<div dir="ltr"><div>Oh, okay, then I will let you off this time!<br><br></div>Thanks for your help.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 10, 2014 at 4:25 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
On Wed, 10 Dec 2014, Thomas Nickson wrote:<br>
<br>
</span><span class="">>    :O My hero. It works!<br>
>    But then why does fmri_dataset work without this step?<br>
<br>
</span>well... it is smarter? ;)  not really -- just more "restricted" use-case where<br>
mask could be only:<br>
<br>
    mask : str or NiftiImage<br>
      Filename or image instance of a 3D volume mask. Voxels corresponding to<br>
      non-zero elements in the mask will be selected. The mask has to be in the<br>
      same space (orientation and dimensions) as the timeseries image<br>
<br>
so no array of indexes... that is why we can do smth like:<br>
<br>
    # now apply the mask if any<br>
    if not mask is None:<br>
        flatmask = ds.a.mapper.forward1(mask)<br>
        ds = ds[:, flatmask != 0]<br>
<br>
which actually disallows mask to be an array of indices, and we never had such<br>
a use case for fmri dataset, thus not even allowed ;)<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>
Research Scientist,            Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>