<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:garamond,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">Hi, I had trouble with macports, but was able to install all dependencias and PyMVPA via hombrew and pip </div><div class="gmail_default" style="font-family:garamond,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:garamond,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">this is my recipe in case you would like to try it out, it works on my Macbook with el Capitan</div><div class="gmail_default" style="font-family:garamond,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:garamond,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">best</div><div class="gmail_default" style="font-family:garamond,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">david</div><div class="gmail_default" style="font-family:garamond,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)"><div class="gmail_default">_________________________________________________________________<span class="" style="white-space:pre">        </span><br></div><div class="gmail_default">#  Install command line tools</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">xcode-select --install </div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default"># Installing Brew</div><div class="gmail_default">/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL <a href="https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install">https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install</a>)"</div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default"># Set up some taps and update brew</div><div class="gmail_default">brew tap homebrew/science</div><div class="gmail_default">brew tap homebrew/python</div><div class="gmail_default">brew update && brew upgrade</div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default"># Install a brewed python  </div><div class="gmail_default">brew install python</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">#Install numpy, cython and h5py and scipy</div><div class="gmail_default">pip install numpy</div><div class="gmail_default">pip install scipy</div><div class="gmail_default">pip install cython</div><div class="gmail_default">brew install hdf5 </div><div class="gmail_default">pip install h5py  </div><div class="gmail_default">pip install nipy</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">#Install matplotlib with cairo support for png, ps, pdf and svg files</div><div class="gmail_default">brew install matplotlib --with-cairo</div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">#Relink numpy to brew as it was installed with pip</div><div class="gmail_default">brew link --overwrite numpy</div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">#Install Pandas</div><div class="gmail_default">pip install pandas</div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">#Install ipython with parallel and notebook support</div><div class="gmail_default">brew install zmq</div><div class="gmail_default">pip install ipython[all]</div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">#install IDE ninja</div><div class="gmail_default">pip install macfsevents</div><div class="gmail_default">brew install ninja-ide</div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">pip install -U scikit-learn   </div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">#PYMVPA</div><div class="gmail_default">pip install nibabel</div><div class="gmail_default">brew install swig</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">_________________________________________________________________</div><div class="gmail_default">#Download PYMVPA from github and extract</div><div class="gmail_default">git clone git://<a href="http://github.com/PyMVPA/PyMVPA.git">github.com/PyMVPA/PyMVPA.git</a></div><div class="gmail_default">unzip master</div><div class="gmail_default">cd PyMVPA-master</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">#Build libsvm</div><div class="gmail_default">sudo make 3rd</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">#Build PyMVPA itself</div><div class="gmail_default">sudo python setup.py build_ext</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">#And install</div><div class="gmail_default">sudo python setup.py install</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">If you get a locale error</div><div class="gmail_default">ValueError: unknown locale: UTF-8</div><div class="gmail_default">Either run these commands before running python or add them to your bash_profile or .profile</div><div class="gmail_default">export LC_ALL=en_US.UTF-8</div><div class="gmail_default">export LANG=en_US.UTF-8</div><div class="gmail_default"><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 20 June 2016 at 21:09, Kranz, Michael Benjamin <span dir="ltr"><<a href="mailto:mbkranz@illinois.edu" target="_blank">mbkranz@illinois.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Hi,
<div><br>
</div>
<div>I was not able to download PyMVPA through MacPorts due to an error (<span style="font-size:10pt">Error: org.macports.build for port py27-pymvpa returned: command execution failed).</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">I am using Mac 10.11.3 with swig version 3.0.11 installed.</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">I was wondering if there were any suggestions on how to proceed with installation and debugging?</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Looking at the main.log log file, it appears that SWIG is not being recognized (even though I have swig installed). The error is below:</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br>
</span></div>
<div>
<div>:info:build build_src</div>
<div>:info:build building extension "mvpa2.clfs.libsmlrc.smlrc" sources</div>
<div>:info:build building extension "mvpa2.clfs.libsvmc._svmc" sources</div>
<div>:info:build creating build</div>
<div>:info:build creating build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7</div>
<div>:info:build creating build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7/mvpa2</div>
<div>:info:build creating build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7/mvpa2/clfs</div>
<div>:info:build creating build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7/mvpa2/clfs/libsvmc</div>
<div>:info:build swig++: mvpa2/clfs/libsvmc/svmc.i</div>
<div>:info:build swig -python -I/opt/local/include -c++ -I/opt/local/include -o build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7/mvpa2/clfs/libsvmc/svmc_wrap.cpp -outdir build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7/mvpa2/clfs/libsvmc mvpa2/clfs/libsvmc/svmc.i</div>
<div>:info:build unable to execute 'swig': No such file or directory</div>
<div>:info:build error: command 'swig' failed with exit status 1</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Mike </div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
<div><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;background-color:rgb(255,255,255)">-- </span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">
<div data-smartmail="gmail_signature" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">
<div dir="ltr">Michael Kranz<br>
Graduate Research Assistant | Beckman Institute University of Illinois<br>
<a href="tel:314-323-1329" value="+13143231329" target="_blank">314-323-1329</a></div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</font></span></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br></blockquote></div><br></div>