<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi all,<br><br></div>I'm trying to implement permutation testing with searchlights and, after going through the manual and the mailing list archives, I'm still not sure how to do it.<br><br></div>According to this thread <a href="http://lists.alioth.debian.org/pipermail/pkg-exppsy-pymvpa/2012q1/002071.html">http://lists.alioth.debian.org/pipermail/pkg-exppsy-pymvpa/2012q1/002071.html</a>, the fastest way to get searchlight permutations is to use the GNB searchlight; otherwise it takes so long as to be impractical. However, when trying to set up the GNB searchlight with a null_dist, as shown in here <a href="https://github.com/PyMVPA/PyMVPA/blob/master/mvpa2/tests/test_usecases.py#L168">https://github.com/PyMVPA/PyMVPA/blob/master/mvpa2/tests/test_usecases.py#L168</a>, I get a NotImplementedError: "GNBSearchlight does not yet support partitions altering the target (e.g. permutators)", as warned about on the documentation page for GNB searchlight and mentioned in this thread <a href="http://lists.alioth.debian.org/pipermail/pkg-exppsy-pymvpa/2012q4/002304.html">http://lists.alioth.debian.org/pipermail/pkg-exppsy-pymvpa/2012q4/002304.html</a>.<br><br></div>However, if I can't use an attribute permutator with the GNB searchlight, how can I use it to run permutation tests and get a null probability? What am I missing?<br><br></div>Additionally, and this is a side note, is there any way to pass the null distribution from the searchlight's null_dist attribute to the results dataset? Or should I just give up on that, because trying to save the distribution for each searchlight would result in a huge file?<br><br></div>Thanks,<br></div>Bill<br></div>