<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 25, 2015 at 5:43 PM, Nick Oosterhof <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com" target="_blank">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
On 25 Feb 2015, at 16:36, gal star <<a href="mailto:gal.star3051@gmail.com">gal.star3051@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Here is the minimal running example:<br>
><br>
> fds=fmri_dataset(samples='4D_scans.nii.gz')<br>
> zscore(fds, param_est=('targets', ['control']))<br>
> int = numpy.array([l in ['class A','class B'] for l in fds.sa.targets])<br>
> fds = fds[int]<br>
><br>
> clf = FeatureSelectionClassifier(LinearCSVMC(), SensitivityBasedFeatureSeletion(OneWayAnova(), FixedNElementTailSelector(1000 ,tail='upper',mode='select')))<br>
><br>
> nfold = NFoldPartitioner(attr='chunks')<br>
><br>
> < Python Code for selecting only '0' chunk for train and '1' for test><br>
<br>
</span>Can you provide this code please?<br></blockquote><div><br></div><div>int_train = numpy.array([l in [0] for l in fds.sa.chunks])</div><div>int_test = numpy.array([l in [1] for l in fds.sa.chunks])<br></div><div> </div><div>train = fds[int_train]</div><div>test = fds[int_test]</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<br>
> clf.train(train)<br>
> print clf.predict(test.samples)<br>
<br>
How exactly do you determine the standard deviation among classification accuracies?<br>
<br></blockquote><div>I am running this script code k times (each time, different part of the data input with '1' chunk). In each time i get an accuracy result. then i'm averaging those k results and calculate standard diviation.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
Also, the topic of your email is about errorfx, but I didn’t see you using that function anywhere. Could you clarify?</blockquote><div><br></div><div>Yes, i'm performing manual cross validation, but i've seen that </div><div>if i use the CrossValidation class there is an errrofx parameter.</div><div>I'm trying to understand what is it contributes and how can i use it manualy. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"> </blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div class=""><div class="h5">_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>