<div dir="ltr"><div><div>Hi,<br></div>I am sorry, my python is bit rusty by now, and I don't have a data set ready to give you an reproducible example. However I think that once you train your  GroupClusterThreshold object, then the all cluster sizes from your bootstraps should be in _null_cluster_sizes attribute. Then your p-value for your arbitrary cluster is just a it's percentile in that array. <br><br>You can also use methods <span class="gmail-pl-en">get_cluster_pvals</span> or <span class="gmail-pl-en">_transform_to_pvals from </span>the  GroupClusterThreshold class to do it for you. Somehow :) <br></div>Actual code that computes the p-values for clusters is:<br><div><div>        cluster_probs_raw <span class="gmail-pl-k">=</span> _transform_to_pvals(
      
      
                    area, <span class="gmail-pl-c1">self</span>._null_cluster_sizes.astype(<span class="gmail-pl-s"><span class="gmail-pl-pds">'</span>float<span class="gmail-pl-pds">'</span></span>))<br></div><div>so MAYBE this will work for you<br>        cluster_probs_raw <span class="gmail-pl-k">=</span>   GroupClusterThreshold._transform_to_pvals( np.array([40. 60, 80]), <span class="gmail-pl-c1">thr</span>._null_cluster_sizes.astype(<span class="gmail-pl-s"><span class="gmail-pl-pds">'</span>float<span class="gmail-pl-pds">'</span></span>))<br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 9, 2017 at 10:40 PM, Ryan Stolier <span dir="ltr"><<a href="mailto:ryan.m.stolier@gmail.com" target="_blank">ryan.m.stolier@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="m_-5644906506456809868gmail_msg">Hi all,<div class="m_-5644906506456809868gmail_msg"><br class="m_-5644906506456809868gmail_msg"></div><div class="m_-5644906506456809868gmail_msg">I recently implemented GroupClusterThreshold() based on help I found in this thread: <a href="https://lists.alioth.debian.org/pipermail/pkg-exppsy-pymvpa/2015q3/003202.html" class="m_-5644906506456809868gmail_msg" target="_blank">https://lists.alioth.<wbr>debian.org/pipermail/pkg-<wbr>exppsy-pymvpa/2015q3/003202.<wbr>html</a></div><div class="m_-5644906506456809868gmail_msg"><br class="m_-5644906506456809868gmail_msg"></div><div class="m_-5644906506456809868gmail_msg">I was able to execute everything properly and get back results. However, I am curious if there is a way to access data used along the way in the algorithm and figure out corrected significance levels of <b class="m_-5644906506456809868gmail_msg">any</b> size cluster, rather than only the clusters in my real (non-permuted) data. Ie, can I access the table of cluster sizes from the 100000 bootstraps of the permutation maps used to determine the significance levels of clusters in my real data? Say I wanted to find out the hypothetical significance level of clusters sized: 40, 60, 80 given everything besides the 'mean_map' input in the email exchange in the listserv above. Does that make sense? Also, I suppose the data used at steps 6/7 here: <a href="http://mvpa.blogspot.com/2012/10/permuting-searchlight-maps-stelzer.html" class="m_-5644906506456809868gmail_msg" target="_blank">http://mvpa.blogspot.<wbr>com/2012/10/permuting-<wbr>searchlight-maps-stelzer.html</a></div><div class="m_-5644906506456809868gmail_msg"><br class="m_-5644906506456809868gmail_msg"></div><div class="m_-5644906506456809868gmail_msg">Thank you so much for any assistance!</div></div><div dir="ltr" class="m_-5644906506456809868gmail_msg"><div class="m_-5644906506456809868gmail_msg">Ryan</div></div></div></div>
</div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>pkg-exppsy-pymvpa</a><br></blockquote></div><br></div>