<div dir="ltr">Thank you, I was having almost the same problem I tried different ways to install it (barely understanding what I was doing) unable to do it. But yours worked.<div><br></div><div>I just want to add the command for python 2.7 (which is the one I'm using) and put it in order for some other new users that might be having the same problem as me.</div><div><br></div><div>1. Follow the first steps for MacOSX until you need to install the actual pymvpa</div><div>2. Next, install swig, to do this, in the terminal type:</div><div><i style="font-size:12.8000001907349px">sudo port install swig-python</i><br></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">3. Install pymvpa and some necessary libraries:</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><i style="font-size:12.8000001907349px">For python 2.7:</i></div><div><i style="font-size:12.8000001907349px">sudo port install py27-pymvpa +scipy +nibabel +hcluster +libsvm +matplotlib +pywavelet </i><i style="font-size:12.8000001907349px"><br></i></div><div><i style="font-size:12.8000001907349px">For python 3.4:</i></div><div><i style="font-size:12.8000001907349px">sudo port install py34-pymvpa +scipy +nibabel +hcluster +libsvm +matplotlib +pywavelet </i><br></div><div><br></div><div>After this everything was working for me</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 26, 2015 at 8:35 AM, Matthias Zunhammer <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthias.zunhammer@uk-essen.de" target="_blank">matthias.zunhammer@uk-essen.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi all,<div><br></div><div>thank you for your help, after over a total of 8 hours of trying to install PyMVPA in vain, your helped me back on track. Thank you!</div><div><br></div><div><b>However, I urgently suggest that the PyMVPA-Developers update the installation section at <a href="http://www.pymvpa.org/installation.html" target="_blank">http://www.pymvpa.org/installation.html</a> for MacOSX. At this point it is not helpful </b><b>(from my beginners perspective)</b><b>.</b></div><div><div><br></div><div>The problems in detail:</div></div><div>1.) The installation guide with the "Must Have“ and „Strong Recommendation“ sections in the beginning is misleading. New users (like me) will start downloading these packages (e.g. Anaconda), just to realize that the MacPorts routine below will do that automatically. This is a waste of time and memory and will lead to duplicate or triplicate versions of Python being installed... which in turn causes the PYTHONPATH-Problems I got stuck with.</div><div><div>2.) The first few installation steps for MacOSX work fine, but then the trouble begins:</div><div>3.) Installing Python and the necessary toolboxes with</div><div><i><br></i></div><div><i>sudo port install py25-pymvpa +scipy +nibabel +hcluster +libsvm +matplotlib +pywavelet</i></div><div><i><br></i></div><div>fails since the py-Version listed on the installation page is not up to date</div><div>(should be:</div><div><i>sudo port install py34-pymvpa +scipy +nibabel +hcluster +libsvm +matplotlib +pywavelet </i></div><div><i>)</i></div><div><i><br></i></div><div>4.) The installation then stalls at first, because it requires SWIG (</div><div><i>sudo port install swig-python</i></div><div>, SWIG alone will not do!).</div><div>Swig is not mentioned in the Windows/Suse, but not in the MacOSX section of the installation guide.</div><div><br></div><div>5.) <i>sudo port install python_select</i></div><div>runs without problems, but then neither</div><div><i>sudo python_select python25 </i>(the version issue)<i>, nor </i><i>sudo python_select python34</i> will not work.</div><div>Apparently the syntax has changed:</div><div><i><br></i></div><div><i>sudo port select python python34</i></div><div><br></div><div>Will do the job (see: <a href="http://stackoverflow.com/questions/6116697/macports-python-select-command-not-found" target="_blank">http://stackoverflow.com/questions/6116697/macports-python-select-command-not-found</a>).</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Matthias</div><div><br></div><div><br></div><div> <br><div><blockquote type="cite"><div>Am 25.02.2015 um 17:56 schrieb Christopher J Markiewicz <<a href="mailto:effigies@bu.edu" target="_blank">effigies@bu.edu</a>>:</div><br><div><div><div class="h5">On 02/25/2015 11:31 AM, Matthias Zunhammer wrote:<br><blockquote type="cite">Hi,<br><br>I succeeded to install pyMVPA on MacOSX, but after starting python and<br>typing<br><br><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">import mvpa2<br></blockquote></blockquote><br>I get the following error:<br><br>Traceback (most recent call last):<br>  File "<stdin>", line 1, in <module><br>ImportError: No module named mvpa2<br></blockquote><br>Likely it's not in your PYTHONPATH.<br><br>Find your installation:<br>sudo updatedb && locate mvpa2/__init__.py<br><br>Mine is: /usr/lib/python2.7/dist-packages/mvpa2/__init__.py, so I want<br>to make sure /usr/lib/python2.7/dist-packages is in my python path.<br><br>Examine your path:<br>python -c 'import sys; print sys.path'<br><br>If your directory isn't in there, you can add it with a command like this:<br><br>echo 'PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/lib/python2.7/dist-packages' >> ~/.bashrc<br><br>The single quotes are important. Obviously use the directory you found<br>above, and if you're not using bash, you may need to append the line to<br>a different RC file than ~/.bashrc.<br><br>Hope this helps.<br><br>-- <br>Christopher J Markiewicz<br>Ph.D. Candidate, Quantitative Neuroscience Laboratory<br>Boston University<br><br></div></div><span class="">_______________________________________________<br>Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br><a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org" target="_blank">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br><a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a></span></div></blockquote></div><br><div>
---------------------------------------------<br><span><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span><span><span><span><span><img height="47" width="182" src="cid:image001.jpg@01CFE6F6.9D7EF440"></span><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div style="text-align:-webkit-auto"><font face=".HelveticaNeueDeskInterface-Regular"><br><br>Dr. phil. Matthias Zunhammer</font></div><div style="text-align:-webkit-auto"><span style="font-size:small">M.Sc. </span><font face=".HelveticaNeueDeskInterface-Regular">Neurowissenschaften </font></div></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><font face=".HelveticaNeueDeskInterface-Regular" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span><font face=".HelveticaNeueDeskInterface-Regular" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">Universitätsklinikum Essen (AöR)</span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">Klinik für Neurologie</span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">Gebäude OZ I, Raum 10.4.013</span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">Hufelandstraße 55</span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">D-45147 Essen</span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important"> </span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">Telefon +49 176 / 60016738</span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">Fax +49 201 / 723-6882</span><br style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">E-Mail:</span><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important"> </span><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">matthias.zunhammer@uk-</span><span style="font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important"><a href="http://essen.de" target="_blank">essen.de</a></span></font><br style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"></span></font></div>
</span></span></span></span></span></span></div>
<br></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br></blockquote></div><br></div>