<div dir="ltr"><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hi,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">it seems that upcoming pymvpa2 release is going to include a long list of exciting new features including Surface-based searchlight analysis. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">While still under development [1] I couldn't wait but having a first look. I hope you guys don't mind me asking some simple questions.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I'm currently trying to convert my Freesurfer (FS) surfaces to afni; the provided scrip ``prep_afni_surf`` is very helpful.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">However, in my case it fails as recent FS (v5.3) doesn't seem to produce the</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
COR files anymore? ("grep: COR-.info: No such file or directory"). Running ``@SUMA_Make_Spec_FS`` with the "-use_mgz" flag however works. Maybe this is a more sensible default, as the FS wiki marks COR as deprecated [2]. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Q1: Do I understand correctly that the EPI image must be coregistered to the anatomical before running ``prep_afni_surf`` (i.e. afni is not doing that 'magically' otherwise)?</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Q2: How would one save/transform the results back to a volume format? E.g. the ``fn = 'ico%d-%d_%sh_%dvx.niml.dset' % (lowres_ld, highres_ld, hemi, radius)`` in the surface-based Searchlight example [3]. Afni seems to have "3dAFNItoNIFTI" but that doesn't seem to work with SUMA files; I'm a bit lost here.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks in advance,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
 Matthias</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">[1] <a href="https://github.com/PyMVPA/PyMVPA/pull/119" target="_blank">https://github.com/PyMVPA/PyMVPA/pull/119</a></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">[2] <a href="http://freesurfer.net/fswiki/FsTutorial/CorFormat" target="_blank">http://freesurfer.net/fswiki/FsTutorial/CorFormat</a></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
[3] <a href="http://www.pymvpa.org/examples/searchlight_surf.html" target="_blank">http://www.pymvpa.org/examples/searchlight_surf.html</a></div></div>