<div dir="ltr"><div>Hi all,<br></div><div>I'm rather new to pyMVPA and I would love to get your help and feedback.</div><div>I'm trying do understand the different procedures of statistical inference, I can achieve for whole brain searchlight analysis, using pyMVPA.</div><div><br></div><div>I started by implementing the inference at the subject level (attaching the code). Is this how I'm supposed to evaluate the p values of the classifications for a single subject? What is the differences between adding the null_dist to the sl level and the cross validation level?</div><div>My code:</div><div><div>clf  = LinearCSVMC()</div><div>splt = NFoldPartitioner(attr='chunks')</div><div><br></div><div>repeater = Repeater(count=100)</div><div>permutator = AttributePermutator('targets', limit={'partitions': 1}, count=1) </div><div>null_cv = CrossValidation(clf, ChainNode([splt, permutator],space=splt.get_space()),</div><div>                          postproc=mean_sample())</div><div>null_sl = sphere_searchlight(null_cv, radius=3, space='voxel_indices',</div><div>                             enable_ca=['roi_sizes'])</div><div>distr_est = MCNullDist(repeater,tail='left', measure=null_sl,</div><div>                       enable_ca=['dist_samples'])</div><div><br></div><div>cv = CrossValidation(clf,splt, </div><div>                     enable_ca=['stats'], postproc=mean_sample() )<br></div><div>sl = sphere_searchlight(cv, radius=3, space='voxel_indices',</div><div>                        null_dist=distr_est,</div><div>                        enable_ca=['roi_sizes'])</div><div>ds = glm_dataset.copy(deep=False,</div><div>                       sa=['targets','chunks'],</div><div>                       fa=['voxel_indices'],</div><div>                       a=['mapper'])</div></div><div>sl_map = sl(ds)<br></div><div>p_values = distr_est.cdf(sl_map.samples) # IS THIS THE RIGHT WAY??<br></div><div><br></div><div>Is there a way to make sure the permutations are exhaustive?</div><div>In order to make an inference on the group level I understand I can use GroupClusterThreshold.</div><div>Does anyone have a code sample for that? Do I use the MCNullDist's created at the subject level?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Roni.</div></div>