsr.it</a> - <a href="http://www.5xmille.org" target="_blank">www.5xmille.org</a><br>
<br>
Disclaimer added by CodeTwo Exchange Rules 2007 <br>
<a href="http://www.codetwo.com" target="_blank">http://www.codetwo.com</a>  <br>
        <br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org" target="_blank">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<u></u>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<u></u>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<u></u>pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>