<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">thanks Nick, I will try the within subject approach and get back</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">now my question is - would not zscoring solve the issue you mentioned?</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">I realise is not possible to zscore by chunks because these are the subjects</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">and only 2 samples....but I tried other zscoring schemes (i.e. by task condition</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">A vs. B or globally across the 38 samples) and still get null MVPA performance</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">would there be any advantage in trying the tstats or zstats instead of the betas</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">as the former are already zscored?</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">cheers</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:#000000">ds</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 11, 2014 at 5:50 PM, Nick Oosterhof <span dir="ltr"><<a href="mailto:nikolaas.oosterhof@unitn.it" target="_blank">nikolaas.oosterhof@unitn.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
On Sep 11, 2014, at 5:15 PM, David Soto <<a href="mailto:d.soto.b@gmail.com">d.soto.b@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> but I am not clear why you mention that I have 2 samples<br>
> only for MVPA<br>
<br>
</span>I meant 2 samples per subject.<br>
Let me try to be clear about terminology and how I understood your analysis:<br>
<br>
univariate:<br>
- within-subject (first-level analysis): you ran a GLM in each subject individually (with all N preprocessed volumes as input), and get 2 beta values (samples) per subject.<br>
- group (second-level analysis): you ran a paired t-test over subjects using the beta values<br>
<br>
multivariate:<br>
- within-subject: you did not do MVPA here.<br>
- group: you took the beta values from the within-subject GLM, with 2 samples per subject, 19 subjects (chunks).<br>
<span class=""><br>
> still did not figure out how the univariate t-test gives<br>
> strong signal in frontoparietal cortex but MVPA nothing<br>
<br>
</span>that is still a bit puzzling indeed, though it could, in principle, be due to differences in overall amplitude (I think). The idea would be that if there is large variability in overall signal magnitude over subjects, the SVM hyperplane trying to separate patterns in each condition in the training set often falls so that in the test subject both test patterns are on the same side, leading to change performance.<br>
<br>
as a first step to understand what is going on, I would suggest to run within-subject MVPA using a searchlight (as I wrote earlier).<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><a href="http://www1.imperial.ac.uk/medicine/people/d.soto/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www1.imperial.ac.uk/medicine/people/d.soto/</a><br></div>
</div>