<div dir="ltr">On 24 February 2015 at 21:06, Xixi Wang <span dir="ltr"><<a href="mailto:wangxixi577@gmail.com" target="_blank">wangxixi577@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I'm trying to perform some surfaced-based pattern analysis and I'm not sure how to correlate the 3D volumetric coordinates with the 2D surface coordinates.</div><div><br></div><div>[...]<br></div><div>    -  I found out that coregistration results were pretty good and the activation maps were projected on the surface reasonably </div></div></blockquote><div><br></div><div>That is reassuring.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>5) <b>My question is: For each voxel of interest inside of the VT cortex, I'd like to get the corresponding surface coordinates. My impression is that SUMA is used for visualization only, so is there any method that I could use to extract certain information? </b></div></div></blockquote><div><br></div><div>See mvpa2.misc.surfing.volgeom, and the ijk2xyz and xyz2ijk methods. For example:</div><div><br></div><div>from mvpa2.suite import *</div><div>ds=fmri_dataset('my_nifti_file.nii')</div><div><br></div><div># instantiate volgeom instance from fmri dataset</div><div>vg=volgeom.from_any('my_nifti_file.nii')   # can also take 'ds' directly<br></div><div><br></div><div># convert voxel indices in 'ds' to 3D coordinates </div><div>xyz=vg.ijk2xyz(ds.fa.voxel_indices)</div><div><br></div><div><br></div></div></div></div>