<div dir="ltr">Great!  Works like a charm. Thanks a lot.</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 4, 2013 at 1:03 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
On Mon, 04 Nov 2013, Taku Ito wrote:<br>
<br>
</div><div class="im">>    You're right, thank you, I was looking through the incorrect data set - My<br>
>    original data set (the one I wrote to right after fmri_dataset), has the<br>
>    following mappers:<br>
>    In [104]: data[1].a.mapper<br>
>    Out[104]: ChainMapper(nodes=[FlattenMapper(shape=(59, 69, 59),<br>
>    auto_train=True, space='voxel_indices'),<br>
>    StaticFeatureSelection(dshape=(240189,), slicearg=array([False, False,<br>
>    False, ..., False, False, False], dtype=bool))])<br>
>    However, after this data set, I constructed a sub-data set by just<br>
>    selecting certain samples with the target values I wanted, splitting the<br>
>    datasets accordingly, and then reconcatenating them into a new data set.<br>
<br>
</div>that is where probably the mapper got "lost" ;-)<br>
<div class="im"><br>
>     (I then ran the ZScoreMapper() on this new data set, since I only wanted<br>
>    to Z score the samples I was going to use in the searchlight analysis.)<br>
>    In [105]: data_stack[1].a.mapper<br>
>    Out[105]: ZScoreMapper()<br>
>    Finally, I ran the searchlight analysis which resulted in:<br>
>    In [106]: res[1].a.mapper<br>
>    Out[106]: ZScoreMapper()<br>
>    Would it then be accurate for me to simply use the ChainMapper from the<br>
>    original data set (exclude the ZScoreMapper from the map2nifti function),<br>
>    like so:<br>
>    map2nifti(data[1], res[1].samples)<br>
<br>
</div>yes -- should work<br>
<div class="im"><br>
>    Or would it be more accurate of me to construct a new ChainMapper which<br>
>    includes the ZScoreMapper, append it to the ChainMapper of the original<br>
>    data set, and then re-attribute it to the searchlight output data set? <br>
<br>
</div>nah -- probably not needed/not worth the hassle.  If you did no action<br>
which would change 'features' origin, taking original dataset would be<br>
the easiest and most straightforward<br>
<div class="im"><br>
>    Thanks again!  This has been a huge hassle, and you've been a great help<br>
>    (though I realize that much of the troubles were my own carelessness<br>
>    now... Sorry!).<br>
<br>
</div>well -- we should bear our portion of blame here too ;)  may be we<br>
should issue a warning whenever hstacking/etc datasets with the mappers<br>
so they do not get lost without notice (actually current master might<br>
keep them... I would need to check).<br>
<br>
Cheers,<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>

Senior Research Associate,     Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a></div></div></blockquote></div><br><br clear="all">
<div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Takuya Ito</font></span><br><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Cognitive Control & Psychopathology Laboratory</font></span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Washington University in St. Louis<br></font></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666"><br>
</font></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Cole Neuroscience Laboratory (</font></span><font color="#666666"><a href="http://www.mwcole.net/" target="_blank">http://www.mwcole.net/</a>)</font></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Center for Molecular and Behavioral Neuroscience (CMBN)</font></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Rutgers-Newark University</font></span></div>
</div>
</div>