<div dir="ltr">Nick, thank you so much! It's totally clear now.<div><br></div><div>I also saw that the PR got recently merged into master. Very muck looking forward to testing/trying these new functions. Again, this is really a great addition to PyMVPA. Very happy to see this being available. Cool stuff! :)</div>
<div><br></div><div>Best,</div><div> Matthias</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 29, 2013 at 5:42 PM, Nick Oosterhof <span dir="ltr"><<a href="mailto:nikolaas.oosterhof@unitn.it" target="_blank">nikolaas.oosterhof@unitn.it</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Matthias,<br>
<div class="im"><br>
On Nov 29, 2013, at 6:17 AM, Matthias Ekman wrote:<br>
<br>
>> Also please note that the most recent code is available here: <a href="https://github.com/nno/PyMVPA" target="_blank">https://github.com/nno/PyMVPA</a><br>
><br>
> Thanks for the link to the most recent code!<br>
<br>
</div>You're welcome :-)<br>
<div class="im"><br>
>>> Q1: Do I understand correctly that the EPI image must be coregistered to the anatomical before running ``prep_afni_surf`` (i.e. afni is not doing that 'magically' otherwise)?<br>
>>><br>
>> You can coregister surfaces to either an anatomical or EPI image ('-a' or '-e' options). If you have both, you should coregister them yourself, for example using AFNI's align_epi_anat.py.<br>

>><br>
</div><div class="im">> Just to make sure I really understand the difference between the -e/-a options. In case I want to perform the SL analysis in the native EPI space I'd follow these steps:<br>
><br>
> 1. Freesurfer/recon-all based on the T1 anat<br>
> 2. coregister T1 to the EPI using e.g ``align_epi_anat.py``<br>
> 3. use the following command (using only "-e")<br>
><br>
>     pymvpa2-prep-afni-surf -s SUBJ_ID -d fs/surf/ -e func/func.nii.gz -r OUTPUT_DIR -l 4<br>
><br>
> whereas if I coregister my EPI to the T1, I would use this command (using "-e" and "-a")<br>
><br>
>     pymvpa2-prep-afni-surf -s SUBJ_ID -d fs/surf/ -a anat/anat.nii.gz -e func/func.nii.gz -r OUTPUT_DIR -l 4<br>
><br>
> Is that correct?<br>
<br>
</div>Almost:<br>
<br>
- the options '-a' and '-e' are mutually exclusive. In the latter case (after aligning EPI to T1) you can use either '-e' or '-a', but not both.<br>
- note that you can also coregister the T1 to the EPI (so that the T1 is transformed, not the EPI). Also then you can use '-e' or '-a'.<br>
- assuming you have a good EPI image you can actually skip the T1-EPI coregistration step (step 2 you mentioned above) and run it with just '-e'. It well then take the anatomical from FS's recon-all and the output dir will have an anatomical (with suffix al2exp - "aligned to experimental volume") that is aligned to the EPI. This may be the preferred usage.<br>

<br>
Also:<br>
- I recently added experimental support for images in template space (MNI/Talairach) - but this has only been tested properly with anatomical images ('-a'), not EPIs ('-e'). So in that case EPI-T1 alignment should be done manually.<br>

- Always make sure to check the alignment visually. Usually the '_e3' files from AFNI's @AddEdge (generated by pymvpa2-prep-afni-surf) are most suitable for this. The latest version of the script should also generate a few "qa*.png" bitmap images that should help in inspecting the alignment.<br>

<br>
Please let me know if you have further questions.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
best,<br>
Nick<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>