<div dir="ltr">Thanks, Nick.<div><br></div><div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">No luck, unfortunately: the script is yielding the same errors with -N (or —pad_to_node) 20479. I also tried leaving out subjects 05 or 06, but get the same result. </div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 12, 2015 at 8:02 AM, Nick Oosterhof <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com" target="_blank">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
On 12 Apr 2015, at 00:53, Mike E. Klein <<a href="mailto:michaeleklein@gmail.com">michaeleklein@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> I’m trying to run a sample top-level analysis on surface-based searchlight data using Nick’s afni_surface_alphasim script. I’ve never tried this before, and am getting a ZeroDivisionError (bottom of output). I tried re-running the script, leaving out some subjects (in case there is a bad file/vertex somewhere), but get the same result. […]<br>
><br>
> Here is my bash input/output: […]<br>
<span class="">><br>
> ++ 3dbucket: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May  1 2014) [64-bit]<br>
> ** FATAL ERROR: Dataset /Volumes/deep_thought/fmri/mvpa2/april_analyses/subs/06/suma_surfaces_deoblique/zeroed_soundVrest_NEW-minimal_ico32-128_mh_50vx.niml.dset differs in size from first one<br>
<br>
</span>This error suggests that the number of vertices is not matched across subjects. Probably there are nodes that have values from some subjects but not others (e.g. when running a searchlight analysis with partial brain coverage, i.e. when the functional data does not contain all of the surface node in some subjects).<br>
<br>
Try using the “--pad_to_node” option in afni_surface_alphasim. In your case, ico32 means 10*(32*32)+2=10240 nodes per hemisphere, and you use merged hemispheres. The value for pad_to_node is then (10*(32*32)+2)*2-1=20479, where the “-1” is for the 0-base indexing used by afni.<br>
<br>
Please let us know if that solves the problem.<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br></div></div></div>