<div dir="ltr">Hi Nick and PyMVPA group,<div><br></div><div>I’m trying to run a sample top-level analysis on surface-based searchlight data using Nick’s afni_surface_alphasim script. I’ve never tried this before, and am getting a ZeroDivisionError (bottom of output). I tried re-running the script, leaving out some subjects (in case there is a bad file/vertex somewhere), but get the same result. Any ideas in how I might be go about de-bugging this?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mike<br><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Here is my bash input/output:</div><div><br></div><div><div><b><i>python /Users/mikeeklein/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mvpa2/support/afni/afni_surface_alphasim.py -d 05/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 06/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 07/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 08/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 09/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 10/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 11/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 12/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 13/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 14/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset 15/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset -o groupSurface/ -t 2.3</i></b></div><div>** Will execute the following commands:</div><div>** - cd "/Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface"</div><div>** -  3dbucket -overwrite -prefix ./alphasim_buck.niml.dset /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/05/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/06/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/07/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/08/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/09/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/10/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/11/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/12/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/13/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/14/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]' /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/15/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset'[0]'</div><div>** -  3dTstat -overwrite -prefix ./alphasim_mean.niml.dset ./alphasim_buck.niml.dset</div><div>** -  echo > "/Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D"</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_0.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[0]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_0.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_1.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[1]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_1.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_2.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[2]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_2.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_3.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[3]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_3.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_4.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[4]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_4.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_5.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[5]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_5.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_6.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[6]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_6.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_7.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[7]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_7.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_8.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[8]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_8.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_9.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[9]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_9.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>** -  3dcalc -overwrite -prefix ./alphasim_resid_10.niml.dset -a ./alphasim_mean.niml.dset -b ./alphasim_buck.niml.dset'[10]' -expr 'a-b'</div><div>** -  3dFWHMx  ./alphasim_resid_10.niml.dset | cut -c18- >> /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>**>> Starting now:</div><div>++ 3dbucket: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>** FATAL ERROR: Dataset /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/06/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset differs in size from first one</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dTstat: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: KR Hammett & RW Cox</div><div>*+ WARNING: Input dataset has 1 sub-brick ==> -tdiff is turned off</div><div>*+ WARNING: Input dataset is not 3D+time; assuming TR=1.0</div><div>++ Output dataset ./alphasim_mean.niml.dset</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>++ Output dataset ././alphasim_resid_0.niml.dset</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 1 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [1] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[1]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_1.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 2 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [2] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[2]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_2.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 3 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [3] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[3]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_3.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 4 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [4] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[4]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_4.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 5 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [5] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[5]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_5.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 6 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [6] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[6]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_6.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 7 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [7] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[7]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_7.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 8 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [8] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[8]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_8.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 9 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [9] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[9]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_9.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dcalc: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: A cast of thousands</div><div>** ERROR: selector index 10 is out of range 0..0</div><div>** ERROR: bad sub-brick selector [10] => using [0..0]</div><div>** FATAL ERROR: can't open dataset ./alphasim_buck.niml.dset[10]</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>++ 3dFWHMx: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]</div><div>++ Authored by: The Bob</div><div>** FATAL ERROR: Can't open dataset './alphasim_resid_10.niml.dset'</div><div>** Program compile date = May  1 2014</div><div>**<< ... completed execution</div><div>[]</div><div>/Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/groupSurface/./alphasim_fwhm.1D</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "/Users/mikeeklein/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mvpa2/support/afni/afni_surface_alphasim.py", line 507, in <module></div><div>    run_all(c)</div><div>  File "/Users/mikeeklein/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mvpa2/support/afni/afni_surface_alphasim.py", line 382, in run_all</div><div>    critical_clustersize(config)</div><div>  File "/Users/mikeeklein/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mvpa2/support/afni/afni_surface_alphasim.py", line 283, in critical_clustersize</div><div>    compute_fwhm(config)</div><div>  File "/Users/mikeeklein/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mvpa2/support/afni/afni_surface_alphasim.py", line 135, in compute_fwhm</div><div>    config['fwhm'] = sum(map(float, fwhms)) / len(fwhms) # average FWHM</div><div>ZeroDivisionError: integer division or modulo by zero</div></div></div></div>