<div dir="ltr">Thanks again.<div>Could you yet let me know how can I get ANFI in use. </div><div>I got an error that 3dAttribute command was not found. </div><div><br></div><div>-Maria</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-02-12 15:54 GMT+02:00 Nick Oosterhof <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com" target="_blank">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
> On 12 Feb 2016, at 14:21, Maria Hakonen <<a href="mailto:maria.hakonen@gmail.com">maria.hakonen@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> I would like to try surface searchlight, and for that I need to resample the surfaces to standard topologies (with different resolutions) using MapIcosehedron, align surfaces to a reference functional volume, and merge left and right hemispheres into single surface files.<br>
> However, for me it is unclear what file should I use as a reference functional volume.<br>
<br>
</span>It should be a representative volume that is coregistered to the other functional volumes.<br>
<br>
If you want to use a functional volume, this is usually an EPI BOLD image. It should have sufficient contrast for coregistration with a T1 anatomical volume. In a typical use case, this is the volume used as a reference volume in the motion correction step, i.e. the volume all other functional volumes are aligned to.<br>
<br>
It should *not* be a normalized volume (containing, for each voxel, percent signal change or z-scores) , because such volumes tend to have very little anatomical information and are not suitable for coregistration.<br>
<br>
Alternatively you can use a T1 anatomical volume that is aligned to the functional data (with the '-a' option).<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>