<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi,<br><br></div>I want to use PyMVPA for whole-brain searchlight analysis on some existing data. The data has been already preprocessed (skull stripping, motion correction etc.). Each subject data contains 10 runs and each run was processed separately, so there is a separate full brain boolean mask for each run. <br><br></div>My question is what is the recommended/correct a way to use this data to perform run-wise cross-validation searchlight?<br><br></div>As I understand, each run has to be in the same space (same number of voxels) so that training and test can be performed, so the whole brain masks have to be somehow aligned. How would you recommend doing this?<br><br></div>I am new to fMRI analysis so please let me know if something doesn't make sense or you would like additional information.<br><br></div>Thanks a lot!<br><br><br></div>