<div dir="ltr"><div><div>Hello All,<br><br></div>I have also had this problem I think. I gave up after about a month. I though that it was just computationally prohibitive with 133 subjects but is this not the case?<br><br></div>I can run it and contribute debug data if you want as I'm still interested in the analysis.<br><br>Thanks,<br><br>Tom<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 30, 2015 at 12:18 AM, Christopher J Markiewicz <span dir="ltr"><<a href="mailto:effigies@bu.edu" target="_blank">effigies@bu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 01/29/2015 04:35 PM, Yaroslav Halchenko wrote:<br>
><br>
><br>
> On Thu, 29 Jan 2015, Christopher J Markiewicz wrote:<br>
><br>
>> At commit: 573883e099a598c127fc5076123ebe3906f2be82<br>
><br>
> $> git describe 573883e099a598c127fc5076123ebe3906f2be82<br>
> upstream/2.3.1<br>
><br>
><br>
>> Running into a weird issue where under one (of 120) combination of<br>
>> parameters, the searchlight hangs and never ends. On a 16 core machine,<br>
>> 16 cores will run for about 1.5-2 hours, and then one core will be at<br>
>> 100% until terminated (longest run was ~3 weeks, having forgotten about<br>
>> it over break).<br>
><br>
> might well be that SVM got stuck somehow?<br>
><br>
> what if you set nproc=1 (no parallelization), and<br>
><br>
> debug.active += ["SLC", "SLC_"]<br>
><br>
> so you see what is going on atm -- where would it get stuck?<br>
<br>
</span>Thanks for the tip. That's going to take some time to get to the point<br>
where it's stuck (estimating another 6 hours).<br>
<br>
Weirdly, though, one of my attempts to run this finally worked (probably<br>
been ~20 attempts). I'll let the single thread run to see if it sticks<br>
and maybe figure out why.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
--<br>
Christopher J Markiewicz<br>
Ph.D. Candidate, Quantitative Neuroscience Laboratory<br>
Boston University<br>
<br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br></blockquote></div><br></div>